Date: 2019-12-26 18:30:18 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
First the variable is renamed to res_list.
res_list = rl
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 20 methods.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> Performed in total 45000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat1, max_k = 10, top_n = seq(min(2000,
#> round(nrow(data) * 0.1)), min(10000, round(nrow(data) * 0.5)), length.out = 5),
#> mc.cores = 4, anno = phenotype, anno_col = anno_col, scale_rows = FALSE)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 117976 136
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 3 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | 2 |
| CV:hclust | 3 | 1.000 | 0.991 | 0.997 | ** | |
| CV:pam | 3 | 1.000 | 0.978 | 0.993 | ** | 2 |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.991 | ** | |
| MAD:kmeans | 6 | 0.978 | 0.937 | 0.947 | ** | |
| MAD:skmeans | 7 | 0.961 | 0.905 | 0.946 | ** | 2,6 |
| ATC:pam | 8 | 0.929 | 0.872 | 0.944 | * | 5,6 |
| SD:pam | 10 | 0.927 | 0.803 | 0.914 | * | 2,4,5,8,9 |
| MAD:pam | 9 | 0.925 | 0.850 | 0.898 | * | 3,4,5,6,7,8 |
| MAD:mclust | 10 | 0.917 | 0.821 | 0.905 | * | |
| CV:skmeans | 5 | 0.915 | 0.920 | 0.948 | * | 2 |
| SD:mclust | 10 | 0.908 | 0.795 | 0.893 | * | 7,8,9 |
| ATC:mclust | 9 | 0.906 | 0.756 | 0.887 | * | 8 |
| SD:skmeans | 9 | 0.904 | 0.750 | 0.875 | * | 2,3,6,7 |
| ATC:skmeans | 10 | 0.902 | 0.734 | 0.864 | * | 5,7,9 |
| CV:kmeans | 4 | 0.825 | 0.946 | 0.937 | ||
| SD:kmeans | 5 | 0.805 | 0.836 | 0.897 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.716 | 0.857 | 0.928 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.694 | 0.854 | 0.915 | ||
| ATC:kmeans | 2 | 0.523 | 0.890 | 0.916 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 2 0.954 0.935 0.974 0.502 0.496 0.496
#> CV:skmeans 2 0.925 0.944 0.973 0.453 0.540 0.540
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.979 0.992 0.502 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 0.497 0.769 0.833 0.469 0.502 0.502
#> SD:mclust 2 0.750 0.964 0.976 0.403 0.582 0.582
#> CV:mclust 2 1.000 0.980 0.991 0.435 0.570 0.570
#> MAD:mclust 2 0.787 0.938 0.961 0.492 0.502 0.502
#> ATC:mclust 2 0.341 0.838 0.876 0.483 0.509 0.509
#> SD:kmeans 2 0.770 0.909 0.935 0.357 0.582 0.582
#> CV:kmeans 2 0.596 0.916 0.914 0.304 0.601 0.601
#> MAD:kmeans 2 0.423 0.772 0.880 0.401 0.564 0.564
#> ATC:kmeans 2 0.523 0.890 0.916 0.474 0.497 0.497
#> SD:pam 2 0.984 0.961 0.984 0.276 0.737 0.737
#> CV:pam 2 1.000 0.980 0.991 0.226 0.769 0.769
#> MAD:pam 2 0.677 0.781 0.894 0.469 0.528 0.528
#> ATC:pam 2 0.523 0.797 0.824 0.402 0.498 0.498
#> SD:hclust 2 1.000 0.997 0.998 0.405 0.594 0.594
#> CV:hclust 2 0.806 0.930 0.946 0.343 0.594 0.594
#> MAD:hclust 2 0.540 0.235 0.673 0.456 0.509 0.509
#> ATC:hclust 2 0.716 0.857 0.928 0.444 0.570 0.570
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 3 0.974 0.924 0.962 0.1949 0.887 0.776
#> CV:skmeans 3 0.710 0.859 0.906 0.3196 0.863 0.746
#> MAD:skmeans 3 0.893 0.883 0.942 0.2441 0.869 0.740
#> ATC:skmeans 3 0.434 0.555 0.761 0.2569 0.688 0.488
#> SD:mclust 3 0.665 0.821 0.925 0.4259 0.752 0.605
#> CV:mclust 3 0.646 0.740 0.702 0.3523 0.953 0.917
#> MAD:mclust 3 0.636 0.818 0.876 0.2903 0.836 0.678
#> ATC:mclust 3 0.713 0.781 0.903 0.3466 0.756 0.558
#> SD:kmeans 3 0.423 0.563 0.726 0.5620 0.723 0.565
#> CV:kmeans 3 0.468 0.831 0.847 0.5632 0.963 0.938
#> MAD:kmeans 3 0.444 0.560 0.752 0.4811 0.614 0.429
#> ATC:kmeans 3 0.571 0.710 0.804 0.3158 0.806 0.638
#> SD:pam 3 0.888 0.911 0.964 1.1641 0.669 0.552
#> CV:pam 3 1.000 0.978 0.993 0.8645 0.804 0.745
#> MAD:pam 3 1.000 0.963 0.986 0.3164 0.599 0.390
#> ATC:pam 3 0.638 0.889 0.905 0.4234 0.829 0.680
#> SD:hclust 3 1.000 0.995 0.998 0.0958 0.961 0.934
#> CV:hclust 3 1.000 0.991 0.997 0.2881 0.961 0.934
#> MAD:hclust 3 0.694 0.854 0.915 0.2837 0.545 0.348
#> ATC:hclust 3 0.480 0.681 0.819 0.3839 0.845 0.728
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 4 0.820 0.845 0.903 0.1655 0.874 0.694
#> CV:skmeans 4 0.794 0.857 0.919 0.1907 0.840 0.629
#> MAD:skmeans 4 0.755 0.847 0.873 0.1123 0.913 0.776
#> ATC:skmeans 4 0.862 0.887 0.946 0.2064 0.754 0.478
#> SD:mclust 4 0.848 0.924 0.958 0.1930 0.796 0.563
#> CV:mclust 4 0.586 0.764 0.842 0.1654 0.752 0.530
#> MAD:mclust 4 0.851 0.862 0.903 0.0965 0.932 0.813
#> ATC:mclust 4 0.762 0.827 0.893 0.0623 0.880 0.685
#> SD:kmeans 4 0.702 0.855 0.869 0.2160 0.726 0.444
#> CV:kmeans 4 0.825 0.946 0.937 0.2471 0.810 0.662
#> MAD:kmeans 4 0.584 0.614 0.772 0.1818 0.862 0.676
#> ATC:kmeans 4 0.822 0.843 0.901 0.1430 0.835 0.609
#> SD:pam 4 0.966 0.950 0.980 0.1466 0.893 0.742
#> CV:pam 4 0.837 0.938 0.952 0.3063 0.832 0.707
#> MAD:pam 4 0.995 0.936 0.969 0.1372 0.900 0.746
#> ATC:pam 4 0.793 0.802 0.864 0.2385 0.889 0.725
#> SD:hclust 4 0.881 0.936 0.964 0.3865 0.843 0.717
#> CV:hclust 4 1.000 0.954 0.982 0.0381 0.989 0.981
#> MAD:hclust 4 0.650 0.818 0.869 0.1547 0.914 0.800
#> ATC:hclust 4 0.612 0.695 0.763 0.1083 0.931 0.836
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 5 0.878 0.901 0.920 0.07919 0.961 0.869
#> CV:skmeans 5 0.915 0.920 0.948 0.08577 0.925 0.750
#> MAD:skmeans 5 0.825 0.886 0.903 0.10616 0.914 0.722
#> ATC:skmeans 5 0.957 0.909 0.961 0.10134 0.901 0.673
#> SD:mclust 5 0.862 0.826 0.911 0.10898 0.884 0.647
#> CV:mclust 5 0.572 0.681 0.799 0.05197 0.883 0.663
#> MAD:mclust 5 0.767 0.747 0.856 0.10443 0.886 0.644
#> ATC:mclust 5 0.755 0.735 0.836 0.07120 0.937 0.794
#> SD:kmeans 5 0.805 0.836 0.897 0.13595 0.857 0.565
#> CV:kmeans 5 0.864 0.845 0.912 0.08665 0.992 0.978
#> MAD:kmeans 5 0.807 0.789 0.881 0.10358 0.823 0.505
#> ATC:kmeans 5 0.800 0.821 0.882 0.09310 0.865 0.576
#> SD:pam 5 0.901 0.868 0.949 0.12875 0.909 0.714
#> CV:pam 5 0.806 0.919 0.948 0.00846 0.998 0.995
#> MAD:pam 5 0.951 0.901 0.961 0.10356 0.925 0.752
#> ATC:pam 5 0.950 0.925 0.968 0.11131 0.863 0.577
#> SD:hclust 5 0.768 0.873 0.914 0.04790 0.995 0.988
#> CV:hclust 5 1.000 0.947 0.982 0.00911 0.998 0.997
#> MAD:hclust 5 0.666 0.755 0.839 0.06910 0.959 0.881
#> ATC:hclust 5 0.673 0.769 0.823 0.11857 0.852 0.598
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 6 1.000 0.955 0.981 0.07970 0.919 0.692
#> CV:skmeans 6 0.857 0.857 0.892 0.04133 0.983 0.927
#> MAD:skmeans 6 0.989 0.959 0.971 0.05504 0.957 0.812
#> ATC:skmeans 6 0.886 0.850 0.884 0.05358 0.948 0.759
#> SD:mclust 6 0.799 0.805 0.845 0.07436 0.876 0.533
#> CV:mclust 6 0.637 0.542 0.760 0.04224 0.777 0.433
#> MAD:mclust 6 0.787 0.680 0.825 0.06697 0.932 0.707
#> ATC:mclust 6 0.795 0.760 0.837 0.05958 0.926 0.733
#> SD:kmeans 6 0.834 0.881 0.884 0.04641 0.947 0.763
#> CV:kmeans 6 0.756 0.793 0.881 0.06374 0.980 0.946
#> MAD:kmeans 6 0.978 0.937 0.947 0.05167 0.931 0.708
#> ATC:kmeans 6 0.812 0.741 0.817 0.04833 0.939 0.720
#> SD:pam 6 0.877 0.838 0.909 0.04015 0.960 0.826
#> CV:pam 6 0.758 0.926 0.945 0.04047 0.974 0.935
#> MAD:pam 6 0.943 0.864 0.947 0.03964 0.967 0.857
#> ATC:pam 6 0.918 0.886 0.944 0.02002 0.989 0.946
#> SD:hclust 6 0.742 0.870 0.905 0.13569 0.875 0.683
#> CV:hclust 6 0.989 0.922 0.964 0.00931 0.998 0.996
#> MAD:hclust 6 0.781 0.812 0.875 0.07594 0.913 0.716
#> ATC:hclust 6 0.706 0.730 0.785 0.02797 0.973 0.887
get_stats(res_list, k = 7)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 7 0.961 0.909 0.946 0.0152 0.986 0.925
#> CV:skmeans 7 0.850 0.656 0.853 0.0231 0.985 0.932
#> MAD:skmeans 7 0.961 0.905 0.946 0.0182 0.988 0.935
#> ATC:skmeans 7 0.913 0.881 0.918 0.0285 0.974 0.845
#> SD:mclust 7 0.939 0.905 0.951 0.0532 0.939 0.674
#> CV:mclust 7 0.727 0.693 0.849 0.0613 0.844 0.500
#> MAD:mclust 7 0.860 0.798 0.895 0.0341 0.888 0.502
#> ATC:mclust 7 0.867 0.857 0.905 0.0696 0.917 0.635
#> SD:kmeans 7 0.878 0.624 0.837 0.0422 0.978 0.879
#> CV:kmeans 7 0.737 0.725 0.844 0.0555 0.965 0.901
#> MAD:kmeans 7 0.907 0.775 0.885 0.0318 0.992 0.956
#> ATC:kmeans 7 0.855 0.798 0.860 0.0305 0.960 0.777
#> SD:pam 7 0.887 0.830 0.897 0.0272 0.978 0.883
#> CV:pam 7 0.821 0.894 0.938 0.0138 0.994 0.984
#> MAD:pam 7 0.913 0.797 0.880 0.0207 0.952 0.779
#> ATC:pam 7 0.885 0.782 0.900 0.0227 0.972 0.863
#> SD:hclust 7 0.737 0.848 0.895 0.0836 0.927 0.732
#> CV:hclust 7 0.984 0.897 0.959 0.0117 0.997 0.994
#> MAD:hclust 7 0.824 0.827 0.901 0.0295 0.976 0.895
#> ATC:hclust 7 0.730 0.678 0.778 0.0281 0.992 0.964
get_stats(res_list, k = 8)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 8 0.912 0.874 0.912 0.01593 1.000 1.000
#> CV:skmeans 8 0.840 0.609 0.830 0.01501 0.993 0.966
#> MAD:skmeans 8 0.933 0.891 0.925 0.01136 0.996 0.978
#> ATC:skmeans 8 0.926 0.822 0.913 0.01528 0.997 0.982
#> SD:mclust 8 0.909 0.851 0.905 0.01148 0.966 0.773
#> CV:mclust 8 0.704 0.559 0.793 0.01579 0.971 0.863
#> MAD:mclust 8 0.883 0.813 0.894 0.02245 0.937 0.638
#> ATC:mclust 8 0.928 0.847 0.930 0.01256 0.988 0.923
#> SD:kmeans 8 0.879 0.785 0.842 0.02145 0.933 0.641
#> CV:kmeans 8 0.755 0.597 0.806 0.03862 0.857 0.608
#> MAD:kmeans 8 0.898 0.846 0.851 0.02057 0.944 0.696
#> ATC:kmeans 8 0.868 0.786 0.857 0.02231 0.985 0.906
#> SD:pam 8 0.922 0.866 0.934 0.01670 0.979 0.880
#> CV:pam 8 0.830 0.919 0.954 0.00541 0.997 0.991
#> MAD:pam 8 0.909 0.791 0.881 0.01731 0.972 0.852
#> ATC:pam 8 0.929 0.872 0.944 0.01795 0.972 0.852
#> SD:hclust 8 0.829 0.839 0.908 0.02763 0.983 0.916
#> CV:hclust 8 0.990 0.901 0.964 0.01945 0.990 0.982
#> MAD:hclust 8 0.830 0.826 0.890 0.01310 0.994 0.972
#> ATC:hclust 8 0.737 0.783 0.809 0.02729 0.923 0.660
get_stats(res_list, k = 9)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 9 0.904 0.750 0.875 0.01345 0.990 0.942
#> CV:skmeans 9 0.830 0.639 0.811 0.01401 0.975 0.876
#> MAD:skmeans 9 0.892 0.853 0.890 0.01142 1.000 1.000
#> ATC:skmeans 9 0.911 0.736 0.880 0.00935 0.992 0.948
#> SD:mclust 9 0.918 0.792 0.896 0.01130 0.980 0.849
#> CV:mclust 9 0.708 0.641 0.799 -0.00790 0.901 0.615
#> MAD:mclust 9 0.898 0.849 0.896 0.01314 0.950 0.666
#> ATC:mclust 9 0.906 0.756 0.887 0.01695 0.989 0.929
#> SD:kmeans 9 0.869 0.751 0.826 0.01571 0.980 0.857
#> CV:kmeans 9 0.768 0.654 0.844 0.03418 0.905 0.682
#> MAD:kmeans 9 0.884 0.810 0.853 0.01743 0.978 0.846
#> ATC:kmeans 9 0.855 0.677 0.821 0.01385 0.983 0.894
#> SD:pam 9 0.925 0.822 0.911 0.01181 0.985 0.909
#> CV:pam 9 0.821 0.908 0.957 0.00541 0.998 0.996
#> MAD:pam 9 0.925 0.850 0.898 0.01237 0.972 0.834
#> ATC:pam 9 0.926 0.850 0.938 0.00470 0.999 0.993
#> SD:hclust 9 0.838 0.812 0.888 0.00915 0.997 0.982
#> CV:hclust 9 0.781 0.812 0.920 0.09611 1.000 1.000
#> MAD:hclust 9 0.814 0.783 0.871 0.01383 0.990 0.954
#> ATC:hclust 9 0.798 0.775 0.858 0.02199 0.988 0.921
get_stats(res_list, k = 10)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 10 0.896 0.652 0.849 0.01071 0.983 0.902
#> CV:skmeans 10 0.826 0.652 0.790 0.01041 0.975 0.864
#> MAD:skmeans 10 0.865 0.789 0.862 0.00976 0.998 0.990
#> ATC:skmeans 10 0.902 0.734 0.864 0.00791 0.987 0.908
#> SD:mclust 10 0.908 0.795 0.893 0.00837 0.978 0.828
#> CV:mclust 10 0.709 0.631 0.807 0.00638 0.958 0.823
#> MAD:mclust 10 0.917 0.821 0.905 0.01021 0.977 0.818
#> ATC:mclust 10 0.889 0.707 0.849 0.01087 0.986 0.902
#> SD:kmeans 10 0.862 0.728 0.802 0.01290 0.980 0.844
#> CV:kmeans 10 0.764 0.682 0.839 0.01518 0.950 0.797
#> MAD:kmeans 10 0.882 0.790 0.849 0.01238 0.988 0.904
#> ATC:kmeans 10 0.878 0.620 0.790 0.01262 0.979 0.860
#> SD:pam 10 0.927 0.803 0.914 0.00311 0.986 0.906
#> CV:pam 10 0.817 0.891 0.949 0.00640 0.997 0.992
#> MAD:pam 10 0.904 0.785 0.889 0.00695 0.993 0.952
#> ATC:pam 10 0.909 0.838 0.931 0.00433 0.998 0.987
#> SD:hclust 10 0.808 0.751 0.874 0.00598 0.996 0.980
#> CV:hclust 10 0.781 0.828 0.899 0.09053 0.843 0.703
#> MAD:hclust 10 0.801 0.744 0.840 0.01319 0.998 0.989
#> ATC:hclust 10 0.827 0.743 0.844 0.01372 0.994 0.961
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
collect_stats(res_list, k = 7)
collect_stats(res_list, k = 8)
collect_stats(res_list, k = 9)
collect_stats(res_list, k = 10)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
collect_classes(res_list, k = 7)
collect_classes(res_list, k = 8)
collect_classes(res_list, k = 9)
collect_classes(res_list, k = 10)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 6000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 8000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 10000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 128 4.76e-22 7.60e-09 2
#> CV:skmeans 132 5.80e-16 1.02e-10 2
#> MAD:skmeans 135 1.24e-23 7.42e-09 2
#> ATC:skmeans 133 1.10e-17 1.96e-09 2
#> SD:mclust 134 1.07e-24 3.69e-13 2
#> CV:mclust 135 2.01e-23 1.49e-12 2
#> MAD:mclust 135 2.38e-24 5.39e-09 2
#> ATC:mclust 134 1.52e-22 2.81e-09 2
#> SD:kmeans 135 7.03e-24 2.92e-13 2
#> CV:kmeans 135 2.25e-26 9.09e-14 2
#> MAD:kmeans 124 3.61e-13 4.65e-15 2
#> ATC:kmeans 133 3.25e-18 2.20e-11 2
#> SD:pam 134 1.07e-22 1.43e-26 2
#> CV:pam 135 1.37e-25 1.64e-26 2
#> MAD:pam 109 1.88e-12 2.35e-10 2
#> ATC:pam 129 9.51e-18 1.45e-11 2
#> SD:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> CV:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> MAD:hclust 48 NA NA 2
#> ATC:hclust 131 1.15e-24 2.82e-25 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 130 3.95e-45 1.79e-10 3
#> CV:skmeans 132 3.38e-39 1.69e-10 3
#> MAD:skmeans 126 3.55e-43 3.09e-10 3
#> ATC:skmeans 112 6.95e-38 1.31e-26 3
#> SD:mclust 123 4.21e-46 1.01e-11 3
#> CV:mclust 126 1.06e-43 3.19e-20 3
#> MAD:mclust 132 1.45e-46 8.40e-15 3
#> ATC:mclust 116 2.91e-27 4.07e-23 3
#> SD:kmeans 85 1.52e-17 3.49e-19 3
#> CV:kmeans 135 1.83e-50 2.36e-25 3
#> MAD:kmeans 89 4.95e-28 9.04e-23 3
#> ATC:kmeans 131 2.20e-41 1.05e-30 3
#> SD:pam 132 4.94e-33 8.06e-36 3
#> CV:pam 135 2.36e-50 2.92e-25 3
#> MAD:pam 134 2.56e-30 3.14e-33 3
#> ATC:pam 134 6.97e-41 4.37e-34 3
#> SD:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> CV:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> MAD:hclust 133 1.97e-41 7.53e-20 3
#> ATC:hclust 107 1.69e-38 6.54e-19 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 132 1.08e-68 2.11e-13 4
#> CV:skmeans 134 6.09e-61 1.12e-32 4
#> MAD:skmeans 135 1.05e-68 3.43e-13 4
#> ATC:skmeans 130 5.03e-60 3.87e-30 4
#> SD:mclust 134 2.95e-69 9.05e-30 4
#> CV:mclust 122 5.98e-53 2.58e-27 4
#> MAD:mclust 130 1.50e-60 1.69e-25 4
#> ATC:mclust 127 2.70e-57 1.54e-27 4
#> SD:kmeans 134 8.73e-62 6.00e-34 4
#> CV:kmeans 134 5.81e-73 1.21e-45 4
#> MAD:kmeans 103 4.53e-47 3.38e-26 4
#> ATC:kmeans 134 1.26e-62 2.65e-31 4
#> SD:pam 134 1.32e-61 8.14e-37 4
#> CV:pam 132 1.00e-69 1.87e-45 4
#> MAD:pam 132 9.56e-53 1.44e-32 4
#> ATC:pam 131 1.42e-62 1.58e-32 4
#> SD:hclust 135 1.13e-68 4.62e-47 4
#> CV:hclust 135 1.56e-50 1.88e-25 4
#> MAD:hclust 131 8.02e-49 3.77e-18 4
#> ATC:hclust 109 1.33e-57 9.89e-39 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 135 7.12e-92 3.22e-27 5
#> CV:skmeans 132 9.78e-81 5.15e-31 5
#> MAD:skmeans 134 2.37e-72 1.98e-16 5
#> ATC:skmeans 130 3.68e-64 1.06e-29 5
#> SD:mclust 128 2.42e-72 2.10e-29 5
#> CV:mclust 114 1.77e-50 1.91e-25 5
#> MAD:mclust 121 1.41e-63 7.60e-30 5
#> ATC:mclust 113 7.78e-60 9.71e-26 5
#> SD:kmeans 125 1.14e-75 4.78e-33 5
#> CV:kmeans 130 2.01e-70 2.79e-45 5
#> MAD:kmeans 121 7.77e-68 9.31e-31 5
#> ATC:kmeans 127 1.32e-66 1.10e-32 5
#> SD:pam 125 5.09e-79 3.99e-34 5
#> CV:pam 132 7.94e-70 2.84e-47 5
#> MAD:pam 124 6.19e-68 4.81e-32 5
#> ATC:pam 132 2.07e-66 3.37e-33 5
#> SD:hclust 133 3.51e-64 7.77e-46 5
#> CV:hclust 134 3.99e-50 8.51e-27 5
#> MAD:hclust 124 2.08e-60 5.60e-35 5
#> ATC:hclust 126 1.35e-77 8.00e-44 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 132 6.10e-95 1.06e-29 6
#> CV:skmeans 131 2.71e-80 4.17e-31 6
#> MAD:skmeans 134 7.92e-89 5.69e-26 6
#> ATC:skmeans 128 1.56e-77 8.78e-42 6
#> SD:mclust 127 4.41e-88 9.11e-46 6
#> CV:mclust 77 5.88e-43 9.62e-21 6
#> MAD:mclust 116 3.62e-84 1.26e-27 6
#> ATC:mclust 117 2.54e-63 5.12e-26 6
#> SD:kmeans 133 7.14e-95 2.07e-35 6
#> CV:kmeans 127 2.43e-65 2.07e-42 6
#> MAD:kmeans 135 4.45e-91 2.00e-33 6
#> ATC:kmeans 119 6.06e-72 1.08e-39 6
#> SD:pam 123 1.62e-77 4.06e-32 6
#> CV:pam 134 5.15e-68 8.57e-47 6
#> MAD:pam 122 2.61e-74 1.52e-30 6
#> ATC:pam 131 1.21e-62 8.02e-32 6
#> SD:hclust 134 9.59e-89 3.07e-44 6
#> CV:hclust 132 3.08e-49 8.72e-27 6
#> MAD:hclust 125 7.82e-78 2.12e-34 6
#> ATC:hclust 126 2.38e-74 4.52e-44 6
test_to_known_factors(res_list, k = 7)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 132 1.25e-91 1.74e-28 7
#> CV:skmeans 100 4.03e-67 1.15e-23 7
#> MAD:skmeans 132 9.80e-88 1.96e-25 7
#> ATC:skmeans 131 8.75e-80 1.48e-41 7
#> SD:mclust 133 5.61e-96 3.63e-45 7
#> CV:mclust 112 9.57e-56 6.55e-32 7
#> MAD:mclust 116 1.57e-78 3.91e-32 7
#> ATC:mclust 129 1.47e-75 1.20e-41 7
#> SD:kmeans 104 3.50e-69 2.55e-26 7
#> CV:kmeans 113 7.15e-54 5.45e-36 7
#> MAD:kmeans 112 3.46e-89 3.17e-38 7
#> ATC:kmeans 123 8.59e-73 4.16e-40 7
#> SD:pam 126 2.00e-69 2.17e-30 7
#> CV:pam 130 1.57e-65 1.45e-46 7
#> MAD:pam 120 3.03e-73 6.07e-30 7
#> ATC:pam 116 7.11e-58 8.93e-33 7
#> SD:hclust 132 1.17e-95 3.74e-42 7
#> CV:hclust 131 1.88e-45 3.08e-25 7
#> MAD:hclust 128 1.26e-84 5.86e-39 7
#> ATC:hclust 120 1.91e-70 1.01e-41 7
test_to_known_factors(res_list, k = 8)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 132 1.25e-91 1.74e-28 8
#> CV:skmeans 91 6.51e-69 1.50e-23 8
#> MAD:skmeans 131 8.67e-87 3.68e-25 8
#> ATC:skmeans 127 4.95e-79 4.61e-40 8
#> SD:mclust 128 2.29e-96 7.20e-42 8
#> CV:mclust 85 3.49e-52 9.71e-26 8
#> MAD:mclust 124 4.87e-84 5.31e-36 8
#> ATC:mclust 128 5.69e-76 5.27e-42 8
#> SD:kmeans 122 3.75e-97 3.24e-42 8
#> CV:kmeans 102 4.77e-60 5.48e-34 8
#> MAD:kmeans 128 5.85e-101 2.49e-42 8
#> ATC:kmeans 127 2.60e-73 1.04e-39 8
#> SD:pam 131 2.33e-68 9.26e-30 8
#> CV:pam 131 4.09e-66 5.87e-47 8
#> MAD:pam 126 2.96e-65 8.16e-26 8
#> ATC:pam 129 8.14e-60 1.77e-33 8
#> SD:hclust 132 1.01e-92 5.40e-41 8
#> CV:hclust 130 4.43e-42 1.69e-23 8
#> MAD:hclust 128 1.22e-81 2.07e-38 8
#> ATC:hclust 127 6.53e-70 4.84e-42 8
test_to_known_factors(res_list, k = 9)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 117 1.46e-91 1.26e-30 9
#> CV:skmeans 96 9.44e-68 3.64e-24 9
#> MAD:skmeans 129 6.12e-88 3.19e-26 9
#> ATC:skmeans 119 2.93e-70 7.71e-37 9
#> SD:mclust 124 2.11e-92 1.16e-40 9
#> CV:mclust 106 4.55e-61 2.72e-35 9
#> MAD:mclust 131 1.88e-84 4.84e-37 9
#> ATC:mclust 119 2.69e-71 2.03e-38 9
#> SD:kmeans 123 7.17e-99 1.30e-42 9
#> CV:kmeans 108 5.99e-61 3.41e-35 9
#> MAD:kmeans 127 1.51e-93 4.99e-38 9
#> ATC:kmeans 120 6.00e-69 8.69e-40 9
#> SD:pam 118 2.95e-64 3.84e-27 9
#> CV:pam 129 7.96e-65 4.97e-46 9
#> MAD:pam 124 8.17e-64 4.55e-23 9
#> ATC:pam 127 4.53e-59 4.13e-32 9
#> SD:hclust 132 1.01e-92 5.40e-41 9
#> CV:hclust 127 7.44e-44 4.56e-24 9
#> MAD:hclust 124 3.86e-77 1.20e-35 9
#> ATC:hclust 126 1.80e-68 1.98e-40 9
test_to_known_factors(res_list, k = 10)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 97 1.67e-72 6.74e-27 10
#> CV:skmeans 98 2.97e-70 7.35e-25 10
#> MAD:skmeans 114 1.56e-72 4.75e-23 10
#> ATC:skmeans 115 1.40e-71 1.76e-35 10
#> SD:mclust 125 3.34e-80 2.84e-38 10
#> CV:mclust 103 5.19e-59 1.17e-32 10
#> MAD:mclust 123 9.53e-76 3.73e-33 10
#> ATC:mclust 116 1.41e-66 4.38e-36 10
#> SD:kmeans 119 1.04e-86 8.12e-38 10
#> CV:kmeans 113 6.76e-68 1.93e-38 10
#> MAD:kmeans 127 4.44e-96 2.29e-39 10
#> ATC:kmeans 111 1.34e-57 7.37e-33 10
#> SD:pam 118 2.74e-65 2.14e-27 10
#> CV:pam 128 3.35e-64 1.35e-45 10
#> MAD:pam 117 1.55e-61 6.54e-23 10
#> ATC:pam 128 1.68e-56 2.04e-34 10
#> SD:hclust 122 2.56e-83 1.69e-39 10
#> CV:hclust 123 1.01e-62 1.32e-43 10
#> MAD:hclust 123 4.82e-77 2.69e-35 10
#> ATC:hclust 119 7.94e-68 6.83e-39 10
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.998 0.40482 0.594 0.594
#> 3 3 1.000 0.995 0.998 0.09577 0.961 0.934
#> 4 4 0.881 0.936 0.964 0.38648 0.843 0.717
#> 5 5 0.768 0.873 0.914 0.04790 0.995 0.988
#> 6 6 0.742 0.870 0.905 0.13569 0.875 0.683
#> 7 7 0.737 0.848 0.895 0.08357 0.927 0.732
#> 8 8 0.829 0.839 0.908 0.02763 0.983 0.916
#> 9 9 0.838 0.812 0.888 0.00915 0.997 0.982
#> 10 10 0.808 0.751 0.874 0.00598 0.996 0.980
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.260 0.959 0.956 0.044
#> dkfz_11-004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.242 0.963 0.960 0.040
#> dkfz_11-010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.242 0.963 0.960 0.040
#> dkfz_11-022 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.260 0.959 0.956 0.044
#> dkfz_11-043 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.242 0.963 0.960 0.040
#> dkfz_11-061 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.164 0.937 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.153 0.943 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.153 0.943 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.103 0.975 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-035 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.164 0.937 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.153 0.943 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.1302 0.941 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 1 0.1211 0.947 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-013 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-016 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.1211 0.947 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0817 0.975 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 2 0.0188 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1389 0.931 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-042 1 0.1302 0.941 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0188 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0921 0.941 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-048 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-051 2 0.1022 0.939 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-055 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0469 0.955 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-060 1 0.1211 0.947 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-062 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-063 2 0.0188 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.2704 0.881 0.000 0.876 0.000 0.124
#> dkfz_11-096 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-097 2 0.1302 0.933 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-098 2 0.3172 0.850 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-099 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.1302 0.933 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-102 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-103 2 0.2814 0.875 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-104 2 0.1302 0.933 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-105 2 0.4713 0.525 0.000 0.640 0.000 0.360
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1302 0.933 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-108 2 0.3837 0.772 0.000 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-109 4 0.0592 0.952 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-110 2 0.2814 0.875 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-111 2 0.3764 0.782 0.000 0.784 0.000 0.216
#> dkfz_11-112 2 0.3942 0.755 0.000 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-113 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-114 2 0.2814 0.875 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2814 0.875 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-118 4 0.4713 0.373 0.000 0.360 0.000 0.640
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2814 0.875 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2814 0.875 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-123 2 0.2281 0.901 0.000 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.2814 0.875 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-126 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-127 2 0.1302 0.933 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-128 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-129 4 0.1716 0.889 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-130 2 0.3764 0.782 0.000 0.784 0.000 0.216
#> dkfz_11-131 2 0.2704 0.881 0.000 0.876 0.000 0.124
#> dkfz_11-132 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-133 4 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-134 4 0.0592 0.952 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-135 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0336 0.956 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-139 2 0.2814 0.878 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-140 2 0.4040 0.739 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-141 4 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-142 2 0.3907 0.761 0.000 0.768 0.000 0.232
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0162 0.906 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 1 0.1121 0.964 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3480 0.800 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-006 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3480 0.800 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-009 1 0.1043 0.967 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0404 0.906 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0693 0.907 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-016 2 0.0693 0.907 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-020 3 0.0290 0.884 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 1 0.1043 0.967 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0290 0.884 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0794 0.871 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4305 -0.437 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.3970 0.893 0.024 0.000 0.224 0.000 0.752
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-037 2 0.3424 0.807 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1197 0.901 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1121 0.964 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-043 2 0.3003 0.844 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-044 2 0.0693 0.907 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0794 0.905 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3480 0.800 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0807 0.907 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-051 2 0.0880 0.905 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0794 0.871 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-054 2 0.1522 0.903 0.000 0.944 0.000 0.012 0.044
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0404 0.937 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1043 0.967 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-061 2 0.0693 0.907 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-062 2 0.0404 0.906 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0162 0.906 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-065 2 0.3274 0.824 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-066 3 0.4287 -0.343 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-067 3 0.1792 0.797 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-068 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3480 0.800 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0693 0.907 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.2329 0.873 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.1121 0.902 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2732 0.853 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0693 0.907 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.1121 0.902 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.2424 0.869 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1121 0.902 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.4060 0.553 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1121 0.902 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.3305 0.785 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0404 0.937 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2424 0.869 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.3242 0.794 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3395 0.770 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2424 0.869 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2424 0.869 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.4060 0.341 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2424 0.869 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2424 0.869 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1965 0.885 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.2424 0.869 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1121 0.902 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1478 0.860 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3242 0.794 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2329 0.873 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0609 0.928 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0404 0.937 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.2471 0.873 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.3480 0.765 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0404 0.937 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3366 0.775 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-143 5 0.3730 0.942 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> dkfz_11-144 5 0.3730 0.942 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> dkfz_11-145 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3177 0.833 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2793 0.755 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.1633 0.949 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2664 0.942 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2664 0.942 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.1564 0.952 0.936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.1913 0.838 0.000 0.908 0.000 0.012 0.080 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0260 0.866 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3171 0.754 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.3171 0.754 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1007 0.917 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-021 1 0.1564 0.952 0.936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0260 0.866 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2003 0.869 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2178 0.855 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 6 0.3547 0.619 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.0632 0.764 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2730 0.945 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1075 0.864 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1633 0.949 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> dkfz_11-043 2 0.3866 -0.237 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3110 0.761 0.000 0.792 0.000 0.012 0.196 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0260 0.866 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0713 0.867 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2664 0.942 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3201 0.753 0.000 0.780 0.000 0.012 0.208 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0790 0.866 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2178 0.855 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-054 2 0.3420 0.736 0.000 0.748 0.000 0.012 0.240 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0260 0.980 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 4 0.0363 0.940 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1564 0.952 0.936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024
#> dkfz_11-061 2 0.3171 0.754 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3014 0.760 0.000 0.804 0.000 0.012 0.184 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.2805 0.760 0.000 0.812 0.000 0.004 0.184 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2883 0.969 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-066 6 0.3634 0.575 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-067 3 0.2664 0.777 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-068 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0260 0.866 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2664 0.942 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0260 0.980 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 2 0.3171 0.754 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0260 0.866 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.2092 0.836 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.1007 0.865 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2454 0.814 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.3110 0.761 0.000 0.792 0.000 0.012 0.196 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.1007 0.865 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.2178 0.831 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1007 0.865 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3647 0.569 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1007 0.865 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.2969 0.752 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0363 0.940 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2178 0.831 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.2912 0.759 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3050 0.740 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2178 0.831 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2178 0.831 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3647 0.320 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2178 0.831 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2178 0.831 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1765 0.848 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0260 0.980 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 2 0.2178 0.831 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1007 0.865 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1327 0.863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2912 0.759 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2092 0.836 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0547 0.931 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0363 0.940 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.4774 0.710 0.000 0.672 0.000 0.136 0.192 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.3126 0.724 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0363 0.940 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3023 0.745 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.1327 0.805 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-144 6 0.1327 0.805 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-145 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2969 0.977 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2613 0.793 0.000 0.188 0.000 0.000 0.004 0.808 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.3128 0.882 0.836 0.000 0.000 0.000 0.084 0.056 0.024
#> dkfz_11-004 2 0.0422 0.838 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.1433 0.926 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1433 0.926 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.3081 0.885 0.840 0.000 0.000 0.000 0.080 0.056 0.024
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3556 -0.171 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2321 0.706 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.1578 0.876 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1578 0.876 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0927 0.917 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-021 1 0.3081 0.885 0.840 0.000 0.000 0.000 0.080 0.056 0.024
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2321 0.706 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1844 0.869 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2005 0.855 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 7 0.3266 0.619 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0582 0.764 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2341 0.903 0.000 0.080 0.000 0.000 0.876 0.044 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.2401 0.839 0.000 0.872 0.000 0.048 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3128 0.882 0.836 0.000 0.000 0.000 0.084 0.056 0.024
#> dkfz_11-043 5 0.4502 0.309 0.000 0.060 0.000 0.000 0.504 0.436 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.1886 0.867 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.2321 0.706 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0996 0.931 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0656 0.841 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.1433 0.926 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0930 0.932 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1710 0.874 0.000 0.092 0.000 0.000 0.004 0.904 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.2146 0.839 0.000 0.888 0.000 0.032 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0996 0.931 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2005 0.855 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-054 6 0.1242 0.835 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1534 0.929 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.036 0.008
#> dkfz_11-059 4 0.0334 0.945 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3081 0.885 0.840 0.000 0.000 0.000 0.080 0.056 0.024
#> dkfz_11-061 6 0.1578 0.876 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3139 0.710 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3552 0.453 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1847 0.947 0.000 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 7 0.3346 0.575 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-067 3 0.2453 0.777 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-068 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0582 0.829 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1433 0.926 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1534 0.929 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.036 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.1578 0.876 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0582 0.838 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0861 0.933 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2321 0.706 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.3302 0.818 0.000 0.796 0.000 0.124 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2341 0.839 0.000 0.876 0.000 0.044 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.3617 0.799 0.000 0.760 0.000 0.160 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1886 0.867 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0728 0.838 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2341 0.839 0.000 0.876 0.000 0.044 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3469 0.812 0.000 0.780 0.000 0.132 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2341 0.839 0.000 0.876 0.000 0.044 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.4472 0.546 0.000 0.572 0.000 0.360 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.2341 0.839 0.000 0.876 0.000 0.044 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.4012 0.740 0.000 0.700 0.000 0.224 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0334 0.945 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.3377 0.814 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.3964 0.749 0.000 0.708 0.000 0.216 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.4080 0.727 0.000 0.688 0.000 0.236 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3377 0.814 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0930 0.932 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3377 0.814 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3555 0.282 0.000 0.352 0.000 0.640 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3377 0.814 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3377 0.814 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3014 0.828 0.000 0.824 0.000 0.096 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1534 0.929 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.036 0.008
#> dkfz_11-125 2 0.3377 0.814 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.2341 0.839 0.000 0.876 0.000 0.044 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1222 0.875 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3964 0.749 0.000 0.708 0.000 0.216 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3302 0.818 0.000 0.796 0.000 0.124 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0504 0.937 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0334 0.945 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0996 0.931 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3126 0.733 0.000 0.060 0.000 0.132 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.4144 0.716 0.000 0.676 0.000 0.248 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0334 0.945 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.4058 0.732 0.000 0.692 0.000 0.232 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.1222 0.805 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-144 7 0.1222 0.805 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-145 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2037 0.954 0.000 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.835 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2085 0.743 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.864 0.128 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0251 0.808 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-004 7 0.0395 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0808 0.942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0808 0.942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-009 8 0.0224 0.811 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-010 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.3333 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2294 0.721 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.152 0.840 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0681 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0681 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0868 0.917 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0224 0.811 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2294 0.721 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.152 0.840 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1726 0.869 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1876 0.855 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.3057 0.619 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0224 0.741 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.1790 0.910 0.000 0.004 0.000 0.000 0.912 0.040 0.000 0.044
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1982 0.891 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-040 1 0.1982 0.891 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-041 7 0.2247 0.854 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.080 0.872 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0251 0.808 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-043 5 0.3518 0.305 0.000 0.004 0.000 0.000 0.560 0.432 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.1144 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.2294 0.721 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.152 0.840 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.0614 0.855 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0808 0.942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-049 1 0.0125 0.895 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.0806 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.2009 0.854 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.080 0.888 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1876 0.855 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0349 0.777 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1982 0.891 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-057 1 0.1982 0.891 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-058 8 0.3057 0.583 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-059 4 0.0313 0.945 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0224 0.811 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-061 6 0.0681 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2650 0.679 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3258 0.495 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0313 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-066 2 0.3131 0.576 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2296 0.776 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0614 0.841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0808 0.942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-074 8 0.3057 0.583 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-075 6 0.0681 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0544 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0471 0.898 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-094 7 0.2294 0.721 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.152 0.840 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.3090 0.834 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.080 0.796 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2190 0.854 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.080 0.876 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.3385 0.815 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.080 0.760 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1144 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0681 0.853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.2190 0.854 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.080 0.876 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3246 0.828 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.088 0.780 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.2190 0.854 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.080 0.876 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.4184 0.549 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.068 0.572 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.2190 0.854 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.080 0.876 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.3754 0.758 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.076 0.700 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0313 0.945 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.3160 0.830 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.080 0.788 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.3709 0.766 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.076 0.708 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.3818 0.745 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.076 0.688 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3160 0.830 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.080 0.788 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0125 0.895 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 7 0.3160 0.830 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.080 0.788 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3327 0.291 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.008 0.352 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.3160 0.830 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.080 0.788 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1982 0.891 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-122 7 0.3160 0.830 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.080 0.788 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.2821 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.080 0.824 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.3057 0.583 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-125 7 0.3160 0.830 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.080 0.788 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.2190 0.854 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.080 0.876 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1144 0.875 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.3709 0.766 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.076 0.708 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.3090 0.834 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.080 0.796 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0471 0.937 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0313 0.945 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.1982 0.891 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1999 0.686 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.864 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.3878 0.734 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.076 0.676 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0313 0.945 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.3797 0.750 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.076 0.692 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.1144 0.801 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.1144 0.801 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2848 0.6367 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.812 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0119 0.8014 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0668 0.8484 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3116 0.7978 0.000 NA 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3116 0.7978 0.000 NA 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.0119 0.8046 0.004 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.3790 0.1690 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.496 0.464 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3063 0.7022 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.076 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0982 0.7172 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0373 0.7187 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0296 0.9157 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1033 0.8997 0.000 NA 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-021 8 0.0119 0.8046 0.004 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0119 0.9463 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3063 0.7022 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.076 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1843 0.8446 0.000 NA 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1971 0.8301 0.000 NA 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-031 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.2810 0.6096 0.000 NA 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-033 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.3159 0.6068 0.008 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-035 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3369 0.7519 0.000 NA 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0119 0.9463 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1876 0.8916 0.856 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.1876 0.8916 0.856 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.2338 0.8511 0.000 NA 0.000 0.040 0.000 0.064 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0119 0.8014 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4968 -0.0902 0.000 NA 0.000 0.000 0.336 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2186 0.7093 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.860 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.3063 0.7022 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.076 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.8939 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.0792 0.8523 0.000 NA 0.000 0.028 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3116 0.7978 0.000 NA 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0119 0.8958 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0119 0.7210 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.2083 0.8522 0.000 NA 0.000 0.032 0.000 0.064 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8939 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1971 0.8301 0.000 NA 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-054 6 0.2776 0.6291 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0119 0.9463 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1876 0.8916 0.856 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.1876 0.8916 0.856 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2880 0.5857 0.328 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0296 0.9421 0.000 NA 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0119 0.8046 0.004 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.7212 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2327 0.6152 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3186 0.4198 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.588 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1604 0.8817 0.000 NA 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.2893 0.5705 0.000 NA 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-067 3 0.2277 0.7628 0.000 NA 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0699 0.8369 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3116 0.7978 0.000 NA 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.2880 0.5857 0.328 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0119 0.7211 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0658 0.8503 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0446 0.8981 0.980 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3063 0.7022 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 0.076 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.3172 0.8337 0.000 NA 0.000 0.116 0.000 0.064 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9475 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2281 0.8514 0.000 NA 0.000 0.036 0.000 0.064 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.3461 0.8161 0.000 NA 0.000 0.152 0.000 0.064 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2186 0.7093 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.860 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0741 0.8513 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.2281 0.8514 0.000 NA 0.000 0.036 0.000 0.064 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9475 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3330 0.8281 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.072 0.780 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.2281 0.8514 0.000 NA 0.000 0.036 0.000 0.064 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.4218 0.5502 0.000 NA 0.000 0.352 0.000 0.056 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.2281 0.8514 0.000 NA 0.000 0.036 0.000 0.064 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.3800 0.7606 0.000 NA 0.000 0.216 0.000 0.064 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0507 0.9372 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.3241 0.8303 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.064 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.3756 0.7684 0.000 NA 0.000 0.208 0.000 0.064 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.3862 0.7480 0.000 NA 0.000 0.228 0.000 0.064 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0119 0.9463 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3241 0.8303 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.064 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0119 0.8958 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3241 0.8303 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.064 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3409 0.2854 0.000 NA 0.000 0.632 0.000 0.008 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0212 0.8459 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.3241 0.8303 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.064 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1876 0.8916 0.856 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3241 0.8303 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.064 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.2812 0.8441 0.000 NA 0.000 0.092 0.000 0.064 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.2880 0.5857 0.328 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.3241 0.8303 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.064 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9475 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.2281 0.8514 0.000 NA 0.000 0.036 0.000 0.064 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9475 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1325 0.8697 0.000 NA 0.000 0.928 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.3756 0.7684 0.000 NA 0.000 0.208 0.000 0.064 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.3172 0.8337 0.000 NA 0.000 0.116 0.000 0.064 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9475 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0668 0.9301 0.000 NA 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0296 0.9421 0.000 NA 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0119 0.9463 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.8939 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.1876 0.8916 0.856 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0119 0.9463 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.4240 0.5342 0.000 NA 0.000 0.124 0.000 0.612 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.3920 0.7372 0.000 NA 0.000 0.240 0.000 0.064 0.676 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0507 0.9371 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.3842 0.7524 0.000 NA 0.000 0.224 0.000 0.064 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0764 0.7572 0.000 NA 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-144 9 0.0764 0.7572 0.000 NA 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9185 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9263 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0296 0.9157 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0296 0.8449 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3549 0.54666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.068 0.000 0.136 0.048
#> dkfz_11-003 8 0.0113 0.76994 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.1083 0.84145 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.944 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3582 -0.04060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.040 0.000 0.416
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3582 -0.04060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.040 0.000 0.416
#> dkfz_11-009 8 0.0113 0.77367 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.4166 0.18850 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.452 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3145 0.69558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.760 0.000 0.180 0.040
#> dkfz_11-015 6 0.2002 0.63650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.024 0.112
#> dkfz_11-016 6 0.1168 0.63818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0426 0.80324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-020 3 0.1079 0.88292 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0113 0.77367 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0113 0.94159 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3145 0.69558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.760 0.000 0.180 0.040
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1966 0.80822 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2073 0.79163 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.2575 0.58879 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2783 0.00000 0.008 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.748 0.004
#> dkfz_11-035 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 10 0.3577 0.00196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.040 0.000 0.548
#> dkfz_11-038 4 0.0113 0.94159 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1790 0.89157 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.1790 0.89157 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.2077 0.84579 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.056 0.888 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-042 8 0.0113 0.76994 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 10 0.3615 0.13145 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.324 0.000 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-044 6 0.3318 0.61520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.032 0.000 0.036 0.188
#> dkfz_11-045 7 0.3145 0.69558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.760 0.000 0.180 0.040
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.89390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.0981 0.84687 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.952 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3582 -0.04060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.040 0.000 0.416
#> dkfz_11-049 1 0.0113 0.89584 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0469 0.65769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-051 7 0.1796 0.84683 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.056 0.904 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.89390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2073 0.79163 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.3962 0.46170 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.068 0.360
#> dkfz_11-055 4 0.0113 0.94159 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1790 0.89157 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.1790 0.89157 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2748 0.58570 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0282 0.93732 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0113 0.77367 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0282 0.65904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.2835 0.56083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.200 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-063 6 0.3726 0.35288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.392 0.000 0.020 0.024
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2239 0.61853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.012 0.000 0.168
#> dkfz_11-066 2 0.2668 0.56628 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2221 0.74553 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.1161 0.82961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.940 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3582 -0.04060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.040 0.000 0.416
#> dkfz_11-074 8 0.2748 0.58570 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0426 0.65811 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0824 0.84498 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.964 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-093 1 0.0426 0.89808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3145 0.69558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.760 0.000 0.180 0.040
#> dkfz_11-095 7 0.2899 0.82876 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.056 0.812 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.94290 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2020 0.84604 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.056 0.892 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-098 7 0.3182 0.81118 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.056 0.776 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-099 6 0.3318 0.61520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.032 0.000 0.036 0.188
#> dkfz_11-100 7 0.0582 0.84594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-101 7 0.2020 0.84604 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.056 0.892 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.94290 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3056 0.82287 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.064 0.796 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-104 7 0.2020 0.84604 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.056 0.892 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-105 7 0.3883 0.54986 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.052 0.588 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-106 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.2020 0.84604 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.056 0.892 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-108 7 0.3504 0.75722 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.056 0.716 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.0582 0.92938 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-110 7 0.2966 0.82533 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.056 0.804 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-111 7 0.3460 0.76503 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.056 0.724 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-112 7 0.3565 0.74460 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.056 0.704 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-113 4 0.0113 0.94159 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.2966 0.82533 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.056 0.804 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-115 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0113 0.89584 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2966 0.82533 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.056 0.804 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-118 4 0.3225 0.27998 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.008 0.356 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-119 7 0.0555 0.84019 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.2966 0.82533 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.056 0.804 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-121 1 0.1790 0.89157 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.2966 0.82533 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.056 0.804 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-123 7 0.2678 0.83912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.056 0.836 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-124 8 0.2748 0.58570 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.2966 0.82533 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.056 0.804 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.94290 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.2020 0.84604 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.056 0.892 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.94290 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1303 0.85720 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-130 7 0.3460 0.76503 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.056 0.724 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-131 7 0.2899 0.82876 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.056 0.812 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.94290 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0652 0.92540 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.0356 0.93484 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0113 0.94159 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.89390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.1790 0.89157 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0113 0.94159 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.5353 0.36183 0.000 0.008 0.000 0.124 0.000 0.464 0.016 0.000 0.048 0.340
#> dkfz_11-140 7 0.3623 0.73602 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.056 0.692 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-141 4 0.0508 0.93229 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-142 7 0.3545 0.74895 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.056 0.708 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-143 2 0.0282 0.49644 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.0282 0.49644 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.81511 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.91481 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0426 0.80324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-151 7 0.0729 0.83756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> SD:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> SD:hclust 135 1.13e-68 4.62e-47 4
#> SD:hclust 133 3.51e-64 7.77e-46 5
#> SD:hclust 134 9.59e-89 3.07e-44 6
#> SD:hclust 132 1.17e-95 3.74e-42 7
#> SD:hclust 132 1.01e-92 5.40e-41 8
#> SD:hclust 132 1.01e-92 5.40e-41 9
#> SD:hclust 122 2.56e-83 1.69e-39 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.770 0.909 0.935 0.3572 0.582 0.582
#> 3 3 0.423 0.563 0.726 0.5620 0.723 0.565
#> 4 4 0.702 0.855 0.869 0.2160 0.726 0.444
#> 5 5 0.805 0.836 0.897 0.1360 0.857 0.565
#> 6 6 0.834 0.881 0.884 0.0464 0.947 0.763
#> 7 7 0.878 0.624 0.837 0.0422 0.978 0.879
#> 8 8 0.879 0.785 0.842 0.0215 0.933 0.641
#> 9 9 0.869 0.751 0.826 0.0157 0.980 0.857
#> 10 10 0.862 0.728 0.802 0.0129 0.980 0.844
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.925 0.716 0.660 0.340
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.141 0.964 0.020 0.980
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.745 0.622 0.212 0.788
#> dkfz_11-009 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 1 0.936 0.703 0.648 0.352
#> dkfz_11-018 1 0.936 0.703 0.648 0.352
#> dkfz_11-019 2 0.738 0.631 0.208 0.792
#> dkfz_11-020 1 0.932 0.708 0.652 0.348
#> dkfz_11-021 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.925 0.716 0.660 0.340
#> dkfz_11-029 1 0.980 0.589 0.584 0.416
#> dkfz_11-030 1 0.925 0.716 0.660 0.340
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.871 0.744 0.708 0.292
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.775 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.975 0.637 0.592 0.408
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-040 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.966 0.664 0.608 0.392
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.966 0.664 0.608 0.392
#> dkfz_11-049 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-053 1 0.925 0.716 0.660 0.340
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-057 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-058 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.925 0.716 0.660 0.340
#> dkfz_11-067 1 0.925 0.716 0.660 0.340
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.881 0.424 0.300 0.700
#> dkfz_11-073 1 0.966 0.664 0.608 0.392
#> dkfz_11-074 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-137 1 0.295 0.807 0.948 0.052
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.866 0.745 0.712 0.288
#> dkfz_11-144 1 0.871 0.744 0.708 0.292
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.936 0.703 0.648 0.352
#> dkfz_11-147 1 0.980 0.589 0.584 0.416
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.936 0.703 0.648 0.352
#> dkfz_11-150 2 0.118 0.970 0.016 0.984
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.8141 0.3136 0.260 0.116 0.624
#> dkfz_11-002 3 0.6168 0.0900 0.000 0.412 0.588
#> dkfz_11-003 1 0.1163 0.9527 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-004 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-005 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-006 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-007 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-008 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-011 2 0.5988 0.5079 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-012 2 0.6307 0.2062 0.000 0.512 0.488
#> dkfz_11-013 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-014 3 0.6307 -0.1652 0.000 0.488 0.512
#> dkfz_11-015 2 0.6260 0.2526 0.000 0.552 0.448
#> dkfz_11-016 2 0.6215 0.2662 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-017 3 0.8076 0.3215 0.252 0.116 0.632
#> dkfz_11-018 3 0.8109 0.3178 0.256 0.116 0.628
#> dkfz_11-019 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-020 3 0.8141 0.3136 0.260 0.116 0.624
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-024 3 0.5905 0.2706 0.000 0.352 0.648
#> dkfz_11-025 3 0.6305 -0.1556 0.000 0.484 0.516
#> dkfz_11-026 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-027 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-028 3 0.8173 0.3069 0.264 0.116 0.620
#> dkfz_11-029 3 0.7821 0.3477 0.224 0.116 0.660
#> dkfz_11-030 3 0.8173 0.3069 0.264 0.116 0.620
#> dkfz_11-031 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-032 3 0.8109 0.2924 0.272 0.108 0.620
#> dkfz_11-033 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-034 1 0.5882 0.5974 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-035 2 0.5905 0.5302 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-036 3 0.5905 0.2706 0.000 0.352 0.648
#> dkfz_11-037 3 0.9338 0.3933 0.172 0.360 0.468
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1860 0.7324 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-042 2 0.9823 -0.3275 0.252 0.412 0.336
#> dkfz_11-043 2 0.6274 0.1552 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-044 2 0.1643 0.7198 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-045 3 0.6267 -0.0389 0.000 0.452 0.548
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5905 0.5302 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-048 3 0.9523 0.4435 0.236 0.276 0.488
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.6274 0.1852 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-051 2 0.3340 0.7021 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.8173 0.3069 0.264 0.116 0.620
#> dkfz_11-054 3 0.6308 -0.0928 0.000 0.492 0.508
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.6307 0.2062 0.000 0.512 0.488
#> dkfz_11-062 2 0.6008 0.4978 0.000 0.628 0.372
#> dkfz_11-063 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-064 3 0.6180 0.0761 0.000 0.416 0.584
#> dkfz_11-065 3 0.5621 0.3696 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-066 3 0.8173 0.3069 0.264 0.116 0.620
#> dkfz_11-067 3 0.8173 0.3069 0.264 0.116 0.620
#> dkfz_11-068 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-069 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-070 2 0.5968 0.5147 0.000 0.636 0.364
#> dkfz_11-071 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-072 3 0.6968 0.4008 0.148 0.120 0.732
#> dkfz_11-073 3 0.9273 0.4485 0.236 0.236 0.528
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6267 0.2396 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-091 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-092 2 0.5926 0.5257 0.000 0.644 0.356
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.6302 -0.1412 0.000 0.480 0.520
#> dkfz_11-095 2 0.0747 0.7452 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.1643 0.7363 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6267 0.3038 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-100 2 0.5905 0.5302 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-101 2 0.2356 0.7225 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.3340 0.7021 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-107 2 0.1529 0.7378 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2448 0.7212 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-115 2 0.5948 0.5207 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.5926 0.5257 0.000 0.644 0.356
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.1643 0.7363 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1031 0.7431 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0892 0.7443 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0592 0.7400 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.7481 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.8109 0.2924 0.272 0.108 0.620
#> dkfz_11-144 3 0.8109 0.2924 0.272 0.108 0.620
#> dkfz_11-145 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-146 3 0.8141 0.3136 0.260 0.116 0.624
#> dkfz_11-147 3 0.7821 0.3477 0.224 0.116 0.660
#> dkfz_11-148 3 0.5560 0.3849 0.000 0.300 0.700
#> dkfz_11-149 3 0.8076 0.3215 0.252 0.116 0.632
#> dkfz_11-150 3 0.5529 0.3920 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-151 2 0.5905 0.5302 0.000 0.648 0.352
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-002 2 0.3383 0.762 0.000 0.872 0.076 0.052
#> dkfz_11-003 1 0.2124 0.908 0.924 0.068 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-005 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-006 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-007 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-008 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-009 1 0.0336 0.990 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-011 2 0.6936 0.697 0.000 0.564 0.144 0.292
#> dkfz_11-012 2 0.5066 0.785 0.000 0.764 0.088 0.148
#> dkfz_11-013 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-014 2 0.5140 0.780 0.000 0.760 0.144 0.096
#> dkfz_11-015 2 0.4875 0.783 0.000 0.772 0.068 0.160
#> dkfz_11-016 2 0.4920 0.782 0.000 0.768 0.068 0.164
#> dkfz_11-017 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-020 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-021 1 0.0336 0.990 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.7139 0.643 0.000 0.500 0.140 0.360
#> dkfz_11-024 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-025 2 0.4992 0.780 0.000 0.772 0.132 0.096
#> dkfz_11-026 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-027 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-028 3 0.3196 0.979 0.104 0.008 0.876 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.3444 0.978 0.104 0.016 0.868 0.012
#> dkfz_11-031 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-032 3 0.4129 0.971 0.104 0.044 0.840 0.012
#> dkfz_11-033 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-034 3 0.4485 0.909 0.152 0.052 0.796 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.7012 0.634 0.000 0.504 0.124 0.372
#> dkfz_11-036 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-037 2 0.1938 0.752 0.012 0.936 0.000 0.052
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.1940 0.900 0.000 0.000 0.076 0.924
#> dkfz_11-042 2 0.6145 0.733 0.104 0.736 0.048 0.112
#> dkfz_11-043 2 0.4514 0.783 0.000 0.796 0.056 0.148
#> dkfz_11-044 4 0.2489 0.860 0.000 0.068 0.020 0.912
#> dkfz_11-045 2 0.3972 0.774 0.000 0.840 0.080 0.080
#> dkfz_11-046 1 0.0188 0.991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.7012 0.634 0.000 0.504 0.124 0.372
#> dkfz_11-048 2 0.1975 0.749 0.016 0.936 0.000 0.048
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4735 0.785 0.000 0.784 0.068 0.148
#> dkfz_11-051 4 0.5880 0.398 0.000 0.232 0.088 0.680
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4129 0.971 0.104 0.044 0.840 0.012
#> dkfz_11-054 2 0.4030 0.775 0.000 0.836 0.072 0.092
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0336 0.990 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0336 0.990 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.5003 0.785 0.000 0.768 0.084 0.148
#> dkfz_11-062 2 0.7109 0.664 0.000 0.520 0.144 0.336
#> dkfz_11-063 2 0.7129 0.648 0.000 0.504 0.140 0.356
#> dkfz_11-064 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-065 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-066 3 0.4129 0.971 0.104 0.044 0.840 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.3196 0.979 0.104 0.008 0.876 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-069 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-070 2 0.7083 0.671 0.000 0.528 0.144 0.328
#> dkfz_11-071 2 0.7119 0.652 0.000 0.508 0.140 0.352
#> dkfz_11-072 3 0.2480 0.963 0.088 0.000 0.904 0.008
#> dkfz_11-073 2 0.1854 0.750 0.012 0.940 0.000 0.048
#> dkfz_11-074 1 0.0336 0.990 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4875 0.783 0.000 0.772 0.068 0.160
#> dkfz_11-091 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-092 2 0.7003 0.639 0.000 0.508 0.124 0.368
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5092 0.780 0.000 0.764 0.140 0.096
#> dkfz_11-095 4 0.0188 0.955 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.2081 0.892 0.000 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.5292 0.779 0.000 0.744 0.088 0.168
#> dkfz_11-100 2 0.7012 0.634 0.000 0.504 0.124 0.372
#> dkfz_11-101 4 0.2149 0.888 0.000 0.000 0.088 0.912
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 4 0.5880 0.398 0.000 0.232 0.088 0.680
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-107 4 0.2149 0.888 0.000 0.000 0.088 0.912
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.0188 0.955 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.4655 0.701 0.000 0.116 0.088 0.796
#> dkfz_11-115 2 0.6993 0.644 0.000 0.512 0.124 0.364
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.7003 0.639 0.000 0.508 0.124 0.368
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 4 0.0592 0.947 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-124 1 0.0336 0.990 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.1867 0.903 0.000 0.000 0.072 0.928
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.2081 0.892 0.000 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0188 0.955 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0188 0.991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 4 0.1411 0.921 0.000 0.020 0.020 0.960
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.4212 0.969 0.104 0.048 0.836 0.012
#> dkfz_11-144 3 0.4129 0.971 0.104 0.044 0.840 0.012
#> dkfz_11-145 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-146 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-148 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-149 3 0.2737 0.980 0.104 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.1474 0.757 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-151 2 0.7012 0.634 0.000 0.504 0.124 0.372
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.1197 0.9786 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.5458 0.2974 0.000 0.424 0.044 0.008 0.524
#> dkfz_11-003 1 0.3203 0.7878 0.820 0.012 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-004 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-005 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-006 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-007 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-008 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-009 1 0.0404 0.9829 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-011 2 0.1661 0.7785 0.000 0.940 0.000 0.036 0.024
#> dkfz_11-012 2 0.5670 0.1007 0.000 0.548 0.044 0.020 0.388
#> dkfz_11-013 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-014 2 0.2976 0.7150 0.000 0.880 0.044 0.012 0.064
#> dkfz_11-015 2 0.6964 -0.1511 0.000 0.428 0.044 0.120 0.408
#> dkfz_11-016 2 0.6964 -0.1511 0.000 0.428 0.044 0.120 0.408
#> dkfz_11-017 3 0.1197 0.9786 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1197 0.9786 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-020 3 0.1197 0.9786 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0404 0.9829 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.1894 0.8030 0.000 0.920 0.000 0.072 0.008
#> dkfz_11-024 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-025 2 0.2474 0.7466 0.000 0.896 0.008 0.012 0.084
#> dkfz_11-026 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-027 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-028 3 0.2086 0.9780 0.048 0.020 0.924 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.1121 0.9772 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2483 0.9759 0.048 0.028 0.908 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-032 3 0.3005 0.9703 0.048 0.040 0.884 0.000 0.028
#> dkfz_11-033 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-034 3 0.3092 0.9687 0.048 0.036 0.880 0.000 0.036
#> dkfz_11-035 2 0.2964 0.8229 0.000 0.856 0.000 0.120 0.024
#> dkfz_11-036 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-037 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.4238 0.5233 0.000 0.628 0.004 0.368 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.5012 0.6566 0.048 0.204 0.000 0.028 0.720
#> dkfz_11-043 5 0.6473 0.5749 0.000 0.124 0.044 0.232 0.600
#> dkfz_11-044 4 0.4423 0.7414 0.000 0.148 0.048 0.780 0.024
#> dkfz_11-045 2 0.5472 -0.0677 0.000 0.512 0.044 0.008 0.436
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2964 0.8229 0.000 0.856 0.000 0.120 0.024
#> dkfz_11-048 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.6923 0.2197 0.000 0.392 0.044 0.116 0.448
#> dkfz_11-051 2 0.2848 0.8082 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2845 0.9725 0.048 0.032 0.892 0.000 0.028
#> dkfz_11-054 5 0.6032 0.3486 0.000 0.388 0.044 0.040 0.528
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0404 0.9829 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0404 0.9829 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.5708 0.0332 0.000 0.528 0.044 0.020 0.408
#> dkfz_11-062 2 0.2730 0.7602 0.000 0.896 0.044 0.044 0.016
#> dkfz_11-063 2 0.1942 0.8010 0.000 0.920 0.000 0.068 0.012
#> dkfz_11-064 5 0.1557 0.8824 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> dkfz_11-065 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-066 3 0.3005 0.9703 0.048 0.040 0.884 0.000 0.028
#> dkfz_11-067 3 0.2178 0.9776 0.048 0.024 0.920 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-069 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-070 2 0.1522 0.7836 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> dkfz_11-071 2 0.1942 0.8010 0.000 0.920 0.000 0.068 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.1121 0.9772 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-074 1 0.0404 0.9829 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6966 -0.1759 0.000 0.420 0.044 0.120 0.416
#> dkfz_11-091 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-092 2 0.3051 0.8228 0.000 0.852 0.000 0.120 0.028
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2906 0.7284 0.000 0.880 0.028 0.012 0.080
#> dkfz_11-095 4 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3366 0.7673 0.000 0.784 0.004 0.212 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5695 0.1447 0.000 0.560 0.048 0.020 0.372
#> dkfz_11-100 2 0.3051 0.8228 0.000 0.852 0.000 0.120 0.028
#> dkfz_11-101 2 0.2852 0.7979 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0451 0.9646 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2848 0.8082 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-107 2 0.3196 0.7833 0.000 0.804 0.004 0.192 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0771 0.9542 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3010 0.7967 0.000 0.824 0.004 0.172 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3085 0.8231 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0324 0.9675 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3051 0.8228 0.000 0.852 0.000 0.120 0.028
#> dkfz_11-120 4 0.0451 0.9646 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0451 0.9646 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.4383 0.0391 0.000 0.424 0.004 0.572 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0404 0.9829 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.3969 0.6503 0.000 0.692 0.004 0.304 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3398 0.7644 0.000 0.780 0.004 0.216 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.1041 0.9420 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3412 0.8201 0.000 0.096 0.048 0.848 0.008
#> dkfz_11-140 4 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9706 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3081 0.9688 0.048 0.044 0.880 0.000 0.028
#> dkfz_11-144 3 0.3005 0.9703 0.048 0.040 0.884 0.000 0.028
#> dkfz_11-145 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-146 3 0.1197 0.9786 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1121 0.9772 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-149 3 0.1197 0.9786 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-151 2 0.2964 0.8229 0.000 0.856 0.000 0.120 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0767 0.9307 0.008 0.012 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.5296 0.7863 0.000 0.152 0.000 0.000 0.260 0.588
#> dkfz_11-003 1 0.5116 0.6860 0.684 0.040 0.000 0.000 0.188 0.088
#> dkfz_11-004 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0858 0.9616 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> dkfz_11-006 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1391 0.9498 0.000 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016
#> dkfz_11-009 1 0.2309 0.9227 0.888 0.028 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-010 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1991 0.8550 0.000 0.920 0.000 0.024 0.012 0.044
#> dkfz_11-012 6 0.5659 0.8222 0.000 0.180 0.000 0.016 0.212 0.592
#> dkfz_11-013 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4638 0.6050 0.000 0.368 0.000 0.004 0.040 0.588
#> dkfz_11-015 6 0.5831 0.8284 0.000 0.160 0.000 0.032 0.216 0.592
#> dkfz_11-016 6 0.5831 0.8284 0.000 0.160 0.000 0.032 0.216 0.592
#> dkfz_11-017 3 0.0767 0.9307 0.008 0.012 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0405 0.9309 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0777 0.9626 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0405 0.9309 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2309 0.9227 0.888 0.028 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.1829 0.8951 0.000 0.920 0.000 0.056 0.000 0.024
#> dkfz_11-024 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2307 0.8064 0.000 0.896 0.000 0.004 0.032 0.068
#> dkfz_11-026 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1577 0.9290 0.008 0.016 0.940 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-029 3 0.0767 0.9307 0.008 0.012 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2290 0.9237 0.008 0.024 0.904 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-031 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3783 0.8869 0.008 0.024 0.764 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-033 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4077 0.8811 0.008 0.024 0.752 0.000 0.016 0.200
#> dkfz_11-035 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.1788 0.9347 0.004 0.040 0.000 0.000 0.928 0.028
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.4532 0.7439 0.000 0.720 0.008 0.164 0.000 0.108
#> dkfz_11-042 5 0.4891 0.6235 0.008 0.196 0.000 0.008 0.692 0.096
#> dkfz_11-043 6 0.5508 0.6590 0.000 0.032 0.000 0.088 0.280 0.600
#> dkfz_11-044 6 0.4096 0.4910 0.000 0.012 0.000 0.268 0.020 0.700
#> dkfz_11-045 6 0.5330 0.8105 0.000 0.176 0.000 0.000 0.232 0.592
#> dkfz_11-046 1 0.0146 0.9613 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.1713 0.9409 0.000 0.044 0.000 0.000 0.928 0.028
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.5801 0.8263 0.000 0.156 0.000 0.032 0.216 0.596
#> dkfz_11-051 2 0.2509 0.8911 0.000 0.876 0.000 0.088 0.000 0.036
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3767 0.8906 0.008 0.024 0.776 0.000 0.008 0.184
#> dkfz_11-054 6 0.5383 0.8026 0.000 0.156 0.000 0.004 0.244 0.596
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1398 0.9458 0.940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2309 0.9227 0.888 0.028 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-061 6 0.5655 0.8232 0.000 0.176 0.000 0.016 0.216 0.592
#> dkfz_11-062 6 0.4654 0.5715 0.000 0.368 0.000 0.024 0.016 0.592
#> dkfz_11-063 2 0.1957 0.8866 0.000 0.920 0.000 0.048 0.008 0.024
#> dkfz_11-064 5 0.1610 0.8858 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0858 0.9616 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.3783 0.8869 0.008 0.024 0.764 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-067 3 0.1649 0.9287 0.008 0.016 0.936 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-068 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3616 0.6644 0.000 0.780 0.000 0.024 0.012 0.184
#> dkfz_11-071 2 0.1957 0.8866 0.000 0.920 0.000 0.048 0.008 0.024
#> dkfz_11-072 3 0.0767 0.9307 0.008 0.012 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1713 0.9409 0.000 0.044 0.000 0.000 0.928 0.028
#> dkfz_11-074 1 0.1719 0.9396 0.924 0.016 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-075 6 0.5831 0.8284 0.000 0.160 0.000 0.032 0.216 0.592
#> dkfz_11-091 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3663 0.6243 0.000 0.776 0.000 0.004 0.040 0.180
#> dkfz_11-095 4 0.2355 0.8969 0.000 0.004 0.008 0.876 0.000 0.112
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4126 0.8042 0.000 0.764 0.008 0.116 0.000 0.112
#> dkfz_11-098 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-099 6 0.5132 0.7887 0.000 0.188 0.000 0.016 0.132 0.664
#> dkfz_11-100 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2658 0.8822 0.000 0.864 0.000 0.100 0.000 0.036
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-104 2 0.2956 0.8754 0.000 0.848 0.000 0.088 0.000 0.064
#> dkfz_11-105 4 0.0806 0.9223 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> dkfz_11-106 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4126 0.8042 0.000 0.764 0.008 0.116 0.000 0.112
#> dkfz_11-108 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-111 4 0.3904 0.8038 0.000 0.096 0.008 0.784 0.000 0.112
#> dkfz_11-112 4 0.0891 0.9217 0.000 0.000 0.008 0.968 0.000 0.024
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3857 0.8279 0.000 0.788 0.008 0.092 0.000 0.112
#> dkfz_11-115 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-118 4 0.0806 0.9223 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> dkfz_11-119 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-123 4 0.5603 0.0293 0.000 0.408 0.008 0.472 0.000 0.112
#> dkfz_11-124 1 0.1152 0.9497 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-125 2 0.4507 0.7522 0.000 0.724 0.008 0.156 0.000 0.112
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4168 0.7994 0.000 0.760 0.008 0.120 0.000 0.112
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-131 4 0.4288 0.7565 0.000 0.132 0.008 0.748 0.000 0.112
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0146 0.9613 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3875 0.4652 0.000 0.004 0.000 0.280 0.016 0.700
#> dkfz_11-140 4 0.2212 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9249 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2020 0.9042 0.000 0.000 0.008 0.896 0.000 0.096
#> dkfz_11-143 3 0.3841 0.8835 0.008 0.024 0.756 0.000 0.004 0.208
#> dkfz_11-144 3 0.3783 0.8869 0.008 0.024 0.764 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-145 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0260 0.9309 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0260 0.9309 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0547 0.9639 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0767 0.9307 0.008 0.012 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0777 0.9626 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.1556 0.9153 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0660 0.9282 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3343 0.9190 0.000 0.028 0.008 0.000 0.068 0.832 0.064
#> dkfz_11-003 1 0.5689 0.4942 0.516 0.012 0.004 0.000 0.156 0.008 0.304
#> dkfz_11-004 2 0.4269 -0.2352 0.000 0.528 0.000 0.016 0.000 0.016 0.440
#> dkfz_11-005 5 0.1889 0.9070 0.000 0.000 0.004 0.000 0.896 0.004 0.096
#> dkfz_11-006 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-008 5 0.2189 0.8945 0.000 0.000 0.004 0.000 0.868 0.004 0.124
#> dkfz_11-009 1 0.3164 0.8505 0.788 0.012 0.000 0.000 0.004 0.008 0.188
#> dkfz_11-010 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-011 7 0.4542 0.6023 0.000 0.472 0.008 0.000 0.000 0.044 0.476
#> dkfz_11-012 6 0.3102 0.9289 0.000 0.044 0.008 0.000 0.052 0.852 0.044
#> dkfz_11-013 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3203 0.8647 0.000 0.084 0.008 0.000 0.000 0.820 0.088
#> dkfz_11-015 6 0.2361 0.9380 0.000 0.032 0.004 0.012 0.052 0.896 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.2465 0.9377 0.000 0.032 0.004 0.012 0.052 0.892 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0660 0.9282 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0555 0.9283 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1432 0.9160 0.000 0.000 0.004 0.000 0.932 0.004 0.060
#> dkfz_11-020 3 0.0689 0.9282 0.016 0.000 0.976 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3164 0.8505 0.788 0.012 0.000 0.000 0.004 0.008 0.188
#> dkfz_11-022 4 0.0268 0.7820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.4204 -0.3280 0.000 0.540 0.000 0.004 0.000 0.028 0.428
#> dkfz_11-024 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.4880 0.7065 0.000 0.452 0.008 0.000 0.000 0.076 0.464
#> dkfz_11-026 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-028 3 0.2210 0.9245 0.016 0.000 0.900 0.004 0.000 0.020 0.060
#> dkfz_11-029 3 0.0660 0.9282 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2763 0.9183 0.016 0.000 0.860 0.004 0.000 0.028 0.092
#> dkfz_11-031 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-032 3 0.3758 0.8927 0.016 0.000 0.760 0.000 0.000 0.052 0.172
#> dkfz_11-033 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-034 3 0.4014 0.8865 0.016 0.004 0.748 0.000 0.000 0.064 0.168
#> dkfz_11-035 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-036 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2844 0.8601 0.000 0.000 0.004 0.000 0.800 0.008 0.188
#> dkfz_11-038 4 0.0268 0.7820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0134 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1101 0.1689 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.6115 0.4392 0.012 0.252 0.004 0.000 0.412 0.008 0.312
#> dkfz_11-043 6 0.2617 0.9077 0.000 0.012 0.004 0.028 0.068 0.880 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.2240 0.8702 0.000 0.044 0.000 0.072 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.3488 0.9178 0.000 0.044 0.008 0.000 0.052 0.824 0.072
#> dkfz_11-046 1 0.0555 0.9324 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-048 5 0.2814 0.8623 0.000 0.000 0.004 0.000 0.804 0.008 0.184
#> dkfz_11-049 1 0.0134 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2465 0.9377 0.000 0.032 0.004 0.012 0.052 0.892 0.008
#> dkfz_11-051 2 0.3884 -0.2310 0.000 0.556 0.000 0.016 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-052 1 0.0134 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3824 0.8943 0.016 0.000 0.764 0.004 0.000 0.052 0.164
#> dkfz_11-054 6 0.2306 0.9334 0.000 0.032 0.004 0.000 0.064 0.892 0.008
#> dkfz_11-055 4 0.0268 0.7820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0134 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1462 0.9160 0.924 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-059 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3135 0.8530 0.792 0.012 0.000 0.000 0.004 0.008 0.184
#> dkfz_11-061 6 0.2603 0.9340 0.000 0.040 0.004 0.000 0.052 0.880 0.024
#> dkfz_11-062 6 0.2360 0.8917 0.000 0.076 0.004 0.000 0.000 0.880 0.040
#> dkfz_11-063 2 0.4204 -0.3280 0.000 0.540 0.000 0.004 0.000 0.028 0.428
#> dkfz_11-064 5 0.0849 0.9059 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.004 0.024
#> dkfz_11-065 5 0.2065 0.9017 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880 0.004 0.112
#> dkfz_11-066 3 0.3758 0.8927 0.016 0.000 0.760 0.000 0.000 0.052 0.172
#> dkfz_11-067 3 0.2210 0.9245 0.016 0.000 0.900 0.004 0.000 0.020 0.060
#> dkfz_11-068 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-070 2 0.5806 -0.4030 0.000 0.372 0.008 0.000 0.000 0.340 0.280
#> dkfz_11-071 2 0.4209 -0.3446 0.000 0.536 0.000 0.004 0.000 0.028 0.432
#> dkfz_11-072 3 0.0660 0.9282 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2814 0.8623 0.000 0.000 0.004 0.000 0.804 0.008 0.184
#> dkfz_11-074 1 0.2212 0.8922 0.868 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-075 6 0.2465 0.9377 0.000 0.032 0.004 0.012 0.052 0.892 0.008
#> dkfz_11-091 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.5542 0.5905 0.000 0.388 0.008 0.000 0.000 0.180 0.424
#> dkfz_11-095 4 0.3538 0.7063 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0728 0.1686 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2585 0.9310 0.000 0.060 0.004 0.000 0.032 0.880 0.024
#> dkfz_11-100 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-101 2 0.3860 -0.2444 0.000 0.572 0.000 0.016 0.000 0.000 0.412
#> dkfz_11-102 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2633 0.0223 0.000 0.828 0.000 0.016 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-105 4 0.3221 0.7469 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.4269 -0.2352 0.000 0.528 0.000 0.016 0.000 0.016 0.440
#> dkfz_11-107 2 0.0422 0.1606 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.3562 0.6506 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.3252 0.7450 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0504 0.1626 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.4269 -0.2352 0.000 0.528 0.000 0.016 0.000 0.016 0.440
#> dkfz_11-116 1 0.0134 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3221 0.7469 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
#> dkfz_11-120 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3248 -0.2530 0.000 0.700 0.000 0.296 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.1123 0.9242 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-125 2 0.0990 0.1662 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0728 0.1686 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3558 -0.6402 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0268 0.7820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0555 0.9324 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0268 0.7820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2228 0.8656 0.000 0.040 0.000 0.076 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.3534 0.7104 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0134 0.7827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.3525 0.7127 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3818 0.8893 0.016 0.000 0.752 0.000 0.000 0.052 0.180
#> dkfz_11-144 3 0.3758 0.8927 0.016 0.000 0.760 0.000 0.000 0.052 0.172
#> dkfz_11-145 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0422 0.9283 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0422 0.9283 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0134 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0660 0.9282 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.1432 0.9160 0.000 0.000 0.004 0.000 0.932 0.004 0.060
#> dkfz_11-151 2 0.4265 -0.2182 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.016 0.436
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0125 0.8959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2846 0.8831 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.844 0.092 0.040
#> dkfz_11-003 1 0.6350 0.2333 0.356 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004 0.196 0.332
#> dkfz_11-004 2 0.0438 0.9072 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 5 0.3211 0.8399 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.004 0.040 0.188
#> dkfz_11-006 5 0.0536 0.8862 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-007 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3984 0.7932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.004 0.068 0.264
#> dkfz_11-009 1 0.3498 0.8263 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120 0.112
#> dkfz_11-010 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3582 0.7607 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.088 0.072 0.052
#> dkfz_11-012 6 0.2399 0.9006 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.880 0.064 0.032
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3084 0.8694 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.820 0.104 0.052
#> dkfz_11-015 6 0.2245 0.9197 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.888 0.020 0.068
#> dkfz_11-016 6 0.2170 0.9200 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.892 0.016 0.068
#> dkfz_11-017 3 0.0125 0.8959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0313 0.8956 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2367 0.8674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004 0.028 0.108
#> dkfz_11-020 3 0.0544 0.8949 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3498 0.8263 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120 0.112
#> dkfz_11-022 4 0.1605 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-023 2 0.0438 0.9050 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4184 0.6944 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.116 0.104 0.052
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2137 0.8888 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.024 0.104
#> dkfz_11-029 3 0.0125 0.8959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2474 0.8830 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.024 0.140
#> dkfz_11-031 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3103 0.8371 0.000 0.004 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-033 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4089 0.8119 0.000 0.004 0.644 0.000 0.000 0.008 0.048 0.296
#> dkfz_11-035 2 0.0438 0.9072 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4412 0.7406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.004 0.088 0.328
#> dkfz_11-038 4 0.1563 0.8563 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9222 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9222 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.4227 0.3964 0.000 0.384 0.000 0.020 0.000 0.000 0.564 0.032
#> dkfz_11-042 7 0.5526 -0.3395 0.000 0.012 0.000 0.000 0.236 0.004 0.404 0.344
#> dkfz_11-043 6 0.2491 0.8964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.868 0.024 0.088
#> dkfz_11-044 6 0.2016 0.9128 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.900 0.024 0.060
#> dkfz_11-045 6 0.3136 0.8711 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.820 0.104 0.052
#> dkfz_11-046 1 0.0618 0.9164 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-047 2 0.0251 0.9071 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.4376 0.7444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004 0.084 0.328
#> dkfz_11-049 1 0.0224 0.9216 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2095 0.9189 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004 0.896 0.016 0.068
#> dkfz_11-051 2 0.1280 0.8733 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024 0.028
#> dkfz_11-052 1 0.0224 0.9216 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3440 0.8453 0.000 0.004 0.700 0.000 0.000 0.000 0.024 0.272
#> dkfz_11-054 6 0.2267 0.9176 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004 0.884 0.020 0.076
#> dkfz_11-055 4 0.1563 0.8563 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-056 1 0.0125 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9222 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2037 0.8897 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072 0.032
#> dkfz_11-059 4 0.0125 0.8831 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 1 0.3498 0.8263 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120 0.112
#> dkfz_11-061 6 0.1190 0.9201 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.952 0.020 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.1236 0.9193 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.948 0.020 0.008
#> dkfz_11-063 2 0.0438 0.9050 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 5 0.0471 0.8748 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3693 0.8202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.004 0.068 0.208
#> dkfz_11-066 3 0.3103 0.8371 0.000 0.004 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-067 3 0.2137 0.8888 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.024 0.104
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5153 0.2009 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.372 0.080 0.052
#> dkfz_11-071 2 0.0624 0.9025 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-072 3 0.0125 0.8959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4376 0.7444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004 0.084 0.328
#> dkfz_11-074 1 0.2600 0.8704 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096 0.052
#> dkfz_11-075 6 0.2170 0.9200 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.892 0.016 0.068
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9222 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4908 0.5205 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.224 0.104 0.052
#> dkfz_11-095 7 0.4104 0.5820 0.000 0.012 0.000 0.392 0.000 0.000 0.564 0.032
#> dkfz_11-096 4 0.0313 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 7 0.3969 0.3790 0.000 0.392 0.000 0.008 0.000 0.000 0.572 0.028
#> dkfz_11-098 7 0.3380 0.5735 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.580 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.1857 0.9159 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.912 0.048 0.020
#> dkfz_11-100 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2020 0.8190 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076 0.028
#> dkfz_11-102 4 0.0471 0.8837 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-103 7 0.3352 0.5810 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.596 0.004
#> dkfz_11-104 2 0.3930 0.0409 0.000 0.544 0.000 0.004 0.000 0.000 0.424 0.028
#> dkfz_11-105 4 0.3133 0.2409 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.320 0.004
#> dkfz_11-106 2 0.0438 0.9072 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-107 7 0.3969 0.3790 0.000 0.392 0.000 0.008 0.000 0.000 0.572 0.028
#> dkfz_11-108 7 0.3455 0.5805 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.584 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.0125 0.8831 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 7 0.3374 0.5774 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> dkfz_11-111 7 0.4141 0.6003 0.000 0.056 0.000 0.348 0.000 0.000 0.592 0.004
#> dkfz_11-112 4 0.3213 0.1467 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.344 0.004
#> dkfz_11-113 4 0.0926 0.8772 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-114 7 0.3881 0.3715 0.000 0.392 0.000 0.004 0.000 0.000 0.576 0.028
#> dkfz_11-115 2 0.0438 0.9072 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-116 1 0.0224 0.9216 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3251 0.5807 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3147 0.2303 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.324 0.004
#> dkfz_11-119 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.3251 0.5807 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9222 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3244 0.5827 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.4546 0.5875 0.000 0.188 0.000 0.208 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1459 0.9041 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.020
#> dkfz_11-125 7 0.4096 0.3982 0.000 0.380 0.000 0.016 0.000 0.000 0.576 0.028
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.8833 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.3969 0.3790 0.000 0.392 0.000 0.008 0.000 0.000 0.572 0.028
#> dkfz_11-128 4 0.0224 0.8841 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-129 4 0.0471 0.8837 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-130 7 0.3374 0.5774 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> dkfz_11-131 7 0.4909 0.5958 0.000 0.096 0.000 0.308 0.000 0.000 0.564 0.032
#> dkfz_11-132 4 0.0681 0.8816 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-133 4 0.0125 0.8831 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.8833 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.1563 0.8563 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-136 1 0.0618 0.9164 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9222 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.1563 0.8563 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-139 6 0.2085 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.896 0.028 0.060
#> dkfz_11-140 7 0.3265 0.5719 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.8833 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.3444 0.4418 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.512 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.3436 0.8253 0.000 0.004 0.660 0.000 0.000 0.000 0.012 0.324
#> dkfz_11-144 3 0.3103 0.8371 0.000 0.004 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0125 0.8959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2367 0.8674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004 0.028 0.108
#> dkfz_11-151 2 0.0125 0.9089 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.3225 0.8364 0.004 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-002 6 0.3473 0.2377 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.496 0.004 0.492 NA
#> dkfz_11-003 8 0.6323 -0.1082 0.236 0.044 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.400 NA
#> dkfz_11-004 7 0.0414 0.9509 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-005 5 0.4708 0.7137 0.000 0.088 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-006 5 0.1088 0.8174 0.000 0.032 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-008 5 0.5256 0.6590 0.000 0.096 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.164 NA
#> dkfz_11-009 1 0.4255 0.6995 0.648 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 NA
#> dkfz_11-010 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-011 7 0.3656 0.0384 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.560 0.416 NA
#> dkfz_11-012 6 0.3448 0.5783 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.660 0.004 0.316 NA
#> dkfz_11-013 5 0.0119 0.8231 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 8 0.3447 -0.3702 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.488 0.008 0.500 NA
#> dkfz_11-015 6 0.0449 0.8389 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-016 6 0.0356 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-017 3 0.3225 0.8364 0.004 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.3216 0.8367 0.004 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 5 0.3115 0.7891 0.000 0.056 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-020 3 0.3673 0.8348 0.004 0.008 0.572 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-021 1 0.4255 0.6995 0.648 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 NA
#> dkfz_11-022 4 0.2548 0.8114 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004 0.032 NA
#> dkfz_11-023 7 0.0567 0.9423 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.008 NA
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.8237 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 8 0.3698 0.0952 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.472 0.500 NA
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.8237 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.3178 0.8230 0.004 0.008 0.728 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-029 3 0.3225 0.8364 0.004 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.2888 0.8124 0.004 0.008 0.780 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-031 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0449 0.7421 0.004 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-033 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.1731 0.7273 0.004 0.036 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-035 7 0.0414 0.9509 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-036 5 0.0237 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-037 5 0.5634 0.5917 0.000 0.100 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.212 NA
#> dkfz_11-038 4 0.2548 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004 0.032 NA
#> dkfz_11-039 1 0.0119 0.9065 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 1 0.0119 0.9063 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 2 0.3179 0.7287 0.000 0.748 0.000 0.008 0.000 0.000 0.216 0.004 NA
#> dkfz_11-042 8 0.6109 -0.1323 0.000 0.184 0.000 0.000 0.164 0.004 0.000 0.400 NA
#> dkfz_11-043 6 0.0837 0.8249 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.968 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-044 6 0.2805 0.8131 0.000 0.020 0.004 0.004 0.000 0.844 0.000 0.072 NA
#> dkfz_11-045 8 0.3472 -0.3762 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.488 0.004 0.500 NA
#> dkfz_11-046 1 0.0492 0.9026 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-047 7 0.0356 0.9496 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-048 5 0.5647 0.5916 0.000 0.104 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.212 NA
#> dkfz_11-049 1 0.0237 0.9062 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-050 6 0.0237 0.8399 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-051 7 0.1251 0.9023 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000 0.000 0.944 0.004 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0237 0.9062 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0955 0.7517 0.004 0.008 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-054 6 0.0744 0.8378 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.972 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-055 4 0.2548 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004 0.032 NA
#> dkfz_11-056 1 0.0119 0.9065 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.2884 0.8302 0.824 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.100 NA
#> dkfz_11-059 4 0.0567 0.8607 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-060 1 0.4255 0.6995 0.648 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 NA
#> dkfz_11-061 6 0.2693 0.8005 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.832 0.004 0.128 NA
#> dkfz_11-062 6 0.2837 0.7978 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.824 0.008 0.124 NA
#> dkfz_11-063 7 0.0754 0.9416 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.008 NA
#> dkfz_11-064 5 0.0810 0.7980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-065 5 0.4768 0.7036 0.000 0.068 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.148 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0449 0.7421 0.004 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-067 3 0.3178 0.8230 0.004 0.008 0.728 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-068 5 0.0119 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-070 8 0.5282 0.2972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.176 0.376 0.416 NA
#> dkfz_11-071 7 0.0821 0.9368 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-072 3 0.3225 0.8364 0.004 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 5 0.5647 0.5916 0.000 0.104 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.212 NA
#> dkfz_11-074 1 0.3632 0.7654 0.728 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 NA
#> dkfz_11-075 6 0.0237 0.8399 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.8237 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 8 0.4129 0.2068 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064 0.432 0.500 NA
#> dkfz_11-095 2 0.3235 0.8056 0.000 0.748 0.000 0.212 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-096 4 0.0237 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-097 2 0.2885 0.7255 0.000 0.764 0.000 0.004 0.000 0.000 0.216 0.004 NA
#> dkfz_11-098 2 0.2952 0.7966 0.000 0.752 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-099 6 0.3560 0.7773 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.760 0.004 0.156 NA
#> dkfz_11-100 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-101 7 0.1780 0.8436 0.000 0.072 0.000 0.004 0.000 0.000 0.904 0.004 NA
#> dkfz_11-102 4 0.0703 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-103 2 0.2806 0.8037 0.000 0.768 0.000 0.216 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3584 0.3595 0.000 0.556 0.000 0.004 0.000 0.000 0.424 0.004 NA
#> dkfz_11-105 4 0.3467 0.0979 0.000 0.396 0.000 0.588 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-106 7 0.0414 0.9509 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-107 2 0.2806 0.7269 0.000 0.768 0.000 0.004 0.000 0.000 0.216 0.004 NA
#> dkfz_11-108 2 0.2908 0.8016 0.000 0.760 0.000 0.220 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-109 4 0.0651 0.8595 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-110 2 0.2763 0.8024 0.000 0.764 0.000 0.224 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-111 2 0.2984 0.8106 0.000 0.772 0.000 0.188 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-112 4 0.3584 -0.0338 0.000 0.424 0.000 0.556 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-113 4 0.1176 0.8558 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-114 2 0.2885 0.7255 0.000 0.764 0.000 0.004 0.000 0.000 0.216 0.004 NA
#> dkfz_11-115 7 0.0414 0.9509 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0237 0.9062 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.2715 0.8039 0.000 0.768 0.000 0.220 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-118 4 0.3467 0.0979 0.000 0.396 0.000 0.588 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-119 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-120 2 0.2649 0.8033 0.000 0.768 0.000 0.224 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0119 0.9063 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.2626 0.8049 0.000 0.772 0.000 0.220 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-123 2 0.3312 0.7881 0.000 0.772 0.000 0.096 0.000 0.000 0.124 0.004 NA
#> dkfz_11-124 1 0.2263 0.8580 0.876 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> dkfz_11-125 2 0.2927 0.7350 0.000 0.768 0.000 0.012 0.000 0.000 0.208 0.004 NA
#> dkfz_11-126 4 0.0356 0.8616 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-127 2 0.2885 0.7255 0.000 0.764 0.000 0.004 0.000 0.000 0.216 0.004 NA
#> dkfz_11-128 4 0.0119 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-129 4 0.0786 0.8611 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-130 2 0.2763 0.8024 0.000 0.764 0.000 0.224 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-131 2 0.3595 0.8058 0.000 0.748 0.000 0.168 0.000 0.000 0.056 0.004 NA
#> dkfz_11-132 4 0.0786 0.8611 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-133 4 0.0651 0.8595 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-134 4 0.0567 0.8598 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-135 4 0.2548 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004 0.032 NA
#> dkfz_11-136 1 0.0610 0.9027 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-137 1 0.0119 0.9063 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.2548 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004 0.032 NA
#> dkfz_11-139 6 0.2963 0.8102 0.000 0.036 0.004 0.004 0.000 0.836 0.000 0.064 NA
#> dkfz_11-140 2 0.2738 0.8019 0.000 0.764 0.000 0.224 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-141 4 0.0474 0.8609 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-142 2 0.3494 0.5782 0.000 0.608 0.000 0.372 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0567 0.7398 0.004 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-144 3 0.0449 0.7421 0.004 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.8237 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.3216 0.8367 0.004 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.3216 0.8367 0.004 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 5 0.0119 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.3225 0.8364 0.004 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 5 0.3115 0.7891 0.000 0.056 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-151 7 0.0119 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.3309 0.9656 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.016
#> dkfz_11-002 10 0.3616 0.2969 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.348 0.004 0.012 0.000 0.616
#> dkfz_11-003 8 0.2898 0.4055 0.172 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.776 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.1395 0.9275 0.000 0.928 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 5 0.4983 0.2820 0.000 0.000 0.048 0.000 0.612 0.004 0.036 0.188 0.000 0.112
#> dkfz_11-006 5 0.1430 0.7823 0.000 0.000 0.012 0.000 0.932 0.004 0.020 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.5463 -0.3162 0.000 0.000 0.048 0.000 0.456 0.004 0.036 0.344 0.000 0.112
#> dkfz_11-009 1 0.2949 0.5728 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 10 0.3975 0.3904 0.000 0.436 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.500
#> dkfz_11-012 6 0.4282 0.0651 0.000 0.008 0.044 0.000 0.000 0.504 0.004 0.020 0.000 0.420
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 10 0.2972 0.3400 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-015 6 0.0872 0.7781 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.964 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0719 0.7790 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.3201 0.9689 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.460 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.3206 0.9564 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.468 0.004
#> dkfz_11-019 5 0.3715 0.6280 0.000 0.000 0.040 0.000 0.768 0.004 0.032 0.100 0.000 0.056
#> dkfz_11-020 3 0.3575 0.9211 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.468 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.2949 0.5728 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.3712 0.7462 0.000 0.000 0.080 0.740 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.108
#> dkfz_11-023 2 0.1244 0.9306 0.000 0.940 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 10 0.2901 0.6005 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-026 5 0.0429 0.8076 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.3501 -0.4638 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.604 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.3246 0.9695 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.012
#> dkfz_11-030 9 0.3186 -0.0639 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.692 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.0226 0.6980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.1827 0.6446 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.908 0.044
#> dkfz_11-035 2 0.1395 0.9275 0.000 0.928 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.5355 0.5282 0.000 0.000 0.048 0.000 0.356 0.004 0.032 0.460 0.000 0.100
#> dkfz_11-038 4 0.3750 0.7455 0.000 0.000 0.084 0.736 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.108
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.8904 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.8904 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.3365 0.7761 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000 0.000 0.772 0.016 0.000 0.036
#> dkfz_11-042 8 0.3002 0.5080 0.000 0.004 0.000 0.000 0.104 0.000 0.080 0.800 0.000 0.012
#> dkfz_11-043 6 0.0740 0.7686 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-044 6 0.4780 0.6683 0.000 0.000 0.176 0.004 0.000 0.648 0.060 0.056 0.000 0.056
#> dkfz_11-045 10 0.2972 0.3400 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-046 1 0.0508 0.8873 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0740 0.9486 0.000 0.968 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 8 0.5346 0.5248 0.000 0.000 0.044 0.000 0.360 0.004 0.032 0.456 0.000 0.104
#> dkfz_11-049 1 0.0202 0.8904 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0315 0.7804 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.1877 0.8622 0.000 0.904 0.020 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-052 1 0.0202 0.8904 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.1203 0.6615 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.944 0.004
#> dkfz_11-054 6 0.1516 0.7745 0.000 0.008 0.048 0.000 0.000 0.924 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.3750 0.7455 0.000 0.000 0.084 0.736 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.108
#> dkfz_11-056 1 0.0202 0.8904 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8904 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2162 0.7997 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0967 0.8264 0.000 0.000 0.008 0.960 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-060 1 0.3047 0.5738 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3613 0.6957 0.000 0.008 0.052 0.000 0.000 0.760 0.016 0.024 0.000 0.140
#> dkfz_11-062 6 0.3834 0.6871 0.000 0.008 0.064 0.000 0.000 0.740 0.016 0.028 0.000 0.144
#> dkfz_11-063 2 0.1331 0.9309 0.000 0.936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> dkfz_11-064 5 0.0404 0.7973 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 5 0.4902 0.1100 0.000 0.000 0.044 0.000 0.568 0.004 0.024 0.280 0.000 0.080
#> dkfz_11-066 9 0.0226 0.6980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-067 9 0.3434 -0.4434 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.612 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 10 0.5352 0.5745 0.000 0.284 0.064 0.000 0.000 0.120 0.004 0.020 0.000 0.508
#> dkfz_11-071 2 0.1736 0.9117 0.000 0.908 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> dkfz_11-072 3 0.3246 0.9695 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.012
#> dkfz_11-073 8 0.5346 0.5248 0.000 0.000 0.044 0.000 0.360 0.004 0.032 0.456 0.000 0.104
#> dkfz_11-074 1 0.2857 0.6896 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.304 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0202 0.7810 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0202 0.8904 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 10 0.3380 0.6195 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-095 7 0.3535 0.8210 0.000 0.012 0.032 0.140 0.000 0.000 0.768 0.012 0.000 0.036
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.8294 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.3023 0.7726 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-098 7 0.2829 0.8000 0.000 0.000 0.008 0.176 0.000 0.000 0.788 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-099 6 0.5397 0.6116 0.000 0.008 0.168 0.000 0.000 0.576 0.052 0.052 0.000 0.144
#> dkfz_11-100 2 0.0113 0.9523 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2348 0.8020 0.000 0.864 0.024 0.000 0.000 0.000 0.084 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-102 4 0.1218 0.8263 0.000 0.000 0.028 0.940 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 7 0.2563 0.8288 0.000 0.000 0.020 0.132 0.000 0.000 0.828 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.4126 0.4756 0.000 0.336 0.040 0.000 0.000 0.000 0.588 0.012 0.000 0.024
#> dkfz_11-105 4 0.3577 0.2979 0.000 0.000 0.008 0.616 0.000 0.000 0.348 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-106 2 0.1264 0.9315 0.000 0.936 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 7 0.2901 0.7760 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000 0.000 0.800 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-108 7 0.2604 0.8216 0.000 0.000 0.012 0.144 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-109 4 0.1119 0.8243 0.000 0.000 0.008 0.952 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 7 0.2900 0.8217 0.000 0.000 0.020 0.148 0.000 0.000 0.800 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 7 0.2765 0.8389 0.000 0.028 0.012 0.116 0.000 0.000 0.828 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-112 4 0.3647 0.1936 0.000 0.000 0.008 0.584 0.000 0.000 0.380 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-113 4 0.2000 0.8142 0.000 0.000 0.036 0.892 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.032
#> dkfz_11-114 7 0.2901 0.7760 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000 0.000 0.800 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-115 2 0.1264 0.9315 0.000 0.936 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0202 0.8904 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2619 0.8274 0.000 0.000 0.016 0.148 0.000 0.000 0.816 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 4 0.3577 0.2979 0.000 0.000 0.008 0.616 0.000 0.000 0.348 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-119 2 0.0113 0.9523 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.2589 0.8289 0.000 0.000 0.016 0.144 0.000 0.000 0.820 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8904 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.2718 0.8300 0.000 0.000 0.024 0.144 0.000 0.000 0.812 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 7 0.3359 0.8245 0.000 0.080 0.028 0.064 0.000 0.000 0.800 0.020 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 1 0.1493 0.8482 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.2981 0.7797 0.000 0.140 0.032 0.004 0.000 0.000 0.800 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-126 4 0.0630 0.8287 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 7 0.3023 0.7726 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.8294 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1306 0.8256 0.000 0.000 0.028 0.936 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 7 0.2900 0.8217 0.000 0.000 0.020 0.148 0.000 0.000 0.800 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 7 0.3692 0.8252 0.000 0.032 0.032 0.120 0.000 0.000 0.768 0.012 0.000 0.036
#> dkfz_11-132 4 0.1586 0.8226 0.000 0.000 0.028 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.020
#> dkfz_11-133 4 0.1119 0.8243 0.000 0.000 0.008 0.952 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-134 4 0.1119 0.8243 0.000 0.000 0.008 0.952 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-135 4 0.3750 0.7455 0.000 0.000 0.084 0.736 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.108
#> dkfz_11-136 1 0.0508 0.8873 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.8904 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3750 0.7455 0.000 0.000 0.084 0.736 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.108
#> dkfz_11-139 6 0.4965 0.6561 0.000 0.000 0.196 0.004 0.000 0.620 0.068 0.060 0.000 0.052
#> dkfz_11-140 7 0.2539 0.8253 0.000 0.000 0.016 0.152 0.000 0.000 0.816 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0967 0.8264 0.000 0.000 0.008 0.960 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-142 7 0.3661 0.4532 0.000 0.000 0.008 0.388 0.000 0.000 0.576 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-143 9 0.0719 0.6883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.972 0.004
#> dkfz_11-144 9 0.0429 0.6970 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3001 0.9653 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3001 0.9653 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3246 0.9695 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.012
#> dkfz_11-150 5 0.3715 0.6280 0.000 0.000 0.040 0.000 0.768 0.004 0.032 0.100 0.000 0.056
#> dkfz_11-151 2 0.0202 0.9524 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: K27
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:kmeans 135 7.03e-24 2.92e-13 2
#> SD:kmeans 85 1.52e-17 3.49e-19 3
#> SD:kmeans 134 8.73e-62 6.00e-34 4
#> SD:kmeans 125 1.14e-75 4.78e-33 5
#> SD:kmeans 133 7.14e-95 2.07e-35 6
#> SD:kmeans 104 3.50e-69 2.55e-26 7
#> SD:kmeans 122 3.75e-97 3.24e-42 8
#> SD:kmeans 123 7.17e-99 1.30e-42 9
#> SD:kmeans 119 1.04e-86 8.12e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 9.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.954 0.935 0.974 0.5018 0.496 0.496
#> 3 3 0.974 0.924 0.962 0.1949 0.887 0.776
#> 4 4 0.820 0.845 0.903 0.1655 0.874 0.694
#> 5 5 0.878 0.901 0.920 0.0792 0.961 0.869
#> 6 6 1.000 0.955 0.981 0.0797 0.919 0.692
#> 7 7 0.961 0.909 0.946 0.0152 0.986 0.925
#> 8 8 0.912 0.874 0.912 0.0159 1.000 1.000
#> 9 9 0.904 0.750 0.875 0.0134 0.990 0.942
#> 10 10 0.896 0.652 0.849 0.0107 0.983 0.902
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 9
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 6 7
There is also optional best \(k\) = 2 3 6 7 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 1 0.9552 0.453 0.624 0.376
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.8955 0.576 0.688 0.312
#> dkfz_11-015 1 0.9686 0.408 0.604 0.396
#> dkfz_11-016 1 0.9686 0.408 0.604 0.396
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.5178 0.844 0.884 0.116
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.9661 0.417 0.608 0.392
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.9491 0.470 0.632 0.368
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.9661 0.417 0.608 0.392
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.9661 0.417 0.608 0.392
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0938 0.942 0.988 0.012
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.9866 0.150 0.432 0.568
