cola Report for GBM_450K cgi_all

Date: 2019-12-26 18:30:36 CET, cola version: 1.3.2

Document is loading...


Summary

First the variable is renamed to res_list.

res_list = rl

All available functions which can be applied to this res_list object:

res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 20 methods.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#>   Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust' method.
#>   Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   Performed in total 45000 partitions by row resampling.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#>  [1] "cola_report"           "collect_classes"       "collect_plots"         "collect_stats"        
#>  [5] "colnames"              "functional_enrichment" "get_anno_col"          "get_anno"             
#>  [9] "get_classes"           "get_matrix"            "get_membership"        "get_stats"            
#> [13] "is_best_k"             "is_stable_k"           "ncol"                  "nrow"                 
#> [17] "rownames"              "show"                  "suggest_best_k"        "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap"      "top_rows_overlap"     
#> 
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]

The call of run_all_consensus_partition_methods() was:

#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat1, max_k = 10, top_n = seq(min(2000, 
#>     round(nrow(data) * 0.1)), min(10000, round(nrow(data) * 0.5)), length.out = 5), 
#>     mc.cores = 4, anno = phenotype, anno_col = anno_col, scale_rows = FALSE)

Dimension of the input matrix:

mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 387901    136

Density distribution

The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.

library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list), 
    col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
    mc.cores = 4)

plot of chunk density-heatmap

Suggest the best k

Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in the table goes to the section for a single combination of methods.

The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.

suggest_best_k(res_list)
The best k 1-PAC Mean silhouette Concordance Optional k
SD:hclust 3 1.000 0.996 0.999 **
CV:hclust 3 1.000 0.963 0.983 **
CV:mclust 2 1.000 0.953 0.983 **
ATC:kmeans 2 1.000 0.990 0.996 **
ATC:skmeans 3 1.000 0.991 0.996 ** 2
ATC:pam 3 1.000 0.987 0.995 ** 2
MAD:skmeans 6 0.996 0.954 0.971 ** 2,3
CV:pam 4 0.989 0.967 0.986 ** 2,3
CV:skmeans 5 0.976 0.944 0.959 ** 2
SD:pam 10 0.931 0.841 0.921 * 2,3,4,5,9
MAD:pam 10 0.923 0.796 0.909 * 5,6,8,9
SD:mclust 10 0.920 0.838 0.905 * 2,4,6,7,8,9
MAD:kmeans 3 0.916 0.919 0.942 *
SD:skmeans 8 0.914 0.858 0.909 * 2,3,6,7
SD:kmeans 4 0.909 0.935 0.938 *
MAD:mclust 10 0.905 0.749 0.867 * 2
CV:kmeans 4 0.807 0.964 0.944
ATC:mclust 2 0.764 0.884 0.946
ATC:hclust 3 0.730 0.833 0.931
MAD:hclust 3 0.586 0.843 0.899

**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9

CDF of consensus matrices

Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.

collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)

plot of chunk collect-plots

Consensus heatmap

Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-5

collect_plots(res_list, k = 7, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-6

collect_plots(res_list, k = 8, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-7

collect_plots(res_list, k = 9, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-8

collect_plots(res_list, k = 10, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-9

Membership heatmap

Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-5

collect_plots(res_list, k = 7, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-6

collect_plots(res_list, k = 8, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-7

collect_plots(res_list, k = 9, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-8

collect_plots(res_list, k = 10, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-9

Signature heatmap

Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-5

collect_plots(res_list, k = 7, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-6

collect_plots(res_list, k = 8, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-7

collect_plots(res_list, k = 9, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-8

collect_plots(res_list, k = 10, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-9

Statistics table

The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)

get_stats(res_list, k = 2)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  2 1.000           0.993       0.997          0.502 0.499   0.499
#> CV:skmeans  2 1.000           0.947       0.980          0.461 0.540   0.540
#> MAD:skmeans 2 1.000           0.971       0.989          0.500 0.500   0.500
#> ATC:skmeans 2 1.000           0.996       0.998          0.457 0.544   0.544
#> SD:mclust   2 0.957           0.949       0.976          0.411 0.588   0.588
#> CV:mclust   2 1.000           0.953       0.983          0.439 0.564   0.564
#> MAD:mclust  2 1.000           0.957       0.978          0.489 0.515   0.515
#> ATC:mclust  2 0.764           0.884       0.946          0.463 0.540   0.540
#> SD:kmeans   2 0.756           0.865       0.918          0.365 0.582   0.582
#> CV:kmeans   2 0.570           0.927       0.920          0.313 0.594   0.594
#> MAD:kmeans  2 0.340           0.625       0.739          0.401 0.497   0.497
#> ATC:kmeans  2 1.000           0.990       0.996          0.471 0.528   0.528
#> SD:pam      2 1.000           0.969       0.987          0.280 0.727   0.727
#> CV:pam      2 1.000           0.989       0.996          0.239 0.769   0.769
#> MAD:pam     2 0.262           0.414       0.760          0.490 0.507   0.507
#> ATC:pam     2 1.000           0.993       0.997          0.503 0.497   0.497
#> SD:hclust   2 0.769           0.934       0.952          0.350 0.594   0.594
#> CV:hclust   2 0.817           0.959       0.955          0.361 0.594   0.594
#> MAD:hclust  2 0.404           0.826       0.891          0.409 0.608   0.608
#> ATC:hclust  2 0.571           0.807       0.903          0.255 0.850   0.850
get_stats(res_list, k = 3)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  3 1.000           0.974       0.982          0.219 0.879   0.762
#> CV:skmeans  3 0.867           0.923       0.957          0.314 0.850   0.725
#> MAD:skmeans 3 0.969           0.933       0.960          0.236 0.890   0.780
#> ATC:skmeans 3 1.000           0.991       0.996          0.163 0.907   0.831
#> SD:mclust   3 0.726           0.842       0.907          0.282 0.887   0.811
#> CV:mclust   3 0.679           0.840       0.881          0.288 0.855   0.753
#> MAD:mclust  3 0.771           0.839       0.918          0.280 0.872   0.751
#> ATC:mclust  3 0.677           0.823       0.901          0.204 0.892   0.806
#> SD:kmeans   3 0.636           0.845       0.875          0.541 0.653   0.471
#> CV:kmeans   3 0.605           0.890       0.896          0.525 0.961   0.934
#> MAD:kmeans  3 0.916           0.919       0.942          0.530 0.786   0.609
#> ATC:kmeans  3 0.626           0.763       0.782          0.277 0.846   0.725
#> SD:pam      3 1.000           0.984       0.994          0.577 0.827   0.764
#> CV:pam      3 1.000           0.993       0.997          0.807 0.804   0.745
#> MAD:pam     3 0.511           0.817       0.898          0.289 0.760   0.565
#> ATC:pam     3 1.000           0.987       0.995          0.152 0.922   0.844
#> SD:hclust   3 1.000           0.996       0.999          0.268 0.961   0.934
#> CV:hclust   3 1.000           0.963       0.983          0.192 0.961   0.934
#> MAD:hclust  3 0.586           0.843       0.899          0.414 0.846   0.747
#> ATC:hclust  3 0.730           0.833       0.931          1.111 0.586   0.514
get_stats(res_list, k = 4)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  4 0.791           0.834       0.875          0.134 0.906   0.764
#> CV:skmeans  4 0.870           0.897       0.930          0.197 0.823   0.580
#> MAD:skmeans 4 0.793           0.905       0.922          0.117 0.906   0.765
#> ATC:skmeans 4 0.796           0.704       0.887          0.279 0.782   0.557
#> SD:mclust   4 0.938           0.940       0.974          0.320 0.753   0.531
#> CV:mclust   4 0.614           0.765       0.852          0.182 0.775   0.542
#> MAD:mclust  4 0.789           0.882       0.907          0.119 0.842   0.626
#> ATC:mclust  4 0.641           0.771       0.858          0.222 0.727   0.480
#> SD:kmeans   4 0.909           0.935       0.938          0.224 0.900   0.748
#> CV:kmeans   4 0.807           0.964       0.944          0.278 0.796   0.633
#> MAD:kmeans  4 0.746           0.781       0.834          0.142 0.894   0.732
#> ATC:kmeans  4 0.849           0.944       0.966          0.184 0.762   0.505
#> SD:pam      4 0.989           0.956       0.982          0.575 0.741   0.540
#> CV:pam      4 0.989           0.967       0.986          0.413 0.826   0.696
#> MAD:pam     4 0.659           0.813       0.888          0.108 0.876   0.686
#> ATC:pam     4 0.879           0.798       0.917          0.238 0.814   0.578
#> SD:hclust   4 0.685           0.710       0.880          0.460 0.774   0.592
#> CV:hclust   4 0.741           0.887       0.924          0.305 0.830   0.694
#> MAD:hclust  4 0.612           0.820       0.847          0.186 0.842   0.652
#> ATC:hclust  4 0.652           0.802       0.865          0.220 0.898   0.770
get_stats(res_list, k = 5)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  5 0.875           0.932       0.928         0.0761 0.942   0.815
#> CV:skmeans  5 0.976           0.944       0.959         0.0708 0.955   0.831
#> MAD:skmeans 5 0.821           0.886       0.910         0.1177 0.886   0.647
#> ATC:skmeans 5 0.712           0.751       0.757         0.0506 0.855   0.564
#> SD:mclust   5 0.835           0.911       0.908         0.0675 0.950   0.843
#> CV:mclust   5 0.633           0.752       0.851         0.0546 0.947   0.834
#> MAD:mclust  5 0.879           0.891       0.944         0.1308 0.871   0.592
#> ATC:mclust  5 0.680           0.759       0.841         0.1172 0.778   0.410
#> SD:kmeans   5 0.812           0.766       0.809         0.1157 0.882   0.633
#> CV:kmeans   5 0.754           0.784       0.896         0.1134 0.987   0.965
#> MAD:kmeans  5 0.745           0.781       0.836         0.1031 0.858   0.571
#> ATC:kmeans  5 0.847           0.868       0.919         0.0868 0.830   0.496
#> SD:pam      5 0.952           0.917       0.967         0.1277 0.905   0.692
#> CV:pam      5 0.853           0.929       0.954         0.0536 0.974   0.935
#> MAD:pam     5 0.910           0.865       0.944         0.1279 0.860   0.573
#> ATC:pam     5 0.743           0.583       0.793         0.0654 0.952   0.838
#> SD:hclust   5 0.673           0.725       0.839         0.1591 0.816   0.501
#> CV:hclust   5 0.750           0.886       0.940         0.0455 0.977   0.942
#> MAD:hclust  5 0.749           0.822       0.873         0.0972 0.965   0.882
#> ATC:hclust  5 0.657           0.773       0.846         0.0251 0.997   0.993
get_stats(res_list, k = 6)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  6 1.000           0.969       0.981         0.0933 0.915   0.682
#> CV:skmeans  6 0.862           0.749       0.894         0.0401 0.975   0.890
#> MAD:skmeans 6 0.996           0.954       0.971         0.0624 0.944   0.753
#> ATC:skmeans 6 0.699           0.753       0.820         0.0445 0.962   0.841
#> SD:mclust   6 0.910           0.902       0.949         0.1115 0.882   0.580
#> CV:mclust   6 0.676           0.714       0.801         0.0726 0.820   0.488
#> MAD:mclust  6 0.836           0.819       0.888         0.0365 0.949   0.763
#> ATC:mclust  6 0.755           0.709       0.788         0.0624 0.936   0.726
#> SD:kmeans   6 0.812           0.873       0.884         0.0574 0.922   0.661
#> CV:kmeans   6 0.757           0.652       0.840         0.0651 0.986   0.960
#> MAD:kmeans  6 0.821           0.874       0.891         0.0488 0.941   0.741
#> ATC:kmeans  6 0.758           0.670       0.807         0.0441 0.981   0.913
#> SD:pam      6 0.888           0.799       0.888         0.0466 0.962   0.826
#> CV:pam      6 0.844           0.917       0.958         0.0127 0.998   0.995
#> MAD:pam     6 0.918           0.873       0.947         0.0457 0.925   0.670
#> ATC:pam     6 0.735           0.686       0.765         0.0375 0.897   0.629
#> SD:hclust   6 0.826           0.771       0.874         0.0632 0.971   0.872
#> CV:hclust   6 0.720           0.843       0.904         0.0118 1.000   1.000
#> MAD:hclust  6 0.801           0.832       0.895         0.0398 0.983   0.935
#> ATC:hclust  6 0.671           0.728       0.818         0.0255 0.997   0.992
get_stats(res_list, k = 7)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  7 0.940           0.876       0.924         0.0199 0.987   0.928
#> CV:skmeans  7 0.865           0.736       0.860         0.0236 0.970   0.856
#> MAD:skmeans 7 0.909           0.831       0.916         0.0193 0.992   0.954
#> ATC:skmeans 7 0.775           0.732       0.834         0.0360 0.983   0.923
#> SD:mclust   7 0.936           0.874       0.948         0.0355 0.931   0.640
#> CV:mclust   7 0.780           0.753       0.868         0.0547 0.912   0.657
#> MAD:mclust  7 0.876           0.823       0.917         0.0425 0.939   0.677
#> ATC:mclust  7 0.780           0.749       0.847         0.0397 0.929   0.648
#> SD:kmeans   7 0.888           0.807       0.840         0.0313 0.977   0.868
#> CV:kmeans   7 0.759           0.651       0.819         0.0535 0.867   0.617
#> MAD:kmeans  7 0.899           0.768       0.853         0.0373 0.987   0.925
#> ATC:kmeans  7 0.762           0.702       0.771         0.0315 0.961   0.822
#> SD:pam      7 0.888           0.825       0.887         0.0246 0.957   0.775
#> CV:pam      7 0.829           0.876       0.944         0.0215 0.998   0.995
#> MAD:pam     7 0.895           0.851       0.903         0.0160 0.989   0.936
#> ATC:pam     7 0.781           0.748       0.811         0.0277 0.953   0.763
#> SD:hclust   7 0.808           0.737       0.873         0.0103 0.993   0.964
#> CV:hclust   7 0.720           0.858       0.907         0.0216 0.984   0.957
#> MAD:hclust  7 0.785           0.808       0.896         0.0132 0.996   0.984
#> ATC:hclust  7 0.665           0.709       0.812         0.0146 0.997   0.991
get_stats(res_list, k = 8)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  8 0.914           0.858       0.909        0.01104 0.990   0.942
#> CV:skmeans  8 0.856           0.770       0.848        0.01418 0.975   0.869
#> MAD:skmeans 8 0.895           0.820       0.888        0.01331 0.988   0.932
#> ATC:skmeans 8 0.799           0.698       0.816        0.02556 0.970   0.867
#> SD:mclust   8 0.915           0.809       0.917        0.01878 0.980   0.865
#> CV:mclust   8 0.755           0.713       0.818        0.02250 0.941   0.719
#> MAD:mclust  8 0.887           0.771       0.889        0.01872 0.954   0.708
#> ATC:mclust  8 0.860           0.817       0.897        0.02458 0.957   0.734
#> SD:kmeans   8 0.891           0.806       0.819        0.02188 0.955   0.732
#> CV:kmeans   8 0.739           0.781       0.808        0.03990 0.934   0.718
#> MAD:kmeans  8 0.870           0.757       0.804        0.02252 0.947   0.698
#> ATC:kmeans  8 0.778           0.602       0.761        0.02263 0.952   0.764
#> SD:pam      8 0.875           0.796       0.883        0.01962 0.977   0.856
#> CV:pam      8 0.838           0.874       0.941        0.00604 0.999   0.997
#> MAD:pam     8 0.921           0.811       0.876        0.01984 0.987   0.918
#> ATC:pam     8 0.847           0.764       0.885        0.02694 0.974   0.854
#> SD:hclust   8 0.783           0.690       0.856        0.01284 0.993   0.964
#> CV:hclust   8 0.727           0.859       0.933        0.01338 0.997   0.992
#> MAD:hclust  8 0.782           0.799       0.887        0.02382 0.964   0.851
#> ATC:hclust  8 0.646           0.427       0.762        0.02903 0.939   0.822
get_stats(res_list, k = 9)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  9 0.899           0.814       0.875       0.011010 0.994   0.963
#> CV:skmeans  9 0.853           0.723       0.841       0.013870 0.990   0.939
#> MAD:skmeans 9 0.882           0.735       0.854       0.012339 0.992   0.952
#> ATC:skmeans 9 0.793           0.621       0.801       0.012893 0.989   0.949
#> SD:mclust   9 0.928           0.869       0.933       0.009010 0.954   0.690
#> CV:mclust   9 0.730           0.629       0.821      -0.000566 0.899   0.581
#> MAD:mclust  9 0.898           0.722       0.857       0.013044 0.946   0.643
#> ATC:mclust  9 0.850           0.783       0.861       0.009045 0.996   0.969
#> SD:kmeans   9 0.855           0.659       0.815       0.018776 0.982   0.872
#> CV:kmeans   9 0.791           0.758       0.861       0.027698 0.993   0.961
#> MAD:kmeans  9 0.856           0.695       0.791       0.015206 0.978   0.847
#> ATC:kmeans  9 0.787           0.602       0.760       0.020555 0.940   0.669
#> SD:pam      9 0.911           0.730       0.872       0.011409 0.982   0.878
#> CV:pam      9 0.834           0.835       0.925       0.023950 0.998   0.996
#> MAD:pam     9 0.941           0.857       0.929       0.014823 0.979   0.864
#> ATC:pam     9 0.854           0.744       0.892       0.005408 0.999   0.992
#> SD:hclust   9 0.788           0.649       0.838       0.011442 0.994   0.969
#> CV:hclust   9 0.757           0.842       0.926       0.013632 1.000   0.999
#> MAD:hclust  9 0.840           0.671       0.867       0.020570 0.986   0.934
#> ATC:hclust  9 0.673           0.617       0.810       0.059345 0.918   0.718
get_stats(res_list, k = 10)
#>              k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:skmeans  10 0.879           0.718       0.839        0.00954 0.986   0.919
#> CV:skmeans  10 0.851           0.695       0.816        0.00943 0.985   0.910
#> MAD:skmeans 10 0.870           0.657       0.804        0.01243 0.965   0.787
#> ATC:skmeans 10 0.758           0.609       0.780        0.01232 0.984   0.924
#> SD:mclust   10 0.920           0.838       0.905        0.00864 0.977   0.820
#> CV:mclust   10 0.758           0.609       0.835        0.00112 0.970   0.863
#> MAD:mclust  10 0.905           0.749       0.867        0.00996 0.969   0.765
#> ATC:mclust  10 0.834           0.699       0.820        0.00675 0.989   0.917
#> SD:kmeans   10 0.870           0.810       0.832        0.01248 0.979   0.840
#> CV:kmeans   10 0.784           0.758       0.843        0.01629 0.994   0.967
#> MAD:kmeans  10 0.861           0.721       0.825        0.01397 0.976   0.823
#> ATC:kmeans  10 0.801           0.655       0.759        0.01462 0.975   0.826
#> SD:pam      10 0.931           0.841       0.921        0.00858 0.987   0.906
#> CV:pam      10 0.817           0.883       0.915        0.03861 0.874   0.657
#> MAD:pam     10 0.923           0.796       0.909        0.00789 0.992   0.938
#> ATC:pam     10 0.839           0.648       0.860        0.01455 0.984   0.902
#> SD:hclust   10 0.798           0.662       0.822        0.00743 0.986   0.926
#> CV:hclust   10 0.847           0.830       0.932        0.02650 0.987   0.964
#> MAD:hclust  10 0.828           0.805       0.875        0.01280 0.961   0.801
#> ATC:hclust  10 0.772           0.638       0.827        0.04667 0.934   0.725

Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.

collect_stats(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-1

collect_stats(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-2

collect_stats(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-3

collect_stats(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-4

collect_stats(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-5

collect_stats(res_list, k = 7)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-6

collect_stats(res_list, k = 8)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-7

collect_stats(res_list, k = 9)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-8

collect_stats(res_list, k = 10)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-9

Partition from all methods

Collect partitions from all methods:

collect_classes(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-1

collect_classes(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-2

collect_classes(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-3

collect_classes(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-4

collect_classes(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-5

collect_classes(res_list, k = 7)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-6

collect_classes(res_list, k = 8)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-7

collect_classes(res_list, k = 9)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-8

collect_classes(res_list, k = 10)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-9

Top rows overlap

Overlap of top rows from different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-5

Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-5

Heatmaps of the top rows:

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-1

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-2

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 6000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-3

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 8000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-4

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 10000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-5

Test to known annotations

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  135        7.24e-23        7.42e-09 2
#> CV:skmeans  131        2.90e-16        1.21e-10 2
#> MAD:skmeans 133        3.65e-24        1.86e-08 2
#> ATC:skmeans 136        1.02e-16        3.41e-04 2
#> SD:mclust   133        5.49e-27        2.77e-14 2
#> CV:mclust   132        5.85e-23        2.88e-12 2
#> MAD:mclust  132        4.28e-25        2.47e-08 2
#> ATC:mclust  133        5.43e-20        2.11e-06 2
#> SD:kmeans   132        2.17e-23        5.91e-13 2
#> CV:kmeans   136        1.34e-26        3.54e-14 2
#> MAD:kmeans  104        1.71e-19        4.55e-04 2
#> ATC:kmeans  136        1.79e-17        6.52e-05 2
#> SD:pam      134        2.17e-24        2.93e-28 2
#> CV:pam      136        7.14e-26        7.44e-27 2
#> MAD:pam      55        3.25e-11        8.93e-03 2
#> ATC:pam     136        4.15e-16        9.24e-06 2
#> SD:hclust   136        1.34e-26        3.54e-14 2
#> CV:hclust   136        1.34e-26        3.54e-14 2
#> MAD:hclust  133        2.64e-21        4.36e-26 2
#> ATC:hclust  135        3.91e-13        7.34e-02 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  136        6.49e-47        1.67e-09 3
#> CV:skmeans  132        1.11e-39        1.69e-10 3
#> MAD:skmeans 132        8.37e-48        2.54e-09 3
#> ATC:skmeans 136        3.05e-35        9.45e-04 3
#> SD:mclust   130        3.02e-47        3.28e-23 3
#> CV:mclust   133        1.06e-42        5.05e-15 3
#> MAD:mclust  132        4.49e-49        2.69e-30 3
#> ATC:mclust  128        6.94e-40        1.48e-06 3
#> SD:kmeans   134        2.17e-47        3.15e-32 3
#> CV:kmeans   136        6.03e-51        1.10e-25 3
#> MAD:kmeans  133        1.43e-49        2.57e-32 3
#> ATC:kmeans  134        6.77e-30        2.99e-04 3
#> SD:pam      135        3.34e-52        4.28e-27 3
#> CV:pam      135        3.34e-52        5.19e-27 3
#> MAD:pam     126        2.04e-36        5.46e-23 3
#> ATC:pam     136        8.79e-25        6.93e-05 3
#> SD:hclust   136        6.03e-51        1.10e-25 3
#> CV:hclust   136        6.03e-51        1.10e-25 3
#> MAD:hclust  135        3.63e-47        5.72e-24 3
#> ATC:hclust  128        3.81e-26        2.59e-04 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  134        4.62e-70        7.65e-14 4
#> CV:skmeans  134        1.87e-58        1.12e-17 4
#> MAD:skmeans 134        5.59e-71        9.83e-13 4
#> ATC:skmeans 108        1.58e-27        1.18e-02 4
#> SD:mclust   132        1.51e-70        1.07e-28 4
#> CV:mclust   121        1.67e-51        1.75e-25 4
#> MAD:mclust  131        1.02e-62        7.01e-29 4
#> ATC:mclust  123        2.07e-29        4.35e-05 4
#> SD:kmeans   133        1.74e-72        2.68e-29 4
#> CV:kmeans   135        4.68e-71        8.32e-44 4
#> MAD:kmeans  121        5.40e-65        3.89e-27 4
#> ATC:kmeans  136        6.81e-23        8.84e-04 4
#> SD:pam      135        5.98e-63        2.02e-35 4
#> CV:pam      134        1.27e-74        1.78e-48 4
#> MAD:pam     130        4.70e-65        6.49e-30 4
#> ATC:pam     115        5.26e-23        6.36e-05 4
#> SD:hclust   114        3.37e-62        1.08e-40 4
#> CV:hclust   132        1.16e-71        1.23e-47 4
#> MAD:hclust  134        1.22e-55        1.88e-22 4
#> ATC:hclust  131        2.19e-23        2.09e-04 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  134        2.71e-91        1.72e-25 5
#> CV:skmeans  134        1.10e-81        7.14e-31 5
#> MAD:skmeans 130        2.65e-74        6.25e-17 5
#> ATC:skmeans 120        8.25e-40        5.31e-07 5
#> SD:mclust   133        2.78e-83        6.48e-28 5
#> CV:mclust   121        1.07e-52        4.31e-25 5
#> MAD:mclust  131        3.06e-73        4.97e-36 5
#> ATC:mclust  124        8.73e-35        6.75e-08 5
#> SD:kmeans   124        4.58e-75        2.21e-34 5
#> CV:kmeans   126        8.44e-70        7.03e-44 5
#> MAD:kmeans  121        1.66e-72        9.76e-32 5
#> ATC:kmeans  135        4.47e-22        4.27e-05 5
#> SD:pam      131        6.80e-75        4.11e-33 5
#> CV:pam      135        3.15e-70        8.33e-46 5
#> MAD:pam     125        2.23e-65        1.52e-31 5
#> ATC:pam     100        1.82e-26        2.59e-06 5
#> SD:hclust   116        4.89e-78        3.26e-41 5
#> CV:hclust   126        1.14e-69        1.95e-48 5
#> MAD:hclust  127        6.20e-77        5.39e-43 5
#> ATC:hclust  134        3.50e-22        6.19e-04 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  133        2.47e-96        2.30e-29 6
#> CV:skmeans  110        3.96e-68        8.57e-23 6
#> MAD:skmeans 133        1.32e-92        8.46e-30 6
#> ATC:skmeans 117        3.66e-37        4.96e-06 6
#> SD:mclust   133        6.32e-99        6.21e-39 6
#> CV:mclust   114        2.57e-69        1.32e-36 6
#> MAD:mclust  123        8.41e-71        9.28e-32 6
#> ATC:mclust  115        7.16e-32        1.63e-06 6
#> SD:kmeans   129       4.85e-103        2.48e-35 6
#> CV:kmeans   105        6.24e-52        2.86e-34 6
#> MAD:kmeans  129       2.45e-100        5.32e-33 6
#> ATC:kmeans  120        5.94e-20        2.35e-04 6
#> SD:pam      123        1.61e-78        2.48e-31 6
#> CV:pam      134        1.25e-69        5.68e-47 6
#> MAD:pam     127        5.23e-83        1.07e-32 6
#> ATC:pam     115        1.23e-25        2.80e-05 6
#> SD:hclust   117        1.30e-96        3.53e-40 6
#> CV:hclust   124        1.94e-68        1.24e-47 6
#> MAD:hclust  127        1.03e-95        1.49e-41 6
#> ATC:hclust  130        2.11e-21        1.21e-03 6
test_to_known_factors(res_list, k = 7)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  129        4.07e-89        5.37e-27 7
#> CV:skmeans  115        2.64e-76        3.43e-24 7
#> MAD:skmeans 123        4.80e-88        3.44e-28 7
#> ATC:skmeans 119        7.46e-33        6.69e-06 7
#> SD:mclust   128        1.73e-97        8.53e-45 7
#> CV:mclust   118        2.41e-62        6.89e-37 7
#> MAD:mclust  124        2.21e-72        3.76e-36 7
#> ATC:mclust  121        6.39e-34        2.98e-10 7
#> SD:kmeans   131       4.33e-102        1.03e-34 7
#> CV:kmeans   113        1.27e-69        8.00e-36 7
#> MAD:kmeans  126        3.05e-97        4.95e-32 7
#> ATC:kmeans  123        2.85e-21        8.27e-05 7
#> SD:pam      121        3.99e-78        5.53e-30 7
#> CV:pam      131        7.70e-68        3.22e-47 7
#> MAD:pam     127        3.20e-77        1.91e-31 7
#> ATC:pam     120        8.64e-25        5.04e-04 7
#> SD:hclust   115        1.78e-91        1.30e-38 7
#> CV:hclust   126        1.42e-61        6.42e-44 7
#> MAD:hclust  125        5.48e-94        7.88e-41 7
#> ATC:hclust  128        1.42e-21        1.80e-03 7
test_to_known_factors(res_list, k = 8)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  128        6.95e-91        4.39e-28 8
#> CV:skmeans  117        6.01e-77        2.27e-25 8
#> MAD:skmeans 125        4.62e-87        1.35e-27 8
#> ATC:skmeans 111        7.10e-33        1.79e-05 8
#> SD:mclust   122        1.11e-90        5.25e-41 8
#> CV:mclust   115        2.76e-60        1.93e-34 8
#> MAD:mclust  114        2.27e-64        2.28e-33 8
#> ATC:mclust  124        4.25e-31        4.21e-09 8
#> SD:kmeans   131       6.29e-106        7.27e-42 8
#> CV:kmeans   127        4.05e-81        4.60e-41 8
#> MAD:kmeans  119        2.15e-96        1.06e-38 8
#> ATC:kmeans  102        1.74e-18        2.86e-08 8
#> SD:pam      119        7.56e-74        1.68e-30 8
#> CV:pam      132        2.29e-68        1.50e-47 8
#> MAD:pam     126        1.09e-75        5.16e-30 8
#> ATC:pam     114        2.03e-25        3.66e-06 8
#> SD:hclust   111        7.21e-85        1.06e-35 8
#> CV:hclust   124        3.18e-60        3.79e-44 8
#> MAD:hclust  126        1.71e-90        4.04e-41 8
#> ATC:hclust   93        4.24e-13        4.13e-04 8
test_to_known_factors(res_list, k = 9)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans  125        1.07e-87        3.45e-27 9
#> CV:skmeans  112        4.56e-80        8.57e-28 9
#> MAD:skmeans 120        2.28e-79        1.69e-25 9
#> ATC:skmeans  95        1.04e-30        3.22e-05 9
#> SD:mclust   130        6.77e-89        6.07e-42 9
#> CV:mclust   105        1.54e-59        1.26e-35 9
#> MAD:mclust  111        1.51e-70        1.82e-34 9
#> ATC:mclust  124        2.08e-31        1.30e-08 9
#> SD:kmeans   114        3.74e-69        1.90e-35 9
#> CV:kmeans   125        5.25e-75        7.00e-40 9
#> MAD:kmeans  111        3.59e-84        9.72e-36 9
#> ATC:kmeans  107        6.71e-24        2.11e-11 9
#> SD:pam      115        2.11e-66        2.72e-27 9
#> CV:pam      131        9.03e-68        3.72e-47 9
#> MAD:pam     125        8.28e-72        1.25e-28 9
#> ATC:pam     112        2.93e-26        9.80e-07 9
#> SD:hclust   105        1.02e-76        2.87e-32 9
#> CV:hclust   122        5.40e-59        2.77e-43 9
#> MAD:hclust  117        1.01e-86        9.05e-38 9
#> ATC:hclust  107        3.63e-18        9.47e-06 9
test_to_known_factors(res_list, k = 10)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> SD:skmeans  112        7.75e-80        6.83e-26 10
#> CV:skmeans  107        2.59e-78        7.77e-27 10
#> MAD:skmeans 104        4.53e-80        5.83e-29 10
#> ATC:skmeans  94        1.61e-34        2.41e-05 10
#> SD:mclust   130        8.67e-81        3.46e-38 10
#> CV:mclust   104        1.15e-60        2.13e-34 10
#> MAD:mclust  118        6.54e-76        1.41e-33 10
#> ATC:mclust  115        2.21e-32        7.95e-07 10
#> SD:kmeans   131        2.09e-95        1.11e-38 10
#> CV:kmeans   125        6.52e-72        3.41e-38 10
#> MAD:kmeans  120        6.99e-91        5.11e-38 10
#> ATC:kmeans  120        6.60e-28        8.05e-14 10
#> SD:pam      129        4.37e-75        1.36e-29 10
#> CV:pam      129        6.57e-88        6.69e-45 10
#> MAD:pam     121        5.76e-70        2.21e-26 10
#> ATC:pam     101        3.65e-23        6.51e-06 10
#> SD:hclust   110        5.20e-81        3.71e-34 10
#> CV:hclust   122        5.40e-59        2.77e-43 10
#> MAD:hclust  129        5.96e-90        8.10e-39 10
#> ATC:hclust  103        1.16e-19        3.05e-05 10

Results for each method


SD:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.769           0.934       0.952        0.35039 0.594   0.594
#> 3   3 1.000           0.996       0.999        0.26759 0.961   0.934
#> 4   4 0.685           0.710       0.880        0.46000 0.774   0.592
#> 5   5 0.673           0.725       0.839        0.15913 0.816   0.501
#> 6   6 0.826           0.771       0.874        0.06322 0.971   0.872
#> 7   7 0.808           0.737       0.873        0.01027 0.993   0.964
#> 8   8 0.783           0.690       0.856        0.01284 0.993   0.964
#> 9   9 0.788           0.649       0.838        0.01144 0.994   0.969
#> 10 10 0.798           0.662       0.822        0.00743 0.986   0.926

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-002     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     2  0.1843      0.810 0.028 0.972
#> dkfz_11-004     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2  0.1184      0.812 0.016 0.984
#> dkfz_11-010     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-018     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-019     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-021     2  0.1184      0.812 0.016 0.984
#> dkfz_11-022     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-029     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-030     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-031     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-033     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-035     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.4022      0.800 0.080 0.920
#> dkfz_11-043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0672      0.812 0.008 0.992
#> dkfz_11-061     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-067     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-068     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-073     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     2  0.0376      0.812 0.004 0.996
#> dkfz_11-075     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     2  0.0000      0.811 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-144     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-147     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.9393      0.708 0.356 0.644
#> dkfz_11-150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-002     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-003     2  0.1163      0.952 0.028 0.972  0
#> dkfz_11-004     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-005     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-006     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-007     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-008     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-009     2  0.0747      0.970 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-010     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-011     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-012     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-013     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-014     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-015     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-016     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-019     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-021     2  0.0747      0.970 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-022     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-023     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-024     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-025     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-026     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-027     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-031     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-033     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-035     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-036     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-037     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-038     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-039     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-040     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-042     2  0.2537      0.863 0.080 0.920  0
#> dkfz_11-043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-049     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-052     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-056     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-057     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-058     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-059     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-060     2  0.0424      0.979 0.008 0.992  0
#> dkfz_11-061     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-062     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-063     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-064     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-065     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-068     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-069     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-070     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-071     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-073     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-074     2  0.0237      0.983 0.004 0.996  0
#> dkfz_11-075     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-091     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-092     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-093     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-094     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-095     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-096     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-098     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-099     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-100     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-101     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-102     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-103     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-104     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-105     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-107     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-108     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-109     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-110     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-111     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-112     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-113     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-114     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-115     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-116     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-117     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-118     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-119     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-120     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-121     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-122     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-123     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-124     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-126     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-127     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-128     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-136     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-137     2  0.0000      0.986 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.1059    0.97026 0.016 0.012  0 0.972
#> dkfz_11-004     2  0.3649    0.71406 0.204 0.796  0 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0592    0.78146 0.016 0.984  0 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-007     2  0.3610    0.71755 0.200 0.800  0 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0592    0.78146 0.016 0.984  0 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0592    0.97970 0.016 0.000  0 0.984
#> dkfz_11-010     2  0.3610    0.71755 0.200 0.800  0 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.2973    0.75185 0.144 0.856  0 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0336    0.78780 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.1302    0.78665 0.044 0.956  0 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.1118    0.78758 0.036 0.964  0 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0592    0.97970 0.016 0.000  0 0.984
#> dkfz_11-022     1  0.0000    0.69803 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.2973    0.75185 0.144 0.856  0 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.1302    0.78665 0.044 0.956  0 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.3610    0.71755 0.200 0.800  0 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-031     2  0.3610    0.71755 0.200 0.800  0 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-033     2  0.3610    0.71755 0.200 0.800  0 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-035     2  0.3649    0.71406 0.204 0.796  0 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.1389    0.78467 0.048 0.952  0 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000    0.69803 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-041     2  0.4948    0.16650 0.440 0.560  0 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.2300    0.89243 0.016 0.064  0 0.920
#> dkfz_11-043     2  0.1211    0.78723 0.040 0.960  0 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0336    0.78862 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.1302    0.78665 0.044 0.956  0 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-047     2  0.3801    0.69540 0.220 0.780  0 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0592    0.78146 0.016 0.984  0 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-051     2  0.4843    0.31598 0.396 0.604  0 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000    0.69803 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.0469    0.70589 0.988 0.012  0 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0336    0.98444 0.008 0.000  0 0.992
#> dkfz_11-061     2  0.0336    0.78854 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0336    0.78854 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.2868    0.75555 0.136 0.864  0 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0592    0.78316 0.016 0.984  0 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.3610    0.71755 0.200 0.800  0 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.2921    0.75429 0.140 0.860  0 0.000
#> dkfz_11-071     2  0.3649    0.71406 0.204 0.796  0 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0592    0.78146 0.016 0.984  0 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0188    0.98815 0.004 0.000  0 0.996
#> dkfz_11-075     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-092     2  0.3726    0.70523 0.212 0.788  0 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.1302    0.78665 0.044 0.956  0 0.000
#> dkfz_11-095     2  0.4994   -0.00726 0.480 0.520  0 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0469    0.70589 0.988 0.012  0 0.000
#> dkfz_11-097     2  0.4977    0.08512 0.460 0.540  0 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.4933    0.29701 0.568 0.432  0 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0336    0.78862 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-100     2  0.3764    0.70049 0.216 0.784  0 0.000
#> dkfz_11-101     2  0.4855    0.30349 0.400 0.600  0 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0188    0.70140 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.5000    0.07977 0.504 0.496  0 0.000
#> dkfz_11-104     2  0.4955    0.15161 0.444 0.556  0 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.4431    0.54469 0.696 0.304  0 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.3649    0.71406 0.204 0.796  0 0.000
#> dkfz_11-107     2  0.4955    0.15161 0.444 0.556  0 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.4994    0.14270 0.520 0.480  0 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1118    0.71464 0.964 0.036  0 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.4817    0.39603 0.612 0.388  0 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.4961    0.25294 0.552 0.448  0 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.4431    0.54469 0.696 0.304  0 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000    0.69803 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.5000   -0.10439 0.500 0.500  0 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.3649    0.71406 0.204 0.796  0 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.5000    0.07977 0.504 0.496  0 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.4072    0.59822 0.748 0.252  0 0.000
#> dkfz_11-119     2  0.3764    0.70049 0.216 0.784  0 0.000
#> dkfz_11-120     2  0.5000   -0.10438 0.500 0.500  0 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-122     2  0.4996   -0.02821 0.484 0.516  0 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.4985    0.17122 0.532 0.468  0 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.5000    0.06102 0.500 0.500  0 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0188    0.70140 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-127     2  0.4981    0.06734 0.464 0.536  0 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0188    0.70140 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2216    0.70143 0.908 0.092  0 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.4961    0.25294 0.552 0.448  0 0.000
#> dkfz_11-131     2  0.4994   -0.00726 0.480 0.520  0 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000    0.69803 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1118    0.71465 0.964 0.036  0 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2921    0.67850 0.860 0.140  0 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000    0.69803 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.99023 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000    0.69803 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.5000    0.07977 0.504 0.496  0 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2216    0.70126 0.908 0.092  0 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.4431    0.54469 0.696 0.304  0 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000    0.78657 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-151     2  0.3837    0.68979 0.224 0.776  0 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.4118     0.5855 0.004 0.660  0 0.000 0.336
#> dkfz_11-003     4  0.0794     0.9768 0.000 0.028  0 0.972 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.1043     0.6893 0.040 0.000  0 0.000 0.960
#> dkfz_11-005     2  0.3274     0.7651 0.000 0.780  0 0.000 0.220
#> dkfz_11-006     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-007     5  0.0963     0.6863 0.036 0.000  0 0.000 0.964
#> dkfz_11-008     2  0.3274     0.7651 0.000 0.780  0 0.000 0.220
#> dkfz_11-009     4  0.0510     0.9856 0.000 0.016  0 0.984 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0963     0.6863 0.036 0.000  0 0.000 0.964
#> dkfz_11-011     5  0.4024     0.3769 0.028 0.220  0 0.000 0.752
#> dkfz_11-012     5  0.4088     0.0337 0.008 0.304  0 0.000 0.688
#> dkfz_11-013     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-014     5  0.2605     0.4139 0.000 0.148  0 0.000 0.852
#> dkfz_11-015     2  0.4118     0.5855 0.004 0.660  0 0.000 0.336
#> dkfz_11-016     2  0.4415     0.4346 0.004 0.552  0 0.000 0.444
#> dkfz_11-017     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-020     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0510     0.9856 0.000 0.016  0 0.984 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0162     0.8244 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-023     5  0.4024     0.3769 0.028 0.220  0 0.000 0.752
#> dkfz_11-024     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-025     5  0.2605     0.4139 0.000 0.148  0 0.000 0.852
#> dkfz_11-026     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-027     5  0.0963     0.6863 0.036 0.000  0 0.000 0.964
#> dkfz_11-028     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0963     0.6863 0.036 0.000  0 0.000 0.964
#> dkfz_11-032     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0963     0.6863 0.036 0.000  0 0.000 0.964
#> dkfz_11-034     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.1043     0.6893 0.040 0.000  0 0.000 0.960
#> dkfz_11-036     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-037     2  0.4138     0.6460 0.000 0.616  0 0.000 0.384
#> dkfz_11-038     1  0.0162     0.8244 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3774     0.6240 0.296 0.000  0 0.000 0.704
#> dkfz_11-042     4  0.2125     0.9233 0.004 0.052  0 0.920 0.024
#> dkfz_11-043     2  0.4436     0.5985 0.008 0.596  0 0.000 0.396
#> dkfz_11-044     2  0.4251     0.5602 0.004 0.624  0 0.000 0.372
#> dkfz_11-045     5  0.2605     0.4139 0.000 0.148  0 0.000 0.852
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.1544     0.6998 0.068 0.000  0 0.000 0.932
#> dkfz_11-048     2  0.3274     0.7651 0.000 0.780  0 0.000 0.220
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.4101     0.5882 0.004 0.664  0 0.000 0.332
#> dkfz_11-051     5  0.3508     0.6504 0.252 0.000  0 0.000 0.748
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.3990     0.6023 0.004 0.688  0 0.000 0.308
#> dkfz_11-055     1  0.0162     0.8244 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0794     0.8266 0.972 0.000  0 0.000 0.028
#> dkfz_11-060     4  0.0290     0.9895 0.000 0.008  0 0.992 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.4196     0.5729 0.004 0.640  0 0.000 0.356
#> dkfz_11-062     2  0.4196     0.5729 0.004 0.640  0 0.000 0.356
#> dkfz_11-063     5  0.4655     0.1549 0.028 0.328  0 0.000 0.644
#> dkfz_11-064     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-065     2  0.3333     0.7658 0.004 0.788  0 0.000 0.208
#> dkfz_11-066     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-069     5  0.0963     0.6863 0.036 0.000  0 0.000 0.964
#> dkfz_11-070     5  0.4250     0.3325 0.028 0.252  0 0.000 0.720
#> dkfz_11-071     5  0.1043     0.6893 0.040 0.000  0 0.000 0.960
#> dkfz_11-072     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3274     0.7651 0.000 0.780  0 0.000 0.220
#> dkfz_11-074     4  0.0162     0.9914 0.000 0.004  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.4118     0.5855 0.004 0.660  0 0.000 0.336
#> dkfz_11-091     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-092     5  0.1341     0.6960 0.056 0.000  0 0.000 0.944
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.2605     0.4139 0.000 0.148  0 0.000 0.852
#> dkfz_11-095     5  0.3966     0.5853 0.336 0.000  0 0.000 0.664
#> dkfz_11-096     1  0.0794     0.8266 0.972 0.000  0 0.000 0.028
#> dkfz_11-097     5  0.3876     0.6051 0.316 0.000  0 0.000 0.684
#> dkfz_11-098     5  0.4256     0.3800 0.436 0.000  0 0.000 0.564
#> dkfz_11-099     2  0.4251     0.5602 0.004 0.624  0 0.000 0.372
#> dkfz_11-100     5  0.1478     0.6987 0.064 0.000  0 0.000 0.936
#> dkfz_11-101     5  0.3534     0.6482 0.256 0.000  0 0.000 0.744
#> dkfz_11-102     1  0.0609     0.8281 0.980 0.000  0 0.000 0.020
#> dkfz_11-103     5  0.4088     0.5405 0.368 0.000  0 0.000 0.632
#> dkfz_11-104     5  0.3796     0.6196 0.300 0.000  0 0.000 0.700
#> dkfz_11-105     1  0.4227     0.1578 0.580 0.000  0 0.000 0.420
#> dkfz_11-106     5  0.1043     0.6893 0.040 0.000  0 0.000 0.960
#> dkfz_11-107     5  0.3796     0.6196 0.300 0.000  0 0.000 0.700
#> dkfz_11-108     5  0.4161     0.4944 0.392 0.000  0 0.000 0.608
#> dkfz_11-109     1  0.2471     0.7707 0.864 0.000  0 0.000 0.136
#> dkfz_11-110     5  0.4304     0.2347 0.484 0.000  0 0.000 0.516
#> dkfz_11-111     5  0.4227     0.4227 0.420 0.000  0 0.000 0.580
#> dkfz_11-112     1  0.4227     0.1578 0.580 0.000  0 0.000 0.420
#> dkfz_11-113     1  0.0162     0.8244 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-114     5  0.4060     0.5527 0.360 0.000  0 0.000 0.640
#> dkfz_11-115     5  0.1043     0.6893 0.040 0.000  0 0.000 0.960
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.4088     0.5405 0.368 0.000  0 0.000 0.632
#> dkfz_11-118     1  0.4045     0.3625 0.644 0.000  0 0.000 0.356
#> dkfz_11-119     5  0.1478     0.6987 0.064 0.000  0 0.000 0.936
#> dkfz_11-120     5  0.4074     0.5475 0.364 0.000  0 0.000 0.636
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3983     0.5793 0.340 0.000  0 0.000 0.660
#> dkfz_11-123     5  0.4192     0.4546 0.404 0.000  0 0.000 0.596
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.4045     0.5568 0.356 0.000  0 0.000 0.644
#> dkfz_11-126     1  0.0609     0.8281 0.980 0.000  0 0.000 0.020
#> dkfz_11-127     5  0.3895     0.6014 0.320 0.000  0 0.000 0.680
#> dkfz_11-128     1  0.0609     0.8281 0.980 0.000  0 0.000 0.020
#> dkfz_11-129     1  0.2690     0.7478 0.844 0.000  0 0.000 0.156
#> dkfz_11-130     5  0.4219     0.4324 0.416 0.000  0 0.000 0.584
#> dkfz_11-131     5  0.3966     0.5853 0.336 0.000  0 0.000 0.664
#> dkfz_11-132     1  0.0162     0.8244 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-133     1  0.2329     0.7800 0.876 0.000  0 0.000 0.124
#> dkfz_11-134     1  0.3242     0.6680 0.784 0.000  0 0.000 0.216
#> dkfz_11-135     1  0.0162     0.8244 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9930 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0162     0.8244 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-139     2  0.4118     0.5855 0.004 0.660  0 0.000 0.336
#> dkfz_11-140     5  0.4088     0.5405 0.368 0.000  0 0.000 0.632
#> dkfz_11-141     1  0.2732     0.7456 0.840 0.000  0 0.000 0.160
#> dkfz_11-142     1  0.4227     0.1578 0.580 0.000  0 0.000 0.420
#> dkfz_11-143     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-146     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-149     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3336     0.7748 0.000 0.772  0 0.000 0.228
#> dkfz_11-151     5  0.1478     0.6989 0.064 0.000  0 0.000 0.936

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1088     0.8934 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> dkfz_11-003     4  0.0820     0.9750 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-004     5  0.0146     0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1168     0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-006     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1168     0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-009     4  0.0458     0.9846 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.3468     0.3473 0.000 0.004 0.000 0.000 0.712 0.284
#> dkfz_11-012     6  0.4310     0.1214 0.004 0.012 0.000 0.000 0.472 0.512
#> dkfz_11-013     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3161     0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-015     6  0.1088     0.8934 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> dkfz_11-016     6  0.2595     0.8116 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0458     0.9846 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3468     0.3473 0.000 0.004 0.000 0.000 0.712 0.284
#> dkfz_11-024     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.3161     0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-026     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0622     0.9871 0.000 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0909     0.9816 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-035     5  0.0146     0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3907     0.7292 0.000 0.764 0.000 0.000 0.152 0.084
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3244     0.6355 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.2102     0.9244 0.004 0.032 0.000 0.920 0.020 0.024
#> dkfz_11-043     2  0.5746     0.2049 0.004 0.504 0.000 0.000 0.164 0.328
#> dkfz_11-044     6  0.1970     0.8777 0.000 0.008 0.000 0.000 0.092 0.900
#> dkfz_11-045     5  0.3161     0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0790     0.7096 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.1168     0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1049     0.8999 0.000 0.008 0.000 0.000 0.032 0.960
#> dkfz_11-051     5  0.2969     0.6575 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0405     0.9898 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054     6  0.1007     0.8727 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0632     0.8210 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0260     0.9890 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-061     6  0.1285     0.9000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.944
#> dkfz_11-062     6  0.1285     0.9000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.944
#> dkfz_11-063     5  0.3937    -0.0739 0.000 0.004 0.000 0.000 0.572 0.424
#> dkfz_11-064     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1844     0.9161 0.004 0.924 0.000 0.000 0.048 0.024
#> dkfz_11-066     3  0.0717     0.9854 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.3758     0.2465 0.000 0.008 0.000 0.000 0.668 0.324
#> dkfz_11-071     5  0.0291     0.7070 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.1168     0.9427 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.0146     0.9911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-075     6  0.0935     0.8996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964
#> dkfz_11-091     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0547     0.7096 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3161     0.4682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> dkfz_11-095     5  0.3446     0.6021 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0632     0.8210 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.3351     0.6201 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.3789     0.4079 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.1970     0.8777 0.000 0.008 0.000 0.000 0.092 0.900
#> dkfz_11-100     5  0.0713     0.7099 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2996     0.6557 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0458     0.8223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3592     0.5576 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3266     0.6326 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3833     0.0902 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0146     0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.3266     0.6326 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.3672     0.5159 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.2219     0.7636 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.3854     0.2628 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3756     0.4491 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3833     0.0902 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.3563     0.5688 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0146     0.7078 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3592     0.5576 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.3695     0.3184 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0713     0.7099 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3578     0.5638 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3482     0.5937 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.3706     0.4690 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.3547     0.5745 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0458     0.8223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.3371     0.6165 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0458     0.8223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2378     0.7476 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.3747     0.4589 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.3446     0.6021 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2178     0.7665 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2941     0.6571 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1088     0.8934 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> dkfz_11-140     5  0.3592     0.5576 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2454     0.7401 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3828     0.1039 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0909     0.9816 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-144     3  0.0909     0.9816 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0547     0.9518 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0713     0.7099 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.0837     0.8629 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0755     0.9718 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0134     0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0660     0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0660     0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0422     0.9827 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.3085     0.3495 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.3967     0.1244 0.004 0.012 0.000 0.000 0.468 0.516 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.2911     0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.0837     0.8629 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.2225     0.7619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0422     0.9827 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3085     0.3495 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.2911     0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     7  0.2682     0.7780 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.0990     0.8618 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-035     5  0.0134     0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3955     0.6999 0.000 0.768 0.000 0.000 0.132 0.052 0.048
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.2987     0.6359 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.1936     0.9152 0.004 0.032 0.000 0.920 0.020 0.024 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.5991     0.2058 0.004 0.496 0.000 0.000 0.156 0.296 0.048
#> dkfz_11-044     6  0.1663     0.8443 0.000 0.004 0.000 0.000 0.088 0.908 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.2911     0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0728     0.7097 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0660     0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0923     0.8712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028 0.964 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.2734     0.6578 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.3561    -0.2063 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-054     6  0.1565     0.8264 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.928 0.048
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0582     0.8114 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0239     0.9876 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0990     0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.0990     0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.3509    -0.0701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1368     0.9063 0.004 0.944 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> dkfz_11-066     7  0.3221     0.6147 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-067     3  0.3450     0.1493 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.7066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.3378     0.2492 0.000 0.004 0.000 0.000 0.668 0.328 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0268     0.7070 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0660     0.9362 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0134     0.9900 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0656     0.8706 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0504     0.7097 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.2911     0.4705 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.3173     0.6024 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0582     0.8114 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.3085     0.6204 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.3489     0.4086 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.1663     0.8443 0.000 0.004 0.000 0.000 0.088 0.908 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0656     0.7100 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2759     0.6560 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0422     0.8110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3308     0.5580 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3008     0.6327 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3530     0.0895 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0134     0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.3008     0.6327 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.3381     0.5164 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.2043     0.7635 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.3549     0.2636 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3459     0.4496 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3530     0.0895 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.3280     0.5691 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0134     0.7079 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3308     0.5580 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.3402     0.3180 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0656     0.7100 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3294     0.5641 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3206     0.5940 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.3413     0.4693 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.3266     0.5750 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0422     0.8110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.3104     0.6168 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0422     0.8110 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2190     0.7475 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.3450     0.4593 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.3173     0.6024 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2005     0.7664 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2708     0.6570 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9919 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0837     0.8629 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.3308     0.5580 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2259     0.7400 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3525     0.1033 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     7  0.1050     0.8645 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-144     7  0.1166     0.8655 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9071 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9460 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0656     0.7100 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1213     0.8483 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.036
#> dkfz_11-003     8  0.3133     0.9516 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-004     5  0.0313     0.7029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-005     2  0.1387     0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0224     0.7024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-008     2  0.1387     0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-009     8  0.3057     0.9543 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-010     5  0.0313     0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-011     5  0.3325     0.3476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.288 0.000 0.020
#> dkfz_11-012     6  0.4048     0.1140 0.004 0.012 0.000 0.000 0.452 0.516 0.000 0.016
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3240     0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-015     6  0.0864     0.8512 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016
#> dkfz_11-016     6  0.2691     0.7850 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.836 0.000 0.088
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0125     0.9288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     8  0.3057     0.9543 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3325     0.3476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.288 0.000 0.020
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.3240     0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0313     0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0313     0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-032     7  0.2177     0.7905 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0313     0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-034     7  0.0000     0.8610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0224     0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3873     0.6612 0.000 0.672 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0125     0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040     4  0.0125     0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041     5  0.2895     0.6288 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-042     8  0.4158     0.8964 0.004 0.024 0.000 0.308 0.016 0.008 0.000 0.640
#> dkfz_11-043     2  0.6205     0.1715 0.004 0.408 0.000 0.000 0.084 0.244 0.000 0.260
#> dkfz_11-044     6  0.1676     0.8244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072 0.912 0.000 0.012
#> dkfz_11-045     5  0.3240     0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0739     0.7049 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048     2  0.1387     0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0808     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-051     5  0.2534     0.6518 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.3332    -0.1045 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.2185     0.8074 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.116
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0125     0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.3131     0.0790 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-059     1  0.0544     0.8095 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.3193    -0.0758 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-061     6  0.1199     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.944 0.000 0.040
#> dkfz_11-062     6  0.1199     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.944 0.000 0.040
#> dkfz_11-063     5  0.3966    -0.0802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.416 0.000 0.040
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.2072     0.8840 0.004 0.892 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.080
#> dkfz_11-066     7  0.2833     0.6336 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.3229     0.2302 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0313     0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-070     5  0.3566     0.2697 0.000 0.004 0.000 0.000 0.656 0.320 0.000 0.020
#> dkfz_11-071     5  0.0349     0.7015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.1387     0.9009 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-074     4  0.3203    -0.0539 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-075     6  0.0808     0.8530 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0783     0.7043 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3240     0.4808 0.000 0.008 0.000 0.000 0.764 0.196 0.000 0.032
#> dkfz_11-095     5  0.3072     0.5954 0.304 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.0544     0.8095 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2988     0.6132 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098     5  0.3374     0.4006 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-099     6  0.1676     0.8244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072 0.912 0.000 0.012
#> dkfz_11-100     5  0.0739     0.7047 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-101     5  0.2558     0.6501 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0395     0.8091 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3200     0.5508 0.340 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-104     5  0.2915     0.6257 0.268 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.3307     0.0894 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0224     0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-107     5  0.2915     0.6257 0.268 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108     5  0.3270     0.5089 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.1947     0.7607 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.3431     0.2555 0.460 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111     5  0.3344     0.4417 0.396 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.3307     0.0894 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.3174     0.5620 0.332 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-115     5  0.0224     0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3200     0.5508 0.340 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-118     1  0.3193     0.3169 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0837     0.7048 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-120     5  0.3187     0.5570 0.336 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0125     0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122     5  0.3103     0.5870 0.312 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123     5  0.3300     0.4620 0.376 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124     4  0.3131     0.0790 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-125     5  0.3161     0.5679 0.328 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0395     0.8091 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.3006     0.6096 0.288 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0395     0.8091 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2049     0.7463 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.3336     0.4516 0.392 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131     5  0.3072     0.5954 0.304 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1912     0.7636 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2558     0.6511 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.8401 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0125     0.8397 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8013 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1213     0.8483 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.036
#> dkfz_11-140     5  0.3200     0.5508 0.340 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-141     1  0.2114     0.7388 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3303     0.1031 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     7  0.0125     0.8642 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-144     7  0.0313     0.8663 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0125     0.9288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0669     0.7052 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1550     0.7553 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.040 0.028
#> dkfz_11-003     9  0.0939     0.8110 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004 0.952
#> dkfz_11-004     5  0.0414     0.6996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-005     2  0.3352     0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0565     0.6968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-008     2  0.3352     0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-009     9  0.0982     0.8186 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-010     5  0.0634     0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-011     5  0.3908     0.3512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.208 0.000 0.112 0.004
#> dkfz_11-012     6  0.4391     0.1009 0.004 0.008 0.000 0.000 0.444 0.484 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3691     0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-015     6  0.0542     0.7626 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-016     6  0.3184     0.6098 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636 0.000 0.356 0.004
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1178     0.7797 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     9  0.0982     0.8186 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3908     0.3512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.208 0.000 0.112 0.004
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.3691     0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-026     2  0.0296     0.8130 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0634     0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0634     0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-032     7  0.2060     0.7889 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0634     0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-034     7  0.0000     0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0331     0.6992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     8  0.3549     0.3759 0.000 0.324 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.644 0.020
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0119     0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040     4  0.0119     0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041     5  0.2834     0.6230 0.260 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-042     9  0.2224     0.7721 0.004 0.012 0.000 0.044 0.016 0.004 0.000 0.024 0.896
#> dkfz_11-043     8  0.2442     0.5320 0.004 0.072 0.000 0.000 0.012 0.048 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.2103     0.7445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.884 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-045     5  0.3691     0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0699     0.7009 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3352     0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1786     0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.2771     0.6478 0.216 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.3153    -0.1045 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.2567     0.6841 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.160 0.016
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0119     0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.3126     0.0985 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-059     1  0.0515     0.8062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     9  0.3155    -0.0707 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-061     6  0.2683     0.7092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-062     6  0.2683     0.7092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-063     5  0.4680    -0.0542 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.284 0.000 0.184 0.004
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3737     0.4172 0.004 0.648 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000 0.312 0.016
#> dkfz_11-066     7  0.2681     0.6336 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.3055     0.2302 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0634     0.6953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-070     5  0.3875     0.2802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.280 0.000 0.072 0.004
#> dkfz_11-071     5  0.0414     0.6985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3352     0.3477 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.3152    -0.0409 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-075     6  0.1841     0.7618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.116 0.008
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.1097     0.6999 0.016 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3691     0.4776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.156 0.000 0.064 0.024
#> dkfz_11-095     5  0.3004     0.5892 0.300 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.0515     0.8062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2924     0.6072 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-098     5  0.3193     0.3877 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.2103     0.7445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.884 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-100     5  0.1005     0.7010 0.024 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-101     5  0.2794     0.6460 0.220 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-102     1  0.0373     0.8058 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3128     0.5445 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-104     5  0.2853     0.6197 0.264 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.3130     0.1015 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0331     0.6992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-107     5  0.2853     0.6197 0.264 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-108     5  0.3095     0.4978 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1843     0.7603 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.3352     0.2496 0.456 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-111     5  0.3165     0.4293 0.396 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3130     0.1015 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.3103     0.5558 0.328 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-115     5  0.0331     0.6992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3128     0.5445 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-118     1  0.3022     0.3183 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.1077     0.7010 0.024 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-120     5  0.3115     0.5507 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0119     0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122     5  0.3034     0.5808 0.308 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-123     5  0.3224     0.4564 0.372 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-124     4  0.3126     0.0985 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-125     5  0.3090     0.5617 0.324 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0373     0.8058 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2941     0.6036 0.284 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0373     0.8058 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.1940     0.7457 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.3157     0.4393 0.392 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.3004     0.5892 0.300 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1810     0.7632 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2421     0.6500 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.8742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0119     0.8738 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.7979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1815     0.7419 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.060 0.028
#> dkfz_11-140     5  0.3128     0.5445 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-141     1  0.2001     0.7383 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3126     0.1151 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     7  0.0119     0.8436 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     7  0.0296     0.8461 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1178     0.7797 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0776     0.7016 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.3279    0.72068 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.0202    0.80047 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0555    0.68410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     9  0.2900    0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0729    0.68036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     9  0.2900    0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-009     7  0.0282    0.80717 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0784    0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.4072    0.37678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.196 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.4739   -0.11855 0.004 0.000 0.000 0.000 0.420 0.400 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3289    0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.2446    0.75208 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 NA 0.016 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.3730    0.63210 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684 0.000 NA 0.136 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1628    0.79416 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.124 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     7  0.0282    0.80717 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0113    0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.4072    0.37678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.196 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.3289    0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0282    0.95130 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0784    0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0784    0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-032    10  0.1966    0.77678 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.832
#> dkfz_11-033     5  0.0784    0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.2248    0.75817 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.044 0.856
#> dkfz_11-035     5  0.0492    0.68359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     9  0.2863    0.58582 0.000 0.136 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 NA 0.804 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0113    0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0202    0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0202    0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.2737    0.60156 0.256 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.1424    0.76769 0.004 0.004 0.000 0.000 0.016 0.016 0.936 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-043     9  0.3954    0.21557 0.004 0.012 0.000 0.000 0.012 0.156 0.000 NA 0.704 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.3912    0.71500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.652 0.000 NA 0.032 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.3289    0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000    0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0773    0.68551 0.024 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     9  0.2900    0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000    0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0315    0.75623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.2648    0.62767 0.212 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000    0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.3009   -0.08847 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.488
#> dkfz_11-054     6  0.4142    0.56207 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004 NA 0.076 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0113    0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0202    0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0113    0.87556 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.2990    0.14762 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0492    0.80658 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.3010   -0.14704 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.2573    0.70825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 NA 0.072 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.2814    0.70225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 NA 0.076 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.4621   -0.00642 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.340 0.000 NA 0.028 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     9  0.3725    0.57447 0.004 0.472 0.000 0.000 0.016 0.016 0.000 NA 0.492 0.000
#> dkfz_11-066    10  0.2559    0.62063 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.724
#> dkfz_11-067     3  0.2916    0.24290 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.396
#> dkfz_11-068     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0784    0.67892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.4234    0.31703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.132 0.000 NA 0.020 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0605    0.68306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     9  0.2900    0.74486 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.612 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.3010    0.02028 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0282    0.75665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0896    0.68414 0.012 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3289    0.44535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.2902    0.56735 0.296 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0492    0.80658 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2824    0.58532 0.276 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.3047    0.36703 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.3912    0.71500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.652 0.000 NA 0.032 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0915    0.68499 0.020 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2671    0.62579 0.216 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0469    0.80605 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3021    0.52168 0.332 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.2755    0.59817 0.260 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.2987    0.11096 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0492    0.68359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.2755    0.59817 0.260 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.2953    0.47738 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1759    0.75645 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.3241    0.22658 0.452 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3020    0.40834 0.396 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.2987    0.11096 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0113    0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2997    0.53303 0.324 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0492    0.68359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3021    0.52168 0.332 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.2884    0.32279 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0978    0.68516 0.020 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3009    0.52793 0.328 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0202    0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.2931    0.55840 0.304 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.3115    0.43419 0.368 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.2990    0.14762 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.2985    0.53898 0.320 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0469    0.80605 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2840    0.58159 0.280 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0469    0.80605 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.1851    0.74176 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.3093    0.41438 0.392 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.2902    0.56735 0.296 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0113    0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1727    0.75937 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2310    0.64544 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0113    0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000    0.87539 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0202    0.87526 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0113    0.79821 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.3500    0.66443 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 NA 0.024 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.3021    0.52168 0.332 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1909    0.73423 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.2983    0.12427 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143    10  0.0113    0.82158 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.996
#> dkfz_11-144    10  0.0282    0.82527 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.988
#> dkfz_11-145     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000    0.96299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000    0.91213 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1628    0.79416 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.124 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0781    0.68574 0.020 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>             n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> SD:hclust 136        1.34e-26        3.54e-14  2
#> SD:hclust 136        6.03e-51        1.10e-25  3
#> SD:hclust 114        3.37e-62        1.08e-40  4
#> SD:hclust 116        4.89e-78        3.26e-41  5
#> SD:hclust 117        1.30e-96        3.53e-40  6
#> SD:hclust 115        1.78e-91        1.30e-38  7
#> SD:hclust 111        7.21e-85        1.06e-35  8
#> SD:hclust 105        1.02e-76        2.87e-32  9
#> SD:hclust 110        5.20e-81        3.71e-34 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:kmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.756           0.865       0.918         0.3650 0.582   0.582
#> 3   3 0.636           0.845       0.875         0.5407 0.653   0.471
#> 4   4 0.909           0.935       0.938         0.2236 0.900   0.748
#> 5   5 0.812           0.766       0.809         0.1157 0.882   0.633
#> 6   6 0.812           0.873       0.884         0.0574 0.922   0.661
#> 7   7 0.888           0.807       0.840         0.0313 0.977   0.868
#> 8   8 0.891           0.806       0.819         0.0219 0.955   0.732
#> 9   9 0.855           0.659       0.815         0.0188 0.982   0.872
#> 10 10 0.870           0.810       0.832         0.0125 0.979   0.840

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-002     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-003     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-006     1  0.9286      0.268 0.656 0.344
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.9998     -0.355 0.508 0.492
#> dkfz_11-009     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-012     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-014     1  0.1633      0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-015     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-016     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-017     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-018     2  0.9323      0.699 0.348 0.652
#> dkfz_11-019     1  0.9998     -0.355 0.508 0.492
#> dkfz_11-020     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-021     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-025     1  0.0376      0.964 0.996 0.004
#> dkfz_11-026     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-029     2  0.9323      0.699 0.348 0.652
#> dkfz_11-030     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.8813      0.731 0.300 0.700
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0672      0.767 0.008 0.992
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-037     2  0.9933      0.540 0.452 0.548
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-040     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.9963      0.525 0.464 0.536
#> dkfz_11-043     1  0.0672      0.962 0.992 0.008
#> dkfz_11-044     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.1633      0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-046     2  0.2603      0.785 0.044 0.956
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.9491      0.679 0.368 0.632
#> dkfz_11-049     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-050     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-053     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-054     1  0.1633      0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-057     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-058     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-061     1  0.0672      0.962 0.992 0.008
#> dkfz_11-062     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-063     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-064     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-065     1  0.1184      0.958 0.984 0.016
#> dkfz_11-066     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-067     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-068     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.1184      0.958 0.984 0.016
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.9000      0.393 0.684 0.316
#> dkfz_11-073     2  0.9552      0.675 0.376 0.624
#> dkfz_11-074     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-075     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-091     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-094     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1  0.1414      0.955 0.980 0.020
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-137     2  0.3733      0.800 0.072 0.928
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.1633      0.953 0.976 0.024
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.966 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.8763      0.733 0.296 0.704
#> dkfz_11-144     2  0.8813      0.731 0.300 0.700
#> dkfz_11-145     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-146     2  0.9286      0.705 0.344 0.656
#> dkfz_11-147     2  0.9833      0.553 0.424 0.576
#> dkfz_11-148     1  0.1843      0.950 0.972 0.028
#> dkfz_11-149     2  0.9323      0.699 0.348 0.652
#> dkfz_11-150     1  0.7674      0.624 0.776 0.224
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.966 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-002     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-003     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-005     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-006     3  0.5621      0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-007     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-008     3  0.5621      0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-009     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-011     1  0.4504      0.665 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-012     3  0.5785      0.766 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-013     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-014     3  0.5760      0.768 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-015     3  0.5785      0.769 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-016     3  0.5785      0.771 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-017     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-018     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-019     3  0.5621      0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-020     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-021     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-024     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-025     3  0.6140      0.640 0.404 0.000 0.596
#> dkfz_11-026     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-027     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-028     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-029     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-030     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-031     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-032     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-033     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-034     2  0.6309      0.355 0.000 0.504 0.496
#> dkfz_11-035     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-036     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-037     3  0.6307      0.771 0.328 0.012 0.660
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0237      0.973 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-042     1  0.8836     -0.351 0.508 0.124 0.368
#> dkfz_11-043     3  0.5760      0.773 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-044     3  0.5926      0.750 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-045     3  0.5678      0.777 0.316 0.000 0.684
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-048     3  0.6665      0.769 0.276 0.036 0.688
#> dkfz_11-049     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     3  0.5760      0.773 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-051     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-052     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-054     3  0.5706      0.777 0.320 0.000 0.680
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     3  0.5810      0.765 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-062     3  0.6280      0.553 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-063     1  0.2711      0.872 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-064     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-065     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-066     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-067     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-068     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-069     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-070     1  0.2878      0.863 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-071     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-072     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-073     3  0.6665      0.769 0.276 0.036 0.688
#> dkfz_11-074     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     3  0.5733      0.775 0.324 0.000 0.676
#> dkfz_11-091     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-092     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-093     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     3  0.5733      0.771 0.324 0.000 0.676
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.5810      0.765 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-100     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-101     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0237      0.973 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-115     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-116     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0424      0.972 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     2  0.0000      0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.5785      0.772 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-144     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-145     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-146     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-147     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-148     3  0.5650      0.779 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-149     3  0.4799      0.520 0.032 0.132 0.836
#> dkfz_11-150     3  0.5621      0.779 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-151     1  0.0747      0.969 0.984 0.000 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-002     2  0.1724      0.929 0.020 0.948 0.032 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-004     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-010     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.5719      0.675 0.176 0.712 0.112 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.2174      0.911 0.020 0.928 0.052 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.2843      0.883 0.020 0.892 0.088 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.1820      0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.1820      0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-018     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-019     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-021     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.2988      0.922 0.876 0.012 0.112 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.1042      0.927 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.2843      0.883 0.020 0.892 0.088 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-029     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-030     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-031     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3505      0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-033     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3542      0.956 0.000 0.060 0.864 0.076
#> dkfz_11-035     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1042      0.927 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.1362      0.929 0.020 0.964 0.012 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.1637      0.945 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.6301      0.347 0.376 0.568 0.008 0.048
#> dkfz_11-043     2  0.1624      0.929 0.020 0.952 0.028 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.2363      0.911 0.056 0.920 0.024 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.1724      0.923 0.020 0.948 0.032 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.1247      0.927 0.016 0.968 0.012 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.1820      0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.2676      0.934 0.896 0.012 0.092 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.3505      0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-054     2  0.1724      0.929 0.020 0.948 0.032 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-061     2  0.2089      0.914 0.020 0.932 0.048 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.5140      0.734 0.144 0.760 0.096 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.6903      0.210 0.508 0.380 0.112 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.2413      0.888 0.020 0.916 0.064 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0707      0.929 0.020 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.3505      0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-067     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-068     2  0.1042      0.930 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.6733      0.407 0.324 0.564 0.112 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.2988      0.922 0.876 0.012 0.112 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-073     2  0.1247      0.927 0.016 0.968 0.012 0.004
#> dkfz_11-074     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-075     2  0.1820      0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.2843      0.883 0.020 0.892 0.088 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0921      0.950 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.1474      0.946 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.1820      0.929 0.020 0.944 0.036 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.2676      0.934 0.896 0.012 0.092 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.2676      0.934 0.896 0.012 0.092 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1474      0.946 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0336      0.952 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-125     1  0.1890      0.944 0.936 0.008 0.056 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.1474      0.946 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.1833      0.929 0.024 0.944 0.032 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.3505      0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-144     3  0.3505      0.987 0.000 0.088 0.864 0.048
#> dkfz_11-145     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-147     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-148     2  0.1042      0.930 0.020 0.972 0.008 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.3156      0.993 0.000 0.068 0.884 0.048
#> dkfz_11-150     2  0.1174      0.930 0.020 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.2741      0.932 0.892 0.012 0.096 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.4679     0.7493 0.000 0.652 0.000 0.032 0.316
#> dkfz_11-003     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-005     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.8043 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-008     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-011     5  0.4237     0.2067 0.020 0.168 0.000 0.032 0.780
#> dkfz_11-012     2  0.5161     0.7215 0.008 0.584 0.000 0.032 0.376
#> dkfz_11-013     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014     2  0.4996     0.6795 0.000 0.548 0.000 0.032 0.420
#> dkfz_11-015     2  0.5251     0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-016     2  0.5251     0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-017     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.8043 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.1671     0.5810 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-024     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025     5  0.5049    -0.6110 0.000 0.480 0.000 0.032 0.488
#> dkfz_11-026     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-028     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-032     3  0.1357     0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-033     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-034     3  0.1410     0.9655 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-035     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-036     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037     2  0.1116     0.7885 0.004 0.964 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1121     0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.4307    -0.3574 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-042     2  0.6924     0.2809 0.260 0.532 0.040 0.000 0.168
#> dkfz_11-043     2  0.5068     0.7455 0.012 0.636 0.000 0.032 0.320
#> dkfz_11-044     2  0.5798     0.7005 0.040 0.556 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-045     2  0.4898     0.7239 0.000 0.592 0.000 0.032 0.376
#> dkfz_11-046     4  0.1522     0.9902 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> dkfz_11-047     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-048     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.1121     0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.5251     0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-051     5  0.4030     0.7259 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-052     4  0.1121     0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.1282     0.9754 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> dkfz_11-054     2  0.4697     0.7483 0.000 0.648 0.000 0.032 0.320
#> dkfz_11-055     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1121     0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.5251     0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-062     5  0.5545    -0.5211 0.020 0.432 0.000 0.032 0.516
#> dkfz_11-063     5  0.1753     0.5059 0.032 0.032 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-064     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-066     3  0.1357     0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-067     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-070     5  0.4237     0.2067 0.020 0.168 0.000 0.032 0.780
#> dkfz_11-071     5  0.2690     0.6387 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-072     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-074     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.5251     0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-091     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-093     4  0.1121     0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.4996     0.6795 0.000 0.548 0.000 0.032 0.420
#> dkfz_11-095     1  0.4161     0.0525 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-096     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4182     0.0180 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.5251     0.7231 0.012 0.584 0.000 0.032 0.372
#> dkfz_11-100     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-101     5  0.4030     0.7259 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-102     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.4030     0.7337 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-107     1  0.4278    -0.1981 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3305     0.5469 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.4161     0.6590 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> dkfz_11-115     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-116     4  0.1121     0.9971 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-120     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.4305    -0.3372 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-126     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.4278    -0.2158 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-128     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.4045     0.1870 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-132     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.1522     0.9902 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> dkfz_11-137     4  0.1043     0.9978 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.5203     0.7316 0.012 0.600 0.000 0.032 0.356
#> dkfz_11-140     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0290     0.8710 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.8706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.1357     0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-144     3  0.1357     0.9741 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> dkfz_11-145     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0162     0.8049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149     3  0.0162     0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.8043 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.3949     0.7599 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0692      0.966 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.0146      0.918 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-003     4  0.1594      0.958 0.000 0.016 0.000 0.932 0.052 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.2402      0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-005     2  0.3213      0.979 0.000 0.784 0.004 0.000 0.008 0.204
#> dkfz_11-006     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-007     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-008     2  0.3712      0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-009     4  0.0972      0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-011     6  0.2340      0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> dkfz_11-012     6  0.0260      0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-013     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-014     6  0.0547      0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-015     6  0.0291      0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-016     6  0.0405      0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-017     3  0.0547      0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0547      0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3023      0.985 0.000 0.784 0.004 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-020     3  0.0692      0.966 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0972      0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.2425      0.883 0.880 0.100 0.012 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3041      0.754 0.040 0.000 0.000 0.000 0.832 0.128
#> dkfz_11-024     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-025     6  0.2378      0.787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-026     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-027     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-028     3  0.0692      0.966 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0547      0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0692      0.966 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-032     3  0.3269      0.930 0.000 0.084 0.848 0.020 0.044 0.004
#> dkfz_11-033     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-034     3  0.3568      0.921 0.000 0.088 0.828 0.020 0.060 0.004
#> dkfz_11-035     5  0.2402      0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-036     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-037     2  0.3960      0.963 0.000 0.752 0.004 0.008 0.032 0.204
#> dkfz_11-038     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3499      0.746 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-042     6  0.6929      0.140 0.104 0.076 0.000 0.020 0.380 0.420
#> dkfz_11-043     6  0.0976      0.910 0.000 0.008 0.008 0.000 0.016 0.968
#> dkfz_11-044     6  0.0692      0.918 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976
#> dkfz_11-045     6  0.0260      0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-046     4  0.0622      0.980 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2402      0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-048     2  0.3712      0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0405      0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-051     5  0.2442      0.888 0.144 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.3108      0.935 0.000 0.072 0.860 0.020 0.044 0.004
#> dkfz_11-054     6  0.0291      0.918 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-055     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0405      0.986 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0972      0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0508      0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> dkfz_11-062     6  0.1082      0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040 0.956
#> dkfz_11-063     5  0.3835      0.452 0.012 0.000 0.000 0.000 0.668 0.320
#> dkfz_11-064     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-065     2  0.3712      0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-066     3  0.3281      0.931 0.000 0.080 0.848 0.020 0.048 0.004
#> dkfz_11-067     3  0.0837      0.965 0.000 0.004 0.972 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-069     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-070     6  0.2595      0.775 0.004 0.000 0.000 0.000 0.160 0.836
#> dkfz_11-071     5  0.2794      0.808 0.060 0.000 0.000 0.000 0.860 0.080
#> dkfz_11-072     3  0.0547      0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3712      0.970 0.000 0.760 0.004 0.000 0.032 0.204
#> dkfz_11-074     4  0.0972      0.979 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0405      0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-091     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-092     5  0.2402      0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.0547      0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-095     1  0.3869     -0.447 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.3868      0.433 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.0547      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-100     5  0.2402      0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-101     5  0.2442      0.888 0.144 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004
#> dkfz_11-102     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0260      0.875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3101      0.822 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-107     5  0.3823      0.563 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3695      0.010 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.4874      0.700 0.308 0.000 0.000 0.000 0.608 0.084
#> dkfz_11-115     5  0.2473      0.889 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0260      0.875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2402      0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0806      0.981 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.3828      0.555 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.3867      0.444 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.3843     -0.302 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0622      0.980 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0405      0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-140     1  0.0260      0.875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2170      0.889 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.3334      0.929 0.000 0.084 0.844 0.020 0.048 0.004
#> dkfz_11-144     3  0.3269      0.930 0.000 0.084 0.848 0.020 0.044 0.004
#> dkfz_11-145     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-146     3  0.0547      0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0547      0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2883      0.986 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-149     3  0.0547      0.966 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3023      0.985 0.000 0.784 0.004 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-151     5  0.2402      0.889 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0707   0.926110 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004
#> dkfz_11-002     6  0.2006   0.944438 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.900 0.036
#> dkfz_11-003     4  0.4073   0.799729 0.000 0.000 0.000 0.712 0.044 0.020 0.224
#> dkfz_11-004     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0861   0.950175 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-006     2  0.0134   0.960499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2563   0.903494 0.000 0.848 0.000 0.000 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-009     4  0.2824   0.902117 0.000 0.000 0.000 0.844 0.020 0.020 0.116
#> dkfz_11-010     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.2963   0.889875 0.000 0.008 0.000 0.000 0.080 0.840 0.072
#> dkfz_11-012     6  0.2685   0.937727 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012 0.864 0.072
#> dkfz_11-013     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.2679   0.933797 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020 0.868 0.068
#> dkfz_11-015     6  0.1715   0.948319 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.920 0.016
#> dkfz_11-016     6  0.2187   0.945091 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.896 0.036
#> dkfz_11-017     3  0.0573   0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000   0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0134   0.960499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000   0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.2824   0.902117 0.000 0.000 0.000 0.844 0.020 0.020 0.116
#> dkfz_11-022     1  0.0373   0.709478 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-023     5  0.3154   0.653994 0.008 0.000 0.000 0.000 0.800 0.164 0.028
#> dkfz_11-024     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.3398   0.902326 0.000 0.036 0.000 0.000 0.072 0.820 0.072
#> dkfz_11-026     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0134   0.926963 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.0573   0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000   0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3172   0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-033     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3625   0.834977 0.000 0.000 0.700 0.000 0.004 0.020 0.276
#> dkfz_11-035     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.2678   0.896552 0.000 0.836 0.000 0.000 0.028 0.000 0.136
#> dkfz_11-038     1  0.0334   0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.4988  -0.389576 0.128 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.352
#> dkfz_11-042     7  0.6314   0.205280 0.016 0.112 0.000 0.000 0.180 0.144 0.548
#> dkfz_11-043     6  0.3122   0.910661 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.832 0.092
#> dkfz_11-044     6  0.1974   0.946662 0.004 0.048 0.000 0.000 0.004 0.912 0.032
#> dkfz_11-045     6  0.2604   0.936221 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.864 0.072
#> dkfz_11-046     4  0.0895   0.939435 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-047     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.2602   0.901439 0.000 0.844 0.000 0.000 0.028 0.000 0.128
#> dkfz_11-049     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.2252   0.944704 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.892 0.040
#> dkfz_11-051     5  0.1566   0.882119 0.072 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008
#> dkfz_11-052     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.2988   0.862750 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.008 0.228
#> dkfz_11-054     6  0.1719   0.946751 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.916 0.020
#> dkfz_11-055     1  0.0334   0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0820   0.946396 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-059     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2824   0.902117 0.000 0.000 0.000 0.844 0.020 0.020 0.116
#> dkfz_11-061     6  0.2119   0.946221 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.900 0.032
#> dkfz_11-062     6  0.2164   0.939668 0.000 0.032 0.000 0.000 0.036 0.904 0.028
#> dkfz_11-063     5  0.3700   0.439806 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.324 0.020
#> dkfz_11-064     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.2563   0.903494 0.000 0.848 0.000 0.000 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-066     3  0.3172   0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-067     3  0.0239   0.926808 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.2963   0.889561 0.000 0.008 0.000 0.000 0.080 0.840 0.072
#> dkfz_11-071     5  0.1936   0.788098 0.012 0.000 0.000 0.000 0.912 0.056 0.020
#> dkfz_11-072     3  0.0573   0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.2602   0.901439 0.000 0.844 0.000 0.000 0.028 0.000 0.128
#> dkfz_11-074     4  0.2783   0.903892 0.000 0.000 0.000 0.848 0.020 0.020 0.112
#> dkfz_11-075     6  0.2187   0.945091 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008 0.896 0.036
#> dkfz_11-091     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.2679   0.933797 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020 0.868 0.068
#> dkfz_11-095     7  0.5638   0.758428 0.332 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.356
#> dkfz_11-096     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     7  0.5640   0.770216 0.324 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.356
#> dkfz_11-098     1  0.3334   0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-099     6  0.1796   0.948308 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.916 0.020
#> dkfz_11-100     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1566   0.882119 0.072 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008
#> dkfz_11-102     1  0.0134   0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3346   0.533072 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-104     5  0.4415  -0.000136 0.072 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.324
#> dkfz_11-105     1  0.3308   0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-106     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     7  0.5632   0.771411 0.300 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.356
#> dkfz_11-108     1  0.3334   0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-109     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.3334   0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-111     1  0.5439  -0.457573 0.436 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.352
#> dkfz_11-112     1  0.3308   0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-113     1  0.0134   0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114     7  0.6479   0.552169 0.156 0.000 0.000 0.000 0.360 0.104 0.380
#> dkfz_11-115     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.3346   0.533072 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-118     1  0.3308   0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-119     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3334   0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-121     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3334   0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-123     1  0.3334   0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-124     4  0.2061   0.924800 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.020 0.072
#> dkfz_11-125     7  0.5632   0.770640 0.300 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.356
#> dkfz_11-126     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     7  0.5640   0.770216 0.324 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.356
#> dkfz_11-128     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0134   0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.3334   0.537523 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-131     7  0.5621   0.703056 0.356 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.356
#> dkfz_11-132     1  0.0134   0.713594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0334   0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0895   0.939435 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-137     4  0.0000   0.953049 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0334   0.711558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1552   0.947107 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.924 0.012
#> dkfz_11-140     1  0.3346   0.533072 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-141     1  0.0000   0.713813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3308   0.543606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-143     3  0.3172   0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-144     3  0.3172   0.852864 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> dkfz_11-145     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000   0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000   0.926998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000   0.961079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0573   0.926053 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0134   0.960499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.1330   0.891333 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.1473      0.863 0.008 0.000 0.940 0.004 0.008 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.2937      0.796 0.072 0.016 0.000 0.000 0.000 0.832 0.080 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.4102      0.453 0.040 0.000 0.000 0.576 0.008 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.1029      0.922 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-005     2  0.1293      0.852 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0125      0.885 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-008     2  0.3015      0.669 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.2873      0.836 0.040 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-011     6  0.4232      0.744 0.092 0.000 0.000 0.000 0.040 0.712 0.156 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.3703      0.773 0.076 0.008 0.000 0.000 0.004 0.760 0.148 0.004
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.3911      0.760 0.084 0.008 0.000 0.000 0.008 0.732 0.168 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.1336      0.817 0.020 0.008 0.000 0.000 0.004 0.948 0.016 0.004
#> dkfz_11-016     6  0.2787      0.795 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.848 0.100 0.004
#> dkfz_11-017     3  0.1153      0.863 0.000 0.000 0.952 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0376      0.866 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0520      0.881 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0376      0.866 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.2873      0.836 0.040 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-022     8  0.1155      0.958 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040 0.948
#> dkfz_11-023     5  0.2827      0.765 0.020 0.000 0.000 0.000 0.848 0.080 0.048 0.004
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.4488      0.730 0.088 0.008 0.000 0.000 0.040 0.696 0.168 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-028     3  0.0501      0.866 0.004 0.000 0.984 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.1153      0.863 0.000 0.000 0.952 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0376      0.866 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-032     3  0.4416      0.731 0.256 0.000 0.632 0.004 0.000 0.004 0.104 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-034     3  0.4726      0.702 0.232 0.000 0.600 0.004 0.000 0.004 0.160 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.1029      0.922 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-036     2  0.0125      0.885 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3672      0.582 0.004 0.616 0.000 0.004 0.000 0.012 0.364 0.000
#> dkfz_11-038     8  0.0808      0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-039     4  0.0125      0.930 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.4536      0.202 0.516 0.000 0.004 0.000 0.412 0.000 0.012 0.056
#> dkfz_11-042     7  0.6147      0.000 0.300 0.052 0.000 0.004 0.056 0.076 0.504 0.008
#> dkfz_11-043     6  0.3766      0.656 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.720 0.228 0.004
#> dkfz_11-044     6  0.2615      0.802 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.864 0.084 0.004
#> dkfz_11-045     6  0.3901      0.760 0.084 0.012 0.000 0.000 0.004 0.732 0.168 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0721      0.919 0.004 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-048     2  0.3057      0.655 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.2746      0.794 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.852 0.096 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.1338      0.911 0.008 0.000 0.004 0.000 0.944 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.4345      0.748 0.236 0.000 0.664 0.004 0.004 0.008 0.084 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.1328      0.815 0.024 0.016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> dkfz_11-055     8  0.0808      0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-056     4  0.0125      0.930 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0596      0.924 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-059     8  0.0000      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060     4  0.2873      0.836 0.040 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.2362      0.806 0.028 0.008 0.000 0.000 0.008 0.884 0.068 0.004
#> dkfz_11-062     6  0.2470      0.806 0.032 0.004 0.000 0.000 0.016 0.872 0.076 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.3837      0.515 0.016 0.000 0.000 0.000 0.704 0.232 0.048 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3015      0.669 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.4416      0.731 0.256 0.000 0.632 0.004 0.000 0.004 0.104 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0770      0.866 0.016 0.000 0.972 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0125      0.885 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-070     6  0.4331      0.735 0.088 0.000 0.000 0.000 0.044 0.700 0.168 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.2105      0.873 0.024 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008 0.040 0.024
#> dkfz_11-072     3  0.1278      0.864 0.004 0.000 0.948 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3057      0.655 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.2764      0.845 0.040 0.000 0.000 0.832 0.008 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.2692      0.799 0.040 0.008 0.000 0.000 0.008 0.860 0.080 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.3911      0.760 0.084 0.008 0.000 0.000 0.008 0.732 0.168 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.5335      0.551 0.512 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000 0.016 0.216
#> dkfz_11-096     8  0.0000      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097     1  0.5318      0.547 0.516 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000 0.016 0.212
#> dkfz_11-098     1  0.3333      0.703 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-099     6  0.2703      0.806 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008 0.856 0.092 0.004
#> dkfz_11-100     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-101     5  0.1420      0.908 0.008 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-102     8  0.0614      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-103     1  0.3837      0.712 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.452
#> dkfz_11-104     5  0.4356     -0.108 0.460 0.000 0.004 0.000 0.488 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-105     1  0.3333      0.696 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-106     5  0.0806      0.926 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-107     1  0.5199      0.522 0.516 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.016 0.196
#> dkfz_11-108     1  0.3323      0.719 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-109     8  0.0125      0.973 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-110     1  0.3523      0.719 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-111     1  0.4841      0.658 0.528 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.004 0.320
#> dkfz_11-112     1  0.3333      0.696 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-113     8  0.0681      0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-114     1  0.5849      0.276 0.532 0.000 0.004 0.000 0.280 0.052 0.040 0.092
#> dkfz_11-115     5  0.1029      0.922 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.3840      0.714 0.520 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.456
#> dkfz_11-118     1  0.3445      0.698 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.496
#> dkfz_11-119     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-120     1  0.3523      0.719 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3523      0.720 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-123     1  0.3597      0.720 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.464
#> dkfz_11-124     4  0.1407      0.905 0.024 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.5323      0.534 0.512 0.000 0.004 0.000 0.264 0.000 0.016 0.204
#> dkfz_11-126     8  0.0000      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127     1  0.5379      0.539 0.512 0.000 0.004 0.000 0.256 0.000 0.020 0.208
#> dkfz_11-128     8  0.0000      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129     8  0.0544      0.977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-130     1  0.3523      0.719 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.468
#> dkfz_11-131     1  0.5339      0.581 0.512 0.000 0.004 0.000 0.224 0.000 0.016 0.244
#> dkfz_11-132     8  0.0681      0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-133     8  0.0125      0.973 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-134     8  0.0125      0.973 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-135     8  0.0808      0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-136     4  0.0721      0.919 0.004 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     8  0.0808      0.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-139     6  0.1848      0.812 0.028 0.012 0.000 0.000 0.004 0.920 0.032 0.004
#> dkfz_11-140     1  0.3840      0.714 0.520 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.456
#> dkfz_11-141     8  0.0000      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142     1  0.3333      0.699 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-143     3  0.4468      0.724 0.260 0.000 0.624 0.004 0.000 0.004 0.108 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.4516      0.731 0.252 0.000 0.632 0.004 0.004 0.004 0.104 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.885 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0125      0.866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0125      0.866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0125      0.885 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.1278      0.864 0.004 0.000 0.948 0.004 0.004 0.008 0.032 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0520      0.881 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0681      0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.1123    0.86257 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> dkfz_11-002     7  0.3037    0.44308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.780 0.020 0.024
#> dkfz_11-003     4  0.5934    0.45081 0.000 0.328 0.000 0.444 0.000 0.056 0.000 0.108 0.064
#> dkfz_11-004     5  0.0963    0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-005     2  0.3019   -0.27982 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.304
#> dkfz_11-006     2  0.3658   -0.85966 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.464
#> dkfz_11-007     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0237    0.24612 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.3502    0.82976 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.056 0.000 0.104 0.064
#> dkfz_11-010     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.1769    0.85781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.916 0.016 0.044
#> dkfz_11-012     7  0.2042    0.80114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064 0.892 0.008 0.032
#> dkfz_11-013     2  0.3155   -1.00000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-014     7  0.0000    0.88491 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3967    0.76867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.448 0.020 0.024
#> dkfz_11-016     6  0.3684    0.80937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.612 0.356 0.016 0.012
#> dkfz_11-017     3  0.0542    0.86407 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-018     3  0.0119    0.86448 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019     2  0.3715   -0.77457 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.440
#> dkfz_11-020     3  0.0119    0.86448 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021     4  0.3502    0.82976 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.056 0.000 0.104 0.064
#> dkfz_11-022     1  0.1309    0.95278 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-023     5  0.3442    0.75395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.040 0.144 0.000 0.048
#> dkfz_11-024     2  0.3155   -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-025     7  0.0533    0.87653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.3155   -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-027     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0591    0.86381 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-029     3  0.0910    0.86323 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-030     3  0.0119    0.86448 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.5001    0.71810 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.204 0.000 0.060 0.156
#> dkfz_11-033     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.5316    0.69094 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.180 0.000 0.088 0.188
#> dkfz_11-035     5  0.0963    0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-036     2  0.3260   -0.97626 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.492
#> dkfz_11-037     2  0.1232    0.23967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-038     1  0.0975    0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-039     4  0.0356    0.91862 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.4205    0.63844 0.028 0.000 0.000 0.000 0.280 0.012 0.000 0.640 0.040
#> dkfz_11-042     2  0.6548    0.00459 0.000 0.444 0.000 0.000 0.020 0.072 0.088 0.264 0.112
#> dkfz_11-043     6  0.4655    0.60385 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.608 0.216 0.008 0.008
#> dkfz_11-044     6  0.4501    0.78861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.540 0.372 0.040 0.044
#> dkfz_11-045     7  0.0119    0.88364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.1169    0.90382 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-047     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0119    0.24953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.3184    0.81630 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636 0.356 0.004 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.1239    0.92736 0.008 0.000 0.000 0.000 0.948 0.008 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-052     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.4790    0.73220 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.172 0.000 0.056 0.156
#> dkfz_11-054     6  0.4065    0.77136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.436 0.020 0.032
#> dkfz_11-055     1  0.0975    0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-056     4  0.0356    0.91862 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0869    0.91346 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.020 0.008
#> dkfz_11-059     1  0.0119    0.97122 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.3538    0.82884 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.056 0.000 0.108 0.064
#> dkfz_11-061     6  0.3623    0.80870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.572 0.404 0.004 0.016
#> dkfz_11-062     6  0.4071    0.79296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.548 0.400 0.016 0.032
#> dkfz_11-063     5  0.4248    0.58809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.024 0.228 0.020 0.056
#> dkfz_11-064     2  0.3155   -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-065     2  0.0237    0.24824 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.5006    0.71884 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.160
#> dkfz_11-067     3  0.0709    0.86394 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-068     2  0.3260   -0.97626 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.492
#> dkfz_11-069     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     7  0.2027    0.84873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.900 0.016 0.048
#> dkfz_11-071     5  0.2457    0.86917 0.004 0.000 0.000 0.000 0.864 0.008 0.080 0.004 0.040
#> dkfz_11-072     3  0.0864    0.86314 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-073     2  0.0119    0.24953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.3417    0.83259 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.052 0.000 0.100 0.064
#> dkfz_11-075     6  0.2994    0.82123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     9  0.3155    0.00000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-092     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.0000    0.88491 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     8  0.4785    0.76051 0.120 0.000 0.000 0.000 0.188 0.016 0.000 0.636 0.040
#> dkfz_11-096     1  0.0000    0.97181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.4554    0.76158 0.120 0.000 0.000 0.000 0.188 0.012 0.000 0.652 0.028
#> dkfz_11-098     8  0.3559    0.77341 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.636 0.024
#> dkfz_11-099     6  0.4629    0.76719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.504 0.400 0.044 0.048
#> dkfz_11-100     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1607    0.91580 0.008 0.000 0.000 0.000 0.928 0.016 0.000 0.024 0.024
#> dkfz_11-102     1  0.0565    0.97218 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-103     8  0.3768    0.77990 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.664 0.032
#> dkfz_11-104     8  0.3722    0.47425 0.008 0.000 0.000 0.000 0.368 0.008 0.000 0.600 0.016
#> dkfz_11-105     8  0.3604    0.76092 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.620 0.024
#> dkfz_11-106     5  0.0963    0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-107     8  0.4126    0.76451 0.112 0.000 0.000 0.000 0.196 0.008 0.000 0.676 0.008
#> dkfz_11-108     8  0.3579    0.78759 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.660 0.024
#> dkfz_11-109     1  0.0610    0.96077 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-110     8  0.3482    0.78648 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.660 0.024
#> dkfz_11-111     8  0.4467    0.78003 0.148 0.000 0.000 0.000 0.160 0.012 0.000 0.660 0.020
#> dkfz_11-112     8  0.3604    0.76092 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.620 0.024
#> dkfz_11-113     1  0.0699    0.97122 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-114     8  0.5231    0.68145 0.044 0.000 0.000 0.000 0.156 0.032 0.080 0.648 0.040
#> dkfz_11-115     5  0.0963    0.94503 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.3791    0.77965 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.656 0.036
#> dkfz_11-118     8  0.3844    0.75769 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.604 0.036
#> dkfz_11-119     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.3431    0.79019 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.3334    0.78759 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-123     8  0.3431    0.79019 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-124     4  0.2137    0.88526 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.024 0.000 0.048 0.040
#> dkfz_11-125     8  0.4242    0.75870 0.108 0.000 0.000 0.000 0.200 0.004 0.000 0.668 0.020
#> dkfz_11-126     1  0.0119    0.97122 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127     8  0.4554    0.76158 0.120 0.000 0.000 0.000 0.188 0.012 0.000 0.652 0.028
#> dkfz_11-128     1  0.0119    0.97122 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129     1  0.0869    0.97031 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-130     8  0.3482    0.78648 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.660 0.024
#> dkfz_11-131     8  0.4793    0.76288 0.124 0.000 0.000 0.000 0.184 0.016 0.000 0.636 0.040
#> dkfz_11-132     1  0.0699    0.97122 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-133     1  0.0786    0.95441 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-134     1  0.0703    0.95801 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-135     1  0.0975    0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-136     4  0.1169    0.90382 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.92022 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0975    0.96636 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-139     6  0.4586    0.72833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.424 0.048 0.048
#> dkfz_11-140     8  0.3737    0.78003 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.660 0.032
#> dkfz_11-141     1  0.0237    0.96979 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142     8  0.3604    0.76092 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.620 0.024
#> dkfz_11-143     3  0.5006    0.71759 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.160
#> dkfz_11-144     3  0.5006    0.71884 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.160
#> dkfz_11-145     2  0.3155   -0.98131 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-146     3  0.0507    0.86400 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.86457 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3260   -0.97626 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.492
#> dkfz_11-149     3  0.0864    0.86314 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-150     2  0.3715   -0.77457 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.440
#> dkfz_11-151     5  0.0212    0.95412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.1742     0.8467 0.020 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-002     6  0.4308    -0.4658 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.416 0.000 0.020 0.044
#> dkfz_11-003     9  0.5538     0.0727 0.028 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.088 0.000 0.496 0.128
#> dkfz_11-004     5  0.1306     0.9267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.028 0.028
#> dkfz_11-005     2  0.2905     0.4460 0.004 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.008
#> dkfz_11-006     2  0.2014     0.8659 0.028 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     9  0.3174     0.5991 0.004 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.008
#> dkfz_11-009     4  0.4893     0.6516 0.024 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.080 0.000 0.152 0.120
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.4375     0.8315 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.368 0.536 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-012     7  0.3703     0.7929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.544 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-013     2  0.0282     0.9212 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-014     7  0.2784     0.8992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.2983     0.6355 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.816 0.108 0.000 0.028 0.036
#> dkfz_11-016     6  0.1179     0.7191 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-017     3  0.1308     0.8547 0.020 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0429     0.8635 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.2340     0.8435 0.032 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.080 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0429     0.8635 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.4928     0.6502 0.024 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.084 0.000 0.152 0.120
#> dkfz_11-022     1  0.3819     0.8908 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.180 0.020 0.048
#> dkfz_11-023     5  0.4096     0.7434 0.008 0.000 0.000 0.000 0.748 0.072 0.076 0.012 0.016 0.068
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.3112     0.8782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.660 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.0113     0.9255 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0911     0.8591 0.008 0.000 0.964 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.1664     0.8494 0.024 0.000 0.920 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-030     3  0.0541     0.8614 0.004 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032    10  0.3104     0.9580 0.000 0.000 0.468 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.4250     0.8783 0.020 0.000 0.436 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008 0.492
#> dkfz_11-035     5  0.1306     0.9267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.028 0.028
#> dkfz_11-036     2  0.0113     0.9258 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     9  0.3918     0.6170 0.004 0.276 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.004 0.660 0.020
#> dkfz_11-038     1  0.3881     0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-039     4  0.0773     0.8802 0.012 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0282     0.8867 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.3651     0.7400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.020 0.724 0.012 0.056
#> dkfz_11-042     9  0.5737     0.3896 0.028 0.008 0.000 0.004 0.004 0.028 0.124 0.100 0.596 0.108
#> dkfz_11-043     6  0.2669     0.5146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004 0.000 0.208 0.016
#> dkfz_11-044     6  0.3418     0.6946 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.088 0.016 0.024 0.040
#> dkfz_11-045     7  0.2784     0.8992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.1524     0.8618 0.020 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-047     5  0.0315     0.9439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-048     9  0.2953     0.6257 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.0113     0.8862 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0395     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.0806     0.9273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.8867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.3386    -0.8775 0.004 0.000 0.516 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-054     6  0.3359     0.6418 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.788 0.116 0.000 0.032 0.044
#> dkfz_11-055     1  0.3881     0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-056     4  0.0773     0.8802 0.012 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0202     0.8866 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.1497     0.8682 0.004 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.028 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-059     1  0.3092     0.9307 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.176 0.020 0.008
#> dkfz_11-060     4  0.5070     0.6456 0.032 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.088 0.000 0.152 0.120
#> dkfz_11-061     6  0.1669     0.7217 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.032 0.004 0.004 0.028
#> dkfz_11-062     6  0.2413     0.7042 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.032 0.004 0.012 0.056
#> dkfz_11-063     5  0.4886     0.5840 0.012 0.000 0.000 0.000 0.652 0.148 0.084 0.004 0.020 0.080
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     9  0.3198     0.6049 0.004 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.608 0.004
#> dkfz_11-066    10  0.3204     0.9576 0.000 0.000 0.464 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-067     3  0.1153     0.8495 0.008 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-068     2  0.0113     0.9258 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     7  0.4354     0.8248 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356 0.548 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-071     5  0.2748     0.8556 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.072 0.000 0.032 0.056
#> dkfz_11-072     3  0.1473     0.8508 0.016 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-073     9  0.2953     0.6257 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004
#> dkfz_11-074     4  0.4801     0.6717 0.024 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.088 0.000 0.136 0.112
#> dkfz_11-075     6  0.0282     0.7286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0282     0.9212 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.8867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.2784     0.8992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     8  0.3022     0.8368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016 0.820 0.012 0.056
#> dkfz_11-096     1  0.2899     0.9330 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.176 0.016 0.008
#> dkfz_11-097     8  0.2615     0.8286 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.008 0.844 0.008 0.048
#> dkfz_11-098     8  0.2812     0.8132 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.844 0.036 0.032
#> dkfz_11-099     6  0.3615     0.6873 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.100 0.016 0.020 0.052
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1449     0.9059 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.016 0.008 0.044
#> dkfz_11-102     1  0.2872     0.9321 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.176 0.004 0.024
#> dkfz_11-103     8  0.1149     0.8466 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948 0.012 0.004
#> dkfz_11-104     8  0.3149     0.6594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.004 0.720 0.004 0.028
#> dkfz_11-105     8  0.3305     0.7687 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.796 0.032 0.032
#> dkfz_11-106     5  0.1047     0.9331 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-107     8  0.1945     0.8440 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.004 0.884 0.004 0.012
#> dkfz_11-108     8  0.1658     0.8514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.920 0.012 0.036
#> dkfz_11-109     1  0.3472     0.9179 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.028 0.016
#> dkfz_11-110     8  0.1681     0.8476 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.920 0.020 0.024
#> dkfz_11-111     8  0.2128     0.8605 0.012 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.892 0.012 0.024
#> dkfz_11-112     8  0.3305     0.7687 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.796 0.032 0.032
#> dkfz_11-113     1  0.3016     0.9308 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.176 0.008 0.028
#> dkfz_11-114     8  0.3589     0.7786 0.012 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004 0.060 0.788 0.012 0.048
#> dkfz_11-115     5  0.1244     0.9281 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000 0.028 0.024
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.1258     0.8475 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.940 0.020 0.000
#> dkfz_11-118     8  0.3195     0.7724 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.804 0.028 0.032
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9458 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.0469     0.8550 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0282     0.8867 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.0469     0.8550 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-123     8  0.0671     0.8556 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.004
#> dkfz_11-124     4  0.2998     0.8094 0.008 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.048 0.000 0.052 0.072
#> dkfz_11-125     8  0.1901     0.8389 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004 0.880 0.000 0.020
#> dkfz_11-126     1  0.3007     0.9297 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.176 0.020 0.004
#> dkfz_11-127     8  0.2615     0.8286 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.008 0.844 0.008 0.048
#> dkfz_11-128     1  0.2964     0.9324 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.176 0.020 0.008
#> dkfz_11-129     1  0.3085     0.9312 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.176 0.008 0.028
#> dkfz_11-130     8  0.1613     0.8479 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.924 0.016 0.024
#> dkfz_11-131     8  0.3022     0.8368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016 0.820 0.012 0.056
#> dkfz_11-132     1  0.3091     0.9299 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.176 0.012 0.028
#> dkfz_11-133     1  0.3463     0.9139 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.184 0.024 0.016
#> dkfz_11-134     1  0.3581     0.9082 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.184 0.024 0.020
#> dkfz_11-135     1  0.3881     0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-136     4  0.1524     0.8618 0.020 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-137     4  0.0282     0.8867 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3881     0.9096 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.012 0.068
#> dkfz_11-139     6  0.4841     0.5814 0.040 0.000 0.004 0.000 0.000 0.660 0.164 0.016 0.044 0.072
#> dkfz_11-140     8  0.1053     0.8494 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.952 0.012 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.3069     0.9285 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.176 0.024 0.004
#> dkfz_11-142     8  0.3268     0.7726 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.800 0.032 0.032
#> dkfz_11-143    10  0.3382     0.9549 0.000 0.000 0.460 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.524
#> dkfz_11-144    10  0.3101     0.9592 0.000 0.000 0.464 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0630     0.8648 0.008 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0226     0.8659 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0113     0.9258 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.1473     0.8508 0.016 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.2340     0.8435 0.032 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.080 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0226     0.9443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: K27

