Date: 2019-12-26 18:30:18 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
First the variable is renamed to res_list.
res_list = rl
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 20 methods.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> Performed in total 45000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat1, max_k = 10, top_n = seq(min(2000,
#> round(nrow(data) * 0.1)), min(10000, round(nrow(data) * 0.5)), length.out = 5),
#> mc.cores = 4, anno = phenotype, anno_col = anno_col, scale_rows = FALSE)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 179031 136
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CV:hclust | 2 | 1.000 | 0.951 | 0.960 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.967 | 0.974 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.968 | 0.985 | ** | |
| ATC:kmeans | 4 | 0.991 | 0.965 | 0.985 | ** | 2 |
| SD:kmeans | 2 | 0.985 | 0.957 | 0.947 | ** | |
| SD:mclust | 3 | 0.964 | 0.936 | 0.971 | ** | 2 |
| SD:skmeans | 4 | 0.963 | 0.944 | 0.973 | ** | 2,3 |
| SD:pam | 4 | 0.962 | 0.944 | 0.978 | ** | 2,3 |
| ATC:pam | 6 | 0.946 | 0.932 | 0.969 | * | 2,4,5 |
| MAD:pam | 9 | 0.945 | 0.868 | 0.946 | * | 4,7 |
| ATC:skmeans | 4 | 0.941 | 0.923 | 0.946 | * | 2,3 |
| CV:pam | 3 | 0.931 | 0.930 | 0.966 | * | |
| CV:skmeans | 4 | 0.913 | 0.885 | 0.935 | * | 2,3 |
| MAD:skmeans | 6 | 0.911 | 0.859 | 0.923 | * | 2,3,4 |
| CV:kmeans | 3 | 0.911 | 0.898 | 0.946 | * | |
| MAD:mclust | 10 | 0.907 | 0.814 | 0.894 | * | 2 |
| MAD:hclust | 4 | 0.827 | 0.869 | 0.910 | ||
| CV:mclust | 3 | 0.825 | 0.903 | 0.943 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.692 | 0.805 | 0.917 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.495 | 0.851 | 0.902 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 2 1.000 0.955 0.979 0.502 0.496 0.496
#> CV:skmeans 2 0.969 0.946 0.979 0.502 0.498 0.498
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.973 0.989 0.503 0.497 0.497
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.994 0.997 0.443 0.559 0.559
#> SD:mclust 2 1.000 0.972 0.988 0.443 0.559 0.559
#> CV:mclust 2 0.530 0.857 0.914 0.417 0.559 0.559
#> MAD:mclust 2 1.000 0.997 0.999 0.437 0.564 0.564
#> ATC:mclust 2 1.000 0.968 0.985 0.494 0.509 0.509
#> SD:kmeans 2 0.985 0.957 0.947 0.453 0.528 0.528
#> CV:kmeans 2 0.475 0.717 0.812 0.352 0.758 0.758
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.967 0.974 0.487 0.505 0.505
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.985 0.994 0.466 0.532 0.532
#> SD:pam 2 0.910 0.940 0.975 0.504 0.496 0.496
#> CV:pam 2 0.401 0.730 0.852 0.342 0.758 0.758
#> MAD:pam 2 0.828 0.930 0.969 0.503 0.496 0.496
#> ATC:pam 2 1.000 0.971 0.988 0.501 0.499 0.499
#> SD:hclust 2 0.495 0.851 0.902 0.428 0.532 0.532
#> CV:hclust 2 1.000 0.951 0.961 0.258 0.758 0.758
#> MAD:hclust 2 0.622 0.806 0.901 0.421 0.524 0.524
#> ATC:hclust 2 0.600 0.820 0.875 0.301 0.582 0.582
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 3 1.000 0.969 0.988 0.201 0.866 0.739
#> CV:skmeans 3 0.991 0.941 0.978 0.211 0.869 0.744
#> MAD:skmeans 3 1.000 0.973 0.989 0.196 0.885 0.772
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.976 0.991 0.283 0.780 0.636
#> SD:mclust 3 0.964 0.936 0.971 0.382 0.617 0.424
#> CV:mclust 3 0.825 0.903 0.943 0.483 0.641 0.449
#> MAD:mclust 3 0.747 0.832 0.904 0.365 0.631 0.439
#> ATC:mclust 3 0.843 0.886 0.949 0.181 0.868 0.752
#> SD:kmeans 3 0.795 0.864 0.888 0.340 0.838 0.700
#> CV:kmeans 3 0.911 0.898 0.946 0.714 0.629 0.510
#> MAD:kmeans 3 0.696 0.861 0.862 0.286 0.828 0.673
#> ATC:kmeans 3 0.674 0.637 0.731 0.329 0.826 0.697
#> SD:pam 3 0.993 0.949 0.974 0.215 0.872 0.747
#> CV:pam 3 0.931 0.930 0.966 0.761 0.639 0.524
#> MAD:pam 3 0.726 0.774 0.859 0.229 0.866 0.735
#> ATC:pam 3 0.711 0.834 0.862 0.217 0.905 0.812
#> SD:hclust 3 0.549 0.626 0.788 0.321 0.874 0.769
#> CV:hclust 3 0.505 0.813 0.820 0.998 0.635 0.518
#> MAD:hclust 3 0.667 0.854 0.884 0.401 0.847 0.719
#> ATC:hclust 3 0.692 0.805 0.917 0.672 0.852 0.757
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 4 0.963 0.944 0.973 0.114 0.904 0.767
#> CV:skmeans 4 0.913 0.885 0.935 0.129 0.930 0.823
#> MAD:skmeans 4 0.974 0.919 0.964 0.130 0.909 0.775
#> ATC:skmeans 4 0.941 0.923 0.946 0.253 0.761 0.493
#> SD:mclust 4 0.832 0.865 0.930 0.157 0.851 0.634
#> CV:mclust 4 0.759 0.852 0.881 0.141 0.868 0.672
#> MAD:mclust 4 0.674 0.763 0.841 0.197 0.714 0.391
#> ATC:mclust 4 0.682 0.763 0.835 0.146 0.919 0.811
#> SD:kmeans 4 0.785 0.868 0.885 0.157 0.871 0.688
#> CV:kmeans 4 0.718 0.759 0.804 0.155 0.880 0.708
#> MAD:kmeans 4 0.727 0.799 0.824 0.137 0.909 0.764
#> ATC:kmeans 4 0.991 0.965 0.985 0.155 0.748 0.484
#> SD:pam 4 0.962 0.944 0.978 0.145 0.913 0.775
#> CV:pam 4 0.779 0.862 0.925 0.181 0.893 0.731
#> MAD:pam 4 0.937 0.903 0.965 0.138 0.855 0.647
#> ATC:pam 4 0.948 0.906 0.967 0.159 0.867 0.683
#> SD:hclust 4 0.633 0.765 0.854 0.140 0.805 0.592
#> CV:hclust 4 0.413 0.712 0.777 0.185 0.937 0.850
#> MAD:hclust 4 0.827 0.869 0.910 0.184 0.884 0.721
#> ATC:hclust 4 0.614 0.666 0.820 0.311 0.744 0.507
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 5 0.810 0.816 0.903 0.0853 0.959 0.878
#> CV:skmeans 5 0.783 0.766 0.829 0.1318 0.854 0.570
#> MAD:skmeans 5 0.832 0.895 0.912 0.1350 0.874 0.613
#> ATC:skmeans 5 0.725 0.793 0.881 0.0282 0.981 0.932
#> SD:mclust 5 0.749 0.705 0.836 0.0868 0.933 0.772
#> CV:mclust 5 0.832 0.841 0.916 0.1241 0.904 0.674
#> MAD:mclust 5 0.803 0.721 0.881 0.0901 0.826 0.476
#> ATC:mclust 5 0.666 0.806 0.820 0.0861 0.702 0.359
#> SD:kmeans 5 0.802 0.813 0.822 0.0930 0.875 0.610
#> CV:kmeans 5 0.697 0.784 0.800 0.0954 0.860 0.576
#> MAD:kmeans 5 0.805 0.860 0.875 0.0975 0.892 0.648
#> ATC:kmeans 5 0.764 0.768 0.858 0.0795 0.848 0.536
#> SD:pam 5 0.869 0.864 0.922 0.0792 0.909 0.713
#> CV:pam 5 0.711 0.603 0.806 0.0936 0.926 0.749
#> MAD:pam 5 0.773 0.783 0.860 0.0800 0.895 0.669
#> ATC:pam 5 0.944 0.887 0.950 0.0170 0.960 0.874
#> SD:hclust 5 0.791 0.721 0.866 0.0748 0.992 0.977
#> CV:hclust 5 0.521 0.693 0.785 0.1189 0.923 0.799
#> MAD:hclust 5 0.731 0.824 0.868 0.0377 0.986 0.953
#> ATC:hclust 5 0.661 0.732 0.844 0.0490 0.932 0.795
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 6 0.820 0.841 0.891 0.0998 0.860 0.544
#> CV:skmeans 6 0.883 0.854 0.921 0.0530 0.921 0.654
#> MAD:skmeans 6 0.911 0.859 0.923 0.0491 0.958 0.807
#> ATC:skmeans 6 0.844 0.694 0.854 0.0343 0.976 0.909
#> SD:mclust 6 0.846 0.844 0.885 0.0372 0.960 0.837
#> CV:mclust 6 0.811 0.537 0.792 0.0402 0.972 0.873
#> MAD:mclust 6 0.825 0.795 0.885 0.0462 0.942 0.746
#> ATC:mclust 6 0.812 0.861 0.886 0.1092 0.863 0.547
#> SD:kmeans 6 0.797 0.832 0.856 0.0531 0.929 0.686
#> CV:kmeans 6 0.725 0.704 0.804 0.0576 0.962 0.819
#> MAD:kmeans 6 0.814 0.837 0.883 0.0475 0.926 0.668
#> ATC:kmeans 6 0.761 0.615 0.747 0.0468 0.925 0.691
#> SD:pam 6 0.779 0.662 0.843 0.0559 0.934 0.737
#> CV:pam 6 0.705 0.545 0.732 0.0355 0.912 0.681
#> MAD:pam 6 0.893 0.858 0.925 0.0752 0.911 0.646
#> ATC:pam 6 0.946 0.932 0.969 0.0862 0.914 0.714
#> SD:hclust 6 0.805 0.732 0.834 0.0372 0.958 0.870
#> CV:hclust 6 0.601 0.622 0.774 0.0810 0.882 0.636
#> MAD:hclust 6 0.753 0.781 0.797 0.0773 0.907 0.675
#> ATC:hclust 6 0.661 0.668 0.809 0.0280 0.988 0.959
get_stats(res_list, k = 7)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 7 0.887 0.800 0.892 0.0314 0.983 0.906
#> CV:skmeans 7 0.854 0.763 0.875 0.0242 0.993 0.957
#> MAD:skmeans 7 0.895 0.790 0.897 0.0216 0.977 0.878
#> ATC:skmeans 7 0.819 0.654 0.824 0.0196 0.951 0.814
#> SD:mclust 7 0.878 0.850 0.893 0.0551 0.873 0.483
#> CV:mclust 7 0.821 0.778 0.823 0.0254 0.888 0.521
#> MAD:mclust 7 0.862 0.788 0.884 0.0290 0.877 0.473
#> ATC:mclust 7 0.796 0.792 0.864 0.0337 0.986 0.930
#> SD:kmeans 7 0.816 0.797 0.863 0.0363 0.978 0.873
#> CV:kmeans 7 0.732 0.578 0.755 0.0320 0.942 0.714
#> MAD:kmeans 7 0.895 0.738 0.834 0.0298 0.979 0.879
#> ATC:kmeans 7 0.767 0.677 0.780 0.0294 0.912 0.616
#> SD:pam 7 0.875 0.839 0.925 0.0423 0.948 0.750
#> CV:pam 7 0.797 0.731 0.862 0.0432 0.873 0.510
#> MAD:pam 7 0.931 0.873 0.948 0.0207 0.973 0.856
#> ATC:pam 7 0.884 0.879 0.940 0.0287 0.984 0.929
#> SD:hclust 7 0.824 0.698 0.851 0.0272 0.994 0.981
#> CV:hclust 7 0.599 0.645 0.773 0.0231 0.975 0.889
#> MAD:hclust 7 0.762 0.782 0.786 0.0427 0.949 0.747
#> ATC:hclust 7 0.678 0.606 0.800 0.0330 0.981 0.935
get_stats(res_list, k = 8)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 8 0.875 0.759 0.869 0.0127 0.992 0.955
#> CV:skmeans 8 0.841 0.703 0.830 0.0160 0.968 0.817
#> MAD:skmeans 8 0.877 0.751 0.866 0.0137 0.987 0.923
#> ATC:skmeans 8 0.815 0.607 0.808 0.0203 0.983 0.927
#> SD:mclust 8 0.884 0.795 0.854 0.0198 0.979 0.864
#> CV:mclust 8 0.786 0.736 0.763 0.0142 0.980 0.873
#> MAD:mclust 8 0.849 0.699 0.791 0.0200 0.936 0.656
#> ATC:mclust 8 0.775 0.663 0.813 0.0183 0.964 0.811
#> SD:kmeans 8 0.865 0.746 0.842 0.0213 0.982 0.889
#> CV:kmeans 8 0.778 0.645 0.755 0.0272 0.949 0.711
#> MAD:kmeans 8 0.860 0.724 0.829 0.0198 0.969 0.814
#> ATC:kmeans 8 0.761 0.611 0.734 0.0239 0.972 0.852
#> SD:pam 8 0.856 0.727 0.870 0.0186 0.987 0.926
#> CV:pam 8 0.848 0.773 0.901 0.0272 0.956 0.736
#> MAD:pam 8 0.890 0.781 0.900 0.0213 0.984 0.906
#> ATC:pam 8 0.907 0.893 0.951 0.0023 0.996 0.979
#> SD:hclust 8 0.848 0.760 0.859 0.0412 0.952 0.833
#> CV:hclust 8 0.611 0.589 0.758 0.0289 0.995 0.974
#> MAD:hclust 8 0.800 0.752 0.772 0.0318 0.990 0.934
#> ATC:hclust 8 0.646 0.723 0.756 0.0367 0.906 0.674
get_stats(res_list, k = 9)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 9 0.864 0.764 0.846 0.01067 0.989 0.935
#> CV:skmeans 9 0.819 0.663 0.793 0.01219 0.984 0.893
#> MAD:skmeans 9 0.855 0.729 0.842 0.01097 0.976 0.866
#> ATC:skmeans 9 0.820 0.606 0.792 0.01276 0.979 0.906
#> SD:mclust 9 0.879 0.760 0.858 0.01079 0.982 0.867
#> CV:mclust 9 0.820 0.663 0.772 0.02148 0.955 0.713
#> MAD:mclust 9 0.881 0.743 0.845 0.01474 0.948 0.687
#> ATC:mclust 9 0.796 0.609 0.801 0.01294 0.956 0.755
#> SD:kmeans 9 0.856 0.684 0.804 0.01691 0.987 0.913
#> CV:kmeans 9 0.796 0.658 0.739 0.01799 0.954 0.701
#> MAD:kmeans 9 0.844 0.659 0.787 0.01714 0.974 0.828
#> ATC:kmeans 9 0.769 0.578 0.714 0.01795 0.946 0.697
#> SD:pam 9 0.863 0.721 0.872 0.01502 0.962 0.777
#> CV:pam 9 0.846 0.722 0.892 0.00395 0.998 0.986
#> MAD:pam 9 0.945 0.868 0.946 0.02263 0.969 0.801
#> ATC:pam 9 0.885 0.873 0.939 0.01684 0.986 0.929
#> SD:hclust 9 0.804 0.686 0.826 0.02116 0.985 0.938
#> CV:hclust 9 0.683 0.572 0.758 0.02286 0.973 0.870
#> MAD:hclust 9 0.886 0.762 0.815 0.01917 0.992 0.944
#> ATC:hclust 9 0.655 0.738 0.801 0.02137 0.989 0.946
get_stats(res_list, k = 10)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 10 0.838 0.703 0.832 0.00717 0.997 0.978
#> CV:skmeans 10 0.822 0.627 0.786 0.00866 0.981 0.872
#> MAD:skmeans 10 0.836 0.671 0.824 0.00831 0.981 0.884
#> ATC:skmeans 10 0.798 0.611 0.786 0.01182 0.977 0.892
#> SD:mclust 10 0.883 0.672 0.842 0.00835 0.972 0.797
#> CV:mclust 10 0.837 0.729 0.824 0.01516 0.961 0.697
#> MAD:mclust 10 0.907 0.814 0.894 0.01712 0.953 0.676
#> ATC:mclust 10 0.802 0.612 0.791 0.01079 0.976 0.849
#> SD:kmeans 10 0.851 0.654 0.760 0.01406 0.959 0.729
#> CV:kmeans 10 0.810 0.614 0.698 0.01589 0.981 0.849
#> MAD:kmeans 10 0.845 0.603 0.781 0.01258 0.978 0.843
#> ATC:kmeans 10 0.783 0.574 0.699 0.01411 0.970 0.787
#> SD:pam 10 0.870 0.738 0.875 0.00670 0.991 0.939
#> CV:pam 10 0.844 0.722 0.894 0.00230 0.998 0.987
#> MAD:pam 10 0.944 0.847 0.944 0.00255 0.998 0.987
#> ATC:pam 10 0.860 0.795 0.899 0.01504 1.000 0.998
#> SD:hclust 10 0.798 0.700 0.802 0.02203 0.993 0.971
#> CV:hclust 10 0.685 0.572 0.756 0.01465 0.979 0.886
#> MAD:hclust 10 0.907 0.778 0.858 0.01133 0.996 0.972
#> ATC:hclust 10 0.671 0.693 0.814 0.02004 0.991 0.952
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
collect_stats(res_list, k = 7)
collect_stats(res_list, k = 8)
collect_stats(res_list, k = 9)
collect_stats(res_list, k = 10)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
collect_classes(res_list, k = 7)
collect_classes(res_list, k = 8)
collect_classes(res_list, k = 9)
collect_classes(res_list, k = 10)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 6000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 8000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 10000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 134 2.40e-21 5.41e-08 2
#> CV:skmeans 131 1.76e-22 8.23e-09 2
#> MAD:skmeans 135 1.59e-21 5.29e-08 2
#> ATC:skmeans 136 6.10e-15 1.06e-03 2
#> SD:mclust 134 3.65e-20 3.91e-11 2
#> CV:mclust 135 1.69e-19 5.78e-11 2
#> MAD:mclust 136 8.18e-20 2.73e-11 2
#> ATC:mclust 135 1.27e-19 3.13e-05 2
#> SD:kmeans 134 1.50e-17 6.84e-05 2
#> CV:kmeans 135 2.07e-27 2.92e-28 2
#> MAD:kmeans 134 6.00e-17 2.39e-04 2
#> ATC:kmeans 134 4.50e-15 7.18e-04 2
#> SD:pam 133 9.18e-21 2.72e-05 2
#> CV:pam 136 1.27e-27 1.53e-28 2
#> MAD:pam 133 1.55e-14 4.85e-05 2
#> ATC:pam 134 3.56e-16 2.44e-05 2
#> SD:hclust 129 7.80e-17 1.17e-04 2
#> CV:hclust 134 3.37e-27 4.69e-28 2
#> MAD:hclust 127 4.55e-20 1.48e-05 2
#> ATC:hclust 133 5.07e-14 2.97e-03 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 134 3.62e-45 1.77e-09 3
#> CV:skmeans 130 8.11e-46 1.35e-09 3
#> MAD:skmeans 135 9.10e-44 1.54e-08 3
#> ATC:skmeans 135 6.23e-32 1.01e-03 3
#> SD:mclust 132 2.07e-46 1.98e-31 3
#> CV:mclust 132 3.32e-47 4.63e-31 3
#> MAD:mclust 134 1.60e-44 1.80e-29 3
#> ATC:mclust 130 8.57e-36 2.51e-04 3
#> SD:kmeans 131 1.88e-42 2.56e-27 3
#> CV:kmeans 128 6.93e-44 1.73e-28 3
#> MAD:kmeans 134 2.36e-38 1.01e-22 3
#> ATC:kmeans 124 1.49e-23 4.64e-03 3
#> SD:pam 134 3.03e-47 6.75e-31 3
#> CV:pam 134 5.71e-45 1.64e-32 3
#> MAD:pam 123 1.28e-32 1.33e-06 3
#> ATC:pam 134 3.29e-23 1.94e-04 3
#> SD:hclust 106 2.72e-31 2.41e-04 3
#> CV:hclust 127 3.15e-45 7.31e-29 3
#> MAD:hclust 132 8.13e-31 3.27e-05 3
#> ATC:hclust 130 4.07e-21 5.84e-03 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 135 1.40e-59 7.16e-21 4
#> CV:skmeans 126 9.90e-65 2.05e-25 4
#> MAD:skmeans 131 5.37e-58 3.15e-19 4
#> ATC:skmeans 134 5.67e-30 2.32e-03 4
#> SD:mclust 130 2.70e-53 3.81e-29 4
#> CV:mclust 128 9.84e-59 1.30e-28 4
#> MAD:mclust 131 3.50e-44 1.94e-24 4
#> ATC:mclust 126 6.13e-37 1.70e-04 4
#> SD:kmeans 131 2.62e-62 6.20e-28 4
#> CV:kmeans 122 1.93e-66 3.13e-26 4
#> MAD:kmeans 128 9.93e-54 4.26e-24 4
#> ATC:kmeans 136 3.73e-20 1.33e-02 4
#> SD:pam 133 6.56e-63 2.33e-29 4
#> CV:pam 131 1.44e-61 2.01e-30 4
#> MAD:pam 130 5.55e-55 9.52e-28 4
#> ATC:pam 127 2.31e-23 7.47e-07 4
#> SD:hclust 119 7.56e-61 6.08e-27 4
#> CV:hclust 117 6.07e-41 2.19e-28 4
#> MAD:hclust 133 1.08e-53 5.70e-27 4
#> ATC:hclust 100 4.69e-15 4.97e-02 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 124 1.36e-70 1.89e-23 5
#> CV:skmeans 119 1.37e-65 2.10e-29 5
#> MAD:skmeans 131 2.05e-61 3.75e-23 5
#> ATC:skmeans 122 1.39e-31 6.91e-03 5
#> SD:mclust 116 4.98e-53 2.21e-25 5
#> CV:mclust 129 5.48e-63 4.21e-35 5
#> MAD:mclust 108 1.05e-45 2.31e-23 5
#> ATC:mclust 131 3.93e-27 9.05e-04 5
#> SD:kmeans 127 3.87e-64 2.95e-29 5
#> CV:kmeans 124 4.83e-68 9.83e-29 5
#> MAD:kmeans 127 7.22e-57 1.66e-27 5
#> ATC:kmeans 124 2.67e-19 1.33e-05 5
#> SD:pam 126 9.30e-65 4.79e-29 5
#> CV:pam 100 2.63e-61 4.89e-33 5
#> MAD:pam 125 8.99e-51 2.23e-28 5
#> ATC:pam 128 1.49e-21 2.20e-06 5
#> SD:hclust 112 8.79e-56 1.41e-25 5
#> CV:hclust 117 1.84e-62 5.12e-27 5
#> MAD:hclust 130 1.30e-59 3.93e-25 5
#> ATC:hclust 124 5.70e-17 1.91e-02 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 120 5.17e-77 5.95e-27 6
#> CV:skmeans 129 4.87e-93 1.47e-32 6
#> MAD:skmeans 127 4.41e-75 5.71e-28 6
#> ATC:skmeans 106 2.69e-29 3.05e-03 6
#> SD:mclust 133 2.22e-62 9.17e-28 6
#> CV:mclust 91 9.66e-39 1.21e-16 6
#> MAD:mclust 122 3.60e-58 1.40e-26 6
#> ATC:mclust 130 3.38e-32 8.30e-08 6
#> SD:kmeans 126 1.82e-77 1.03e-29 6
#> CV:kmeans 110 3.16e-72 2.43e-25 6
#> MAD:kmeans 125 1.25e-61 1.88e-26 6
#> ATC:kmeans 108 4.20e-19 2.00e-04 6
#> SD:pam 100 6.99e-48 2.47e-25 6
#> CV:pam 97 9.34e-56 1.67e-26 6
#> MAD:pam 129 3.87e-49 2.48e-25 6
#> ATC:pam 135 8.00e-22 1.57e-05 6
#> SD:hclust 115 4.94e-68 1.77e-24 6
#> CV:hclust 102 6.40e-58 1.85e-29 6
#> MAD:hclust 128 1.28e-58 4.54e-28 6
#> ATC:hclust 114 4.39e-14 8.88e-02 6
test_to_known_factors(res_list, k = 7)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 117 1.74e-72 4.74e-26 7
#> CV:skmeans 116 7.58e-86 1.02e-29 7
#> MAD:skmeans 117 6.25e-66 1.08e-25 7
#> ATC:skmeans 100 4.21e-32 5.64e-05 7
#> SD:mclust 133 2.07e-65 3.82e-31 7
#> CV:mclust 121 4.07e-68 8.31e-39 7
#> MAD:mclust 118 2.03e-56 2.66e-25 7
#> ATC:mclust 126 3.60e-33 7.03e-08 7
#> SD:kmeans 122 7.48e-78 8.30e-28 7
#> CV:kmeans 94 7.34e-65 5.88e-19 7
#> MAD:kmeans 109 2.37e-62 2.38e-25 7
#> ATC:kmeans 108 1.22e-22 7.00e-08 7
#> SD:pam 127 7.23e-58 6.10e-30 7
#> CV:pam 113 1.69e-61 2.99e-28 7
#> MAD:pam 130 2.06e-51 8.05e-30 7
#> ATC:pam 135 1.07e-21 4.26e-05 7
#> SD:hclust 113 7.53e-62 1.11e-23 7
#> CV:hclust 106 1.00e-57 2.13e-29 7
#> MAD:hclust 127 1.79e-71 1.73e-26 7
#> ATC:hclust 100 1.78e-17 5.35e-03 7
test_to_known_factors(res_list, k = 8)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 115 4.72e-71 1.81e-25 8
#> CV:skmeans 108 1.32e-78 1.71e-28 8
#> MAD:skmeans 117 6.15e-73 1.39e-26 8
#> ATC:skmeans 93 6.36e-21 2.03e-04 8
#> SD:mclust 123 9.84e-61 5.87e-27 8
#> CV:mclust 122 5.36e-65 1.08e-37 8
#> MAD:mclust 118 1.37e-52 5.88e-26 8
#> ATC:mclust 100 2.03e-27 1.56e-05 8
#> SD:kmeans 119 2.03e-76 4.14e-27 8
#> CV:kmeans 105 3.47e-83 1.65e-31 8
#> MAD:kmeans 106 2.38e-71 1.37e-24 8
#> ATC:kmeans 105 2.22e-22 4.48e-08 8
#> SD:pam 117 7.47e-54 7.46e-30 8
#> CV:pam 119 6.34e-65 7.42e-31 8
#> MAD:pam 117 9.81e-49 2.91e-28 8
#> ATC:pam 134 2.24e-22 1.60e-05 8
#> SD:hclust 120 1.19e-58 2.26e-23 8
#> CV:hclust 106 2.70e-58 4.39e-29 8
#> MAD:hclust 114 3.38e-59 5.57e-23 8
#> ATC:hclust 119 1.88e-16 7.85e-04 8
test_to_known_factors(res_list, k = 9)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 117 2.67e-79 3.97e-26 9
#> CV:skmeans 104 6.78e-79 6.90e-29 9
#> MAD:skmeans 116 2.50e-74 2.58e-26 9
#> ATC:skmeans 99 9.87e-30 2.71e-04 9
#> SD:mclust 116 3.73e-59 7.96e-25 9
#> CV:mclust 101 5.77e-56 1.51e-29 9
#> MAD:mclust 120 3.81e-52 1.48e-21 9
#> ATC:mclust 102 9.44e-30 1.68e-04 9
#> SD:kmeans 104 2.16e-67 2.44e-24 9
#> CV:kmeans 113 8.75e-85 2.47e-33 9
#> MAD:kmeans 105 3.36e-68 3.31e-22 9
#> ATC:kmeans 98 1.95e-19 2.66e-05 9
#> SD:pam 120 8.83e-55 4.53e-30 9
#> CV:pam 116 7.37e-62 2.43e-32 9
#> MAD:pam 130 3.75e-54 1.49e-30 9
#> ATC:pam 133 8.90e-23 1.16e-06 9
#> SD:hclust 110 6.64e-50 3.44e-21 9
#> CV:hclust 93 3.00e-56 1.91e-21 9
#> MAD:hclust 121 1.71e-67 2.48e-24 9
#> ATC:hclust 120 1.89e-17 5.82e-04 9
test_to_known_factors(res_list, k = 10)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 106 1.50e-65 4.12e-23 10
#> CV:skmeans 99 2.72e-76 2.06e-29 10
#> MAD:skmeans 104 3.67e-68 9.34e-23 10
#> ATC:skmeans 95 8.38e-29 9.67e-06 10
#> SD:mclust 102 1.55e-46 3.10e-20 10
#> CV:mclust 118 1.14e-57 3.73e-34 10
#> MAD:mclust 126 5.14e-57 1.76e-22 10
#> ATC:mclust 95 1.02e-31 1.75e-03 10
#> SD:kmeans 104 2.72e-68 3.94e-27 10
#> CV:kmeans 103 2.60e-68 4.61e-30 10
#> MAD:kmeans 106 3.13e-68 3.02e-27 10
#> ATC:kmeans 100 8.69e-22 1.62e-07 10
#> SD:pam 114 2.15e-48 5.10e-27 10
#> CV:pam 115 1.30e-61 5.42e-32 10
#> MAD:pam 124 4.99e-55 1.18e-30 10
#> ATC:pam 132 9.11e-24 1.28e-07 10
#> SD:hclust 114 3.74e-60 8.71e-22 10
#> CV:hclust 90 3.48e-44 2.46e-22 10
#> MAD:hclust 130 1.68e-68 1.13e-24 10
#> ATC:hclust 114 4.46e-18 3.95e-03 10
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.495 0.851 0.902 0.4276 0.532 0.532
#> 3 3 0.549 0.626 0.788 0.3213 0.874 0.769
#> 4 4 0.633 0.765 0.854 0.1398 0.805 0.592
#> 5 5 0.791 0.721 0.866 0.0748 0.992 0.977
#> 6 6 0.805 0.732 0.834 0.0372 0.958 0.870
#> 7 7 0.824 0.698 0.851 0.0272 0.994 0.981
#> 8 8 0.848 0.760 0.859 0.0412 0.952 0.833
#> 9 9 0.804 0.686 0.826 0.0212 0.985 0.938
#> 10 10 0.798 0.700 0.802 0.0220 0.993 0.971
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.3733 0.859 0.072 0.928
#> dkfz_11-002 2 0.4161 0.866 0.084 0.916
#> dkfz_11-003 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.7674 0.641 0.776 0.224
#> dkfz_11-006 2 0.7453 0.876 0.212 0.788
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.7528 0.656 0.784 0.216
#> dkfz_11-009 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.8763 0.795 0.296 0.704
#> dkfz_11-012 1 0.7815 0.625 0.768 0.232
#> dkfz_11-013 2 0.7376 0.878 0.208 0.792
#> dkfz_11-014 1 0.9552 0.227 0.624 0.376
#> dkfz_11-015 2 0.6438 0.883 0.164 0.836
#> dkfz_11-016 2 0.8327 0.835 0.264 0.736
#> dkfz_11-017 2 0.2778 0.850 0.048 0.952
#> dkfz_11-018 2 0.2778 0.850 0.048 0.952
#> dkfz_11-019 2 0.7376 0.878 0.208 0.792
#> dkfz_11-020 2 0.2778 0.850 0.048 0.952
#> dkfz_11-021 1 0.2778 0.904 0.952 0.048
#> dkfz_11-022 2 0.7950 0.838 0.240 0.760
#> dkfz_11-023 2 0.9795 0.571 0.416 0.584
#> dkfz_11-024 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-025 1 0.9491 0.292 0.632 0.368
#> dkfz_11-026 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> dkfz_11-029 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> dkfz_11-030 2 0.2778 0.850 0.048 0.952
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.2778 0.850 0.048 0.952
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.6887 0.881 0.184 0.816
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-037 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.9044 0.499 0.680 0.320
#> dkfz_11-040 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.6148 0.880 0.152 0.848
#> dkfz_11-045 1 0.9460 0.272 0.636 0.364
#> dkfz_11-046 2 0.8661 0.703 0.288 0.712
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.7528 0.656 0.784 0.216
#> dkfz_11-049 1 0.9000 0.508 0.684 0.316
#> dkfz_11-050 2 0.8016 0.855 0.244 0.756
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-053 2 0.9460 0.670 0.364 0.636
#> dkfz_11-054 2 0.6531 0.883 0.168 0.832
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.9044 0.499 0.680 0.320
#> dkfz_11-057 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-058 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.9044 0.499 0.680 0.320
#> dkfz_11-061 2 0.7528 0.873 0.216 0.784
#> dkfz_11-062 2 0.8016 0.853 0.244 0.756
#> dkfz_11-063 2 0.8327 0.835 0.264 0.736
#> dkfz_11-064 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.3733 0.859 0.072 0.928
#> dkfz_11-067 2 0.2423 0.845 0.040 0.960
#> dkfz_11-068 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.7056 0.873 0.192 0.808
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.7528 0.659 0.784 0.216
#> dkfz_11-073 1 0.7453 0.663 0.788 0.212
#> dkfz_11-074 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-075 2 0.7376 0.877 0.208 0.792
#> dkfz_11-091 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-094 1 0.9552 0.227 0.624 0.376
#> dkfz_11-095 1 0.0672 0.926 0.992 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2043 0.906 0.968 0.032
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6048 0.880 0.148 0.852
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.8955 0.774 0.312 0.688
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.8955 0.774 0.312 0.688
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-117 2 0.8016 0.834 0.244 0.756
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1184 0.920 0.984 0.016
#> dkfz_11-121 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2423 0.906 0.960 0.040
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0938 0.923 0.988 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0672 0.926 0.992 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-137 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> dkfz_11-140 2 0.8955 0.774 0.312 0.688
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.5178 0.872 0.116 0.884
#> dkfz_11-144 2 0.3431 0.855 0.064 0.936
#> dkfz_11-145 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-146 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> dkfz_11-147 2 0.2778 0.850 0.048 0.952
#> dkfz_11-148 2 0.7299 0.880 0.204 0.796
#> dkfz_11-149 2 0.4431 0.864 0.092 0.908
#> dkfz_11-150 2 0.7376 0.878 0.208 0.792
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.3683 0.6969 0.060 0.044 0.896
#> dkfz_11-002 3 0.6140 -0.0765 0.000 0.404 0.596
#> dkfz_11-003 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.6357 0.4307 0.684 0.296 0.020
#> dkfz_11-006 2 0.7784 0.5543 0.056 0.556 0.388
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.6082 0.4476 0.692 0.296 0.012
#> dkfz_11-009 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.9304 0.5182 0.192 0.508 0.300
#> dkfz_11-012 1 0.6677 0.3697 0.652 0.324 0.024
#> dkfz_11-013 2 0.7820 0.5519 0.056 0.544 0.400
#> dkfz_11-014 1 0.8710 -0.1108 0.508 0.380 0.112
#> dkfz_11-015 2 0.7159 0.4391 0.024 0.528 0.448
#> dkfz_11-016 2 0.8957 0.5513 0.152 0.536 0.312
#> dkfz_11-017 3 0.1877 0.7393 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-018 3 0.1877 0.7393 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-019 2 0.7820 0.5519 0.056 0.544 0.400
#> dkfz_11-020 3 0.1877 0.7393 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-021 1 0.6299 0.4245 0.524 0.476 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.9558 -0.2472 0.200 0.356 0.444
#> dkfz_11-023 2 0.9531 0.4002 0.308 0.476 0.216
#> dkfz_11-024 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-025 2 0.7029 0.2094 0.440 0.540 0.020
#> dkfz_11-026 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1031 0.7072 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-029 3 0.1163 0.7151 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-030 3 0.1877 0.7393 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2031 0.7378 0.016 0.032 0.952
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.8404 0.3994 0.084 0.464 0.452
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-037 1 0.1267 0.8484 0.972 0.024 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.5315 0.1965 0.216 0.772 0.012
#> dkfz_11-040 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1163 0.8515 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.1129 0.8516 0.976 0.020 0.004
#> dkfz_11-044 3 0.8561 -0.2184 0.104 0.368 0.528
#> dkfz_11-045 1 0.8688 -0.0712 0.516 0.372 0.112
#> dkfz_11-046 2 0.5859 0.0727 0.000 0.656 0.344
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.6082 0.4476 0.692 0.296 0.012
#> dkfz_11-049 2 0.5202 0.1949 0.220 0.772 0.008
#> dkfz_11-050 2 0.8857 0.5505 0.132 0.524 0.344
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.9907 0.3490 0.268 0.376 0.356
#> dkfz_11-054 2 0.7152 0.4441 0.024 0.532 0.444
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.5315 0.1965 0.216 0.772 0.012
#> dkfz_11-057 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.6168 0.5192 0.588 0.412 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.5315 0.1965 0.216 0.772 0.012
#> dkfz_11-061 2 0.8830 0.4770 0.116 0.468 0.416
#> dkfz_11-062 2 0.8737 0.5561 0.124 0.536 0.340
#> dkfz_11-063 2 0.8957 0.5513 0.152 0.536 0.312
#> dkfz_11-064 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-065 1 0.1163 0.8515 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3356 0.7052 0.056 0.036 0.908
#> dkfz_11-067 3 0.1482 0.7310 0.012 0.020 0.968
#> dkfz_11-068 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.9065 0.4170 0.136 0.448 0.416
#> dkfz_11-071 1 0.0237 0.8628 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.6526 0.5957 0.760 0.112 0.128
#> dkfz_11-073 1 0.6051 0.4560 0.696 0.292 0.012
#> dkfz_11-074 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.8786 0.4639 0.112 0.464 0.424
#> dkfz_11-091 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.8710 -0.1108 0.508 0.380 0.112
#> dkfz_11-095 1 0.0475 0.8605 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1774 0.8389 0.960 0.016 0.024
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.8442 -0.1594 0.100 0.352 0.548
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0237 0.8626 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.9369 0.5023 0.212 0.508 0.280
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.9369 0.5023 0.212 0.508 0.280
#> dkfz_11-115 1 0.1163 0.8515 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.9587 -0.2529 0.204 0.356 0.440
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0983 0.8526 0.980 0.016 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.6252 0.4756 0.556 0.444 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1163 0.8515 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1015 0.8540 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0237 0.8631 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0475 0.8605 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0237 0.8626 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.6126 0.5339 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1411 0.7085 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-140 2 0.9369 0.5023 0.212 0.508 0.280
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.7447 0.2518 0.068 0.280 0.652
#> dkfz_11-144 3 0.2703 0.7094 0.056 0.016 0.928
#> dkfz_11-145 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-146 3 0.1031 0.7072 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-147 3 0.1877 0.7393 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-148 2 0.7747 0.5485 0.052 0.544 0.404
#> dkfz_11-149 3 0.5010 0.6467 0.076 0.084 0.840
#> dkfz_11-150 2 0.7820 0.5519 0.056 0.544 0.400
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.8648 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.1994 0.849 0.004 0.052 0.008 0.936
#> dkfz_11-002 2 0.4800 0.559 0.000 0.760 0.044 0.196
#> dkfz_11-003 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.5556 0.356 0.620 0.356 0.012 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0921 0.734 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.5523 0.375 0.628 0.348 0.012 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5811 0.699 0.108 0.756 0.040 0.096
#> dkfz_11-012 1 0.5979 0.282 0.588 0.372 0.032 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.1109 0.734 0.000 0.968 0.004 0.028
#> dkfz_11-014 2 0.6060 0.254 0.428 0.536 0.024 0.012
#> dkfz_11-015 2 0.2281 0.704 0.000 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-016 2 0.5034 0.717 0.060 0.800 0.032 0.108
#> dkfz_11-017 4 0.1716 0.873 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-018 4 0.1716 0.873 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-019 2 0.1109 0.734 0.000 0.968 0.004 0.028
#> dkfz_11-020 4 0.1716 0.873 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-021 3 0.5297 0.810 0.292 0.032 0.676 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.8549 0.479 0.124 0.524 0.112 0.240
#> dkfz_11-023 2 0.6629 0.566 0.240 0.652 0.024 0.084
#> dkfz_11-024 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-025 1 0.8434 -0.275 0.360 0.340 0.280 0.020
#> dkfz_11-026 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.4171 0.827 0.000 0.116 0.060 0.824
#> dkfz_11-029 4 0.3616 0.840 0.000 0.112 0.036 0.852
#> dkfz_11-030 4 0.1716 0.873 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1902 0.872 0.004 0.064 0.000 0.932
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.6876 -0.117 0.020 0.460 0.056 0.464
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-037 1 0.1639 0.887 0.952 0.036 0.004 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.6205 0.545 0.104 0.136 0.724 0.036
#> dkfz_11-040 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1174 0.904 0.968 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.1356 0.895 0.960 0.032 0.000 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.6780 0.526 0.012 0.624 0.112 0.252
#> dkfz_11-045 2 0.6159 0.222 0.436 0.524 0.028 0.012
#> dkfz_11-046 3 0.7412 -0.239 0.000 0.200 0.504 0.296
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.5523 0.375 0.628 0.348 0.012 0.012
#> dkfz_11-049 3 0.6117 0.547 0.104 0.136 0.728 0.032
#> dkfz_11-050 2 0.4689 0.717 0.040 0.816 0.032 0.112
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.8589 0.194 0.196 0.404 0.044 0.356
#> dkfz_11-054 2 0.2216 0.705 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.6205 0.545 0.104 0.136 0.724 0.036
#> dkfz_11-057 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.4800 0.842 0.340 0.004 0.656 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.6205 0.545 0.104 0.136 0.724 0.036
#> dkfz_11-061 2 0.5824 0.663 0.016 0.736 0.108 0.140
#> dkfz_11-062 2 0.4295 0.716 0.028 0.836 0.032 0.104
#> dkfz_11-063 2 0.5034 0.717 0.060 0.800 0.032 0.108
#> dkfz_11-064 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-065 1 0.1174 0.904 0.968 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1847 0.853 0.004 0.052 0.004 0.940
#> dkfz_11-067 4 0.3333 0.859 0.004 0.088 0.032 0.876
#> dkfz_11-068 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5898 0.677 0.080 0.736 0.028 0.156
#> dkfz_11-071 1 0.0188 0.926 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.5991 0.498 0.712 0.132 0.008 0.148
#> dkfz_11-073 1 0.5506 0.382 0.632 0.344 0.012 0.012
#> dkfz_11-074 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5918 0.657 0.016 0.728 0.108 0.148
#> dkfz_11-091 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.6060 0.254 0.428 0.536 0.024 0.012
#> dkfz_11-095 1 0.0524 0.920 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1733 0.880 0.948 0.024 0.000 0.028
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6928 0.498 0.012 0.604 0.116 0.268
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.6176 0.680 0.136 0.728 0.040 0.096
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.6176 0.680 0.136 0.728 0.040 0.096
#> dkfz_11-115 1 0.1174 0.904 0.968 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.8525 0.493 0.136 0.536 0.112 0.216
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0927 0.909 0.976 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.5047 0.831 0.316 0.016 0.668 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.1174 0.904 0.968 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0937 0.910 0.976 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0336 0.922 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0524 0.920 0.988 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.4661 0.844 0.348 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.6347 0.428 0.000 0.384 0.068 0.548
#> dkfz_11-140 2 0.6176 0.680 0.136 0.728 0.040 0.096
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.5864 0.639 0.004 0.068 0.248 0.680
#> dkfz_11-144 4 0.2287 0.858 0.004 0.060 0.012 0.924
#> dkfz_11-145 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-146 4 0.4245 0.824 0.000 0.116 0.064 0.820
#> dkfz_11-147 4 0.1716 0.873 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-148 2 0.1209 0.734 0.000 0.964 0.004 0.032
#> dkfz_11-149 4 0.3444 0.801 0.016 0.104 0.012 0.868
#> dkfz_11-150 2 0.1109 0.734 0.000 0.968 0.004 0.028
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.2127 0.6949 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-002 2 0.4269 0.4977 0.000 0.732 0.000 0.036 0.232
#> dkfz_11-003 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.5601 0.3028 0.584 0.352 0.028 0.000 0.036
#> dkfz_11-006 2 0.0912 0.6838 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.5575 0.3245 0.592 0.344 0.028 0.000 0.036
#> dkfz_11-009 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5601 0.6348 0.092 0.712 0.000 0.060 0.136
#> dkfz_11-012 1 0.6031 0.1962 0.544 0.368 0.056 0.000 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.0566 0.6847 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.6263 0.2505 0.392 0.512 0.028 0.004 0.064
#> dkfz_11-015 2 0.2974 0.6420 0.000 0.868 0.000 0.080 0.052
#> dkfz_11-016 2 0.4843 0.6563 0.036 0.760 0.000 0.064 0.140
#> dkfz_11-017 4 0.0880 0.7597 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0880 0.7597 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0566 0.6847 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.0880 0.7597 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.2131 0.7931 0.008 0.016 0.920 0.000 0.056
#> dkfz_11-022 2 0.7639 0.3770 0.108 0.476 0.000 0.148 0.268
#> dkfz_11-023 2 0.6284 0.4768 0.232 0.620 0.000 0.048 0.100
#> dkfz_11-024 2 0.0510 0.6853 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.8605 -0.3836 0.312 0.300 0.148 0.008 0.232
#> dkfz_11-026 2 0.0510 0.6853 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.5260 0.5448 0.000 0.064 0.000 0.604 0.332
#> dkfz_11-029 4 0.5029 0.5814 0.000 0.060 0.000 0.648 0.292
#> dkfz_11-030 4 0.0880 0.7597 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1485 0.7553 0.000 0.032 0.000 0.948 0.020
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.6902 -0.1209 0.008 0.388 0.000 0.376 0.228
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0510 0.6853 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1764 0.9002 0.940 0.036 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 3 0.5487 0.2204 0.000 0.072 0.600 0.004 0.324
#> dkfz_11-040 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1728 0.9000 0.940 0.020 0.036 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 1 0.1281 0.9119 0.956 0.032 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-044 2 0.6024 0.4308 0.000 0.556 0.000 0.148 0.296
#> dkfz_11-045 2 0.6407 0.2382 0.396 0.500 0.036 0.004 0.064
#> dkfz_11-046 5 0.7710 0.0000 0.000 0.104 0.212 0.204 0.480
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.5575 0.3245 0.592 0.344 0.028 0.000 0.036
#> dkfz_11-049 3 0.5472 0.2309 0.000 0.072 0.604 0.004 0.320
#> dkfz_11-050 2 0.4642 0.6578 0.028 0.772 0.000 0.064 0.136
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.8656 0.0127 0.176 0.344 0.012 0.288 0.180
#> dkfz_11-054 2 0.2843 0.6423 0.000 0.876 0.000 0.076 0.048
#> dkfz_11-055 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.5487 0.2204 0.000 0.072 0.600 0.004 0.324
#> dkfz_11-057 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0912 0.8505 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-059 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 3 0.5487 0.2204 0.000 0.072 0.600 0.004 0.324
#> dkfz_11-061 2 0.5234 0.5752 0.004 0.680 0.000 0.096 0.220
#> dkfz_11-062 2 0.4231 0.6553 0.012 0.792 0.000 0.064 0.132
#> dkfz_11-063 2 0.4843 0.6563 0.036 0.760 0.000 0.064 0.140
#> dkfz_11-064 2 0.0510 0.6853 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.1728 0.9000 0.940 0.020 0.036 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.1908 0.7056 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-067 4 0.3804 0.6965 0.000 0.044 0.000 0.796 0.160
#> dkfz_11-068 2 0.0510 0.6853 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5981 0.6100 0.064 0.672 0.000 0.088 0.176
#> dkfz_11-071 1 0.0162 0.9368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.5940 0.5929 0.700 0.112 0.004 0.092 0.092
#> dkfz_11-073 1 0.5561 0.3352 0.596 0.340 0.028 0.000 0.036
#> dkfz_11-074 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5316 0.5675 0.004 0.668 0.000 0.096 0.232
#> dkfz_11-091 2 0.0671 0.6841 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.6263 0.2505 0.392 0.512 0.028 0.004 0.064
#> dkfz_11-095 1 0.0566 0.9309 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-096 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.1883 0.8945 0.932 0.012 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6131 0.4052 0.000 0.536 0.000 0.156 0.308
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0451 0.9333 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.5776 0.6176 0.124 0.700 0.000 0.064 0.112
#> dkfz_11-104 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.5776 0.6176 0.124 0.700 0.000 0.064 0.112
#> dkfz_11-115 1 0.1728 0.9000 0.940 0.020 0.036 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.7651 0.3969 0.124 0.492 0.000 0.148 0.236
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0833 0.9253 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-121 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1329 0.8259 0.008 0.004 0.956 0.000 0.032
#> dkfz_11-125 1 0.1728 0.9000 0.940 0.020 0.036 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.1153 0.9204 0.964 0.008 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-128 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0404 0.9322 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0566 0.9319 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-132 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.0451 0.9340 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-134 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0510 0.8571 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 4 0.6715 0.1671 0.000 0.360 0.000 0.392 0.248
#> dkfz_11-140 2 0.5776 0.6176 0.124 0.700 0.000 0.064 0.112
#> dkfz_11-141 1 0.0162 0.9378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.4403 0.0392 0.000 0.000 0.004 0.560 0.436
#> dkfz_11-144 4 0.2411 0.7173 0.000 0.008 0.000 0.884 0.108
#> dkfz_11-145 2 0.0510 0.6853 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.5274 0.5409 0.000 0.064 0.000 0.600 0.336
#> dkfz_11-147 4 0.0880 0.7597 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0510 0.6853 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3730 0.6263 0.012 0.048 0.000 0.828 0.112
#> dkfz_11-150 2 0.0404 0.6850 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.3608 0.7444 0.128 0.004 0.000 0.800 0.000 0.068
#> dkfz_11-002 2 0.4940 0.4723 0.144 0.704 0.000 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-003 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.6445 0.0235 0.044 0.328 0.024 0.000 0.512 0.092
#> dkfz_11-006 2 0.1341 0.7275 0.028 0.948 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.6479 0.0396 0.048 0.320 0.024 0.000 0.516 0.092
#> dkfz_11-009 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5369 0.6679 0.024 0.332 0.000 0.008 0.052 0.584
#> dkfz_11-012 5 0.6719 -0.0249 0.040 0.324 0.056 0.000 0.500 0.080
#> dkfz_11-013 2 0.0993 0.7319 0.024 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-014 2 0.6962 -0.0651 0.044 0.440 0.024 0.000 0.332 0.160
#> dkfz_11-015 2 0.3710 0.6091 0.064 0.788 0.000 0.004 0.000 0.144
#> dkfz_11-016 6 0.4682 0.6854 0.008 0.356 0.000 0.008 0.024 0.604
#> dkfz_11-017 4 0.1682 0.7953 0.000 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> dkfz_11-018 4 0.1682 0.7953 0.000 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> dkfz_11-019 2 0.0993 0.7319 0.024 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-020 4 0.1682 0.7953 0.000 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> dkfz_11-021 3 0.1644 0.8258 0.076 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 6 0.6535 0.5675 0.076 0.168 0.000 0.044 0.104 0.608
#> dkfz_11-023 6 0.6040 0.4406 0.008 0.296 0.000 0.000 0.216 0.480
#> dkfz_11-024 2 0.0146 0.7418 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.8754 0.0506 0.264 0.216 0.136 0.000 0.252 0.132
#> dkfz_11-026 2 0.0146 0.7418 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.5291 0.6076 0.244 0.032 0.000 0.640 0.000 0.084
#> dkfz_11-029 4 0.5218 0.6438 0.216 0.032 0.000 0.660 0.000 0.092
#> dkfz_11-030 4 0.1682 0.7953 0.000 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2156 0.7921 0.020 0.020 0.000 0.912 0.000 0.048
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.7633 0.1868 0.216 0.192 0.000 0.280 0.000 0.312
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0146 0.7418 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2189 0.8675 0.016 0.020 0.008 0.000 0.916 0.040
#> dkfz_11-038 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-039 3 0.4018 0.4485 0.412 0.000 0.580 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-040 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2280 0.8639 0.016 0.008 0.036 0.000 0.912 0.028
#> dkfz_11-043 5 0.1616 0.8907 0.012 0.020 0.000 0.000 0.940 0.028
#> dkfz_11-044 6 0.5448 0.6189 0.088 0.220 0.000 0.048 0.000 0.644
#> dkfz_11-045 2 0.7045 -0.0756 0.044 0.436 0.032 0.000 0.336 0.152
#> dkfz_11-046 1 0.6568 -0.0462 0.540 0.000 0.196 0.096 0.000 0.168
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.6479 0.0396 0.048 0.320 0.024 0.000 0.516 0.092
#> dkfz_11-049 3 0.4010 0.4550 0.408 0.000 0.584 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 6 0.4506 0.6759 0.016 0.352 0.000 0.004 0.012 0.616
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.8977 0.1564 0.156 0.164 0.008 0.200 0.168 0.304
#> dkfz_11-054 2 0.3532 0.6176 0.064 0.796 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-055 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-056 3 0.4018 0.4485 0.412 0.000 0.580 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-057 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0508 0.8708 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-060 3 0.4018 0.4485 0.412 0.000 0.580 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.4468 0.6777 0.048 0.288 0.000 0.004 0.000 0.660
#> dkfz_11-062 6 0.4138 0.6605 0.012 0.368 0.000 0.004 0.000 0.616
#> dkfz_11-063 6 0.4682 0.6854 0.008 0.356 0.000 0.008 0.024 0.604
#> dkfz_11-064 2 0.0146 0.7418 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2280 0.8639 0.016 0.008 0.036 0.000 0.912 0.028
#> dkfz_11-066 4 0.3352 0.7536 0.120 0.004 0.000 0.820 0.000 0.056
#> dkfz_11-067 4 0.3900 0.7425 0.096 0.020 0.000 0.796 0.000 0.088
#> dkfz_11-068 2 0.0146 0.7418 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.6101 0.3124 0.088 0.424 0.000 0.016 0.024 0.448
#> dkfz_11-071 5 0.0653 0.9211 0.012 0.004 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-072 5 0.5653 0.5194 0.100 0.028 0.004 0.052 0.696 0.120
#> dkfz_11-073 5 0.6468 0.0526 0.048 0.316 0.024 0.000 0.520 0.092
#> dkfz_11-074 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4525 0.6756 0.056 0.276 0.000 0.004 0.000 0.664
#> dkfz_11-091 2 0.1138 0.7315 0.024 0.960 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.6962 -0.0651 0.044 0.440 0.024 0.000 0.332 0.160
#> dkfz_11-095 5 0.0547 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-096 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-097 5 0.1674 0.8804 0.000 0.004 0.000 0.004 0.924 0.068
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.5360 0.6020 0.084 0.204 0.000 0.052 0.000 0.660
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0458 0.9262 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-102 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-103 6 0.5407 0.6667 0.000 0.324 0.000 0.008 0.108 0.560
#> dkfz_11-104 5 0.0260 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0508 0.9232 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> dkfz_11-107 5 0.0260 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-108 5 0.0146 0.9304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-109 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0260 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-114 6 0.5407 0.6667 0.000 0.324 0.000 0.008 0.108 0.560
#> dkfz_11-115 5 0.2280 0.8639 0.016 0.008 0.036 0.000 0.912 0.028
#> dkfz_11-116 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.6685 0.5588 0.076 0.168 0.000 0.044 0.120 0.592
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0777 0.9180 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> dkfz_11-121 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0260 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-123 5 0.0146 0.9304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-124 3 0.1007 0.8500 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2187 0.8675 0.012 0.008 0.036 0.000 0.916 0.028
#> dkfz_11-126 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-127 5 0.1007 0.9098 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-128 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0767 0.9184 0.012 0.000 0.008 0.000 0.976 0.004
#> dkfz_11-131 5 0.0547 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-132 5 0.0260 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-133 5 0.0458 0.9272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-134 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-135 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-136 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0146 0.8760 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.0363 0.9290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-139 4 0.6862 0.2893 0.140 0.372 0.000 0.396 0.000 0.092
#> dkfz_11-140 6 0.5407 0.6667 0.000 0.324 0.000 0.008 0.108 0.560
#> dkfz_11-141 5 0.0260 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.5779 0.3163 0.392 0.000 0.000 0.432 0.000 0.176
#> dkfz_11-144 4 0.3495 0.7609 0.128 0.004 0.000 0.808 0.000 0.060
#> dkfz_11-145 2 0.0146 0.7418 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.5312 0.6046 0.248 0.032 0.000 0.636 0.000 0.084
#> dkfz_11-147 4 0.1682 0.7953 0.000 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> dkfz_11-148 2 0.0146 0.7418 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4595 0.6901 0.116 0.008 0.000 0.740 0.012 0.124
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.7398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.2326 0.3359 NA 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-002 2 0.4611 0.5147 NA 0.672 0.000 0.016 0.000 0.024 0.248
#> dkfz_11-003 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.7125 -0.1031 NA 0.248 0.028 0.000 0.400 0.112 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1758 0.7302 NA 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024 0.052
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.7130 -0.0957 NA 0.240 0.028 0.000 0.400 0.112 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3324 0.7041 NA 0.036 0.004 0.004 0.040 0.848 0.012
#> dkfz_11-012 5 0.6980 0.0464 NA 0.236 0.036 0.000 0.456 0.156 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1316 0.7343 NA 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-014 2 0.7282 0.1579 NA 0.356 0.032 0.000 0.288 0.200 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4289 0.6209 NA 0.744 0.000 0.000 0.000 0.080 0.052
#> dkfz_11-016 6 0.1563 0.7228 NA 0.004 0.000 0.008 0.012 0.940 0.004
#> dkfz_11-017 4 0.0134 0.5863 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0134 0.5863 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1316 0.7343 NA 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-020 4 0.0134 0.5863 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.3294 0.7837 NA 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.5408 0.6267 NA 0.000 0.000 0.036 0.088 0.664 0.052
#> dkfz_11-023 6 0.3637 0.5368 NA 0.004 0.000 0.000 0.208 0.748 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.1299 0.7669 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.7877 -0.1435 NA 0.164 0.364 0.000 0.188 0.140 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1299 0.7669 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.3534 0.3571 NA 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-029 4 0.3450 0.3908 NA 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-030 4 0.0134 0.5863 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0504 0.5697 NA 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.6122 -0.2388 NA 0.004 0.004 0.284 0.000 0.432 0.256
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1299 0.7669 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2351 0.8545 NA 0.000 0.012 0.000 0.888 0.044 0.000
#> dkfz_11-038 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0134 0.5614 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2230 0.8558 NA 0.000 0.012 0.000 0.892 0.024 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1827 0.8761 NA 0.000 0.000 0.000 0.912 0.032 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4277 0.6412 NA 0.004 0.000 0.040 0.000 0.740 0.060
#> dkfz_11-045 2 0.7304 0.1567 NA 0.352 0.032 0.000 0.292 0.192 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.4913 -0.0803 NA 0.000 0.604 0.036 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.7130 -0.0957 NA 0.240 0.028 0.000 0.400 0.112 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.5643 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1646 0.7193 NA 0.004 0.000 0.000 0.012 0.928 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.7625 0.0358 NA 0.004 0.012 0.200 0.160 0.400 0.192
#> dkfz_11-054 2 0.4195 0.6287 NA 0.752 0.000 0.000 0.000 0.072 0.052
#> dkfz_11-055 5 0.0479 0.9246 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0134 0.5614 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.3489 0.8144 NA 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0134 0.5614 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2313 0.6997 NA 0.000 0.008 0.000 0.000 0.868 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.1262 0.7107 NA 0.004 0.000 0.004 0.000 0.948 0.004
#> dkfz_11-063 6 0.1563 0.7228 NA 0.004 0.000 0.008 0.012 0.940 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.1299 0.7669 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2230 0.8558 NA 0.000 0.012 0.000 0.892 0.024 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2154 0.3828 NA 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-067 4 0.2855 0.4768 NA 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-068 2 0.1299 0.7669 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.6697 0.3946 NA 0.248 0.000 0.012 0.004 0.476 0.116
#> dkfz_11-071 5 0.0930 0.9079 NA 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.4992 0.5847 NA 0.004 0.004 0.032 0.696 0.128 0.128
#> dkfz_11-073 5 0.7119 -0.0832 NA 0.236 0.028 0.000 0.404 0.112 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2510 0.6972 NA 0.000 0.008 0.000 0.000 0.848 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.1449 0.7344 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.7282 0.1579 NA 0.356 0.032 0.000 0.288 0.200 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.0742 0.9200 NA 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000
#> dkfz_11-096 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.1877 0.8758 NA 0.000 0.000 0.004 0.908 0.072 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4712 0.6247 NA 0.012 0.000 0.044 0.000 0.716 0.084
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0660 0.9221 NA 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3030 0.7048 NA 0.028 0.004 0.004 0.100 0.848 0.004
#> dkfz_11-104 5 0.0479 0.9249 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0582 0.9166 NA 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.0479 0.9249 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.0373 0.9256 NA 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0239 0.9260 NA 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3030 0.7048 NA 0.028 0.004 0.004 0.100 0.848 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.2230 0.8558 NA 0.000 0.012 0.000 0.892 0.024 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5720 0.6236 NA 0.004 0.000 0.036 0.104 0.640 0.052
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0895 0.9153 NA 0.000 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0479 0.9249 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0134 0.9262 NA 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.3402 0.7994 NA 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2124 0.8621 NA 0.000 0.012 0.000 0.900 0.024 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.1345 0.9027 NA 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0895 0.9098 NA 0.000 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.0742 0.9206 NA 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000
#> dkfz_11-132 5 0.0239 0.9260 NA 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.0660 0.9225 NA 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.0479 0.9246 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.0573 0.9239 NA 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.3509 0.8177 NA 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.0479 0.9246 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.6133 0.0687 NA 0.364 0.000 0.372 0.000 0.008 0.236
#> dkfz_11-140 6 0.3030 0.7048 NA 0.028 0.004 0.004 0.100 0.848 0.004
#> dkfz_11-141 5 0.0479 0.9249 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.4727 0.0000 NA 0.000 0.028 0.456 0.000 0.004 0.488
#> dkfz_11-144 4 0.2453 0.4135 NA 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-145 2 0.1299 0.7669 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.3538 0.3535 NA 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-147 4 0.0134 0.5863 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1299 0.7669 NA 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3817 0.1161 NA 0.000 0.000 0.764 0.012 0.060 0.160
#> dkfz_11-150 2 0.1166 0.7656 NA 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9267 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.2177 0.3310 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.5882 0.5992 0.168 0.560 0.000 0.016 0.000 0.020 0.044 0.192
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.4378 0.7820 0.000 0.240 0.000 0.000 0.108 0.004 0.004 0.644
#> dkfz_11-006 2 0.2674 0.7910 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.208
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.4339 0.7813 0.000 0.232 0.000 0.000 0.108 0.004 0.004 0.652
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2994 0.7010 0.008 0.040 0.000 0.000 0.012 0.836 0.004 0.100
#> dkfz_11-012 8 0.6411 0.6263 0.004 0.216 0.028 0.000 0.212 0.048 0.012 0.480
#> dkfz_11-013 2 0.2267 0.8043 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-014 8 0.5493 0.7110 0.004 0.324 0.000 0.000 0.060 0.068 0.016 0.528
#> dkfz_11-015 2 0.5077 0.6673 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.056 0.124 0.216
#> dkfz_11-016 6 0.1952 0.7268 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.908 0.040 0.040
#> dkfz_11-017 4 0.0125 0.5833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0125 0.5833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2267 0.8043 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-020 4 0.0125 0.5833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.1850 0.7736 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.084 0.020
#> dkfz_11-022 6 0.5014 0.6480 0.008 0.000 0.000 0.028 0.056 0.668 0.184 0.056
#> dkfz_11-023 6 0.4556 0.5472 0.000 0.016 0.000 0.000 0.156 0.704 0.056 0.068
#> dkfz_11-024 2 0.0125 0.8321 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.6385 0.3536 0.004 0.112 0.060 0.000 0.012 0.040 0.288 0.484
#> dkfz_11-026 2 0.0125 0.8321 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.3311 0.3527 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.3237 0.3865 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0125 0.5833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0471 0.5665 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.6148 -0.2363 0.256 0.008 0.000 0.284 0.000 0.408 0.020 0.024
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0125 0.8321 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3125 0.7216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.028 0.008 0.188
#> dkfz_11-038 5 0.1236 0.9357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> dkfz_11-039 7 0.3843 0.7340 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.520 0.028
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2663 0.7884 0.000 0.000 0.028 0.000 0.828 0.004 0.000 0.140
#> dkfz_11-043 5 0.2952 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.028 0.008 0.164
#> dkfz_11-044 6 0.4112 0.6787 0.016 0.004 0.000 0.032 0.000 0.732 0.180 0.036
#> dkfz_11-045 8 0.5602 0.7159 0.004 0.320 0.008 0.000 0.060 0.060 0.016 0.532
#> dkfz_11-046 7 0.2185 0.3592 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000 0.020 0.880 0.004
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.4339 0.7813 0.000 0.232 0.000 0.000 0.108 0.004 0.004 0.652
#> dkfz_11-049 3 0.3833 -0.6132 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.440 0.028
#> dkfz_11-050 6 0.2455 0.7269 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008 0.872 0.084 0.020
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.7622 -0.0636 0.192 0.008 0.000 0.196 0.100 0.368 0.012 0.124
#> dkfz_11-054 2 0.4983 0.6752 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.048 0.124 0.216
#> dkfz_11-055 5 0.1051 0.9375 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-056 7 0.3843 0.7340 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.520 0.028
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0520 0.9035 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-059 5 0.1317 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-060 7 0.3843 0.7340 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.520 0.028
#> dkfz_11-061 6 0.2648 0.7200 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.824 0.152 0.016
#> dkfz_11-062 6 0.2134 0.7180 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.888 0.072 0.032
#> dkfz_11-063 6 0.1952 0.7268 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.908 0.040 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.0125 0.8321 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2663 0.7884 0.000 0.000 0.028 0.000 0.828 0.004 0.000 0.140
#> dkfz_11-066 4 0.2016 0.3782 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2694 0.4718 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0125 0.8321 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.6446 0.4107 0.036 0.136 0.000 0.008 0.004 0.468 0.064 0.284
#> dkfz_11-071 5 0.1319 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> dkfz_11-072 5 0.5158 0.5412 0.128 0.000 0.000 0.028 0.660 0.132 0.004 0.048
#> dkfz_11-073 8 0.4354 0.7781 0.000 0.228 0.000 0.000 0.112 0.004 0.004 0.652
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2876 0.7148 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.800 0.172 0.020
#> dkfz_11-091 2 0.2389 0.8047 0.000 0.816 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.5493 0.7110 0.004 0.324 0.000 0.000 0.060 0.068 0.016 0.528
#> dkfz_11-095 5 0.1626 0.9292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.016 0.012 0.048
#> dkfz_11-096 5 0.1317 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-097 5 0.2760 0.8745 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.056 0.028 0.064
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4502 0.6641 0.040 0.008 0.000 0.036 0.000 0.716 0.168 0.032
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1447 0.9344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016 0.012 0.036
#> dkfz_11-102 5 0.1236 0.9357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> dkfz_11-103 6 0.2989 0.7161 0.000 0.032 0.000 0.000 0.064 0.844 0.008 0.052
#> dkfz_11-104 5 0.1273 0.9359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.008 0.048
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0544 0.9312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-107 5 0.1273 0.9359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.008 0.048
#> dkfz_11-108 5 0.1093 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.008 0.036
#> dkfz_11-109 5 0.1317 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0808 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-114 6 0.2989 0.7161 0.000 0.032 0.000 0.000 0.064 0.844 0.008 0.052
#> dkfz_11-115 5 0.2663 0.7884 0.000 0.000 0.028 0.000 0.828 0.004 0.000 0.140
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5344 0.6450 0.008 0.004 0.000 0.028 0.076 0.652 0.168 0.064
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.1576 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.028 0.008 0.036
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1273 0.9359 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.008 0.048
#> dkfz_11-123 5 0.0681 0.9406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-124 3 0.1236 0.8481 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-125 5 0.2557 0.8028 0.000 0.000 0.028 0.000 0.840 0.004 0.000 0.128
#> dkfz_11-126 5 0.1236 0.9357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> dkfz_11-127 5 0.2231 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.028 0.024 0.060
#> dkfz_11-128 5 0.1236 0.9357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0870 0.9207 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-131 5 0.1601 0.9291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.012 0.012 0.052
#> dkfz_11-132 5 0.0808 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-133 5 0.1545 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.012 0.048
#> dkfz_11-134 5 0.1148 0.9367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-135 5 0.1317 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-136 3 0.0125 0.9188 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9229 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.1148 0.9367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> dkfz_11-139 4 0.6166 0.0572 0.212 0.364 0.000 0.368 0.000 0.008 0.024 0.024
#> dkfz_11-140 6 0.2989 0.7161 0.000 0.032 0.000 0.000 0.064 0.844 0.008 0.052
#> dkfz_11-141 5 0.1051 0.9374 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.3542 0.0000 0.536 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.2324 0.4078 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0125 0.8321 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.3318 0.3454 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0125 0.5833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0125 0.8321 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3584 0.1039 0.160 0.000 0.000 0.760 0.008 0.068 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8299 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.2480 0.5998 0.128 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-002 2 0.4532 0.5702 0.132 0.708 0.000 0.012 0.000 0.088 0.016 0.004 0.040
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.1222 0.7376 0.000 0.032 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1133 0.7414 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.1093 0.7389 0.000 0.024 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4817 0.3059 0.008 0.008 0.000 0.000 0.012 0.564 0.004 0.092 0.312
#> dkfz_11-012 8 0.6047 0.5496 0.000 0.036 0.028 0.000 0.160 0.028 0.072 0.588 0.088
#> dkfz_11-013 2 0.0212 0.7598 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 8 0.5793 0.6526 0.000 0.092 0.000 0.000 0.024 0.040 0.072 0.568 0.204
#> dkfz_11-015 2 0.4063 0.6039 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.056 0.120 0.020 0.064
#> dkfz_11-016 9 0.3412 0.2793 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.008 0.556
#> dkfz_11-017 4 0.0119 0.6493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.0119 0.6493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.0119 0.7607 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.0119 0.6493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.1876 0.8008 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.096 0.020 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2760 0.4694 0.064 0.000 0.000 0.020 0.020 0.860 0.016 0.000 0.020
#> dkfz_11-023 9 0.5577 0.0539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.348 0.000 0.104 0.424
#> dkfz_11-024 2 0.2367 0.7856 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.5683 -0.2461 0.000 0.012 0.008 0.000 0.008 0.020 0.400 0.376 0.176
#> dkfz_11-026 2 0.2367 0.7856 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.4157 -0.7865 0.400 0.000 0.000 0.548 0.000 0.004 0.020 0.008 0.020
#> dkfz_11-029 4 0.3888 -0.6423 0.360 0.000 0.000 0.600 0.000 0.004 0.016 0.008 0.012
#> dkfz_11-030 4 0.0119 0.6493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0507 0.6478 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.5754 0.2835 0.184 0.000 0.000 0.280 0.000 0.088 0.004 0.000 0.444
#> dkfz_11-035 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2367 0.7856 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3486 0.6198 0.004 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012 0.000 0.276 0.020
#> dkfz_11-038 5 0.1519 0.8975 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.3430 0.5978 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.620 0.024 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3160 0.7178 0.000 0.000 0.028 0.000 0.760 0.000 0.000 0.196 0.016
#> dkfz_11-043 5 0.3380 0.6554 0.004 0.000 0.000 0.000 0.712 0.012 0.000 0.252 0.020
#> dkfz_11-044 6 0.2173 0.5126 0.008 0.004 0.000 0.024 0.000 0.900 0.028 0.004 0.032
#> dkfz_11-045 8 0.5878 0.6551 0.000 0.092 0.008 0.000 0.024 0.036 0.068 0.572 0.200
#> dkfz_11-046 7 0.1876 0.3781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.1093 0.7389 0.000 0.024 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.3594 -0.3649 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3998 0.0695 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 0.020 0.028 0.420
#> dkfz_11-051 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 9 0.7094 0.2986 0.144 0.000 0.000 0.192 0.032 0.068 0.000 0.172 0.392
#> dkfz_11-054 2 0.3967 0.6089 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.048 0.120 0.020 0.064
#> dkfz_11-055 5 0.1398 0.9009 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.3430 0.5978 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.620 0.024 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0634 0.9094 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.1558 0.8958 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3430 0.5978 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.620 0.024 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2545 0.4934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.008 0.020 0.148
#> dkfz_11-062 9 0.3039 0.2489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-063 9 0.3412 0.2793 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.008 0.556
#> dkfz_11-064 2 0.2367 0.7856 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3160 0.7178 0.000 0.000 0.028 0.000 0.760 0.000 0.000 0.196 0.016
#> dkfz_11-066 4 0.2282 0.6118 0.112 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-067 4 0.3160 0.1078 0.216 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.016 0.008 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.2367 0.7856 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.5238 0.2700 0.012 0.296 0.000 0.008 0.004 0.564 0.008 0.052 0.056
#> dkfz_11-071 5 0.1688 0.8631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012
#> dkfz_11-072 5 0.5198 0.5391 0.124 0.000 0.000 0.028 0.648 0.040 0.000 0.032 0.128
#> dkfz_11-073 8 0.1088 0.7372 0.000 0.020 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2735 0.4965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028 0.020 0.128
#> dkfz_11-091 2 0.0119 0.7618 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.5793 0.6526 0.000 0.092 0.000 0.000 0.024 0.040 0.072 0.568 0.204
#> dkfz_11-095 5 0.2053 0.8898 0.100 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 5 0.1558 0.8958 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3258 0.8346 0.108 0.000 0.000 0.000 0.800 0.060 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-098 5 0.0565 0.9088 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2091 0.4997 0.012 0.008 0.000 0.028 0.000 0.904 0.016 0.000 0.032
#> dkfz_11-100 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1796 0.8985 0.084 0.000 0.000 0.000 0.896 0.016 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 5 0.1519 0.8975 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5060 0.3357 0.012 0.004 0.000 0.000 0.052 0.572 0.004 0.068 0.288
#> dkfz_11-104 5 0.1673 0.8985 0.096 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0994 0.8939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> dkfz_11-107 5 0.1673 0.8985 0.096 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.1458 0.9037 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 5 0.1558 0.8958 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0565 0.9088 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.1269 0.9033 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5060 0.3357 0.012 0.004 0.000 0.000 0.052 0.572 0.004 0.068 0.288
#> dkfz_11-115 5 0.3160 0.7178 0.000 0.000 0.028 0.000 0.760 0.000 0.000 0.196 0.016
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.3121 0.4623 0.044 0.004 0.000 0.020 0.056 0.844 0.016 0.008 0.008
#> dkfz_11-118 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.1908 0.8985 0.072 0.000 0.000 0.000 0.896 0.020 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1673 0.8985 0.096 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 5 0.1033 0.9059 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1223 0.8693 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3084 0.7332 0.000 0.000 0.028 0.000 0.772 0.000 0.000 0.184 0.016
#> dkfz_11-126 5 0.1519 0.8975 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2754 0.8658 0.108 0.000 0.000 0.000 0.836 0.032 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-128 5 0.1519 0.8975 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1409 0.8789 0.000 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.008
#> dkfz_11-131 5 0.2016 0.8895 0.104 0.000 0.000 0.000 0.876 0.012 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-132 5 0.1269 0.9033 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.1925 0.8913 0.104 0.000 0.000 0.000 0.880 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 5 0.1439 0.8999 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.1558 0.8958 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0119 0.9290 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.1439 0.8999 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.6756 -0.2994 0.244 0.344 0.000 0.284 0.000 0.056 0.020 0.008 0.044
#> dkfz_11-140 6 0.5060 0.3357 0.012 0.004 0.000 0.000 0.052 0.572 0.004 0.068 0.288
#> dkfz_11-141 5 0.1515 0.9007 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.4942 0.1818 0.404 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.032 0.000 0.116
#> dkfz_11-144 4 0.2760 0.5949 0.144 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.008 0.000 0.036
#> dkfz_11-145 2 0.2367 0.7856 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.4278 0.0000 0.484 0.000 0.000 0.460 0.000 0.004 0.020 0.012 0.020
#> dkfz_11-147 4 0.0119 0.6493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.2367 0.7856 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3653 0.5229 0.132 0.000 0.000 0.760 0.004 0.040 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-150 2 0.2367 0.7826 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0446 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.2106 0.7039 NA 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.008
#> dkfz_11-002 2 0.5601 0.1372 NA 0.520 0.000 0.004 0.000 0.096 0.016 0.000 0.124 0.008
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0356 0.8505 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.1604 0.6579 NA 0.088 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.2429 0.6600 NA 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.1522 0.6600 NA 0.080 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4552 0.3065 NA 0.004 0.000 0.000 0.004 0.544 0.000 0.076 0.000 0.340
#> dkfz_11-012 8 0.5158 0.5163 NA 0.008 0.028 0.000 0.136 0.040 0.004 0.648 0.000 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.1945 0.6986 NA 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.4893 0.6138 NA 0.032 0.000 0.000 0.004 0.048 0.004 0.588 0.000 0.056
#> dkfz_11-015 2 0.5303 0.3303 NA 0.512 0.000 0.000 0.000 0.060 0.112 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-016 10 0.2823 0.4680 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 0.004 0.000 0.760
#> dkfz_11-017 4 0.0113 0.7608 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.0113 0.7608 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.1837 0.7017 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.0113 0.7608 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.1799 0.7957 NA 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.112 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2556 0.5236 NA 0.000 0.000 0.020 0.004 0.852 0.016 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-023 10 0.5288 0.1753 NA 0.000 0.000 0.000 0.120 0.232 0.000 0.104 0.000 0.532
#> dkfz_11-024 2 0.1594 0.7760 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.5626 0.2480 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.356 0.360 0.000 0.040
#> dkfz_11-026 2 0.1594 0.7760 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.2990 0.0180 NA 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.2923 0.1788 NA 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0113 0.7608 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0426 0.7579 NA 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.5341 0.3090 NA 0.000 0.000 0.252 0.000 0.020 0.000 0.000 0.204 0.484
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1594 0.7760 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3441 0.5783 NA 0.000 0.000 0.000 0.672 0.008 0.000 0.288 0.000 0.024
#> dkfz_11-038 5 0.2470 0.8257 NA 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.3066 0.7855 NA 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.640 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3113 0.6722 NA 0.000 0.028 0.000 0.740 0.004 0.000 0.220 0.000 0.008
#> dkfz_11-043 5 0.3276 0.6156 NA 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008 0.000 0.248 0.000 0.024
#> dkfz_11-044 6 0.2266 0.5523 NA 0.000 0.000 0.020 0.000 0.872 0.024 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-045 8 0.4945 0.6161 NA 0.032 0.008 0.000 0.004 0.048 0.000 0.592 0.000 0.056
#> dkfz_11-046 7 0.2106 0.2179 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.852 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0113 0.8495 NA 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.1522 0.6600 NA 0.080 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 7 0.3256 0.5282 NA 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.500 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 10 0.3765 -0.0656 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.012 0.020 0.000 0.540
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.6710 0.3074 NA 0.000 0.000 0.172 0.012 0.032 0.000 0.192 0.152 0.408
#> dkfz_11-054 2 0.5226 0.3385 NA 0.520 0.000 0.000 0.000 0.052 0.112 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-055 5 0.2393 0.8323 NA 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.3066 0.7855 NA 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.640 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0615 0.9425 NA 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.2507 0.8218 NA 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3066 0.7855 NA 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.640 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3030 0.5054 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004 0.016 0.000 0.212
#> dkfz_11-062 10 0.1987 0.4589 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-063 10 0.2823 0.4680 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 0.004 0.000 0.760