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.1414 0.971 0.020 0.980
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-002 1 0.0424 0.886 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-004 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-010 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-011 2 0.2866 0.912 0.076 0.916 0.008
#> dkfz_11-012 1 0.6297 0.480 0.640 0.352 0.008
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.6205 0.512 0.656 0.336 0.008
#> dkfz_11-015 1 0.6434 0.413 0.612 0.380 0.008
#> dkfz_11-016 2 0.5335 0.693 0.232 0.760 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-018 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-021 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0424 0.886 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-029 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-031 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-033 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-035 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.2066 0.884 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-040 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-043 1 0.6275 0.489 0.644 0.348 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.2486 0.929 0.060 0.932 0.008
#> dkfz_11-045 1 0.0424 0.886 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-046 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-047 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-050 1 0.6275 0.489 0.644 0.348 0.008
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-053 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-054 1 0.0424 0.886 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-057 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-058 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-061 1 0.6275 0.489 0.644 0.348 0.008
#> dkfz_11-062 2 0.2384 0.933 0.056 0.936 0.008
#> dkfz_11-063 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-067 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-070 2 0.1585 0.960 0.028 0.964 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-075 1 0.6275 0.489 0.644 0.348 0.008
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-093 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-094 1 0.0424 0.886 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5247 0.707 0.224 0.768 0.008
#> dkfz_11-100 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-137 1 0.2448 0.882 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0747 0.975 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-144 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-147 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0424 1.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1716 0.743 0.064 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.3873 0.750 0.000 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-005 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.3486 0.800 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-008 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.3649 0.782 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-011 2 0.2675 0.762 0.008 0.892 0.000 0.100
#> dkfz_11-012 2 0.2943 0.786 0.076 0.892 0.000 0.032
#> dkfz_11-013 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1978 0.771 0.068 0.928 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.3037 0.786 0.076 0.888 0.000 0.036
#> dkfz_11-016 2 0.3245 0.787 0.056 0.880 0.000 0.064
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.4761 0.411 0.000 0.628 0.000 0.372
#> dkfz_11-024 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1867 0.767 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.3873 0.750 0.000 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.3726 0.772 0.000 0.212 0.000 0.788
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.3610 0.787 0.000 0.200 0.000 0.800
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.3486 0.800 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-036 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4836 0.723 0.672 0.320 0.008 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2996 0.787 0.064 0.892 0.000 0.044
#> dkfz_11-044 2 0.4720 0.687 0.016 0.720 0.000 0.264
#> dkfz_11-045 2 0.2216 0.752 0.092 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.2704 0.864 0.000 0.124 0.000 0.876
#> dkfz_11-048 1 0.4713 0.727 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2943 0.784 0.076 0.892 0.000 0.032
#> dkfz_11-051 4 0.0592 0.936 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-052 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2216 0.752 0.092 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.2635 0.780 0.076 0.904 0.000 0.020
#> dkfz_11-062 2 0.4420 0.710 0.012 0.748 0.000 0.240
#> dkfz_11-063 2 0.4907 0.362 0.000 0.580 0.000 0.420
#> dkfz_11-064 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.3801 0.761 0.000 0.220 0.000 0.780
#> dkfz_11-070 2 0.4040 0.675 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-071 2 0.4761 0.411 0.000 0.628 0.000 0.372
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4713 0.727 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2943 0.784 0.076 0.892 0.000 0.032
#> dkfz_11-091 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.2647 0.867 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-093 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1940 0.762 0.076 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.3464 0.784 0.056 0.868 0.000 0.076
#> dkfz_11-100 4 0.2281 0.885 0.000 0.096 0.000 0.904
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 4 0.1022 0.927 0.000 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 4 0.3873 0.750 0.000 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 4 0.3873 0.750 0.000 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-116 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 4 0.2647 0.867 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0336 0.795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.4916 0.454 0.000 0.576 0.000 0.424
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.4761 0.723 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.3123 0.834 0.000 0.156 0.000 0.844
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1952 0.919 0.004 0.912 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.6185 0.554 0.000 0.288 0.008 0.564 0.140
#> dkfz_11-005 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-006 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-007 4 0.6013 0.606 0.000 0.252 0.008 0.600 0.140
#> dkfz_11-008 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.6055 0.596 0.000 0.260 0.008 0.592 0.140
#> dkfz_11-011 2 0.0404 0.917 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-012 2 0.1484 0.934 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-013 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-014 2 0.1484 0.934 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-015 2 0.2352 0.938 0.008 0.912 0.000 0.032 0.048
#> dkfz_11-016 2 0.2359 0.937 0.008 0.912 0.000 0.036 0.044
#> dkfz_11-017 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-020 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0290 0.905 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-024 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-025 2 0.1798 0.900 0.004 0.928 0.004 0.000 0.064
#> dkfz_11-026 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-027 4 0.6185 0.554 0.000 0.288 0.008 0.564 0.140
#> dkfz_11-028 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.6095 0.585 0.000 0.268 0.008 0.584 0.140
#> dkfz_11-032 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.6055 0.596 0.000 0.260 0.008 0.592 0.140
#> dkfz_11-034 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.6013 0.606 0.000 0.252 0.008 0.600 0.140
#> dkfz_11-036 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-037 5 0.4305 0.323 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2352 0.938 0.008 0.912 0.000 0.032 0.048
#> dkfz_11-044 2 0.2237 0.900 0.008 0.904 0.000 0.084 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.1557 0.934 0.008 0.940 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.5495 0.690 0.000 0.176 0.008 0.676 0.140
#> dkfz_11-048 5 0.2561 0.971 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2352 0.938 0.008 0.912 0.000 0.032 0.048
#> dkfz_11-051 4 0.2381 0.848 0.000 0.052 0.004 0.908 0.036
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2321 0.936 0.008 0.912 0.000 0.024 0.056
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.1484 0.934 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-062 2 0.2297 0.922 0.008 0.912 0.000 0.060 0.020
#> dkfz_11-063 2 0.1851 0.898 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-065 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-066 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-069 4 0.6150 0.567 0.000 0.280 0.008 0.572 0.140
#> dkfz_11-070 2 0.1195 0.932 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-071 2 0.1831 0.848 0.000 0.920 0.004 0.000 0.076
#> dkfz_11-072 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2561 0.971 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2352 0.938 0.008 0.912 0.000 0.032 0.048
#> dkfz_11-091 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-092 4 0.5426 0.698 0.000 0.168 0.008 0.684 0.140
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1557 0.934 0.008 0.940 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.2359 0.937 0.008 0.912 0.000 0.036 0.044
#> dkfz_11-100 4 0.5203 0.718 0.000 0.144 0.008 0.708 0.140
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.3765 0.795 0.000 0.112 0.004 0.820 0.064
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.6185 0.554 0.000 0.288 0.008 0.564 0.140
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.6185 0.554 0.000 0.288 0.008 0.564 0.140
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.5426 0.698 0.000 0.168 0.008 0.684 0.140
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3534 0.668 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-146 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-149 3 0.0290 1.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2516 0.975 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-151 4 0.5822 0.644 0.000 0.220 0.008 0.632 0.140
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0508 0.9693 0.012 0.004 0 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0508 0.9693 0.012 0.004 0 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.9918 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-015 6 0.0260 0.9914 0.000 0.000 0 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-016 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.1501 0.9125 0.000 0.076 0 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-024 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3995 0.1121 0.000 0.516 0 0.000 0.004 0.480
#> dkfz_11-026 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3982 0.1681 0.460 0.004 0 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.9918 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0603 0.9665 0.016 0.004 0 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-051 4 0.3862 0.0489 0.000 0.476 0 0.524 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.9918 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-062 6 0.0260 0.9901 0.000 0.000 0 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-063 6 0.0260 0.9901 0.000 0.000 0 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-064 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0508 0.9693 0.012 0.004 0 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-071 2 0.3727 0.3845 0.000 0.612 0 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0508 0.9693 0.012 0.004 0 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-091 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0146 0.9915 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.9918 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.3288 0.6017 0.000 0.724 0 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0603 0.9739 0.000 0.000 0 0.016 0.004 0.980
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0363 0.9705 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0146 0.9254 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2628 0.616 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0582 0.883 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-005 5 0.1482 0.913 0.000 0.000 0 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1482 0.913 0.000 0.000 0 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2359 0.708 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.828 0.172
#> dkfz_11-012 6 0.1382 0.821 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-013 5 0.0134 0.941 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 7 0.3502 0.828 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-015 6 0.0990 0.845 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-016 6 0.0863 0.835 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2959 0.604 0.000 0.132 0 0.000 0.000 0.820 0.048
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.4823 0.619 0.000 0.160 0 0.000 0.000 0.236 0.604
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0134 0.889 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0582 0.883 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-036 5 0.0134 0.941 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 5 0.4775 0.159 0.436 0.000 0 0.000 0.476 0.000 0.088
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0990 0.959 0.000 0.000 0 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0797 0.836 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-044 6 0.1802 0.800 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-045 7 0.3496 0.834 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.420 0.580
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-048 5 0.1482 0.913 0.000 0.000 0 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0134 0.841 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-051 2 0.4577 0.143 0.000 0.508 0 0.424 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0863 0.843 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0728 0.843 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-062 6 0.1222 0.820 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-063 6 0.2259 0.711 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.840 0.160
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1482 0.913 0.000 0.000 0 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0134 0.941 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2043 0.775 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.864 0.136
#> dkfz_11-071 2 0.4159 0.369 0.000 0.648 0 0.000 0.000 0.292 0.060
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1482 0.913 0.000 0.000 0 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0334 0.842 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.942 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0239 0.888 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3496 0.834 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.420 0.580
#> dkfz_11-095 4 0.0863 0.960 0.000 0.000 0 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.1715 0.939 0.000 0.000 0 0.896 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-098 4 0.0863 0.960 0.000 0.000 0 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-099 6 0.1886 0.796 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-100 2 0.0239 0.888 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 4 0.1166 0.956 0.000 0.000 0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.1886 0.929 0.000 0.000 0 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-104 2 0.4714 0.387 0.000 0.600 0 0.280 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0504 0.885 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-107 4 0.1671 0.941 0.000 0.000 0 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-108 4 0.0927 0.959 0.000 0.000 0 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.1433 0.949 0.000 0.000 0 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-111 4 0.1531 0.946 0.000 0.000 0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.1926 0.926 0.000 0.000 0 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-115 2 0.0582 0.883 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1844 0.931 0.000 0.000 0 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0239 0.888 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 4 0.1625 0.942 0.000 0.000 0 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.1802 0.933 0.000 0.000 0 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-123 4 0.2043 0.918 0.000 0.000 0 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.1802 0.934 0.000 0.000 0 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.1671 0.940 0.000 0.000 0 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1330 0.952 0.000 0.000 0 0.928 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-131 4 0.0863 0.960 0.000 0.000 0 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3407 0.612 0.000 0.000 0 0.068 0.000 0.780 0.152
#> dkfz_11-140 4 0.1166 0.955 0.000 0.000 0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0134 0.941 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0134 0.941 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0422 0.938 0.000 0.000 0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-151 2 0.0134 0.890 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0438 0.989 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-002 6 0.3846 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 NA 0.292
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1148 0.854 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-005 5 0.2371 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.915 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0349 0.865 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-008 5 0.2371 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0251 0.866 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-011 6 0.3235 0.701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 NA 0.220
#> dkfz_11-012 6 0.2736 0.750 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 NA 0.164
#> dkfz_11-013 5 0.0520 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.2114 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 NA 0.840
#> dkfz_11-015 6 0.1893 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 NA 0.044
#> dkfz_11-016 6 0.2054 0.793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 NA 0.032
#> dkfz_11-017 3 0.0438 0.989 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-019 5 0.0870 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0349 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0313 0.898 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.4209 0.606 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.712 NA 0.040
#> dkfz_11-024 5 0.0125 0.915 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.2723 0.898 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.104 NA 0.840
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.915 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0224 0.866 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0438 0.989 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0224 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-031 2 0.0471 0.864 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0125 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.0251 0.865 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0224 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-035 2 0.1090 0.856 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-036 5 0.0596 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-037 5 0.5370 0.182 0.408 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 NA 0.040
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.2363 0.870 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.1576 0.799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 NA 0.024
#> dkfz_11-044 6 0.2871 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 NA 0.048
#> dkfz_11-045 8 0.2236 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 NA 0.836
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1199 0.855 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-048 5 0.2371 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0448 0.801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 NA 0.008
#> dkfz_11-051 2 0.5247 0.122 0.000 0.452 0.000 0.352 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0224 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-054 6 0.2582 0.789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 NA 0.096
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1286 0.802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 NA 0.036
#> dkfz_11-062 6 0.2205 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 NA 0.036
#> dkfz_11-063 6 0.3876 0.583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 NA 0.056
#> dkfz_11-064 5 0.0251 0.915 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.2371 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-066 3 0.0125 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0520 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0224 0.865 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3337 0.763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 NA 0.124
#> dkfz_11-071 2 0.4886 0.399 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.256 NA 0.060
#> dkfz_11-072 3 0.0125 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-073 5 0.2371 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0695 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 NA 0.008
#> dkfz_11-091 5 0.0251 0.915 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0618 0.863 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.2114 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 NA 0.840
#> dkfz_11-095 4 0.1925 0.885 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.2814 0.836 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-098 4 0.1765 0.887 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3253 0.747 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 NA 0.092
#> dkfz_11-100 2 0.1056 0.855 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-101 4 0.2853 0.849 0.000 0.004 0.000 0.780 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3072 0.793 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-104 2 0.5149 0.206 0.000 0.436 0.000 0.244 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0968 0.858 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-107 4 0.2715 0.837 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.1601 0.891 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-109 4 0.0125 0.899 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.2702 0.847 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-111 4 0.2725 0.846 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-112 4 0.0224 0.897 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.3103 0.788 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.1090 0.856 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.2934 0.816 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0856 0.859 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-120 4 0.2650 0.841 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.2988 0.810 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-123 4 0.3029 0.782 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.2869 0.818 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.2833 0.819 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.2359 0.868 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-131 4 0.2035 0.882 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.4857 0.530 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.624 NA 0.052
#> dkfz_11-140 4 0.1726 0.886 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0544 0.898 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0125 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0520 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0349 0.992 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.0520 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0438 0.989 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-150 5 0.0968 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.0768 0.865 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0703 0.9840 0.000 NA 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-002 6 0.3995 0.5763 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.268 0.040
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.2764 0.8186 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.008 0.028
#> dkfz_11-005 5 0.3786 0.7614 0.000 NA 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-006 5 0.0414 0.8865 0.000 NA 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 7 0.0492 0.8667 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> dkfz_11-008 5 0.3856 0.7555 0.000 NA 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0296 0.8694 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4258 0.6017 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.272 0.048
#> dkfz_11-012 6 0.3306 0.7020 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.180 0.024
#> dkfz_11-013 5 0.0331 0.8847 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.1458 0.9740 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.916 0.004
#> dkfz_11-015 6 0.1597 0.7732 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-016 6 0.1492 0.7716 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0776 0.9839 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0331 0.9874 0.000 NA 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 5 0.1405 0.8772 0.000 NA 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-020 3 0.0331 0.9870 0.000 NA 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0373 0.7458 0.000 NA 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-023 6 0.5749 0.4821 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.548 0.196 0.048 0.088
#> dkfz_11-024 5 0.0296 0.8865 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-025 8 0.1615 0.9436 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016 0.920 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.8859 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0373 0.8696 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0119 0.9873 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0703 0.9840 0.000 NA 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0424 0.9845 0.000 NA 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 7 0.1131 0.8629 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0119 0.9871 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.0492 0.8667 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> dkfz_11-034 3 0.0331 0.9854 0.000 NA 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-035 7 0.2455 0.8301 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004 0.020
#> dkfz_11-036 5 0.0876 0.8794 0.000 NA 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.6195 -0.1935 0.352 NA 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004 0.212
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.2741 0.6163 0.000 NA 0.000 0.788 0.000 0.000 0.004 0.000 0.188
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.1612 0.7683 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-044 6 0.4077 0.6804 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.056 0.212
#> dkfz_11-045 8 0.1269 0.9751 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.2243 0.8443 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.004 0.080
#> dkfz_11-048 5 0.3930 0.7463 0.000 NA 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0845 0.7698 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-051 7 0.5242 -0.3661 0.000 NA 0.000 0.256 0.000 0.000 0.468 0.004 0.252
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0424 0.9845 0.000 NA 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 6 0.2515 0.7656 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.056 0.028
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0237 0.7486 0.000 NA 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2690 0.7636 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-062 6 0.2856 0.7470 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-063 6 0.4122 0.4238 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.024 0.032
#> dkfz_11-064 5 0.0424 0.8832 0.000 NA 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 5 0.3810 0.7610 0.000 NA 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-066 3 0.0212 0.9875 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0356 0.9878 0.000 NA 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.0876 0.8794 0.000 NA 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-069 7 0.0764 0.8681 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4252 0.6979 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.104 0.148
#> dkfz_11-071 7 0.5774 0.4378 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.204 0.516 0.048 0.048
#> dkfz_11-072 3 0.0709 0.9857 0.000 NA 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-073 5 0.3908 0.7529 0.000 NA 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1005 0.7714 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.8859 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0565 0.8659 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.1224 0.9760 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.2082 0.6760 0.000 NA 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-096 4 0.0119 0.7506 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.3255 0.3188 0.000 NA 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-098 4 0.2260 0.6469 0.000 NA 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-099 6 0.4006 0.7041 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.092 0.164
#> dkfz_11-100 7 0.1057 0.8576 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.044
#> dkfz_11-101 4 0.3623 0.4521 0.000 NA 0.000 0.680 0.000 0.000 0.020 0.004 0.276
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3382 0.0234 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-104 9 0.5151 0.1461 0.000 NA 0.000 0.160 0.000 0.000 0.364 0.000 0.444
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.2311 0.8333 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004 0.012
#> dkfz_11-107 4 0.3022 0.2888 0.000 NA 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-108 4 0.1959 0.6757 0.000 NA 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-109 4 0.0296 0.7433 0.000 NA 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 4 0.3102 0.3908 0.000 NA 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-111 4 0.3040 0.3793 0.000 NA 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.3340 -0.1567 0.000 NA 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-115 7 0.2455 0.8301 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004 0.020
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3210 0.1020 0.000 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0818 0.8627 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.028
#> dkfz_11-120 4 0.3114 0.3011 0.000 NA 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3126 0.0504 0.000 NA 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-123 9 0.3880 -0.2192 0.000 NA 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3216 0.1129 0.000 NA 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.3350 0.1504 0.000 NA 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.2794 0.5115 0.000 NA 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-131 4 0.2341 0.6352 0.000 NA 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9655 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.5014 0.5852 0.000 NA 0.000 0.052 0.000 0.608 0.000 0.040 0.236
#> dkfz_11-140 4 0.2302 0.6087 0.000 NA 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.7515 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0492 0.7458 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-143 3 0.0119 0.9871 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0449 0.9877 0.000 NA 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.0591 0.8815 0.000 NA 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-146 3 0.0626 0.9856 0.000 NA 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0786 0.9868 0.000 NA 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-148 5 0.0876 0.8794 0.000 NA 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.0626 0.9851 0.000 NA 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-150 5 0.1736 0.8699 0.000 NA 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-151 7 0.1156 0.8697 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0824 0.9717 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.016
#> dkfz_11-002 6 0.4944 0.2946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.040 0.060 0.280 0.056
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3606 0.7567 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.144 0.004 0.036
#> dkfz_11-005 5 0.2848 0.4959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0667 0.7932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.0627 0.8342 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2892 0.4647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0315 0.8371 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5239 0.3607 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.080 0.028 0.244 0.100
#> dkfz_11-012 6 0.4774 0.3926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.036 0.088 0.188 0.056
#> dkfz_11-013 5 0.0677 0.7884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-014 9 0.0949 0.9720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2778 0.4713 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.012 0.028 0.040 0.084
#> dkfz_11-016 6 0.2047 0.4417 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.016 0.020 0.004 0.076
#> dkfz_11-017 3 0.0872 0.9726 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.004 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0710 0.9765 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004 0.008
#> dkfz_11-019 5 0.2008 0.7620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.120 0.000 0.020
#> dkfz_11-020 3 0.0541 0.9766 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0627 0.7021 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.6185 0.1103 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.500 0.124 0.060 0.024 0.132
#> dkfz_11-024 5 0.0356 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 9 0.1506 0.9472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 0.016 0.928 0.008
#> dkfz_11-026 5 0.0315 0.7951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0638 0.8375 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0517 0.9782 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0878 0.9725 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.004 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.1006 0.9728 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.016
#> dkfz_11-031 2 0.1820 0.8228 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.072 0.000 0.020
#> dkfz_11-032 3 0.0764 0.9744 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.0558 0.8346 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0820 0.9718 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.012
#> dkfz_11-035 2 0.3251 0.7797 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.132 0.004 0.036
#> dkfz_11-036 5 0.1431 0.7749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.040 0.000 0.020
#> dkfz_11-037 8 0.4711 0.0000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.3510 0.4233 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.224 0.036 0.004 0.024
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3151 0.4320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.016 0.148 0.016 0.036
#> dkfz_11-044 6 0.4781 0.3580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.256 0.028 0.048 0.076
#> dkfz_11-045 9 0.1050 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2187 0.8246 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-048 5 0.2930 0.4299 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1081 0.4994 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.032 0.000 0.016
#> dkfz_11-051 2 0.5770 -0.1773 0.000 0.408 0.000 0.248 0.000 0.000 0.264 0.052 0.004 0.024
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1006 0.9714 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.016
#> dkfz_11-054 6 0.4028 0.4364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.036 0.056 0.096 0.076
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0113 0.7165 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3233 0.4945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.036 0.032 0.036 0.092
#> dkfz_11-062 6 0.3181 0.3836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.032 0.040 0.008 0.132
#> dkfz_11-063 10 0.3215 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.016 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-064 5 0.0340 0.7914 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.2848 0.4978 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1140 0.9703 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.024
#> dkfz_11-067 3 0.0202 0.9777 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 5 0.1375 0.7772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.036 0.000 0.020
#> dkfz_11-069 2 0.1185 0.8336 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 6 0.5924 0.2650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.216 0.084 0.116 0.096
#> dkfz_11-071 2 0.6762 0.2171 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.184 0.084 0.136 0.080 0.080
#> dkfz_11-072 3 0.0740 0.9751 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-073 5 0.2930 0.4299 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0987 0.4948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-091 5 0.0282 0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1027 0.8290 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 9 0.0949 0.9736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.2859 0.5426 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.168 0.032 0.004 0.008
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.3927 -0.4005 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.424 0.032 0.008 0.012
#> dkfz_11-098 4 0.3054 0.4869 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.196 0.028 0.004 0.012
#> dkfz_11-099 6 0.4749 0.4323 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.164 0.024 0.088 0.084
#> dkfz_11-100 2 0.1301 0.8247 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 4 0.4519 0.1339 0.000 0.024 0.000 0.600 0.000 0.000 0.288 0.052 0.004 0.032
#> dkfz_11-102 4 0.0113 0.7177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3594 0.5781 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.504 0.016 0.004 0.008
#> dkfz_11-104 7 0.4731 0.3337 0.000 0.252 0.000 0.144 0.000 0.000 0.572 0.016 0.008 0.008
#> dkfz_11-105 4 0.0226 0.7168 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3210 0.7860 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.120 0.004 0.044
#> dkfz_11-107 4 0.3287 -0.4690 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.476 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-108 4 0.2488 0.5676 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.160 0.012 0.004 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.0508 0.7112 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.3400 -0.3186 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.428 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-111 4 0.3429 -0.3045 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.432 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-112 4 0.0226 0.7168 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3472 0.6535 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.004 0.572 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3171 0.7838 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.128 0.004 0.036
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3575 -0.5714 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.468 0.020 0.004 0.004
#> dkfz_11-118 4 0.0315 0.7157 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.1206 0.8263 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.3330 -0.3646 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.436 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3284 0.5719 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.520 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.3868 0.6415 0.000 0.008 0.000 0.368 0.000 0.000 0.584 0.020 0.012 0.008
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3289 -0.5181 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.488 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 4 0.0113 0.7177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.3783 -0.5471 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.468 0.024 0.008 0.008
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0395 0.7147 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.3125 0.1322 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.328 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 4 0.3138 0.5095 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.172 0.040 0.004 0.016
#> dkfz_11-132 4 0.0605 0.7078 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0113 0.7175 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.6402 0.0394 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.392 0.304 0.068 0.044 0.144
#> dkfz_11-140 4 0.2615 0.3227 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.264 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.7181 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1528 0.6790 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.056 0.012 0.004 0.008
#> dkfz_11-143 3 0.1140 0.9705 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.024
#> dkfz_11-144 3 0.0671 0.9759 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-145 5 0.0760 0.7880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0395 0.9764 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0541 0.9757 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.1375 0.7772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.036 0.000 0.020
#> dkfz_11-149 3 0.0908 0.9719 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.020
#> dkfz_11-150 5 0.2135 0.7489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.144 0.000 0.016
#> dkfz_11-151 2 0.1549 0.8356 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 128 4.76e-22 7.60e-09 2
#> SD:skmeans 130 3.95e-45 1.79e-10 3
#> SD:skmeans 132 1.08e-68 2.11e-13 4
#> SD:skmeans 135 7.12e-92 3.22e-27 5
#> SD:skmeans 132 6.10e-95 1.06e-29 6
#> SD:skmeans 132 1.25e-91 1.74e-28 7
#> SD:skmeans 132 1.25e-91 1.74e-28 8
#> SD:skmeans 117 1.46e-91 1.26e-30 9
#> SD:skmeans 97 1.67e-72 6.74e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.984 0.961 0.984 0.27619 0.737 0.737
#> 3 3 0.888 0.911 0.964 1.16407 0.669 0.552
#> 4 4 0.966 0.950 0.980 0.14663 0.893 0.742
#> 5 5 0.901 0.868 0.949 0.12875 0.909 0.714
#> 6 6 0.877 0.838 0.909 0.04015 0.960 0.826
#> 7 7 0.887 0.830 0.897 0.02720 0.978 0.883
#> 8 8 0.922 0.866 0.934 0.01670 0.979 0.880
#> 9 9 0.925 0.822 0.911 0.01181 0.985 0.909
#> 10 10 0.927 0.803 0.914 0.00311 0.986 0.906
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5 8 9
There is also optional best \(k\) = 2 4 5 8 9 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.8763 0.586 0.296 0.704
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 2 0.4815 0.876 0.104 0.896
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 2 0.9754 0.319 0.408 0.592
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.7219 0.750 0.200 0.800
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.7219 0.750 0.200 0.800
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 2 0.9000 0.545 0.316 0.684
#> dkfz_11-067 2 0.7219 0.750 0.200 0.800
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.0672 0.977 0.008 0.992
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> dkfz_11-144 1 0.9732 0.290 0.596 0.404
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.5529 0.604 0.296 0.704 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2537 0.894 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.3539 0.871 0.100 0.888 0.012
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.5465 0.562 0.000 0.288 0.712
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.6126 0.268 0.400 0.000 0.600
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2261 0.906 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-044 3 0.1529 0.895 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4555 0.759 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.9497 0.211 0.200 0.332 0.468
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4555 0.692 0.200 0.000 0.800
#> dkfz_11-067 2 0.4784 0.755 0.200 0.796 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0424 0.963 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.4346 0.782 0.000 0.816 0.184
#> dkfz_11-098 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.4842 0.725 0.000 0.776 0.224
#> dkfz_11-102 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 3 0.6154 0.293 0.000 0.408 0.592
#> dkfz_11-108 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 3 0.3192 0.802 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-112 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.4346 0.782 0.000 0.816 0.184
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.5785 0.522 0.000 0.668 0.332
#> dkfz_11-126 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.4796 0.730 0.000 0.780 0.220
#> dkfz_11-128 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.5733 0.518 0.676 0.000 0.324
#> dkfz_11-144 1 0.6280 0.162 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.4382 0.603 0.296 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2011 0.894 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4888 0.293 0.412 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0469 0.960 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.1792 0.906 0.000 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-044 4 0.1211 0.932 0.000 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3610 0.759 0.200 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0336 0.963 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.3444 0.782 0.000 0.816 0.000 0.184
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3837 0.727 0.000 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4877 0.275 0.000 0.408 0.000 0.592
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.2530 0.833 0.000 0.112 0.000 0.888
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.3444 0.782 0.000 0.816 0.000 0.184
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.4585 0.527 0.000 0.668 0.000 0.332
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.3801 0.733 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.4273 0.285 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-003 2 0.4273 0.224 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4593 0.625 0.000 0.736 0.000 0.080 0.184
#> dkfz_11-016 2 0.0162 0.885 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.1965 0.789 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4210 0.299 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.4182 0.388 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-037 5 0.3752 0.518 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.4273 0.224 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-043 5 0.5068 0.460 0.000 0.300 0.000 0.060 0.640
#> dkfz_11-044 4 0.1043 0.938 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4273 0.224 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3366 0.609 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.4273 0.285 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-065 5 0.0794 0.835 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4273 0.224 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4273 0.224 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2966 0.713 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3305 0.666 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4201 0.243 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.2179 0.844 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2966 0.714 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.3949 0.515 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3274 0.671 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3833 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-003 6 0.4746 0.222 0.000 0.048 0.000 0.000 0.444 0.508
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-008 5 0.0260 0.853 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0937 0.969 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 6 0.4341 0.547 0.000 0.008 0.000 0.080 0.180 0.732
#> dkfz_11-016 6 0.0291 0.774 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0260 0.853 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0937 0.969 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2340 0.634 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-024 5 0.1714 0.793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.1075 0.745 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-032 3 0.3101 0.834 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-034 3 0.6023 0.233 0.364 0.244 0.392 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 5 0.3747 0.405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> dkfz_11-037 5 0.4122 0.527 0.000 0.048 0.000 0.000 0.704 0.248
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.4692 0.230 0.000 0.044 0.000 0.000 0.444 0.512
#> dkfz_11-043 5 0.4868 0.382 0.000 0.012 0.000 0.060 0.632 0.296
#> dkfz_11-044 4 0.0937 0.939 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.3390 0.305 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-048 5 0.1075 0.834 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.4067 0.294 0.000 0.008 0.000 0.000 0.444 0.548
#> dkfz_11-051 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2562 0.865 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.3023 0.535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0937 0.969 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-064 5 0.3833 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-065 5 0.0972 0.835 0.000 0.008 0.000 0.000 0.964 0.028
#> dkfz_11-066 3 0.2823 0.853 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0363 0.918 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.4746 0.222 0.000 0.048 0.000 0.000 0.444 0.508
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4067 0.294 0.000 0.008 0.000 0.000 0.444 0.548
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3279 0.564 0.000 0.176 0.000 0.028 0.000 0.796
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-101 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.2491 0.610 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 4 0.4972 0.118 0.000 0.072 0.000 0.536 0.000 0.392
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1957 0.835 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3371 1.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.2664 0.574 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3668 0.335 0.000 0.004 0.000 0.328 0.000 0.668
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3374 0.519 0.000 0.020 0.000 0.208 0.000 0.772
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3101 0.834 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3101 0.834 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0260 0.853 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0547 0.766 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.2543 0.5533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.4213 0.7254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.180 0.696
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3156 0.4799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-006 5 0.2326 0.6361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> dkfz_11-007 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3558 0.1386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> dkfz_11-009 1 0.2682 0.7949 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-010 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.5069 0.0934 0.000 0.000 0.000 0.048 0.068 0.608 0.276
#> dkfz_11-016 6 0.1123 0.8287 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.3558 0.1386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> dkfz_11-020 3 0.0134 0.8867 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.2682 0.7949 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2154 0.7664 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0728 0.7042 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.1578 0.6881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-027 2 0.1578 0.9939 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0656 0.8819 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0134 0.8867 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 6 0.0990 0.8497 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4454 0.7325 0.000 0.088 0.624 0.000 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-033 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.6622 0.3769 0.264 0.088 0.372 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.1844 0.6310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.3987 0.5507 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.068 0.696
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.4463 0.7124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.220 0.656
#> dkfz_11-043 7 0.6024 0.6369 0.000 0.000 0.000 0.056 0.192 0.252 0.500
#> dkfz_11-044 4 0.0863 0.9378 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.3122 0.5747 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.3156 0.3475 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.5007 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.380 0.496
#> dkfz_11-051 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3304 0.8128 0.000 0.060 0.788 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-054 6 0.3836 0.5031 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.728 0.076
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2682 0.7949 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0334 0.8674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-063 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.1926 0.6222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4118 0.0201 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.028 0.480
#> dkfz_11-066 3 0.4024 0.7662 0.000 0.064 0.684 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-067 3 0.0728 0.8812 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.4213 0.7254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.180 0.696
#> dkfz_11-074 1 0.0239 0.9591 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 7 0.5007 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.380 0.496
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3019 0.7160 0.000 0.176 0.000 0.028 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.2293 0.7497 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4578 0.1310 0.000 0.072 0.000 0.536 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1802 0.8415 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.1531 0.9994 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.2453 0.6618 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3378 0.4137 0.000 0.004 0.000 0.328 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3107 0.6120 0.000 0.020 0.000 0.208 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9804 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4454 0.7325 0.000 0.088 0.624 0.000 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-144 3 0.4454 0.7325 0.000 0.088 0.624 0.000 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.3558 0.1386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> dkfz_11-151 6 0.0504 0.8670 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1341 0.830 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.0745 0.706 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3272 0.161 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2324 0.726 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.2938 0.581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.2776 0.724 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.5004 0.188 0.000 0.448 0.000 0.028 0.000 0.452 0.012 0.060
#> dkfz_11-016 2 0.3226 0.705 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.132 0.012 0.060
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.2938 0.581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1244 0.896 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-021 1 0.2776 0.724 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2016 0.803 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.1646 0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0395 0.994 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2605 0.700 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1293 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-031 2 0.0926 0.874 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1244 0.863 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-033 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.2337 0.794 0.088 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0925 0.707 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.1947 0.646 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4357 0.682 0.000 0.140 0.000 0.036 0.024 0.740 0.012 0.048
#> dkfz_11-044 4 0.0808 0.937 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2921 0.624 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.0808 0.703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3751 0.653 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.724 0.012 0.060
#> dkfz_11-051 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 8 0.3323 0.216 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-054 2 0.4889 0.520 0.000 0.668 0.000 0.000 0.156 0.104 0.012 0.060
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2776 0.724 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0125 0.895 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 2 0.0520 0.886 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3238 0.598 0.000 0.016 0.000 0.000 0.284 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 8 0.1947 0.828 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-067 3 0.2380 0.753 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.0745 0.706 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0313 0.943 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3751 0.653 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.724 0.012 0.060
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2825 0.760 0.000 0.796 0.000 0.028 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2146 0.789 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4284 0.138 0.000 0.392 0.000 0.536 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1686 0.844 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0313 0.999 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2296 0.708 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.3161 0.486 0.000 0.668 0.000 0.328 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.2908 0.665 0.000 0.772 0.000 0.208 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.1195 0.864 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-144 8 0.1195 0.864 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.2938 0.581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0471 0.889 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1269 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.3048 -0.0349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3090 0.2560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2200 0.7273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.2994 0.2899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.3063 0.6852 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.4561 0.3857 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.600 0.112 0.260 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.4912 0.2076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.288 0.284 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.3004 0.2856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1473 0.8837 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> dkfz_11-021 8 0.3048 0.6990 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.1908 0.8185 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.1558 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0119 0.9940 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2549 0.7044 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1515 0.8811 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> dkfz_11-031 7 0.0876 0.8915 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.0414 0.8613 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2278 0.7838 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.860
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3180 0.3044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.628 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3976 0.2522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.068 0.368 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0565 0.4602 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.1217 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.2765 0.6385 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3095 0.3030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.632 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2845 0.4087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.004 0.288 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.3193 0.2773 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.584
#> dkfz_11-054 6 0.5654 0.2216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.408 0.216 0.308 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2508 0.5909 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.3048 0.6990 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.0764 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.0764 0.8887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3358 0.3076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.628 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.1430 0.8371 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.912
#> dkfz_11-067 3 0.2441 0.7539 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.208
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.2994 0.2981 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.2608 0.5426 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2922 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2674 0.7778 0.000 0.176 0.000 0.028 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0119 0.9117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0446 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.2031 0.8054 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4054 0.1398 0.000 0.072 0.000 0.536 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1596 0.8447 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0212 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0373 0.9064 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.2173 0.7234 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2508 0.5909 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.2991 0.5002 0.000 0.004 0.000 0.328 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.2752 0.6802 0.000 0.020 0.000 0.208 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0446 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0331 0.8610 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> dkfz_11-144 9 0.0331 0.8610 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.3004 0.2856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0446 0.9060 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1211 0.75236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.2332 0.32660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 9 0.3096 -0.06572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.000 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2099 0.67936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.3815 0.16044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.072 0.000 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.2373 0.54860 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2710 0.73467 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.828 0.100 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1168 0.79934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.3720 0.35814 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.072 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1161 0.90903 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.024
#> dkfz_11-021 8 0.2332 0.55394 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.1821 0.81413 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.1487 0.76208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0113 0.99389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2824 0.62479 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.260
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1223 0.90652 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-031 7 0.0836 0.88848 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.0786 0.80683 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.960
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.4655 -0.46122 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.196 0.432 0.368
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.6197 -0.21753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.072 0.084 0.356 0.324 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.5314 -0.00392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.272 0.368 0.316 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2682 0.45174 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.1278 0.92023 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.028 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.2638 0.63921 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 9 0.3911 0.12324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000 0.356 0.568 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0555 0.81578 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.3562 0.15102 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.520
#> dkfz_11-054 6 0.1772 0.80486 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.908 0.028 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2930 0.39839 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.2332 0.55394 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.0896 0.89100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.0888 0.87621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4213 0.30836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.072 0.028 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.0986 0.79815 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-067 3 0.2500 0.76990 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.160
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 9 0.3815 0.11652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.360 0.568 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.2960 0.35200 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0113 0.81960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2551 0.77189 0.000 0.176 0.000 0.028 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0315 0.90609 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0605 0.95507 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.1938 0.80045 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.3869 0.13875 0.000 0.072 0.000 0.536 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1523 0.84238 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0202 0.90745 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.90953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0113 0.97468 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.99939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0426 0.88004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.2073 0.71553 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2930 0.39839 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.2854 0.48272 0.000 0.004 0.000 0.328 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.2626 0.67058 0.000 0.020 0.000 0.208 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.89439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0605 0.95507 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.97767 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.0000 0.81208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 10 0.0000 0.81208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.82973 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.94149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.3720 0.35814 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.072 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0426 0.90300 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:pam 134 1.07e-22 1.43e-26 2
#> SD:pam 132 4.94e-33 8.06e-36 3
#> SD:pam 134 1.32e-61 8.14e-37 4
#> SD:pam 125 5.09e-79 3.99e-34 5
#> SD:pam 123 1.62e-77 4.06e-32 6
#> SD:pam 126 2.00e-69 2.17e-30 7
#> SD:pam 131 2.33e-68 9.26e-30 8
#> SD:pam 118 2.95e-64 3.84e-27 9
#> SD:pam 118 2.74e-65 2.14e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.750 0.964 0.976 0.40302 0.582 0.582
#> 3 3 0.665 0.821 0.925 0.42588 0.752 0.605
#> 4 4 0.848 0.924 0.958 0.19304 0.796 0.563
#> 5 5 0.862 0.826 0.911 0.10898 0.884 0.647
#> 6 6 0.799 0.805 0.845 0.07436 0.876 0.533
#> 7 7 0.939 0.905 0.951 0.05319 0.939 0.674
#> 8 8 0.909 0.851 0.905 0.01148 0.966 0.773
#> 9 9 0.918 0.792 0.896 0.01130 0.980 0.849
#> 10 10 0.908 0.795 0.893 0.00837 0.978 0.828
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 7 8 9
There is also optional best \(k\) = 7 8 9 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.574 0.913 0.864 0.136
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.973 0.232 0.404 0.596
#> dkfz_11-009 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-040 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.966 0.271 0.392 0.608
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.563 0.918 0.868 0.132
#> dkfz_11-049 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-057 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-058 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.574 0.913 0.864 0.136
#> dkfz_11-074 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-137 1 0.494 0.941 0.892 0.108
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.934 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.6302 0.125 0.520 0.480 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-004 2 0.0424 0.905 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.3752 0.808 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.3752 0.808 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0424 0.852 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0237 0.908 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5678 0.511 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.4399 0.780 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.6111 0.376 0.396 0.604 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.5678 0.511 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.6280 0.239 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.3619 0.811 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4399 0.780 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.6305 0.113 0.516 0.484 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.3752 0.808 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.4399 0.780 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.7209 0.342 0.604 0.360 0.036
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.852 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.5678 0.511 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3267 0.804 0.116 0.884 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.6126 0.391 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.852 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-050 2 0.6280 0.239 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.6280 0.239 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-057 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-058 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-061 2 0.5706 0.503 0.320 0.680 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.6280 0.239 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.6280 0.239 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.5497 0.633 0.708 0.292 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0892 0.851 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.4399 0.780 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.852 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-075 2 0.6244 0.286 0.440 0.560 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.4121 0.794 0.832 0.168 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-094 2 0.5678 0.511 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6260 0.268 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0424 0.905 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3941 0.757 0.156 0.844 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-137 1 0.0747 0.855 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.6280 0.239 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.4291 0.786 0.820 0.180 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.3752 0.808 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 1 0.3192 0.821 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3105 0.868 0.012 0.868 0.000 0.120
#> dkfz_11-003 1 0.3610 0.725 0.800 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.4907 0.343 0.000 0.580 0.000 0.420
#> dkfz_11-005 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.1940 0.926 0.000 0.076 0.000 0.924
#> dkfz_11-008 2 0.0817 0.871 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.2011 0.923 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-011 4 0.3649 0.730 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-012 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-013 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-015 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-016 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-024 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.2011 0.923 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.2011 0.923 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.2011 0.923 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-034 3 0.0469 0.988 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-036 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2142 0.847 0.056 0.928 0.016 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.4008 0.645 0.244 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-044 2 0.3400 0.826 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-048 2 0.1867 0.849 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-051 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2216 0.872 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.1474 0.925 0.948 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.2814 0.864 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-062 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-063 2 0.3123 0.850 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-064 2 0.2222 0.856 0.016 0.924 0.000 0.060
#> dkfz_11-065 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.2011 0.923 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-070 4 0.2973 0.824 0.000 0.144 0.000 0.856
#> dkfz_11-071 4 0.1211 0.950 0.000 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2760 0.805 0.128 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-091 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.1474 0.942 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1118 0.876 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.2868 0.863 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-100 4 0.1474 0.942 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-101 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0188 0.973 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-104 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 4 0.4431 0.569 0.000 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-107 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0188 0.973 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-111 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-115 2 0.4948 0.281 0.000 0.560 0.000 0.440
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 4 0.1474 0.942 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-120 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-123 2 0.3726 0.788 0.000 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0188 0.973 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0188 0.973 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0336 0.974 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.3311 0.837 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-140 4 0.0336 0.973 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0592 0.874 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0469 0.971 0.000 0.012 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1671 0.803 0.000 0.076 0.00 0.000 0.924
#> dkfz_11-003 1 0.4380 0.528 0.676 0.020 0.00 0.000 0.304
#> dkfz_11-004 2 0.5917 0.532 0.000 0.564 0.00 0.304 0.132
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.5554 0.564 0.000 0.592 0.00 0.092 0.316
#> dkfz_11-008 5 0.3274 0.679 0.000 0.220 0.00 0.000 0.780
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.5523 0.562 0.000 0.592 0.00 0.088 0.320
#> dkfz_11-011 2 0.5589 0.543 0.000 0.548 0.00 0.080 0.372
#> dkfz_11-012 2 0.1197 0.682 0.000 0.952 0.00 0.000 0.048
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.4597 0.407 0.000 0.564 0.00 0.012 0.424
#> dkfz_11-015 2 0.1410 0.681 0.000 0.940 0.00 0.000 0.060
#> dkfz_11-016 2 0.1357 0.682 0.000 0.948 0.00 0.004 0.048
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0162 0.855 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 4 0.4045 0.434 0.000 0.356 0.00 0.644 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 5 0.2561 0.715 0.000 0.144 0.00 0.000 0.856
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.5490 0.558 0.000 0.592 0.00 0.084 0.324
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.5523 0.562 0.000 0.592 0.00 0.088 0.320
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.6299 0.488 0.000 0.508 0.00 0.176 0.316
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.1410 0.904 0.000 0.060 0.00 0.940 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.3339 0.586 0.000 0.836 0.04 0.000 0.124
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4291 0.333 0.000 0.464 0.00 0.000 0.536
#> dkfz_11-043 2 0.1478 0.680 0.000 0.936 0.00 0.000 0.064
#> dkfz_11-044 2 0.4453 0.601 0.000 0.724 0.00 0.228 0.048
#> dkfz_11-045 5 0.3143 0.680 0.000 0.204 0.00 0.000 0.796
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.1043 0.921 0.000 0.040 0.00 0.960 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.4182 0.517 0.004 0.352 0.00 0.000 0.644
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.1197 0.682 0.000 0.952 0.00 0.000 0.048
#> dkfz_11-051 4 0.0703 0.933 0.000 0.024 0.00 0.976 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1410 0.680 0.000 0.940 0.00 0.000 0.060
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1571 0.911 0.936 0.004 0.00 0.000 0.060
#> dkfz_11-061 2 0.2127 0.661 0.000 0.892 0.00 0.000 0.108
#> dkfz_11-062 2 0.2843 0.655 0.000 0.876 0.00 0.076 0.048
#> dkfz_11-063 2 0.3401 0.653 0.000 0.840 0.00 0.096 0.064
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 5 0.3561 0.649 0.000 0.260 0.00 0.000 0.740
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.5523 0.562 0.000 0.592 0.00 0.088 0.320
#> dkfz_11-070 4 0.5296 -0.153 0.000 0.468 0.00 0.484 0.048
#> dkfz_11-071 2 0.5236 0.358 0.000 0.544 0.00 0.408 0.048
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4066 0.543 0.004 0.324 0.00 0.000 0.672
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1341 0.682 0.000 0.944 0.00 0.000 0.056
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 4 0.4622 0.540 0.000 0.276 0.00 0.684 0.040
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3395 0.535 0.000 0.236 0.00 0.000 0.764
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0609 0.936 0.000 0.020 0.00 0.980 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1197 0.682 0.000 0.952 0.00 0.000 0.048
#> dkfz_11-100 4 0.2127 0.864 0.000 0.108 0.00 0.892 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.0510 0.938 0.000 0.016 0.00 0.984 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.0963 0.924 0.000 0.036 0.00 0.964 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.5785 0.572 0.000 0.560 0.00 0.108 0.332
#> dkfz_11-107 4 0.0963 0.924 0.000 0.036 0.00 0.964 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0609 0.936 0.000 0.020 0.00 0.980 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0963 0.924 0.000 0.036 0.00 0.964 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.5159 0.505 0.000 0.556 0.00 0.044 0.400
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.5414 0.410 0.000 0.284 0.00 0.624 0.092
#> dkfz_11-120 4 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.5213 0.160 0.000 0.396 0.00 0.556 0.048
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0510 0.938 0.000 0.016 0.00 0.984 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1211 0.948 0.960 0.016 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3700 0.542 0.000 0.752 0.00 0.240 0.008
#> dkfz_11-140 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.00 0.992 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0162 0.855 0.000 0.004 0.00 0.000 0.996
#> dkfz_11-151 4 0.1908 0.881 0.000 0.092 0.00 0.908 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.5805 0.241 0.000 0.228 0 0.000 0.496 0.276
#> dkfz_11-003 1 0.3830 0.672 0.744 0.044 0 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3647 0.811 0.000 0.640 0 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-005 5 0.0603 0.893 0.000 0.016 0 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-006 5 0.0146 0.890 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.3930 0.801 0.000 0.576 0 0.004 0.000 0.420
#> dkfz_11-008 5 0.0713 0.889 0.000 0.028 0 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.3804 0.801 0.000 0.576 0 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-011 2 0.4039 0.813 0.000 0.632 0 0.000 0.016 0.352
#> dkfz_11-012 2 0.3509 0.806 0.000 0.744 0 0.000 0.016 0.240
#> dkfz_11-013 5 0.0713 0.889 0.000 0.000 0 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-014 2 0.3025 0.777 0.000 0.820 0 0.000 0.024 0.156
#> dkfz_11-015 2 0.2581 0.787 0.000 0.856 0 0.000 0.016 0.128
#> dkfz_11-016 2 0.0603 0.718 0.000 0.980 0 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0603 0.893 0.000 0.016 0 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0146 0.868 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.5029 0.732 0.000 0.612 0 0.112 0.000 0.276
#> dkfz_11-024 5 0.1204 0.876 0.000 0.000 0 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-025 5 0.5162 0.458 0.000 0.168 0 0.000 0.620 0.212
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.888 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3930 0.801 0.000 0.576 0 0.004 0.000 0.420
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3930 0.801 0.000 0.576 0 0.004 0.000 0.420
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.3930 0.801 0.000 0.576 0 0.004 0.000 0.420
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.5461 0.595 0.000 0.520 0 0.136 0.000 0.344
#> dkfz_11-036 5 0.0865 0.886 0.000 0.000 0 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-037 5 0.5271 0.457 0.000 0.380 0 0.000 0.516 0.104
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.4116 0.581 0.000 0.012 0 0.416 0.000 0.572
#> dkfz_11-042 5 0.1910 0.847 0.000 0.108 0 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2494 0.785 0.000 0.864 0 0.000 0.016 0.120
#> dkfz_11-044 2 0.2538 0.786 0.000 0.860 0 0.000 0.016 0.124
#> dkfz_11-045 5 0.4810 0.551 0.000 0.084 0 0.000 0.624 0.292
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5469 0.599 0.000 0.532 0 0.144 0.000 0.324
#> dkfz_11-048 5 0.1075 0.883 0.000 0.048 0 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0458 0.720 0.000 0.984 0 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.3315 0.758 0.000 0.040 0 0.156 0.000 0.804
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3136 0.795 0.000 0.796 0 0.000 0.016 0.188
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3236 0.769 0.796 0.024 0 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3922 0.813 0.000 0.664 0 0.000 0.016 0.320
#> dkfz_11-062 2 0.0820 0.720 0.000 0.972 0 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-063 2 0.1528 0.742 0.000 0.936 0 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-064 5 0.1152 0.882 0.000 0.004 0 0.000 0.952 0.044
#> dkfz_11-065 5 0.1075 0.883 0.000 0.048 0 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0363 0.891 0.000 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-069 2 0.3804 0.801 0.000 0.576 0 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-070 2 0.4249 0.804 0.000 0.640 0 0.032 0.000 0.328
#> dkfz_11-071 2 0.3769 0.811 0.000 0.640 0 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1075 0.883 0.000 0.048 0 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2494 0.785 0.000 0.864 0 0.000 0.016 0.120
#> dkfz_11-091 5 0.0363 0.891 0.000 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-092 2 0.4594 0.783 0.000 0.608 0 0.052 0.000 0.340
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5416 0.719 0.000 0.580 0 0.000 0.196 0.224
#> dkfz_11-095 4 0.3695 0.168 0.000 0.000 0 0.624 0.000 0.376
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3679 0.792 0.000 0.040 0 0.200 0.000 0.760
#> dkfz_11-098 4 0.3634 0.238 0.000 0.000 0 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-099 2 0.0458 0.720 0.000 0.984 0 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.5228 0.647 0.000 0.524 0 0.100 0.000 0.376
#> dkfz_11-101 6 0.3315 0.758 0.000 0.040 0 0.156 0.000 0.804
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4420 0.715 0.000 0.040 0 0.340 0.000 0.620
#> dkfz_11-104 6 0.5468 0.141 0.000 0.296 0 0.156 0.000 0.548
#> dkfz_11-105 4 0.2697 0.647 0.000 0.000 0 0.812 0.000 0.188
#> dkfz_11-106 2 0.3647 0.811 0.000 0.640 0 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-107 6 0.3776 0.786 0.000 0.048 0 0.196 0.000 0.756
#> dkfz_11-108 6 0.3950 0.529 0.000 0.004 0 0.432 0.000 0.564
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.4292 0.640 0.000 0.024 0 0.388 0.000 0.588
#> dkfz_11-111 6 0.3950 0.803 0.000 0.040 0 0.240 0.000 0.720
#> dkfz_11-112 4 0.0260 0.867 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3315 0.758 0.000 0.040 0 0.156 0.000 0.804
#> dkfz_11-115 2 0.3647 0.811 0.000 0.640 0 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4183 0.767 0.000 0.036 0 0.296 0.000 0.668
#> dkfz_11-118 4 0.3390 0.428 0.000 0.000 0 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-119 2 0.4682 0.746 0.000 0.556 0 0.048 0.000 0.396
#> dkfz_11-120 6 0.3998 0.802 0.000 0.040 0 0.248 0.000 0.712
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.3998 0.803 0.000 0.040 0 0.248 0.000 0.712
#> dkfz_11-123 2 0.2068 0.723 0.000 0.916 0 0.048 0.016 0.020
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3975 0.804 0.000 0.040 0 0.244 0.000 0.716
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3794 0.799 0.000 0.040 0 0.216 0.000 0.744
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0713 0.851 0.000 0.000 0 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-130 6 0.4301 0.631 0.000 0.024 0 0.392 0.000 0.584
#> dkfz_11-131 4 0.3828 -0.155 0.000 0.000 0 0.560 0.000 0.440
#> dkfz_11-132 4 0.0260 0.867 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4530 0.667 0.692 0.100 0 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.1546 0.703 0.000 0.944 0 0.020 0.016 0.020
#> dkfz_11-140 6 0.4141 0.641 0.000 0.016 0 0.388 0.000 0.596
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.3409 0.417 0.000 0.000 0 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0363 0.891 0.000 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0146 0.890 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0458 0.891 0.000 0.016 0 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.5411 0.538 0.000 0.472 0 0.116 0.000 0.412
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3252 0.577 0.000 0.000 0 0.000 0.672 0.328 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.3363 0.536 0.672 0.000 0 0.000 0.324 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3234 0.656 0.000 0.720 0 0.000 0.000 0.272 0.008
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.912 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0134 0.975 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.912 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3381 0.523 0.000 0.688 0 0.000 0.000 0.304 0.008
#> dkfz_11-012 6 0.0660 0.952 0.000 0.016 0 0.000 0.000 0.976 0.008
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0742 0.952 0.000 0.020 0 0.000 0.000 0.972 0.008
#> dkfz_11-015 6 0.0742 0.952 0.000 0.020 0 0.000 0.000 0.972 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.0895 0.951 0.000 0.028 0 0.000 0.000 0.964 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0134 0.975 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0334 0.913 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-024 5 0.0239 0.902 0.000 0.000 0 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3135 0.672 0.000 0.004 0 0.000 0.724 0.272 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.912 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.912 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.912 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.1759 0.849 0.000 0.892 0 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-036 5 0.0239 0.902 0.000 0.000 0 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3556 0.275 0.000 0.000 0 0.000 0.524 0.476 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0334 0.924 0.000 0.000 0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-042 5 0.2514 0.770 0.000 0.000 0 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0660 0.952 0.000 0.016 0 0.000 0.000 0.976 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.1035 0.947 0.000 0.036 0 0.000 0.000 0.956 0.008
#> dkfz_11-045 5 0.3007 0.703 0.000 0.004 0 0.000 0.748 0.248 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0239 0.973 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0656 0.908 0.000 0.972 0 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-048 5 0.0134 0.903 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0660 0.952 0.000 0.016 0 0.000 0.000 0.976 0.008
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0573 0.942 0.000 0.012 0 0.000 0.008 0.980 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0134 0.975 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0134 0.975 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0742 0.952 0.000 0.020 0 0.000 0.000 0.972 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.1994 0.891 0.000 0.108 0 0.000 0.000 0.884 0.008
#> dkfz_11-063 6 0.2654 0.803 0.000 0.180 0 0.000 0.000 0.812 0.008
#> dkfz_11-064 5 0.1050 0.877 0.000 0.000 0 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0134 0.904 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.912 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2120 0.837 0.000 0.872 0 0.000 0.000 0.120 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.0373 0.912 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0134 0.903 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0134 0.975 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0660 0.952 0.000 0.016 0 0.000 0.000 0.976 0.008
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0334 0.913 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3823 0.336 0.000 0.012 0 0.000 0.548 0.440 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.2005 0.844 0.000 0.000 0 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 7 0.2391 0.804 0.000 0.000 0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-099 6 0.0966 0.949 0.000 0.032 0 0.000 0.000 0.960 0.008
#> dkfz_11-100 2 0.0656 0.908 0.000 0.972 0 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 7 0.1166 0.882 0.000 0.060 0 0.000 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-105 7 0.3554 0.213 0.000 0.000 0 0.472 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-106 2 0.2654 0.778 0.000 0.812 0 0.000 0.000 0.180 0.008
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 7 0.0239 0.925 0.000 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 7 0.0239 0.924 0.000 0.008 0 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-112 4 0.0728 0.961 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.3414 0.585 0.000 0.680 0 0.000 0.000 0.312 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 7 0.2945 0.695 0.000 0.000 0 0.260 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-119 2 0.0334 0.913 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0334 0.975 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 6 0.2228 0.896 0.000 0.040 0 0.000 0.000 0.884 0.076
#> dkfz_11-124 1 0.0134 0.975 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1844 0.868 0.000 0.000 0 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 7 0.2154 0.830 0.000 0.000 0 0.148 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-132 4 0.0797 0.959 0.000 0.000 0 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0239 0.973 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2924 0.806 0.000 0.032 0 0.000 0.000 0.812 0.156
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.2878 0.714 0.000 0.000 0 0.248 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0797 0.904 0.000 0.964 0 0.000 0.000 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0614 0.9554 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3974 0.5927 0.000 0.008 0.000 0.000 0.088 0.700 0.000 0.204
#> dkfz_11-003 8 0.3529 0.0782 0.484 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-004 2 0.3212 0.3530 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.1605 0.7074 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-006 8 0.0000 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.0000 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0224 0.9406 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3332 -0.0123 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0224 0.8462 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.2776 0.9155 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-014 6 0.0395 0.8469 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0395 0.8470 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1477 0.8234 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1144 0.9580 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1293 0.9569 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 8 0.0000 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0614 0.9554 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0224 0.9406 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0251 0.8864 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.3906 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.064 0.000 0.284
#> dkfz_11-025 6 0.4674 0.4237 0.000 0.008 0.000 0.000 0.232 0.604 0.000 0.156
#> dkfz_11-026 8 0.3029 0.1452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0614 0.9554 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0868 0.9599 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1293 0.9569 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0681 0.9546 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.1433 0.9534 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.1810 0.8101 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.112 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.3782 0.8783 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.052 0.000 0.288
#> dkfz_11-037 6 0.3549 0.4663 0.008 0.004 0.000 0.000 0.004 0.636 0.000 0.348
#> dkfz_11-038 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0395 0.9430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0471 0.9308 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2810 0.5795 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.196 0.000 0.788
#> dkfz_11-043 6 0.0224 0.8462 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.1471 0.8371 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000 0.928 0.012 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.4470 0.5034 0.000 0.008 0.000 0.000 0.188 0.644 0.000 0.160
#> dkfz_11-046 1 0.0125 0.9418 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0681 0.8741 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.0573 0.7952 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.980
#> dkfz_11-049 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0125 0.8446 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1341 0.9563 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0313 0.8466 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0125 0.9432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0125 0.9418 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0471 0.8468 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2021 0.7995 0.000 0.124 0.000 0.008 0.000 0.868 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2661 0.7356 0.000 0.188 0.000 0.008 0.000 0.800 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.4672 0.7422 0.000 0.004 0.000 0.000 0.576 0.140 0.000 0.280
#> dkfz_11-065 8 0.1162 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004 0.000 0.940
#> dkfz_11-066 3 0.0544 0.9600 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0614 0.9554 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2756 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1387 0.8431 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0681 0.8761 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.1293 0.9569 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.0536 0.7944 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0224 0.8462 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.2756 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-092 2 0.0224 0.8860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4298 0.5348 0.000 0.008 0.000 0.000 0.188 0.668 0.000 0.136
#> dkfz_11-095 7 0.2016 0.8328 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.2296 0.7945 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1341 0.8317 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0681 0.8758 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0926 0.9052 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.3283 0.1814 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1726 0.8172 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.0125 0.9399 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0125 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0614 0.9502 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3289 0.2602 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.3015 0.5655 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0224 0.8860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1840 0.9316 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.2466 0.8094 0.000 0.080 0.000 0.008 0.000 0.864 0.048 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0125 0.9418 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1563 0.8777 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.2114 0.8206 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0614 0.9510 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0471 0.9355 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2602 0.7400 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.824 0.156 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0313 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.2582 0.7335 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0745 0.9571 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0681 0.9546 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.2756 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-146 3 0.0614 0.9554 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1293 0.9569 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2814 0.9121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-149 3 0.1293 0.9569 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 8 0.0000 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0868 0.8683 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.4054 0.194 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.508 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.3193 0.209 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-004 9 0.2645 0.639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-005 8 0.2765 0.539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-006 8 0.1810 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-007 9 0.0331 0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> dkfz_11-008 8 0.1810 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0876 0.939 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-010 9 0.0331 0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> dkfz_11-011 9 0.2765 0.490 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-012 6 0.0373 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-013 5 0.2277 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0373 0.793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0373 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-016 6 0.1313 0.767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-017 2 0.1356 0.912 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 2 0.0821 0.939 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 8 0.1810 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0982 0.934 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 9 0.0119 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-024 5 0.1469 0.635 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3894 0.419 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.284 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-026 8 0.2984 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-027 9 0.0212 0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2327 0.722 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2780 0.621 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 9 0.0212 0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 9 0.0331 0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> dkfz_11-034 3 0.2963 0.552 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 9 0.0930 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-036 5 0.1560 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.012 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.4347 0.310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.592 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0119 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0373 0.869 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.3977 0.439 0.004 0.000 0.000 0.000 0.228 0.108 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0296 0.799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-044 6 0.0939 0.794 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.012 0.000 0.032
#> dkfz_11-045 5 0.4027 0.313 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.340 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0581 0.947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-047 9 0.0119 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-048 8 0.1558 0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0296 0.799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.2529 0.675 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0296 0.794 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0930 0.936 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0446 0.799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-062 6 0.2905 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-063 6 0.2941 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-064 5 0.1685 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.024 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3155 -0.245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2252 0.752 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.2226 0.623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-069 9 0.0212 0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-070 9 0.0237 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> dkfz_11-071 9 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.0821 0.939 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.1387 0.727 0.008 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0119 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0373 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-091 5 0.2277 0.617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-092 9 0.0119 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-093 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4070 -0.145 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.476 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.3114 0.571 0.000 0.008 0.000 0.340 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.3114 0.571 0.000 0.008 0.000 0.340 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0581 0.798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-100 9 0.1082 0.883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-101 7 0.0119 0.874 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.1033 0.829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-105 7 0.3330 0.300 0.000 0.008 0.000 0.460 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 9 0.1033 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-107 7 0.0212 0.870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 7 0.0585 0.866 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1340 0.902 0.000 0.008 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 9 0.2867 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-116 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.3217 0.497 0.000 0.008 0.000 0.380 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 9 0.0119 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1224 0.951 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.3891 0.605 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.116 0.000 0.220
#> dkfz_11-124 1 0.0119 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1398 0.885 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.3023 0.610 0.000 0.008 0.000 0.312 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0212 0.980 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0916 0.942 0.956 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3801 0.571 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.236 0.000 0.096
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.3148 0.551 0.000 0.008 0.000 0.352 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0930 0.864 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.2226 0.623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 2 0.0821 0.939 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.2443 0.613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0821 0.939 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 8 0.1810 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-151 9 0.1269 0.867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0113 0.9330 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.4140 0.5560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.276 0.000 0.012 0.000 0.108
#> dkfz_11-003 8 0.3929 0.2111 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.572 0.000 0.348
#> dkfz_11-004 2 0.2149 0.7734 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2987 0.2951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 8 0.1694 0.8083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0605 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-008 8 0.1294 0.8220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 10 0.3394 0.9293 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.584
#> dkfz_11-010 2 0.0605 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-011 2 0.1294 0.8987 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0492 0.8568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.1594 0.6734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0673 0.8521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0113 0.8620 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1820 0.8306 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.012 0.000 0.072
#> dkfz_11-017 9 0.0784 0.8862 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-018 9 0.0000 0.8987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 8 0.1559 0.8163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0113 0.9330 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 10 0.3541 0.8888 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.608
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9340 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2628 0.6776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.028 0.000 0.012 0.000 0.148
#> dkfz_11-025 5 0.4369 0.5569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.288 0.000 0.012 0.000 0.136
#> dkfz_11-026 5 0.2559 0.5619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0605 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9326 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 9 0.2930 0.3312 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2310 0.7366 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0605 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-032 3 0.0113 0.9330 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0605 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-034 3 0.2796 0.7077 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.024
#> dkfz_11-035 2 0.0874 0.9295 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 5 0.2491 0.6788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000 0.024 0.000 0.148
#> dkfz_11-037 6 0.3915 -0.0568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.476 0.000 0.460 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 4 0.0555 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-039 1 0.0555 0.8270 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0356 0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-042 8 0.3354 0.6398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.164 0.000 0.752 0.000 0.028
#> dkfz_11-043 6 0.0113 0.8620 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.1008 0.8515 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.952 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 5 0.4399 0.5241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.312 0.000 0.024 0.000 0.104
#> dkfz_11-046 1 0.0835 0.8197 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> dkfz_11-047 2 0.0315 0.9418 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 8 0.1116 0.8179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0113 0.9256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.1412 0.8409 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0673 0.8521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0836 0.9136 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2615 0.2706 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.264
#> dkfz_11-059 4 0.0282 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-060 1 0.3535 -0.3699 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.384
#> dkfz_11-061 6 0.0615 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3073 0.7413 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.012 0.000 0.072
#> dkfz_11-063 6 0.3606 0.4382 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.008 0.000 0.036
#> dkfz_11-064 5 0.2894 0.6745 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.048 0.000 0.012 0.000 0.148
#> dkfz_11-065 5 0.3358 0.4455 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.328 0.000 0.036
#> dkfz_11-066 3 0.1487 0.8674 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9326 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.1523 0.6723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0605 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-070 2 0.0729 0.9343 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0555 0.9390 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 9 0.0000 0.8987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.1152 0.7938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.940 0.000 0.040
#> dkfz_11-074 10 0.3191 0.9085 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.580
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.1559 0.6709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0395 0.9409 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4438 0.4512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.368 0.000 0.012 0.000 0.120
#> dkfz_11-095 7 0.2933 0.6923 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-096 4 0.0282 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.2854 0.7154 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-099 6 0.0202 0.8621 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0974 0.9295 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 7 0.0113 0.9256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9340 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0909 0.9004 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-105 4 0.3481 -0.1271 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-106 2 0.0986 0.9235 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0282 0.9219 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-108 7 0.0693 0.9133 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-109 4 0.0282 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0282 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-112 4 0.2264 0.7737 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9340 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0113 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.2221 0.7606 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.3016 0.6424 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-119 2 0.0686 0.9377 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.3377 0.7554 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.784 0.092 0.008 0.000 0.068
#> dkfz_11-124 1 0.3027 -0.3751 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.400
#> dkfz_11-125 7 0.0113 0.9256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 4 0.0282 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0282 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-129 4 0.1294 0.8618 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.2577 0.7725 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-132 4 0.0426 0.9252 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0282 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-134 4 0.0282 0.9353 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-135 4 0.0673 0.9212 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-136 1 0.1741 0.7450 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.068
#> dkfz_11-137 1 0.0842 0.8146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> dkfz_11-138 4 0.0555 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-139 6 0.3029 0.7041 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.772 0.168 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0202 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-142 7 0.2914 0.6983 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-143 3 0.0555 0.9226 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9326 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.1523 0.6723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9326 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 9 0.0000 0.8987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1661 0.6725 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 9 0.0000 0.8987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 8 0.1661 0.8111 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.1465 0.8977 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:mclust 134 1.07e-24 3.69e-13 2
#> SD:mclust 123 4.21e-46 1.01e-11 3
#> SD:mclust 134 2.95e-69 9.05e-30 4
#> SD:mclust 128 2.42e-72 2.10e-29 5
#> SD:mclust 127 4.41e-88 9.11e-46 6
#> SD:mclust 133 5.61e-96 3.63e-45 7
#> SD:mclust 128 2.29e-96 7.20e-42 8
#> SD:mclust 124 2.11e-92 1.16e-40 9
#> SD:mclust 125 3.34e-80 2.84e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.806 0.930 0.946 0.34275 0.594 0.594
#> 3 3 1.000 0.991 0.997 0.28808 0.961 0.934
#> 4 4 1.000 0.954 0.982 0.03813 0.989 0.981
#> 5 5 1.000 0.947 0.982 0.00911 0.998 0.997
#> 6 6 0.989 0.922 0.964 0.00931 0.998 0.996
#> 7 7 0.984 0.897 0.959 0.01170 0.997 0.994
#> 8 8 0.990 0.901 0.964 0.01945 0.990 0.982
#> 9 9 0.781 0.812 0.920 0.09611 1.000 1.000
#> 10 10 0.781 0.828 0.899 0.09053 0.843 0.703
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-002 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-003 1 0.958 0.693 0.62 0.38
#> dkfz_11-004 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-005 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-006 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-007 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-008 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-009 1 0.958 0.693 0.62 0.38
#> dkfz_11-010 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-011 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-012 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-013 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-014 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-015 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-016 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-019 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-021 1 0.958 0.693 0.62 0.38
#> dkfz_11-022 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-023 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-024 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-025 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-026 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-027 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-031 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-033 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-035 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-036 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-037 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-038 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-039 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-040 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-041 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-042 1 0.958 0.693 0.62 0.38
#> dkfz_11-043 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-044 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-045 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-046 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-047 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-048 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-049 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-050 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-051 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-052 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-054 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-055 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-056 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-057 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-058 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-059 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-060 1 0.958 0.693 0.62 0.38
#> dkfz_11-061 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-062 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-063 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-064 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-065 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-068 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-069 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-070 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-071 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-073 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-074 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-075 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-091 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-092 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-093 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-094 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-095 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-096 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-097 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-098 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-099 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-100 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-101 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-102 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-103 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-104 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-105 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-106 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-107 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-108 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-109 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-110 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-111 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-112 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-113 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-114 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-115 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-116 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-117 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-118 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-119 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-120 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-121 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-122 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-123 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-124 1 0.958 0.693 0.62 0.38
#> dkfz_11-125 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-126 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-127 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-128 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-129 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-130 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-131 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-132 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-133 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-134 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-135 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-136 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-137 1 0.943 0.721 0.64 0.36
#> dkfz_11-138 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-139 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-140 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-141 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-142 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-145 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-148 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.788 1.00 0.00
#> dkfz_11-150 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> dkfz_11-151 2 0.000 1.000 0.00 1.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-002 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-003 1 0.2625 0.883 0.916 0.084 0
#> dkfz_11-004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-005 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-007 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-009 1 0.2625 0.883 0.916 0.084 0
#> dkfz_11-010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-011 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-013 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-014 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-015 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-016 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-019 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-021 1 0.2625 0.883 0.916 0.084 0
#> dkfz_11-022 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-023 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-024 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-025 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-026 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-027 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-031 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-033 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-037 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-042 1 0.2625 0.883 0.916 0.084 0
#> dkfz_11-043 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-044 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-051 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-054 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-055 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-060 1 0.2625 0.883 0.916 0.084 0
#> dkfz_11-061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-124 1 0.0892 0.944 0.980 0.020 0
#> dkfz_11-125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-130 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-131 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-132 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-133 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-134 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-135 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-140 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-141 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-142 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-148 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-150 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-151 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.2081 0.873 0.916 0.084 0.0 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.2081 0.873 0.916 0.084 0.0 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2081 0.873 0.916 0.084 0.0 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4855 0.658 0.000 0.000 0.6 0.400
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.2081 0.873 0.916 0.084 0.0 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.4855 0.000 0.000 0.400 0.0 0.600
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2081 0.873 0.916 0.084 0.0 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.0 0.008
#> dkfz_11-109 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-113 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0707 0.944 0.980 0.020 0.0 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-129 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-130 2 0.0469 0.967 0.000 0.988 0.0 0.012
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-133 2 0.1389 0.926 0.000 0.952 0.0 0.048
#> dkfz_11-134 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-135 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0469 0.967 0.000 0.988 0.0 0.012
#> dkfz_11-141 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-142 2 0.1637 0.911 0.000 0.940 0.0 0.060
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.1908 0.914 0.000 0 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-002 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.1792 0.844 0.916 0 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.1792 0.844 0.916 0 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.1792 0.844 0.916 0 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-023 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1908 0.914 0.000 0 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-033 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1792 0.844 0.916 0 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-043 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.3109 0.000 0.000 0 0.000 0.200 0.800
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1792 0.844 0.916 0 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1908 0.914 0.000 0 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-106 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0290 0.979 0.000 0 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-113 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-119 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0609 0.926 0.980 0 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-129 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-130 4 0.0404 0.976 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-133 4 0.1197 0.946 0.000 0 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-134 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-135 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.946 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0404 0.976 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-141 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-142 4 0.1410 0.935 0.000 0 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-143 3 0.3109 0.822 0.000 0 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-144 3 0.3109 0.822 0.000 0 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-145 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.960 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.985 0.000 0 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.2527 0.817 0.000 NA 0.832 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.2595 0.662 0.872 NA 0.000 0.084 0.000 0.044
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.2595 0.662 0.872 NA 0.000 0.084 0.000 0.044
#> dkfz_11-010 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2595 0.662 0.872 NA 0.000 0.084 0.000 0.044
#> dkfz_11-022 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-023 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2562 0.814 0.000 NA 0.828 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.3868 0.411 0.000 NA 0.000 0.000 0.504 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0713 0.840 0.972 NA 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.2595 0.662 0.872 NA 0.000 0.084 0.000 0.044
#> dkfz_11-043 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.4592 0.421 0.000 NA 0.000 0.036 0.496 0.468
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0937 0.828 0.960 NA 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2595 0.662 0.872 NA 0.000 0.084 0.000 0.044
#> dkfz_11-061 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2340 0.830 0.000 NA 0.852 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0790 0.836 0.968 NA 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-075 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0260 0.983 0.000 NA 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1549 0.802 0.936 NA 0.000 0.020 0.000 0.044
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0363 0.980 0.000 NA 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.1075 0.957 0.000 NA 0.000 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.3867 0.000 0.488 NA 0.000 0.000 0.000 0.512
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.856 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0363 0.980 0.000 NA 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1267 0.948 0.000 NA 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4098 0.371 0.000 NA 0.496 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.4116 0.510 0.000 NA 0.572 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.914 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.988 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.3252 0.487 0.000 0 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-002 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4541 0.553 0.592 0 0.000 0.084 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.4541 0.553 0.592 0 0.000 0.084 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4541 0.553 0.592 0 0.000 0.084 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3266 0.479 0.000 0 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-033 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.2484 0.717 0.812 0 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0334 0.764 0.988 0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4541 0.553 0.592 0 0.000 0.084 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-043 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1330 0.755 0.928 0 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2901 0.679 0.748 0 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4541 0.553 0.592 0 0.000 0.084 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2855 0.640 0.000 0 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.2708 0.700 0.780 0 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-075 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0239 0.983 0.000 0 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.3700 0.606 0.656 0 0.000 0.020 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0334 0.981 0.000 0 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0990 0.957 0.000 0 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.2529 0.000 0.096 0 0.000 0.000 0.000 0.860 0.044
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.764 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0334 0.981 0.000 0 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1166 0.949 0.000 0 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.1906 0.553 0.000 0 0.044 0.000 0.000 0.048 0.908
#> dkfz_11-144 7 0.3532 0.615 0.000 0 0.204 0.000 0.000 0.048 0.748
#> dkfz_11-145 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.921 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.0000 0.988 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.3070 0.514 0.000 0.00 0.664 0.000 0.000 0.336 0 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.1452 0.758 0.012 0.00 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.924
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.1452 0.758 0.012 0.00 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.924
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.1452 0.758 0.012 0.00 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.924
#> dkfz_11-022 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3083 0.506 0.000 0.00 0.660 0.000 0.000 0.340 0 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-038 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.3212 0.425 0.388 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.612
#> dkfz_11-040 1 0.2380 0.687 0.804 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.196
#> dkfz_11-041 5 0.0313 0.978 0.000 0.00 0.000 0.012 0.988 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.1452 0.758 0.012 0.00 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.924
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0313 0.000 0.000 0.00 0.000 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> dkfz_11-056 1 0.3237 0.189 0.600 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.400
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2776 0.610 0.264 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.736
#> dkfz_11-059 5 0.0125 0.983 0.000 0.00 0.000 0.004 0.996 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.1452 0.758 0.012 0.00 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.924
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2715 0.654 0.000 0.00 0.748 0.000 0.000 0.252 0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.3000 0.568 0.316 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.684
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-096 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.0313 0.978 0.000 0.00 0.000 0.012 0.988 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.1293 0.671 0.076 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.924