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>             n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> SD:kmeans 132        2.17e-23        5.91e-13  2
#> SD:kmeans 134        2.17e-47        3.15e-32  3
#> SD:kmeans 133        1.74e-72        2.68e-29  4
#> SD:kmeans 124        4.58e-75        2.21e-34  5
#> SD:kmeans 129       4.85e-103        2.48e-35  6
#> SD:kmeans 131       4.33e-102        1.03e-34  7
#> SD:kmeans 131       6.29e-106        7.27e-42  8
#> SD:kmeans 114        3.74e-69        1.90e-35  9
#> SD:kmeans 131        2.09e-95        1.11e-38 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 8.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.993       0.997        0.50183 0.499   0.499
#> 3   3 1.000           0.974       0.982        0.21927 0.879   0.762
#> 4   4 0.791           0.834       0.875        0.13404 0.906   0.764
#> 5   5 0.875           0.932       0.928        0.07611 0.942   0.815
#> 6   6 1.000           0.969       0.981        0.09331 0.915   0.682
#> 7   7 0.940           0.876       0.924        0.01991 0.987   0.928
#> 8   8 0.914           0.858       0.909        0.01104 0.990   0.942
#> 9   9 0.899           0.814       0.875        0.01101 0.994   0.963
#> 10 10 0.879           0.718       0.839        0.00954 0.986   0.919

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 8
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 6 7

There is also optional best \(k\) = 2 3 6 7 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette   p1   p2
#> dkfz_11-001     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-002     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-003     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-004     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-005     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-006     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-007     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-008     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-009     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-010     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-011     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-012     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-013     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-014     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-015     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-016     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-017     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-018     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-019     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-020     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-021     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-022     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-023     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-024     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-025     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-026     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-027     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-028     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-029     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-030     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-031     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-032     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-033     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-034     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-035     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-036     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-037     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-038     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-039     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-040     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-041     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-042     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-043     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-044     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-045     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-046     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-047     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-048     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-049     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-050     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-051     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-052     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-053     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-054     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-055     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-056     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-057     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-058     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-059     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-060     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-061     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-062     2   0.943      0.437 0.36 0.64
#> dkfz_11-063     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-064     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-065     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-066     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-067     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-068     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-069     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-070     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-071     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-072     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-073     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-074     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-075     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-091     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-092     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-093     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-094     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-095     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-096     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-097     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-098     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-099     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-100     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-101     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-102     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-103     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-104     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-105     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-106     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-107     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-108     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-109     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-110     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-111     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-112     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-113     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-114     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-115     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-116     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-117     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-118     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-119     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-120     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-121     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-122     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-123     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-124     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-125     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-126     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-127     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-128     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-129     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-130     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-131     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-132     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-133     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-134     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-135     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-136     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-137     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-138     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-139     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-140     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-141     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-142     1   0.000      1.000 1.00 0.00
#> dkfz_11-143     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-144     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-145     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-146     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-147     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-148     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-149     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-150     2   0.000      0.995 0.00 1.00
#> dkfz_11-151     1   0.000      1.000 1.00 0.00

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-002     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-003     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-004     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-010     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-011     1  0.2955      0.902 0.912 0.080 0.008
#> dkfz_11-012     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0424      0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-015     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-016     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-017     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-018     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-021     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0424      0.987 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0424      0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-028     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-029     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-030     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-031     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-032     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-033     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-034     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-035     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.2448      0.945 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-040     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-043     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-044     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-045     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-046     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-047     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-050     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-051     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-052     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-053     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-054     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-057     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-058     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-061     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-062     1  0.5553      0.623 0.724 0.272 0.004
#> dkfz_11-063     1  0.0424      0.987 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-067     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-070     1  0.3043      0.897 0.908 0.084 0.008
#> dkfz_11-071     1  0.0424      0.987 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-072     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-073     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-075     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-093     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-094     2  0.0424      0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-100     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-116     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-137     2  0.2537      0.944 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-144     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-147     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0424      1.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.965 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0237      0.990 0.996 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.1302      0.843 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-003     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-004     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-005     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-006     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-007     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-008     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-009     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-010     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-011     2  0.5003      0.602 0.148 0.768 0.000 0.084
#> dkfz_11-012     2  0.0188      0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-013     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-014     2  0.0188      0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-015     2  0.0188      0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-016     2  0.0817      0.871 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.6140      0.607 0.652 0.252 0.000 0.096
#> dkfz_11-024     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-025     2  0.0188      0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-026     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-027     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-036     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-037     2  0.5838     -0.517 0.000 0.524 0.032 0.444
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-040     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-041     1  0.0895      0.949 0.976 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-042     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-043     2  0.0524      0.879 0.004 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-044     2  0.1118      0.857 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.0188      0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-047     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-048     4  0.4746      0.573 0.000 0.368 0.000 0.632
#> dkfz_11-049     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-050     2  0.0188      0.883 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.2401      0.923 0.904 0.004 0.000 0.092
#> dkfz_11-052     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0188      0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-057     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-058     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-061     2  0.0188      0.883 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.1792      0.814 0.068 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.6071      0.152 0.504 0.452 0.000 0.044
#> dkfz_11-064     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-065     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-069     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-070     2  0.4877      0.576 0.204 0.752 0.000 0.044
#> dkfz_11-071     1  0.5536      0.731 0.724 0.180 0.000 0.096
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073     4  0.4746      0.573 0.000 0.368 0.000 0.632
#> dkfz_11-074     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-075     2  0.0188      0.883 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-092     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-093     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-094     2  0.0188      0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0592      0.877 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-101     1  0.0779      0.950 0.980 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.2401      0.923 0.904 0.004 0.000 0.092
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0188      0.955 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-116     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-137     4  0.5113      0.695 0.000 0.264 0.032 0.704
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.0817      0.871 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0188      0.955 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     4  0.4761      0.572 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-151     1  0.2466      0.922 0.900 0.004 0.000 0.096

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0703      0.937 0.000 0.024  0 0.000 0.976
#> dkfz_11-003     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-005     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-006     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-007     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-008     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-009     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-011     5  0.0404      0.944 0.012 0.000  0 0.000 0.988
#> dkfz_11-012     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-013     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-014     5  0.0798      0.942 0.000 0.016  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-015     5  0.0798      0.942 0.000 0.016  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-016     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.7037      0.131 0.344 0.076  0 0.092 0.488
#> dkfz_11-024     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-025     5  0.0579      0.943 0.000 0.008  0 0.008 0.984
#> dkfz_11-026     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-027     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-036     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-037     4  0.4584      0.794 0.000 0.228  0 0.716 0.056
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.2483      0.891 0.908 0.028  0 0.048 0.016
#> dkfz_11-042     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-044     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-045     5  0.0798      0.942 0.000 0.016  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-046     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-048     2  0.1877      0.983 0.000 0.924  0 0.012 0.064
#> dkfz_11-049     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-051     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-052     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0798      0.942 0.000 0.016  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-062     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-063     5  0.2236      0.864 0.068 0.024  0 0.000 0.908
#> dkfz_11-064     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-065     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-069     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-070     5  0.0671      0.943 0.016 0.004  0 0.000 0.980
#> dkfz_11-071     1  0.7222      0.485 0.524 0.076  0 0.144 0.256
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.1877      0.983 0.000 0.924  0 0.012 0.064
#> dkfz_11-074     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-091     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-092     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-093     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0798      0.942 0.000 0.016  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-100     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-101     1  0.2625      0.888 0.900 0.028  0 0.056 0.016
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.4779      0.828 0.760 0.076  0 0.140 0.024
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0404      0.919 0.988 0.000  0 0.000 0.012
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-116     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0162      0.921 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.2561      0.991 0.000 0.144  0 0.856 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.0798      0.950 0.016 0.000  0 0.008 0.976
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.923 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0404      0.919 0.988 0.000  0 0.000 0.012
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1671      0.998 0.000 0.924  0 0.000 0.076
#> dkfz_11-151     1  0.4821      0.826 0.756 0.076  0 0.144 0.024

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.0405      0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-003     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.0405      0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-012     6  0.0260      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-013     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.0603      0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> dkfz_11-015     6  0.0291      0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-016     6  0.0405      0.990 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.4127      0.312 0.008 0.004 0.000 0.000 0.588 0.400
#> dkfz_11-024     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.1010      0.973 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036 0.960
#> dkfz_11-026     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     4  0.1765      0.892 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.3872      0.325 0.604 0.004 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.0291      0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-044     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     6  0.0603      0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0291      0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-051     5  0.0935      0.967 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0146      0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-062     6  0.0405      0.990 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-063     6  0.0405      0.990 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-064     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.0405      0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-071     5  0.0909      0.952 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012
#> dkfz_11-072     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0291      0.991 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-091     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.0603      0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> dkfz_11-095     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.0146      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-100     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.3955      0.191 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.1908      0.894 0.096 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0291      0.973 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0291      0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0146      0.976 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0363      1.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0790      0.970 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0239     0.9954 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002     6  0.2600     0.4955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-003     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0656     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-005     2  0.1222     0.9548 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1222     0.9548 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.3402    -0.4024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-012     6  0.3206    -0.1186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     7  0.3554     0.9276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> dkfz_11-015     6  0.1844     0.6380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-016     6  0.1886     0.6437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0134     0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.1222     0.9313 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-023     5  0.5393     0.3479 0.012 0.000 0.000 0.000 0.544 0.248 0.196
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.3931     0.8492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.412 0.568
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0134     0.9959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.0239     0.9954 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030     3  0.0134     0.9961 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0134     0.9961 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-035     5  0.0656     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-036     2  0.0134     0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037     4  0.3759     0.7093 0.000 0.156 0.000 0.756 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-038     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.4618     0.3285 0.564 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.084
#> dkfz_11-042     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.2293     0.5888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-044     6  0.1625     0.6739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-045     7  0.3552     0.9341 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0239     0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-048     2  0.1514     0.9460 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0863     0.6829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-051     5  0.1060     0.8809 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0134     0.9961 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054     6  0.2043     0.6368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> dkfz_11-055     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0797     0.6831 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-062     6  0.2190     0.6123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> dkfz_11-063     6  0.2484     0.5957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1382     0.9485 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-066     3  0.0239     0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-067     3  0.0134     0.9959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068     2  0.0134     0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3266    -0.1401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> dkfz_11-071     5  0.2297     0.8199 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.016 0.120
#> dkfz_11-072     3  0.0239     0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-073     2  0.1382     0.9485 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0728     0.6861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.3546     0.9335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> dkfz_11-095     1  0.1109     0.9345 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-096     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-097     1  0.1109     0.9352 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-098     1  0.1109     0.9345 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-099     6  0.1886     0.6645 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-100     5  0.0239     0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-101     5  0.4745    -0.0179 0.456 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.084
#> dkfz_11-102     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-103     1  0.1330     0.9313 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-104     5  0.3609     0.6775 0.148 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.088
#> dkfz_11-105     1  0.0582     0.9393 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-106     5  0.0656     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-107     1  0.1433     0.9264 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-108     1  0.1222     0.9322 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-109     1  0.1109     0.9365 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-110     1  0.1330     0.9298 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-111     1  0.1718     0.9198 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.084
#> dkfz_11-112     1  0.0728     0.9390 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-113     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-114     1  0.1531     0.9243 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-115     5  0.0656     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.1109     0.9378 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-118     1  0.0728     0.9380 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-119     5  0.0239     0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-120     1  0.1277     0.9312 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1166     0.9339 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-123     1  0.1382     0.9290 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.1482     0.9242 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-126     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-127     1  0.1222     0.9328 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-128     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-129     1  0.0990     0.9368 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-130     1  0.1382     0.9275 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-131     1  0.1166     0.9332 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-132     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-133     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-134     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-135     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9875 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-139     6  0.2225     0.6325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> dkfz_11-140     1  0.0990     0.9391 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-141     1  0.1050     0.9363 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-142     1  0.1109     0.9344 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-143     3  0.0239     0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-144     3  0.0239     0.9954 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-145     2  0.0134     0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0134     0.9959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9966 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0134     0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149     3  0.0239     0.9956 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-150     2  0.0134     0.9792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9089 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8
#> dkfz_11-001     3  0.0471     0.9893 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-002     6  0.3885     0.4468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.316 NA
#> dkfz_11-003     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004     5  0.1534     0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-005     2  0.1911     0.9148 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-006     2  0.0313     0.9576 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007     5  0.0125     0.9137 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008     2  0.1992     0.9112 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9141 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011     7  0.4262     0.2961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.528 NA
#> dkfz_11-012     7  0.3900     0.1977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.512 NA
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014     7  0.1876     0.7801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 NA
#> dkfz_11-015     6  0.2881     0.6880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.152 NA
#> dkfz_11-016     6  0.2107     0.7153 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.020 NA
#> dkfz_11-017     3  0.0251     0.9918 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-018     3  0.0125     0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-019     2  0.0669     0.9555 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-020     3  0.0125     0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022     1  0.2473     0.8698 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-023     5  0.6620     0.1248 0.036 0.000 0.000 0.000 0.420 0.272 0.112 NA
#> dkfz_11-024     2  0.0125     0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025     7  0.1697     0.7507 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.092 0.900 NA
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027     5  0.0224     0.9146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029     3  0.0224     0.9929 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030     3  0.0125     0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-031     5  0.0313     0.9141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032     3  0.0125     0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-033     5  0.0125     0.9137 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034     3  0.0125     0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-035     5  0.1416     0.8993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-036     2  0.0395     0.9545 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037     4  0.5046     0.4861 0.000 0.180 0.000 0.616 0.000 0.012 0.024 NA
#> dkfz_11-038     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041     1  0.4143     0.2440 0.576 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-042     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-043     6  0.2284     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.028 NA
#> dkfz_11-044     6  0.3186     0.7057 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.116 NA
#> dkfz_11-045     7  0.1840     0.7815 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 NA
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047     5  0.0768     0.9097 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-048     2  0.2491     0.8934 0.000 0.848 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050     6  0.0624     0.7354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 NA
#> dkfz_11-051     5  0.2075     0.8411 0.052 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053     3  0.0224     0.9929 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054     6  0.3271     0.6910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.140 NA
#> dkfz_11-055     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061     6  0.2222     0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.088 NA
#> dkfz_11-062     6  0.2542     0.6845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.024 NA
#> dkfz_11-063     6  0.3690     0.5261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.040 NA
#> dkfz_11-064     2  0.0125     0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065     2  0.2224     0.8997 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-066     3  0.0313     0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067     3  0.0125     0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068     2  0.0395     0.9545 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069     5  0.0224     0.9143 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070     6  0.4500    -0.1448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.436 NA
#> dkfz_11-071     5  0.3353     0.7927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.020 0.104 NA
#> dkfz_11-072     3  0.0544     0.9871 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073     2  0.2187     0.9020 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075     6  0.0624     0.7377 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 NA
#> dkfz_11-091     2  0.0125     0.9570 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9141 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094     7  0.1840     0.7815 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 NA
#> dkfz_11-095     1  0.0926     0.8898 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097     1  0.1417     0.8948 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-098     1  0.0544     0.8828 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099     6  0.3378     0.6983 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.120 NA
#> dkfz_11-100     5  0.0438     0.9103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-101     1  0.4248    -0.0384 0.496 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-102     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103     1  0.1384     0.8727 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-104     5  0.4075     0.5651 0.256 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-105     1  0.1038     0.8948 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106     5  0.1476     0.8978 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-107     1  0.1162     0.8694 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-108     1  0.0471     0.8838 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109     1  0.2177     0.8829 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110     1  0.0681     0.8808 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-111     1  0.1552     0.8588 0.924 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-112     1  0.0868     0.8932 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114     1  0.1347     0.8692 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-115     5  0.1476     0.8978 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117     1  0.1728     0.8934 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-118     1  0.0313     0.8879 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119     5  0.0349     0.9118 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-120     1  0.0614     0.8817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122     1  0.0471     0.8869 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123     1  0.1205     0.8704 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125     1  0.1216     0.8677 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-126     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127     1  0.1107     0.8909 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-128     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129     1  0.1686     0.8913 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130     1  0.0681     0.8804 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131     1  0.0745     0.8902 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-132     1  0.1982     0.8869 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133     1  0.2082     0.8851 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134     1  0.2114     0.8841 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9805 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139     6  0.4149     0.6282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.144 NA
#> dkfz_11-140     1  0.1563     0.8934 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-141     1  0.2146     0.8830 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142     1  0.0745     0.8786 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143     3  0.0313     0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-144     3  0.0313     0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-145     2  0.0224     0.9565 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146     3  0.0125     0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-147     3  0.0125     0.9924 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-148     2  0.0395     0.9545 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149     3  0.0544     0.9871 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150     2  0.0669     0.9555 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-151     5  0.0395     0.9140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8 p9
#> dkfz_11-001     3  0.1400    0.96352 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-002     6  0.4751    0.40786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.300 NA NA
#> dkfz_11-003     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-004     5  0.2171    0.80899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-005     2  0.2487    0.80888 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-006     2  0.0331    0.90233 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-007     5  0.0585    0.83448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-008     2  0.2608    0.79542 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-009     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-010     5  0.0414    0.83620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-011     7  0.4426    0.28610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.544 NA NA
#> dkfz_11-012     7  0.4731    0.07580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.472 NA NA
#> dkfz_11-013     2  0.0699    0.89828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-014     7  0.1200    0.77432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 NA NA
#> dkfz_11-015     6  0.3470    0.62055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.156 NA NA
#> dkfz_11-016     6  0.3039    0.64878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.020 NA NA
#> dkfz_11-017     3  0.0746    0.97791 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-018     3  0.0331    0.97955 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-019     2  0.1192    0.89839 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-020     3  0.0237    0.97938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-021     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-022     1  0.1596    0.82956 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-023     5  0.6928   -0.08583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.252 0.088 NA NA
#> dkfz_11-024     2  0.0515    0.89972 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-025     7  0.1048    0.77043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944 NA NA
#> dkfz_11-026     2  0.0119    0.90198 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-027     5  0.0331    0.83654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-028     3  0.0212    0.98031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-029     3  0.1277    0.96819 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-030     3  0.0119    0.98003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-031     5  0.0424    0.83603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-032     3  0.0212    0.98093 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-033     5  0.0424    0.83567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-034     3  0.0331    0.98094 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-035     5  0.2114    0.81079 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-036     2  0.1149    0.89048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-037     4  0.5054    0.23240 0.000 0.152 0.000 0.480 0.000 0.016 0.000 NA NA
#> dkfz_11-038     1  0.0994    0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-039     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-041     1  0.5152    0.26407 0.420 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-042     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-043     6  0.2906    0.62106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008 NA NA
#> dkfz_11-044     6  0.4185    0.61454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.084 NA NA
#> dkfz_11-045     7  0.1151    0.77557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936 NA NA
#> dkfz_11-046     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-047     5  0.1100    0.83220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-048     2  0.3081    0.76227 0.000 0.696 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-049     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-050     6  0.1379    0.67783 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.012 NA NA
#> dkfz_11-051     5  0.2787    0.69644 0.008 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-052     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-053     3  0.0119    0.98003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-054     6  0.4192    0.61114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.124 NA NA
#> dkfz_11-055     1  0.0994    0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-056     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-058     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-059     1  0.0882    0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-060     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-061     6  0.2952    0.65620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.072 NA NA
#> dkfz_11-062     6  0.3206    0.61461 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.008 NA NA
#> dkfz_11-063     6  0.4626    0.44433 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 0.020 NA NA
#> dkfz_11-064     2  0.0446    0.90187 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-065     2  0.2716    0.77958 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-066     3  0.0585    0.97999 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-067     3  0.0507    0.98051 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-068     2  0.1149    0.89048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-069     5  0.0331    0.83637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-070     6  0.5659   -0.10801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.372 NA NA
#> dkfz_11-071     5  0.4370    0.66977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.012 0.080 NA NA
#> dkfz_11-072     3  0.1462    0.96298 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-073     2  0.2732    0.77609 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-074     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-075     6  0.1529    0.67865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.020 NA NA
#> dkfz_11-091     2  0.0119    0.90164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-092     5  0.0424    0.83593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-094     7  0.1200    0.77482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 NA NA
#> dkfz_11-095     1  0.2578    0.85501 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-096     1  0.0882    0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-097     1  0.2117    0.87219 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-098     1  0.2260    0.86496 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-099     6  0.4247    0.62016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.096 NA NA
#> dkfz_11-100     5  0.0876    0.83077 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-101     5  0.5192    0.00431 0.324 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-102     1  0.0764    0.85978 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-103     1  0.3279    0.78500 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-104     5  0.4849    0.33247 0.208 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-105     1  0.1857    0.87398 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-106     5  0.2067    0.81216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-107     1  0.2664    0.82887 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-108     1  0.2465    0.85505 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-109     1  0.0581    0.86698 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-110     1  0.2398    0.85702 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-111     1  0.3209    0.79690 0.688 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-112     1  0.1857    0.87366 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-113     1  0.0581    0.86391 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-114     1  0.3203    0.79967 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA NA
#> dkfz_11-115     5  0.2067    0.81216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 NA NA
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-117     1  0.1822    0.86224 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-118     1  0.2031    0.86848 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-119     5  0.0876    0.83077 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-120     1  0.2392    0.86098 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-122     1  0.2288    0.86532 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-123     1  0.2702    0.84051 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-125     1  0.2749    0.81683 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-126     1  0.0882    0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-127     1  0.2610    0.85598 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-128     1  0.0882    0.85911 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-129     1  0.0982    0.87405 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-130     1  0.2351    0.85574 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-131     1  0.2204    0.86962 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-132     1  0.0764    0.86705 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-133     1  0.0446    0.87126 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-134     1  0.0699    0.87121 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-135     1  0.0994    0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-136     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.97396 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-138     1  0.0994    0.85584 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-139     6  0.5363    0.48827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.100 NA NA
#> dkfz_11-140     1  0.1876    0.86250 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-141     1  0.0581    0.86364 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-142     1  0.2465    0.85487 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-143     3  0.0668    0.97873 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-144     3  0.0746    0.97873 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-145     2  0.0881    0.89597 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-146     3  0.0212    0.98031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-147     3  0.0414    0.97959 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-148     2  0.1057    0.89193 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-149     3  0.1458    0.96294 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> dkfz_11-150     2  0.1140    0.89922 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-151     5  0.0928    0.83519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 NA NA

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.1195    0.96507 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024 0.012
#> dkfz_11-002     6  0.5600   -0.10873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.308 0.044 0.028 0.204
#> dkfz_11-003     4  0.0356    0.97844 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.3088    0.79326 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004 0.096 0.076 0.024
#> dkfz_11-005     2  0.2266    0.75965 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0517    0.86874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> dkfz_11-007     5  0.0484    0.85451 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-008     2  0.2470    0.72664 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0282    0.98347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000    0.85752 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.5283    0.25501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.512 0.048 0.036 0.116
#> dkfz_11-012     7  0.5216    0.00959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.444 0.040 0.060 0.064
#> dkfz_11-013     2  0.0839    0.86734 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.008
#> dkfz_11-014     7  0.0756    0.66254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-015     6  0.4398    0.25909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.176 0.020 0.016 0.144
#> dkfz_11-016     6  0.3573    0.42909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.036 0.048 0.080 0.056
#> dkfz_11-017     3  0.0982    0.97209 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.016
#> dkfz_11-018     3  0.0429    0.98074 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-019     2  0.1217    0.86428 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> dkfz_11-020     3  0.0484    0.98054 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-021     4  0.0113    0.99177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.1301    0.68201 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.016
#> dkfz_11-023     5  0.6986   -0.21112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.276 0.084 0.204 0.088 0.048
#> dkfz_11-024     2  0.0539    0.87080 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.0710    0.65988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.0282    0.87025 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0315    0.85897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0429    0.98148 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-029     3  0.0919    0.97093 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.012
#> dkfz_11-030     3  0.0404    0.98046 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-031     5  0.1200    0.85121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.024 0.016 0.016
#> dkfz_11-032     3  0.0315    0.98084 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-033     5  0.0202    0.85666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0340    0.98104 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-035     5  0.2568    0.81838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.064 0.068 0.024
#> dkfz_11-036     2  0.1576    0.85132 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.060 0.008
#> dkfz_11-037     9  0.4834    0.00000 0.000 0.148 0.000 0.404 0.000 0.020 0.000 0.000 0.424 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.0508    0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-039     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.5109    0.53425 0.344 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.404 0.012 0.012
#> dkfz_11-042     4  0.0426    0.97275 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.3990    0.31938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.020 0.044 0.220 0.032
#> dkfz_11-044     6  0.4672    0.07109 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.072 0.084 0.008 0.228
#> dkfz_11-045     7  0.0426    0.66432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.1925    0.83013 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.080 0.032 0.004
#> dkfz_11-048     2  0.3283    0.61424 0.000 0.660 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1585    0.46723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.028 0.008 0.028 0.012
#> dkfz_11-051     5  0.2666    0.62006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.192 0.012 0.012
#> dkfz_11-052     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0404    0.98083 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-054     6  0.4592    0.04968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.128 0.020 0.020 0.224
#> dkfz_11-055     1  0.0508    0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-056     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0508    0.71239 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3555    0.43545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.088 0.044 0.036 0.052
#> dkfz_11-062     6  0.4088    0.39707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024 0.048 0.116 0.092
#> dkfz_11-063     6  0.5995    0.02423 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.036 0.092 0.284 0.192
#> dkfz_11-064     2  0.1234    0.86298 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.040 0.004
#> dkfz_11-065     2  0.2774    0.67454 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0395    0.98024 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-067     3  0.0395    0.98174 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-068     2  0.1607    0.85181 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.056 0.012
#> dkfz_11-069     5  0.0429    0.85840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-070     7  0.6372    0.02667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.356 0.156 0.052 0.176
#> dkfz_11-071     5  0.5167    0.62108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.016 0.072 0.124 0.120 0.040
#> dkfz_11-072     3  0.1195    0.96326 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.012
#> dkfz_11-073     2  0.2682    0.67424 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0202    0.98788 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.1816    0.45285 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.032 0.008 0.012 0.040
#> dkfz_11-091     2  0.0517    0.86881 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.0395    0.85585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.0582    0.66271 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.2978    0.63665 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.008 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.0508    0.71234 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-097     1  0.2698    0.66820 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.008 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.2936    0.61698 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.008 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.4777    0.00449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.084 0.064 0.020 0.224
#> dkfz_11-100     5  0.1097    0.84231 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004 0.008
#> dkfz_11-101     8  0.5108    0.75205 0.224 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.392 0.012 0.012
#> dkfz_11-102     1  0.0113    0.71803 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3941    0.49759 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.324 0.000 0.084
#> dkfz_11-104     8  0.4726    0.64102 0.152 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.452 0.012 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.2415    0.69458 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.008 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.2630    0.81892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004 0.056 0.072 0.024
#> dkfz_11-107     1  0.3402    0.48362 0.576 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.404 0.004 0.008
#> dkfz_11-108     1  0.2960    0.60862 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0987    0.72086 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008 0.004
#> dkfz_11-110     1  0.2994    0.60002 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.008
#> dkfz_11-111     1  0.3632    0.36415 0.536 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.428 0.000 0.008
#> dkfz_11-112     1  0.2438    0.69224 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.008 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0226    0.71710 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.3757    0.44364 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.004 0.048
#> dkfz_11-115     5  0.2479    0.82179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.060 0.064 0.024
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.2429    0.68452 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> dkfz_11-118     1  0.2524    0.66780 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0806    0.84917 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.004 0.008
#> dkfz_11-120     1  0.2960    0.61880 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.008
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3033    0.61200 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.012
#> dkfz_11-123     1  0.3470    0.43145 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.012 0.012
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3264    0.43955 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.440 0.000 0.008
#> dkfz_11-126     1  0.0340    0.71518 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-127     1  0.3180    0.62310 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.312 0.008 0.008
#> dkfz_11-128     1  0.0340    0.71518 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-129     1  0.0937    0.72505 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.2848    0.58593 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2766    0.65888 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0202    0.72016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0356    0.72257 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0784    0.72412 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0508    0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-136     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.99526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0508    0.71144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-139    10  0.4535    0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.068 0.040 0.008 0.552
#> dkfz_11-140     1  0.2626    0.68314 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.020
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.71927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3183    0.58364 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.340 0.008 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.0508    0.98028 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-144     3  0.0517    0.98034 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> dkfz_11-145     2  0.1210    0.86174 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.008
#> dkfz_11-146     3  0.0202    0.98158 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.0508    0.98024 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-148     2  0.1528    0.85337 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.056 0.008
#> dkfz_11-149     3  0.1200    0.96511 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 0.016
#> dkfz_11-150     2  0.1145    0.86023 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.1156    0.85710 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.024 0.028 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> SD:skmeans 135        7.24e-23        7.42e-09  2
#> SD:skmeans 136        6.49e-47        1.67e-09  3
#> SD:skmeans 134        4.62e-70        7.65e-14  4
#> SD:skmeans 134        2.71e-91        1.72e-25  5
#> SD:skmeans 133        2.47e-96        2.30e-29  6
#> SD:skmeans 129        4.07e-89        5.37e-27  7
#> SD:skmeans 128        6.95e-91        4.39e-28  8
#> SD:skmeans 125        1.07e-87        3.45e-27  9
#> SD:skmeans 112        7.75e-80        6.83e-26 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:pam*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 10.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.969       0.987        0.27997 0.727   0.727
#> 3   3 1.000           0.984       0.994        0.57692 0.827   0.764
#> 4   4 0.989           0.956       0.982        0.57462 0.741   0.540
#> 5   5 0.952           0.917       0.967        0.12765 0.905   0.692
#> 6   6 0.888           0.799       0.888        0.04662 0.962   0.826
#> 7   7 0.888           0.825       0.887        0.02459 0.957   0.775
#> 8   8 0.875           0.796       0.883        0.01962 0.977   0.856
#> 9   9 0.911           0.730       0.872        0.01141 0.982   0.878
#> 10 10 0.931           0.841       0.921        0.00858 0.987   0.906

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5 9

There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 9 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     2   0.373      0.910 0.072 0.928
#> dkfz_11-004     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-018     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     1   0.980      0.277 0.584 0.416
#> dkfz_11-033     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1   0.722      0.748 0.800 0.200
#> dkfz_11-049     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     1   0.680      0.778 0.820 0.180
#> dkfz_11-054     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     1   0.760      0.716 0.780 0.220
#> dkfz_11-067     1   0.430      0.898 0.912 0.088
#> dkfz_11-068     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-073     1   0.416      0.902 0.916 0.084
#> dkfz_11-074     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     2   0.000      0.975 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2   0.311      0.927 0.056 0.944
#> dkfz_11-144     2   0.966      0.346 0.392 0.608
#> dkfz_11-145     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     1   0.000      0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1   0.000      0.989 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2   p3
#> dkfz_11-001     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-002     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-003     2   0.245      0.859 0.076 0.924 0.00
#> dkfz_11-004     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-005     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-006     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-007     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-008     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-009     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-010     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-011     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-012     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-013     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-014     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-015     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-016     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-017     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-018     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-019     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-020     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-021     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-022     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-023     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-024     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-025     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-026     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-027     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-028     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-029     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-030     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-031     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-032     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-033     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-034     3   0.400      0.806 0.000 0.160 0.84
#> dkfz_11-035     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-036     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-037     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-038     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-039     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-040     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-041     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-042     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-043     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-044     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-045     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-046     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-047     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-048     1   0.455      0.749 0.800 0.200 0.00
#> dkfz_11-049     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-050     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-051     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-052     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-053     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-054     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-055     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-056     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-057     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-058     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-059     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-060     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-061     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-062     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-063     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-064     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-065     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-066     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-067     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-068     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-069     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-070     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-071     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-072     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-073     1   0.263      0.905 0.916 0.084 0.00
#> dkfz_11-074     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-075     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-091     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-092     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-093     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-094     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-095     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-096     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-097     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-098     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-099     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-100     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-101     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-102     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-103     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-104     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-105     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-106     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-107     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-108     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-109     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-110     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-111     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-112     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-113     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-114     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-115     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-116     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-117     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-118     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-119     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-120     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-121     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-122     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-123     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-124     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-125     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-126     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-127     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-128     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-129     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-130     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-131     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-132     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-133     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-134     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-135     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-136     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-137     2   0.000      0.992 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-138     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-139     1   0.583      0.484 0.660 0.000 0.34
#> dkfz_11-140     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-141     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-142     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-143     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-144     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-145     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-146     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-147     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-148     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-149     3   0.000      0.990 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-150     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-151     1   0.000      0.994 1.000 0.000 0.00

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.1940      0.885 0.000 0.076 0.000 0.924
#> dkfz_11-004     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.2973      0.821 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3172      0.806 0.000 0.000 0.840 0.160
#> dkfz_11-035     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.4543      0.535 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3610      0.752 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.2081      0.903 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0469      0.944 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     2  0.3837      0.710 0.224 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0336      0.948 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1940      0.873 0.924 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0188      0.952 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.0469      0.979 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.4843      0.359 0.604 0.396 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.4585      0.520 0.668 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.4872      0.626 0.728 0.028 0.244 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.956 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     2  0.0336      0.982 0.008 0.992 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2   p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0290      0.909 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-003     4  0.1671      0.905 0.000 0.000 0.00 0.924 0.076
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     5  0.0162      0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-015     5  0.3661      0.617 0.000 0.276 0.00 0.000 0.724
#> dkfz_11-016     5  0.4212      0.728 0.144 0.080 0.00 0.000 0.776
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0162      0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-034     3  0.2732      0.809 0.000 0.000 0.84 0.160 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3999      0.490 0.000 0.656 0.00 0.000 0.344
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0963      0.924 0.000 0.036 0.00 0.000 0.964
#> dkfz_11-043     2  0.1410      0.877 0.000 0.940 0.00 0.000 0.060
#> dkfz_11-044     1  0.3913      0.525 0.676 0.000 0.00 0.000 0.324
#> dkfz_11-045     5  0.0162      0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.4192      0.282 0.000 0.404 0.00 0.000 0.596
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.0162      0.950 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-062     5  0.3242      0.714 0.000 0.216 0.00 0.000 0.784
#> dkfz_11-063     5  0.1792      0.879 0.000 0.084 0.00 0.000 0.916
#> dkfz_11-064     2  0.0880      0.895 0.000 0.968 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-065     2  0.2280      0.825 0.000 0.880 0.00 0.000 0.120
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.4015      0.494 0.000 0.652 0.00 0.000 0.348
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.1732      0.858 0.000 0.920 0.00 0.000 0.080
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0404      0.956 0.988 0.000 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.4305      0.018 0.000 0.512 0.00 0.000 0.488
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-101     5  0.3210      0.699 0.212 0.000 0.00 0.000 0.788
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0290      0.960 0.992 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-107     1  0.1671      0.891 0.924 0.000 0.00 0.000 0.076
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0162      0.963 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0162      0.949 0.004 0.000 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.4171      0.351 0.604 0.000 0.00 0.000 0.396
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.3949      0.509 0.668 0.000 0.00 0.000 0.332
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.3177      0.694 0.208 0.792 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2   p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0363     0.8913 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-003     4  0.1501     0.8960 0.000 0.000 0.00 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0146     0.8967 0.000 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0363     0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.3810     0.6933 0.000 0.000 0.00 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-012     5  0.3765     0.7184 0.000 0.000 0.00 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3804     0.6982 0.000 0.000 0.00 0.000 0.576 0.424
#> dkfz_11-015     6  0.0291     0.6249 0.000 0.004 0.00 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-016     6  0.1779     0.5881 0.000 0.016 0.00 0.000 0.064 0.920
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0363     0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3747     0.3979 0.604 0.000 0.00 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-023     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.3890     0.7194 0.000 0.004 0.00 0.000 0.596 0.400
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0458     0.6663 0.000 0.000 0.00 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.2454     0.7984 0.000 0.000 0.84 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4460     0.4092 0.000 0.644 0.00 0.000 0.304 0.052
#> dkfz_11-038     1  0.0260     0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.2092     0.7909 0.876 0.000 0.00 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.4419     0.6905 0.000 0.032 0.00 0.000 0.584 0.384
#> dkfz_11-043     2  0.3744     0.6924 0.000 0.764 0.00 0.000 0.052 0.184
#> dkfz_11-044     6  0.3314     0.5569 0.224 0.000 0.00 0.000 0.012 0.764
#> dkfz_11-045     5  0.3890     0.7194 0.000 0.004 0.00 0.000 0.596 0.400
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0363     0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1863     0.6398 0.000 0.104 0.00 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.3868     0.0706 0.000 0.504 0.00 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3050     0.1944 0.000 0.000 0.00 0.000 0.236 0.764
#> dkfz_11-062     6  0.1141     0.5968 0.000 0.000 0.00 0.000 0.052 0.948
#> dkfz_11-063     5  0.2255     0.5451 0.000 0.080 0.00 0.000 0.892 0.028
#> dkfz_11-064     2  0.0790     0.8720 0.000 0.968 0.00 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-065     2  0.2402     0.7750 0.000 0.868 0.00 0.000 0.120 0.012
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.3810     0.6922 0.000 0.000 0.00 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-071     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3940     0.4089 0.000 0.640 0.00 0.000 0.348 0.012
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3515     0.3170 0.000 0.324 0.00 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4793     0.5106 0.648 0.000 0.00 0.000 0.100 0.252
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.3139     0.5913 0.000 0.160 0.00 0.000 0.028 0.812
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0260     0.6549 0.008 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3810     0.3271 0.572 0.000 0.00 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-104     5  0.3101     0.6965 0.000 0.000 0.00 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-107     1  0.1930     0.8355 0.916 0.000 0.00 0.000 0.036 0.048
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0146     0.9076 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.3684     0.3502 0.000 0.000 0.00 0.000 0.372 0.628
#> dkfz_11-115     5  0.3756     0.7218 0.000 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.3774     0.3720 0.592 0.000 0.00 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.6636 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2416     0.7694 0.844 0.000 0.00 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0260     0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-123     1  0.0260     0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.5361    -0.1017 0.452 0.000 0.00 0.000 0.108 0.440
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.6038     0.3784 0.256 0.000 0.00 0.000 0.340 0.404
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0146     0.9085 0.996 0.000 0.00 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131     1  0.0458     0.8986 0.984 0.000 0.00 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9946 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0260     0.9066 0.992 0.000 0.00 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139     6  0.5850     0.1896 0.192 0.384 0.00 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-140     1  0.3797     0.3454 0.580 0.000 0.00 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9102 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8974 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9891 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0363     0.8945 0.000 0.988 0.00 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-151     5  0.3747     0.7223 0.000 0.000 0.00 0.000 0.604 0.396

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0134     0.8583 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.1277     0.9023 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0334     0.8588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1482     0.8410 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-007     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-008     2  0.2453     0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-011     5  0.0924     0.9286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> dkfz_11-012     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0755     0.9361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-015     6  0.2424     0.6071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.832 0.004
#> dkfz_11-016     6  0.3753     0.3615 0.000 0.012 0.000 0.000 0.396 0.592 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.2453     0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.1625     0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-022     6  0.4618     0.2794 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.072
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     7  0.3156     0.8602 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0656     0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-032     3  0.1330     0.9403 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-033     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-034     3  0.4391     0.6575 0.000 0.000 0.676 0.160 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.5294     0.4046 0.000 0.480 0.000 0.000 0.336 0.184 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0728     0.9103 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1625     0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.2118     0.7773 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-042     5  0.2453     0.7139 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.4282     0.4402 0.000 0.488 0.000 0.000 0.040 0.472 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.4553     0.6294 0.116 0.000 0.000 0.000 0.068 0.724 0.092
#> dkfz_11-045     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.1625     0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-047     7  0.2966     0.9084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> dkfz_11-048     2  0.2453     0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.1482     0.9454 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-050     6  0.0000     0.5847 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.1222     0.9440 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-054     6  0.2966     0.4488 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1625     0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.1625     0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.1625     0.9420 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-061     6  0.3853     0.1007 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.496 0.012
#> dkfz_11-062     6  0.3370     0.4208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> dkfz_11-063     7  0.3862     0.8081 0.000 0.064 0.000 0.000 0.188 0.008 0.740
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.4204     0.7069 0.000 0.696 0.000 0.000 0.120 0.184 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0863     0.9537 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-067     3  0.0134     0.9659 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-070     5  0.0924     0.9263 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.5315     0.3665 0.000 0.468 0.000 0.000 0.348 0.184 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0134     0.5853 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4766     0.3802 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.192
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.6024     0.5476 0.000 0.136 0.000 0.000 0.244 0.528 0.092
#> dkfz_11-100     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-101     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.4964     0.3746 0.380 0.000 0.000 0.000 0.008 0.520 0.092
#> dkfz_11-104     5  0.2259     0.7084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1773     0.8459 0.912 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.020
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0134     0.9281 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.5255     0.4092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.520 0.264
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.4769    -0.0469 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.092
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     7  0.2945     0.9125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-120     1  0.3138     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.048
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0656     0.9136 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0656     0.9136 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.6498    -0.2801 0.412 0.000 0.000 0.000 0.184 0.308 0.096
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     7  0.6464    -0.2981 0.216 0.000 0.000 0.000 0.080 0.292 0.412
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0134     0.9290 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0504     0.9180 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0656     0.9136 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.6091     0.5129 0.168 0.212 0.000 0.000 0.000 0.528 0.092
#> dkfz_11-140     6  0.4784     0.3231 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.092
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9311 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.1330     0.9403 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-144     3  0.1330     0.9403 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.2453     0.8046 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0134     0.9545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0125     0.8187 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0983     0.8935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0745     0.8078 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1605     0.7751 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-007     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-008     2  0.3278     0.5319 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-011     5  0.0745     0.8762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0614     0.8833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3938     0.0209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.528 0.436 0.000
#> dkfz_11-016     7  0.5295     0.3672 0.000 0.004 0.000 0.000 0.344 0.248 0.404 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3000     0.6222 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.2865     0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-022     6  0.2049     0.6332 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     8  0.2582     0.8798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0926     0.8579 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-032     3  0.2471     0.8745 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.112 0.040
#> dkfz_11-033     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-034     3  0.5834     0.4587 0.000 0.000 0.520 0.160 0.000 0.000 0.192 0.128
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.5281    -0.0842 0.000 0.344 0.000 0.000 0.336 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.2082     0.8025 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.2865     0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.1982     0.8088 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-042     5  0.3000     0.3976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-043     7  0.4154     0.3369 0.000 0.196 0.000 0.000 0.020 0.088 0.696 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.0000     0.6064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.2865     0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-047     8  0.1982     0.9792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-048     2  0.3278     0.5319 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.2639     0.8913 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.068 0.092
#> dkfz_11-050     7  0.2970     0.2565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-051     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.2290     0.8832 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.100 0.036
#> dkfz_11-054     6  0.4045     0.1132 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.572 0.376 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.2865     0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.2823     0.8854 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.084 0.092
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2865     0.8841 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096
#> dkfz_11-061     5  0.5207    -0.3651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.336 0.260 0.000
#> dkfz_11-062     7  0.5242     0.3399 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.276 0.380 0.000
#> dkfz_11-063     8  0.2774     0.9279 0.000 0.028 0.000 0.000 0.132 0.012 0.000 0.828
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.4528     0.4482 0.000 0.564 0.000 0.000 0.120 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.1557     0.9092 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.060 0.020
#> dkfz_11-067     3  0.0125     0.9381 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-070     5  0.0745     0.8743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     7  0.5159     0.0231 0.000 0.240 0.000 0.000 0.336 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3193     0.1849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     8  0.2016     0.9758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4430     0.2908 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.112
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.1697     0.6065 0.000 0.060 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-101     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.1521     0.6511 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.2114     0.7015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1659     0.8735 0.912 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0125     0.9419 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.1820     0.5894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.896 0.000 0.016
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     6  0.2694     0.5476 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     8  0.1947     0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-120     1  0.3174     0.3861 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1433     0.8769 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.2049     0.8084 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     6  0.4449     0.4507 0.276 0.000 0.000 0.000 0.112 0.608 0.000 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.5467     0.3344 0.136 0.000 0.000 0.000 0.052 0.496 0.000 0.316
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0224     0.9404 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0471     0.9318 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-132     1  0.0224     0.9404 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0125     0.9321 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1840     0.8362 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1433     0.5978 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     6  0.1803     0.6469 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.2471     0.8745 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.112 0.040
#> dkfz_11-144     3  0.2471     0.8745 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.112 0.040
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9393 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3000     0.6222 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0125     0.8988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0764      0.888 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0764      0.801 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1519      0.739 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     6  0.3063      0.178 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.0764      0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-012     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     7  0.0581      0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-015     3  0.5443     -0.443 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.236 0.036 0.356 0.000
#> dkfz_11-016     3  0.5605     -0.351 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.200 0.340 0.064 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-018     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-019     2  0.2839      0.418 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-021     4  0.2925      0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     8  0.1398      0.714 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-023     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.2089      0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-029     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-030     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-031     7  0.0930      0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     9  0.0119      0.708 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-033     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     9  0.2545      0.536 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.180 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-035     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4999     -0.264 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.324 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.1971      0.808 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.2925      0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.1876      0.814 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.2839      0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.4793      0.426 0.000 0.084 0.396 0.000 0.000 0.488 0.008 0.024 0.000
#> dkfz_11-044     8  0.0000      0.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.2925      0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0821      0.974 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     6  0.3063      0.178 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.2431      0.863 0.000 0.000 0.000 0.820 0.020 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.4429      0.310 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.480 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     9  0.2508      0.418 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-054     8  0.4929      0.125 0.000 0.012 0.392 0.000 0.000 0.168 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.2925      0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.2854      0.843 0.000 0.000 0.000 0.768 0.028 0.204 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2925      0.839 0.000 0.000 0.000 0.756 0.028 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     7  0.6126     -0.100 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.160 0.360 0.236 0.000
#> dkfz_11-062     3  0.5736     -0.338 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.172 0.332 0.096 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.1587      0.931 0.000 0.012 0.000 0.000 0.912 0.000 0.072 0.004 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.4285      0.164 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.316 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     9  0.3134     -0.268 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-067     3  0.3070      0.532 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     7  0.0821      0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-071     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-073     6  0.4022      0.313 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.600 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     8  0.4699      0.125 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.172 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.1033      0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4238      0.279 0.568 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     8  0.0565      0.730 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0581      0.739 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-104     7  0.2001      0.735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1570      0.877 0.912 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0119      0.943 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.0810      0.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> dkfz_11-115     7  0.0000      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.2145      0.632 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0764      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3055      0.354 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1356      0.880 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.1940      0.814 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     8  0.3913      0.524 0.236 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096 0.664 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.4449      0.363 0.052 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.048 0.584 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0212      0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0446      0.933 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0212      0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0296      0.911 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1741      0.841 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.0515      0.726 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.0982      0.734 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     9  0.0000      0.709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     9  0.0000      0.709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-147     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.828 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.3063      0.540 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-150     2  0.2839      0.418 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     7  0.0119      0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0426      0.833 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0426      0.853 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1253      0.765 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1450      0.754 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     9  0.2972      0.610 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.0836      0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     7  0.1096      0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.944 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.1902      0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.020 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.2099      0.734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.2197      0.611 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.3061      0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-022     8  0.1124      0.832 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.1966      0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     7  0.0937      0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032    10  0.1079      0.856 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.0113      0.798 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-035     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4578     -0.230 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.1938      0.808 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3061      0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.1790      0.818 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.2197      0.691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.2197      0.677 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-044     8  0.0000      0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     7  0.0426      0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.3061      0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-047     5  0.0113      0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     9  0.2972      0.610 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.2393      0.784 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1079      0.773 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053    10  0.2949      0.351 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-054     6  0.1880      0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.3061      0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.3004      0.731 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.008
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.3061      0.722 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> dkfz_11-061     6  0.4145      0.478 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.248 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.1961      0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.152 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0888      0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3663      0.356 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.2332      0.645 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-067     3  0.0113      0.973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     7  0.0888      0.918 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     9  0.3790      0.400 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0555      0.783 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0492      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.0426      0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4089      0.224 0.548 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     8  0.0000      0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0000      0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     7  0.1909      0.767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1499      0.880 0.912 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0113      0.942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.0202      0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     7  0.0000      0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.1450      0.801 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.970 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2943      0.324 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1334      0.880 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.1880      0.818 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     8  0.3149      0.670 0.176 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.068 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.3726      0.527 0.024 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.040 0.648 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0282      0.939 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0426      0.933 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0202      0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0492      0.857 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1727      0.839 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.0000      0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.0426      0.872 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143    10  0.1033      0.858 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-144    10  0.1033      0.858 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.845 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.2197      0.611 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-151     7  0.0113      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>          n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> SD:pam 134        2.17e-24        2.93e-28  2
#> SD:pam 135        3.34e-52        4.28e-27  3
#> SD:pam 135        5.98e-63        2.02e-35  4
#> SD:pam 131        6.80e-75        4.11e-33  5
#> SD:pam 123        1.61e-78        2.48e-31  6
#> SD:pam 121        3.99e-78        5.53e-30  7
#> SD:pam 119        7.56e-74        1.68e-30  8
#> SD:pam 115        2.11e-66        2.72e-27  9
#> SD:pam 129        4.37e-75        1.36e-29 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:mclust*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 10.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.957           0.949       0.976        0.41149 0.588   0.588
#> 3   3 0.726           0.842       0.907        0.28158 0.887   0.811
#> 4   4 0.938           0.940       0.974        0.31964 0.753   0.531
#> 5   5 0.835           0.911       0.908        0.06749 0.950   0.843
#> 6   6 0.910           0.902       0.949        0.11154 0.882   0.580
#> 7   7 0.936           0.874       0.948        0.03548 0.931   0.640
#> 8   8 0.915           0.809       0.917        0.01878 0.980   0.865
#> 9   9 0.928           0.869       0.933        0.00901 0.954   0.690
#> 10 10 0.920           0.838       0.905        0.00864 0.977   0.820

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 6 7 8 9

There is also optional best \(k\) = 2 4 6 7 8 9 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     2   0.260     0.9539 0.044 0.956
#> dkfz_11-004     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-010     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     1   0.625     0.8278 0.844 0.156
#> dkfz_11-017     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-022     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1   0.844     0.6444 0.728 0.272
#> dkfz_11-038     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-040     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-041     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1   0.605     0.8244 0.852 0.148
#> dkfz_11-043     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-047     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2   0.958     0.4174 0.380 0.620
#> dkfz_11-049     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-050     1   0.563     0.8571 0.868 0.132
#> dkfz_11-051     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-053     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     1   0.443     0.8992 0.908 0.092
#> dkfz_11-055     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-057     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-058     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-059     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-061     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     1   0.615     0.8328 0.848 0.152
#> dkfz_11-063     1   0.595     0.8426 0.856 0.144
#> dkfz_11-064     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-073     2   0.999     0.0969 0.484 0.516
#> dkfz_11-074     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-075     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-094     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1   0.595     0.8426 0.856 0.144
#> dkfz_11-100     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-117     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-122     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-125     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-137     2   0.242     0.9572 0.040 0.960
#> dkfz_11-138     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1   0.991     0.2087 0.556 0.444
#> dkfz_11-140     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2   0.000     0.9558 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     1   0.000     0.9824 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1   0.000     0.9824 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     1  0.4589      0.830 0.820 0.172 0.008
#> dkfz_11-003     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-006     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.6416      0.598 0.616 0.376 0.008
#> dkfz_11-009     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.3030      0.880 0.904 0.092 0.004
#> dkfz_11-012     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-013     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-014     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-015     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-016     3  0.8408      0.437 0.344 0.100 0.556
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-022     1  0.2796      0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0592      0.902 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.6252      0.648 0.648 0.344 0.008
#> dkfz_11-025     1  0.5928      0.709 0.696 0.296 0.008
#> dkfz_11-026     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-037     1  0.3528      0.876 0.892 0.092 0.016
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-040     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.8477      0.314 0.380 0.524 0.096
#> dkfz_11-043     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-044     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-045     1  0.5502      0.762 0.744 0.248 0.008
#> dkfz_11-046     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.5662      0.805 0.092 0.808 0.100
#> dkfz_11-049     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-050     1  0.3375      0.875 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     1  0.3375      0.875 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-057     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-058     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-061     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-062     3  0.8408      0.437 0.344 0.100 0.556
#> dkfz_11-063     3  0.8408      0.437 0.344 0.100 0.556
#> dkfz_11-064     1  0.6229      0.653 0.652 0.340 0.008
#> dkfz_11-065     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.2711      0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.2066      0.891 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073     2  0.5815      0.782 0.104 0.800 0.096
#> dkfz_11-074     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-075     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-091     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-094     1  0.3295      0.876 0.896 0.096 0.008
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.2796      0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.8569      0.308 0.392 0.100 0.508
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.2711      0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.2711      0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-117     1  0.2796      0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2066      0.891 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.2878      0.880 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.2796      0.882 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-137     2  0.2878      0.951 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.6404      0.480 0.344 0.012 0.644
#> dkfz_11-140     1  0.2711      0.883 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.846 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     1  0.6318      0.632 0.636 0.356 0.008
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.905 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0469      0.986 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.2760      0.825 0.128 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     2  0.3356      0.757 0.176 0.824 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.2647      0.861 0.000 0.880 0.000 0.120
#> dkfz_11-043     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0336      0.966 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.2973      0.834 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.1118      0.938 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.4866      0.372 0.596 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.0921      0.933 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.1118      0.955 0.000 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3219      0.808 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3801      0.732 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0188      0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3688      0.747 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0921      0.932 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.2408      0.862 0.896 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.1022      0.929 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.4713      0.480 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.4972      0.215 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.3569      0.764 0.804 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0469      0.986 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.3791      0.740 0.004 0.796 0.200 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.4730      0.471 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0162      0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-003     4  0.1544      0.909 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.2179      0.872 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-011     5  0.5158      0.831 0.080 0.264 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-012     5  0.3612      0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.4283      0.627 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-015     5  0.3612      0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-016     5  0.3586      0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.2505      0.861 0.888 0.092 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-023     1  0.2233      0.874 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.3816      0.282 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-034     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.2074      0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.3612      0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-038     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.1851      0.896 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-042     5  0.3796      0.919 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-043     5  0.3612      0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-044     5  0.5600      0.760 0.116 0.268 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-045     2  0.1121      0.924 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.2074      0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-048     2  0.0510      0.956 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.3586      0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-051     1  0.2074      0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.3612      0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-055     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.3661      0.945 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> dkfz_11-062     5  0.3586      0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-063     5  0.3586      0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1197      0.918 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-070     1  0.5864      0.384 0.600 0.164 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-071     1  0.3123      0.820 0.812 0.004 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-072     3  0.5589      0.389 0.000 0.128 0.628 0.000 0.244
#> dkfz_11-073     2  0.0671      0.955 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.3612      0.952 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0162      0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.1671      0.897 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-096     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-097     1  0.0162      0.897 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-099     5  0.3586      0.951 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-100     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-101     1  0.2074      0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-102     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-103     1  0.0162      0.897 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0609      0.896 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-105     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-106     1  0.3661      0.716 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.2020      0.894 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-109     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-110     1  0.2179      0.893 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-113     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-114     1  0.2179      0.875 0.896 0.004 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-115     1  0.3684      0.710 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0880      0.891 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-119     1  0.2516      0.862 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.1168      0.893 0.960 0.032 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2074      0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-126     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-127     1  0.0162      0.897 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-129     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.1671      0.897 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-132     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-133     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-134     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-135     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-139     5  0.3715      0.946 0.000 0.260 0.004 0.000 0.736
#> dkfz_11-140     1  0.0880      0.891 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-142     1  0.2329      0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.2074      0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2   p3 p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.4202      0.683 0.000 0.712 0.00  0 0.064 0.224
#> dkfz_11-003     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0692      0.923 0.000 0.004 0.00  0 0.976 0.020
#> dkfz_11-005     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-006     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-007     5  0.0508      0.926 0.000 0.004 0.00  0 0.984 0.012
#> dkfz_11-008     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-009     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0692      0.923 0.000 0.004 0.00  0 0.976 0.020
#> dkfz_11-011     6  0.2260      0.839 0.000 0.000 0.00  0 0.140 0.860
#> dkfz_11-012     6  0.0937      0.897 0.000 0.000 0.00  0 0.040 0.960
#> dkfz_11-013     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-014     6  0.1349      0.895 0.000 0.004 0.00  0 0.056 0.940
#> dkfz_11-015     6  0.1141      0.897 0.000 0.000 0.00  0 0.052 0.948
#> dkfz_11-016     6  0.0000      0.888 0.000 0.000 0.00  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.1644      0.913 0.920 0.004 0.00  0 0.076 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0603      0.925 0.000 0.004 0.00  0 0.980 0.016
#> dkfz_11-024     2  0.3288      0.675 0.000 0.724 0.00  0 0.000 0.276
#> dkfz_11-025     6  0.2378      0.796 0.000 0.152 0.00  0 0.000 0.848
#> dkfz_11-026     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-027     5  0.0777      0.921 0.000 0.004 0.00  0 0.972 0.024
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0692      0.923 0.000 0.004 0.00  0 0.976 0.020
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0405      0.926 0.000 0.004 0.00  0 0.988 0.008
#> dkfz_11-034     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0146      0.927 0.000 0.004 0.00  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.2165      0.852 0.000 0.884 0.00  0 0.008 0.108
#> dkfz_11-037     6  0.0000      0.888 0.000 0.000 0.00  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.2146      0.881 0.880 0.004 0.00  0 0.116 0.000
#> dkfz_11-042     6  0.2048      0.828 0.000 0.120 0.00  0 0.000 0.880
#> dkfz_11-043     6  0.1141      0.897 0.000 0.000 0.00  0 0.052 0.948
#> dkfz_11-044     6  0.1204      0.895 0.000 0.000 0.00  0 0.056 0.944
#> dkfz_11-045     6  0.3376      0.694 0.000 0.220 0.00  0 0.016 0.764
#> dkfz_11-046     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0146      0.927 0.000 0.004 0.00  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.2092      0.843 0.000 0.876 0.00  0 0.000 0.124
#> dkfz_11-049     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0000      0.888 0.000 0.000 0.00  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     5  0.1411      0.904 0.060 0.004 0.00  0 0.936 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.0937      0.874 0.000 0.040 0.00  0 0.000 0.960
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.1657      0.893 0.000 0.016 0.00  0 0.056 0.928
#> dkfz_11-062     6  0.1075      0.881 0.000 0.000 0.00  0 0.048 0.952
#> dkfz_11-063     6  0.3076      0.681 0.000 0.000 0.00  0 0.240 0.760
#> dkfz_11-064     2  0.3151      0.710 0.000 0.748 0.00  0 0.000 0.252
#> dkfz_11-065     2  0.3843      0.246 0.000 0.548 0.00  0 0.000 0.452
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-069     5  0.0692      0.923 0.000 0.004 0.00  0 0.976 0.020
#> dkfz_11-070     6  0.3756      0.460 0.000 0.000 0.00  0 0.400 0.600
#> dkfz_11-071     5  0.0692      0.923 0.000 0.004 0.00  0 0.976 0.020
#> dkfz_11-072     3  0.3828      0.154 0.000 0.000 0.56  0 0.000 0.440
#> dkfz_11-073     2  0.2092      0.843 0.000 0.876 0.00  0 0.000 0.124
#> dkfz_11-074     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0937      0.897 0.000 0.000 0.00  0 0.040 0.960
#> dkfz_11-091     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-092     5  0.0146      0.927 0.000 0.004 0.00  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.3013      0.842 0.000 0.088 0.00  0 0.068 0.844
#> dkfz_11-095     1  0.1858      0.900 0.904 0.004 0.00  0 0.092 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3584      0.546 0.688 0.004 0.00  0 0.308 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0405      0.961 0.988 0.004 0.00  0 0.008 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.0000      0.888 0.000 0.000 0.00  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     5  0.0146      0.927 0.000 0.004 0.00  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1219      0.911 0.048 0.004 0.00  0 0.948 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0603      0.925 0.016 0.004 0.00  0 0.980 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0146      0.927 0.000 0.004 0.00  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0405      0.961 0.988 0.004 0.00  0 0.008 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1219      0.904 0.000 0.004 0.00  0 0.948 0.048
#> dkfz_11-107     5  0.0935      0.919 0.032 0.004 0.00  0 0.964 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.1285      0.934 0.944 0.004 0.00  0 0.052 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.1219      0.937 0.948 0.004 0.00  0 0.048 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.1644      0.895 0.076 0.004 0.00  0 0.920 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0405      0.961 0.988 0.004 0.00  0 0.008 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0146      0.927 0.000 0.004 0.00  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.1219      0.904 0.000 0.004 0.00  0 0.948 0.048
#> dkfz_11-116     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.2442      0.845 0.144 0.004 0.00  0 0.852 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0405      0.961 0.988 0.004 0.00  0 0.008 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0146      0.927 0.000 0.004 0.00  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2772      0.808 0.180 0.004 0.00  0 0.816 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3489      0.645 0.288 0.004 0.00  0 0.708 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.3785      0.809 0.152 0.004 0.00  0 0.780 0.064
#> dkfz_11-124     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.0405      0.926 0.008 0.004 0.00  0 0.988 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.3265      0.716 0.248 0.004 0.00  0 0.748 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.2738      0.812 0.176 0.004 0.00  0 0.820 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2053      0.884 0.888 0.004 0.00  0 0.108 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.00  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0000      0.888 0.000 0.000 0.00  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     5  0.2703      0.818 0.172 0.004 0.00  0 0.824 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0405      0.961 0.988 0.004 0.00  0 0.008 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.00  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0260      0.898 0.000 0.992 0.00  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.927 0.000 0.000 0.00  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.3516     0.3390 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> dkfz_11-003     4  0.0134     0.9960 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0334     0.9601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.0134     0.9229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     6  0.3516     0.4230 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-025     6  0.0468     0.9179 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     7  0.0422     0.9011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-036     2  0.0134     0.9177 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     7  0.2154     0.7902 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-042     6  0.0268     0.9220 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-043     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     6  0.0555     0.9153 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     7  0.3008     0.5976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> dkfz_11-048     6  0.3237     0.5345 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     7  0.0134     0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.0134     0.9229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.0134     0.9229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3667     0.0539 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.460 0.004
#> dkfz_11-065     6  0.2729     0.7215 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3321     0.5015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0134     0.9644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3489     0.2271 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-073     6  0.3237     0.5345 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0134     0.9640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.0468     0.9179 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-095     7  0.2453     0.7478 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     7  0.0134     0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-098     1  0.3475     0.3891 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-099     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     7  0.3413     0.3591 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-101     7  0.0134     0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-104     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-105     1  0.3280     0.5397 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-106     5  0.0863     0.9394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-107     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-108     7  0.2572     0.7235 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     7  0.2326     0.7686 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-111     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-112     1  0.3122     0.6031 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     7  0.3139     0.5612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-115     5  0.1625     0.8855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-118     1  0.3423     0.4471 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-119     5  0.2655     0.7294 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-120     7  0.0134     0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     7  0.0134     0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-123     7  0.0268     0.9062 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     7  0.0134     0.9073 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-131     7  0.2453     0.7478 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0000     0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     7  0.0134     0.9075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.8989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3450     0.4196 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-143     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     7  0.1166     0.8684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.3193     0.5160 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-003     8  0.3329    -0.1658 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-004     5  0.0224     0.9691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1293     0.8289 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2433     0.7414 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-009     4  0.1195     0.9456 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.0313     0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.1368     0.8373 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924 0.000 0.072
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.2985     0.5013 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> dkfz_11-015     6  0.1646     0.8056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> dkfz_11-016     6  0.0125     0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0544     0.9569 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0224     0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-021     4  0.1195     0.9456 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.3360     0.4574 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.404
#> dkfz_11-025     8  0.1912     0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0224     0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0125     0.9607 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0681     0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-035     7  0.2459     0.6741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.2605     0.7158 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-037     6  0.2672     0.6289 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     7  0.1840     0.7595 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-042     8  0.2208     0.7032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> dkfz_11-043     6  0.0000     0.8717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.0125     0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     8  0.1840     0.7381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     7  0.3278     0.2684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-048     8  0.1849     0.6778 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0000     0.8717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0681     0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-054     6  0.3083     0.4371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0926     0.8513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-062     6  0.0313     0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.0313     0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3310     0.5097 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.380
#> dkfz_11-065     8  0.1989     0.7166 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.892
#> dkfz_11-066     3  0.0681     0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-067     3  0.0224     0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3244     0.3087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3844     0.3216 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.404 0.000 0.032
#> dkfz_11-073     8  0.1849     0.6778 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880
#> dkfz_11-074     4  0.1195     0.9456 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-075     6  0.0125     0.8713 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0471     0.9574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     8  0.4621     0.2160 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.492
#> dkfz_11-095     7  0.2082     0.7287 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     7  0.0125     0.8568 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.3321     0.2841 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.0125     0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     7  0.3333     0.0521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> dkfz_11-101     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3229     0.4348 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0313     0.9664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     7  0.2380     0.6715 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     7  0.2208     0.7088 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-111     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3119     0.5107 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     7  0.3303     0.2236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0471     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.3315     0.3055 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2352     0.7441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-120     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     7  0.0471     0.8463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0868     0.9612 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-125     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.1726     0.7840 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-130     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     7  0.2208     0.7082 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0125     0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     7  0.0000     0.8587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3318     0.2948 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0681     0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-144     3  0.0224     0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0224     0.9593 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.0224     0.9603 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-148     2  0.0125     0.8590 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149     3  0.0681     0.9547 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.8601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     7  0.3203     0.3682 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0119     0.8660 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002     2  0.1451     0.9209 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.016
#> dkfz_11-003     7  0.1765     0.8004 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.900 0.000 0.032
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0212     0.9528 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0821     0.9364 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.1207     0.9562 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.000 0.020
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.2176     0.7980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.0876     0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.0994     0.9386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> dkfz_11-015     6  0.0876     0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.0000     0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0876     0.8464 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0930     0.8518 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-021     4  0.1275     0.9540 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.000 0.024
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.1546     0.9144 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.016
#> dkfz_11-025     7  0.1675     0.8684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.2089     0.7696 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.1313     0.8339 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     9  0.1876     0.9180 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     9  0.1596     0.9344 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-035     8  0.1519     0.7886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1058     0.9363 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> dkfz_11-037     6  0.0645     0.9438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.1558     0.8363 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.1843     0.8441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.0373     0.9453 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.0446     0.9409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     7  0.1636     0.8705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.892 0.000 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2716     0.6570 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-048     7  0.1560     0.8556 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0000     0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     8  0.0515     0.8654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0296     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-053     9  0.2302     0.8564 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-054     6  0.0706     0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0296     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0296     0.9820 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-061     6  0.0821     0.9425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.1224     0.8890 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.1940     0.8100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.1451     0.9209 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.016
#> dkfz_11-065     7  0.1008     0.8780 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.020 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-066     9  0.1558     0.9396 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-067     3  0.2627     0.6420 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.2994     0.3212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3873     0.2406 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-073     7  0.1560     0.8556 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012
#> dkfz_11-074     4  0.1207     0.9562 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.000 0.020
#> dkfz_11-075     6  0.0645     0.9453 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0296     0.8680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0296     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-094     2  0.4091     0.5716 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.200 0.120 0.000 0.012
#> dkfz_11-095     8  0.1741     0.8273 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     8  0.2681     0.6671 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.0000     0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.2327     0.7306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-101     8  0.0296     0.8735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0212     0.8763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-104     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     8  0.3149     0.2241 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     8  0.1971     0.8045 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     8  0.2173     0.7803 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-111     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3143    -0.0913 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2780     0.6384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0119     0.8709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9843 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     8  0.3048     0.4531 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.1670     0.8016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0296     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-122     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     8  0.0581     0.8656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0939     0.9659 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012
#> dkfz_11-125     8  0.0119     0.8780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0119     0.9586 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     8  0.1670     0.8297 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0296     0.9820 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-137     4  0.0212     0.9828 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0000     0.9447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.0000     0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     8  0.2893     0.5769 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-143     9  0.1558     0.9396 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-144     9  0.1596     0.8947 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0930     0.8518 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-147     3  0.0296     0.8636 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0930     0.8443 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9551 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.3077     0.4572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.0426     0.8840 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-002     2  0.3229     0.6475 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-003     9  0.2105     0.1932 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.104 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0113     0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0113     0.8631 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     7  0.3058     0.3629 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-009     9  0.2979     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.2234     0.7187 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.192 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.0202     0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.1851     0.8196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.0202     0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.0356     0.9575 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8844 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0356     0.8791 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0888     0.8780 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-021     9  0.2979     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.3242     0.6430 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.0492     0.7419 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.1821     0.8089 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8844 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.1033     0.8691 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032    10  0.0615     0.9372 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.0555     0.9358 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-035     8  0.1189     0.8157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.2746     0.7353 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.0113     0.9644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.0786     0.8452 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.3807     0.6553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.660 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.0202     0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.0113     0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     7  0.0492     0.7419 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2806     0.6776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.256 0.016 0.000
#> dkfz_11-048     7  0.2802     0.7093 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     8  0.2965     0.0807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053    10  0.2244     0.7622 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> dkfz_11-054     6  0.0492     0.9522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0282     0.9880 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     9  0.2999     0.8272 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     9  0.2979     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0202     0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.2104     0.7942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.844 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.3309     0.0720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.460 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3229     0.6475 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-065     7  0.0315     0.7432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-066    10  0.0356     0.9413 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-067     3  0.2623     0.6155 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.1098     0.8424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.8773 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3584     0.1843 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-073     7  0.2802     0.7093 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-074     9  0.2979     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0202     0.9647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0558     0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.3852     0.5213 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.036 0.376 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-095     8  0.1485     0.8214 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     8  0.3076     0.7099 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.052 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.0282     0.9596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.2490     0.7349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.196 0.016 0.000
#> dkfz_11-101     8  0.2983     0.0198 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     8  0.3289     0.6624 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.052 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0356     0.8731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     8  0.2020     0.7815 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     8  0.1909     0.7823 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     8  0.3416     0.6177 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.052 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2750     0.6900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.244 0.016 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0356     0.8731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     8  0.3179     0.6904 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.052 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.1430     0.8387 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.068 0.016 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     9  0.3003     0.8139 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-125     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     8  0.1445     0.8234 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0356     0.9575 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.0000     0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     8  0.3076     0.7099 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.052 0.000
#> dkfz_11-143    10  0.0356     0.9413 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-144    10  0.0356     0.9270 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0888     0.8780 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8844 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0356     0.8791 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.8649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.3012     0.6101 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.308 0.016 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>             n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> SD:mclust 133        5.49e-27        2.77e-14  2
#> SD:mclust 130        3.02e-47        3.28e-23  3
#> SD:mclust 132        1.51e-70        1.07e-28  4
#> SD:mclust 133        2.78e-83        6.48e-28  5
#> SD:mclust 133        6.32e-99        6.21e-39  6
#> SD:mclust 128        1.73e-97        8.53e-45  7
#> SD:mclust 122        1.11e-90        5.25e-41  8
#> SD:mclust 130        6.77e-89        6.07e-42  9
#> SD:mclust 130        8.67e-81        3.46e-38 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.817           0.959       0.955         0.3611 0.594   0.594
#> 3   3 1.000           0.963       0.983         0.1924 0.961   0.934
#> 4   4 0.741           0.887       0.924         0.3046 0.830   0.694
#> 5   5 0.750           0.886       0.940         0.0455 0.977   0.942
#> 6   6 0.720           0.843       0.904         0.0118 1.000   1.000
#> 7   7 0.720           0.858       0.907         0.0216 0.984   0.957
#> 8   8 0.727           0.859       0.933         0.0134 0.997   0.992
#> 9   9 0.757           0.842       0.926         0.0136 1.000   0.999
#> 10 10 0.847           0.830       0.932         0.0265 0.987   0.964

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-002     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     2  0.9358      0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2  0.9358      0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-018     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-019     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-021     2  0.9358      0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-022     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-029     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-030     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-039     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-040     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-041     1  0.0376      0.993 0.996 0.004
#> dkfz_11-042     2  0.9358      0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-043     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-050     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-053     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-054     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-056     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-057     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-058     2  0.6712      0.876 0.176 0.824
#> dkfz_11-059     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-060     2  0.9358      0.693 0.352 0.648
#> dkfz_11-061     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-067     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-068     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-073     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     2  0.6343      0.887 0.160 0.840
#> dkfz_11-075     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-094     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-096     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-109     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-113     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.8267      0.794 0.260 0.740
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-129     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-130     1  0.0376      0.993 0.996 0.004
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-133     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-134     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-135     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-136     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-137     2  0.5842      0.899 0.140 0.860
#> dkfz_11-138     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-139     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-142     1  0.1184      0.985 0.984 0.016
#> dkfz_11-143     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-144     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-145     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-147     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-148     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.4431      0.907 0.092 0.908
#> dkfz_11-150     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.995 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-002     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-003     2  0.5650      0.619 0.312 0.688  0
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-005     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-006     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-008     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-009     2  0.5650      0.619 0.312 0.688  0
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-011     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-012     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-013     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-014     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-015     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-016     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-019     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-021     2  0.5650      0.619 0.312 0.688  0
#> dkfz_11-022     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-024     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-025     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-026     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-036     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-037     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-038     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-039     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-040     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-041     1  0.0237      0.993 0.996 0.004  0
#> dkfz_11-042     2  0.5650      0.619 0.312 0.688  0
#> dkfz_11-043     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-044     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-045     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-046     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-048     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-049     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-050     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-052     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-054     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-055     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-056     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-057     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-058     2  0.1860      0.822 0.052 0.948  0
#> dkfz_11-059     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-060     2  0.5650      0.619 0.312 0.688  0
#> dkfz_11-061     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-062     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-063     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-064     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-065     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-068     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-070     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-073     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-074     2  0.1411      0.831 0.036 0.964  0
#> dkfz_11-075     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-091     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-093     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-094     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-095     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-096     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-099     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-102     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-105     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-108     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-109     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-112     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-113     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-116     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-118     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-121     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-124     2  0.3879      0.746 0.152 0.848  0
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-126     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-128     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-129     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-130     1  0.0237      0.993 0.996 0.004  0
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-132     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-133     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-134     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-135     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-136     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-137     2  0.0747      0.840 0.016 0.984  0
#> dkfz_11-138     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-139     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-141     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-142     1  0.0747      0.986 0.984 0.016  0
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-145     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-148     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-150     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.996 1.000 0.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.4477      0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-004     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.4477      0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-010     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.4477      0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-022     1  0.4477      0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3688      0.837 0.208 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-035     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.4356      0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     2  0.3801      0.526 0.220 0.780 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.4477      0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-043     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.3688      0.815 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.1474      0.818 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-059     2  0.4996     -0.571 0.484 0.516 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.4477      0.548 0.000 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-061     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.1118      0.826 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     2  0.4888     -0.322 0.412 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.4543      0.957 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.4543      0.957 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     2  0.0188      0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.4477      0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     2  0.0188      0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     2  0.4999     -0.595 0.492 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.4543      0.956 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.4477      0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.4356      0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     2  0.0188      0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.4477      0.960 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.3074      0.746 0.000 0.152 0.000 0.848
#> dkfz_11-125     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.4564      0.953 0.672 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.4382      0.953 0.704 0.296 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.4356      0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     2  0.4382      0.263 0.296 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.4564      0.953 0.672 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.4985      0.683 0.532 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.4500      0.960 0.684 0.316 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.4356      0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.841 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.4356      0.950 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     2  0.3444      0.623 0.184 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.4543      0.957 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.4605      0.943 0.664 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0404      0.991 0.012  0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     4  0.4805      0.488 0.040  0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009     4  0.4805      0.488 0.040  0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.4805      0.488 0.040  0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-022     1  0.2966      0.882 0.816  0 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032     3  0.0404      0.991 0.012  0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000      0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038     1  0.2732      0.864 0.840  0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-039     4  0.0794      0.763 0.028  0 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3366      0.583 0.232  0 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-042     4  0.4805      0.488 0.040  0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-043     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-044     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1  0.1270      0.612 0.948  0 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-056     4  0.0510      0.768 0.016  0 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.2139      0.735 0.032  0 0.000 0.916 0.052
#> dkfz_11-059     1  0.4300      0.464 0.524  0 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-060     4  0.4805      0.488 0.040  0 0.000 0.648 0.312
#> dkfz_11-061     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066     3  0.0404      0.991 0.012  0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-074     4  0.0963      0.755 0.000  0 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095     5  0.4256     -0.196 0.436  0 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-096     1  0.3143      0.875 0.796  0 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102     1  0.3074      0.880 0.804  0 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-103     5  0.0162      0.975 0.004  0 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105     1  0.2929      0.880 0.820  0 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107     5  0.0162      0.975 0.004  0 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-108     1  0.4304      0.440 0.516  0 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-109     1  0.3210      0.865 0.788  0 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112     1  0.2966      0.882 0.816  0 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-113     1  0.2732      0.864 0.840  0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0162      0.975 0.004  0 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-118     1  0.2929      0.880 0.820  0 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124     4  0.3649      0.635 0.040  0 0.000 0.808 0.152
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126     1  0.3109      0.878 0.800  0 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128     1  0.2773      0.868 0.836  0 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-129     1  0.2732      0.864 0.840  0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-130     5  0.3857      0.356 0.312  0 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132     1  0.3109      0.878 0.800  0 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-133     1  0.4249      0.573 0.568  0 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-134     1  0.3003      0.882 0.812  0 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-135     1  0.2732      0.864 0.840  0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-136     4  0.0609      0.767 0.020  0 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.772 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2732      0.864 0.840  0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-139     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     5  0.3074      0.665 0.196  0 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-141     1  0.3074      0.880 0.804  0 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-142     1  0.3177      0.871 0.792  0 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-143     3  0.0404      0.991 0.012  0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0404      0.991 0.012  0 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.996 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.979 0.000  0 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4    p5 p6
#> dkfz_11-001     3  0.4002      0.700 0.036 NA 0.704 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-003     4  0.6085      0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288  0
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-005     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-006     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-008     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-009     4  0.6085      0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288  0
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-013     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-019     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-021     4  0.6085      0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288  0
#> dkfz_11-022     1  0.2664      0.882 0.816 NA 0.000 0.000 0.184  0
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-024     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-026     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-032     3  0.4002      0.700 0.036 NA 0.704 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-034     6  0.0000      0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-036     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-037     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-038     1  0.2454      0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160  0
#> dkfz_11-039     4  0.2697      0.616 0.000 NA 0.000 0.812 0.000  0
#> dkfz_11-040     4  0.1387      0.643 0.000 NA 0.000 0.932 0.000  0
#> dkfz_11-041     5  0.3023      0.583 0.232 NA 0.000 0.000 0.768  0
#> dkfz_11-042     4  0.6085      0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288  0
#> dkfz_11-043     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-044     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-045     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-048     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-050     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-054     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-055     1  0.1141      0.612 0.948 NA 0.000 0.000 0.052  0
#> dkfz_11-056     4  0.2562      0.622 0.000 NA 0.000 0.828 0.000  0
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-058     4  0.4152      0.554 0.000 NA 0.000 0.664 0.032  0
#> dkfz_11-059     1  0.3862      0.464 0.524 NA 0.000 0.000 0.476  0
#> dkfz_11-060     4  0.6085      0.381 0.000 NA 0.000 0.392 0.288  0
#> dkfz_11-061     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-064     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-065     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-066     3  0.2843      0.811 0.036 NA 0.848 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-068     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-073     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-074     4  0.3539      0.600 0.000 NA 0.000 0.756 0.024  0
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-091     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-095     5  0.3823     -0.196 0.436 NA 0.000 0.000 0.564  0
#> dkfz_11-096     1  0.2823      0.875 0.796 NA 0.000 0.000 0.204  0
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-102     1  0.2762      0.880 0.804 NA 0.000 0.000 0.196  0
#> dkfz_11-103     5  0.0146      0.975 0.004 NA 0.000 0.000 0.996  0
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-105     1  0.2631      0.880 0.820 NA 0.000 0.000 0.180  0
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-107     5  0.0146      0.975 0.004 NA 0.000 0.000 0.996  0
#> dkfz_11-108     1  0.3866      0.441 0.516 NA 0.000 0.000 0.484  0
#> dkfz_11-109     1  0.2883      0.865 0.788 NA 0.000 0.000 0.212  0
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-112     1  0.2664      0.882 0.816 NA 0.000 0.000 0.184  0
#> dkfz_11-113     1  0.2454      0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160  0
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-117     5  0.0146      0.975 0.004 NA 0.000 0.000 0.996  0
#> dkfz_11-118     1  0.2631      0.880 0.820 NA 0.000 0.000 0.180  0
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-124     4  0.5334      0.489 0.000 NA 0.000 0.552 0.128  0
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-126     1  0.2793      0.878 0.800 NA 0.000 0.000 0.200  0
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-128     1  0.2491      0.868 0.836 NA 0.000 0.000 0.164  0
#> dkfz_11-129     1  0.2454      0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160  0
#> dkfz_11-130     5  0.3464      0.356 0.312 NA 0.000 0.000 0.688  0
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-132     1  0.2793      0.878 0.800 NA 0.000 0.000 0.200  0
#> dkfz_11-133     1  0.3817      0.573 0.568 NA 0.000 0.000 0.432  0
#> dkfz_11-134     1  0.2697      0.882 0.812 NA 0.000 0.000 0.188  0
#> dkfz_11-135     1  0.2454      0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160  0
#> dkfz_11-136     4  0.3482      0.283 0.000 NA 0.000 0.684 0.000  0
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.649 0.000 NA 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-138     1  0.2454      0.864 0.840 NA 0.000 0.000 0.160  0
#> dkfz_11-139     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-140     5  0.2762      0.665 0.196 NA 0.000 0.000 0.804  0
#> dkfz_11-141     1  0.2762      0.880 0.804 NA 0.000 0.000 0.196  0
#> dkfz_11-142     1  0.2854      0.871 0.792 NA 0.000 0.000 0.208  0
#> dkfz_11-143     3  0.4728      0.522 0.052 NA 0.556 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-144     3  0.4720      0.528 0.052 NA 0.560 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-145     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-148     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.899 0.000 NA 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-150     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.979 0.000 NA 0.000 0.000 1.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6 p7
#> dkfz_11-001     6  0.3552     0.7005 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532  0
#> dkfz_11-002     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-003     2  0.4603     0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000  0
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-005     5  0.0134     0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-006     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-008     5  0.0134     0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-009     2  0.4603     0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000  0
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-011     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-012     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-013     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-014     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-015     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-016     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-019     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-021     2  0.4603     0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000  0
#> dkfz_11-022     1  0.2190     0.8661 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000  0
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-024     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-025     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-026     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-032     6  0.3552     0.7005 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532  0
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-034     7  0.0000     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-036     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-037     5  0.0134     0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-038     1  0.1966     0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000  0
#> dkfz_11-039     4  0.3334     0.5078 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-040     4  0.2081     0.7568 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-041     5  0.2784     0.6019 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000  0
#> dkfz_11-042     2  0.4603     0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000  0
#> dkfz_11-043     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-044     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-045     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-047     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-048     5  0.0134     0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-050     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-054     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-055     1  0.0239     0.5609 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000  0
#> dkfz_11-056     4  0.3280     0.5329 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-058     2  0.3590    -0.0919 0.000 0.592 0.000 0.404 0.004 0.000  0
#> dkfz_11-059     1  0.3552     0.4311 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000  0
#> dkfz_11-060     2  0.4603     0.7037 0.000 0.632 0.000 0.128 0.240 0.000  0
#> dkfz_11-061     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-062     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-063     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-064     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-065     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-066     3  0.2453     0.5870 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184  0
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-068     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-070     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-073     5  0.0134     0.9751 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-074     4  0.3670     0.2418 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000  0
#> dkfz_11-075     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-091     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-094     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-095     5  0.3520    -0.1338 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000  0
#> dkfz_11-096     1  0.2391     0.8594 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000  0
#> dkfz_11-097     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-098     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-099     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-101     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-102     1  0.2326     0.8653 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000  0
#> dkfz_11-103     5  0.0134     0.9750 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-104     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-105     1  0.2154     0.8644 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000  0
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-107     5  0.0134     0.9751 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-108     1  0.3559     0.3853 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000  0
#> dkfz_11-109     1  0.2484     0.8440 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000  0
#> dkfz_11-110     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-111     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-112     1  0.2225     0.8671 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000  0
#> dkfz_11-113     1  0.1966     0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000  0
#> dkfz_11-114     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-117     5  0.0134     0.9750 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0
#> dkfz_11-118     1  0.2154     0.8644 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000  0
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-120     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-122     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-123     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-124     2  0.4413     0.3560 0.000 0.628 0.000 0.288 0.084 0.000  0
#> dkfz_11-125     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-126     1  0.2359     0.8631 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000  0
#> dkfz_11-127     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-128     1  0.2005     0.8516 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000  0
#> dkfz_11-129     1  0.1966     0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000  0
#> dkfz_11-130     5  0.3206     0.3773 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000  0
#> dkfz_11-131     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-132     1  0.2326     0.8655 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000  0
#> dkfz_11-133     1  0.3514     0.4851 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000  0
#> dkfz_11-134     1  0.2259     0.8671 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0
#> dkfz_11-135     1  0.1966     0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000  0
#> dkfz_11-136     2  0.5651    -0.4348 0.004 0.392 0.000 0.364 0.000 0.240  0
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8540 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-138     1  0.1966     0.8475 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000  0
#> dkfz_11-139     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-140     5  0.2543     0.6790 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000  0
#> dkfz_11-141     1  0.2326     0.8654 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000  0
#> dkfz_11-142     1  0.2422     0.8553 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000  0
#> dkfz_11-143     6  0.3089     0.7142 0.004 0.004 0.240 0.000 0.000 0.752  0
#> dkfz_11-144     6  0.2855     0.7223 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0
#> dkfz_11-145     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-148     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> dkfz_11-150     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9793 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6 p7    p8
#> dkfz_11-001     2  0.3015      0.609 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-003     8  0.2114      0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.840
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.0125      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.004
#> dkfz_11-006     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.0125      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.004
#> dkfz_11-009     8  0.2114      0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.840
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-013     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-021     8  0.2114      0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.840
#> dkfz_11-022     1  0.1982      0.863 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-026     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.2970      0.618 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.0125      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.1765      0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3303      0.242 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000  0 0.444
#> dkfz_11-040     4  0.2352      0.700 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000  0 0.192
#> dkfz_11-041     5  0.2605      0.606 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-042     8  0.2114      0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.840
#> dkfz_11-043     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-044     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.0125      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0125      0.553 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.004
#> dkfz_11-056     4  0.3283      0.283 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000  0 0.428
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-058     8  0.2833      0.417 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000  0 0.724
#> dkfz_11-059     1  0.3323      0.419 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-060     8  0.2114      0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.840
#> dkfz_11-061     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.2352      0.698 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.0125      0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.004
#> dkfz_11-074     8  0.3258      0.117 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000  0 0.588
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-091     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.3294     -0.118 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.2177      0.856 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.2114      0.862 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0125      0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.1947      0.861 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0125      0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.3331      0.371 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.2296      0.835 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.2016      0.864 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.1765      0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0125      0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.1947      0.861 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-124     8  0.2236      0.531 0.000 0.000 0.000 0.160 0.004 0.000  0 0.836
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.2146      0.860 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1803      0.848 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.1765      0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.3000      0.385 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.2114      0.862 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3289      0.497 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2049      0.864 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.1765      0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-136     6  0.0125      0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996  0 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1765      0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.2380      0.682 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2114      0.862 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.2208      0.852 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.2204      0.455 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.156
#> dkfz_11-144     2  0.0224      0.517 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-145     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6 p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     8  0.2699     0.6492 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000  0  0 0.720 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     9  0.1843     0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140  0  0 0.000 0.860
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.0212     0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-006     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.0212     0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-009     9  0.1843     0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140  0  0 0.000 0.860
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0507     0.9555 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000  0  0 0.012 0.008
#> dkfz_11-018     3  0.0414     0.9565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000  0  0 0.012 0.004
#> dkfz_11-019     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0414     0.9567 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000  0  0 0.000 0.012
#> dkfz_11-021     9  0.1843     0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140  0  0 0.000 0.860
#> dkfz_11-022     1  0.1633     0.8499 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0699     0.9487 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000  0  0 0.000 0.028
#> dkfz_11-029     3  0.0507     0.9555 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000  0  0 0.012 0.008
#> dkfz_11-030     3  0.0414     0.9566 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000  0  0 0.000 0.012
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     8  0.2645     0.6555 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000  0  0 0.732 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.0000     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.0119     0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996  0  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.1398     0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3126     0.2214 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000  0  0 0.000 0.444
#> dkfz_11-040     4  0.2226     0.6954 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000  0  0 0.000 0.192
#> dkfz_11-041     5  0.2569     0.5864 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     9  0.1843     0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140  0  0 0.000 0.860
#> dkfz_11-043     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.0212     0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0414     0.9567 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000  0  0 0.000 0.012
#> dkfz_11-054     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.3410     0.0430 0.660 0.312 0.000 0.000 0.000  0  0 0.004 0.024
#> dkfz_11-056     4  0.3107     0.2647 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000  0  0 0.000 0.428
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     9  0.2681     0.4548 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000  0  0 0.000 0.724
#> dkfz_11-059     1  0.3122     0.4399 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     9  0.1843     0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140  0  0 0.000 0.860
#> dkfz_11-061     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.2465     0.6300 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000  0  0 0.232 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0212     0.9571 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000  0  0 0.008 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0414     0.9565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000  0  0 0.012 0.004
#> dkfz_11-073     5  0.0212     0.9700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-074     9  0.3084     0.1565 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000  0  0 0.000 0.588
#> dkfz_11-075     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.3143    -0.1588 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1843     0.8439 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.0212     0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0296     0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0296     0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.1776     0.8496 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0446     0.9607 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.1596     0.8481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0296     0.9683 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.3137     0.3950 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1971     0.8234 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0446     0.9605 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0296     0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.1670     0.8510 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.1398     0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0212     0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0373     0.9644 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.1596     0.8481 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0212     0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0296     0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     9  0.2001     0.5634 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000  0  0 0.000 0.840
#> dkfz_11-125     5  0.0296     0.9679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.1810     0.8475 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.0212     0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1439     0.8344 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.1398     0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.2905     0.3652 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0212     0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.1776     0.8498 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3070     0.4921 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1706     0.8512 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.1398     0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     6  0.0000     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8622 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1398     0.8301 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.0515     0.9565 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.2398     0.6547 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1776     0.8497 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.1876     0.8398 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.2839     0.0000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000  0  0 0.316 0.000
#> dkfz_11-144     8  0.1386    -0.0197 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000  0  0 0.916 0.080
#> dkfz_11-145     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0414     0.9567 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000  0  0 0.000 0.012
#> dkfz_11-147     3  0.0414     0.9565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000  0  0 0.012 0.004
#> dkfz_11-148     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0492     0.9530 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000  0  0 0.000 0.016
#> dkfz_11-150     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9760 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0  0 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4    p5 p6    p7    p8    p9 p10
#> dkfz_11-001     8  0.2288      0.711 0.000  0 0.220 0.000 0.000  0 0.000 0.780 0.000   0
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-003     7  0.1661      0.767 0.000  0 0.000 0.000 0.128  0 0.872 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-004     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-005     5  0.0740      0.954 0.008  0 0.000 0.000 0.968  0 0.020 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-006     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-007     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-008     5  0.0740      0.954 0.008  0 0.000 0.000 0.968  0 0.020 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-009     7  0.1661      0.767 0.000  0 0.000 0.000 0.128  0 0.872 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-010     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-011     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-013     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-017     3  0.0949      0.915 0.000  0 0.948 0.000 0.000  0 0.048 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-018     3  0.0786      0.918 0.000  0 0.960 0.000 0.000  0 0.036 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-019     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-020     3  0.0954      0.915 0.004  0 0.952 0.000 0.000  0 0.004 0.000 0.040   0
#> dkfz_11-021     7  0.1661      0.767 0.000  0 0.000 0.000 0.128  0 0.872 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-022     1  0.0937      0.791 0.944  0 0.000 0.000 0.056  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-023     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-024     5  0.0113      0.971 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-026     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-027     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-028     3  0.1648      0.881 0.008  0 0.888 0.000 0.000  0 0.000 0.000 0.104   0
#> dkfz_11-029     3  0.0949      0.915 0.000  0 0.948 0.000 0.000  0 0.048 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-030     3  0.0949      0.914 0.004  0 0.948 0.000 0.000  0 0.000 0.000 0.048   0
#> dkfz_11-031     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-032     8  0.2221      0.718 0.000  0 0.208 0.000 0.000  0 0.000 0.792 0.000   0
#> dkfz_11-033     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-034    10  0.0000      0.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   1
#> dkfz_11-035     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-036     5  0.0202      0.969 0.008  0 0.000 0.000 0.992  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-037     5  0.0429      0.964 0.008  0 0.000 0.000 0.984  0 0.004 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-038     1  0.0930      0.766 0.952  0 0.000 0.000 0.040  0 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-039     4  0.2983      0.211 0.000  0 0.000 0.556 0.000  0 0.444 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-040     4  0.2124      0.693 0.000  0 0.000 0.808 0.000  0 0.192 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-041     5  0.2623      0.537 0.292  0 0.000 0.000 0.708  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-042     7  0.1661      0.767 0.000  0 0.000 0.000 0.128  0 0.872 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-043     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-044     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-045     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-047     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-048     5  0.0740      0.954 0.008  0 0.000 0.000 0.968  0 0.020 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-050     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-051     5  0.0202      0.971 0.008  0 0.000 0.000 0.992  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-053     3  0.0954      0.915 0.004  0 0.952 0.000 0.000  0 0.004 0.000 0.040   0
#> dkfz_11-054     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-055     9  0.2332      0.000 0.228  0 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 0.772   0
#> dkfz_11-056     4  0.2965      0.255 0.000  0 0.000 0.572 0.000  0 0.428 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-058     7  0.2559      0.474 0.000  0 0.000 0.276 0.000  0 0.724 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-059     1  0.2884      0.389 0.620  0 0.000 0.000 0.380  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-060     7  0.1661      0.767 0.000  0 0.000 0.000 0.128  0 0.872 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-061     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-063     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-064     5  0.0113      0.971 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-065     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-066     3  0.2979      0.542 0.000  0 0.696 0.000 0.000  0 0.004 0.288 0.012   0
#> dkfz_11-067     3  0.0652      0.919 0.004  0 0.972 0.000 0.000  0 0.004 0.020 0.000   0
#> dkfz_11-068     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-069     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-070     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-071     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-072     3  0.0786      0.918 0.000  0 0.960 0.000 0.000  0 0.036 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-073     5  0.0740      0.954 0.008  0 0.000 0.000 0.968  0 0.020 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-074     7  0.2943      0.176 0.000  0 0.000 0.412 0.000  0 0.588 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-091     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-092     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-095     1  0.3005      0.256 0.524  0 0.000 0.000 0.476  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-096     1  0.1211      0.789 0.920  0 0.000 0.000 0.080  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-097     5  0.0356      0.967 0.016  0 0.000 0.000 0.984  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-098     5  0.0729      0.949 0.040  0 0.000 0.000 0.960  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-100     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-101     5  0.0784      0.945 0.044  0 0.000 0.000 0.956  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-102     1  0.1124      0.794 0.928  0 0.000 0.000 0.072  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-103     5  0.1033      0.925 0.064  0 0.000 0.000 0.936  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-105     1  0.1050      0.790 0.940  0 0.000 0.000 0.056  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-107     5  0.0615      0.956 0.032  0 0.000 0.000 0.968  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-108     1  0.2916      0.374 0.604  0 0.000 0.000 0.396  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-109     1  0.1373      0.765 0.904  0 0.000 0.000 0.096  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-110     5  0.0673      0.953 0.036  0 0.000 0.000 0.964  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-111     5  0.0615      0.955 0.032  0 0.000 0.000 0.968  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-112     1  0.1145      0.795 0.932  0 0.000 0.000 0.064  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-113     1  0.0930      0.766 0.952  0 0.000 0.000 0.040  0 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-114     5  0.0356      0.967 0.016  0 0.000 0.000 0.984  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-115     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-117     5  0.0784      0.945 0.044  0 0.000 0.000 0.956  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-118     1  0.1050      0.790 0.940  0 0.000 0.000 0.056  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-119     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-120     5  0.0615      0.955 0.032  0 0.000 0.000 0.968  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-122     5  0.0729      0.949 0.040  0 0.000 0.000 0.960  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.972 0.000  0 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-124     7  0.1909      0.584 0.000  0 0.000 0.160 0.000  0 0.840 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-125     5  0.0784      0.945 0.044  0 0.000 0.000 0.956  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-126     1  0.1168      0.793 0.924  0 0.000 0.000 0.076  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-127     5  0.0356      0.967 0.016  0 0.000 0.000 0.984  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-128     1  0.0984      0.771 0.948  0 0.000 0.000 0.044  0 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-129     1  0.0930      0.766 0.952  0 0.000 0.000 0.040  0 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-130     5  0.2884      0.290 0.380  0 0.000 0.000 0.620  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-131     5  0.0356      0.967 0.016  0 0.000 0.000 0.984  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-132     1  0.1124      0.795 0.928  0 0.000 0.000 0.072  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-133     1  0.2795      0.427 0.656  0 0.000 0.000 0.344  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-134     1  0.1033      0.795 0.936  0 0.000 0.000 0.064  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-135     1  0.0930      0.766 0.952  0 0.000 0.000 0.040  0 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-136     6  0.0000      0.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.862 0.000  0 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-138     1  0.0930      0.766 0.952  0 0.000 0.000 0.040  0 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-139     5  0.0937      0.934 0.056  0 0.000 0.000 0.944  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-140     5  0.2524      0.591 0.268  0 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-141     1  0.1124      0.795 0.928  0 0.000 0.000 0.072  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-142     1  0.1253      0.784 0.916  0 0.000 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-143     2  0.0000      0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-144     8  0.3044      0.322 0.024  0 0.000 0.000 0.000  0 0.072 0.796 0.108   0
#> dkfz_11-145     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-146     3  0.0605      0.920 0.000  0 0.972 0.000 0.000  0 0.004 0.000 0.024   0
#> dkfz_11-147     3  0.0786      0.918 0.000  0 0.960 0.000 0.000  0 0.036 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-148     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-149     3  0.1435      0.893 0.008  0 0.916 0.000 0.000  0 0.004 0.000 0.072   0
#> dkfz_11-150     5  0.0315      0.967 0.008  0 0.000 0.000 0.988  0 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-151     5  0.0113      0.972 0.004  0 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.000 0.000   0

