Date: 2019-12-26 18:30:36 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
First the variable is renamed to res_list
.
res_list = rl
All available functions which can be applied to this res_list
object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 20 methods.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> Performed in total 45000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods()
was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat1, max_k = 10, top_n = seq(min(2000,
#> round(nrow(data) * 0.1)), min(10000, round(nrow(data) * 0.5)), length.out = 5),
#> mc.cores = 4, anno = phenotype, anno_col = anno_col, scale_rows = FALSE)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 387901 136
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k
(number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
---|---|---|---|---|---|---|
SD:hclust | 3 | 1.000 | 0.996 | 0.999 | ** | |
CV:hclust | 3 | 1.000 | 0.963 | 0.983 | ** | |
CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.953 | 0.983 | ** | |
ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.990 | 0.996 | ** | |
ATC:skmeans | 3 | 1.000 | 0.991 | 0.996 | ** | 2 |
ATC:pam | 3 | 1.000 | 0.987 | 0.995 | ** | 2 |
MAD:skmeans | 6 | 0.996 | 0.954 | 0.971 | ** | 2,3 |
CV:pam | 4 | 0.989 | 0.967 | 0.986 | ** | 2,3 |
CV:skmeans | 5 | 0.976 | 0.944 | 0.959 | ** | 2 |
SD:pam | 10 | 0.931 | 0.841 | 0.921 | * | 2,3,4,5,9 |
MAD:pam | 10 | 0.923 | 0.796 | 0.909 | * | 5,6,8,9 |
SD:mclust | 10 | 0.920 | 0.838 | 0.905 | * | 2,4,6,7,8,9 |
MAD:kmeans | 3 | 0.916 | 0.919 | 0.942 | * | |
SD:skmeans | 8 | 0.914 | 0.858 | 0.909 | * | 2,3,6,7 |
SD:kmeans | 4 | 0.909 | 0.935 | 0.938 | * | |
MAD:mclust | 10 | 0.905 | 0.749 | 0.867 | * | 2 |
CV:kmeans | 4 | 0.807 | 0.964 | 0.944 | ||
ATC:mclust | 2 | 0.764 | 0.884 | 0.946 | ||
ATC:hclust | 3 | 0.730 | 0.833 | 0.931 | ||
MAD:hclust | 3 | 0.586 | 0.843 | 0.899 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 2 1.000 0.993 0.997 0.502 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 1.000 0.947 0.980 0.461 0.540 0.540
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.971 0.989 0.500 0.500 0.500
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.996 0.998 0.457 0.544 0.544
#> SD:mclust 2 0.957 0.949 0.976 0.411 0.588 0.588
#> CV:mclust 2 1.000 0.953 0.983 0.439 0.564 0.564
#> MAD:mclust 2 1.000 0.957 0.978 0.489 0.515 0.515
#> ATC:mclust 2 0.764 0.884 0.946 0.463 0.540 0.540
#> SD:kmeans 2 0.756 0.865 0.918 0.365 0.582 0.582
#> CV:kmeans 2 0.570 0.927 0.920 0.313 0.594 0.594
#> MAD:kmeans 2 0.340 0.625 0.739 0.401 0.497 0.497
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.990 0.996 0.471 0.528 0.528
#> SD:pam 2 1.000 0.969 0.987 0.280 0.727 0.727
#> CV:pam 2 1.000 0.989 0.996 0.239 0.769 0.769
#> MAD:pam 2 0.262 0.414 0.760 0.490 0.507 0.507
#> ATC:pam 2 1.000 0.993 0.997 0.503 0.497 0.497
#> SD:hclust 2 0.769 0.934 0.952 0.350 0.594 0.594
#> CV:hclust 2 0.817 0.959 0.955 0.361 0.594 0.594
#> MAD:hclust 2 0.404 0.826 0.891 0.409 0.608 0.608
#> ATC:hclust 2 0.571 0.807 0.903 0.255 0.850 0.850
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 3 1.000 0.974 0.982 0.219 0.879 0.762
#> CV:skmeans 3 0.867 0.923 0.957 0.314 0.850 0.725
#> MAD:skmeans 3 0.969 0.933 0.960 0.236 0.890 0.780
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.991 0.996 0.163 0.907 0.831
#> SD:mclust 3 0.726 0.842 0.907 0.282 0.887 0.811
#> CV:mclust 3 0.679 0.840 0.881 0.288 0.855 0.753
#> MAD:mclust 3 0.771 0.839 0.918 0.280 0.872 0.751
#> ATC:mclust 3 0.677 0.823 0.901 0.204 0.892 0.806
#> SD:kmeans 3 0.636 0.845 0.875 0.541 0.653 0.471
#> CV:kmeans 3 0.605 0.890 0.896 0.525 0.961 0.934
#> MAD:kmeans 3 0.916 0.919 0.942 0.530 0.786 0.609
#> ATC:kmeans 3 0.626 0.763 0.782 0.277 0.846 0.725
#> SD:pam 3 1.000 0.984 0.994 0.577 0.827 0.764
#> CV:pam 3 1.000 0.993 0.997 0.807 0.804 0.745
#> MAD:pam 3 0.511 0.817 0.898 0.289 0.760 0.565
#> ATC:pam 3 1.000 0.987 0.995 0.152 0.922 0.844
#> SD:hclust 3 1.000 0.996 0.999 0.268 0.961 0.934
#> CV:hclust 3 1.000 0.963 0.983 0.192 0.961 0.934
#> MAD:hclust 3 0.586 0.843 0.899 0.414 0.846 0.747
#> ATC:hclust 3 0.730 0.833 0.931 1.111 0.586 0.514
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 4 0.791 0.834 0.875 0.134 0.906 0.764
#> CV:skmeans 4 0.870 0.897 0.930 0.197 0.823 0.580
#> MAD:skmeans 4 0.793 0.905 0.922 0.117 0.906 0.765
#> ATC:skmeans 4 0.796 0.704 0.887 0.279 0.782 0.557
#> SD:mclust 4 0.938 0.940 0.974 0.320 0.753 0.531
#> CV:mclust 4 0.614 0.765 0.852 0.182 0.775 0.542
#> MAD:mclust 4 0.789 0.882 0.907 0.119 0.842 0.626
#> ATC:mclust 4 0.641 0.771 0.858 0.222 0.727 0.480
#> SD:kmeans 4 0.909 0.935 0.938 0.224 0.900 0.748
#> CV:kmeans 4 0.807 0.964 0.944 0.278 0.796 0.633
#> MAD:kmeans 4 0.746 0.781 0.834 0.142 0.894 0.732
#> ATC:kmeans 4 0.849 0.944 0.966 0.184 0.762 0.505
#> SD:pam 4 0.989 0.956 0.982 0.575 0.741 0.540
#> CV:pam 4 0.989 0.967 0.986 0.413 0.826 0.696
#> MAD:pam 4 0.659 0.813 0.888 0.108 0.876 0.686
#> ATC:pam 4 0.879 0.798 0.917 0.238 0.814 0.578
#> SD:hclust 4 0.685 0.710 0.880 0.460 0.774 0.592
#> CV:hclust 4 0.741 0.887 0.924 0.305 0.830 0.694
#> MAD:hclust 4 0.612 0.820 0.847 0.186 0.842 0.652
#> ATC:hclust 4 0.652 0.802 0.865 0.220 0.898 0.770
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 5 0.875 0.932 0.928 0.0761 0.942 0.815
#> CV:skmeans 5 0.976 0.944 0.959 0.0708 0.955 0.831
#> MAD:skmeans 5 0.821 0.886 0.910 0.1177 0.886 0.647
#> ATC:skmeans 5 0.712 0.751 0.757 0.0506 0.855 0.564
#> SD:mclust 5 0.835 0.911 0.908 0.0675 0.950 0.843
#> CV:mclust 5 0.633 0.752 0.851 0.0546 0.947 0.834
#> MAD:mclust 5 0.879 0.891 0.944 0.1308 0.871 0.592
#> ATC:mclust 5 0.680 0.759 0.841 0.1172 0.778 0.410
#> SD:kmeans 5 0.812 0.766 0.809 0.1157 0.882 0.633
#> CV:kmeans 5 0.754 0.784 0.896 0.1134 0.987 0.965
#> MAD:kmeans 5 0.745 0.781 0.836 0.1031 0.858 0.571
#> ATC:kmeans 5 0.847 0.868 0.919 0.0868 0.830 0.496
#> SD:pam 5 0.952 0.917 0.967 0.1277 0.905 0.692
#> CV:pam 5 0.853 0.929 0.954 0.0536 0.974 0.935
#> MAD:pam 5 0.910 0.865 0.944 0.1279 0.860 0.573
#> ATC:pam 5 0.743 0.583 0.793 0.0654 0.952 0.838
#> SD:hclust 5 0.673 0.725 0.839 0.1591 0.816 0.501
#> CV:hclust 5 0.750 0.886 0.940 0.0455 0.977 0.942
#> MAD:hclust 5 0.749 0.822 0.873 0.0972 0.965 0.882
#> ATC:hclust 5 0.657 0.773 0.846 0.0251 0.997 0.993
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 6 1.000 0.969 0.981 0.0933 0.915 0.682
#> CV:skmeans 6 0.862 0.749 0.894 0.0401 0.975 0.890
#> MAD:skmeans 6 0.996 0.954 0.971 0.0624 0.944 0.753
#> ATC:skmeans 6 0.699 0.753 0.820 0.0445 0.962 0.841
#> SD:mclust 6 0.910 0.902 0.949 0.1115 0.882 0.580
#> CV:mclust 6 0.676 0.714 0.801 0.0726 0.820 0.488
#> MAD:mclust 6 0.836 0.819 0.888 0.0365 0.949 0.763
#> ATC:mclust 6 0.755 0.709 0.788 0.0624 0.936 0.726
#> SD:kmeans 6 0.812 0.873 0.884 0.0574 0.922 0.661
#> CV:kmeans 6 0.757 0.652 0.840 0.0651 0.986 0.960
#> MAD:kmeans 6 0.821 0.874 0.891 0.0488 0.941 0.741
#> ATC:kmeans 6 0.758 0.670 0.807 0.0441 0.981 0.913
#> SD:pam 6 0.888 0.799 0.888 0.0466 0.962 0.826
#> CV:pam 6 0.844 0.917 0.958 0.0127 0.998 0.995
#> MAD:pam 6 0.918 0.873 0.947 0.0457 0.925 0.670
#> ATC:pam 6 0.735 0.686 0.765 0.0375 0.897 0.629
#> SD:hclust 6 0.826 0.771 0.874 0.0632 0.971 0.872
#> CV:hclust 6 0.720 0.843 0.904 0.0118 1.000 1.000
#> MAD:hclust 6 0.801 0.832 0.895 0.0398 0.983 0.935
#> ATC:hclust 6 0.671 0.728 0.818 0.0255 0.997 0.992
get_stats(res_list, k = 7)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 7 0.940 0.876 0.924 0.0199 0.987 0.928
#> CV:skmeans 7 0.865 0.736 0.860 0.0236 0.970 0.856
#> MAD:skmeans 7 0.909 0.831 0.916 0.0193 0.992 0.954
#> ATC:skmeans 7 0.775 0.732 0.834 0.0360 0.983 0.923
#> SD:mclust 7 0.936 0.874 0.948 0.0355 0.931 0.640
#> CV:mclust 7 0.780 0.753 0.868 0.0547 0.912 0.657
#> MAD:mclust 7 0.876 0.823 0.917 0.0425 0.939 0.677
#> ATC:mclust 7 0.780 0.749 0.847 0.0397 0.929 0.648
#> SD:kmeans 7 0.888 0.807 0.840 0.0313 0.977 0.868
#> CV:kmeans 7 0.759 0.651 0.819 0.0535 0.867 0.617
#> MAD:kmeans 7 0.899 0.768 0.853 0.0373 0.987 0.925
#> ATC:kmeans 7 0.762 0.702 0.771 0.0315 0.961 0.822
#> SD:pam 7 0.888 0.825 0.887 0.0246 0.957 0.775
#> CV:pam 7 0.829 0.876 0.944 0.0215 0.998 0.995
#> MAD:pam 7 0.895 0.851 0.903 0.0160 0.989 0.936
#> ATC:pam 7 0.781 0.748 0.811 0.0277 0.953 0.763
#> SD:hclust 7 0.808 0.737 0.873 0.0103 0.993 0.964
#> CV:hclust 7 0.720 0.858 0.907 0.0216 0.984 0.957
#> MAD:hclust 7 0.785 0.808 0.896 0.0132 0.996 0.984
#> ATC:hclust 7 0.665 0.709 0.812 0.0146 0.997 0.991
get_stats(res_list, k = 8)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 8 0.914 0.858 0.909 0.01104 0.990 0.942
#> CV:skmeans 8 0.856 0.770 0.848 0.01418 0.975 0.869
#> MAD:skmeans 8 0.895 0.820 0.888 0.01331 0.988 0.932
#> ATC:skmeans 8 0.799 0.698 0.816 0.02556 0.970 0.867
#> SD:mclust 8 0.915 0.809 0.917 0.01878 0.980 0.865
#> CV:mclust 8 0.755 0.713 0.818 0.02250 0.941 0.719
#> MAD:mclust 8 0.887 0.771 0.889 0.01872 0.954 0.708
#> ATC:mclust 8 0.860 0.817 0.897 0.02458 0.957 0.734
#> SD:kmeans 8 0.891 0.806 0.819 0.02188 0.955 0.732
#> CV:kmeans 8 0.739 0.781 0.808 0.03990 0.934 0.718
#> MAD:kmeans 8 0.870 0.757 0.804 0.02252 0.947 0.698
#> ATC:kmeans 8 0.778 0.602 0.761 0.02263 0.952 0.764
#> SD:pam 8 0.875 0.796 0.883 0.01962 0.977 0.856
#> CV:pam 8 0.838 0.874 0.941 0.00604 0.999 0.997
#> MAD:pam 8 0.921 0.811 0.876 0.01984 0.987 0.918
#> ATC:pam 8 0.847 0.764 0.885 0.02694 0.974 0.854
#> SD:hclust 8 0.783 0.690 0.856 0.01284 0.993 0.964
#> CV:hclust 8 0.727 0.859 0.933 0.01338 0.997 0.992
#> MAD:hclust 8 0.782 0.799 0.887 0.02382 0.964 0.851
#> ATC:hclust 8 0.646 0.427 0.762 0.02903 0.939 0.822
get_stats(res_list, k = 9)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 9 0.899 0.814 0.875 0.011010 0.994 0.963
#> CV:skmeans 9 0.853 0.723 0.841 0.013870 0.990 0.939
#> MAD:skmeans 9 0.882 0.735 0.854 0.012339 0.992 0.952
#> ATC:skmeans 9 0.793 0.621 0.801 0.012893 0.989 0.949
#> SD:mclust 9 0.928 0.869 0.933 0.009010 0.954 0.690
#> CV:mclust 9 0.730 0.629 0.821 -0.000566 0.899 0.581
#> MAD:mclust 9 0.898 0.722 0.857 0.013044 0.946 0.643
#> ATC:mclust 9 0.850 0.783 0.861 0.009045 0.996 0.969
#> SD:kmeans 9 0.855 0.659 0.815 0.018776 0.982 0.872
#> CV:kmeans 9 0.791 0.758 0.861 0.027698 0.993 0.961
#> MAD:kmeans 9 0.856 0.695 0.791 0.015206 0.978 0.847
#> ATC:kmeans 9 0.787 0.602 0.760 0.020555 0.940 0.669
#> SD:pam 9 0.911 0.730 0.872 0.011409 0.982 0.878
#> CV:pam 9 0.834 0.835 0.925 0.023950 0.998 0.996
#> MAD:pam 9 0.941 0.857 0.929 0.014823 0.979 0.864
#> ATC:pam 9 0.854 0.744 0.892 0.005408 0.999 0.992
#> SD:hclust 9 0.788 0.649 0.838 0.011442 0.994 0.969
#> CV:hclust 9 0.757 0.842 0.926 0.013632 1.000 0.999
#> MAD:hclust 9 0.840 0.671 0.867 0.020570 0.986 0.934
#> ATC:hclust 9 0.673 0.617 0.810 0.059345 0.918 0.718
get_stats(res_list, k = 10)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 10 0.879 0.718 0.839 0.00954 0.986 0.919
#> CV:skmeans 10 0.851 0.695 0.816 0.00943 0.985 0.910
#> MAD:skmeans 10 0.870 0.657 0.804 0.01243 0.965 0.787
#> ATC:skmeans 10 0.758 0.609 0.780 0.01232 0.984 0.924
#> SD:mclust 10 0.920 0.838 0.905 0.00864 0.977 0.820
#> CV:mclust 10 0.758 0.609 0.835 0.00112 0.970 0.863
#> MAD:mclust 10 0.905 0.749 0.867 0.00996 0.969 0.765
#> ATC:mclust 10 0.834 0.699 0.820 0.00675 0.989 0.917
#> SD:kmeans 10 0.870 0.810 0.832 0.01248 0.979 0.840
#> CV:kmeans 10 0.784 0.758 0.843 0.01629 0.994 0.967
#> MAD:kmeans 10 0.861 0.721 0.825 0.01397 0.976 0.823
#> ATC:kmeans 10 0.801 0.655 0.759 0.01462 0.975 0.826
#> SD:pam 10 0.931 0.841 0.921 0.00858 0.987 0.906
#> CV:pam 10 0.817 0.883 0.915 0.03861 0.874 0.657
#> MAD:pam 10 0.923 0.796 0.909 0.00789 0.992 0.938
#> ATC:pam 10 0.839 0.648 0.860 0.01455 0.984 0.902
#> SD:hclust 10 0.798 0.662 0.822 0.00743 0.986 0.926
#> CV:hclust 10 0.847 0.830 0.932 0.02650 0.987 0.964
#> MAD:hclust 10 0.828 0.805 0.875 0.01280 0.961 0.801
#> ATC:hclust 10 0.772 0.638 0.827 0.04667 0.934 0.725
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
collect_stats(res_list, k = 7)
collect_stats(res_list, k = 8)
collect_stats(res_list, k = 9)
collect_stats(res_list, k = 10)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
collect_classes(res_list, k = 7)
collect_classes(res_list, k = 8)
collect_classes(res_list, k = 9)
collect_classes(res_list, k = 10)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 6000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 8000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 10000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 135 7.24e-23 7.42e-09 2
#> CV:skmeans 131 2.90e-16 1.21e-10 2
#> MAD:skmeans 133 3.65e-24 1.86e-08 2
#> ATC:skmeans 136 1.02e-16 3.41e-04 2
#> SD:mclust 133 5.49e-27 2.77e-14 2
#> CV:mclust 132 5.85e-23 2.88e-12 2
#> MAD:mclust 132 4.28e-25 2.47e-08 2
#> ATC:mclust 133 5.43e-20 2.11e-06 2
#> SD:kmeans 132 2.17e-23 5.91e-13 2
#> CV:kmeans 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> MAD:kmeans 104 1.71e-19 4.55e-04 2
#> ATC:kmeans 136 1.79e-17 6.52e-05 2
#> SD:pam 134 2.17e-24 2.93e-28 2
#> CV:pam 136 7.14e-26 7.44e-27 2
#> MAD:pam 55 3.25e-11 8.93e-03 2
#> ATC:pam 136 4.15e-16 9.24e-06 2
#> SD:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> CV:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> MAD:hclust 133 2.64e-21 4.36e-26 2
#> ATC:hclust 135 3.91e-13 7.34e-02 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 136 6.49e-47 1.67e-09 3
#> CV:skmeans 132 1.11e-39 1.69e-10 3
#> MAD:skmeans 132 8.37e-48 2.54e-09 3
#> ATC:skmeans 136 3.05e-35 9.45e-04 3
#> SD:mclust 130 3.02e-47 3.28e-23 3
#> CV:mclust 133 1.06e-42 5.05e-15 3
#> MAD:mclust 132 4.49e-49 2.69e-30 3
#> ATC:mclust 128 6.94e-40 1.48e-06 3
#> SD:kmeans 134 2.17e-47 3.15e-32 3
#> CV:kmeans 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> MAD:kmeans 133 1.43e-49 2.57e-32 3
#> ATC:kmeans 134 6.77e-30 2.99e-04 3
#> SD:pam 135 3.34e-52 4.28e-27 3
#> CV:pam 135 3.34e-52 5.19e-27 3
#> MAD:pam 126 2.04e-36 5.46e-23 3
#> ATC:pam 136 8.79e-25 6.93e-05 3
#> SD:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> CV:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> MAD:hclust 135 3.63e-47 5.72e-24 3
#> ATC:hclust 128 3.81e-26 2.59e-04 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 134 4.62e-70 7.65e-14 4
#> CV:skmeans 134 1.87e-58 1.12e-17 4
#> MAD:skmeans 134 5.59e-71 9.83e-13 4
#> ATC:skmeans 108 1.58e-27 1.18e-02 4
#> SD:mclust 132 1.51e-70 1.07e-28 4
#> CV:mclust 121 1.67e-51 1.75e-25 4
#> MAD:mclust 131 1.02e-62 7.01e-29 4
#> ATC:mclust 123 2.07e-29 4.35e-05 4
#> SD:kmeans 133 1.74e-72 2.68e-29 4
#> CV:kmeans 135 4.68e-71 8.32e-44 4
#> MAD:kmeans 121 5.40e-65 3.89e-27 4
#> ATC:kmeans 136 6.81e-23 8.84e-04 4
#> SD:pam 135 5.98e-63 2.02e-35 4
#> CV:pam 134 1.27e-74 1.78e-48 4
#> MAD:pam 130 4.70e-65 6.49e-30 4
#> ATC:pam 115 5.26e-23 6.36e-05 4
#> SD:hclust 114 3.37e-62 1.08e-40 4
#> CV:hclust 132 1.16e-71 1.23e-47 4
#> MAD:hclust 134 1.22e-55 1.88e-22 4
#> ATC:hclust 131 2.19e-23 2.09e-04 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 134 2.71e-91 1.72e-25 5
#> CV:skmeans 134 1.10e-81 7.14e-31 5
#> MAD:skmeans 130 2.65e-74 6.25e-17 5
#> ATC:skmeans 120 8.25e-40 5.31e-07 5
#> SD:mclust 133 2.78e-83 6.48e-28 5
#> CV:mclust 121 1.07e-52 4.31e-25 5
#> MAD:mclust 131 3.06e-73 4.97e-36 5
#> ATC:mclust 124 8.73e-35 6.75e-08 5
#> SD:kmeans 124 4.58e-75 2.21e-34 5
#> CV:kmeans 126 8.44e-70 7.03e-44 5
#> MAD:kmeans 121 1.66e-72 9.76e-32 5
#> ATC:kmeans 135 4.47e-22 4.27e-05 5
#> SD:pam 131 6.80e-75 4.11e-33 5
#> CV:pam 135 3.15e-70 8.33e-46 5
#> MAD:pam 125 2.23e-65 1.52e-31 5
#> ATC:pam 100 1.82e-26 2.59e-06 5
#> SD:hclust 116 4.89e-78 3.26e-41 5
#> CV:hclust 126 1.14e-69 1.95e-48 5
#> MAD:hclust 127 6.20e-77 5.39e-43 5
#> ATC:hclust 134 3.50e-22 6.19e-04 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 133 2.47e-96 2.30e-29 6
#> CV:skmeans 110 3.96e-68 8.57e-23 6
#> MAD:skmeans 133 1.32e-92 8.46e-30 6
#> ATC:skmeans 117 3.66e-37 4.96e-06 6
#> SD:mclust 133 6.32e-99 6.21e-39 6
#> CV:mclust 114 2.57e-69 1.32e-36 6
#> MAD:mclust 123 8.41e-71 9.28e-32 6
#> ATC:mclust 115 7.16e-32 1.63e-06 6
#> SD:kmeans 129 4.85e-103 2.48e-35 6
#> CV:kmeans 105 6.24e-52 2.86e-34 6
#> MAD:kmeans 129 2.45e-100 5.32e-33 6
#> ATC:kmeans 120 5.94e-20 2.35e-04 6
#> SD:pam 123 1.61e-78 2.48e-31 6
#> CV:pam 134 1.25e-69 5.68e-47 6
#> MAD:pam 127 5.23e-83 1.07e-32 6
#> ATC:pam 115 1.23e-25 2.80e-05 6
#> SD:hclust 117 1.30e-96 3.53e-40 6
#> CV:hclust 124 1.94e-68 1.24e-47 6
#> MAD:hclust 127 1.03e-95 1.49e-41 6
#> ATC:hclust 130 2.11e-21 1.21e-03 6
test_to_known_factors(res_list, k = 7)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 129 4.07e-89 5.37e-27 7
#> CV:skmeans 115 2.64e-76 3.43e-24 7
#> MAD:skmeans 123 4.80e-88 3.44e-28 7
#> ATC:skmeans 119 7.46e-33 6.69e-06 7
#> SD:mclust 128 1.73e-97 8.53e-45 7
#> CV:mclust 118 2.41e-62 6.89e-37 7
#> MAD:mclust 124 2.21e-72 3.76e-36 7
#> ATC:mclust 121 6.39e-34 2.98e-10 7
#> SD:kmeans 131 4.33e-102 1.03e-34 7
#> CV:kmeans 113 1.27e-69 8.00e-36 7
#> MAD:kmeans 126 3.05e-97 4.95e-32 7
#> ATC:kmeans 123 2.85e-21 8.27e-05 7
#> SD:pam 121 3.99e-78 5.53e-30 7
#> CV:pam 131 7.70e-68 3.22e-47 7
#> MAD:pam 127 3.20e-77 1.91e-31 7
#> ATC:pam 120 8.64e-25 5.04e-04 7
#> SD:hclust 115 1.78e-91 1.30e-38 7
#> CV:hclust 126 1.42e-61 6.42e-44 7
#> MAD:hclust 125 5.48e-94 7.88e-41 7
#> ATC:hclust 128 1.42e-21 1.80e-03 7
test_to_known_factors(res_list, k = 8)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 128 6.95e-91 4.39e-28 8
#> CV:skmeans 117 6.01e-77 2.27e-25 8
#> MAD:skmeans 125 4.62e-87 1.35e-27 8
#> ATC:skmeans 111 7.10e-33 1.79e-05 8
#> SD:mclust 122 1.11e-90 5.25e-41 8
#> CV:mclust 115 2.76e-60 1.93e-34 8
#> MAD:mclust 114 2.27e-64 2.28e-33 8
#> ATC:mclust 124 4.25e-31 4.21e-09 8
#> SD:kmeans 131 6.29e-106 7.27e-42 8
#> CV:kmeans 127 4.05e-81 4.60e-41 8
#> MAD:kmeans 119 2.15e-96 1.06e-38 8
#> ATC:kmeans 102 1.74e-18 2.86e-08 8
#> SD:pam 119 7.56e-74 1.68e-30 8
#> CV:pam 132 2.29e-68 1.50e-47 8
#> MAD:pam 126 1.09e-75 5.16e-30 8
#> ATC:pam 114 2.03e-25 3.66e-06 8
#> SD:hclust 111 7.21e-85 1.06e-35 8
#> CV:hclust 124 3.18e-60 3.79e-44 8
#> MAD:hclust 126 1.71e-90 4.04e-41 8
#> ATC:hclust 93 4.24e-13 4.13e-04 8
test_to_known_factors(res_list, k = 9)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 125 1.07e-87 3.45e-27 9
#> CV:skmeans 112 4.56e-80 8.57e-28 9
#> MAD:skmeans 120 2.28e-79 1.69e-25 9
#> ATC:skmeans 95 1.04e-30 3.22e-05 9
#> SD:mclust 130 6.77e-89 6.07e-42 9
#> CV:mclust 105 1.54e-59 1.26e-35 9
#> MAD:mclust 111 1.51e-70 1.82e-34 9
#> ATC:mclust 124 2.08e-31 1.30e-08 9
#> SD:kmeans 114 3.74e-69 1.90e-35 9
#> CV:kmeans 125 5.25e-75 7.00e-40 9
#> MAD:kmeans 111 3.59e-84 9.72e-36 9
#> ATC:kmeans 107 6.71e-24 2.11e-11 9
#> SD:pam 115 2.11e-66 2.72e-27 9
#> CV:pam 131 9.03e-68 3.72e-47 9
#> MAD:pam 125 8.28e-72 1.25e-28 9
#> ATC:pam 112 2.93e-26 9.80e-07 9
#> SD:hclust 105 1.02e-76 2.87e-32 9
#> CV:hclust 122 5.40e-59 2.77e-43 9
#> MAD:hclust 117 1.01e-86 9.05e-38 9
#> ATC:hclust 107 3.63e-18 9.47e-06 9
test_to_known_factors(res_list, k = 10)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 112 7.75e-80 6.83e-26 10
#> CV:skmeans 107 2.59e-78 7.77e-27 10
#> MAD:skmeans 104 4.53e-80 5.83e-29 10
#> ATC:skmeans 94 1.61e-34 2.41e-05 10
#> SD:mclust 130 8.67e-81 3.46e-38 10
#> CV:mclust 104 1.15e-60 2.13e-34 10
#> MAD:mclust 118 6.54e-76 1.41e-33 10
#> ATC:mclust 115 2.21e-32 7.95e-07 10
#> SD:kmeans 131 2.09e-95 1.11e-38 10
#> CV:kmeans 125 6.52e-72 3.41e-38 10
#> MAD:kmeans 120 6.99e-91 5.11e-38 10
#> ATC:kmeans 120 6.60e-28 8.05e-14 10
#> SD:pam 129 4.37e-75 1.36e-29 10
#> CV:pam 129 6.57e-88 6.69e-45 10
#> MAD:pam 121 5.76e-70 2.21e-26 10
#> ATC:pam 101 3.65e-23 6.51e-06 10
#> SD:hclust 110 5.20e-81 3.71e-34 10
#> CV:hclust 122 5.40e-59 2.77e-43 10
#> MAD:hclust 129 5.96e-90 8.10e-39 10
#> ATC:hclust 103 1.16e-19 3.05e-05 10
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.769 0.934 0.952 0.35039 0.594 0.594
#> 3 3 1.000 0.996 0.999 0.26759 0.961 0.934
#> 4 4 0.685 0.710 0.880 0.46000 0.774 0.592
#> 5 5 0.673 0.725 0.839 0.15913 0.816 0.501
#> 6 6 0.826 0.771 0.874 0.06322 0.971 0.872
#> 7 7 0.808 0.737 0.873 0.01027 0.993 0.964
#> 8 8 0.783 0.690 0.856 0.01284 0.993 0.964
#> 9 9 0.788 0.649 0.838 0.01144 0.994 0.969
#> 10 10 0.798 0.662 0.822 0.00743 0.986 0.926
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.1843 0.810 0.028 0.972
#> dkfz_11-004 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.1184 0.812 0.016 0.984
#> dkfz_11-010 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-018 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-021 2 0.1184 0.812 0.016 0.984
#> dkfz_11-022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-029 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-030 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.4022 0.800 0.080 0.920
#> dkfz_11-043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0672 0.812 0.008 0.992
#> dkfz_11-061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-067 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-068 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.0376 0.812 0.004 0.996
#> dkfz_11-075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-144 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-147 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.9393 0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 2 0.1163 0.952 0.028 0.972 0
#> dkfz_11-004 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-010 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-021 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-038 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-042 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0
#> dkfz_11-043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0
#> dkfz_11-061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-068 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-074 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0
#> dkfz_11-075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-117 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1059 0.97026 0.016 0.012 0 0.972
#> dkfz_11-004 2 0.3649 0.71406 0.204 0.796 0 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0592 0.78146 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3610 0.71755 0.200 0.800 0 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0592 0.78146 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0592 0.97970 0.016 0.000 0 0.984
#> dkfz_11-010 2 0.3610 0.71755 0.200 0.800 0 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2973 0.75185 0.144 0.856 0 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0336 0.78780 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1302 0.78665 0.044 0.956 0 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1118 0.78758 0.036 0.964 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0592 0.97970 0.016 0.000 0 0.984
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.69803 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2973 0.75185 0.144 0.856 0 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1302 0.78665 0.044 0.956 0 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3610 0.71755 0.200 0.800 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3610 0.71755 0.200 0.800 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.3610 0.71755 0.200 0.800 0 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.3649 0.71406 0.204 0.796 0 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1389 0.78467 0.048 0.952 0 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.69803 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.4948 0.16650 0.440 0.560 0 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.2300 0.89243 0.016 0.064 0 0.920
#> dkfz_11-043 2 0.1211 0.78723 0.040 0.960 0 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0336 0.78862 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.1302 0.78665 0.044 0.956 0 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.3801 0.69540 0.220 0.780 0 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0592 0.78146 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.4843 0.31598 0.396 0.604 0 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.69803 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0469 0.70589 0.988 0.012 0 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0336 0.98444 0.008 0.000 0 0.992
#> dkfz_11-061 2 0.0336 0.78854 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0336 0.78854 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.2868 0.75555 0.136 0.864 0 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0592 0.78316 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3610 0.71755 0.200 0.800 0 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2921 0.75429 0.140 0.860 0 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.3649 0.71406 0.204 0.796 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0592 0.78146 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0188 0.98815 0.004 0.000 0 0.996
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3726 0.70523 0.212 0.788 0 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.1302 0.78665 0.044 0.956 0 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.4994 -0.00726 0.480 0.520 0 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0469 0.70589 0.988 0.012 0 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4977 0.08512 0.460 0.540 0 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.4933 0.29701 0.568 0.432 0 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0336 0.78862 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.3764 0.70049 0.216 0.784 0 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.4855 0.30349 0.400 0.600 0 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0188 0.70140 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.5000 0.07977 0.504 0.496 0 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.4955 0.15161 0.444 0.556 0 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.4431 0.54469 0.696 0.304 0 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3649 0.71406 0.204 0.796 0 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4955 0.15161 0.444 0.556 0 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4994 0.14270 0.520 0.480 0 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1118 0.71464 0.964 0.036 0 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.4817 0.39603 0.612 0.388 0 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.4961 0.25294 0.552 0.448 0 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.4431 0.54469 0.696 0.304 0 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.69803 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5000 -0.10439 0.500 0.500 0 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3649 0.71406 0.204 0.796 0 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.5000 0.07977 0.504 0.496 0 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.4072 0.59822 0.748 0.252 0 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3764 0.70049 0.216 0.784 0 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.5000 -0.10438 0.500 0.500 0 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.4996 -0.02821 0.484 0.516 0 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.4985 0.17122 0.532 0.468 0 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.5000 0.06102 0.500 0.500 0 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0188 0.70140 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4981 0.06734 0.464 0.536 0 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0188 0.70140 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2216 0.70143 0.908 0.092 0 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.4961 0.25294 0.552 0.448 0 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.4994 -0.00726 0.480 0.520 0 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.69803 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1118 0.71465 0.964 0.036 0 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2921 0.67850 0.860 0.140 0 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.69803 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.99023 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.69803 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.5000 0.07977 0.504 0.496 0 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2216 0.70126 0.908 0.092 0 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.4431 0.54469 0.696 0.304 0 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.78657 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3837 0.68979 0.224 0.776 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4118 0.5855 0.004 0.660 0 0.000 0.336
#> dkfz_11-003 4 0.0794 0.9768 0.000 0.028 0 0.972 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1043 0.6893 0.040 0.000 0 0.000 0.960
#> dkfz_11-005 2 0.3274 0.7651 0.000 0.780 0 0.000 0.220
#> dkfz_11-006 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-007 5 0.0963 0.6863 0.036 0.000 0 0.000 0.964
#> dkfz_11-008 2 0.3274 0.7651 0.000 0.780 0 0.000 0.220
#> dkfz_11-009 4 0.0510 0.9856 0.000 0.016 0 0.984 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0963 0.6863 0.036 0.000 0 0.000 0.964
#> dkfz_11-011 5 0.4024 0.3769 0.028 0.220 0 0.000 0.752
#> dkfz_11-012 5 0.4088 0.0337 0.008 0.304 0 0.000 0.688
#> dkfz_11-013 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-014 5 0.2605 0.4139 0.000 0.148 0 0.000 0.852
#> dkfz_11-015 2 0.4118 0.5855 0.004 0.660 0 0.000 0.336
#> dkfz_11-016 2 0.4415 0.4346 0.004 0.552 0 0.000 0.444
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0510 0.9856 0.000 0.016 0 0.984 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0162 0.8244 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.4024 0.3769 0.028 0.220 0 0.000 0.752
#> dkfz_11-024 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-025 5 0.2605 0.4139 0.000 0.148 0 0.000 0.852
#> dkfz_11-026 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-027 5 0.0963 0.6863 0.036 0.000 0 0.000 0.964
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0963 0.6863 0.036 0.000 0 0.000 0.964
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0963 0.6863 0.036 0.000 0 0.000 0.964
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1043 0.6893 0.040 0.000 0 0.000 0.960
#> dkfz_11-036 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-037 2 0.4138 0.6460 0.000 0.616 0 0.000 0.384
#> dkfz_11-038 1 0.0162 0.8244 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3774 0.6240 0.296 0.000 0 0.000 0.704
#> dkfz_11-042 4 0.2125 0.9233 0.004 0.052 0 0.920 0.024
#> dkfz_11-043 2 0.4436 0.5985 0.008 0.596 0 0.000 0.396
#> dkfz_11-044 2 0.4251 0.5602 0.004 0.624 0 0.000 0.372
#> dkfz_11-045 5 0.2605 0.4139 0.000 0.148 0 0.000 0.852
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.1544 0.6998 0.068 0.000 0 0.000 0.932
#> dkfz_11-048 2 0.3274 0.7651 0.000 0.780 0 0.000 0.220
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4101 0.5882 0.004 0.664 0 0.000 0.332
#> dkfz_11-051 5 0.3508 0.6504 0.252 0.000 0 0.000 0.748
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3990 0.6023 0.004 0.688 0 0.000 0.308
#> dkfz_11-055 1 0.0162 0.8244 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0794 0.8266 0.972 0.000 0 0.000 0.028
#> dkfz_11-060 4 0.0290 0.9895 0.000 0.008 0 0.992 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4196 0.5729 0.004 0.640 0 0.000 0.356
#> dkfz_11-062 2 0.4196 0.5729 0.004 0.640 0 0.000 0.356
#> dkfz_11-063 5 0.4655 0.1549 0.028 0.328 0 0.000 0.644
#> dkfz_11-064 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-065 2 0.3333 0.7658 0.004 0.788 0 0.000 0.208
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-069 5 0.0963 0.6863 0.036 0.000 0 0.000 0.964
#> dkfz_11-070 5 0.4250 0.3325 0.028 0.252 0 0.000 0.720
#> dkfz_11-071 5 0.1043 0.6893 0.040 0.000 0 0.000 0.960
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3274 0.7651 0.000 0.780 0 0.000 0.220
#> dkfz_11-074 4 0.0162 0.9914 0.000 0.004 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4118 0.5855 0.004 0.660 0 0.000 0.336
#> dkfz_11-091 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-092 5 0.1341 0.6960 0.056 0.000 0 0.000 0.944
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2605 0.4139 0.000 0.148 0 0.000 0.852
#> dkfz_11-095 5 0.3966 0.5853 0.336 0.000 0 0.000 0.664
#> dkfz_11-096 1 0.0794 0.8266 0.972 0.000 0 0.000 0.028
#> dkfz_11-097 5 0.3876 0.6051 0.316 0.000 0 0.000 0.684
#> dkfz_11-098 5 0.4256 0.3800 0.436 0.000 0 0.000 0.564
#> dkfz_11-099 2 0.4251 0.5602 0.004 0.624 0 0.000 0.372
#> dkfz_11-100 5 0.1478 0.6987 0.064 0.000 0 0.000 0.936
#> dkfz_11-101 5 0.3534 0.6482 0.256 0.000 0 0.000 0.744
#> dkfz_11-102 1 0.0609 0.8281 0.980 0.000 0 0.000 0.020
#> dkfz_11-103 5 0.4088 0.5405 0.368 0.000 0 0.000 0.632
#> dkfz_11-104 5 0.3796 0.6196 0.300 0.000 0 0.000 0.700
#> dkfz_11-105 1 0.4227 0.1578 0.580 0.000 0 0.000 0.420
#> dkfz_11-106 5 0.1043 0.6893 0.040 0.000 0 0.000 0.960
#> dkfz_11-107 5 0.3796 0.6196 0.300 0.000 0 0.000 0.700
#> dkfz_11-108 5 0.4161 0.4944 0.392 0.000 0 0.000 0.608
#> dkfz_11-109 1 0.2471 0.7707 0.864 0.000 0 0.000 0.136
#> dkfz_11-110 5 0.4304 0.2347 0.484 0.000 0 0.000 0.516
#> dkfz_11-111 5 0.4227 0.4227 0.420 0.000 0 0.000 0.580
#> dkfz_11-112 1 0.4227 0.1578 0.580 0.000 0 0.000 0.420
#> dkfz_11-113 1 0.0162 0.8244 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 5 0.4060 0.5527 0.360 0.000 0 0.000 0.640
#> dkfz_11-115 5 0.1043 0.6893 0.040 0.000 0 0.000 0.960
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.4088 0.5405 0.368 0.000 0 0.000 0.632
#> dkfz_11-118 1 0.4045 0.3625 0.644 0.000 0 0.000 0.356
#> dkfz_11-119 5 0.1478 0.6987 0.064 0.000 0 0.000 0.936
#> dkfz_11-120 5 0.4074 0.5475 0.364 0.000 0 0.000 0.636
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3983 0.5793 0.340 0.000 0 0.000 0.660
#> dkfz_11-123 5 0.4192 0.4546 0.404 0.000 0 0.000 0.596
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4045 0.5568 0.356 0.000 0 0.000 0.644
#> dkfz_11-126 1 0.0609 0.8281 0.980 0.000 0 0.000 0.020
#> dkfz_11-127 5 0.3895 0.6014 0.320 0.000 0 0.000 0.680
#> dkfz_11-128 1 0.0609 0.8281 0.980 0.000 0 0.000 0.020
#> dkfz_11-129 1 0.2690 0.7478 0.844 0.000 0 0.000 0.156
#> dkfz_11-130 5 0.4219 0.4324 0.416 0.000 0 0.000 0.584
#> dkfz_11-131 5 0.3966 0.5853 0.336 0.000 0 0.000 0.664
#> dkfz_11-132 1 0.0162 0.8244 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.2329 0.7800 0.876 0.000 0 0.000 0.124
#> dkfz_11-134 1 0.3242 0.6680 0.784 0.000 0 0.000 0.216
#> dkfz_11-135 1 0.0162 0.8244 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9930 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0162 0.8244 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 2 0.4118 0.5855 0.004 0.660 0 0.000 0.336
#> dkfz_11-140 5 0.4088 0.5405 0.368 0.000 0 0.000 0.632
#> dkfz_11-141 1 0.2732 0.7456 0.840 0.000 0 0.000 0.160
#> dkfz_11-142 1 0.4227 0.1578 0.580 0.000 0 0.000 0.420
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3336 0.7748 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> dkfz_11-151 5 0.1478 0.6989 0.064 0.000 0 0.000 0.936
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1088 0.8934 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> dkfz_11-003 4 0.0820 0.9750 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-004 5 0.0146 0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1168 0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-006 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1168 0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-009 4 0.0458 0.9846 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.3468 0.3473 0.000 0.004 0.000 0.000 0.712 0.284
#> dkfz_11-012 6 0.4310 0.1214 0.004 0.012 0.000 0.000 0.472 0.512
#> dkfz_11-013 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3161 0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-015 6 0.1088 0.8934 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> dkfz_11-016 6 0.2595 0.8116 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0458 0.9846 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3468 0.3473 0.000 0.004 0.000 0.000 0.712 0.284
#> dkfz_11-024 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3161 0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-026 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0622 0.9871 0.000 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0909 0.9816 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-035 5 0.0146 0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3907 0.7292 0.000 0.764 0.000 0.000 0.152 0.084
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3244 0.6355 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.2102 0.9244 0.004 0.032 0.000 0.920 0.020 0.024
#> dkfz_11-043 2 0.5746 0.2049 0.004 0.504 0.000 0.000 0.164 0.328
#> dkfz_11-044 6 0.1970 0.8777 0.000 0.008 0.000 0.000 0.092 0.900
#> dkfz_11-045 5 0.3161 0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0790 0.7096 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1168 0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1049 0.8999 0.000 0.008 0.000 0.000 0.032 0.960
#> dkfz_11-051 5 0.2969 0.6575 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0405 0.9898 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 6 0.1007 0.8727 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0632 0.8210 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0260 0.9890 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.1285 0.9000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.944
#> dkfz_11-062 6 0.1285 0.9000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.944
#> dkfz_11-063 5 0.3937 -0.0739 0.000 0.004 0.000 0.000 0.572 0.424
#> dkfz_11-064 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1844 0.9161 0.004 0.924 0.000 0.000 0.048 0.024
#> dkfz_11-066 3 0.0717 0.9854 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3758 0.2465 0.000 0.008 0.000 0.000 0.668 0.324
#> dkfz_11-071 5 0.0291 0.7070 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1168 0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.0146 0.9911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.0935 0.8996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964
#> dkfz_11-091 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0547 0.7096 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3161 0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-095 5 0.3446 0.6021 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0632 0.8210 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3351 0.6201 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3789 0.4079 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1970 0.8777 0.000 0.008 0.000 0.000 0.092 0.900
#> dkfz_11-100 5 0.0713 0.7099 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2996 0.6557 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0458 0.8223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3592 0.5576 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3266 0.6326 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3833 0.0902 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0146 0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3266 0.6326 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.3672 0.5159 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2219 0.7636 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3854 0.2628 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3756 0.4491 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3833 0.0902 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3563 0.5688 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0146 0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3592 0.5576 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3695 0.3184 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0713 0.7099 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3578 0.5638 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3482 0.5937 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.3706 0.4690 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3547 0.5745 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0458 0.8223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3371 0.6165 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0458 0.8223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2378 0.7476 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3747 0.4589 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3446 0.6021 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2178 0.7665 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2941 0.6571 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1088 0.8934 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> dkfz_11-140 5 0.3592 0.5576 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2454 0.7401 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3828 0.1039 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0909 0.9816 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-144 3 0.0909 0.9816 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0713 0.7099 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0837 0.8629 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0755 0.9718 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0134 0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0660 0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0660 0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0422 0.9827 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.3085 0.3495 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.3967 0.1244 0.004 0.012 0.000 0.000 0.468 0.516 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2911 0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0837 0.8629 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.2225 0.7619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0422 0.9827 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3085 0.3495 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.2911 0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 7 0.2682 0.7780 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0990 0.8618 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-035 5 0.0134 0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3955 0.6999 0.000 0.768 0.000 0.000 0.132 0.052 0.048
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.2987 0.6359 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.1936 0.9152 0.004 0.032 0.000 0.920 0.020 0.024 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.5991 0.2058 0.004 0.496 0.000 0.000 0.156 0.296 0.048
#> dkfz_11-044 6 0.1663 0.8443 0.000 0.004 0.000 0.000 0.088 0.908 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2911 0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0728 0.7097 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0660 0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0923 0.8712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028 0.964 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.2734 0.6578 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3561 -0.2063 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-054 6 0.1565 0.8264 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.928 0.048
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0582 0.8114 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0239 0.9876 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0990 0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0990 0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.3509 -0.0701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1368 0.9063 0.004 0.944 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> dkfz_11-066 7 0.3221 0.6147 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-067 3 0.3450 0.1493 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3378 0.2492 0.000 0.004 0.000 0.000 0.668 0.328 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0268 0.7070 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0660 0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0134 0.9900 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0656 0.8706 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0504 0.7097 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2911 0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3173 0.6024 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0582 0.8114 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3085 0.6204 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3489 0.4086 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1663 0.8443 0.000 0.004 0.000 0.000 0.088 0.908 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0656 0.7100 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2759 0.6560 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0422 0.8110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3308 0.5580 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3008 0.6327 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3530 0.0895 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0134 0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3008 0.6327 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.3381 0.5164 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2043 0.7635 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3549 0.2636 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3459 0.4496 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3530 0.0895 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3280 0.5691 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0134 0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3308 0.5580 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3402 0.3180 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0656 0.7100 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3294 0.5641 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3206 0.5940 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.3413 0.4693 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3266 0.5750 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0422 0.8110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3104 0.6168 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0422 0.8110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2190 0.7475 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3450 0.4593 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3173 0.6024 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2005 0.7664 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2708 0.6570 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0837 0.8629 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3308 0.5580 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2259 0.7400 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3525 0.1033 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.1050 0.8645 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-144 7 0.1166 0.8655 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0656 0.7100 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1213 0.8483 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.036
#> dkfz_11-003 8 0.3133 0.9516 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-004 5 0.0313 0.7029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.1387 0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0224 0.7024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.1387 0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-009 8 0.3057 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-010 5 0.0313 0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-011 5 0.3325 0.3476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.288 0.000 0.020
#> dkfz_11-012 6 0.4048 0.1140 0.004 0.012 0.000 0.000 0.452 0.516 0.000 0.016
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3240 0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-015 6 0.0864 0.8512 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016
#> dkfz_11-016 6 0.2691 0.7850 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.836 0.000 0.088
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0125 0.9288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.3057 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3325 0.3476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.288 0.000 0.020
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3240 0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0313 0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0313 0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-032 7 0.2177 0.7905 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0313 0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0224 0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3873 0.6612 0.000 0.672 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0125 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0125 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 5 0.2895 0.6288 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 8 0.4158 0.8964 0.004 0.024 0.000 0.308 0.016 0.008 0.000 0.640
#> dkfz_11-043 2 0.6205 0.1715 0.004 0.408 0.000 0.000 0.084 0.244 0.000 0.260
#> dkfz_11-044 6 0.1676 0.8244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072 0.912 0.000 0.012
#> dkfz_11-045 5 0.3240 0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0739 0.7049 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.1387 0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0808 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-051 5 0.2534 0.6518 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3332 -0.1045 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.2185 0.8074 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.116
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0125 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3131 0.0790 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-059 1 0.0544 0.8095 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3193 -0.0758 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-061 6 0.1199 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.944 0.000 0.040
#> dkfz_11-062 6 0.1199 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.944 0.000 0.040
#> dkfz_11-063 5 0.3966 -0.0802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.416 0.000 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2072 0.8840 0.004 0.892 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.080
#> dkfz_11-066 7 0.2833 0.6336 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3229 0.2302 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0313 0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-070 5 0.3566 0.2697 0.000 0.004 0.000 0.000 0.656 0.320 0.000 0.020
#> dkfz_11-071 5 0.0349 0.7015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1387 0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-074 4 0.3203 -0.0539 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-075 6 0.0808 0.8530 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0783 0.7043 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3240 0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-095 5 0.3072 0.5954 0.304 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0544 0.8095 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2988 0.6132 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 5 0.3374 0.4006 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.1676 0.8244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072 0.912 0.000 0.012
#> dkfz_11-100 5 0.0739 0.7047 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.2558 0.6501 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0395 0.8091 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3200 0.5508 0.340 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 5 0.2915 0.6257 0.268 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.3307 0.0894 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0224 0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 5 0.2915 0.6257 0.268 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.3270 0.5089 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.1947 0.7607 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3431 0.2555 0.460 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 5 0.3344 0.4417 0.396 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.3307 0.0894 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3174 0.5620 0.332 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.0224 0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3200 0.5508 0.340 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.3193 0.3169 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0837 0.7048 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 5 0.3187 0.5570 0.336 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0125 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 5 0.3103 0.5870 0.312 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 5 0.3300 0.4620 0.376 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.3131 0.0790 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-125 5 0.3161 0.5679 0.328 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0395 0.8091 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3006 0.6096 0.288 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0395 0.8091 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2049 0.7463 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3336 0.4516 0.392 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 5 0.3072 0.5954 0.304 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1912 0.7636 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2558 0.6511 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0125 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1213 0.8483 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.036
#> dkfz_11-140 5 0.3200 0.5508 0.340 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.2114 0.7388 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3303 0.1031 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.0125 0.8642 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-144 7 0.0313 0.8663 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0125 0.9288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0669 0.7052 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1550 0.7553 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.040 0.028
#> dkfz_11-003 9 0.0939 0.8110 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004 0.952
#> dkfz_11-004 5 0.0414 0.6996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.3352 0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0565 0.6968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.3352 0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-009 9 0.0982 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-010 5 0.0634 0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.3908 0.3512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.208 0.000 0.112 0.004
#> dkfz_11-012 6 0.4391 0.1009 0.004 0.008 0.000 0.000 0.444 0.484 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3691 0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-015 6 0.0542 0.7626 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.3184 0.6098 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636 0.000 0.356 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1178 0.7797 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.0982 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3908 0.3512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.208 0.000 0.112 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3691 0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-026 2 0.0296 0.8130 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0634 0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0634 0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-032 7 0.2060 0.7889 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0634 0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0331 0.6992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.3549 0.3759 0.000 0.324 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.644 0.020
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0119 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0119 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 5 0.2834 0.6230 0.260 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-042 9 0.2224 0.7721 0.004 0.012 0.000 0.044 0.016 0.004 0.000 0.024 0.896
#> dkfz_11-043 8 0.2442 0.5320 0.004 0.072 0.000 0.000 0.012 0.048 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2103 0.7445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.884 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-045 5 0.3691 0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0699 0.7009 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3352 0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1786 0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.2771 0.6478 0.216 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3153 -0.1045 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.2567 0.6841 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.160 0.016
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0119 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3126 0.0985 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-059 1 0.0515 0.8062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.3155 -0.0707 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-061 6 0.2683 0.7092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.2683 0.7092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-063 5 0.4680 -0.0542 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.284 0.000 0.184 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3737 0.4172 0.004 0.648 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000 0.312 0.016
#> dkfz_11-066 7 0.2681 0.6336 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3055 0.2302 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0634 0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-070 5 0.3875 0.2802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.280 0.000 0.072 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.0414 0.6985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3352 0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.3152 -0.0409 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-075 6 0.1841 0.7618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.116 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.1097 0.6999 0.016 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3691 0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-095 5 0.3004 0.5892 0.300 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0515 0.8062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2924 0.6072 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-098 5 0.3193 0.3877 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2103 0.7445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.884 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.1005 0.7010 0.024 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.2794 0.6460 0.220 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0373 0.8058 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3128 0.5445 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-104 5 0.2853 0.6197 0.264 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.3130 0.1015 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0331 0.6992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-107 5 0.2853 0.6197 0.264 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.3095 0.4978 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1843 0.7603 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3352 0.2496 0.456 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-111 5 0.3165 0.4293 0.396 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3130 0.1015 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3103 0.5558 0.328 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.0331 0.6992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3128 0.5445 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.3022 0.3183 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.1077 0.7010 0.024 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-120 5 0.3115 0.5507 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0119 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 5 0.3034 0.5808 0.308 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-123 5 0.3224 0.4564 0.372 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.3126 0.0985 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-125 5 0.3090 0.5617 0.324 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0373 0.8058 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2941 0.6036 0.284 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0373 0.8058 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1940 0.7457 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3157 0.4393 0.392 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3004 0.5892 0.300 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1810 0.7632 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2421 0.6500 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0119 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1815 0.7419 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.060 0.028
#> dkfz_11-140 5 0.3128 0.5445 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.2001 0.7383 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3126 0.1151 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.0119 0.8436 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 7 0.0296 0.8461 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1178 0.7797 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0776 0.7016 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.008
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3279 0.72068 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.0202 0.80047 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0555 0.68410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 9 0.2900 0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0729 0.68036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.2900 0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.0282 0.80717 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0784 0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4072 0.37678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.196 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.4739 -0.11855 0.004 0.000 0.000 0.000 0.420 0.400 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3289 0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2446 0.75208 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 NA 0.016 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3730 0.63210 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684 0.000 NA 0.136 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1628 0.79416 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.124 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0282 0.80717 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0113 0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4072 0.37678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.196 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3289 0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0282 0.95130 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0784 0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0784 0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.1966 0.77678 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.832
#> dkfz_11-033 5 0.0784 0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.2248 0.75817 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.044 0.856
#> dkfz_11-035 5 0.0492 0.68359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 9 0.2863 0.58582 0.000 0.136 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 NA 0.804 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0113 0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0202 0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0202 0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.2737 0.60156 0.256 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.1424 0.76769 0.004 0.004 0.000 0.000 0.016 0.016 0.936 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-043 9 0.3954 0.21557 0.004 0.012 0.000 0.000 0.012 0.156 0.000 NA 0.704 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.3912 0.71500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.652 0.000 NA 0.032 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.3289 0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0773 0.68551 0.024 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 9 0.2900 0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0315 0.75623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.2648 0.62767 0.212 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3009 -0.08847 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.488
#> dkfz_11-054 6 0.4142 0.56207 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004 NA 0.076 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0113 0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0202 0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0113 0.87556 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2990 0.14762 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0492 0.80658 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3010 -0.14704 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2573 0.70825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 NA 0.072 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2814 0.70225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 NA 0.076 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.4621 -0.00642 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.340 0.000 NA 0.028 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 9 0.3725 0.57447 0.004 0.472 0.000 0.000 0.016 0.016 0.000 NA 0.492 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.2559 0.62063 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.724
#> dkfz_11-067 3 0.2916 0.24290 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.396
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0784 0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4234 0.31703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.132 0.000 NA 0.020 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0605 0.68306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 9 0.2900 0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.3010 0.02028 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0282 0.75665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0896 0.68414 0.012 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3289 0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.2902 0.56735 0.296 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0492 0.80658 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2824 0.58532 0.276 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3047 0.36703 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3912 0.71500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.652 0.000 NA 0.032 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0915 0.68499 0.020 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2671 0.62579 0.216 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0469 0.80605 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3021 0.52168 0.332 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.2755 0.59817 0.260 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.2987 0.11096 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0492 0.68359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.2755 0.59817 0.260 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2953 0.47738 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1759 0.75645 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3241 0.22658 0.452 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3020 0.40834 0.396 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.2987 0.11096 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0113 0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2997 0.53303 0.324 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0492 0.68359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3021 0.52168 0.332 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.2884 0.32279 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0978 0.68516 0.020 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3009 0.52793 0.328 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0202 0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.2931 0.55840 0.304 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.3115 0.43419 0.368 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2990 0.14762 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2985 0.53898 0.320 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0469 0.80605 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2840 0.58159 0.280 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0469 0.80605 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1851 0.74176 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3093 0.41438 0.392 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.2902 0.56735 0.296 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0113 0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1727 0.75937 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2310 0.64544 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0113 0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0202 0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0113 0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3500 0.66443 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3021 0.52168 0.332 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1909 0.73423 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.2983 0.12427 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.0113 0.82158 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.996
#> dkfz_11-144 10 0.0282 0.82527 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.988
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1628 0.79416 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.124 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0781 0.68574 0.020 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> SD:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> SD:hclust 114 3.37e-62 1.08e-40 4
#> SD:hclust 116 4.89e-78 3.26e-41 5
#> SD:hclust 117 1.30e-96 3.53e-40 6
#> SD:hclust 115 1.78e-91 1.30e-38 7
#> SD:hclust 111 7.21e-85 1.06e-35 8
#> SD:hclust 105 1.02e-76 2.87e-32 9
#> SD:hclust 110 5.20e-81 3.71e-34 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.756 0.865 0.918 0.3650 0.582 0.582
#> 3 3 0.636 0.845 0.875 0.5407 0.653 0.471
#> 4 4 0.909 0.935 0.938 0.2236 0.900 0.748
#> 5 5 0.812 0.766 0.809 0.1157 0.882 0.633
#> 6 6 0.812 0.873 0.884 0.0574 0.922 0.661
#> 7 7 0.888 0.807 0.840 0.0313 0.977 0.868
#> 8 8 0.891 0.806 0.819 0.0219 0.955 0.732
#> 9 9 0.855 0.659 0.815 0.0188 0.982 0.872
#> 10 10 0.870 0.810 0.832 0.0125 0.979 0.840
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-002 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-003 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-006 1 0.9286 0.268 0.656 0.344
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.9998 -0.355 0.508 0.492
#> dkfz_11-009 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-014 1 0.1633 0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-015 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-016 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-017 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-018 2 0.9323 0.699 0.348 0.652
#> dkfz_11-019 1 0.9998 -0.355 0.508 0.492
#> dkfz_11-020 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-021 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-025 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-029 2 0.9323 0.699 0.348 0.652
#> dkfz_11-030 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.8813 0.731 0.300 0.700
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0672 0.767 0.008 0.992
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-037 2 0.9933 0.540 0.452 0.548
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-040 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.9963 0.525 0.464 0.536
#> dkfz_11-043 1 0.0672 0.962 0.992 0.008
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.1633 0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-046 2 0.2603 0.785 0.044 0.956
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.9491 0.679 0.368 0.632
#> dkfz_11-049 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-050 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-053 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-054 1 0.1633 0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-057 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-058 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-061 1 0.0672 0.962 0.992 0.008
#> dkfz_11-062 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-063 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-064 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-065 1 0.1184 0.958 0.984 0.016
#> dkfz_11-066 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-067 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-068 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.1184 0.958 0.984 0.016
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.9000 0.393 0.684 0.316
#> dkfz_11-073 2 0.9552 0.675 0.376 0.624
#> dkfz_11-074 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-075 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-091 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-094 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-137 2 0.3733 0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.1633 0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.8763 0.733 0.296 0.704
#> dkfz_11-144 2 0.8813 0.731 0.300 0.700
#> dkfz_11-145 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-146 2 0.9286 0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-147 2 0.9833 0.553 0.424 0.576
#> dkfz_11-148 1 0.1843 0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-149 2 0.9323 0.699 0.348 0.652
#> dkfz_11-150 1 0.7674 0.624 0.776 0.224
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-002 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-005 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-006 3 0.5621 0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-007 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-008 3 0.5621 0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-011 1 0.4504 0.665 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-012 3 0.5785 0.766 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-013 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-014 3 0.5760 0.768 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-015 3 0.5785 0.769 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-016 3 0.5785 0.771 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-017 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-018 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-019 3 0.5621 0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-020 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-024 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-025 3 0.6140 0.640 0.404 0.000 0.596
#> dkfz_11-026 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-027 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-028 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-029 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-030 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-031 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-032 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-033 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-034 2 0.6309 0.355 0.000 0.504 0.496
#> dkfz_11-035 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-036 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-037 3 0.6307 0.771 0.328 0.012 0.660
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0237 0.973 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 1 0.8836 -0.351 0.508 0.124 0.368
#> dkfz_11-043 3 0.5760 0.773 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-044 3 0.5926 0.750 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-045 3 0.5678 0.777 0.316 0.000 0.684
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-048 3 0.6665 0.769 0.276 0.036 0.688
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.5760 0.773 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-051 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-054 3 0.5706 0.777 0.320 0.000 0.680
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.5810 0.765 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-062 3 0.6280 0.553 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-063 1 0.2711 0.872 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-064 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-065 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-066 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-067 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-068 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-069 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-070 1 0.2878 0.863 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-071 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-072 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-073 3 0.6665 0.769 0.276 0.036 0.688
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.5733 0.775 0.324 0.000 0.676
#> dkfz_11-091 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-092 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.5733 0.771 0.324 0.000 0.676
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.5810 0.765 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-100 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-101 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0237 0.973 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-115 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0424 0.972 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.5785 0.772 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-144 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-145 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-146 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-147 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-148 3 0.5650 0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-149 3 0.4799 0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-150 3 0.5621 0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-151 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-002 2 0.1724 0.929 0.020 0.948 0.032 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-004 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-010 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5719 0.675 0.176 0.712 0.112 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2174 0.911 0.020 0.928 0.052 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2843 0.883 0.020 0.892 0.088 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1820 0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1820 0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-018 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-019 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-021 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2988 0.922 0.876 0.012 0.112 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1042 0.927 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2843 0.883 0.020 0.892 0.088 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-029 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-030 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-031 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3505 0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-033 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3542 0.956 0.000 0.060 0.864 0.076
#> dkfz_11-035 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1042 0.927 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1362 0.929 0.020 0.964 0.012 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.1637 0.945 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.6301 0.347 0.376 0.568 0.008 0.048
#> dkfz_11-043 2 0.1624 0.929 0.020 0.952 0.028 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.2363 0.911 0.056 0.920 0.024 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.1724 0.923 0.020 0.948 0.032 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1247 0.927 0.016 0.968 0.012 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.1820 0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.2676 0.934 0.896 0.012 0.092 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.3505 0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-054 2 0.1724 0.929 0.020 0.948 0.032 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-061 2 0.2089 0.914 0.020 0.932 0.048 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.5140 0.734 0.144 0.760 0.096 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.6903 0.210 0.508 0.380 0.112 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.2413 0.888 0.020 0.916 0.064 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0707 0.929 0.020 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3505 0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-067 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-068 2 0.1042 0.930 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.6733 0.407 0.324 0.564 0.112 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2988 0.922 0.876 0.012 0.112 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-073 2 0.1247 0.927 0.016 0.968 0.012 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-075 2 0.1820 0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.2843 0.883 0.020 0.892 0.088 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0921 0.950 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1474 0.946 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1820 0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2676 0.934 0.896 0.012 0.092 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2676 0.934 0.896 0.012 0.092 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1474 0.946 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0336 0.952 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-125 1 0.1890 0.944 0.936 0.008 0.056 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1474 0.946 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.1833 0.929 0.024 0.944 0.032 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3505 0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.3505 0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-145 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-147 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-148 2 0.1042 0.930 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3156 0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-150 2 0.1174 0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.2741 0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4679 0.7493 0.000 0.652 0.000 0.032 0.316
#> dkfz_11-003 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-005 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8043 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-008 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-011 5 0.4237 0.2067 0.020 0.168 0.000 0.032 0.780
#> dkfz_11-012 2 0.5161 0.7215 0.008 0.584 0.000 0.032 0.376
#> dkfz_11-013 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.4996 0.6795 0.000 0.548 0.000 0.032 0.420
#> dkfz_11-015 2 0.5251 0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-016 2 0.5251 0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-017 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8043 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.1671 0.5810 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-024 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 5 0.5049 -0.6110 0.000 0.480 0.000 0.032 0.488
#> dkfz_11-026 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-028 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-032 3 0.1357 0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-033 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-034 3 0.1410 0.9655 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-035 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-036 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.1116 0.7885 0.004 0.964 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1121 0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.4307 -0.3574 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-042 2 0.6924 0.2809 0.260 0.532 0.040 0.000 0.168
#> dkfz_11-043 2 0.5068 0.7455 0.012 0.636 0.000 0.032 0.320
#> dkfz_11-044 2 0.5798 0.7005 0.040 0.556 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-045 2 0.4898 0.7239 0.000 0.592 0.000 0.032 0.376
#> dkfz_11-046 4 0.1522 0.9902 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> dkfz_11-047 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-048 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.1121 0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5251 0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-051 5 0.4030 0.7259 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-052 4 0.1121 0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1282 0.9754 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> dkfz_11-054 2 0.4697 0.7483 0.000 0.648 0.000 0.032 0.320
#> dkfz_11-055 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1121 0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.5251 0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-062 5 0.5545 -0.5211 0.020 0.432 0.000 0.032 0.516
#> dkfz_11-063 5 0.1753 0.5059 0.032 0.032 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-064 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.1357 0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-067 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-070 5 0.4237 0.2067 0.020 0.168 0.000 0.032 0.780
#> dkfz_11-071 5 0.2690 0.6387 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-072 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5251 0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-091 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-093 4 0.1121 0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4996 0.6795 0.000 0.548 0.000 0.032 0.420
#> dkfz_11-095 1 0.4161 0.0525 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-096 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4182 0.0180 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5251 0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-100 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-101 5 0.4030 0.7259 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-102 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.4030 0.7337 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-107 1 0.4278 -0.1981 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3305 0.5469 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4161 0.6590 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> dkfz_11-115 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-116 4 0.1121 0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4305 -0.3372 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-126 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4278 -0.2158 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-128 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4045 0.1870 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-132 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1522 0.9902 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> dkfz_11-137 4 0.1043 0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.5203 0.7316 0.012 0.600 0.000 0.032 0.356
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0290 0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1357 0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.1357 0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-145 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0162 0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0162 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8043 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3949 0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0692 0.966 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0146 0.918 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-003 4 0.1594 0.958 0.000 0.016 0.000 0.932 0.052 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.2402 0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.3213 0.979 0.000 0.784 0.004 0.000 0.008 0.204
#> dkfz_11-006 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-007 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.3712 0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-009 4 0.0972 0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-011 6 0.2340 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> dkfz_11-012 6 0.0260 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-013 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-014 6 0.0547 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-015 6 0.0291 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-016 6 0.0405 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-017 3 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3023 0.985 0.000 0.784 0.004 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-020 3 0.0692 0.966 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0972 0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2425 0.883 0.880 0.100 0.012 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3041 0.754 0.040 0.000 0.000 0.000 0.832 0.128
#> dkfz_11-024 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-025 6 0.2378 0.787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-026 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-027 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0692 0.966 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0692 0.966 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.3269 0.930 0.000 0.084 0.848 0.020 0.044 0.004
#> dkfz_11-033 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.3568 0.921 0.000 0.088 0.828 0.020 0.060 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.2402 0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-037 2 0.3960 0.963 0.000 0.752 0.004 0.008 0.032 0.204
#> dkfz_11-038 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3499 0.746 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.6929 0.140 0.104 0.076 0.000 0.020 0.380 0.420
#> dkfz_11-043 6 0.0976 0.910 0.000 0.008 0.008 0.000 0.016 0.968
#> dkfz_11-044 6 0.0692 0.918 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976
#> dkfz_11-045 6 0.0260 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-046 4 0.0622 0.980 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2402 0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.3712 0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0405 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-051 5 0.2442 0.888 0.144 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3108 0.935 0.000 0.072 0.860 0.020 0.044 0.004
#> dkfz_11-054 6 0.0291 0.918 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-055 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0405 0.986 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0972 0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0508 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> dkfz_11-062 6 0.1082 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040 0.956
#> dkfz_11-063 5 0.3835 0.452 0.012 0.000 0.000 0.000 0.668 0.320
#> dkfz_11-064 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-065 2 0.3712 0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-066 3 0.3281 0.931 0.000 0.080 0.848 0.020 0.048 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0837 0.965 0.000 0.004 0.972 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-069 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-070 6 0.2595 0.775 0.004 0.000 0.000 0.000 0.160 0.836
#> dkfz_11-071 5 0.2794 0.808 0.060 0.000 0.000 0.000 0.860 0.080
#> dkfz_11-072 3 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3712 0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-074 4 0.0972 0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0405 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-091 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-092 5 0.2402 0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0547 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-095 1 0.3869 -0.447 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3868 0.433 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0547 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-100 5 0.2402 0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.2442 0.888 0.144 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0260 0.875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3101 0.822 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-107 5 0.3823 0.563 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3695 0.010 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4874 0.700 0.308 0.000 0.000 0.000 0.608 0.084
#> dkfz_11-115 5 0.2473 0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0260 0.875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2402 0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0806 0.981 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3828 0.555 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3867 0.444 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3843 -0.302 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0622 0.980 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0405 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-140 1 0.0260 0.875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2170 0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3334 0.929 0.000 0.084 0.844 0.020 0.048 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.3269 0.930 0.000 0.084 0.848 0.020 0.044 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-146 3 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2883 0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-149 3 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3023 0.985 0.000 0.784 0.004 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-151 5 0.2402 0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0707 0.926110 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004
#> dkfz_11-002 6 0.2006 0.944438 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.900 0.036
#> dkfz_11-003 4 0.4073 0.799729 0.000 0.000 0.000 0.712 0.044 0.020 0.224
#> dkfz_11-004 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0861 0.950175 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-006 2 0.0134 0.960499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2563 0.903494 0.000 0.848 0.000 0.000 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-009 4 0.2824 0.902117 0.000 0.000 0.000 0.844 0.020 0.020 0.116
#> dkfz_11-010 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2963 0.889875 0.000 0.008 0.000 0.000 0.080 0.840 0.072
#> dkfz_11-012 6 0.2685 0.937727 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012 0.864 0.072
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.2679 0.933797 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020 0.868 0.068
#> dkfz_11-015 6 0.1715 0.948319 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.920 0.016
#> dkfz_11-016 6 0.2187 0.945091 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.896 0.036
#> dkfz_11-017 3 0.0573 0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0134 0.960499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2824 0.902117 0.000 0.000 0.000 0.844 0.020 0.020 0.116
#> dkfz_11-022 1 0.0373 0.709478 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.3154 0.653994 0.008 0.000 0.000 0.000 0.800 0.164 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3398 0.902326 0.000 0.036 0.000 0.000 0.072 0.820 0.072
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0134 0.926963 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0573 0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3172 0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-033 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3625 0.834977 0.000 0.000 0.700 0.000 0.004 0.020 0.276
#> dkfz_11-035 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2678 0.896552 0.000 0.836 0.000 0.000 0.028 0.000 0.136
#> dkfz_11-038 1 0.0334 0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.4988 -0.389576 0.128 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.352
#> dkfz_11-042 7 0.6314 0.205280 0.016 0.112 0.000 0.000 0.180 0.144 0.548
#> dkfz_11-043 6 0.3122 0.910661 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.832 0.092
#> dkfz_11-044 6 0.1974 0.946662 0.004 0.048 0.000 0.000 0.004 0.912 0.032
#> dkfz_11-045 6 0.2604 0.936221 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.864 0.072
#> dkfz_11-046 4 0.0895 0.939435 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-047 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2602 0.901439 0.000 0.844 0.000 0.000 0.028 0.000 0.128
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2252 0.944704 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.892 0.040
#> dkfz_11-051 5 0.1566 0.882119 0.072 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2988 0.862750 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.008 0.228
#> dkfz_11-054 6 0.1719 0.946751 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.916 0.020
#> dkfz_11-055 1 0.0334 0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0820 0.946396 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2824 0.902117 0.000 0.000 0.000 0.844 0.020 0.020 0.116
#> dkfz_11-061 6 0.2119 0.946221 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.900 0.032
#> dkfz_11-062 6 0.2164 0.939668 0.000 0.032 0.000 0.000 0.036 0.904 0.028
#> dkfz_11-063 5 0.3700 0.439806 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.324 0.020
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2563 0.903494 0.000 0.848 0.000 0.000 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-066 3 0.3172 0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-067 3 0.0239 0.926808 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2963 0.889561 0.000 0.008 0.000 0.000 0.080 0.840 0.072
#> dkfz_11-071 5 0.1936 0.788098 0.012 0.000 0.000 0.000 0.912 0.056 0.020
#> dkfz_11-072 3 0.0573 0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2602 0.901439 0.000 0.844 0.000 0.000 0.028 0.000 0.128
#> dkfz_11-074 4 0.2783 0.903892 0.000 0.000 0.000 0.848 0.020 0.020 0.112
#> dkfz_11-075 6 0.2187 0.945091 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.896 0.036
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.2679 0.933797 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020 0.868 0.068
#> dkfz_11-095 7 0.5638 0.758428 0.332 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.356
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.5640 0.770216 0.324 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.356
#> dkfz_11-098 1 0.3334 0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-099 6 0.1796 0.948308 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.916 0.020
#> dkfz_11-100 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1566 0.882119 0.072 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0134 0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3346 0.533072 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-104 5 0.4415 -0.000136 0.072 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.324
#> dkfz_11-105 1 0.3308 0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-106 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.5632 0.771411 0.300 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.356
#> dkfz_11-108 1 0.3334 0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.3334 0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-111 1 0.5439 -0.457573 0.436 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.352
#> dkfz_11-112 1 0.3308 0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-113 1 0.0134 0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.6479 0.552169 0.156 0.000 0.000 0.000 0.360 0.104 0.380
#> dkfz_11-115 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3346 0.533072 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-118 1 0.3308 0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-119 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3334 0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3334 0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-123 1 0.3334 0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-124 4 0.2061 0.924800 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.020 0.072
#> dkfz_11-125 7 0.5632 0.770640 0.300 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.356
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.5640 0.770216 0.324 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.356
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0134 0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3334 0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-131 7 0.5621 0.703056 0.356 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.356
#> dkfz_11-132 1 0.0134 0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0334 0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0895 0.939435 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0334 0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1552 0.947107 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.924 0.012
#> dkfz_11-140 1 0.3346 0.533072 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3308 0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-143 3 0.3172 0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-144 3 0.3172 0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0573 0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0134 0.960499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1330 0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.1473 0.863 0.008 0.000 0.940 0.004 0.008 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2937 0.796 0.072 0.016 0.000 0.000 0.000 0.832 0.080 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4102 0.453 0.040 0.000 0.000 0.576 0.008 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1029 0.922 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-005 2 0.1293 0.852 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0125 0.885 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-008 2 0.3015 0.669 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2873 0.836 0.040 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-011 6 0.4232 0.744 0.092 0.000 0.000 0.000 0.040 0.712 0.156 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.3703 0.773 0.076 0.008 0.000 0.000 0.004 0.760 0.148 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3911 0.760 0.084 0.008 0.000 0.000 0.008 0.732 0.168 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.1336 0.817 0.020 0.008 0.000 0.000 0.004 0.948 0.016 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.2787 0.795 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.848 0.100 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.1153 0.863 0.000 0.000 0.952 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0376 0.866 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0520 0.881 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0376 0.866 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2873 0.836 0.040 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-022 8 0.1155 0.958 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040 0.948
#> dkfz_11-023 5 0.2827 0.765 0.020 0.000 0.000 0.000 0.848 0.080 0.048 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.4488 0.730 0.088 0.008 0.000 0.000 0.040 0.696 0.168 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-028 3 0.0501 0.866 0.004 0.000 0.984 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1153 0.863 0.000 0.000 0.952 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0376 0.866 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-032 3 0.4416 0.731 0.256 0.000 0.632 0.004 0.000 0.004 0.104 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-034 3 0.4726 0.702 0.232 0.000 0.600 0.004 0.000 0.004 0.160 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1029 0.922 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-036 2 0.0125 0.885 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3672 0.582 0.004 0.616 0.000 0.004 0.000 0.012 0.364 0.000
#> dkfz_11-038 8 0.0808 0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-039 4 0.0125 0.930 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.4536 0.202 0.516 0.000 0.004 0.000 0.412 0.000 0.012 0.056
#> dkfz_11-042 7 0.6147 0.000 0.300 0.052 0.000 0.004 0.056 0.076 0.504 0.008
#> dkfz_11-043 6 0.3766 0.656 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.720 0.228 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.2615 0.802 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.864 0.084 0.004
#> dkfz_11-045 6 0.3901 0.760 0.084 0.012 0.000 0.000 0.004 0.732 0.168 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0721 0.919 0.004 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-048 2 0.3057 0.655 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2746 0.794 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.852 0.096 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.1338 0.911 0.008 0.000 0.004 0.000 0.944 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4345 0.748 0.236 0.000 0.664 0.004 0.004 0.008 0.084 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.1328 0.815 0.024 0.016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> dkfz_11-055 8 0.0808 0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-056 4 0.0125 0.930 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0596 0.924 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-059 8 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 4 0.2873 0.836 0.040 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2362 0.806 0.028 0.008 0.000 0.000 0.008 0.884 0.068 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.2470 0.806 0.032 0.004 0.000 0.000 0.016 0.872 0.076 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.3837 0.515 0.016 0.000 0.000 0.000 0.704 0.232 0.048 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3015 0.669 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4416 0.731 0.256 0.000 0.632 0.004 0.000 0.004 0.104 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0770 0.866 0.016 0.000 0.972 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0125 0.885 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-070 6 0.4331 0.735 0.088 0.000 0.000 0.000 0.044 0.700 0.168 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.2105 0.873 0.024 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008 0.040 0.024
#> dkfz_11-072 3 0.1278 0.864 0.004 0.000 0.948 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3057 0.655 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.2764 0.845 0.040 0.000 0.000 0.832 0.008 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2692 0.799 0.040 0.008 0.000 0.000 0.008 0.860 0.080 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3911 0.760 0.084 0.008 0.000 0.000 0.008 0.732 0.168 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.5335 0.551 0.512 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000 0.016 0.216
#> dkfz_11-096 8 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 1 0.5318 0.547 0.516 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000 0.016 0.212
#> dkfz_11-098 1 0.3333 0.703 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-099 6 0.2703 0.806 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.856 0.092 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-101 5 0.1420 0.908 0.008 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-102 8 0.0614 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-103 1 0.3837 0.712 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.452
#> dkfz_11-104 5 0.4356 -0.108 0.460 0.000 0.004 0.000 0.488 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-105 1 0.3333 0.696 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-106 5 0.0806 0.926 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-107 1 0.5199 0.522 0.516 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.016 0.196
#> dkfz_11-108 1 0.3323 0.719 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-109 8 0.0125 0.973 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-110 1 0.3523 0.719 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-111 1 0.4841 0.658 0.528 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.004 0.320
#> dkfz_11-112 1 0.3333 0.696 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-113 8 0.0681 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-114 1 0.5849 0.276 0.532 0.000 0.004 0.000 0.280 0.052 0.040 0.092
#> dkfz_11-115 5 0.1029 0.922 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3840 0.714 0.520 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.456
#> dkfz_11-118 1 0.3445 0.698 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.496
#> dkfz_11-119 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-120 1 0.3523 0.719 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3523 0.720 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-123 1 0.3597 0.720 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.464
#> dkfz_11-124 4 0.1407 0.905 0.024 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.5323 0.534 0.512 0.000 0.004 0.000 0.264 0.000 0.016 0.204
#> dkfz_11-126 8 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 1 0.5379 0.539 0.512 0.000 0.004 0.000 0.256 0.000 0.020 0.208
#> dkfz_11-128 8 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 8 0.0544 0.977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-130 1 0.3523 0.719 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-131 1 0.5339 0.581 0.512 0.000 0.004 0.000 0.224 0.000 0.016 0.244
#> dkfz_11-132 8 0.0681 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-133 8 0.0125 0.973 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-134 8 0.0125 0.973 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-135 8 0.0808 0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-136 4 0.0721 0.919 0.004 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 8 0.0808 0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-139 6 0.1848 0.812 0.028 0.012 0.000 0.000 0.004 0.920 0.032 0.004
#> dkfz_11-140 1 0.3840 0.714 0.520 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.456
#> dkfz_11-141 8 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 1 0.3333 0.699 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-143 3 0.4468 0.724 0.260 0.000 0.624 0.004 0.000 0.004 0.108 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.4516 0.731 0.252 0.000 0.632 0.004 0.004 0.004 0.104 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0125 0.866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0125 0.866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0125 0.885 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1278 0.864 0.004 0.000 0.948 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0520 0.881 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0681 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1123 0.86257 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> dkfz_11-002 7 0.3037 0.44308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.780 0.020 0.024
#> dkfz_11-003 4 0.5934 0.45081 0.000 0.328 0.000 0.444 0.000 0.056 0.000 0.108 0.064
#> dkfz_11-004 5 0.0963 0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-005 2 0.3019 -0.27982 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.304
#> dkfz_11-006 2 0.3658 -0.85966 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.464
#> dkfz_11-007 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0237 0.24612 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3502 0.82976 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.056 0.000 0.104 0.064
#> dkfz_11-010 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.1769 0.85781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.916 0.016 0.044
#> dkfz_11-012 7 0.2042 0.80114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064 0.892 0.008 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.3155 -1.00000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.88491 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3967 0.76867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.448 0.020 0.024
#> dkfz_11-016 6 0.3684 0.80937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.612 0.356 0.016 0.012
#> dkfz_11-017 3 0.0542 0.86407 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0119 0.86448 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.3715 -0.77457 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.440
#> dkfz_11-020 3 0.0119 0.86448 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.3502 0.82976 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.056 0.000 0.104 0.064
#> dkfz_11-022 1 0.1309 0.95278 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-023 5 0.3442 0.75395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.040 0.144 0.000 0.048
#> dkfz_11-024 2 0.3155 -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-025 7 0.0533 0.87653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.3155 -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-027 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0591 0.86381 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.0910 0.86323 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0119 0.86448 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.5001 0.71810 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.204 0.000 0.060 0.156
#> dkfz_11-033 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5316 0.69094 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.180 0.000 0.088 0.188
#> dkfz_11-035 5 0.0963 0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-036 2 0.3260 -0.97626 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.492
#> dkfz_11-037 2 0.1232 0.23967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.0975 0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-039 4 0.0356 0.91862 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.4205 0.63844 0.028 0.000 0.000 0.000 0.280 0.012 0.000 0.640 0.040
#> dkfz_11-042 2 0.6548 0.00459 0.000 0.444 0.000 0.000 0.020 0.072 0.088 0.264 0.112
#> dkfz_11-043 6 0.4655 0.60385 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.608 0.216 0.008 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.4501 0.78861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.540 0.372 0.040 0.044
#> dkfz_11-045 7 0.0119 0.88364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1169 0.90382 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-047 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0119 0.24953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3184 0.81630 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636 0.356 0.004 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.1239 0.92736 0.008 0.000 0.000 0.000 0.948 0.008 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4790 0.73220 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.172 0.000 0.056 0.156
#> dkfz_11-054 6 0.4065 0.77136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.436 0.020 0.032
#> dkfz_11-055 1 0.0975 0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-056 4 0.0356 0.91862 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0869 0.91346 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.020 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0119 0.97122 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.3538 0.82884 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.056 0.000 0.108 0.064
#> dkfz_11-061 6 0.3623 0.80870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.572 0.404 0.004 0.016
#> dkfz_11-062 6 0.4071 0.79296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.548 0.400 0.016 0.032
#> dkfz_11-063 5 0.4248 0.58809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.024 0.228 0.020 0.056
#> dkfz_11-064 2 0.3155 -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-065 2 0.0237 0.24824 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.5006 0.71884 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.160
#> dkfz_11-067 3 0.0709 0.86394 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.3260 -0.97626 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.492
#> dkfz_11-069 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.2027 0.84873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.900 0.016 0.048
#> dkfz_11-071 5 0.2457 0.86917 0.004 0.000 0.000 0.000 0.864 0.008 0.080 0.004 0.040
#> dkfz_11-072 3 0.0864 0.86314 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-073 2 0.0119 0.24953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.3417 0.83259 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.052 0.000 0.100 0.064
#> dkfz_11-075 6 0.2994 0.82123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 9 0.3155 0.00000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-092 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.88491 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.4785 0.76051 0.120 0.000 0.000 0.000 0.188 0.016 0.000 0.636 0.040
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.97181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.4554 0.76158 0.120 0.000 0.000 0.000 0.188 0.012 0.000 0.652 0.028
#> dkfz_11-098 8 0.3559 0.77341 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.636 0.024
#> dkfz_11-099 6 0.4629 0.76719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.504 0.400 0.044 0.048
#> dkfz_11-100 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1607 0.91580 0.008 0.000 0.000 0.000 0.928 0.016 0.000 0.024 0.024
#> dkfz_11-102 1 0.0565 0.97218 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-103 8 0.3768 0.77990 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.664 0.032
#> dkfz_11-104 8 0.3722 0.47425 0.008 0.000 0.000 0.000 0.368 0.008 0.000 0.600 0.016
#> dkfz_11-105 8 0.3604 0.76092 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.620 0.024
#> dkfz_11-106 5 0.0963 0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-107 8 0.4126 0.76451 0.112 0.000 0.000 0.000 0.196 0.008 0.000 0.676 0.008
#> dkfz_11-108 8 0.3579 0.78759 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.660 0.024
#> dkfz_11-109 1 0.0610 0.96077 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-110 8 0.3482 0.78648 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.660 0.024
#> dkfz_11-111 8 0.4467 0.78003 0.148 0.000 0.000 0.000 0.160 0.012 0.000 0.660 0.020
#> dkfz_11-112 8 0.3604 0.76092 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.620 0.024
#> dkfz_11-113 1 0.0699 0.97122 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-114 8 0.5231 0.68145 0.044 0.000 0.000 0.000 0.156 0.032 0.080 0.648 0.040
#> dkfz_11-115 5 0.0963 0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.3791 0.77965 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.656 0.036
#> dkfz_11-118 8 0.3844 0.75769 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.604 0.036
#> dkfz_11-119 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.3431 0.79019 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.3334 0.78759 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-123 8 0.3431 0.79019 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-124 4 0.2137 0.88526 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.024 0.000 0.048 0.040
#> dkfz_11-125 8 0.4242 0.75870 0.108 0.000 0.000 0.000 0.200 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-126 1 0.0119 0.97122 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 8 0.4554 0.76158 0.120 0.000 0.000 0.000 0.188 0.012 0.000 0.652 0.028
#> dkfz_11-128 1 0.0119 0.97122 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.0869 0.97031 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-130 8 0.3482 0.78648 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.660 0.024
#> dkfz_11-131 8 0.4793 0.76288 0.124 0.000 0.000 0.000 0.184 0.016 0.000 0.636 0.040
#> dkfz_11-132 1 0.0699 0.97122 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-133 1 0.0786 0.95441 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-134 1 0.0703 0.95801 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-135 1 0.0975 0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-136 4 0.1169 0.90382 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0975 0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-139 6 0.4586 0.72833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.424 0.048 0.048
#> dkfz_11-140 8 0.3737 0.78003 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.660 0.032
#> dkfz_11-141 1 0.0237 0.96979 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 8 0.3604 0.76092 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.620 0.024
#> dkfz_11-143 3 0.5006 0.71759 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.160
#> dkfz_11-144 3 0.5006 0.71884 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.160
#> dkfz_11-145 2 0.3155 -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-146 3 0.0507 0.86400 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.86457 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3260 -0.97626 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.492
#> dkfz_11-149 3 0.0864 0.86314 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-150 2 0.3715 -0.77457 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.440
#> dkfz_11-151 5 0.0212 0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1742 0.8467 0.020 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-002 6 0.4308 -0.4658 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.416 0.000 0.020 0.044
#> dkfz_11-003 9 0.5538 0.0727 0.028 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.088 0.000 0.496 0.128
#> dkfz_11-004 5 0.1306 0.9267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.028 0.028
#> dkfz_11-005 2 0.2905 0.4460 0.004 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.2014 0.8659 0.028 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.3174 0.5991 0.004 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.4893 0.6516 0.024 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.080 0.000 0.152 0.120
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.4375 0.8315 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.368 0.536 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-012 7 0.3703 0.7929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.544 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-013 2 0.0282 0.9212 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2784 0.8992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2983 0.6355 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.816 0.108 0.000 0.028 0.036
#> dkfz_11-016 6 0.1179 0.7191 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.1308 0.8547 0.020 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0429 0.8635 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2340 0.8435 0.032 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.080 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0429 0.8635 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4928 0.6502 0.024 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.084 0.000 0.152 0.120
#> dkfz_11-022 1 0.3819 0.8908 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.180 0.020 0.048
#> dkfz_11-023 5 0.4096 0.7434 0.008 0.000 0.000 0.000 0.748 0.072 0.076 0.012 0.016 0.068
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3112 0.8782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.660 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0113 0.9255 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0911 0.8591 0.008 0.000 0.964 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.1664 0.8494 0.024 0.000 0.920 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0541 0.8614 0.004 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.3104 0.9580 0.000 0.000 0.468 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.4250 0.8783 0.020 0.000 0.436 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008 0.492
#> dkfz_11-035 5 0.1306 0.9267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.028 0.028
#> dkfz_11-036 2 0.0113 0.9258 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 9 0.3918 0.6170 0.004 0.276 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.004 0.660 0.020
#> dkfz_11-038 1 0.3881 0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-039 4 0.0773 0.8802 0.012 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0282 0.8867 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.3651 0.7400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.020 0.724 0.012 0.056
#> dkfz_11-042 9 0.5737 0.3896 0.028 0.008 0.000 0.004 0.004 0.028 0.124 0.100 0.596 0.108
#> dkfz_11-043 6 0.2669 0.5146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004 0.000 0.208 0.016
#> dkfz_11-044 6 0.3418 0.6946 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.088 0.016 0.024 0.040
#> dkfz_11-045 7 0.2784 0.8992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1524 0.8618 0.020 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-047 5 0.0315 0.9439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-048 9 0.2953 0.6257 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0113 0.8862 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0395 0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.0806 0.9273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3386 -0.8775 0.004 0.000 0.516 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-054 6 0.3359 0.6418 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.788 0.116 0.000 0.032 0.044
#> dkfz_11-055 1 0.3881 0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-056 4 0.0773 0.8802 0.012 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0202 0.8866 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.1497 0.8682 0.004 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.028 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-059 1 0.3092 0.9307 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.176 0.020 0.008
#> dkfz_11-060 4 0.5070 0.6456 0.032 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.088 0.000 0.152 0.120
#> dkfz_11-061 6 0.1669 0.7217 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.032 0.004 0.004 0.028
#> dkfz_11-062 6 0.2413 0.7042 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.032 0.004 0.012 0.056
#> dkfz_11-063 5 0.4886 0.5840 0.012 0.000 0.000 0.000 0.652 0.148 0.084 0.004 0.020 0.080
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 9 0.3198 0.6049 0.004 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.608 0.004
#> dkfz_11-066 10 0.3204 0.9576 0.000 0.000 0.464 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-067 3 0.1153 0.8495 0.008 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-068 2 0.0113 0.9258 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.4354 0.8248 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356 0.548 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-071 5 0.2748 0.8556 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.072 0.000 0.032 0.056
#> dkfz_11-072 3 0.1473 0.8508 0.016 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-073 9 0.2953 0.6257 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.4801 0.6717 0.024 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.088 0.000 0.136 0.112
#> dkfz_11-075 6 0.0282 0.7286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0282 0.9212 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2784 0.8992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.3022 0.8368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016 0.820 0.012 0.056
#> dkfz_11-096 1 0.2899 0.9330 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.176 0.016 0.008
#> dkfz_11-097 8 0.2615 0.8286 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.008 0.844 0.008 0.048
#> dkfz_11-098 8 0.2812 0.8132 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.844 0.036 0.032
#> dkfz_11-099 6 0.3615 0.6873 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.100 0.016 0.020 0.052
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1449 0.9059 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.016 0.008 0.044
#> dkfz_11-102 1 0.2872 0.9321 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.176 0.004 0.024
#> dkfz_11-103 8 0.1149 0.8466 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948 0.012 0.004
#> dkfz_11-104 8 0.3149 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.004 0.720 0.004 0.028
#> dkfz_11-105 8 0.3305 0.7687 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.796 0.032 0.032
#> dkfz_11-106 5 0.1047 0.9331 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-107 8 0.1945 0.8440 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.004 0.884 0.004 0.012
#> dkfz_11-108 8 0.1658 0.8514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.920 0.012 0.036
#> dkfz_11-109 1 0.3472 0.9179 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.028 0.016
#> dkfz_11-110 8 0.1681 0.8476 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.920 0.020 0.024
#> dkfz_11-111 8 0.2128 0.8605 0.012 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.892 0.012 0.024
#> dkfz_11-112 8 0.3305 0.7687 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.796 0.032 0.032
#> dkfz_11-113 1 0.3016 0.9308 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.176 0.008 0.028
#> dkfz_11-114 8 0.3589 0.7786 0.012 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004 0.060 0.788 0.012 0.048
#> dkfz_11-115 5 0.1244 0.9281 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000 0.028 0.024
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.1258 0.8475 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.940 0.020 0.000
#> dkfz_11-118 8 0.3195 0.7724 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.804 0.028 0.032
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.0469 0.8550 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0282 0.8867 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.0469 0.8550 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 8 0.0671 0.8556 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.2998 0.8094 0.008 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.048 0.000 0.052 0.072
#> dkfz_11-125 8 0.1901 0.8389 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004 0.880 0.000 0.020
#> dkfz_11-126 1 0.3007 0.9297 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.176 0.020 0.004
#> dkfz_11-127 8 0.2615 0.8286 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.008 0.844 0.008 0.048
#> dkfz_11-128 1 0.2964 0.9324 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.176 0.020 0.008
#> dkfz_11-129 1 0.3085 0.9312 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.176 0.008 0.028
#> dkfz_11-130 8 0.1613 0.8479 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.924 0.016 0.024
#> dkfz_11-131 8 0.3022 0.8368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016 0.820 0.012 0.056
#> dkfz_11-132 1 0.3091 0.9299 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.176 0.012 0.028
#> dkfz_11-133 1 0.3463 0.9139 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.184 0.024 0.016
#> dkfz_11-134 1 0.3581 0.9082 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.184 0.024 0.020
#> dkfz_11-135 1 0.3881 0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-136 4 0.1524 0.8618 0.020 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-137 4 0.0282 0.8867 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3881 0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-139 6 0.4841 0.5814 0.040 0.000 0.004 0.000 0.000 0.660 0.164 0.016 0.044 0.072
#> dkfz_11-140 8 0.1053 0.8494 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.952 0.012 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3069 0.9285 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.176 0.024 0.004
#> dkfz_11-142 8 0.3268 0.7726 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.800 0.032 0.032
#> dkfz_11-143 10 0.3382 0.9549 0.000 0.000 0.460 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.524
#> dkfz_11-144 10 0.3101 0.9592 0.000 0.000 0.464 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0630 0.8648 0.008 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0226 0.8659 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0113 0.9258 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1473 0.8508 0.016 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.2340 0.8435 0.032 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.080 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0226 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: K27
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:kmeans 132 2.17e-23 5.91e-13 2
#> SD:kmeans 134 2.17e-47 3.15e-32 3
#> SD:kmeans 133 1.74e-72 2.68e-29 4
#> SD:kmeans 124 4.58e-75 2.21e-34 5
#> SD:kmeans 129 4.85e-103 2.48e-35 6
#> SD:kmeans 131 4.33e-102 1.03e-34 7
#> SD:kmeans 131 6.29e-106 7.27e-42 8
#> SD:kmeans 114 3.74e-69 1.90e-35 9
#> SD:kmeans 131 2.09e-95 1.11e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 8.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.50183 0.499 0.499
#> 3 3 1.000 0.974 0.982 0.21927 0.879 0.762
#> 4 4 0.791 0.834 0.875 0.13404 0.906 0.764
#> 5 5 0.875 0.932 0.928 0.07611 0.942 0.815
#> 6 6 1.000 0.969 0.981 0.09331 0.915 0.682
#> 7 7 0.940 0.876 0.924 0.01991 0.987 0.928
#> 8 8 0.914 0.858 0.909 0.01104 0.990 0.942
#> 9 9 0.899 0.814 0.875 0.01101 0.994 0.963
#> 10 10 0.879 0.718 0.839 0.00954 0.986 0.919
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 8
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 6 7
There is also optional best \(k\) = 2 3 6 7 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-003 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-004 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-007 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-010 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-011 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-022 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-023 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-027 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-031 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-033 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-035 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-038 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-041 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-042 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-047 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-051 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-055 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-059 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-062 2 0.943 0.437 0.36 0.64