#> dkfz_11-064 2 0.1594 0.7760 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3113 0.6722 NA 0.000 0.028 0.000 0.740 0.004 0.000 0.220 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 4 0.1901 0.7153 NA 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.004
#> dkfz_11-067 4 0.2433 0.5378 NA 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1594 0.7760 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.5003 0.3224 NA 0.224 0.000 0.000 0.000 0.588 0.016 0.012 0.004 0.028
#> dkfz_11-071 5 0.1522 0.8028 NA 0.000 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.080 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 5 0.6027 0.5028 NA 0.000 0.000 0.028 0.564 0.032 0.000 0.032 0.120 0.120
#> dkfz_11-073 8 0.1558 0.6588 NA 0.076 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3098 0.5095 NA 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.016 0.016 0.000 0.196
#> dkfz_11-091 2 0.1358 0.7084 NA 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0113 0.9698 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.4893 0.6138 NA 0.032 0.000 0.000 0.004 0.048 0.004 0.588 0.000 0.056
#> dkfz_11-095 5 0.2978 0.8132 NA 0.000 0.000 0.000 0.720 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 5 0.2507 0.8218 NA 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3944 0.7503 NA 0.000 0.000 0.000 0.640 0.060 0.004 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-098 5 0.0356 0.8504 NA 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2062 0.5467 NA 0.008 0.000 0.020 0.000 0.904 0.016 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2579 0.8361 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.2470 0.8257 NA 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4756 0.3486 NA 0.000 0.000 0.000 0.048 0.548 0.000 0.072 0.000 0.316
#> dkfz_11-104 5 0.2566 0.8316 NA 0.000 0.000 0.000 0.756 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0929 0.8384 NA 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 5 0.2586 0.8301 NA 0.000 0.000 0.000 0.752 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2294 0.8413 NA 0.000 0.000 0.000 0.804 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.2489 0.8238 NA 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0282 0.8502 NA 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.2288 0.8376 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4756 0.3486 NA 0.000 0.000 0.000 0.048 0.548 0.000 0.072 0.000 0.316
#> dkfz_11-115 5 0.3113 0.6722 NA 0.000 0.028 0.000 0.740 0.004 0.000 0.220 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2742 0.5193 NA 0.000 0.000 0.020 0.044 0.852 0.016 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.8495 NA 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2763 0.8367 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.2586 0.8301 NA 0.000 0.000 0.000 0.752 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2197 0.8403 NA 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1265 0.8853 NA 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2963 0.6909 NA 0.000 0.028 0.000 0.756 0.004 0.000 0.208 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 5 0.2470 0.8257 NA 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3448 0.7868 NA 0.000 0.000 0.000 0.680 0.032 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 5 0.2470 0.8257 NA 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1210 0.8260 NA 0.000 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 5 0.2932 0.8134 NA 0.000 0.000 0.000 0.720 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 5 0.2288 0.8376 NA 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 5 0.2806 0.8183 NA 0.000 0.000 0.000 0.728 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.2413 0.8303 NA 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.2489 0.8238 NA 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0202 0.9673 NA 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9724 NA 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.2413 0.8315 NA 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.6447 0.3962 NA 0.224 0.000 0.092 0.000 0.064 0.012 0.000 0.432 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.4756 0.3486 NA 0.000 0.000 0.000 0.048 0.548 0.000 0.072 0.000 0.316
#> dkfz_11-141 5 0.2522 0.8299 NA 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.6164 0.2020 NA 0.000 0.000 0.424 0.000 0.008 0.080 0.000 0.268 0.060
#> dkfz_11-144 4 0.2183 0.7128 NA 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.1594 0.7760 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.2559 0.3380 NA 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0113 0.7608 NA 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.1594 0.7760 NA 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3329 0.6376 NA 0.000 0.000 0.760 0.000 0.032 0.000 0.000 0.152 0.056
#> dkfz_11-150 2 0.2243 0.7653 NA 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8489 NA 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:hclust 129 7.80e-17 1.17e-04 2
#> SD:hclust 106 2.72e-31 2.41e-04 3
#> SD:hclust 119 7.56e-61 6.08e-27 4
#> SD:hclust 112 8.79e-56 1.41e-25 5
#> SD:hclust 115 4.94e-68 1.77e-24 6
#> SD:hclust 113 7.53e-62 1.11e-23 7
#> SD:hclust 120 1.19e-58 2.26e-23 8
#> SD:hclust 110 6.64e-50 3.44e-21 9
#> SD:hclust 114 3.74e-60 8.71e-22 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.985 0.957 0.947 0.4526 0.528 0.528
#> 3 3 0.795 0.864 0.888 0.3399 0.838 0.700
#> 4 4 0.785 0.868 0.885 0.1567 0.871 0.688
#> 5 5 0.802 0.813 0.822 0.0930 0.875 0.610
#> 6 6 0.797 0.832 0.856 0.0531 0.929 0.686
#> 7 7 0.816 0.797 0.863 0.0363 0.978 0.873
#> 8 8 0.865 0.746 0.842 0.0213 0.982 0.889
#> 9 9 0.856 0.684 0.804 0.0169 0.987 0.913
#> 10 10 0.851 0.654 0.760 0.0141 0.959 0.729
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-002 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-003 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-006 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-009 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-012 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-014 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-015 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-016 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-017 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-018 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-019 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-020 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-021 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-022 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-025 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> dkfz_11-026 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-029 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-030 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.5178 0.906 0.884 0.116
#> dkfz_11-040 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3114 0.939 0.944 0.056
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-045 1 0.0672 0.966 0.992 0.008
#> dkfz_11-046 2 0.0376 0.895 0.004 0.996
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0672 0.966 0.992 0.008
#> dkfz_11-049 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-050 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-053 1 0.9710 0.189 0.600 0.400
#> dkfz_11-054 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-057 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-058 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4690 0.912 0.900 0.100
#> dkfz_11-061 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-062 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-063 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-064 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-065 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> dkfz_11-066 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-067 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-068 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-075 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-091 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-094 2 0.9963 0.296 0.464 0.536
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-117 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-137 1 0.4562 0.913 0.904 0.096
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-140 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-144 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-145 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-146 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-147 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-148 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-149 2 0.4562 0.987 0.096 0.904
#> dkfz_11-150 2 0.4431 0.988 0.092 0.908
#> dkfz_11-151 1 0.0376 0.969 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-002 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-003 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-004 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.0237 0.8575 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-007 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.0237 0.8575 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-010 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.7481 0.2363 0.596 0.356 0.048
#> dkfz_11-013 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.0424 0.8553 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-016 2 0.2096 0.8554 0.004 0.944 0.052
#> dkfz_11-017 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-018 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-019 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-020 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-021 3 0.6129 0.8711 0.284 0.016 0.700
#> dkfz_11-022 2 0.5497 0.8023 0.000 0.708 0.292
#> dkfz_11-023 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0237 0.8575 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.7340 0.6626 0.076 0.248 0.676
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-029 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-030 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-031 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-033 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-035 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.6193 0.5795 0.016 0.292 0.692
#> dkfz_11-040 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-041 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-043 1 0.0661 0.9606 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.0592 0.8599 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-045 1 0.8737 0.0897 0.536 0.340 0.124
#> dkfz_11-046 2 0.5560 0.4760 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3028 0.8004 0.032 0.920 0.048
#> dkfz_11-049 3 0.7413 0.7119 0.104 0.204 0.692
#> dkfz_11-050 2 0.0424 0.8597 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-051 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-052 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-053 2 0.7747 0.2209 0.404 0.544 0.052
#> dkfz_11-054 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.6770 0.6332 0.044 0.264 0.692
#> dkfz_11-057 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-058 3 0.6129 0.8711 0.284 0.016 0.700
#> dkfz_11-059 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.6770 0.6332 0.044 0.264 0.692
#> dkfz_11-061 2 0.0848 0.8573 0.008 0.984 0.008
#> dkfz_11-062 2 0.2165 0.8540 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-063 2 0.2261 0.8533 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-067 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-071 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 1 0.0475 0.9569 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-073 1 0.7584 0.3962 0.676 0.104 0.220
#> dkfz_11-074 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-075 2 0.0592 0.8599 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.0237 0.8598 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-094 2 0.3237 0.7929 0.032 0.912 0.056
#> dkfz_11-095 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-099 2 0.5497 0.8023 0.000 0.708 0.292
#> dkfz_11-100 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.5178 0.5295 0.744 0.256 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-106 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-112 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.0237 0.9608 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.0424 0.8556 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-117 2 0.7413 0.7467 0.092 0.684 0.224
#> dkfz_11-118 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-119 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-122 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-125 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.5896 0.8742 0.292 0.008 0.700
#> dkfz_11-137 3 0.5560 0.8758 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-138 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.5465 0.8032 0.000 0.712 0.288
#> dkfz_11-140 2 0.1015 0.8553 0.012 0.980 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.0237 0.9603 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-143 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-144 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-147 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.5560 0.8000 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0424 0.9608 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.4155 0.896 0.000 0.756 0.004 0.240
#> dkfz_11-003 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3873 0.893 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-006 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-007 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3873 0.893 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-009 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4155 0.896 0.000 0.756 0.004 0.240
#> dkfz_11-012 2 0.1985 0.681 0.012 0.944 0.020 0.024
#> dkfz_11-013 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-014 2 0.4053 0.893 0.000 0.768 0.004 0.228
#> dkfz_11-015 2 0.4295 0.896 0.000 0.752 0.008 0.240
#> dkfz_11-016 2 0.5028 0.676 0.000 0.596 0.004 0.400
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.4155 0.896 0.000 0.756 0.004 0.240
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 3 0.0376 0.994 0.004 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2048 0.855 0.064 0.000 0.008 0.928
#> dkfz_11-023 1 0.0921 0.869 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3873 0.893 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-025 2 0.5093 0.452 0.008 0.652 0.336 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-027 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0188 0.936 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-035 1 0.3801 0.883 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-037 1 0.3569 0.882 0.804 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0188 0.990 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.3569 0.883 0.804 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.4328 0.894 0.000 0.748 0.008 0.244
#> dkfz_11-045 2 0.2170 0.685 0.012 0.936 0.016 0.036
#> dkfz_11-046 4 0.7391 0.195 0.000 0.164 0.396 0.440
#> dkfz_11-047 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4317 0.873 0.004 0.784 0.016 0.196
#> dkfz_11-049 3 0.0188 0.990 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4188 0.895 0.000 0.752 0.004 0.244
#> dkfz_11-051 1 0.3801 0.883 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.8007 -0.225 0.380 0.268 0.004 0.348
#> dkfz_11-054 2 0.4155 0.896 0.000 0.756 0.004 0.240
#> dkfz_11-055 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0188 0.990 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0376 0.994 0.004 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0188 0.990 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4234 0.890 0.004 0.764 0.004 0.228
#> dkfz_11-062 2 0.5112 0.622 0.000 0.560 0.004 0.436
#> dkfz_11-063 2 0.5112 0.622 0.000 0.560 0.004 0.436
#> dkfz_11-064 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-065 1 0.4585 0.794 0.668 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-069 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4295 0.896 0.000 0.752 0.008 0.240
#> dkfz_11-071 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.2011 0.876 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1798 0.651 0.016 0.944 0.040 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4328 0.894 0.000 0.748 0.008 0.244
#> dkfz_11-091 2 0.4155 0.896 0.000 0.756 0.004 0.240
#> dkfz_11-092 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4098 0.879 0.000 0.784 0.012 0.204
#> dkfz_11-095 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0657 0.867 0.984 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0376 0.934 0.000 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-100 1 0.3801 0.883 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0921 0.869 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.4991 0.399 0.388 0.608 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0592 0.870 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0707 0.872 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3801 0.883 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0592 0.872 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4734 0.851 0.040 0.776 0.004 0.180
#> dkfz_11-115 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.7476 0.325 0.228 0.216 0.008 0.548
#> dkfz_11-118 1 0.3801 0.883 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3873 0.881 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0921 0.869 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3837 0.882 0.776 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0657 0.867 0.984 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0188 0.870 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3764 0.884 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0188 0.870 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0336 0.996 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0657 0.926 0.000 0.012 0.004 0.984
#> dkfz_11-140 2 0.5902 0.734 0.140 0.712 0.004 0.144
#> dkfz_11-141 1 0.0469 0.869 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3764 0.883 0.784 0.216 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.3975 0.897 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-151 1 0.3801 0.883 0.780 0.220 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0510 0.958732 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-002 2 0.3707 0.790718 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-005 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-006 2 0.3966 0.789885 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-007 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-008 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-011 2 0.0162 0.749815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.2519 0.767369 0.016 0.884 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-013 2 0.3949 0.790344 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-014 2 0.2230 0.776633 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-015 2 0.0880 0.756171 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-016 2 0.5402 0.439514 0.224 0.664 0.000 0.108 0.004
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3913 0.791616 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0880 0.977250 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-022 1 0.6939 -0.113605 0.372 0.312 0.000 0.312 0.004
#> dkfz_11-023 1 0.3462 0.596054 0.792 0.196 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-024 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-025 2 0.5125 0.509726 0.008 0.708 0.184 0.000 0.100
#> dkfz_11-026 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-027 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-032 4 0.0290 0.960456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-034 4 0.4204 0.742008 0.012 0.216 0.000 0.752 0.020
#> dkfz_11-035 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-036 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-037 1 0.3326 0.552271 0.824 0.024 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-038 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-039 3 0.1478 0.963499 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-042 5 0.4219 0.986208 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-043 1 0.4904 -0.742253 0.504 0.024 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-044 2 0.1518 0.734078 0.012 0.952 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-045 2 0.3724 0.721492 0.020 0.776 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-046 2 0.7879 -0.046391 0.000 0.384 0.312 0.224 0.080
#> dkfz_11-047 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-048 2 0.3857 0.790125 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-049 3 0.1270 0.969607 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-050 2 0.0727 0.743275 0.012 0.980 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.6897 0.170637 0.476 0.340 0.000 0.156 0.028
#> dkfz_11-054 2 0.2516 0.783332 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-055 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-056 3 0.1410 0.965745 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0290 0.984190 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.803810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.1981 0.951790 0.000 0.016 0.920 0.000 0.064
#> dkfz_11-061 2 0.1670 0.724667 0.052 0.936 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-062 2 0.4472 0.547846 0.076 0.760 0.000 0.160 0.004
#> dkfz_11-063 2 0.4510 0.544656 0.076 0.756 0.000 0.164 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-065 5 0.5467 0.870400 0.384 0.068 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-066 4 0.0510 0.958732 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-069 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-070 2 0.0510 0.753703 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-071 5 0.4219 0.986208 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-072 1 0.1544 0.717884 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-073 2 0.4192 0.734183 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1074 0.742040 0.012 0.968 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-091 2 0.3913 0.791616 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-092 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2891 0.786689 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.803810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.803810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0451 0.794894 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-099 4 0.3942 0.690138 0.000 0.260 0.000 0.728 0.012
#> dkfz_11-100 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-101 1 0.0162 0.802146 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-103 1 0.4655 0.072413 0.512 0.476 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-104 1 0.0510 0.800036 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-105 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-106 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-107 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-108 1 0.1544 0.721551 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-109 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-111 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-112 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-113 1 0.3561 0.060305 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-114 2 0.2612 0.674128 0.124 0.868 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-115 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.6962 -0.000548 0.400 0.336 0.000 0.256 0.008
#> dkfz_11-118 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-119 5 0.4227 0.991008 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-120 1 0.0324 0.799881 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.803810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0162 0.984998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 5 0.4219 0.986208 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-126 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 1 0.2017 0.720546 0.912 0.080 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-129 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-130 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.803810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.803810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-135 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-136 3 0.1043 0.974538 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.985623 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-139 4 0.1774 0.912095 0.000 0.016 0.000 0.932 0.052
#> dkfz_11-140 2 0.4464 0.189231 0.408 0.584 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.0404 0.804373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-142 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-143 4 0.0510 0.958732 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-144 4 0.0510 0.958732 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-145 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.961851 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-149 4 0.1087 0.950386 0.008 0.008 0.000 0.968 0.016
#> dkfz_11-150 2 0.3913 0.792368 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-151 5 0.4235 0.991374 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.1219 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.3416 0.6890 0.000 0.804 0.000 0.000 0.056 0.140
#> dkfz_11-003 3 0.0146 0.9455 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.3314 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.0692 0.8666 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-006 2 0.0520 0.8726 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0692 0.8666 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-009 3 0.0146 0.9455 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2772 0.7255 0.004 0.180 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-012 6 0.5331 0.4077 0.008 0.312 0.000 0.000 0.104 0.576
#> dkfz_11-013 2 0.0520 0.8726 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-014 6 0.4978 0.3123 0.000 0.396 0.000 0.000 0.072 0.532
#> dkfz_11-015 6 0.4494 0.6539 0.000 0.216 0.000 0.000 0.092 0.692
#> dkfz_11-016 6 0.3926 0.7436 0.048 0.116 0.000 0.016 0.016 0.804
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1341 0.8526 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.2350 0.9108 0.000 0.000 0.888 0.000 0.036 0.076
#> dkfz_11-022 6 0.4964 0.6440 0.180 0.000 0.000 0.112 0.020 0.688
#> dkfz_11-023 6 0.4503 0.3425 0.412 0.008 0.000 0.000 0.020 0.560
#> dkfz_11-024 2 0.0146 0.8770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 6 0.3836 0.6124 0.000 0.008 0.080 0.000 0.124 0.788
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0260 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0260 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1082 0.9283 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> dkfz_11-033 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.5260 -0.0454 0.008 0.000 0.000 0.464 0.072 0.456
#> dkfz_11-035 5 0.3314 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.5421 -0.2752 0.452 0.000 0.000 0.000 0.432 0.116
#> dkfz_11-038 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3575 0.8634 0.000 0.000 0.796 0.000 0.076 0.128
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.3081 0.9403 0.220 0.000 0.000 0.000 0.776 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.4666 0.8075 0.216 0.000 0.000 0.000 0.676 0.108
#> dkfz_11-044 6 0.3390 0.7296 0.008 0.152 0.000 0.000 0.032 0.808
#> dkfz_11-045 6 0.5804 0.3217 0.008 0.312 0.000 0.000 0.164 0.516
#> dkfz_11-046 6 0.5829 0.4248 0.000 0.008 0.208 0.036 0.128 0.620
#> dkfz_11-047 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3806 0.6954 0.000 0.772 0.000 0.000 0.076 0.152
#> dkfz_11-049 3 0.3062 0.8882 0.000 0.000 0.836 0.000 0.052 0.112
#> dkfz_11-050 6 0.3093 0.7330 0.008 0.164 0.000 0.000 0.012 0.816
#> dkfz_11-051 5 0.3314 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.6590 0.5381 0.264 0.020 0.000 0.100 0.072 0.544
#> dkfz_11-054 2 0.4856 -0.2055 0.000 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> dkfz_11-055 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3534 0.8661 0.000 0.000 0.800 0.000 0.076 0.124
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0603 0.9421 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.4166 0.7949 0.000 0.000 0.728 0.000 0.076 0.196
#> dkfz_11-061 6 0.3002 0.7425 0.020 0.136 0.000 0.000 0.008 0.836
#> dkfz_11-062 6 0.3964 0.7428 0.024 0.128 0.000 0.024 0.024 0.800
#> dkfz_11-063 6 0.4581 0.7315 0.028 0.128 0.000 0.068 0.016 0.760
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4782 0.7637 0.168 0.012 0.000 0.000 0.700 0.120
#> dkfz_11-066 4 0.1219 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4038 0.6506 0.000 0.244 0.000 0.000 0.044 0.712
#> dkfz_11-071 5 0.3023 0.9544 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.3956 0.5034 0.704 0.000 0.000 0.000 0.264 0.032
#> dkfz_11-073 2 0.4387 0.6434 0.000 0.720 0.000 0.000 0.128 0.152
#> dkfz_11-074 3 0.0146 0.9455 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3073 0.7334 0.008 0.152 0.000 0.000 0.016 0.824
#> dkfz_11-091 2 0.1341 0.8526 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> dkfz_11-092 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5002 0.0433 0.000 0.516 0.000 0.000 0.072 0.412
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1745 0.8396 0.920 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068
#> dkfz_11-098 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-099 6 0.5146 0.3613 0.000 0.016 0.000 0.352 0.060 0.572
#> dkfz_11-100 5 0.3314 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> dkfz_11-101 1 0.0858 0.9174 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3280 0.7076 0.152 0.032 0.000 0.000 0.004 0.812
#> dkfz_11-104 1 0.0405 0.9347 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-106 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0547 0.9281 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1444 0.8702 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-111 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-112 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.1462 0.8775 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> dkfz_11-114 6 0.3242 0.7410 0.032 0.148 0.000 0.000 0.004 0.816
#> dkfz_11-115 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5230 0.6341 0.212 0.012 0.000 0.100 0.012 0.664
#> dkfz_11-118 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-119 5 0.3175 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1088 0.9123 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0146 0.9458 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3470 0.9662 0.248 0.000 0.000 0.000 0.740 0.012
#> dkfz_11-126 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2730 0.6950 0.836 0.000 0.000 0.000 0.012 0.152
#> dkfz_11-128 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-131 1 0.0146 0.9302 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0520 0.9326 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0405 0.9347 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2905 0.8945 0.000 0.000 0.852 0.000 0.064 0.084
#> dkfz_11-137 3 0.0146 0.9455 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3779 0.7569 0.000 0.124 0.000 0.800 0.056 0.020
#> dkfz_11-140 6 0.3508 0.7314 0.104 0.080 0.000 0.000 0.004 0.812
#> dkfz_11-141 1 0.0260 0.9362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.3421 0.9787 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-143 4 0.1349 0.9227 0.000 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.1082 0.9283 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0260 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1882 0.9094 0.008 0.000 0.000 0.920 0.060 0.012
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3314 0.9790 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.2421 0.8961 0.032 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.092
#> dkfz_11-002 2 0.4069 0.6092 0.020 0.748 0.000 0.000 0.000 0.096 0.136
#> dkfz_11-003 3 0.0239 0.8858 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.0334 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.1057 0.8293 0.004 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-006 2 0.0582 0.8399 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-007 5 0.0373 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.1057 0.8293 0.004 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-009 3 0.0239 0.8858 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.0555 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> dkfz_11-011 6 0.2200 0.6823 0.008 0.052 0.000 0.000 0.000 0.896 0.044
#> dkfz_11-012 7 0.6170 0.6153 0.008 0.216 0.000 0.000 0.028 0.332 0.416
#> dkfz_11-013 2 0.0582 0.8399 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-014 7 0.5807 0.6035 0.008 0.288 0.000 0.000 0.000 0.324 0.380
#> dkfz_11-015 6 0.5359 0.2149 0.028 0.132 0.000 0.000 0.000 0.568 0.272
#> dkfz_11-016 6 0.1644 0.7128 0.012 0.016 0.000 0.008 0.000 0.936 0.028
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9318 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9318 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1847 0.7795 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.104
#> dkfz_11-020 4 0.0134 0.9313 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.2910 0.8217 0.028 0.000 0.828 0.000 0.000 0.008 0.136
#> dkfz_11-022 6 0.3641 0.6529 0.064 0.000 0.000 0.056 0.000 0.804 0.076
#> dkfz_11-023 6 0.4733 0.3138 0.164 0.000 0.000 0.000 0.004 0.640 0.192
#> dkfz_11-024 2 0.0667 0.8397 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-025 7 0.4520 0.3878 0.016 0.004 0.052 0.000 0.000 0.280 0.648
#> dkfz_11-026 2 0.0268 0.8475 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.0555 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> dkfz_11-028 4 0.0555 0.9285 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-029 4 0.0555 0.9285 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9318 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0637 0.9436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-032 4 0.1771 0.9150 0.028 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-033 5 0.0555 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> dkfz_11-034 6 0.5494 0.2403 0.036 0.000 0.000 0.328 0.000 0.524 0.112
#> dkfz_11-035 5 0.0334 0.9449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 2 0.0134 0.8483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.6102 0.3269 0.164 0.000 0.000 0.000 0.520 0.088 0.228
#> dkfz_11-038 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.4206 0.6476 0.040 0.000 0.612 0.000 0.000 0.004 0.344
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.8871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0239 0.9445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.1409 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> dkfz_11-043 5 0.4941 0.5613 0.040 0.000 0.000 0.000 0.652 0.096 0.212
#> dkfz_11-044 6 0.2673 0.6753 0.016 0.036 0.000 0.000 0.000 0.864 0.084
#> dkfz_11-045 7 0.6366 0.6266 0.008 0.228 0.000 0.000 0.044 0.300 0.420
#> dkfz_11-046 7 0.6328 0.0674 0.052 0.004 0.156 0.012 0.000 0.296 0.480
#> dkfz_11-047 5 0.0555 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> dkfz_11-048 2 0.4501 0.0328 0.004 0.560 0.000 0.000 0.000 0.056 0.380
#> dkfz_11-049 3 0.3851 0.7380 0.040 0.000 0.700 0.000 0.000 0.004 0.256
#> dkfz_11-050 6 0.1466 0.7061 0.008 0.032 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020
#> dkfz_11-051 5 0.0134 0.9449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 3 0.0268 0.8866 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.5981 0.1059 0.076 0.000 0.000 0.128 0.000 0.504 0.292
#> dkfz_11-054 2 0.5529 0.2055 0.024 0.548 0.000 0.000 0.000 0.240 0.188
#> dkfz_11-055 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.4070 0.6571 0.040 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.8871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1543 0.8717 0.024 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-059 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.4817 0.5827 0.040 0.000 0.568 0.000 0.000 0.036 0.356
#> dkfz_11-061 6 0.1565 0.7086 0.012 0.028 0.000 0.000 0.000 0.936 0.024
#> dkfz_11-062 6 0.1725 0.7115 0.008 0.020 0.000 0.012 0.000 0.932 0.028
#> dkfz_11-063 6 0.2142 0.7090 0.004 0.020 0.000 0.040 0.000 0.908 0.028
#> dkfz_11-064 2 0.0268 0.8475 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.4356 0.4996 0.004 0.004 0.000 0.000 0.636 0.052 0.304
#> dkfz_11-066 4 0.2421 0.8961 0.032 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.092
#> dkfz_11-067 4 0.0334 0.9299 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.0134 0.8483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0637 0.9436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-070 6 0.4817 0.4292 0.020 0.176 0.000 0.000 0.000 0.660 0.144
#> dkfz_11-071 5 0.1595 0.8971 0.004 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 0.072
#> dkfz_11-072 1 0.6203 0.4682 0.476 0.000 0.000 0.000 0.296 0.100 0.128
#> dkfz_11-073 2 0.5156 -0.0935 0.004 0.512 0.000 0.000 0.032 0.056 0.396
#> dkfz_11-074 3 0.0239 0.8858 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.1710 0.7038 0.012 0.032 0.000 0.000 0.000 0.928 0.028
#> dkfz_11-091 2 0.1847 0.7795 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.104
#> dkfz_11-092 5 0.0555 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> dkfz_11-093 3 0.0373 0.8861 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.5764 0.5490 0.008 0.344 0.000 0.000 0.000 0.256 0.392
#> dkfz_11-095 1 0.3249 0.9243 0.816 0.000 0.000 0.000 0.120 0.016 0.048
#> dkfz_11-096 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3365 0.8937 0.824 0.000 0.000 0.000 0.076 0.052 0.048
#> dkfz_11-098 5 0.0468 0.9434 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 6 0.5099 0.4453 0.016 0.012 0.000 0.204 0.000 0.640 0.128
#> dkfz_11-100 5 0.0134 0.9449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 1 0.3827 0.8879 0.764 0.000 0.000 0.000 0.160 0.028 0.048
#> dkfz_11-102 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.2410 0.6822 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.076
#> dkfz_11-104 1 0.2532 0.9385 0.844 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.020
#> dkfz_11-105 5 0.0373 0.9433 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-106 5 0.0715 0.9422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-107 1 0.2917 0.9235 0.820 0.000 0.000 0.000 0.148 0.004 0.028
#> dkfz_11-108 1 0.3097 0.8827 0.780 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.024
#> dkfz_11-109 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0373 0.9433 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 5 0.0239 0.9445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-112 5 0.0820 0.9304 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.2321 0.9202 0.844 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 6 0.2544 0.6943 0.028 0.024 0.000 0.000 0.000 0.876 0.072
#> dkfz_11-115 5 0.0637 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.8871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4377 0.5899 0.132 0.000 0.000 0.044 0.004 0.740 0.080
#> dkfz_11-118 5 0.0239 0.9445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-119 5 0.0637 0.9436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-120 1 0.3558 0.9090 0.800 0.000 0.000 0.000 0.116 0.032 0.052
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.8871 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2500 0.9415 0.860 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004 0.024
#> dkfz_11-123 1 0.2613 0.9410 0.852 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004 0.028
#> dkfz_11-124 3 0.0612 0.8850 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.0849 0.9377 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.024
#> dkfz_11-126 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3328 0.7967 0.812 0.000 0.000 0.000 0.020 0.120 0.048
#> dkfz_11-128 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1035 0.9205 0.036 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.0373 0.9433 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 1 0.3206 0.9238 0.824 0.000 0.000 0.000 0.108 0.020 0.048
#> dkfz_11-132 1 0.1926 0.9430 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2037 0.9464 0.880 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.008
#> dkfz_11-134 1 0.1886 0.9445 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.3571 0.7715 0.032 0.000 0.748 0.000 0.000 0.008 0.212
#> dkfz_11-137 3 0.0239 0.8858 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-138 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4880 0.6137 0.024 0.120 0.000 0.696 0.000 0.020 0.140
#> dkfz_11-140 6 0.2432 0.6862 0.048 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.072
#> dkfz_11-141 1 0.1802 0.9475 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0239 0.9445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-143 4 0.2512 0.8916 0.032 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.100
#> dkfz_11-144 4 0.1946 0.9147 0.028 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-145 2 0.0134 0.8483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0660 0.9271 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9318 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0134 0.8483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3490 0.8421 0.032 0.000 0.000 0.808 0.000 0.056 0.104
#> dkfz_11-150 2 0.0134 0.8483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0239 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.3569 0.8288 0.040 0.000 0.000 0.784 0.000 0.004 0.128 0.044
#> dkfz_11-002 2 0.5051 0.6035 0.016 0.644 0.000 0.000 0.000 0.064 0.192 0.084
#> dkfz_11-003 3 0.0125 0.8076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0968 0.9388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.1162 0.8527 0.004 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-006 2 0.1415 0.8697 0.004 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0681 0.9402 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1162 0.8527 0.004 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-009 3 0.0125 0.8076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.1437 0.9315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.060 0.008
#> dkfz_11-011 6 0.3594 0.7128 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.776 0.048 0.132
#> dkfz_11-012 8 0.3549 0.5926 0.000 0.100 0.000 0.000 0.012 0.088 0.012 0.788
#> dkfz_11-013 2 0.1415 0.8697 0.004 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032
#> dkfz_11-014 8 0.3919 0.5802 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.116 0.008 0.720
#> dkfz_11-015 6 0.6202 0.3634 0.004 0.080 0.000 0.000 0.000 0.400 0.264 0.252
#> dkfz_11-016 6 0.1827 0.7172 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.916 0.032 0.040
#> dkfz_11-017 4 0.0313 0.8907 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0313 0.8907 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2819 0.8019 0.008 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.076
#> dkfz_11-020 4 0.0125 0.8904 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.2917 0.5659 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.180 0.032
#> dkfz_11-022 6 0.2955 0.7078 0.036 0.004 0.000 0.008 0.000 0.852 0.060 0.040
#> dkfz_11-023 6 0.5365 0.3055 0.060 0.000 0.000 0.000 0.008 0.520 0.080 0.332
#> dkfz_11-024 2 0.0544 0.8779 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-025 8 0.4539 -0.0124 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.064 0.384 0.536
#> dkfz_11-026 2 0.0125 0.8883 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.1437 0.9315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.060 0.008
#> dkfz_11-028 4 0.0743 0.8843 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-029 4 0.0841 0.8847 0.008 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-030 4 0.0313 0.8907 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.1524 0.9308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.060 0.012
#> dkfz_11-032 4 0.2531 0.8625 0.036 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.080 0.020
#> dkfz_11-033 5 0.1384 0.9327 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.056 0.008
#> dkfz_11-034 6 0.6334 0.2069 0.036 0.000 0.000 0.256 0.000 0.460 0.180 0.068
#> dkfz_11-035 5 0.1029 0.9390 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.032 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.6090 0.1356 0.072 0.000 0.000 0.000 0.400 0.056 0.068 0.404
#> dkfz_11-038 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.4617 -0.4655 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.432 0.108
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.8089 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0349 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-042 5 0.1787 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004 0.036 0.048
#> dkfz_11-043 5 0.5132 0.0351 0.004 0.000 0.000 0.000 0.496 0.064 0.052 0.384
#> dkfz_11-044 6 0.3883 0.7000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.736 0.164 0.084
#> dkfz_11-045 8 0.3538 0.5971 0.000 0.112 0.000 0.000 0.012 0.084 0.008 0.784
#> dkfz_11-046 7 0.5067 0.4344 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.128 0.636 0.104
#> dkfz_11-047 5 0.1030 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-048 8 0.3583 0.5250 0.004 0.288 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.684
#> dkfz_11-049 3 0.3823 -0.0478 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.392 0.032
#> dkfz_11-050 6 0.2819 0.7286 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.836 0.076 0.080
#> dkfz_11-051 5 0.0349 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.8089 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 8 0.6008 -0.0495 0.012 0.000 0.000 0.084 0.000 0.380 0.120 0.404
#> dkfz_11-054 2 0.6404 0.2053 0.004 0.404 0.000 0.000 0.000 0.144 0.260 0.188
#> dkfz_11-055 1 0.1319 0.8982 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.4551 -0.3848 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.416 0.100
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.8089 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1038 0.7682 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.4854 0.1626 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.440 0.148
#> dkfz_11-061 6 0.2819 0.7281 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.836 0.076 0.080
#> dkfz_11-062 6 0.2007 0.7223 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.904 0.048 0.036
#> dkfz_11-063 6 0.2477 0.7038 0.004 0.008 0.000 0.048 0.000 0.884 0.032 0.024
#> dkfz_11-064 2 0.0125 0.8883 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 8 0.4349 0.3402 0.004 0.004 0.000 0.000 0.360 0.020 0.028 0.584
#> dkfz_11-066 4 0.3546 0.8289 0.036 0.000 0.000 0.784 0.000 0.004 0.132 0.044
#> dkfz_11-067 4 0.0573 0.8882 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.1524 0.9308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.060 0.012
#> dkfz_11-070 6 0.5905 0.5281 0.012 0.112 0.000 0.000 0.000 0.540 0.188 0.148
#> dkfz_11-071 5 0.2722 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.004 0.072 0.084
#> dkfz_11-072 1 0.7173 0.3883 0.396 0.000 0.000 0.000 0.176 0.120 0.196 0.112
#> dkfz_11-073 8 0.3967 0.5605 0.004 0.232 0.000 0.000 0.028 0.016 0.012 0.708
#> dkfz_11-074 3 0.0125 0.8076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.3037 0.7240 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.816 0.096 0.080
#> dkfz_11-091 2 0.2727 0.8059 0.008 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.076
#> dkfz_11-092 5 0.1384 0.9327 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.056 0.008
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.8089 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.3457 0.5953 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.748
#> dkfz_11-095 1 0.4578 0.8324 0.728 0.000 0.000 0.000 0.088 0.056 0.084 0.044
#> dkfz_11-096 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4138 0.8112 0.760 0.000 0.000 0.000 0.028 0.096 0.072 0.044
#> dkfz_11-098 5 0.0841 0.9353 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-099 6 0.5238 0.5373 0.012 0.000 0.000 0.136 0.000 0.628 0.156 0.068
#> dkfz_11-100 5 0.0251 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-101 1 0.5521 0.7569 0.632 0.000 0.000 0.000 0.136 0.084 0.096 0.052
#> dkfz_11-102 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3722 0.6888 0.016 0.004 0.000 0.000 0.000 0.764 0.100 0.116
#> dkfz_11-104 1 0.3642 0.8650 0.784 0.000 0.000 0.000 0.120 0.008 0.052 0.036
#> dkfz_11-105 5 0.0573 0.9347 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-106 5 0.1347 0.9335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> dkfz_11-107 1 0.3813 0.8569 0.768 0.000 0.000 0.000 0.128 0.008 0.060 0.036
#> dkfz_11-108 1 0.4186 0.8062 0.716 0.000 0.000 0.000 0.184 0.008 0.056 0.036
#> dkfz_11-109 1 0.1319 0.8982 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.0661 0.9331 0.012 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-111 5 0.0349 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-112 5 0.1029 0.9191 0.032 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.2068 0.8743 0.872 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-114 6 0.3513 0.7058 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.768 0.100 0.124
#> dkfz_11-115 5 0.1215 0.9361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.044 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.8089 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4050 0.6609 0.072 0.004 0.000 0.008 0.000 0.764 0.096 0.056
#> dkfz_11-118 5 0.0349 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.1155 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.040 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.5346 0.7773 0.656 0.000 0.000 0.000 0.104 0.100 0.084 0.056
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.8089 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3032 0.8826 0.840 0.000 0.000 0.000 0.072 0.008 0.048 0.032
#> dkfz_11-123 1 0.3046 0.8825 0.840 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008 0.048 0.036
#> dkfz_11-124 3 0.0313 0.8029 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1006 0.9337 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-126 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4673 0.7081 0.680 0.000 0.000 0.000 0.012 0.180 0.080 0.048
#> dkfz_11-128 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1215 0.9080 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-130 5 0.0661 0.9331 0.012 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.4321 0.8427 0.752 0.000 0.000 0.000 0.072 0.056 0.076 0.044
#> dkfz_11-132 1 0.1634 0.8912 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.2095 0.8956 0.896 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004 0.016 0.016
#> dkfz_11-134 1 0.1368 0.8971 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.4188 0.3090 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.176 0.160
#> dkfz_11-137 3 0.0125 0.8076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.1195 0.8989 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.5811 0.4569 0.020 0.076 0.000 0.604 0.000 0.036 0.188 0.076
#> dkfz_11-140 6 0.3438 0.7039 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.776 0.096 0.120
#> dkfz_11-141 1 0.1443 0.8988 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-142 5 0.0475 0.9379 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.3634 0.8232 0.036 0.000 0.000 0.776 0.000 0.004 0.136 0.048
#> dkfz_11-144 4 0.2758 0.8572 0.036 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.088 0.028
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0743 0.8843 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-147 4 0.0313 0.8907 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0125 0.8883 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.4432 0.7865 0.036 0.000 0.000 0.728 0.000 0.048 0.136 0.052
#> dkfz_11-150 2 0.0125 0.8883 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0645 0.9401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.3146 0.71706 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.020 0.012 0.228
#> dkfz_11-002 2 0.4807 -0.09724 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.040 0.436 0.024 0.036
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1596 0.90767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.024 0.008 0.048
#> dkfz_11-005 2 0.1325 0.85964 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.1861 0.84696 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.024
#> dkfz_11-007 5 0.1070 0.91156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> dkfz_11-008 2 0.1325 0.85964 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044 0.008
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2055 0.89705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.032 0.012 0.068
#> dkfz_11-011 6 0.4397 0.45745 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.720 0.072 0.104 0.064
#> dkfz_11-012 8 0.2202 0.65032 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.864 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1793 0.84856 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.020
#> dkfz_11-014 8 0.3456 0.61603 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.036 0.052 0.788 0.012
#> dkfz_11-015 7 0.5879 0.30257 0.004 0.044 0.000 0.000 0.000 0.272 0.496 0.120 0.064
#> dkfz_11-016 6 0.3994 0.28258 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.024 0.016 0.296
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.83048 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.83048 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2411 0.79061 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140 0.000 0.016
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.83048 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.3950 0.68032 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.156 0.048 0.076
#> dkfz_11-022 6 0.2443 0.48667 0.032 0.000 0.000 0.012 0.000 0.880 0.040 0.004 0.032
#> dkfz_11-023 6 0.5668 0.02719 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.040 0.188 0.196
#> dkfz_11-024 2 0.0446 0.88761 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.4642 0.22273 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.044 0.248 0.624 0.072
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.89772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2262 0.89087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.040 0.012 0.076
#> dkfz_11-028 4 0.1528 0.80982 0.008 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.012 0.020
#> dkfz_11-029 4 0.1676 0.81109 0.008 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.028 0.020 0.020
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.83048 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2018 0.90050 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.036 0.012 0.060
#> dkfz_11-032 4 0.2246 0.78361 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.012 0.140
#> dkfz_11-033 5 0.1815 0.90226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.028 0.008 0.060
#> dkfz_11-034 9 0.5190 0.44560 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.244 0.028 0.012 0.536
#> dkfz_11-035 5 0.1649 0.90647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.024 0.008 0.052
#> dkfz_11-036 2 0.0119 0.89812 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.6996 0.13467 0.064 0.000 0.000 0.000 0.284 0.092 0.044 0.372 0.144
#> dkfz_11-038 1 0.0824 0.83452 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 3 0.5866 0.35076 0.004 0.000 0.408 0.000 0.000 0.004 0.324 0.176 0.084
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0658 0.90585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-042 5 0.2574 0.85419 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.016 0.088 0.048
#> dkfz_11-043 5 0.6207 -0.17911 0.008 0.000 0.000 0.000 0.380 0.072 0.048 0.372 0.120
#> dkfz_11-044 6 0.4720 0.37260 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.220 0.052 0.092
#> dkfz_11-045 8 0.2501 0.65012 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 0.852 0.004
#> dkfz_11-046 7 0.5502 0.24892 0.004 0.000 0.112 0.000 0.000 0.096 0.616 0.104 0.068
#> dkfz_11-047 5 0.1713 0.90732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.028 0.008 0.052
#> dkfz_11-048 8 0.3001 0.61355 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.756 0.008
#> dkfz_11-049 3 0.5245 0.50328 0.004 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.292 0.080 0.100
#> dkfz_11-050 6 0.4882 0.38160 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.100 0.052 0.224
#> dkfz_11-051 5 0.0507 0.90988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-052 3 0.0373 0.79949 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-053 9 0.5647 0.43295 0.008 0.000 0.000 0.040 0.000 0.208 0.008 0.268 0.468
#> dkfz_11-054 7 0.5991 0.42810 0.004 0.236 0.000 0.000 0.000 0.116 0.508 0.088 0.048
#> dkfz_11-055 1 0.0941 0.83392 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.5721 0.38437 0.004 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.316 0.168 0.084
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.2507 0.75955 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016 0.068
#> dkfz_11-059 1 0.0824 0.83452 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 3 0.6197 0.26203 0.004 0.000 0.356 0.000 0.000 0.016 0.320 0.220 0.084
#> dkfz_11-061 6 0.4761 0.42514 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.108 0.060 0.172
#> dkfz_11-062 6 0.4731 0.25563 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.068 0.028 0.328
#> dkfz_11-063 6 0.4577 0.25072 0.016 0.004 0.000 0.028 0.000 0.612 0.024 0.016 0.300
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.89772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.4644 0.36849 0.000 0.008 0.000 0.000 0.248 0.012 0.032 0.632 0.068
#> dkfz_11-066 4 0.3146 0.71706 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.020 0.012 0.228
#> dkfz_11-067 4 0.0920 0.82525 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.0119 0.89812 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.2067 0.89953 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.036 0.012 0.064
#> dkfz_11-070 6 0.5578 -0.21268 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.448 0.368 0.080 0.028
#> dkfz_11-071 5 0.4186 0.73557 0.004 0.000 0.000 0.000 0.724 0.008 0.048 0.120 0.096
#> dkfz_11-072 6 0.7045 -0.16014 0.264 0.000 0.000 0.000 0.108 0.288 0.048 0.028 0.264
#> dkfz_11-073 8 0.3436 0.61110 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.736 0.020
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.5005 0.40294 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.128 0.060 0.188
#> dkfz_11-091 2 0.2337 0.79267 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140 0.000 0.012
#> dkfz_11-092 5 0.1926 0.89912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.032 0.008 0.064
#> dkfz_11-093 3 0.0706 0.79492 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-094 8 0.2851 0.64571 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.016 0.040 0.824 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.5297 0.67983 0.580 0.000 0.000 0.000 0.068 0.236 0.016 0.008 0.092
#> dkfz_11-096 1 0.0824 0.83452 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.4500 0.67038 0.624 0.000 0.000 0.000 0.008 0.260 0.012 0.008 0.088
#> dkfz_11-098 5 0.1693 0.89796 0.012 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.016 0.008 0.044
#> dkfz_11-099 6 0.5490 0.06288 0.004 0.000 0.000 0.092 0.000 0.488 0.328 0.012 0.076
#> dkfz_11-100 5 0.0212 0.91127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.5904 0.59481 0.500 0.000 0.000 0.000 0.096 0.268 0.024 0.012 0.100
#> dkfz_11-102 1 0.0824 0.83360 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 6 0.2756 0.42389 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.016 0.064 0.044
#> dkfz_11-104 1 0.4753 0.76849 0.684 0.000 0.000 0.000 0.096 0.092 0.016 0.008 0.104
#> dkfz_11-105 5 0.0952 0.90150 0.012 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-106 5 0.2306 0.89336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.036 0.020 0.072
#> dkfz_11-107 1 0.4923 0.75815 0.668 0.000 0.000 0.000 0.092 0.104 0.020 0.008 0.108
#> dkfz_11-108 1 0.5390 0.70085 0.608 0.000 0.000 0.000 0.160 0.096 0.024 0.008 0.104
#> dkfz_11-109 1 0.0824 0.83452 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.1287 0.89833 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.012 0.004 0.028
#> dkfz_11-111 5 0.0658 0.90585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-112 5 0.1358 0.88907 0.036 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-113 1 0.2345 0.77467 0.860 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.008 0.004 0.024
#> dkfz_11-114 6 0.1912 0.48337 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.020 0.060 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1930 0.89821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.024 0.020 0.056
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2652 0.43184 0.072 0.000 0.000 0.012 0.000 0.860 0.032 0.004 0.020
#> dkfz_11-118 5 0.0585 0.90702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-119 5 0.1569 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.028 0.004 0.048
#> dkfz_11-120 1 0.5689 0.58898 0.520 0.000 0.000 0.000 0.052 0.276 0.024 0.016 0.112
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.4093 0.78836 0.744 0.000 0.000 0.000 0.036 0.104 0.016 0.008 0.092
#> dkfz_11-123 1 0.3904 0.79692 0.764 0.000 0.000 0.000 0.036 0.088 0.016 0.008 0.088
#> dkfz_11-124 3 0.1714 0.78010 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.068
#> dkfz_11-125 5 0.1558 0.90375 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.012 0.020 0.036
#> dkfz_11-126 1 0.0824 0.83452 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.4515 0.58304 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012 0.008 0.088
#> dkfz_11-128 1 0.0824 0.83452 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 5 0.1528 0.87927 0.048 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-130 5 0.1112 0.90066 0.012 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.020
#> dkfz_11-131 1 0.4921 0.70079 0.612 0.000 0.000 0.000 0.040 0.236 0.012 0.008 0.092
#> dkfz_11-132 1 0.1392 0.82147 0.928 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-133 1 0.2714 0.82206 0.856 0.000 0.000 0.000 0.036 0.028 0.008 0.004 0.068
#> dkfz_11-134 1 0.1149 0.82923 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-135 1 0.0824 0.83452 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 3 0.5426 0.45174 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.156 0.280 0.076
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.80210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0706 0.83429 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.5417 -0.00372 0.008 0.064 0.000 0.452 0.000 0.008 0.404 0.016 0.048
#> dkfz_11-140 6 0.1591 0.47728 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.060 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1691 0.83341 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012 0.004 0.028
#> dkfz_11-142 5 0.0703 0.90801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.004 0.016
#> dkfz_11-143 4 0.3239 0.68134 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.024 0.004 0.268
#> dkfz_11-144 4 0.2512 0.77404 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.012 0.012 0.152
#> dkfz_11-145 2 0.0119 0.89812 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.1590 0.80784 0.008 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.032 0.012 0.020
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.83048 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0119 0.89812 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.3572 0.66048 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.020 0.020 0.004 0.264
#> dkfz_11-150 2 0.0212 0.89765 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 5 0.0993 0.91134 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.004 0.028
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.4531 0.71243 0.004 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.176 0.008 0.048 0.116
#> dkfz_11-002 10 0.5377 0.63868 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.168 0.028 0.016 0.008 0.408
#> dkfz_11-003 3 0.0202 0.87349 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.2914 0.86337 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.008 0.004 0.056 0.120
#> dkfz_11-005 2 0.2077 0.81921 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044 0.012 0.036
#> dkfz_11-006 2 0.1895 0.82930 0.004 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.080
#> dkfz_11-007 5 0.0340 0.87267 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.2129 0.81483 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.048 0.012 0.036
#> dkfz_11-009 3 0.0202 0.87349 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.1100 0.86135 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-011 6 0.5102 0.44616 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.592 0.004 0.112 0.184 0.092
#> dkfz_11-012 8 0.1634 0.63876 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.016 0.008 0.924 0.016 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1853 0.83132 0.004 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.076
#> dkfz_11-014 8 0.2886 0.58920 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012 0.844 0.016 0.052
#> dkfz_11-015 6 0.6036 -0.31461 0.004 0.024 0.000 0.000 0.000 0.412 0.052 0.100 0.056 0.352
#> dkfz_11-016 6 0.5146 0.49647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.036 0.028 0.240 0.156
#> dkfz_11-017 4 0.0395 0.82794 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0395 0.82794 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2665 0.69060 0.004 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.172
#> dkfz_11-020 4 0.0113 0.82761 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.3306 0.48264 0.004 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.228 0.008 0.016 0.016
#> dkfz_11-022 9 0.4333 -0.08801 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.448 0.012 0.000 0.468 0.060
#> dkfz_11-023 9 0.6055 -0.07668 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356 0.044 0.160 0.380 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.0893 0.87990 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004 0.004
#> dkfz_11-025 8 0.3995 0.00972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.456 0.488 0.028 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0226 0.90039 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.1741 0.84562 0.004 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.032 0.004 0.016 0.028
#> dkfz_11-028 4 0.1349 0.81705 0.004 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008 0.012 0.008 0.028
#> dkfz_11-029 4 0.1349 0.81705 0.004 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008 0.012 0.008 0.028
#> dkfz_11-030 4 0.0395 0.82794 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.1160 0.86187 0.004 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-032 4 0.2794 0.78636 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.112 0.000 0.012 0.064
#> dkfz_11-033 5 0.0952 0.86309 0.004 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.016 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-034 6 0.7317 0.19591 0.008 0.000 0.000 0.152 0.000 0.292 0.180 0.024 0.148 0.196
#> dkfz_11-035 5 0.1858 0.87149 0.004 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008 0.004 0.028 0.052
#> dkfz_11-036 2 0.0113 0.90257 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.6935 0.39443 0.024 0.000 0.000 0.000 0.188 0.036 0.072 0.404 0.200 0.076
#> dkfz_11-038 1 0.0539 0.83635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.3642 0.81450 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.012 0.628 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0202 0.87349 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-041 5 0.2631 0.85928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.040 0.148
#> dkfz_11-042 5 0.2496 0.82385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.024 0.068 0.012 0.036
#> dkfz_11-043 8 0.6493 0.36950 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.036 0.076 0.404 0.140 0.068
#> dkfz_11-044 6 0.2873 0.47388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.020 0.012 0.048 0.096
#> dkfz_11-045 8 0.1719 0.63434 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.024 0.004 0.920 0.012 0.004
#> dkfz_11-046 7 0.5284 0.44182 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.156 0.596 0.024 0.012 0.108
#> dkfz_11-047 5 0.1513 0.86933 0.004 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.056 0.016
#> dkfz_11-048 8 0.3676 0.58143 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.760 0.036 0.040
#> dkfz_11-049 7 0.3479 0.70180 0.004 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.588 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-050 6 0.1914 0.54926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012 0.040 0.020 0.024
#> dkfz_11-051 5 0.2528 0.86727 0.004 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.044 0.128
#> dkfz_11-052 3 0.0226 0.86972 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 8 0.7417 -0.02010 0.008 0.000 0.000 0.036 0.000 0.208 0.164 0.280 0.172 0.132
#> dkfz_11-054 10 0.6666 0.59720 0.004 0.192 0.000 0.000 0.000 0.284 0.044 0.088 0.036 0.352
#> dkfz_11-055 1 0.0941 0.82815 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 7 0.3555 0.80655 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.008 0.624 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.87252 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.2669 0.68763 0.004 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.140 0.004 0.016 0.016
#> dkfz_11-059 1 0.0539 0.83635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3903 0.80510 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.020 0.628 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1194 0.54733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016 0.032 0.004 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.4384 0.51397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.032 0.028 0.136 0.128
#> dkfz_11-063 6 0.5409 0.49854 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.536 0.036 0.028 0.232 0.152
#> dkfz_11-064 2 0.0226 0.90039 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-065 8 0.4108 0.58569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.068 0.724 0.044 0.044
#> dkfz_11-066 4 0.4531 0.71243 0.004 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.176 0.008 0.048 0.116
#> dkfz_11-067 4 0.0941 0.82274 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008 0.020
#> dkfz_11-068 2 0.0113 0.90257 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.1282 0.85957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.016 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-070 6 0.5911 0.00998 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.420 0.012 0.068 0.108 0.340
#> dkfz_11-071 5 0.4365 0.55444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.060 0.148 0.056 0.044
#> dkfz_11-072 9 0.5222 0.38669 0.204 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004 0.052 0.024 0.604 0.028
#> dkfz_11-073 8 0.3515 0.60583 0.000 0.100 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044 0.784 0.028 0.040
#> dkfz_11-074 3 0.0202 0.87349 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.1399 0.54133 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020 0.028 0.000 0.020
#> dkfz_11-091 2 0.2376 0.70823 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.172
#> dkfz_11-092 5 0.1100 0.86135 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-093 3 0.0863 0.85374 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.012
#> dkfz_11-094 8 0.2273 0.61785 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.888 0.016 0.024
#> dkfz_11-095 9 0.3465 0.18546 0.444 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0539 0.83635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.3377 0.22318 0.452 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3598 0.84163 0.012 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.008 0.004 0.072 0.168
#> dkfz_11-099 6 0.5310 0.25299 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.500 0.020 0.004 0.100 0.308
#> dkfz_11-100 5 0.1945 0.87560 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.012 0.116
#> dkfz_11-101 9 0.3578 0.30840 0.360 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0426 0.83601 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 9 0.4406 0.12056 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.004 0.040 0.516 0.024
#> dkfz_11-104 1 0.4393 0.41933 0.584 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.304 0.064
#> dkfz_11-105 5 0.3029 0.84844 0.020 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.048 0.148
#> dkfz_11-106 5 0.1362 0.85497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.040 0.016
#> dkfz_11-107 1 0.4423 0.40331 0.576 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.004 0.000 0.312 0.056
#> dkfz_11-108 1 0.4944 0.27107 0.508 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.004 0.000 0.316 0.052
#> dkfz_11-109 1 0.0539 0.83635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3553 0.83668 0.020 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.008 0.004 0.060 0.160
#> dkfz_11-111 5 0.2672 0.85862 0.004 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.048 0.140
#> dkfz_11-112 5 0.3550 0.82220 0.060 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.048 0.148
#> dkfz_11-113 1 0.3230 0.65392 0.784 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.004 0.044 0.136
#> dkfz_11-114 9 0.4314 0.00475 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.004 0.044 0.480 0.036
#> dkfz_11-115 5 0.1061 0.86366 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.012 0.020
#> dkfz_11-116 3 0.0202 0.87349 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-117 9 0.4392 0.11449 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000 0.384 0.004 0.000 0.528 0.048
#> dkfz_11-118 5 0.2112 0.87061 0.004 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.012 0.136
#> dkfz_11-119 5 0.0840 0.86632 0.004 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-120 9 0.3782 0.30040 0.372 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.008 0.584 0.008
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.87252 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3562 0.51176 0.664 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.288 0.024
#> dkfz_11-123 1 0.3582 0.54729 0.688 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008 0.004 0.260 0.020
#> dkfz_11-124 3 0.2090 0.77809 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004 0.016 0.016
#> dkfz_11-125 5 0.2918 0.86155 0.004 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.008 0.012 0.064 0.092
#> dkfz_11-126 1 0.0539 0.83635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.3472 0.31441 0.404 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.004 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0539 0.83635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.3715 0.80648 0.076 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.048 0.148
#> dkfz_11-130 5 0.3351 0.84497 0.020 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.008 0.004 0.052 0.144
#> dkfz_11-131 9 0.3363 0.17951 0.452 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1253 0.81431 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004 0.004 0.024
#> dkfz_11-133 1 0.2376 0.70210 0.812 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0426 0.83601 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0539 0.83635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.5269 -0.25306 0.004 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.232 0.264 0.016 0.020
#> dkfz_11-137 3 0.0202 0.87349 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-138 1 0.0426 0.83601 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.5164 0.04537 0.004 0.056 0.000 0.484 0.000 0.032 0.032 0.016 0.000 0.376
#> dkfz_11-140 9 0.4322 0.04544 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.004 0.040 0.492 0.032
#> dkfz_11-141 1 0.0978 0.82352 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2112 0.87061 0.004 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.012 0.136
#> dkfz_11-143 4 0.5110 0.68021 0.008 0.000 0.000 0.604 0.000 0.012 0.184 0.008 0.064 0.120
#> dkfz_11-144 4 0.3517 0.77304 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.136 0.004 0.028 0.080
#> dkfz_11-145 2 0.0113 0.90257 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.1428 0.81545 0.004 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.012 0.008 0.028
#> dkfz_11-147 4 0.0395 0.82794 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0113 0.90257 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.5257 0.66662 0.008 0.000 0.000 0.588 0.000 0.012 0.184 0.008 0.080 0.120
#> dkfz_11-150 2 0.0113 0.90257 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.1669 0.87755 0.004 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.008 0.000 0.012 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:kmeans 134 1.50e-17 6.84e-05 2
#> SD:kmeans 131 1.88e-42 2.56e-27 3
#> SD:kmeans 131 2.62e-62 6.20e-28 4
#> SD:kmeans 127 3.87e-64 2.95e-29 5
#> SD:kmeans 126 1.82e-77 1.03e-29 6
#> SD:kmeans 122 7.48e-78 8.30e-28 7
#> SD:kmeans 119 2.03e-76 4.14e-27 8
#> SD:kmeans 104 2.16e-67 2.44e-24 9
#> SD:kmeans 104 2.72e-68 3.94e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.955 0.979 0.50249 0.496 0.496
#> 3 3 1.000 0.969 0.988 0.20140 0.866 0.739
#> 4 4 0.963 0.944 0.973 0.11401 0.904 0.767
#> 5 5 0.810 0.816 0.903 0.08529 0.959 0.878
#> 6 6 0.820 0.841 0.891 0.09985 0.860 0.544
#> 7 7 0.887 0.800 0.892 0.03136 0.983 0.906
#> 8 8 0.875 0.759 0.869 0.01265 0.992 0.955
#> 9 9 0.864 0.764 0.846 0.01067 0.989 0.935
#> 10 10 0.838 0.703 0.832 0.00717 0.997 0.978
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.775 0.719 0.772 0.228
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 1 0.971 0.315 0.600 0.400
#> dkfz_11-017 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-018 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.563 0.847 0.132 0.868