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>             n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> CV:hclust 136        1.34e-26        3.54e-14  2
#> CV:hclust 136        6.03e-51        1.10e-25  3
#> CV:hclust 132        1.16e-71        1.23e-47  4
#> CV:hclust 126        1.14e-69        1.95e-48  5
#> CV:hclust 124        1.94e-68        1.24e-47  6
#> CV:hclust 126        1.42e-61        6.42e-44  7
#> CV:hclust 124        3.18e-60        3.79e-44  8
#> CV:hclust 122        5.40e-59        2.77e-43  9
#> CV:hclust 122        5.40e-59        2.77e-43 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:kmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.570           0.927       0.920         0.3134 0.594   0.594
#> 3   3 0.605           0.890       0.896         0.5249 0.961   0.934
#> 4   4 0.807           0.964       0.944         0.2785 0.796   0.633
#> 5   5 0.754           0.784       0.896         0.1134 0.987   0.965
#> 6   6 0.757           0.652       0.840         0.0651 0.986   0.960
#> 7   7 0.759           0.651       0.819         0.0535 0.867   0.617
#> 8   8 0.739           0.781       0.808         0.0399 0.934   0.718
#> 9   9 0.791           0.758       0.861         0.0277 0.993   0.961
#> 10 10 0.784           0.758       0.843         0.0163 0.994   0.967

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-002     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-004     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-010     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-018     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-019     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-021     2  0.9044      0.713 0.320 0.680
#> dkfz_11-022     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-029     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-030     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-031     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-033     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.4562      0.708 0.096 0.904
#> dkfz_11-035     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-040     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-053     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-057     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-058     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-059     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-061     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-067     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-068     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2  0.9686      0.630 0.396 0.604
#> dkfz_11-073     1  0.0376      0.994 0.996 0.004
#> dkfz_11-074     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-075     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-094     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-117     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-122     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-137     2  0.7815      0.781 0.232 0.768
#> dkfz_11-138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-144     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-147     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.9393      0.696 0.356 0.644
#> dkfz_11-150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.7505      0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-002     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     1  0.0424      0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-016     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.7447      0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-018     3  0.7447      0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-019     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.7505      0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-021     2  0.3619      0.746 0.136 0.864 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.7505      0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-029     3  0.7447      0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-030     3  0.7505      0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.7617      0.979 0.160 0.152 0.688
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.7380      0.838 0.088 0.228 0.684
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-039     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-040     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.5178      0.769 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-042     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0237      0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-048     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-050     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0424      0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-052     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.7505      0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-054     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-056     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-057     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-058     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-060     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-061     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.7447      0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-067     3  0.7505      0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-068     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.0237      0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.7298      0.918 0.200 0.100 0.700
#> dkfz_11-073     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-075     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0424      0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-093     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-094     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.5058      0.776 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-096     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-097     1  0.0424      0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-098     1  0.1860      0.886 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-099     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0237      0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101     1  0.1753      0.888 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-102     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-103     1  0.1643      0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-104     1  0.0237      0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1643      0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-108     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-109     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-110     1  0.1753      0.888 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-111     1  0.1643      0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-112     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-113     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-114     1  0.0424      0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.1643      0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-118     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-119     1  0.0237      0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-120     1  0.0747      0.900 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-121     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1643      0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-123     1  0.0237      0.903 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-124     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.1753      0.888 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-126     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-127     1  0.0424      0.902 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-128     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-129     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-130     1  0.5216      0.766 0.740 0.000 0.260
#> dkfz_11-131     1  0.1643      0.890 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-132     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-133     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-134     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-135     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-136     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-137     2  0.0747      0.988 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-139     1  0.3879      0.830 0.848 0.000 0.152
#> dkfz_11-140     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-141     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-142     1  0.5560      0.740 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-143     3  0.7672      0.978 0.160 0.156 0.684
#> dkfz_11-144     3  0.7617      0.979 0.160 0.152 0.688
#> dkfz_11-145     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.7505      0.982 0.160 0.144 0.696
#> dkfz_11-147     3  0.7412      0.960 0.176 0.124 0.700
#> dkfz_11-148     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.7447      0.982 0.160 0.140 0.700
#> dkfz_11-150     1  0.0000      0.904 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0237      0.903 0.996 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.1733      0.977 0.024 0.000 0.948 0.028
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.2469      0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-004     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0376      0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0376      0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-007     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0376      0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.2469      0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-010     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0188      0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.1004      0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-018     3  0.1004      0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-019     2  0.0376      0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.1004      0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-021     4  0.4956      0.773 0.108 0.116 0.000 0.776
#> dkfz_11-022     1  0.3539      0.944 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0188      0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0921      0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-029     3  0.1004      0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-030     3  0.0921      0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-031     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2623      0.961 0.064 0.000 0.908 0.028
#> dkfz_11-033     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.2699      0.959 0.068 0.000 0.904 0.028
#> dkfz_11-035     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.0376      0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.3925      0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0592      0.959 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.5220      0.590 0.568 0.424 0.008 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.2469      0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-043     2  0.0188      0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0524      0.986 0.008 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0921      0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.3925      0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.2281      0.939 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-059     1  0.3933      0.920 0.792 0.200 0.008 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2469      0.935 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-061     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0376      0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0921      0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-067     3  0.0921      0.983 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-068     2  0.0188      0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.1059      0.976 0.000 0.012 0.972 0.016
#> dkfz_11-073     2  0.1004      0.967 0.024 0.972 0.004 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.1022      0.956 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0188      0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-092     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.5295      0.420 0.504 0.488 0.008 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.3539      0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-097     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-098     2  0.0804      0.979 0.012 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.3356      0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-104     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3681      0.944 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.3725      0.940 0.812 0.180 0.008 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.3539      0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-110     2  0.0672      0.984 0.008 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-111     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3539      0.944 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.3925      0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.3681      0.944 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-119     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-123     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.2408      0.937 0.104 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-125     2  0.0524      0.987 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.3539      0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-127     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.3681      0.944 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.3925      0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.5220      0.591 0.568 0.424 0.008 0.000
#> dkfz_11-131     2  0.0336      0.990 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.3356      0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3539      0.943 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.3539      0.944 0.820 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3925      0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.3925      0.942 0.808 0.176 0.016 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.2048      0.910 0.064 0.928 0.008 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.3725      0.940 0.812 0.180 0.008 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.3356      0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3356      0.944 0.824 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.2623      0.961 0.064 0.000 0.908 0.028
#> dkfz_11-144     3  0.2623      0.961 0.064 0.000 0.908 0.028
#> dkfz_11-145     2  0.0188      0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.1004      0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-147     3  0.1059      0.976 0.000 0.012 0.972 0.016
#> dkfz_11-148     2  0.0188      0.992 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.1004      0.984 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-150     2  0.0376      0.990 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-151     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.1357   0.952087 0.004 0.048 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-003     4  0.4489  -0.202099 0.000 0.420 0.008 0.572 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005     5  0.2773   0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-006     5  0.2773   0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-007     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     5  0.3003   0.772703 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-009     4  0.4481  -0.180192 0.000 0.416 0.008 0.576 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-013     5  0.2127   0.841416 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-014     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-015     5  0.0290   0.893423 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-016     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.2773   0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-020     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     2  0.5834   0.000000 0.000 0.500 0.008 0.420 0.072
#> dkfz_11-022     1  0.1124   0.872260 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-023     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-025     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-026     5  0.2179   0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-027     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032     3  0.2361   0.923604 0.012 0.096 0.892 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034     3  0.3134   0.894013 0.032 0.120 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-037     5  0.2813   0.792971 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-038     1  0.3170   0.841829 0.856 0.104 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-039     4  0.1717   0.694725 0.004 0.052 0.008 0.936 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0451   0.735519 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.6552   0.154536 0.412 0.200 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-042     4  0.4562  -0.565907 0.000 0.496 0.008 0.496 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.2179   0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-044     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-046     4  0.0451   0.735519 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0162   0.894156 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-048     5  0.3143   0.753985 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-049     4  0.0290   0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-051     5  0.2966   0.802695 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-052     4  0.0290   0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-055     1  0.3635   0.823053 0.824 0.132 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-056     4  0.0451   0.735519 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0290   0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.4317   0.215449 0.004 0.320 0.008 0.668 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.4272   0.722040 0.752 0.196 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-060     4  0.4481  -0.180192 0.000 0.416 0.008 0.576 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-062     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-065     5  0.2773   0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-066     3  0.0162   0.972349 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.2179   0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-069     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070     5  0.0290   0.893339 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-071     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.3424   0.705812 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-074     4  0.3250   0.548401 0.004 0.168 0.008 0.820 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-091     5  0.2179   0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-092     5  0.2424   0.836250 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-093     4  0.0290   0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0162   0.894321 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-095     5  0.6530   0.000272 0.360 0.200 0.000 0.000 0.440
#> dkfz_11-096     1  0.1364   0.869998 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-097     5  0.2966   0.802695 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-098     5  0.3829   0.769124 0.028 0.196 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-099     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     5  0.0290   0.893274 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-101     5  0.3109   0.790484 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-102     1  0.1124   0.872058 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-103     5  0.3863   0.764828 0.028 0.200 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-104     5  0.2424   0.836250 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-105     1  0.1918   0.867126 0.928 0.036 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-106     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107     5  0.4021   0.756316 0.036 0.200 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-108     1  0.4168   0.727274 0.756 0.200 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-109     1  0.1469   0.868613 0.948 0.016 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-110     5  0.3690   0.772911 0.020 0.200 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-111     5  0.3074   0.793665 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-112     1  0.0963   0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-113     1  0.2905   0.846917 0.868 0.096 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-114     5  0.3003   0.799778 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-115     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116     4  0.0290   0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3109   0.790484 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-118     1  0.1918   0.867126 0.928 0.036 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-119     5  0.0290   0.893274 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-120     5  0.3074   0.793665 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-121     4  0.0290   0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3074   0.793665 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-123     5  0.2732   0.818935 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-124     4  0.4218   0.185075 0.000 0.332 0.008 0.660 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.3109   0.790484 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-126     1  0.1124   0.872058 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-127     5  0.2813   0.813717 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-128     1  0.2149   0.864111 0.916 0.048 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-129     1  0.2959   0.845148 0.864 0.100 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-130     1  0.6444   0.311816 0.484 0.200 0.000 0.000 0.316
#> dkfz_11-131     5  0.3039   0.796769 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-132     1  0.0963   0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-133     1  0.3165   0.806393 0.848 0.116 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-134     1  0.0963   0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-135     1  0.2959   0.845148 0.864 0.100 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-136     4  0.0740   0.728988 0.004 0.008 0.008 0.980 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0290   0.736424 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3170   0.841829 0.856 0.104 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-139     5  0.5452   0.608381 0.144 0.200 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-140     1  0.4168   0.727274 0.756 0.200 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-141     1  0.1124   0.872058 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-142     1  0.0963   0.872448 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-143     3  0.2677   0.911529 0.016 0.112 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.2519   0.918991 0.016 0.100 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     5  0.2179   0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-146     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.2179   0.838816 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-149     3  0.0000   0.973720 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.2773   0.796820 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-151     5  0.0000   0.894822 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.1584     0.9140 0.000 0.064 0.928 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-003     6  0.3620     0.8686 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.5156     0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-006     5  0.5156     0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.5303     0.4001 0.000 0.232 0.000 0.000 0.596 0.172
#> dkfz_11-009     6  0.3634     0.8691 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-013     5  0.3991     0.5617 0.000 0.156 0.000 0.000 0.756 0.088
#> dkfz_11-014     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.0632     0.7212 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-016     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0146     0.9417 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.5156     0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-020     3  0.0260     0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     6  0.3956     0.7549 0.000 0.004 0.000 0.252 0.028 0.716
#> dkfz_11-022     1  0.0363     0.8579 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-026     5  0.4283     0.5344 0.000 0.180 0.000 0.000 0.724 0.096
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0520     0.9413 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0146     0.9417 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0260     0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3551     0.8256 0.000 0.192 0.772 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.4694     0.7633 0.004 0.212 0.684 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-035     5  0.0146     0.7265 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.5156     0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-038     1  0.3575     0.7957 0.816 0.092 0.000 0.000 0.012 0.080
#> dkfz_11-039     4  0.2793     0.5382 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     2  0.6114     0.8894 0.300 0.364 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-042     6  0.3448     0.8034 0.000 0.004 0.000 0.280 0.000 0.716
#> dkfz_11-043     5  0.4513     0.5053 0.000 0.212 0.000 0.000 0.692 0.096
#> dkfz_11-044     5  0.0363     0.7250 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0363     0.7226 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.5330     0.3953 0.000 0.232 0.000 0.000 0.592 0.176
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.3531     0.2702 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0260     0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.4643     0.7270 0.716 0.116 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     6  0.3833     0.7582 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> dkfz_11-059     1  0.4684     0.0582 0.592 0.352 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-060     6  0.3634     0.8691 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-061     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.5156     0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-066     3  0.0291     0.9413 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0260     0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.4252     0.5382 0.000 0.176 0.000 0.000 0.728 0.096
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0458     0.7203 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.5481     0.3585 0.000 0.232 0.000 0.000 0.568 0.200
#> dkfz_11-074     4  0.3659    -0.1960 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> dkfz_11-075     5  0.0363     0.7252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-091     5  0.4120     0.5522 0.000 0.160 0.000 0.000 0.744 0.096
#> dkfz_11-092     5  0.2631     0.5386 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.6060    -0.8514 0.260 0.364 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0820     0.8533 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.3464     0.3023 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.4206     0.0948 0.024 0.356 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0146     0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0363     0.7226 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.3647     0.1745 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0622     0.8569 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3899     0.1273 0.008 0.364 0.000 0.000 0.628 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.2664     0.5329 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0993     0.8551 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.4230     0.0540 0.024 0.364 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.4076     0.2335 0.620 0.364 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1225     0.8406 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.4218     0.0768 0.024 0.360 0.000 0.000 0.616 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3769     0.1744 0.004 0.356 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0508     0.8577 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2787     0.8230 0.872 0.072 0.000 0.000 0.012 0.044
#> dkfz_11-114     5  0.3515     0.2782 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3647     0.1745 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.1151     0.8535 0.956 0.032 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0458     0.7203 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3634     0.1881 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3634     0.1881 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.3050     0.4524 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-124     6  0.3823     0.7718 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-125     5  0.3647     0.1745 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0622     0.8569 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.3101     0.4358 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1624     0.8485 0.936 0.044 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-129     1  0.2948     0.8176 0.860 0.084 0.000 0.000 0.012 0.044
#> dkfz_11-130     2  0.6100     0.8802 0.352 0.364 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.3592     0.2248 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0508     0.8577 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3314     0.5903 0.764 0.224 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0363     0.8579 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3025     0.8156 0.856 0.080 0.000 0.000 0.012 0.052
#> dkfz_11-136     4  0.1049     0.8811 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9185 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3575     0.7957 0.816 0.092 0.000 0.000 0.012 0.080
#> dkfz_11-139     5  0.5637    -0.5216 0.156 0.364 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.4155     0.2155 0.616 0.364 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0622     0.8569 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0508     0.8577 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.4254     0.7882 0.000 0.216 0.712 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-144     3  0.3864     0.8068 0.000 0.208 0.744 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-145     5  0.4026     0.5586 0.000 0.160 0.000 0.000 0.752 0.088
#> dkfz_11-146     3  0.0260     0.9417 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.4252     0.5382 0.000 0.176 0.000 0.000 0.728 0.096
#> dkfz_11-149     3  0.0260     0.9412 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.5156     0.4244 0.000 0.232 0.000 0.000 0.616 0.152
#> dkfz_11-151     5  0.0146     0.7265 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.1943     0.8848 0.000 0.004 0.900 0.000 0.000 0.084 0.012
#> dkfz_11-002     5  0.0667     0.7643 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> dkfz_11-003     7  0.3349     0.8772 0.000 0.056 0.000 0.164 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.3467     0.9410 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.3423     0.9687 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3876     0.9654 0.000 0.596 0.000 0.000 0.384 0.020 0.000
#> dkfz_11-009     7  0.3326     0.8780 0.000 0.052 0.000 0.168 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.1076     0.7514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> dkfz_11-013     5  0.3482    -0.4542 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0268     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-015     5  0.1518     0.7329 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.032 0.036
#> dkfz_11-016     5  0.1157     0.7473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3423     0.9687 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0239     0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-021     7  0.3639     0.8339 0.000 0.104 0.000 0.108 0.008 0.000 0.780
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.0334     0.7665 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0268     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-026     5  0.3538    -0.5831 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0239     0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0239     0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.4321     0.7759 0.000 0.036 0.720 0.000 0.000 0.180 0.064
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.5459     0.6856 0.000 0.096 0.616 0.000 0.000 0.196 0.092
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.0134     0.7722 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3944     0.9648 0.000 0.592 0.000 0.000 0.384 0.024 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.4133     0.7382 0.728 0.132 0.000 0.000 0.000 0.132 0.008
#> dkfz_11-039     4  0.3728     0.3596 0.000 0.012 0.000 0.684 0.000 0.012 0.292
#> dkfz_11-040     4  0.0479     0.9430 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-041     6  0.5293     0.6000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.228 0.512 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.3491     0.8394 0.000 0.108 0.000 0.112 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-043     5  0.4653    -0.6894 0.000 0.448 0.000 0.000 0.496 0.020 0.036
#> dkfz_11-044     5  0.0667     0.7650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> dkfz_11-045     5  0.0573     0.7665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-046     4  0.0667     0.9395 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0239     0.7709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.4347     0.9461 0.000 0.592 0.000 0.000 0.364 0.024 0.020
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.1290     0.7431 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948 0.020 0.028
#> dkfz_11-051     5  0.3459    -0.3034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0134     0.9473 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0239     0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-054     5  0.0914     0.7573 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> dkfz_11-055     1  0.5980     0.5394 0.524 0.248 0.000 0.000 0.000 0.156 0.072
#> dkfz_11-056     4  0.0573     0.9411 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     7  0.3422     0.8233 0.000 0.008 0.000 0.248 0.000 0.012 0.732
#> dkfz_11-059     1  0.4230    -0.0626 0.488 0.000 0.000 0.000 0.036 0.476 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.3301     0.8772 0.000 0.048 0.000 0.172 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-061     5  0.0755     0.7624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-062     5  0.0755     0.7624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-063     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.0134     0.7722 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3423     0.9687 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0239     0.9266 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0134     0.9284 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068     5  0.3542    -0.5949 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0239     0.7711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.4763     0.8937 0.000 0.592 0.000 0.000 0.328 0.024 0.056
#> dkfz_11-074     7  0.4052     0.4291 0.000 0.008 0.000 0.456 0.000 0.012 0.524
#> dkfz_11-075     5  0.1076     0.7514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> dkfz_11-091     5  0.3520    -0.5301 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2293     0.5238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0268     0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-095     6  0.5283     0.6275 0.240 0.000 0.000 0.000 0.244 0.516 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0656     0.8558 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.3206     0.0452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> dkfz_11-098     6  0.4056     0.6225 0.024 0.000 0.000 0.000 0.472 0.504 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0573     0.7665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-100     5  0.0422     0.7660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-101     6  0.3561     0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0239     0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.3559     0.6094 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.2514     0.4568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0656     0.8609 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     6  0.3988     0.6268 0.020 0.000 0.000 0.000 0.464 0.516 0.000
#> dkfz_11-108     6  0.3922    -0.0274 0.472 0.000 0.000 0.000 0.016 0.512 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1050     0.8405 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-110     6  0.3850     0.6200 0.012 0.000 0.000 0.000 0.476 0.512 0.000
#> dkfz_11-111     6  0.3561     0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0239     0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2940     0.7957 0.824 0.052 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.3402    -0.2147 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0134     0.9473 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     6  0.3561     0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0656     0.8609 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0422     0.7660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3561    -0.5878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9480 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3562    -0.6106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.2923     0.2763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> dkfz_11-124     7  0.3089     0.8355 0.000 0.004 0.000 0.240 0.000 0.004 0.752
#> dkfz_11-125     6  0.3561     0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0239     0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2832     0.3295 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1195     0.8536 0.948 0.012 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.3142     0.7872 0.808 0.064 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-130     6  0.5188     0.4888 0.316 0.000 0.000 0.000 0.172 0.512 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.3558    -0.5528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0239     0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3206     0.4984 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3142     0.7874 0.808 0.064 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.2013     0.8897 0.000 0.036 0.000 0.908 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-137     4  0.0134     0.9473 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.4133     0.7382 0.728 0.132 0.000 0.000 0.000 0.132 0.008
#> dkfz_11-139     6  0.5269     0.6538 0.216 0.000 0.000 0.000 0.268 0.516 0.000
#> dkfz_11-140     6  0.3922    -0.0274 0.472 0.000 0.000 0.000 0.016 0.512 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0239     0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0239     0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.4968     0.7262 0.000 0.056 0.656 0.000 0.000 0.208 0.080
#> dkfz_11-144     3  0.4596     0.7555 0.000 0.044 0.692 0.000 0.000 0.196 0.068
#> dkfz_11-145     5  0.3509    -0.5076 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0239     0.9282 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.3542    -0.5949 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9285 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3432     0.9653 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8
#> dkfz_11-001     3  0.2451     0.8185 0.000 0.004 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-002     5  0.1685     0.8485 0.000 0.008 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-003     7  0.2545     0.9092 0.000 0.048 0.000 0.108 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-004     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-005     2  0.2483     0.8247 0.000 0.812 0.000 0.000 0.180 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-006     2  0.2177     0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-008     2  0.3501     0.7986 0.000 0.768 0.000 0.000 0.160 0.052 0.000 NA
#> dkfz_11-009     7  0.2509     0.9110 0.000 0.040 0.000 0.116 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-010     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-011     5  0.0000     0.8806 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-012     5  0.2616     0.7960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.840 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-013     2  0.3244     0.7146 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014     5  0.1664     0.8538 0.000 0.008 0.000 0.000 0.916 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-015     5  0.3413     0.7183 0.000 0.004 0.000 0.000 0.768 0.032 0.016 NA
#> dkfz_11-016     5  0.2556     0.7962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.840 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-017     3  0.0125     0.9051 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019     2  0.2177     0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021     7  0.2590     0.8783 0.000 0.092 0.000 0.064 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-022     1  0.1216     0.8629 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 NA
#> dkfz_11-023     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-024     5  0.0681     0.8673 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025     5  0.1384     0.8610 0.000 0.008 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-026     2  0.3142     0.7790 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-028     3  0.0125     0.9050 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029     3  0.0125     0.9051 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-032     3  0.3476     0.6890 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-033     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-034     3  0.5118     0.5908 0.000 0.040 0.524 0.000 0.000 0.064 0.012 NA
#> dkfz_11-035     5  0.0224     0.8789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-036     5  0.0224     0.8791 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037     2  0.3876     0.7966 0.000 0.748 0.000 0.000 0.160 0.052 0.004 NA
#> dkfz_11-038     1  0.4499     0.6944 0.704 0.012 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036 NA
#> dkfz_11-039     4  0.3444     0.2710 0.000 0.008 0.000 0.636 0.000 0.000 0.352 NA
#> dkfz_11-040     4  0.0349     0.9420 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041     6  0.4202     0.6543 0.148 0.000 0.000 0.000 0.192 0.660 0.000 NA
#> dkfz_11-042     7  0.2590     0.8781 0.000 0.092 0.000 0.064 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-043     2  0.4837     0.7699 0.000 0.600 0.000 0.000 0.256 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-044     5  0.1417     0.8569 0.000 0.004 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-045     5  0.1855     0.8433 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-046     4  0.0475     0.9403 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-047     5  0.0313     0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-048     2  0.3619     0.7902 0.000 0.760 0.000 0.000 0.156 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-049     4  0.0125     0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-050     5  0.2818     0.7719 0.000 0.008 0.000 0.000 0.816 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-051     5  0.3244    -0.2316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000 NA
#> dkfz_11-052     4  0.0125     0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054     5  0.1821     0.8421 0.000 0.008 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-055     1  0.6721     0.3771 0.412 0.060 0.000 0.000 0.000 0.124 0.112 NA
#> dkfz_11-056     4  0.0475     0.9403 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058     7  0.2485     0.8800 0.000 0.008 0.000 0.164 0.000 0.000 0.824 NA
#> dkfz_11-059     6  0.3714     0.1004 0.396 0.000 0.000 0.000 0.024 0.580 0.000 NA
#> dkfz_11-060     7  0.2509     0.9110 0.000 0.040 0.000 0.116 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-061     5  0.1821     0.8421 0.000 0.008 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-062     5  0.1724     0.8447 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-063     5  0.0349     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-064     5  0.0224     0.8791 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065     2  0.2177     0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-066     3  0.0224     0.9036 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068     2  0.3142     0.7816 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-070     5  0.0395     0.8735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-071     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073     2  0.3756     0.7836 0.000 0.756 0.000 0.000 0.152 0.068 0.004 NA
#> dkfz_11-074     7  0.3455     0.5887 0.000 0.008 0.000 0.356 0.000 0.000 0.632 NA
#> dkfz_11-075     5  0.2616     0.7960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.840 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-091     2  0.3212     0.7434 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092     5  0.1605     0.7586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 NA
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094     5  0.1664     0.8538 0.000 0.008 0.000 0.000 0.916 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-095     6  0.4190     0.6641 0.140 0.000 0.000 0.000 0.200 0.660 0.000 NA
#> dkfz_11-096     1  0.1686     0.8446 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 NA
#> dkfz_11-097     5  0.2776     0.3914 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 NA
#> dkfz_11-098     6  0.3278     0.7087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 NA
#> dkfz_11-099     5  0.1162     0.8652 0.000 0.004 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-100     5  0.0313     0.8769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-101     6  0.3265     0.7200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-102     1  0.1341     0.8603 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-103     6  0.3244     0.7257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 NA
#> dkfz_11-104     5  0.1563     0.7648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-105     1  0.0224     0.8536 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-107     6  0.3203     0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000 NA
#> dkfz_11-108     6  0.3562     0.2272 0.340 0.004 0.000 0.000 0.016 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-109     1  0.2216     0.8241 0.852 0.012 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 NA
#> dkfz_11-110     6  0.3251     0.7247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000 NA
#> dkfz_11-111     6  0.3265     0.7193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-112     1  0.1144     0.8628 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-113     1  0.2208     0.8070 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-114     5  0.3164    -0.0576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 NA
#> dkfz_11-115     5  0.0125     0.8807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-116     4  0.0125     0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-117     6  0.3265     0.7200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-118     1  0.0536     0.8505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-119     5  0.0313     0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-120     6  0.3307     0.6614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 NA
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122     6  0.3278     0.7084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 NA
#> dkfz_11-123     5  0.2484     0.5506 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 NA
#> dkfz_11-124     7  0.2172     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-125     6  0.3265     0.7200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-126     1  0.1387     0.8593 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-127     5  0.2380     0.5886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000 NA
#> dkfz_11-128     1  0.0864     0.8457 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-129     1  0.2314     0.8036 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-130     6  0.4235     0.5594 0.208 0.000 0.000 0.000 0.140 0.652 0.000 NA
#> dkfz_11-131     6  0.3326     0.6007 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000 NA
#> dkfz_11-132     1  0.1387     0.8593 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-133     1  0.3360     0.4200 0.592 0.004 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 NA
#> dkfz_11-134     1  0.0983     0.8623 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 NA
#> dkfz_11-135     1  0.2770     0.7781 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-136     4  0.2446     0.8687 0.000 0.036 0.000 0.884 0.000 0.044 0.012 NA
#> dkfz_11-137     4  0.0125     0.9452 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-138     1  0.4499     0.6944 0.704 0.012 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036 NA
#> dkfz_11-139     6  0.4064     0.6903 0.108 0.000 0.000 0.000 0.224 0.668 0.000 NA
#> dkfz_11-140     6  0.3554     0.2583 0.332 0.000 0.000 0.000 0.024 0.644 0.000 NA
#> dkfz_11-141     1  0.1244     0.8617 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-142     1  0.1387     0.8593 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-143     3  0.3814     0.6386 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> dkfz_11-144     3  0.3629     0.6637 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-145     2  0.3212     0.7434 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148     2  0.3142     0.7816 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149     3  0.0224     0.9042 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150     2  0.2177     0.8221 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151     5  0.0224     0.8789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.2465     0.2840 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.1964     0.8563 0.000 0.008 0.000 0.000 0.904 0.004 0.040 0.040 0.004
#> dkfz_11-003     9  0.1246     0.9250 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-004     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1458     0.7698 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1082     0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3260     0.7282 0.000 0.812 0.000 0.000 0.064 0.072 0.040 0.012 0.000
#> dkfz_11-009     9  0.1246     0.9250 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-010     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000     0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.3447     0.7754 0.000 0.008 0.000 0.000 0.792 0.032 0.108 0.056 0.004
#> dkfz_11-013     2  0.2978     0.6701 0.000 0.672 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.1785     0.8620 0.000 0.008 0.000 0.000 0.912 0.004 0.032 0.044 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.4821     0.6015 0.000 0.008 0.000 0.000 0.648 0.056 0.192 0.084 0.012
#> dkfz_11-016     5  0.3429     0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.788 0.032 0.116 0.056 0.004
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1082     0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0119     0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     9  0.1284     0.9129 0.000 0.032 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-022     1  0.0683     0.7832 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.0706     0.8758 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.1329     0.8713 0.000 0.004 0.000 0.000 0.940 0.004 0.024 0.028 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.2627     0.7361 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0119     0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0119     0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3148    -0.7893 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.5296     0.7692 0.000 0.012 0.396 0.000 0.000 0.044 0.468 0.056 0.024
#> dkfz_11-035     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.0373     0.8842 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4119     0.7065 0.000 0.744 0.000 0.000 0.064 0.072 0.092 0.028 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.4320     0.2148 0.664 0.016 0.000 0.000 0.000 0.216 0.088 0.000 0.016
#> dkfz_11-039     4  0.3945     0.1910 0.000 0.004 0.000 0.572 0.000 0.008 0.012 0.016 0.388
#> dkfz_11-040     4  0.0424     0.9294 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.3145     0.7435 0.092 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.008 0.788 0.000
#> dkfz_11-042     9  0.1282     0.9080 0.000 0.036 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-043     2  0.5668     0.6118 0.000 0.572 0.000 0.000 0.168 0.048 0.156 0.044 0.012
#> dkfz_11-044     5  0.2085     0.8520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.056 0.036 0.004
#> dkfz_11-045     5  0.2430     0.8399 0.000 0.008 0.000 0.000 0.872 0.008 0.056 0.052 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.0837     0.9221 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.008 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3685     0.7093 0.000 0.784 0.000 0.000 0.060 0.084 0.052 0.016 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.4140     0.6923 0.000 0.016 0.000 0.000 0.720 0.036 0.164 0.060 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.3122    -0.1433 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0119     0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.2794     0.8234 0.000 0.008 0.000 0.000 0.848 0.020 0.072 0.048 0.004
#> dkfz_11-055     6  0.2825     0.0000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0802     0.9226 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     9  0.2161     0.9009 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000 0.008 0.012 0.016 0.888
#> dkfz_11-059     8  0.3531     0.4592 0.276 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008 0.684 0.000
#> dkfz_11-060     9  0.1246     0.9250 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-061     5  0.2678     0.8291 0.000 0.008 0.000 0.000 0.856 0.016 0.068 0.048 0.004
#> dkfz_11-062     5  0.2658     0.8290 0.000 0.004 0.000 0.000 0.856 0.020 0.068 0.048 0.004
#> dkfz_11-063     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.0212     0.8856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1082     0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0373     0.8809 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0119     0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.2608     0.7391 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0212     0.8855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3781     0.6920 0.000 0.784 0.000 0.000 0.048 0.084 0.052 0.016 0.016
#> dkfz_11-074     9  0.3484     0.6183 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.008 0.012 0.012 0.680
#> dkfz_11-075     5  0.3410     0.7791 0.000 0.008 0.000 0.000 0.796 0.032 0.104 0.056 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.2732     0.7160 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.1131     0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.1723     0.8633 0.000 0.008 0.000 0.000 0.916 0.004 0.028 0.044 0.000
#> dkfz_11-095     8  0.3141     0.7467 0.088 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.008 0.788 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1295     0.7625 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2681     0.4764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-098     8  0.2664     0.8180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.1729     0.8629 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008 0.040 0.032 0.004
#> dkfz_11-100     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-101     8  0.2664     0.8205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0930     0.7788 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.2589     0.8267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.1178     0.8358 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0414     0.7751 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-107     8  0.2569     0.8269 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> dkfz_11-108     8  0.3091     0.5556 0.212 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008 0.756 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.2801     0.6118 0.808 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.156 0.004
#> dkfz_11-110     8  0.2508     0.8241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-111     8  0.2663     0.8259 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0810     0.7834 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2585     0.6427 0.856 0.008 0.000 0.000 0.000 0.072 0.052 0.000 0.012
#> dkfz_11-114     5  0.3070     0.0274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.2589     0.8267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0626     0.7662 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0212     0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.2893     0.7490 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0119     0.9326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.2749     0.8022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.2118     0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-124     9  0.1910     0.9094 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.008 0.012 0.008 0.904
#> dkfz_11-125     8  0.2664     0.8205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.1200     0.7700 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2001     0.7151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0786     0.7608 0.968 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2887     0.6201 0.836 0.016 0.000 0.000 0.000 0.072 0.064 0.000 0.012
#> dkfz_11-130     8  0.3161     0.6947 0.128 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.008 0.784 0.000
#> dkfz_11-131     8  0.2994     0.6768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0939     0.7808 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3443     0.0486 0.516 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.472 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0658     0.7823 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3309     0.5673 0.800 0.016 0.000 0.000 0.000 0.084 0.084 0.000 0.016
#> dkfz_11-136     4  0.3434     0.7842 0.000 0.016 0.000 0.796 0.000 0.116 0.040 0.024 0.008
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.4320     0.2148 0.664 0.016 0.000 0.000 0.000 0.216 0.088 0.000 0.016
#> dkfz_11-139     8  0.3005     0.7517 0.080 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.004 0.796 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.3032     0.5806 0.200 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008 0.764 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1100     0.7753 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.1151     0.7729 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> dkfz_11-143     7  0.3126     0.8421 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     7  0.3155     0.7813 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.2795     0.6988 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0119     0.9014 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2608     0.7391 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9014 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1082     0.7673 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0119     0.8876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.2524     0.1859 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-002     5  0.2020     0.8111 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.0693     0.9352 0.000 0.008 0.000 0.024 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0729     0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0729     0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.4997     0.6423 0.000 0.660 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.060 0.052 0.136
#> dkfz_11-009     7  0.0667     0.9359 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0113     0.8570 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.2735     0.6885 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.3022     0.6917 0.000 0.728 0.000 0.000 0.240 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.2428     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 NA 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.4554     0.4464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 NA 0.008 0.028 0.028 0.028
#> dkfz_11-016     5  0.2772     0.6785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0729     0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0340     0.9456 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-021     7  0.0667     0.9216 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.1182     0.7432 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-023     5  0.0356     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.1866     0.8142 0.000 0.080 0.000 0.000 0.888 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.1901     0.8180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.2712     0.7466 0.000 0.784 0.000 0.000 0.184 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0453     0.9451 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0541     0.9432 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032    10  0.3010     0.7345 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.4817     0.7018 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 NA 0.004 0.016 0.012 0.520
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.1021     0.8485 0.000 0.016 0.000 0.000 0.952 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.5343     0.6291 0.000 0.608 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.068 0.024 0.108
#> dkfz_11-038     9  0.2996     0.6080 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3934     0.0983 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 NA 0.420 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0842     0.9105 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.3124     0.7207 0.144 0.000 0.000 0.000 0.068 NA 0.008 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.0667     0.9216 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.5220     0.5205 0.000 0.488 0.000 0.000 0.104 NA 0.008 0.016 0.016 0.020
#> dkfz_11-044     5  0.2234     0.7967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 NA 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.2633     0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 NA 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.1138     0.9026 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.5269     0.6217 0.000 0.628 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.080 0.052 0.148
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.3027     0.5881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 NA 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.3013     0.0457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 NA 0.000 0.392 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0429     0.9448 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-054     5  0.2541     0.7584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055     9  0.5274     0.4737 0.196 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.024 0.572 0.116
#> dkfz_11-056     4  0.1138     0.9026 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     7  0.1751     0.9077 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA 0.904 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     8  0.3280     0.4977 0.300 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.008 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.0667     0.9359 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.2397     0.7780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.2221     0.7886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0113     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.0948     0.8493 0.000 0.012 0.000 0.000 0.956 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0729     0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0954     0.8891 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.004 0.040
#> dkfz_11-067     3  0.0429     0.9448 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-068     2  0.2687     0.7491 0.000 0.788 0.000 0.000 0.180 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0113     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0202     0.8568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.5381     0.6103 0.000 0.624 0.000 0.000 0.032 NA 0.008 0.080 0.052 0.152
#> dkfz_11-074     7  0.3309     0.6795 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 NA 0.720 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.2722     0.6934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.2832     0.7311 0.000 0.764 0.000 0.000 0.204 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0667     0.8364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.2404     0.7952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 NA 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-095     8  0.3147     0.7293 0.136 0.000 0.000 0.000 0.076 NA 0.008 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1145     0.7497 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2397     0.5785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 NA 0.000 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     8  0.2649     0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 NA 0.004 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.1851     0.8160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     8  0.2559     0.8159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 NA 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0784     0.7637 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.2644     0.8214 0.008 0.000 0.000 0.000 0.252 NA 0.000 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.1122     0.8291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 NA 0.000 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.1033     0.7069 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     8  0.2863     0.8140 0.020 0.000 0.000 0.000 0.232 NA 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     8  0.2717     0.6222 0.208 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.008 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.2708     0.6309 0.820 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.120 0.000 0.008
#> dkfz_11-110     8  0.2560     0.8220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 NA 0.004 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     8  0.2733     0.8212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 NA 0.004 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0356     0.7605 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2470     0.3208 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2953     0.1700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 NA 0.000 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.2524     0.8190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 NA 0.000 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.1294     0.6768 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0113     0.8551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.2789     0.7782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 NA 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.2623     0.8028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 NA 0.000 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.1961     0.7052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 NA 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     7  0.1081     0.9303 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 NA 0.948 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     8  0.2559     0.8159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 NA 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0986     0.7560 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1772     0.7365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 NA 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1559     0.6461 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2638     0.2047 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-130     8  0.3017     0.6892 0.168 0.000 0.000 0.000 0.044 NA 0.008 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     8  0.2923     0.6971 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 NA 0.000 0.644 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0729     0.7638 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3367     0.2099 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.384 0.000 0.004
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.7538 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.2816     0.0931 0.680 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3892     0.7764 0.000 0.016 0.000 0.764 0.000 NA 0.012 0.040 0.076 0.008
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9238 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     9  0.3201     0.6097 0.460 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.3087     0.7397 0.124 0.000 0.000 0.000 0.088 NA 0.004 0.780 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.2655     0.6141 0.212 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.008 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0836     0.7622 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0937     0.7581 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-143    10  0.3399     0.8094 0.000 0.004 0.388 0.000 0.000 NA 0.004 0.004 0.008 0.592
#> dkfz_11-144    10  0.2993     0.7978 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-145     2  0.2899     0.7194 0.000 0.752 0.000 0.000 0.216 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0340     0.9456 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2687     0.7491 0.000 0.788 0.000 0.000 0.180 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0113     0.9455 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0729     0.7610 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>             n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> CV:kmeans 136        1.34e-26        3.54e-14  2
#> CV:kmeans 136        6.03e-51        1.10e-25  3
#> CV:kmeans 135        4.68e-71        8.32e-44  4
#> CV:kmeans 126        8.44e-70        7.03e-44  5
#> CV:kmeans 105        6.24e-52        2.86e-34  6
#> CV:kmeans 113        1.27e-69        8.00e-36  7
#> CV:kmeans 127        4.05e-81        4.60e-41  8
#> CV:kmeans 125        5.25e-75        7.00e-40  9
#> CV:kmeans 125        6.52e-72        3.41e-38 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.947       0.980        0.46111 0.540   0.540
#> 3   3 0.867           0.923       0.957        0.31361 0.850   0.725
#> 4   4 0.870           0.897       0.930        0.19737 0.823   0.580
#> 5   5 0.976           0.944       0.959        0.07083 0.955   0.831
#> 6   6 0.862           0.749       0.894        0.04011 0.975   0.890
#> 7   7 0.865           0.736       0.860        0.02358 0.970   0.856
#> 8   8 0.856           0.770       0.848        0.01418 0.975   0.869
#> 9   9 0.853           0.723       0.841        0.01387 0.990   0.939
#> 10 10 0.851           0.695       0.816        0.00943 0.985   0.910

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-004     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-007     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-009     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-011     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-015     2  0.9993     0.0357 0.484 0.516
#> dkfz_11-016     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-020     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-025     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-027     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-028     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-032     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     2  0.2423     0.9429 0.040 0.960
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-037     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-043     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-044     2  0.1843     0.9554 0.028 0.972
#> dkfz_11-045     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-046     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     2  0.9983     0.0583 0.476 0.524
#> dkfz_11-048     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-049     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     2  0.2603     0.9386 0.044 0.956
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-066     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-069     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-070     2  0.9754     0.2868 0.408 0.592
#> dkfz_11-071     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-072     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-073     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-074     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     1  0.9710     0.3439 0.600 0.400
#> dkfz_11-101     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.5059     0.8633 0.888 0.112
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.4298     0.8901 0.912 0.088
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-116     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.7219     0.7478 0.800 0.200
#> dkfz_11-120     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0376     0.9700 0.996 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-146     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-149     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9823 0.000 1.000
#> dkfz_11-151     1  0.9775     0.3104 0.588 0.412

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-002     2  0.1529      0.938 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-003     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-004     2  0.3038      0.903 0.000 0.896 0.104
#> dkfz_11-005     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-006     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-007     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-008     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-009     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-010     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-011     2  0.2878      0.908 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-012     2  0.1860      0.931 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-013     2  0.0747      0.945 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-014     2  0.2959      0.906 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-015     2  0.6255      0.579 0.300 0.684 0.016
#> dkfz_11-016     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-017     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-018     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-019     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-020     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-021     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.2878      0.908 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-024     2  0.0892      0.945 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-025     2  0.0747      0.943 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-026     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-027     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-028     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-029     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-030     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-031     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-032     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-033     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-034     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-035     2  0.5663      0.815 0.096 0.808 0.096
#> dkfz_11-036     2  0.1411      0.943 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-037     2  0.1031      0.944 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-040     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-043     2  0.1529      0.938 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-044     2  0.1015      0.942 0.012 0.980 0.008
#> dkfz_11-045     2  0.1289      0.939 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-046     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-047     1  0.8157      0.247 0.540 0.384 0.076
#> dkfz_11-048     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-049     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-050     2  0.2165      0.926 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-053     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-054     2  0.0237      0.945 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-057     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-058     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-061     2  0.0592      0.944 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-062     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-063     2  0.5467      0.830 0.072 0.816 0.112
#> dkfz_11-064     2  0.1643      0.940 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-065     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-066     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-067     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-068     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-069     2  0.3192      0.898 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-070     2  0.8084      0.296 0.384 0.544 0.072
#> dkfz_11-071     2  0.3267      0.895 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-072     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-073     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-074     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-075     2  0.2356      0.921 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-091     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-094     2  0.2711      0.914 0.000 0.912 0.088
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.1411      0.938 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-100     1  0.7660      0.424 0.612 0.324 0.064
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.4469      0.792 0.852 0.120 0.028
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.2959      0.906 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3116      0.832 0.892 0.108 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.1031      0.941 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-116     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.5307      0.748 0.816 0.136 0.048
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0424      0.948 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0237      0.951 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-137     2  0.0892      0.943 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.955 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-144     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-145     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-146     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-147     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-148     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-149     3  0.0747      1.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-150     2  0.0592      0.945 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-151     1  0.7953      0.308 0.564 0.368 0.068

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0524      0.922 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-003     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-004     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-005     4  0.4539      0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-006     4  0.4539      0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-007     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-008     4  0.4511      0.755 0.000 0.268 0.008 0.724
#> dkfz_11-009     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-010     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-013     4  0.4792      0.717 0.000 0.312 0.008 0.680
#> dkfz_11-014     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0921      0.919 0.028 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-019     4  0.4567      0.750 0.000 0.276 0.008 0.716
#> dkfz_11-020     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-024     4  0.4917      0.684 0.000 0.336 0.008 0.656
#> dkfz_11-025     2  0.1182      0.928 0.000 0.968 0.016 0.016
#> dkfz_11-026     4  0.4673      0.737 0.000 0.292 0.008 0.700
#> dkfz_11-027     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-031     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-033     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-035     2  0.0779      0.939 0.004 0.980 0.016 0.000
#> dkfz_11-036     4  0.4955      0.672 0.000 0.344 0.008 0.648
#> dkfz_11-037     4  0.5127      0.696 0.000 0.356 0.012 0.632
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-040     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-043     2  0.1807      0.877 0.000 0.940 0.008 0.052
#> dkfz_11-044     2  0.0469      0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-045     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-047     2  0.1297      0.927 0.020 0.964 0.016 0.000
#> dkfz_11-048     4  0.4511      0.755 0.000 0.268 0.008 0.724
#> dkfz_11-049     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-050     2  0.0188      0.934 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.1211      0.948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-053     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.3196      0.746 0.000 0.856 0.008 0.136
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-057     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-058     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-061     2  0.0376      0.935 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-062     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-064     4  0.5055      0.631 0.000 0.368 0.008 0.624
#> dkfz_11-065     4  0.4539      0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-066     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-068     4  0.4746      0.726 0.000 0.304 0.008 0.688
#> dkfz_11-069     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0779      0.939 0.004 0.980 0.016 0.000
#> dkfz_11-071     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-073     4  0.4511      0.755 0.000 0.268 0.008 0.724
#> dkfz_11-074     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-075     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-091     4  0.4697      0.734 0.000 0.296 0.008 0.696
#> dkfz_11-092     1  0.1940      0.910 0.924 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-094     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0188      0.983 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0336      0.931 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-100     2  0.5075      0.488 0.344 0.644 0.012 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     2  0.3311      0.746 0.172 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3528      0.751 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0592      0.972 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.0592      0.941 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     2  0.3881      0.750 0.172 0.812 0.016 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0469      0.976 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     2  0.4961      0.197 0.448 0.552 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.3024      0.821 0.852 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-137     4  0.1890      0.812 0.000 0.056 0.008 0.936
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-145     4  0.4792      0.717 0.000 0.312 0.008 0.680
#> dkfz_11-146     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-148     4  0.4792      0.717 0.000 0.312 0.008 0.680
#> dkfz_11-149     3  0.0336      1.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-150     4  0.4539      0.753 0.000 0.272 0.008 0.720
#> dkfz_11-151     2  0.1406      0.923 0.024 0.960 0.016 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.2848      0.844 0.000 0.156  0 0.004 0.840
#> dkfz_11-003     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-005     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-006     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-008     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-011     5  0.1205      0.947 0.000 0.040  0 0.004 0.956
#> dkfz_11-012     5  0.1041      0.948 0.000 0.032  0 0.004 0.964
#> dkfz_11-013     2  0.2069      0.950 0.000 0.912  0 0.076 0.012
#> dkfz_11-014     5  0.1430      0.944 0.000 0.052  0 0.004 0.944
#> dkfz_11-015     5  0.1282      0.947 0.000 0.044  0 0.004 0.952
#> dkfz_11-016     5  0.1282      0.947 0.000 0.044  0 0.004 0.952
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.1205      0.948 0.000 0.040  0 0.004 0.956
#> dkfz_11-024     2  0.2069      0.950 0.000 0.912  0 0.076 0.012
#> dkfz_11-025     5  0.1557      0.942 0.000 0.052  0 0.008 0.940
#> dkfz_11-026     2  0.2017      0.951 0.000 0.912  0 0.080 0.008
#> dkfz_11-027     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0324      0.948 0.000 0.004  0 0.004 0.992
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0290      0.945 0.000 0.008  0 0.000 0.992
#> dkfz_11-036     2  0.2069      0.950 0.000 0.912  0 0.076 0.012
#> dkfz_11-037     2  0.4203      0.811 0.000 0.780  0 0.092 0.128
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.4440      0.015 0.000 0.528  0 0.004 0.468
#> dkfz_11-044     5  0.1478      0.943 0.000 0.064  0 0.000 0.936
#> dkfz_11-045     5  0.1502      0.943 0.000 0.056  0 0.004 0.940
#> dkfz_11-046     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0510      0.942 0.000 0.016  0 0.000 0.984
#> dkfz_11-048     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.1357      0.945 0.000 0.048  0 0.004 0.948
#> dkfz_11-051     1  0.2864      0.860 0.864 0.024  0 0.000 0.112
#> dkfz_11-052     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.4511      0.492 0.000 0.356  0 0.016 0.628
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.1430      0.944 0.000 0.052  0 0.004 0.944
#> dkfz_11-062     5  0.1357      0.946 0.000 0.048  0 0.004 0.948
#> dkfz_11-063     5  0.0771      0.949 0.000 0.020  0 0.004 0.976
#> dkfz_11-064     2  0.2450      0.936 0.000 0.896  0 0.076 0.028
#> dkfz_11-065     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.2069      0.950 0.000 0.912  0 0.076 0.012
#> dkfz_11-069     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-070     5  0.0510      0.944 0.000 0.016  0 0.000 0.984
#> dkfz_11-071     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-074     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.1430      0.944 0.000 0.052  0 0.004 0.944
#> dkfz_11-091     2  0.2017      0.951 0.000 0.912  0 0.080 0.008
#> dkfz_11-092     1  0.4086      0.703 0.736 0.024  0 0.000 0.240
#> dkfz_11-093     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.1430      0.944 0.000 0.052  0 0.004 0.944
#> dkfz_11-095     1  0.0162      0.968 0.996 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.1310      0.947 0.956 0.020  0 0.000 0.024
#> dkfz_11-098     1  0.0798      0.959 0.976 0.016  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-099     5  0.1638      0.942 0.000 0.064  0 0.004 0.932
#> dkfz_11-100     5  0.4197      0.628 0.244 0.028  0 0.000 0.728
#> dkfz_11-101     1  0.0162      0.968 0.996 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0451      0.965 0.988 0.008  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-104     5  0.1216      0.928 0.020 0.020  0 0.000 0.960
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-107     1  0.0162      0.968 0.996 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0566      0.964 0.984 0.012  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-111     1  0.4086      0.697 0.736 0.024  0 0.000 0.240
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.1943      0.918 0.924 0.020  0 0.000 0.056
#> dkfz_11-115     5  0.0162      0.948 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> dkfz_11-116     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0671      0.962 0.980 0.016  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0865      0.936 0.004 0.024  0 0.000 0.972
#> dkfz_11-120     1  0.2331      0.895 0.900 0.020  0 0.000 0.080
#> dkfz_11-121     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0566      0.964 0.984 0.012  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-123     5  0.3812      0.703 0.204 0.024  0 0.000 0.772
#> dkfz_11-124     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0324      0.966 0.992 0.004  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.4167      0.673 0.724 0.024  0 0.000 0.252
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0162      0.968 0.996 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0798      0.958 0.976 0.008  0 0.000 0.016
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.0566      0.963 0.984 0.012  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.969 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.2017      0.951 0.000 0.912  0 0.080 0.008
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2069      0.950 0.000 0.912  0 0.076 0.012
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1952      0.951 0.000 0.912  0 0.084 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0162      0.946 0.000 0.004  0 0.000 0.996

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.5417     0.5073 0.000 0.116  0 0.000 0.420 0.464
#> dkfz_11-003     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0632     0.5034 0.000 0.000  0 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-005     2  0.1074     0.9320 0.000 0.960  0 0.012 0.000 0.028
#> dkfz_11-006     2  0.0622     0.9354 0.000 0.980  0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.5054 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1074     0.9320 0.000 0.960  0 0.012 0.000 0.028
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0146     0.5052 0.000 0.000  0 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-011     5  0.3499     0.0884 0.000 0.000  0 0.000 0.680 0.320
#> dkfz_11-012     5  0.2854     0.2712 0.000 0.000  0 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-013     2  0.0508     0.9356 0.000 0.984  0 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-014     6  0.3868     0.6415 0.000 0.000  0 0.000 0.492 0.508
#> dkfz_11-015     5  0.3769     0.0550 0.004 0.000  0 0.000 0.640 0.356
#> dkfz_11-016     5  0.3695     0.0200 0.000 0.000  0 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-017     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0725     0.9345 0.000 0.976  0 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-020     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3482     0.0979 0.000 0.000  0 0.000 0.684 0.316
#> dkfz_11-024     2  0.0508     0.9356 0.000 0.984  0 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-025     5  0.3986    -0.6384 0.000 0.000  0 0.004 0.532 0.464
#> dkfz_11-026     2  0.0622     0.9356 0.000 0.980  0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-027     5  0.0405     0.5063 0.000 0.004  0 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-028     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0146     0.5059 0.000 0.000  0 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-032     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0260     0.5053 0.000 0.000  0 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-034     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.1204     0.4917 0.000 0.000  0 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-036     2  0.1151     0.9271 0.000 0.956  0 0.012 0.000 0.032
#> dkfz_11-037     2  0.5222     0.5845 0.000 0.688  0 0.076 0.168 0.068
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.6049    -0.3118 0.000 0.416  0 0.000 0.292 0.292
#> dkfz_11-044     5  0.4300    -0.1679 0.000 0.008  0 0.008 0.540 0.444
#> dkfz_11-045     6  0.3866     0.6482 0.000 0.000  0 0.000 0.484 0.516
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2260     0.4260 0.000 0.000  0 0.000 0.860 0.140
#> dkfz_11-048     2  0.0993     0.9320 0.000 0.964  0 0.012 0.000 0.024
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.4039    -0.1649 0.000 0.008  0 0.000 0.568 0.424
#> dkfz_11-051     1  0.3946     0.8096 0.768 0.004  0 0.000 0.076 0.152
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.6163     0.4249 0.000 0.220  0 0.008 0.356 0.416
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0146     0.9352 0.996 0.000  0 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.3756    -0.0871 0.000 0.000  0 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-062     5  0.3774    -0.0789 0.000 0.000  0 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-063     5  0.3101     0.2910 0.000 0.000  0 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-064     2  0.1167     0.9222 0.000 0.960  0 0.012 0.020 0.008
#> dkfz_11-065     2  0.0909     0.9333 0.000 0.968  0 0.012 0.000 0.020
#> dkfz_11-066     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0820     0.9337 0.000 0.972  0 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.5054 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.2442     0.4575 0.000 0.004  0 0.000 0.852 0.144
#> dkfz_11-071     5  0.1814     0.4361 0.000 0.000  0 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-072     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0993     0.9320 0.000 0.964  0 0.012 0.000 0.024
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.3810    -0.1222 0.000 0.000  0 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-091     2  0.0622     0.9356 0.000 0.980  0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-092     5  0.6056    -0.0228 0.388 0.008  0 0.000 0.416 0.188
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.3868     0.6342 0.000 0.000  0 0.000 0.496 0.504
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3253     0.8391 0.788 0.000  0 0.000 0.020 0.192
#> dkfz_11-098     1  0.2623     0.8824 0.852 0.000  0 0.000 0.016 0.132
#> dkfz_11-099     5  0.3727    -0.0691 0.000 0.000  0 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-100     5  0.4938     0.2177 0.136 0.004  0 0.000 0.664 0.196
#> dkfz_11-101     1  0.1327     0.9193 0.936 0.000  0 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.2234     0.8942 0.872 0.004  0 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-104     5  0.4718     0.2475 0.060 0.012  0 0.000 0.664 0.264
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1007     0.4984 0.000 0.000  0 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-107     1  0.1349     0.9208 0.940 0.004  0 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.2982     0.8673 0.828 0.008  0 0.000 0.012 0.152
#> dkfz_11-111     1  0.5679     0.5471 0.580 0.012  0 0.000 0.200 0.208
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.3975     0.7986 0.744 0.004  0 0.000 0.048 0.204
#> dkfz_11-115     5  0.0458     0.5049 0.000 0.000  0 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.2513     0.8837 0.852 0.008  0 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2982     0.3933 0.012 0.004  0 0.000 0.820 0.164
#> dkfz_11-120     1  0.3834     0.8213 0.772 0.008  0 0.000 0.048 0.172
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.2595     0.8748 0.836 0.004  0 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-123     5  0.6022     0.0909 0.232 0.012  0 0.000 0.512 0.244
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2165     0.9001 0.884 0.008  0 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.5461     0.5920 0.604 0.008  0 0.000 0.180 0.208
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0692     0.9309 0.976 0.004  0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-131     1  0.2312     0.8949 0.876 0.000  0 0.000 0.012 0.112
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0146     0.9965 0.000 0.000  0 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.2234     0.8939 0.872 0.004  0 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-140     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9366 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0622     0.9356 0.000 0.980  0 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-146     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0820     0.9337 0.000 0.972  0 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-149     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0725     0.9346 0.000 0.976  0 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-151     5  0.1610     0.4877 0.000 0.000  0 0.000 0.916 0.084

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.5639     0.5499 0.000 0.104 0.000 0.000 0.296 0.540 0.060
#> dkfz_11-003     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0924     0.6328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> dkfz_11-005     2  0.0660     0.9209 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-006     2  0.0573     0.9238 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-007     5  0.0582     0.6379 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0660     0.9209 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-009     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0373     0.6396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-011     5  0.4455    -0.3666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.396 0.060
#> dkfz_11-012     5  0.3751     0.0707 0.000 0.004 0.000 0.000 0.684 0.288 0.024
#> dkfz_11-013     2  0.0239     0.9230 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-014     6  0.5481     0.3593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.432 0.228
#> dkfz_11-015     6  0.4935     0.4371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.456 0.108
#> dkfz_11-016     6  0.4332     0.4590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.488 0.044
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0863     0.9165 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0134     0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-023     5  0.4092    -0.4148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.436 0.028
#> dkfz_11-024     2  0.0373     0.9229 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-025     5  0.5849    -0.3835 0.000 0.000 0.000 0.016 0.392 0.364 0.228
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9233 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.1584     0.6317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0134     0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0268     0.6384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.1001     0.6394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.024 0.016
#> dkfz_11-034     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.1363     0.6072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020 0.040
#> dkfz_11-036     2  0.1227     0.9110 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-037     2  0.6187     0.4543 0.000 0.592 0.000 0.076 0.160 0.124 0.048
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.6423    -0.3162 0.000 0.356 0.000 0.000 0.232 0.348 0.064
#> dkfz_11-044     6  0.5045     0.5432 0.000 0.004 0.000 0.000 0.336 0.536 0.124
#> dkfz_11-045     6  0.5427     0.3774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.464 0.228
#> dkfz_11-046     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.3274     0.3824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.040 0.184
#> dkfz_11-048     2  0.0660     0.9209 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-049     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.4360     0.5958 0.000 0.008 0.000 0.000 0.328 0.616 0.048
#> dkfz_11-051     1  0.4523     0.5714 0.644 0.000 0.000 0.000 0.072 0.012 0.272
#> dkfz_11-052     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.6306     0.5006 0.000 0.164 0.000 0.004 0.240 0.500 0.092
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0268     0.8740 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.4020     0.5562 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.548 0.024
#> dkfz_11-062     6  0.4072     0.5456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.552 0.028
#> dkfz_11-063     5  0.4184     0.1578 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.256 0.076
#> dkfz_11-064     2  0.0994     0.9045 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004
#> dkfz_11-065     2  0.0924     0.9221 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0863     0.9165 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-069     5  0.0334     0.6388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-070     5  0.3782     0.4572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.092 0.164
#> dkfz_11-071     5  0.2194     0.5851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.096 0.024
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0755     0.9212 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-074     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3776     0.5585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.580 0.012
#> dkfz_11-091     2  0.0373     0.9229 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-092     5  0.5627    -0.5322 0.232 0.000 0.000 0.000 0.488 0.012 0.268
#> dkfz_11-093     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.5456     0.3634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.444 0.224
#> dkfz_11-095     1  0.0422     0.8714 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3967     0.6599 0.680 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.280
#> dkfz_11-098     1  0.3726     0.7221 0.744 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.208
#> dkfz_11-099     6  0.5396     0.5390 0.000 0.020 0.000 0.000 0.352 0.504 0.124
#> dkfz_11-100     5  0.4906    -0.2741 0.060 0.000 0.000 0.000 0.624 0.044 0.272
#> dkfz_11-101     1  0.2086     0.8303 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.108
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.2613     0.7854 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.188
#> dkfz_11-104     7  0.4992     0.4255 0.016 0.000 0.000 0.000 0.444 0.072 0.468
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1902     0.6092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.040 0.052
#> dkfz_11-107     1  0.1977     0.8370 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.084
#> dkfz_11-108     1  0.0239     0.8738 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109     1  0.0134     0.8744 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110     1  0.4046     0.6655 0.688 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.264
#> dkfz_11-111     1  0.5987    -0.0856 0.432 0.000 0.000 0.000 0.208 0.032 0.328
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.4720     0.4497 0.564 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016 0.364
#> dkfz_11-115     5  0.0755     0.6334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> dkfz_11-116     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.3026     0.7511 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.220
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.3511     0.1878 0.008 0.000 0.000 0.000 0.736 0.020 0.236
#> dkfz_11-120     1  0.4684     0.5741 0.632 0.000 0.000 0.000 0.052 0.032 0.284
#> dkfz_11-121     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3380     0.6897 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.284
#> dkfz_11-123     7  0.6180     0.5413 0.168 0.000 0.000 0.000 0.368 0.060 0.404
#> dkfz_11-124     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2552     0.7910 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.180
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.6270    -0.2220 0.392 0.000 0.000 0.000 0.204 0.056 0.348
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1227     0.8579 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-131     1  0.3588     0.7423 0.764 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020 0.188
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.3052     0.7511 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.224
#> dkfz_11-140     1  0.0504     0.8708 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.8756 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0422     0.9235 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0996     0.9155 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0728     0.9207 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-151     5  0.3050     0.5226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.060 0.124

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0125     0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002     6  0.6464     0.3224 0.000 0.096 0.000 0.000 0.184 0.504 0.152 0.064
#> dkfz_11-003     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.1756     0.7054 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.020 0.028 0.032
#> dkfz_11-005     2  0.1087     0.9210 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.016
#> dkfz_11-006     2  0.1308     0.9273 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.024
#> dkfz_11-007     5  0.1225     0.6954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1175     0.9206 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.016
#> dkfz_11-009     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0706     0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.4521     0.4933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.480 0.040 0.028
#> dkfz_11-012     5  0.4183    -0.0926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.328 0.044 0.016
#> dkfz_11-013     2  0.0743     0.9259 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> dkfz_11-014     7  0.4559     0.9267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.164 0.616 0.004
#> dkfz_11-015     6  0.5318     0.5658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.508 0.092 0.064
#> dkfz_11-016     6  0.4840     0.6304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.572 0.056 0.056
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1913     0.9141 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 0.044
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0251     0.8571 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-023     6  0.3924     0.6056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.568 0.024 0.008
#> dkfz_11-024     2  0.0688     0.9274 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012 0.004
#> dkfz_11-025     7  0.5375     0.8377 0.000 0.000 0.000 0.012 0.272 0.176 0.524 0.016
#> dkfz_11-026     2  0.0962     0.9270 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.028
#> dkfz_11-027     5  0.2334     0.6982 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.032 0.044 0.040
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0125     0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.1017     0.7082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.016 0.012
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.1884     0.7022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.048 0.008 0.036
#> dkfz_11-034     3  0.0224     0.9950 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-035     5  0.2006     0.7053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.032 0.020 0.044
#> dkfz_11-036     2  0.2828     0.8881 0.000 0.856 0.000 0.000 0.008 0.032 0.044 0.060
#> dkfz_11-037     2  0.7372     0.2660 0.000 0.476 0.008 0.120 0.168 0.080 0.080 0.068
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0125     0.8582 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.6766     0.2403 0.000 0.280 0.000 0.000 0.184 0.396 0.068 0.072
#> dkfz_11-044     6  0.5585     0.5539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.508 0.084 0.116
#> dkfz_11-045     7  0.4564     0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212 0.168 0.616 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.3871     0.6119 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.040 0.052 0.168
#> dkfz_11-048     2  0.1393     0.9192 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.020
#> dkfz_11-049     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.4219     0.6334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.684 0.052 0.040
#> dkfz_11-051     1  0.4618     0.2625 0.572 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016 0.008 0.344
#> dkfz_11-052     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0125     0.9965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054     6  0.6487     0.3829 0.000 0.160 0.000 0.004 0.160 0.508 0.124 0.044
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3758     0.6559 0.000 0.004 0.000 0.000 0.276 0.680 0.036 0.004
#> dkfz_11-062     6  0.3691     0.6679 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.680 0.032 0.008
#> dkfz_11-063     5  0.4791    -0.2857 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.376 0.044 0.052
#> dkfz_11-064     2  0.1540     0.9115 0.000 0.932 0.000 0.000 0.032 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-065     2  0.1622     0.9251 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.024
#> dkfz_11-066     3  0.0125     0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.2006     0.9117 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020 0.044
#> dkfz_11-069     5  0.0743     0.7031 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> dkfz_11-070     5  0.5016     0.4241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.164 0.052 0.164
#> dkfz_11-071     5  0.3102     0.6140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.080 0.080 0.020
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.1247     0.9202 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3602     0.6594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.704 0.028 0.012
#> dkfz_11-091     2  0.0908     0.9254 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.020
#> dkfz_11-092     5  0.5471    -0.4028 0.192 0.000 0.000 0.000 0.476 0.016 0.008 0.308
#> dkfz_11-093     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.4431     0.9293 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.156 0.620 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.1138     0.8409 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.024
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4261     0.4199 0.612 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.036 0.328
#> dkfz_11-098     1  0.3164     0.6471 0.736 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.244
#> dkfz_11-099     6  0.5357     0.5855 0.000 0.004 0.000 0.000 0.300 0.540 0.080 0.076
#> dkfz_11-100     5  0.5832     0.1040 0.040 0.000 0.000 0.000 0.504 0.048 0.100 0.308
#> dkfz_11-101     1  0.2585     0.7686 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.124
#> dkfz_11-102     1  0.0125     0.8582 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3158     0.6492 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.252
#> dkfz_11-104     8  0.6615     0.0678 0.044 0.012 0.000 0.000 0.356 0.076 0.120 0.392
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.3316     0.6647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.060 0.060 0.068
#> dkfz_11-107     1  0.2516     0.7435 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.168
#> dkfz_11-108     1  0.0125     0.8577 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.0224     0.8569 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-110     1  0.4047     0.4434 0.624 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024 0.332
#> dkfz_11-111     8  0.5728     0.4767 0.352 0.000 0.000 0.000 0.172 0.036 0.008 0.432
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.4558     0.0282 0.492 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008 0.024 0.444
#> dkfz_11-115     5  0.1175     0.7088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.012 0.016 0.020
#> dkfz_11-116     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.3498     0.5695 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.296
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.3933     0.4371 0.008 0.000 0.000 0.000 0.664 0.008 0.032 0.288
#> dkfz_11-120     1  0.4175     0.3279 0.580 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.012 0.376
#> dkfz_11-121     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3648     0.5731 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.284
#> dkfz_11-123     8  0.6438     0.4300 0.148 0.000 0.000 0.000 0.304 0.040 0.080 0.428
#> dkfz_11-124     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2800     0.7172 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.196
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.6645     0.5831 0.280 0.000 0.000 0.000 0.156 0.064 0.076 0.424
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1417     0.8210 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> dkfz_11-131     1  0.3329     0.6459 0.740 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016 0.228
#> dkfz_11-132     1  0.0125     0.8579 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133     1  0.0125     0.8582 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.3501     0.6249 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.252
#> dkfz_11-140     1  0.0520     0.8522 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.8591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0125     0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.1163     0.9264 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.020
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2081     0.9123 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024 0.040
#> dkfz_11-149     3  0.0125     0.9970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.1584     0.9232 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.040
#> dkfz_11-151     5  0.4018     0.6246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.084 0.044 0.132

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.6499    0.39577 0.000 0.104 0.000 0.000 0.124 0.484 0.204 NA 0.024
#> dkfz_11-003     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.2470    0.65432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.016 0.032 NA 0.020
#> dkfz_11-005     2  0.1750    0.87909 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0818    0.90861 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.1404    0.66021 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016 0.036 NA 0.008
#> dkfz_11-008     2  0.1822    0.87624 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.1379    0.65740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.028 0.012 NA 0.012
#> dkfz_11-011     5  0.4615   -0.34258 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.452 0.060 NA 0.008
#> dkfz_11-012     5  0.5077    0.12032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576 0.280 0.072 NA 0.036
#> dkfz_11-013     2  0.0824    0.90700 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-014     7  0.3316    0.92743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.084 0.776 NA 0.008
#> dkfz_11-015     6  0.6123    0.47540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.460 0.068 NA 0.060
#> dkfz_11-016     6  0.5057    0.59318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.568 0.032 NA 0.020
#> dkfz_11-017     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1478    0.89744 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0424    0.80699 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-023     6  0.4800    0.50363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.532 0.056 NA 0.024
#> dkfz_11-024     2  0.0881    0.90615 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-025     7  0.4558    0.82801 0.000 0.000 0.000 0.004 0.188 0.088 0.668 NA 0.012
#> dkfz_11-026     2  0.0424    0.90816 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-027     5  0.2703    0.65269 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.044 0.040 NA 0.020
#> dkfz_11-028     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.1333    0.66556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012 0.016 NA 0.012
#> dkfz_11-032     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.2753    0.65652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.056 0.032 NA 0.028
#> dkfz_11-034     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.2434    0.66219 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 NA 0.040
#> dkfz_11-036     2  0.2169    0.87976 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-037     2  0.7565    0.14207 0.000 0.412 0.012 0.072 0.160 0.084 0.032 NA 0.040
#> dkfz_11-038     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0331    0.80756 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-042     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.6893    0.34633 0.000 0.248 0.000 0.000 0.208 0.356 0.044 NA 0.020
#> dkfz_11-044     6  0.6106    0.48788 0.000 0.000 0.000 0.004 0.160 0.524 0.080 NA 0.156
#> dkfz_11-045     7  0.3111    0.92998 0.000 0.004 0.000 0.000 0.124 0.076 0.792 NA 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.4265    0.59790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.032 0.032 NA 0.164
#> dkfz_11-048     2  0.1822    0.87624 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.3923    0.65369 0.000 0.004 0.000 0.000 0.168 0.736 0.036 NA 0.016
#> dkfz_11-051     1  0.4901   -0.14682 0.500 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.012 NA 0.392
#> dkfz_11-052     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.6433    0.54705 0.000 0.108 0.000 0.000 0.144 0.524 0.096 NA 0.028
#> dkfz_11-055     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0941    0.79524 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.036
#> dkfz_11-060     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3660    0.65870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.716 0.048 NA 0.004
#> dkfz_11-062     6  0.3648    0.66631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.724 0.028 NA 0.008
#> dkfz_11-063     5  0.5382   -0.08583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.344 0.028 NA 0.040
#> dkfz_11-064     2  0.1765    0.89919 0.000 0.916 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012 NA 0.008
#> dkfz_11-065     2  0.1606    0.90369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.1712    0.89306 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-069     5  0.0963    0.66139 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.5755    0.36230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.140 0.032 NA 0.228
#> dkfz_11-071     5  0.3093    0.61252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.040 0.096 NA 0.012
#> dkfz_11-072     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.1959    0.86818 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3076    0.66280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.784 0.032 NA 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.1127    0.90774 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.008
#> dkfz_11-092     5  0.5765   -0.14145 0.148 0.000 0.000 0.000 0.444 0.008 0.024 NA 0.336
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.2948    0.92974 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.076 0.792 NA 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.1194    0.78889 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.036
#> dkfz_11-096     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4965   -0.09806 0.500 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.028 NA 0.392
#> dkfz_11-098     1  0.3983    0.38904 0.644 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012 NA 0.296
#> dkfz_11-099     6  0.6357    0.52748 0.000 0.008 0.000 0.000 0.236 0.472 0.116 NA 0.068
#> dkfz_11-100     5  0.5582    0.38617 0.028 0.000 0.000 0.000 0.532 0.044 0.032 NA 0.296
#> dkfz_11-101     1  0.3353    0.60279 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.200
#> dkfz_11-102     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3639    0.34200 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA 0.352
#> dkfz_11-104     5  0.6696   -0.00608 0.040 0.000 0.000 0.000 0.304 0.064 0.024 NA 0.284
#> dkfz_11-105     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.3898    0.61337 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.064 0.036 NA 0.060
#> dkfz_11-107     1  0.3378    0.62216 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA 0.160
#> dkfz_11-108     1  0.0414    0.80699 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-109     1  0.0119    0.80920 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-110     1  0.5066   -0.22984 0.468 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012 0.020 NA 0.416
#> dkfz_11-111     9  0.5790    0.65813 0.284 0.000 0.000 0.000 0.148 0.020 0.016 NA 0.488
#> dkfz_11-112     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-114     9  0.4795    0.52450 0.332 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004 0.012 NA 0.556
#> dkfz_11-115     5  0.1508    0.66432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.032 NA 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.3939    0.26255 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA 0.364
#> dkfz_11-118     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.4405    0.52041 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.024 0.016 NA 0.280
#> dkfz_11-120     1  0.5131   -0.21475 0.476 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036 0.028 NA 0.408
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.4173    0.00232 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA 0.420
#> dkfz_11-123     9  0.7096    0.31174 0.136 0.000 0.000 0.000 0.236 0.036 0.052 NA 0.364
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3661    0.44539 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.296
#> dkfz_11-126     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-127     9  0.6334    0.61274 0.192 0.000 0.000 0.000 0.104 0.040 0.048 NA 0.520
#> dkfz_11-128     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1706    0.73338 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.124
#> dkfz_11-131     1  0.3756    0.46904 0.680 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008 NA 0.264
#> dkfz_11-132     1  0.0565    0.80307 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-133     1  0.0237    0.80898 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-134     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0567    0.98097 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.99901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.3802    0.23396 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA 0.388
#> dkfz_11-140     1  0.1224    0.77160 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.076
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000    0.81018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.1719    0.90161 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.016
#> dkfz_11-146     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.1595    0.89362 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1478    0.90050 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.4220    0.61466 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.068 0.044 NA 0.116

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8 p9 p10
#> dkfz_11-001     3  0.0226     0.9931 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-002     6  0.7063     0.3806 0.000 0.096 0.000 0.000 0.160 0.408 0.156 0.008 NA  NA
#> dkfz_11-003     4  0.0113     0.9957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-004     5  0.2526     0.6582 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.016 0.016 0.012 NA  NA
#> dkfz_11-005     2  0.1980     0.8563 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-006     2  0.0954     0.8874 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-007     5  0.1209     0.6689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-008     2  0.1805     0.8571 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-009     4  0.0113     0.9957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-010     5  0.1134     0.6702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.016 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-011     6  0.5206     0.3431 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.432 0.060 0.016 NA  NA
#> dkfz_11-012     5  0.5033     0.1404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.256 0.088 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-013     2  0.1061     0.8853 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-014     7  0.2970     0.9157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.068 0.796 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-015     6  0.6486     0.4537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.440 0.068 0.064 NA  NA
#> dkfz_11-016     6  0.5228     0.5499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.552 0.044 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-017     3  0.0113     0.9936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-018     3  0.0202     0.9933 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-019     2  0.1485     0.8742 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-020     3  0.0226     0.9932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-021     4  0.0226     0.9957 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-022     1  0.0952     0.7878 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA  NA
#> dkfz_11-023     6  0.4754     0.4206 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.512 0.024 0.008 NA  NA
#> dkfz_11-024     2  0.1261     0.8874 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-025     7  0.4628     0.7848 0.000 0.004 0.000 0.008 0.184 0.080 0.668 0.016 NA  NA
#> dkfz_11-026     2  0.0728     0.8876 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-027     5  0.3039     0.6547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.032 0.028 0.020 NA  NA
#> dkfz_11-028     3  0.0315     0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-029     3  0.0113     0.9933 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-030     3  0.0404     0.9920 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-031     5  0.1330     0.6699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.004 0.008 NA  NA
#> dkfz_11-032     3  0.0226     0.9934 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-033     5  0.2568     0.6604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.028 0.016 0.020 NA  NA
#> dkfz_11-034     3  0.0404     0.9923 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-035     5  0.2453     0.6678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.008 0.004 0.028 NA  NA
#> dkfz_11-036     2  0.2821     0.8313 0.000 0.808 0.000 0.000 0.012 0.008 0.004 0.008 NA  NA
#> dkfz_11-037     2  0.7438    -0.1077 0.000 0.324 0.008 0.092 0.200 0.052 0.028 0.016 NA  NA
#> dkfz_11-038     1  0.0226     0.7942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-039     4  0.0113     0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-041     1  0.0686     0.7889 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA  NA
#> dkfz_11-042     4  0.0113     0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-043     6  0.7192     0.3118 0.000 0.248 0.000 0.000 0.200 0.288 0.024 0.020 NA  NA
#> dkfz_11-044     6  0.6810     0.4016 0.000 0.000 0.000 0.008 0.172 0.424 0.132 0.160 NA  NA
#> dkfz_11-045     7  0.2859     0.9170 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.076 0.796 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-046     4  0.0113     0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-047     5  0.4371     0.5593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.008 0.020 0.136 NA  NA
#> dkfz_11-048     2  0.1987     0.8533 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-049     4  0.0113     0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-050     6  0.4811     0.5424 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116 0.680 0.076 0.016 NA  NA
#> dkfz_11-051     8  0.5250     0.4061 0.400 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 0.424 NA  NA
#> dkfz_11-052     4  0.0113     0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-053     3  0.0315     0.9928 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-054     6  0.6916     0.3420 0.000 0.120 0.000 0.004 0.076 0.432 0.112 0.012 NA  NA
#> dkfz_11-055     1  0.0113     0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-056     4  0.0113     0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-058     4  0.0113     0.9957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-059     1  0.0987     0.7852 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA  NA
#> dkfz_11-060     4  0.0226     0.9957 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-061     6  0.4328     0.5524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.680 0.092 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-062     6  0.3857     0.5855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.712 0.028 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-063     5  0.5393    -0.1668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.348 0.028 0.012 NA  NA
#> dkfz_11-064     2  0.2157     0.8571 0.000 0.876 0.000 0.000 0.048 0.000 0.016 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-065     2  0.1434     0.8854 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-066     3  0.0113     0.9934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-067     3  0.0226     0.9932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-068     2  0.1628     0.8629 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-069     5  0.0750     0.6672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-070     5  0.6220     0.3004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.100 0.032 0.188 NA  NA
#> dkfz_11-071     5  0.3767     0.5905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.068 0.076 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-073     2  0.2047     0.8483 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-075     6  0.3335     0.5674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.784 0.040 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-091     2  0.1316     0.8843 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-092     5  0.5863    -0.1493 0.120 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012 0.348 NA  NA
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-094     7  0.2687     0.9188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.064 0.804 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-095     1  0.1892     0.7425 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 NA  NA
#> dkfz_11-096     1  0.0340     0.7947 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-097     1  0.5750    -0.3834 0.404 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 0.012 0.384 NA  NA
#> dkfz_11-098     1  0.5190    -0.0728 0.516 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008 0.004 0.324 NA  NA
#> dkfz_11-099     6  0.6553     0.4414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.440 0.136 0.056 NA  NA
#> dkfz_11-100     5  0.6366     0.2268 0.008 0.000 0.000 0.000 0.380 0.016 0.040 0.312 NA  NA
#> dkfz_11-101     1  0.3735     0.5409 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.196 NA  NA
#> dkfz_11-102     1  0.0226     0.7946 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-103     1  0.4437     0.1566 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.352 NA  NA
#> dkfz_11-104     8  0.6955     0.0098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.236 0.032 0.056 0.320 NA  NA
#> dkfz_11-105     1  0.0113     0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-106     5  0.4310     0.5831 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.052 0.028 0.032 NA  NA
#> dkfz_11-107     1  0.3983     0.3606 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.268 NA  NA
#> dkfz_11-108     1  0.1081     0.7806 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 NA  NA
#> dkfz_11-109     1  0.0952     0.7894 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 NA  NA
#> dkfz_11-110     1  0.5185    -0.2844 0.456 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.020 0.404 NA  NA
#> dkfz_11-111     8  0.6111     0.5839 0.232 0.000 0.000 0.000 0.168 0.008 0.012 0.460 NA  NA
#> dkfz_11-112     1  0.0113     0.7942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.7941 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-114     8  0.5049     0.5672 0.296 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.008 0.560 NA  NA
#> dkfz_11-115     5  0.1291     0.6723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000 0.008 NA  NA
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-117     1  0.4272    -0.1507 0.480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.452 NA  NA
#> dkfz_11-118     1  0.0113     0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-119     5  0.4671     0.4511 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.008 0.012 0.284 NA  NA
#> dkfz_11-120     8  0.5142     0.3971 0.400 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008 0.008 0.460 NA  NA
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-122     1  0.4557    -0.0784 0.496 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012 0.408 NA  NA
#> dkfz_11-123     8  0.7212     0.2345 0.092 0.000 0.000 0.000 0.204 0.036 0.032 0.384 NA  NA
#> dkfz_11-124     4  0.0113     0.9970 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-125     1  0.4151     0.2834 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.332 NA  NA
#> dkfz_11-126     1  0.0226     0.7943 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-127     8  0.6623     0.5976 0.232 0.000 0.000 0.000 0.120 0.016 0.024 0.420 NA  NA
#> dkfz_11-128     1  0.0226     0.7942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-129     1  0.0113     0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-130     1  0.2535     0.6781 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.132 NA  NA
#> dkfz_11-131     1  0.4971     0.1733 0.568 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012 0.004 0.288 NA  NA
#> dkfz_11-132     1  0.0790     0.7900 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 NA  NA
#> dkfz_11-133     1  0.1094     0.7857 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 NA  NA
#> dkfz_11-134     1  0.0113     0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-135     1  0.0226     0.7942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-136     4  0.0340     0.9917 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9970 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-138     1  0.0113     0.7944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-139     1  0.4731    -0.1278 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.412 NA  NA
#> dkfz_11-140     1  0.1834     0.7335 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092 NA  NA
#> dkfz_11-141     1  0.0113     0.7942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-142     1  0.0113     0.7942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-143     3  0.0315     0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-144     3  0.0113     0.9934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-145     2  0.1626     0.8845 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA  NA
#> dkfz_11-146     3  0.0315     0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-147     3  0.0315     0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-148     2  0.2080     0.8556 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-149     3  0.0315     0.9922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-150     2  0.1572     0.8793 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA  NA
#> dkfz_11-151     5  0.5191     0.5282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.056 0.040 0.100 NA  NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> CV:skmeans 131        2.90e-16        1.21e-10  2
#> CV:skmeans 132        1.11e-39        1.69e-10  3
#> CV:skmeans 134        1.87e-58        1.12e-17  4
#> CV:skmeans 134        1.10e-81        7.14e-31  5
#> CV:skmeans 110        3.96e-68        8.57e-23  6
#> CV:skmeans 115        2.64e-76        3.43e-24  7
#> CV:skmeans 117        6.01e-77        2.27e-25  8
#> CV:skmeans 112        4.56e-80        8.57e-28  9
#> CV:skmeans 107        2.59e-78        7.77e-27 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.989       0.996        0.23864 0.769   0.769
#> 3   3 1.000           0.993       0.997        0.80655 0.804   0.745
#> 4   4 0.989           0.967       0.986        0.41262 0.826   0.696
#> 5   5 0.853           0.929       0.954        0.05356 0.974   0.935
#> 6   6 0.844           0.917       0.958        0.01273 0.998   0.995
#> 7   7 0.829           0.876       0.944        0.02148 0.998   0.995
#> 8   8 0.838           0.874       0.941        0.00604 0.999   0.997
#> 9   9 0.834           0.835       0.925        0.02395 0.998   0.996
#> 10 10 0.817           0.883       0.915        0.03861 0.874   0.657