#> dkfz_11-063 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-069 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-070 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-071 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-072 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-092 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-095 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-096 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-097 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-098 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-100 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-101 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-102 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-103 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-104 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-105 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-106 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-107 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-108 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-109 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-110 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-111 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-112 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-113 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-114 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-115 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-117 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-118 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-119 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-120 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-122 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-123 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-125 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-126 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-127 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-128 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-129 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-130 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-131 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-132 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-133 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-134 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-135 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-138 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-140 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-141 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-142 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-151 1 0.000 1.000 1.00 0.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-002 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-003 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-004 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-010 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 1 0.2955 0.902 0.912 0.080 0.008
#> dkfz_11-012 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-015 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-016 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-018 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-021 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-029 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-031 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-033 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-035 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2448 0.945 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-040 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-043 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-046 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-047 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-050 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-051 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-053 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-054 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-057 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-058 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-061 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-062 1 0.5553 0.623 0.724 0.272 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-067 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 1 0.3043 0.897 0.908 0.084 0.008
#> dkfz_11-071 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-075 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-094 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-100 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-137 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-144 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-147 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0424 1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1302 0.843 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-003 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-004 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-005 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-006 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-007 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-008 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-009 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-010 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-011 2 0.5003 0.602 0.148 0.768 0.000 0.084
#> dkfz_11-012 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-014 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-016 2 0.0817 0.871 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.6140 0.607 0.652 0.252 0.000 0.096
#> dkfz_11-024 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-025 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-027 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-036 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-037 2 0.5838 -0.517 0.000 0.524 0.032 0.444
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-040 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-041 1 0.0895 0.949 0.976 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-042 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-043 2 0.0524 0.879 0.004 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.1118 0.857 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-047 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-048 4 0.4746 0.573 0.000 0.368 0.000 0.632
#> dkfz_11-049 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-050 2 0.0188 0.883 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.2401 0.923 0.904 0.004 0.000 0.092
#> dkfz_11-052 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-057 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-058 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-061 2 0.0188 0.883 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1792 0.814 0.068 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.6071 0.152 0.504 0.452 0.000 0.044
#> dkfz_11-064 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-065 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-069 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-070 2 0.4877 0.576 0.204 0.752 0.000 0.044
#> dkfz_11-071 1 0.5536 0.731 0.724 0.180 0.000 0.096
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.4746 0.573 0.000 0.368 0.000 0.632
#> dkfz_11-074 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-075 2 0.0188 0.883 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-092 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-093 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-094 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0592 0.877 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-101 1 0.0779 0.950 0.980 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2401 0.923 0.904 0.004 0.000 0.092
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0188 0.955 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-116 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-137 4 0.5113 0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0817 0.871 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0188 0.955 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 4 0.4761 0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-151 1 0.2466 0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0703 0.937 0.000 0.024 0 0.000 0.976
#> dkfz_11-003 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-005 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-006 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-007 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-008 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-009 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-011 5 0.0404 0.944 0.012 0.000 0 0.000 0.988
#> dkfz_11-012 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-013 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-014 5 0.0798 0.942 0.000 0.016 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-015 5 0.0798 0.942 0.000 0.016 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-016 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.7037 0.131 0.344 0.076 0 0.092 0.488
#> dkfz_11-024 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-025 5 0.0579 0.943 0.000 0.008 0 0.008 0.984
#> dkfz_11-026 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-027 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-036 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-037 4 0.4584 0.794 0.000 0.228 0 0.716 0.056
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.2483 0.891 0.908 0.028 0 0.048 0.016
#> dkfz_11-042 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-044 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-045 5 0.0798 0.942 0.000 0.016 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-046 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-048 2 0.1877 0.983 0.000 0.924 0 0.012 0.064
#> dkfz_11-049 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-051 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-052 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0798 0.942 0.000 0.016 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-062 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-063 5 0.2236 0.864 0.068 0.024 0 0.000 0.908
#> dkfz_11-064 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-065 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-069 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-070 5 0.0671 0.943 0.016 0.004 0 0.000 0.980
#> dkfz_11-071 1 0.7222 0.485 0.524 0.076 0 0.144 0.256
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1877 0.983 0.000 0.924 0 0.012 0.064
#> dkfz_11-074 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-091 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-092 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-093 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0798 0.942 0.000 0.016 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-100 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-101 1 0.2625 0.888 0.900 0.028 0 0.056 0.016
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4779 0.828 0.760 0.076 0 0.140 0.024
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0404 0.919 0.988 0.000 0 0.000 0.012
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-116 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0162 0.921 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.2561 0.991 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0798 0.950 0.016 0.000 0 0.008 0.976
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0404 0.919 0.988 0.000 0 0.000 0.012
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1671 0.998 0.000 0.924 0 0.000 0.076
#> dkfz_11-151 1 0.4821 0.826 0.756 0.076 0 0.144 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0405 0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0405 0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-012 6 0.0260 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-013 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0603 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> dkfz_11-015 6 0.0291 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-016 6 0.0405 0.990 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4127 0.312 0.008 0.004 0.000 0.000 0.588 0.400
#> dkfz_11-024 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.1010 0.973 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036 0.960
#> dkfz_11-026 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.1765 0.892 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.3872 0.325 0.604 0.004 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0291 0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 6 0.0603 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0291 0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-051 5 0.0935 0.967 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0146 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-062 6 0.0405 0.990 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-063 6 0.0405 0.990 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-064 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0405 0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-071 5 0.0909 0.952 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0291 0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-091 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0603 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> dkfz_11-095 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0146 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-100 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3955 0.191 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.1908 0.894 0.096 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0291 0.973 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0291 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0146 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0363 1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0790 0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0239 0.9954 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 6 0.2600 0.4955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0656 0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-005 2 0.1222 0.9548 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1222 0.9548 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3402 -0.4024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-012 6 0.3206 -0.1186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3554 0.9276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> dkfz_11-015 6 0.1844 0.6380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-016 6 0.1886 0.6437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0134 0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1222 0.9313 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-023 5 0.5393 0.3479 0.012 0.000 0.000 0.000 0.544 0.248 0.196
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3931 0.8492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.412 0.568
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0134 0.9959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0239 0.9954 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0134 0.9961 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0134 0.9961 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.0656 0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-036 2 0.0134 0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 4 0.3759 0.7093 0.000 0.156 0.000 0.756 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-038 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.4618 0.3285 0.564 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.084
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2293 0.5888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-044 6 0.1625 0.6739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-045 7 0.3552 0.9341 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0239 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.1514 0.9460 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0863 0.6829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-051 5 0.1060 0.8809 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0134 0.9961 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 6 0.2043 0.6368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> dkfz_11-055 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0797 0.6831 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-062 6 0.2190 0.6123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> dkfz_11-063 6 0.2484 0.5957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1382 0.9485 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-066 3 0.0239 0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0134 0.9959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0134 0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3266 -0.1401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> dkfz_11-071 5 0.2297 0.8199 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.016 0.120
#> dkfz_11-072 3 0.0239 0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 2 0.1382 0.9485 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0728 0.6861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3546 0.9335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> dkfz_11-095 1 0.1109 0.9345 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-096 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-097 1 0.1109 0.9352 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-098 1 0.1109 0.9345 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-099 6 0.1886 0.6645 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-100 5 0.0239 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 5 0.4745 -0.0179 0.456 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.084
#> dkfz_11-102 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-103 1 0.1330 0.9313 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-104 5 0.3609 0.6775 0.148 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.088
#> dkfz_11-105 1 0.0582 0.9393 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-106 5 0.0656 0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-107 1 0.1433 0.9264 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-108 1 0.1222 0.9322 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-109 1 0.1109 0.9365 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-110 1 0.1330 0.9298 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-111 1 0.1718 0.9198 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.084
#> dkfz_11-112 1 0.0728 0.9390 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-113 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-114 1 0.1531 0.9243 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-115 5 0.0656 0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1109 0.9378 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-118 1 0.0728 0.9380 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-119 5 0.0239 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.1277 0.9312 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1166 0.9339 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-123 1 0.1382 0.9290 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1482 0.9242 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-126 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-127 1 0.1222 0.9328 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-128 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-129 1 0.0990 0.9368 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-130 1 0.1382 0.9275 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-131 1 0.1166 0.9332 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-132 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-133 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-134 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-135 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-139 6 0.2225 0.6325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> dkfz_11-140 1 0.0990 0.9391 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-141 1 0.1050 0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-142 1 0.1109 0.9344 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-143 3 0.0239 0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.0239 0.9954 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.0134 0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0134 0.9959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0134 0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0239 0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.0134 0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0471 0.9893 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-002 6 0.3885 0.4468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.316 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 5 0.1534 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-005 2 0.1911 0.9148 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-006 2 0.0313 0.9576 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 5 0.0125 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 2 0.1992 0.9112 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 7 0.4262 0.2961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.528 NA
#> dkfz_11-012 7 0.3900 0.1977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.512 NA
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 7 0.1876 0.7801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 NA
#> dkfz_11-015 6 0.2881 0.6880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.152 NA
#> dkfz_11-016 6 0.2107 0.7153 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.020 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0251 0.9918 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0125 0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-019 2 0.0669 0.9555 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0125 0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 1 0.2473 0.8698 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-023 5 0.6620 0.1248 0.036 0.000 0.000 0.000 0.420 0.272 0.112 NA
#> dkfz_11-024 2 0.0125 0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 7 0.1697 0.7507 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.092 0.900 NA
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 5 0.0224 0.9146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0224 0.9929 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-031 5 0.0313 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0125 0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-033 5 0.0125 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.0125 0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-035 5 0.1416 0.8993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-036 2 0.0395 0.9545 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 4 0.5046 0.4861 0.000 0.180 0.000 0.616 0.000 0.012 0.024 NA
#> dkfz_11-038 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 1 0.4143 0.2440 0.576 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-043 6 0.2284 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.028 NA
#> dkfz_11-044 6 0.3186 0.7057 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.116 NA
#> dkfz_11-045 7 0.1840 0.7815 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 5 0.0768 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-048 2 0.2491 0.8934 0.000 0.848 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 6 0.0624 0.7354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 NA
#> dkfz_11-051 5 0.2075 0.8411 0.052 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0224 0.9929 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 6 0.3271 0.6910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.140 NA
#> dkfz_11-055 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 6 0.2222 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.088 NA
#> dkfz_11-062 6 0.2542 0.6845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.024 NA
#> dkfz_11-063 6 0.3690 0.5261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.040 NA
#> dkfz_11-064 2 0.0125 0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 2 0.2224 0.8997 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0313 0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0125 0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 2 0.0395 0.9545 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 5 0.0224 0.9143 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 6 0.4500 -0.1448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.436 NA
#> dkfz_11-071 5 0.3353 0.7927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.020 0.104 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0544 0.9871 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 2 0.2187 0.9020 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 6 0.0624 0.7377 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 NA
#> dkfz_11-091 2 0.0125 0.9570 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.1840 0.7815 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 NA
#> dkfz_11-095 1 0.0926 0.8898 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 1 0.1417 0.8948 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-098 1 0.0544 0.8828 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099 6 0.3378 0.6983 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.120 NA
#> dkfz_11-100 5 0.0438 0.9103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-101 1 0.4248 -0.0384 0.496 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-102 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 1 0.1384 0.8727 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-104 5 0.4075 0.5651 0.256 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-105 1 0.1038 0.8948 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 5 0.1476 0.8978 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-107 1 0.1162 0.8694 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-108 1 0.0471 0.8838 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109 1 0.2177 0.8829 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 1 0.0681 0.8808 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-111 1 0.1552 0.8588 0.924 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-112 1 0.0868 0.8932 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 1 0.1347 0.8692 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-115 5 0.1476 0.8978 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 1 0.1728 0.8934 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-118 1 0.0313 0.8879 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 5 0.0349 0.9118 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-120 1 0.0614 0.8817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 1 0.0471 0.8869 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 1 0.1205 0.8704 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 1 0.1216 0.8677 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-126 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 1 0.1107 0.8909 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-128 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 1 0.1686 0.8913 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 1 0.0681 0.8804 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131 1 0.0745 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-132 1 0.1982 0.8869 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 1 0.2082 0.8851 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 1 0.2114 0.8841 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 6 0.4149 0.6282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.144 NA
#> dkfz_11-140 1 0.1563 0.8934 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-141 1 0.2146 0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 1 0.0745 0.8786 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0313 0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-144 3 0.0313 0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-145 2 0.0224 0.9565 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0125 0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0125 0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-148 2 0.0395 0.9545 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0544 0.9871 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 2 0.0669 0.9555 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-151 5 0.0395 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1400 0.96352 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-002 6 0.4751 0.40786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.300 NA NA
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-004 5 0.2171 0.80899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-005 2 0.2487 0.80888 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-006 2 0.0331 0.90233 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-007 5 0.0585 0.83448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-008 2 0.2608 0.79542 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-010 5 0.0414 0.83620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-011 7 0.4426 0.28610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.544 NA NA
#> dkfz_11-012 7 0.4731 0.07580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.472 NA NA
#> dkfz_11-013 2 0.0699 0.89828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-014 7 0.1200 0.77432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 NA NA
#> dkfz_11-015 6 0.3470 0.62055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.156 NA NA
#> dkfz_11-016 6 0.3039 0.64878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.020 NA NA
#> dkfz_11-017 3 0.0746 0.97791 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-018 3 0.0331 0.97955 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-019 2 0.1192 0.89839 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-020 3 0.0237 0.97938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-022 1 0.1596 0.82956 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-023 5 0.6928 -0.08583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.252 0.088 NA NA
#> dkfz_11-024 2 0.0515 0.89972 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-025 7 0.1048 0.77043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944 NA NA
#> dkfz_11-026 2 0.0119 0.90198 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-027 5 0.0331 0.83654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-028 3 0.0212 0.98031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-029 3 0.1277 0.96819 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-030 3 0.0119 0.98003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-031 5 0.0424 0.83603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-032 3 0.0212 0.98093 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-033 5 0.0424 0.83567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-034 3 0.0331 0.98094 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-035 5 0.2114 0.81079 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-036 2 0.1149 0.89048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-037 4 0.5054 0.23240 0.000 0.152 0.000 0.480 0.000 0.016 0.000 NA NA
#> dkfz_11-038 1 0.0994 0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-041 1 0.5152 0.26407 0.420 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-043 6 0.2906 0.62106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008 NA NA
#> dkfz_11-044 6 0.4185 0.61454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.084 NA NA
#> dkfz_11-045 7 0.1151 0.77557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936 NA NA
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-047 5 0.1100 0.83220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-048 2 0.3081 0.76227 0.000 0.696 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-050 6 0.1379 0.67783 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.012 NA NA
#> dkfz_11-051 5 0.2787 0.69644 0.008 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-053 3 0.0119 0.98003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-054 6 0.4192 0.61114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.124 NA NA
#> dkfz_11-055 1 0.0994 0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-059 1 0.0882 0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-061 6 0.2952 0.65620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.072 NA NA
#> dkfz_11-062 6 0.3206 0.61461 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.008 NA NA
#> dkfz_11-063 6 0.4626 0.44433 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 0.020 NA NA
#> dkfz_11-064 2 0.0446 0.90187 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-065 2 0.2716 0.77958 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-066 3 0.0585 0.97999 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-067 3 0.0507 0.98051 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-068 2 0.1149 0.89048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-069 5 0.0331 0.83637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-070 6 0.5659 -0.10801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.372 NA NA
#> dkfz_11-071 5 0.4370 0.66977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.012 0.080 NA NA
#> dkfz_11-072 3 0.1462 0.96298 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-073 2 0.2732 0.77609 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-075 6 0.1529 0.67865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.020 NA NA
#> dkfz_11-091 2 0.0119 0.90164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-092 5 0.0424 0.83593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-094 7 0.1200 0.77482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 NA NA
#> dkfz_11-095 1 0.2578 0.85501 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-096 1 0.0882 0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-097 1 0.2117 0.87219 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-098 1 0.2260 0.86496 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-099 6 0.4247 0.62016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.096 NA NA
#> dkfz_11-100 5 0.0876 0.83077 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-101 5 0.5192 0.00431 0.324 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-102 1 0.0764 0.85978 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-103 1 0.3279 0.78500 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-104 5 0.4849 0.33247 0.208 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-105 1 0.1857 0.87398 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-106 5 0.2067 0.81216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-107 1 0.2664 0.82887 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-108 1 0.2465 0.85505 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-109 1 0.0581 0.86698 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-110 1 0.2398 0.85702 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-111 1 0.3209 0.79690 0.688 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-112 1 0.1857 0.87366 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-113 1 0.0581 0.86391 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-114 1 0.3203 0.79967 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA NA
#> dkfz_11-115 5 0.2067 0.81216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-117 1 0.1822 0.86224 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-118 1 0.2031 0.86848 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-119 5 0.0876 0.83077 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-120 1 0.2392 0.86098 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-122 1 0.2288 0.86532 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-123 1 0.2702 0.84051 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-125 1 0.2749 0.81683 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-126 1 0.0882 0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-127 1 0.2610 0.85598 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-128 1 0.0882 0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-129 1 0.0982 0.87405 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-130 1 0.2351 0.85574 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-131 1 0.2204 0.86962 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-132 1 0.0764 0.86705 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-133 1 0.0446 0.87126 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-134 1 0.0699 0.87121 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-135 1 0.0994 0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-138 1 0.0994 0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-139 6 0.5363 0.48827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.100 NA NA
#> dkfz_11-140 1 0.1876 0.86250 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-141 1 0.0581 0.86364 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-142 1 0.2465 0.85487 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-143 3 0.0668 0.97873 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-144 3 0.0746 0.97873 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-145 2 0.0881 0.89597 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-146 3 0.0212 0.98031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-147 3 0.0414 0.97959 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-148 2 0.1057 0.89193 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-149 3 0.1458 0.96294 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-150 2 0.1140 0.89922 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-151 5 0.0928 0.83519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 NA NA
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1195 0.96507 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024 0.012
#> dkfz_11-002 6 0.5600 -0.10873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.308 0.044 0.028 0.204
#> dkfz_11-003 4 0.0356 0.97844 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.3088 0.79326 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004 0.096 0.076 0.024
#> dkfz_11-005 2 0.2266 0.75965 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0517 0.86874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.0484 0.85451 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.2470 0.72664 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0282 0.98347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.85752 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.5283 0.25501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.512 0.048 0.036 0.116
#> dkfz_11-012 7 0.5216 0.00959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.444 0.040 0.060 0.064
#> dkfz_11-013 2 0.0839 0.86734 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.008
#> dkfz_11-014 7 0.0756 0.66254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 6 0.4398 0.25909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.176 0.020 0.016 0.144
#> dkfz_11-016 6 0.3573 0.42909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.036 0.048 0.080 0.056
#> dkfz_11-017 3 0.0982 0.97209 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.0429 0.98074 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.1217 0.86428 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0484 0.98054 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-021 4 0.0113 0.99177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1301 0.68201 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.016
#> dkfz_11-023 5 0.6986 -0.21112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.276 0.084 0.204 0.088 0.048
#> dkfz_11-024 2 0.0539 0.87080 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0710 0.65988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0282 0.87025 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0315 0.85897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0429 0.98148 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0919 0.97093 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.012
#> dkfz_11-030 3 0.0404 0.98046 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.1200 0.85121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.024 0.016 0.016
#> dkfz_11-032 3 0.0315 0.98084 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-033 5 0.0202 0.85666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0340 0.98104 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.2568 0.81838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.064 0.068 0.024
#> dkfz_11-036 2 0.1576 0.85132 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.060 0.008
#> dkfz_11-037 9 0.4834 0.00000 0.000 0.148 0.000 0.404 0.000 0.020 0.000 0.000 0.424 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0508 0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.5109 0.53425 0.344 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.404 0.012 0.012
#> dkfz_11-042 4 0.0426 0.97275 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3990 0.31938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.020 0.044 0.220 0.032
#> dkfz_11-044 6 0.4672 0.07109 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.072 0.084 0.008 0.228
#> dkfz_11-045 7 0.0426 0.66432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.1925 0.83013 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.080 0.032 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.3283 0.61424 0.000 0.660 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1585 0.46723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.028 0.008 0.028 0.012
#> dkfz_11-051 5 0.2666 0.62006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.192 0.012 0.012
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0404 0.98083 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 6 0.4592 0.04968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.128 0.020 0.020 0.224
#> dkfz_11-055 1 0.0508 0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0508 0.71239 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3555 0.43545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.088 0.044 0.036 0.052
#> dkfz_11-062 6 0.4088 0.39707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024 0.048 0.116 0.092
#> dkfz_11-063 6 0.5995 0.02423 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.036 0.092 0.284 0.192
#> dkfz_11-064 2 0.1234 0.86298 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.040 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.2774 0.67454 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0395 0.98024 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0395 0.98174 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.1607 0.85181 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.056 0.012
#> dkfz_11-069 5 0.0429 0.85840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-070 7 0.6372 0.02667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.356 0.156 0.052 0.176
#> dkfz_11-071 5 0.5167 0.62108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.016 0.072 0.124 0.120 0.040
#> dkfz_11-072 3 0.1195 0.96326 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.012
#> dkfz_11-073 2 0.2682 0.67424 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0202 0.98788 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1816 0.45285 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.032 0.008 0.012 0.040
#> dkfz_11-091 2 0.0517 0.86881 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0395 0.85585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0582 0.66271 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.2978 0.63665 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.008 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0508 0.71234 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.2698 0.66820 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.008 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.2936 0.61698 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.008 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4777 0.00449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.084 0.064 0.020 0.224
#> dkfz_11-100 5 0.1097 0.84231 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004 0.008
#> dkfz_11-101 8 0.5108 0.75205 0.224 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.392 0.012 0.012
#> dkfz_11-102 1 0.0113 0.71803 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3941 0.49759 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.324 0.000 0.084
#> dkfz_11-104 8 0.4726 0.64102 0.152 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.452 0.012 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.2415 0.69458 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2630 0.81892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004 0.056 0.072 0.024
#> dkfz_11-107 1 0.3402 0.48362 0.576 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.404 0.004 0.008
#> dkfz_11-108 1 0.2960 0.60862 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0987 0.72086 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008 0.004
#> dkfz_11-110 1 0.2994 0.60002 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 1 0.3632 0.36415 0.536 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.428 0.000 0.008
#> dkfz_11-112 1 0.2438 0.69224 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.008 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0226 0.71710 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.3757 0.44364 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.004 0.048
#> dkfz_11-115 5 0.2479 0.82179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.060 0.064 0.024
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2429 0.68452 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> dkfz_11-118 1 0.2524 0.66780 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0806 0.84917 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.004 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.2960 0.61880 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3033 0.61200 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.3470 0.43145 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.012 0.012
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3264 0.43955 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.440 0.000 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0340 0.71518 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.3180 0.62310 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.312 0.008 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0340 0.71518 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.0937 0.72505 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2848 0.58593 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2766 0.65888 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0202 0.72016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0356 0.72257 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0784 0.72412 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0508 0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0508 0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-139 10 0.4535 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.068 0.040 0.008 0.552
#> dkfz_11-140 1 0.2626 0.68314 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.020
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.71927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3183 0.58364 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.340 0.008 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.0508 0.98028 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0517 0.98034 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.1210 0.86174 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0202 0.98158 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0508 0.98024 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-148 2 0.1528 0.85337 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.056 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.1200 0.96511 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 0.016
#> dkfz_11-150 2 0.1145 0.86023 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.1156 0.85710 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.024 0.028 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 135 7.24e-23 7.42e-09 2
#> SD:skmeans 136 6.49e-47 1.67e-09 3
#> SD:skmeans 134 4.62e-70 7.65e-14 4
#> SD:skmeans 134 2.71e-91 1.72e-25 5
#> SD:skmeans 133 2.47e-96 2.30e-29 6
#> SD:skmeans 129 4.07e-89 5.37e-27 7
#> SD:skmeans 128 6.95e-91 4.39e-28 8
#> SD:skmeans 125 1.07e-87 3.45e-27 9
#> SD:skmeans 112 7.75e-80 6.83e-26 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.969 0.987 0.27997 0.727 0.727
#> 3 3 1.000 0.984 0.994 0.57692 0.827 0.764
#> 4 4 0.989 0.956 0.982 0.57462 0.741 0.540
#> 5 5 0.952 0.917 0.967 0.12765 0.905 0.692
#> 6 6 0.888 0.799 0.888 0.04662 0.962 0.826
#> 7 7 0.888 0.825 0.887 0.02459 0.957 0.775
#> 8 8 0.875 0.796 0.883 0.01962 0.977 0.856
#> 9 9 0.911 0.730 0.872 0.01141 0.982 0.878
#> 10 10 0.931 0.841 0.921 0.00858 0.987 0.906
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5 9
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 9 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.373 0.910 0.072 0.928
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.980 0.277 0.584 0.416
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.722 0.748 0.800 0.200
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.680 0.778 0.820 0.180
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.760 0.716 0.780 0.220
#> dkfz_11-067 1 0.430 0.898 0.912 0.088
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.416 0.902 0.916 0.084
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.311 0.927 0.056 0.944
#> dkfz_11-144 2 0.966 0.346 0.392 0.608
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-003 2 0.245 0.859 0.076 0.924 0.00
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-030 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-032 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-034 3 0.400 0.806 0.000 0.160 0.84
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-048 1 0.455 0.749 0.800 0.200 0.00
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-053 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-072 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-073 1 0.263 0.905 0.916 0.084 0.00
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-139 1 0.583 0.484 0.660 0.000 0.34
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-143 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-144 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-149 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.994 1.000 0.000 0.00
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1940 0.885 0.000 0.076 0.000 0.924
#> dkfz_11-004 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.2973 0.821 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3172 0.806 0.000 0.000 0.840 0.160
#> dkfz_11-035 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.4543 0.535 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3610 0.752 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2081 0.903 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0469 0.944 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3837 0.710 0.224 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0336 0.948 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1940 0.873 0.924 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0188 0.952 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0469 0.979 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.4843 0.359 0.604 0.396 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4585 0.520 0.668 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.4872 0.626 0.728 0.028 0.244 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0336 0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0290 0.909 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.1671 0.905 0.000 0.000 0.00 0.924 0.076
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 5 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 5 0.3661 0.617 0.000 0.276 0.00 0.000 0.724
#> dkfz_11-016 5 0.4212 0.728 0.144 0.080 0.00 0.000 0.776
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 3 0.2732 0.809 0.000 0.000 0.84 0.160 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3999 0.490 0.000 0.656 0.00 0.000 0.344
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0963 0.924 0.000 0.036 0.00 0.000 0.964
#> dkfz_11-043 2 0.1410 0.877 0.000 0.940 0.00 0.000 0.060
#> dkfz_11-044 1 0.3913 0.525 0.676 0.000 0.00 0.000 0.324
#> dkfz_11-045 5 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4192 0.282 0.000 0.404 0.00 0.000 0.596
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-062 5 0.3242 0.714 0.000 0.216 0.00 0.000 0.784
#> dkfz_11-063 5 0.1792 0.879 0.000 0.084 0.00 0.000 0.916
#> dkfz_11-064 2 0.0880 0.895 0.000 0.968 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-065 2 0.2280 0.825 0.000 0.880 0.00 0.000 0.120
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4015 0.494 0.000 0.652 0.00 0.000 0.348
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1732 0.858 0.000 0.920 0.00 0.000 0.080
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0404 0.956 0.988 0.000 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4305 0.018 0.000 0.512 0.00 0.000 0.488
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.3210 0.699 0.212 0.000 0.00 0.000 0.788
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0290 0.960 0.992 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 1 0.1671 0.891 0.924 0.000 0.00 0.000 0.076
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0162 0.963 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0162 0.949 0.004 0.000 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4171 0.351 0.604 0.000 0.00 0.000 0.396
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3949 0.509 0.668 0.000 0.00 0.000 0.332
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3177 0.694 0.208 0.792 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0363 0.8913 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-003 4 0.1501 0.8960 0.000 0.000 0.00 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0146 0.8967 0.000 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0363 0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.3810 0.6933 0.000 0.000 0.00 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-012 5 0.3765 0.7184 0.000 0.000 0.00 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3804 0.6982 0.000 0.000 0.00 0.000 0.576 0.424
#> dkfz_11-015 6 0.0291 0.6249 0.000 0.004 0.00 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-016 6 0.1779 0.5881 0.000 0.016 0.00 0.000 0.064 0.920
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0363 0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3747 0.3979 0.604 0.000 0.00 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-023 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3890 0.7194 0.000 0.004 0.00 0.000 0.596 0.400
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0458 0.6663 0.000 0.000 0.00 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2454 0.7984 0.000 0.000 0.84 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4460 0.4092 0.000 0.644 0.00 0.000 0.304 0.052
#> dkfz_11-038 1 0.0260 0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.2092 0.7909 0.876 0.000 0.00 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4419 0.6905 0.000 0.032 0.00 0.000 0.584 0.384
#> dkfz_11-043 2 0.3744 0.6924 0.000 0.764 0.00 0.000 0.052 0.184
#> dkfz_11-044 6 0.3314 0.5569 0.224 0.000 0.00 0.000 0.012 0.764
#> dkfz_11-045 5 0.3890 0.7194 0.000 0.004 0.00 0.000 0.596 0.400
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0363 0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1863 0.6398 0.000 0.104 0.00 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3868 0.0706 0.000 0.504 0.00 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3050 0.1944 0.000 0.000 0.00 0.000 0.236 0.764
#> dkfz_11-062 6 0.1141 0.5968 0.000 0.000 0.00 0.000 0.052 0.948
#> dkfz_11-063 5 0.2255 0.5451 0.000 0.080 0.00 0.000 0.892 0.028
#> dkfz_11-064 2 0.0790 0.8720 0.000 0.968 0.00 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-065 2 0.2402 0.7750 0.000 0.868 0.00 0.000 0.120 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3810 0.6922 0.000 0.000 0.00 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-071 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3940 0.4089 0.000 0.640 0.00 0.000 0.348 0.012
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3515 0.3170 0.000 0.324 0.00 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4793 0.5106 0.648 0.000 0.00 0.000 0.100 0.252
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3139 0.5913 0.000 0.160 0.00 0.000 0.028 0.812
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0260 0.6549 0.008 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3810 0.3271 0.572 0.000 0.00 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-104 5 0.3101 0.6965 0.000 0.000 0.00 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-107 1 0.1930 0.8355 0.916 0.000 0.00 0.000 0.036 0.048
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0146 0.9076 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3684 0.3502 0.000 0.000 0.00 0.000 0.372 0.628
#> dkfz_11-115 5 0.3756 0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3774 0.3720 0.592 0.000 0.00 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2416 0.7694 0.844 0.000 0.00 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0260 0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-123 1 0.0260 0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.5361 -0.1017 0.452 0.000 0.00 0.000 0.108 0.440
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.6038 0.3784 0.256 0.000 0.00 0.000 0.340 0.404
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0146 0.9085 0.996 0.000 0.00 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.0458 0.8986 0.984 0.000 0.00 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0260 0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 6 0.5850 0.1896 0.192 0.384 0.00 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-140 1 0.3797 0.3454 0.580 0.000 0.00 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0363 0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.3747 0.7223 0.000 0.000 0.00 0.000 0.604 0.396
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0134 0.8583 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1277 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0334 0.8588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1482 0.8410 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-008 2 0.2453 0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-011 5 0.0924 0.9286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0755 0.9361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-015 6 0.2424 0.6071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.832 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.3753 0.3615 0.000 0.012 0.000 0.000 0.396 0.592 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2453 0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1625 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-022 6 0.4618 0.2794 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.072
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.3156 0.8602 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0656 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-032 3 0.1330 0.9403 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-033 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-034 3 0.4391 0.6575 0.000 0.000 0.676 0.160 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5294 0.4046 0.000 0.480 0.000 0.000 0.336 0.184 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0728 0.9103 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1625 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.2118 0.7773 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-042 5 0.2453 0.7139 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.4282 0.4402 0.000 0.488 0.000 0.000 0.040 0.472 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4553 0.6294 0.116 0.000 0.000 0.000 0.068 0.724 0.092
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1625 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-047 7 0.2966 0.9084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> dkfz_11-048 2 0.2453 0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.1482 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.5847 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1222 0.9440 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-054 6 0.2966 0.4488 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1625 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.1625 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1625 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-061 6 0.3853 0.1007 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.496 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.3370 0.4208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.3862 0.8081 0.000 0.064 0.000 0.000 0.188 0.008 0.740
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4204 0.7069 0.000 0.696 0.000 0.000 0.120 0.184 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0863 0.9537 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-067 3 0.0134 0.9659 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-070 5 0.0924 0.9263 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.5315 0.3665 0.000 0.468 0.000 0.000 0.348 0.184 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0134 0.5853 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4766 0.3802 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.192
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.6024 0.5476 0.000 0.136 0.000 0.000 0.244 0.528 0.092
#> dkfz_11-100 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-101 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4964 0.3746 0.380 0.000 0.000 0.000 0.008 0.520 0.092
#> dkfz_11-104 5 0.2259 0.7084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1773 0.8459 0.912 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.020
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0134 0.9281 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5255 0.4092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.520 0.264
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.4769 -0.0469 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.092
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.2945 0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-120 1 0.3138 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.048
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0656 0.9136 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0656 0.9136 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.6498 -0.2801 0.412 0.000 0.000 0.000 0.184 0.308 0.096
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.6464 -0.2981 0.216 0.000 0.000 0.000 0.080 0.292 0.412
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0134 0.9290 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0504 0.9180 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0656 0.9136 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.6091 0.5129 0.168 0.212 0.000 0.000 0.000 0.528 0.092
#> dkfz_11-140 6 0.4784 0.3231 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.092
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1330 0.9403 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-144 3 0.1330 0.9403 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2453 0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0134 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0125 0.8187 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0983 0.8935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0745 0.8078 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1605 0.7751 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-007 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-008 2 0.3278 0.5319 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-011 5 0.0745 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0614 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3938 0.0209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.528 0.436 0.000
#> dkfz_11-016 7 0.5295 0.3672 0.000 0.004 0.000 0.000 0.344 0.248 0.404 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3000 0.6222 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2865 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-022 6 0.2049 0.6332 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 8 0.2582 0.8798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0926 0.8579 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-032 3 0.2471 0.8745 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.112 0.040
#> dkfz_11-033 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-034 3 0.5834 0.4587 0.000 0.000 0.520 0.160 0.000 0.000 0.192 0.128
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5281 -0.0842 0.000 0.344 0.000 0.000 0.336 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2082 0.8025 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2865 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.1982 0.8088 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-042 5 0.3000 0.3976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.4154 0.3369 0.000 0.196 0.000 0.000 0.020 0.088 0.696 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.6064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2865 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-047 8 0.1982 0.9792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-048 2 0.3278 0.5319 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.2639 0.8913 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.068 0.092
#> dkfz_11-050 7 0.2970 0.2565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-051 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2290 0.8832 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.100 0.036
#> dkfz_11-054 6 0.4045 0.1132 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.572 0.376 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2865 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2823 0.8854 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.084 0.092
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2865 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-061 5 0.5207 -0.3651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.336 0.260 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.5242 0.3399 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.276 0.380 0.000
#> dkfz_11-063 8 0.2774 0.9279 0.000 0.028 0.000 0.000 0.132 0.012 0.000 0.828
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4528 0.4482 0.000 0.564 0.000 0.000 0.120 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1557 0.9092 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.060 0.020
#> dkfz_11-067 3 0.0125 0.9381 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-070 5 0.0745 0.8743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.5159 0.0231 0.000 0.240 0.000 0.000 0.336 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3193 0.1849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 8 0.2016 0.9758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4430 0.2908 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.112
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1697 0.6065 0.000 0.060 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-101 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1521 0.6511 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.2114 0.7015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1659 0.8735 0.912 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0125 0.9419 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1820 0.5894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.896 0.000 0.016
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2694 0.5476 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 8 0.1947 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-120 1 0.3174 0.3861 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1433 0.8769 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2049 0.8084 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.4449 0.4507 0.276 0.000 0.000 0.000 0.112 0.608 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.5467 0.3344 0.136 0.000 0.000 0.000 0.052 0.496 0.000 0.316
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0224 0.9404 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0471 0.9318 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-132 1 0.0224 0.9404 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0125 0.9321 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1840 0.8362 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1433 0.5978 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.1803 0.6469 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2471 0.8745 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.112 0.040
#> dkfz_11-144 3 0.2471 0.8745 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.112 0.040
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3000 0.6222 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0125 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0764 0.888 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0764 0.801 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1519 0.739 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.3063 0.178 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0764 0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.0581 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.5443 -0.443 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.236 0.036 0.356 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.5605 -0.351 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.200 0.340 0.064 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-018 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-019 2 0.2839 0.418 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-021 4 0.2925 0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 8 0.1398 0.714 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2089 0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-029 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-030 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-031 7 0.0930 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.0119 0.708 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-033 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2545 0.536 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.180 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4999 -0.264 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.324 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1971 0.808 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2925 0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.1876 0.814 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.2839 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4793 0.426 0.000 0.084 0.396 0.000 0.000 0.488 0.008 0.024 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.0000 0.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2925 0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0821 0.974 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3063 0.178 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.2431 0.863 0.000 0.000 0.000 0.820 0.020 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.4429 0.310 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.480 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.2508 0.418 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-054 8 0.4929 0.125 0.000 0.012 0.392 0.000 0.000 0.168 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2925 0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2854 0.843 0.000 0.000 0.000 0.768 0.028 0.204 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2925 0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.6126 -0.100 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.160 0.360 0.236 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5736 -0.338 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.172 0.332 0.096 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.1587 0.931 0.000 0.012 0.000 0.000 0.912 0.000 0.072 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4285 0.164 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.316 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.3134 -0.268 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-067 3 0.3070 0.532 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0821 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-073 6 0.4022 0.313 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.600 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 8 0.4699 0.125 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.172 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.1033 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4238 0.279 0.568 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 8 0.0565 0.730 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0581 0.739 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.2001 0.735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1570 0.877 0.912 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0119 0.943 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.0810 0.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.2145 0.632 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3055 0.354 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1356 0.880 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1940 0.814 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.3913 0.524 0.236 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096 0.664 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.4449 0.363 0.052 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.048 0.584 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0212 0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0446 0.933 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0212 0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0296 0.911 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1741 0.841 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0515 0.726 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.0982 0.734 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 9 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-147 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3063 0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-150 2 0.2839 0.418 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0119 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0426 0.833 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0426 0.853 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1253 0.765 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1450 0.754 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.2972 0.610 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0836 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.1096 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.944 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.1902 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.020 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.2099 0.734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2197 0.611 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3061 0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-022 8 0.1124 0.832 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1966 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.0937 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.1079 0.856 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.0113 0.798 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4578 -0.230 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1938 0.808 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3061 0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.1790 0.818 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.2197 0.691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2197 0.677 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0426 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3061 0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-047 5 0.0113 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 9 0.2972 0.610 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.2393 0.784 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1079 0.773 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.2949 0.351 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-054 6 0.1880 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3061 0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3004 0.731 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3061 0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.4145 0.478 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.248 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.1961 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.152 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0888 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3663 0.356 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2332 0.645 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-067 3 0.0113 0.973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0888 0.918 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 9 0.3790 0.400 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0555 0.783 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0492 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0426 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4089 0.224 0.548 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 8 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.1909 0.767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1499 0.880 0.912 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0113 0.942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.0202 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.1450 0.801 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2943 0.324 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1334 0.880 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1880 0.818 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.3149 0.670 0.176 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.068 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.3726 0.527 0.024 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.040 0.648 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0282 0.939 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0426 0.933 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0202 0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0492 0.857 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1727 0.839 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.0426 0.872 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.1033 0.858 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-144 10 0.1033 0.858 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2197 0.611 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0113 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:pam 134 2.17e-24 2.93e-28 2
#> SD:pam 135 3.34e-52 4.28e-27 3
#> SD:pam 135 5.98e-63 2.02e-35 4
#> SD:pam 131 6.80e-75 4.11e-33 5
#> SD:pam 123 1.61e-78 2.48e-31 6
#> SD:pam 121 3.99e-78 5.53e-30 7
#> SD:pam 119 7.56e-74 1.68e-30 8
#> SD:pam 115 2.11e-66 2.72e-27 9
#> SD:pam 129 4.37e-75 1.36e-29 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.957 0.949 0.976 0.41149 0.588 0.588
#> 3 3 0.726 0.842 0.907 0.28158 0.887 0.811
#> 4 4 0.938 0.940 0.974 0.31964 0.753 0.531
#> 5 5 0.835 0.911 0.908 0.06749 0.950 0.843
#> 6 6 0.910 0.902 0.949 0.11154 0.882 0.580
#> 7 7 0.936 0.874 0.948 0.03548 0.931 0.640
#> 8 8 0.915 0.809 0.917 0.01878 0.980 0.865
#> 9 9 0.928 0.869 0.933 0.00901 0.954 0.690
#> 10 10 0.920 0.838 0.905 0.00864 0.977 0.820
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 6 7 8 9
There is also optional best \(k\) = 2 4 6 7 8 9 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.260 0.9539 0.044 0.956
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.625 0.8278 0.844 0.156
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.844 0.6444 0.728 0.272
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-040 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.605 0.8244 0.852 0.148
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.958 0.4174 0.380 0.620
#> dkfz_11-049 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-050 1 0.563 0.8571 0.868 0.132
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 1 0.443 0.8992 0.908 0.092
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-057 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-058 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.615 0.8328 0.848 0.152
#> dkfz_11-063 1 0.595 0.8426 0.856 0.144
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.999 0.0969 0.484 0.516
#> dkfz_11-074 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.595 0.8426 0.856 0.144
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-137 2 0.242 0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.991 0.2087 0.556 0.444
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.9824 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.4589 0.830 0.820 0.172 0.008
#> dkfz_11-003 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-006 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.6416 0.598 0.616 0.376 0.008
#> dkfz_11-009 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.3030 0.880 0.904 0.092 0.004
#> dkfz_11-012 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-013 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-014 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-015 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-016 3 0.8408 0.437 0.344 0.100 0.556
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-022 1 0.2796 0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0592 0.902 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.6252 0.648 0.648 0.344 0.008
#> dkfz_11-025 1 0.5928 0.709 0.696 0.296 0.008
#> dkfz_11-026 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-037 1 0.3528 0.876 0.892 0.092 0.016
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-040 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.8477 0.314 0.380 0.524 0.096
#> dkfz_11-043 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-044 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-045 1 0.5502 0.762 0.744 0.248 0.008
#> dkfz_11-046 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.5662 0.805 0.092 0.808 0.100
#> dkfz_11-049 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-050 1 0.3375 0.875 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 1 0.3375 0.875 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-057 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-058 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-061 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-062 3 0.8408 0.437 0.344 0.100 0.556
#> dkfz_11-063 3 0.8408 0.437 0.344 0.100 0.556
#> dkfz_11-064 1 0.6229 0.653 0.652 0.340 0.008
#> dkfz_11-065 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.2711 0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2066 0.891 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.5815 0.782 0.104 0.800 0.096
#> dkfz_11-074 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-075 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-091 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-094 1 0.3295 0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2796 0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.8569 0.308 0.392 0.100 0.508
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.2711 0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.2711 0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-117 1 0.2796 0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2066 0.891 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2878 0.880 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2796 0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-137 2 0.2878 0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.6404 0.480 0.344 0.012 0.644
#> dkfz_11-140 1 0.2711 0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 1 0.6318 0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0469 0.986 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2760 0.825 0.128 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.3356 0.757 0.176 0.824 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.2647 0.861 0.000 0.880 0.000 0.120
#> dkfz_11-043 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0336 0.966 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2973 0.834 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1118 0.938 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.4866 0.372 0.596 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0921 0.933 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.1118 0.955 0.000 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3219 0.808 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3801 0.732 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3688 0.747 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0921 0.932 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.2408 0.862 0.896 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.1022 0.929 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.4713 0.480 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.4972 0.215 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3569 0.764 0.804 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0469 0.986 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3791 0.740 0.004 0.796 0.200 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4730 0.471 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0162 0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.1544 0.909 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.2179 0.872 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-011 5 0.5158 0.831 0.080 0.264 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-012 5 0.3612 0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4283 0.627 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-015 5 0.3612 0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-016 5 0.3586 0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2505 0.861 0.888 0.092 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-023 1 0.2233 0.874 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3816 0.282 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.2074 0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3612 0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-038 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.1851 0.896 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-042 5 0.3796 0.919 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-043 5 0.3612 0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-044 5 0.5600 0.760 0.116 0.268 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-045 2 0.1121 0.924 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.2074 0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-048 2 0.0510 0.956 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3586 0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-051 1 0.2074 0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3612 0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-055 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3661 0.945 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> dkfz_11-062 5 0.3586 0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-063 5 0.3586 0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1197 0.918 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-070 1 0.5864 0.384 0.600 0.164 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-071 1 0.3123 0.820 0.812 0.004 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-072 3 0.5589 0.389 0.000 0.128 0.628 0.000 0.244
#> dkfz_11-073 2 0.0671 0.955 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3612 0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0162 0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.1671 0.897 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-096 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-097 1 0.0162 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-099 5 0.3586 0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-100 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-101 1 0.2074 0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-102 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-103 1 0.0162 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0609 0.896 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-105 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-106 1 0.3661 0.716 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2020 0.894 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-109 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-110 1 0.2179 0.893 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-113 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-114 1 0.2179 0.875 0.896 0.004 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-115 1 0.3684 0.710 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0880 0.891 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-119 1 0.2516 0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1168 0.893 0.960 0.032 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2074 0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-126 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-127 1 0.0162 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-129 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1671 0.897 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-132 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-133 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-134 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-135 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-139 5 0.3715 0.946 0.000 0.260 0.004 0.000 0.736
#> dkfz_11-140 1 0.0880 0.891 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-142 1 0.2329 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.2074 0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4202 0.683 0.000 0.712 0.00 0 0.064 0.224
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0692 0.923 0.000 0.004 0.00 0 0.976 0.020
#> dkfz_11-005 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.0508 0.926 0.000 0.004 0.00 0 0.984 0.012
#> dkfz_11-008 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0692 0.923 0.000 0.004 0.00 0 0.976 0.020
#> dkfz_11-011 6 0.2260 0.839 0.000 0.000 0.00 0 0.140 0.860
#> dkfz_11-012 6 0.0937 0.897 0.000 0.000 0.00 0 0.040 0.960
#> dkfz_11-013 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 6 0.1349 0.895 0.000 0.004 0.00 0 0.056 0.940
#> dkfz_11-015 6 0.1141 0.897 0.000 0.000 0.00 0 0.052 0.948
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.888 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1644 0.913 0.920 0.004 0.00 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0603 0.925 0.000 0.004 0.00 0 0.980 0.016
#> dkfz_11-024 2 0.3288 0.675 0.000 0.724 0.00 0 0.000 0.276
#> dkfz_11-025 6 0.2378 0.796 0.000 0.152 0.00 0 0.000 0.848
#> dkfz_11-026 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.0777 0.921 0.000 0.004 0.00 0 0.972 0.024
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0692 0.923 0.000 0.004 0.00 0 0.976 0.020
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0405 0.926 0.000 0.004 0.00 0 0.988 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2165 0.852 0.000 0.884 0.00 0 0.008 0.108
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.888 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.2146 0.881 0.880 0.004 0.00 0 0.116 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.2048 0.828 0.000 0.120 0.00 0 0.000 0.880
#> dkfz_11-043 6 0.1141 0.897 0.000 0.000 0.00 0 0.052 0.948
#> dkfz_11-044 6 0.1204 0.895 0.000 0.000 0.00 0 0.056 0.944
#> dkfz_11-045 6 0.3376 0.694 0.000 0.220 0.00 0 0.016 0.764
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2092 0.843 0.000 0.876 0.00 0 0.000 0.124
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.888 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 5 0.1411 0.904 0.060 0.004 0.00 0 0.936 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0937 0.874 0.000 0.040 0.00 0 0.000 0.960
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1657 0.893 0.000 0.016 0.00 0 0.056 0.928
#> dkfz_11-062 6 0.1075 0.881 0.000 0.000 0.00 0 0.048 0.952
#> dkfz_11-063 6 0.3076 0.681 0.000 0.000 0.00 0 0.240 0.760
#> dkfz_11-064 2 0.3151 0.710 0.000 0.748 0.00 0 0.000 0.252
#> dkfz_11-065 2 0.3843 0.246 0.000 0.548 0.00 0 0.000 0.452
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 5 0.0692 0.923 0.000 0.004 0.00 0 0.976 0.020
#> dkfz_11-070 6 0.3756 0.460 0.000 0.000 0.00 0 0.400 0.600
#> dkfz_11-071 5 0.0692 0.923 0.000 0.004 0.00 0 0.976 0.020
#> dkfz_11-072 3 0.3828 0.154 0.000 0.000 0.56 0 0.000 0.440
#> dkfz_11-073 2 0.2092 0.843 0.000 0.876 0.00 0 0.000 0.124
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0937 0.897 0.000 0.000 0.00 0 0.040 0.960
#> dkfz_11-091 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3013 0.842 0.000 0.088 0.00 0 0.068 0.844
#> dkfz_11-095 1 0.1858 0.900 0.904 0.004 0.00 0 0.092 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3584 0.546 0.688 0.004 0.00 0 0.308 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0405 0.961 0.988 0.004 0.00 0 0.008 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.888 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1219 0.911 0.048 0.004 0.00 0 0.948 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0603 0.925 0.016 0.004 0.00 0 0.980 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0405 0.961 0.988 0.004 0.00 0 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1219 0.904 0.000 0.004 0.00 0 0.948 0.048
#> dkfz_11-107 5 0.0935 0.919 0.032 0.004 0.00 0 0.964 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1285 0.934 0.944 0.004 0.00 0 0.052 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1219 0.937 0.948 0.004 0.00 0 0.048 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1644 0.895 0.076 0.004 0.00 0 0.920 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0405 0.961 0.988 0.004 0.00 0 0.008 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1219 0.904 0.000 0.004 0.00 0 0.948 0.048
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.2442 0.845 0.144 0.004 0.00 0 0.852 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0405 0.961 0.988 0.004 0.00 0 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2772 0.808 0.180 0.004 0.00 0 0.816 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3489 0.645 0.288 0.004 0.00 0 0.708 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.3785 0.809 0.152 0.004 0.00 0 0.780 0.064
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0405 0.926 0.008 0.004 0.00 0 0.988 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3265 0.716 0.248 0.004 0.00 0 0.748 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2738 0.812 0.176 0.004 0.00 0 0.820 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2053 0.884 0.888 0.004 0.00 0 0.108 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.888 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 5 0.2703 0.818 0.172 0.004 0.00 0 0.824 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0405 0.961 0.988 0.004 0.00 0 0.008 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0260 0.898 0.000 0.992 0.00 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3516 0.3390 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.0134 0.9960 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0334 0.9601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0134 0.9229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.3516 0.4230 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-025 6 0.0468 0.9179 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 7 0.0422 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-036 2 0.0134 0.9177 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.2154 0.7902 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-042 6 0.0268 0.9220 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-043 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0555 0.9153 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.3008 0.5976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> dkfz_11-048 6 0.3237 0.5345 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0134 0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0134 0.9229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0134 0.9229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3667 0.0539 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.460 0.004
#> dkfz_11-065 6 0.2729 0.7215 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3321 0.5015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0134 0.9644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3489 0.2271 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3237 0.5345 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0134 0.9640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0468 0.9179 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-095 7 0.2453 0.7478 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0134 0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-098 1 0.3475 0.3891 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.3413 0.3591 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-101 7 0.0134 0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-104 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-105 1 0.3280 0.5397 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-106 5 0.0863 0.9394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-108 7 0.2572 0.7235 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.2326 0.7686 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-111 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-112 1 0.3122 0.6031 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3139 0.5612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-115 5 0.1625 0.8855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-118 1 0.3423 0.4471 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-119 5 0.2655 0.7294 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-120 7 0.0134 0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0134 0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-123 7 0.0268 0.9062 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0134 0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-131 7 0.2453 0.7478 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0134 0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3450 0.4196 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.1166 0.8684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3193 0.5160 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-003 8 0.3329 -0.1658 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-004 5 0.0224 0.9691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1293 0.8289 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2433 0.7414 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-009 4 0.1195 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0313 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.1368 0.8373 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924 0.000 0.072
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.2985 0.5013 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> dkfz_11-015 6 0.1646 0.8056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> dkfz_11-016 6 0.0125 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0544 0.9569 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0224 0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 4 0.1195 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3360 0.4574 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.404
#> dkfz_11-025 8 0.1912 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0224 0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.9607 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0681 0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-035 7 0.2459 0.6741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2605 0.7158 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-037 6 0.2672 0.6289 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.1840 0.7595 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2208 0.7032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> dkfz_11-043 6 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0125 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 8 0.1840 0.7381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.3278 0.2684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.1849 0.6778 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0681 0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-054 6 0.3083 0.4371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0926 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-062 6 0.0313 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0313 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3310 0.5097 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.380
#> dkfz_11-065 8 0.1989 0.7166 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.892
#> dkfz_11-066 3 0.0681 0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-067 3 0.0224 0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3244 0.3087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3844 0.3216 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.404 0.000 0.032
#> dkfz_11-073 8 0.1849 0.6778 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880
#> dkfz_11-074 4 0.1195 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-075 6 0.0125 0.8713 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0471 0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.4621 0.2160 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.492
#> dkfz_11-095 7 0.2082 0.7287 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0125 0.8568 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3321 0.2841 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0125 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.3333 0.0521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3229 0.4348 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0313 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.2380 0.6715 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.2208 0.7088 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3119 0.5107 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3303 0.2236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0471 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3315 0.3055 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2352 0.7441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0471 0.8463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0868 0.9612 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1726 0.7840 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.2208 0.7082 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0125 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3318 0.2948 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0681 0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-144 3 0.0224 0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0224 0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0224 0.9603 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-148 2 0.0125 0.8590 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0681 0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.3203 0.3682 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0119 0.8660 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.1451 0.9209 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.016
#> dkfz_11-003 7 0.1765 0.8004 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.900 0.000 0.032
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0212 0.9528 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0821 0.9364 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.1207 0.9562 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.000 0.020
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2176 0.7980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0876 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0994 0.9386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 6 0.0876 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0876 0.8464 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0930 0.8518 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-021 4 0.1275 0.9540 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.000 0.024
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1546 0.9144 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.016
#> dkfz_11-025 7 0.1675 0.8684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2089 0.7696 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1313 0.8339 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.1876 0.9180 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.1596 0.9344 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-035 8 0.1519 0.7886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1058 0.9363 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 6 0.0645 0.9438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.1558 0.8363 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.1843 0.8441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0373 0.9453 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0446 0.9409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.1636 0.8705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.892 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2716 0.6570 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.1560 0.8556 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 8 0.0515 0.8654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0296 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-053 9 0.2302 0.8564 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-054 6 0.0706 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0296 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0296 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-061 6 0.0821 0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.1224 0.8890 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.1940 0.8100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1451 0.9209 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.016
#> dkfz_11-065 7 0.1008 0.8780 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.020 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 9 0.1558 0.9396 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-067 3 0.2627 0.6420 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2994 0.3212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3873 0.2406 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-073 7 0.1560 0.8556 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012
#> dkfz_11-074 4 0.1207 0.9562 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.000 0.020
#> dkfz_11-075 6 0.0645 0.9453 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0296 0.8680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0296 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-094 2 0.4091 0.5716 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.200 0.120 0.000 0.012
#> dkfz_11-095 8 0.1741 0.8273 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 8 0.2681 0.6671 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.2327 0.7306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-101 8 0.0296 0.8735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0212 0.8763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-104 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 8 0.3149 0.2241 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.1971 0.8045 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 8 0.2173 0.7803 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-111 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3143 -0.0913 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2780 0.6384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0119 0.8709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 8 0.3048 0.4531 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.1670 0.8016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0296 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-122 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 8 0.0581 0.8656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0939 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012
#> dkfz_11-125 8 0.0119 0.8780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0119 0.9586 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 8 0.1670 0.8297 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0296 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 4 0.0212 0.9828 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 8 0.2893 0.5769 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.1558 0.9396 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-144 9 0.1596 0.8947 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0930 0.8518 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-147 3 0.0296 0.8636 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0930 0.8443 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3077 0.4572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0426 0.8840 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-002 2 0.3229 0.6475 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-003 9 0.2105 0.1932 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.104 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0113 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0113 0.8631 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.3058 0.3629 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 9 0.2979 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2234 0.7187 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.192 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0202 0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.1851 0.8196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0202 0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0356 0.9575 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8844 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0356 0.8791 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0888 0.8780 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-021 9 0.2979 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3242 0.6430 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0492 0.7419 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1821 0.8089 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8844 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1033 0.8691 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.0615 0.9372 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.0555 0.9358 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-035 8 0.1189 0.8157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2746 0.7353 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0113 0.9644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.0786 0.8452 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.3807 0.6553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.660 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0202 0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0113 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0492 0.7419 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2806 0.6776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.256 0.016 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.2802 0.7093 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 8 0.2965 0.0807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.2244 0.7622 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> dkfz_11-054 6 0.0492 0.9522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0282 0.9880 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 9 0.2999 0.8272 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.2979 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0202 0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2104 0.7942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.844 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.3309 0.0720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.460 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3229 0.6475 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.0315 0.7432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.0356 0.9413 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-067 3 0.2623 0.6155 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1098 0.8424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3584 0.1843 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-073 7 0.2802 0.7093 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-074 9 0.2979 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0202 0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0558 0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3852 0.5213 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.036 0.376 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.1485 0.8214 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 8 0.3076 0.7099 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.052 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0282 0.9596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.2490 0.7349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.196 0.016 0.000
#> dkfz_11-101 8 0.2983 0.0198 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 8 0.3289 0.6624 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0356 0.8731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.2020 0.7815 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 8 0.1909 0.7823 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 8 0.3416 0.6177 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.052 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2750 0.6900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.244 0.016 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0356 0.8731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 8 0.3179 0.6904 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.052 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.1430 0.8387 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.068 0.016 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 9 0.3003 0.8139 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 8 0.1445 0.8234 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0356 0.9575 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.0000 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 8 0.3076 0.7099 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.052 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.0356 0.9413 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-144 10 0.0356 0.9270 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0888 0.8780 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8844 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0356 0.8791 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3012 0.6101 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.308 0.016 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:mclust 133 5.49e-27 2.77e-14 2
#> SD:mclust 130 3.02e-47 3.28e-23 3
#> SD:mclust 132 1.51e-70 1.07e-28 4
#> SD:mclust 133 2.78e-83 6.48e-28 5
#> SD:mclust 133 6.32e-99 6.21e-39 6
#> SD:mclust 128 1.73e-97 8.53e-45 7
#> SD:mclust 122 1.11e-90 5.25e-41 8
#> SD:mclust 130 6.77e-89 6.07e-42 9
#> SD:mclust 130 8.67e-81 3.46e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.817 0.959 0.955 0.3611 0.594 0.594
#> 3 3 1.000 0.963 0.983 0.1924 0.961 0.934
#> 4 4 0.741 0.887 0.924 0.3046 0.830 0.694
#> 5 5 0.750 0.886 0.940 0.0455 0.977 0.942
#> 6 6 0.720 0.843 0.904 0.0118 1.000 1.000
#> 7 7 0.720 0.858 0.907 0.0216 0.984 0.957
#> 8 8 0.727 0.859 0.933 0.0134 0.997 0.992
#> 9 9 0.757 0.842 0.926 0.0136 1.000 0.999
#> 10 10 0.847 0.830 0.932 0.0265 0.987 0.964
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.9358 0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.9358 0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-018 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-021 2 0.9358 0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-022 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-029 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-030 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-039 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-040 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-041 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> dkfz_11-042 2 0.9358 0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-053 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-056 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-057 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-058 2 0.6712 0.876 0.176 0.824
#> dkfz_11-059 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-060 2 0.9358 0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-067 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.6343 0.887 0.160 0.840
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-096 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-109 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-113 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-129 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-130 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-133 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-134 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-135 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-136 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-137 2 0.5842 0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-138 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-142 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-143 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-144 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-147 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.4431 0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 2 0.5650 0.619 0.312 0.688 0
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 2 0.5650 0.619 0.312 0.688 0
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-021 2 0.5650 0.619 0.312 0.688 0
#> dkfz_11-022 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-038 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-039 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-040 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-041 1 0.0237 0.993 0.996 0.004 0
#> dkfz_11-042 2 0.5650 0.619 0.312 0.688 0
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-049 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-056 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-057 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-058 2 0.1860 0.822 0.052 0.948 0
#> dkfz_11-059 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-060 2 0.5650 0.619 0.312 0.688 0
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-074 2 0.1411 0.831 0.036 0.964 0
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-096 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-109 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-113 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 2 0.3879 0.746 0.152 0.848 0
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-129 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-130 1 0.0237 0.993 0.996 0.004 0
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-133 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-134 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-135 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-136 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-137 2 0.0747 0.840 0.016 0.984 0
#> dkfz_11-138 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-142 1 0.0747 0.986 0.984 0.016 0
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4477 0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.4477 0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4477 0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-022 1 0.4477 0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3688 0.837 0.208 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.4356 0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.3801 0.526 0.220 0.780 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.4477 0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3688 0.815 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.1474 0.818 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-059 2 0.4996 -0.571 0.484 0.516 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4477 0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.1118 0.826 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.4888 -0.322 0.412 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.4543 0.957 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.4543 0.957 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0188 0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.4477 0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0188 0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.4999 -0.595 0.492 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.4543 0.956 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.4477 0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.4356 0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0188 0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.4477 0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.3074 0.746 0.000 0.152 0.000 0.848
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.4564 0.953 0.672 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.4382 0.953 0.704 0.296 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.4356 0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.4382 0.263 0.296 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.4564 0.953 0.672 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.4985 0.683 0.532 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.4500 0.960 0.684 0.316 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.4356 0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.4356 0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.3444 0.623 0.184 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.4543 0.957 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.4605 0.943 0.664 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0404 0.991 0.012 0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 4 0.4805 0.488 0.040 0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 4 0.4805 0.488 0.040 0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4805 0.488 0.040 0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-022 1 0.2966 0.882 0.816 0 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0404 0.991 0.012 0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 1 0.2732 0.864 0.840 0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-039 4 0.0794 0.763 0.028 0 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3366 0.583 0.232 0 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-042 4 0.4805 0.488 0.040 0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.1270 0.612 0.948 0 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-056 4 0.0510 0.768 0.016 0 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2139 0.735 0.032 0 0.000 0.916 0.052
#> dkfz_11-059 1 0.4300 0.464 0.524 0 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-060 4 0.4805 0.488 0.040 0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 3 0.0404 0.991 0.012 0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 4 0.0963 0.755 0.000 0 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 5 0.4256 -0.196 0.436 0 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-096 1 0.3143 0.875 0.796 0 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 1 0.3074 0.880 0.804 0 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-103 5 0.0162 0.975 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 1 0.2929 0.880 0.820 0 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 5 0.0162 0.975 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-108 1 0.4304 0.440 0.516 0 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-109 1 0.3210 0.865 0.788 0 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 1 0.2966 0.882 0.816 0 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-113 1 0.2732 0.864 0.840 0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0162 0.975 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-118 1 0.2929 0.880 0.820 0 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 4 0.3649 0.635 0.040 0 0.000 0.808 0.152
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 1 0.3109 0.878 0.800 0 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 1 0.2773 0.868 0.836 0 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-129 1 0.2732 0.864 0.840 0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-130 5 0.3857 0.356 0.312 0 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 1 0.3109 0.878 0.800 0 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-133 1 0.4249 0.573 0.568 0 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-134 1 0.3003 0.882 0.812 0 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-135 1 0.2732 0.864 0.840 0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-136 4 0.0609 0.767 0.020 0 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.772 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2732 0.864 0.840 0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-139 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 5 0.3074 0.665 0.196 0 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-141 1 0.3074 0.880 0.804 0 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-142 1 0.3177 0.871 0.792 0 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-143 3 0.0404 0.991 0.012 0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0404 0.991 0.012 0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.996 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.979 0.000 0 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.4002 0.700 0.036 NA 0.704 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-003 4 0.6085 0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288 0
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-009 4 0.6085 0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288 0
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-021 4 0.6085 0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288 0
#> dkfz_11-022 1 0.2664 0.882 0.816 NA 0.000 0.000 0.184 0
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.4002 0.700 0.036 NA 0.704 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-034 6 0.0000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-038 1 0.2454 0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160 0
#> dkfz_11-039 4 0.2697 0.616 0.000 NA 0.000 0.812 0.000 0
#> dkfz_11-040 4 0.1387 0.643 0.000 NA 0.000 0.932 0.000 0
#> dkfz_11-041 5 0.3023 0.583 0.232 NA 0.000 0.000 0.768 0
#> dkfz_11-042 4 0.6085 0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288 0
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-048 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-054 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.1141 0.612 0.948 NA 0.000 0.000 0.052 0
#> dkfz_11-056 4 0.2562 0.622 0.000 NA 0.000 0.828 0.000 0
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 4 0.4152 0.554 0.000 NA 0.000 0.664 0.032 0
#> dkfz_11-059 1 0.3862 0.464 0.524 NA 0.000 0.000 0.476 0
#> dkfz_11-060 4 0.6085 0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288 0
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.2843 0.811 0.036 NA 0.848 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-073 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-074 4 0.3539 0.600 0.000 NA 0.000 0.756 0.024 0
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-095 5 0.3823 -0.196 0.436 NA 0.000 0.000 0.564 0
#> dkfz_11-096 1 0.2823 0.875 0.796 NA 0.000 0.000 0.204 0
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.2762 0.880 0.804 NA 0.000 0.000 0.196 0
#> dkfz_11-103 5 0.0146 0.975 0.004 NA 0.000 0.000 0.996 0
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.2631 0.880 0.820 NA 0.000 0.000 0.180 0
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-107 5 0.0146 0.975 0.004 NA 0.000 0.000 0.996 0
#> dkfz_11-108 1 0.3866 0.441 0.516 NA 0.000 0.000 0.484 0
#> dkfz_11-109 1 0.2883 0.865 0.788 NA 0.000 0.000 0.212 0
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-112 1 0.2664 0.882 0.816 NA 0.000 0.000 0.184 0
#> dkfz_11-113 1 0.2454 0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160 0
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 5 0.0146 0.975 0.004 NA 0.000 0.000 0.996 0
#> dkfz_11-118 1 0.2631 0.880 0.820 NA 0.000 0.000 0.180 0
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-124 4 0.5334 0.489 0.000 NA 0.000 0.552 0.128 0
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.2793 0.878 0.800 NA 0.000 0.000 0.200 0
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.2491 0.868 0.836 NA 0.000 0.000 0.164 0
#> dkfz_11-129 1 0.2454 0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160 0
#> dkfz_11-130 5 0.3464 0.356 0.312 NA 0.000 0.000 0.688 0
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.2793 0.878 0.800 NA 0.000 0.000 0.200 0
#> dkfz_11-133 1 0.3817 0.573 0.568 NA 0.000 0.000 0.432 0
#> dkfz_11-134 1 0.2697 0.882 0.812 NA 0.000 0.000 0.188 0
#> dkfz_11-135 1 0.2454 0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160 0
#> dkfz_11-136 4 0.3482 0.283 0.000 NA 0.000 0.684 0.000 0
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 1 0.2454 0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160 0
#> dkfz_11-139 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-140 5 0.2762 0.665 0.196 NA 0.000 0.000 0.804 0
#> dkfz_11-141 1 0.2762 0.880 0.804 NA 0.000 0.000 0.196 0
#> dkfz_11-142 1 0.2854 0.871 0.792 NA 0.000 0.000 0.208 0
#> dkfz_11-143 3 0.4728 0.522 0.052 NA 0.556 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-144 3 0.4720 0.528 0.052 NA 0.560 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 6 0.3552 0.7005 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532 0
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 2 0.4603 0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000 0
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 5 0.0134 0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 5 0.0134 0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-009 2 0.4603 0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000 0
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-021 2 0.4603 0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000 0
#> dkfz_11-022 1 0.2190 0.8661 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 6 0.3552 0.7005 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532 0
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 5 0.0134 0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-038 1 0.1966 0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0
#> dkfz_11-039 4 0.3334 0.5078 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-040 4 0.2081 0.7568 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 5 0.2784 0.6019 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0
#> dkfz_11-042 2 0.4603 0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000 0
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 5 0.0134 0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-054 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.0239 0.5609 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-056 4 0.3280 0.5329 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 2 0.3590 -0.0919 0.000 0.592 0.000 0.404 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-059 1 0.3552 0.4311 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0
#> dkfz_11-060 2 0.4603 0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000 0
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.2453 0.5870 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-073 5 0.0134 0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-074 4 0.3670 0.2418 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 5 0.3520 -0.1338 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0
#> dkfz_11-096 1 0.2391 0.8594 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.2326 0.8653 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0
#> dkfz_11-103 5 0.0134 0.9750 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.2154 0.8644 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 5 0.0134 0.9751 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-108 1 0.3559 0.3853 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0
#> dkfz_11-109 1 0.2484 0.8440 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 1 0.2225 0.8671 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0
#> dkfz_11-113 1 0.1966 0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 5 0.0134 0.9750 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-118 1 0.2154 0.8644 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 2 0.4413 0.3560 0.000 0.628 0.000 0.288 0.084 0.000 0
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.2359 0.8631 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.2005 0.8516 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0
#> dkfz_11-129 1 0.1966 0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0
#> dkfz_11-130 5 0.3206 0.3773 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.2326 0.8655 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0
#> dkfz_11-133 1 0.3514 0.4851 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0
#> dkfz_11-134 1 0.2259 0.8671 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0
#> dkfz_11-135 1 0.1966 0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0
#> dkfz_11-136 2 0.5651 -0.4348 0.004 0.392 0.000 0.364 0.000 0.240 0
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 1 0.1966 0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0
#> dkfz_11-139 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 5 0.2543 0.6790 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0
#> dkfz_11-141 1 0.2326 0.8654 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0
#> dkfz_11-142 1 0.2422 0.8553 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0
#> dkfz_11-143 6 0.3089 0.7142 0.004 0.004 0.240 0.000 0.000 0.752 0
#> dkfz_11-144 6 0.2855 0.7223 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 2 0.3015 0.609 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.2114 0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.840
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0125 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0125 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-009 8 0.2114 0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.840
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.2114 0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.840
#> dkfz_11-022 1 0.1982 0.863 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.2970 0.618 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0125 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.1765 0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3303 0.242 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> dkfz_11-040 4 0.2352 0.700 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0 0.192
#> dkfz_11-041 5 0.2605 0.606 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2114 0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.840
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0125 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0125 0.553 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.3283 0.283 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0 0.428
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2833 0.417 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0 0.724
#> dkfz_11-059 1 0.3323 0.419 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.2114 0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.840
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2352 0.698 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0125 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-074 8 0.3258 0.117 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0 0.588
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3294 -0.118 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2177 0.856 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2114 0.862 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0125 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1947 0.861 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0125 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3331 0.371 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2296 0.835 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.2016 0.864 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1765 0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0125 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1947 0.861 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.2236 0.531 0.000 0.000 0.000 0.160 0.004 0.000 0 0.836