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-029 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-030 2 0.745 0.752 0.212 0.788
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.224 0.948 0.964 0.036
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-063 1 0.722 0.743 0.800 0.200
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.814 0.680 0.748 0.252
#> dkfz_11-066 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-067 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.997 0.104 0.468 0.532
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-144 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-147 2 0.402 0.922 0.080 0.920
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.295 0.948 0.052 0.948
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.983 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.1411 0.9431 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.4178 0.7843 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4504 0.7488 0.196 0.000 0.804
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.9638 0.0715 0.460 0.308 0.232
#> dkfz_11-063 1 0.4555 0.7430 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3551 0.8086 0.132 0.868 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1529 0.9484 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5760 0.4895 0.328 0.672 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0892 0.9681 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9864 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0336 0.913 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3074 0.808 0.000 0.848 0.152 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1389 0.942 0.000 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.5145 0.736 0.772 0.144 0.008 0.076
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0672 0.973 0.984 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-023 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0188 0.986 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.4477 0.612 0.000 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0336 0.984 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.5130 0.568 0.000 0.332 0.652 0.016
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.3908 0.667 0.212 0.000 0.004 0.784
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.4543 0.594 0.000 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.7664 0.316 0.544 0.236 0.016 0.204
#> dkfz_11-063 1 0.4969 0.759 0.788 0.084 0.008 0.120
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3626 0.768 0.812 0.184 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.4917 0.567 0.000 0.336 0.656 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.5599 0.567 0.000 0.316 0.644 0.040
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.2266 0.896 0.912 0.004 0.084 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0336 0.922 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0336 0.979 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4242 0.3630 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-003 3 0.1270 0.9179 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4262 -0.0611 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-012 2 0.5772 0.4245 0.000 0.584 0.120 0.000 0.296
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3999 0.5156 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-015 2 0.4826 0.2052 0.000 0.508 0.020 0.000 0.472
#> dkfz_11-016 5 0.1124 0.6175 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.3857 0.1413 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-023 1 0.4287 0.3813 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1478 0.8677 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-038 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0290 0.8705 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0609 0.8716 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-044 5 0.3602 0.6636 0.000 0.024 0.180 0.000 0.796
#> dkfz_11-045 2 0.4016 0.6072 0.000 0.716 0.012 0.000 0.272
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0290 0.8335 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3732 0.6618 0.000 0.032 0.176 0.000 0.792
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4247 0.6929 0.092 0.000 0.000 0.776 0.132
#> dkfz_11-054 2 0.4268 0.3290 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-055 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3476 0.6667 0.000 0.020 0.176 0.000 0.804
#> dkfz_11-062 5 0.0566 0.6407 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> dkfz_11-063 1 0.4596 0.0305 0.496 0.004 0.000 0.004 0.496
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.4108 0.4437 0.684 0.308 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4304 -0.2183 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0290 0.8335 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3732 0.6618 0.000 0.032 0.176 0.000 0.792
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3242 0.6752 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-095 1 0.2966 0.8477 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-096 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-097 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1469 0.6579 0.000 0.016 0.036 0.000 0.948
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0162 0.8754 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-103 1 0.3774 0.7286 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-104 1 0.3039 0.8458 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2929 0.8487 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-108 1 0.0404 0.8750 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-109 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0162 0.8754 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.3143 0.8424 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-114 1 0.5165 0.3668 0.512 0.000 0.040 0.000 0.448
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3210 0.8386 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2773 0.8518 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3143 0.8424 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-123 1 0.3143 0.8424 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0162 0.8754 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-127 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-128 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-129 1 0.0162 0.8754 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 1 0.0162 0.8754 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.3143 0.8424 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-132 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-133 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-134 1 0.3143 0.8424 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-135 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3177 0.8411 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-139 2 0.4294 0.2666 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-140 1 0.3983 0.7047 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-141 1 0.3143 0.8424 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9773 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.5479 0.2309 0.000 0.388 0.000 0.000 0.128 0.484
#> dkfz_11-003 3 0.0363 0.9833 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.2823 0.9596 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0713 0.8668 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4887 0.3731 0.000 0.324 0.000 0.000 0.080 0.596
#> dkfz_11-012 2 0.6815 -0.0793 0.000 0.420 0.140 0.000 0.088 0.352
#> dkfz_11-013 2 0.0363 0.8762 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5341 0.0643 0.000 0.508 0.000 0.000 0.112 0.380
#> dkfz_11-015 6 0.5374 0.4203 0.000 0.284 0.004 0.000 0.132 0.580
#> dkfz_11-016 6 0.4727 0.2490 0.368 0.000 0.000 0.000 0.056 0.576
#> dkfz_11-017 4 0.0508 0.9755 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.0622 0.9745 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.0632 0.8690 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0622 0.9745 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3555 0.6112 0.776 0.000 0.000 0.000 0.040 0.184
#> dkfz_11-023 6 0.5837 0.2428 0.200 0.000 0.000 0.000 0.340 0.460
#> dkfz_11-024 2 0.0146 0.8782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.0146 0.9949 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0146 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9773 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0622 0.9745 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9773 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0622 0.9745 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-035 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4361 0.7195 0.308 0.000 0.000 0.000 0.648 0.044
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2597 0.9462 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3418 0.8933 0.184 0.000 0.000 0.000 0.784 0.032
#> dkfz_11-044 6 0.0260 0.6570 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-045 2 0.5157 0.2340 0.000 0.568 0.004 0.000 0.088 0.340
#> dkfz_11-046 3 0.0363 0.9883 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-047 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0146 0.8786 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0717 0.6556 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976
#> dkfz_11-051 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4570 0.6952 0.044 0.000 0.000 0.740 0.060 0.156
#> dkfz_11-054 6 0.5418 0.3129 0.000 0.352 0.000 0.000 0.128 0.520
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0405 0.6569 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> dkfz_11-062 6 0.1564 0.6439 0.024 0.000 0.000 0.000 0.040 0.936
#> dkfz_11-063 6 0.5709 0.1353 0.140 0.000 0.000 0.004 0.408 0.448
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3763 0.7415 0.060 0.144 0.000 0.000 0.788 0.008
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9773 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9773 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.5266 0.3949 0.000 0.312 0.004 0.000 0.108 0.576
#> dkfz_11-071 5 0.2597 0.9460 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0146 0.8786 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0260 0.6570 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-091 2 0.0363 0.8752 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4619 0.4517 0.000 0.668 0.000 0.000 0.088 0.244
#> dkfz_11-095 1 0.2003 0.8025 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2854 0.9568 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0363 0.6549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-100 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2823 0.9595 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.5721 0.3628 0.520 0.000 0.000 0.000 0.244 0.236
#> dkfz_11-104 1 0.1141 0.8739 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.2823 0.9596 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2219 0.7678 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.3659 0.7404 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3101 0.9256 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.3198 0.9088 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.5011 0.2515 0.540 0.000 0.004 0.000 0.064 0.392
#> dkfz_11-115 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0146 0.9143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3309 0.4513 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2793 0.9618 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0146 0.9145 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.3409 0.8576 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3151 0.9168 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0146 0.9151 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.5325 0.3554 0.000 0.328 0.000 0.000 0.124 0.548
#> dkfz_11-140 1 0.3104 0.7105 0.800 0.000 0.000 0.000 0.016 0.184
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.9773 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9773 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0146 0.9760 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0622 0.9745 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0363 0.9761 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8805 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2762 0.9637 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0715 0.9162 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-002 7 0.4793 0.7756 0.008 0.216 0.000 0.000 0.000 0.140 0.636
#> dkfz_11-003 3 0.0790 0.9556 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0797 0.9321 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0239 0.8490 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.1482 0.8068 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-007 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0134 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5721 -0.2134 0.012 0.232 0.000 0.000 0.004 0.492 0.260
#> dkfz_11-012 6 0.7098 -0.2590 0.012 0.304 0.092 0.000 0.008 0.348 0.236
#> dkfz_11-013 2 0.1166 0.8260 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-014 2 0.5950 -0.4329 0.008 0.336 0.000 0.000 0.004 0.320 0.332
#> dkfz_11-015 7 0.4847 0.7943 0.000 0.136 0.012 0.000 0.000 0.216 0.636
#> dkfz_11-016 6 0.4473 0.3227 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.120
#> dkfz_11-017 4 0.2025 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.020 0.088
#> dkfz_11-018 4 0.2387 0.8998 0.004 0.000 0.000 0.864 0.000 0.016 0.116
#> dkfz_11-019 2 0.1614 0.7993 0.004 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-020 4 0.2260 0.9032 0.004 0.000 0.000 0.872 0.000 0.012 0.112
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2174 0.7955 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.104 0.012
#> dkfz_11-023 6 0.4430 0.3712 0.088 0.000 0.000 0.000 0.184 0.704 0.024
#> dkfz_11-024 2 0.1494 0.8184 0.004 0.940 0.000 0.000 0.004 0.020 0.032
#> dkfz_11-025 3 0.0876 0.9648 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8506 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0582 0.9182 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-029 4 0.0861 0.9140 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-030 4 0.2387 0.8998 0.004 0.000 0.000 0.864 0.000 0.016 0.116
#> dkfz_11-031 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0334 0.9198 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-033 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.2217 0.9038 0.004 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.108
#> dkfz_11-035 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0268 0.8507 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 5 0.4980 0.5269 0.100 0.000 0.000 0.000 0.648 0.212 0.040
#> dkfz_11-038 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0707 0.9303 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3599 0.7189 0.020 0.000 0.000 0.000 0.776 0.164 0.040
#> dkfz_11-044 6 0.2808 0.2592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-045 2 0.5794 -0.2149 0.008 0.436 0.000 0.000 0.004 0.316 0.236
#> dkfz_11-046 3 0.1035 0.9542 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-047 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1395 0.8249 0.004 0.944 0.004 0.000 0.004 0.004 0.040
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1759 0.3554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-051 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.5642 0.4679 0.020 0.000 0.000 0.548 0.012 0.272 0.148
#> dkfz_11-054 7 0.4733 0.8141 0.004 0.164 0.000 0.000 0.000 0.192 0.640
#> dkfz_11-055 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2154 0.3384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> dkfz_11-062 6 0.1497 0.3719 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.060
#> dkfz_11-063 6 0.5839 0.2893 0.068 0.000 0.000 0.004 0.216 0.568 0.144
#> dkfz_11-064 2 0.0134 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.4230 0.6922 0.012 0.116 0.000 0.000 0.764 0.060 0.048
#> dkfz_11-066 4 0.0555 0.9205 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-067 4 0.0656 0.9163 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-068 2 0.0268 0.8507 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.5655 0.4766 0.012 0.200 0.000 0.000 0.000 0.336 0.452
#> dkfz_11-071 5 0.1080 0.9197 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.016 0.016
#> dkfz_11-072 5 0.0555 0.9416 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016
#> dkfz_11-073 2 0.1115 0.8343 0.004 0.960 0.004 0.000 0.004 0.004 0.024
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2832 0.2503 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-091 2 0.0728 0.8390 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-092 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5353 0.0862 0.008 0.556 0.000 0.000 0.004 0.176 0.256
#> dkfz_11-095 1 0.2572 0.7448 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0797 0.9320 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3155 0.2072 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.276
#> dkfz_11-100 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0422 0.9433 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.6115 0.2292 0.340 0.000 0.000 0.000 0.276 0.356 0.028
#> dkfz_11-104 1 0.2259 0.7982 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0863 0.9291 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3206 0.5530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2759 0.6786 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1109 0.9159 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1482 0.8883 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0927 0.9219 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.6089 0.2302 0.400 0.008 0.000 0.000 0.080 0.424 0.088
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0930 0.9175 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3823 0.2693 0.548 0.000 0.000 0.000 0.440 0.012 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1109 0.9129 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1050 0.9168 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0888 0.9295 0.016 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1625 0.8752 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0927 0.9267 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1330 0.8989 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.4416 0.7733 0.008 0.128 0.000 0.000 0.000 0.172 0.692
#> dkfz_11-140 1 0.3575 0.6009 0.744 0.000 0.000 0.000 0.024 0.220 0.012
#> dkfz_11-141 1 0.0863 0.9243 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0656 0.9179 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-144 4 0.0656 0.9160 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-145 2 0.0268 0.8507 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.1482 0.8973 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-147 4 0.2387 0.8998 0.004 0.000 0.000 0.864 0.000 0.016 0.116
#> dkfz_11-148 2 0.0134 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.1409 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-150 2 0.0373 0.8496 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 5 0.0134 0.9484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0745 0.8404 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-002 8 0.4201 0.5552 0.008 0.172 0.000 0.000 0.000 0.064 0.036 0.720
#> dkfz_11-003 3 0.0395 0.9703 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1205 0.8967 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0941 0.8349 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-006 2 0.2424 0.7235 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.172
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0788 0.8378 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.6248 -0.2728 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.408 0.160 0.284
#> dkfz_11-012 8 0.7374 0.2891 0.000 0.204 0.072 0.000 0.000 0.260 0.188 0.276
#> dkfz_11-013 2 0.2095 0.7648 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.132
#> dkfz_11-014 8 0.6356 0.4224 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.208 0.144 0.392
#> dkfz_11-015 8 0.3814 0.5520 0.000 0.068 0.020 0.000 0.000 0.128 0.016 0.768
#> dkfz_11-016 6 0.5708 0.0257 0.192 0.000 0.000 0.004 0.000 0.460 0.304 0.040
#> dkfz_11-017 4 0.2999 0.7703 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.012 0.228 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.2558 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2138 0.7465 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> dkfz_11-020 4 0.2433 0.7986 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0125 0.9872 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.2851 0.7373 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.056 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.4481 0.1946 0.028 0.000 0.000 0.000 0.176 0.672 0.124 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1576 0.8139 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036 0.028
#> dkfz_11-025 3 0.1751 0.9130 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.024 0.036 0.020
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8435 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0125 0.9228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.1648 0.8295 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> dkfz_11-029 4 0.1107 0.8320 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.2650 0.7779 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0968 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.2743 0.7850 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.008 0.200 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0349 0.8435 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-037 5 0.5351 0.4877 0.076 0.004 0.000 0.000 0.628 0.128 0.152 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.0706 0.9042 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0251 0.9859 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0125 0.9231 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0846 0.9114 0.000 0.000 0.004 0.000 0.968 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.4545 0.6300 0.032 0.004 0.000 0.000 0.708 0.092 0.148 0.016
#> dkfz_11-044 6 0.3365 0.4731 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.776 0.048 0.164
#> dkfz_11-045 2 0.6724 -0.4928 0.000 0.308 0.008 0.000 0.000 0.236 0.168 0.280
#> dkfz_11-046 3 0.1657 0.9204 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004 0.016 0.064
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2030 0.7995 0.000 0.900 0.004 0.000 0.000 0.004 0.044 0.048
#> dkfz_11-049 3 0.0251 0.9859 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.2600 0.5066 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.052 0.108
#> dkfz_11-051 5 0.0251 0.9224 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.5559 -0.0745 0.000 0.000 0.000 0.392 0.008 0.176 0.404 0.020
#> dkfz_11-054 8 0.2942 0.5710 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004 0.820
#> dkfz_11-055 1 0.0618 0.9051 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0251 0.9859 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0706 0.9042 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0251 0.9859 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.2071 0.5066 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.880 0.008 0.104
#> dkfz_11-062 6 0.3125 0.3121 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.224 0.020
#> dkfz_11-063 7 0.6024 -0.0809 0.020 0.004 0.000 0.008 0.172 0.360 0.416 0.020
#> dkfz_11-064 2 0.0438 0.8407 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.5026 0.5468 0.000 0.112 0.004 0.000 0.676 0.048 0.132 0.028
#> dkfz_11-066 4 0.0868 0.8447 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0904 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.0224 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 8 0.6375 0.3264 0.004 0.180 0.000 0.000 0.000 0.296 0.132 0.388
#> dkfz_11-071 5 0.1400 0.8928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.012 0.044 0.008
#> dkfz_11-072 5 0.0739 0.9116 0.000 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1531 0.8188 0.000 0.928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2516 0.4842 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.820 0.008 0.168
#> dkfz_11-091 2 0.1051 0.8248 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.6228 -0.4061 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.144 0.148 0.328
#> dkfz_11-095 1 0.2268 0.7585 0.832 0.000 0.000 0.000 0.164 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0618 0.9051 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0706 0.9042 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1387 0.8745 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3893 0.4287 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.080 0.204
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0438 0.9201 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0520 0.9052 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.6633 0.1098 0.176 0.000 0.000 0.000 0.252 0.412 0.136 0.024
#> dkfz_11-104 1 0.2516 0.7440 0.820 0.000 0.000 0.000 0.168 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1268 0.8890 0.064 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3486 0.4681 0.648 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2952 0.5942 0.276 0.000 0.000 0.000 0.720 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0520 0.9055 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1810 0.8564 0.100 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0376 0.9219 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2192 0.8107 0.140 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0395 0.9052 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.6943 0.2534 0.176 0.016 0.000 0.000 0.056 0.464 0.168 0.120
#> dkfz_11-115 5 0.0125 0.9228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0848 0.8984 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0251 0.9224 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4128 0.1389 0.516 0.000 0.000 0.000 0.444 0.020 0.020 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1030 0.8881 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0837 0.8971 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1993 0.8756 0.016 0.000 0.000 0.000 0.904 0.036 0.044 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0618 0.9051 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1011 0.8994 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0618 0.9051 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2261 0.8019 0.148 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1880 0.8757 0.068 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1489 0.8643 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0395 0.9052 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0395 0.9052 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0395 0.9052 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0706 0.9042 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0125 0.9860 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0618 0.9051 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.3531 0.4977 0.008 0.068 0.000 0.000 0.000 0.056 0.064 0.804
#> dkfz_11-140 1 0.4818 0.3891 0.620 0.000 0.000 0.000 0.028 0.260 0.080 0.012
#> dkfz_11-141 1 0.0645 0.9050 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0125 0.9231 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.1107 0.8375 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.1313 0.8309 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.0224 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 4 0.2981 0.7027 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.220 0.020
#> dkfz_11-147 4 0.2605 0.7815 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0224 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 4 0.2131 0.8267 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.0438 0.8423 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9235 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.1268 0.79237 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 0.004 0.004
#> dkfz_11-002 9 0.5604 0.61969 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.132 0.020 0.100 0.544
#> dkfz_11-003 3 0.1260 0.92024 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.1191 0.88065 0.044 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1473 0.88343 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044 0.020
#> dkfz_11-006 2 0.3183 0.74575 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060 0.172
#> dkfz_11-007 5 0.0626 0.89669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> dkfz_11-008 2 0.1417 0.88707 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040 0.020
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0626 0.89635 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> dkfz_11-011 8 0.4897 0.44098 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.204 0.012 0.616 0.048
#> dkfz_11-012 8 0.4798 0.46779 0.000 0.144 0.064 0.000 0.000 0.092 0.000 0.668 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.3042 0.80894 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.056 0.112
#> dkfz_11-014 8 0.5091 0.40957 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.580 0.140
#> dkfz_11-015 9 0.5319 0.68149 0.000 0.020 0.024 0.000 0.000 0.172 0.008 0.220 0.556
#> dkfz_11-016 7 0.6567 0.10006 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.300 0.216 0.024
#> dkfz_11-017 4 0.3359 0.73784 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.016 0.260 0.008 0.008
#> dkfz_11-018 4 0.2951 0.72370 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.316 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.2620 0.78269 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.160
#> dkfz_11-020 4 0.2892 0.73504 0.004 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3693 0.67858 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.044 0.036 0.028
#> dkfz_11-023 6 0.6387 0.01072 0.052 0.000 0.000 0.000 0.148 0.448 0.064 0.268 0.020
#> dkfz_11-024 2 0.2587 0.79763 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.152 0.016
#> dkfz_11-025 3 0.2943 0.75038 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.012 0.012 0.172 0.012
#> dkfz_11-026 2 0.0776 0.89358 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.0533 0.89644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-028 4 0.2582 0.77709 0.004 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.120 0.020 0.016
#> dkfz_11-029 4 0.1632 0.78667 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.076 0.012 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.2951 0.72465 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.316 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0709 0.89553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-032 4 0.1131 0.80678 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0626 0.89635 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> dkfz_11-034 4 0.3015 0.74523 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.016 0.248 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0626 0.89598 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0296 0.89459 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 5 0.6034 0.28150 0.068 0.000 0.000 0.000 0.512 0.052 0.092 0.256 0.020
#> dkfz_11-038 1 0.0449 0.88687 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.1143 0.94765 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000 0.028
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0212 0.89580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.1844 0.85836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.080 0.016
#> dkfz_11-043 5 0.5230 0.45490 0.024 0.000 0.000 0.000 0.600 0.040 0.108 0.216 0.012
#> dkfz_11-044 6 0.2625 0.65776 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.848 0.012 0.084 0.052
#> dkfz_11-045 8 0.4497 0.48541 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.636 0.036
#> dkfz_11-046 3 0.2766 0.84321 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.024 0.024 0.008 0.108
#> dkfz_11-047 5 0.0449 0.89654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.3202 0.75329 0.000 0.772 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020 0.180 0.020
#> dkfz_11-049 3 0.1008 0.95212 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-050 6 0.2602 0.67909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.048 0.072 0.028
#> dkfz_11-051 5 0.0119 0.89574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0119 0.96656 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.5833 -0.00484 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.084 0.404 0.172 0.008
#> dkfz_11-054 9 0.5115 0.75298 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.164 0.008 0.152 0.600
#> dkfz_11-055 1 0.0449 0.88687 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.1008 0.95212 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0237 0.96582 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0567 0.88644 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-060 3 0.1008 0.95212 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-061 6 0.2004 0.69915 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.888 0.008 0.084 0.016
#> dkfz_11-062 6 0.4139 0.42079 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.680 0.200 0.096 0.020
#> dkfz_11-063 7 0.7004 0.21073 0.024 0.004 0.000 0.004 0.140 0.196 0.364 0.240 0.028
#> dkfz_11-064 2 0.1309 0.89066 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.5081 0.27758 0.000 0.088 0.000 0.000 0.524 0.000 0.036 0.332 0.020
#> dkfz_11-066 4 0.0855 0.80203 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.1469 0.79565 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.0296 0.89459 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-069 5 0.0709 0.89553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-070 8 0.6053 0.25953 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.188 0.028 0.488 0.148
#> dkfz_11-071 5 0.1926 0.84828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.016 0.080 0.012
#> dkfz_11-072 5 0.1694 0.86981 0.000 0.000 0.000 0.008 0.916 0.000 0.056 0.008 0.012
#> dkfz_11-073 2 0.2722 0.81733 0.000 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.128 0.020
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2173 0.67627 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.888 0.020 0.032 0.056
#> dkfz_11-091 2 0.1449 0.88304 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.044
#> dkfz_11-092 5 0.0626 0.89635 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> dkfz_11-093 3 0.0237 0.96582 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 8 0.4772 0.38577 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.564 0.092
#> dkfz_11-095 1 0.2952 0.67992 0.772 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.004 0.016 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0567 0.88644 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.0661 0.88544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.1423 0.86423 0.068 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3258 0.59318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.044 0.056 0.104
#> dkfz_11-100 5 0.0119 0.89667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.1138 0.88249 0.024 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.012 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0331 0.88739 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.6813 -0.02252 0.172 0.000 0.000 0.000 0.220 0.232 0.024 0.336 0.016
#> dkfz_11-104 1 0.2791 0.72271 0.804 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.004 0.016 0.012
#> dkfz_11-105 5 0.1287 0.87301 0.048 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-106 5 0.0709 0.89553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-107 1 0.3852 0.44273 0.632 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.008 0.028 0.012
#> dkfz_11-108 5 0.3113 0.65001 0.228 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.004 0.016 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0331 0.88716 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2437 0.80215 0.120 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.004 0.016 0.012
#> dkfz_11-111 5 0.0449 0.89360 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-112 5 0.2576 0.75838 0.168 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.004 0.012 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.0634 0.88253 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 8 0.6213 0.02082 0.180 0.000 0.004 0.000 0.052 0.300 0.024 0.424 0.016
#> dkfz_11-115 5 0.0533 0.89644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1788 0.86453 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.012 0.036 0.008
#> dkfz_11-118 5 0.0119 0.89574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0542 0.89637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.4998 0.05521 0.452 0.000 0.000 0.000 0.432 0.004 0.036 0.060 0.016
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1496 0.86407 0.932 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008 0.016 0.008
#> dkfz_11-123 1 0.1281 0.87337 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.016 0.008
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3017 0.78338 0.028 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.016 0.136 0.012
#> dkfz_11-126 1 0.0449 0.88687 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1399 0.87241 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.016 0.016
#> dkfz_11-128 1 0.0449 0.88687 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2607 0.76448 0.160 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004 0.012 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.2435 0.83089 0.076 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.032 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.1909 0.84303 0.904 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.008 0.024 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.0331 0.88739 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0296 0.88684 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0373 0.88613 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0449 0.88687 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0331 0.96339 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.96722 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0331 0.88716 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.3943 0.71190 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.168 0.008 0.080 0.720
#> dkfz_11-140 1 0.5335 0.30983 0.556 0.000 0.000 0.000 0.020 0.128 0.024 0.256 0.016
#> dkfz_11-141 1 0.0542 0.88484 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0119 0.89574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.1484 0.79439 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.056 0.008 0.012
#> dkfz_11-144 4 0.1590 0.78419 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.088 0.004 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0658 0.89193 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-146 4 0.4710 0.56533 0.004 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.284 0.052 0.072
#> dkfz_11-147 4 0.2978 0.71837 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.324 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0414 0.89474 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-149 4 0.2261 0.79222 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.152 0.004 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.0492 0.89293 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-151 5 0.0533 0.89644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.1622 0.5315 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000 0.056
#> dkfz_11-002 9 0.5807 0.5845 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.080 0.036 0.124 0.552 0.040
#> dkfz_11-003 3 0.1218 0.9226 0.000 0.000 0.940 0.000 0.028 0.000 0.004 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1718 0.8488 0.052 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.016 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.1038 0.8939 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3139 0.7607 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032 0.164 0.012
#> dkfz_11-007 5 0.0226 0.8672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0707 0.9000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0226 0.9669 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.1086 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012 0.008 0.004 0.024
#> dkfz_11-011 8 0.4834 0.4114 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.232 0.012 0.600 0.048 0.008
#> dkfz_11-012 8 0.4347 0.4434 0.000 0.124 0.052 0.000 0.004 0.060 0.004 0.720 0.028 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.3104 0.7987 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044 0.120 0.016
#> dkfz_11-014 8 0.5071 0.3432 0.004 0.136 0.000 0.000 0.000 0.088 0.008 0.600 0.160 0.004
#> dkfz_11-015 9 0.4723 0.6805 0.000 0.016 0.020 0.000 0.000 0.152 0.004 0.188 0.616 0.004
#> dkfz_11-016 7 0.6072 0.4614 0.136 0.000 0.000 0.004 0.000 0.244 0.432 0.160 0.008 0.016
#> dkfz_11-017 4 0.4168 0.4641 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.036 0.180 0.004 0.004 0.096
#> dkfz_11-018 4 0.4063 0.4601 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.004 0.208 0.004 0.000 0.144
#> dkfz_11-019 2 0.3242 0.7774 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.032 0.144 0.016
#> dkfz_11-020 4 0.3891 0.4921 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.180 0.008 0.000 0.144
#> dkfz_11-021 3 0.0113 0.9684 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3880 0.6053 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.060 0.024 0.020 0.028
#> dkfz_11-023 6 0.6546 -0.1106 0.052 0.000 0.000 0.000 0.140 0.424 0.120 0.236 0.012 0.016
#> dkfz_11-024 2 0.2080 0.8194 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.132 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.2475 0.8318 0.004 0.000 0.844 0.000 0.000 0.012 0.012 0.120 0.004 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0395 0.9020 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0948 0.8652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028 0.000 0.012
#> dkfz_11-028 4 0.3675 0.2626 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.048 0.020 0.016 0.196
#> dkfz_11-029 4 0.2459 0.4316 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004 0.128
#> dkfz_11-030 4 0.3863 0.4744 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-031 5 0.1021 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-032 4 0.1722 0.5619 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-033 5 0.0853 0.8648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-034 4 0.3863 0.4938 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.164 0.004 0.012 0.128
#> dkfz_11-035 5 0.0952 0.8655 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.008 0.004 0.016
#> dkfz_11-036 2 0.0710 0.9031 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008 0.004
#> dkfz_11-037 5 0.6163 0.1032 0.052 0.004 0.000 0.000 0.448 0.040 0.132 0.292 0.008 0.024
#> dkfz_11-038 1 0.0790 0.8491 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 3 0.0941 0.9555 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0760 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.1841 0.8287 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.084 0.004 0.008
#> dkfz_11-043 5 0.5352 0.3502 0.012 0.004 0.000 0.000 0.556 0.036 0.152 0.220 0.012 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.2744 0.6260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.032 0.052 0.068 0.008
#> dkfz_11-045 8 0.4341 0.4435 0.000 0.216 0.008 0.000 0.000 0.068 0.004 0.660 0.040 0.004
#> dkfz_11-046 3 0.3225 0.8016 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.016 0.016 0.024 0.112 0.028
#> dkfz_11-047 5 0.0784 0.8669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.2266 0.7871 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0941 0.9555 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-050 6 0.3169 0.6105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.040 0.100 0.032 0.016
#> dkfz_11-051 5 0.0508 0.8654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.6155 -0.0882 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004 0.056 0.300 0.200 0.000 0.068
#> dkfz_11-054 9 0.4504 0.7268 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.148 0.012 0.148 0.648 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0790 0.8480 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.0941 0.9555 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0113 0.9684 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0790 0.8487 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 3 0.0872 0.9573 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 0.016
#> dkfz_11-061 6 0.1340 0.6416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.036 0.016 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.4468 0.2031 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.628 0.236 0.100 0.016 0.008
#> dkfz_11-063 7 0.6289 0.5122 0.032 0.004 0.000 0.016 0.080 0.152 0.496 0.200 0.012 0.008
#> dkfz_11-064 2 0.0627 0.9008 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4955 0.1715 0.000 0.096 0.000 0.000 0.488 0.000 0.044 0.360 0.004 0.008
#> dkfz_11-066 4 0.1535 0.5535 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.056
#> dkfz_11-067 4 0.2174 0.4899 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000 0.112
#> dkfz_11-068 2 0.0630 0.9025 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.1021 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-070 8 0.6238 0.0849 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.224 0.060 0.424 0.200 0.008
#> dkfz_11-071 5 0.2675 0.7592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.024 0.144 0.000 0.020
#> dkfz_11-072 5 0.2151 0.8450 0.000 0.000 0.000 0.004 0.888 0.000 0.056 0.020 0.008 0.024
#> dkfz_11-073 2 0.2140 0.8213 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0226 0.9669 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2433 0.6413 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.012 0.044 0.068 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.1630 0.8791 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.052 0.012
#> dkfz_11-092 5 0.0784 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 0.004 0.016
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.4878 0.3417 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008 0.572 0.108 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.3723 0.5794 0.688 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.028 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-096 1 0.0863 0.8496 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.1079 0.8459 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.004 0.008 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.2182 0.8260 0.080 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.020 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 6 0.4497 0.5032 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.076 0.048 0.156 0.036
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.8672 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2000 0.8347 0.032 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.036 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0508 0.8517 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.7241 -0.0823 0.172 0.000 0.000 0.000 0.172 0.244 0.092 0.280 0.004 0.036
#> dkfz_11-104 1 0.3686 0.6506 0.728 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.048 0.032 0.000 0.012
#> dkfz_11-105 5 0.2348 0.8202 0.072 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.028 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-106 5 0.1025 0.8639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 0.008 0.004 0.016
#> dkfz_11-107 1 0.4339 0.3847 0.572 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.044 0.044 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 5 0.4106 0.4842 0.284 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.044 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0976 0.8513 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.2895 0.7858 0.096 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.028 0.032 0.004 0.012
#> dkfz_11-111 5 0.1228 0.8552 0.004 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.024 0.020 0.000 0.008
#> dkfz_11-112 5 0.3160 0.7164 0.168 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.024 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.1648 0.8336 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 8 0.6780 0.0297 0.164 0.012 0.000 0.000 0.044 0.280 0.084 0.376 0.004 0.036
#> dkfz_11-115 5 0.0630 0.8660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2233 0.8147 0.884 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.040 0.032 0.000 0.028
#> dkfz_11-118 5 0.0429 0.8675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0790 0.8667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-120 1 0.5654 0.1276 0.424 0.000 0.000 0.000 0.360 0.008 0.084 0.104 0.004 0.016
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2712 0.7835 0.844 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.040 0.032 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.1859 0.8257 0.904 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016 0.020 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3466 0.7275 0.028 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.056 0.152 0.000 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0750 0.8482 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1562 0.8404 0.924 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.040 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0677 0.8495 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.3269 0.7030 0.176 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.024 0.032 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.3040 0.7846 0.080 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.032 0.060 0.000 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.3016 0.7596 0.816 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.048 0.032 0.000 0.012
#> dkfz_11-132 1 0.0765 0.8517 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0820 0.8516 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0915 0.8502 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0508 0.8510 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0484 0.9633 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0113 0.9680 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0710 0.8506 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.3065 0.6697 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.072 0.020 0.044 0.828 0.020
#> dkfz_11-140 1 0.6322 0.0404 0.440 0.000 0.000 0.000 0.032 0.180 0.088 0.220 0.000 0.040
#> dkfz_11-141 1 0.1061 0.8499 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0340 0.8664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.1779 0.5371 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.048 0.012 0.000 0.036
#> dkfz_11-144 4 0.2353 0.4571 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.032 0.008 0.000 0.116
#> dkfz_11-145 2 0.0887 0.9022 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-146 10 0.3380 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.592
#> dkfz_11-147 4 0.4180 0.4582 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.216 0.004 0.004 0.140
#> dkfz_11-148 2 0.0719 0.9025 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> dkfz_11-149 4 0.2983 0.5410 0.004 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.116 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-150 2 0.0974 0.8992 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.0453 0.8671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.004 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 134 2.40e-21 5.41e-08 2
#> SD:skmeans 134 3.62e-45 1.77e-09 3
#> SD:skmeans 135 1.40e-59 7.16e-21 4
#> SD:skmeans 124 1.36e-70 1.89e-23 5
#> SD:skmeans 120 5.17e-77 5.95e-27 6
#> SD:skmeans 117 1.74e-72 4.74e-26 7
#> SD:skmeans 115 4.72e-71 1.81e-25 8
#> SD:skmeans 117 2.67e-79 3.97e-26 9
#> SD:skmeans 106 1.50e-65 4.12e-23 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.910 0.940 0.975 0.5038 0.496 0.496
#> 3 3 0.993 0.949 0.974 0.2152 0.872 0.747
#> 4 4 0.962 0.944 0.978 0.1452 0.913 0.775
#> 5 5 0.869 0.864 0.922 0.0792 0.909 0.713
#> 6 6 0.779 0.662 0.843 0.0559 0.934 0.737
#> 7 7 0.875 0.839 0.925 0.0423 0.948 0.750
#> 8 8 0.856 0.727 0.870 0.0186 0.987 0.926
#> 9 9 0.863 0.721 0.872 0.0150 0.962 0.777
#> 10 10 0.870 0.738 0.875 0.0067 0.991 0.939
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0376 0.96938 0.004 0.996
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.1184 0.96131 0.016 0.984
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.1184 0.96131 0.016 0.984
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.1414 0.95809 0.020 0.980
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.9922 0.16552 0.552 0.448
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0938 0.96415 0.012 0.988
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.8144 0.66940 0.252 0.748
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.6438 0.79980 0.164 0.836
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 1.0000 -0.00989 0.496 0.504
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.1184 0.96131 0.016 0.984
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2603 0.93586 0.956 0.044
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.1184 0.96131 0.016 0.984
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.6887 0.77356 0.184 0.816
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.5059 0.86310 0.888 0.112
#> dkfz_11-072 1 0.7056 0.76130 0.808 0.192
#> dkfz_11-073 2 0.6438 0.79980 0.164 0.836
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.8555 0.61916 0.720 0.280
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.7056 0.76435 0.808 0.192
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.1184 0.96131 0.016 0.984
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.6438 0.80112 0.836 0.164
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.9209 0.48739 0.336 0.664
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.6801 0.78063 0.820 0.180
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1414 0.95792 0.980 0.020
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0938 0.96415 0.012 0.988
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.2948 0.92852 0.052 0.948
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.97185 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.97486 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.6008 0.447 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-018 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-021 3 0.1411 0.944 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-022 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0475 0.971 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-029 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-030 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0747 0.971 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.6260 0.178 0.552 0.448 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.1411 0.944 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-040 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.4555 0.728 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0747 0.964 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.2165 0.897 0.000 0.064 0.936
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.1411 0.944 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.1411 0.944 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-057 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-058 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.1860 0.935 0.000 0.052 0.948
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2625 0.888 0.084 0.916 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-067 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.3340 0.826 0.880 0.120 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4452 0.724 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0747 0.964 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4452 0.724 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1860 0.917 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-117 2 0.0892 0.970 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0747 0.958 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.5760 0.500 0.328 0.672 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1411 0.936 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-137 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.3039 0.925 0.044 0.920 0.036
#> dkfz_11-144 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-147 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.1411 0.965 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.4776 0.391 0.376 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0376 0.963 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.2589 0.842 0.000 0.116 0.000 0.884
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4961 0.184 0.552 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.3610 0.716 0.200 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.4730 0.421 0.000 0.000 0.636 0.364
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.3400 0.778 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1022 0.943 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-063 2 0.3219 0.800 0.000 0.836 0.000 0.164
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1867 0.891 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2647 0.846 0.880 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.3486 0.757 0.812 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3400 0.763 0.820 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0469 0.977 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1118 0.943 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2345 0.877 0.000 0.900 0.000 0.100
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4564 0.510 0.328 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0707 0.959 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.5080 0.375 0.348 0.000 0.604 0.000 0.048
#> dkfz_11-004 1 0.0703 0.956 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.1671 0.941 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.1121 0.889 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-010 1 0.1908 0.932 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-011 2 0.1121 0.895 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-012 2 0.3586 0.595 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2690 0.787 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-016 2 0.0162 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.1732 0.903 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-022 5 0.2852 0.700 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> dkfz_11-023 5 0.4273 0.298 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1908 0.779 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.1908 0.932 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-028 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.1908 0.932 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-032 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.1908 0.932 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-034 5 0.4403 0.253 0.000 0.004 0.000 0.436 0.560
#> dkfz_11-035 1 0.1478 0.942 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4273 0.199 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.1732 0.903 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1270 0.943 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-043 2 0.3914 0.664 0.164 0.788 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-044 5 0.2813 0.790 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-045 2 0.1197 0.890 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-046 5 0.5022 0.291 0.000 0.000 0.332 0.048 0.620
#> dkfz_11-047 1 0.1121 0.950 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.1732 0.903 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-050 5 0.2852 0.789 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-051 1 0.1121 0.950 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.5678 0.420 0.000 0.612 0.000 0.128 0.260
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.1732 0.903 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1671 0.904 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.4242 0.344 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> dkfz_11-061 5 0.3395 0.742 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-062 2 0.4475 0.491 0.000 0.692 0.000 0.032 0.276
#> dkfz_11-063 2 0.2773 0.763 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2719 0.813 0.068 0.884 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-066 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.1671 0.941 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-070 5 0.3661 0.698 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> dkfz_11-071 1 0.3702 0.840 0.820 0.096 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-072 1 0.4840 0.682 0.724 0.152 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-073 2 0.0290 0.927 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-074 3 0.1197 0.887 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-075 5 0.2929 0.785 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.1478 0.941 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0880 0.954 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2951 0.740 0.112 0.028 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-098 1 0.0880 0.954 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-099 5 0.3885 0.622 0.000 0.008 0.000 0.268 0.724
#> dkfz_11-100 1 0.1121 0.950 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-101 5 0.3109 0.653 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2852 0.789 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-104 1 0.0609 0.957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1908 0.932 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0963 0.953 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2852 0.789 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-115 1 0.1608 0.940 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.2674 0.794 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856
#> dkfz_11-118 1 0.0290 0.959 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-119 1 0.1121 0.950 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-120 5 0.2377 0.717 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1043 0.909 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-125 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3058 0.783 0.044 0.096 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0510 0.957 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-131 5 0.2852 0.681 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1732 0.903 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2852 0.789 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-141 1 0.0703 0.956 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-142 1 0.1197 0.943 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-143 5 0.4302 0.224 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> dkfz_11-144 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 5 0.4242 0.360 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.1410 0.941 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0363 0.1474 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.1075 0.8409 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4971 0.2509 0.604 0.000 0.000 0.000 0.300 0.096
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.2730 -0.0889 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.5295 0.3822 0.396 0.000 0.000 0.000 0.500 0.104
#> dkfz_11-011 2 0.1075 0.8519 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-012 2 0.4177 0.6169 0.000 0.724 0.004 0.000 0.056 0.216
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3732 0.7237 0.000 0.076 0.144 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-016 2 0.0146 0.8861 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.6673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.1863 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> dkfz_11-023 6 0.3828 0.2525 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.3869 -0.0994 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.5295 0.3822 0.396 0.000 0.000 0.000 0.500 0.104
#> dkfz_11-028 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.5295 0.3822 0.396 0.000 0.000 0.000 0.500 0.104
#> dkfz_11-032 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.5295 0.3822 0.396 0.000 0.000 0.000 0.500 0.104
#> dkfz_11-034 3 0.5360 -0.0568 0.000 0.000 0.456 0.108 0.000 0.436
#> dkfz_11-035 1 0.4253 -0.2234 0.524 0.000 0.000 0.000 0.460 0.016
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4509 0.1447 0.532 0.436 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.6673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.3869 0.4028 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4097 -0.2851 0.504 0.000 0.000 0.000 0.488 0.008
#> dkfz_11-043 2 0.3828 0.3788 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.1863 0.8152 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-045 2 0.3867 0.3004 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.3817 0.1085 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-047 1 0.2218 0.7921 0.884 0.000 0.000 0.000 0.012 0.104
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.6673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1863 0.8152 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-051 1 0.2070 0.8033 0.896 0.000 0.000 0.000 0.012 0.092
#> dkfz_11-052 5 0.3869 -0.4797 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.5163 0.4301 0.000 0.608 0.000 0.140 0.000 0.252
#> dkfz_11-054 2 0.0146 0.8861 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.6673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.3869 -0.4797 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0547 0.6635 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3756 0.1887 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-061 6 0.2562 0.7704 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-062 2 0.4040 0.4956 0.000 0.688 0.000 0.032 0.000 0.280
#> dkfz_11-063 2 0.2491 0.7384 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3867 0.3004 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4834 0.3871 0.644 0.000 0.000 0.000 0.252 0.104
#> dkfz_11-070 6 0.2941 0.7240 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-071 5 0.6174 0.3815 0.352 0.084 0.000 0.000 0.496 0.068
#> dkfz_11-072 1 0.4754 0.5513 0.700 0.108 0.000 0.000 0.012 0.180
#> dkfz_11-073 2 0.2730 0.7400 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.2135 0.0087 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1863 0.8152 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.4591 0.3011 0.464 0.000 0.000 0.000 0.500 0.036
#> dkfz_11-093 5 0.3869 -0.4797 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1444 0.8242 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0790 0.7792 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-098 1 0.1444 0.8242 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-099 6 0.3245 0.6835 0.000 0.008 0.000 0.228 0.000 0.764
#> dkfz_11-100 1 0.2218 0.7921 0.884 0.000 0.000 0.000 0.012 0.104
#> dkfz_11-101 6 0.1802 0.7122 0.072 0.000 0.000 0.000 0.012 0.916
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1814 0.8155 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-104 1 0.0713 0.8518 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.5295 0.3822 0.396 0.000 0.000 0.000 0.500 0.104
#> dkfz_11-107 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.2121 0.7992 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0520 0.8572 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1863 0.8152 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-115 5 0.4704 0.2843 0.468 0.000 0.000 0.000 0.488 0.044
#> dkfz_11-116 3 0.3869 0.4028 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0937 0.8030 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-118 1 0.0603 0.8546 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-119 1 0.2218 0.7921 0.884 0.000 0.000 0.000 0.012 0.104
#> dkfz_11-120 6 0.0405 0.7722 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-121 3 0.3869 0.4028 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1663 0.6402 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3592 0.5187 0.740 0.000 0.000 0.000 0.240 0.020
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0909 0.7942 0.012 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2135 0.7337 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.1686 0.7209 0.064 0.000 0.000 0.000 0.012 0.924
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.6673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.3869 0.4028 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.1863 0.8152 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-141 1 0.1075 0.8410 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-142 1 0.3872 0.0325 0.604 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004
#> dkfz_11-143 6 0.3774 0.4077 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> dkfz_11-144 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3659 0.5044 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.4471 0.2892 0.472 0.000 0.000 0.000 0.500 0.028
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0656 0.900 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2878 0.634 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0334 0.773 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1050 0.885 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4801 0.521 0.000 0.612 0.000 0.000 0.172 0.216 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.4241 0.561 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.656 0.268
#> dkfz_11-016 2 0.0134 0.922 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3616 0.398 0.000 0.344 0.000 0.000 0.012 0.644 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0239 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0334 0.773 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0334 0.773 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0334 0.773 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.3213 0.734 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.176 0.784
#> dkfz_11-035 5 0.3221 0.620 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4517 0.225 0.528 0.408 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2655 0.718 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3381 0.409 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2655 0.660 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.2655 0.745 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0334 0.917 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.2453 0.772 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.4502 0.425 0.000 0.604 0.000 0.084 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0134 0.922 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0582 0.949 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 6 0.2118 0.771 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3720 0.536 0.000 0.688 0.000 0.032 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.2293 0.766 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2655 0.660 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3028 0.569 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2655 0.709 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.2308 0.763 0.052 0.068 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4952 0.574 0.652 0.060 0.000 0.000 0.220 0.068 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.3530 0.159 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0334 0.849 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.1277 0.776 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0239 0.920 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1109 0.884 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0134 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.1109 0.884 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2359 0.759 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.2600 0.753 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2784 0.727 0.004 0.000 0.000 0.000 0.212 0.784 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0504 0.904 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0334 0.773 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0134 0.911 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2572 0.758 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0422 0.906 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2453 0.741 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0927 0.889 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.2655 0.745 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.1802 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.1671 0.878 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-125 5 0.3496 0.378 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2878 0.581 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.3055 0.741 0.032 0.000 0.000 0.000 0.172 0.796 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0927 0.892 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3482 0.110 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.3432 0.428 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3370 0.491 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1926 0.770 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0868 0.8305 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0739 0.8222 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.4929 0.2736 0.244 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2702 0.6234 0.004 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0983 0.8878 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3705 0.5076 0.000 0.608 0.000 0.000 0.364 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3969 0.5490 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.268
#> dkfz_11-016 2 0.0125 0.9235 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.2833 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.2833 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.2833 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.5106 0.1715 0.000 0.332 0.000 0.000 0.224 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.1244 0.9020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2605 0.6217 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.2833 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3083 0.5307 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2852 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2628 0.6197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.3765 0.7017 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.176 0.044 0.744