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3

There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-018     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     1   0.909      0.525 0.676 0.324
#> dkfz_11-022     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     1   0.861      0.607 0.716 0.284
#> dkfz_11-035     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-054     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-068     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-073     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     1   0.000      0.995 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1   0.000      0.995 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3
#> dkfz_11-001     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-002     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-003     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-004     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-005     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-006     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-007     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-008     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-009     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-010     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-011     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-012     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-013     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-014     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-015     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-016     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-017     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-018     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-019     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-020     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-021     1    0.59      0.457 0.648 0.352  0
#> dkfz_11-022     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-023     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-024     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-025     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-026     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-027     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-028     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-029     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-030     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-031     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-032     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-033     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-034     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-035     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-036     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-037     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-038     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-039     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-040     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-041     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-042     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-043     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-044     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-045     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-046     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-047     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-048     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-049     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-050     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-051     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-052     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-053     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-054     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-055     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-056     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-057     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-058     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-059     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-060     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-061     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-062     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-063     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-064     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-065     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-066     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-067     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-068     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-069     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-070     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-071     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-072     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-073     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-074     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-075     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-091     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-092     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-093     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-094     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-095     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-096     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-097     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-098     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-099     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-100     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-101     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-102     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-103     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-104     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-105     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-106     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-107     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-108     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-109     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-110     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-111     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-112     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-113     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-114     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-115     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-116     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-117     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-118     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-119     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-120     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-121     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-122     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-123     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-124     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-125     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-126     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-127     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-128     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-129     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-130     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-131     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-132     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-133     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-134     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-135     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-136     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-137     2    0.00      1.000 0.000 1.000  0
#> dkfz_11-138     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-139     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-140     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-141     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-142     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-143     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-144     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-145     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-146     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-147     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-148     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-149     3    0.00      1.000 0.000 0.000  1
#> dkfz_11-150     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0
#> dkfz_11-151     1    0.00      0.996 1.000 0.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-004     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-007     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-010     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-021     2  0.4679      0.466 0.000 0.648  0 0.352
#> dkfz_11-022     1  0.0188      0.969 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-031     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-033     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-035     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-041     2  0.0592      0.967 0.016 0.984  0 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-047     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-051     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-059     2  0.3486      0.772 0.188 0.812  0 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-071     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-092     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-095     2  0.2408      0.878 0.104 0.896  0 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0592      0.959 0.984 0.016  0 0.000
#> dkfz_11-097     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-098     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-100     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-101     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0188      0.970 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-103     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-104     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-107     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-108     2  0.3486      0.773 0.188 0.812  0 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.2011      0.871 0.920 0.080  0 0.000
#> dkfz_11-110     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-111     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0188      0.970 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-117     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-119     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-120     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-122     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-123     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-125     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0188      0.970 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-127     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-130     2  0.2081      0.900 0.084 0.916  0 0.000
#> dkfz_11-131     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0921      0.944 0.972 0.028  0 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3610      0.680 0.800 0.200  0 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.970 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.3649      0.748 0.204 0.796  0 0.000
#> dkfz_11-140     2  0.4713      0.449 0.360 0.640  0 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0336      0.967 0.992 0.008  0 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0188      0.970 0.996 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-151     2  0.0000      0.981 0.000 1.000  0 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     2  0.3707      0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-006     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-009     2  0.3707      0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     2  0.3346      0.668 0.000 0.844 0.000 0.092 0.064
#> dkfz_11-022     1  0.0162      0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034     3  0.2690      0.856 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036     5  0.2329      0.889 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-037     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0290      0.990 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0510      0.941 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-042     2  0.2690      0.537 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-043     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-044     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     5  0.0609      0.943 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0703      0.941 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0162      0.949 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     2  0.3730      0.842 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-059     5  0.3003      0.763 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-060     2  0.3707      0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.0794      0.939 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064     5  0.2329      0.889 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-065     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.2561      0.874 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-074     2  0.3730      0.842 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095     5  0.2074      0.863 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-096     1  0.0510      0.952 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102     1  0.0162      0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108     5  0.3003      0.765 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-109     1  0.1732      0.848 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112     1  0.0162      0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124     2  0.3707      0.845 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126     1  0.0162      0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1792      0.885 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132     1  0.0794      0.935 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-133     1  0.3109      0.615 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0162      0.995 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.3143      0.737 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-140     5  0.4060      0.474 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-141     1  0.0290      0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-142     1  0.0162      0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.2377      0.887 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2   p3    p4    p5   p6
#> dkfz_11-001     3  0.0937      0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-003     2  0.2416      0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-005     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-006     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-008     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-009     2  0.2416      0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-013     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-019     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-021     2  0.0000      0.699 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-022     1  0.0146      0.959 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-024     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-026     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-032     3  0.0937      0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-034     6  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-036     5  0.2378      0.864 0.000 0.152 0.00 0.000 0.848 0.00
#> dkfz_11-037     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-039     4  0.0260      0.990 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000 0.00
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-041     5  0.0458      0.932 0.016 0.000 0.00 0.000 0.984 0.00
#> dkfz_11-042     2  0.0000      0.699 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-043     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-044     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-045     5  0.0547      0.934 0.000 0.020 0.00 0.000 0.980 0.00
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-048     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-050     5  0.0790      0.929 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968 0.00
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-054     5  0.0146      0.940 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996 0.00
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-058     2  0.2454      0.901 0.000 0.840 0.00 0.160 0.000 0.00
#> dkfz_11-059     5  0.2697      0.754 0.188 0.000 0.00 0.000 0.812 0.00
#> dkfz_11-060     2  0.2416      0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-061     5  0.0865      0.927 0.000 0.036 0.00 0.000 0.964 0.00
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-064     5  0.2340      0.866 0.000 0.148 0.00 0.000 0.852 0.00
#> dkfz_11-065     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-068     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-073     5  0.2854      0.811 0.000 0.208 0.00 0.000 0.792 0.00
#> dkfz_11-074     2  0.2454      0.901 0.000 0.840 0.00 0.160 0.000 0.00
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-091     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-095     5  0.1863      0.855 0.104 0.000 0.00 0.000 0.896 0.00
#> dkfz_11-096     1  0.0458      0.944 0.984 0.000 0.00 0.000 0.016 0.00
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-102     1  0.0146      0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-103     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-107     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-108     5  0.2697      0.762 0.188 0.000 0.00 0.000 0.812 0.00
#> dkfz_11-109     1  0.1556      0.825 0.920 0.000 0.00 0.000 0.080 0.00
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-112     1  0.0146      0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-117     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-124     2  0.2416      0.904 0.000 0.844 0.00 0.156 0.000 0.00
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-126     1  0.0146      0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-130     5  0.1610      0.878 0.084 0.000 0.00 0.000 0.916 0.00
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-132     1  0.0713      0.924 0.972 0.000 0.00 0.000 0.028 0.00
#> dkfz_11-133     1  0.2793      0.560 0.800 0.000 0.00 0.000 0.200 0.00
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-136     4  0.0260      0.990 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000 0.00
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-139     5  0.2823      0.727 0.204 0.000 0.00 0.000 0.796 0.00
#> dkfz_11-140     5  0.3647      0.479 0.360 0.000 0.00 0.000 0.640 0.00
#> dkfz_11-141     1  0.0260      0.955 0.992 0.000 0.00 0.000 0.008 0.00
#> dkfz_11-142     1  0.0146      0.960 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-143     3  0.0937      0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-144     3  0.0937      0.966 0.000 0.000 0.96 0.000 0.000 0.04
#> dkfz_11-145     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-148     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-150     5  0.2416      0.861 0.000 0.156 0.00 0.000 0.844 0.00
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.942 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000 0.00

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.2484      0.571 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.0334      0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000  0 0.988
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-006     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-009     7  0.0334      0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000  0 0.988
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-013     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-021     7  0.0334      0.978 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000  0 0.988
#> dkfz_11-022     1  0.0134      0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-026     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2832      0.416 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-034     6  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.2682      0.799 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784  0 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0239      0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0422      0.909 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984  0 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.0334      0.978 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000  0 0.988
#> dkfz_11-043     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-044     5  0.0134      0.918 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996  0 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.0797      0.905 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964  0 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0728      0.907 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968  0 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0728      0.907 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968  0 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-058     7  0.0422      0.989 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000  0 0.984
#> dkfz_11-059     5  0.2484      0.744 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812  0 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.0334      0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000  0 0.988
#> dkfz_11-061     5  0.0990      0.899 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952  0 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.2808      0.785 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764  0 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.3330      0.759 0.000 0.244 0.000 0.000 0.736  0 0.020
#> dkfz_11-074     7  0.0422      0.989 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000  0 0.984
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-091     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1715      0.839 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896  0 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0422      0.945 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016  0 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0134      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.2484      0.751 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812  0 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1433      0.825 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080  0 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0134      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-124     7  0.0334      0.991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000  0 0.988
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0134      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1482      0.860 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916  0 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0656      0.925 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028  0 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2572      0.561 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200  0 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.2677      0.808 0.000 0.152 0.000 0.828 0.000  0 0.020
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.2600      0.716 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796  0 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.3358      0.480 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640  0 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0239      0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008  0 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0134      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.3450      0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.3047      0.255 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-145     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.2855      0.780 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756  0 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.2177      0.803 0.000 0.024 0.868 0.000 0.000  0 0.000 0.108
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-006     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-009     7  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     7  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0125      0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2670      0.720 0.000 0.024 0.812 0.000 0.000  0 0.000 0.164
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     6  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.2605      0.781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768  0 0.000 0.232
#> dkfz_11-037     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0695      0.967 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000  0 0.020 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0395      0.903 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-044     5  0.0125      0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996  0 0.000 0.004
#> dkfz_11-045     5  0.0868      0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956  0 0.000 0.044
#> dkfz_11-046     4  0.0224      0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-049     4  0.0224      0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0681      0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968  0 0.000 0.032
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.0745      0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964  0 0.000 0.036
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0224      0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     7  0.0125      0.995 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-059     5  0.2324      0.739 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.0926      0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952  0 0.000 0.048
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.2756      0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740  0 0.000 0.260
#> dkfz_11-065     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.3166      0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716  0 0.016 0.268
#> dkfz_11-074     7  0.0125      0.995 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  0 0.996 0.000
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1605      0.834 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0395      0.945 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0125      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.2324      0.747 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1341      0.825 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0125      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0224      0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     7  0.0000      0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0125      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1387      0.855 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0614      0.925 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2406      0.561 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.2208      0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.993 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.2433      0.712 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.3142      0.479 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0224      0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0125      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     8  0.3456      0.000 0.000 0.056 0.212 0.000 0.000  0 0.000 0.732
#> dkfz_11-144     3  0.3777      0.533 0.000 0.108 0.716 0.000 0.000  0 0.000 0.176
#> dkfz_11-145     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.2795      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732  0 0.000 0.268
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6 p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.1398      0.835 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000  0 0.092 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     9  0.0000      0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     9  0.0000      0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     9  0.0000      0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1  0.0119      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1439      0.828 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000  0 0.096 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.2716      0.698 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1751      0.926 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.084  0 0.000 0.020
#> dkfz_11-040     4  0.0119      0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0373      0.868 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     9  0.0000      0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-043     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     5  0.0296      0.874 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.0930      0.856 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.1313      0.943 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0930      0.952 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     5  0.0645      0.865 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0119      0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.1082      0.850 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1313      0.940 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0119      0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     9  0.0414      0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012  0 0.000 0.984
#> dkfz_11-059     5  0.2226      0.706 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     9  0.0000      0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     5  0.1131      0.848 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.3022      0.616 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.3241      0.594 0.000 0.392 0.000 0.000 0.600 0.000  0 0.000 0.008
#> dkfz_11-074     9  0.0237      0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004  0 0.000 0.992
#> dkfz_11-075     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0119      0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1519      0.803 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0373      0.945 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0119      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.2226      0.714 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1269      0.826 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0119      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0119      0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.1178      0.947 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     9  0.0000      0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0119      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1313      0.824 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0581      0.925 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2252      0.570 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     6  0.1313      0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0119      0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.2327      0.680 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.2984      0.452 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0212      0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0119      0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.3048      0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.392 0.000
#> dkfz_11-144     8  0.3039      0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000  0 0.612 0.000
#> dkfz_11-145     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     5  0.3048      0.605 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000  0 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8    p9 p10
#> dkfz_11-001     3  0.2224      0.833 0.000 0.000 0.844 0.000 0.124 0.000 0.000  0 0.032   0
#> dkfz_11-002     5  0.2930      0.947 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-003     7  0.0000      0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-004     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-007     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-009     7  0.0000      0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-010     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-011     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-012     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-013     2  0.0202      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-014     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-015     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-016     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-021     7  0.0000      0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-022     1  0.0113      0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-023     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-024     2  0.0202      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-025     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-026     2  0.0202      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-027     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-028     3  0.0673      0.944 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-031     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-032     3  0.2803      0.733 0.000 0.000 0.760 0.000 0.208 0.000 0.000  0 0.032   0
#> dkfz_11-033     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-034    10  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   1
#> dkfz_11-035     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-036     2  0.2352      0.354 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-037     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-038     1  0.0202      0.953 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-039     4  0.1318      0.952 0.000 0.000 0.000 0.932 0.044 0.004 0.020  0 0.000   0
#> dkfz_11-040     4  0.0113      0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-041     5  0.3215      0.929 0.016 0.384 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-042     7  0.0000      0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-043     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-044     5  0.2949      0.931 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-045     5  0.2999      0.847 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-046     4  0.1000      0.965 0.000 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-047     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-049     4  0.0426      0.976 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-050     5  0.2975      0.898 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-051     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-052     4  0.0113      0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-054     2  0.3010     -0.784 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-055     1  0.1412      0.865 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-056     4  0.0896      0.967 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-057     4  0.0113      0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-058     7  0.0315      0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988  0 0.000   0
#> dkfz_11-059     5  0.4422      0.585 0.208 0.268 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-060     7  0.0000      0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-061     5  0.3008      0.806 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-062     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-063     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-064     2  0.0729      0.877 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-068     2  0.0202      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-069     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-070     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-071     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-073     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-074     7  0.0226      0.991 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992  0 0.000   0
#> dkfz_11-075     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-091     2  0.0202      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-092     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-093     4  0.0113      0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-094     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-095     5  0.4117      0.766 0.116 0.340 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-096     1  0.0356      0.942 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-097     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-098     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-099     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-100     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-101     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-102     1  0.0113      0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-103     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-104     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-105     1  0.0113      0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-106     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-107     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-108     5  0.4465      0.586 0.208 0.284 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-109     1  0.1280      0.827 0.920 0.076 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-110     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-111     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-112     1  0.0113      0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-113     1  0.0113      0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-114     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-115     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-116     4  0.0113      0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-117     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-118     1  0.0113      0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-119     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-120     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-121     4  0.0786      0.971 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-122     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-123     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-124     7  0.0000      0.997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-125     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-126     1  0.0113      0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-127     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-129     1  0.0113      0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-130     5  0.4042      0.795 0.100 0.360 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-131     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-132     1  0.0555      0.923 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-133     1  0.2573      0.592 0.808 0.148 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-135     1  0.0202      0.953 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-136     6  0.0113      0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-137     4  0.0113      0.978 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-138     1  0.0202      0.953 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-139     5  0.4395      0.546 0.224 0.240 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-140     5  0.4564      0.228 0.380 0.196 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-141     1  0.0202      0.952 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-142     1  0.0113      0.955 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-143     8  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000   0
#> dkfz_11-144     9  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000   0
#> dkfz_11-145     2  0.0202      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-148     2  0.0202      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.970 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000   0
#> dkfz_11-151     5  0.2923      0.952 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000  0 0.000   0

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>          n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> CV:pam 136        7.14e-26        7.44e-27  2
#> CV:pam 135        3.34e-52        5.19e-27  3
#> CV:pam 134        1.27e-74        1.78e-48  4
#> CV:pam 135        3.15e-70        8.33e-46  5
#> CV:pam 134        1.25e-69        5.68e-47  6
#> CV:pam 131        7.70e-68        3.22e-47  7
#> CV:pam 132        2.29e-68        1.50e-47  8
#> CV:pam 131        9.03e-68        3.72e-47  9
#> CV:pam 129        6.57e-88        6.69e-45 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.953       0.983       0.439494 0.564   0.564
#> 3   3 0.679           0.840       0.881       0.288206 0.855   0.753
#> 4   4 0.614           0.765       0.852       0.182165 0.775   0.542
#> 5   5 0.633           0.752       0.851       0.054570 0.947   0.834
#> 6   6 0.676           0.714       0.801       0.072647 0.820   0.488
#> 7   7 0.780           0.753       0.868       0.054654 0.912   0.657
#> 8   8 0.755           0.713       0.818       0.022501 0.941   0.719
#> 9   9 0.730           0.629       0.821      -0.000566 0.899   0.581
#> 10 10 0.758           0.609       0.835       0.001124 0.970   0.863

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-004     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     1   0.983     0.2585 0.576 0.424
#> dkfz_11-007     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2   1.000    -0.0209 0.500 0.500
#> dkfz_11-009     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     1   0.981     0.2706 0.580 0.420
#> dkfz_11-017     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     1   0.833     0.6322 0.736 0.264
#> dkfz_11-020     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-038     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-043     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-049     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1   0.983     0.2583 0.576 0.424
#> dkfz_11-066     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-073     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-074     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     1   0.000     0.9828 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2   0.000     0.9799 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2   0.904     0.5164 0.320 0.680
#> dkfz_11-151     1   0.000     0.9828 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-003     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-004     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.3116      0.562 0.108 0.892 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0237      0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0237      0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-009     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-010     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0237      0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-013     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-014     1  0.6309      0.441 0.500 0.500 0.000
#> dkfz_11-015     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0892      0.663 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2  0.0237      0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.4452      0.863 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.6291     -0.378 0.468 0.532 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1  0.4346      0.865 0.816 0.184 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-040     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-043     1  0.5948      0.701 0.640 0.360 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.4555      0.861 0.800 0.200 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.6062      0.678 0.616 0.384 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-047     1  0.4452      0.863 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-049     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-050     2  0.6309     -0.461 0.500 0.500 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0237      0.885 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     1  0.5465      0.804 0.712 0.288 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-057     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-058     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-061     1  0.5882      0.732 0.652 0.348 0.000
#> dkfz_11-062     1  0.5016      0.846 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.4974      0.849 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-064     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0237      0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.4291      0.866 0.820 0.180 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.4931      0.851 0.768 0.232 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-074     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-075     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-091     1  0.5178      0.833 0.744 0.256 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0237      0.885 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-094     1  0.5098      0.841 0.752 0.248 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0424      0.885 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.3551      0.874 0.868 0.132 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.4235      0.867 0.824 0.176 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3181      0.862 0.912 0.024 0.064
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.4178      0.868 0.828 0.172 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.4796      0.744 0.780 0.220 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.1289      0.883 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0237      0.885 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-137     2  0.4887      0.819 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.885 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     1  0.4887      0.853 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2  0.0237      0.679 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.4062      0.869 0.836 0.164 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-002     2  0.4304     0.7502 0.284 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004     2  0.4122     0.7648 0.236 0.760 0.004 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.3529     0.5569 0.012 0.836 0.000 0.152
#> dkfz_11-006     2  0.4382     0.2766 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-007     2  0.4428     0.7520 0.276 0.720 0.004 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.4431     0.2629 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     2  0.4655     0.7180 0.312 0.684 0.004 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.4720     0.7022 0.324 0.672 0.004 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.5137    -0.1308 0.004 0.544 0.000 0.452
#> dkfz_11-013     2  0.4428     0.7535 0.276 0.720 0.004 0.000
#> dkfz_11-014     1  0.5432     0.4864 0.652 0.316 0.000 0.032
#> dkfz_11-015     1  0.2197     0.8500 0.916 0.080 0.004 0.000
#> dkfz_11-016     4  0.7806     0.0960 0.264 0.324 0.000 0.412
#> dkfz_11-017     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-018     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-019     2  0.4431     0.2629 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-020     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.5137     0.0148 0.544 0.452 0.004 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.4761     0.6951 0.332 0.664 0.004 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.3400     0.7550 0.180 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.4289     0.7526 0.172 0.796 0.000 0.032
#> dkfz_11-027     2  0.4800     0.6793 0.340 0.656 0.004 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-030     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-031     2  0.4720     0.7060 0.324 0.672 0.004 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-033     2  0.4699     0.7077 0.320 0.676 0.004 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-035     1  0.4509     0.6501 0.708 0.288 0.004 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.4920     0.6297 0.368 0.628 0.004 0.000
#> dkfz_11-037     4  0.6813     0.4571 0.132 0.292 0.000 0.576
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.2011     0.8506 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043     1  0.5732     0.5136 0.672 0.264 0.000 0.064
#> dkfz_11-044     1  0.4605     0.5646 0.664 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.4406     0.7567 0.192 0.780 0.000 0.028
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1  0.4088     0.7282 0.764 0.232 0.004 0.000
#> dkfz_11-048     4  0.4998     0.2554 0.000 0.488 0.000 0.512
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.6275     0.2678 0.460 0.484 0.000 0.056
#> dkfz_11-051     1  0.3306     0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-054     2  0.3539     0.7542 0.176 0.820 0.000 0.004
#> dkfz_11-055     1  0.2868     0.6832 0.864 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.1118     0.8524 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.3447     0.7271 0.128 0.852 0.000 0.020
#> dkfz_11-062     2  0.4972     0.3327 0.456 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.4872     0.4588 0.640 0.356 0.004 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.4608     0.7315 0.304 0.692 0.004 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.4543     0.2196 0.000 0.676 0.000 0.324
#> dkfz_11-066     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-067     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-068     2  0.4454     0.7192 0.308 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.4560     0.7359 0.296 0.700 0.004 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.4535     0.6455 0.704 0.292 0.004 0.000
#> dkfz_11-071     2  0.4222     0.7361 0.272 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-073     4  0.4996     0.2658 0.000 0.484 0.000 0.516
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.3688     0.7616 0.208 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.4040     0.7629 0.248 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.3306     0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.4817     0.5157 0.388 0.612 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.2647     0.8375 0.880 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3402     0.8079 0.832 0.164 0.004 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.2266     0.8489 0.912 0.084 0.004 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.4313     0.7593 0.260 0.736 0.004 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.4155     0.7236 0.756 0.240 0.004 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.3123     0.8168 0.844 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.2973     0.8246 0.856 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.3945     0.7510 0.780 0.216 0.004 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     2  0.4372     0.7581 0.268 0.728 0.004 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.2081     0.8497 0.916 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0336     0.8486 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.1743     0.8527 0.940 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3789     0.7866 0.836 0.140 0.004 0.020
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.3306     0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.3688     0.7616 0.208 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.2530     0.8442 0.896 0.100 0.004 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.3982     0.7448 0.776 0.220 0.004 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2266     0.8489 0.912 0.084 0.004 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.3306     0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.3760     0.7870 0.828 0.156 0.004 0.012
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.3123     0.8168 0.844 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.3448     0.8043 0.828 0.168 0.004 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1743     0.8527 0.940 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.3306     0.8148 0.840 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3024     0.7913 0.000 0.148 0.000 0.852
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     1  0.1557     0.8527 0.944 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0921     0.8517 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.8468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-144     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-145     2  0.4456     0.7516 0.280 0.716 0.004 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-147     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-148     2  0.3873     0.7619 0.228 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0188     1.0000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.4843     0.0386 0.000 0.604 0.000 0.396
#> dkfz_11-151     1  0.3831     0.7688 0.792 0.204 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2   p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.3816      0.673 0.304 0.696 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.1124      0.960 0.000 0.036 0.00 0.960 0.004
#> dkfz_11-004     2  0.4067      0.672 0.300 0.692 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-005     2  0.1569      0.591 0.008 0.948 0.00 0.032 0.012
#> dkfz_11-006     2  0.1901      0.578 0.004 0.928 0.00 0.056 0.012
#> dkfz_11-007     2  0.4825      0.526 0.408 0.568 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-008     2  0.2037      0.575 0.004 0.920 0.00 0.064 0.012
#> dkfz_11-009     4  0.1124      0.960 0.000 0.036 0.00 0.960 0.004
#> dkfz_11-010     2  0.4953      0.449 0.440 0.532 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-011     2  0.4980      0.322 0.484 0.488 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-012     2  0.2293      0.559 0.000 0.900 0.00 0.084 0.016
#> dkfz_11-013     2  0.3934      0.688 0.276 0.716 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-014     2  0.4891      0.239 0.480 0.500 0.00 0.016 0.004
#> dkfz_11-015     1  0.3282      0.785 0.804 0.008 0.00 0.000 0.188
#> dkfz_11-016     2  0.4077      0.558 0.128 0.800 0.00 0.064 0.008
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.2102      0.572 0.004 0.916 0.00 0.068 0.012
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.1124      0.960 0.000 0.036 0.00 0.960 0.004
#> dkfz_11-022     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-023     1  0.3970      0.578 0.744 0.236 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-024     2  0.4470      0.621 0.372 0.616 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-025     2  0.2017      0.649 0.080 0.912 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.1831      0.649 0.076 0.920 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-027     2  0.4744      0.362 0.476 0.508 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     2  0.4930      0.491 0.424 0.548 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     2  0.4957      0.442 0.444 0.528 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-034     3  0.0609      0.973 0.000 0.000 0.98 0.020 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.2969      0.731 0.852 0.128 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-036     1  0.5047     -0.308 0.496 0.472 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-037     2  0.4430      0.158 0.000 0.628 0.00 0.360 0.012
#> dkfz_11-038     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0771      0.832 0.976 0.004 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-042     4  0.1251      0.958 0.000 0.036 0.00 0.956 0.008
#> dkfz_11-043     1  0.4455      0.231 0.588 0.404 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-044     1  0.5139      0.409 0.624 0.316 0.00 0.000 0.060
#> dkfz_11-045     2  0.1831      0.643 0.076 0.920 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.3134      0.749 0.848 0.120 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-048     2  0.3999      0.360 0.000 0.740 0.00 0.240 0.020
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.2833      0.621 0.120 0.864 0.00 0.012 0.004
#> dkfz_11-051     1  0.2278      0.805 0.908 0.060 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.2124      0.658 0.096 0.900 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-055     5  0.3659      0.536 0.220 0.000 0.00 0.012 0.768
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.1792      0.826 0.916 0.000 0.00 0.000 0.084
#> dkfz_11-060     4  0.1484      0.943 0.000 0.048 0.00 0.944 0.008
#> dkfz_11-061     2  0.1628      0.632 0.056 0.936 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-062     2  0.3123      0.647 0.184 0.812 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-063     1  0.4525      0.182 0.624 0.360 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-064     2  0.4726      0.567 0.400 0.580 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-065     2  0.2102      0.573 0.004 0.916 0.00 0.068 0.012
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.3949      0.674 0.332 0.668 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.4602      0.653 0.316 0.656 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-070     1  0.3409      0.737 0.824 0.144 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-071     2  0.3398      0.685 0.216 0.780 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-072     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.4451      0.320 0.000 0.712 0.00 0.248 0.040
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.3684      0.688 0.280 0.720 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.3430      0.689 0.220 0.776 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     1  0.2359      0.803 0.904 0.060 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.3861      0.645 0.284 0.712 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.1549      0.827 0.944 0.040 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-096     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-097     1  0.1740      0.815 0.932 0.056 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-098     1  0.0703      0.829 0.976 0.000 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-099     2  0.4415      0.596 0.388 0.604 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-100     1  0.2020      0.811 0.900 0.100 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.1408      0.824 0.948 0.044 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-102     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-103     1  0.0898      0.829 0.972 0.020 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-104     1  0.2984      0.764 0.860 0.108 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-105     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-106     2  0.4752      0.559 0.412 0.568 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-107     1  0.0703      0.833 0.976 0.000 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-108     1  0.1965      0.823 0.904 0.000 0.00 0.000 0.096
#> dkfz_11-109     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-110     1  0.1544      0.831 0.932 0.000 0.00 0.000 0.068
#> dkfz_11-111     1  0.3509      0.777 0.792 0.008 0.00 0.004 0.196
#> dkfz_11-112     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-113     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-114     1  0.2359      0.803 0.904 0.060 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-115     2  0.3421      0.688 0.204 0.788 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0955      0.827 0.968 0.004 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-118     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-119     1  0.2879      0.772 0.868 0.100 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-120     1  0.1364      0.823 0.952 0.012 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1408      0.821 0.948 0.044 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-123     1  0.4716      0.288 0.656 0.308 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-124     4  0.0290      0.980 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.1121      0.822 0.956 0.044 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-127     1  0.1740      0.815 0.932 0.056 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-128     1  0.2424      0.812 0.868 0.000 0.00 0.000 0.132
#> dkfz_11-129     1  0.3508      0.710 0.748 0.000 0.00 0.000 0.252
#> dkfz_11-130     1  0.3177      0.767 0.792 0.000 0.00 0.000 0.208
#> dkfz_11-131     1  0.1774      0.816 0.932 0.052 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-132     1  0.2813      0.790 0.832 0.000 0.00 0.000 0.168
#> dkfz_11-133     1  0.2329      0.815 0.876 0.000 0.00 0.000 0.124
#> dkfz_11-134     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-135     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-136     5  0.2929      0.413 0.000 0.000 0.00 0.180 0.820
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.985 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2891      0.783 0.824 0.000 0.00 0.000 0.176
#> dkfz_11-139     1  0.1544      0.828 0.932 0.000 0.00 0.000 0.068
#> dkfz_11-140     1  0.2280      0.816 0.880 0.000 0.00 0.000 0.120
#> dkfz_11-141     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-142     1  0.2377      0.813 0.872 0.000 0.00 0.000 0.128
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.4173      0.681 0.300 0.688 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3684      0.688 0.280 0.720 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.998 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.2550      0.556 0.004 0.892 0.00 0.084 0.020
#> dkfz_11-151     1  0.2654      0.787 0.884 0.084 0.00 0.000 0.032

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.3995     0.2449 0.004 0.480 0.000 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.4163     0.6681 0.320 0.008 0.000 0.656 0.000 0.016
#> dkfz_11-004     5  0.3756     0.4500 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0146     0.6653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1204     0.6481 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.3695     0.4738 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2191     0.6253 0.120 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.4147     0.6718 0.316 0.008 0.000 0.660 0.000 0.016
#> dkfz_11-010     5  0.3695     0.4672 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.3717     0.4502 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.2527     0.5935 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.2597     0.6394 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3855     0.6265 0.024 0.272 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.2095     0.7116 0.016 0.004 0.000 0.000 0.904 0.076
#> dkfz_11-016     2  0.4108     0.5060 0.164 0.744 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.2048     0.6280 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.4163     0.6681 0.320 0.008 0.000 0.656 0.000 0.016
#> dkfz_11-022     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3607     0.5119 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.3607     0.3379 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.1444     0.6776 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1556     0.6776 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.3804     0.3766 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.3672     0.4803 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.3607     0.5000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.2416     0.8292 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-035     5  0.2562     0.7109 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.3872     0.4157 0.004 0.392 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.5915     0.1470 0.340 0.528 0.000 0.080 0.000 0.052
#> dkfz_11-038     1  0.3833     0.9796 0.648 0.000 0.000 0.000 0.344 0.008
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.1556     0.6520 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.4147     0.6718 0.316 0.008 0.000 0.660 0.000 0.016
#> dkfz_11-043     5  0.4252     0.5337 0.036 0.312 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-044     5  0.3103     0.7015 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.1225     0.6737 0.012 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2823     0.6766 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.4728     0.2785 0.340 0.604 0.000 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.3796     0.5211 0.084 0.776 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0520     0.7134 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1387     0.6781 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-055     6  0.2258     0.8456 0.060 0.000 0.000 0.000 0.044 0.896
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.3838     0.8104 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.4210     0.6539 0.332 0.008 0.000 0.644 0.000 0.016
#> dkfz_11-061     2  0.1151     0.6748 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.4084     0.4477 0.012 0.400 0.000 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.2597     0.7091 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3993    -0.1060 0.004 0.520 0.000 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.2260     0.6144 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.3930     0.1141 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.3774     0.4024 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.2340     0.7214 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.4004     0.5284 0.012 0.368 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.4728     0.2785 0.340 0.604 0.000 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.3634     0.2985 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.2191     0.6670 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0291     0.7128 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3802     0.6025 0.012 0.312 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1556     0.6520 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.1297     0.7005 0.040 0.012 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0937     0.6898 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.3737     0.4689 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.3062     0.7087 0.032 0.144 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1267     0.6748 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.1500     0.6879 0.052 0.000 0.000 0.000 0.936 0.012
#> dkfz_11-104     5  0.1501     0.7393 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.3578     0.5387 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.1444     0.6600 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.3819    -0.3076 0.372 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0865     0.6921 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.2250     0.7087 0.020 0.000 0.000 0.000 0.888 0.092
#> dkfz_11-112     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0000     0.7112 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.3774     0.0926 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0713     0.6969 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.3714     0.9807 0.656 0.000 0.000 0.000 0.340 0.004
#> dkfz_11-119     5  0.2219     0.7249 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0458     0.7035 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.1075     0.6842 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.2212     0.7377 0.008 0.112 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.2219     0.8131 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.1075     0.6842 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1265     0.6959 0.044 0.008 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.3714     0.9807 0.656 0.000 0.000 0.000 0.340 0.004
#> dkfz_11-129     1  0.4436     0.9360 0.640 0.000 0.000 0.000 0.312 0.048
#> dkfz_11-130     5  0.2651     0.7034 0.028 0.000 0.000 0.000 0.860 0.112
#> dkfz_11-131     5  0.1010     0.6966 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.3927     0.9771 0.644 0.000 0.000 0.000 0.344 0.012
#> dkfz_11-133     1  0.3607     0.9789 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-136     6  0.0000     0.8437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.4249     0.9580 0.640 0.000 0.000 0.000 0.328 0.032
#> dkfz_11-139     5  0.1444     0.6603 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.3126     0.2514 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3592     0.9835 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0363     0.9772 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-144     3  0.1444     0.9237 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-145     2  0.3489     0.4663 0.004 0.708 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2871     0.6220 0.004 0.804 0.000 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.2362     0.6133 0.136 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.1610     0.7413 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.3420     0.6233 0.000 0.656 0.000 0.000 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-003     6  0.3348     0.5196 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> dkfz_11-004     2  0.3682     0.3047 0.000 0.500 0.000 0.000 0.496 0.004 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1060     0.5290 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1482     0.4954 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-007     2  0.3483     0.6067 0.000 0.636 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3266     0.1720 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-009     6  0.3348     0.5196 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> dkfz_11-010     2  0.3494     0.5969 0.000 0.632 0.000 0.000 0.364 0.004 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.3392     0.6330 0.000 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.3552    -0.1476 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.2293     0.6774 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.2171     0.7980 0.000 0.116 0.000 0.000 0.872 0.012 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.0612     0.8687 0.008 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.5130     0.2082 0.000 0.356 0.000 0.000 0.148 0.496 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3252     0.1794 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     6  0.3348     0.5196 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3051     0.5428 0.000 0.256 0.000 0.000 0.740 0.004 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.2832     0.6902 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.1222     0.6201 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1433     0.6349 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.3266     0.6586 0.000 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     2  0.3516     0.5873 0.000 0.624 0.000 0.000 0.372 0.004 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     2  0.3556     0.5587 0.000 0.608 0.000 0.000 0.388 0.004 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.2321     0.8378 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152
#> dkfz_11-035     5  0.1123     0.8634 0.000 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3483     0.6064 0.000 0.636 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.2572     0.4007 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0637     0.9648 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-039     4  0.0134     0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0134     0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.1166     0.8509 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     6  0.3363     0.5131 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> dkfz_11-043     5  0.3543     0.6190 0.000 0.224 0.000 0.000 0.736 0.040 0.000
#> dkfz_11-044     5  0.2702     0.7966 0.000 0.112 0.000 0.000 0.844 0.044 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.2960     0.6008 0.000 0.828 0.000 0.000 0.100 0.072 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.1299     0.8519 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
#> dkfz_11-048     6  0.3122     0.3781 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.5554    -0.0365 0.000 0.392 0.000 0.000 0.360 0.248 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0468     0.8674 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1552     0.6180 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012 0.000
#> dkfz_11-055     7  0.1060     0.9211 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.952
#> dkfz_11-056     4  0.0134     0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0422     0.9527 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.2543     0.6451 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     6  0.3363     0.5153 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> dkfz_11-061     2  0.2751     0.4845 0.000 0.824 0.000 0.000 0.024 0.152 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.3159     0.6552 0.000 0.228 0.000 0.000 0.756 0.016 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.0966     0.8652 0.000 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3283     0.6579 0.000 0.692 0.000 0.000 0.304 0.004 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3525    -0.0702 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.3547     0.5412 0.000 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000
#> dkfz_11-069     2  0.3420     0.6246 0.000 0.656 0.000 0.000 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.1299     0.8584 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.3532     0.4984 0.000 0.320 0.000 0.000 0.668 0.012 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     6  0.3008     0.3910 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0134     0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.4642     0.5736 0.000 0.576 0.000 0.000 0.332 0.092 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.2118     0.6697 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.1060     0.8587 0.000 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3276     0.6558 0.000 0.248 0.000 0.000 0.736 0.016 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1222     0.8469 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0134     0.9705 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.1391     0.8626 0.012 0.044 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0134     0.8680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.3680    -0.2296 0.000 0.484 0.000 0.000 0.512 0.004 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.2416     0.7910 0.004 0.148 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0790     0.8659 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0790     0.8642 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.1242     0.8533 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0134     0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.2293     0.7392 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0728     0.8632 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.3546     0.1733 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0334     0.9651 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0468     0.8680 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0612     0.8687 0.008 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0134     0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0134     0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0468     0.8674 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.3944     0.6373 0.000 0.724 0.000 0.000 0.180 0.096 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0239     0.8684 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.1183     0.8554 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0268     0.8683 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0134     0.9633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0334     0.8679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.1083     0.8655 0.000 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.3346     0.3547 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.0582     0.8662 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1432     0.8572 0.004 0.060 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0134     0.9725 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0715     0.9624 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-130     5  0.0994     0.8651 0.032 0.004 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0134     0.8685 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0582     0.9619 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-133     1  0.0656     0.9422 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0268     0.9719 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-136     7  0.0637     0.9201 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0715     0.9624 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-139     5  0.1060     0.8596 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.3625     0.2762 0.424 0.000 0.000 0.000 0.572 0.004 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0134     0.9711 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.1060     0.9469 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-144     3  0.1802     0.8961 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> dkfz_11-145     2  0.2837     0.6905 0.000 0.776 0.000 0.000 0.220 0.004 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2888     0.6908 0.000 0.768 0.000 0.000 0.228 0.004 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9825 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3252     0.1740 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.1299     0.8536 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.1178     0.6990 0.000 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     8  0.0520     0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-004     5  0.2558     0.4190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.3333    -0.2186 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.3374     0.3985 0.000 0.584 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.1091     0.6807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3448     0.7314 0.000 0.744 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-009     8  0.0520     0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-010     5  0.1091     0.6785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.0681     0.6947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.3193     0.7281 0.000 0.796 0.000 0.000 0.096 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-013     5  0.2072     0.6341 0.000 0.112 0.000 0.000 0.872 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.4364     0.7066 0.000 0.124 0.000 0.000 0.260 0.616 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3277     0.7353 0.004 0.040 0.000 0.000 0.180 0.772 0.000 0.004
#> dkfz_11-016     2  0.4057     0.6836 0.000 0.744 0.000 0.000 0.060 0.092 0.000 0.104
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3401     0.7308 0.000 0.748 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     8  0.0520     0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-022     1  0.0000     0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3174    -0.0255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.664 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     5  0.1347     0.6919 0.000 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.2907     0.4280 0.000 0.248 0.000 0.000 0.744 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     5  0.2856     0.4811 0.000 0.224 0.000 0.000 0.764 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0739     0.6992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0618     0.9583 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0706     0.9573 0.000 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.1091     0.6792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0837     0.9541 0.000 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.1341     0.6587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3883     0.7578 0.000 0.036 0.756 0.000 0.000 0.068 0.136 0.004
#> dkfz_11-035     6  0.3095     0.7609 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.0992     0.6934 0.000 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3528     0.1171 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.480
#> dkfz_11-038     1  0.2931     0.8330 0.824 0.008 0.000 0.000 0.000 0.064 0.104 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0125     0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040     4  0.0125     0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041     6  0.5133     0.6530 0.084 0.112 0.000 0.000 0.156 0.640 0.000 0.008
#> dkfz_11-042     8  0.0520     0.8777 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-043     6  0.4775     0.4349 0.000 0.308 0.000 0.000 0.088 0.580 0.004 0.020
#> dkfz_11-044     6  0.4927     0.6210 0.000 0.140 0.000 0.000 0.236 0.596 0.000 0.028
#> dkfz_11-045     5  0.3678     0.1050 0.000 0.412 0.000 0.000 0.568 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0125     0.9835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-047     6  0.3311     0.6468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.2841     0.6164 0.000 0.756 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.4256     0.5194 0.000 0.672 0.000 0.000 0.072 0.232 0.000 0.024
#> dkfz_11-051     6  0.2869     0.7812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     5  0.3071     0.4141 0.000 0.264 0.000 0.000 0.724 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     7  0.1464     0.8541 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004
#> dkfz_11-056     4  0.0125     0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.0125     0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-058     4  0.1803     0.8513 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-059     1  0.5387     0.3279 0.588 0.076 0.000 0.000 0.108 0.220 0.000 0.008
#> dkfz_11-060     8  0.1014     0.8609 0.000 0.020 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-061     5  0.3721    -0.0242 0.000 0.448 0.000 0.000 0.532 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.4708     0.5465 0.000 0.176 0.000 0.000 0.260 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.3496     0.7185 0.000 0.012 0.000 0.000 0.388 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     5  0.0669     0.7017 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3367     0.7375 0.000 0.764 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-066     3  0.0788     0.9560 0.000 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0618     0.9583 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     5  0.2729     0.6409 0.000 0.056 0.000 0.000 0.828 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0868     0.6896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3672     0.6586 0.000 0.020 0.000 0.000 0.408 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.4405    -0.2214 0.000 0.084 0.000 0.000 0.516 0.400 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3153     0.4457 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-074     4  0.0224     0.9830 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075     5  0.4234     0.4886 0.000 0.268 0.000 0.000 0.628 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     5  0.2464     0.5889 0.000 0.156 0.000 0.000 0.828 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     6  0.3265     0.6884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.4379    -0.2559 0.000 0.080 0.000 0.000 0.512 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     6  0.4986     0.6798 0.064 0.104 0.000 0.000 0.176 0.648 0.000 0.008
#> dkfz_11-096     1  0.0544     0.9072 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     6  0.3283     0.6840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     6  0.3137     0.7785 0.000 0.020 0.000 0.000 0.248 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.3327     0.5668 0.000 0.060 0.000 0.000 0.756 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     6  0.4092     0.5741 0.000 0.048 0.000 0.000 0.448 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     6  0.3034     0.7836 0.004 0.004 0.000 0.000 0.268 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.3324     0.7780 0.004 0.024 0.000 0.000 0.248 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     6  0.3294     0.6690 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0438     0.9151 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.3332    -0.5436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     6  0.3141     0.7798 0.024 0.000 0.000 0.000 0.236 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     6  0.5851     0.2158 0.356 0.096 0.000 0.000 0.096 0.444 0.000 0.008
#> dkfz_11-109     1  0.0224     0.9135 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     6  0.3428     0.7679 0.008 0.024 0.000 0.000 0.228 0.736 0.000 0.004
#> dkfz_11-111     6  0.3512     0.7215 0.004 0.060 0.000 0.000 0.176 0.756 0.000 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.0125     0.9154 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.1252     0.9055 0.944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.2869     0.7812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.3831     0.3090 0.000 0.348 0.000 0.000 0.612 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     6  0.2776     0.7834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0806     0.9116 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     6  0.3303     0.6564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     6  0.2795     0.7836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0125     0.9856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122     6  0.2915     0.7835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.268 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     6  0.3771     0.7653 0.000 0.044 0.000 0.000 0.312 0.644 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     8  0.3142     0.3911 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-125     6  0.3015     0.7837 0.004 0.004 0.000 0.000 0.264 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0471     0.9092 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.3307     0.6628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0992     0.9074 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.3053     0.8283 0.820 0.008 0.000 0.000 0.000 0.064 0.104 0.004
#> dkfz_11-130     6  0.5065     0.6895 0.068 0.108 0.000 0.000 0.176 0.640 0.000 0.008
#> dkfz_11-131     6  0.2833     0.7820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.1561     0.8842 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2258     0.8369 0.892 0.048 0.000 0.000 0.024 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-134     1  0.0313     0.9155 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.2004     0.8860 0.900 0.008 0.000 0.000 0.000 0.048 0.044 0.000
#> dkfz_11-136     7  0.1032     0.8502 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.004 0.960 0.020
#> dkfz_11-137     4  0.0125     0.9835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3092     0.8253 0.816 0.008 0.000 0.000 0.000 0.064 0.108 0.004
#> dkfz_11-139     6  0.4818     0.7100 0.084 0.068 0.000 0.000 0.172 0.668 0.000 0.008
#> dkfz_11-140     6  0.5672     0.2440 0.364 0.092 0.000 0.000 0.068 0.464 0.000 0.012
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0438     0.9140 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.2316     0.8927 0.000 0.028 0.888 0.000 0.000 0.052 0.028 0.004
#> dkfz_11-144     3  0.3176     0.8398 0.000 0.028 0.824 0.000 0.000 0.068 0.076 0.004
#> dkfz_11-145     5  0.1317     0.6918 0.000 0.048 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     5  0.1503     0.6907 0.000 0.068 0.000 0.000 0.920 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9640 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3938     0.7018 0.000 0.680 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-151     6  0.3421     0.6556 0.000 0.004 0.000 0.000 0.448 0.548 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0930     0.8042 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     5  0.3620     0.2544 0.000 0.420 0.000 0.000 0.556 0.016 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     9  0.0119     0.7482 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-004     5  0.1992     0.7197 0.000 0.144 0.000 0.000 0.852 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0726     0.5653 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1268     0.5348 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.2932     0.6093 0.000 0.244 0.000 0.000 0.740 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3079     0.4345 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.096 0.052 0.000 0.040
#> dkfz_11-009     9  0.0237     0.7481 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-010     5  0.3419     0.3457 0.000 0.384 0.000 0.000 0.600 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.3355     0.4244 0.000 0.356 0.000 0.000 0.628 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.4361     0.1707 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.204 0.088 0.000 0.048
#> dkfz_11-013     2  0.3354     0.5849 0.000 0.744 0.000 0.000 0.192 0.056 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.1964     0.7474 0.000 0.108 0.000 0.000 0.876 0.012 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.3225     0.5892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.384 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.5902    -0.2857 0.000 0.436 0.000 0.000 0.084 0.344 0.088 0.000 0.048
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3118     0.4356 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.100 0.052 0.000 0.040
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     9  0.0119     0.7482 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-022     1  0.0237     0.8879 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.1596     0.7436 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.3468     0.4823 0.000 0.664 0.000 0.000 0.304 0.024 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.1944     0.6005 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056 0.040 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.2385     0.6060 0.000 0.860 0.000 0.000 0.080 0.052 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.3521     0.0728 0.000 0.520 0.000 0.000 0.464 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.1810     0.7294 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.2664     0.4736 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.2991     0.5976 0.000 0.256 0.000 0.000 0.728 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2060     0.6711 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.2571     0.6645 0.000 0.196 0.000 0.000 0.792 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.3382     0.5994 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.716 0.060 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0887     0.7773 0.000 0.024 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.3548     0.2643 0.000 0.416 0.000 0.000 0.564 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.5600     0.0000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.392 0.076 0.000 0.364
#> dkfz_11-038     1  0.2430     0.8111 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.056 0.056 0.004
#> dkfz_11-039     4  0.0373     0.9401 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-040     4  0.0119     0.9449 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041     5  0.4336     0.6498 0.052 0.000 0.000 0.000 0.660 0.212 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     9  0.0752     0.7309 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.968
#> dkfz_11-043     5  0.5512    -0.0187 0.000 0.300 0.000 0.000 0.364 0.308 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-044     5  0.4853     0.4000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.476 0.388 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-045     2  0.2674     0.5977 0.000 0.828 0.000 0.000 0.108 0.060 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.2031     0.8409 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0296     0.7742 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.5542    -0.4244 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.300 0.096 0.000 0.140
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.4737     0.3401 0.000 0.672 0.000 0.000 0.128 0.100 0.080 0.000 0.020
#> dkfz_11-051     5  0.0492     0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1834     0.6047 0.000 0.896 0.000 0.000 0.064 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     8  0.3987     0.0971 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 0.516 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0119     0.9449 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.0810     0.9353 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-058     4  0.1810     0.8452 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-059     1  0.5174     0.0368 0.496 0.000 0.000 0.000 0.316 0.136 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     9  0.3179     0.5244 0.000 0.004 0.000 0.132 0.000 0.068 0.008 0.000 0.788
#> dkfz_11-061     2  0.2659     0.5803 0.000 0.852 0.000 0.000 0.036 0.076 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-062     5  0.2957     0.5389 0.000 0.288 0.000 0.000 0.704 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.1606     0.7506 0.000 0.092 0.000 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3593     0.0736 0.000 0.516 0.000 0.000 0.464 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3489     0.3887 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.100 0.080 0.000 0.044
#> dkfz_11-066     3  0.3022     0.1144 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.1810     0.7294 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.3767     0.3393 0.000 0.584 0.000 0.000 0.368 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.3499     0.1987 0.000 0.436 0.000 0.000 0.548 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.1717     0.7722 0.000 0.032 0.000 0.000 0.904 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.2114     0.7379 0.000 0.148 0.000 0.000 0.844 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.5461    -0.3751 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.196 0.080 0.000 0.220
#> dkfz_11-074     4  0.1633     0.8657 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-075     2  0.4007     0.5595 0.000 0.676 0.000 0.000 0.236 0.044 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.3099     0.5981 0.000 0.784 0.000 0.000 0.148 0.060 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0237     0.7757 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.2350     0.7267 0.000 0.180 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.3917     0.6863 0.036 0.000 0.000 0.000 0.716 0.168 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0683     0.8831 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.0668     0.7788 0.000 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.2331     0.7511 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.156 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.3610     0.5520 0.000 0.292 0.000 0.000 0.660 0.044 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.1375     0.7756 0.000 0.064 0.000 0.000 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1324     0.7742 0.004 0.000 0.000 0.000 0.936 0.040 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0752     0.8826 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.2279     0.7562 0.004 0.000 0.000 0.000 0.840 0.144 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0212     0.7749 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0542     0.8864 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1033     0.7698 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.2126     0.7678 0.028 0.000 0.000 0.000 0.888 0.056 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.5163     0.4213 0.260 0.000 0.000 0.000 0.528 0.160 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0610     0.8843 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.2844     0.7286 0.012 0.000 0.000 0.000 0.776 0.200 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3356     0.5513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.416 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0356     0.8887 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.1544     0.8667 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036 0.024 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0492     0.7767 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.3307     0.5995 0.000 0.788 0.000 0.000 0.088 0.096 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9451 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.1263     0.7758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.044 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0977     0.8813 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0212     0.7749 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.1223     0.7763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0119     0.9449 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122     5  0.1364     0.7748 0.004 0.000 0.000 0.000 0.932 0.048 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.2325     0.7319 0.000 0.020 0.000 0.000 0.844 0.132 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     9  0.3149     0.2970 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.004 0.000 0.000 0.608
#> dkfz_11-125     5  0.1381     0.7742 0.004 0.000 0.000 0.000 0.932 0.044 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0683     0.8845 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.0668     0.7774 0.000 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1157     0.8787 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.016 0.016 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2774     0.7867 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.056 0.068 0.004
#> dkfz_11-130     5  0.4571     0.5370 0.044 0.000 0.000 0.000 0.544 0.360 0.048 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.1088     0.7753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.032 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.1770     0.8691 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.032 0.032 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1783     0.8260 0.912 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0356     0.8883 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.1691     0.8612 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.036 0.028 0.000
#> dkfz_11-136     8  0.1345     0.0876 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040 0.936 0.016
#> dkfz_11-137     4  0.2060     0.8374 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2644     0.7939 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.056 0.068 0.004
#> dkfz_11-139     5  0.3917     0.6822 0.044 0.000 0.000 0.000 0.688 0.228 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.5810     0.2158 0.300 0.000 0.000 0.000 0.428 0.184 0.080 0.008 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0683     0.8842 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.1054     0.8823 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.016 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.3107    -0.4507 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     7  0.3593     0.4125 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.500 0.024 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.3814     0.5298 0.000 0.664 0.000 0.000 0.264 0.064 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0581     0.8199 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3523     0.5596 0.000 0.704 0.000 0.000 0.240 0.048 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.2920     0.4505 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.080 0.048 0.000 0.044
#> dkfz_11-151     5  0.0741     0.7768 0.000 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.0888     0.8376 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-002     5  0.3416     0.0611 0.000 0.448 0.000 0.000 0.528 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.0000     0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.1410     0.7599 0.000 0.080 0.000 0.000 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0426     0.5834 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0667     0.5758 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.2008     0.7139 0.000 0.128 0.000 0.000 0.856 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1364     0.5304 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-009     7  0.0113     0.7604 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.3064     0.4416 0.000 0.324 0.000 0.000 0.660 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.3100     0.4270 0.000 0.336 0.000 0.000 0.648 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.2979     0.2166 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.2977     0.6079 0.000 0.768 0.000 0.000 0.160 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.1616     0.7449 0.000 0.060 0.000 0.000 0.912 0.012 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-015     5  0.3005    -0.2975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.5190    -0.2813 0.000 0.408 0.000 0.000 0.240 0.028 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1364     0.5304 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     7  0.0000     0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0469     0.8535 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.1088     0.7745 0.000 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.3044     0.5580 0.000 0.712 0.000 0.000 0.256 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.1064     0.6105 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1824     0.6193 0.000 0.896 0.000 0.000 0.028 0.068 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.3318     0.0542 0.000 0.496 0.000 0.000 0.488 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.1880     0.7686 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.2559     0.6066 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-031     5  0.2140     0.7066 0.000 0.136 0.000 0.000 0.844 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2266     0.6717 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-033     5  0.1530     0.7537 0.000 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.0000     0.3403 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     5  0.0781     0.7826 0.000 0.020 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     5  0.3287     0.1654 0.000 0.432 0.000 0.000 0.552 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     9  0.3531     0.3551 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.004 0.112 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.2546     0.7819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004 0.124 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3109     0.8671 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.004 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.3007     0.8683 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.2640     0.6787 0.048 0.000 0.000 0.000 0.844 0.080 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.1705     0.7118 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.876 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.5659    -0.4423 0.000 0.292 0.000 0.000 0.328 0.288 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.5510     0.2990 0.000 0.112 0.000 0.000 0.376 0.388 0.008 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.2530     0.6166 0.000 0.828 0.000 0.000 0.124 0.008 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0113     0.2421 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0282     0.7803 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     9  0.3366     0.4857 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.2990     0.8672 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.3226     0.4559 0.000 0.780 0.000 0.000 0.124 0.056 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0113     0.7789 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.2990     0.8685 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1258     0.6162 0.000 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     6  0.5704    -0.5128 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.236 0.084 0.008
#> dkfz_11-056     4  0.3007     0.8683 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.2923     0.8223 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.4298     0.7785 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.132 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.3745     0.3572 0.664 0.000 0.000 0.000 0.268 0.048 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.3863     0.5591 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.704 0.068 0.176 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.1651     0.5986 0.000 0.900 0.000 0.000 0.008 0.084 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-062     5  0.2730     0.4269 0.000 0.292 0.000 0.000 0.704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     5  0.1050     0.7714 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3398     0.2713 0.000 0.548 0.000 0.000 0.428 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1329     0.5480 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.3010     0.0739 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-067     3  0.1880     0.7686 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-068     2  0.3769     0.4364 0.000 0.596 0.000 0.000 0.344 0.052 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.3215     0.3199 0.000 0.384 0.000 0.000 0.600 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     5  0.1896     0.7301 0.000 0.032 0.000 0.000 0.880 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.1790     0.7119 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3570    -0.5973 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.4276     0.7824 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.128 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.2631     0.6168 0.000 0.808 0.000 0.000 0.148 0.040 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.3160     0.6181 0.000 0.784 0.000 0.000 0.112 0.080 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0202     0.7796 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.2993     0.8678 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.1739     0.7388 0.000 0.124 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.2845     0.6507 0.084 0.000 0.000 0.000 0.824 0.068 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0282     0.8506 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.0539     0.7815 0.000 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.1145     0.7639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-099     5  0.3704     0.3262 0.000 0.328 0.000 0.000 0.604 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0986     0.7733 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0469     0.7775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0492     0.8501 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.1145     0.7667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0202     0.7796 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0786     0.8504 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1572     0.7508 0.000 0.096 0.000 0.000 0.896 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.1340     0.7610 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.036 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.4081    -0.1315 0.472 0.000 0.000 0.000 0.464 0.044 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0282     0.8506 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.1762     0.7362 0.012 0.000 0.000 0.000 0.888 0.096 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111     6  0.3188     0.0897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.500 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0356     0.8536 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.1587     0.8340 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0226     0.7800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     2  0.2423     0.5965 0.000 0.832 0.000 0.000 0.036 0.128 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.2990     0.8685 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.0605     0.7759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.1050     0.8459 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0282     0.7802 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.0492     0.7776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.3007     0.8683 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.0356     0.7775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.2181     0.6869 0.000 0.012 0.000 0.000 0.856 0.016 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-124     7  0.4477     0.1552 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.004 0.560 0.212 0.004 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.0539     0.7772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0426     0.8505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.0356     0.7804 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1358     0.8404 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2798     0.7636 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.144 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.4037    -0.2968 0.048 0.000 0.000 0.000 0.512 0.424 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0429     0.7793 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0978     0.8480 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1021     0.8382 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0728     0.8534 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.1694     0.8312 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-136     8  0.3751     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.004 0.508 0.028 0.008
#> dkfz_11-137     4  0.0555     0.1911 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2901     0.7522 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004 0.140 0.000
#> dkfz_11-139     5  0.2535     0.6815 0.036 0.000 0.000 0.000 0.840 0.108 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.4214     0.0803 0.552 0.000 0.000 0.000 0.360 0.068 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0426     0.8507 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0356     0.8517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-143    10  0.2848     0.6203 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-144    10  0.2709     0.6446 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> dkfz_11-145     2  0.3462     0.5657 0.000 0.696 0.000 0.000 0.216 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0202     0.8716 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3514     0.5705 0.000 0.704 0.000 0.000 0.220 0.064 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.8752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1970     0.4900 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0909     0.7807 0.000 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>             n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> CV:mclust 132        5.85e-23        2.88e-12  2
#> CV:mclust 133        1.06e-42        5.05e-15  3
#> CV:mclust 121        1.67e-51        1.75e-25  4
#> CV:mclust 121        1.07e-52        4.31e-25  5
#> CV:mclust 114        2.57e-69        1.32e-36  6
#> CV:mclust 118        2.41e-62        6.89e-37  7
#> CV:mclust 115        2.76e-60        1.93e-34  8
#> CV:mclust 105        1.54e-59        1.26e-35  9
#> CV:mclust 104        1.15e-60        2.13e-34 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.404           0.826       0.891         0.4085 0.608   0.608
#> 3   3 0.586           0.843       0.899         0.4137 0.846   0.747
#> 4   4 0.612           0.820       0.847         0.1859 0.842   0.652
#> 5   5 0.749           0.822       0.873         0.0972 0.965   0.882
#> 6   6 0.801           0.832       0.895         0.0398 0.983   0.935
#> 7   7 0.785           0.808       0.896         0.0132 0.996   0.984
#> 8   8 0.782           0.799       0.887         0.0238 0.964   0.851
#> 9   9 0.840           0.671       0.867         0.0206 0.986   0.934
#> 10 10 0.828           0.805       0.875         0.0128 0.961   0.801

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-002     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-003     2  0.5737      0.896 0.136 0.864
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.6343      0.779 0.840 0.160
#> dkfz_11-006     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.7219      0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-009     2  0.5519      0.898 0.128 0.872
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-014     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-016     1  0.0938      0.884 0.988 0.012
#> dkfz_11-017     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-018     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-019     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-020     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-021     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-022     2  0.8443      0.636 0.272 0.728
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     1  0.1633      0.881 0.976 0.024
#> dkfz_11-025     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-029     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-030     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     1  0.9661      0.516 0.608 0.392
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.5519      0.818 0.128 0.872
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-037     1  0.7219      0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-038     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-039     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-040     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-041     1  0.1184      0.882 0.984 0.016
#> dkfz_11-042     1  0.5519      0.809 0.872 0.128
#> dkfz_11-043     1  0.5629      0.804 0.868 0.132
#> dkfz_11-044     1  0.3431      0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-045     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.857 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.7219      0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-049     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-050     1  0.3431      0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-051     1  0.1184      0.882 0.984 0.016
#> dkfz_11-052     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-053     1  0.9922      0.386 0.552 0.448
#> dkfz_11-054     1  0.2043      0.882 0.968 0.032
#> dkfz_11-055     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-056     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-057     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-058     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-059     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-060     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-061     1  0.3431      0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-062     1  0.0938      0.884 0.988 0.012
#> dkfz_11-063     1  0.0376      0.883 0.996 0.004
#> dkfz_11-064     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-065     1  0.6343      0.780 0.840 0.160
#> dkfz_11-066     1  0.9635      0.524 0.612 0.388
#> dkfz_11-067     1  0.9552      0.549 0.624 0.376
#> dkfz_11-068     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.9393      0.578 0.644 0.356
#> dkfz_11-073     1  0.7219      0.732 0.800 0.200
#> dkfz_11-074     2  0.5519      0.898 0.128 0.872
#> dkfz_11-075     1  0.3431      0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-091     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-094     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.2236      0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-096     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-097     1  0.2236      0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-098     1  0.5408      0.825 0.876 0.124
#> dkfz_11-099     1  0.3431      0.855 0.936 0.064
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.1184      0.882 0.984 0.016
#> dkfz_11-102     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-103     1  0.2603      0.875 0.956 0.044
#> dkfz_11-104     1  0.1843      0.880 0.972 0.028
#> dkfz_11-105     1  0.5946      0.807 0.856 0.144
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1843      0.880 0.972 0.028
#> dkfz_11-108     1  0.5178      0.829 0.884 0.116
#> dkfz_11-109     2  0.7745      0.824 0.228 0.772
#> dkfz_11-110     1  0.2778      0.875 0.952 0.048
#> dkfz_11-111     1  0.5294      0.827 0.880 0.120
#> dkfz_11-112     1  0.5737      0.813 0.864 0.136
#> dkfz_11-113     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-114     1  0.2603      0.875 0.956 0.044
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-117     1  0.3431      0.872 0.936 0.064
#> dkfz_11-118     1  0.6148      0.799 0.848 0.152
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.884 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2948      0.873 0.948 0.052
#> dkfz_11-121     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-122     1  0.2423      0.877 0.960 0.040
#> dkfz_11-123     1  0.2778      0.875 0.952 0.048
#> dkfz_11-124     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-125     1  0.2236      0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-126     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-127     1  0.2778      0.873 0.952 0.048
#> dkfz_11-128     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-129     1  0.6712      0.775 0.824 0.176
#> dkfz_11-130     1  0.4298      0.851 0.912 0.088
#> dkfz_11-131     1  0.2236      0.878 0.964 0.036
#> dkfz_11-132     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-133     2  0.8327      0.763 0.264 0.736
#> dkfz_11-134     2  0.8207      0.791 0.256 0.744
#> dkfz_11-135     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-136     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-137     2  0.3431      0.912 0.064 0.936
#> dkfz_11-138     2  0.6438      0.899 0.164 0.836
#> dkfz_11-139     1  0.1184      0.883 0.984 0.016
#> dkfz_11-140     1  0.2603      0.875 0.956 0.044
#> dkfz_11-141     2  0.7602      0.842 0.220 0.780
#> dkfz_11-142     1  0.5629      0.817 0.868 0.132
#> dkfz_11-143     1  0.9922      0.386 0.552 0.448
#> dkfz_11-144     1  0.9850      0.439 0.572 0.428
#> dkfz_11-145     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-146     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-147     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-148     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-149     1  0.9460      0.573 0.636 0.364
#> dkfz_11-150     1  0.0938      0.882 0.988 0.012
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.884 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-002     1  0.5016      0.757 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-003     2  0.2680      0.861 0.068 0.924 0.008
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.4413      0.779 0.832 0.160 0.008
#> dkfz_11-006     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.4963      0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-009     2  0.2486      0.863 0.060 0.932 0.008
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.0892      0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-012     1  0.0747      0.873 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-013     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-014     1  0.0892      0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-015     1  0.4842      0.775 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-016     1  0.4452      0.800 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-017     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-018     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-019     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-020     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-021     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-022     2  0.8138      0.602 0.132 0.636 0.232
#> dkfz_11-023     1  0.0892      0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-024     1  0.5171      0.784 0.784 0.012 0.204
#> dkfz_11-025     1  0.0892      0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-026     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-029     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-030     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1905      0.962 0.016 0.028 0.956
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.6235      0.196 0.000 0.564 0.436
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-037     1  0.4963      0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-038     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-039     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-040     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-041     1  0.1129      0.871 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-042     1  0.3896      0.803 0.864 0.128 0.008
#> dkfz_11-043     1  0.3965      0.808 0.860 0.132 0.008
#> dkfz_11-044     1  0.4974      0.763 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-045     1  0.0892      0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-046     2  0.2261      0.842 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.4963      0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-049     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-050     1  0.5098      0.751 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-051     1  0.1129      0.871 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-052     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-053     3  0.3359      0.909 0.016 0.084 0.900
#> dkfz_11-054     1  0.5803      0.741 0.736 0.016 0.248
#> dkfz_11-055     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-056     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-057     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-058     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-059     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-060     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-061     1  0.4887      0.771 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-062     1  0.4452      0.800 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-063     1  0.4178      0.812 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-064     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-065     1  0.4413      0.774 0.832 0.160 0.008
#> dkfz_11-066     3  0.1774      0.964 0.016 0.024 0.960
#> dkfz_11-067     3  0.1337      0.971 0.016 0.012 0.972
#> dkfz_11-068     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.5016      0.757 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-071     1  0.0237      0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-072     3  0.1411      0.960 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-073     1  0.4963      0.725 0.792 0.200 0.008
#> dkfz_11-074     2  0.2486      0.863 0.060 0.932 0.008
#> dkfz_11-075     1  0.5098      0.751 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-091     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-094     1  0.0892      0.873 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-095     1  0.1989      0.868 0.948 0.004 0.048
#> dkfz_11-096     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-097     1  0.2096      0.868 0.944 0.004 0.052
#> dkfz_11-098     1  0.4335      0.816 0.864 0.100 0.036
#> dkfz_11-099     1  0.4974      0.763 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.1129      0.871 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-102     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-103     1  0.2446      0.867 0.936 0.012 0.052
#> dkfz_11-104     1  0.1765      0.869 0.956 0.004 0.040
#> dkfz_11-105     1  0.4708      0.797 0.844 0.120 0.036
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1765      0.869 0.956 0.004 0.040
#> dkfz_11-108     1  0.4172      0.820 0.868 0.104 0.028
#> dkfz_11-109     2  0.5688      0.797 0.168 0.788 0.044
#> dkfz_11-110     1  0.2434      0.864 0.940 0.024 0.036
#> dkfz_11-111     1  0.4256      0.817 0.868 0.096 0.036
#> dkfz_11-112     1  0.4563      0.804 0.852 0.112 0.036
#> dkfz_11-113     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-114     1  0.2446      0.867 0.936 0.012 0.052
#> dkfz_11-115     1  0.0237      0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-116     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-117     1  0.3415      0.862 0.900 0.020 0.080
#> dkfz_11-118     1  0.4848      0.788 0.836 0.128 0.036
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2636      0.864 0.932 0.020 0.048
#> dkfz_11-121     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-122     1  0.2173      0.867 0.944 0.008 0.048
#> dkfz_11-123     1  0.2550      0.865 0.936 0.024 0.040
#> dkfz_11-124     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-125     1  0.2063      0.868 0.948 0.008 0.044
#> dkfz_11-126     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-127     1  0.2599      0.867 0.932 0.016 0.052
#> dkfz_11-128     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-129     1  0.5235      0.760 0.812 0.152 0.036
#> dkfz_11-130     1  0.3554      0.841 0.900 0.064 0.036
#> dkfz_11-131     1  0.1989      0.868 0.948 0.004 0.048
#> dkfz_11-132     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-133     2  0.6423      0.710 0.228 0.728 0.044
#> dkfz_11-134     2  0.5956      0.764 0.188 0.768 0.044
#> dkfz_11-135     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-136     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-137     2  0.0237      0.877 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-138     2  0.4479      0.865 0.096 0.860 0.044
#> dkfz_11-139     1  0.5058      0.754 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-140     1  0.2446      0.867 0.936 0.012 0.052
#> dkfz_11-141     2  0.5454      0.810 0.152 0.804 0.044
#> dkfz_11-142     1  0.4489      0.807 0.856 0.108 0.036
#> dkfz_11-143     3  0.3359      0.909 0.016 0.084 0.900
#> dkfz_11-144     3  0.2902      0.930 0.016 0.064 0.920
#> dkfz_11-145     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-146     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-147     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-148     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-149     3  0.0747      0.976 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-150     1  0.4842      0.773 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.873 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.3402     0.9052 0.164 0.832 0.004 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.2207     0.8065 0.056 0.012 0.004 0.928
#> dkfz_11-004     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.6604     0.5084 0.644 0.192 0.004 0.160
#> dkfz_11-006     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.6591     0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-009     4  0.2040     0.8083 0.048 0.012 0.004 0.936
#> dkfz_11-010     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.4483     0.5282 0.712 0.284 0.004 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.4313     0.5869 0.736 0.260 0.004 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-014     1  0.3528     0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.3583     0.9129 0.180 0.816 0.004 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.4049     0.9050 0.212 0.780 0.008 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     4  0.8289     0.5881 0.120 0.336 0.064 0.480
#> dkfz_11-023     1  0.4483     0.5282 0.712 0.284 0.004 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.4464     0.9187 0.224 0.760 0.004 0.012
#> dkfz_11-025     1  0.3528     0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2142     0.9672 0.000 0.056 0.928 0.016
#> dkfz_11-033     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     4  0.5000     0.0347 0.000 0.000 0.500 0.500
#> dkfz_11-035     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.6591     0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-038     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.0592     0.8555 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.5613     0.6583 0.736 0.132 0.004 0.128
#> dkfz_11-043     1  0.6535     0.4986 0.644 0.220 0.004 0.132
#> dkfz_11-044     2  0.5397     0.8788 0.220 0.716 0.064 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.3528     0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.2760     0.7486 0.000 0.000 0.128 0.872
#> dkfz_11-047     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.6591     0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.5292     0.8863 0.208 0.728 0.064 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0592     0.8555 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.0707     0.9291 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-054     2  0.3949     0.8835 0.140 0.832 0.012 0.016
#> dkfz_11-055     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.5464     0.8722 0.228 0.708 0.064 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.4049     0.9050 0.212 0.780 0.008 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.4699     0.7849 0.320 0.676 0.004 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.6079     0.6009 0.696 0.140 0.004 0.160
#> dkfz_11-066     3  0.2021     0.9692 0.000 0.056 0.932 0.012
#> dkfz_11-067     3  0.1637     0.9746 0.000 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.4632     0.7846 0.308 0.688 0.004 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.2921     0.7767 0.860 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.2413     0.9608 0.020 0.064 0.916 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.6591     0.5188 0.644 0.152 0.004 0.200
#> dkfz_11-074     4  0.2040     0.8083 0.048 0.012 0.004 0.936
#> dkfz_11-075     2  0.5292     0.8863 0.208 0.728 0.064 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     1  0.3528     0.7163 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0592     0.8538 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-097     1  0.0707     0.8535 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.2281     0.7945 0.904 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.5397     0.8788 0.220 0.716 0.064 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0592     0.8555 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-103     1  0.1004     0.8523 0.972 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-104     1  0.0188     0.8547 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.2799     0.7769 0.884 0.108 0.000 0.008
#> dkfz_11-106     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0188     0.8547 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.2799     0.8004 0.884 0.108 0.000 0.008
#> dkfz_11-109     4  0.6602     0.7353 0.208 0.164 0.000 0.628
#> dkfz_11-110     1  0.0707     0.8503 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.2334     0.7975 0.908 0.088 0.000 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.2741     0.7866 0.892 0.096 0.000 0.012
#> dkfz_11-113     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-114     1  0.1004     0.8523 0.972 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-115     1  0.1474     0.8475 0.948 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.2231     0.8332 0.932 0.044 0.012 0.012
#> dkfz_11-118     1  0.2918     0.7682 0.876 0.116 0.000 0.008
#> dkfz_11-119     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.1109     0.8508 0.968 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.0707     0.8526 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0921     0.8500 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.0592     0.8538 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-127     1  0.1174     0.8514 0.968 0.020 0.000 0.012
#> dkfz_11-128     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-129     1  0.3497     0.7489 0.852 0.124 0.000 0.024
#> dkfz_11-130     1  0.1743     0.8242 0.940 0.056 0.000 0.004
#> dkfz_11-131     1  0.0592     0.8538 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-133     4  0.7002     0.6415 0.268 0.164 0.000 0.568
#> dkfz_11-134     4  0.6374     0.7244 0.228 0.128 0.000 0.644
#> dkfz_11-135     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8195 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     4  0.5897     0.7942 0.136 0.164 0.000 0.700
#> dkfz_11-139     2  0.3498     0.9019 0.160 0.832 0.008 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.1004     0.8523 0.972 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-141     4  0.6429     0.7516 0.192 0.160 0.000 0.648
#> dkfz_11-142     1  0.2611     0.7883 0.896 0.096 0.000 0.008
#> dkfz_11-143     3  0.0707     0.9291 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9372 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.1867     0.9786 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3945     0.9289 0.216 0.780 0.004 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.1211     0.8524 0.960 0.040 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.1800      0.870 0.048 0.932 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-003     4  0.3981      0.763 0.108 0.044 0.000 0.820 0.028
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005     5  0.7070      0.297 0.124 0.336 0.000 0.056 0.484
#> dkfz_11-006     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     5  0.7420      0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-009     4  0.3805      0.772 0.108 0.044 0.000 0.828 0.020
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011     5  0.4401      0.513 0.016 0.328 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-012     5  0.4401      0.532 0.016 0.328 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-013     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-014     5  0.3508      0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-015     2  0.2079      0.868 0.064 0.916 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-016     2  0.2952      0.853 0.104 0.868 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-017     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-020     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.2770      0.719 0.864 0.124 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.4227      0.569 0.016 0.292 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-024     2  0.2913      0.876 0.008 0.888 0.032 0.008 0.064
#> dkfz_11-025     5  0.3508      0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-026     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032     3  0.1701      0.969 0.016 0.028 0.944 0.012 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034     4  0.5234      0.104 0.044 0.000 0.460 0.496 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-037     5  0.7420      0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-038     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0162      0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0703      0.840 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-042     5  0.6346      0.499 0.064 0.272 0.000 0.068 0.596
#> dkfz_11-043     5  0.6776      0.291 0.112 0.356 0.000 0.040 0.492
#> dkfz_11-044     2  0.3678      0.828 0.168 0.804 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-045     5  0.3508      0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-046     4  0.2824      0.824 0.096 0.000 0.032 0.872 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048     5  0.7420      0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.3435      0.838 0.156 0.820 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-051     5  0.0880      0.841 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.1626      0.931 0.044 0.000 0.940 0.016 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1862      0.864 0.048 0.932 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0162      0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.3730      0.827 0.168 0.800 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-062     2  0.2952      0.853 0.104 0.868 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-063     2  0.5416      0.593 0.080 0.632 0.004 0.000 0.284
#> dkfz_11-064     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-065     5  0.6882      0.427 0.092 0.280 0.000 0.080 0.548
#> dkfz_11-066     3  0.1588      0.971 0.016 0.028 0.948 0.008 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.1281      0.976 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070     2  0.4536      0.662 0.048 0.712 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-071     5  0.3203      0.742 0.012 0.168 0.000 0.000 0.820
#> dkfz_11-072     3  0.1399      0.961 0.000 0.028 0.952 0.000 0.020
#> dkfz_11-073     5  0.7420      0.326 0.128 0.296 0.000 0.092 0.484
#> dkfz_11-074     4  0.3805      0.772 0.108 0.044 0.000 0.828 0.020
#> dkfz_11-075     2  0.3435      0.838 0.156 0.820 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-091     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3508      0.663 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-095     5  0.1956      0.831 0.076 0.008 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-096     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-097     5  0.2352      0.823 0.092 0.008 0.004 0.000 0.896
#> dkfz_11-098     5  0.2561      0.806 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-099     2  0.3678      0.828 0.168 0.804 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101     5  0.0880      0.841 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-102     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-103     5  0.2775      0.821 0.100 0.020 0.004 0.000 0.876
#> dkfz_11-104     5  0.1282      0.838 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-105     5  0.2732      0.793 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107     5  0.1282      0.838 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-108     5  0.2583      0.809 0.132 0.004 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-109     1  0.3912      0.862 0.804 0.000 0.000 0.108 0.088
#> dkfz_11-110     5  0.1544      0.837 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-111     5  0.2471      0.808 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-112     5  0.2648      0.798 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-113     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-114     5  0.2775      0.821 0.100 0.020 0.004 0.000 0.876
#> dkfz_11-115     5  0.0566      0.840 0.004 0.012 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3467      0.795 0.128 0.036 0.004 0.000 0.832
#> dkfz_11-118     5  0.2813      0.787 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120     5  0.2351      0.832 0.088 0.016 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.1981      0.836 0.064 0.016 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-123     5  0.1830      0.837 0.068 0.008 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-124     4  0.0162      0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.2012      0.838 0.060 0.020 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-126     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-127     5  0.2517      0.818 0.104 0.008 0.004 0.000 0.884
#> dkfz_11-128     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-129     5  0.3039      0.768 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-130     5  0.2233      0.825 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-131     5  0.1956      0.831 0.076 0.008 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-132     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-133     1  0.4212      0.775 0.776 0.000 0.000 0.080 0.144
#> dkfz_11-134     1  0.4428      0.851 0.760 0.000 0.000 0.144 0.096
#> dkfz_11-135     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0510      0.918 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2719      0.940 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-139     2  0.1960      0.869 0.048 0.928 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-140     5  0.2775      0.821 0.100 0.020 0.004 0.000 0.876
#> dkfz_11-141     1  0.3911      0.893 0.796 0.000 0.000 0.144 0.060
#> dkfz_11-142     5  0.2605      0.800 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-143     3  0.1626      0.931 0.044 0.000 0.940 0.016 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.1043      0.940 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-146     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-149     3  0.0880      0.980 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.2209      0.886 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.2178      0.857 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-003     4  0.4241      0.761 0.124 0.064 0.000 0.780 0.020 0.012
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.6710      0.309 0.128 0.336 0.000 0.024 0.472 0.040
#> dkfz_11-006     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.7141      0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-009     4  0.4067      0.769 0.124 0.064 0.000 0.788 0.012 0.012
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.4443      0.489 0.012 0.024 0.000 0.000 0.636 0.328
#> dkfz_11-012     5  0.4397      0.503 0.012 0.020 0.000 0.000 0.632 0.336
#> dkfz_11-013     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-014     5  0.3841      0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-015     6  0.2357      0.867 0.012 0.116 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-016     6  0.2380      0.881 0.036 0.068 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-017     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-020     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3290      0.667 0.744 0.000 0.004 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-023     5  0.4172      0.542 0.012 0.016 0.000 0.000 0.672 0.300
#> dkfz_11-024     2  0.1251      0.970 0.012 0.956 0.000 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-025     5  0.3841      0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-026     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0653      0.969 0.004 0.004 0.980 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     4  0.5245      0.105 0.028 0.000 0.448 0.484 0.000 0.040
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-037     5  0.7141      0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-038     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0363      0.924 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0632      0.837 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.6146      0.504 0.056 0.272 0.000 0.056 0.584 0.032
#> dkfz_11-043     5  0.7086      0.322 0.116 0.140 0.000 0.008 0.472 0.264
#> dkfz_11-044     6  0.1511      0.876 0.044 0.012 0.004 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-045     5  0.3841      0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-046     4  0.2916      0.835 0.024 0.000 0.020 0.860 0.000 0.096
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.7141      0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1572      0.880 0.036 0.028 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-051     5  0.0790      0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.1874      0.937 0.028 0.000 0.928 0.016 0.000 0.028
#> dkfz_11-054     6  0.2896      0.825 0.000 0.160 0.000 0.016 0.000 0.824
#> dkfz_11-055     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0146      0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.1265      0.873 0.044 0.008 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-062     6  0.2380      0.881 0.036 0.068 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-063     6  0.5163      0.606 0.020 0.068 0.004 0.000 0.272 0.636
#> dkfz_11-064     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-065     5  0.6623      0.434 0.088 0.284 0.000 0.056 0.536 0.036
#> dkfz_11-066     3  0.0551      0.971 0.004 0.004 0.984 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0260      0.977 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.4944      0.636 0.000 0.132 0.000 0.000 0.224 0.644
#> dkfz_11-071     5  0.3231      0.724 0.012 0.008 0.000 0.000 0.800 0.180
#> dkfz_11-072     3  0.1003      0.960 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.7141      0.329 0.132 0.296 0.000 0.060 0.472 0.040
#> dkfz_11-074     4  0.4067      0.769 0.124 0.064 0.000 0.788 0.012 0.012
#> dkfz_11-075     6  0.1572      0.880 0.036 0.028 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-091     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3841      0.647 0.000 0.032 0.000 0.000 0.724 0.244
#> dkfz_11-095     5  0.1757      0.832 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008
#> dkfz_11-096     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2214      0.823 0.092 0.000 0.004 0.000 0.892 0.012
#> dkfz_11-098     5  0.2300      0.809 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.1511      0.876 0.044 0.012 0.004 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0790      0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.2728      0.818 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.032
#> dkfz_11-104     5  0.1152      0.837 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> dkfz_11-105     5  0.2454      0.796 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.1152      0.837 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> dkfz_11-108     5  0.2320      0.812 0.132 0.000 0.000 0.000 0.864 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.1967      0.865 0.904 0.000 0.000 0.012 0.084 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.1387      0.837 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.2219      0.811 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.2378      0.801 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2728      0.818 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.032
#> dkfz_11-115     5  0.0692      0.833 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> dkfz_11-116     4  0.0260      0.925 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3393      0.790 0.108 0.000 0.004 0.000 0.820 0.068
#> dkfz_11-118     5  0.2527      0.791 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2290      0.832 0.084 0.004 0.000 0.000 0.892 0.020
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.1867      0.835 0.064 0.000 0.000 0.000 0.916 0.020
#> dkfz_11-123     5  0.1643      0.837 0.068 0.000 0.000 0.000 0.924 0.008
#> dkfz_11-124     4  0.0146      0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.1807      0.835 0.060 0.000 0.000 0.000 0.920 0.020
#> dkfz_11-126     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2361      0.819 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> dkfz_11-128     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.2730      0.772 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.2006      0.826 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004
#> dkfz_11-131     5  0.1812      0.831 0.080 0.000 0.000 0.000 0.912 0.008
#> dkfz_11-132     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2613      0.773 0.848 0.000 0.000 0.012 0.140 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2333      0.856 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.1010      0.907 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> dkfz_11-138     1  0.0632      0.943 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.2135      0.859 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-140     5  0.2728      0.818 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.032
#> dkfz_11-141     1  0.1829      0.897 0.920 0.000 0.000 0.024 0.056 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.2340      0.803 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.1874      0.937 0.028 0.000 0.928 0.016 0.000 0.028
#> dkfz_11-144     3  0.1341      0.948 0.024 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-145     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-146     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-149     3  0.0547      0.981 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0547      0.997 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1440      0.858 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.012
#> dkfz_11-003     4  0.3288      0.642 0.008 0.000 0.000 0.744 0.008 0.000 0.240
#> dkfz_11-004     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.5991      0.311 0.004 0.268 0.000 0.000 0.460 0.024 0.244
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.6492      0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-009     4  0.3060      0.654 0.008 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-010     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.4100      0.487 0.000 0.020 0.000 0.000 0.636 0.328 0.016
#> dkfz_11-012     5  0.4114      0.502 0.000 0.016 0.000 0.000 0.632 0.332 0.020
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3850      0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-015     6  0.1281      0.864 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> dkfz_11-016     6  0.0468      0.870 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0134      0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022     1  0.4045      0.601 0.704 0.000 0.004 0.000 0.000 0.224 0.068
#> dkfz_11-023     5  0.3771      0.540 0.000 0.016 0.000 0.000 0.672 0.304 0.008
#> dkfz_11-024     2  0.0707      0.969 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> dkfz_11-025     5  0.3850      0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0134      0.947 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1647      0.904 0.004 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-033     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.3909      0.167 0.004 0.000 0.328 0.024 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-035     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.6492      0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0134      0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040     4  0.0373      0.900 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041     5  0.0582      0.837 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.5671      0.515 0.000 0.208 0.000 0.028 0.584 0.016 0.164
#> dkfz_11-043     5  0.6548      0.300 0.004 0.108 0.000 0.000 0.460 0.248 0.180
#> dkfz_11-044     6  0.1647      0.865 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.076
#> dkfz_11-045     5  0.3850      0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-046     7  0.3423      0.164 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-047     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.6492      0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-049     4  0.0134      0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050     6  0.1791      0.868 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000 0.912 0.072
#> dkfz_11-051     5  0.0728      0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.906 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.2305      0.850 0.004 0.000 0.856 0.004 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-054     6  0.2313      0.833 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.880 0.060
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0134      0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.906 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0134      0.905 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0134      0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061     6  0.1409      0.865 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.068
#> dkfz_11-062     6  0.0268      0.871 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-063     6  0.3361      0.543 0.000 0.000 0.004 0.000 0.272 0.716 0.008
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.6048      0.431 0.000 0.216 0.000 0.028 0.524 0.020 0.212
#> dkfz_11-066     3  0.1802      0.890 0.004 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-067     3  0.0422      0.942 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3894      0.593 0.000 0.056 0.000 0.000 0.224 0.716 0.004
#> dkfz_11-071     5  0.3004      0.723 0.000 0.004 0.000 0.000 0.800 0.176 0.020
#> dkfz_11-072     3  0.0504      0.919 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.6492      0.331 0.004 0.228 0.000 0.032 0.460 0.024 0.252
#> dkfz_11-074     4  0.3060      0.654 0.008 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-075     6  0.1791      0.868 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000 0.912 0.072
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0134      0.906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094     5  0.3850      0.648 0.000 0.028 0.000 0.000 0.724 0.228 0.020
#> dkfz_11-095     5  0.1618      0.831 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2077      0.823 0.092 0.000 0.004 0.000 0.892 0.004 0.008
#> dkfz_11-098     5  0.2118      0.809 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.1647      0.865 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.076
#> dkfz_11-100     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0728      0.838 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.2604      0.817 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.024 0.008
#> dkfz_11-104     5  0.1060      0.836 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> dkfz_11-105     5  0.2259      0.796 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.1060      0.836 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> dkfz_11-108     5  0.2136      0.811 0.132 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.1482      0.844 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.1277      0.836 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.2043      0.811 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.2190      0.801 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2604      0.817 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.024 0.008
#> dkfz_11-115     5  0.0707      0.832 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.0239      0.901 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3336      0.790 0.108 0.000 0.004 0.000 0.820 0.048 0.020
#> dkfz_11-118     5  0.2326      0.790 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2160      0.831 0.084 0.004 0.000 0.000 0.892 0.016 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.906 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.1788      0.834 0.064 0.000 0.000 0.000 0.916 0.012 0.008
#> dkfz_11-123     5  0.1513      0.836 0.068 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008
#> dkfz_11-124     4  0.0239      0.905 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125     5  0.1733      0.835 0.060 0.000 0.000 0.000 0.920 0.012 0.008
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2213      0.819 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.004 0.008
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.2514      0.772 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1847      0.826 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.1669      0.830 0.080 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2081      0.741 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1578      0.835 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3280      0.313 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-137     4  0.0966      0.879 0.008 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1346      0.858 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008
#> dkfz_11-140     5  0.2604      0.817 0.100 0.000 0.004 0.000 0.864 0.024 0.008
#> dkfz_11-141     1  0.1109      0.881 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.2154      0.803 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.2713      0.796 0.004 0.000 0.808 0.004 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-144     3  0.2293      0.829 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1893     0.8321 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.900 0.056 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.3207     0.6534 0.004 0.000 0.000 0.724 0.008 0.000 0.260 0.004
#> dkfz_11-004     5  0.0395     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-005     7  0.4349     0.8855 0.000 0.236 0.000 0.000 0.136 0.000 0.628 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-008     7  0.4354     0.9294 0.000 0.184 0.000 0.012 0.136 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.2995     0.6636 0.004 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.260 0.004
#> dkfz_11-010     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.4948     0.4614 0.000 0.016 0.000 0.000 0.592 0.228 0.160 0.004
#> dkfz_11-012     5  0.4851     0.4763 0.000 0.016 0.000 0.000 0.592 0.232 0.160 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.4461     0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-015     6  0.1083     0.8427 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.1783     0.8242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0125     0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3922     0.6017 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.092 0.004
#> dkfz_11-023     5  0.4622     0.5169 0.000 0.016 0.000 0.000 0.632 0.240 0.108 0.004
#> dkfz_11-024     2  0.0596     0.9682 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.4461     0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0125     0.8793 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2715     0.6373 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-033     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-034     8  0.0624     0.3824 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-035     5  0.0471     0.8516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     7  0.4384     0.9264 0.000 0.184 0.000 0.012 0.140 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0125     0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0349     0.9068 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0438     0.8535 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.4964     0.1419 0.000 0.168 0.000 0.008 0.564 0.004 0.256 0.000
#> dkfz_11-043     7  0.5078     0.6958 0.000 0.064 0.000 0.000 0.136 0.164 0.632 0.004
#> dkfz_11-044     6  0.2070     0.8400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004
#> dkfz_11-045     5  0.4461     0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-046     8  0.4347     0.0799 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.084 0.552
#> dkfz_11-047     5  0.0471     0.8516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-048     7  0.4354     0.9294 0.000 0.184 0.000 0.012 0.136 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0125     0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1417     0.8446 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.0596     0.8546 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.3193     0.3987 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-054     6  0.2303     0.8179 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880 0.064 0.012
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0125     0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0125     0.9101 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0224     0.9287 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0125     0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.2319     0.8231 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.148 0.012
#> dkfz_11-062     6  0.1561     0.8333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.080 0.008
#> dkfz_11-063     6  0.4236     0.5357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.656 0.112 0.004
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.5272    -0.3615 0.000 0.176 0.000 0.008 0.436 0.004 0.376 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.2954     0.5578 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-067     3  0.0614     0.8652 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.4588     0.5631 0.000 0.044 0.000 0.000 0.196 0.672 0.084 0.004
#> dkfz_11-071     5  0.3547     0.7011 0.000 0.004 0.000 0.000 0.756 0.096 0.144 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0471     0.8509 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     7  0.4354     0.9294 0.000 0.184 0.000 0.012 0.136 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.2995     0.6636 0.004 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.260 0.004
#> dkfz_11-075     6  0.1417     0.8446 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0125     0.9109 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.4461     0.6147 0.000 0.020 0.000 0.000 0.680 0.140 0.156 0.004
#> dkfz_11-095     5  0.1452     0.8471 0.064 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0125     0.9298 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.1804     0.8369 0.080 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.1999     0.8196 0.132 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.2070     0.8400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004
#> dkfz_11-100     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0596     0.8546 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0125     0.9300 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.2281     0.8292 0.088 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0904     0.8532 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.2172     0.8029 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0471     0.8516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0904     0.8532 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.1984     0.8225 0.120 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1521     0.8401 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.1162     0.8527 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.1925     0.8214 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.2070     0.8108 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2281     0.8292 0.088 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.1051     0.8452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0251     0.9079 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.2967     0.7962 0.096 0.000 0.000 0.000 0.832 0.040 0.032 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.2236     0.7962 0.160 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0614     0.8508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2087     0.8426 0.072 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.024 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.1601     0.8501 0.052 0.000 0.000 0.000 0.924 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.1347     0.8525 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0224     0.9104 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.1458     0.8521 0.048 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0224     0.9287 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1939     0.8317 0.092 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0125     0.9300 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.2296     0.7784 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1601     0.8402 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.1503     0.8456 0.068 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2016     0.7433 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1644     0.8386 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3528     0.4152 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.024 0.324
#> dkfz_11-137     4  0.0870     0.8871 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1839     0.8335 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.904 0.052 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.2281     0.8292 0.088 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.020 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1091     0.8810 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.2035     0.8132 0.136 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-143     8  0.3333    -0.3823 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-144     3  0.3323     0.1500 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.8810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0544     0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.3419     0.7820 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.748 0.188 0.028 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.3324     0.6445 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008 0.000 0.012 0.268 0.008
#> dkfz_11-004     5  0.0581     0.7383 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     8  0.2392     0.7607 0.000 0.200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     8  0.2024     0.7974 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.3124     0.6538 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.012 0.268 0.008
#> dkfz_11-010     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.4934    -0.9177 0.000 0.008 0.000 0.000 0.416 0.160 0.412 0.004 0.000
#> dkfz_11-012     7  0.4870     0.0000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.400 0.132 0.452 0.008 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.4319    -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.2647     0.7858 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.104 0.032 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.3624     0.7444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.224 0.072 0.004
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0119     0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3712     0.6162 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.092 0.004 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.5064    -0.8257 0.000 0.008 0.000 0.000 0.460 0.184 0.340 0.008 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0515     0.9698 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.4319    -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0119     0.8661 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.4273     0.2440 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.276
#> dkfz_11-033     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     9  0.0591     0.4089 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976
#> dkfz_11-035     5  0.0876     0.7304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     8  0.2339     0.7891 0.000 0.148 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0119     0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0331     0.9067 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0237     0.7437 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.4819    -0.1847 0.000 0.132 0.000 0.000 0.544 0.000 0.028 0.296 0.000
#> dkfz_11-043     8  0.3401     0.5906 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.104 0.068 0.792 0.004
#> dkfz_11-044     6  0.2735     0.7689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.168 0.036 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.4319    -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-046     9  0.5306     0.0572 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.056 0.092 0.016 0.484
#> dkfz_11-047     5  0.0876     0.7304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     8  0.2024     0.7974 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0119     0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0581     0.7861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0414     0.7458 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9097 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.4527    -0.1780 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.404
#> dkfz_11-054     6  0.3866     0.7669 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.744 0.128 0.084 0.008
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0119     0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9097 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0212     0.9083 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0296     0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0119     0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3080     0.7223 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.164 0.056 0.004
#> dkfz_11-062     6  0.3490     0.7597 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.232 0.056 0.004
#> dkfz_11-063     6  0.4707     0.4337 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.492 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     8  0.5012    -0.1068 0.000 0.140 0.000 0.000 0.376 0.000 0.028 0.456 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.4395     0.1008 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.328
#> dkfz_11-067     3  0.0706     0.8415 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.4918     0.5590 0.000 0.036 0.000 0.000 0.068 0.508 0.372 0.016 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.3832    -0.4267 0.000 0.004 0.000 0.000 0.592 0.036 0.364 0.004 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0507     0.8456 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-073     8  0.2024     0.7974 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.3124     0.6538 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.012 0.268 0.008
#> dkfz_11-075     6  0.0515     0.7861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0119     0.9097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.4319    -0.7617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.056 0.456 0.004 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1275     0.7378 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0212     0.9275 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.1663     0.7228 0.072 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.1822     0.6928 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.2735     0.7689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.168 0.036 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0414     0.7458 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0296     0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.2191     0.7072 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0726     0.7456 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.1876     0.6700 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0876     0.7304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0726     0.7456 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.1713     0.6969 0.112 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1519     0.8378 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0994     0.7450 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.1633     0.6980 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.1776     0.6803 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0119     0.9270 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2191     0.7072 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.1730     0.6920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0212     0.9076 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.2877     0.6497 0.088 0.000 0.000 0.000 0.836 0.036 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.1940     0.6588 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0982     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.1848     0.7293 0.064 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9097 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.1359     0.7412 0.044 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.1170     0.7442 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0331     0.9086 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.1370     0.7434 0.040 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0373     0.9254 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1796     0.7135 0.084 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0296     0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.2118     0.6277 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1547     0.7254 0.084 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.1325     0.7356 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1971     0.7444 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1558     0.8380 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3778     0.4293 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.040 0.012 0.308
#> dkfz_11-137     4  0.0916     0.8856 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.3419     0.7826 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.748 0.188 0.028 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.2191     0.7072 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1131     0.8803 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.1741     0.6846 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     9  0.4460     0.2872 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.532
#> dkfz_11-144     9  0.4515     0.2129 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.492
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0876     0.7322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.2650     0.7292 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.840 0.100 0.012 0.004 0.036
#> dkfz_11-003     4  0.3692     0.5190 0.000 0.000 0.000 0.700 0.008 0.000 0.000 0.144 0.148 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0605     0.8643 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     9  0.2131     0.7706 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     9  0.1739     0.8088 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.3502     0.5326 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.144 0.148 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.4627     0.7986 0.000 0.004 0.000 0.000 0.276 0.112 0.580 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-012     7  0.4248     0.8153 0.000 0.004 0.000 0.000 0.252 0.088 0.632 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     7  0.2740     0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.1814     0.7292 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.916 0.028 0.016 0.016 0.016
#> dkfz_11-016     6  0.4819     0.6369 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.084 0.104 0.116 0.044
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0113     0.9855 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0113     0.9855 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021     4  0.0113     0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3947     0.6136 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.196 0.032 0.004 0.008
#> dkfz_11-023     7  0.5063     0.7694 0.000 0.004 0.000 0.000 0.320 0.132 0.504 0.016 0.020 0.004
#> dkfz_11-024     2  0.0492     0.9712 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.2740     0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0113     0.9848 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.0113     0.9848 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030     3  0.0282     0.9795 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-031     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032    10  0.2970     0.5369 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568
#> dkfz_11-033     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.3251     0.0389 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.520
#> dkfz_11-035     5  0.0836     0.8565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     9  0.2042     0.8001 0.000 0.124 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0113     0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0282     0.8704 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0226     0.8697 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.5111    -0.2388 0.000 0.108 0.000 0.000 0.480 0.000 0.092 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-043     9  0.2216     0.5973 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000 0.072 0.868 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.4200     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.252 0.048 0.012 0.044
#> dkfz_11-045     7  0.2740     0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     8  0.2901     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.004
#> dkfz_11-047     5  0.0836     0.8565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     9  0.1739     0.8088 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0202     0.8725 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.2719     0.7305 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.092 0.040 0.024 0.008
#> dkfz_11-051     5  0.0395     0.8718 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0113     0.8734 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053    10  0.2668     0.7031 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-054     6  0.3291     0.7065 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.812 0.056 0.060 0.028 0.036
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0113     0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8743 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0202     0.8724 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0282     0.9266 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0113     0.8741 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.5151     0.6316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.248 0.096 0.092 0.016
#> dkfz_11-062     6  0.4351     0.6847 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.120 0.072 0.096 0.020
#> dkfz_11-063     6  0.5459     0.3447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.496 0.276 0.028 0.008 0.040
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     9  0.5147     0.0428 0.000 0.116 0.000 0.000 0.312 0.000 0.092 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-066    10  0.2857     0.6399 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> dkfz_11-067     3  0.0888     0.9330 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3980     0.4967 0.000 0.008 0.000 0.000 0.044 0.588 0.348 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-071     7  0.3180     0.5899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.528 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0484     0.9573 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-073     9  0.1739     0.8088 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.3502     0.5326 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.144 0.148 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.2733     0.7302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.092 0.040 0.020 0.012
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0202     0.8725 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.2740     0.8670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1250     0.8661 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0202     0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.1587     0.8524 0.072 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.1739     0.8226 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.4200     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.252 0.048 0.012 0.044
#> dkfz_11-100     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0395     0.8718 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0282     0.9267 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.2065     0.8377 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.0717     0.8720 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.1790     0.8011 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0836     0.8565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0717     0.8720 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.1634     0.8266 0.112 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1450     0.8369 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.0949     0.8717 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.1559     0.8275 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.1694     0.8108 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0113     0.9264 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.2065     0.8377 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.2235     0.7130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.140 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0282     0.8711 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.2639     0.7872 0.088 0.000 0.000 0.000 0.836 0.012 0.060 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.1851     0.7906 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0937     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.1764     0.8586 0.064 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8743 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.1297     0.8688 0.044 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.1149     0.8712 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0282     0.8729 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.1307     0.8706 0.040 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0356     0.9248 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1714     0.8440 0.084 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.016 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0282     0.9267 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.2021     0.7617 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1476     0.8534 0.084 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.1298     0.8642 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1880     0.7419 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1487     0.8356 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.2857    -0.2073 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0969     0.8419 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.2738     0.7282 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.836 0.096 0.016 0.004 0.040
#> dkfz_11-140     5  0.2065     0.8377 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1079     0.8789 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.1661     0.8148 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143    10  0.1694     0.6716 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-144    10  0.2021     0.6962 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0113     0.9848 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147     3  0.0113     0.9855 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0896     0.8583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> MAD:hclust 133        2.64e-21        4.36e-26  2
#> MAD:hclust 135        3.63e-47        5.72e-24  3
#> MAD:hclust 134        1.22e-55        1.88e-22  4
#> MAD:hclust 127        6.20e-77        5.39e-43  5
#> MAD:hclust 127        1.03e-95        1.49e-41  6
#> MAD:hclust 125        5.48e-94        7.88e-41  7
#> MAD:hclust 126        1.71e-90        4.04e-41  8
#> MAD:hclust 117        1.01e-86        9.05e-38  9
#> MAD:hclust 129        5.96e-90        8.10e-39 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:kmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.340           0.625       0.739         0.4011 0.497   0.497
#> 3   3 0.916           0.919       0.942         0.5301 0.786   0.609
#> 4   4 0.746           0.781       0.834         0.1417 0.894   0.732
#> 5   5 0.745           0.781       0.836         0.1031 0.858   0.571
#> 6   6 0.821           0.874       0.891         0.0488 0.941   0.741
#> 7   7 0.899           0.768       0.853         0.0373 0.987   0.925
#> 8   8 0.870           0.757       0.804         0.0225 0.947   0.698
#> 9   9 0.856           0.695       0.791         0.0152 0.978   0.847
#> 10 10 0.861           0.721       0.825         0.0140 0.976   0.823