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0544 0.971 0.000 0.00 0.000 0.024 0.976 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.1091 0.947 0.000 0.00 0.000 0.060 0.940 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.1947 0.000 0.000 0.86 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.140
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.912 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.0544 0.971 0.000 0.00 0.000 0.024 0.976 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-141 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1244 0.939 0.000 0.00 0.000 0.072 0.928 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2605 0.450 0.000 0.14 0.000 0.000 0.000 0.828 0 0.032
#> dkfz_11-144 6 0.2768 0.523 0.000 0.00 0.160 0.000 0.000 0.808 0 0.032
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.923 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.985 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.3055 0.357 0.000 0.396 0.604 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-002 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 8 0.1082 0.767 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.064 0.936 0
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 8 0.1082 0.767 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.064 0.936 0
#> dkfz_11-010 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0237 0.879 0.000 0.004 0.992 0 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-018 3 0.0119 0.880 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-019 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0331 0.879 0.000 0.000 0.988 0 0.004 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-021 8 0.1082 0.767 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.064 0.936 0
#> dkfz_11-022 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.2297 0.818 0.000 0.008 0.868 0 0.072 0.000 0.000 0.052 0
#> dkfz_11-029 3 0.0237 0.879 0.000 0.004 0.992 0 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-030 3 0.1266 0.863 0.000 0.004 0.940 0 0.036 0.000 0.000 0.020 0
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.3077 0.326 0.000 0.408 0.592 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-033 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 9 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-038 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-039 8 0.3022 0.426 0.380 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.620 0
#> dkfz_11-040 1 0.2302 0.677 0.796 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.204 0
#> dkfz_11-041 7 0.1843 0.835 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.140 0.860 0.000 0
#> dkfz_11-042 8 0.1082 0.767 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.064 0.936 0
#> dkfz_11-043 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0859 0.874 0.000 0.004 0.964 0 0.020 0.000 0.000 0.012 0
#> dkfz_11-054 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-056 1 0.3077 0.177 0.592 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.408 0
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 8 0.2589 0.622 0.256 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.744 0
#> dkfz_11-059 7 0.1356 0.873 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.088 0.912 0.000 0
#> dkfz_11-060 8 0.1082 0.767 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.064 0.936 0
#> dkfz_11-061 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.2732 0.580 0.000 0.288 0.712 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-067 3 0.0331 0.879 0.000 0.000 0.988 0 0.004 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-068 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0119 0.880 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-073 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-074 8 0.2810 0.579 0.308 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.692 0
#> dkfz_11-075 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 7 0.0821 0.900 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.044 0.956 0.000 0
#> dkfz_11-096 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 7 0.0212 0.921 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.008 0.992 0.000 0
#> dkfz_11-099 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 7 0.1224 0.880 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.076 0.924 0.000 0
#> dkfz_11-109 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-110 7 0.0119 0.923 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-113 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-119 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 8 0.1082 0.684 0.064 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.936 0
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 7 0.2839 0.682 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.316 0.684 0.000 0
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-129 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-130 7 0.2302 0.785 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.204 0.796 0.000 0
#> dkfz_11-131 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-133 7 0.2699 0.717 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.280 0.720 0.000 0
#> dkfz_11-134 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-135 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-136 5 0.1439 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.904 0.000 0.000 0.096 0
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-139 7 0.0212 0.921 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.008 0.992 0.000 0
#> dkfz_11-140 7 0.2302 0.785 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.204 0.796 0.000 0
#> dkfz_11-141 7 0.2853 0.678 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.320 0.680 0.000 0
#> dkfz_11-142 7 0.2880 0.670 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0
#> dkfz_11-143 6 0.2880 0.000 0.000 0.328 0.000 0 0.000 0.672 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-144 2 0.2190 0.000 0.000 0.868 0.100 0 0.024 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-145 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0542 0.877 0.000 0.004 0.980 0 0.008 0.000 0.000 0.008 0
#> dkfz_11-147 3 0.0119 0.880 0.000 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0.004 0
#> dkfz_11-148 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.1903 0.834 0.000 0.004 0.896 0 0.060 0.000 0.000 0.040 0
#> dkfz_11-150 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.4763 -0.552 0.000 0 0.360 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0 0.312
#> dkfz_11-002 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.1033 0.779 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-005 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-006 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.1033 0.779 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-013 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-015 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0558 0.835 0.000 0 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.0113 0.840 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-019 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0728 0.839 0.000 0 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-021 8 0.1033 0.779 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-024 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-026 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2157 0.753 0.000 0 0.816 0.180 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0484 0.837 0.000 0 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.012
#> dkfz_11-030 3 0.1445 0.818 0.000 0 0.904 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-032 6 0.4765 0.169 0.000 0 0.332 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0 0.312
#> dkfz_11-033 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-036 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.2875 0.430 0.376 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.2197 0.677 0.796 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.2197 0.514 0.000 0 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.1033 0.779 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0113 0.906 0.996 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.908 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.908 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1145 0.831 0.000 0 0.932 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-054 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 10 0.3870 0.000 0.000 0 0.000 0.208 0.048 0.000 0.000 0.056 0 0.688
#> dkfz_11-056 1 0.2943 0.170 0.588 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.908 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2452 0.640 0.252 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0 0.000
#> dkfz_11-059 7 0.1851 0.678 0.000 0 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.1033 0.779 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4549 -0.157 0.000 0 0.496 0.004 0.000 0.188 0.000 0.000 0 0.312
#> dkfz_11-067 3 0.0756 0.840 0.000 0 0.964 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-068 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0113 0.840 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-073 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.2668 0.582 0.304 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0 0.000
#> dkfz_11-075 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.908 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.1253 0.832 0.000 0 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.0555 0.927 0.000 0 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0492 0.933 0.000 0 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0555 0.927 0.000 0 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0356 0.943 0.000 0 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.1966 0.634 0.000 0 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0282 0.948 0.000 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0202 0.952 0.000 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.908 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0356 0.943 0.000 0 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0356 0.943 0.000 0 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.908 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0356 0.943 0.000 0 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.0986 0.700 0.060 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0492 0.933 0.000 0 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.2990 0.900 0.000 0 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.2507 0.259 0.000 0 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0113 0.956 0.000 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-133 7 0.3008 -0.755 0.000 0 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.0836 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.908 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.0729 0.910 0.000 0 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.2524 0.244 0.000 0 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.2949 0.968 0.000 0 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2923 0.993 0.000 0 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-144 6 0.0000 -0.117 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-145 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0930 0.837 0.000 0 0.952 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0113 0.840 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-148 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1956 0.767 0.000 0 0.852 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-150 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.960 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:hclust 136 1.34e-26 3.54e-14 2
#> CV:hclust 136 6.03e-51 1.10e-25 3
#> CV:hclust 135 1.56e-50 1.88e-25 4
#> CV:hclust 134 3.99e-50 8.51e-27 5
#> CV:hclust 132 3.08e-49 8.72e-27 6
#> CV:hclust 131 1.88e-45 3.08e-25 7
#> CV:hclust 130 4.43e-42 1.69e-23 8
#> CV:hclust 127 7.44e-44 4.56e-24 9
#> CV:hclust 123 1.01e-62 1.32e-43 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.596 0.916 0.914 0.3037 0.601 0.601
#> 3 3 0.468 0.831 0.847 0.5632 0.963 0.938
#> 4 4 0.825 0.946 0.937 0.2471 0.810 0.662
#> 5 5 0.864 0.845 0.912 0.0867 0.992 0.978
#> 6 6 0.756 0.793 0.881 0.0637 0.980 0.946
#> 7 7 0.737 0.725 0.844 0.0555 0.965 0.901
#> 8 8 0.755 0.597 0.806 0.0386 0.857 0.608
#> 9 9 0.768 0.654 0.844 0.0342 0.905 0.682
#> 10 10 0.764 0.682 0.839 0.0152 0.950 0.797
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.983 0.62338 0.576 0.424
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.983 0.62338 0.576 0.424
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-018 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-021 2 0.939 0.00542 0.356 0.644
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-029 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-030 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.552 0.70751 0.872 0.128
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-040 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.929 0.72206 0.656 0.344
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-053 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-057 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-058 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.955 0.69566 0.624 0.376
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-067 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-137 1 0.917 0.73570 0.668 0.332
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-144 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-147 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.844 0.74606 0.728 0.272
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.99465 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.4453 0.984 0.012 0.152 0.836
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.7489 0.858 0.664 0.256 0.080
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.7523 0.851 0.660 0.260 0.080
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0237 0.856 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-018 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-021 2 0.6730 0.315 0.284 0.680 0.036
#> dkfz_11-022 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-029 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-030 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4602 0.982 0.016 0.152 0.832
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5181 0.856 0.084 0.084 0.832
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-039 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-040 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-041 2 0.8008 0.637 0.192 0.656 0.152
#> dkfz_11-042 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0424 0.855 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-053 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-056 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-057 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-058 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-059 2 0.8544 0.597 0.248 0.600 0.152
#> dkfz_11-060 1 0.7548 0.938 0.684 0.204 0.112
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-067 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.7869 0.646 0.180 0.668 0.152
#> dkfz_11-096 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-097 2 0.0237 0.856 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.1753 0.835 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.1031 0.848 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-103 2 0.1031 0.848 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1860 0.832 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.8637 0.588 0.260 0.588 0.152
#> dkfz_11-109 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-110 2 0.1031 0.848 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0892 0.850 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-113 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-117 2 0.0892 0.850 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0892 0.850 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-122 2 0.0892 0.850 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-125 2 0.1031 0.848 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-129 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-130 2 0.8220 0.623 0.212 0.636 0.152
#> dkfz_11-131 2 0.0892 0.850 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-133 2 0.8637 0.588 0.260 0.588 0.152
#> dkfz_11-134 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-135 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-136 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-137 1 0.7216 0.979 0.712 0.176 0.112
#> dkfz_11-138 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-139 2 0.6208 0.718 0.152 0.772 0.076
#> dkfz_11-140 2 0.8637 0.588 0.260 0.588 0.152
#> dkfz_11-141 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-142 2 0.8722 0.579 0.272 0.576 0.152
#> dkfz_11-143 3 0.4602 0.982 0.016 0.152 0.832
#> dkfz_11-144 3 0.4602 0.982 0.016 0.152 0.832
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-147 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3879 0.989 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.857 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0895 0.9844 0.000 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.5399 0.8383 0.780 0.092 0.032 0.096
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.5399 0.8383 0.780 0.092 0.032 0.096
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.6784 0.3649 0.268 0.620 0.016 0.096
#> dkfz_11-022 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0895 0.9844 0.000 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2546 0.9302 0.008 0.000 0.900 0.092
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.4276 0.9408 0.016 0.192 0.004 0.788
#> dkfz_11-039 1 0.3312 0.9387 0.880 0.004 0.040 0.076
#> dkfz_11-040 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3881 0.6982 0.016 0.812 0.000 0.172
#> dkfz_11-042 1 0.3919 0.9286 0.852 0.012 0.040 0.096
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0188 0.9751 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0469 0.9710 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.4448 0.9329 0.024 0.188 0.004 0.784
#> dkfz_11-056 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3583 0.9332 0.864 0.004 0.040 0.092
#> dkfz_11-059 4 0.5417 0.6381 0.016 0.412 0.000 0.572
#> dkfz_11-060 1 0.4880 0.8907 0.812 0.052 0.040 0.096
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0188 0.9751 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.3312 0.9387 0.880 0.004 0.040 0.076
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0188 0.9763 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.2522 0.8704 0.016 0.908 0.000 0.076
#> dkfz_11-096 4 0.4011 0.9324 0.008 0.208 0.000 0.784
#> dkfz_11-097 2 0.0188 0.9763 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.1059 0.9560 0.016 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0592 0.9679 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-103 2 0.0592 0.9679 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0779 0.9642 0.016 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 4 0.5130 0.7932 0.016 0.332 0.000 0.652
#> dkfz_11-109 4 0.3710 0.9456 0.004 0.192 0.000 0.804
#> dkfz_11-110 2 0.0592 0.9679 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0592 0.9679 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-113 4 0.3852 0.9451 0.008 0.192 0.000 0.800
#> dkfz_11-114 2 0.0336 0.9738 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0592 0.9679 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3710 0.9461 0.004 0.192 0.000 0.804
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0469 0.9710 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0469 0.9710 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0188 0.9763 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.3583 0.9332 0.864 0.004 0.040 0.092
#> dkfz_11-125 2 0.0592 0.9679 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.3852 0.9439 0.008 0.192 0.000 0.800
#> dkfz_11-127 2 0.0188 0.9763 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-129 4 0.3852 0.9451 0.008 0.192 0.000 0.800
#> dkfz_11-130 2 0.5269 0.0904 0.016 0.620 0.000 0.364
#> dkfz_11-131 2 0.0469 0.9710 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-133 4 0.4891 0.8272 0.012 0.308 0.000 0.680
#> dkfz_11-134 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-135 4 0.4276 0.9408 0.016 0.192 0.004 0.788
#> dkfz_11-136 1 0.1863 0.9521 0.944 0.004 0.040 0.012
#> dkfz_11-137 1 0.1398 0.9536 0.956 0.004 0.040 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.4276 0.9408 0.016 0.192 0.004 0.788
#> dkfz_11-139 2 0.1297 0.9468 0.016 0.964 0.000 0.020
#> dkfz_11-140 4 0.5284 0.7312 0.016 0.368 0.000 0.616
#> dkfz_11-141 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-142 4 0.3528 0.9468 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-143 3 0.1191 0.9806 0.004 0.004 0.968 0.024
#> dkfz_11-144 3 0.1004 0.9826 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0188 0.9919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.2260 0.934 0.000 0.000 0.908 0.028 0.064
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.5257 0.543 0.492 0.036 0.004 0.000 0.468
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0794 0.903 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-006 2 0.1121 0.886 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1410 0.868 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-009 1 0.5257 0.543 0.492 0.036 0.004 0.000 0.468
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0609 0.916 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1121 0.886 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.6294 0.000 0.156 0.376 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-022 4 0.1478 0.881 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2450 0.929 0.000 0.000 0.896 0.028 0.076
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4066 0.838 0.000 0.000 0.768 0.044 0.188
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1671 0.846 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-038 4 0.4215 0.829 0.000 0.064 0.000 0.768 0.168
#> dkfz_11-039 1 0.4064 0.747 0.716 0.000 0.004 0.008 0.272
#> dkfz_11-040 1 0.0451 0.820 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5312 0.291 0.000 0.648 0.000 0.256 0.096
#> dkfz_11-042 1 0.4440 0.618 0.528 0.000 0.004 0.000 0.468
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0451 0.820 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2179 0.786 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-049 1 0.0162 0.821 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.1608 0.876 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-052 1 0.0324 0.820 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.4860 0.788 0.004 0.064 0.000 0.704 0.228
#> dkfz_11-056 1 0.0451 0.820 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0162 0.821 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4434 0.708 0.640 0.000 0.004 0.008 0.348
#> dkfz_11-059 4 0.5568 0.339 0.000 0.308 0.000 0.596 0.096
#> dkfz_11-060 1 0.4969 0.582 0.508 0.020 0.004 0.000 0.468
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1121 0.886 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2179 0.786 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-074 1 0.4111 0.743 0.708 0.000 0.004 0.008 0.280
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1197 0.896 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-093 1 0.0162 0.821 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.5024 0.417 0.000 0.692 0.000 0.212 0.096
#> dkfz_11-096 4 0.2331 0.863 0.000 0.080 0.000 0.900 0.020
#> dkfz_11-097 2 0.1478 0.883 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-098 2 0.2561 0.828 0.000 0.884 0.000 0.020 0.096
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2249 0.843 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> dkfz_11-102 4 0.1478 0.881 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.2249 0.843 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> dkfz_11-104 2 0.1197 0.897 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-105 4 0.2795 0.876 0.000 0.064 0.000 0.880 0.056
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.2361 0.839 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> dkfz_11-108 4 0.5053 0.581 0.000 0.216 0.000 0.688 0.096
#> dkfz_11-109 4 0.1638 0.880 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.2464 0.833 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> dkfz_11-111 2 0.2361 0.838 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> dkfz_11-112 4 0.1877 0.881 0.000 0.064 0.000 0.924 0.012
#> dkfz_11-113 4 0.3608 0.857 0.000 0.064 0.000 0.824 0.112
#> dkfz_11-114 2 0.1478 0.883 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0324 0.820 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2249 0.843 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> dkfz_11-118 4 0.2863 0.875 0.000 0.064 0.000 0.876 0.060
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.1851 0.860 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-121 1 0.0162 0.821 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2249 0.843 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> dkfz_11-123 2 0.1043 0.902 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-124 1 0.4251 0.696 0.624 0.000 0.004 0.000 0.372
#> dkfz_11-125 2 0.2361 0.838 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> dkfz_11-126 4 0.2079 0.873 0.000 0.064 0.000 0.916 0.020
#> dkfz_11-127 2 0.1043 0.902 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-128 4 0.2863 0.875 0.000 0.064 0.000 0.876 0.060
#> dkfz_11-129 4 0.3798 0.851 0.000 0.064 0.000 0.808 0.128
#> dkfz_11-130 2 0.5850 -0.175 0.000 0.476 0.000 0.428 0.096
#> dkfz_11-131 2 0.1851 0.860 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-132 4 0.1478 0.881 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.4065 0.704 0.000 0.180 0.000 0.772 0.048
#> dkfz_11-134 4 0.1764 0.881 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008
#> dkfz_11-135 4 0.4017 0.840 0.000 0.064 0.000 0.788 0.148
#> dkfz_11-136 1 0.2550 0.804 0.892 0.000 0.004 0.020 0.084
#> dkfz_11-137 1 0.0324 0.820 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.4215 0.829 0.000 0.064 0.000 0.768 0.168
#> dkfz_11-139 2 0.4469 0.579 0.000 0.756 0.000 0.148 0.096
#> dkfz_11-140 4 0.5289 0.495 0.000 0.252 0.000 0.652 0.096
#> dkfz_11-141 4 0.1478 0.881 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1478 0.881 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2570 0.925 0.000 0.000 0.888 0.028 0.084
#> dkfz_11-144 3 0.2570 0.925 0.000 0.000 0.888 0.028 0.084
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1121 0.886 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.2473 0.893 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.3911 0.752 0.256 0.032 0.000 0.000 NA 0.712
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2858 0.808 0.000 0.844 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-006 2 0.3313 0.784 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.060
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3918 0.739 0.000 0.768 0.000 0.000 NA 0.108
#> dkfz_11-009 6 0.3911 0.752 0.256 0.032 0.000 0.000 NA 0.712
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1531 0.867 0.000 0.928 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0713 0.892 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3313 0.784 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.060
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-021 6 0.4230 0.439 0.056 0.224 0.000 0.000 NA 0.716
#> dkfz_11-022 4 0.0632 0.799 0.000 0.024 0.000 0.976 NA 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1644 0.862 0.000 0.920 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2783 0.882 0.000 0.000 0.836 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4989 0.754 0.000 0.000 0.692 0.024 NA 0.116
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4083 0.721 0.000 0.752 0.000 0.000 NA 0.116
#> dkfz_11-038 4 0.3941 0.713 0.000 0.024 0.000 0.724 NA 0.008
#> dkfz_11-039 1 0.3971 -0.314 0.548 0.000 0.000 0.000 NA 0.448
#> dkfz_11-040 1 0.0146 0.867 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5845 0.161 0.000 0.472 0.000 0.316 NA 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3351 0.727 0.288 0.000 0.000 0.000 NA 0.712
#> dkfz_11-043 2 0.2362 0.823 0.000 0.860 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0146 0.867 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4634 0.641 0.000 0.692 0.000 0.000 NA 0.164
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.2491 0.821 0.000 0.836 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.5781 0.576 0.000 0.024 0.000 0.560 NA 0.128
#> dkfz_11-056 1 0.0146 0.867 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 6 0.3971 0.496 0.448 0.000 0.000 0.000 NA 0.548
#> dkfz_11-059 4 0.5672 0.393 0.000 0.260 0.000 0.528 NA 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3695 0.750 0.272 0.016 0.000 0.000 NA 0.712
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3313 0.784 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.060
#> dkfz_11-066 3 0.0713 0.944 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1753 0.857 0.000 0.912 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4634 0.641 0.000 0.692 0.000 0.000 NA 0.164
#> dkfz_11-074 1 0.3991 -0.394 0.524 0.000 0.000 0.000 NA 0.472
#> dkfz_11-075 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1531 0.867 0.000 0.928 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.1765 0.860 0.000 0.904 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.5731 0.291 0.000 0.512 0.000 0.276 NA 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1794 0.779 0.000 0.036 0.000 0.924 NA 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2048 0.848 0.000 0.880 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.3500 0.766 0.000 0.768 0.000 0.028 NA 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3023 0.781 0.000 0.784 0.000 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0777 0.798 0.000 0.024 0.000 0.972 NA 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3023 0.781 0.000 0.784 0.000 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2613 0.838 0.000 0.848 0.000 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-105 4 0.2715 0.782 0.000 0.024 0.000 0.860 NA 0.004
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3133 0.778 0.000 0.780 0.000 0.008 NA 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.5102 0.519 0.000 0.160 0.000 0.628 NA 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0891 0.797 0.000 0.024 0.000 0.968 NA 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.3230 0.774 0.000 0.776 0.000 0.012 NA 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.2994 0.785 0.000 0.788 0.000 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1261 0.798 0.000 0.024 0.000 0.952 NA 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3202 0.756 0.000 0.024 0.000 0.800 NA 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2219 0.839 0.000 0.864 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2964 0.788 0.000 0.792 0.000 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2527 0.783 0.000 0.024 0.000 0.868 NA 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2793 0.795 0.000 0.800 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3023 0.781 0.000 0.784 0.000 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1863 0.857 0.000 0.896 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-124 6 0.3810 0.547 0.428 0.000 0.000 0.000 NA 0.572
#> dkfz_11-125 2 0.3023 0.781 0.000 0.784 0.000 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1341 0.790 0.000 0.024 0.000 0.948 NA 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1863 0.856 0.000 0.896 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.2527 0.783 0.000 0.024 0.000 0.868 NA 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.3333 0.749 0.000 0.024 0.000 0.784 NA 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.5927 0.138 0.000 0.376 0.000 0.412 NA 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2664 0.807 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0632 0.799 0.000 0.024 0.000 0.976 NA 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.3953 0.645 0.000 0.132 0.000 0.764 NA 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0993 0.799 0.000 0.024 0.000 0.964 NA 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.3566 0.730 0.000 0.024 0.000 0.752 NA 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2908 0.720 0.848 0.000 0.000 0.000 NA 0.104
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.869 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3941 0.713 0.000 0.024 0.000 0.724 NA 0.008
#> dkfz_11-139 2 0.5300 0.509 0.000 0.600 0.000 0.188 NA 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.5529 0.435 0.000 0.228 0.000 0.560 NA 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0632 0.799 0.000 0.024 0.000 0.976 NA 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0632 0.799 0.000 0.024 0.000 0.976 NA 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2896 0.875 0.000 0.000 0.824 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.2821 0.880 0.000 0.000 0.832 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-145 2 0.1588 0.864 0.000 0.924 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1753 0.857 0.000 0.912 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3313 0.784 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.060
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.2551 0.883 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-002 2 0.0239 0.791 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-003 5 0.1859 0.867 0.088 0.012 0.000 0.000 0.900 0.000 NA
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-005 2 0.3742 0.464 0.000 0.644 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-006 2 0.3931 0.470 0.000 0.648 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 2 0.4683 0.387 0.000 0.600 0.000 0.000 0.056 0.020 NA
#> dkfz_11-009 5 0.1859 0.867 0.088 0.012 0.000 0.000 0.900 0.000 NA
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-013 2 0.2225 0.690 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 2 0.0268 0.792 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-015 2 0.0790 0.779 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 2 0.3931 0.470 0.000 0.648 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 5 0.2009 0.768 0.020 0.076 0.000 0.000 0.900 0.000 NA
#> dkfz_11-022 4 0.2043 0.806 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 NA
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-024 2 0.0582 0.785 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-026 2 0.2543 0.655 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.2823 0.872 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.5123 0.680 0.000 0.000 0.628 0.000 0.044 0.100 NA
#> dkfz_11-035 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-036 2 0.0422 0.789 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 2 0.4925 0.341 0.000 0.572 0.000 0.000 0.068 0.024 NA
#> dkfz_11-038 4 0.2881 0.730 0.000 0.000 0.000 0.820 0.024 0.152 NA
#> dkfz_11-039 5 0.3928 0.637 0.356 0.000 0.000 0.000 0.620 0.020 NA
#> dkfz_11-040 1 0.0468 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-041 6 0.5392 0.791 0.000 0.340 0.000 0.204 0.000 0.456 NA
#> dkfz_11-042 5 0.1757 0.864 0.096 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000 NA
#> dkfz_11-043 2 0.3611 0.505 0.000 0.676 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-044 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-045 2 0.0555 0.787 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-046 1 0.0555 0.968 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-047 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-048 2 0.5485 0.109 0.000 0.448 0.000 0.000 0.128 0.020 NA
#> dkfz_11-049 1 0.0134 0.973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 2 0.0468 0.790 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-051 2 0.2543 0.599 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0134 0.973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 2 0.0422 0.789 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-055 4 0.5705 0.325 0.000 0.000 0.000 0.420 0.008 0.336 NA
#> dkfz_11-056 1 0.0637 0.964 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 5 0.3237 0.815 0.220 0.000 0.000 0.000 0.760 0.016 NA
#> dkfz_11-059 6 0.5380 0.622 0.000 0.196 0.000 0.356 0.000 0.448 NA
#> dkfz_11-060 5 0.1859 0.867 0.088 0.012 0.000 0.000 0.900 0.000 NA
#> dkfz_11-061 2 0.0239 0.791 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-063 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-064 2 0.0422 0.789 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 2 0.3931 0.470 0.000 0.648 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0504 0.941 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 2 0.2572 0.651 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 2 0.5485 0.109 0.000 0.448 0.000 0.000 0.128 0.020 NA
#> dkfz_11-074 5 0.3605 0.751 0.288 0.000 0.000 0.000 0.692 0.016 NA
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-091 2 0.2453 0.667 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 2 0.1715 0.712 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 2 0.0268 0.792 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-095 6 0.5282 0.761 0.000 0.368 0.000 0.172 0.000 0.460 NA
#> dkfz_11-096 4 0.2744 0.760 0.000 0.008 0.000 0.800 0.000 0.192 NA
#> dkfz_11-097 2 0.2259 0.647 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 NA
#> dkfz_11-098 2 0.3430 0.330 0.000 0.676 0.000 0.008 0.000 0.316 NA
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-100 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-101 2 0.3221 0.342 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 NA
#> dkfz_11-102 4 0.2154 0.801 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 NA
#> dkfz_11-103 2 0.3221 0.342 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3379 0.625 0.000 0.804 0.000 0.000 0.008 0.104 NA
#> dkfz_11-105 4 0.0479 0.800 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-107 2 0.3308 0.258 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 NA
#> dkfz_11-108 4 0.4778 -0.213 0.000 0.088 0.000 0.468 0.000 0.444 NA
#> dkfz_11-109 4 0.2655 0.792 0.000 0.000 0.000 0.824 0.004 0.164 NA
#> dkfz_11-110 2 0.3406 0.275 0.000 0.660 0.000 0.004 0.000 0.336 NA
#> dkfz_11-111 2 0.3332 0.343 0.000 0.680 0.000 0.004 0.000 0.316 NA
#> dkfz_11-112 4 0.1531 0.811 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 NA
#> dkfz_11-113 4 0.1773 0.777 0.000 0.000 0.000 0.912 0.020 0.068 NA
#> dkfz_11-114 2 0.2326 0.634 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 NA
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.793 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0134 0.973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.3173 0.376 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 NA
#> dkfz_11-118 4 0.0755 0.798 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 NA
#> dkfz_11-119 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-120 2 0.3066 0.434 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0268 0.971 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-122 2 0.3156 0.383 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304 NA
#> dkfz_11-123 2 0.1715 0.712 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 NA
#> dkfz_11-124 5 0.2743 0.839 0.188 0.000 0.000 0.000 0.804 0.004 NA
#> dkfz_11-125 2 0.3221 0.342 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 NA
#> dkfz_11-126 4 0.2453 0.776 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184 NA
#> dkfz_11-127 2 0.1671 0.716 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 NA
#> dkfz_11-128 4 0.0373 0.801 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-129 4 0.2194 0.763 0.000 0.000 0.000 0.880 0.024 0.096 NA
#> dkfz_11-130 6 0.5479 0.766 0.000 0.280 0.000 0.264 0.000 0.456 NA
#> dkfz_11-131 2 0.2987 0.470 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 NA
#> dkfz_11-132 4 0.2043 0.806 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 NA
#> dkfz_11-133 4 0.4126 0.475 0.000 0.056 0.000 0.648 0.000 0.296 NA
#> dkfz_11-134 4 0.1759 0.810 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 NA
#> dkfz_11-135 4 0.2680 0.737 0.000 0.000 0.000 0.832 0.024 0.144 NA
#> dkfz_11-136 1 0.3547 0.781 0.804 0.000 0.000 0.000 0.108 0.048 NA
#> dkfz_11-137 1 0.0134 0.973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.2881 0.730 0.000 0.000 0.000 0.820 0.024 0.152 NA
#> dkfz_11-139 6 0.4965 0.581 0.000 0.444 0.000 0.112 0.000 0.444 NA
#> dkfz_11-140 6 0.5336 0.588 0.000 0.184 0.000 0.364 0.000 0.452 NA
#> dkfz_11-141 4 0.2005 0.807 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 NA
#> dkfz_11-142 4 0.2043 0.806 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 NA
#> dkfz_11-143 3 0.2974 0.862 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-144 3 0.2937 0.865 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-145 2 0.2422 0.671 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 2 0.2628 0.643 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 2 0.3931 0.470 0.000 0.648 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-151 2 0.0134 0.792 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.2534 0.7986 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 7 0.3278 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0739 0.8783 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.968
#> dkfz_11-004 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.4967 0.7057 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 NA 0.224 0.008
#> dkfz_11-006 5 0.5057 0.7104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 NA 0.228 0.016
#> dkfz_11-007 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.5704 0.6868 0.000 0.024 0.000 0.000 0.532 NA 0.212 0.032
#> dkfz_11-009 8 0.0739 0.8783 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.968
#> dkfz_11-010 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.3507 0.5983 0.000 0.004 0.000 0.000 0.424 NA 0.568 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.4294 -0.0105 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 NA 0.440 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3755 0.5888 0.000 0.012 0.000 0.000 0.420 NA 0.560 0.000
#> dkfz_11-015 7 0.4440 0.4955 0.000 0.056 0.000 0.000 0.376 NA 0.552 0.000
#> dkfz_11-016 7 0.3507 0.5983 0.000 0.004 0.000 0.000 0.424 NA 0.568 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0251 0.9128 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.5057 0.7104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 NA 0.228 0.016
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0788 0.8300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.016 0.968
#> dkfz_11-022 4 0.0349 0.7566 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-024 7 0.3468 0.5976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3278 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.4742 0.4152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 NA 0.384 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0251 0.9128 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2756 0.7709 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5209 0.4423 0.000 0.084 0.496 0.000 0.044 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-036 7 0.3468 0.5976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5739 0.6424 0.000 0.024 0.000 0.000 0.544 NA 0.180 0.044
#> dkfz_11-038 4 0.3142 0.3198 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.3855 0.6846 0.272 0.012 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.680
#> dkfz_11-040 1 0.1116 0.9448 0.952 0.012 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.3423 -0.0504 0.000 0.008 0.000 0.296 0.000 NA 0.684 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0681 0.8795 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.968
#> dkfz_11-043 5 0.5493 0.6914 0.000 0.056 0.000 0.000 0.536 NA 0.224 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.3278 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.3755 0.5888 0.000 0.012 0.000 0.000 0.420 NA 0.560 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1073 0.9450 0.952 0.016 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.5857 0.4450 0.000 0.024 0.000 0.000 0.556 NA 0.112 0.100
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.4409 0.5024 0.000 0.048 0.000 0.000 0.416 NA 0.520 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.2534 0.4581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 NA 0.780 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0125 0.9596 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 7 0.3278 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.4555 0.0000 0.000 0.628 0.000 0.276 0.020 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 1 0.1116 0.9448 0.952 0.012 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2887 0.8423 0.124 0.012 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.828
#> dkfz_11-059 7 0.3700 -0.2614 0.000 0.008 0.000 0.388 0.000 NA 0.592 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0681 0.8795 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.968
#> dkfz_11-061 7 0.3278 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.3278 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-064 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.5057 0.7104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 NA 0.228 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.0745 0.9005 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.4293 0.3866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 NA 0.356 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0251 0.9128 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 5 0.5857 0.4450 0.000 0.024 0.000 0.000 0.556 NA 0.112 0.100
#> dkfz_11-074 8 0.3418 0.7916 0.192 0.012 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.760
#> dkfz_11-075 7 0.3507 0.5983 0.000 0.004 0.000 0.000 0.424 NA 0.568 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.4410 0.2328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 NA 0.404 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.3108 0.5692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 NA 0.652 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3755 0.5888 0.000 0.012 0.000 0.000 0.420 NA 0.560 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.3282 0.0218 0.000 0.008 0.000 0.264 0.000 NA 0.716 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1687 0.6703 0.000 0.008 0.000 0.912 0.000 NA 0.072 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2970 0.5389 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 NA 0.692 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.1130 0.2782 0.000 0.008 0.000 0.020 0.012 NA 0.956 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.3278 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0251 0.2927 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.992 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0448 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0475 0.2919 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 NA 0.984 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.4990 0.2734 0.000 0.040 0.000 0.000 0.380 NA 0.504 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2326 0.6934 0.000 0.156 0.000 0.836 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0759 0.2750 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000 NA 0.972 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.3800 -0.4355 0.000 0.008 0.000 0.472 0.000 NA 0.508 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.1412 0.7280 0.000 0.008 0.000 0.944 0.004 NA 0.020 0.004
#> dkfz_11-110 7 0.0759 0.2745 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 NA 0.972 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0573 0.2823 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0992 0.7529 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 4 0.2528 0.6387 0.000 0.200 0.000 0.796 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 7 0.2904 0.5249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 NA 0.708 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0125 0.9596 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0573 0.2939 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2138 0.7011 0.000 0.148 0.000 0.848 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0932 0.3160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 NA 0.956 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0251 0.9587 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0438 0.3023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.984 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.3057 0.5580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 NA 0.668 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.1933 0.8657 0.100 0.004 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.888
#> dkfz_11-125 7 0.0536 0.2824 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1586 0.6813 0.000 0.008 0.000 0.920 0.000 NA 0.064 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.3095 0.5663 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 NA 0.656 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.2104 0.7042 0.000 0.144 0.000 0.852 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 4 0.2736 0.5652 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.3566 -0.1488 0.000 0.008 0.000 0.336 0.000 NA 0.644 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.1244 0.3363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 NA 0.928 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0125 0.7546 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.3373 0.2814 0.000 0.008 0.000 0.696 0.000 NA 0.284 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0806 0.7554 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.2852 0.5200 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4706 0.7221 0.716 0.060 0.000 0.000 0.048 NA 0.000 0.072
#> dkfz_11-137 1 0.0125 0.9596 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3142 0.3198 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.2921 0.0822 0.000 0.008 0.000 0.200 0.000 NA 0.780 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.3730 -0.2916 0.000 0.008 0.000 0.404 0.000 NA 0.576 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0251 0.7561 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0125 0.7546 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2988 0.7485 0.000 0.000 0.712 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2869 0.7521 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.4338 0.2086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 NA 0.404 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0251 0.9128 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0251 0.9128 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.4275 0.4069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 NA 0.348 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.5057 0.7104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 NA 0.228 0.016
#> dkfz_11-151 7 0.3272 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.580 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.3573 0.4791 0.000 0.064 0.764 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-002 7 0.0507 0.8010 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0414 0.9126 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2549 0.8515 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2608 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.4017 0.8171 0.000 0.024 0.000 0.000 0.692 0.008 0.216 0.000 0.060
#> dkfz_11-009 8 0.0414 0.9126 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0744 0.7989 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 0.004 0.004
#> dkfz_11-013 7 0.2922 0.3715 0.000 0.004 0.000 0.000 0.308 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.1162 0.7895 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.020 0.952 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 7 0.3194 0.6841 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.068 0.820 0.004 0.064
#> dkfz_11-016 7 0.0651 0.8001 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.004 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0119 0.8638 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0119 0.8641 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2608 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0119 0.8641 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0414 0.8935 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0764 0.7498 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 7 0.1295 0.7597 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0542 0.8016 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.004 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 7 0.3230 -0.0814 0.000 0.004 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0356 0.8628 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0119 0.8638 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0356 0.8628 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3751 0.4129 0.000 0.064 0.740 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-033 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.3304 0.0000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 7 0.0824 0.7904 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4170 0.7489 0.000 0.032 0.000 0.000 0.720 0.020 0.160 0.004 0.064
#> dkfz_11-038 4 0.4995 0.4187 0.000 0.068 0.000 0.616 0.012 0.224 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-039 8 0.3731 0.7020 0.204 0.048 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.724 0.008
#> dkfz_11-040 1 0.1359 0.9243 0.936 0.044 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-041 6 0.4489 0.7168 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.560 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0414 0.9126 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4932 0.7963 0.000 0.036 0.000 0.000 0.612 0.036 0.248 0.004 0.064
#> dkfz_11-044 7 0.0331 0.8031 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.1463 0.7787 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024 0.020 0.936 0.000 0.008
#> dkfz_11-046 1 0.1303 0.9259 0.940 0.040 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-047 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.4504 0.6444 0.000 0.028 0.000 0.000 0.720 0.024 0.112 0.032 0.084
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.2858 0.7054 0.000 0.032 0.000 0.000 0.020 0.036 0.852 0.004 0.056
#> dkfz_11-051 7 0.2421 0.5502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0356 0.8628 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 7 0.0859 0.7955 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020 0.004 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.3861 0.0000 0.000 0.680 0.000 0.152 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1414 0.9223 0.932 0.048 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2258 0.8785 0.044 0.044 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.888 0.008
#> dkfz_11-059 6 0.4369 0.6531 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.544 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0414 0.9126 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.0507 0.8011 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.0414 0.8020 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 7 0.0634 0.7973 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2608 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1138 0.8235 0.000 0.024 0.952 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0237 0.8640 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 7 0.3179 0.0432 0.000 0.004 0.000 0.000 0.404 0.000 0.592 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0119 0.8037 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0119 0.8638 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4504 0.6444 0.000 0.028 0.000 0.000 0.720 0.024 0.112 0.032 0.084
#> dkfz_11-074 8 0.3045 0.8193 0.116 0.044 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.816 0.008
#> dkfz_11-075 7 0.0744 0.7989 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 0.004 0.004
#> dkfz_11-091 7 0.3052 0.2621 0.000 0.004 0.000 0.000 0.348 0.000 0.648 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0821 0.7746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.1162 0.7895 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.020 0.952 0.000 0.008
#> dkfz_11-095 6 0.4507 0.7159 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.560 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1675 0.7046 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.1398 0.7291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.3336 -0.2246 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.472 0.520 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0119 0.8038 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.3155 -0.2879 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.1178 0.7355 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3154 -0.2740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.5009 0.3794 0.000 0.048 0.000 0.000 0.040 0.172 0.636 0.000 0.104
#> dkfz_11-105 4 0.2676 0.6726 0.000 0.000 0.000 0.808 0.012 0.164 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.3154 -0.2747 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3945 0.4794 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.544 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.2116 0.7113 0.000 0.000 0.000 0.880 0.020 0.084 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-110 6 0.3255 0.3002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.524 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.3256 0.2747 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.520 0.476 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0296 0.7472 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3146 0.6212 0.000 0.004 0.000 0.760 0.008 0.200 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-114 7 0.1810 0.6805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3148 -0.2012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2682 0.6727 0.000 0.004 0.000 0.812 0.008 0.160 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-119 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.3134 -0.1263 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0414 0.9426 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3145 -0.1863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0930 0.7685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.1133 0.9049 0.032 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.3155 -0.2873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1596 0.7041 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0821 0.7746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.2567 0.6748 0.000 0.000 0.000 0.816 0.008 0.160 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-129 4 0.3764 0.5691 0.000 0.004 0.000 0.708 0.008 0.216 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-130 6 0.4491 0.7033 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.548 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.3084 0.0341 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0821 0.7495 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.3097 0.3948 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.292 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.7493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.4165 0.5355 0.000 0.008 0.000 0.680 0.012 0.220 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-136 1 0.5468 0.5943 0.640 0.112 0.000 0.000 0.040 0.040 0.000 0.068 0.100
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.4995 0.4187 0.000 0.068 0.000 0.616 0.012 0.224 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-139 6 0.4401 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.560 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.4314 0.6345 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.544 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0876 0.7485 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0821 0.7495 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3880 0.3286 0.000 0.064 0.716 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-144 3 0.3888 0.3559 0.000 0.064 0.724 0.000 0.036 0.004 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-145 7 0.3063 0.2463 0.000 0.004 0.000 0.000 0.352 0.000 0.644 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0119 0.8638 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 7 0.3230 -0.1265 0.000 0.004 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0119 0.8641 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2608 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.2653 0.4376 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 NA
#> dkfz_11-002 2 0.0887 0.8418 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-003 8 0.0226 0.9017 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-005 5 0.2047 0.8346 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 5 0.2149 0.8355 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 5 0.3445 0.8020 0.000 0.148 0.000 0.000 0.772 0.016 0.020 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-009 8 0.0226 0.9017 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-012 2 0.0863 0.8416 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-013 2 0.2842 0.4393 0.000 0.672 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 2 0.1590 0.8175 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-015 2 0.3983 0.6269 0.000 0.756 0.000 0.000 0.020 0.084 0.036 0.000 0.072 NA
#> dkfz_11-016 2 0.0863 0.8416 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0113 0.8523 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0113 0.8523 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 5 0.2149 0.8355 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0340 0.8509 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-021 8 0.0202 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-022 4 0.2506 0.7392 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.220 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-024 2 0.0949 0.8244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 2 0.0226 0.8476 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-026 2 0.3107 -0.0634 0.000 0.520 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0621 0.8469 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0113 0.8523 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0621 0.8469 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.2772 0.3527 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 NA
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 9 0.5379 0.0000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.016 0.044 0.032 0.004 0.512 NA
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-036 2 0.0842 0.8313 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 5 0.3792 0.7396 0.000 0.104 0.000 0.000 0.764 0.060 0.012 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-038 4 0.2984 0.4453 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.060 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 8 0.3467 0.7072 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 NA
#> dkfz_11-040 1 0.1523 0.8740 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 7 0.2524 0.5488 0.000 0.156 0.000 0.028 0.000 0.000 0.812 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-042 8 0.0226 0.9017 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.4909 0.7420 0.000 0.188 0.000 0.000 0.628 0.096 0.012 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-044 2 0.0597 0.8448 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-045 2 0.1669 0.8150 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.020 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-046 1 0.1648 0.8743 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-048 5 0.4270 0.5853 0.000 0.048 0.000 0.000 0.756 0.040 0.032 0.024 0.060 NA
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 2 0.3101 0.7219 0.000 0.824 0.000 0.000 0.028 0.072 0.012 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-051 2 0.2373 0.4658 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0226 0.9107 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0621 0.8469 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-054 2 0.0967 0.8402 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-055 6 0.2393 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 1 0.1661 0.8631 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0113 0.9120 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 8 0.2008 0.8554 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA
#> dkfz_11-059 7 0.3134 0.4509 0.000 0.108 0.000 0.108 0.000 0.000 0.776 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-060 8 0.0226 0.9017 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-061 2 0.0878 0.8419 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-062 2 0.0597 0.8447 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-064 2 0.0539 0.8428 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 5 0.2149 0.8355 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.1098 0.8036 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0226 0.8519 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-068 2 0.3090 0.0385 0.000 0.548 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0113 0.8523 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 5 0.4270 0.5853 0.000 0.048 0.000 0.000 0.756 0.040 0.032 0.024 0.060 NA
#> dkfz_11-074 8 0.2900 0.8002 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 NA
#> dkfz_11-075 2 0.0863 0.8416 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-091 2 0.3027 0.2306 0.000 0.596 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 2 0.0426 0.8346 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 2 0.1590 0.8175 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-095 7 0.2309 0.5619 0.000 0.168 0.000 0.016 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096 4 0.3115 0.6418 0.000 0.012 0.000 0.656 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 2 0.1124 0.7812 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-098 7 0.3008 0.5285 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099 2 0.0429 0.8461 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101 7 0.2993 0.5929 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-102 4 0.2649 0.7153 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 7 0.2990 0.5989 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-104 2 0.5265 0.2726 0.000 0.584 0.000 0.000 0.032 0.016 0.084 0.000 0.068 NA
#> dkfz_11-105 4 0.1782 0.6967 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004 0.008 0.044 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-107 7 0.2960 0.6299 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-108 7 0.2877 0.2893 0.000 0.044 0.000 0.160 0.000 0.000 0.788 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-109 4 0.4156 0.6539 0.000 0.004 0.000 0.640 0.012 0.004 0.272 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-110 7 0.3236 0.6325 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.004 0.572 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-111 7 0.3419 0.6269 0.000 0.416 0.000 0.000 0.004 0.008 0.564 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-112 4 0.1670 0.7380 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 4 0.0987 0.6558 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-114 2 0.1661 0.7010 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0226 0.9107 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 7 0.3001 0.5697 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-118 4 0.1504 0.7024 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.044 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120 2 0.3009 -0.4902 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0729 0.9031 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 7 0.3003 0.5609 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 2 0.1033 0.7923 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124 8 0.1385 0.8846 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 NA
#> dkfz_11-125 7 0.2987 0.6050 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-126 4 0.2760 0.6910 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 2 0.0729 0.8176 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-128 4 0.1495 0.7005 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.044 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-129 4 0.2084 0.5743 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 7 0.2784 0.5048 0.000 0.128 0.000 0.056 0.000 0.000 0.808 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-131 2 0.2990 -0.3753 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-132 4 0.2541 0.7314 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 7 0.3813 -0.4300 0.000 0.040 0.000 0.448 0.000 0.000 0.504 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-134 4 0.1880 0.7428 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 4 0.2543 0.5206 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 1 0.5118 0.3712 0.508 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012 0.008 0.044 0.044 NA
#> dkfz_11-137 1 0.0226 0.9107 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.2984 0.4453 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.060 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 7 0.2419 0.6049 0.000 0.224 0.000 0.004 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-140 7 0.2920 0.4502 0.000 0.100 0.000 0.092 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-141 4 0.2541 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 4 0.2502 0.7346 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.3277 0.2788 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.348 NA
#> dkfz_11-144 3 0.2806 0.3185 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 NA
#> dkfz_11-145 2 0.3013 0.2564 0.000 0.604 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0453 0.8502 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0113 0.8523 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 2 0.3106 -0.0665 0.000 0.524 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0113 0.8522 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 5 0.2149 0.8355 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.8490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:kmeans 135 2.25e-26 9.09e-14 2
#> CV:kmeans 135 1.83e-50 2.36e-25 3
#> CV:kmeans 134 5.81e-73 1.21e-45 4
#> CV:kmeans 130 2.01e-70 2.79e-45 5
#> CV:kmeans 127 2.43e-65 2.07e-42 6
#> CV:kmeans 113 7.15e-54 5.45e-36 7
#> CV:kmeans 102 4.77e-60 5.48e-34 8
#> CV:kmeans 108 5.99e-61 3.41e-35 9
#> CV:kmeans 113 6.76e-68 1.93e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.925 0.944 0.973 0.4535 0.540 0.540
#> 3 3 0.710 0.859 0.906 0.3196 0.863 0.746
#> 4 4 0.794 0.857 0.919 0.1907 0.840 0.629
#> 5 5 0.915 0.920 0.948 0.0858 0.925 0.750
#> 6 6 0.857 0.857 0.892 0.0413 0.983 0.927
#> 7 7 0.850 0.656 0.853 0.0231 0.985 0.932
#> 8 8 0.840 0.609 0.830 0.0150 0.993 0.966
#> 9 9 0.830 0.639 0.811 0.0140 0.975 0.876
#> 10 10 0.826 0.652 0.790 0.0104 0.975 0.864
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-002 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-005 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-007 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-008 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-011 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-012 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-013 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-014 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-015 2 0.6973 0.788 0.188 0.812
#> dkfz_11-016 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-017 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-018 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-019 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-020 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-024 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-025 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-027 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-028 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-029 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-030 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-031 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-032 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-033 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-034 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-035 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> dkfz_11-036 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-037 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-044 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> dkfz_11-045 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.9661 0.318 0.608 0.392
#> dkfz_11-048 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-051 2 0.1633 0.941 0.024 0.976
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-054 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-062 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-063 1 0.2948 0.940 0.948 0.052
#> dkfz_11-064 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-065 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-066 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-067 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-068 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-069 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-070 1 0.7602 0.706 0.780 0.220
#> dkfz_11-071 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-072 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-091 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0672 0.950 0.008 0.992
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.3584 0.907 0.068 0.932
#> dkfz_11-098 2 0.0376 0.952 0.004 0.996
#> dkfz_11-099 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-100 1 0.9775 0.257 0.588 0.412
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.7219 0.772 0.200 0.800
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.7056 0.783 0.192 0.808
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.7056 0.783 0.192 0.808
#> dkfz_11-115 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0672 0.950 0.008 0.992
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.9460 0.470 0.364 0.636
#> dkfz_11-120 2 0.6973 0.788 0.188 0.812
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.2043 0.935 0.032 0.968
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.6048 0.832 0.148 0.852
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-144 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-145 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-146 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-147 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-148 1 0.0376 0.983 0.996 0.004
#> dkfz_11-149 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.9881 0.274 0.436 0.564
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-002 1 0.1031 0.869 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-003 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-004 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-005 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-008 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-010 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-011 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-012 1 0.1411 0.864 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.1411 0.864 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-015 2 0.4931 0.685 0.232 0.768 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-017 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-018 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-019 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-021 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.1832 0.860 0.956 0.008 0.036
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0592 0.872 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-028 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-029 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-030 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-031 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-032 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-033 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-034 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-035 1 0.3461 0.799 0.900 0.076 0.024
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0424 0.873 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-040 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-043 1 0.0747 0.871 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-044 1 0.1170 0.869 0.976 0.008 0.016
#> dkfz_11-045 1 0.0592 0.872 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-046 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-047 1 0.6969 0.265 0.596 0.380 0.024
#> dkfz_11-048 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-050 1 0.1411 0.864 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-051 2 0.1643 0.899 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-053 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-054 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-057 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-058 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-061 1 0.0747 0.871 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-062 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-063 1 0.5798 0.621 0.776 0.184 0.040
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0237 0.873 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-067 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-070 1 0.5506 0.589 0.764 0.220 0.016
#> dkfz_11-071 1 0.1643 0.860 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-072 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-073 1 0.0747 0.870 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-074 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-075 1 0.1411 0.864 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1031 0.915 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-094 1 0.1411 0.864 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3879 0.786 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.1163 0.867 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-100 1 0.6688 0.212 0.580 0.408 0.012
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.5928 0.561 0.296 0.696 0.008
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1529 0.862 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0237 0.929 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.4504 0.734 0.196 0.804 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4555 0.728 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0892 0.870 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-116 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-117 2 0.0747 0.921 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.6318 0.452 0.356 0.636 0.008
#> dkfz_11-120 2 0.4452 0.737 0.192 0.808 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-122 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3043 0.857 0.084 0.908 0.008
#> dkfz_11-124 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4750 0.706 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1529 0.902 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-137 1 0.4702 0.776 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-144 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-147 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4834 1.000 0.204 0.004 0.792
#> dkfz_11-150 1 0.1289 0.864 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-151 2 0.6625 0.286 0.440 0.552 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0524 0.828 0.008 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.5352 0.560 0.388 0.596 0.016 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2011 0.785 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-016 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.5026 0.641 0.312 0.672 0.016 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0376 0.831 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.4804 0.674 0.276 0.708 0.016 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5231 0.552 0.384 0.604 0.012 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.1284 0.820 0.024 0.964 0.012 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.831 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0817 0.824 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0657 0.826 0.000 0.984 0.004 0.012
#> dkfz_11-048 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0336 0.829 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.2973 0.822 0.000 0.144 0.000 0.856
#> dkfz_11-052 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4175 0.712 0.212 0.776 0.012 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.831 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0376 0.830 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.4123 0.722 0.220 0.772 0.008 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.5376 0.551 0.396 0.588 0.016 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1004 0.820 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-071 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.5398 0.538 0.404 0.580 0.016 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.4008 0.711 0.000 0.244 0.000 0.756
#> dkfz_11-093 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.3610 0.758 0.000 0.200 0.000 0.800
#> dkfz_11-098 4 0.1211 0.915 0.000 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.831 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.3142 0.734 0.000 0.860 0.008 0.132
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.2401 0.771 0.000 0.904 0.004 0.092
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.1022 0.921 0.000 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-111 4 0.4164 0.655 0.000 0.264 0.000 0.736
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.3610 0.758 0.000 0.200 0.000 0.800
#> dkfz_11-115 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1792 0.892 0.000 0.068 0.000 0.932
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.2773 0.748 0.000 0.880 0.004 0.116
#> dkfz_11-120 4 0.3610 0.758 0.000 0.200 0.000 0.800
#> dkfz_11-121 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.1118 0.918 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-123 2 0.4382 0.493 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-124 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.4967 0.179 0.000 0.452 0.000 0.548
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.2704 0.842 0.000 0.124 0.000 0.876
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0817 1.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.941 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.5376 0.551 0.396 0.588 0.016 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0592 1.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.5387 0.545 0.400 0.584 0.016 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.1743 0.799 0.000 0.940 0.004 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1544 0.940 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0510 0.962 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-005 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-006 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-007 2 0.0510 0.963 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-008 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0703 0.963 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-011 2 0.0609 0.962 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-012 2 0.0794 0.963 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-013 5 0.1956 0.940 0.008 0.076 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-014 2 0.1043 0.957 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-015 2 0.1484 0.950 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-016 2 0.0794 0.962 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0162 0.963 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-024 5 0.2136 0.935 0.008 0.088 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-025 2 0.0880 0.962 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-026 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-027 2 0.0880 0.963 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0510 0.962 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0609 0.963 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0880 0.954 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-036 5 0.2136 0.934 0.008 0.088 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-037 5 0.4184 0.773 0.024 0.232 0.004 0.000 0.740
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4300 0.212 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-044 2 0.1121 0.954 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-045 2 0.1792 0.927 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0510 0.963 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-048 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.1197 0.948 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-051 4 0.3789 0.759 0.000 0.212 0.000 0.768 0.020
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4288 0.301 0.004 0.612 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0794 0.961 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-062 2 0.0703 0.961 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-063 2 0.0609 0.959 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-064 5 0.3910 0.716 0.008 0.272 0.000 0.000 0.720
#> dkfz_11-065 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-069 2 0.0510 0.962 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-070 2 0.0510 0.962 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-071 2 0.0794 0.962 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0794 0.960 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-091 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-092 4 0.5024 0.283 0.000 0.440 0.000 0.528 0.032
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1121 0.955 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-095 4 0.0162 0.919 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.4049 0.781 0.000 0.164 0.000 0.780 0.056
#> dkfz_11-098 4 0.2707 0.856 0.000 0.100 0.000 0.876 0.024
#> dkfz_11-099 2 0.1197 0.956 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-100 2 0.1648 0.939 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> dkfz_11-101 4 0.1310 0.904 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0992 0.910 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> dkfz_11-104 2 0.1544 0.939 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0609 0.963 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-107 4 0.0404 0.917 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-108 4 0.0162 0.919 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.2825 0.844 0.000 0.124 0.000 0.860 0.016
#> dkfz_11-111 4 0.5016 0.503 0.000 0.348 0.000 0.608 0.044
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.4240 0.720 0.000 0.228 0.000 0.736 0.036
#> dkfz_11-115 2 0.0510 0.962 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3146 0.830 0.000 0.128 0.000 0.844 0.028
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0703 0.961 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-120 4 0.3912 0.736 0.000 0.228 0.000 0.752 0.020
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3002 0.843 0.000 0.116 0.000 0.856 0.028
#> dkfz_11-123 2 0.2770 0.868 0.000 0.880 0.000 0.076 0.044
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0798 0.913 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.5337 0.241 0.000 0.440 0.000 0.508 0.052
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0162 0.919 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-131 4 0.3327 0.817 0.000 0.144 0.000 0.828 0.028
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0510 0.915 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.920 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.1894 0.945 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1830 0.941 0.008 0.068 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.2006 0.941 0.012 0.072 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-151 2 0.0703 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-002 2 0.4961 0.7029 0.000 0.592 0.000 0.000 0.088 NA
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 2 0.1010 0.8212 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-005 5 0.1251 0.9302 0.008 0.012 0.000 0.000 0.956 NA
#> dkfz_11-006 5 0.0767 0.9325 0.008 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> dkfz_11-007 2 0.0508 0.8160 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-008 5 0.1332 0.9293 0.008 0.012 0.000 0.000 0.952 NA
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 2 0.0603 0.8173 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-011 2 0.2431 0.8160 0.000 0.860 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-012 2 0.2572 0.8180 0.000 0.852 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-013 5 0.0984 0.9327 0.008 0.012 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-014 2 0.3833 0.7131 0.000 0.648 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-015 2 0.4054 0.7949 0.000 0.736 0.000 0.024 0.020 NA
#> dkfz_11-016 2 0.3394 0.7969 0.000 0.752 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 5 0.0881 0.9321 0.008 0.012 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-023 2 0.2948 0.8116 0.000 0.804 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-024 5 0.0858 0.9279 0.004 0.028 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-025 2 0.4249 0.7381 0.000 0.688 0.000 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-026 5 0.0976 0.9318 0.008 0.016 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-027 2 0.1625 0.8201 0.000 0.928 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 2 0.1074 0.8162 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-033 2 0.0603 0.8195 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-034 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-035 2 0.2066 0.8137 0.000 0.908 0.000 0.000 0.040 NA
#> dkfz_11-036 5 0.1829 0.9075 0.008 0.036 0.000 0.000 0.928 NA
#> dkfz_11-037 5 0.5784 0.6620 0.076 0.156 0.008 0.000 0.656 NA
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.5775 0.1471 0.000 0.328 0.000 0.000 0.480 NA
#> dkfz_11-044 2 0.3835 0.7741 0.000 0.668 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-045 2 0.4911 0.6338 0.000 0.548 0.000 0.000 0.068 NA
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 2 0.2278 0.8086 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-048 5 0.1332 0.9293 0.008 0.012 0.000 0.000 0.952 NA
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 2 0.4515 0.7370 0.000 0.640 0.000 0.000 0.056 NA
#> dkfz_11-051 4 0.5209 0.5934 0.000 0.220 0.000 0.612 0.000 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 2 0.6369 0.3915 0.016 0.420 0.000 0.000 0.252 NA
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 4 0.0458 0.9050 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 2 0.3470 0.7838 0.000 0.740 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-062 2 0.3373 0.7887 0.000 0.744 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-063 2 0.2482 0.8223 0.000 0.848 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-064 5 0.3081 0.7018 0.004 0.220 0.000 0.000 0.776 NA
#> dkfz_11-065 5 0.1332 0.9319 0.008 0.012 0.000 0.000 0.952 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 5 0.0881 0.9321 0.008 0.012 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-069 2 0.0291 0.8150 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-070 2 0.2744 0.8225 0.000 0.840 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-071 2 0.1806 0.8229 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 5 0.1307 0.9277 0.008 0.008 0.000 0.000 0.952 NA
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 2 0.3564 0.7839 0.000 0.724 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-091 5 0.0976 0.9320 0.008 0.016 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-092 2 0.5915 0.0738 0.000 0.428 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 2 0.4076 0.6929 0.000 0.620 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-095 4 0.0692 0.9033 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 NA
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 4 0.5396 0.6445 0.000 0.152 0.000 0.620 0.012 NA
#> dkfz_11-098 4 0.3854 0.7965 0.000 0.092 0.000 0.772 0.000 NA
#> dkfz_11-099 2 0.4378 0.7540 0.000 0.632 0.000 0.000 0.040 NA
#> dkfz_11-100 2 0.4063 0.7457 0.000 0.740 0.000 0.016 0.032 NA
#> dkfz_11-101 4 0.2680 0.8606 0.000 0.016 0.000 0.856 0.004 NA
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 4 0.2219 0.8639 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3337 0.7564 0.000 0.736 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 2 0.1644 0.8208 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-107 4 0.1204 0.8925 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA
#> dkfz_11-108 4 0.0146 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-109 4 0.0363 0.9057 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-110 4 0.4599 0.7258 0.000 0.104 0.000 0.684 0.000 NA
#> dkfz_11-111 4 0.6209 0.1928 0.000 0.336 0.000 0.436 0.012 NA
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 4 0.5683 0.5129 0.000 0.224 0.000 0.552 0.004 NA
#> dkfz_11-115 2 0.0717 0.8169 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 4 0.4250 0.7732 0.000 0.108 0.000 0.744 0.004 NA
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 2 0.1910 0.7990 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120 4 0.5569 0.5213 0.000 0.248 0.000 0.568 0.004 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 4 0.4259 0.7813 0.000 0.076 0.000 0.740 0.008 NA
#> dkfz_11-123 2 0.5420 0.6303 0.000 0.608 0.000 0.136 0.012 NA
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 4 0.2755 0.8545 0.000 0.012 0.000 0.844 0.004 NA
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 2 0.6367 0.1262 0.000 0.388 0.000 0.324 0.012 NA
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 4 0.0777 0.9011 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 NA
#> dkfz_11-131 4 0.4059 0.7599 0.000 0.148 0.000 0.752 0.000 NA
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 4 0.2442 0.8568 0.000 0.004 0.000 0.852 0.000 NA
#> dkfz_11-140 4 0.0458 0.9051 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9075 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-145 5 0.0767 0.9327 0.008 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 5 0.1078 0.9316 0.008 0.012 0.000 0.000 0.964 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0146 0.9984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 5 0.0984 0.9328 0.008 0.012 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-151 2 0.1908 0.8173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 NA
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0134 0.9976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.5320 -0.0887 0.000 0.456 0.000 0.000 0.088 0.428 0.028
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1518 0.5260 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036
#> dkfz_11-005 5 0.0504 0.9054 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-006 5 0.0422 0.9055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-007 2 0.1058 0.5179 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.024 0.008
#> dkfz_11-008 5 0.0504 0.9054 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.1080 0.5276 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.016 0.016
#> dkfz_11-011 2 0.3136 0.4605 0.000 0.792 0.000 0.000 0.008 0.180 0.020
#> dkfz_11-012 2 0.3675 0.4528 0.000 0.748 0.000 0.000 0.008 0.200 0.044
#> dkfz_11-013 5 0.0707 0.9027 0.000 0.008 0.000 0.000 0.976 0.004 0.012
#> dkfz_11-014 6 0.4802 0.8516 0.000 0.448 0.000 0.000 0.008 0.476 0.068
#> dkfz_11-015 2 0.5607 0.2177 0.000 0.544 0.000 0.028 0.000 0.216 0.212
#> dkfz_11-016 2 0.4577 0.3296 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.300 0.096
#> dkfz_11-017 3 0.0134 0.9976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0468 0.9045 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3693 0.4394 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.212 0.056
#> dkfz_11-024 5 0.1507 0.8791 0.000 0.036 0.000 0.000 0.936 0.004 0.024
#> dkfz_11-025 2 0.5037 -0.5565 0.000 0.548 0.000 0.000 0.028 0.356 0.068
#> dkfz_11-026 5 0.0134 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.2483 0.5100 0.000 0.876 0.000 0.000 0.008 0.048 0.068
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.1313 0.5273 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008 0.016 0.028
#> dkfz_11-032 3 0.0134 0.9976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.1572 0.5235 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.024 0.040
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.2781 0.5102 0.000 0.864 0.000 0.000 0.032 0.040 0.064
#> dkfz_11-036 5 0.2348 0.8480 0.000 0.048 0.000 0.000 0.892 0.024 0.036
#> dkfz_11-037 5 0.7210 0.3093 0.072 0.188 0.028 0.000 0.512 0.120 0.080
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.6494 -0.1564 0.000 0.288 0.000 0.000 0.396 0.240 0.076
#> dkfz_11-044 2 0.5084 0.0505 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.376 0.136
#> dkfz_11-045 6 0.5227 0.8290 0.000 0.360 0.000 0.000 0.032 0.528 0.080
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3070 0.4928 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.052 0.124
#> dkfz_11-048 5 0.0504 0.9054 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5367 0.0783 0.000 0.472 0.000 0.000 0.040 0.412 0.076
#> dkfz_11-051 4 0.5867 -0.2263 0.000 0.188 0.000 0.496 0.004 0.028 0.284
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.6887 -0.1436 0.020 0.412 0.000 0.000 0.188 0.284 0.096
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0555 0.8045 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4084 0.2056 0.000 0.580 0.000 0.000 0.004 0.392 0.024
#> dkfz_11-062 2 0.4336 0.2957 0.000 0.596 0.000 0.000 0.004 0.352 0.048
#> dkfz_11-063 2 0.4149 0.4344 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.176 0.120
#> dkfz_11-064 5 0.3436 0.6664 0.000 0.180 0.000 0.000 0.776 0.032 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.0422 0.9061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.0134 0.9976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0422 0.9051 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-069 2 0.0468 0.5226 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3847 0.4655 0.000 0.756 0.000 0.000 0.008 0.092 0.144
#> dkfz_11-071 2 0.2937 0.4532 0.000 0.844 0.008 0.000 0.004 0.100 0.044
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0422 0.9053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4568 0.2310 0.000 0.564 0.000 0.000 0.004 0.368 0.064
#> dkfz_11-091 5 0.0794 0.9031 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.008 0.016
#> dkfz_11-092 2 0.6125 -0.6517 0.000 0.396 0.000 0.320 0.004 0.024 0.256
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4651 0.8784 0.000 0.420 0.000 0.000 0.004 0.512 0.064
#> dkfz_11-095 4 0.0996 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-096 4 0.0373 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-097 4 0.6149 -0.1617 0.000 0.148 0.000 0.496 0.008 0.060 0.288
#> dkfz_11-098 4 0.4168 0.5862 0.000 0.064 0.000 0.744 0.000 0.040 0.152
#> dkfz_11-099 2 0.5341 0.0124 0.000 0.464 0.000 0.000 0.012 0.396 0.128
#> dkfz_11-100 2 0.4898 0.2515 0.000 0.632 0.000 0.008 0.016 0.084 0.260
#> dkfz_11-101 4 0.3883 0.6129 0.000 0.024 0.000 0.748 0.000 0.044 0.184
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3705 0.6084 0.000 0.012 0.000 0.748 0.000 0.040 0.200
#> dkfz_11-104 2 0.4850 0.2157 0.000 0.612 0.000 0.000 0.008 0.120 0.260
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2604 0.5105 0.000 0.864 0.000 0.000 0.004 0.060 0.072
#> dkfz_11-107 4 0.2215 0.7416 0.000 0.004 0.000 0.880 0.000 0.016 0.100
#> dkfz_11-108 4 0.0742 0.8016 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-109 4 0.0468 0.8056 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-110 4 0.5252 0.2320 0.000 0.108 0.000 0.592 0.000 0.036 0.264
#> dkfz_11-111 4 0.6491 -0.6800 0.000 0.276 0.000 0.356 0.008 0.044 0.316
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.6320 -0.5173 0.000 0.248 0.000 0.412 0.008 0.036 0.296
#> dkfz_11-115 2 0.1472 0.5254 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008 0.024 0.028
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.5015 0.3343 0.000 0.104 0.000 0.624 0.004 0.020 0.248
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2621 0.4881 0.000 0.840 0.000 0.000 0.004 0.016 0.140
#> dkfz_11-120 4 0.5907 -0.4117 0.000 0.248 0.000 0.452 0.004 0.016 0.280
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.5423 0.2923 0.000 0.088 0.000 0.608 0.004 0.064 0.236
#> dkfz_11-123 2 0.6378 -0.2124 0.000 0.460 0.000 0.116 0.004 0.116 0.304
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.4130 0.5568 0.000 0.020 0.000 0.708 0.000 0.048 0.224
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.6710 0.0000 0.000 0.292 0.000 0.228 0.004 0.092 0.384
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1123 0.7903 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-131 4 0.4860 0.4057 0.000 0.120 0.000 0.660 0.000 0.028 0.192
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3728 0.5575 0.000 0.004 0.000 0.708 0.000 0.032 0.256
#> dkfz_11-140 4 0.1060 0.7913 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.8096 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0134 0.9976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.0742 0.9035 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0134 0.9976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.1048 0.8990 0.000 0.004 0.000 0.000 0.960 0.012 0.024
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0239 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.3410 0.4832 0.000 0.792 0.000 0.000 0.004 0.072 0.132
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.6597 -0.43461 0.000 0.396 0.000 0.000 0.088 0.308 0.040 0.168
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1704 0.51916 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.032
#> dkfz_11-005 5 0.1236 0.86034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.008 0.020 0.024
#> dkfz_11-006 5 0.0661 0.86465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.1280 0.52062 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.028
#> dkfz_11-008 5 0.1324 0.85837 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012 0.024 0.020
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.1405 0.52160 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024 0.016
#> dkfz_11-011 2 0.3997 0.38791 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.168 0.024 0.084
#> dkfz_11-012 2 0.4083 0.38541 0.000 0.720 0.000 0.000 0.008 0.176 0.016 0.080
#> dkfz_11-013 5 0.1707 0.85447 0.000 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.016 0.028
#> dkfz_11-014 8 0.3825 0.86972 0.000 0.336 0.000 0.000 0.008 0.020 0.004 0.632
#> dkfz_11-015 2 0.6229 0.00529 0.000 0.488 0.000 0.036 0.000 0.264 0.092 0.120
#> dkfz_11-016 2 0.4682 0.13379 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.328 0.040 0.056
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0743 0.86208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0313 0.77112 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.4743 0.29708 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.224 0.068 0.068
#> dkfz_11-024 5 0.1657 0.84561 0.000 0.036 0.000 0.000 0.928 0.008 0.008 0.020
#> dkfz_11-025 2 0.4729 -0.34315 0.000 0.516 0.000 0.000 0.020 0.036 0.020 0.408
#> dkfz_11-026 5 0.0749 0.86377 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-027 2 0.4179 0.42609 0.000 0.740 0.000 0.000 0.004 0.112 0.072 0.072
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2067 0.51776 0.000 0.908 0.000 0.000 0.012 0.024 0.032 0.024
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2134 0.52252 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.032 0.048 0.024
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.2962 0.49864 0.000 0.852 0.000 0.000 0.020 0.044 0.032 0.052
#> dkfz_11-036 5 0.3613 0.77200 0.000 0.052 0.000 0.000 0.808 0.032 0.056 0.052
#> dkfz_11-037 5 0.7278 0.03501 0.056 0.204 0.008 0.000 0.464 0.132 0.068 0.068
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0251 0.77194 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.6710 -0.46403 0.000 0.256 0.000 0.000 0.340 0.292 0.044 0.068
#> dkfz_11-044 2 0.5784 -0.13042 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.300 0.084 0.144
#> dkfz_11-045 8 0.4050 0.84830 0.000 0.272 0.000 0.000 0.024 0.020 0.012 0.672
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.4489 0.40819 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.112 0.132 0.060
#> dkfz_11-048 5 0.1481 0.85861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.020 0.020 0.024
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.5882 0.32548 0.000 0.340 0.000 0.000 0.032 0.448 0.028 0.152
#> dkfz_11-051 4 0.6019 -0.26256 0.000 0.192 0.000 0.476 0.000 0.036 0.264 0.032
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.7440 0.32952 0.020 0.292 0.000 0.000 0.168 0.308 0.052 0.160
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1205 0.75522 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.5091 -0.11194 0.000 0.516 0.000 0.000 0.008 0.348 0.016 0.112
#> dkfz_11-062 2 0.4905 0.00670 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.352 0.040 0.072
#> dkfz_11-063 2 0.3880 0.43066 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.188 0.056 0.028
#> dkfz_11-064 5 0.4063 0.48504 0.000 0.244 0.000 0.000 0.692 0.024 0.020 0.020
#> dkfz_11-065 5 0.0936 0.86542 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.012 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.1332 0.85911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020 0.020 0.016
#> dkfz_11-069 2 0.0573 0.51288 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-070 2 0.4358 0.43730 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.120 0.132 0.044
#> dkfz_11-071 2 0.3564 0.45417 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.068 0.032 0.120
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1553 0.85678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.024 0.024 0.020
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4989 -0.12679 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.372 0.016 0.120
#> dkfz_11-091 5 0.1875 0.84933 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.024 0.036 0.020
#> dkfz_11-092 2 0.5807 -0.51122 0.000 0.452 0.000 0.240 0.000 0.012 0.268 0.028
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.3250 0.89226 0.000 0.320 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.672
#> dkfz_11-095 4 0.2281 0.71442 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.016 0.088 0.020
#> dkfz_11-096 4 0.0313 0.77128 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.6525 -0.43498 0.000 0.104 0.000 0.404 0.004 0.068 0.352 0.068
#> dkfz_11-098 4 0.4704 0.43736 0.000 0.072 0.000 0.672 0.000 0.024 0.200 0.032
#> dkfz_11-099 2 0.6159 -0.30967 0.000 0.420 0.000 0.000 0.020 0.344 0.076 0.140
#> dkfz_11-100 2 0.5897 0.18886 0.000 0.548 0.000 0.012 0.012 0.100 0.236 0.092
#> dkfz_11-101 4 0.4625 0.43027 0.000 0.032 0.000 0.652 0.000 0.044 0.248 0.024
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.4332 0.45795 0.000 0.012 0.000 0.664 0.000 0.044 0.256 0.024
#> dkfz_11-104 2 0.6037 0.08696 0.000 0.484 0.000 0.000 0.008 0.152 0.256 0.100
#> dkfz_11-105 4 0.0251 0.77217 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3926 0.46702 0.000 0.772 0.000 0.000 0.016 0.100 0.044 0.068
#> dkfz_11-107 4 0.2728 0.67583 0.000 0.004 0.000 0.836 0.000 0.016 0.128 0.016
#> dkfz_11-108 4 0.0841 0.76540 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.0669 0.76681 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-110 4 0.5597 -0.19857 0.000 0.108 0.000 0.468 0.000 0.028 0.368 0.028
#> dkfz_11-111 4 0.6235 -0.67805 0.000 0.304 0.000 0.324 0.000 0.060 0.304 0.008
#> dkfz_11-112 4 0.0125 0.77203 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 4 0.0125 0.77203 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 4 0.5851 -0.48940 0.000 0.176 0.000 0.392 0.000 0.032 0.384 0.016
#> dkfz_11-115 2 0.1377 0.52063 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008 0.028
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.5085 0.22491 0.000 0.088 0.000 0.576 0.000 0.028 0.292 0.016
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2855 0.48734 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.024 0.140 0.016
#> dkfz_11-120 4 0.5946 -0.47269 0.000 0.192 0.000 0.404 0.000 0.036 0.352 0.016
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.5994 -0.06056 0.000 0.060 0.000 0.504 0.008 0.060 0.312 0.056
#> dkfz_11-123 2 0.6791 -0.13882 0.000 0.396 0.000 0.072 0.000 0.140 0.300 0.092
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.4339 0.40190 0.000 0.012 0.000 0.632 0.000 0.036 0.300 0.020
#> dkfz_11-126 4 0.0125 0.77203 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 7 0.7352 0.00000 0.000 0.240 0.000 0.232 0.004 0.144 0.312 0.068
#> dkfz_11-128 4 0.0125 0.77203 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1416 0.74421 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.4820 0.39408 0.000 0.120 0.000 0.664 0.000 0.016 0.168 0.032
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0438 0.77076 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0125 0.99627 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.99980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3767 0.48674 0.000 0.004 0.000 0.680 0.000 0.012 0.280 0.024
#> dkfz_11-140 4 0.1687 0.72726 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.77274 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.1332 0.86226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020 0.016 0.020
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1897 0.84902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.028 0.028 0.032
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0929 0.86318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.016 0.012
#> dkfz_11-151 2 0.4353 0.43771 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.108 0.152 0.040
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.6738 0.37018 0.000 0.180 0.000 0.000 0.112 0.364 0.288 NA 0.028
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.2370 0.53779 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008 0.016 0.888 NA 0.028
#> dkfz_11-005 5 0.0928 0.88592 0.000 0.004 0.000 0.000 0.960 0.012 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0821 0.89131 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.008 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.2009 0.54010 0.000 0.052 0.000 0.000 0.008 0.016 0.904 NA 0.012
#> dkfz_11-008 5 0.1133 0.88426 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948 0.016 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.1518 0.53845 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.016 0.932 NA 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.4287 0.30207 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004 0.252 0.652 NA 0.004
#> dkfz_11-012 7 0.4528 0.41622 0.000 0.072 0.000 0.000 0.020 0.164 0.692 NA 0.008
#> dkfz_11-013 5 0.1477 0.88678 0.000 0.008 0.000 0.000 0.936 0.008 0.012 NA 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.3903 0.72825 0.000 0.676 0.000 0.000 0.004 0.040 0.260 NA 0.008
#> dkfz_11-015 7 0.6743 -0.05846 0.000 0.052 0.000 0.040 0.008 0.308 0.412 NA 0.080
#> dkfz_11-016 7 0.5008 0.00107 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004 0.372 0.512 NA 0.032
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1175 0.88963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0237 0.78282 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-023 7 0.4716 0.23456 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.296 0.596 NA 0.024
#> dkfz_11-024 5 0.1364 0.88102 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.004 0.028 NA 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4972 0.42451 0.000 0.452 0.000 0.000 0.028 0.036 0.444 NA 0.012
#> dkfz_11-026 5 0.0752 0.89025 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.4246 0.47999 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.084 0.736 NA 0.084
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0119 0.99654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.1946 0.53879 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008 0.008 0.912 NA 0.028
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.3170 0.53231 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.068 0.828 NA 0.024
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-035 7 0.3335 0.52921 0.000 0.028 0.000 0.000 0.032 0.040 0.828 NA 0.044
#> dkfz_11-036 5 0.3934 0.75425 0.000 0.028 0.000 0.000 0.776 0.036 0.056 NA 0.020
#> dkfz_11-037 5 0.7860 -0.25111 0.064 0.092 0.004 0.000 0.372 0.168 0.172 NA 0.036
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0492 0.78122 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.6809 0.31353 0.000 0.068 0.000 0.000 0.304 0.336 0.212 NA 0.032
#> dkfz_11-044 7 0.6379 -0.24659 0.000 0.172 0.000 0.000 0.004 0.312 0.360 NA 0.132
#> dkfz_11-045 2 0.3562 0.66349 0.000 0.748 0.000 0.000 0.024 0.040 0.180 NA 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.5202 0.43481 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004 0.068 0.644 NA 0.128
#> dkfz_11-048 5 0.1642 0.87735 0.000 0.008 0.000 0.000 0.920 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.5757 0.41517 0.000 0.152 0.000 0.000 0.040 0.492 0.280 NA 0.016
#> dkfz_11-051 4 0.5897 -0.22601 0.000 0.012 0.000 0.436 0.004 0.020 0.132 NA 0.348
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.7541 0.31961 0.004 0.120 0.000 0.000 0.176 0.320 0.240 NA 0.052
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1440 0.76680 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000 0.016 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.4986 -0.24014 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004 0.400 0.444 NA 0.012
#> dkfz_11-062 7 0.5059 -0.14563 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004 0.416 0.464 NA 0.040
#> dkfz_11-063 7 0.4641 0.36786 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004 0.224 0.648 NA 0.056
#> dkfz_11-064 5 0.3647 0.59835 0.000 0.012 0.000 0.000 0.748 0.028 0.180 NA 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.0859 0.89155 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.1589 0.88430 0.000 0.012 0.000 0.000 0.924 0.008 0.008 NA 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0331 0.52634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 NA 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.5271 0.41721 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012 0.116 0.632 NA 0.148
#> dkfz_11-071 7 0.3757 0.48365 0.000 0.112 0.004 0.000 0.004 0.080 0.768 NA 0.020
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1667 0.87414 0.000 0.008 0.000 0.000 0.920 0.028 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4814 0.19464 0.000 0.088 0.000 0.000 0.004 0.488 0.396 NA 0.008
#> dkfz_11-091 5 0.1620 0.88490 0.000 0.008 0.000 0.000 0.928 0.012 0.012 NA 0.004
#> dkfz_11-092 7 0.6592 -0.50111 0.000 0.044 0.000 0.228 0.000 0.040 0.368 NA 0.284
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3443 0.73819 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.044 0.252 NA 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.2507 0.71014 0.000 0.008 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 NA 0.108
#> dkfz_11-096 4 0.0542 0.78209 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-097 4 0.6922 -0.41828 0.000 0.028 0.000 0.356 0.004 0.044 0.112 NA 0.304
#> dkfz_11-098 4 0.5902 0.18548 0.000 0.024 0.000 0.536 0.000 0.044 0.080 NA 0.244
#> dkfz_11-099 7 0.7027 -0.28803 0.000 0.180 0.000 0.000 0.020 0.260 0.352 NA 0.072
#> dkfz_11-100 7 0.6267 0.21021 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024 0.088 0.472 NA 0.260
#> dkfz_11-101 4 0.5283 0.37173 0.000 0.020 0.000 0.592 0.000 0.024 0.032 NA 0.228
#> dkfz_11-102 4 0.0119 0.78313 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.5095 0.22566 0.000 0.028 0.000 0.524 0.000 0.020 0.016 NA 0.352
#> dkfz_11-104 7 0.6687 -0.03895 0.000 0.056 0.000 0.000 0.012 0.072 0.332 NA 0.232
#> dkfz_11-105 4 0.0237 0.78321 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.4696 0.46438 0.000 0.076 0.000 0.000 0.008 0.080 0.708 NA 0.056
#> dkfz_11-107 4 0.3555 0.62735 0.000 0.012 0.000 0.764 0.000 0.020 0.004 NA 0.160
#> dkfz_11-108 4 0.1697 0.75876 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-109 4 0.1117 0.77095 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-110 4 0.6514 -0.18365 0.000 0.020 0.000 0.424 0.008 0.064 0.080 NA 0.320
#> dkfz_11-111 9 0.6971 0.59012 0.000 0.032 0.000 0.236 0.008 0.036 0.224 NA 0.372
#> dkfz_11-112 4 0.0212 0.78253 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.6289 0.56837 0.000 0.036 0.000 0.264 0.004 0.032 0.160 NA 0.464
#> dkfz_11-115 7 0.1964 0.53921 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.028 0.912 NA 0.024
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.5942 -0.02973 0.000 0.024 0.000 0.468 0.004 0.052 0.072 NA 0.340
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.3903 0.47081 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008 0.032 0.724 NA 0.196
#> dkfz_11-120 4 0.6659 -0.44413 0.000 0.028 0.000 0.372 0.008 0.032 0.188 NA 0.312
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.5978 -0.01413 0.000 0.032 0.000 0.468 0.000 0.024 0.060 NA 0.320
#> dkfz_11-123 9 0.7150 0.13258 0.000 0.064 0.000 0.052 0.004 0.096 0.320 NA 0.336
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.4632 0.45157 0.000 0.020 0.000 0.628 0.004 0.008 0.016 NA 0.264
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.7408 0.50220 0.000 0.096 0.000 0.152 0.012 0.068 0.204 NA 0.396
#> dkfz_11-128 4 0.0119 0.78247 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.2123 0.72965 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.020 0.000 NA 0.100
#> dkfz_11-131 4 0.5690 0.16559 0.000 0.028 0.000 0.536 0.008 0.024 0.112 NA 0.268
#> dkfz_11-132 4 0.0818 0.77778 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-133 4 0.0492 0.78184 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-134 4 0.0119 0.78255 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0610 0.97733 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.99883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0119 0.78286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-139 4 0.4955 0.22790 0.000 0.024 0.000 0.524 0.004 0.036 0.004 NA 0.368
#> dkfz_11-140 4 0.1963 0.73801 0.000 0.004 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 NA 0.096
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.78283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.1693 0.88383 0.000 0.012 0.000 0.000 0.920 0.016 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0119 0.99654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1995 0.87123 0.000 0.020 0.000 0.000 0.900 0.024 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.99957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0764 0.89082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.4505 0.47512 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.092 0.700 NA 0.128
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0282 0.99264 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-002 6 0.6631 0.38081 0.000 0.316 0.000 0.000 0.064 0.392 0.028 NA 0.112 NA
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-004 2 0.2510 0.57296 0.000 0.880 0.000 0.000 0.012 0.024 0.028 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-005 5 0.1736 0.85377 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-006 5 0.1096 0.86524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 NA 0.008 NA
#> dkfz_11-007 2 0.1911 0.57554 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.008 0.020 NA 0.028 NA
#> dkfz_11-008 5 0.1847 0.85187 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.016 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-010 2 0.1741 0.57180 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004 0.028 0.016 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-011 2 0.3897 0.36432 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.216 0.012 NA 0.040 NA
#> dkfz_11-012 2 0.4215 0.35991 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.196 0.016 NA 0.056 NA
#> dkfz_11-013 5 0.2102 0.85587 0.000 0.016 0.000 0.000 0.892 0.016 0.000 NA 0.016 NA
#> dkfz_11-014 9 0.4251 0.69789 0.000 0.224 0.000 0.000 0.008 0.060 0.024 NA 0.668 NA
#> dkfz_11-015 2 0.7140 -0.14323 0.000 0.336 0.000 0.056 0.008 0.240 0.096 NA 0.024 NA
#> dkfz_11-016 2 0.5208 -0.03801 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.332 0.028 NA 0.028 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0226 0.99283 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0113 0.99351 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-019 5 0.1545 0.85955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0202 0.99369 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-022 4 0.1099 0.77209 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-023 2 0.5250 0.02256 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.300 0.032 NA 0.032 NA
#> dkfz_11-024 5 0.2299 0.84309 0.000 0.048 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 NA 0.012 NA
#> dkfz_11-025 9 0.5789 0.26870 0.000 0.392 0.000 0.000 0.040 0.100 0.004 NA 0.400 NA
#> dkfz_11-026 5 0.1176 0.86341 0.000 0.004 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-027 2 0.4550 0.50857 0.000 0.716 0.000 0.000 0.004 0.084 0.044 NA 0.032 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.99425 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0202 0.99369 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.99425 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-031 2 0.2692 0.57323 0.000 0.868 0.000 0.000 0.016 0.016 0.016 NA 0.032 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0282 0.99371 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-033 2 0.3570 0.55904 0.000 0.804 0.000 0.000 0.008 0.060 0.032 NA 0.028 NA
#> dkfz_11-034 3 0.0395 0.99111 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-035 2 0.3992 0.54763 0.000 0.776 0.000 0.000 0.028 0.036 0.064 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-036 5 0.4766 0.68452 0.000 0.056 0.000 0.000 0.660 0.048 0.000 NA 0.028 NA
#> dkfz_11-037 5 0.8254 -0.13036 0.084 0.172 0.016 0.000 0.332 0.092 0.028 NA 0.068 NA
#> dkfz_11-038 4 0.0113 0.77809 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-041 4 0.0959 0.77361 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-043 6 0.6821 0.19334 0.000 0.180 0.000 0.000 0.244 0.352 0.008 NA 0.040 NA
#> dkfz_11-044 6 0.6872 0.33864 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.348 0.124 NA 0.140 NA
#> dkfz_11-045 9 0.3957 0.67696 0.000 0.176 0.000 0.000 0.016 0.056 0.004 NA 0.720 NA
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-047 2 0.5806 0.38458 0.000 0.572 0.000 0.000 0.008 0.052 0.144 NA 0.040 NA
#> dkfz_11-048 5 0.2259 0.84468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.000 NA 0.008 NA
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-050 6 0.5815 0.42037 0.000 0.260 0.000 0.000 0.012 0.516 0.032 NA 0.052 NA
#> dkfz_11-051 4 0.6233 -0.48770 0.000 0.156 0.000 0.364 0.000 0.016 0.360 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0202 0.99378 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-054 6 0.7613 0.22968 0.004 0.268 0.000 0.000 0.148 0.284 0.028 NA 0.124 NA
#> dkfz_11-055 4 0.0113 0.77794 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-059 4 0.2388 0.73499 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.008 0.052 NA 0.012 NA
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-061 6 0.4638 0.38721 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.508 0.004 NA 0.064 NA
#> dkfz_11-062 6 0.5041 0.28358 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.468 0.032 NA 0.028 NA
#> dkfz_11-063 2 0.5240 0.31487 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.196 0.056 NA 0.024 NA
#> dkfz_11-064 5 0.4024 0.59715 0.000 0.204 0.000 0.000 0.696 0.016 0.004 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-065 5 0.1518 0.86488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.000 NA 0.008 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0315 0.99245 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0113 0.99362 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-068 5 0.1610 0.85342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.008 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-069 2 0.0832 0.55982 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 NA 0.008 NA
#> dkfz_11-070 2 0.5959 0.35026 0.000 0.580 0.000 0.004 0.016 0.100 0.124 NA 0.028 NA
#> dkfz_11-071 2 0.3863 0.50128 0.000 0.748 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004 NA 0.132 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.99425 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-073 5 0.2700 0.83390 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.020 0.004 NA 0.012 NA
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-075 6 0.4614 0.45414 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.584 0.024 NA 0.032 NA
#> dkfz_11-091 5 0.1875 0.85874 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.004 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-092 7 0.6178 0.47162 0.000 0.320 0.000 0.212 0.004 0.012 0.372 NA 0.016 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-094 9 0.3270 0.71140 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 NA 0.716 NA
#> dkfz_11-095 4 0.2981 0.66861 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004 0.140 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-096 4 0.0820 0.77562 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-097 7 0.6872 0.47053 0.000 0.084 0.000 0.300 0.000 0.020 0.368 NA 0.036 NA
#> dkfz_11-098 4 0.5932 -0.00481 0.000 0.048 0.000 0.500 0.000 0.020 0.284 NA 0.036 NA
#> dkfz_11-099 6 0.7232 0.28980 0.000 0.292 0.000 0.000 0.008 0.296 0.072 NA 0.136 NA
#> dkfz_11-100 2 0.6820 0.13298 0.000 0.436 0.000 0.008 0.024 0.024 0.204 NA 0.052 NA
#> dkfz_11-101 4 0.5501 0.28413 0.000 0.016 0.000 0.572 0.004 0.020 0.228 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-102 4 0.0113 0.77831 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-103 4 0.4900 0.11142 0.000 0.012 0.000 0.508 0.000 0.012 0.376 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-104 2 0.6574 -0.00294 0.000 0.352 0.000 0.004 0.008 0.064 0.204 NA 0.048 NA
#> dkfz_11-105 4 0.0484 0.77827 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-106 2 0.5274 0.42912 0.000 0.656 0.000 0.000 0.012 0.048 0.040 NA 0.076 NA
#> dkfz_11-107 4 0.4139 0.53765 0.000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.012 0.184 NA 0.012 NA
#> dkfz_11-108 4 0.1383 0.76310 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.044 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-109 4 0.1413 0.76419 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.016 0.028 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-110 4 0.6694 -0.38929 0.000 0.060 0.000 0.376 0.008 0.024 0.344 NA 0.036 NA
#> dkfz_11-111 7 0.7013 0.55609 0.000 0.216 0.000 0.196 0.004 0.056 0.388 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-112 4 0.0315 0.77853 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-113 4 0.0113 0.77794 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-114 7 0.5814 0.60637 0.000 0.168 0.000 0.224 0.004 0.012 0.512 NA 0.016 NA
#> dkfz_11-115 2 0.2155 0.57404 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004 0.032 0.008 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-117 4 0.5377 -0.08443 0.000 0.052 0.000 0.468 0.000 0.064 0.368 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.77746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-119 2 0.4062 0.46666 0.000 0.680 0.000 0.000 0.008 0.024 0.232 NA 0.008 NA
#> dkfz_11-120 7 0.6549 0.58987 0.000 0.160 0.000 0.288 0.000 0.056 0.400 NA 0.024 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-122 4 0.6696 -0.33470 0.000 0.036 0.000 0.384 0.012 0.036 0.340 NA 0.040 NA
#> dkfz_11-123 7 0.7498 0.15774 0.000 0.260 0.000 0.060 0.000 0.056 0.320 NA 0.060 NA
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-125 4 0.5453 0.17008 0.000 0.020 0.000 0.524 0.000 0.028 0.308 NA 0.020 NA
#> dkfz_11-126 4 0.0315 0.77715 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-127 7 0.7480 0.39865 0.000 0.168 0.000 0.120 0.012 0.084 0.400 NA 0.032 NA
#> dkfz_11-128 4 0.0226 0.77833 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.77746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-130 4 0.2660 0.68590 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.004 0.128 NA 0.008 NA
#> dkfz_11-131 4 0.5236 -0.00744 0.000 0.084 0.000 0.504 0.000 0.012 0.340 NA 0.016 NA
#> dkfz_11-132 4 0.0948 0.77275 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-133 4 0.1161 0.76780 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-134 4 0.0113 0.77809 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.77746 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-136 1 0.0667 0.96942 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.99843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.0113 0.77809 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-139 4 0.4808 0.02847 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.008 0.392 NA 0.008 NA
#> dkfz_11-140 4 0.2294 0.70024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.136 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-141 4 0.0202 0.77813 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-142 4 0.0113 0.77809 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0282 0.99264 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-144 3 0.0202 0.99335 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-145 5 0.1740 0.85773 0.000 0.004 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 NA 0.004 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0113 0.99362 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0113 0.99362 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-148 5 0.3245 0.81837 0.000 0.004 0.000 0.000 0.812 0.020 0.012 NA 0.032 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0395 0.99170 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-150 5 0.1250 0.86225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 NA 0.000 NA
#> dkfz_11-151 2 0.5458 0.44449 0.000 0.616 0.000 0.000 0.004 0.088 0.124 NA 0.020 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:skmeans 132 5.80e-16 1.02e-10 2
#> CV:skmeans 132 3.38e-39 1.69e-10 3
#> CV:skmeans 134 6.09e-61 1.12e-32 4
#> CV:skmeans 132 9.78e-81 5.15e-31 5
#> CV:skmeans 131 2.71e-80 4.17e-31 6
#> CV:skmeans 100 4.03e-67 1.15e-23 7
#> CV:skmeans 91 6.51e-69 1.50e-23 8
#> CV:skmeans 96 9.44e-68 3.64e-24 9
#> CV:skmeans 98 2.97e-70 7.35e-25 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.22590 0.769 0.769
#> 3 3 1.000 0.978 0.993 0.86452 0.804 0.745
#> 4 4 0.837 0.938 0.952 0.30627 0.832 0.707
#> 5 5 0.806 0.919 0.948 0.00846 0.998 0.995
#> 6 6 0.758 0.926 0.945 0.04047 0.974 0.935
#> 7 7 0.821 0.894 0.938 0.01383 0.994 0.984
#> 8 8 0.830 0.919 0.954 0.00541 0.997 0.991
#> 9 9 0.821 0.908 0.957 0.00541 0.998 0.996
#> 10 10 0.817 0.891 0.949 0.00640 0.997 0.992
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.821 0.682 0.744 0.256
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.955 0.442 0.624 0.376
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.358 0.922 0.068 0.932
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.730 0.728 0.204 0.796
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.295 0.941 0.052 0.948
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.788 0.712 0.764 0.236
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.948 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-003 1 0.506 0.591 0.756 0.244 0
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-009 1 0.603 0.411 0.624 0.376 0
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-018 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-021 2 0.226 0.923 0.068 0.932 0
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-029 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-030 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-034 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-042 2 0.186 0.942 0.052 0.948 0
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-060 1 0.497 0.601 0.764 0.236 0
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-067 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.907 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-143 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-147 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.401 0.490 0.756 0.244 0.0 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.478 0.149 0.624 0.376 0.0 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.179 0.895 0.068 0.932 0.0 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.361 0.842 0.000 0.000 0.8 0.200
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.147 0.919 0.052 0.948 0.0 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.394 0.492 0.764 0.236 0.0 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.484 0.762 0.000 0.396 0.0 0.604
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.466 0.825 0.000 0.348 0.0 0.652
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.480 0.784 0.000 0.384 0.0 0.616
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-113 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.475 0.807 0.000 0.368 0.0 0.632
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-129 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.473 0.811 0.000 0.364 0.0 0.636
#> dkfz_11-133 2 0.495 -0.334 0.000 0.560 0.0 0.440
#> dkfz_11-134 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-135 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.910 1.000 0.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.361 0.891 0.000 0.200 0.0 0.800
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.466 0.825 0.000 0.348 0.0 0.652
#> dkfz_11-142 4 0.460 0.832 0.000 0.336 0.0 0.664
#> dkfz_11-143 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.0 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.990 0.000 1.000 0.0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0162 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4964 0.460 0.712 0.220 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.5556 0.265 0.604 0.328 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.3115 0.813 0.056 0.876 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-022 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0162 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.0609 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0794 0.862 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.3046 0.819 0.052 0.880 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1800 0.842 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4711 0.515 0.744 0.188 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0404 0.974 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-074 1 0.1800 0.842 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.4171 0.736 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.4015 0.795 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.4138 0.754 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1800 0.842 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.4088 0.775 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.4074 0.780 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.4262 -0.332 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0963 0.858 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3109 0.864 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.4015 0.795 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.3966 0.802 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2377 0.860 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0794 0.968 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 5 0.2573 0.803 0.024 0.112 0.000 0.000 0.864 0
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 5 0.2494 0.805 0.016 0.120 0.000 0.000 0.864 0
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-021 5 0.2389 0.793 0.008 0.128 0.000 0.000 0.864 0