#> dkfz_11-035 5 0.3621 0.4016 0.316 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4903 0.0926 0.520 0.204 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0544 0.6352 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2049 0.5357 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0544 0.6323 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 8 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.3736 0.0358 0.504 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2582 0.7348 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 8 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.2617 0.6503 0.808 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.4803 0.4493 0.000 0.592 0.000 0.076 0.032 0.296 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0125 0.9235 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 8 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.0544 0.9416 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 6 0.1982 0.7232 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3481 0.5325 0.000 0.688 0.000 0.032 0.000 0.280 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.2146 0.7765 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0544 0.6323 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.3000 0.8283 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0125 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.4878 -0.2290 0.160 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2484 0.6602 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0563 0.6356 0.004 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 7 0.5456 -0.1008 0.416 0.036 0.000 0.000 0.044 0.052 0.452 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3164 0.1762 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0313 0.8029 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3367 0.6317 0.084 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2237 0.7893 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3161 0.4634 0.668 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0125 0.8057 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3147 0.4711 0.672 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3518 0.6261 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.752 0.132 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3116 0.5458 0.736 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.244 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.3736 0.2287 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.504 0.476 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.1925 0.7501 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3328 0.3283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1605 0.7702 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3671 0.0595 0.512 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.472 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0448 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3005 0.5791 0.184 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0926 0.8077 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3736 0.0358 0.504 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3220 0.5569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.704 0.280 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0926 0.8130 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-124 8 0.1563 0.8776 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-125 5 0.4437 0.1217 0.440 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2605 0.5646 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.3372 0.6173 0.024 0.000 0.000 0.000 0.020 0.756 0.200 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.0000 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2952 0.5547 0.720 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3448 0.1824 0.588 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.5104 -0.3783 0.000 0.000 0.000 0.212 0.004 0.296 0.488 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0868 0.8305 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.2833 0.8457 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.4297 0.3689 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.600 0.096 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3466 0.6131 0.144 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.100 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.3151 0.6437 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0634 0.8933 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0706 0.8613 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.4889 0.2322 0.248 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2922 0.5660 0.004 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-011 2 0.0930 0.8676 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3157 0.4803 0.000 0.604 0.000 0.000 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0119 0.9070 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3851 0.4653 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.656 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0119 0.9067 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.6800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.6800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.6800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.4984 -0.0129 0.000 0.332 0.000 0.000 0.300 0.368 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.1178 0.8721 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2825 0.5626 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-028 4 0.3048 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.3048 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.6800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 9 0.3148 -0.2397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-032 4 0.0446 0.6701 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2853 0.5539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-034 7 0.3965 0.5495 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.172 0.708 0.088 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.3735 0.4090 0.336 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4516 0.1738 0.512 0.148 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0119 0.6220 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1269 0.5554 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.6203 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 9 0.1741 0.6604 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-048 2 0.2810 0.6016 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.0000 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.2529 0.5856 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.4811 0.4164 0.000 0.588 0.000 0.072 0.036 0.284 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0237 0.9053 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0515 0.9233 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1876 0.6921 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3294 0.5218 0.000 0.688 0.000 0.032 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1971 0.7538 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0119 0.6210 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1224 0.6182 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.3077 0.6902 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 9 0.2022 0.5932 0.024 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-070 6 0.2351 0.6075 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0119 0.6210 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 9 0.2687 0.6423 0.096 0.004 0.000 0.000 0.028 0.028 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-073 5 0.2941 0.1670 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0414 0.8005 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3670 0.6029 0.088 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2508 0.6912 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 9 0.2941 0.5091 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0119 0.8055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 9 0.2952 0.5066 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-099 6 0.2627 0.5222 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.2893 0.4072 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-101 9 0.1741 0.5361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2327 0.6553 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 9 0.1857 0.5620 0.004 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-107 1 0.1940 0.7382 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-108 9 0.1810 0.6586 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0331 0.8802 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3232 0.5476 0.232 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0876 0.8495 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-119 9 0.1741 0.6604 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-120 9 0.3151 -0.0292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1356 0.8133 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-124 7 0.1480 0.8423 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4509 -0.1714 0.456 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2421 0.6508 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2993 0.5313 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3515 0.6814 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.396 0.024
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 9 0.3137 0.2895 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-142 1 0.3263 0.2097 0.588 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-143 8 0.4814 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.068 0.000 0.604 0.104
#> dkfz_11-144 4 0.3151 0.6437 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.3004 0.6999 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.6800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3157 0.2561 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3807 0.5926 0.164 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.148
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 9 0.3704 0.8481 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.068
#> dkfz_11-002 2 0.2790 0.6596 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.268 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0673 0.8676 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.4701 0.1809 0.252 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2912 0.4617 0.004 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0888 0.8508 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3020 0.4905 0.000 0.600 0.000 0.000 0.396 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0113 0.8860 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.4428 0.5193 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.640 0.228 0.000 0.080 0.012
#> dkfz_11-016 2 0.0113 0.8857 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9754 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9754 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9754 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4771 -0.1595 0.000 0.332 0.000 0.000 0.336 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.1124 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2817 0.4580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.2936 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-029 9 0.2936 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9754 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 8 0.2943 -0.0493 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0484 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.2838 0.4483 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.4496 0.5232 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.168 0.680 0.012 0.044 0.068
#> dkfz_11-035 5 0.3703 0.3479 0.360 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4216 0.1448 0.508 0.124 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0113 0.5336 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0836 0.5018 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.5320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 8 0.0492 0.7025 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2806 0.5586 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.0000 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0558 0.8426 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-051 1 0.2575 0.5515 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.4761 0.4491 0.000 0.584 0.000 0.072 0.048 0.276 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-054 2 0.2238 0.7887 0.000 0.836 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.148 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0492 0.9202 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2008 0.7470 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3840 0.4853 0.000 0.652 0.000 0.028 0.000 0.280 0.000 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-063 2 0.1880 0.7551 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0113 0.5329 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1145 0.8885 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> dkfz_11-067 9 0.3013 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 8 0.0492 0.6880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2244 0.6505 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0113 0.5329 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 8 0.1110 0.6898 0.016 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2806 0.1335 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1433 0.8215 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.064 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3695 0.5105 0.092 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2507 0.6673 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.2575 0.4857 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0113 0.8480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 8 0.2607 0.4800 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2766 0.5760 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.712 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.2875 0.3570 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 8 0.0492 0.6857 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2352 0.6412 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 8 0.0605 0.6912 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1851 0.7547 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.0673 0.6997 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0315 0.8852 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3263 0.4350 0.272 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0836 0.8566 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 8 0.0492 0.7025 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 8 0.2970 0.1250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1294 0.8234 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.1412 0.8380 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4335 -0.0275 0.484 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2244 0.6737 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2894 0.5741 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.2033 0.5715 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.012 0.848 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 8 0.2954 0.3023 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3107 0.2345 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.0282 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-144 9 0.3704 0.8481 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.068
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.2936 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9754 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3110 0.1132 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3877 0.5055 0.176 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:pam 133 9.18e-21 2.72e-05 2
#> SD:pam 134 3.03e-47 6.75e-31 3
#> SD:pam 133 6.56e-63 2.33e-29 4
#> SD:pam 126 9.30e-65 4.79e-29 5
#> SD:pam 100 6.99e-48 2.47e-25 6
#> SD:pam 127 7.23e-58 6.10e-30 7
#> SD:pam 117 7.47e-54 7.46e-30 8
#> SD:pam 120 8.83e-55 4.53e-30 9
#> SD:pam 114 2.15e-48 5.10e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.972 0.988 0.44290 0.559 0.559
#> 3 3 0.964 0.936 0.971 0.38230 0.617 0.424
#> 4 4 0.832 0.865 0.930 0.15727 0.851 0.634
#> 5 5 0.749 0.705 0.836 0.08676 0.933 0.772
#> 6 6 0.846 0.844 0.885 0.03715 0.960 0.837
#> 7 7 0.878 0.850 0.893 0.05510 0.873 0.483
#> 8 8 0.884 0.795 0.854 0.01982 0.979 0.864
#> 9 9 0.879 0.760 0.858 0.01079 0.982 0.867
#> 10 10 0.883 0.672 0.842 0.00835 0.972 0.797
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0938 0.981 0.988 0.012
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-017 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-018 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.9129 0.514 0.672 0.328
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-029 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-030 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.9710 0.336 0.600 0.400
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.0938 0.981 0.988 0.012
#> dkfz_11-062 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.9209 0.485 0.336 0.664
#> dkfz_11-066 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-067 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.5629 0.845 0.868 0.132
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.8327 0.639 0.264 0.736
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0938 0.981 0.988 0.012
#> dkfz_11-140 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-144 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-147 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-002 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-003 3 0.1529 0.9553 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0592 0.9613 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-012 2 0.0592 0.9613 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-013 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.0892 0.9608 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-016 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-017 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-018 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-019 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-020 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-023 2 0.2384 0.9143 0.056 0.936 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9598 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4235 0.7963 0.000 0.824 0.176
#> dkfz_11-026 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-029 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-030 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.5896 0.5719 0.292 0.700 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0424 0.9613 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-043 2 0.6075 0.5263 0.316 0.676 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.1267 0.9611 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-045 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.1031 0.9606 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-054 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-062 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-063 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-064 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.0424 0.9608 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-066 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-067 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-068 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0592 0.9613 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-071 1 0.6104 0.4749 0.648 0.348 0.004
#> dkfz_11-072 2 0.6520 0.0153 0.488 0.508 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.1031 0.9606 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-091 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0829 0.9617 0.004 0.984 0.012
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.6081 0.4841 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0661 0.9611 0.004 0.988 0.008
#> dkfz_11-115 1 0.6081 0.4841 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.2297 0.9356 0.036 0.944 0.020
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4974 0.6758 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.4099 0.8121 0.140 0.852 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.4465 0.7558 0.820 0.176 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1643 0.9157 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0892 0.9614 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-140 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-144 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-145 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-146 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-147 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-148 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-149 2 0.1129 0.9618 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-150 2 0.0237 0.9602 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9633 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 3 0.1305 0.9283 0.000 0.036 0.960 0.004
#> dkfz_11-004 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.4817 0.4590 0.000 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-012 4 0.4998 0.2067 0.000 0.488 0.000 0.512
#> dkfz_11-013 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-016 4 0.3710 0.7253 0.192 0.004 0.000 0.804
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 4 0.4817 0.5429 0.388 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-024 4 0.4830 0.4513 0.000 0.392 0.000 0.608
#> dkfz_11-025 3 0.7363 0.0912 0.000 0.356 0.476 0.168
#> dkfz_11-026 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 1 0.0524 0.9884 0.988 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.1637 0.7547 0.000 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-035 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 4 0.6160 0.6303 0.316 0.072 0.000 0.612
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.5615 0.5025 0.032 0.356 0.000 0.612
#> dkfz_11-043 4 0.4817 0.5429 0.388 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-044 4 0.2345 0.7360 0.000 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-045 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-046 3 0.0336 0.9604 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-047 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.4585 0.5390 0.000 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-051 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.2654 0.7544 0.108 0.004 0.000 0.888
#> dkfz_11-054 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.4697 0.5040 0.000 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-062 4 0.1389 0.7689 0.048 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-063 4 0.3710 0.7253 0.192 0.004 0.000 0.804
#> dkfz_11-064 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 4 0.4817 0.4590 0.000 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3801 0.6518 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-071 4 0.5125 0.5334 0.388 0.008 0.000 0.604
#> dkfz_11-072 1 0.0336 0.9851 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4933 0.0437 0.000 0.568 0.000 0.432
#> dkfz_11-091 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0336 0.9863 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-098 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.6160 0.6296 0.316 0.072 0.000 0.612
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 4 0.5125 0.5334 0.388 0.008 0.000 0.604
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0188 0.9915 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.6534 0.6059 0.132 0.244 0.000 0.624
#> dkfz_11-115 4 0.5125 0.5334 0.388 0.008 0.000 0.604
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4356 0.6615 0.292 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-118 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 4 0.6071 0.6217 0.324 0.064 0.000 0.612
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3725 0.7211 0.812 0.008 0.000 0.180
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0336 0.9863 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.2530 0.8523 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-140 4 0.6160 0.6301 0.316 0.072 0.000 0.612
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9916 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.7751 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0336 0.9604 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 1 0.0336 0.9913 0.992 0.008 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0404 0.9834 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.3932 0.6590 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-011 2 0.4278 0.2278 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-012 2 0.4268 0.2469 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0703 0.8207 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-015 2 0.0703 0.8210 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-016 4 0.5657 0.5165 0.160 0.088 0.000 0.700 0.052
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.8082 0.5632 0.304 0.192 0.000 0.120 0.384
#> dkfz_11-024 2 0.4256 0.2540 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-025 2 0.6756 0.0389 0.000 0.404 0.308 0.000 0.288
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3913 0.6601 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.4294 0.6121 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.4294 0.6121 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-034 4 0.4756 0.4572 0.000 0.044 0.000 0.668 0.288
#> dkfz_11-035 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.6399 0.5359 0.316 0.192 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-038 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-042 5 0.4304 -0.1579 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> dkfz_11-043 5 0.5306 0.4124 0.316 0.072 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-044 5 0.6439 0.2581 0.000 0.180 0.000 0.372 0.448
#> dkfz_11-045 2 0.0794 0.8191 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.4210 0.6398 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> dkfz_11-048 2 0.0794 0.8191 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.6545 0.2218 0.000 0.344 0.000 0.208 0.448
#> dkfz_11-051 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.7729 -0.2373 0.108 0.140 0.000 0.428 0.324
#> dkfz_11-054 2 0.0162 0.8280 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.6451 0.1873 0.000 0.364 0.000 0.184 0.452
#> dkfz_11-062 4 0.3497 0.7085 0.112 0.004 0.000 0.836 0.048
#> dkfz_11-063 4 0.5805 0.4532 0.168 0.132 0.000 0.672 0.028
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4268 0.2469 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3913 0.6596 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> dkfz_11-070 2 0.5216 0.1448 0.000 0.520 0.000 0.044 0.436
#> dkfz_11-071 5 0.4251 0.3160 0.316 0.012 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-072 1 0.0162 0.7570 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0794 0.8191 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6003 -0.0588 0.000 0.448 0.000 0.112 0.440
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.4294 0.6121 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3837 0.6807 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0404 0.7541 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-103 5 0.7849 0.5386 0.176 0.180 0.000 0.164 0.480
#> dkfz_11-104 1 0.0162 0.7586 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-106 5 0.4323 0.2685 0.332 0.012 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0162 0.7586 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3837 0.6665 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-112 1 0.4192 0.6442 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.8054 0.5204 0.168 0.200 0.000 0.188 0.444
#> dkfz_11-115 5 0.4251 0.3160 0.316 0.012 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3983 0.3488 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-119 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.5700 0.5283 0.176 0.196 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-126 1 0.0290 0.7582 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0162 0.7586 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.3837 0.6665 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-130 1 0.4088 0.6099 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-134 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.7584 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-139 2 0.4711 0.5435 0.000 0.736 0.000 0.148 0.116
#> dkfz_11-140 5 0.8031 0.4810 0.176 0.136 0.000 0.264 0.424
#> dkfz_11-141 1 0.0609 0.7505 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-142 1 0.4291 0.6158 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8294 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.4294 0.6121 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1765 0.8989 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-003 3 0.1462 0.9186 0.000 0.008 0.936 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-004 1 0.4765 0.7972 0.676 0.000 0.000 0.000 0.152 0.172
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9076 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1765 0.8989 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-007 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-008 2 0.1387 0.9069 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.4798 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.156 0.172
#> dkfz_11-011 6 0.3375 0.8983 0.000 0.096 0.000 0.000 0.088 0.816
#> dkfz_11-012 6 0.3252 0.9075 0.000 0.108 0.000 0.000 0.068 0.824
#> dkfz_11-013 2 0.1610 0.9036 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-014 6 0.2730 0.8642 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> dkfz_11-015 6 0.3659 0.5740 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-016 4 0.5492 0.2464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.312 0.152
#> dkfz_11-017 4 0.0146 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0146 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2300 0.8455 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0146 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.2520 0.8199 0.004 0.000 0.000 0.000 0.844 0.152
#> dkfz_11-024 6 0.3361 0.9069 0.000 0.108 0.000 0.000 0.076 0.816
#> dkfz_11-025 6 0.3347 0.9069 0.000 0.104 0.004 0.000 0.068 0.824
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9076 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.5275 0.7186 0.600 0.000 0.000 0.000 0.232 0.168
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0146 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-034 4 0.4657 0.5309 0.000 0.000 0.000 0.672 0.228 0.100
#> dkfz_11-035 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9076 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2482 0.8209 0.004 0.000 0.000 0.000 0.848 0.148
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.4765 0.7972 0.676 0.000 0.000 0.000 0.152 0.172
#> dkfz_11-042 5 0.3763 0.7266 0.000 0.060 0.000 0.000 0.768 0.172
#> dkfz_11-043 5 0.2234 0.8171 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.124
#> dkfz_11-044 6 0.3699 0.8011 0.000 0.020 0.000 0.076 0.092 0.812
#> dkfz_11-045 6 0.2664 0.8696 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-046 3 0.0363 0.9813 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-047 1 0.4728 0.7988 0.680 0.000 0.000 0.000 0.144 0.176
#> dkfz_11-048 6 0.2664 0.8696 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3708 0.8653 0.000 0.060 0.000 0.032 0.092 0.816
#> dkfz_11-051 1 0.4765 0.7972 0.676 0.000 0.000 0.000 0.152 0.172
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.4653 0.6372 0.000 0.000 0.000 0.196 0.684 0.120
#> dkfz_11-054 2 0.2340 0.8398 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.4269 0.8014 0.000 0.092 0.000 0.000 0.184 0.724
#> dkfz_11-062 4 0.3241 0.7324 0.000 0.000 0.000 0.824 0.064 0.112
#> dkfz_11-063 4 0.5411 0.3065 0.000 0.000 0.000 0.560 0.288 0.152
#> dkfz_11-064 2 0.0146 0.9065 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 6 0.3261 0.9070 0.000 0.104 0.000 0.000 0.072 0.824
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9076 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4798 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.156 0.172
#> dkfz_11-070 6 0.3361 0.9069 0.000 0.108 0.000 0.000 0.076 0.816
#> dkfz_11-071 5 0.0935 0.7666 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032
#> dkfz_11-072 1 0.1285 0.8350 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.2664 0.8696 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3410 0.9054 0.000 0.100 0.000 0.004 0.076 0.820
#> dkfz_11-091 2 0.1765 0.8989 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-092 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1863 0.8919 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-095 1 0.0632 0.8467 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0632 0.8467 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3698 0.8255 0.788 0.000 0.000 0.000 0.116 0.096
#> dkfz_11-099 4 0.1765 0.8405 0.000 0.000 0.000 0.924 0.052 0.024
#> dkfz_11-100 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-101 1 0.0632 0.8467 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2520 0.8199 0.004 0.000 0.000 0.000 0.844 0.152
#> dkfz_11-104 1 0.0547 0.8522 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-105 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-106 5 0.0935 0.7666 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032
#> dkfz_11-107 1 0.1196 0.8519 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> dkfz_11-108 1 0.1075 0.8512 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.4125 0.8161 0.748 0.000 0.000 0.000 0.128 0.124
#> dkfz_11-112 1 0.4203 0.8144 0.740 0.000 0.000 0.000 0.124 0.136
#> dkfz_11-113 1 0.0146 0.8511 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 5 0.2902 0.7832 0.004 0.000 0.000 0.000 0.800 0.196
#> dkfz_11-115 5 0.0935 0.7666 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4131 0.6692 0.168 0.000 0.000 0.760 0.052 0.020
#> dkfz_11-118 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-119 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-120 1 0.1007 0.8401 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0937 0.8517 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2520 0.8199 0.004 0.000 0.000 0.000 0.844 0.152
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0632 0.8467 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.4003 0.8184 0.760 0.000 0.000 0.000 0.124 0.116
#> dkfz_11-130 5 0.4121 0.0288 0.380 0.000 0.000 0.000 0.604 0.016
#> dkfz_11-131 1 0.0260 0.8498 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1141 0.8370 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3445 0.7592 0.000 0.796 0.000 0.000 0.048 0.156
#> dkfz_11-140 5 0.2378 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8506 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
#> dkfz_11-143 4 0.2697 0.6519 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9076 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.8945 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0146 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9076 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0146 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9076 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.4795 0.7955 0.672 0.000 0.000 0.000 0.152 0.176
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0970 0.937 0.000 0.012 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-002 2 0.2628 0.768 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.2489 0.783 0.000 0.000 0.824 0.000 0.004 0.172 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.3609 0.756 0.112 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.120
#> dkfz_11-005 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2628 0.773 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.1462 0.893 0.072 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.1625 0.865 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.4042 0.746 0.052 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.660
#> dkfz_11-011 6 0.1663 0.788 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020 0.928 0.008
#> dkfz_11-012 6 0.1507 0.781 0.000 0.036 0.000 0.000 0.024 0.936 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.2005 0.842 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3676 0.525 0.000 0.300 0.000 0.000 0.024 0.676 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.3310 0.716 0.000 0.152 0.000 0.000 0.044 0.796 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.4579 0.710 0.028 0.000 0.000 0.164 0.008 0.712 0.088
#> dkfz_11-017 4 0.0373 0.941 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.0373 0.941 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-019 6 0.3558 0.183 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0373 0.941 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.3704 0.701 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008 0.700 0.272
#> dkfz_11-024 6 0.1897 0.780 0.000 0.084 0.000 0.000 0.016 0.900 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.2670 0.762 0.000 0.016 0.056 0.000 0.044 0.876 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.4076 0.746 0.056 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.660
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0134 0.943 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.0134 0.942 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 7 0.4137 0.731 0.052 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.636
#> dkfz_11-032 4 0.0970 0.937 0.000 0.012 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 7 0.4137 0.731 0.052 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.636
#> dkfz_11-034 4 0.4802 0.380 0.000 0.012 0.000 0.600 0.036 0.328 0.024
#> dkfz_11-035 5 0.1462 0.893 0.072 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3606 0.699 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.284
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0134 0.982 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1482 0.894 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.1859 0.787 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.900 0.088
#> dkfz_11-043 7 0.2125 0.717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.068 0.892
#> dkfz_11-044 6 0.2171 0.785 0.000 0.000 0.000 0.048 0.040 0.900 0.012
#> dkfz_11-045 6 0.4312 0.574 0.000 0.216 0.000 0.000 0.024 0.700 0.060
#> dkfz_11-046 3 0.1234 0.935 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.040 0.008
#> dkfz_11-047 5 0.2154 0.846 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3889 0.669 0.000 0.156 0.000 0.000 0.024 0.760 0.060
#> dkfz_11-049 3 0.0134 0.982 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.1981 0.786 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036 0.912 0.012
#> dkfz_11-051 5 0.1433 0.895 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.3963 0.681 0.000 0.000 0.000 0.228 0.016 0.716 0.040
#> dkfz_11-054 6 0.3598 0.352 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.588 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0134 0.982 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0134 0.982 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.2020 0.787 0.000 0.004 0.000 0.036 0.040 0.912 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.3869 0.652 0.008 0.000 0.000 0.260 0.008 0.704 0.020
#> dkfz_11-063 6 0.4550 0.708 0.028 0.000 0.000 0.172 0.008 0.712 0.080
#> dkfz_11-064 2 0.1166 0.867 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1368 0.782 0.000 0.028 0.000 0.000 0.024 0.944 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.0970 0.937 0.000 0.012 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-067 4 0.0876 0.938 0.000 0.008 0.000 0.968 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-068 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.4007 0.747 0.052 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.668
#> dkfz_11-070 6 0.2158 0.782 0.000 0.076 0.000 0.000 0.028 0.892 0.004
#> dkfz_11-071 7 0.2134 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.064 0.892
#> dkfz_11-072 1 0.1242 0.944 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> dkfz_11-073 6 0.4336 0.568 0.000 0.220 0.000 0.000 0.024 0.696 0.060
#> dkfz_11-074 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2345 0.786 0.000 0.012 0.000 0.040 0.044 0.896 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.2572 0.778 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.4137 0.731 0.052 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.636
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3458 0.647 0.000 0.712 0.000 0.000 0.020 0.268 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0863 0.961 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0863 0.961 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-098 5 0.3047 0.684 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.1242 0.907 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.1462 0.893 0.072 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 1 0.0863 0.961 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3726 0.709 0.016 0.000 0.000 0.000 0.020 0.720 0.244
#> dkfz_11-104 1 0.0334 0.972 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1382 0.895 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.2134 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.064 0.892
#> dkfz_11-107 1 0.0914 0.962 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012
#> dkfz_11-108 1 0.0927 0.945 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0863 0.948 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2424 0.839 0.164 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 5 0.2682 0.781 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3360 0.735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.764 0.196
#> dkfz_11-115 7 0.2134 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.064 0.892
#> dkfz_11-116 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4668 0.642 0.144 0.000 0.000 0.708 0.000 0.080 0.068
#> dkfz_11-118 5 0.1382 0.895 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.1462 0.893 0.072 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.0990 0.955 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-121 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0820 0.963 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3550 0.698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.704 0.272
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0863 0.961 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2655 0.791 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.4603 0.581 0.056 0.000 0.000 0.000 0.064 0.180 0.700
#> dkfz_11-131 1 0.0656 0.968 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-132 1 0.1346 0.940 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.056
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0134 0.976 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0134 0.984 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2986 0.778 0.000 0.084 0.000 0.036 0.020 0.852 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.4111 0.726 0.024 0.000 0.000 0.044 0.008 0.740 0.184
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1769 0.856 0.052 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.032
#> dkfz_11-143 4 0.0970 0.937 0.000 0.012 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-144 4 0.0970 0.937 0.000 0.012 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-145 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0373 0.941 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0134 0.943 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0334 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.4137 0.731 0.052 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.636
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.2261 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-002 2 0.3590 0.5954 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008 0.216
#> dkfz_11-003 3 0.2106 0.8786 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.028 0.000 0.068
#> dkfz_11-004 5 0.2445 0.8091 0.056 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0395 0.7867 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3458 0.6161 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.212
#> dkfz_11-007 5 0.0544 0.8851 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2082 0.7236 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-009 3 0.0313 0.9787 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.2971 0.8684 0.004 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3200 0.5875 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.720 0.008 0.264
#> dkfz_11-012 8 0.3205 0.4088 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.728
#> dkfz_11-013 2 0.2857 0.6964 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.164
#> dkfz_11-014 8 0.4344 0.5870 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.160 0.008 0.664
#> dkfz_11-015 6 0.5105 0.2922 0.000 0.060 0.000 0.012 0.000 0.456 0.036 0.436
#> dkfz_11-016 6 0.2053 0.6295 0.024 0.000 0.000 0.096 0.000 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.5493 -0.3097 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012 0.280
#> dkfz_11-020 4 0.0125 0.8897 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0251 0.8896 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.1508 0.6326 0.012 0.000 0.000 0.000 0.016 0.932 0.040 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.4911 0.3584 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.548 0.008 0.280
#> dkfz_11-025 6 0.4890 0.3674 0.000 0.000 0.084 0.000 0.008 0.480 0.012 0.416
#> dkfz_11-026 2 0.0395 0.7867 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.3045 0.8671 0.008 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0125 0.8897 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0251 0.8900 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.8894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.2971 0.8684 0.004 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2261 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-033 7 0.3081 0.8624 0.008 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.5448 -0.0484 0.000 0.000 0.000 0.408 0.004 0.408 0.156 0.024
#> dkfz_11-035 5 0.0614 0.8878 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0395 0.7867 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.2144 0.5898 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.864 0.124 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0349 0.9780 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0926 0.8899 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3893 0.5200 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.612 0.036 0.348
#> dkfz_11-043 7 0.3253 0.7584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.188 0.760 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4523 0.5650 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.640 0.012 0.208
#> dkfz_11-045 8 0.1725 0.6933 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.908
#> dkfz_11-046 3 0.2733 0.8559 0.000 0.000 0.868 0.020 0.004 0.060 0.016 0.032
#> dkfz_11-047 5 0.1521 0.8551 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.1818 0.6903 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.900
#> dkfz_11-049 3 0.0224 0.9797 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 6 0.3595 0.5906 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.672 0.012 0.300
#> dkfz_11-051 5 0.0926 0.8899 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.2540 0.5901 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.804 0.008 0.000
#> dkfz_11-054 8 0.5643 -0.1159 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.368 0.036 0.400
#> dkfz_11-055 1 0.0125 0.9905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0224 0.9797 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0224 0.9896 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0671 0.9744 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.2827 0.6398 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.784 0.004 0.200
#> dkfz_11-062 6 0.2380 0.5844 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2010 0.6306 0.024 0.000 0.000 0.092 0.000 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0520 0.7851 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-065 6 0.3605 0.2913 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.484
#> dkfz_11-066 4 0.2261 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-067 4 0.2261 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0395 0.7867 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.2971 0.8684 0.004 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4616 0.4884 0.000 0.092 0.000 0.008 0.000 0.604 0.008 0.288
#> dkfz_11-071 7 0.3345 0.8069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.144 0.768 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0224 0.9864 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.1725 0.6933 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.908
#> dkfz_11-074 3 0.0313 0.9787 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4464 0.4937 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000 0.548 0.036 0.388
#> dkfz_11-091 2 0.3425 0.6210 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.204
#> dkfz_11-092 7 0.2971 0.8684 0.004 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.3380 0.1175 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.580
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0224 0.9896 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2628 0.7143 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.1293 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0596 0.8802 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0125 0.9894 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0806 0.6401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0395 0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0808 0.8907 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.3395 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.140 0.764 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0681 0.9678 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0614 0.9718 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0926 0.9473 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1803 0.8349 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2484 0.7473 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0768 0.6411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.3378 0.8249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.120 0.768 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4806 0.4559 0.212 0.000 0.000 0.572 0.004 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0614 0.8878 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0544 0.8851 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0681 0.9672 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0125 0.9905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0224 0.9799 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3950 0.5372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.736 0.160 0.036
#> dkfz_11-126 1 0.0224 0.9896 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0224 0.9896 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2352 0.7662 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.4394 0.7977 0.008 0.000 0.000 0.000 0.180 0.156 0.656 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0125 0.9894 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0224 0.9864 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0224 0.9896 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0125 0.9905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0125 0.9895 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0313 0.9787 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.5552 0.4592 0.000 0.044 0.000 0.056 0.004 0.524 0.040 0.332
#> dkfz_11-140 6 0.0669 0.6410 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0125 0.9905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1014 0.8748 0.024 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.2563 0.8483 0.012 0.000 0.000 0.832 0.004 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.2261 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0926 0.7818 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-146 4 0.0125 0.8897 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 4 0.0125 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0395 0.7867 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0349 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0926 0.7818 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-151 7 0.3081 0.8624 0.008 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.708 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.2728 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.204 0.000 0.020
#> dkfz_11-002 9 0.3719 0.0964 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.508
#> dkfz_11-003 3 0.1341 0.9086 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.2659 0.7452 0.072 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 9 0.3963 0.0832 0.000 0.464 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.024 0.496
#> dkfz_11-007 5 0.0446 0.8358 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2846 0.6657 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.040
#> dkfz_11-009 3 0.0119 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.2905 0.8701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2482 0.6869 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.048 0.116
#> dkfz_11-012 8 0.2244 0.5994 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.856 0.036
#> dkfz_11-013 2 0.3699 -0.1749 0.000 0.496 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024 0.476
#> dkfz_11-014 8 0.4358 0.4331 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.652 0.044
#> dkfz_11-015 9 0.4770 0.0599 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.280 0.000 0.152 0.552
#> dkfz_11-016 6 0.1126 0.7183 0.020 0.000 0.000 0.020 0.000 0.952 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 4 0.0237 0.8527 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0119 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 9 0.4016 0.3604 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.060 0.648
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0119 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0585 0.8534 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 6 0.0930 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.5337 0.2570 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.068 0.168
#> dkfz_11-025 8 0.6246 0.0932 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.228 0.000 0.320 0.208
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.2929 0.8669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.8549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0119 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.2905 0.8701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2728 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.204 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 7 0.2929 0.8669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.5743 0.0092 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.356 0.204 0.000 0.080
#> dkfz_11-035 5 0.0658 0.8349 0.020 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.2531 0.6356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.784 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.1156 0.9482 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.032
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1033 0.8478 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.5526 0.3872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.200 0.244 0.076
#> dkfz_11-043 7 0.3288 0.6613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.192 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.3937 0.4925 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.580 0.008 0.012 0.376
#> dkfz_11-045 8 0.0119 0.6390 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.2955 0.8089 0.000 0.000 0.812 0.016 0.012 0.000 0.024 0.000 0.136
#> dkfz_11-047 5 0.2060 0.7416 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.0212 0.6381 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.1156 0.9482 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.032
#> dkfz_11-050 6 0.3468 0.5319 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.008 0.012 0.372
#> dkfz_11-051 5 0.0930 0.8476 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.2555 0.6405 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.804 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 9 0.3699 0.3988 0.000 0.148 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.076 0.748
#> dkfz_11-055 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.1156 0.9482 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.032
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 3 0.1156 0.9482 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.032
#> dkfz_11-061 6 0.3124 0.6139 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008 0.012 0.268
#> dkfz_11-062 6 0.2599 0.6332 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.796 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-063 6 0.1263 0.7164 0.024 0.000 0.000 0.024 0.000 0.944 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.3575 0.2018 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.616 0.036
#> dkfz_11-066 4 0.2728 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.204 0.000 0.020
#> dkfz_11-067 4 0.2728 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.204 0.000 0.020
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.2905 0.8701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4867 0.4745 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.068 0.192
#> dkfz_11-071 7 0.3297 0.8067 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.076 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.0119 0.6390 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0119 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 9 0.4198 -0.4500 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.468 0.004 0.044 0.472
#> dkfz_11-091 9 0.3721 0.0853 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.504
#> dkfz_11-092 7 0.2905 0.8701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.3179 0.0617 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2627 0.6563 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.2017 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.080 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-100 5 0.0507 0.8247 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0119 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0212 0.9854 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0446 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0373 0.9807 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1131 0.8456 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.3348 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.076 0.736 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0930 0.9462 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0982 0.9396 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1033 0.9387 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1519 0.8208 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2327 0.7250 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0296 0.9830 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0373 0.7250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.3062 0.8298 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.036 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4817 0.2984 0.284 0.000 0.000 0.496 0.004 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0581 0.8408 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0446 0.8358 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0212 0.9852 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0706 0.9634 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 3 0.0119 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.4673 0.4192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.580 0.248 0.012 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 5 0.2589 0.6629 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 7 0.4685 0.6748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.188 0.488 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0373 0.9787 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0119 0.9867 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0212 0.9852 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0119 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0119 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.4524 0.0187 0.000 0.016 0.000 0.064 0.000 0.276 0.004 0.020 0.620
#> dkfz_11-140 6 0.0373 0.7246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0119 0.9875 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 5 0.1140 0.7859 0.008 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.2906 0.7975 0.004 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.204 0.000 0.024
#> dkfz_11-144 4 0.2728 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.204 0.000 0.020
#> dkfz_11-145 2 0.0939 0.8577 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.8549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0119 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0585 0.8534 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.0824 0.8630 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-151 7 0.2952 0.8602 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.2999 0.53401 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-002 9 0.3008 -0.02712 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.1908 0.82836 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084 0.028 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1950 0.67695 0.052 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.84974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2930 0.24828 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0113 0.67612 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2844 0.68717 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.076 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0429 0.90530 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2923 0.42482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3348 0.42873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.044 0.160 0.040 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.0750 0.73915 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.968 0.012 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.2875 0.33449 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-014 8 0.2230 0.64290 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.840 0.012 0.000
#> dkfz_11-015 9 0.3651 0.33696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.080 0.744 0.060
#> dkfz_11-016 6 0.2354 0.49214 0.060 0.000 0.000 0.068 0.000 0.860 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 4 0.0202 0.72710 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-018 4 0.0202 0.72710 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-019 9 0.2471 0.55163 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.808 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0202 0.72710 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 3 0.0606 0.90521 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008
#> dkfz_11-022 4 0.1880 0.70038 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-023 6 0.2332 0.43891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.5931 -0.00206 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.336 0.024 0.284 0.076 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.6533 -0.06712 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.220 0.000 0.320 0.056 0.216
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.84974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2916 0.42920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0469 0.72957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-029 4 0.0356 0.72981 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-030 4 0.0202 0.72710 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.2916 0.42972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2999 0.53401 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-033 5 0.2916 0.42972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.4735 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.364 0.012 0.000 0.032 0.504
#> dkfz_11-035 5 0.0492 0.68091 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.84974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.2828 0.49154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.2873 0.74646 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.280
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.90833 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1412 0.66128 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.3938 0.58869 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.684 0.184 0.028 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.1763 0.79387 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.052 0.896 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4969 0.05108 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.556 0.056 0.000 0.140 0.240
#> dkfz_11-045 8 0.0202 0.74776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.3435 0.66653 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032 0.336
#> dkfz_11-047 5 0.2413 0.55145 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.0315 0.74783 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.2597 0.76421 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-050 6 0.4531 0.18463 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.056 0.000 0.136 0.188
#> dkfz_11-051 5 0.0986 0.67877 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.90833 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.3495 0.43409 0.016 0.000 0.000 0.148 0.000 0.736 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 9 0.1669 0.56720 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.900 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.2857 0.74954 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.276
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.90833 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.90833 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.2964 0.72560 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.304
#> dkfz_11-061 6 0.4369 0.19054 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.056 0.000 0.100 0.208
#> dkfz_11-062 6 0.3128 0.38527 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.744 0.044 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2428 0.49404 0.056 0.000 0.000 0.072 0.000 0.856 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.84974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.2451 0.64259 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.060 0.844 0.008 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2999 0.53401 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-067 4 0.2999 0.53401 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.84974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2923 0.42482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.5083 0.29633 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.596 0.040 0.180 0.056 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.1487 0.78008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.0202 0.74776 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0429 0.90530 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.5520 -0.05365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.052 0.024 0.208 0.248
#> dkfz_11-091 9 0.3010 -0.06964 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2936 0.41121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.90833 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.3073 0.08652 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2916 0.33799 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.2839 0.58658 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.124 0.044 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0113 0.67612 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1124 0.53049 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1253 0.67091 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 7 0.1334 0.79689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0555 0.96916 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0937 0.93353 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1124 0.92012 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1334 0.66535 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2709 0.45241 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0113 0.98782 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1168 0.53136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 7 0.1168 0.80035 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.90833 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4082 0.24608 0.296 0.000 0.000 0.588 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.0673 0.68154 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.67612 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0113 0.98773 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.90833 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0555 0.96763 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0315 0.90621 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.2611 0.72874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.140 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2795 0.41677 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3714 0.36151 0.004 0.000 0.000 0.000 0.572 0.048 0.376 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0492 0.97031 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0113 0.98782 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0202 0.98504 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0719 0.90416 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> dkfz_11-137 3 0.0429 0.90530 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.3255 0.23188 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.104 0.000 0.000 0.768 0.016
#> dkfz_11-140 6 0.0986 0.53104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.99012 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1406 0.67396 0.020 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.3184 0.51163 0.008 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-144 4 0.2999 0.53401 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-145 2 0.1124 0.81870 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0469 0.72957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-147 4 0.0202 0.72710 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.84974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1994 0.69523 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-150 2 0.1079 0.82146 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2900 0.43782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:mclust 134 3.65e-20 3.91e-11 2
#> SD:mclust 132 2.07e-46 1.98e-31 3
#> SD:mclust 130 2.70e-53 3.81e-29 4
#> SD:mclust 116 4.98e-53 2.21e-25 5
#> SD:mclust 133 2.22e-62 9.17e-28 6
#> SD:mclust 133 2.07e-65 3.82e-31 7
#> SD:mclust 123 9.84e-61 5.87e-27 8
#> SD:mclust 116 3.73e-59 7.96e-25 9
#> SD:mclust 102 1.55e-46 3.10e-20 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.951 0.961 0.2582 0.758 0.758
#> 3 3 0.505 0.813 0.820 0.9978 0.635 0.518
#> 4 4 0.413 0.712 0.777 0.1848 0.937 0.850
#> 5 5 0.521 0.693 0.785 0.1189 0.923 0.799
#> 6 6 0.601 0.622 0.774 0.0810 0.882 0.636
#> 7 7 0.599 0.645 0.773 0.0231 0.975 0.889
#> 8 8 0.611 0.589 0.758 0.0289 0.995 0.974
#> 9 9 0.683 0.572 0.758 0.0229 0.973 0.870
#> 10 10 0.685 0.572 0.756 0.0147 0.979 0.886
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-002 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-003 2 0.2423 0.954 0.040 0.960
#> dkfz_11-004 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-005 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-006 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-007 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-008 1 0.1843 0.959 0.972 0.028
#> dkfz_11-009 2 0.2603 0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-010 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-011 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> dkfz_11-012 1 0.0938 0.959 0.988 0.012
#> dkfz_11-013 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-014 1 0.0938 0.959 0.988 0.012
#> dkfz_11-015 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-016 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> dkfz_11-017 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-018 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-019 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-020 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-021 2 0.2603 0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-022 1 0.1184 0.958 0.984 0.016
#> dkfz_11-023 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> dkfz_11-024 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-025 1 0.0938 0.959 0.988 0.012
#> dkfz_11-026 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-027 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-028 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-029 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-030 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-031 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-032 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-033 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-034 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-035 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-036 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.3114 0.961 0.944 0.056
#> dkfz_11-038 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-039 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> dkfz_11-040 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-041 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-042 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-043 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-044 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-045 1 0.0938 0.959 0.988 0.012
#> dkfz_11-046 2 0.9881 0.308 0.436 0.564
#> dkfz_11-047 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-048 1 0.1843 0.959 0.972 0.028
#> dkfz_11-049 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> dkfz_11-050 1 0.0376 0.960 0.996 0.004
#> dkfz_11-051 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-052 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.3114 0.961 0.944 0.056
#> dkfz_11-056 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> dkfz_11-057 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-058 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> dkfz_11-059 1 0.3114 0.961 0.944 0.056
#> dkfz_11-060 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> dkfz_11-061 1 0.0672 0.958 0.992 0.008
#> dkfz_11-062 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-065 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-066 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-067 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-068 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-069 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-070 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-071 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-072 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-073 1 0.9491 0.479 0.632 0.368
#> dkfz_11-074 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-075 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-091 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-092 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-093 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-094 1 0.0938 0.959 0.988 0.012
#> dkfz_11-095 1 0.2778 0.962 0.952 0.048
#> dkfz_11-096 1 0.3114 0.961 0.944 0.056
#> dkfz_11-097 1 0.2778 0.962 0.952 0.048
#> dkfz_11-098 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-099 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-100 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-101 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-102 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-103 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> dkfz_11-104 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-105 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-106 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-107 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-108 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-109 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-110 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-111 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-112 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-113 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-114 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> dkfz_11-115 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-116 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-117 1 0.1184 0.962 0.984 0.016
#> dkfz_11-118 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-119 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-120 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-121 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-122 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-123 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-124 2 0.2603 0.952 0.044 0.956
#> dkfz_11-125 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-126 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-127 1 0.2778 0.962 0.952 0.048
#> dkfz_11-128 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-129 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-130 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-131 1 0.2778 0.962 0.952 0.048
#> dkfz_11-132 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-133 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> dkfz_11-134 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-135 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-136 2 0.2948 0.943 0.052 0.948
#> dkfz_11-137 2 0.0938 0.966 0.012 0.988
#> dkfz_11-138 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-139 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-140 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> dkfz_11-142 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
#> dkfz_11-143 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-144 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-145 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-146 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-147 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-148 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-149 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-150 1 0.0938 0.957 0.988 0.012
#> dkfz_11-151 1 0.3431 0.959 0.936 0.064
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.4291 0.812 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.5621 0.913 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.1753 0.937 0.000 0.048 0.952
#> dkfz_11-004 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.5621 0.913 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.6339 0.864 0.360 0.632 0.008
#> dkfz_11-009 3 0.1989 0.936 0.004 0.048 0.948
#> dkfz_11-010 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.6244 0.710 0.440 0.560 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.6026 0.805 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.6008 0.812 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.5591 0.914 0.304 0.696 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.6235 0.720 0.436 0.564 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.5465 0.907 0.288 0.712 0.000
#> dkfz_11-018 2 0.5497 0.909 0.292 0.708 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.5465 0.907 0.288 0.712 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.2096 0.936 0.004 0.052 0.944
#> dkfz_11-022 1 0.6215 -0.358 0.572 0.428 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.6244 -0.384 0.560 0.440 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.6008 0.812 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.5431 0.905 0.284 0.716 0.000
#> dkfz_11-029 2 0.4605 0.837 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.5497 0.909 0.292 0.708 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.4346 0.817 0.184 0.816 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.4291 0.812 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3619 0.743 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0424 0.878 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0475 0.944 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-040 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-041 1 0.1031 0.885 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.2711 0.835 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0592 0.883 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.5706 0.906 0.320 0.680 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.6008 0.812 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.6286 0.292 0.000 0.464 0.536
#> dkfz_11-047 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6339 0.864 0.360 0.632 0.008
#> dkfz_11-049 3 0.2590 0.947 0.004 0.072 0.924