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2146 0.860 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1803 0.848 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1765 0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3000 0.385 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2114 0.862 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3289 0.497 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2049 0.864 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1765 0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.0125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1765 0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2380 0.682 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2114 0.862 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.2208 0.852 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.2204 0.455 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.156
#> dkfz_11-144 2 0.0224 0.517 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 8 0.2699 0.6492 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0 0 0.720 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 9 0.1843 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0 0 0.000 0.860
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0212 0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0212 0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 9 0.1843 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0 0 0.000 0.860
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0507 0.9555 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0 0 0.012 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0414 0.9565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0 0.012 0.004
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0414 0.9567 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0 0 0.000 0.012
#> dkfz_11-021 9 0.1843 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0 0 0.000 0.860
#> dkfz_11-022 1 0.1633 0.8499 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0699 0.9487 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000 0 0 0.000 0.028
#> dkfz_11-029 3 0.0507 0.9555 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0 0 0.012 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0414 0.9566 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0 0 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.2645 0.6555 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0 0 0.732 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0119 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.1398 0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3126 0.2214 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0 0 0.000 0.444
#> dkfz_11-040 4 0.2226 0.6954 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0 0 0.000 0.192
#> dkfz_11-041 5 0.2569 0.5864 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 9 0.1843 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0 0 0.000 0.860
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0212 0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0414 0.9567 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0 0 0.000 0.012
#> dkfz_11-054 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3410 0.0430 0.660 0.312 0.000 0.000 0.000 0 0 0.004 0.024
#> dkfz_11-056 4 0.3107 0.2647 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0 0 0.000 0.428
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 9 0.2681 0.4548 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0 0 0.000 0.724
#> dkfz_11-059 1 0.3122 0.4399 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.1843 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0 0 0.000 0.860
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2465 0.6300 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0 0 0.232 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0212 0.9571 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0414 0.9565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0 0.012 0.004
#> dkfz_11-073 5 0.0212 0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-074 9 0.3084 0.1565 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0 0 0.000 0.588
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3143 -0.1588 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1843 0.8439 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0212 0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0296 0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0296 0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1776 0.8496 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0446 0.9607 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1596 0.8481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0296 0.9683 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3137 0.3950 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1971 0.8234 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0446 0.9605 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0296 0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.1670 0.8510 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1398 0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0212 0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0373 0.9644 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1596 0.8481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0212 0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0296 0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 9 0.2001 0.5634 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0 0 0.000 0.840
#> dkfz_11-125 5 0.0296 0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1810 0.8475 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0212 0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1439 0.8344 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1398 0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2905 0.3652 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0212 0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1776 0.8498 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3070 0.4921 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1706 0.8512 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1398 0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1398 0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0515 0.9565 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2398 0.6547 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1776 0.8497 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.1876 0.8398 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.2839 0.0000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0 0 0.316 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.1386 -0.0197 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0 0 0.916 0.080
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0414 0.9567 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0 0 0.000 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.0414 0.9565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0 0.012 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0492 0.9530 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0 0 0.000 0.016
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 8 0.2288 0.711 0.000 0 0.220 0.000 0.000 0 0.000 0.780 0.000 0
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 7 0.1661 0.767 0.000 0 0.000 0.000 0.128 0 0.872 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-004 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 5 0.0740 0.954 0.008 0 0.000 0.000 0.968 0 0.020 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-006 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-007 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 5 0.0740 0.954 0.008 0 0.000 0.000 0.968 0 0.020 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-009 7 0.1661 0.767 0.000 0 0.000 0.000 0.128 0 0.872 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-010 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0949 0.915 0.000 0 0.948 0.000 0.000 0 0.048 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-018 3 0.0786 0.918 0.000 0 0.960 0.000 0.000 0 0.036 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-019 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-020 3 0.0954 0.915 0.004 0 0.952 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.040 0
#> dkfz_11-021 7 0.1661 0.767 0.000 0 0.000 0.000 0.128 0 0.872 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-022 1 0.0937 0.791 0.944 0 0.000 0.000 0.056 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-023 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 5 0.0113 0.971 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-027 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.1648 0.881 0.008 0 0.888 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.104 0
#> dkfz_11-029 3 0.0949 0.915 0.000 0 0.948 0.000 0.000 0 0.048 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-030 3 0.0949 0.914 0.004 0 0.948 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.048 0
#> dkfz_11-031 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 8 0.2221 0.718 0.000 0 0.208 0.000 0.000 0 0.000 0.792 0.000 0
#> dkfz_11-033 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 10 0.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 5 0.0202 0.969 0.008 0 0.000 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 5 0.0429 0.964 0.008 0 0.000 0.000 0.984 0 0.004 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-038 1 0.0930 0.766 0.952 0 0.000 0.000 0.040 0 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-039 4 0.2983 0.211 0.000 0 0.000 0.556 0.000 0 0.444 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-040 4 0.2124 0.693 0.000 0 0.000 0.808 0.000 0 0.192 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 5 0.2623 0.537 0.292 0 0.000 0.000 0.708 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-042 7 0.1661 0.767 0.000 0 0.000 0.000 0.128 0 0.872 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-043 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 5 0.0740 0.954 0.008 0 0.000 0.000 0.968 0 0.020 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 5 0.0202 0.971 0.008 0 0.000 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0954 0.915 0.004 0 0.952 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.040 0
#> dkfz_11-054 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 9 0.2332 0.000 0.228 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.772 0
#> dkfz_11-056 4 0.2965 0.255 0.000 0 0.000 0.572 0.000 0 0.428 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 7 0.2559 0.474 0.000 0 0.000 0.276 0.000 0 0.724 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-059 1 0.2884 0.389 0.620 0 0.000 0.000 0.380 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 7 0.1661 0.767 0.000 0 0.000 0.000 0.128 0 0.872 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 5 0.0113 0.971 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-066 3 0.2979 0.542 0.000 0 0.696 0.000 0.000 0 0.004 0.288 0.012 0
#> dkfz_11-067 3 0.0652 0.919 0.004 0 0.972 0.000 0.000 0 0.004 0.020 0.000 0
#> dkfz_11-068 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-069 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0786 0.918 0.000 0 0.960 0.000 0.000 0 0.036 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-073 5 0.0740 0.954 0.008 0 0.000 0.000 0.968 0 0.020 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-074 7 0.2943 0.176 0.000 0 0.000 0.412 0.000 0 0.588 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-092 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 1 0.3005 0.256 0.524 0 0.000 0.000 0.476 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-096 1 0.1211 0.789 0.920 0 0.000 0.000 0.080 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-097 5 0.0356 0.967 0.016 0 0.000 0.000 0.984 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 5 0.0729 0.949 0.040 0 0.000 0.000 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 5 0.0784 0.945 0.044 0 0.000 0.000 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.1124 0.794 0.928 0 0.000 0.000 0.072 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-103 5 0.1033 0.925 0.064 0 0.000 0.000 0.936 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.1050 0.790 0.940 0 0.000 0.000 0.056 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 5 0.0615 0.956 0.032 0 0.000 0.000 0.968 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 1 0.2916 0.374 0.604 0 0.000 0.000 0.396 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 1 0.1373 0.765 0.904 0 0.000 0.000 0.096 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-110 5 0.0673 0.953 0.036 0 0.000 0.000 0.964 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 5 0.0615 0.955 0.032 0 0.000 0.000 0.968 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 1 0.1145 0.795 0.932 0 0.000 0.000 0.064 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-113 1 0.0930 0.766 0.952 0 0.000 0.000 0.040 0 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-114 5 0.0356 0.967 0.016 0 0.000 0.000 0.984 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 5 0.0784 0.945 0.044 0 0.000 0.000 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 1 0.1050 0.790 0.940 0 0.000 0.000 0.056 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 5 0.0615 0.955 0.032 0 0.000 0.000 0.968 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 5 0.0729 0.949 0.040 0 0.000 0.000 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.972 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 7 0.1909 0.584 0.000 0 0.000 0.160 0.000 0 0.840 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-125 5 0.0784 0.945 0.044 0 0.000 0.000 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.1168 0.793 0.924 0 0.000 0.000 0.076 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-127 5 0.0356 0.967 0.016 0 0.000 0.000 0.984 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.0984 0.771 0.948 0 0.000 0.000 0.044 0 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-129 1 0.0930 0.766 0.952 0 0.000 0.000 0.040 0 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-130 5 0.2884 0.290 0.380 0 0.000 0.000 0.620 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 5 0.0356 0.967 0.016 0 0.000 0.000 0.984 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.1124 0.795 0.928 0 0.000 0.000 0.072 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-133 1 0.2795 0.427 0.656 0 0.000 0.000 0.344 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-134 1 0.1033 0.795 0.936 0 0.000 0.000 0.064 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-135 1 0.0930 0.766 0.952 0 0.000 0.000 0.040 0 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-136 6 0.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.862 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 1 0.0930 0.766 0.952 0 0.000 0.000 0.040 0 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-139 5 0.0937 0.934 0.056 0 0.000 0.000 0.944 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 5 0.2524 0.591 0.268 0 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 1 0.1124 0.795 0.928 0 0.000 0.000 0.072 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-142 1 0.1253 0.784 0.916 0 0.000 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-144 8 0.3044 0.322 0.024 0 0.000 0.000 0.000 0 0.072 0.796 0.108 0
#> dkfz_11-145 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-146 3 0.0605 0.920 0.000 0 0.972 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.024 0
#> dkfz_11-147 3 0.0786 0.918 0.000 0 0.960 0.000 0.000 0 0.036 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-148 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-149 3 0.1435 0.893 0.008 0 0.916 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.072 0
#> dkfz_11-150 5 0.0315 0.967 0.008 0 0.000 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-151 5 0.0113 0.972 0.004 0 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> CV:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> CV:hclust 132 1.16e-71 1.23e-47 4
#> CV:hclust 126 1.14e-69 1.95e-48 5
#> CV:hclust 124 1.94e-68 1.24e-47 6
#> CV:hclust 126 1.42e-61 6.42e-44 7
#> CV:hclust 124 3.18e-60 3.79e-44 8
#> CV:hclust 122 5.40e-59 2.77e-43 9
#> CV:hclust 122 5.40e-59 2.77e-43 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.570 0.927 0.920 0.3134 0.594 0.594
#> 3 3 0.605 0.890 0.896 0.5249 0.961 0.934
#> 4 4 0.807 0.964 0.944 0.2785 0.796 0.633
#> 5 5 0.754 0.784 0.896 0.1134 0.987 0.965
#> 6 6 0.757 0.652 0.840 0.0651 0.986 0.960
#> 7 7 0.759 0.651 0.819 0.0535 0.867 0.617
#> 8 8 0.739 0.781 0.808 0.0399 0.934 0.718
#> 9 9 0.791 0.758 0.861 0.0277 0.993 0.961
#> 10 10 0.784 0.758 0.843 0.0163 0.994 0.967
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-004 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-010 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-018 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-021 2 0.9044 0.713 0.320 0.680
#> dkfz_11-022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-029 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-030 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.4562 0.708 0.096 0.904
#> dkfz_11-035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-040 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-053 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-057 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-058 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-067 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-068 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> dkfz_11-073 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-117 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-137 2 0.7815 0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-144 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-147 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.9393 0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.7505 0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0424 0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.7447 0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-018 3 0.7447 0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.7505 0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-021 2 0.3619 0.746 0.136 0.864 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.7505 0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-029 3 0.7447 0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-030 3 0.7505 0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.7617 0.979 0.160 0.152 0.688
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.7380 0.838 0.088 0.228 0.684
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-039 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.5178 0.769 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-042 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0237 0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0424 0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-052 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.7505 0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-056 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-060 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.7447 0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-067 3 0.7505 0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0237 0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.7298 0.918 0.200 0.100 0.700
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0424 0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.5058 0.776 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-096 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-097 1 0.0424 0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-098 1 0.1860 0.886 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0237 0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 1 0.1753 0.888 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-102 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-103 1 0.1643 0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-104 1 0.0237 0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1643 0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-108 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-109 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-110 1 0.1753 0.888 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-111 1 0.1643 0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-112 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-113 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-114 1 0.0424 0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1643 0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-118 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-119 1 0.0237 0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.0747 0.900 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-121 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1643 0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-123 1 0.0237 0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1753 0.888 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-126 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-127 1 0.0424 0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-129 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-130 1 0.5216 0.766 0.740 0.000 0.260
#> dkfz_11-131 1 0.1643 0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-132 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-133 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-134 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-135 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-136 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.0747 0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-139 1 0.3879 0.830 0.848 0.000 0.152
#> dkfz_11-140 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-141 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-142 1 0.5560 0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-143 3 0.7672 0.978 0.160 0.156 0.684
#> dkfz_11-144 3 0.7617 0.979 0.160 0.152 0.688
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.7505 0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-147 3 0.7412 0.960 0.176 0.124 0.700
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.7447 0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0237 0.903 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.1733 0.977 0.024 0.000 0.948 0.028
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2469 0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0376 0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0376 0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0376 0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2469 0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1004 0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-018 3 0.1004 0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-019 2 0.0376 0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1004 0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-021 4 0.4956 0.773 0.108 0.116 0.000 0.776
#> dkfz_11-022 1 0.3539 0.944 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0921 0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-029 3 0.1004 0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-030 3 0.0921 0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2623 0.961 0.064 0.000 0.908 0.028
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2699 0.959 0.068 0.000 0.904 0.028
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0376 0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3925 0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0592 0.959 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.5220 0.590 0.568 0.424 0.008 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.2469 0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-043 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0524 0.986 0.008 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0921 0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3925 0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.2281 0.939 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-059 1 0.3933 0.920 0.792 0.200 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2469 0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0376 0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0921 0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-067 3 0.0921 0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-068 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.1059 0.976 0.000 0.012 0.972 0.016
#> dkfz_11-073 2 0.1004 0.967 0.024 0.972 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.1022 0.956 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.5295 0.420 0.504 0.488 0.008 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3539 0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0804 0.979 0.012 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3356 0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3681 0.944 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3725 0.940 0.812 0.180 0.008 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3539 0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0672 0.984 0.008 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3539 0.944 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.3925 0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3681 0.944 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2408 0.937 0.104 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-125 2 0.0524 0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3539 0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3681 0.944 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3925 0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.5220 0.591 0.568 0.424 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0336 0.990 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3356 0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3539 0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3539 0.944 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3925 0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.3925 0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.2048 0.910 0.064 0.928 0.008 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.3725 0.940 0.812 0.180 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3356 0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3356 0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2623 0.961 0.064 0.000 0.908 0.028
#> dkfz_11-144 3 0.2623 0.961 0.064 0.000 0.908 0.028
#> dkfz_11-145 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1004 0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-147 3 0.1059 0.976 0.000 0.012 0.972 0.016
#> dkfz_11-148 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1004 0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-150 2 0.0376 0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.1357 0.952087 0.004 0.048 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-003 4 0.4489 -0.202099 0.000 0.420 0.008 0.572 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 5 0.2773 0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-006 5 0.2773 0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 5 0.3003 0.772703 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-009 4 0.4481 -0.180192 0.000 0.416 0.008 0.576 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-013 5 0.2127 0.841416 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-014 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-015 5 0.0290 0.893423 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2773 0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.5834 0.000000 0.000 0.500 0.008 0.420 0.072
#> dkfz_11-022 1 0.1124 0.872260 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-025 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-026 5 0.2179 0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.2361 0.923604 0.012 0.096 0.892 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 3 0.3134 0.894013 0.032 0.120 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-037 5 0.2813 0.792971 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-038 1 0.3170 0.841829 0.856 0.104 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-039 4 0.1717 0.694725 0.004 0.052 0.008 0.936 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0451 0.735519 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.6552 0.154536 0.412 0.200 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-042 4 0.4562 -0.565907 0.000 0.496 0.008 0.496 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2179 0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-046 4 0.0451 0.735519 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0162 0.894156 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-048 5 0.3143 0.753985 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-049 4 0.0290 0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-051 5 0.2966 0.802695 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-052 4 0.0290 0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-055 1 0.3635 0.823053 0.824 0.132 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-056 4 0.0451 0.735519 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0290 0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.4317 0.215449 0.004 0.320 0.008 0.668 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.4272 0.722040 0.752 0.196 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-060 4 0.4481 -0.180192 0.000 0.416 0.008 0.576 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-065 5 0.2773 0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-066 3 0.0162 0.972349 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2179 0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.0290 0.893339 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3424 0.705812 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-074 4 0.3250 0.548401 0.004 0.168 0.008 0.820 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-091 5 0.2179 0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-092 5 0.2424 0.836250 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-093 4 0.0290 0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0162 0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-095 5 0.6530 0.000272 0.360 0.200 0.000 0.000 0.440
#> dkfz_11-096 1 0.1364 0.869998 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-097 5 0.2966 0.802695 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-098 5 0.3829 0.769124 0.028 0.196 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 5 0.0290 0.893274 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-101 5 0.3109 0.790484 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-102 1 0.1124 0.872058 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-103 5 0.3863 0.764828 0.028 0.200 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-104 5 0.2424 0.836250 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-105 1 0.1918 0.867126 0.928 0.036 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 5 0.4021 0.756316 0.036 0.200 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-108 1 0.4168 0.727274 0.756 0.200 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-109 1 0.1469 0.868613 0.948 0.016 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-110 5 0.3690 0.772911 0.020 0.200 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-111 5 0.3074 0.793665 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-112 1 0.0963 0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-113 1 0.2905 0.846917 0.868 0.096 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-114 5 0.3003 0.799778 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0290 0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3109 0.790484 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-118 1 0.1918 0.867126 0.928 0.036 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-119 5 0.0290 0.893274 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-120 5 0.3074 0.793665 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-121 4 0.0290 0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3074 0.793665 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-123 5 0.2732 0.818935 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-124 4 0.4218 0.185075 0.000 0.332 0.008 0.660 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3109 0.790484 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-126 1 0.1124 0.872058 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-127 5 0.2813 0.813717 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-128 1 0.2149 0.864111 0.916 0.048 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-129 1 0.2959 0.845148 0.864 0.100 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-130 1 0.6444 0.311816 0.484 0.200 0.000 0.000 0.316
#> dkfz_11-131 5 0.3039 0.796769 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-132 1 0.0963 0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-133 1 0.3165 0.806393 0.848 0.116 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-134 1 0.0963 0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-135 1 0.2959 0.845148 0.864 0.100 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-136 4 0.0740 0.728988 0.004 0.008 0.008 0.980 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0290 0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3170 0.841829 0.856 0.104 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-139 5 0.5452 0.608381 0.144 0.200 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-140 1 0.4168 0.727274 0.756 0.200 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-141 1 0.1124 0.872058 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-142 1 0.0963 0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-143 3 0.2677 0.911529 0.016 0.112 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2519 0.918991 0.016 0.100 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.2179 0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2179 0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2773 0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.1584 0.9140 0.000 0.064 0.928 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.3620 0.8686 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.5156 0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-006 5 0.5156 0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.5303 0.4001 0.000 0.232 0.000 0.000 0.596 0.172
#> dkfz_11-009 6 0.3634 0.8691 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.3991 0.5617 0.000 0.156 0.000 0.000 0.756 0.088
#> dkfz_11-014 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0632 0.7212 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0146 0.9417 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.5156 0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-020 3 0.0260 0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 6 0.3956 0.7549 0.000 0.004 0.000 0.252 0.028 0.716
#> dkfz_11-022 1 0.0363 0.8579 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.4283 0.5344 0.000 0.180 0.000 0.000 0.724 0.096
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0520 0.9413 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0146 0.9417 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0260 0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3551 0.8256 0.000 0.192 0.772 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4694 0.7633 0.004 0.212 0.684 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-035 5 0.0146 0.7265 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5156 0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-038 1 0.3575 0.7957 0.816 0.092 0.000 0.000 0.012 0.080
#> dkfz_11-039 4 0.2793 0.5382 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.6114 0.8894 0.300 0.364 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3448 0.8034 0.000 0.004 0.000 0.280 0.000 0.716
#> dkfz_11-043 5 0.4513 0.5053 0.000 0.212 0.000 0.000 0.692 0.096
#> dkfz_11-044 5 0.0363 0.7250 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0363 0.7226 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.5330 0.3953 0.000 0.232 0.000 0.000 0.592 0.176
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.3531 0.2702 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0260 0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.4643 0.7270 0.716 0.116 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 6 0.3833 0.7582 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> dkfz_11-059 1 0.4684 0.0582 0.592 0.352 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3634 0.8691 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-061 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.5156 0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-066 3 0.0291 0.9413 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0260 0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.4252 0.5382 0.000 0.176 0.000 0.000 0.728 0.096
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0458 0.7203 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.5481 0.3585 0.000 0.232 0.000 0.000 0.568 0.200
#> dkfz_11-074 4 0.3659 -0.1960 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> dkfz_11-075 5 0.0363 0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.4120 0.5522 0.000 0.160 0.000 0.000 0.744 0.096
#> dkfz_11-092 5 0.2631 0.5386 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.6060 -0.8514 0.260 0.364 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0820 0.8533 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3464 0.3023 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.4206 0.0948 0.024 0.356 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0146 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0363 0.7226 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3647 0.1745 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0622 0.8569 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3899 0.1273 0.008 0.364 0.000 0.000 0.628 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.2664 0.5329 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0993 0.8551 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.4230 0.0540 0.024 0.364 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4076 0.2335 0.620 0.364 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1225 0.8406 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.4218 0.0768 0.024 0.360 0.000 0.000 0.616 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3769 0.1744 0.004 0.356 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0508 0.8577 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2787 0.8230 0.872 0.072 0.000 0.000 0.012 0.044
#> dkfz_11-114 5 0.3515 0.2782 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3647 0.1745 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1151 0.8535 0.956 0.032 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0458 0.7203 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3634 0.1881 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3634 0.1881 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.3050 0.4524 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-124 6 0.3823 0.7718 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-125 5 0.3647 0.1745 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0622 0.8569 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3101 0.4358 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1624 0.8485 0.936 0.044 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-129 1 0.2948 0.8176 0.860 0.084 0.000 0.000 0.012 0.044
#> dkfz_11-130 2 0.6100 0.8802 0.352 0.364 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3592 0.2248 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0508 0.8577 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3314 0.5903 0.764 0.224 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0363 0.8579 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3025 0.8156 0.856 0.080 0.000 0.000 0.012 0.052
#> dkfz_11-136 4 0.1049 0.8811 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3575 0.7957 0.816 0.092 0.000 0.000 0.012 0.080
#> dkfz_11-139 5 0.5637 -0.5216 0.156 0.364 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4155 0.2155 0.616 0.364 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0622 0.8569 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0508 0.8577 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4254 0.7882 0.000 0.216 0.712 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-144 3 0.3864 0.8068 0.000 0.208 0.744 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-145 5 0.4026 0.5586 0.000 0.160 0.000 0.000 0.752 0.088
#> dkfz_11-146 3 0.0260 0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.4252 0.5382 0.000 0.176 0.000 0.000 0.728 0.096
#> dkfz_11-149 3 0.0260 0.9412 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.5156 0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-151 5 0.0146 0.7265 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.1943 0.8848 0.000 0.004 0.900 0.000 0.000 0.084 0.012
#> dkfz_11-002 5 0.0667 0.7643 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> dkfz_11-003 7 0.3349 0.8772 0.000 0.056 0.000 0.164 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3467 0.9410 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3423 0.9687 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3876 0.9654 0.000 0.596 0.000 0.000 0.384 0.020 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.3326 0.8780 0.000 0.052 0.000 0.168 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.1076 0.7514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> dkfz_11-013 5 0.3482 -0.4542 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0268 0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-015 5 0.1518 0.7329 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.032 0.036
#> dkfz_11-016 5 0.1157 0.7473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3423 0.9687 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0239 0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 7 0.3639 0.8339 0.000 0.104 0.000 0.108 0.008 0.000 0.780
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0334 0.7665 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0268 0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-026 5 0.3538 -0.5831 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0239 0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0239 0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4321 0.7759 0.000 0.036 0.720 0.000 0.000 0.180 0.064
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5459 0.6856 0.000 0.096 0.616 0.000 0.000 0.196 0.092
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0134 0.7722 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3944 0.9648 0.000 0.592 0.000 0.000 0.384 0.024 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.4133 0.7382 0.728 0.132 0.000 0.000 0.000 0.132 0.008
#> dkfz_11-039 4 0.3728 0.3596 0.000 0.012 0.000 0.684 0.000 0.012 0.292
#> dkfz_11-040 4 0.0479 0.9430 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.5293 0.6000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.228 0.512 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.3491 0.8394 0.000 0.108 0.000 0.112 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-043 5 0.4653 -0.6894 0.000 0.448 0.000 0.000 0.496 0.020 0.036
#> dkfz_11-044 5 0.0667 0.7650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> dkfz_11-045 5 0.0573 0.7665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-046 4 0.0667 0.9395 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0239 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4347 0.9461 0.000 0.592 0.000 0.000 0.364 0.024 0.020
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.1290 0.7431 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948 0.020 0.028
#> dkfz_11-051 5 0.3459 -0.3034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0134 0.9473 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0239 0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 5 0.0914 0.7573 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> dkfz_11-055 1 0.5980 0.5394 0.524 0.248 0.000 0.000 0.000 0.156 0.072
#> dkfz_11-056 4 0.0573 0.9411 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.3422 0.8233 0.000 0.008 0.000 0.248 0.000 0.012 0.732
#> dkfz_11-059 1 0.4230 -0.0626 0.488 0.000 0.000 0.000 0.036 0.476 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3301 0.8772 0.000 0.048 0.000 0.172 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-061 5 0.0755 0.7624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-062 5 0.0755 0.7624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0134 0.7722 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3423 0.9687 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0239 0.9266 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0134 0.9284 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.3542 -0.5949 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0239 0.7711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4763 0.8937 0.000 0.592 0.000 0.000 0.328 0.024 0.056
#> dkfz_11-074 7 0.4052 0.4291 0.000 0.008 0.000 0.456 0.000 0.012 0.524
#> dkfz_11-075 5 0.1076 0.7514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> dkfz_11-091 5 0.3520 -0.5301 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2293 0.5238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0268 0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-095 6 0.5283 0.6275 0.240 0.000 0.000 0.000 0.244 0.516 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0656 0.8558 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3206 0.0452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.4056 0.6225 0.024 0.000 0.000 0.000 0.472 0.504 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0573 0.7665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.0422 0.7660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.3561 0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0239 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3559 0.6094 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.2514 0.4568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0656 0.8609 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3988 0.6268 0.020 0.000 0.000 0.000 0.464 0.516 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3922 -0.0274 0.472 0.000 0.000 0.000 0.016 0.512 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1050 0.8405 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.3850 0.6200 0.012 0.000 0.000 0.000 0.476 0.512 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.3561 0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0239 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2940 0.7957 0.824 0.052 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3402 -0.2147 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0134 0.9473 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.3561 0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0656 0.8609 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0422 0.7660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3561 -0.5878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3562 -0.6106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2923 0.2763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.3089 0.8355 0.000 0.004 0.000 0.240 0.000 0.004 0.752
#> dkfz_11-125 6 0.3561 0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0239 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2832 0.3295 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1195 0.8536 0.948 0.012 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3142 0.7872 0.808 0.064 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.5188 0.4888 0.316 0.000 0.000 0.000 0.172 0.512 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3558 -0.5528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0239 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3206 0.4984 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3142 0.7874 0.808 0.064 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2013 0.8897 0.000 0.036 0.000 0.908 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.0134 0.9473 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.4133 0.7382 0.728 0.132 0.000 0.000 0.000 0.132 0.008
#> dkfz_11-139 6 0.5269 0.6538 0.216 0.000 0.000 0.000 0.268 0.516 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.3922 -0.0274 0.472 0.000 0.000 0.000 0.016 0.512 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0239 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0239 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4968 0.7262 0.000 0.056 0.656 0.000 0.000 0.208 0.080
#> dkfz_11-144 3 0.4596 0.7555 0.000 0.044 0.692 0.000 0.000 0.196 0.068
#> dkfz_11-145 5 0.3509 -0.5076 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0239 0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.3542 -0.5949 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3432 0.9653 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.2451 0.8185 0.000 0.004 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-002 5 0.1685 0.8485 0.000 0.008 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-003 7 0.2545 0.9092 0.000 0.048 0.000 0.108 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-004 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-005 2 0.2483 0.8247 0.000 0.812 0.000 0.000 0.180 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-006 2 0.2177 0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-008 2 0.3501 0.7986 0.000 0.768 0.000 0.000 0.160 0.052 0.000 NA
#> dkfz_11-009 7 0.2509 0.9110 0.000 0.040 0.000 0.116 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-010 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-012 5 0.2616 0.7960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.840 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-013 2 0.3244 0.7146 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 5 0.1664 0.8538 0.000 0.008 0.000 0.000 0.916 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-015 5 0.3413 0.7183 0.000 0.004 0.000 0.000 0.768 0.032 0.016 NA
#> dkfz_11-016 5 0.2556 0.7962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.840 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0125 0.9051 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 2 0.2177 0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 7 0.2590 0.8783 0.000 0.092 0.000 0.064 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-022 1 0.1216 0.8629 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 NA
#> dkfz_11-023 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-024 5 0.0681 0.8673 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 5 0.1384 0.8610 0.000 0.008 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-026 2 0.3142 0.7790 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0125 0.9050 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0125 0.9051 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.3476 0.6890 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-033 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.5118 0.5908 0.000 0.040 0.524 0.000 0.000 0.064 0.012 NA
#> dkfz_11-035 5 0.0224 0.8789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-036 5 0.0224 0.8791 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 2 0.3876 0.7966 0.000 0.748 0.000 0.000 0.160 0.052 0.004 NA
#> dkfz_11-038 1 0.4499 0.6944 0.704 0.012 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036 NA
#> dkfz_11-039 4 0.3444 0.2710 0.000 0.008 0.000 0.636 0.000 0.000 0.352 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0349 0.9420 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.4202 0.6543 0.148 0.000 0.000 0.000 0.192 0.660 0.000 NA
#> dkfz_11-042 7 0.2590 0.8781 0.000 0.092 0.000 0.064 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-043 2 0.4837 0.7699 0.000 0.600 0.000 0.000 0.256 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-044 5 0.1417 0.8569 0.000 0.004 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-045 5 0.1855 0.8433 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0475 0.9403 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-047 5 0.0313 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-048 2 0.3619 0.7902 0.000 0.760 0.000 0.000 0.156 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0125 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.2818 0.7719 0.000 0.008 0.000 0.000 0.816 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-051 5 0.3244 -0.2316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0125 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 5 0.1821 0.8421 0.000 0.008 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-055 1 0.6721 0.3771 0.412 0.060 0.000 0.000 0.000 0.124 0.112 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0475 0.9403 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 7 0.2485 0.8800 0.000 0.008 0.000 0.164 0.000 0.000 0.824 NA
#> dkfz_11-059 6 0.3714 0.1004 0.396 0.000 0.000 0.000 0.024 0.580 0.000 NA
#> dkfz_11-060 7 0.2509 0.9110 0.000 0.040 0.000 0.116 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-061 5 0.1821 0.8421 0.000 0.008 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-062 5 0.1724 0.8447 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-063 5 0.0349 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-064 5 0.0224 0.8791 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 2 0.2177 0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0224 0.9036 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 2 0.3142 0.7816 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-070 5 0.0395 0.8735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-071 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 2 0.3756 0.7836 0.000 0.756 0.000 0.000 0.152 0.068 0.004 NA
#> dkfz_11-074 7 0.3455 0.5887 0.000 0.008 0.000 0.356 0.000 0.000 0.632 NA
#> dkfz_11-075 5 0.2616 0.7960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.840 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-091 2 0.3212 0.7434 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 5 0.1605 0.7586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 5 0.1664 0.8538 0.000 0.008 0.000 0.000 0.916 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-095 6 0.4190 0.6641 0.140 0.000 0.000 0.000 0.200 0.660 0.000 NA
#> dkfz_11-096 1 0.1686 0.8446 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 NA
#> dkfz_11-097 5 0.2776 0.3914 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 NA
#> dkfz_11-098 6 0.3278 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 NA
#> dkfz_11-099 5 0.1162 0.8652 0.000 0.004 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-100 5 0.0313 0.8769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.3265 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-102 1 0.1341 0.8603 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-103 6 0.3244 0.7257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 NA
#> dkfz_11-104 5 0.1563 0.7648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-105 1 0.0224 0.8536 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-107 6 0.3203 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000 NA
#> dkfz_11-108 6 0.3562 0.2272 0.340 0.004 0.000 0.000 0.016 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-109 1 0.2216 0.8241 0.852 0.012 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 NA
#> dkfz_11-110 6 0.3251 0.7247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000 NA
#> dkfz_11-111 6 0.3265 0.7193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-112 1 0.1144 0.8628 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-113 1 0.2208 0.8070 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-114 5 0.3164 -0.0576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 NA
#> dkfz_11-115 5 0.0125 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0125 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-117 6 0.3265 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-118 1 0.0536 0.8505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-119 5 0.0313 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-120 6 0.3307 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 6 0.3278 0.7084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 NA
#> dkfz_11-123 5 0.2484 0.5506 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 NA
#> dkfz_11-124 7 0.2172 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-125 6 0.3265 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-126 1 0.1387 0.8593 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-127 5 0.2380 0.5886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000 NA
#> dkfz_11-128 1 0.0864 0.8457 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-129 1 0.2314 0.8036 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-130 6 0.4235 0.5594 0.208 0.000 0.000 0.000 0.140 0.652 0.000 NA
#> dkfz_11-131 6 0.3326 0.6007 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000 NA
#> dkfz_11-132 1 0.1387 0.8593 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-133 1 0.3360 0.4200 0.592 0.004 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 NA
#> dkfz_11-134 1 0.0983 0.8623 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 NA
#> dkfz_11-135 1 0.2770 0.7781 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-136 4 0.2446 0.8687 0.000 0.036 0.000 0.884 0.000 0.044 0.012 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0125 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-138 1 0.4499 0.6944 0.704 0.012 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036 NA
#> dkfz_11-139 6 0.4064 0.6903 0.108 0.000 0.000 0.000 0.224 0.668 0.000 NA
#> dkfz_11-140 6 0.3554 0.2583 0.332 0.000 0.000 0.000 0.024 0.644 0.000 NA
#> dkfz_11-141 1 0.1244 0.8617 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-142 1 0.1387 0.8593 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.3814 0.6386 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> dkfz_11-144 3 0.3629 0.6637 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-145 2 0.3212 0.7434 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 2 0.3142 0.7816 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0224 0.9042 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 2 0.2177 0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151 5 0.0224 0.8789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.2465 0.2840 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1964 0.8563 0.000 0.008 0.000 0.000 0.904 0.004 0.040 0.040 0.004
#> dkfz_11-003 9 0.1246 0.9250 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-004 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1458 0.7698 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1082 0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3260 0.7282 0.000 0.812 0.000 0.000 0.064 0.072 0.040 0.012 0.000
#> dkfz_11-009 9 0.1246 0.9250 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-010 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3447 0.7754 0.000 0.008 0.000 0.000 0.792 0.032 0.108 0.056 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.2978 0.6701 0.000 0.672 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1785 0.8620 0.000 0.008 0.000 0.000 0.912 0.004 0.032 0.044 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.4821 0.6015 0.000 0.008 0.000 0.000 0.648 0.056 0.192 0.084 0.012
#> dkfz_11-016 5 0.3429 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.788 0.032 0.116 0.056 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1082 0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0119 0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.1284 0.9129 0.000 0.032 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-022 1 0.0683 0.7832 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0706 0.8758 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1329 0.8713 0.000 0.004 0.000 0.000 0.940 0.004 0.024 0.028 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.2627 0.7361 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0119 0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0119 0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3148 -0.7893 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.5296 0.7692 0.000 0.012 0.396 0.000 0.000 0.044 0.468 0.056 0.024
#> dkfz_11-035 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0373 0.8842 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4119 0.7065 0.000 0.744 0.000 0.000 0.064 0.072 0.092 0.028 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.4320 0.2148 0.664 0.016 0.000 0.000 0.000 0.216 0.088 0.000 0.016
#> dkfz_11-039 4 0.3945 0.1910 0.000 0.004 0.000 0.572 0.000 0.008 0.012 0.016 0.388
#> dkfz_11-040 4 0.0424 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.3145 0.7435 0.092 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.008 0.788 0.000
#> dkfz_11-042 9 0.1282 0.9080 0.000 0.036 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-043 2 0.5668 0.6118 0.000 0.572 0.000 0.000 0.168 0.048 0.156 0.044 0.012
#> dkfz_11-044 5 0.2085 0.8520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.056 0.036 0.004
#> dkfz_11-045 5 0.2430 0.8399 0.000 0.008 0.000 0.000 0.872 0.008 0.056 0.052 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.0837 0.9221 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.008 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3685 0.7093 0.000 0.784 0.000 0.000 0.060 0.084 0.052 0.016 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4140 0.6923 0.000 0.016 0.000 0.000 0.720 0.036 0.164 0.060 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.3122 -0.1433 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0119 0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.2794 0.8234 0.000 0.008 0.000 0.000 0.848 0.020 0.072 0.048 0.004
#> dkfz_11-055 6 0.2825 0.0000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0802 0.9226 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 9 0.2161 0.9009 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000 0.008 0.012 0.016 0.888
#> dkfz_11-059 8 0.3531 0.4592 0.276 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008 0.684 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.1246 0.9250 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-061 5 0.2678 0.8291 0.000 0.008 0.000 0.000 0.856 0.016 0.068 0.048 0.004
#> dkfz_11-062 5 0.2658 0.8290 0.000 0.004 0.000 0.000 0.856 0.020 0.068 0.048 0.004
#> dkfz_11-063 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0212 0.8856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1082 0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0373 0.8809 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0119 0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2608 0.7391 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0212 0.8855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3781 0.6920 0.000 0.784 0.000 0.000 0.048 0.084 0.052 0.016 0.016
#> dkfz_11-074 9 0.3484 0.6183 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.008 0.012 0.012 0.680
#> dkfz_11-075 5 0.3410 0.7791 0.000 0.008 0.000 0.000 0.796 0.032 0.104 0.056 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.2732 0.7160 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.1131 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1723 0.8633 0.000 0.008 0.000 0.000 0.916 0.004 0.028 0.044 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.3141 0.7467 0.088 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.008 0.788 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1295 0.7625 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2681 0.4764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-098 8 0.2664 0.8180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1729 0.8629 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008 0.040 0.032 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 8 0.2664 0.8205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0930 0.7788 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.2589 0.8267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.1178 0.8358 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0414 0.7751 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 8 0.2569 0.8269 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.3091 0.5556 0.212 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008 0.756 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2801 0.6118 0.808 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.156 0.004
#> dkfz_11-110 8 0.2508 0.8241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-111 8 0.2663 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0810 0.7834 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2585 0.6427 0.856 0.008 0.000 0.000 0.000 0.072 0.052 0.000 0.012
#> dkfz_11-114 5 0.3070 0.0274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.2589 0.8267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0626 0.7662 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0212 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.2893 0.7490 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0119 0.9326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.2749 0.8022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2118 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-124 9 0.1910 0.9094 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.008 0.012 0.008 0.904
#> dkfz_11-125 8 0.2664 0.8205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1200 0.7700 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2001 0.7151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0786 0.7608 0.968 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2887 0.6201 0.836 0.016 0.000 0.000 0.000 0.072 0.064 0.000 0.012
#> dkfz_11-130 8 0.3161 0.6947 0.128 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.008 0.784 0.000
#> dkfz_11-131 8 0.2994 0.6768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0939 0.7808 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3443 0.0486 0.516 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.472 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0658 0.7823 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3309 0.5673 0.800 0.016 0.000 0.000 0.000 0.084 0.084 0.000 0.016
#> dkfz_11-136 4 0.3434 0.7842 0.000 0.016 0.000 0.796 0.000 0.116 0.040 0.024 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.4320 0.2148 0.664 0.016 0.000 0.000 0.000 0.216 0.088 0.000 0.016
#> dkfz_11-139 8 0.3005 0.7517 0.080 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.004 0.796 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.3032 0.5806 0.200 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008 0.764 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1100 0.7753 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.1151 0.7729 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.3126 0.8421 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 7 0.3155 0.7813 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2795 0.6988 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0119 0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2608 0.7391 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1082 0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0119 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.2524 0.1859 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-002 5 0.2020 0.8111 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.0693 0.9352 0.000 0.008 0.000 0.024 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0729 0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0729 0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4997 0.6423 0.000 0.660 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.060 0.052 0.136
#> dkfz_11-009 7 0.0667 0.9359 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0113 0.8570 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2735 0.6885 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.3022 0.6917 0.000 0.728 0.000 0.000 0.240 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2428 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 NA 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.4554 0.4464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 NA 0.008 0.028 0.028 0.028
#> dkfz_11-016 5 0.2772 0.6785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0729 0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0340 0.9456 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 7 0.0667 0.9216 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1182 0.7432 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-023 5 0.0356 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.1866 0.8142 0.000 0.080 0.000 0.000 0.888 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1901 0.8180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.2712 0.7466 0.000 0.784 0.000 0.000 0.184 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0453 0.9451 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0541 0.9432 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.3010 0.7345 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.4817 0.7018 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 NA 0.004 0.016 0.012 0.520
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.1021 0.8485 0.000 0.016 0.000 0.000 0.952 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5343 0.6291 0.000 0.608 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.068 0.024 0.108
#> dkfz_11-038 9 0.2996 0.6080 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3934 0.0983 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 NA 0.420 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0842 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.3124 0.7207 0.144 0.000 0.000 0.000 0.068 NA 0.008 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.0667 0.9216 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.5220 0.5205 0.000 0.488 0.000 0.000 0.104 NA 0.008 0.016 0.016 0.020
#> dkfz_11-044 5 0.2234 0.7967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 NA 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2633 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 NA 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1138 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.5269 0.6217 0.000 0.628 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.080 0.052 0.148
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3027 0.5881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 NA 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.3013 0.0457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 NA 0.000 0.392 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0429 0.9448 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 5 0.2541 0.7584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 9 0.5274 0.4737 0.196 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.024 0.572 0.116
#> dkfz_11-056 4 0.1138 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.1751 0.9077 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA 0.904 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 8 0.3280 0.4977 0.300 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.008 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0667 0.9359 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2397 0.7780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.2221 0.7886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0113 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0948 0.8493 0.000 0.012 0.000 0.000 0.956 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0729 0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0954 0.8891 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.004 0.040
#> dkfz_11-067 3 0.0429 0.9448 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.2687 0.7491 0.000 0.788 0.000 0.000 0.180 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0113 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0202 0.8568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.5381 0.6103 0.000 0.624 0.000 0.000 0.032 NA 0.008 0.080 0.052 0.152
#> dkfz_11-074 7 0.3309 0.6795 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 NA 0.720 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2722 0.6934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2832 0.7311 0.000 0.764 0.000 0.000 0.204 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0667 0.8364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2404 0.7952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 NA 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.3147 0.7293 0.136 0.000 0.000 0.000 0.076 NA 0.008 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1145 0.7497 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2397 0.5785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 NA 0.000 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 8 0.2649 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 NA 0.004 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1851 0.8160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 8 0.2559 0.8159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 NA 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0784 0.7637 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.2644 0.8214 0.008 0.000 0.000 0.000 0.252 NA 0.000 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.1122 0.8291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 NA 0.000 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1033 0.7069 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 8 0.2863 0.8140 0.020 0.000 0.000 0.000 0.232 NA 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.2717 0.6222 0.208 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.008 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2708 0.6309 0.820 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.120 0.000 0.008
#> dkfz_11-110 8 0.2560 0.8220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 NA 0.004 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 8 0.2733 0.8212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 NA 0.004 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0356 0.7605 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2470 0.3208 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2953 0.1700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 NA 0.000 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.2524 0.8190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 NA 0.000 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1294 0.6768 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.2789 0.7782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 NA 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.2623 0.8028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 NA 0.000 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.1961 0.7052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 NA 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.1081 0.9303 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 NA 0.948 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.2559 0.8159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 NA 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0986 0.7560 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1772 0.7365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 NA 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1559 0.6461 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2638 0.2047 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-130 8 0.3017 0.6892 0.168 0.000 0.000 0.000 0.044 NA 0.008 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 8 0.2923 0.6971 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 NA 0.000 0.644 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0729 0.7638 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3367 0.2099 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.384 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.7538 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2816 0.0931 0.680 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3892 0.7764 0.000 0.016 0.000 0.764 0.000 NA 0.012 0.040 0.076 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 9 0.3201 0.6097 0.460 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.3087 0.7397 0.124 0.000 0.000 0.000 0.088 NA 0.004 0.780 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.2655 0.6141 0.212 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.008 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0836 0.7622 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0937 0.7581 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.3399 0.8094 0.000 0.004 0.388 0.000 0.000 NA 0.004 0.004 0.008 0.592
#> dkfz_11-144 10 0.2993 0.7978 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-145 2 0.2899 0.7194 0.000 0.752 0.000 0.000 0.216 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0340 0.9456 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2687 0.7491 0.000 0.788 0.000 0.000 0.180 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0113 0.9455 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0729 0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:kmeans 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> CV:kmeans 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> CV:kmeans 135 4.68e-71 8.32e-44 4
#> CV:kmeans 126 8.44e-70 7.03e-44 5
#> CV:kmeans 105 6.24e-52 2.86e-34 6
#> CV:kmeans 113 1.27e-69 8.00e-36 7
#> CV:kmeans 127 4.05e-81 4.60e-41 8
#> CV:kmeans 125 5.25e-75 7.00e-40 9
#> CV:kmeans 125 6.52e-72 3.41e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.947 0.980 0.46111 0.540 0.540
#> 3 3 0.867 0.923 0.957 0.31361 0.850 0.725
#> 4 4 0.870 0.897 0.930 0.19737 0.823 0.580
#> 5 5 0.976 0.944 0.959 0.07083 0.955 0.831
#> 6 6 0.862 0.749 0.894 0.04011 0.975 0.890
#> 7 7 0.865 0.736 0.860 0.02358 0.970 0.856
#> 8 8 0.856 0.770 0.848 0.01418 0.975 0.869
#> 9 9 0.853 0.723 0.841 0.01387 0.990 0.939
#> 10 10 0.851 0.695 0.816 0.00943 0.985 0.910
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.9993 0.0357 0.484 0.516
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.2423 0.9429 0.040 0.960
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.1843 0.9554 0.028 0.972
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.9983 0.0583 0.476 0.524
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.2603 0.9386 0.044 0.956
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.9754 0.2868 0.408 0.592
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.9710 0.3439 0.600 0.400
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.5059 0.8633 0.888 0.112
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.4298 0.8901 0.912 0.088
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.7219 0.7478 0.800 0.200
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0376 0.9700 0.996 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.9775 0.3104 0.588 0.412
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-002 2 0.1529 0.938 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-003 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-004 2 0.3038 0.903 0.000 0.896 0.104
#> dkfz_11-005 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-007 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-008 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-009 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-010 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-011 2 0.2878 0.908 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-012 2 0.1860 0.931 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-013 2 0.0747 0.945 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-014 2 0.2959 0.906 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-015 2 0.6255 0.579 0.300 0.684 0.016
#> dkfz_11-016 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-017 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-018 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-019 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-021 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2878 0.908 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-024 2 0.0892 0.945 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-025 2 0.0747 0.943 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-026 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-027 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-028 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-029 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-030 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-031 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-032 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-033 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-034 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-035 2 0.5663 0.815 0.096 0.808 0.096
#> dkfz_11-036 2 0.1411 0.943 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-037 2 0.1031 0.944 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-040 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-043 2 0.1529 0.938 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-044 2 0.1015 0.942 0.012 0.980 0.008
#> dkfz_11-045 2 0.1289 0.939 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-046 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-047 1 0.8157 0.247 0.540 0.384 0.076
#> dkfz_11-048 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-049 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-050 2 0.2165 0.926 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-053 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-054 2 0.0237 0.945 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-057 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-058 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-061 2 0.0592 0.944 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-062 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-063 2 0.5467 0.830 0.072 0.816 0.112
#> dkfz_11-064 2 0.1643 0.940 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-065 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-067 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-068 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-069 2 0.3192 0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-070 2 0.8084 0.296 0.384 0.544 0.072
#> dkfz_11-071 2 0.3267 0.895 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-072 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-073 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-074 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-075 2 0.2356 0.921 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-091 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-094 2 0.2711 0.914 0.000 0.912 0.088
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1411 0.938 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-100 1 0.7660 0.424 0.612 0.324 0.064
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4469 0.792 0.852 0.120 0.028
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2959 0.906 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3116 0.832 0.892 0.108 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1031 0.941 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-116 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.5307 0.748 0.816 0.136 0.048
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0424 0.948 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-137 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-144 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-145 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-146 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-147 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-148 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.0747 1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-150 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-151 1 0.7953 0.308 0.564 0.368 0.068
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0524 0.922 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-004 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-005 4 0.4539 0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-006 4 0.4539 0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-007 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-008 4 0.4511 0.755 0.000 0.268 0.008 0.724
#> dkfz_11-009 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-010 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-013 4 0.4792 0.717 0.000 0.312 0.008 0.680
#> dkfz_11-014 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0921 0.919 0.028 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-019 4 0.4567 0.750 0.000 0.276 0.008 0.716
#> dkfz_11-020 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-024 4 0.4917 0.684 0.000 0.336 0.008 0.656
#> dkfz_11-025 2 0.1182 0.928 0.000 0.968 0.016 0.016
#> dkfz_11-026 4 0.4673 0.737 0.000 0.292 0.008 0.700
#> dkfz_11-027 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0779 0.939 0.004 0.980 0.016 0.000
#> dkfz_11-036 4 0.4955 0.672 0.000 0.344 0.008 0.648
#> dkfz_11-037 4 0.5127 0.696 0.000 0.356 0.012 0.632
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-040 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-043 2 0.1807 0.877 0.000 0.940 0.008 0.052
#> dkfz_11-044 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-045 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-047 2 0.1297 0.927 0.020 0.964 0.016 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.4511 0.755 0.000 0.268 0.008 0.724
#> dkfz_11-049 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-050 2 0.0188 0.934 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.1211 0.948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-053 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3196 0.746 0.000 0.856 0.008 0.136
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-057 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-058 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-061 2 0.0376 0.935 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-062 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-064 4 0.5055 0.631 0.000 0.368 0.008 0.624
#> dkfz_11-065 4 0.4539 0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-066 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-068 4 0.4746 0.726 0.000 0.304 0.008 0.688
#> dkfz_11-069 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0779 0.939 0.004 0.980 0.016 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.4511 0.755 0.000 0.268 0.008 0.724
#> dkfz_11-074 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-075 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-091 4 0.4697 0.734 0.000 0.296 0.008 0.696
#> dkfz_11-092 1 0.1940 0.910 0.924 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-094 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0188 0.983 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.5075 0.488 0.344 0.644 0.012 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.3311 0.746 0.172 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3528 0.751 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0592 0.972 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0592 0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3881 0.750 0.172 0.812 0.016 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0469 0.976 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.4961 0.197 0.448 0.552 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3024 0.821 0.852 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-137 4 0.1890 0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-145 4 0.4792 0.717 0.000 0.312 0.008 0.680
#> dkfz_11-146 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-148 4 0.4792 0.717 0.000 0.312 0.008 0.680
#> dkfz_11-149 3 0.0336 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-150 4 0.4539 0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-151 2 0.1406 0.923 0.024 0.960 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.2848 0.844 0.000 0.156 0 0.004 0.840
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-005 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-008 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-011 5 0.1205 0.947 0.000 0.040 0 0.004 0.956
#> dkfz_11-012 5 0.1041 0.948 0.000 0.032 0 0.004 0.964
#> dkfz_11-013 2 0.2069 0.950 0.000 0.912 0 0.076 0.012
#> dkfz_11-014 5 0.1430 0.944 0.000 0.052 0 0.004 0.944
#> dkfz_11-015 5 0.1282 0.947 0.000 0.044 0 0.004 0.952
#> dkfz_11-016 5 0.1282 0.947 0.000 0.044 0 0.004 0.952
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.1205 0.948 0.000 0.040 0 0.004 0.956
#> dkfz_11-024 2 0.2069 0.950 0.000 0.912 0 0.076 0.012
#> dkfz_11-025 5 0.1557 0.942 0.000 0.052 0 0.008 0.940
#> dkfz_11-026 2 0.2017 0.951 0.000 0.912 0 0.080 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0324 0.948 0.000 0.004 0 0.004 0.992
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0290 0.945 0.000 0.008 0 0.000 0.992
#> dkfz_11-036 2 0.2069 0.950 0.000 0.912 0 0.076 0.012
#> dkfz_11-037 2 0.4203 0.811 0.000 0.780 0 0.092 0.128
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.4440 0.015 0.000 0.528 0 0.004 0.468
#> dkfz_11-044 5 0.1478 0.943 0.000 0.064 0 0.000 0.936
#> dkfz_11-045 5 0.1502 0.943 0.000 0.056 0 0.004 0.940
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0510 0.942 0.000 0.016 0 0.000 0.984
#> dkfz_11-048 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.1357 0.945 0.000 0.048 0 0.004 0.948
#> dkfz_11-051 1 0.2864 0.860 0.864 0.024 0 0.000 0.112
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.4511 0.492 0.000 0.356 0 0.016 0.628
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1430 0.944 0.000 0.052 0 0.004 0.944
#> dkfz_11-062 5 0.1357 0.946 0.000 0.048 0 0.004 0.948
#> dkfz_11-063 5 0.0771 0.949 0.000 0.020 0 0.004 0.976
#> dkfz_11-064 2 0.2450 0.936 0.000 0.896 0 0.076 0.028
#> dkfz_11-065 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2069 0.950 0.000 0.912 0 0.076 0.012
#> dkfz_11-069 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-070 5 0.0510 0.944 0.000 0.016 0 0.000 0.984
#> dkfz_11-071 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1430 0.944 0.000 0.052 0 0.004 0.944
#> dkfz_11-091 2 0.2017 0.951 0.000 0.912 0 0.080 0.008
#> dkfz_11-092 1 0.4086 0.703 0.736 0.024 0 0.000 0.240
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1430 0.944 0.000 0.052 0 0.004 0.944
#> dkfz_11-095 1 0.0162 0.968 0.996 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1310 0.947 0.956 0.020 0 0.000 0.024
#> dkfz_11-098 1 0.0798 0.959 0.976 0.016 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-099 5 0.1638 0.942 0.000 0.064 0 0.004 0.932
#> dkfz_11-100 5 0.4197 0.628 0.244 0.028 0 0.000 0.728
#> dkfz_11-101 1 0.0162 0.968 0.996 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0451 0.965 0.988 0.008 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 5 0.1216 0.928 0.020 0.020 0 0.000 0.960
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-107 1 0.0162 0.968 0.996 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0566 0.964 0.984 0.012 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.4086 0.697 0.736 0.024 0 0.000 0.240
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.1943 0.918 0.924 0.020 0 0.000 0.056
#> dkfz_11-115 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0671 0.962 0.980 0.016 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0865 0.936 0.004 0.024 0 0.000 0.972
#> dkfz_11-120 1 0.2331 0.895 0.900 0.020 0 0.000 0.080
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0566 0.964 0.984 0.012 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 5 0.3812 0.703 0.204 0.024 0 0.000 0.772
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0324 0.966 0.992 0.004 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4167 0.673 0.724 0.024 0 0.000 0.252
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0162 0.968 0.996 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0798 0.958 0.976 0.008 0 0.000 0.016
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0566 0.963 0.984 0.012 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2017 0.951 0.000 0.912 0 0.080 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2069 0.950 0.000 0.912 0 0.076 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1952 0.951 0.000 0.912 0 0.084 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0162 0.946 0.000 0.004 0 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.5417 0.5073 0.000 0.116 0 0.000 0.420 0.464
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0632 0.5034 0.000 0.000 0 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-005 2 0.1074 0.9320 0.000 0.960 0 0.012 0.000 0.028
#> dkfz_11-006 2 0.0622 0.9354 0.000 0.980 0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.5054 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1074 0.9320 0.000 0.960 0 0.012 0.000 0.028
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0146 0.5052 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.3499 0.0884 0.000 0.000 0 0.000 0.680 0.320
#> dkfz_11-012 5 0.2854 0.2712 0.000 0.000 0 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-013 2 0.0508 0.9356 0.000 0.984 0 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 6 0.3868 0.6415 0.000 0.000 0 0.000 0.492 0.508
#> dkfz_11-015 5 0.3769 0.0550 0.004 0.000 0 0.000 0.640 0.356
#> dkfz_11-016 5 0.3695 0.0200 0.000 0.000 0 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0725 0.9345 0.000 0.976 0 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3482 0.0979 0.000 0.000 0 0.000 0.684 0.316
#> dkfz_11-024 2 0.0508 0.9356 0.000 0.984 0 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 5 0.3986 -0.6384 0.000 0.000 0 0.004 0.532 0.464
#> dkfz_11-026 2 0.0622 0.9356 0.000 0.980 0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.0405 0.5063 0.000 0.004 0 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0146 0.5059 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0260 0.5053 0.000 0.000 0 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1204 0.4917 0.000 0.000 0 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-036 2 0.1151 0.9271 0.000 0.956 0 0.012 0.000 0.032
#> dkfz_11-037 2 0.5222 0.5845 0.000 0.688 0 0.076 0.168 0.068
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.6049 -0.3118 0.000 0.416 0 0.000 0.292 0.292
#> dkfz_11-044 5 0.4300 -0.1679 0.000 0.008 0 0.008 0.540 0.444
#> dkfz_11-045 6 0.3866 0.6482 0.000 0.000 0 0.000 0.484 0.516
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2260 0.4260 0.000 0.000 0 0.000 0.860 0.140
#> dkfz_11-048 2 0.0993 0.9320 0.000 0.964 0 0.012 0.000 0.024
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4039 -0.1649 0.000 0.008 0 0.000 0.568 0.424
#> dkfz_11-051 1 0.3946 0.8096 0.768 0.004 0 0.000 0.076 0.152
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.6163 0.4249 0.000 0.220 0 0.008 0.356 0.416
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0146 0.9352 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3756 -0.0871 0.000 0.000 0 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-062 5 0.3774 -0.0789 0.000 0.000 0 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-063 5 0.3101 0.2910 0.000 0.000 0 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-064 2 0.1167 0.9222 0.000 0.960 0 0.012 0.020 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.0909 0.9333 0.000 0.968 0 0.012 0.000 0.020
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0820 0.9337 0.000 0.972 0 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.5054 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2442 0.4575 0.000 0.004 0 0.000 0.852 0.144
#> dkfz_11-071 5 0.1814 0.4361 0.000 0.000 0 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0993 0.9320 0.000 0.964 0 0.012 0.000 0.024
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3810 -0.1222 0.000 0.000 0 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-091 2 0.0622 0.9356 0.000 0.980 0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.6056 -0.0228 0.388 0.008 0 0.000 0.416 0.188
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3868 0.6342 0.000 0.000 0 0.000 0.496 0.504
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3253 0.8391 0.788 0.000 0 0.000 0.020 0.192
#> dkfz_11-098 1 0.2623 0.8824 0.852 0.000 0 0.000 0.016 0.132
#> dkfz_11-099 5 0.3727 -0.0691 0.000 0.000 0 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-100 5 0.4938 0.2177 0.136 0.004 0 0.000 0.664 0.196
#> dkfz_11-101 1 0.1327 0.9193 0.936 0.000 0 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.2234 0.8942 0.872 0.004 0 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-104 5 0.4718 0.2475 0.060 0.012 0 0.000 0.664 0.264
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1007 0.4984 0.000 0.000 0 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-107 1 0.1349 0.9208 0.940 0.004 0 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.2982 0.8673 0.828 0.008 0 0.000 0.012 0.152
#> dkfz_11-111 1 0.5679 0.5471 0.580 0.012 0 0.000 0.200 0.208
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.3975 0.7986 0.744 0.004 0 0.000 0.048 0.204
#> dkfz_11-115 5 0.0458 0.5049 0.000 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2513 0.8837 0.852 0.008 0 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2982 0.3933 0.012 0.004 0 0.000 0.820 0.164
#> dkfz_11-120 1 0.3834 0.8213 0.772 0.008 0 0.000 0.048 0.172
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2595 0.8748 0.836 0.004 0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-123 5 0.6022 0.0909 0.232 0.012 0 0.000 0.512 0.244
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2165 0.9001 0.884 0.008 0 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5461 0.5920 0.604 0.008 0 0.000 0.180 0.208
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0692 0.9309 0.976 0.004 0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-131 1 0.2312 0.8949 0.876 0.000 0 0.000 0.012 0.112
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0146 0.9965 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.2234 0.8939 0.872 0.004 0 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0622 0.9356 0.000 0.980 0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0820 0.9337 0.000 0.972 0 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0725 0.9346 0.000 0.976 0 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.1610 0.4877 0.000 0.000 0 0.000 0.916 0.084
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.5639 0.5499 0.000 0.104 0.000 0.000 0.296 0.540 0.060
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0924 0.6328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> dkfz_11-005 2 0.0660 0.9209 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.0573 0.9238 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-007 5 0.0582 0.6379 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0660 0.9209 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0373 0.6396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-011 5 0.4455 -0.3666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.396 0.060
#> dkfz_11-012 5 0.3751 0.0707 0.000 0.004 0.000 0.000 0.684 0.288 0.024
#> dkfz_11-013 2 0.0239 0.9230 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 6 0.5481 0.3593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.432 0.228
#> dkfz_11-015 6 0.4935 0.4371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.456 0.108
#> dkfz_11-016 6 0.4332 0.4590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.488 0.044
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0863 0.9165 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0134 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.4092 -0.4148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.436 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.0373 0.9229 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-025 5 0.5849 -0.3835 0.000 0.000 0.000 0.016 0.392 0.364 0.228
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1584 0.6317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0134 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0268 0.6384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.1001 0.6394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.024 0.016
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1363 0.6072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020 0.040
#> dkfz_11-036 2 0.1227 0.9110 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-037 2 0.6187 0.4543 0.000 0.592 0.000 0.076 0.160 0.124 0.048
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.6423 -0.3162 0.000 0.356 0.000 0.000 0.232 0.348 0.064
#> dkfz_11-044 6 0.5045 0.5432 0.000 0.004 0.000 0.000 0.336 0.536 0.124
#> dkfz_11-045 6 0.5427 0.3774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.464 0.228
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.3274 0.3824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.040 0.184
#> dkfz_11-048 2 0.0660 0.9209 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.4360 0.5958 0.000 0.008 0.000 0.000 0.328 0.616 0.048
#> dkfz_11-051 1 0.4523 0.5714 0.644 0.000 0.000 0.000 0.072 0.012 0.272
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.6306 0.5006 0.000 0.164 0.000 0.004 0.240 0.500 0.092
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0268 0.8740 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.4020 0.5562 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.548 0.024
#> dkfz_11-062 6 0.4072 0.5456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.552 0.028
#> dkfz_11-063 5 0.4184 0.1578 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.256 0.076
#> dkfz_11-064 2 0.0994 0.9045 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.0924 0.9221 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0863 0.9165 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-069 5 0.0334 0.6388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-070 5 0.3782 0.4572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.092 0.164
#> dkfz_11-071 5 0.2194 0.5851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.096 0.024
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0755 0.9212 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3776 0.5585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.580 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.0373 0.9229 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.5627 -0.5322 0.232 0.000 0.000 0.000 0.488 0.012 0.268
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.5456 0.3634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.444 0.224
#> dkfz_11-095 1 0.0422 0.8714 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3967 0.6599 0.680 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.280
#> dkfz_11-098 1 0.3726 0.7221 0.744 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.208
#> dkfz_11-099 6 0.5396 0.5390 0.000 0.020 0.000 0.000 0.352 0.504 0.124
#> dkfz_11-100 5 0.4906 -0.2741 0.060 0.000 0.000 0.000 0.624 0.044 0.272
#> dkfz_11-101 1 0.2086 0.8303 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.108
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.2613 0.7854 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.188
#> dkfz_11-104 7 0.4992 0.4255 0.016 0.000 0.000 0.000 0.444 0.072 0.468
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1902 0.6092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.040 0.052
#> dkfz_11-107 1 0.1977 0.8370 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.084
#> dkfz_11-108 1 0.0239 0.8738 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0134 0.8744 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 1 0.4046 0.6655 0.688 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.264
#> dkfz_11-111 1 0.5987 -0.0856 0.432 0.000 0.000 0.000 0.208 0.032 0.328
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4720 0.4497 0.564 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016 0.364
#> dkfz_11-115 5 0.0755 0.6334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3026 0.7511 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.220
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.3511 0.1878 0.008 0.000 0.000 0.000 0.736 0.020 0.236
#> dkfz_11-120 1 0.4684 0.5741 0.632 0.000 0.000 0.000 0.052 0.032 0.284
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3380 0.6897 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.284
#> dkfz_11-123 7 0.6180 0.5413 0.168 0.000 0.000 0.000 0.368 0.060 0.404
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2552 0.7910 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.180
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.6270 -0.2220 0.392 0.000 0.000 0.000 0.204 0.056 0.348
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1227 0.8579 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-131 1 0.3588 0.7423 0.764 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020 0.188
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3052 0.7511 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.224
#> dkfz_11-140 1 0.0504 0.8708 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0422 0.9235 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0996 0.9155 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0728 0.9207 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-151 5 0.3050 0.5226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.060 0.124
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0125 0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 6 0.6464 0.3224 0.000 0.096 0.000 0.000 0.184 0.504 0.152 0.064
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1756 0.7054 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.020 0.028 0.032
#> dkfz_11-005 2 0.1087 0.9210 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.016
#> dkfz_11-006 2 0.1308 0.9273 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.024
#> dkfz_11-007 5 0.1225 0.6954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1175 0.9206 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.016
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0706 0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4521 0.4933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.480 0.040 0.028
#> dkfz_11-012 5 0.4183 -0.0926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.328 0.044 0.016
#> dkfz_11-013 2 0.0743 0.9259 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> dkfz_11-014 7 0.4559 0.9267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.164 0.616 0.004
#> dkfz_11-015 6 0.5318 0.5658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.508 0.092 0.064
#> dkfz_11-016 6 0.4840 0.6304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.572 0.056 0.056
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1913 0.9141 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 0.044
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0251 0.8571 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.3924 0.6056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.568 0.024 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.0688 0.9274 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012 0.004
#> dkfz_11-025 7 0.5375 0.8377 0.000 0.000 0.000 0.012 0.272 0.176 0.524 0.016
#> dkfz_11-026 2 0.0962 0.9270 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.028
#> dkfz_11-027 5 0.2334 0.6982 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.032 0.044 0.040
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.1017 0.7082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.016 0.012
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.1884 0.7022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.048 0.008 0.036
#> dkfz_11-034 3 0.0224 0.9950 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-035 5 0.2006 0.7053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.032 0.020 0.044
#> dkfz_11-036 2 0.2828 0.8881 0.000 0.856 0.000 0.000 0.008 0.032 0.044 0.060
#> dkfz_11-037 2 0.7372 0.2660 0.000 0.476 0.008 0.120 0.168 0.080 0.080 0.068
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0125 0.8582 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.6766 0.2403 0.000 0.280 0.000 0.000 0.184 0.396 0.068 0.072
#> dkfz_11-044 6 0.5585 0.5539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.508 0.084 0.116
#> dkfz_11-045 7 0.4564 0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212 0.168 0.616 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.3871 0.6119 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.040 0.052 0.168
#> dkfz_11-048 2 0.1393 0.9192 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.020
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.4219 0.6334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.684 0.052 0.040
#> dkfz_11-051 1 0.4618 0.2625 0.572 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016 0.008 0.344
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0125 0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 6 0.6487 0.3829 0.000 0.160 0.000 0.004 0.160 0.508 0.124 0.044
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3758 0.6559 0.000 0.004 0.000 0.000 0.276 0.680 0.036 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.3691 0.6679 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.680 0.032 0.008
#> dkfz_11-063 5 0.4791 -0.2857 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.376 0.044 0.052
#> dkfz_11-064 2 0.1540 0.9115 0.000 0.932 0.000 0.000 0.032 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-065 2 0.1622 0.9251 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.024
#> dkfz_11-066 3 0.0125 0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2006 0.9117 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020 0.044
#> dkfz_11-069 5 0.0743 0.7031 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> dkfz_11-070 5 0.5016 0.4241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.164 0.052 0.164
#> dkfz_11-071 5 0.3102 0.6140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.080 0.080 0.020
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1247 0.9202 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3602 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.704 0.028 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.0908 0.9254 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.020
#> dkfz_11-092 5 0.5471 -0.4028 0.192 0.000 0.000 0.000 0.476 0.016 0.008 0.308
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.4431 0.9293 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.156 0.620 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1138 0.8409 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.024
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4261 0.4199 0.612 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.036 0.328
#> dkfz_11-098 1 0.3164 0.6471 0.736 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.244
#> dkfz_11-099 6 0.5357 0.5855 0.000 0.004 0.000 0.000 0.300 0.540 0.080 0.076
#> dkfz_11-100 5 0.5832 0.1040 0.040 0.000 0.000 0.000 0.504 0.048 0.100 0.308
#> dkfz_11-101 1 0.2585 0.7686 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.124
#> dkfz_11-102 1 0.0125 0.8582 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3158 0.6492 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.252
#> dkfz_11-104 8 0.6615 0.0678 0.044 0.012 0.000 0.000 0.356 0.076 0.120 0.392
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3316 0.6647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.060 0.060 0.068
#> dkfz_11-107 1 0.2516 0.7435 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.168
#> dkfz_11-108 1 0.0125 0.8577 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0224 0.8569 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-110 1 0.4047 0.4434 0.624 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024 0.332
#> dkfz_11-111 8 0.5728 0.4767 0.352 0.000 0.000 0.000 0.172 0.036 0.008 0.432
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4558 0.0282 0.492 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008 0.024 0.444
#> dkfz_11-115 5 0.1175 0.7088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.012 0.016 0.020
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3498 0.5695 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.296
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.3933 0.4371 0.008 0.000 0.000 0.000 0.664 0.008 0.032 0.288
#> dkfz_11-120 1 0.4175 0.3279 0.580 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.012 0.376
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3648 0.5731 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.284
#> dkfz_11-123 8 0.6438 0.4300 0.148 0.000 0.000 0.000 0.304 0.040 0.080 0.428
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2800 0.7172 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.196
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.6645 0.5831 0.280 0.000 0.000 0.000 0.156 0.064 0.076 0.424
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1417 0.8210 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> dkfz_11-131 1 0.3329 0.6459 0.740 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016 0.228
#> dkfz_11-132 1 0.0125 0.8579 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.0125 0.8582 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3501 0.6249 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.252
#> dkfz_11-140 1 0.0520 0.8522 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0125 0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1163 0.9264 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.020
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2081 0.9123 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024 0.040
#> dkfz_11-149 3 0.0125 0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.1584 0.9232 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.040
#> dkfz_11-151 5 0.4018 0.6246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.084 0.044 0.132
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.6499 0.39577 0.000 0.104 0.000 0.000 0.124 0.484 0.204 NA 0.024
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.2470 0.65432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.016 0.032 NA 0.020
#> dkfz_11-005 2 0.1750 0.87909 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0818 0.90861 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.1404 0.66021 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016 0.036 NA 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.1822 0.87624 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.1379 0.65740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.028 0.012 NA 0.012
#> dkfz_11-011 5 0.4615 -0.34258 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.452 0.060 NA 0.008
#> dkfz_11-012 5 0.5077 0.12032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576 0.280 0.072 NA 0.036
#> dkfz_11-013 2 0.0824 0.90700 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-014 7 0.3316 0.92743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.084 0.776 NA 0.008
#> dkfz_11-015 6 0.6123 0.47540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.460 0.068 NA 0.060
#> dkfz_11-016 6 0.5057 0.59318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.568 0.032 NA 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1478 0.89744 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0424 0.80699 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-023 6 0.4800 0.50363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.532 0.056 NA 0.024
#> dkfz_11-024 2 0.0881 0.90615 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-025 7 0.4558 0.82801 0.000 0.000 0.000 0.004 0.188 0.088 0.668 NA 0.012
#> dkfz_11-026 2 0.0424 0.90816 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.2703 0.65269 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.044 0.040 NA 0.020
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.1333 0.66556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012 0.016 NA 0.012
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2753 0.65652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.056 0.032 NA 0.028
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2434 0.66219 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 NA 0.040
#> dkfz_11-036 2 0.2169 0.87976 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.7565 0.14207 0.000 0.412 0.012 0.072 0.160 0.084 0.032 NA 0.040
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0331 0.80756 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.6893 0.34633 0.000 0.248 0.000 0.000 0.208 0.356 0.044 NA 0.020
#> dkfz_11-044 6 0.6106 0.48788 0.000 0.000 0.000 0.004 0.160 0.524 0.080 NA 0.156
#> dkfz_11-045 7 0.3111 0.92998 0.000 0.004 0.000 0.000 0.124 0.076 0.792 NA 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.4265 0.59790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.032 0.032 NA 0.164
#> dkfz_11-048 2 0.1822 0.87624 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3923 0.65369 0.000 0.004 0.000 0.000 0.168 0.736 0.036 NA 0.016
#> dkfz_11-051 1 0.4901 -0.14682 0.500 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.012 NA 0.392
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.6433 0.54705 0.000 0.108 0.000 0.000 0.144 0.524 0.096 NA 0.028
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0941 0.79524 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.036
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3660 0.65870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.716 0.048 NA 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.3648 0.66631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.724 0.028 NA 0.008
#> dkfz_11-063 5 0.5382 -0.08583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.344 0.028 NA 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.1765 0.89919 0.000 0.916 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012 NA 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.1606 0.90369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1712 0.89306 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0963 0.66139 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.5755 0.36230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.140 0.032 NA 0.228
#> dkfz_11-071 5 0.3093 0.61252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.040 0.096 NA 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1959 0.86818 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3076 0.66280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.784 0.032 NA 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.1127 0.90774 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.5765 -0.14145 0.148 0.000 0.000 0.000 0.444 0.008 0.024 NA 0.336
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2948 0.92974 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.076 0.792 NA 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1194 0.78889 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.036
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4965 -0.09806 0.500 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.028 NA 0.392
#> dkfz_11-098 1 0.3983 0.38904 0.644 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012 NA 0.296
#> dkfz_11-099 6 0.6357 0.52748 0.000 0.008 0.000 0.000 0.236 0.472 0.116 NA 0.068
#> dkfz_11-100 5 0.5582 0.38617 0.028 0.000 0.000 0.000 0.532 0.044 0.032 NA 0.296
#> dkfz_11-101 1 0.3353 0.60279 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.200
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3639 0.34200 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA 0.352
#> dkfz_11-104 5 0.6696 -0.00608 0.040 0.000 0.000 0.000 0.304 0.064 0.024 NA 0.284
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3898 0.61337 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.064 0.036 NA 0.060
#> dkfz_11-107 1 0.3378 0.62216 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA 0.160
#> dkfz_11-108 1 0.0414 0.80699 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-109 1 0.0119 0.80920 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-110 1 0.5066 -0.22984 0.468 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012 0.020 NA 0.416
#> dkfz_11-111 9 0.5790 0.65813 0.284 0.000 0.000 0.000 0.148 0.020 0.016 NA 0.488
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.4795 0.52450 0.332 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004 0.012 NA 0.556
#> dkfz_11-115 5 0.1508 0.66432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.032 NA 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3939 0.26255 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA 0.364
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.4405 0.52041 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.024 0.016 NA 0.280
#> dkfz_11-120 1 0.5131 -0.21475 0.476 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036 0.028 NA 0.408
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.4173 0.00232 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA 0.420
#> dkfz_11-123 9 0.7096 0.31174 0.136 0.000 0.000 0.000 0.236 0.036 0.052 NA 0.364
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3661 0.44539 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.296
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.6334 0.61274 0.192 0.000 0.000 0.000 0.104 0.040 0.048 NA 0.520
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1706 0.73338 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.124
#> dkfz_11-131 1 0.3756 0.46904 0.680 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008 NA 0.264
#> dkfz_11-132 1 0.0565 0.80307 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-133 1 0.0237 0.80898 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0567 0.98097 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3802 0.23396 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA 0.388
#> dkfz_11-140 1 0.1224 0.77160 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.076
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1719 0.90161 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1595 0.89362 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1478 0.90050 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.4220 0.61466 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.068 0.044 NA 0.116
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0226 0.9931 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-002 6 0.7063 0.3806 0.000 0.096 0.000 0.000 0.160 0.408 0.156 0.008 NA NA
#> dkfz_11-003 4 0.0113 0.9957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-004 5 0.2526 0.6582 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.016 0.016 0.012 NA NA
#> dkfz_11-005 2 0.1980 0.8563 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-006 2 0.0954 0.8874 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-007 5 0.1209 0.6689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-008 2 0.1805 0.8571 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-009 4 0.0113 0.9957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-010 5 0.1134 0.6702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.016 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-011 6 0.5206 0.3431 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.432 0.060 0.016 NA NA
#> dkfz_11-012 5 0.5033 0.1404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.256 0.088 0.000 NA NA
#> dkfz_11-013 2 0.1061 0.8853 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-014 7 0.2970 0.9157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.068 0.796 0.000 NA NA
#> dkfz_11-015 6 0.6486 0.4537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.440 0.068 0.064 NA NA
#> dkfz_11-016 6 0.5228 0.5499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.552 0.044 0.004 NA NA
#> dkfz_11-017 3 0.0113 0.9936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-018 3 0.0202 0.9933 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-019 2 0.1485 0.8742 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-020 3 0.0226 0.9932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-021 4 0.0226 0.9957 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-022 1 0.0952 0.7878 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA NA
#> dkfz_11-023 6 0.4754 0.4206 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.512 0.024 0.008 NA NA
#> dkfz_11-024 2 0.1261 0.8874 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA NA
#> dkfz_11-025 7 0.4628 0.7848 0.000 0.004 0.000 0.008 0.184 0.080 0.668 0.016 NA NA
#> dkfz_11-026 2 0.0728 0.8876 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-027 5 0.3039 0.6547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.032 0.028 0.020 NA NA
#> dkfz_11-028 3 0.0315 0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-029 3 0.0113 0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-030 3 0.0404 0.9920 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-031 5 0.1330 0.6699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.004 0.008 NA NA
#> dkfz_11-032 3 0.0226 0.9934 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-033 5 0.2568 0.6604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.028 0.016 0.020 NA NA
#> dkfz_11-034 3 0.0404 0.9923 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-035 5 0.2453 0.6678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.008 0.004 0.028 NA NA
#> dkfz_11-036 2 0.2821 0.8313 0.000 0.808 0.000 0.000 0.012 0.008 0.004 0.008 NA NA
#> dkfz_11-037 2 0.7438 -0.1077 0.000 0.324 0.008 0.092 0.200 0.052 0.028 0.016 NA NA
#> dkfz_11-038 1 0.0226 0.7942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-039 4 0.0113 0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-041 1 0.0686 0.7889 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA NA
#> dkfz_11-042 4 0.0113 0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-043 6 0.7192 0.3118 0.000 0.248 0.000 0.000 0.200 0.288 0.024 0.020 NA NA
#> dkfz_11-044 6 0.6810 0.4016 0.000 0.000 0.000 0.008 0.172 0.424 0.132 0.160 NA NA
#> dkfz_11-045 7 0.2859 0.9170 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.076 0.796 0.000 NA NA
#> dkfz_11-046 4 0.0113 0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-047 5 0.4371 0.5593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.008 0.020 0.136 NA NA
#> dkfz_11-048 2 0.1987 0.8533 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-049 4 0.0113 0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-050 6 0.4811 0.5424 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116 0.680 0.076 0.016 NA NA
#> dkfz_11-051 8 0.5250 0.4061 0.400 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 0.424 NA NA
#> dkfz_11-052 4 0.0113 0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-053 3 0.0315 0.9928 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-054 6 0.6916 0.3420 0.000 0.120 0.000 0.004 0.076 0.432 0.112 0.012 NA NA
#> dkfz_11-055 1 0.0113 0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-056 4 0.0113 0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-058 4 0.0113 0.9957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-059 1 0.0987 0.7852 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA NA
#> dkfz_11-060 4 0.0226 0.9957 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-061 6 0.4328 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.680 0.092 0.000 NA NA
#> dkfz_11-062 6 0.3857 0.5855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.712 0.028 0.000 NA NA
#> dkfz_11-063 5 0.5393 -0.1668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.348 0.028 0.012 NA NA
#> dkfz_11-064 2 0.2157 0.8571 0.000 0.876 0.000 0.000 0.048 0.000 0.016 0.000 NA NA
#> dkfz_11-065 2 0.1434 0.8854 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-066 3 0.0113 0.9934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-067 3 0.0226 0.9932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-068 2 0.1628 0.8629 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-069 5 0.0750 0.6672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-070 5 0.6220 0.3004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.100 0.032 0.188 NA NA
#> dkfz_11-071 5 0.3767 0.5905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.068 0.076 0.004 NA NA
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-073 2 0.2047 0.8483 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-075 6 0.3335 0.5674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.784 0.040 0.000 NA NA
#> dkfz_11-091 2 0.1316 0.8843 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-092 5 0.5863 -0.1493 0.120 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012 0.348 NA NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-094 7 0.2687 0.9188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.064 0.804 0.000 NA NA
#> dkfz_11-095 1 0.1892 0.7425 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 NA NA
#> dkfz_11-096 1 0.0340 0.7947 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-097 1 0.5750 -0.3834 0.404 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.012 0.384 NA NA
#> dkfz_11-098 1 0.5190 -0.0728 0.516 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008 0.004 0.324 NA NA
#> dkfz_11-099 6 0.6553 0.4414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.440 0.136 0.056 NA NA
#> dkfz_11-100 5 0.6366 0.2268 0.008 0.000 0.000 0.000 0.380 0.016 0.040 0.312 NA NA
#> dkfz_11-101 1 0.3735 0.5409 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.196 NA NA
#> dkfz_11-102 1 0.0226 0.7946 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-103 1 0.4437 0.1566 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.352 NA NA
#> dkfz_11-104 8 0.6955 0.0098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.236 0.032 0.056 0.320 NA NA
#> dkfz_11-105 1 0.0113 0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-106 5 0.4310 0.5831 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.052 0.028 0.032 NA NA
#> dkfz_11-107 1 0.3983 0.3606 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.268 NA NA
#> dkfz_11-108 1 0.1081 0.7806 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 NA NA
#> dkfz_11-109 1 0.0952 0.7894 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 NA NA
#> dkfz_11-110 1 0.5185 -0.2844 0.456 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.020 0.404 NA NA
#> dkfz_11-111 8 0.6111 0.5839 0.232 0.000 0.000 0.000 0.168 0.008 0.012 0.460 NA NA
#> dkfz_11-112 1 0.0113 0.7942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.7941 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-114 8 0.5049 0.5672 0.296 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.008 0.560 NA NA
#> dkfz_11-115 5 0.1291 0.6723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000 0.008 NA NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-117 1 0.4272 -0.1507 0.480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.452 NA NA
#> dkfz_11-118 1 0.0113 0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-119 5 0.4671 0.4511 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.008 0.012 0.284 NA NA
#> dkfz_11-120 8 0.5142 0.3971 0.400 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008 0.008 0.460 NA NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-122 1 0.4557 -0.0784 0.496 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012 0.408 NA NA
#> dkfz_11-123 8 0.7212 0.2345 0.092 0.000 0.000 0.000 0.204 0.036 0.032 0.384 NA NA
#> dkfz_11-124 4 0.0113 0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-125 1 0.4151 0.2834 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.332 NA NA
#> dkfz_11-126 1 0.0226 0.7943 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-127 8 0.6623 0.5976 0.232 0.000 0.000 0.000 0.120 0.016 0.024 0.420 NA NA
#> dkfz_11-128 1 0.0226 0.7942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-129 1 0.0113 0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-130 1 0.2535 0.6781 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.132 NA NA
#> dkfz_11-131 1 0.4971 0.1733 0.568 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012 0.004 0.288 NA NA
#> dkfz_11-132 1 0.0790 0.7900 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-133 1 0.1094 0.7857 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 NA NA
#> dkfz_11-134 1 0.0113 0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-135 1 0.0226 0.7942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-136 4 0.0340 0.9917 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-138 1 0.0113 0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-139 1 0.4731 -0.1278 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.412 NA NA
#> dkfz_11-140 1 0.1834 0.7335 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092 NA NA
#> dkfz_11-141 1 0.0113 0.7942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-142 1 0.0113 0.7942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-143 3 0.0315 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-144 3 0.0113 0.9934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-145 2 0.1626 0.8845 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA NA
#> dkfz_11-146 3 0.0315 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-147 3 0.0315 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-148 2 0.2080 0.8556 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-149 3 0.0315 0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-150 2 0.1572 0.8793 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-151 5 0.5191 0.5282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.056 0.040 0.100 NA NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:skmeans 131 2.90e-16 1.21e-10 2
#> CV:skmeans 132 1.11e-39 1.69e-10 3
#> CV:skmeans 134 1.87e-58 1.12e-17 4
#> CV:skmeans 134 1.10e-81 7.14e-31 5
#> CV:skmeans 110 3.96e-68 8.57e-23 6
#> CV:skmeans 115 2.64e-76 3.43e-24 7
#> CV:skmeans 117 6.01e-77 2.27e-25 8
#> CV:skmeans 112 4.56e-80 8.57e-28 9
#> CV:skmeans 107 2.59e-78 7.77e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.996 0.23864 0.769 0.769
#> 3 3 1.000 0.993 0.997 0.80655 0.804 0.745
#> 4 4 0.989 0.967 0.986 0.41262 0.826 0.696
#> 5 5 0.853 0.929 0.954 0.05356 0.974 0.935
#> 6 6 0.844 0.917 0.958 0.01273 0.998 0.995
#> 7 7 0.829 0.876 0.944 0.02148 0.998 0.995
#> 8 8 0.838 0.874 0.941 0.00604 0.999 0.997
#> 9 9 0.834 0.835 0.925 0.02395 0.998 0.996
#> 10 10 0.817 0.883 0.915 0.03861 0.874 0.657
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.909 0.525 0.676 0.324
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.861 0.607 0.716 0.284
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-002 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-004 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-010 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-018 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-019 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-021 1 0.59 0.457 0.648 0.352 0
#> dkfz_11-022 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-023 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-029 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-030 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-031 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-033 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-038 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-039 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-040 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-041 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-042 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-043 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-047 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-049 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-050 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-054 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-056 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-057 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-058 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-059 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-061 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-067 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-068 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-073 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-074 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-075 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-094 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-096 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-097 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-103 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-106 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-110 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-113 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-114 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-117 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-119 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-122 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-125 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-127 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-129 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-130 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-133 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-134 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-135 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-136 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-137 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-138 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-139 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-142 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-143 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-145 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-147 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-148 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.00 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-150 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 1 0.00 0.996 1.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.4679 0.466 0.000 0.648 0 0.352