#> dkfz_11-022 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 6 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-038 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-039 1 0.3390 0.565 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-042 5 0.2320 0.784 0.004 0.132 0.000 0.000 0.864 0
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 5 0.2219 0.661 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 5 0.2494 0.805 0.016 0.120 0.000 0.000 0.864 0
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-073 2 0.1267 0.911 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0
#> dkfz_11-074 5 0.2631 0.626 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-096 4 0.3747 0.731 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 4 0.3607 0.793 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 4 0.3717 0.750 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-113 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 5 0.2219 0.661 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 4 0.3672 0.772 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-129 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 4 0.3659 0.777 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0
#> dkfz_11-133 2 0.3828 -0.337 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0
#> dkfz_11-134 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-135 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-136 1 0.2135 0.832 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 4 0.2793 0.866 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 4 0.3607 0.793 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0
#> dkfz_11-142 4 0.3563 0.800 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0
#> dkfz_11-143 3 0.3270 0.806 0.000 0.000 0.820 0.060 0.120 0
#> dkfz_11-144 3 0.2300 0.850 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000 0
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0134 0.981 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0134 0.981 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-018 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-021 5 0.0134 0.981 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-029 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-030 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.3538 0.152 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0134 0.981 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.2543 0.857 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-058 5 0.0134 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.0134 0.981 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-067 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-073 2 0.1166 0.911 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.1330 0.893 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.3450 0.737 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.3321 0.796 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.3423 0.755 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.0134 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.3381 0.776 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.3370 0.781 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3525 -0.336 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.5228 -0.552 0.376 0.000 0.464 0.000 0.160 0 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.2572 0.865 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.3321 0.796 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.3280 0.803 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.0000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-144 7 0.5469 -0.349 0.000 0.000 0.336 0.196 0.004 0 0.464
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-147 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3549 0.806 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.000 0.98802 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.000 0.98802 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 1.000
#> dkfz_11-010 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.000 0.98802 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 1.000
#> dkfz_11-022 4 0.241 0.84601 0.000 0.000 0.0 0.800 0.200 0 0 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.000 0.00000 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 1 0 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.232 0.84368 0.000 0.000 0.0 0.812 0.188 0 0 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.333 0.00915 0.508 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.492
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.000 0.98802 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 1.000
#> dkfz_11-043 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.188 0.71459 0.000 0.000 0.0 0.868 0.132 0 0 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.000 0.98802 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 1.000
#> dkfz_11-059 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.000 0.98802 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 1.000
#> dkfz_11-061 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.109 0.91151 0.000 0.000 0.0 0.000 0.940 0 0 0.060
#> dkfz_11-074 8 0.104 0.91311 0.056 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.944
#> dkfz_11-075 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.323 0.72044 0.000 0.000 0.0 0.604 0.396 0 0 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.311 0.77887 0.000 0.000 0.0 0.652 0.348 0 0 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.235 0.84633 0.000 0.000 0.0 0.808 0.192 0 0 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.320 0.73826 0.000 0.000 0.0 0.616 0.384 0 0 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.235 0.84633 0.000 0.000 0.0 0.808 0.192 0 0 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.232 0.84368 0.000 0.000 0.0 0.812 0.188 0 0 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.235 0.84633 0.000 0.000 0.0 0.808 0.192 0 0 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.000 0.98802 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 1.000
#> dkfz_11-125 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.316 0.75925 0.000 0.000 0.0 0.632 0.368 0 0 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.232 0.84368 0.000 0.000 0.0 0.812 0.188 0 0 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.232 0.84368 0.000 0.000 0.0 0.812 0.188 0 0 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.315 0.76369 0.000 0.000 0.0 0.636 0.364 0 0 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.330 -0.31888 0.000 0.000 0.0 0.440 0.560 0 0 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.241 0.84601 0.000 0.000 0.0 0.800 0.200 0 0 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.232 0.84368 0.000 0.000 0.0 0.812 0.188 0 0 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.142 0.00000 0.032 0.932 0.0 0.000 0.000 0 0 0.036
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.93394 1.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.232 0.84368 0.000 0.000 0.0 0.812 0.188 0 0 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.308 0.78441 0.000 0.000 0.0 0.660 0.340 0 0 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.307 0.78717 0.000 0.000 0.0 0.664 0.336 0 0 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.000 0.00000 0.000 0.000 0.0 0.000 0.000 0 1 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.302 0.76511 0.000 0.068 0.8 0.132 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.000 0.98693 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.000 0.99130 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000 0 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-002 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 8 0.0000 0.98846 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 8 0.0000 0.98846 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-010 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-019 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-021 8 0.0000 0.98846 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-022 4 0.2277 0.82162 0.000 0 0.000 0.800 0.000 0 0.200 0.000 0
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-033 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 9 0.0000 0.00000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-038 4 0.2173 0.81898 0.000 0 0.000 0.816 0.000 0 0.184 0.000 0
#> dkfz_11-039 1 0.3154 0.00916 0.508 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.492 0
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-042 8 0.0000 0.98846 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-043 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-054 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 4 0.1519 0.14910 0.000 0 0.000 0.896 0.104 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 8 0.0000 0.98846 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-059 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 8 0.0000 0.98846 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-061 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-068 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-073 7 0.1033 0.91223 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.940 0.060 0
#> dkfz_11-074 8 0.0982 0.91658 0.056 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.944 0
#> dkfz_11-075 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-096 4 0.3055 0.70103 0.000 0 0.000 0.604 0.000 0 0.396 0.000 0
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 4 0.2941 0.75842 0.000 0 0.000 0.652 0.000 0 0.348 0.000 0
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 4 0.2200 0.82179 0.000 0 0.000 0.812 0.000 0 0.188 0.000 0
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 4 0.3031 0.71860 0.000 0 0.000 0.616 0.000 0 0.384 0.000 0
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 4 0.2200 0.82179 0.000 0 0.000 0.812 0.000 0 0.188 0.000 0
#> dkfz_11-113 4 0.2173 0.81898 0.000 0 0.000 0.816 0.000 0 0.184 0.000 0
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 4 0.2200 0.82179 0.000 0 0.000 0.812 0.000 0 0.188 0.000 0
#> dkfz_11-119 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 8 0.0000 0.98846 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 4 0.2994 0.73925 0.000 0 0.000 0.632 0.000 0 0.368 0.000 0
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 4 0.2173 0.81898 0.000 0 0.000 0.816 0.000 0 0.184 0.000 0
#> dkfz_11-129 4 0.2173 0.81898 0.000 0 0.000 0.816 0.000 0 0.184 0.000 0
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 4 0.2984 0.74361 0.000 0 0.000 0.636 0.000 0 0.364 0.000 0
#> dkfz_11-133 7 0.3122 -0.29934 0.000 0 0.000 0.440 0.000 0 0.560 0.000 0
#> dkfz_11-134 4 0.2277 0.82162 0.000 0 0.000 0.800 0.000 0 0.200 0.000 0
#> dkfz_11-135 4 0.2173 0.81898 0.000 0 0.000 0.816 0.000 0 0.184 0.000 0
#> dkfz_11-136 6 0.0000 0.00000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.93609 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 4 0.2173 0.81898 0.000 0 0.000 0.816 0.000 0 0.184 0.000 0
#> dkfz_11-139 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 4 0.2905 0.76615 0.000 0 0.000 0.664 0.000 0 0.336 0.000 0
#> dkfz_11-142 4 0.2905 0.76690 0.000 0 0.000 0.664 0.000 0 0.336 0.000 0
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-144 5 0.1519 0.00000 0.000 0 0.104 0.000 0.896 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-145 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-148 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.00000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-150 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.99138 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1000 0.9404 0.000 0 0.944 0.052 0 0.004 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-002 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-003 8 0.3009 1.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.512 0.488 0
#> dkfz_11-004 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-005 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-006 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-007 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-008 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-009 8 0.3009 1.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.512 0.488 0
#> dkfz_11-010 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-013 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-015 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-016 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-019 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-021 8 0.3009 1.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.512 0.488 0
#> dkfz_11-022 4 0.2173 0.8624 0.000 0 0.000 0.800 0 0.000 0.200 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-023 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-024 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-026 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-027 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-028 3 0.2041 0.8389 0.000 0 0.852 0.132 0 0.016 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-032 3 0.1374 0.9239 0.000 0 0.924 0.052 0 0.024 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-033 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-034 9 0.3009 -0.5156 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.488 0.512 0
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-036 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-037 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-038 4 0.2073 0.8580 0.000 0 0.000 0.816 0 0.000 0.184 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-039 1 0.3009 0.0442 0.512 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.488 0
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9296 1.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-041 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-042 8 0.3009 1.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.512 0.488 0
#> dkfz_11-043 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-046 1 0.0937 0.8871 0.944 0 0.000 0.000 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-047 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-048 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9296 1.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-050 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-051 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-052 1 0.0113 0.9291 0.996 0 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-054 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-055 6 0.1412 0.0000 0.000 0 0.000 0.100 0 0.900 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9296 1.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-057 1 0.0113 0.9291 0.996 0 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-058 8 0.3009 1.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.512 0.488 0
#> dkfz_11-059 7 0.0113 0.9858 0.000 0 0.000 0.004 0 0.000 0.996 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-060 8 0.3009 1.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.512 0.488 0
#> dkfz_11-061 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-062 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-063 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-064 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-065 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-068 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-069 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-070 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-071 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-073 7 0.1050 0.9123 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.940 0.056 0.004 0
#> dkfz_11-074 9 0.3812 -0.9119 0.060 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.452 0.488 0
#> dkfz_11-075 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-091 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-092 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9296 1.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-095 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-096 4 0.2828 0.7613 0.000 0 0.000 0.644 0 0.000 0.356 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-098 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-099 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-100 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-102 4 0.2696 0.8159 0.000 0 0.000 0.688 0 0.000 0.312 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-104 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-105 4 0.2099 0.8615 0.000 0 0.000 0.812 0 0.000 0.188 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-108 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-109 4 0.2848 0.7482 0.000 0 0.000 0.636 0 0.000 0.364 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-112 4 0.2099 0.8615 0.000 0 0.000 0.812 0 0.000 0.188 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-113 4 0.2073 0.8580 0.000 0 0.000 0.816 0 0.000 0.184 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-116 1 0.0113 0.9291 0.996 0 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-118 4 0.2099 0.8615 0.000 0 0.000 0.812 0 0.000 0.188 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-119 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9296 1.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-124 8 0.3009 1.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.512 0.488 0
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-126 4 0.2760 0.7953 0.000 0 0.000 0.668 0 0.000 0.332 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-128 4 0.2073 0.8580 0.000 0 0.000 0.816 0 0.000 0.184 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-129 4 0.2073 0.8580 0.000 0 0.000 0.816 0 0.000 0.184 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-131 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-132 4 0.2748 0.7999 0.000 0 0.000 0.672 0 0.000 0.328 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-133 7 0.2996 -0.3691 0.000 0 0.000 0.460 0 0.000 0.540 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-134 4 0.2173 0.8624 0.000 0 0.000 0.800 0 0.000 0.200 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-135 4 0.2073 0.8580 0.000 0 0.000 0.816 0 0.000 0.184 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-136 5 0.0000 0.0000 0.000 0 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-137 1 0.0113 0.9291 0.996 0 0.000 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-138 4 0.2073 0.8580 0.000 0 0.000 0.816 0 0.000 0.184 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-139 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-140 7 0.0282 0.9754 0.000 0 0.000 0.012 0 0.000 0.988 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-141 4 0.2653 0.8237 0.000 0 0.000 0.700 0 0.000 0.300 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-142 4 0.2668 0.8222 0.000 0 0.000 0.696 0 0.000 0.304 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-143 10 0.0000 0.0000 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.0000 0.000 1 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-145 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-148 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9804 0.000 0 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-150 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.9908 0.000 0 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:pam 135 1.37e-25 1.64e-26 2
#> CV:pam 135 2.36e-50 2.92e-25 3
#> CV:pam 132 1.00e-69 1.87e-45 4
#> CV:pam 132 7.94e-70 2.84e-47 5
#> CV:pam 134 5.15e-68 8.57e-47 6
#> CV:pam 130 1.57e-65 1.45e-46 7
#> CV:pam 131 4.09e-66 5.87e-47 8
#> CV:pam 129 7.96e-65 4.97e-46 9
#> CV:pam 128 3.35e-64 1.35e-45 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.43510 0.570 0.570
#> 3 3 0.646 0.740 0.702 0.35229 0.953 0.917
#> 4 4 0.586 0.764 0.842 0.16543 0.752 0.530
#> 5 5 0.572 0.681 0.799 0.05197 0.883 0.663
#> 6 6 0.637 0.542 0.760 0.04224 0.777 0.433
#> 7 7 0.727 0.693 0.849 0.06135 0.844 0.500
#> 8 8 0.704 0.559 0.793 0.01579 0.971 0.863
#> 9 9 0.708 0.641 0.799 -0.00790 0.901 0.615
#> 10 10 0.709 0.631 0.807 0.00638 0.958 0.823
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.697 0.774 0.188 0.812
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.952 0.421 0.372 0.628
#> dkfz_11-009 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.706 0.768 0.192 0.808
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.469 0.886 0.100 0.900
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.662 0.796 0.172 0.828
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.634 0.805 0.840 0.160
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.5363 0.352 0.276 0.724 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.6299 -0.184 0.476 0.524 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.6274 -0.132 0.456 0.544 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.6295 -0.173 0.472 0.528 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4605 0.490 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-016 2 0.6260 -0.110 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-018 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-019 2 0.6291 -0.163 0.468 0.532 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.2356 0.663 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-029 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-030 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-035 2 0.2066 0.731 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.2711 0.760 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.7634 0.495 0.232 0.668 0.100
#> dkfz_11-044 2 0.3116 0.735 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1860 0.730 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-048 1 0.3412 0.692 0.876 0.124 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.1411 0.697 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.6215 0.727 0.000 0.572 0.428
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-054 2 0.0424 0.716 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.7286 0.696 0.028 0.508 0.464
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0237 0.719 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.6302 -0.194 0.480 0.520 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-067 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2796 0.734 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-071 2 0.1411 0.698 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-073 1 0.1529 0.849 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.6267 0.723 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1411 0.697 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-096 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-097 2 0.5621 0.735 0.000 0.692 0.308
#> dkfz_11-098 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.3752 0.736 0.000 0.856 0.144
#> dkfz_11-101 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-102 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-103 2 0.6267 0.723 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-104 2 0.2356 0.733 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-105 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-108 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-109 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-110 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-111 2 0.7085 0.725 0.032 0.612 0.356
#> dkfz_11-112 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-113 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-114 2 0.5905 0.733 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-115 2 0.0592 0.714 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.6252 0.724 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-118 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-119 2 0.3116 0.735 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-120 2 0.5968 0.733 0.000 0.636 0.364
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.6235 0.726 0.000 0.564 0.436
#> dkfz_11-123 2 0.1315 0.722 0.008 0.972 0.020
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-126 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-127 2 0.4555 0.737 0.000 0.800 0.200
#> dkfz_11-128 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-129 2 0.6799 0.714 0.012 0.532 0.456
#> dkfz_11-130 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-131 2 0.6180 0.728 0.000 0.584 0.416
#> dkfz_11-132 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-133 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-134 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-135 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-136 1 0.0592 0.900 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.6489 0.720 0.004 0.540 0.456
#> dkfz_11-139 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-140 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-141 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-142 2 0.6274 0.722 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-143 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-144 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-147 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.721 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.6274 1.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-150 1 0.6291 0.273 0.532 0.468 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4452 0.737 0.000 0.808 0.192
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3528 0.7763 0.000 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-003 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3208 0.7844 0.004 0.848 0.000 0.148
#> dkfz_11-005 2 0.3876 0.7098 0.124 0.836 0.000 0.040
#> dkfz_11-006 2 0.4900 0.5724 0.236 0.732 0.000 0.032
#> dkfz_11-007 2 0.3450 0.7883 0.008 0.836 0.000 0.156
#> dkfz_11-008 2 0.4807 0.5615 0.248 0.728 0.000 0.024
#> dkfz_11-009 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.4482 0.7088 0.008 0.728 0.000 0.264
#> dkfz_11-011 2 0.4661 0.7141 0.016 0.728 0.000 0.256
#> dkfz_11-012 2 0.4840 0.5753 0.240 0.732 0.000 0.028
#> dkfz_11-013 2 0.3710 0.7734 0.004 0.804 0.000 0.192
#> dkfz_11-014 2 0.5995 0.6865 0.084 0.660 0.000 0.256
#> dkfz_11-015 4 0.2489 0.8366 0.020 0.068 0.000 0.912
#> dkfz_11-016 2 0.6957 0.5852 0.248 0.580 0.000 0.172
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.4840 0.5683 0.240 0.732 0.000 0.028
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.4999 0.6168 0.012 0.660 0.000 0.328
#> dkfz_11-024 2 0.4252 0.7350 0.004 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-025 2 0.3991 0.7759 0.048 0.832 0.000 0.120
#> dkfz_11-026 2 0.3453 0.7649 0.052 0.868 0.000 0.080
#> dkfz_11-027 2 0.4193 0.7083 0.000 0.732 0.000 0.268
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.4482 0.7127 0.008 0.728 0.000 0.264
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.3626 0.7778 0.004 0.812 0.000 0.184
#> dkfz_11-034 3 0.2408 0.8683 0.104 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.5273 0.3068 0.008 0.536 0.000 0.456
#> dkfz_11-036 2 0.4908 0.6779 0.016 0.692 0.000 0.292
#> dkfz_11-037 1 0.7260 0.5456 0.628 0.220 0.048 0.104
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.1637 0.8421 0.000 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-042 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.7492 0.3940 0.180 0.432 0.000 0.388
#> dkfz_11-044 2 0.6197 0.4421 0.056 0.544 0.000 0.400
#> dkfz_11-045 2 0.4552 0.7797 0.044 0.784 0.000 0.172
#> dkfz_11-046 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5594 0.2791 0.020 0.520 0.000 0.460
#> dkfz_11-048 1 0.6485 0.2940 0.532 0.412 0.036 0.020
#> dkfz_11-049 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4989 0.7666 0.072 0.764 0.000 0.164
#> dkfz_11-051 4 0.4540 0.7209 0.032 0.196 0.000 0.772
#> dkfz_11-052 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3325 0.7778 0.024 0.864 0.000 0.112
#> dkfz_11-055 4 0.2530 0.7342 0.000 0.100 0.004 0.896
#> dkfz_11-056 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1118 0.8467 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-060 1 0.2796 0.9128 0.892 0.016 0.092 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4071 0.7691 0.064 0.832 0.000 0.104
#> dkfz_11-062 2 0.4630 0.7673 0.036 0.768 0.000 0.196
#> dkfz_11-063 2 0.4933 0.6678 0.016 0.688 0.000 0.296
#> dkfz_11-064 2 0.4155 0.7429 0.004 0.756 0.000 0.240
#> dkfz_11-065 2 0.5228 0.5430 0.268 0.696 0.000 0.036
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3801 0.7684 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-069 2 0.4095 0.7701 0.016 0.792 0.000 0.192
#> dkfz_11-070 2 0.5693 0.2554 0.024 0.504 0.000 0.472
#> dkfz_11-071 2 0.4904 0.7586 0.040 0.744 0.000 0.216
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.6501 0.4309 0.576 0.360 0.044 0.020
#> dkfz_11-074 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3638 0.7786 0.032 0.848 0.000 0.120
#> dkfz_11-091 2 0.3498 0.7884 0.008 0.832 0.000 0.160
#> dkfz_11-092 4 0.4289 0.7536 0.032 0.172 0.000 0.796
#> dkfz_11-093 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5859 0.6707 0.064 0.652 0.000 0.284
#> dkfz_11-095 4 0.1792 0.8403 0.000 0.068 0.000 0.932
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.5497 0.5273 0.044 0.284 0.000 0.672
#> dkfz_11-098 4 0.3392 0.8060 0.020 0.124 0.000 0.856
#> dkfz_11-099 2 0.4417 0.7877 0.044 0.796 0.000 0.160
#> dkfz_11-100 4 0.5244 0.2690 0.012 0.388 0.000 0.600
#> dkfz_11-101 4 0.2859 0.8187 0.008 0.112 0.000 0.880
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.3224 0.8101 0.016 0.120 0.000 0.864
#> dkfz_11-104 4 0.5862 -0.1926 0.032 0.484 0.000 0.484
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.3351 0.7874 0.008 0.844 0.000 0.148
#> dkfz_11-107 4 0.2334 0.8323 0.004 0.088 0.000 0.908
#> dkfz_11-108 4 0.0592 0.8475 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.3464 0.8130 0.032 0.108 0.000 0.860
#> dkfz_11-111 4 0.5828 0.6352 0.104 0.180 0.004 0.712
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.5222 0.5749 0.032 0.280 0.000 0.688
#> dkfz_11-115 2 0.4337 0.7795 0.052 0.808 0.000 0.140
#> dkfz_11-116 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3913 0.7804 0.028 0.148 0.000 0.824
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 4 0.5760 -0.0243 0.028 0.448 0.000 0.524
#> dkfz_11-120 4 0.4964 0.6334 0.032 0.244 0.000 0.724
#> dkfz_11-121 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3658 0.7885 0.020 0.144 0.000 0.836
#> dkfz_11-123 2 0.5724 0.3960 0.028 0.548 0.000 0.424
#> dkfz_11-124 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.2988 0.8173 0.012 0.112 0.000 0.876
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.5057 0.4454 0.012 0.340 0.000 0.648
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.1913 0.8444 0.020 0.040 0.000 0.940
#> dkfz_11-131 4 0.3881 0.7602 0.016 0.172 0.000 0.812
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.5637 0.8044 0.764 0.100 0.104 0.032
#> dkfz_11-137 1 0.2216 0.9240 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0188 0.8433 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-139 4 0.1978 0.8400 0.004 0.068 0.000 0.928
#> dkfz_11-140 4 0.1209 0.8470 0.004 0.032 0.000 0.964
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0336 0.9848 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3625 0.7864 0.012 0.828 0.000 0.160
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3591 0.7871 0.008 0.824 0.000 0.168
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.5500 0.1077 0.464 0.520 0.000 0.016
#> dkfz_11-151 4 0.5055 0.3747 0.008 0.368 0.000 0.624
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4030 0.6958 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.2653 0.8558 0.880 0.096 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-004 2 0.4045 0.6991 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1830 0.6429 0.012 0.932 0.000 0.052 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.1393 0.5996 0.024 0.956 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-007 2 0.4030 0.6995 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1393 0.5996 0.024 0.956 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-009 1 0.2653 0.8558 0.880 0.096 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-010 2 0.4138 0.6746 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4088 0.6887 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2006 0.5890 0.024 0.932 0.000 0.020 0.024
#> dkfz_11-013 2 0.3684 0.7272 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.4359 0.0222 0.000 0.412 0.000 0.584 0.004
#> dkfz_11-015 4 0.3690 0.6803 0.000 0.020 0.000 0.780 0.200
#> dkfz_11-016 2 0.5893 0.4473 0.048 0.616 0.000 0.288 0.048
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1393 0.5996 0.024 0.956 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2653 0.8558 0.880 0.096 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-022 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-023 4 0.3876 0.2453 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4015 0.7013 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2233 0.7075 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.2732 0.7022 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.4030 0.6757 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3876 0.7108 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.4161 0.6661 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3055 0.7646 0.144 0.000 0.840 0.000 0.016
#> dkfz_11-035 4 0.3835 0.4281 0.000 0.260 0.000 0.732 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.4390 0.5820 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.5872 -0.2361 0.432 0.480 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-038 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.3381 0.7092 0.000 0.016 0.000 0.808 0.176
#> dkfz_11-042 1 0.2653 0.8558 0.880 0.096 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-043 4 0.5812 0.4075 0.016 0.328 0.000 0.584 0.072
#> dkfz_11-044 4 0.5401 0.2109 0.000 0.452 0.000 0.492 0.056
#> dkfz_11-045 2 0.3910 0.7092 0.000 0.720 0.000 0.272 0.008
#> dkfz_11-046 1 0.0898 0.9330 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-047 4 0.3642 0.4598 0.000 0.232 0.000 0.760 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.5333 0.1575 0.248 0.664 0.000 0.008 0.080
#> dkfz_11-049 1 0.0162 0.9400 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 2 0.4367 0.5643 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> dkfz_11-051 4 0.1740 0.6416 0.000 0.056 0.000 0.932 0.012
#> dkfz_11-052 1 0.0404 0.9366 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2424 0.7219 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.4219 0.4602 0.104 0.000 0.000 0.116 0.780
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0162 0.9404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.3582 0.6984 0.000 0.008 0.000 0.768 0.224
#> dkfz_11-060 1 0.3085 0.8171 0.852 0.116 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-061 2 0.1768 0.6843 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> dkfz_11-062 2 0.4443 0.4621 0.000 0.524 0.000 0.472 0.004
#> dkfz_11-063 4 0.3942 0.3300 0.000 0.260 0.000 0.728 0.012
#> dkfz_11-064 2 0.4088 0.6868 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2072 0.5844 0.036 0.928 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.4182 0.6364 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4045 0.6981 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.4489 0.3166 0.000 0.420 0.000 0.572 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.4350 0.5817 0.000 0.588 0.000 0.408 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.5253 0.1935 0.220 0.684 0.000 0.008 0.088
#> dkfz_11-074 1 0.0162 0.9404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 2 0.3143 0.7137 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.3561 0.7295 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.1845 0.6425 0.000 0.056 0.000 0.928 0.016
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 4 0.4101 0.2356 0.000 0.332 0.000 0.664 0.004
#> dkfz_11-095 4 0.3152 0.7011 0.000 0.024 0.000 0.840 0.136
#> dkfz_11-096 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-097 4 0.3790 0.5630 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004
#> dkfz_11-098 4 0.1469 0.6827 0.000 0.016 0.000 0.948 0.036
#> dkfz_11-099 2 0.3336 0.6981 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.4256 0.2475 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.1915 0.6754 0.000 0.032 0.000 0.928 0.040
#> dkfz_11-102 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-103 4 0.1668 0.6766 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> dkfz_11-104 4 0.3550 0.5274 0.000 0.184 0.000 0.796 0.020
#> dkfz_11-105 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-106 2 0.4262 0.4838 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.2464 0.6935 0.000 0.016 0.000 0.888 0.096
#> dkfz_11-108 4 0.4067 0.6823 0.000 0.008 0.000 0.692 0.300
#> dkfz_11-109 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-110 4 0.1281 0.6797 0.000 0.012 0.000 0.956 0.032
#> dkfz_11-111 4 0.5168 0.6299 0.020 0.052 0.000 0.688 0.240
#> dkfz_11-112 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-113 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-114 4 0.2305 0.6072 0.000 0.092 0.000 0.896 0.012
#> dkfz_11-115 2 0.2930 0.7078 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> dkfz_11-116 1 0.0404 0.9366 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-117 4 0.1661 0.6535 0.000 0.036 0.000 0.940 0.024
#> dkfz_11-118 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-119 4 0.3280 0.5070 0.000 0.176 0.000 0.812 0.012
#> dkfz_11-120 4 0.1281 0.6524 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.1725 0.6610 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020
#> dkfz_11-123 4 0.3246 0.4831 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008
#> dkfz_11-124 1 0.0992 0.9265 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 4 0.1830 0.6775 0.000 0.028 0.000 0.932 0.040
#> dkfz_11-126 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-127 4 0.3728 0.4964 0.000 0.244 0.000 0.748 0.008
#> dkfz_11-128 4 0.4482 0.6600 0.000 0.016 0.000 0.636 0.348
#> dkfz_11-129 4 0.4620 0.6333 0.000 0.016 0.000 0.592 0.392
#> dkfz_11-130 4 0.4114 0.6692 0.000 0.024 0.000 0.732 0.244
#> dkfz_11-131 4 0.1430 0.6436 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> dkfz_11-132 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-133 4 0.4418 0.6679 0.000 0.016 0.000 0.652 0.332
#> dkfz_11-134 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-135 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-136 5 0.4882 0.1055 0.388 0.012 0.012 0.000 0.588
#> dkfz_11-137 1 0.0404 0.9366 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-138 4 0.4588 0.6401 0.000 0.016 0.000 0.604 0.380
#> dkfz_11-139 4 0.3381 0.7091 0.000 0.016 0.000 0.808 0.176
#> dkfz_11-140 4 0.4318 0.6798 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> dkfz_11-141 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-142 4 0.4467 0.6625 0.000 0.016 0.000 0.640 0.344
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0566 0.9712 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.2732 0.7265 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3895 0.7133 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.4492 0.2377 0.296 0.680 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-151 4 0.3579 0.4703 0.000 0.240 0.000 0.756 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1434 0.4445 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4597 0.5456 0.548 0.000 0.000 0.000 0.412 0.040
#> dkfz_11-004 2 0.1983 0.4388 0.000 0.908 0.000 0.020 0.072 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3868 -0.5136 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.3817 0.5858 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.1151 0.4526 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3797 0.5988 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.4597 0.5456 0.548 0.000 0.000 0.000 0.412 0.040
#> dkfz_11-010 2 0.1531 0.4228 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2320 0.3424 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3684 0.6551 0.000 0.332 0.000 0.000 0.664 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.3244 0.0362 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4639 0.5268 0.000 0.660 0.000 0.256 0.084 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.6076 -0.0720 0.000 0.400 0.000 0.456 0.104 0.040
#> dkfz_11-016 5 0.5582 0.3137 0.000 0.240 0.000 0.188 0.568 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.3747 0.6183 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4597 0.5456 0.548 0.000 0.000 0.000 0.412 0.040
#> dkfz_11-022 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3405 0.5006 0.000 0.812 0.000 0.112 0.076 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2704 0.3161 0.000 0.844 0.000 0.016 0.140 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3828 -0.3746 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.3619 -0.1465 0.000 0.680 0.000 0.004 0.316 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3450 0.2906 0.000 0.780 0.000 0.032 0.188 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2100 0.3770 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.1219 0.4395 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3835 0.5286 0.000 0.000 0.668 0.000 0.012 0.320
#> dkfz_11-035 2 0.4443 0.5348 0.000 0.664 0.000 0.276 0.060 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2384 0.4359 0.000 0.884 0.000 0.032 0.084 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3192 0.2660 0.048 0.020 0.000 0.000 0.848 0.084
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.8298 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0291 0.8402 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.4315 0.1324 0.000 0.492 0.000 0.492 0.012 0.004
#> dkfz_11-042 1 0.4237 0.5762 0.584 0.000 0.000 0.000 0.396 0.020
#> dkfz_11-043 5 0.6684 -0.2149 0.000 0.296 0.000 0.292 0.380 0.032
#> dkfz_11-044 2 0.5960 0.3984 0.004 0.488 0.000 0.264 0.244 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.4186 0.3129 0.000 0.728 0.000 0.080 0.192 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1141 0.8203 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.4352 0.5328 0.000 0.668 0.000 0.280 0.052 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2486 0.4046 0.024 0.040 0.000 0.000 0.896 0.040
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5796 0.3426 0.000 0.500 0.000 0.232 0.268 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.5178 0.3667 0.000 0.560 0.000 0.368 0.048 0.024
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3955 -0.3698 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436 0.000
#> dkfz_11-055 6 0.1714 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0146 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.3394 0.5762 0.000 0.236 0.000 0.752 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4654 0.5403 0.544 0.000 0.000 0.000 0.412 0.044
#> dkfz_11-061 2 0.4325 -0.4029 0.000 0.524 0.000 0.020 0.456 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4965 0.5038 0.000 0.644 0.000 0.216 0.140 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.3812 0.5297 0.000 0.712 0.000 0.264 0.024 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1757 0.4035 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3714 0.6530 0.000 0.340 0.000 0.000 0.656 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0146 0.9719 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2511 0.4609 0.000 0.880 0.000 0.056 0.064 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.1588 0.4245 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5519 0.4979 0.000 0.548 0.000 0.280 0.172 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.3588 0.5522 0.000 0.776 0.000 0.180 0.044 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2622 0.4016 0.024 0.044 0.000 0.000 0.888 0.044
#> dkfz_11-074 1 0.0291 0.8402 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-075 2 0.4059 0.2577 0.000 0.720 0.000 0.052 0.228 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.3619 0.1420 0.000 0.744 0.000 0.024 0.232 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.5019 0.3820 0.000 0.572 0.000 0.364 0.048 0.016
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3956 0.5343 0.000 0.704 0.000 0.264 0.032 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.4185 0.1341 0.000 0.496 0.000 0.492 0.012 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0603 0.8288 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.6175 0.4005 0.000 0.452 0.000 0.344 0.188 0.016
#> dkfz_11-098 2 0.5405 0.3191 0.000 0.528 0.000 0.388 0.052 0.032
#> dkfz_11-099 2 0.4227 0.1650 0.000 0.692 0.000 0.052 0.256 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.5609 0.4055 0.000 0.544 0.000 0.236 0.220 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.5297 0.3242 0.000 0.536 0.000 0.388 0.044 0.032
#> dkfz_11-102 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5297 0.3233 0.000 0.536 0.000 0.388 0.044 0.032
#> dkfz_11-104 2 0.4774 0.5193 0.000 0.644 0.000 0.284 0.064 0.008
#> dkfz_11-105 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3159 0.4568 0.000 0.832 0.000 0.068 0.100 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4903 0.2829 0.000 0.532 0.000 0.420 0.028 0.020
#> dkfz_11-108 4 0.2593 0.7152 0.000 0.148 0.000 0.844 0.008 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0260 0.8335 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.5539 0.3162 0.000 0.524 0.000 0.380 0.064 0.032
#> dkfz_11-111 4 0.6676 -0.1011 0.004 0.392 0.000 0.412 0.124 0.068
#> dkfz_11-112 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4847 0.4231 0.000 0.600 0.000 0.344 0.040 0.016
#> dkfz_11-115 2 0.4717 -0.1431 0.000 0.580 0.000 0.056 0.364 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.5382 0.3383 0.000 0.540 0.000 0.376 0.052 0.032
#> dkfz_11-118 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.4347 0.4856 0.000 0.660 0.000 0.304 0.024 0.012
#> dkfz_11-120 2 0.5312 0.3575 0.000 0.552 0.000 0.368 0.048 0.032
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.5233 0.3386 0.000 0.544 0.000 0.384 0.040 0.032
#> dkfz_11-123 2 0.4704 0.5082 0.000 0.660 0.000 0.272 0.056 0.012
#> dkfz_11-124 1 0.3052 0.7230 0.780 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.5240 0.3205 0.000 0.536 0.000 0.392 0.044 0.028
#> dkfz_11-126 4 0.0405 0.8323 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.5280 0.4832 0.000 0.564 0.000 0.328 0.104 0.004
#> dkfz_11-128 4 0.0405 0.8277 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-129 4 0.1075 0.7846 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-130 4 0.6027 0.0266 0.000 0.384 0.000 0.476 0.100 0.040
#> dkfz_11-131 2 0.5383 0.3479 0.000 0.544 0.000 0.372 0.048 0.036
#> dkfz_11-132 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.1753 0.7852 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.1719 0.8598 0.060 0.000 0.000 0.000 0.016 0.924
#> dkfz_11-137 1 0.0146 0.8384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 4 0.1007 0.7873 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-139 4 0.4972 -0.0589 0.000 0.440 0.000 0.504 0.048 0.008
#> dkfz_11-140 4 0.3483 0.6066 0.000 0.212 0.000 0.764 0.024 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0146 0.8345 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0458 0.9629 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.1501 0.9081 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-145 2 0.3684 -0.1150 0.000 0.664 0.000 0.004 0.332 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2932 0.2584 0.000 0.820 0.000 0.016 0.164 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9747 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.3867 0.5963 0.036 0.216 0.000 0.000 0.744 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.4452 0.4886 0.000 0.644 0.000 0.312 0.040 0.004
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3556 0.27352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.2154 0.73429 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.3520 0.09962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2778 0.60522 0.000 0.108 0.000 0.000 0.840 0.052 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2256 0.54935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.868 0.016 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.3552 0.29719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3012 0.45136 0.000 0.232 0.000 0.000 0.760 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.2154 0.73429 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3252 0.56263 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2923 0.62697 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3676 0.36899 0.000 0.272 0.000 0.000 0.700 0.024 0.004
#> dkfz_11-013 5 0.2326 0.67344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.2208 0.75222 0.000 0.020 0.000 0.000 0.104 0.876 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2352 0.71427 0.000 0.012 0.000 0.088 0.020 0.880 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.5795 -0.00631 0.000 0.312 0.000 0.008 0.288 0.392 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.3002 0.46982 0.000 0.204 0.000 0.000 0.780 0.016 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.2154 0.73429 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0134 0.89375 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3475 0.30347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.3122 0.59203 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0895 0.62393 0.000 0.008 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2453 0.66083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2190 0.66662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3008 0.60981 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.3546 0.31444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3475 0.51684 0.000 0.008 0.664 0.000 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-035 6 0.2600 0.68658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.3459 0.46163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2759 0.57479 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0755 0.88262 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-039 1 0.0582 0.93700 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.95000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.2684 0.67134 0.000 0.000 0.000 0.184 0.008 0.808 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.2118 0.73288 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4804 0.39904 0.000 0.084 0.000 0.012 0.312 0.592 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4165 0.24645 0.000 0.032 0.000 0.000 0.452 0.516 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.4162 0.02187 0.000 0.024 0.000 0.004 0.448 0.524 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0134 0.94875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 6 0.2832 0.64187 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3346 0.45590 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.95000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3412 0.66437 0.000 0.056 0.000 0.000 0.172 0.772 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.1467 0.75838 0.000 0.000 0.000 0.016 0.052 0.932 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0134 0.94875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.2006 0.62338 0.000 0.064 0.000 0.000 0.900 0.036 0.000
#> dkfz_11-055 7 0.0582 0.95545 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.95000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.95000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0797 0.92879 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.3432 0.37621 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.2154 0.73429 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2221 0.58704 0.000 0.092 0.000 0.000 0.880 0.028 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2711 0.71978 0.000 0.020 0.000 0.000 0.156 0.824 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.1614 0.74719 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084 0.912 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.3450 0.46311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3549 0.35247 0.000 0.276 0.000 0.004 0.704 0.016 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 6 0.3525 -0.00836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3266 0.55713 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3413 0.44908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.2863 0.71728 0.000 0.016 0.000 0.004 0.168 0.812 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2901 0.56510 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0863 0.92560 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3682 0.08546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.496 0.500 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.3012 0.63405 0.000 0.008 0.000 0.000 0.760 0.232 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.1606 0.75596 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068 0.920 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.95000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.2171 0.74895 0.000 0.012 0.000 0.000 0.116 0.872 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.2136 0.71733 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004 0.864 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0582 0.88152 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3731 0.51692 0.000 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.1028 0.75309 0.000 0.004 0.000 0.028 0.008 0.960 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.2572 0.62634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.3677 -0.12130 0.000 0.000 0.000 0.004 0.520 0.476 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0504 0.75645 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0134 0.89375 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0555 0.75646 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.2489 0.71539 0.000 0.000 0.000 0.004 0.172 0.824 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0468 0.89381 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.3221 0.54143 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.1193 0.75494 0.000 0.004 0.000 0.044 0.004 0.948 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.3008 0.55373 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0334 0.89064 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.1122 0.75595 0.000 0.004 0.000 0.028 0.012 0.956 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.2511 0.71410 0.000 0.012 0.000 0.084 0.024 0.876 0.004
#> dkfz_11-112 4 0.0468 0.89381 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0468 0.89381 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2083 0.75021 0.000 0.000 0.000 0.016 0.100 0.884 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2920 0.57444 0.000 0.012 0.000 0.000 0.784 0.204 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0134 0.94875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 6 0.0637 0.75778 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0601 0.89224 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-119 6 0.1625 0.73984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0888 0.75814 0.000 0.004 0.000 0.016 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.95000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0660 0.75767 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.1462 0.75142 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072 0.924 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.3542 0.09307 0.544 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0582 0.75620 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0422 0.88817 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3514 0.59954 0.000 0.000 0.000 0.016 0.296 0.688 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0468 0.89381 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0989 0.87331 0.000 0.012 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-130 6 0.2843 0.68570 0.000 0.004 0.000 0.160 0.012 0.820 0.004
#> dkfz_11-131 6 0.0660 0.75792 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0134 0.89375 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.1966 0.75429 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0373 0.89397 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0468 0.89381 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0373 0.95527 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-137 1 0.0134 0.94875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 4 0.0914 0.87661 0.000 0.012 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-139 6 0.2728 0.69715 0.000 0.004 0.000 0.152 0.016 0.828 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.3850 0.04201 0.000 0.000 0.000 0.512 0.012 0.476 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0134 0.89375 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0134 0.89375 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0422 0.96268 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.1462 0.90802 0.000 0.004 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-145 5 0.1625 0.66969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.3567 0.51310 0.000 0.008 0.000 0.000 0.636 0.356 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.97476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.3962 -0.17302 0.004 0.460 0.000 0.000 0.524 0.012 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2326 0.71283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3229 0.3024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0000 0.6194 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 7 0.3329 0.1289 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3387 0.2364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.216 0.028 0.012
#> dkfz_11-006 5 0.3468 0.1463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.228 0.016 0.024
#> dkfz_11-007 5 0.3174 0.3568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.4273 -0.1226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.352 0.012 0.052
#> dkfz_11-009 8 0.0000 0.6194 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 5 0.2736 0.4770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2406 0.5000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.4860 -0.2217 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.348 0.024 0.092
#> dkfz_11-013 5 0.2251 0.5077 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.012 0.140 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3468 0.5984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.024 0.732 0.016
#> dkfz_11-015 7 0.1773 0.5769 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.072 0.908 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.6451 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.308 0.300 0.132
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.4287 -0.1126 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.348 0.016 0.048
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0000 0.6194 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 4 0.2956 0.7760 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.228 0.016 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3333 -0.1764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2856 0.4897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.012 0.224 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1006 0.4071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.028 0.016 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2584 0.4771 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1686 0.4976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0125 0.9458 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0313 0.9418 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2406 0.4948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.3203 0.3335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4715 0.2774 0.000 0.336 0.524 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 7 0.2795 0.5922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.3015 0.4358 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.4916 0.2760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.376 0.004 0.476
#> dkfz_11-038 4 0.2670 0.6843 0.000 0.060 0.000 0.848 0.000 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1646 0.8643 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-040 1 0.0125 0.9413 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 7 0.4317 0.3004 0.000 0.000 0.000 0.108 0.004 0.252 0.636 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0224 0.6139 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-043 7 0.4542 0.1542 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.108 0.628 0.016
#> dkfz_11-044 7 0.4137 0.0226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476 0.024 0.484 0.016
#> dkfz_11-045 5 0.4533 -0.0024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.096 0.444 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0251 0.9390 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 7 0.3131 0.5105 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.5314 0.0474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.368 0.004 0.376
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.4276 0.4393 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.096 0.672 0.016
#> dkfz_11-051 7 0.1319 0.6466 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.2605 0.3535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.140 0.032 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.1663 0.9156 0.000 0.924 0.000 0.036 0.000 0.028 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2672 0.7249 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-059 4 0.5107 0.2497 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.212 0.376 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0125 0.6190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-061 5 0.3138 0.1785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.224 0.028 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.3368 0.5749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.036 0.720 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.2484 0.6233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.3103 0.4165 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4468 -0.1296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.332 0.016 0.068
#> dkfz_11-066 3 0.1038 0.9140 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0125 0.9458 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 7 0.3606 0.0362 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.012 0.500 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2795 0.4674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3321 0.2837 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.3305 0.5379 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.012 0.668 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.4888 0.2828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.372 0.000 0.468
#> dkfz_11-074 1 0.2650 0.7303 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-075 7 0.3738 0.1755 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.020 0.492 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.2913 0.4701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.044 0.156 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.1963 0.6495 0.000 0.000 0.000 0.004 0.128 0.000 0.868 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3001 0.6088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.016 0.748 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.3850 0.4094 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.212 0.696 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.3434 0.7378 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.316 0.020 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.3687 0.3334 0.000 0.000 0.000 0.012 0.436 0.004 0.548 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.0739 0.6177 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.2131 0.4448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008 0.136 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.3294 -0.0980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0962 0.6301 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.2956 0.7760 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.228 0.016 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.1078 0.6293 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008 0.012 0.956 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.2795 0.5979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0925 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.3193 0.4744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0783 0.6243 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020 0.968 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.5114 0.4440 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.300 0.244 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.2933 0.7771 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.224 0.016 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0783 0.6223 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020 0.968 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.2412 0.5316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.076 0.860 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1601 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0768 0.7480 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.2146 0.6449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3706 0.1217 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.064 0.240 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0349 0.6318 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0448 0.7545 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.2679 0.6175 0.000 0.000 0.000 0.004 0.224 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0669 0.6366 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.1066 0.6349 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.004 0.956 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.2261 0.6458 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148 0.004 0.844 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.3237 0.0279 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-125 7 0.0931 0.6275 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004 0.960 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.3304 0.7459 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.300 0.016 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.3515 0.4573 0.000 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004 0.608 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.1107 0.7345 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.3016 0.6471 0.000 0.064 0.000 0.820 0.000 0.104 0.012 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.2949 0.5456 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008 0.148 0.808 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0788 0.6358 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.3309 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.256 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.4137 0.6856 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.280 0.088 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2260 0.7801 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.1216 0.7294 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0349 0.9152 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0251 0.9404 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 4 0.3016 0.6471 0.000 0.064 0.000 0.820 0.000 0.104 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.2346 0.5754 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.128 0.852 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.5117 0.0283 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004 0.272 0.492 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.3051 0.7757 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.232 0.020 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.3141 0.7750 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.236 0.024 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2560 0.8241 0.000 0.052 0.844 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3266 0.7531 0.000 0.116 0.780 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.1400 0.4698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.3405 0.4297 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.020 0.308 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.5523 -0.3465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.324 0.020 0.236
#> dkfz_11-151 7 0.3043 0.5472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0821 0.9306 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-002 7 0.3188 0.6188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 NA 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0000 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.2294 0.7023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 NA 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.1882 0.6517 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 NA 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.1115 0.6271 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 NA 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.3223 0.6233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 NA 0.736 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2238 0.6031 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 NA 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.0000 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.3712 0.5203 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 NA 0.640 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.3885 0.3819 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 NA 0.560 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2556 0.5906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 NA 0.012 0.016 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.3756 0.3131 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 NA 0.344 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2031 0.7209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 NA 0.868 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 7 0.3500 0.6405 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012 NA 0.772 0.000 0.068
#> dkfz_11-016 5 0.5211 0.4454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 NA 0.284 0.032 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1948 0.6070 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 NA 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0000 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0237 0.7751 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.2610 0.6656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 NA 0.780 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 7 0.3960 0.0299 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 NA 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1896 0.6325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 NA 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.3127 0.5951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 NA 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3850 0.0421 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 NA 0.420 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0876 0.9320 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0821 0.9211 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-031 7 0.3853 0.4560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 NA 0.592 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0876 0.9269 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-033 7 0.3200 0.6314 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 NA 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.3541 0.4901 0.000 0.120 0.156 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.724
#> dkfz_11-035 7 0.1892 0.7154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 NA 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 7 0.3732 0.4042 0.000 0.004 0.000 0.000 0.368 NA 0.592 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.5433 0.1585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 NA 0.012 0.368 0.012
#> dkfz_11-038 4 0.3348 0.6141 0.000 0.020 0.000 0.632 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.2603 0.8199 0.840 0.008 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.112 0.036
#> dkfz_11-040 1 0.0565 0.9082 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-041 7 0.4670 0.5548 0.000 0.000 0.000 0.144 0.012 NA 0.648 0.000 0.160
#> dkfz_11-042 8 0.0119 0.7603 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.5750 -0.0864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 NA 0.388 0.016 0.060
#> dkfz_11-044 7 0.4652 0.2675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 NA 0.508 0.008 0.024
#> dkfz_11-045 5 0.3647 0.0371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 NA 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1636 0.8540 0.892 0.104 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.1810 0.7118 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 NA 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.4269 0.3530 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 NA 0.008 0.180 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.3849 0.1699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 NA 0.560 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0331 0.7274 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.2393 0.6497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 NA 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.4238 0.4491 0.000 0.600 0.000 0.284 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.0119 0.9142 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0296 0.9107 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3398 0.6931 0.728 0.008 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.224 0.036
#> dkfz_11-059 7 0.5028 0.3478 0.000 0.000 0.000 0.308 0.008 NA 0.508 0.000 0.160
#> dkfz_11-060 8 0.1765 0.7177 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1996 0.6425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 NA 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.3056 0.4865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 NA 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.1340 0.7280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 NA 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 7 0.3912 0.3157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 NA 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2337 0.5942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 NA 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2173 0.6850 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-067 3 0.0821 0.9369 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-068 7 0.3144 0.5838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 NA 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.3745 0.4840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 NA 0.620 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3127 0.5632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 NA 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.2140 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 NA 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4514 0.1712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 NA 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.3398 0.6945 0.728 0.008 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.224 0.036
#> dkfz_11-075 7 0.3193 0.3739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 NA 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.3410 0.5304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 NA 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0414 0.7284 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 NA 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.1680 0.7264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 NA 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.4097 0.6264 0.000 0.004 0.000 0.084 0.004 NA 0.720 0.000 0.148
#> dkfz_11-096 4 0.1439 0.7455 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 NA 0.024 0.000 0.052
#> dkfz_11-097 7 0.3168 0.5589 0.000 0.000 0.000 0.004 0.300 NA 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.1861 0.7141 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA 0.904 0.000 0.036
#> dkfz_11-099 5 0.3557 0.1405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 NA 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.3274 0.4406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 NA 0.616 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.1093 0.7230 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0296 0.7725 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.1267 0.7224 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.940 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.1764 0.7262 0.000 0.004 0.000 0.000 0.096 NA 0.892 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2288 0.7533 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.2001 0.7091 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 NA 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.1938 0.7189 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008 NA 0.908 0.000 0.040
#> dkfz_11-108 4 0.4941 -0.0803 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 NA 0.400 0.000 0.156
#> dkfz_11-109 4 0.0726 0.7653 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-110 7 0.2076 0.7090 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 NA 0.896 0.000 0.044
#> dkfz_11-111 7 0.4664 0.5146 0.000 0.000 0.000 0.016 0.056 NA 0.648 0.000 0.072
#> dkfz_11-112 4 0.1473 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.2715 0.7381 0.000 0.008 0.000 0.768 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.1204 0.7298 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048 NA 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3098 0.4990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 NA 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0973 0.7216 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.956 0.000 0.008
#> dkfz_11-118 4 0.2556 0.7476 0.000 0.004 0.000 0.784 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.1204 0.7254 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048 NA 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.1152 0.7223 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 NA 0.948 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.1093 0.7230 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.1492 0.7317 0.000 0.004 0.000 0.000 0.064 NA 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.3663 0.2743 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.620 0.036
#> dkfz_11-125 7 0.1176 0.7236 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA 0.944 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1449 0.7463 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 NA 0.024 0.000 0.044
#> dkfz_11-127 7 0.2625 0.6802 0.000 0.000 0.000 0.004 0.192 NA 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.2351 0.7401 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.3369 0.6055 0.000 0.020 0.000 0.624 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.5264 0.5064 0.000 0.008 0.000 0.072 0.012 NA 0.604 0.000 0.168
#> dkfz_11-131 7 0.0973 0.7257 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0414 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.2758 0.6248 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 NA 0.112 0.000 0.064
#> dkfz_11-134 4 0.1192 0.7800 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.2790 0.7132 0.000 0.008 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0703 0.3558 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-137 1 0.1961 0.8512 0.872 0.112 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3369 0.6055 0.000 0.020 0.000 0.624 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.3086 0.6864 0.000 0.008 0.000 0.028 0.012 NA 0.820 0.000 0.112
#> dkfz_11-140 7 0.5561 0.3659 0.000 0.012 0.000 0.272 0.008 NA 0.504 0.000 0.160
#> dkfz_11-141 4 0.0237 0.7739 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0331 0.7741 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.3165 0.7644 0.000 0.004 0.396 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-144 9 0.3392 0.7613 0.000 0.016 0.396 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.588
#> dkfz_11-145 5 0.3225 0.5625 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 NA 0.204 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0296 0.9524 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.3612 0.1664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 NA 0.424 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.3942 0.4085 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 NA 0.004 0.144 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.1822 0.7165 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 NA 0.872 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0969 0.9437 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-002 7 0.2654 0.6675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 NA 0.756 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-003 8 0.0000 0.8554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 7 0.2033 0.7530 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 NA 0.848 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-005 5 0.1301 0.6126 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 NA 0.048 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 5 0.1130 0.5874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 NA 0.012 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 7 0.2484 0.7303 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 NA 0.828 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 5 0.1868 0.5842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 NA 0.020 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-009 8 0.0000 0.8554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 7 0.3155 0.6467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 NA 0.728 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 7 0.3390 0.5480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 NA 0.660 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-012 5 0.2008 0.5774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 NA 0.008 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-013 5 0.3609 0.4248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 NA 0.316 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 7 0.1912 0.7731 0.000 0.008 0.000 0.000 0.072 NA 0.896 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-015 7 0.3297 0.5579 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 NA 0.700 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-016 5 0.5172 0.3974 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 NA 0.336 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0113 0.9646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 5 0.1440 0.5810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 NA 0.008 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 8 0.0000 0.8554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 4 0.0113 0.7613 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-023 7 0.2162 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 NA 0.824 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-024 5 0.3845 0.0502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 NA 0.464 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 5 0.1755 0.6028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA 0.044 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-026 5 0.3039 0.6013 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 NA 0.180 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 5 0.3607 0.0783 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 NA 0.444 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.1027 0.9444 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0113 0.9646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0729 0.9412 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.040 NA
#> dkfz_11-031 7 0.3328 0.6245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 NA 0.700 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0969 0.9437 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-033 7 0.2609 0.7317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 NA 0.816 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 9 0.0605 0.6261 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-035 7 0.1834 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 NA 0.872 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-036 7 0.3419 0.3855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 NA 0.608 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 5 0.6406 -0.2683 0.000 0.020 0.000 0.000 0.280 NA 0.012 0.268 0.000 NA
#> dkfz_11-038 4 0.4691 0.1506 0.000 0.260 0.000 0.416 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 1 0.4010 0.6044 0.660 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.112 0.000 NA
#> dkfz_11-040 1 0.1176 0.8099 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-041 7 0.3615 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012 NA 0.724 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-042 8 0.0113 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.5001 0.1786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 NA 0.236 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-044 5 0.4682 0.0839 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 NA 0.416 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-045 5 0.3821 0.2460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 NA 0.436 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-046 1 0.2597 0.6272 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 7 0.1670 0.7637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 NA 0.880 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-048 5 0.3564 0.4515 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 NA 0.008 0.124 0.000 NA
#> dkfz_11-049 1 0.0113 0.8219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 7 0.3334 0.1842 0.000 0.004 0.000 0.000 0.412 NA 0.572 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-051 7 0.0429 0.7742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.984 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0113 0.8219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 5 0.2212 0.6191 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 NA 0.084 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-055 2 0.1838 0.4062 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-056 1 0.0555 0.8193 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0874 0.8073 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.4765 0.4076 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.236 0.000 NA
#> dkfz_11-059 7 0.4568 0.0527 0.000 0.000 0.000 0.392 0.008 NA 0.448 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060 8 0.2221 0.7588 0.056 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.876 0.000 NA
#> dkfz_11-061 5 0.1562 0.6040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 NA 0.036 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-062 7 0.2857 0.5103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 NA 0.688 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-063 7 0.1433 0.7763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 NA 0.920 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-064 7 0.3705 0.2663 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 NA 0.576 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 5 0.1879 0.5768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 NA 0.012 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.2221 0.7335 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.208 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0773 0.9548 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-068 7 0.3328 0.4731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 NA 0.664 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 7 0.3221 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 NA 0.704 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 7 0.3115 0.4915 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 NA 0.656 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-071 7 0.1868 0.7748 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076 NA 0.896 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0113 0.9646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 5 0.4406 0.3149 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 NA 0.004 0.212 0.000 NA
#> dkfz_11-074 1 0.4818 0.3739 0.512 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.252 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.3201 0.1111 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 NA 0.460 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-091 5 0.3632 0.5299 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 NA 0.264 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-092 7 0.0756 0.7758 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 NA 0.964 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0113 0.8223 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.1868 0.7739 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068 NA 0.900 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-095 7 0.3029 0.7001 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012 NA 0.792 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096 4 0.1010 0.7453 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA 0.040 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 7 0.2935 0.5050 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 NA 0.672 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-098 7 0.1337 0.7631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.932 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099 5 0.3463 0.3674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 NA 0.352 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-100 7 0.3131 0.3283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 NA 0.592 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101 7 0.0992 0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.956 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-102 4 0.0282 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.012 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 7 0.0974 0.7727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.956 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-104 7 0.1405 0.7698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 NA 0.908 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-105 4 0.1991 0.7342 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 7 0.1759 0.7565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 NA 0.860 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-107 7 0.1188 0.7668 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA 0.948 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-108 4 0.3746 0.3730 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 NA 0.256 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109 4 0.0539 0.7581 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.020 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 7 0.1288 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.932 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-111 7 0.4236 0.2301 0.000 0.004 0.000 0.012 0.044 NA 0.500 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-112 4 0.1191 0.7571 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 4 0.2234 0.7171 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 7 0.1250 0.7735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 NA 0.932 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-115 5 0.2810 0.5962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 NA 0.172 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0113 0.8219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 7 0.0760 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.968 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-118 4 0.2048 0.7313 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 7 0.0896 0.7712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 NA 0.952 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120 7 0.0908 0.7690 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.960 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0282 0.8213 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 7 0.0686 0.7729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.972 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 7 0.1489 0.7787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 NA 0.920 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124 8 0.4630 0.3611 0.232 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.560 0.000 NA
#> dkfz_11-125 7 0.0638 0.7718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.972 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-126 4 0.0954 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA 0.036 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 7 0.2186 0.7309 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 NA 0.824 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-128 4 0.2099 0.7172 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 4 0.4729 0.0946 0.000 0.284 0.000 0.396 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 7 0.4338 0.2154 0.000 0.000 0.000 0.088 0.016 NA 0.464 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131 7 0.0517 0.7739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.980 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-132 4 0.0226 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 4 0.2072 0.6574 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.120 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 4 0.0930 0.7627 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA 0.008 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 4 0.2375 0.6958 0.000 0.004 0.000 0.780 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 2 0.3713 0.3597 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-137 1 0.2889 0.6053 0.704 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.4733 0.0919 0.000 0.284 0.000 0.392 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 7 0.2392 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012 NA 0.856 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-140 4 0.4544 0.2054 0.000 0.000 0.000 0.508 0.008 NA 0.316 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-141 4 0.0226 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 4 0.0226 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 9 0.1909 0.8030 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.840 NA
#> dkfz_11-144 9 0.2390 0.7800 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.804 NA
#> dkfz_11-145 5 0.3192 0.5750 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 NA 0.216 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0469 0.9607 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0113 0.9646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 5 0.3796 0.2826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 NA 0.404 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 5 0.4574 0.3718 0.000 0.012 0.000 0.000 0.672 NA 0.008 0.104 0.000 NA
#> dkfz_11-151 7 0.1868 0.7625 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 NA 0.872 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: K27
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:mclust 135 2.01e-23 1.49e-12 2
#> CV:mclust 126 1.06e-43 3.19e-20 3
#> CV:mclust 122 5.98e-53 2.58e-27 4
#> CV:mclust 114 1.77e-50 1.91e-25 5
#> CV:mclust 77 5.88e-43 9.62e-21 6
#> CV:mclust 112 9.57e-56 6.55e-32 7
#> CV:mclust 85 3.49e-52 9.71e-26 8
#> CV:mclust 106 4.55e-61 2.72e-35 9
#> CV:mclust 103 5.19e-59 1.17e-32 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.540 0.235 0.673 0.4564 0.509 0.509
#> 3 3 0.694 0.854 0.915 0.2837 0.545 0.348
#> 4 4 0.650 0.818 0.869 0.1547 0.914 0.800
#> 5 5 0.666 0.755 0.839 0.0691 0.959 0.881
#> 6 6 0.781 0.812 0.875 0.0759 0.913 0.716
#> 7 7 0.824 0.827 0.901 0.0295 0.976 0.895
#> 8 8 0.830 0.826 0.890 0.0131 0.994 0.972
#> 9 9 0.814 0.783 0.871 0.0138 0.990 0.954
#> 10 10 0.801 0.744 0.840 0.0132 0.998 0.989
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-003 2 0.9896 -0.382 0.440 0.560
#> dkfz_11-004 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-005 2 1.0000 -0.329 0.496 0.504
#> dkfz_11-006 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-007 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-008 2 0.9866 -0.373 0.432 0.568
#> dkfz_11-009 1 1.0000 0.434 0.504 0.496
#> dkfz_11-010 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-011 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-012 1 1.0000 -0.734 0.500 0.500
#> dkfz_11-013 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-014 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-015 1 1.0000 -0.720 0.504 0.496
#> dkfz_11-016 1 1.0000 -0.717 0.500 0.500
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.9998 0.697 0.492 0.508
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 1.0000 -0.458 0.500 0.500
#> dkfz_11-022 1 0.9970 0.447 0.532 0.468
#> dkfz_11-023 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-024 2 1.0000 0.712 0.496 0.504
#> dkfz_11-025 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-026 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-027 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0376 0.254 0.996 0.004
#> dkfz_11-031 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-032 1 0.0376 0.254 0.996 0.004
#> dkfz_11-033 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-034 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-035 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-036 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-037 2 0.9881 -0.375 0.436 0.564
#> dkfz_11-038 1 0.9970 0.447 0.532 0.468
#> dkfz_11-039 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-040 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-041 2 0.9998 0.728 0.492 0.508
#> dkfz_11-042 1 0.9580 -0.155 0.620 0.380
#> dkfz_11-043 1 0.9970 -0.133 0.532 0.468
#> dkfz_11-044 1 0.9998 -0.723 0.508 0.492
#> dkfz_11-045 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-046 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-047 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-048 2 0.9866 -0.373 0.432 0.568
#> dkfz_11-049 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-050 1 1.0000 -0.720 0.504 0.496
#> dkfz_11-051 2 0.9998 0.728 0.492 0.508
#> dkfz_11-052 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-053 1 0.0376 0.254 0.996 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.9998 -0.715 0.508 0.492
#> dkfz_11-055 1 0.9970 0.447 0.532 0.468
#> dkfz_11-056 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-057 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-058 1 1.0000 0.441 0.500 0.500
#> dkfz_11-059 1 0.9933 0.443 0.548 0.452
#> dkfz_11-060 2 1.0000 -0.458 0.500 0.500
#> dkfz_11-061 1 0.9998 -0.723 0.508 0.492
#> dkfz_11-062 1 0.9998 -0.723 0.508 0.492
#> dkfz_11-063 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-064 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-065 1 0.9580 -0.104 0.620 0.380
#> dkfz_11-066 1 0.0376 0.254 0.996 0.004
#> dkfz_11-067 1 0.0376 0.254 0.996 0.004
#> dkfz_11-068 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-069 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-070 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-071 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.9866 -0.373 0.432 0.568
#> dkfz_11-074 1 0.9996 0.444 0.512 0.488
#> dkfz_11-075 1 1.0000 -0.720 0.504 0.496
#> dkfz_11-091 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-092 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-093 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-094 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-095 1 0.9944 -0.654 0.544 0.456
#> dkfz_11-096 1 0.9977 0.446 0.528 0.472
#> dkfz_11-097 2 1.0000 0.718 0.500 0.500
#> dkfz_11-098 1 0.9754 -0.565 0.592 0.408
#> dkfz_11-099 1 0.9998 -0.723 0.508 0.492
#> dkfz_11-100 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-101 2 0.9998 0.728 0.492 0.508
#> dkfz_11-102 1 0.9954 0.444 0.540 0.460
#> dkfz_11-103 2 0.9954 0.628 0.460 0.540
#> dkfz_11-104 2 0.9998 0.728 0.492 0.508
#> dkfz_11-105 1 0.8499 -0.212 0.724 0.276
#> dkfz_11-106 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-107 2 0.9998 0.728 0.492 0.508
#> dkfz_11-108 1 0.9933 -0.657 0.548 0.452
#> dkfz_11-109 1 0.9983 0.446 0.524 0.476
#> dkfz_11-110 1 0.9993 -0.703 0.516 0.484
#> dkfz_11-111 1 0.9977 -0.687 0.528 0.472
#> dkfz_11-112 1 0.9922 -0.641 0.552 0.448
#> dkfz_11-113 1 0.9970 0.447 0.532 0.468
#> dkfz_11-114 1 0.9996 -0.709 0.512 0.488
#> dkfz_11-115 2 0.9996 0.722 0.488 0.512
#> dkfz_11-116 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-117 2 0.9963 0.549 0.464 0.536
#> dkfz_11-118 1 0.8386 -0.192 0.732 0.268
#> dkfz_11-119 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-120 2 0.9933 0.568 0.452 0.548
#> dkfz_11-121 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-122 2 0.9970 0.556 0.468 0.532
#> dkfz_11-123 1 0.9993 -0.703 0.516 0.484
#> dkfz_11-124 2 1.0000 -0.457 0.496 0.504
#> dkfz_11-125 1 0.9993 -0.703 0.516 0.484
#> dkfz_11-126 1 0.9954 0.444 0.540 0.460
#> dkfz_11-127 2 1.0000 0.718 0.500 0.500
#> dkfz_11-128 1 0.9954 0.444 0.540 0.460
#> dkfz_11-129 1 0.8443 0.158 0.728 0.272
#> dkfz_11-130 1 0.9970 -0.681 0.532 0.468
#> dkfz_11-131 1 0.9944 -0.654 0.544 0.456
#> dkfz_11-132 1 0.9970 0.447 0.532 0.468
#> dkfz_11-133 1 0.9933 0.443 0.548 0.452
#> dkfz_11-134 1 0.9522 0.376 0.628 0.372
#> dkfz_11-135 1 0.9970 0.447 0.532 0.468
#> dkfz_11-136 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-137 1 1.0000 0.442 0.504 0.496
#> dkfz_11-138 1 0.9970 0.447 0.532 0.468
#> dkfz_11-139 1 0.9998 -0.723 0.508 0.492
#> dkfz_11-140 1 0.9993 -0.703 0.516 0.484
#> dkfz_11-141 1 0.9608 0.370 0.616 0.384
#> dkfz_11-142 1 0.9909 -0.645 0.556 0.444
#> dkfz_11-143 1 0.6247 0.344 0.844 0.156
#> dkfz_11-144 1 0.6247 0.344 0.844 0.156
#> dkfz_11-145 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.250 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.9998 0.697 0.492 0.508
#> dkfz_11-151 2 1.0000 0.731 0.496 0.504
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-002 2 0.4178 0.8053 0.000 0.828 0.172
#> dkfz_11-003 1 0.6476 0.7267 0.748 0.184 0.068
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.7671 0.5528 0.628 0.300 0.072
#> dkfz_11-006 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.6673 0.7095 0.732 0.200 0.068
#> dkfz_11-009 1 0.3983 0.8619 0.884 0.048 0.068
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.1529 0.8991 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-013 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-014 2 0.0237 0.9088 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.4733 0.7816 0.004 0.800 0.196
#> dkfz_11-016 2 0.4861 0.7828 0.008 0.800 0.192
#> dkfz_11-017 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-018 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-019 2 0.1585 0.9027 0.028 0.964 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-021 1 0.2280 0.8789 0.940 0.008 0.052
#> dkfz_11-022 1 0.2878 0.8763 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1337 0.9051 0.016 0.972 0.012
#> dkfz_11-025 2 0.0237 0.9088 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-029 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.0237 0.9721 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0237 0.9721 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.3551 0.7888 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-037 1 0.6625 0.7131 0.736 0.196 0.068
#> dkfz_11-038 1 0.2878 0.8763 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-039 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 2 0.0475 0.9080 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-042 2 0.7363 0.5087 0.280 0.656 0.064
#> dkfz_11-043 2 0.8890 0.3132 0.328 0.532 0.140
#> dkfz_11-044 2 0.4504 0.7845 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-045 2 0.0237 0.9088 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-046 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.6673 0.7095 0.732 0.200 0.068
#> dkfz_11-049 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 2 0.4733 0.7816 0.004 0.800 0.196
#> dkfz_11-051 2 0.0475 0.9080 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.0237 0.9721 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-054 2 0.4784 0.7789 0.004 0.796 0.200
#> dkfz_11-055 1 0.2878 0.8763 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-056 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 1 0.2280 0.8789 0.940 0.008 0.052
#> dkfz_11-059 1 0.4137 0.8658 0.872 0.032 0.096
#> dkfz_11-060 1 0.2280 0.8789 0.940 0.008 0.052
#> dkfz_11-061 2 0.4504 0.7845 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-062 2 0.4235 0.8045 0.000 0.824 0.176
#> dkfz_11-063 2 0.2878 0.8663 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-064 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.7698 0.4475 0.304 0.624 0.072
#> dkfz_11-066 3 0.0237 0.9721 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-067 3 0.0237 0.9721 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-068 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2066 0.8890 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-071 2 0.1163 0.9030 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-072 3 0.0592 0.9695 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-073 1 0.6673 0.7095 0.732 0.200 0.068
#> dkfz_11-074 1 0.2486 0.8796 0.932 0.008 0.060
#> dkfz_11-075 2 0.4733 0.7816 0.004 0.800 0.196
#> dkfz_11-091 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.0237 0.9088 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-095 2 0.3043 0.8730 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-096 1 0.3112 0.8760 0.900 0.004 0.096
#> dkfz_11-097 2 0.1525 0.9002 0.004 0.964 0.032
#> dkfz_11-098 2 0.4737 0.8298 0.064 0.852 0.084
#> dkfz_11-099 2 0.4504 0.7845 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0475 0.9080 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.3886 0.8700 0.880 0.024 0.096
#> dkfz_11-103 2 0.4194 0.8589 0.060 0.876 0.064
#> dkfz_11-104 2 0.0475 0.9080 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-105 2 0.7419 0.5866 0.232 0.680 0.088
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0475 0.9080 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.3091 0.8757 0.016 0.912 0.072
#> dkfz_11-109 1 0.3295 0.8761 0.896 0.008 0.096
#> dkfz_11-110 2 0.1989 0.8934 0.004 0.948 0.048
#> dkfz_11-111 2 0.2492 0.8897 0.016 0.936 0.048
#> dkfz_11-112 2 0.3499 0.8694 0.028 0.900 0.072
#> dkfz_11-113 1 0.2878 0.8763 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-114 2 0.2301 0.8933 0.004 0.936 0.060
#> dkfz_11-115 2 0.0424 0.9087 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 2 0.5285 0.8132 0.112 0.824 0.064
#> dkfz_11-118 2 0.7496 0.5700 0.240 0.672 0.088
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.5060 0.8253 0.100 0.836 0.064
#> dkfz_11-121 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.5212 0.8168 0.108 0.828 0.064
#> dkfz_11-123 2 0.1989 0.8934 0.004 0.948 0.048
#> dkfz_11-124 1 0.1585 0.8779 0.964 0.008 0.028
#> dkfz_11-125 2 0.2400 0.8911 0.004 0.932 0.064
#> dkfz_11-126 1 0.3886 0.8700 0.880 0.024 0.096
#> dkfz_11-127 2 0.1525 0.9002 0.004 0.964 0.032
#> dkfz_11-128 1 0.3886 0.8700 0.880 0.024 0.096
#> dkfz_11-129 2 0.8482 0.0848 0.408 0.500 0.092
#> dkfz_11-130 2 0.2636 0.8881 0.020 0.932 0.048
#> dkfz_11-131 2 0.3043 0.8730 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-132 1 0.2878 0.8763 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-133 1 0.4137 0.8658 0.872 0.032 0.096
#> dkfz_11-134 1 0.7413 0.6419 0.684 0.224 0.092
#> dkfz_11-135 1 0.2878 0.8763 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-136 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0237 0.8734 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.2878 0.8763 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-139 2 0.4504 0.7845 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-140 2 0.2400 0.8911 0.004 0.932 0.064
#> dkfz_11-141 1 0.7531 0.6251 0.672 0.236 0.092
#> dkfz_11-142 2 0.3370 0.8711 0.024 0.904 0.072
#> dkfz_11-143 3 0.3816 0.7880 0.148 0.000 0.852
#> dkfz_11-144 3 0.3816 0.7880 0.148 0.000 0.852
#> dkfz_11-145 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-147 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-148 2 0.0424 0.9083 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0424 0.9737 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-150 2 0.1585 0.9027 0.028 0.964 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-002 4 0.5568 0.907 0.000 0.120 0.152 0.728
#> dkfz_11-003 1 0.6115 0.700 0.732 0.112 0.036 0.120
#> dkfz_11-004 2 0.0188 0.871 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 1 0.7397 0.521 0.612 0.220 0.040 0.128
#> dkfz_11-006 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.6323 0.683 0.716 0.124 0.036 0.124
#> dkfz_11-009 1 0.3372 0.809 0.868 0.000 0.036 0.096
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5041 0.646 0.000 0.728 0.040 0.232
#> dkfz_11-013 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-014 2 0.2053 0.851 0.000 0.924 0.004 0.072
#> dkfz_11-015 4 0.5352 0.932 0.000 0.092 0.168 0.740
#> dkfz_11-016 4 0.5309 0.931 0.000 0.092 0.164 0.744
#> dkfz_11-017 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.3869 0.805 0.028 0.844 0.008 0.120
#> dkfz_11-020 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.1452 0.824 0.956 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-022 1 0.4212 0.817 0.772 0.000 0.012 0.216
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3617 0.808 0.012 0.852 0.012 0.124
#> dkfz_11-025 2 0.2053 0.851 0.000 0.924 0.004 0.072
#> dkfz_11-026 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.5962 0.712 0.692 0.000 0.128 0.180
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-037 1 0.6272 0.687 0.720 0.120 0.036 0.124
#> dkfz_11-038 1 0.4212 0.817 0.772 0.000 0.012 0.216
#> dkfz_11-039 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-040 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-041 2 0.0336 0.871 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 2 0.7141 0.458 0.284 0.596 0.032 0.088
#> dkfz_11-043 4 0.8206 0.449 0.272 0.088 0.104 0.536
#> dkfz_11-044 4 0.5412 0.933 0.000 0.096 0.168 0.736
#> dkfz_11-045 2 0.2053 0.851 0.000 0.924 0.004 0.072
#> dkfz_11-046 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.6323 0.683 0.716 0.124 0.036 0.124
#> dkfz_11-049 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-050 4 0.5352 0.932 0.000 0.092 0.168 0.740
#> dkfz_11-051 2 0.0336 0.871 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-052 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.5574 0.928 0.004 0.092 0.172 0.732
#> dkfz_11-055 1 0.4212 0.817 0.772 0.000 0.012 0.216
#> dkfz_11-056 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-057 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-058 1 0.1452 0.824 0.956 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.5100 0.805 0.748 0.032 0.012 0.208
#> dkfz_11-060 1 0.1584 0.823 0.952 0.000 0.036 0.012
#> dkfz_11-061 4 0.5412 0.933 0.000 0.096 0.168 0.736
#> dkfz_11-062 4 0.6282 0.826 0.000 0.176 0.160 0.664
#> dkfz_11-063 2 0.6050 0.415 0.000 0.668 0.100 0.232
#> dkfz_11-064 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-065 2 0.7860 0.351 0.304 0.532 0.044 0.120
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4337 0.736 0.000 0.808 0.052 0.140
#> dkfz_11-071 2 0.2623 0.838 0.000 0.908 0.028 0.064
#> dkfz_11-072 3 0.0376 0.965 0.000 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-073 1 0.6323 0.683 0.716 0.124 0.036 0.124
#> dkfz_11-074 1 0.2408 0.826 0.920 0.000 0.036 0.044
#> dkfz_11-075 4 0.5352 0.932 0.000 0.092 0.168 0.740
#> dkfz_11-091 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-094 2 0.2053 0.851 0.000 0.924 0.004 0.072
#> dkfz_11-095 2 0.2660 0.842 0.012 0.908 0.008 0.072
#> dkfz_11-096 1 0.4392 0.816 0.768 0.004 0.012 0.216
#> dkfz_11-097 2 0.1209 0.864 0.004 0.964 0.000 0.032
#> dkfz_11-098 2 0.3945 0.803 0.064 0.852 0.008 0.076
#> dkfz_11-099 4 0.5412 0.933 0.000 0.096 0.168 0.736
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0336 0.871 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.4947 0.808 0.752 0.024 0.012 0.212
#> dkfz_11-103 2 0.5327 0.738 0.056 0.764 0.020 0.160
#> dkfz_11-104 2 0.0336 0.871 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 2 0.6131 0.596 0.224 0.680 0.008 0.088
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0336 0.871 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 2 0.2631 0.845 0.016 0.912 0.008 0.064
#> dkfz_11-109 1 0.4533 0.815 0.764 0.008 0.012 0.216
#> dkfz_11-110 2 0.1675 0.858 0.004 0.948 0.004 0.044
#> dkfz_11-111 2 0.2040 0.856 0.012 0.936 0.004 0.048
#> dkfz_11-112 2 0.2954 0.839 0.028 0.900 0.008 0.064
#> dkfz_11-113 1 0.4212 0.817 0.772 0.000 0.012 0.216
#> dkfz_11-114 2 0.3891 0.801 0.004 0.828 0.020 0.148
#> dkfz_11-115 2 0.0336 0.871 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-117 2 0.6017 0.676 0.084 0.716 0.020 0.180
#> dkfz_11-118 2 0.6193 0.584 0.232 0.672 0.008 0.088
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.5700 0.705 0.072 0.740 0.020 0.168
#> dkfz_11-121 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-122 2 0.5977 0.681 0.084 0.720 0.020 0.176
#> dkfz_11-123 2 0.1675 0.858 0.004 0.948 0.004 0.044
#> dkfz_11-124 1 0.1724 0.823 0.948 0.000 0.020 0.032
#> dkfz_11-125 2 0.3891 0.802 0.004 0.828 0.020 0.148
#> dkfz_11-126 1 0.4947 0.808 0.752 0.024 0.012 0.212
#> dkfz_11-127 2 0.1209 0.864 0.004 0.964 0.000 0.032
#> dkfz_11-128 1 0.4947 0.808 0.752 0.024 0.012 0.212
#> dkfz_11-129 2 0.7126 0.143 0.388 0.500 0.008 0.104
#> dkfz_11-130 2 0.2161 0.855 0.016 0.932 0.004 0.048
#> dkfz_11-131 2 0.2660 0.842 0.012 0.908 0.008 0.072
#> dkfz_11-132 1 0.4212 0.817 0.772 0.000 0.012 0.216
#> dkfz_11-133 1 0.5100 0.805 0.748 0.032 0.012 0.208
#> dkfz_11-134 1 0.7140 0.589 0.592 0.224 0.008 0.176
#> dkfz_11-135 1 0.4212 0.817 0.772 0.000 0.012 0.216
#> dkfz_11-136 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-137 1 0.1118 0.823 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-138 1 0.4212 0.817 0.772 0.000 0.012 0.216
#> dkfz_11-139 4 0.5412 0.933 0.000 0.096 0.168 0.736
#> dkfz_11-140 2 0.3841 0.803 0.004 0.832 0.020 0.144
#> dkfz_11-141 1 0.7221 0.571 0.580 0.236 0.008 0.176
#> dkfz_11-142 2 0.2852 0.841 0.024 0.904 0.008 0.064
#> dkfz_11-143 3 0.3208 0.801 0.004 0.000 0.848 0.148
#> dkfz_11-144 3 0.3208 0.801 0.004 0.000 0.848 0.148
#> dkfz_11-145 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-146 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.2976 0.820 0.000 0.872 0.008 0.120
#> dkfz_11-149 3 0.0188 0.970 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.3869 0.805 0.028 0.844 0.008 0.120
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1216 0.921 0.000 0.020 0.020 0.000 0.960
#> dkfz_11-003 4 0.6553 0.517 0.180 0.092 0.032 0.652 0.044
#> dkfz_11-004 2 0.0162 0.844 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 4 0.7382 0.436 0.184 0.160 0.032 0.572 0.052
#> dkfz_11-006 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 4 0.6649 0.518 0.172 0.100 0.032 0.648 0.048
#> dkfz_11-009 4 0.4991 0.392 0.284 0.000 0.032 0.668 0.016
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4253 0.572 0.000 0.660 0.004 0.004 0.332
#> dkfz_11-013 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-014 2 0.2230 0.809 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-015 5 0.0898 0.940 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972
#> dkfz_11-016 5 0.1012 0.939 0.000 0.000 0.020 0.012 0.968
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.5343 0.661 0.244 0.668 0.004 0.004 0.080
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.5262 -0.252 0.424 0.000 0.032 0.536 0.008
#> dkfz_11-022 4 0.0162 0.705 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.5487 0.668 0.224 0.676 0.004 0.012 0.084
#> dkfz_11-025 2 0.2230 0.809 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-026 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0162 0.971 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0162 0.971 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.5432 0.566 0.620 0.000 0.056 0.312 0.012
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-037 4 0.6634 0.518 0.176 0.096 0.032 0.648 0.048
#> dkfz_11-038 4 0.0162 0.705 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.3949 0.931 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0290 0.844 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.6766 0.421 0.056 0.572 0.032 0.296 0.044
#> dkfz_11-043 5 0.4491 0.422 0.012 0.000 0.004 0.336 0.648
#> dkfz_11-044 5 0.1041 0.939 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964
#> dkfz_11-045 2 0.2230 0.809 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-046 1 0.3837 0.946 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.6649 0.518 0.172 0.100 0.032 0.648 0.048
#> dkfz_11-049 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0898 0.940 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972
#> dkfz_11-051 2 0.0290 0.844 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0162 0.971 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.1365 0.933 0.004 0.000 0.040 0.004 0.952
#> dkfz_11-055 4 0.0162 0.705 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.5262 -0.252 0.424 0.000 0.032 0.536 0.008
#> dkfz_11-059 4 0.1041 0.699 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.5267 -0.270 0.428 0.000 0.032 0.532 0.008
#> dkfz_11-061 5 0.0771 0.939 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> dkfz_11-062 5 0.2952 0.837 0.000 0.088 0.036 0.004 0.872
#> dkfz_11-063 2 0.4671 0.468 0.000 0.640 0.028 0.000 0.332
#> dkfz_11-064 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-065 2 0.8266 0.119 0.196 0.400 0.036 0.312 0.056
#> dkfz_11-066 3 0.0162 0.971 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0162 0.971 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3336 0.712 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-071 2 0.2127 0.810 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-072 3 0.0162 0.967 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.6649 0.518 0.172 0.100 0.032 0.648 0.048
#> dkfz_11-074 4 0.5117 0.130 0.332 0.000 0.032 0.624 0.012
#> dkfz_11-075 5 0.0898 0.940 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972
#> dkfz_11-091 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2230 0.809 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-095 2 0.1908 0.827 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0324 0.706 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.0963 0.840 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2605 0.794 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1041 0.939 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0290 0.844 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0865 0.703 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.4450 0.735 0.000 0.760 0.000 0.108 0.132
#> dkfz_11-104 2 0.0290 0.844 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3895 0.594 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0290 0.844 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1851 0.828 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0451 0.707 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.1270 0.836 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.1638 0.834 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-112 2 0.2020 0.823 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0162 0.705 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.3532 0.782 0.000 0.824 0.000 0.048 0.128
#> dkfz_11-115 2 0.0798 0.843 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4959 0.684 0.000 0.712 0.000 0.160 0.128
#> dkfz_11-118 2 0.3932 0.580 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4665 0.711 0.000 0.740 0.000 0.148 0.112
#> dkfz_11-121 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4922 0.689 0.000 0.716 0.000 0.156 0.128
#> dkfz_11-123 2 0.1270 0.836 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4837 0.856 0.624 0.000 0.020 0.348 0.008
#> dkfz_11-125 2 0.3555 0.782 0.000 0.824 0.000 0.052 0.124
#> dkfz_11-126 4 0.0865 0.703 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.0963 0.840 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0865 0.703 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.4452 0.141 0.000 0.500 0.000 0.496 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.1704 0.833 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> dkfz_11-131 2 0.1908 0.827 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0162 0.705 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-133 4 0.1041 0.699 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.3461 0.501 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.0162 0.705 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.3837 0.946 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.3876 0.955 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0162 0.705 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-139 5 0.1124 0.937 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> dkfz_11-140 2 0.3507 0.784 0.000 0.828 0.000 0.052 0.120
#> dkfz_11-141 4 0.3550 0.489 0.000 0.236 0.000 0.760 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.1965 0.825 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4480 0.786 0.084 0.000 0.776 0.128 0.012
#> dkfz_11-144 3 0.4480 0.786 0.084 0.000 0.776 0.128 0.012
#> dkfz_11-145 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.5030 0.686 0.220 0.696 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.5343 0.661 0.244 0.668 0.004 0.004 0.080
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0935 0.9197 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> dkfz_11-003 4 0.5749 0.5462 0.140 0.008 0.028 0.624 0.200 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0260 0.8865 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 4 0.5783 0.4875 0.084 0.008 0.028 0.560 0.320 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 4 0.5709 0.5541 0.124 0.008 0.028 0.624 0.216 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.5241 0.4057 0.276 0.000 0.028 0.624 0.072 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3714 0.5538 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340
#> dkfz_11-013 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2266 0.8336 0.000 0.880 0.000 0.000 0.012 0.108
#> dkfz_11-015 6 0.0291 0.9388 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> dkfz_11-016 6 0.0405 0.9375 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1461 0.9301 0.016 0.044 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4963 0.4762 0.568 0.000 0.028 0.376 0.028 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0291 0.7859 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.1333 0.9349 0.000 0.048 0.000 0.008 0.944 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2266 0.8336 0.000 0.880 0.000 0.000 0.012 0.108
#> dkfz_11-026 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0146 0.9671 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0146 0.9671 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.3151 0.6300 0.840 0.000 0.004 0.112 0.040 0.004
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.5721 0.5524 0.128 0.008 0.028 0.624 0.212 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0291 0.7859 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.2300 0.8843 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0260 0.8877 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.6549 0.1745 0.012 0.484 0.028 0.296 0.180 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4090 0.4285 0.004 0.000 0.000 0.328 0.016 0.652
#> dkfz_11-044 6 0.0458 0.9376 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-045 2 0.2266 0.8336 0.000 0.880 0.000 0.000 0.012 0.108
#> dkfz_11-046 1 0.2048 0.8896 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.5709 0.5541 0.124 0.008 0.028 0.624 0.216 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0291 0.9388 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> dkfz_11-051 2 0.0260 0.8877 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0146 0.9671 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0777 0.9323 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-055 4 0.0291 0.7859 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4972 0.4659 0.564 0.000 0.028 0.380 0.028 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0935 0.7762 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 1 0.4954 0.4863 0.572 0.000 0.028 0.372 0.028 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0291 0.9376 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-062 6 0.2199 0.8290 0.000 0.088 0.020 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-063 2 0.4012 0.4615 0.000 0.640 0.016 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-064 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.5448 0.3213 0.012 0.052 0.028 0.308 0.600 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0146 0.9671 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0146 0.9671 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3136 0.7171 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228
#> dkfz_11-071 2 0.2053 0.8367 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> dkfz_11-072 3 0.0146 0.9640 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.5709 0.5541 0.124 0.008 0.028 0.624 0.216 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.5121 -0.0972 0.436 0.000 0.028 0.504 0.032 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0291 0.9388 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> dkfz_11-091 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2266 0.8336 0.000 0.880 0.000 0.000 0.012 0.108
#> dkfz_11-095 2 0.1714 0.8704 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0291 0.7862 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.0865 0.8838 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2340 0.8339 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0458 0.9376 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0260 0.8877 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0777 0.7812 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.3997 0.7652 0.000 0.760 0.000 0.108 0.000 0.132
#> dkfz_11-104 2 0.0260 0.8877 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3499 0.6134 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0260 0.8877 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1663 0.8706 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0405 0.7862 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.1141 0.8801 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.1471 0.8779 0.000 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 2 0.1814 0.8652 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0291 0.7859 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.3172 0.8165 0.000 0.824 0.000 0.048 0.000 0.128
#> dkfz_11-115 2 0.0806 0.8797 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4455 0.7141 0.000 0.712 0.000 0.160 0.000 0.128
#> dkfz_11-118 2 0.3531 0.5988 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4190 0.7446 0.000 0.740 0.000 0.148 0.000 0.112
#> dkfz_11-121 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4421 0.7185 0.000 0.716 0.000 0.156 0.000 0.128
#> dkfz_11-123 2 0.1141 0.8801 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.3219 0.8470 0.808 0.000 0.016 0.168 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.3193 0.8179 0.000 0.824 0.000 0.052 0.000 0.124
#> dkfz_11-126 4 0.0777 0.7812 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.0865 0.8838 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0777 0.7812 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.3999 0.1579 0.000 0.500 0.000 0.496 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.1531 0.8770 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 2 0.1714 0.8704 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0291 0.7859 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 4 0.0935 0.7762 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.3109 0.5633 0.000 0.224 0.000 0.772 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.0291 0.7859 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.2048 0.8896 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.2135 0.8959 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0291 0.7859 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.0547 0.9357 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-140 2 0.3150 0.8207 0.000 0.828 0.000 0.052 0.000 0.120
#> dkfz_11-141 4 0.3189 0.5497 0.000 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.1765 0.8670 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4935 0.7456 0.120 0.000 0.724 0.112 0.040 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.4935 0.7456 0.120 0.000 0.724 0.112 0.040 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1327 0.9526 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9681 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.1461 0.9301 0.016 0.044 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1814 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.912 0.060
#> dkfz_11-003 7 0.5588 0.9125 0.220 0.000 0.000 0.060 0.136 0.000 0.584
#> dkfz_11-004 2 0.0373 0.8928 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-005 7 0.5901 0.8025 0.164 0.000 0.000 0.060 0.248 0.000 0.528
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 7 0.5585 0.9226 0.208 0.000 0.000 0.060 0.144 0.000 0.588
#> dkfz_11-009 7 0.4371 0.6323 0.356 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-010 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.4053 0.5722 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.300 0.040
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2522 0.8427 0.000 0.876 0.000 0.000 0.012 0.064 0.048
#> dkfz_11-015 6 0.0134 0.9265 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0373 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0755 0.9279 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3316 0.3990 0.684 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-022 4 0.0134 0.8854 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-024 5 0.0660 0.9303 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> dkfz_11-025 2 0.2522 0.8427 0.000 0.876 0.000 0.000 0.012 0.064 0.048
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0134 0.9684 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0134 0.9684 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 1 0.3532 0.5025 0.668 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.8929 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.5555 0.9210 0.208 0.000 0.000 0.060 0.140 0.000 0.592
#> dkfz_11-038 4 0.0134 0.8854 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0422 0.8344 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-041 2 0.0334 0.8929 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.6080 0.0849 0.032 0.476 0.000 0.020 0.140 0.000 0.332
#> dkfz_11-043 6 0.4650 0.5428 0.008 0.000 0.000 0.240 0.000 0.644 0.108
#> dkfz_11-044 6 0.1128 0.9240 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.952 0.036
#> dkfz_11-045 2 0.2522 0.8427 0.000 0.876 0.000 0.000 0.012 0.064 0.048
#> dkfz_11-046 1 0.1050 0.8116 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.8929 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.5585 0.9226 0.208 0.000 0.000 0.060 0.144 0.000 0.588
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0268 0.9261 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-051 2 0.0334 0.8929 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0134 0.9684 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 6 0.1215 0.9175 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.948 0.036
#> dkfz_11-055 4 0.0134 0.8854 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3332 0.3881 0.680 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.316
#> dkfz_11-059 4 0.0656 0.8776 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3300 0.4089 0.688 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-061 6 0.1166 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-062 6 0.3021 0.8066 0.000 0.088 0.016 0.000 0.000 0.840 0.056
#> dkfz_11-063 2 0.3819 0.4554 0.000 0.636 0.016 0.000 0.000 0.344 0.004
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.5035 0.0386 0.032 0.024 0.000 0.024 0.564 0.000 0.356
#> dkfz_11-066 3 0.0134 0.9684 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0134 0.9684 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.3282 0.7268 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004 0.204 0.024
#> dkfz_11-071 2 0.2124 0.8459 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.092 0.016
#> dkfz_11-072 3 0.0134 0.9648 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.5585 0.9226 0.208 0.000 0.000 0.060 0.144 0.000 0.588
#> dkfz_11-074 1 0.4492 -0.2461 0.516 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-075 6 0.0134 0.9265 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2522 0.8427 0.000 0.876 0.000 0.000 0.012 0.064 0.048
#> dkfz_11-095 2 0.1625 0.8695 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0863 0.8872 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2190 0.8284 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1128 0.9240 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.952 0.036
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.8929 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0334 0.8929 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0504 0.8834 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3720 0.7625 0.000 0.756 0.000 0.112 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0334 0.8929 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3237 0.5791 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.8929 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0334 0.8929 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1578 0.8700 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0134 0.8848 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.1109 0.8822 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.1409 0.8792 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.1715 0.8638 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0134 0.8854 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2979 0.8197 0.000 0.820 0.000 0.052 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0820 0.8851 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4132 0.7028 0.000 0.708 0.000 0.164 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.3266 0.5632 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0134 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.3891 0.7350 0.000 0.736 0.000 0.152 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4102 0.7080 0.000 0.712 0.000 0.160 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1109 0.8822 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1277 0.7914 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-125 2 0.2996 0.8206 0.000 0.820 0.000 0.056 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0504 0.8834 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0863 0.8872 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0504 0.8834 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.3562 -0.1141 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1462 0.8780 0.000 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1625 0.8695 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0134 0.8854 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0656 0.8776 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2708 0.6506 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0134 0.8854 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1050 0.8116 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0134 0.8854 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1076 0.9205 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028
#> dkfz_11-140 2 0.2957 0.8232 0.000 0.824 0.000 0.056 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.2784 0.6353 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.1671 0.8657 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3302 0.7471 0.000 0.000 0.720 0.012 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-144 3 0.3302 0.7471 0.000 0.000 0.720 0.012 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0755 0.9279 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.8929 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3564 0.7439 0.000 0.272 0.000 0.000 0.004 0.692 0.000 0.032