#> dkfz_11-050 1 0.6267 -0.426 0.548 0.452 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.1289 0.885 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-053 2 0.5529 0.757 0.296 0.704 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.5591 0.914 0.304 0.696 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1411 0.859 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0475 0.944 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-057 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-058 3 0.0475 0.944 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-059 1 0.0892 0.877 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0475 0.944 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-061 2 0.5733 0.903 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.5905 0.872 0.352 0.648 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.6244 0.711 0.440 0.560 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2711 0.835 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.4346 0.817 0.184 0.816 0.000
#> dkfz_11-067 2 0.4605 0.837 0.204 0.796 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5650 0.912 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.1529 0.881 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.5216 0.574 0.740 0.260 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.9258 0.274 0.524 0.204 0.272
#> dkfz_11-074 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-075 2 0.5650 0.912 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-094 2 0.6008 0.812 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1031 0.878 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0592 0.878 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2356 0.837 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5650 0.912 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.1289 0.885 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2356 0.861 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0747 0.873 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.6154 -0.217 0.592 0.408 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2165 0.865 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0747 0.884 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2165 0.870 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1753 0.870 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0592 0.876 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1163 0.885 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.1031 0.885 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.1031 0.885 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1031 0.861 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.6154 -0.217 0.592 0.408 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.2356 0.855 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-117 1 0.5591 0.246 0.696 0.304 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.1031 0.881 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2165 0.865 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-122 1 0.1753 0.867 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0892 0.881 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1989 0.936 0.004 0.048 0.948
#> dkfz_11-125 1 0.1964 0.873 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0592 0.876 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2537 0.827 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0592 0.876 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1031 0.885 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1163 0.886 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1163 0.877 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1163 0.857 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0892 0.881 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0747 0.873 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0592 0.876 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2200 0.932 0.004 0.056 0.940
#> dkfz_11-137 3 0.2625 0.947 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-138 1 0.0592 0.876 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.5621 0.913 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.6154 -0.217 0.592 0.408 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0747 0.882 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.1031 0.885 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.4291 0.812 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.4291 0.812 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.5465 0.907 0.288 0.712 0.000
#> dkfz_11-147 2 0.5497 0.909 0.292 0.708 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.4654 0.836 0.208 0.792 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.5650 0.914 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.1411 0.885 0.964 0.036 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 2 0.556 0.1022 0.020 0.544 0.000 0.436
#> dkfz_11-002 2 0.434 0.7288 0.140 0.808 0.000 0.052
#> dkfz_11-003 3 0.387 0.7825 0.000 0.000 0.772 0.228
#> dkfz_11-004 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-005 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.330 0.7343 0.144 0.848 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-008 2 0.428 0.7228 0.180 0.792 0.000 0.028
#> dkfz_11-009 3 0.425 0.7645 0.000 0.000 0.724 0.276
#> dkfz_11-010 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-011 2 0.469 0.6636 0.276 0.712 0.000 0.012
#> dkfz_11-012 2 0.528 0.6735 0.232 0.716 0.000 0.052
#> dkfz_11-013 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.521 0.6784 0.224 0.724 0.000 0.052
#> dkfz_11-015 2 0.400 0.7341 0.140 0.824 0.000 0.036
#> dkfz_11-016 2 0.510 0.6566 0.276 0.696 0.000 0.028
#> dkfz_11-017 2 0.678 0.5463 0.124 0.572 0.000 0.304
#> dkfz_11-018 2 0.673 0.5649 0.128 0.588 0.000 0.284
#> dkfz_11-019 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.673 0.5587 0.124 0.584 0.000 0.292
#> dkfz_11-021 3 0.428 0.7613 0.000 0.000 0.720 0.280
#> dkfz_11-022 1 0.681 -0.1565 0.516 0.380 0.000 0.104
#> dkfz_11-023 2 0.549 0.3810 0.456 0.528 0.000 0.016
#> dkfz_11-024 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.521 0.6784 0.224 0.724 0.000 0.052
#> dkfz_11-026 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-028 2 0.674 0.5403 0.120 0.576 0.000 0.304
#> dkfz_11-029 2 0.581 0.3313 0.044 0.612 0.000 0.344
#> dkfz_11-030 2 0.673 0.5649 0.128 0.588 0.000 0.284
#> dkfz_11-031 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-032 2 0.562 0.1590 0.024 0.560 0.000 0.416
#> dkfz_11-033 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-034 2 0.549 0.0356 0.016 0.528 0.000 0.456
#> dkfz_11-035 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-036 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.335 0.7785 0.836 0.160 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.177 0.8655 0.944 0.012 0.000 0.044
#> dkfz_11-039 3 0.357 0.8102 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-040 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.222 0.8961 0.924 0.060 0.000 0.016
#> dkfz_11-042 1 0.401 0.7674 0.800 0.184 0.000 0.016
#> dkfz_11-043 1 0.152 0.8902 0.956 0.024 0.000 0.020
#> dkfz_11-044 2 0.487 0.7274 0.148 0.776 0.000 0.076
#> dkfz_11-045 2 0.521 0.6784 0.224 0.724 0.000 0.052
#> dkfz_11-046 4 0.665 0.0000 0.000 0.148 0.236 0.616
#> dkfz_11-047 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-048 2 0.428 0.7228 0.180 0.792 0.000 0.028
#> dkfz_11-049 3 0.172 0.8328 0.000 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-050 2 0.548 0.4140 0.444 0.540 0.000 0.016
#> dkfz_11-051 1 0.245 0.8939 0.912 0.072 0.000 0.016
#> dkfz_11-052 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.623 0.4219 0.132 0.664 0.000 0.204
#> dkfz_11-054 2 0.400 0.7341 0.140 0.824 0.000 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.271 0.8204 0.900 0.020 0.000 0.080
#> dkfz_11-056 3 0.357 0.8102 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-057 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.353 0.8115 0.000 0.000 0.808 0.192
#> dkfz_11-059 1 0.136 0.8732 0.960 0.008 0.000 0.032
#> dkfz_11-060 3 0.357 0.8102 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-061 2 0.365 0.7347 0.152 0.832 0.000 0.016
#> dkfz_11-062 2 0.428 0.7244 0.180 0.792 0.000 0.028
#> dkfz_11-063 2 0.516 0.6492 0.284 0.688 0.000 0.028
#> dkfz_11-064 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.401 0.7674 0.800 0.184 0.000 0.016
#> dkfz_11-066 2 0.560 0.1739 0.024 0.568 0.000 0.408
#> dkfz_11-067 2 0.582 0.3240 0.044 0.608 0.000 0.348
#> dkfz_11-068 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-070 2 0.444 0.7307 0.148 0.800 0.000 0.052
#> dkfz_11-071 1 0.245 0.8905 0.912 0.072 0.000 0.016
#> dkfz_11-072 1 0.556 0.5014 0.640 0.324 0.000 0.036
#> dkfz_11-073 1 0.786 0.0867 0.460 0.140 0.024 0.376
#> dkfz_11-074 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.396 0.7363 0.144 0.824 0.000 0.032
#> dkfz_11-091 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-093 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.521 0.6784 0.224 0.724 0.000 0.052
#> dkfz_11-095 1 0.162 0.8756 0.952 0.020 0.000 0.028
#> dkfz_11-096 1 0.155 0.8724 0.952 0.008 0.000 0.040
#> dkfz_11-097 1 0.304 0.8338 0.888 0.076 0.000 0.036
#> dkfz_11-098 1 0.213 0.8941 0.920 0.076 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 2 0.476 0.7238 0.144 0.784 0.000 0.072
#> dkfz_11-100 1 0.245 0.8939 0.912 0.072 0.000 0.016
#> dkfz_11-101 1 0.271 0.8765 0.884 0.112 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.177 0.8656 0.944 0.012 0.000 0.044
#> dkfz_11-103 2 0.570 0.1964 0.484 0.492 0.000 0.024
#> dkfz_11-104 1 0.274 0.8819 0.892 0.096 0.000 0.012
#> dkfz_11-105 1 0.206 0.8964 0.932 0.052 0.000 0.016
#> dkfz_11-106 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-107 1 0.248 0.8861 0.904 0.088 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 1 0.205 0.8854 0.924 0.072 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.131 0.8702 0.960 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-110 1 0.205 0.8978 0.928 0.064 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 1 0.222 0.8962 0.924 0.060 0.000 0.016
#> dkfz_11-112 1 0.234 0.8962 0.920 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-113 1 0.217 0.8402 0.928 0.020 0.000 0.052
#> dkfz_11-114 2 0.570 0.1964 0.484 0.492 0.000 0.024
#> dkfz_11-115 1 0.374 0.8043 0.824 0.160 0.000 0.016
#> dkfz_11-116 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.530 0.3820 0.664 0.308 0.000 0.028
#> dkfz_11-118 1 0.217 0.8947 0.928 0.052 0.000 0.020
#> dkfz_11-119 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-120 1 0.253 0.8815 0.896 0.100 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.233 0.8803 0.916 0.072 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.194 0.8855 0.940 0.032 0.000 0.028
#> dkfz_11-124 3 0.425 0.7645 0.000 0.000 0.724 0.276
#> dkfz_11-125 1 0.222 0.8877 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.121 0.8721 0.964 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-127 1 0.315 0.8257 0.880 0.088 0.000 0.032
#> dkfz_11-128 1 0.121 0.8721 0.964 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-129 1 0.234 0.8962 0.920 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-130 1 0.218 0.8971 0.924 0.064 0.000 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.173 0.8748 0.948 0.024 0.000 0.028
#> dkfz_11-132 1 0.234 0.8321 0.920 0.020 0.000 0.060
#> dkfz_11-133 1 0.204 0.8851 0.936 0.032 0.000 0.032
#> dkfz_11-134 1 0.164 0.8621 0.948 0.008 0.000 0.044
#> dkfz_11-135 1 0.140 0.8679 0.956 0.004 0.000 0.040
#> dkfz_11-136 3 0.473 0.5959 0.000 0.000 0.636 0.364
#> dkfz_11-137 3 0.000 0.8359 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.164 0.8621 0.948 0.008 0.000 0.044
#> dkfz_11-139 2 0.497 0.7170 0.140 0.772 0.000 0.088
#> dkfz_11-140 2 0.570 0.1964 0.484 0.492 0.000 0.024
#> dkfz_11-141 1 0.183 0.8877 0.944 0.032 0.000 0.024
#> dkfz_11-142 1 0.234 0.8962 0.920 0.060 0.000 0.020
#> dkfz_11-143 2 0.549 0.0356 0.016 0.528 0.000 0.456
#> dkfz_11-144 2 0.557 0.0925 0.020 0.540 0.000 0.440
#> dkfz_11-145 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.678 0.5464 0.124 0.572 0.000 0.304
#> dkfz_11-147 2 0.673 0.5649 0.128 0.588 0.000 0.284
#> dkfz_11-148 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.583 0.3548 0.048 0.620 0.000 0.332
#> dkfz_11-150 2 0.297 0.7358 0.144 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.252 0.8928 0.908 0.076 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0794 0.4965 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3538 0.7331 0.044 0.856 0.000 0.056 0.044
#> dkfz_11-003 3 0.3395 0.8100 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-004 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-005 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-006 2 0.2077 0.7956 0.040 0.920 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-007 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-008 2 0.3056 0.7861 0.068 0.864 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-009 3 0.3796 0.7917 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-010 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-011 2 0.4037 0.7115 0.176 0.784 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-012 2 0.3692 0.7368 0.136 0.812 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-013 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-014 2 0.3601 0.7431 0.128 0.820 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-015 2 0.2673 0.7722 0.044 0.900 0.000 0.036 0.020
#> dkfz_11-016 2 0.4536 0.6888 0.176 0.760 0.000 0.020 0.044
#> dkfz_11-017 4 0.5909 0.5039 0.036 0.444 0.000 0.484 0.036
#> dkfz_11-018 4 0.5977 0.4760 0.036 0.460 0.000 0.464 0.040
#> dkfz_11-019 2 0.2300 0.7911 0.040 0.908 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-020 4 0.5914 0.4851 0.036 0.456 0.000 0.472 0.036
#> dkfz_11-021 3 0.3816 0.7891 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-022 1 0.6748 -0.0733 0.476 0.388 0.000 0.064 0.072
#> dkfz_11-023 2 0.4937 0.4701 0.364 0.604 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-025 2 0.3601 0.7431 0.128 0.820 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-026 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-027 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-028 4 0.5970 0.5085 0.036 0.440 0.000 0.484 0.040
#> dkfz_11-029 4 0.5337 0.6005 0.016 0.328 0.000 0.616 0.040
#> dkfz_11-030 4 0.5977 0.4760 0.036 0.460 0.000 0.464 0.040
#> dkfz_11-031 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-032 4 0.2270 0.5289 0.004 0.072 0.000 0.908 0.016
#> dkfz_11-033 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-034 4 0.0510 0.4518 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-035 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-036 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-037 1 0.4100 0.6967 0.764 0.192 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-038 1 0.2286 0.7151 0.888 0.004 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-039 3 0.3274 0.8299 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.3967 0.7911 0.800 0.092 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-042 1 0.5598 0.5480 0.612 0.276 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-043 1 0.3427 0.7861 0.836 0.056 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-044 2 0.4085 0.7220 0.056 0.824 0.000 0.068 0.052
#> dkfz_11-045 2 0.3601 0.7431 0.128 0.820 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-046 5 0.7430 -0.1684 0.000 0.120 0.212 0.140 0.528
#> dkfz_11-047 1 0.4020 0.7919 0.796 0.108 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-048 2 0.3056 0.7861 0.068 0.864 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-049 3 0.1851 0.8481 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-050 2 0.4897 0.4899 0.352 0.616 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-051 1 0.4171 0.7872 0.784 0.104 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.5889 0.3924 0.104 0.244 0.000 0.632 0.020
#> dkfz_11-054 2 0.2673 0.7722 0.044 0.900 0.000 0.036 0.020
#> dkfz_11-055 1 0.3238 0.6407 0.836 0.028 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-056 3 0.3274 0.8299 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.3242 0.8311 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> dkfz_11-059 1 0.2761 0.7319 0.872 0.024 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-060 3 0.3274 0.8299 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-061 2 0.2374 0.7843 0.052 0.912 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-062 2 0.3392 0.7688 0.076 0.860 0.000 0.032 0.032
#> dkfz_11-063 2 0.4607 0.6813 0.184 0.752 0.000 0.020 0.044
#> dkfz_11-064 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-065 1 0.5598 0.5480 0.612 0.276 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-066 4 0.1571 0.5145 0.004 0.060 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.4605 0.5850 0.012 0.216 0.000 0.732 0.040
#> dkfz_11-068 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-069 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-070 2 0.3681 0.7394 0.056 0.848 0.000 0.052 0.044
#> dkfz_11-071 1 0.4317 0.7709 0.772 0.116 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-072 1 0.6135 0.4146 0.596 0.212 0.000 0.184 0.008
#> dkfz_11-073 5 0.5957 0.1416 0.360 0.092 0.008 0.000 0.540
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2546 0.7767 0.048 0.904 0.000 0.036 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.2459 0.7904 0.040 0.904 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-092 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-093 3 0.0404 0.8497 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-094 2 0.3601 0.7431 0.128 0.820 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-095 1 0.3003 0.7431 0.864 0.044 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-096 1 0.2864 0.7314 0.864 0.024 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-097 1 0.4126 0.6881 0.796 0.096 0.000 0.004 0.104
#> dkfz_11-098 1 0.3427 0.7961 0.836 0.108 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-099 2 0.4056 0.7064 0.052 0.824 0.000 0.080 0.044
#> dkfz_11-100 1 0.4171 0.7872 0.784 0.104 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-101 1 0.2864 0.7774 0.852 0.136 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-102 1 0.2358 0.7142 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-103 2 0.5414 0.2361 0.440 0.512 0.000 0.008 0.040
#> dkfz_11-104 1 0.2674 0.7793 0.868 0.120 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-105 1 0.3857 0.7917 0.808 0.084 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-106 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-107 1 0.2411 0.7797 0.884 0.108 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 1 0.2361 0.7767 0.892 0.096 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-109 1 0.2358 0.7222 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-110 1 0.3410 0.7973 0.840 0.092 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-111 1 0.4016 0.7900 0.796 0.092 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-112 1 0.3912 0.7905 0.804 0.088 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-113 1 0.2722 0.6834 0.872 0.020 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-114 2 0.5414 0.2361 0.440 0.512 0.000 0.008 0.040
#> dkfz_11-115 1 0.5322 0.6360 0.660 0.228 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.5186 0.3500 0.624 0.320 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-118 1 0.3849 0.7863 0.808 0.080 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-119 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-120 1 0.2488 0.7804 0.872 0.124 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2561 0.7718 0.884 0.096 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-123 1 0.3323 0.7528 0.844 0.056 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-124 3 0.3796 0.7917 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-125 1 0.3002 0.7898 0.856 0.116 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-126 1 0.2470 0.7263 0.884 0.012 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-127 1 0.4123 0.6788 0.788 0.108 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-128 1 0.2470 0.7263 0.884 0.012 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-129 1 0.3912 0.7905 0.804 0.088 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-130 1 0.3758 0.7963 0.816 0.096 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-131 1 0.3003 0.7394 0.864 0.044 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-132 1 0.2864 0.6724 0.864 0.024 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-133 1 0.3112 0.7480 0.856 0.044 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-134 1 0.2358 0.7157 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-135 1 0.2233 0.7187 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-136 3 0.4192 0.6434 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2127 0.7104 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-139 2 0.4137 0.6833 0.044 0.816 0.000 0.096 0.044
#> dkfz_11-140 2 0.5414 0.2361 0.440 0.512 0.000 0.008 0.040
#> dkfz_11-141 1 0.3215 0.7593 0.852 0.056 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-142 1 0.3912 0.7905 0.804 0.088 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-143 4 0.0510 0.4518 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-144 4 0.0703 0.4935 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-146 4 0.5972 0.5014 0.036 0.444 0.000 0.480 0.040
#> dkfz_11-147 4 0.5977 0.4760 0.036 0.460 0.000 0.464 0.040
#> dkfz_11-148 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-149 4 0.3381 0.5275 0.016 0.160 0.000 0.820 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.1915 0.7976 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-151 1 0.4221 0.7860 0.780 0.108 0.000 0.000 0.112
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0790 0.527 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3329 0.688 0.000 0.844 0.000 0.032 0.052 0.072
#> dkfz_11-003 3 0.4720 0.544 0.076 0.012 0.684 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.2156 0.742 0.020 0.912 0.000 0.000 0.048 0.020
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3211 0.724 0.020 0.848 0.000 0.000 0.056 0.076
#> dkfz_11-009 3 0.5156 0.489 0.076 0.012 0.592 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4350 0.668 0.124 0.772 0.000 0.012 0.072 0.020
#> dkfz_11-012 2 0.4568 0.597 0.012 0.704 0.000 0.000 0.212 0.072
#> dkfz_11-013 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-014 2 0.4473 0.601 0.008 0.708 0.000 0.000 0.212 0.072
#> dkfz_11-015 2 0.2444 0.725 0.000 0.896 0.000 0.016 0.052 0.036
#> dkfz_11-016 2 0.4645 0.650 0.124 0.748 0.000 0.020 0.096 0.012
#> dkfz_11-017 4 0.5675 0.399 0.000 0.432 0.000 0.468 0.044 0.056
#> dkfz_11-018 2 0.5807 -0.415 0.004 0.448 0.000 0.448 0.044 0.056
#> dkfz_11-019 2 0.2467 0.736 0.020 0.896 0.000 0.000 0.048 0.036
#> dkfz_11-020 4 0.5678 0.373 0.000 0.444 0.000 0.456 0.044 0.056
#> dkfz_11-021 3 0.4947 0.483 0.052 0.012 0.588 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-022 2 0.7597 -0.099 0.248 0.376 0.000 0.044 0.280 0.052
#> dkfz_11-023 2 0.5781 0.472 0.148 0.588 0.000 0.000 0.236 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-025 2 0.4473 0.601 0.008 0.708 0.000 0.000 0.212 0.072
#> dkfz_11-026 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.5713 0.403 0.000 0.432 0.000 0.464 0.040 0.064
#> dkfz_11-029 4 0.4821 0.567 0.000 0.336 0.000 0.600 0.004 0.060
#> dkfz_11-030 4 0.5807 0.357 0.004 0.448 0.000 0.448 0.044 0.056
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2344 0.564 0.000 0.076 0.000 0.892 0.004 0.028
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.2265 0.429 0.056 0.012 0.000 0.904 0.000 0.028
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-037 5 0.5143 0.348 0.156 0.152 0.000 0.000 0.672 0.020
#> dkfz_11-038 1 0.3802 0.879 0.676 0.012 0.000 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3717 0.500 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0547 0.813 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2703 0.605 0.004 0.172 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2704 0.721 0.076 0.036 0.000 0.000 0.876 0.012
#> dkfz_11-044 2 0.4127 0.677 0.020 0.808 0.000 0.048 0.052 0.072
#> dkfz_11-045 2 0.4473 0.601 0.008 0.708 0.000 0.000 0.212 0.072
#> dkfz_11-046 6 0.5350 0.367 0.060 0.088 0.060 0.064 0.000 0.728
#> dkfz_11-047 5 0.0632 0.810 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3211 0.724 0.020 0.848 0.000 0.000 0.056 0.076
#> dkfz_11-049 3 0.2300 0.648 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-050 2 0.5708 0.484 0.144 0.600 0.000 0.000 0.228 0.028
#> dkfz_11-051 5 0.0146 0.817 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.5971 0.440 0.060 0.236 0.000 0.620 0.052 0.032
#> dkfz_11-054 2 0.2444 0.725 0.000 0.896 0.000 0.016 0.052 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.3290 0.803 0.744 0.000 0.000 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.3717 0.500 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.3695 0.507 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> dkfz_11-059 1 0.3969 0.880 0.652 0.016 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3717 0.500 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-061 2 0.2642 0.731 0.024 0.892 0.000 0.008 0.052 0.024
#> dkfz_11-062 2 0.3449 0.718 0.052 0.848 0.000 0.024 0.060 0.016
#> dkfz_11-063 2 0.4735 0.643 0.124 0.740 0.000 0.020 0.104 0.012
#> dkfz_11-064 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.2703 0.605 0.004 0.172 0.000 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1471 0.548 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.4259 0.596 0.000 0.220 0.000 0.716 0.004 0.060
#> dkfz_11-068 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3591 0.693 0.004 0.832 0.000 0.032 0.060 0.072
#> dkfz_11-071 5 0.2058 0.763 0.036 0.056 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.6665 0.313 0.116 0.116 0.000 0.180 0.572 0.016
#> dkfz_11-073 5 0.6875 -0.141 0.128 0.088 0.004 0.000 0.416 0.364
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2745 0.728 0.008 0.884 0.000 0.012 0.052 0.044
#> dkfz_11-091 2 0.2681 0.735 0.020 0.888 0.000 0.004 0.048 0.040
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0790 0.686 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-094 2 0.4473 0.601 0.008 0.708 0.000 0.000 0.212 0.072
#> dkfz_11-095 1 0.4477 0.831 0.588 0.028 0.000 0.000 0.380 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.4074 0.880 0.656 0.016 0.000 0.000 0.324 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.5274 0.799 0.588 0.084 0.000 0.004 0.316 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.1444 0.770 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4034 0.665 0.008 0.808 0.000 0.060 0.052 0.072
#> dkfz_11-100 5 0.0146 0.817 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.4446 0.298 0.256 0.044 0.000 0.000 0.688 0.012
#> dkfz_11-102 1 0.3741 0.879 0.672 0.008 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.6475 0.220 0.244 0.492 0.000 0.008 0.232 0.024
#> dkfz_11-104 5 0.4124 0.439 0.224 0.036 0.000 0.000 0.728 0.012
#> dkfz_11-105 5 0.0865 0.806 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.4338 0.378 0.248 0.040 0.000 0.000 0.700 0.012
#> dkfz_11-108 5 0.4702 0.130 0.296 0.048 0.000 0.000 0.644 0.012
#> dkfz_11-109 1 0.3852 0.883 0.664 0.012 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1814 0.749 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0458 0.814 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0632 0.812 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.3565 0.820 0.692 0.000 0.000 0.000 0.304 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.6475 0.220 0.244 0.492 0.000 0.008 0.232 0.024
#> dkfz_11-115 5 0.2234 0.673 0.004 0.124 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.6672 0.414 0.344 0.312 0.000 0.004 0.320 0.020
#> dkfz_11-118 5 0.1285 0.794 0.052 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.4015 0.480 0.208 0.036 0.000 0.000 0.744 0.012
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.5001 -0.249 0.368 0.052 0.000 0.000 0.568 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.4353 0.827 0.588 0.020 0.000 0.000 0.388 0.004
#> dkfz_11-124 3 0.5156 0.489 0.076 0.012 0.592 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-125 5 0.3415 0.617 0.152 0.028 0.000 0.000 0.808 0.012
#> dkfz_11-126 1 0.3852 0.884 0.664 0.012 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5252 0.790 0.576 0.092 0.000 0.000 0.324 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.3852 0.884 0.664 0.012 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0632 0.812 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1285 0.793 0.052 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4454 0.858 0.616 0.032 0.000 0.000 0.348 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.3528 0.810 0.700 0.000 0.000 0.000 0.296 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.4313 0.848 0.604 0.020 0.000 0.000 0.372 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.3774 0.880 0.664 0.008 0.000 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3819 0.882 0.672 0.012 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.4721 -0.223 0.048 0.000 0.420 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.690 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3725 0.877 0.676 0.008 0.000 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3951 0.647 0.000 0.804 0.000 0.072 0.052 0.072
#> dkfz_11-140 2 0.6475 0.220 0.244 0.492 0.000 0.008 0.232 0.024
#> dkfz_11-141 1 0.4184 0.619 0.504 0.012 0.000 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0632 0.812 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.1074 0.458 0.012 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028
#> dkfz_11-144 4 0.0713 0.524 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-146 4 0.5766 0.393 0.000 0.432 0.000 0.460 0.044 0.064
#> dkfz_11-147 2 0.5807 -0.415 0.004 0.448 0.000 0.448 0.044 0.056
#> dkfz_11-148 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-149 4 0.3198 0.557 0.004 0.160 0.000 0.816 0.012 0.008
#> dkfz_11-150 2 0.1974 0.743 0.020 0.920 0.000 0.000 0.048 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.1652 0.4303 0.000 0.016 0.000 0.932 0.000 0.028 0.024
#> dkfz_11-002 2 0.3629 0.6740 0.000 0.812 0.000 0.096 0.048 0.028 0.016
#> dkfz_11-003 3 0.3321 0.2648 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-006 2 0.1586 0.7501 0.000 0.928 0.000 0.000 0.036 0.000 0.036
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2919 0.7263 0.000 0.856 0.000 0.000 0.036 0.052 0.056
#> dkfz_11-009 6 0.3221 0.6319 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4693 0.6581 0.128 0.740 0.000 0.028 0.060 0.036 0.008
#> dkfz_11-012 2 0.5200 0.5765 0.012 0.680 0.000 0.004 0.148 0.100 0.056
#> dkfz_11-013 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-014 2 0.5104 0.5799 0.008 0.684 0.000 0.004 0.152 0.096 0.056
#> dkfz_11-015 2 0.2421 0.7311 0.000 0.892 0.000 0.040 0.040 0.004 0.024
#> dkfz_11-016 2 0.4838 0.6437 0.128 0.724 0.000 0.032 0.080 0.032 0.004
#> dkfz_11-017 4 0.4779 0.5145 0.000 0.400 0.000 0.536 0.040 0.020 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.4981 0.4912 0.004 0.412 0.000 0.516 0.040 0.024 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.2223 0.7410 0.000 0.904 0.000 0.024 0.036 0.004 0.032
#> dkfz_11-020 4 0.4855 0.5012 0.000 0.408 0.000 0.524 0.040 0.024 0.004
#> dkfz_11-021 6 0.4202 0.6638 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.628 0.056
#> dkfz_11-022 2 0.7139 -0.1122 0.284 0.368 0.000 0.080 0.240 0.016 0.012
#> dkfz_11-023 2 0.6005 0.4733 0.156 0.584 0.000 0.008 0.184 0.056 0.012
#> dkfz_11-024 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-025 2 0.5104 0.5799 0.008 0.684 0.000 0.004 0.152 0.096 0.056
#> dkfz_11-026 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.4939 0.5196 0.000 0.396 0.000 0.532 0.036 0.028 0.008
#> dkfz_11-029 4 0.4009 0.5841 0.000 0.296 0.000 0.668 0.004 0.024 0.008
#> dkfz_11-030 4 0.4981 0.4912 0.004 0.412 0.000 0.516 0.040 0.024 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1873 0.4791 0.000 0.060 0.000 0.912 0.004 0.024 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.4940 0.2157 0.144 0.028 0.000 0.708 0.000 0.060 0.060
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-037 5 0.5335 0.3330 0.164 0.152 0.000 0.000 0.636 0.040 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.3342 0.8704 0.724 0.016 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.5068 0.6873 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.532 0.152
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.8581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0656 0.8294 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3012 0.6104 0.004 0.176 0.000 0.004 0.804 0.008 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3171 0.7158 0.076 0.036 0.000 0.000 0.844 0.036 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.4304 0.6552 0.020 0.776 0.000 0.108 0.048 0.032 0.016
#> dkfz_11-045 2 0.5104 0.5799 0.008 0.684 0.000 0.004 0.152 0.096 0.056
#> dkfz_11-046 7 0.3760 0.0000 0.000 0.048 0.000 0.032 0.000 0.144 0.776
#> dkfz_11-047 5 0.0582 0.8291 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2919 0.7263 0.000 0.856 0.000 0.000 0.036 0.052 0.056
#> dkfz_11-049 3 0.4181 -0.0714 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.360 0.044
#> dkfz_11-050 2 0.5929 0.4871 0.152 0.596 0.000 0.008 0.176 0.056 0.012
#> dkfz_11-051 5 0.0134 0.8348 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.8581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.5685 0.3498 0.064 0.220 0.000 0.628 0.040 0.032 0.016
#> dkfz_11-054 2 0.2421 0.7311 0.000 0.892 0.000 0.040 0.040 0.004 0.024
#> dkfz_11-055 1 0.2380 0.7228 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.004 0.004
#> dkfz_11-056 6 0.5068 0.6873 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.532 0.152
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.8581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 6 0.5116 0.6681 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 0.512 0.152
#> dkfz_11-059 1 0.3535 0.8731 0.696 0.020 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.5068 0.6873 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.532 0.152
#> dkfz_11-061 2 0.3140 0.7317 0.016 0.864 0.000 0.024 0.040 0.028 0.028
#> dkfz_11-062 2 0.3938 0.7135 0.044 0.816 0.000 0.040 0.048 0.032 0.020
#> dkfz_11-063 2 0.4926 0.6371 0.128 0.716 0.000 0.032 0.088 0.032 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-065 5 0.3012 0.6104 0.004 0.176 0.000 0.004 0.804 0.008 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.2270 0.4561 0.000 0.048 0.000 0.900 0.004 0.024 0.024
#> dkfz_11-067 4 0.3295 0.5556 0.000 0.184 0.000 0.784 0.004 0.020 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3894 0.6746 0.004 0.800 0.000 0.092 0.056 0.032 0.016
#> dkfz_11-071 5 0.2204 0.7806 0.036 0.052 0.000 0.004 0.900 0.008 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.6319 0.3409 0.120 0.108 0.000 0.184 0.564 0.020 0.004
#> dkfz_11-073 6 0.6119 -0.2212 0.004 0.056 0.000 0.000 0.336 0.456 0.148
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.8581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3137 0.7277 0.000 0.856 0.000 0.036 0.040 0.028 0.040
#> dkfz_11-091 2 0.2400 0.7384 0.000 0.896 0.000 0.028 0.036 0.008 0.032
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1886 0.7214 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5104 0.5799 0.008 0.684 0.000 0.004 0.152 0.096 0.056
#> dkfz_11-095 1 0.4077 0.8219 0.624 0.032 0.000 0.000 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3625 0.8738 0.700 0.020 0.000 0.000 0.276 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4715 0.8061 0.632 0.088 0.000 0.008 0.268 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1330 0.7951 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4172 0.6415 0.008 0.776 0.000 0.120 0.048 0.032 0.016
#> dkfz_11-100 5 0.0134 0.8348 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.4222 0.3460 0.268 0.040 0.000 0.000 0.676 0.012 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.3322 0.8701 0.716 0.012 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.6399 0.1979 0.260 0.476 0.000 0.016 0.208 0.032 0.008
#> dkfz_11-104 5 0.3910 0.4873 0.232 0.032 0.000 0.000 0.720 0.012 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.1123 0.8190 0.048 0.004 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.4202 0.4082 0.264 0.040 0.000 0.000 0.680 0.012 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.4515 0.1667 0.312 0.048 0.000 0.000 0.624 0.012 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.3422 0.8749 0.708 0.016 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1715 0.7734 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0422 0.8325 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0728 0.8285 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2939 0.7820 0.776 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.6399 0.1979 0.260 0.476 0.000 0.016 0.208 0.032 0.008
#> dkfz_11-115 5 0.2500 0.6781 0.004 0.132 0.000 0.000 0.852 0.008 0.004
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.8581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.6480 0.4281 0.376 0.296 0.000 0.012 0.284 0.028 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.1459 0.8061 0.064 0.008 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3787 0.5313 0.212 0.032 0.000 0.000 0.740 0.012 0.004
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.8581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.4779 -0.2473 0.396 0.052 0.000 0.000 0.536 0.012 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.3974 0.8162 0.624 0.024 0.000 0.000 0.348 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 6 0.3221 0.6319 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3203 0.6602 0.152 0.024 0.000 0.000 0.808 0.012 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.3422 0.8764 0.708 0.016 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4732 0.7974 0.620 0.096 0.000 0.004 0.276 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3422 0.8764 0.708 0.016 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0728 0.8285 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1183 0.8156 0.052 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4010 0.8523 0.656 0.036 0.000 0.000 0.304 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2886 0.7728 0.784 0.000 0.000 0.000 0.208 0.004 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.3923 0.8367 0.640 0.024 0.000 0.000 0.332 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3380 0.8692 0.704 0.012 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3383 0.8737 0.716 0.016 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.4942 0.1391 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.532 0.344
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.8581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3281 0.8689 0.724 0.012 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.4025 0.6252 0.000 0.772 0.000 0.136 0.048 0.028 0.016
#> dkfz_11-140 2 0.6399 0.1979 0.260 0.476 0.000 0.016 0.208 0.032 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.3913 0.5882 0.528 0.016 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0728 0.8285 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.2375 0.3385 0.008 0.000 0.000 0.884 0.000 0.060 0.048
#> dkfz_11-144 4 0.1725 0.4260 0.000 0.016 0.000 0.928 0.000 0.028 0.028
#> dkfz_11-145 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-146 4 0.4993 0.5136 0.000 0.396 0.000 0.528 0.040 0.028 0.008
#> dkfz_11-147 4 0.4981 0.4912 0.004 0.412 0.000 0.516 0.040 0.024 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-149 4 0.3375 0.4751 0.008 0.144 0.000 0.808 0.008 0.008 0.024
#> dkfz_11-150 2 0.1448 0.7511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.2070 -0.0937 0.000 0.004 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-002 2 0.4170 0.5833 0.012 0.756 0.000 0.132 0.036 0.044 0.000 0.020
#> dkfz_11-003 3 0.4405 0.3579 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.144 0.196 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0706 0.6850 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1848 0.6653 0.000 0.908 0.000 0.000 0.012 0.068 0.004 0.008
#> dkfz_11-009 7 0.4428 0.7304 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.144 0.648 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5328 0.5600 0.136 0.664 0.000 0.072 0.052 0.068 0.000 0.008
#> dkfz_11-012 2 0.4665 0.5041 0.012 0.620 0.000 0.004 0.120 0.244 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4670 0.5078 0.008 0.624 0.000 0.008 0.124 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3185 0.6474 0.000 0.804 0.000 0.024 0.004 0.140 0.000 0.028
#> dkfz_11-016 2 0.6214 0.5197 0.136 0.592 0.000 0.076 0.072 0.096 0.000 0.028
#> dkfz_11-017 4 0.4388 0.5749 0.012 0.336 0.000 0.604 0.028 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.4377 0.5608 0.016 0.348 0.000 0.592 0.028 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0992 0.6724 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.4294 0.5684 0.012 0.344 0.000 0.600 0.028 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.3794 0.7547 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.096 0.708 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.7083 -0.1947 0.296 0.312 0.000 0.108 0.240 0.028 0.000 0.016
#> dkfz_11-023 2 0.7092 0.2742 0.184 0.424 0.000 0.016 0.112 0.208 0.000 0.056
#> dkfz_11-024 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4670 0.5078 0.008 0.624 0.000 0.008 0.124 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.4405 0.5722 0.012 0.332 0.000 0.608 0.024 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 4 0.3005 0.5032 0.008 0.244 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.4377 0.5608 0.016 0.348 0.000 0.592 0.028 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2435 0.0908 0.000 0.052 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.3237 0.0000 0.004 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5479 0.2692 0.176 0.120 0.000 0.000 0.600 0.092 0.000 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.2975 0.8563 0.736 0.004 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 7 0.2380 0.7748 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0614 0.8104 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3382 0.3571 0.004 0.152 0.000 0.004 0.776 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3330 0.6574 0.092 0.016 0.000 0.000 0.808 0.076 0.000 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.5141 0.5237 0.028 0.672 0.000 0.172 0.044 0.056 0.000 0.028
#> dkfz_11-045 2 0.4670 0.5078 0.008 0.624 0.000 0.008 0.124 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.5515 -0.0249 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.376 0.400 0.204
#> dkfz_11-047 5 0.0544 0.8100 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1848 0.6653 0.000 0.908 0.000 0.000 0.012 0.068 0.004 0.008
#> dkfz_11-049 7 0.3328 0.3422 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.7022 0.2984 0.180 0.436 0.000 0.016 0.104 0.208 0.000 0.056
#> dkfz_11-051 5 0.0125 0.8127 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.6591 -0.1505 0.064 0.184 0.000 0.504 0.020 0.052 0.000 0.176
#> dkfz_11-054 2 0.3217 0.6470 0.000 0.804 0.000 0.028 0.004 0.136 0.000 0.028
#> dkfz_11-055 1 0.2214 0.4957 0.892 0.000 0.000 0.004 0.048 0.012 0.000 0.044
#> dkfz_11-056 7 0.2380 0.7748 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.2509 0.7649 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2971 0.8582 0.716 0.004 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.2380 0.7748 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4936 0.5728 0.036 0.664 0.000 0.028 0.004 0.192 0.000 0.076
#> dkfz_11-062 2 0.6025 0.5224 0.068 0.584 0.000 0.080 0.012 0.184 0.000 0.072
#> dkfz_11-063 2 0.6295 0.5097 0.136 0.584 0.000 0.076 0.084 0.092 0.000 0.028
#> dkfz_11-064 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3382 0.3571 0.004 0.152 0.000 0.004 0.776 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2822 -0.0602 0.000 0.036 0.000 0.816 0.000 0.004 0.000 0.144
#> dkfz_11-067 4 0.2799 0.4021 0.000 0.164 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-068 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4429 0.5630 0.016 0.732 0.000 0.148 0.048 0.036 0.000 0.020
#> dkfz_11-071 5 0.2142 0.7432 0.040 0.040 0.000 0.000 0.896 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.6329 0.2083 0.124 0.092 0.000 0.160 0.560 0.028 0.000 0.036
#> dkfz_11-073 6 0.6818 0.0000 0.024 0.088 0.000 0.000 0.296 0.392 0.180 0.020
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4847 0.5617 0.020 0.656 0.000 0.028 0.004 0.212 0.000 0.080
#> dkfz_11-091 2 0.1118 0.6689 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.2267 0.6566 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4670 0.5078 0.008 0.624 0.000 0.008 0.124 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3562 0.8036 0.640 0.016 0.000 0.000 0.340 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3145 0.8584 0.716 0.004 0.000 0.000 0.272 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4380 0.7994 0.644 0.068 0.000 0.012 0.268 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1244 0.7835 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4978 0.5098 0.020 0.676 0.000 0.184 0.044 0.052 0.000 0.024
#> dkfz_11-100 5 0.0125 0.8127 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3829 0.3530 0.276 0.032 0.000 0.000 0.676 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2915 0.8562 0.728 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.6563 0.1112 0.268 0.420 0.000 0.044 0.208 0.056 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 5 0.3615 0.4921 0.232 0.032 0.000 0.000 0.720 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1038 0.7991 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3930 0.4062 0.272 0.032 0.000 0.000 0.676 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.4065 0.1809 0.324 0.036 0.000 0.000 0.624 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2814 0.8601 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1686 0.7640 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0395 0.8121 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0681 0.8095 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.3509 0.6855 0.756 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012 0.000 0.040
#> dkfz_11-114 2 0.6563 0.1112 0.268 0.420 0.000 0.044 0.208 0.056 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.2734 0.5353 0.004 0.108 0.000 0.004 0.840 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.6140 0.4391 0.388 0.272 0.000 0.020 0.284 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1368 0.7852 0.072 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3501 0.5350 0.212 0.032 0.000 0.000 0.740 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.4304 -0.2279 0.408 0.040 0.000 0.000 0.536 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3420 0.8028 0.644 0.008 0.000 0.000 0.344 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.4428 0.7304 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.144 0.648 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.2954 0.6606 0.152 0.024 0.000 0.000 0.808 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2814 0.8610 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4486 0.7949 0.632 0.068 0.000 0.008 0.276 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2814 0.8610 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0681 0.8095 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1107 0.8007 0.052 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3508 0.8359 0.672 0.020 0.000 0.000 0.304 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3277 0.6310 0.788 0.000 0.000 0.004 0.156 0.012 0.000 0.040
#> dkfz_11-133 1 0.3369 0.8219 0.660 0.008 0.000 0.000 0.328 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2971 0.8541 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.2776 0.8594 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.2096 0.5481 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084 0.888 0.020
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2875 0.8551 0.736 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 2 0.4474 0.5333 0.012 0.716 0.000 0.172 0.036 0.044 0.000 0.020
#> dkfz_11-140 2 0.6563 0.1112 0.268 0.420 0.000 0.044 0.208 0.056 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.3428 0.5669 0.540 0.004 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0681 0.8095 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.3425 -0.7536 0.004 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-144 4 0.2122 -0.0891 0.004 0.004 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-145 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.4465 0.5726 0.012 0.332 0.000 0.604 0.028 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 4 0.4377 0.5608 0.016 0.348 0.000 0.592 0.028 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4063 0.0413 0.008 0.128 0.000 0.728 0.000 0.012 0.000 0.124
#> dkfz_11-150 2 0.0313 0.6861 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.1519 0.0670 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-002 2 0.4561 0.4427 0.008 0.688 0.000 0.100 0.028 0.152 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.4743 0.3441 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.388 0.144 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0492 0.6077 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1609 0.5806 0.000 0.916 0.004 0.000 0.004 0.012 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.2198 0.7875 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.844 0.144 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5747 0.1070 0.132 0.520 0.000 0.024 0.044 0.260 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5293 0.2509 0.008 0.572 0.000 0.000 0.104 0.112 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5300 0.2592 0.004 0.576 0.000 0.004 0.108 0.108 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3516 0.3603 0.000 0.708 0.000 0.004 0.000 0.228 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.6116 -0.1316 0.128 0.428 0.000 0.024 0.056 0.336 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.4805 0.6050 0.008 0.332 0.000 0.568 0.024 0.040 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.4873 0.5956 0.012 0.336 0.000 0.556 0.024 0.048 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1205 0.5989 0.000 0.944 0.000 0.032 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.4754 0.5991 0.008 0.336 0.000 0.564 0.024 0.044 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.1439 0.8126 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.7001 0.1090 0.296 0.184 0.000 0.080 0.240 0.200 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.5861 0.5536 0.164 0.156 0.004 0.000 0.092 0.544 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.5300 0.2592 0.004 0.576 0.000 0.004 0.108 0.108 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.4734 0.6048 0.008 0.328 0.000 0.572 0.024 0.044 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.3534 0.5747 0.008 0.240 0.000 0.708 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.4873 0.5956 0.012 0.336 0.000 0.556 0.024 0.048 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2011 0.2005 0.000 0.028 0.000 0.896 0.000 0.024 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.2351 0.6520 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5524 0.2338 0.172 0.056 0.004 0.000 0.580 0.148 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2868 0.8232 0.732 0.000 0.000 0.000 0.256 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.8314 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.2200 0.9102 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0581 0.8249 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3475 0.4939 0.004 0.148 0.000 0.000 0.768 0.048 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3671 0.6414 0.092 0.012 0.004 0.000 0.780 0.072 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.5618 0.2429 0.024 0.536 0.000 0.116 0.036 0.264 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.5300 0.2592 0.004 0.576 0.000 0.004 0.108 0.108 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-046 8 0.6389 -0.0924 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.104 0.276 0.412 0.152
#> dkfz_11-047 5 0.0515 0.8248 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1609 0.5806 0.000 0.916 0.004 0.000 0.004 0.012 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.2699 0.4159 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.5817 0.5697 0.160 0.164 0.004 0.000 0.084 0.548 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0119 0.8306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.2200 0.9102 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.6535 -0.3163 0.060 0.092 0.000 0.504 0.012 0.156 0.000 0.016 0.160
#> dkfz_11-054 2 0.3539 0.3792 0.000 0.716 0.000 0.008 0.000 0.216 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2220 0.2774 0.880 0.000 0.008 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.8314 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.2200 0.9102 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0446 0.8245 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2811 0.8252 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.8314 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3142 0.6395 0.016 0.304 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3761 0.6547 0.044 0.232 0.000 0.020 0.000 0.700 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.6170 -0.1519 0.128 0.420 0.000 0.024 0.068 0.336 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3475 0.4939 0.004 0.148 0.000 0.000 0.768 0.048 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2386 0.0693 0.000 0.024 0.000 0.852 0.000 0.012 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-067 4 0.2592 0.4890 0.000 0.160 0.000 0.816 0.000 0.016 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4818 0.4203 0.012 0.664 0.000 0.100 0.040 0.164 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.2254 0.7685 0.040 0.040 0.000 0.000 0.888 0.016 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.5974 0.3339 0.120 0.056 0.000 0.184 0.560 0.060 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-073 8 0.6692 0.1304 0.000 0.088 0.040 0.000 0.276 0.052 0.092 0.444 0.008
#> dkfz_11-074 3 0.2200 0.9102 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3271 0.6197 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1324 0.5953 0.000 0.936 0.000 0.040 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.3013 0.6372 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5300 0.2592 0.004 0.576 0.000 0.004 0.108 0.108 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3387 0.7710 0.640 0.008 0.000 0.000 0.340 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2942 0.8260 0.716 0.000 0.000 0.000 0.272 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4196 0.7787 0.644 0.060 0.000 0.008 0.268 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1178 0.7913 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5510 0.2711 0.016 0.552 0.000 0.128 0.036 0.244 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0119 0.8306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3624 0.3584 0.276 0.016 0.000 0.000 0.676 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2846 0.8228 0.724 0.000 0.000 0.000 0.268 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.6640 -0.2222 0.268 0.280 0.000 0.016 0.204 0.228 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3422 0.4962 0.232 0.016 0.000 0.000 0.720 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0982 0.8127 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3698 0.4143 0.268 0.016 0.000 0.000 0.676 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.3847 0.1944 0.324 0.016 0.000 0.000 0.624 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2664 0.8277 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1633 0.7693 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0373 0.8282 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0645 0.8245 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.4016 0.5948 0.716 0.000 0.008 0.000 0.176 0.056 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-114 2 0.6640 -0.2222 0.268 0.280 0.000 0.016 0.204 0.228 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2787 0.6326 0.004 0.100 0.000 0.000 0.836 0.032 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.2200 0.9102 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.6238 0.4329 0.388 0.156 0.000 0.016 0.284 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1340 0.7998 0.068 0.000 0.000 0.000 0.924 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3313 0.5377 0.212 0.016 0.000 0.000 0.740 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.2200 0.9102 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.4087 -0.2060 0.408 0.020 0.000 0.000 0.536 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3202 0.7702 0.644 0.000 0.000 0.000 0.344 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.2198 0.7875 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.844 0.144 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.2764 0.6609 0.152 0.008 0.000 0.000 0.808 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2664 0.8278 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4282 0.7768 0.632 0.052 0.000 0.004 0.276 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2664 0.8278 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0706 0.8242 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1048 0.8112 0.052 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3346 0.8050 0.672 0.012 0.000 0.000 0.304 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3637 0.4926 0.768 0.000 0.008 0.000 0.124 0.056 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-133 1 0.3141 0.7911 0.664 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2899 0.8204 0.712 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2627 0.8273 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.4368 0.3987 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.016 0.664 0.188 0.012
#> dkfz_11-137 3 0.2200 0.9102 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2809 0.8225 0.732 0.000 0.000 0.000 0.260 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.4792 0.4210 0.008 0.660 0.000 0.140 0.028 0.140 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.6640 -0.2222 0.268 0.280 0.000 0.016 0.204 0.228 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3245 0.5372 0.540 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0706 0.8242 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.3986 0.6914 0.000 0.000 0.012 0.456 0.000 0.016 0.000 0.012 0.504
#> dkfz_11-144 4 0.1556 0.0729 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> dkfz_11-145 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.4744 0.6007 0.008 0.332 0.000 0.568 0.024 0.044 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.4873 0.5956 0.012 0.336 0.000 0.556 0.024 0.048 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3809 0.0868 0.008 0.072 0.000 0.768 0.000 0.064 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-150 2 0.0119 0.6147 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.1487 0.1436 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-002 2 0.4763 0.4595 0.008 0.640 0.000 0.104 0.024 0.196 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-003 3 0.4719 0.3727 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.340 0.128 0.032 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0539 0.7110 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1405 0.6885 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 7 0.2367 0.7457 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836 0.128 0.032 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5865 -0.1609 0.128 0.428 0.000 0.028 0.040 0.344 0.000 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4998 0.2455 0.004 0.484 0.000 0.000 0.084 0.080 0.000 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5085 0.2543 0.000 0.488 0.000 0.004 0.088 0.076 0.000 0.340 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.4041 0.5214 0.000 0.652 0.000 0.004 0.000 0.244 0.000 0.076 0.024 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.5864 0.3427 0.124 0.304 0.000 0.028 0.052 0.464 0.000 0.012 0.016 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.4601 0.5958 0.008 0.332 0.000 0.572 0.020 0.040 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.4699 0.5904 0.012 0.332 0.000 0.560 0.020 0.052 0.000 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1103 0.6927 0.000 0.944 0.000 0.032 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.4587 0.5935 0.008 0.332 0.000 0.568 0.020 0.048 0.000 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.1694 0.7705 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.080 0.024 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.6650 0.0883 0.288 0.092 0.000 0.084 0.240 0.288 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.5577 0.3109 0.160 0.060 0.000 0.000 0.080 0.596 0.000 0.072 0.004 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.5085 0.2543 0.000 0.488 0.000 0.004 0.088 0.076 0.000 0.340 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.4592 0.5955 0.008 0.328 0.000 0.576 0.020 0.040 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.3410 0.5858 0.008 0.236 0.000 0.712 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.4699 0.5904 0.012 0.332 0.000 0.560 0.020 0.052 0.000 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1951 0.2485 0.000 0.016 0.000 0.892 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.1916 0.4493 0.000 0.000 0.004 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5938 0.1612 0.172 0.048 0.000 0.000 0.544 0.108 0.000 0.096 0.004 0.028
#> dkfz_11-038 1 0.2752 0.8117 0.736 0.000 0.000 0.000 0.252 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.1727 0.9086 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0605 0.8162 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3432 0.5172 0.004 0.120 0.000 0.000 0.764 0.028 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4833 0.3460 0.096 0.008 0.000 0.000 0.600 0.028 0.000 0.240 0.000 0.028
#> dkfz_11-044 2 0.5701 0.1071 0.024 0.432 0.000 0.120 0.032 0.364 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.5085 0.2543 0.000 0.488 0.000 0.004 0.088 0.076 0.000 0.340 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 9 0.2956 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.276 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0492 0.8158 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1405 0.6885 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 7 0.2575 0.4684 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.5521 0.3064 0.156 0.064 0.000 0.000 0.072 0.604 0.000 0.072 0.004 0.028
#> dkfz_11-051 5 0.0113 0.8219 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.1727 0.9086 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.6423 -0.3237 0.056 0.060 0.000 0.484 0.008 0.164 0.000 0.040 0.004 0.184
#> dkfz_11-054 2 0.4107 0.5295 0.000 0.656 0.000 0.008 0.000 0.232 0.000 0.080 0.024 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3273 0.1032 0.804 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080 0.056 0.044
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.1727 0.9086 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0426 0.7770 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2666 0.8186 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2286 0.1722 0.016 0.100 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.2380 0.2403 0.044 0.048 0.000 0.016 0.000 0.876 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-063 6 0.5896 0.3693 0.124 0.296 0.000 0.028 0.064 0.464 0.000 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3432 0.5172 0.004 0.120 0.000 0.000 0.764 0.028 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2312 0.1347 0.000 0.012 0.000 0.848 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-067 4 0.2460 0.5084 0.000 0.156 0.000 0.820 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4981 0.4222 0.012 0.616 0.000 0.104 0.036 0.208 0.000 0.012 0.008 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.2910 0.7326 0.044 0.036 0.000 0.000 0.848 0.020 0.000 0.036 0.004 0.012
#> dkfz_11-072 5 0.5886 0.3294 0.120 0.052 0.000 0.184 0.552 0.060 0.000 0.020 0.004 0.008
#> dkfz_11-073 8 0.5495 0.0000 0.004 0.076 0.032 0.000 0.080 0.000 0.084 0.648 0.028 0.048
#> dkfz_11-074 3 0.1727 0.9086 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2417 0.1272 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.020 0.024 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.1217 0.6879 0.000 0.936 0.000 0.040 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.2795 0.6210 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5085 0.2543 0.000 0.488 0.000 0.004 0.088 0.076 0.000 0.340 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.3287 0.7753 0.640 0.008 0.000 0.000 0.336 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2915 0.8164 0.712 0.000 0.000 0.000 0.272 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4182 0.7354 0.636 0.060 0.000 0.012 0.268 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1168 0.7792 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5630 0.1581 0.016 0.456 0.000 0.132 0.032 0.336 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0113 0.8219 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3599 0.3534 0.276 0.012 0.000 0.000 0.672 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2722 0.8144 0.728 0.000 0.000 0.000 0.264 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.6500 0.3362 0.264 0.192 0.000 0.016 0.204 0.308 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 5 0.3407 0.4872 0.232 0.012 0.000 0.000 0.716 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1000 0.8037 0.052 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0113 0.8214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3689 0.4076 0.268 0.012 0.000 0.000 0.672 0.032 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.3812 0.1876 0.324 0.012 0.000 0.000 0.620 0.032 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2524 0.8208 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1594 0.7574 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0356 0.8192 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0667 0.8156 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.4901 0.4725 0.648 0.000 0.008 0.000 0.176 0.008 0.000 0.072 0.044 0.044
#> dkfz_11-114 6 0.6500 0.3362 0.264 0.192 0.000 0.016 0.204 0.308 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2746 0.6476 0.004 0.072 0.000 0.000 0.832 0.020 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.1727 0.9086 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.5995 0.2507 0.384 0.092 0.000 0.016 0.284 0.216 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1303 0.7902 0.068 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3304 0.5285 0.212 0.012 0.000 0.000 0.736 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.1727 0.9086 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.4043 -0.2089 0.408 0.016 0.000 0.000 0.532 0.032 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3111 0.7773 0.644 0.000 0.000 0.000 0.340 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.2367 0.7457 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836 0.128 0.032 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2829 0.6469 0.156 0.008 0.000 0.000 0.800 0.020 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2524 0.8210 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4272 0.7355 0.624 0.052 0.000 0.008 0.276 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2524 0.8210 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0728 0.8149 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1050 0.7990 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3247 0.7977 0.672 0.012 0.000 0.000 0.300 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.4560 0.3723 0.700 0.000 0.008 0.000 0.124 0.008 0.000 0.072 0.044 0.044
#> dkfz_11-133 1 0.3052 0.7937 0.664 0.000 0.000 0.000 0.320 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2774 0.8148 0.716 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2489 0.8183 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.5321 0.0667 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.540 0.080 0.248 0.036
#> dkfz_11-137 3 0.1727 0.9086 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2687 0.8124 0.736 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.4962 0.4098 0.008 0.616 0.000 0.144 0.024 0.180 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-140 6 0.6500 0.3362 0.264 0.192 0.000 0.016 0.204 0.308 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3172 0.5431 0.540 0.000 0.000 0.000 0.452 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0728 0.8149 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.4795 0.5421 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000 0.028 0.000 0.024 0.040 0.464
#> dkfz_11-144 4 0.1523 0.1487 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.100
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.4601 0.5910 0.008 0.332 0.000 0.572 0.020 0.040 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-147 4 0.4699 0.5904 0.012 0.332 0.000 0.560 0.020 0.052 0.000 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3664 0.1365 0.008 0.056 0.000 0.764 0.000 0.080 0.000 0.004 0.000 0.088
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.7164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:hclust 134 3.37e-27 4.69e-28 2
#> CV:hclust 127 3.15e-45 7.31e-29 3
#> CV:hclust 117 6.07e-41 2.19e-28 4
#> CV:hclust 117 1.84e-62 5.12e-27 5
#> CV:hclust 102 6.40e-58 1.85e-29 6
#> CV:hclust 106 1.00e-57 2.13e-29 7
#> CV:hclust 106 2.70e-58 4.39e-29 8
#> CV:hclust 93 3.00e-56 1.91e-21 9
#> CV:hclust 90 3.48e-44 2.46e-22 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.475 0.717 0.812 0.3522 0.758 0.758
#> 3 3 0.911 0.898 0.946 0.7141 0.629 0.510
#> 4 4 0.718 0.759 0.804 0.1548 0.880 0.708
#> 5 5 0.697 0.784 0.800 0.0954 0.860 0.576
#> 6 6 0.725 0.704 0.804 0.0576 0.962 0.819
#> 7 7 0.732 0.578 0.755 0.0320 0.942 0.714
#> 8 8 0.778 0.645 0.755 0.0272 0.949 0.711
#> 9 9 0.796 0.658 0.739 0.0180 0.954 0.701
#> 10 10 0.810 0.614 0.698 0.0159 0.981 0.849
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-002 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-003 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-006 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-009 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-012 1 0.0938 0.633 0.988 0.012
#> dkfz_11-013 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-014 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-015 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-016 1 0.9833 0.721 0.576 0.424
#> dkfz_11-017 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-018 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-019 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-020 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-021 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-022 1 0.9815 0.721 0.580 0.420
#> dkfz_11-023 1 0.2948 0.661 0.948 0.052
#> dkfz_11-024 1 0.9833 0.721 0.576 0.424
#> dkfz_11-025 1 0.8661 0.696 0.712 0.288
#> dkfz_11-026 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-029 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-030 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-037 1 0.1843 0.652 0.972 0.028
#> dkfz_11-038 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-039 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-040 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3114 0.538 0.944 0.056
#> dkfz_11-043 1 0.2236 0.656 0.964 0.036
#> dkfz_11-044 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-045 1 0.0938 0.633 0.988 0.012
#> dkfz_11-046 2 0.1184 0.361 0.016 0.984
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.9850 0.721 0.572 0.428
#> dkfz_11-049 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-050 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-053 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-054 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-055 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-056 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-057 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-058 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-059 1 0.6887 0.688 0.816 0.184
#> dkfz_11-060 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-061 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-062 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-063 1 0.9815 0.721 0.580 0.420
#> dkfz_11-064 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-065 1 0.0376 0.634 0.996 0.004
#> dkfz_11-066 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-067 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-068 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.3879 0.667 0.924 0.076
#> dkfz_11-073 1 0.0938 0.633 0.988 0.012
#> dkfz_11-074 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-075 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-091 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-094 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-095 1 0.6973 0.689 0.812 0.188
#> dkfz_11-096 1 0.5519 0.678 0.872 0.128
#> dkfz_11-097 1 0.9815 0.721 0.580 0.420
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.4161 0.669 0.916 0.084
#> dkfz_11-102 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-103 1 0.9710 0.720 0.600 0.400
#> dkfz_11-104 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-108 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-109 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.9815 0.721 0.580 0.420
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-117 1 0.9815 0.721 0.580 0.420
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-121 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-122 1 0.2603 0.659 0.956 0.044
#> dkfz_11-123 1 0.3274 0.664 0.940 0.060
#> dkfz_11-124 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-127 1 0.9815 0.721 0.580 0.420
#> dkfz_11-128 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.9323 0.713 0.652 0.348
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.5519 0.678 0.872 0.128
#> dkfz_11-134 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-135 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-136 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-137 2 0.9815 0.967 0.420 0.580
#> dkfz_11-138 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-139 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-140 1 0.9815 0.721 0.580 0.420
#> dkfz_11-141 1 0.1633 0.651 0.976 0.024
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-144 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-145 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-146 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-147 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-148 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-149 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-150 1 0.9866 0.721 0.568 0.432
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.635 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-002 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-003 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.1163 0.9693 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-012 2 0.6625 0.2370 0.440 0.552 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-014 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-015 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-016 2 0.1711 0.9362 0.032 0.960 0.008
#> dkfz_11-017 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-018 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-020 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-021 3 0.0892 0.9679 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-022 2 0.5202 0.7174 0.220 0.772 0.008
#> dkfz_11-023 1 0.1529 0.9182 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-025 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-026 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-029 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-030 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.5706 0.5084 0.680 0.320 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0892 0.9679 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-040 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4121 0.7662 0.832 0.168 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.2031 0.9374 0.032 0.952 0.016
#> dkfz_11-045 2 0.6577 0.2984 0.420 0.572 0.008
#> dkfz_11-046 3 0.6062 0.3290 0.000 0.384 0.616
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-049 3 0.0892 0.9679 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-050 2 0.2031 0.9374 0.032 0.952 0.016
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-053 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-054 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0892 0.9679 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-057 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-058 3 0.0892 0.9679 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-059 1 0.0424 0.9487 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0892 0.9679 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-061 2 0.1711 0.9380 0.032 0.960 0.008
#> dkfz_11-062 2 0.1711 0.9362 0.032 0.960 0.008
#> dkfz_11-063 2 0.1289 0.9372 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-065 1 0.4346 0.7454 0.816 0.184 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-067 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-068 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4605 0.7285 0.796 0.204 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.6081 0.4520 0.652 0.344 0.004
#> dkfz_11-074 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-075 2 0.2031 0.9374 0.032 0.952 0.016
#> dkfz_11-091 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-094 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-095 1 0.0424 0.9487 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0424 0.9487 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.6235 0.1574 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1711 0.9362 0.032 0.960 0.008