#> dkfz_11-022 1 0.0188 0.969 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.0592 0.967 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.3486 0.772 0.188 0.812 0 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.2408 0.878 0.104 0.896 0 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0592 0.959 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0188 0.970 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.3486 0.773 0.188 0.812 0 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2011 0.871 0.920 0.080 0 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0188 0.970 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0188 0.970 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2081 0.900 0.084 0.916 0 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0921 0.944 0.972 0.028 0 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3610 0.680 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3649 0.748 0.204 0.796 0 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.4713 0.449 0.360 0.640 0 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0336 0.967 0.992 0.008 0 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0188 0.970 0.996 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.3707 0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-006 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-009 2 0.3707 0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.3346 0.668 0.000 0.844 0.000 0.092 0.064
#> dkfz_11-022 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 3 0.2690 0.856 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 5 0.2329 0.889 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-037 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0290 0.990 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0510 0.941 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-042 2 0.2690 0.537 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-043 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 5 0.0609 0.943 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0703 0.941 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0162 0.949 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.3730 0.842 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.3003 0.763 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-060 2 0.3707 0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0794 0.939 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 5 0.2329 0.889 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-065 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2561 0.874 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-074 2 0.3730 0.842 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 5 0.2074 0.863 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-096 1 0.0510 0.952 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 5 0.3003 0.765 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-109 1 0.1732 0.848 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 2 0.3707 0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1792 0.885 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 1 0.0794 0.935 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-133 1 0.3109 0.615 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0162 0.995 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.3143 0.737 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-140 5 0.4060 0.474 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-141 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-142 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2377 0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0937 0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-003 2 0.2416 0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-005 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-006 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-008 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-009 2 0.2416 0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-013 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-019 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.699 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-022 1 0.0146 0.959 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-024 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-026 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-032 3 0.0937 0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-034 6 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-036 5 0.2378 0.864 0.000 0.152 0.00 0.000 0.848 0.00
#> dkfz_11-037 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-039 4 0.0260 0.990 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000 0.00
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-041 5 0.0458 0.932 0.016 0.000 0.00 0.000 0.984 0.00
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.699 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-043 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-045 5 0.0547 0.934 0.000 0.020 0.00 0.000 0.980 0.00
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-048 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-050 5 0.0790 0.929 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968 0.00
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-054 5 0.0146 0.940 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996 0.00
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-058 2 0.2454 0.901 0.000 0.840 0.00 0.160 0.000 0.00
#> dkfz_11-059 5 0.2697 0.754 0.188 0.000 0.00 0.000 0.812 0.00
#> dkfz_11-060 2 0.2416 0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-061 5 0.0865 0.927 0.000 0.036 0.00 0.000 0.964 0.00
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-064 5 0.2340 0.866 0.000 0.148 0.00 0.000 0.852 0.00
#> dkfz_11-065 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-068 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-073 5 0.2854 0.811 0.000 0.208 0.00 0.000 0.792 0.00
#> dkfz_11-074 2 0.2454 0.901 0.000 0.840 0.00 0.160 0.000 0.00
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-091 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-095 5 0.1863 0.855 0.104 0.000 0.00 0.000 0.896 0.00
#> dkfz_11-096 1 0.0458 0.944 0.984 0.000 0.00 0.000 0.016 0.00
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-102 1 0.0146 0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-103 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-108 5 0.2697 0.762 0.188 0.000 0.00 0.000 0.812 0.00
#> dkfz_11-109 1 0.1556 0.825 0.920 0.000 0.00 0.000 0.080 0.00
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-112 1 0.0146 0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-117 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-124 2 0.2416 0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-126 1 0.0146 0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-130 5 0.1610 0.878 0.084 0.000 0.00 0.000 0.916 0.00
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-132 1 0.0713 0.924 0.972 0.000 0.00 0.000 0.028 0.00
#> dkfz_11-133 1 0.2793 0.560 0.800 0.000 0.00 0.000 0.200 0.00
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-136 4 0.0260 0.990 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000 0.00
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-139 5 0.2823 0.727 0.204 0.000 0.00 0.000 0.796 0.00
#> dkfz_11-140 5 0.3647 0.479 0.360 0.000 0.00 0.000 0.640 0.00
#> dkfz_11-141 1 0.0260 0.955 0.992 0.000 0.00 0.000 0.008 0.00
#> dkfz_11-142 1 0.0146 0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-143 3 0.0937 0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-144 3 0.0937 0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-145 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-148 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-150 5 0.2416 0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.2484 0.571 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.0334 0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0 0.988
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.0334 0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0 0.988
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0334 0.978 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0 0.988
#> dkfz_11-022 1 0.0134 0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2832 0.416 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.2682 0.799 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784 0 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0239 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0422 0.909 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.0334 0.978 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0 0.988
#> dkfz_11-043 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0134 0.918 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0797 0.905 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0728 0.907 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0728 0.907 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0422 0.989 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0 0.984
#> dkfz_11-059 5 0.2484 0.744 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0334 0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0 0.988
#> dkfz_11-061 5 0.0990 0.899 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.2808 0.785 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764 0 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3330 0.759 0.000 0.244 0.000 0.000 0.736 0 0.020
#> dkfz_11-074 7 0.0422 0.989 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0 0.984
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1715 0.839 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0422 0.945 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0134 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2484 0.751 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1433 0.825 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0134 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.0334 0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0 0.988
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0134 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1482 0.860 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0656 0.925 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2572 0.561 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2677 0.808 0.000 0.152 0.000 0.828 0.000 0 0.020
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2600 0.716 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3358 0.480 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640 0 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0239 0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0134 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.3450 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3047 0.255 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2855 0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.2177 0.803 0.000 0.024 0.868 0.000 0.000 0 0.000 0.108
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-006 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-009 7 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0125 0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2670 0.720 0.000 0.024 0.812 0.000 0.000 0 0.000 0.164
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.2605 0.781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0 0.000 0.232
#> dkfz_11-037 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0695 0.967 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0 0.020 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0395 0.903 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-044 5 0.0125 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 5 0.0868 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0 0.000 0.044
#> dkfz_11-046 4 0.0224 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-049 4 0.0224 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0681 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0 0.000 0.032
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0745 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0 0.000 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0224 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.2324 0.739 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0926 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0 0.000 0.048
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.2756 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0 0.000 0.260
#> dkfz_11-065 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3166 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0 0.016 0.268
#> dkfz_11-074 7 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1605 0.834 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0395 0.945 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0125 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2324 0.747 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1341 0.825 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0125 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0224 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0125 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1387 0.855 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0614 0.925 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2406 0.561 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.2208 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2433 0.712 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3142 0.479 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0224 0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0125 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3456 0.000 0.000 0.056 0.212 0.000 0.000 0 0.000 0.732
#> dkfz_11-144 3 0.3777 0.533 0.000 0.108 0.716 0.000 0.000 0 0.000 0.176
#> dkfz_11-145 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2795 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1398 0.835 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0 0.092 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 9 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 9 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0119 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1439 0.828 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0 0.096 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.2716 0.698 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1751 0.926 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.084 0 0.000 0.020
#> dkfz_11-040 4 0.0119 0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0373 0.868 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 9 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0296 0.874 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0930 0.856 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1313 0.943 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0930 0.952 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0645 0.865 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0119 0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.1082 0.850 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1313 0.940 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0119 0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 9 0.0414 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0 0.000 0.984
#> dkfz_11-059 5 0.2226 0.706 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 5 0.1131 0.848 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.3022 0.616 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3241 0.594 0.000 0.392 0.000 0.000 0.600 0.000 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-074 9 0.0237 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0 0.000 0.992
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0119 0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1519 0.803 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0373 0.945 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0119 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2226 0.714 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1269 0.826 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0119 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0119 0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1178 0.947 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 9 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0119 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1313 0.824 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0581 0.925 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2252 0.570 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.1313 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0119 0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2327 0.680 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2984 0.452 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0212 0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0119 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.3048 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.392 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.3039 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0 0.612 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.3048 0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.2224 0.833 0.000 0.000 0.844 0.000 0.124 0.000 0.000 0 0.032 0
#> dkfz_11-002 5 0.2930 0.947 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-003 7 0.0000 0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-004 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-007 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-009 7 0.0000 0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-010 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-011 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-012 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-013 2 0.0202 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-014 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-015 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-016 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-022 1 0.0113 0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-023 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-024 2 0.0202 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-025 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-026 2 0.0202 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-027 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0673 0.944 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-031 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.2803 0.733 0.000 0.000 0.760 0.000 0.208 0.000 0.000 0 0.032 0
#> dkfz_11-033 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-034 10 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1
#> dkfz_11-035 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-036 2 0.2352 0.354 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-038 1 0.0202 0.953 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-039 4 0.1318 0.952 0.000 0.000 0.000 0.932 0.044 0.004 0.020 0 0.000 0
#> dkfz_11-040 4 0.0113 0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-041 5 0.3215 0.929 0.016 0.384 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-042 7 0.0000 0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-044 5 0.2949 0.931 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-045 5 0.2999 0.847 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-046 4 0.1000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-047 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-049 4 0.0426 0.976 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-050 5 0.2975 0.898 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-051 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-052 4 0.0113 0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-054 2 0.3010 -0.784 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.1412 0.865 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-056 4 0.0896 0.967 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-057 4 0.0113 0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-058 7 0.0315 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0 0.000 0
#> dkfz_11-059 5 0.4422 0.585 0.208 0.268 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-061 5 0.3008 0.806 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-062 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-063 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-064 2 0.0729 0.877 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-068 2 0.0202 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-069 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-070 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-071 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-074 7 0.0226 0.991 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0 0.000 0
#> dkfz_11-075 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-091 2 0.0202 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-092 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-093 4 0.0113 0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-094 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-095 5 0.4117 0.766 0.116 0.340 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-096 1 0.0356 0.942 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-097 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-098 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-099 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-100 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-101 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.0113 0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-103 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-104 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.0113 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-106 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-107 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-108 5 0.4465 0.586 0.208 0.284 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-109 1 0.1280 0.827 0.920 0.076 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-110 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-111 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-112 1 0.0113 0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-113 1 0.0113 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-114 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-115 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-116 4 0.0113 0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-117 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-118 1 0.0113 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-119 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-120 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-121 4 0.0786 0.971 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-122 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-123 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-124 7 0.0000 0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-125 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.0113 0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-127 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-129 1 0.0113 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-130 5 0.4042 0.795 0.100 0.360 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-131 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.0555 0.923 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-133 1 0.2573 0.592 0.808 0.148 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-135 1 0.0202 0.953 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-136 6 0.0113 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-137 4 0.0113 0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-138 1 0.0202 0.953 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-139 5 0.4395 0.546 0.224 0.240 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-140 5 0.4564 0.228 0.380 0.196 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-141 1 0.0202 0.952 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-142 1 0.0113 0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-143 8 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> dkfz_11-144 9 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0
#> dkfz_11-145 2 0.0202 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-148 2 0.0202 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> dkfz_11-151 5 0.2923 0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:pam 136 7.14e-26 7.44e-27 2
#> CV:pam 135 3.34e-52 5.19e-27 3
#> CV:pam 134 1.27e-74 1.78e-48 4
#> CV:pam 135 3.15e-70 8.33e-46 5
#> CV:pam 134 1.25e-69 5.68e-47 6
#> CV:pam 131 7.70e-68 3.22e-47 7
#> CV:pam 132 2.29e-68 1.50e-47 8
#> CV:pam 131 9.03e-68 3.72e-47 9
#> CV:pam 129 6.57e-88 6.69e-45 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.953 0.983 0.439494 0.564 0.564
#> 3 3 0.679 0.840 0.881 0.288206 0.855 0.753
#> 4 4 0.614 0.765 0.852 0.182165 0.775 0.542
#> 5 5 0.633 0.752 0.851 0.054570 0.947 0.834
#> 6 6 0.676 0.714 0.801 0.072647 0.820 0.488
#> 7 7 0.780 0.753 0.868 0.054654 0.912 0.657
#> 8 8 0.755 0.713 0.818 0.022501 0.941 0.719
#> 9 9 0.730 0.629 0.821 -0.000566 0.899 0.581
#> 10 10 0.758 0.609 0.835 0.001124 0.970 0.863
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.983 0.2585 0.576 0.424
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 1.000 -0.0209 0.500 0.500
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.981 0.2706 0.580 0.420
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.833 0.6322 0.736 0.264
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.983 0.2583 0.576 0.424
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.904 0.5164 0.320 0.680
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.9828 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-004 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3116 0.562 0.108 0.892 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0237 0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0237 0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-010 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0237 0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.6309 0.441 0.500 0.500 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0892 0.663 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0237 0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.4452 0.863 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.6291 -0.378 0.468 0.532 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.4346 0.865 0.816 0.184 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-040 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-043 1 0.5948 0.701 0.640 0.360 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.4555 0.861 0.800 0.200 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.6062 0.678 0.616 0.384 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-047 1 0.4452 0.863 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-049 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-050 2 0.6309 -0.461 0.500 0.500 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0237 0.885 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 1 0.5465 0.804 0.712 0.288 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-057 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-058 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-061 1 0.5882 0.732 0.652 0.348 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.5016 0.846 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.4974 0.849 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0237 0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.4291 0.866 0.820 0.180 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.4931 0.851 0.768 0.232 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-074 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-075 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.5178 0.833 0.744 0.256 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0237 0.885 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-094 1 0.5098 0.841 0.752 0.248 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0424 0.885 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3551 0.874 0.868 0.132 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4235 0.867 0.824 0.176 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3181 0.862 0.912 0.024 0.064
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.4178 0.868 0.828 0.172 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.4796 0.744 0.780 0.220 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1289 0.883 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0237 0.885 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-137 2 0.4887 0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.4887 0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0237 0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.4062 0.869 0.836 0.164 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.4304 0.7502 0.284 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.4122 0.7648 0.236 0.760 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3529 0.5569 0.012 0.836 0.000 0.152
#> dkfz_11-006 2 0.4382 0.2766 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-007 2 0.4428 0.7520 0.276 0.720 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4431 0.2629 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.4655 0.7180 0.312 0.684 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4720 0.7022 0.324 0.672 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5137 -0.1308 0.004 0.544 0.000 0.452
#> dkfz_11-013 2 0.4428 0.7535 0.276 0.720 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.5432 0.4864 0.652 0.316 0.000 0.032
#> dkfz_11-015 1 0.2197 0.8500 0.916 0.080 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.7806 0.0960 0.264 0.324 0.000 0.412
#> dkfz_11-017 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.4431 0.2629 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-020 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.5137 0.0148 0.544 0.452 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4761 0.6951 0.332 0.664 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3400 0.7550 0.180 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.4289 0.7526 0.172 0.796 0.000 0.032
#> dkfz_11-027 2 0.4800 0.6793 0.340 0.656 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.4720 0.7060 0.324 0.672 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.4699 0.7077 0.320 0.676 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-035 1 0.4509 0.6501 0.708 0.288 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.4920 0.6297 0.368 0.628 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.6813 0.4571 0.132 0.292 0.000 0.576
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.2011 0.8506 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.5732 0.5136 0.672 0.264 0.000 0.064
#> dkfz_11-044 1 0.4605 0.5646 0.664 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.4406 0.7567 0.192 0.780 0.000 0.028
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.4088 0.7282 0.764 0.232 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.4998 0.2554 0.000 0.488 0.000 0.512
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.6275 0.2678 0.460 0.484 0.000 0.056
#> dkfz_11-051 1 0.3306 0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-054 2 0.3539 0.7542 0.176 0.820 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.2868 0.6832 0.864 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.1118 0.8524 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.3447 0.7271 0.128 0.852 0.000 0.020
#> dkfz_11-062 2 0.4972 0.3327 0.456 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.4872 0.4588 0.640 0.356 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.4608 0.7315 0.304 0.692 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4543 0.2196 0.000 0.676 0.000 0.324
#> dkfz_11-066 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.4454 0.7192 0.308 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4560 0.7359 0.296 0.700 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.4535 0.6455 0.704 0.292 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.4222 0.7361 0.272 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-073 4 0.4996 0.2658 0.000 0.484 0.000 0.516
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.3688 0.7616 0.208 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.4040 0.7629 0.248 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.3306 0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.4817 0.5157 0.388 0.612 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2647 0.8375 0.880 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3402 0.8079 0.832 0.164 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.2266 0.8489 0.912 0.084 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4313 0.7593 0.260 0.736 0.004 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.4155 0.7236 0.756 0.240 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3123 0.8168 0.844 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.2973 0.8246 0.856 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3945 0.7510 0.780 0.216 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.4372 0.7581 0.268 0.728 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2081 0.8497 0.916 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0336 0.8486 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1743 0.8527 0.940 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3789 0.7866 0.836 0.140 0.004 0.020
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.3306 0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3688 0.7616 0.208 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.2530 0.8442 0.896 0.100 0.004 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3982 0.7448 0.776 0.220 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2266 0.8489 0.912 0.084 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.3306 0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3760 0.7870 0.828 0.156 0.004 0.012
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.3123 0.8168 0.844 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3448 0.8043 0.828 0.168 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1743 0.8527 0.940 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3306 0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3024 0.7913 0.000 0.148 0.000 0.852
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.1557 0.8527 0.944 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0921 0.8517 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.4456 0.7516 0.280 0.716 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.3873 0.7619 0.228 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0188 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.4843 0.0386 0.000 0.604 0.000 0.396
#> dkfz_11-151 1 0.3831 0.7688 0.792 0.204 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3816 0.673 0.304 0.696 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1124 0.960 0.000 0.036 0.00 0.960 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.4067 0.672 0.300 0.692 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.1569 0.591 0.008 0.948 0.00 0.032 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.1901 0.578 0.004 0.928 0.00 0.056 0.012
#> dkfz_11-007 2 0.4825 0.526 0.408 0.568 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-008 2 0.2037 0.575 0.004 0.920 0.00 0.064 0.012
#> dkfz_11-009 4 0.1124 0.960 0.000 0.036 0.00 0.960 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.4953 0.449 0.440 0.532 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-011 2 0.4980 0.322 0.484 0.488 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-012 2 0.2293 0.559 0.000 0.900 0.00 0.084 0.016
#> dkfz_11-013 2 0.3934 0.688 0.276 0.716 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 2 0.4891 0.239 0.480 0.500 0.00 0.016 0.004
#> dkfz_11-015 1 0.3282 0.785 0.804 0.008 0.00 0.000 0.188
#> dkfz_11-016 2 0.4077 0.558 0.128 0.800 0.00 0.064 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2102 0.572 0.004 0.916 0.00 0.068 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1124 0.960 0.000 0.036 0.00 0.960 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-023 1 0.3970 0.578 0.744 0.236 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-024 2 0.4470 0.621 0.372 0.616 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-025 2 0.2017 0.649 0.080 0.912 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.1831 0.649 0.076 0.920 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.4744 0.362 0.476 0.508 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.4930 0.491 0.424 0.548 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.4957 0.442 0.444 0.528 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-034 3 0.0609 0.973 0.000 0.000 0.98 0.020 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.2969 0.731 0.852 0.128 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-036 1 0.5047 -0.308 0.496 0.472 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-037 2 0.4430 0.158 0.000 0.628 0.00 0.360 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0771 0.832 0.976 0.004 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-042 4 0.1251 0.958 0.000 0.036 0.00 0.956 0.008
#> dkfz_11-043 1 0.4455 0.231 0.588 0.404 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-044 1 0.5139 0.409 0.624 0.316 0.00 0.000 0.060
#> dkfz_11-045 2 0.1831 0.643 0.076 0.920 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3134 0.749 0.848 0.120 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-048 2 0.3999 0.360 0.000 0.740 0.00 0.240 0.020
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2833 0.621 0.120 0.864 0.00 0.012 0.004
#> dkfz_11-051 1 0.2278 0.805 0.908 0.060 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2124 0.658 0.096 0.900 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 5 0.3659 0.536 0.220 0.000 0.00 0.012 0.768
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1792 0.826 0.916 0.000 0.00 0.000 0.084
#> dkfz_11-060 4 0.1484 0.943 0.000 0.048 0.00 0.944 0.008
#> dkfz_11-061 2 0.1628 0.632 0.056 0.936 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-062 2 0.3123 0.647 0.184 0.812 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.4525 0.182 0.624 0.360 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-064 2 0.4726 0.567 0.400 0.580 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-065 2 0.2102 0.573 0.004 0.916 0.00 0.068 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3949 0.674 0.332 0.668 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4602 0.653 0.316 0.656 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-070 1 0.3409 0.737 0.824 0.144 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-071 2 0.3398 0.685 0.216 0.780 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4451 0.320 0.000 0.712 0.00 0.248 0.040
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3684 0.688 0.280 0.720 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.3430 0.689 0.220 0.776 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.2359 0.803 0.904 0.060 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3861 0.645 0.284 0.712 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.1549 0.827 0.944 0.040 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-096 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-097 1 0.1740 0.815 0.932 0.056 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-098 1 0.0703 0.829 0.976 0.000 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-099 2 0.4415 0.596 0.388 0.604 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-100 1 0.2020 0.811 0.900 0.100 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1408 0.824 0.948 0.044 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-103 1 0.0898 0.829 0.972 0.020 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-104 1 0.2984 0.764 0.860 0.108 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-105 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-106 2 0.4752 0.559 0.412 0.568 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-107 1 0.0703 0.833 0.976 0.000 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-108 1 0.1965 0.823 0.904 0.000 0.00 0.000 0.096
#> dkfz_11-109 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-110 1 0.1544 0.831 0.932 0.000 0.00 0.000 0.068
#> dkfz_11-111 1 0.3509 0.777 0.792 0.008 0.00 0.004 0.196
#> dkfz_11-112 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-113 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-114 1 0.2359 0.803 0.904 0.060 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-115 2 0.3421 0.688 0.204 0.788 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0955 0.827 0.968 0.004 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-118 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-119 1 0.2879 0.772 0.868 0.100 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-120 1 0.1364 0.823 0.952 0.012 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1408 0.821 0.948 0.044 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-123 1 0.4716 0.288 0.656 0.308 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-124 4 0.0290 0.980 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1121 0.822 0.956 0.044 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-127 1 0.1740 0.815 0.932 0.056 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.2424 0.812 0.868 0.000 0.00 0.000 0.132
#> dkfz_11-129 1 0.3508 0.710 0.748 0.000 0.00 0.000 0.252
#> dkfz_11-130 1 0.3177 0.767 0.792 0.000 0.00 0.000 0.208
#> dkfz_11-131 1 0.1774 0.816 0.932 0.052 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-132 1 0.2813 0.790 0.832 0.000 0.00 0.000 0.168
#> dkfz_11-133 1 0.2329 0.815 0.876 0.000 0.00 0.000 0.124
#> dkfz_11-134 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-135 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-136 5 0.2929 0.413 0.000 0.000 0.00 0.180 0.820
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2891 0.783 0.824 0.000 0.00 0.000 0.176
#> dkfz_11-139 1 0.1544 0.828 0.932 0.000 0.00 0.000 0.068
#> dkfz_11-140 1 0.2280 0.816 0.880 0.000 0.00 0.000 0.120
#> dkfz_11-141 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-142 1 0.2377 0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.4173 0.681 0.300 0.688 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3684 0.688 0.280 0.720 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2550 0.556 0.004 0.892 0.00 0.084 0.020
#> dkfz_11-151 1 0.2654 0.787 0.884 0.084 0.00 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3995 0.2449 0.004 0.480 0.000 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4163 0.6681 0.320 0.008 0.000 0.656 0.000 0.016
#> dkfz_11-004 5 0.3756 0.4500 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0146 0.6653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1204 0.6481 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.3695 0.4738 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2191 0.6253 0.120 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.4147 0.6718 0.316 0.008 0.000 0.660 0.000 0.016
#> dkfz_11-010 5 0.3695 0.4672 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.3717 0.4502 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2527 0.5935 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.2597 0.6394 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3855 0.6265 0.024 0.272 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2095 0.7116 0.016 0.004 0.000 0.000 0.904 0.076
#> dkfz_11-016 2 0.4108 0.5060 0.164 0.744 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2048 0.6280 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4163 0.6681 0.320 0.008 0.000 0.656 0.000 0.016
#> dkfz_11-022 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3607 0.5119 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3607 0.3379 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1444 0.6776 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1556 0.6776 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3804 0.3766 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3672 0.4803 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.3607 0.5000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2416 0.8292 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-035 5 0.2562 0.7109 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.3872 0.4157 0.004 0.392 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5915 0.1470 0.340 0.528 0.000 0.080 0.000 0.052
#> dkfz_11-038 1 0.3833 0.9796 0.648 0.000 0.000 0.000 0.344 0.008
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1556 0.6520 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.4147 0.6718 0.316 0.008 0.000 0.660 0.000 0.016
#> dkfz_11-043 5 0.4252 0.5337 0.036 0.312 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.3103 0.7015 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.1225 0.6737 0.012 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2823 0.6766 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4728 0.2785 0.340 0.604 0.000 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3796 0.5211 0.084 0.776 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0520 0.7134 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1387 0.6781 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-055 6 0.2258 0.8456 0.060 0.000 0.000 0.000 0.044 0.896
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3838 0.8104 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4210 0.6539 0.332 0.008 0.000 0.644 0.000 0.016
#> dkfz_11-061 2 0.1151 0.6748 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.4084 0.4477 0.012 0.400 0.000 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.2597 0.7091 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3993 -0.1060 0.004 0.520 0.000 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2260 0.6144 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3930 0.1141 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3774 0.4024 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2340 0.7214 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4004 0.5284 0.012 0.368 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4728 0.2785 0.340 0.604 0.000 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3634 0.2985 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2191 0.6670 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0291 0.7128 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3802 0.6025 0.012 0.312 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1556 0.6520 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1297 0.7005 0.040 0.012 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0937 0.6898 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3737 0.4689 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.3062 0.7087 0.032 0.144 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1267 0.6748 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.1500 0.6879 0.052 0.000 0.000 0.000 0.936 0.012
#> dkfz_11-104 5 0.1501 0.7393 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3578 0.5387 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.1444 0.6600 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.3819 -0.3076 0.372 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0865 0.6921 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2250 0.7087 0.020 0.000 0.000 0.000 0.888 0.092
#> dkfz_11-112 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.7112 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3774 0.0926 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0713 0.6969 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3714 0.9807 0.656 0.000 0.000 0.000 0.340 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.2219 0.7249 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0458 0.7035 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1075 0.6842 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2212 0.7377 0.008 0.112 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2219 0.8131 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1075 0.6842 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1265 0.6959 0.044 0.008 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3714 0.9807 0.656 0.000 0.000 0.000 0.340 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.4436 0.9360 0.640 0.000 0.000 0.000 0.312 0.048
#> dkfz_11-130 5 0.2651 0.7034 0.028 0.000 0.000 0.000 0.860 0.112
#> dkfz_11-131 5 0.1010 0.6966 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3927 0.9771 0.644 0.000 0.000 0.000 0.344 0.012
#> dkfz_11-133 1 0.3607 0.9789 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.0000 0.8437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.4249 0.9580 0.640 0.000 0.000 0.000 0.328 0.032
#> dkfz_11-139 5 0.1444 0.6603 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3126 0.2514 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3592 0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0363 0.9772 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-144 3 0.1444 0.9237 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-145 2 0.3489 0.4663 0.004 0.708 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2871 0.6220 0.004 0.804 0.000 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2362 0.6133 0.136 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.1610 0.7413 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3420 0.6233 0.000 0.656 0.000 0.000 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.3348 0.5196 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.3682 0.3047 0.000 0.500 0.000 0.000 0.496 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1060 0.5290 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1482 0.4954 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3483 0.6067 0.000 0.636 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3266 0.1720 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-009 6 0.3348 0.5196 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.3494 0.5969 0.000 0.632 0.000 0.000 0.364 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3392 0.6330 0.000 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3552 -0.1476 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.2293 0.6774 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2171 0.7980 0.000 0.116 0.000 0.000 0.872 0.012 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0612 0.8687 0.008 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.5130 0.2082 0.000 0.356 0.000 0.000 0.148 0.496 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3252 0.1794 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 6 0.3348 0.5196 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3051 0.5428 0.000 0.256 0.000 0.000 0.740 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2832 0.6902 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1222 0.6201 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1433 0.6349 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3266 0.6586 0.000 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3516 0.5873 0.000 0.624 0.000 0.000 0.372 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.3556 0.5587 0.000 0.608 0.000 0.000 0.388 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2321 0.8378 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152
#> dkfz_11-035 5 0.1123 0.8634 0.000 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3483 0.6064 0.000 0.636 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.2572 0.4007 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0637 0.9648 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-039 4 0.0134 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0134 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1166 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3363 0.5131 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3543 0.6190 0.000 0.224 0.000 0.000 0.736 0.040 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.2702 0.7966 0.000 0.112 0.000 0.000 0.844 0.044 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.2960 0.6008 0.000 0.828 0.000 0.000 0.100 0.072 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.1299 0.8519 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3122 0.3781 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5554 -0.0365 0.000 0.392 0.000 0.000 0.360 0.248 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0468 0.8674 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1552 0.6180 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012 0.000
#> dkfz_11-055 7 0.1060 0.9211 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.952
#> dkfz_11-056 4 0.0134 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0422 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2543 0.6451 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3363 0.5153 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> dkfz_11-061 2 0.2751 0.4845 0.000 0.824 0.000 0.000 0.024 0.152 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.3159 0.6552 0.000 0.228 0.000 0.000 0.756 0.016 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0966 0.8652 0.000 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3283 0.6579 0.000 0.692 0.000 0.000 0.304 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3525 -0.0702 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3547 0.5412 0.000 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3420 0.6246 0.000 0.656 0.000 0.000 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1299 0.8584 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3532 0.4984 0.000 0.320 0.000 0.000 0.668 0.012 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3008 0.3910 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0134 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4642 0.5736 0.000 0.576 0.000 0.000 0.332 0.092 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2118 0.6697 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.1060 0.8587 0.000 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3276 0.6558 0.000 0.248 0.000 0.000 0.736 0.016 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1222 0.8469 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0134 0.9705 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1391 0.8626 0.012 0.044 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0134 0.8680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3680 -0.2296 0.000 0.484 0.000 0.000 0.512 0.004 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.2416 0.7910 0.004 0.148 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0790 0.8659 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0790 0.8642 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.1242 0.8533 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0134 0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2293 0.7392 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0728 0.8632 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.3546 0.1733 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0334 0.9651 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0468 0.8680 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0612 0.8687 0.008 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0134 0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0134 0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0468 0.8674 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3944 0.6373 0.000 0.724 0.000 0.000 0.180 0.096 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0239 0.8684 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.1183 0.8554 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0268 0.8683 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0134 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0334 0.8679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.1083 0.8655 0.000 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.3346 0.3547 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0582 0.8662 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1432 0.8572 0.004 0.060 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0134 0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0715 0.9624 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-130 5 0.0994 0.8651 0.032 0.004 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0134 0.8685 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0582 0.9619 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-133 1 0.0656 0.9422 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0268 0.9719 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 7 0.0637 0.9201 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0715 0.9624 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-139 5 0.1060 0.8596 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3625 0.2762 0.424 0.000 0.000 0.000 0.572 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0134 0.9711 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.1060 0.9469 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-144 3 0.1802 0.8961 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> dkfz_11-145 2 0.2837 0.6905 0.000 0.776 0.000 0.000 0.220 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2888 0.6908 0.000 0.768 0.000 0.000 0.228 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3252 0.1740 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1299 0.8536 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1178 0.6990 0.000 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0520 0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-004 5 0.2558 0.4190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3333 -0.2186 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3374 0.3985 0.000 0.584 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.1091 0.6807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3448 0.7314 0.000 0.744 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-009 8 0.0520 0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-010 5 0.1091 0.6785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0681 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3193 0.7281 0.000 0.796 0.000 0.000 0.096 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-013 5 0.2072 0.6341 0.000 0.112 0.000 0.000 0.872 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4364 0.7066 0.000 0.124 0.000 0.000 0.260 0.616 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3277 0.7353 0.004 0.040 0.000 0.000 0.180 0.772 0.000 0.004
#> dkfz_11-016 2 0.4057 0.6836 0.000 0.744 0.000 0.000 0.060 0.092 0.000 0.104
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3401 0.7308 0.000 0.748 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0520 0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3174 -0.0255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.664 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.1347 0.6919 0.000 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.2907 0.4280 0.000 0.248 0.000 0.000 0.744 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2856 0.4811 0.000 0.224 0.000 0.000 0.764 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0739 0.6992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0618 0.9583 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0706 0.9573 0.000 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.1091 0.6792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0837 0.9541 0.000 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.1341 0.6587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3883 0.7578 0.000 0.036 0.756 0.000 0.000 0.068 0.136 0.004
#> dkfz_11-035 6 0.3095 0.7609 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0992 0.6934 0.000 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3528 0.1171 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.480
#> dkfz_11-038 1 0.2931 0.8330 0.824 0.008 0.000 0.000 0.000 0.064 0.104 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0125 0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0125 0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 6 0.5133 0.6530 0.084 0.112 0.000 0.000 0.156 0.640 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 8 0.0520 0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-043 6 0.4775 0.4349 0.000 0.308 0.000 0.000 0.088 0.580 0.004 0.020
#> dkfz_11-044 6 0.4927 0.6210 0.000 0.140 0.000 0.000 0.236 0.596 0.000 0.028
#> dkfz_11-045 5 0.3678 0.1050 0.000 0.412 0.000 0.000 0.568 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0125 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.3311 0.6468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2841 0.6164 0.000 0.756 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4256 0.5194 0.000 0.672 0.000 0.000 0.072 0.232 0.000 0.024
#> dkfz_11-051 6 0.2869 0.7812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3071 0.4141 0.000 0.264 0.000 0.000 0.724 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 7 0.1464 0.8541 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0125 0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0125 0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 4 0.1803 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-059 1 0.5387 0.3279 0.588 0.076 0.000 0.000 0.108 0.220 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 8 0.1014 0.8609 0.000 0.020 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-061 5 0.3721 -0.0242 0.000 0.448 0.000 0.000 0.532 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.4708 0.5465 0.000 0.176 0.000 0.000 0.260 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3496 0.7185 0.000 0.012 0.000 0.000 0.388 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0669 0.7017 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3367 0.7375 0.000 0.764 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-066 3 0.0788 0.9560 0.000 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0618 0.9583 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2729 0.6409 0.000 0.056 0.000 0.000 0.828 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0868 0.6896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3672 0.6586 0.000 0.020 0.000 0.000 0.408 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4405 -0.2214 0.000 0.084 0.000 0.000 0.516 0.400 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3153 0.4457 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-074 4 0.0224 0.9830 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 5 0.4234 0.4886 0.000 0.268 0.000 0.000 0.628 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.2464 0.5889 0.000 0.156 0.000 0.000 0.828 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.3265 0.6884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4379 -0.2559 0.000 0.080 0.000 0.000 0.512 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.4986 0.6798 0.064 0.104 0.000 0.000 0.176 0.648 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0544 0.9072 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3283 0.6840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.3137 0.7785 0.000 0.020 0.000 0.000 0.248 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3327 0.5668 0.000 0.060 0.000 0.000 0.756 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.4092 0.5741 0.000 0.048 0.000 0.000 0.448 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.3034 0.7836 0.004 0.004 0.000 0.000 0.268 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3324 0.7780 0.004 0.024 0.000 0.000 0.248 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3294 0.6690 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0438 0.9151 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3332 -0.5436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3141 0.7798 0.024 0.000 0.000 0.000 0.236 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.5851 0.2158 0.356 0.096 0.000 0.000 0.096 0.444 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0224 0.9135 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.3428 0.7679 0.008 0.024 0.000 0.000 0.228 0.736 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 6 0.3512 0.7215 0.004 0.060 0.000 0.000 0.176 0.756 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.0125 0.9154 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1252 0.9055 0.944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2869 0.7812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3831 0.3090 0.000 0.348 0.000 0.000 0.612 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2776 0.7834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0806 0.9116 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.3303 0.6564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.2795 0.7836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0125 0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 6 0.2915 0.7835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.268 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.3771 0.7653 0.000 0.044 0.000 0.000 0.312 0.644 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.3142 0.3911 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-125 6 0.3015 0.7837 0.004 0.004 0.000 0.000 0.264 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0471 0.9092 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3307 0.6628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0992 0.9074 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3053 0.8283 0.820 0.008 0.000 0.000 0.000 0.064 0.104 0.004
#> dkfz_11-130 6 0.5065 0.6895 0.068 0.108 0.000 0.000 0.176 0.640 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 6 0.2833 0.7820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1561 0.8842 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2258 0.8369 0.892 0.048 0.000 0.000 0.024 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0313 0.9155 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2004 0.8860 0.900 0.008 0.000 0.000 0.000 0.048 0.044 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.1032 0.8502 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.004 0.960 0.020
#> dkfz_11-137 4 0.0125 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3092 0.8253 0.816 0.008 0.000 0.000 0.000 0.064 0.108 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.4818 0.7100 0.084 0.068 0.000 0.000 0.172 0.668 0.000 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.5672 0.2440 0.364 0.092 0.000 0.000 0.068 0.464 0.000 0.012
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0438 0.9140 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2316 0.8927 0.000 0.028 0.888 0.000 0.000 0.052 0.028 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.3176 0.8398 0.000 0.028 0.824 0.000 0.000 0.068 0.076 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.1317 0.6918 0.000 0.048 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1503 0.6907 0.000 0.068 0.000 0.000 0.920 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3938 0.7018 0.000 0.680 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-151 6 0.3421 0.6556 0.000 0.004 0.000 0.000 0.448 0.548 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0930 0.8042 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3620 0.2544 0.000 0.420 0.000 0.000 0.556 0.016 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 9 0.0119 0.7482 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-004 5 0.1992 0.7197 0.000 0.144 0.000 0.000 0.852 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0726 0.5653 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1268 0.5348 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.2932 0.6093 0.000 0.244 0.000 0.000 0.740 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3079 0.4345 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.096 0.052 0.000 0.040
#> dkfz_11-009 9 0.0237 0.7481 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-010 5 0.3419 0.3457 0.000 0.384 0.000 0.000 0.600 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.3355 0.4244 0.000 0.356 0.000 0.000 0.628 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4361 0.1707 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.204 0.088 0.000 0.048
#> dkfz_11-013 2 0.3354 0.5849 0.000 0.744 0.000 0.000 0.192 0.056 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1964 0.7474 0.000 0.108 0.000 0.000 0.876 0.012 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3225 0.5892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.384 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5902 -0.2857 0.000 0.436 0.000 0.000 0.084 0.344 0.088 0.000 0.048
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3118 0.4356 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.100 0.052 0.000 0.040
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.0119 0.7482 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-022 1 0.0237 0.8879 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.1596 0.7436 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3468 0.4823 0.000 0.664 0.000 0.000 0.304 0.024 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1944 0.6005 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056 0.040 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.2385 0.6060 0.000 0.860 0.000 0.000 0.080 0.052 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3521 0.0728 0.000 0.520 0.000 0.000 0.464 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1810 0.7294 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2664 0.4736 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2991 0.5976 0.000 0.256 0.000 0.000 0.728 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2060 0.6711 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2571 0.6645 0.000 0.196 0.000 0.000 0.792 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.3382 0.5994 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.716 0.060 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0887 0.7773 0.000 0.024 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.3548 0.2643 0.000 0.416 0.000 0.000 0.564 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.5600 0.0000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.392 0.076 0.000 0.364
#> dkfz_11-038 1 0.2430 0.8111 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.056 0.056 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.0373 0.9401 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 4 0.0119 0.9449 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 5 0.4336 0.6498 0.052 0.000 0.000 0.000 0.660 0.212 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 9 0.0752 0.7309 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.968
#> dkfz_11-043 5 0.5512 -0.0187 0.000 0.300 0.000 0.000 0.364 0.308 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-044 5 0.4853 0.4000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.476 0.388 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-045 2 0.2674 0.5977 0.000 0.828 0.000 0.000 0.108 0.060 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2031 0.8409 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0296 0.7742 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.5542 -0.4244 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.300 0.096 0.000 0.140
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4737 0.3401 0.000 0.672 0.000 0.000 0.128 0.100 0.080 0.000 0.020
#> dkfz_11-051 5 0.0492 0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1834 0.6047 0.000 0.896 0.000 0.000 0.064 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 8 0.3987 0.0971 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 0.516 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0119 0.9449 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0810 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-058 4 0.1810 0.8452 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-059 1 0.5174 0.0368 0.496 0.000 0.000 0.000 0.316 0.136 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.3179 0.5244 0.000 0.004 0.000 0.132 0.000 0.068 0.008 0.000 0.788
#> dkfz_11-061 2 0.2659 0.5803 0.000 0.852 0.000 0.000 0.036 0.076 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 5 0.2957 0.5389 0.000 0.288 0.000 0.000 0.704 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.1606 0.7506 0.000 0.092 0.000 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3593 0.0736 0.000 0.516 0.000 0.000 0.464 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3489 0.3887 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.100 0.080 0.000 0.044
#> dkfz_11-066 3 0.3022 0.1144 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1810 0.7294 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3767 0.3393 0.000 0.584 0.000 0.000 0.368 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3499 0.1987 0.000 0.436 0.000 0.000 0.548 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1717 0.7722 0.000 0.032 0.000 0.000 0.904 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.2114 0.7379 0.000 0.148 0.000 0.000 0.844 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.5461 -0.3751 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.196 0.080 0.000 0.220
#> dkfz_11-074 4 0.1633 0.8657 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-075 2 0.4007 0.5595 0.000 0.676 0.000 0.000 0.236 0.044 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.3099 0.5981 0.000 0.784 0.000 0.000 0.148 0.060 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0237 0.7757 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2350 0.7267 0.000 0.180 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3917 0.6863 0.036 0.000 0.000 0.000 0.716 0.168 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0683 0.8831 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0668 0.7788 0.000 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2331 0.7511 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.156 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3610 0.5520 0.000 0.292 0.000 0.000 0.660 0.044 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.1375 0.7756 0.000 0.064 0.000 0.000 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1324 0.7742 0.004 0.000 0.000 0.000 0.936 0.040 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0752 0.8826 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2279 0.7562 0.004 0.000 0.000 0.000 0.840 0.144 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0212 0.7749 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0542 0.8864 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1033 0.7698 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.2126 0.7678 0.028 0.000 0.000 0.000 0.888 0.056 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.5163 0.4213 0.260 0.000 0.000 0.000 0.528 0.160 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0610 0.8843 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2844 0.7286 0.012 0.000 0.000 0.000 0.776 0.200 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3356 0.5513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.416 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0356 0.8887 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1544 0.8667 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036 0.024 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0492 0.7767 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3307 0.5995 0.000 0.788 0.000 0.000 0.088 0.096 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.1263 0.7758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.044 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0977 0.8813 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0212 0.7749 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.1223 0.7763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0119 0.9449 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 5 0.1364 0.7748 0.004 0.000 0.000 0.000 0.932 0.048 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2325 0.7319 0.000 0.020 0.000 0.000 0.844 0.132 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 9 0.3149 0.2970 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.004 0.000 0.000 0.608
#> dkfz_11-125 5 0.1381 0.7742 0.004 0.000 0.000 0.000 0.932 0.044 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0683 0.8845 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0668 0.7774 0.000 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1157 0.8787 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.016 0.016 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2774 0.7867 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.056 0.068 0.004
#> dkfz_11-130 5 0.4571 0.5370 0.044 0.000 0.000 0.000 0.544 0.360 0.048 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.1088 0.7753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.032 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1770 0.8691 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.032 0.032 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1783 0.8260 0.912 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0356 0.8883 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1691 0.8612 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.036 0.028 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.1345 0.0876 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040 0.936 0.016
#> dkfz_11-137 4 0.2060 0.8374 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2644 0.7939 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.056 0.068 0.004
#> dkfz_11-139 5 0.3917 0.6822 0.044 0.000 0.000 0.000 0.688 0.228 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.5810 0.2158 0.300 0.000 0.000 0.000 0.428 0.184 0.080 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0683 0.8842 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.1054 0.8823 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.016 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3107 -0.4507 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 7 0.3593 0.4125 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.500 0.024 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3814 0.5298 0.000 0.664 0.000 0.000 0.264 0.064 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0581 0.8199 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3523 0.5596 0.000 0.704 0.000 0.000 0.240 0.048 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2920 0.4505 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.080 0.048 0.000 0.044
#> dkfz_11-151 5 0.0741 0.7768 0.000 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0888 0.8376 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-002 5 0.3416 0.0611 0.000 0.448 0.000 0.000 0.528 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.0000 0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1410 0.7599 0.000 0.080 0.000 0.000 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0426 0.5834 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0667 0.5758 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2008 0.7139 0.000 0.128 0.000 0.000 0.856 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1364 0.5304 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.0113 0.7604 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3064 0.4416 0.000 0.324 0.000 0.000 0.660 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.3100 0.4270 0.000 0.336 0.000 0.000 0.648 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2979 0.2166 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.2977 0.6079 0.000 0.768 0.000 0.000 0.160 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1616 0.7449 0.000 0.060 0.000 0.000 0.912 0.012 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3005 -0.2975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5190 -0.2813 0.000 0.408 0.000 0.000 0.240 0.028 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1364 0.5304 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0469 0.8535 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.1088 0.7745 0.000 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3044 0.5580 0.000 0.712 0.000 0.000 0.256 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1064 0.6105 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1824 0.6193 0.000 0.896 0.000 0.000 0.028 0.068 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3318 0.0542 0.000 0.496 0.000 0.000 0.488 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1880 0.7686 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2559 0.6066 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-031 5 0.2140 0.7066 0.000 0.136 0.000 0.000 0.844 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2266 0.6717 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-033 5 0.1530 0.7537 0.000 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.0000 0.3403 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 5 0.0781 0.7826 0.000 0.020 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.3287 0.1654 0.000 0.432 0.000 0.000 0.552 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 9 0.3531 0.3551 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.004 0.112 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2546 0.7819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004 0.124 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3109 0.8671 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.004 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.3007 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.2640 0.6787 0.048 0.000 0.000 0.000 0.844 0.080 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.1705 0.7118 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.876 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.5659 -0.4423 0.000 0.292 0.000 0.000 0.328 0.288 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.5510 0.2990 0.000 0.112 0.000 0.000 0.376 0.388 0.008 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.2530 0.6166 0.000 0.828 0.000 0.000 0.124 0.008 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0113 0.2421 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0282 0.7803 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 9 0.3366 0.4857 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.2990 0.8672 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3226 0.4559 0.000 0.780 0.000 0.000 0.124 0.056 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0113 0.7789 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2990 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1258 0.6162 0.000 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 6 0.5704 -0.5128 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.236 0.084 0.008
#> dkfz_11-056 4 0.3007 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2923 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.4298 0.7785 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.132 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3745 0.3572 0.664 0.000 0.000 0.000 0.268 0.048 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3863 0.5591 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.704 0.068 0.176 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.1651 0.5986 0.000 0.900 0.000 0.000 0.008 0.084 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.2730 0.4269 0.000 0.292 0.000 0.000 0.704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.1050 0.7714 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3398 0.2713 0.000 0.548 0.000 0.000 0.428 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1329 0.5480 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3010 0.0739 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-067 3 0.1880 0.7686 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-068 2 0.3769 0.4364 0.000 0.596 0.000 0.000 0.344 0.052 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3215 0.3199 0.000 0.384 0.000 0.000 0.600 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1896 0.7301 0.000 0.032 0.000 0.000 0.880 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.1790 0.7119 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3570 -0.5973 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.4276 0.7824 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.128 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2631 0.6168 0.000 0.808 0.000 0.000 0.148 0.040 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.3160 0.6181 0.000 0.784 0.000 0.000 0.112 0.080 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0202 0.7796 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.2993 0.8678 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1739 0.7388 0.000 0.124 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.2845 0.6507 0.084 0.000 0.000 0.000 0.824 0.068 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0282 0.8506 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0539 0.7815 0.000 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1145 0.7639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3704 0.3262 0.000 0.328 0.000 0.000 0.604 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0986 0.7733 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0469 0.7775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0492 0.8501 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.1145 0.7667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0202 0.7796 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0786 0.8504 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1572 0.7508 0.000 0.096 0.000 0.000 0.896 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.1340 0.7610 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.036 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4081 -0.1315 0.472 0.000 0.000 0.000 0.464 0.044 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0282 0.8506 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1762 0.7362 0.012 0.000 0.000 0.000 0.888 0.096 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.3188 0.0897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.500 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0356 0.8536 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1587 0.8340 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0226 0.7800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.2423 0.5965 0.000 0.832 0.000 0.000 0.036 0.128 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.2990 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0605 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1050 0.8459 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0282 0.7802 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0492 0.7776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.3007 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0356 0.7775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2181 0.6869 0.000 0.012 0.000 0.000 0.856 0.016 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.4477 0.1552 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.004 0.560 0.212 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0539 0.7772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0426 0.8505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0356 0.7804 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1358 0.8404 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2798 0.7636 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.144 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.4037 -0.2968 0.048 0.000 0.000 0.000 0.512 0.424 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0429 0.7793 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0978 0.8480 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1021 0.8382 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0728 0.8534 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1694 0.8312 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.3751 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.004 0.508 0.028 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.0555 0.1911 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2901 0.7522 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004 0.140 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2535 0.6815 0.036 0.000 0.000 0.000 0.840 0.108 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4214 0.0803 0.552 0.000 0.000 0.000 0.360 0.068 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0426 0.8507 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0356 0.8517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.2848 0.6203 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-144 10 0.2709 0.6446 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> dkfz_11-145 2 0.3462 0.5657 0.000 0.696 0.000 0.000 0.216 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0202 0.8716 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3514 0.5705 0.000 0.704 0.000 0.000 0.220 0.064 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1970 0.4900 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0909 0.7807 0.000 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:mclust 132 5.85e-23 2.88e-12 2
#> CV:mclust 133 1.06e-42 5.05e-15 3
#> CV:mclust 121 1.67e-51 1.75e-25 4
#> CV:mclust 121 1.07e-52 4.31e-25 5
#> CV:mclust 114 2.57e-69 1.32e-36 6
#> CV:mclust 118 2.41e-62 6.89e-37 7
#> CV:mclust 115 2.76e-60 1.93e-34 8
#> CV:mclust 105 1.54e-59 1.26e-35 9
#> CV:mclust 104 1.15e-60 2.13e-34 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.404 0.826 0.891 0.4085 0.608 0.608
#> 3 3 0.586 0.843 0.899 0.4137 0.846 0.747
#> 4 4 0.612 0.820 0.847 0.1859 0.842 0.652
#> 5 5 0.749 0.822 0.873 0.0972 0.965 0.882
#> 6 6 0.801 0.832 0.895 0.0398 0.983 0.935
#> 7 7 0.785 0.808 0.896 0.0132 0.996 0.984
#> 8 8 0.782 0.799 0.887 0.0238 0.964 0.851
#> 9 9 0.840 0.671 0.867 0.0206 0.986 0.934
#> 10 10 0.828 0.805 0.875 0.0128 0.961 0.801
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-002 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-003 2 0.5737 0.896 0.136 0.864
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.6343 0.779 0.840 0.160
#> dkfz_11-006 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.7219 0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-009 2 0.5519 0.898 0.128 0.872
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-016 1 0.0938 0.884 0.988 0.012
#> dkfz_11-017 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-018 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-019 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-020 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-021 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-022 2 0.8443 0.636 0.272 0.728
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.1633 0.881 0.976 0.024
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-029 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-030 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.9661 0.516 0.608 0.392
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.5519 0.818 0.128 0.872
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.7219 0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-038 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-039 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-040 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-041 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> dkfz_11-042 1 0.5519 0.809 0.872 0.128
#> dkfz_11-043 1 0.5629 0.804 0.868 0.132
#> dkfz_11-044 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.7219 0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-049 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-050 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-051 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> dkfz_11-052 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-053 1 0.9922 0.386 0.552 0.448
#> dkfz_11-054 1 0.2043 0.882 0.968 0.032
#> dkfz_11-055 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-056 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-057 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-058 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-059 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-060 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-061 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-062 1 0.0938 0.884 0.988 0.012
#> dkfz_11-063 1 0.0376 0.883 0.996 0.004
#> dkfz_11-064 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-065 1 0.6343 0.780 0.840 0.160
#> dkfz_11-066 1 0.9635 0.524 0.612 0.388
#> dkfz_11-067 1 0.9552 0.549 0.624 0.376
#> dkfz_11-068 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.9393 0.578 0.644 0.356
#> dkfz_11-073 1 0.7219 0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-074 2 0.5519 0.898 0.128 0.872
#> dkfz_11-075 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-091 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2236 0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-096 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-097 1 0.2236 0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-098 1 0.5408 0.825 0.876 0.124
#> dkfz_11-099 1 0.3431 0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> dkfz_11-102 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-103 1 0.2603 0.875 0.956 0.044
#> dkfz_11-104 1 0.1843 0.880 0.972 0.028
#> dkfz_11-105 1 0.5946 0.807 0.856 0.144
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1843 0.880 0.972 0.028
#> dkfz_11-108 1 0.5178 0.829 0.884 0.116
#> dkfz_11-109 2 0.7745 0.824 0.228 0.772
#> dkfz_11-110 1 0.2778 0.875 0.952 0.048
#> dkfz_11-111 1 0.5294 0.827 0.880 0.120
#> dkfz_11-112 1 0.5737 0.813 0.864 0.136
#> dkfz_11-113 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-114 1 0.2603 0.875 0.956 0.044
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-117 1 0.3431 0.872 0.936 0.064
#> dkfz_11-118 1 0.6148 0.799 0.848 0.152
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2948 0.873 0.948 0.052
#> dkfz_11-121 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-122 1 0.2423 0.877 0.960 0.040
#> dkfz_11-123 1 0.2778 0.875 0.952 0.048
#> dkfz_11-124 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-125 1 0.2236 0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-126 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-127 1 0.2778 0.873 0.952 0.048
#> dkfz_11-128 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-129 1 0.6712 0.775 0.824 0.176
#> dkfz_11-130 1 0.4298 0.851 0.912 0.088
#> dkfz_11-131 1 0.2236 0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-132 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-133 2 0.8327 0.763 0.264 0.736
#> dkfz_11-134 2 0.8207 0.791 0.256 0.744
#> dkfz_11-135 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-136 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-137 2 0.3431 0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-138 2 0.6438 0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-139 1 0.1184 0.883 0.984 0.016
#> dkfz_11-140 1 0.2603 0.875 0.956 0.044
#> dkfz_11-141 2 0.7602 0.842 0.220 0.780
#> dkfz_11-142 1 0.5629 0.817 0.868 0.132
#> dkfz_11-143 1 0.9922 0.386 0.552 0.448
#> dkfz_11-144 1 0.9850 0.439 0.572 0.428
#> dkfz_11-145 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-146 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-147 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-148 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-149 1 0.9460 0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-150 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.884 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-002 1 0.5016 0.757 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-003 2 0.2680 0.861 0.068 0.924 0.008
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.4413 0.779 0.832 0.160 0.008
#> dkfz_11-006 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.4963 0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-009 2 0.2486 0.863 0.060 0.932 0.008
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0892 0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-012 1 0.0747 0.873 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-013 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-014 1 0.0892 0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-015 1 0.4842 0.775 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-016 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-017 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-018 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-019 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-020 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-021 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.8138 0.602 0.132 0.636 0.232
#> dkfz_11-023 1 0.0892 0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-024 1 0.5171 0.784 0.784 0.012 0.204
#> dkfz_11-025 1 0.0892 0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-026 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-029 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-030 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1905 0.962 0.016 0.028 0.956
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.6235 0.196 0.000 0.564 0.436
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-037 1 0.4963 0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-038 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-039 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-040 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-041 1 0.1129 0.871 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-042 1 0.3896 0.803 0.864 0.128 0.008
#> dkfz_11-043 1 0.3965 0.808 0.860 0.132 0.008
#> dkfz_11-044 1 0.4974 0.763 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-045 1 0.0892 0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-046 2 0.2261 0.842 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4963 0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-049 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-050 1 0.5098 0.751 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-051 1 0.1129 0.871 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-052 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.3359 0.909 0.016 0.084 0.900
#> dkfz_11-054 1 0.5803 0.741 0.736 0.016 0.248
#> dkfz_11-055 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-056 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-057 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-058 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-060 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-061 1 0.4887 0.771 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-062 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-063 1 0.4178 0.812 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-064 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-065 1 0.4413 0.774 0.832 0.160 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.1774 0.964 0.016 0.024 0.960
#> dkfz_11-067 3 0.1337 0.971 0.016 0.012 0.972
#> dkfz_11-068 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.5016 0.757 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-071 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.1411 0.960 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-073 1 0.4963 0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-074 2 0.2486 0.863 0.060 0.932 0.008
#> dkfz_11-075 1 0.5098 0.751 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-091 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-094 1 0.0892 0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-095 1 0.1989 0.868 0.948 0.004 0.048
#> dkfz_11-096 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-097 1 0.2096 0.868 0.944 0.004 0.052
#> dkfz_11-098 1 0.4335 0.816 0.864 0.100 0.036
#> dkfz_11-099 1 0.4974 0.763 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1129 0.871 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-102 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-103 1 0.2446 0.867 0.936 0.012 0.052
#> dkfz_11-104 1 0.1765 0.869 0.956 0.004 0.040
#> dkfz_11-105 1 0.4708 0.797 0.844 0.120 0.036
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1765 0.869 0.956 0.004 0.040
#> dkfz_11-108 1 0.4172 0.820 0.868 0.104 0.028
#> dkfz_11-109 2 0.5688 0.797 0.168 0.788 0.044
#> dkfz_11-110 1 0.2434 0.864 0.940 0.024 0.036
#> dkfz_11-111 1 0.4256 0.817 0.868 0.096 0.036
#> dkfz_11-112 1 0.4563 0.804 0.852 0.112 0.036
#> dkfz_11-113 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-114 1 0.2446 0.867 0.936 0.012 0.052
#> dkfz_11-115 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-117 1 0.3415 0.862 0.900 0.020 0.080
#> dkfz_11-118 1 0.4848 0.788 0.836 0.128 0.036
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2636 0.864 0.932 0.020 0.048
#> dkfz_11-121 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.2173 0.867 0.944 0.008 0.048
#> dkfz_11-123 1 0.2550 0.865 0.936 0.024 0.040
#> dkfz_11-124 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-125 1 0.2063 0.868 0.948 0.008 0.044
#> dkfz_11-126 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-127 1 0.2599 0.867 0.932 0.016 0.052
#> dkfz_11-128 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-129 1 0.5235 0.760 0.812 0.152 0.036
#> dkfz_11-130 1 0.3554 0.841 0.900 0.064 0.036
#> dkfz_11-131 1 0.1989 0.868 0.948 0.004 0.048
#> dkfz_11-132 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-133 2 0.6423 0.710 0.228 0.728 0.044
#> dkfz_11-134 2 0.5956 0.764 0.188 0.768 0.044
#> dkfz_11-135 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-136 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-137 2 0.0237 0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-138 2 0.4479 0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-139 1 0.5058 0.754 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-140 1 0.2446 0.867 0.936 0.012 0.052
#> dkfz_11-141 2 0.5454 0.810 0.152 0.804 0.044
#> dkfz_11-142 1 0.4489 0.807 0.856 0.108 0.036
#> dkfz_11-143 3 0.3359 0.909 0.016 0.084 0.900
#> dkfz_11-144 3 0.2902 0.930 0.016 0.064 0.920
#> dkfz_11-145 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-146 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-147 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-148 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-149 3 0.0747 0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-150 1 0.4842 0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3402 0.9052 0.164 0.832 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2207 0.8065 0.056 0.012 0.004 0.928
#> dkfz_11-004 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.6604 0.5084 0.644 0.192 0.004 0.160
#> dkfz_11-006 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.6591 0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-009 4 0.2040 0.8083 0.048 0.012 0.004 0.936
#> dkfz_11-010 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.4483 0.5282 0.712 0.284 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.4313 0.5869 0.736 0.260 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.3528 0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3583 0.9129 0.180 0.816 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4049 0.9050 0.212 0.780 0.008 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 4 0.8289 0.5881 0.120 0.336 0.064 0.480
#> dkfz_11-023 1 0.4483 0.5282 0.712 0.284 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4464 0.9187 0.224 0.760 0.004 0.012
#> dkfz_11-025 1 0.3528 0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2142 0.9672 0.000 0.056 0.928 0.016
#> dkfz_11-033 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.5000 0.0347 0.000 0.000 0.500 0.500
#> dkfz_11-035 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.6591 0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-038 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0592 0.8555 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.5613 0.6583 0.736 0.132 0.004 0.128
#> dkfz_11-043 1 0.6535 0.4986 0.644 0.220 0.004 0.132
#> dkfz_11-044 2 0.5397 0.8788 0.220 0.716 0.064 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3528 0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2760 0.7486 0.000 0.000 0.128 0.872
#> dkfz_11-047 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.6591 0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.5292 0.8863 0.208 0.728 0.064 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0592 0.8555 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0707 0.9291 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-054 2 0.3949 0.8835 0.140 0.832 0.012 0.016
#> dkfz_11-055 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.5464 0.8722 0.228 0.708 0.064 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4049 0.9050 0.212 0.780 0.008 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4699 0.7849 0.320 0.676 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.6079 0.6009 0.696 0.140 0.004 0.160
#> dkfz_11-066 3 0.2021 0.9692 0.000 0.056 0.932 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.1637 0.9746 0.000 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4632 0.7846 0.308 0.688 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2921 0.7767 0.860 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.2413 0.9608 0.020 0.064 0.916 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.6591 0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-074 4 0.2040 0.8083 0.048 0.012 0.004 0.936
#> dkfz_11-075 2 0.5292 0.8863 0.208 0.728 0.064 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.3528 0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0592 0.8538 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-097 1 0.0707 0.8535 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.2281 0.7945 0.904 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5397 0.8788 0.220 0.716 0.064 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0592 0.8555 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-103 1 0.1004 0.8523 0.972 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0188 0.8547 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.2799 0.7769 0.884 0.108 0.000 0.008
#> dkfz_11-106 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0188 0.8547 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2799 0.8004 0.884 0.108 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.6602 0.7353 0.208 0.164 0.000 0.628
#> dkfz_11-110 1 0.0707 0.8503 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.2334 0.7975 0.908 0.088 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.2741 0.7866 0.892 0.096 0.000 0.012
#> dkfz_11-113 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-114 1 0.1004 0.8523 0.972 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 1 0.1474 0.8475 0.948 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.2231 0.8332 0.932 0.044 0.012 0.012
#> dkfz_11-118 1 0.2918 0.7682 0.876 0.116 0.000 0.008
#> dkfz_11-119 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1109 0.8508 0.968 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0707 0.8526 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0921 0.8500 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0592 0.8538 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-127 1 0.1174 0.8514 0.968 0.020 0.000 0.012
#> dkfz_11-128 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-129 1 0.3497 0.7489 0.852 0.124 0.000 0.024
#> dkfz_11-130 1 0.1743 0.8242 0.940 0.056 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.0592 0.8538 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-133 4 0.7002 0.6415 0.268 0.164 0.000 0.568
#> dkfz_11-134 4 0.6374 0.7244 0.228 0.128 0.000 0.644
#> dkfz_11-135 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 4 0.5897 0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-139 2 0.3498 0.9019 0.160 0.832 0.008 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.1004 0.8523 0.972 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.6429 0.7516 0.192 0.160 0.000 0.648
#> dkfz_11-142 1 0.2611 0.7883 0.896 0.096 0.000 0.008
#> dkfz_11-143 3 0.0707 0.9291 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1867 0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3945 0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.1211 0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1800 0.870 0.048 0.932 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-003 4 0.3981 0.763 0.108 0.044 0.000 0.820 0.028
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 5 0.7070 0.297 0.124 0.336 0.000 0.056 0.484
#> dkfz_11-006 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 5 0.7420 0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-009 4 0.3805 0.772 0.108 0.044 0.000 0.828 0.020
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.4401 0.513 0.016 0.328 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-012 5 0.4401 0.532 0.016 0.328 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-013 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-014 5 0.3508 0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-015 2 0.2079 0.868 0.064 0.916 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-016 2 0.2952 0.853 0.104 0.868 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-020 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2770 0.719 0.864 0.124 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4227 0.569 0.016 0.292 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-024 2 0.2913 0.876 0.008 0.888 0.032 0.008 0.064
#> dkfz_11-025 5 0.3508 0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-026 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.1701 0.969 0.016 0.028 0.944 0.012 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.5234 0.104 0.044 0.000 0.460 0.496 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-037 5 0.7420 0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-038 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0162 0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0703 0.840 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-042 5 0.6346 0.499 0.064 0.272 0.000 0.068 0.596
#> dkfz_11-043 5 0.6776 0.291 0.112 0.356 0.000 0.040 0.492
#> dkfz_11-044 2 0.3678 0.828 0.168 0.804 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-045 5 0.3508 0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-046 4 0.2824 0.824 0.096 0.000 0.032 0.872 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 5 0.7420 0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3435 0.838 0.156 0.820 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-051 5 0.0880 0.841 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1626 0.931 0.044 0.000 0.940 0.016 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1862 0.864 0.048 0.932 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0162 0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3730 0.827 0.168 0.800 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-062 2 0.2952 0.853 0.104 0.868 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-063 2 0.5416 0.593 0.080 0.632 0.004 0.000 0.284
#> dkfz_11-064 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-065 5 0.6882 0.427 0.092 0.280 0.000 0.080 0.548
#> dkfz_11-066 3 0.1588 0.971 0.016 0.028 0.948 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1281 0.976 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.4536 0.662 0.048 0.712 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-071 5 0.3203 0.742 0.012 0.168 0.000 0.000 0.820
#> dkfz_11-072 3 0.1399 0.961 0.000 0.028 0.952 0.000 0.020
#> dkfz_11-073 5 0.7420 0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-074 4 0.3805 0.772 0.108 0.044 0.000 0.828 0.020
#> dkfz_11-075 2 0.3435 0.838 0.156 0.820 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-091 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3508 0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-095 5 0.1956 0.831 0.076 0.008 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-096 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-097 5 0.2352 0.823 0.092 0.008 0.004 0.000 0.896
#> dkfz_11-098 5 0.2561 0.806 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-099 2 0.3678 0.828 0.168 0.804 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0880 0.841 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-102 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-103 5 0.2775 0.821 0.100 0.020 0.004 0.000 0.876
#> dkfz_11-104 5 0.1282 0.838 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-105 5 0.2732 0.793 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 5 0.1282 0.838 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-108 5 0.2583 0.809 0.132 0.004 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-109 1 0.3912 0.862 0.804 0.000 0.000 0.108 0.088
#> dkfz_11-110 5 0.1544 0.837 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-111 5 0.2471 0.808 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-112 5 0.2648 0.798 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-113 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-114 5 0.2775 0.821 0.100 0.020 0.004 0.000 0.876
#> dkfz_11-115 5 0.0566 0.840 0.004 0.012 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3467 0.795 0.128 0.036 0.004 0.000 0.832
#> dkfz_11-118 5 0.2813 0.787 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 5 0.2351 0.832 0.088 0.016 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1981 0.836 0.064 0.016 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-123 5 0.1830 0.837 0.068 0.008 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-124 4 0.0162 0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2012 0.838 0.060 0.020 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-126 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-127 5 0.2517 0.818 0.104 0.008 0.004 0.000 0.884
#> dkfz_11-128 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-129 5 0.3039 0.768 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-130 5 0.2233 0.825 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-131 5 0.1956 0.831 0.076 0.008 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-132 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.4212 0.775 0.776 0.000 0.000 0.080 0.144
#> dkfz_11-134 1 0.4428 0.851 0.760 0.000 0.000 0.144 0.096
#> dkfz_11-135 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0510 0.918 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2719 0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-139 2 0.1960 0.869 0.048 0.928 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-140 5 0.2775 0.821 0.100 0.020 0.004 0.000 0.876
#> dkfz_11-141 1 0.3911 0.893 0.796 0.000 0.000 0.144 0.060
#> dkfz_11-142 5 0.2605 0.800 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-143 3 0.1626 0.931 0.044 0.000 0.940 0.016 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1043 0.940 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-146 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-149 3 0.0880 0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2209 0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2178 0.857 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-003 4 0.4241 0.761 0.124 0.064 0.000 0.780 0.020 0.012
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.6710 0.309 0.128 0.336 0.000 0.024 0.472 0.040
#> dkfz_11-006 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.7141 0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-009 4 0.4067 0.769 0.124 0.064 0.000 0.788 0.012 0.012
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4443 0.489 0.012 0.024 0.000 0.000 0.636 0.328
#> dkfz_11-012 5 0.4397 0.503 0.012 0.020 0.000 0.000 0.632 0.336
#> dkfz_11-013 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-014 5 0.3841 0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-015 6 0.2357 0.867 0.012 0.116 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-016 6 0.2380 0.881 0.036 0.068 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-017 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-020 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3290 0.667 0.744 0.000 0.004 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-023 5 0.4172 0.542 0.012 0.016 0.000 0.000 0.672 0.300
#> dkfz_11-024 2 0.1251 0.970 0.012 0.956 0.000 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-025 5 0.3841 0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-026 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0653 0.969 0.004 0.004 0.980 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.5245 0.105 0.028 0.000 0.448 0.484 0.000 0.040
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-037 5 0.7141 0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-038 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0363 0.924 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0632 0.837 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.6146 0.504 0.056 0.272 0.000 0.056 0.584 0.032
#> dkfz_11-043 5 0.7086 0.322 0.116 0.140 0.000 0.008 0.472 0.264
#> dkfz_11-044 6 0.1511 0.876 0.044 0.012 0.004 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-045 5 0.3841 0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-046 4 0.2916 0.835 0.024 0.000 0.020 0.860 0.000 0.096
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.7141 0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1572 0.880 0.036 0.028 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-051 5 0.0790 0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1874 0.937 0.028 0.000 0.928 0.016 0.000 0.028
#> dkfz_11-054 6 0.2896 0.825 0.000 0.160 0.000 0.016 0.000 0.824
#> dkfz_11-055 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0146 0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1265 0.873 0.044 0.008 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-062 6 0.2380 0.881 0.036 0.068 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-063 6 0.5163 0.606 0.020 0.068 0.004 0.000 0.272 0.636
#> dkfz_11-064 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-065 5 0.6623 0.434 0.088 0.284 0.000 0.056 0.536 0.036
#> dkfz_11-066 3 0.0551 0.971 0.004 0.004 0.984 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0260 0.977 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4944 0.636 0.000 0.132 0.000 0.000 0.224 0.644
#> dkfz_11-071 5 0.3231 0.724 0.012 0.008 0.000 0.000 0.800 0.180
#> dkfz_11-072 3 0.1003 0.960 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.7141 0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-074 4 0.4067 0.769 0.124 0.064 0.000 0.788 0.012 0.012
#> dkfz_11-075 6 0.1572 0.880 0.036 0.028 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-091 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3841 0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-095 5 0.1757 0.832 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2214 0.823 0.092 0.000 0.004 0.000 0.892 0.012
#> dkfz_11-098 5 0.2300 0.809 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1511 0.876 0.044 0.012 0.004 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0790 0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2728 0.818 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.032
#> dkfz_11-104 5 0.1152 0.837 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.2454 0.796 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.1152 0.837 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.2320 0.812 0.132 0.000 0.000 0.000 0.864 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.1967 0.865 0.904 0.000 0.000 0.012 0.084 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1387 0.837 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2219 0.811 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2378 0.801 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2728 0.818 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.032
#> dkfz_11-115 5 0.0692 0.833 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> dkfz_11-116 4 0.0260 0.925 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3393 0.790 0.108 0.000 0.004 0.000 0.820 0.068
#> dkfz_11-118 5 0.2527 0.791 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2290 0.832 0.084 0.004 0.000 0.000 0.892 0.020
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1867 0.835 0.064 0.000 0.000 0.000 0.916 0.020
#> dkfz_11-123 5 0.1643 0.837 0.068 0.000 0.000 0.000 0.924 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0146 0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1807 0.835 0.060 0.000 0.000 0.000 0.920 0.020
#> dkfz_11-126 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2361 0.819 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2730 0.772 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2006 0.826 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004
#> dkfz_11-131 5 0.1812 0.831 0.080 0.000 0.000 0.000 0.912 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2613 0.773 0.848 0.000 0.000 0.012 0.140 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2333 0.856 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.1010 0.907 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0632 0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2135 0.859 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-140 5 0.2728 0.818 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.032
#> dkfz_11-141 1 0.1829 0.897 0.920 0.000 0.000 0.024 0.056 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2340 0.803 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1874 0.937 0.028 0.000 0.928 0.016 0.000 0.028
#> dkfz_11-144 3 0.1341 0.948 0.024 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-145 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-146 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-149 3 0.0547 0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0547 0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1440 0.858 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.012
#> dkfz_11-003 4 0.3288 0.642 0.008 0.000 0.000 0.744 0.008 0.000 0.240
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.5991 0.311 0.004 0.268 0.000 0.000 0.460 0.024 0.244
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.6492 0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-009 4 0.3060 0.654 0.008 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4100 0.487 0.000 0.020 0.000 0.000 0.636 0.328 0.016
#> dkfz_11-012 5 0.4114 0.502 0.000 0.016 0.000 0.000 0.632 0.332 0.020
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3850 0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-015 6 0.1281 0.864 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> dkfz_11-016 6 0.0468 0.870 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0134 0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.4045 0.601 0.704 0.000 0.004 0.000 0.000 0.224 0.068
#> dkfz_11-023 5 0.3771 0.540 0.000 0.016 0.000 0.000 0.672 0.304 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.0707 0.969 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> dkfz_11-025 5 0.3850 0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0134 0.947 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1647 0.904 0.004 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.3909 0.167 0.004 0.000 0.328 0.024 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.6492 0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0134 0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0373 0.900 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 5 0.0582 0.837 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.5671 0.515 0.000 0.208 0.000 0.028 0.584 0.016 0.164
#> dkfz_11-043 5 0.6548 0.300 0.004 0.108 0.000 0.000 0.460 0.248 0.180
#> dkfz_11-044 6 0.1647 0.865 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.076
#> dkfz_11-045 5 0.3850 0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-046 7 0.3423 0.164 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.6492 0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-049 4 0.0134 0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.1791 0.868 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000 0.912 0.072
#> dkfz_11-051 5 0.0728 0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2305 0.850 0.004 0.000 0.856 0.004 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-054 6 0.2313 0.833 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.880 0.060
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0134 0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0134 0.905 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0134 0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.1409 0.865 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.068
#> dkfz_11-062 6 0.0268 0.871 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-063 6 0.3361 0.543 0.000 0.000 0.004 0.000 0.272 0.716 0.008
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.6048 0.431 0.000 0.216 0.000 0.028 0.524 0.020 0.212
#> dkfz_11-066 3 0.1802 0.890 0.004 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-067 3 0.0422 0.942 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3894 0.593 0.000 0.056 0.000 0.000 0.224 0.716 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.3004 0.723 0.000 0.004 0.000 0.000 0.800 0.176 0.020
#> dkfz_11-072 3 0.0504 0.919 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.6492 0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-074 4 0.3060 0.654 0.008 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-075 6 0.1791 0.868 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000 0.912 0.072
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0134 0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 5 0.3850 0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-095 5 0.1618 0.831 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2077 0.823 0.092 0.000 0.004 0.000 0.892 0.004 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.2118 0.809 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1647 0.865 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.076
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0728 0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2604 0.817 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.024 0.008
#> dkfz_11-104 5 0.1060 0.836 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.2259 0.796 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.1060 0.836 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.2136 0.811 0.132 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.1482 0.844 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1277 0.836 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2043 0.811 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2190 0.801 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2604 0.817 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.024 0.008
#> dkfz_11-115 5 0.0707 0.832 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0239 0.901 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3336 0.790 0.108 0.000 0.004 0.000 0.820 0.048 0.020
#> dkfz_11-118 5 0.2326 0.790 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2160 0.831 0.084 0.004 0.000 0.000 0.892 0.016 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1788 0.834 0.064 0.000 0.000 0.000 0.916 0.012 0.008
#> dkfz_11-123 5 0.1513 0.836 0.068 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0239 0.905 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.1733 0.835 0.060 0.000 0.000 0.000 0.920 0.012 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2213 0.819 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.004 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2514 0.772 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1847 0.826 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.1669 0.830 0.080 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2081 0.741 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1578 0.835 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3280 0.313 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-137 4 0.0966 0.879 0.008 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1346 0.858 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008
#> dkfz_11-140 5 0.2604 0.817 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.024 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.1109 0.881 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2154 0.803 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2713 0.796 0.004 0.000 0.808 0.004 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-144 3 0.2293 0.829 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1893 0.8321 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.900 0.056 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.3207 0.6534 0.004 0.000 0.000 0.724 0.008 0.000 0.260 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0395 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-005 7 0.4349 0.8855 0.000 0.236 0.000 0.000 0.136 0.000 0.628 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.4354 0.9294 0.000 0.184 0.000 0.012 0.136 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2995 0.6636 0.004 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.260 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4948 0.4614 0.000 0.016 0.000 0.000 0.592 0.228 0.160 0.004
#> dkfz_11-012 5 0.4851 0.4763 0.000 0.016 0.000 0.000 0.592 0.232 0.160 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4461 0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-015 6 0.1083 0.8427 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1783 0.8242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0125 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3922 0.6017 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.092 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.4622 0.5169 0.000 0.016 0.000 0.000 0.632 0.240 0.108 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.0596 0.9682 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.4461 0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.8793 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2715 0.6373 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-033 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0624 0.3824 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-035 5 0.0471 0.8516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.4384 0.9264 0.000 0.184 0.000 0.012 0.140 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0125 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0349 0.9068 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0438 0.8535 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4964 0.1419 0.000 0.168 0.000 0.008 0.564 0.004 0.256 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.5078 0.6958 0.000 0.064 0.000 0.000 0.136 0.164 0.632 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.2070 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004
#> dkfz_11-045 5 0.4461 0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-046 8 0.4347 0.0799 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.084 0.552
#> dkfz_11-047 5 0.0471 0.8516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.4354 0.9294 0.000 0.184 0.000 0.012 0.136 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0125 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1417 0.8446 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.0596 0.8546 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3193 0.3987 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-054 6 0.2303 0.8179 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880 0.064 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0125 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0125 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0224 0.9287 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0125 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2319 0.8231 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.148 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.1561 0.8333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.080 0.008
#> dkfz_11-063 6 0.4236 0.5357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.656 0.112 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.5272 -0.3615 0.000 0.176 0.000 0.008 0.436 0.004 0.376 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2954 0.5578 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-067 3 0.0614 0.8652 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4588 0.5631 0.000 0.044 0.000 0.000 0.196 0.672 0.084 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.3547 0.7011 0.000 0.004 0.000 0.000 0.756 0.096 0.144 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0471 0.8509 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.4354 0.9294 0.000 0.184 0.000 0.012 0.136 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.2995 0.6636 0.004 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.260 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.1417 0.8446 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0125 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4461 0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-095 5 0.1452 0.8471 0.064 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0125 0.9298 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1804 0.8369 0.080 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1999 0.8196 0.132 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2070 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0596 0.8546 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0125 0.9300 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2281 0.8292 0.088 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0904 0.8532 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.2172 0.8029 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0471 0.8516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0904 0.8532 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.1984 0.8225 0.120 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1521 0.8401 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1162 0.8527 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1925 0.8214 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2070 0.8108 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2281 0.8292 0.088 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1051 0.8452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0251 0.9079 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.2967 0.7962 0.096 0.000 0.000 0.000 0.832 0.040 0.032 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.2236 0.7962 0.160 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0614 0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2087 0.8426 0.072 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.024 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1601 0.8501 0.052 0.000 0.000 0.000 0.924 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.1347 0.8525 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0224 0.9104 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1458 0.8521 0.048 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0224 0.9287 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1939 0.8317 0.092 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0125 0.9300 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2296 0.7784 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1601 0.8402 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.1503 0.8456 0.068 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2016 0.7433 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1644 0.8386 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3528 0.4152 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.024 0.324