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.9881   0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-002     2  0.9954   0.589713 0.460 0.540
#> dkfz_11-003     2  0.8861   0.320854 0.304 0.696
#> dkfz_11-004     1  0.0376   0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-005     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-006     2  0.9795   0.609362 0.416 0.584
#> dkfz_11-007     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-008     2  0.9661   0.607686 0.392 0.608
#> dkfz_11-009     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-010     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-011     1  0.9522  -0.039659 0.628 0.372
#> dkfz_11-012     1  0.9170   0.000641 0.668 0.332
#> dkfz_11-013     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-014     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-015     2  0.9933   0.597049 0.452 0.548
#> dkfz_11-016     2  0.9963   0.582515 0.464 0.536
#> dkfz_11-017     2  0.9881   0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-018     2  0.9922   0.591213 0.448 0.552
#> dkfz_11-019     2  0.9661   0.607686 0.392 0.608
#> dkfz_11-020     2  0.9881   0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-021     2  0.7883   0.407588 0.236 0.764
#> dkfz_11-022     1  0.8661   0.386311 0.712 0.288
#> dkfz_11-023     1  0.1633   0.850148 0.976 0.024
#> dkfz_11-024     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-025     1  0.9661  -0.215799 0.608 0.392
#> dkfz_11-026     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-027     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-028     2  0.9881   0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-029     2  0.9944   0.582527 0.456 0.544
#> dkfz_11-030     2  0.9881   0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-031     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-032     2  0.9661   0.605546 0.392 0.608
#> dkfz_11-033     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-034     2  0.1843   0.459870 0.028 0.972
#> dkfz_11-035     1  0.0376   0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-036     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-037     1  0.9754  -0.137498 0.592 0.408
#> dkfz_11-038     1  0.2236   0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-039     2  0.6973   0.431280 0.188 0.812
#> dkfz_11-040     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-041     1  0.0376   0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-042     1  0.4161   0.795528 0.916 0.084
#> dkfz_11-043     1  0.9000   0.015197 0.684 0.316
#> dkfz_11-044     2  0.9944   0.593607 0.456 0.544
#> dkfz_11-045     1  0.9754  -0.270134 0.592 0.408
#> dkfz_11-046     2  0.1843   0.459870 0.028 0.972
#> dkfz_11-047     1  0.1633   0.853365 0.976 0.024
#> dkfz_11-048     2  0.8955   0.556003 0.312 0.688
#> dkfz_11-049     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-050     2  0.9922   0.600377 0.448 0.552
#> dkfz_11-051     1  0.1633   0.853365 0.976 0.024
#> dkfz_11-052     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-053     2  0.9661   0.605546 0.392 0.608
#> dkfz_11-054     2  0.9635   0.608488 0.388 0.612
#> dkfz_11-055     1  0.2236   0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-056     2  0.7528   0.418133 0.216 0.784
#> dkfz_11-057     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-058     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-059     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-060     2  0.6973   0.431280 0.188 0.812
#> dkfz_11-061     2  0.9954   0.589713 0.460 0.540
#> dkfz_11-062     1  0.9552  -0.059181 0.624 0.376
#> dkfz_11-063     1  0.7745   0.465235 0.772 0.228
#> dkfz_11-064     2  0.9954   0.586073 0.460 0.540
#> dkfz_11-065     1  0.9248  -0.016391 0.660 0.340
#> dkfz_11-066     2  0.9710   0.606370 0.400 0.600
#> dkfz_11-067     2  0.9881   0.601284 0.436 0.564
#> dkfz_11-068     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-069     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-070     1  0.9522  -0.039659 0.628 0.372
#> dkfz_11-071     1  0.1633   0.853520 0.976 0.024
#> dkfz_11-072     2  1.0000   0.503741 0.496 0.504
#> dkfz_11-073     2  0.9988   0.308580 0.480 0.520
#> dkfz_11-074     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-075     2  0.9922   0.600377 0.448 0.552
#> dkfz_11-091     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-092     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-093     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-094     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-095     1  0.1414   0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-096     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-097     1  0.1414   0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-098     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-099     2  0.9977   0.570807 0.472 0.528
#> dkfz_11-100     1  0.1633   0.853365 0.976 0.024
#> dkfz_11-101     1  0.1633   0.850148 0.976 0.024
#> dkfz_11-102     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-103     1  0.1414   0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-104     1  0.0000   0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-106     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-107     1  0.0000   0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000   0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-110     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-111     1  0.0376   0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-113     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-114     1  0.7056   0.551581 0.808 0.192
#> dkfz_11-115     1  0.1414   0.854896 0.980 0.020
#> dkfz_11-116     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-117     1  0.7056   0.551167 0.808 0.192
#> dkfz_11-118     1  0.2043   0.849035 0.968 0.032
#> dkfz_11-119     1  0.1843   0.850932 0.972 0.028
#> dkfz_11-120     1  0.0000   0.858338 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-122     1  0.0938   0.856405 0.988 0.012
#> dkfz_11-123     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-124     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-125     1  0.0376   0.858345 0.996 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-127     1  0.1414   0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-128     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-129     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-130     1  0.2043   0.849035 0.968 0.032
#> dkfz_11-131     1  0.1414   0.853152 0.980 0.020
#> dkfz_11-132     1  0.2236   0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-133     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-134     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-135     1  0.2236   0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-136     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-137     2  0.8016   0.402795 0.244 0.756
#> dkfz_11-138     1  0.2236   0.844934 0.964 0.036
#> dkfz_11-139     2  0.9922   0.595648 0.448 0.552
#> dkfz_11-140     1  0.2423   0.832341 0.960 0.040
#> dkfz_11-141     1  0.1843   0.850875 0.972 0.028
#> dkfz_11-142     1  0.2043   0.849035 0.968 0.032
#> dkfz_11-143     2  0.8909   0.553032 0.308 0.692
#> dkfz_11-144     2  0.9661   0.605546 0.392 0.608
#> dkfz_11-145     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-146     2  0.9909   0.595189 0.444 0.556
#> dkfz_11-147     2  0.9944   0.582527 0.456 0.544
#> dkfz_11-148     2  0.9944   0.591288 0.456 0.544
#> dkfz_11-149     2  0.9944   0.582527 0.456 0.544
#> dkfz_11-150     2  0.9815   0.608965 0.420 0.580
#> dkfz_11-151     1  0.0376   0.858345 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-002     3  0.2187      0.924 0.024 0.028 0.948
#> dkfz_11-003     2  0.1031      0.963 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-005     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-006     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-007     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-008     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-009     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-010     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-011     3  0.2200      0.917 0.056 0.004 0.940
#> dkfz_11-012     3  0.5689      0.801 0.184 0.036 0.780
#> dkfz_11-013     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-014     3  0.2443      0.923 0.032 0.028 0.940
#> dkfz_11-015     3  0.2903      0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-016     3  0.2063      0.924 0.044 0.008 0.948
#> dkfz_11-017     3  0.1919      0.916 0.024 0.020 0.956
#> dkfz_11-018     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-019     3  0.2269      0.922 0.016 0.040 0.944
#> dkfz_11-020     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-021     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-022     1  0.6359      0.394 0.628 0.008 0.364
#> dkfz_11-023     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-024     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-025     3  0.2810      0.921 0.036 0.036 0.928
#> dkfz_11-026     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-027     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-028     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-029     3  0.1636      0.916 0.016 0.020 0.964
#> dkfz_11-030     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-031     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-032     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-033     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-034     2  0.6126      0.359 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-035     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-036     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-037     3  0.6699      0.685 0.256 0.044 0.700
#> dkfz_11-038     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-039     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-040     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-041     1  0.1015      0.956 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-042     1  0.2031      0.949 0.952 0.032 0.016
#> dkfz_11-043     3  0.6703      0.668 0.268 0.040 0.692
#> dkfz_11-044     3  0.2903      0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-045     3  0.2810      0.921 0.036 0.036 0.928
#> dkfz_11-046     2  0.1031      0.943 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-047     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-048     3  0.3129      0.905 0.008 0.088 0.904
#> dkfz_11-049     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-050     3  0.2903      0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-051     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-052     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-053     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-054     3  0.2443      0.923 0.032 0.028 0.940
#> dkfz_11-055     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-056     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-057     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-058     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-059     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-060     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-061     3  0.2903      0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-062     3  0.2066      0.921 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-063     3  0.5360      0.708 0.220 0.012 0.768
#> dkfz_11-064     3  0.2810      0.922 0.036 0.036 0.928
#> dkfz_11-065     3  0.6295      0.692 0.236 0.036 0.728
#> dkfz_11-066     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-067     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-068     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-069     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-070     3  0.3213      0.887 0.092 0.008 0.900
#> dkfz_11-071     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-072     3  0.3461      0.895 0.076 0.024 0.900
#> dkfz_11-073     3  0.5618      0.697 0.008 0.260 0.732
#> dkfz_11-074     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-075     3  0.2903      0.925 0.048 0.028 0.924
#> dkfz_11-091     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-092     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-093     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-094     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-097     1  0.0237      0.958 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-098     1  0.0424      0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.2280      0.924 0.052 0.008 0.940
#> dkfz_11-100     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-101     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-102     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-103     1  0.0237      0.958 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-104     1  0.0424      0.958 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-106     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-110     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-111     1  0.0592      0.957 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0424      0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-114     1  0.5706      0.491 0.680 0.000 0.320
#> dkfz_11-115     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-116     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-117     1  0.5529      0.560 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-118     1  0.0424      0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028
#> dkfz_11-120     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-121     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-122     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-123     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-124     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-125     1  0.0592      0.957 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-127     1  0.0237      0.958 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-129     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-130     1  0.0424      0.959 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-133     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-134     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-135     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-136     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-137     2  0.1620      0.976 0.024 0.964 0.012
#> dkfz_11-138     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-139     3  0.1711      0.922 0.032 0.008 0.960
#> dkfz_11-140     1  0.1753      0.921 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-141     1  0.0661      0.958 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-142     1  0.0892      0.958 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-144     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-145     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-146     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-147     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-148     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-149     3  0.2050      0.916 0.028 0.020 0.952
#> dkfz_11-150     3  0.2806      0.922 0.032 0.040 0.928
#> dkfz_11-151     1  0.1751      0.949 0.960 0.012 0.028

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.4855      0.780 0.000 0.644 0.352 0.004
#> dkfz_11-003     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-004     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.4781      0.843 0.000 0.660 0.336 0.004
#> dkfz_11-006     2  0.4781      0.843 0.000 0.660 0.336 0.004
#> dkfz_11-007     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.4819      0.837 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-010     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.6013      0.747 0.072 0.640 0.288 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.7763      0.464 0.224 0.464 0.308 0.004
#> dkfz_11-013     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-014     2  0.4819      0.788 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-015     2  0.5161      0.527 0.000 0.520 0.476 0.004
#> dkfz_11-016     3  0.4477      0.333 0.000 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.4819      0.837 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-022     3  0.8019     -0.215 0.288 0.316 0.392 0.004
#> dkfz_11-023     1  0.1389      0.793 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-025     2  0.5667      0.779 0.060 0.696 0.240 0.004
#> dkfz_11-026     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-027     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.4857      0.415 0.000 0.016 0.700 0.284
#> dkfz_11-035     1  0.0469      0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-037     2  0.7784      0.377 0.244 0.468 0.284 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-039     4  0.0524      0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-040     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.819 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.2271      0.833 0.916 0.076 0.008 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.7559      0.328 0.252 0.516 0.228 0.004
#> dkfz_11-044     3  0.4632      0.334 0.000 0.308 0.688 0.004
#> dkfz_11-045     2  0.4584      0.824 0.000 0.696 0.300 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.0524      0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-047     1  0.0469      0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.4837      0.834 0.000 0.648 0.348 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.0524      0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-050     3  0.4677      0.309 0.000 0.316 0.680 0.004
#> dkfz_11-051     1  0.0469      0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-053     3  0.0336      0.758 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.5167      0.484 0.000 0.508 0.488 0.004
#> dkfz_11-055     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-056     4  0.0524      0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-057     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-058     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-059     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.0524      0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-061     3  0.5137     -0.331 0.000 0.452 0.544 0.004
#> dkfz_11-062     3  0.4677      0.315 0.004 0.316 0.680 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.7526     -0.192 0.440 0.188 0.372 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.5300      0.827 0.028 0.664 0.308 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.6175      0.752 0.088 0.660 0.248 0.004
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-069     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.6188      0.746 0.072 0.636 0.288 0.004
#> dkfz_11-071     1  0.0707      0.812 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.1792      0.673 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.6074      0.761 0.000 0.648 0.268 0.084
#> dkfz_11-074     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-075     3  0.4677      0.309 0.000 0.316 0.680 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-092     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-094     2  0.5291      0.807 0.032 0.700 0.264 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.4040      0.870 0.752 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-097     1  0.4072      0.870 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-099     3  0.4477      0.333 0.000 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0469      0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0469      0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-103     1  0.4854      0.856 0.676 0.316 0.004 0.004
#> dkfz_11-104     1  0.1792      0.839 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-106     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.4072      0.870 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.4401      0.871 0.724 0.272 0.000 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-110     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-111     1  0.2334      0.844 0.908 0.088 0.000 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-113     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-114     1  0.6267      0.639 0.664 0.188 0.148 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0592      0.814 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-117     1  0.6631      0.784 0.600 0.296 0.100 0.004
#> dkfz_11-118     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-119     1  0.0469      0.816 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-122     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-123     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-124     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-125     1  0.3052      0.854 0.860 0.136 0.000 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-127     1  0.4072      0.870 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-129     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-130     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-131     1  0.4040      0.870 0.752 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-133     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-134     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-135     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-136     4  0.0524      0.996 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-137     4  0.0188      0.998 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-138     1  0.4687      0.870 0.704 0.288 0.004 0.004
#> dkfz_11-139     3  0.4454      0.349 0.000 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.4875      0.864 0.692 0.296 0.008 0.004
#> dkfz_11-141     1  0.4509      0.871 0.708 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-142     1  0.2714      0.848 0.884 0.112 0.000 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.0336      0.756 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.762 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.4761      0.845 0.000 0.664 0.332 0.004
#> dkfz_11-149     3  0.0188      0.763 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.4819      0.837 0.000 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-151     1  0.0469      0.816 0.988 0.012 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.4730     0.6580 0.000 0.688 0.052 0.000 0.260
#> dkfz_11-003     4  0.0162     0.9927 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-004     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-005     2  0.2068     0.6841 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-006     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-008     2  0.2068     0.6841 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-011     2  0.5193     0.6241 0.000 0.584 0.052 0.000 0.364
#> dkfz_11-012     2  0.6686     0.5929 0.136 0.536 0.032 0.000 0.296
#> dkfz_11-013     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.5480     0.6335 0.000 0.616 0.096 0.000 0.288
#> dkfz_11-015     2  0.6018     0.6101 0.004 0.580 0.140 0.000 0.276
#> dkfz_11-016     2  0.7407     0.4663 0.036 0.420 0.264 0.000 0.280
#> dkfz_11-017     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.4062     0.6257 0.764 0.000 0.040 0.000 0.196
#> dkfz_11-023     5  0.3464     0.5444 0.096 0.068 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-024     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.4196     0.6440 0.004 0.640 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-026     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-028     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-032     3  0.0992     0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-033     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-034     3  0.3883     0.7656 0.000 0.012 0.800 0.160 0.028
#> dkfz_11-035     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-036     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.5691     0.4794 0.296 0.612 0.080 0.000 0.012
#> dkfz_11-038     1  0.1211     0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-039     4  0.0609     0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3932     0.8954 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-042     1  0.4443    -0.4480 0.524 0.004 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-043     2  0.6874     0.3212 0.376 0.396 0.008 0.000 0.220
#> dkfz_11-044     2  0.7396     0.4706 0.036 0.424 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-045     2  0.3661     0.6673 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-046     4  0.0609     0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-047     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-048     2  0.2068     0.6841 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.0609     0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-050     2  0.7396     0.4706 0.036 0.424 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-051     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.1168     0.9728 0.000 0.032 0.960 0.000 0.008
#> dkfz_11-054     2  0.5939     0.6061 0.000 0.576 0.148 0.000 0.276
#> dkfz_11-055     1  0.1211     0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-056     4  0.0609     0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.1106     0.8532 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> dkfz_11-060     4  0.0609     0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-061     2  0.7032     0.5603 0.036 0.504 0.184 0.000 0.276
#> dkfz_11-062     2  0.7396     0.4706 0.036 0.424 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-063     5  0.5436    -0.0307 0.020 0.192 0.096 0.000 0.692
#> dkfz_11-064     2  0.2193     0.6829 0.000 0.900 0.092 0.000 0.008
#> dkfz_11-065     2  0.2519     0.6759 0.004 0.900 0.060 0.000 0.036
#> dkfz_11-066     3  0.0992     0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-067     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-070     2  0.5193     0.6241 0.000 0.584 0.052 0.000 0.364
#> dkfz_11-071     5  0.3774     0.9034 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-072     3  0.1299     0.9610 0.008 0.020 0.960 0.000 0.012
#> dkfz_11-073     2  0.2429     0.6792 0.000 0.900 0.076 0.020 0.004
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.7197     0.4784 0.024 0.436 0.264 0.000 0.276
#> dkfz_11-091     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.3752     0.6641 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-095     1  0.2329     0.7465 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-096     1  0.1106     0.8532 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> dkfz_11-097     1  0.1671     0.8038 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-098     1  0.0880     0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-099     2  0.7232     0.4620 0.024 0.424 0.276 0.000 0.276
#> dkfz_11-100     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-101     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-102     1  0.1211     0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-103     1  0.3039     0.6515 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-104     5  0.4306     0.5386 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-105     1  0.0880     0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-106     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-107     1  0.1965     0.7825 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-108     1  0.1544     0.8130 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-109     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0794     0.8436 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-111     1  0.4192    -0.1742 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-112     1  0.0880     0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-113     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.6456     0.2283 0.500 0.176 0.004 0.000 0.320
#> dkfz_11-115     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.2753     0.7163 0.856 0.000 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-118     1  0.0880     0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-119     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-120     1  0.0162     0.8534 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0162     0.8521 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3636     0.4026 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-126     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.1732     0.7996 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-128     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0880     0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-131     1  0.1732     0.7996 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-132     1  0.1211     0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-133     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.1211     0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-136     4  0.0609     0.9892 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1211     0.8516 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-139     2  0.6835     0.4497 0.004 0.428 0.292 0.000 0.276
#> dkfz_11-140     1  0.2471     0.7251 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-141     1  0.0703     0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3949     0.1566 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-143     3  0.0992     0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-144     3  0.0992     0.9800 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-145     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0703     0.9824 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1908     0.6856 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.3837     0.9197 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.3020      0.866 0.000 0.156 0.008 0.000 0.012 0.824
#> dkfz_11-003     4  0.0790      0.959 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.2668      0.952 0.168 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004
#> dkfz_11-005     2  0.0547      0.952 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0632      0.951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.3272      0.872 0.000 0.124 0.004 0.000 0.048 0.824
#> dkfz_11-012     6  0.4031      0.859 0.036 0.112 0.004 0.000 0.052 0.796
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.3540      0.875 0.000 0.132 0.020 0.000 0.036 0.812
#> dkfz_11-015     6  0.3307      0.880 0.000 0.120 0.040 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-016     6  0.3275      0.877 0.000 0.100 0.052 0.000 0.012 0.836
#> dkfz_11-017     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0146      0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3484      0.778 0.784 0.000 0.016 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-023     6  0.4799      0.425 0.068 0.000 0.000 0.000 0.340 0.592
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.3726      0.859 0.004 0.124 0.000 0.000 0.080 0.792
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2318      0.948 0.000 0.020 0.904 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-033     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.4740      0.787 0.000 0.000 0.744 0.088 0.092 0.076
#> dkfz_11-035     5  0.2668      0.952 0.168 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4993      0.439 0.332 0.596 0.004 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.2060      0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-039     4  0.2000      0.952 0.000 0.000 0.004 0.916 0.032 0.048
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3265      0.872 0.248 0.000 0.000 0.000 0.748 0.004
#> dkfz_11-042     5  0.3991      0.361 0.472 0.000 0.000 0.000 0.524 0.004
#> dkfz_11-043     6  0.6519      0.420 0.340 0.104 0.008 0.000 0.064 0.484
#> dkfz_11-044     6  0.3368      0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-045     6  0.3751      0.853 0.004 0.152 0.004 0.000 0.052 0.788
#> dkfz_11-046     4  0.2074      0.950 0.000 0.000 0.004 0.912 0.036 0.048
#> dkfz_11-047     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.1204      0.932 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.1788      0.957 0.000 0.000 0.004 0.928 0.028 0.040
#> dkfz_11-050     6  0.3269      0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-051     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.2445      0.944 0.000 0.020 0.896 0.000 0.056 0.028
#> dkfz_11-054     6  0.3307      0.880 0.000 0.120 0.040 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-055     1  0.2060      0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-056     4  0.2000      0.952 0.000 0.000 0.004 0.916 0.032 0.048
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.2060      0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-060     4  0.1933      0.954 0.000 0.000 0.004 0.920 0.032 0.044
#> dkfz_11-061     6  0.3231      0.881 0.000 0.116 0.044 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-062     6  0.3269      0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-063     6  0.4571      0.545 0.008 0.028 0.004 0.000 0.332 0.628
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1668      0.921 0.008 0.928 0.000 0.000 0.060 0.004
#> dkfz_11-066     3  0.2318      0.948 0.000 0.020 0.904 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-067     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3390      0.873 0.004 0.128 0.004 0.000 0.044 0.820
#> dkfz_11-071     5  0.2653      0.927 0.144 0.000 0.000 0.000 0.844 0.012
#> dkfz_11-072     3  0.0862      0.962 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.1349      0.930 0.004 0.940 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3269      0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.3470      0.857 0.000 0.152 0.000 0.000 0.052 0.796
#> dkfz_11-095     1  0.1610      0.819 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.2060      0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-097     1  0.1327      0.839 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0146      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-099     6  0.3368      0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.012 0.828
#> dkfz_11-100     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2562      0.951 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.2060      0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-103     1  0.2311      0.791 0.880 0.000 0.000 0.000 0.016 0.104
#> dkfz_11-104     5  0.3966      0.520 0.444 0.000 0.000 0.000 0.552 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.0146      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-106     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1082      0.856 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-108     1  0.0777      0.865 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.2006      0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-110     1  0.0146      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111     1  0.3986     -0.295 0.532 0.000 0.000 0.000 0.464 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.0146      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113     1  0.2006      0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-114     6  0.5204      0.570 0.260 0.020 0.000 0.000 0.088 0.632
#> dkfz_11-115     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.1967      0.815 0.904 0.000 0.000 0.000 0.012 0.084
#> dkfz_11-118     1  0.0146      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0260      0.877 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3448      0.419 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.2006      0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-127     1  0.1327      0.839 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.2006      0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-129     1  0.2060      0.883 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-130     1  0.0146      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131     1  0.1501      0.828 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.2060      0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-133     1  0.2006      0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-134     1  0.2006      0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-135     1  0.2203      0.880 0.896 0.000 0.016 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-136     4  0.2074      0.950 0.000 0.000 0.004 0.912 0.036 0.048
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2060      0.882 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-139     6  0.3269      0.880 0.000 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> dkfz_11-140     1  0.1913      0.818 0.908 0.000 0.000 0.000 0.012 0.080
#> dkfz_11-141     1  0.2006      0.883 0.904 0.000 0.016 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-142     1  0.3966     -0.222 0.552 0.000 0.000 0.000 0.444 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.2231      0.947 0.000 0.016 0.908 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-144     3  0.2318      0.948 0.000 0.020 0.904 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.959 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0547      0.970 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0146      0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2527      0.955 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0573    0.92502 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1099    0.86503 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.956 0.032
#> dkfz_11-003     4  0.1926    0.85743 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-004     5  0.0996    0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-005     2  0.1513    0.94391 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040
#> dkfz_11-006     2  0.0923    0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2126    0.91849 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.028 0.084
#> dkfz_11-009     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.1982    0.84977 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008 0.900 0.084
#> dkfz_11-012     6  0.2587    0.81282 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.824 0.168
#> dkfz_11-013     2  0.0923    0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-014     6  0.2077    0.84709 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008 0.892 0.092
#> dkfz_11-015     6  0.0794    0.86725 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.972 0.016
#> dkfz_11-016     6  0.1898    0.84291 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.088
#> dkfz_11-017     3  0.0468    0.92537 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0334    0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0923    0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0334    0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.1781    0.60631 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.040
#> dkfz_11-023     7  0.5641    0.15177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.316 0.352
#> dkfz_11-024     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.2588    0.81647 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.832 0.156
#> dkfz_11-026     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0334    0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0468    0.92537 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0334    0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3107    0.87012 0.000 0.024 0.808 0.000 0.012 0.000 0.156
#> dkfz_11-033     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.5594    0.62467 0.000 0.028 0.556 0.060 0.024 0.008 0.324
#> dkfz_11-035     5  0.0996    0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-036     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-037     7  0.5435   -0.06159 0.112 0.400 0.000 0.000 0.000 0.024 0.464
#> dkfz_11-038     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3019    0.90157 0.000 0.012 0.012 0.848 0.012 0.012 0.104
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.2912    0.71874 0.040 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.140
#> dkfz_11-042     7  0.5456    0.26122 0.224 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.444
#> dkfz_11-043     7  0.4950   -0.04595 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.480
#> dkfz_11-044     6  0.1234    0.86402 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.948 0.040
#> dkfz_11-045     6  0.2655    0.81665 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.832 0.152
#> dkfz_11-046     4  0.3353    0.88809 0.000 0.016 0.012 0.824 0.016 0.012 0.120
#> dkfz_11-047     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.2857    0.86465 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.028 0.156
#> dkfz_11-049     4  0.2599    0.91243 0.000 0.008 0.004 0.872 0.012 0.012 0.092
#> dkfz_11-050     6  0.1898    0.84291 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.088
#> dkfz_11-051     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0468    0.94838 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-053     3  0.3444    0.84539 0.000 0.024 0.764 0.000 0.012 0.000 0.200
#> dkfz_11-054     6  0.0794    0.86725 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.972 0.016
#> dkfz_11-055     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.3019    0.90157 0.000 0.012 0.012 0.848 0.012 0.012 0.104
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2700    0.91172 0.000 0.008 0.012 0.872 0.012 0.012 0.084
#> dkfz_11-061     6  0.1360    0.86126 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.940 0.048
#> dkfz_11-062     6  0.1420    0.86094 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.936 0.052
#> dkfz_11-063     6  0.4691    0.34272 0.000 0.000 0.008 0.000 0.344 0.576 0.072
#> dkfz_11-064     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3069    0.82858 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.024 0.192
#> dkfz_11-066     3  0.3107    0.87012 0.000 0.024 0.808 0.000 0.012 0.000 0.156
#> dkfz_11-067     3  0.0334    0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.1724    0.85716 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004 0.920 0.064
#> dkfz_11-071     5  0.1769    0.88204 0.032 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.052
#> dkfz_11-072     3  0.2272    0.83558 0.004 0.008 0.880 0.000 0.008 0.000 0.100
#> dkfz_11-073     2  0.2986    0.86196 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000 0.028 0.156
#> dkfz_11-074     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.1420    0.86097 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.936 0.052
#> dkfz_11-091     2  0.0923    0.95919 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0134    0.95071 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094     6  0.2584    0.82106 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.840 0.144
#> dkfz_11-095     1  0.4529    0.53651 0.544 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.388
#> dkfz_11-096     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4304    0.56444 0.560 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.392
#> dkfz_11-098     1  0.3471    0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-099     6  0.0914    0.86696 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.964 0.024
#> dkfz_11-100     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0996    0.93763 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-102     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.4010    0.56434 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.420
#> dkfz_11-104     5  0.5374   -0.34405 0.188 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.392
#> dkfz_11-105     1  0.3471    0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-106     5  0.0996    0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-107     1  0.4245    0.57234 0.568 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.388
#> dkfz_11-108     1  0.4077    0.58769 0.580 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.388
#> dkfz_11-109     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.3516    0.62166 0.624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.372
#> dkfz_11-111     7  0.5637   -0.00299 0.316 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.360
#> dkfz_11-112     1  0.3471    0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-113     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.5695   -0.23085 0.104 0.000 0.000 0.000 0.048 0.440 0.408
#> dkfz_11-115     5  0.0996    0.93956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-116     4  0.0134    0.95071 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117     1  0.4260    0.56937 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.396
#> dkfz_11-118     1  0.3471    0.62726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-119     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3441    0.61335 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3432    0.61564 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-123     1  0.3432    0.61564 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.5306    0.24459 0.428 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.400
#> dkfz_11-126     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.4304    0.56444 0.560 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.392
#> dkfz_11-128     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.3556    0.61356 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.388
#> dkfz_11-131     1  0.4354    0.55808 0.556 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.392
#> dkfz_11-132     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3313    0.89054 0.000 0.016 0.012 0.828 0.016 0.012 0.116
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.95119 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0555    0.86661 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-140     1  0.3991    0.57857 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.408
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.66169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.5621   -0.18923 0.356 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.288
#> dkfz_11-143     3  0.2905    0.86261 0.000 0.012 0.816 0.000 0.012 0.000 0.160
#> dkfz_11-144     3  0.3107    0.87012 0.000 0.024 0.808 0.000 0.012 0.000 0.156
#> dkfz_11-145     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0334    0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0334    0.92578 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0573    0.92502 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0656    0.96114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0863    0.94143 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1216     0.7210 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> dkfz_11-003     4  0.3195     0.5119 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.312 0.008
#> dkfz_11-004     5  0.1569     0.8914 0.024 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-005     2  0.1950     0.7912 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.016
#> dkfz_11-006     2  0.0438     0.8686 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2617     0.7124 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.016
#> dkfz_11-009     4  0.0125     0.9300 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.2990     0.6727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.200 0.028
#> dkfz_11-012     6  0.3700     0.4595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.428 0.020
#> dkfz_11-013     2  0.0313     0.8694 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.3028     0.6587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.228 0.020
#> dkfz_11-015     6  0.0438     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> dkfz_11-016     6  0.3144     0.6696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.796 0.132 0.068
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0438     0.8702 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.4503    -0.7498 0.468 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.044 0.468
#> dkfz_11-023     5  0.7098    -0.1867 0.252 0.000 0.000 0.000 0.340 0.132 0.220 0.056
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.3829     0.4350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.436 0.028
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0125     0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0125     0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3787     0.7552 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208
#> dkfz_11-033     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.5817     0.4146 0.000 0.000 0.416 0.056 0.000 0.000 0.192 0.336
#> dkfz_11-035     5  0.1569     0.8914 0.024 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     7  0.5527     0.3770 0.200 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.036
#> dkfz_11-038     8  0.3521     0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-039     4  0.2557     0.8784 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004 0.000 0.052 0.092
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3272     0.5193 0.292 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.5431    -0.2722 0.376 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.376 0.012
#> dkfz_11-043     7  0.5438     0.3441 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.548 0.064
#> dkfz_11-044     6  0.2494     0.7051 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860 0.096 0.036
#> dkfz_11-045     6  0.3690     0.4631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.420 0.020
#> dkfz_11-046     4  0.3056     0.8493 0.000 0.000 0.000 0.808 0.004 0.000 0.076 0.112
#> dkfz_11-047     5  0.0349     0.9233 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048     2  0.3584     0.3151 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.016
#> dkfz_11-049     4  0.2459     0.8822 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004 0.000 0.048 0.088
#> dkfz_11-050     6  0.2819     0.6800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.824 0.124 0.048
#> dkfz_11-051     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0349     0.9288 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-053     3  0.4359     0.6937 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.140 0.232
#> dkfz_11-054     6  0.0438     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> dkfz_11-055     8  0.3521     0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-056     4  0.2557     0.8784 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004 0.000 0.052 0.092
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-060     4  0.2370     0.8854 0.000 0.000 0.000 0.868 0.004 0.000 0.048 0.080
#> dkfz_11-061     6  0.2371     0.7029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.864 0.096 0.036
#> dkfz_11-062     6  0.2587     0.7008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.848 0.100 0.048
#> dkfz_11-063     6  0.5877     0.2234 0.012 0.000 0.000 0.000 0.348 0.420 0.180 0.040
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3921     0.1526 0.012 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.016
#> dkfz_11-066     3  0.3787     0.7552 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208
#> dkfz_11-067     3  0.0125     0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3000     0.6781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.192 0.032
#> dkfz_11-071     5  0.2527     0.8176 0.020 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.120 0.012
#> dkfz_11-072     3  0.1902     0.7956 0.076 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3584     0.3151 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.0125     0.9300 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075     6  0.2545     0.6975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.852 0.096 0.048
#> dkfz_11-091     2  0.0224     0.8711 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.3684     0.4682 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.416 0.020
#> dkfz_11-095     1  0.1812     0.7197 0.912 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-096     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-097     1  0.1701     0.7203 0.920 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-098     1  0.1594     0.6666 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.052
#> dkfz_11-099     6  0.2494     0.7068 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860 0.096 0.036
#> dkfz_11-100     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0745     0.9046 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-103     1  0.2075     0.6870 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.056 0.028
#> dkfz_11-104     1  0.3206     0.4152 0.684 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.1497     0.6611 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.052
#> dkfz_11-106     5  0.0759     0.9168 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-107     1  0.0870     0.7276 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108     1  0.0681     0.7268 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-110     1  0.1371     0.6918 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.032
#> dkfz_11-111     1  0.3374     0.5169 0.704 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.1594     0.6666 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.052
#> dkfz_11-113     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-114     1  0.6089    -0.0543 0.488 0.000 0.000 0.000 0.040 0.260 0.168 0.044
#> dkfz_11-115     5  0.0990     0.9112 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.2290     0.6780 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.052 0.040
#> dkfz_11-118     1  0.1670     0.6687 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.052
#> dkfz_11-119     5  0.0224     0.9245 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0563     0.7136 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0438     0.7073 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-123     1  0.0520     0.7108 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2288     0.6527 0.848 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-126     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-127     1  0.1773     0.7208 0.916 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-128     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-129     8  0.3605     0.9421 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.504
#> dkfz_11-130     1  0.0918     0.7111 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.008
#> dkfz_11-131     1  0.1757     0.7212 0.916 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-132     8  0.3434     0.9915 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.532
#> dkfz_11-133     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-134     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-135     8  0.3521     0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-136     4  0.2932     0.8582 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.000 0.072 0.104
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     8  0.3521     0.9894 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-139     6  0.1539     0.7171 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.932 0.032 0.028
#> dkfz_11-140     1  0.2094     0.6861 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.048 0.036
#> dkfz_11-141     8  0.3321     0.9933 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-142     1  0.3508     0.4744 0.672 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.3948     0.7414 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.100 0.216
#> dkfz_11-144     3  0.3787     0.7552 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8737 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.8761 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0251     0.8718 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0349     0.9233 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.1449     0.7511 0.032 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-002     7  0.3192     0.2314 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.696 0.000 0.008
#> dkfz_11-003     4  0.5068     0.3826 0.124 0.000 0.000 0.608 0.000 0.156 0.004 0.000 0.108
#> dkfz_11-004     5  0.2016     0.8902 0.008 0.000 0.000 0.000 0.900 0.016 0.000 0.024 0.052
#> dkfz_11-005     2  0.3230     0.7555 0.096 0.800 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-006     2  0.0999     0.8485 0.004 0.956 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-007     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.4698     0.6383 0.156 0.644 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-009     4  0.0119     0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.1300     0.5316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.932 0.000 0.016
#> dkfz_11-012     7  0.2814     0.5229 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.808 0.000 0.012
#> dkfz_11-013     2  0.0474     0.8546 0.004 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014     7  0.0424     0.5482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> dkfz_11-015     7  0.3604    -0.0714 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.572 0.000 0.012
#> dkfz_11-016     6  0.4112     0.4964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.312 0.000 0.056
#> dkfz_11-017     3  0.0928     0.7600 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1028     0.8488 0.004 0.956 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0119     0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.4568     0.7665 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.008 0.308 0.020
#> dkfz_11-023     8  0.7347    -0.1731 0.016 0.000 0.000 0.000 0.236 0.160 0.232 0.260 0.096
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.2704     0.5211 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.828 0.000 0.024
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0928     0.7600 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3102     0.1965 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-033     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-034     9  0.4474     0.0000 0.004 0.000 0.228 0.056 0.004 0.056 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-035     5  0.2016     0.8902 0.008 0.000 0.000 0.000 0.900 0.016 0.000 0.024 0.052
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.7555    -0.1513 0.208 0.192 0.000 0.000 0.000 0.268 0.024 0.136 0.172
#> dkfz_11-038     1  0.3128     0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3047     0.7951 0.024 0.000 0.000 0.784 0.000 0.024 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.8951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3880     0.2157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.008 0.000 0.404 0.036
#> dkfz_11-042     8  0.7210     0.1157 0.128 0.000 0.000 0.000 0.196 0.176 0.020 0.364 0.116
#> dkfz_11-043     6  0.6099     0.1094 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.088 0.068 0.172
#> dkfz_11-044     6  0.3896     0.3722 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.400 0.000 0.012
#> dkfz_11-045     7  0.2458     0.5336 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.844 0.000 0.012
#> dkfz_11-046     4  0.3651     0.7400 0.028 0.000 0.000 0.724 0.004 0.036 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-047     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.6025     0.4757 0.184 0.476 0.000 0.000 0.000 0.204 0.024 0.000 0.112
#> dkfz_11-049     4  0.2706     0.8202 0.024 0.000 0.000 0.824 0.000 0.020 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-050     6  0.3592     0.5130 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.316 0.000 0.036
#> dkfz_11-051     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0533     0.8909 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053     3  0.3647    -0.1070 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-054     7  0.3671    -0.0742 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.568 0.000 0.016
#> dkfz_11-055     1  0.3128     0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.3047     0.7951 0.024 0.000 0.000 0.784 0.000 0.024 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-057     4  0.0119     0.8949 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0119     0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.2965     0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2834     0.8100 0.020 0.000 0.000 0.808 0.000 0.024 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-061     6  0.3170     0.5021 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.360 0.000 0.008
#> dkfz_11-062     6  0.3726     0.4992 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.344 0.000 0.028
#> dkfz_11-063     7  0.6853     0.0936 0.020 0.000 0.000 0.000 0.272 0.144 0.388 0.080 0.096
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.6382     0.4298 0.192 0.440 0.000 0.000 0.000 0.208 0.028 0.008 0.124
#> dkfz_11-066     3  0.3205     0.2002 0.004 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-070     7  0.2001     0.5161 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.884 0.000 0.020
#> dkfz_11-071     5  0.4207     0.7320 0.028 0.000 0.000 0.000 0.744 0.032 0.120 0.020 0.056
#> dkfz_11-072     3  0.3208     0.6089 0.040 0.000 0.816 0.000 0.000 0.012 0.004 0.096 0.032
#> dkfz_11-073     2  0.6025     0.4757 0.184 0.476 0.000 0.000 0.000 0.204 0.024 0.000 0.112
#> dkfz_11-074     4  0.0119     0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3137     0.5117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.348 0.000 0.008
#> dkfz_11-091     2  0.0356     0.8550 0.004 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0119     0.8949 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.2048     0.5431 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.868 0.000 0.008
#> dkfz_11-095     8  0.1882     0.7599 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.904 0.060
#> dkfz_11-096     1  0.2965     0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.2055     0.7598 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.896 0.060
#> dkfz_11-098     8  0.1937     0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-099     6  0.4008     0.3645 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.396 0.000 0.016
#> dkfz_11-100     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1707     0.8551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.080 0.020
#> dkfz_11-102     1  0.2965     0.9732 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.2849     0.7269 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012 0.844 0.052
#> dkfz_11-104     8  0.2603     0.6311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 0.000 0.776 0.004
#> dkfz_11-105     8  0.1937     0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-106     5  0.0914     0.9257 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-107     8  0.0610     0.7693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000 0.976 0.004
#> dkfz_11-108     8  0.0331     0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.3090     0.9693 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.324 0.004
#> dkfz_11-110     8  0.1887     0.7160 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.900 0.036
#> dkfz_11-111     8  0.3148     0.6499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.008 0.000 0.756 0.036
#> dkfz_11-112     8  0.1937     0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-113     1  0.2965     0.9732 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.5568     0.2594 0.024 0.000 0.000 0.000 0.016 0.076 0.324 0.504 0.056
#> dkfz_11-115     5  0.1436     0.9120 0.008 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-116     4  0.0119     0.8949 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.2849     0.7269 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012 0.844 0.052
#> dkfz_11-118     8  0.1937     0.7122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.036
#> dkfz_11-119     5  0.0212     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.1232     0.7573 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.940 0.044
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.0449     0.7632 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.008
#> dkfz_11-123     8  0.0533     0.7624 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012
#> dkfz_11-124     4  0.0119     0.8951 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     8  0.1632     0.7426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000 0.900 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.2965     0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.2055     0.7598 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.896 0.060
#> dkfz_11-128     1  0.2965     0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.3601     0.8805 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.372 0.020
#> dkfz_11-130     8  0.1210     0.7489 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-131     8  0.1882     0.7599 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.904 0.060
#> dkfz_11-132     1  0.2965     0.9732 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2965     0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.3103     0.9662 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.328 0.004
#> dkfz_11-135     1  0.3128     0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3581     0.7529 0.028 0.000 0.000 0.736 0.004 0.036 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3128     0.9712 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-139     7  0.4065    -0.1696 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.512 0.000 0.020
#> dkfz_11-140     8  0.2849     0.7269 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012 0.844 0.052
#> dkfz_11-141     1  0.2965     0.9736 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-142     8  0.3702     0.5809 0.012 0.000 0.000 0.000 0.252 0.008 0.000 0.692 0.036
#> dkfz_11-143     3  0.3122     0.1470 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> dkfz_11-144     3  0.3205     0.2002 0.004 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.7692 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.1449     0.7511 0.032 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-150     2  0.0699     0.8514 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-151     5  0.0776     0.9272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.008 0.020

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.1316     0.7591 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.012 0.008
#> dkfz_11-002     6  0.3847     0.1036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.400 0.024 0.000 0.028
#> dkfz_11-003     4  0.3557     0.4095 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.016 0.012 0.340 0.008
#> dkfz_11-004     5  0.2514     0.8611 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.040 0.032 0.040
#> dkfz_11-005     2  0.2997     0.4084 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012
#> dkfz_11-006     2  0.1495     0.8717 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024 0.004 0.032
#> dkfz_11-007     5  0.0226     0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3256    -0.1366 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.012
#> dkfz_11-009     4  0.0677     0.8469 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-010     5  0.0113     0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.3277     0.6381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312 0.660 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-012     7  0.3873     0.7967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.676 0.004 0.152 0.004
#> dkfz_11-013     2  0.0878     0.8868 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.004 0.008
#> dkfz_11-014     7  0.2825     0.7959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.756 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3829     0.5695 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.208 0.032 0.020 0.036
#> dkfz_11-016     6  0.2603     0.6409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000 0.004 0.112 0.052
#> dkfz_11-017     3  0.0957     0.7621 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.008 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1713     0.8620 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032 0.028
#> dkfz_11-020     3  0.0226     0.7697 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0508     0.8524 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.4919     0.6123 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.060 0.080 0.040 0.080
#> dkfz_11-023     8  0.7310    -0.0969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.152 0.216 0.284 0.052 0.108
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.3148     0.8026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.756 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0113     0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0226     0.7697 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.1096     0.7629 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032 0.012 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0113     0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3181     0.1885 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.436
#> dkfz_11-033     5  0.0113     0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.4619     0.0000 0.000 0.000 0.188 0.052 0.004 0.024 0.008 0.004 0.052 0.668
#> dkfz_11-035     5  0.2514     0.8611 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.040 0.032 0.040
#> dkfz_11-036     2  0.0113     0.8982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037     9  0.3157     0.5880 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.068 0.800 0.008
#> dkfz_11-038     1  0.0558     0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-039     4  0.4291     0.7069 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.076 0.032 0.044 0.156
#> dkfz_11-040     4  0.0113     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.4199     0.2687 0.004 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012 0.528 0.032 0.020
#> dkfz_11-042     9  0.5288     0.0473 0.016 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.024 0.368 0.436 0.012
#> dkfz_11-043     9  0.3610     0.3912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.008 0.036 0.712 0.028
#> dkfz_11-044     6  0.3664     0.6558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.104 0.036 0.028 0.068
#> dkfz_11-045     7  0.3383     0.8159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.724 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.4851     0.6174 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.080 0.036 0.052 0.228
#> dkfz_11-047     5  0.0429     0.9169 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-048     9  0.2898     0.5707 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.4086     0.7250 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.072 0.032 0.044 0.132
#> dkfz_11-050     6  0.1217     0.7055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> dkfz_11-051     5  0.0226     0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.1291     0.8385 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.028 0.004 0.020 0.008
#> dkfz_11-053     3  0.4222    -0.1624 0.000 0.000 0.464 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004 0.056 0.460
#> dkfz_11-054     6  0.3868     0.5735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.204 0.032 0.024 0.036
#> dkfz_11-055     1  0.0558     0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-056     4  0.4291     0.7069 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.076 0.032 0.044 0.156
#> dkfz_11-057     4  0.0226     0.8531 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0226     0.8525 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.4082     0.7220 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.068 0.032 0.040 0.144
#> dkfz_11-061     6  0.1330     0.7128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020 0.012 0.020 0.008
#> dkfz_11-062     6  0.1996     0.6991 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.024 0.016 0.024 0.036
#> dkfz_11-063     5  0.7191    -0.2637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.192 0.260 0.088 0.064 0.108
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     9  0.2872     0.5965 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.700 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.3181     0.1885 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.436
#> dkfz_11-067     3  0.0429     0.7685 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0113     0.8982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069     5  0.0113     0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     7  0.3911     0.5318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.608 0.032 0.004 0.028
#> dkfz_11-071     5  0.3468     0.7794 0.004 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.092 0.008 0.076 0.040
#> dkfz_11-072     3  0.2793     0.6343 0.004 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.016 0.108 0.036 0.008
#> dkfz_11-073     9  0.2898     0.5707 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0677     0.8469 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-075     6  0.0869     0.7135 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-091     2  0.0226     0.8964 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0113     0.9183 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0226     0.8529 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.3095     0.8234 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.756 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-095     8  0.4401     0.7618 0.156 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.032 0.696 0.028 0.068
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.4350     0.7609 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.032 0.688 0.028 0.076
#> dkfz_11-098     8  0.3681     0.7363 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.028 0.020
#> dkfz_11-099     6  0.3889     0.6465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.120 0.040 0.028 0.072
#> dkfz_11-100     5  0.0226     0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2255     0.8244 0.004 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.024 0.064 0.016 0.012
#> dkfz_11-102     1  0.0226     0.9585 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-103     8  0.5561     0.6597 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.096 0.580 0.040 0.116
#> dkfz_11-104     8  0.2837     0.7047 0.056 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.004 0.808 0.000 0.008
#> dkfz_11-105     8  0.3672     0.7359 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-106     5  0.1531     0.8965 0.004 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016 0.004 0.012 0.036
#> dkfz_11-107     8  0.2458     0.7806 0.168 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.812 0.000 0.004
#> dkfz_11-108     8  0.2519     0.7804 0.172 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.808 0.004 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.0630     0.9468 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-110     8  0.3672     0.7373 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-111     8  0.4253     0.6765 0.088 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.012 0.700 0.032 0.016
#> dkfz_11-112     8  0.3672     0.7359 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-113     1  0.0395     0.9581 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-114     8  0.5558     0.3391 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 0.280 0.508 0.036 0.112
#> dkfz_11-115     5  0.1737     0.8906 0.004 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.016 0.004 0.024 0.036
#> dkfz_11-116     4  0.0340     0.8530 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.5578     0.6610 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.088 0.580 0.040 0.116
#> dkfz_11-118     8  0.3672     0.7359 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.684 0.032 0.016
#> dkfz_11-119     5  0.0226     0.9176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.3910     0.7669 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.712 0.020 0.056
#> dkfz_11-121     4  0.0113     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.2623     0.7796 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.796 0.004 0.012
#> dkfz_11-123     8  0.2623     0.7795 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.796 0.004 0.008
#> dkfz_11-124     4  0.0113     0.8530 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     8  0.3260     0.7648 0.120 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016 0.792 0.008 0.012
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.4326     0.7599 0.164 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.032 0.692 0.028 0.076
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2354     0.8152 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088 0.032 0.016
#> dkfz_11-130     8  0.3395     0.7668 0.200 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.740 0.032 0.016
#> dkfz_11-131     8  0.4403     0.7615 0.160 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.032 0.692 0.028 0.072
#> dkfz_11-132     1  0.0484     0.9576 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-133     1  0.0315     0.9539 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0710     0.9437 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-135     1  0.0558     0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-136     4  0.4834     0.6226 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.080 0.036 0.052 0.224
#> dkfz_11-137     4  0.0113     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0558     0.9568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-139     6  0.4834     0.5395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.232 0.052 0.028 0.088
#> dkfz_11-140     8  0.5360     0.6761 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.088 0.600 0.036 0.112
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     8  0.4767     0.6045 0.112 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.012 0.620 0.032 0.016
#> dkfz_11-143     3  0.3246     0.0966 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.460
#> dkfz_11-144     3  0.3181     0.1885 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.436
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0226     0.7697 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0113     0.8982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149     3  0.1070     0.7613 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.008 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.1591     0.8642 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.028 0.028
#> dkfz_11-151     5  0.1233     0.9034 0.004 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.004 0.012 0.032

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: IDH

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> MAD:kmeans 104        1.71e-19        4.55e-04  2
#> MAD:kmeans 133        1.43e-49        2.57e-32  3
#> MAD:kmeans 121        5.40e-65        3.89e-27  4
#> MAD:kmeans 121        1.66e-72        9.76e-32  5
#> MAD:kmeans 129       2.45e-100        5.32e-33  6
#> MAD:kmeans 126        3.05e-97        4.95e-32  7
#> MAD:kmeans 119        2.15e-96        1.06e-38  8
#> MAD:kmeans 111        3.59e-84        9.72e-36  9
#> MAD:kmeans 120        6.99e-91        5.11e-38 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.971       0.989         0.5004 0.500   0.500
#> 3   3 0.969           0.933       0.960         0.2358 0.890   0.780
#> 4   4 0.793           0.905       0.922         0.1168 0.906   0.765
#> 5   5 0.821           0.886       0.910         0.1177 0.886   0.647
#> 6   6 0.996           0.954       0.971         0.0624 0.944   0.753
#> 7   7 0.909           0.831       0.916         0.0193 0.992   0.954
#> 8   8 0.895           0.820       0.888         0.0133 0.988   0.932
#> 9   9 0.882           0.735       0.854         0.0123 0.992   0.952
#> 10 10 0.870           0.657       0.804         0.0124 0.965   0.787

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3

There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     2   0.971     0.3283 0.400 0.600
#> dkfz_11-004     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-006     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-007     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-009     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-013     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-014     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-015     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-016     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-020     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1   0.998     0.0965 0.528 0.472
#> dkfz_11-023     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-025     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-026     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-027     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-037     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-038     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1   0.722     0.7420 0.800 0.200
#> dkfz_11-043     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-044     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-046     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-049     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-062     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-065     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-066     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-069     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-071     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2   0.969     0.3392 0.396 0.604
#> dkfz_11-073     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-074     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-092     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-095     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.000     0.9887 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-146     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-149     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2   0.000     0.9888 0.000 1.000
#> dkfz_11-151     1   0.000     0.9887 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     2  0.0424      0.918 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-003     2  0.2663      0.919 0.024 0.932 0.044
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.2400      0.929 0.004 0.932 0.064
#> dkfz_11-012     2  0.2165      0.930 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.2261      0.929 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-015     2  0.2356      0.928 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-016     2  0.6204      0.437 0.000 0.576 0.424
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-022     1  0.6204      0.231 0.576 0.000 0.424
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.2165      0.930 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-040     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.4953      0.725 0.808 0.176 0.016
#> dkfz_11-043     2  0.2550      0.926 0.012 0.932 0.056
#> dkfz_11-044     2  0.5058      0.761 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-045     2  0.2066      0.930 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-046     2  0.4974      0.775 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-050     2  0.5016      0.767 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     2  0.2356      0.928 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-057     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-058     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-061     2  0.2356      0.928 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-062     2  0.7013      0.378 0.020 0.548 0.432
#> dkfz_11-063     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.2165      0.930 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.4931      0.683 0.232 0.000 0.768
#> dkfz_11-073     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-075     2  0.4974      0.772 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-094     2  0.0237      0.918 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.6062      0.526 0.000 0.616 0.384
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-137     2  0.2261      0.930 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.6225      0.418 0.000 0.568 0.432
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.983 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-002     4  0.0188      0.873 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-003     4  0.5990      0.661 0.136 0.156 0.004 0.704
#> dkfz_11-004     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-006     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-007     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-009     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-010     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-011     4  0.0188      0.873 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-012     4  0.0188      0.873 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-013     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-014     4  0.0188      0.873 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-015     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016     4  0.0817      0.856 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-017     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-018     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-019     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-020     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-021     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-022     4  0.5070      0.388 0.372 0.000 0.008 0.620
#> dkfz_11-023     1  0.2409      0.914 0.924 0.032 0.004 0.040
#> dkfz_11-024     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-025     4  0.2773      0.878 0.000 0.116 0.004 0.880
#> dkfz_11-026     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-027     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-029     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-030     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-031     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-033     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-035     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-037     4  0.2868      0.865 0.000 0.136 0.000 0.864
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-040     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-041     1  0.3088      0.903 0.864 0.128 0.008 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.6087      0.663 0.684 0.104 0.004 0.208
#> dkfz_11-043     4  0.2197      0.808 0.080 0.004 0.000 0.916
#> dkfz_11-044     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     4  0.1743      0.880 0.000 0.056 0.004 0.940
#> dkfz_11-046     4  0.1637      0.881 0.000 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-047     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3837      0.869 0.000 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-049     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-050     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-053     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-054     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-057     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-058     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-061     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062     4  0.2589      0.746 0.116 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-063     1  0.2287      0.901 0.924 0.012 0.004 0.060
#> dkfz_11-064     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-065     2  0.3052      0.988 0.000 0.860 0.004 0.136
#> dkfz_11-066     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-067     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-068     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-069     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-070     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071     1  0.3651      0.894 0.844 0.136 0.008 0.012
#> dkfz_11-072     3  0.2125      0.882 0.076 0.000 0.920 0.004
#> dkfz_11-073     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-074     4  0.2831      0.877 0.000 0.120 0.004 0.876
#> dkfz_11-075     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-092     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-094     4  0.1902      0.879 0.000 0.064 0.004 0.932
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0188      0.933 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     4  0.0000      0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.3142      0.902 0.860 0.132 0.008 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     4  0.4967      0.221 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-104     1  0.1211      0.928 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.2197      0.918 0.916 0.080 0.004 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.4331      0.578 0.712 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-115     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-117     1  0.3266      0.777 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-118     1  0.0188      0.933 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-125     1  0.0895      0.930 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.1867      0.881 0.000 0.072 0.000 0.928
#> dkfz_11-137     4  0.2647      0.879 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     4  0.1022      0.852 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-140     1  0.3907      0.681 0.768 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.933 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.2593      0.911 0.892 0.104 0.004 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-144     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-145     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-146     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-148     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-149     3  0.0336      0.993 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-150     2  0.2868      0.992 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-151     1  0.3196      0.901 0.856 0.136 0.008 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.6527     -0.386 0.000 0.140 0.012 0.376 0.472
#> dkfz_11-004     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-010     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-011     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     4  0.0162      0.821 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-022     1  0.2179      0.832 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.5720      0.313 0.604 0.000 0.000 0.128 0.268
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     4  0.4720      0.837 0.000 0.124 0.000 0.736 0.140
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-034     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     4  0.5535      0.815 0.000 0.164 0.012 0.680 0.144
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-040     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-041     5  0.3143      0.851 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-042     5  0.7119      0.342 0.096 0.068 0.012 0.276 0.548
#> dkfz_11-043     4  0.3715      0.531 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-044     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     4  0.1124      0.826 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.4911      0.835 0.000 0.104 0.012 0.740 0.144
#> dkfz_11-047     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-048     2  0.2719      0.857 0.000 0.884 0.000 0.068 0.048
#> dkfz_11-049     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-050     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-052     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-057     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-058     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-061     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     4  0.1121      0.789 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.5557      0.494 0.624 0.000 0.000 0.260 0.116
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-070     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.3152      0.886 0.136 0.000 0.000 0.024 0.840
#> dkfz_11-072     3  0.0671      0.977 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> dkfz_11-073     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-075     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-093     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-094     4  0.1124      0.826 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     4  0.0000      0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-101     5  0.2891      0.879 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.1197      0.913 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.2516      0.794 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.4304      0.327 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.1121      0.918 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-116     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-117     1  0.0794      0.935 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0609      0.943 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-119     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-125     1  0.1965      0.853 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.5269      0.836 0.000 0.136 0.012 0.708 0.144
#> dkfz_11-137     4  0.5309      0.836 0.000 0.140 0.012 0.704 0.144
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     4  0.0162      0.821 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0162      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.4235      0.490 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2561      0.903 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     6  0.1149      0.975 0.000 0.008  0 0.024 0.008 0.960
#> dkfz_11-003     4  0.0405      0.984 0.000 0.000  0 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-004     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.1405      0.973 0.000 0.024  0 0.024 0.004 0.948
#> dkfz_11-012     6  0.1088      0.975 0.000 0.016  0 0.024 0.000 0.960
#> dkfz_11-013     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.1518      0.971 0.000 0.024  0 0.024 0.008 0.944
#> dkfz_11-015     6  0.0777      0.977 0.000 0.004  0 0.024 0.000 0.972
#> dkfz_11-016     6  0.0632      0.977 0.000 0.000  0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-017     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0260      0.984 0.992 0.000  0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-023     6  0.3800      0.773 0.076 0.016  0 0.000 0.108 0.800
#> dkfz_11-024     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     4  0.1149      0.960 0.000 0.024  0 0.960 0.008 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0858      0.971 0.000 0.968  0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-037     4  0.0260      0.989 0.000 0.008  0 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.1826      0.877 0.052 0.004  0 0.000 0.924 0.020
#> dkfz_11-042     5  0.4384      0.141 0.000 0.004  0 0.460 0.520 0.016
#> dkfz_11-043     6  0.1633      0.941 0.044 0.000  0 0.024 0.000 0.932
#> dkfz_11-044     6  0.0632      0.977 0.000 0.000  0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-045     6  0.1599      0.969 0.000 0.024  0 0.028 0.008 0.940
#> dkfz_11-046     4  0.0363      0.985 0.000 0.000  0 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-047     5  0.0806      0.913 0.008 0.000  0 0.000 0.972 0.020
#> dkfz_11-048     2  0.3774      0.357 0.000 0.592  0 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0632      0.977 0.000 0.000  0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-051     5  0.0806      0.913 0.008 0.000  0 0.000 0.972 0.020
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.0777      0.977 0.000 0.004  0 0.024 0.000 0.972
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0632      0.977 0.000 0.000  0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-062     6  0.0692      0.975 0.004 0.000  0 0.020 0.000 0.976
#> dkfz_11-063     6  0.1194      0.947 0.032 0.008  0 0.000 0.004 0.956
#> dkfz_11-064     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1007      0.961 0.000 0.956  0 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0858      0.971 0.000 0.968  0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-069     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.1232      0.975 0.000 0.016  0 0.024 0.004 0.956
#> dkfz_11-071     5  0.1757      0.876 0.008 0.012  0 0.000 0.928 0.052
#> dkfz_11-072     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0937      0.964 0.000 0.960  0 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0632      0.977 0.000 0.000  0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-091     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.1599      0.969 0.000 0.024  0 0.028 0.008 0.940
#> dkfz_11-095     1  0.0508      0.984 0.984 0.004  0 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0603      0.983 0.980 0.004  0 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-099     6  0.0632      0.977 0.000 0.000  0 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-100     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.1321      0.901 0.024 0.004  0 0.000 0.952 0.020
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0260      0.984 0.992 0.000  0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-104     1  0.2342      0.890 0.888 0.004  0 0.000 0.088 0.020
#> dkfz_11-105     1  0.0603      0.983 0.980 0.004  0 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-106     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0692      0.981 0.976 0.004  0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108     1  0.0692      0.981 0.976 0.004  0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0692      0.981 0.976 0.004  0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-111     5  0.4387      0.339 0.404 0.004  0 0.000 0.572 0.020
#> dkfz_11-112     1  0.0692      0.981 0.976 0.004  0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.0146      0.988 0.996 0.004  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0951      0.975 0.968 0.004  0 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-119     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0405      0.986 0.988 0.004  0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.1552      0.948 0.940 0.004  0 0.000 0.036 0.020
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0291      0.987 0.992 0.004  0 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-130     1  0.0692      0.981 0.976 0.004  0 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-131     1  0.0291      0.987 0.992 0.004  0 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0146      0.992 0.000 0.000  0 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.996 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0777      0.977 0.000 0.004  0 0.024 0.000 0.972
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.989 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.4170      0.518 0.328 0.004  0 0.000 0.648 0.020
#> dkfz_11-143     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0858      0.971 0.000 0.968  0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0858      0.971 0.000 0.968  0 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-149     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0713      0.972 0.000 0.972  0 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0260      0.921 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0134    0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002     6  0.2043    0.59798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> dkfz_11-003     4  0.0422    0.97910 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-004     5  0.0334    0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-005     2  0.0239    0.96125 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-006     2  0.0134    0.96319 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.0000    0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0239    0.96125 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-009     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0134    0.88332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-011     6  0.3450    0.09573 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> dkfz_11-012     6  0.3598    0.06351 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.588 0.408
#> dkfz_11-013     2  0.0134    0.96319 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014     6  0.3561   -0.22901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> dkfz_11-015     6  0.1222    0.64218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-016     6  0.2293    0.61533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-017     3  0.0134    0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0239    0.96266 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-020     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.1710    0.87863 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> dkfz_11-023     7  0.5472   -0.19220 0.072 0.000 0.000 0.000 0.052 0.412 0.464
#> dkfz_11-024     2  0.0134    0.96273 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025     7  0.4710   -0.00806 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.080 0.464
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.96346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0134    0.88332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-028     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0134    0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0239    0.88301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-032     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000    0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0334    0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-036     2  0.0134    0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037     4  0.0861    0.96140 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-038     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-039     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3143    0.73218 0.080 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.108
#> dkfz_11-042     5  0.4741    0.12881 0.000 0.000 0.000 0.440 0.476 0.000 0.084
#> dkfz_11-043     6  0.4637    0.27562 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.296
#> dkfz_11-044     6  0.1671    0.62411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-045     7  0.3681    0.00770 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.488 0.508
#> dkfz_11-046     4  0.1363    0.93219 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> dkfz_11-047     5  0.0422    0.87931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-048     2  0.3764    0.40209 0.000 0.616 0.000 0.368 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-049     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1433    0.64881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-051     5  0.0797    0.86573 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-052     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.1433    0.64741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-055     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-056     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-060     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.1578    0.65040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-062     6  0.2655    0.56905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-063     6  0.4540    0.21087 0.040 0.000 0.000 0.000 0.012 0.528 0.420
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.96346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0966    0.93939 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-066     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0134    0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069     5  0.0239    0.88301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-070     6  0.2708    0.50964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> dkfz_11-071     5  0.2677    0.74689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.020 0.152
#> dkfz_11-072     3  0.1183    0.94087 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-073     2  0.0755    0.94766 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.1330    0.65370 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-091     2  0.0134    0.96319 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.0000    0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.3681    0.00770 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.488 0.508
#> dkfz_11-095     1  0.1433    0.92849 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-096     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-097     1  0.0134    0.93285 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098     1  0.1966    0.91102 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-099     6  0.1715    0.62404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> dkfz_11-100     5  0.0000    0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2698    0.76464 0.036 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.124
#> dkfz_11-102     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-103     1  0.1976    0.91640 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.116
#> dkfz_11-104     1  0.4316    0.70130 0.684 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.136
#> dkfz_11-105     1  0.1926    0.91259 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-106     5  0.0334    0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-107     1  0.2005    0.90963 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-108     1  0.1966    0.91100 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-109     1  0.0334    0.93367 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-110     1  0.2081    0.90592 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-111     5  0.5071    0.24680 0.352 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.140
#> dkfz_11-112     1  0.1926    0.91259 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-113     1  0.0334    0.93382 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-114     1  0.2057    0.91310 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.124
#> dkfz_11-115     5  0.0334    0.88229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0990    0.91375 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-118     1  0.2737    0.88569 0.836 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.128
#> dkfz_11-119     5  0.0000    0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.1715    0.92158 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1109    0.93191 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-123     1  0.1433    0.92825 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3495    0.82685 0.776 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.140
#> dkfz_11-126     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-127     1  0.0728    0.93468 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-128     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-129     1  0.1715    0.92081 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-130     1  0.2043    0.90774 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-131     1  0.1482    0.92745 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-132     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-133     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-134     1  0.0504    0.93399 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-135     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-136     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.99361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139     6  0.2154    0.60725 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> dkfz_11-140     1  0.1482    0.92440 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-141     1  0.0239    0.93233 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-142     5  0.4698    0.45556 0.268 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.124
#> dkfz_11-143     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0134    0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.99584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0134    0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149     3  0.0134    0.99412 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.0134    0.96349 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0000    0.88343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8
#> dkfz_11-001     3  0.0768     0.9732 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-002     6  0.3652     0.4090 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.248 NA
#> dkfz_11-003     4  0.0864     0.9241 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-004     5  0.1006     0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-005     2  0.1504     0.9111 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007     5  0.0125     0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-008     2  0.1557     0.9093 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010     5  0.0125     0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-011     7  0.3972     0.4740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.568 NA
#> dkfz_11-012     7  0.4059     0.5629 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.608 NA
#> dkfz_11-013     2  0.0125     0.9397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014     7  0.2605     0.7420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.784 NA
#> dkfz_11-015     6  0.3203     0.5339 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.148 NA
#> dkfz_11-016     6  0.3472     0.5613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.080 NA
#> dkfz_11-017     3  0.0837     0.9731 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-018     3  0.0224     0.9806 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019     2  0.0520     0.9382 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-020     3  0.0224     0.9805 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022     1  0.2639     0.7968 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024 NA
#> dkfz_11-023     6  0.6021     0.2003 0.040 0.000 0.000 0.000 0.032 0.396 0.144 NA
#> dkfz_11-024     2  0.0520     0.9359 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-025     7  0.2930     0.4905 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.016 0.776 NA
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027     5  0.0313     0.8802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-028     3  0.0536     0.9794 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-029     3  0.0992     0.9709 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-030     3  0.0125     0.9806 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031     5  0.0349     0.8798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-032     3  0.0224     0.9806 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-033     5  0.0125     0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-034     3  0.0349     0.9803 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-035     5  0.0788     0.8756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-036     2  0.0224     0.9392 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037     4  0.3041     0.7763 0.000 0.016 0.000 0.816 0.000 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-038     1  0.0448     0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-039     4  0.0224     0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041     5  0.3584     0.6797 0.088 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-042     4  0.5334    -0.0369 0.000 0.000 0.000 0.432 0.388 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-043     6  0.5156     0.3533 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.128 NA
#> dkfz_11-044     6  0.3246     0.5670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.088 NA
#> dkfz_11-045     7  0.2324     0.7503 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 NA
#> dkfz_11-046     4  0.1666     0.8874 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.044 0.004 NA
#> dkfz_11-047     5  0.1144     0.8593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-048     2  0.4687     0.4025 0.000 0.560 0.000 0.344 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-049     4  0.0224     0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050     6  0.1503     0.6115 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.012 NA
#> dkfz_11-051     5  0.1477     0.8340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-052     4  0.0125     0.9493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053     3  0.0395     0.9789 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054     6  0.3575     0.5342 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.760 0.136 NA
#> dkfz_11-055     1  0.0448     0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-056     4  0.0224     0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059     1  0.0448     0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-060     4  0.0224     0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061     6  0.2309     0.6046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.056 NA
#> dkfz_11-062     6  0.3382     0.5430 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.056 NA
#> dkfz_11-063     6  0.5584     0.2341 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.408 0.180 NA
#> dkfz_11-064     2  0.0125     0.9400 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065     2  0.2817     0.8527 0.000 0.840 0.000 0.016 0.000 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-066     3  0.0125     0.9806 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067     3  0.0251     0.9807 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-068     2  0.0224     0.9392 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069     5  0.0349     0.8798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-070     6  0.4390     0.0894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.368 NA
#> dkfz_11-071     5  0.3594     0.7141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.020 0.116 NA
#> dkfz_11-072     3  0.2245     0.8829 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-073     2  0.2465     0.8768 0.000 0.872 0.000 0.032 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075     6  0.0783     0.6164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 NA
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092     5  0.0125     0.8804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-093     4  0.0125     0.9493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094     7  0.2296     0.7487 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816 NA
#> dkfz_11-095     1  0.1999     0.8858 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096     1  0.0448     0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-097     1  0.0438     0.8914 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-098     1  0.2655     0.8512 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099     6  0.3459     0.5567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.096 NA
#> dkfz_11-100     5  0.0251     0.8801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-101     5  0.3474     0.6839 0.068 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-102     1  0.0349     0.8893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-103     1  0.3192     0.8265 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> dkfz_11-104     1  0.4716     0.5975 0.568 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-105     1  0.2459     0.8562 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106     5  0.0788     0.8756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-107     1  0.2655     0.8507 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-108     1  0.2534     0.8509 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109     1  0.0313     0.8936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110     1  0.2650     0.8422 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-111     5  0.5134     0.1952 0.304 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-112     1  0.2509     0.8546 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113     1  0.0471     0.8942 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114     1  0.3751     0.7867 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056 NA
#> dkfz_11-115     5  0.0788     0.8756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117     1  0.1584     0.8537 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-118     1  0.2864     0.8360 0.752 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119     5  0.0251     0.8801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-120     1  0.1912     0.8841 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122     1  0.1563     0.8898 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123     1  0.1947     0.8841 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125     1  0.3409     0.8046 0.712 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-126     1  0.0349     0.8893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-127     1  0.1038     0.8946 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-128     1  0.0349     0.8893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-129     1  0.2049     0.8792 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130     1  0.2694     0.8368 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131     1  0.1876     0.8857 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-132     1  0.0520     0.8926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-133     1  0.0224     0.8903 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-134     1  0.0739     0.8944 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-135     1  0.0448     0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-136     4  0.0224     0.9484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138     1  0.0448     0.8883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-139     6  0.4074     0.5138 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.128 NA
#> dkfz_11-140     1  0.2131     0.8765 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-141     1  0.0125     0.8908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-142     5  0.4816     0.4317 0.236 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143     3  0.0125     0.9806 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-144     3  0.0349     0.9810 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-145     2  0.0125     0.9397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146     3  0.0695     0.9765 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-147     3  0.0395     0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148     2  0.0224     0.9392 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149     3  0.1056     0.9630 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-150     2  0.0520     0.9382 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-151     5  0.0251     0.8801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.1484    0.94425 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044 0.016
#> dkfz_11-002     6  0.4003    0.51120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.216 0.044 0.052
#> dkfz_11-003     4  0.0886    0.92077 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012
#> dkfz_11-004     5  0.1891    0.83443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 0.080 0.024
#> dkfz_11-005     2  0.1846    0.87910 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> dkfz_11-006     2  0.0668    0.91166 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-007     5  0.0446    0.86447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1898    0.87729 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.052
#> dkfz_11-009     4  0.0119    0.94297 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0119    0.86676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-011     7  0.4438    0.48593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.608 0.024 0.100
#> dkfz_11-012     7  0.4213    0.53538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.644 0.016 0.104
#> dkfz_11-013     2  0.0891    0.90849 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-014     7  0.1224    0.77126 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3128    0.59131 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.108 0.032 0.056
#> dkfz_11-016     6  0.4103    0.23029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.060 0.016 0.316
#> dkfz_11-017     3  0.1242    0.95820 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044 0.008
#> dkfz_11-018     3  0.0610    0.96541 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004
#> dkfz_11-019     2  0.0876    0.91206 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-020     3  0.0626    0.96534 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008
#> dkfz_11-021     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.2844    0.56016 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.152 0.012
#> dkfz_11-023     9  0.6696    0.47808 0.016 0.000 0.000 0.000 0.040 0.200 0.132 0.200 0.412
#> dkfz_11-024     2  0.1016    0.90518 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-025     7  0.1752    0.64407 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.004 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-026     2  0.0119    0.91238 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0119    0.86737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0449    0.96615 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-029     3  0.0952    0.96166 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.008
#> dkfz_11-030     3  0.0709    0.96541 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-031     5  0.0634    0.86367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0119    0.96621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0296    0.86614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.1097    0.95222 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-035     5  0.1640    0.84471 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004 0.064 0.020
#> dkfz_11-036     2  0.1025    0.90474 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-037     4  0.3859    0.69467 0.000 0.040 0.000 0.760 0.000 0.000 0.020 0.080 0.100
#> dkfz_11-038     1  0.0373    0.73539 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0237    0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.4327   -0.27203 0.080 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.004 0.340 0.008
#> dkfz_11-042     4  0.5631   -0.04291 0.000 0.000 0.000 0.420 0.312 0.000 0.016 0.220 0.032
#> dkfz_11-043     9  0.5857    0.31438 0.028 0.016 0.000 0.000 0.000 0.368 0.084 0.068 0.436
#> dkfz_11-044     6  0.3092    0.56528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.020 0.144 0.044
#> dkfz_11-045     7  0.1340    0.77446 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052 0.932 0.000 0.012
#> dkfz_11-046     4  0.2032    0.85061 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.080 0.004 0.008 0.020
#> dkfz_11-047     5  0.2189    0.77594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.008 0.132 0.008
#> dkfz_11-048     2  0.4775    0.33032 0.000 0.528 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.060 0.064
#> dkfz_11-049     4  0.0237    0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.2578    0.54044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.028 0.008 0.136
#> dkfz_11-051     5  0.1844    0.78780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.104 0.008
#> dkfz_11-052     4  0.0119    0.94374 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.1005    0.96032 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.016
#> dkfz_11-054     6  0.3549    0.58499 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.784 0.108 0.052 0.040
#> dkfz_11-055     1  0.0296    0.73671 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0237    0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0331    0.73886 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.0237    0.94292 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3682    0.48085 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.068 0.020 0.188
#> dkfz_11-062     6  0.3946   -0.09733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.032 0.012 0.448
#> dkfz_11-063     9  0.4912    0.50646 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.092 0.060 0.648
#> dkfz_11-064     2  0.0658    0.91175 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-065     2  0.3471    0.80001 0.000 0.784 0.000 0.008 0.000 0.000 0.028 0.084 0.096
#> dkfz_11-066     3  0.0237    0.96634 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0331    0.96607 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.1025    0.90474 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-069     5  0.0565    0.86458 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.4861   -0.00365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.412 0.044 0.084
#> dkfz_11-071     5  0.4479    0.61784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.016 0.120 0.064 0.104
#> dkfz_11-072     3  0.3256    0.81254 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.028 0.124 0.060
#> dkfz_11-073     2  0.2853    0.84221 0.000 0.836 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004 0.068 0.068
#> dkfz_11-074     4  0.0237    0.94088 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-075     6  0.2110    0.57044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.020 0.004 0.108
#> dkfz_11-091     2  0.0424    0.91165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-092     5  0.0212    0.86671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0119    0.94374 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     7  0.0939    0.77059 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.2693    0.67558 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.232 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.0212    0.73835 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0881    0.74625 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.004
#> dkfz_11-098     1  0.3095    0.53503 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.004
#> dkfz_11-099     6  0.3104    0.57199 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.024 0.144 0.040
#> dkfz_11-100     5  0.0752    0.86040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.024 0.004
#> dkfz_11-101     5  0.3826   -0.04571 0.032 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.004 0.348 0.008
#> dkfz_11-102     1  0.0212    0.73835 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3598    0.56424 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.320 0.012
#> dkfz_11-104     1  0.4647   -0.12414 0.460 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.004 0.412 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.2905    0.57055 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1707    0.84294 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.064 0.024
#> dkfz_11-107     1  0.3013    0.52315 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.3031    0.50804 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0645    0.74623 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.3048    0.50063 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-111     8  0.5192    0.82385 0.272 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.004 0.416 0.008
#> dkfz_11-112     1  0.3095    0.52813 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.004
#> dkfz_11-113     1  0.1033    0.74548 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.4417    0.45426 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.064 0.344 0.012
#> dkfz_11-115     5  0.1252    0.85482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.040 0.016
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.1752    0.67109 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.104 0.004
#> dkfz_11-118     1  0.3225    0.49037 0.608 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0683    0.86193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-120     1  0.2794    0.65732 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.2145    0.71278 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.2569    0.67328 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.4098    0.15543 0.492 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.444 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0331    0.73886 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-127     1  0.1606    0.74255 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008
#> dkfz_11-128     1  0.0331    0.73886 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-129     1  0.2732    0.62573 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.3055    0.48871 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2367    0.70293 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.004
#> dkfz_11-132     1  0.0446    0.74518 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0373    0.74430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1564    0.74092 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.008
#> dkfz_11-135     1  0.0373    0.73539 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0449    0.93863 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.94441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0373    0.73539 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.3830    0.53320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.032 0.152 0.088
#> dkfz_11-140     1  0.2315    0.68968 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0296    0.74451 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142     8  0.5127    0.81850 0.216 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.004 0.388 0.008
#> dkfz_11-143     3  0.0507    0.96714 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0356    0.96640 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-145     2  0.0746    0.90903 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-146     3  0.0585    0.96466 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.0776    0.96579 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.004
#> dkfz_11-148     2  0.1025    0.90474 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-149     3  0.1715    0.93676 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056 0.020
#> dkfz_11-150     2  0.0741    0.91242 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-151     5  0.0446    0.86835 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9 p10
#> dkfz_11-001     3  0.2009     0.9212 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.012  NA
#> dkfz_11-002     6  0.5096     0.3777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.216 0.024 0.032  NA
#> dkfz_11-003     4  0.1953     0.8512 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.060 0.024 0.024  NA
#> dkfz_11-004     5  0.2869     0.8009 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.012 0.084 0.024  NA
#> dkfz_11-005     2  0.2134     0.8052 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164  NA
#> dkfz_11-006     2  0.0597     0.8684 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012  NA
#> dkfz_11-007     5  0.0517     0.8503 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004  NA
#> dkfz_11-008     2  0.2134     0.8053 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164  NA
#> dkfz_11-009     4  0.0395     0.9271 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000  NA
#> dkfz_11-010     5  0.0395     0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000  NA
#> dkfz_11-011     7  0.4461     0.5705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.636 0.028 0.028  NA
#> dkfz_11-012     7  0.5023     0.5554 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.204 0.620 0.044 0.068  NA
#> dkfz_11-013     2  0.0974     0.8665 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012  NA
#> dkfz_11-014     7  0.2425     0.7013 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.856 0.012 0.008  NA
#> dkfz_11-015     6  0.3835     0.4760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.132 0.004 0.028  NA
#> dkfz_11-016     6  0.3753     0.2932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.032 0.012 0.156  NA
#> dkfz_11-017     3  0.1179     0.9453 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008  NA
#> dkfz_11-018     3  0.0820     0.9471 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004  NA
#> dkfz_11-019     2  0.0959     0.8686 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024  NA
#> dkfz_11-020     3  0.0839     0.9469 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008  NA
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-022     1  0.3327     0.4910 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.048 0.012  NA
#> dkfz_11-023     6  0.6780    -0.4237 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028 0.328 0.084 0.284 0.216  NA
#> dkfz_11-024     2  0.1280     0.8545 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076  NA
#> dkfz_11-025     7  0.1932     0.6326 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.900 0.004 0.020  NA
#> dkfz_11-026     2  0.0469     0.8690 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016  NA
#> dkfz_11-027     5  0.0340     0.8525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004  NA
#> dkfz_11-028     3  0.0982     0.9453 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008  NA
#> dkfz_11-029     3  0.1461     0.9377 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.012  NA
#> dkfz_11-030     3  0.0671     0.9473 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004  NA
#> dkfz_11-031     5  0.0869     0.8482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.004  NA
#> dkfz_11-032     3  0.0558     0.9482 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008  NA
#> dkfz_11-033     5  0.0315     0.8526 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000  NA
#> dkfz_11-034     3  0.1248     0.9435 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.008  NA
#> dkfz_11-035     5  0.2442     0.8202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.012 0.064 0.020  NA
#> dkfz_11-036     2  0.1674     0.8479 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016  NA
#> dkfz_11-037     4  0.4596     0.4659 0.000 0.020 0.000 0.612 0.000 0.000 0.056 0.048 0.260  NA
#> dkfz_11-038     1  0.0564     0.6887 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000  NA
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-041     5  0.4294     0.1575 0.076 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.428 0.008  NA
#> dkfz_11-042     4  0.6275    -0.0503 0.000 0.000 0.000 0.388 0.196 0.000 0.072 0.272 0.064  NA
#> dkfz_11-043     6  0.5319    -0.2733 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.052 0.072 0.376  NA
#> dkfz_11-044     6  0.4050     0.4572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.020 0.044 0.012  NA
#> dkfz_11-045     7  0.0729     0.7047 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-046     4  0.1661     0.8544 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-047     5  0.2434     0.7618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.168 0.008  NA
#> dkfz_11-048     2  0.4920     0.1702 0.000 0.408 0.000 0.384 0.000 0.000 0.004 0.004 0.192  NA
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-050     6  0.1179     0.4796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020 0.000 0.028  NA
#> dkfz_11-051     5  0.2299     0.7437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.172 0.004  NA
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-053     3  0.1249     0.9436 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012  NA
#> dkfz_11-054     6  0.4490     0.4624 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.616 0.096 0.004 0.012  NA
#> dkfz_11-055     1  0.0564     0.6887 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000  NA
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-059     1  0.0671     0.6899 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004  NA
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-061     6  0.2973     0.4429 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.040 0.036 0.048  NA
#> dkfz_11-062     6  0.4330     0.0944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.020 0.060 0.204  NA
#> dkfz_11-063     9  0.5839     0.0000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284 0.072 0.072 0.488  NA
#> dkfz_11-064     2  0.1337     0.8657 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044  NA
#> dkfz_11-065     2  0.4758     0.5544 0.000 0.584 0.000 0.024 0.000 0.000 0.064 0.044 0.280  NA
#> dkfz_11-066     3  0.0539     0.9487 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  NA
#> dkfz_11-067     3  0.0820     0.9472 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012  NA
#> dkfz_11-068     2  0.1440     0.8515 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012  NA
#> dkfz_11-069     5  0.0582     0.8514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004  NA
#> dkfz_11-070     7  0.5984     0.0963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.360 0.052 0.072  NA
#> dkfz_11-071     5  0.5299     0.5478 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.024 0.116 0.072 0.100  NA
#> dkfz_11-072     3  0.4544     0.6593 0.000 0.000 0.676 0.000 0.004 0.000 0.024 0.144 0.084  NA
#> dkfz_11-073     2  0.3486     0.7308 0.000 0.732 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.008 0.204  NA
#> dkfz_11-074     4  0.0484     0.9247 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000  NA
#> dkfz_11-075     6  0.1021     0.4899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 0.004 0.008  NA
#> dkfz_11-091     2  0.0652     0.8690 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020  NA
#> dkfz_11-092     5  0.0226     0.8525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000  NA
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-094     7  0.0930     0.7026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.952 0.000 0.008  NA
#> dkfz_11-095     1  0.3043    -0.1400 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000  NA
#> dkfz_11-096     1  0.0671     0.6903 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004  NA
#> dkfz_11-097     1  0.1489     0.6814 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008  NA
#> dkfz_11-098     8  0.3111     0.6461 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000  NA
#> dkfz_11-099     6  0.3913     0.4641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.028 0.016 0.016  NA
#> dkfz_11-100     5  0.0671     0.8488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004  NA
#> dkfz_11-101     5  0.4040     0.2459 0.048 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.428 0.008  NA
#> dkfz_11-102     1  0.0113     0.6921 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-103     1  0.5295     0.1057 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.300 0.032  NA
#> dkfz_11-104     8  0.4148     0.6606 0.340 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.560 0.004  NA
#> dkfz_11-105     1  0.3010    -0.6569 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000  NA
#> dkfz_11-106     5  0.2253     0.8246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.044 0.020  NA
#> dkfz_11-107     8  0.3268     0.7060 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.008  NA
#> dkfz_11-108     8  0.2996     0.7074 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000  NA
#> dkfz_11-109     1  0.1250     0.6805 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004  NA
#> dkfz_11-110     8  0.3271     0.7166 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.008  NA
#> dkfz_11-111     8  0.4515     0.5416 0.232 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.564 0.004  NA
#> dkfz_11-112     8  0.3109     0.6807 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.004  NA
#> dkfz_11-113     1  0.1661     0.6139 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000  NA
#> dkfz_11-114     1  0.5879    -0.0656 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064 0.332 0.032  NA
#> dkfz_11-115     5  0.1783     0.8366 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.012 0.032 0.012  NA
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-117     1  0.2471     0.5861 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008  NA
#> dkfz_11-118     8  0.3172     0.7195 0.452 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.540 0.000  NA
#> dkfz_11-119     5  0.0671     0.8488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004  NA
#> dkfz_11-120     1  0.3401    -0.0205 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.020  NA
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-122     1  0.2957     0.2989 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008  NA
#> dkfz_11-123     1  0.3033     0.0668 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.012  NA
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9355 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-125     8  0.4132     0.6722 0.352 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008 0.580 0.012  NA
#> dkfz_11-126     1  0.0226     0.6924 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  NA
#> dkfz_11-127     1  0.2529     0.5154 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.012  NA
#> dkfz_11-128     1  0.0404     0.6920 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000  NA
#> dkfz_11-129     1  0.3027    -0.2912 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.004  NA
#> dkfz_11-130     8  0.3148     0.7208 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.008  NA
#> dkfz_11-131     1  0.2960     0.0348 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000  NA
#> dkfz_11-132     1  0.0728     0.6920 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000  NA
#> dkfz_11-133     1  0.0729     0.6853 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000  NA
#> dkfz_11-134     1  0.1994     0.5563 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000  NA
#> dkfz_11-135     1  0.0597     0.6898 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004  NA
#> dkfz_11-136     4  0.0113     0.9331 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000  NA
#> dkfz_11-137     4  0.0113     0.9338 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000  NA
#> dkfz_11-138     1  0.0484     0.6893 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000  NA
#> dkfz_11-139     6  0.4165     0.4099 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.036 0.016 0.016  NA
#> dkfz_11-140     1  0.3837     0.4654 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.024  NA
#> dkfz_11-141     1  0.0784     0.6846 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000  NA
#> dkfz_11-142     8  0.4694     0.3365 0.172 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.484 0.004  NA
#> dkfz_11-143     3  0.0830     0.9473 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004  NA
#> dkfz_11-144     3  0.1266     0.9420 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008  NA
#> dkfz_11-145     2  0.1021     0.8592 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004  NA
#> dkfz_11-146     3  0.1090     0.9405 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028  NA
#> dkfz_11-147     3  0.0750     0.9478 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004  NA
#> dkfz_11-148     2  0.1690     0.8462 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020  NA
#> dkfz_11-149     3  0.2286     0.9090 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 0.012  NA
#> dkfz_11-150     2  0.0846     0.8683 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016  NA
#> dkfz_11-151     5  0.0677     0.8543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.004  NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> MAD:skmeans 133        3.65e-24        1.86e-08  2
#> MAD:skmeans 132        8.37e-48        2.54e-09  3
#> MAD:skmeans 134        5.59e-71        9.83e-13  4
#> MAD:skmeans 130        2.65e-74        6.25e-17  5
#> MAD:skmeans 133        1.32e-92        8.46e-30  6
#> MAD:skmeans 123        4.80e-88        3.44e-28  7
#> MAD:skmeans 125        4.62e-87        1.35e-27  8
#> MAD:skmeans 120        2.28e-79        1.69e-25  9
#> MAD:skmeans 104        4.53e-80        5.83e-29 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:pam*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 10.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.262           0.414       0.760        0.48975 0.507   0.507
#> 3   3 0.511           0.817       0.898        0.28875 0.760   0.565
#> 4   4 0.659           0.813       0.888        0.10804 0.876   0.686
#> 5   5 0.910           0.865       0.944        0.12794 0.860   0.573
#> 6   6 0.918           0.873       0.947        0.04569 0.925   0.670
#> 7   7 0.895           0.851       0.903        0.01596 0.989   0.936
#> 8   8 0.921           0.811       0.876        0.01984 0.987   0.918
#> 9   9 0.941           0.857       0.929        0.01482 0.979   0.864
#> 10 10 0.923           0.796       0.909        0.00789 0.992   0.938