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.1170 0.9349 0.976 0.016 0.008
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5406 0.7122 0.224 0.764 0.012
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-117 2 0.6140 0.3734 0.404 0.596 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-122 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1163 0.9693 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.6280 0.0696 0.540 0.460 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0747 0.9417 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0424 0.9487 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1163 0.9693 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-137 3 0.1905 0.9705 0.028 0.016 0.956
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.1711 0.9362 0.032 0.960 0.008
#> dkfz_11-140 2 0.6527 0.3745 0.404 0.588 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-144 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-145 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-146 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-147 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-148 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-149 2 0.1491 0.9295 0.016 0.968 0.016
#> dkfz_11-150 2 0.1877 0.9383 0.032 0.956 0.012
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9545 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.4948 0.874 0.000 0.440 0.000 0.560
#> dkfz_11-002 2 0.0188 0.818 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 3 0.0188 0.943 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-004 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1389 0.809 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-007 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-008 2 0.1302 0.811 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-009 3 0.1389 0.941 0.000 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-010 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-011 2 0.0188 0.818 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.4072 0.565 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-013 2 0.0707 0.818 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-014 2 0.1792 0.801 0.000 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-015 2 0.1940 0.800 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-016 2 0.5168 0.146 0.040 0.712 0.000 0.248
#> dkfz_11-017 4 0.4977 0.874 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-018 4 0.4977 0.874 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-019 2 0.0188 0.818 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.4977 0.874 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-021 3 0.2530 0.929 0.000 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-022 1 0.7880 -0.339 0.372 0.284 0.000 0.344
#> dkfz_11-023 1 0.4281 0.664 0.792 0.180 0.000 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2469 0.765 0.000 0.892 0.000 0.108
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-028 4 0.4972 0.875 0.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-029 4 0.4967 0.877 0.000 0.452 0.000 0.548
#> dkfz_11-030 4 0.4977 0.874 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-031 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-032 4 0.4948 0.874 0.000 0.440 0.000 0.560
#> dkfz_11-033 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-034 4 0.4843 0.811 0.000 0.396 0.000 0.604
#> dkfz_11-035 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.5903 0.395 0.616 0.332 0.000 0.052
#> dkfz_11-038 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-039 3 0.2589 0.927 0.000 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-040 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-041 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-042 1 0.6855 0.686 0.580 0.144 0.000 0.276
#> dkfz_11-043 1 0.4295 0.821 0.752 0.008 0.000 0.240
#> dkfz_11-044 2 0.2149 0.765 0.000 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-045 2 0.4072 0.565 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-046 3 0.7172 0.400 0.000 0.296 0.536 0.168
#> dkfz_11-047 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-048 2 0.2011 0.784 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-049 3 0.1792 0.940 0.000 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-050 2 0.2704 0.775 0.000 0.876 0.000 0.124
#> dkfz_11-051 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-052 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-053 4 0.4972 0.822 0.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-054 2 0.1792 0.804 0.000 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-055 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-056 3 0.2589 0.927 0.000 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-057 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-058 3 0.1792 0.940 0.000 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-059 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-060 3 0.2647 0.925 0.000 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-061 2 0.2589 0.780 0.000 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-062 2 0.4277 0.264 0.000 0.720 0.000 0.280
#> dkfz_11-063 2 0.5168 0.146 0.040 0.712 0.000 0.248
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.7808 0.423 0.416 0.312 0.000 0.272
#> dkfz_11-066 4 0.4941 0.872 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-067 4 0.4967 0.877 0.000 0.452 0.000 0.548
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-070 2 0.0336 0.815 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-071 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-072 4 0.6477 -0.475 0.420 0.072 0.000 0.508
#> dkfz_11-073 2 0.5284 0.373 0.016 0.616 0.000 0.368
#> dkfz_11-074 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-075 2 0.2704 0.775 0.000 0.876 0.000 0.124
#> dkfz_11-091 2 0.0188 0.818 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-093 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-094 2 0.2281 0.776 0.000 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.806 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-097 1 0.5361 0.529 0.744 0.108 0.000 0.148
#> dkfz_11-098 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-099 2 0.3726 0.409 0.000 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-100 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-101 1 0.1389 0.811 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-102 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-103 1 0.1004 0.801 0.972 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0188 0.807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.3942 0.821 0.764 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-106 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-107 1 0.0188 0.807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0188 0.807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-110 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-111 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-112 1 0.4103 0.816 0.744 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-113 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-114 2 0.5141 0.280 0.268 0.700 0.000 0.032
#> dkfz_11-115 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-116 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-117 1 0.7537 -0.151 0.456 0.348 0.000 0.196
#> dkfz_11-118 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-119 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-120 1 0.0336 0.808 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.806 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.806 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1867 0.939 0.000 0.000 0.928 0.072
#> dkfz_11-125 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-126 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-127 1 0.5330 0.537 0.748 0.120 0.000 0.132
#> dkfz_11-128 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-129 1 0.4134 0.816 0.740 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-130 1 0.4040 0.821 0.752 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.806 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-133 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-134 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-135 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-136 3 0.2530 0.929 0.000 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-137 3 0.0336 0.943 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-138 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-139 2 0.3873 0.353 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-140 1 0.5937 0.270 0.608 0.340 0.000 0.052
#> dkfz_11-141 1 0.1211 0.799 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-142 1 0.4193 0.820 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-143 4 0.4933 0.867 0.000 0.432 0.000 0.568
#> dkfz_11-144 4 0.4941 0.872 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.4977 0.874 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-147 4 0.4977 0.874 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.820 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4948 0.874 0.000 0.440 0.000 0.560
#> dkfz_11-150 2 0.0707 0.818 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-151 1 0.4164 0.820 0.736 0.000 0.000 0.264
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.2795 0.851 0.028 0.100 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2793 0.850 0.088 0.876 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.1670 0.905 0.052 0.000 0.936 0.012 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0162 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-005 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-011 2 0.3112 0.841 0.100 0.856 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4309 0.800 0.148 0.788 0.008 0.048 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0290 0.872 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2519 0.850 0.100 0.884 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3060 0.836 0.128 0.848 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.6893 0.320 0.172 0.364 0.000 0.444 0.020
#> dkfz_11-017 4 0.2624 0.855 0.012 0.116 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.2624 0.855 0.012 0.116 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1195 0.868 0.012 0.960 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.2513 0.855 0.008 0.116 0.000 0.876 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.3052 0.884 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.6956 0.186 0.424 0.032 0.000 0.400 0.144
#> dkfz_11-023 1 0.6811 0.525 0.552 0.184 0.000 0.036 0.228
#> dkfz_11-024 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3918 0.811 0.144 0.804 0.008 0.044 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-028 4 0.2230 0.855 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.2179 0.856 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.2624 0.855 0.012 0.116 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-032 4 0.2795 0.851 0.028 0.100 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-034 4 0.3409 0.832 0.052 0.112 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0162 0.886 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-036 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.7116 0.420 0.448 0.340 0.000 0.032 0.180
#> dkfz_11-038 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-039 3 0.3052 0.884 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.2390 0.902 0.084 0.000 0.896 0.020 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0451 0.882 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> dkfz_11-042 5 0.3154 0.727 0.040 0.088 0.000 0.008 0.864
#> dkfz_11-043 5 0.3455 0.726 0.112 0.024 0.000 0.020 0.844
#> dkfz_11-044 2 0.4998 0.639 0.104 0.700 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.4091 0.811 0.128 0.808 0.008 0.048 0.008
#> dkfz_11-046 3 0.7315 0.483 0.108 0.196 0.544 0.152 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0162 0.886 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-048 2 0.0693 0.864 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.2221 0.898 0.052 0.000 0.912 0.036 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4926 0.688 0.132 0.716 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0290 0.883 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-052 3 0.2423 0.903 0.080 0.000 0.896 0.024 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.3694 0.805 0.032 0.172 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2597 0.850 0.092 0.884 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-056 3 0.3052 0.884 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.2423 0.903 0.080 0.000 0.896 0.024 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.2054 0.897 0.052 0.000 0.920 0.028 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3949 0.845 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-060 3 0.3107 0.882 0.096 0.008 0.864 0.032 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4929 0.691 0.136 0.716 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.5968 0.189 0.108 0.440 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-063 4 0.7057 0.306 0.108 0.380 0.000 0.452 0.060
#> dkfz_11-064 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4464 0.399 0.004 0.356 0.000 0.008 0.632
#> dkfz_11-066 4 0.2795 0.851 0.028 0.100 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2179 0.856 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-070 2 0.3086 0.845 0.092 0.864 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-072 5 0.4232 0.496 0.000 0.012 0.000 0.312 0.676
#> dkfz_11-073 2 0.3947 0.773 0.060 0.844 0.016 0.036 0.044
#> dkfz_11-074 3 0.2390 0.902 0.084 0.000 0.896 0.020 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4926 0.688 0.132 0.716 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0992 0.870 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-093 3 0.2423 0.903 0.080 0.000 0.896 0.024 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2795 0.847 0.100 0.872 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4909 0.796 0.560 0.000 0.000 0.028 0.412
#> dkfz_11-096 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-097 1 0.5865 0.734 0.608 0.008 0.000 0.116 0.268
#> dkfz_11-098 5 0.0290 0.883 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-099 4 0.5895 0.212 0.100 0.440 0.000 0.460 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0162 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-101 5 0.4957 -0.600 0.444 0.000 0.000 0.028 0.528
#> dkfz_11-102 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-103 1 0.4876 0.797 0.576 0.000 0.000 0.028 0.396
#> dkfz_11-104 1 0.4930 0.781 0.548 0.000 0.000 0.028 0.424
#> dkfz_11-105 5 0.2563 0.766 0.120 0.000 0.000 0.008 0.872
#> dkfz_11-106 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-107 1 0.4885 0.805 0.572 0.000 0.000 0.028 0.400
#> dkfz_11-108 1 0.4902 0.800 0.564 0.000 0.000 0.028 0.408
#> dkfz_11-109 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-110 5 0.1331 0.857 0.040 0.000 0.000 0.008 0.952
#> dkfz_11-111 5 0.0290 0.883 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-112 5 0.3612 0.567 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> dkfz_11-113 1 0.4235 0.840 0.656 0.000 0.000 0.008 0.336
#> dkfz_11-114 2 0.7780 0.142 0.256 0.452 0.000 0.096 0.196
#> dkfz_11-115 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-116 3 0.2390 0.902 0.084 0.000 0.896 0.020 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.7344 0.527 0.476 0.048 0.000 0.248 0.228
#> dkfz_11-118 5 0.0992 0.869 0.024 0.000 0.000 0.008 0.968
#> dkfz_11-119 5 0.0162 0.886 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-120 1 0.4885 0.805 0.572 0.000 0.000 0.028 0.400
#> dkfz_11-121 3 0.2423 0.903 0.080 0.000 0.896 0.024 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.4876 0.809 0.576 0.000 0.000 0.028 0.396
#> dkfz_11-123 1 0.4876 0.809 0.576 0.000 0.000 0.028 0.396
#> dkfz_11-124 3 0.2054 0.897 0.052 0.000 0.920 0.028 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0671 0.878 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> dkfz_11-126 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-127 1 0.5926 0.722 0.600 0.008 0.000 0.120 0.272
#> dkfz_11-128 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-129 5 0.3612 0.567 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> dkfz_11-130 5 0.2017 0.804 0.080 0.000 0.000 0.008 0.912
#> dkfz_11-131 1 0.4876 0.809 0.576 0.000 0.000 0.028 0.396
#> dkfz_11-132 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-133 1 0.3949 0.845 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-134 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-135 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-136 3 0.3214 0.880 0.104 0.008 0.856 0.032 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.2390 0.902 0.084 0.000 0.896 0.020 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.4101 0.846 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> dkfz_11-139 4 0.5728 0.276 0.084 0.432 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.6313 0.711 0.608 0.044 0.000 0.100 0.248
#> dkfz_11-141 1 0.3949 0.845 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-142 5 0.1697 0.838 0.060 0.000 0.000 0.008 0.932
#> dkfz_11-143 4 0.3012 0.848 0.036 0.104 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.2795 0.851 0.028 0.100 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.2624 0.855 0.012 0.116 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.2624 0.855 0.012 0.116 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0771 0.872 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.2616 0.852 0.020 0.100 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0290 0.872 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0162 0.886 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.1970 0.86745 0.028 0.008 0.000 0.920 0.000 0.044
#> dkfz_11-002 2 0.4712 0.31567 0.024 0.672 0.000 0.044 0.000 0.260
#> dkfz_11-003 3 0.3679 0.84258 0.040 0.000 0.760 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-004 5 0.0260 0.90921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.0909 0.73007 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.1003 0.73179 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0993 0.72628 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> dkfz_11-009 3 0.2784 0.84113 0.028 0.000 0.848 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4780 0.00667 0.028 0.564 0.000 0.016 0.000 0.392
#> dkfz_11-012 2 0.5073 0.24339 0.008 0.516 0.028 0.016 0.000 0.432
#> dkfz_11-013 2 0.0909 0.73288 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> dkfz_11-014 2 0.4048 0.38649 0.004 0.644 0.000 0.012 0.000 0.340
#> dkfz_11-015 2 0.4338 -0.00738 0.000 0.496 0.000 0.020 0.000 0.484
#> dkfz_11-016 6 0.7473 0.53779 0.136 0.208 0.000 0.264 0.004 0.388
#> dkfz_11-017 4 0.1882 0.86882 0.024 0.028 0.000 0.928 0.000 0.020
#> dkfz_11-018 4 0.1882 0.86882 0.024 0.028 0.000 0.928 0.000 0.020
#> dkfz_11-019 2 0.1642 0.70435 0.004 0.936 0.000 0.028 0.000 0.032
#> dkfz_11-020 4 0.1882 0.86882 0.024 0.028 0.000 0.928 0.000 0.020
#> dkfz_11-021 3 0.2202 0.79570 0.008 0.012 0.904 0.004 0.000 0.072
#> dkfz_11-022 1 0.7080 0.21296 0.476 0.020 0.000 0.220 0.060 0.224
#> dkfz_11-023 6 0.6613 -0.16639 0.400 0.088 0.000 0.008 0.080 0.424
#> dkfz_11-024 2 0.0717 0.72844 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-025 2 0.5215 0.26575 0.008 0.536 0.040 0.016 0.000 0.400
#> dkfz_11-026 2 0.0547 0.73322 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.1452 0.87355 0.012 0.020 0.000 0.948 0.000 0.020
#> dkfz_11-029 4 0.0508 0.87721 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.1882 0.86882 0.024 0.028 0.000 0.928 0.000 0.020
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1970 0.86745 0.028 0.008 0.000 0.920 0.000 0.044
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3111 0.79863 0.032 0.008 0.000 0.836 0.000 0.124
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0547 0.73322 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.7104 0.27454 0.468 0.244 0.000 0.016 0.068 0.204
#> dkfz_11-038 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.2264 0.78272 0.000 0.012 0.888 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-040 3 0.4014 0.83990 0.044 0.000 0.716 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-041 5 0.0790 0.90309 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-042 5 0.3175 0.78804 0.012 0.076 0.000 0.004 0.852 0.056
#> dkfz_11-043 5 0.4584 0.66286 0.136 0.012 0.000 0.000 0.724 0.128
#> dkfz_11-044 6 0.5768 0.48992 0.016 0.344 0.000 0.124 0.000 0.516
#> dkfz_11-045 2 0.5029 0.28307 0.008 0.548 0.028 0.016 0.000 0.400
#> dkfz_11-046 3 0.4905 0.48645 0.000 0.060 0.652 0.020 0.000 0.268
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1624 0.70587 0.008 0.936 0.000 0.012 0.000 0.044
#> dkfz_11-049 3 0.0508 0.82633 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-050 6 0.5260 0.43187 0.004 0.348 0.000 0.096 0.000 0.552
#> dkfz_11-051 5 0.0547 0.90637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-052 3 0.4163 0.84017 0.048 0.000 0.716 0.004 0.000 0.232
#> dkfz_11-053 4 0.4104 0.73105 0.036 0.036 0.000 0.768 0.000 0.160
#> dkfz_11-054 2 0.4449 0.08218 0.000 0.532 0.000 0.028 0.000 0.440
#> dkfz_11-055 1 0.2278 0.81503 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.2264 0.78272 0.000 0.012 0.888 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-057 3 0.4163 0.84017 0.048 0.000 0.716 0.004 0.000 0.232
#> dkfz_11-058 3 0.0260 0.82524 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.2794 0.74372 0.000 0.012 0.840 0.004 0.000 0.144
#> dkfz_11-061 6 0.5147 0.39197 0.008 0.364 0.000 0.072 0.000 0.556
#> dkfz_11-062 6 0.6160 0.57964 0.024 0.224 0.000 0.232 0.000 0.520
#> dkfz_11-063 6 0.7532 0.55080 0.080 0.228 0.000 0.272 0.024 0.396
#> dkfz_11-064 2 0.0547 0.73322 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.5305 0.41673 0.008 0.308 0.000 0.008 0.596 0.080
#> dkfz_11-066 4 0.1970 0.86745 0.028 0.008 0.000 0.920 0.000 0.044
#> dkfz_11-067 4 0.0508 0.87721 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0547 0.73322 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4912 0.19979 0.028 0.632 0.000 0.040 0.000 0.300
#> dkfz_11-071 5 0.0603 0.90474 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> dkfz_11-072 5 0.4173 0.64318 0.000 0.000 0.000 0.228 0.712 0.060
#> dkfz_11-073 2 0.3951 0.58545 0.016 0.792 0.040 0.012 0.000 0.140
#> dkfz_11-074 3 0.4014 0.83990 0.044 0.000 0.716 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-075 6 0.5270 0.42374 0.004 0.352 0.000 0.096 0.000 0.548
#> dkfz_11-091 2 0.1565 0.70770 0.004 0.940 0.000 0.028 0.000 0.028
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.4163 0.84017 0.048 0.000 0.716 0.004 0.000 0.232
#> dkfz_11-094 2 0.4167 0.38988 0.008 0.636 0.000 0.012 0.000 0.344
#> dkfz_11-095 1 0.4350 0.75653 0.660 0.000 0.000 0.000 0.292 0.048
#> dkfz_11-096 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4948 0.73685 0.696 0.008 0.000 0.008 0.156 0.132
#> dkfz_11-098 5 0.0632 0.90576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-099 6 0.6586 0.48234 0.028 0.244 0.000 0.360 0.000 0.368
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.4992 0.46043 0.472 0.000 0.000 0.000 0.460 0.068
#> dkfz_11-102 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.5452 0.73235 0.604 0.008 0.000 0.000 0.216 0.172
#> dkfz_11-104 1 0.4621 0.73652 0.632 0.000 0.000 0.000 0.304 0.064
#> dkfz_11-105 5 0.2858 0.79983 0.124 0.000 0.000 0.000 0.844 0.032
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.4634 0.75154 0.644 0.000 0.000 0.000 0.284 0.072
#> dkfz_11-108 1 0.4535 0.74482 0.644 0.000 0.000 0.000 0.296 0.060
#> dkfz_11-109 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1492 0.89076 0.024 0.000 0.000 0.000 0.940 0.036
#> dkfz_11-111 5 0.0790 0.90309 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-112 5 0.4443 0.36603 0.368 0.000 0.000 0.000 0.596 0.036
#> dkfz_11-113 1 0.2748 0.80860 0.848 0.000 0.000 0.000 0.128 0.024
#> dkfz_11-114 1 0.7818 -0.09405 0.320 0.256 0.000 0.012 0.148 0.264
#> dkfz_11-115 5 0.0520 0.90359 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.4014 0.83990 0.044 0.000 0.716 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-117 1 0.7618 0.41448 0.452 0.032 0.000 0.128 0.168 0.220
#> dkfz_11-118 5 0.1088 0.89836 0.016 0.000 0.000 0.000 0.960 0.024
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.5026 0.75919 0.624 0.000 0.000 0.000 0.252 0.124
#> dkfz_11-121 3 0.4163 0.84017 0.048 0.000 0.716 0.004 0.000 0.232
#> dkfz_11-122 1 0.4274 0.76809 0.676 0.000 0.000 0.000 0.276 0.048
#> dkfz_11-123 1 0.4274 0.76809 0.676 0.000 0.000 0.000 0.276 0.048
#> dkfz_11-124 3 0.0363 0.82538 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0865 0.90161 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-126 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5082 0.73151 0.680 0.008 0.000 0.008 0.168 0.136
#> dkfz_11-128 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.4432 0.37711 0.364 0.000 0.000 0.000 0.600 0.036
#> dkfz_11-130 5 0.2474 0.82766 0.080 0.000 0.000 0.000 0.880 0.040
#> dkfz_11-131 1 0.4291 0.77269 0.680 0.000 0.000 0.000 0.268 0.052
#> dkfz_11-132 1 0.2489 0.81243 0.860 0.000 0.000 0.000 0.128 0.012
#> dkfz_11-133 1 0.2278 0.81552 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2365 0.79055 0.008 0.012 0.892 0.004 0.000 0.084
#> dkfz_11-137 3 0.4014 0.83990 0.044 0.000 0.716 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-138 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.6621 -0.47879 0.028 0.296 0.000 0.388 0.000 0.288
#> dkfz_11-140 1 0.5689 0.67871 0.620 0.024 0.000 0.004 0.172 0.180
#> dkfz_11-141 1 0.2135 0.81570 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1644 0.88354 0.040 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028
#> dkfz_11-143 4 0.2036 0.86622 0.028 0.008 0.000 0.916 0.000 0.048
#> dkfz_11-144 4 0.1970 0.86745 0.028 0.008 0.000 0.920 0.000 0.044
#> dkfz_11-145 2 0.0547 0.73322 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1882 0.86882 0.024 0.028 0.000 0.928 0.000 0.020
#> dkfz_11-147 4 0.1882 0.86882 0.024 0.028 0.000 0.928 0.000 0.020
#> dkfz_11-148 2 0.0547 0.73322 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1307 0.87274 0.008 0.008 0.000 0.952 0.000 0.032
#> dkfz_11-150 2 0.0909 0.73288 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.91017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.2799 0.8263 0.016 0.000 0.000 0.856 0.000 0.044 0.084
#> dkfz_11-002 2 0.5574 0.1188 0.028 0.564 0.000 0.072 0.000 0.304 0.032
#> dkfz_11-003 3 0.3867 -0.8269 0.008 0.000 0.544 0.000 0.000 0.004 0.444
#> dkfz_11-004 5 0.0573 0.8864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.0468 0.8708 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.0268 0.8774 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0755 0.8617 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.3858 -0.3503 0.012 0.000 0.668 0.000 0.000 0.016 0.304
#> dkfz_11-010 5 0.0468 0.8860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-011 6 0.6350 0.4683 0.028 0.260 0.000 0.056 0.004 0.524 0.128
#> dkfz_11-012 6 0.6503 0.3882 0.020 0.248 0.092 0.000 0.000 0.500 0.140
#> dkfz_11-013 2 0.0134 0.8813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.5234 0.3256 0.012 0.380 0.004 0.000 0.000 0.504 0.100
#> dkfz_11-015 6 0.4349 0.4616 0.000 0.320 0.008 0.004 0.000 0.628 0.040
#> dkfz_11-016 6 0.7095 0.4657 0.112 0.076 0.000 0.156 0.000 0.488 0.168
#> dkfz_11-017 4 0.1778 0.8386 0.020 0.004 0.000 0.928 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-018 4 0.1778 0.8386 0.020 0.004 0.000 0.928 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.0970 0.8570 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.1575 0.8405 0.020 0.000 0.000 0.936 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-021 3 0.0715 0.4786 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.7394 -0.0145 0.348 0.004 0.000 0.168 0.024 0.284 0.172
#> dkfz_11-023 6 0.5382 0.4505 0.144 0.028 0.000 0.000 0.032 0.652 0.144
#> dkfz_11-024 2 0.0268 0.8795 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.6567 0.4184 0.016 0.208 0.156 0.000 0.000 0.504 0.116
#> dkfz_11-026 2 0.0134 0.8813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0468 0.8860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-028 4 0.1261 0.8437 0.016 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-029 4 0.0334 0.8467 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.1778 0.8386 0.020 0.004 0.000 0.928 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-031 5 0.0468 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-032 4 0.2737 0.8276 0.016 0.000 0.000 0.860 0.000 0.040 0.084
#> dkfz_11-033 5 0.0555 0.8855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> dkfz_11-034 4 0.4531 0.7381 0.032 0.004 0.000 0.720 0.000 0.128 0.116
#> dkfz_11-035 5 0.0468 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0134 0.8813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.7849 0.1475 0.320 0.192 0.000 0.000 0.076 0.192 0.220
#> dkfz_11-038 1 0.1710 0.7338 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0582 0.4794 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-040 7 0.3562 0.9862 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-041 5 0.1621 0.8724 0.004 0.000 0.000 0.000 0.928 0.020 0.048
#> dkfz_11-042 5 0.3604 0.7785 0.016 0.016 0.008 0.000 0.820 0.052 0.088
#> dkfz_11-043 5 0.5392 0.5745 0.072 0.008 0.000 0.000 0.636 0.088 0.196
#> dkfz_11-044 6 0.3585 0.5980 0.004 0.124 0.000 0.060 0.000 0.796 0.016
#> dkfz_11-045 6 0.6408 0.3887 0.016 0.264 0.092 0.000 0.000 0.500 0.128
#> dkfz_11-046 3 0.3344 0.3500 0.000 0.012 0.788 0.000 0.000 0.168 0.032
#> dkfz_11-047 5 0.0239 0.8866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2436 0.7761 0.008 0.880 0.000 0.000 0.000 0.056 0.056
#> dkfz_11-049 3 0.0990 0.4465 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-050 6 0.3310 0.5953 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.804 0.024
#> dkfz_11-051 5 0.1076 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> dkfz_11-052 3 0.3853 -0.9522 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.012 0.488
#> dkfz_11-053 4 0.5404 0.5774 0.016 0.024 0.000 0.608 0.000 0.232 0.120
#> dkfz_11-054 6 0.4289 0.3894 0.000 0.376 0.000 0.004 0.000 0.580 0.040
#> dkfz_11-055 1 0.2049 0.7324 0.892 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008 0.008
#> dkfz_11-056 3 0.0582 0.4794 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.3972 -0.9433 0.004 0.000 0.500 0.000 0.000 0.012 0.484
#> dkfz_11-058 3 0.1313 0.4515 0.008 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016 0.028
#> dkfz_11-059 1 0.2072 0.7333 0.888 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.020
#> dkfz_11-060 3 0.2243 0.4249 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.088 0.032
#> dkfz_11-061 6 0.2820 0.5931 0.000 0.160 0.000 0.024 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3432 0.5974 0.000 0.076 0.000 0.076 0.000 0.816 0.032
#> dkfz_11-063 6 0.7024 0.4767 0.076 0.100 0.000 0.160 0.000 0.496 0.168
#> dkfz_11-064 2 0.0134 0.8813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.6295 0.3168 0.016 0.284 0.000 0.000 0.500 0.076 0.124
#> dkfz_11-066 4 0.2799 0.8263 0.016 0.000 0.000 0.856 0.000 0.044 0.084
#> dkfz_11-067 4 0.0468 0.8468 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0134 0.8813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0468 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.6715 -0.2527 0.028 0.416 0.000 0.080 0.004 0.356 0.116
#> dkfz_11-071 5 0.1582 0.8656 0.008 0.000 0.000 0.000 0.932 0.016 0.044
#> dkfz_11-072 5 0.5065 0.5847 0.004 0.000 0.000 0.212 0.652 0.052 0.080
#> dkfz_11-073 2 0.5309 0.5253 0.020 0.676 0.096 0.000 0.000 0.080 0.128
#> dkfz_11-074 3 0.3773 -0.9912 0.008 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-075 6 0.3713 0.5909 0.000 0.148 0.008 0.028 0.000 0.784 0.032
#> dkfz_11-091 2 0.0888 0.8610 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0468 0.8860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-093 3 0.3972 -0.9433 0.004 0.000 0.500 0.000 0.000 0.012 0.484
#> dkfz_11-094 6 0.5484 0.3029 0.016 0.376 0.004 0.000 0.000 0.480 0.124
#> dkfz_11-095 1 0.5566 0.6491 0.556 0.000 0.000 0.000 0.236 0.032 0.176
#> dkfz_11-096 1 0.1578 0.7344 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.6577 0.5012 0.516 0.000 0.000 0.020 0.124 0.156 0.184
#> dkfz_11-098 5 0.1540 0.8761 0.004 0.000 0.000 0.000 0.932 0.016 0.048
#> dkfz_11-099 6 0.6705 0.3899 0.028 0.120 0.000 0.264 0.000 0.476 0.112
#> dkfz_11-100 5 0.0573 0.8852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> dkfz_11-101 5 0.6185 -0.3902 0.356 0.000 0.000 0.000 0.408 0.056 0.180
#> dkfz_11-102 1 0.1578 0.7344 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.6912 0.4193 0.368 0.000 0.000 0.000 0.184 0.256 0.192
#> dkfz_11-104 1 0.5724 0.6120 0.528 0.000 0.000 0.000 0.280 0.044 0.148
#> dkfz_11-105 5 0.3536 0.7512 0.136 0.000 0.000 0.000 0.792 0.020 0.052
#> dkfz_11-106 5 0.0373 0.8865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.5818 0.6280 0.524 0.000 0.000 0.000 0.252 0.044 0.180
#> dkfz_11-108 1 0.5614 0.5741 0.516 0.000 0.000 0.000 0.316 0.036 0.132
#> dkfz_11-109 1 0.1578 0.7344 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2578 0.8408 0.052 0.000 0.000 0.000 0.876 0.020 0.052
#> dkfz_11-111 5 0.1427 0.8743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.020 0.044
#> dkfz_11-112 1 0.4695 0.1271 0.508 0.000 0.000 0.000 0.432 0.020 0.040
#> dkfz_11-113 1 0.2767 0.7168 0.856 0.000 0.000 0.000 0.092 0.016 0.036
#> dkfz_11-114 6 0.8342 0.1713 0.192 0.100 0.000 0.044 0.120 0.352 0.192
#> dkfz_11-115 5 0.1000 0.8788 0.012 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.012
#> dkfz_11-116 7 0.3682 0.9902 0.004 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-117 6 0.8153 -0.1231 0.268 0.008 0.000 0.120 0.132 0.280 0.192
#> dkfz_11-118 5 0.1919 0.8656 0.024 0.000 0.000 0.000 0.916 0.016 0.044
#> dkfz_11-119 5 0.0373 0.8865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.6373 0.6066 0.480 0.000 0.000 0.000 0.220 0.104 0.196
#> dkfz_11-121 3 0.3972 -0.9433 0.004 0.000 0.500 0.000 0.000 0.012 0.484
#> dkfz_11-122 1 0.5515 0.6544 0.568 0.000 0.000 0.000 0.220 0.032 0.180
#> dkfz_11-123 1 0.5486 0.6565 0.572 0.000 0.000 0.000 0.224 0.032 0.172
#> dkfz_11-124 3 0.1313 0.4515 0.008 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016 0.028
#> dkfz_11-125 5 0.1797 0.8598 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016 0.076
#> dkfz_11-126 1 0.1578 0.7344 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.6868 0.4425 0.464 0.000 0.000 0.020 0.136 0.200 0.180
#> dkfz_11-128 1 0.1578 0.7344 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.4698 0.1133 0.504 0.000 0.000 0.000 0.436 0.020 0.040
#> dkfz_11-130 5 0.3119 0.8026 0.072 0.000 0.000 0.000 0.836 0.020 0.072
#> dkfz_11-131 1 0.5589 0.6531 0.568 0.000 0.000 0.000 0.212 0.040 0.180
#> dkfz_11-132 1 0.2227 0.7274 0.884 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008 0.016
#> dkfz_11-133 1 0.1710 0.7347 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.1814 0.7338 0.900 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.008
#> dkfz_11-135 1 0.1578 0.7344 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1687 0.4629 0.008 0.000 0.928 0.000 0.000 0.032 0.032
#> dkfz_11-137 7 0.3773 0.9859 0.008 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-138 1 0.1710 0.7338 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.6908 -0.1923 0.028 0.244 0.000 0.384 0.000 0.280 0.064
#> dkfz_11-140 1 0.7309 0.2877 0.376 0.012 0.000 0.016 0.128 0.276 0.192
#> dkfz_11-141 1 0.2124 0.7346 0.888 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.016
#> dkfz_11-142 5 0.2546 0.8452 0.064 0.000 0.000 0.000 0.876 0.016 0.044
#> dkfz_11-143 4 0.3353 0.8141 0.028 0.004 0.000 0.824 0.000 0.048 0.096
#> dkfz_11-144 4 0.2799 0.8263 0.016 0.000 0.000 0.856 0.000 0.044 0.084
#> dkfz_11-145 2 0.0134 0.8813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1778 0.8386 0.020 0.004 0.000 0.928 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-147 4 0.1778 0.8386 0.020 0.004 0.000 0.928 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-148 2 0.0134 0.8813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.2230 0.8336 0.012 0.000 0.000 0.896 0.000 0.040 0.052
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0573 0.8861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.2485 0.80357 0.008 0.000 0.092 0.864 0.000 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-002 2 0.5803 -0.09119 0.000 0.444 0.008 0.040 0.000 0.320 0.000 0.188
#> dkfz_11-003 3 0.3983 0.85457 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.016 0.428 0.016
#> dkfz_11-004 5 0.1017 0.85083 0.000 0.000 0.016 0.000 0.960 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.0846 0.88483 0.004 0.968 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.0125 0.89817 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0536 0.85272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-008 2 0.0944 0.88261 0.004 0.964 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 7 0.3923 -0.41213 0.004 0.000 0.368 0.000 0.000 0.016 0.600 0.012
#> dkfz_11-010 5 0.0596 0.84924 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-011 6 0.4670 0.05979 0.000 0.112 0.008 0.012 0.004 0.648 0.000 0.216
#> dkfz_11-012 8 0.4893 0.57759 0.008 0.132 0.068 0.000 0.000 0.008 0.100 0.684
#> dkfz_11-013 2 0.0125 0.89817 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.4516 0.57877 0.004 0.240 0.040 0.000 0.000 0.032 0.016 0.668
#> dkfz_11-015 8 0.4395 0.64451 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.196 0.012 0.660
#> dkfz_11-016 6 0.3948 0.24220 0.020 0.020 0.012 0.044 0.000 0.768 0.000 0.136
#> dkfz_11-017 4 0.2451 0.80939 0.000 0.004 0.004 0.820 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.2510 0.80447 0.000 0.004 0.004 0.812 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1148 0.86329 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.2451 0.80939 0.000 0.004 0.004 0.820 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0768 0.83656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> dkfz_11-022 6 0.4376 0.44623 0.204 0.004 0.000 0.060 0.012 0.696 0.000 0.024
#> dkfz_11-023 8 0.5059 0.21778 0.060 0.004 0.036 0.000 0.004 0.440 0.000 0.456
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.89976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.4755 0.58142 0.004 0.108 0.044 0.000 0.000 0.004 0.168 0.672
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.89976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0695 0.84917 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-028 4 0.2104 0.81777 0.000 0.000 0.004 0.852 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.1341 0.82754 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.2510 0.80447 0.000 0.004 0.004 0.812 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0224 0.84923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 4 0.2485 0.80357 0.008 0.000 0.092 0.864 0.000 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-033 5 0.0224 0.84923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 4 0.4764 0.68044 0.016 0.000 0.144 0.680 0.000 0.040 0.000 0.120
#> dkfz_11-035 5 0.0224 0.84923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.89976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.7959 0.14148 0.184 0.136 0.112 0.000 0.040 0.300 0.000 0.228
#> dkfz_11-038 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0471 0.83719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-040 3 0.3164 0.96820 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3359 0.81182 0.000 0.000 0.088 0.000 0.804 0.072 0.000 0.036
#> dkfz_11-042 5 0.4203 0.71319 0.004 0.012 0.076 0.000 0.744 0.024 0.004 0.136
#> dkfz_11-043 5 0.6476 0.39669 0.028 0.000 0.120 0.000 0.460 0.224 0.000 0.168
#> dkfz_11-044 8 0.4824 0.56416 0.000 0.036 0.020 0.016 0.000 0.380 0.008 0.540
#> dkfz_11-045 8 0.4414 0.59496 0.004 0.140 0.048 0.000 0.000 0.000 0.100 0.708
#> dkfz_11-046 7 0.2288 0.72780 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.860 0.120
#> dkfz_11-047 5 0.0438 0.85114 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3724 0.68478 0.012 0.772 0.080 0.000 0.000 0.008 0.004 0.124
#> dkfz_11-049 7 0.1216 0.78516 0.004 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-050 8 0.4650 0.62404 0.000 0.028 0.020 0.024 0.000 0.304 0.008 0.616
#> dkfz_11-051 5 0.2622 0.82644 0.000 0.000 0.064 0.000 0.860 0.056 0.000 0.020
#> dkfz_11-052 3 0.3603 0.96735 0.008 0.000 0.616 0.000 0.000 0.004 0.368 0.004
#> dkfz_11-053 4 0.5246 0.57397 0.008 0.000 0.092 0.620 0.000 0.096 0.000 0.184
#> dkfz_11-054 8 0.4375 0.61547 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.632
#> dkfz_11-055 1 0.1198 0.70700 0.948 0.000 0.016 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 7 0.0471 0.83719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-057 3 0.3513 0.96863 0.004 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.368 0.004
#> dkfz_11-058 7 0.1093 0.80277 0.004 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.1222 0.70371 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.1416 0.79787 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.924 0.068
#> dkfz_11-061 8 0.4698 0.61353 0.000 0.036 0.024 0.012 0.000 0.328 0.008 0.592
#> dkfz_11-062 8 0.4795 0.50679 0.004 0.020 0.024 0.028 0.000 0.408 0.000 0.516
#> dkfz_11-063 6 0.3904 0.24080 0.008 0.024 0.012 0.044 0.004 0.772 0.000 0.136
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.89976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.7239 0.16042 0.012 0.244 0.108 0.000 0.348 0.056 0.000 0.232
#> dkfz_11-066 4 0.2703 0.79831 0.008 0.000 0.092 0.852 0.000 0.008 0.000 0.040
#> dkfz_11-067 4 0.1417 0.82795 0.000 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.89976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0224 0.84923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 6 0.5694 -0.06781 0.000 0.288 0.008 0.032 0.004 0.492 0.000 0.176
#> dkfz_11-071 5 0.2706 0.77558 0.000 0.000 0.048 0.000 0.836 0.004 0.000 0.112
#> dkfz_11-072 5 0.5742 0.32626 0.000 0.000 0.024 0.220 0.492 0.244 0.000 0.020
#> dkfz_11-073 2 0.5849 0.37526 0.012 0.560 0.092 0.000 0.000 0.016 0.088 0.232
#> dkfz_11-074 3 0.3655 0.96157 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.008 0.368 0.012
#> dkfz_11-075 8 0.4680 0.62631 0.000 0.032 0.020 0.024 0.000 0.296 0.008 0.620
#> dkfz_11-091 2 0.1131 0.86298 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0471 0.84889 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-093 3 0.3603 0.96735 0.008 0.000 0.616 0.000 0.000 0.004 0.368 0.004
#> dkfz_11-094 8 0.4075 0.53986 0.004 0.252 0.044 0.000 0.000 0.000 0.020 0.680
#> dkfz_11-095 1 0.5365 0.13376 0.460 0.000 0.020 0.000 0.188 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.4532 0.15356 0.396 0.000 0.000 0.000 0.100 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3033 0.81869 0.000 0.000 0.080 0.000 0.828 0.068 0.000 0.024
#> dkfz_11-099 6 0.5285 -0.01624 0.000 0.028 0.008 0.164 0.000 0.564 0.000 0.236
#> dkfz_11-100 5 0.1256 0.84887 0.000 0.000 0.016 0.000 0.948 0.020 0.000 0.016
#> dkfz_11-101 6 0.6123 0.00933 0.272 0.000 0.036 0.000 0.336 0.340 0.000 0.016
#> dkfz_11-102 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5410 0.36256 0.244 0.004 0.020 0.000 0.136 0.572 0.000 0.024
#> dkfz_11-104 1 0.6266 0.10343 0.388 0.000 0.064 0.000 0.212 0.320 0.000 0.016
#> dkfz_11-105 5 0.4983 0.72289 0.120 0.000 0.092 0.000 0.684 0.068 0.000 0.036
#> dkfz_11-106 5 0.0395 0.84679 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-107 1 0.6113 0.08351 0.392 0.000 0.052 0.000 0.192 0.348 0.000 0.016
#> dkfz_11-108 1 0.6398 0.09342 0.372 0.000 0.072 0.000 0.264 0.276 0.000 0.016
#> dkfz_11-109 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.4416 0.77592 0.056 0.000 0.096 0.000 0.740 0.072 0.000 0.036
#> dkfz_11-111 5 0.3315 0.81313 0.000 0.000 0.084 0.000 0.808 0.072 0.000 0.036
#> dkfz_11-112 1 0.5605 0.28854 0.548 0.000 0.068 0.000 0.284 0.064 0.000 0.036
#> dkfz_11-113 1 0.2246 0.67702 0.896 0.000 0.028 0.000 0.032 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 6 0.4995 0.47620 0.108 0.044 0.004 0.000 0.100 0.692 0.000 0.052
#> dkfz_11-115 5 0.1090 0.84442 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-116 3 0.3370 0.96666 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.368 0.008
#> dkfz_11-117 6 0.4327 0.50417 0.128 0.004 0.000 0.028 0.100 0.728 0.000 0.012
#> dkfz_11-118 5 0.3368 0.81622 0.016 0.000 0.076 0.000 0.816 0.068 0.000 0.024
#> dkfz_11-119 5 0.0224 0.84923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 6 0.6066 -0.10021 0.364 0.000 0.048 0.000 0.172 0.396 0.000 0.020
#> dkfz_11-121 3 0.3513 0.96863 0.004 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.368 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.5405 0.16390 0.476 0.000 0.028 0.000 0.176 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.5501 0.16918 0.472 0.000 0.036 0.000 0.176 0.316 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.1315 0.80072 0.004 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.944 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.3621 0.77511 0.000 0.000 0.072 0.000 0.768 0.136 0.000 0.024
#> dkfz_11-126 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.4442 0.27703 0.344 0.000 0.000 0.000 0.100 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.5641 0.25513 0.536 0.000 0.068 0.000 0.296 0.064 0.000 0.036
#> dkfz_11-130 5 0.4627 0.75776 0.056 0.000 0.092 0.000 0.720 0.096 0.000 0.036
#> dkfz_11-131 1 0.5358 0.13930 0.468 0.000 0.024 0.000 0.172 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1977 0.68643 0.912 0.000 0.020 0.000 0.032 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.1073 0.70758 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0806 0.71183 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.2009 0.80150 0.004 0.000 0.036 0.000 0.000 0.020 0.908 0.032
#> dkfz_11-137 3 0.3566 0.96381 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.004 0.368 0.012
#> dkfz_11-138 1 0.0681 0.71290 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.6517 -0.04337 0.000 0.196 0.008 0.244 0.000 0.400 0.000 0.152
#> dkfz_11-140 6 0.5011 0.44650 0.228 0.004 0.008 0.000 0.100 0.624 0.000 0.036
#> dkfz_11-141 1 0.1444 0.70214 0.936 0.000 0.008 0.000 0.032 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.4010 0.80063 0.060 0.000 0.080 0.000 0.776 0.044 0.000 0.040
#> dkfz_11-143 4 0.3274 0.77705 0.008 0.000 0.128 0.804 0.000 0.016 0.000 0.044
#> dkfz_11-144 4 0.2547 0.80257 0.008 0.000 0.092 0.860 0.000 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.89976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.2451 0.80939 0.000 0.004 0.004 0.820 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.2510 0.80447 0.000 0.004 0.004 0.812 0.000 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.89976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1970 0.81355 0.000 0.000 0.048 0.904 0.000 0.012 0.000 0.036
#> dkfz_11-150 2 0.0125 0.89817 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.1149 0.85102 0.000 0.000 0.032 0.000 0.948 0.000 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.4759 0.7117 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.024 0.128 0.132 0.052
#> dkfz_11-002 2 0.6407 -0.0539 0.000 0.448 0.000 0.156 0.000 0.228 0.004 0.052 0.112
#> dkfz_11-003 3 0.2821 0.8061 0.004 0.000 0.852 0.000 0.000 0.012 0.060 0.036 0.036
#> dkfz_11-004 5 0.2397 0.7915 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.036 0.076
#> dkfz_11-005 2 0.0886 0.8659 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0610 0.8751 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.1230 0.7998 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.004 0.048
#> dkfz_11-008 2 0.1035 0.8612 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.4146 0.3022 0.004 0.000 0.672 0.000 0.000 0.008 0.244 0.040 0.032
#> dkfz_11-010 5 0.1070 0.7875 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-011 9 0.5924 -0.0893 0.000 0.088 0.000 0.080 0.004 0.336 0.000 0.044 0.448
#> dkfz_11-012 8 0.4659 0.6627 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004 0.252 0.048 0.612 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0356 0.8805 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.5092 0.6326 0.000 0.128 0.000 0.000 0.004 0.332 0.028 0.504 0.004
#> dkfz_11-015 6 0.4250 0.2476 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.668 0.016 0.228 0.020
#> dkfz_11-016 9 0.5701 -0.0587 0.016 0.012 0.000 0.164 0.000 0.364 0.008 0.016 0.420
#> dkfz_11-017 4 0.1340 0.7281 0.000 0.004 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-018 4 0.1417 0.7259 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.016 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-019 2 0.1188 0.8547 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.008 0.004 0.012 0.020
#> dkfz_11-020 4 0.1232 0.7308 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-021 7 0.4225 0.8790 0.004 0.000 0.296 0.000 0.000 0.024 0.632 0.028 0.016
#> dkfz_11-022 9 0.5996 0.3186 0.168 0.004 0.000 0.144 0.000 0.172 0.000 0.016 0.496
#> dkfz_11-023 6 0.4573 0.2738 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.012 0.068 0.296
#> dkfz_11-024 2 0.0119 0.8815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.5184 0.6072 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004 0.328 0.096 0.512 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0887 0.7902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> dkfz_11-028 4 0.0492 0.7409 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-029 4 0.0936 0.7459 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.020 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.1417 0.7259 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.016 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-031 5 0.0533 0.7946 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-032 4 0.4759 0.7117 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.024 0.128 0.132 0.052
#> dkfz_11-033 5 0.0786 0.7915 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-034 4 0.6308 0.5599 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.116 0.176 0.196 0.052
#> dkfz_11-035 5 0.0356 0.7954 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0119 0.8820 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 9 0.7328 0.0203 0.092 0.120 0.000 0.000 0.020 0.080 0.040 0.292 0.356
#> dkfz_11-038 1 0.0533 0.8881 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-039 7 0.3337 0.8850 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.024 0.680 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0542 0.8999 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-041 5 0.4424 0.7059 0.008 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.048 0.064 0.224
#> dkfz_11-042 5 0.4030 0.5180 0.004 0.004 0.000 0.000 0.672 0.020 0.016 0.264 0.020
#> dkfz_11-043 5 0.6858 0.1975 0.024 0.000 0.000 0.000 0.320 0.076 0.052 0.268 0.260
#> dkfz_11-044 6 0.2138 0.5725 0.000 0.020 0.000 0.016 0.000 0.896 0.000 0.024 0.044
#> dkfz_11-045 8 0.4921 0.6757 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004 0.296 0.048 0.564 0.004
#> dkfz_11-046 7 0.4164 0.7968 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.112 0.668 0.020 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.1310 0.7964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.056
#> dkfz_11-048 2 0.3457 0.5196 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.264 0.016
#> dkfz_11-049 7 0.2994 0.8366 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1694 0.5460 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.920 0.008 0.040 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.3906 0.7313 0.004 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.044 0.044 0.196
#> dkfz_11-052 3 0.0703 0.8988 0.008 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-053 4 0.6689 0.4672 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.156 0.136 0.212 0.088
#> dkfz_11-054 6 0.4827 0.1594 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.596 0.008 0.204 0.024
#> dkfz_11-055 1 0.1923 0.8531 0.908 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.044 0.016 0.020
#> dkfz_11-056 7 0.3337 0.8850 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.024 0.680 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0821 0.8987 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> dkfz_11-058 7 0.3569 0.8361 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.004 0.608 0.012 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0876 0.8719 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-060 7 0.3887 0.8562 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.044 0.680 0.032 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1353 0.5636 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.020 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.2044 0.5645 0.000 0.008 0.000 0.036 0.000 0.896 0.008 0.000 0.052
#> dkfz_11-063 9 0.5655 -0.0144 0.000 0.016 0.000 0.156 0.012 0.352 0.008 0.016 0.440
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.6443 0.0617 0.000 0.192 0.000 0.000 0.272 0.004 0.032 0.388 0.112
#> dkfz_11-066 4 0.4818 0.7099 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.028 0.128 0.132 0.052
#> dkfz_11-067 4 0.1008 0.7459 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.020 0.020 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0533 0.7946 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-070 6 0.6856 0.2289 0.000 0.236 0.000 0.140 0.004 0.296 0.000 0.052 0.272
#> dkfz_11-071 5 0.3259 0.6703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.028 0.164 0.036
#> dkfz_11-072 9 0.5247 -0.0386 0.004 0.000 0.000 0.204 0.352 0.000 0.004 0.012 0.424
#> dkfz_11-073 2 0.4797 -0.0634 0.000 0.448 0.000 0.000 0.004 0.004 0.072 0.444 0.028
#> dkfz_11-074 3 0.1321 0.8890 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024 0.024
#> dkfz_11-075 6 0.1575 0.5487 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.040 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.1070 0.8557 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.012 0.020
#> dkfz_11-092 5 0.0373 0.7925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0914 0.8966 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> dkfz_11-094 8 0.5097 0.6622 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004 0.300 0.032 0.528 0.004
#> dkfz_11-095 9 0.4305 0.5639 0.324 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.556
#> dkfz_11-096 1 0.0533 0.8881 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-097 9 0.5314 0.5762 0.304 0.004 0.000 0.020 0.052 0.060 0.000 0.012 0.548
#> dkfz_11-098 5 0.4346 0.7219 0.008 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.052 0.060 0.208
#> dkfz_11-099 6 0.5981 0.2636 0.000 0.024 0.000 0.280 0.000 0.392 0.000 0.052 0.252
#> dkfz_11-100 5 0.2408 0.7882 0.004 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.012 0.036 0.084
#> dkfz_11-101 9 0.4311 0.5550 0.156 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.008 0.628
#> dkfz_11-102 1 0.0296 0.8878 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 9 0.4988 0.5937 0.156 0.000 0.000 0.000 0.080 0.124 0.000 0.012 0.628
#> dkfz_11-104 9 0.5154 0.5343 0.228 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.016 0.028 0.556
#> dkfz_11-105 5 0.5741 0.5937 0.124 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.052 0.064 0.228
#> dkfz_11-106 5 0.0331 0.7945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-107 9 0.4818 0.5631 0.220 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.016 0.024 0.608
#> dkfz_11-108 9 0.5534 0.4588 0.224 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.028 0.032 0.508
#> dkfz_11-109 1 0.0533 0.8881 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.5202 0.6579 0.048 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.056 0.064 0.248
#> dkfz_11-111 5 0.4404 0.7079 0.008 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.048 0.064 0.220
#> dkfz_11-112 1 0.5981 0.2878 0.496 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.056 0.060 0.200
#> dkfz_11-113 1 0.2275 0.8236 0.880 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.008 0.064
#> dkfz_11-114 9 0.5741 0.4535 0.068 0.040 0.000 0.028 0.060 0.196 0.000 0.012 0.596
#> dkfz_11-115 5 0.0975 0.7935 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.0802 0.8967 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-117 9 0.5895 0.4674 0.080 0.008 0.000 0.112 0.060 0.140 0.000 0.012 0.588
#> dkfz_11-118 5 0.4689 0.7088 0.032 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.048 0.064 0.200
#> dkfz_11-119 5 0.0533 0.7946 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-120 9 0.4477 0.5985 0.208 0.000 0.000 0.000 0.096 0.012 0.008 0.016 0.660
#> dkfz_11-121 3 0.0821 0.8987 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> dkfz_11-122 9 0.4297 0.5410 0.352 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.004 0.548
#> dkfz_11-123 9 0.4663 0.5209 0.364 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.012 0.008 0.520
#> dkfz_11-124 7 0.4070 0.8211 0.004 0.000 0.368 0.000 0.000 0.004 0.580 0.028 0.016
#> dkfz_11-125 5 0.4527 0.5679 0.004 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.032 0.060 0.348
#> dkfz_11-126 1 0.0414 0.8880 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 9 0.5573 0.5852 0.248 0.004 0.000 0.020 0.060 0.100 0.000 0.012 0.556
#> dkfz_11-128 1 0.0296 0.8878 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.5877 0.2924 0.504 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.048 0.056 0.196
#> dkfz_11-130 5 0.5247 0.6333 0.056 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.048 0.064 0.260
#> dkfz_11-131 9 0.4186 0.5569 0.336 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-132 1 0.2014 0.8411 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.008 0.048
#> dkfz_11-133 1 0.0928 0.8751 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-134 1 0.0414 0.8865 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0414 0.8880 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 7 0.4486 0.8176 0.004 0.000 0.236 0.000 0.000 0.016 0.636 0.100 0.008
#> dkfz_11-137 3 0.1112 0.8935 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-138 1 0.0533 0.8881 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-139 4 0.6685 -0.1539 0.000 0.184 0.000 0.400 0.000 0.200 0.004 0.052 0.160
#> dkfz_11-140 9 0.5576 0.5505 0.168 0.008 0.000 0.008 0.064 0.168 0.000 0.012 0.572
#> dkfz_11-141 1 0.1275 0.8478 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-142 5 0.4758 0.7096 0.052 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.052 0.060 0.168
#> dkfz_11-143 4 0.5138 0.6909 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.028 0.144 0.156 0.056
#> dkfz_11-144 4 0.4788 0.7106 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.024 0.132 0.132 0.052
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1340 0.7281 0.000 0.004 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-147 4 0.1417 0.7259 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.016 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4400 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.028 0.100 0.120 0.044
#> dkfz_11-150 2 0.0237 0.8812 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1123 0.7981 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.024 0.004
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.0282 0.6241 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.6363 -0.1974 0.000 0.380 0.024 0.000 0.000 0.224 0.000 0.052 0.260 0.060
#> dkfz_11-003 3 0.3854 0.8157 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.004 0.348 0.008 0.040 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.2848 0.7163 0.000 0.000 0.012 0.000 0.840 0.004 0.000 0.036 0.060 0.048
#> dkfz_11-005 2 0.1478 0.8553 0.000 0.928 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.0830 0.8827 0.000 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.1043 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.008 0.040
#> dkfz_11-008 2 0.1478 0.8553 0.000 0.928 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032 0.004
#> dkfz_11-009 7 0.4541 -0.3249 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.008 0.528 0.012 0.076 0.012
#> dkfz_11-010 5 0.1150 0.7176 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944 0.000 0.000 0.032 0.020 0.000
#> dkfz_11-011 10 0.6019 0.0539 0.000 0.052 0.024 0.000 0.000 0.276 0.000 0.048 0.148 0.452
#> dkfz_11-012 8 0.3210 0.5038 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.140 0.028 0.784 0.004 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0226 0.8977 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 8 0.4570 0.3998 0.000 0.084 0.008 0.000 0.000 0.240 0.016 0.628 0.016 0.008
#> dkfz_11-015 6 0.4414 0.4307 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000 0.648 0.008 0.240 0.052 0.020
#> dkfz_11-016 10 0.5586 0.0118 0.000 0.008 0.028 0.004 0.000 0.312 0.000 0.016 0.216 0.416
#> dkfz_11-017 9 0.3317 0.7388 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.016
#> dkfz_11-018 9 0.3374 0.7415 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.020
#> dkfz_11-019 2 0.0941 0.8788 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.020 0.004
#> dkfz_11-020 9 0.3317 0.7388 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.016
#> dkfz_11-021 7 0.0740 0.8577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 0.020 0.004
#> dkfz_11-022 10 0.5326 0.4185 0.100 0.004 0.012 0.000 0.000 0.176 0.000 0.008 0.124 0.576
#> dkfz_11-023 6 0.4374 0.2749 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.580 0.000 0.048 0.036 0.324
#> dkfz_11-024 2 0.0469 0.8881 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-025 8 0.4533 0.4136 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.216 0.112 0.632 0.008 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0959 0.7198 0.000 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.3110 -0.6975 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.2983 -0.5545 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-030 9 0.3374 0.7415 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.020
#> dkfz_11-031 5 0.0429 0.7283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0395 0.6250 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0597 0.7247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.4406 0.4697 0.004 0.000 0.044 0.720 0.000 0.112 0.000 0.048 0.056 0.016
#> dkfz_11-035 5 0.1073 0.7234 0.000 0.000 0.008 0.000 0.956 0.008 0.000 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.6933 0.2656 0.032 0.112 0.040 0.000 0.008 0.020 0.000 0.360 0.132 0.296
#> dkfz_11-038 1 0.0315 0.8819 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.8589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.2649 0.9339 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.5763 0.5973 0.004 0.000 0.112 0.000 0.524 0.000 0.000 0.060 0.100 0.200
#> dkfz_11-042 5 0.4137 0.4102 0.000 0.000 0.024 0.000 0.628 0.016 0.000 0.296 0.016 0.020
#> dkfz_11-043 8 0.6972 0.1935 0.012 0.000 0.064 0.000 0.152 0.020 0.000 0.344 0.176 0.232
#> dkfz_11-044 6 0.1980 0.6184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.020 0.044 0.036
#> dkfz_11-045 8 0.3506 0.4889 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.184 0.028 0.740 0.004 0.004
#> dkfz_11-046 7 0.1741 0.7805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.896 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.1209 0.7327 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000 0.008 0.004 0.044
#> dkfz_11-048 2 0.3879 0.3127 0.000 0.608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.036 0.008
#> dkfz_11-049 7 0.1376 0.8301 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.012 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.1560 0.6061 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.924 0.004 0.036 0.016 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.5234 0.6283 0.000 0.000 0.084 0.000 0.592 0.000 0.000 0.052 0.100 0.172
#> dkfz_11-052 3 0.3862 0.9271 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.004 0.272 0.012 0.036 0.016
#> dkfz_11-053 4 0.3882 0.4627 0.000 0.000 0.012 0.740 0.000 0.112 0.000 0.100 0.012 0.024
#> dkfz_11-054 6 0.4897 0.3863 0.000 0.088 0.004 0.000 0.000 0.608 0.004 0.224 0.052 0.020
#> dkfz_11-055 1 0.1673 0.8527 0.920 0.000 0.036 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.024 0.008
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.8589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.3640 0.9316 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.004 0.272 0.004 0.036 0.012
#> dkfz_11-058 7 0.1641 0.8355 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004 0.920 0.004 0.040 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.1186 0.8405 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-060 7 0.0605 0.8472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1182 0.6175 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948 0.004 0.028 0.008 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.1921 0.6059 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.900 0.000 0.000 0.048 0.032
#> dkfz_11-063 10 0.5620 0.0953 0.000 0.008 0.028 0.004 0.004 0.280 0.000 0.016 0.212 0.448
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.6089 0.4137 0.000 0.168 0.024 0.000 0.132 0.000 0.000 0.516 0.080 0.080
#> dkfz_11-066 4 0.0113 0.6252 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2979 -0.5418 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0429 0.7283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.6923 0.2118 0.000 0.200 0.024 0.000 0.000 0.252 0.000 0.052 0.236 0.236
#> dkfz_11-071 5 0.4177 0.4043 0.000 0.000 0.024 0.000 0.660 0.000 0.000 0.228 0.068 0.020
#> dkfz_11-072 10 0.5759 0.1346 0.004 0.000 0.000 0.116 0.312 0.000 0.000 0.020 0.116 0.432
#> dkfz_11-073 8 0.5061 0.3088 0.000 0.324 0.028 0.000 0.000 0.000 0.020 0.532 0.064 0.032
#> dkfz_11-074 3 0.3432 0.9188 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004 0.272 0.004 0.032 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.1654 0.6057 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.920 0.004 0.040 0.012 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0541 0.8892 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0627 0.7242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.3989 0.9181 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.004 0.280 0.012 0.044 0.016
#> dkfz_11-094 8 0.4262 0.4563 0.000 0.092 0.004 0.000 0.000 0.208 0.016 0.664 0.012 0.004
#> dkfz_11-095 10 0.3311 0.6571 0.216 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-096 1 0.0315 0.8819 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 10 0.4314 0.6392 0.192 0.000 0.012 0.000 0.036 0.032 0.000 0.008 0.028 0.692
#> dkfz_11-098 5 0.5913 0.6049 0.004 0.000 0.116 0.000 0.520 0.004 0.000 0.060 0.116 0.180
#> dkfz_11-099 6 0.6306 0.2352 0.000 0.020 0.024 0.020 0.000 0.344 0.000 0.048 0.336 0.208
#> dkfz_11-100 5 0.2832 0.7127 0.000 0.000 0.020 0.000 0.832 0.000 0.000 0.020 0.040 0.088
#> dkfz_11-101 10 0.3179 0.6158 0.076 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.004 0.004 0.764
#> dkfz_11-102 1 0.0202 0.8808 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 10 0.3902 0.6505 0.092 0.000 0.008 0.000 0.044 0.072 0.000 0.008 0.016 0.760
#> dkfz_11-104 10 0.5166 0.5411 0.152 0.000 0.056 0.000 0.108 0.000 0.000 0.020 0.040 0.624
#> dkfz_11-105 5 0.6761 0.5116 0.096 0.000 0.112 0.000 0.428 0.000 0.000 0.060 0.100 0.204
#> dkfz_11-106 5 0.0517 0.7284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 10 0.4805 0.5711 0.148 0.000 0.048 0.000 0.084 0.000 0.000 0.020 0.036 0.664
#> dkfz_11-108 10 0.5693 0.4793 0.136 0.000 0.064 0.000 0.140 0.000 0.000 0.028 0.060 0.572
#> dkfz_11-109 1 0.0315 0.8819 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.6494 0.5397 0.040 0.000 0.124 0.000 0.444 0.000 0.000 0.060 0.112 0.220
#> dkfz_11-111 5 0.5735 0.5987 0.004 0.000 0.108 0.000 0.528 0.000 0.000 0.060 0.100 0.200
#> dkfz_11-112 1 0.6852 0.1770 0.428 0.000 0.112 0.000 0.140 0.000 0.000 0.060 0.104 0.156
#> dkfz_11-113 1 0.2300 0.8253 0.884 0.000 0.036 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.024 0.036
#> dkfz_11-114 10 0.4446 0.5905 0.040 0.012 0.012 0.000 0.040 0.124 0.000 0.008 0.040 0.724
#> dkfz_11-115 5 0.0941 0.7260 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.008 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.2733 0.9319 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-117 10 0.4586 0.5777 0.040 0.004 0.012 0.000 0.036 0.104 0.000 0.008 0.088 0.708
#> dkfz_11-118 5 0.5824 0.6051 0.016 0.000 0.112 0.000 0.536 0.000 0.000 0.052 0.100 0.184
#> dkfz_11-119 5 0.0340 0.7284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 10 0.3996 0.6161 0.120 0.000 0.032 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012 0.040 0.744
#> dkfz_11-121 3 0.3640 0.9316 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.004 0.272 0.004 0.036 0.012
#> dkfz_11-122 10 0.3660 0.6448 0.244 0.000 0.008 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.008 0.684
#> dkfz_11-123 10 0.4250 0.6131 0.264 0.000 0.024 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004 0.016 0.636
#> dkfz_11-124 7 0.1884 0.8296 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004 0.904 0.008 0.052 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.5308 0.3339 0.000 0.000 0.072 0.000 0.424 0.000 0.000 0.036 0.068 0.400
#> dkfz_11-126 1 0.0315 0.8819 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 10 0.4492 0.6418 0.148 0.000 0.012 0.000 0.040 0.072 0.000 0.008 0.024 0.696
#> dkfz_11-128 1 0.0315 0.8819 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.6839 0.1918 0.432 0.000 0.116 0.000 0.140 0.000 0.000 0.060 0.104 0.148
#> dkfz_11-130 5 0.6468 0.5201 0.040 0.000 0.112 0.000 0.436 0.000 0.000 0.060 0.108 0.244
#> dkfz_11-131 10 0.3290 0.6537 0.228 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-132 1 0.1802 0.8467 0.916 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.024 0.024
#> dkfz_11-133 1 0.1037 0.8523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-134 1 0.0202 0.8808 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0315 0.8819 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 7 0.2127 0.8122 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.892 0.044 0.028 0.008
#> dkfz_11-137 3 0.3129 0.9282 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.272 0.004 0.012 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0315 0.8819 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 9 0.6966 -0.0778 0.000 0.128 0.020 0.072 0.000 0.188 0.000 0.048 0.428 0.116
#> dkfz_11-140 10 0.4323 0.6209 0.076 0.000 0.012 0.000 0.040 0.112 0.000 0.008 0.028 0.724
#> dkfz_11-141 1 0.1791 0.7774 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-142 5 0.5953 0.6028 0.044 0.000 0.116 0.000 0.552 0.000 0.000 0.052 0.100 0.136
#> dkfz_11-143 4 0.1266 0.6067 0.000 0.000 0.008 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.0469 0.6256 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.3317 0.7388 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.016
#> dkfz_11-147 9 0.3374 0.7415 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.020
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1373 0.5316 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0113 0.8985 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1985 0.7253 0.000 0.000 0.036 0.000 0.900 0.000 0.000 0.032 0.016 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:kmeans 135 2.07e-27 2.92e-28 2
#> CV:kmeans 128 6.93e-44 1.73e-28 3
#> CV:kmeans 122 1.93e-66 3.13e-26 4
#> CV:kmeans 124 4.83e-68 9.83e-29 5
#> CV:kmeans 110 3.16e-72 2.43e-25 6
#> CV:kmeans 94 7.34e-65 5.88e-19 7
#> CV:kmeans 105 3.47e-83 1.65e-31 8
#> CV:kmeans 113 8.75e-85 2.47e-33 9
#> CV:kmeans 103 2.60e-68 4.61e-30 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.969 0.946 0.979 0.50234 0.498 0.498
#> 3 3 0.991 0.941 0.978 0.21088 0.869 0.744
#> 4 4 0.913 0.885 0.935 0.12899 0.930 0.823
#> 5 5 0.783 0.766 0.829 0.13180 0.854 0.570
#> 6 6 0.883 0.854 0.921 0.05301 0.921 0.654
#> 7 7 0.854 0.763 0.875 0.02417 0.993 0.957
#> 8 8 0.841 0.703 0.830 0.01600 0.968 0.817
#> 9 9 0.819 0.663 0.793 0.01219 0.984 0.893
#> 10 10 0.822 0.627 0.786 0.00866 0.981 0.872
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.9909 0.230 0.444 0.556
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0938 0.976 0.988 0.012
#> dkfz_11-023 1 0.2423 0.948 0.960 0.040
#> dkfz_11-024 2 0.9732 0.344 0.404 0.596
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.8081 0.669 0.248 0.752
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.9754 0.333 0.408 0.592
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.9635 0.338 0.612 0.388
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 1 0.5629 0.839 0.868 0.132
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.9850 0.277 0.428 0.572
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.7219 0.740 0.800 0.200
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.7299 0.736 0.204 0.796
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.5431 0.613 0.716 0.000 0.284
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.1964 0.918 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.6095 0.337 0.392 0.608 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.6154 0.311 0.592 0.408 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-040 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.6126 0.333 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-050 2 0.0424 0.974 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-057 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-058 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-061 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-062 3 0.6154 0.310 0.000 0.408 0.592
#> dkfz_11-063 1 0.4291 0.774 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.6079 0.351 0.388 0.612 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.6045 0.414 0.620 0.000 0.380
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-075 2 0.0424 0.974 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0892 0.963 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-137 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0424 0.972 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1302 0.870 0.000 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3444 0.769 0.000 0.816 0.184 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1389 0.869 0.000 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1867 0.849 0.000 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.8749 -0.159 0.344 0.308 0.036 0.312
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.4473 0.782 0.804 0.008 0.036 0.152
#> dkfz_11-023 1 0.2987 0.857 0.880 0.104 0.016 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1936 0.858 0.028 0.940 0.032 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.2408 0.916 0.000 0.104 0.896 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0817 0.883 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.5573 0.366 0.604 0.368 0.028 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.5016 0.365 0.600 0.004 0.396 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0804 0.943 0.980 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.6140 0.141 0.000 0.500 0.452 0.048
#> dkfz_11-045 2 0.2921 0.815 0.000 0.860 0.140 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.1474 0.986 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.7137 0.398 0.000 0.544 0.288 0.168
#> dkfz_11-051 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.1389 0.863 0.000 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.5724 0.264 0.000 0.548 0.424 0.028
#> dkfz_11-062 4 0.5896 0.260 0.004 0.388 0.032 0.576
#> dkfz_11-063 1 0.6467 0.595 0.676 0.168 0.012 0.144
#> dkfz_11-064 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.5453 0.479 0.320 0.648 0.032 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0188 0.873 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4978 0.394 0.612 0.000 0.004 0.384
#> dkfz_11-073 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6626 0.288 0.000 0.528 0.384 0.088
#> dkfz_11-091 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1637 0.869 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0469 0.947 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6758 0.507 0.000 0.604 0.240 0.156
#> dkfz_11-100 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0817 0.946 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0592 0.947 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0707 0.946 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.1022 0.945 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0469 0.947 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0921 0.946 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.1302 0.995 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.1706 0.857 0.000 0.948 0.016 0.036
#> dkfz_11-140 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1118 0.944 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0188 0.947 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0921 0.884 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0336 0.947 0.992 0.000 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3336 0.8036 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.4148 0.7959 0.216 0.752 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.5076 0.7563 0.200 0.692 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.4054 0.7982 0.204 0.760 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4986 0.7475 0.228 0.688 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.1117 0.5923 0.964 0.020 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2966 0.8202 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-023 1 0.5449 0.3244 0.644 0.080 0.008 0.000 0.268
#> dkfz_11-024 2 0.1740 0.8175 0.000 0.932 0.012 0.000 0.056
#> dkfz_11-025 3 0.2694 0.8055 0.076 0.040 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0290 0.8623 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.7135 0.1851 0.356 0.328 0.012 0.000 0.304