#> dkfz_11-137 4 0.0870 0.8871 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1839 0.8335 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.904 0.052 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2281 0.8292 0.088 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1091 0.8810 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2035 0.8132 0.136 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3333 -0.3823 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-144 3 0.3323 0.1500 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0544 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3419 0.7820 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.748 0.188 0.028 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.3324 0.6445 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008 0.000 0.012 0.268 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.0581 0.7383 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.2392 0.7607 0.000 0.200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.2024 0.7974 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3124 0.6538 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.012 0.268 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4934 -0.9177 0.000 0.008 0.000 0.000 0.416 0.160 0.412 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.4870 0.0000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.400 0.132 0.452 0.008 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4319 -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2647 0.7858 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.104 0.032 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3624 0.7444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.224 0.072 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0119 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3712 0.6162 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.092 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.5064 -0.8257 0.000 0.008 0.000 0.000 0.460 0.184 0.340 0.008 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0515 0.9698 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.4319 -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0119 0.8661 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4273 0.2440 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.276
#> dkfz_11-033 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.0591 0.4089 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976
#> dkfz_11-035 5 0.0876 0.7304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.2339 0.7891 0.000 0.148 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0119 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0331 0.9067 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0237 0.7437 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4819 -0.1847 0.000 0.132 0.000 0.000 0.544 0.000 0.028 0.296 0.000
#> dkfz_11-043 8 0.3401 0.5906 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.104 0.068 0.792 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.2735 0.7689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.168 0.036 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4319 -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-046 9 0.5306 0.0572 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.056 0.092 0.016 0.484
#> dkfz_11-047 5 0.0876 0.7304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.2024 0.7974 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0119 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0581 0.7861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0414 0.7458 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9097 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4527 -0.1780 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.404
#> dkfz_11-054 6 0.3866 0.7669 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.744 0.128 0.084 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0119 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9097 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0212 0.9083 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0296 0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0119 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3080 0.7223 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.164 0.056 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.3490 0.7597 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.232 0.056 0.004
#> dkfz_11-063 6 0.4707 0.4337 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.492 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.5012 -0.1068 0.000 0.140 0.000 0.000 0.376 0.000 0.028 0.456 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4395 0.1008 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.328
#> dkfz_11-067 3 0.0706 0.8415 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4918 0.5590 0.000 0.036 0.000 0.000 0.068 0.508 0.372 0.016 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3832 -0.4267 0.000 0.004 0.000 0.000 0.592 0.036 0.364 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0507 0.8456 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.2024 0.7974 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.3124 0.6538 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.012 0.268 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.0515 0.7861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0119 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4319 -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1275 0.7378 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0212 0.9275 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1663 0.7228 0.072 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1822 0.6928 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2735 0.7689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.168 0.036 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0414 0.7458 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0296 0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2191 0.7072 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0726 0.7456 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1876 0.6700 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0876 0.7304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0726 0.7456 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.1713 0.6969 0.112 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1519 0.8378 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0994 0.7450 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1633 0.6980 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1776 0.6803 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0119 0.9270 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2191 0.7072 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1730 0.6920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0212 0.9076 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.2877 0.6497 0.088 0.000 0.000 0.000 0.836 0.036 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1940 0.6588 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0982 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.1848 0.7293 0.064 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9097 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1359 0.7412 0.044 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.1170 0.7442 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0331 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1370 0.7434 0.040 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0373 0.9254 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1796 0.7135 0.084 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0296 0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2118 0.6277 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1547 0.7254 0.084 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.1325 0.7356 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1971 0.7444 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1558 0.8380 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3778 0.4293 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.040 0.012 0.308
#> dkfz_11-137 4 0.0916 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3419 0.7826 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.748 0.188 0.028 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2191 0.7072 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1131 0.8803 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1741 0.6846 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.4460 0.2872 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.532
#> dkfz_11-144 9 0.4515 0.2129 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.492
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0876 0.7322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2650 0.7292 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.840 0.100 0.012 0.004 0.036
#> dkfz_11-003 4 0.3692 0.5190 0.000 0.000 0.000 0.700 0.008 0.000 0.000 0.144 0.148 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0605 0.8643 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 9 0.2131 0.7706 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.1739 0.8088 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3502 0.5326 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.144 0.148 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.4627 0.7986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.276 0.112 0.580 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-012 7 0.4248 0.8153 0.000 0.004 0.000 0.000 0.252 0.088 0.632 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2740 0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.1814 0.7292 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.916 0.028 0.016 0.016 0.016
#> dkfz_11-016 6 0.4819 0.6369 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.084 0.104 0.116 0.044
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0113 0.9855 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0113 0.9855 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.0113 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3947 0.6136 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.196 0.032 0.004 0.008
#> dkfz_11-023 7 0.5063 0.7694 0.000 0.004 0.000 0.000 0.320 0.132 0.504 0.016 0.020 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.0492 0.9712 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2740 0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0113 0.9848 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0113 0.9848 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0282 0.9795 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.2970 0.5369 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568
#> dkfz_11-033 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.3251 0.0389 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.520
#> dkfz_11-035 5 0.0836 0.8565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 9 0.2042 0.8001 0.000 0.124 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0113 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0282 0.8704 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0226 0.8697 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.5111 -0.2388 0.000 0.108 0.000 0.000 0.480 0.000 0.092 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-043 9 0.2216 0.5973 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000 0.072 0.868 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4200 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.252 0.048 0.012 0.044
#> dkfz_11-045 7 0.2740 0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 8 0.2901 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 5 0.0836 0.8565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 9 0.1739 0.8088 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0202 0.8725 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2719 0.7305 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.092 0.040 0.024 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.0395 0.8718 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0113 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.2668 0.7031 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-054 6 0.3291 0.7065 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.812 0.056 0.060 0.028 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0113 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8743 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0202 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0282 0.9266 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0113 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.5151 0.6316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.248 0.096 0.092 0.016
#> dkfz_11-062 6 0.4351 0.6847 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.120 0.072 0.096 0.020
#> dkfz_11-063 6 0.5459 0.3447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.496 0.276 0.028 0.008 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 9 0.5147 0.0428 0.000 0.116 0.000 0.000 0.312 0.000 0.092 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.2857 0.6399 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> dkfz_11-067 3 0.0888 0.9330 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3980 0.4967 0.000 0.008 0.000 0.000 0.044 0.588 0.348 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-071 7 0.3180 0.5899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.528 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0484 0.9573 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-073 9 0.1739 0.8088 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.3502 0.5326 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.144 0.148 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2733 0.7302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.092 0.040 0.020 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0202 0.8725 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2740 0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1250 0.8661 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0202 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1587 0.8524 0.072 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1739 0.8226 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4200 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.252 0.048 0.012 0.044
#> dkfz_11-100 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0395 0.8718 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0282 0.9267 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2065 0.8377 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0717 0.8720 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1790 0.8011 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0836 0.8565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0717 0.8720 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.1634 0.8266 0.112 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1450 0.8369 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0949 0.8717 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1559 0.8275 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1694 0.8108 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0113 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2065 0.8377 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2235 0.7130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.140 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0282 0.8711 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.2639 0.7872 0.088 0.000 0.000 0.000 0.836 0.012 0.060 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1851 0.7906 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0937 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.1764 0.8586 0.064 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8743 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1297 0.8688 0.044 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.1149 0.8712 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0282 0.8729 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1307 0.8706 0.040 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0356 0.9248 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1714 0.8440 0.084 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.016 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0282 0.9267 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2021 0.7617 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1476 0.8534 0.084 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.1298 0.8642 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1880 0.7419 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1487 0.8356 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2857 -0.2073 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0969 0.8419 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2738 0.7282 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.836 0.096 0.016 0.004 0.040
#> dkfz_11-140 5 0.2065 0.8377 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1079 0.8789 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1661 0.8148 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.1694 0.6716 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-144 10 0.2021 0.6962 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0113 0.9848 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0113 0.9855 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0896 0.8583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:hclust 133 2.64e-21 4.36e-26 2
#> MAD:hclust 135 3.63e-47 5.72e-24 3
#> MAD:hclust 134 1.22e-55 1.88e-22 4
#> MAD:hclust 127 6.20e-77 5.39e-43 5
#> MAD:hclust 127 1.03e-95 1.49e-41 6
#> MAD:hclust 125 5.48e-94 7.88e-41 7
#> MAD:hclust 126 1.71e-90 4.04e-41 8
#> MAD:hclust 117 1.01e-86 9.05e-38 9
#> MAD:hclust 129 5.96e-90 8.10e-39 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.340 0.625 0.739 0.4011 0.497 0.497
#> 3 3 0.916 0.919 0.942 0.5301 0.786 0.609
#> 4 4 0.746 0.781 0.834 0.1417 0.894 0.732
#> 5 5 0.745 0.781 0.836 0.1031 0.858 0.571
#> 6 6 0.821 0.874 0.891 0.0488 0.941 0.741
#> 7 7 0.899 0.768 0.853 0.0373 0.987 0.925
#> 8 8 0.870 0.757 0.804 0.0225 0.947 0.698
#> 9 9 0.856 0.695 0.791 0.0152 0.978 0.847
#> 10 10 0.861 0.721 0.825 0.0140 0.976 0.823
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.9881 0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-002 2 0.9954 0.589713 0.460 0.540
#> dkfz_11-003 2 0.8861 0.320854 0.304 0.696
#> dkfz_11-004 1 0.0376 0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-006 2 0.9795 0.609362 0.416 0.584
#> dkfz_11-007 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-008 2 0.9661 0.607686 0.392 0.608
#> dkfz_11-009 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-010 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-011 1 0.9522 -0.039659 0.628 0.372
#> dkfz_11-012 1 0.9170 0.000641 0.668 0.332
#> dkfz_11-013 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-014 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-015 2 0.9933 0.597049 0.452 0.548
#> dkfz_11-016 2 0.9963 0.582515 0.464 0.536
#> dkfz_11-017 2 0.9881 0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-018 2 0.9922 0.591213 0.448 0.552
#> dkfz_11-019 2 0.9661 0.607686 0.392 0.608
#> dkfz_11-020 2 0.9881 0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-021 2 0.7883 0.407588 0.236 0.764
#> dkfz_11-022 1 0.8661 0.386311 0.712 0.288
#> dkfz_11-023 1 0.1633 0.850148 0.976 0.024
#> dkfz_11-024 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-025 1 0.9661 -0.215799 0.608 0.392
#> dkfz_11-026 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-027 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-028 2 0.9881 0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-029 2 0.9944 0.582527 0.456 0.544
#> dkfz_11-030 2 0.9881 0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-031 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-032 2 0.9661 0.605546 0.392 0.608
#> dkfz_11-033 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-034 2 0.1843 0.459870 0.028 0.972
#> dkfz_11-035 1 0.0376 0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-037 1 0.9754 -0.137498 0.592 0.408
#> dkfz_11-038 1 0.2236 0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-039 2 0.6973 0.431280 0.188 0.812
#> dkfz_11-040 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-041 1 0.0376 0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-042 1 0.4161 0.795528 0.916 0.084
#> dkfz_11-043 1 0.9000 0.015197 0.684 0.316
#> dkfz_11-044 2 0.9944 0.593607 0.456 0.544
#> dkfz_11-045 1 0.9754 -0.270134 0.592 0.408
#> dkfz_11-046 2 0.1843 0.459870 0.028 0.972
#> dkfz_11-047 1 0.1633 0.853365 0.976 0.024
#> dkfz_11-048 2 0.8955 0.556003 0.312 0.688
#> dkfz_11-049 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-050 2 0.9922 0.600377 0.448 0.552
#> dkfz_11-051 1 0.1633 0.853365 0.976 0.024
#> dkfz_11-052 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-053 2 0.9661 0.605546 0.392 0.608
#> dkfz_11-054 2 0.9635 0.608488 0.388 0.612
#> dkfz_11-055 1 0.2236 0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-056 2 0.7528 0.418133 0.216 0.784
#> dkfz_11-057 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-058 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-059 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-060 2 0.6973 0.431280 0.188 0.812
#> dkfz_11-061 2 0.9954 0.589713 0.460 0.540
#> dkfz_11-062 1 0.9552 -0.059181 0.624 0.376
#> dkfz_11-063 1 0.7745 0.465235 0.772 0.228
#> dkfz_11-064 2 0.9954 0.586073 0.460 0.540
#> dkfz_11-065 1 0.9248 -0.016391 0.660 0.340
#> dkfz_11-066 2 0.9710 0.606370 0.400 0.600
#> dkfz_11-067 2 0.9881 0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-068 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-069 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-070 1 0.9522 -0.039659 0.628 0.372
#> dkfz_11-071 1 0.1633 0.853520 0.976 0.024
#> dkfz_11-072 2 1.0000 0.503741 0.496 0.504
#> dkfz_11-073 2 0.9988 0.308580 0.480 0.520
#> dkfz_11-074 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-075 2 0.9922 0.600377 0.448 0.552
#> dkfz_11-091 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-092 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-093 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-094 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-095 1 0.1414 0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-096 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-097 1 0.1414 0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-098 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-099 2 0.9977 0.570807 0.472 0.528
#> dkfz_11-100 1 0.1633 0.853365 0.976 0.024
#> dkfz_11-101 1 0.1633 0.850148 0.976 0.024
#> dkfz_11-102 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-103 1 0.1414 0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-106 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-110 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-111 1 0.0376 0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-113 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-114 1 0.7056 0.551581 0.808 0.192
#> dkfz_11-115 1 0.1414 0.854896 0.980 0.020
#> dkfz_11-116 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-117 1 0.7056 0.551167 0.808 0.192
#> dkfz_11-118 1 0.2043 0.849035 0.968 0.032
#> dkfz_11-119 1 0.1843 0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-122 1 0.0938 0.856405 0.988 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-124 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-125 1 0.0376 0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-127 1 0.1414 0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-128 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-129 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-130 1 0.2043 0.849035 0.968 0.032
#> dkfz_11-131 1 0.1414 0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-132 1 0.2236 0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-133 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-134 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-135 1 0.2236 0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-136 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-137 2 0.8016 0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-138 1 0.2236 0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-139 2 0.9922 0.595648 0.448 0.552
#> dkfz_11-140 1 0.2423 0.832341 0.960 0.040
#> dkfz_11-141 1 0.1843 0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-142 1 0.2043 0.849035 0.968 0.032
#> dkfz_11-143 2 0.8909 0.553032 0.308 0.692
#> dkfz_11-144 2 0.9661 0.605546 0.392 0.608
#> dkfz_11-145 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-146 2 0.9909 0.595189 0.444 0.556
#> dkfz_11-147 2 0.9944 0.582527 0.456 0.544
#> dkfz_11-148 2 0.9944 0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-149 2 0.9944 0.582527 0.456 0.544
#> dkfz_11-150 2 0.9815 0.608965 0.420 0.580
#> dkfz_11-151 1 0.0376 0.858345 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-002 3 0.2187 0.924 0.024 0.028 0.948
#> dkfz_11-003 2 0.1031 0.963 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-005 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-006 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-007 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-008 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-009 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-010 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-011 3 0.2200 0.917 0.056 0.004 0.940
#> dkfz_11-012 3 0.5689 0.801 0.184 0.036 0.780
#> dkfz_11-013 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-014 3 0.2443 0.923 0.032 0.028 0.940
#> dkfz_11-015 3 0.2903 0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-016 3 0.2063 0.924 0.044 0.008 0.948
#> dkfz_11-017 3 0.1919 0.916 0.024 0.020 0.956
#> dkfz_11-018 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-019 3 0.2269 0.922 0.016 0.040 0.944
#> dkfz_11-020 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-021 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-022 1 0.6359 0.394 0.628 0.008 0.364
#> dkfz_11-023 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-024 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-025 3 0.2810 0.921 0.036 0.036 0.928
#> dkfz_11-026 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-027 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-028 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-029 3 0.1636 0.916 0.016 0.020 0.964
#> dkfz_11-030 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-031 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-032 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-033 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-034 2 0.6126 0.359 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-035 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-036 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-037 3 0.6699 0.685 0.256 0.044 0.700
#> dkfz_11-038 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-039 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-040 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-041 1 0.1015 0.956 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-042 1 0.2031 0.949 0.952 0.032 0.016
#> dkfz_11-043 3 0.6703 0.668 0.268 0.040 0.692
#> dkfz_11-044 3 0.2903 0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-045 3 0.2810 0.921 0.036 0.036 0.928
#> dkfz_11-046 2 0.1031 0.943 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-047 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-048 3 0.3129 0.905 0.008 0.088 0.904
#> dkfz_11-049 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-050 3 0.2903 0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-051 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-052 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-053 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-054 3 0.2443 0.923 0.032 0.028 0.940
#> dkfz_11-055 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-056 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-057 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-058 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-059 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-060 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-061 3 0.2903 0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-062 3 0.2066 0.921 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-063 3 0.5360 0.708 0.220 0.012 0.768
#> dkfz_11-064 3 0.2810 0.922 0.036 0.036 0.928
#> dkfz_11-065 3 0.6295 0.692 0.236 0.036 0.728
#> dkfz_11-066 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-067 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-068 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-069 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-070 3 0.3213 0.887 0.092 0.008 0.900
#> dkfz_11-071 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-072 3 0.3461 0.895 0.076 0.024 0.900
#> dkfz_11-073 3 0.5618 0.697 0.008 0.260 0.732
#> dkfz_11-074 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-075 3 0.2903 0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-091 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-092 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-093 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-094 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 1 0.0424 0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.2280 0.924 0.052 0.008 0.940
#> dkfz_11-100 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-101 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-102 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-103 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0424 0.958 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-106 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-110 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.0592 0.957 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0424 0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-114 1 0.5706 0.491 0.680 0.000 0.320
#> dkfz_11-115 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-116 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-117 1 0.5529 0.560 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-118 1 0.0424 0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-120 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-121 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-122 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-124 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-125 1 0.0592 0.957 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-130 1 0.0424 0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-136 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-137 2 0.1620 0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-138 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.1711 0.922 0.032 0.008 0.960
#> dkfz_11-140 1 0.1753 0.921 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-141 1 0.0661 0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-142 1 0.0892 0.958 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-144 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-145 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-146 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-147 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-148 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-149 3 0.2050 0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-150 3 0.2806 0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-151 1 0.1751 0.949 0.960 0.012 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4855 0.780 0.000 0.644 0.352 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-004 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.4781 0.843 0.000 0.660 0.336 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.4781 0.843 0.000 0.660 0.336 0.004
#> dkfz_11-007 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4819 0.837 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-010 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.6013 0.747 0.072 0.640 0.288 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.7763 0.464 0.224 0.464 0.308 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.4819 0.788 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.5161 0.527 0.000 0.520 0.476 0.004
#> dkfz_11-016 3 0.4477 0.333 0.000 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.4819 0.837 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-022 3 0.8019 -0.215 0.288 0.316 0.392 0.004
#> dkfz_11-023 1 0.1389 0.793 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.5667 0.779 0.060 0.696 0.240 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-027 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4857 0.415 0.000 0.016 0.700 0.284
#> dkfz_11-035 1 0.0469 0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.7784 0.377 0.244 0.468 0.284 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.0524 0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-040 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.2271 0.833 0.916 0.076 0.008 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.7559 0.328 0.252 0.516 0.228 0.004
#> dkfz_11-044 3 0.4632 0.334 0.000 0.308 0.688 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.4584 0.824 0.000 0.696 0.300 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.0524 0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-047 1 0.0469 0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4837 0.834 0.000 0.648 0.348 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0524 0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-050 3 0.4677 0.309 0.000 0.316 0.680 0.004
#> dkfz_11-051 1 0.0469 0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-053 3 0.0336 0.758 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.5167 0.484 0.000 0.508 0.488 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0524 0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-057 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-058 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-059 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0524 0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-061 3 0.5137 -0.331 0.000 0.452 0.544 0.004
#> dkfz_11-062 3 0.4677 0.315 0.004 0.316 0.680 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.7526 -0.192 0.440 0.188 0.372 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.5300 0.827 0.028 0.664 0.308 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.6175 0.752 0.088 0.660 0.248 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-069 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.6188 0.746 0.072 0.636 0.288 0.004
#> dkfz_11-071 1 0.0707 0.812 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.1792 0.673 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.6074 0.761 0.000 0.648 0.268 0.084
#> dkfz_11-074 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-075 3 0.4677 0.309 0.000 0.316 0.680 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-094 2 0.5291 0.807 0.032 0.700 0.264 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.4040 0.870 0.752 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.4072 0.870 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 3 0.4477 0.333 0.000 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0469 0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0469 0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-103 1 0.4854 0.856 0.676 0.316 0.004 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.1792 0.839 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.4072 0.870 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4401 0.871 0.724 0.272 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.2334 0.844 0.908 0.088 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 1 0.6267 0.639 0.664 0.188 0.148 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0592 0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-117 1 0.6631 0.784 0.600 0.296 0.100 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 1 0.0469 0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-122 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-125 1 0.3052 0.854 0.860 0.136 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.4072 0.870 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.4040 0.870 0.752 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.0524 0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-137 4 0.0188 0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-138 1 0.4687 0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.4454 0.349 0.000 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4875 0.864 0.692 0.296 0.008 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.4509 0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 1 0.2714 0.848 0.884 0.112 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.0336 0.756 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.4761 0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0188 0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.4819 0.837 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-151 1 0.0469 0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4730 0.6580 0.000 0.688 0.052 0.000 0.260
#> dkfz_11-003 4 0.0162 0.9927 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-005 2 0.2068 0.6841 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-008 2 0.2068 0.6841 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-011 2 0.5193 0.6241 0.000 0.584 0.052 0.000 0.364
#> dkfz_11-012 2 0.6686 0.5929 0.136 0.536 0.032 0.000 0.296
#> dkfz_11-013 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5480 0.6335 0.000 0.616 0.096 0.000 0.288
#> dkfz_11-015 2 0.6018 0.6101 0.004 0.580 0.140 0.000 0.276
#> dkfz_11-016 2 0.7407 0.4663 0.036 0.420 0.264 0.000 0.280
#> dkfz_11-017 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.4062 0.6257 0.764 0.000 0.040 0.000 0.196
#> dkfz_11-023 5 0.3464 0.5444 0.096 0.068 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-024 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4196 0.6440 0.004 0.640 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-026 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-028 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-032 3 0.0992 0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-034 3 0.3883 0.7656 0.000 0.012 0.800 0.160 0.028
#> dkfz_11-035 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-036 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5691 0.4794 0.296 0.612 0.080 0.000 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.1211 0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-039 4 0.0609 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3932 0.8954 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-042 1 0.4443 -0.4480 0.524 0.004 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-043 2 0.6874 0.3212 0.376 0.396 0.008 0.000 0.220
#> dkfz_11-044 2 0.7396 0.4706 0.036 0.424 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-045 2 0.3661 0.6673 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-046 4 0.0609 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-047 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-048 2 0.2068 0.6841 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0609 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-050 2 0.7396 0.4706 0.036 0.424 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-051 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1168 0.9728 0.000 0.032 0.960 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 2 0.5939 0.6061 0.000 0.576 0.148 0.000 0.276
#> dkfz_11-055 1 0.1211 0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-056 4 0.0609 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1106 0.8532 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> dkfz_11-060 4 0.0609 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-061 2 0.7032 0.5603 0.036 0.504 0.184 0.000 0.276
#> dkfz_11-062 2 0.7396 0.4706 0.036 0.424 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-063 5 0.5436 -0.0307 0.020 0.192 0.096 0.000 0.692
#> dkfz_11-064 2 0.2193 0.6829 0.000 0.900 0.092 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.2519 0.6759 0.004 0.900 0.060 0.000 0.036
#> dkfz_11-066 3 0.0992 0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-070 2 0.5193 0.6241 0.000 0.584 0.052 0.000 0.364
#> dkfz_11-071 5 0.3774 0.9034 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-072 3 0.1299 0.9610 0.008 0.020 0.960 0.000 0.012
#> dkfz_11-073 2 0.2429 0.6792 0.000 0.900 0.076 0.020 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.7197 0.4784 0.024 0.436 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-091 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3752 0.6641 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-095 1 0.2329 0.7465 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-096 1 0.1106 0.8532 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 1 0.1671 0.8038 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-098 1 0.0880 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-099 2 0.7232 0.4620 0.024 0.424 0.276 0.000 0.276
#> dkfz_11-100 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-101 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-102 1 0.1211 0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-103 1 0.3039 0.6515 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-104 5 0.4306 0.5386 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-105 1 0.0880 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-106 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-107 1 0.1965 0.7825 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-108 1 0.1544 0.8130 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-109 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0794 0.8436 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-111 1 0.4192 -0.1742 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-112 1 0.0880 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-113 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.6456 0.2283 0.500 0.176 0.004 0.000 0.320
#> dkfz_11-115 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2753 0.7163 0.856 0.000 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-118 1 0.0880 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-119 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-120 1 0.0162 0.8534 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0162 0.8521 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3636 0.4026 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-126 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1732 0.7996 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-128 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0880 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-131 1 0.1732 0.7996 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-132 1 0.1211 0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-133 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1211 0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-136 4 0.0609 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1211 0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-139 2 0.6835 0.4497 0.004 0.428 0.292 0.000 0.276
#> dkfz_11-140 1 0.2471 0.7251 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-141 1 0.0703 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3949 0.1566 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-143 3 0.0992 0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.0992 0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0703 0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1908 0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3837 0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3020 0.866 0.000 0.156 0.008 0.000 0.012 0.824
#> dkfz_11-003 4 0.0790 0.959 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.2668 0.952 0.168 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.0547 0.952 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0632 0.951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3272 0.872 0.000 0.124 0.004 0.000 0.048 0.824
#> dkfz_11-012 6 0.4031 0.859 0.036 0.112 0.004 0.000 0.052 0.796
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3540 0.875 0.000 0.132 0.020 0.000 0.036 0.812
#> dkfz_11-015 6 0.3307 0.880 0.000 0.120 0.040 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-016 6 0.3275 0.877 0.000 0.100 0.052 0.000 0.012 0.836
#> dkfz_11-017 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3484 0.778 0.784 0.000 0.016 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-023 6 0.4799 0.425 0.068 0.000 0.000 0.000 0.340 0.592
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3726 0.859 0.004 0.124 0.000 0.000 0.080 0.792
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2318 0.948 0.000 0.020 0.904 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-033 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4740 0.787 0.000 0.000 0.744 0.088 0.092 0.076
#> dkfz_11-035 5 0.2668 0.952 0.168 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4993 0.439 0.332 0.596 0.004 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.2060 0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-039 4 0.2000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.916 0.032 0.048
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3265 0.872 0.248 0.000 0.000 0.000 0.748 0.004
#> dkfz_11-042 5 0.3991 0.361 0.472 0.000 0.000 0.000 0.524 0.004
#> dkfz_11-043 6 0.6519 0.420 0.340 0.104 0.008 0.000 0.064 0.484
#> dkfz_11-044 6 0.3368 0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-045 6 0.3751 0.853 0.004 0.152 0.004 0.000 0.052 0.788
#> dkfz_11-046 4 0.2074 0.950 0.000 0.000 0.004 0.912 0.036 0.048
#> dkfz_11-047 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1204 0.932 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.1788 0.957 0.000 0.000 0.004 0.928 0.028 0.040
#> dkfz_11-050 6 0.3269 0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-051 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2445 0.944 0.000 0.020 0.896 0.000 0.056 0.028
#> dkfz_11-054 6 0.3307 0.880 0.000 0.120 0.040 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-055 1 0.2060 0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-056 4 0.2000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.916 0.032 0.048
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2060 0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-060 4 0.1933 0.954 0.000 0.000 0.004 0.920 0.032 0.044
#> dkfz_11-061 6 0.3231 0.881 0.000 0.116 0.044 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-062 6 0.3269 0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-063 6 0.4571 0.545 0.008 0.028 0.004 0.000 0.332 0.628
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1668 0.921 0.008 0.928 0.000 0.000 0.060 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.2318 0.948 0.000 0.020 0.904 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-067 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3390 0.873 0.004 0.128 0.004 0.000 0.044 0.820
#> dkfz_11-071 5 0.2653 0.927 0.144 0.000 0.000 0.000 0.844 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.0862 0.962 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1349 0.930 0.004 0.940 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3269 0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3470 0.857 0.000 0.152 0.000 0.000 0.052 0.796
#> dkfz_11-095 1 0.1610 0.819 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2060 0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-097 1 0.1327 0.839 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0146 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.3368 0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-100 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2562 0.951 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2060 0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-103 1 0.2311 0.791 0.880 0.000 0.000 0.000 0.016 0.104
#> dkfz_11-104 5 0.3966 0.520 0.444 0.000 0.000 0.000 0.552 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.0146 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1082 0.856 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0777 0.865 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.2006 0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-110 1 0.0146 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.3986 -0.295 0.532 0.000 0.000 0.000 0.464 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.0146 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.2006 0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-114 6 0.5204 0.570 0.260 0.020 0.000 0.000 0.088 0.632
#> dkfz_11-115 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1967 0.815 0.904 0.000 0.000 0.000 0.012 0.084
#> dkfz_11-118 1 0.0146 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0260 0.877 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3448 0.419 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.2006 0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-127 1 0.1327 0.839 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2006 0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-129 1 0.2060 0.883 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-130 1 0.0146 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.1501 0.828 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2060 0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-133 1 0.2006 0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-134 1 0.2006 0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-135 1 0.2203 0.880 0.896 0.000 0.016 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-136 4 0.2074 0.950 0.000 0.000 0.004 0.912 0.036 0.048
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2060 0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-139 6 0.3269 0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-140 1 0.1913 0.818 0.908 0.000 0.000 0.000 0.012 0.080
#> dkfz_11-141 1 0.2006 0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-142 1 0.3966 -0.222 0.552 0.000 0.000 0.000 0.444 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.2231 0.947 0.000 0.016 0.908 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-144 3 0.2318 0.948 0.000 0.020 0.904 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0547 0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2527 0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0573 0.92502 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1099 0.86503 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.956 0.032
#> dkfz_11-003 4 0.1926 0.85743 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-004 5 0.0996 0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.1513 0.94391 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040
#> dkfz_11-006 2 0.0923 0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2126 0.91849 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.028 0.084
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.1982 0.84977 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008 0.900 0.084
#> dkfz_11-012 6 0.2587 0.81282 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.824 0.168
#> dkfz_11-013 2 0.0923 0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-014 6 0.2077 0.84709 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008 0.892 0.092
#> dkfz_11-015 6 0.0794 0.86725 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.972 0.016
#> dkfz_11-016 6 0.1898 0.84291 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.088
#> dkfz_11-017 3 0.0468 0.92537 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0334 0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0923 0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0334 0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1781 0.60631 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.040
#> dkfz_11-023 7 0.5641 0.15177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.316 0.352
#> dkfz_11-024 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.2588 0.81647 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.832 0.156
#> dkfz_11-026 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0334 0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0468 0.92537 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0334 0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3107 0.87012 0.000 0.024 0.808 0.000 0.012 0.000 0.156
#> dkfz_11-033 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5594 0.62467 0.000 0.028 0.556 0.060 0.024 0.008 0.324
#> dkfz_11-035 5 0.0996 0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.5435 -0.06159 0.112 0.400 0.000 0.000 0.000 0.024 0.464
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3019 0.90157 0.000 0.012 0.012 0.848 0.012 0.012 0.104
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.2912 0.71874 0.040 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.140
#> dkfz_11-042 7 0.5456 0.26122 0.224 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.444
#> dkfz_11-043 7 0.4950 -0.04595 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.480
#> dkfz_11-044 6 0.1234 0.86402 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.948 0.040
#> dkfz_11-045 6 0.2655 0.81665 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.832 0.152
#> dkfz_11-046 4 0.3353 0.88809 0.000 0.016 0.012 0.824 0.016 0.012 0.120
#> dkfz_11-047 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2857 0.86465 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.028 0.156
#> dkfz_11-049 4 0.2599 0.91243 0.000 0.008 0.004 0.872 0.012 0.012 0.092
#> dkfz_11-050 6 0.1898 0.84291 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.088
#> dkfz_11-051 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0468 0.94838 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-053 3 0.3444 0.84539 0.000 0.024 0.764 0.000 0.012 0.000 0.200
#> dkfz_11-054 6 0.0794 0.86725 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.972 0.016
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3019 0.90157 0.000 0.012 0.012 0.848 0.012 0.012 0.104
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2700 0.91172 0.000 0.008 0.012 0.872 0.012 0.012 0.084
#> dkfz_11-061 6 0.1360 0.86126 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.940 0.048
#> dkfz_11-062 6 0.1420 0.86094 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.936 0.052
#> dkfz_11-063 6 0.4691 0.34272 0.000 0.000 0.008 0.000 0.344 0.576 0.072
#> dkfz_11-064 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3069 0.82858 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.024 0.192
#> dkfz_11-066 3 0.3107 0.87012 0.000 0.024 0.808 0.000 0.012 0.000 0.156
#> dkfz_11-067 3 0.0334 0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.1724 0.85716 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004 0.920 0.064
#> dkfz_11-071 5 0.1769 0.88204 0.032 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.052
#> dkfz_11-072 3 0.2272 0.83558 0.004 0.008 0.880 0.000 0.008 0.000 0.100
#> dkfz_11-073 2 0.2986 0.86196 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000 0.028 0.156
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1420 0.86097 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.936 0.052
#> dkfz_11-091 2 0.0923 0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0134 0.95071 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 6 0.2584 0.82106 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.840 0.144
#> dkfz_11-095 1 0.4529 0.53651 0.544 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.388
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4304 0.56444 0.560 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.392
#> dkfz_11-098 1 0.3471 0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-099 6 0.0914 0.86696 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.964 0.024
#> dkfz_11-100 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0996 0.93763 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.4010 0.56434 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.420
#> dkfz_11-104 5 0.5374 -0.34405 0.188 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.392
#> dkfz_11-105 1 0.3471 0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-106 5 0.0996 0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.4245 0.57234 0.568 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.388
#> dkfz_11-108 1 0.4077 0.58769 0.580 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.388
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.3516 0.62166 0.624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.372
#> dkfz_11-111 7 0.5637 -0.00299 0.316 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.360
#> dkfz_11-112 1 0.3471 0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5695 -0.23085 0.104 0.000 0.000 0.000 0.048 0.440 0.408
#> dkfz_11-115 5 0.0996 0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0134 0.95071 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 1 0.4260 0.56937 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.396
#> dkfz_11-118 1 0.3471 0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-119 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3441 0.61335 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3432 0.61564 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-123 1 0.3432 0.61564 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.5306 0.24459 0.428 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.400
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4304 0.56444 0.560 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.392
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3556 0.61356 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.388
#> dkfz_11-131 1 0.4354 0.55808 0.556 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.392
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3313 0.89054 0.000 0.016 0.012 0.828 0.016 0.012 0.116
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0555 0.86661 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-140 1 0.3991 0.57857 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.408
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.5621 -0.18923 0.356 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.288
#> dkfz_11-143 3 0.2905 0.86261 0.000 0.012 0.816 0.000 0.012 0.000 0.160
#> dkfz_11-144 3 0.3107 0.87012 0.000 0.024 0.808 0.000 0.012 0.000 0.156
#> dkfz_11-145 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0334 0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0334 0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0573 0.92502 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0656 0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0863 0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1216 0.7210 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.3195 0.5119 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.312 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.1569 0.8914 0.024 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.1950 0.7912 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.016
#> dkfz_11-006 2 0.0438 0.8686 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2617 0.7124 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.016
#> dkfz_11-009 4 0.0125 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2990 0.6727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.200 0.028
#> dkfz_11-012 6 0.3700 0.4595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.428 0.020
#> dkfz_11-013 2 0.0313 0.8694 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3028 0.6587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.228 0.020
#> dkfz_11-015 6 0.0438 0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> dkfz_11-016 6 0.3144 0.6696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.796 0.132 0.068
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0438 0.8702 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.4503 -0.7498 0.468 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.044 0.468
#> dkfz_11-023 5 0.7098 -0.1867 0.252 0.000 0.000 0.000 0.340 0.132 0.220 0.056
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3829 0.4350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.436 0.028
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0125 0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3787 0.7552 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208
#> dkfz_11-033 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5817 0.4146 0.000 0.000 0.416 0.056 0.000 0.000 0.192 0.336
#> dkfz_11-035 5 0.1569 0.8914 0.024 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.5527 0.3770 0.200 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.036
#> dkfz_11-038 8 0.3521 0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-039 4 0.2557 0.8784 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004 0.000 0.052 0.092
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3272 0.5193 0.292 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.5431 -0.2722 0.376 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.376 0.012
#> dkfz_11-043 7 0.5438 0.3441 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.548 0.064
#> dkfz_11-044 6 0.2494 0.7051 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860 0.096 0.036
#> dkfz_11-045 6 0.3690 0.4631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.420 0.020
#> dkfz_11-046 4 0.3056 0.8493 0.000 0.000 0.000 0.808 0.004 0.000 0.076 0.112
#> dkfz_11-047 5 0.0349 0.9233 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.3584 0.3151 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.016
#> dkfz_11-049 4 0.2459 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004 0.000 0.048 0.088
#> dkfz_11-050 6 0.2819 0.6800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.824 0.124 0.048
#> dkfz_11-051 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0349 0.9288 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-053 3 0.4359 0.6937 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.140 0.232
#> dkfz_11-054 6 0.0438 0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> dkfz_11-055 8 0.3521 0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-056 4 0.2557 0.8784 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004 0.000 0.052 0.092
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-060 4 0.2370 0.8854 0.000 0.000 0.000 0.868 0.004 0.000 0.048 0.080
#> dkfz_11-061 6 0.2371 0.7029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.864 0.096 0.036
#> dkfz_11-062 6 0.2587 0.7008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.848 0.100 0.048
#> dkfz_11-063 6 0.5877 0.2234 0.012 0.000 0.000 0.000 0.348 0.420 0.180 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3921 0.1526 0.012 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.3787 0.7552 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208
#> dkfz_11-067 3 0.0125 0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3000 0.6781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.192 0.032
#> dkfz_11-071 5 0.2527 0.8176 0.020 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.120 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.1902 0.7956 0.076 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3584 0.3151 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.0125 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.2545 0.6975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.852 0.096 0.048
#> dkfz_11-091 2 0.0224 0.8711 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3684 0.4682 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.416 0.020
#> dkfz_11-095 1 0.1812 0.7197 0.912 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-096 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-097 1 0.1701 0.7203 0.920 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-098 1 0.1594 0.6666 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.052
#> dkfz_11-099 6 0.2494 0.7068 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860 0.096 0.036
#> dkfz_11-100 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0745 0.9046 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-103 1 0.2075 0.6870 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.056 0.028
#> dkfz_11-104 1 0.3206 0.4152 0.684 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.1497 0.6611 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.052
#> dkfz_11-106 5 0.0759 0.9168 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-107 1 0.0870 0.7276 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0681 0.7268 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-110 1 0.1371 0.6918 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.032
#> dkfz_11-111 1 0.3374 0.5169 0.704 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.1594 0.6666 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.052
#> dkfz_11-113 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-114 1 0.6089 -0.0543 0.488 0.000 0.000 0.000 0.040 0.260 0.168 0.044
#> dkfz_11-115 5 0.0990 0.9112 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2290 0.6780 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.052 0.040
#> dkfz_11-118 1 0.1670 0.6687 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.052
#> dkfz_11-119 5 0.0224 0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0563 0.7136 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0438 0.7073 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.0520 0.7108 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2288 0.6527 0.848 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-126 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-127 1 0.1773 0.7208 0.916 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-128 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-129 8 0.3605 0.9421 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.504
#> dkfz_11-130 1 0.0918 0.7111 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.008
#> dkfz_11-131 1 0.1757 0.7212 0.916 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-132 8 0.3434 0.9915 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.532
#> dkfz_11-133 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-134 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-135 8 0.3521 0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-136 4 0.2932 0.8582 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.000 0.072 0.104
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 8 0.3521 0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-139 6 0.1539 0.7171 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.932 0.032 0.028
#> dkfz_11-140 1 0.2094 0.6861 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.048 0.036
#> dkfz_11-141 8 0.3321 0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-142 1 0.3508 0.4744 0.672 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.3948 0.7414 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.100 0.216
#> dkfz_11-144 3 0.3787 0.7552 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0251 0.8718 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0349 0.9233 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1449 0.7511 0.032 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-002 7 0.3192 0.2314 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.696 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.5068 0.3826 0.124 0.000 0.000 0.608 0.000 0.156 0.004 0.000 0.108
#> dkfz_11-004 5 0.2016 0.8902 0.008 0.000 0.000 0.000 0.900 0.016 0.000 0.024 0.052
#> dkfz_11-005 2 0.3230 0.7555 0.096 0.800 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-006 2 0.0999 0.8485 0.004 0.956 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4698 0.6383 0.156 0.644 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-009 4 0.0119 0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.1300 0.5316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.932 0.000 0.016
#> dkfz_11-012 7 0.2814 0.5229 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.808 0.000 0.012
#> dkfz_11-013 2 0.0474 0.8546 0.004 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 7 0.0424 0.5482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 7 0.3604 -0.0714 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.572 0.000 0.012
#> dkfz_11-016 6 0.4112 0.4964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.312 0.000 0.056
#> dkfz_11-017 3 0.0928 0.7600 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1028 0.8488 0.004 0.956 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0119 0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.4568 0.7665 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.008 0.308 0.020
#> dkfz_11-023 8 0.7347 -0.1731 0.016 0.000 0.000 0.000 0.236 0.160 0.232 0.260 0.096
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2704 0.5211 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.828 0.000 0.024
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0928 0.7600 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3102 0.1965 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-033 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.4474 0.0000 0.004 0.000 0.228 0.056 0.004 0.056 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-035 5 0.2016 0.8902 0.008 0.000 0.000 0.000 0.900 0.016 0.000 0.024 0.052
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.7555 -0.1513 0.208 0.192 0.000 0.000 0.000 0.268 0.024 0.136 0.172
#> dkfz_11-038 1 0.3128 0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3047 0.7951 0.024 0.000 0.000 0.784 0.000 0.024 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3880 0.2157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.008 0.000 0.404 0.036
#> dkfz_11-042 8 0.7210 0.1157 0.128 0.000 0.000 0.000 0.196 0.176 0.020 0.364 0.116
#> dkfz_11-043 6 0.6099 0.1094 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.088 0.068 0.172
#> dkfz_11-044 6 0.3896 0.3722 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.400 0.000 0.012
#> dkfz_11-045 7 0.2458 0.5336 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.844 0.000 0.012
#> dkfz_11-046 4 0.3651 0.7400 0.028 0.000 0.000 0.724 0.004 0.036 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-047 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6025 0.4757 0.184 0.476 0.000 0.000 0.000 0.204 0.024 0.000 0.112
#> dkfz_11-049 4 0.2706 0.8202 0.024 0.000 0.000 0.824 0.000 0.020 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-050 6 0.3592 0.5130 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.316 0.000 0.036
#> dkfz_11-051 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0533 0.8909 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.3647 -0.1070 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-054 7 0.3671 -0.0742 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.568 0.000 0.016
#> dkfz_11-055 1 0.3128 0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3047 0.7951 0.024 0.000 0.000 0.784 0.000 0.024 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-057 4 0.0119 0.8949 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0119 0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2965 0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2834 0.8100 0.020 0.000 0.000 0.808 0.000 0.024 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-061 6 0.3170 0.5021 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.360 0.000 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.3726 0.4992 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.344 0.000 0.028
#> dkfz_11-063 7 0.6853 0.0936 0.020 0.000 0.000 0.000 0.272 0.144 0.388 0.080 0.096
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.6382 0.4298 0.192 0.440 0.000 0.000 0.000 0.208 0.028 0.008 0.124
#> dkfz_11-066 3 0.3205 0.2002 0.004 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.2001 0.5161 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.884 0.000 0.020
#> dkfz_11-071 5 0.4207 0.7320 0.028 0.000 0.000 0.000 0.744 0.032 0.120 0.020 0.056
#> dkfz_11-072 3 0.3208 0.6089 0.040 0.000 0.816 0.000 0.000 0.012 0.004 0.096 0.032
#> dkfz_11-073 2 0.6025 0.4757 0.184 0.476 0.000 0.000 0.000 0.204 0.024 0.000 0.112
#> dkfz_11-074 4 0.0119 0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3137 0.5117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.348 0.000 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0356 0.8550 0.004 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0119 0.8949 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2048 0.5431 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.868 0.000 0.008
#> dkfz_11-095 8 0.1882 0.7599 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.904 0.060
#> dkfz_11-096 1 0.2965 0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.2055 0.7598 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.896 0.060
#> dkfz_11-098 8 0.1937 0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-099 6 0.4008 0.3645 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.396 0.000 0.016
#> dkfz_11-100 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1707 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.080 0.020
#> dkfz_11-102 1 0.2965 0.9732 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.2849 0.7269 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012 0.844 0.052
#> dkfz_11-104 8 0.2603 0.6311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 0.000 0.776 0.004
#> dkfz_11-105 8 0.1937 0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-106 5 0.0914 0.9257 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-107 8 0.0610 0.7693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000 0.976 0.004
#> dkfz_11-108 8 0.0331 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.3090 0.9693 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.324 0.004
#> dkfz_11-110 8 0.1887 0.7160 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.900 0.036
#> dkfz_11-111 8 0.3148 0.6499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.008 0.000 0.756 0.036
#> dkfz_11-112 8 0.1937 0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-113 1 0.2965 0.9732 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.5568 0.2594 0.024 0.000 0.000 0.000 0.016 0.076 0.324 0.504 0.056
#> dkfz_11-115 5 0.1436 0.9120 0.008 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-116 4 0.0119 0.8949 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.2849 0.7269 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012 0.844 0.052
#> dkfz_11-118 8 0.1937 0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-119 5 0.0212 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.1232 0.7573 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.940 0.044
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.0449 0.7632 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.008
#> dkfz_11-123 8 0.0533 0.7624 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012
#> dkfz_11-124 4 0.0119 0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.1632 0.7426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000 0.900 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.2965 0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.2055 0.7598 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.896 0.060
#> dkfz_11-128 1 0.2965 0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3601 0.8805 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.372 0.020
#> dkfz_11-130 8 0.1210 0.7489 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-131 8 0.1882 0.7599 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.904 0.060
#> dkfz_11-132 1 0.2965 0.9732 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2965 0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3103 0.9662 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.328 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.3128 0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3581 0.7529 0.028 0.000 0.000 0.736 0.004 0.036 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3128 0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.4065 -0.1696 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.512 0.000 0.020
#> dkfz_11-140 8 0.2849 0.7269 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012 0.844 0.052
#> dkfz_11-141 1 0.2965 0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-142 8 0.3702 0.5809 0.012 0.000 0.000 0.000 0.252 0.008 0.000 0.692 0.036
#> dkfz_11-143 3 0.3122 0.1470 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> dkfz_11-144 3 0.3205 0.2002 0.004 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1449 0.7511 0.032 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-150 2 0.0699 0.8514 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-151 5 0.0776 0.9272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.008 0.020
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1316 0.7591 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.012 0.008
#> dkfz_11-002 6 0.3847 0.1036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.400 0.024 0.000 0.028
#> dkfz_11-003 4 0.3557 0.4095 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.016 0.012 0.340 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.2514 0.8611 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.040 0.032 0.040
#> dkfz_11-005 2 0.2997 0.4084 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.1495 0.8717 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024 0.004 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0226 0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3256 -0.1366 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.012
#> dkfz_11-009 4 0.0677 0.8469 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0113 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.3277 0.6381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312 0.660 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-012 7 0.3873 0.7967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.676 0.004 0.152 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0878 0.8868 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.004 0.008
#> dkfz_11-014 7 0.2825 0.7959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.756 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3829 0.5695 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.208 0.032 0.020 0.036
#> dkfz_11-016 6 0.2603 0.6409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000 0.004 0.112 0.052
#> dkfz_11-017 3 0.0957 0.7621 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.008 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1713 0.8620 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032 0.028
#> dkfz_11-020 3 0.0226 0.7697 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0508 0.8524 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.4919 0.6123 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.060 0.080 0.040 0.080
#> dkfz_11-023 8 0.7310 -0.0969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.152 0.216 0.284 0.052 0.108
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3148 0.8026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.756 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0113 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0226 0.7697 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1096 0.7629 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032 0.012 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0113 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3181 0.1885 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.436
#> dkfz_11-033 5 0.0113 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.4619 0.0000 0.000 0.000 0.188 0.052 0.004 0.024 0.008 0.004 0.052 0.668
#> dkfz_11-035 5 0.2514 0.8611 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.040 0.032 0.040
#> dkfz_11-036 2 0.0113 0.8982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 9 0.3157 0.5880 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.068 0.800 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0558 0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-039 4 0.4291 0.7069 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.076 0.032 0.044 0.156
#> dkfz_11-040 4 0.0113 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.4199 0.2687 0.004 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012 0.528 0.032 0.020
#> dkfz_11-042 9 0.5288 0.0473 0.016 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.024 0.368 0.436 0.012
#> dkfz_11-043 9 0.3610 0.3912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.008 0.036 0.712 0.028
#> dkfz_11-044 6 0.3664 0.6558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.104 0.036 0.028 0.068
#> dkfz_11-045 7 0.3383 0.8159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.724 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4851 0.6174 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.080 0.036 0.052 0.228
#> dkfz_11-047 5 0.0429 0.9169 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 9 0.2898 0.5707 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.4086 0.7250 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.072 0.032 0.044 0.132
#> dkfz_11-050 6 0.1217 0.7055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> dkfz_11-051 5 0.0226 0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.1291 0.8385 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.028 0.004 0.020 0.008
#> dkfz_11-053 3 0.4222 -0.1624 0.000 0.000 0.464 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004 0.056 0.460
#> dkfz_11-054 6 0.3868 0.5735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.204 0.032 0.024 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.0558 0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-056 4 0.4291 0.7069 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.076 0.032 0.044 0.156
#> dkfz_11-057 4 0.0226 0.8531 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0226 0.8525 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4082 0.7220 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.068 0.032 0.040 0.144
#> dkfz_11-061 6 0.1330 0.7128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020 0.012 0.020 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.1996 0.6991 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.024 0.016 0.024 0.036
#> dkfz_11-063 5 0.7191 -0.2637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.192 0.260 0.088 0.064 0.108
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 9 0.2872 0.5965 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.700 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3181 0.1885 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.436
#> dkfz_11-067 3 0.0429 0.7685 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0113 0.8982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0113 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3911 0.5318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.608 0.032 0.004 0.028
#> dkfz_11-071 5 0.3468 0.7794 0.004 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.092 0.008 0.076 0.040
#> dkfz_11-072 3 0.2793 0.6343 0.004 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.016 0.108 0.036 0.008
#> dkfz_11-073 9 0.2898 0.5707 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0677 0.8469 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.0869 0.7135 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0226 0.8964 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0113 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0226 0.8529 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3095 0.8234 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.756 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.4401 0.7618 0.156 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.032 0.696 0.028 0.068
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.4350 0.7609 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.032 0.688 0.028 0.076
#> dkfz_11-098 8 0.3681 0.7363 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.028 0.020
#> dkfz_11-099 6 0.3889 0.6465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.120 0.040 0.028 0.072
#> dkfz_11-100 5 0.0226 0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2255 0.8244 0.004 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.024 0.064 0.016 0.012
#> dkfz_11-102 1 0.0226 0.9585 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-103 8 0.5561 0.6597 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.096 0.580 0.040 0.116
#> dkfz_11-104 8 0.2837 0.7047 0.056 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.004 0.808 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 8 0.3672 0.7359 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-106 5 0.1531 0.8965 0.004 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016 0.004 0.012 0.036
#> dkfz_11-107 8 0.2458 0.7806 0.168 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.812 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 8 0.2519 0.7804 0.172 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.808 0.004 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0630 0.9468 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-110 8 0.3672 0.7373 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-111 8 0.4253 0.6765 0.088 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.012 0.700 0.032 0.016
#> dkfz_11-112 8 0.3672 0.7359 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-113 1 0.0395 0.9581 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-114 8 0.5558 0.3391 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 0.280 0.508 0.036 0.112
#> dkfz_11-115 5 0.1737 0.8906 0.004 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.016 0.004 0.024 0.036
#> dkfz_11-116 4 0.0340 0.8530 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.5578 0.6610 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.088 0.580 0.040 0.116
#> dkfz_11-118 8 0.3672 0.7359 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-119 5 0.0226 0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.3910 0.7669 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.712 0.020 0.056
#> dkfz_11-121 4 0.0113 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.2623 0.7796 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.796 0.004 0.012
#> dkfz_11-123 8 0.2623 0.7795 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.796 0.004 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0113 0.8530 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.3260 0.7648 0.120 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016 0.792 0.008 0.012
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.4326 0.7599 0.164 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.032 0.692 0.028 0.076
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2354 0.8152 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088 0.032 0.016
#> dkfz_11-130 8 0.3395 0.7668 0.200 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.740 0.032 0.016
#> dkfz_11-131 8 0.4403 0.7615 0.160 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.032 0.692 0.028 0.072
#> dkfz_11-132 1 0.0484 0.9576 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.0315 0.9539 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0710 0.9437 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0558 0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-136 4 0.4834 0.6226 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.080 0.036 0.052 0.224
#> dkfz_11-137 4 0.0113 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0558 0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-139 6 0.4834 0.5395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.232 0.052 0.028 0.088
#> dkfz_11-140 8 0.5360 0.6761 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.088 0.600 0.036 0.112
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 8 0.4767 0.6045 0.112 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.012 0.620 0.032 0.016
#> dkfz_11-143 3 0.3246 0.0966 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.460
#> dkfz_11-144 3 0.3181 0.1885 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.436
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0226 0.7697 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0113 0.8982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.1070 0.7613 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.008 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.1591 0.8642 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.028 0.028
#> dkfz_11-151 5 0.1233 0.9034 0.004 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.004 0.012 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: IDH
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:kmeans 104 1.71e-19 4.55e-04 2
#> MAD:kmeans 133 1.43e-49 2.57e-32 3
#> MAD:kmeans 121 5.40e-65 3.89e-27 4
#> MAD:kmeans 121 1.66e-72 9.76e-32 5
#> MAD:kmeans 129 2.45e-100 5.32e-33 6
#> MAD:kmeans 126 3.05e-97 4.95e-32 7
#> MAD:kmeans 119 2.15e-96 1.06e-38 8
#> MAD:kmeans 111 3.59e-84 9.72e-36 9
#> MAD:kmeans 120 6.99e-91 5.11e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.989 0.5004 0.500 0.500
#> 3 3 0.969 0.933 0.960 0.2358 0.890 0.780
#> 4 4 0.793 0.905 0.922 0.1168 0.906 0.765
#> 5 5 0.821 0.886 0.910 0.1177 0.886 0.647
#> 6 6 0.996 0.954 0.971 0.0624 0.944 0.753
#> 7 7 0.909 0.831 0.916 0.0193 0.992 0.954
#> 8 8 0.895 0.820 0.888 0.0133 0.988 0.932
#> 9 9 0.882 0.735 0.854 0.0123 0.992 0.952
#> 10 10 0.870 0.657 0.804 0.0124 0.965 0.787
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.971 0.3283 0.400 0.600
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.998 0.0965 0.528 0.472
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.722 0.7420 0.800 0.200
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.969 0.3392 0.396 0.604
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.9887 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0424 0.918 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-003 2 0.2663 0.919 0.024 0.932 0.044
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2400 0.929 0.004 0.932 0.064
#> dkfz_11-012 2 0.2165 0.930 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2261 0.929 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-015 2 0.2356 0.928 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-016 2 0.6204 0.437 0.000 0.576 0.424
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-022 1 0.6204 0.231 0.576 0.000 0.424
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2165 0.930 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-040 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4953 0.725 0.808 0.176 0.016
#> dkfz_11-043 2 0.2550 0.926 0.012 0.932 0.056
#> dkfz_11-044 2 0.5058 0.761 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-045 2 0.2066 0.930 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-046 2 0.4974 0.775 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-050 2 0.5016 0.767 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.2356 0.928 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-057 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-058 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-061 2 0.2356 0.928 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-062 2 0.7013 0.378 0.020 0.548 0.432
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2165 0.930 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4931 0.683 0.232 0.000 0.768
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-075 2 0.4974 0.772 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-094 2 0.0237 0.918 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6062 0.526 0.000 0.616 0.384
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-137 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.6225 0.418 0.000 0.568 0.432
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-002 4 0.0188 0.873 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-003 4 0.5990 0.661 0.136 0.156 0.004 0.704
#> dkfz_11-004 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-006 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-007 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-009 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-010 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.0188 0.873 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-012 4 0.0188 0.873 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-013 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-014 4 0.0188 0.873 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-015 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 4 0.0817 0.856 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-017 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-020 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-021 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-022 4 0.5070 0.388 0.372 0.000 0.008 0.620
#> dkfz_11-023 1 0.2409 0.914 0.924 0.032 0.004 0.040
#> dkfz_11-024 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-025 4 0.2773 0.878 0.000 0.116 0.004 0.880
#> dkfz_11-026 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-027 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-031 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-033 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-035 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-037 4 0.2868 0.865 0.000 0.136 0.000 0.864
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-040 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-041 1 0.3088 0.903 0.864 0.128 0.008 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.6087 0.663 0.684 0.104 0.004 0.208
#> dkfz_11-043 4 0.2197 0.808 0.080 0.004 0.000 0.916
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 4 0.1743 0.880 0.000 0.056 0.004 0.940
#> dkfz_11-046 4 0.1637 0.881 0.000 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-047 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3837 0.869 0.000 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-049 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-050 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-053 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-054 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-057 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-058 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-061 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 4 0.2589 0.746 0.116 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-063 1 0.2287 0.901 0.924 0.012 0.004 0.060
#> dkfz_11-064 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-065 2 0.3052 0.988 0.000 0.860 0.004 0.136
#> dkfz_11-066 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-069 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.3651 0.894 0.844 0.136 0.008 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.2125 0.882 0.076 0.000 0.920 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-074 4 0.2831 0.877 0.000 0.120 0.004 0.876
#> dkfz_11-075 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-092 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-094 4 0.1902 0.879 0.000 0.064 0.004 0.932
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0188 0.933 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3142 0.902 0.860 0.132 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.4967 0.221 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-104 1 0.1211 0.928 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.2197 0.918 0.916 0.080 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4331 0.578 0.712 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-115 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-117 1 0.3266 0.777 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-118 1 0.0188 0.933 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-125 1 0.0895 0.930 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1867 0.881 0.000 0.072 0.000 0.928
#> dkfz_11-137 4 0.2647 0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.1022 0.852 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-140 1 0.3907 0.681 0.768 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.2593 0.911 0.892 0.104 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-146 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-148 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-149 3 0.0336 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.2868 0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-151 1 0.3196 0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.6527 -0.386 0.000 0.140 0.012 0.376 0.472
#> dkfz_11-004 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-010 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-011 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.0162 0.821 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-022 1 0.2179 0.832 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.5720 0.313 0.604 0.000 0.000 0.128 0.268
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.4720 0.837 0.000 0.124 0.000 0.736 0.140
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.5535 0.815 0.000 0.164 0.012 0.680 0.144
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-040 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-041 5 0.3143 0.851 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-042 5 0.7119 0.342 0.096 0.068 0.012 0.276 0.548
#> dkfz_11-043 4 0.3715 0.531 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 4 0.1124 0.826 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.4911 0.835 0.000 0.104 0.012 0.740 0.144
#> dkfz_11-047 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-048 2 0.2719 0.857 0.000 0.884 0.000 0.068 0.048
#> dkfz_11-049 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-050 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-052 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-057 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-058 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-061 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.1121 0.789 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.5557 0.494 0.624 0.000 0.000 0.260 0.116
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-070 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3152 0.886 0.136 0.000 0.000 0.024 0.840
#> dkfz_11-072 3 0.0671 0.977 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-075 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-093 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-094 4 0.1124 0.826 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-101 5 0.2891 0.879 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.1197 0.913 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2516 0.794 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.4304 0.327 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.1121 0.918 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-116 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-117 1 0.0794 0.935 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0609 0.943 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-119 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-125 1 0.1965 0.853 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.5269 0.836 0.000 0.136 0.012 0.708 0.144
#> dkfz_11-137 4 0.5309 0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0162 0.821 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0162 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.4235 0.490 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2561 0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1149 0.975 0.000 0.008 0 0.024 0.008 0.960
#> dkfz_11-003 4 0.0405 0.984 0.000 0.000 0 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.1405 0.973 0.000 0.024 0 0.024 0.004 0.948
#> dkfz_11-012 6 0.1088 0.975 0.000 0.016 0 0.024 0.000 0.960
#> dkfz_11-013 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.1518 0.971 0.000 0.024 0 0.024 0.008 0.944
#> dkfz_11-015 6 0.0777 0.977 0.000 0.004 0 0.024 0.000 0.972
#> dkfz_11-016 6 0.0632 0.977 0.000 0.000 0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0260 0.984 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 6 0.3800 0.773 0.076 0.016 0 0.000 0.108 0.800
#> dkfz_11-024 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.1149 0.960 0.000 0.024 0 0.960 0.008 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0858 0.971 0.000 0.968 0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 4 0.0260 0.989 0.000 0.008 0 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1826 0.877 0.052 0.004 0 0.000 0.924 0.020
#> dkfz_11-042 5 0.4384 0.141 0.000 0.004 0 0.460 0.520 0.016
#> dkfz_11-043 6 0.1633 0.941 0.044 0.000 0 0.024 0.000 0.932
#> dkfz_11-044 6 0.0632 0.977 0.000 0.000 0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-045 6 0.1599 0.969 0.000 0.024 0 0.028 0.008 0.940
#> dkfz_11-046 4 0.0363 0.985 0.000 0.000 0 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-047 5 0.0806 0.913 0.008 0.000 0 0.000 0.972 0.020
#> dkfz_11-048 2 0.3774 0.357 0.000 0.592 0 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0632 0.977 0.000 0.000 0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-051 5 0.0806 0.913 0.008 0.000 0 0.000 0.972 0.020
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0777 0.977 0.000 0.004 0 0.024 0.000 0.972
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0632 0.977 0.000 0.000 0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-062 6 0.0692 0.975 0.004 0.000 0 0.020 0.000 0.976
#> dkfz_11-063 6 0.1194 0.947 0.032 0.008 0 0.000 0.004 0.956
#> dkfz_11-064 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1007 0.961 0.000 0.956 0 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0858 0.971 0.000 0.968 0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.1232 0.975 0.000 0.016 0 0.024 0.004 0.956
#> dkfz_11-071 5 0.1757 0.876 0.008 0.012 0 0.000 0.928 0.052
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0937 0.964 0.000 0.960 0 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0632 0.977 0.000 0.000 0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-091 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.1599 0.969 0.000 0.024 0 0.028 0.008 0.940
#> dkfz_11-095 1 0.0508 0.984 0.984 0.004 0 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0603 0.983 0.980 0.004 0 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-099 6 0.0632 0.977 0.000 0.000 0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-100 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1321 0.901 0.024 0.004 0 0.000 0.952 0.020
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0260 0.984 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-104 1 0.2342 0.890 0.888 0.004 0 0.000 0.088 0.020
#> dkfz_11-105 1 0.0603 0.983 0.980 0.004 0 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-106 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0692 0.981 0.976 0.004 0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108 1 0.0692 0.981 0.976 0.004 0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0692 0.981 0.976 0.004 0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-111 5 0.4387 0.339 0.404 0.004 0 0.000 0.572 0.020
#> dkfz_11-112 1 0.0692 0.981 0.976 0.004 0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0146 0.988 0.996 0.004 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0951 0.975 0.968 0.004 0 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-119 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0405 0.986 0.988 0.004 0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1552 0.948 0.940 0.004 0 0.000 0.036 0.020
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0291 0.987 0.992 0.004 0 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 1 0.0692 0.981 0.976 0.004 0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-131 1 0.0291 0.987 0.992 0.004 0 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0146 0.992 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0777 0.977 0.000 0.004 0 0.024 0.000 0.972
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.4170 0.518 0.328 0.004 0 0.000 0.648 0.020
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0858 0.971 0.000 0.968 0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0858 0.971 0.000 0.968 0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0713 0.972 0.000 0.972 0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0260 0.921 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0134 0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 6 0.2043 0.59798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> dkfz_11-003 4 0.0422 0.97910 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-004 5 0.0334 0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.0239 0.96125 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.0134 0.96319 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0239 0.96125 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0134 0.88332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 6 0.3450 0.09573 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> dkfz_11-012 6 0.3598 0.06351 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.588 0.408
#> dkfz_11-013 2 0.0134 0.96319 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 6 0.3561 -0.22901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> dkfz_11-015 6 0.1222 0.64218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-016 6 0.2293 0.61533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-017 3 0.0134 0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0239 0.96266 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1710 0.87863 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> dkfz_11-023 7 0.5472 -0.19220 0.072 0.000 0.000 0.000 0.052 0.412 0.464
#> dkfz_11-024 2 0.0134 0.96273 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 7 0.4710 -0.00806 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.080 0.464
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.96346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0134 0.88332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0134 0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0239 0.88301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0334 0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 2 0.0134 0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 4 0.0861 0.96140 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-038 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3143 0.73218 0.080 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.108
#> dkfz_11-042 5 0.4741 0.12881 0.000 0.000 0.000 0.440 0.476 0.000 0.084
#> dkfz_11-043 6 0.4637 0.27562 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.296
#> dkfz_11-044 6 0.1671 0.62411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-045 7 0.3681 0.00770 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.488 0.508
#> dkfz_11-046 4 0.1363 0.93219 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> dkfz_11-047 5 0.0422 0.87931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-048 2 0.3764 0.40209 0.000 0.616 0.000 0.368 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1433 0.64881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-051 5 0.0797 0.86573 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.1433 0.64741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-055 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1578 0.65040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-062 6 0.2655 0.56905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-063 6 0.4540 0.21087 0.040 0.000 0.000 0.000 0.012 0.528 0.420
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.96346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0966 0.93939 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0134 0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0239 0.88301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 6 0.2708 0.50964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> dkfz_11-071 5 0.2677 0.74689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.020 0.152
#> dkfz_11-072 3 0.1183 0.94087 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-073 2 0.0755 0.94766 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1330 0.65370 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-091 2 0.0134 0.96319 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3681 0.00770 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.488 0.508
#> dkfz_11-095 1 0.1433 0.92849 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-096 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.0134 0.93285 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 1 0.1966 0.91102 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-099 6 0.1715 0.62404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2698 0.76464 0.036 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.124
#> dkfz_11-102 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-103 1 0.1976 0.91640 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.116
#> dkfz_11-104 1 0.4316 0.70130 0.684 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.136
#> dkfz_11-105 1 0.1926 0.91259 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-106 5 0.0334 0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-107 1 0.2005 0.90963 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-108 1 0.1966 0.91100 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-109 1 0.0334 0.93367 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 1 0.2081 0.90592 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-111 5 0.5071 0.24680 0.352 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.140
#> dkfz_11-112 1 0.1926 0.91259 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-113 1 0.0334 0.93382 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-114 1 0.2057 0.91310 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.124
#> dkfz_11-115 5 0.0334 0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0990 0.91375 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-118 1 0.2737 0.88569 0.836 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.128
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1715 0.92158 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1109 0.93191 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-123 1 0.1433 0.92825 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3495 0.82685 0.776 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.140
#> dkfz_11-126 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-127 1 0.0728 0.93468 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-128 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-129 1 0.1715 0.92081 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-130 1 0.2043 0.90774 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-131 1 0.1482 0.92745 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-132 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-134 1 0.0504 0.93399 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-135 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 6 0.2154 0.60725 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> dkfz_11-140 1 0.1482 0.92440 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-141 1 0.0239 0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-142 5 0.4698 0.45556 0.268 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.124
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0134 0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0134 0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0134 0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0134 0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0768 0.9732 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-002 6 0.3652 0.4090 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.248 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0864 0.9241 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-004 5 0.1006 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-005 2 0.1504 0.9111 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 5 0.0125 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-008 2 0.1557 0.9093 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 5 0.0125 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-011 7 0.3972 0.4740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.568 NA
#> dkfz_11-012 7 0.4059 0.5629 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.608 NA
#> dkfz_11-013 2 0.0125 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 7 0.2605 0.7420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.784 NA
#> dkfz_11-015 6 0.3203 0.5339 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.148 NA
#> dkfz_11-016 6 0.3472 0.5613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.080 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0837 0.9731 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0224 0.9806 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 2 0.0520 0.9382 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0224 0.9805 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 1 0.2639 0.7968 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024 NA
#> dkfz_11-023 6 0.6021 0.2003 0.040 0.000 0.000 0.000 0.032 0.396 0.144 NA
#> dkfz_11-024 2 0.0520 0.9359 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-025 7 0.2930 0.4905 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.016 0.776 NA
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 5 0.0313 0.8802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0536 0.9794 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0992 0.9709 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.9806 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 5 0.0349 0.8798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0224 0.9806 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-033 5 0.0125 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-034 3 0.0349 0.9803 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-035 5 0.0788 0.8756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-036 2 0.0224 0.9392 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 4 0.3041 0.7763 0.000 0.016 0.000 0.816 0.000 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-038 1 0.0448 0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0224 0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 5 0.3584 0.6797 0.088 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-042 4 0.5334 -0.0369 0.000 0.000 0.000 0.432 0.388 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-043 6 0.5156 0.3533 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.128 NA
#> dkfz_11-044 6 0.3246 0.5670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.088 NA
#> dkfz_11-045 7 0.2324 0.7503 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 NA
#> dkfz_11-046 4 0.1666 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.044 0.004 NA
#> dkfz_11-047 5 0.1144 0.8593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-048 2 0.4687 0.4025 0.000 0.560 0.000 0.344 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0224 0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 6 0.1503 0.6115 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.012 NA
#> dkfz_11-051 5 0.1477 0.8340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0125 0.9493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0395 0.9789 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 6 0.3575 0.5342 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.760 0.136 NA
#> dkfz_11-055 1 0.0448 0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0224 0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 1 0.0448 0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0224 0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 6 0.2309 0.6046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.056 NA
#> dkfz_11-062 6 0.3382 0.5430 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.056 NA
#> dkfz_11-063 6 0.5584 0.2341 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.408 0.180 NA
#> dkfz_11-064 2 0.0125 0.9400 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 2 0.2817 0.8527 0.000 0.840 0.000 0.016 0.000 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0125 0.9806 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0251 0.9807 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-068 2 0.0224 0.9392 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 5 0.0349 0.8798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-070 6 0.4390 0.0894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.368 NA
#> dkfz_11-071 5 0.3594 0.7141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.020 0.116 NA
#> dkfz_11-072 3 0.2245 0.8829 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-073 2 0.2465 0.8768 0.000 0.872 0.000 0.032 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 6 0.0783 0.6164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 NA
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 5 0.0125 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0125 0.9493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.2296 0.7487 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816 NA
#> dkfz_11-095 1 0.1999 0.8858 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096 1 0.0448 0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-097 1 0.0438 0.8914 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-098 1 0.2655 0.8512 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099 6 0.3459 0.5567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.096 NA
#> dkfz_11-100 5 0.0251 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-101 5 0.3474 0.6839 0.068 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-102 1 0.0349 0.8893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-103 1 0.3192 0.8265 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> dkfz_11-104 1 0.4716 0.5975 0.568 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-105 1 0.2459 0.8562 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 5 0.0788 0.8756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-107 1 0.2655 0.8507 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-108 1 0.2534 0.8509 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109 1 0.0313 0.8936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 1 0.2650 0.8422 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-111 5 0.5134 0.1952 0.304 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-112 1 0.2509 0.8546 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 1 0.0471 0.8942 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 1 0.3751 0.7867 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056 NA
#> dkfz_11-115 5 0.0788 0.8756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 1 0.1584 0.8537 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-118 1 0.2864 0.8360 0.752 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 5 0.0251 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-120 1 0.1912 0.8841 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 1 0.1563 0.8898 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 1 0.1947 0.8841 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 1 0.3409 0.8046 0.712 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-126 1 0.0349 0.8893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-127 1 0.1038 0.8946 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-128 1 0.0349 0.8893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-129 1 0.2049 0.8792 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 1 0.2694 0.8368 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131 1 0.1876 0.8857 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-132 1 0.0520 0.8926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-133 1 0.0224 0.8903 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-134 1 0.0739 0.8944 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-135 1 0.0448 0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-136 4 0.0224 0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 1 0.0448 0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-139 6 0.4074 0.5138 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.128 NA
#> dkfz_11-140 1 0.2131 0.8765 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-141 1 0.0125 0.8908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-142 5 0.4816 0.4317 0.236 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0125 0.9806 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-144 3 0.0349 0.9810 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-145 2 0.0125 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0695 0.9765 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0395 0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 2 0.0224 0.9392 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1056 0.9630 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-150 2 0.0520 0.9382 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-151 5 0.0251 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1484 0.94425 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044 0.016
#> dkfz_11-002 6 0.4003 0.51120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.216 0.044 0.052
#> dkfz_11-003 4 0.0886 0.92077 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012
#> dkfz_11-004 5 0.1891 0.83443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 0.080 0.024
#> dkfz_11-005 2 0.1846 0.87910 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> dkfz_11-006 2 0.0668 0.91166 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-007 5 0.0446 0.86447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1898 0.87729 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.052
#> dkfz_11-009 4 0.0119 0.94297 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0119 0.86676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.4438 0.48593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.608 0.024 0.100
#> dkfz_11-012 7 0.4213 0.53538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.644 0.016 0.104
#> dkfz_11-013 2 0.0891 0.90849 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-014 7 0.1224 0.77126 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3128 0.59131 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.108 0.032 0.056
#> dkfz_11-016 6 0.4103 0.23029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.060 0.016 0.316
#> dkfz_11-017 3 0.1242 0.95820 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0610 0.96541 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.0876 0.91206 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-020 3 0.0626 0.96534 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2844 0.56016 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.152 0.012
#> dkfz_11-023 9 0.6696 0.47808 0.016 0.000 0.000 0.000 0.040 0.200 0.132 0.200 0.412
#> dkfz_11-024 2 0.1016 0.90518 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-025 7 0.1752 0.64407 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.004 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0119 0.91238 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0119 0.86737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0449 0.96615 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0952 0.96166 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0709 0.96541 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.0634 0.86367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0119 0.96621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0296 0.86614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.1097 0.95222 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-035 5 0.1640 0.84471 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004 0.064 0.020
#> dkfz_11-036 2 0.1025 0.90474 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-037 4 0.3859 0.69467 0.000 0.040 0.000 0.760 0.000 0.000 0.020 0.080 0.100
#> dkfz_11-038 1 0.0373 0.73539 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0237 0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.4327 -0.27203 0.080 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.004 0.340 0.008
#> dkfz_11-042 4 0.5631 -0.04291 0.000 0.000 0.000 0.420 0.312 0.000 0.016 0.220 0.032
#> dkfz_11-043 9 0.5857 0.31438 0.028 0.016 0.000 0.000 0.000 0.368 0.084 0.068 0.436
#> dkfz_11-044 6 0.3092 0.56528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.020 0.144 0.044
#> dkfz_11-045 7 0.1340 0.77446 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052 0.932 0.000 0.012
#> dkfz_11-046 4 0.2032 0.85061 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.080 0.004 0.008 0.020
#> dkfz_11-047 5 0.2189 0.77594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.008 0.132 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.4775 0.33032 0.000 0.528 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.060 0.064
#> dkfz_11-049 4 0.0237 0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2578 0.54044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.028 0.008 0.136
#> dkfz_11-051 5 0.1844 0.78780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.104 0.008
#> dkfz_11-052 4 0.0119 0.94374 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1005 0.96032 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.016
#> dkfz_11-054 6 0.3549 0.58499 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.784 0.108 0.052 0.040
#> dkfz_11-055 1 0.0296 0.73671 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0237 0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0331 0.73886 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0237 0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3682 0.48085 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.068 0.020 0.188
#> dkfz_11-062 6 0.3946 -0.09733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.032 0.012 0.448
#> dkfz_11-063 9 0.4912 0.50646 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.092 0.060 0.648
#> dkfz_11-064 2 0.0658 0.91175 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-065 2 0.3471 0.80001 0.000 0.784 0.000 0.008 0.000 0.000 0.028 0.084 0.096
#> dkfz_11-066 3 0.0237 0.96634 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0331 0.96607 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1025 0.90474 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-069 5 0.0565 0.86458 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4861 -0.00365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.412 0.044 0.084
#> dkfz_11-071 5 0.4479 0.61784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.016 0.120 0.064 0.104
#> dkfz_11-072 3 0.3256 0.81254 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.028 0.124 0.060
#> dkfz_11-073 2 0.2853 0.84221 0.000 0.836 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004 0.068 0.068
#> dkfz_11-074 4 0.0237 0.94088 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.2110 0.57044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.020 0.004 0.108
#> dkfz_11-091 2 0.0424 0.91165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.0212 0.86671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0119 0.94374 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0939 0.77059 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2693 0.67558 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.232 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0212 0.73835 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0881 0.74625 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.004
#> dkfz_11-098 1 0.3095 0.53503 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.3104 0.57199 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.024 0.144 0.040
#> dkfz_11-100 5 0.0752 0.86040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.024 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.3826 -0.04571 0.032 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.004 0.348 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0212 0.73835 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3598 0.56424 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.320 0.012
#> dkfz_11-104 1 0.4647 -0.12414 0.460 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.004 0.412 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.2905 0.57055 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1707 0.84294 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.064 0.024
#> dkfz_11-107 1 0.3013 0.52315 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3031 0.50804 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0645 0.74623 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.3048 0.50063 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-111 8 0.5192 0.82385 0.272 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.004 0.416 0.008
#> dkfz_11-112 1 0.3095 0.52813 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.1033 0.74548 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4417 0.45426 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.064 0.344 0.012
#> dkfz_11-115 5 0.1252 0.85482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.040 0.016
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1752 0.67109 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.104 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.3225 0.49037 0.608 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0683 0.86193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.2794 0.65732 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2145 0.71278 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2569 0.67328 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4098 0.15543 0.492 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.444 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0331 0.73886 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.1606 0.74255 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0331 0.73886 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.2732 0.62573 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3055 0.48871 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2367 0.70293 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0446 0.74518 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0373 0.74430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1564 0.74092 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.008
#> dkfz_11-135 1 0.0373 0.73539 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0449 0.93863 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0373 0.73539 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3830 0.53320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.032 0.152 0.088
#> dkfz_11-140 1 0.2315 0.68968 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0296 0.74451 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 8 0.5127 0.81850 0.216 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.004 0.388 0.008
#> dkfz_11-143 3 0.0507 0.96714 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0356 0.96640 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0746 0.90903 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.0585 0.96466 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0776 0.96579 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.1025 0.90474 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-149 3 0.1715 0.93676 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056 0.020
#> dkfz_11-150 2 0.0741 0.91242 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.0446 0.86835 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.2009 0.9212 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.012 NA
#> dkfz_11-002 6 0.5096 0.3777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.216 0.024 0.032 NA
#> dkfz_11-003 4 0.1953 0.8512 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.060 0.024 0.024 NA
#> dkfz_11-004 5 0.2869 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.012 0.084 0.024 NA
#> dkfz_11-005 2 0.2134 0.8052 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 NA
#> dkfz_11-006 2 0.0597 0.8684 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-007 5 0.0517 0.8503 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-008 2 0.2134 0.8053 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0395 0.9271 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-010 5 0.0395 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-011 7 0.4461 0.5705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.636 0.028 0.028 NA
#> dkfz_11-012 7 0.5023 0.5554 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.204 0.620 0.044 0.068 NA
#> dkfz_11-013 2 0.0974 0.8665 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-014 7 0.2425 0.7013 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.856 0.012 0.008 NA
#> dkfz_11-015 6 0.3835 0.4760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.132 0.004 0.028 NA
#> dkfz_11-016 6 0.3753 0.2932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.032 0.012 0.156 NA
#> dkfz_11-017 3 0.1179 0.9453 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0820 0.9471 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-019 2 0.0959 0.8686 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0839 0.9469 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 1 0.3327 0.4910 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.048 0.012 NA
#> dkfz_11-023 6 0.6780 -0.4237 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028 0.328 0.084 0.284 0.216 NA
#> dkfz_11-024 2 0.1280 0.8545 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076 NA
#> dkfz_11-025 7 0.1932 0.6326 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.900 0.004 0.020 NA
#> dkfz_11-026 2 0.0469 0.8690 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-027 5 0.0340 0.8525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0982 0.9453 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 NA
#> dkfz_11-029 3 0.1461 0.9377 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0671 0.9473 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-031 5 0.0869 0.8482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0558 0.9482 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-033 5 0.0315 0.8526 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.1248 0.9435 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.008 NA
#> dkfz_11-035 5 0.2442 0.8202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.012 0.064 0.020 NA
#> dkfz_11-036 2 0.1674 0.8479 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 NA
#> dkfz_11-037 4 0.4596 0.4659 0.000 0.020 0.000 0.612 0.000 0.000 0.056 0.048 0.260 NA
#> dkfz_11-038 1 0.0564 0.6887 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 5 0.4294 0.1575 0.076 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.428 0.008 NA
#> dkfz_11-042 4 0.6275 -0.0503 0.000 0.000 0.000 0.388 0.196 0.000 0.072 0.272 0.064 NA
#> dkfz_11-043 6 0.5319 -0.2733 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.052 0.072 0.376 NA
#> dkfz_11-044 6 0.4050 0.4572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.020 0.044 0.012 NA
#> dkfz_11-045 7 0.0729 0.7047 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.1661 0.8544 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 5 0.2434 0.7618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.168 0.008 NA
#> dkfz_11-048 2 0.4920 0.1702 0.000 0.408 0.000 0.384 0.000 0.000 0.004 0.004 0.192 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 6 0.1179 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-051 5 0.2299 0.7437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.172 0.004 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.1249 0.9436 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012 NA
#> dkfz_11-054 6 0.4490 0.4624 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.616 0.096 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-055 1 0.0564 0.6887 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 1 0.0671 0.6899 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 6 0.2973 0.4429 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.040 0.036 0.048 NA
#> dkfz_11-062 6 0.4330 0.0944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.020 0.060 0.204 NA
#> dkfz_11-063 9 0.5839 0.0000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284 0.072 0.072 0.488 NA
#> dkfz_11-064 2 0.1337 0.8657 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044 NA
#> dkfz_11-065 2 0.4758 0.5544 0.000 0.584 0.000 0.024 0.000 0.000 0.064 0.044 0.280 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0539 0.9487 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0820 0.9472 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-068 2 0.1440 0.8515 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-069 5 0.0582 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-070 7 0.5984 0.0963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.360 0.052 0.072 NA
#> dkfz_11-071 5 0.5299 0.5478 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.024 0.116 0.072 0.100 NA
#> dkfz_11-072 3 0.4544 0.6593 0.000 0.000 0.676 0.000 0.004 0.000 0.024 0.144 0.084 NA
#> dkfz_11-073 2 0.3486 0.7308 0.000 0.732 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.008 0.204 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0484 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-075 6 0.1021 0.4899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-091 2 0.0652 0.8690 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 NA
#> dkfz_11-092 5 0.0226 0.8525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.0930 0.7026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.952 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-095 1 0.3043 -0.1400 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 NA