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 5 6 8 9

There is also optional best \(k\) = 5 6 8 9 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-002     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-003     1  0.9635     0.1467 0.612 0.388
#> dkfz_11-004     1  0.8081     0.3111 0.752 0.248
#> dkfz_11-005     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-006     2  0.9358     0.4142 0.352 0.648
#> dkfz_11-007     1  0.4562     0.4625 0.904 0.096
#> dkfz_11-008     2  0.9754     0.3325 0.408 0.592
#> dkfz_11-009     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-010     1  0.3274     0.4883 0.940 0.060
#> dkfz_11-011     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-012     1  0.9552     0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-013     2  0.5946     0.6188 0.144 0.856
#> dkfz_11-014     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-015     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-016     2  0.6438     0.5149 0.164 0.836
#> dkfz_11-017     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-018     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-020     2  0.0376     0.6757 0.004 0.996
#> dkfz_11-021     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-022     1  0.9866     0.3575 0.568 0.432
#> dkfz_11-023     2  0.9983    -0.2090 0.476 0.524
#> dkfz_11-024     2  0.9850     0.3403 0.428 0.572
#> dkfz_11-025     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-026     2  0.9833     0.3449 0.424 0.576
#> dkfz_11-027     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-028     2  0.0672     0.6770 0.008 0.992
#> dkfz_11-029     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-030     2  0.2043     0.6726 0.032 0.968
#> dkfz_11-031     1  0.1843     0.5071 0.972 0.028
#> dkfz_11-032     2  0.4562     0.5789 0.096 0.904
#> dkfz_11-033     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.7299     0.4062 0.204 0.796
#> dkfz_11-035     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1843     0.6801 0.028 0.972
#> dkfz_11-037     2  0.9775     0.3330 0.412 0.588
#> dkfz_11-038     1  0.9866     0.3575 0.568 0.432
#> dkfz_11-039     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-040     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.9552     0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-043     1  0.9552     0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-044     2  0.4298     0.5901 0.088 0.912
#> dkfz_11-045     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-046     2  0.7056     0.4246 0.192 0.808
#> dkfz_11-047     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.9754     0.3325 0.408 0.592
#> dkfz_11-049     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-050     2  0.0000     0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-053     2  0.9393     0.2835 0.356 0.644
#> dkfz_11-054     2  0.0000     0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1  0.9866     0.3575 0.568 0.432
#> dkfz_11-056     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-057     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-058     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-059     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-060     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-061     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-062     2  0.9491     0.0625 0.368 0.632
#> dkfz_11-063     2  0.8813     0.2121 0.300 0.700
#> dkfz_11-064     2  0.7674     0.5571 0.224 0.776
#> dkfz_11-065     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-066     2  0.5629     0.5477 0.132 0.868
#> dkfz_11-067     2  0.0000     0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2  0.7674     0.5571 0.224 0.776
#> dkfz_11-069     1  0.0376     0.5185 0.996 0.004
#> dkfz_11-070     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-071     1  0.8386     0.2880 0.732 0.268
#> dkfz_11-072     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-073     2  0.9754     0.3325 0.408 0.592
#> dkfz_11-074     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-075     2  0.0000     0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-092     1  0.8386     0.2877 0.732 0.268
#> dkfz_11-093     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-094     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-095     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-096     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-097     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-100     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-102     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-103     2  0.9087     0.1942 0.324 0.676
#> dkfz_11-104     1  0.9608     0.3785 0.616 0.384
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.9209     0.2032 0.664 0.336
#> dkfz_11-107     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-108     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-109     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.1184     0.5166 0.984 0.016
#> dkfz_11-114     1  0.9881     0.3282 0.564 0.436
#> dkfz_11-115     1  0.9552     0.1467 0.624 0.376
#> dkfz_11-116     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-117     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-121     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-122     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-123     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-124     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-125     1  0.6712     0.4642 0.824 0.176
#> dkfz_11-126     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-127     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-128     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0376     0.5185 0.996 0.004
#> dkfz_11-131     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-132     1  0.6801     0.4634 0.820 0.180
#> dkfz_11-133     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-134     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-135     1  0.9775     0.3696 0.588 0.412
#> dkfz_11-136     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-137     1  0.9710     0.1453 0.600 0.400
#> dkfz_11-138     1  0.9833     0.3628 0.576 0.424
#> dkfz_11-139     2  0.1414     0.6800 0.020 0.980
#> dkfz_11-140     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-141     1  0.9754     0.3717 0.592 0.408
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.8813     0.2088 0.300 0.700
#> dkfz_11-144     2  0.0000     0.6741 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.7674     0.5571 0.224 0.776
#> dkfz_11-146     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-147     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-148     2  0.9866     0.3355 0.432 0.568
#> dkfz_11-149     2  0.1633     0.6806 0.024 0.976
#> dkfz_11-150     2  0.7528     0.5409 0.216 0.784
#> dkfz_11-151     1  0.0000     0.5199 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-002     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     2  0.6208      0.675 0.052 0.756 0.192
#> dkfz_11-004     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-005     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-008     3  0.0424      0.875 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-009     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.4335      0.885 0.864 0.100 0.036
#> dkfz_11-011     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-012     1  0.7298      0.696 0.700 0.100 0.200
#> dkfz_11-013     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-015     2  0.8408      0.470 0.100 0.556 0.344
#> dkfz_11-016     1  0.5785      0.419 0.668 0.000 0.332
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-019     3  0.0424      0.875 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-020     3  0.3375      0.857 0.100 0.008 0.892
#> dkfz_11-021     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.1643      0.884 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-024     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025     3  0.3816      0.790 0.000 0.148 0.852
#> dkfz_11-026     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027     3  0.5740      0.740 0.096 0.100 0.804
#> dkfz_11-028     3  0.3116      0.857 0.108 0.000 0.892
#> dkfz_11-029     3  0.0237      0.878 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-030     3  0.6308      0.204 0.492 0.000 0.508
#> dkfz_11-031     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-032     2  0.8917      0.557 0.188 0.568 0.244
#> dkfz_11-033     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-034     2  0.2959      0.767 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-036     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037     3  0.3116      0.822 0.000 0.108 0.892
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.7298      0.696 0.700 0.100 0.200
#> dkfz_11-043     1  0.8635      0.122 0.460 0.100 0.440
#> dkfz_11-044     2  0.8702      0.570 0.292 0.568 0.140
#> dkfz_11-045     3  0.3038      0.822 0.000 0.104 0.896
#> dkfz_11-046     2  0.2959      0.767 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-048     3  0.4974      0.631 0.000 0.236 0.764
#> dkfz_11-049     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.8352      0.489 0.100 0.568 0.332
#> dkfz_11-051     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-052     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.9284      0.510 0.296 0.512 0.192
#> dkfz_11-054     2  0.8372      0.481 0.100 0.564 0.336
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.8390      0.478 0.100 0.560 0.340
#> dkfz_11-062     3  0.5254      0.671 0.264 0.000 0.736
#> dkfz_11-063     3  0.4121      0.708 0.168 0.000 0.832
#> dkfz_11-064     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065     3  0.2959      0.824 0.000 0.100 0.900
#> dkfz_11-066     2  0.8917      0.579 0.244 0.568 0.188
#> dkfz_11-067     3  0.3375      0.857 0.100 0.008 0.892
#> dkfz_11-068     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-070     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-071     1  0.3539      0.898 0.888 0.100 0.012
#> dkfz_11-072     3  0.8067      0.435 0.284 0.100 0.616
#> dkfz_11-073     3  0.5810      0.469 0.000 0.336 0.664
#> dkfz_11-074     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.8352      0.489 0.100 0.568 0.332
#> dkfz_11-091     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-093     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-100     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-101     1  0.0424      0.907 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0661      0.908 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-105     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.6679      0.765 0.748 0.100 0.152
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.1411      0.888 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-115     1  0.6374      0.790 0.768 0.100 0.132
#> dkfz_11-116     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3193      0.900 0.896 0.100 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0237      0.908 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.1163      0.909 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     2  0.0000      0.825 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.3116      0.857 0.108 0.000 0.892
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.909 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.2959      0.900 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.5058      0.702 0.244 0.756 0.000
#> dkfz_11-144     2  0.8513      0.506 0.116 0.568 0.316
#> dkfz_11-145     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-147     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-148     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149     3  0.2959      0.861 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-150     3  0.0424      0.875 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-151     1  0.3375      0.899 0.892 0.100 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.1474     0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.7810     0.2964 0.180 0.260 0.024 0.536
#> dkfz_11-004     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0707     0.8559 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-007     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1302     0.8438 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     1  0.3239     0.8096 0.880 0.068 0.052 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.3688     0.7459 0.000 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.5491     0.5584 0.688 0.260 0.052 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.4688     0.7622 0.128 0.792 0.080 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.4105     0.7474 0.000 0.812 0.156 0.032
#> dkfz_11-016     3  0.6753     0.4984 0.164 0.228 0.608 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.3688     0.7195 0.000 0.208 0.792 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.1474     0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1888     0.8327 0.000 0.940 0.016 0.044
#> dkfz_11-020     3  0.1474     0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     1  0.3172     0.8350 0.840 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.4127     0.7622 0.824 0.124 0.052 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.4532     0.7452 0.156 0.792 0.052 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     2  0.5179     0.6827 0.220 0.728 0.052 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.1474     0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.3649     0.7251 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.1733     0.8652 0.028 0.024 0.948 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1871     0.8676 0.012 0.016 0.948 0.024
#> dkfz_11-033     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.4925     0.2820 0.000 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-035     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.1489     0.8454 0.000 0.952 0.004 0.044
#> dkfz_11-038     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.5444     0.5557 0.688 0.264 0.048 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.4941     0.0843 0.436 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.7122     0.2361 0.484 0.024 0.424 0.068
#> dkfz_11-045     2  0.3910     0.7651 0.156 0.820 0.024 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.1940     0.8281 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.5010     0.7278 0.004 0.772 0.156 0.068
#> dkfz_11-051     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     3  0.1733     0.8718 0.000 0.028 0.948 0.024
#> dkfz_11-054     2  0.4829     0.7306 0.000 0.776 0.156 0.068
#> dkfz_11-055     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.3958     0.7493 0.000 0.816 0.160 0.024
#> dkfz_11-062     3  0.6627     0.2443 0.096 0.348 0.556 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.4015     0.7502 0.116 0.832 0.052 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.1211     0.8507 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.1854     0.8698 0.008 0.020 0.948 0.024
#> dkfz_11-067     3  0.1474     0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.3688     0.7459 0.000 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.3312     0.8064 0.876 0.072 0.052 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.5452     0.6402 0.156 0.108 0.736 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.2048     0.8400 0.008 0.928 0.000 0.064
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.4829     0.7306 0.000 0.776 0.156 0.068
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.3958     0.7829 0.112 0.836 0.052 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.3024     0.8391 0.852 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.3400     0.7645 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.4998     0.6638 0.748 0.200 0.052 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.3074     0.8386 0.848 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.5798     0.7830 0.696 0.096 0.208 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.5179     0.6314 0.728 0.220 0.052 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.1833     0.8334 0.944 0.024 0.032 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.3306     0.8376 0.840 0.004 0.156 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0188     0.8377 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.1474     0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.3123     0.8381 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.8371 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.1474     0.8524 0.000 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-144     3  0.1733     0.8718 0.000 0.028 0.948 0.024
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.1474     0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0817     0.8669 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0592     0.8641 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.1302     0.8438 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-151     1  0.3088     0.8140 0.888 0.060 0.052 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.3460     0.7407 0.000 0.128 0.000 0.044 0.828
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011     5  0.4219     0.2217 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-012     5  0.0162     0.8976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0794     0.8796 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-015     2  0.3644     0.7818 0.000 0.824 0.000 0.080 0.096
#> dkfz_11-016     3  0.5136     0.6153 0.180 0.128 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0162     0.9853 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034     4  0.4273     0.1738 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.3143     0.6952 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0404     0.8918 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-043     2  0.6291     0.3215 0.344 0.492 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-044     1  0.5441     0.3573 0.596 0.000 0.324 0.080 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.2377     0.7734 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.3765     0.8001 0.020 0.848 0.016 0.080 0.036
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1732     0.8281 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.5456     0.4407 0.000 0.592 0.000 0.080 0.328
#> dkfz_11-062     3  0.6851     0.1415 0.004 0.272 0.420 0.000 0.304
#> dkfz_11-063     2  0.4278     0.1885 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.4201     0.3246 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070     2  0.4192     0.3245 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072     3  0.4219     0.2984 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> dkfz_11-073     2  0.0703     0.8662 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.1732     0.8281 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3636     0.5655 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.3749     0.7736 0.000 0.104 0.816 0.000 0.080
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101     5  0.3039     0.7159 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.4307     0.0843 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.4594     0.5757 0.284 0.036 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.3857     0.5556 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0162     0.9851 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0162     0.9186 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3   p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.1556     0.8519 0.000 0.000 0.000 0.08 0.920 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.3756     0.3788 0.000 0.000 0.000 0.00 0.400 0.600
#> dkfz_11-012     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.2805     0.7113 0.000 0.004 0.000 0.00 0.812 0.184
#> dkfz_11-015     6  0.0000     0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-016     6  0.0790     0.8400 0.000 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     6  0.2562     0.8120 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3995     0.0523 0.000 0.000 0.516 0.48 0.000 0.004
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.2883     0.7146 0.000 0.788 0.000 0.00 0.212 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.7518    -0.1091 0.340 0.292 0.000 0.00 0.164 0.204
#> dkfz_11-044     6  0.0000     0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.0000     0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.0000     0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.0000     0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-062     6  0.0000     0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     2  0.3843     0.1490 0.000 0.548 0.000 0.00 0.452 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3789     0.3285 0.000 0.584 0.000 0.00 0.416 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3076     0.6917 0.000 0.000 0.000 0.00 0.240 0.760
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3789     0.2840 0.000 0.000 0.584 0.00 0.416 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0632     0.9128 0.000 0.976 0.000 0.00 0.024 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0000     0.8522 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3266     0.5862 0.000 0.272 0.000 0.00 0.728 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     6  0.3151     0.7265 0.252 0.000 0.000 0.00 0.000 0.748
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.2607     0.8293 0.000 0.028 0.028 0.00 0.056 0.888
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2730     0.7153 0.192 0.000 0.000 0.00 0.808 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.2562     0.8120 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-104     5  0.3869     0.0544 0.500 0.000 0.000 0.00 0.500 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.2562     0.7694 0.000 0.000 0.000 0.00 0.172 0.828
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     6  0.2730     0.7957 0.192 0.000 0.000 0.00 0.000 0.808
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3499     0.4591 0.680 0.000 0.000 0.00 0.000 0.320
#> dkfz_11-121     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.5646     0.2352 0.264 0.000 0.000 0.00 0.532 0.204
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.3163     0.7517 0.232 0.000 0.000 0.00 0.004 0.764
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2631     0.7316 0.820 0.000 0.000 0.00 0.000 0.180
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0260     0.9541 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-139     6  0.2562     0.7537 0.000 0.000 0.172 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-140     6  0.2562     0.8120 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000 0.828
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9615 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9402 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9262 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.1669    0.82747 0.000 0.000 0.000 0.080 0.912 0.000 0.008
#> dkfz_11-004     5  0.0239    0.86584 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-008     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0239    0.93055 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-010     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-011     6  0.3459    0.45267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.0239    0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-013     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.2643    0.65992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.804 0.192 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.2514    0.79571 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> dkfz_11-016     6  0.3289    0.77975 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.764 0.204
#> dkfz_11-017     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     7  0.3402    0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-022     6  0.1844    0.79108 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0239    0.86498 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0239    0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0990    0.86469 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-028     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000    0.86718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-034     7  0.3402    0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-035     5  0.0239    0.86584 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.2857    0.69951 0.000 0.784 0.000 0.000 0.208 0.000 0.008
#> dkfz_11-038     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     7  0.3402    0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0728    0.92937 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-042     5  0.0239    0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-043     1  0.8038   -0.11360 0.316 0.172 0.000 0.000 0.160 0.140 0.212
#> dkfz_11-044     6  0.0000    0.80545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.0239    0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-046     7  0.3402    0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-047     5  0.2005    0.84990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-048     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     7  0.3402    0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-050     6  0.2600    0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-051     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-052     4  0.0504    0.91424 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-053     3  0.0134    0.96272 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.2484    0.79574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> dkfz_11-055     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     7  0.3402    0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.3237   -0.08432 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-059     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.3402    0.98516 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-061     6  0.2600    0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-062     6  0.2600    0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-063     2  0.4816    0.25716 0.000 0.548 0.000 0.000 0.344 0.000 0.108
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3700    0.27811 0.000 0.580 0.000 0.000 0.412 0.000 0.008
#> dkfz_11-066     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-070     6  0.2708    0.71593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0239    0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-072     3  0.3692    0.25062 0.000 0.000 0.584 0.000 0.408 0.000 0.008
#> dkfz_11-073     2  0.0820    0.90356 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-074     4  0.0239    0.93055 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075     6  0.2600    0.79209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> dkfz_11-091     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-093     4  0.0000    0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3008    0.56023 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     6  0.2784    0.70484 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.1478    0.80115 0.000 0.016 0.012 0.000 0.032 0.940 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-101     5  0.4583    0.65915 0.188 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.164
#> dkfz_11-102     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.1844    0.79108 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3562   -0.00421 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0239    0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-107     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.1844    0.77752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0239    0.86693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     6  0.2043    0.77797 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2293    0.84186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-120     1  0.3334    0.42502 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000    0.93836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.5510    0.27427 0.240 0.000 0.000 0.000 0.504 0.248 0.008
#> dkfz_11-126     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.2784    0.72205 0.212 0.000 0.000 0.000 0.004 0.784 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2422    0.72977 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     7  0.3520    0.88575 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-137     4  0.0134    0.93528 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138     1  0.0728    0.93162 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.1844    0.76602 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-140     6  0.1844    0.79108 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000    0.95871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0239    0.95871 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000    0.96632 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000    0.92922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000    0.86718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.1648     0.6619 0.000 0.000 0.000 0.080 0.908 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.5254     0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0224     0.9255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0349     0.9293 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.5248     0.5078 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.280 0.344 0.000
#> dkfz_11-011     8  0.3237     0.2558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-012     5  0.0125     0.7008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.2417     0.5413 0.000 0.004 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-015     6  0.3299     0.6567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> dkfz_11-016     6  0.2904     0.8355 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0125     0.9273 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     7  0.3095     0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-022     8  0.0000     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0983     0.6942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.5254     0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-034     7  0.3303     0.9736 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.008 0.648 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.2904     0.6925 0.000 0.772 0.000 0.000 0.212 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     7  0.3095     0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0868     0.9332 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0125     0.7008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.4446     0.5017 0.092 0.052 0.000 0.000 0.164 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     8  0.0000     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     5  0.0313     0.6986 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     7  0.3095     0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.5217     0.5196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.284 0.304 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0536     0.9194 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-049     7  0.3119     0.9721 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.2921     0.8374 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-051     5  0.5254     0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0471     0.9170 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0224     0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.3530     0.5634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.008 0.488
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     7  0.3095     0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.3083    -0.0868 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     7  0.3095     0.9799 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.2954     0.8392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-062     6  0.2954     0.8392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-063     2  0.4804     0.3043 0.000 0.548 0.000 0.000 0.312 0.008 0.132 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3546     0.2914 0.000 0.572 0.000 0.000 0.416 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0224     0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.5254     0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-070     8  0.2433     0.5711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3380     0.2889 0.000 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.0980     0.9038 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0125     0.9353 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.2954     0.8392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.3115     0.6169 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.008 0.292 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.2814     0.4807 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.2509     0.5182 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     8  0.0000     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     5  0.5254     0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.5508     0.4950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.360 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0000     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104     5  0.3333    -0.0442 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.0000     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.0224     0.8051 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.5254     0.5060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.284 0.344 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3265     0.2736 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.4889     0.1714 0.172 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.2473     0.5575 0.192 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2267     0.7431 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     7  0.3265     0.8728 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1341     0.8987 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-139     8  0.0000     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     8  0.0000     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9747 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0224     0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0224     0.9632 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0224     0.9255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.7016 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.1994    0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.872 0.000 0.020
#> dkfz_11-004     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0119    0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1480    0.85518 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.1876    0.94790 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-010     5  0.0212    0.98851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     8  0.3063    0.36626 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> dkfz_11-012     7  0.0763    0.84631 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     7  0.2403    0.66510 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.808 0.184 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3096    0.39166 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.1082    0.84415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     9  0.0645    0.90051 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-022     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     7  0.0930    0.83075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0296    0.95390 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0119    0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     9  0.0645    0.89540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-035     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4203    0.60614 0.000 0.652 0.000 0.132 0.000 0.000 0.204 0.000 0.012
#> dkfz_11-038     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     9  0.0000    0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     4  0.1776    0.97303 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-041     1  0.0821    0.93309 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.0645    0.84689 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.2703    0.68850 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     7  0.0763    0.84631 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     9  0.0000    0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     5  0.0876    0.94237 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.2399    0.81691 0.000 0.836 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-049     9  0.0706    0.89507 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-050     6  0.0982    0.84603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0119    0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.2118    0.95523 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-053     3  0.0645    0.94536 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     6  0.4267    0.41950 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.540 0.000 0.392 0.044
#> dkfz_11-055     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     9  0.0000    0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     4  0.1971    0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-058     9  0.3039    0.25434 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-059     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     9  0.0000    0.90882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     6  0.1033    0.84563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.0982    0.84603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.4634    0.36192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.208 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3644    0.26640 0.000 0.560 0.000 0.032 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0645    0.94536 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0119    0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     8  0.2302    0.65757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-071     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3655    0.22457 0.000 0.000 0.552 0.032 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.2706    0.81074 0.000 0.824 0.000 0.132 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020
#> dkfz_11-074     4  0.1670    0.96289 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-075     6  0.0982    0.84603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     7  0.2893    0.47275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.1971    0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-094     7  0.2758    0.55087 0.000 0.268 0.000 0.000 0.004 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.2375    0.60443 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0119    0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.0119    0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     7  0.3155    0.00669 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.1971    0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-117     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0119    0.99222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3090    0.27303 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.1776    0.97303 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-122     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.1971    0.97459 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-125     7  0.4615    0.18957 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.336 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.2341    0.63824 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2145    0.75334 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     9  0.1843    0.79413 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-137     4  0.1776    0.97303 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-138     1  0.1269    0.89871 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.0000    0.85141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000    0.97493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0982    0.93088 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0645    0.94536 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000    0.95811 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000    0.90851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     7  0.0000    0.85734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.2433    0.61506 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.2282    0.57852 0.000 0.000 0.000 0.132 0.840 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     9  0.0000    0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3111    0.67250 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-009     4  0.0315    0.89845 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010     9  0.0113    0.98828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-011     8  0.2923    0.20231 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.2999   -0.40360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     7  0.4383    0.50245 0.000 0.004 0.000 0.000 0.384 0.000 0.480 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3849    0.21881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.068 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.0492    0.83935 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021    10  0.1694    0.90188 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-022     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.0492    0.73017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0888    0.70700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1798    0.87567 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-033     9  0.0000    0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.2300    0.83675 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-035     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.5003    0.36305 0.000 0.504 0.000 0.000 0.200 0.000 0.252 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-038     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039    10  0.0937    0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.90356 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0784    0.93249 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0492    0.73252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.2580    0.62392 0.040 0.000 0.000 0.000 0.156 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     7  0.3010    0.28301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046    10  0.0937    0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-047     9  0.0784    0.94088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3263    0.65068 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-049    10  0.1412    0.91589 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-050     6  0.0113    0.84910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     9  0.0000    0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.1168    0.89274 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-053     3  0.2073    0.86015 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-054     7  0.5141    0.02527 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.452 0.252 0.000 0.040
#> dkfz_11-055     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056    10  0.0937    0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-057     4  0.0937    0.90747 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-058     4  0.3007   -0.15723 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-059     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060    10  0.0937    0.93238 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-061     6  0.0202    0.84851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.0113    0.84910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.4422    0.24564 0.000 0.524 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.3373    0.21991 0.000 0.568 0.000 0.000 0.408 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.2002    0.86242 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-067     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     9  0.0000    0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     8  0.2197    0.63347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.3388    0.24696 0.000 0.000 0.556 0.000 0.420 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.3715    0.63049 0.000 0.660 0.000 0.000 0.024 0.000 0.272 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-074     4  0.0202    0.89945 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.0113    0.84910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2760    0.31702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0986    0.90575 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-094     7  0.4512    0.47462 0.000 0.200 0.000 0.000 0.320 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.2266    0.61509 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     9  0.0000    0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     9  0.0000    0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3010   -0.00313 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0937    0.90747 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-117     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     9  0.0000    0.99214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2949    0.27102 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0113    0.90540 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0937    0.90747 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-125     5  0.4403    0.04871 0.168 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.2234    0.64802 0.192 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2047    0.75440 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136    10  0.2352    0.76169 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-137     4  0.0356    0.90805 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-138     1  0.1211    0.89783 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.0000    0.85758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000    0.97477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.2877    0.77236 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.248 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-144     3  0.2073    0.86015 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-145     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000    0.92163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000    0.85374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000    0.75119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: IDH

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>           n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> MAD:pam  55        3.25e-11        8.93e-03  2
#> MAD:pam 126        2.04e-36        5.46e-23  3
#> MAD:pam 130        4.70e-65        6.49e-30  4
#> MAD:pam 125        2.23e-65        1.52e-31  5
#> MAD:pam 127        5.23e-83        1.07e-32  6
#> MAD:pam 127        3.20e-77        1.91e-31  7
#> MAD:pam 126        1.09e-75        5.16e-30  8
#> MAD:pam 125        8.28e-72        1.25e-28  9
#> MAD:pam 121        5.76e-70        2.21e-26 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:mclust*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 10.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.957       0.978        0.48857 0.515   0.515
#> 3   3 0.771           0.839       0.918        0.28017 0.872   0.751
#> 4   4 0.789           0.882       0.907        0.11871 0.842   0.626
#> 5   5 0.879           0.891       0.944        0.13078 0.871   0.592
#> 6   6 0.836           0.819       0.888        0.03650 0.949   0.763
#> 7   7 0.876           0.823       0.917        0.04254 0.939   0.677
#> 8   8 0.887           0.771       0.889        0.01872 0.954   0.708
#> 9   9 0.898           0.722       0.857        0.01304 0.946   0.643
#> 10 10 0.905           0.749       0.867        0.00996 0.969   0.765

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-002     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-003     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-006     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-007     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-009     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.2603      0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-012     2  0.2603      0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-013     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-014     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-015     2  0.1414      0.959 0.020 0.980
#> dkfz_11-016     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-017     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-018     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-019     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-020     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-021     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-022     2  0.4939      0.892 0.108 0.892
#> dkfz_11-023     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-025     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-026     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-027     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-029     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-030     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-031     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-033     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-035     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-037     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-043     2  0.2603      0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-044     2  0.1414      0.960 0.020 0.980
#> dkfz_11-045     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-049     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-050     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-053     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-057     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-058     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2  0.2603      0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-062     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-063     2  0.1843      0.958 0.028 0.972
#> dkfz_11-064     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-065     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-066     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-067     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-068     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-069     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.3274      0.940 0.060 0.940
#> dkfz_11-071     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-073     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-074     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-091     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-092     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-095     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-100     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     2  0.9635      0.431 0.388 0.612
#> dkfz_11-104     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.9866      0.318 0.432 0.568
#> dkfz_11-115     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-117     2  0.9850      0.329 0.428 0.572
#> dkfz_11-118     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-137     2  0.0000      0.962 0.000 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-140     2  0.9866      0.318 0.432 0.568
#> dkfz_11-141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-144     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-145     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-146     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-147     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-148     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-149     2  0.0376      0.963 0.004 0.996
#> dkfz_11-150     2  0.2423      0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-002     3  0.5497     0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-003     2  0.6215    -0.0438 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-004     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-006     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-007     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-009     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     3  0.2261     0.7669 0.068 0.000 0.932
#> dkfz_11-012     3  0.0661     0.8141 0.004 0.008 0.988
#> dkfz_11-013     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-014     3  0.0237     0.8133 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-015     3  0.4178     0.7527 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-016     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-017     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-018     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-019     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-020     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-021     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     3  0.4842     0.6289 0.224 0.000 0.776
#> dkfz_11-023     1  0.4750     0.7555 0.784 0.000 0.216
#> dkfz_11-024     3  0.5497     0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-025     3  0.5016     0.7135 0.000 0.240 0.760
#> dkfz_11-026     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-027     1  0.0747     0.9597 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-028     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-029     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-030     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-031     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-033     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-035     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-037     3  0.4178     0.7526 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     3  0.0424     0.8129 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-043     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-044     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-045     3  0.5497     0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-046     2  0.6008     0.1792 0.000 0.628 0.372
#> dkfz_11-047     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     3  0.5560     0.6785 0.000 0.300 0.700
#> dkfz_11-049     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-051     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-054     3  0.5431     0.6905 0.000 0.284 0.716
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-062     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-063     3  0.4974     0.5999 0.236 0.000 0.764
#> dkfz_11-064     3  0.5497     0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-065     3  0.5138     0.7067 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-066     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-067     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-068     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-069     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     3  0.4121     0.6666 0.168 0.000 0.832
#> dkfz_11-071     1  0.4796     0.7525 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-072     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-073     3  0.5560     0.6785 0.000 0.300 0.700
#> dkfz_11-074     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-091     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-092     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     3  0.5497     0.6824 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-100     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     3  0.5560     0.5144 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-104     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.4555     0.7750 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-107     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     3  0.5591     0.5089 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-115     1  0.4605     0.7704 0.796 0.000 0.204
#> dkfz_11-116     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     3  0.5760     0.4842 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.4504     0.7795 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-121     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.4555     0.7750 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1753     0.9307 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-131     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     2  0.0000     0.9422 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-140     3  0.5760     0.4802 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-144     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-145     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-146     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-147     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-148     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-149     3  0.0475     0.8159 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-150     3  0.5529     0.6790 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-151     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0592     0.9215 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.4452     0.6024 0.000 0.260 0.008 0.732
#> dkfz_11-004     1  0.1706     0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-008     2  0.0188     0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-010     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-011     3  0.4500     0.7678 0.000 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.4277     0.5383 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.4134     0.5646 0.000 0.740 0.260 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.2647     0.8244 0.000 0.880 0.120 0.000
#> dkfz_11-016     3  0.2814     0.9303 0.000 0.132 0.868 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.2760     0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.2760     0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-022     1  0.7634    -0.0307 0.444 0.216 0.340 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.4031     0.8639 0.856 0.076 0.032 0.036
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0188     0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.3616     0.8761 0.852 0.000 0.112 0.036
#> dkfz_11-028     3  0.2760     0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.2760     0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-032     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-034     3  0.3907     0.9050 0.000 0.140 0.828 0.032
#> dkfz_11-035     1  0.1706     0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.2197     0.8639 0.000 0.916 0.080 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-040     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-041     1  0.1706     0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-042     2  0.4581     0.7382 0.080 0.800 0.120 0.000
#> dkfz_11-043     3  0.4543     0.7473 0.000 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-044     3  0.3764     0.8773 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.0188     0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.2149     0.9108 0.000 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-047     1  0.1706     0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-048     2  0.2408     0.8458 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-049     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-050     3  0.3801     0.8777 0.000 0.220 0.780 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-052     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-053     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1716     0.8835 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-057     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-058     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-059     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.1211     0.9744 0.000 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-061     3  0.4624     0.7266 0.000 0.340 0.660 0.000
#> dkfz_11-062     3  0.3764     0.8773 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-063     1  0.6411     0.4647 0.600 0.308 0.092 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0188     0.9300 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-066     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-070     3  0.4500     0.7678 0.000 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.3884     0.8585 0.856 0.092 0.016 0.036
#> dkfz_11-072     3  0.5184     0.8301 0.056 0.212 0.732 0.000
#> dkfz_11-073     2  0.4643     0.4623 0.000 0.656 0.000 0.344
#> dkfz_11-074     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-075     3  0.4072     0.8479 0.000 0.252 0.748 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-093     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0592     0.9204 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.2412     0.8701 0.908 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.3649     0.8872 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-101     1  0.2131     0.9103 0.932 0.000 0.036 0.032
#> dkfz_11-102     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.6683     0.4968 0.620 0.204 0.176 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0469     0.9207 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.2039     0.9131 0.940 0.008 0.016 0.036
#> dkfz_11-107     1  0.0188     0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0188     0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.1118     0.9173 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-112     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.6846     0.4483 0.600 0.184 0.216 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.3319     0.8864 0.888 0.060 0.016 0.036
#> dkfz_11-116     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-117     1  0.5911     0.6280 0.692 0.196 0.112 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.3674     0.8741 0.848 0.000 0.116 0.036
#> dkfz_11-120     1  0.0188     0.9216 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-122     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-125     1  0.1305     0.9166 0.960 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-126     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.1356     0.9096 0.960 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1452     0.9182 0.956 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-131     1  0.0336     0.9209 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-137     4  0.1118     0.9788 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-138     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.6423     0.5497 0.648 0.196 0.156 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0336     0.9217 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.1452     0.9172 0.956 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-143     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.2760     0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.2760     0.9320 0.000 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.2704     0.9327 0.000 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.1706     0.9138 0.948 0.000 0.016 0.036

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0290     0.9666 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003     4  0.2074     0.8811 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0880     0.8907 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-011     3  0.3921     0.8358 0.000 0.128 0.800 0.000 0.072
#> dkfz_11-012     3  0.3086     0.8303 0.000 0.180 0.816 0.000 0.004
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     3  0.3551     0.7843 0.000 0.220 0.772 0.000 0.008
#> dkfz_11-015     3  0.4088     0.6555 0.000 0.304 0.688 0.000 0.008
#> dkfz_11-016     3  0.1831     0.8959 0.000 0.076 0.920 0.000 0.004
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0290     0.9666 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.2463     0.8444 0.888 0.100 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-023     5  0.2804     0.8589 0.068 0.044 0.004 0.000 0.884
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0162     0.9678 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0609     0.8897 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-034     3  0.0955     0.9081 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> dkfz_11-035     5  0.0963     0.8905 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.4287    -0.0582 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1043     0.9566 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3983     0.5234 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-042     5  0.3769     0.7313 0.000 0.180 0.032 0.000 0.788
#> dkfz_11-043     3  0.2929     0.8317 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     3  0.2286     0.8837 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-045     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.1478     0.9327 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0963     0.8905 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-048     2  0.0794     0.9468 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     3  0.2358     0.8853 0.000 0.104 0.888 0.000 0.008
#> dkfz_11-051     5  0.0963     0.8894 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0162     0.9106 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-054     2  0.0290     0.9666 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1043     0.9566 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.1197     0.9496 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-061     3  0.3132     0.8348 0.000 0.172 0.820 0.000 0.008
#> dkfz_11-062     3  0.2286     0.8836 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> dkfz_11-063     5  0.2864     0.8020 0.000 0.112 0.024 0.000 0.864
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-070     3  0.4064     0.8310 0.000 0.116 0.792 0.000 0.092
#> dkfz_11-071     5  0.2654     0.8443 0.032 0.084 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-072     3  0.2179     0.8876 0.000 0.100 0.896 0.000 0.004
#> dkfz_11-073     2  0.0880     0.9431 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     3  0.2411     0.8830 0.000 0.108 0.884 0.000 0.008
#> dkfz_11-091     2  0.0162     0.9687 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0162     0.9659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.2020     0.8882 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-101     5  0.1792     0.8699 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     3  0.6999     0.0615 0.128 0.044 0.456 0.000 0.372
#> dkfz_11-104     1  0.3999     0.4193 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0880     0.8907 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-107     1  0.2605     0.7961 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3074     0.7823 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.6437     0.1639 0.068 0.044 0.396 0.000 0.492
#> dkfz_11-115     5  0.0880     0.8907 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.4676     0.6670 0.744 0.044 0.192 0.000 0.020
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0404     0.8881 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-120     1  0.0671     0.9541 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.2852     0.8067 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0162     0.9659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.3074     0.7821 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-131     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.1043     0.9566 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0162     0.9116 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.7031     0.1034 0.156 0.032 0.396 0.000 0.416
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9694 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0162     0.9663 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.0566     0.9106 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0324     0.9114 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0963     0.8905 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0806      0.904 0.000 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003     4  0.2507      0.863 0.000 0.056 0.036 0.892 0.000 0.016
#> dkfz_11-004     5  0.2260      0.836 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0260      0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0692      0.905 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0260      0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-011     3  0.4002      0.438 0.000 0.016 0.692 0.000 0.008 0.284
#> dkfz_11-012     6  0.3643      0.830 0.000 0.024 0.200 0.000 0.008 0.768
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.3836      0.835 0.000 0.040 0.188 0.000 0.008 0.764
#> dkfz_11-015     6  0.3440      0.832 0.000 0.028 0.196 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-016     3  0.1075      0.897 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0806      0.904 0.000 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3424      0.679 0.772 0.000 0.204 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-023     5  0.3241      0.818 0.112 0.000 0.064 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.2527      0.771 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-025     6  0.4018      0.752 0.000 0.148 0.076 0.008 0.000 0.768
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000      0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0260      0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0260      0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0713      0.917 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-035     5  0.2854      0.812 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.4192      0.824 0.000 0.076 0.140 0.008 0.008 0.768
#> dkfz_11-038     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-039     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.2191      0.728 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> dkfz_11-042     6  0.4579      0.814 0.016 0.064 0.124 0.008 0.020 0.768
#> dkfz_11-043     6  0.3466      0.812 0.000 0.008 0.224 0.000 0.008 0.760
#> dkfz_11-044     3  0.2823      0.676 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-045     6  0.4284      0.655 0.000 0.216 0.056 0.008 0.000 0.720
#> dkfz_11-046     4  0.0458      0.956 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2793      0.816 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.6339      0.316 0.000 0.512 0.056 0.296 0.000 0.136
#> dkfz_11-049     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     3  0.3547      0.353 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-051     5  0.2416      0.832 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.4595      0.481 0.000 0.668 0.084 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-055     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-056     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-060     4  0.0146      0.971 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3536      0.787 0.000 0.004 0.252 0.000 0.008 0.736
#> dkfz_11-062     3  0.0146      0.938 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063     5  0.4078      0.554 0.008 0.016 0.300 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     6  0.4020      0.736 0.000 0.160 0.068 0.008 0.000 0.764
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0260      0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.4475      0.432 0.000 0.016 0.448 0.000 0.008 0.528
#> dkfz_11-071     5  0.2118      0.839 0.104 0.000 0.008 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-072     3  0.0146      0.938 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-073     4  0.4406      0.573 0.000 0.256 0.036 0.692 0.000 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3864      0.344 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0260      0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.2491      0.774 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-095     1  0.0146      0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-097     1  0.0508      0.837 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.2300      0.773 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-100     5  0.0363      0.828 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2793      0.817 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-103     5  0.4517      0.287 0.032 0.000 0.444 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.3728      0.235 0.652 0.000 0.000 0.000 0.344 0.004
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1858      0.840 0.092 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.3314      0.481 0.740 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004
#> dkfz_11-108     1  0.0146      0.836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-110     1  0.0146      0.836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111     5  0.3468      0.740 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-114     5  0.4629      0.307 0.040 0.000 0.436 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.1858      0.840 0.092 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.5121      0.439 0.608 0.000 0.284 0.000 0.104 0.004
#> dkfz_11-118     1  0.0291      0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-119     5  0.0260      0.827 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3650      0.439 0.716 0.000 0.008 0.000 0.272 0.004
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0291      0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-123     1  0.0603      0.838 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.3073      0.811 0.204 0.000 0.008 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-127     1  0.0508      0.835 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-129     1  0.1610      0.843 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-130     5  0.3076      0.790 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0146      0.836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-133     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-134     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-135     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-136     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.5929      0.242 0.180 0.000 0.404 0.000 0.412 0.004
#> dkfz_11-141     1  0.2941      0.837 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-142     1  0.0405      0.832 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-143     3  0.0260      0.934 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0146      0.918 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2340      0.835 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.2043     0.8323 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0334     0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.4282     0.0827 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.488 0.040
#> dkfz_11-012     6  0.0000     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.0000     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.0000     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     3  0.0797     0.9293 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.0656     0.8952 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-023     5  0.1382     0.8582 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-024     2  0.2422     0.7790 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.0000     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.1578     0.8369 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.0000     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     7  0.1977     0.7739 0.020 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.896
#> dkfz_11-042     6  0.0000     0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.1671     0.8177 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-044     3  0.2572     0.7225 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-045     6  0.0863     0.8207 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2259     0.7770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-048     4  0.5539     0.0990 0.000 0.248 0.000 0.412 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     3  0.3085     0.5525 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.3525     0.1647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.3402     0.4043 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.1844     0.8088 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-062     3  0.1757     0.8778 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> dkfz_11-063     5  0.4288     0.6146 0.000 0.000 0.176 0.000 0.688 0.000 0.136
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     6  0.0134     0.8502 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.2912     0.6886 0.000 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0134     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-072     3  0.1802     0.8742 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> dkfz_11-073     4  0.3844     0.7075 0.000 0.156 0.000 0.740 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3542     0.2334 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.1759     0.8644 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.3358     0.3143 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3047     0.5143 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-098     7  0.3562     0.1315 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-099     3  0.1926     0.8344 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0134     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101     7  0.2655     0.6390 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     7  0.4766     0.2347 0.000 0.000 0.352 0.000 0.100 0.000 0.548
#> dkfz_11-104     7  0.1802     0.8138 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-105     7  0.2808     0.7220 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-106     5  0.0134     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-107     7  0.1715     0.8130 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-108     7  0.1926     0.8106 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     7  0.1886     0.8122 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-111     7  0.1886     0.7398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-112     7  0.2682     0.7460 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.5239     0.2227 0.000 0.000 0.352 0.000 0.480 0.000 0.168
#> dkfz_11-115     5  0.0134     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     7  0.2321     0.6708 0.004 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-118     7  0.1844     0.8131 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-119     5  0.0134     0.8906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-120     7  0.1715     0.8130 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     7  0.1844     0.8131 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-123     7  0.2453     0.7792 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     5  0.3432     0.3537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     7  0.3321     0.5621 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.3496     0.1071 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-130     7  0.2832     0.6089 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> dkfz_11-131     7  0.2326     0.7870 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9538 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     7  0.3294     0.3694 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     7  0.1953     0.8115 0.096 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.892
#> dkfz_11-143     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0239     0.9520 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0656     0.8793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.8340 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0313     0.9289 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-003     8  0.3131     0.4073 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-004     5  0.1216     0.8894 0.060 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0313     0.9289 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0125     0.9315 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.3823     0.5065 0.000 0.000 0.148 0.000 0.008 0.732 0.000 0.112
#> dkfz_11-012     8  0.3095     0.3575 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     8  0.3618     0.2492 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.380 0.000 0.600
#> dkfz_11-015     8  0.3957     0.1797 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.380 0.000 0.576
#> dkfz_11-016     3  0.3132     0.5218 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.296 0.000 0.008
#> dkfz_11-017     3  0.0395     0.8312 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8340 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0125     0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     7  0.0837     0.9507 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3685     0.4560 0.028 0.000 0.000 0.000 0.616 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.3108     0.4732 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-025     8  0.0000     0.6832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0125     0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0125     0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0125     0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.0125     0.8337 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1686     0.7924 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.2208     0.7608 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.2172     0.7977 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     8  0.0313     0.6818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-038     7  0.0000     0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0125     0.8245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     8  0.0313     0.6818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-043     6  0.4463     0.1645 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.516 0.000 0.392
#> dkfz_11-044     3  0.3665     0.3277 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.404 0.000 0.020
#> dkfz_11-045     8  0.0125     0.6817 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-046     4  0.0125     0.9961 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.2650     0.6966 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     8  0.2763     0.5966 0.000 0.068 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     3  0.4171     0.1414 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.436 0.000 0.056
#> dkfz_11-051     5  0.2904     0.5872 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.2016     0.7826 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.5306     0.2440 0.000 0.520 0.024 0.000 0.000 0.236 0.000 0.220
#> dkfz_11-055     7  0.0000     0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     7  0.0125     0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.4835     0.0823 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.428 0.000 0.428
#> dkfz_11-062     6  0.3244     0.2827 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.4362     0.4776 0.028 0.000 0.116 0.000 0.168 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0313     0.9289 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-065     8  0.0000     0.6832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066     3  0.1646     0.7941 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0224     0.8329 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.4894     0.3294 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004 0.536 0.000 0.288
#> dkfz_11-071     5  0.0739     0.9093 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     6  0.2380     0.5377 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     8  0.3794     0.2554 0.000 0.028 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     3  0.4645    -0.0170 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.432 0.000 0.112
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.2082     0.7991 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-095     1  0.3108     0.5619 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-096     7  0.0125     0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3272     0.4181 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.2284     0.7830 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.112 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.2933     0.6070 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.224 0.000 0.016
#> dkfz_11-100     5  0.0614     0.9094 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.2237     0.6863 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     7  0.0000     0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.4835     0.1299 0.372 0.000 0.108 0.000 0.012 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0125     0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.1355     0.8165 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.036 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0739     0.9093 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0125     0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0224     0.8265 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-109     7  0.0224     0.9903 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0313     0.8267 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0125     0.8245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.1225     0.8176 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.028 0.000
#> dkfz_11-113     7  0.0000     0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.5726     0.3475 0.260 0.000 0.136 0.000 0.096 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0739     0.9093 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.4156     0.2936 0.552 0.000 0.060 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0349     0.8246 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9110 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0125     0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0471     0.8261 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.1765     0.7867 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3413     0.1891 0.556 0.000 0.000 0.000 0.440 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     7  0.0125     0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.2852     0.6504 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-128     7  0.0125     0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2795     0.6489 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1162     0.7992 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.1091     0.8171 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-132     7  0.0000     0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     7  0.0125     0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-134     7  0.0125     0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-135     7  0.0000     0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     7  0.0000     0.9937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0808     0.8193 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     1  0.4478     0.1084 0.484 0.000 0.076 0.000 0.004 0.436 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     7  0.0125     0.9940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0125     0.8245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.1686     0.7924 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.1646     0.7941 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0125     0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8340 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.2049     0.7220 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0745     0.9066 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.1841     0.7552 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.008 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0119     0.9403 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.1558     0.8159 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.2146     0.7740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.004 0.164
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2226     0.7374 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     8  0.4126    -0.1613 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.460 0.044 0.484 0.000
#> dkfz_11-012     7  0.4259     0.0415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.584 0.128 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.4634     0.4414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.348 0.168 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.5378     0.5135 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.480 0.316 0.108 0.000
#> dkfz_11-016     6  0.4509     0.4502 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.548 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000     0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0212     0.8594 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.1668     0.8877 0.908 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3500     0.3885 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.388 0.024
#> dkfz_11-024     2  0.1178     0.8845 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.0000     0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.2499     0.7533 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.096 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     9  0.4929    -0.3329 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     6  0.4374     0.0619 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-035     9  0.4932     0.3786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.288 0.416
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     7  0.0212     0.8797 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0881     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     9  0.3165     0.6934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.396 0.600
#> dkfz_11-042     7  0.0000     0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.4797     0.4023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476 0.244 0.280 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.4458     0.5025 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.636 0.000 0.132 0.028
#> dkfz_11-045     7  0.0000     0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.2705     0.8337 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.156 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-047     5  0.1961     0.8354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.016 0.112
#> dkfz_11-048     7  0.1093     0.8591 0.000 0.028 0.000 0.024 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0373     0.9759 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.4666     0.5430 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.616 0.040 0.136 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0726     0.9128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     9  0.5903    -0.4551 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.288 0.000 0.116 0.396
#> dkfz_11-054     2  0.5078    -0.1508 0.000 0.432 0.060 0.000 0.000 0.416 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0881     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.0881     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-061     6  0.5100     0.4738 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.496 0.260 0.220 0.000
#> dkfz_11-062     8  0.4550     0.0792 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.248 0.000 0.548 0.000
#> dkfz_11-063     8  0.5176     0.1596 0.000 0.000 0.104 0.000 0.096 0.252 0.000 0.548 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0119     0.9405 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     7  0.0000     0.8840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     9  0.4929    -0.3329 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.5779     0.3342 0.000 0.000 0.100 0.000 0.024 0.464 0.100 0.312 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.1100     0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> dkfz_11-072     8  0.3234    -0.0294 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.444 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-073     7  0.1519     0.8169 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.4955     0.5506 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.592 0.068 0.136 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0764     0.9161 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     9  0.4374     0.6260 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.492
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     9  0.4606     0.5830 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.452
#> dkfz_11-098     9  0.3522     0.6859 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.576
#> dkfz_11-099     3  0.4150     0.1474 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.300 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2707     0.7387 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.0855     0.4768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008
#> dkfz_11-104     9  0.3063     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-105     9  0.3063     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-106     5  0.0119     0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-107     9  0.3063     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-108     9  0.3063     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     9  0.3063     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-111     9  0.3331     0.6899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.400 0.588
#> dkfz_11-112     9  0.3172     0.6937 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.596
#> dkfz_11-113     1  0.0699     0.9481 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-114     8  0.2907     0.4392 0.000 0.000 0.004 0.000 0.128 0.048 0.000 0.812 0.008
#> dkfz_11-115     5  0.0119     0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.2502     0.1903 0.020 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.124
#> dkfz_11-118     9  0.3063     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     9  0.3063     0.6940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     9  0.3172     0.6937 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.596
#> dkfz_11-123     9  0.3824     0.6736 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.552
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     9  0.4454     0.5961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.400 0.476
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     9  0.4400     0.6222 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.488
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2768     0.7112 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.200
#> dkfz_11-130     9  0.3462     0.6860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.400 0.580
#> dkfz_11-131     9  0.3985     0.6640 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.540
#> dkfz_11-132     1  0.0699     0.9481 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.0881     0.9658 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.1356     0.7946 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.1284     0.4406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.936 0.032
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     9  0.3172     0.6932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> dkfz_11-143     9  0.4917    -0.3332 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-144     9  0.4929    -0.3329 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0119     0.8610 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.4454     0.0437 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.124 0.000 0.400 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9334 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.1435     0.8066 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-002     2  0.1227     0.9317 0.000 0.940 0.008 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.1410     0.8590 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.4108     0.5430 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.160 0.244 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0113     0.9681 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2716     0.6126 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.2940     0.3717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.016 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-012     7  0.2954     0.2932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     6  0.2770     0.5279 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 0.104 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-015     6  0.3883     0.5694 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.740 0.084 0.000 0.012 0.084
#> dkfz_11-016     6  0.5267     0.4746 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.212 0.140
#> dkfz_11-017     3  0.0202     0.8633 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0202     0.8629 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0202     0.9661 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.3808     0.5161 0.676 0.000 0.100 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-023     9  0.5802     0.2315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.152 0.000 0.212 0.368 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.1050     0.9311 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.0000     0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.0000     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.1610     0.7744 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032    10  0.1994     0.9201 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034    10  0.1496     0.7721 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012 0.924
#> dkfz_11-035     8  0.4377     0.0197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.520 0.176 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0113     0.9681 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037     7  0.1079     0.8612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0113     0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3044     0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-040     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     8  0.1563     0.7703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.908 0.068 0.000
#> dkfz_11-042     7  0.0356     0.8989 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.2244     0.5129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.4272     0.2428 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.004 0.328
#> dkfz_11-045     7  0.0000     0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.4076     0.6823 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.160
#> dkfz_11-047     5  0.3942     0.5841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.188 0.176 0.000
#> dkfz_11-048     7  0.0846     0.8889 0.000 0.024 0.000 0.016 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.2177     0.8591 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.036
#> dkfz_11-050     6  0.3243     0.5485 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.760 0.008 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-051     5  0.1711     0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053    10  0.3455     0.7981 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.028 0.752
#> dkfz_11-054     6  0.5298     0.4109 0.000 0.220 0.112 0.000 0.000 0.572 0.032 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-055     1  0.0113     0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.3044     0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9295 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.3044     0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-061     6  0.1778     0.5736 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.064 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-062     6  0.4024     0.1538 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.3766     0.0630 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012 0.512 0.000 0.000 0.448 0.004
#> dkfz_11-064     2  0.0469     0.9606 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-065     7  0.0000     0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066    10  0.1994     0.9201 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.2702     0.4610 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.780 0.024 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.4007     0.5758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.136 0.256 0.000
#> dkfz_11-072     6  0.2828     0.2163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-073     7  0.1033     0.8733 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.3317     0.5472 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.756 0.012 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0113     0.8547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0605     0.9566 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-095     8  0.1162     0.8042 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9295 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     8  0.1868     0.7830 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.900 0.020 0.004
#> dkfz_11-098     8  0.0113     0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-099     3  0.3089     0.3851 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-100     5  0.1211     0.8388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.3537     0.6231 0.004 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.184 0.092 0.004
#> dkfz_11-102     1  0.0113     0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103     8  0.4724    -0.4452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.384 0.268 0.000
#> dkfz_11-104     8  0.0000     0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     8  0.0113     0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.1634     0.8286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112 0.000
#> dkfz_11-107     8  0.0000     0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     8  0.0000     0.8334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1168     0.8723 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     8  0.0113     0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-111     8  0.0113     0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     8  0.0113     0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0842     0.9022 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-114     9  0.4626     0.0802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.396 0.000 0.184 0.416 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.2502     0.7617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.4788    -0.3803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.416 0.264 0.004
#> dkfz_11-118     8  0.0113     0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0113     0.8547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-120     8  0.0395     0.8307 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.0113     0.8332 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     8  0.1088     0.8076 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     8  0.1402     0.7809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.916 0.072 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0113     0.9290 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     8  0.1820     0.7866 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.904 0.020 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9295 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.2892     0.3764 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     8  0.0226     0.8325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-131     8  0.0896     0.8137 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> dkfz_11-132     1  0.0469     0.9218 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0113     0.9290 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1124     0.8764 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0113     0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136     4  0.3044     0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.9166 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0113     0.9296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.1364     0.8034 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.4722    -0.4362 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.388 0.268 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0356     0.9231 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     8  0.0728     0.8172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000
#> dkfz_11-143    10  0.2020     0.9169 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-144    10  0.1994     0.9201 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.8641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0113     0.8641 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0113     0.9681 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.4633    -0.1937 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0113     0.9675 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2183     0.7926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> MAD:mclust 132        4.28e-25        2.47e-08  2
#> MAD:mclust 132        4.49e-49        2.69e-30  3
#> MAD:mclust 131        1.02e-62        7.01e-29  4
#> MAD:mclust 131        3.06e-73        4.97e-36  5
#> MAD:mclust 123        8.41e-71        9.28e-32  6
#> MAD:mclust 124        2.21e-72        3.76e-36  7
#> MAD:mclust 114        2.27e-64        2.28e-33  8
#> MAD:mclust 111        1.51e-70        1.82e-34  9
#> MAD:mclust 118        6.54e-76        1.41e-33 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.571           0.807       0.903         0.2546 0.850   0.850
#> 3   3 0.730           0.833       0.931         1.1112 0.586   0.514
#> 4   4 0.652           0.802       0.865         0.2204 0.898   0.770
#> 5   5 0.657           0.773       0.846         0.0251 0.997   0.993
#> 6   6 0.671           0.728       0.818         0.0255 0.997   0.992
#> 7   7 0.665           0.709       0.812         0.0146 0.997   0.991
#> 8   8 0.646           0.427       0.762         0.0290 0.939   0.822
#> 9   9 0.673           0.617       0.810         0.0593 0.918   0.718
#> 10 10 0.772           0.638       0.827         0.0467 0.934   0.725

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.4690      0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-002     1  0.9522      0.558 0.628 0.372
#> dkfz_11-003     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     1  0.4022      0.838 0.920 0.080
#> dkfz_11-006     1  0.9491      0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     1  0.4022      0.838 0.920 0.080
#> dkfz_11-009     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.8016      0.707 0.756 0.244
#> dkfz_11-012     1  0.0672      0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-013     1  0.9552      0.551 0.624 0.376
#> dkfz_11-014     1  0.3879      0.841 0.924 0.076
#> dkfz_11-015     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-016     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-017     1  0.9881      0.420 0.564 0.436
#> dkfz_11-018     2  0.4690      0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-019     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-020     2  0.0000      0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-023     1  0.0376      0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-024     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-025     1  0.0672      0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-026     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2  0.0000      0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2  0.0000      0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     1  0.9491      0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.4690      0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-037     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     1  0.0672      0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-040     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-045     1  0.0376      0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-046     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.0672      0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-049     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     1  0.2603      0.859 0.956 0.044
#> dkfz_11-054     1  0.9491      0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     1  0.0672      0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-057     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     1  0.5178      0.814 0.884 0.116
#> dkfz_11-061     1  0.0672      0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-062     1  0.9460      0.571 0.636 0.364
#> dkfz_11-063     1  0.9460      0.571 0.636 0.364
#> dkfz_11-064     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-065     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     1  0.9491      0.565 0.632 0.368
#> dkfz_11-067     2  0.0000      0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.0672      0.878 0.992 0.008
#> dkfz_11-073     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-091     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     1  0.3879      0.841 0.924 0.076
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.0376      0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     1  0.9522      0.558 0.628 0.372
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0376      0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.5059      0.817 0.888 0.112
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.7528      0.733 0.784 0.216
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.7528      0.733 0.784 0.216
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0376      0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-121     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0376      0.879 0.996 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.0000      0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     1  0.7528      0.733 0.784 0.216
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.881 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-144     2  0.0000      0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     1  0.9460      0.571 0.636 0.364
#> dkfz_11-146     2  0.0000      0.950 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2  0.4690      0.901 0.100 0.900
#> dkfz_11-148     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-149     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-150     1  0.9393      0.584 0.644 0.356
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.881 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.4121      0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-002     2  0.0747      0.774 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-003     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.5529      0.647 0.296 0.704 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0592      0.777 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.5529      0.647 0.296 0.704 0.000
#> dkfz_11-009     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.3412      0.739 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.6062      0.547 0.384 0.616 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0892      0.771 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-014     2  0.5431      0.655 0.284 0.716 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.3340      0.680 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-018     3  0.4121      0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0237      0.930 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-021     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.6295     -0.173 0.528 0.472 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.6267      0.394 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2  0.0592      0.777 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.4121      0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.3038      0.843 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.6079      0.539 0.388 0.612 0.000
#> dkfz_11-040     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     2  0.6286      0.362 0.464 0.536 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.6062      0.547 0.384 0.616 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.5706      0.626 0.320 0.680 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0592      0.777 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.6079      0.539 0.388 0.612 0.000
#> dkfz_11-057     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.5216      0.670 0.260 0.740 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.6026      0.560 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0424      0.779 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-063     2  0.0424      0.779 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.0747      0.775 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-067     3  0.0237      0.930 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     2  0.6260      0.402 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.5431      0.655 0.284 0.716 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.1031      0.946 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1964      0.911 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-097     2  0.6154      0.499 0.408 0.592 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0747      0.774 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.6302     -0.197 0.520 0.480 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     2  0.5254      0.668 0.264 0.736 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0237      0.965 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.2356      0.891 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.3879      0.728 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     2  0.3879      0.728 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.6302     -0.197 0.520 0.480 0.000
#> dkfz_11-121     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0892      0.950 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     2  0.6154      0.499 0.408 0.592 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.1860      0.915 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1860      0.915 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     2  0.3879      0.728 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.0424      0.779 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.930 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.4121      0.861 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.783 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.3400     0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0188     0.8864 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-003     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-004     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-005     4  0.5716     0.7926 0.212 0.088 0.000 0.700
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.8894 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.2868     0.8218 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-008     4  0.5716     0.7926 0.212 0.088 0.000 0.700
#> dkfz_11-009     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-010     1  0.4103     0.7984 0.744 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-011     4  0.6350     0.3612 0.072 0.364 0.000 0.564
#> dkfz_11-012     4  0.4621     0.8075 0.284 0.008 0.000 0.708
#> dkfz_11-013     2  0.0336     0.8831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-014     4  0.5798     0.7849 0.208 0.096 0.000 0.696
#> dkfz_11-015     2  0.2704     0.8730 0.000 0.876 0.000 0.124
#> dkfz_11-016     2  0.4382     0.6986 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-017     2  0.3219     0.8087 0.000 0.868 0.112 0.020
#> dkfz_11-018     3  0.3400     0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1022     0.9016 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-020     3  0.0592     0.9284 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-021     1  0.0336     0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-022     2  0.4072     0.7631 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-023     4  0.5236     0.6671 0.432 0.008 0.000 0.560
#> dkfz_11-024     2  0.1716     0.9002 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-025     4  0.4990     0.7695 0.352 0.008 0.000 0.640
#> dkfz_11-026     2  0.1557     0.9011 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-027     1  0.1211     0.8078 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-028     3  0.0336     0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-029     3  0.0469     0.9279 0.000 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.1004     0.8936 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-031     1  0.4134     0.7965 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-032     3  0.3400     0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-034     2  0.1118     0.8998 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-035     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-036     2  0.3123     0.8582 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-037     1  0.3266     0.6125 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-038     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-039     4  0.4647     0.8075 0.288 0.008 0.000 0.704
#> dkfz_11-040     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-041     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-042     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-043     1  0.1211     0.8078 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-044     2  0.3801     0.7988 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-045     4  0.5040     0.7667 0.364 0.008 0.000 0.628
#> dkfz_11-046     2  0.3024     0.8634 0.000 0.852 0.000 0.148
#> dkfz_11-047     1  0.0921     0.8102 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-048     4  0.4744     0.8088 0.284 0.012 0.000 0.704
#> dkfz_11-049     1  0.0592     0.8145 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-050     2  0.3801     0.7988 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-051     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-052     1  0.4193     0.7927 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-053     4  0.5520     0.8030 0.244 0.060 0.000 0.696
#> dkfz_11-054     2  0.0000     0.8894 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0921     0.8202 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-056     4  0.4647     0.8075 0.288 0.008 0.000 0.704
#> dkfz_11-057     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-058     1  0.0336     0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-059     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-060     4  0.6181     0.7678 0.204 0.128 0.000 0.668
#> dkfz_11-061     4  0.4690     0.8075 0.276 0.012 0.000 0.712
#> dkfz_11-062     2  0.0817     0.8994 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-063     2  0.0817     0.8994 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-064     2  0.1211     0.9024 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-065     1  0.2760     0.8221 0.872 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-066     2  0.1042     0.8897 0.000 0.972 0.008 0.020
#> dkfz_11-067     3  0.0592     0.9284 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.1211     0.9024 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-069     1  0.1022     0.8124 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-070     2  0.4103     0.7572 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-071     1  0.2149     0.8230 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-072     4  0.5543     0.7636 0.360 0.028 0.000 0.612
#> dkfz_11-073     1  0.1211     0.8017 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-074     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-075     2  0.3873     0.7903 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-091     2  0.1118     0.9021 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-092     1  0.4193     0.7927 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-093     1  0.0336     0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-094     4  0.5798     0.7849 0.208 0.096 0.000 0.696
#> dkfz_11-095     1  0.1792     0.7744 0.932 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-096     1  0.2345     0.7355 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-097     4  0.4769     0.8014 0.308 0.008 0.000 0.684
#> dkfz_11-098     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-099     2  0.0188     0.8864 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-101     4  0.5220     0.6801 0.424 0.008 0.000 0.568
#> dkfz_11-102     1  0.0817     0.8119 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-103     4  0.6215     0.7715 0.208 0.128 0.000 0.664
#> dkfz_11-104     1  0.1022     0.8075 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-105     1  0.3649     0.8158 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-106     1  0.1022     0.8124 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-107     1  0.2647     0.7036 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-108     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-109     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-110     1  0.3528     0.8175 0.808 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-111     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-112     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-113     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-114     4  0.6501     0.4847 0.096 0.316 0.000 0.588
#> dkfz_11-115     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-116     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-117     4  0.6501     0.4847 0.096 0.316 0.000 0.588
#> dkfz_11-118     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-119     1  0.1211     0.8151 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-120     4  0.5220     0.6801 0.424 0.008 0.000 0.568
#> dkfz_11-121     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-122     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-123     1  0.1637     0.7827 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-124     1  0.0336     0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-126     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-127     4  0.4769     0.8014 0.308 0.008 0.000 0.684
#> dkfz_11-128     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-129     1  0.3726     0.8141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-130     1  0.3649     0.8158 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-131     1  0.2345     0.7345 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-132     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-133     1  0.2345     0.7345 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-134     1  0.0817     0.8119 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-135     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-136     1  0.1118     0.8050 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-137     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-138     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-139     3  0.0336     0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-140     4  0.6501     0.4847 0.096 0.316 0.000 0.588
#> dkfz_11-141     1  0.0921     0.8100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-142     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-143     4  0.4907     0.0555 0.000 0.420 0.000 0.580
#> dkfz_11-144     3  0.0336     0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-145     2  0.0592     0.8979 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-146     3  0.0336     0.9263 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.3400     0.8692 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3123     0.8582 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-149     2  0.1022     0.8992 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-150     2  0.3123     0.8582 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-151     1  0.4222     0.7908 0.728 0.000 0.000 0.272

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.2074     0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.1043     0.8778 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-004     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-005     5  0.4999     0.7739 0.216 0.064 0.000 0.012 0.708
#> dkfz_11-006     2  0.0963     0.8790 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.3011     0.7881 0.844 0.000 0.000 0.016 0.140
#> dkfz_11-008     5  0.4999     0.7739 0.216 0.064 0.000 0.012 0.708
#> dkfz_11-009     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-010     1  0.4930     0.7599 0.684 0.000 0.000 0.072 0.244
#> dkfz_11-011     5  0.6393     0.3756 0.076 0.332 0.000 0.044 0.548
#> dkfz_11-012     5  0.3884     0.7921 0.288 0.004 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-013     2  0.1732     0.8548 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.4860     0.7675 0.212 0.072 0.000 0.004 0.712
#> dkfz_11-015     2  0.2707     0.8557 0.000 0.876 0.000 0.024 0.100
#> dkfz_11-016     2  0.4730     0.6880 0.000 0.688 0.000 0.052 0.260
#> dkfz_11-017     2  0.3456     0.7537 0.000 0.800 0.184 0.000 0.016
#> dkfz_11-018     3  0.2074     0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0693     0.8879 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-020     3  0.1410     0.7964 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-021     1  0.0162     0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022     2  0.4394     0.7500 0.000 0.732 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-023     5  0.4256     0.6707 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-024     2  0.1364     0.8860 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> dkfz_11-025     5  0.4045     0.7529 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-026     2  0.1082     0.8864 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-027     1  0.1121     0.7708 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-028     4  0.2929     1.0000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.1671     0.7869 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.1386     0.8809 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> dkfz_11-031     1  0.5010     0.7554 0.676 0.000 0.000 0.076 0.248
#> dkfz_11-032     3  0.2074     0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-034     2  0.1216     0.8860 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-035     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-036     2  0.2984     0.8514 0.000 0.860 0.000 0.032 0.108
#> dkfz_11-037     1  0.2773     0.5662 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-038     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-039     5  0.3906     0.7916 0.292 0.004 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-040     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-041     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-042     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-043     1  0.1121     0.7708 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-044     2  0.4065     0.7895 0.000 0.772 0.000 0.048 0.180
#> dkfz_11-045     5  0.4238     0.7468 0.368 0.004 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-046     2  0.3270     0.8507 0.000 0.852 0.004 0.044 0.100
#> dkfz_11-047     1  0.0865     0.7750 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-048     5  0.4003     0.7928 0.288 0.008 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-049     1  0.0404     0.7783 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-050     2  0.4065     0.7895 0.000 0.772 0.000 0.048 0.180
#> dkfz_11-051     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-052     1  0.5059     0.7505 0.668 0.000 0.000 0.076 0.256
#> dkfz_11-053     5  0.4675     0.7843 0.248 0.044 0.000 0.004 0.704
#> dkfz_11-054     2  0.0963     0.8790 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0865     0.7853 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-056     5  0.3906     0.7916 0.292 0.004 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-057     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-058     1  0.0162     0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-060     5  0.5643     0.7536 0.208 0.096 0.000 0.024 0.672
#> dkfz_11-061     5  0.3992     0.7916 0.280 0.004 0.000 0.004 0.712
#> dkfz_11-062     2  0.1300     0.8863 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> dkfz_11-063     2  0.1300     0.8863 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> dkfz_11-064     2  0.0671     0.8882 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-065     1  0.2818     0.7884 0.856 0.000 0.000 0.012 0.132
#> dkfz_11-066     2  0.1626     0.8759 0.000 0.940 0.044 0.000 0.016
#> dkfz_11-067     3  0.1410     0.7964 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0671     0.8882 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-069     1  0.0955     0.7771 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-070     2  0.4424     0.7441 0.000 0.728 0.000 0.048 0.224
#> dkfz_11-071     1  0.2408     0.7890 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> dkfz_11-072     5  0.4491     0.7455 0.364 0.008 0.000 0.004 0.624
#> dkfz_11-073     1  0.1121     0.7643 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-074     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-075     2  0.4136     0.7825 0.000 0.764 0.000 0.048 0.188
#> dkfz_11-091     2  0.0566     0.8877 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-092     1  0.5004     0.7530 0.672 0.000 0.000 0.072 0.256
#> dkfz_11-093     1  0.0162     0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094     5  0.4860     0.7675 0.212 0.072 0.000 0.004 0.712
#> dkfz_11-095     1  0.1478     0.7355 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-096     1  0.1965     0.6954 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-097     5  0.3857     0.7853 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-098     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-099     2  0.1043     0.8778 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-101     5  0.4242     0.6804 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-102     1  0.0771     0.7768 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-103     5  0.5587     0.7585 0.212 0.096 0.000 0.020 0.672
#> dkfz_11-104     1  0.0794     0.7704 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-105     1  0.4333     0.7799 0.740 0.000 0.000 0.048 0.212
#> dkfz_11-106     1  0.0955     0.7771 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-107     1  0.2230     0.6622 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-108     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-109     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-110     1  0.3779     0.7840 0.776 0.000 0.000 0.024 0.200
#> dkfz_11-111     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-112     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-113     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-114     5  0.6196     0.5144 0.100 0.280 0.000 0.028 0.592
#> dkfz_11-115     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-116     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-117     5  0.6196     0.5144 0.100 0.280 0.000 0.028 0.592
#> dkfz_11-118     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-119     1  0.1568     0.7814 0.944 0.000 0.000 0.020 0.036
#> dkfz_11-120     5  0.4242     0.6804 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-121     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-122     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-123     1  0.1341     0.7444 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-124     1  0.0162     0.7806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-125     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-126     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-127     5  0.3857     0.7853 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-128     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-129     1  0.4394     0.7784 0.732 0.000 0.000 0.048 0.220
#> dkfz_11-130     1  0.4333     0.7799 0.740 0.000 0.000 0.048 0.212
#> dkfz_11-131     1  0.1965     0.6936 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-132     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-133     1  0.1965     0.6936 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-134     1  0.0771     0.7768 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-135     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-136     1  0.1043     0.7677 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-137     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-138     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-139     4  0.2929     1.0000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.6196     0.5144 0.100 0.280 0.000 0.028 0.592
#> dkfz_11-141     1  0.0703     0.7730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-142     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260
#> dkfz_11-143     5  0.5861     0.0682 0.000 0.376 0.000 0.104 0.520
#> dkfz_11-144     3  0.2852     0.6677 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0609     0.8842 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     4  0.2929     1.0000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.2074     0.8279 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.2984     0.8514 0.000 0.860 0.000 0.032 0.108
#> dkfz_11-149     2  0.1018     0.8861 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> dkfz_11-150     2  0.2984     0.8514 0.000 0.860 0.000 0.032 0.108
#> dkfz_11-151     1  0.5082     0.7482 0.664 0.000 0.000 0.076 0.260

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.1501      0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.1418      0.819 0.000 0.944 0.024 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.2069      0.720 0.004 0.020 0.000 0.068 0.908 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1341      0.820 0.000 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.1838      0.764 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.2069      0.720 0.004 0.020 0.000 0.068 0.908 0.000
#> dkfz_11-009     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.2553      0.731 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.5759      0.142 0.000 0.252 0.024 0.144 0.580 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.1643      0.778 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.2928      0.771 0.000 0.856 0.084 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.1370      0.724 0.000 0.012 0.004 0.036 0.948 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.3527      0.741 0.000 0.820 0.012 0.084 0.084 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.5656      0.449 0.000 0.604 0.024 0.152 0.220 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.4386      0.614 0.000 0.708 0.200 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.1501      0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0520      0.827 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.2491      0.828 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-021     1  0.2912      0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-022     2  0.5445      0.565 0.000 0.644 0.028 0.176 0.152 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.2941      0.654 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.1409      0.823 0.000 0.948 0.008 0.012 0.032 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.2402      0.738 0.140 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0891      0.824 0.000 0.968 0.008 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.3076      0.746 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-028     6  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.2631      0.819 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-030     2  0.2398      0.787 0.000 0.876 0.020 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.2558      0.723 0.840 0.000 0.000 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1501      0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.2393      0.794 0.000 0.884 0.020 0.092 0.004 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3254      0.771 0.000 0.848 0.028 0.052 0.072 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.3695      0.540 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-039     5  0.1701      0.778 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920 0.000
#> dkfz_11-040     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.3076      0.746 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.5051      0.616 0.000 0.692 0.028 0.148 0.132 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.2300      0.732 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.3694      0.746 0.000 0.808 0.048 0.120 0.024 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.3023      0.750 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.1643      0.778 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.2969      0.754 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.5051      0.616 0.000 0.692 0.028 0.148 0.132 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.2668      0.715 0.828 0.000 0.000 0.168 0.004 0.000
#> dkfz_11-053     5  0.1863      0.754 0.032 0.004 0.004 0.032 0.928 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1341      0.820 0.000 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.2948      0.761 0.804 0.000 0.000 0.008 0.188 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.1701      0.778 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920 0.000
#> dkfz_11-057     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.2912      0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-060     5  0.2980      0.676 0.004 0.028 0.004 0.116 0.848 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.1686      0.777 0.064 0.000 0.000 0.012 0.924 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.1616      0.824 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.1616      0.824 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0508      0.827 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.1701      0.764 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.2633      0.780 0.000 0.864 0.032 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.2491      0.828 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-068     2  0.0508      0.827 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.2996      0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.5551      0.556 0.000 0.648 0.044 0.160 0.148 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.2450      0.765 0.868 0.000 0.000 0.016 0.116 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.2730      0.727 0.152 0.000 0.000 0.012 0.836 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.3126      0.739 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.5088      0.607 0.000 0.688 0.028 0.144 0.140 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0405      0.827 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.2340      0.724 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.2912      0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.1370      0.724 0.000 0.012 0.004 0.036 0.948 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.3288      0.711 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.3446      0.670 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.1663      0.771 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.1418      0.819 0.000 0.944 0.024 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2883      0.664 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.2996      0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.2890      0.685 0.004 0.028 0.004 0.108 0.856 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.3076      0.745 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.1866      0.754 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.2996      0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.3531      0.637 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.1890      0.759 0.916 0.000 0.000 0.060 0.024 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.4955      0.326 0.000 0.204 0.004 0.132 0.660 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.4955      0.326 0.000 0.204 0.004 0.132 0.660 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.3539      0.757 0.756 0.000 0.000 0.024 0.220 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2883      0.664 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-121     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.3244      0.720 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.2912      0.756 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1663      0.771 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.1663      0.752 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1866      0.754 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.3446      0.668 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3446      0.668 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2996      0.752 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.3101      0.743 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     5  0.4955      0.326 0.000 0.204 0.004 0.132 0.660 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.3050      0.748 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     4  0.4409      0.000 0.000 0.064 0.064 0.768 0.104 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.3371      0.697 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-145     2  0.0909      0.824 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     6  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.1501      0.853 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3254      0.771 0.000 0.848 0.028 0.052 0.072 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.2112      0.796 0.000 0.896 0.016 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3254      0.771 0.000 0.848 0.028 0.052 0.072 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.2527      0.713 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.1166      0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.1466      0.772 0.000 0.940 0.020 0.032 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.2233      0.726 0.004 0.024 0.000 0.088 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1395      0.773 0.000 0.944 0.020 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-007     1  0.2692      0.749 0.848 0.000 0.000 0.100 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.2233      0.726 0.004 0.024 0.000 0.088 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.1565      0.710 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.5844      0.293 0.000 0.252 0.024 0.148 0.552 0.000 0.024
#> dkfz_11-012     5  0.1277      0.779 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     4  0.4854      0.000 0.000 0.296 0.060 0.616 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-014     5  0.1603      0.732 0.000 0.008 0.008 0.036 0.936 0.000 0.012
#> dkfz_11-015     2  0.3445      0.714 0.000 0.820 0.012 0.092 0.060 0.000 0.016
#> dkfz_11-016     2  0.5704      0.475 0.000 0.600 0.028 0.152 0.192 0.000 0.028
#> dkfz_11-017     2  0.4503      0.440 0.000 0.684 0.216 0.024 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-018     3  0.1166      0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0641      0.787 0.000 0.980 0.004 0.008 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.2293      0.837 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-021     1  0.4328      0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     2  0.5612      0.576 0.000 0.644 0.028 0.148 0.116 0.000 0.064
#> dkfz_11-023     5  0.3564      0.662 0.148 0.000 0.000 0.084 0.768 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.1296      0.787 0.000 0.952 0.008 0.008 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-025     5  0.2778      0.734 0.072 0.000 0.000 0.084 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0794      0.787 0.000 0.972 0.008 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-027     1  0.4475      0.732 0.656 0.000 0.000 0.128 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     6  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.2422      0.828 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.2705      0.714 0.000 0.864 0.020 0.036 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-031     1  0.1565      0.694 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.1166      0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.2588      0.726 0.000 0.872 0.020 0.032 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-035     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3147      0.745 0.000 0.852 0.028 0.040 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-037     1  0.4988      0.530 0.520 0.000 0.000 0.128 0.352 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     5  0.1409      0.779 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.4475      0.732 0.656 0.000 0.000 0.128 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.5056      0.618 0.000 0.692 0.028 0.144 0.100 0.000 0.036
#> dkfz_11-045     5  0.2563      0.735 0.124 0.000 0.000 0.028 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.3864      0.716 0.000 0.796 0.052 0.080 0.008 0.000 0.064
#> dkfz_11-047     1  0.4417      0.736 0.664 0.000 0.000 0.124 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.1355      0.780 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.4379      0.740 0.672 0.000 0.000 0.128 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.5056      0.618 0.000 0.692 0.028 0.144 0.100 0.000 0.036
#> dkfz_11-051     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.1802      0.680 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     5  0.1796      0.758 0.032 0.000 0.008 0.020 0.928 0.000 0.012
#> dkfz_11-054     2  0.1395      0.773 0.000 0.944 0.020 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-055     1  0.4045      0.747 0.716 0.000 0.000 0.112 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.1409      0.779 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.4328      0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     5  0.3186      0.690 0.004 0.028 0.004 0.128 0.824 0.000 0.012
#> dkfz_11-061     5  0.1355      0.778 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.1704      0.778 0.000 0.924 0.016 0.052 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-063     2  0.1704      0.778 0.000 0.924 0.016 0.052 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-064     2  0.0402      0.788 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-065     1  0.2876      0.749 0.832 0.000 0.000 0.112 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.2921      0.702 0.000 0.852 0.032 0.036 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-067     3  0.2293      0.837 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0402      0.788 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-069     1  0.4394      0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.5655      0.573 0.000 0.648 0.044 0.148 0.100 0.000 0.060
#> dkfz_11-071     1  0.3241      0.750 0.804 0.000 0.000 0.096 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.3058      0.732 0.088 0.000 0.000 0.072 0.832 0.000 0.008
#> dkfz_11-073     1  0.4519      0.725 0.648 0.000 0.000 0.128 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.5072      0.611 0.000 0.688 0.028 0.144 0.108 0.000 0.032
#> dkfz_11-091     2  0.0536      0.787 0.000 0.984 0.004 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     1  0.1277      0.697 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.4328      0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.1603      0.732 0.000 0.008 0.008 0.036 0.936 0.000 0.012
#> dkfz_11-095     1  0.4660      0.697 0.620 0.000 0.000 0.128 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.4794      0.657 0.588 0.000 0.000 0.128 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.1954      0.772 0.076 0.000 0.000 0.024 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.1466      0.772 0.000 0.940 0.020 0.032 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-100     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.3495      0.671 0.140 0.000 0.000 0.084 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.4394      0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3108      0.698 0.004 0.028 0.004 0.120 0.832 0.000 0.012
#> dkfz_11-104     1  0.4475      0.732 0.656 0.000 0.000 0.128 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0268      0.735 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.4394      0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.4864      0.623 0.568 0.000 0.000 0.128 0.304 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.1281      0.743 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.5014      0.430 0.000 0.204 0.004 0.140 0.636 0.000 0.016
#> dkfz_11-115     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.5014      0.430 0.000 0.204 0.004 0.140 0.636 0.000 0.016
#> dkfz_11-118     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.4090      0.741 0.700 0.000 0.000 0.092 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3495      0.671 0.140 0.000 0.000 0.084 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.4622      0.707 0.628 0.000 0.000 0.128 0.244 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.4328      0.742 0.680 0.000 0.000 0.128 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.1954      0.772 0.076 0.000 0.000 0.024 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0134      0.731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0268      0.735 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.4794      0.654 0.588 0.000 0.000 0.128 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.4794      0.654 0.588 0.000 0.000 0.128 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.4394      0.738 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.4497      0.729 0.652 0.000 0.000 0.128 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.5014      0.430 0.000 0.204 0.004 0.140 0.636 0.000 0.016
#> dkfz_11-141     1  0.4451      0.734 0.660 0.000 0.000 0.128 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     7  0.0573      0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000 0.980
#> dkfz_11-144     3  0.3104      0.705 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0993      0.781 0.000 0.964 0.012 0.016 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146     6  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.1166      0.852 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3147      0.745 0.000 0.852 0.028 0.040 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-149     2  0.2367      0.731 0.000 0.884 0.016 0.024 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-150     2  0.3147      0.745 0.000 0.852 0.028 0.040 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-151     1  0.1671      0.678 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.1093     0.6262 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> dkfz_11-003     1  0.3333    -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.3801     0.7009 0.148 0.004 0.000 0.000 0.728 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.1029     0.6276 0.000 0.956 0.008 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.2380     0.3968 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.3801     0.7009 0.148 0.004 0.000 0.000 0.728 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     1  0.3333    -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.3229    -0.3419 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.5422     0.1270 0.044 0.148 0.000 0.000 0.504 0.304 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.2534     0.7574 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     7  0.1686     0.0000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.3125     0.7072 0.136 0.000 0.000 0.000 0.800 0.056 0.008 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.3828     0.2006 0.000 0.648 0.000 0.000 0.052 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.5173    -0.2437 0.000 0.456 0.000 0.000 0.184 0.352 0.008 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.5776     0.1897 0.000 0.556 0.276 0.036 0.032 0.028 0.072 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0931     0.6256 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.2146     0.8545 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-021     1  0.0596     0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     2  0.5118    -0.1949 0.000 0.500 0.000 0.028 0.116 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.3294     0.5972 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.2440     0.5600 0.000 0.840 0.000 0.000 0.024 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.3000     0.7103 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1452     0.6079 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0618     0.6535 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     8  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.2267     0.8453 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-030     2  0.3760     0.5653 0.000 0.796 0.004 0.036 0.032 0.040 0.092 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.3303    -0.5350 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.3643     0.5744 0.000 0.808 0.004 0.036 0.032 0.044 0.076 0.000
#> dkfz_11-035     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3030     0.4499 0.000 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.1982     0.4975 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     5  0.2558     0.7574 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     1  0.3333    -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0618     0.6535 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.4625    -0.2164 0.000 0.492 0.000 0.004 0.096 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.3000     0.7121 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     6  0.3828     0.5214 0.000 0.456 0.008 0.000 0.008 0.524 0.004 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0251     0.6566 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.2534     0.7578 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.0618     0.6530 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.4625    -0.2164 0.000 0.492 0.000 0.004 0.096 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.3326    -0.6553 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     5  0.3074     0.7333 0.172 0.000 0.000 0.000 0.788 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.1029     0.6276 0.000 0.956 0.008 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0983     0.6237 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.2558     0.7574 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0596     0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     5  0.4283     0.6574 0.144 0.008 0.000 0.000 0.672 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.2484     0.7562 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.3104     0.5683 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.116 0.088 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.3104     0.5683 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.116 0.088 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.1051     0.6184 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.2267     0.4279 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.3957     0.5553 0.000 0.788 0.016 0.036 0.032 0.036 0.092 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.2146     0.8545 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-068     2  0.1051     0.6184 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0349     0.6561 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.4327     0.6171 0.000 0.280 0.000 0.000 0.096 0.620 0.004 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.2082     0.4916 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.3161     0.6922 0.328 0.000 0.000 0.000 0.668 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.0596     0.6495 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.3333    -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.4578    -0.2449 0.000 0.484 0.000 0.000 0.104 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0995     0.6243 0.000 0.956 0.004 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.3272    -0.4342 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0596     0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.3073     0.7080 0.136 0.000 0.000 0.000 0.804 0.052 0.008 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0868     0.6288 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1293     0.5937 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2776     0.7464 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.1190     0.6263 0.000 0.948 0.008 0.000 0.000 0.008 0.036 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.3283     0.6062 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0349     0.6564 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.4289     0.6667 0.152 0.008 0.000 0.000 0.672 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0224     0.6553 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3095    -0.0588 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0349     0.6561 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1521     0.5686 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.2921     0.1249 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.5065     0.3207 0.044 0.120 0.000 0.000 0.584 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.5065     0.3207 0.044 0.120 0.000 0.000 0.584 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0932     0.6363 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3283     0.6062 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     1  0.3333    -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0745     0.6358 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0596     0.6487 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2776     0.7464 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.3131    -0.1077 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.3095    -0.0588 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.1293     0.5937 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1293     0.5937 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0349     0.6564 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0520     0.6526 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.3333     0.7047 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     5  0.5065     0.3207 0.044 0.120 0.000 0.000 0.584 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0125     0.6571 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.3333    -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     4  0.5756    -0.7540 0.000 0.000 0.000 0.500 0.132 0.268 0.100 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.2904     0.7187 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-145     2  0.0841     0.6299 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-146     8  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8696 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3030     0.4499 0.000 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.3597     0.5772 0.000 0.812 0.004 0.036 0.032 0.044 0.072 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.3030     0.4499 0.000 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.3333    -0.7418 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0802     0.6800 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.2465     0.9087 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.2972     0.6648 0.052 0.000 0.000 0.008 0.796 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0719     0.6809 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.2589     0.4870 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.2972     0.6648 0.052 0.000 0.000 0.008 0.796 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.2351     0.9216 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     4  0.3149     0.4156 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.4439     0.1233 0.008 0.100 0.000 0.000 0.524 0.368 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     5  0.1633     0.7252 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     8  0.0296     0.0000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.2641     0.6737 0.044 0.000 0.000 0.028 0.860 0.060 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-015     2  0.4110    -0.2339 0.000 0.552 0.000 0.008 0.060 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.5992    -0.4347 0.000 0.376 0.000 0.092 0.152 0.364 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-017     2  0.5999     0.2731 0.000 0.520 0.276 0.036 0.020 0.064 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1341     0.6656 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.2236     0.8497 0.000 0.000 0.828 0.008 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     1  0.0581     0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     6  0.5093     0.4805 0.000 0.408 0.000 0.012 0.100 0.448 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-023     5  0.3031     0.5233 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.2901     0.5331 0.000 0.780 0.000 0.004 0.032 0.184 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     5  0.2557     0.6740 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1866     0.6387 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004 0.116 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0507     0.7936 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     7  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.2350     0.8404 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.3965     0.5884 0.000 0.772 0.000 0.056 0.020 0.068 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-031     4  0.2994     0.7045 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.3719     0.5951 0.000 0.784 0.000 0.052 0.020 0.072 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-035     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3192     0.4288 0.000 0.736 0.000 0.008 0.028 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.1876     0.6585 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     5  0.1776     0.7256 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.2589     0.8888 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.3130    -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0507     0.7936 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.4483     0.5871 0.000 0.408 0.000 0.004 0.096 0.488 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-045     5  0.2487     0.6738 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     6  0.3594     0.2724 0.000 0.264 0.000 0.052 0.004 0.680 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0331     0.7964 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.1786     0.7265 0.120 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.0446     0.7926 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.4483     0.5871 0.000 0.408 0.000 0.004 0.096 0.488 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051     1  0.3130    -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.2765     0.8430 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     5  0.2478     0.7004 0.076 0.000 0.000 0.028 0.864 0.028 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0719     0.6809 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0982     0.7665 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.1776     0.7256 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0581     0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     5  0.3223     0.6274 0.052 0.000 0.000 0.000 0.736 0.212 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     5  0.1558     0.7234 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.3626     0.5737 0.000 0.764 0.000 0.056 0.036 0.136 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.3626     0.5737 0.000 0.764 0.000 0.056 0.036 0.136 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.1556     0.6549 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.2508     0.5187 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.4198     0.5813 0.000 0.764 0.012 0.052 0.020 0.068 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-067     3  0.2236     0.8497 0.000 0.000 0.828 0.008 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.1556     0.6549 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0414     0.7959 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3290     0.2691 0.000 0.092 0.000 0.048 0.064 0.796 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.2145     0.6227 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.2981     0.6446 0.256 0.000 0.000 0.004 0.728 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.0492     0.7907 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.4496     0.5977 0.000 0.388 0.000 0.008 0.104 0.500 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.1386     0.6635 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     4  0.3096     0.5783 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0581     0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.2592     0.6747 0.044 0.000 0.000 0.028 0.864 0.056 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-095     1  0.0821     0.7705 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1313     0.7366 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2173     0.7100 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.3134    -0.1211 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0886     0.6798 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.3130    -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.3013     0.5328 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0212     0.7961 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.3336     0.6439 0.068 0.000 0.000 0.000 0.732 0.200 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0119     0.7954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3090     0.0268 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0414     0.7959 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1480     0.7179 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.3022     0.1578 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.3130    -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3126    -0.0865 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.2589     0.8888 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.4188     0.3269 0.008 0.092 0.000 0.000 0.608 0.292 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.3130    -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.4188     0.3269 0.008 0.092 0.000 0.000 0.608 0.292 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.3130    -0.1024 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.1048     0.7703 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3013     0.5328 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0706     0.7761 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0581     0.7892 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2173     0.7100 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.3126    -0.0865 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.3090     0.0268 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.1224     0.7412 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1224     0.7412 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0212     0.7961 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0414     0.7934 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     7  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.4188     0.3269 0.008 0.092 0.000 0.000 0.608 0.292 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.7968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     9  0.0119     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-144     3  0.2948     0.7135 0.000 0.000 0.700 0.008 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.1034     0.6798 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146     7  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3192     0.4288 0.000 0.736 0.000 0.008 0.028 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.3852     0.5977 0.000 0.772 0.000 0.056 0.020 0.080 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-150     2  0.3192     0.4288 0.000 0.736 0.000 0.008 0.028 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     4  0.2327     0.9234 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4 p5    p6 p7    p8    p9 p10
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-002     2  0.1559     0.6745 0.000 0.884 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-003     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-004     4  0.0615     0.6796 0.032 0.000 0.000 0.968  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-005     8  0.2438     0.6523 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.212 NA 0.780 0.000   0
#> dkfz_11-006     2  0.1523     0.6753 0.000 0.888 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-007     1  0.2559     0.4917 0.724 0.000 0.000 0.276  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-008     8  0.2438     0.6523 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.212 NA 0.780 0.000   0
#> dkfz_11-009     4  0.0356     0.6763 0.016 0.000 0.000 0.984  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-010     4  0.2923     0.4977 0.400 0.000 0.000 0.600  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-011     6  0.4042    -0.1211 0.000 0.076 0.000 0.000  0 0.488 NA 0.432 0.000   0
#> dkfz_11-012     8  0.0113     0.7361 0.004 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.996 0.000   0
#> dkfz_11-013     5  0.0000     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-014     8  0.2451     0.7047 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.104 NA 0.832 0.000   0
#> dkfz_11-015     2  0.3168    -0.2040 0.000 0.544 0.000 0.000  0 0.448 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-016     6  0.4785     0.3405 0.000 0.200 0.000 0.000  0 0.540 NA 0.032 0.000   0
#> dkfz_11-017     2  0.4833     0.2422 0.000 0.368 0.276 0.000  0 0.004 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-019     2  0.0404     0.6665 0.000 0.984 0.000 0.000  0 0.008 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-020     3  0.2826     0.8361 0.000 0.000 0.800 0.008  0 0.004 NA 0.000 0.148   0
#> dkfz_11-021     1  0.0896     0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-022     6  0.4400     0.4319 0.000 0.304 0.000 0.000  0 0.532 NA 0.004 0.000   0
#> dkfz_11-023     8  0.2623     0.5236 0.292 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.708 0.000   0
#> dkfz_11-024     2  0.2438     0.5000 0.000 0.804 0.000 0.000  0 0.180 NA 0.008 0.000   0
#> dkfz_11-025     8  0.1763     0.7034 0.108 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.880 0.000   0
#> dkfz_11-026     2  0.1050     0.6402 0.000 0.940 0.000 0.000  0 0.056 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-027     1  0.0315     0.8932 0.988 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.004 0.000   0
#> dkfz_11-028     9  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 1.000   0
#> dkfz_11-029     3  0.2939     0.8271 0.000 0.000 0.784 0.008  0 0.004 NA 0.000 0.164   0
#> dkfz_11-030     2  0.3104     0.4965 0.000 0.528 0.000 0.000  0 0.004 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-031     4  0.2266     0.6564 0.216 0.000 0.000 0.784  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-033     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-034     2  0.3238     0.5025 0.000 0.540 0.000 0.000  0 0.012 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-035     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-036     2  0.2464     0.4966 0.000 0.800 0.000 0.000  0 0.184 NA 0.008 0.000   0
#> dkfz_11-037     1  0.2149     0.6743 0.804 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.196 0.000   0
#> dkfz_11-038     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-039     8  0.0426     0.7402 0.020 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.980 0.000   0
#> dkfz_11-040     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-041     4  0.1124     0.6831 0.072 0.000 0.000 0.928  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-042     4  0.2990     0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-043     1  0.0315     0.8932 0.988 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.004 0.000   0
#> dkfz_11-044     6  0.3556     0.5307 0.000 0.352 0.000 0.000  0 0.608 NA 0.008 0.000   0
#> dkfz_11-045     8  0.1759     0.6918 0.140 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.860 0.000   0
#> dkfz_11-046     6  0.4680     0.0913 0.000 0.284 0.000 0.000  0 0.432 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-047     1  0.0282     0.8954 0.988 0.000 0.000 0.012  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-048     8  0.0315     0.7386 0.008 0.000 0.000 0.000  0 0.004 NA 0.988 0.000   0
#> dkfz_11-049     1  0.0773     0.8885 0.964 0.000 0.000 0.024  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-050     6  0.3556     0.5307 0.000 0.352 0.000 0.000  0 0.608 NA 0.008 0.000   0
#> dkfz_11-051     4  0.2990     0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-052     4  0.1559     0.6697 0.116 0.000 0.000 0.884  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-053     8  0.1710     0.7238 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.044 NA 0.900 0.000   0
#> dkfz_11-054     2  0.1523     0.6753 0.000 0.888 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-055     1  0.1033     0.8580 0.936 0.000 0.000 0.064  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-056     8  0.0426     0.7402 0.020 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.980 0.000   0
#> dkfz_11-057     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-058     1  0.0896     0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-059     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-060     8  0.2591     0.5917 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.284 NA 0.716 0.000   0
#> dkfz_11-061     8  0.0395     0.7371 0.004 0.000 0.000 0.000  0 0.012 NA 0.984 0.000   0
#> dkfz_11-062     2  0.3998     0.4714 0.000 0.552 0.000 0.000  0 0.096 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-063     2  0.3998     0.4714 0.000 0.552 0.000 0.000  0 0.096 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-064     2  0.0673     0.6521 0.000 0.964 0.000 0.000  0 0.036 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-065     1  0.2489     0.5316 0.740 0.000 0.000 0.260  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-066     2  0.3351     0.4893 0.000 0.520 0.012 0.000  0 0.004 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-067     3  0.2826     0.8361 0.000 0.000 0.800 0.008  0 0.004 NA 0.000 0.148   0
#> dkfz_11-068     2  0.0673     0.6521 0.000 0.964 0.000 0.000  0 0.036 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-069     1  0.0356     0.8944 0.984 0.000 0.000 0.016  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-070     6  0.3882     0.1955 0.000 0.120 0.000 0.000  0 0.628 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-071     1  0.2197     0.6543 0.796 0.000 0.000 0.204  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-072     8  0.2736     0.6574 0.172 0.000 0.000 0.000  0 0.012 NA 0.792 0.000   0
#> dkfz_11-073     1  0.0315     0.8908 0.988 0.000 0.000 0.004  0 0.000 NA 0.008 0.000   0
#> dkfz_11-074     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-075     6  0.3263     0.5305 0.000 0.352 0.000 0.000  0 0.628 NA 0.012 0.000   0
#> dkfz_11-091     2  0.0202     0.6638 0.000 0.992 0.000 0.000  0 0.008 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-092     4  0.2709     0.6084 0.316 0.000 0.000 0.684  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-093     1  0.0896     0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-094     8  0.2414     0.7065 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.100 NA 0.836 0.000   0
#> dkfz_11-095     1  0.0673     0.8724 0.964 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.036 0.000   0
#> dkfz_11-096     1  0.1168     0.8398 0.924 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.076 0.000   0
#> dkfz_11-097     8  0.1373     0.7235 0.096 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.904 0.000   0
#> dkfz_11-098     4  0.2983     0.4488 0.444 0.000 0.000 0.556  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-099     2  0.1670     0.6742 0.000 0.880 0.000 0.000  0 0.004 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-100     4  0.2990     0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-101     8  0.2591     0.5340 0.284 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.716 0.000   0
#> dkfz_11-102     1  0.0356     0.8948 0.984 0.000 0.000 0.016  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-103     8  0.2940     0.6107 0.020 0.000 0.000 0.000  0 0.272 NA 0.708 0.000   0
#> dkfz_11-104     1  0.0315     0.8956 0.988 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.004 0.000   0
#> dkfz_11-105     1  0.3010    -0.2999 0.508 0.000 0.000 0.492  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-106     1  0.0356     0.8944 0.984 0.000 0.000 0.016  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-107     1  0.1334     0.8206 0.908 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.092 0.000   0
#> dkfz_11-108     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-109     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-110     1  0.2999    -0.2011 0.536 0.000 0.000 0.464  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-111     4  0.2990     0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-112     4  0.2993     0.4264 0.456 0.000 0.000 0.544  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-113     4  0.1168     0.6830 0.076 0.000 0.000 0.924  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-114     8  0.3820     0.2339 0.000 0.052 0.000 0.000  0 0.424 NA 0.520 0.000   0
#> dkfz_11-115     4  0.2990     0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-116     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-117     8  0.3820     0.2339 0.000 0.052 0.000 0.000  0 0.424 NA 0.520 0.000   0
#> dkfz_11-118     4  0.2990     0.4367 0.452 0.000 0.000 0.548  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-119     1  0.1124     0.8450 0.928 0.000 0.000 0.072  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-120     8  0.2591     0.5340 0.284 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.716 0.000   0
#> dkfz_11-121     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-122     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-123     1  0.0555     0.8782 0.972 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.028 0.000   0
#> dkfz_11-124     1  0.0896     0.8840 0.956 0.000 0.000 0.032  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-125     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-126     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-127     8  0.1373     0.7235 0.096 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.904 0.000   0
#> dkfz_11-128     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-129     4  0.2993     0.4264 0.456 0.000 0.000 0.544  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-130     1  0.3010    -0.2999 0.508 0.000 0.000 0.492  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-131     1  0.1079     0.8433 0.932 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.068 0.000   0
#> dkfz_11-132     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-133     1  0.1079     0.8433 0.932 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.068 0.000   0
#> dkfz_11-134     1  0.0356     0.8948 0.984 0.000 0.000 0.016  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-135     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-136     1  0.0226     0.8933 0.992 0.000 0.000 0.004  0 0.000 NA 0.004 0.000   0
#> dkfz_11-137     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-138     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-139     9  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 1.000   0
#> dkfz_11-140     8  0.3820     0.2339 0.000 0.052 0.000 0.000  0 0.424 NA 0.520 0.000   0
#> dkfz_11-141     1  0.0202     0.8964 0.992 0.000 0.000 0.008  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-142     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-143    10  0.0000     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   1
#> dkfz_11-144     3  0.3526     0.7022 0.000 0.000 0.672 0.008  0 0.004 NA 0.000 0.276   0
#> dkfz_11-145     2  0.1124     0.6756 0.000 0.928 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-146     9  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 1.000   0
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.8484 0.000 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-148     2  0.2464     0.4966 0.000 0.800 0.000 0.000  0 0.184 NA 0.008 0.000   0
#> dkfz_11-149     2  0.3082     0.5045 0.000 0.556 0.000 0.000  0 0.004 NA 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-150     2  0.2464     0.4966 0.000 0.800 0.000 0.000  0 0.184 NA 0.008 0.000   0
#> dkfz_11-151     4  0.0202     0.6741 0.008 0.000 0.000 0.992  0 0.000 NA 0.000 0.000   0

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> ATC:hclust 135        3.91e-13        7.34e-02  2
#> ATC:hclust 128        3.81e-26        2.59e-04  3
#> ATC:hclust 131        2.19e-23        2.09e-04  4
#> ATC:hclust 134        3.50e-22        6.19e-04  5
#> ATC:hclust 130        2.11e-21        1.21e-03  6
#> ATC:hclust 128        1.42e-21        1.80e-03  7
#> ATC:hclust  93        4.24e-13        4.13e-04  8
#> ATC:hclust 107        3.63e-18        9.47e-06  9
#> ATC:hclust 103        1.16e-19        3.05e-05 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.990       0.996         0.4706 0.528   0.528
#> 3   3 0.626           0.763       0.782         0.2765 0.846   0.725
#> 4   4 0.849           0.944       0.966         0.1842 0.762   0.505
#> 5   5 0.847           0.868       0.919         0.0868 0.830   0.496
#> 6   6 0.758           0.670       0.807         0.0441 0.981   0.913
#> 7   7 0.762           0.702       0.771         0.0315 0.961   0.822
#> 8   8 0.778           0.602       0.761         0.0226 0.952   0.764
#> 9   9 0.787           0.602       0.760         0.0206 0.940   0.669
#> 10 10 0.801           0.655       0.759         0.0146 0.975   0.826

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-006     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-007     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-009     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-014     2   0.795      0.687 0.240 0.760
#> dkfz_11-015     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-016     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-020     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-023     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-025     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-027     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-037     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     1   0.163      0.975 0.976 0.024
#> dkfz_11-061     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-064     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-065     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-069     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-071     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-092     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     2   0.917      0.511 0.332 0.668
#> dkfz_11-095     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-115     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-118     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-141     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-146     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-149     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2   0.000      0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-151     1   0.000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-002     2   0.621   -0.46050 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-003     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-004     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-005     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-006     2   0.348    0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-007     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-008     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-009     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-010     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-011     2   0.129    0.74291 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-012     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-013     2   0.348    0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-014     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-015     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     3   0.625    0.77103 0.000 0.444 0.556
#> dkfz_11-018     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-019     2   0.153    0.71180 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-020     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-021     1   0.455    0.82695 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-022     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1   0.348    0.66243 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-024     2   0.153    0.74016 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-025     2   0.593    0.56462 0.356 0.644 0.000
#> dkfz_11-026     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-029     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-030     2   0.296    0.63968 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-031     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-032     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-033     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-034     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-036     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-040     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-041     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-042     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-043     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1   0.141    0.76795 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-046     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2   0.568    0.61698 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-049     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-052     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-053     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-054     2   0.348    0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-055     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-056     1   0.348    0.66243 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-057     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-058     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-061     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-062     2   0.288    0.64527 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-063     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1   0.375    0.82171 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-066     3   0.621    0.80201 0.000 0.428 0.572
#> dkfz_11-067     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-068     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1   0.362    0.82068 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-072     1   0.606    0.00612 0.616 0.384 0.000
#> dkfz_11-073     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-075     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     2   0.348    0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-092     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-093     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-094     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-095     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1   0.440    0.56237 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-098     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-099     2   0.348    0.59620 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-100     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-101     1   0.348    0.66243 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-102     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-103     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-104     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-106     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.129    0.80375 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-110     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-111     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-112     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-113     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-114     2   0.525    0.64529 0.264 0.736 0.000
#> dkfz_11-115     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-116     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-117     2   0.103    0.74544 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-118     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-119     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-120     1   0.341    0.66789 0.876 0.124 0.000
#> dkfz_11-121     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-122     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-125     1   0.196    0.80809 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-126     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     2   0.562    0.62642 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-128     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-129     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-130     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-131     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.129    0.80364 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-133     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-135     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-138     1   0.429    0.82533 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-139     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-140     2   0.470    0.66641 0.212 0.788 0.000
#> dkfz_11-141     1   0.000    0.79632 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-143     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-145     2   0.341    0.60291 0.000 0.876 0.124
#> dkfz_11-146     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-147     3   0.562    0.96793 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-148     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     2   0.000    0.74921 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1   0.562    0.83443 0.692 0.000 0.308