#> dkfz_11-038 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0404 0.8389 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-042 5 0.3949 0.4463 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-043 5 0.3690 0.6379 0.200 0.020 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-044 3 0.7186 -0.0534 0.228 0.328 0.420 0.024 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.4647 0.7884 0.184 0.732 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.7667 0.1481 0.228 0.364 0.352 0.056 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4384 0.7809 0.228 0.728 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.6991 -0.1619 0.228 0.368 0.392 0.012 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.6242 -0.1081 0.584 0.244 0.012 0.160 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.6225 0.2292 0.592 0.096 0.000 0.032 0.280
#> dkfz_11-064 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4648 0.1239 0.000 0.464 0.012 0.000 0.524
#> dkfz_11-066 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.3647 0.8010 0.228 0.764 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 5 0.3636 0.5563 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> dkfz_11-073 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.7569 -0.1650 0.228 0.352 0.372 0.048 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4100 0.8054 0.192 0.764 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3966 0.3137 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-096 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-097 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-098 5 0.0510 0.8368 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-099 2 0.7515 0.3490 0.292 0.412 0.252 0.044 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0162 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-102 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-103 5 0.4060 0.2032 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-104 1 0.4201 0.6057 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-105 5 0.2561 0.7277 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 5 0.4307 -0.3603 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-108 5 0.2424 0.7383 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-109 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-110 5 0.2074 0.7672 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-111 5 0.0162 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-112 5 0.4307 -0.3313 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-113 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-114 1 0.3895 0.7559 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-118 5 0.1121 0.8191 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 5 0.4300 -0.2769 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3452 0.8516 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-123 1 0.3508 0.8441 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0510 0.8371 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-126 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-127 1 0.3395 0.8583 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-128 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-129 1 0.4268 0.4752 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-130 5 0.2561 0.7219 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-131 1 0.3366 0.8613 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-132 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-133 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-134 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-135 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-139 2 0.4295 0.7906 0.228 0.740 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-141 1 0.3336 0.8644 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-142 5 0.1197 0.8172 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-143 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0404 0.8634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.1610 0.8133 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0146 0.9184 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3276 0.7301 0.004 0.228 0.000 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-012 6 0.4407 0.6732 0.004 0.264 0.052 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3266 0.6925 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> dkfz_11-015 6 0.1531 0.8166 0.000 0.068 0.004 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-016 6 0.3782 0.4004 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> dkfz_11-017 4 0.0725 0.9885 0.012 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> dkfz_11-018 4 0.0725 0.9885 0.012 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 2 0.0146 0.9182 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.0725 0.9885 0.012 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0692 0.9041 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.5022 0.5849 0.204 0.000 0.000 0.000 0.156 0.640
#> dkfz_11-024 2 0.0146 0.9171 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.2595 0.7917 0.000 0.004 0.836 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0725 0.9885 0.012 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0520 0.9900 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.7276 -0.0372 0.308 0.316 0.000 0.000 0.284 0.092
#> dkfz_11-038 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0291 0.8951 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-042 5 0.3023 0.6900 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4436 0.5615 0.312 0.000 0.000 0.000 0.640 0.048
#> dkfz_11-044 6 0.1251 0.8137 0.024 0.008 0.012 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-045 6 0.4563 0.5283 0.000 0.368 0.044 0.000 0.000 0.588
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1282 0.8120 0.024 0.004 0.012 0.004 0.000 0.956
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.0909 0.9831 0.012 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020
#> dkfz_11-054 6 0.1501 0.8152 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-055 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1251 0.8137 0.024 0.008 0.012 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-062 6 0.1155 0.8100 0.036 0.004 0.000 0.004 0.000 0.956
#> dkfz_11-063 6 0.5288 0.5234 0.164 0.000 0.000 0.000 0.240 0.596
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3547 0.4553 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2135 0.7964 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-071 5 0.0405 0.8917 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-072 5 0.3081 0.7042 0.000 0.000 0.000 0.220 0.776 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1251 0.8137 0.024 0.008 0.012 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3727 0.5281 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-095 5 0.4080 0.1166 0.456 0.000 0.000 0.000 0.536 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0935 0.8843 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.0964 0.8154 0.016 0.012 0.004 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0146 0.8958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.4157 0.1522 0.444 0.000 0.000 0.000 0.544 0.012
#> dkfz_11-104 1 0.3741 0.5806 0.672 0.000 0.000 0.000 0.320 0.008
#> dkfz_11-105 5 0.3360 0.6521 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3975 0.3870 0.600 0.000 0.000 0.000 0.392 0.008
#> dkfz_11-108 5 0.3323 0.6774 0.240 0.000 0.000 0.000 0.752 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2882 0.7567 0.180 0.000 0.000 0.000 0.812 0.008
#> dkfz_11-111 5 0.0291 0.8951 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-112 1 0.3405 0.6507 0.724 0.000 0.000 0.000 0.272 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.1082 0.9237 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-114 1 0.3693 0.7993 0.788 0.000 0.000 0.000 0.120 0.092
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1082 0.9237 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.1753 0.8503 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4152 0.2238 0.548 0.000 0.000 0.000 0.440 0.012
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1462 0.9140 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> dkfz_11-123 1 0.1584 0.9085 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0972 0.8851 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1196 0.9219 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3023 0.7460 0.784 0.000 0.000 0.000 0.212 0.004
#> dkfz_11-130 5 0.3349 0.6719 0.244 0.000 0.000 0.000 0.748 0.008
#> dkfz_11-131 1 0.1196 0.9224 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-132 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0937 0.9246 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.1387 0.8164 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-140 1 0.1391 0.9193 0.944 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016
#> dkfz_11-141 1 0.1082 0.9237 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> dkfz_11-142 5 0.1644 0.8564 0.076 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0520 0.9901 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 4 0.0820 0.9867 0.016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.9916 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9217 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0334 0.94352 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-002 6 0.1374 0.61978 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.940 0.024
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0134 0.82187 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.0422 0.94528 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-006 2 0.1287 0.90591 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.0134 0.82171 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.0334 0.94649 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4721 0.39922 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.588 0.300
#> dkfz_11-012 6 0.5954 0.36724 0.000 0.164 0.056 0.000 0.000 0.504 0.276
#> dkfz_11-013 2 0.0573 0.94125 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-014 6 0.4877 0.44884 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.600 0.216
#> dkfz_11-015 6 0.1083 0.62298 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020
#> dkfz_11-016 7 0.5384 0.42040 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.484
#> dkfz_11-017 4 0.1802 0.93209 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-018 4 0.2043 0.92406 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-019 2 0.0660 0.94014 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.1966 0.92692 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0728 0.82057 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-023 7 0.5454 0.47078 0.072 0.000 0.000 0.000 0.072 0.292 0.564
#> dkfz_11-024 2 0.1242 0.90912 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056
#> dkfz_11-025 3 0.4848 0.40404 0.000 0.004 0.608 0.000 0.000 0.252 0.136
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.94802 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0134 0.82079 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 4 0.0334 0.94443 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-029 4 0.0334 0.94352 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-030 4 0.2081 0.92209 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0582 0.94549 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.1578 0.93736 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0134 0.94836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 7 0.6904 0.46687 0.164 0.172 0.000 0.000 0.148 0.032 0.484
#> dkfz_11-038 1 0.0334 0.82958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.2437 0.79233 0.044 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.088
#> dkfz_11-042 5 0.3850 0.54434 0.000 0.000 0.248 0.000 0.700 0.000 0.052
#> dkfz_11-043 5 0.6089 0.09592 0.144 0.020 0.000 0.000 0.448 0.028 0.360
#> dkfz_11-044 6 0.2484 0.55809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> dkfz_11-045 6 0.5878 0.36363 0.000 0.240 0.036 0.000 0.000 0.500 0.224
#> dkfz_11-046 3 0.0239 0.97025 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0504 0.94328 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2987 0.47814 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268
#> dkfz_11-051 5 0.1222 0.81318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.2190 0.90735 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-054 6 0.1157 0.62241 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020
#> dkfz_11-055 1 0.0334 0.82958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0422 0.82764 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2734 0.52943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> dkfz_11-062 6 0.3423 0.31253 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384
#> dkfz_11-063 7 0.5590 0.51253 0.064 0.000 0.000 0.000 0.108 0.260 0.568
#> dkfz_11-064 2 0.0239 0.94734 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.4969 0.20429 0.000 0.564 0.000 0.000 0.284 0.000 0.152
#> dkfz_11-066 4 0.0334 0.94352 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 4 0.0334 0.94352 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.0134 0.94836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3530 0.55775 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.772 0.144
#> dkfz_11-071 5 0.2118 0.73155 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-072 5 0.3394 0.61490 0.000 0.000 0.000 0.220 0.748 0.000 0.032
#> dkfz_11-073 2 0.0656 0.93957 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2543 0.55131 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> dkfz_11-091 2 0.0268 0.94626 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.5112 0.40313 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.552 0.196
#> dkfz_11-095 5 0.4900 0.11577 0.424 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.104
#> dkfz_11-096 1 0.0334 0.82958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 1 0.0728 0.82586 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-098 5 0.2254 0.79774 0.052 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.064
#> dkfz_11-099 6 0.2514 0.55670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> dkfz_11-100 5 0.0582 0.82045 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-101 5 0.1826 0.80764 0.020 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.072
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.83112 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.5701 -0.00196 0.364 0.000 0.000 0.000 0.368 0.004 0.264
#> dkfz_11-104 1 0.4899 0.37411 0.576 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.144
#> dkfz_11-105 5 0.4125 0.60969 0.236 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.080
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.5164 0.22482 0.496 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.156
#> dkfz_11-108 5 0.4226 0.60388 0.224 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.096
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.83112 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.4211 0.62686 0.196 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.112
#> dkfz_11-111 5 0.2053 0.80215 0.024 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.084
#> dkfz_11-112 1 0.4241 0.45560 0.656 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.076
#> dkfz_11-113 1 0.0134 0.83120 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 1 0.5342 0.30807 0.548 0.000 0.000 0.000 0.068 0.056 0.328
#> dkfz_11-115 5 0.0134 0.82171 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2017 0.78545 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.120
#> dkfz_11-118 5 0.2731 0.77866 0.076 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.076
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.82155 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.5652 0.05399 0.404 0.000 0.000 0.000 0.348 0.004 0.244
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2411 0.77351 0.860 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.116
#> dkfz_11-123 1 0.2512 0.77128 0.860 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.100
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3326 0.73506 0.052 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.168
#> dkfz_11-126 1 0.0334 0.82958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 1 0.2736 0.75442 0.832 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.144
#> dkfz_11-128 1 0.0334 0.82958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-129 1 0.3502 0.60829 0.760 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.056
#> dkfz_11-130 5 0.4848 0.51707 0.220 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.176
#> dkfz_11-131 1 0.2083 0.78855 0.884 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.100
#> dkfz_11-132 1 0.0239 0.83163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.0334 0.83147 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-134 1 0.0239 0.83152 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-135 1 0.0334 0.82958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-136 3 0.0334 0.96738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.97730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0239 0.83044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 6 0.1235 0.62172 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.948 0.024
#> dkfz_11-140 1 0.2888 0.68297 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.228
#> dkfz_11-141 1 0.0656 0.82482 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-142 5 0.2778 0.77656 0.084 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.072
#> dkfz_11-143 4 0.0334 0.94352 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-144 4 0.0334 0.94352 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145 2 0.0134 0.94836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.1482 0.93734 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-147 4 0.2043 0.92392 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-148 2 0.0134 0.94836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.0504 0.94564 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-150 2 0.0134 0.94836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0334 0.82172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0749 0.909 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.012 0.004
#> dkfz_11-002 8 0.3752 0.359 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.236 0.040 0.708
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0349 0.804 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0618 0.936 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.2516 0.818 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.128
#> dkfz_11-007 5 0.0125 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0536 0.937 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0125 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 8 0.4486 0.371 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.084 0.208 0.668
#> dkfz_11-012 8 0.4358 0.508 0.000 0.080 0.048 0.000 0.000 0.028 0.104 0.740
#> dkfz_11-013 2 0.1131 0.923 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.028
#> dkfz_11-014 8 0.2733 0.542 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.016 0.040 0.844
#> dkfz_11-015 8 0.3129 0.354 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.220 0.012 0.756
#> dkfz_11-016 6 0.6102 0.137 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.348 0.124
#> dkfz_11-017 4 0.2644 0.903 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.072 0.088 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.3125 0.885 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.080 0.128 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1148 0.924 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.028
#> dkfz_11-020 4 0.2849 0.896 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.072 0.108 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0125 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.2436 0.692 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.060 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.5866 0.240 0.036 0.000 0.000 0.000 0.024 0.444 0.348 0.148
#> dkfz_11-024 2 0.2020 0.867 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076 0.028
#> dkfz_11-025 8 0.4009 0.028 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.012 0.020 0.488
#> dkfz_11-026 2 0.0224 0.938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.0313 0.802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0989 0.913 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020 0.016 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0831 0.907 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.3253 0.880 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.092 0.128 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0224 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1236 0.915 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0224 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.2540 0.904 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.060 0.092 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0224 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0251 0.938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.7274 0.201 0.076 0.152 0.000 0.000 0.072 0.156 0.468 0.076
#> dkfz_11-038 1 0.0695 0.767 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.2666 0.734 0.036 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4240 0.417 0.000 0.000 0.264 0.000 0.648 0.000 0.076 0.012
#> dkfz_11-043 7 0.7015 0.305 0.076 0.020 0.000 0.000 0.292 0.148 0.400 0.064
#> dkfz_11-044 6 0.3591 0.554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.020 0.368
#> dkfz_11-045 8 0.4040 0.520 0.000 0.144 0.036 0.000 0.000 0.008 0.068 0.744
#> dkfz_11-046 3 0.0990 0.964 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.008 0.024
#> dkfz_11-047 5 0.0224 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0913 0.932 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.016
#> dkfz_11-049 3 0.0125 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.3748 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.048 0.292
#> dkfz_11-051 5 0.1784 0.776 0.012 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.3444 0.870 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.060 0.140 0.020
#> dkfz_11-054 8 0.3577 0.314 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.264 0.024 0.700
#> dkfz_11-055 1 0.1242 0.751 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0125 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0596 0.770 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.3457 0.583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.016 0.344
#> dkfz_11-062 6 0.3844 0.538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.104 0.192
#> dkfz_11-063 7 0.6008 -0.326 0.032 0.000 0.000 0.000 0.032 0.356 0.416 0.164
#> dkfz_11-064 2 0.0349 0.937 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-065 2 0.5543 0.319 0.000 0.556 0.000 0.000 0.184 0.004 0.192 0.064
#> dkfz_11-066 4 0.0661 0.911 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004
#> dkfz_11-067 4 0.0536 0.912 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0251 0.938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0224 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 8 0.3649 0.495 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.104 0.052 0.780
#> dkfz_11-071 5 0.3714 0.574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.048 0.188 0.024
#> dkfz_11-072 5 0.3822 0.537 0.000 0.000 0.000 0.216 0.712 0.012 0.060 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0989 0.930 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.016
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3237 0.527 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> dkfz_11-091 2 0.0251 0.938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.3059 0.505 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.780
#> dkfz_11-095 1 0.5007 -0.137 0.436 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0962 0.761 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.1205 0.772 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2623 0.749 0.048 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3830 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.032 0.396
#> dkfz_11-100 5 0.0681 0.801 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.2404 0.749 0.020 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0349 0.774 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.6038 0.380 0.264 0.000 0.000 0.000 0.244 0.036 0.436 0.020
#> dkfz_11-104 1 0.5136 -0.103 0.452 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.4693 0.297 0.256 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0224 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.5170 -0.159 0.436 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.4728 0.304 0.220 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0870 0.774 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.4762 0.298 0.208 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2509 0.729 0.012 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.4267 0.387 0.652 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0868 0.773 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.6285 0.311 0.300 0.000 0.000 0.000 0.072 0.064 0.468 0.096
#> dkfz_11-115 5 0.0313 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2679 0.664 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.224 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.3124 0.701 0.068 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0224 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.5291 0.222 0.364 0.000 0.000 0.000 0.212 0.008 0.416 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3265 0.585 0.716 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3169 0.638 0.752 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.220 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3822 0.526 0.040 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.308 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0536 0.769 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3206 0.646 0.752 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.220 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0438 0.771 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3907 0.488 0.704 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.4877 0.196 0.180 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2595 0.670 0.796 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0806 0.775 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0806 0.775 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0544 0.774 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0536 0.770 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0536 0.981 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0520 0.773 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.3905 0.247 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.292 0.044 0.656
#> dkfz_11-140 1 0.3947 0.369 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.372 0.012
#> dkfz_11-141 1 0.1521 0.749 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2940 0.722 0.064 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0831 0.908 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.0661 0.910 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0224 0.938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.2556 0.904 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.076 0.076 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.3169 0.884 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.084 0.128 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0251 0.938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1050 0.914 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.028 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0349 0.937 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0313 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.0610 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-002 8 0.5297 -0.0481 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.384 NA 0.440 0.020
#> dkfz_11-003 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1118 0.7716 0.004 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA 0.004 0.040
#> dkfz_11-005 2 0.1855 0.8920 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.028 0.036
#> dkfz_11-006 2 0.2725 0.8016 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.140 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.0446 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-008 2 0.1730 0.8942 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.028 0.032
#> dkfz_11-009 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0449 0.7751 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-011 8 0.5660 0.2976 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.228 NA 0.468 0.244
#> dkfz_11-012 8 0.4932 0.5259 0.000 0.064 0.044 0.000 0.000 0.100 NA 0.692 0.076
#> dkfz_11-013 2 0.1946 0.8789 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.064 0.012
#> dkfz_11-014 8 0.3652 0.5439 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.116 NA 0.764 0.028
#> dkfz_11-015 8 0.4452 -0.0281 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.428 NA 0.480 0.008
#> dkfz_11-016 9 0.6897 -0.2104 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 NA 0.072 0.268
#> dkfz_11-017 4 0.2683 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.2905 0.8247 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2234 0.8753 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.056 0.012
#> dkfz_11-020 4 0.2845 0.8399 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.0449 0.9808 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.3040 0.6714 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.016 0.104
#> dkfz_11-023 6 0.5315 0.2062 0.024 0.000 0.000 0.000 0.016 0.524 NA 0.052 0.332
#> dkfz_11-024 2 0.2318 0.8542 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.044 0.076
#> dkfz_11-025 8 0.4204 0.1053 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.044 NA 0.488 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0331 0.9047 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.0741 0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.020
#> dkfz_11-028 4 0.1764 0.8608 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 NA 0.016 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0752 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.3102 0.8213 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 5 0.0533 0.7753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-032 4 0.1341 0.8697 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0668 0.7767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-034 4 0.2756 0.8533 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.0449 0.7764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0859 0.9044 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> dkfz_11-037 9 0.6861 0.1956 0.036 0.084 0.000 0.000 0.052 0.148 NA 0.088 0.520
#> dkfz_11-038 1 0.0331 0.7731 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 3 0.0864 0.9731 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 NA 0.016 0.004
#> dkfz_11-040 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3437 0.6297 0.044 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 NA 0.004 0.228
#> dkfz_11-042 5 0.4198 0.4966 0.000 0.000 0.236 0.000 0.672 0.000 NA 0.036 0.040
#> dkfz_11-043 9 0.7237 0.2822 0.040 0.020 0.000 0.000 0.260 0.112 NA 0.056 0.388
#> dkfz_11-044 6 0.2342 0.6146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 NA 0.116 0.024
#> dkfz_11-045 8 0.4717 0.5399 0.000 0.116 0.040 0.000 0.000 0.092 NA 0.692 0.056
#> dkfz_11-046 3 0.1785 0.9315 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.028 NA 0.028 0.004
#> dkfz_11-047 5 0.0424 0.7781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.2189 0.8804 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.052 0.040
#> dkfz_11-049 3 0.0709 0.9767 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.1980 0.6265 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 NA 0.060 0.020
#> dkfz_11-051 5 0.2064 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 NA 0.000 0.132
#> dkfz_11-052 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.3736 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.004 NA 0.016 0.032
#> dkfz_11-054 6 0.4829 0.0273 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.472 NA 0.400 0.016
#> dkfz_11-055 1 0.0626 0.7699 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.008
#> dkfz_11-056 3 0.0864 0.9731 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 NA 0.016 0.004
#> dkfz_11-057 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0449 0.9809 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0634 0.7708 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.024
#> dkfz_11-060 3 0.0864 0.9731 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 NA 0.016 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.1912 0.6315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 NA 0.072 0.016
#> dkfz_11-062 6 0.3659 0.4867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 NA 0.032 0.096
#> dkfz_11-063 9 0.6638 -0.2062 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028 0.240 NA 0.108 0.332
#> dkfz_11-064 2 0.0953 0.9026 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.028 0.016
#> dkfz_11-065 2 0.6112 0.3169 0.000 0.488 0.000 0.000 0.172 0.000 NA 0.116 0.184
#> dkfz_11-066 4 0.0683 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-067 4 0.0741 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0703 0.9041 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0533 0.7753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-070 8 0.5596 0.3523 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.256 NA 0.532 0.108
#> dkfz_11-071 5 0.3968 0.5619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.020 NA 0.036 0.140
#> dkfz_11-072 5 0.4445 0.4856 0.000 0.000 0.000 0.224 0.644 0.000 NA 0.000 0.060
#> dkfz_11-073 2 0.2295 0.8763 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.056 0.044
#> dkfz_11-074 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1973 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 NA 0.108 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.1261 0.9029 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016 0.020
#> dkfz_11-092 5 0.0414 0.7764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 3 0.0237 0.9825 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-094 8 0.3593 0.5397 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.104 NA 0.756 0.016
#> dkfz_11-095 1 0.5284 -0.2306 0.372 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 NA 0.000 0.252
#> dkfz_11-096 1 0.0356 0.7748 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.1375 0.7668 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.064
#> dkfz_11-098 5 0.3509 0.6549 0.064 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 NA 0.004 0.184
#> dkfz_11-099 6 0.3073 0.5884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 NA 0.140 0.024
#> dkfz_11-100 5 0.1243 0.7691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 NA 0.000 0.060
#> dkfz_11-101 5 0.3022 0.6935 0.024 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 NA 0.000 0.184
#> dkfz_11-102 1 0.0515 0.7778 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.024
#> dkfz_11-103 9 0.5241 0.4906 0.148 0.000 0.000 0.000 0.176 0.036 NA 0.028 0.604
#> dkfz_11-104 1 0.4860 -0.0720 0.436 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 NA 0.000 0.400
#> dkfz_11-105 5 0.4867 0.2052 0.244 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 NA 0.000 0.240
#> dkfz_11-106 5 0.0449 0.7767 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-107 9 0.5073 0.1756 0.360 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 NA 0.000 0.416
#> dkfz_11-108 5 0.5090 0.0828 0.220 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 NA 0.000 0.304
#> dkfz_11-109 1 0.1194 0.7770 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.036
#> dkfz_11-110 5 0.5122 0.1275 0.188 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004 NA 0.004 0.308
#> dkfz_11-111 5 0.2954 0.6522 0.016 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 NA 0.000 0.236
#> dkfz_11-112 1 0.4460 0.2544 0.588 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 NA 0.004 0.228
#> dkfz_11-113 1 0.1443 0.7706 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.060
#> dkfz_11-114 9 0.5276 0.4298 0.204 0.000 0.000 0.000 0.048 0.076 NA 0.060 0.608
#> dkfz_11-115 5 0.0414 0.7777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-116 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3290 0.5683 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.296
#> dkfz_11-118 5 0.3823 0.6043 0.084 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 NA 0.000 0.208
#> dkfz_11-119 5 0.0414 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 9 0.5343 0.4178 0.244 0.000 0.000 0.000 0.168 0.020 NA 0.016 0.540
#> dkfz_11-121 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3708 0.4882 0.628 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.000 0.332
#> dkfz_11-123 1 0.3652 0.5712 0.684 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.004 0.268
#> dkfz_11-124 3 0.0237 0.9826 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4422 0.1604 0.024 0.000 0.000 0.000 0.480 0.004 NA 0.032 0.452
#> dkfz_11-126 1 0.0119 0.7753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4238 0.4544 0.604 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 NA 0.004 0.328
#> dkfz_11-128 1 0.0119 0.7747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.4189 0.4046 0.644 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 NA 0.000 0.216
#> dkfz_11-130 9 0.4744 0.0509 0.160 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 NA 0.004 0.448
#> dkfz_11-131 1 0.3312 0.5397 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000 0.316
#> dkfz_11-132 1 0.0975 0.7768 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.040
#> dkfz_11-133 1 0.1258 0.7747 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.052
#> dkfz_11-134 1 0.0764 0.7768 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.040
#> dkfz_11-135 1 0.0296 0.7738 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-136 3 0.0973 0.9585 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA 0.032 0.004
#> dkfz_11-137 3 0.0119 0.9836 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0237 0.7747 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.5213 0.0622 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.452 NA 0.380 0.024
#> dkfz_11-140 9 0.4405 0.0640 0.392 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032 NA 0.016 0.540
#> dkfz_11-141 1 0.1926 0.7246 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.136
#> dkfz_11-142 5 0.3679 0.6100 0.096 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 NA 0.000 0.192
#> dkfz_11-143 4 0.0533 0.8593 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.0703 0.8566 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0533 0.9057 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.3631 0.7936 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 NA 0.028 0.012
#> dkfz_11-147 4 0.2991 0.8267 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0786 0.9045 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.1386 0.8640 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0703 0.9054 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0882 0.7773 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.0820 0.76795 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-002 8 0.5425 -0.08578 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.328 0.008 0.340 NA 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0429 0.97266 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.1644 0.72490 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000 NA 0.048
#> dkfz_11-005 2 0.1340 0.88054 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.3636 0.69254 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.192 NA 0.012
#> dkfz_11-007 5 0.0740 0.73416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-008 2 0.1008 0.88476 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0113 0.97843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0974 0.72618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-011 8 0.5716 0.31003 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.204 0.044 0.532 NA 0.144
#> dkfz_11-012 8 0.4052 0.49568 0.000 0.040 0.036 0.000 0.000 0.072 0.008 0.764 NA 0.056
#> dkfz_11-013 2 0.2979 0.81681 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.088 NA 0.016
#> dkfz_11-014 8 0.2930 0.53942 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.072 0.012 0.832 NA 0.004
#> dkfz_11-015 8 0.4926 0.00325 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.348 0.008 0.452 NA 0.008
#> dkfz_11-016 7 0.7550 0.55984 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.260 0.088 NA 0.148
#> dkfz_11-017 4 0.3590 0.76768 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.004 0.336 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.2983 0.73632 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3243 0.79395 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.060 NA 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.3467 0.75280 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.388 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-021 3 0.0469 0.97516 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.4209 0.55954 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.076 0.000 NA 0.080
#> dkfz_11-023 6 0.5660 -0.16334 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.472 0.072 0.096 NA 0.320
#> dkfz_11-024 2 0.2451 0.81732 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048 NA 0.068
#> dkfz_11-025 8 0.4268 0.20540 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.028 0.008 0.536 NA 0.012
#> dkfz_11-026 2 0.0315 0.88842 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1518 0.72018 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.016 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-028 4 0.2573 0.77824 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.096 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-029 4 0.1066 0.76782 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.3184 0.71443 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.472 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0597 0.73282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-032 4 0.2095 0.80001 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.148 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0429 0.73469 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-034 4 0.3546 0.77010 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.312 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-035 5 0.0484 0.73393 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1006 0.88728 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.004
#> dkfz_11-037 10 0.7423 -0.37094 0.020 0.136 0.000 0.000 0.036 0.076 0.132 0.148 NA 0.412
#> dkfz_11-038 1 0.0764 0.77166 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-039 3 0.1086 0.96353 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.012
#> dkfz_11-040 3 0.0113 0.97843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3266 0.48003 0.032 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 NA 0.284
#> dkfz_11-042 5 0.5265 0.31787 0.000 0.000 0.228 0.000 0.564 0.000 0.012 0.096 NA 0.084
#> dkfz_11-043 10 0.7819 -0.27719 0.024 0.036 0.000 0.000 0.220 0.052 0.180 0.096 NA 0.308
#> dkfz_11-044 6 0.1877 0.62585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.080 NA 0.012
#> dkfz_11-045 8 0.3620 0.51962 0.000 0.084 0.052 0.000 0.000 0.048 0.000 0.780 NA 0.032
#> dkfz_11-046 3 0.2099 0.91671 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.024 0.008 0.012 NA 0.016
#> dkfz_11-047 5 0.0606 0.73472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.1843 0.87062 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.036 NA 0.008
#> dkfz_11-049 3 0.0952 0.96743 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.012
#> dkfz_11-050 6 0.2203 0.59450 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.020 0.052 NA 0.028
#> dkfz_11-051 5 0.2299 0.65556 0.004 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 NA 0.172
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.97854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4287 0.73584 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.008 0.336 0.024 NA 0.028
#> dkfz_11-054 6 0.5159 -0.01400 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.400 0.004 0.340 NA 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.0929 0.77123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-056 3 0.1160 0.96140 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.016
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.97854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0315 0.97700 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0878 0.77874 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA 0.012
#> dkfz_11-060 3 0.1086 0.96358 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA 0.012
#> dkfz_11-061 6 0.1854 0.60559 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016 0.040 NA 0.016
#> dkfz_11-062 6 0.3792 0.35121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.148 0.032 NA 0.040
#> dkfz_11-063 7 0.7406 0.53176 0.028 0.000 0.000 0.000 0.020 0.184 0.304 0.152 NA 0.200
#> dkfz_11-064 2 0.0508 0.88902 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.6461 0.11227 0.000 0.444 0.000 0.000 0.132 0.000 0.048 0.156 NA 0.188
#> dkfz_11-066 4 0.0835 0.77905 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.1406 0.79173 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.044 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-068 2 0.0582 0.88757 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0508 0.73337 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-070 8 0.5880 0.39658 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.188 0.032 0.540 NA 0.068
#> dkfz_11-071 5 0.5294 0.39457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.012 0.092 0.104 NA 0.124
#> dkfz_11-072 5 0.4845 0.43592 0.000 0.000 0.000 0.176 0.636 0.000 0.060 0.008 NA 0.096
#> dkfz_11-073 2 0.2208 0.85240 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.060 NA 0.008
#> dkfz_11-074 3 0.0113 0.97843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1358 0.62631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.068 NA 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1194 0.88574 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0919 0.73008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-093 3 0.0315 0.97700 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.2739 0.52992 0.000 0.108 0.004 0.000 0.000 0.048 0.004 0.828 NA 0.004
#> dkfz_11-095 5 0.5142 -0.41291 0.328 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.004 0.000 NA 0.312
#> dkfz_11-096 1 0.1041 0.76809 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.2185 0.75968 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 NA 0.088
#> dkfz_11-098 5 0.3514 0.51824 0.048 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.008 0.000 NA 0.232
#> dkfz_11-099 6 0.3468 0.58499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.044 0.104 NA 0.012
#> dkfz_11-100 5 0.1364 0.71263 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 NA 0.084
#> dkfz_11-101 5 0.2867 0.57549 0.008 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.008 0.000 NA 0.236
#> dkfz_11-102 1 0.1017 0.78334 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-103 10 0.5019 0.56262 0.140 0.000 0.000 0.000 0.152 0.028 0.012 0.032 NA 0.628
#> dkfz_11-104 10 0.4547 0.37546 0.340 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.004 0.000 NA 0.480
#> dkfz_11-105 5 0.4518 -0.13037 0.192 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 NA 0.344
#> dkfz_11-106 5 0.0597 0.73226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-107 10 0.4933 0.44531 0.304 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008 0.000 NA 0.480
#> dkfz_11-108 5 0.4809 -0.22896 0.192 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.008 0.000 NA 0.360
#> dkfz_11-109 1 0.1264 0.78282 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.040
#> dkfz_11-110 10 0.4426 0.18163 0.136 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.004 0.000 NA 0.432
#> dkfz_11-111 5 0.3087 0.39608 0.012 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 NA 0.356
#> dkfz_11-112 1 0.4379 0.07372 0.540 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 NA 0.296
#> dkfz_11-113 1 0.1757 0.75010 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.116
#> dkfz_11-114 10 0.5196 0.40746 0.164 0.000 0.000 0.000 0.044 0.068 0.012 0.076 NA 0.628
#> dkfz_11-115 5 0.1053 0.73108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 NA 0.024
#> dkfz_11-116 3 0.0113 0.97843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3932 0.43613 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000 NA 0.360
#> dkfz_11-118 5 0.3423 0.49342 0.056 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.004 0.000 NA 0.252
#> dkfz_11-119 5 0.0340 0.73449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-120 10 0.4813 0.58115 0.148 0.000 0.000 0.000 0.172 0.020 0.024 0.008 NA 0.624
#> dkfz_11-121 3 0.0113 0.97843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.4000 0.23718 0.528 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.008 0.000 NA 0.416
#> dkfz_11-123 1 0.4264 0.42345 0.588 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.016 0.004 NA 0.328
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.97854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125 10 0.4145 0.27020 0.032 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.008 0.024 NA 0.556
#> dkfz_11-126 1 0.0558 0.77657 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-127 1 0.4506 0.47055 0.600 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012 0.036 0.000 NA 0.296
#> dkfz_11-128 1 0.0395 0.77812 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-129 1 0.4099 0.19257 0.572 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 NA 0.300
#> dkfz_11-130 10 0.4416 0.40150 0.116 0.000 0.000 0.000 0.336 0.004 0.000 0.004 NA 0.536
#> dkfz_11-131 1 0.3351 0.42076 0.604 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 NA 0.376
#> dkfz_11-132 1 0.1401 0.78039 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.056
#> dkfz_11-133 1 0.1645 0.77613 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.076
#> dkfz_11-134 1 0.1530 0.76498 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.084
#> dkfz_11-135 1 0.1075 0.76518 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-136 3 0.1249 0.94277 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 NA 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0113 0.97843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0988 0.77556 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-139 6 0.5062 0.08655 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.408 0.008 0.288 NA 0.004
#> dkfz_11-140 10 0.4147 0.20461 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020 0.028 NA 0.592
#> dkfz_11-141 1 0.2131 0.69505 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.176
#> dkfz_11-142 5 0.3573 0.46243 0.080 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 NA 0.256
#> dkfz_11-143 4 0.1006 0.77819 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.020 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.0756 0.77375 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0693 0.89018 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.4384 0.67800 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.344 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-147 4 0.3260 0.73348 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.436 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-148 2 0.0760 0.88777 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.008
#> dkfz_11-149 4 0.2057 0.79094 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.108 0.004 NA 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0913 0.88970 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.008
#> dkfz_11-151 5 0.0780 0.73385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 NA 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:skmeans 131 1.76e-22 8.23e-09 2
#> CV:skmeans 130 8.11e-46 1.35e-09 3
#> CV:skmeans 126 9.90e-65 2.05e-25 4
#> CV:skmeans 119 1.37e-65 2.10e-29 5
#> CV:skmeans 129 4.87e-93 1.47e-32 6
#> CV:skmeans 116 7.58e-86 1.02e-29 7
#> CV:skmeans 108 1.32e-78 1.71e-28 8
#> CV:skmeans 104 6.78e-79 6.90e-29 9
#> CV:skmeans 99 2.72e-76 2.06e-29 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.401 0.730 0.852 0.34172 0.758 0.758
#> 3 3 0.931 0.930 0.966 0.76142 0.639 0.524
#> 4 4 0.779 0.862 0.925 0.18099 0.893 0.731
#> 5 5 0.711 0.603 0.806 0.09361 0.926 0.749
#> 6 6 0.705 0.545 0.732 0.03546 0.912 0.681
#> 7 7 0.797 0.731 0.862 0.04322 0.873 0.510
#> 8 8 0.848 0.773 0.901 0.02721 0.956 0.736
#> 9 9 0.846 0.722 0.892 0.00395 0.998 0.986
#> 10 10 0.844 0.722 0.894 0.00230 0.998 0.987
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.163 0.795 0.976 0.024
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.973 0.560 0.404 0.596
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.775 0.676 0.772 0.228
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-039 2 0.980 0.548 0.416 0.584
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-042 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-043 1 0.697 0.691 0.812 0.188
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.714 0.684 0.804 0.196
#> dkfz_11-046 2 0.983 0.535 0.424 0.576
#> dkfz_11-047 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.969 0.567 0.396 0.604
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-056 2 0.980 0.548 0.416 0.584
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.706 0.700 0.192 0.808
#> dkfz_11-059 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-060 2 0.980 0.548 0.416 0.584
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.714 0.684 0.804 0.196
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.714 0.684 0.804 0.196
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.714 0.742 0.804 0.196
#> dkfz_11-096 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-105 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-106 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-107 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-108 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-109 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-110 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-111 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-112 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-113 1 0.895 0.670 0.688 0.312
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-119 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-123 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.821 0.711 0.744 0.256
#> dkfz_11-126 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-129 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-130 1 0.980 0.574 0.584 0.416
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-133 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-134 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-135 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.775 0.729 0.772 0.228
#> dkfz_11-142 1 0.983 0.565 0.576 0.424
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.806 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.983 0.565 0.576 0.424
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0237 0.946 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.4605 0.724 0.796 0.204 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0237 0.956 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.1289 0.935 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.6045 0.456 0.380 0.620 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1411 0.928 0.964 0.036 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2625 0.884 0.084 0.916 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.2261 0.910 0.000 0.068 0.932
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0237 0.946 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2625 0.884 0.084 0.916 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3267 0.848 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.6291 0.148 0.468 0.532 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.0592 0.953 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0592 0.952 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3816 0.851 0.852 0.148 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3482 0.840 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.4842 0.720 0.224 0.776 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2537 0.927 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.4291 0.777 0.180 0.820 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2261 0.931 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0592 0.946 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0424 0.944 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0592 0.946 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0424 0.946 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.1031 0.942 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0424 0.944 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0592 0.950 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.5397 0.619 0.280 0.720 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0592 0.946 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4062 0.799 0.164 0.836 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1643 0.939 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.4974 0.697 0.236 0.764 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0592 0.946 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0592 0.950 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2625 0.925 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.3116 0.859 0.108 0.892 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0237 0.956 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.1302 0.885 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-002 2 0.2647 0.778 0.000 0.880 0.000 0.120
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0188 0.929 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.3123 0.773 0.844 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0921 0.866 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-012 2 0.2342 0.845 0.008 0.912 0.000 0.080
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2814 0.818 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-016 2 0.1867 0.852 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-017 4 0.2081 0.871 0.000 0.084 0.000 0.916
#> dkfz_11-018 4 0.0921 0.886 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.2345 0.857 0.000 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0524 0.868 0.008 0.004 0.000 0.988
#> dkfz_11-023 2 0.1902 0.855 0.004 0.932 0.000 0.064
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2530 0.838 0.004 0.896 0.000 0.100
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.4933 0.381 0.432 0.568 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0921 0.885 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-029 4 0.2081 0.871 0.000 0.084 0.000 0.916
#> dkfz_11-030 4 0.1716 0.881 0.000 0.064 0.000 0.936
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0817 0.884 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0188 0.929 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 1 0.0921 0.915 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3024 0.810 0.000 0.852 0.000 0.148
#> dkfz_11-045 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.1022 0.952 0.000 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2814 0.818 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4989 0.148 0.000 0.472 0.000 0.528
#> dkfz_11-054 2 0.1118 0.863 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-062 2 0.3486 0.775 0.000 0.812 0.000 0.188
#> dkfz_11-063 2 0.1211 0.854 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.1557 0.884 0.000 0.056 0.000 0.944
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2149 0.861 0.912 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1389 0.860 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-071 2 0.4981 0.164 0.464 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.4553 0.697 0.040 0.780 0.000 0.180
#> dkfz_11-073 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2814 0.818 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0188 0.870 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3833 0.860 0.848 0.072 0.000 0.080
#> dkfz_11-096 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-097 2 0.6499 0.540 0.112 0.612 0.000 0.276
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.4661 0.461 0.000 0.348 0.000 0.652
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.5161 0.600 0.300 0.676 0.000 0.024
#> dkfz_11-102 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-103 2 0.5807 0.664 0.160 0.708 0.000 0.132
#> dkfz_11-104 1 0.1902 0.924 0.932 0.004 0.000 0.064
#> dkfz_11-105 1 0.0376 0.930 0.992 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2999 0.900 0.864 0.004 0.000 0.132
#> dkfz_11-108 1 0.0188 0.930 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-110 1 0.1022 0.929 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0336 0.930 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.1398 0.928 0.956 0.004 0.000 0.040
#> dkfz_11-114 2 0.3390 0.810 0.016 0.852 0.000 0.132
#> dkfz_11-115 1 0.0336 0.927 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.5300 0.371 0.012 0.580 0.000 0.408
#> dkfz_11-118 1 0.0188 0.929 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.6534 0.545 0.244 0.624 0.000 0.132
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2999 0.900 0.864 0.004 0.000 0.132
#> dkfz_11-123 1 0.2999 0.900 0.864 0.004 0.000 0.132
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2197 0.919 0.916 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-126 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-127 2 0.5628 0.684 0.144 0.724 0.000 0.132
#> dkfz_11-128 1 0.2773 0.908 0.880 0.004 0.000 0.116
#> dkfz_11-129 1 0.0592 0.930 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-130 1 0.1940 0.922 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-131 2 0.6104 0.607 0.232 0.664 0.000 0.104
#> dkfz_11-132 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-133 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-134 1 0.1489 0.928 0.952 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-135 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-139 4 0.4522 0.520 0.000 0.320 0.000 0.680
#> dkfz_11-140 2 0.3142 0.816 0.008 0.860 0.000 0.132
#> dkfz_11-141 1 0.3052 0.900 0.860 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-142 1 0.0188 0.929 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.2011 0.874 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-147 4 0.2469 0.849 0.000 0.108 0.000 0.892
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2280 0.7419 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.3424 0.7780 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-004 1 0.3305 0.1483 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.4278 0.5395 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.4273 0.5443 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-011 2 0.2179 0.7758 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-012 2 0.3109 0.7263 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4161 0.5926 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-016 2 0.3586 0.6974 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.5691 0.3341 0.084 0.000 0.000 0.516 0.400
#> dkfz_11-023 2 0.2424 0.7655 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4546 0.6506 0.000 0.668 0.028 0.000 0.304
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.6114 0.4690 0.400 0.128 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.4273 0.5443 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.4273 0.5443 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-034 4 0.2362 0.8210 0.000 0.000 0.024 0.900 0.076
#> dkfz_11-035 5 0.4273 0.5443 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.4161 0.5513 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-041 1 0.0703 0.4709 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-042 1 0.3957 -0.0205 0.712 0.008 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-043 2 0.0162 0.8016 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.4425 0.5886 0.000 0.600 0.000 0.008 0.392
#> dkfz_11-045 2 0.2471 0.6964 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-046 3 0.2471 0.8049 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-047 1 0.4060 -0.1893 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4161 0.5926 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-051 1 0.4060 -0.1893 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-052 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-053 4 0.5687 0.3742 0.000 0.316 0.000 0.580 0.104
#> dkfz_11-054 2 0.2966 0.7412 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-055 1 0.4150 0.5541 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.4192 0.5453 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3003 0.7392 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-062 2 0.5218 0.6231 0.000 0.624 0.000 0.068 0.308
#> dkfz_11-063 2 0.1725 0.7845 0.000 0.936 0.000 0.044 0.020
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3039 0.6304 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.4273 0.5443 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-070 2 0.3196 0.7361 0.000 0.804 0.000 0.004 0.192
#> dkfz_11-071 2 0.6385 0.0422 0.296 0.504 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-072 2 0.5482 0.4529 0.000 0.652 0.000 0.144 0.204
#> dkfz_11-073 2 0.0609 0.7925 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-074 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-075 2 0.4527 0.5857 0.000 0.596 0.012 0.000 0.392
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.4273 0.5443 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-093 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.5195 -0.1815 0.420 0.044 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-096 1 0.4182 0.5449 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-097 2 0.6018 0.4589 0.008 0.480 0.000 0.088 0.424
#> dkfz_11-098 1 0.2891 0.2526 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-099 4 0.6703 0.1478 0.000 0.276 0.000 0.428 0.296
#> dkfz_11-100 1 0.4060 -0.1893 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-101 5 0.6612 0.3277 0.276 0.264 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-102 1 0.4138 0.5551 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-103 2 0.4562 0.4443 0.008 0.496 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-104 1 0.2852 0.4906 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.4883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.4273 0.5443 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-107 1 0.4297 0.4976 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-108 1 0.3999 -0.1278 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-109 1 0.4015 0.5554 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-110 1 0.0290 0.4940 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 1 0.0880 0.4637 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-112 1 0.0290 0.4913 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.0404 0.4940 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-114 2 0.4273 0.5331 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-115 5 0.4297 0.5132 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-116 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-117 5 0.6277 -0.3704 0.000 0.384 0.000 0.152 0.464
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.4883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.4074 -0.1994 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-120 5 0.5638 -0.3807 0.076 0.432 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-121 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-122 1 0.4278 0.5211 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-123 1 0.4235 0.5367 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4262 -0.0366 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-126 1 0.4150 0.5541 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-127 2 0.4546 0.5022 0.008 0.532 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-128 1 0.3586 0.5510 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-129 1 0.0290 0.4913 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 1 0.3305 0.4847 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-131 5 0.6068 -0.2927 0.120 0.428 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-132 1 0.4150 0.5541 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-133 1 0.4060 0.5543 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-134 1 0.1732 0.5159 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-135 1 0.4150 0.5541 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.1197 0.9607 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-138 1 0.4182 0.5449 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-139 4 0.5752 0.4689 0.000 0.240 0.000 0.612 0.148
#> dkfz_11-140 2 0.4455 0.5741 0.008 0.588 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-141 1 0.4150 0.5541 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-142 1 0.0162 0.4860 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.1908 0.8176 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.8782 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0794 0.8620 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8033 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.4242 -0.3798 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.5083 0.5699 0.000 0.580 0.000 0.100 0.000 0.320
#> dkfz_11-003 6 0.4524 0.3480 0.000 0.000 0.036 0.000 0.404 0.560
#> dkfz_11-004 1 0.3541 0.2245 0.728 0.000 0.000 0.000 0.260 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-006 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-007 5 0.3420 0.8042 0.240 0.000 0.000 0.000 0.748 0.012
#> dkfz_11-008 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-009 3 0.0260 0.9135 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3050 0.8038 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3808 0.5980 0.004 0.700 0.000 0.000 0.012 0.284
#> dkfz_11-012 2 0.5847 0.5677 0.004 0.432 0.000 0.000 0.164 0.400
#> dkfz_11-013 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-014 2 0.3817 0.5998 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-015 2 0.2738 0.4884 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1989 0.5495 0.000 0.916 0.000 0.004 0.052 0.028
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.7000 -0.0879 0.092 0.416 0.000 0.316 0.176 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.5230 0.5882 0.004 0.552 0.000 0.000 0.092 0.352
#> dkfz_11-024 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-025 2 0.2912 0.5256 0.000 0.856 0.012 0.000 0.104 0.028
#> dkfz_11-026 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-027 5 0.5060 0.7169 0.236 0.080 0.000 0.000 0.660 0.024
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3050 0.8038 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.3050 0.8038 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3893 0.7226 0.000 0.140 0.092 0.768 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.3394 0.8045 0.236 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012
#> dkfz_11-036 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-037 2 0.4025 0.6017 0.008 0.576 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-038 1 0.4953 0.5231 0.652 0.172 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-041 1 0.0790 0.5794 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.4466 -0.2868 0.536 0.008 0.000 0.000 0.440 0.016
#> dkfz_11-043 2 0.4116 0.5996 0.000 0.572 0.000 0.000 0.012 0.416
#> dkfz_11-044 2 0.2738 0.4884 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.5497 0.5108 0.000 0.564 0.000 0.000 0.196 0.240
#> dkfz_11-046 3 0.2793 0.5627 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3797 -0.1796 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-049 3 0.2454 0.6685 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-050 2 0.3087 0.4856 0.004 0.808 0.000 0.000 0.176 0.012
#> dkfz_11-051 1 0.3797 -0.1796 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-052 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-053 4 0.5520 0.4331 0.000 0.200 0.000 0.560 0.000 0.240
#> dkfz_11-054 2 0.1444 0.5656 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-055 1 0.3739 0.5943 0.768 0.056 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-058 3 0.0146 0.9174 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.5803 -0.2932 0.404 0.416 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0935 0.5577 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-062 2 0.3280 0.5060 0.004 0.836 0.000 0.060 0.096 0.004
#> dkfz_11-063 2 0.5123 0.5801 0.000 0.528 0.000 0.056 0.012 0.404
#> dkfz_11-064 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-065 2 0.5077 0.3781 0.000 0.564 0.000 0.000 0.344 0.092
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-069 5 0.3126 0.7976 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0777 0.5555 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-071 2 0.6003 0.1341 0.124 0.492 0.000 0.000 0.356 0.028
#> dkfz_11-072 6 0.7379 -0.3283 0.000 0.232 0.000 0.140 0.236 0.392
#> dkfz_11-073 2 0.4039 0.5981 0.000 0.568 0.000 0.000 0.008 0.424
#> dkfz_11-074 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-075 2 0.3560 0.4735 0.004 0.788 0.028 0.000 0.176 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-092 5 0.3483 0.8026 0.236 0.000 0.000 0.000 0.748 0.016
#> dkfz_11-093 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-094 2 0.3817 0.5998 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-095 5 0.6041 0.0661 0.252 0.360 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.5784 -0.2984 0.412 0.412 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3301 0.4560 0.004 0.772 0.000 0.008 0.216 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3259 0.3217 0.772 0.000 0.000 0.000 0.216 0.012
#> dkfz_11-099 2 0.5625 0.1652 0.004 0.548 0.000 0.308 0.136 0.004
#> dkfz_11-100 1 0.3797 -0.1796 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.7332 0.4570 0.224 0.172 0.000 0.000 0.420 0.184
#> dkfz_11-102 1 0.3739 0.5943 0.768 0.056 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3489 0.3940 0.004 0.708 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3052 0.5305 0.848 0.080 0.000 0.000 0.068 0.004
#> dkfz_11-105 1 0.0260 0.5929 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3394 0.8045 0.236 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012
#> dkfz_11-107 1 0.6062 0.3391 0.408 0.304 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3727 -0.1034 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.5013 0.4940 0.636 0.224 0.000 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0405 0.5960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.1391 0.5635 0.944 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016
#> dkfz_11-112 1 0.0146 0.5938 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.5957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3163 0.4519 0.004 0.764 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3738 0.7682 0.280 0.000 0.000 0.000 0.704 0.016
#> dkfz_11-116 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-117 2 0.4094 0.4069 0.004 0.708 0.000 0.036 0.252 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0260 0.5929 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3804 -0.1905 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4811 0.3064 0.064 0.652 0.000 0.000 0.272 0.012
#> dkfz_11-121 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-122 2 0.6011 -0.2750 0.336 0.416 0.000 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.5937 -0.2879 0.368 0.416 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4319 -0.0683 0.400 0.024 0.000 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.4297 0.5732 0.724 0.100 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3290 0.4301 0.004 0.744 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2668 0.6033 0.828 0.004 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0146 0.5938 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3693 0.5674 0.756 0.012 0.000 0.000 0.216 0.016
#> dkfz_11-131 2 0.4851 0.2179 0.096 0.632 0.000 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3739 0.5943 0.768 0.056 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.5548 0.3162 0.464 0.400 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1327 0.6058 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3739 0.5943 0.768 0.056 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9202 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 6 0.4788 0.7186 0.000 0.000 0.372 0.000 0.060 0.568
#> dkfz_11-138 1 0.5784 0.2709 0.420 0.404 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.5325 0.4283 0.004 0.244 0.000 0.616 0.132 0.004
#> dkfz_11-140 2 0.3189 0.4716 0.020 0.796 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.4111 0.5824 0.740 0.084 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0363 0.5913 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.3025 0.7469 0.000 0.156 0.000 0.820 0.024 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9109 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-149 4 0.1007 0.8773 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3789 0.6044 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-151 5 0.4141 0.6040 0.388 0.000 0.000 0.000 0.596 0.016