#> dkfz_11-096 1 0.0671 0.6903 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-097 1 0.1489 0.6814 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 NA
#> dkfz_11-098 8 0.3111 0.6461 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 NA
#> dkfz_11-099 6 0.3913 0.4641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.028 0.016 0.016 NA
#> dkfz_11-100 5 0.0671 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-101 5 0.4040 0.2459 0.048 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.428 0.008 NA
#> dkfz_11-102 1 0.0113 0.6921 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 1 0.5295 0.1057 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.300 0.032 NA
#> dkfz_11-104 8 0.4148 0.6606 0.340 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.560 0.004 NA
#> dkfz_11-105 1 0.3010 -0.6569 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 NA
#> dkfz_11-106 5 0.2253 0.8246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.044 0.020 NA
#> dkfz_11-107 8 0.3268 0.7060 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.008 NA
#> dkfz_11-108 8 0.2996 0.7074 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 NA
#> dkfz_11-109 1 0.1250 0.6805 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004 NA
#> dkfz_11-110 8 0.3271 0.7166 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.008 NA
#> dkfz_11-111 8 0.4515 0.5416 0.232 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.564 0.004 NA
#> dkfz_11-112 8 0.3109 0.6807 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.004 NA
#> dkfz_11-113 1 0.1661 0.6139 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 NA
#> dkfz_11-114 1 0.5879 -0.0656 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064 0.332 0.032 NA
#> dkfz_11-115 5 0.1783 0.8366 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.012 0.032 0.012 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 1 0.2471 0.5861 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008 NA
#> dkfz_11-118 8 0.3172 0.7195 0.452 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.540 0.000 NA
#> dkfz_11-119 5 0.0671 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-120 1 0.3401 -0.0205 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.020 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 1 0.2957 0.2989 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008 NA
#> dkfz_11-123 1 0.3033 0.0668 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.012 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 8 0.4132 0.6722 0.352 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008 0.580 0.012 NA
#> dkfz_11-126 1 0.0226 0.6924 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-127 1 0.2529 0.5154 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.012 NA
#> dkfz_11-128 1 0.0404 0.6920 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-129 1 0.3027 -0.2912 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.004 NA
#> dkfz_11-130 8 0.3148 0.7208 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.008 NA
#> dkfz_11-131 1 0.2960 0.0348 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 NA
#> dkfz_11-132 1 0.0728 0.6920 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-133 1 0.0729 0.6853 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-134 1 0.1994 0.5563 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 NA
#> dkfz_11-135 1 0.0597 0.6898 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-136 4 0.0113 0.9331 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0113 0.9338 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-138 1 0.0484 0.6893 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-139 6 0.4165 0.4099 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.036 0.016 0.016 NA
#> dkfz_11-140 1 0.3837 0.4654 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.024 NA
#> dkfz_11-141 1 0.0784 0.6846 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 NA
#> dkfz_11-142 8 0.4694 0.3365 0.172 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.484 0.004 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0830 0.9473 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-144 3 0.1266 0.9420 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008 NA
#> dkfz_11-145 2 0.1021 0.8592 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-146 3 0.1090 0.9405 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0750 0.9478 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-148 2 0.1690 0.8462 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 NA
#> dkfz_11-149 3 0.2286 0.9090 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 0.012 NA
#> dkfz_11-150 2 0.0846 0.8683 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-151 5 0.0677 0.8543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:skmeans 133 3.65e-24 1.86e-08 2
#> MAD:skmeans 132 8.37e-48 2.54e-09 3
#> MAD:skmeans 134 5.59e-71 9.83e-13 4
#> MAD:skmeans 130 2.65e-74 6.25e-17 5
#> MAD:skmeans 133 1.32e-92 8.46e-30 6
#> MAD:skmeans 123 4.80e-88 3.44e-28 7
#> MAD:skmeans 125 4.62e-87 1.35e-27 8
#> MAD:skmeans 120 2.28e-79 1.69e-25 9
#> MAD:skmeans 104 4.53e-80 5.83e-29 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.262 0.414 0.760 0.48975 0.507 0.507
#> 3 3 0.511 0.817 0.898 0.28875 0.760 0.565
#> 4 4 0.659 0.813 0.888 0.10804 0.876 0.686
#> 5 5 0.910 0.865 0.944 0.12794 0.860 0.573
#> 6 6 0.918 0.873 0.947 0.04569 0.925 0.670
#> 7 7 0.895 0.851 0.903 0.01596 0.989 0.936
#> 8 8 0.921 0.811 0.876 0.01984 0.987 0.918
#> 9 9 0.941 0.857 0.929 0.01482 0.979 0.864
#> 10 10 0.923 0.796 0.909 0.00789 0.992 0.938
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 5 6 8 9
There is also optional best \(k\) = 5 6 8 9 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-002 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-003 1 0.9635 0.1467 0.612 0.388
#> dkfz_11-004 1 0.8081 0.3111 0.752 0.248
#> dkfz_11-005 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-006 2 0.9358 0.4142 0.352 0.648
#> dkfz_11-007 1 0.4562 0.4625 0.904 0.096
#> dkfz_11-008 2 0.9754 0.3325 0.408 0.592
#> dkfz_11-009 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-010 1 0.3274 0.4883 0.940 0.060
#> dkfz_11-011 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-012 1 0.9552 0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-013 2 0.5946 0.6188 0.144 0.856
#> dkfz_11-014 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-015 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-016 2 0.6438 0.5149 0.164 0.836
#> dkfz_11-017 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-018 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0376 0.6757 0.004 0.996
#> dkfz_11-021 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-022 1 0.9866 0.3575 0.568 0.432
#> dkfz_11-023 2 0.9983 -0.2090 0.476 0.524
#> dkfz_11-024 2 0.9850 0.3403 0.428 0.572
#> dkfz_11-025 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-026 2 0.9833 0.3449 0.424 0.576
#> dkfz_11-027 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-028 2 0.0672 0.6770 0.008 0.992
#> dkfz_11-029 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-030 2 0.2043 0.6726 0.032 0.968
#> dkfz_11-031 1 0.1843 0.5071 0.972 0.028
#> dkfz_11-032 2 0.4562 0.5789 0.096 0.904
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.7299 0.4062 0.204 0.796
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1843 0.6801 0.028 0.972
#> dkfz_11-037 2 0.9775 0.3330 0.412 0.588
#> dkfz_11-038 1 0.9866 0.3575 0.568 0.432
#> dkfz_11-039 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-040 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.9552 0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-043 1 0.9552 0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-044 2 0.4298 0.5901 0.088 0.912
#> dkfz_11-045 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-046 2 0.7056 0.4246 0.192 0.808
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.9754 0.3325 0.408 0.592
#> dkfz_11-049 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-053 2 0.9393 0.2835 0.356 0.644
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.9866 0.3575 0.568 0.432
#> dkfz_11-056 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-057 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-058 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-059 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-060 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-061 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-062 2 0.9491 0.0625 0.368 0.632
#> dkfz_11-063 2 0.8813 0.2121 0.300 0.700
#> dkfz_11-064 2 0.7674 0.5571 0.224 0.776
#> dkfz_11-065 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-066 2 0.5629 0.5477 0.132 0.868
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.7674 0.5571 0.224 0.776
#> dkfz_11-069 1 0.0376 0.5185 0.996 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-071 1 0.8386 0.2880 0.732 0.268
#> dkfz_11-072 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-073 2 0.9754 0.3325 0.408 0.592
#> dkfz_11-074 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-092 1 0.8386 0.2877 0.732 0.268
#> dkfz_11-093 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-094 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-095 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-096 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-097 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-102 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-103 2 0.9087 0.1942 0.324 0.676
#> dkfz_11-104 1 0.9608 0.3785 0.616 0.384
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.9209 0.2032 0.664 0.336
#> dkfz_11-107 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-108 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-109 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1184 0.5166 0.984 0.016
#> dkfz_11-114 1 0.9881 0.3282 0.564 0.436
#> dkfz_11-115 1 0.9552 0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-116 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-117 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-121 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-122 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-123 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-124 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-125 1 0.6712 0.4642 0.824 0.176
#> dkfz_11-126 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-127 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-128 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0376 0.5185 0.996 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-132 1 0.6801 0.4634 0.820 0.180
#> dkfz_11-133 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-134 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-135 1 0.9775 0.3696 0.588 0.412
#> dkfz_11-136 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-137 1 0.9710 0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-138 1 0.9833 0.3628 0.576 0.424
#> dkfz_11-139 2 0.1414 0.6800 0.020 0.980
#> dkfz_11-140 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-141 1 0.9754 0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.8813 0.2088 0.300 0.700
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.7674 0.5571 0.224 0.776
#> dkfz_11-146 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-147 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-148 2 0.9866 0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-149 2 0.1633 0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-150 2 0.7528 0.5409 0.216 0.784
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.5199 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-002 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.6208 0.675 0.052 0.756 0.192
#> dkfz_11-004 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-005 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-008 3 0.0424 0.875 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.4335 0.885 0.864 0.100 0.036
#> dkfz_11-011 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-012 1 0.7298 0.696 0.700 0.100 0.200
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-015 2 0.8408 0.470 0.100 0.556 0.344
#> dkfz_11-016 1 0.5785 0.419 0.668 0.000 0.332
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-019 3 0.0424 0.875 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-020 3 0.3375 0.857 0.100 0.008 0.892
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.1643 0.884 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-024 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 3 0.3816 0.790 0.000 0.148 0.852
#> dkfz_11-026 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 3 0.5740 0.740 0.096 0.100 0.804
#> dkfz_11-028 3 0.3116 0.857 0.108 0.000 0.892
#> dkfz_11-029 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-030 3 0.6308 0.204 0.492 0.000 0.508
#> dkfz_11-031 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-032 2 0.8917 0.557 0.188 0.568 0.244
#> dkfz_11-033 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-034 2 0.2959 0.767 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-036 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 3 0.3116 0.822 0.000 0.108 0.892
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.7298 0.696 0.700 0.100 0.200
#> dkfz_11-043 1 0.8635 0.122 0.460 0.100 0.440
#> dkfz_11-044 2 0.8702 0.570 0.292 0.568 0.140
#> dkfz_11-045 3 0.3038 0.822 0.000 0.104 0.896
#> dkfz_11-046 2 0.2959 0.767 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-048 3 0.4974 0.631 0.000 0.236 0.764
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.8352 0.489 0.100 0.568 0.332
#> dkfz_11-051 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.9284 0.510 0.296 0.512 0.192
#> dkfz_11-054 2 0.8372 0.481 0.100 0.564 0.336
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.8390 0.478 0.100 0.560 0.340
#> dkfz_11-062 3 0.5254 0.671 0.264 0.000 0.736
#> dkfz_11-063 3 0.4121 0.708 0.168 0.000 0.832
#> dkfz_11-064 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 3 0.2959 0.824 0.000 0.100 0.900
#> dkfz_11-066 2 0.8917 0.579 0.244 0.568 0.188
#> dkfz_11-067 3 0.3375 0.857 0.100 0.008 0.892
#> dkfz_11-068 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-070 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-071 1 0.3539 0.898 0.888 0.100 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.8067 0.435 0.284 0.100 0.616
#> dkfz_11-073 3 0.5810 0.469 0.000 0.336 0.664
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.8352 0.489 0.100 0.568 0.332
#> dkfz_11-091 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-100 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-101 1 0.0424 0.907 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0661 0.908 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-105 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.6679 0.765 0.748 0.100 0.152
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.1411 0.888 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-115 1 0.6374 0.790 0.768 0.100 0.132
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3193 0.900 0.896 0.100 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0237 0.908 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1163 0.909 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.3116 0.857 0.108 0.000 0.892
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.2959 0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.5058 0.702 0.244 0.756 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.8513 0.506 0.116 0.568 0.316
#> dkfz_11-145 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-147 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-148 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-150 3 0.0424 0.875 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-151 1 0.3375 0.899 0.892 0.100 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.7810 0.2964 0.180 0.260 0.024 0.536
#> dkfz_11-004 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0707 0.8559 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-007 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1302 0.8438 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.3239 0.8096 0.880 0.068 0.052 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3688 0.7459 0.000 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.5491 0.5584 0.688 0.260 0.052 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4688 0.7622 0.128 0.792 0.080 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4105 0.7474 0.000 0.812 0.156 0.032
#> dkfz_11-016 3 0.6753 0.4984 0.164 0.228 0.608 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.3688 0.7195 0.000 0.208 0.792 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1888 0.8327 0.000 0.940 0.016 0.044
#> dkfz_11-020 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.3172 0.8350 0.840 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.4127 0.7622 0.824 0.124 0.052 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4532 0.7452 0.156 0.792 0.052 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.5179 0.6827 0.220 0.728 0.052 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.3649 0.7251 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1733 0.8652 0.028 0.024 0.948 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1871 0.8676 0.012 0.016 0.948 0.024
#> dkfz_11-033 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4925 0.2820 0.000 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-035 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1489 0.8454 0.000 0.952 0.004 0.044
#> dkfz_11-038 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.5444 0.5557 0.688 0.264 0.048 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.4941 0.0843 0.436 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.7122 0.2361 0.484 0.024 0.424 0.068
#> dkfz_11-045 2 0.3910 0.7651 0.156 0.820 0.024 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1940 0.8281 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.5010 0.7278 0.004 0.772 0.156 0.068
#> dkfz_11-051 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.1733 0.8718 0.000 0.028 0.948 0.024
#> dkfz_11-054 2 0.4829 0.7306 0.000 0.776 0.156 0.068
#> dkfz_11-055 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.3958 0.7493 0.000 0.816 0.160 0.024
#> dkfz_11-062 3 0.6627 0.2443 0.096 0.348 0.556 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4015 0.7502 0.116 0.832 0.052 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1211 0.8507 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1854 0.8698 0.008 0.020 0.948 0.024
#> dkfz_11-067 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3688 0.7459 0.000 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.3312 0.8064 0.876 0.072 0.052 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.5452 0.6402 0.156 0.108 0.736 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2048 0.8400 0.008 0.928 0.000 0.064
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.4829 0.7306 0.000 0.776 0.156 0.068
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.3958 0.7829 0.112 0.836 0.052 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3024 0.8391 0.852 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.3400 0.7645 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4998 0.6638 0.748 0.200 0.052 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.3074 0.8386 0.848 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.5798 0.7830 0.696 0.096 0.208 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.5179 0.6314 0.728 0.220 0.052 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.1833 0.8334 0.944 0.024 0.032 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3306 0.8376 0.840 0.004 0.156 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0188 0.8377 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3123 0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1474 0.8524 0.000 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-144 3 0.1733 0.8718 0.000 0.028 0.948 0.024
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0817 0.8669 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0592 0.8641 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1302 0.8438 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-151 1 0.3088 0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.3460 0.7407 0.000 0.128 0.000 0.044 0.828
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.4219 0.2217 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-012 5 0.0162 0.8976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0794 0.8796 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-015 2 0.3644 0.7818 0.000 0.824 0.000 0.080 0.096
#> dkfz_11-016 3 0.5136 0.6153 0.180 0.128 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0162 0.9853 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.4273 0.1738 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3143 0.6952 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0404 0.8918 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-043 2 0.6291 0.3215 0.344 0.492 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-044 1 0.5441 0.3573 0.596 0.000 0.324 0.080 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2377 0.7734 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3765 0.8001 0.020 0.848 0.016 0.080 0.036
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1732 0.8281 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.5456 0.4407 0.000 0.592 0.000 0.080 0.328
#> dkfz_11-062 3 0.6851 0.1415 0.004 0.272 0.420 0.000 0.304
#> dkfz_11-063 2 0.4278 0.1885 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4201 0.3246 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.4192 0.3245 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 3 0.4219 0.2984 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> dkfz_11-073 2 0.0703 0.8662 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1732 0.8281 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3636 0.5655 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.3749 0.7736 0.000 0.104 0.816 0.000 0.080
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.3039 0.7159 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.4307 0.0843 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4594 0.5757 0.284 0.036 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3857 0.5556 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0162 0.9851 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0162 0.9186 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.1556 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.08 0.920 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3756 0.3788 0.000 0.000 0.000 0.00 0.400 0.600
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2805 0.7113 0.000 0.004 0.000 0.00 0.812 0.184
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 6 0.0790 0.8400 0.000 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2562 0.8120 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3995 0.0523 0.000 0.000 0.516 0.48 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2883 0.7146 0.000 0.788 0.000 0.00 0.212 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.7518 -0.1091 0.340 0.292 0.000 0.00 0.164 0.204
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.3843 0.1490 0.000 0.548 0.000 0.00 0.452 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3789 0.3285 0.000 0.584 0.000 0.00 0.416 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3076 0.6917 0.000 0.000 0.000 0.00 0.240 0.760
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3789 0.2840 0.000 0.000 0.584 0.00 0.416 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0632 0.9128 0.000 0.976 0.000 0.00 0.024 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3266 0.5862 0.000 0.272 0.000 0.00 0.728 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3151 0.7265 0.252 0.000 0.000 0.00 0.000 0.748
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2607 0.8293 0.000 0.028 0.028 0.00 0.056 0.888
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2730 0.7153 0.192 0.000 0.000 0.00 0.808 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.2562 0.8120 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-104 5 0.3869 0.0544 0.500 0.000 0.000 0.00 0.500 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2562 0.7694 0.000 0.000 0.000 0.00 0.172 0.828
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2730 0.7957 0.192 0.000 0.000 0.00 0.000 0.808
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3499 0.4591 0.680 0.000 0.000 0.00 0.000 0.320
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.5646 0.2352 0.264 0.000 0.000 0.00 0.532 0.204
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3163 0.7517 0.232 0.000 0.000 0.00 0.004 0.764
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2631 0.7316 0.820 0.000 0.000 0.00 0.000 0.180
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0260 0.9541 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 6 0.2562 0.7537 0.000 0.000 0.172 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-140 6 0.2562 0.8120 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.1669 0.82747 0.000 0.000 0.000 0.080 0.912 0.000 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.0239 0.86584 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0239 0.93055 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-011 6 0.3459 0.45267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0239 0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2643 0.65992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.804 0.192 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2514 0.79571 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> dkfz_11-016 6 0.3289 0.77975 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.764 0.204
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.3402 0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-022 6 0.1844 0.79108 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0239 0.86498 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0239 0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0990 0.86469 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.86718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-034 7 0.3402 0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-035 5 0.0239 0.86584 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2857 0.69951 0.000 0.784 0.000 0.000 0.208 0.000 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.3402 0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0728 0.92937 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-042 5 0.0239 0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-043 1 0.8038 -0.11360 0.316 0.172 0.000 0.000 0.160 0.140 0.212
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.80545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0239 0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-046 7 0.3402 0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-047 5 0.2005 0.84990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.3402 0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-050 6 0.2600 0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-051 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-052 4 0.0504 0.91424 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-053 3 0.0134 0.96272 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.2484 0.79574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.3402 0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3237 -0.08432 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3402 0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-061 6 0.2600 0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-062 6 0.2600 0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-063 2 0.4816 0.25716 0.000 0.548 0.000 0.000 0.344 0.000 0.108
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3700 0.27811 0.000 0.580 0.000 0.000 0.412 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-070 6 0.2708 0.71593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0239 0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.3692 0.25062 0.000 0.000 0.584 0.000 0.408 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 2 0.0820 0.90356 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-074 4 0.0239 0.93055 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.2600 0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3008 0.56023 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2784 0.70484 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1478 0.80115 0.000 0.016 0.012 0.000 0.032 0.940 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-101 5 0.4583 0.65915 0.188 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.164
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1844 0.79108 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3562 -0.00421 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0239 0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1844 0.77752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0239 0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2043 0.77797 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2293 0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-120 1 0.3334 0.42502 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.5510 0.27427 0.240 0.000 0.000 0.000 0.504 0.248 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.2784 0.72205 0.212 0.000 0.000 0.000 0.004 0.784 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2422 0.72977 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.3520 0.88575 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-137 4 0.0134 0.93528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0728 0.93162 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1844 0.76602 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.1844 0.79108 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0239 0.95871 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.86718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.1648 0.6619 0.000 0.000 0.000 0.080 0.908 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.5254 0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0224 0.9255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0349 0.9293 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.5248 0.5078 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.280 0.344 0.000
#> dkfz_11-011 8 0.3237 0.2558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-012 5 0.0125 0.7008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2417 0.5413 0.000 0.004 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-015 6 0.3299 0.6567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> dkfz_11-016 6 0.2904 0.8355 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0125 0.9273 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.3095 0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-022 8 0.0000 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0983 0.6942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.5254 0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.3303 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.008 0.648 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2904 0.6925 0.000 0.772 0.000 0.000 0.212 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.3095 0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0868 0.9332 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0125 0.7008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4446 0.5017 0.092 0.052 0.000 0.000 0.164 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.0000 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 5 0.0313 0.6986 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.3095 0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.5217 0.5196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.284 0.304 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0536 0.9194 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.3119 0.9721 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2921 0.8374 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-051 5 0.5254 0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0471 0.9170 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0224 0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.3530 0.5634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.008 0.488
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.3095 0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3083 -0.0868 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3095 0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2954 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-062 6 0.2954 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-063 2 0.4804 0.3043 0.000 0.548 0.000 0.000 0.312 0.008 0.132 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3546 0.2914 0.000 0.572 0.000 0.000 0.416 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0224 0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.5254 0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-070 8 0.2433 0.5711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3380 0.2889 0.000 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0980 0.9038 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0125 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2954 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3115 0.6169 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.008 0.292 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2814 0.4807 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.2509 0.5182 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 8 0.0000 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 5 0.5254 0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.5508 0.4950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.360 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0000 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 5 0.3333 -0.0442 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.0000 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.0224 0.8051 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.5254 0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3265 0.2736 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4889 0.1714 0.172 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.2473 0.5575 0.192 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2267 0.7431 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.3265 0.8728 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1341 0.8987 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 8 0.0000 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0224 0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0224 0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0224 0.9255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.1994 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.872 0.000 0.020
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0119 0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1480 0.85518 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.1876 0.94790 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-010 5 0.0212 0.98851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 8 0.3063 0.36626 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0763 0.84631 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2403 0.66510 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.808 0.184 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3096 0.39166 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1082 0.84415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.0645 0.90051 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-022 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0930 0.83075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0296 0.95390 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0119 0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.0645 0.89540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4203 0.60614 0.000 0.652 0.000 0.132 0.000 0.000 0.204 0.000 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 9 0.0000 0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.1776 0.97303 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-041 1 0.0821 0.93309 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.0645 0.84689 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2703 0.68850 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0763 0.84631 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 9 0.0000 0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 5 0.0876 0.94237 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2399 0.81691 0.000 0.836 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-049 9 0.0706 0.89507 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-050 6 0.0982 0.84603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0119 0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2118 0.95523 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-053 3 0.0645 0.94536 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.4267 0.41950 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.540 0.000 0.392 0.044
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 9 0.0000 0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.1971 0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-058 9 0.3039 0.25434 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.0000 0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 6 0.1033 0.84563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0982 0.84603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4634 0.36192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.208 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3644 0.26640 0.000 0.560 0.000 0.032 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0645 0.94536 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0119 0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 8 0.2302 0.65757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3655 0.22457 0.000 0.000 0.552 0.032 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2706 0.81074 0.000 0.824 0.000 0.132 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020
#> dkfz_11-074 4 0.1670 0.96289 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-075 6 0.0982 0.84603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.2893 0.47275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.1971 0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-094 7 0.2758 0.55087 0.000 0.268 0.000 0.000 0.004 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.2375 0.60443 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0119 0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0119 0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.3155 0.00669 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.1971 0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-117 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0119 0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3090 0.27303 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1776 0.97303 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1971 0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-125 7 0.4615 0.18957 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.336 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.2341 0.63824 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2145 0.75334 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 9 0.1843 0.79413 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-137 4 0.1776 0.97303 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-138 1 0.1269 0.89871 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.0000 0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0982 0.93088 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0645 0.94536 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2433 0.61506 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.2282 0.57852 0.000 0.000 0.000 0.132 0.840 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 9 0.0000 0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3111 0.67250 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-009 4 0.0315 0.89845 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 9 0.0113 0.98828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-011 8 0.2923 0.20231 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2999 -0.40360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.4383 0.50245 0.000 0.004 0.000 0.000 0.384 0.000 0.480 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3849 0.21881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.068 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0492 0.83935 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 10 0.1694 0.90188 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-022 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0492 0.73017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0888 0.70700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1798 0.87567 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-033 9 0.0000 0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.2300 0.83675 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5003 0.36305 0.000 0.504 0.000 0.000 0.200 0.000 0.252 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 10 0.0937 0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.90356 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0784 0.93249 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0492 0.73252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2580 0.62392 0.040 0.000 0.000 0.000 0.156 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.3010 0.28301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 10 0.0937 0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-047 9 0.0784 0.94088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3263 0.65068 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-049 10 0.1412 0.91589 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-050 6 0.0113 0.84910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 9 0.0000 0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.1168 0.89274 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-053 3 0.2073 0.86015 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-054 7 0.5141 0.02527 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.452 0.252 0.000 0.040
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 10 0.0937 0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-057 4 0.0937 0.90747 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-058 4 0.3007 -0.15723 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 10 0.0937 0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-061 6 0.0202 0.84851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0113 0.84910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4422 0.24564 0.000 0.524 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3373 0.21991 0.000 0.568 0.000 0.000 0.408 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2002 0.86242 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 9 0.0000 0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 8 0.2197 0.63347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3388 0.24696 0.000 0.000 0.556 0.000 0.420 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3715 0.63049 0.000 0.660 0.000 0.000 0.024 0.000 0.272 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-074 4 0.0202 0.89945 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0113 0.84910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2760 0.31702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0986 0.90575 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-094 7 0.4512 0.47462 0.000 0.200 0.000 0.000 0.320 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.2266 0.61509 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 9 0.0000 0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 9 0.0000 0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3010 -0.00313 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0937 0.90747 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-117 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 9 0.0000 0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2949 0.27102 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0113 0.90540 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0937 0.90747 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-125 5 0.4403 0.04871 0.168 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.2234 0.64802 0.192 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2047 0.75440 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 10 0.2352 0.76169 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-137 4 0.0356 0.90805 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-138 1 0.1211 0.89783 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.0000 0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2877 0.77236 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.248 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.2073 0.86015 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: IDH
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:pam 55 3.25e-11 8.93e-03 2
#> MAD:pam 126 2.04e-36 5.46e-23 3
#> MAD:pam 130 4.70e-65 6.49e-30 4
#> MAD:pam 125 2.23e-65 1.52e-31 5
#> MAD:pam 127 5.23e-83 1.07e-32 6
#> MAD:pam 127 3.20e-77 1.91e-31 7
#> MAD:pam 126 1.09e-75 5.16e-30 8
#> MAD:pam 125 8.28e-72 1.25e-28 9
#> MAD:pam 121 5.76e-70 2.21e-26 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.957 0.978 0.48857 0.515 0.515
#> 3 3 0.771 0.839 0.918 0.28017 0.872 0.751
#> 4 4 0.789 0.882 0.907 0.11871 0.842 0.626
#> 5 5 0.879 0.891 0.944 0.13078 0.871 0.592
#> 6 6 0.836 0.819 0.888 0.03650 0.949 0.763
#> 7 7 0.876 0.823 0.917 0.04254 0.939 0.677
#> 8 8 0.887 0.771 0.889 0.01872 0.954 0.708
#> 9 9 0.898 0.722 0.857 0.01304 0.946 0.643
#> 10 10 0.905 0.749 0.867 0.00996 0.969 0.765
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-002 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-006 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2603 0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-012 2 0.2603 0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-013 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-014 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-015 2 0.1414 0.959 0.020 0.980
#> dkfz_11-016 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-017 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-018 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-019 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-020 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.4939 0.892 0.108 0.892
#> dkfz_11-023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-025 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-026 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-029 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-030 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-043 2 0.2603 0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-044 2 0.1414 0.960 0.020 0.980
#> dkfz_11-045 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.2603 0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-062 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-063 2 0.1843 0.958 0.028 0.972
#> dkfz_11-064 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-065 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-066 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-067 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-068 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3274 0.940 0.060 0.940
#> dkfz_11-071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-091 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.9635 0.431 0.388 0.612
#> dkfz_11-104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.9866 0.318 0.432 0.568
#> dkfz_11-115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.9850 0.329 0.428 0.572
#> dkfz_11-118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-140 2 0.9866 0.318 0.432 0.568
#> dkfz_11-141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-144 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-145 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-146 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-147 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-148 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-149 2 0.0376 0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-150 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-002 3 0.5497 0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-003 2 0.6215 -0.0438 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-006 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 3 0.2261 0.7669 0.068 0.000 0.932
#> dkfz_11-012 3 0.0661 0.8141 0.004 0.008 0.988
#> dkfz_11-013 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-014 3 0.0237 0.8133 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-015 3 0.4178 0.7527 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-016 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-017 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-018 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-019 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-020 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.4842 0.6289 0.224 0.000 0.776
#> dkfz_11-023 1 0.4750 0.7555 0.784 0.000 0.216
#> dkfz_11-024 3 0.5497 0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-025 3 0.5016 0.7135 0.000 0.240 0.760
#> dkfz_11-026 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-027 1 0.0747 0.9597 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-028 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-029 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-037 3 0.4178 0.7526 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.0424 0.8129 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-043 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-044 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-045 3 0.5497 0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-046 2 0.6008 0.1792 0.000 0.628 0.372
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.5560 0.6785 0.000 0.300 0.700
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-054 3 0.5431 0.6905 0.000 0.284 0.716
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-062 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-063 3 0.4974 0.5999 0.236 0.000 0.764
#> dkfz_11-064 3 0.5497 0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-065 3 0.5138 0.7067 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-066 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-067 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-068 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.4121 0.6666 0.168 0.000 0.832
#> dkfz_11-071 1 0.4796 0.7525 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-072 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-073 3 0.5560 0.6785 0.000 0.300 0.700
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-091 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.5497 0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.5560 0.5144 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4555 0.7750 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.5591 0.5089 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-115 1 0.4605 0.7704 0.796 0.000 0.204
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.5760 0.4842 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4504 0.7795 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4555 0.7750 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1753 0.9307 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-140 3 0.5760 0.4802 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-144 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-145 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-146 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-147 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-148 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-149 3 0.0475 0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-150 3 0.5529 0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0592 0.9215 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4452 0.6024 0.000 0.260 0.008 0.732
#> dkfz_11-004 1 0.1706 0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-008 2 0.0188 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-010 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-011 3 0.4500 0.7678 0.000 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4277 0.5383 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4134 0.5646 0.000 0.740 0.260 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2647 0.8244 0.000 0.880 0.120 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.2814 0.9303 0.000 0.132 0.868 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.2760 0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2760 0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-022 1 0.7634 -0.0307 0.444 0.216 0.340 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.4031 0.8639 0.856 0.076 0.032 0.036
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0188 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3616 0.8761 0.852 0.000 0.112 0.036
#> dkfz_11-028 3 0.2760 0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2760 0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-032 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-034 3 0.3907 0.9050 0.000 0.140 0.828 0.032
#> dkfz_11-035 1 0.1706 0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2197 0.8639 0.000 0.916 0.080 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-040 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-041 1 0.1706 0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-042 2 0.4581 0.7382 0.080 0.800 0.120 0.000
#> dkfz_11-043 3 0.4543 0.7473 0.000 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.3764 0.8773 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0188 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.2149 0.9108 0.000 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-047 1 0.1706 0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-048 2 0.2408 0.8458 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-049 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-050 3 0.3801 0.8777 0.000 0.220 0.780 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-052 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-053 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1716 0.8835 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-057 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-058 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-059 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1211 0.9744 0.000 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-061 3 0.4624 0.7266 0.000 0.340 0.660 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.3764 0.8773 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.6411 0.4647 0.600 0.308 0.092 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0188 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-070 3 0.4500 0.7678 0.000 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.3884 0.8585 0.856 0.092 0.016 0.036
#> dkfz_11-072 3 0.5184 0.8301 0.056 0.212 0.732 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4643 0.4623 0.000 0.656 0.000 0.344
#> dkfz_11-074 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-075 3 0.4072 0.8479 0.000 0.252 0.748 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-093 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0592 0.9204 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2412 0.8701 0.908 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.3649 0.8872 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-101 1 0.2131 0.9103 0.932 0.000 0.036 0.032
#> dkfz_11-102 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.6683 0.4968 0.620 0.204 0.176 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0469 0.9207 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2039 0.9131 0.940 0.008 0.016 0.036
#> dkfz_11-107 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.1118 0.9173 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-112 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.6846 0.4483 0.600 0.184 0.216 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.3319 0.8864 0.888 0.060 0.016 0.036
#> dkfz_11-116 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-117 1 0.5911 0.6280 0.692 0.196 0.112 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3674 0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-120 1 0.0188 0.9216 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-122 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-125 1 0.1305 0.9166 0.960 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-126 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1356 0.9096 0.960 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1452 0.9182 0.956 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-131 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-137 4 0.1118 0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-138 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.6423 0.5497 0.648 0.196 0.156 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0336 0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.1452 0.9172 0.956 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-143 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2760 0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2760 0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2704 0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.1706 0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0290 0.9666 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.2074 0.8811 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0880 0.8907 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-011 3 0.3921 0.8358 0.000 0.128 0.800 0.000 0.072
#> dkfz_11-012 3 0.3086 0.8303 0.000 0.180 0.816 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.3551 0.7843 0.000 0.220 0.772 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 3 0.4088 0.6555 0.000 0.304 0.688 0.000 0.008
#> dkfz_11-016 3 0.1831 0.8959 0.000 0.076 0.920 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0290 0.9666 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2463 0.8444 0.888 0.100 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.2804 0.8589 0.068 0.044 0.004 0.000 0.884
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0162 0.9678 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0609 0.8897 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-034 3 0.0955 0.9081 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.0963 0.8905 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4287 -0.0582 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1043 0.9566 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3983 0.5234 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-042 5 0.3769 0.7313 0.000 0.180 0.032 0.000 0.788
#> dkfz_11-043 3 0.2929 0.8317 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.2286 0.8837 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1478 0.9327 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0963 0.8905 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-048 2 0.0794 0.9468 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.2358 0.8853 0.000 0.104 0.888 0.000 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.0963 0.8894 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0162 0.9106 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 2 0.0290 0.9666 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1043 0.9566 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1197 0.9496 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.3132 0.8348 0.000 0.172 0.820 0.000 0.008
#> dkfz_11-062 3 0.2286 0.8836 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 5 0.2864 0.8020 0.000 0.112 0.024 0.000 0.864
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-070 3 0.4064 0.8310 0.000 0.116 0.792 0.000 0.092
#> dkfz_11-071 5 0.2654 0.8443 0.032 0.084 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-072 3 0.2179 0.8876 0.000 0.100 0.896 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.0880 0.9431 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.2411 0.8830 0.000 0.108 0.884 0.000 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0162 0.9687 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0162 0.9659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.2020 0.8882 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-101 5 0.1792 0.8699 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.6999 0.0615 0.128 0.044 0.456 0.000 0.372
#> dkfz_11-104 1 0.3999 0.4193 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0880 0.8907 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-107 1 0.2605 0.7961 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3074 0.7823 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.6437 0.1639 0.068 0.044 0.396 0.000 0.492
#> dkfz_11-115 5 0.0880 0.8907 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.4676 0.6670 0.744 0.044 0.192 0.000 0.020
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0404 0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-120 1 0.0671 0.9541 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2852 0.8067 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0162 0.9659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3074 0.7821 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1043 0.9566 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0162 0.9116 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.7031 0.1034 0.156 0.032 0.396 0.000 0.416
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0162 0.9663 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.0566 0.9106 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0324 0.9114 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0963 0.8905 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0806 0.904 0.000 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.2507 0.863 0.000 0.056 0.036 0.892 0.000 0.016
#> dkfz_11-004 5 0.2260 0.836 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0260 0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0692 0.905 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0260 0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-011 3 0.4002 0.438 0.000 0.016 0.692 0.000 0.008 0.284
#> dkfz_11-012 6 0.3643 0.830 0.000 0.024 0.200 0.000 0.008 0.768
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3836 0.835 0.000 0.040 0.188 0.000 0.008 0.764
#> dkfz_11-015 6 0.3440 0.832 0.000 0.028 0.196 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-016 3 0.1075 0.897 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0806 0.904 0.000 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3424 0.679 0.772 0.000 0.204 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-023 5 0.3241 0.818 0.112 0.000 0.064 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2527 0.771 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-025 6 0.4018 0.752 0.000 0.148 0.076 0.008 0.000 0.768
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0260 0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0260 0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0713 0.917 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-035 5 0.2854 0.812 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.4192 0.824 0.000 0.076 0.140 0.008 0.008 0.768
#> dkfz_11-038 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.2191 0.728 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> dkfz_11-042 6 0.4579 0.814 0.016 0.064 0.124 0.008 0.020 0.768
#> dkfz_11-043 6 0.3466 0.812 0.000 0.008 0.224 0.000 0.008 0.760
#> dkfz_11-044 3 0.2823 0.676 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-045 6 0.4284 0.655 0.000 0.216 0.056 0.008 0.000 0.720
#> dkfz_11-046 4 0.0458 0.956 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2793 0.816 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6339 0.316 0.000 0.512 0.056 0.296 0.000 0.136
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.3547 0.353 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-051 5 0.2416 0.832 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4595 0.481 0.000 0.668 0.084 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-055 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-060 4 0.0146 0.971 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3536 0.787 0.000 0.004 0.252 0.000 0.008 0.736
#> dkfz_11-062 3 0.0146 0.938 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 5 0.4078 0.554 0.008 0.016 0.300 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.4020 0.736 0.000 0.160 0.068 0.008 0.000 0.764
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0260 0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4475 0.432 0.000 0.016 0.448 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-071 5 0.2118 0.839 0.104 0.000 0.008 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0146 0.938 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 4 0.4406 0.573 0.000 0.256 0.036 0.692 0.000 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3864 0.344 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0260 0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2491 0.774 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-095 1 0.0146 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-097 1 0.0508 0.837 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.2300 0.773 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-100 5 0.0363 0.828 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2793 0.817 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-103 5 0.4517 0.287 0.032 0.000 0.444 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3728 0.235 0.652 0.000 0.000 0.000 0.344 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1858 0.840 0.092 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3314 0.481 0.740 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0146 0.836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-110 1 0.0146 0.836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 5 0.3468 0.740 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-114 5 0.4629 0.307 0.040 0.000 0.436 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1858 0.840 0.092 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.5121 0.439 0.608 0.000 0.284 0.000 0.104 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.0291 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0260 0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3650 0.439 0.716 0.000 0.008 0.000 0.272 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0291 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.0603 0.838 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3073 0.811 0.204 0.000 0.008 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-127 1 0.0508 0.835 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-129 1 0.1610 0.843 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-130 5 0.3076 0.790 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0146 0.836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-133 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-134 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-135 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.5929 0.242 0.180 0.000 0.404 0.000 0.412 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.2941 0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-142 1 0.0405 0.832 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.0260 0.934 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0146 0.918 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2340 0.835 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2043 0.8323 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0334 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4282 0.0827 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.488 0.040
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.0797 0.9293 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0656 0.8952 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-023 5 0.1382 0.8582 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-024 2 0.2422 0.7790 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1578 0.8369 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.1977 0.7739 0.020 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.896
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.1671 0.8177 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.2572 0.7225 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0863 0.8207 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2259 0.7770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-048 4 0.5539 0.0990 0.000 0.248 0.000 0.412 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.3085 0.5525 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.3525 0.1647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3402 0.4043 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1844 0.8088 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.1757 0.8778 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> dkfz_11-063 5 0.4288 0.6146 0.000 0.000 0.176 0.000 0.688 0.000 0.136
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.0134 0.8502 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2912 0.6886 0.000 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0134 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.1802 0.8742 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> dkfz_11-073 4 0.3844 0.7075 0.000 0.156 0.000 0.740 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3542 0.2334 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1759 0.8644 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3358 0.3143 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3047 0.5143 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-098 7 0.3562 0.1315 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-099 3 0.1926 0.8344 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0134 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 7 0.2655 0.6390 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.4766 0.2347 0.000 0.000 0.352 0.000 0.100 0.000 0.548
#> dkfz_11-104 7 0.1802 0.8138 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-105 7 0.2808 0.7220 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-106 5 0.0134 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 7 0.1715 0.8130 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-108 7 0.1926 0.8106 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.1886 0.8122 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-111 7 0.1886 0.7398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-112 7 0.2682 0.7460 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.5239 0.2227 0.000 0.000 0.352 0.000 0.480 0.000 0.168
#> dkfz_11-115 5 0.0134 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2321 0.6708 0.004 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-118 7 0.1844 0.8131 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-119 5 0.0134 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 7 0.1715 0.8130 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.1844 0.8131 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-123 7 0.2453 0.7792 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3432 0.3537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.3321 0.5621 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3496 0.1071 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-130 7 0.2832 0.6089 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> dkfz_11-131 7 0.2326 0.7870 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.3294 0.3694 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.1953 0.8115 0.096 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.892
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0239 0.9520 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0656 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8340 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0313 0.9289 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-003 8 0.3131 0.4073 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-004 5 0.1216 0.8894 0.060 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0313 0.9289 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0125 0.9315 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3823 0.5065 0.000 0.000 0.148 0.000 0.008 0.732 0.000 0.112
#> dkfz_11-012 8 0.3095 0.3575 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 8 0.3618 0.2492 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.380 0.000 0.600
#> dkfz_11-015 8 0.3957 0.1797 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.380 0.000 0.576
#> dkfz_11-016 3 0.3132 0.5218 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.296 0.000 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0395 0.8312 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8340 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0125 0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.0837 0.9507 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3685 0.4560 0.028 0.000 0.000 0.000 0.616 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3108 0.4732 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-025 8 0.0000 0.6832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0125 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0125 0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0125 0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.8337 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1686 0.7924 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2208 0.7608 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2172 0.7977 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.0313 0.6818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-038 7 0.0000 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0125 0.8245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0313 0.6818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-043 6 0.4463 0.1645 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.516 0.000 0.392
#> dkfz_11-044 3 0.3665 0.3277 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.404 0.000 0.020
#> dkfz_11-045 8 0.0125 0.6817 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-046 4 0.0125 0.9961 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2650 0.6966 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.2763 0.5966 0.000 0.068 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.4171 0.1414 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.436 0.000 0.056
#> dkfz_11-051 5 0.2904 0.5872 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2016 0.7826 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.5306 0.2440 0.000 0.520 0.024 0.000 0.000 0.236 0.000 0.220
#> dkfz_11-055 7 0.0000 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 7 0.0125 0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.4835 0.0823 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.428 0.000 0.428
#> dkfz_11-062 6 0.3244 0.2827 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.4362 0.4776 0.028 0.000 0.116 0.000 0.168 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0313 0.9289 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-065 8 0.0000 0.6832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 3 0.1646 0.7941 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0224 0.8329 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4894 0.3294 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004 0.536 0.000 0.288
#> dkfz_11-071 5 0.0739 0.9093 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.2380 0.5377 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.3794 0.2554 0.000 0.028 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.4645 -0.0170 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.432 0.000 0.112
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2082 0.7991 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-095 1 0.3108 0.5619 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-096 7 0.0125 0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3272 0.4181 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.2284 0.7830 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.112 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.2933 0.6070 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.224 0.000 0.016
#> dkfz_11-100 5 0.0614 0.9094 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2237 0.6863 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 7 0.0000 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4835 0.1299 0.372 0.000 0.108 0.000 0.012 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0125 0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1355 0.8165 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.036 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0739 0.9093 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0125 0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0224 0.8265 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-109 7 0.0224 0.9903 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0313 0.8267 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0125 0.8245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.1225 0.8176 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.028 0.000
#> dkfz_11-113 7 0.0000 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5726 0.3475 0.260 0.000 0.136 0.000 0.096 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0739 0.9093 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.4156 0.2936 0.552 0.000 0.060 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0349 0.8246 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0125 0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0471 0.8261 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1765 0.7867 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3413 0.1891 0.556 0.000 0.000 0.000 0.440 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 7 0.0125 0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2852 0.6504 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-128 7 0.0125 0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2795 0.6489 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1162 0.7992 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1091 0.8171 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-132 7 0.0000 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 7 0.0125 0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-134 7 0.0125 0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-135 7 0.0000 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 7 0.0000 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0808 0.8193 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4478 0.1084 0.484 0.000 0.076 0.000 0.004 0.436 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 7 0.0125 0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0125 0.8245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1686 0.7924 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1646 0.7941 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0125 0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8340 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2049 0.7220 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0745 0.9066 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1841 0.7552 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.008 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0119 0.9403 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.1558 0.8159 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.2146 0.7740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.004 0.164
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2226 0.7374 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 8 0.4126 -0.1613 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.460 0.044 0.484 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.4259 0.0415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.584 0.128 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4634 0.4414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.348 0.168 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.5378 0.5135 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.480 0.316 0.108 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.4509 0.4502 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.548 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0212 0.8594 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1668 0.8877 0.908 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3500 0.3885 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.388 0.024
#> dkfz_11-024 2 0.1178 0.8845 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2499 0.7533 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.096 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.4929 -0.3329 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.4374 0.0619 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-035 9 0.4932 0.3786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.288 0.416
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.0212 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0881 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 9 0.3165 0.6934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.396 0.600
#> dkfz_11-042 7 0.0000 0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4797 0.4023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476 0.244 0.280 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4458 0.5025 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.636 0.000 0.132 0.028
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2705 0.8337 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.156 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-047 5 0.1961 0.8354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.016 0.112
#> dkfz_11-048 7 0.1093 0.8591 0.000 0.028 0.000 0.024 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0373 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.4666 0.5430 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.616 0.040 0.136 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0726 0.9128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.5903 -0.4551 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.288 0.000 0.116 0.396
#> dkfz_11-054 2 0.5078 -0.1508 0.000 0.432 0.060 0.000 0.000 0.416 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0881 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0881 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.5100 0.4738 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.496 0.260 0.220 0.000
#> dkfz_11-062 8 0.4550 0.0792 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.248 0.000 0.548 0.000
#> dkfz_11-063 8 0.5176 0.1596 0.000 0.000 0.104 0.000 0.096 0.252 0.000 0.548 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0119 0.9405 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.0000 0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.4929 -0.3329 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.5779 0.3342 0.000 0.000 0.100 0.000 0.024 0.464 0.100 0.312 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.1100 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> dkfz_11-072 8 0.3234 -0.0294 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.444 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.1519 0.8169 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4955 0.5506 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.592 0.068 0.136 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0764 0.9161 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 9 0.4374 0.6260 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.492
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.4606 0.5830 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.452
#> dkfz_11-098 9 0.3522 0.6859 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.576
#> dkfz_11-099 3 0.4150 0.1474 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.300 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2707 0.7387 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.0855 0.4768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008
#> dkfz_11-104 9 0.3063 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-105 9 0.3063 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-106 5 0.0119 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 9 0.3063 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-108 9 0.3063 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 9 0.3063 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-111 9 0.3331 0.6899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.400 0.588
#> dkfz_11-112 9 0.3172 0.6937 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.596
#> dkfz_11-113 1 0.0699 0.9481 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-114 8 0.2907 0.4392 0.000 0.000 0.004 0.000 0.128 0.048 0.000 0.812 0.008
#> dkfz_11-115 5 0.0119 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.2502 0.1903 0.020 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.124
#> dkfz_11-118 9 0.3063 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 9 0.3063 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 9 0.3172 0.6937 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.596
#> dkfz_11-123 9 0.3824 0.6736 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.552
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 9 0.4454 0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.400 0.476
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.4400 0.6222 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.488
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2768 0.7112 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.200
#> dkfz_11-130 9 0.3462 0.6860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.400 0.580
#> dkfz_11-131 9 0.3985 0.6640 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.540
#> dkfz_11-132 1 0.0699 0.9481 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0881 0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1356 0.7946 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.1284 0.4406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.936 0.032
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 9 0.3172 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> dkfz_11-143 9 0.4917 -0.3332 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-144 9 0.4929 -0.3329 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0119 0.8610 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4454 0.0437 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.124 0.000 0.400 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1435 0.8066 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.1227 0.9317 0.000 0.940 0.008 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.1410 0.8590 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.4108 0.5430 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.160 0.244 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0113 0.9681 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2716 0.6126 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2940 0.3717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.016 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.2954 0.2932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.2770 0.5279 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 0.104 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3883 0.5694 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.740 0.084 0.000 0.012 0.084
#> dkfz_11-016 6 0.5267 0.4746 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.212 0.140
#> dkfz_11-017 3 0.0202 0.8633 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0202 0.8629 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0202 0.9661 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3808 0.5161 0.676 0.000 0.100 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-023 9 0.5802 0.2315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.152 0.000 0.212 0.368 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1050 0.9311 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1610 0.7744 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.1994 0.9201 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.1496 0.7721 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012 0.924
#> dkfz_11-035 8 0.4377 0.0197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.520 0.176 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0113 0.9681 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.1079 0.8612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0113 0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3044 0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.1563 0.7703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.908 0.068 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.0356 0.8989 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2244 0.5129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4272 0.2428 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.004 0.328
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4076 0.6823 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.160
#> dkfz_11-047 5 0.3942 0.5841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.188 0.176 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.0846 0.8889 0.000 0.024 0.000 0.016 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.2177 0.8591 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.036
#> dkfz_11-050 6 0.3243 0.5485 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.760 0.008 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-051 5 0.1711 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.3455 0.7981 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.028 0.752
#> dkfz_11-054 6 0.5298 0.4109 0.000 0.220 0.112 0.000 0.000 0.572 0.032 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-055 1 0.0113 0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3044 0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9295 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3044 0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-061 6 0.1778 0.5736 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.064 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-062 6 0.4024 0.1538 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3766 0.0630 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012 0.512 0.000 0.000 0.448 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0469 0.9606 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.1994 0.9201 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2702 0.4610 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.780 0.024 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4007 0.5758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.136 0.256 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.2828 0.2163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.1033 0.8733 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3317 0.5472 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.756 0.012 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0113 0.8547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0605 0.9566 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.1162 0.8042 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9295 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 8 0.1868 0.7830 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.900 0.020 0.004
#> dkfz_11-098 8 0.0113 0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.3089 0.3851 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.1211 0.8388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3537 0.6231 0.004 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.184 0.092 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0113 0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.4724 -0.4452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.384 0.268 0.000
#> dkfz_11-104 8 0.0000 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 8 0.0113 0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.1634 0.8286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112 0.000
#> dkfz_11-107 8 0.0000 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.0000 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1168 0.8723 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 8 0.0113 0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 8 0.0113 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 8 0.0113 0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0842 0.9022 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.4626 0.0802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.396 0.000 0.184 0.416 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2502 0.7617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.4788 -0.3803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.416 0.264 0.004
#> dkfz_11-118 8 0.0113 0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.8547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.0395 0.8307 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.0113 0.8332 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 8 0.1088 0.8076 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.1402 0.7809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.916 0.072 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0113 0.9290 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 8 0.1820 0.7866 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.904 0.020 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9295 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.2892 0.3764 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 8 0.0226 0.8325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 8 0.0896 0.8137 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0469 0.9218 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0113 0.9290 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1124 0.8764 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0113 0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3044 0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0113 0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1364 0.8034 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.4722 -0.4362 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.388 0.268 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0356 0.9231 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 8 0.0728 0.8172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.2020 0.9169 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-144 10 0.1994 0.9201 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0113 0.8641 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0113 0.9681 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4633 -0.1937 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0113 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2183 0.7926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:mclust 132 4.28e-25 2.47e-08 2
#> MAD:mclust 132 4.49e-49 2.69e-30 3
#> MAD:mclust 131 1.02e-62 7.01e-29 4
#> MAD:mclust 131 3.06e-73 4.97e-36 5
#> MAD:mclust 123 8.41e-71 9.28e-32 6
#> MAD:mclust 124 2.21e-72 3.76e-36 7
#> MAD:mclust 114 2.27e-64 2.28e-33 8
#> MAD:mclust 111 1.51e-70 1.82e-34 9
#> MAD:mclust 118 6.54e-76 1.41e-33 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.571 0.807 0.903 0.2546 0.850 0.850
#> 3 3 0.730 0.833 0.931 1.1112 0.586 0.514
#> 4 4 0.652 0.802 0.865 0.2204 0.898 0.770
#> 5 5 0.657 0.773 0.846 0.0251 0.997 0.993
#> 6 6 0.671 0.728 0.818 0.0255 0.997 0.992
#> 7 7 0.665 0.709 0.812 0.0146 0.997 0.991
#> 8 8 0.646 0.427 0.762 0.0290 0.939 0.822
#> 9 9 0.673 0.617 0.810 0.0593 0.918 0.718
#> 10 10 0.772 0.638 0.827 0.0467 0.934 0.725
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.4690 0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-002 1 0.9522 0.558 0.628 0.372
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.4022 0.838 0.920 0.080
#> dkfz_11-006 1 0.9491 0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.4022 0.838 0.920 0.080
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.8016 0.707 0.756 0.244
#> dkfz_11-012 1 0.0672 0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-013 1 0.9552 0.551 0.624 0.376
#> dkfz_11-014 1 0.3879 0.841 0.924 0.076
#> dkfz_11-015 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-016 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-017 1 0.9881 0.420 0.564 0.436
#> dkfz_11-018 2 0.4690 0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-019 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-023 1 0.0376 0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-024 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-025 1 0.0672 0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-026 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 1 0.9491 0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.4690 0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0672 0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-045 1 0.0376 0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-046 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0672 0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.2603 0.859 0.956 0.044
#> dkfz_11-054 1 0.9491 0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0672 0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.5178 0.814 0.884 0.116
#> dkfz_11-061 1 0.0672 0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-062 1 0.9460 0.571 0.636 0.364
#> dkfz_11-063 1 0.9460 0.571 0.636 0.364
#> dkfz_11-064 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.9491 0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0672 0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-091 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.3879 0.841 0.924 0.076
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0376 0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.9522 0.558 0.628 0.372
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0376 0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.5059 0.817 0.888 0.112
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0376 0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0376 0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.9460 0.571 0.636 0.364
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.4690 0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-148 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-149 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-150 1 0.9393 0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.881 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.4121 0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-002 2 0.0747 0.774 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.5529 0.647 0.296 0.704 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0592 0.777 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.5529 0.647 0.296 0.704 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3412 0.739 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.6062 0.547 0.384 0.616 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0892 0.771 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-014 2 0.5431 0.655 0.284 0.716 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.3340 0.680 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-018 3 0.4121 0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0237 0.930 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.6295 -0.173 0.528 0.472 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.6267 0.394 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0592 0.777 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4121 0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3038 0.843 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.6079 0.539 0.388 0.612 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.6286 0.362 0.464 0.536 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6062 0.547 0.384 0.616 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.5706 0.626 0.320 0.680 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0592 0.777 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.6079 0.539 0.388 0.612 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.5216 0.670 0.260 0.740 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.6026 0.560 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0424 0.779 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-063 2 0.0424 0.779 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0747 0.775 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-067 3 0.0237 0.930 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.6260 0.402 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5431 0.655 0.284 0.716 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1031 0.946 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1964 0.911 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.6154 0.499 0.408 0.592 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0747 0.774 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.6302 -0.197 0.520 0.480 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5254 0.668 0.264 0.736 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0237 0.965 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2356 0.891 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3879 0.728 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3879 0.728 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.6302 -0.197 0.520 0.480 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0892 0.950 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.6154 0.499 0.408 0.592 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1860 0.915 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1860 0.915 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.3879 0.728 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0424 0.779 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.4121 0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.3400 0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0188 0.8864 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-004 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-005 4 0.5716 0.7926 0.212 0.088 0.000 0.700
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8894 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.2868 0.8218 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-008 4 0.5716 0.7926 0.212 0.088 0.000 0.700
#> dkfz_11-009 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-010 1 0.4103 0.7984 0.744 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-011 4 0.6350 0.3612 0.072 0.364 0.000 0.564
#> dkfz_11-012 4 0.4621 0.8075 0.284 0.008 0.000 0.708
#> dkfz_11-013 2 0.0336 0.8831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.5798 0.7849 0.208 0.096 0.000 0.696
#> dkfz_11-015 2 0.2704 0.8730 0.000 0.876 0.000 0.124
#> dkfz_11-016 2 0.4382 0.6986 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-017 2 0.3219 0.8087 0.000 0.868 0.112 0.020
#> dkfz_11-018 3 0.3400 0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1022 0.9016 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-020 3 0.0592 0.9284 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0336 0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-022 2 0.4072 0.7631 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-023 4 0.5236 0.6671 0.432 0.008 0.000 0.560
#> dkfz_11-024 2 0.1716 0.9002 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-025 4 0.4990 0.7695 0.352 0.008 0.000 0.640
#> dkfz_11-026 2 0.1557 0.9011 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-027 1 0.1211 0.8078 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-028 3 0.0336 0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0469 0.9279 0.000 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.1004 0.8936 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-031 1 0.4134 0.7965 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-032 3 0.3400 0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-034 2 0.1118 0.8998 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-035 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-036 2 0.3123 0.8582 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-037 1 0.3266 0.6125 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-038 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-039 4 0.4647 0.8075 0.288 0.008 0.000 0.704
#> dkfz_11-040 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-041 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-042 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-043 1 0.1211 0.8078 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-044 2 0.3801 0.7988 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-045 4 0.5040 0.7667 0.364 0.008 0.000 0.628
#> dkfz_11-046 2 0.3024 0.8634 0.000 0.852 0.000 0.148
#> dkfz_11-047 1 0.0921 0.8102 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-048 4 0.4744 0.8088 0.284 0.012 0.000 0.704
#> dkfz_11-049 1 0.0592 0.8145 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-050 2 0.3801 0.7988 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-051 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-052 1 0.4193 0.7927 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-053 4 0.5520 0.8030 0.244 0.060 0.000 0.696
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.8894 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0921 0.8202 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-056 4 0.4647 0.8075 0.288 0.008 0.000 0.704
#> dkfz_11-057 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-058 1 0.0336 0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-060 4 0.6181 0.7678 0.204 0.128 0.000 0.668
#> dkfz_11-061 4 0.4690 0.8075 0.276 0.012 0.000 0.712
#> dkfz_11-062 2 0.0817 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-063 2 0.0817 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-064 2 0.1211 0.9024 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-065 1 0.2760 0.8221 0.872 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-066 2 0.1042 0.8897 0.000 0.972 0.008 0.020
#> dkfz_11-067 3 0.0592 0.9284 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1211 0.9024 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-069 1 0.1022 0.8124 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-070 2 0.4103 0.7572 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-071 1 0.2149 0.8230 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-072 4 0.5543 0.7636 0.360 0.028 0.000 0.612
#> dkfz_11-073 1 0.1211 0.8017 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-074 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-075 2 0.3873 0.7903 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-091 2 0.1118 0.9021 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-092 1 0.4193 0.7927 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-093 1 0.0336 0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-094 4 0.5798 0.7849 0.208 0.096 0.000 0.696
#> dkfz_11-095 1 0.1792 0.7744 0.932 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-096 1 0.2345 0.7355 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-097 4 0.4769 0.8014 0.308 0.008 0.000 0.684
#> dkfz_11-098 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-099 2 0.0188 0.8864 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-101 4 0.5220 0.6801 0.424 0.008 0.000 0.568
#> dkfz_11-102 1 0.0817 0.8119 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-103 4 0.6215 0.7715 0.208 0.128 0.000 0.664
#> dkfz_11-104 1 0.1022 0.8075 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-105 1 0.3649 0.8158 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-106 1 0.1022 0.8124 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-107 1 0.2647 0.7036 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-108 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-109 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-110 1 0.3528 0.8175 0.808 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-111 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-112 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-113 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-114 4 0.6501 0.4847 0.096 0.316 0.000 0.588
#> dkfz_11-115 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-116 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-117 4 0.6501 0.4847 0.096 0.316 0.000 0.588
#> dkfz_11-118 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-119 1 0.1211 0.8151 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-120 4 0.5220 0.6801 0.424 0.008 0.000 0.568
#> dkfz_11-121 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-122 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-123 1 0.1637 0.7827 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-124 1 0.0336 0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-126 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-127 4 0.4769 0.8014 0.308 0.008 0.000 0.684
#> dkfz_11-128 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-129 1 0.3726 0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-130 1 0.3649 0.8158 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-131 1 0.2345 0.7345 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-132 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-133 1 0.2345 0.7345 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-134 1 0.0817 0.8119 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-135 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-136 1 0.1118 0.8050 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-137 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-138 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-139 3 0.0336 0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-140 4 0.6501 0.4847 0.096 0.316 0.000 0.588
#> dkfz_11-141 1 0.0921 0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-142 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-143 4 0.4907 0.0555 0.000 0.420 0.000 0.580
#> dkfz_11-144 3 0.0336 0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.0592 0.8979 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.0336 0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.3400 0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3123 0.8582 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-149 2 0.1022 0.8992 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-150 2 0.3123 0.8582 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-151 1 0.4222 0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.2074 0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1043 0.8778 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-004 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-005 5 0.4999 0.7739 0.216 0.064 0.000 0.012 0.708
#> dkfz_11-006 2 0.0963 0.8790 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.3011 0.7881 0.844 0.000 0.000 0.016 0.140
#> dkfz_11-008 5 0.4999 0.7739 0.216 0.064 0.000 0.012 0.708
#> dkfz_11-009 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-010 1 0.4930 0.7599 0.684 0.000 0.000 0.072 0.244
#> dkfz_11-011 5 0.6393 0.3756 0.076 0.332 0.000 0.044 0.548
#> dkfz_11-012 5 0.3884 0.7921 0.288 0.004 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-013 2 0.1732 0.8548 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4860 0.7675 0.212 0.072 0.000 0.004 0.712
#> dkfz_11-015 2 0.2707 0.8557 0.000 0.876 0.000 0.024 0.100
#> dkfz_11-016 2 0.4730 0.6880 0.000 0.688 0.000 0.052 0.260
#> dkfz_11-017 2 0.3456 0.7537 0.000 0.800 0.184 0.000 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.2074 0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0693 0.8879 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.1410 0.7964 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0162 0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.4394 0.7500 0.000 0.732 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-023 5 0.4256 0.6707 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-024 2 0.1364 0.8860 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> dkfz_11-025 5 0.4045 0.7529 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-026 2 0.1082 0.8864 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-027 1 0.1121 0.7708 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-028 4 0.2929 1.0000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1671 0.7869 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.1386 0.8809 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 1 0.5010 0.7554 0.676 0.000 0.000 0.076 0.248
#> dkfz_11-032 3 0.2074 0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-034 2 0.1216 0.8860 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-035 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-036 2 0.2984 0.8514 0.000 0.860 0.000 0.032 0.108
#> dkfz_11-037 1 0.2773 0.5662 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-038 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-039 5 0.3906 0.7916 0.292 0.004 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-040 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-041 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-042 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-043 1 0.1121 0.7708 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-044 2 0.4065 0.7895 0.000 0.772 0.000 0.048 0.180
#> dkfz_11-045 5 0.4238 0.7468 0.368 0.004 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-046 2 0.3270 0.8507 0.000 0.852 0.004 0.044 0.100
#> dkfz_11-047 1 0.0865 0.7750 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-048 5 0.4003 0.7928 0.288 0.008 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-049 1 0.0404 0.7783 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-050 2 0.4065 0.7895 0.000 0.772 0.000 0.048 0.180
#> dkfz_11-051 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-052 1 0.5059 0.7505 0.668 0.000 0.000 0.076 0.256
#> dkfz_11-053 5 0.4675 0.7843 0.248 0.044 0.000 0.004 0.704
#> dkfz_11-054 2 0.0963 0.8790 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0865 0.7853 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-056 5 0.3906 0.7916 0.292 0.004 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-057 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-058 1 0.0162 0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-060 5 0.5643 0.7536 0.208 0.096 0.000 0.024 0.672
#> dkfz_11-061 5 0.3992 0.7916 0.280 0.004 0.000 0.004 0.712
#> dkfz_11-062 2 0.1300 0.8863 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> dkfz_11-063 2 0.1300 0.8863 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> dkfz_11-064 2 0.0671 0.8882 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-065 1 0.2818 0.7884 0.856 0.000 0.000 0.012 0.132
#> dkfz_11-066 2 0.1626 0.8759 0.000 0.940 0.044 0.000 0.016
#> dkfz_11-067 3 0.1410 0.7964 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0671 0.8882 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-069 1 0.0955 0.7771 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-070 2 0.4424 0.7441 0.000 0.728 0.000 0.048 0.224
#> dkfz_11-071 1 0.2408 0.7890 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> dkfz_11-072 5 0.4491 0.7455 0.364 0.008 0.000 0.004 0.624
#> dkfz_11-073 1 0.1121 0.7643 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-074 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-075 2 0.4136 0.7825 0.000 0.764 0.000 0.048 0.188
#> dkfz_11-091 2 0.0566 0.8877 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-092 1 0.5004 0.7530 0.672 0.000 0.000 0.072 0.256
#> dkfz_11-093 1 0.0162 0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 5 0.4860 0.7675 0.212 0.072 0.000 0.004 0.712
#> dkfz_11-095 1 0.1478 0.7355 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-096 1 0.1965 0.6954 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-097 5 0.3857 0.7853 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-098 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-099 2 0.1043 0.8778 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-101 5 0.4242 0.6804 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-102 1 0.0771 0.7768 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-103 5 0.5587 0.7585 0.212 0.096 0.000 0.020 0.672
#> dkfz_11-104 1 0.0794 0.7704 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-105 1 0.4333 0.7799 0.740 0.000 0.000 0.048 0.212
#> dkfz_11-106 1 0.0955 0.7771 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-107 1 0.2230 0.6622 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-108 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-109 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-110 1 0.3779 0.7840 0.776 0.000 0.000 0.024 0.200
#> dkfz_11-111 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-112 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-113 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-114 5 0.6196 0.5144 0.100 0.280 0.000 0.028 0.592
#> dkfz_11-115 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-116 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-117 5 0.6196 0.5144 0.100 0.280 0.000 0.028 0.592
#> dkfz_11-118 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-119 1 0.1568 0.7814 0.944 0.000 0.000 0.020 0.036
#> dkfz_11-120 5 0.4242 0.6804 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-121 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-122 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-123 1 0.1341 0.7444 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-124 1 0.0162 0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-126 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-127 5 0.3857 0.7853 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-128 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-129 1 0.4394 0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-130 1 0.4333 0.7799 0.740 0.000 0.000 0.048 0.212
#> dkfz_11-131 1 0.1965 0.6936 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-132 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-133 1 0.1965 0.6936 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-134 1 0.0771 0.7768 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-135 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-136 1 0.1043 0.7677 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-137 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-138 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-139 4 0.2929 1.0000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.6196 0.5144 0.100 0.280 0.000 0.028 0.592
#> dkfz_11-141 1 0.0703 0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-142 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-143 5 0.5861 0.0682 0.000 0.376 0.000 0.104 0.520
#> dkfz_11-144 3 0.2852 0.6677 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0609 0.8842 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.2929 1.0000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2074 0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2984 0.8514 0.000 0.860 0.000 0.032 0.108
#> dkfz_11-149 2 0.1018 0.8861 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> dkfz_11-150 2 0.2984 0.8514 0.000 0.860 0.000 0.032 0.108
#> dkfz_11-151 1 0.5082 0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.1501 0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1418 0.819 0.000 0.944 0.024 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2069 0.720 0.004 0.020 0.000 0.068 0.908 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1341 0.820 0.000 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.1838 0.764 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2069 0.720 0.004 0.020 0.000 0.068 0.908 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.2553 0.731 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5759 0.142 0.000 0.252 0.024 0.144 0.580 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.1643 0.778 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.2928 0.771 0.000 0.856 0.084 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1370 0.724 0.000 0.012 0.004 0.036 0.948 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3527 0.741 0.000 0.820 0.012 0.084 0.084 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5656 0.449 0.000 0.604 0.024 0.152 0.220 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.4386 0.614 0.000 0.708 0.200 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1501 0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0520 0.827 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2491 0.828 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-021 1 0.2912 0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5445 0.565 0.000 0.644 0.028 0.176 0.152 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.2941 0.654 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1409 0.823 0.000 0.948 0.008 0.012 0.032 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.2402 0.738 0.140 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0891 0.824 0.000 0.968 0.008 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3076 0.746 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-028 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.2631 0.819 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-030 2 0.2398 0.787 0.000 0.876 0.020 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.2558 0.723 0.840 0.000 0.000 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1501 0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.2393 0.794 0.000 0.884 0.020 0.092 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3254 0.771 0.000 0.848 0.028 0.052 0.072 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3695 0.540 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.1701 0.778 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.3076 0.746 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.5051 0.616 0.000 0.692 0.028 0.148 0.132 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2300 0.732 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.3694 0.746 0.000 0.808 0.048 0.120 0.024 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3023 0.750 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.1643 0.778 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2969 0.754 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5051 0.616 0.000 0.692 0.028 0.148 0.132 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.2668 0.715 0.828 0.000 0.000 0.168 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.1863 0.754 0.032 0.004 0.004 0.032 0.928 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1341 0.820 0.000 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2948 0.761 0.804 0.000 0.000 0.008 0.188 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.1701 0.778 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2912 0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.2980 0.676 0.004 0.028 0.004 0.116 0.848 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1686 0.777 0.064 0.000 0.000 0.012 0.924 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1616 0.824 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1616 0.824 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0508 0.827 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.1701 0.764 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.2633 0.780 0.000 0.864 0.032 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2491 0.828 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-068 2 0.0508 0.827 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2996 0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5551 0.556 0.000 0.648 0.044 0.160 0.148 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2450 0.765 0.868 0.000 0.000 0.016 0.116 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.2730 0.727 0.152 0.000 0.000 0.012 0.836 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3126 0.739 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5088 0.607 0.000 0.688 0.028 0.144 0.140 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0405 0.827 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.2340 0.724 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.2912 0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1370 0.724 0.000 0.012 0.004 0.036 0.948 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3288 0.711 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3446 0.670 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1663 0.771 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1418 0.819 0.000 0.944 0.024 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2883 0.664 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2996 0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2890 0.685 0.004 0.028 0.004 0.108 0.856 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3076 0.745 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1866 0.754 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2996 0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3531 0.637 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1890 0.759 0.916 0.000 0.000 0.060 0.024 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4955 0.326 0.000 0.204 0.004 0.132 0.660 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.4955 0.326 0.000 0.204 0.004 0.132 0.660 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3539 0.757 0.756 0.000 0.000 0.024 0.220 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2883 0.664 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3244 0.720 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2912 0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1663 0.771 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1663 0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1866 0.754 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3446 0.668 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3446 0.668 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2996 0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3101 0.743 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 5 0.4955 0.326 0.000 0.204 0.004 0.132 0.660 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3050 0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.4409 0.000 0.000 0.064 0.064 0.768 0.104 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3371 0.697 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-145 2 0.0909 0.824 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.1501 0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3254 0.771 0.000 0.848 0.028 0.052 0.072 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.2112 0.796 0.000 0.896 0.016 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3254 0.771 0.000 0.848 0.028 0.052 0.072 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.2527 0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.1166 0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1466 0.772 0.000 0.940 0.020 0.032 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2233 0.726 0.004 0.024 0.000 0.088 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1395 0.773 0.000 0.944 0.020 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 1 0.2692 0.749 0.848 0.000 0.000 0.100 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2233 0.726 0.004 0.024 0.000 0.088 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.1565 0.710 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5844 0.293 0.000 0.252 0.024 0.148 0.552 0.000 0.024
#> dkfz_11-012 5 0.1277 0.779 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 4 0.4854 0.000 0.000 0.296 0.060 0.616 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-014 5 0.1603 0.732 0.000 0.008 0.008 0.036 0.936 0.000 0.012
#> dkfz_11-015 2 0.3445 0.714 0.000 0.820 0.012 0.092 0.060 0.000 0.016
#> dkfz_11-016 2 0.5704 0.475 0.000 0.600 0.028 0.152 0.192 0.000 0.028
#> dkfz_11-017 2 0.4503 0.440 0.000 0.684 0.216 0.024 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-018 3 0.1166 0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0641 0.787 0.000 0.980 0.004 0.008 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.2293 0.837 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4328 0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5612 0.576 0.000 0.644 0.028 0.148 0.116 0.000 0.064
#> dkfz_11-023 5 0.3564 0.662 0.148 0.000 0.000 0.084 0.768 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1296 0.787 0.000 0.952 0.008 0.008 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-025 5 0.2778 0.734 0.072 0.000 0.000 0.084 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0794 0.787 0.000 0.972 0.008 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 1 0.4475 0.732 0.656 0.000 0.000 0.128 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2422 0.828 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.2705 0.714 0.000 0.864 0.020 0.036 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-031 1 0.1565 0.694 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1166 0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.2588 0.726 0.000 0.872 0.020 0.032 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-035 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3147 0.745 0.000 0.852 0.028 0.040 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-037 1 0.4988 0.530 0.520 0.000 0.000 0.128 0.352 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.1409 0.779 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4475 0.732 0.656 0.000 0.000 0.128 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.5056 0.618 0.000 0.692 0.028 0.144 0.100 0.000 0.036
#> dkfz_11-045 5 0.2563 0.735 0.124 0.000 0.000 0.028 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.3864 0.716 0.000 0.796 0.052 0.080 0.008 0.000 0.064
#> dkfz_11-047 1 0.4417 0.736 0.664 0.000 0.000 0.124 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.1355 0.780 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.4379 0.740 0.672 0.000 0.000 0.128 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5056 0.618 0.000 0.692 0.028 0.144 0.100 0.000 0.036
#> dkfz_11-051 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1802 0.680 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.1796 0.758 0.032 0.000 0.008 0.020 0.928 0.000 0.012
#> dkfz_11-054 2 0.1395 0.773 0.000 0.944 0.020 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.4045 0.747 0.716 0.000 0.000 0.112 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.1409 0.779 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4328 0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.3186 0.690 0.004 0.028 0.004 0.128 0.824 0.000 0.012
#> dkfz_11-061 5 0.1355 0.778 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1704 0.778 0.000 0.924 0.016 0.052 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-063 2 0.1704 0.778 0.000 0.924 0.016 0.052 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-064 2 0.0402 0.788 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 1 0.2876 0.749 0.832 0.000 0.000 0.112 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.2921 0.702 0.000 0.852 0.032 0.036 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-067 3 0.2293 0.837 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0402 0.788 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 1 0.4394 0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5655 0.573 0.000 0.648 0.044 0.148 0.100 0.000 0.060
#> dkfz_11-071 1 0.3241 0.750 0.804 0.000 0.000 0.096 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3058 0.732 0.088 0.000 0.000 0.072 0.832 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 1 0.4519 0.725 0.648 0.000 0.000 0.128 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5072 0.611 0.000 0.688 0.028 0.144 0.108 0.000 0.032
#> dkfz_11-091 2 0.0536 0.787 0.000 0.984 0.004 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.1277 0.697 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4328 0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1603 0.732 0.000 0.008 0.008 0.036 0.936 0.000 0.012
#> dkfz_11-095 1 0.4660 0.697 0.620 0.000 0.000 0.128 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.4794 0.657 0.588 0.000 0.000 0.128 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1954 0.772 0.076 0.000 0.000 0.024 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1466 0.772 0.000 0.940 0.020 0.032 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-100 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3495 0.671 0.140 0.000 0.000 0.084 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.4394 0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3108 0.698 0.004 0.028 0.004 0.120 0.832 0.000 0.012
#> dkfz_11-104 1 0.4475 0.732 0.656 0.000 0.000 0.128 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0268 0.735 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4394 0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.4864 0.623 0.568 0.000 0.000 0.128 0.304 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1281 0.743 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.5014 0.430 0.000 0.204 0.004 0.140 0.636 0.000 0.016
#> dkfz_11-115 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.5014 0.430 0.000 0.204 0.004 0.140 0.636 0.000 0.016
#> dkfz_11-118 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.4090 0.741 0.700 0.000 0.000 0.092 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3495 0.671 0.140 0.000 0.000 0.084 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.4622 0.707 0.628 0.000 0.000 0.128 0.244 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4328 0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1954 0.772 0.076 0.000 0.000 0.024 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0134 0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0268 0.735 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4794 0.654 0.588 0.000 0.000 0.128 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.4794 0.654 0.588 0.000 0.000 0.128 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.4394 0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4497 0.729 0.652 0.000 0.000 0.128 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.5014 0.430 0.000 0.204 0.004 0.140 0.636 0.000 0.016
#> dkfz_11-141 1 0.4451 0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.0573 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000 0.980