#> dkfz_11-003 8 0.2713 0.8725 0.044 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-004 7 0.0856 0.8813 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012
#> dkfz_11-005 8 0.2672 0.7531 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.2474 0.8782 0.024 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-009 8 0.2208 0.7336 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-010 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.4456 0.5835 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.216 0.640 0.008
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2299 0.8229 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0251 0.8359 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1093 0.8287 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0614 0.9291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3142 0.4285 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-022 4 0.0125 0.8836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0544 0.9308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-025 7 0.2299 0.8229 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0313 0.9840 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0313 0.9840 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.4105 0.5247 0.628 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-035 7 0.0544 0.8798 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.2440 0.8777 0.024 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-038 4 0.0125 0.8836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0395 0.8703 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-041 7 0.0349 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-042 7 0.4878 0.0892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000 0.476 0.384
#> dkfz_11-043 6 0.4779 0.5139 0.000 0.028 0.000 0.236 0.000 0.616 0.000 0.120
#> dkfz_11-044 6 0.2889 0.8179 0.000 0.156 0.008 0.000 0.000 0.808 0.000 0.028
#> dkfz_11-045 7 0.2299 0.8229 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1681 0.8267 0.908 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-047 7 0.0544 0.8798 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.2474 0.8782 0.024 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0251 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 7 0.0224 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0313 0.9840 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.2869 0.7988 0.000 0.116 0.012 0.000 0.000 0.828 0.000 0.044
#> dkfz_11-055 4 0.0125 0.8836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3153 0.4188 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-059 4 0.0681 0.8752 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3131 0.4374 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-061 6 0.3288 0.7600 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.032
#> dkfz_11-062 6 0.4707 0.6820 0.000 0.232 0.012 0.000 0.000 0.644 0.088 0.024
#> dkfz_11-063 7 0.4435 0.4163 0.000 0.056 0.012 0.000 0.000 0.320 0.604 0.008
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3747 0.0103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.024 0.416
#> dkfz_11-066 3 0.0313 0.9840 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0313 0.9840 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.1038 0.8757 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3795 0.7148 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.164 0.736 0.012
#> dkfz_11-071 7 0.2461 0.8321 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.068 0.856 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0125 0.9811 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.2474 0.8782 0.024 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.836
#> dkfz_11-074 8 0.3057 0.4535 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-075 6 0.0125 0.8354 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0868 0.8776 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2299 0.8229 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.1601 0.8593 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.8840 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0870 0.8742 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004
#> dkfz_11-098 7 0.2138 0.8210 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.848 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.2889 0.8179 0.000 0.156 0.008 0.000 0.000 0.808 0.000 0.028
#> dkfz_11-100 7 0.0544 0.8800 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0224 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0544 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3834 0.7517 0.000 0.020 0.000 0.108 0.000 0.112 0.756 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.0349 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-105 7 0.3015 0.5846 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0544 0.8798 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0349 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-108 7 0.1556 0.8601 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.908 0.004
#> dkfz_11-109 4 0.0125 0.8834 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.1107 0.8694 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> dkfz_11-111 7 0.1392 0.8671 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004 0.928 0.004
#> dkfz_11-112 7 0.1687 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> dkfz_11-113 4 0.0125 0.8836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3087 0.8068 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.112 0.820 0.004
#> dkfz_11-115 7 0.1444 0.8735 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024 0.000 0.936 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.4189 0.6911 0.000 0.016 0.000 0.160 0.000 0.112 0.708 0.004
#> dkfz_11-118 7 0.3043 0.5688 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0926 0.8770 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.3951 0.7234 0.000 0.016 0.000 0.148 0.000 0.096 0.736 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.4160 0.6964 0.000 0.016 0.000 0.156 0.000 0.112 0.712 0.004
#> dkfz_11-123 7 0.1107 0.8694 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.1244 0.8310 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-125 7 0.3102 0.8078 0.000 0.016 0.000 0.052 0.000 0.108 0.820 0.004
#> dkfz_11-126 4 0.0544 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0870 0.8742 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004
#> dkfz_11-128 4 0.0544 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.3333 -0.1254 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.1443 0.8661 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004 0.924 0.004
#> dkfz_11-131 7 0.1601 0.8593 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> dkfz_11-132 4 0.0125 0.8836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0681 0.8752 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2558 0.6417 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0125 0.8836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1681 0.8267 0.908 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.8779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0125 0.8836 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2827 0.8006 0.000 0.124 0.012 0.000 0.000 0.828 0.000 0.036
#> dkfz_11-140 7 0.3063 0.8106 0.000 0.016 0.000 0.052 0.000 0.104 0.824 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.2628 0.6268 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.1644 0.8563 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.900 0.004
#> dkfz_11-143 2 0.3431 0.9925 0.000 0.536 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 2 0.3434 0.9925 0.000 0.532 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9482 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0614 0.9291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-151 7 0.0395 0.8801 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2962 0.9341 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-003 8 0.2795 0.8518 0.036 0.004 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.828 0.016
#> dkfz_11-004 7 0.1688 0.8252 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.2443 0.7581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.2145 0.8059 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.2070 0.8648 0.016 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.2457 0.7170 0.140 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.024
#> dkfz_11-010 7 0.2145 0.8059 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.2089 0.8090 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.4655 0.5088 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.164 0.564 0.000 0.012
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2861 0.7412 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.1636 0.5662 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.2829 0.4087 0.000 0.220 0.000 0.004 0.000 0.764 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0581 0.9283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3540 0.4162 0.616 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.024
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.2089 0.8090 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0515 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2861 0.7412 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.2145 0.8059 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0373 0.9851 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 7 0.2145 0.8059 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0373 0.9851 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-033 7 0.2145 0.8059 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.4222 0.4141 0.604 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.292
#> dkfz_11-035 7 0.1313 0.8271 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.2034 0.8639 0.016 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0634 0.8582 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-041 7 0.0212 0.8271 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.4640 0.1134 0.000 0.004 0.000 0.004 0.120 0.000 0.472 0.400 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.5877 -0.0524 0.000 0.176 0.000 0.236 0.000 0.464 0.000 0.116 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.2769 0.5421 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-045 7 0.2861 0.7412 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1937 0.7921 0.884 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.012
#> dkfz_11-047 7 0.1313 0.8271 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.2070 0.8648 0.016 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2008 0.5446 0.000 0.132 0.000 0.004 0.000 0.860 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 7 0.0296 0.8276 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0373 0.9851 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-054 6 0.2753 0.5507 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.004 0.180
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3549 0.4065 0.612 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.024
#> dkfz_11-059 4 0.0764 0.9148 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3530 0.4251 0.620 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.024
#> dkfz_11-061 2 0.3166 0.9321 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.4607 -0.2561 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.456 0.080 0.008 0.012
#> dkfz_11-063 7 0.4378 0.3538 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.332 0.540 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3565 -0.0275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.024 0.432 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0373 0.9851 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-067 3 0.0296 0.9873 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.2145 0.8059 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.4059 0.6634 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.100 0.656 0.004 0.004
#> dkfz_11-071 7 0.3028 0.7704 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.044 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0119 0.9857 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.2070 0.8648 0.016 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.3367 0.4752 0.300 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.024
#> dkfz_11-075 6 0.1892 0.5474 0.000 0.132 0.000 0.004 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.2031 0.8107 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2861 0.7412 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.1430 0.8128 0.000 0.004 0.000 0.084 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0119 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0699 0.8218 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.1959 0.7822 0.000 0.004 0.000 0.140 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2769 0.5421 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-100 7 0.1633 0.8221 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0296 0.8276 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0645 0.9212 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3484 0.7155 0.000 0.012 0.000 0.100 0.000 0.120 0.764 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.0212 0.8271 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.2937 0.5915 0.000 0.004 0.000 0.312 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.1313 0.8271 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0212 0.8271 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.1386 0.8125 0.000 0.004 0.000 0.080 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0212 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0939 0.8182 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.1217 0.8173 0.000 0.004 0.000 0.056 0.000 0.004 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.1515 0.8093 0.000 0.004 0.000 0.092 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.2697 0.7586 0.000 0.012 0.000 0.040 0.000 0.120 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.2432 0.8179 0.000 0.124 0.000 0.000 0.016 0.000 0.844 0.016 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3791 0.6591 0.000 0.012 0.000 0.152 0.000 0.120 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.2965 0.5773 0.000 0.004 0.000 0.320 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.2060 0.8094 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.3524 0.6862 0.000 0.008 0.000 0.140 0.000 0.108 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0296 0.8639 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3763 0.6640 0.000 0.012 0.000 0.148 0.000 0.120 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0939 0.8182 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1546 0.8211 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.016
#> dkfz_11-125 7 0.2716 0.7595 0.000 0.012 0.000 0.044 0.000 0.116 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0645 0.9212 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0699 0.8218 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0645 0.9212 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 7 0.3260 0.1174 0.000 0.004 0.000 0.492 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.1268 0.8167 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000 0.004 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.1430 0.8128 0.000 0.004 0.000 0.084 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0764 0.9148 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2557 0.6393 0.000 0.004 0.000 0.768 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1937 0.7921 0.884 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.012
#> dkfz_11-137 1 0.0296 0.8639 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2791 0.5513 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-140 7 0.2679 0.7621 0.000 0.012 0.000 0.044 0.000 0.112 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.2622 0.6203 0.000 0.004 0.000 0.756 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.1473 0.8106 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.2443 0.9934 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-144 9 0.2465 0.9934 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0581 0.9283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0982 0.8285 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.91527 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 10 0.4104 0.92340 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.008 0.004 0.568
#> dkfz_11-003 8 0.3611 0.79022 0.032 0.008 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.760 0.004 0.080
#> dkfz_11-004 7 0.1859 0.77347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128
#> dkfz_11-005 8 0.2332 0.72705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.2682 0.72639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-008 8 0.1903 0.83179 0.012 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.3347 0.65710 0.136 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.012 0.080
#> dkfz_11-010 7 0.2682 0.72639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-011 7 0.2653 0.72987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> dkfz_11-012 7 0.5017 0.43642 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.052 0.476 0.000 0.004 0.344
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3058 0.64813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-015 6 0.3337 0.53083 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-016 2 0.2433 0.07902 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.91527 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0673 0.91908 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0555 0.92800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0673 0.91908 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4125 0.44555 0.616 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.012 0.080
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.92421 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.2653 0.72987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> dkfz_11-024 5 0.0492 0.93063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3058 0.64813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.2682 0.72639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-028 3 0.1694 0.89348 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.91527 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2021 0.87194 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.2682 0.72639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-032 3 0.2021 0.87194 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.2682 0.72639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-034 1 0.5193 0.24983 0.528 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.284 0.028
#> dkfz_11-035 7 0.1594 0.77537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.1869 0.83077 0.012 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.92421 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.85124 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0605 0.84323 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0426 0.77463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-042 7 0.4504 0.12858 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000 0.468 0.400 0.000 0.008
#> dkfz_11-043 2 0.5119 0.21117 0.000 0.532 0.000 0.232 0.000 0.124 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2573 0.61433 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-045 7 0.3058 0.64813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-046 1 0.3020 0.71242 0.808 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004 0.028
#> dkfz_11-047 7 0.1594 0.77537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-048 8 0.1903 0.83179 0.012 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.85124 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3735 0.53032 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-051 7 0.0673 0.77688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.85124 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2021 0.87194 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0710 0.61113 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.92421 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.85124 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.85124 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4138 0.43660 0.612 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.012 0.080
#> dkfz_11-059 4 0.0729 0.91007 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4111 0.45373 0.620 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.012 0.080
#> dkfz_11-061 10 0.4188 0.92161 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.008 0.004 0.552
#> dkfz_11-062 2 0.5669 -0.34579 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.208 0.084 0.008 0.004 0.256
#> dkfz_11-063 7 0.5626 0.22320 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.188 0.444 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3402 -0.00645 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.024 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2099 0.86181 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1851 0.88518 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.2682 0.72639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-070 7 0.4507 0.58884 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.032 0.564 0.004 0.004 0.320
#> dkfz_11-071 7 0.3473 0.69504 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.004 0.300
#> dkfz_11-072 3 0.0113 0.91170 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.1903 0.83179 0.012 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.4163 0.43167 0.296 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.012 0.080
#> dkfz_11-075 6 0.3725 0.53559 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.2623 0.73266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.85124 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3058 0.64813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-095 7 0.1253 0.75630 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0113 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0555 0.76684 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.1759 0.72686 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2573 0.61433 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-100 7 0.2413 0.74830 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-101 7 0.0673 0.77688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-102 4 0.0615 0.91705 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3329 0.67272 0.000 0.016 0.000 0.100 0.000 0.112 0.768 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.0426 0.77463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-105 7 0.2696 0.55771 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.1594 0.77537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-107 7 0.0426 0.77463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108 7 0.1211 0.75714 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0202 0.92353 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0784 0.76281 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.1050 0.76255 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.1334 0.75361 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.92421 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.2651 0.71633 0.000 0.016 0.000 0.040 0.000 0.108 0.832 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 7 0.2678 0.76247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.796 0.016 0.000 0.172
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.85124 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3698 0.61597 0.000 0.016 0.000 0.152 0.000 0.108 0.720 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 7 0.2722 0.54326 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.2638 0.73089 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-120 7 0.3353 0.63895 0.000 0.004 0.000 0.140 0.000 0.104 0.748 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0282 0.84898 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3671 0.62107 0.000 0.016 0.000 0.148 0.000 0.108 0.724 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 7 0.0784 0.76281 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1547 0.80838 0.912 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.008 0.004
#> dkfz_11-125 7 0.2632 0.71712 0.000 0.012 0.000 0.044 0.000 0.108 0.832 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 4 0.0615 0.91705 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0555 0.76684 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0615 0.91705 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 7 0.3010 0.10664 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.1098 0.76175 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.1253 0.75630 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.92421 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0729 0.91007 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2352 0.62020 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.92421 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3020 0.71242 0.808 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004 0.028
#> dkfz_11-137 1 0.0282 0.84898 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.92421 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0113 0.61767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.2555 0.71966 0.000 0.008 0.000 0.044 0.000 0.108 0.836 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.2413 0.59894 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.1294 0.75505 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0555 0.99266 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-144 9 0.0615 0.99265 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.91527 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0673 0.91908 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.94757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.91527 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0555 0.92800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.1334 0.77681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:hclust 48 NA NA 2
#> MAD:hclust 133 1.97e-41 7.53e-20 3
#> MAD:hclust 131 8.02e-49 3.77e-18 4
#> MAD:hclust 124 2.08e-60 5.60e-35 5
#> MAD:hclust 125 7.82e-78 2.12e-34 6
#> MAD:hclust 128 1.26e-84 5.86e-39 7
#> MAD:hclust 128 1.22e-81 2.07e-38 8
#> MAD:hclust 124 3.86e-77 1.20e-35 9
#> MAD:hclust 123 4.82e-77 2.69e-35 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.423 0.772 0.880 0.4012 0.564 0.564
#> 3 3 0.444 0.560 0.752 0.4811 0.614 0.429
#> 4 4 0.584 0.614 0.772 0.1818 0.862 0.676
#> 5 5 0.807 0.789 0.881 0.1036 0.823 0.505
#> 6 6 0.978 0.937 0.947 0.0517 0.931 0.708
#> 7 7 0.907 0.775 0.885 0.0318 0.992 0.956
#> 8 8 0.898 0.846 0.851 0.0206 0.944 0.696
#> 9 9 0.884 0.810 0.853 0.0174 0.978 0.846
#> 10 10 0.882 0.790 0.849 0.0124 0.988 0.904
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.5059 8.38e-01 0.112 0.888
#> dkfz_11-002 2 0.3274 8.78e-01 0.060 0.940
#> dkfz_11-003 1 0.9775 4.26e-01 0.588 0.412
#> dkfz_11-004 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.3114 8.79e-01 0.056 0.944
#> dkfz_11-006 2 0.4022 8.64e-01 0.080 0.920
#> dkfz_11-007 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.9977 3.39e-01 0.528 0.472
#> dkfz_11-009 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-010 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0376 8.97e-01 0.004 0.996
#> dkfz_11-013 2 0.3114 8.79e-01 0.056 0.944
#> dkfz_11-014 2 0.0672 8.95e-01 0.008 0.992
#> dkfz_11-015 2 0.7528 7.22e-01 0.216 0.784
#> dkfz_11-016 2 0.9909 -1.32e-05 0.444 0.556
#> dkfz_11-017 2 0.5059 8.38e-01 0.112 0.888
#> dkfz_11-018 2 0.5059 8.38e-01 0.112 0.888
#> dkfz_11-019 2 0.8661 5.03e-01 0.288 0.712
#> dkfz_11-020 2 0.7453 7.17e-01 0.212 0.788
#> dkfz_11-021 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-022 1 0.9710 5.76e-01 0.600 0.400
#> dkfz_11-023 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.2948 8.81e-01 0.052 0.948
#> dkfz_11-025 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.3114 8.79e-01 0.056 0.944
#> dkfz_11-027 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 2 0.7745 7.00e-01 0.228 0.772
#> dkfz_11-029 2 0.4815 8.44e-01 0.104 0.896
#> dkfz_11-030 1 0.9732 4.29e-01 0.596 0.404
#> dkfz_11-031 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.8386 6.79e-01 0.732 0.268
#> dkfz_11-033 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0672 7.57e-01 0.992 0.008
#> dkfz_11-035 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.2948 8.81e-01 0.052 0.948
#> dkfz_11-037 1 0.7883 7.38e-01 0.764 0.236
#> dkfz_11-038 1 0.8861 7.03e-01 0.696 0.304
#> dkfz_11-039 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-040 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-041 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.5178 8.28e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-043 1 0.9323 6.24e-01 0.652 0.348
#> dkfz_11-044 2 0.9881 -6.87e-04 0.436 0.564
#> dkfz_11-045 2 0.2603 8.82e-01 0.044 0.956
#> dkfz_11-046 1 0.3274 7.97e-01 0.940 0.060
#> dkfz_11-047 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.3584 7.97e-01 0.932 0.068
#> dkfz_11-049 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-050 1 0.9996 2.69e-01 0.512 0.488
#> dkfz_11-051 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-053 1 0.8386 6.79e-01 0.732 0.268
#> dkfz_11-054 2 0.9998 -2.54e-01 0.492 0.508
#> dkfz_11-055 1 0.7815 7.48e-01 0.768 0.232
#> dkfz_11-056 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-057 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-058 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-059 2 0.7139 7.01e-01 0.196 0.804
#> dkfz_11-060 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-061 2 0.2423 8.84e-01 0.040 0.960
#> dkfz_11-062 2 0.0672 8.95e-01 0.008 0.992
#> dkfz_11-063 2 0.0672 8.95e-01 0.008 0.992
#> dkfz_11-064 2 0.0672 8.93e-01 0.008 0.992
#> dkfz_11-065 2 0.3114 8.79e-01 0.056 0.944
#> dkfz_11-066 1 0.8386 6.79e-01 0.732 0.268
#> dkfz_11-067 1 0.9988 2.21e-01 0.520 0.480
#> dkfz_11-068 2 0.3114 8.79e-01 0.056 0.944
#> dkfz_11-069 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.4431 8.51e-01 0.092 0.908
#> dkfz_11-073 1 0.3431 7.97e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-074 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-075 1 0.9998 2.55e-01 0.508 0.492
#> dkfz_11-091 2 0.3114 8.79e-01 0.056 0.944
#> dkfz_11-092 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-094 2 0.0672 8.93e-01 0.008 0.992
#> dkfz_11-095 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.7139 7.01e-01 0.196 0.804
#> dkfz_11-097 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-099 2 0.1414 8.94e-01 0.020 0.980
#> dkfz_11-100 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 1 1.0000 3.38e-01 0.500 0.500
#> dkfz_11-103 2 0.4161 8.47e-01 0.084 0.916
#> dkfz_11-104 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-106 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.7139 7.01e-01 0.196 0.804
#> dkfz_11-110 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-111 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-113 1 0.9944 4.61e-01 0.544 0.456
#> dkfz_11-114 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-117 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-118 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-119 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.4161 8.47e-01 0.084 0.916
#> dkfz_11-121 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-122 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-123 2 0.2043 8.84e-01 0.032 0.968
#> dkfz_11-124 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-125 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.7139 7.01e-01 0.196 0.804
#> dkfz_11-127 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.7528 6.62e-01 0.216 0.784
#> dkfz_11-129 1 0.9993 3.87e-01 0.516 0.484
#> dkfz_11-130 2 0.5178 8.16e-01 0.116 0.884
#> dkfz_11-131 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 1 0.9522 6.22e-01 0.628 0.372
#> dkfz_11-133 2 0.7139 7.01e-01 0.196 0.804
#> dkfz_11-134 2 0.7139 7.01e-01 0.196 0.804
#> dkfz_11-135 1 0.8861 7.03e-01 0.696 0.304
#> dkfz_11-136 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-137 1 0.3431 8.00e-01 0.936 0.064
#> dkfz_11-138 1 0.8861 7.03e-01 0.696 0.304
#> dkfz_11-139 2 0.3733 8.77e-01 0.072 0.928
#> dkfz_11-140 2 0.0938 8.94e-01 0.012 0.988
#> dkfz_11-141 2 0.7139 7.01e-01 0.196 0.804
#> dkfz_11-142 2 0.1184 8.92e-01 0.016 0.984
#> dkfz_11-143 1 0.4298 7.74e-01 0.912 0.088
#> dkfz_11-144 1 0.8386 6.79e-01 0.732 0.268
#> dkfz_11-145 2 0.3114 8.79e-01 0.056 0.944
#> dkfz_11-146 2 0.5059 8.38e-01 0.112 0.888
#> dkfz_11-147 2 0.4815 8.44e-01 0.104 0.896
#> dkfz_11-148 2 0.2948 8.81e-01 0.052 0.948
#> dkfz_11-149 2 0.4815 8.44e-01 0.104 0.896
#> dkfz_11-150 2 0.7376 6.88e-01 0.208 0.792
#> dkfz_11-151 2 0.0000 8.97e-01 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.3412 0.6511 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-002 3 0.4291 0.6946 0.000 0.180 0.820
#> dkfz_11-003 1 0.6994 0.2829 0.556 0.020 0.424
#> dkfz_11-004 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-005 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-006 3 0.5053 0.6903 0.024 0.164 0.812
#> dkfz_11-007 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-008 3 0.6231 0.6397 0.148 0.080 0.772
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-011 3 0.6154 0.3355 0.000 0.408 0.592
#> dkfz_11-012 2 0.6204 -0.2060 0.000 0.576 0.424
#> dkfz_11-013 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-014 3 0.5216 0.6348 0.000 0.260 0.740
#> dkfz_11-015 2 0.7627 -0.1680 0.044 0.528 0.428
#> dkfz_11-016 2 0.7740 -0.2112 0.048 0.508 0.444
#> dkfz_11-017 3 0.0892 0.6482 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-018 3 0.5254 0.5375 0.000 0.264 0.736
#> dkfz_11-019 3 0.5435 0.6863 0.048 0.144 0.808
#> dkfz_11-020 3 0.5737 0.5371 0.012 0.256 0.732
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.2939 0.6575 0.072 0.916 0.012
#> dkfz_11-023 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-024 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-025 3 0.5016 0.6571 0.000 0.240 0.760
#> dkfz_11-026 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-027 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-028 3 0.6667 0.4038 0.016 0.368 0.616
#> dkfz_11-029 3 0.2448 0.6570 0.000 0.076 0.924
#> dkfz_11-030 3 0.7013 0.3996 0.028 0.364 0.608
#> dkfz_11-031 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-032 3 0.7481 0.3957 0.048 0.356 0.596
#> dkfz_11-033 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-034 1 0.1289 0.9213 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-035 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-036 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-037 3 0.9706 0.3770 0.268 0.276 0.456
#> dkfz_11-038 2 0.3551 0.6173 0.132 0.868 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5016 0.5160 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-042 2 0.7379 0.4109 0.048 0.616 0.336
#> dkfz_11-043 2 0.8550 -0.1938 0.096 0.492 0.412
#> dkfz_11-044 2 0.7940 -0.1613 0.060 0.524 0.416
#> dkfz_11-045 3 0.4931 0.6647 0.000 0.232 0.768
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-048 1 0.6057 0.4796 0.656 0.004 0.340
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.8316 -0.2042 0.080 0.496 0.424
#> dkfz_11-051 2 0.5706 0.4488 0.000 0.680 0.320
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.7481 0.3957 0.048 0.356 0.596
#> dkfz_11-054 2 0.8465 -0.2677 0.088 0.460 0.452
#> dkfz_11-055 2 0.3551 0.6173 0.132 0.868 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.6280 -0.2737 0.000 0.540 0.460
#> dkfz_11-062 2 0.6079 -0.0770 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-063 3 0.6291 0.1435 0.000 0.468 0.532
#> dkfz_11-064 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-065 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-066 3 0.7481 0.3957 0.048 0.356 0.596
#> dkfz_11-067 3 0.7013 0.3996 0.028 0.364 0.608
#> dkfz_11-068 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-069 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-070 3 0.6309 0.0387 0.000 0.496 0.504
#> dkfz_11-071 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-072 3 0.3340 0.6522 0.000 0.120 0.880
#> dkfz_11-073 1 0.5588 0.6283 0.720 0.004 0.276
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.8316 -0.2042 0.080 0.496 0.424
#> dkfz_11-091 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-092 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.4654 0.6834 0.000 0.208 0.792
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6225 -0.2221 0.000 0.568 0.432
#> dkfz_11-100 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-101 2 0.5706 0.4488 0.000 0.680 0.320
#> dkfz_11-102 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.5706 0.4488 0.000 0.680 0.320
#> dkfz_11-105 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4002 0.5765 0.000 0.840 0.160
#> dkfz_11-115 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-120 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1643 0.6806 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.6711 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.3412 0.6246 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.3551 0.6173 0.132 0.868 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.3551 0.6173 0.132 0.868 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.6948 -0.2314 0.016 0.512 0.472
#> dkfz_11-140 2 0.1289 0.6789 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1753 0.6810 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0237 0.6723 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.7552 0.3967 0.052 0.352 0.596
#> dkfz_11-144 3 0.7481 0.3957 0.048 0.356 0.596
#> dkfz_11-145 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-146 3 0.3412 0.6511 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-147 3 0.3412 0.6511 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-148 3 0.4452 0.6930 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-149 3 0.3412 0.6511 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-150 3 0.5435 0.6863 0.048 0.144 0.808
#> dkfz_11-151 2 0.5733 0.4454 0.000 0.676 0.324
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0895 0.7980 0.000 0.020 0.976 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.2281 0.7693 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.6507 0.2378 0.404 0.520 0.076 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-005 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-008 2 0.3758 0.7386 0.048 0.848 0.104 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-011 2 0.5212 0.0268 0.000 0.572 0.008 0.420
#> dkfz_11-012 4 0.7731 0.2446 0.000 0.332 0.240 0.428
#> dkfz_11-013 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5147 0.5474 0.000 0.740 0.060 0.200
#> dkfz_11-015 3 0.6832 0.5314 0.000 0.132 0.572 0.296
#> dkfz_11-016 3 0.6752 0.5576 0.000 0.132 0.588 0.280
#> dkfz_11-017 3 0.2053 0.7330 0.000 0.072 0.924 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0707 0.7993 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2737 0.7709 0.008 0.888 0.104 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0707 0.7993 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.3801 0.5568 0.000 0.000 0.220 0.780
#> dkfz_11-023 4 0.5281 0.2552 0.000 0.464 0.008 0.528
#> dkfz_11-024 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3768 0.5810 0.000 0.808 0.008 0.184
#> dkfz_11-026 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-028 3 0.0707 0.7993 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0895 0.7980 0.000 0.020 0.976 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0657 0.8014 0.004 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-031 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-032 3 0.0657 0.8014 0.004 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-033 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-034 1 0.4431 0.5505 0.696 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-036 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.7512 0.2220 0.348 0.480 0.168 0.004
#> dkfz_11-038 4 0.3311 0.6249 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.2401 0.6292 0.000 0.092 0.004 0.904
#> dkfz_11-042 4 0.6457 0.4165 0.000 0.296 0.100 0.604
#> dkfz_11-043 4 0.6894 0.1121 0.000 0.128 0.320 0.552
#> dkfz_11-044 4 0.6901 -0.1277 0.000 0.108 0.404 0.488
#> dkfz_11-045 2 0.4010 0.7362 0.000 0.836 0.100 0.064
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-048 2 0.6751 0.1796 0.396 0.508 0.096 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.6793 0.5469 0.000 0.132 0.580 0.288
#> dkfz_11-051 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0657 0.8014 0.004 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-054 3 0.6673 0.6218 0.004 0.200 0.636 0.160
#> dkfz_11-055 4 0.3311 0.6249 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.7644 0.3864 0.000 0.272 0.468 0.260
#> dkfz_11-062 3 0.7330 0.4308 0.000 0.180 0.508 0.312
#> dkfz_11-063 2 0.5408 -0.1911 0.000 0.500 0.012 0.488
#> dkfz_11-064 2 0.0707 0.7357 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0657 0.8014 0.004 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.0895 0.7982 0.004 0.020 0.976 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-070 2 0.5212 0.0268 0.000 0.572 0.008 0.420
#> dkfz_11-071 4 0.5281 0.2552 0.000 0.464 0.008 0.528
#> dkfz_11-072 3 0.0895 0.7980 0.000 0.020 0.976 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.6659 0.1718 0.400 0.512 0.088 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.6793 0.5469 0.000 0.132 0.580 0.288
#> dkfz_11-091 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3249 0.6324 0.000 0.852 0.008 0.140
#> dkfz_11-095 4 0.0336 0.6538 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-096 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-097 4 0.0336 0.6538 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-098 4 0.0921 0.6551 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-099 3 0.6746 0.4985 0.000 0.116 0.568 0.316
#> dkfz_11-100 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-101 4 0.5273 0.2676 0.000 0.456 0.008 0.536
#> dkfz_11-102 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-103 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-104 4 0.4049 0.5499 0.000 0.212 0.008 0.780
#> dkfz_11-105 4 0.2469 0.6473 0.000 0.000 0.108 0.892
#> dkfz_11-106 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-107 4 0.1356 0.6471 0.000 0.032 0.008 0.960
#> dkfz_11-108 4 0.0188 0.6551 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-109 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-110 4 0.2868 0.6404 0.000 0.000 0.136 0.864
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.6548 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.1940 0.6518 0.000 0.000 0.076 0.924
#> dkfz_11-113 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-114 4 0.3893 0.5657 0.000 0.196 0.008 0.796
#> dkfz_11-115 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-118 4 0.2469 0.6473 0.000 0.000 0.108 0.892
#> dkfz_11-119 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
#> dkfz_11-120 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-123 4 0.3074 0.6352 0.000 0.000 0.152 0.848
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0592 0.6525 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-126 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-127 4 0.0524 0.6544 0.000 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-128 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-129 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-130 4 0.2469 0.6473 0.000 0.000 0.108 0.892
#> dkfz_11-131 4 0.0336 0.6538 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-132 4 0.3311 0.6249 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-133 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-134 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-135 4 0.3311 0.6249 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3311 0.6249 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-139 3 0.6422 0.6120 0.000 0.120 0.632 0.248
#> dkfz_11-140 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-141 4 0.3266 0.6290 0.000 0.000 0.168 0.832
#> dkfz_11-142 4 0.0188 0.6551 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-143 3 0.0657 0.8014 0.004 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-144 3 0.0657 0.8014 0.004 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-145 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0895 0.7980 0.000 0.020 0.976 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0895 0.7980 0.000 0.020 0.976 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.2408 0.7751 0.000 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0895 0.7980 0.000 0.020 0.976 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.2737 0.7709 0.008 0.888 0.104 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.5277 0.2625 0.000 0.460 0.008 0.532
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-002 5 0.3410 0.6938 0.000 0.092 0.068 0.000 0.840
#> dkfz_11-003 5 0.5716 0.5882 0.292 0.076 0.016 0.000 0.616
#> dkfz_11-004 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-005 5 0.2795 0.9097 0.000 0.100 0.028 0.000 0.872
#> dkfz_11-006 5 0.2707 0.9098 0.000 0.100 0.024 0.000 0.876
#> dkfz_11-007 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-008 5 0.2990 0.9025 0.008 0.100 0.024 0.000 0.868
#> dkfz_11-009 1 0.0451 0.9772 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-011 2 0.1412 0.8056 0.000 0.952 0.008 0.004 0.036
#> dkfz_11-012 4 0.7376 0.2634 0.000 0.248 0.036 0.428 0.288
#> dkfz_11-013 5 0.2761 0.9107 0.000 0.104 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-014 2 0.4141 0.5838 0.000 0.736 0.028 0.000 0.236
#> dkfz_11-015 4 0.7981 0.0297 0.000 0.080 0.280 0.352 0.288
#> dkfz_11-016 4 0.7981 0.0297 0.000 0.080 0.280 0.352 0.288
#> dkfz_11-017 3 0.0693 0.9057 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> dkfz_11-018 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-019 5 0.2812 0.9091 0.004 0.096 0.024 0.000 0.876
#> dkfz_11-020 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-021 1 0.0451 0.9772 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.1582 0.8360 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> dkfz_11-024 5 0.2722 0.9101 0.000 0.108 0.020 0.000 0.872
#> dkfz_11-025 2 0.0510 0.8178 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-026 5 0.2761 0.9107 0.000 0.104 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-027 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0912 0.9134 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.1243 0.9094 0.000 0.004 0.960 0.028 0.008
#> dkfz_11-031 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.1243 0.9094 0.000 0.004 0.960 0.028 0.008
#> dkfz_11-033 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-034 1 0.4060 0.6617 0.748 0.004 0.232 0.004 0.012
#> dkfz_11-035 2 0.1908 0.8879 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.2722 0.9101 0.000 0.108 0.020 0.000 0.872
#> dkfz_11-037 5 0.3506 0.8137 0.124 0.016 0.024 0.000 0.836
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3074 0.8009 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.6285 -0.0790 0.000 0.428 0.016 0.460 0.096
#> dkfz_11-043 4 0.5731 0.5370 0.000 0.080 0.024 0.644 0.252
#> dkfz_11-044 4 0.6656 0.4654 0.000 0.080 0.188 0.612 0.120
#> dkfz_11-045 5 0.5230 0.0792 0.000 0.452 0.044 0.000 0.504
#> dkfz_11-046 1 0.0162 0.9806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.1908 0.8879 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3509 0.8076 0.132 0.016 0.020 0.000 0.832
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.7981 0.0297 0.000 0.080 0.280 0.352 0.288
#> dkfz_11-051 2 0.1908 0.8879 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1243 0.9094 0.000 0.004 0.960 0.028 0.008
#> dkfz_11-054 3 0.7984 0.1104 0.000 0.080 0.348 0.276 0.296
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0451 0.9772 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 4 0.8012 0.0337 0.000 0.084 0.276 0.352 0.288
#> dkfz_11-062 2 0.8574 -0.1781 0.000 0.280 0.276 0.220 0.224
#> dkfz_11-063 2 0.2196 0.8135 0.000 0.916 0.004 0.024 0.056
#> dkfz_11-064 5 0.2763 0.8772 0.000 0.148 0.004 0.000 0.848
#> dkfz_11-065 5 0.2813 0.9099 0.000 0.108 0.024 0.000 0.868
#> dkfz_11-066 3 0.1243 0.9094 0.000 0.004 0.960 0.028 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0912 0.9134 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> dkfz_11-068 5 0.2722 0.9101 0.000 0.108 0.020 0.000 0.872
#> dkfz_11-069 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.3904 0.6310 0.000 0.764 0.008 0.012 0.216
#> dkfz_11-071 2 0.1430 0.8642 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-073 5 0.3509 0.8076 0.132 0.016 0.020 0.000 0.832
#> dkfz_11-074 1 0.0451 0.9772 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 4 0.7981 0.0297 0.000 0.080 0.280 0.352 0.288
#> dkfz_11-091 5 0.2761 0.9107 0.000 0.104 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-092 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2130 0.7507 0.000 0.908 0.012 0.000 0.080
#> dkfz_11-095 4 0.1732 0.7856 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.3003 0.6445 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0404 0.8461 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.7956 0.0537 0.000 0.080 0.280 0.368 0.272
#> dkfz_11-100 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-101 2 0.1908 0.8879 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2929 0.8165 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0162 0.8506 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.4201 0.4326 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0703 0.8382 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0963 0.8293 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0162 0.8506 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3196 0.8053 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0162 0.8506 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2011 0.8890 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.4045 0.3132 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0703 0.8389 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0162 0.8506 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0880 0.8321 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0162 0.9806 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9826 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.7911 0.0347 0.000 0.080 0.356 0.336 0.228
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.8519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0703 0.8382 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1243 0.9094 0.000 0.004 0.960 0.028 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.1243 0.9094 0.000 0.004 0.960 0.028 0.008
#> dkfz_11-145 5 0.2761 0.9107 0.000 0.104 0.024 0.000 0.872
#> dkfz_11-146 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-148 5 0.2722 0.9101 0.000 0.108 0.020 0.000 0.872
#> dkfz_11-149 3 0.0798 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-150 5 0.2812 0.9091 0.004 0.096 0.024 0.000 0.876
#> dkfz_11-151 2 0.1908 0.8879 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2333 0.873 0.000 0.004 0.004 0.000 0.120 0.872
#> dkfz_11-003 5 0.4025 0.680 0.228 0.016 0.000 0.000 0.732 0.024
#> dkfz_11-004 2 0.0806 0.977 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.1053 0.957 0.000 0.012 0.004 0.000 0.964 0.020
#> dkfz_11-006 5 0.1232 0.958 0.000 0.016 0.004 0.000 0.956 0.024
#> dkfz_11-007 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1148 0.941 0.000 0.020 0.004 0.000 0.960 0.016
#> dkfz_11-009 1 0.1448 0.952 0.948 0.012 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-010 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1501 0.918 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-012 6 0.2784 0.928 0.000 0.020 0.000 0.064 0.040 0.876
#> dkfz_11-013 5 0.1321 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.952 0.024
#> dkfz_11-014 6 0.2575 0.872 0.000 0.100 0.004 0.000 0.024 0.872
#> dkfz_11-015 6 0.2944 0.938 0.000 0.000 0.024 0.056 0.052 0.868
#> dkfz_11-016 6 0.2880 0.937 0.000 0.000 0.024 0.056 0.048 0.872
#> dkfz_11-017 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1053 0.957 0.000 0.012 0.004 0.000 0.964 0.020
#> dkfz_11-020 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.1346 0.954 0.952 0.008 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-022 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-023 2 0.0603 0.975 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-024 5 0.1321 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.952 0.024
#> dkfz_11-025 2 0.0603 0.961 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-026 5 0.1237 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.956 0.020
#> dkfz_11-027 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0291 0.973 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2039 0.952 0.000 0.004 0.908 0.000 0.016 0.072
#> dkfz_11-031 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2039 0.952 0.000 0.004 0.908 0.000 0.016 0.072
#> dkfz_11-033 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.4466 0.702 0.744 0.004 0.156 0.000 0.016 0.080
#> dkfz_11-035 2 0.0837 0.976 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> dkfz_11-036 5 0.1321 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.952 0.024
#> dkfz_11-037 5 0.2345 0.899 0.052 0.012 0.004 0.000 0.904 0.028
#> dkfz_11-038 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-039 1 0.0146 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1594 0.940 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> dkfz_11-042 4 0.5021 0.541 0.000 0.280 0.000 0.640 0.040 0.040
#> dkfz_11-043 6 0.3562 0.823 0.000 0.000 0.004 0.168 0.040 0.788
#> dkfz_11-044 6 0.2536 0.880 0.000 0.000 0.020 0.116 0.000 0.864
#> dkfz_11-045 6 0.2649 0.891 0.000 0.052 0.000 0.004 0.068 0.876
#> dkfz_11-046 1 0.0405 0.972 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-047 2 0.0748 0.977 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> dkfz_11-048 5 0.2345 0.899 0.052 0.012 0.004 0.000 0.904 0.028
#> dkfz_11-049 1 0.0146 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.2944 0.938 0.000 0.000 0.024 0.056 0.052 0.868
#> dkfz_11-051 2 0.0748 0.977 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0146 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.2039 0.952 0.000 0.004 0.908 0.000 0.016 0.072
#> dkfz_11-054 6 0.2911 0.931 0.000 0.000 0.036 0.040 0.052 0.872
#> dkfz_11-055 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-056 1 0.0146 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0363 0.971 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-059 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-060 1 0.1232 0.956 0.956 0.004 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-061 6 0.2944 0.938 0.000 0.000 0.024 0.056 0.052 0.868
#> dkfz_11-062 6 0.2969 0.925 0.000 0.032 0.028 0.036 0.024 0.880
#> dkfz_11-063 2 0.1913 0.915 0.000 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> dkfz_11-064 5 0.1341 0.953 0.000 0.028 0.000 0.000 0.948 0.024
#> dkfz_11-065 5 0.1059 0.958 0.000 0.016 0.004 0.000 0.964 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.2039 0.952 0.000 0.004 0.908 0.000 0.016 0.072
#> dkfz_11-067 3 0.0291 0.973 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.1321 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.952 0.024
#> dkfz_11-069 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3043 0.844 0.000 0.132 0.000 0.008 0.024 0.836
#> dkfz_11-071 2 0.0692 0.974 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2326 0.893 0.060 0.012 0.000 0.000 0.900 0.028
#> dkfz_11-074 1 0.1346 0.954 0.952 0.008 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-075 6 0.2944 0.938 0.000 0.000 0.024 0.056 0.052 0.868
#> dkfz_11-091 5 0.1321 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.952 0.024
#> dkfz_11-092 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2301 0.872 0.000 0.884 0.000 0.000 0.020 0.096
#> dkfz_11-095 4 0.0820 0.945 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-096 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-097 4 0.1088 0.935 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> dkfz_11-098 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 6 0.2755 0.935 0.000 0.000 0.028 0.056 0.036 0.880
#> dkfz_11-100 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0748 0.977 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> dkfz_11-102 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-103 4 0.0458 0.951 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-104 2 0.1528 0.944 0.000 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> dkfz_11-105 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-106 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4253 0.127 0.000 0.460 0.000 0.524 0.000 0.016
#> dkfz_11-108 4 0.0508 0.951 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-109 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-110 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-111 4 0.0717 0.948 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> dkfz_11-112 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-113 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-114 2 0.1838 0.921 0.000 0.916 0.000 0.068 0.000 0.016
#> dkfz_11-115 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0146 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 4 0.0458 0.951 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-118 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-119 2 0.0717 0.978 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0458 0.951 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0458 0.951 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-123 4 0.0458 0.951 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3652 0.630 0.000 0.264 0.000 0.720 0.000 0.016
#> dkfz_11-126 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-127 4 0.0603 0.950 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> dkfz_11-128 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-129 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-130 4 0.0363 0.952 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-131 4 0.0603 0.950 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> dkfz_11-132 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-133 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-134 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-135 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-136 1 0.0405 0.972 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-139 6 0.2737 0.929 0.000 0.000 0.036 0.060 0.024 0.880
#> dkfz_11-140 4 0.0458 0.951 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-141 4 0.0551 0.952 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> dkfz_11-142 4 0.0508 0.951 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-143 3 0.2039 0.952 0.000 0.004 0.908 0.000 0.016 0.072
#> dkfz_11-144 3 0.2039 0.952 0.000 0.004 0.908 0.000 0.016 0.072
#> dkfz_11-145 5 0.1321 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.952 0.024
#> dkfz_11-146 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1321 0.959 0.000 0.020 0.004 0.000 0.952 0.024
#> dkfz_11-149 3 0.0146 0.974 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.1053 0.957 0.000 0.012 0.004 0.000 0.964 0.020
#> dkfz_11-151 2 0.0748 0.977 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0134 0.9278 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.2458 0.9152 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024 0.864 0.108
#> dkfz_11-003 5 0.5156 0.6015 0.212 0.000 0.000 0.000 0.568 0.004 0.216
#> dkfz_11-004 2 0.0422 0.9002 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-005 5 0.2005 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-006 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2259 0.8824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-009 1 0.1565 0.9222 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3345 0.7748 0.000 0.796 0.004 0.000 0.000 0.064 0.136
#> dkfz_11-012 6 0.2226 0.9274 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012 0.888 0.088
#> dkfz_11-013 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.2717 0.8996 0.000 0.020 0.004 0.000 0.004 0.844 0.128
#> dkfz_11-015 6 0.0945 0.9453 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012 0.968 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.0945 0.9453 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012 0.968 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0134 0.9278 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0268 0.9276 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0861 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-020 3 0.0268 0.9276 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.1409 0.9295 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-022 4 0.0134 0.5917 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.1242 0.8790 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> dkfz_11-024 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2408 0.8228 0.000 0.852 0.004 0.000 0.000 0.008 0.136
#> dkfz_11-026 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0849 0.9254 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.004 0.024
#> dkfz_11-029 3 0.0134 0.9278 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3091 0.8754 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.008 0.224
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3016 0.8747 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.004 0.228
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.5414 0.4682 0.564 0.000 0.120 0.000 0.000 0.036 0.280
#> dkfz_11-035 2 0.0334 0.9008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3361 0.8397 0.024 0.000 0.000 0.000 0.756 0.004 0.216
#> dkfz_11-038 4 0.0134 0.5917 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.0134 0.9567 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3505 0.2304 0.000 0.628 0.000 0.004 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-042 7 0.4979 0.5431 0.000 0.092 0.000 0.304 0.012 0.004 0.588
#> dkfz_11-043 6 0.3235 0.8410 0.000 0.000 0.000 0.084 0.016 0.824 0.076
#> dkfz_11-044 6 0.0689 0.9427 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.976 0.004
#> dkfz_11-045 6 0.2655 0.9048 0.000 0.008 0.004 0.000 0.012 0.848 0.128
#> dkfz_11-046 1 0.1259 0.9339 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044
#> dkfz_11-047 2 0.0239 0.9024 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 5 0.3335 0.8418 0.024 0.000 0.000 0.000 0.760 0.004 0.212
#> dkfz_11-049 1 0.0134 0.9567 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.0945 0.9453 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012 0.968 0.008
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0134 0.9567 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.3041 0.8728 0.000 0.000 0.760 0.000 0.004 0.004 0.232
#> dkfz_11-054 6 0.0934 0.9437 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012 0.968 0.012
#> dkfz_11-055 4 0.0134 0.5917 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.0134 0.9567 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0863 0.9438 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1409 0.9295 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-061 6 0.1144 0.9460 0.000 0.000 0.008 0.008 0.012 0.960 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.1172 0.9436 0.000 0.012 0.008 0.004 0.004 0.960 0.012
#> dkfz_11-063 2 0.2257 0.8403 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> dkfz_11-064 5 0.0268 0.9239 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2043 0.8916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-066 3 0.3016 0.8747 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.004 0.228
#> dkfz_11-067 3 0.1316 0.9208 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> dkfz_11-068 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3233 0.8711 0.000 0.044 0.004 0.000 0.004 0.808 0.140
#> dkfz_11-071 2 0.1514 0.8684 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> dkfz_11-072 3 0.0134 0.9278 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3335 0.8418 0.024 0.000 0.000 0.000 0.760 0.004 0.212
#> dkfz_11-074 1 0.1462 0.9273 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> dkfz_11-075 6 0.0945 0.9453 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012 0.968 0.008
#> dkfz_11-091 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0134 0.9567 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.3526 0.7668 0.000 0.788 0.004 0.000 0.004 0.068 0.136
#> dkfz_11-095 4 0.3505 0.4492 0.000 0.004 0.000 0.628 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.3516 0.4381 0.000 0.004 0.000 0.624 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-098 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-099 6 0.1390 0.9451 0.000 0.000 0.008 0.012 0.008 0.948 0.024
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-104 2 0.3381 0.2442 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-105 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-106 2 0.0239 0.9024 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 7 0.5605 0.5587 0.000 0.276 0.000 0.352 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-108 4 0.3370 0.4712 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-111 4 0.3381 0.4618 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-112 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4526 -0.0427 0.000 0.512 0.000 0.044 0.000 0.008 0.436
#> dkfz_11-115 2 0.0239 0.9024 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0134 0.9567 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-118 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-123 4 0.3381 0.4618 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.4840 -0.1531 0.000 0.104 0.000 0.524 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.3392 0.4517 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-131 4 0.3381 0.4618 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0134 0.5917 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.1321 0.9318 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0134 0.5917 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.0822 0.9442 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004 0.972 0.004
#> dkfz_11-140 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.5953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.3358 0.4796 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-143 3 0.3141 0.8708 0.000 0.000 0.756 0.000 0.004 0.008 0.232
#> dkfz_11-144 3 0.3016 0.8747 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.004 0.228
#> dkfz_11-145 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0134 0.9278 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0268 0.9276 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0134 0.9264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0134 0.9278 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0861 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-151 2 0.0134 0.9032 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.3463 0.884 0.000 0.004 0.652 0.012 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-002 6 0.3584 0.805 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.736 0.000 0.176
#> dkfz_11-003 5 0.6273 0.448 0.184 0.000 0.000 0.124 0.356 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-004 2 0.1447 0.893 0.000 0.936 0.000 0.012 0.000 0.000 0.036 0.016
#> dkfz_11-005 5 0.3643 0.774 0.000 0.000 0.000 0.064 0.708 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-006 5 0.0471 0.850 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.4211 0.736 0.000 0.000 0.000 0.096 0.624 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-009 1 0.2729 0.846 0.828 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-010 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5713 0.494 0.000 0.532 0.000 0.136 0.000 0.116 0.000 0.216
#> dkfz_11-012 6 0.3427 0.814 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.760 0.000 0.144
#> dkfz_11-013 5 0.0395 0.850 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4197 0.763 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.656 0.000 0.212
#> dkfz_11-015 6 0.1213 0.870 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.944 0.000 0.020
#> dkfz_11-016 6 0.1347 0.868 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.936 0.000 0.024
#> dkfz_11-017 3 0.3463 0.884 0.000 0.004 0.652 0.012 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-018 3 0.3174 0.883 0.000 0.000 0.664 0.004 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-019 5 0.1465 0.845 0.000 0.000 0.000 0.024 0.928 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-020 3 0.3174 0.883 0.000 0.000 0.664 0.004 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-021 1 0.2560 0.858 0.844 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-022 4 0.3441 0.990 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.400 0.008
#> dkfz_11-023 2 0.2927 0.831 0.000 0.840 0.000 0.052 0.000 0.020 0.004 0.084
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.5119 0.595 0.000 0.596 0.000 0.136 0.000 0.052 0.000 0.216
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3040 0.882 0.000 0.000 0.700 0.004 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-029 3 0.3463 0.884 0.000 0.004 0.652 0.012 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.801 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0349 0.799 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.6028 0.300 0.436 0.004 0.376 0.080 0.000 0.032 0.000 0.072
#> dkfz_11-035 2 0.1366 0.895 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.036 0.012
#> dkfz_11-036 5 0.0224 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4988 0.676 0.024 0.000 0.000 0.108 0.520 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-038 4 0.3352 0.992 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.0224 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.3619 0.286 0.000 0.392 0.000 0.004 0.000 0.000 0.592 0.012
#> dkfz_11-042 7 0.5075 0.383 0.000 0.032 0.000 0.120 0.000 0.000 0.548 0.300
#> dkfz_11-043 6 0.3441 0.760 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.776 0.008 0.100
#> dkfz_11-044 6 0.0313 0.877 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.4218 0.761 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.652 0.000 0.216
#> dkfz_11-046 1 0.1841 0.887 0.904 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-047 2 0.0475 0.912 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-048 5 0.4980 0.679 0.024 0.000 0.000 0.108 0.524 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-049 1 0.0224 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 6 0.1347 0.868 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.936 0.000 0.024
#> dkfz_11-051 2 0.0536 0.910 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-052 1 0.0224 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.801 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.1213 0.870 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.944 0.000 0.020
#> dkfz_11-055 4 0.3352 0.992 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.0224 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1317 0.906 0.936 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-059 4 0.3360 0.994 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.404 0.004
#> dkfz_11-060 1 0.2560 0.858 0.844 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-061 6 0.0937 0.877 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> dkfz_11-062 6 0.0937 0.877 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> dkfz_11-063 2 0.4090 0.753 0.000 0.748 0.000 0.056 0.000 0.092 0.004 0.100
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3643 0.774 0.000 0.000 0.000 0.064 0.708 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-066 3 0.0349 0.799 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2988 0.880 0.000 0.000 0.712 0.004 0.000 0.000 0.000 0.284
#> dkfz_11-068 5 0.0224 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4630 0.743 0.000 0.016 0.000 0.136 0.000 0.628 0.000 0.220
#> dkfz_11-071 2 0.3395 0.813 0.000 0.796 0.000 0.068 0.000 0.008 0.012 0.116
#> dkfz_11-072 3 0.3463 0.884 0.000 0.004 0.652 0.012 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-073 5 0.4980 0.679 0.024 0.000 0.000 0.108 0.524 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-074 1 0.2560 0.858 0.844 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-075 6 0.1275 0.869 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.940 0.000 0.020
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5713 0.494 0.000 0.532 0.000 0.136 0.000 0.116 0.000 0.216
#> dkfz_11-095 7 0.0349 0.855 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-096 4 0.3360 0.994 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.404 0.004
#> dkfz_11-097 7 0.0438 0.853 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-098 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1542 0.871 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.924 0.000 0.032
#> dkfz_11-100 2 0.0349 0.912 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-101 2 0.0536 0.910 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-102 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.3692 0.296 0.000 0.384 0.000 0.008 0.000 0.000 0.596 0.012
#> dkfz_11-105 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0848 0.908 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-107 7 0.2048 0.715 0.000 0.124 0.000 0.004 0.000 0.000 0.868 0.004
#> dkfz_11-108 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0125 0.857 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.4984 0.458 0.000 0.220 0.000 0.096 0.000 0.032 0.632 0.020
#> dkfz_11-115 2 0.0848 0.908 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-116 1 0.0224 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0224 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0251 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.1117 0.810 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948 0.004
#> dkfz_11-126 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0438 0.853 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-128 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0349 0.855 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-132 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.3352 0.992 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.1841 0.887 0.904 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3352 0.992 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.0313 0.877 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.3244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.0000 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0349 0.799 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0349 0.799 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0125 0.853 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3108 0.884 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-147 3 0.3187 0.884 0.000 0.000 0.660 0.004 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-148 5 0.0224 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3463 0.884 0.000 0.004 0.652 0.012 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-150 5 0.1465 0.845 0.000 0.000 0.000 0.024 0.928 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-151 2 0.0475 0.912 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.004
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0668 0.852 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-002 9 0.3658 0.463 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.028 0.584
#> dkfz_11-003 8 0.4947 0.697 0.084 0.040 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.592 0.024
#> dkfz_11-004 7 0.2005 0.851 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.032 0.020
#> dkfz_11-005 5 0.3444 -0.587 0.000 0.008 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.476 0.004
#> dkfz_11-006 5 0.0776 0.821 0.000 0.020 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-007 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.3431 0.684 0.000 0.008 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.536 0.004
#> dkfz_11-009 1 0.2888 0.806 0.804 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.016
#> dkfz_11-010 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 9 0.3443 0.616 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024 0.252 0.004 0.708
#> dkfz_11-012 9 0.3734 0.259 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.016 0.492
#> dkfz_11-013 5 0.0414 0.828 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 9 0.3089 0.654 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.012 0.704
#> dkfz_11-015 6 0.0119 0.885 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0585 0.852 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0331 0.853 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-019 5 0.2211 0.687 0.000 0.012 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.116 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0331 0.853 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 1 0.2792 0.817 0.816 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.016
#> dkfz_11-022 4 0.0776 0.981 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> dkfz_11-023 7 0.3869 0.455 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.032 0.308
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 9 0.3081 0.566 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.008 0.708
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1713 0.846 0.000 0.016 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.032
#> dkfz_11-029 3 0.0585 0.852 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.4748 0.760 0.000 0.064 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.124
#> dkfz_11-031 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4847 0.753 0.000 0.060 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.132
#> dkfz_11-033 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.7164 0.201 0.372 0.112 0.020 0.000 0.000 0.124 0.000 0.204 0.168
#> dkfz_11-035 7 0.1985 0.850 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.032 0.016
#> dkfz_11-036 5 0.0119 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.2963 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0585 0.985 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-039 1 0.0237 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3034 0.603 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.004 0.016
#> dkfz_11-042 2 0.4359 0.189 0.000 0.484 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004 0.444 0.020
#> dkfz_11-043 6 0.2002 0.764 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.872 0.000 0.112 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.2663 0.859 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.048 0.072
#> dkfz_11-045 9 0.3011 0.655 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.008 0.708
#> dkfz_11-046 1 0.1958 0.865 0.900 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> dkfz_11-047 7 0.1021 0.894 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.024 0.008
#> dkfz_11-048 8 0.2984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0237 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0296 0.901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-052 1 0.0237 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.4874 0.752 0.000 0.060 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.136
#> dkfz_11-054 6 0.0719 0.881 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-055 4 0.0585 0.985 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-056 1 0.0237 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1819 0.874 0.908 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> dkfz_11-059 4 0.0212 0.987 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2792 0.817 0.816 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.016
#> dkfz_11-061 6 0.2671 0.840 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.036 0.088
#> dkfz_11-062 6 0.2950 0.829 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.044 0.088
#> dkfz_11-063 7 0.4290 0.265 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.024 0.576 0.020 0.356
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3152 -0.591 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4868 0.755 0.000 0.064 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.132
#> dkfz_11-067 3 0.2361 0.838 0.000 0.016 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.052
#> dkfz_11-068 5 0.0119 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 9 0.3000 0.662 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.260 0.004 0.000 0.724
#> dkfz_11-071 7 0.4021 0.328 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.036 0.368
#> dkfz_11-072 3 0.0668 0.852 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-073 8 0.2984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.2792 0.817 0.816 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.016
#> dkfz_11-075 6 0.0119 0.885 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0119 0.910 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 9 0.3365 0.616 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.024 0.252 0.004 0.712
#> dkfz_11-095 2 0.3421 0.891 0.000 0.704 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-096 4 0.0212 0.989 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3373 0.888 0.000 0.724 0.000 0.236 0.000 0.000 0.004 0.016 0.020
#> dkfz_11-098 2 0.2889 0.895 0.000 0.720 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.3375 0.794 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.052 0.136
#> dkfz_11-100 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0585 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> dkfz_11-102 4 0.0331 0.989 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.3034 0.897 0.000 0.728 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-104 2 0.3474 0.587 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.024 0.024
#> dkfz_11-105 2 0.2889 0.895 0.000 0.720 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-106 7 0.1235 0.887 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.020
#> dkfz_11-107 2 0.3736 0.833 0.000 0.732 0.000 0.172 0.000 0.000 0.072 0.004 0.020
#> dkfz_11-108 2 0.2569 0.901 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0237 0.986 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.2627 0.900 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.2549 0.901 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2889 0.895 0.000 0.720 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-113 4 0.0414 0.988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.3963 0.643 0.000 0.728 0.000 0.020 0.000 0.000 0.112 0.012 0.128
#> dkfz_11-115 7 0.1235 0.887 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.020
#> dkfz_11-116 1 0.0237 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-117 2 0.3072 0.898 0.000 0.720 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-118 2 0.2627 0.900 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2721 0.901 0.000 0.736 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2887 0.900 0.000 0.728 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 2 0.2751 0.900 0.000 0.744 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 1 0.0237 0.909 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.3218 0.890 0.000 0.736 0.000 0.228 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> dkfz_11-126 4 0.0119 0.987 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3280 0.889 0.000 0.724 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-128 4 0.0119 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0119 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2627 0.900 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3421 0.891 0.000 0.704 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-132 4 0.0331 0.989 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-133 4 0.0237 0.986 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.0237 0.986 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.0585 0.985 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-136 1 0.1958 0.865 0.900 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0492 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.2788 0.859 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.056 0.064
#> dkfz_11-140 2 0.2887 0.900 0.000 0.728 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-141 4 0.0119 0.987 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2740 0.899 0.000 0.732 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.4945 0.749 0.000 0.076 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.132
#> dkfz_11-144 3 0.4868 0.755 0.000 0.064 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.132
#> dkfz_11-145 5 0.0119 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0237 0.853 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.0119 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0668 0.852 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 5 0.2211 0.687 0.000 0.012 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.116 0.012
#> dkfz_11-151 7 0.0585 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0671 0.7752 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 10 0.3982 0.5229 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.208 0.000 0.032 0.076 0.680
#> dkfz_11-003 8 0.4658 0.4572 0.092 0.000 0.000 0.012 0.124 0.000 0.000 0.680 0.032 0.060
#> dkfz_11-004 2 0.3388 0.7817 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.060 0.064 0.028
#> dkfz_11-005 8 0.3096 0.4588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.540 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.1090 0.9133 0.000 0.000 0.000 0.020 0.948 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.2980 0.5908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.620 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.3825 0.6221 0.712 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.188 0.032 0.056
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 10 0.2287 0.7271 0.000 0.116 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004 0.008 0.008 0.856
#> dkfz_11-012 10 0.3813 0.4625 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.304 0.000 0.024 0.028 0.636
#> dkfz_11-013 5 0.0750 0.9258 0.000 0.000 0.000 0.016 0.968 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 10 0.2239 0.7217 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.008 0.020 0.848
#> dkfz_11-015 6 0.0582 0.8015 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0113 0.8045 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0597 0.7754 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0404 0.7756 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2468 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.012 0.820 0.000 0.000 0.152 0.016 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0484 0.7753 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3674 0.6659 0.740 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.160 0.032 0.052
#> dkfz_11-022 4 0.2348 0.9579 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.132 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.4593 0.1968 0.000 0.528 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.020 0.088 0.352
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 10 0.3033 0.6919 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040 0.032 0.800
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1708 0.7609 0.000 0.000 0.904 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0671 0.7752 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.3482 0.5373 0.000 0.000 0.528 0.016 0.000 0.000 0.000 0.008 0.448 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3008 0.5220 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.5956 0.0000 0.288 0.000 0.012 0.036 0.000 0.108 0.000 0.044 0.480 0.032
#> dkfz_11-035 2 0.3372 0.7815 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.060 0.068 0.024
#> dkfz_11-036 5 0.0113 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.2788 0.6792 0.008 0.000 0.000 0.004 0.260 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.2424 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.136 0.004 0.024 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.0113 0.8673 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0113 0.8671 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.2743 0.7685 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.008 0.024 0.016
#> dkfz_11-042 8 0.3779 -0.1136 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.472 0.492 0.012 0.012
#> dkfz_11-043 6 0.1829 0.7239 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.896 0.000 0.076 0.008 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.4046 0.7600 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.700 0.000 0.048 0.180 0.056
#> dkfz_11-045 10 0.2239 0.7217 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.008 0.020 0.848
#> dkfz_11-046 1 0.2830 0.6865 0.836 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.080 0.032
#> dkfz_11-047 2 0.1649 0.8635 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.060 0.004
#> dkfz_11-048 8 0.2698 0.6803 0.008 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0710 0.8776 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.012
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3313 0.5281 0.000 0.000 0.516 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.1195 0.7971 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.016 0.040 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.2424 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.136 0.004 0.024 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.0113 0.8673 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2708 0.7693 0.848 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.052 0.032 0.052
#> dkfz_11-059 4 0.2597 0.9639 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.152 0.024 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3674 0.6659 0.740 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.160 0.032 0.052
#> dkfz_11-061 6 0.4482 0.7169 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.660 0.000 0.048 0.148 0.128
#> dkfz_11-062 6 0.4769 0.6876 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.624 0.000 0.052 0.164 0.140
#> dkfz_11-063 2 0.4434 -0.0785 0.000 0.480 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.020 0.048 0.436
#> dkfz_11-064 5 0.0113 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.3104 0.4393 0.000 0.000 0.000 0.004 0.468 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3109 0.5233 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.480 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2282 0.7390 0.000 0.000 0.844 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0113 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 10 0.2196 0.7274 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.100 0.004 0.012 0.008 0.868
#> dkfz_11-071 10 0.5005 0.0168 0.000 0.408 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.064 0.072 0.444
#> dkfz_11-072 3 0.0597 0.7764 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 8 0.2698 0.6803 0.008 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.3624 0.6692 0.744 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.156 0.032 0.056
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.8056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 10 0.2253 0.7258 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012 0.008 0.856
#> dkfz_11-095 7 0.1402 0.9279 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020 0.024 0.024
#> dkfz_11-096 4 0.2332 0.9680 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.144 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.1813 0.9198 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.908 0.024 0.040 0.024
#> dkfz_11-098 7 0.0878 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.964 0.012 0.008 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.4943 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.592 0.000 0.052 0.192 0.144
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0863 0.8737 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.012
#> dkfz_11-102 4 0.1987 0.9686 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.144 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0894 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.960 0.008 0.024 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.3184 0.7356 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.012 0.060 0.012
#> dkfz_11-105 7 0.0695 0.9393 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.972 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-106 2 0.2506 0.8292 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048 0.064 0.028
#> dkfz_11-107 7 0.1222 0.9283 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948 0.008 0.020 0.008
#> dkfz_11-108 7 0.0340 0.9449 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-109 4 0.2701 0.9591 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.160 0.020 0.012 0.004
#> dkfz_11-110 7 0.0315 0.9436 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0315 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.0621 0.9410 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.976 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-113 4 0.2064 0.9681 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3050 0.8091 0.000 0.036 0.000 0.008 0.000 0.000 0.824 0.016 0.032 0.084
#> dkfz_11-115 2 0.2555 0.8264 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052 0.064 0.028
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0908 0.9395 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.960 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.0315 0.9436 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.8887 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0517 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0429 0.9438 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0558 0.9421 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0315 0.8646 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0941 0.9344 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008 0.020 0.004
#> dkfz_11-126 4 0.2468 0.9655 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.152 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.1813 0.9198 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.908 0.024 0.040 0.024
#> dkfz_11-128 4 0.2097 0.9689 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.144 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.2183 0.9669 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.160 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0315 0.9436 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.1402 0.9279 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020 0.024 0.024
#> dkfz_11-132 4 0.1987 0.9686 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.144 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.2673 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.156 0.020 0.012 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.2701 0.9591 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.160 0.020 0.012 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.2424 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.136 0.004 0.024 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.2830 0.6865 0.836 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.080 0.032
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.2424 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.136 0.004 0.024 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.4374 0.7521 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.664 0.000 0.060 0.196 0.060
#> dkfz_11-140 7 0.0517 0.9438 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.2592 0.9615 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.160 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.0453 0.9438 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.3370 0.5169 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.464 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3285 0.5241 0.000 0.000 0.516 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.472 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0113 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0226 0.7762 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0315 0.7758 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0113 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0597 0.7764 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 5 0.2468 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.012 0.820 0.000 0.000 0.152 0.016 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.1367 0.8679 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.052 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:kmeans 124 3.61e-13 4.65e-15 2
#> MAD:kmeans 89 4.95e-28 9.04e-23 3
#> MAD:kmeans 103 4.53e-47 3.38e-26 4
#> MAD:kmeans 121 7.77e-68 9.31e-31 5
#> MAD:kmeans 135 4.45e-91 2.00e-33 6
#> MAD:kmeans 112 3.46e-89 3.17e-38 7
#> MAD:kmeans 128 5.85e-101 2.49e-42 8
#> MAD:kmeans 127 1.51e-93 4.99e-38 9
#> MAD:kmeans 127 4.44e-96 2.29e-39 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 7.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.979 0.992 0.50193 0.499 0.499
#> 3 3 0.893 0.883 0.942 0.24410 0.869 0.740
#> 4 4 0.755 0.847 0.873 0.11228 0.913 0.776
#> 5 5 0.825 0.886 0.903 0.10616 0.914 0.722
#> 6 6 0.989 0.959 0.971 0.05504 0.957 0.812
#> 7 7 0.961 0.905 0.946 0.01824 0.988 0.935
#> 8 8 0.933 0.891 0.925 0.01136 0.996 0.978
#> 9 9 0.892 0.853 0.890 0.01142 1.000 1.000
#> 10 10 0.865 0.789 0.862 0.00976 0.998 0.990
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 7
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 6
There is also optional best \(k\) = 2 6 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.788 0.6879 0.236 0.764
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 1.000 0.0216 0.508 0.492
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.886 0.5614 0.696 0.304
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.343 0.9287 0.064 0.936
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.9888 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.9951 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-002 1 0.5968 0.531 0.636 0.000 0.364
#> dkfz_11-003 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.7383 0.517 0.236 0.680 0.084
#> dkfz_11-012 1 0.7419 0.593 0.680 0.232 0.088
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.6008 0.523 0.628 0.000 0.372
#> dkfz_11-015 1 0.6079 0.493 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-016 3 0.5706 0.415 0.320 0.000 0.680
#> dkfz_11-017 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-018 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-021 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-022 2 0.1289 0.954 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-023 2 0.0237 0.984 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.1860 0.880 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-029 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-030 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-040 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.5901 0.670 0.768 0.192 0.040
#> dkfz_11-043 1 0.8103 0.569 0.632 0.120 0.248
#> dkfz_11-044 1 0.7878 0.385 0.548 0.060 0.392
#> dkfz_11-045 1 0.1860 0.880 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-046 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-050 1 0.6111 0.477 0.604 0.000 0.396
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-053 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-054 1 0.6079 0.493 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-057 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-058 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-061 1 0.6008 0.523 0.628 0.000 0.372
#> dkfz_11-062 3 0.5678 0.534 0.000 0.316 0.684
#> dkfz_11-063 2 0.5835 0.441 0.000 0.660 0.340
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-067 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.7178 0.201 0.512 0.464 0.024
#> dkfz_11-071 2 0.0237 0.984 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-075 1 0.6111 0.477 0.604 0.000 0.396
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-094 1 0.1860 0.880 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.6111 0.477 0.604 0.000 0.396
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-137 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.5465 0.495 0.288 0.000 0.712
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-144 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-147 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0237 0.942 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4244 0.704 0.168 0.800 0.032 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.3528 0.854 0.000 0.192 0.000 0.808
#> dkfz_11-005 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-008 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-011 2 0.3544 0.846 0.008 0.852 0.012 0.128
#> dkfz_11-012 2 0.4611 0.869 0.040 0.812 0.020 0.128
#> dkfz_11-013 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5007 0.808 0.100 0.804 0.036 0.060
#> dkfz_11-015 2 0.4821 0.875 0.032 0.804 0.036 0.128
#> dkfz_11-016 2 0.4853 0.874 0.024 0.800 0.044 0.132
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-023 4 0.4406 0.610 0.000 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-024 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.5060 0.609 0.584 0.412 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-034 3 0.1118 0.952 0.000 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-036 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-039 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.2760 0.880 0.000 0.128 0.000 0.872
#> dkfz_11-042 1 0.7377 0.510 0.536 0.316 0.012 0.136
#> dkfz_11-043 2 0.4695 0.874 0.028 0.804 0.028 0.140
#> dkfz_11-044 2 0.4244 0.859 0.000 0.804 0.036 0.160
#> dkfz_11-045 2 0.3668 0.661 0.188 0.808 0.004 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-048 1 0.1389 0.751 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4779 0.875 0.028 0.804 0.036 0.132
#> dkfz_11-051 4 0.3311 0.864 0.000 0.172 0.000 0.828
#> dkfz_11-052 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4244 0.711 0.160 0.804 0.036 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-056 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-060 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4922 0.868 0.044 0.804 0.036 0.116
#> dkfz_11-062 2 0.4417 0.856 0.000 0.796 0.044 0.160
#> dkfz_11-063 2 0.5935 0.232 0.000 0.496 0.036 0.468
#> dkfz_11-064 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-070 2 0.4095 0.849 0.024 0.804 0.000 0.172
#> dkfz_11-071 4 0.4761 0.563 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4821 0.875 0.032 0.804 0.036 0.128
#> dkfz_11-091 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-093 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3668 0.661 0.188 0.808 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-097 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.4619 0.872 0.016 0.804 0.036 0.144
#> dkfz_11-100 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-101 4 0.2814 0.879 0.000 0.132 0.000 0.868
#> dkfz_11-102 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-103 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-104 4 0.2760 0.882 0.000 0.128 0.000 0.872
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-107 4 0.0188 0.923 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-108 4 0.0188 0.923 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-109 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.1118 0.914 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-114 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-115 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-116 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-118 4 0.0188 0.923 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-119 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-120 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-121 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0188 0.923 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-126 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-127 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-128 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-129 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-130 4 0.0188 0.923 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-133 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-134 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-135 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-136 1 0.7166 0.528 0.556 0.316 0.012 0.116
#> dkfz_11-137 1 0.4914 0.756 0.676 0.312 0.012 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-139 2 0.4322 0.862 0.000 0.804 0.044 0.152
#> dkfz_11-140 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-141 4 0.0188 0.924 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-142 4 0.2589 0.885 0.000 0.116 0.000 0.884
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0188 0.748 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.3486 0.857 0.000 0.188 0.000 0.812
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1041 0.909 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> dkfz_11-003 1 0.5847 0.759 0.580 0.108 0.004 0.000 0.308
#> dkfz_11-004 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-010 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.1116 0.936 0.000 0.004 0.004 0.028 0.964
#> dkfz_11-012 5 0.0794 0.934 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-013 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.0865 0.934 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> dkfz_11-015 5 0.0955 0.936 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968
#> dkfz_11-016 5 0.1082 0.936 0.000 0.000 0.008 0.028 0.964
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-022 4 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.5811 0.258 0.000 0.316 0.000 0.116 0.568
#> dkfz_11-024 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 1 0.6552 0.521 0.412 0.200 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-026 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-035 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 1 0.5903 0.761 0.584 0.104 0.008 0.000 0.304
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-040 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-041 4 0.2424 0.834 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.5847 0.759 0.580 0.108 0.004 0.000 0.308
#> dkfz_11-043 5 0.1124 0.933 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> dkfz_11-044 5 0.1041 0.935 0.000 0.000 0.004 0.032 0.964
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-047 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3269 0.738 0.848 0.096 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-049 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-050 5 0.1082 0.936 0.000 0.000 0.008 0.028 0.964
#> dkfz_11-051 2 0.3684 0.732 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-057 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-058 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-061 5 0.0955 0.936 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968
#> dkfz_11-062 5 0.1331 0.926 0.000 0.000 0.008 0.040 0.952
#> dkfz_11-063 5 0.3990 0.505 0.000 0.000 0.004 0.308 0.688
#> dkfz_11-064 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 1 0.0912 0.724 0.972 0.012 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0963 0.933 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-071 2 0.5338 0.268 0.000 0.544 0.000 0.056 0.400
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.2171 0.732 0.912 0.064 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-074 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-075 5 0.1082 0.936 0.000 0.000 0.008 0.028 0.964
#> dkfz_11-091 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-094 5 0.0290 0.909 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1082 0.936 0.000 0.000 0.008 0.028 0.964
#> dkfz_11-100 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.2732 0.791 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.1965 0.883 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0510 0.971 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-137 1 0.5919 0.761 0.580 0.104 0.008 0.000 0.308
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.1106 0.934 0.000 0.000 0.012 0.024 0.964
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0794 0.958 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0162 0.721 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.2074 0.958 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0146 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1155 0.951 0.004 0.004 0.000 0.000 0.036 0.956
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0665 0.976 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> dkfz_11-005 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0935 0.950 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964
#> dkfz_11-012 6 0.0717 0.955 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976
#> dkfz_11-013 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.1429 0.942 0.004 0.004 0.000 0.000 0.052 0.940
#> dkfz_11-015 6 0.0146 0.957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-016 6 0.0291 0.957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.2806 0.823 0.000 0.136 0.000 0.004 0.016 0.844
#> dkfz_11-024 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.5875 0.523 0.616 0.196 0.000 0.000 0.064 0.124
#> dkfz_11-026 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0146 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0551 0.978 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-036 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.2070 0.884 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0146 0.956 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0551 0.957 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008 0.984
#> dkfz_11-044 6 0.0291 0.957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-045 6 0.1542 0.941 0.008 0.004 0.000 0.000 0.052 0.936
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0405 0.980 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 1 0.2178 0.814 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0551 0.957 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008 0.984
#> dkfz_11-051 2 0.3012 0.723 0.000 0.796 0.000 0.196 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0405 0.957 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0551 0.957 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008 0.984
#> dkfz_11-062 6 0.0405 0.955 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-063 6 0.0436 0.955 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004 0.988
#> dkfz_11-064 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3126 0.758 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0837 0.954 0.004 0.004 0.000 0.000 0.020 0.972
#> dkfz_11-071 6 0.4521 0.307 0.000 0.400 0.000 0.004 0.028 0.568
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3563 0.429 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0551 0.957 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008 0.984
#> dkfz_11-091 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.1606 0.939 0.008 0.004 0.000 0.000 0.056 0.932
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0291 0.957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-100 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.2593 0.822 0.000 0.148 0.000 0.844 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.1429 0.938 0.000 0.052 0.000 0.940 0.004 0.004
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0551 0.978 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-107 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0260 0.987 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0551 0.978 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0260 0.952 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0146 0.957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0405 0.984 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0146 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.1501 0.986 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0405 0.980 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0134 0.99723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 6 0.3332 0.49973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0504 0.93013 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-005 5 0.1440 0.94303 0.012 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.056
#> dkfz_11-006 5 0.0334 0.97506 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0134 0.93311 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 5 0.1440 0.94303 0.012 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.056
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0239 0.93350 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 6 0.3316 0.52501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684 0.312
#> dkfz_11-012 6 0.2655 0.71288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-013 5 0.0573 0.97477 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 7 0.3194 0.79890 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284 0.712
#> dkfz_11-015 6 0.0990 0.84457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-016 6 0.0797 0.84662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-017 3 0.0134 0.99723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0468 0.97518 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0728 0.95808 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-023 6 0.4841 0.43901 0.000 0.172 0.000 0.016 0.004 0.664 0.144
#> dkfz_11-024 5 0.0468 0.97413 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 7 0.4130 0.59460 0.168 0.056 0.000 0.000 0.000 0.036 0.740
#> dkfz_11-026 5 0.0468 0.97532 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0239 0.93350 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0134 0.99723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0334 0.93300 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0134 0.93311 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0134 0.99547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0422 0.93191 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-036 5 0.0755 0.97368 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-037 1 0.1346 0.89832 0.936 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056
#> dkfz_11-038 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.3262 0.77573 0.000 0.160 0.000 0.788 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0239 0.84295 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.1433 0.84104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-045 7 0.3174 0.81308 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.716
#> dkfz_11-046 1 0.0134 0.94979 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0239 0.93248 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 1 0.3791 0.61192 0.716 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.056
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0134 0.84360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-051 2 0.3587 0.56652 0.000 0.744 0.000 0.204 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.1242 0.84600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> dkfz_11-055 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1462 0.83634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> dkfz_11-062 6 0.1101 0.82746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040
#> dkfz_11-063 6 0.1814 0.78829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.900 0.092
#> dkfz_11-064 5 0.0667 0.97494 0.012 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.2834 0.82624 0.108 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.056
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0755 0.97368 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-069 2 0.0334 0.93300 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-070 6 0.2759 0.69791 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-071 2 0.5212 0.06011 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.308 0.180
#> dkfz_11-072 3 0.0134 0.99723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 1 0.4470 0.00432 0.484 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.056
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0268 0.84323 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-091 5 0.0334 0.97506 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0239 0.93248 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3174 0.81308 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.716
#> dkfz_11-095 4 0.0728 0.95886 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-096 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-097 4 0.0582 0.96056 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-098 4 0.0797 0.95587 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-099 6 0.1757 0.83324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> dkfz_11-100 2 0.0239 0.93248 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 4 0.3505 0.72909 0.000 0.192 0.000 0.756 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-102 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-103 4 0.0422 0.95858 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-104 4 0.3089 0.81493 0.000 0.128 0.000 0.812 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-105 4 0.0863 0.95211 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-106 2 0.0422 0.93191 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-107 4 0.1050 0.94869 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-108 4 0.0927 0.95052 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-109 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-110 4 0.0990 0.94903 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-111 4 0.0990 0.94903 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-112 4 0.0927 0.95052 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-113 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-114 4 0.0656 0.95677 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-115 2 0.0422 0.93191 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0728 0.95768 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-118 4 0.0927 0.95052 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-119 2 0.0239 0.93248 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 4 0.0134 0.96051 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0422 0.95911 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-123 4 0.0927 0.95275 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.1109 0.94801 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-126 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-127 4 0.0582 0.96023 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-128 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-129 4 0.0504 0.95830 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-130 4 0.0927 0.95052 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-131 4 0.0504 0.95814 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-132 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-133 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-134 4 0.0504 0.96088 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-135 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-136 1 0.0239 0.94530 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.95390 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0582 0.96039 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-139 6 0.1222 0.84391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-140 4 0.0504 0.95959 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-141 4 0.0504 0.96088 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-142 4 0.1123 0.94714 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0755 0.97368 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.99871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0755 0.97368 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> dkfz_11-149 3 0.0134 0.99723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 5 0.0573 0.97450 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.0239 0.93248 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0992 0.974 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-002 6 0.4255 0.430 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 NA 0.340
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1914 0.892 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-005 5 0.1416 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-006 5 0.0125 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0313 0.912 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1416 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0313 0.913 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4067 0.405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 NA 0.388
#> dkfz_11-012 6 0.3235 0.697 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 NA 0.220
#> dkfz_11-013 5 0.0806 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.2070 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 NA 0.868
#> dkfz_11-015 6 0.1275 0.786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 NA 0.020
#> dkfz_11-016 6 0.1653 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 NA 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0870 0.980 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0224 0.986 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0544 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0313 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.1091 0.928 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.5957 0.415 0.000 0.148 0.000 0.016 0.000 0.544 NA 0.124
#> dkfz_11-024 5 0.0614 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.2033 0.844 0.052 0.016 0.000 0.000 0.000 0.024 NA 0.904
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0224 0.914 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0395 0.986 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1162 0.970 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.987 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0864 0.911 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0395 0.911 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0125 0.986 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.1680 0.899 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.024
#> dkfz_11-036 5 0.0768 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-037 1 0.1586 0.904 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-038 4 0.0681 0.937 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.3816 0.717 0.000 0.140 0.000 0.716 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0125 0.976 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.1517 0.786 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.928 NA 0.020
#> dkfz_11-044 6 0.3000 0.759 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.812 NA 0.068
#> dkfz_11-045 8 0.1686 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 NA 0.888
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1365 0.907 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-048 1 0.3899 0.585 0.696 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0313 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 NA 0.012
#> dkfz_11-051 2 0.3813 0.592 0.000 0.716 0.000 0.152 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.2436 0.779 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 NA 0.060
#> dkfz_11-055 4 0.0681 0.937 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0614 0.937 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2867 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 NA 0.088
#> dkfz_11-062 6 0.2646 0.731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 NA 0.016
#> dkfz_11-063 6 0.3547 0.610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 NA 0.032
#> dkfz_11-064 5 0.0395 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2427 0.858 0.052 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.0125 0.987 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0349 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.0768 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-069 2 0.0788 0.911 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-070 6 0.3960 0.650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 NA 0.248
#> dkfz_11-071 2 0.5842 0.279 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.208 NA 0.180
#> dkfz_11-072 3 0.0471 0.984 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4400 0.397 0.348 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0706 0.786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 NA 0.012
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0313 0.912 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.1783 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 NA 0.892
#> dkfz_11-095 4 0.0926 0.936 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0614 0.937 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0681 0.940 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.1091 0.934 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3140 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 NA 0.088
#> dkfz_11-100 2 0.0983 0.900 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.4348 0.578 0.000 0.224 0.000 0.632 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0681 0.937 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.1541 0.925 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-104 4 0.3630 0.771 0.000 0.108 0.000 0.748 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-105 4 0.0868 0.936 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1629 0.900 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.024
#> dkfz_11-107 4 0.1433 0.925 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.1433 0.923 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0808 0.937 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.1477 0.923 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1686 0.911 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0926 0.935 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0544 0.938 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.1368 0.929 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.1629 0.900 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.024
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1091 0.933 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.1244 0.928 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0745 0.905 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0745 0.938 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0926 0.936 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.1605 0.923 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.1646 0.916 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0614 0.937 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0808 0.940 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0614 0.937 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0926 0.936 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1563 0.920 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.1038 0.935 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0745 0.938 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0614 0.937 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0745 0.938 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0681 0.937 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0681 0.937 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3225 0.753 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.792 NA 0.064
#> dkfz_11-140 4 0.0808 0.937 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0544 0.938 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1999 0.892 0.000 0.004 0.000 0.864 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0349 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0520 0.986 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.0695 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0596 0.984 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0395 0.987 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0768 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0614 0.981 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0768 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.1090 0.912 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1590 0.9538 0.000 NA 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.4870 0.4977 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.120 0.260
#> dkfz_11-003 1 0.0119 0.9703 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.3015 0.8122 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.132 0.036
#> dkfz_11-005 5 0.1663 0.8739 0.000 NA 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0581 0.9078 0.000 NA 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0916 0.8721 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1663 0.8739 0.000 NA 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0119 0.9703 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0668 0.8747 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5249 0.2978 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.184 0.360
#> dkfz_11-012 6 0.4435 0.6134 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.140 0.212
#> dkfz_11-013 5 0.1912 0.8655 0.000 NA 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-014 9 0.1587 0.9338 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.004 0.912
#> dkfz_11-015 6 0.1750 0.7388 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.060 0.024
#> dkfz_11-016 6 0.2013 0.7337 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.096 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.1115 0.9682 0.000 NA 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0634 0.9749 0.000 NA 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0876 0.9084 0.000 NA 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0373 0.9752 0.000 NA 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.1772 0.8756 0.000 NA 0.000 0.904 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.6736 0.3691 0.000 NA 0.000 0.024 0.000 0.400 0.092 0.296 0.100
#> dkfz_11-024 5 0.0645 0.9074 0.000 NA 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 9 0.1824 0.9026 0.016 NA 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.028 0.920
#> dkfz_11-026 5 0.0296 0.9091 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.0802 0.8763 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0507 0.9757 0.000 NA 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1570 0.9550 0.000 NA 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0237 0.9738 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.0994 0.8722 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0331 0.9758 0.000 NA 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.0916 0.8723 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0626 0.9681 0.000 NA 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-035 7 0.2075 0.8497 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.120 0.004
#> dkfz_11-036 5 0.1310 0.9000 0.000 NA 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-037 1 0.2129 0.8605 0.880 NA 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0515 0.8990 0.000 NA 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.4535 0.5540 0.000 NA 0.000 0.564 0.000 0.000 0.168 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0212 0.9674 0.992 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.1917 0.7388 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.896 0.000 0.076 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.4171 0.6933 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.700 0.000 0.164 0.040
#> dkfz_11-045 9 0.1340 0.9445 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.008 0.924
#> dkfz_11-046 1 0.0119 0.9698 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.2108 0.8647 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.048 0.004
#> dkfz_11-048 1 0.4335 0.4128 0.608 NA 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0916 0.7384 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-051 7 0.4114 0.5323 0.000 NA 0.000 0.116 0.000 0.000 0.636 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0237 0.9738 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.2815 0.7316 0.012 NA 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.080 0.032
#> dkfz_11-055 4 0.0446 0.8989 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0515 0.8984 0.000 NA 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3716 0.6939 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.196 0.080
#> dkfz_11-062 6 0.3290 0.6930 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.208 0.016
#> dkfz_11-063 6 0.4447 0.5018 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.288 0.004
#> dkfz_11-064 5 0.0634 0.9097 0.000 NA 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.3038 0.7962 0.072 NA 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0414 0.9750 0.000 NA 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0634 0.9751 0.000 NA 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.1258 0.9006 0.000 NA 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-069 7 0.0939 0.8729 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.5032 0.5715 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.172 0.200
#> dkfz_11-071 7 0.6576 0.0695 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.184 0.364 0.268 0.140
#> dkfz_11-072 3 0.1032 0.9679 0.000 NA 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4563 0.3269 0.364 NA 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0119 0.9703 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0939 0.7376 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> dkfz_11-091 5 0.0446 0.9083 0.000 NA 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0792 0.8754 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 9 0.1151 0.9482 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-095 4 0.1439 0.8985 0.000 NA 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0446 0.8989 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.1519 0.8928 0.000 NA 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-098 4 0.1876 0.8824 0.000 NA 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4460 0.6834 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.676 0.000 0.164 0.068
#> dkfz_11-100 7 0.1595 0.8634 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.008 0.004
#> dkfz_11-101 4 0.4857 0.3934 0.000 NA 0.000 0.488 0.000 0.000 0.236 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0515 0.8990 0.000 NA 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.2667 0.8585 0.000 NA 0.000 0.820 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-104 4 0.4787 0.6572 0.000 NA 0.000 0.608 0.000 0.000 0.132 0.032 0.008
#> dkfz_11-105 4 0.1439 0.8948 0.000 NA 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.2201 0.8443 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.124 0.008
#> dkfz_11-107 4 0.2232 0.8764 0.000 NA 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-108 4 0.2001 0.8755 0.000 NA 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0764 0.9002 0.000 NA 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.2176 0.8775 0.000 NA 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 4 0.2252 0.8595 0.000 NA 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1633 0.8906 0.000 NA 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0373 0.9016 0.000 NA 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.2907 0.8502 0.000 NA 0.000 0.796 0.000 0.004 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-115 7 0.2166 0.8478 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.120 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1984 0.8755 0.000 NA 0.000 0.888 0.000 0.004 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-118 4 0.1741 0.8872 0.000 NA 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.1292 0.8647 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.1556 0.8990 0.000 NA 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.1938 0.8880 0.000 NA 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-123 4 0.2782 0.8660 0.000 NA 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.2771 0.8488 0.000 NA 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-126 4 0.0373 0.8993 0.000 NA 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.1165 0.9000 0.000 NA 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-128 4 0.0373 0.8993 0.000 NA 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0982 0.9028 0.000 NA 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.2260 0.8685 0.000 NA 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 4 0.1269 0.8994 0.000 NA 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0581 0.9009 0.000 NA 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0373 0.8993 0.000 NA 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0706 0.9002 0.000 NA 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0446 0.8989 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0331 0.9637 0.988 NA 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9721 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0515 0.8990 0.000 NA 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3663 0.6947 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.164 0.016