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-004     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-005     2  0.3074      0.828 0.152 0.848  0 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-007     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-008     2  0.3074      0.828 0.152 0.848  0 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-010     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-011     2  0.0336      0.959 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.4277      0.654 0.280 0.720  0 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-021     1  0.3444      0.856 0.816 0.000  0 0.184
#> dkfz_11-022     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0336      0.959 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.1792      0.902 0.932 0.000  0 0.068
#> dkfz_11-028     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-031     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-033     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-035     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-038     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-039     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-041     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-043     1  0.2973      0.891 0.856 0.000  0 0.144
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-048     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.2868      0.893 0.864 0.000  0 0.136
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-051     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-053     2  0.3356      0.800 0.176 0.824  0 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-055     4  0.0336      0.990 0.008 0.000  0 0.992
#> dkfz_11-056     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-058     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-059     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-060     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-061     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-066     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.3123      0.884 0.844 0.000  0 0.156
#> dkfz_11-072     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-074     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-092     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-093     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.4500      0.597 0.316 0.684  0 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-096     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-097     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-098     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-100     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-102     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-105     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-106     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-107     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-108     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-109     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-110     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-111     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-112     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-113     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-114     2  0.2408      0.877 0.104 0.896  0 0.000
#> dkfz_11-115     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-117     2  0.0336      0.959 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-118     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-119     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-122     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-123     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-124     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-125     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-126     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.903 1.000 0.000  0 0.000
#> dkfz_11-128     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-129     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-130     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-131     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-132     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-133     1  0.0336      0.906 0.992 0.000  0 0.008
#> dkfz_11-134     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-135     1  0.2704      0.895 0.876 0.000  0 0.124
#> dkfz_11-136     1  0.3074      0.888 0.848 0.000  0 0.152
#> dkfz_11-137     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-138     1  0.4008      0.783 0.756 0.000  0 0.244
#> dkfz_11-139     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-140     2  0.1302      0.931 0.044 0.956  0 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2868      0.893 0.864 0.000  0 0.136
#> dkfz_11-142     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000
#> dkfz_11-143     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0336      0.959 0.008 0.992  0 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.964 0.000 1.000  0 0.000
#> dkfz_11-151     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0703      0.973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0510      0.881 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.0865      0.793 0.004 0.024 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.3730      0.695 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-008     5  0.0671      0.797 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-009     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     5  0.1478      0.760 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-012     5  0.0880      0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-013     2  0.0510      0.881 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     5  0.0992      0.806 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-015     2  0.0794      0.887 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-016     2  0.3636      0.782 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-017     2  0.0703      0.876 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0703      0.973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     1  0.0963      0.899 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-022     2  0.3684      0.780 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-023     5  0.3796      0.730 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-024     5  0.1410      0.766 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-025     5  0.3336      0.776 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-026     2  0.3143      0.831 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-027     1  0.0671      0.883 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-028     3  0.0798      0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-029     3  0.0798      0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-030     2  0.0579      0.885 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-031     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0703      0.973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0290      0.888 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-035     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3143      0.831 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-037     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-038     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-039     5  0.3274      0.780 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.3661      0.784 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-045     5  0.4030      0.665 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-046     2  0.0609      0.888 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-047     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-048     5  0.3305      0.778 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-049     1  0.0794      0.899 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.3636      0.788 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-051     4  0.0162      0.984 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     5  0.0898      0.804 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.3177      0.781 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.3752      0.738 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-060     5  0.0880      0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-061     5  0.0880      0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-062     2  0.0162      0.888 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.3039      0.837 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-065     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-066     2  0.0992      0.876 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0404      0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-069     1  0.0703      0.897 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.3707      0.776 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> dkfz_11-071     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.3561      0.759 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-073     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.3636      0.788 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.3774      0.683 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-094     5  0.0992      0.806 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-095     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-096     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-097     5  0.3730      0.741 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-098     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.3730      0.741 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-102     1  0.3561      0.729 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0880      0.808 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-104     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-105     4  0.3242      0.670 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-108     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.3684      0.705 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-111     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.3876      0.651 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     5  0.0794      0.785 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-115     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.3730      0.351 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-118     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.3730      0.695 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3796      0.730 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-124     1  0.3774      0.683 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.3242      0.781 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-128     1  0.3636      0.715 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-129     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.3707      0.700 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-132     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0510      0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-134     1  0.3661      0.710 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0794      0.899 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0880      0.900 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0798      0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-140     5  0.0794      0.785 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-141     1  0.0794      0.899 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.2020      0.871 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-144     3  0.0798      0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0798      0.979 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.1608      0.935 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3932      0.709 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-149     2  0.0404      0.888 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150     2  0.3210      0.826 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-151     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.2794    0.90592 0.000 0.080 0.860 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-002     2  0.0000    0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     5  0.3620    0.36557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-006     2  0.0000    0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.5084    0.60219 0.612 0.000 0.000 0.124 0.000 0.264
#> dkfz_11-008     5  0.3620    0.36557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-009     4  0.0363    0.86081 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-010     4  0.3175    0.81861 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-011     5  0.4632    0.01318 0.000 0.040 0.000 0.000 0.520 0.440
#> dkfz_11-012     5  0.0260    0.66521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-013     2  0.0458    0.70285 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-014     5  0.2762    0.56125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-015     2  0.3729    0.08776 0.000 0.692 0.000 0.000 0.012 0.296
#> dkfz_11-016     6  0.5741    0.87194 0.000 0.372 0.000 0.000 0.172 0.456
#> dkfz_11-017     2  0.1957    0.67439 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-018     3  0.2672    0.90994 0.000 0.080 0.868 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-019     2  0.0146    0.70388 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.0865    0.93689 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-021     1  0.2053    0.81377 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> dkfz_11-022     6  0.5799    0.86986 0.000 0.368 0.000 0.000 0.184 0.448
#> dkfz_11-023     5  0.3734    0.58228 0.264 0.000 0.000 0.000 0.716 0.020
#> dkfz_11-024     5  0.4692   -0.00779 0.000 0.044 0.000 0.000 0.512 0.444
#> dkfz_11-025     5  0.2282    0.67950 0.088 0.000 0.000 0.000 0.888 0.024
#> dkfz_11-026     2  0.5186   -0.71175 0.000 0.476 0.000 0.000 0.088 0.436
#> dkfz_11-027     1  0.1387    0.82941 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-028     3  0.0000    0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.1765    0.68818 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-031     4  0.3101    0.82314 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-032     3  0.2672    0.90994 0.000 0.080 0.868 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-033     4  0.0146    0.86034 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-034     2  0.1863    0.68823 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-035     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.5187   -0.71892 0.000 0.472 0.000 0.000 0.088 0.440
#> dkfz_11-037     1  0.0713    0.82635 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-038     1  0.0000    0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     5  0.2176    0.68016 0.080 0.000 0.000 0.000 0.896 0.024
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.0937    0.85966 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-042     4  0.3101    0.82311 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-043     1  0.1444    0.82949 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-044     6  0.5731    0.86903 0.000 0.384 0.000 0.000 0.168 0.448
#> dkfz_11-045     5  0.4146    0.54252 0.288 0.000 0.000 0.000 0.676 0.036
#> dkfz_11-046     2  0.3101    0.35461 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-047     1  0.1075    0.83326 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-048     5  0.1753    0.68173 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004
#> dkfz_11-049     1  0.1863    0.80523 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-050     6  0.5649    0.85608 0.000 0.396 0.000 0.000 0.152 0.452
#> dkfz_11-051     4  0.4617    0.73649 0.084 0.000 0.000 0.664 0.000 0.252
#> dkfz_11-052     4  0.0865    0.84094 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-053     5  0.2762    0.56125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-054     2  0.0000    0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.3983    0.71656 0.736 0.000 0.000 0.056 0.000 0.208
#> dkfz_11-056     5  0.3776    0.62711 0.188 0.000 0.000 0.000 0.760 0.052
#> dkfz_11-057     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.1714    0.81107 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-059     1  0.0692    0.82558 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-060     5  0.0260    0.66559 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-061     5  0.0146    0.66577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-062     2  0.1765    0.69034 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-063     2  0.1765    0.69034 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-064     2  0.5108   -0.69349 0.000 0.484 0.000 0.000 0.080 0.436
#> dkfz_11-065     1  0.1714    0.82541 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-066     2  0.2135    0.66788 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-067     3  0.0865    0.93689 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-068     2  0.3198    0.28401 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-069     1  0.1387    0.83068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-070     6  0.5907    0.83160 0.000 0.340 0.000 0.000 0.216 0.444
#> dkfz_11-071     1  0.2340    0.80203 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-072     5  0.2981    0.65344 0.160 0.000 0.000 0.000 0.820 0.020
#> dkfz_11-073     1  0.1219    0.82570 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-074     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.5649    0.85608 0.000 0.396 0.000 0.000 0.152 0.452
#> dkfz_11-091     2  0.0000    0.70463 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     4  0.3126    0.82134 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-093     1  0.5262    0.56970 0.568 0.000 0.000 0.124 0.000 0.308
#> dkfz_11-094     5  0.2762    0.56125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-095     1  0.2667    0.73146 0.852 0.000 0.000 0.000 0.128 0.020
#> dkfz_11-096     1  0.3053    0.68628 0.812 0.000 0.000 0.000 0.168 0.020
#> dkfz_11-097     5  0.3514    0.61190 0.228 0.000 0.000 0.000 0.752 0.020
#> dkfz_11-098     4  0.3290    0.81711 0.004 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-099     2  0.0146    0.70485 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-100     4  0.3076    0.82442 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-101     5  0.3284    0.63270 0.196 0.000 0.000 0.000 0.784 0.020
#> dkfz_11-102     1  0.4707    0.64931 0.660 0.000 0.000 0.096 0.000 0.244
#> dkfz_11-103     5  0.0146    0.66577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-104     1  0.0000    0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     4  0.6018    0.19722 0.332 0.000 0.000 0.416 0.000 0.252
#> dkfz_11-106     1  0.1204    0.83202 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-107     1  0.3156    0.67105 0.800 0.000 0.000 0.000 0.180 0.020
#> dkfz_11-108     1  0.0000    0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000    0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.5009    0.61107 0.624 0.000 0.000 0.120 0.000 0.256
#> dkfz_11-111     4  0.3290    0.81711 0.004 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-112     1  0.5246    0.56756 0.596 0.000 0.000 0.148 0.000 0.256
#> dkfz_11-113     4  0.2416    0.84539 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-114     5  0.3961    0.14675 0.000 0.004 0.000 0.000 0.556 0.440
#> dkfz_11-115     4  0.2260    0.84809 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> dkfz_11-116     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     5  0.5226   -0.22175 0.000 0.092 0.000 0.000 0.464 0.444
#> dkfz_11-118     4  0.3151    0.81940 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-119     1  0.5065    0.60401 0.616 0.000 0.000 0.124 0.000 0.260
#> dkfz_11-120     5  0.3756    0.57836 0.268 0.000 0.000 0.000 0.712 0.020
#> dkfz_11-121     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000    0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.2094    0.77621 0.900 0.000 0.000 0.000 0.080 0.020
#> dkfz_11-124     1  0.5276    0.56440 0.564 0.000 0.000 0.124 0.000 0.312
#> dkfz_11-125     1  0.1075    0.83363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-126     1  0.0000    0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2199    0.67925 0.088 0.000 0.000 0.000 0.892 0.020
#> dkfz_11-128     1  0.4727    0.64628 0.660 0.000 0.000 0.100 0.000 0.240
#> dkfz_11-129     4  0.3398    0.81414 0.008 0.000 0.000 0.740 0.000 0.252
#> dkfz_11-130     1  0.5009    0.61107 0.624 0.000 0.000 0.120 0.000 0.256
#> dkfz_11-131     1  0.3253    0.65408 0.788 0.000 0.000 0.000 0.192 0.020
#> dkfz_11-132     1  0.0260    0.83328 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-133     1  0.3284    0.64819 0.784 0.000 0.000 0.000 0.196 0.020
#> dkfz_11-134     1  0.4834    0.63388 0.644 0.000 0.000 0.104 0.000 0.252
#> dkfz_11-135     1  0.0146    0.83144 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136     1  0.1714    0.82221 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0790    0.83432 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-139     3  0.0000    0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     5  0.3961    0.14675 0.000 0.004 0.000 0.000 0.556 0.440
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.83234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     6  0.4263    0.32993 0.000 0.480 0.000 0.000 0.016 0.504
#> dkfz_11-144     3  0.0000    0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0937    0.68101 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-146     3  0.0000    0.93887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.4147    0.75182 0.000 0.224 0.716 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-148     6  0.5942    0.79870 0.000 0.324 0.000 0.000 0.232 0.444
#> dkfz_11-149     2  0.2883    0.60455 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-150     2  0.5223   -0.72222 0.000 0.472 0.000 0.000 0.092 0.436
#> dkfz_11-151     4  0.0000    0.86001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.2951      0.897 0.000 0.092 0.836 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-002     2  0.2966      0.921 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.3432      0.777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-004     5  0.3612      0.779 0.000 0.008 0.000 0.000 0.620 0.000 0.372
#> dkfz_11-005     4  0.5089      0.169 0.000 0.012 0.000 0.476 0.000 0.420 0.092
#> dkfz_11-006     2  0.3047      0.921 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.4622      0.497 0.500 0.004 0.000 0.000 0.436 0.000 0.060
#> dkfz_11-008     4  0.5089      0.169 0.000 0.012 0.000 0.476 0.000 0.420 0.092
#> dkfz_11-009     5  0.4036      0.777 0.000 0.036 0.000 0.000 0.616 0.000 0.348
#> dkfz_11-010     5  0.0924      0.717 0.000 0.016 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020
#> dkfz_11-011     6  0.3073      0.550 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004
#> dkfz_11-012     4  0.2192      0.753 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000 0.068 0.036
#> dkfz_11-013     2  0.3029      0.921 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-014     4  0.4372      0.648 0.000 0.016 0.000 0.708 0.000 0.168 0.108
#> dkfz_11-015     6  0.3381      0.302 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008
#> dkfz_11-016     6  0.2731      0.728 0.000 0.024 0.000 0.036 0.000 0.864 0.076
#> dkfz_11-017     2  0.3881      0.856 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.196 0.080
#> dkfz_11-018     3  0.2951      0.897 0.000 0.092 0.836 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-019     2  0.3066      0.920 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.1889      0.915 0.000 0.028 0.912 0.004 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-021     1  0.4329      0.701 0.748 0.084 0.000 0.008 0.036 0.000 0.124
#> dkfz_11-022     6  0.1693      0.736 0.000 0.020 0.000 0.040 0.000 0.928 0.012
#> dkfz_11-023     4  0.4434      0.666 0.188 0.016 0.000 0.696 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-024     6  0.3515      0.549 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.720 0.028
#> dkfz_11-025     4  0.3092      0.755 0.024 0.028 0.000 0.856 0.000 0.032 0.060
#> dkfz_11-026     6  0.2174      0.692 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.884 0.028
#> dkfz_11-027     1  0.4367      0.690 0.728 0.040 0.000 0.020 0.028 0.000 0.184
#> dkfz_11-028     3  0.0134      0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0134      0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.3602      0.896 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-031     5  0.0555      0.724 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-032     3  0.2951      0.897 0.000 0.092 0.836 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-033     5  0.3471      0.780 0.000 0.004 0.000 0.000 0.640 0.000 0.356
#> dkfz_11-034     2  0.4009      0.894 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.240 0.068
#> dkfz_11-035     5  0.3537      0.778 0.000 0.004 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380
#> dkfz_11-036     6  0.2174      0.692 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.884 0.028
#> dkfz_11-037     1  0.2969      0.700 0.820 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-038     1  0.0573      0.752 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-039     4  0.2904      0.756 0.020 0.028 0.000 0.868 0.000 0.032 0.052
#> dkfz_11-040     5  0.3895      0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-041     5  0.3392      0.780 0.000 0.004 0.000 0.000 0.664 0.000 0.332
#> dkfz_11-042     5  0.0468      0.728 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-043     1  0.4642      0.691 0.712 0.040 0.000 0.020 0.048 0.000 0.180
#> dkfz_11-044     6  0.1261      0.738 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000 0.948 0.012
#> dkfz_11-045     4  0.5240      0.647 0.172 0.052 0.000 0.636 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-046     6  0.3116      0.456 0.000 0.228 0.000 0.004 0.000 0.760 0.008
#> dkfz_11-047     1  0.2468      0.754 0.888 0.020 0.000 0.004 0.048 0.000 0.040
#> dkfz_11-048     4  0.2031      0.766 0.020 0.008 0.000 0.916 0.000 0.036 0.020
#> dkfz_11-049     1  0.4700      0.651 0.692 0.092 0.000 0.044 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-050     6  0.1321      0.734 0.000 0.024 0.000 0.020 0.000 0.948 0.008
#> dkfz_11-051     5  0.2488      0.583 0.092 0.004 0.000 0.000 0.868 0.000 0.036
#> dkfz_11-052     5  0.4371      0.746 0.000 0.056 0.000 0.000 0.568 0.000 0.376
#> dkfz_11-053     4  0.4212      0.654 0.000 0.012 0.000 0.720 0.000 0.168 0.100
#> dkfz_11-054     2  0.3047      0.921 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.3916      0.634 0.676 0.008 0.000 0.000 0.288 0.000 0.028
#> dkfz_11-056     4  0.3769      0.733 0.068 0.052 0.000 0.804 0.000 0.008 0.068
#> dkfz_11-057     5  0.3895      0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-058     1  0.4474      0.685 0.732 0.088 0.000 0.028 0.012 0.000 0.140
#> dkfz_11-059     1  0.2002      0.718 0.896 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-060     4  0.2281      0.757 0.000 0.012 0.000 0.888 0.000 0.076 0.024
#> dkfz_11-061     4  0.1893      0.758 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000 0.080 0.012
#> dkfz_11-062     2  0.3577      0.909 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.240 0.036
#> dkfz_11-063     2  0.3554      0.911 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.236 0.036
#> dkfz_11-064     6  0.2221      0.689 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.880 0.028
#> dkfz_11-065     1  0.4482      0.722 0.732 0.032 0.000 0.008 0.112 0.000 0.116
#> dkfz_11-066     2  0.4221      0.839 0.000 0.700 0.004 0.000 0.000 0.196 0.100
#> dkfz_11-067     3  0.1873      0.915 0.000 0.024 0.912 0.004 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-068     6  0.3174      0.376 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.716 0.004
#> dkfz_11-069     1  0.4234      0.722 0.760 0.032 0.000 0.016 0.064 0.000 0.128
#> dkfz_11-070     6  0.1795      0.730 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.904 0.004
#> dkfz_11-071     1  0.5154      0.693 0.656 0.032 0.000 0.012 0.180 0.000 0.120
#> dkfz_11-072     4  0.3239      0.736 0.116 0.012 0.000 0.816 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-073     1  0.4491      0.672 0.704 0.052 0.000 0.032 0.008 0.000 0.204
#> dkfz_11-074     5  0.3432      0.777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-075     6  0.1321      0.734 0.000 0.024 0.000 0.020 0.000 0.948 0.008
#> dkfz_11-091     2  0.3066      0.920 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0239      0.724 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.6456      0.493 0.460 0.108 0.000 0.008 0.300 0.000 0.124
#> dkfz_11-094     4  0.4372      0.648 0.000 0.016 0.000 0.708 0.000 0.168 0.108
#> dkfz_11-095     1  0.3727      0.644 0.776 0.012 0.000 0.100 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-096     1  0.3513      0.642 0.792 0.008 0.000 0.104 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-097     4  0.4098      0.693 0.164 0.012 0.000 0.732 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-098     5  0.0707      0.709 0.008 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> dkfz_11-099     2  0.3194      0.923 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> dkfz_11-100     5  0.0373      0.727 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-101     4  0.3867      0.713 0.136 0.012 0.000 0.760 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-102     1  0.4155      0.550 0.572 0.004 0.000 0.000 0.396 0.000 0.028
#> dkfz_11-103     4  0.1433      0.758 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0239      0.751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105     5  0.4056      0.009 0.316 0.004 0.000 0.000 0.644 0.000 0.036
#> dkfz_11-106     1  0.3860      0.727 0.788 0.032 0.000 0.012 0.048 0.000 0.120
#> dkfz_11-107     1  0.3687      0.633 0.780 0.012 0.000 0.108 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-108     1  0.0239      0.751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109     1  0.0134      0.753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110     1  0.4427      0.516 0.524 0.004 0.000 0.000 0.428 0.000 0.044
#> dkfz_11-111     5  0.1122      0.694 0.012 0.004 0.000 0.000 0.956 0.000 0.028
#> dkfz_11-112     1  0.4396      0.475 0.500 0.004 0.000 0.000 0.456 0.000 0.040
#> dkfz_11-113     5  0.1844      0.754 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-114     6  0.3212      0.496 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> dkfz_11-115     5  0.2423      0.760 0.000 0.008 0.000 0.000 0.840 0.000 0.152
#> dkfz_11-116     5  0.3895      0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-117     6  0.2837      0.612 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> dkfz_11-118     5  0.0468      0.713 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-119     1  0.4484      0.503 0.512 0.004 0.000 0.000 0.436 0.000 0.048
#> dkfz_11-120     4  0.4421      0.663 0.192 0.016 0.000 0.696 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-121     5  0.3895      0.776 0.000 0.024 0.000 0.000 0.612 0.000 0.364
#> dkfz_11-122     1  0.0134      0.753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123     1  0.2924      0.687 0.840 0.008 0.000 0.052 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-124     1  0.6241      0.478 0.448 0.100 0.000 0.000 0.328 0.000 0.124
#> dkfz_11-125     1  0.2557      0.751 0.880 0.032 0.000 0.000 0.044 0.000 0.044
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     4  0.2782      0.766 0.044 0.008 0.000 0.872 0.000 0.028 0.048
#> dkfz_11-128     1  0.4084      0.553 0.580 0.004 0.000 0.000 0.392 0.000 0.024
#> dkfz_11-129     5  0.1368      0.684 0.028 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000 0.024
#> dkfz_11-130     1  0.4431      0.511 0.520 0.004 0.000 0.000 0.432 0.000 0.044
#> dkfz_11-131     1  0.3889      0.623 0.760 0.012 0.000 0.116 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-132     1  0.1255      0.754 0.952 0.012 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> dkfz_11-133     1  0.3597      0.635 0.784 0.008 0.000 0.108 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-134     1  0.4243      0.535 0.552 0.004 0.000 0.000 0.412 0.000 0.032
#> dkfz_11-135     1  0.0797      0.745 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-136     1  0.4452      0.709 0.716 0.080 0.000 0.004 0.028 0.000 0.172
#> dkfz_11-137     5  0.3432      0.777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-138     1  0.1546      0.753 0.936 0.008 0.000 0.000 0.028 0.000 0.028
#> dkfz_11-139     3  0.0134      0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     6  0.3212      0.496 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> dkfz_11-141     1  0.0334      0.751 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-142     5  0.3537      0.778 0.000 0.004 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380
#> dkfz_11-143     6  0.4101      0.556 0.000 0.176 0.000 0.012 0.000 0.728 0.084
#> dkfz_11-144     3  0.0239      0.916 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-145     2  0.3316      0.888 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.312 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0134      0.917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.4425      0.634 0.000 0.304 0.624 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-148     6  0.2439      0.736 0.000 0.024 0.000 0.064 0.000 0.884 0.028
#> dkfz_11-149     6  0.4777     -0.301 0.000 0.424 0.000 0.004 0.000 0.496 0.076
#> dkfz_11-150     6  0.2380      0.707 0.000 0.068 0.000 0.004 0.000 0.880 0.048
#> dkfz_11-151     5  0.3547      0.777 0.000 0.004 0.000 0.000 0.612 0.000 0.384

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.3613     0.8538 0.000 0.064 0.776 0.000 0.000 0.000 0.124 0.036
#> dkfz_11-002     2  0.0856     0.8287 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0596     0.7387 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-004     4  0.1255     0.7384 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.016 0.028 0.004
#> dkfz_11-005     6  0.5317     0.2200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.464 0.032 0.136
#> dkfz_11-006     2  0.1138     0.8265 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.004
#> dkfz_11-007     7  0.3852     0.4891 0.444 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.532 0.008
#> dkfz_11-008     6  0.5298     0.2116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.464 0.032 0.132
#> dkfz_11-009     4  0.1601     0.7377 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.016 0.024 0.024
#> dkfz_11-010     4  0.4244     0.3100 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004 0.016 0.456 0.024
#> dkfz_11-011     6  0.1963     0.7581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.868 0.000 0.004
#> dkfz_11-012     5  0.1513     0.8059 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028 0.008 0.032
#> dkfz_11-013     2  0.1405     0.8262 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024 0.020
#> dkfz_11-014     5  0.4578     0.6197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.168 0.036 0.128
#> dkfz_11-015     6  0.3710     0.2182 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.520 0.012 0.004
#> dkfz_11-016     6  0.3776     0.7566 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.768 0.032 0.120
#> dkfz_11-017     2  0.3464     0.7433 0.000 0.764 0.008 0.000 0.000 0.008 0.180 0.040
#> dkfz_11-018     3  0.3528     0.8575 0.000 0.060 0.784 0.000 0.000 0.000 0.120 0.036
#> dkfz_11-019     2  0.0931     0.8256 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004
#> dkfz_11-020     3  0.2248     0.8817 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.096 0.036
#> dkfz_11-021     1  0.4734     0.4871 0.656 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.144 0.164
#> dkfz_11-022     6  0.2336     0.7745 0.000 0.084 0.000 0.000 0.036 0.872 0.000 0.008
#> dkfz_11-023     5  0.3875     0.7281 0.080 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-024     6  0.3057     0.7520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.812 0.008 0.068
#> dkfz_11-025     5  0.2276     0.7987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.032 0.020 0.064
#> dkfz_11-026     6  0.3588     0.7317 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012 0.064
#> dkfz_11-027     1  0.4622     0.5137 0.520 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.064 0.396
#> dkfz_11-028     3  0.0251     0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-029     3  0.0251     0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-030     2  0.2869     0.7946 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108 0.056
#> dkfz_11-031     4  0.4108     0.3483 0.000 0.000 0.000 0.524 0.004 0.016 0.440 0.016
#> dkfz_11-032     3  0.3528     0.8575 0.000 0.060 0.784 0.000 0.000 0.000 0.120 0.036
#> dkfz_11-033     4  0.1992     0.7131 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.3222     0.7941 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.036 0.104 0.048
#> dkfz_11-035     4  0.0783     0.7400 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-036     6  0.3470     0.7426 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.768 0.012 0.064
#> dkfz_11-037     1  0.3184     0.6097 0.712 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-038     1  0.0395     0.6527 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-039     5  0.2225     0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.032 0.020 0.060
#> dkfz_11-040     4  0.0837     0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-041     4  0.1999     0.7059 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.3323     0.3262 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.4737     0.5034 0.508 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.076 0.396
#> dkfz_11-044     6  0.2095     0.7725 0.000 0.080 0.000 0.000 0.024 0.888 0.000 0.008
#> dkfz_11-045     5  0.4029     0.6827 0.048 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.008 0.312
#> dkfz_11-046     6  0.3578     0.4481 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.640 0.012 0.008
#> dkfz_11-047     1  0.2519     0.6159 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.052
#> dkfz_11-048     5  0.1612     0.8074 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.032 0.016 0.024
#> dkfz_11-049     1  0.5450     0.4344 0.576 0.000 0.000 0.000 0.024 0.032 0.148 0.220
#> dkfz_11-050     6  0.1601     0.7704 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004
#> dkfz_11-051     7  0.4620     0.2037 0.120 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.3133     0.6479 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.032 0.052 0.096
#> dkfz_11-053     5  0.4578     0.6197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.168 0.036 0.128
#> dkfz_11-054     2  0.0937     0.8280 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.2534     0.4315 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.2570     0.7903 0.016 0.000 0.000 0.000 0.864 0.008 0.024 0.088
#> dkfz_11-057     4  0.0837     0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-058     1  0.4795     0.4869 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.132 0.188
#> dkfz_11-059     1  0.2336     0.6393 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.116
#> dkfz_11-060     5  0.1934     0.8031 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.036 0.016 0.040
#> dkfz_11-061     5  0.0870     0.8090 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.2692     0.8058 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.016 0.096 0.040
#> dkfz_11-063     2  0.2749     0.8071 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.016 0.096 0.044
#> dkfz_11-064     6  0.3588     0.7317 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012 0.064
#> dkfz_11-065     1  0.4552     0.4754 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.264
#> dkfz_11-066     2  0.3705     0.7262 0.000 0.736 0.008 0.000 0.000 0.008 0.200 0.048
#> dkfz_11-067     3  0.2248     0.8817 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.096 0.036
#> dkfz_11-068     2  0.4119    -0.2428 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.472 0.004 0.040
#> dkfz_11-069     1  0.4733     0.4774 0.576 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.136 0.280
#> dkfz_11-070     6  0.1994     0.7809 0.000 0.056 0.000 0.000 0.036 0.900 0.000 0.008
#> dkfz_11-071     1  0.5016     0.3666 0.516 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.204 0.276
#> dkfz_11-072     5  0.2916     0.7818 0.024 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.008 0.168
#> dkfz_11-073     1  0.4562     0.5121 0.500 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.040 0.428
#> dkfz_11-074     4  0.0596     0.7387 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-075     6  0.1601     0.7704 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.0931     0.8256 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004
#> dkfz_11-092     4  0.3789     0.3378 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.012 0.452 0.008
#> dkfz_11-093     1  0.5787    -0.0414 0.428 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.356 0.168
#> dkfz_11-094     5  0.4578     0.6197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.168 0.036 0.128
#> dkfz_11-095     1  0.3926     0.5927 0.712 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.012 0.196
#> dkfz_11-096     1  0.3552     0.6075 0.772 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016 0.124
#> dkfz_11-097     5  0.3917     0.7334 0.084 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-098     4  0.3606     0.2156 0.012 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0995     0.8292 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.004
#> dkfz_11-100     4  0.3323     0.3265 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.3540     0.7509 0.060 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.012 0.172
#> dkfz_11-102     1  0.3258    -0.1786 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> dkfz_11-103     5  0.0745     0.8091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0224     0.6548 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-105     7  0.4898     0.4944 0.244 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.4367     0.5213 0.620 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.104 0.272
#> dkfz_11-107     1  0.3931     0.5944 0.728 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.016 0.156
#> dkfz_11-108     1  0.0224     0.6568 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109     1  0.0471     0.6505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-110     7  0.3597     0.4670 0.464 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-111     7  0.3895    -0.1555 0.032 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-112     7  0.3947     0.5013 0.448 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.3131     0.5144 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.2035     0.7541 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.860 0.000 0.004
#> dkfz_11-115     4  0.3512     0.5136 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.012 0.348 0.004
#> dkfz_11-116     4  0.0837     0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-117     6  0.2068     0.7650 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116 0.872 0.000 0.008
#> dkfz_11-118     4  0.3445     0.2469 0.004 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-119     7  0.3662     0.4834 0.456 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.3998     0.7172 0.092 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.012 0.188
#> dkfz_11-121     4  0.0837     0.7384 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-122     1  0.0125     0.6547 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.3183     0.6222 0.804 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.016 0.124
#> dkfz_11-124     1  0.5719    -0.1089 0.412 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.384 0.160
#> dkfz_11-125     1  0.2162     0.6159 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.036
#> dkfz_11-126     1  0.0224     0.6540 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127     5  0.2340     0.7995 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.012 0.012 0.104
#> dkfz_11-128     1  0.3244    -0.1561 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-129     7  0.4037    -0.1055 0.044 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-130     7  0.3597     0.4670 0.464 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.4086     0.5821 0.696 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.012 0.196
#> dkfz_11-132     1  0.0614     0.6484 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3807     0.5980 0.744 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.016 0.140
#> dkfz_11-134     1  0.3444    -0.4326 0.512 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0681     0.6578 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-136     1  0.4312     0.5181 0.576 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.072 0.348
#> dkfz_11-137     4  0.0596     0.7387 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-138     1  0.1144     0.6287 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0224     0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-140     6  0.1999     0.7558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.864 0.000 0.004
#> dkfz_11-141     1  0.0349     0.6569 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-142     4  0.0695     0.7403 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-143     6  0.5453     0.4762 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.572 0.152 0.088
#> dkfz_11-144     3  0.0349     0.8838 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-145     2  0.2266     0.7572 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.032
#> dkfz_11-146     3  0.0224     0.8842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147     3  0.5140     0.5064 0.000 0.304 0.540 0.000 0.000 0.000 0.120 0.036
#> dkfz_11-148     6  0.3056     0.7702 0.000 0.096 0.000 0.000 0.004 0.824 0.012 0.064
#> dkfz_11-149     2  0.5682     0.1886 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.364 0.140 0.064
#> dkfz_11-150     6  0.4060     0.7253 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024 0.096
#> dkfz_11-151     4  0.0520     0.7392 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.3696    0.81445 0.000 0.044 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-002     2  0.0449    0.81722 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-003     4  0.0000    0.90658 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.2234    0.87475 0.000 0.000 0.000 0.884 0.040 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-005     6  0.5749    0.18310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.420 0.336 NA 0.068
#> dkfz_11-006     2  0.0626    0.81749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-007     5  0.2748    0.54703 0.156 0.000 0.000 0.008 0.812 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-008     6  0.5749    0.18310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.420 0.336 NA 0.068
#> dkfz_11-009     4  0.2839    0.87017 0.000 0.004 0.000 0.844 0.048 0.020 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-010     5  0.4364    0.60611 0.000 0.000 0.000 0.256 0.632 0.012 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-011     6  0.1217    0.76099 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056 NA 0.004
#> dkfz_11-012     7  0.1860    0.77739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036 0.912 NA 0.016
#> dkfz_11-013     2  0.1287    0.81057 0.000 0.944 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 NA 0.024
#> dkfz_11-014     7  0.4719    0.62553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.100 0.652 NA 0.060
#> dkfz_11-015     6  0.3424    0.32740 0.000 0.444 0.000 0.000 0.008 0.544 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-016     6  0.4644    0.70735 0.000 0.060 0.000 0.000 0.020 0.696 0.016 NA 0.064
#> dkfz_11-017     2  0.3084    0.63980 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.3660    0.81907 0.000 0.044 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-019     2  0.0296    0.81538 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.2707    0.83865 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-021     1  0.4554   -0.47597 0.448 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.008 NA 0.436
#> dkfz_11-022     6  0.1165    0.76274 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-023     7  0.4362    0.69246 0.156 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.692 NA 0.056
#> dkfz_11-024     6  0.3086    0.74765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.824 0.084 NA 0.040
#> dkfz_11-025     7  0.3034    0.74410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.796 NA 0.156
#> dkfz_11-026     6  0.3957    0.71441 0.000 0.176 0.000 0.000 0.012 0.728 0.004 NA 0.040
#> dkfz_11-027     1  0.5765    0.15818 0.448 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 NA 0.264
#> dkfz_11-028     3  0.0000    0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000    0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.3951    0.73916 0.000 0.700 0.000 0.000 0.040 0.020 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-031     5  0.4330    0.59641 0.000 0.000 0.000 0.276 0.620 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-032     3  0.3660    0.81907 0.000 0.044 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-033     4  0.3167    0.71150 0.000 0.000 0.000 0.772 0.180 0.008 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-034     2  0.4283    0.74450 0.000 0.696 0.000 0.000 0.040 0.048 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-035     4  0.1636    0.89225 0.000 0.000 0.000 0.924 0.024 0.008 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-036     6  0.3796    0.72541 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012 0.748 0.004 NA 0.036
#> dkfz_11-037     1  0.3319    0.47317 0.768 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.156
#> dkfz_11-038     1  0.1522    0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-039     7  0.2904    0.74861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.808 NA 0.148
#> dkfz_11-040     4  0.1147    0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-041     4  0.3192    0.63606 0.000 0.000 0.000 0.736 0.228 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-042     5  0.3193    0.64024 0.000 0.000 0.000 0.288 0.692 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-043     1  0.5948    0.11501 0.416 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 NA 0.268
#> dkfz_11-044     6  0.1217    0.76143 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-045     7  0.4861    0.61969 0.068 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.624 NA 0.176
#> dkfz_11-046     6  0.3034    0.52922 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-047     1  0.4635    0.32357 0.632 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 NA 0.104
#> dkfz_11-048     7  0.2367    0.77108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.872 NA 0.076
#> dkfz_11-049     9  0.4351    0.43729 0.352 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.036 NA 0.564
#> dkfz_11-050     6  0.1443    0.76247 0.000 0.060 0.000 0.000 0.012 0.924 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.2350    0.69025 0.008 0.000 0.000 0.180 0.812 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.2956    0.79930 0.000 0.004 0.000 0.812 0.008 0.016 0.000 NA 0.140
#> dkfz_11-053     7  0.4713    0.63043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.100 0.656 NA 0.064
#> dkfz_11-054     2  0.0626    0.81749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-055     1  0.3710    0.00048 0.596 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-056     7  0.2990    0.72530 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.780 NA 0.188
#> dkfz_11-057     4  0.1147    0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-058     9  0.4390    0.35719 0.440 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.012 NA 0.472
#> dkfz_11-059     1  0.1323    0.53877 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA 0.032
#> dkfz_11-060     7  0.2849    0.76204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036 0.828 NA 0.112
#> dkfz_11-061     7  0.1442    0.78364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.936 NA 0.012
#> dkfz_11-062     2  0.3923    0.76416 0.000 0.736 0.000 0.000 0.036 0.032 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-063     2  0.3767    0.76737 0.000 0.744 0.000 0.000 0.036 0.020 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-064     6  0.3957    0.71441 0.000 0.176 0.000 0.000 0.012 0.728 0.004 NA 0.040
#> dkfz_11-065     1  0.6096    0.05121 0.376 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 NA 0.256
#> dkfz_11-066     2  0.3249    0.61600 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.2707    0.83865 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-068     2  0.3919   -0.29007 0.000 0.496 0.000 0.000 0.008 0.468 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-069     1  0.6154    0.07466 0.388 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004 NA 0.248
#> dkfz_11-070     6  0.1235    0.76676 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012 NA 0.004
#> dkfz_11-071     1  0.6275    0.00277 0.348 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.004 NA 0.248
#> dkfz_11-072     7  0.3505    0.75093 0.076 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.788 NA 0.048
#> dkfz_11-073     1  0.5661    0.10062 0.432 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020 NA 0.316
#> dkfz_11-074     4  0.0000    0.90658 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075     6  0.1519    0.76248 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.920 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.0212    0.81625 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.4064    0.60980 0.000 0.000 0.000 0.280 0.644 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-093     9  0.5496    0.50414 0.212 0.000 0.000 0.008 0.332 0.004 0.004 NA 0.424
#> dkfz_11-094     7  0.4719    0.62553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.100 0.652 NA 0.060
#> dkfz_11-095     1  0.3053    0.50267 0.828 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048 NA 0.056
#> dkfz_11-096     1  0.2658    0.50719 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044 NA 0.048
#> dkfz_11-097     7  0.4199    0.69076 0.176 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.700 NA 0.048
#> dkfz_11-098     5  0.2443    0.69872 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0414    0.81797 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.3138    0.63841 0.000 0.000 0.000 0.292 0.692 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-101     7  0.3943    0.71845 0.140 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.736 NA 0.044
#> dkfz_11-102     5  0.3347    0.25136 0.332 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-103     7  0.1411    0.78434 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.936 NA 0.004
#> dkfz_11-104     1  0.1522    0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-105     5  0.3111    0.63281 0.084 0.000 0.000 0.096 0.804 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-106     1  0.5983    0.09213 0.412 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 NA 0.244
#> dkfz_11-107     1  0.2955    0.50032 0.836 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056 NA 0.048
#> dkfz_11-108     1  0.1356    0.55570 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1763    0.54572 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-110     5  0.2576    0.54224 0.168 0.000 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-111     5  0.2375    0.70006 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.2959    0.57351 0.152 0.000 0.000 0.032 0.800 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-113     5  0.3363    0.25651 0.000 0.000 0.000 0.476 0.516 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-114     6  0.1412    0.75645 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.072 NA 0.004
#> dkfz_11-115     5  0.4347    0.29341 0.000 0.000 0.000 0.428 0.500 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.1147    0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-117     6  0.1112    0.76256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.048 NA 0.004
#> dkfz_11-118     5  0.2608    0.67420 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2727    0.54182 0.164 0.000 0.000 0.008 0.808 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-120     7  0.4305    0.69059 0.160 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.696 NA 0.052
#> dkfz_11-121     4  0.1147    0.90270 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-122     1  0.1522    0.55236 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-123     1  0.2442    0.51642 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040 NA 0.040
#> dkfz_11-124     9  0.5438    0.43336 0.196 0.000 0.000 0.012 0.368 0.004 0.000 NA 0.404
#> dkfz_11-125     1  0.4222    0.27297 0.668 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 NA 0.120
#> dkfz_11-126     1  0.1522    0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-127     7  0.3212    0.76088 0.084 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.820 NA 0.024
#> dkfz_11-128     5  0.3404    0.20907 0.352 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-129     5  0.2327    0.69913 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.2666    0.54358 0.168 0.000 0.000 0.008 0.808 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-131     1  0.3247    0.49028 0.812 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056 NA 0.056
#> dkfz_11-132     1  0.1688    0.54421 0.896 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-133     1  0.2812    0.50124 0.844 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056 NA 0.044
#> dkfz_11-134     5  0.3015    0.42181 0.248 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-135     1  0.1100    0.55662 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-136     9  0.5604    0.11907 0.300 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 NA 0.448
#> dkfz_11-137     4  0.0000    0.90658 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2147    0.51344 0.864 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-139     3  0.0000    0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-140     6  0.1317    0.75863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.064 NA 0.004
#> dkfz_11-141     1  0.1522    0.55238 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-142     4  0.1415    0.89604 0.000 0.000 0.000 0.936 0.020 0.004 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-143     6  0.5452    0.47062 0.000 0.104 0.000 0.000 0.076 0.580 0.000 NA 0.040
#> dkfz_11-144     3  0.0212    0.83376 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.1922    0.73055 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0000    0.83431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.5131    0.47566 0.000 0.268 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-148     6  0.3595    0.75097 0.000 0.092 0.000 0.000 0.012 0.796 0.020 NA 0.040
#> dkfz_11-149     6  0.6102   -0.15831 0.000 0.324 0.000 0.000 0.060 0.372 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-150     6  0.4995    0.67774 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012 0.640 0.012 NA 0.052
#> dkfz_11-151     4  0.0910    0.90208 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 NA 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.4783     0.7801 0.000 0.000 0.616 0.000 0.004 0.044 0.000 NA 0.084 0.224
#> dkfz_11-002     6  0.0226     0.7590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-003     4  0.0000     0.8720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.2769     0.8231 0.000 0.000 0.000 0.820 0.040 0.000 0.000 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-005     2  0.5210     0.2946 0.000 0.396 0.000 0.000 0.004 0.000 0.232 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-006     6  0.0630     0.7588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.1866     0.6464 0.088 0.000 0.000 0.004 0.888 0.000 0.000 NA 0.004 0.016
#> dkfz_11-008     2  0.5217     0.2884 0.000 0.396 0.000 0.000 0.004 0.000 0.236 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-009     4  0.3186     0.8227 0.000 0.000 0.000 0.808 0.056 0.000 0.000 NA 0.036 0.020
#> dkfz_11-010     5  0.4791     0.6017 0.000 0.000 0.000 0.164 0.620 0.000 0.000 NA 0.016 0.060
#> dkfz_11-011     2  0.0627     0.7529 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     7  0.2345     0.7092 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008 0.000 0.864 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-013     6  0.1805     0.7436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000 NA 0.028 0.012
#> dkfz_11-014     7  0.5002     0.5145 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012 0.000 0.516 NA 0.016 0.028
#> dkfz_11-015     6  0.3738    -0.1240 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.3425     0.6622 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-017     6  0.5032     0.5221 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.568 0.000 NA 0.112 0.228
#> dkfz_11-018     3  0.4729     0.7819 0.000 0.000 0.620 0.000 0.004 0.044 0.000 NA 0.076 0.228
#> dkfz_11-019     6  0.0558     0.7565 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.3670     0.7992 0.000 0.000 0.704 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.060 0.212
#> dkfz_11-021     9  0.4481     0.6614 0.336 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 NA 0.528 0.020
#> dkfz_11-022     2  0.1071     0.7481 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-023     7  0.4838     0.6436 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 NA 0.024 0.116
#> dkfz_11-024     2  0.2816     0.7193 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     7  0.2958     0.6604 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.792 NA 0.160 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.3842     0.6712 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-027    10  0.3931     0.8078 0.320 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 NA 0.000 0.592
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     6  0.4413     0.6824 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.684 0.000 NA 0.096 0.068
#> dkfz_11-031     5  0.4683     0.5786 0.000 0.000 0.000 0.204 0.608 0.000 0.000 NA 0.016 0.032
#> dkfz_11-032     3  0.4729     0.7819 0.000 0.000 0.620 0.000 0.004 0.044 0.000 NA 0.076 0.228
#> dkfz_11-033     4  0.3815     0.6140 0.000 0.000 0.000 0.688 0.204 0.000 0.000 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-034     6  0.4507     0.6863 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008 0.684 0.000 NA 0.096 0.060
#> dkfz_11-035     4  0.2224     0.8440 0.000 0.000 0.000 0.864 0.020 0.000 0.000 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-036     2  0.3786     0.6783 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-037     1  0.3002     0.4397 0.740 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.228
#> dkfz_11-038     1  0.1726     0.7418 0.884 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-039     7  0.2930     0.6626 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.796 NA 0.156 0.008
#> dkfz_11-040     4  0.1282     0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-041     4  0.3610     0.5701 0.000 0.000 0.000 0.676 0.240 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.3355     0.6506 0.000 0.000 0.000 0.228 0.708 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-043    10  0.4196     0.8366 0.280 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 NA 0.000 0.588
#> dkfz_11-044     2  0.0937     0.7480 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-045     7  0.4821     0.4869 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.532 NA 0.012 0.328
#> dkfz_11-046     2  0.2971     0.5400 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-047     1  0.4280     0.2137 0.600 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 NA 0.004 0.168
#> dkfz_11-048     7  0.2387     0.6973 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.868 NA 0.076 0.016
#> dkfz_11-049     9  0.4222     0.6290 0.240 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.040 NA 0.652 0.008
#> dkfz_11-050     2  0.1329     0.7496 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.1735     0.6940 0.024 0.000 0.000 0.084 0.892 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.3194     0.6497 0.000 0.000 0.000 0.716 0.004 0.000 0.004 NA 0.252 0.008
#> dkfz_11-053     7  0.5108     0.5282 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012 0.000 0.512 NA 0.024 0.028
#> dkfz_11-054     6  0.0630     0.7588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-055     1  0.3326     0.2437 0.600 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-056     7  0.3011     0.6296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.752 NA 0.212 0.008
#> dkfz_11-057     4  0.1282     0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-058     9  0.4291     0.6617 0.328 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 NA 0.560 0.020
#> dkfz_11-059     1  0.1021     0.7072 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-060     7  0.2538     0.6906 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 0.852 NA 0.092 0.008
#> dkfz_11-061     7  0.1100     0.7176 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 NA 0.004 0.012
#> dkfz_11-062     6  0.4286     0.6963 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008 0.704 0.000 NA 0.088 0.052
#> dkfz_11-063     6  0.4114     0.7006 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.716 0.000 NA 0.088 0.052
#> dkfz_11-064     2  0.3842     0.6712 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-065    10  0.4444     0.8287 0.264 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 NA 0.000 0.540
#> dkfz_11-066     6  0.5339     0.4847 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.524 0.000 NA 0.120 0.252
#> dkfz_11-067     3  0.3691     0.7992 0.000 0.000 0.704 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.064 0.208
#> dkfz_11-068     6  0.4300    -0.1402 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-069    10  0.4400     0.8480 0.256 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 NA 0.000 0.564
#> dkfz_11-070     2  0.0469     0.7538 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-071    10  0.4530     0.8176 0.240 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 NA 0.000 0.552
#> dkfz_11-072     7  0.4516     0.6769 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 NA 0.028 0.112
#> dkfz_11-073    10  0.4588     0.7601 0.284 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.012 NA 0.056 0.596
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.8720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.1279     0.7505 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-091     6  0.0517     0.7574 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.4021     0.6253 0.000 0.000 0.000 0.204 0.668 0.000 0.000 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-093     9  0.4479     0.6565 0.132 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 NA 0.556 0.020
#> dkfz_11-094     7  0.5002     0.5145 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012 0.000 0.516 NA 0.016 0.028
#> dkfz_11-095     1  0.3581     0.5564 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.016 0.088
#> dkfz_11-096     1  0.2540     0.6452 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA 0.012 0.040
#> dkfz_11-097     7  0.4879     0.6431 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 NA 0.024 0.088
#> dkfz_11-098     5  0.2602     0.7033 0.004 0.000 0.000 0.160 0.808 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.0395     0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.3331     0.6485 0.000 0.000 0.000 0.232 0.708 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-101     7  0.4808     0.6455 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 NA 0.024 0.112
#> dkfz_11-102     5  0.2978     0.2994 0.308 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-103     7  0.1613     0.7184 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 NA 0.012 0.016
#> dkfz_11-104     1  0.1523     0.7472 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.2020     0.6718 0.056 0.000 0.000 0.044 0.888 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-106    10  0.4347     0.8385 0.292 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 NA 0.000 0.548
#> dkfz_11-107     1  0.3292     0.5910 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 NA 0.016 0.064
#> dkfz_11-108     1  0.1412     0.7486 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1868     0.7336 0.872 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.1722     0.6336 0.100 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.2097     0.7064 0.004 0.000 0.000 0.144 0.844 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.1881     0.6483 0.088 0.000 0.000 0.012 0.888 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-113     5  0.3564     0.2541 0.000 0.000 0.000 0.440 0.528 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.0874     0.7494 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.4585     0.2356 0.000 0.000 0.000 0.384 0.484 0.000 0.000 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-116     4  0.1282     0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-117     2  0.0627     0.7529 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.2855     0.6853 0.000 0.000 0.000 0.208 0.760 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2032     0.6414 0.092 0.000 0.000 0.004 0.880 0.000 0.000 NA 0.008 0.012
#> dkfz_11-120     7  0.4808     0.6455 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 NA 0.024 0.112
#> dkfz_11-121     4  0.1282     0.8660 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.032 0.008
#> dkfz_11-122     1  0.1635     0.7461 0.892 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.2429     0.6501 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 NA 0.012 0.028
#> dkfz_11-124     9  0.4498     0.6133 0.128 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 NA 0.520 0.016
#> dkfz_11-125     1  0.4156     0.3849 0.640 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 NA 0.100 0.020
#> dkfz_11-126     1  0.1412     0.7486 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     7  0.4137     0.6811 0.108 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 NA 0.024 0.040
#> dkfz_11-128     5  0.3066     0.2470 0.336 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.2035     0.7057 0.008 0.000 0.000 0.136 0.852 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.1683     0.6371 0.096 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.3555     0.5551 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 NA 0.012 0.088
#> dkfz_11-132     1  0.1869     0.7288 0.868 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3011     0.6137 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.016 0.044
#> dkfz_11-134     5  0.2299     0.5445 0.172 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.1211     0.7448 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136    10  0.5296     0.6015 0.220 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 NA 0.192 0.504
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8720 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2174     0.7024 0.840 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000     0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     2  0.0816     0.7506 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1412     0.7486 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.1841     0.8525 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
#> dkfz_11-143     2  0.5939     0.3776 0.000 0.524 0.000 0.000 0.032 0.052 0.004 NA 0.140 0.048
#> dkfz_11-144     3  0.0113     0.7895 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     6  0.2357     0.6777 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.5932     0.5128 0.000 0.000 0.424 0.000 0.004 0.228 0.000 NA 0.080 0.236
#> dkfz_11-148     2  0.3192     0.7068 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-149     2  0.6436     0.0514 0.000 0.424 0.000 0.000 0.008 0.184 0.000 NA 0.120 0.080
#> dkfz_11-150     2  0.3909     0.6506 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-151     4  0.1435     0.8600 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> ATC:kmeans 136        1.79e-17        6.52e-05  2
#> ATC:kmeans 134        6.77e-30        2.99e-04  3
#> ATC:kmeans 136        6.81e-23        8.84e-04  4
#> ATC:kmeans 135        4.47e-22        4.27e-05  5
#> ATC:kmeans 120        5.94e-20        2.35e-04  6
#> ATC:kmeans 123        2.85e-21        8.27e-05  7
#> ATC:kmeans 102        1.74e-18        2.86e-08  8
#> ATC:kmeans 107        6.71e-24        2.11e-11  9
#> ATC:kmeans 120        6.60e-28        8.05e-14 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.996       0.998         0.4573 0.544   0.544
#> 3   3 1.000           0.991       0.996         0.1629 0.907   0.831
#> 4   4 0.796           0.704       0.887         0.2791 0.782   0.557
#> 5   5 0.712           0.751       0.757         0.0506 0.855   0.564
#> 6   6 0.699           0.753       0.820         0.0445 0.962   0.841
#> 7   7 0.775           0.732       0.834         0.0360 0.983   0.923
#> 8   8 0.799           0.698       0.816         0.0256 0.970   0.867
#> 9   9 0.793           0.621       0.801         0.0129 0.989   0.949
#> 10 10 0.758           0.609       0.780         0.0123 0.984   0.924

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette   p1   p2
#> dkfz_11-001     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-002     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-003     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-004     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-005     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-006     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-007     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-008     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-009     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-010     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-011     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-012     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-013     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-014     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-015     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-016     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-017     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-018     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-019     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-020     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-021     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-022     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-023     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-024     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-025     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-026     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-027     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-028     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-029     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-030     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-031     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-032     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-033     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-034     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-035     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-036     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-037     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-038     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-039     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-040     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-041     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-042     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-043     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-044     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-045     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-046     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-047     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-048     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-049     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-050     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-051     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-052     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-053     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-054     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-055     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-056     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-057     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-058     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-059     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-060     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-061     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-062     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-063     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-064     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-065     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-066     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-067     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-068     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-069     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-070     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-071     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-072     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-073     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-074     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-075     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-091     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-092     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-093     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-094     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-095     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-096     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-097     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-098     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-099     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-100     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-101     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-102     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-103     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-104     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-105     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-106     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-107     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-108     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-109     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-110     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-111     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-112     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-113     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-114     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-115     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-116     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-117     1   0.795      0.684 0.76 0.24
#> dkfz_11-118     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-119     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-120     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-121     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-122     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-123     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-124     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-125     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-126     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-127     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-128     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-129     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-130     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-131     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-132     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-133     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-134     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-135     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-136     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-137     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-138     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-139     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-140     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-141     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-142     1   0.000      0.997 1.00 0.00
#> dkfz_11-143     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-144     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-145     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-146     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-147     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-148     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-149     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-150     2   0.000      1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-151     1   0.000      0.997 1.00 0.00

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     3  0.1411      0.958 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3619      0.846 0.000 0.136 0.864
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.4887      0.704 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.0237      0.991 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.2878      0.888 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.2066      0.931 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     2  0.0592      0.981 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.0000      0.989 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0469     0.9615 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0469     0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0592     0.9491 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-009     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     4  0.1389     0.6587 0.000 0.048 0.000 0.952
#> dkfz_11-012     4  0.1211     0.7013 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-013     2  0.0469     0.9473 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0592     0.9557 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.4992     0.3458 0.476 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-022     4  0.1209     0.6669 0.000 0.032 0.004 0.964
#> dkfz_11-023     4  0.3356     0.6647 0.176 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-024     2  0.4877     0.4817 0.000 0.592 0.000 0.408
#> dkfz_11-025     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-026     2  0.0469     0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-027     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.1118     0.9569 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-029     3  0.1022     0.9579 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-030     3  0.2149     0.8996 0.000 0.088 0.912 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0188     0.9622 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-033     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3569     0.7718 0.000 0.196 0.804 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0469     0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-037     4  0.4888     0.4540 0.412 0.000 0.000 0.588
#> dkfz_11-038     4  0.5000     0.2850 0.496 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-039     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-040     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     4  0.1557     0.6520 0.000 0.056 0.000 0.944
#> dkfz_11-045     4  0.2036     0.6899 0.032 0.032 0.000 0.936
#> dkfz_11-046     4  0.1302     0.6618 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-047     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-049     4  0.4477     0.5589 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-050     2  0.4522     0.6271 0.000 0.680 0.000 0.320
#> dkfz_11-051     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.1929     0.9189 0.000 0.940 0.036 0.024
#> dkfz_11-054     2  0.0188     0.9520 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.5000    -0.2901 0.504 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-056     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-057     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.4989     0.3561 0.472 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-059     4  0.4981     0.3754 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-060     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-061     4  0.1118     0.6670 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-062     2  0.1474     0.9169 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0921     0.9357 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0469     0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-065     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000     0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0921     0.9588 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-068     2  0.0469     0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-069     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     4  0.4222     0.2787 0.000 0.272 0.000 0.728
#> dkfz_11-071     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.0336     0.8493 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-073     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.2281     0.8791 0.000 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-091     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0188     0.8534 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     4  0.4981     0.3754 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-096     4  0.4948     0.4151 0.440 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-097     4  0.1211     0.7014 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.4999    -0.2765 0.508 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-102     1  0.4933    -0.0798 0.568 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-103     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-104     1  0.4998    -0.2635 0.512 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     4  0.4996     0.3229 0.484 0.000 0.000 0.516
#> dkfz_11-108     1  0.4996    -0.2510 0.516 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-109     1  0.4994    -0.2385 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-115     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     4  0.1118     0.6670 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     4  0.4961     0.4035 0.448 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-121     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     4  0.4992     0.3461 0.476 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-123     4  0.4972     0.3899 0.456 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-124     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.4998    -0.2635 0.512 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-126     1  0.5000    -0.2901 0.504 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-127     4  0.1211     0.7014 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-128     1  0.4624     0.2450 0.660 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     4  0.4981     0.3754 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-132     1  0.4992    -0.2260 0.524 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-133     4  0.4977     0.3830 0.460 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     4  0.5000     0.2850 0.496 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-136     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.4989    -0.2138 0.528 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-139     3  0.4290     0.8025 0.000 0.164 0.800 0.036
#> dkfz_11-140     4  0.1118     0.7005 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-141     1  0.4999    -0.2765 0.508 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.0000     0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.1118     0.9569 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.1118     0.9569 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0469     0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-149     3  0.0000     0.9623 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000     0.8572 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.5002      0.757 0.000 0.000 0.708 0.160 0.132
#> dkfz_11-002     2  0.1442      0.895 0.000 0.952 0.004 0.032 0.012
#> dkfz_11-003     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-004     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-005     2  0.0404      0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.2032      0.885 0.000 0.924 0.004 0.052 0.020
#> dkfz_11-007     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-008     2  0.0404      0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-009     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-010     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-011     4  0.5633      0.841 0.336 0.080 0.004 0.580 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.4118     -0.431 0.660 0.000 0.000 0.336 0.004
#> dkfz_11-013     2  0.3432      0.847 0.000 0.860 0.052 0.060 0.028
#> dkfz_11-014     2  0.3076      0.865 0.000 0.876 0.024 0.072 0.028
#> dkfz_11-015     2  0.2277      0.885 0.000 0.916 0.016 0.052 0.016
#> dkfz_11-016     2  0.3046      0.865 0.000 0.880 0.048 0.052 0.020
#> dkfz_11-017     3  0.1483      0.767 0.000 0.008 0.952 0.028 0.012
#> dkfz_11-018     3  0.0865      0.771 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-019     2  0.1455      0.894 0.000 0.952 0.008 0.032 0.008
#> dkfz_11-020     3  0.1830      0.779 0.000 0.000 0.932 0.028 0.040
#> dkfz_11-021     1  0.5120      0.557 0.696 0.000 0.000 0.140 0.164
#> dkfz_11-022     4  0.5133      0.869 0.380 0.020 0.016 0.584 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.2773      0.316 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.5964      0.335 0.208 0.608 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-025     4  0.4273      0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0404      0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.4300     -0.632 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-028     3  0.6738      0.662 0.000 0.000 0.408 0.320 0.272
#> dkfz_11-029     3  0.6174      0.717 0.000 0.000 0.556 0.236 0.208
#> dkfz_11-030     3  0.1913      0.752 0.000 0.020 0.936 0.020 0.024
#> dkfz_11-031     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-032     3  0.4221      0.769 0.000 0.000 0.780 0.112 0.108
#> dkfz_11-033     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-034     3  0.3563      0.704 0.000 0.044 0.852 0.072 0.032
#> dkfz_11-035     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-036     2  0.0404      0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.1205      0.663 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.1410      0.741 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-039     4  0.4273      0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-040     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-041     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-042     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-043     5  0.4300      0.740 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-044     4  0.6017      0.794 0.292 0.120 0.008 0.580 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.5271     -0.337 0.652 0.060 0.004 0.280 0.004
#> dkfz_11-046     4  0.5747      0.830 0.328 0.092 0.004 0.576 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.4074      0.960 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-048     4  0.4522      0.881 0.440 0.008 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.4980     -0.278 0.584 0.000 0.000 0.380 0.036
#> dkfz_11-050     2  0.6205      0.560 0.064 0.636 0.052 0.240 0.008
#> dkfz_11-051     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-052     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-053     3  0.6679      0.167 0.016 0.344 0.532 0.076 0.032
#> dkfz_11-054     2  0.2445      0.878 0.000 0.908 0.016 0.056 0.020
#> dkfz_11-055     1  0.1478      0.741 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-056     4  0.4273      0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-057     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-058     1  0.5240      0.468 0.676 0.000 0.000 0.204 0.120
#> dkfz_11-059     1  0.0510      0.695 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.4273      0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-061     4  0.5341      0.857 0.356 0.064 0.000 0.580 0.000
#> dkfz_11-062     3  0.6415      0.154 0.000 0.352 0.528 0.084 0.036
#> dkfz_11-063     2  0.6177      0.442 0.000 0.580 0.308 0.076 0.036
#> dkfz_11-064     2  0.0404      0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-066     3  0.2708      0.778 0.000 0.000 0.884 0.072 0.044
#> dkfz_11-067     3  0.6053      0.723 0.000 0.000 0.576 0.228 0.196
#> dkfz_11-068     2  0.0404      0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-070     4  0.5772      0.389 0.108 0.328 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-072     1  0.4045     -0.202 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-073     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-074     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-075     2  0.3169      0.812 0.000 0.840 0.016 0.140 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.0404      0.899 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-093     5  0.4030      0.977 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-094     2  0.1934      0.887 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> dkfz_11-095     1  0.0000      0.711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1608      0.595 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.4275     -0.302 0.696 0.000 0.008 0.288 0.008
#> dkfz_11-098     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-099     2  0.2047      0.893 0.000 0.928 0.020 0.040 0.012
#> dkfz_11-100     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-101     1  0.1341      0.741 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-102     1  0.2377      0.668 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-103     4  0.4283      0.870 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.1544      0.740 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-105     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-106     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-107     1  0.0609      0.726 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108     1  0.1732      0.737 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-109     1  0.1965      0.719 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-110     5  0.4273      0.804 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-111     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-112     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-113     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-114     4  0.4415      0.881 0.444 0.004 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-116     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-117     4  0.4674      0.880 0.416 0.016 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-119     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-120     1  0.0771      0.694 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-121     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-122     1  0.0963      0.734 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-123     1  0.1043      0.658 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-124     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-125     1  0.1908      0.730 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-126     1  0.1410      0.741 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-127     1  0.4084     -0.439 0.668 0.000 0.004 0.328 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.2813      0.579 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-129     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-130     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-131     1  0.0162      0.707 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.1965      0.719 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-133     1  0.0404      0.699 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.4268     -0.540 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-135     1  0.0880      0.733 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-136     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-137     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-138     1  0.2179      0.697 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-139     3  0.8228      0.352 0.000 0.316 0.356 0.156 0.172
#> dkfz_11-140     4  0.4273      0.879 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.1544      0.740 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-142     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-143     3  0.2300      0.779 0.000 0.000 0.908 0.052 0.040
#> dkfz_11-144     3  0.6767      0.655 0.000 0.000 0.392 0.328 0.280
#> dkfz_11-145     2  0.0510      0.899 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.6660      0.675 0.000 0.000 0.444 0.288 0.268
#> dkfz_11-147     3  0.0703      0.773 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-148     2  0.0404      0.900 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.1216      0.769 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-150     2  0.0162      0.900 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.3999      0.990 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.3955     0.1113 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> dkfz_11-002     2  0.3443     0.7988 0.036 0.844 0.008 0.076 0.000 0.036
#> dkfz_11-003     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1765     0.8235 0.024 0.924 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.3614     0.7838 0.044 0.836 0.008 0.064 0.000 0.048
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1829     0.8228 0.024 0.920 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     4  0.3956     0.7715 0.252 0.036 0.000 0.712 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.4341     0.0481 0.668 0.000 0.000 0.292 0.032 0.008
#> dkfz_11-013     2  0.4892     0.7396 0.060 0.760 0.044 0.084 0.000 0.052
#> dkfz_11-014     2  0.4478     0.7673 0.064 0.788 0.048 0.068 0.000 0.032
#> dkfz_11-015     2  0.3729     0.7941 0.036 0.832 0.024 0.076 0.000 0.032
#> dkfz_11-016     2  0.5474     0.7327 0.064 0.708 0.096 0.104 0.000 0.028
#> dkfz_11-017     3  0.1167     0.7184 0.000 0.012 0.960 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-018     3  0.1296     0.7136 0.004 0.000 0.948 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-019     2  0.2511     0.8058 0.024 0.900 0.008 0.044 0.000 0.024
#> dkfz_11-020     3  0.2100     0.6759 0.000 0.000 0.884 0.004 0.000 0.112
#> dkfz_11-021     1  0.5839     0.3758 0.408 0.000 0.000 0.188 0.404 0.000
#> dkfz_11-022     4  0.4255     0.7716 0.284 0.012 0.024 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.3509     0.6593 0.804 0.000 0.000 0.084 0.112 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.5687     0.3548 0.300 0.540 0.000 0.152 0.000 0.008
#> dkfz_11-025     4  0.3699     0.8069 0.336 0.000 0.000 0.660 0.004 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1549     0.8241 0.020 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.3198     0.5304 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> dkfz_11-028     6  0.3390     0.6062 0.008 0.000 0.200 0.012 0.000 0.780
#> dkfz_11-029     6  0.3854     0.3208 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-030     3  0.1129     0.7078 0.012 0.012 0.964 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3371     0.3959 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.2798     0.6508 0.036 0.020 0.888 0.036 0.000 0.020
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1657     0.8233 0.016 0.928 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.3078     0.8098 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.3126     0.8427 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.3728     0.8038 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000
#> dkfz_11-040     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.2980     0.6725 0.192 0.000 0.000 0.008 0.800 0.000
#> dkfz_11-044     4  0.3987     0.7043 0.176 0.056 0.008 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.4984     0.1095 0.680 0.072 0.000 0.224 0.012 0.012
#> dkfz_11-046     4  0.3412     0.6765 0.128 0.064 0.000 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0865     0.9205 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-048     4  0.3672     0.8020 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.5501     0.4907 0.336 0.000 0.000 0.520 0.144 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.6951     0.3849 0.100 0.436 0.076 0.364 0.000 0.024
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.5695     0.4202 0.060 0.156 0.680 0.072 0.000 0.032
#> dkfz_11-054     2  0.3849     0.7776 0.040 0.824 0.016 0.072 0.000 0.048
#> dkfz_11-055     1  0.3151     0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.3728     0.8038 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000
#> dkfz_11-057     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.6081     0.2446 0.384 0.000 0.000 0.276 0.340 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.3023     0.8321 0.784 0.000 0.000 0.004 0.212 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.3728     0.8038 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000
#> dkfz_11-061     4  0.4107     0.7683 0.280 0.036 0.000 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     3  0.5686     0.4150 0.056 0.168 0.676 0.068 0.000 0.032
#> dkfz_11-063     2  0.6672     0.1989 0.060 0.448 0.388 0.072 0.000 0.032
#> dkfz_11-064     2  0.1391     0.8244 0.016 0.944 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.0458     0.9406 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.2738     0.6004 0.000 0.000 0.820 0.004 0.000 0.176
#> dkfz_11-067     6  0.4091     0.2631 0.000 0.000 0.472 0.008 0.000 0.520
#> dkfz_11-068     2  0.1434     0.8241 0.012 0.940 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     4  0.4244     0.5058 0.080 0.200 0.000 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.4262    -0.3234 0.476 0.000 0.000 0.016 0.508 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.1411     0.8932 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936 0.000
#> dkfz_11-074     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.5189     0.6695 0.044 0.652 0.032 0.260 0.000 0.012
#> dkfz_11-091     2  0.1542     0.8198 0.008 0.936 0.000 0.052 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     5  0.1418     0.9005 0.024 0.000 0.000 0.032 0.944 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.3745     0.7900 0.064 0.832 0.020 0.052 0.000 0.032
#> dkfz_11-095     1  0.2912     0.8351 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.3345     0.7979 0.788 0.000 0.000 0.028 0.184 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.3164     0.4469 0.824 0.000 0.004 0.140 0.032 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.4004     0.7835 0.012 0.792 0.076 0.112 0.000 0.008
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.3175     0.8405 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.3371     0.8084 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-103     4  0.3997     0.6484 0.488 0.000 0.000 0.508 0.004 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.3151     0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.3023     0.8419 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.3244     0.8325 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.3244     0.8325 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.1765     0.8440 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.0146     0.9510 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-113     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     4  0.3578     0.8138 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     4  0.3887     0.7909 0.360 0.008 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.3043     0.8201 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200 0.000
#> dkfz_11-121     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.2996     0.8407 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.3073     0.8244 0.788 0.000 0.000 0.008 0.204 0.000
#> dkfz_11-124     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3547     0.7611 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.3151     0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.2772     0.3408 0.816 0.000 0.000 0.180 0.004 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.3409     0.7981 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.3052     0.8354 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.3266     0.8285 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.3052     0.8354 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216 0.000
#> dkfz_11-134     5  0.3531     0.3279 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.3050     0.8425 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-136     5  0.0632     0.9328 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-137     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3390     0.8051 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.7739     0.2699 0.044 0.320 0.180 0.084 0.000 0.372
#> dkfz_11-140     4  0.3810     0.7497 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.3151     0.8423 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.3163     0.6227 0.008 0.000 0.808 0.012 0.000 0.172
#> dkfz_11-144     6  0.3604     0.5519 0.044 0.000 0.104 0.032 0.000 0.820
#> dkfz_11-145     2  0.1082     0.8246 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     6  0.4608     0.5970 0.032 0.000 0.228 0.040 0.000 0.700
#> dkfz_11-147     3  0.1296     0.7136 0.004 0.000 0.948 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-148     2  0.1657     0.8233 0.016 0.928 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.1542     0.7109 0.004 0.000 0.936 0.008 0.000 0.052
#> dkfz_11-150     2  0.0767     0.8221 0.012 0.976 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9544 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6 p7
#> dkfz_11-001     3  0.4799     0.0462 0.004 0.000 0.548 0.012 0.000 0.380 NA
#> dkfz_11-002     2  0.3014     0.7673 0.000 0.800 0.004 0.008 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-003     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-005     2  0.1162     0.8000 0.008 0.956 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006     2  0.3094     0.7398 0.000 0.768 0.004 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008     2  0.0975     0.8010 0.004 0.964 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-009     5  0.0468     0.9456 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-010     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011     4  0.5322     0.6437 0.192 0.128 0.000 0.624 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-012     1  0.4067     0.3906 0.728 0.008 0.000 0.192 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-013     2  0.4687     0.5913 0.004 0.600 0.040 0.016 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-014     2  0.4690     0.6859 0.040 0.656 0.016 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-015     2  0.3834     0.7577 0.008 0.740 0.016 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-016     2  0.5102     0.6812 0.028 0.672 0.060 0.044 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-017     3  0.2016     0.6791 0.000 0.008 0.912 0.004 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-018     3  0.1574     0.6711 0.004 0.000 0.936 0.004 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-019     2  0.2499     0.7782 0.000 0.848 0.012 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-020     3  0.1974     0.6441 0.004 0.000 0.896 0.004 0.000 0.092 NA
#> dkfz_11-021     1  0.6078     0.0241 0.404 0.000 0.000 0.236 0.328 0.000 NA
#> dkfz_11-022     4  0.5834     0.6449 0.224 0.048 0.048 0.600 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-023     1  0.2103     0.8115 0.904 0.000 0.000 0.020 0.056 0.000 NA
#> dkfz_11-024     2  0.5529     0.3403 0.284 0.560 0.000 0.060 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025     4  0.3548     0.7415 0.304 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-026     2  0.0422     0.8026 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027     5  0.3651     0.2775 0.388 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 NA
#> dkfz_11-028     6  0.3485     0.5784 0.008 0.000 0.100 0.024 0.000 0.816 NA
#> dkfz_11-029     6  0.4106     0.2803 0.000 0.000 0.404 0.004 0.000 0.568 NA
#> dkfz_11-030     3  0.1674     0.6752 0.000 0.004 0.920 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-031     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032     3  0.3969     0.3933 0.004 0.000 0.688 0.008 0.000 0.272 NA
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034     3  0.2747     0.6476 0.000 0.012 0.844 0.012 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-036     2  0.0842     0.8021 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037     1  0.1699     0.8415 0.916 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-038     1  0.1625     0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-039     4  0.3514     0.7456 0.296 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040     5  0.0637     0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-041     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-042     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-043     5  0.3412     0.6390 0.236 0.000 0.000 0.004 0.740 0.000 NA
#> dkfz_11-044     4  0.5071     0.5645 0.108 0.112 0.016 0.696 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-045     1  0.4504     0.4069 0.728 0.068 0.000 0.084 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-046     4  0.3324     0.5784 0.068 0.068 0.008 0.832 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047     5  0.0656     0.9342 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA
#> dkfz_11-048     4  0.3794     0.6787 0.380 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-049     4  0.5036     0.6373 0.312 0.000 0.000 0.584 0.068 0.000 NA
#> dkfz_11-050     2  0.7178     0.2700 0.084 0.392 0.048 0.280 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-051     5  0.0134     0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-052     5  0.1076     0.9292 0.000 0.000 0.000 0.016 0.956 0.000 NA
#> dkfz_11-053     3  0.5181     0.4849 0.032 0.072 0.636 0.020 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054     2  0.3633     0.7209 0.000 0.736 0.028 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-055     1  0.1625     0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-056     4  0.3548     0.7430 0.304 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057     5  0.0637     0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-058     1  0.6072    -0.2186 0.388 0.000 0.000 0.368 0.208 0.000 NA
#> dkfz_11-059     1  0.1433     0.8521 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-060     4  0.3548     0.7430 0.304 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061     4  0.5579     0.6492 0.260 0.088 0.000 0.572 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-062     3  0.4980     0.5149 0.016 0.080 0.664 0.028 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-063     3  0.6455     0.1305 0.032 0.288 0.392 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-064     2  0.0555     0.8030 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065     5  0.1287     0.9074 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 NA
#> dkfz_11-066     3  0.2531     0.6040 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.128 NA
#> dkfz_11-067     6  0.4489     0.2701 0.000 0.000 0.400 0.004 0.000 0.544 NA
#> dkfz_11-068     2  0.0755     0.8021 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070     4  0.4594     0.3837 0.044 0.288 0.000 0.636 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-071     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-072     1  0.4100     0.5070 0.664 0.000 0.000 0.008 0.288 0.000 NA
#> dkfz_11-073     5  0.2681     0.8307 0.100 0.000 0.000 0.008 0.856 0.000 NA
#> dkfz_11-074     5  0.0239     0.9487 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-075     2  0.5513     0.6070 0.020 0.616 0.028 0.192 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-091     2  0.1614     0.7886 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093     5  0.2616     0.8527 0.028 0.000 0.000 0.072 0.872 0.000 NA
#> dkfz_11-094     2  0.4214     0.7117 0.040 0.708 0.004 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-095     1  0.1482     0.8541 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-096     1  0.1462     0.8447 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-097     1  0.1910     0.7289 0.920 0.004 0.000 0.036 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-098     5  0.0134     0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-099     2  0.4905     0.6942 0.004 0.688 0.068 0.076 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101     1  0.1482     0.8541 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 NA
#> dkfz_11-102     1  0.1886     0.8346 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 NA
#> dkfz_11-103     1  0.3670    -0.4250 0.532 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-104     1  0.1625     0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-105     5  0.0134     0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-107     1  0.1531     0.8548 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 NA
#> dkfz_11-108     1  0.1671     0.8519 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-109     1  0.1891     0.8455 0.888 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 NA
#> dkfz_11-110     5  0.1715     0.8577 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-111     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-112     5  0.0134     0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-113     5  0.0134     0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-114     4  0.3392     0.7354 0.332 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-116     5  0.0637     0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-117     4  0.4568     0.6920 0.352 0.036 0.000 0.588 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-118     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120     1  0.1618     0.8467 0.916 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 NA
#> dkfz_11-121     5  0.0637     0.9418 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 NA
#> dkfz_11-122     1  0.1531     0.8549 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 NA
#> dkfz_11-123     1  0.1433     0.8517 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-124     5  0.1395     0.9227 0.008 0.000 0.000 0.020 0.944 0.000 NA
#> dkfz_11-125     1  0.2521     0.7606 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176 0.000 NA
#> dkfz_11-126     1  0.1625     0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-127     1  0.1432     0.7273 0.932 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-128     1  0.2005     0.8206 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 NA
#> dkfz_11-129     5  0.0134     0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-130     5  0.0134     0.9503 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-131     1  0.1382     0.8487 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 NA
#> dkfz_11-132     1  0.1715     0.8492 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 NA
#> dkfz_11-133     1  0.1433     0.8517 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 NA
#> dkfz_11-134     5  0.3534     0.0965 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 NA
#> dkfz_11-135     1  0.1531     0.8549 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 NA
#> dkfz_11-136     5  0.1493     0.9181 0.028 0.000 0.000 0.016 0.940 0.000 NA
#> dkfz_11-137     5  0.0373     0.9471 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-138     1  0.2005     0.8226 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 NA
#> dkfz_11-139     6  0.7403     0.2469 0.008 0.272 0.132 0.016 0.000 0.308 NA
#> dkfz_11-140     4  0.3656     0.5830 0.448 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-141     1  0.1625     0.8544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> dkfz_11-142     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143     3  0.4723     0.5135 0.000 0.004 0.708 0.048 0.000 0.136 NA
#> dkfz_11-144     6  0.4597     0.5205 0.016 0.000 0.040 0.072 0.000 0.728 NA
#> dkfz_11-145     2  0.0861     0.8013 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146     6  0.4771     0.5553 0.008 0.000 0.140 0.020 0.000 0.688 NA
#> dkfz_11-147     3  0.1500     0.6715 0.004 0.000 0.940 0.004 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-148     2  0.0924     0.8019 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149     3  0.2634     0.6530 0.000 0.000 0.868 0.012 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-150     2  0.0927     0.7996 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9512 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.5180     0.3845 0.008 0.000 0.568 0.000 0.000 0.020 0.240 0.164
#> dkfz_11-002     2  0.3798     0.6305 0.000 0.692 0.000 0.004 0.000 0.244 0.000 0.060
#> dkfz_11-003     5  0.0251     0.9384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0125     0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0962     0.7076 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.028 0.004 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.4349     0.5885 0.000 0.640 0.000 0.012 0.000 0.272 0.004 0.072
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1029     0.7077 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-009     5  0.1054     0.9247 0.000 0.000 0.000 0.008 0.960 0.012 0.004 0.016
#> dkfz_11-010     5  0.0251     0.9385 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     4  0.5685     0.5533 0.096 0.104 0.000 0.624 0.000 0.084 0.000 0.092
#> dkfz_11-012     1  0.5390     0.2429 0.592 0.028 0.000 0.212 0.000 0.136 0.000 0.032
#> dkfz_11-013     2  0.6086     0.3385 0.012 0.440 0.016 0.020 0.000 0.348 0.012 0.152
#> dkfz_11-014     2  0.4467     0.3090 0.008 0.504 0.012 0.020 0.000 0.444 0.000 0.012
#> dkfz_11-015     2  0.4454     0.5791 0.004 0.592 0.000 0.016 0.000 0.332 0.000 0.056
#> dkfz_11-016     2  0.5311     0.2958 0.004 0.500 0.040 0.036 0.000 0.384 0.000 0.036
#> dkfz_11-017     3  0.3683     0.5092 0.004 0.004 0.780 0.008 0.000 0.144 0.028 0.032
#> dkfz_11-018     3  0.1780     0.5923 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.052 0.000 0.040
#> dkfz_11-019     2  0.3360     0.6643 0.000 0.764 0.000 0.008 0.000 0.180 0.000 0.048
#> dkfz_11-020     3  0.1943     0.6334 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.024 0.044 0.024
#> dkfz_11-021     4  0.6357     0.2328 0.300 0.000 0.000 0.328 0.308 0.032 0.004 0.028
#> dkfz_11-022     4  0.5959     0.5341 0.104 0.032 0.036 0.616 0.000 0.112 0.000 0.100
#> dkfz_11-023     1  0.2148     0.8577 0.904 0.000 0.000 0.024 0.024 0.016 0.000 0.032
#> dkfz_11-024     2  0.5422     0.3909 0.152 0.636 0.000 0.064 0.000 0.112 0.004 0.032
#> dkfz_11-025     4  0.2780     0.6599 0.168 0.000 0.000 0.808 0.000 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-026     2  0.0349     0.7121 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.4136     0.0206 0.456 0.000 0.000 0.008 0.508 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-028     7  0.5481     0.1588 0.004 0.000 0.208 0.000 0.000 0.020 0.476 0.292
#> dkfz_11-029     3  0.4872     0.1330 0.004 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.304 0.160
#> dkfz_11-030     3  0.2759     0.4952 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.144 0.000 0.040
#> dkfz_11-031     5  0.0125     0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.2660     0.6233 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.120 0.048
#> dkfz_11-033     5  0.0125     0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3950     0.1114 0.004 0.008 0.680 0.004 0.000 0.272 0.004 0.028
#> dkfz_11-035     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0448     0.7123 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.1507     0.8904 0.936 0.000 0.000 0.004 0.032 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-038     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.2797     0.6580 0.160 0.000 0.000 0.812 0.000 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-040     5  0.1135     0.9225 0.000 0.000 0.000 0.008 0.956 0.016 0.004 0.016
#> dkfz_11-041     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.4232     0.2638 0.384 0.004 0.000 0.008 0.572 0.016 0.000 0.016
#> dkfz_11-044     4  0.5236     0.5090 0.040 0.068 0.004 0.668 0.000 0.108 0.000 0.112
#> dkfz_11-045     1  0.6070     0.1906 0.540 0.108 0.000 0.112 0.000 0.204 0.000 0.036
#> dkfz_11-046     4  0.2220     0.5607 0.028 0.032 0.000 0.900 0.000 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-047     5  0.1601     0.8573 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     4  0.3975     0.6551 0.248 0.024 0.000 0.696 0.000 0.020 0.004 0.008
#> dkfz_11-049     4  0.4887     0.5625 0.180 0.000 0.000 0.672 0.084 0.028 0.004 0.032
#> dkfz_11-050     2  0.6976     0.0103 0.012 0.352 0.028 0.244 0.000 0.260 0.000 0.104
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     5  0.1938     0.8959 0.004 0.000 0.000 0.028 0.916 0.020 0.004 0.028
#> dkfz_11-053     6  0.5121     0.6397 0.012 0.048 0.404 0.012 0.000 0.500 0.004 0.020
#> dkfz_11-054     2  0.4870     0.5345 0.004 0.572 0.000 0.016 0.000 0.312 0.004 0.092
#> dkfz_11-055     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.2966     0.6584 0.172 0.000 0.000 0.796 0.000 0.016 0.000 0.016
#> dkfz_11-057     5  0.1212     0.9205 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.020 0.004 0.016
#> dkfz_11-058     4  0.6153     0.3505 0.256 0.000 0.000 0.460 0.216 0.032 0.004 0.032
#> dkfz_11-059     1  0.0995     0.9064 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060     4  0.2888     0.6597 0.172 0.000 0.000 0.800 0.000 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-061     4  0.6561     0.5124 0.152 0.104 0.000 0.512 0.000 0.116 0.000 0.116
#> dkfz_11-062     6  0.5093     0.6260 0.004 0.060 0.408 0.012 0.000 0.492 0.004 0.020
#> dkfz_11-063     6  0.5217     0.5968 0.008 0.180 0.224 0.008 0.000 0.572 0.004 0.004
#> dkfz_11-064     2  0.0349     0.7121 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.1605     0.8920 0.044 0.000 0.000 0.008 0.928 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-066     3  0.3303     0.6433 0.008 0.000 0.812 0.000 0.000 0.020 0.096 0.064
#> dkfz_11-067     3  0.5444     0.0620 0.004 0.000 0.468 0.004 0.000 0.012 0.324 0.188
#> dkfz_11-068     2  0.0349     0.7119 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0125     0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     4  0.5264     0.4114 0.020 0.228 0.000 0.616 0.000 0.064 0.004 0.068
#> dkfz_11-071     5  0.0251     0.9385 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.4117     0.6157 0.716 0.000 0.000 0.012 0.192 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-073     5  0.3583     0.7651 0.120 0.020 0.000 0.016 0.800 0.024 0.000 0.020
#> dkfz_11-074     5  0.0600     0.9338 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-075     2  0.5995     0.3634 0.004 0.520 0.008 0.156 0.000 0.216 0.000 0.096
#> dkfz_11-091     2  0.1852     0.6984 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000 0.080 0.000 0.016
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     5  0.3637     0.7515 0.024 0.000 0.000 0.132 0.788 0.024 0.004 0.028
#> dkfz_11-094     2  0.4381     0.4332 0.008 0.580 0.004 0.020 0.000 0.368 0.004 0.016
#> dkfz_11-095     1  0.0932     0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.0870     0.9071 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.1469     0.8591 0.940 0.000 0.000 0.024 0.008 0.016 0.000 0.012
#> dkfz_11-098     5  0.0125     0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.5367     0.5334 0.004 0.596 0.016 0.060 0.000 0.240 0.000 0.084
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0932     0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102     1  0.1144     0.8927 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     4  0.4136     0.3748 0.472 0.000 0.000 0.488 0.000 0.016 0.000 0.024
#> dkfz_11-104     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0125     0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1117     0.9084 0.948 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110     5  0.2554     0.7082 0.204 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.0224     0.9382 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     4  0.3574     0.6701 0.192 0.000 0.000 0.748 0.000 0.024 0.000 0.036
#> dkfz_11-115     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     5  0.1135     0.9225 0.000 0.000 0.000 0.008 0.956 0.016 0.004 0.016
#> dkfz_11-117     4  0.5485     0.6112 0.260 0.044 0.000 0.576 0.000 0.048 0.000 0.072
#> dkfz_11-118     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.1242     0.9055 0.944 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-121     5  0.1212     0.9205 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.020 0.004 0.016
#> dkfz_11-122     1  0.0808     0.9091 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0870     0.9071 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     5  0.1938     0.8959 0.004 0.000 0.000 0.028 0.916 0.020 0.004 0.028
#> dkfz_11-125     1  0.2035     0.7903 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.1180     0.8466 0.948 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-128     1  0.1144     0.8928 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0932     0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0870     0.9071 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.3203     0.3805 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0932     0.9091 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136     5  0.1738     0.9063 0.028 0.000 0.000 0.008 0.928 0.020 0.004 0.012
#> dkfz_11-137     5  0.0884     0.9285 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.008 0.004 0.012
#> dkfz_11-138     1  0.1341     0.8743 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.7668     0.1415 0.000 0.208 0.212 0.008 0.000 0.168 0.108 0.296
#> dkfz_11-140     4  0.4307     0.6031 0.344 0.000 0.000 0.592 0.000 0.024 0.000 0.040
#> dkfz_11-141     1  0.0868     0.9095 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.5682     0.5079 0.008 0.000 0.588 0.028 0.000 0.056 0.108 0.212
#> dkfz_11-144     7  0.1437     0.3419 0.000 0.000 0.060 0.008 0.000 0.004 0.928 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.1400     0.7058 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.012
#> dkfz_11-146     8  0.5332    -0.3893 0.000 0.000 0.288 0.004 0.000 0.000 0.304 0.404
#> dkfz_11-147     3  0.1600     0.6087 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.032 0.000 0.048
#> dkfz_11-148     2  0.0618     0.7117 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.4451     0.5485 0.004 0.000 0.728 0.024 0.000 0.076 0.036 0.132
#> dkfz_11-150     2  0.1244     0.7107 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.5216    -0.0491 0.004 0.000 0.504 0.000 0.000 0.036 0.044 0.360 0.052
#> dkfz_11-002     2  0.4284     0.3328 0.004 0.668 0.000 0.020 0.000 0.240 0.012 0.004 0.052
#> dkfz_11-003     5  0.0515     0.9188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0119     0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1847     0.5675 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-006     2  0.3712     0.1180 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-007     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.2145     0.5565 0.000 0.884 0.000 0.016 0.000 0.020 0.004 0.000 0.076
#> dkfz_11-009     5  0.1224     0.8949 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0331     0.9230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-011     4  0.5930     0.3766 0.096 0.108 0.004 0.516 0.000 0.012 0.012 0.004 0.248
#> dkfz_11-012     1  0.5149     0.1251 0.528 0.008 0.000 0.208 0.004 0.016 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-013     6  0.4305     0.1812 0.000 0.340 0.012 0.000 0.000 0.584 0.016 0.000 0.048
#> dkfz_11-014     2  0.5321     0.0699 0.004 0.408 0.008 0.008 0.000 0.188 0.004 0.000 0.380
#> dkfz_11-015     2  0.4738     0.2824 0.000 0.588 0.008 0.020 0.000 0.256 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-016     2  0.5500    -0.1310 0.000 0.416 0.060 0.024 0.000 0.092 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-017     3  0.4110     0.5599 0.000 0.028 0.740 0.000 0.000 0.056 0.000 0.060 0.116
#> dkfz_11-018     3  0.1250     0.5936 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012 0.016 0.016 0.008
#> dkfz_11-019     2  0.3541     0.4267 0.000 0.728 0.012 0.008 0.000 0.220 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-020     3  0.2226     0.5608 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.012 0.008 0.096 0.012
#> dkfz_11-021     4  0.6154     0.1361 0.248 0.000 0.000 0.332 0.292 0.000 0.124 0.000 0.004
#> dkfz_11-022     4  0.6365     0.3390 0.104 0.044 0.048 0.484 0.000 0.012 0.012 0.016 0.280
#> dkfz_11-023     1  0.2418     0.8035 0.864 0.004 0.000 0.016 0.012 0.000 0.008 0.000 0.096
#> dkfz_11-024     2  0.5621    -0.0510 0.156 0.496 0.000 0.052 0.000 0.024 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-025     4  0.1722     0.5858 0.088 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0953     0.5831 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-027     5  0.4185    -0.0397 0.456 0.000 0.000 0.000 0.488 0.012 0.008 0.000 0.036
#> dkfz_11-028     8  0.4296     0.0334 0.004 0.000 0.108 0.000 0.000 0.024 0.112 0.720 0.032
#> dkfz_11-029     8  0.3863     0.3395 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.016 0.008 0.560 0.012
#> dkfz_11-030     3  0.1848     0.6018 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.020 0.004 0.008 0.064
#> dkfz_11-031     5  0.0119     0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3499     0.3981 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.012 0.032 0.196 0.016
#> dkfz_11-033     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3409     0.5509 0.000 0.012 0.760 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.164
#> dkfz_11-035     5  0.0119     0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0786     0.5884 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-037     1  0.1449     0.8719 0.928 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-038     1  0.0939     0.9032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1722     0.5852 0.088 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     5  0.1398     0.8842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.4373     0.4179 0.288 0.000 0.000 0.000 0.608 0.012 0.008 0.000 0.084
#> dkfz_11-044     4  0.5274     0.3621 0.040 0.080 0.004 0.588 0.000 0.012 0.012 0.008 0.256
#> dkfz_11-045     1  0.5646     0.0735 0.464 0.068 0.000 0.072 0.004 0.028 0.004 0.000 0.360
#> dkfz_11-046     4  0.1731     0.5012 0.004 0.012 0.000 0.920 0.000 0.004 0.004 0.008 0.048
#> dkfz_11-047     5  0.1439     0.8491 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     4  0.3838     0.5748 0.220 0.012 0.000 0.696 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-049     4  0.3743     0.4967 0.108 0.000 0.000 0.752 0.052 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     9  0.6076     0.1395 0.036 0.276 0.020 0.192 0.000 0.012 0.012 0.000 0.452
#> dkfz_11-051     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     5  0.2331     0.8351 0.000 0.000 0.000 0.032 0.844 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     3  0.5107    -0.0171 0.008 0.036 0.444 0.000 0.000 0.076 0.004 0.004 0.428
#> dkfz_11-054     2  0.3904    -0.0143 0.000 0.532 0.008 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-055     1  0.0939     0.9032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1764     0.5860 0.092 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     5  0.1596     0.8727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.5468     0.2769 0.172 0.000 0.000 0.528 0.184 0.000 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0706     0.9032 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.1764     0.5861 0.092 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     4  0.6151     0.3305 0.160 0.104 0.000 0.452 0.000 0.012 0.008 0.004 0.260
#> dkfz_11-062     3  0.6101    -0.0153 0.004 0.048 0.392 0.016 0.000 0.164 0.012 0.004 0.360
#> dkfz_11-063     9  0.6230    -0.0269 0.004 0.148 0.248 0.000 0.000 0.180 0.004 0.004 0.412
#> dkfz_11-064     2  0.1148     0.5844 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-065     5  0.1674     0.8728 0.052 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-066     3  0.2838     0.4931 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.008 0.008 0.180 0.012
#> dkfz_11-067     8  0.4938     0.3482 0.004 0.000 0.364 0.000 0.000 0.024 0.064 0.520 0.024
#> dkfz_11-068     2  0.0658     0.5869 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     4  0.5085     0.2551 0.008 0.224 0.000 0.592 0.000 0.012 0.016 0.008 0.140
#> dkfz_11-071     5  0.0237     0.9233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-072     1  0.4251     0.5889 0.672 0.000 0.000 0.000 0.192 0.016 0.008 0.000 0.112
#> dkfz_11-073     5  0.4346     0.7275 0.092 0.012 0.000 0.012 0.744 0.016 0.072 0.000 0.052
#> dkfz_11-074     5  0.0930     0.9067 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.6043    -0.0901 0.000 0.456 0.016 0.116 0.000 0.080 0.016 0.004 0.312
#> dkfz_11-091     2  0.2191     0.5408 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000 0.120 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-092     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     5  0.3970     0.6750 0.028 0.000 0.000 0.128 0.712 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.4760     0.1982 0.004 0.504 0.000 0.004 0.000 0.116 0.008 0.000 0.364
#> dkfz_11-095     1  0.0824     0.9025 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096     1  0.0824     0.9034 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.1704     0.8268 0.908 0.004 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-098     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.5916     0.2018 0.000 0.556 0.048 0.044 0.000 0.120 0.024 0.004 0.204
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.1152     0.9001 0.948 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-102     1  0.0994     0.9004 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     4  0.4546     0.4058 0.416 0.004 0.000 0.472 0.000 0.000 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-104     1  0.0975     0.9043 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0916     0.9034 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.1032     0.9032 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0939     0.9034 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.2367     0.7124 0.196 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.0296     0.9206 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     4  0.3733     0.5884 0.152 0.000 0.000 0.732 0.000 0.004 0.012 0.000 0.100
#> dkfz_11-115     5  0.0119     0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     5  0.1313     0.8902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     4  0.5555     0.4906 0.220 0.048 0.000 0.532 0.000 0.004 0.012 0.004 0.180
#> dkfz_11-118     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.1277     0.8846 0.940 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-121     5  0.1596     0.8727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0764     0.9046 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0824     0.9034 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     5  0.2505     0.8283 0.004 0.000 0.000 0.036 0.836 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2719     0.7268 0.804 0.000 0.000 0.004 0.172 0.004 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.0764     0.9046 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.1575     0.8312 0.924 0.004 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> dkfz_11-128     1  0.0876     0.9009 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.0000     0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0824     0.9031 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0939     0.9032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0824     0.9034 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2867     0.4913 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0764     0.9046 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     5  0.2801     0.8376 0.056 0.000 0.000 0.024 0.844 0.000 0.068 0.000 0.008
#> dkfz_11-137     5  0.1082     0.9009 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1151     0.8884 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.7420     0.1962 0.000 0.208 0.132 0.008 0.000 0.316 0.068 0.236 0.032
#> dkfz_11-140     4  0.4373     0.5026 0.324 0.000 0.000 0.568 0.000 0.004 0.004 0.000 0.100
#> dkfz_11-141     1  0.0882     0.9041 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.0119     0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.6417     0.2778 0.004 0.000 0.528 0.036 0.000 0.080 0.068 0.176 0.108
#> dkfz_11-144     7  0.4219     0.0000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.016 0.600 0.332 0.020
#> dkfz_11-145     2  0.1522     0.5604 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146     8  0.5709    -0.0148 0.004 0.000 0.144 0.000 0.000 0.124 0.136 0.564 0.028
#> dkfz_11-147     3  0.1416     0.5911 0.004 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.016 0.024 0.004
#> dkfz_11-148     2  0.0859     0.5878 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-149     3  0.3875     0.5418 0.000 0.000 0.764 0.008 0.000 0.044 0.016 0.116 0.052
#> dkfz_11-150     2  0.1515     0.5674 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0119     0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7 p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.5783     0.3085 0.000 0.000 0.476 0.008 0.000 0.020 0.008 NA 0.260 0.064
#> dkfz_11-002     2  0.4657     0.3894 0.000 0.636 0.000 0.004 0.000 0.220 0.076 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-003     5  0.1124     0.8763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0555     0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1801     0.6085 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.012 0.072 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.3979     0.2256 0.000 0.584 0.004 0.004 0.000 0.344 0.060 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-007     5  0.0113     0.8959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1632     0.6121 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000 0.008 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     5  0.1892     0.8396 0.000 0.000 0.000 0.008 0.860 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0555     0.8912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     4  0.5946     0.4515 0.096 0.080 0.000 0.476 0.000 0.012 0.268 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     1  0.5214     0.2368 0.552 0.016 0.000 0.132 0.000 0.016 0.244 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     6  0.5328     0.2698 0.000 0.304 0.016 0.004 0.000 0.532 0.080 NA 0.028 0.008
#> dkfz_11-014     7  0.4567    -0.2429 0.000 0.404 0.016 0.000 0.000 0.088 0.480 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.5084     0.2518 0.004 0.548 0.000 0.024 0.000 0.228 0.172 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.5870     0.0891 0.000 0.416 0.060 0.012 0.000 0.080 0.376 NA 0.000 0.016
#> dkfz_11-017     3  0.4874     0.5617 0.000 0.028 0.700 0.008 0.000 0.036 0.108 NA 0.036 0.020
#> dkfz_11-018     3  0.2304     0.5806 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.028 0.032 NA 0.012 0.008
#> dkfz_11-019     2  0.3313     0.4734 0.000 0.724 0.004 0.000 0.000 0.216 0.052 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.2669     0.5902 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.016 0.028 NA 0.084 0.004
#> dkfz_11-021     4  0.5977     0.2073 0.308 0.000 0.000 0.336 0.180 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     4  0.6054     0.4485 0.108 0.020 0.032 0.464 0.000 0.008 0.280 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.1890     0.8317 0.896 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.5363     0.1639 0.124 0.544 0.000 0.032 0.000 0.012 0.244 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     4  0.2249     0.5725 0.120 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.1267     0.6210 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.004 0.040 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-027     5  0.4408     0.0781 0.412 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     9  0.3105     0.2377 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.804 0.080
#> dkfz_11-029     3  0.5207     0.1082 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.024 0.008 NA 0.408 0.052
#> dkfz_11-030     3  0.2493     0.5900 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.016 0.088 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-031     5  0.0492     0.8948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.3680     0.5180 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.140 0.064
#> dkfz_11-033     5  0.0356     0.8955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.3859     0.5058 0.000 0.004 0.684 0.000 0.000 0.032 0.224 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0426     0.8946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1296     0.6237 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.008 0.024 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-037     1  0.1389     0.8650 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0426     0.8957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.1835     0.5709 0.108 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     5  0.2134     0.8153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.828 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0282     0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0113     0.8959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.4435     0.4046 0.272 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     4  0.5751     0.3932 0.036 0.060 0.004 0.488 0.000 0.020 0.296 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     7  0.5505    -0.0536 0.396 0.060 0.000 0.052 0.000 0.012 0.424 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.2242     0.4692 0.008 0.004 0.000 0.884 0.000 0.024 0.044 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.1726     0.8167 0.104 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     4  0.4438     0.5554 0.260 0.020 0.000 0.608 0.000 0.004 0.100 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.3836     0.4474 0.132 0.000 0.000 0.712 0.036 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     7  0.6080     0.0133 0.012 0.292 0.028 0.124 0.000 0.008 0.448 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-051     5  0.0202     0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     5  0.2866     0.7594 0.000 0.000 0.000 0.044 0.764 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     7  0.4442    -0.2201 0.004 0.032 0.428 0.000 0.000 0.008 0.484 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.4518    -0.0345 0.000 0.492 0.008 0.008 0.000 0.392 0.096 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0492     0.8947 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.1906     0.5732 0.116 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     5  0.2243     0.8052 0.000 0.000 0.000 0.008 0.812 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.5491     0.2789 0.216 0.000 0.000 0.488 0.136 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0315     0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     4  0.1902     0.5769 0.120 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     4  0.6351     0.3351 0.136 0.080 0.000 0.356 0.000 0.028 0.348 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     3  0.5792     0.1048 0.004 0.024 0.404 0.004 0.000 0.076 0.396 NA 0.004 0.012
#> dkfz_11-063     7  0.6009     0.0551 0.000 0.136 0.256 0.000 0.000 0.088 0.460 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-064     2  0.1187     0.6209 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.008 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     5  0.2653     0.7936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.3472     0.5618 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.004 0.012 NA 0.144 0.020
#> dkfz_11-067     3  0.5407     0.0736 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.012 0.012 NA 0.388 0.096
#> dkfz_11-068     2  0.0920     0.6217 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-069     5  0.0426     0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     4  0.6144     0.2459 0.012 0.244 0.000 0.440 0.000 0.024 0.180 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-071     5  0.0555     0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.4754     0.4027 0.580 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.124 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.4469     0.6188 0.124 0.012 0.000 0.004 0.676 0.000 0.064 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     5  0.1334     0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.5974     0.0879 0.004 0.416 0.008 0.088 0.000 0.052 0.364 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-091     2  0.2003     0.5788 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.116 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-092     5  0.0202     0.8957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     5  0.4483     0.5202 0.028 0.000 0.000 0.188 0.600 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.3964     0.2013 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.044 0.452 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0558     0.8898 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0315     0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.1558     0.8421 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.0282     0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.6463     0.1498 0.000 0.492 0.044 0.048 0.000 0.112 0.208 NA 0.004 0.016
#> dkfz_11-100     5  0.0113     0.8958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.0760     0.8943 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0673     0.8884 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.4516    -0.3039 0.472 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.092 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0492     0.8947 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.0202     0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0426     0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0356     0.8955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0605     0.8943 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0840     0.8910 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     5  0.2755     0.6387 0.232 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.0202     0.8956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.0404     0.8940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     5  0.0282     0.8962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     4  0.4233     0.5904 0.196 0.000 0.000 0.660 0.000 0.004 0.100 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0202     0.8957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     5  0.2077     0.8204 0.000 0.000 0.000 0.008 0.836 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     4  0.5668     0.4985 0.252 0.040 0.000 0.476 0.000 0.000 0.168 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.0113     0.8964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.0113     0.8958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.1154     0.8794 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     5  0.2162     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0282     0.8942 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0315     0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     5  0.3252     0.7384 0.012 0.000 0.000 0.056 0.744 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2214     0.7711 0.856 0.000 0.000 0.004 0.116 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0426     0.8957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.1653     0.8427 0.916 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0615     0.8914 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     5  0.0282     0.8962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.0113     0.8959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0606     0.8911 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0605     0.8937 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0315     0.8917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.2936     0.4256 0.664 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0356     0.8953 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     5  0.3173     0.7915 0.056 0.000 0.000 0.040 0.808 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     5  0.1559     0.8541 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0729     0.8844 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     6  0.7277     0.1011 0.000 0.172 0.140 0.008 0.000 0.372 0.008 NA 0.172 0.052
#> dkfz_11-140     4  0.4726     0.4612 0.368 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.108 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0426     0.8957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.0492     0.8939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     3  0.6628     0.3369 0.004 0.000 0.464 0.032 0.000 0.052 0.044 NA 0.092 0.068
#> dkfz_11-144    10  0.2196     0.0000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.152 0.832
#> dkfz_11-145     2  0.1994     0.5971 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-146     9  0.6342     0.3313 0.000 0.000 0.164 0.008 0.000 0.156 0.008 NA 0.476 0.104
#> dkfz_11-147     3  0.2152     0.5823 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.024 0.028 NA 0.012 0.004
#> dkfz_11-148     2  0.1628     0.6228 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.008 0.036 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-149     3  0.5204     0.5309 0.004 0.000 0.648 0.032 0.000 0.020 0.096 NA 0.056 0.012
#> dkfz_11-150     2  0.1852     0.5977 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.080 0.020 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-151     5  0.0492     0.8939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>               n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> ATC:skmeans 136        1.02e-16        3.41e-04  2
#> ATC:skmeans 136        3.05e-35        9.45e-04  3
#> ATC:skmeans 108        1.58e-27        1.18e-02  4
#> ATC:skmeans 120        8.25e-40        5.31e-07  5
#> ATC:skmeans 117        3.66e-37        4.96e-06  6
#> ATC:skmeans 119        7.46e-33        6.69e-06  7
#> ATC:skmeans 111        7.10e-33        1.79e-05  8
#> ATC:skmeans  95        1.04e-30        3.22e-05  9
#> ATC:skmeans  94        1.61e-34        2.41e-05 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 1.000           0.993       0.997        0.50278 0.497   0.497
#> 3   3 1.000           0.987       0.995        0.15181 0.922   0.844
#> 4   4 0.879           0.798       0.917        0.23839 0.814   0.578
#> 5   5 0.743           0.583       0.793        0.06545 0.952   0.838
#> 6   6 0.735           0.686       0.765        0.03749 0.897   0.629
#> 7   7 0.781           0.748       0.811        0.02767 0.953   0.763
#> 8   8 0.847           0.764       0.885        0.02694 0.974   0.854
#> 9   9 0.854           0.744       0.892        0.00541 0.999   0.992
#> 10 10 0.839           0.648       0.860        0.01455 0.984   0.902