#> dkfz_11-144 3 0.3104 0.705 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0993 0.781 0.000 0.964 0.012 0.016 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1166 0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3147 0.745 0.000 0.852 0.028 0.040 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-149 2 0.2367 0.731 0.000 0.884 0.016 0.024 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-150 2 0.3147 0.745 0.000 0.852 0.028 0.040 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-151 1 0.1671 0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1093 0.6262 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.3333 -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3801 0.7009 0.148 0.004 0.000 0.000 0.728 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1029 0.6276 0.000 0.956 0.008 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.2380 0.3968 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3801 0.7009 0.148 0.004 0.000 0.000 0.728 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.3333 -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.3229 -0.3419 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5422 0.1270 0.044 0.148 0.000 0.000 0.504 0.304 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2534 0.7574 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 7 0.1686 0.0000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3125 0.7072 0.136 0.000 0.000 0.000 0.800 0.056 0.008 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3828 0.2006 0.000 0.648 0.000 0.000 0.052 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5173 -0.2437 0.000 0.456 0.000 0.000 0.184 0.352 0.008 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.5776 0.1897 0.000 0.556 0.276 0.036 0.032 0.028 0.072 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0931 0.6256 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2146 0.8545 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-021 1 0.0596 0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5118 -0.1949 0.000 0.500 0.000 0.028 0.116 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3294 0.5972 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2440 0.5600 0.000 0.840 0.000 0.000 0.024 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3000 0.7103 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1452 0.6079 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0618 0.6535 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.2267 0.8453 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-030 2 0.3760 0.5653 0.000 0.796 0.004 0.036 0.032 0.040 0.092 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.3303 -0.5350 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.3643 0.5744 0.000 0.808 0.004 0.036 0.032 0.044 0.076 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3030 0.4499 0.000 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1982 0.4975 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.2558 0.7574 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.3333 -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0618 0.6535 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.4625 -0.2164 0.000 0.492 0.000 0.004 0.096 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.3000 0.7121 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.3828 0.5214 0.000 0.456 0.008 0.000 0.008 0.524 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0251 0.6566 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2534 0.7578 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0618 0.6530 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4625 -0.2164 0.000 0.492 0.000 0.004 0.096 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.3326 -0.6553 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.3074 0.7333 0.172 0.000 0.000 0.000 0.788 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1029 0.6276 0.000 0.956 0.008 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0983 0.6237 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.2558 0.7574 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0596 0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.4283 0.6574 0.144 0.008 0.000 0.000 0.672 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2484 0.7562 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3104 0.5683 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.116 0.088 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.3104 0.5683 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.116 0.088 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1051 0.6184 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2267 0.4279 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.3957 0.5553 0.000 0.788 0.016 0.036 0.032 0.036 0.092 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2146 0.8545 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-068 2 0.1051 0.6184 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0349 0.6561 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4327 0.6171 0.000 0.280 0.000 0.000 0.096 0.620 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2082 0.4916 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3161 0.6922 0.328 0.000 0.000 0.000 0.668 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0596 0.6495 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.3333 -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4578 -0.2449 0.000 0.484 0.000 0.000 0.104 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0995 0.6243 0.000 0.956 0.004 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.3272 -0.4342 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0596 0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3073 0.7080 0.136 0.000 0.000 0.000 0.804 0.052 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0868 0.6288 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1293 0.5937 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2776 0.7464 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1190 0.6263 0.000 0.948 0.008 0.000 0.000 0.008 0.036 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3283 0.6062 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0349 0.6564 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.4289 0.6667 0.152 0.008 0.000 0.000 0.672 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0224 0.6553 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3095 -0.0588 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0349 0.6561 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1521 0.5686 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.2921 0.1249 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.5065 0.3207 0.044 0.120 0.000 0.000 0.584 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.5065 0.3207 0.044 0.120 0.000 0.000 0.584 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0932 0.6363 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3283 0.6062 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.3333 -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0745 0.6358 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0596 0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2776 0.7464 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3131 -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3095 -0.0588 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1293 0.5937 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1293 0.5937 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0349 0.6564 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0520 0.6526 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.3333 0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 5 0.5065 0.3207 0.044 0.120 0.000 0.000 0.584 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0125 0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3333 -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.5756 -0.7540 0.000 0.000 0.000 0.500 0.132 0.268 0.100 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2904 0.7187 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-145 2 0.0841 0.6299 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3030 0.4499 0.000 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.3597 0.5772 0.000 0.812 0.004 0.036 0.032 0.044 0.072 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3030 0.4499 0.000 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.3333 -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0802 0.6800 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.2465 0.9087 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2972 0.6648 0.052 0.000 0.000 0.008 0.796 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0719 0.6809 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.2589 0.4870 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2972 0.6648 0.052 0.000 0.000 0.008 0.796 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2351 0.9216 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.3149 0.4156 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4439 0.1233 0.008 0.100 0.000 0.000 0.524 0.368 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.1633 0.7252 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 8 0.0296 0.0000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2641 0.6737 0.044 0.000 0.000 0.028 0.860 0.060 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.4110 -0.2339 0.000 0.552 0.000 0.008 0.060 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5992 -0.4347 0.000 0.376 0.000 0.092 0.152 0.364 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-017 2 0.5999 0.2731 0.000 0.520 0.276 0.036 0.020 0.064 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1341 0.6656 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2236 0.8497 0.000 0.000 0.828 0.008 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0581 0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.5093 0.4805 0.000 0.408 0.000 0.012 0.100 0.448 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-023 5 0.3031 0.5233 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2901 0.5331 0.000 0.780 0.000 0.004 0.032 0.184 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.2557 0.6740 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1866 0.6387 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004 0.116 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0507 0.7936 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2350 0.8404 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.3965 0.5884 0.000 0.772 0.000 0.056 0.020 0.068 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-031 4 0.2994 0.7045 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.3719 0.5951 0.000 0.784 0.000 0.052 0.020 0.072 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-035 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3192 0.4288 0.000 0.736 0.000 0.008 0.028 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1876 0.6585 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.1776 0.7256 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.2589 0.8888 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3130 -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0507 0.7936 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4483 0.5871 0.000 0.408 0.000 0.004 0.096 0.488 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 5 0.2487 0.6738 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.3594 0.2724 0.000 0.264 0.000 0.052 0.004 0.680 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0331 0.7964 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.1786 0.7265 0.120 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0446 0.7926 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.4483 0.5871 0.000 0.408 0.000 0.004 0.096 0.488 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 1 0.3130 -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2765 0.8430 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.2478 0.7004 0.076 0.000 0.000 0.028 0.864 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0719 0.6809 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0982 0.7665 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.1776 0.7256 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0581 0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.3223 0.6274 0.052 0.000 0.000 0.000 0.736 0.212 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1558 0.7234 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3626 0.5737 0.000 0.764 0.000 0.056 0.036 0.136 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.3626 0.5737 0.000 0.764 0.000 0.056 0.036 0.136 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1556 0.6549 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2508 0.5187 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.4198 0.5813 0.000 0.764 0.012 0.052 0.020 0.068 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-067 3 0.2236 0.8497 0.000 0.000 0.828 0.008 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1556 0.6549 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0414 0.7959 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3290 0.2691 0.000 0.092 0.000 0.048 0.064 0.796 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2145 0.6227 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.2981 0.6446 0.256 0.000 0.000 0.004 0.728 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0492 0.7907 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4496 0.5977 0.000 0.388 0.000 0.008 0.104 0.500 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1386 0.6635 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.3096 0.5783 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0581 0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2592 0.6747 0.044 0.000 0.000 0.028 0.864 0.056 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0821 0.7705 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1313 0.7366 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2173 0.7100 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3134 -0.1211 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0886 0.6798 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3130 -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3013 0.5328 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0212 0.7961 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3336 0.6439 0.068 0.000 0.000 0.000 0.732 0.200 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0119 0.7954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3090 0.0268 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0414 0.7959 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1480 0.7179 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.3022 0.1578 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3130 -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3126 -0.0865 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.2589 0.8888 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4188 0.3269 0.008 0.092 0.000 0.000 0.608 0.292 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.3130 -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.4188 0.3269 0.008 0.092 0.000 0.000 0.608 0.292 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3130 -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.1048 0.7703 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3013 0.5328 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0706 0.7761 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0581 0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2173 0.7100 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3126 -0.0865 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3090 0.0268 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1224 0.7412 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1224 0.7412 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0212 0.7961 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0414 0.7934 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.4188 0.3269 0.008 0.092 0.000 0.000 0.608 0.292 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0119 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-144 3 0.2948 0.7135 0.000 0.000 0.700 0.008 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1034 0.6798 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3192 0.4288 0.000 0.736 0.000 0.008 0.028 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.3852 0.5977 0.000 0.772 0.000 0.056 0.020 0.080 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-150 2 0.3192 0.4288 0.000 0.736 0.000 0.008 0.028 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.2327 0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-002 2 0.1559 0.6745 0.000 0.884 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-004 4 0.0615 0.6796 0.032 0.000 0.000 0.968 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 8 0.2438 0.6523 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.212 NA 0.780 0.000 0
#> dkfz_11-006 2 0.1523 0.6753 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 1 0.2559 0.4917 0.724 0.000 0.000 0.276 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 8 0.2438 0.6523 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.212 NA 0.780 0.000 0
#> dkfz_11-009 4 0.0356 0.6763 0.016 0.000 0.000 0.984 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-010 4 0.2923 0.4977 0.400 0.000 0.000 0.600 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 6 0.4042 -0.1211 0.000 0.076 0.000 0.000 0 0.488 NA 0.432 0.000 0
#> dkfz_11-012 8 0.0113 0.7361 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 8 0.2451 0.7047 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.104 NA 0.832 0.000 0
#> dkfz_11-015 2 0.3168 -0.2040 0.000 0.544 0.000 0.000 0 0.448 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 6 0.4785 0.3405 0.000 0.200 0.000 0.000 0 0.540 NA 0.032 0.000 0
#> dkfz_11-017 2 0.4833 0.2422 0.000 0.368 0.276 0.000 0 0.004 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-019 2 0.0404 0.6665 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0.008 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.2826 0.8361 0.000 0.000 0.800 0.008 0 0.004 NA 0.000 0.148 0
#> dkfz_11-021 1 0.0896 0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-022 6 0.4400 0.4319 0.000 0.304 0.000 0.000 0 0.532 NA 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-023 8 0.2623 0.5236 0.292 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.708 0.000 0
#> dkfz_11-024 2 0.2438 0.5000 0.000 0.804 0.000 0.000 0 0.180 NA 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-025 8 0.1763 0.7034 0.108 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.880 0.000 0
#> dkfz_11-026 2 0.1050 0.6402 0.000 0.940 0.000 0.000 0 0.056 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 1 0.0315 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-028 9 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-029 3 0.2939 0.8271 0.000 0.000 0.784 0.008 0 0.004 NA 0.000 0.164 0
#> dkfz_11-030 2 0.3104 0.4965 0.000 0.528 0.000 0.000 0 0.004 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-031 4 0.2266 0.6564 0.216 0.000 0.000 0.784 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-033 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 2 0.3238 0.5025 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.012 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-035 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 2 0.2464 0.4966 0.000 0.800 0.000 0.000 0 0.184 NA 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-037 1 0.2149 0.6743 0.804 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.196 0.000 0
#> dkfz_11-038 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-039 8 0.0426 0.7402 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.980 0.000 0
#> dkfz_11-040 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 4 0.1124 0.6831 0.072 0.000 0.000 0.928 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-042 4 0.2990 0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-043 1 0.0315 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-044 6 0.3556 0.5307 0.000 0.352 0.000 0.000 0 0.608 NA 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-045 8 0.1759 0.6918 0.140 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.860 0.000 0
#> dkfz_11-046 6 0.4680 0.0913 0.000 0.284 0.000 0.000 0 0.432 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 1 0.0282 0.8954 0.988 0.000 0.000 0.012 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 8 0.0315 0.7386 0.008 0.000 0.000 0.000 0 0.004 NA 0.988 0.000 0
#> dkfz_11-049 1 0.0773 0.8885 0.964 0.000 0.000 0.024 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 6 0.3556 0.5307 0.000 0.352 0.000 0.000 0 0.608 NA 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-051 4 0.2990 0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 4 0.1559 0.6697 0.116 0.000 0.000 0.884 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 8 0.1710 0.7238 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.044 NA 0.900 0.000 0
#> dkfz_11-054 2 0.1523 0.6753 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.1033 0.8580 0.936 0.000 0.000 0.064 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-056 8 0.0426 0.7402 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.980 0.000 0
#> dkfz_11-057 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 1 0.0896 0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-059 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 8 0.2591 0.5917 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.284 NA 0.716 0.000 0
#> dkfz_11-061 8 0.0395 0.7371 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.012 NA 0.984 0.000 0
#> dkfz_11-062 2 0.3998 0.4714 0.000 0.552 0.000 0.000 0 0.096 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 2 0.3998 0.4714 0.000 0.552 0.000 0.000 0 0.096 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 2 0.0673 0.6521 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 1 0.2489 0.5316 0.740 0.000 0.000 0.260 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 2 0.3351 0.4893 0.000 0.520 0.012 0.000 0 0.004 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-067 3 0.2826 0.8361 0.000 0.000 0.800 0.008 0 0.004 NA 0.000 0.148 0
#> dkfz_11-068 2 0.0673 0.6521 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 1 0.0356 0.8944 0.984 0.000 0.000 0.016 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 6 0.3882 0.1955 0.000 0.120 0.000 0.000 0 0.628 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 1 0.2197 0.6543 0.796 0.000 0.000 0.204 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 8 0.2736 0.6574 0.172 0.000 0.000 0.000 0 0.012 NA 0.792 0.000 0
#> dkfz_11-073 1 0.0315 0.8908 0.988 0.000 0.000 0.004 0 0.000 NA 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-074 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-075 6 0.3263 0.5305 0.000 0.352 0.000 0.000 0 0.628 NA 0.012 0.000 0
#> dkfz_11-091 2 0.0202 0.6638 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 4 0.2709 0.6084 0.316 0.000 0.000 0.684 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 1 0.0896 0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 8 0.2414 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.100 NA 0.836 0.000 0
#> dkfz_11-095 1 0.0673 0.8724 0.964 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.036 0.000 0
#> dkfz_11-096 1 0.1168 0.8398 0.924 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.076 0.000 0
#> dkfz_11-097 8 0.1373 0.7235 0.096 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.904 0.000 0
#> dkfz_11-098 4 0.2983 0.4488 0.444 0.000 0.000 0.556 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 2 0.1670 0.6742 0.000 0.880 0.000 0.000 0 0.004 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 4 0.2990 0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 8 0.2591 0.5340 0.284 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.716 0.000 0
#> dkfz_11-102 1 0.0356 0.8948 0.984 0.000 0.000 0.016 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-103 8 0.2940 0.6107 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.272 NA 0.708 0.000 0
#> dkfz_11-104 1 0.0315 0.8956 0.988 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.3010 -0.2999 0.508 0.000 0.000 0.492 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-106 1 0.0356 0.8944 0.984 0.000 0.000 0.016 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 1 0.1334 0.8206 0.908 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.092 0.000 0
#> dkfz_11-108 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-110 1 0.2999 -0.2011 0.536 0.000 0.000 0.464 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 4 0.2990 0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 4 0.2993 0.4264 0.456 0.000 0.000 0.544 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-113 4 0.1168 0.6830 0.076 0.000 0.000 0.924 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-114 8 0.3820 0.2339 0.000 0.052 0.000 0.000 0 0.424 NA 0.520 0.000 0
#> dkfz_11-115 4 0.2990 0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 8 0.3820 0.2339 0.000 0.052 0.000 0.000 0 0.424 NA 0.520 0.000 0
#> dkfz_11-118 4 0.2990 0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-119 1 0.1124 0.8450 0.928 0.000 0.000 0.072 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 8 0.2591 0.5340 0.284 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.716 0.000 0
#> dkfz_11-121 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 1 0.0555 0.8782 0.972 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.028 0.000 0
#> dkfz_11-124 1 0.0896 0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-125 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-127 8 0.1373 0.7235 0.096 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.904 0.000 0
#> dkfz_11-128 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-129 4 0.2993 0.4264 0.456 0.000 0.000 0.544 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-130 1 0.3010 -0.2999 0.508 0.000 0.000 0.492 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 1 0.1079 0.8433 0.932 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.068 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-133 1 0.1079 0.8433 0.932 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.068 0.000 0
#> dkfz_11-134 1 0.0356 0.8948 0.984 0.000 0.000 0.016 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-135 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-136 1 0.0226 0.8933 0.992 0.000 0.000 0.004 0 0.000 NA 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-137 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-139 9 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-140 8 0.3820 0.2339 0.000 0.052 0.000 0.000 0 0.424 NA 0.520 0.000 0
#> dkfz_11-141 1 0.0202 0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-142 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-143 10 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 3 0.3526 0.7022 0.000 0.000 0.672 0.008 0 0.004 NA 0.000 0.276 0
#> dkfz_11-145 2 0.1124 0.6756 0.000 0.928 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 9 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-148 2 0.2464 0.4966 0.000 0.800 0.000 0.000 0 0.184 NA 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-149 2 0.3082 0.5045 0.000 0.556 0.000 0.000 0 0.004 NA 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-150 2 0.2464 0.4966 0.000 0.800 0.000 0.000 0 0.184 NA 0.008 0.000 0
#> dkfz_11-151 4 0.0202 0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992 0 0.000 NA 0.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:hclust 135 3.91e-13 7.34e-02 2
#> ATC:hclust 128 3.81e-26 2.59e-04 3
#> ATC:hclust 131 2.19e-23 2.09e-04 4
#> ATC:hclust 134 3.50e-22 6.19e-04 5
#> ATC:hclust 130 2.11e-21 1.21e-03 6
#> ATC:hclust 128 1.42e-21 1.80e-03 7
#> ATC:hclust 93 4.24e-13 4.13e-04 8
#> ATC:hclust 107 3.63e-18 9.47e-06 9
#> ATC:hclust 103 1.16e-19 3.05e-05 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.4706 0.528 0.528
#> 3 3 0.626 0.763 0.782 0.2765 0.846 0.725
#> 4 4 0.849 0.944 0.966 0.1842 0.762 0.505
#> 5 5 0.847 0.868 0.919 0.0868 0.830 0.496
#> 6 6 0.758 0.670 0.807 0.0441 0.981 0.913
#> 7 7 0.762 0.702 0.771 0.0315 0.961 0.822
#> 8 8 0.778 0.602 0.761 0.0226 0.952 0.764
#> 9 9 0.787 0.602 0.760 0.0206 0.940 0.669
#> 10 10 0.801 0.655 0.759 0.0146 0.975 0.826
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.795 0.687 0.240 0.760
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> dkfz_11-061 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.917 0.511 0.332 0.668
#> dkfz_11-095 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-002 2 0.621 -0.46050 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-003 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-004 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-005 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.348 0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-007 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-008 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-010 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-011 2 0.129 0.74291 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.348 0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-014 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.625 0.77103 0.000 0.444 0.556
#> dkfz_11-018 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-019 2 0.153 0.71180 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-020 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-021 1 0.455 0.82695 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.348 0.66243 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.153 0.74016 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.593 0.56462 0.356 0.644 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-029 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-030 2 0.296 0.63968 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-031 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-032 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-033 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-041 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-042 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.141 0.76795 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.568 0.61698 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-052 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-053 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.348 0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-055 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-056 1 0.348 0.66243 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.288 0.64527 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.375 0.82171 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-066 3 0.621 0.80201 0.000 0.428 0.572
#> dkfz_11-067 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.362 0.82068 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-072 1 0.606 0.00612 0.616 0.384 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.348 0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-092 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-093 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-094 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.440 0.56237 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-099 2 0.348 0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-100 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-101 1 0.348 0.66243 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-103 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.129 0.80375 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-110 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-111 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-112 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-113 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-114 2 0.525 0.64529 0.264 0.736 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-116 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-117 2 0.103 0.74544 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-119 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-120 1 0.341 0.66789 0.876 0.124 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-125 1 0.196 0.80809 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.562 0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-129 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-130 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.129 0.80364 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-138 1 0.429 0.82533 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-139 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-140 2 0.470 0.66641 0.212 0.788 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-145 2 0.341 0.60291 0.000 0.876 0.124
#> dkfz_11-146 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-147 3 0.562 0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.562 0.83443 0.692 0.000 0.308
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.3074 0.828 0.152 0.848 0 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.3074 0.828 0.152 0.848 0 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-010 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0336 0.959 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4277 0.654 0.280 0.720 0 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3444 0.856 0.816 0.000 0 0.184
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0336 0.959 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.1792 0.902 0.932 0.000 0 0.068
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.2973 0.891 0.856 0.000 0 0.144
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2868 0.893 0.864 0.000 0 0.136
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.3356 0.800 0.176 0.824 0 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0336 0.990 0.008 0.000 0 0.992
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-058 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-059 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.3123 0.884 0.844 0.000 0 0.156
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.4500 0.597 0.316 0.684 0 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-105 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-106 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-107 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-108 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-109 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-110 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.2408 0.877 0.104 0.896 0 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0336 0.959 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-119 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-123 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-126 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-131 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-133 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-134 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-135 1 0.2704 0.895 0.876 0.000 0 0.124
#> dkfz_11-136 1 0.3074 0.888 0.848 0.000 0 0.152
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.4008 0.783 0.756 0.000 0 0.244
#> dkfz_11-139 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.1302 0.931 0.044 0.956 0 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2868 0.893 0.864 0.000 0 0.136
#> dkfz_11-142 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0336 0.959 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0703 0.973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0510 0.881 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0865 0.793 0.004 0.024 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.3730 0.695 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0671 0.797 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.1478 0.760 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-012 5 0.0880 0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-013 2 0.0510 0.881 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0992 0.806 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-015 2 0.0794 0.887 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-016 2 0.3636 0.782 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-017 2 0.0703 0.876 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0703 0.973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0963 0.899 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.3684 0.780 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-023 5 0.3796 0.730 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-024 5 0.1410 0.766 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-025 5 0.3336 0.776 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-026 2 0.3143 0.831 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-027 1 0.0671 0.883 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-028 3 0.0798 0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0798 0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 2 0.0579 0.885 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0703 0.973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0290 0.888 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3143 0.831 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-037 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-038 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.3274 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3661 0.784 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-045 5 0.4030 0.665 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-046 2 0.0609 0.888 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-047 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3305 0.778 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-049 1 0.0794 0.899 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3636 0.788 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-051 4 0.0162 0.984 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.0898 0.804 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3177 0.781 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.3752 0.738 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-060 5 0.0880 0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-061 5 0.0880 0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-062 2 0.0162 0.888 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3039 0.837 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-065 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0992 0.876 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0404 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-069 1 0.0703 0.897 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3707 0.776 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> dkfz_11-071 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3561 0.759 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-073 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3636 0.788 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3774 0.683 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0992 0.806 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-095 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-096 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-097 5 0.3730 0.741 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3730 0.741 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-102 1 0.3561 0.729 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0880 0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-104 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.3242 0.670 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-108 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.3684 0.705 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3876 0.651 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0794 0.785 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-115 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3730 0.351 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3730 0.695 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3796 0.730 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-124 1 0.3774 0.683 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3242 0.781 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-128 1 0.3636 0.715 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3707 0.700 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-132 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0510 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-134 1 0.3661 0.710 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0794 0.899 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0880 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0798 0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-140 5 0.0794 0.785 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-141 1 0.0794 0.899 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.2020 0.871 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-144 3 0.0798 0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0798 0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.1608 0.935 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3932 0.709 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-149 2 0.0404 0.888 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 2 0.3210 0.826 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.2794 0.90592 0.000 0.080 0.860 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3620 0.36557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.5084 0.60219 0.612 0.000 0.000 0.124 0.000 0.264
#> dkfz_11-008 5 0.3620 0.36557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-009 4 0.0363 0.86081 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-010 4 0.3175 0.81861 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-011 5 0.4632 0.01318 0.000 0.040 0.000 0.000 0.520 0.440
#> dkfz_11-012 5 0.0260 0.66521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0458 0.70285 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-014 5 0.2762 0.56125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-015 2 0.3729 0.08776 0.000 0.692 0.000 0.000 0.012 0.296
#> dkfz_11-016 6 0.5741 0.87194 0.000 0.372 0.000 0.000 0.172 0.456
#> dkfz_11-017 2 0.1957 0.67439 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-018 3 0.2672 0.90994 0.000 0.080 0.868 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-019 2 0.0146 0.70388 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0865 0.93689 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-021 1 0.2053 0.81377 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> dkfz_11-022 6 0.5799 0.86986 0.000 0.368 0.000 0.000 0.184 0.448
#> dkfz_11-023 5 0.3734 0.58228 0.264 0.000 0.000 0.000 0.716 0.020
#> dkfz_11-024 5 0.4692 -0.00779 0.000 0.044 0.000 0.000 0.512 0.444
#> dkfz_11-025 5 0.2282 0.67950 0.088 0.000 0.000 0.000 0.888 0.024
#> dkfz_11-026 2 0.5186 -0.71175 0.000 0.476 0.000 0.000 0.088 0.436
#> dkfz_11-027 1 0.1387 0.82941 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.1765 0.68818 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-031 4 0.3101 0.82314 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-032 3 0.2672 0.90994 0.000 0.080 0.868 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-033 4 0.0146 0.86034 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 2 0.1863 0.68823 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.5187 -0.71892 0.000 0.472 0.000 0.000 0.088 0.440
#> dkfz_11-037 1 0.0713 0.82635 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.2176 0.68016 0.080 0.000 0.000 0.000 0.896 0.024
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0937 0.85966 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-042 4 0.3101 0.82311 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-043 1 0.1444 0.82949 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-044 6 0.5731 0.86903 0.000 0.384 0.000 0.000 0.168 0.448
#> dkfz_11-045 5 0.4146 0.54252 0.288 0.000 0.000 0.000 0.676 0.036
#> dkfz_11-046 2 0.3101 0.35461 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-047 1 0.1075 0.83326 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-048 5 0.1753 0.68173 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.1863 0.80523 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-050 6 0.5649 0.85608 0.000 0.396 0.000 0.000 0.152 0.452
#> dkfz_11-051 4 0.4617 0.73649 0.084 0.000 0.000 0.664 0.000 0.252
#> dkfz_11-052 4 0.0865 0.84094 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-053 5 0.2762 0.56125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3983 0.71656 0.736 0.000 0.000 0.056 0.000 0.208
#> dkfz_11-056 5 0.3776 0.62711 0.188 0.000 0.000 0.000 0.760 0.052
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1714 0.81107 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-059 1 0.0692 0.82558 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-060 5 0.0260 0.66559 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-061 5 0.0146 0.66577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-062 2 0.1765 0.69034 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-063 2 0.1765 0.69034 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-064 2 0.5108 -0.69349 0.000 0.484 0.000 0.000 0.080 0.436
#> dkfz_11-065 1 0.1714 0.82541 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-066 2 0.2135 0.66788 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-067 3 0.0865 0.93689 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-068 2 0.3198 0.28401 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-069 1 0.1387 0.83068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-070 6 0.5907 0.83160 0.000 0.340 0.000 0.000 0.216 0.444
#> dkfz_11-071 1 0.2340 0.80203 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-072 5 0.2981 0.65344 0.160 0.000 0.000 0.000 0.820 0.020
#> dkfz_11-073 1 0.1219 0.82570 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.5649 0.85608 0.000 0.396 0.000 0.000 0.152 0.452
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.3126 0.82134 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-093 1 0.5262 0.56970 0.568 0.000 0.000 0.124 0.000 0.308
#> dkfz_11-094 5 0.2762 0.56125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-095 1 0.2667 0.73146 0.852 0.000 0.000 0.000 0.128 0.020
#> dkfz_11-096 1 0.3053 0.68628 0.812 0.000 0.000 0.000 0.168 0.020
#> dkfz_11-097 5 0.3514 0.61190 0.228 0.000 0.000 0.000 0.752 0.020
#> dkfz_11-098 4 0.3290 0.81711 0.004 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-099 2 0.0146 0.70485 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 4 0.3076 0.82442 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-101 5 0.3284 0.63270 0.196 0.000 0.000 0.000 0.784 0.020
#> dkfz_11-102 1 0.4707 0.64931 0.660 0.000 0.000 0.096 0.000 0.244
#> dkfz_11-103 5 0.0146 0.66577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.6018 0.19722 0.332 0.000 0.000 0.416 0.000 0.252
#> dkfz_11-106 1 0.1204 0.83202 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-107 1 0.3156 0.67105 0.800 0.000 0.000 0.000 0.180 0.020
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.5009 0.61107 0.624 0.000 0.000 0.120 0.000 0.256
#> dkfz_11-111 4 0.3290 0.81711 0.004 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-112 1 0.5246 0.56756 0.596 0.000 0.000 0.148 0.000 0.256
#> dkfz_11-113 4 0.2416 0.84539 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-114 5 0.3961 0.14675 0.000 0.004 0.000 0.000 0.556 0.440
#> dkfz_11-115 4 0.2260 0.84809 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.5226 -0.22175 0.000 0.092 0.000 0.000 0.464 0.444
#> dkfz_11-118 4 0.3151 0.81940 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-119 1 0.5065 0.60401 0.616 0.000 0.000 0.124 0.000 0.260
#> dkfz_11-120 5 0.3756 0.57836 0.268 0.000 0.000 0.000 0.712 0.020
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2094 0.77621 0.900 0.000 0.000 0.000 0.080 0.020
#> dkfz_11-124 1 0.5276 0.56440 0.564 0.000 0.000 0.124 0.000 0.312
#> dkfz_11-125 1 0.1075 0.83363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2199 0.67925 0.088 0.000 0.000 0.000 0.892 0.020
#> dkfz_11-128 1 0.4727 0.64628 0.660 0.000 0.000 0.100 0.000 0.240
#> dkfz_11-129 4 0.3398 0.81414 0.008 0.000 0.000 0.740 0.000 0.252
#> dkfz_11-130 1 0.5009 0.61107 0.624 0.000 0.000 0.120 0.000 0.256
#> dkfz_11-131 1 0.3253 0.65408 0.788 0.000 0.000 0.000 0.192 0.020
#> dkfz_11-132 1 0.0260 0.83328 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.3284 0.64819 0.784 0.000 0.000 0.000 0.196 0.020
#> dkfz_11-134 1 0.4834 0.63388 0.644 0.000 0.000 0.104 0.000 0.252
#> dkfz_11-135 1 0.0146 0.83144 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.1714 0.82221 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0790 0.83432 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3961 0.14675 0.000 0.004 0.000 0.000 0.556 0.440
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.4263 0.32993 0.000 0.480 0.000 0.000 0.016 0.504
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0937 0.68101 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.4147 0.75182 0.000 0.224 0.716 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-148 6 0.5942 0.79870 0.000 0.324 0.000 0.000 0.232 0.444
#> dkfz_11-149 2 0.2883 0.60455 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-150 2 0.5223 -0.72222 0.000 0.472 0.000 0.000 0.092 0.436
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.2951 0.897 0.000 0.092 0.836 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-002 2 0.2966 0.921 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.3432 0.777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-004 5 0.3612 0.779 0.000 0.008 0.000 0.000 0.620 0.000 0.372
#> dkfz_11-005 4 0.5089 0.169 0.000 0.012 0.000 0.476 0.000 0.420 0.092
#> dkfz_11-006 2 0.3047 0.921 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4622 0.497 0.500 0.004 0.000 0.000 0.436 0.000 0.060
#> dkfz_11-008 4 0.5089 0.169 0.000 0.012 0.000 0.476 0.000 0.420 0.092
#> dkfz_11-009 5 0.4036 0.777 0.000 0.036 0.000 0.000 0.616 0.000 0.348
#> dkfz_11-010 5 0.0924 0.717 0.000 0.016 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020
#> dkfz_11-011 6 0.3073 0.550 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004
#> dkfz_11-012 4 0.2192 0.753 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000 0.068 0.036
#> dkfz_11-013 2 0.3029 0.921 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-014 4 0.4372 0.648 0.000 0.016 0.000 0.708 0.000 0.168 0.108
#> dkfz_11-015 6 0.3381 0.302 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.2731 0.728 0.000 0.024 0.000 0.036 0.000 0.864 0.076
#> dkfz_11-017 2 0.3881 0.856 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.196 0.080
#> dkfz_11-018 3 0.2951 0.897 0.000 0.092 0.836 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-019 2 0.3066 0.920 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1889 0.915 0.000 0.028 0.912 0.004 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-021 1 0.4329 0.701 0.748 0.084 0.000 0.008 0.036 0.000 0.124
#> dkfz_11-022 6 0.1693 0.736 0.000 0.020 0.000 0.040 0.000 0.928 0.012
#> dkfz_11-023 4 0.4434 0.666 0.188 0.016 0.000 0.696 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-024 6 0.3515 0.549 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.720 0.028
#> dkfz_11-025 4 0.3092 0.755 0.024 0.028 0.000 0.856 0.000 0.032 0.060
#> dkfz_11-026 6 0.2174 0.692 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.884 0.028
#> dkfz_11-027 1 0.4367 0.690 0.728 0.040 0.000 0.020 0.028 0.000 0.184
#> dkfz_11-028 3 0.0134 0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0134 0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.3602 0.896 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-031 5 0.0555 0.724 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.2951 0.897 0.000 0.092 0.836 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-033 5 0.3471 0.780 0.000 0.004 0.000 0.000 0.640 0.000 0.356
#> dkfz_11-034 2 0.4009 0.894 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.240 0.068
#> dkfz_11-035 5 0.3537 0.778 0.000 0.004 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380
#> dkfz_11-036 6 0.2174 0.692 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.884 0.028
#> dkfz_11-037 1 0.2969 0.700 0.820 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-038 1 0.0573 0.752 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-039 4 0.2904 0.756 0.020 0.028 0.000 0.868 0.000 0.032 0.052
#> dkfz_11-040 5 0.3895 0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-041 5 0.3392 0.780 0.000 0.004 0.000 0.000 0.664 0.000 0.332
#> dkfz_11-042 5 0.0468 0.728 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-043 1 0.4642 0.691 0.712 0.040 0.000 0.020 0.048 0.000 0.180
#> dkfz_11-044 6 0.1261 0.738 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000 0.948 0.012
#> dkfz_11-045 4 0.5240 0.647 0.172 0.052 0.000 0.636 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-046 6 0.3116 0.456 0.000 0.228 0.000 0.004 0.000 0.760 0.008
#> dkfz_11-047 1 0.2468 0.754 0.888 0.020 0.000 0.004 0.048 0.000 0.040
#> dkfz_11-048 4 0.2031 0.766 0.020 0.008 0.000 0.916 0.000 0.036 0.020
#> dkfz_11-049 1 0.4700 0.651 0.692 0.092 0.000 0.044 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-050 6 0.1321 0.734 0.000 0.024 0.000 0.020 0.000 0.948 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.2488 0.583 0.092 0.004 0.000 0.000 0.868 0.000 0.036
#> dkfz_11-052 5 0.4371 0.746 0.000 0.056 0.000 0.000 0.568 0.000 0.376
#> dkfz_11-053 4 0.4212 0.654 0.000 0.012 0.000 0.720 0.000 0.168 0.100
#> dkfz_11-054 2 0.3047 0.921 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3916 0.634 0.676 0.008 0.000 0.000 0.288 0.000 0.028
#> dkfz_11-056 4 0.3769 0.733 0.068 0.052 0.000 0.804 0.000 0.008 0.068
#> dkfz_11-057 5 0.3895 0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-058 1 0.4474 0.685 0.732 0.088 0.000 0.028 0.012 0.000 0.140
#> dkfz_11-059 1 0.2002 0.718 0.896 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-060 4 0.2281 0.757 0.000 0.012 0.000 0.888 0.000 0.076 0.024
#> dkfz_11-061 4 0.1893 0.758 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000 0.080 0.012
#> dkfz_11-062 2 0.3577 0.909 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.240 0.036
#> dkfz_11-063 2 0.3554 0.911 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.236 0.036
#> dkfz_11-064 6 0.2221 0.689 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.880 0.028
#> dkfz_11-065 1 0.4482 0.722 0.732 0.032 0.000 0.008 0.112 0.000 0.116
#> dkfz_11-066 2 0.4221 0.839 0.000 0.700 0.004 0.000 0.000 0.196 0.100
#> dkfz_11-067 3 0.1873 0.915 0.000 0.024 0.912 0.004 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-068 6 0.3174 0.376 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.716 0.004
#> dkfz_11-069 1 0.4234 0.722 0.760 0.032 0.000 0.016 0.064 0.000 0.128
#> dkfz_11-070 6 0.1795 0.730 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.904 0.004
#> dkfz_11-071 1 0.5154 0.693 0.656 0.032 0.000 0.012 0.180 0.000 0.120
#> dkfz_11-072 4 0.3239 0.736 0.116 0.012 0.000 0.816 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-073 1 0.4491 0.672 0.704 0.052 0.000 0.032 0.008 0.000 0.204
#> dkfz_11-074 5 0.3432 0.777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-075 6 0.1321 0.734 0.000 0.024 0.000 0.020 0.000 0.948 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.3066 0.920 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0239 0.724 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.6456 0.493 0.460 0.108 0.000 0.008 0.300 0.000 0.124
#> dkfz_11-094 4 0.4372 0.648 0.000 0.016 0.000 0.708 0.000 0.168 0.108
#> dkfz_11-095 1 0.3727 0.644 0.776 0.012 0.000 0.100 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-096 1 0.3513 0.642 0.792 0.008 0.000 0.104 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-097 4 0.4098 0.693 0.164 0.012 0.000 0.732 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-098 5 0.0707 0.709 0.008 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 2 0.3194 0.923 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0373 0.727 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 4 0.3867 0.713 0.136 0.012 0.000 0.760 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-102 1 0.4155 0.550 0.572 0.004 0.000 0.000 0.396 0.000 0.028
#> dkfz_11-103 4 0.1433 0.758 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0239 0.751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 5 0.4056 0.009 0.316 0.004 0.000 0.000 0.644 0.000 0.036
#> dkfz_11-106 1 0.3860 0.727 0.788 0.032 0.000 0.012 0.048 0.000 0.120
#> dkfz_11-107 1 0.3687 0.633 0.780 0.012 0.000 0.108 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-108 1 0.0239 0.751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0134 0.753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 1 0.4427 0.516 0.524 0.004 0.000 0.000 0.428 0.000 0.044
#> dkfz_11-111 5 0.1122 0.694 0.012 0.004 0.000 0.000 0.956 0.000 0.028
#> dkfz_11-112 1 0.4396 0.475 0.500 0.004 0.000 0.000 0.456 0.000 0.040
#> dkfz_11-113 5 0.1844 0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-114 6 0.3212 0.496 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.2423 0.760 0.000 0.008 0.000 0.000 0.840 0.000 0.152
#> dkfz_11-116 5 0.3895 0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-117 6 0.2837 0.612 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.0468 0.713 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-119 1 0.4484 0.503 0.512 0.004 0.000 0.000 0.436 0.000 0.048
#> dkfz_11-120 4 0.4421 0.663 0.192 0.016 0.000 0.696 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-121 5 0.3895 0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-122 1 0.0134 0.753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.2924 0.687 0.840 0.008 0.000 0.052 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-124 1 0.6241 0.478 0.448 0.100 0.000 0.000 0.328 0.000 0.124
#> dkfz_11-125 1 0.2557 0.751 0.880 0.032 0.000 0.000 0.044 0.000 0.044
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.2782 0.766 0.044 0.008 0.000 0.872 0.000 0.028 0.048
#> dkfz_11-128 1 0.4084 0.553 0.580 0.004 0.000 0.000 0.392 0.000 0.024
#> dkfz_11-129 5 0.1368 0.684 0.028 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000 0.024
#> dkfz_11-130 1 0.4431 0.511 0.520 0.004 0.000 0.000 0.432 0.000 0.044
#> dkfz_11-131 1 0.3889 0.623 0.760 0.012 0.000 0.116 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-132 1 0.1255 0.754 0.952 0.012 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> dkfz_11-133 1 0.3597 0.635 0.784 0.008 0.000 0.108 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-134 1 0.4243 0.535 0.552 0.004 0.000 0.000 0.412 0.000 0.032
#> dkfz_11-135 1 0.0797 0.745 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-136 1 0.4452 0.709 0.716 0.080 0.000 0.004 0.028 0.000 0.172
#> dkfz_11-137 5 0.3432 0.777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-138 1 0.1546 0.753 0.936 0.008 0.000 0.000 0.028 0.000 0.028
#> dkfz_11-139 3 0.0134 0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.3212 0.496 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.0334 0.751 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-142 5 0.3537 0.778 0.000 0.004 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380
#> dkfz_11-143 6 0.4101 0.556 0.000 0.176 0.000 0.012 0.000 0.728 0.084
#> dkfz_11-144 3 0.0239 0.916 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.3316 0.888 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.312 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0134 0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.4425 0.634 0.000 0.304 0.624 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-148 6 0.2439 0.736 0.000 0.024 0.000 0.064 0.000 0.884 0.028
#> dkfz_11-149 6 0.4777 -0.301 0.000 0.424 0.000 0.004 0.000 0.496 0.076
#> dkfz_11-150 6 0.2380 0.707 0.000 0.068 0.000 0.004 0.000 0.880 0.048
#> dkfz_11-151 5 0.3547 0.777 0.000 0.004 0.000 0.000 0.612 0.000 0.384
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.3613 0.8538 0.000 0.064 0.776 0.000 0.000 0.000 0.124 0.036
#> dkfz_11-002 2 0.0856 0.8287 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0596 0.7387 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-004 4 0.1255 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.016 0.028 0.004
#> dkfz_11-005 6 0.5317 0.2200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.464 0.032 0.136
#> dkfz_11-006 2 0.1138 0.8265 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.004
#> dkfz_11-007 7 0.3852 0.4891 0.444 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.532 0.008
#> dkfz_11-008 6 0.5298 0.2116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.464 0.032 0.132
#> dkfz_11-009 4 0.1601 0.7377 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.016 0.024 0.024
#> dkfz_11-010 4 0.4244 0.3100 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004 0.016 0.456 0.024
#> dkfz_11-011 6 0.1963 0.7581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.868 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 5 0.1513 0.8059 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028 0.008 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.1405 0.8262 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024 0.020
#> dkfz_11-014 5 0.4578 0.6197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.168 0.036 0.128
#> dkfz_11-015 6 0.3710 0.2182 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.520 0.012 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.3776 0.7566 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.768 0.032 0.120
#> dkfz_11-017 2 0.3464 0.7433 0.000 0.764 0.008 0.000 0.000 0.008 0.180 0.040
#> dkfz_11-018 3 0.3528 0.8575 0.000 0.060 0.784 0.000 0.000 0.000 0.120 0.036
#> dkfz_11-019 2 0.0931 0.8256 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.2248 0.8817 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.096 0.036
#> dkfz_11-021 1 0.4734 0.4871 0.656 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.144 0.164
#> dkfz_11-022 6 0.2336 0.7745 0.000 0.084 0.000 0.000 0.036 0.872 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 5 0.3875 0.7281 0.080 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-024 6 0.3057 0.7520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.812 0.008 0.068
#> dkfz_11-025 5 0.2276 0.7987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.032 0.020 0.064
#> dkfz_11-026 6 0.3588 0.7317 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012 0.064
#> dkfz_11-027 1 0.4622 0.5137 0.520 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.064 0.396
#> dkfz_11-028 3 0.0251 0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0251 0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-030 2 0.2869 0.7946 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108 0.056
#> dkfz_11-031 4 0.4108 0.3483 0.000 0.000 0.000 0.524 0.004 0.016 0.440 0.016
#> dkfz_11-032 3 0.3528 0.8575 0.000 0.060 0.784 0.000 0.000 0.000 0.120 0.036
#> dkfz_11-033 4 0.1992 0.7131 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.3222 0.7941 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.036 0.104 0.048
#> dkfz_11-035 4 0.0783 0.7400 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.3470 0.7426 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.768 0.012 0.064
#> dkfz_11-037 1 0.3184 0.6097 0.712 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-038 1 0.0395 0.6527 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.2225 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.032 0.020 0.060
#> dkfz_11-040 4 0.0837 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-041 4 0.1999 0.7059 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.3323 0.3262 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4737 0.5034 0.508 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.076 0.396
#> dkfz_11-044 6 0.2095 0.7725 0.000 0.080 0.000 0.000 0.024 0.888 0.000 0.008
#> dkfz_11-045 5 0.4029 0.6827 0.048 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.008 0.312
#> dkfz_11-046 6 0.3578 0.4481 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.640 0.012 0.008
#> dkfz_11-047 1 0.2519 0.6159 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.052
#> dkfz_11-048 5 0.1612 0.8074 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.032 0.016 0.024
#> dkfz_11-049 1 0.5450 0.4344 0.576 0.000 0.000 0.000 0.024 0.032 0.148 0.220
#> dkfz_11-050 6 0.1601 0.7704 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 7 0.4620 0.2037 0.120 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3133 0.6479 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.032 0.052 0.096
#> dkfz_11-053 5 0.4578 0.6197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.168 0.036 0.128
#> dkfz_11-054 2 0.0937 0.8280 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2534 0.4315 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.2570 0.7903 0.016 0.000 0.000 0.000 0.864 0.008 0.024 0.088
#> dkfz_11-057 4 0.0837 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-058 1 0.4795 0.4869 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.132 0.188
#> dkfz_11-059 1 0.2336 0.6393 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.116
#> dkfz_11-060 5 0.1934 0.8031 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.036 0.016 0.040
#> dkfz_11-061 5 0.0870 0.8090 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.2692 0.8058 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.016 0.096 0.040
#> dkfz_11-063 2 0.2749 0.8071 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.016 0.096 0.044
#> dkfz_11-064 6 0.3588 0.7317 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012 0.064
#> dkfz_11-065 1 0.4552 0.4754 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.264
#> dkfz_11-066 2 0.3705 0.7262 0.000 0.736 0.008 0.000 0.000 0.008 0.200 0.048
#> dkfz_11-067 3 0.2248 0.8817 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.096 0.036
#> dkfz_11-068 2 0.4119 -0.2428 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.472 0.004 0.040
#> dkfz_11-069 1 0.4733 0.4774 0.576 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.136 0.280
#> dkfz_11-070 6 0.1994 0.7809 0.000 0.056 0.000 0.000 0.036 0.900 0.000 0.008
#> dkfz_11-071 1 0.5016 0.3666 0.516 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.204 0.276
#> dkfz_11-072 5 0.2916 0.7818 0.024 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.008 0.168
#> dkfz_11-073 1 0.4562 0.5121 0.500 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.040 0.428
#> dkfz_11-074 4 0.0596 0.7387 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-075 6 0.1601 0.7704 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0931 0.8256 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004
#> dkfz_11-092 4 0.3789 0.3378 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.012 0.452 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.5787 -0.0414 0.428 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.356 0.168
#> dkfz_11-094 5 0.4578 0.6197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.168 0.036 0.128
#> dkfz_11-095 1 0.3926 0.5927 0.712 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.012 0.196
#> dkfz_11-096 1 0.3552 0.6075 0.772 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016 0.124
#> dkfz_11-097 5 0.3917 0.7334 0.084 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-098 4 0.3606 0.2156 0.012 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0995 0.8292 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.004
#> dkfz_11-100 4 0.3323 0.3265 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3540 0.7509 0.060 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.012 0.172
#> dkfz_11-102 1 0.3258 -0.1786 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0745 0.8091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0224 0.6548 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.4898 0.4944 0.244 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4367 0.5213 0.620 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.104 0.272
#> dkfz_11-107 1 0.3931 0.5944 0.728 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.016 0.156
#> dkfz_11-108 1 0.0224 0.6568 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0471 0.6505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.3597 0.4670 0.464 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.3895 -0.1555 0.032 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.3947 0.5013 0.448 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3131 0.5144 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2035 0.7541 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.860 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 4 0.3512 0.5136 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.012 0.348 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0837 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-117 6 0.2068 0.7650 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116 0.872 0.000 0.008
#> dkfz_11-118 4 0.3445 0.2469 0.004 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.3662 0.4834 0.456 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3998 0.7172 0.092 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-121 4 0.0837 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-122 1 0.0125 0.6547 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3183 0.6222 0.804 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.016 0.124
#> dkfz_11-124 1 0.5719 -0.1089 0.412 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.384 0.160
#> dkfz_11-125 1 0.2162 0.6159 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.036
#> dkfz_11-126 1 0.0224 0.6540 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2340 0.7995 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.012 0.012 0.104
#> dkfz_11-128 1 0.3244 -0.1561 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-129 7 0.4037 -0.1055 0.044 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.3597 0.4670 0.464 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4086 0.5821 0.696 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.012 0.196
#> dkfz_11-132 1 0.0614 0.6484 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3807 0.5980 0.744 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.016 0.140
#> dkfz_11-134 1 0.3444 -0.4326 0.512 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0681 0.6578 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-136 1 0.4312 0.5181 0.576 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.072 0.348
#> dkfz_11-137 4 0.0596 0.7387 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-138 1 0.1144 0.6287 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0224 0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.1999 0.7558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.864 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.0349 0.6569 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-142 4 0.0695 0.7403 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.5453 0.4762 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.572 0.152 0.088
#> dkfz_11-144 3 0.0349 0.8838 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.2266 0.7572 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.032
#> dkfz_11-146 3 0.0224 0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.5140 0.5064 0.000 0.304 0.540 0.000 0.000 0.000 0.120 0.036
#> dkfz_11-148 6 0.3056 0.7702 0.000 0.096 0.000 0.000 0.004 0.824 0.012 0.064
#> dkfz_11-149 2 0.5682 0.1886 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.364 0.140 0.064
#> dkfz_11-150 6 0.4060 0.7253 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024 0.096
#> dkfz_11-151 4 0.0520 0.7392 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.3696 0.81445 0.000 0.044 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-002 2 0.0449 0.81722 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.90658 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.2234 0.87475 0.000 0.000 0.000 0.884 0.040 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-005 6 0.5749 0.18310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.420 0.336 NA 0.068
#> dkfz_11-006 2 0.0626 0.81749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-007 5 0.2748 0.54703 0.156 0.000 0.000 0.008 0.812 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-008 6 0.5749 0.18310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.420 0.336 NA 0.068
#> dkfz_11-009 4 0.2839 0.87017 0.000 0.004 0.000 0.844 0.048 0.020 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.4364 0.60611 0.000 0.000 0.000 0.256 0.632 0.012 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-011 6 0.1217 0.76099 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056 NA 0.004
#> dkfz_11-012 7 0.1860 0.77739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036 0.912 NA 0.016
#> dkfz_11-013 2 0.1287 0.81057 0.000 0.944 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 NA 0.024
#> dkfz_11-014 7 0.4719 0.62553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.100 0.652 NA 0.060
#> dkfz_11-015 6 0.3424 0.32740 0.000 0.444 0.000 0.000 0.008 0.544 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.4644 0.70735 0.000 0.060 0.000 0.000 0.020 0.696 0.016 NA 0.064
#> dkfz_11-017 2 0.3084 0.63980 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3660 0.81907 0.000 0.044 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.0296 0.81538 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2707 0.83865 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-021 1 0.4554 -0.47597 0.448 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.008 NA 0.436
#> dkfz_11-022 6 0.1165 0.76274 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-023 7 0.4362 0.69246 0.156 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.692 NA 0.056
#> dkfz_11-024 6 0.3086 0.74765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.824 0.084 NA 0.040
#> dkfz_11-025 7 0.3034 0.74410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.796 NA 0.156
#> dkfz_11-026 6 0.3957 0.71441 0.000 0.176 0.000 0.000 0.012 0.728 0.004 NA 0.040
#> dkfz_11-027 1 0.5765 0.15818 0.448 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 NA 0.264
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.3951 0.73916 0.000 0.700 0.000 0.000 0.040 0.020 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-031 5 0.4330 0.59641 0.000 0.000 0.000 0.276 0.620 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.3660 0.81907 0.000 0.044 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-033 4 0.3167 0.71150 0.000 0.000 0.000 0.772 0.180 0.008 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-034 2 0.4283 0.74450 0.000 0.696 0.000 0.000 0.040 0.048 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-035 4 0.1636 0.89225 0.000 0.000 0.000 0.924 0.024 0.008 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-036 6 0.3796 0.72541 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012 0.748 0.004 NA 0.036
#> dkfz_11-037 1 0.3319 0.47317 0.768 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.156
#> dkfz_11-038 1 0.1522 0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-039 7 0.2904 0.74861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.808 NA 0.148
#> dkfz_11-040 4 0.1147 0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-041 4 0.3192 0.63606 0.000 0.000 0.000 0.736 0.228 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.3193 0.64024 0.000 0.000 0.000 0.288 0.692 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-043 1 0.5948 0.11501 0.416 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 NA 0.268
#> dkfz_11-044 6 0.1217 0.76143 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-045 7 0.4861 0.61969 0.068 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.624 NA 0.176
#> dkfz_11-046 6 0.3034 0.52922 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-047 1 0.4635 0.32357 0.632 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 NA 0.104
#> dkfz_11-048 7 0.2367 0.77108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.872 NA 0.076
#> dkfz_11-049 9 0.4351 0.43729 0.352 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.036 NA 0.564
#> dkfz_11-050 6 0.1443 0.76247 0.000 0.060 0.000 0.000 0.012 0.924 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.2350 0.69025 0.008 0.000 0.000 0.180 0.812 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2956 0.79930 0.000 0.004 0.000 0.812 0.008 0.016 0.000 NA 0.140
#> dkfz_11-053 7 0.4713 0.63043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.100 0.656 NA 0.064
#> dkfz_11-054 2 0.0626 0.81749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.3710 0.00048 0.596 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-056 7 0.2990 0.72530 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.780 NA 0.188
#> dkfz_11-057 4 0.1147 0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-058 9 0.4390 0.35719 0.440 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.012 NA 0.472
#> dkfz_11-059 1 0.1323 0.53877 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA 0.032
#> dkfz_11-060 7 0.2849 0.76204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036 0.828 NA 0.112
#> dkfz_11-061 7 0.1442 0.78364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.936 NA 0.012
#> dkfz_11-062 2 0.3923 0.76416 0.000 0.736 0.000 0.000 0.036 0.032 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-063 2 0.3767 0.76737 0.000 0.744 0.000 0.000 0.036 0.020 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-064 6 0.3957 0.71441 0.000 0.176 0.000 0.000 0.012 0.728 0.004 NA 0.040
#> dkfz_11-065 1 0.6096 0.05121 0.376 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 NA 0.256
#> dkfz_11-066 2 0.3249 0.61600 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2707 0.83865 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-068 2 0.3919 -0.29007 0.000 0.496 0.000 0.000 0.008 0.468 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-069 1 0.6154 0.07466 0.388 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004 NA 0.248
#> dkfz_11-070 6 0.1235 0.76676 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012 NA 0.004
#> dkfz_11-071 1 0.6275 0.00277 0.348 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.004 NA 0.248
#> dkfz_11-072 7 0.3505 0.75093 0.076 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.788 NA 0.048
#> dkfz_11-073 1 0.5661 0.10062 0.432 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020 NA 0.316
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.90658 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1519 0.76248 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.920 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0212 0.81625 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.4064 0.60980 0.000 0.000 0.000 0.280 0.644 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-093 9 0.5496 0.50414 0.212 0.000 0.000 0.008 0.332 0.004 0.004 NA 0.424
#> dkfz_11-094 7 0.4719 0.62553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.100 0.652 NA 0.060
#> dkfz_11-095 1 0.3053 0.50267 0.828 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048 NA 0.056
#> dkfz_11-096 1 0.2658 0.50719 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044 NA 0.048
#> dkfz_11-097 7 0.4199 0.69076 0.176 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.700 NA 0.048
#> dkfz_11-098 5 0.2443 0.69872 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0414 0.81797 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.3138 0.63841 0.000 0.000 0.000 0.292 0.692 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-101 7 0.3943 0.71845 0.140 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.736 NA 0.044
#> dkfz_11-102 5 0.3347 0.25136 0.332 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-103 7 0.1411 0.78434 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.936 NA 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.1522 0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-105 5 0.3111 0.63281 0.084 0.000 0.000 0.096 0.804 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-106 1 0.5983 0.09213 0.412 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 NA 0.244
#> dkfz_11-107 1 0.2955 0.50032 0.836 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056 NA 0.048
#> dkfz_11-108 1 0.1356 0.55570 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1763 0.54572 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-110 5 0.2576 0.54224 0.168 0.000 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-111 5 0.2375 0.70006 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2959 0.57351 0.152 0.000 0.000 0.032 0.800 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-113 5 0.3363 0.25651 0.000 0.000 0.000 0.476 0.516 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-114 6 0.1412 0.75645 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.072 NA 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.4347 0.29341 0.000 0.000 0.000 0.428 0.500 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.1147 0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-117 6 0.1112 0.76256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.048 NA 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.2608 0.67420 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2727 0.54182 0.164 0.000 0.000 0.008 0.808 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-120 7 0.4305 0.69059 0.160 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.696 NA 0.052
#> dkfz_11-121 4 0.1147 0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-122 1 0.1522 0.55236 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-123 1 0.2442 0.51642 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040 NA 0.040
#> dkfz_11-124 9 0.5438 0.43336 0.196 0.000 0.000 0.012 0.368 0.004 0.000 NA 0.404
#> dkfz_11-125 1 0.4222 0.27297 0.668 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 NA 0.120
#> dkfz_11-126 1 0.1522 0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-127 7 0.3212 0.76088 0.084 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.820 NA 0.024
#> dkfz_11-128 5 0.3404 0.20907 0.352 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-129 5 0.2327 0.69913 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2666 0.54358 0.168 0.000 0.000 0.008 0.808 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.3247 0.49028 0.812 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056 NA 0.056
#> dkfz_11-132 1 0.1688 0.54421 0.896 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-133 1 0.2812 0.50124 0.844 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056 NA 0.044
#> dkfz_11-134 5 0.3015 0.42181 0.248 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-135 1 0.1100 0.55662 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-136 9 0.5604 0.11907 0.300 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 NA 0.448
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.90658 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2147 0.51344 0.864 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.1317 0.75863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.064 NA 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.1522 0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-142 4 0.1415 0.89604 0.000 0.000 0.000 0.936 0.020 0.004 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-143 6 0.5452 0.47062 0.000 0.104 0.000 0.000 0.076 0.580 0.000 NA 0.040
#> dkfz_11-144 3 0.0212 0.83376 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1922 0.73055 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.5131 0.47566 0.000 0.268 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-148 6 0.3595 0.75097 0.000 0.092 0.000 0.000 0.012 0.796 0.020 NA 0.040
#> dkfz_11-149 6 0.6102 -0.15831 0.000 0.324 0.000 0.000 0.060 0.372 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-150 6 0.4995 0.67774 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012 0.640 0.012 NA 0.052
#> dkfz_11-151 4 0.0910 0.90208 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 NA 0.008
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.4783 0.7801 0.000 0.000 0.616 0.000 0.004 0.044 0.000 NA 0.084 0.224
#> dkfz_11-002 6 0.0226 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.8720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.2769 0.8231 0.000 0.000 0.000 0.820 0.040 0.000 0.000 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.5210 0.2946 0.000 0.396 0.000 0.000 0.004 0.000 0.232 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-006 6 0.0630 0.7588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.1866 0.6464 0.088 0.000 0.000 0.004 0.888 0.000 0.000 NA 0.004 0.016
#> dkfz_11-008 2 0.5217 0.2884 0.000 0.396 0.000 0.000 0.004 0.000 0.236 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-009 4 0.3186 0.8227 0.000 0.000 0.000 0.808 0.056 0.000 0.000 NA 0.036 0.020
#> dkfz_11-010 5 0.4791 0.6017 0.000 0.000 0.000 0.164 0.620 0.000 0.000 NA 0.016 0.060
#> dkfz_11-011 2 0.0627 0.7529 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.2345 0.7092 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008 0.000 0.864 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-013 6 0.1805 0.7436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000 NA 0.028 0.012
#> dkfz_11-014 7 0.5002 0.5145 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012 0.000 0.516 NA 0.016 0.028
#> dkfz_11-015 6 0.3738 -0.1240 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.3425 0.6622 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-017 6 0.5032 0.5221 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.568 0.000 NA 0.112 0.228
#> dkfz_11-018 3 0.4729 0.7819 0.000 0.000 0.620 0.000 0.004 0.044 0.000 NA 0.076 0.228
#> dkfz_11-019 6 0.0558 0.7565 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3670 0.7992 0.000 0.000 0.704 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.060 0.212
#> dkfz_11-021 9 0.4481 0.6614 0.336 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 NA 0.528 0.020
#> dkfz_11-022 2 0.1071 0.7481 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 7 0.4838 0.6436 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 NA 0.024 0.116
#> dkfz_11-024 2 0.2816 0.7193 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2958 0.6604 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.792 NA 0.160 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.3842 0.6712 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 10 0.3931 0.8078 0.320 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.000 0.592
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.4413 0.6824 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.684 0.000 NA 0.096 0.068
#> dkfz_11-031 5 0.4683 0.5786 0.000 0.000 0.000 0.204 0.608 0.000 0.000 NA 0.016 0.032
#> dkfz_11-032 3 0.4729 0.7819 0.000 0.000 0.620 0.000 0.004 0.044 0.000 NA 0.076 0.228
#> dkfz_11-033 4 0.3815 0.6140 0.000 0.000 0.000 0.688 0.204 0.000 0.000 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-034 6 0.4507 0.6863 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008 0.684 0.000 NA 0.096 0.060
#> dkfz_11-035 4 0.2224 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.864 0.020 0.000 0.000 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.3786 0.6783 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 1 0.3002 0.4397 0.740 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.228
#> dkfz_11-038 1 0.1726 0.7418 0.884 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.2930 0.6626 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.796 NA 0.156 0.008
#> dkfz_11-040 4 0.1282 0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-041 4 0.3610 0.5701 0.000 0.000 0.000 0.676 0.240 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3355 0.6506 0.000 0.000 0.000 0.228 0.708 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 10 0.4196 0.8366 0.280 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 NA 0.000 0.588
#> dkfz_11-044 2 0.0937 0.7480 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 7 0.4821 0.4869 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.532 NA 0.012 0.328
#> dkfz_11-046 2 0.2971 0.5400 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 1 0.4280 0.2137 0.600 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 NA 0.004 0.168
#> dkfz_11-048 7 0.2387 0.6973 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.868 NA 0.076 0.016
#> dkfz_11-049 9 0.4222 0.6290 0.240 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.040 NA 0.652 0.008
#> dkfz_11-050 2 0.1329 0.7496 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.1735 0.6940 0.024 0.000 0.000 0.084 0.892 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3194 0.6497 0.000 0.000 0.000 0.716 0.004 0.000 0.004 NA 0.252 0.008
#> dkfz_11-053 7 0.5108 0.5282 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012 0.000 0.512 NA 0.024 0.028
#> dkfz_11-054 6 0.0630 0.7588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.3326 0.2437 0.600 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.3011 0.6296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.752 NA 0.212 0.008
#> dkfz_11-057 4 0.1282 0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-058 9 0.4291 0.6617 0.328 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 NA 0.560 0.020
#> dkfz_11-059 1 0.1021 0.7072 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-060 7 0.2538 0.6906 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 0.852 NA 0.092 0.008
#> dkfz_11-061 7 0.1100 0.7176 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 NA 0.004 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.4286 0.6963 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008 0.704 0.000 NA 0.088 0.052
#> dkfz_11-063 6 0.4114 0.7006 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.716 0.000 NA 0.088 0.052
#> dkfz_11-064 2 0.3842 0.6712 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 10 0.4444 0.8287 0.264 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 NA 0.000 0.540
#> dkfz_11-066 6 0.5339 0.4847 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.524 0.000 NA 0.120 0.252
#> dkfz_11-067 3 0.3691 0.7992 0.000 0.000 0.704 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.064 0.208
#> dkfz_11-068 6 0.4300 -0.1402 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 10 0.4400 0.8480 0.256 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 NA 0.000 0.564
#> dkfz_11-070 2 0.0469 0.7538 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 10 0.4530 0.8176 0.240 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 NA 0.000 0.552
#> dkfz_11-072 7 0.4516 0.6769 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 NA 0.028 0.112
#> dkfz_11-073 10 0.4588 0.7601 0.284 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.012 NA 0.056 0.596
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.8720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1279 0.7505 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-091 6 0.0517 0.7574 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.4021 0.6253 0.000 0.000 0.000 0.204 0.668 0.000 0.000 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-093 9 0.4479 0.6565 0.132 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 NA 0.556 0.020
#> dkfz_11-094 7 0.5002 0.5145 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012 0.000 0.516 NA 0.016 0.028
#> dkfz_11-095 1 0.3581 0.5564 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.016 0.088
#> dkfz_11-096 1 0.2540 0.6452 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA 0.012 0.040
#> dkfz_11-097 7 0.4879 0.6431 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 NA 0.024 0.088
#> dkfz_11-098 5 0.2602 0.7033 0.004 0.000 0.000 0.160 0.808 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0395 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.3331 0.6485 0.000 0.000 0.000 0.232 0.708 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.4808 0.6455 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 NA 0.024 0.112
#> dkfz_11-102 5 0.2978 0.2994 0.308 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.1613 0.7184 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 NA 0.012 0.016
#> dkfz_11-104 1 0.1523 0.7472 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.2020 0.6718 0.056 0.000 0.000 0.044 0.888 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 10 0.4347 0.8385 0.292 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 NA 0.000 0.548
#> dkfz_11-107 1 0.3292 0.5910 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 NA 0.016 0.064
#> dkfz_11-108 1 0.1412 0.7486 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1868 0.7336 0.872 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1722 0.6336 0.100 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2097 0.7064 0.004 0.000 0.000 0.144 0.844 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1881 0.6483 0.088 0.000 0.000 0.012 0.888 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.3564 0.2541 0.000 0.000 0.000 0.440 0.528 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0874 0.7494 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.4585 0.2356 0.000 0.000 0.000 0.384 0.484 0.000 0.000 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.1282 0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-117 2 0.0627 0.7529 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.2855 0.6853 0.000 0.000 0.000 0.208 0.760 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2032 0.6414 0.092 0.000 0.000 0.004 0.880 0.000 0.000 NA 0.008 0.012
#> dkfz_11-120 7 0.4808 0.6455 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 NA 0.024 0.112
#> dkfz_11-121 4 0.1282 0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-122 1 0.1635 0.7461 0.892 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2429 0.6501 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 NA 0.012 0.028
#> dkfz_11-124 9 0.4498 0.6133 0.128 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 NA 0.520 0.016
#> dkfz_11-125 1 0.4156 0.3849 0.640 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 NA 0.100 0.020
#> dkfz_11-126 1 0.1412 0.7486 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.4137 0.6811 0.108 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 NA 0.024 0.040
#> dkfz_11-128 5 0.3066 0.2470 0.336 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2035 0.7057 0.008 0.000 0.000 0.136 0.852 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1683 0.6371 0.096 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3555 0.5551 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 NA 0.012 0.088
#> dkfz_11-132 1 0.1869 0.7288 0.868 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3011 0.6137 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.016 0.044
#> dkfz_11-134 5 0.2299 0.5445 0.172 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1211 0.7448 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 10 0.5296 0.6015 0.220 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 NA 0.192 0.504
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2174 0.7024 0.840 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0816 0.7506 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1412 0.7486 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1841 0.8525 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
#> dkfz_11-143 2 0.5939 0.3776 0.000 0.524 0.000 0.000 0.032 0.052 0.004 NA 0.140 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.0113 0.7895 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 6 0.2357 0.6777 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.5932 0.5128 0.000 0.000 0.424 0.000 0.004 0.228 0.000 NA 0.080 0.236
#> dkfz_11-148 2 0.3192 0.7068 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 2 0.6436 0.0514 0.000 0.424 0.000 0.000 0.008 0.184 0.000 NA 0.120 0.080
#> dkfz_11-150 2 0.3909 0.6506 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 4 0.1435 0.8600 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:kmeans 136 1.79e-17 6.52e-05 2
#> ATC:kmeans 134 6.77e-30 2.99e-04 3
#> ATC:kmeans 136 6.81e-23 8.84e-04 4
#> ATC:kmeans 135 4.47e-22 4.27e-05 5
#> ATC:kmeans 120 5.94e-20 2.35e-04 6
#> ATC:kmeans 123 2.85e-21 8.27e-05 7
#> ATC:kmeans 102 1.74e-18 2.86e-08 8
#> ATC:kmeans 107 6.71e-24 2.11e-11 9
#> ATC:kmeans 120 6.60e-28 8.05e-14 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.998 0.4573 0.544 0.544
#> 3 3 1.000 0.991 0.996 0.1629 0.907 0.831
#> 4 4 0.796 0.704 0.887 0.2791 0.782 0.557
#> 5 5 0.712 0.751 0.757 0.0506 0.855 0.564
#> 6 6 0.699 0.753 0.820 0.0445 0.962 0.841
#> 7 7 0.775 0.732 0.834 0.0360 0.983 0.923
#> 8 8 0.799 0.698 0.816 0.0256 0.970 0.867
#> 9 9 0.793 0.621 0.801 0.0129 0.989 0.949
#> 10 10 0.758 0.609 0.780 0.0123 0.984 0.924
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-002 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-003 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-005 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-006 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-008 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-009 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-011 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-013 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-014 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-015 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-016 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-017 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-018 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-019 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-020 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-022 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-026 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-028 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-029 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-030 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-032 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-034 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-036 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-044 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-046 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-050 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-053 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-054 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-060 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-062 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-063 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-064 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-066 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-067 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-068 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-070 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-075 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-091 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-094 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-099 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-117 1 0.795 0.684 0.76 0.24
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-139 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-143 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-144 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-145 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-146 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-147 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-148 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-149 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-150 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.997 1.00 0.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.1411 0.958 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3619 0.846 0.000 0.136 0.864
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.4887 0.704 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0237 0.991 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2878 0.888 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.2066 0.931 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0592 0.981 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0469 0.9615 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0469 0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0592 0.9491 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.1389 0.6587 0.000 0.048 0.000 0.952
#> dkfz_11-012 4 0.1211 0.7013 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-013 2 0.0469 0.9473 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0592 0.9557 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4992 0.3458 0.476 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-022 4 0.1209 0.6669 0.000 0.032 0.004 0.964
#> dkfz_11-023 4 0.3356 0.6647 0.176 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-024 2 0.4877 0.4817 0.000 0.592 0.000 0.408
#> dkfz_11-025 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-026 2 0.0469 0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1118 0.9569 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-029 3 0.1022 0.9579 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-030 3 0.2149 0.8996 0.000 0.088 0.912 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0188 0.9622 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3569 0.7718 0.000 0.196 0.804 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0469 0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 4 0.4888 0.4540 0.412 0.000 0.000 0.588
#> dkfz_11-038 4 0.5000 0.2850 0.496 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-039 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.1557 0.6520 0.000 0.056 0.000 0.944
#> dkfz_11-045 4 0.2036 0.6899 0.032 0.032 0.000 0.936
#> dkfz_11-046 4 0.1302 0.6618 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-049 4 0.4477 0.5589 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-050 2 0.4522 0.6271 0.000 0.680 0.000 0.320
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.1929 0.9189 0.000 0.940 0.036 0.024
#> dkfz_11-054 2 0.0188 0.9520 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.5000 -0.2901 0.504 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-056 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.4989 0.3561 0.472 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-059 4 0.4981 0.3754 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-060 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-061 4 0.1118 0.6670 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-062 2 0.1474 0.9169 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0921 0.9357 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0469 0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0921 0.9588 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-068 2 0.0469 0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.4222 0.2787 0.000 0.272 0.000 0.728
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0336 0.8493 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2281 0.8791 0.000 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0188 0.8534 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.4981 0.3754 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-096 4 0.4948 0.4151 0.440 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-097 4 0.1211 0.7014 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.4999 -0.2765 0.508 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-102 1 0.4933 -0.0798 0.568 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-103 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-104 1 0.4998 -0.2635 0.512 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4996 0.3229 0.484 0.000 0.000 0.516
#> dkfz_11-108 1 0.4996 -0.2510 0.516 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-109 1 0.4994 -0.2385 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1118 0.6670 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.4961 0.4035 0.448 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.4992 0.3461 0.476 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-123 4 0.4972 0.3899 0.456 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4998 -0.2635 0.512 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-126 1 0.5000 -0.2901 0.504 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-127 4 0.1211 0.7014 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-128 1 0.4624 0.2450 0.660 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.4981 0.3754 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-132 1 0.4992 -0.2260 0.524 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-133 4 0.4977 0.3830 0.460 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.5000 0.2850 0.496 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.4989 -0.2138 0.528 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-139 3 0.4290 0.8025 0.000 0.164 0.800 0.036
#> dkfz_11-140 4 0.1118 0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-141 1 0.4999 -0.2765 0.508 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1118 0.9569 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1118 0.9569 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0469 0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.5002 0.757 0.000 0.000 0.708 0.160 0.132
#> dkfz_11-002 2 0.1442 0.895 0.000 0.952 0.004 0.032 0.012
#> dkfz_11-003 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-004 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-005 2 0.0404 0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2032 0.885 0.000 0.924 0.004 0.052 0.020
#> dkfz_11-007 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-008 2 0.0404 0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-010 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-011 4 0.5633 0.841 0.336 0.080 0.004 0.580 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.4118 -0.431 0.660 0.000 0.000 0.336 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.3432 0.847 0.000 0.860 0.052 0.060 0.028
#> dkfz_11-014 2 0.3076 0.865 0.000 0.876 0.024 0.072 0.028
#> dkfz_11-015 2 0.2277 0.885 0.000 0.916 0.016 0.052 0.016
#> dkfz_11-016 2 0.3046 0.865 0.000 0.880 0.048 0.052 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.1483 0.767 0.000 0.008 0.952 0.028 0.012
#> dkfz_11-018 3 0.0865 0.771 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-019 2 0.1455 0.894 0.000 0.952 0.008 0.032 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.1830 0.779 0.000 0.000 0.932 0.028 0.040
#> dkfz_11-021 1 0.5120 0.557 0.696 0.000 0.000 0.140 0.164
#> dkfz_11-022 4 0.5133 0.869 0.380 0.020 0.016 0.584 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2773 0.316 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.5964 0.335 0.208 0.608 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-025 4 0.4273 0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0404 0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.4300 -0.632 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-028 3 0.6738 0.662 0.000 0.000 0.408 0.320 0.272
#> dkfz_11-029 3 0.6174 0.717 0.000 0.000 0.556 0.236 0.208
#> dkfz_11-030 3 0.1913 0.752 0.000 0.020 0.936 0.020 0.024
#> dkfz_11-031 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-032 3 0.4221 0.769 0.000 0.000 0.780 0.112 0.108
#> dkfz_11-033 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-034 3 0.3563 0.704 0.000 0.044 0.852 0.072 0.032
#> dkfz_11-035 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-036 2 0.0404 0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1205 0.663 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.1410 0.741 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-039 4 0.4273 0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-041 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-042 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-043 5 0.4300 0.740 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-044 4 0.6017 0.794 0.292 0.120 0.008 0.580 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.5271 -0.337 0.652 0.060 0.004 0.280 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.5747 0.830 0.328 0.092 0.004 0.576 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.4074 0.960 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-048 4 0.4522 0.881 0.440 0.008 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.4980 -0.278 0.584 0.000 0.000 0.380 0.036
#> dkfz_11-050 2 0.6205 0.560 0.064 0.636 0.052 0.240 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-052 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-053 3 0.6679 0.167 0.016 0.344 0.532 0.076 0.032
#> dkfz_11-054 2 0.2445 0.878 0.000 0.908 0.016 0.056 0.020
#> dkfz_11-055 1 0.1478 0.741 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-056 4 0.4273 0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-058 1 0.5240 0.468 0.676 0.000 0.000 0.204 0.120
#> dkfz_11-059 1 0.0510 0.695 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4273 0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.5341 0.857 0.356 0.064 0.000 0.580 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.6415 0.154 0.000 0.352 0.528 0.084 0.036
#> dkfz_11-063 2 0.6177 0.442 0.000 0.580 0.308 0.076 0.036
#> dkfz_11-064 2 0.0404 0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-066 3 0.2708 0.778 0.000 0.000 0.884 0.072 0.044
#> dkfz_11-067 3 0.6053 0.723 0.000 0.000 0.576 0.228 0.196
#> dkfz_11-068 2 0.0404 0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-070 4 0.5772 0.389 0.108 0.328 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-072 1 0.4045 -0.202 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-073 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-074 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-075 2 0.3169 0.812 0.000 0.840 0.016 0.140 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0404 0.899 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-093 5 0.4030 0.977 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-094 2 0.1934 0.887 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1608 0.595 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4275 -0.302 0.696 0.000 0.008 0.288 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-099 2 0.2047 0.893 0.000 0.928 0.020 0.040 0.012
#> dkfz_11-100 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-101 1 0.1341 0.741 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-102 1 0.2377 0.668 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-103 4 0.4283 0.870 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.1544 0.740 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-105 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-106 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-107 1 0.0609 0.726 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108 1 0.1732 0.737 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-109 1 0.1965 0.719 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-110 5 0.4273 0.804 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-111 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-112 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-113 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-114 4 0.4415 0.881 0.444 0.004 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-116 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-117 4 0.4674 0.880 0.416 0.016 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-119 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-120 1 0.0771 0.694 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-121 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-122 1 0.0963 0.734 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-123 1 0.1043 0.658 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-125 1 0.1908 0.730 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-126 1 0.1410 0.741 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-127 1 0.4084 -0.439 0.668 0.000 0.004 0.328 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2813 0.579 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-129 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-130 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-131 1 0.0162 0.707 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1965 0.719 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-133 1 0.0404 0.699 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.4268 -0.540 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-135 1 0.0880 0.733 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-136 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-137 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-138 1 0.2179 0.697 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-139 3 0.8228 0.352 0.000 0.316 0.356 0.156 0.172
#> dkfz_11-140 4 0.4273 0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1544 0.740 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-142 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-143 3 0.2300 0.779 0.000 0.000 0.908 0.052 0.040
#> dkfz_11-144 3 0.6767 0.655 0.000 0.000 0.392 0.328 0.280
#> dkfz_11-145 2 0.0510 0.899 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.6660 0.675 0.000 0.000 0.444 0.288 0.268
#> dkfz_11-147 3 0.0703 0.773 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-148 2 0.0404 0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1216 0.769 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-150 2 0.0162 0.900 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3999 0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.3955 0.1113 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> dkfz_11-002 2 0.3443 0.7988 0.036 0.844 0.008 0.076 0.000 0.036
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1765 0.8235 0.024 0.924 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3614 0.7838 0.044 0.836 0.008 0.064 0.000 0.048
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1829 0.8228 0.024 0.920 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.3956 0.7715 0.252 0.036 0.000 0.712 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.4341 0.0481 0.668 0.000 0.000 0.292 0.032 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.4892 0.7396 0.060 0.760 0.044 0.084 0.000 0.052
#> dkfz_11-014 2 0.4478 0.7673 0.064 0.788 0.048 0.068 0.000 0.032
#> dkfz_11-015 2 0.3729 0.7941 0.036 0.832 0.024 0.076 0.000 0.032
#> dkfz_11-016 2 0.5474 0.7327 0.064 0.708 0.096 0.104 0.000 0.028
#> dkfz_11-017 3 0.1167 0.7184 0.000 0.012 0.960 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-018 3 0.1296 0.7136 0.004 0.000 0.948 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-019 2 0.2511 0.8058 0.024 0.900 0.008 0.044 0.000 0.024
#> dkfz_11-020 3 0.2100 0.6759 0.000 0.000 0.884 0.004 0.000 0.112
#> dkfz_11-021 1 0.5839 0.3758 0.408 0.000 0.000 0.188 0.404 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.4255 0.7716 0.284 0.012 0.024 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.3509 0.6593 0.804 0.000 0.000 0.084 0.112 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.5687 0.3548 0.300 0.540 0.000 0.152 0.000 0.008
#> dkfz_11-025 4 0.3699 0.8069 0.336 0.000 0.000 0.660 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1549 0.8241 0.020 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3198 0.5304 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> dkfz_11-028 6 0.3390 0.6062 0.008 0.000 0.200 0.012 0.000 0.780
#> dkfz_11-029 6 0.3854 0.3208 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-030 3 0.1129 0.7078 0.012 0.012 0.964 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3371 0.3959 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2798 0.6508 0.036 0.020 0.888 0.036 0.000 0.020
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1657 0.8233 0.016 0.928 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3078 0.8098 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3126 0.8427 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3728 0.8038 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2980 0.6725 0.192 0.000 0.000 0.008 0.800 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.3987 0.7043 0.176 0.056 0.008 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.4984 0.1095 0.680 0.072 0.000 0.224 0.012 0.012
#> dkfz_11-046 4 0.3412 0.6765 0.128 0.064 0.000 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0865 0.9205 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.3672 0.8020 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.5501 0.4907 0.336 0.000 0.000 0.520 0.144 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.6951 0.3849 0.100 0.436 0.076 0.364 0.000 0.024
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.5695 0.4202 0.060 0.156 0.680 0.072 0.000 0.032
#> dkfz_11-054 2 0.3849 0.7776 0.040 0.824 0.016 0.072 0.000 0.048
#> dkfz_11-055 1 0.3151 0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3728 0.8038 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.6081 0.2446 0.384 0.000 0.000 0.276 0.340 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3023 0.8321 0.784 0.000 0.000 0.004 0.212 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3728 0.8038 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.4107 0.7683 0.280 0.036 0.000 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5686 0.4150 0.056 0.168 0.676 0.068 0.000 0.032
#> dkfz_11-063 2 0.6672 0.1989 0.060 0.448 0.388 0.072 0.000 0.032
#> dkfz_11-064 2 0.1391 0.8244 0.016 0.944 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0458 0.9406 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2738 0.6004 0.000 0.000 0.820 0.004 0.000 0.176
#> dkfz_11-067 6 0.4091 0.2631 0.000 0.000 0.472 0.008 0.000 0.520
#> dkfz_11-068 2 0.1434 0.8241 0.012 0.940 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.4244 0.5058 0.080 0.200 0.000 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.4262 -0.3234 0.476 0.000 0.000 0.016 0.508 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1411 0.8932 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5189 0.6695 0.044 0.652 0.032 0.260 0.000 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.1542 0.8198 0.008 0.936 0.000 0.052 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.1418 0.9005 0.024 0.000 0.000 0.032 0.944 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3745 0.7900 0.064 0.832 0.020 0.052 0.000 0.032
#> dkfz_11-095 1 0.2912 0.8351 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3345 0.7979 0.788 0.000 0.000 0.028 0.184 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3164 0.4469 0.824 0.000 0.004 0.140 0.032 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4004 0.7835 0.012 0.792 0.076 0.112 0.000 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3175 0.8405 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3371 0.8084 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3997 0.6484 0.488 0.000 0.000 0.508 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3151 0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3023 0.8419 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3244 0.8325 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3244 0.8325 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1765 0.8440 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0146 0.9510 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.3578 0.8138 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3887 0.7909 0.360 0.008 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3043 0.8201 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2996 0.8407 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3073 0.8244 0.788 0.000 0.000 0.008 0.204 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3547 0.7611 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3151 0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2772 0.3408 0.816 0.000 0.000 0.180 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3409 0.7981 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3052 0.8354 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3266 0.8285 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3052 0.8354 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.3531 0.3279 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3050 0.8425 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.0632 0.9328 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3390 0.8051 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.7739 0.2699 0.044 0.320 0.180 0.084 0.000 0.372
#> dkfz_11-140 4 0.3810 0.7497 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3151 0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3163 0.6227 0.008 0.000 0.808 0.012 0.000 0.172
#> dkfz_11-144 6 0.3604 0.5519 0.044 0.000 0.104 0.032 0.000 0.820
#> dkfz_11-145 2 0.1082 0.8246 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 6 0.4608 0.5970 0.032 0.000 0.228 0.040 0.000 0.700
#> dkfz_11-147 3 0.1296 0.7136 0.004 0.000 0.948 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-148 2 0.1657 0.8233 0.016 0.928 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1542 0.7109 0.004 0.000 0.936 0.008 0.000 0.052
#> dkfz_11-150 2 0.0767 0.8221 0.012 0.976 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.4799 0.0462 0.004 0.000 0.548 0.012 0.000 0.380 NA
#> dkfz_11-002 2 0.3014 0.7673 0.000 0.800 0.004 0.008 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-005 2 0.1162 0.8000 0.008 0.956 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 2 0.3094 0.7398 0.000 0.768 0.004 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 2 0.0975 0.8010 0.004 0.964 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-009 5 0.0468 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 4 0.5322 0.6437 0.192 0.128 0.000 0.624 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-012 1 0.4067 0.3906 0.728 0.008 0.000 0.192 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-013 2 0.4687 0.5913 0.004 0.600 0.040 0.016 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-014 2 0.4690 0.6859 0.040 0.656 0.016 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-015 2 0.3834 0.7577 0.008 0.740 0.016 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-016 2 0.5102 0.6812 0.028 0.672 0.060 0.044 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-017 3 0.2016 0.6791 0.000 0.008 0.912 0.004 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-018 3 0.1574 0.6711 0.004 0.000 0.936 0.004 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-019 2 0.2499 0.7782 0.000 0.848 0.012 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-020 3 0.1974 0.6441 0.004 0.000 0.896 0.004 0.000 0.092 NA
#> dkfz_11-021 1 0.6078 0.0241 0.404 0.000 0.000 0.236 0.328 0.000 NA
#> dkfz_11-022 4 0.5834 0.6449 0.224 0.048 0.048 0.600 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-023 1 0.2103 0.8115 0.904 0.000 0.000 0.020 0.056 0.000 NA
#> dkfz_11-024 2 0.5529 0.3403 0.284 0.560 0.000 0.060 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 4 0.3548 0.7415 0.304 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-026 2 0.0422 0.8026 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 5 0.3651 0.2775 0.388 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 NA
#> dkfz_11-028 6 0.3485 0.5784 0.008 0.000 0.100 0.024 0.000 0.816 NA
#> dkfz_11-029 6 0.4106 0.2803 0.000 0.000 0.404 0.004 0.000 0.568 NA
#> dkfz_11-030 3 0.1674 0.6752 0.000 0.004 0.920 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.3969 0.3933 0.004 0.000 0.688 0.008 0.000 0.272 NA
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.2747 0.6476 0.000 0.012 0.844 0.012 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-036 2 0.0842 0.8021 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 1 0.1699 0.8415 0.916 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-038 1 0.1625 0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.3514 0.7456 0.296 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 5 0.0637 0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.3412 0.6390 0.236 0.000 0.000 0.004 0.740 0.000 NA
#> dkfz_11-044 4 0.5071 0.5645 0.108 0.112 0.016 0.696 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-045 1 0.4504 0.4069 0.728 0.068 0.000 0.084 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.3324 0.5784 0.068 0.068 0.008 0.832 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 5 0.0656 0.9342 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA
#> dkfz_11-048 4 0.3794 0.6787 0.380 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-049 4 0.5036 0.6373 0.312 0.000 0.000 0.584 0.068 0.000 NA
#> dkfz_11-050 2 0.7178 0.2700 0.084 0.392 0.048 0.280 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-051 5 0.0134 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-052 5 0.1076 0.9292 0.000 0.000 0.000 0.016 0.956 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.5181 0.4849 0.032 0.072 0.636 0.020 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 2 0.3633 0.7209 0.000 0.736 0.028 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-055 1 0.1625 0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.3548 0.7430 0.304 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 5 0.0637 0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.6072 -0.2186 0.388 0.000 0.000 0.368 0.208 0.000 NA
#> dkfz_11-059 1 0.1433 0.8521 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.3548 0.7430 0.304 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 4 0.5579 0.6492 0.260 0.088 0.000 0.572 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-062 3 0.4980 0.5149 0.016 0.080 0.664 0.028 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-063 3 0.6455 0.1305 0.032 0.288 0.392 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-064 2 0.0555 0.8030 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 5 0.1287 0.9074 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.2531 0.6040 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.128 NA
#> dkfz_11-067 6 0.4489 0.2701 0.000 0.000 0.400 0.004 0.000 0.544 NA
#> dkfz_11-068 2 0.0755 0.8021 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 4 0.4594 0.3837 0.044 0.288 0.000 0.636 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-072 1 0.4100 0.5070 0.664 0.000 0.000 0.008 0.288 0.000 NA
#> dkfz_11-073 5 0.2681 0.8307 0.100 0.000 0.000 0.008 0.856 0.000 NA
#> dkfz_11-074 5 0.0239 0.9487 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-075 2 0.5513 0.6070 0.020 0.616 0.028 0.192 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-091 2 0.1614 0.7886 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 5 0.2616 0.8527 0.028 0.000 0.000 0.072 0.872 0.000 NA
#> dkfz_11-094 2 0.4214 0.7117 0.040 0.708 0.004 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-095 1 0.1482 0.8541 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-096 1 0.1462 0.8447 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-097 1 0.1910 0.7289 0.920 0.004 0.000 0.036 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-098 5 0.0134 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-099 2 0.4905 0.6942 0.004 0.688 0.068 0.076 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101 1 0.1482 0.8541 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-102 1 0.1886 0.8346 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 NA
#> dkfz_11-103 1 0.3670 -0.4250 0.532 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-104 1 0.1625 0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-105 5 0.0134 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-107 1 0.1531 0.8548 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 NA
#> dkfz_11-108 1 0.1671 0.8519 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-109 1 0.1891 0.8455 0.888 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 NA
#> dkfz_11-110 5 0.1715 0.8577 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-112 5 0.0134 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-113 5 0.0134 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-114 4 0.3392 0.7354 0.332 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-116 5 0.0637 0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-117 4 0.4568 0.6920 0.352 0.036 0.000 0.588 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120 1 0.1618 0.8467 0.916 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 NA
#> dkfz_11-121 5 0.0637 0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-122 1 0.1531 0.8549 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 NA
#> dkfz_11-123 1 0.1433 0.8517 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-124 5 0.1395 0.9227 0.008 0.000 0.000 0.020 0.944 0.000 NA
#> dkfz_11-125 1 0.2521 0.7606 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176 0.000 NA
#> dkfz_11-126 1 0.1625 0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-127 1 0.1432 0.7273 0.932 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-128 1 0.2005 0.8206 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 NA
#> dkfz_11-129 5 0.0134 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-130 5 0.0134 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-131 1 0.1382 0.8487 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 NA
#> dkfz_11-132 1 0.1715 0.8492 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 NA
#> dkfz_11-133 1 0.1433 0.8517 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-134 5 0.3534 0.0965 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 NA
#> dkfz_11-135 1 0.1531 0.8549 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 NA
#> dkfz_11-136 5 0.1493 0.9181 0.028 0.000 0.000 0.016 0.940 0.000 NA
#> dkfz_11-137 5 0.0373 0.9471 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-138 1 0.2005 0.8226 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 NA
#> dkfz_11-139 6 0.7403 0.2469 0.008 0.272 0.132 0.016 0.000 0.308 NA
#> dkfz_11-140 4 0.3656 0.5830 0.448 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-141 1 0.1625 0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.4723 0.5135 0.000 0.004 0.708 0.048 0.000 0.136 NA
#> dkfz_11-144 6 0.4597 0.5205 0.016 0.000 0.040 0.072 0.000 0.728 NA
#> dkfz_11-145 2 0.0861 0.8013 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 6 0.4771 0.5553 0.008 0.000 0.140 0.020 0.000 0.688 NA
#> dkfz_11-147 3 0.1500 0.6715 0.004 0.000 0.940 0.004 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-148 2 0.0924 0.8019 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.2634 0.6530 0.000 0.000 0.868 0.012 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-150 2 0.0927 0.7996 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.5180 0.3845 0.008 0.000 0.568 0.000 0.000 0.020 0.240 0.164
#> dkfz_11-002 2 0.3798 0.6305 0.000 0.692 0.000 0.004 0.000 0.244 0.000 0.060
#> dkfz_11-003 5 0.0251 0.9384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0125 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0962 0.7076 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.028 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.4349 0.5885 0.000 0.640 0.000 0.012 0.000 0.272 0.004 0.072
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1029 0.7077 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.1054 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.008 0.960 0.012 0.004 0.016
#> dkfz_11-010 5 0.0251 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.5685 0.5533 0.096 0.104 0.000 0.624 0.000 0.084 0.000 0.092
#> dkfz_11-012 1 0.5390 0.2429 0.592 0.028 0.000 0.212 0.000 0.136 0.000 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.6086 0.3385 0.012 0.440 0.016 0.020 0.000 0.348 0.012 0.152
#> dkfz_11-014 2 0.4467 0.3090 0.008 0.504 0.012 0.020 0.000 0.444 0.000 0.012
#> dkfz_11-015 2 0.4454 0.5791 0.004 0.592 0.000 0.016 0.000 0.332 0.000 0.056
#> dkfz_11-016 2 0.5311 0.2958 0.004 0.500 0.040 0.036 0.000 0.384 0.000 0.036
#> dkfz_11-017 3 0.3683 0.5092 0.004 0.004 0.780 0.008 0.000 0.144 0.028 0.032
#> dkfz_11-018 3 0.1780 0.5923 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.052 0.000 0.040
#> dkfz_11-019 2 0.3360 0.6643 0.000 0.764 0.000 0.008 0.000 0.180 0.000 0.048
#> dkfz_11-020 3 0.1943 0.6334 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.024 0.044 0.024
#> dkfz_11-021 4 0.6357 0.2328 0.300 0.000 0.000 0.328 0.308 0.032 0.004 0.028
#> dkfz_11-022 4 0.5959 0.5341 0.104 0.032 0.036 0.616 0.000 0.112 0.000 0.100
#> dkfz_11-023 1 0.2148 0.8577 0.904 0.000 0.000 0.024 0.024 0.016 0.000 0.032
#> dkfz_11-024 2 0.5422 0.3909 0.152 0.636 0.000 0.064 0.000 0.112 0.004 0.032
#> dkfz_11-025 4 0.2780 0.6599 0.168 0.000 0.000 0.808 0.000 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-026 2 0.0349 0.7121 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.4136 0.0206 0.456 0.000 0.000 0.008 0.508 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-028 7 0.5481 0.1588 0.004 0.000 0.208 0.000 0.000 0.020 0.476 0.292
#> dkfz_11-029 3 0.4872 0.1330 0.004 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.304 0.160
#> dkfz_11-030 3 0.2759 0.4952 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.144 0.000 0.040
#> dkfz_11-031 5 0.0125 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2660 0.6233 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.120 0.048
#> dkfz_11-033 5 0.0125 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3950 0.1114 0.004 0.008 0.680 0.004 0.000 0.272 0.004 0.028
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0448 0.7123 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1507 0.8904 0.936 0.000 0.000 0.004 0.032 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-038 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2797 0.6580 0.160 0.000 0.000 0.812 0.000 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 5 0.1135 0.9225 0.000 0.000 0.000 0.008 0.956 0.016 0.004 0.016
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4232 0.2638 0.384 0.004 0.000 0.008 0.572 0.016 0.000 0.016
#> dkfz_11-044 4 0.5236 0.5090 0.040 0.068 0.004 0.668 0.000 0.108 0.000 0.112
#> dkfz_11-045 1 0.6070 0.1906 0.540 0.108 0.000 0.112 0.000 0.204 0.000 0.036
#> dkfz_11-046 4 0.2220 0.5607 0.028 0.032 0.000 0.900 0.000 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-047 5 0.1601 0.8573 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.3975 0.6551 0.248 0.024 0.000 0.696 0.000 0.020 0.004 0.008
#> dkfz_11-049 4 0.4887 0.5625 0.180 0.000 0.000 0.672 0.084 0.028 0.004 0.032
#> dkfz_11-050 2 0.6976 0.0103 0.012 0.352 0.028 0.244 0.000 0.260 0.000 0.104
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1938 0.8959 0.004 0.000 0.000 0.028 0.916 0.020 0.004 0.028
#> dkfz_11-053 6 0.5121 0.6397 0.012 0.048 0.404 0.012 0.000 0.500 0.004 0.020
#> dkfz_11-054 2 0.4870 0.5345 0.004 0.572 0.000 0.016 0.000 0.312 0.004 0.092
#> dkfz_11-055 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2966 0.6584 0.172 0.000 0.000 0.796 0.000 0.016 0.000 0.016
#> dkfz_11-057 5 0.1212 0.9205 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.020 0.004 0.016
#> dkfz_11-058 4 0.6153 0.3505 0.256 0.000 0.000 0.460 0.216 0.032 0.004 0.032
#> dkfz_11-059 1 0.0995 0.9064 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.2888 0.6597 0.172 0.000 0.000 0.800 0.000 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-061 4 0.6561 0.5124 0.152 0.104 0.000 0.512 0.000 0.116 0.000 0.116
#> dkfz_11-062 6 0.5093 0.6260 0.004 0.060 0.408 0.012 0.000 0.492 0.004 0.020
#> dkfz_11-063 6 0.5217 0.5968 0.008 0.180 0.224 0.008 0.000 0.572 0.004 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0349 0.7121 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1605 0.8920 0.044 0.000 0.000 0.008 0.928 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.3303 0.6433 0.008 0.000 0.812 0.000 0.000 0.020 0.096 0.064
#> dkfz_11-067 3 0.5444 0.0620 0.004 0.000 0.468 0.004 0.000 0.012 0.324 0.188
#> dkfz_11-068 2 0.0349 0.7119 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0125 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.5264 0.4114 0.020 0.228 0.000 0.616 0.000 0.064 0.004 0.068
#> dkfz_11-071 5 0.0251 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4117 0.6157 0.716 0.000 0.000 0.012 0.192 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-073 5 0.3583 0.7651 0.120 0.020 0.000 0.016 0.800 0.024 0.000 0.020
#> dkfz_11-074 5 0.0600 0.9338 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-075 2 0.5995 0.3634 0.004 0.520 0.008 0.156 0.000 0.216 0.000 0.096
#> dkfz_11-091 2 0.1852 0.6984 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000 0.080 0.000 0.016
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.3637 0.7515 0.024 0.000 0.000 0.132 0.788 0.024 0.004 0.028
#> dkfz_11-094 2 0.4381 0.4332 0.008 0.580 0.004 0.020 0.000 0.368 0.004 0.016
#> dkfz_11-095 1 0.0932 0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0870 0.9071 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1469 0.8591 0.940 0.000 0.000 0.024 0.008 0.016 0.000 0.012
#> dkfz_11-098 5 0.0125 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5367 0.5334 0.004 0.596 0.016 0.060 0.000 0.240 0.000 0.084
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0932 0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.1144 0.8927 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.4136 0.3748 0.472 0.000 0.000 0.488 0.000 0.016 0.000 0.024
#> dkfz_11-104 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0125 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1117 0.9084 0.948 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.2554 0.7082 0.204 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0224 0.9382 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.3574 0.6701 0.192 0.000 0.000 0.748 0.000 0.024 0.000 0.036
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.1135 0.9225 0.000 0.000 0.000 0.008 0.956 0.016 0.004 0.016
#> dkfz_11-117 4 0.5485 0.6112 0.260 0.044 0.000 0.576 0.000 0.048 0.000 0.072
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1242 0.9055 0.944 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-121 5 0.1212 0.9205 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.020 0.004 0.016
#> dkfz_11-122 1 0.0808 0.9091 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0870 0.9071 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.1938 0.8959 0.004 0.000 0.000 0.028 0.916 0.020 0.004 0.028
#> dkfz_11-125 1 0.2035 0.7903 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1180 0.8466 0.948 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.1144 0.8928 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0932 0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0870 0.9071 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3203 0.3805 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0932 0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 5 0.1738 0.9063 0.028 0.000 0.000 0.008 0.928 0.020 0.004 0.012
#> dkfz_11-137 5 0.0884 0.9285 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.008 0.004 0.012
#> dkfz_11-138 1 0.1341 0.8743 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.7668 0.1415 0.000 0.208 0.212 0.008 0.000 0.168 0.108 0.296
#> dkfz_11-140 4 0.4307 0.6031 0.344 0.000 0.000 0.592 0.000 0.024 0.000 0.040
#> dkfz_11-141 1 0.0868 0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.5682 0.5079 0.008 0.000 0.588 0.028 0.000 0.056 0.108 0.212
#> dkfz_11-144 7 0.1437 0.3419 0.000 0.000 0.060 0.008 0.000 0.004 0.928 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1400 0.7058 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.012
#> dkfz_11-146 8 0.5332 -0.3893 0.000 0.000 0.288 0.004 0.000 0.000 0.304 0.404
#> dkfz_11-147 3 0.1600 0.6087 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.032 0.000 0.048
#> dkfz_11-148 2 0.0618 0.7117 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4451 0.5485 0.004 0.000 0.728 0.024 0.000 0.076 0.036 0.132