#> dkfz_11-140 4 0.1547 0.8971 0.000 NA 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.0212 0.9010 0.000 NA 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2821 0.8271 0.000 NA 0.000 0.768 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0492 0.9748 0.000 NA 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1135 0.9673 0.000 NA 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0941 0.9058 0.000 NA 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.1170 0.9649 0.000 NA 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0296 0.9759 0.000 NA 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.1258 0.9006 0.000 NA 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.1032 0.9672 0.000 NA 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0876 0.9084 0.000 NA 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.1569 0.8737 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.028 0.004
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.2088 0.9281 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032 NA
#> dkfz_11-002 6 0.5382 0.2135 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.252 0.112 0.028 NA
#> dkfz_11-003 1 0.0426 0.9505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-004 2 0.3452 0.7912 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.052 0.040 NA
#> dkfz_11-005 5 0.2234 0.7790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.192 NA
#> dkfz_11-006 5 0.0597 0.8774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-007 2 0.0605 0.8653 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-008 5 0.2234 0.7790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.192 NA
#> dkfz_11-009 1 0.0202 0.9579 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-010 2 0.0948 0.8625 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-011 6 0.5506 0.2022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.348 0.176 0.028 NA
#> dkfz_11-012 6 0.4627 0.4083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.208 0.072 0.056 NA
#> dkfz_11-013 5 0.2257 0.8227 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.032 0.056 NA
#> dkfz_11-014 7 0.1617 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.916 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-015 6 0.2309 0.4664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.016 0.032 0.068 NA
#> dkfz_11-016 6 0.2373 0.4173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.028 0.108 NA
#> dkfz_11-017 3 0.2145 0.9270 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032 NA
#> dkfz_11-018 3 0.1075 0.9469 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-019 5 0.0816 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-020 3 0.1097 0.9505 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 4 0.1655 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004 NA
#> dkfz_11-023 6 0.6443 0.1048 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.408 0.040 0.280 0.056 NA
#> dkfz_11-024 5 0.0937 0.8658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 NA
#> dkfz_11-025 7 0.1429 0.9163 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.936 0.020 0.008 NA
#> dkfz_11-026 5 0.0202 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 2 0.1173 0.8637 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.016 NA
#> dkfz_11-028 3 0.1096 0.9516 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-029 3 0.2165 0.9232 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.032 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0806 0.9473 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-031 2 0.1664 0.8612 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0667 0.9514 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-033 2 0.0816 0.8644 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-034 3 0.1701 0.9231 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.024 0.000 0.032 0.004 NA
#> dkfz_11-035 2 0.2367 0.8407 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044 0.004 NA
#> dkfz_11-036 5 0.1558 0.8611 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.028 NA
#> dkfz_11-037 1 0.2710 0.7117 0.764 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.212 NA
#> dkfz_11-038 4 0.0356 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 4 0.4507 0.5388 0.000 0.148 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-042 1 0.0693 0.9419 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-043 6 0.3025 0.4136 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.804 0.000 0.076 0.096 NA
#> dkfz_11-044 6 0.3948 0.4338 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.608 0.032 0.332 0.008 NA
#> dkfz_11-045 7 0.1329 0.9361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.932 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-046 1 0.0113 0.9594 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-047 2 0.1757 0.8559 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-048 1 0.4319 0.3458 0.556 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.216 NA
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 6 0.1043 0.4933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040 0.008 NA
#> dkfz_11-051 2 0.3941 0.4590 0.000 0.612 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0869 0.9467 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-054 6 0.3231 0.4430 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.040 0.088 0.040 NA
#> dkfz_11-055 4 0.0469 0.8503 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 4 0.0539 0.8502 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 6 0.4296 0.4291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.048 0.240 0.036 NA
#> dkfz_11-062 6 0.4011 0.3480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.228 0.080 NA
#> dkfz_11-063 9 0.4481 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.072 0.528 NA
#> dkfz_11-064 5 0.0869 0.8768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.028 NA
#> dkfz_11-065 5 0.3186 0.6926 0.060 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.216 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0627 0.9521 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0987 0.9507 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-068 5 0.1558 0.8611 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.028 NA
#> dkfz_11-069 2 0.1155 0.8655 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-070 6 0.5560 0.3164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.176 0.156 0.064 NA
#> dkfz_11-071 2 0.7319 -0.0646 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.164 0.128 0.140 0.084 NA
#> dkfz_11-072 3 0.1637 0.9420 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 NA
#> dkfz_11-073 5 0.4693 0.2370 0.328 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> dkfz_11-074 1 0.0202 0.9579 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-075 6 0.1402 0.4846 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.072 0.012 NA
#> dkfz_11-091 5 0.0395 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-092 2 0.0673 0.8641 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.0740 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.968 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-095 4 0.2186 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-096 4 0.0539 0.8501 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-097 4 0.1782 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 NA
#> dkfz_11-098 4 0.2157 0.8566 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-099 6 0.4113 0.3929 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.548 0.056 0.376 0.000 NA
#> dkfz_11-100 2 0.1079 0.8579 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101 4 0.4754 0.4044 0.000 0.204 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-102 4 0.0356 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 4 0.3499 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.004 0.000 0.096 0.004 NA
#> dkfz_11-104 4 0.4784 0.5960 0.000 0.132 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008 NA
#> dkfz_11-105 4 0.1821 0.8603 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 2 0.2327 0.8431 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044 0.004 NA
#> dkfz_11-107 4 0.2836 0.8296 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-108 4 0.2482 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-109 4 0.0786 0.8552 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-110 4 0.2924 0.8201 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-111 4 0.2682 0.8036 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-112 4 0.1994 0.8565 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 4 0.0492 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 4 0.3744 0.7913 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.004 0.000 0.120 0.004 NA
#> dkfz_11-115 2 0.2405 0.8413 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044 0.004 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 4 0.2773 0.8162 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004 NA
#> dkfz_11-118 4 0.2332 0.8408 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 2 0.1145 0.8575 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-120 4 0.2321 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 4 0.2857 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 NA
#> dkfz_11-123 4 0.3416 0.8214 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.008 0.032 0.016 NA
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 4 0.3073 0.8106 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-126 4 0.0356 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 4 0.1910 0.8608 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 NA
#> dkfz_11-128 4 0.0356 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 4 0.1727 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 4 0.2524 0.8244 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131 4 0.2378 0.8555 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-132 4 0.0539 0.8554 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-133 4 0.0282 0.8525 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 4 0.0615 0.8601 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 4 0.0356 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 1 0.0429 0.9511 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.0356 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 6 0.3981 0.3297 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.548 0.020 0.392 0.036 NA
#> dkfz_11-140 4 0.2182 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> dkfz_11-141 4 0.0202 0.8577 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 4 0.2964 0.7926 0.000 0.008 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0869 0.9516 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-144 3 0.1296 0.9472 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 NA
#> dkfz_11-145 5 0.1036 0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-146 3 0.1804 0.9409 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028 NA
#> dkfz_11-147 3 0.1096 0.9503 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 NA
#> dkfz_11-148 5 0.1558 0.8611 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.028 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1702 0.9377 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024 NA
#> dkfz_11-150 5 0.1208 0.8749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> dkfz_11-151 2 0.1796 0.8600 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:skmeans 135 1.24e-23 7.42e-09 2
#> MAD:skmeans 126 3.55e-43 3.09e-10 3
#> MAD:skmeans 135 1.05e-68 3.43e-13 4
#> MAD:skmeans 134 2.37e-72 1.98e-16 5
#> MAD:skmeans 134 7.92e-89 5.69e-26 6
#> MAD:skmeans 132 9.80e-88 1.96e-25 7
#> MAD:skmeans 131 8.67e-87 3.68e-25 8
#> MAD:skmeans 129 6.12e-88 3.19e-26 9
#> MAD:skmeans 114 1.56e-72 4.75e-23 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 9.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.677 0.781 0.894 0.46935 0.528 0.528
#> 3 3 1.000 0.963 0.986 0.31641 0.599 0.390
#> 4 4 0.995 0.936 0.969 0.13716 0.900 0.746
#> 5 5 0.951 0.901 0.961 0.10356 0.925 0.752
#> 6 6 0.943 0.864 0.947 0.03964 0.967 0.857
#> 7 7 0.913 0.797 0.880 0.02065 0.952 0.779
#> 8 8 0.909 0.791 0.881 0.01731 0.972 0.852
#> 9 9 0.925 0.850 0.898 0.01237 0.972 0.834
#> 10 10 0.904 0.785 0.889 0.00695 0.993 0.952
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 9
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5 6 7 8
There is also optional best \(k\) = 3 4 5 6 7 8 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 1.0000 -0.283 0.500 0.500
#> dkfz_11-006 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-009 1 0.9552 0.478 0.624 0.376
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-016 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-017 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-018 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-019 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-020 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0672 0.839 0.992 0.008
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.9286 0.316 0.344 0.656
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.9710 0.500 0.600 0.400
#> dkfz_11-029 2 0.5178 0.808 0.116 0.884
#> dkfz_11-030 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.9850 0.460 0.572 0.428
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> dkfz_11-042 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-043 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-044 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-045 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.2423 0.843 0.960 0.040
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.2423 0.846 0.960 0.040
#> dkfz_11-054 1 0.9393 0.508 0.644 0.356
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-062 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-073 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-074 1 0.0938 0.835 0.988 0.012
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1843 0.916 0.028 0.972
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> dkfz_11-096 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-097 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> dkfz_11-098 2 0.9552 0.308 0.376 0.624
#> dkfz_11-099 2 0.6148 0.753 0.152 0.848
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-103 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> dkfz_11-108 1 0.9775 0.419 0.588 0.412
#> dkfz_11-109 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-110 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-111 1 0.9775 0.480 0.588 0.412
#> dkfz_11-112 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-113 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-118 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-123 1 0.9427 0.558 0.640 0.360
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.2778 0.902 0.048 0.952
#> dkfz_11-126 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-127 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> dkfz_11-128 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-129 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-130 1 0.3274 0.846 0.940 0.060
#> dkfz_11-131 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> dkfz_11-132 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-133 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-134 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-135 1 0.2043 0.844 0.968 0.032
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1843 0.844 0.972 0.028
#> dkfz_11-139 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-140 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-141 1 0.3114 0.848 0.944 0.056
#> dkfz_11-142 1 0.3879 0.837 0.924 0.076
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.837 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.9323 0.303 0.348 0.652
#> dkfz_11-147 2 0.9000 0.400 0.316 0.684
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-150 1 0.9866 0.453 0.568 0.432
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0237 0.9733 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-002 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.1529 0.9328 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-019 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0237 0.9835 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-042 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 3 0.9638 -0.0761 0.372 0.208 0.420
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.7673 0.5067 0.088 0.652 0.260
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 3 0.6295 0.0990 0.000 0.472 0.528
#> dkfz_11-063 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 3 0.4291 0.7673 0.180 0.000 0.820
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0237 0.9835 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-091 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0592 0.9745 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.1031 0.9603 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.4842 0.7089 0.224 0.776 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.1389 0.9141 0.000 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0188 0.9486 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.1474 0.9338 0.000 0.000 0.052 0.948
#> dkfz_11-016 4 0.2345 0.8919 0.000 0.000 0.100 0.900
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1389 0.9243 0.000 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-029 3 0.1474 0.9114 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1474 0.9224 0.000 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1474 0.9224 0.000 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0188 0.9777 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-042 2 0.1022 0.9441 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-043 4 0.1474 0.9338 0.000 0.000 0.052 0.948
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.8723 0.0819 0.320 0.420 0.052 0.208
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.1474 0.9338 0.000 0.000 0.052 0.948
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1389 0.9243 0.000 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-054 4 0.7384 0.4442 0.088 0.248 0.056 0.608
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.5833 0.1410 0.000 0.528 0.032 0.440
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1474 0.9224 0.000 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-067 3 0.0188 0.9193 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.3569 0.7394 0.000 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4127 0.8253 0.124 0.824 0.052 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 4 0.1661 0.9303 0.000 0.004 0.052 0.944
#> dkfz_11-091 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.0469 0.9696 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.2589 0.8454 0.000 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0817 0.9569 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 3 0.4855 0.3808 0.000 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.1576 0.9059 0.048 0.000 0.948 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.1474 0.9224 0.000 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-145 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1389 0.9141 0.000 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1474 0.9114 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0469 0.9205 0.000 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1474 0.9392 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.9508 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.4138 0.394 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0162 0.920 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.4150 0.409 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-016 4 0.4088 0.451 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 5 0.0963 0.930 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0162 0.948 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.2127 0.828 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-043 4 0.4150 0.409 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-044 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.4150 0.409 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0486 0.959 0.004 0.004 0.000 0.004 0.988
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3966 0.496 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-062 2 0.6197 0.294 0.000 0.528 0.008 0.344 0.120
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.4150 0.301 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-065 2 0.4192 0.348 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.3480 0.661 0.000 0.752 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4210 0.329 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 4 0.4161 0.399 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.2850 0.819 0.000 0.872 0.092 0.000 0.036
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0703 0.928 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.4182 0.350 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0508 0.911 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-003 2 0.3756 0.406 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2664 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> dkfz_11-009 1 0.3717 0.375 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3890 0.400 0.000 0.596 0.000 0.004 0.000 0.400
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 6 0.0146 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2260 0.798 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.1863 0.837 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4516 0.238 0.000 0.036 0.000 0.000 0.564 0.400
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0146 0.976 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.3756 0.406 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-043 6 0.0146 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-044 4 0.3851 0.122 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-045 2 0.3756 0.406 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3756 0.307 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2762 0.730 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 6 0.3881 0.261 0.000 0.396 0.000 0.004 0.000 0.600
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3993 0.393 0.000 0.592 0.000 0.000 0.008 0.400
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.4199 0.413 0.000 0.600 0.020 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-073 2 0.4246 0.372 0.000 0.580 0.000 0.000 0.020 0.400
#> dkfz_11-074 1 0.3684 0.405 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0363 0.968 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4860 0.594 0.000 0.704 0.080 0.000 0.032 0.184
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.2631 0.754 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0632 0.957 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0146 0.976 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0632 0.955 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0632 0.957 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.4774 0.340 0.000 0.000 0.600 0.068 0.000 0.332
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0260 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3198 0.591 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-002 5 0.3653 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.012 NA
#> dkfz_11-003 6 0.3496 0.3191 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-004 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-005 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-006 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-007 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 5 0.4692 0.7140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.184 NA
#> dkfz_11-009 6 0.3520 0.0679 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 NA
#> dkfz_11-010 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-012 6 0.3612 0.3236 0.000 0.416 0.000 0.004 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-013 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-014 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-015 6 0.2708 0.5173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 NA
#> dkfz_11-016 6 0.2837 0.5156 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.776 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 1 0.4121 0.5917 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 NA
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-023 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-024 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-025 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-026 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-027 2 0.1123 0.7284 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.2005 0.8321 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.3252 0.7768 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-033 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 1 0.3441 0.5688 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-035 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-036 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-037 6 0.4327 0.2272 0.000 0.036 0.000 0.000 0.376 0.580 NA
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 1 0.1277 0.8974 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 4 0.0134 0.9880 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-042 6 0.3496 0.3191 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-043 6 0.2837 0.5156 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.776 NA
#> dkfz_11-044 6 0.3459 0.2334 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 NA
#> dkfz_11-045 6 0.3496 0.3191 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-046 1 0.1277 0.8974 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-048 6 0.3700 0.1508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.580 NA
#> dkfz_11-049 1 0.1277 0.8974 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 6 0.2708 0.5173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 NA
#> dkfz_11-051 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.3252 0.7768 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 6 0.2359 0.5223 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 NA
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 1 0.1277 0.8974 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.1277 0.8974 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060 1 0.4507 0.3938 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 NA
#> dkfz_11-061 6 0.2628 0.5199 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 NA
#> dkfz_11-062 6 0.5587 0.2371 0.000 0.000 0.000 0.004 0.356 0.420 NA
#> dkfz_11-063 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-064 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-065 6 0.3496 0.3191 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-066 3 0.3266 0.7747 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.2759 0.8126 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-069 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-071 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-072 6 0.3943 0.3021 0.000 0.420 0.020 0.000 0.000 0.560 NA
#> dkfz_11-073 6 0.4111 0.3487 0.000 0.392 0.000 0.000 0.020 0.580 NA
#> dkfz_11-074 6 0.3534 0.0333 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 NA
#> dkfz_11-075 6 0.2708 0.5173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 NA
#> dkfz_11-091 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-092 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 4 0.0373 0.9808 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099 2 0.6221 0.4944 0.000 0.488 0.080 0.000 0.244 0.188 NA
#> dkfz_11-100 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 4 0.2422 0.7565 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-111 4 0.0990 0.9444 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-115 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 2 0.0334 0.7116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 4 0.0134 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 4 0.0637 0.9665 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 4 0.0582 0.9684 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 3 0.4883 0.2489 0.000 0.000 0.548 0.120 0.000 0.332 NA
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9912 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.3489 0.7707 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-144 3 0.2966 0.7991 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-145 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8485 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.2945 0.5406 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 NA
#> dkfz_11-150 5 0.3358 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 NA
#> dkfz_11-151 2 0.3358 0.8156 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.7269 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0395 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.2324 0.6953 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-004 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2938 0.6046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> dkfz_11-009 8 0.2582 0.6235 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.2417 0.6955 0.000 0.184 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.4967 0.7079 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.280 0.216
#> dkfz_11-016 6 0.4721 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.368 0.132
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.7269 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.7269 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0614 0.7099 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.3752 0.1554 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.556
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.2082 0.6745 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1803 0.6081 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.7269 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3153 0.0155 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 7 0.3220 0.7095 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.3890 0.1303 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.040
#> dkfz_11-035 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.1428 0.6419 0.000 0.016 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1780 0.9309 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.072
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0125 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2324 0.6953 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-043 6 0.4715 0.7657 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.364 0.132
#> dkfz_11-044 8 0.3560 0.2685 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.020 0.000 0.624
#> dkfz_11-045 8 0.2324 0.6953 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-046 1 0.1780 0.9309 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.072
#> dkfz_11-047 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.1244 0.6251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-049 1 0.1780 0.9309 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.072
#> dkfz_11-050 6 0.4715 0.7657 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.364 0.132
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.3220 0.7095 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.4513 0.4086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.096 0.408
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1780 0.9309 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.072
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1780 0.9309 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.072
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.3471 0.4324 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.668
#> dkfz_11-061 6 0.4862 0.7505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.340 0.164
#> dkfz_11-062 6 0.2921 0.5948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.2324 0.6953 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-066 7 0.3212 0.7115 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2985 0.1564 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 8 0.4064 0.6214 0.000 0.184 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-073 8 0.1244 0.6765 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-074 8 0.2715 0.6128 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-075 6 0.4715 0.7657 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.364 0.132
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0745 0.6410 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0313 0.9805 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.6413 -0.5135 0.000 0.352 0.080 0.000 0.032 0.384 0.000 0.152
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.2267 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-104 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1144 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.6293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0125 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0596 0.9666 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0544 0.9684 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0125 0.9611 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9619 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.4943 0.1631 0.000 0.000 0.480 0.180 0.000 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.3212 0.7115 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3307 -0.3738 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.7269 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.7269 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2016 0.5586 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3333 0.7731 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0507 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.2341 0.651 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3022 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.2549 0.585 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.2429 0.651 0.000 0.188 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3511 0.670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.076 0.216 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.1169 0.819 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.012 0.028 0.012
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0982 0.857 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-021 8 0.4626 0.183 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.484 0.004
#> dkfz_11-022 4 0.1313 0.920 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.2716 0.226 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2839 0.462 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 9 0.2839 0.499 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> dkfz_11-031 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.0515 0.848 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2548 0.748 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.836
#> dkfz_11-035 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.0000 0.615 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.2086 0.887 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0119 0.976 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2341 0.651 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0446 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.4456 0.350 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.012 0.152 0.608 0.000
#> dkfz_11-045 8 0.2341 0.651 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.2086 0.887 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.0000 0.615 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2086 0.887 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.0446 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.0581 0.847 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-054 6 0.3412 0.385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.016 0.408 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.2086 0.887 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2086 0.887 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.4421 0.429 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.588 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.2375 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.076 0.072 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2173 0.685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0212 0.923 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.2341 0.651 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.0119 0.846 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-067 3 0.3013 0.305 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 8 0.4757 0.295 0.000 0.192 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.0000 0.615 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.2681 0.570 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.811 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1741 0.734 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.1356 0.917 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.5286 0.340 0.000 0.124 0.060 0.000 0.012 0.028 0.624 0.152 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3378 0.675 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.084 0.180 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1082 0.924 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.2749 0.809 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0876 0.948 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0119 0.976 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0119 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.1663 0.909 0.000 0.020 0.000 0.904 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.1033 0.939 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0515 0.961 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0296 0.936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.6128 0.104 0.000 0.000 0.284 0.168 0.000 0.000 0.200 0.348 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.1224 0.926 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0119 0.846 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-144 9 0.2681 0.565 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0119 0.896 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.3013 0.948 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0202 0.8825 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 5 0.3166 0.7091 0.000 0.004 0.000 0.000 0.740 0.012 0.028 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-003 8 0.2173 0.5527 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2892 0.3981 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.2433 0.4385 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.2428 0.5526 0.000 0.188 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.800 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0226 0.8662 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 6 0.3693 0.4505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.216 0.000 0.116
#> dkfz_11-016 6 0.3016 0.6630 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.056 0.016 0.004 0.128
#> dkfz_11-017 3 0.0202 0.8825 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0605 0.8823 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1236 0.8510 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004
#> dkfz_11-021 8 0.4467 0.2051 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.480 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 4 0.2288 0.7573 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.2784 -0.0524 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2854 0.4612 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0202 0.8825 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 9 0.2760 0.5045 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.0426 0.8308 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2822 0.7021 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.808 0.008
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.0000 0.4654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.1334 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-039 1 0.2162 0.8709 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0113 0.9545 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2173 0.5527 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0492 0.7314 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.3961 -0.4584 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.004 0.000 0.556 0.000 0.364
#> dkfz_11-045 8 0.2343 0.5540 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.800 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 1 0.2162 0.8709 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.0000 0.4654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2162 0.8709 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 6 0.0492 0.7314 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.0492 0.8306 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.4375 0.0752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.080 0.408 0.000 0.024
#> dkfz_11-055 4 0.1334 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-056 1 0.2162 0.8709 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2162 0.8709 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.4321 0.3080 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.584 0.000 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.3554 0.4624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.052 0.000 0.332
#> dkfz_11-062 6 0.2822 0.6324 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-063 7 0.2828 0.9522 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.2173 0.5527 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.0492 0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-067 3 0.2875 0.2883 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 8 0.4732 0.1420 0.000 0.196 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 8 0.0000 0.4654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.2559 0.4233 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.7235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3010 -0.6403 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0226 0.8662 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.1689 0.8704 0.000 0.012 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4467 -0.0804 0.000 0.480 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.364
#> dkfz_11-100 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.3590 0.5233 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.128
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1033 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.1661 0.7152 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0986 0.9174 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.2748 0.9943 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0113 0.9546 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0113 0.9282 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.1815 0.8664 0.000 0.024 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.1253 0.8965 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0492 0.9415 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.1334 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-136 1 0.0282 0.9266 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.1334 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-139 10 0.5305 0.0000 0.000 0.000 0.124 0.104 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.440
#> dkfz_11-140 4 0.1412 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0492 0.8251 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-144 9 0.2931 0.5836 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0539 0.8830 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0605 0.8823 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0202 0.8825 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.8739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:pam 109 1.88e-12 2.35e-10 2
#> MAD:pam 134 2.56e-30 3.14e-33 3
#> MAD:pam 132 9.56e-53 1.44e-32 4
#> MAD:pam 124 6.19e-68 4.81e-32 5
#> MAD:pam 122 2.61e-74 1.52e-30 6
#> MAD:pam 120 3.03e-73 6.07e-30 7
#> MAD:pam 126 2.96e-65 8.16e-26 8
#> MAD:pam 124 8.17e-64 4.55e-23 9
#> MAD:pam 117 1.55e-61 6.54e-23 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.787 0.938 0.961 0.4918 0.502 0.502
#> 3 3 0.636 0.818 0.876 0.2903 0.836 0.678
#> 4 4 0.851 0.862 0.903 0.0965 0.932 0.813
#> 5 5 0.767 0.747 0.856 0.1044 0.886 0.644
#> 6 6 0.787 0.680 0.825 0.0670 0.932 0.707
#> 7 7 0.860 0.798 0.895 0.0341 0.888 0.502
#> 8 8 0.883 0.813 0.894 0.0224 0.937 0.638
#> 9 9 0.898 0.849 0.896 0.0131 0.950 0.666
#> 10 10 0.917 0.821 0.905 0.0102 0.977 0.818
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-003 1 0.0376 0.934 0.996 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.6438 0.775 0.164 0.836
#> dkfz_11-005 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-006 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.2948 0.925 0.948 0.052
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.7674 0.802 0.776 0.224
#> dkfz_11-012 1 0.7219 0.832 0.800 0.200
#> dkfz_11-013 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-014 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-015 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-016 1 0.5178 0.885 0.884 0.116
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-025 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-026 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-043 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-044 1 0.7219 0.832 0.800 0.200
#> dkfz_11-045 1 0.4298 0.916 0.912 0.088
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0376 0.934 0.996 0.004
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-062 1 0.7219 0.832 0.800 0.200
#> dkfz_11-063 1 0.7219 0.832 0.800 0.200
#> dkfz_11-064 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-065 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.9635 0.248 0.388 0.612
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.7056 0.840 0.808 0.192
#> dkfz_11-091 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.7219 0.832 0.800 0.200
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.7139 0.837 0.804 0.196
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.4161 0.918 0.916 0.084
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0424 0.823 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-002 3 0.5062 0.568 0.184 0.016 0.800
#> dkfz_11-003 1 0.6154 0.706 0.592 0.000 0.408
#> dkfz_11-004 2 0.8875 0.270 0.136 0.528 0.336
#> dkfz_11-005 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-006 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-007 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.5678 0.719 0.684 0.000 0.316
#> dkfz_11-009 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-010 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.6154 0.193 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-012 3 0.4291 0.785 0.008 0.152 0.840
#> dkfz_11-013 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-014 3 0.3192 0.815 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-015 3 0.3192 0.815 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-016 3 0.3618 0.820 0.012 0.104 0.884
#> dkfz_11-017 3 0.1015 0.827 0.008 0.012 0.980
#> dkfz_11-018 3 0.0424 0.823 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-019 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-020 3 0.0424 0.823 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-021 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-022 2 0.1411 0.919 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-025 3 0.4665 0.764 0.100 0.048 0.852
#> dkfz_11-026 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-027 2 0.2796 0.890 0.092 0.908 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2066 0.803 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-029 3 0.0424 0.823 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.2711 0.786 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-031 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2711 0.786 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-033 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2959 0.776 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-035 2 0.3752 0.867 0.144 0.856 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-037 1 0.6045 0.718 0.620 0.000 0.380
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-040 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-041 2 0.1643 0.924 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.5343 0.746 0.132 0.052 0.816
#> dkfz_11-043 3 0.5061 0.729 0.008 0.208 0.784
#> dkfz_11-044 3 0.3752 0.795 0.000 0.144 0.856
#> dkfz_11-045 3 0.5741 0.677 0.188 0.036 0.776
#> dkfz_11-046 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.5733 0.733 0.676 0.000 0.324
#> dkfz_11-049 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-050 3 0.3532 0.819 0.008 0.108 0.884
#> dkfz_11-051 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-053 3 0.2711 0.786 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-054 3 0.1491 0.824 0.016 0.016 0.968
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-057 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-058 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-061 3 0.3826 0.804 0.008 0.124 0.868
#> dkfz_11-062 3 0.5905 0.510 0.000 0.352 0.648
#> dkfz_11-063 3 0.6308 0.141 0.000 0.492 0.508
#> dkfz_11-064 1 0.6625 0.702 0.660 0.024 0.316
#> dkfz_11-065 1 0.6510 0.639 0.624 0.012 0.364
#> dkfz_11-066 3 0.2711 0.786 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-067 3 0.2711 0.786 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-068 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-069 2 0.2796 0.890 0.092 0.908 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.6553 0.145 0.008 0.580 0.412
#> dkfz_11-071 2 0.0848 0.935 0.008 0.984 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.3112 0.820 0.004 0.096 0.900
#> dkfz_11-073 1 0.5760 0.733 0.672 0.000 0.328
#> dkfz_11-074 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-075 3 0.3618 0.821 0.012 0.104 0.884
#> dkfz_11-091 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-092 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-094 3 0.5988 0.693 0.168 0.056 0.776
#> dkfz_11-095 2 0.0424 0.939 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.3192 0.815 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-100 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3482 0.874 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0237 0.940 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.4865 0.850 0.136 0.832 0.032
#> dkfz_11-116 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-117 2 0.0237 0.940 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0237 0.941 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0424 0.939 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-137 1 0.3941 0.794 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.3192 0.815 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.1289 0.930 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2711 0.786 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-144 3 0.2711 0.786 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-145 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-146 3 0.0424 0.823 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-147 3 0.0424 0.823 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-148 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-149 3 0.0661 0.824 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-150 1 0.6228 0.717 0.672 0.012 0.316
#> dkfz_11-151 2 0.3816 0.865 0.148 0.852 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0592 0.861 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.4746 0.674 0.000 0.368 0.632 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.2282 0.866 0.924 0.024 0.052 0.000
#> dkfz_11-004 4 0.6222 0.291 0.000 0.412 0.056 0.532
#> dkfz_11-005 2 0.5361 0.835 0.224 0.716 0.060 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.5184 0.852 0.204 0.736 0.060 0.000
#> dkfz_11-007 4 0.2216 0.911 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-008 2 0.6253 0.583 0.396 0.544 0.060 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 4 0.2216 0.911 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-011 4 0.7099 0.308 0.000 0.280 0.168 0.552
#> dkfz_11-012 3 0.6797 0.484 0.000 0.356 0.536 0.108
#> dkfz_11-013 2 0.5109 0.855 0.196 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.4406 0.751 0.000 0.300 0.700 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.3764 0.808 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.3649 0.813 0.000 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1557 0.851 0.000 0.056 0.944 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0592 0.861 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.5184 0.852 0.204 0.736 0.060 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1211 0.850 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0921 0.934 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-023 4 0.0817 0.941 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-024 2 0.4685 0.843 0.156 0.784 0.060 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2281 0.708 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.5184 0.852 0.204 0.736 0.060 0.000
#> dkfz_11-027 4 0.2149 0.914 0.000 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-028 3 0.1211 0.850 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1211 0.850 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 4 0.2345 0.906 0.000 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 4 0.2216 0.911 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-034 3 0.2300 0.825 0.064 0.016 0.920 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.1474 0.929 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-036 2 0.5109 0.855 0.196 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.6176 0.588 0.368 0.572 0.060 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0469 0.944 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.1302 0.933 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-042 2 0.6527 -0.174 0.000 0.508 0.416 0.076
#> dkfz_11-043 3 0.5809 0.718 0.000 0.216 0.692 0.092
#> dkfz_11-044 3 0.5067 0.774 0.000 0.216 0.736 0.048
#> dkfz_11-045 2 0.3266 0.626 0.000 0.832 0.168 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.0817 0.941 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-048 1 0.4227 0.701 0.820 0.120 0.060 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.3764 0.808 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.2149 0.914 0.000 0.088 0.000 0.912
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.3982 0.805 0.004 0.220 0.776 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0469 0.944 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-060 1 0.0188 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.5184 0.707 0.000 0.304 0.672 0.024
#> dkfz_11-062 3 0.5674 0.690 0.000 0.132 0.720 0.148
#> dkfz_11-063 4 0.6796 0.417 0.000 0.152 0.252 0.596
#> dkfz_11-064 2 0.3088 0.783 0.052 0.888 0.060 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4364 0.802 0.092 0.816 0.092 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0336 0.862 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.5109 0.855 0.196 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-069 4 0.2216 0.911 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-070 4 0.7299 0.186 0.000 0.296 0.184 0.520
#> dkfz_11-071 4 0.1388 0.937 0.000 0.028 0.012 0.960
#> dkfz_11-072 3 0.0336 0.863 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0895 0.951 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.3764 0.808 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.5109 0.855 0.196 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.2216 0.911 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1716 0.729 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-097 4 0.0707 0.942 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-098 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-099 3 0.3764 0.808 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.2216 0.911 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-101 4 0.1474 0.931 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-102 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 4 0.0817 0.941 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-105 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-106 4 0.2675 0.894 0.000 0.100 0.008 0.892
#> dkfz_11-107 4 0.0592 0.943 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-110 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-113 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-114 4 0.0817 0.941 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-115 4 0.3876 0.840 0.000 0.124 0.040 0.836
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-119 4 0.2216 0.911 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 4 0.1022 0.931 0.000 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-127 4 0.0188 0.945 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-128 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-129 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-133 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-134 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-135 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-136 1 0.0188 0.976 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-139 3 0.3726 0.810 0.000 0.212 0.788 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-142 4 0.0336 0.946 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.5109 0.855 0.196 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1211 0.850 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0592 0.861 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.5109 0.855 0.196 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0592 0.861 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.5184 0.852 0.204 0.736 0.060 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.1637 0.926 0.000 0.060 0.000 0.940
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.6785 0.30705 0.000 0.312 0.388 0.000 0.300
#> dkfz_11-003 1 0.2179 0.87117 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-004 2 0.4971 0.58919 0.000 0.752 0.028 0.112 0.108
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2074 0.84839 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4779 0.10218 0.000 0.704 0.248 0.016 0.032
#> dkfz_11-012 2 0.4577 0.00156 0.000 0.676 0.296 0.004 0.024
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 3 0.4731 0.75037 0.000 0.328 0.640 0.000 0.032
#> dkfz_11-015 3 0.4184 0.78677 0.000 0.284 0.700 0.000 0.016
#> dkfz_11-016 3 0.4184 0.78677 0.000 0.284 0.700 0.000 0.016
#> dkfz_11-017 3 0.0162 0.85604 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2020 0.74189 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-023 4 0.4273 -0.12826 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0898 0.92659 0.000 0.008 0.020 0.000 0.972
#> dkfz_11-025 5 0.5329 0.63649 0.000 0.184 0.144 0.000 0.672
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0451 0.85549 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0162 0.93514 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-037 5 0.2899 0.87244 0.004 0.096 0.028 0.000 0.872
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.3796 0.41564 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.6729 0.16031 0.000 0.536 0.300 0.040 0.124
#> dkfz_11-043 2 0.4309 -0.03349 0.000 0.676 0.308 0.000 0.016
#> dkfz_11-044 3 0.4290 0.77656 0.000 0.304 0.680 0.000 0.016
#> dkfz_11-045 5 0.4049 0.79015 0.000 0.164 0.056 0.000 0.780
#> dkfz_11-046 1 0.0162 0.96717 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.2424 0.84565 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.4184 0.78677 0.000 0.284 0.700 0.000 0.016
#> dkfz_11-051 2 0.4045 0.69356 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.4184 0.78677 0.000 0.284 0.700 0.000 0.016
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0162 0.96717 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 3 0.4747 0.51129 0.000 0.488 0.496 0.000 0.016
#> dkfz_11-062 3 0.5330 0.74184 0.000 0.296 0.640 0.048 0.016
#> dkfz_11-063 3 0.5990 0.67540 0.000 0.220 0.640 0.112 0.028
#> dkfz_11-064 5 0.0898 0.92659 0.000 0.008 0.020 0.000 0.972
#> dkfz_11-065 5 0.3011 0.80604 0.000 0.016 0.140 0.000 0.844
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.7208 0.52880 0.000 0.488 0.244 0.228 0.040
#> dkfz_11-071 2 0.6133 0.58674 0.000 0.544 0.164 0.292 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.2020 0.84060 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0703 0.95291 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.4184 0.78677 0.000 0.284 0.700 0.000 0.016
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3152 0.84458 0.000 0.136 0.024 0.000 0.840
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0794 0.82618 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.4206 0.78516 0.000 0.288 0.696 0.000 0.016
#> dkfz_11-100 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.4227 -0.03783 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.4126 0.15080 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.4273 -0.12826 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.4777 0.68789 0.000 0.664 0.000 0.292 0.044
#> dkfz_11-107 4 0.2424 0.72431 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0162 0.83672 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.1341 0.80891 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.4273 -0.12826 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.4273 -0.12826 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.4869 0.64001 0.000 0.712 0.000 0.192 0.096
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1608 0.80438 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0510 0.83183 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.1341 0.80891 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.1478 0.80237 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.3983 0.40404 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.4268 -0.11205 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0703 0.82815 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0162 0.83672 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.4088 0.19453 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0290 0.83498 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3635 0.59980 0.748 0.000 0.248 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.96990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.4206 0.78516 0.000 0.288 0.696 0.000 0.016
#> dkfz_11-140 4 0.1341 0.80891 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.83750 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0162 0.83669 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.85766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.93607 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.3999 0.70868 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.6044 -0.30304 0.000 0.000 0.276 0.000 0.416 0.308
#> dkfz_11-003 1 0.2562 0.79497 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.4308 0.60474 0.000 0.756 0.116 0.008 0.004 0.116
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0260 0.88156 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.6131 0.56697 0.000 0.200 0.276 0.008 0.008 0.508
#> dkfz_11-012 6 0.4840 0.70631 0.000 0.056 0.292 0.008 0.004 0.640
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3874 0.69732 0.000 0.000 0.356 0.000 0.008 0.636
#> dkfz_11-015 6 0.3841 0.68557 0.000 0.000 0.380 0.000 0.004 0.616
#> dkfz_11-016 3 0.3966 -0.29190 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.4245 0.68202 0.000 0.012 0.008 0.648 0.004 0.328
#> dkfz_11-023 2 0.3050 0.70209 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.1686 0.82117 0.000 0.000 0.064 0.000 0.924 0.012
#> dkfz_11-025 6 0.6856 0.44199 0.000 0.108 0.140 0.000 0.284 0.468
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0146 0.86074 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.2300 0.77491 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5487 0.52907 0.164 0.000 0.144 0.000 0.652 0.040
#> dkfz_11-038 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.1501 0.65995 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.7639 0.50632 0.076 0.236 0.152 0.008 0.052 0.476
#> dkfz_11-043 6 0.4728 0.70884 0.000 0.048 0.292 0.008 0.004 0.648
#> dkfz_11-044 6 0.3830 0.68846 0.000 0.000 0.376 0.000 0.004 0.620
#> dkfz_11-045 6 0.6322 0.39466 0.000 0.040 0.148 0.000 0.340 0.472
#> dkfz_11-046 1 0.0146 0.96528 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2793 0.73454 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.1204 0.92198 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3872 0.67387 0.000 0.000 0.392 0.000 0.004 0.604
#> dkfz_11-051 2 0.3647 0.53893 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.3944 0.61535 0.000 0.000 0.428 0.000 0.004 0.568
#> dkfz_11-055 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-060 1 0.0146 0.96528 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.4642 0.70974 0.000 0.040 0.300 0.008 0.004 0.648
#> dkfz_11-062 3 0.5612 -0.04950 0.000 0.156 0.564 0.000 0.008 0.272
#> dkfz_11-063 2 0.6278 -0.08818 0.000 0.448 0.356 0.012 0.008 0.176
#> dkfz_11-064 5 0.2350 0.79001 0.000 0.000 0.076 0.000 0.888 0.036
#> dkfz_11-065 5 0.6299 0.16642 0.008 0.040 0.148 0.000 0.548 0.256
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.6064 -0.00683 0.000 0.512 0.244 0.008 0.004 0.232
#> dkfz_11-071 2 0.2971 0.74655 0.000 0.844 0.104 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3961 -0.27925 0.000 0.000 0.556 0.000 0.004 0.440
#> dkfz_11-073 1 0.2416 0.81608 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3923 0.63705 0.000 0.000 0.416 0.000 0.004 0.580
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.6032 0.25668 0.000 0.040 0.100 0.000 0.388 0.472
#> dkfz_11-095 4 0.0520 0.70117 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-097 4 0.0260 0.69975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.70123 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3890 0.66323 0.000 0.000 0.400 0.000 0.004 0.596
#> dkfz_11-100 2 0.1007 0.81273 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.3727 0.08898 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-103 4 0.3899 0.09097 0.000 0.404 0.000 0.592 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 2 0.3634 0.54964 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0146 0.70068 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1151 0.80511 0.000 0.956 0.032 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.3634 0.23539 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0260 0.69975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-110 4 0.0508 0.69687 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 4 0.3868 -0.22215 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.70123 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-114 2 0.3782 0.43772 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1367 0.79803 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.2994 0.51643 0.000 0.208 0.000 0.788 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 4 0.0260 0.69975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.81483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.2838 0.54317 0.000 0.188 0.000 0.808 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3215 0.46734 0.000 0.240 0.000 0.756 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 4 0.3930 0.03520 0.000 0.420 0.000 0.576 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3782 0.07293 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-127 4 0.0363 0.69848 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-129 4 0.0146 0.70154 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 4 0.3769 0.23140 0.000 0.356 0.000 0.640 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 4 0.0260 0.69975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.3563 0.68524 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> dkfz_11-133 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-134 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-135 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-136 1 0.2520 0.74786 0.844 0.000 0.152 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.96825 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-139 3 0.3950 -0.24725 0.000 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> dkfz_11-140 4 0.2805 0.54799 0.000 0.184 0.000 0.812 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.3607 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-142 4 0.0363 0.69879 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.86625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0363 0.85395 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.88769 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.2416 0.76679 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.3602 0.582 0.000 0.000 0.044 0.000 0.224 0.732 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.1663 0.899 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.3254 0.511 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.716 0.008
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0239 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0239 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 6 0.1409 0.662 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004
#> dkfz_11-012 6 0.0134 0.673 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0268 0.673 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3008 0.470 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.3680 0.135 0.000 0.000 0.512 0.004 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0334 0.898 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.3105 0.809 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.084 0.100
#> dkfz_11-023 7 0.3104 0.634 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-024 5 0.3308 0.395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.2759 0.653 0.000 0.060 0.000 0.000 0.096 0.844 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0239 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0239 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0239 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.1222 0.846 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-035 7 0.3294 0.541 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3446 0.424 0.004 0.000 0.000 0.000 0.348 0.648 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-039 1 0.0134 0.980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.2081 0.847 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-042 6 0.2225 0.619 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0000 0.673 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.3230 0.436 0.000 0.000 0.292 0.004 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.2190 0.633 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1671 0.870 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.3252 0.574 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-048 1 0.0239 0.977 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3471 0.308 0.000 0.000 0.356 0.004 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.2715 0.791 0.000 0.140 0.000 0.028 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.2190 0.609 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-060 1 0.0134 0.980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.673 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5137 0.174 0.000 0.068 0.508 0.012 0.000 0.400 0.012
#> dkfz_11-063 6 0.5929 0.272 0.000 0.184 0.336 0.008 0.000 0.452 0.020
#> dkfz_11-064 6 0.3450 0.345 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3280 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0239 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 6 0.3414 0.467 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.680 0.008
#> dkfz_11-071 6 0.4244 0.355 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.588 0.048
#> dkfz_11-072 6 0.3475 0.295 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1514 0.913 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3574 0.201 0.000 0.000 0.396 0.004 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0239 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.2225 0.630 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.2682 0.803 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-096 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 7 0.1926 0.853 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-098 7 0.2945 0.753 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-099 6 0.3446 0.326 0.000 0.000 0.348 0.004 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.2043 0.821 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-101 7 0.1382 0.861 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-102 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-103 7 0.0422 0.856 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-104 7 0.1277 0.842 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-105 7 0.2572 0.814 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-106 6 0.4117 0.110 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.500 0.028
#> dkfz_11-107 7 0.0268 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-108 7 0.2259 0.838 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-109 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 7 0.0728 0.864 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-111 7 0.0422 0.856 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-112 7 0.2734 0.794 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-113 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-114 7 0.1222 0.843 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-115 6 0.3730 0.262 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.560 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0268 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-118 7 0.2453 0.825 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-119 2 0.0863 0.942 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-120 7 0.0334 0.862 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0239 0.861 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-123 7 0.0422 0.856 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0422 0.856 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-126 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 7 0.0927 0.864 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-128 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-129 7 0.2832 0.778 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-130 7 0.0239 0.859 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-131 7 0.2543 0.818 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-132 4 0.1844 0.853 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-133 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-134 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-135 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-136 6 0.3538 0.203 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-139 3 0.3775 0.360 0.000 0.000 0.600 0.008 0.000 0.388 0.004
#> dkfz_11-140 7 0.0334 0.862 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-141 4 0.0334 0.979 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-142 7 0.2514 0.820 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0927 0.876 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.3467 0.415 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0745 0.9391 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.5913 0.0285 0.000 0.000 0.080 0.000 0.456 0.188 0.000 0.276
#> dkfz_11-003 1 0.2363 0.8948 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076 0.000 0.044
#> dkfz_11-004 2 0.3528 0.6205 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.216
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8495 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1275 0.8639 0.020 0.000 0.000 0.000 0.940 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0992 0.9447 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8495 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3030 0.6713 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.164
#> dkfz_11-012 6 0.3237 0.4527 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.352
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.1963 0.7135 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.868 0.000 0.128
#> dkfz_11-015 6 0.2146 0.7942 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.868 0.000 0.020
#> dkfz_11-016 6 0.2417 0.7743 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.812 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0471 0.9285 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1118 0.9381 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0125 0.9583 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0992 0.8932 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.2534 0.6987 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.3398 0.1501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.004 0.000 0.428
#> dkfz_11-025 8 0.2201 0.8586 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020 0.088 0.000 0.880
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8495 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1416 0.9369 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.040 0.000 0.028
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8495 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1465 0.9381 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.048 0.000 0.024
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8495 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2112 0.9152 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.060 0.000 0.056
#> dkfz_11-035 2 0.3153 0.4787 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0125 0.9095 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.2771 0.8094 0.032 0.000 0.000 0.000 0.064 0.052 0.000 0.852
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0544 0.9526 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-040 1 0.0806 0.9557 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 7 0.1605 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2700 0.7855 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.820
#> dkfz_11-043 6 0.2954 0.5411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-044 6 0.1991 0.7922 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.880 0.000 0.016
#> dkfz_11-045 8 0.1895 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.088 0.000 0.892
#> dkfz_11-046 1 0.0868 0.9448 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-047 7 0.2954 0.5059 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.2631 0.8795 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076 0.000 0.072
#> dkfz_11-049 1 0.0806 0.9557 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.1765 0.7951 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.2859 0.7171 0.000 0.172 0.000 0.032 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0806 0.9557 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.1607 0.9351 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.040 0.000 0.040
#> dkfz_11-054 6 0.3811 0.7019 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.700 0.000 0.088
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0806 0.9557 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1416 0.9368 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.040
#> dkfz_11-061 6 0.2921 0.5545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-062 6 0.3599 0.7520 0.000 0.044 0.200 0.000 0.000 0.740 0.016 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.5121 0.6201 0.000 0.184 0.144 0.000 0.000 0.616 0.052 0.004
#> dkfz_11-064 8 0.3346 0.4636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.012 0.000 0.656
#> dkfz_11-065 8 0.1666 0.8582 0.000 0.004 0.000 0.000 0.044 0.032 0.000 0.920
#> dkfz_11-066 3 0.1607 0.9351 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.040 0.000 0.040
#> dkfz_11-067 3 0.0438 0.9335 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8495 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5097 0.1458 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.268
#> dkfz_11-071 2 0.2360 0.8016 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048 0.064
#> dkfz_11-072 6 0.3829 0.6632 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.676 0.000 0.068
#> dkfz_11-073 1 0.2449 0.8918 0.868 0.000 0.000 0.000 0.012 0.076 0.000 0.044
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1876 0.7946 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.8495 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0806 0.9557 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 8 0.2025 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.076 0.000 0.888
#> dkfz_11-095 4 0.3015 0.4212 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2237 0.7994 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.3283 0.0800 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1999 0.7953 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 2 0.1195 0.8178 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.1368 0.8509 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0125 0.8594 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0313 0.8583 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.2628 0.7351 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1556 0.8094 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.088
#> dkfz_11-107 7 0.0125 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.2237 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0395 0.8606 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0224 0.8591 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.3318 0.2819 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0224 0.8591 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1653 0.8065 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> dkfz_11-116 1 0.0806 0.9557 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 7 0.0125 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.2484 0.7616 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0544 0.8420 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0125 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0806 0.9557 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 7 0.0125 0.8594 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0125 0.8594 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0125 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.1563 0.8421 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 7 0.3283 0.3791 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0251 0.8607 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.3108 0.5720 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0681 0.9080 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1319 0.9248 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.068
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2970 0.6448 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0125 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.2509 0.7579 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1726 0.9324 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.044 0.000 0.044
#> dkfz_11-144 3 0.0937 0.9327 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0992 0.9378 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3502 0.3512 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.360 0.000 0.016
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3119 0.4939 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0296 0.9516 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.4052 0.7005 0.000 0.000 0.064 0.000 0.712 0.068 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.4050 0.7454 0.132 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000 0.704 0.140
#> dkfz_11-004 2 0.3288 0.7462 0.000 0.804 0.004 0.000 0.000 0.056 0.000 0.080 0.056
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8579 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2261 0.7754 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.152 0.008
#> dkfz_11-009 8 0.4165 0.5433 0.324 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.088
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8579 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2560 0.7607 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.2587 0.7827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.128 0.048
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0446 0.8652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0776 0.8683 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.0959 0.8632 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.0515 0.9392 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0741 0.9380 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0414 0.9511 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.1082 0.9312 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0930 0.9178 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2699 0.6264 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.1786 0.8502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.3643 0.6871 0.000 0.048 0.000 0.000 0.064 0.108 0.000 0.772 0.008
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8579 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2146 0.6739 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-029 3 0.0296 0.9516 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 9 0.2861 0.9396 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8579 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.2853 0.9267 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-033 2 0.0296 0.8565 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-034 9 0.3231 0.8819 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012 0.732
#> dkfz_11-035 7 0.2917 0.4105 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.1860 0.7575 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.000 0.908 0.048
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0212 0.9719 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0331 0.9724 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0446 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2717 0.7157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.808 0.048
#> dkfz_11-043 6 0.2086 0.8155 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.104 0.028
#> dkfz_11-044 6 0.0331 0.8696 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 8 0.2351 0.6363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0939 0.9553 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-047 2 0.3039 0.4351 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.3669 0.7407 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.140
#> dkfz_11-049 1 0.0237 0.9727 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0331 0.8696 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 7 0.3443 -0.0613 0.000 0.472 0.000 0.008 0.000 0.000 0.516 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0331 0.9724 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.2899 0.9393 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-054 6 0.2003 0.8459 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.892 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0212 0.9719 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0331 0.9724 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0414 0.9697 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2108 0.8561 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.032
#> dkfz_11-061 6 0.1636 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.1400 0.8570 0.000 0.036 0.028 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2724 0.7278 0.000 0.196 0.016 0.000 0.000 0.784 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.2339 0.8137 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.020 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.0855 0.7549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.2811 0.9386 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.716
#> dkfz_11-067 9 0.3055 0.8295 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8579 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4760 0.1633 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.072 0.048
#> dkfz_11-071 2 0.3136 0.7554 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.024 0.120 0.012 0.036
#> dkfz_11-072 6 0.2809 0.7530 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-073 8 0.4014 0.7450 0.136 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000 0.704 0.140
#> dkfz_11-074 1 0.0703 0.9641 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.0414 0.8691 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.8579 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0331 0.9724 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4037 0.5292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.104 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.2549 0.7239 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0446 0.8892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.2608 0.7035 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0331 0.8696 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 2 0.1546 0.8225 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.016
#> dkfz_11-101 7 0.1763 0.8252 0.000 0.088 0.000 0.012 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.2145 0.7938 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0827 0.8515 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.0706 0.8824 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.2421 0.7516 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1174 0.8456 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-116 1 0.0331 0.9724 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.1706 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0818 0.8521 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0331 0.9724 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0212 0.9719 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0446 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.2277 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.2200 0.7876 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1056 0.9469 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-137 1 0.0212 0.9719 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2872 0.7499 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.2118 0.7971 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.2899 0.9393 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-144 9 0.2893 0.9173 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0414 0.9511 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0507 0.9491 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3798 0.3463 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9246 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.2392 0.7233 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1987 0.8274 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3790 0.6959 0.000 0.000 0.044 0.000 0.716 0.012 0.000 0.040 0.000 0.188
#> dkfz_11-003 8 0.1258 0.7156 0.048 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3224 0.2636 0.000 0.580 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.408
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.1694 0.8325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.2021 0.7559 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 10 0.4396 0.5595 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-012 10 0.2933 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.004 0.640
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.2653 0.4808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> dkfz_11-015 6 0.0315 0.8284 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.0226 0.8304 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0404 0.8638 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.2291 0.8142 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0404 0.8638 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.2682 0.6998 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0282 0.9715 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3393 0.5215 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-024 5 0.1223 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-025 10 0.3167 0.6787 0.000 0.064 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.108 0.000 0.796
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2857 0.4336 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0404 0.8638 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-030 9 0.0984 0.9469 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 9 0.0784 0.9454 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.1717 0.8900 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.908 0.060
#> dkfz_11-035 7 0.3178 0.5211 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.2710 0.4159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.748 0.000 0.236
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0282 0.9734 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0226 0.9514 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 10 0.3808 0.6936 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.120 0.004 0.728
#> dkfz_11-043 6 0.2943 -0.0557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 10 0.2747 0.6756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.152 0.000 0.792
#> dkfz_11-046 1 0.1601 0.9031 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.056
#> dkfz_11-047 2 0.3542 0.4695 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-048 8 0.1124 0.7284 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0113 0.8307 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.3621 0.4807 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.004 0.004 0.036
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.0874 0.9479 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.1249 0.8090 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.000 0.032 0.000 0.012
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0282 0.9734 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.2996 0.4783 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.2772 0.6729 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 10 0.3008 0.2803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> dkfz_11-062 6 0.1031 0.8233 0.000 0.004 0.024 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-063 6 0.3064 0.6284 0.000 0.168 0.016 0.000 0.000 0.784 0.016 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-064 5 0.1335 0.9008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-065 10 0.2477 0.6358 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.200 0.000 0.788
#> dkfz_11-066 9 0.0786 0.9469 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-067 9 0.2047 0.8270 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 10 0.3604 0.4464 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004 0.620
#> dkfz_11-071 2 0.3737 -0.0291 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-072 6 0.2319 0.6830 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.1339 0.7080 0.040 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.2960 0.5477 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0113 0.8307 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.8098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3807 0.4603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.012 0.000 0.048 0.000 0.348
#> dkfz_11-095 7 0.1079 0.9173 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0113 0.9523 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.1727 0.8501 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0113 0.8307 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.1234 0.7904 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-101 7 0.1766 0.8711 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.004 0.020
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.1334 0.8971 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0929 0.7988 0.000 0.956 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.0282 0.9494 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 7 0.1523 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1043 0.7959 0.000 0.948 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.0784 0.9330 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0429 0.8072 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0113 0.9513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0282 0.9734 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1938 0.7589 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.1033 0.9202 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1601 0.9031 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.056
#> dkfz_11-137 1 0.0282 0.9734 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0786 0.8208 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.1253 0.9043 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0874 0.9479 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-144 9 0.1523 0.9053 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0404 0.8638 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2183 0.8131 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3481 0.2750 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0113 0.9362 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.2702 0.7095 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004 0.004 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:mclust 135 2.38e-24 5.39e-09 2
#> MAD:mclust 132 1.45e-46 8.40e-15 3
#> MAD:mclust 130 1.50e-60 1.69e-25 4
#> MAD:mclust 121 1.41e-63 7.60e-30 5
#> MAD:mclust 116 3.62e-84 1.26e-27 6
#> MAD:mclust 116 1.57e-78 3.91e-32 7
#> MAD:mclust 124 4.87e-84 5.31e-36 8
#> MAD:mclust 131 1.88e-84 4.84e-37 9
#> MAD:mclust 123 9.53e-76 3.73e-33 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.716 0.857 0.928 0.4445 0.570 0.570
#> 3 3 0.480 0.681 0.819 0.3839 0.845 0.728
#> 4 4 0.612 0.695 0.763 0.1083 0.931 0.836
#> 5 5 0.673 0.769 0.823 0.1186 0.852 0.598
#> 6 6 0.706 0.730 0.785 0.0280 0.973 0.887
#> 7 7 0.730 0.678 0.778 0.0281 0.992 0.964
#> 8 8 0.737 0.783 0.809 0.0273 0.923 0.660
#> 9 9 0.798 0.775 0.858 0.0220 0.988 0.921
#> 10 10 0.827 0.743 0.844 0.0137 0.994 0.961
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> dkfz_11-004 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-005 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.2236 0.898 0.036 0.964
#> dkfz_11-008 2 0.1633 0.902 0.024 0.976
#> dkfz_11-009 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> dkfz_11-010 2 0.1184 0.904 0.016 0.984
#> dkfz_11-011 2 0.1184 0.904 0.016 0.984
#> dkfz_11-012 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> dkfz_11-022 1 0.2043 0.938 0.968 0.032
#> dkfz_11-023 2 0.1184 0.904 0.016 0.984
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.1184 0.904 0.016 0.984
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.1184 0.904 0.016 0.984
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.1184 0.904 0.016 0.984
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.4022 0.876 0.080 0.920
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.9922 0.333 0.448 0.552
#> dkfz_11-042 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> dkfz_11-043 2 0.2603 0.895 0.044 0.956
#> dkfz_11-044 2 0.3431 0.884 0.064 0.936
#> dkfz_11-045 2 0.0672 0.905 0.008 0.992
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-048 2 0.4022 0.876 0.080 0.920
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> dkfz_11-051 2 0.8661 0.667 0.288 0.712
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1414 0.946 0.980 0.020
#> dkfz_11-060 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> dkfz_11-061 2 0.0376 0.905 0.004 0.996
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.1633 0.902 0.024 0.976
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.1184 0.904 0.016 0.984
#> dkfz_11-070 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> dkfz_11-071 2 0.1414 0.903 0.020 0.980
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.4161 0.874 0.084 0.916
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.9087 0.613 0.324 0.676
#> dkfz_11-096 1 0.0672 0.951 0.992 0.008
#> dkfz_11-097 2 0.8661 0.668 0.288 0.712
#> dkfz_11-098 2 0.9977 0.258 0.472 0.528
#> dkfz_11-099 2 0.1633 0.902 0.024 0.976
#> dkfz_11-100 2 0.3584 0.882 0.068 0.932
#> dkfz_11-101 2 0.8713 0.662 0.292 0.708
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.9044 0.619 0.320 0.680
#> dkfz_11-104 2 0.8386 0.692 0.268 0.732
#> dkfz_11-105 1 0.3879 0.902 0.924 0.076
#> dkfz_11-106 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-107 2 0.8713 0.662 0.292 0.708
#> dkfz_11-108 2 0.9732 0.449 0.404 0.596
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.9963 0.282 0.464 0.536
#> dkfz_11-111 2 0.9522 0.520 0.372 0.628
#> dkfz_11-112 1 0.3879 0.902 0.924 0.076
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.8713 0.662 0.292 0.708
#> dkfz_11-115 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.8909 0.638 0.308 0.692
#> dkfz_11-118 1 0.3584 0.911 0.932 0.068
#> dkfz_11-119 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> dkfz_11-120 2 0.8713 0.662 0.292 0.708
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.9129 0.605 0.328 0.672
#> dkfz_11-123 2 0.8763 0.656 0.296 0.704
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.8861 0.644 0.304 0.696
#> dkfz_11-126 1 0.2043 0.938 0.968 0.032
#> dkfz_11-127 2 0.8661 0.668 0.288 0.712
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0672 0.951 0.992 0.008
#> dkfz_11-130 1 0.9087 0.466 0.676 0.324
#> dkfz_11-131 2 0.8813 0.650 0.300 0.700
#> dkfz_11-132 1 0.0672 0.951 0.992 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.1414 0.946 0.980 0.020
#> dkfz_11-134 1 0.0376 0.953 0.996 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.9000 0.626 0.316 0.684
#> dkfz_11-141 1 0.0376 0.953 0.996 0.004
#> dkfz_11-142 1 0.4022 0.900 0.920 0.080
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-002 2 0.6260 0.2751 0.000 0.552 0.448
#> dkfz_11-003 1 0.4883 0.7738 0.788 0.208 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.4931 0.5553 0.000 0.768 0.232
#> dkfz_11-006 2 0.6267 0.2690 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-007 2 0.0892 0.6849 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-008 2 0.2448 0.6708 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-009 1 0.4883 0.7738 0.788 0.208 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.1753 0.6810 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-011 2 0.1753 0.6810 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-012 2 0.3412 0.6433 0.000 0.876 0.124
#> dkfz_11-013 2 0.6267 0.2690 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-014 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-015 2 0.6079 0.3719 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-016 2 0.6026 0.3829 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-017 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-018 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-019 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-020 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-021 1 0.4883 0.7738 0.788 0.208 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.5212 0.8889 0.828 0.064 0.108
#> dkfz_11-023 2 0.1753 0.6810 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-024 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-025 2 0.1860 0.6800 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-026 2 0.6244 0.2902 0.000 0.560 0.440
#> dkfz_11-027 2 0.1753 0.6810 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-028 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-029 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-030 3 0.3340 0.9586 0.000 0.120 0.880
#> dkfz_11-031 2 0.1753 0.6810 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-032 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.6244 0.2878 0.000 0.560 0.440
#> dkfz_11-037 2 0.1163 0.6792 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3846 0.9003 0.876 0.016 0.108
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.8212 0.3792 0.296 0.600 0.104
#> dkfz_11-042 1 0.4883 0.7738 0.788 0.208 0.004
#> dkfz_11-043 2 0.0424 0.6854 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.5708 0.5876 0.028 0.768 0.204
#> dkfz_11-045 2 0.4291 0.6039 0.000 0.820 0.180
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1163 0.6792 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.6140 0.3376 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-051 2 0.6410 0.6152 0.144 0.764 0.092
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3551 0.9471 0.000 0.132 0.868
#> dkfz_11-054 2 0.6252 0.2754 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-055 1 0.3846 0.9003 0.876 0.016 0.108
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.5042 0.8892 0.836 0.060 0.104
#> dkfz_11-060 1 0.4883 0.7738 0.788 0.208 0.004
#> dkfz_11-061 2 0.3752 0.6319 0.000 0.856 0.144
#> dkfz_11-062 2 0.6267 0.2690 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-063 2 0.6267 0.2690 0.000 0.548 0.452
#> dkfz_11-064 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-065 2 0.2261 0.6740 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-066 3 0.3267 0.9589 0.000 0.116 0.884
#> dkfz_11-067 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-068 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-069 2 0.1753 0.6810 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-070 2 0.2537 0.6687 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-071 2 0.1753 0.6819 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-072 3 0.3412 0.9550 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-073 2 0.1289 0.6779 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6111 0.3544 0.000 0.604 0.396
#> dkfz_11-091 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-095 2 0.6974 0.5750 0.168 0.728 0.104
#> dkfz_11-096 1 0.4602 0.8964 0.852 0.040 0.108
#> dkfz_11-097 2 0.6425 0.6143 0.140 0.764 0.096
#> dkfz_11-098 2 0.8332 0.3199 0.316 0.580 0.104
#> dkfz_11-099 2 0.5591 0.4741 0.000 0.696 0.304
#> dkfz_11-100 2 0.0829 0.6861 0.012 0.984 0.004
#> dkfz_11-101 2 0.6500 0.6102 0.140 0.760 0.100
#> dkfz_11-102 1 0.3846 0.9003 0.876 0.016 0.108
#> dkfz_11-103 2 0.6920 0.5803 0.164 0.732 0.104
#> dkfz_11-104 2 0.6001 0.6325 0.144 0.784 0.072
#> dkfz_11-105 1 0.6254 0.8416 0.776 0.116 0.108
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.6486 0.6113 0.144 0.760 0.096
#> dkfz_11-108 2 0.7849 0.4579 0.248 0.648 0.104
#> dkfz_11-109 1 0.3846 0.9003 0.876 0.016 0.108
#> dkfz_11-110 2 0.8286 0.3399 0.308 0.588 0.104
#> dkfz_11-111 2 0.7543 0.5112 0.216 0.680 0.104
#> dkfz_11-112 1 0.6254 0.8416 0.776 0.116 0.108
#> dkfz_11-113 1 0.3846 0.9003 0.876 0.016 0.108
#> dkfz_11-114 2 0.6500 0.6102 0.140 0.760 0.100
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.6752 0.5914 0.152 0.744 0.104
#> dkfz_11-118 1 0.6184 0.8546 0.780 0.108 0.112
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.6500 0.6102 0.140 0.760 0.100
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.7027 0.5669 0.172 0.724 0.104
#> dkfz_11-123 2 0.6561 0.6069 0.144 0.756 0.100
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.6679 0.5974 0.152 0.748 0.100
#> dkfz_11-126 1 0.5377 0.8835 0.820 0.068 0.112
#> dkfz_11-127 2 0.6425 0.6143 0.140 0.764 0.096
#> dkfz_11-128 1 0.3987 0.9002 0.872 0.020 0.108
#> dkfz_11-129 1 0.4602 0.8963 0.852 0.040 0.108
#> dkfz_11-130 1 0.8606 0.3729 0.528 0.364 0.108
#> dkfz_11-131 2 0.6634 0.6024 0.144 0.752 0.104
#> dkfz_11-132 1 0.4371 0.8990 0.860 0.032 0.108
#> dkfz_11-133 1 0.5117 0.8891 0.832 0.060 0.108
#> dkfz_11-134 1 0.4249 0.8995 0.864 0.028 0.108
#> dkfz_11-135 1 0.3846 0.9003 0.876 0.016 0.108
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.8872 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3846 0.9003 0.876 0.016 0.108
#> dkfz_11-139 3 0.6299 -0.0873 0.000 0.476 0.524
#> dkfz_11-140 2 0.6865 0.5858 0.160 0.736 0.104
#> dkfz_11-141 1 0.4249 0.8995 0.864 0.028 0.108
#> dkfz_11-142 1 0.6393 0.8442 0.768 0.120 0.112
#> dkfz_11-143 3 0.3551 0.9456 0.000 0.132 0.868
#> dkfz_11-144 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-145 2 0.6260 0.2751 0.000 0.552 0.448
#> dkfz_11-146 3 0.3192 0.9619 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-147 3 0.3267 0.9592 0.000 0.116 0.884
#> dkfz_11-148 2 0.6244 0.2878 0.000 0.560 0.440
#> dkfz_11-149 3 0.3340 0.9586 0.000 0.120 0.880
#> dkfz_11-150 2 0.6252 0.2821 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.6857 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.5028 0.476 0.000 0.596 0.400 0.004
#> dkfz_11-003 1 0.5042 0.749 0.768 0.136 0.000 0.096
#> dkfz_11-004 2 0.1557 0.715 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-005 2 0.3486 0.651 0.000 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.5039 0.472 0.000 0.592 0.404 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.0921 0.719 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-008 2 0.1888 0.714 0.000 0.940 0.044 0.016
#> dkfz_11-009 1 0.5042 0.749 0.768 0.136 0.000 0.096
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.719 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.719 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.1940 0.698 0.000 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.5039 0.472 0.000 0.592 0.404 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.4936 0.531 0.008 0.652 0.340 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4876 0.542 0.004 0.672 0.320 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.5042 0.749 0.768 0.136 0.000 0.096
#> dkfz_11-022 4 0.2281 0.840 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.719 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.0524 0.719 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.5004 0.486 0.000 0.604 0.392 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.719 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1247 0.941 0.012 0.016 0.968 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.719 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.1557 0.715 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-034 3 0.1356 0.922 0.032 0.000 0.960 0.008
#> dkfz_11-035 2 0.1637 0.715 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-036 2 0.5004 0.484 0.000 0.604 0.392 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.2466 0.705 0.028 0.916 0.000 0.056
#> dkfz_11-038 4 0.3123 0.843 0.156 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-039 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-040 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-041 2 0.5778 0.258 0.028 0.500 0.000 0.472
#> dkfz_11-042 1 0.5042 0.749 0.768 0.136 0.000 0.096
#> dkfz_11-043 2 0.1389 0.716 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-044 2 0.6296 0.657 0.016 0.692 0.184 0.108
#> dkfz_11-045 2 0.2944 0.681 0.004 0.868 0.128 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-047 2 0.1716 0.714 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-048 2 0.2466 0.705 0.028 0.916 0.000 0.056
#> dkfz_11-049 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-050 2 0.5468 0.510 0.008 0.616 0.364 0.012
#> dkfz_11-051 2 0.4697 0.545 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-052 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-053 3 0.1674 0.929 0.012 0.032 0.952 0.004
#> dkfz_11-054 2 0.5028 0.472 0.004 0.596 0.400 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.3172 0.839 0.160 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-056 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-057 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-058 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-059 4 0.3047 0.849 0.116 0.012 0.000 0.872
#> dkfz_11-060 1 0.5042 0.749 0.768 0.136 0.000 0.096
#> dkfz_11-061 2 0.2520 0.694 0.004 0.904 0.088 0.004
#> dkfz_11-062 2 0.5039 0.472 0.000 0.592 0.404 0.004
#> dkfz_11-063 2 0.5039 0.472 0.000 0.592 0.404 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.1706 0.715 0.000 0.948 0.036 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.0657 0.943 0.012 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.719 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1022 0.714 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0376 0.720 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.1471 0.937 0.012 0.024 0.960 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.2565 0.703 0.032 0.912 0.000 0.056
#> dkfz_11-074 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-075 2 0.4837 0.523 0.004 0.648 0.348 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.1716 0.714 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-093 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-094 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-095 2 0.4830 0.496 0.000 0.608 0.000 0.392
#> dkfz_11-096 4 0.2704 0.852 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-097 2 0.4697 0.543 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-098 4 0.5781 -0.236 0.028 0.480 0.000 0.492
#> dkfz_11-099 2 0.5883 0.598 0.020 0.676 0.268 0.036
#> dkfz_11-100 2 0.2216 0.711 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-101 2 0.4713 0.538 0.000 0.640 0.000 0.360
#> dkfz_11-102 4 0.3074 0.846 0.152 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-103 2 0.4817 0.502 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-104 2 0.4605 0.567 0.000 0.664 0.000 0.336
#> dkfz_11-105 4 0.4144 0.802 0.104 0.068 0.000 0.828
#> dkfz_11-106 2 0.1557 0.715 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-107 2 0.4713 0.540 0.000 0.640 0.000 0.360
#> dkfz_11-108 2 0.5378 0.364 0.012 0.540 0.000 0.448
#> dkfz_11-109 4 0.3172 0.839 0.160 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-110 4 0.5696 -0.256 0.024 0.484 0.000 0.492
#> dkfz_11-111 2 0.5220 0.424 0.008 0.568 0.000 0.424
#> dkfz_11-112 4 0.4144 0.802 0.104 0.068 0.000 0.828
#> dkfz_11-113 4 0.3074 0.846 0.152 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-114 2 0.4713 0.538 0.000 0.640 0.000 0.360
#> dkfz_11-115 2 0.1716 0.714 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-116 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-117 2 0.4776 0.515 0.000 0.624 0.000 0.376
#> dkfz_11-118 4 0.2722 0.810 0.064 0.032 0.000 0.904
#> dkfz_11-119 2 0.1716 0.714 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-120 2 0.4713 0.538 0.000 0.640 0.000 0.360
#> dkfz_11-121 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-122 2 0.4843 0.487 0.000 0.604 0.000 0.396
#> dkfz_11-123 2 0.4730 0.534 0.000 0.636 0.000 0.364
#> dkfz_11-124 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-125 2 0.4761 0.523 0.000 0.628 0.000 0.372
#> dkfz_11-126 4 0.2611 0.843 0.096 0.008 0.000 0.896
#> dkfz_11-127 2 0.4697 0.543 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-128 4 0.3024 0.848 0.148 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-129 4 0.2944 0.852 0.128 0.004 0.000 0.868
#> dkfz_11-130 4 0.5673 0.420 0.052 0.288 0.000 0.660
#> dkfz_11-131 2 0.4746 0.529 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-132 4 0.2814 0.851 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-133 4 0.2859 0.849 0.112 0.008 0.000 0.880
#> dkfz_11-134 4 0.3157 0.851 0.144 0.004 0.000 0.852
#> dkfz_11-135 4 0.3123 0.843 0.156 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-136 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-137 1 0.1118 0.919 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-138 4 0.3123 0.843 0.156 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-139 3 0.5597 -0.282 0.020 0.464 0.516 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.4804 0.509 0.000 0.616 0.000 0.384
#> dkfz_11-141 4 0.3105 0.851 0.140 0.004 0.000 0.856
#> dkfz_11-142 4 0.2578 0.799 0.052 0.036 0.000 0.912
#> dkfz_11-143 3 0.2196 0.915 0.032 0.016 0.936 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.5028 0.476 0.000 0.596 0.400 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0592 0.941 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.5004 0.484 0.000 0.604 0.392 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.1247 0.941 0.012 0.016 0.968 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.5016 0.480 0.000 0.600 0.396 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.1637 0.715 0.000 0.940 0.000 0.060
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.3508 0.9311 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-002 5 0.1430 0.9065 0.000 0.052 0.004 0.000 0.944
#> dkfz_11-003 1 0.4958 0.7544 0.752 0.140 0.004 0.084 0.020
#> dkfz_11-004 2 0.0510 0.7268 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-005 2 0.4307 -0.1225 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-006 5 0.1430 0.9062 0.000 0.052 0.004 0.000 0.944
#> dkfz_11-007 2 0.1671 0.7014 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-008 2 0.3074 0.6013 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-009 1 0.4958 0.7544 0.752 0.140 0.004 0.084 0.020
#> dkfz_11-010 2 0.2648 0.6562 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-011 2 0.2813 0.6421 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-012 2 0.4304 -0.1157 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-013 5 0.1357 0.9039 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> dkfz_11-014 5 0.1671 0.9032 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-015 5 0.3616 0.8252 0.000 0.164 0.032 0.000 0.804
#> dkfz_11-016 5 0.3010 0.8274 0.000 0.172 0.004 0.000 0.824
#> dkfz_11-017 3 0.3508 0.9311 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-018 3 0.3508 0.9311 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-019 5 0.1270 0.9088 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-020 3 0.3508 0.9311 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-021 1 0.4958 0.7544 0.752 0.140 0.004 0.084 0.020
#> dkfz_11-022 4 0.1557 0.9171 0.052 0.008 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2648 0.6562 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-024 5 0.1410 0.9104 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-025 2 0.2648 0.6564 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-026 5 0.1608 0.9061 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-027 2 0.2648 0.6562 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-028 3 0.3508 0.9311 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-029 3 0.3508 0.9311 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-030 3 0.3487 0.9024 0.000 0.008 0.780 0.000 0.212
#> dkfz_11-031 2 0.2648 0.6562 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-032 3 0.3424 0.9309 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-033 2 0.0510 0.7268 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-034 3 0.1153 0.7620 0.008 0.000 0.964 0.004 0.024
#> dkfz_11-035 2 0.0566 0.7290 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-036 5 0.1571 0.9098 0.000 0.060 0.004 0.000 0.936
#> dkfz_11-037 2 0.1329 0.7240 0.008 0.956 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-038 4 0.2074 0.9267 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5107 0.3971 0.028 0.520 0.004 0.448 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4958 0.7544 0.752 0.140 0.004 0.084 0.020
#> dkfz_11-043 2 0.0794 0.7232 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-044 5 0.6802 0.4450 0.016 0.328 0.060 0.056 0.540
#> dkfz_11-045 2 0.4538 0.0277 0.000 0.540 0.008 0.000 0.452
#> dkfz_11-046 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0693 0.7297 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-048 2 0.1202 0.7233 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-049 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3723 0.8339 0.000 0.152 0.044 0.000 0.804
#> dkfz_11-051 2 0.4498 0.6458 0.012 0.676 0.004 0.304 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3789 0.8901 0.000 0.020 0.768 0.000 0.212
#> dkfz_11-054 5 0.2569 0.8868 0.000 0.068 0.040 0.000 0.892
#> dkfz_11-055 4 0.2127 0.9232 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0955 0.9190 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.2595 0.9256 0.080 0.032 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4958 0.7544 0.752 0.140 0.004 0.084 0.020
#> dkfz_11-061 2 0.4450 -0.1130 0.000 0.508 0.004 0.000 0.488
#> dkfz_11-062 5 0.1597 0.9007 0.000 0.048 0.012 0.000 0.940
#> dkfz_11-063 5 0.1597 0.9007 0.000 0.048 0.012 0.000 0.940
#> dkfz_11-064 5 0.1410 0.9104 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-065 2 0.2966 0.6137 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-066 3 0.3231 0.9048 0.000 0.004 0.800 0.000 0.196
#> dkfz_11-067 3 0.3424 0.9309 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-068 5 0.1341 0.9097 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-069 2 0.2648 0.6562 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-070 2 0.3684 0.4794 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-071 2 0.2561 0.6611 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-072 3 0.3659 0.9011 0.000 0.012 0.768 0.000 0.220
#> dkfz_11-073 2 0.1026 0.7232 0.004 0.968 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-074 1 0.0955 0.9190 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-075 5 0.2864 0.8608 0.000 0.136 0.012 0.000 0.852
#> dkfz_11-091 5 0.1502 0.9098 0.000 0.056 0.004 0.000 0.940
#> dkfz_11-092 2 0.0693 0.7297 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-093 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2074 0.8840 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-095 2 0.4507 0.6142 0.012 0.644 0.004 0.340 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.2130 0.9317 0.080 0.012 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4346 0.6453 0.012 0.680 0.004 0.304 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.4972 0.3493 0.020 0.500 0.004 0.476 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.5427 0.6385 0.008 0.284 0.072 0.000 0.636
#> dkfz_11-100 2 0.1442 0.7320 0.000 0.952 0.004 0.032 0.012
#> dkfz_11-101 2 0.4365 0.6426 0.012 0.676 0.004 0.308 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.2020 0.9290 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.4491 0.6179 0.012 0.648 0.004 0.336 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.4393 0.6557 0.012 0.696 0.004 0.284 0.004
#> dkfz_11-105 4 0.3116 0.8791 0.064 0.076 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0404 0.7278 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-107 2 0.4365 0.6427 0.012 0.676 0.004 0.308 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.4806 0.5075 0.016 0.572 0.004 0.408 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.2127 0.9232 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.4972 0.3619 0.020 0.500 0.004 0.476 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.4655 0.5537 0.012 0.600 0.004 0.384 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.3116 0.8791 0.064 0.076 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.2020 0.9290 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4365 0.6426 0.012 0.676 0.004 0.308 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0693 0.7297 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-116 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4440 0.6306 0.012 0.660 0.004 0.324 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.1990 0.8811 0.028 0.040 0.004 0.928 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0798 0.7292 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-120 2 0.4365 0.6426 0.012 0.676 0.004 0.308 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4538 0.6074 0.012 0.636 0.004 0.348 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.4385 0.6392 0.012 0.672 0.004 0.312 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0955 0.9190 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.4422 0.6330 0.012 0.664 0.004 0.320 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.2074 0.9204 0.060 0.016 0.004 0.920 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4346 0.6453 0.012 0.680 0.004 0.304 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.1965 0.9303 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.2351 0.9323 0.088 0.016 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.4401 0.3493 0.016 0.296 0.004 0.684 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.4403 0.6359 0.012 0.668 0.004 0.316 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.1732 0.9317 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.2362 0.9278 0.076 0.024 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.2249 0.9322 0.096 0.008 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.2074 0.9267 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0794 0.9202 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.2074 0.9267 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.4405 0.6233 0.008 0.020 0.260 0.000 0.712
#> dkfz_11-140 2 0.4474 0.6212 0.012 0.652 0.004 0.332 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.2193 0.9329 0.092 0.008 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1787 0.8660 0.016 0.044 0.004 0.936 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2388 0.7827 0.008 0.020 0.912 0.004 0.056
#> dkfz_11-144 3 0.3452 0.9305 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-145 5 0.1502 0.9085 0.000 0.056 0.004 0.000 0.940
#> dkfz_11-146 3 0.3508 0.9311 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-147 3 0.3741 0.9130 0.000 0.004 0.732 0.000 0.264
#> dkfz_11-148 5 0.1571 0.9098 0.000 0.060 0.004 0.000 0.936
#> dkfz_11-149 3 0.3519 0.9032 0.000 0.008 0.776 0.000 0.216
#> dkfz_11-150 5 0.1341 0.9097 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-151 2 0.0566 0.7290 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.3566 0.824 0.000 0.000 0.744 0.000 0.236 0.020
#> dkfz_11-002 5 0.0436 0.815 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-003 1 0.4473 0.730 0.740 0.060 0.000 0.032 0.000 0.168
#> dkfz_11-004 2 0.0547 0.696 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.4258 0.206 0.000 0.468 0.000 0.000 0.516 0.016
#> dkfz_11-006 5 0.0881 0.814 0.000 0.008 0.008 0.000 0.972 0.012
#> dkfz_11-007 2 0.1610 0.677 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3404 0.529 0.000 0.760 0.000 0.000 0.224 0.016
#> dkfz_11-009 1 0.4473 0.730 0.740 0.060 0.000 0.032 0.000 0.168
#> dkfz_11-010 2 0.2631 0.634 0.000 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> dkfz_11-011 2 0.2778 0.618 0.000 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008
#> dkfz_11-012 5 0.4097 0.191 0.000 0.492 0.000 0.000 0.500 0.008
#> dkfz_11-013 5 0.0665 0.812 0.000 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> dkfz_11-014 5 0.0972 0.812 0.000 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> dkfz_11-015 5 0.3428 0.748 0.000 0.128 0.020 0.000 0.820 0.032
#> dkfz_11-016 5 0.2588 0.756 0.000 0.124 0.004 0.000 0.860 0.012
#> dkfz_11-017 3 0.3050 0.830 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3050 0.830 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0508 0.815 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.3050 0.830 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4473 0.730 0.740 0.060 0.000 0.032 0.000 0.168
#> dkfz_11-022 4 0.1317 0.899 0.016 0.004 0.008 0.956 0.000 0.016
#> dkfz_11-023 2 0.2631 0.634 0.000 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> dkfz_11-024 5 0.0622 0.819 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> dkfz_11-025 2 0.2706 0.629 0.000 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> dkfz_11-026 5 0.0993 0.818 0.000 0.024 0.000 0.000 0.964 0.012
#> dkfz_11-027 2 0.2631 0.634 0.000 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.3050 0.830 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.3050 0.830 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.5393 0.614 0.004 0.004 0.620 0.000 0.188 0.184
#> dkfz_11-031 2 0.2631 0.634 0.000 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.4918 0.775 0.000 0.000 0.644 0.000 0.232 0.124
#> dkfz_11-033 2 0.0547 0.696 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.3717 0.941 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-035 2 0.0717 0.699 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-036 5 0.0653 0.820 0.000 0.012 0.004 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.2306 0.656 0.000 0.888 0.000 0.004 0.016 0.092
#> dkfz_11-038 4 0.1644 0.909 0.052 0.000 0.012 0.932 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5343 0.438 0.008 0.508 0.000 0.400 0.000 0.084
#> dkfz_11-042 1 0.4473 0.730 0.740 0.060 0.000 0.032 0.000 0.168
#> dkfz_11-043 2 0.0790 0.695 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.6942 0.395 0.008 0.288 0.028 0.040 0.500 0.136
#> dkfz_11-045 2 0.4323 -0.127 0.000 0.508 0.008 0.000 0.476 0.008
#> dkfz_11-046 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0862 0.699 0.000 0.972 0.000 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.2255 0.656 0.000 0.892 0.000 0.004 0.016 0.088
#> dkfz_11-049 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3833 0.741 0.000 0.116 0.024 0.000 0.800 0.060
#> dkfz_11-051 2 0.5355 0.645 0.012 0.624 0.000 0.220 0.000 0.144
#> dkfz_11-052 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.5699 0.578 0.004 0.016 0.604 0.000 0.188 0.188
#> dkfz_11-054 5 0.2428 0.781 0.000 0.024 0.020 0.000 0.896 0.060
#> dkfz_11-055 4 0.1801 0.902 0.056 0.000 0.016 0.924 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0692 0.918 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.1719 0.910 0.032 0.032 0.000 0.932 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 1 0.4473 0.730 0.740 0.060 0.000 0.032 0.000 0.168
#> dkfz_11-061 5 0.4308 0.216 0.000 0.468 0.004 0.000 0.516 0.012
#> dkfz_11-062 5 0.0862 0.809 0.000 0.004 0.016 0.000 0.972 0.008
#> dkfz_11-063 5 0.0862 0.809 0.000 0.004 0.016 0.000 0.972 0.008
#> dkfz_11-064 5 0.0508 0.819 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.3171 0.561 0.000 0.784 0.000 0.000 0.204 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.5752 0.534 0.004 0.004 0.548 0.000 0.172 0.272
#> dkfz_11-067 3 0.4954 0.771 0.000 0.000 0.640 0.000 0.232 0.128
#> dkfz_11-068 5 0.0622 0.817 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> dkfz_11-069 2 0.2631 0.634 0.000 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> dkfz_11-070 2 0.3634 0.409 0.000 0.696 0.000 0.000 0.296 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.2553 0.638 0.000 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.5410 0.621 0.004 0.008 0.628 0.000 0.192 0.168
#> dkfz_11-073 2 0.2062 0.656 0.000 0.900 0.000 0.004 0.008 0.088
#> dkfz_11-074 1 0.0692 0.918 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 5 0.2741 0.782 0.000 0.092 0.008 0.000 0.868 0.032
#> dkfz_11-091 5 0.0551 0.819 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0862 0.699 0.000 0.972 0.000 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-093 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1411 0.798 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> dkfz_11-095 2 0.5561 0.614 0.012 0.584 0.000 0.260 0.000 0.144
#> dkfz_11-096 4 0.1440 0.916 0.032 0.012 0.004 0.948 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.5378 0.645 0.012 0.620 0.000 0.224 0.000 0.144
#> dkfz_11-098 2 0.5479 0.386 0.008 0.472 0.000 0.424 0.000 0.096
#> dkfz_11-099 5 0.5708 0.536 0.000 0.260 0.040 0.000 0.596 0.104
#> dkfz_11-100 2 0.1773 0.700 0.000 0.932 0.000 0.016 0.016 0.036
#> dkfz_11-101 2 0.5401 0.642 0.012 0.616 0.000 0.228 0.000 0.144
#> dkfz_11-102 4 0.1542 0.911 0.052 0.000 0.008 0.936 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.5543 0.618 0.012 0.588 0.000 0.256 0.000 0.144
#> dkfz_11-104 2 0.5258 0.653 0.012 0.640 0.000 0.204 0.000 0.144
#> dkfz_11-105 4 0.2965 0.852 0.036 0.076 0.000 0.864 0.000 0.024
#> dkfz_11-106 2 0.0458 0.696 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.5401 0.642 0.012 0.616 0.000 0.228 0.000 0.144
#> dkfz_11-108 2 0.5606 0.514 0.012 0.524 0.000 0.352 0.000 0.112
#> dkfz_11-109 4 0.1707 0.905 0.056 0.000 0.012 0.928 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.5403 0.406 0.008 0.484 0.000 0.420 0.000 0.088
#> dkfz_11-111 2 0.5556 0.559 0.012 0.552 0.000 0.320 0.000 0.116
#> dkfz_11-112 4 0.2965 0.852 0.036 0.076 0.000 0.864 0.000 0.024
#> dkfz_11-113 4 0.1542 0.911 0.052 0.000 0.008 0.936 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.5401 0.642 0.012 0.616 0.000 0.228 0.000 0.144
#> dkfz_11-115 2 0.0862 0.699 0.000 0.972 0.000 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-116 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.5485 0.630 0.012 0.600 0.000 0.244 0.000 0.144
#> dkfz_11-118 4 0.2046 0.857 0.008 0.044 0.000 0.916 0.000 0.032
#> dkfz_11-119 2 0.0951 0.699 0.000 0.968 0.000 0.008 0.020 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.5401 0.642 0.012 0.616 0.000 0.228 0.000 0.144
#> dkfz_11-121 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.5597 0.608 0.012 0.576 0.000 0.268 0.000 0.144
#> dkfz_11-123 2 0.5423 0.639 0.012 0.612 0.000 0.232 0.000 0.144
#> dkfz_11-124 1 0.0692 0.918 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.5465 0.633 0.012 0.604 0.000 0.240 0.000 0.144
#> dkfz_11-126 4 0.1369 0.899 0.016 0.016 0.000 0.952 0.000 0.016
#> dkfz_11-127 2 0.5378 0.645 0.012 0.620 0.000 0.224 0.000 0.144
#> dkfz_11-128 4 0.1477 0.913 0.048 0.000 0.008 0.940 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 4 0.1820 0.914 0.044 0.016 0.000 0.928 0.000 0.012
#> dkfz_11-130 4 0.4463 0.315 0.004 0.300 0.000 0.652 0.000 0.044
#> dkfz_11-131 2 0.5444 0.636 0.012 0.608 0.000 0.236 0.000 0.144
#> dkfz_11-132 4 0.1194 0.915 0.032 0.000 0.008 0.956 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 4 0.1341 0.911 0.028 0.024 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.1477 0.917 0.048 0.008 0.000 0.940 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.1644 0.909 0.052 0.000 0.012 0.932 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0547 0.919 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.1644 0.909 0.052 0.000 0.012 0.932 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 5 0.4650 0.502 0.000 0.000 0.220 0.000 0.676 0.104
#> dkfz_11-140 2 0.5524 0.621 0.012 0.592 0.000 0.252 0.000 0.144
#> dkfz_11-141 4 0.1410 0.917 0.044 0.008 0.000 0.944 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 4 0.2213 0.837 0.004 0.048 0.000 0.904 0.000 0.044
#> dkfz_11-143 6 0.4379 0.941 0.008 0.012 0.336 0.000 0.008 0.636
#> dkfz_11-144 3 0.4941 0.769 0.000 0.000 0.640 0.000 0.236 0.124
#> dkfz_11-145 5 0.0551 0.816 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.3050 0.830 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3175 0.812 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0870 0.818 0.000 0.012 0.004 0.000 0.972 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.5279 0.623 0.004 0.004 0.636 0.000 0.188 0.168
#> dkfz_11-150 5 0.0717 0.816 0.000 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016
#> dkfz_11-151 2 0.0717 0.699 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.2606 0.808 0.000 0.000 0.836 0.000 NA 0.144 0.020