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-006     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-007     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-009     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-012     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-013     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-014     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-015     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-016     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-017     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-020     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-023     2   0.469      0.893 0.100 0.900
#> dkfz_11-024     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-025     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-026     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-027     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-035     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-037     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-040     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-045     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-047     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-049     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-051     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-054     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-055     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     2   0.662      0.800 0.172 0.828
#> dkfz_11-057     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-061     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-062     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-063     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-064     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-065     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-069     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-071     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-073     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-091     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-092     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-095     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     2   0.141      0.975 0.020 0.980
#> dkfz_11-098     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-100     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     2   0.278      0.949 0.048 0.952
#> dkfz_11-102     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-104     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-115     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-118     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     2   0.469      0.893 0.100 0.900
#> dkfz_11-121     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-128     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-141     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-144     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-146     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-149     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2   0.000      0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-151     1   0.000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     3  0.4654      0.733 0.000 0.208 0.792
#> dkfz_11-003     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.1529      0.950 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023     2  0.2959      0.857 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     2  0.4178      0.742 0.172 0.828 0.000
#> dkfz_11-057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     2  0.0892      0.964 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-098     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     2  0.1753      0.929 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     2  0.2959      0.857 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-121     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.984 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     3  0.3688      0.729 0.000 0.208 0.792 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-004     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     4  0.0000      0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-010     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-011     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.1211      0.958 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.4072     -0.157 0.252 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-022     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     1  0.4877      0.314 0.592 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-034     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-038     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-039     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-041     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-042     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-043     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-044     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-046     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-048     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-050     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     4  0.0000      0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052     4  0.4855      0.723 0.400 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-053     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     4  0.4103     -0.170 0.256 0.000 0.000 0.744
#> dkfz_11-056     1  0.5352      0.903 0.596 0.016 0.000 0.388
#> dkfz_11-057     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-058     1  0.4933      0.885 0.568 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-059     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-060     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     4  0.4643     -0.439 0.344 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-066     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-070     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     4  0.4477     -0.361 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-072     1  0.4888      0.304 0.588 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-074     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-093     4  0.0000      0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-096     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-097     1  0.4866      0.324 0.596 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-099     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-101     1  0.4866      0.324 0.596 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     4  0.0188      0.491 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-103     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-105     4  0.3764      0.666 0.216 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-106     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-107     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-108     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-109     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-110     4  0.4356     -0.286 0.292 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-111     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-112     4  0.0000      0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113     4  0.4790      0.717 0.380 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-114     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-116     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-117     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-119     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-120     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-121     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-122     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-123     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-124     4  0.0000      0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125     4  0.4454     -0.335 0.308 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-126     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-127     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     4  0.3074      0.173 0.152 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-129     4  0.0000      0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130     4  0.0000      0.497 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-132     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-133     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-134     4  0.1474      0.409 0.052 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-135     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-136     4  0.4103     -0.170 0.256 0.000 0.000 0.744
#> dkfz_11-137     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-138     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.4866      0.922 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-142     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-143     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     4  0.4866      0.724 0.404 0.000 0.000 0.596

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     3  0.6326     0.4402 0.000 0.208 0.524 0.268 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-004     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.3612     0.5295 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     5  0.3010     0.6989 0.004 0.000 0.000 0.172 0.824
#> dkfz_11-010     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-011     2  0.4060     0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0162     0.7777 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.4181     0.5023 0.000 0.712 0.020 0.268 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.1732     0.9068 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.2074     0.7163 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     5  0.5048     0.0385 0.476 0.000 0.000 0.032 0.492
#> dkfz_11-022     2  0.4060     0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.2732     0.6508 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     4  0.4644    -0.1723 0.460 0.012 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.0404     0.7479 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.1732     0.7323 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-034     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-036     2  0.0703     0.7695 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-037     1  0.0912     0.7471 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-038     1  0.3694     0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-039     2  0.4306     0.0584 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-040     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-041     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-042     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-043     1  0.2304     0.7294 0.908 0.000 0.000 0.048 0.044
#> dkfz_11-044     2  0.4060     0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-045     1  0.2471     0.6751 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.4294    -0.4417 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-047     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.2230     0.6978 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-049     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0404     0.7748 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-052     5  0.1043     0.6509 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-053     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.3612     0.5295 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-055     5  0.5048     0.0385 0.476 0.000 0.000 0.032 0.492
#> dkfz_11-056     1  0.4294    -0.2139 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-057     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-058     1  0.3805     0.6725 0.784 0.000 0.000 0.032 0.184
#> dkfz_11-059     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-060     2  0.4074     0.3652 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.0404     0.7758 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.0963     0.7623 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.4774     0.3066 0.612 0.000 0.000 0.028 0.360
#> dkfz_11-066     3  0.1671     0.9090 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0703     0.7695 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-070     2  0.4060     0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.5714     0.3081 0.592 0.000 0.000 0.116 0.292
#> dkfz_11-072     1  0.6257    -0.0529 0.512 0.320 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.0794     0.7448 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-074     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-075     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.2074     0.7163 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-093     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.2377     0.6813 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.1197     0.7418 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.6220    -0.0277 0.524 0.308 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-098     5  0.1124     0.6509 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> dkfz_11-099     2  0.2179     0.7166 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-101     1  0.4890    -0.2302 0.524 0.024 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-102     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-103     2  0.4306     0.0584 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.3182     0.7239 0.844 0.000 0.000 0.032 0.124
#> dkfz_11-105     5  0.3318     0.5119 0.192 0.000 0.000 0.008 0.800
#> dkfz_11-106     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.1732     0.7203 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.3694     0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-110     1  0.5032     0.0838 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> dkfz_11-111     5  0.1357     0.6449 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> dkfz_11-112     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-113     5  0.1502     0.6394 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940
#> dkfz_11-114     2  0.4074     0.3652 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-116     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-117     2  0.3039     0.6169 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.1124     0.6509 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> dkfz_11-119     1  0.3165     0.7323 0.848 0.000 0.000 0.036 0.116
#> dkfz_11-120     1  0.2813     0.6454 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-121     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-122     1  0.3810     0.7103 0.792 0.000 0.000 0.040 0.168
#> dkfz_11-123     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-124     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-125     1  0.5024     0.1127 0.528 0.000 0.000 0.032 0.440
#> dkfz_11-126     1  0.3694     0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-127     2  0.4306     0.0584 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-128     5  0.5048     0.0385 0.476 0.000 0.000 0.032 0.492
#> dkfz_11-129     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-130     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-131     1  0.1671     0.7228 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.3694     0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-133     1  0.2561     0.6648 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-134     5  0.5039     0.1055 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> dkfz_11-135     1  0.2735     0.7422 0.880 0.000 0.000 0.036 0.084
#> dkfz_11-136     1  0.4638     0.2317 0.648 0.000 0.000 0.028 0.324
#> dkfz_11-137     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-138     1  0.3694     0.6852 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> dkfz_11-139     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     2  0.4060     0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0963     0.7459 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-143     2  0.4060     0.3717 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.2074     0.7163 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.3707     0.4878 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2852     0.6998 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0405    0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-002     4  0.6470   -0.27472 0.000 0.092 0.156 0.552 0.000 0.200
#> dkfz_11-003     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     4  0.5575   -0.19610 0.000 0.252 0.000 0.548 0.000 0.200
#> dkfz_11-007     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     5  0.0291    0.90174 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0260    0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.3828    0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-012     2  0.0146    0.90235 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-013     4  0.5965   -0.18062 0.000 0.232 0.020 0.548 0.000 0.200
#> dkfz_11-014     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.2201    0.90973 0.000 0.000 0.896 0.076 0.000 0.028
#> dkfz_11-018     3  0.0405    0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-019     2  0.2726    0.78549 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> dkfz_11-020     3  0.0000    0.96032 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-022     6  0.3828    0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-023     1  0.4672    0.61476 0.684 0.000 0.000 0.128 0.000 0.188
#> dkfz_11-024     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.3151    0.35528 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     1  0.2260    0.65263 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.1789    0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-029     3  0.1789    0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-030     2  0.2349    0.81630 0.000 0.892 0.008 0.080 0.000 0.020
#> dkfz_11-031     5  0.0260    0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0405    0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-033     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1225    0.87634 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-037     1  0.2912    0.60509 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.3789    0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     6  0.3151    0.72093 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-040     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.0260    0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.4278    0.56883 0.712 0.000 0.000 0.212 0.076 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.3828    0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-045     1  0.4354    0.63695 0.724 0.000 0.000 0.132 0.000 0.144
#> dkfz_11-046     6  0.4242    0.58022 0.000 0.136 0.000 0.128 0.000 0.736
#> dkfz_11-047     1  0.0000    0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3175    0.51023 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-049     1  0.0146    0.69260 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0458    0.89116 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-051     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-052     5  0.3558    0.63909 0.028 0.000 0.000 0.212 0.760 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     4  0.5575   -0.19610 0.000 0.252 0.000 0.548 0.000 0.200
#> dkfz_11-055     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-056     1  0.3756    0.35384 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-057     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.4192    0.31036 0.572 0.000 0.000 0.412 0.016 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0146    0.69252 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     6  0.3823    0.77709 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-061     2  0.0458    0.89438 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-062     2  0.1219    0.86439 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> dkfz_11-063     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.5986   -0.39228 0.408 0.000 0.000 0.360 0.232 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.2030    0.91632 0.000 0.000 0.908 0.064 0.000 0.028
#> dkfz_11-067     3  0.0820    0.96009 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-068     2  0.1225    0.87634 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-069     1  0.0000    0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.3828    0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-071     1  0.6079   -0.25826 0.392 0.000 0.000 0.280 0.328 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.4849    0.43735 0.664 0.148 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-073     1  0.2793    0.61267 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.2726    0.78549 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> dkfz_11-092     5  0.0260    0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.1814    0.65428 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-096     1  0.3104    0.63149 0.800 0.000 0.000 0.184 0.000 0.016
#> dkfz_11-097     1  0.4815    0.44166 0.668 0.144 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-098     5  0.3483    0.64570 0.024 0.000 0.000 0.212 0.764 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.3044    0.77087 0.000 0.836 0.000 0.116 0.000 0.048
#> dkfz_11-100     5  0.0260    0.90468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.3758    0.43321 0.668 0.008 0.000 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-102     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.3151    0.72093 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-104     1  0.2762    0.59822 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.4972    0.24328 0.108 0.000 0.000 0.272 0.620 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000    0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0937    0.68212 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-108     1  0.0000    0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.3789    0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     4  0.6041    0.56643 0.312 0.000 0.000 0.416 0.272 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3766    0.61605 0.040 0.000 0.000 0.212 0.748 0.000
#> dkfz_11-112     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-113     5  0.3713    0.60955 0.032 0.000 0.000 0.224 0.744 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.3823    0.77709 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-115     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     2  0.3221    0.29800 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-118     5  0.3558    0.63897 0.028 0.000 0.000 0.212 0.760 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.2048    0.64451 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.2697    0.60809 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-121     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3175    0.53673 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000    0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-125     4  0.6034    0.54913 0.320 0.000 0.000 0.416 0.264 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.3789    0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.3151    0.72093 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-128     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-129     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-130     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0790    0.68454 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-132     1  0.3789    0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.2048    0.64260 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-134     4  0.6038    0.65333 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.2340    0.64261 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.5827   -0.24906 0.476 0.000 0.000 0.208 0.316 0.000
#> dkfz_11-137     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3789    0.34298 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.1789    0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-140     6  0.3828    0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-141     1  0.0000    0.69268 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     6  0.3828    0.77647 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-144     3  0.1789    0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-145     2  0.2726    0.78549 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> dkfz_11-146     3  0.1789    0.95537 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> dkfz_11-147     3  0.0405    0.95947 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-148     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.3515   -0.00711 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-150     2  0.0000    0.90492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0000    0.90718 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.5759      0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-002     7  0.0000      0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     7  0.1482      0.938 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-007     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0239      0.903 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     4  0.0334      0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.2784      0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     7  0.1222      0.935 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-014     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.6024      0.711 0.364 0.000 0.444 0.000 0.000 0.072 0.120
#> dkfz_11-018     3  0.5759      0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-019     2  0.2043      0.824 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-020     3  0.5437      0.736 0.276 0.000 0.576 0.000 0.000 0.068 0.080
#> dkfz_11-021     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     6  0.2784      0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.4993      0.537 0.276 0.000 0.000 0.000 0.564 0.160 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.1330      0.670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.3156      0.498 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     2  0.3458      0.737 0.052 0.796 0.000 0.000 0.000 0.016 0.136
#> dkfz_11-031     4  0.0334      0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.5759      0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-033     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1166      0.884 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-037     5  0.3459      0.289 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.3402      0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     6  0.1526      0.765 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0334      0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     5  0.4612      0.175 0.388 0.000 0.000 0.076 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.2784      0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.4714      0.540 0.280 0.000 0.000 0.000 0.600 0.120 0.000
#> dkfz_11-046     6  0.3604      0.768 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.768 0.128
#> dkfz_11-047     5  0.0422      0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3381      0.401 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-049     5  0.0656      0.769 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0422      0.904 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.2855      0.631 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     7  0.1482      0.938 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-055     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.3280      0.523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.3754      0.448 0.620 0.000 0.000 0.016 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     5  0.0582      0.770 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     6  0.2784      0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.0334      0.907 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.1433      0.855 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-063     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.5072      0.725 0.564 0.000 0.000 0.224 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.5860      0.726 0.376 0.000 0.456 0.000 0.000 0.072 0.096
#> dkfz_11-067     3  0.2850      0.710 0.144 0.000 0.828 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-068     2  0.1166      0.884 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-069     5  0.0422      0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.2832      0.868 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.5405      0.618 0.460 0.000 0.000 0.328 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.2667      0.665 0.000 0.016 0.000 0.000 0.824 0.160 0.000
#> dkfz_11-073     5  0.3441      0.312 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.2043      0.824 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-092     4  0.0334      0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.1050      0.741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-096     5  0.3308      0.412 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2583      0.667 0.000 0.012 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000
#> dkfz_11-098     4  0.2832      0.638 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.2736      0.802 0.004 0.832 0.000 0.000 0.000 0.020 0.144
#> dkfz_11-100     4  0.0334      0.904 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2326      0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.1526      0.765 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3008      0.533 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     4  0.3837      0.194 0.368 0.000 0.000 0.612 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0422      0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0334      0.765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.0422      0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.3402      0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.4596      0.785 0.624 0.000 0.000 0.260 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     4  0.3172      0.607 0.244 0.000 0.000 0.744 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.2945      0.600 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.2784      0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-115     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     2  0.3221      0.379 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-118     4  0.2855      0.631 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2081      0.681 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2259      0.677 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     5  0.3475      0.225 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0422      0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.4627      0.784 0.624 0.000 0.000 0.252 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.3402      0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.1526      0.765 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0000      0.770 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.3402      0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     5  0.1222      0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.4346      0.788 0.624 0.000 0.000 0.304 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     5  0.2878      0.584 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.5596      0.556 0.400 0.000 0.000 0.304 0.296 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.3402      0.420 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     6  0.2784      0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-141     5  0.0422      0.773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     6  0.2784      0.877 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.2043      0.824 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-146     3  0.0000      0.677 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.5759      0.734 0.376 0.000 0.468 0.000 0.000 0.072 0.084
#> dkfz_11-148     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.3423      0.146 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     4  0.0000      0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     7  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     7  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0471     0.8724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     4  0.0868     0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.2324     0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0125     0.8991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     7  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0471     0.9167 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1947     0.8160 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.3070     0.4415 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-021     1  0.1576     0.8421 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     6  0.2324     0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.4844     0.4892 0.288 0.000 0.000 0.000 0.528 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.0000     0.7647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.3070     0.4505 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     8  0.0000     0.9525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     8  0.0224     0.9518 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-030     2  0.4368     0.1047 0.000 0.484 0.440 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-031     4  0.0868     0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     4  0.0313     0.8747 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1144     0.8717 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.3307     0.1646 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.1195     0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     6  0.0000     0.7647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0125     0.8749 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.0313     0.8747 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0868     0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.4184     0.2304 0.556 0.000 0.000 0.064 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.2324     0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.4436     0.4854 0.296 0.000 0.000 0.000 0.588 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     6  0.2946     0.8297 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.812 0.084 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0544     0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3265     0.3206 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     5  0.0992     0.7745 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0395     0.8922 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.3220     0.4507 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     7  0.0000     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.3174     0.5317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.1521     0.8089 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     5  0.0681     0.7750 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     6  0.2296     0.8832 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.0395     0.8943 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.1341     0.8475 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.2840     0.7684 0.816 0.000 0.000 0.056 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0224     0.9267 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-067     8  0.2380     0.7426 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-068     2  0.1144     0.8717 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0000     0.7713 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.2380     0.8752 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.4036     0.6007 0.664 0.000 0.000 0.240 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.2512     0.7044 0.000 0.008 0.000 0.000 0.808 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.3318     0.0765 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.1947     0.8160 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-092     4  0.0868     0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.0544     0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     5  0.3665     0.3127 0.404 0.000 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2389     0.7095 0.000 0.004 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     4  0.3220     0.4517 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.3243     0.7644 0.000 0.792 0.040 0.000 0.000 0.020 0.148 0.000
#> dkfz_11-100     4  0.0868     0.8651 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2296     0.7082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.0125     0.7691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3307     0.1961 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3294     0.0643 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0000     0.7713 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0544     0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.0544     0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1195     0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.1275     0.8469 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     4  0.3278     0.3786 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.3244     0.4238 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.2296     0.8832 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     4  0.0313     0.8747 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     2  0.3043     0.4046 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     4  0.3229     0.4436 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2736     0.5705 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2267     0.7107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3303     0.1290 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0544     0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.1107     0.8521 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.1195     0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.0125     0.7691 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0544     0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.1195     0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     5  0.0544     0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.1038     0.8530 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     5  0.3070     0.4797 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.4082     0.3046 0.572 0.000 0.000 0.056 0.372 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.1195     0.8205 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     8  0.0000     0.9525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     6  0.2324     0.8828 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     5  0.0544     0.7767 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     6  0.3250     0.8600 0.056 0.180 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     8  0.0224     0.9518 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-145     2  0.1947     0.8160 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-146     8  0.0000     0.9525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9311 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.3203     0.2259 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     4  0.0000     0.8746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     8  0.0000     0.9888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     8  0.0000     0.9888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.0446     0.8492 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     4  0.0821     0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011     6  0.2252     0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.0119     0.9013 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013     8  0.0565     0.9659 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     3  0.0446     0.9025 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.1843     0.8183 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.2905     0.4415 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-021     1  0.0845     0.8426 0.964 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     6  0.2252     0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     5  0.4717     0.4731 0.284 0.000 0.000 0.000 0.520 0.192 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025     6  0.0000     0.7193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.3102     0.4550 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-028     9  0.0000     0.9426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     9  0.0212     0.9418 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-030     2  0.4134     0.1060 0.000 0.484 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-031     4  0.0821     0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     4  0.0296     0.8519 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1082     0.8730 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-037     5  0.3320     0.1820 0.448 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0373     0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     6  0.0000     0.7193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.0119     0.8521 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.0296     0.8519 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0821     0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     1  0.4088     0.2109 0.564 0.000 0.000 0.060 0.368 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-044     6  0.2252     0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     5  0.4420     0.4873 0.296 0.000 0.000 0.000 0.576 0.120 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-046     6  0.2866     0.7900 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.0581     0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     2  0.3096     0.2960 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049     5  0.0994     0.7435 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     2  0.0373     0.8943 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.3117     0.3841 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     8  0.0000     0.9888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     5  0.3077     0.4163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.1087     0.8354 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     5  0.0706     0.7447 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060     6  0.2226     0.8521 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     2  0.0296     0.8987 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.1269     0.8468 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     1  0.2132     0.7460 0.852 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.0212     0.9138 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-067     9  0.2252     0.7148 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-068     2  0.1082     0.8730 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.0119     0.7395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070     6  0.2302     0.8419 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071     1  0.3888     0.5096 0.676 0.000 0.000 0.228 0.088 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-072     5  0.2430     0.6600 0.000 0.008 0.000 0.000 0.800 0.192 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073     1  0.3317     0.0752 0.548 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-074     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.1843     0.8183 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-092     4  0.0821     0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     5  0.0515     0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096     5  0.3481     0.3130 0.412 0.000 0.000 0.000 0.568 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     5  0.2315     0.6661 0.000 0.004 0.000 0.000 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098     4  0.3117     0.3852 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.3070     0.7654 0.000 0.792 0.040 0.000 0.000 0.020 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-100     4  0.0821     0.8410 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     5  0.2226     0.6646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     6  0.0119     0.7241 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104     5  0.3149     0.1382 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.3055     0.1192 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.0119     0.7395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107     5  0.0515     0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     5  0.0581     0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0373     0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0237     0.8617 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     4  0.3145     0.3085 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.3130     0.3558 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     6  0.2226     0.8521 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     4  0.0296     0.8519 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     2  0.2716     0.5195 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     4  0.3122     0.3768 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.2716     0.4842 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     5  0.2200     0.6676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.3070     0.2192 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123     5  0.0581     0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0373     0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     6  0.0237     0.7214 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     5  0.0515     0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0373     0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     5  0.0515     0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0119     0.8626 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     5  0.2984     0.4330 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.3379     0.1751 0.580 0.000 0.000 0.004 0.408 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-137     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0373     0.8578 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     9  0.0000     0.9426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     6  0.2252     0.8518 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     5  0.0581     0.7466 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     7  0.0581     0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-144     9  0.0212     0.9418 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-145     2  0.1843     0.8183 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-146     9  0.0000     0.9426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     2  0.2994     0.2843 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9030 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     4  0.0000     0.8518 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8    p9 p10
#> dkfz_11-001     3  0.0000    0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-002     6  0.0000    0.19156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-003     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-004     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-005     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-006     6  0.0000    0.19156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-007     1  0.0000    0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-008     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-009     4  0.0605    0.84785 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-010     4  0.0816    0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-011     7  0.1966    0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-012     2  0.0282    0.82882 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-013     9  0.2954    0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580   0
#> dkfz_11-014     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-015     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-016     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-017     3  0.0555    0.77710 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-018     3  0.0000    0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-019     2  0.3007   -0.23821 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-020     3  0.2772    0.35598 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000   0
#> dkfz_11-021     1  0.2433    0.65418 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248   0
#> dkfz_11-022     7  0.1966    0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-023     5  0.5919    0.13574 0.280 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.164 0.000 0.256   0
#> dkfz_11-024     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-025     7  0.1661    0.65084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128   0
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-027     5  0.4703    0.05378 0.336 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.260   0
#> dkfz_11-028     8  0.0000    0.94274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000   0
#> dkfz_11-029     8  0.0202    0.94193 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000   0
#> dkfz_11-030     3  0.4365    0.00292 0.000 0.416 0.440 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-031     4  0.0784    0.84133 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-032     3  0.0000    0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-033     4  0.0404    0.85192 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-034     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-035     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-036     2  0.2748    0.32473 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-037     1  0.4706    0.08444 0.400 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.260   0
#> dkfz_11-038     1  0.0202    0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-039     7  0.1661    0.65084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128   0
#> dkfz_11-040     4  0.0000    0.85278 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-041     4  0.0404    0.85192 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-042     4  0.0816    0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-043     1  0.4252    0.44400 0.564 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.260   0
#> dkfz_11-044     7  0.1966    0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-045     5  0.5755    0.11663 0.292 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.112 0.000 0.280   0
#> dkfz_11-046     7  0.2417    0.83164 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.052 0.832 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-047     5  0.0555    0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-048     2  0.4183    0.08033 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.112   0
#> dkfz_11-049     5  0.2390    0.65618 0.036 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000 0.124   0
#> dkfz_11-050     2  0.0356    0.82594 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-051     1  0.0315    0.81484 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-052     4  0.3153    0.40107 0.432 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-053     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-054     6  0.0000    0.19156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-055     1  0.0000    0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-056     5  0.4335    0.22835 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.372 0.000 0.144   0
#> dkfz_11-057     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-058     1  0.2649    0.66629 0.760 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.224   0
#> dkfz_11-059     5  0.0615    0.71516 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-060     7  0.1851    0.85990 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-061     2  0.0492    0.82240 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-062     2  0.0492    0.81874 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-063     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-064     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-065     1  0.3435    0.59315 0.676 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.260   0
#> dkfz_11-066     3  0.0202    0.79284 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-067     8  0.2149    0.71534 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000   0
#> dkfz_11-068     2  0.2828    0.24310 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-069     5  0.0555    0.71039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028   0
#> dkfz_11-070     7  0.2021    0.85047 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-071     1  0.4337    0.51632 0.612 0.000 0.000 0.080 0.048 0.000 0.000 0.000 0.260   0
#> dkfz_11-072     5  0.2521    0.62625 0.000 0.008 0.000 0.000 0.816 0.000 0.152 0.000 0.024   0
#> dkfz_11-073     1  0.4291    0.43228 0.556 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.260   0
#> dkfz_11-074     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-075     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-091     6  0.3010    0.09047 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-092     4  0.0816    0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-093     1  0.0113    0.81878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-094     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-095     5  0.0000    0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-096     5  0.2943    0.25089 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-097     5  0.2435    0.62893 0.000 0.004 0.000 0.000 0.820 0.000 0.152 0.000 0.024   0
#> dkfz_11-098     4  0.3153    0.40183 0.432 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-099     6  0.3785    0.20945 0.000 0.448 0.024 0.000 0.000 0.508 0.020 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-100     4  0.0816    0.84459 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-101     5  0.2411    0.62070 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.164 0.000 0.024   0
#> dkfz_11-102     1  0.0000    0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-103     7  0.0113    0.74396 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-104     5  0.3007    0.15294 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-105     1  0.3100    0.06782 0.596 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-106     5  0.0555    0.71039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028   0
#> dkfz_11-107     5  0.0000    0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-108     5  0.0555    0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-109     1  0.0202    0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-110     1  0.0113    0.81974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-111     4  0.3180    0.32876 0.464 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-112     1  0.0315    0.81484 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-113     4  0.3165    0.37399 0.444 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-114     7  0.1851    0.85990 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-115     4  0.0404    0.85192 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-116     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-117     2  0.2735    0.41329 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-118     4  0.3157    0.39408 0.436 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-119     5  0.2575    0.47575 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-120     5  0.2295    0.63286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.148 0.000 0.024   0
#> dkfz_11-121     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-122     1  0.2936    0.16964 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-123     5  0.0555    0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-124     1  0.0226    0.81703 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-125     1  0.0000    0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-126     1  0.0202    0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-127     7  0.1156    0.71086 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000 0.944 0.000 0.024   0
#> dkfz_11-128     1  0.0000    0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-129     1  0.0315    0.81484 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008   0
#> dkfz_11-130     1  0.0000    0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-131     5  0.0000    0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-132     1  0.0202    0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-133     5  0.0000    0.71290 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-134     1  0.0000    0.82004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-135     5  0.2857    0.41426 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-136     1  0.4167    0.46790 0.580 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.260   0
#> dkfz_11-137     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-138     1  0.0202    0.81893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-139     8  0.0000    0.94274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000   0
#> dkfz_11-140     7  0.1966    0.85906 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-141     5  0.0555    0.71635 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-142     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0
#> dkfz_11-143    10  0.0000    0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   1
#> dkfz_11-144     8  0.0202    0.94193 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000   0
#> dkfz_11-145     2  0.3010   -0.30036 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-146     8  0.0000    0.94274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000   0
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.79676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-148     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-149     2  0.2908    0.21360 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-150     2  0.0000    0.83756 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000   0
#> dkfz_11-151     4  0.0113    0.85286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004   0

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>           n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> ATC:pam 136        4.15e-16        9.24e-06  2
#> ATC:pam 136        8.79e-25        6.93e-05  3
#> ATC:pam 115        5.26e-23        6.36e-05  4
#> ATC:pam 100        1.82e-26        2.59e-06  5
#> ATC:pam 115        1.23e-25        2.80e-05  6
#> ATC:pam 120        8.64e-25        5.04e-04  7
#> ATC:pam 114        2.03e-25        3.66e-06  8
#> ATC:pam 112        2.93e-26        9.80e-07  9
#> ATC:pam 101        3.65e-23        6.51e-06 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:mclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#>   On a matrix with 387901 rows and 136 columns.
#>   Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>     k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2   2 0.764           0.884       0.946        0.46298 0.540   0.540
#> 3   3 0.677           0.823       0.901        0.20365 0.892   0.806
#> 4   4 0.641           0.771       0.858        0.22210 0.727   0.480
#> 5   5 0.680           0.759       0.841        0.11716 0.778   0.410
#> 6   6 0.755           0.709       0.788        0.06239 0.936   0.726
#> 7   7 0.780           0.749       0.847        0.03974 0.929   0.648
#> 8   8 0.860           0.817       0.897        0.02458 0.957   0.734
#> 9   9 0.850           0.783       0.861        0.00904 0.996   0.969
#> 10 10 0.834           0.699       0.820        0.00675 0.989   0.917

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>             class entropy silhouette    p1    p2
#> dkfz_11-001     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-002     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-003     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-006     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-007     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-009     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.8661     0.6419 0.712 0.288
#> dkfz_11-012     2  0.8713     0.5791 0.292 0.708
#> dkfz_11-013     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-014     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-015     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-016     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-017     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-018     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-019     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-020     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-021     1  0.5737     0.8271 0.864 0.136
#> dkfz_11-022     1  0.8813     0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-023     1  0.0376     0.9319 0.996 0.004
#> dkfz_11-024     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-025     1  0.2778     0.9070 0.952 0.048
#> dkfz_11-026     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-027     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-028     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-029     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-030     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-031     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-032     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-033     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-034     2  0.0376     0.9511 0.004 0.996
#> dkfz_11-035     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-037     1  0.8608     0.6477 0.716 0.284
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-039     1  0.2423     0.9103 0.960 0.040
#> dkfz_11-040     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.8081     0.6675 0.248 0.752
#> dkfz_11-044     1  0.8608     0.6482 0.716 0.284
#> dkfz_11-045     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-046     1  0.8813     0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-047     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.7602     0.7358 0.780 0.220
#> dkfz_11-049     1  0.2423     0.9103 0.960 0.040
#> dkfz_11-050     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-051     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.3274     0.9202 0.060 0.940
#> dkfz_11-054     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-055     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-056     1  0.2603     0.9075 0.956 0.044
#> dkfz_11-057     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-060     1  0.2423     0.9103 0.960 0.040
#> dkfz_11-061     2  0.9944     0.0939 0.456 0.544
#> dkfz_11-062     2  0.1184     0.9544 0.016 0.984
#> dkfz_11-063     2  0.2603     0.9345 0.044 0.956
#> dkfz_11-064     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-065     1  0.9963     0.1960 0.536 0.464
#> dkfz_11-066     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-067     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-068     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-069     1  0.7299     0.7542 0.796 0.204
#> dkfz_11-070     1  0.8608     0.6482 0.716 0.284
#> dkfz_11-071     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.9129     0.5688 0.672 0.328
#> dkfz_11-073     2  0.7528     0.7196 0.216 0.784
#> dkfz_11-074     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-091     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-092     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-095     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-097     1  0.9286     0.5333 0.656 0.344
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-100     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.8555     0.6540 0.720 0.280
#> dkfz_11-102     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.8267     0.6831 0.740 0.260
#> dkfz_11-104     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-107     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.8813     0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-115     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.8763     0.6396 0.704 0.296
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.0672     0.9296 0.992 0.008
#> dkfz_11-121     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.6801     0.7816 0.820 0.180
#> dkfz_11-128     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-139     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-140     1  0.8813     0.6364 0.700 0.300
#> dkfz_11-141     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000
#> dkfz_11-143     2  0.9044     0.4924 0.320 0.680
#> dkfz_11-144     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-145     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-146     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-147     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-148     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-149     2  0.0000     0.9498 0.000 1.000
#> dkfz_11-150     2  0.1414     0.9555 0.020 0.980
#> dkfz_11-151     1  0.0000     0.9342 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> dkfz_11-001     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-002     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-003     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.1031      0.889 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-006     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-007     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-009     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.1031      0.889 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-011     1  0.8144      0.445 0.544 0.380 0.076
#> dkfz_11-012     2  0.3263      0.804 0.040 0.912 0.048
#> dkfz_11-013     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-014     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-015     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-016     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-017     3  0.4291      0.763 0.000 0.180 0.820
#> dkfz_11-018     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-019     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-020     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-021     1  0.5639      0.756 0.752 0.232 0.016
#> dkfz_11-022     1  0.7633      0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-023     1  0.5363      0.725 0.724 0.276 0.000
#> dkfz_11-024     2  0.4834      0.760 0.004 0.792 0.204
#> dkfz_11-025     1  0.5639      0.756 0.752 0.232 0.016
#> dkfz_11-026     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-027     1  0.5058      0.759 0.756 0.244 0.000
#> dkfz_11-028     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-029     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-030     3  0.1411      0.892 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-031     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-033     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     3  0.5835      0.491 0.000 0.340 0.660
#> dkfz_11-035     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-037     2  0.5977      0.524 0.252 0.728 0.020
#> dkfz_11-038     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     1  0.5335      0.761 0.760 0.232 0.008
#> dkfz_11-040     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     2  0.2680      0.824 0.008 0.924 0.068
#> dkfz_11-044     1  0.7479      0.661 0.660 0.264 0.076
#> dkfz_11-045     2  0.2448      0.879 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-046     1  0.7633      0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-047     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048     1  0.7905      0.308 0.500 0.444 0.056
#> dkfz_11-049     1  0.5639      0.756 0.752 0.232 0.016
#> dkfz_11-050     2  0.3272      0.868 0.004 0.892 0.104
#> dkfz_11-051     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     2  0.6274      0.157 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-054     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-055     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     1  0.5493      0.759 0.756 0.232 0.012
#> dkfz_11-057     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     1  0.4682      0.786 0.804 0.192 0.004
#> dkfz_11-059     1  0.1289      0.887 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-060     1  0.5812      0.728 0.724 0.264 0.012
#> dkfz_11-061     2  0.7556      0.525 0.224 0.676 0.100
#> dkfz_11-062     3  0.6204      0.259 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-063     3  0.5363      0.608 0.000 0.276 0.724
#> dkfz_11-064     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-065     2  0.4725      0.735 0.088 0.852 0.060
#> dkfz_11-066     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-067     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-068     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-069     1  0.5365      0.749 0.744 0.252 0.004
#> dkfz_11-070     1  0.8180      0.413 0.532 0.392 0.076
#> dkfz_11-071     1  0.1753      0.882 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-072     1  0.7542      0.372 0.528 0.432 0.040
#> dkfz_11-073     2  0.2496      0.826 0.004 0.928 0.068
#> dkfz_11-074     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-091     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-092     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     1  0.3644      0.834 0.872 0.124 0.004
#> dkfz_11-094     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-095     1  0.2448      0.872 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-096     1  0.3272      0.851 0.892 0.104 0.004
#> dkfz_11-097     2  0.5903      0.552 0.232 0.744 0.024
#> dkfz_11-098     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.2200      0.900 0.004 0.940 0.056
#> dkfz_11-100     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.5698      0.743 0.736 0.252 0.012
#> dkfz_11-102     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103     1  0.5443      0.740 0.736 0.260 0.004
#> dkfz_11-104     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.1525      0.886 0.964 0.032 0.004
#> dkfz_11-107     1  0.0237      0.894 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-108     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.1031      0.889 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-110     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     1  0.7400      0.665 0.664 0.264 0.072
#> dkfz_11-115     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     1  0.7633      0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-118     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.5244      0.759 0.756 0.240 0.004
#> dkfz_11-121     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.1860      0.881 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-123     1  0.0237      0.894 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-124     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.0237      0.894 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-126     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127     1  0.5325      0.752 0.748 0.248 0.004
#> dkfz_11-128     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.2711      0.866 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-132     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.1765      0.884 0.956 0.040 0.004
#> dkfz_11-134     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.2625      0.868 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-136     1  0.2878      0.862 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-137     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.1031      0.903 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-140     1  0.7633      0.652 0.652 0.264 0.084
#> dkfz_11-141     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     1  0.9555      0.353 0.476 0.300 0.224
#> dkfz_11-144     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-145     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-146     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-147     3  0.0237      0.912 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-148     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-149     3  0.1411      0.892 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-150     2  0.1964      0.903 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-151     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     1  0.1022     0.8965 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0469     0.9355 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-009     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     1  0.1867     0.8771 0.928 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-011     4  0.1743     0.7212 0.004 0.056 0.000 0.940
#> dkfz_11-012     4  0.4632     0.6164 0.004 0.308 0.000 0.688
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0336     0.9385 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-016     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     4  0.6407     0.5558 0.000 0.332 0.084 0.584
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.3501     0.7198 0.132 0.020 0.000 0.848
#> dkfz_11-022     4  0.1661     0.7208 0.004 0.052 0.000 0.944
#> dkfz_11-023     4  0.3612     0.7301 0.100 0.044 0.000 0.856
#> dkfz_11-024     4  0.5440     0.5330 0.000 0.384 0.020 0.596
#> dkfz_11-025     4  0.3850     0.7261 0.116 0.044 0.000 0.840
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     4  0.4452     0.6204 0.260 0.008 0.000 0.732
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030     4  0.7052     0.4074 0.000 0.128 0.372 0.500
#> dkfz_11-031     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     4  0.6042     0.5263 0.000 0.368 0.052 0.580
#> dkfz_11-035     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     4  0.4838     0.6627 0.024 0.252 0.000 0.724
#> dkfz_11-038     1  0.3311     0.8041 0.828 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-039     4  0.3850     0.7261 0.116 0.044 0.000 0.840
#> dkfz_11-040     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     4  0.5026     0.6132 0.016 0.312 0.000 0.672
#> dkfz_11-044     4  0.1743     0.7208 0.004 0.056 0.000 0.940
#> dkfz_11-045     2  0.4790     0.2316 0.000 0.620 0.000 0.380
#> dkfz_11-046     4  0.1661     0.7208 0.004 0.052 0.000 0.944
#> dkfz_11-047     1  0.1302     0.8934 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-048     4  0.2329     0.7252 0.012 0.072 0.000 0.916
#> dkfz_11-049     4  0.3485     0.7234 0.116 0.028 0.000 0.856
#> dkfz_11-050     4  0.5339     0.5364 0.000 0.384 0.016 0.600
#> dkfz_11-051     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     4  0.5773     0.5376 0.004 0.376 0.028 0.592
#> dkfz_11-054     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.2973     0.8347 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-056     4  0.3764     0.7257 0.116 0.040 0.000 0.844
#> dkfz_11-057     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.2704     0.7097 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-059     4  0.4916     0.3040 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-060     4  0.3088     0.7317 0.060 0.052 0.000 0.888
#> dkfz_11-061     4  0.5138     0.4809 0.008 0.392 0.000 0.600
#> dkfz_11-062     4  0.6121     0.4719 0.000 0.396 0.052 0.552
#> dkfz_11-063     4  0.6779     0.5277 0.000 0.324 0.116 0.560
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     4  0.4737     0.6599 0.020 0.252 0.000 0.728
#> dkfz_11-066     3  0.1209     0.9399 0.000 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     1  0.5108     0.5812 0.672 0.020 0.000 0.308
#> dkfz_11-070     4  0.3768     0.6915 0.008 0.184 0.000 0.808
#> dkfz_11-071     1  0.3873     0.7499 0.772 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-072     4  0.6330     0.6801 0.144 0.200 0.000 0.656
#> dkfz_11-073     4  0.5013     0.6330 0.020 0.292 0.000 0.688
#> dkfz_11-074     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0336     0.9385 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-091     2  0.0336     0.9372 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-092     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.4277     0.5691 0.280 0.000 0.000 0.720
#> dkfz_11-094     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.4981     0.1639 0.536 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-096     4  0.4804     0.3444 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-097     4  0.4855     0.6515 0.020 0.268 0.000 0.712
#> dkfz_11-098     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.4985    -0.2188 0.000 0.532 0.000 0.468
#> dkfz_11-100     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     4  0.5152     0.5263 0.316 0.020 0.000 0.664
#> dkfz_11-102     1  0.2345     0.8677 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-103     4  0.1452     0.7226 0.008 0.036 0.000 0.956
#> dkfz_11-104     1  0.2704     0.8515 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-105     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     1  0.1637     0.8902 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-107     1  0.4250     0.6634 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-108     1  0.2647     0.8544 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-109     1  0.4761     0.4344 0.628 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-110     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     4  0.1807     0.7226 0.008 0.052 0.000 0.940
#> dkfz_11-115     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     4  0.1807     0.7226 0.008 0.052 0.000 0.940
#> dkfz_11-118     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     4  0.5288     0.0271 0.472 0.008 0.000 0.520
#> dkfz_11-121     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     4  0.4925     0.2874 0.428 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-123     1  0.4941     0.2259 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-124     1  0.2921     0.8386 0.860 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-125     1  0.4134     0.6787 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-126     1  0.3123     0.8234 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-127     4  0.3404     0.7317 0.104 0.032 0.000 0.864
#> dkfz_11-128     1  0.2081     0.8755 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-129     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     1  0.0707     0.9023 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-131     4  0.4605     0.5140 0.336 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-132     1  0.2868     0.8421 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-133     1  0.4624     0.5220 0.660 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-134     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     4  0.4776     0.4308 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-136     4  0.4643     0.5024 0.344 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-137     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.2814     0.8452 0.868 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-139     3  0.0188     0.9748 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-140     4  0.1807     0.7226 0.008 0.052 0.000 0.940
#> dkfz_11-141     1  0.2973     0.8347 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-142     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     4  0.1661     0.7183 0.000 0.052 0.004 0.944
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.4356     0.7502 0.000 0.048 0.804 0.148
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     1  0.0000     0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     5  0.0510     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-004     5  0.0912     0.8394 0.012 0.000 0.000 0.016 0.972
#> dkfz_11-005     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     5  0.0162     0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     5  0.3508     0.5955 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-010     5  0.2233     0.7904 0.080 0.000 0.000 0.016 0.904
#> dkfz_11-011     4  0.5358     0.4572 0.104 0.248 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-012     2  0.4832     0.7615 0.104 0.720 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.0162     0.8463 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     2  0.5318     0.7587 0.140 0.696 0.008 0.156 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.5178    -0.1118 0.476 0.000 0.000 0.484 0.040
#> dkfz_11-022     4  0.0609     0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.5730     0.3200 0.644 0.136 0.000 0.212 0.008
#> dkfz_11-024     2  0.4953     0.7616 0.124 0.712 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-025     4  0.1568     0.8580 0.020 0.000 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     5  0.7633     0.1491 0.264 0.100 0.000 0.160 0.476
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.5553     0.5631 0.024 0.184 0.688 0.104 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.0798     0.8403 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0510     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-034     2  0.5358     0.7557 0.144 0.692 0.008 0.156 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.0510     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     2  0.5933     0.6425 0.228 0.608 0.000 0.160 0.004
#> dkfz_11-038     1  0.2852     0.8262 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-039     4  0.1568     0.8580 0.020 0.000 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-040     5  0.3039     0.6783 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-041     5  0.0162     0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-042     5  0.0404     0.8412 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-043     2  0.5425     0.7335 0.156 0.676 0.000 0.164 0.004
#> dkfz_11-044     4  0.0932     0.8646 0.020 0.004 0.000 0.972 0.004
#> dkfz_11-045     2  0.3471     0.8147 0.092 0.836 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0609     0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.3177     0.6334 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-048     2  0.6261     0.2933 0.128 0.464 0.000 0.404 0.004
#> dkfz_11-049     4  0.1836     0.8511 0.032 0.000 0.000 0.932 0.036
#> dkfz_11-050     2  0.4864     0.7648 0.116 0.720 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-051     5  0.0290     0.8408 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-052     1  0.4283     0.3611 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-053     2  0.5123     0.7578 0.144 0.696 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.3305     0.8076 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-056     4  0.1568     0.8580 0.020 0.000 0.000 0.944 0.036
#> dkfz_11-057     5  0.4074     0.3304 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-058     1  0.5177     0.0446 0.488 0.000 0.000 0.472 0.040
#> dkfz_11-059     1  0.4272     0.8228 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> dkfz_11-060     4  0.1485     0.8600 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> dkfz_11-061     2  0.4593     0.7701 0.080 0.736 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-062     2  0.5281     0.7619 0.140 0.700 0.008 0.152 0.000
#> dkfz_11-063     2  0.5202     0.7621 0.144 0.700 0.004 0.152 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     2  0.6026     0.6183 0.244 0.592 0.000 0.160 0.004
#> dkfz_11-066     3  0.0740     0.9480 0.008 0.004 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.4964     0.5482 0.204 0.000 0.000 0.096 0.700
#> dkfz_11-070     4  0.5761     0.1904 0.092 0.332 0.000 0.572 0.004
#> dkfz_11-071     5  0.4795     0.5426 0.224 0.000 0.000 0.072 0.704
#> dkfz_11-072     5  0.8355     0.0170 0.188 0.248 0.000 0.192 0.372
#> dkfz_11-073     2  0.4845     0.7666 0.128 0.724 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-074     5  0.0510     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-075     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.1626     0.8381 0.044 0.940 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.0510     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-093     1  0.5461     0.2833 0.528 0.000 0.000 0.408 0.064
#> dkfz_11-094     2  0.0162     0.8463 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     1  0.4850     0.8009 0.696 0.000 0.000 0.072 0.232
#> dkfz_11-096     1  0.3527     0.8064 0.828 0.000 0.000 0.056 0.116
#> dkfz_11-097     2  0.5653     0.6990 0.140 0.656 0.000 0.196 0.008
#> dkfz_11-098     5  0.0693     0.8413 0.008 0.000 0.000 0.012 0.980
#> dkfz_11-099     2  0.3888     0.8011 0.076 0.804 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-100     5  0.0000     0.8409 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101     1  0.6219     0.6147 0.544 0.000 0.000 0.196 0.260
#> dkfz_11-102     1  0.3636     0.7687 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-103     4  0.2280     0.7958 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.2852     0.8262 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-105     5  0.0404     0.8398 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-106     5  0.3690     0.6292 0.200 0.000 0.000 0.020 0.780
#> dkfz_11-107     1  0.3081     0.8291 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-108     1  0.3177     0.8181 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-109     1  0.4168     0.8216 0.756 0.000 0.000 0.044 0.200
#> dkfz_11-110     5  0.0404     0.8412 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-111     5  0.0162     0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-112     5  0.1270     0.8201 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-113     5  0.2852     0.7032 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-114     4  0.0609     0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0798     0.8403 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> dkfz_11-116     5  0.3177     0.6555 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-117     4  0.0609     0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-118     5  0.0162     0.8412 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-119     5  0.0324     0.8418 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-120     1  0.5329     0.7767 0.672 0.000 0.000 0.144 0.184
#> dkfz_11-121     5  0.3752     0.5285 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-122     1  0.4134     0.8228 0.760 0.000 0.000 0.044 0.196
#> dkfz_11-123     1  0.3081     0.8279 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-124     1  0.3427     0.8276 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> dkfz_11-125     1  0.3649     0.8311 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> dkfz_11-126     1  0.4024     0.8140 0.752 0.000 0.000 0.028 0.220
#> dkfz_11-127     1  0.5480     0.6250 0.660 0.016 0.000 0.248 0.076
#> dkfz_11-128     1  0.4060     0.6366 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-129     5  0.1908     0.7877 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-130     5  0.3816     0.4957 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-131     1  0.4949     0.8152 0.728 0.008 0.000 0.100 0.164
#> dkfz_11-132     1  0.2852     0.8262 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-133     1  0.3081     0.8290 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-134     5  0.3480     0.6054 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-135     1  0.4252     0.8135 0.764 0.000 0.000 0.064 0.172
#> dkfz_11-136     1  0.4123     0.7215 0.788 0.000 0.000 0.108 0.104
#> dkfz_11-137     5  0.0579     0.8425 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> dkfz_11-138     1  0.2966     0.8253 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-139     3  0.0703     0.9462 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     4  0.0609     0.8642 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.2929     0.8261 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-142     5  0.0510     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-143     4  0.1413     0.8508 0.020 0.012 0.012 0.956 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.2753     0.8497 0.008 0.012 0.876 0.104 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.0510     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-003     5  0.3371     0.7565 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.1429     0.6225 0.004 0.004 0.000 0.000 0.940 0.052
#> dkfz_11-005     2  0.3833     0.9358 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-006     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-007     5  0.3756     0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.3937     0.9635 0.004 0.572 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-009     5  0.6024     0.3290 0.348 0.248 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.1897     0.5923 0.004 0.004 0.000 0.000 0.908 0.084
#> dkfz_11-011     6  0.4566     0.1990 0.028 0.004 0.000 0.428 0.000 0.540
#> dkfz_11-012     6  0.2854     0.7007 0.036 0.068 0.000 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-013     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-014     2  0.3869     0.8049 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-015     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-016     2  0.3810     0.9617 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-017     6  0.1606     0.7046 0.008 0.056 0.000 0.004 0.000 0.932
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.4787     0.4745 0.312 0.000 0.000 0.624 0.008 0.056
#> dkfz_11-022     4  0.0146     0.8679 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-023     1  0.4672     0.4920 0.548 0.012 0.000 0.024 0.000 0.416
#> dkfz_11-024     6  0.1972     0.7085 0.004 0.056 0.000 0.024 0.000 0.916
#> dkfz_11-025     4  0.0000     0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-027     5  0.4638    -0.0265 0.020 0.012 0.000 0.000 0.520 0.448
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     3  0.4277     0.4169 0.008 0.004 0.576 0.004 0.000 0.408
#> dkfz_11-031     5  0.0291     0.6579 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.0146     0.6600 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-034     6  0.1524     0.7033 0.008 0.060 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-035     5  0.0260     0.6653 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-037     6  0.2325     0.6734 0.068 0.008 0.000 0.020 0.004 0.900
#> dkfz_11-038     1  0.0713     0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     5  0.5984     0.4778 0.280 0.276 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-041     5  0.3756     0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-042     5  0.4168     0.7577 0.016 0.400 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.1794     0.6941 0.024 0.008 0.000 0.020 0.012 0.936
#> dkfz_11-044     4  0.0000     0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     6  0.3615     0.1152 0.008 0.292 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     5  0.5710     0.6811 0.128 0.340 0.000 0.000 0.520 0.012
#> dkfz_11-048     6  0.4946     0.4558 0.100 0.000 0.000 0.284 0.000 0.616
#> dkfz_11-049     4  0.0000     0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1972     0.7082 0.004 0.056 0.000 0.024 0.000 0.916
#> dkfz_11-051     5  0.3890     0.7603 0.004 0.400 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-052     1  0.3970     0.5724 0.692 0.028 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-053     6  0.1524     0.7033 0.008 0.060 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-054     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-055     1  0.1501     0.7886 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     1  0.4900     0.3671 0.592 0.080 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-058     4  0.3409     0.5971 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.4236     0.7673 0.736 0.024 0.000 0.000 0.036 0.204
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.8686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.3721     0.3154 0.004 0.252 0.000 0.016 0.000 0.728
#> dkfz_11-062     6  0.1757     0.6874 0.008 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-063     6  0.1584     0.7000 0.008 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-064     2  0.3810     0.9616 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-065     6  0.2379     0.6745 0.064 0.008 0.000 0.020 0.008 0.900
#> dkfz_11-066     3  0.0777     0.9328 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-069     5  0.3852     0.3866 0.008 0.008 0.000 0.004 0.716 0.264
#> dkfz_11-070     4  0.2255     0.7991 0.004 0.016 0.000 0.892 0.000 0.088
#> dkfz_11-071     5  0.4671     0.3168 0.072 0.012 0.000 0.000 0.688 0.228
#> dkfz_11-072     5  0.4312    -0.0719 0.000 0.012 0.000 0.004 0.508 0.476
#> dkfz_11-073     6  0.2818     0.6633 0.028 0.076 0.000 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-074     5  0.3330     0.7552 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-091     2  0.3995     0.8524 0.000 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480
#> dkfz_11-092     5  0.0260     0.6653 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-093     4  0.4417     0.2938 0.416 0.000 0.000 0.556 0.028 0.000
#> dkfz_11-094     6  0.3869    -0.8249 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-095     1  0.5064     0.7301 0.644 0.024 0.000 0.000 0.068 0.264
#> dkfz_11-096     1  0.1341     0.7783 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028 0.000
#> dkfz_11-097     6  0.2182     0.6732 0.068 0.008 0.000 0.020 0.000 0.904
#> dkfz_11-098     5  0.3309     0.7564 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> dkfz_11-099     6  0.3737    -0.3386 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> dkfz_11-100     5  0.3756     0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-101     1  0.6507     0.5933 0.504 0.012 0.000 0.044 0.132 0.308
#> dkfz_11-102     1  0.3854     0.7192 0.768 0.016 0.000 0.000 0.184 0.032
#> dkfz_11-103     4  0.5052     0.1082 0.420 0.000 0.000 0.512 0.004 0.064
#> dkfz_11-104     1  0.0790     0.7895 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-105     5  0.3890     0.7603 0.004 0.400 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-106     5  0.5132     0.6411 0.120 0.172 0.000 0.000 0.680 0.028
#> dkfz_11-107     1  0.0713     0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.1265     0.7915 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-109     1  0.4789     0.7593 0.692 0.024 0.000 0.000 0.068 0.216
#> dkfz_11-110     5  0.3756     0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-111     5  0.3756     0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-112     5  0.3890     0.7603 0.004 0.400 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-113     5  0.4728     0.7368 0.052 0.392 0.000 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-114     4  0.0146     0.8679 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.0146     0.6600 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-116     5  0.5867     0.3670 0.336 0.208 0.000 0.000 0.456 0.000
#> dkfz_11-117     4  0.0291     0.8670 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-118     5  0.3756     0.7612 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-119     5  0.3706     0.7626 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-120     1  0.4873     0.7558 0.684 0.020 0.000 0.004 0.064 0.228
#> dkfz_11-121     1  0.5824    -0.0690 0.452 0.192 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-122     1  0.4383     0.7701 0.736 0.024 0.000 0.004 0.040 0.196
#> dkfz_11-123     1  0.0713     0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.1498     0.7845 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.1851     0.7962 0.928 0.012 0.000 0.000 0.036 0.024
#> dkfz_11-126     1  0.4255     0.7716 0.768 0.024 0.000 0.000 0.112 0.096
#> dkfz_11-127     1  0.4880     0.7242 0.672 0.008 0.000 0.036 0.028 0.256
#> dkfz_11-128     1  0.5162     0.4704 0.580 0.016 0.000 0.000 0.340 0.064
#> dkfz_11-129     5  0.3993     0.7590 0.008 0.400 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-130     5  0.5925     0.5625 0.224 0.332 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-131     1  0.4213     0.7650 0.736 0.020 0.000 0.004 0.028 0.212
#> dkfz_11-132     1  0.0713     0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0713     0.7883 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-134     5  0.4885     0.7315 0.068 0.372 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-135     1  0.4427     0.7366 0.692 0.024 0.000 0.000 0.028 0.256
#> dkfz_11-136     1  0.4847     0.7163 0.668 0.020 0.000 0.020 0.024 0.268
#> dkfz_11-137     5  0.3782     0.7630 0.004 0.360 0.000 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0865     0.7910 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0146     0.9492 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-140     4  0.0146     0.8679 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0790     0.7895 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-142     5  0.3464     0.7591 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-143     4  0.1333     0.8388 0.000 0.000 0.008 0.944 0.000 0.048
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-146     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-149     3  0.2750     0.8222 0.000 0.000 0.844 0.020 0.000 0.136
#> dkfz_11-150     2  0.3789     0.9744 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-151     5  0.0000     0.6618 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7
#> dkfz_11-001     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     7  0.2572     0.6347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> dkfz_11-004     5  0.2855     0.9083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-005     2  0.0422     0.9230 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     7  0.0239     0.8249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-008     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     7  0.3392     0.3922 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-010     5  0.3077     0.8977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.012 0.228
#> dkfz_11-011     6  0.4042     0.2702 0.000 0.024 0.000 0.448 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.2174     0.7759 0.000 0.136 0.000 0.004 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-013     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.2453     0.7417 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.1109     0.8912 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-017     6  0.3649     0.7807 0.000 0.120 0.000 0.000 0.116 0.764 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     4  0.2572     0.7265 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023     6  0.2701     0.6046 0.108 0.000 0.000 0.008 0.032 0.852 0.000
#> dkfz_11-024     6  0.3648     0.7815 0.000 0.128 0.000 0.004 0.096 0.772 0.000
#> dkfz_11-025     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     6  0.3851     0.5851 0.004 0.000 0.000 0.000 0.180 0.740 0.076
#> dkfz_11-028     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     6  0.4555     0.5593 0.000 0.000 0.244 0.000 0.120 0.636 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.2855     0.9083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-032     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.2855     0.9083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-034     6  0.3644     0.7795 0.000 0.128 0.000 0.000 0.108 0.764 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.3066     0.8730 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> dkfz_11-036     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.2037     0.7807 0.000 0.100 0.000 0.004 0.008 0.888 0.000
#> dkfz_11-038     1  0.0000     0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040     7  0.3156     0.4975 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-041     7  0.0134     0.8249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-042     7  0.0755     0.8235 0.012 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.972
#> dkfz_11-043     6  0.2302     0.7828 0.000 0.116 0.000 0.004 0.012 0.868 0.000
#> dkfz_11-044     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045     6  0.3155     0.6260 0.000 0.276 0.000 0.004 0.000 0.720 0.000
#> dkfz_11-046     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047     7  0.1512     0.8085 0.032 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.936
#> dkfz_11-048     6  0.4057     0.1329 0.000 0.024 0.000 0.476 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-049     4  0.0334     0.8949 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.3685     0.7802 0.000 0.132 0.000 0.004 0.096 0.768 0.000
#> dkfz_11-051     7  0.0000     0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052     1  0.3450     0.3171 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-053     6  0.3607     0.7808 0.000 0.124 0.000 0.000 0.108 0.768 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.1050     0.7577 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-056     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057     1  0.3562    -0.0303 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-058     4  0.2878     0.6742 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059     1  0.4935     0.6701 0.608 0.000 0.000 0.000 0.120 0.260 0.012
#> dkfz_11-060     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.5045     0.4846 0.000 0.308 0.000 0.152 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-062     6  0.3707     0.7640 0.000 0.160 0.000 0.000 0.088 0.752 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.3644     0.7795 0.000 0.128 0.000 0.000 0.108 0.764 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0504     0.9198 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-065     6  0.2082     0.7813 0.000 0.104 0.000 0.004 0.008 0.884 0.000
#> dkfz_11-066     3  0.1513     0.9295 0.000 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.4323     0.6674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.208 0.116
#> dkfz_11-070     4  0.0555     0.8896 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-071     5  0.4413     0.7403 0.020 0.000 0.000 0.000 0.712 0.132 0.136
#> dkfz_11-072     6  0.3460     0.6413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.780 0.084
#> dkfz_11-073     6  0.2107     0.7815 0.000 0.116 0.000 0.004 0.004 0.876 0.000
#> dkfz_11-074     7  0.2543     0.6364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> dkfz_11-075     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.1886     0.8271 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2987     0.8936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> dkfz_11-093     4  0.3190     0.5710 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.2808     0.6564 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-095     6  0.5291    -0.3820 0.420 0.000 0.000 0.000 0.092 0.464 0.024
#> dkfz_11-096     1  0.0656     0.7667 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     6  0.1847     0.7830 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-098     7  0.2225     0.7098 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> dkfz_11-099     2  0.4225    -0.1979 0.000 0.504 0.000 0.036 0.000 0.460 0.000
#> dkfz_11-100     7  0.0504     0.8235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-101     6  0.6206     0.2799 0.260 0.000 0.000 0.128 0.016 0.524 0.072
#> dkfz_11-102     1  0.4689     0.6327 0.668 0.000 0.000 0.000 0.020 0.108 0.204
#> dkfz_11-103     4  0.4634    -0.0754 0.452 0.000 0.000 0.476 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0000     0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     7  0.0239     0.8249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-106     7  0.3525     0.6517 0.048 0.000 0.000 0.000 0.160 0.012 0.780
#> dkfz_11-107     1  0.0000     0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0334     0.7761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-109     1  0.5682     0.5919 0.516 0.000 0.000 0.000 0.120 0.316 0.048
#> dkfz_11-110     7  0.0334     0.8240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-111     7  0.0134     0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-112     7  0.0134     0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-113     7  0.0582     0.8189 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-114     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.2878     0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-116     7  0.3514     0.2300 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568
#> dkfz_11-117     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     7  0.0134     0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-119     7  0.0797     0.8161 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-120     1  0.4730     0.4596 0.500 0.000 0.000 0.000 0.048 0.436 0.016
#> dkfz_11-121     7  0.3538     0.1630 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-122     1  0.4880     0.6795 0.620 0.000 0.000 0.000 0.120 0.248 0.012
#> dkfz_11-123     1  0.0000     0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0797     0.7640 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.1327     0.7753 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.004
#> dkfz_11-126     1  0.5041     0.7059 0.648 0.000 0.000 0.000 0.108 0.200 0.044
#> dkfz_11-127     1  0.4839     0.5217 0.572 0.000 0.000 0.104 0.004 0.320 0.000
#> dkfz_11-128     1  0.6135     0.4150 0.460 0.000 0.000 0.000 0.060 0.176 0.304
#> dkfz_11-129     7  0.0000     0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130     7  0.1802     0.7444 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-131     1  0.4851     0.6670 0.608 0.000 0.000 0.000 0.116 0.268 0.008
#> dkfz_11-132     1  0.0000     0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0000     0.7753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     7  0.0667     0.8239 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976
#> dkfz_11-135     1  0.5074     0.6375 0.572 0.000 0.000 0.000 0.120 0.296 0.012
#> dkfz_11-136     1  0.5205     0.6006 0.548 0.000 0.000 0.008 0.108 0.328 0.008
#> dkfz_11-137     7  0.1906     0.7648 0.008 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.892
#> dkfz_11-138     1  0.0239     0.7764 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     4  0.0000     0.9007 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0134     0.7760 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142     7  0.2259     0.6945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> dkfz_11-143     4  0.0582     0.8843 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0134     0.9779 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000     0.9798 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.2930     0.8142 0.000 0.000 0.832 0.008 0.036 0.124 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0000     0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2966     0.8955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6    p7    p8
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.2070      0.785 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-004     5  0.1646      0.894 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.1305      0.908 0.000 0.944 0.000 0.000 0.020 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-006     2  0.0000      0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     4  0.0224      0.866 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.0438      0.924 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.3040      0.614 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.1769      0.894 0.000 0.000 0.000 0.108 0.888 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011     6  0.3767      0.230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.544 0.432 0.000
#> dkfz_11-012     6  0.1797      0.840 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.912 0.008 0.064
#> dkfz_11-013     2  0.0125      0.926 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.3160      0.751 0.000 0.776 0.000 0.000 0.032 0.184 0.000 0.008
#> dkfz_11-015     2  0.0313      0.923 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-016     2  0.1629      0.887 0.000 0.916 0.000 0.000 0.024 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     6  0.0645      0.841 0.000 0.004 0.004 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     7  0.1514      0.888 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008
#> dkfz_11-022     7  0.0224      0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-023     8  0.4456      0.309 0.048 0.000 0.000 0.004 0.000 0.372 0.016 0.560
#> dkfz_11-024     6  0.0600      0.843 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004 0.008
#> dkfz_11-025     7  0.0349      0.939 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-026     2  0.0000      0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     6  0.2836      0.797 0.004 0.000 0.000 0.036 0.040 0.852 0.000 0.068
#> dkfz_11-028     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     6  0.1155      0.828 0.000 0.000 0.028 0.000 0.024 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-031     5  0.1765      0.894 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.1728      0.891 0.000 0.000 0.000 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034     6  0.0251      0.842 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-035     5  0.2448      0.868 0.000 0.000 0.000 0.164 0.824 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-036     2  0.0000      0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.1952      0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880 0.000 0.108
#> dkfz_11-038     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     7  0.0349      0.939 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-040     4  0.2796      0.691 0.228 0.000 0.000 0.764 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.0224      0.865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0395      0.865 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.1503      0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.920 0.000 0.068
#> dkfz_11-044     7  0.0349      0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-045     6  0.4444      0.258 0.000 0.384 0.000 0.000 0.024 0.548 0.000 0.044
#> dkfz_11-046     7  0.0224      0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-047     4  0.1355      0.842 0.000 0.000 0.000 0.936 0.028 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-048     7  0.3807      0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.304 0.656 0.012
#> dkfz_11-049     7  0.0349      0.939 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-050     6  0.0841      0.843 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.000
#> dkfz_11-051     4  0.0125      0.866 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.3527      0.214 0.476 0.000 0.000 0.516 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     6  0.0251      0.842 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.0926      0.901 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056     7  0.0349      0.939 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-057     4  0.3390      0.478 0.376 0.000 0.000 0.616 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     7  0.1887      0.859 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004
#> dkfz_11-059     8  0.1769      0.765 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-060     7  0.0000      0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.6047      0.333 0.000 0.224 0.000 0.000 0.032 0.464 0.248 0.032
#> dkfz_11-062     6  0.0739      0.835 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004
#> dkfz_11-063     6  0.0251      0.842 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-064     2  0.0544      0.919 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     6  0.1952      0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880 0.000 0.108
#> dkfz_11-066     3  0.1449      0.924 0.000 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000      0.927 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.4244      0.566 0.000 0.000 0.000 0.048 0.636 0.292 0.000 0.024
#> dkfz_11-070     7  0.1211      0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.948 0.024
#> dkfz_11-071     5  0.4482      0.650 0.000 0.000 0.000 0.044 0.688 0.148 0.000 0.120
#> dkfz_11-072     6  0.1490      0.827 0.004 0.000 0.000 0.036 0.012 0.936 0.000 0.012
#> dkfz_11-073     6  0.2031      0.833 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.888 0.004 0.092
#> dkfz_11-074     4  0.2031      0.789 0.000 0.000 0.000 0.872 0.116 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-075     2  0.0224      0.924 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-091     2  0.1686      0.851 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2049      0.881 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     7  0.2070      0.838 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-094     2  0.3240      0.735 0.000 0.764 0.000 0.000 0.032 0.196 0.000 0.008
#> dkfz_11-095     8  0.4568      0.496 0.092 0.000 0.000 0.004 0.008 0.300 0.000 0.596
#> dkfz_11-096     1  0.1443      0.886 0.924 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068 0.004
#> dkfz_11-097     6  0.1588      0.837 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000 0.080
#> dkfz_11-098     4  0.1947      0.774 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.5737     -0.166 0.000 0.408 0.000 0.000 0.024 0.404 0.136 0.028
#> dkfz_11-100     4  0.0614      0.862 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     6  0.2702      0.807 0.040 0.000 0.000 0.012 0.020 0.876 0.036 0.016
#> dkfz_11-102     8  0.5196      0.265 0.296 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-103     7  0.1511      0.880 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000
#> dkfz_11-104     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     4  0.0125      0.866 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     4  0.2324      0.804 0.004 0.000 0.000 0.872 0.092 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-107     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0313      0.947 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     8  0.2423      0.763 0.104 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.860
#> dkfz_11-110     4  0.0313      0.864 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     4  0.0000      0.865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     4  0.0125      0.866 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.0125      0.865 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     7  0.0224      0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-115     5  0.1686      0.895 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.3371      0.543 0.340 0.000 0.000 0.648 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     7  0.0224      0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-118     4  0.0000      0.865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     4  0.0471      0.863 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     6  0.3799      0.636 0.100 0.000 0.000 0.004 0.008 0.744 0.000 0.144
#> dkfz_11-121     4  0.3370      0.494 0.368 0.000 0.000 0.624 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     8  0.1769      0.765 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-123     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.0992      0.916 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.3150      0.592 0.728 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.256
#> dkfz_11-126     8  0.2177      0.759 0.108 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-127     6  0.4900      0.548 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.660 0.152 0.076
#> dkfz_11-128     8  0.4819      0.443 0.100 0.000 0.000 0.328 0.020 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-129     4  0.0125      0.865 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     4  0.0251      0.866 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     8  0.1893      0.764 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.884
#> dkfz_11-132     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     4  0.0349      0.865 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135     8  0.1769      0.765 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-136     8  0.4715      0.646 0.116 0.000 0.000 0.004 0.000 0.196 0.032 0.652
#> dkfz_11-137     4  0.1236      0.846 0.000 0.000 0.000 0.940 0.048 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-138     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     7  0.0224      0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-141     1  0.0125      0.954 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.1740      0.816 0.000 0.000 0.000 0.900 0.088 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-143     7  0.0618      0.930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.0125      0.926 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0125      0.976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.978 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.0125      0.926 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.2728      0.791 0.000 0.000 0.816 0.000 0.024 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-150     2  0.0695      0.920 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2352      0.878 0.000 0.000 0.000 0.152 0.836 0.000 0.000 0.012

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6 p7    p8    p9
#> dkfz_11-001     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000      0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.2465      0.759 0.000 0.000 0.000 0.836 0.120 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.1033      0.828 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-005     2  0.2480      0.854 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-006     2  0.0581      0.896 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-007     4  0.0212      0.863 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1546      0.886 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.3113      0.653 0.252 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-010     5  0.0994      0.819 0.000 0.000 0.000 0.048 0.948 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-011     8  0.4334      0.238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 NA 0.532 0.016
#> dkfz_11-012     6  0.2970      0.768 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 NA 0.004 0.108
#> dkfz_11-013     2  0.0373      0.897 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.4441      0.627 0.000 0.600 0.000 0.000 0.008 0.156 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-015     2  0.0824      0.886 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-016     2  0.2483      0.854 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-017     6  0.2124      0.770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.884 NA 0.000 0.040
#> dkfz_11-018     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000      0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     8  0.1962      0.808 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.880 0.000
#> dkfz_11-022     8  0.1596      0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.888 0.000
#> dkfz_11-023     9  0.3669      0.424 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 NA 0.020 0.680
#> dkfz_11-024     6  0.0910      0.794 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.960 NA 0.000 0.028
#> dkfz_11-025     8  0.0936      0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.960 0.004
#> dkfz_11-026     2  0.0119      0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     6  0.3589      0.695 0.000 0.000 0.000 0.016 0.180 0.740 NA 0.000 0.060
#> dkfz_11-028     3  0.0119      0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-029     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-030     6  0.2241      0.769 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.880 NA 0.000 0.040
#> dkfz_11-031     5  0.1224      0.836 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.1805      0.838 0.000 0.000 0.000 0.096 0.888 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-034     6  0.1384      0.788 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.936 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-035     5  0.2970      0.786 0.000 0.000 0.000 0.204 0.760 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0119      0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     6  0.3436      0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.748 NA 0.000 0.140
#> dkfz_11-038     1  0.0212      0.941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     8  0.0801      0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.968 0.004
#> dkfz_11-040     4  0.2991      0.678 0.228 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041     4  0.0212      0.861 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0634      0.858 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-043     6  0.2007      0.789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.892 NA 0.000 0.064
#> dkfz_11-044     8  0.0237      0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.992 0.004
#> dkfz_11-045     6  0.5423      0.164 0.000 0.348 0.000 0.000 0.004 0.452 NA 0.000 0.064
#> dkfz_11-046     8  0.2868      0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.732 0.000
#> dkfz_11-047     4  0.1340      0.839 0.000 0.000 0.000 0.932 0.040 0.000 NA 0.000 0.028
#> dkfz_11-048     8  0.4140      0.479 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 NA 0.636 0.048
#> dkfz_11-049     8  0.2889      0.757 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.756 0.000
#> dkfz_11-050     6  0.1079      0.795 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 NA 0.008 0.008
#> dkfz_11-051     4  0.0000      0.862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.3573      0.266 0.440 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053     6  0.1312      0.789 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.940 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-054     2  0.0000      0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.1204      0.894 0.940 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-056     8  0.1059      0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.952 0.004
#> dkfz_11-057     4  0.3477      0.483 0.352 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058     8  0.2526      0.763 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.812 0.000
#> dkfz_11-059     9  0.1882      0.779 0.108 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 NA 0.000 0.880
#> dkfz_11-060     8  0.0237      0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.992 0.000
#> dkfz_11-061     6  0.6562      0.186 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.368 NA 0.272 0.044
#> dkfz_11-062     6  0.1517      0.787 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.928 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-063     6  0.1517      0.787 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.928 NA 0.000 0.036
#> dkfz_11-064     2  0.1100      0.885 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     6  0.3405      0.742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.752 NA 0.000 0.136
#> dkfz_11-066     3  0.2095      0.896 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.044 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-067     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0119      0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.4024      0.510 0.000 0.000 0.000 0.032 0.652 0.280 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-070     8  0.2284      0.813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.860 0.008
#> dkfz_11-071     5  0.3840      0.617 0.000 0.000 0.000 0.020 0.720 0.144 NA 0.000 0.116
#> dkfz_11-072     6  0.2541      0.770 0.000 0.000 0.000 0.012 0.088 0.856 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-073     6  0.4360      0.704 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.696 NA 0.000 0.124
#> dkfz_11-074     4  0.2429      0.760 0.000 0.000 0.000 0.840 0.116 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0821      0.884 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-091     2  0.1741      0.834 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2752      0.785 0.000 0.000 0.000 0.208 0.772 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     8  0.2718      0.737 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.784 0.000
#> dkfz_11-094     2  0.4465      0.621 0.000 0.596 0.000 0.000 0.008 0.160 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-095     9  0.4577      0.522 0.052 0.000 0.000 0.052 0.016 0.244 NA 0.000 0.636
#> dkfz_11-096     1  0.1994      0.813 0.868 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.120 0.000
#> dkfz_11-097     6  0.2948      0.759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 NA 0.000 0.132
#> dkfz_11-098     4  0.1810      0.784 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.5689      0.234 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.208 NA 0.192 0.004
#> dkfz_11-100     4  0.0645      0.858 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     6  0.3693      0.726 0.044 0.000 0.000 0.068 0.004 0.800 NA 0.044 0.012
#> dkfz_11-102     9  0.5064      0.397 0.240 0.000 0.000 0.264 0.016 0.000 NA 0.000 0.480
#> dkfz_11-103     8  0.2558      0.828 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.856 0.008
#> dkfz_11-104     1  0.0212      0.941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105     4  0.0212      0.863 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     4  0.1925      0.812 0.000 0.000 0.000 0.884 0.088 0.000 NA 0.000 0.028
#> dkfz_11-107     1  0.0119      0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0446      0.933 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109     9  0.2576      0.755 0.060 0.000 0.000 0.056 0.012 0.012 NA 0.000 0.860
#> dkfz_11-110     4  0.0515      0.859 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     4  0.0119      0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     4  0.0119      0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.0446      0.859 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.1596      0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.888 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.1519      0.839 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.3204      0.631 0.272 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117     8  0.1439      0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.904 0.000
#> dkfz_11-118     4  0.0119      0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     4  0.0492      0.862 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     6  0.4905      0.490 0.084 0.000 0.000 0.032 0.020 0.620 NA 0.004 0.236
#> dkfz_11-121     4  0.3422      0.527 0.332 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122     9  0.1766      0.779 0.108 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.884
#> dkfz_11-123     1  0.0119      0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124     1  0.1000      0.909 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.040 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2892      0.515 0.696 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.300
#> dkfz_11-126     9  0.2569      0.772 0.112 0.000 0.000 0.036 0.012 0.000 NA 0.000 0.840
#> dkfz_11-127     6  0.6018      0.296 0.112 0.000 0.000 0.004 0.000 0.464 NA 0.228 0.180
#> dkfz_11-128     9  0.3983      0.365 0.024 0.000 0.000 0.372 0.028 0.000 NA 0.000 0.576
#> dkfz_11-129     4  0.0212      0.861 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     4  0.0119      0.863 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131     9  0.1829      0.775 0.112 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA 0.000 0.880
#> dkfz_11-132     1  0.0119      0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133     1  0.0119      0.941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     4  0.0699      0.856 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-135     9  0.1727      0.779 0.104 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.888
#> dkfz_11-136     9  0.4045      0.682 0.120 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 NA 0.116 0.728
#> dkfz_11-137     4  0.1632      0.829 0.000 0.000 0.000 0.912 0.048 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0296      0.939 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.1596      0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.888 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0212      0.941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142     4  0.2240      0.783 0.000 0.000 0.000 0.860 0.096 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143     8  0.1997      0.844 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016 NA 0.884 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-145     2  0.1082      0.890 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0119      0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-147     3  0.0000      0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.1248      0.889 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.3053      0.797 0.000 0.000 0.804 0.000 0.012 0.124 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.1876      0.877 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-151     5  0.2946      0.790 0.000 0.000 0.000 0.200 0.764 0.000 NA 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#>             class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6 p7    p8    p9   p10
#> dkfz_11-001     3  0.0000    0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002     2  0.0000    0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003     4  0.2783    0.72466 0.000 0.000 0.000 0.812 0.116 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-004     5  0.1561    0.84437 0.000 0.000 0.000 0.104 0.892 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-005     2  0.3756    0.68984 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.000 0.224 0.012
#> dkfz_11-006     2  0.0484    0.86237 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-007     4  0.0202    0.85262 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008     2  0.1639    0.84002 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-009     4  0.3371    0.61336 0.264 0.000 0.000 0.696 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-010     5  0.1668    0.83202 0.000 0.000 0.000 0.092 0.896 0.000 NA 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-011     8  0.5321    0.36872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 NA 0.528 0.052 0.044
#> dkfz_11-012     6  0.4497   -0.41249 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.476 NA 0.012 0.400 0.108
#> dkfz_11-013     2  0.0000    0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014     2  0.5540    0.37303 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.000 0.292 0.024
#> dkfz_11-015     2  0.0693    0.85394 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-016     2  0.3189    0.76212 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.136 0.004
#> dkfz_11-017     6  0.1607    0.57809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.920 NA 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-018     3  0.0000    0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019     2  0.0000    0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020     3  0.0000    0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021     8  0.2824    0.67753 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.800 0.000 0.004
#> dkfz_11-022     8  0.2722    0.69962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-023    10  0.4784    0.39413 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 NA 0.052 0.100 0.648
#> dkfz_11-024     6  0.2381    0.51205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 NA 0.004 0.088 0.052
#> dkfz_11-025     8  0.1061    0.73941 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.944 0.004 0.000
#> dkfz_11-026     2  0.0000    0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027     6  0.4508    0.33615 0.004 0.000 0.000 0.008 0.268 0.604 NA 0.000 0.020 0.092
#> dkfz_11-028     3  0.0282    0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-029     3  0.0282    0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-030     6  0.1601    0.57612 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040 0.924 NA 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-031     5  0.1450    0.84468 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032     3  0.0000    0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033     5  0.2216    0.84783 0.000 0.000 0.000 0.124 0.848 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-034     6  0.0919    0.58467 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.960 NA 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-035     5  0.3324    0.76655 0.000 0.000 0.000 0.240 0.704 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-036     2  0.0000    0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037     9  0.4233    0.56375 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 NA 0.000 0.520 0.132
#> dkfz_11-038     1  0.0113    0.94297 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039     8  0.1009    0.73992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.948 0.004 0.000
#> dkfz_11-040     4  0.3224    0.64754 0.232 0.000 0.000 0.728 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-041     4  0.0340    0.85115 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042     4  0.0202    0.85229 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043     6  0.3416    0.29302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 NA 0.000 0.252 0.048
#> dkfz_11-044     8  0.1421    0.74665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.924 0.052 0.000
#> dkfz_11-045     9  0.5397    0.25298 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.240 NA 0.000 0.420 0.016
#> dkfz_11-046     8  0.3550    0.59523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.640 0.024 0.020
#> dkfz_11-047     4  0.1595    0.81805 0.004 0.000 0.000 0.920 0.036 0.000 NA 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-048     8  0.4598    0.47650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 NA 0.636 0.096 0.048
#> dkfz_11-049     8  0.3289    0.62489 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.692 0.000 0.004
#> dkfz_11-050     6  0.3576    0.45888 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.788 NA 0.028 0.084 0.040
#> dkfz_11-051     4  0.0000    0.85217 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052     4  0.3775    0.21471 0.448 0.000 0.000 0.512 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-053     6  0.0508    0.58535 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054     2  0.0226    0.86208 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055     1  0.1457    0.87432 0.920 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 NA 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-056     8  0.1112    0.73881 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.940 0.004 0.000
#> dkfz_11-057     4  0.3804    0.39240 0.384 0.000 0.000 0.572 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-058     8  0.3047    0.64966 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.756 0.000 0.004
#> dkfz_11-059    10  0.2017    0.74196 0.116 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-060     8  0.1294    0.74819 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-061     8  0.6850   -0.01298 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.188 NA 0.324 0.196 0.044
#> dkfz_11-062     6  0.0998    0.58140 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.956 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-063     6  0.0710    0.58454 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.972 NA 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-064     2  0.0395    0.86133 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065     9  0.4229    0.55966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 NA 0.000 0.512 0.128
#> dkfz_11-066     3  0.2338    0.86906 0.000 0.000 0.868 0.000 0.040 0.072 NA 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-067     3  0.0000    0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068     2  0.0000    0.86378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069     5  0.3907    0.53015 0.000 0.000 0.000 0.056 0.660 0.260 NA 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-070     8  0.3209    0.72022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.796 0.112 0.028
#> dkfz_11-071     5  0.4400    0.59656 0.004 0.000 0.000 0.044 0.692 0.144 NA 0.000 0.020 0.092
#> dkfz_11-072     6  0.3177    0.51750 0.004 0.000 0.000 0.004 0.144 0.788 NA 0.000 0.012 0.040
#> dkfz_11-073     9  0.4994    0.55359 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.364 NA 0.004 0.464 0.116
#> dkfz_11-074     4  0.2714    0.72933 0.000 0.000 0.000 0.820 0.108 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-075     2  0.0929    0.84786 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-091     2  0.1098    0.83485 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092     5  0.2746    0.81172 0.000 0.000 0.000 0.208 0.764 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093     8  0.3331    0.60484 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.708 0.000 0.004
#> dkfz_11-094     2  0.5574    0.36555 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.064 NA 0.000 0.292 0.024
#> dkfz_11-095    10  0.4564    0.50748 0.068 0.000 0.000 0.048 0.012 0.192 NA 0.000 0.020 0.660
#> dkfz_11-096     1  0.1741    0.85620 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-097     6  0.4306   -0.48306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 NA 0.000 0.424 0.132
#> dkfz_11-098     4  0.1373    0.80792 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099     2  0.6064    0.09757 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.148 NA 0.208 0.120 0.024
#> dkfz_11-100     4  0.0555    0.84750 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101     6  0.4297    0.41983 0.084 0.000 0.000 0.116 0.004 0.720 NA 0.036 0.012 0.028
#> dkfz_11-102    10  0.4828    0.31356 0.212 0.000 0.000 0.344 0.012 0.000 NA 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-103     8  0.4177    0.69543 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA 0.660 0.000 0.012
#> dkfz_11-104     1  0.0226    0.94339 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105     4  0.0113    0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106     4  0.2275    0.78623 0.004 0.000 0.000 0.868 0.084 0.000 NA 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-107     1  0.0113    0.94297 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108     1  0.0711    0.93429 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-109    10  0.2672    0.72616 0.072 0.000 0.000 0.060 0.008 0.004 NA 0.000 0.012 0.844
#> dkfz_11-110     4  0.0356    0.85108 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111     4  0.0113    0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112     4  0.0113    0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113     4  0.0597    0.84729 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-114     8  0.2772    0.69356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-115     5  0.1759    0.84759 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116     4  0.3470    0.60640 0.268 0.000 0.000 0.688 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-117     8  0.2653    0.70809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-118     4  0.0113    0.85256 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119     4  0.0539    0.85014 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120     6  0.5262    0.12737 0.084 0.000 0.000 0.064 0.008 0.496 NA 0.004 0.012 0.332
#> dkfz_11-121     4  0.3719    0.48632 0.344 0.000 0.000 0.612 0.008 0.000 NA 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-122    10  0.1874    0.73942 0.108 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-123     1  0.0226    0.94339 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124     1  0.0671    0.93269 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-125     1  0.2790    0.55729 0.712 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.004 0.000 0.280
#> dkfz_11-126    10  0.2913    0.73427 0.136 0.000 0.000 0.048 0.012 0.000 NA 0.000 0.004 0.800
#> dkfz_11-127     6  0.6505    0.00106 0.140 0.000 0.000 0.004 0.000 0.336 NA 0.200 0.016 0.280
#> dkfz_11-128    10  0.4066    0.25791 0.032 0.000 0.000 0.412 0.028 0.000 NA 0.000 0.004 0.524
#> dkfz_11-129     4  0.0113    0.85191 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130     4  0.0340    0.85200 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131    10  0.1901    0.72888 0.144 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-132     1  0.0226    0.94339 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133     1  0.0113    0.94297 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134     4  0.0356    0.85038 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135    10  0.1881    0.72968 0.088 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.888
#> dkfz_11-136    10  0.4453    0.60445 0.156 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 NA 0.120 0.040 0.668
#> dkfz_11-137     4  0.1870    0.81244 0.000 0.000 0.000 0.900 0.040 0.000 NA 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-138     1  0.0564    0.93822 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-139     3  0.0000    0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140     8  0.2772    0.69356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-141     1  0.0469    0.93717 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142     4  0.2529    0.75409 0.000 0.000 0.000 0.840 0.088 0.000 NA 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-143     8  0.3072    0.72705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016 NA 0.752 0.004 0.000
#> dkfz_11-144     3  0.0282    0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145     2  0.1189    0.85189 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-146     3  0.0282    0.96777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-147     3  0.0000    0.97023 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148     2  0.1533    0.84340 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-149     3  0.3085    0.78936 0.000 0.000 0.800 0.000 0.040 0.132 NA 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-150     2  0.2836    0.78439 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.128 0.012
#> dkfz_11-151     5  0.3140    0.80570 0.000 0.000 0.000 0.204 0.740 0.000 NA 0.000 0.004 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-5

consensus_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-6

consensus_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-7

consensus_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-8

consensus_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-9

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-5

membership_heatmap(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-6

membership_heatmap(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-7

membership_heatmap(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-8

membership_heatmap(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-9

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-5

get_signatures(res, k = 7)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-6

get_signatures(res, k = 8)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-7

get_signatures(res, k = 9)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-8

get_signatures(res, k = 10)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-9

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-5

dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-6

dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-7

dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-8

dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-9

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-classes

Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.

test_to_known_factors(res)
#>              n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p)  k
#> ATC:mclust 133        5.43e-20        2.11e-06  2
#> ATC:mclust 128        6.94e-40        1.48e-06  3
#> ATC:mclust 123        2.07e-29        4.35e-05  4
#> ATC:mclust 124        8.73e-35        6.75e-08  5
#> ATC:mclust 115        7.16e-32        1.63e-06  6
#> ATC:mclust 121        6.39e-34        2.98e-10  7
#> ATC:mclust 124        4.25e-31        4.21e-09  8
#> ATC:mclust 124        2.08e-31        1.30e-08  9
#> ATC:mclust 115        2.21e-32        7.95e-07 10

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

Session info

sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#> 
#> Matrix products: default
#> BLAS:   /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#> 
#> locale:
#>  [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
#>  [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
#>  [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
#> [10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
#> 
#> attached base packages:
#> [1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0    ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1         knitr_1.26          
#> [5] GetoptLong_0.1.7     cola_1.3.2          
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] circlize_0.4.8       shape_1.4.4          xfun_0.11            slam_0.1-46         
#>  [5] lattice_0.20-38      splines_3.6.0        colorspace_1.4-1     vctrs_0.2.0         
#>  [9] stats4_3.6.0         blob_1.2.0           XML_3.98-1.20        survival_2.44-1.1   
#> [13] rlang_0.4.2          pillar_1.4.2         DBI_1.0.0            BiocGenerics_0.30.0 
#> [17] bit64_0.9-7          RColorBrewer_1.1-2   matrixStats_0.55.0   stringr_1.4.0       
#> [21] GlobalOptions_0.1.1  evaluate_0.14        memoise_1.1.0        Biobase_2.44.0      
#> [25] IRanges_2.18.3       parallel_3.6.0       AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8           
#> [29] Rcpp_1.0.3           xtable_1.8-4         backports_1.1.5      S4Vectors_0.22.1    
#> [33] annotate_1.62.0      skmeans_0.2-11       bit_1.1-14           microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6           impute_1.58.0        rjson_0.2.20         png_0.1-7           
#> [41] digest_0.6.23        stringi_1.4.3        polyclip_1.10-0      clue_0.3-57         
#> [45] tools_3.6.0          bitops_1.0-6         magrittr_1.5         eulerr_6.0.0        
#> [49] RCurl_1.95-4.12      RSQLite_2.1.4        tibble_2.1.3         cluster_2.1.0       
#> [53] crayon_1.3.4         pkgconfig_2.0.3      zeallot_0.1.0        Matrix_1.2-17       
#> [57] xml2_1.2.2           httr_1.4.1           R6_2.4.1             mclust_5.4.5        
#> [61] compiler_3.6.0