#> dkfz_11-150 2 0.1244 0.7107 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.5216 -0.0491 0.004 0.000 0.504 0.000 0.000 0.036 0.044 0.360 0.052
#> dkfz_11-002 2 0.4284 0.3328 0.004 0.668 0.000 0.020 0.000 0.240 0.012 0.004 0.052
#> dkfz_11-003 5 0.0515 0.9188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0119 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1847 0.5675 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-006 2 0.3712 0.1180 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2145 0.5565 0.000 0.884 0.000 0.016 0.000 0.020 0.004 0.000 0.076
#> dkfz_11-009 5 0.1224 0.8949 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0331 0.9230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 4 0.5930 0.3766 0.096 0.108 0.004 0.516 0.000 0.012 0.012 0.004 0.248
#> dkfz_11-012 1 0.5149 0.1251 0.528 0.008 0.000 0.208 0.004 0.016 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-013 6 0.4305 0.1812 0.000 0.340 0.012 0.000 0.000 0.584 0.016 0.000 0.048
#> dkfz_11-014 2 0.5321 0.0699 0.004 0.408 0.008 0.008 0.000 0.188 0.004 0.000 0.380
#> dkfz_11-015 2 0.4738 0.2824 0.000 0.588 0.008 0.020 0.000 0.256 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-016 2 0.5500 -0.1310 0.000 0.416 0.060 0.024 0.000 0.092 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-017 3 0.4110 0.5599 0.000 0.028 0.740 0.000 0.000 0.056 0.000 0.060 0.116
#> dkfz_11-018 3 0.1250 0.5936 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012 0.016 0.016 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.3541 0.4267 0.000 0.728 0.012 0.008 0.000 0.220 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-020 3 0.2226 0.5608 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.012 0.008 0.096 0.012
#> dkfz_11-021 4 0.6154 0.1361 0.248 0.000 0.000 0.332 0.292 0.000 0.124 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 4 0.6365 0.3390 0.104 0.044 0.048 0.484 0.000 0.012 0.012 0.016 0.280
#> dkfz_11-023 1 0.2418 0.8035 0.864 0.004 0.000 0.016 0.012 0.000 0.008 0.000 0.096
#> dkfz_11-024 2 0.5621 -0.0510 0.156 0.496 0.000 0.052 0.000 0.024 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-025 4 0.1722 0.5858 0.088 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0953 0.5831 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-027 5 0.4185 -0.0397 0.456 0.000 0.000 0.000 0.488 0.012 0.008 0.000 0.036
#> dkfz_11-028 8 0.4296 0.0334 0.004 0.000 0.108 0.000 0.000 0.024 0.112 0.720 0.032
#> dkfz_11-029 8 0.3863 0.3395 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.016 0.008 0.560 0.012
#> dkfz_11-030 3 0.1848 0.6018 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.020 0.004 0.008 0.064
#> dkfz_11-031 5 0.0119 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3499 0.3981 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.012 0.032 0.196 0.016
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3409 0.5509 0.000 0.012 0.760 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.164
#> dkfz_11-035 5 0.0119 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0786 0.5884 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.1449 0.8719 0.928 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-038 1 0.0939 0.9032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1722 0.5852 0.088 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.1398 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4373 0.4179 0.288 0.000 0.000 0.000 0.608 0.012 0.008 0.000 0.084
#> dkfz_11-044 4 0.5274 0.3621 0.040 0.080 0.004 0.588 0.000 0.012 0.012 0.008 0.256
#> dkfz_11-045 1 0.5646 0.0735 0.464 0.068 0.000 0.072 0.004 0.028 0.004 0.000 0.360
#> dkfz_11-046 4 0.1731 0.5012 0.004 0.012 0.000 0.920 0.000 0.004 0.004 0.008 0.048
#> dkfz_11-047 5 0.1439 0.8491 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.3838 0.5748 0.220 0.012 0.000 0.696 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-049 4 0.3743 0.4967 0.108 0.000 0.000 0.752 0.052 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 9 0.6076 0.1395 0.036 0.276 0.020 0.192 0.000 0.012 0.012 0.000 0.452
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2331 0.8351 0.000 0.000 0.000 0.032 0.844 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.5107 -0.0171 0.008 0.036 0.444 0.000 0.000 0.076 0.004 0.004 0.428
#> dkfz_11-054 2 0.3904 -0.0143 0.000 0.532 0.008 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.0939 0.9032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1764 0.5860 0.092 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.1596 0.8727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.5468 0.2769 0.172 0.000 0.000 0.528 0.184 0.000 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0706 0.9032 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1764 0.5861 0.092 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.6151 0.3305 0.160 0.104 0.000 0.452 0.000 0.012 0.008 0.004 0.260
#> dkfz_11-062 3 0.6101 -0.0153 0.004 0.048 0.392 0.016 0.000 0.164 0.012 0.004 0.360
#> dkfz_11-063 9 0.6230 -0.0269 0.004 0.148 0.248 0.000 0.000 0.180 0.004 0.004 0.412
#> dkfz_11-064 2 0.1148 0.5844 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-065 5 0.1674 0.8728 0.052 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-066 3 0.2838 0.4931 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.008 0.008 0.180 0.012
#> dkfz_11-067 8 0.4938 0.3482 0.004 0.000 0.364 0.000 0.000 0.024 0.064 0.520 0.024
#> dkfz_11-068 2 0.0658 0.5869 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.5085 0.2551 0.008 0.224 0.000 0.592 0.000 0.012 0.016 0.008 0.140
#> dkfz_11-071 5 0.0237 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 1 0.4251 0.5889 0.672 0.000 0.000 0.000 0.192 0.016 0.008 0.000 0.112
#> dkfz_11-073 5 0.4346 0.7275 0.092 0.012 0.000 0.012 0.744 0.016 0.072 0.000 0.052
#> dkfz_11-074 5 0.0930 0.9067 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6043 -0.0901 0.000 0.456 0.016 0.116 0.000 0.080 0.016 0.004 0.312
#> dkfz_11-091 2 0.2191 0.5408 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000 0.120 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.3970 0.6750 0.028 0.000 0.000 0.128 0.712 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4760 0.1982 0.004 0.504 0.000 0.004 0.000 0.116 0.008 0.000 0.364
#> dkfz_11-095 1 0.0824 0.9025 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0824 0.9034 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1704 0.8268 0.908 0.004 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5916 0.2018 0.000 0.556 0.048 0.044 0.000 0.120 0.024 0.004 0.204
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1152 0.9001 0.948 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0994 0.9004 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.4546 0.4058 0.416 0.004 0.000 0.472 0.000 0.000 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-104 1 0.0975 0.9043 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0916 0.9034 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1032 0.9032 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0939 0.9034 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2367 0.7124 0.196 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0296 0.9206 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.3733 0.5884 0.152 0.000 0.000 0.732 0.000 0.004 0.012 0.000 0.100
#> dkfz_11-115 5 0.0119 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.1313 0.8902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.5555 0.4906 0.220 0.048 0.000 0.532 0.000 0.004 0.012 0.004 0.180
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1277 0.8846 0.940 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-121 5 0.1596 0.8727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0764 0.9046 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0824 0.9034 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.2505 0.8283 0.004 0.000 0.000 0.036 0.836 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2719 0.7268 0.804 0.000 0.000 0.004 0.172 0.004 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0764 0.9046 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1575 0.8312 0.924 0.004 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> dkfz_11-128 1 0.0876 0.9009 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0824 0.9031 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0939 0.9032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0824 0.9034 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2867 0.4913 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0764 0.9046 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.2801 0.8376 0.056 0.000 0.000 0.024 0.844 0.000 0.068 0.000 0.008
#> dkfz_11-137 5 0.1082 0.9009 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1151 0.8884 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.7420 0.1962 0.000 0.208 0.132 0.008 0.000 0.316 0.068 0.236 0.032
#> dkfz_11-140 4 0.4373 0.5026 0.324 0.000 0.000 0.568 0.000 0.004 0.004 0.000 0.100
#> dkfz_11-141 1 0.0882 0.9041 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0119 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.6417 0.2778 0.004 0.000 0.528 0.036 0.000 0.080 0.068 0.176 0.108
#> dkfz_11-144 7 0.4219 0.0000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.016 0.600 0.332 0.020
#> dkfz_11-145 2 0.1522 0.5604 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 8 0.5709 -0.0148 0.004 0.000 0.144 0.000 0.000 0.124 0.136 0.564 0.028
#> dkfz_11-147 3 0.1416 0.5911 0.004 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.016 0.024 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0859 0.5878 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-149 3 0.3875 0.5418 0.000 0.000 0.764 0.008 0.000 0.044 0.016 0.116 0.052
#> dkfz_11-150 2 0.1515 0.5674 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0119 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.5783 0.3085 0.000 0.000 0.476 0.008 0.000 0.020 0.008 NA 0.260 0.064
#> dkfz_11-002 2 0.4657 0.3894 0.000 0.636 0.000 0.004 0.000 0.220 0.076 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-003 5 0.1124 0.8763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0555 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1801 0.6085 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.012 0.072 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3979 0.2256 0.000 0.584 0.004 0.004 0.000 0.344 0.060 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0113 0.8959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1632 0.6121 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000 0.008 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.1892 0.8396 0.000 0.000 0.000 0.008 0.860 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0555 0.8912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.5946 0.4515 0.096 0.080 0.000 0.476 0.000 0.012 0.268 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.5214 0.2368 0.552 0.016 0.000 0.132 0.000 0.016 0.244 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 6 0.5328 0.2698 0.000 0.304 0.016 0.004 0.000 0.532 0.080 NA 0.028 0.008
#> dkfz_11-014 7 0.4567 -0.2429 0.000 0.404 0.016 0.000 0.000 0.088 0.480 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.5084 0.2518 0.004 0.548 0.000 0.024 0.000 0.228 0.172 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5870 0.0891 0.000 0.416 0.060 0.012 0.000 0.080 0.376 NA 0.000 0.016
#> dkfz_11-017 3 0.4874 0.5617 0.000 0.028 0.700 0.008 0.000 0.036 0.108 NA 0.036 0.020
#> dkfz_11-018 3 0.2304 0.5806 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.028 0.032 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.3313 0.4734 0.000 0.724 0.004 0.000 0.000 0.216 0.052 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2669 0.5902 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.016 0.028 NA 0.084 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.5977 0.2073 0.308 0.000 0.000 0.336 0.180 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.6054 0.4485 0.108 0.020 0.032 0.464 0.000 0.008 0.280 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.1890 0.8317 0.896 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.5363 0.1639 0.124 0.544 0.000 0.032 0.000 0.012 0.244 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.2249 0.5725 0.120 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1267 0.6210 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.004 0.040 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.4408 0.0781 0.412 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.3105 0.2377 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.804 0.080
#> dkfz_11-029 3 0.5207 0.1082 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.024 0.008 NA 0.408 0.052
#> dkfz_11-030 3 0.2493 0.5900 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.016 0.088 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.0492 0.8948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3680 0.5180 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.140 0.064
#> dkfz_11-033 5 0.0356 0.8955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3859 0.5058 0.000 0.004 0.684 0.000 0.000 0.032 0.224 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0426 0.8946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1296 0.6237 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.008 0.024 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 1 0.1389 0.8650 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0426 0.8957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1835 0.5709 0.108 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.2134 0.8153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.828 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0282 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0113 0.8959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4435 0.4046 0.272 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.5751 0.3932 0.036 0.060 0.004 0.488 0.000 0.020 0.296 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.5505 -0.0536 0.396 0.060 0.000 0.052 0.000 0.012 0.424 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2242 0.4692 0.008 0.004 0.000 0.884 0.000 0.024 0.044 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.1726 0.8167 0.104 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.4438 0.5554 0.260 0.020 0.000 0.608 0.000 0.004 0.100 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.3836 0.4474 0.132 0.000 0.000 0.712 0.036 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.6080 0.0133 0.012 0.292 0.028 0.124 0.000 0.008 0.448 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.0202 0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2866 0.7594 0.000 0.000 0.000 0.044 0.764 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.4442 -0.2201 0.004 0.032 0.428 0.000 0.000 0.008 0.484 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4518 -0.0345 0.000 0.492 0.008 0.008 0.000 0.392 0.096 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0492 0.8947 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1906 0.5732 0.116 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.2243 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.008 0.812 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.5491 0.2789 0.216 0.000 0.000 0.488 0.136 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0315 0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1902 0.5769 0.120 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.6351 0.3351 0.136 0.080 0.000 0.356 0.000 0.028 0.348 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5792 0.1048 0.004 0.024 0.404 0.004 0.000 0.076 0.396 NA 0.004 0.012
#> dkfz_11-063 7 0.6009 0.0551 0.000 0.136 0.256 0.000 0.000 0.088 0.460 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-064 2 0.1187 0.6209 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.008 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2653 0.7936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3472 0.5618 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.004 0.012 NA 0.144 0.020
#> dkfz_11-067 3 0.5407 0.0736 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.012 0.012 NA 0.388 0.096
#> dkfz_11-068 2 0.0920 0.6217 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 5 0.0426 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.6144 0.2459 0.012 0.244 0.000 0.440 0.000 0.024 0.180 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-071 5 0.0555 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4754 0.4027 0.580 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.124 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4469 0.6188 0.124 0.012 0.000 0.004 0.676 0.000 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.1334 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5974 0.0879 0.004 0.416 0.008 0.088 0.000 0.052 0.364 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.2003 0.5788 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.116 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0202 0.8957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.4483 0.5202 0.028 0.000 0.000 0.188 0.600 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3964 0.2013 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.044 0.452 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0558 0.8898 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0315 0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1558 0.8421 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0282 0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6463 0.1498 0.000 0.492 0.044 0.048 0.000 0.112 0.208 NA 0.004 0.016
#> dkfz_11-100 5 0.0113 0.8958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0760 0.8943 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0673 0.8884 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.4516 -0.3039 0.472 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.092 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0492 0.8947 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0202 0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0426 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0356 0.8955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0605 0.8943 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0840 0.8910 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2755 0.6387 0.232 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0202 0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0404 0.8940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0282 0.8962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.4233 0.5904 0.196 0.000 0.000 0.660 0.000 0.004 0.100 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0202 0.8957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.2077 0.8204 0.000 0.000 0.000 0.008 0.836 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.5668 0.4985 0.252 0.040 0.000 0.476 0.000 0.000 0.168 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0113 0.8964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.8958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1154 0.8794 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.2162 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0282 0.8942 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0315 0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.3252 0.7384 0.012 0.000 0.000 0.056 0.744 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2214 0.7711 0.856 0.000 0.000 0.004 0.116 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0426 0.8957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1653 0.8427 0.916 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0615 0.8914 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0282 0.8962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0113 0.8959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0606 0.8911 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0605 0.8937 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0315 0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2936 0.4256 0.664 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0356 0.8953 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3173 0.7915 0.056 0.000 0.000 0.040 0.808 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.1559 0.8541 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0729 0.8844 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.7277 0.1011 0.000 0.172 0.140 0.008 0.000 0.372 0.008 NA 0.172 0.052
#> dkfz_11-140 4 0.4726 0.4612 0.368 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.108 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0426 0.8957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0492 0.8939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.6628 0.3369 0.004 0.000 0.464 0.032 0.000 0.052 0.044 NA 0.092 0.068
#> dkfz_11-144 10 0.2196 0.0000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.152 0.832
#> dkfz_11-145 2 0.1994 0.5971 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-146 9 0.6342 0.3313 0.000 0.000 0.164 0.008 0.000 0.156 0.008 NA 0.476 0.104
#> dkfz_11-147 3 0.2152 0.5823 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.024 0.028 NA 0.012 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.1628 0.6228 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.008 0.036 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.5204 0.5309 0.004 0.000 0.648 0.032 0.000 0.020 0.096 NA 0.056 0.012
#> dkfz_11-150 2 0.1852 0.5977 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.080 0.020 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0492 0.8939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:skmeans 136 1.02e-16 3.41e-04 2
#> ATC:skmeans 136 3.05e-35 9.45e-04 3
#> ATC:skmeans 108 1.58e-27 1.18e-02 4
#> ATC:skmeans 120 8.25e-40 5.31e-07 5
#> ATC:skmeans 117 3.66e-37 4.96e-06 6
#> ATC:skmeans 119 7.46e-33 6.69e-06 7
#> ATC:skmeans 111 7.10e-33 1.79e-05 8
#> ATC:skmeans 95 1.04e-30 3.22e-05 9
#> ATC:skmeans 94 1.61e-34 2.41e-05 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.50278 0.497 0.497
#> 3 3 1.000 0.987 0.995 0.15181 0.922 0.844
#> 4 4 0.879 0.798 0.917 0.23839 0.814 0.578
#> 5 5 0.743 0.583 0.793 0.06545 0.952 0.838
#> 6 6 0.735 0.686 0.765 0.03749 0.897 0.629
#> 7 7 0.781 0.748 0.811 0.02767 0.953 0.763
#> 8 8 0.847 0.764 0.885 0.02694 0.974 0.854
#> 9 9 0.854 0.744 0.892 0.00541 0.999 0.992
#> 10 10 0.839 0.648 0.860 0.01455 0.984 0.902
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.469 0.893 0.100 0.900
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.662 0.800 0.172 0.828
#> dkfz_11-057 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.141 0.975 0.020 0.980
#> dkfz_11-098 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.278 0.949 0.048 0.952
#> dkfz_11-102 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.469 0.893 0.100 0.900
#> dkfz_11-121 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 3 0.4654 0.733 0.000 0.208 0.792
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1529 0.950 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2959 0.857 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.4178 0.742 0.172 0.828 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0892 0.964 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.1753 0.929 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2959 0.857 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.3688 0.729 0.000 0.208 0.792 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-004 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0000 0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-010 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1211 0.958 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4072 -0.157 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.4877 0.314 0.592 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-038 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-041 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-042 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-043 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.4855 0.723 0.400 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.4103 -0.170 0.256 0.000 0.000 0.744
#> dkfz_11-056 1 0.5352 0.903 0.596 0.016 0.000 0.388
#> dkfz_11-057 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-058 1 0.4933 0.885 0.568 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-059 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 4 0.4643 -0.439 0.344 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 4 0.4477 -0.361 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-072 1 0.4888 0.304 0.588 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-074 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-096 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-097 1 0.4866 0.324 0.596 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-101 1 0.4866 0.324 0.596 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0188 0.491 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-105 4 0.3764 0.666 0.216 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-106 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-107 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-108 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-109 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-110 4 0.4356 -0.286 0.292 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-111 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.4790 0.717 0.380 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-116 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-119 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-120 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-121 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-122 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-123 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 4 0.4454 -0.335 0.308 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-126 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.3074 0.173 0.152 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-132 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-133 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-134 4 0.1474 0.409 0.052 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-135 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-136 4 0.4103 -0.170 0.256 0.000 0.000 0.744
#> dkfz_11-137 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-138 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.4866 0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-142 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.4866 0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.6326 0.4402 0.000 0.208 0.524 0.268 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-004 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3612 0.5295 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.3010 0.6989 0.004 0.000 0.000 0.172 0.824
#> dkfz_11-010 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-011 2 0.4060 0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0162 0.7777 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.4181 0.5023 0.000 0.712 0.020 0.268 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1732 0.9068 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2074 0.7163 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.5048 0.0385 0.476 0.000 0.000 0.032 0.492
#> dkfz_11-022 2 0.4060 0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2732 0.6508 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.4644 -0.1723 0.460 0.012 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0404 0.7479 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.1732 0.7323 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-036 2 0.0703 0.7695 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0912 0.7471 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-038 1 0.3694 0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-039 2 0.4306 0.0584 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-041 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-042 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-043 1 0.2304 0.7294 0.908 0.000 0.000 0.048 0.044
#> dkfz_11-044 2 0.4060 0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.2471 0.6751 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4294 -0.4417 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2230 0.6978 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0404 0.7748 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-052 5 0.1043 0.6509 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3612 0.5295 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.5048 0.0385 0.476 0.000 0.000 0.032 0.492
#> dkfz_11-056 1 0.4294 -0.2139 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-058 1 0.3805 0.6725 0.784 0.000 0.000 0.032 0.184
#> dkfz_11-059 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.4074 0.3652 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0404 0.7758 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0963 0.7623 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.4774 0.3066 0.612 0.000 0.000 0.028 0.360
#> dkfz_11-066 3 0.1671 0.9090 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0703 0.7695 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4060 0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.5714 0.3081 0.592 0.000 0.000 0.116 0.292
#> dkfz_11-072 1 0.6257 -0.0529 0.512 0.320 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0794 0.7448 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2074 0.7163 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-093 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2377 0.6813 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1197 0.7418 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.6220 -0.0277 0.524 0.308 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1124 0.6509 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> dkfz_11-099 2 0.2179 0.7166 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-101 1 0.4890 -0.2302 0.524 0.024 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-103 2 0.4306 0.0584 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3182 0.7239 0.844 0.000 0.000 0.032 0.124
#> dkfz_11-105 5 0.3318 0.5119 0.192 0.000 0.000 0.008 0.800
#> dkfz_11-106 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1732 0.7203 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3694 0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-110 1 0.5032 0.0838 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> dkfz_11-111 5 0.1357 0.6449 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> dkfz_11-112 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-113 5 0.1502 0.6394 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940
#> dkfz_11-114 2 0.4074 0.3652 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-116 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-117 2 0.3039 0.6169 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1124 0.6509 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> dkfz_11-119 1 0.3165 0.7323 0.848 0.000 0.000 0.036 0.116
#> dkfz_11-120 1 0.2813 0.6454 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-122 1 0.3810 0.7103 0.792 0.000 0.000 0.040 0.168
#> dkfz_11-123 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-125 1 0.5024 0.1127 0.528 0.000 0.000 0.032 0.440
#> dkfz_11-126 1 0.3694 0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-127 2 0.4306 0.0584 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.5048 0.0385 0.476 0.000 0.000 0.032 0.492
#> dkfz_11-129 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-130 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-131 1 0.1671 0.7228 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3694 0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-133 1 0.2561 0.6648 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.5039 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-135 1 0.2735 0.7422 0.880 0.000 0.000 0.036 0.084
#> dkfz_11-136 1 0.4638 0.2317 0.648 0.000 0.000 0.028 0.324
#> dkfz_11-137 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-138 1 0.3694 0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.4060 0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0963 0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-143 2 0.4060 0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2074 0.7163 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.3707 0.4878 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2852 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0405 0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 4 0.6470 -0.27472 0.000 0.092 0.156 0.552 0.000 0.200
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 4 0.5575 -0.19610 0.000 0.252 0.000 0.548 0.000 0.200
#> dkfz_11-007 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0291 0.90174 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0260 0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3828 0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-012 2 0.0146 0.90235 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 4 0.5965 -0.18062 0.000 0.232 0.020 0.548 0.000 0.200
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.2201 0.90973 0.000 0.000 0.896 0.076 0.000 0.028
#> dkfz_11-018 3 0.0405 0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.2726 0.78549 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.96032 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.3828 0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-023 1 0.4672 0.61476 0.684 0.000 0.000 0.128 0.000 0.188
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3151 0.35528 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.2260 0.65263 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1789 0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-029 3 0.1789 0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-030 2 0.2349 0.81630 0.000 0.892 0.008 0.080 0.000 0.020
#> dkfz_11-031 5 0.0260 0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0405 0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1225 0.87634 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.2912 0.60509 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3789 0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.3151 0.72093 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-040 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0260 0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4278 0.56883 0.712 0.000 0.000 0.212 0.076 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.3828 0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-045 1 0.4354 0.63695 0.724 0.000 0.000 0.132 0.000 0.144
#> dkfz_11-046 6 0.4242 0.58022 0.000 0.136 0.000 0.128 0.000 0.736
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3175 0.51023 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-049 1 0.0146 0.69260 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0458 0.89116 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-051 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.3558 0.63909 0.028 0.000 0.000 0.212 0.760 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.5575 -0.19610 0.000 0.252 0.000 0.548 0.000 0.200
#> dkfz_11-055 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.3756 0.35384 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-057 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4192 0.31036 0.572 0.000 0.000 0.412 0.016 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0146 0.69252 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3823 0.77709 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-061 2 0.0458 0.89438 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-062 2 0.1219 0.86439 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.5986 -0.39228 0.408 0.000 0.000 0.360 0.232 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2030 0.91632 0.000 0.000 0.908 0.064 0.000 0.028
#> dkfz_11-067 3 0.0820 0.96009 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-068 2 0.1225 0.87634 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3828 0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-071 1 0.6079 -0.25826 0.392 0.000 0.000 0.280 0.328 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4849 0.43735 0.664 0.148 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-073 1 0.2793 0.61267 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2726 0.78549 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> dkfz_11-092 5 0.0260 0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1814 0.65428 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-096 1 0.3104 0.63149 0.800 0.000 0.000 0.184 0.000 0.016
#> dkfz_11-097 1 0.4815 0.44166 0.668 0.144 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-098 5 0.3483 0.64570 0.024 0.000 0.000 0.212 0.764 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.3044 0.77087 0.000 0.836 0.000 0.116 0.000 0.048
#> dkfz_11-100 5 0.0260 0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3758 0.43321 0.668 0.008 0.000 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-102 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3151 0.72093 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-104 1 0.2762 0.59822 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.4972 0.24328 0.108 0.000 0.000 0.272 0.620 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0937 0.68212 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3789 0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.6041 0.56643 0.312 0.000 0.000 0.416 0.272 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3766 0.61605 0.040 0.000 0.000 0.212 0.748 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.3713 0.60955 0.032 0.000 0.000 0.224 0.744 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3823 0.77709 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3221 0.29800 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-118 5 0.3558 0.63897 0.028 0.000 0.000 0.212 0.760 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.2048 0.64451 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2697 0.60809 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-121 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3175 0.53673 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.6034 0.54913 0.320 0.000 0.000 0.416 0.264 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3789 0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3151 0.72093 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-128 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0790 0.68454 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-132 1 0.3789 0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2048 0.64260 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-134 4 0.6038 0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2340 0.64261 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.5827 -0.24906 0.476 0.000 0.000 0.208 0.316 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3789 0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1789 0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-140 6 0.3828 0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.3828 0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-144 3 0.1789 0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-145 2 0.2726 0.78549 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> dkfz_11-146 3 0.1789 0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-147 3 0.0405 0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.3515 -0.00711 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.5759 0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-002 7 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 7 0.1482 0.938 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-007 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0239 0.903 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.0334 0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2784 0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 7 0.1222 0.935 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.6024 0.711 0.364 0.000 0.444 0.000 0.000 0.072 0.120
#> dkfz_11-018 3 0.5759 0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-019 2 0.2043 0.824 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-020 3 0.5437 0.736 0.276 0.000 0.576 0.000 0.000 0.068 0.080
#> dkfz_11-021 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2784 0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4993 0.537 0.276 0.000 0.000 0.000 0.564 0.160 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.1330 0.670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3156 0.498 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.3458 0.737 0.052 0.796 0.000 0.000 0.000 0.016 0.136
#> dkfz_11-031 4 0.0334 0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.5759 0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-033 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1166 0.884 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-037 5 0.3459 0.289 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3402 0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.1526 0.765 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0334 0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4612 0.175 0.388 0.000 0.000 0.076 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2784 0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4714 0.540 0.280 0.000 0.000 0.000 0.600 0.120 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.3604 0.768 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.768 0.128
#> dkfz_11-047 5 0.0422 0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3381 0.401 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-049 5 0.0656 0.769 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0422 0.904 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2855 0.631 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 7 0.1482 0.938 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-055 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.3280 0.523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3754 0.448 0.620 0.000 0.000 0.016 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.0582 0.770 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.2784 0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0334 0.907 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1433 0.855 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.5072 0.725 0.564 0.000 0.000 0.224 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.5860 0.726 0.376 0.000 0.456 0.000 0.000 0.072 0.096
#> dkfz_11-067 3 0.2850 0.710 0.144 0.000 0.828 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.1166 0.884 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-069 5 0.0422 0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2832 0.868 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.5405 0.618 0.460 0.000 0.000 0.328 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.2667 0.665 0.000 0.016 0.000 0.000 0.824 0.160 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3441 0.312 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2043 0.824 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-092 4 0.0334 0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.1050 0.741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-096 5 0.3308 0.412 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2583 0.667 0.000 0.012 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.2832 0.638 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.2736 0.802 0.004 0.832 0.000 0.000 0.000 0.020 0.144
#> dkfz_11-100 4 0.0334 0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2326 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1526 0.765 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3008 0.533 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.3837 0.194 0.368 0.000 0.000 0.612 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0422 0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0334 0.765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.0422 0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3402 0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.4596 0.785 0.624 0.000 0.000 0.260 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.3172 0.607 0.244 0.000 0.000 0.744 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.2945 0.600 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2784 0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3221 0.379 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2855 0.631 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2081 0.681 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2259 0.677 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3475 0.225 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0422 0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4627 0.784 0.624 0.000 0.000 0.252 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3402 0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.1526 0.765 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.770 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3402 0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.1222 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.4346 0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.2878 0.584 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.5596 0.556 0.400 0.000 0.000 0.304 0.296 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3402 0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.2784 0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-141 5 0.0422 0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2784 0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2043 0.824 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.5759 0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.3423 0.146 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0471 0.8724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.0868 0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2324 0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0125 0.8991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0471 0.9167 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1947 0.8160 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3070 0.4415 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-021 1 0.1576 0.8421 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2324 0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4844 0.4892 0.288 0.000 0.000 0.000 0.528 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3070 0.4505 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 8 0.0000 0.9525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 8 0.0224 0.9518 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-030 2 0.4368 0.1047 0.000 0.484 0.440 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.0868 0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.0313 0.8747 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1144 0.8717 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3307 0.1646 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1195 0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.0000 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0125 0.8749 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0313 0.8747 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0868 0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4184 0.2304 0.556 0.000 0.000 0.064 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2324 0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4436 0.4854 0.296 0.000 0.000 0.000 0.588 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.2946 0.8297 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.812 0.084 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0544 0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3265 0.3206 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 5 0.0992 0.7745 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0395 0.8922 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3220 0.4507 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.3174 0.5317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1521 0.8089 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.0681 0.7750 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.2296 0.8832 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0395 0.8943 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1341 0.8475 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2840 0.7684 0.816 0.000 0.000 0.056 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0224 0.9267 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 8 0.2380 0.7426 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-068 2 0.1144 0.8717 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.7713 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2380 0.8752 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.4036 0.6007 0.664 0.000 0.000 0.240 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.2512 0.7044 0.000 0.008 0.000 0.000 0.808 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3318 0.0765 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1947 0.8160 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.0868 0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.0544 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 5 0.3665 0.3127 0.404 0.000 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2389 0.7095 0.000 0.004 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.3220 0.4517 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.3243 0.7644 0.000 0.792 0.040 0.000 0.000 0.020 0.148 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.0868 0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2296 0.7082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0125 0.7691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3307 0.1961 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3294 0.0643 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.7713 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0544 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.0544 0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1195 0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1275 0.8469 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.3278 0.3786 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3244 0.4238 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2296 0.8832 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.0313 0.8747 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3043 0.4046 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3229 0.4436 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2736 0.5705 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2267 0.7107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3303 0.1290 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0544 0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1107 0.8521 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1195 0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0125 0.7691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0544 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1195 0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.0544 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1038 0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.3070 0.4797 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4082 0.3046 0.572 0.000 0.000 0.056 0.372 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1195 0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.9525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.2324 0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 5 0.0544 0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.3250 0.8600 0.056 0.180 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0224 0.9518 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-145 2 0.1947 0.8160 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.0000 0.9525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.3203 0.2259 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 8 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 8 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0446 0.8492 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.0821 0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2252 0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0119 0.9013 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 8 0.0565 0.9659 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0446 0.9025 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1843 0.8183 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2905 0.4415 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-021 1 0.0845 0.8426 0.964 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2252 0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4717 0.4731 0.284 0.000 0.000 0.000 0.520 0.192 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.7193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3102 0.4550 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.0000 0.9426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 9 0.0212 0.9418 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-030 2 0.4134 0.1060 0.000 0.484 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.0821 0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.0296 0.8519 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1082 0.8730 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3320 0.1820 0.448 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0373 0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.0000 0.7193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0119 0.8521 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0296 0.8519 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0821 0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4088 0.2109 0.564 0.000 0.000 0.060 0.368 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2252 0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4420 0.4873 0.296 0.000 0.000 0.000 0.576 0.120 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.2866 0.7900 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0581 0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3096 0.2960 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 5 0.0994 0.7435 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0373 0.8943 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3117 0.3841 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 8 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 5 0.3077 0.4163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1087 0.8354 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.0706 0.7447 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.2226 0.8521 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0296 0.8987 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1269 0.8468 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2132 0.7460 0.852 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0212 0.9138 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 9 0.2252 0.7148 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-068 2 0.1082 0.8730 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0119 0.7395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2302 0.8419 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.3888 0.5096 0.676 0.000 0.000 0.228 0.088 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.2430 0.6600 0.000 0.008 0.000 0.000 0.800 0.192 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3317 0.0752 0.548 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1843 0.8183 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.0821 0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.0515 0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 5 0.3481 0.3130 0.412 0.000 0.000 0.000 0.568 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2315 0.6661 0.000 0.004 0.000 0.000 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.3117 0.3852 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.3070 0.7654 0.000 0.792 0.040 0.000 0.000 0.020 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.0821 0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2226 0.6646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0119 0.7241 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3149 0.1382 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3055 0.1192 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0119 0.7395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0515 0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.0581 0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0373 0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0237 0.8617 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.3145 0.3085 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3130 0.3558 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2226 0.8521 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.0296 0.8519 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2716 0.5195 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3122 0.3768 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2716 0.4842 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2200 0.6676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3070 0.2192 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0581 0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0373 0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0237 0.7214 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0515 0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0373 0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.0515 0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0119 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.2984 0.4330 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3379 0.1751 0.580 0.000 0.000 0.004 0.408 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0373 0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0000 0.9426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.2252 0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 5 0.0581 0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.0581 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 9 0.0212 0.9418 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-145 2 0.1843 0.8183 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.0000 0.9426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.2994 0.2843 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-002 6 0.0000 0.19156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-004 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 6 0.0000 0.19156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 4 0.0605 0.84785 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-010 4 0.0816 0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-011 7 0.1966 0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 2 0.0282 0.82882 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 9 0.2954 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0555 0.77710 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-019 2 0.3007 -0.23821 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.2772 0.35598 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0
#> dkfz_11-021 1 0.2433 0.65418 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0
#> dkfz_11-022 7 0.1966 0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-023 5 0.5919 0.13574 0.280 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.164 0.000 0.256 0
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 7 0.1661 0.65084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 5 0.4703 0.05378 0.336 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.260 0
#> dkfz_11-028 8 0.0000 0.94274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-029 8 0.0202 0.94193 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0
#> dkfz_11-030 3 0.4365 0.00292 0.000 0.416 0.440 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-031 4 0.0784 0.84133 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-033 4 0.0404 0.85192 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-035 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-036 2 0.2748 0.32473 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 1 0.4706 0.08444 0.400 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.260 0
#> dkfz_11-038 1 0.0202 0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-039 7 0.1661 0.65084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.85278 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 4 0.0404 0.85192 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-042 4 0.0816 0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-043 1 0.4252 0.44400 0.564 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.260 0
#> dkfz_11-044 7 0.1966 0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 5 0.5755 0.11663 0.292 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.112 0.000 0.280 0
#> dkfz_11-046 7 0.2417 0.83164 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.052 0.832 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 5 0.0555 0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 2 0.4183 0.08033 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.112 0
#> dkfz_11-049 5 0.2390 0.65618 0.036 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000 0.124 0
#> dkfz_11-050 2 0.0356 0.82594 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 1 0.0315 0.81484 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-052 4 0.3153 0.40107 0.432 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.19156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-056 5 0.4335 0.22835 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.372 0.000 0.144 0
#> dkfz_11-057 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-058 1 0.2649 0.66629 0.760 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.224 0
#> dkfz_11-059 5 0.0615 0.71516 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 7 0.1851 0.85990 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-061 2 0.0492 0.82240 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 2 0.0492 0.81874 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 1 0.3435 0.59315 0.676 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.260 0
#> dkfz_11-066 3 0.0202 0.79284 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-067 8 0.2149 0.71534 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0
#> dkfz_11-068 2 0.2828 0.24310 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 5 0.0555 0.71039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0
#> dkfz_11-070 7 0.2021 0.85047 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 1 0.4337 0.51632 0.612 0.000 0.000 0.080 0.048 0.000 0.000 0.000 0.260 0
#> dkfz_11-072 5 0.2521 0.62625 0.000 0.008 0.000 0.000 0.816 0.000 0.152 0.000 0.024 0
#> dkfz_11-073 1 0.4291 0.43228 0.556 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.260 0
#> dkfz_11-074 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 6 0.3010 0.09047 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 4 0.0816 0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-093 1 0.0113 0.81878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 5 0.0000 0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-096 5 0.2943 0.25089 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-097 5 0.2435 0.62893 0.000 0.004 0.000 0.000 0.820 0.000 0.152 0.000 0.024 0
#> dkfz_11-098 4 0.3153 0.40183 0.432 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-099 6 0.3785 0.20945 0.000 0.448 0.024 0.000 0.000 0.508 0.020 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 4 0.0816 0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-101 5 0.2411 0.62070 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.164 0.000 0.024 0
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-103 7 0.0113 0.74396 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 5 0.3007 0.15294 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 1 0.3100 0.06782 0.596 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-106 5 0.0555 0.71039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 5 0.0555 0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 1 0.0202 0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-110 1 0.0113 0.81974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 4 0.3180 0.32876 0.464 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-112 1 0.0315 0.81484 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-113 4 0.3165 0.37399 0.444 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-114 7 0.1851 0.85990 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 4 0.0404 0.85192 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-116 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-117 2 0.2735 0.41329 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 4 0.3157 0.39408 0.436 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-119 5 0.2575 0.47575 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 5 0.2295 0.63286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.148 0.000 0.024 0
#> dkfz_11-121 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-122 1 0.2936 0.16964 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 5 0.0555 0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 1 0.0226 0.81703 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 1 0.0202 0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-127 7 0.1156 0.71086 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000 0.944 0.000 0.024 0
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-129 1 0.0315 0.81484 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 1 0.0202 0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-133 5 0.0000 0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-135 5 0.2857 0.41426 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-136 1 0.4167 0.46790 0.580 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.260 0
#> dkfz_11-137 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-138 1 0.0202 0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.94274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 7 0.1966 0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 5 0.0555 0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-142 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-143 10 0.0000 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 8 0.0202 0.94193 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0
#> dkfz_11-145 2 0.3010 -0.30036 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 8 0.0000 0.94274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 2 0.2908 0.21360 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 4 0.0113 0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:pam 136 4.15e-16 9.24e-06 2
#> ATC:pam 136 8.79e-25 6.93e-05 3
#> ATC:pam 115 5.26e-23 6.36e-05 4
#> ATC:pam 100 1.82e-26 2.59e-06 5
#> ATC:pam 115 1.23e-25 2.80e-05 6
#> ATC:pam 120 8.64e-25 5.04e-04 7
#> ATC:pam 114 2.03e-25 3.66e-06 8
#> ATC:pam 112 2.93e-26 9.80e-07 9
#> ATC:pam 101 3.65e-23 6.51e-06 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res
and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots()
function collects all the plots made from res
for all k
(number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k
.
collect_plots(res)
The plots are:
k
and the heatmap of
predicted classes for each k
.k
.k
.k
.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number()
produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k
. There are following statistics:
k
;k
, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1
.
If they are too similar, we won't accept k
is better than k-1
.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats()
.
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.764 0.884 0.946 0.46298 0.540 0.540
#> 3 3 0.677 0.823 0.901 0.20365 0.892 0.806
#> 4 4 0.641 0.771 0.858 0.22210 0.727 0.480
#> 5 5 0.680 0.759 0.841 0.11716 0.778 0.410
#> 6 6 0.755 0.709 0.788 0.06239 0.936 0.726
#> 7 7 0.780 0.749 0.847 0.03974 0.929 0.648
#> 8 8 0.860 0.817 0.897 0.02458 0.957 0.734
#> 9 9 0.850 0.783 0.861 0.00904 0.996 0.969
#> 10 10 0.834 0.699 0.820 0.00675 0.989 0.917
suggest_best_k()
suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*
)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE
method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes()
function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-006 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.8661 0.6419 0.712 0.288
#> dkfz_11-012 2 0.8713 0.5791 0.292 0.708
#> dkfz_11-013 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-014 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-015 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-016 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.5737 0.8271 0.864 0.136
#> dkfz_11-022 1 0.8813 0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-023 1 0.0376 0.9319 0.996 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-025 1 0.2778 0.9070 0.952 0.048
#> dkfz_11-026 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0376 0.9511 0.004 0.996
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-037 1 0.8608 0.6477 0.716 0.284
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.2423 0.9103 0.960 0.040
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.8081 0.6675 0.248 0.752
#> dkfz_11-044 1 0.8608 0.6482 0.716 0.284
#> dkfz_11-045 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-046 1 0.8813 0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.7602 0.7358 0.780 0.220
#> dkfz_11-049 1 0.2423 0.9103 0.960 0.040
#> dkfz_11-050 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.3274 0.9202 0.060 0.940
#> dkfz_11-054 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.2603 0.9075 0.956 0.044
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2423 0.9103 0.960 0.040
#> dkfz_11-061 2 0.9944 0.0939 0.456 0.544
#> dkfz_11-062 2 0.1184 0.9544 0.016 0.984
#> dkfz_11-063 2 0.2603 0.9345 0.044 0.956
#> dkfz_11-064 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-065 1 0.9963 0.1960 0.536 0.464
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-069 1 0.7299 0.7542 0.796 0.204
#> dkfz_11-070 1 0.8608 0.6482 0.716 0.284
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.9129 0.5688 0.672 0.328
#> dkfz_11-073 2 0.7528 0.7196 0.216 0.784
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-091 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.9286 0.5333 0.656 0.344
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.8555 0.6540 0.720 0.280
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.8267 0.6831 0.740 0.260
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.8813 0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.8763 0.6396 0.704 0.296
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0672 0.9296 0.992 0.008
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.6801 0.7816 0.820 0.180
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.8813 0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.9044 0.4924 0.320 0.680
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9342 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-002 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.1031 0.889 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-006 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.1031 0.889 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.8144 0.445 0.544 0.380 0.076
#> dkfz_11-012 2 0.3263 0.804 0.040 0.912 0.048
#> dkfz_11-013 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-014 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-015 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-016 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-017 3 0.4291 0.763 0.000 0.180 0.820
#> dkfz_11-018 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-019 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-020 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-021 1 0.5639 0.756 0.752 0.232 0.016
#> dkfz_11-022 1 0.7633 0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-023 1 0.5363 0.725 0.724 0.276 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4834 0.760 0.004 0.792 0.204
#> dkfz_11-025 1 0.5639 0.756 0.752 0.232 0.016
#> dkfz_11-026 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-027 1 0.5058 0.759 0.756 0.244 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-029 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-030 3 0.1411 0.892 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5835 0.491 0.000 0.340 0.660
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-037 2 0.5977 0.524 0.252 0.728 0.020
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.5335 0.761 0.760 0.232 0.008
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2680 0.824 0.008 0.924 0.068
#> dkfz_11-044 1 0.7479 0.661 0.660 0.264 0.076
#> dkfz_11-045 2 0.2448 0.879 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-046 1 0.7633 0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.7905 0.308 0.500 0.444 0.056
#> dkfz_11-049 1 0.5639 0.756 0.752 0.232 0.016
#> dkfz_11-050 2 0.3272 0.868 0.004 0.892 0.104
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.6274 0.157 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-054 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.5493 0.759 0.756 0.232 0.012
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4682 0.786 0.804 0.192 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.1289 0.887 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.5812 0.728 0.724 0.264 0.012
#> dkfz_11-061 2 0.7556 0.525 0.224 0.676 0.100
#> dkfz_11-062 3 0.6204 0.259 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-063 3 0.5363 0.608 0.000 0.276 0.724
#> dkfz_11-064 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-065 2 0.4725 0.735 0.088 0.852 0.060
#> dkfz_11-066 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-067 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-068 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-069 1 0.5365 0.749 0.744 0.252 0.004
#> dkfz_11-070 1 0.8180 0.413 0.532 0.392 0.076
#> dkfz_11-071 1 0.1753 0.882 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.7542 0.372 0.528 0.432 0.040
#> dkfz_11-073 2 0.2496 0.826 0.004 0.928 0.068
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-091 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3644 0.834 0.872 0.124 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-095 1 0.2448 0.872 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3272 0.851 0.892 0.104 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.5903 0.552 0.232 0.744 0.024
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.2200 0.900 0.004 0.940 0.056
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.5698 0.743 0.736 0.252 0.012
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.5443 0.740 0.736 0.260 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1525 0.886 0.964 0.032 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.0237 0.894 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1031 0.889 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.7400 0.665 0.664 0.264 0.072
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.7633 0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.5244 0.759 0.756 0.240 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1860 0.881 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0237 0.894 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0237 0.894 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5325 0.752 0.748 0.248 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2711 0.866 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1765 0.884 0.956 0.040 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2625 0.868 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2878 0.862 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1031 0.903 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-140 1 0.7633 0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.9555 0.353 0.476 0.300 0.224
#> dkfz_11-144 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-145 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-146 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-147 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-148 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-149 3 0.1411 0.892 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-150 2 0.1964 0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.1022 0.8965 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0469 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.1867 0.8771 0.928 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-011 4 0.1743 0.7212 0.004 0.056 0.000 0.940
#> dkfz_11-012 4 0.4632 0.6164 0.004 0.308 0.000 0.688
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0336 0.9385 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.6407 0.5558 0.000 0.332 0.084 0.584
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3501 0.7198 0.132 0.020 0.000 0.848
#> dkfz_11-022 4 0.1661 0.7208 0.004 0.052 0.000 0.944
#> dkfz_11-023 4 0.3612 0.7301 0.100 0.044 0.000 0.856
#> dkfz_11-024 4 0.5440 0.5330 0.000 0.384 0.020 0.596
#> dkfz_11-025 4 0.3850 0.7261 0.116 0.044 0.000 0.840
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.4452 0.6204 0.260 0.008 0.000 0.732
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.7052 0.4074 0.000 0.128 0.372 0.500
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.6042 0.5263 0.000 0.368 0.052 0.580
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.4838 0.6627 0.024 0.252 0.000 0.724
#> dkfz_11-038 1 0.3311 0.8041 0.828 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-039 4 0.3850 0.7261 0.116 0.044 0.000 0.840
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 4 0.5026 0.6132 0.016 0.312 0.000 0.672
#> dkfz_11-044 4 0.1743 0.7208 0.004 0.056 0.000 0.940
#> dkfz_11-045 2 0.4790 0.2316 0.000 0.620 0.000 0.380
#> dkfz_11-046 4 0.1661 0.7208 0.004 0.052 0.000 0.944
#> dkfz_11-047 1 0.1302 0.8934 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-048 4 0.2329 0.7252 0.012 0.072 0.000 0.916
#> dkfz_11-049 4 0.3485 0.7234 0.116 0.028 0.000 0.856
#> dkfz_11-050 4 0.5339 0.5364 0.000 0.384 0.016 0.600
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.5773 0.5376 0.004 0.376 0.028 0.592
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2973 0.8347 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-056 4 0.3764 0.7257 0.116 0.040 0.000 0.844
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2704 0.7097 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-059 4 0.4916 0.3040 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-060 4 0.3088 0.7317 0.060 0.052 0.000 0.888
#> dkfz_11-061 4 0.5138 0.4809 0.008 0.392 0.000 0.600
#> dkfz_11-062 4 0.6121 0.4719 0.000 0.396 0.052 0.552
#> dkfz_11-063 4 0.6779 0.5277 0.000 0.324 0.116 0.560
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 4 0.4737 0.6599 0.020 0.252 0.000 0.728
#> dkfz_11-066 3 0.1209 0.9399 0.000 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.5108 0.5812 0.672 0.020 0.000 0.308
#> dkfz_11-070 4 0.3768 0.6915 0.008 0.184 0.000 0.808
#> dkfz_11-071 1 0.3873 0.7499 0.772 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-072 4 0.6330 0.6801 0.144 0.200 0.000 0.656
#> dkfz_11-073 4 0.5013 0.6330 0.020 0.292 0.000 0.688
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0336 0.9385 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0336 0.9372 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.4277 0.5691 0.280 0.000 0.000 0.720
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4981 0.1639 0.536 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-096 4 0.4804 0.3444 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-097 4 0.4855 0.6515 0.020 0.268 0.000 0.712
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4985 -0.2188 0.000 0.532 0.000 0.468
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.5152 0.5263 0.316 0.020 0.000 0.664
#> dkfz_11-102 1 0.2345 0.8677 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-103 4 0.1452 0.7226 0.008 0.036 0.000 0.956
#> dkfz_11-104 1 0.2704 0.8515 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1637 0.8902 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-107 1 0.4250 0.6634 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-108 1 0.2647 0.8544 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-109 1 0.4761 0.4344 0.628 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.1807 0.7226 0.008 0.052 0.000 0.940
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1807 0.7226 0.008 0.052 0.000 0.940
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.5288 0.0271 0.472 0.008 0.000 0.520
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.4925 0.2874 0.428 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-123 1 0.4941 0.2259 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-124 1 0.2921 0.8386 0.860 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-125 1 0.4134 0.6787 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-126 1 0.3123 0.8234 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-127 4 0.3404 0.7317 0.104 0.032 0.000 0.864
#> dkfz_11-128 1 0.2081 0.8755 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0707 0.9023 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-131 4 0.4605 0.5140 0.336 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-132 1 0.2868 0.8421 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-133 1 0.4624 0.5220 0.660 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.4776 0.4308 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-136 4 0.4643 0.5024 0.344 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2814 0.8452 0.868 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-139 3 0.0188 0.9748 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-140 4 0.1807 0.7226 0.008 0.052 0.000 0.940
#> dkfz_11-141 1 0.2973 0.8347 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.1661 0.7183 0.000 0.052 0.004 0.944
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4356 0.7502 0.000 0.048 0.804 0.148
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0510 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-004 5 0.0912 0.8394 0.012 0.000 0.000 0.016 0.972
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0162 0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.3508 0.5955 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-010 5 0.2233 0.7904 0.080 0.000 0.000 0.016 0.904
#> dkfz_11-011 4 0.5358 0.4572 0.104 0.248 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4832 0.7615 0.104 0.720 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0162 0.8463 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.5318 0.7587 0.140 0.696 0.008 0.156 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.5178 -0.1118 0.476 0.000 0.000 0.484 0.040
#> dkfz_11-022 4 0.0609 0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.5730 0.3200 0.644 0.136 0.000 0.212 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.4953 0.7616 0.124 0.712 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.1568 0.8580 0.020 0.000 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.7633 0.1491 0.264 0.100 0.000 0.160 0.476
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.5553 0.5631 0.024 0.184 0.688 0.104 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0798 0.8403 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0510 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-034 2 0.5358 0.7557 0.144 0.692 0.008 0.156 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0510 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5933 0.6425 0.228 0.608 0.000 0.160 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.2852 0.8262 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-039 4 0.1568 0.8580 0.020 0.000 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-040 5 0.3039 0.6783 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-041 5 0.0162 0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-042 5 0.0404 0.8412 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-043 2 0.5425 0.7335 0.156 0.676 0.000 0.164 0.004
#> dkfz_11-044 4 0.0932 0.8646 0.020 0.004 0.000 0.972 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.3471 0.8147 0.092 0.836 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0609 0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.3177 0.6334 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-048 2 0.6261 0.2933 0.128 0.464 0.000 0.404 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.1836 0.8511 0.032 0.000 0.000 0.932 0.036
#> dkfz_11-050 2 0.4864 0.7648 0.116 0.720 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0290 0.8408 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-052 1 0.4283 0.3611 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-053 2 0.5123 0.7578 0.144 0.696 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3305 0.8076 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-056 4 0.1568 0.8580 0.020 0.000 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-057 5 0.4074 0.3304 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-058 1 0.5177 0.0446 0.488 0.000 0.000 0.472 0.040
#> dkfz_11-059 1 0.4272 0.8228 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> dkfz_11-060 4 0.1485 0.8600 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> dkfz_11-061 2 0.4593 0.7701 0.080 0.736 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.5281 0.7619 0.140 0.700 0.008 0.152 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.5202 0.7621 0.144 0.700 0.004 0.152 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.6026 0.6183 0.244 0.592 0.000 0.160 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0740 0.9480 0.008 0.004 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.4964 0.5482 0.204 0.000 0.000 0.096 0.700
#> dkfz_11-070 4 0.5761 0.1904 0.092 0.332 0.000 0.572 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.4795 0.5426 0.224 0.000 0.000 0.072 0.704
#> dkfz_11-072 5 0.8355 0.0170 0.188 0.248 0.000 0.192 0.372
#> dkfz_11-073 2 0.4845 0.7666 0.128 0.724 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0510 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1626 0.8381 0.044 0.940 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0510 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-093 1 0.5461 0.2833 0.528 0.000 0.000 0.408 0.064
#> dkfz_11-094 2 0.0162 0.8463 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4850 0.8009 0.696 0.000 0.000 0.072 0.232
#> dkfz_11-096 1 0.3527 0.8064 0.828 0.000 0.000 0.056 0.116
#> dkfz_11-097 2 0.5653 0.6990 0.140 0.656 0.000 0.196 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.0693 0.8413 0.008 0.000 0.000 0.012 0.980
#> dkfz_11-099 2 0.3888 0.8011 0.076 0.804 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.8409 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 1 0.6219 0.6147 0.544 0.000 0.000 0.196 0.260
#> dkfz_11-102 1 0.3636 0.7687 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-103 4 0.2280 0.7958 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2852 0.8262 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-105 5 0.0404 0.8398 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-106 5 0.3690 0.6292 0.200 0.000 0.000 0.020 0.780
#> dkfz_11-107 1 0.3081 0.8291 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-108 1 0.3177 0.8181 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-109 1 0.4168 0.8216 0.756 0.000 0.000 0.044 0.200
#> dkfz_11-110 5 0.0404 0.8412 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-111 5 0.0162 0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-112 5 0.1270 0.8201 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-113 5 0.2852 0.7032 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-114 4 0.0609 0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0798 0.8403 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> dkfz_11-116 5 0.3177 0.6555 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-117 4 0.0609 0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0162 0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-119 5 0.0324 0.8418 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-120 1 0.5329 0.7767 0.672 0.000 0.000 0.144 0.184
#> dkfz_11-121 5 0.3752 0.5285 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-122 1 0.4134 0.8228 0.760 0.000 0.000 0.044 0.196
#> dkfz_11-123 1 0.3081 0.8279 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-124 1 0.3427 0.8276 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> dkfz_11-125 1 0.3649 0.8311 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> dkfz_11-126 1 0.4024 0.8140 0.752 0.000 0.000 0.028 0.220
#> dkfz_11-127 1 0.5480 0.6250 0.660 0.016 0.000 0.248 0.076
#> dkfz_11-128 1 0.4060 0.6366 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-129 5 0.1908 0.7877 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-130 5 0.3816 0.4957 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-131 1 0.4949 0.8152 0.728 0.008 0.000 0.100 0.164
#> dkfz_11-132 1 0.2852 0.8262 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-133 1 0.3081 0.8290 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-134 5 0.3480 0.6054 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-135 1 0.4252 0.8135 0.764 0.000 0.000 0.064 0.172
#> dkfz_11-136 1 0.4123 0.7215 0.788 0.000 0.000 0.108 0.104
#> dkfz_11-137 5 0.0579 0.8425 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> dkfz_11-138 1 0.2966 0.8253 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-139 3 0.0703 0.9462 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0609 0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2929 0.8261 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-142 5 0.0510 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-143 4 0.1413 0.8508 0.020 0.012 0.012 0.956 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2753 0.8497 0.008 0.012 0.876 0.104 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0510 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-003 5 0.3371 0.7565 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1429 0.6225 0.004 0.004 0.000 0.000 0.940 0.052
#> dkfz_11-005 2 0.3833 0.9358 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-006 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-007 5 0.3756 0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3937 0.9635 0.004 0.572 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-009 5 0.6024 0.3290 0.348 0.248 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.1897 0.5923 0.004 0.004 0.000 0.000 0.908 0.084
#> dkfz_11-011 6 0.4566 0.1990 0.028 0.004 0.000 0.428 0.000 0.540
#> dkfz_11-012 6 0.2854 0.7007 0.036 0.068 0.000 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-013 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-014 2 0.3869 0.8049 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-015 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-016 2 0.3810 0.9617 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-017 6 0.1606 0.7046 0.008 0.056 0.000 0.004 0.000 0.932
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4787 0.4745 0.312 0.000 0.000 0.624 0.008 0.056
#> dkfz_11-022 4 0.0146 0.8679 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.4672 0.4920 0.548 0.012 0.000 0.024 0.000 0.416
#> dkfz_11-024 6 0.1972 0.7085 0.004 0.056 0.000 0.024 0.000 0.916
#> dkfz_11-025 4 0.0000 0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-027 5 0.4638 -0.0265 0.020 0.012 0.000 0.000 0.520 0.448
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.4277 0.4169 0.008 0.004 0.576 0.004 0.000 0.408
#> dkfz_11-031 5 0.0291 0.6579 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0146 0.6600 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.1524 0.7033 0.008 0.060 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-035 5 0.0260 0.6653 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-037 6 0.2325 0.6734 0.068 0.008 0.000 0.020 0.004 0.900
#> dkfz_11-038 1 0.0713 0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.5984 0.4778 0.280 0.276 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3756 0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4168 0.7577 0.016 0.400 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.1794 0.6941 0.024 0.008 0.000 0.020 0.012 0.936
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.3615 0.1152 0.008 0.292 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.5710 0.6811 0.128 0.340 0.000 0.000 0.520 0.012
#> dkfz_11-048 6 0.4946 0.4558 0.100 0.000 0.000 0.284 0.000 0.616
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1972 0.7082 0.004 0.056 0.000 0.024 0.000 0.916
#> dkfz_11-051 5 0.3890 0.7603 0.004 0.400 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.3970 0.5724 0.692 0.028 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.1524 0.7033 0.008 0.060 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-054 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-055 1 0.1501 0.7886 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.4900 0.3671 0.592 0.080 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3409 0.5971 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.4236 0.7673 0.736 0.024 0.000 0.000 0.036 0.204
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3721 0.3154 0.004 0.252 0.000 0.016 0.000 0.728
#> dkfz_11-062 6 0.1757 0.6874 0.008 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-063 6 0.1584 0.7000 0.008 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-064 2 0.3810 0.9616 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-065 6 0.2379 0.6745 0.064 0.008 0.000 0.020 0.008 0.900
#> dkfz_11-066 3 0.0777 0.9328 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-069 5 0.3852 0.3866 0.008 0.008 0.000 0.004 0.716 0.264
#> dkfz_11-070 4 0.2255 0.7991 0.004 0.016 0.000 0.892 0.000 0.088
#> dkfz_11-071 5 0.4671 0.3168 0.072 0.012 0.000 0.000 0.688 0.228
#> dkfz_11-072 5 0.4312 -0.0719 0.000 0.012 0.000 0.004 0.508 0.476
#> dkfz_11-073 6 0.2818 0.6633 0.028 0.076 0.000 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-074 5 0.3330 0.7552 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-091 2 0.3995 0.8524 0.000 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480
#> dkfz_11-092 5 0.0260 0.6653 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.4417 0.2938 0.416 0.000 0.000 0.556 0.028 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3869 -0.8249 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-095 1 0.5064 0.7301 0.644 0.024 0.000 0.000 0.068 0.264
#> dkfz_11-096 1 0.1341 0.7783 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2182 0.6732 0.068 0.008 0.000 0.020 0.000 0.904
#> dkfz_11-098 5 0.3309 0.7564 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3737 -0.3386 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> dkfz_11-100 5 0.3756 0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.6507 0.5933 0.504 0.012 0.000 0.044 0.132 0.308
#> dkfz_11-102 1 0.3854 0.7192 0.768 0.016 0.000 0.000 0.184 0.032
#> dkfz_11-103 4 0.5052 0.1082 0.420 0.000 0.000 0.512 0.004 0.064
#> dkfz_11-104 1 0.0790 0.7895 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.3890 0.7603 0.004 0.400 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.5132 0.6411 0.120 0.172 0.000 0.000 0.680 0.028
#> dkfz_11-107 1 0.0713 0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1265 0.7915 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.4789 0.7593 0.692 0.024 0.000 0.000 0.068 0.216
#> dkfz_11-110 5 0.3756 0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3756 0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.3890 0.7603 0.004 0.400 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.4728 0.7368 0.052 0.392 0.000 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0146 0.8679 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0146 0.6600 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.5867 0.3670 0.336 0.208 0.000 0.000 0.456 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0291 0.8670 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.3756 0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.3706 0.7626 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4873 0.7558 0.684 0.020 0.000 0.004 0.064 0.228
#> dkfz_11-121 1 0.5824 -0.0690 0.452 0.192 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.4383 0.7701 0.736 0.024 0.000 0.004 0.040 0.196
#> dkfz_11-123 1 0.0713 0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1498 0.7845 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1851 0.7962 0.928 0.012 0.000 0.000 0.036 0.024
#> dkfz_11-126 1 0.4255 0.7716 0.768 0.024 0.000 0.000 0.112 0.096
#> dkfz_11-127 1 0.4880 0.7242 0.672 0.008 0.000 0.036 0.028 0.256
#> dkfz_11-128 1 0.5162 0.4704 0.580 0.016 0.000 0.000 0.340 0.064
#> dkfz_11-129 5 0.3993 0.7590 0.008 0.400 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.5925 0.5625 0.224 0.332 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4213 0.7650 0.736 0.020 0.000 0.004 0.028 0.212
#> dkfz_11-132 1 0.0713 0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0713 0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.4885 0.7315 0.068 0.372 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.4427 0.7366 0.692 0.024 0.000 0.000 0.028 0.256
#> dkfz_11-136 1 0.4847 0.7163 0.668 0.020 0.000 0.020 0.024 0.268
#> dkfz_11-137 5 0.3782 0.7630 0.004 0.360 0.000 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0865 0.7910 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0146 0.9492 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-140 4 0.0146 0.8679 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0790 0.7895 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.3464 0.7591 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.1333 0.8388 0.000 0.000 0.008 0.944 0.000 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-149 3 0.2750 0.8222 0.000 0.000 0.844 0.020 0.000 0.136
#> dkfz_11-150 2 0.3789 0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.6618 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.2572 0.6347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> dkfz_11-004 5 0.2855 0.9083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-005 2 0.0422 0.9230 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0239 0.8249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.3392 0.3922 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-010 5 0.3077 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.012 0.228
#> dkfz_11-011 6 0.4042 0.2702 0.000 0.024 0.000 0.448 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.2174 0.7759 0.000 0.136 0.000 0.004 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2453 0.7417 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1109 0.8912 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-017 6 0.3649 0.7807 0.000 0.120 0.000 0.000 0.116 0.764 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2572 0.7265 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2701 0.6046 0.108 0.000 0.000 0.008 0.032 0.852 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.3648 0.7815 0.000 0.128 0.000 0.004 0.096 0.772 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3851 0.5851 0.004 0.000 0.000 0.000 0.180 0.740 0.076
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.4555 0.5593 0.000 0.000 0.244 0.000 0.120 0.636 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2855 0.9083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2855 0.9083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-034 6 0.3644 0.7795 0.000 0.128 0.000 0.000 0.108 0.764 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.3066 0.8730 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.2037 0.7807 0.000 0.100 0.000 0.004 0.008 0.888 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 7 0.3156 0.4975 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-041 7 0.0134 0.8249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-042 7 0.0755 0.8235 0.012 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.972
#> dkfz_11-043 6 0.2302 0.7828 0.000 0.116 0.000 0.004 0.012 0.868 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.3155 0.6260 0.000 0.276 0.000 0.004 0.000 0.720 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.1512 0.8085 0.032 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.936
#> dkfz_11-048 6 0.4057 0.1329 0.000 0.024 0.000 0.476 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0334 0.8949 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3685 0.7802 0.000 0.132 0.000 0.004 0.096 0.768 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.3450 0.3171 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-053 6 0.3607 0.7808 0.000 0.124 0.000 0.000 0.108 0.768 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1050 0.7577 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.3562 -0.0303 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-058 4 0.2878 0.6742 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.4935 0.6701 0.608 0.000 0.000 0.000 0.120 0.260 0.012
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.5045 0.4846 0.000 0.308 0.000 0.152 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3707 0.7640 0.000 0.160 0.000 0.000 0.088 0.752 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3644 0.7795 0.000 0.128 0.000 0.000 0.108 0.764 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0504 0.9198 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.2082 0.7813 0.000 0.104 0.000 0.004 0.008 0.884 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1513 0.9295 0.000 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.4323 0.6674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.208 0.116
#> dkfz_11-070 4 0.0555 0.8896 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4413 0.7403 0.020 0.000 0.000 0.000 0.712 0.132 0.136
#> dkfz_11-072 6 0.3460 0.6413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.780 0.084
#> dkfz_11-073 6 0.2107 0.7815 0.000 0.116 0.000 0.004 0.004 0.876 0.000
#> dkfz_11-074 7 0.2543 0.6364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1886 0.8271 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2987 0.8936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> dkfz_11-093 4 0.3190 0.5710 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2808 0.6564 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.5291 -0.3820 0.420 0.000 0.000 0.000 0.092 0.464 0.024
#> dkfz_11-096 1 0.0656 0.7667 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.1847 0.7830 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.2225 0.7098 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> dkfz_11-099 2 0.4225 -0.1979 0.000 0.504 0.000 0.036 0.000 0.460 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0504 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-101 6 0.6206 0.2799 0.260 0.000 0.000 0.128 0.016 0.524 0.072
#> dkfz_11-102 1 0.4689 0.6327 0.668 0.000 0.000 0.000 0.020 0.108 0.204
#> dkfz_11-103 4 0.4634 -0.0754 0.452 0.000 0.000 0.476 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.0239 0.8249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-106 7 0.3525 0.6517 0.048 0.000 0.000 0.000 0.160 0.012 0.780
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0334 0.7761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-109 1 0.5682 0.5919 0.516 0.000 0.000 0.000 0.120 0.316 0.048
#> dkfz_11-110 7 0.0334 0.8240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-111 7 0.0134 0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-112 7 0.0134 0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-113 7 0.0582 0.8189 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2878 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-116 7 0.3514 0.2300 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.0134 0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-119 7 0.0797 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-120 1 0.4730 0.4596 0.500 0.000 0.000 0.000 0.048 0.436 0.016
#> dkfz_11-121 7 0.3538 0.1630 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-122 1 0.4880 0.6795 0.620 0.000 0.000 0.000 0.120 0.248 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0797 0.7640 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1327 0.7753 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.5041 0.7059 0.648 0.000 0.000 0.000 0.108 0.200 0.044
#> dkfz_11-127 1 0.4839 0.5217 0.572 0.000 0.000 0.104 0.004 0.320 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.6135 0.4150 0.460 0.000 0.000 0.000 0.060 0.176 0.304
#> dkfz_11-129 7 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 7 0.1802 0.7444 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-131 1 0.4851 0.6670 0.608 0.000 0.000 0.000 0.116 0.268 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 7 0.0667 0.8239 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976
#> dkfz_11-135 1 0.5074 0.6375 0.572 0.000 0.000 0.000 0.120 0.296 0.012
#> dkfz_11-136 1 0.5205 0.6006 0.548 0.000 0.000 0.008 0.108 0.328 0.008
#> dkfz_11-137 7 0.1906 0.7648 0.008 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.892
#> dkfz_11-138 1 0.0239 0.7764 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0134 0.7760 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 7 0.2259 0.6945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> dkfz_11-143 4 0.0582 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0134 0.9779 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2930 0.8142 0.000 0.000 0.832 0.008 0.036 0.124 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2966 0.8955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2070 0.785 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-004 5 0.1646 0.894 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1305 0.908 0.000 0.944 0.000 0.000 0.020 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0224 0.866 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0438 0.924 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3040 0.614 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.1769 0.894 0.000 0.000 0.000 0.108 0.888 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 6 0.3767 0.230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.544 0.432 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.1797 0.840 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.912 0.008 0.064
#> dkfz_11-013 2 0.0125 0.926 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3160 0.751 0.000 0.776 0.000 0.000 0.032 0.184 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 2 0.0313 0.923 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-016 2 0.1629 0.887 0.000 0.916 0.000 0.000 0.024 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 6 0.0645 0.841 0.000 0.004 0.004 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.1514 0.888 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008
#> dkfz_11-022 7 0.0224 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-023 8 0.4456 0.309 0.048 0.000 0.000 0.004 0.000 0.372 0.016 0.560
#> dkfz_11-024 6 0.0600 0.843 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004 0.008
#> dkfz_11-025 7 0.0349 0.939 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2836 0.797 0.004 0.000 0.000 0.036 0.040 0.852 0.000 0.068
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.1155 0.828 0.000 0.000 0.028 0.000 0.024 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.1765 0.894 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.1728 0.891 0.000 0.000 0.000 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 6 0.0251 0.842 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.2448 0.868 0.000 0.000 0.000 0.164 0.824 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.1952 0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880 0.000 0.108
#> dkfz_11-038 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0349 0.939 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-040 4 0.2796 0.691 0.228 0.000 0.000 0.764 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0224 0.865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0395 0.865 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.1503 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.920 0.000 0.068
#> dkfz_11-044 7 0.0349 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-045 6 0.4444 0.258 0.000 0.384 0.000 0.000 0.024 0.548 0.000 0.044
#> dkfz_11-046 7 0.0224 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.1355 0.842 0.000 0.000 0.000 0.936 0.028 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-048 7 0.3807 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.304 0.656 0.012
#> dkfz_11-049 7 0.0349 0.939 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.0841 0.843 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0125 0.866 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3527 0.214 0.476 0.000 0.000 0.516 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.0251 0.842 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0926 0.901 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0349 0.939 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-057 4 0.3390 0.478 0.376 0.000 0.000 0.616 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.1887 0.859 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004
#> dkfz_11-059 8 0.1769 0.765 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.6047 0.333 0.000 0.224 0.000 0.000 0.032 0.464 0.248 0.032
#> dkfz_11-062 6 0.0739 0.835 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 6 0.0251 0.842 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0544 0.919 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1952 0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880 0.000 0.108
#> dkfz_11-066 3 0.1449 0.924 0.000 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.4244 0.566 0.000 0.000 0.000 0.048 0.636 0.292 0.000 0.024
#> dkfz_11-070 7 0.1211 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.948 0.024
#> dkfz_11-071 5 0.4482 0.650 0.000 0.000 0.000 0.044 0.688 0.148 0.000 0.120
#> dkfz_11-072 6 0.1490 0.827 0.004 0.000 0.000 0.036 0.012 0.936 0.000 0.012
#> dkfz_11-073 6 0.2031 0.833 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.888 0.004 0.092
#> dkfz_11-074 4 0.2031 0.789 0.000 0.000 0.000 0.872 0.116 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-075 2 0.0224 0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.1686 0.851 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2049 0.881 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 7 0.2070 0.838 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.3240 0.735 0.000 0.764 0.000 0.000 0.032 0.196 0.000 0.008
#> dkfz_11-095 8 0.4568 0.496 0.092 0.000 0.000 0.004 0.008 0.300 0.000 0.596
#> dkfz_11-096 1 0.1443 0.886 0.924 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068 0.004
#> dkfz_11-097 6 0.1588 0.837 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000 0.080
#> dkfz_11-098 4 0.1947 0.774 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5737 -0.166 0.000 0.408 0.000 0.000 0.024 0.404 0.136 0.028
#> dkfz_11-100 4 0.0614 0.862 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2702 0.807 0.040 0.000 0.000 0.012 0.020 0.876 0.036 0.016
#> dkfz_11-102 8 0.5196 0.265 0.296 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-103 7 0.1511 0.880 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0125 0.866 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.2324 0.804 0.004 0.000 0.000 0.872 0.092 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-107 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0313 0.947 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 8 0.2423 0.763 0.104 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.860
#> dkfz_11-110 4 0.0313 0.864 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0125 0.866 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0125 0.865 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0224 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-115 5 0.1686 0.895 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.3371 0.543 0.340 0.000 0.000 0.648 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0224 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.0471 0.863 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3799 0.636 0.100 0.000 0.000 0.004 0.008 0.744 0.000 0.144
#> dkfz_11-121 4 0.3370 0.494 0.368 0.000 0.000 0.624 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 8 0.1769 0.765 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-123 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0992 0.916 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3150 0.592 0.728 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.256
#> dkfz_11-126 8 0.2177 0.759 0.108 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-127 6 0.4900 0.548 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.660 0.152 0.076
#> dkfz_11-128 8 0.4819 0.443 0.100 0.000 0.000 0.328 0.020 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-129 4 0.0125 0.865 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0251 0.866 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 8 0.1893 0.764 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.884
#> dkfz_11-132 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0349 0.865 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 8 0.1769 0.765 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-136 8 0.4715 0.646 0.116 0.000 0.000 0.004 0.000 0.196 0.032 0.652
#> dkfz_11-137 4 0.1236 0.846 0.000 0.000 0.000 0.940 0.048 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-138 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0224 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.0125 0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1740 0.816 0.000 0.000 0.000 0.900 0.088 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-143 7 0.0618 0.930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0125 0.926 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0125 0.976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0125 0.926 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2728 0.791 0.000 0.000 0.816 0.000 0.024 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0695 0.920 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2352 0.878 0.000 0.000 0.000 0.152 0.836 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2465 0.759 0.000 0.000 0.000 0.836 0.120 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1033 0.828 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2480 0.854 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0581 0.896 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0212 0.863 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1546 0.886 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3113 0.653 0.252 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0994 0.819 0.000 0.000 0.000 0.048 0.948 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 8 0.4334 0.238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 NA 0.532 0.016
#> dkfz_11-012 6 0.2970 0.768 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 NA 0.004 0.108
#> dkfz_11-013 2 0.0373 0.897 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4441 0.627 0.000 0.600 0.000 0.000 0.008 0.156 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0824 0.886 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-016 2 0.2483 0.854 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 6 0.2124 0.770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.884 NA 0.000 0.040
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.1962 0.808 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.880 0.000
#> dkfz_11-022 8 0.1596 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.888 0.000
#> dkfz_11-023 9 0.3669 0.424 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 NA 0.020 0.680
#> dkfz_11-024 6 0.0910 0.794 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.960 NA 0.000 0.028
#> dkfz_11-025 8 0.0936 0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.960 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0119 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3589 0.695 0.000 0.000 0.000 0.016 0.180 0.740 NA 0.000 0.060
#> dkfz_11-028 3 0.0119 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.2241 0.769 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.880 NA 0.000 0.040
#> dkfz_11-031 5 0.1224 0.836 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.1805 0.838 0.000 0.000 0.000 0.096 0.888 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.1384 0.788 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.936 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-035 5 0.2970 0.786 0.000 0.000 0.000 0.204 0.760 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0119 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3436 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.748 NA 0.000 0.140
#> dkfz_11-038 1 0.0212 0.941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.0801 0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.968 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.2991 0.678 0.228 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0212 0.861 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0634 0.858 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 6 0.2007 0.789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.892 NA 0.000 0.064
#> dkfz_11-044 8 0.0237 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.992 0.004
#> dkfz_11-045 6 0.5423 0.164 0.000 0.348 0.000 0.000 0.004 0.452 NA 0.000 0.064
#> dkfz_11-046 8 0.2868 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.732 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.1340 0.839 0.000 0.000 0.000 0.932 0.040 0.000 NA 0.000 0.028
#> dkfz_11-048 8 0.4140 0.479 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 NA 0.636 0.048
#> dkfz_11-049 8 0.2889 0.757 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.756 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1079 0.795 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3573 0.266 0.440 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.1312 0.789 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.940 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1204 0.894 0.940 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 8 0.1059 0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.952 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.3477 0.483 0.352 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2526 0.763 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.812 0.000
#> dkfz_11-059 9 0.1882 0.779 0.108 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 NA 0.000 0.880
#> dkfz_11-060 8 0.0237 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.992 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.6562 0.186 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.368 NA 0.272 0.044
#> dkfz_11-062 6 0.1517 0.787 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.928 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-063 6 0.1517 0.787 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.928 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-064 2 0.1100 0.885 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3405 0.742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.752 NA 0.000 0.136
#> dkfz_11-066 3 0.2095 0.896 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.044 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0119 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.4024 0.510 0.000 0.000 0.000 0.032 0.652 0.280 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 8 0.2284 0.813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.860 0.008
#> dkfz_11-071 5 0.3840 0.617 0.000 0.000 0.000 0.020 0.720 0.144 NA 0.000 0.116
#> dkfz_11-072 6 0.2541 0.770 0.000 0.000 0.000 0.012 0.088 0.856 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 6 0.4360 0.704 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.696 NA 0.000 0.124
#> dkfz_11-074 4 0.2429 0.760 0.000 0.000 0.000 0.840 0.116 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0821 0.884 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1741 0.834 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2752 0.785 0.000 0.000 0.000 0.208 0.772 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 8 0.2718 0.737 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.784 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4465 0.621 0.000 0.596 0.000 0.000 0.008 0.160 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 9 0.4577 0.522 0.052 0.000 0.000 0.052 0.016 0.244 NA 0.000 0.636
#> dkfz_11-096 1 0.1994 0.813 0.868 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.120 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2948 0.759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 NA 0.000 0.132
#> dkfz_11-098 4 0.1810 0.784 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5689 0.234 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.208 NA 0.192 0.004
#> dkfz_11-100 4 0.0645 0.858 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.3693 0.726 0.044 0.000 0.000 0.068 0.004 0.800 NA 0.044 0.012
#> dkfz_11-102 9 0.5064 0.397 0.240 0.000 0.000 0.264 0.016 0.000 NA 0.000 0.480
#> dkfz_11-103 8 0.2558 0.828 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.856 0.008
#> dkfz_11-104 1 0.0212 0.941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0212 0.863 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.1925 0.812 0.000 0.000 0.000 0.884 0.088 0.000 NA 0.000 0.028
#> dkfz_11-107 1 0.0119 0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0446 0.933 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 9 0.2576 0.755 0.060 0.000 0.000 0.056 0.012 0.012 NA 0.000 0.860
#> dkfz_11-110 4 0.0515 0.859 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0119 0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0119 0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0446 0.859 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.1596 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.888 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1519 0.839 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.3204 0.631 0.272 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 8 0.1439 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.904 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0119 0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.0492 0.862 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.4905 0.490 0.084 0.000 0.000 0.032 0.020 0.620 NA 0.004 0.236
#> dkfz_11-121 4 0.3422 0.527 0.332 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 9 0.1766 0.779 0.108 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.884
#> dkfz_11-123 1 0.0119 0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1000 0.909 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.040 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2892 0.515 0.696 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.300
#> dkfz_11-126 9 0.2569 0.772 0.112 0.000 0.000 0.036 0.012 0.000 NA 0.000 0.840
#> dkfz_11-127 6 0.6018 0.296 0.112 0.000 0.000 0.004 0.000 0.464 NA 0.228 0.180
#> dkfz_11-128 9 0.3983 0.365 0.024 0.000 0.000 0.372 0.028 0.000 NA 0.000 0.576
#> dkfz_11-129 4 0.0212 0.861 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0119 0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 9 0.1829 0.775 0.112 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA 0.000 0.880
#> dkfz_11-132 1 0.0119 0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0119 0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0699 0.856 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 9 0.1727 0.779 0.104 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.888
#> dkfz_11-136 9 0.4045 0.682 0.120 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 NA 0.116 0.728
#> dkfz_11-137 4 0.1632 0.829 0.000 0.000 0.000 0.912 0.048 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0296 0.939 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.1596 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.888 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0212 0.941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2240 0.783 0.000 0.000 0.000 0.860 0.096 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.1997 0.844 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016 NA 0.884 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1082 0.890 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0119 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1248 0.889 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3053 0.797 0.000 0.000 0.804 0.000 0.012 0.124 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.1876 0.877 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2946 0.790 0.000 0.000 0.000 0.200 0.764 0.000 NA 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2783 0.72466 0.000 0.000 0.000 0.812 0.116 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1561 0.84437 0.000 0.000 0.000 0.104 0.892 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.3756 0.68984 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.000 0.224 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0484 0.86237 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0202 0.85262 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1639 0.84002 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3371 0.61336 0.264 0.000 0.000 0.696 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.1668 0.83202 0.000 0.000 0.000 0.092 0.896 0.000 NA 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-011 8 0.5321 0.36872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 NA 0.528 0.052 0.044
#> dkfz_11-012 6 0.4497 -0.41249 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.476 NA 0.012 0.400 0.108
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5540 0.37303 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.000 0.292 0.024
#> dkfz_11-015 2 0.0693 0.85394 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.3189 0.76212 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.136 0.004
#> dkfz_11-017 6 0.1607 0.57809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.920 NA 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.2824 0.67753 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.800 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 8 0.2722 0.69962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 10 0.4784 0.39413 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 NA 0.052 0.100 0.648
#> dkfz_11-024 6 0.2381 0.51205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 NA 0.004 0.088 0.052
#> dkfz_11-025 8 0.1061 0.73941 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.944 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.4508 0.33615 0.004 0.000 0.000 0.008 0.268 0.604 NA 0.000 0.020 0.092
#> dkfz_11-028 3 0.0282 0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.0282 0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-030 6 0.1601 0.57612 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040 0.924 NA 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.1450 0.84468 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2216 0.84783 0.000 0.000 0.000 0.124 0.848 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.0919 0.58467 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.960 NA 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.3324 0.76655 0.000 0.000 0.000 0.240 0.704 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 9 0.4233 0.56375 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 NA 0.000 0.520 0.132
#> dkfz_11-038 1 0.0113 0.94297 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.1009 0.73992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.948 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.3224 0.64754 0.232 0.000 0.000 0.728 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-041 4 0.0340 0.85115 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0202 0.85229 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3416 0.29302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 NA 0.000 0.252 0.048
#> dkfz_11-044 8 0.1421 0.74665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.924 0.052 0.000
#> dkfz_11-045 9 0.5397 0.25298 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.240 NA 0.000 0.420 0.016
#> dkfz_11-046 8 0.3550 0.59523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.640 0.024 0.020
#> dkfz_11-047 4 0.1595 0.81805 0.004 0.000 0.000 0.920 0.036 0.000 NA 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-048 8 0.4598 0.47650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 NA 0.636 0.096 0.048
#> dkfz_11-049 8 0.3289 0.62489 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.692 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.3576 0.45888 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.788 NA 0.028 0.084 0.040
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.85217 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3775 0.21471 0.448 0.000 0.000 0.512 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-053 6 0.0508 0.58535 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0226 0.86208 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1457 0.87432 0.920 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 NA 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 8 0.1112 0.73881 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.940 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.3804 0.39240 0.384 0.000 0.000 0.572 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-058 8 0.3047 0.64966 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.756 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 10 0.2017 0.74196 0.116 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-060 8 0.1294 0.74819 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 8 0.6850 -0.01298 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.188 NA 0.324 0.196 0.044
#> dkfz_11-062 6 0.0998 0.58140 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.956 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0710 0.58454 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.972 NA 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0395 0.86133 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 9 0.4229 0.55966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 NA 0.000 0.512 0.128
#> dkfz_11-066 3 0.2338 0.86906 0.000 0.000 0.868 0.000 0.040 0.072 NA 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3907 0.53015 0.000 0.000 0.000 0.056 0.660 0.260 NA 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-070 8 0.3209 0.72022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.796 0.112 0.028
#> dkfz_11-071 5 0.4400 0.59656 0.004 0.000 0.000 0.044 0.692 0.144 NA 0.000 0.020 0.092
#> dkfz_11-072 6 0.3177 0.51750 0.004 0.000 0.000 0.004 0.144 0.788 NA 0.000 0.012 0.040
#> dkfz_11-073 9 0.4994 0.55359 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.364 NA 0.004 0.464 0.116
#> dkfz_11-074 4 0.2714 0.72933 0.000 0.000 0.000 0.820 0.108 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0929 0.84786 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.1098 0.83485 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2746 0.81172 0.000 0.000 0.000 0.208 0.764 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 8 0.3331 0.60484 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.708 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.5574 0.36555 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.064 NA 0.000 0.292 0.024
#> dkfz_11-095 10 0.4564 0.50748 0.068 0.000 0.000 0.048 0.012 0.192 NA 0.000 0.020 0.660
#> dkfz_11-096 1 0.1741 0.85620 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.4306 -0.48306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 NA 0.000 0.424 0.132
#> dkfz_11-098 4 0.1373 0.80792 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6064 0.09757 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.148 NA 0.208 0.120 0.024
#> dkfz_11-100 4 0.0555 0.84750 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.4297 0.41983 0.084 0.000 0.000 0.116 0.004 0.720 NA 0.036 0.012 0.028
#> dkfz_11-102 10 0.4828 0.31356 0.212 0.000 0.000 0.344 0.012 0.000 NA 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-103 8 0.4177 0.69543 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA 0.660 0.000 0.012
#> dkfz_11-104 1 0.0226 0.94339 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 4 0.0113 0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.2275 0.78623 0.004 0.000 0.000 0.868 0.084 0.000 NA 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-107 1 0.0113 0.94297 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0711 0.93429 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-109 10 0.2672 0.72616 0.072 0.000 0.000 0.060 0.008 0.004 NA 0.000 0.012 0.844
#> dkfz_11-110 4 0.0356 0.85108 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0113 0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0113 0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0597 0.84729 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.2772 0.69356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1759 0.84759 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.3470 0.60640 0.268 0.000 0.000 0.688 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-117 8 0.2653 0.70809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0113 0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.0539 0.85014 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.5262 0.12737 0.084 0.000 0.000 0.064 0.008 0.496 NA 0.004 0.012 0.332
#> dkfz_11-121 4 0.3719 0.48632 0.344 0.000 0.000 0.612 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-122 10 0.1874 0.73942 0.108 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-123 1 0.0226 0.94339 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0671 0.93269 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2790 0.55729 0.712 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.004 0.000 0.280
#> dkfz_11-126 10 0.2913 0.73427 0.136 0.000 0.000 0.048 0.012 0.000 NA 0.000 0.004 0.800
#> dkfz_11-127 6 0.6505 0.00106 0.140 0.000 0.000 0.004 0.000 0.336 NA 0.200 0.016 0.280
#> dkfz_11-128 10 0.4066 0.25791 0.032 0.000 0.000 0.412 0.028 0.000 NA 0.000 0.004 0.524
#> dkfz_11-129 4 0.0113 0.85191 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0340 0.85200 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 10 0.1901 0.72888 0.144 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-132 1 0.0226 0.94339 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.0113 0.94297 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0356 0.85038 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 10 0.1881 0.72968 0.088 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.888
#> dkfz_11-136 10 0.4453 0.60445 0.156 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 NA 0.120 0.040 0.668
#> dkfz_11-137 4 0.1870 0.81244 0.000 0.000 0.000 0.900 0.040 0.000 NA 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0564 0.93822 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.2772 0.69356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0469 0.93717 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 4 0.2529 0.75409 0.000 0.000 0.000 0.840 0.088 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3072 0.72705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016 NA 0.752 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0282 0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145 2 0.1189 0.85189 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0282 0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1533 0.84340 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3085 0.78936 0.000 0.000 0.800 0.000 0.040 0.132 NA 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.2836 0.78439 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.128 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.3140 0.80570 0.000 0.000 0.000 0.204 0.740 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature()
returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot
argument is set
to FALSE
, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb
is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb
are:
which_row
: row indices corresponding to the input matrix.fdr
: FDR for the differential test. mean_x
: The mean value in group x.scaled_mean_x
: The mean value in group x after rows are scaled.km
: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k
:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:mclust 133 5.43e-20 2.11e-06 2
#> ATC:mclust 128 6.94e-40 1.48e-06 3
#> ATC:mclust 123 2.07e-29 4.35e-05 4
#> ATC:mclust 124 8.73e-35 6.75e-08 5
#> ATC:mclust 115 7.16e-32 1.63e-06 6
#> ATC:mclust 121 6.39e-34 2.98e-10 7
#> ATC:mclust 124 4.25e-31 4.21e-09 8
#> ATC:mclust 124 2.08e-31 1.30e-08 9
#> ATC:mclust 115 2.21e-32 7.95e-07 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...)
to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0