#> dkfz_11-002 6 0.0601 0.831 0.000 0.004 0.004 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4733 0.501 0.544 0.024 0.024 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.0479 0.624 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.4114 0.213 0.000 0.464 0.000 0.000 NA 0.508 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.1032 0.831 0.000 0.008 0.008 0.000 NA 0.964 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.1462 0.606 0.000 0.924 0.004 0.000 NA 0.072 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3343 0.471 0.000 0.756 0.000 0.000 NA 0.212 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.4733 0.501 0.544 0.024 0.024 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.2547 0.573 0.000 0.844 0.008 0.000 NA 0.140 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2690 0.558 0.000 0.828 0.008 0.000 NA 0.156 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4411 -0.211 0.000 0.496 0.004 0.000 NA 0.464 0.004
#> dkfz_11-013 6 0.0794 0.829 0.000 0.004 0.008 0.000 NA 0.972 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.1157 0.826 0.000 0.028 0.000 0.000 NA 0.952 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3801 0.738 0.000 0.128 0.020 0.000 NA 0.784 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.2866 0.762 0.000 0.116 0.012 0.000 NA 0.844 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.2118 0.813 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.144 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.2118 0.813 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.144 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0555 0.831 0.000 0.004 0.000 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2118 0.813 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.144 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4733 0.501 0.544 0.024 0.024 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 4 0.1330 0.878 0.000 0.000 0.000 0.928 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2547 0.573 0.000 0.844 0.008 0.000 NA 0.140 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0573 0.834 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2711 0.568 0.000 0.832 0.008 0.000 NA 0.148 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0914 0.834 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.964 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.2547 0.573 0.000 0.844 0.008 0.000 NA 0.140 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2118 0.813 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.144 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2118 0.813 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.144 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.5114 0.568 0.000 0.004 0.544 0.000 NA 0.144 0.308
#> dkfz_11-031 2 0.2547 0.573 0.000 0.844 0.008 0.000 NA 0.140 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4237 0.746 0.000 0.000 0.696 0.000 NA 0.144 0.160
#> dkfz_11-033 2 0.0239 0.622 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.1382 0.939 0.000 0.000 0.076 0.000 NA 0.000 0.924
#> dkfz_11-035 2 0.0637 0.627 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.0601 0.834 0.000 0.012 0.004 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1934 0.579 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0924 0.875 0.020 0.000 0.000 0.964 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5596 0.379 0.000 0.400 0.000 0.296 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4733 0.501 0.544 0.024 0.024 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 2 0.0742 0.623 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.020 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.7028 0.250 0.000 0.276 0.040 0.016 NA 0.400 0.032
#> dkfz_11-045 2 0.4282 -0.144 0.000 0.500 0.012 0.000 NA 0.468 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0715 0.627 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1891 0.578 0.000 0.888 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.4246 0.718 0.000 0.112 0.036 0.000 NA 0.752 0.004
#> dkfz_11-051 2 0.4876 0.567 0.000 0.500 0.000 0.104 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.5347 0.528 0.000 0.016 0.532 0.000 NA 0.140 0.312
#> dkfz_11-054 6 0.3093 0.756 0.000 0.024 0.028 0.000 NA 0.836 0.004
#> dkfz_11-055 4 0.1083 0.866 0.024 0.000 0.000 0.956 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0954 0.862 0.964 0.000 0.004 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1440 0.886 0.000 0.012 0.000 0.932 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4733 0.501 0.544 0.024 0.024 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.4463 0.240 0.000 0.460 0.012 0.000 NA 0.500 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.1057 0.827 0.000 0.004 0.016 0.000 NA 0.960 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.1057 0.827 0.000 0.004 0.016 0.000 NA 0.960 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0468 0.835 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.984 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3124 0.505 0.000 0.784 0.004 0.000 NA 0.192 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.5134 0.472 0.000 0.004 0.456 0.000 NA 0.120 0.420
#> dkfz_11-067 3 0.4267 0.743 0.000 0.000 0.692 0.000 NA 0.144 0.164
#> dkfz_11-068 6 0.0573 0.832 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.2547 0.573 0.000 0.844 0.008 0.000 NA 0.140 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3568 0.354 0.000 0.700 0.004 0.000 NA 0.280 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.2370 0.576 0.000 0.856 0.004 0.000 NA 0.132 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.5157 0.579 0.000 0.008 0.560 0.000 NA 0.148 0.284
#> dkfz_11-073 2 0.1844 0.575 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0954 0.862 0.964 0.000 0.004 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3101 0.782 0.000 0.092 0.012 0.000 NA 0.840 0.008
#> dkfz_11-091 6 0.0507 0.834 0.000 0.008 0.004 0.000 NA 0.984 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0715 0.627 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.1583 0.812 0.000 0.060 0.000 0.000 NA 0.924 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.5131 0.550 0.000 0.464 0.000 0.140 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0930 0.892 0.000 0.004 0.000 0.960 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4880 0.567 0.000 0.496 0.000 0.104 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.5628 0.342 0.000 0.372 0.000 0.308 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.6435 0.414 0.000 0.256 0.048 0.000 NA 0.496 0.032
#> dkfz_11-100 2 0.1565 0.626 0.000 0.916 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.4912 0.565 0.000 0.492 0.000 0.108 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0504 0.884 0.020 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5106 0.553 0.000 0.468 0.000 0.136 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.4739 0.569 0.000 0.516 0.000 0.088 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2960 0.821 0.008 0.068 0.000 0.840 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0134 0.622 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4912 0.565 0.000 0.492 0.000 0.108 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.5520 0.451 0.000 0.408 0.000 0.236 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0820 0.882 0.024 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.5624 0.352 0.000 0.376 0.000 0.304 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.5417 0.495 0.000 0.436 0.000 0.204 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.2960 0.821 0.008 0.068 0.000 0.840 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0837 0.878 0.020 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4912 0.565 0.000 0.492 0.000 0.108 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0637 0.627 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.5030 0.559 0.000 0.476 0.000 0.124 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2551 0.826 0.000 0.032 0.000 0.852 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0742 0.627 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4912 0.565 0.000 0.492 0.000 0.108 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0715 0.864 0.972 0.000 0.004 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.5181 0.542 0.000 0.452 0.000 0.148 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.4943 0.563 0.000 0.488 0.000 0.112 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0954 0.862 0.964 0.000 0.004 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.5002 0.560 0.000 0.480 0.000 0.120 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1669 0.874 0.000 0.008 0.000 0.912 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4880 0.567 0.000 0.496 0.000 0.104 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0422 0.886 0.016 0.000 0.000 0.984 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1842 0.889 0.012 0.008 0.000 0.912 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.5089 0.310 0.000 0.232 0.000 0.560 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.4973 0.562 0.000 0.484 0.000 0.116 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.889 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.1497 0.885 0.000 0.012 0.000 0.928 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.1384 0.894 0.016 0.008 0.000 0.944 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0924 0.875 0.020 0.000 0.000 0.964 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0582 0.865 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0924 0.875 0.020 0.000 0.000 0.964 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.6186 0.136 0.000 0.000 0.260 0.000 NA 0.452 0.052
#> dkfz_11-140 2 0.5080 0.554 0.000 0.472 0.000 0.132 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.1226 0.894 0.012 0.008 0.000 0.952 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2747 0.806 0.000 0.032 0.000 0.832 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.1297 0.939 0.000 0.012 0.032 0.000 NA 0.008 0.948
#> dkfz_11-144 3 0.4175 0.741 0.000 0.000 0.704 0.000 NA 0.144 0.152
#> dkfz_11-145 6 0.0612 0.832 0.000 0.008 0.004 0.000 NA 0.980 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2118 0.813 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.144 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2391 0.792 0.000 0.000 0.824 0.000 NA 0.176 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0801 0.833 0.000 0.012 0.004 0.000 NA 0.972 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.5050 0.582 0.000 0.004 0.564 0.000 NA 0.144 0.288
#> dkfz_11-150 6 0.0660 0.831 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.976 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0637 0.627 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.2146 0.8071 0.000 0.000 0.868 0.000 0.112 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0884 0.8352 0.000 0.012 0.008 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-003 8 0.2856 1.0000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.804
#> dkfz_11-004 2 0.1017 0.7946 0.000 0.960 0.004 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-005 5 0.4294 0.0492 0.000 0.444 0.004 0.000 0.508 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-006 5 0.1152 0.8330 0.000 0.016 0.012 0.000 0.956 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-007 2 0.1605 0.8091 0.000 0.920 0.004 0.000 0.060 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4000 0.7007 0.000 0.712 0.004 0.000 0.212 0.000 0.040 0.032
#> dkfz_11-009 8 0.2856 1.0000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.804
#> dkfz_11-010 2 0.2059 0.8050 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2200 0.7970 0.000 0.848 0.008 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4323 0.1038 0.000 0.508 0.008 0.000 0.444 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-013 5 0.0972 0.8321 0.000 0.012 0.012 0.000 0.964 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.1377 0.8302 0.000 0.040 0.004 0.000 0.940 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-015 5 0.3962 0.7280 0.000 0.124 0.020 0.000 0.764 0.000 0.036 0.056
#> dkfz_11-016 5 0.2748 0.7663 0.000 0.112 0.016 0.000 0.844 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.1686 0.8126 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1686 0.8126 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0944 0.8349 0.000 0.008 0.004 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.1686 0.8126 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.2856 1.0000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.804
#> dkfz_11-022 4 0.1840 0.8672 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2059 0.8050 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0563 0.8385 0.000 0.012 0.004 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2253 0.7997 0.000 0.852 0.008 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 5 0.0980 0.8378 0.000 0.024 0.004 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.2059 0.8050 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1686 0.8126 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1686 0.8126 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.4596 0.5702 0.000 0.000 0.552 0.000 0.128 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2059 0.8050 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3729 0.7439 0.000 0.000 0.724 0.000 0.112 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0721 0.7965 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-034 6 0.1453 0.9406 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.932 0.004 0.008
#> dkfz_11-035 2 0.1329 0.7771 0.000 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-036 5 0.0573 0.8376 0.000 0.008 0.008 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2978 0.7385 0.000 0.824 0.008 0.000 0.004 0.000 0.052 0.112
#> dkfz_11-038 4 0.0224 0.8426 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.4762 0.7267 0.000 0.232 0.000 0.208 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.2856 1.0000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.804
#> dkfz_11-043 2 0.1299 0.7981 0.000 0.948 0.004 0.000 0.012 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-044 5 0.7355 0.0797 0.000 0.256 0.028 0.008 0.312 0.020 0.260 0.116
#> dkfz_11-045 2 0.4062 0.1077 0.000 0.508 0.016 0.000 0.460 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1384 0.7731 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.2924 0.7417 0.000 0.828 0.008 0.000 0.004 0.000 0.048 0.112
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4656 0.6898 0.000 0.104 0.036 0.000 0.724 0.004 0.076 0.056
#> dkfz_11-051 7 0.3566 0.8629 0.000 0.320 0.000 0.020 0.000 0.000 0.656 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4644 0.5323 0.000 0.000 0.540 0.000 0.132 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3913 0.6859 0.000 0.012 0.028 0.000 0.764 0.004 0.136 0.056
#> dkfz_11-055 4 0.0536 0.8287 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1038 0.9407 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-059 4 0.1963 0.8711 0.000 0.004 0.000 0.868 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.2856 1.0000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.804
#> dkfz_11-061 5 0.4329 0.0314 0.000 0.456 0.016 0.000 0.496 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-062 5 0.1228 0.8300 0.000 0.012 0.020 0.000 0.952 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-063 5 0.1228 0.8300 0.000 0.012 0.020 0.000 0.952 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-064 5 0.0438 0.8386 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3261 0.7532 0.000 0.780 0.004 0.000 0.176 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-066 3 0.4590 0.4724 0.000 0.000 0.460 0.000 0.104 0.436 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3758 0.7406 0.000 0.000 0.720 0.000 0.112 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0661 0.8359 0.000 0.008 0.004 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.2059 0.8050 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3338 0.6185 0.000 0.712 0.008 0.000 0.268 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.1887 0.8075 0.000 0.876 0.004 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4670 0.5803 0.000 0.004 0.568 0.000 0.132 0.296 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2877 0.7353 0.000 0.824 0.008 0.000 0.000 0.000 0.048 0.120
#> dkfz_11-074 1 0.1038 0.9407 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-075 5 0.3281 0.7717 0.000 0.084 0.016 0.000 0.824 0.000 0.040 0.036
#> dkfz_11-091 5 0.0573 0.8378 0.000 0.008 0.008 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1437 0.7701 0.000 0.928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1664 0.8184 0.000 0.068 0.004 0.000 0.916 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-095 7 0.3782 0.8757 0.000 0.288 0.000 0.052 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1605 0.8769 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.3486 0.8743 0.000 0.312 0.000 0.024 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.4747 0.7034 0.000 0.216 0.000 0.220 0.000 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.7157 0.2595 0.000 0.240 0.040 0.004 0.408 0.020 0.176 0.112
#> dkfz_11-100 2 0.2217 0.6709 0.000 0.856 0.004 0.000 0.000 0.000 0.132 0.008
#> dkfz_11-101 7 0.3471 0.8766 0.000 0.308 0.000 0.024 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0968 0.8662 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3748 0.8771 0.000 0.292 0.000 0.048 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.3560 0.8194 0.000 0.356 0.000 0.020 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2945 0.8091 0.000 0.032 0.000 0.784 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0739 0.7920 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-107 7 0.3486 0.8733 0.000 0.312 0.000 0.024 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.4452 0.8045 0.000 0.240 0.000 0.148 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.1118 0.8660 0.012 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.4729 0.7094 0.000 0.216 0.000 0.216 0.000 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.4301 0.8332 0.000 0.260 0.000 0.116 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.2945 0.8091 0.000 0.032 0.000 0.784 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0349 0.8458 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3471 0.8766 0.000 0.308 0.000 0.024 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1329 0.7770 0.000 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3660 0.8791 0.000 0.296 0.000 0.040 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2885 0.7988 0.000 0.016 0.000 0.768 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.1217 0.7901 0.000 0.948 0.004 0.000 0.004 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-120 7 0.3471 0.8766 0.000 0.308 0.000 0.024 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0224 0.9803 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-122 7 0.3828 0.8703 0.000 0.276 0.000 0.060 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.3456 0.8772 0.000 0.304 0.000 0.024 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0983 0.9445 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-125 7 0.3563 0.8792 0.000 0.300 0.000 0.032 0.000 0.000 0.668 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.2236 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.836 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.3486 0.8743 0.000 0.312 0.000 0.024 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0932 0.8680 0.004 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1925 0.8708 0.000 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.4732 0.0121 0.000 0.128 0.000 0.472 0.000 0.000 0.400 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.3503 0.8785 0.000 0.300 0.000 0.028 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0983 0.8719 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.2131 0.8665 0.000 0.008 0.000 0.856 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.1634 0.8781 0.004 0.004 0.000 0.908 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0224 0.8426 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0224 0.8426 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.7056 -0.5300 0.000 0.000 0.224 0.008 0.288 0.020 0.296 0.164
#> dkfz_11-140 7 0.3713 0.8784 0.000 0.296 0.000 0.044 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.1464 0.8780 0.000 0.004 0.000 0.916 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.3001 0.7744 0.000 0.016 0.000 0.748 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.0563 0.9408 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3671 0.7386 0.000 0.000 0.732 0.000 0.112 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0743 0.8372 0.000 0.016 0.008 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1686 0.8126 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2138 0.7913 0.000 0.000 0.848 0.000 0.148 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0759 0.8352 0.000 0.008 0.008 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4539 0.5835 0.000 0.000 0.572 0.000 0.128 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0944 0.8332 0.000 0.008 0.004 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.1329 0.7771 0.000 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1318 0.7909 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-002 5 0.1097 0.8100 0.000 0.000 0.008 0.000 0.952 0.024 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.2633 0.7719 0.000 0.160 0.004 0.000 0.004 0.012 0.816 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.4151 -0.0468 0.000 0.012 0.004 0.000 0.488 0.040 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.1576 0.7976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.924 0.040 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.2938 0.7781 0.000 0.124 0.000 0.000 0.056 0.012 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.3928 0.5462 0.000 0.032 0.008 0.000 0.196 0.036 0.720 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.3506 0.7593 0.000 0.088 0.004 0.000 0.112 0.024 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.3602 0.7475 0.000 0.084 0.004 0.000 0.128 0.024 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.4385 0.0820 0.000 0.012 0.008 0.000 0.424 0.056 0.500 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.1446 0.7995 0.000 0.000 0.016 0.000 0.932 0.036 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1576 0.8013 0.000 0.000 0.004 0.000 0.920 0.032 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3645 0.5814 0.000 0.000 0.020 0.000 0.744 0.104 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3037 0.6758 0.000 0.000 0.016 0.000 0.804 0.064 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0876 0.7967 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0876 0.7967 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0910 0.8124 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.028 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0876 0.7967 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.1876 0.8871 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.3506 0.7593 0.000 0.088 0.004 0.000 0.112 0.024 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0786 0.8157 0.000 0.000 0.004 0.000 0.968 0.012 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3523 0.7529 0.000 0.088 0.000 0.000 0.120 0.028 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.1005 0.8130 0.000 0.000 0.004 0.000 0.956 0.016 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.3506 0.7593 0.000 0.088 0.004 0.000 0.112 0.024 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0876 0.7967 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0876 0.7967 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.4326 0.5233 0.000 0.000 0.564 0.000 0.108 0.004 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-031 7 0.3506 0.7593 0.000 0.088 0.004 0.000 0.112 0.024 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2917 0.7277 0.000 0.000 0.784 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-033 7 0.2202 0.7735 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.004 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2497 0.8743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.032 0.000 0.824
#> dkfz_11-035 7 0.2659 0.7587 0.000 0.192 0.004 0.000 0.000 0.008 0.792 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0635 0.8119 0.000 0.000 0.008 0.000 0.976 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.3950 0.6163 0.000 0.084 0.012 0.000 0.004 0.052 0.756 0.092 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0296 0.8635 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.2173 0.7691 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.2821 0.7656 0.000 0.132 0.016 0.000 0.008 0.016 0.824 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.6653 0.5655 0.000 0.132 0.012 0.000 0.252 0.352 0.228 0.000 0.024
#> dkfz_11-045 7 0.4147 0.1244 0.000 0.016 0.008 0.000 0.448 0.028 0.500 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.2596 0.7570 0.000 0.196 0.004 0.000 0.000 0.004 0.792 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.3910 0.6200 0.000 0.080 0.012 0.000 0.004 0.052 0.760 0.092 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4303 0.4169 0.000 0.004 0.024 0.000 0.684 0.160 0.124 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 2 0.0645 0.8874 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4514 0.4779 0.000 0.000 0.540 0.000 0.120 0.008 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-054 5 0.3600 0.3780 0.000 0.000 0.020 0.000 0.696 0.256 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.8495 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1178 0.9314 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1940 0.8886 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.4353 -0.0299 0.000 0.000 0.024 0.000 0.472 0.052 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.1715 0.7954 0.000 0.000 0.024 0.000 0.916 0.040 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.1715 0.7954 0.000 0.000 0.024 0.000 0.916 0.040 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0610 0.8156 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.004 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.3495 0.6797 0.000 0.052 0.000 0.000 0.168 0.028 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4025 0.4502 0.000 0.000 0.500 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-067 3 0.2994 0.7245 0.000 0.000 0.776 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-068 5 0.0626 0.8108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.3506 0.7593 0.000 0.088 0.004 0.000 0.112 0.024 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.4053 0.5589 0.000 0.040 0.008 0.000 0.248 0.032 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.3255 0.7642 0.000 0.088 0.000 0.000 0.104 0.020 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4399 0.5336 0.000 0.000 0.580 0.000 0.112 0.004 0.004 0.000 0.300
#> dkfz_11-073 7 0.3871 0.6138 0.000 0.080 0.012 0.000 0.000 0.052 0.756 0.100 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1178 0.9314 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3181 0.6590 0.000 0.000 0.020 0.000 0.796 0.092 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0542 0.8140 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.004 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.2621 0.7544 0.000 0.200 0.004 0.000 0.000 0.004 0.788 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1757 0.7836 0.000 0.004 0.004 0.000 0.908 0.020 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0581 0.9039 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1670 0.8978 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0331 0.9028 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2252 0.7503 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.6122 0.5206 0.000 0.036 0.016 0.000 0.344 0.356 0.224 0.000 0.024
#> dkfz_11-100 7 0.3019 0.6710 0.000 0.276 0.004 0.000 0.000 0.004 0.712 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0237 0.9044 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0930 0.8898 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0515 0.9047 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1082 0.8476 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2465 0.8160 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.2291 0.7706 0.000 0.168 0.004 0.000 0.000 0.004 0.824 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0296 0.9010 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1706 0.8386 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0930 0.8899 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2226 0.7554 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.1398 0.8636 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.2465 0.8160 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0373 0.8667 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0237 0.9044 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.2570 0.7598 0.000 0.192 0.004 0.000 0.000 0.004 0.796 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0492 0.9062 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2549 0.8013 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.2550 0.7691 0.000 0.172 0.004 0.000 0.004 0.004 0.812 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0237 0.9044 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0212 0.9792 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0706 0.8986 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0119 0.9046 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1033 0.9415 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0331 0.9065 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.2145 0.8713 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0331 0.9028 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0982 0.8915 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1876 0.8902 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3134 0.0178 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0119 0.9058 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.1131 0.8951 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.2001 0.8850 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.1519 0.8997 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0296 0.8635 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0296 0.8635 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2832 0.0555 0.000 0.000 0.048 0.000 0.144 0.804 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-140 2 0.0446 0.9059 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.1480 0.8998 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2645 0.7727 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0119 0.8768 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-144 3 0.2809 0.7215 0.000 0.000 0.796 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-145 5 0.0802 0.8148 0.000 0.000 0.008 0.000 0.968 0.012 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0876 0.7967 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1752 0.7635 0.000 0.000 0.888 0.000 0.104 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.0796 0.8076 0.000 0.000 0.008 0.000 0.968 0.016 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4271 0.5378 0.000 0.000 0.584 0.000 0.108 0.004 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-150 5 0.0845 0.8074 0.000 0.000 0.004 0.000 0.964 0.024 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.2659 0.7587 0.000 0.192 0.004 0.000 0.000 0.008 0.792 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1038 0.78506 0.000 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1351 0.80506 0.000 0.020 0.008 0.000 0.936 0.032 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.2984 0.69928 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.112 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.4453 -0.19700 0.000 0.404 0.000 0.000 0.432 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.2525 0.75988 0.000 0.024 0.020 0.000 0.840 0.112 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.2704 0.70891 0.000 0.832 0.000 0.000 0.028 0.056 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4364 0.32390 0.000 0.580 0.000 0.000 0.140 0.268 0.004 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.2433 0.69165 0.000 0.860 0.000 0.000 0.060 0.020 0.056 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 2 0.2609 0.68191 0.000 0.844 0.000 0.000 0.076 0.020 0.056 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.4561 0.00141 0.000 0.516 0.000 0.000 0.336 0.132 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 5 0.2179 0.78088 0.000 0.024 0.020 0.000 0.876 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.1673 0.80108 0.000 0.044 0.004 0.000 0.912 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 5 0.3927 0.49114 0.000 0.108 0.008 0.000 0.676 0.200 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-016 5 0.3650 0.55212 0.000 0.124 0.000 0.000 0.680 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0615 0.78936 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0615 0.78936 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1362 0.80396 0.000 0.008 0.004 0.000 0.928 0.056 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0555 0.78903 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.1970 0.88644 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.008 0.128 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2433 0.69165 0.000 0.860 0.000 0.000 0.060 0.020 0.056 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-024 5 0.0597 0.81271 0.000 0.012 0.004 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2660 0.68320 0.000 0.840 0.000 0.000 0.064 0.040 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0959 0.80918 0.000 0.024 0.004 0.000 0.956 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.2433 0.69165 0.000 0.860 0.000 0.000 0.060 0.020 0.056 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0555 0.78903 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0555 0.78903 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.4243 0.51690 0.000 0.000 0.568 0.000 0.096 0.016 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2433 0.69165 0.000 0.860 0.000 0.000 0.060 0.020 0.056 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.2583 0.72237 0.000 0.000 0.800 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2844 0.70269 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.096 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.3363 0.46658 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.548 0.436
#> dkfz_11-035 2 0.3265 0.68706 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.116 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0597 0.80706 0.000 0.004 0.012 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4279 0.36543 0.000 0.544 0.000 0.000 0.008 0.372 0.032 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0202 0.86128 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.2099 0.76670 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.3209 0.67040 0.000 0.764 0.004 0.000 0.008 0.156 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.6941 0.66640 0.000 0.144 0.004 0.000 0.196 0.372 0.112 0.000 0.020 0.152
#> dkfz_11-045 2 0.4117 0.05987 0.000 0.532 0.012 0.000 0.396 0.052 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3261 0.68589 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.112 0.148 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4235 0.36804 0.000 0.544 0.000 0.000 0.008 0.376 0.028 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4328 0.28816 0.000 0.072 0.024 0.000 0.640 0.240 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-051 7 0.0693 0.88333 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4504 0.47229 0.000 0.000 0.544 0.000 0.108 0.020 0.000 0.000 0.324 0.004
#> dkfz_11-054 5 0.4154 0.21770 0.000 0.004 0.020 0.000 0.628 0.260 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-055 4 0.0113 0.84837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1124 0.92957 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1821 0.88628 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4568 -0.08847 0.000 0.464 0.000 0.000 0.356 0.176 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 5 0.2362 0.77903 0.000 0.032 0.024 0.000 0.864 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 5 0.2362 0.77903 0.000 0.032 0.024 0.000 0.864 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 5 0.0395 0.81232 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3714 0.58548 0.000 0.728 0.000 0.000 0.116 0.120 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3684 0.46938 0.000 0.000 0.520 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2663 0.71916 0.000 0.000 0.792 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0429 0.80807 0.000 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.2433 0.69165 0.000 0.860 0.000 0.000 0.060 0.020 0.056 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.3800 0.49566 0.000 0.712 0.000 0.000 0.172 0.084 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-071 2 0.2136 0.69610 0.000 0.876 0.000 0.000 0.056 0.012 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4312 0.52514 0.000 0.004 0.584 0.000 0.100 0.016 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4138 0.36805 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.376 0.028 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1124 0.92957 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3328 0.58241 0.000 0.080 0.000 0.000 0.740 0.172 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-091 5 0.0429 0.81051 0.000 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3288 0.68313 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.112 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1788 0.78371 0.000 0.064 0.004 0.000 0.904 0.020 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 7 0.0615 0.90023 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.1559 0.89613 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0315 0.89871 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.2173 0.74788 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.6625 0.68988 0.000 0.136 0.020 0.000 0.276 0.372 0.028 0.000 0.016 0.152
#> dkfz_11-100 2 0.3689 0.60335 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.108 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0226 0.90030 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0836 0.88820 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0555 0.90098 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.1191 0.83412 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2332 0.81593 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3014 0.69953 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.104 0.124 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0429 0.89891 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.1661 0.83401 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.1000 0.88897 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.2149 0.75297 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.1373 0.85931 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.2332 0.81593 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0282 0.86457 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0226 0.90030 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3227 0.68780 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.108 0.148 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0469 0.90274 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.2413 0.80033 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3082 0.69678 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.112 0.124 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0226 0.90030 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0202 0.97870 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0729 0.89503 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0113 0.90061 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0986 0.93999 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0395 0.90313 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.2021 0.86849 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0315 0.89871 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0888 0.88998 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1759 0.88808 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.2993 0.02113 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0113 0.90190 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.1033 0.89369 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.1880 0.88258 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.1412 0.89820 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0202 0.86128 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.98342 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0202 0.86128 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 10 0.3920 0.00000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.056 0.292 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-140 7 0.0492 0.90225 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.1373 0.89833 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.2507 0.77151 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0404 0.52938 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2414 0.71345 0.000 0.000 0.816 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0952 0.81177 0.000 0.016 0.008 0.000 0.960 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0555 0.78903 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1673 0.75508 0.000 0.000 0.900 0.000 0.080 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0750 0.80309 0.000 0.004 0.012 0.000 0.968 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4189 0.52961 0.000 0.000 0.588 0.000 0.096 0.016 0.000 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.1121 0.79946 0.000 0.004 0.004 0.000 0.944 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.3265 0.68706 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.116 0.144 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:hclust 131 1.15e-24 2.82e-25 2
#> ATC:hclust 107 1.69e-38 6.54e-19 3
#> ATC:hclust 109 1.33e-57 9.89e-39 4
#> ATC:hclust 126 1.35e-77 8.00e-44 5
#> ATC:hclust 126 2.38e-74 4.52e-44 6
#> ATC:hclust 120 1.91e-70 1.01e-41 7
#> ATC:hclust 127 6.53e-70 4.84e-42 8
#> ATC:hclust 126 1.80e-68 1.98e-40 9
#> ATC:hclust 119 7.94e-68 6.83e-39 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.523 0.890 0.916 0.4737 0.497 0.497
#> 3 3 0.571 0.710 0.804 0.3158 0.806 0.638
#> 4 4 0.822 0.843 0.901 0.1430 0.835 0.609
#> 5 5 0.800 0.821 0.882 0.0931 0.865 0.576
#> 6 6 0.812 0.741 0.817 0.0483 0.939 0.720
#> 7 7 0.855 0.798 0.860 0.0305 0.960 0.777
#> 8 8 0.868 0.786 0.857 0.0223 0.985 0.906
#> 9 9 0.855 0.677 0.821 0.0138 0.983 0.894
#> 10 10 0.878 0.620 0.790 0.0126 0.979 0.860
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-004 2 0.3114 0.904 0.056 0.944
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-010 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-011 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-018 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-021 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-022 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-023 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-028 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-029 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-030 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-031 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-032 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-033 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-034 2 0.3431 0.900 0.064 0.936
#> dkfz_11-035 1 0.6531 0.909 0.832 0.168
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.9710 0.213 0.400 0.600
#> dkfz_11-038 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-039 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-040 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-041 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-042 1 0.2423 0.876 0.960 0.040
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.8443 0.588 0.272 0.728
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-047 2 0.9248 0.422 0.340 0.660
#> dkfz_11-048 2 0.8713 0.528 0.292 0.708
#> dkfz_11-049 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.6148 0.923 0.848 0.152
#> dkfz_11-052 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-053 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.5178 0.920 0.884 0.116
#> dkfz_11-056 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-057 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-058 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-059 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-060 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-067 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-070 2 0.1414 0.930 0.020 0.980
#> dkfz_11-071 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> dkfz_11-072 2 0.1633 0.931 0.024 0.976
#> dkfz_11-073 2 0.8443 0.583 0.272 0.728
#> dkfz_11-074 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.9248 0.422 0.340 0.660
#> dkfz_11-093 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.5946 0.928 0.856 0.144
#> dkfz_11-096 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-097 1 0.7528 0.857 0.784 0.216
#> dkfz_11-098 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.7056 0.885 0.808 0.192
#> dkfz_11-101 1 0.7219 0.876 0.800 0.200
#> dkfz_11-102 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-103 1 0.5946 0.928 0.856 0.144
#> dkfz_11-104 1 0.6531 0.909 0.832 0.168
#> dkfz_11-105 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-106 2 0.1843 0.925 0.028 0.972
#> dkfz_11-107 1 0.6148 0.923 0.848 0.152
#> dkfz_11-108 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-109 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-110 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-111 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-112 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-113 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-114 1 0.9710 0.509 0.600 0.400
#> dkfz_11-115 2 0.8608 0.562 0.284 0.716
#> dkfz_11-116 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-117 1 0.6048 0.925 0.852 0.148
#> dkfz_11-118 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-119 2 0.7528 0.693 0.216 0.784
#> dkfz_11-120 1 0.6148 0.923 0.848 0.152
#> dkfz_11-121 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-122 1 0.5946 0.928 0.856 0.144
#> dkfz_11-123 1 0.5946 0.928 0.856 0.144
#> dkfz_11-124 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-125 1 0.5946 0.928 0.856 0.144
#> dkfz_11-126 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-127 1 0.8661 0.748 0.712 0.288
#> dkfz_11-128 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-129 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-130 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-131 1 0.6048 0.925 0.852 0.148
#> dkfz_11-132 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-133 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-134 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-135 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-136 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-137 1 0.1633 0.870 0.976 0.024
#> dkfz_11-138 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.5946 0.928 0.856 0.144
#> dkfz_11-141 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-142 1 0.5842 0.930 0.860 0.140
#> dkfz_11-143 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-144 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-147 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.2423 0.923 0.040 0.960
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.6887 0.893 0.816 0.184
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-002 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-003 1 0.3784 0.832 0.864 0.132 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.6168 0.213 0.000 0.588 0.412
#> dkfz_11-005 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-006 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-007 3 0.6111 0.431 0.000 0.396 0.604
#> dkfz_11-008 3 0.4654 0.743 0.000 0.208 0.792
#> dkfz_11-009 1 0.3425 0.854 0.884 0.112 0.004
#> dkfz_11-010 3 0.4974 0.721 0.000 0.236 0.764
#> dkfz_11-011 3 0.4796 0.734 0.000 0.220 0.780
#> dkfz_11-012 3 0.4504 0.751 0.000 0.196 0.804
#> dkfz_11-013 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-014 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-015 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-016 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-017 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-018 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-019 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-020 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-021 1 0.1765 0.927 0.956 0.040 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.5138 0.705 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-024 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-025 3 0.5058 0.713 0.000 0.244 0.756
#> dkfz_11-026 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-027 3 0.4974 0.721 0.000 0.236 0.764
#> dkfz_11-028 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-029 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-030 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-031 3 0.5058 0.713 0.000 0.244 0.756
#> dkfz_11-032 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-033 2 0.6252 0.101 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-034 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-035 2 0.4702 0.632 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-036 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-037 3 0.5706 0.603 0.000 0.320 0.680
#> dkfz_11-038 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 2 0.6553 0.549 0.412 0.580 0.008
#> dkfz_11-042 1 0.3784 0.795 0.864 0.132 0.004
#> dkfz_11-043 3 0.5138 0.705 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-044 2 0.5706 0.458 0.000 0.680 0.320
#> dkfz_11-045 3 0.4605 0.746 0.000 0.204 0.796
#> dkfz_11-046 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.4750 0.630 0.000 0.784 0.216
#> dkfz_11-048 3 0.5397 0.668 0.000 0.280 0.720
#> dkfz_11-049 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-051 2 0.5559 0.640 0.028 0.780 0.192
#> dkfz_11-052 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-054 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-055 2 0.6280 0.510 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.6633 0.531 0.444 0.548 0.008
#> dkfz_11-060 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 3 0.4178 0.765 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-062 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-063 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-064 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-065 3 0.5138 0.705 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-066 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-067 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-068 3 0.0747 0.837 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-069 3 0.4842 0.730 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-070 3 0.5058 0.713 0.000 0.244 0.756
#> dkfz_11-071 3 0.5058 0.713 0.000 0.244 0.756
#> dkfz_11-072 3 0.4834 0.757 0.004 0.204 0.792
#> dkfz_11-073 3 0.5216 0.695 0.000 0.260 0.740
#> dkfz_11-074 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-091 3 0.0592 0.837 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-092 2 0.4750 0.630 0.000 0.784 0.216
#> dkfz_11-093 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-095 2 0.7710 0.631 0.176 0.680 0.144
#> dkfz_11-096 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4883 0.634 0.004 0.788 0.208
#> dkfz_11-098 2 0.6632 0.557 0.392 0.596 0.012
#> dkfz_11-099 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-100 2 0.4702 0.632 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-101 2 0.4702 0.632 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-102 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.7102 0.641 0.132 0.724 0.144
#> dkfz_11-104 2 0.4883 0.634 0.004 0.788 0.208
#> dkfz_11-105 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.6140 0.239 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-107 2 0.5559 0.640 0.028 0.780 0.192
#> dkfz_11-108 2 0.6553 0.549 0.412 0.580 0.008
#> dkfz_11-109 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.6587 0.542 0.424 0.568 0.008
#> dkfz_11-111 2 0.6553 0.549 0.412 0.580 0.008
#> dkfz_11-112 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4702 0.632 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-115 2 0.5016 0.600 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-116 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 2 0.6087 0.645 0.076 0.780 0.144
#> dkfz_11-118 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.4750 0.630 0.000 0.784 0.216
#> dkfz_11-120 2 0.5356 0.639 0.020 0.784 0.196
#> dkfz_11-121 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.6317 0.638 0.124 0.772 0.104
#> dkfz_11-123 2 0.6252 0.645 0.084 0.772 0.144
#> dkfz_11-124 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.6171 0.645 0.080 0.776 0.144
#> dkfz_11-126 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4702 0.632 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-128 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.6587 0.542 0.424 0.568 0.008
#> dkfz_11-131 2 0.6004 0.644 0.064 0.780 0.156
#> dkfz_11-132 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0747 0.835 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-140 2 0.6910 0.643 0.120 0.736 0.144
#> dkfz_11-141 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.6267 0.524 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-144 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-145 3 0.0424 0.837 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-146 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-147 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-148 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-149 3 0.4931 0.753 0.004 0.212 0.784
#> dkfz_11-150 3 0.0892 0.837 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-151 2 0.4702 0.632 0.000 0.788 0.212
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4454 0.709 0.000 0.692 0.308 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4277 0.871 0.844 0.076 0.028 0.052
#> dkfz_11-004 2 0.1389 0.755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-005 2 0.4277 0.734 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.4477 0.706 0.000 0.688 0.312 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0469 0.775 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-008 2 0.0188 0.780 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.3894 0.889 0.864 0.064 0.028 0.044
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0188 0.780 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0188 0.780 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.4477 0.706 0.000 0.688 0.312 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4304 0.731 0.000 0.716 0.284 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4539 0.734 0.008 0.720 0.272 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4277 0.734 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.4431 0.713 0.000 0.696 0.304 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2546 0.933 0.912 0.000 0.028 0.060
#> dkfz_11-022 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4277 0.734 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.4277 0.734 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1388 0.976 0.012 0.028 0.960 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1256 0.977 0.008 0.028 0.964 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.1302 0.757 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-034 3 0.0707 0.948 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.4605 0.626 0.000 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-036 2 0.4304 0.731 0.000 0.716 0.284 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1920 0.756 0.004 0.944 0.028 0.024
#> dkfz_11-038 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-039 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-040 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-041 4 0.0188 0.926 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-042 1 0.4635 0.765 0.756 0.000 0.028 0.216
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3219 0.652 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-045 2 0.0188 0.780 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-047 2 0.4679 0.268 0.000 0.648 0.000 0.352
#> dkfz_11-048 2 0.1920 0.756 0.004 0.944 0.028 0.024
#> dkfz_11-049 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-050 2 0.4567 0.732 0.008 0.716 0.276 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-052 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-053 3 0.1624 0.973 0.020 0.028 0.952 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4746 0.707 0.008 0.688 0.304 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-056 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-057 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-058 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-059 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-060 1 0.1733 0.955 0.948 0.000 0.028 0.024
#> dkfz_11-061 2 0.0188 0.780 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4500 0.701 0.000 0.684 0.316 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4477 0.706 0.000 0.688 0.312 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.4277 0.734 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1624 0.973 0.020 0.028 0.952 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0921 0.978 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.4356 0.724 0.000 0.708 0.292 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0188 0.780 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3583 0.755 0.004 0.180 0.816 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1920 0.756 0.004 0.944 0.028 0.024
#> dkfz_11-074 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-075 2 0.4539 0.734 0.008 0.720 0.272 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.4431 0.713 0.000 0.696 0.304 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4564 0.336 0.000 0.672 0.000 0.328
#> dkfz_11-093 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-094 2 0.4304 0.731 0.000 0.716 0.284 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0707 0.922 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-096 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-097 4 0.2814 0.845 0.000 0.132 0.000 0.868
#> dkfz_11-098 4 0.0188 0.926 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-099 2 0.4539 0.734 0.008 0.720 0.272 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.4624 0.619 0.000 0.340 0.000 0.660
#> dkfz_11-101 4 0.3074 0.827 0.000 0.152 0.000 0.848
#> dkfz_11-102 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-103 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-104 4 0.3400 0.800 0.000 0.180 0.000 0.820
#> dkfz_11-105 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-106 2 0.1389 0.755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-107 4 0.1474 0.906 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-108 4 0.0188 0.926 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-109 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-110 4 0.0188 0.926 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-111 4 0.0188 0.926 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-112 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-113 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-114 4 0.4431 0.669 0.000 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-115 2 0.1389 0.755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-116 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-117 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-118 4 0.0707 0.927 0.020 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-119 2 0.1716 0.741 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-120 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-121 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-122 4 0.0707 0.922 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-123 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-124 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-125 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-126 4 0.0707 0.927 0.020 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-127 4 0.4406 0.674 0.000 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-128 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-129 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.926 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-132 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-133 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-134 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-135 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-136 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-137 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-138 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-139 2 0.5161 0.556 0.008 0.592 0.400 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0921 0.920 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-141 4 0.0817 0.927 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-142 4 0.0707 0.927 0.020 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-143 3 0.0817 0.943 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1256 0.977 0.008 0.028 0.964 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.4454 0.709 0.000 0.692 0.308 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1109 0.979 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.4250 0.735 0.000 0.724 0.276 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1109 0.978 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.4304 0.731 0.000 0.716 0.284 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.4790 0.544 0.000 0.380 0.000 0.620
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-002 5 0.1041 0.897 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> dkfz_11-003 1 0.4726 0.752 0.716 0.228 0.048 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3088 0.766 0.004 0.828 0.004 0.000 0.164
#> dkfz_11-005 5 0.0162 0.909 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-006 5 0.1041 0.897 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> dkfz_11-007 2 0.3086 0.760 0.000 0.816 0.004 0.000 0.180
#> dkfz_11-008 5 0.3835 0.585 0.000 0.260 0.008 0.000 0.732
#> dkfz_11-009 1 0.4218 0.796 0.760 0.196 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.4135 0.599 0.000 0.656 0.004 0.000 0.340
#> dkfz_11-011 5 0.4375 0.110 0.000 0.420 0.004 0.000 0.576
#> dkfz_11-012 5 0.3741 0.581 0.000 0.264 0.004 0.000 0.732
#> dkfz_11-013 5 0.1041 0.897 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> dkfz_11-014 5 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-015 5 0.0566 0.910 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-018 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-019 5 0.0566 0.909 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> dkfz_11-020 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-021 1 0.4054 0.846 0.812 0.120 0.040 0.028 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3579 0.719 0.000 0.756 0.004 0.000 0.240
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.3990 0.647 0.000 0.688 0.004 0.000 0.308
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.4135 0.599 0.000 0.656 0.004 0.000 0.340
#> dkfz_11-028 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-029 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-030 3 0.2962 0.949 0.000 0.048 0.868 0.000 0.084
#> dkfz_11-031 2 0.3990 0.647 0.000 0.688 0.004 0.000 0.308
#> dkfz_11-032 3 0.2233 0.955 0.000 0.016 0.904 0.000 0.080
#> dkfz_11-033 2 0.2970 0.765 0.000 0.828 0.004 0.000 0.168
#> dkfz_11-034 3 0.2954 0.935 0.004 0.056 0.876 0.000 0.064
#> dkfz_11-035 2 0.2921 0.737 0.000 0.844 0.004 0.148 0.004
#> dkfz_11-036 5 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-037 2 0.2632 0.747 0.004 0.892 0.032 0.000 0.072
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.1836 0.909 0.000 0.032 0.036 0.932 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.6354 0.628 0.612 0.244 0.064 0.080 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.3398 0.735 0.000 0.780 0.004 0.000 0.216
#> dkfz_11-044 2 0.4517 0.765 0.000 0.796 0.056 0.064 0.084
#> dkfz_11-045 5 0.3715 0.589 0.000 0.260 0.004 0.000 0.736
#> dkfz_11-046 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3269 0.770 0.000 0.848 0.000 0.096 0.056
#> dkfz_11-048 2 0.2694 0.747 0.004 0.888 0.032 0.000 0.076
#> dkfz_11-049 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0898 0.905 0.000 0.008 0.020 0.000 0.972
#> dkfz_11-051 2 0.5065 0.192 0.000 0.544 0.036 0.420 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2922 0.941 0.000 0.056 0.872 0.000 0.072
#> dkfz_11-054 5 0.1630 0.890 0.004 0.016 0.036 0.000 0.944
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2938 0.883 0.876 0.084 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3550 0.624 0.000 0.236 0.004 0.000 0.760
#> dkfz_11-062 5 0.1282 0.887 0.004 0.000 0.044 0.000 0.952
#> dkfz_11-063 5 0.1041 0.897 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.3398 0.736 0.000 0.780 0.004 0.000 0.216
#> dkfz_11-066 3 0.2853 0.943 0.000 0.052 0.876 0.000 0.072
#> dkfz_11-067 3 0.2189 0.956 0.000 0.012 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-068 5 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-069 2 0.4182 0.578 0.000 0.644 0.004 0.000 0.352
#> dkfz_11-070 2 0.4299 0.503 0.000 0.608 0.004 0.000 0.388
#> dkfz_11-071 2 0.3969 0.652 0.000 0.692 0.004 0.000 0.304
#> dkfz_11-072 3 0.4736 0.453 0.000 0.020 0.576 0.000 0.404
#> dkfz_11-073 2 0.2952 0.747 0.004 0.872 0.036 0.000 0.088
#> dkfz_11-074 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-091 5 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-092 2 0.3281 0.771 0.000 0.848 0.000 0.092 0.060
#> dkfz_11-093 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0290 0.910 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-095 4 0.1997 0.905 0.000 0.040 0.036 0.924 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4880 0.395 0.000 0.616 0.036 0.348 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.1750 0.911 0.000 0.028 0.036 0.936 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0898 0.905 0.000 0.008 0.020 0.000 0.972
#> dkfz_11-100 2 0.3688 0.721 0.000 0.812 0.036 0.148 0.004
#> dkfz_11-101 2 0.4921 0.366 0.000 0.604 0.036 0.360 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.2426 0.889 0.000 0.064 0.036 0.900 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.4054 0.658 0.000 0.760 0.036 0.204 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2890 0.767 0.000 0.836 0.004 0.000 0.160
#> dkfz_11-107 2 0.5065 0.190 0.000 0.544 0.036 0.420 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.1568 0.914 0.000 0.020 0.036 0.944 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.1579 0.914 0.000 0.024 0.032 0.944 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.1997 0.905 0.000 0.040 0.036 0.924 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3655 0.709 0.000 0.804 0.036 0.160 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.2806 0.768 0.000 0.844 0.004 0.000 0.152
#> dkfz_11-116 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3165 0.841 0.000 0.116 0.036 0.848 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2648 0.768 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-120 4 0.5052 0.259 0.000 0.412 0.036 0.552 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3115 0.846 0.000 0.112 0.036 0.852 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.5077 0.199 0.000 0.428 0.036 0.536 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.4180 0.706 0.000 0.220 0.036 0.744 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3573 0.716 0.000 0.812 0.036 0.152 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1668 0.912 0.000 0.028 0.032 0.940 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.4087 0.727 0.000 0.208 0.036 0.756 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.4552 0.474 0.004 0.020 0.308 0.000 0.668
#> dkfz_11-140 4 0.2221 0.898 0.000 0.052 0.036 0.912 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2597 0.911 0.004 0.060 0.896 0.000 0.040
#> dkfz_11-144 3 0.2233 0.955 0.000 0.016 0.904 0.000 0.080
#> dkfz_11-145 5 0.1041 0.897 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> dkfz_11-146 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-147 3 0.2237 0.957 0.004 0.008 0.904 0.000 0.084
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.2390 0.955 0.000 0.020 0.896 0.000 0.084
#> dkfz_11-150 5 0.0451 0.910 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> dkfz_11-151 2 0.3001 0.741 0.000 0.844 0.004 0.144 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.1151 0.9372 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> dkfz_11-002 5 0.0458 0.8909 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4935 0.6679 0.580 0.028 0.020 0.004 0.000 0.368
#> dkfz_11-004 2 0.1007 0.7908 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0858 0.8837 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028
#> dkfz_11-006 5 0.0458 0.8909 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.1204 0.7951 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.5071 -0.0079 0.000 0.444 0.004 0.000 0.488 0.064
#> dkfz_11-009 1 0.4946 0.7050 0.612 0.036 0.020 0.004 0.000 0.328
#> dkfz_11-010 2 0.2597 0.7948 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3428 0.6119 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.5145 0.0593 0.000 0.424 0.004 0.000 0.500 0.072
#> dkfz_11-013 5 0.0458 0.8909 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.1003 0.8868 0.000 0.004 0.004 0.000 0.964 0.028
#> dkfz_11-016 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1320 0.9366 0.000 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.1245 0.9374 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-019 5 0.0622 0.8915 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.1151 0.9372 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> dkfz_11-021 1 0.4376 0.7125 0.624 0.004 0.020 0.004 0.000 0.348
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.1910 0.8050 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2968 0.7954 0.000 0.816 0.000 0.000 0.168 0.016
#> dkfz_11-026 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.2597 0.7948 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1409 0.9373 0.000 0.008 0.948 0.000 0.032 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.1296 0.9373 0.000 0.004 0.952 0.000 0.032 0.012
#> dkfz_11-030 3 0.2630 0.9207 0.000 0.004 0.872 0.000 0.032 0.092
#> dkfz_11-031 2 0.2562 0.7965 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1592 0.9360 0.000 0.008 0.940 0.000 0.032 0.020
#> dkfz_11-033 2 0.1141 0.7941 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3222 0.8962 0.000 0.012 0.824 0.000 0.024 0.140
#> dkfz_11-035 2 0.2376 0.6798 0.000 0.888 0.000 0.044 0.000 0.068
#> dkfz_11-036 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4711 0.5657 0.000 0.568 0.024 0.000 0.016 0.392
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1036 0.9041 0.964 0.024 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.4531 -0.3395 0.000 0.032 0.000 0.504 0.000 0.464
#> dkfz_11-042 1 0.5614 0.5788 0.516 0.036 0.020 0.028 0.000 0.400
#> dkfz_11-043 2 0.3393 0.7975 0.000 0.820 0.004 0.000 0.108 0.068
#> dkfz_11-044 6 0.5151 0.4834 0.000 0.336 0.004 0.020 0.048 0.592
#> dkfz_11-045 5 0.4750 0.1607 0.000 0.404 0.000 0.000 0.544 0.052
#> dkfz_11-046 1 0.1036 0.9041 0.964 0.024 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3148 0.6485 0.000 0.840 0.000 0.024 0.020 0.116
#> dkfz_11-048 2 0.4699 0.6032 0.000 0.600 0.024 0.000 0.020 0.356
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.1674 0.8676 0.000 0.004 0.004 0.000 0.924 0.068
#> dkfz_11-051 6 0.5605 0.7144 0.000 0.360 0.000 0.152 0.000 0.488
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3090 0.9011 0.000 0.004 0.828 0.000 0.028 0.140
#> dkfz_11-054 5 0.1563 0.8716 0.000 0.000 0.012 0.000 0.932 0.056
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0951 0.9050 0.968 0.020 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0951 0.9050 0.968 0.020 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3799 0.7603 0.704 0.000 0.020 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-061 5 0.4555 0.1145 0.000 0.424 0.000 0.000 0.540 0.036
#> dkfz_11-062 5 0.0603 0.8903 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-063 5 0.0603 0.8903 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-064 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3227 0.7993 0.000 0.824 0.000 0.000 0.116 0.060
#> dkfz_11-066 3 0.2968 0.9062 0.000 0.004 0.840 0.000 0.028 0.128
#> dkfz_11-067 3 0.1409 0.9367 0.000 0.008 0.948 0.000 0.032 0.012
#> dkfz_11-068 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.2664 0.7897 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3738 0.7422 0.000 0.752 0.000 0.000 0.208 0.040
#> dkfz_11-071 2 0.2632 0.7987 0.000 0.832 0.000 0.000 0.164 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.4675 0.3876 0.000 0.000 0.560 0.000 0.392 0.048
#> dkfz_11-073 2 0.4613 0.6057 0.000 0.608 0.020 0.000 0.020 0.352
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0603 0.8921 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> dkfz_11-091 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.2545 0.7192 0.000 0.888 0.000 0.020 0.024 0.068
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.4650 -0.3921 0.000 0.040 0.000 0.488 0.000 0.472
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.5543 0.7021 0.000 0.372 0.000 0.140 0.000 0.488
#> dkfz_11-098 4 0.4168 -0.0359 0.000 0.016 0.000 0.584 0.000 0.400
#> dkfz_11-099 5 0.1615 0.8697 0.000 0.004 0.004 0.000 0.928 0.064
#> dkfz_11-100 2 0.4530 -0.1943 0.000 0.600 0.000 0.044 0.000 0.356
#> dkfz_11-101 6 0.5498 0.6922 0.000 0.380 0.000 0.132 0.000 0.488
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5069 0.4809 0.000 0.076 0.000 0.440 0.000 0.484
#> dkfz_11-104 6 0.5142 0.6140 0.000 0.428 0.000 0.084 0.000 0.488
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1152 0.7895 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> dkfz_11-107 6 0.5706 0.7308 0.000 0.336 0.000 0.176 0.000 0.488
#> dkfz_11-108 4 0.3950 -0.1068 0.000 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.3601 0.3297 0.000 0.004 0.000 0.684 0.000 0.312
#> dkfz_11-111 6 0.4808 0.4021 0.000 0.052 0.000 0.468 0.000 0.480
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4944 0.5722 0.000 0.448 0.000 0.064 0.000 0.488
#> dkfz_11-115 2 0.1265 0.7879 0.000 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5278 0.5441 0.000 0.100 0.000 0.412 0.000 0.488
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2318 0.7481 0.000 0.892 0.000 0.000 0.044 0.064
#> dkfz_11-120 6 0.5844 0.7103 0.000 0.244 0.000 0.268 0.000 0.488
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.5278 0.5441 0.000 0.100 0.000 0.412 0.000 0.488
#> dkfz_11-123 6 0.5830 0.7298 0.000 0.284 0.000 0.228 0.000 0.488
#> dkfz_11-124 1 0.0363 0.9079 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.5675 0.6468 0.000 0.168 0.000 0.344 0.000 0.488
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.4899 0.5627 0.000 0.452 0.000 0.060 0.000 0.488
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.3601 0.3294 0.000 0.004 0.000 0.684 0.000 0.312
#> dkfz_11-131 6 0.5624 0.6317 0.000 0.156 0.000 0.356 0.000 0.488
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0717 0.9065 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.5090 0.3878 0.000 0.004 0.296 0.000 0.604 0.096
#> dkfz_11-140 6 0.4807 0.4145 0.000 0.052 0.000 0.464 0.000 0.484
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2692 0.8750 0.000 0.012 0.840 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-144 3 0.1592 0.9360 0.000 0.008 0.940 0.000 0.032 0.020
#> dkfz_11-145 5 0.0458 0.8909 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1409 0.9373 0.000 0.008 0.948 0.000 0.032 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.1245 0.9374 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-148 5 0.0146 0.8942 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1984 0.9299 0.000 0.000 0.912 0.000 0.032 0.056
#> dkfz_11-150 5 0.0508 0.8919 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-151 2 0.2647 0.6514 0.000 0.868 0.000 0.044 0.000 0.088
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0504 0.8798 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0656 0.8871 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.4493 0.6475 0.312 0.012 0.000 0.000 0.620 0.000 0.056
#> dkfz_11-004 2 0.1209 0.8296 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.004 0.016
#> dkfz_11-005 6 0.0899 0.8915 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016
#> dkfz_11-006 6 0.0790 0.8875 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.0573 0.8358 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-008 6 0.5471 0.3010 0.000 0.348 0.000 0.000 0.076 0.520 0.056
#> dkfz_11-009 5 0.4411 0.6067 0.368 0.016 0.000 0.000 0.584 0.000 0.032
#> dkfz_11-010 2 0.0927 0.8353 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2903 0.7175 0.000 0.832 0.000 0.000 0.008 0.128 0.032
#> dkfz_11-012 6 0.5269 0.3292 0.000 0.360 0.000 0.000 0.044 0.528 0.068
#> dkfz_11-013 6 0.0656 0.8871 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0134 0.8958 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2432 0.8574 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048 0.876 0.072
#> dkfz_11-016 6 0.1438 0.8840 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024 0.940 0.032
#> dkfz_11-017 3 0.0582 0.8785 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0504 0.8798 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0134 0.8959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0637 0.8795 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.4343 0.5881 0.376 0.000 0.000 0.004 0.576 0.000 0.044
#> dkfz_11-022 4 0.0504 0.9292 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0797 0.8371 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0507 0.8949 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.1101 0.8345 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-026 6 0.0507 0.8949 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0927 0.8353 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0637 0.8795 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0637 0.8795 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3973 0.8352 0.000 0.004 0.764 0.000 0.136 0.020 0.076
#> dkfz_11-031 2 0.0863 0.8367 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2191 0.8734 0.000 0.000 0.900 0.000 0.048 0.016 0.036
#> dkfz_11-033 2 0.0812 0.8358 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.4996 0.7747 0.000 0.012 0.652 0.000 0.204 0.016 0.116
#> dkfz_11-035 2 0.2973 0.7579 0.000 0.828 0.000 0.004 0.048 0.000 0.120
#> dkfz_11-036 6 0.0134 0.8958 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4176 0.4957 0.000 0.296 0.000 0.000 0.644 0.000 0.060
#> dkfz_11-038 4 0.0990 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0504 0.9850 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.3503 0.7097 0.000 0.000 0.004 0.328 0.004 0.000 0.664
#> dkfz_11-042 5 0.4568 0.6508 0.284 0.008 0.000 0.004 0.636 0.000 0.068
#> dkfz_11-043 2 0.3275 0.7642 0.000 0.824 0.000 0.000 0.100 0.032 0.044
#> dkfz_11-044 7 0.3515 0.6826 0.000 0.116 0.008 0.004 0.064 0.004 0.804
#> dkfz_11-045 6 0.4886 0.4285 0.000 0.324 0.000 0.000 0.036 0.588 0.052
#> dkfz_11-046 1 0.0504 0.9850 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-047 2 0.3198 0.7307 0.000 0.804 0.000 0.004 0.048 0.000 0.144
#> dkfz_11-048 5 0.3974 0.4841 0.000 0.312 0.000 0.000 0.648 0.000 0.040
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3201 0.8228 0.000 0.008 0.000 0.000 0.080 0.820 0.092
#> dkfz_11-051 7 0.3505 0.7690 0.000 0.200 0.000 0.048 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4862 0.7839 0.000 0.012 0.668 0.000 0.200 0.016 0.104
#> dkfz_11-054 6 0.2990 0.8366 0.000 0.008 0.004 0.000 0.064 0.844 0.080
#> dkfz_11-055 4 0.0990 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0504 0.9850 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0637 0.9837 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-059 4 0.0239 0.9284 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.3520 0.4764 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4929 -0.0505 0.000 0.472 0.000 0.000 0.028 0.452 0.048
#> dkfz_11-062 6 0.1493 0.8833 0.000 0.000 0.028 0.000 0.016 0.940 0.016
#> dkfz_11-063 6 0.1493 0.8833 0.000 0.000 0.028 0.000 0.016 0.940 0.016
#> dkfz_11-064 6 0.0373 0.8951 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.2834 0.7856 0.000 0.856 0.000 0.000 0.084 0.028 0.032
#> dkfz_11-066 3 0.4785 0.7908 0.000 0.012 0.680 0.000 0.188 0.016 0.104
#> dkfz_11-067 3 0.2010 0.8763 0.000 0.000 0.912 0.000 0.040 0.020 0.028
#> dkfz_11-068 6 0.0268 0.8956 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.1109 0.8282 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3118 0.7470 0.000 0.836 0.000 0.000 0.028 0.092 0.044
#> dkfz_11-071 2 0.0863 0.8367 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.5746 0.3788 0.000 0.016 0.504 0.000 0.092 0.352 0.036
#> dkfz_11-073 5 0.3740 0.4803 0.000 0.316 0.000 0.000 0.660 0.000 0.024
#> dkfz_11-074 1 0.0268 0.9879 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1565 0.8798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.928 0.048
#> dkfz_11-091 6 0.0134 0.8958 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.2764 0.7753 0.000 0.848 0.000 0.004 0.048 0.000 0.100
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0134 0.8958 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.3212 0.7575 0.000 0.000 0.004 0.288 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-096 4 0.0239 0.9296 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.4018 0.7631 0.000 0.204 0.008 0.044 0.012 0.000 0.732
#> dkfz_11-098 7 0.3651 0.6290 0.000 0.000 0.004 0.376 0.004 0.000 0.616
#> dkfz_11-099 6 0.3102 0.8309 0.000 0.012 0.000 0.000 0.072 0.832 0.084
#> dkfz_11-100 2 0.4422 0.0944 0.000 0.528 0.000 0.004 0.044 0.000 0.424
#> dkfz_11-101 7 0.3929 0.7641 0.000 0.204 0.008 0.044 0.008 0.000 0.736
#> dkfz_11-102 4 0.0504 0.9289 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3377 0.7847 0.000 0.000 0.008 0.256 0.008 0.000 0.728
#> dkfz_11-104 7 0.3125 0.7242 0.000 0.236 0.000 0.012 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-105 4 0.0268 0.9282 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1698 0.8208 0.000 0.924 0.000 0.000 0.048 0.004 0.024
#> dkfz_11-107 7 0.3646 0.7856 0.000 0.176 0.000 0.072 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-108 7 0.3607 0.6571 0.000 0.000 0.004 0.360 0.004 0.000 0.632
#> dkfz_11-109 4 0.0656 0.9265 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.3764 -0.1434 0.000 0.000 0.004 0.556 0.004 0.000 0.436
#> dkfz_11-111 7 0.3458 0.7267 0.000 0.000 0.004 0.316 0.004 0.000 0.676
#> dkfz_11-112 4 0.0268 0.9282 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0990 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3603 0.7139 0.000 0.240 0.008 0.008 0.012 0.000 0.732
#> dkfz_11-115 2 0.1771 0.8191 0.000 0.920 0.000 0.000 0.048 0.004 0.028
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3692 0.7951 0.000 0.012 0.008 0.240 0.012 0.000 0.728
#> dkfz_11-118 4 0.0268 0.9282 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2764 0.7787 0.000 0.848 0.000 0.000 0.048 0.004 0.100
#> dkfz_11-120 7 0.4289 0.8137 0.000 0.104 0.008 0.144 0.012 0.000 0.732
#> dkfz_11-121 1 0.0134 0.9900 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3149 0.7945 0.000 0.012 0.000 0.240 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-123 7 0.3759 0.8067 0.000 0.132 0.000 0.116 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-124 1 0.0373 0.9892 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 7 0.3559 0.8156 0.000 0.056 0.000 0.192 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-126 4 0.0268 0.9282 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.3603 0.7139 0.000 0.240 0.008 0.008 0.012 0.000 0.732
#> dkfz_11-128 4 0.0504 0.9289 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0504 0.9289 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.3753 -0.1111 0.000 0.000 0.004 0.564 0.004 0.000 0.428
#> dkfz_11-131 7 0.3559 0.8157 0.000 0.056 0.000 0.192 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-132 4 0.0504 0.9289 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0268 0.9282 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0134 0.9297 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0990 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0422 0.9873 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0990 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.6258 0.3890 0.000 0.008 0.212 0.000 0.144 0.532 0.104
#> dkfz_11-140 7 0.3440 0.7779 0.000 0.000 0.008 0.268 0.008 0.000 0.716
#> dkfz_11-141 4 0.0268 0.9282 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0268 0.9282 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.5031 0.7407 0.000 0.012 0.620 0.000 0.248 0.008 0.112
#> dkfz_11-144 3 0.2191 0.8734 0.000 0.000 0.900 0.000 0.048 0.016 0.036
#> dkfz_11-145 6 0.0656 0.8871 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0637 0.8795 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0504 0.8798 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0507 0.8949 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.2770 0.8631 0.000 0.004 0.860 0.000 0.092 0.020 0.024
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.2973 0.7572 0.000 0.828 0.000 0.004 0.048 0.000 0.120
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0376 0.8656 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 5 0.0475 0.8720 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.3074 0.8150 0.156 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.032 0.800
#> dkfz_11-004 2 0.2497 0.7929 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 NA 0.020 0.040
#> dkfz_11-005 5 0.1305 0.8542 0.000 0.004 0.000 0.000 0.944 NA 0.004 0.012
#> dkfz_11-006 5 0.0698 0.8710 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-007 2 0.1621 0.8040 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 NA 0.016 0.004
#> dkfz_11-008 5 0.6060 0.0285 0.000 0.376 0.000 0.000 0.400 NA 0.012 0.088
#> dkfz_11-009 8 0.3146 0.7866 0.224 0.008 0.000 0.000 0.000 NA 0.016 0.752
#> dkfz_11-010 2 0.0596 0.8071 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1335 0.7832 0.000 0.936 0.000 0.000 0.044 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5894 -0.0879 0.000 0.408 0.000 0.000 0.372 NA 0.012 0.048
#> dkfz_11-013 5 0.0251 0.8728 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0125 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3724 0.7744 0.000 0.008 0.000 0.000 0.752 NA 0.020 0.044
#> dkfz_11-016 5 0.2448 0.8332 0.000 0.008 0.000 0.000 0.860 NA 0.004 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.0125 0.8662 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0125 0.8662 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0125 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0501 0.8652 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-021 8 0.3171 0.7764 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.020 0.744
#> dkfz_11-022 4 0.1676 0.8860 0.000 0.000 0.004 0.920 0.000 NA 0.004 0.016
#> dkfz_11-023 2 0.0618 0.8075 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0125 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0868 0.8056 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0596 0.8071 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0501 0.8652 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0501 0.8652 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.2875 0.8063 0.000 0.000 0.736 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0618 0.8075 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1601 0.8600 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2064 0.7998 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 NA 0.020 0.012
#> dkfz_11-034 3 0.3873 0.7525 0.000 0.004 0.632 0.000 0.004 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-035 2 0.4411 0.7099 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 NA 0.128 0.076
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.3404 0.7516 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 NA 0.036 0.796
#> dkfz_11-038 4 0.2261 0.8746 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-039 1 0.1260 0.9565 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9790 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.3738 0.7093 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 NA 0.696 0.016
#> dkfz_11-042 8 0.2959 0.8139 0.132 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.032 0.820
#> dkfz_11-043 2 0.4257 0.6408 0.000 0.704 0.000 0.000 0.008 NA 0.012 0.132
#> dkfz_11-044 7 0.3507 0.6791 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 NA 0.776 0.048
#> dkfz_11-045 5 0.5321 0.2077 0.000 0.372 0.000 0.000 0.480 NA 0.004 0.040
#> dkfz_11-046 1 0.1260 0.9565 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.4760 0.6582 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 NA 0.176 0.076
#> dkfz_11-048 8 0.3391 0.7386 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 NA 0.020 0.788
#> dkfz_11-049 1 0.0125 0.9790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4238 0.7086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 NA 0.032 0.056
#> dkfz_11-051 7 0.2061 0.8054 0.000 0.064 0.000 0.016 0.000 NA 0.900 0.008
#> dkfz_11-052 1 0.0125 0.9790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3317 0.7632 0.000 0.000 0.652 0.000 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 5 0.3906 0.7374 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 NA 0.036 0.036
#> dkfz_11-055 4 0.2261 0.8746 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-056 1 0.1205 0.9586 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9790 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1205 0.9591 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1426 0.8820 0.000 0.000 0.004 0.940 0.000 NA 0.012 0.012
#> dkfz_11-060 8 0.2971 0.7141 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.716
#> dkfz_11-061 2 0.5133 0.2816 0.000 0.552 0.000 0.000 0.312 NA 0.004 0.048
#> dkfz_11-062 5 0.2208 0.8446 0.000 0.000 0.008 0.000 0.888 NA 0.012 0.016
#> dkfz_11-063 5 0.2160 0.8459 0.000 0.000 0.008 0.000 0.892 NA 0.012 0.016
#> dkfz_11-064 5 0.0125 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3395 0.7220 0.000 0.796 0.000 0.000 0.008 NA 0.012 0.116
#> dkfz_11-066 3 0.3200 0.7657 0.000 0.000 0.656 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1368 0.8635 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0596 0.8071 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2487 0.7446 0.000 0.872 0.000 0.000 0.028 NA 0.000 0.040
#> dkfz_11-071 2 0.0520 0.8069 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.5119 0.3574 0.000 0.012 0.512 0.000 0.340 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 8 0.3138 0.7380 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 NA 0.012 0.800
#> dkfz_11-074 1 0.0125 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2913 0.8098 0.000 0.004 0.000 0.000 0.812 NA 0.008 0.024
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4411 0.7099 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 NA 0.128 0.076
#> dkfz_11-093 1 0.0125 0.9790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0125 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.2487 0.8059 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 NA 0.836 0.004
#> dkfz_11-096 4 0.0749 0.8901 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 7 0.2572 0.8129 0.000 0.048 0.000 0.032 0.000 NA 0.872 0.004
#> dkfz_11-098 7 0.3910 0.6337 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 NA 0.644 0.016
#> dkfz_11-099 5 0.4168 0.7084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 NA 0.028 0.052
#> dkfz_11-100 7 0.5507 -0.1994 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 NA 0.416 0.076
#> dkfz_11-101 7 0.2514 0.8138 0.000 0.048 0.000 0.032 0.000 NA 0.876 0.004
#> dkfz_11-102 4 0.1850 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-103 7 0.2835 0.8129 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 NA 0.820 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.2100 0.7906 0.000 0.076 0.000 0.004 0.000 NA 0.892 0.008
#> dkfz_11-105 4 0.1229 0.8788 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-106 2 0.3315 0.7726 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 NA 0.036 0.072
#> dkfz_11-107 7 0.2037 0.8188 0.000 0.044 0.000 0.036 0.000 NA 0.904 0.004
#> dkfz_11-108 7 0.3851 0.6569 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 NA 0.660 0.016
#> dkfz_11-109 4 0.2217 0.8808 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 NA 0.000 0.024
#> dkfz_11-110 7 0.4186 0.3106 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 NA 0.504 0.016
#> dkfz_11-111 7 0.3615 0.7353 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 NA 0.720 0.016
#> dkfz_11-112 4 0.1229 0.8788 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA 0.008 0.016
#> dkfz_11-113 4 0.2261 0.8746 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-114 7 0.2370 0.7850 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 NA 0.868 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.3315 0.7719 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 NA 0.036 0.072
#> dkfz_11-116 1 0.0125 0.9790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2489 0.8207 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 NA 0.848 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.1316 0.8768 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA 0.012 0.016
#> dkfz_11-119 2 0.4301 0.7184 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 NA 0.120 0.072
#> dkfz_11-120 7 0.2399 0.8246 0.000 0.020 0.000 0.064 0.000 NA 0.876 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9790 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.1945 0.8190 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 NA 0.876 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.1950 0.8229 0.000 0.036 0.000 0.044 0.000 NA 0.908 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0520 0.9755 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.1907 0.8273 0.000 0.008 0.000 0.072 0.000 NA 0.904 0.008
#> dkfz_11-126 4 0.0864 0.8877 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA 0.000 0.016
#> dkfz_11-127 7 0.2313 0.7860 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 NA 0.872 0.004
#> dkfz_11-128 4 0.1850 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-129 4 0.1260 0.8946 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 4 0.4193 -0.2702 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 NA 0.472 0.016
#> dkfz_11-131 7 0.1466 0.8273 0.000 0.008 0.000 0.072 0.000 NA 0.920 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.1633 0.8916 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 NA 0.000 0.016
#> dkfz_11-133 4 0.1235 0.8816 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA 0.012 0.012
#> dkfz_11-134 4 0.1051 0.8950 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.2261 0.8746 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-136 1 0.1006 0.9689 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0125 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.2261 0.8746 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-139 5 0.6481 0.2414 0.000 0.004 0.200 0.000 0.396 NA 0.036 0.052
#> dkfz_11-140 7 0.2870 0.8118 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 NA 0.816 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.0669 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.1316 0.8768 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA 0.012 0.016
#> dkfz_11-143 3 0.3934 0.7195 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 NA 0.004 0.036
#> dkfz_11-144 3 0.1758 0.8614 0.000 0.004 0.904 0.000 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.0251 0.8728 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0501 0.8652 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0251 0.8665 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2138 0.8425 0.000 0.000 0.848 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0125 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4411 0.7099 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 NA 0.128 0.076
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0237 0.624 0.000 NA 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 5 0.0626 0.822 0.000 NA 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-003 8 0.1800 0.819 0.076 NA 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.900 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0936 0.750 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-005 5 0.1312 0.807 0.000 NA 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.004 0.036
#> dkfz_11-006 5 0.0776 0.821 0.000 NA 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 6 0.1971 0.763 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-008 5 0.7170 0.102 0.000 NA 0.004 0.000 0.340 0.152 0.016 0.068 0.240
#> dkfz_11-009 8 0.1957 0.814 0.116 NA 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.872 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.2489 0.762 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> dkfz_11-011 6 0.3420 0.735 0.000 NA 0.000 0.000 0.012 0.728 0.000 0.004 0.224
#> dkfz_11-012 5 0.6800 0.137 0.000 NA 0.000 0.000 0.284 0.184 0.000 0.044 0.232
#> dkfz_11-013 5 0.0626 0.821 0.000 NA 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-014 5 0.0331 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 5 0.3822 0.678 0.000 NA 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.008 0.056
#> dkfz_11-016 5 0.3047 0.759 0.000 NA 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.008 0.044
#> dkfz_11-017 3 0.0237 0.623 0.000 NA 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0237 0.623 0.000 NA 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 5 0.0331 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0567 0.622 0.000 NA 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.2104 0.807 0.128 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.856 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2603 0.808 0.000 NA 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028
#> dkfz_11-023 6 0.2489 0.762 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> dkfz_11-024 5 0.0119 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 6 0.2692 0.759 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.004 0.216
#> dkfz_11-026 5 0.0119 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 6 0.2489 0.762 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> dkfz_11-028 3 0.0661 0.622 0.000 NA 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0661 0.622 0.000 NA 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3845 -0.320 0.000 NA 0.608 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-031 6 0.2489 0.762 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> dkfz_11-032 3 0.2266 0.521 0.000 NA 0.856 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.120
#> dkfz_11-033 6 0.0237 0.752 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.4941 -0.873 0.000 NA 0.456 0.000 0.004 0.000 0.008 0.016 0.412
#> dkfz_11-035 6 0.2328 0.703 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.860 0.088 0.048 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0119 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.4731 0.723 0.000 NA 0.004 0.000 0.004 0.048 0.028 0.688 0.132
#> dkfz_11-038 4 0.2932 0.773 0.000 NA 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 1 0.1847 0.934 0.900 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-040 1 0.0237 0.964 0.992 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.3421 0.630 0.000 NA 0.000 0.340 0.000 0.000 0.640 0.008 0.008
#> dkfz_11-042 8 0.1772 0.815 0.064 NA 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.904 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.6192 0.369 0.000 NA 0.004 0.000 0.008 0.468 0.020 0.092 0.224
#> dkfz_11-044 7 0.3884 0.617 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.008 0.700 0.020 0.052
#> dkfz_11-045 5 0.6520 0.291 0.000 NA 0.004 0.000 0.432 0.184 0.000 0.044 0.176
#> dkfz_11-046 1 0.1847 0.934 0.900 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-047 6 0.3060 0.627 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.776 0.168 0.052 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.4731 0.723 0.000 NA 0.004 0.000 0.004 0.048 0.028 0.688 0.132
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.965 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4707 0.606 0.000 NA 0.000 0.000 0.564 0.000 0.012 0.032 0.068
#> dkfz_11-051 7 0.1595 0.825 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.080 0.908 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.965 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4244 -0.786 0.000 NA 0.472 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.456
#> dkfz_11-054 5 0.4429 0.636 0.000 NA 0.000 0.000 0.596 0.000 0.016 0.012 0.068
#> dkfz_11-055 4 0.2932 0.773 0.000 NA 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 1 0.1632 0.941 0.916 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-057 1 0.0119 0.964 0.996 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1861 0.941 0.900 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> dkfz_11-059 4 0.1126 0.806 0.000 NA 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020
#> dkfz_11-060 8 0.2001 0.785 0.160 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.6406 0.256 0.000 NA 0.000 0.000 0.248 0.344 0.000 0.028 0.272
#> dkfz_11-062 5 0.2741 0.780 0.000 NA 0.012 0.000 0.836 0.000 0.004 0.004 0.032
#> dkfz_11-063 5 0.2681 0.781 0.000 NA 0.012 0.000 0.840 0.000 0.004 0.004 0.028
#> dkfz_11-064 5 0.0119 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 6 0.5125 0.563 0.000 NA 0.004 0.000 0.000 0.612 0.016 0.076 0.200
#> dkfz_11-066 3 0.4139 -0.764 0.000 NA 0.476 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-067 3 0.2042 0.548 0.000 NA 0.876 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2489 0.762 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> dkfz_11-070 6 0.4782 0.641 0.000 NA 0.000 0.000 0.012 0.596 0.000 0.028 0.256
#> dkfz_11-071 6 0.2489 0.762 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> dkfz_11-072 3 0.5903 -0.161 0.000 NA 0.436 0.000 0.292 0.000 0.000 0.028 0.188
#> dkfz_11-073 8 0.4279 0.736 0.000 NA 0.004 0.000 0.004 0.036 0.020 0.728 0.124
#> dkfz_11-074 1 0.0827 0.957 0.968 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004
#> dkfz_11-075 5 0.3391 0.728 0.000 NA 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.008 0.044
#> dkfz_11-091 5 0.0237 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.2369 0.701 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.856 0.092 0.048 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.965 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0356 0.825 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-095 7 0.2288 0.826 0.000 NA 0.000 0.144 0.000 0.000 0.840 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 4 0.1381 0.817 0.000 NA 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-097 7 0.2338 0.820 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.068 0.876 0.008 0.016
#> dkfz_11-098 7 0.3520 0.562 0.000 NA 0.000 0.380 0.000 0.000 0.600 0.008 0.008
#> dkfz_11-099 5 0.4659 0.600 0.000 NA 0.000 0.000 0.560 0.000 0.012 0.020 0.080
#> dkfz_11-100 6 0.3866 0.344 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.600 0.344 0.052 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.2201 0.821 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.068 0.884 0.012 0.008
#> dkfz_11-102 4 0.2421 0.801 0.000 NA 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.2578 0.831 0.000 NA 0.000 0.136 0.000 0.000 0.828 0.000 0.008
#> dkfz_11-104 7 0.2003 0.813 0.000 NA 0.000 0.004 0.000 0.100 0.880 0.012 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0542 0.812 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-106 6 0.1528 0.732 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.924 0.020 0.048 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.1484 0.835 0.000 NA 0.000 0.012 0.000 0.056 0.924 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.3503 0.577 0.000 NA 0.000 0.372 0.000 0.000 0.608 0.008 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.2683 0.794 0.000 NA 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 4 0.3629 -0.263 0.000 NA 0.000 0.512 0.000 0.000 0.468 0.008 0.008
#> dkfz_11-111 7 0.3333 0.669 0.000 NA 0.000 0.312 0.000 0.000 0.668 0.008 0.008
#> dkfz_11-112 4 0.0542 0.812 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-113 4 0.2932 0.773 0.000 NA 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 7 0.2419 0.818 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.068 0.872 0.012 0.016
#> dkfz_11-115 6 0.1596 0.731 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.920 0.024 0.048 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.965 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2357 0.843 0.000 NA 0.000 0.096 0.000 0.000 0.860 0.000 0.012
#> dkfz_11-118 4 0.0542 0.812 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-119 6 0.2199 0.709 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.872 0.076 0.048 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.2330 0.844 0.000 NA 0.000 0.056 0.000 0.012 0.884 0.004 0.016
#> dkfz_11-121 1 0.0237 0.964 0.992 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.1960 0.841 0.000 NA 0.000 0.104 0.000 0.000 0.880 0.004 0.004
#> dkfz_11-123 7 0.1522 0.845 0.000 NA 0.000 0.036 0.000 0.036 0.924 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1149 0.957 0.944 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 7 0.1317 0.847 0.000 NA 0.000 0.064 0.000 0.004 0.928 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0786 0.812 0.000 NA 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 7 0.2419 0.818 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.068 0.872 0.012 0.016
#> dkfz_11-128 4 0.2398 0.803 0.000 NA 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.1973 0.820 0.000 NA 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-130 4 0.3611 -0.168 0.000 NA 0.000 0.540 0.000 0.000 0.440 0.008 0.008
#> dkfz_11-131 7 0.1200 0.848 0.000 NA 0.000 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.2226 0.810 0.000 NA 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0869 0.810 0.000 NA 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-134 4 0.1439 0.822 0.000 NA 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.2915 0.774 0.000 NA 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-136 1 0.2004 0.934 0.892 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> dkfz_11-137 1 0.0533 0.961 0.980 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 4 0.2932 0.773 0.000 NA 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 5 0.6400 0.171 0.000 NA 0.120 0.000 0.360 0.000 0.020 0.004 0.204
#> dkfz_11-140 7 0.2578 0.831 0.000 NA 0.000 0.136 0.000 0.000 0.828 0.000 0.008
#> dkfz_11-141 4 0.0331 0.818 0.000 NA 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 4 0.0542 0.812 0.000 NA 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-143 9 0.4707 0.000 0.000 NA 0.424 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.460
#> dkfz_11-144 3 0.2226 0.535 0.000 NA 0.864 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.108
#> dkfz_11-145 5 0.0331 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0661 0.622 0.000 NA 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0610 0.618 0.000 NA 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-148 5 0.0237 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.3022 0.218 0.000 NA 0.748 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-150 5 0.0449 0.824 0.000 NA 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-151 6 0.2369 0.701 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 0.856 0.092 0.048 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0508 0.7719 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1037 0.7642 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-003 8 0.0836 0.7970 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.2955 0.6528 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.1430 0.7354 0.000 0.004 0.000 0.000 0.928 0.044 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-006 5 0.1362 0.7621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.016 0.000 0.000 0.012 0.040
#> dkfz_11-007 2 0.1559 0.6487 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.6315 0.5408 0.000 0.228 0.000 0.000 0.232 0.400 0.000 0.020 0.076 0.044
#> dkfz_11-009 8 0.1522 0.7924 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.908 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.0113 0.6264 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1061 0.5762 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.020 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-012 6 0.6227 0.4951 0.000 0.308 0.000 0.000 0.196 0.336 0.000 0.004 0.028 0.128
#> dkfz_11-013 5 0.1097 0.7621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000 0.000 0.008 0.044
#> dkfz_11-014 5 0.0667 0.7731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-015 5 0.5089 0.3010 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476 0.288 0.000 0.000 0.048 0.188
#> dkfz_11-016 5 0.4414 0.4771 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.224 0.000 0.000 0.016 0.172
#> dkfz_11-017 3 0.0340 0.7720 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0226 0.7722 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0469 0.7733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0429 0.7729 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 8 0.1211 0.7937 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.3073 0.7465 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.012 0.008 0.004 0.036 0.152
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.6290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0226 0.7736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.6290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0340 0.7730 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0113 0.6264 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0508 0.7728 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.0597 0.7709 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-030 3 0.3363 -0.1558 0.000 0.000 0.548 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.436 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.6290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2315 0.6766 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.148 0.012
#> dkfz_11-033 2 0.2682 0.6537 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.4756 0.4958 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.012 0.004 0.020 0.492 0.096
#> dkfz_11-035 2 0.4251 0.6247 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.312 0.052 0.028 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 5 0.0226 0.7742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.4459 0.5894 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.296 0.004 0.592 0.072 0.016
#> dkfz_11-038 4 0.2500 0.7099 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.028 0.000 0.008 0.056 0.048
#> dkfz_11-039 1 0.2731 0.8830 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.100 0.068
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.3995 -0.3172 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-042 8 0.0981 0.7890 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.956 0.000 0.008
#> dkfz_11-043 6 0.5269 0.3297 0.000 0.360 0.000 0.000 0.008 0.476 0.000 0.040 0.076 0.040
#> dkfz_11-044 7 0.3779 0.4362 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.728 0.000 0.052 0.104
#> dkfz_11-045 5 0.5928 -0.4862 0.000 0.276 0.000 0.000 0.376 0.248 0.000 0.004 0.020 0.076
#> dkfz_11-046 1 0.2694 0.8847 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.096 0.068
#> dkfz_11-047 2 0.4544 0.5900 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.312 0.092 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 8 0.4446 0.5948 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.292 0.004 0.596 0.072 0.016
#> dkfz_11-049 1 0.0113 0.9482 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 5 0.5940 0.0952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.296 0.008 0.004 0.132 0.184
#> dkfz_11-051 7 0.3128 0.6794 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000 0.068 0.804 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-052 1 0.0113 0.9482 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 9 0.3426 0.4839 0.000 0.000 0.404 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004 0.576 0.004
#> dkfz_11-054 5 0.5961 0.2366 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.208 0.012 0.004 0.148 0.204
#> dkfz_11-055 4 0.2547 0.7070 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.028 0.000 0.008 0.060 0.048
#> dkfz_11-056 1 0.2404 0.8962 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.092 0.060
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2318 0.9020 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.088 0.056
#> dkfz_11-059 4 0.3066 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.012 0.000 0.004 0.016 0.232
#> dkfz_11-060 8 0.1294 0.7880 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4984 -0.4461 0.000 0.540 0.000 0.000 0.160 0.232 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-062 5 0.4158 0.6112 0.000 0.000 0.016 0.000 0.696 0.108 0.000 0.000 0.036 0.144
#> dkfz_11-063 5 0.4158 0.6112 0.000 0.000 0.016 0.000 0.696 0.108 0.000 0.000 0.036 0.144
#> dkfz_11-064 5 0.0315 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.4820 -0.0556 0.000 0.536 0.000 0.000 0.004 0.336 0.000 0.040 0.060 0.024
#> dkfz_11-066 9 0.3151 0.4673 0.000 0.000 0.412 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.580 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2211 0.6773 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.156 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.0315 0.7739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0113 0.6264 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3226 0.1275 0.000 0.736 0.000 0.000 0.012 0.208 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.6290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.6149 -0.2065 0.000 0.004 0.396 0.000 0.240 0.088 0.000 0.008 0.240 0.024
#> dkfz_11-073 8 0.4072 0.6387 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.652 0.060 0.012
#> dkfz_11-074 1 0.0671 0.9392 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.008
#> dkfz_11-075 5 0.4891 0.3798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.252 0.000 0.000 0.040 0.184
#> dkfz_11-091 5 0.0202 0.7740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4136 0.6294 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.312 0.048 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.0113 0.9482 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 5 0.0469 0.7743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-095 7 0.2469 0.6722 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-096 4 0.2820 0.7497 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.012 0.000 0.004 0.016 0.188
#> dkfz_11-097 7 0.0756 0.7259 0.000 0.028 0.000 0.008 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.4433 -0.6429 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-099 5 0.6095 0.1309 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.248 0.016 0.004 0.140 0.208
#> dkfz_11-100 2 0.5527 0.3894 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.312 0.220 0.028 0.000 0.032
#> dkfz_11-101 7 0.0756 0.7259 0.000 0.028 0.000 0.008 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0517 0.7609 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.1821 0.6978 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.056
#> dkfz_11-104 7 0.3071 0.6653 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.072 0.800 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-105 4 0.2575 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-106 2 0.3531 0.6446 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.312 0.016 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.2052 0.7265 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-108 7 0.4236 -0.4855 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-109 4 0.1163 0.7552 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.004 0.020 0.020
#> dkfz_11-110 10 0.4721 0.9464 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-111 7 0.3863 -0.2362 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-112 4 0.2575 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-113 4 0.2500 0.7099 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.028 0.000 0.008 0.056 0.048
#> dkfz_11-114 7 0.0786 0.7189 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.3531 0.6446 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.312 0.016 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0113 0.9482 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 7 0.1208 0.7239 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-118 4 0.2575 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-119 2 0.3944 0.6374 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.308 0.044 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 7 0.0898 0.7238 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.2212 0.7125 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-123 7 0.2360 0.7231 0.000 0.016 0.000 0.020 0.000 0.004 0.852 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-124 1 0.1038 0.9386 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> dkfz_11-125 7 0.2267 0.7174 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-126 4 0.2694 0.7229 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.240
#> dkfz_11-127 7 0.0673 0.7204 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0541 0.7628 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-129 4 0.1805 0.7706 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-130 10 0.4743 0.9473 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-131 7 0.1992 0.7234 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-132 4 0.0780 0.7708 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-133 4 0.2674 0.7252 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.236
#> dkfz_11-134 4 0.1916 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.132
#> dkfz_11-135 4 0.2500 0.7099 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.028 0.000 0.008 0.056 0.048
#> dkfz_11-136 1 0.2187 0.9154 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.048 0.052
#> dkfz_11-137 1 0.0113 0.9471 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 4 0.2500 0.7099 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.028 0.000 0.008 0.056 0.048
#> dkfz_11-139 9 0.7036 -0.1330 0.000 0.000 0.068 0.000 0.224 0.144 0.024 0.008 0.316 0.216
#> dkfz_11-140 7 0.1869 0.6944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-141 4 0.2461 0.7303 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-142 4 0.2575 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-143 9 0.4030 0.5287 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016 0.576 0.032
#> dkfz_11-144 3 0.2254 0.6828 0.000 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.140 0.012
#> dkfz_11-145 5 0.0226 0.7740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0508 0.7728 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.0605 0.7681 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0226 0.7739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3084 0.2918 0.000 0.000 0.676 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.308 0.004
#> dkfz_11-150 5 0.0469 0.7733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4292 0.6217 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.312 0.056 0.028 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:kmeans 133 3.25e-18 2.20e-11 2
#> ATC:kmeans 131 2.20e-41 1.05e-30 3
#> ATC:kmeans 134 1.26e-62 2.65e-31 4
#> ATC:kmeans 127 1.32e-66 1.10e-32 5
#> ATC:kmeans 119 6.06e-72 1.08e-39 6
#> ATC:kmeans 123 8.59e-73 4.16e-40 7
#> ATC:kmeans 127 2.60e-73 1.04e-39 8
#> ATC:kmeans 120 6.00e-69 8.69e-40 9
#> ATC:kmeans 111 1.34e-57 7.37e-33 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.497 0.769 0.833 0.46876 0.502 0.502
#> 3 3 0.434 0.555 0.761 0.25685 0.688 0.488
#> 4 4 0.862 0.887 0.946 0.20644 0.754 0.478
#> 5 5 0.957 0.909 0.961 0.10134 0.901 0.673
#> 6 6 0.886 0.850 0.884 0.05358 0.948 0.759
#> 7 7 0.913 0.881 0.918 0.02848 0.974 0.845
#> 8 8 0.926 0.822 0.913 0.01528 0.997 0.982
#> 9 9 0.911 0.736 0.880 0.00935 0.992 0.948
#> 10 10 0.902 0.734 0.864 0.00791 0.987 0.908
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 5 7 9
There is also optional best \(k\) = 5 7 9 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-003 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-004 1 0.9866 0.7031 0.568 0.432
#> dkfz_11-005 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-006 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-007 1 0.9661 0.7705 0.608 0.392
#> dkfz_11-008 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-009 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-010 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-011 1 0.9286 0.8323 0.656 0.344
#> dkfz_11-012 1 0.9286 0.8323 0.656 0.344
#> dkfz_11-013 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-014 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-015 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-016 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.9087 0.8318 0.676 0.324
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-024 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-025 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-026 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-027 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.9686 0.7645 0.604 0.396
#> dkfz_11-034 1 0.1184 0.6475 0.984 0.016
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-037 2 0.6801 0.5979 0.180 0.820
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-040 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.9044 0.6436 0.320 0.680
#> dkfz_11-043 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.9248 0.8347 0.660 0.340
#> dkfz_11-046 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-047 2 0.0672 0.8369 0.008 0.992
#> dkfz_11-048 2 0.8661 0.3116 0.288 0.712
#> dkfz_11-049 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-050 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-057 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-058 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-061 1 0.9286 0.8323 0.656 0.344
#> dkfz_11-062 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-063 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-064 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-065 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-069 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-070 1 0.9323 0.8292 0.652 0.348
#> dkfz_11-071 1 0.9358 0.8247 0.648 0.352
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.9710 0.0177 0.400 0.600
#> dkfz_11-074 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-075 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-091 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-092 2 0.0672 0.8369 0.008 0.992
#> dkfz_11-093 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-094 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.8081 0.3626 0.248 0.752
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.1184 0.8278 0.016 0.984
#> dkfz_11-116 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0672 0.8369 0.008 0.992
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-137 2 0.9209 0.6347 0.336 0.664
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.6600 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.9209 0.8370 0.664 0.336
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-002 3 0.6079 0.6968 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-003 1 0.2261 0.9021 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3267 0.3477 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-005 3 0.6215 0.6807 0.000 0.428 0.572
#> dkfz_11-006 3 0.6079 0.6968 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-007 2 0.3116 0.3616 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-008 2 0.6168 -0.4152 0.000 0.588 0.412
#> dkfz_11-009 1 0.2356 0.8961 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.5529 -0.0969 0.000 0.704 0.296
#> dkfz_11-011 2 0.5882 -0.2478 0.000 0.652 0.348
#> dkfz_11-012 2 0.6168 -0.4152 0.000 0.588 0.412
#> dkfz_11-013 3 0.6079 0.6968 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-014 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-015 3 0.6192 0.6869 0.000 0.420 0.580
#> dkfz_11-016 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-017 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-018 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-019 3 0.6140 0.6931 0.000 0.404 0.596
#> dkfz_11-020 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.4702 0.1410 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-024 3 0.6215 0.6807 0.000 0.428 0.572
#> dkfz_11-025 2 0.5859 -0.2363 0.000 0.656 0.344
#> dkfz_11-026 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-027 2 0.5529 -0.0969 0.000 0.704 0.296
#> dkfz_11-028 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-029 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-031 2 0.5291 -0.0146 0.000 0.732 0.268
#> dkfz_11-032 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-033 2 0.3116 0.3616 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-034 3 0.5859 0.0631 0.344 0.000 0.656
#> dkfz_11-035 2 0.1031 0.5266 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-036 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-037 2 0.6154 -0.4056 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-038 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.5760 -0.1917 0.000 0.672 0.328
#> dkfz_11-044 2 0.5896 0.6002 0.292 0.700 0.008
#> dkfz_11-045 2 0.6168 -0.4152 0.000 0.588 0.412
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.5045 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6373 -0.4027 0.004 0.588 0.408
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.6111 0.6952 0.000 0.396 0.604
#> dkfz_11-051 2 0.5016 0.5971 0.240 0.760 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-054 3 0.6079 0.6968 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-055 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.5968 -0.2928 0.000 0.636 0.364
#> dkfz_11-062 3 0.6079 0.6968 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-063 3 0.6079 0.6968 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-064 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-065 2 0.5859 -0.2365 0.000 0.656 0.344
#> dkfz_11-066 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-067 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-068 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-069 2 0.5529 -0.0969 0.000 0.704 0.296
#> dkfz_11-070 2 0.5529 -0.0969 0.000 0.704 0.296
#> dkfz_11-071 2 0.5291 -0.0146 0.000 0.732 0.268
#> dkfz_11-072 3 0.4645 0.6837 0.008 0.176 0.816
#> dkfz_11-073 2 0.6513 -0.3974 0.008 0.592 0.400
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.6154 0.6917 0.000 0.408 0.592
#> dkfz_11-091 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.5045 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-095 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4750 0.5948 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-100 2 0.0237 0.5084 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.4750 0.5948 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.4702 0.5949 0.212 0.788 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1163 0.4748 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-107 2 0.5216 0.5986 0.260 0.740 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4750 0.5948 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0424 0.4974 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.5968 0.5885 0.364 0.636 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.5045 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.5733 0.5961 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.5621 0.5985 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.5591 0.5986 0.304 0.696 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.5621 0.5985 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4605 0.5935 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.5363 0.5993 0.276 0.724 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9892 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.5723 0.6386 0.016 0.240 0.744
#> dkfz_11-140 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.6026 0.5859 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-144 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-145 3 0.6079 0.6968 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-146 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-147 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-148 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-149 3 0.0424 0.6799 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-150 3 0.6204 0.6851 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.5045 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3528 0.8309 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0188 0.9946 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2530 0.8795 0.000 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3528 0.8309 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.3528 0.8309 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2868 0.8723 0.000 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2973 0.8682 0.000 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.2760 0.8753 0.000 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3219 0.8548 0.000 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2530 0.8795 0.000 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.2589 0.8788 0.000 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0336 0.9253 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.4564 0.5632 0.000 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-036 2 0.2868 0.8723 0.000 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0188 0.8844 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.0592 0.9790 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.3266 0.7497 0.000 0.168 0.000 0.832
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.4992 0.1871 0.000 0.476 0.000 0.524
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3219 0.8547 0.000 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3528 0.8309 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3528 0.8309 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.3528 0.8309 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.2589 0.8788 0.000 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2814 0.8739 0.000 0.868 0.132 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4916 0.1191 0.000 0.424 0.576 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3074 0.8631 0.000 0.848 0.152 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2921 0.8703 0.000 0.860 0.140 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4989 -0.0346 0.000 0.528 0.000 0.472
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2868 0.8723 0.000 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.2973 0.8680 0.000 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.4564 0.5628 0.000 0.328 0.000 0.672
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.4925 0.1329 0.000 0.572 0.000 0.428
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.0817 0.9341 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 3 0.7823 0.2002 0.000 0.272 0.408 0.320
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3528 0.8309 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2589 0.8788 0.000 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2868 0.8723 0.000 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.4992 0.1876 0.000 0.476 0.000 0.524
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-003 1 0.0510 0.983 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-007 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 5 0.4126 0.247 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-012 2 0.4249 0.370 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-013 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.4074 0.515 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0671 0.976 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.4074 0.526 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-044 4 0.3318 0.741 0.000 0.008 0.000 0.800 0.192
#> dkfz_11-045 5 0.3561 0.567 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4138 0.480 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-051 4 0.2648 0.828 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3999 0.561 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-062 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-063 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.3837 0.611 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 2 0.0794 0.875 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-071 2 0.0290 0.885 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.4273 0.219 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-073 2 0.4088 0.519 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0162 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.4268 0.281 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0880 0.954 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0290 0.975 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.5786 0.229 0.000 0.000 0.380 0.096 0.524
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.978 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0290 0.946 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.949 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0632 0.9046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-003 1 0.0777 0.9804 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2527 0.8138 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> dkfz_11-006 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.6112 -0.0898 0.000 0.332 0.000 0.000 0.368 0.300
#> dkfz_11-009 1 0.0547 0.9854 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5767 0.4640 0.000 0.496 0.000 0.000 0.204 0.300
#> dkfz_11-013 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.0632 0.9046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-015 5 0.1910 0.8772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-016 5 0.1444 0.8949 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0547 0.9056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0547 0.9854 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0547 0.9604 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-035 2 0.0363 0.8684 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5771 0.4635 0.000 0.444 0.000 0.000 0.176 0.380
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3765 0.8838 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> dkfz_11-042 1 0.1075 0.9625 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-043 2 0.5562 0.5413 0.000 0.532 0.000 0.000 0.168 0.300
#> dkfz_11-044 6 0.1745 0.5228 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012 0.920
#> dkfz_11-045 5 0.5058 0.5699 0.000 0.200 0.000 0.000 0.636 0.164
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1387 0.8324 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-048 2 0.5736 0.4948 0.000 0.480 0.000 0.000 0.180 0.340
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2793 0.8263 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> dkfz_11-051 6 0.4929 0.7660 0.000 0.100 0.000 0.280 0.000 0.620
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0547 0.9604 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-054 5 0.2378 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0458 0.9874 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-061 2 0.4587 0.6374 0.000 0.688 0.000 0.000 0.204 0.108
#> dkfz_11-062 5 0.0713 0.9034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-063 5 0.0713 0.9034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.5138 0.6199 0.000 0.600 0.000 0.000 0.124 0.276
#> dkfz_11-066 3 0.0146 0.9678 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1867 0.8386 0.000 0.916 0.000 0.000 0.020 0.064
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4709 0.1728 0.000 0.000 0.540 0.000 0.412 0.048
#> dkfz_11-073 2 0.5645 0.5187 0.000 0.508 0.000 0.000 0.172 0.320
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1444 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-091 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0363 0.8684 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0632 0.9046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-095 6 0.3756 0.8875 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-098 6 0.3866 0.7406 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> dkfz_11-099 5 0.2854 0.8225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-100 2 0.3023 0.6452 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-101 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3765 0.8836 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> dkfz_11-104 6 0.5061 0.5600 0.000 0.252 0.000 0.128 0.000 0.620
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-108 6 0.3854 0.7855 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.3727 -0.3707 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-111 6 0.3774 0.8789 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.8720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.3717 0.9005 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0363 0.8684 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-120 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-123 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1204 0.8467 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-131 6 0.3706 0.9031 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.6200 0.1141 0.000 0.000 0.352 0.008 0.408 0.232
#> dkfz_11-140 4 0.3862 -0.6650 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9339 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0547 0.9604 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0146 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0458 0.9059 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-151 2 0.0363 0.8684 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0268 0.8927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-003 1 0.2644 0.8558 0.832 0.004 0.000 0.000 0.152 0.000 0.012
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.3402 0.4089 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.0656 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.4421 0.7864 0.000 0.196 0.000 0.000 0.668 0.136 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.2285 0.8698 0.848 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.5797 0.6967 0.000 0.304 0.000 0.000 0.488 0.176 0.032
#> dkfz_11-013 6 0.0656 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0268 0.8927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-015 6 0.2112 0.8564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.892 0.036
#> dkfz_11-016 6 0.1827 0.8695 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.912 0.032
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0927 0.8919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2174 0.8792 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0504 0.8969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0656 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0504 0.9279 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2975 0.8095 0.000 0.000 0.784 0.000 0.200 0.000 0.016
#> dkfz_11-035 2 0.0715 0.9147 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-036 6 0.0504 0.8969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3631 0.7982 0.000 0.156 0.000 0.000 0.776 0.016 0.052
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.1844 0.9121 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-042 1 0.2855 0.8448 0.820 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.032
#> dkfz_11-043 5 0.3932 0.7870 0.000 0.316 0.000 0.000 0.652 0.028 0.004
#> dkfz_11-044 7 0.1992 0.7690 0.000 0.000 0.000 0.008 0.096 0.004 0.892
#> dkfz_11-045 6 0.4272 0.6265 0.000 0.128 0.000 0.000 0.124 0.728 0.020
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1514 0.8504 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> dkfz_11-048 5 0.3320 0.8228 0.000 0.192 0.000 0.000 0.776 0.016 0.016
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3326 0.7680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.780 0.052
#> dkfz_11-051 7 0.1797 0.9035 0.000 0.016 0.000 0.076 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2376 0.8639 0.000 0.000 0.856 0.000 0.128 0.000 0.016
#> dkfz_11-054 6 0.3216 0.7939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.796 0.056
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1299 0.9308 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 2 0.5035 0.0555 0.000 0.612 0.000 0.000 0.168 0.208 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.1147 0.8820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952 0.032
#> dkfz_11-063 6 0.1147 0.8820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952 0.032
#> dkfz_11-064 6 0.0504 0.8969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3949 0.6319 0.000 0.424 0.000 0.000 0.556 0.020 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1906 0.8879 0.000 0.000 0.896 0.000 0.092 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 6 0.0582 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2314 0.7227 0.000 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.9280 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.5129 0.1871 0.000 0.000 0.484 0.000 0.144 0.372 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3262 0.8245 0.000 0.224 0.000 0.000 0.756 0.016 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1648 0.8731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.924 0.032
#> dkfz_11-091 6 0.0656 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0715 0.9147 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0134 0.8936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-095 7 0.2043 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-098 7 0.2855 0.8074 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> dkfz_11-099 6 0.3370 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.780 0.060
#> dkfz_11-100 2 0.2701 0.6271 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.200
#> dkfz_11-101 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.2005 0.9044 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-104 7 0.1895 0.8521 0.000 0.056 0.000 0.036 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0373 0.9241 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-108 7 0.3085 0.7512 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.3525 0.4440 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-111 7 0.1886 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-115 2 0.0373 0.9241 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.1802 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0715 0.9147 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-120 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-123 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1433 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-131 7 0.1578 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.7023 0.0618 0.000 0.000 0.164 0.004 0.264 0.356 0.212
#> dkfz_11-140 7 0.3450 0.5575 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2453 0.8591 0.000 0.000 0.848 0.000 0.136 0.000 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 6 0.0582 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9341 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0582 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0504 0.9279 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.0927 0.8919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0715 0.9147 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0125 0.864 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0695 0.835 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-003 1 0.3339 0.713 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.008 0.016
#> dkfz_11-004 2 0.0438 0.924 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 5 0.2852 0.574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0614 0.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.3384 0.644 0.000 0.084 0.000 0.000 0.128 0.780 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 1 0.3121 0.744 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.004 0.016
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.5752 0.486 0.000 0.232 0.000 0.000 0.108 0.532 0.004 0.124
#> dkfz_11-013 5 0.0224 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0768 0.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-015 5 0.3976 0.597 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.076 0.004 0.244
#> dkfz_11-016 5 0.2914 0.762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.048 0.008 0.124
#> dkfz_11-017 3 0.0125 0.864 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0125 0.864 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0983 0.829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0125 0.864 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3053 0.756 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.004 0.016
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0313 0.843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0313 0.843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0125 0.864 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0125 0.864 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2230 0.809 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.012 0.004 0.124
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0471 0.860 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 2 0.0395 0.925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-034 3 0.3467 0.548 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.004 0.004 0.400
#> dkfz_11-035 2 0.1474 0.912 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020 0.016
#> dkfz_11-036 5 0.0313 0.843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0841 0.688 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008 0.968 0.008 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0868 0.878 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3381 0.719 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.012 0.016
#> dkfz_11-043 6 0.3649 0.681 0.000 0.160 0.000 0.000 0.020 0.756 0.000 0.064
#> dkfz_11-044 7 0.3516 0.573 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.044 0.740 0.208
#> dkfz_11-045 5 0.4444 0.582 0.000 0.060 0.000 0.000 0.688 0.180 0.000 0.072
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2375 0.850 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.028 0.084 0.016
#> dkfz_11-048 6 0.0695 0.694 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4928 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.172 0.000 0.356
#> dkfz_11-051 7 0.0520 0.887 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3538 0.649 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.020 0.004 0.312
#> dkfz_11-054 5 0.4516 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 0.104 0.000 0.364
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1540 0.888 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004 0.008
#> dkfz_11-061 2 0.5478 0.176 0.000 0.580 0.000 0.000 0.172 0.176 0.008 0.064
#> dkfz_11-062 5 0.2217 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.008 0.004 0.132
#> dkfz_11-063 5 0.2029 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.008 0.004 0.112
#> dkfz_11-064 5 0.0313 0.843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3449 0.568 0.000 0.320 0.000 0.000 0.020 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3150 0.713 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.012 0.004 0.256
#> dkfz_11-067 3 0.0224 0.863 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 5 0.0313 0.843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2456 0.774 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004 0.020
#> dkfz_11-071 2 0.0313 0.924 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.5772 0.039 0.000 0.000 0.452 0.000 0.332 0.132 0.000 0.084
#> dkfz_11-073 6 0.0968 0.703 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3278 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.044 0.008 0.176
#> dkfz_11-091 5 0.0395 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1546 0.910 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024 0.016
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0618 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-095 7 0.1091 0.866 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.2795 0.629 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.5003 0.158 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.148 0.008 0.360
#> dkfz_11-100 2 0.2917 0.749 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.020 0.156 0.016
#> dkfz_11-101 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.1195 0.860 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.0563 0.883 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1160 0.918 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008 0.016
#> dkfz_11-107 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.2833 0.620 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.3119 0.495 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0681 0.884 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1131 0.918 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.016
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0745 0.882 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.1477 0.912 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024 0.016
#> dkfz_11-120 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1195 0.906 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0395 0.889 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.3333 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.088 0.016 0.060 0.816
#> dkfz_11-140 7 0.3229 0.420 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3739 0.632 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.032 0.004 0.316
#> dkfz_11-144 3 0.0471 0.860 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-145 5 0.0313 0.843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0125 0.864 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0313 0.843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1648 0.831 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.012 0.000 0.080
#> dkfz_11-150 5 0.0868 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.1546 0.910 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024 0.016
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.7648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1029 0.7680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-003 1 0.4857 0.5046 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008 0.312 0.104
#> dkfz_11-004 2 0.0119 0.8914 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2512 0.5502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.004 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.1112 0.7637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-007 2 0.0212 0.8911 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 8 0.3986 0.5566 0.000 0.068 0.000 0.000 0.152 0.020 0.000 0.732 0.028
#> dkfz_11-009 1 0.4540 0.5550 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.288 0.104
#> dkfz_11-010 2 0.0331 0.8900 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-011 2 0.0331 0.8900 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-012 8 0.6557 0.2891 0.000 0.168 0.000 0.000 0.116 0.096 0.000 0.444 0.176
#> dkfz_11-013 5 0.0119 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.0973 0.7685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-015 5 0.5434 0.1201 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.228 0.004 0.048 0.232
#> dkfz_11-016 5 0.4847 0.3979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.128 0.004 0.040 0.236
#> dkfz_11-017 3 0.0119 0.7627 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.7648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.1185 0.7579 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.7648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4540 0.5549 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.288 0.104
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0331 0.8900 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-024 5 0.0119 0.7774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.0414 0.8882 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.7770 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0212 0.8911 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.7648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.7648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2929 -0.2247 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-031 2 0.0212 0.8911 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0645 0.7354 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-033 2 0.1146 0.8847 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-034 9 0.4322 0.7624 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-035 2 0.2200 0.8714 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024 0.012 0.032
#> dkfz_11-036 5 0.0237 0.7769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.0930 0.6451 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012 0.964 0.008
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0764 0.8711 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4909 0.5124 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012 0.304 0.104
#> dkfz_11-043 8 0.4609 0.6029 0.000 0.160 0.000 0.000 0.044 0.020 0.004 0.680 0.092
#> dkfz_11-044 7 0.3989 0.5651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.700 0.052 0.052
#> dkfz_11-045 5 0.5274 0.3063 0.000 0.040 0.000 0.000 0.604 0.040 0.004 0.184 0.128
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3207 0.7942 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.040 0.108 0.012 0.032
#> dkfz_11-048 8 0.0567 0.6453 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.980 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.6105 -0.3132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.264 0.004 0.136 0.212
#> dkfz_11-051 7 0.0449 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.3404 0.7969 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-054 5 0.5356 -0.3159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.376 0.000 0.068 0.128
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2917 0.7819 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.088 0.084
#> dkfz_11-061 2 0.6435 -0.1105 0.000 0.456 0.000 0.000 0.160 0.060 0.004 0.112 0.208
#> dkfz_11-062 5 0.4143 0.5057 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.128 0.004 0.008 0.192
#> dkfz_11-063 5 0.3808 0.5662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.108 0.004 0.008 0.164
#> dkfz_11-064 5 0.0119 0.7774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 8 0.4006 0.4777 0.000 0.348 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000 0.600 0.020
#> dkfz_11-066 3 0.3096 -0.5371 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.7648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.7770 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0212 0.8911 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 2 0.3013 0.7308 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.120 0.048
#> dkfz_11-071 2 0.0237 0.8914 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.6019 -0.3612 0.000 0.000 0.336 0.000 0.272 0.004 0.000 0.092 0.296
#> dkfz_11-073 8 0.1173 0.6322 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004 0.952 0.024
#> dkfz_11-074 1 0.0296 0.8943 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-075 5 0.5061 0.3051 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.168 0.004 0.036 0.240
#> dkfz_11-091 5 0.0237 0.7760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.2326 0.8673 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.040 0.032 0.012 0.032
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0859 0.7714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-095 7 0.1033 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0237 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 7 0.2589 0.6575 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.5824 -0.0204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.372 0.004 0.104 0.152
#> dkfz_11-100 2 0.3681 0.7089 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.040 0.168 0.012 0.032
#> dkfz_11-101 7 0.0237 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.1151 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.0542 0.8711 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2062 0.8741 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016 0.012 0.032
#> dkfz_11-107 7 0.0237 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.2664 0.6382 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.3102 0.3711 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0706 0.8728 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0356 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.2062 0.8741 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016 0.012 0.032
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0763 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2326 0.8673 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.040 0.032 0.012 0.032
#> dkfz_11-120 7 0.0237 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0237 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 7 0.0331 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0119 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0356 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.1356 0.8820 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0119 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2170 0.1249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.876 0.016 0.004 0.092
#> dkfz_11-140 7 0.3241 0.2929 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.3480 0.8431 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.556
#> dkfz_11-144 3 0.0645 0.7344 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-145 5 0.0119 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.7648 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0119 0.7627 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.0119 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2699 0.0581 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-150 5 0.0683 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.2265 0.8696 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028 0.012 0.032
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0113 0.8723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1096 0.7914 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.036 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.6008 0.2688 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.280 0.140 0.044
#> dkfz_11-004 2 0.0693 0.8505 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2345 0.5661 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.012 0.000 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.1435 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.072 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0282 0.8508 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.3579 0.5958 0.000 0.056 0.000 0.000 0.092 0.068 0.000 0.772 0.008 0.004
#> dkfz_11-009 1 0.5914 0.3294 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.248 0.140 0.044
#> dkfz_11-010 2 0.0113 0.8500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0282 0.8468 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.5588 0.3040 0.000 0.204 0.000 0.000 0.052 0.336 0.000 0.392 0.012 0.004
#> dkfz_11-013 5 0.0627 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1318 0.7725 0.000 0.004 0.000 0.000 0.932 0.044 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.4337 0.5391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.516 0.000 0.044 0.012 0.028
#> dkfz_11-016 5 0.4531 -0.3540 0.000 0.012 0.000 0.000 0.488 0.424 0.000 0.028 0.032 0.016
#> dkfz_11-017 3 0.0226 0.8687 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0113 0.8707 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2034 0.7289 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.056 0.000 0.052 0.004 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0113 0.8723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.5862 0.3408 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.244 0.140 0.040
#> dkfz_11-022 4 0.0226 0.9837 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.0113 0.8500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0113 0.7977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0202 0.8486 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0315 0.7968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0113 0.8500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0113 0.8723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0113 0.8723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3073 -0.3335 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.432 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0113 0.8500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0673 0.8505 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2268 0.8352 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.008 0.016 0.016
#> dkfz_11-034 9 0.3863 0.5736 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.676 0.072
#> dkfz_11-035 2 0.3253 0.8171 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.116 0.032 0.016 0.020 0.016
#> dkfz_11-036 5 0.0929 0.7927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.032 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.0113 0.6403 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.1097 0.8491 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-042 1 0.6207 0.2831 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.012 0.264 0.140 0.048
#> dkfz_11-043 8 0.4270 0.5876 0.000 0.112 0.000 0.000 0.016 0.140 0.000 0.696 0.016 0.020
#> dkfz_11-044 7 0.4828 0.3997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.628 0.056 0.032 0.112
#> dkfz_11-045 5 0.5515 -0.3588 0.000 0.064 0.000 0.000 0.488 0.244 0.000 0.184 0.016 0.004
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.4155 0.7336 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.116 0.120 0.016 0.020 0.016
#> dkfz_11-048 8 0.0202 0.6398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.6187 0.6020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.408 0.000 0.148 0.068 0.108
#> dkfz_11-051 7 0.0426 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.2933 0.6861 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.6148 0.5430 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.352 0.000 0.068 0.064 0.208
#> dkfz_11-055 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3663 0.6891 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.060 0.076 0.032
#> dkfz_11-061 2 0.5566 -0.0562 0.000 0.468 0.000 0.000 0.124 0.312 0.000 0.064 0.024 0.008
#> dkfz_11-062 5 0.3456 0.2941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.288 0.000 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-063 5 0.3452 0.3011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.272 0.000 0.000 0.028 0.020
#> dkfz_11-064 5 0.0315 0.7980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.3984 0.4732 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000 0.636 0.012 0.004
#> dkfz_11-066 9 0.2999 0.4991 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0729 0.8479 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0113 0.7977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0113 0.8500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3303 0.6447 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.112 0.008 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.0202 0.8503 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 9 0.6279 0.3710 0.000 0.004 0.280 0.000 0.236 0.036 0.000 0.108 0.336 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.1518 0.5908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.924 0.028 0.016
#> dkfz_11-074 1 0.0404 0.8535 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3708 0.3422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476 0.488 0.000 0.008 0.024 0.004
#> dkfz_11-091 5 0.0954 0.7900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.040 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.3253 0.8171 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.116 0.032 0.016 0.020 0.016
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1361 0.7855 0.000 0.004 0.000 0.000 0.932 0.044 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-095 7 0.1079 0.8377 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.2674 0.6470 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-099 6 0.6529 0.4781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.380 0.008 0.104 0.080 0.208
#> dkfz_11-100 2 0.4462 0.6607 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.116 0.176 0.012 0.020 0.016
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.1298 0.8376 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-104 7 0.1122 0.8267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.944 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-105 4 0.0315 0.9800 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-106 2 0.3008 0.8231 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.116 0.016 0.016 0.020 0.016
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.2840 0.5991 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.716 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-109 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.3218 0.3912 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.584 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-111 7 0.0987 0.8526 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-112 4 0.0315 0.9800 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-113 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.2860 0.8253 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.116 0.008 0.016 0.020 0.016
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0615 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0315 0.9800 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-119 2 0.3196 0.8188 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.116 0.028 0.016 0.020 0.016
#> dkfz_11-120 7 0.0113 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0202 0.8636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0113 0.9846 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.2035 0.7898 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.136 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-131 7 0.0000 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0113 0.9846 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.8628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0113 0.9857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 10 0.1629 0.0000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.064 0.908
#> dkfz_11-140 7 0.3287 0.1930 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.512 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0315 0.9800 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-143 9 0.2842 0.7005 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.672 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1280 0.8069 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0555 0.7958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0113 0.8723 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0226 0.8687 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0840 0.7927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.032 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.2972 0.0351 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.1773 0.7656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.052 0.000 0.024 0.008 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.3253 0.8171 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.116 0.032 0.016 0.020 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:skmeans 133 1.10e-17 1.96e-09 2
#> ATC:skmeans 112 6.95e-38 1.31e-26 3
#> ATC:skmeans 130 5.03e-60 3.87e-30 4
#> ATC:skmeans 130 3.68e-64 1.06e-29 5
#> ATC:skmeans 128 1.56e-77 8.78e-42 6
#> ATC:skmeans 131 8.75e-80 1.48e-41 7
#> ATC:skmeans 127 4.95e-79 4.61e-40 8
#> ATC:skmeans 119 2.93e-70 7.71e-37 9
#> ATC:skmeans 115 1.40e-71 1.76e-35 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 8.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.523 0.797 0.824 0.40207 0.498 0.498
#> 3 3 0.638 0.889 0.905 0.42336 0.829 0.680
#> 4 4 0.793 0.802 0.864 0.23854 0.889 0.725
#> 5 5 0.950 0.925 0.968 0.11131 0.863 0.577
#> 6 6 0.918 0.886 0.944 0.02002 0.989 0.946
#> 7 7 0.885 0.782 0.900 0.02274 0.972 0.863
#> 8 8 0.929 0.872 0.944 0.01795 0.972 0.852
#> 9 9 0.926 0.850 0.938 0.00470 0.999 0.993
#> 10 10 0.909 0.838 0.931 0.00433 0.998 0.987
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 8
#> attr(,"optional")
#> [1] 5 6
There is also optional best \(k\) = 5 6 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-002 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-003 2 0.821 0.6457 0.256 0.744
#> dkfz_11-004 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-005 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-006 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-007 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-008 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-009 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-010 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-011 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-012 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-013 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-014 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-015 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-016 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-017 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-018 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-019 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-020 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-021 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-024 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-025 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-026 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-027 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-028 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-029 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-030 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-031 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-032 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-033 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.3315 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-037 2 1.000 -0.7796 0.488 0.512
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-040 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-044 2 0.595 0.4801 0.144 0.856
#> dkfz_11-045 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-046 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-047 2 0.821 0.0566 0.256 0.744
#> dkfz_11-048 2 0.987 -0.6384 0.432 0.568
#> dkfz_11-049 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-050 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-053 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-054 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-057 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-058 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-061 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-062 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-063 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-064 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-065 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-066 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-067 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-068 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-069 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-070 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-071 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-072 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-073 1 0.973 0.9818 0.596 0.404
#> dkfz_11-074 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-075 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-091 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-092 2 0.886 -0.1837 0.304 0.696
#> dkfz_11-093 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-094 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.992 0.9072 0.552 0.448
#> dkfz_11-116 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.991 -0.6704 0.444 0.556
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-137 2 0.971 0.5977 0.400 0.600
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.981 0.9563 0.580 0.420
#> dkfz_11-144 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-145 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-146 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-147 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-148 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-149 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-150 1 0.971 0.9878 0.600 0.400
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.7728 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.5706 0.537 0.680 0.320 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-005 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-006 3 0.4062 0.846 0.000 0.164 0.836
#> dkfz_11-007 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-008 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-009 1 0.2261 0.916 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-011 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-012 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-015 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-016 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 3 0.1860 0.801 0.000 0.052 0.948
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.3816 0.832 0.852 0.148 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-024 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-025 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-026 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-027 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-034 3 0.3412 0.643 0.124 0.000 0.876
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-037 3 0.5397 0.840 0.000 0.280 0.720
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.1411 0.951 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-043 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-044 2 0.6192 -0.125 0.000 0.580 0.420
#> dkfz_11-045 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 3 0.6291 0.493 0.000 0.468 0.532
#> dkfz_11-048 3 0.5291 0.853 0.000 0.268 0.732
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 3 0.5098 0.869 0.000 0.248 0.752
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-062 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 3 0.2711 0.818 0.000 0.088 0.912
#> dkfz_11-064 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-065 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-069 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-070 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-071 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-091 3 0.5058 0.868 0.000 0.244 0.756
#> dkfz_11-092 3 0.6192 0.610 0.000 0.420 0.580
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 3 0.5254 0.857 0.000 0.264 0.736
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 3 0.5291 0.853 0.000 0.268 0.732
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0237 0.771 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 3 0.4399 0.853 0.000 0.188 0.812
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 3 0.5138 0.869 0.000 0.252 0.748
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.4776 0.584 0.624 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.4477 0.655 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3606 0.806 0.844 0.024 0.000 0.132
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0336 0.599 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1118 0.610 0.000 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.4624 0.747 0.000 0.660 0.340 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.4776 0.627 0.000 0.376 0.000 0.624
#> dkfz_11-036 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 4 0.4375 0.773 0.032 0.180 0.000 0.788
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3123 0.470 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-045 2 0.4679 0.753 0.000 0.648 0.352 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3873 0.318 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.4250 0.718 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3610 0.677 0.000 0.800 0.200 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.1637 0.619 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4304 0.260 0.000 0.284 0.716 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4040 0.272 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.4746 0.635 0.000 0.368 0.000 0.632
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-100 4 0.4776 0.627 0.000 0.376 0.000 0.624
#> dkfz_11-101 4 0.4730 0.639 0.000 0.364 0.000 0.636
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 4 0.4761 0.631 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.3764 0.766 0.000 0.216 0.000 0.784
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.4925 0.561 0.000 0.428 0.000 0.572
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.595 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.1557 0.880 0.000 0.056 0.000 0.944
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.4776 0.627 0.000 0.376 0.000 0.624
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0817 0.900 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.4866 0.724 0.000 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.4624 0.405 0.000 0.340 0.660 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.4776 0.763 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.4776 0.627 0.000 0.376 0.000 0.624
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.3561 0.617 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.3949 0.501 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3039 0.755 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0162 0.982 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3106 0.801 0.844 0.024 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0703 0.924 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0963 0.914 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 5 0.2329 0.841 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.4074 0.412 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.3231 0.738 0.004 0.800 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.1410 0.895 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.1270 0.913 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.2020 0.854 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1544 0.916 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-054 5 0.1732 0.884 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 5 0.0794 0.931 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-070 5 0.3837 0.565 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-071 2 0.1410 0.893 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-072 5 0.3983 0.479 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.1043 0.911 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3707 0.601 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0162 0.937 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.4074 0.422 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.2377 0.849 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.1792 0.899 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.1197 0.937 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0703 0.959 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.4182 0.347 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2124 0.884 0.000 0.096 0.900 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.0880 0.956 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.3023 0.746 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 6 0.3320 0.766 0.016 0.212 0.000 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-010 5 0.2730 0.722 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0146 0.972 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 6 0.4064 0.756 0.080 0.016 0.000 0.128 0.000 0.776
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0632 0.875 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0865 0.867 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2092 0.816 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1075 0.957 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-031 2 0.3659 0.376 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.1075 0.957 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0146 0.889 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0790 0.918 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-042 6 0.3691 0.734 0.004 0.036 0.000 0.192 0.000 0.768
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.2882 0.770 0.000 0.812 0.000 0.008 0.000 0.180
#> dkfz_11-045 5 0.1141 0.902 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0146 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-051 2 0.3037 0.766 0.000 0.808 0.000 0.016 0.000 0.176
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2263 0.897 0.000 0.000 0.896 0.000 0.056 0.048
#> dkfz_11-054 5 0.1913 0.861 0.000 0.000 0.080 0.000 0.908 0.012
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.2996 0.626 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1075 0.957 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0713 0.922 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3446 0.539 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.1267 0.845 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3578 0.476 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2597 0.703 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-074 1 0.2454 0.788 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.2454 0.832 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3523 0.735 0.000 0.780 0.000 0.040 0.000 0.180
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.5583 0.287 0.000 0.536 0.000 0.284 0.000 0.180
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.1610 0.886 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-104 2 0.2597 0.779 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 4 0.5315 0.473 0.000 0.224 0.000 0.596 0.000 0.180
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0363 0.928 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2631 0.776 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.2597 0.819 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 4 0.4575 0.660 0.000 0.124 0.000 0.696 0.000 0.180
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.2597 0.819 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-123 4 0.4111 0.725 0.000 0.084 0.000 0.740 0.000 0.176
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3651 0.768 0.000 0.048 0.000 0.772 0.000 0.180
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1501 0.853 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.2738 0.816 0.000 0.004 0.000 0.820 0.000 0.176
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.4378 0.366 0.000 0.000 0.368 0.000 0.600 0.032
#> dkfz_11-140 4 0.2491 0.829 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2527 0.890 0.000 0.064 0.884 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1498 0.942 0.000 0.000 0.940 0.000 0.028 0.032
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9659 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.2600 0.7448 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0134 0.9005 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0134 0.9005 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.2572 0.7476 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.2643 0.7194 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.804 0.004
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0373 0.9597 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9659 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9659 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.3323 0.7565 0.056 0.016 0.000 0.116 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0728 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-023 2 0.0715 0.8831 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0930 0.8714 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-026 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2057 0.8116 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9659 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9659 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 7 0.3556 -0.2362 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-031 2 0.3483 0.3784 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.360 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9659 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0134 0.9005 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 7 0.3542 -0.2056 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-035 2 0.0134 0.9005 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0134 0.8998 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0134 0.9846 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0728 0.8746 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2888 0.6984 0.000 0.016 0.000 0.188 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.5386 0.1779 0.000 0.348 0.000 0.000 0.200 0.000 0.452
#> dkfz_11-045 6 0.1050 0.9001 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0134 0.9846 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0582 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-051 2 0.3167 0.6566 0.000 0.776 0.000 0.000 0.196 0.000 0.028
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.3549 -0.2136 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-054 6 0.1462 0.8830 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.924 0.072
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0134 0.9846 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0134 0.9846 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.2572 0.6691 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0134 0.9005 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 7 0.3549 -0.2136 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-067 3 0.0239 0.9628 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0656 0.9200 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3283 0.5465 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.692 0.004
#> dkfz_11-071 2 0.1299 0.8440 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> dkfz_11-072 6 0.4762 0.3916 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.600 0.132
#> dkfz_11-073 2 0.2422 0.6961 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.2259 0.7920 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.2843 0.7389 0.000 0.000 0.000 0.808 0.172 0.000 0.020
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.5780 0.2113 0.000 0.328 0.000 0.020 0.200 0.000 0.452
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0334 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.6375 0.2674 0.000 0.264 0.000 0.084 0.200 0.000 0.452
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.4592 0.4251 0.000 0.000 0.000 0.584 0.088 0.000 0.328
#> dkfz_11-104 2 0.3024 0.6680 0.000 0.784 0.000 0.000 0.196 0.000 0.020
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.6409 0.2011 0.000 0.088 0.000 0.264 0.200 0.000 0.448
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0334 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.5386 0.1779 0.000 0.348 0.000 0.000 0.200 0.000 0.452
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.5452 0.1766 0.000 0.004 0.000 0.460 0.188 0.000 0.348
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.5887 0.0934 0.000 0.028 0.000 0.320 0.200 0.000 0.452
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.3167 0.7026 0.000 0.000 0.000 0.776 0.196 0.000 0.028
#> dkfz_11-123 4 0.4676 0.5873 0.000 0.080 0.000 0.684 0.196 0.000 0.040
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.5555 0.3599 0.000 0.024 0.000 0.544 0.196 0.000 0.236
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4698 0.0583 0.000 0.492 0.000 0.000 0.080 0.000 0.428
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.5403 0.0750 0.000 0.000 0.000 0.420 0.196 0.000 0.384
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.5385 0.1214 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.460 0.336
#> dkfz_11-140 4 0.5188 0.3232 0.000 0.000 0.000 0.524 0.184 0.000 0.292
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.3546 -0.2089 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-144 3 0.1277 0.9056 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-145 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9659 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0239 0.9628 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3262 0.6993 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.032 0.200
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0681 0.9592 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-004 2 0.0224 0.9261 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0224 0.9261 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.0614 0.9622 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-010 5 0.2595 0.7332 0.000 0.196 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0438 0.9365 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0743 0.9620 0.008 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-022 4 0.2237 0.7447 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0768 0.9110 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0968 0.8998 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2059 0.8236 0.000 0.128 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.2406 0.9033 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3327 0.4234 0.000 0.640 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0224 0.9261 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 6 0.0349 0.7544 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0520 0.9222 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0520 0.9748 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0681 0.9132 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0837 0.9515 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-043 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0313 0.7551 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0983 0.9159 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0520 0.9748 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-047 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0544 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.2628 0.6824 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.2324 0.9148 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.1726 0.8531 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0520 0.9748 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0251 0.9805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0520 0.9514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 6 0.2324 0.9148 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0313 0.9392 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0739 0.9336 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 5 0.3164 0.5692 0.000 0.304 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.1260 0.8784 0.000 0.936 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 5 0.4213 0.4827 0.000 0.000 0.140 0.000 0.656 0.204 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2296 0.7435 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-074 1 0.2114 0.8053 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.3043 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0313 0.7551 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0313 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0313 0.7551 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.3043 0.5197 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2582 0.6948 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0536 0.7565 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0313 0.9305 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0313 0.7551 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2324 0.6717 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0395 0.7543 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.2650 0.6563 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.3900 0.5258 0.000 0.080 0.000 0.676 0.000 0.000 0.244 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3796 -0.0442 0.000 0.024 0.000 0.500 0.000 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.2921 0.4501 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.1982 0.7027 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.6266 -0.1412 0.000 0.000 0.092 0.000 0.284 0.296 0.328 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.2756 0.5895 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2035 0.8995 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.860 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1293 0.8690 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0395 0.9371 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3721 0.2276 0.000 0.000 0.620 0.000 0.032 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9583 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0125 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0119 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0373 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-004 7 0.0581 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.1356 0.8753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.0373 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3283 0.6498 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.088 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0821 0.9153 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0882 0.9099 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-018 3 0.0119 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0449 0.9685 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2204 0.7478 0.000 0.172 0.000 0.824 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.1861 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.088 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.1811 0.8631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.072 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2829 0.7422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.088 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 9 0.1908 0.8431 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-031 7 0.4087 0.2958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.088 0.576 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0119 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-033 7 0.1356 0.8753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2443 0.6664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> dkfz_11-035 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.0373 0.9016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0119 0.9368 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1135 0.9464 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0706 0.9090 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0492 0.9607 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.7430 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0930 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1135 0.9464 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-047 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0119 0.9726 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0373 0.9361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-051 7 0.2508 0.6518 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.1810 0.8555 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-054 5 0.1843 0.8024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-055 4 0.0119 0.9368 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1135 0.9464 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0515 0.9641 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0645 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.1810 0.8555 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-067 3 0.0821 0.9095 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.1590 0.8743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.064 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2994 0.4962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008 0.304 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.1685 0.8602 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.040 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3878 0.4794 0.000 0.000 0.128 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-073 7 0.2145 0.7364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1971 0.8017 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.2867 0.5047 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.7430 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0296 0.9388 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.7430 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.2893 0.3916 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.2443 0.6708 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0331 0.7391 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0296 0.9299 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0119 0.9368 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.7430 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2145 0.6131 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 7 0.0876 0.8925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.7430 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.2549 0.6407 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.3727 0.5074 0.000 0.252 0.000 0.668 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3537 -0.0851 0.000 0.484 0.000 0.496 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.2716 0.2892 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1776 0.6617 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0119 0.9368 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0119 0.9368 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.4880 0.0000 0.000 0.160 0.020 0.000 0.072 0.648 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-140 2 0.2627 0.4877 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0212 0.7600 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-144 3 0.1224 0.8644 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0876 0.9073 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3527 -0.0353 0.000 0.000 0.524 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0202 0.9601 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.0282 0.9600 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0673 0.8692 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.2124 0.7879 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.0113 0.9418 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 8 0.0282 0.9600 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3471 0.6203 0.000 0.104 0.000 0.000 0.704 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.1211 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1145 0.9271 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-018 3 0.0202 0.9601 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-019 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0113 0.9593 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0315 0.9598 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2337 0.7424 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.172 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2593 0.7695 0.000 0.784 0.000 0.000 0.024 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2500 0.7875 0.000 0.808 0.000 0.000 0.032 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3096 0.6847 0.000 0.064 0.000 0.000 0.744 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0113 0.9593 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0113 0.9593 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 10 0.1790 0.7258 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-031 2 0.4487 0.2343 0.000 0.484 0.000 0.000 0.324 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0356 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-033 2 0.2099 0.7906 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2638 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0395 0.8729 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0784 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1702 0.9179 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.064 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0673 0.9092 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0356 0.9508 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0888 0.9022 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.1702 0.9179 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.064 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0113 0.8765 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0113 0.9628 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0113 0.9416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 2 0.2393 0.6429 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.1661 0.7305 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-054 5 0.2166 0.7862 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.016 0.148
#> dkfz_11-055 4 0.0784 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1702 0.9179 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.064 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0949 0.9414 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.1329 0.8970 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.928 0.056 0.004
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.1628 0.7284 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-067 3 0.0986 0.9330 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-068 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2077 0.8009 0.000 0.008 0.000 0.000 0.836 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2857 0.5309 0.000 0.304 0.000 0.000 0.688 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.2070 0.8248 0.000 0.868 0.000 0.000 0.048 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3633 0.5423 0.000 0.000 0.116 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-073 2 0.2131 0.7191 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1851 0.8032 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.2735 0.5113 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0113 0.9311 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0282 0.9357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0113 0.9311 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.2760 0.4526 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2332 0.6600 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0315 0.7732 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0202 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0282 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0784 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2047 0.6609 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.1334 0.8461 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.2433 0.6487 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.3556 0.5177 0.000 0.080 0.000 0.668 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0113 0.9629 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.3376 -0.0736 0.000 0.020 0.000 0.496 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.2591 0.3753 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0113 0.9311 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.1694 0.7046 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0615 0.9200 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0784 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3624 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.744 0.032 0.000 0.156 0.056
#> dkfz_11-140 7 0.2507 0.5398 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.1200 0.3948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.008 0.936
#> dkfz_11-144 3 0.1168 0.8914 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-145 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0113 0.9593 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1211 0.9150 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 10 0.3132 0.3991 0.000 0.000 0.416 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-150 5 0.0000 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:pam 129 9.51e-18 1.45e-11 2
#> ATC:pam 134 6.97e-41 4.37e-34 3
#> ATC:pam 131 1.42e-62 1.58e-32 4
#> ATC:pam 132 2.07e-66 3.37e-33 5
#> ATC:pam 131 1.21e-62 8.02e-32 6
#> ATC:pam 116 7.11e-58 8.93e-33 7
#> ATC:pam 129 8.14e-60 1.77e-33 8
#> ATC:pam 127 4.53e-59 4.13e-32 9
#> ATC:pam 128 1.68e-56 2.04e-34 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 117976 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 9.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.341 0.838 0.876 0.4830 0.509 0.509
#> 3 3 0.713 0.781 0.903 0.3466 0.756 0.558
#> 4 4 0.762 0.827 0.893 0.0623 0.880 0.685
#> 5 5 0.755 0.735 0.836 0.0712 0.937 0.794
#> 6 6 0.795 0.760 0.837 0.0596 0.926 0.733
#> 7 7 0.867 0.857 0.905 0.0696 0.917 0.635
#> 8 8 0.928 0.847 0.930 0.0126 0.988 0.923
#> 9 9 0.906 0.756 0.887 0.0170 0.989 0.929
#> 10 10 0.889 0.707 0.849 0.0109 0.986 0.902
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 9
#> attr(,"optional")
#> [1] 8
There is also optional best \(k\) = 8 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-002 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-003 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-004 1 0.8267 0.686 0.740 0.260
#> dkfz_11-005 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-006 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-007 2 0.9129 0.572 0.328 0.672
#> dkfz_11-008 1 0.3114 0.867 0.944 0.056
#> dkfz_11-009 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-010 2 0.9248 0.546 0.340 0.660
#> dkfz_11-011 1 0.5946 0.842 0.856 0.144
#> dkfz_11-012 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-013 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-014 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-015 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-016 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-017 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-018 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-019 1 0.3274 0.867 0.940 0.060
#> dkfz_11-020 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.9129 0.572 0.328 0.672
#> dkfz_11-024 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-025 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-026 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-027 2 0.9732 0.381 0.404 0.596
#> dkfz_11-028 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-029 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-030 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.9170 0.564 0.332 0.668
#> dkfz_11-032 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.9129 0.572 0.328 0.672
#> dkfz_11-034 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-035 2 0.8555 0.646 0.280 0.720
#> dkfz_11-036 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-037 1 0.6247 0.807 0.844 0.156
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-040 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-043 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-044 1 0.8327 0.701 0.736 0.264
#> dkfz_11-045 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-046 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-047 2 0.4562 0.847 0.096 0.904
#> dkfz_11-048 1 0.5408 0.824 0.876 0.124
#> dkfz_11-049 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-050 1 0.5294 0.863 0.880 0.120
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-053 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-057 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-058 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-061 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-062 1 0.4815 0.866 0.896 0.104
#> dkfz_11-063 1 0.4815 0.866 0.896 0.104
#> dkfz_11-064 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-065 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> dkfz_11-066 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-067 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-069 1 0.9754 0.322 0.592 0.408
#> dkfz_11-070 1 0.5946 0.842 0.856 0.144
#> dkfz_11-071 1 0.9044 0.565 0.680 0.320
#> dkfz_11-072 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-073 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-074 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-075 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-091 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-092 2 0.6712 0.764 0.176 0.824
#> dkfz_11-093 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-094 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.5519 0.857 0.872 0.128
#> dkfz_11-100 2 0.4939 0.832 0.108 0.892
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.9087 0.576 0.324 0.676
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.9129 0.572 0.328 0.672
#> dkfz_11-116 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.6531 0.770 0.168 0.832
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-137 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.5294 0.862 0.880 0.120
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.920 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-144 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-146 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-147 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-148 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-149 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> dkfz_11-151 2 0.8909 0.603 0.308 0.692
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-002 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-003 1 0.0237 0.8986 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 3 0.1163 0.7844 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-005 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-006 3 0.0661 0.7910 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-007 3 0.3192 0.7327 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-008 3 0.5926 0.4742 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-009 1 0.0237 0.8986 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 3 0.3192 0.7327 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-011 3 0.0592 0.7905 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-012 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-013 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-014 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-015 3 0.2496 0.7642 0.068 0.004 0.928
#> dkfz_11-016 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-017 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-018 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-019 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-020 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-021 1 0.0237 0.8986 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.4654 0.6347 0.000 0.208 0.792
#> dkfz_11-024 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-025 3 0.0424 0.7914 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-026 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-027 3 0.1163 0.7844 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-028 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-029 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-030 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-031 3 0.2959 0.7414 0.000 0.100 0.900
#> dkfz_11-032 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-033 3 0.4796 0.6222 0.000 0.220 0.780
#> dkfz_11-034 1 0.4887 0.6262 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-035 2 0.5621 0.5447 0.000 0.692 0.308
#> dkfz_11-036 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-037 1 0.3551 0.7760 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0424 0.8968 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-043 3 0.1647 0.7801 0.036 0.004 0.960
#> dkfz_11-044 1 0.9191 0.3700 0.536 0.208 0.256
#> dkfz_11-045 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2261 0.9099 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-048 1 0.3412 0.7845 0.876 0.000 0.124
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.3715 0.7278 0.128 0.004 0.868
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-054 3 0.5722 0.5597 0.292 0.004 0.704
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-062 3 0.4521 0.6865 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-063 3 0.4629 0.6795 0.188 0.004 0.808
#> dkfz_11-064 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-065 3 0.0237 0.7904 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-066 1 0.6180 0.0716 0.584 0.000 0.416
#> dkfz_11-067 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-068 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-069 3 0.1163 0.7844 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-070 3 0.0592 0.7905 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-071 3 0.0747 0.7891 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-072 3 0.6299 0.2831 0.476 0.000 0.524
#> dkfz_11-073 1 0.0237 0.8986 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-091 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-092 2 0.2796 0.8859 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.9032 0.2683 0.512 0.148 0.340
#> dkfz_11-100 2 0.1964 0.9245 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.5591 0.5243 0.000 0.304 0.696
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 3 0.3482 0.7020 0.000 0.128 0.872
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2537 0.8998 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.6304 0.6787 0.752 0.192 0.056
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.4887 0.6262 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-144 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-145 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-146 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-147 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-148 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-149 3 0.6302 0.2797 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-150 3 0.0237 0.7924 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-151 2 0.5988 0.3942 0.000 0.632 0.368
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0336 0.8777 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.1211 0.9532 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.6585 0.7096 0.000 0.584 0.312 0.104
#> dkfz_11-005 2 0.4776 0.8395 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.4855 0.8260 0.000 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.7282 0.6034 0.000 0.512 0.316 0.172
#> dkfz_11-008 2 0.6314 0.7441 0.068 0.560 0.372 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.1389 0.9494 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.6701 0.7194 0.000 0.564 0.328 0.108
#> dkfz_11-011 2 0.5587 0.8261 0.000 0.600 0.372 0.028
#> dkfz_11-012 2 0.5125 0.8305 0.008 0.604 0.388 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.5560 0.8183 0.024 0.584 0.392 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0592 0.8693 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0336 0.8777 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.4830 0.8323 0.000 0.608 0.392 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0336 0.8777 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.1211 0.9532 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-023 2 0.7333 0.6152 0.000 0.496 0.332 0.172
#> dkfz_11-024 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4679 0.8320 0.000 0.648 0.352 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.6773 0.7434 0.000 0.532 0.364 0.104
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8787 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0336 0.8777 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8787 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.6925 0.6914 0.000 0.544 0.328 0.128
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8787 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.7506 0.5325 0.000 0.484 0.308 0.208
#> dkfz_11-034 3 0.5198 0.5643 0.040 0.252 0.708 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.6548 0.4345 0.000 0.304 0.104 0.592
#> dkfz_11-036 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.6994 -0.0655 0.412 0.472 0.116 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.4642 0.7400 0.740 0.240 0.020 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.5482 0.8138 0.024 0.608 0.368 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.8135 0.1945 0.064 0.392 0.096 0.448
#> dkfz_11-045 2 0.4776 0.8384 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.3818 0.8183 0.000 0.108 0.048 0.844
#> dkfz_11-048 2 0.7215 0.0827 0.348 0.500 0.152 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5613 0.8131 0.028 0.592 0.380 0.000
#> dkfz_11-051 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0336 0.8777 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.5699 0.8096 0.032 0.588 0.380 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0336 0.9658 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4730 0.8314 0.000 0.636 0.364 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4761 0.8381 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4776 0.8386 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4697 0.8310 0.000 0.644 0.356 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2675 0.7702 0.008 0.100 0.892 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.8787 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.6698 0.7574 0.000 0.532 0.372 0.096
#> dkfz_11-070 2 0.5923 0.8107 0.000 0.580 0.376 0.044
#> dkfz_11-071 2 0.6658 0.7610 0.000 0.532 0.376 0.092
#> dkfz_11-072 3 0.4907 -0.5248 0.000 0.420 0.580 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4072 0.7233 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0336 0.9660 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4790 0.8379 0.000 0.620 0.380 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-092 4 0.4199 0.7620 0.000 0.164 0.032 0.804
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.6575 0.3697 0.064 0.704 0.152 0.080
#> dkfz_11-100 4 0.3048 0.8490 0.000 0.108 0.016 0.876
#> dkfz_11-101 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 4 0.0188 0.9453 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.7756 0.3503 0.000 0.436 0.268 0.296
#> dkfz_11-107 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.6987 0.6084 0.000 0.568 0.272 0.160
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 4 0.3757 0.7920 0.000 0.152 0.020 0.828
#> dkfz_11-120 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0336 0.9660 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.1716 0.9387 0.936 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 4 0.8829 0.0758 0.068 0.372 0.176 0.384
#> dkfz_11-140 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9479 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.5312 0.5739 0.052 0.236 0.712 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.8787 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8787 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0592 0.8693 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.4761 0.8406 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0707 0.8632 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.4776 0.8395 0.000 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.7092 0.2962 0.000 0.320 0.148 0.532
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.2471 0.9567 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-002 5 0.1357 0.7044 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> dkfz_11-003 1 0.2513 0.8857 0.876 0.116 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.6873 -0.4056 0.000 0.352 0.008 0.224 0.416
#> dkfz_11-005 5 0.0451 0.7141 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> dkfz_11-006 5 0.4101 0.5648 0.000 0.048 0.184 0.000 0.768
#> dkfz_11-007 2 0.6795 0.4664 0.000 0.364 0.000 0.288 0.348
#> dkfz_11-008 5 0.4922 0.4835 0.008 0.328 0.028 0.000 0.636
#> dkfz_11-009 1 0.1894 0.9223 0.920 0.072 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.6784 0.4614 0.000 0.368 0.000 0.280 0.352
#> dkfz_11-011 5 0.4100 0.5072 0.000 0.192 0.000 0.044 0.764
#> dkfz_11-012 5 0.3675 0.6262 0.000 0.188 0.024 0.000 0.788
#> dkfz_11-013 5 0.0865 0.7109 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.7139 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 5 0.3876 0.6045 0.000 0.192 0.032 0.000 0.776
#> dkfz_11-016 5 0.0992 0.7129 0.000 0.024 0.008 0.000 0.968
#> dkfz_11-017 3 0.2848 0.9376 0.000 0.004 0.840 0.000 0.156
#> dkfz_11-018 3 0.2561 0.9506 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-019 5 0.1484 0.7029 0.000 0.008 0.048 0.000 0.944
#> dkfz_11-020 3 0.2471 0.9567 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-021 1 0.1956 0.9199 0.916 0.076 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2971 0.7643 0.000 0.156 0.008 0.836 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.6786 -0.4884 0.000 0.324 0.000 0.292 0.384
#> dkfz_11-024 5 0.0000 0.7139 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 5 0.3280 0.6081 0.000 0.176 0.012 0.000 0.812
#> dkfz_11-026 5 0.0162 0.7138 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-027 5 0.6553 -0.3211 0.000 0.292 0.000 0.236 0.472
#> dkfz_11-028 3 0.2424 0.9576 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-029 3 0.2471 0.9567 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-030 3 0.2424 0.9576 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-031 2 0.6785 0.4587 0.000 0.364 0.000 0.280 0.356
#> dkfz_11-032 3 0.2424 0.9576 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-033 2 0.6813 0.4643 0.000 0.360 0.000 0.308 0.332
#> dkfz_11-034 3 0.0798 0.8017 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 4 0.4622 0.5533 0.000 0.268 0.008 0.696 0.028
#> dkfz_11-036 5 0.0290 0.7141 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-037 5 0.6976 0.1558 0.116 0.388 0.048 0.000 0.448
#> dkfz_11-038 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.7293 -0.0795 0.256 0.368 0.024 0.000 0.352
#> dkfz_11-043 5 0.4871 0.4432 0.004 0.368 0.024 0.000 0.604
#> dkfz_11-044 2 0.6876 0.2861 0.012 0.608 0.056 0.160 0.164
#> dkfz_11-045 5 0.1943 0.6929 0.000 0.056 0.020 0.000 0.924
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 4 0.3910 0.6381 0.000 0.248 0.004 0.740 0.008
#> dkfz_11-048 5 0.6976 0.1553 0.116 0.388 0.048 0.000 0.448
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4305 0.5661 0.004 0.216 0.036 0.000 0.744
#> dkfz_11-051 4 0.0404 0.9297 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2424 0.9554 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-054 5 0.4789 0.4729 0.004 0.292 0.036 0.000 0.668
#> dkfz_11-055 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0290 0.9676 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2561 0.6758 0.000 0.096 0.020 0.000 0.884
#> dkfz_11-062 5 0.2629 0.6614 0.000 0.136 0.004 0.000 0.860
#> dkfz_11-063 5 0.2389 0.6695 0.000 0.116 0.004 0.000 0.880
#> dkfz_11-064 5 0.0162 0.7132 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-065 5 0.3596 0.6089 0.000 0.212 0.012 0.000 0.776
#> dkfz_11-066 3 0.1792 0.9144 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-067 3 0.2424 0.9576 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-068 5 0.0162 0.7138 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-069 5 0.6080 -0.0632 0.000 0.272 0.000 0.168 0.560
#> dkfz_11-070 5 0.5369 0.4122 0.000 0.192 0.024 0.084 0.700
#> dkfz_11-071 5 0.6054 0.0254 0.000 0.284 0.004 0.140 0.572
#> dkfz_11-072 5 0.4758 0.4426 0.000 0.048 0.276 0.000 0.676
#> dkfz_11-073 5 0.7187 -0.0453 0.276 0.352 0.016 0.000 0.356
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1579 0.7097 0.000 0.032 0.024 0.000 0.944
#> dkfz_11-091 5 0.0290 0.7136 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-092 4 0.3790 0.6455 0.000 0.248 0.004 0.744 0.004
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0000 0.7139 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 4 0.0162 0.9318 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 4 0.0609 0.9270 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6317 0.1150 0.016 0.596 0.092 0.016 0.280
#> dkfz_11-100 4 0.3676 0.6718 0.000 0.232 0.004 0.760 0.004
#> dkfz_11-101 4 0.0609 0.9270 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0162 0.9318 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.0880 0.9208 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-104 4 0.1410 0.8952 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.6677 -0.2757 0.000 0.304 0.004 0.468 0.224
#> dkfz_11-107 4 0.0609 0.9263 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-108 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.0162 0.9317 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.0880 0.9203 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.6918 0.4621 0.000 0.372 0.004 0.280 0.344
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1197 0.9099 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 4 0.3706 0.6652 0.000 0.236 0.004 0.756 0.004
#> dkfz_11-120 4 0.0794 0.9223 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0794 0.9212 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.0290 0.9310 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.0794 0.9229 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0162 0.9317 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0162 0.9320 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0162 0.9318 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4674 0.7397 0.780 0.088 0.036 0.000 0.096
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.6832 0.1980 0.016 0.604 0.224 0.060 0.096
#> dkfz_11-140 4 0.1478 0.8936 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 4 0.0000 0.9334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0898 0.8167 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.2424 0.9576 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-145 5 0.0771 0.7113 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> dkfz_11-146 3 0.2424 0.9576 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-147 3 0.3196 0.8966 0.000 0.004 0.804 0.000 0.192
#> dkfz_11-148 5 0.0000 0.7139 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 3 0.3010 0.9226 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172
#> dkfz_11-150 5 0.0579 0.7140 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> dkfz_11-151 4 0.4892 0.5066 0.000 0.276 0.008 0.676 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.1204 0.9753 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3372 0.7349 0.000 0.176 0.008 0.000 0.796 0.020
#> dkfz_11-003 1 0.3469 0.8455 0.840 0.076 0.044 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-004 2 0.3280 0.6007 0.000 0.808 0.004 0.028 0.160 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.2703 0.7386 0.000 0.172 0.004 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.5793 0.5545 0.000 0.200 0.200 0.000 0.580 0.020
#> dkfz_11-007 2 0.3240 0.6254 0.000 0.812 0.000 0.040 0.148 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.4783 0.4395 0.000 0.148 0.052 0.000 0.728 0.072
#> dkfz_11-009 1 0.3121 0.8665 0.864 0.052 0.044 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-010 2 0.3355 0.6253 0.000 0.816 0.004 0.048 0.132 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3714 0.2434 0.000 0.656 0.004 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2641 0.5788 0.000 0.048 0.004 0.000 0.876 0.072
#> dkfz_11-013 5 0.3133 0.7365 0.000 0.180 0.008 0.000 0.804 0.008
#> dkfz_11-014 5 0.2871 0.7356 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.4341 0.5681 0.000 0.088 0.008 0.000 0.736 0.168
#> dkfz_11-016 5 0.2361 0.7230 0.000 0.104 0.012 0.000 0.880 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.1493 0.9716 0.000 0.004 0.936 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.1204 0.9753 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2383 0.7171 0.000 0.096 0.024 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1204 0.9753 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.3343 0.8536 0.848 0.072 0.044 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-022 4 0.3730 0.8315 0.000 0.016 0.008 0.740 0.000 0.236
#> dkfz_11-023 2 0.3445 0.6258 0.000 0.796 0.000 0.048 0.156 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2871 0.7356 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.4097 0.4127 0.000 0.488 0.008 0.000 0.504 0.000
#> dkfz_11-026 5 0.2871 0.7356 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3712 0.5676 0.000 0.760 0.004 0.032 0.204 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1141 0.9740 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1204 0.9753 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1349 0.9751 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.3343 0.6240 0.000 0.812 0.004 0.040 0.144 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1349 0.9751 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.3573 0.6280 0.000 0.796 0.000 0.052 0.148 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0508 0.8961 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-035 2 0.4212 0.4212 0.000 0.592 0.000 0.392 0.008 0.008
#> dkfz_11-036 5 0.2871 0.7366 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5460 0.2696 0.004 0.248 0.052 0.000 0.636 0.060
#> dkfz_11-038 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-039 1 0.0865 0.9380 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 4 0.0000 0.8944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.6898 0.0523 0.132 0.228 0.044 0.000 0.540 0.056
#> dkfz_11-043 5 0.5317 0.3388 0.000 0.112 0.004 0.000 0.568 0.316
#> dkfz_11-044 6 0.5207 0.7773 0.000 0.068 0.020 0.052 0.144 0.716
#> dkfz_11-045 5 0.3043 0.7231 0.000 0.196 0.004 0.000 0.796 0.004
#> dkfz_11-046 1 0.0865 0.9380 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.4218 0.3383 0.000 0.556 0.000 0.428 0.000 0.016
#> dkfz_11-048 5 0.5434 0.2806 0.004 0.244 0.048 0.000 0.640 0.064
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3858 0.3530 0.000 0.020 0.012 0.000 0.740 0.228
#> dkfz_11-051 4 0.0146 0.8934 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1524 0.9648 0.000 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008
#> dkfz_11-054 5 0.4636 0.1891 0.000 0.020 0.040 0.000 0.668 0.272
#> dkfz_11-055 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-056 1 0.0865 0.9380 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0146 0.9495 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.2697 0.8723 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> dkfz_11-060 1 0.1970 0.9157 0.920 0.044 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-061 5 0.4579 0.6135 0.000 0.380 0.028 0.000 0.584 0.008
#> dkfz_11-062 5 0.2065 0.6119 0.000 0.032 0.004 0.000 0.912 0.052
#> dkfz_11-063 5 0.1565 0.6297 0.000 0.028 0.004 0.000 0.940 0.028
#> dkfz_11-064 5 0.2871 0.7356 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4082 0.5864 0.000 0.204 0.008 0.000 0.740 0.048
#> dkfz_11-066 3 0.1225 0.9531 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.1349 0.9751 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-068 5 0.2871 0.7356 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3437 0.5041 0.000 0.752 0.004 0.008 0.236 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4097 0.3179 0.000 0.488 0.008 0.000 0.504 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.3240 0.4841 0.000 0.752 0.004 0.000 0.244 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.4489 0.4710 0.000 0.068 0.208 0.000 0.712 0.012
#> dkfz_11-073 5 0.6717 0.0800 0.112 0.236 0.044 0.000 0.556 0.052
#> dkfz_11-074 1 0.0363 0.9480 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-075 5 0.2095 0.7096 0.000 0.076 0.016 0.000 0.904 0.004
#> dkfz_11-091 5 0.2838 0.7363 0.000 0.188 0.004 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4129 0.3532 0.000 0.564 0.000 0.424 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2871 0.7356 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.0713 0.8957 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-096 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-097 4 0.0508 0.8892 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 4 0.0000 0.8944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.5171 0.7028 0.000 0.052 0.052 0.000 0.240 0.656
#> dkfz_11-100 2 0.4062 0.3173 0.000 0.552 0.000 0.440 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 4 0.0405 0.8909 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-103 4 0.0603 0.8876 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 4 0.1327 0.8584 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.2562 0.8760 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-106 2 0.4652 0.5501 0.000 0.704 0.000 0.196 0.088 0.012
#> dkfz_11-107 4 0.0508 0.8892 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 4 0.0146 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-110 4 0.0260 0.8955 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 4 0.0146 0.8934 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-113 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-114 4 0.0508 0.8892 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 2 0.2985 0.6088 0.000 0.844 0.004 0.036 0.116 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1168 0.8757 0.000 0.016 0.000 0.956 0.000 0.028
#> dkfz_11-118 4 0.0000 0.8944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.4141 0.3361 0.000 0.556 0.000 0.432 0.000 0.012
#> dkfz_11-120 4 0.1003 0.8806 0.000 0.020 0.000 0.964 0.000 0.016
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.0146 0.8934 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 4 0.0260 0.8922 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0820 0.9420 0.972 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-125 4 0.0000 0.8944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.2597 0.8753 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-127 4 0.0820 0.8837 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-128 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-129 4 0.2697 0.8723 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> dkfz_11-130 4 0.0000 0.8944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 4 0.0000 0.8944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-133 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-134 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-135 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-136 1 0.3878 0.7983 0.804 0.120 0.012 0.000 0.048 0.016
#> dkfz_11-137 1 0.0405 0.9482 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-139 6 0.4251 0.6977 0.000 0.016 0.200 0.004 0.040 0.740
#> dkfz_11-140 4 0.1297 0.8686 0.000 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> dkfz_11-141 4 0.2762 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-142 4 0.0260 0.8957 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-143 3 0.0717 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.1285 0.9736 0.000 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> dkfz_11-145 5 0.3133 0.7370 0.000 0.180 0.008 0.000 0.804 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.1267 0.9728 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1858 0.9266 0.000 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> dkfz_11-148 5 0.2871 0.7356 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1615 0.9635 0.000 0.004 0.928 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-150 5 0.2841 0.7381 0.000 0.164 0.012 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4074 0.4694 0.000 0.640 0.000 0.344 0.008 0.008
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0334 0.9788 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0373 0.8617 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.2701 0.6072 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1898 0.8643 0.000 0.900 0.004 0.000 0.008 0.088 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.3947 0.6891 0.000 0.000 0.164 0.000 0.108 0.728 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0861 0.8941 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-008 6 0.3754 0.7449 0.000 0.016 0.008 0.024 0.200 0.752 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.3029 0.5426 0.252 0.004 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0637 0.8947 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2672 0.7410 0.000 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.3161 0.8088 0.000 0.000 0.004 0.052 0.120 0.820 0.004
#> dkfz_11-013 6 0.0134 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3267 0.8111 0.000 0.004 0.008 0.068 0.088 0.828 0.004
#> dkfz_11-016 6 0.0268 0.8616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0422 0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0239 0.9767 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.2174 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.000 0.136 0.860 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0422 0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.2984 0.5540 0.244 0.004 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.3864 0.8536 0.000 0.028 0.000 0.776 0.092 0.000 0.104
#> dkfz_11-023 2 0.0660 0.8942 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3827 0.2014 0.000 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.1757 0.8602 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0422 0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0422 0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0656 0.9714 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0849 0.8954 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.024 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0239 0.9770 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0637 0.8950 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0837 0.9584 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0861 0.8854 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-036 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3760 0.4713 0.000 0.020 0.000 0.008 0.688 0.284 0.000
#> dkfz_11-038 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-039 1 0.0134 0.9616 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0422 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-042 5 0.2561 0.6764 0.068 0.024 0.000 0.000 0.876 0.032 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4254 0.7351 0.000 0.056 0.000 0.032 0.176 0.732 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.7314 0.0719 0.000 0.064 0.008 0.068 0.252 0.420 0.188
#> dkfz_11-045 6 0.1123 0.8561 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048 0.948 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0134 0.9616 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0996 0.8805 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-048 5 0.3963 0.3430 0.000 0.020 0.000 0.008 0.636 0.336 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3503 0.7937 0.000 0.000 0.008 0.080 0.108 0.800 0.004
#> dkfz_11-051 7 0.0373 0.9555 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0468 0.9714 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.3584 0.7885 0.000 0.000 0.008 0.080 0.116 0.792 0.004
#> dkfz_11-055 4 0.3439 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.784 0.092 0.000 0.124
#> dkfz_11-056 1 0.0134 0.9616 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.1966 0.9520 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-060 1 0.2837 0.7167 0.776 0.004 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3413 0.7733 0.000 0.096 0.004 0.000 0.104 0.796 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2208 0.8331 0.000 0.000 0.000 0.020 0.104 0.876 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2072 0.8385 0.000 0.000 0.000 0.020 0.092 0.888 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3957 0.7200 0.000 0.140 0.000 0.004 0.116 0.740 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0134 0.9704 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0422 0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-068 6 0.0134 0.8612 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.1891 0.8510 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3871 0.1321 0.000 0.448 0.000 0.004 0.008 0.540 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.1934 0.8473 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.4834 0.5219 0.000 0.004 0.108 0.008 0.252 0.628 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2773 0.6855 0.012 0.016 0.000 0.008 0.852 0.112 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0504 0.9530 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1168 0.8578 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036 0.952 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1242 0.8718 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.1886 0.8495 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-096 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-097 7 0.0728 0.9483 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-098 7 0.0422 0.9536 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-099 6 0.4316 0.7525 0.000 0.020 0.008 0.096 0.124 0.748 0.004
#> dkfz_11-100 2 0.2249 0.7824 0.000 0.852 0.000 0.004 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-101 7 0.0334 0.9548 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-102 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-103 7 0.0656 0.9508 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-104 7 0.1355 0.9130 0.000 0.064 0.000 0.004 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-105 4 0.3502 0.4826 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-106 2 0.0667 0.8933 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-107 7 0.0582 0.9519 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-108 7 0.0863 0.9379 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-109 4 0.1966 0.9520 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-110 7 0.1277 0.9132 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-111 7 0.0422 0.9540 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-112 4 0.2682 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-113 4 0.1966 0.9520 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-114 7 0.0656 0.9508 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-115 2 0.0923 0.8952 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0728 0.9483 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-118 7 0.1277 0.9133 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-119 2 0.1802 0.8308 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-120 7 0.0728 0.9483 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0239 0.9554 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-123 7 0.0582 0.9519 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-124 1 0.1382 0.9095 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0334 0.9548 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-126 4 0.2391 0.9167 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-127 7 0.0861 0.9451 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-128 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-129 4 0.2118 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-130 7 0.0422 0.9540 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-131 7 0.0334 0.9548 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-132 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-133 4 0.2154 0.9411 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-134 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-135 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-136 1 0.2554 0.8130 0.828 0.004 0.004 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0504 0.9527 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-139 5 0.7532 0.2113 0.000 0.016 0.304 0.104 0.388 0.064 0.124
#> dkfz_11-140 7 0.0656 0.9508 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-141 4 0.1926 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-142 7 0.2154 0.8059 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-143 3 0.0876 0.9611 0.000 0.000 0.968 0.008 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0334 0.9784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-145 6 0.0134 0.8619 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0422 0.9796 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1482 0.8988 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1109 0.9408 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0861 0.8854 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0573 0.898 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 8 0.0544 0.534 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-004 2 0.0313 0.879 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0251 0.897 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 5 0.4458 0.684 0.000 0.004 0.168 0.004 0.700 0.088 0.000 0.036
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3529 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004 0.756 0.152 0.000 0.088
#> dkfz_11-009 8 0.0745 0.527 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1038 0.841 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2297 0.873 0.000 0.000 0.000 0.008 0.872 0.092 0.000 0.028
#> dkfz_11-013 5 0.0475 0.898 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.0596 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2089 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.884 0.088 0.000 0.024
#> dkfz_11-016 5 0.0125 0.897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0349 0.977 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0125 0.982 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 5 0.2388 0.875 0.000 0.004 0.000 0.000 0.864 0.092 0.000 0.040
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0681 0.530 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-022 4 0.1628 0.904 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.056 0.020 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.0125 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.0596 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3618 0.305 0.000 0.620 0.000 0.000 0.360 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 5 0.0349 0.896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0313 0.879 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0448 0.973 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0349 0.977 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 2 0.1608 0.849 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.0520 0.893 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.4907 0.223 0.000 0.000 0.000 0.004 0.328 0.156 0.000 0.512
#> dkfz_11-038 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0224 0.938 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.1477 0.521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> dkfz_11-043 5 0.3009 0.852 0.000 0.016 0.000 0.004 0.828 0.104 0.000 0.048
#> dkfz_11-044 7 0.7090 -0.242 0.000 0.120 0.000 0.004 0.184 0.196 0.416 0.080
#> dkfz_11-045 5 0.1832 0.888 0.000 0.004 0.000 0.000 0.904 0.072 0.000 0.020
#> dkfz_11-046 1 0.0125 0.944 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1775 0.845 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.084 0.016 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.5022 0.105 0.000 0.000 0.000 0.004 0.408 0.160 0.000 0.428
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2201 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.876 0.092 0.000 0.028
#> dkfz_11-051 7 0.0125 0.938 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0224 0.980 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.2286 0.875 0.000 0.000 0.004 0.000 0.868 0.100 0.000 0.028
#> dkfz_11-055 4 0.1471 0.911 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.056 0.012 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0125 0.944 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3164 0.508 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-061 5 0.3751 0.675 0.000 0.196 0.000 0.000 0.720 0.080 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 5 0.2067 0.881 0.000 0.000 0.000 0.004 0.888 0.080 0.000 0.028
#> dkfz_11-063 5 0.2067 0.881 0.000 0.000 0.000 0.004 0.888 0.080 0.000 0.028
#> dkfz_11-064 5 0.0596 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4476 0.649 0.000 0.176 0.000 0.000 0.684 0.092 0.000 0.048
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 5 0.0349 0.896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0395 0.877 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3742 0.255 0.000 0.592 0.000 0.000 0.380 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0313 0.879 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3955 0.765 0.000 0.000 0.080 0.000 0.756 0.092 0.000 0.072
#> dkfz_11-073 8 0.2474 0.479 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.152 0.000 0.832
#> dkfz_11-074 1 0.0544 0.934 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-075 5 0.1497 0.893 0.000 0.000 0.000 0.004 0.928 0.052 0.000 0.016
#> dkfz_11-091 5 0.0349 0.896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1989 0.837 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.084 0.028 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0596 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.2776 0.571 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.0224 0.938 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3098 0.812 0.000 0.000 0.000 0.004 0.780 0.180 0.000 0.036
#> dkfz_11-100 2 0.3486 0.648 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.084 0.168 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0224 0.938 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.1347 0.879 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.040 0.936 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.3142 0.386 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0125 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.0681 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0745 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0224 0.938 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1521 0.859 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.0868 0.908 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2647 0.787 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.084 0.076 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0125 0.938 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2035 0.841 0.860 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-125 7 0.0224 0.938 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0983 0.917 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.0808 0.930 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0224 0.938 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0224 0.938 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0471 0.946 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2580 0.762 0.788 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-137 1 0.0544 0.934 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-138 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3480 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.004 0.804 0.056 0.060
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0313 0.951 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.1563 0.839 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0125 0.981 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 5 0.0438 0.896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1416 0.878 0.000 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 5 0.0349 0.896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1030 0.926 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 5 0.0645 0.899 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.1511 0.851 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0507 0.9326 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 5 0.0634 0.7476 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-003 8 0.0581 0.6984 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.8255 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.0930 0.7440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-006 5 0.4469 0.1517 0.000 0.004 0.164 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8255 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.2892 0.6333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.004 0.696
#> dkfz_11-009 8 0.0515 0.6964 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0119 0.8255 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1325 0.7668 0.000 0.928 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-012 5 0.2893 0.3782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-013 5 0.0699 0.7476 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-014 5 0.1713 0.7115 0.000 0.004 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-015 5 0.2118 0.6652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-016 5 0.0446 0.7479 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.0886 0.9254 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012 0.012 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-018 3 0.0719 0.9290 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-019 5 0.2721 0.5436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-020 3 0.0414 0.9361 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 8 0.0581 0.6984 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2188 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.060 0.008 0.024 0.020
#> dkfz_11-023 2 0.0119 0.8255 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.1713 0.7115 0.000 0.004 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-025 2 0.4503 0.0392 0.000 0.536 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-026 5 0.1547 0.7224 0.000 0.004 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8255 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1663 0.9290 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-029 3 0.1292 0.9355 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0626 0.9308 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0119 0.8255 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1570 0.9298 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 2 0.0119 0.8255 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.1663 0.9278 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-035 2 0.2758 0.7067 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.268 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 5 0.1632 0.7178 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900 0.004 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-037 9 0.3522 0.4026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.168 0.724
#> dkfz_11-038 4 0.0119 0.9326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0446 0.9024 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0119 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.3123 0.4885 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.376
#> dkfz_11-043 5 0.3462 0.1241 0.000 0.020 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-044 7 0.6174 -0.4200 0.000 0.044 0.000 0.000 0.264 0.044 0.332 0.000 0.316
#> dkfz_11-045 5 0.1940 0.6922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-046 1 0.0446 0.9024 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2924 0.7029 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.268 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 9 0.3574 0.5244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.108 0.716
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2375 0.6222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-051 7 0.0119 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0635 0.9304 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 5 0.2645 0.5599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-055 4 0.1980 0.8619 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.060 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-056 1 0.0119 0.9036 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0446 0.9024 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3134 0.3807 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.4758 -0.1522 0.000 0.232 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-062 5 0.2569 0.5838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-063 5 0.2487 0.6056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-064 5 0.1713 0.7115 0.000 0.004 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-065 9 0.4466 0.2715 0.000 0.124 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-066 3 0.1423 0.9325 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.0635 0.9373 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 5 0.1048 0.7389 0.000 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8255 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4019 0.2831 0.000 0.620 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-071 2 0.0296 0.8198 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-072 9 0.3948 0.4386 0.000 0.000 0.040 0.000 0.420 0.008 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-073 8 0.3260 0.3395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.508 0.488
#> dkfz_11-074 1 0.1398 0.8582 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1356 0.7207 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-091 5 0.0492 0.7481 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-092 2 0.3063 0.6968 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.268 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1713 0.7115 0.000 0.004 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-095 7 0.3022 0.3675 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0119 0.9324 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.0212 0.9230 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3433 0.4652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.040 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-100 2 0.4480 0.5116 0.000 0.572 0.000 0.004 0.000 0.268 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0212 0.9229 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0212 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.2209 0.7770 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.132 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 4 0.3052 0.4243 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.004 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0763 0.8176 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.1033 0.8794 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0119 0.9326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.0764 0.8992 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1341 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.8255 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 7 0.0930 0.8892 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3633 0.6520 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.268 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2929 0.5847 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0119 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.0824 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.2173 0.7026 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0119 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0119 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0237 0.9310 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 4 0.0119 0.9324 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 4 0.0119 0.9326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2994 0.5466 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0764 0.8920 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0119 0.9326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3818 0.0000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.700 0.000 0.024 0.216
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0119 0.9324 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.1439 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1584 0.9343 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.064 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-144 3 0.1617 0.9279 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-145 5 0.0492 0.7471 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.1499 0.9316 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-147 3 0.1666 0.8648 0.000 0.000 0.912 0.000 0.064 0.012 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-148 5 0.1458 0.7270 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-149 3 0.1232 0.9082 0.000 0.000 0.944 0.000 0.032 0.012 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 5 0.0706 0.7437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-151 2 0.2740 0.7092 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.264 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0282 0.8551 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-002 5 0.1453 0.7316 0.000 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.036 0.036
#> dkfz_11-003 8 0.0202 0.7827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0113 0.7837 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.1649 0.7285 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.060
#> dkfz_11-006 5 0.4762 0.3930 0.000 0.000 0.164 0.000 0.592 0.024 0.000 0.000 0.200 0.020
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.7843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.2537 0.5138 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.780 0.016
#> dkfz_11-009 8 0.0226 0.7805 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.7843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0913 0.7543 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-012 5 0.3206 0.5097 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.004 0.000 0.000 0.336 0.016
#> dkfz_11-013 5 0.1071 0.7365 0.000 0.000 0.004 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-014 5 0.2003 0.7140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.004 0.000 0.000 0.024 0.100
#> dkfz_11-015 5 0.3202 0.6565 0.000 0.000 0.004 0.000 0.760 0.020 0.000 0.000 0.180 0.036
#> dkfz_11-016 5 0.0978 0.7383 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028
#> dkfz_11-017 3 0.0484 0.8473 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-018 3 0.0395 0.8490 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 5 0.3339 0.6260 0.000 0.000 0.016 0.000 0.740 0.024 0.000 0.000 0.204 0.016
#> dkfz_11-020 3 0.0846 0.8601 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-021 8 0.0113 0.7828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2134 0.8250 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.124 0.008 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-023 2 0.0113 0.7842 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2195 0.7100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004 0.000 0.000 0.040 0.096
#> dkfz_11-025 2 0.4483 0.2290 0.000 0.592 0.000 0.000 0.240 0.004 0.000 0.000 0.144 0.020
#> dkfz_11-026 5 0.2007 0.7165 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.000 0.032 0.088
#> dkfz_11-027 2 0.0113 0.7842 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3564 0.8289 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.032 0.112
#> dkfz_11-029 3 0.1992 0.8555 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-030 3 0.0932 0.8565 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.020 0.012
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.7843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3660 0.8221 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.032 0.116
#> dkfz_11-033 2 0.0113 0.7823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.3844 0.8048 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.032 0.128
#> dkfz_11-035 2 0.3010 -0.5389 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-036 5 0.2124 0.7168 0.000 0.000 0.004 0.000 0.864 0.004 0.000 0.000 0.020 0.108
#> dkfz_11-037 9 0.3005 0.5261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.028 0.000 0.100 0.812 0.008
#> dkfz_11-038 4 0.0869 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.0113 0.8909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.8913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.0113 0.9392 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.3547 0.1595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.512 0.460 0.008
#> dkfz_11-043 5 0.4282 0.2588 0.000 0.080 0.000 0.000 0.516 0.004 0.000 0.000 0.388 0.012
#> dkfz_11-044 10 0.7006 -0.3204 0.000 0.016 0.000 0.000 0.152 0.100 0.248 0.000 0.220 0.264
#> dkfz_11-045 5 0.2605 0.6611 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> dkfz_11-046 1 0.0113 0.8909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 10 0.3188 0.4439 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-048 9 0.3068 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.028 0.000 0.072 0.804 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.8913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2814 0.6606 0.000 0.000 0.004 0.000 0.788 0.016 0.000 0.000 0.176 0.016
#> dkfz_11-051 7 0.0113 0.9392 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.8913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0395 0.8490 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-054 5 0.3741 0.6182 0.000 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.000 0.000 0.204 0.056
#> dkfz_11-055 4 0.2586 0.7932 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.128 0.000 0.000 0.012 0.036
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.8913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.8913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0426 0.8848 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.0315 0.9051 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3007 0.3304 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.5182 -0.1142 0.000 0.320 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000 0.000 0.296 0.020
#> dkfz_11-062 5 0.3918 0.5974 0.000 0.000 0.004 0.000 0.688 0.024 0.000 0.000 0.196 0.088
#> dkfz_11-063 5 0.3896 0.6011 0.000 0.000 0.004 0.000 0.692 0.024 0.000 0.000 0.192 0.088
#> dkfz_11-064 5 0.2068 0.7135 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.036 0.100
#> dkfz_11-065 5 0.5046 -0.0420 0.000 0.208 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000 0.000 0.384 0.020
#> dkfz_11-066 3 0.3208 0.8426 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.032 0.064
#> dkfz_11-067 3 0.2216 0.8598 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.032 0.048
#> dkfz_11-068 5 0.1795 0.7248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.000 0.032 0.068
#> dkfz_11-069 2 0.0226 0.7831 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3897 0.3854 0.000 0.692 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.128 0.024
#> dkfz_11-071 2 0.0395 0.7772 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-072 9 0.4895 -0.0205 0.000 0.000 0.068 0.000 0.432 0.036 0.000 0.000 0.436 0.028
#> dkfz_11-073 9 0.3487 -0.1347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.400 0.572 0.008
#> dkfz_11-074 1 0.2149 0.7726 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2046 0.7228 0.000 0.000 0.012 0.000 0.880 0.008 0.000 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-091 5 0.0597 0.7386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-092 10 0.3256 0.4554 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2102 0.7134 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.004 0.000 0.000 0.028 0.104
#> dkfz_11-095 7 0.3264 0.1680 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.008 0.548 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.0539 0.9020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-097 7 0.0517 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-098 7 0.0202 0.9390 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.4919 0.4401 0.000 0.000 0.004 0.000 0.568 0.068 0.000 0.000 0.224 0.136
#> dkfz_11-100 10 0.4221 0.4978 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-101 7 0.0630 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.976 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-102 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0541 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-104 7 0.2730 0.5602 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-105 4 0.3356 0.3633 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.372 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-106 2 0.1405 0.6749 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-107 7 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 7 0.0986 0.9005 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.0806 0.8989 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-110 7 0.0786 0.9201 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 7 0.0282 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 4 0.1741 0.8354 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.080 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-113 4 0.0202 0.9043 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0517 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.7843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0113 0.8905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0517 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-118 7 0.0673 0.9236 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 10 0.3805 0.5129 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-120 7 0.0517 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.8913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.0113 0.9392 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 7 0.0784 0.9115 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-124 1 0.2838 0.5753 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.0113 0.9392 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 4 0.1264 0.8788 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-127 7 0.0597 0.9358 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-128 4 0.0315 0.9049 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 4 0.2413 0.5899 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.0282 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.0000 0.9384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.0202 0.9049 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 4 0.0652 0.9014 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-134 4 0.0539 0.9020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-135 4 0.0806 0.8989 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.2857 0.5634 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.1523 0.8346 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.0869 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.1825 0.0000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.904 0.012 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0315 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 4 0.0539 0.9020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-142 7 0.1124 0.8857 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3450 0.8390 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.120 0.000 0.000 0.032 0.080
#> dkfz_11-144 3 0.3692 0.8194 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.032 0.120
#> dkfz_11-145 5 0.0981 0.7354 0.000 0.000 0.004 0.000 0.956 0.004 0.000 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-146 3 0.3358 0.8395 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.032 0.096
#> dkfz_11-147 3 0.1265 0.7995 0.000 0.000 0.928 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-148 5 0.2007 0.7182 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.000 0.032 0.088
#> dkfz_11-149 3 0.0707 0.8396 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 5 0.0780 0.7395 0.000 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.3008 -0.5224 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:mclust 134 1.52e-22 2.81e-09 2
#> ATC:mclust 116 2.91e-27 4.07e-23 3
#> ATC:mclust 127 2.70e-57 1.54e-27 4
#> ATC:mclust 113 7.78e-60 9.71e-26 5
#> ATC:mclust 117 2.54e-63 5.12e-26 6
#> ATC:mclust 129 1.47e-75 1.20e-41 7
#> ATC:mclust 128 5.69e-76 5.27e-42 8
#> ATC:mclust 119 2.69e-71 2.03e-38 9
#> ATC:mclust 116 1.41e-66 4.38e-36 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0