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1671 0.8003 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.2613 0.7583 0.000 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> dkfz_11-004 1 0.3651 0.2056 0.604 0.000 0.000 0.000 0.388 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0373 0.8518 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.1583 0.7091 0.060 0.000 0.000 0.000 0.924 0.016 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0637 0.8489 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.2643 0.7670 0.000 0.000 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> dkfz_11-010 5 0.2200 0.7062 0.052 0.000 0.000 0.000 0.888 0.060 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2154 0.7465 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4978 0.2792 0.000 0.500 0.000 0.000 0.120 0.380 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1050 0.8376 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.1299 0.8261 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3677 0.0826 0.000 0.476 0.000 0.004 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.1850 0.8219 0.068 0.000 0.000 0.024 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3425 0.6342 0.000 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3679 0.7349 0.000 0.064 0.032 0.000 0.112 0.792 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2778 0.6473 0.052 0.108 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2200 0.7062 0.052 0.000 0.000 0.000 0.888 0.060 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2200 0.7062 0.052 0.000 0.000 0.000 0.888 0.060 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3440 0.7218 0.000 0.000 0.156 0.776 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0373 0.6928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1600 0.8344 0.008 0.932 0.000 0.000 0.040 0.020 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2359 0.7292 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.1382 0.7788 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4069 0.1762 0.384 0.000 0.000 0.000 0.584 0.032 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.2195 0.8081 0.000 0.884 0.000 0.000 0.084 0.032 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.1578 0.8194 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.3774 0.6058 0.000 0.676 0.000 0.000 0.292 0.032 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.4441 0.4265 0.388 0.000 0.000 0.000 0.552 0.060 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0861 0.8447 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.2484 0.7684 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-050 6 0.1448 0.8250 0.000 0.028 0.000 0.000 0.036 0.936 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.4461 0.4064 0.400 0.000 0.000 0.000 0.540 0.060 0.000
#> dkfz_11-052 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 4 0.4940 0.4374 0.000 0.276 0.000 0.572 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3308 0.4139 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1050 0.8292 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 3 0.0134 0.9531 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 6 0.1663 0.8182 0.088 0.000 0.000 0.000 0.004 0.908 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3441 0.2970 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3587 0.7060 0.000 0.196 0.000 0.056 0.000 0.748 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1440 0.8294 0.000 0.932 0.000 0.056 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4162 0.3342 0.000 0.520 0.000 0.000 0.448 0.032 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2421 0.7079 0.068 0.000 0.000 0.000 0.872 0.060 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3467 0.2618 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4688 -0.0912 0.080 0.416 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.5600 0.2884 0.000 0.548 0.000 0.132 0.276 0.044 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2592 0.7799 0.000 0.848 0.000 0.000 0.120 0.032 0.000
#> dkfz_11-074 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 6 0.1407 0.8277 0.000 0.048 0.000 0.000 0.016 0.936 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0268 0.6906 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.2037 0.7999 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.5335 -0.1201 0.180 0.000 0.000 0.000 0.384 0.436 0.000
#> dkfz_11-096 6 0.2154 0.7816 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.1719 0.8314 0.000 0.064 0.000 0.000 0.020 0.916 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3700 0.3373 0.656 0.000 0.000 0.000 0.324 0.020 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4077 0.6933 0.000 0.148 0.000 0.136 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.4441 0.4265 0.388 0.000 0.000 0.000 0.552 0.060 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.5754 0.4854 0.052 0.172 0.000 0.000 0.552 0.224 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1050 0.8292 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0728 0.8168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4224 0.5732 0.688 0.000 0.000 0.000 0.108 0.204 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0134 0.8231 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0373 0.6928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3468 0.6105 0.256 0.000 0.000 0.000 0.024 0.720 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.4514 0.2816 0.464 0.000 0.000 0.000 0.476 0.060 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2600 0.6726 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1330 0.8114 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.2190 0.7247 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0582 0.8236 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8236 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1101 0.8325 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008 0.952 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2045 0.6516 0.072 0.000 0.000 0.000 0.896 0.032 0.000
#> dkfz_11-116 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 6 0.0790 0.8294 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0239 0.8241 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.4441 0.4265 0.388 0.000 0.000 0.000 0.552 0.060 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.1375 0.8259 0.004 0.004 0.000 0.000 0.056 0.936 0.000
#> dkfz_11-121 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 6 0.1625 0.8265 0.052 0.000 0.000 0.000 0.024 0.924 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.1869 0.8252 0.064 0.000 0.000 0.000 0.028 0.908 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.5623 -0.1292 0.368 0.000 0.000 0.000 0.340 0.292 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1671 0.8021 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.1374 0.8322 0.000 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1050 0.8292 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8236 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.4047 0.6393 0.704 0.000 0.000 0.000 0.208 0.088 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2556 0.7352 0.052 0.000 0.000 0.000 0.088 0.860 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1109 0.8284 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.3450 0.4425 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0927 0.8302 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1050 0.8292 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 7 0.0000 0.9714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 6 0.3370 0.4691 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4728 0.4533 0.000 0.132 0.000 0.608 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.1659 0.8288 0.012 0.072 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1759 0.8031 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0334 0.8204 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.2708 0.6937 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0927 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3281 0.5429 0.264 0.000 0.000 0.000 0.724 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1563 0.8111 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.2554 0.7444 0.000 0.000 0.792 0.000 0.204 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.5218 -0.2015 0.388 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2674 0.6329 0.008 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.2568 0.7618 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3278 0.1344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-011 2 0.2016 0.7685 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3496 0.3875 0.000 0.388 0.000 0.000 0.600 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1368 0.8356 0.000 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0125 0.8650 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3318 0.0874 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3325 0.5900 0.000 0.692 0.000 0.000 0.020 0.288 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3837 0.2998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.568 0.032 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1107 0.7561 0.000 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 8 0.0000 0.7900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 8 0.1521 0.7321 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-034 4 0.3172 0.7266 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.064 0.156 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2296 0.6375 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1236 0.8514 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1765 0.7885 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0125 0.9703 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0471 0.8809 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-042 5 0.0349 0.7664 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 2 0.1912 0.7728 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2177 0.6772 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 8 0.0000 0.7900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.2324 0.7674 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 8 0.2795 0.6378 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4622 0.4399 0.000 0.276 0.000 0.572 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3095 0.4499 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0125 0.9703 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0125 0.9526 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-059 6 0.0125 0.8654 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3220 0.3340 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3146 0.7021 0.000 0.180 0.000 0.048 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1481 0.8421 0.000 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0313 0.7661 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 8 0.0000 0.7900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.3244 0.3001 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0313 0.7673 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-072 8 0.4165 0.4943 0.000 0.260 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-073 5 0.3329 0.1598 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0471 0.7671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-093 3 0.0125 0.9703 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2433 0.6672 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 8 0.3141 0.6861 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.784
#> dkfz_11-096 6 0.2114 0.7620 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 8 0.4357 0.4212 0.352 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-099 6 0.3551 0.6870 0.000 0.116 0.000 0.136 0.000 0.748 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 8 0.0125 0.7900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-101 8 0.0125 0.7894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3942 0.5581 0.668 0.000 0.000 0.000 0.016 0.276 0.000 0.040
#> dkfz_11-105 1 0.0125 0.8900 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 8 0.2833 0.5061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> dkfz_11-107 6 0.2446 0.6914 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 8 0.2296 0.7173 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-109 1 0.2208 0.7237 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0520 0.8823 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.3502 0.3551 0.624 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0313 0.7673 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0125 0.8900 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 8 0.0000 0.7900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0125 0.9703 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0125 0.8654 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.0251 0.8640 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 7 0.0000 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 8 0.4768 0.5010 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.556
#> dkfz_11-126 1 0.1038 0.8557 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3925 0.3710 0.340 0.000 0.000 0.000 0.616 0.040 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 6 0.2324 0.7114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> dkfz_11-132 1 0.0544 0.8808 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.3272 0.3411 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.9549 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 6 0.3095 0.4914 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4131 0.4446 0.000 0.072 0.000 0.604 0.000 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.8666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1387 0.8365 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0125 0.8900 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.2699 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.780 0.008 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9140 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0868 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0983 0.7566 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.0821 0.772 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-002 2 0.3396 0.623 0.000 0.744 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-003 3 0.2492 0.725 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.184 0.008
#> dkfz_11-004 1 0.4939 -0.203 0.388 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 8 0.2531 0.629 0.008 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.2456 0.735 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.796 0.008 0.000
#> dkfz_11-010 8 0.3102 0.135 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1876 0.758 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.3165 0.380 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1178 0.833 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0119 0.843 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3140 0.086 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.3115 0.569 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3632 0.297 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.032 0.400 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 8 0.1048 0.731 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0373 0.785 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0821 0.772 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-033 5 0.1398 0.713 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.5481 -0.208 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.088 0.132 0.008 0.248
#> dkfz_11-035 8 0.2173 0.637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0994 0.850 0.004 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1670 0.778 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0939 0.944 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-041 1 0.0446 0.878 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0331 0.738 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.1741 0.778 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 8 0.2089 0.628 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.2173 0.753 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.2645 0.602 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.5079 -0.102 0.000 0.268 0.000 0.532 0.000 0.156 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-054 2 0.4011 0.509 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0939 0.944 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-058 7 0.0119 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 6 0.0119 0.843 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3048 0.334 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2926 0.643 0.000 0.180 0.000 0.044 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1375 0.830 0.000 0.924 0.000 0.064 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.0296 0.737 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0645 0.781 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3070 0.301 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 8 0.0296 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.4055 0.369 0.000 0.264 0.000 0.112 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.3151 0.160 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0212 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 8 0.0446 0.741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0939 0.944 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-094 2 0.2302 0.666 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3002 0.632 0.064 0.000 0.000 0.000 0.780 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 6 0.2001 0.722 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.4132 0.413 0.356 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4678 0.465 0.000 0.116 0.000 0.108 0.000 0.652 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-100 5 0.0119 0.764 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0119 0.763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3731 0.532 0.668 0.000 0.000 0.000 0.040 0.276 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0119 0.887 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2681 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.2315 0.647 0.188 0.000 0.000 0.000 0.004 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2200 0.680 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2089 0.706 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0492 0.879 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3314 0.355 0.624 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.360 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 8 0.0296 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0212 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0119 0.887 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0939 0.944 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-122 6 0.0119 0.843 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.0237 0.842 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4532 0.390 0.200 0.000 0.000 0.000 0.552 0.248 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0982 0.850 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 8 0.3714 0.371 0.340 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000 0.616 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2200 0.686 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0515 0.877 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.3096 0.337 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0212 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-138 6 0.2929 0.483 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.5210 -0.130 0.000 0.064 0.000 0.500 0.000 0.312 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1313 0.829 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0119 0.887 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.3564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.036 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-144 4 0.0821 0.772 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1633 0.656 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1033 0.704 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 8 0.0930 0.733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.0615 0.8518 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3527 0.5587 0.000 0.704 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-003 3 0.2512 0.6906 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.172 0.000 0.020
#> dkfz_11-004 1 0.4708 -0.1837 0.396 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 8 0.2368 0.5947 0.008 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.2658 0.6938 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.792 0.008 0.008 0.008
#> dkfz_11-010 8 0.2949 0.1471 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1790 0.7482 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.3020 0.3507 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1124 0.8253 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0113 0.8400 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.2996 0.0839 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8645 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8645 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8645 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2972 0.5543 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3465 0.2965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.032 0.400 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 8 0.0896 0.7114 0.000 0.004 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0492 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8645 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.8645 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.7487 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0492 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.1334 0.6912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.3563 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.016 0.056 0.000 0.012 0.732
#> dkfz_11-035 8 0.2021 0.6060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0949 0.8428 0.004 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1594 0.7695 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.1558 0.9109 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.076
#> dkfz_11-041 1 0.0282 0.8794 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.0113 0.7240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.1661 0.7734 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 8 0.1938 0.6061 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.7487 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.2073 0.7169 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.2524 0.5687 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4795 -0.0163 0.000 0.344 0.000 0.472 0.000 0.160 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3946 0.4805 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.1600 0.9102 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.080
#> dkfz_11-058 7 0.0113 0.9363 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 6 0.0113 0.8405 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.2908 0.3341 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2767 0.6389 0.000 0.184 0.000 0.040 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1533 0.7986 0.000 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.0113 0.7227 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0426 0.8579 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.8645 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.7487 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2930 0.3005 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 8 0.0113 0.7240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3926 0.3517 0.000 0.256 0.000 0.124 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.3007 0.1554 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0426 0.9093 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 8 0.0282 0.7235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1600 0.9102 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.080
#> dkfz_11-094 2 0.2197 0.6665 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.2775 0.6126 0.056 0.000 0.000 0.000 0.788 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 6 0.1909 0.7179 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3943 0.3866 0.356 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4644 0.4110 0.000 0.116 0.000 0.104 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-100 5 0.0113 0.7487 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0113 0.7478 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3458 0.5168 0.676 0.000 0.000 0.000 0.032 0.276 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0113 0.8837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2559 0.5022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.2209 0.6395 0.188 0.000 0.000 0.000 0.004 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2047 0.6610 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1994 0.6953 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0356 0.8764 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3025 0.3705 0.632 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 8 0.0113 0.7240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0202 0.9126 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0113 0.8837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.7487 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.1600 0.9102 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.080
#> dkfz_11-122 6 0.0113 0.8405 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.0226 0.8390 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4324 0.3347 0.200 0.000 0.000 0.000 0.552 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0937 0.8449 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 8 0.3450 0.3073 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.616 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2099 0.6807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0492 0.8729 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.2954 0.3373 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0282 0.9317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 3 0.0426 0.9093 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-138 6 0.2795 0.4718 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4973 0.0258 0.000 0.052 0.000 0.508 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1253 0.8227 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0113 0.8837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.0282 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0615 0.8518 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1487 0.7623 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.8645 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1079 0.7704 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 8 0.0784 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:pam 136 1.27e-27 1.53e-28 2
#> CV:pam 134 5.71e-45 1.64e-32 3
#> CV:pam 131 1.44e-61 2.01e-30 4
#> CV:pam 100 2.63e-61 4.89e-33 5
#> CV:pam 97 9.34e-56 1.67e-26 6
#> CV:pam 113 1.69e-61 2.99e-28 7
#> CV:pam 119 6.34e-65 7.42e-31 8
#> CV:pam 116 7.37e-62 2.43e-32 9
#> CV:pam 115 1.30e-61 5.42e-32 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.530 0.857 0.914 0.4172 0.559 0.559
#> 3 3 0.825 0.903 0.943 0.4834 0.641 0.449
#> 4 4 0.759 0.852 0.881 0.1409 0.868 0.672
#> 5 5 0.832 0.841 0.916 0.1241 0.904 0.674
#> 6 6 0.811 0.537 0.792 0.0402 0.972 0.873
#> 7 7 0.821 0.778 0.823 0.0254 0.888 0.521
#> 8 8 0.786 0.736 0.763 0.0142 0.980 0.873
#> 9 9 0.820 0.663 0.772 0.0215 0.955 0.713
#> 10 10 0.837 0.729 0.824 0.0152 0.961 0.697
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-002 2 0.9209 0.752 0.336 0.664
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.9393 0.721 0.356 0.644
#> dkfz_11-006 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.6247 0.789 0.156 0.844
#> dkfz_11-013 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-014 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-015 2 0.8327 0.776 0.264 0.736
#> dkfz_11-016 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-017 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-018 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-019 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-020 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.9044 0.762 0.320 0.680
#> dkfz_11-026 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-029 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-030 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.7299 0.761 0.796 0.204
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-037 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.5737 0.798 0.136 0.864
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.9044 0.762 0.320 0.680
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.8207 0.693 0.744 0.256
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-054 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.3879 0.858 0.924 0.076
#> dkfz_11-062 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-063 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.9286 0.740 0.344 0.656
#> dkfz_11-065 1 0.9552 0.103 0.624 0.376
#> dkfz_11-066 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-067 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-068 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.1184 0.812 0.016 0.984
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.6531 0.762 0.168 0.832
#> dkfz_11-091 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-144 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-145 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-146 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-147 1 0.6887 0.781 0.816 0.184
#> dkfz_11-148 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-149 1 0.7219 0.765 0.800 0.200
#> dkfz_11-150 2 0.9170 0.757 0.332 0.668
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-006 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0747 0.945 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1411 0.900 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3784 0.870 0.004 0.864 0.132
#> dkfz_11-013 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-014 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-015 2 0.3375 0.895 0.008 0.892 0.100
#> dkfz_11-016 2 0.2066 0.881 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-018 2 0.1289 0.899 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-020 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.6045 0.447 0.380 0.620 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.5810 0.512 0.336 0.664 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3742 0.898 0.036 0.892 0.072
#> dkfz_11-025 2 0.4099 0.871 0.008 0.852 0.140
#> dkfz_11-026 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-027 1 0.2711 0.904 0.912 0.088 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-029 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.1643 0.892 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0747 0.945 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0747 0.945 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0747 0.900 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-035 1 0.0237 0.954 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-037 2 0.4555 0.745 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.8355 0.595 0.184 0.628 0.188
#> dkfz_11-043 1 0.3752 0.851 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.1182 0.904 0.012 0.976 0.012
#> dkfz_11-045 2 0.3826 0.876 0.008 0.868 0.124
#> dkfz_11-046 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-049 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0747 0.900 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.1163 0.901 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.1453 0.904 0.008 0.968 0.024
#> dkfz_11-062 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.3038 0.849 0.104 0.896 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-065 2 0.4945 0.867 0.056 0.840 0.104
#> dkfz_11-066 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-067 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-069 1 0.0747 0.945 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1647 0.902 0.036 0.960 0.004
#> dkfz_11-071 1 0.2959 0.894 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.6154 0.350 0.592 0.408 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4233 0.846 0.004 0.836 0.160
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.3551 0.875 0.000 0.868 0.132
#> dkfz_11-091 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-092 1 0.0747 0.945 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1289 0.932 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1031 0.902 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.6204 0.274 0.576 0.424 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2959 0.894 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5098 0.675 0.248 0.752 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.2959 0.894 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.6168 0.325 0.588 0.412 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0237 0.954 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2537 0.900 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.3619 0.860 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2796 0.878 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2625 0.897 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3765 0.899 0.028 0.888 0.084
#> dkfz_11-140 2 0.5560 0.585 0.300 0.700 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.1289 0.900 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-146 2 0.0892 0.902 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-147 2 0.1411 0.897 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-149 2 0.1031 0.901 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3043 0.899 0.008 0.908 0.084
#> dkfz_11-151 1 0.0747 0.945 0.984 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-002 2 0.2345 0.850 0.000 0.900 0.000 0.100
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-011 4 0.5606 0.476 0.020 0.480 0.000 0.500
#> dkfz_11-012 2 0.1637 0.887 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.2918 0.824 0.000 0.876 0.008 0.116
#> dkfz_11-016 4 0.4011 0.836 0.008 0.208 0.000 0.784
#> dkfz_11-017 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-018 4 0.3688 0.839 0.000 0.208 0.000 0.792
#> dkfz_11-019 2 0.2149 0.864 0.000 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-020 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.7088 0.185 0.568 0.204 0.000 0.228
#> dkfz_11-023 4 0.7536 0.568 0.244 0.264 0.000 0.492
#> dkfz_11-024 2 0.0188 0.943 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0921 0.924 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-028 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-029 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-030 4 0.3688 0.839 0.000 0.208 0.000 0.792
#> dkfz_11-031 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-032 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-033 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-034 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-035 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.4996 0.481 0.000 0.484 0.000 0.516
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.3528 0.878 0.808 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-042 2 0.0188 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 1 0.4452 0.828 0.732 0.008 0.000 0.260
#> dkfz_11-044 4 0.4500 0.742 0.000 0.316 0.000 0.684
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.0188 0.995 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.3764 0.834 0.000 0.216 0.000 0.784
#> dkfz_11-051 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-054 2 0.2469 0.840 0.000 0.892 0.000 0.108
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.4972 0.519 0.000 0.456 0.000 0.544
#> dkfz_11-062 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-063 4 0.5550 0.777 0.060 0.248 0.000 0.692
#> dkfz_11-064 2 0.0707 0.923 0.020 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-067 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-070 4 0.6705 0.497 0.088 0.440 0.000 0.472
#> dkfz_11-071 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-072 4 0.5861 0.146 0.476 0.032 0.000 0.492
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.7734 0.022 0.000 0.420 0.344 0.236
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1474 0.862 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-098 1 0.3486 0.878 0.812 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-099 4 0.3801 0.832 0.000 0.220 0.000 0.780
#> dkfz_11-100 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-101 1 0.0592 0.899 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.7660 0.509 0.316 0.232 0.000 0.452
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.2704 0.888 0.876 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-106 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0188 0.899 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.2921 0.886 0.860 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-112 1 0.0336 0.899 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.7575 0.556 0.264 0.252 0.000 0.484
#> dkfz_11-115 1 0.4098 0.868 0.784 0.012 0.000 0.204
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.7599 0.492 0.344 0.208 0.000 0.448
#> dkfz_11-118 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-119 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-120 1 0.1302 0.871 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.6386 0.055 0.552 0.072 0.000 0.376
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1716 0.851 0.936 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0469 0.899 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-130 1 0.0469 0.899 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4222 0.789 0.000 0.272 0.000 0.728
#> dkfz_11-140 4 0.7608 0.507 0.328 0.216 0.000 0.456
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.3610 0.876 0.800 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-143 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-144 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.3649 0.840 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-147 4 0.3688 0.839 0.000 0.208 0.000 0.792
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3688 0.839 0.000 0.208 0.000 0.792
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.3649 0.875 0.796 0.000 0.000 0.204
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1197 0.9472 0.000 0.952 0 0.048 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.4307 0.0722 0.500 0.000 0 0.000 0.500
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-011 4 0.4592 0.5607 0.000 0.332 0 0.644 0.024
#> dkfz_11-012 2 0.0290 0.9716 0.000 0.992 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2248 0.9060 0.000 0.900 0 0.088 0.012
#> dkfz_11-016 4 0.2020 0.8441 0.000 0.000 0 0.900 0.100
#> dkfz_11-017 4 0.0162 0.8702 0.000 0.000 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.1478 0.8570 0.000 0.000 0 0.936 0.064
#> dkfz_11-019 2 0.1197 0.9472 0.000 0.952 0 0.048 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0162 0.8702 0.000 0.000 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.6420 0.3682 0.508 0.000 0 0.232 0.260
#> dkfz_11-023 4 0.4150 0.5342 0.000 0.000 0 0.612 0.388
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0162 0.8534 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-028 4 0.0162 0.8702 0.000 0.000 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.1792 0.8493 0.000 0.000 0 0.916 0.084
#> dkfz_11-031 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-034 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.4883 0.7210 0.000 0.200 0 0.708 0.092
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4287 0.0825 0.000 0.460 0 0.000 0.540
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.8508 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 4 0.3060 0.7988 0.000 0.128 0 0.848 0.024
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.0609 0.8685 0.000 0.000 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-051 1 0.4182 0.4074 0.600 0.000 0 0.000 0.400
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1597 0.9409 0.000 0.940 0 0.048 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0609 0.8532 0.980 0.000 0 0.000 0.020
#> dkfz_11-060 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.4180 0.7028 0.000 0.220 0 0.744 0.036
#> dkfz_11-062 4 0.0404 0.8691 0.000 0.000 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-063 4 0.2230 0.8363 0.000 0.000 0 0.884 0.116
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-070 4 0.4651 0.4886 0.000 0.372 0 0.608 0.020
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8508 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 5 0.3003 0.6311 0.000 0.000 0 0.188 0.812
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3203 0.8142 0.000 0.820 0 0.168 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3109 0.7369 0.800 0.000 0 0.000 0.200
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3612 0.6950 0.732 0.000 0 0.000 0.268
#> dkfz_11-098 1 0.0510 0.8545 0.984 0.000 0 0.000 0.016
#> dkfz_11-099 4 0.1981 0.8452 0.000 0.064 0 0.920 0.016
#> dkfz_11-100 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-101 5 0.3730 0.5940 0.288 0.000 0 0.000 0.712
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.4182 0.5137 0.000 0.000 0 0.600 0.400
#> dkfz_11-104 1 0.3796 0.6091 0.700 0.000 0 0.000 0.300
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0162 0.8537 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-107 1 0.3816 0.6068 0.696 0.000 0 0.000 0.304
#> dkfz_11-108 1 0.3039 0.7433 0.808 0.000 0 0.000 0.192
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3774 0.5894 0.296 0.000 0 0.000 0.704
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.4182 0.5137 0.000 0.000 0 0.600 0.400
#> dkfz_11-115 5 0.0162 0.8537 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4547 0.4972 0.012 0.000 0 0.588 0.400
#> dkfz_11-118 1 0.1121 0.8396 0.956 0.000 0 0.000 0.044
#> dkfz_11-119 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
#> dkfz_11-120 1 0.4201 0.4989 0.592 0.000 0 0.000 0.408
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3895 0.5964 0.680 0.000 0 0.000 0.320
#> dkfz_11-123 1 0.3210 0.7341 0.788 0.000 0 0.000 0.212
#> dkfz_11-124 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0162 0.8537 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4182 0.5160 0.600 0.000 0 0.000 0.400
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1732 0.8812 0.080 0.000 0 0.000 0.920
#> dkfz_11-131 1 0.3109 0.7342 0.800 0.000 0 0.000 0.200
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.2966 0.8040 0.000 0.816 0 0.184 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.4182 0.5137 0.000 0.000 0 0.600 0.400
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.8606 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0162 0.8702 0.000 0.000 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-147 4 0.1341 0.8594 0.000 0.000 0 0.944 0.056
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1732 0.8511 0.000 0.000 0 0.920 0.080
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2020 0.8866 0.100 0.000 0 0.000 0.900
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.3833 0.7738 0.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-002 2 0.0405 0.9178 0.000 0.988 0 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.3843 -0.1175 0.548 0.000 0 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1141 0.9148 0.000 0.948 0 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1141 0.9148 0.000 0.948 0 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.3141 0.6083 0.000 0.200 0 0.788 0.000 0.012
#> dkfz_11-012 2 0.1713 0.9051 0.000 0.928 0 0.028 0.000 0.044
#> dkfz_11-013 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-014 2 0.0363 0.9165 0.000 0.988 0 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1720 0.9043 0.000 0.928 0 0.032 0.000 0.040
#> dkfz_11-016 4 0.0508 0.7102 0.000 0.004 0 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-017 4 0.3563 0.7818 0.000 0.000 0 0.664 0.000 0.336
#> dkfz_11-018 4 0.0865 0.7210 0.000 0.000 0 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-019 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-020 4 0.3563 0.7818 0.000 0.000 0 0.664 0.000 0.336
#> dkfz_11-021 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.6371 -0.0211 0.252 0.000 0 0.492 0.032 0.224
#> dkfz_11-023 4 0.3089 0.5684 0.008 0.004 0 0.800 0.188 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0777 0.9136 0.000 0.972 0 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.1713 0.9051 0.000 0.928 0 0.028 0.000 0.044
#> dkfz_11-026 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.3592 0.7820 0.000 0.000 0 0.656 0.000 0.344
#> dkfz_11-029 4 0.3592 0.7820 0.000 0.000 0 0.656 0.000 0.344
#> dkfz_11-030 4 0.0713 0.7176 0.000 0.000 0 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.3833 0.7738 0.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3833 0.7738 0.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.3224 0.6378 0.004 0.132 0 0.824 0.000 0.040
#> dkfz_11-038 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-039 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0146 0.2568 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.5296 0.2198 0.000 0.488 0 0.028 0.440 0.044
#> dkfz_11-043 5 0.2980 0.6868 0.008 0.000 0 0.192 0.800 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.4234 0.7746 0.000 0.032 0 0.644 0.000 0.324
#> dkfz_11-045 2 0.1713 0.9051 0.000 0.928 0 0.028 0.000 0.044
#> dkfz_11-046 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.1141 0.8456 0.052 0.000 0 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1713 0.9051 0.000 0.928 0 0.028 0.000 0.044
#> dkfz_11-049 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.3922 0.7786 0.000 0.016 0 0.664 0.000 0.320
#> dkfz_11-051 1 0.3868 -0.2322 0.508 0.000 0 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.3828 0.7744 0.000 0.000 0 0.560 0.000 0.440
#> dkfz_11-054 2 0.1723 0.9035 0.000 0.928 0 0.036 0.000 0.036
#> dkfz_11-055 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-056 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 6 0.4986 0.0000 0.444 0.000 0 0.000 0.068 0.488
#> dkfz_11-060 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.5584 0.6792 0.000 0.164 0 0.520 0.000 0.316
#> dkfz_11-062 4 0.3684 0.7824 0.000 0.004 0 0.664 0.000 0.332
#> dkfz_11-063 4 0.1275 0.7027 0.000 0.016 0 0.956 0.016 0.012
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1713 0.9051 0.000 0.928 0 0.028 0.000 0.044
#> dkfz_11-066 4 0.3833 0.7738 0.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-067 4 0.3804 0.7764 0.000 0.000 0 0.576 0.000 0.424
#> dkfz_11-068 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.5146 0.3733 0.000 0.396 0 0.516 0.000 0.088
#> dkfz_11-071 5 0.0146 0.8829 0.004 0.000 0 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-072 4 0.4009 0.3219 0.304 0.008 0 0.676 0.000 0.012
#> dkfz_11-073 2 0.1713 0.9051 0.000 0.928 0 0.028 0.000 0.044
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6071 -0.2207 0.000 0.392 0 0.336 0.000 0.272
#> dkfz_11-091 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0865 0.9170 0.000 0.964 0 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-095 1 0.2793 0.3414 0.800 0.000 0 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-097 1 0.4931 0.2129 0.652 0.000 0 0.000 0.200 0.148
#> dkfz_11-098 1 0.1204 0.2866 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.4219 0.7754 0.000 0.032 0 0.648 0.000 0.320
#> dkfz_11-100 5 0.3789 0.3533 0.416 0.000 0 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3868 0.2044 0.496 0.000 0 0.000 0.504 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-103 4 0.3043 0.5565 0.008 0.000 0 0.792 0.200 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3428 0.2758 0.696 0.000 0 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.2536 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3221 0.3403 0.736 0.000 0 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2664 0.3387 0.816 0.000 0 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.2536 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3804 -0.0981 0.576 0.000 0 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0260 0.2447 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-114 4 0.2933 0.5607 0.004 0.000 0 0.796 0.200 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0405 0.8770 0.004 0.008 0 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3744 0.5137 0.044 0.000 0 0.756 0.200 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.2135 0.2966 0.872 0.000 0 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.5655 0.1220 0.528 0.000 0 0.272 0.200 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2941 0.3430 0.780 0.000 0 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.5735 -0.1221 0.504 0.000 0 0.000 0.200 0.296
#> dkfz_11-124 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0717 0.8704 0.008 0.000 0 0.016 0.976 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-127 1 0.5697 0.1526 0.516 0.000 0 0.284 0.200 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-129 1 0.1610 0.1194 0.916 0.000 0 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-130 5 0.3868 0.2150 0.492 0.000 0 0.000 0.508 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2793 0.3414 0.800 0.000 0 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-133 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-134 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-135 1 0.3862 -0.7751 0.524 0.000 0 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-136 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-139 2 0.4947 0.4941 0.000 0.636 0 0.244 0.000 0.120
#> dkfz_11-140 4 0.3043 0.5565 0.008 0.000 0 0.792 0.200 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3867 -0.7676 0.512 0.000 0 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-142 1 0.0146 0.2563 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.3851 0.7665 0.000 0.000 0 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-144 4 0.3833 0.7738 0.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-145 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-146 4 0.3563 0.7818 0.000 0.000 0 0.664 0.000 0.336
#> dkfz_11-147 4 0.0146 0.7141 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-149 4 0.3371 0.7839 0.000 0.000 0 0.708 0.000 0.292
#> dkfz_11-150 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-151 5 0.0146 0.8829 0.004 0.000 0 0.000 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.4207 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.700 0.156 0.000 0.144
#> dkfz_11-002 2 0.0479 0.9182 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 3 0.0134 0.9871 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.5178 -0.1322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.456 0.148
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0334 0.9212 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0334 0.9212 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.0134 0.9871 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5516 0.2610 0.000 0.528 0.000 0.296 0.000 0.024 0.152
#> dkfz_11-012 2 0.2837 0.8211 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004 0.220
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0239 0.9217 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 2 0.4864 0.5887 0.000 0.620 0.000 0.180 0.000 0.004 0.196
#> dkfz_11-016 4 0.2483 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.044 0.092
#> dkfz_11-017 4 0.0134 0.8039 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.1711 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.012 0.076
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0134 0.8039 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.0895 0.9831 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-022 4 0.5155 0.4855 0.328 0.000 0.000 0.564 0.000 0.060 0.048
#> dkfz_11-023 6 0.4640 0.5360 0.012 0.000 0.000 0.260 0.000 0.640 0.088
#> dkfz_11-024 2 0.0656 0.9169 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-025 2 0.3926 0.7741 0.000 0.732 0.000 0.080 0.000 0.004 0.184
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2600 0.8696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0239 0.8046 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 4 0.0239 0.8046 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 4 0.1877 0.7618 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.020 0.076
#> dkfz_11-031 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.4361 0.7495 0.000 0.000 0.000 0.680 0.156 0.000 0.164
#> dkfz_11-033 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.4331 0.7517 0.000 0.000 0.000 0.684 0.156 0.000 0.160
#> dkfz_11-035 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.7060 0.1515 0.012 0.120 0.000 0.280 0.000 0.348 0.240
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0790 0.9842 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 7 0.5756 0.9471 0.200 0.000 0.000 0.000 0.024 0.288 0.488
#> dkfz_11-042 5 0.6477 -0.0660 0.000 0.348 0.048 0.000 0.384 0.012 0.208
#> dkfz_11-043 5 0.3509 0.4694 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.3050 0.7851 0.000 0.028 0.000 0.792 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-045 2 0.2154 0.8662 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-046 3 0.0790 0.9842 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-047 5 0.2422 0.8753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1886 0.8809 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-049 3 0.0468 0.9871 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-050 4 0.2160 0.8023 0.000 0.008 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-051 6 0.5640 -0.0573 0.016 0.000 0.000 0.000 0.352 0.456 0.176
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.3343 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.792 0.156 0.008 0.044
#> dkfz_11-054 2 0.1850 0.8924 0.000 0.908 0.000 0.024 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0790 0.9842 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0573 0.9869 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-059 1 0.0656 0.9502 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0790 0.9842 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-061 4 0.3527 0.7530 0.000 0.044 0.000 0.744 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-062 4 0.0000 0.8037 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.4866 0.2338 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.480 0.100
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2949 0.8364 0.000 0.800 0.000 0.000 0.024 0.000 0.176
#> dkfz_11-066 4 0.4418 0.7458 0.000 0.000 0.000 0.672 0.156 0.000 0.172
#> dkfz_11-067 4 0.3628 0.7783 0.000 0.000 0.000 0.764 0.096 0.000 0.140
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.5135 0.2732 0.000 0.384 0.000 0.496 0.000 0.008 0.112
#> dkfz_11-071 5 0.2628 0.8658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.5042 0.4416 0.016 0.000 0.000 0.300 0.004 0.588 0.092
#> dkfz_11-073 2 0.2326 0.8556 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-074 3 0.0134 0.9871 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 4 0.5085 0.5823 0.000 0.160 0.000 0.536 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0134 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 6 0.1183 0.5659 0.052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.1844 0.5581 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-098 7 0.5763 0.9512 0.204 0.000 0.000 0.000 0.024 0.284 0.488
#> dkfz_11-099 4 0.1552 0.7988 0.000 0.012 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-100 5 0.3173 0.6837 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.1001 0.5851 0.016 0.000 0.000 0.000 0.024 0.960 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4387 0.5502 0.008 0.000 0.000 0.252 0.000 0.664 0.076
#> dkfz_11-104 6 0.1306 0.5797 0.032 0.000 0.000 0.000 0.024 0.944 0.000
#> dkfz_11-105 7 0.5775 0.9521 0.212 0.000 0.000 0.000 0.024 0.276 0.488
#> dkfz_11-106 5 0.2514 0.8771 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.0914 0.5840 0.024 0.000 0.000 0.000 0.012 0.964 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.2383 0.4447 0.124 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860 0.012
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.5693 0.9475 0.224 0.000 0.000 0.000 0.016 0.276 0.484
#> dkfz_11-111 6 0.5841 -0.3894 0.068 0.000 0.000 0.000 0.108 0.496 0.328
#> dkfz_11-112 7 0.5677 0.9488 0.220 0.000 0.000 0.000 0.016 0.276 0.488
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4494 0.4324 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.588 0.076
#> dkfz_11-115 5 0.2543 0.8763 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4080 0.5603 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.688 0.076
#> dkfz_11-118 7 0.5805 0.9483 0.200 0.000 0.000 0.000 0.028 0.284 0.488
#> dkfz_11-119 5 0.2225 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0837 0.5906 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0837 0.5856 0.020 0.000 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.3402 0.2713 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0790 0.9842 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-125 6 0.3525 -0.1002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0820 0.5933 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 7 0.5724 0.8891 0.276 0.000 0.000 0.000 0.016 0.232 0.476
#> dkfz_11-130 6 0.2354 0.5222 0.008 0.000 0.000 0.000 0.120 0.864 0.008
#> dkfz_11-131 6 0.1183 0.5660 0.052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0334 0.9786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0790 0.9842 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4568 0.5121 0.000 0.296 0.000 0.616 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-140 6 0.4259 0.5276 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.652 0.076
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 7 0.6685 0.8528 0.212 0.000 0.000 0.000 0.116 0.276 0.396
#> dkfz_11-143 4 0.4960 0.7264 0.020 0.000 0.000 0.640 0.156 0.000 0.184
#> dkfz_11-144 4 0.4525 0.7388 0.000 0.000 0.000 0.656 0.156 0.000 0.188
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0134 0.8039 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 4 0.1797 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0996 0.7903 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2583 0.8859 0.012 0.000 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.2814 0.734 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2509 0.731 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.016 NA 0.008
#> dkfz_11-003 3 0.2114 0.879 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.4375 0.299 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.160 NA 0.208
#> dkfz_11-005 2 0.0313 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0681 0.830 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0536 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 NA 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.0681 0.830 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-009 3 0.2146 0.879 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0471 0.829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 NA 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5908 0.363 0.000 0.532 0.000 0.204 0.004 0.184 NA 0.060
#> dkfz_11-012 2 0.5030 0.635 0.000 0.552 0.004 0.000 0.000 0.012 NA 0.280
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0892 0.829 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.024
#> dkfz_11-015 2 0.6293 0.262 0.000 0.412 0.000 0.256 0.000 0.060 NA 0.252
#> dkfz_11-016 4 0.4600 0.647 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.160 NA 0.044
#> dkfz_11-017 4 0.0471 0.767 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.3298 0.665 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.100 NA 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0536 0.832 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0471 0.767 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.2269 0.841 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-022 4 0.5540 0.571 0.256 0.000 0.000 0.584 0.008 0.048 NA 0.040
#> dkfz_11-023 6 0.5032 0.618 0.020 0.000 0.000 0.172 0.100 0.664 NA 0.032
#> dkfz_11-024 2 0.0596 0.833 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.5577 0.574 0.000 0.476 0.004 0.020 0.000 0.008 NA 0.320
#> dkfz_11-026 2 0.0313 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1521 0.794 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 NA 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0520 0.768 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0520 0.768 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.3337 0.662 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.104 NA 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0313 0.829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 NA 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.3289 0.660 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3374 0.670 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-035 5 0.0471 0.830 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 NA 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0313 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.5138 0.417 0.024 0.020 0.000 0.172 0.004 0.660 NA 0.104
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.2269 0.841 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-040 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-041 8 0.5864 0.838 0.168 0.000 0.000 0.000 0.156 0.156 NA 0.520
#> dkfz_11-042 5 0.6621 0.270 0.000 0.072 0.072 0.000 0.468 0.012 NA 0.272
#> dkfz_11-043 5 0.2904 0.493 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292 NA 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.3864 0.751 0.000 0.008 0.000 0.772 0.000 0.084 NA 0.092
#> dkfz_11-045 2 0.4718 0.662 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.248
#> dkfz_11-046 3 0.2805 0.823 0.000 0.000 0.836 0.020 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-047 5 0.1155 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.024 NA 0.028
#> dkfz_11-048 2 0.4782 0.651 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.264
#> dkfz_11-049 3 0.1782 0.856 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.008 NA 0.008
#> dkfz_11-050 4 0.3325 0.758 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.080 NA 0.088
#> dkfz_11-051 5 0.4473 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.172 NA 0.212
#> dkfz_11-052 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-053 4 0.3803 0.739 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.092 NA 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4529 0.643 0.000 0.700 0.000 0.148 0.000 0.048 NA 0.096
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.2269 0.841 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-057 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.867 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1480 0.893 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044 NA 0.008
#> dkfz_11-060 3 0.2269 0.841 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-061 4 0.4122 0.739 0.000 0.016 0.000 0.744 0.000 0.072 NA 0.136
#> dkfz_11-062 4 0.0618 0.769 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 NA 0.008
#> dkfz_11-063 4 0.5523 0.378 0.000 0.000 0.000 0.472 0.012 0.372 NA 0.052
#> dkfz_11-064 2 0.0313 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.6624 0.396 0.000 0.384 0.004 0.000 0.180 0.008 NA 0.272
#> dkfz_11-066 4 0.3289 0.660 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2187 0.763 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0313 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0395 0.829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.5492 0.290 0.000 0.360 0.000 0.492 0.004 0.076 NA 0.060
#> dkfz_11-071 5 0.1653 0.797 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.088 NA 0.008
#> dkfz_11-072 6 0.4283 0.538 0.020 0.000 0.000 0.160 0.000 0.716 NA 0.088
#> dkfz_11-073 2 0.4911 0.646 0.000 0.568 0.004 0.000 0.000 0.008 NA 0.268
#> dkfz_11-074 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-075 4 0.5766 0.615 0.000 0.020 0.000 0.532 0.000 0.064 NA 0.260
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0313 0.829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 NA 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.0618 0.833 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-095 6 0.3881 0.636 0.028 0.000 0.000 0.000 0.104 0.748 NA 0.120
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3899 0.628 0.152 0.000 0.000 0.004 0.104 0.732 NA 0.008
#> dkfz_11-098 8 0.5841 0.837 0.164 0.000 0.000 0.000 0.152 0.160 NA 0.524
#> dkfz_11-099 4 0.2763 0.760 0.000 0.004 0.000 0.840 0.000 0.100 NA 0.052
#> dkfz_11-100 5 0.3045 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.124 NA 0.076
#> dkfz_11-101 6 0.3886 0.633 0.024 0.000 0.000 0.000 0.104 0.744 NA 0.128
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4411 0.627 0.016 0.000 0.000 0.172 0.108 0.692 NA 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.5210 0.522 0.184 0.000 0.000 0.000 0.116 0.608 NA 0.092
#> dkfz_11-105 8 0.5835 0.838 0.176 0.000 0.000 0.000 0.144 0.156 NA 0.524
#> dkfz_11-106 5 0.0864 0.827 0.000 0.004 0.000 0.000 0.964 0.028 NA 0.004
#> dkfz_11-107 6 0.4876 0.580 0.116 0.000 0.000 0.000 0.104 0.660 NA 0.120
#> dkfz_11-108 6 0.5519 0.396 0.220 0.000 0.000 0.000 0.096 0.556 NA 0.128
#> dkfz_11-109 1 0.0125 0.987 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-110 8 0.5006 0.732 0.324 0.000 0.000 0.000 0.008 0.160 NA 0.508
#> dkfz_11-111 8 0.6042 0.741 0.136 0.000 0.000 0.000 0.224 0.164 NA 0.476
#> dkfz_11-112 8 0.4731 0.718 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 NA 0.524
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5236 0.562 0.000 0.000 0.000 0.200 0.104 0.600 NA 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1229 0.817 0.000 0.008 0.000 0.000 0.948 0.016 NA 0.028
#> dkfz_11-116 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-117 6 0.5390 0.556 0.000 0.000 0.000 0.192 0.104 0.584 NA 0.000
#> dkfz_11-118 8 0.5885 0.839 0.172 0.000 0.000 0.000 0.156 0.156 NA 0.516
#> dkfz_11-119 5 0.0125 0.822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3738 0.655 0.036 0.000 0.000 0.000 0.104 0.768 NA 0.092
#> dkfz_11-121 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-122 6 0.4007 0.641 0.044 0.000 0.000 0.000 0.104 0.744 NA 0.108
#> dkfz_11-123 6 0.4783 0.319 0.432 0.000 0.000 0.000 0.104 0.456 NA 0.008
#> dkfz_11-124 3 0.2009 0.849 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-125 5 0.3828 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.368 NA 0.036
#> dkfz_11-126 1 0.0125 0.987 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-127 6 0.2799 0.665 0.028 0.000 0.000 0.000 0.104 0.840 NA 0.028
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-129 8 0.4575 0.607 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 NA 0.488
#> dkfz_11-130 6 0.5650 0.225 0.072 0.000 0.000 0.000 0.288 0.496 NA 0.144
#> dkfz_11-131 6 0.3576 0.653 0.028 0.000 0.000 0.000 0.100 0.780 NA 0.092
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0395 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2186 0.844 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-137 3 0.2485 0.879 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4668 0.709 0.000 0.128 0.000 0.700 0.000 0.100 NA 0.056
#> dkfz_11-140 6 0.5192 0.572 0.000 0.000 0.000 0.192 0.104 0.608 NA 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0125 0.987 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-142 8 0.6209 0.781 0.176 0.000 0.000 0.000 0.224 0.156 NA 0.444
#> dkfz_11-143 4 0.3568 0.652 0.012 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.3639 0.657 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0520 0.768 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.3376 0.659 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.108 NA 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0313 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1600 0.748 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.048 NA 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0856 0.820 0.024 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 NA 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.3647 0.2852 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.480 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2714 0.7710 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0119 0.8135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.3336 0.0727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.008 0.000 0.472
#> dkfz_11-005 2 0.0373 0.9226 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0212 0.9242 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.1248 0.8116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> dkfz_11-008 2 0.0212 0.9225 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0296 0.8144 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0373 0.8301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.6509 0.2123 0.000 0.264 0.000 0.020 0.000 0.360 0.224 0.124 0.008
#> dkfz_11-012 8 0.2702 0.7043 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1430 0.8523 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004
#> dkfz_11-015 8 0.6034 0.2832 0.000 0.164 0.000 0.052 0.000 0.268 0.040 0.468 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.4366 0.5118 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.604 0.304 0.020 0.008
#> dkfz_11-017 6 0.0741 0.5518 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-018 6 0.3144 0.5676 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.788 0.144 0.000 0.020
#> dkfz_11-019 2 0.2124 0.8198 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-020 6 0.0658 0.5537 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-021 3 0.3867 0.7681 0.000 0.000 0.704 0.116 0.000 0.000 0.012 0.168 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.6750 0.0435 0.280 0.000 0.000 0.136 0.008 0.408 0.104 0.020 0.044
#> dkfz_11-023 7 0.4666 0.5278 0.044 0.000 0.000 0.056 0.048 0.132 0.704 0.016 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1151 0.8891 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.2726 0.6711 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016 0.824 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0119 0.9229 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1810 0.7534 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 6 0.0818 0.5493 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-029 6 0.0818 0.5493 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-030 6 0.3383 0.5574 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.748 0.188 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 5 0.0212 0.8298 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2608 0.8606 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.2622 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.240 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0699 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-036 2 0.0446 0.9209 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.5931 0.1720 0.040 0.000 0.000 0.056 0.000 0.160 0.508 0.228 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3867 0.7681 0.000 0.000 0.704 0.116 0.000 0.000 0.012 0.168 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-041 9 0.1636 0.7951 0.104 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-042 8 0.3348 0.3879 0.000 0.004 0.020 0.000 0.312 0.000 0.000 0.664 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3016 0.4182 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.336 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.4969 0.2606 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.584 0.056 0.100 0.008
#> dkfz_11-045 8 0.2795 0.6649 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.4301 0.7393 0.000 0.000 0.672 0.164 0.000 0.012 0.012 0.140 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0930 0.8182 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-048 8 0.2716 0.6894 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.5214 0.7932 0.000 0.000 0.632 0.112 0.000 0.000 0.072 0.132 0.052
#> dkfz_11-050 6 0.4766 0.3325 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.612 0.040 0.108 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.3475 0.0540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.016 0.000 0.476
#> dkfz_11-052 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-053 6 0.4699 0.1796 0.000 0.004 0.000 0.380 0.000 0.464 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.5257 0.0946 0.000 0.536 0.000 0.024 0.000 0.184 0.008 0.240 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.0515 0.9634 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-056 3 0.3867 0.7681 0.000 0.000 0.704 0.116 0.000 0.000 0.012 0.168 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-058 3 0.2233 0.8081 0.000 0.000 0.876 0.064 0.000 0.000 0.012 0.048 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1835 0.8601 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.052 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 3 0.3867 0.7681 0.000 0.000 0.704 0.116 0.000 0.000 0.012 0.168 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.5170 0.2216 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.536 0.032 0.180 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.3049 0.4414 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.768 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.4912 0.3920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.440 0.440 0.072 0.008
#> dkfz_11-064 2 0.0446 0.9209 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.3268 0.7019 0.000 0.220 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2557 0.8645 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 6 0.3171 0.0547 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.672 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-068 2 0.0119 0.9229 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0373 0.8301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.6221 0.2580 0.000 0.268 0.000 0.016 0.000 0.432 0.136 0.140 0.008
#> dkfz_11-071 5 0.1991 0.7862 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.068 0.048 0.000
#> dkfz_11-072 7 0.5475 0.4756 0.044 0.000 0.000 0.008 0.020 0.164 0.608 0.020 0.136
#> dkfz_11-073 8 0.2681 0.6947 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-075 8 0.5443 -0.1967 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.332 0.040 0.448 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0119 0.8286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-094 2 0.0581 0.9142 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-095 7 0.5029 0.4598 0.044 0.000 0.000 0.024 0.064 0.000 0.532 0.000 0.336
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.5221 0.5043 0.148 0.000 0.000 0.012 0.064 0.000 0.580 0.000 0.196
#> dkfz_11-098 9 0.1884 0.7964 0.104 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-099 6 0.2881 0.5199 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.832 0.056 0.088 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.2664 0.5565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-101 7 0.4701 0.3531 0.044 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.464 0.000 0.428
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.4245 0.5400 0.040 0.000 0.000 0.020 0.064 0.172 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 7 0.5588 0.4165 0.124 0.000 0.000 0.012 0.076 0.000 0.468 0.000 0.320
#> dkfz_11-105 9 0.1519 0.7935 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-106 5 0.0565 0.8238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-107 7 0.5188 0.3373 0.088 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000 0.428 0.000 0.416
#> dkfz_11-108 9 0.5283 -0.1100 0.144 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.308 0.000 0.488
#> dkfz_11-109 1 0.0119 0.9791 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 9 0.2536 0.7392 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.792
#> dkfz_11-111 9 0.2519 0.7868 0.104 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020 0.000 0.848
#> dkfz_11-112 9 0.1922 0.7902 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.872
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.3882 0.4471 0.000 0.000 0.000 0.040 0.048 0.212 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1200 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-117 7 0.3964 0.4574 0.000 0.000 0.000 0.048 0.052 0.200 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 9 0.2206 0.7909 0.104 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-119 5 0.0119 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.5119 0.4963 0.072 0.000 0.000 0.016 0.064 0.000 0.544 0.000 0.304
#> dkfz_11-121 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-122 7 0.5460 0.4670 0.084 0.000 0.000 0.032 0.064 0.000 0.512 0.000 0.308
#> dkfz_11-123 7 0.5506 0.3073 0.380 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.384 0.000 0.176
#> dkfz_11-124 3 0.3574 0.7808 0.000 0.000 0.740 0.092 0.000 0.000 0.012 0.156 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3871 0.3650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.324 0.000 0.068
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.3845 0.5706 0.016 0.000 0.000 0.040 0.052 0.000 0.748 0.000 0.144
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 9 0.3377 0.4411 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.596
#> dkfz_11-130 9 0.4781 0.2290 0.048 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.252 0.000 0.588
#> dkfz_11-131 7 0.5065 0.5008 0.044 0.000 0.000 0.036 0.064 0.000 0.568 0.000 0.288
#> dkfz_11-132 1 0.0212 0.9769 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0752 0.9538 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-136 3 0.3703 0.7756 0.000 0.000 0.724 0.100 0.000 0.000 0.012 0.164 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.2562 0.8084 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000 0.000 0.064 0.000 0.052
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.4832 0.3432 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.616 0.040 0.144 0.008
#> dkfz_11-140 7 0.3912 0.4698 0.000 0.000 0.000 0.060 0.048 0.176 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0515 0.9594 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-142 9 0.2866 0.7513 0.108 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-143 4 0.2707 0.8491 0.016 0.000 0.000 0.772 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.2627 0.8511 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 6 0.0818 0.5493 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-147 6 0.2811 0.5720 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.804 0.148 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0119 0.9229 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3960 0.5352 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.688 0.208 0.000 0.020
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1561 0.8119 0.008 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.016 0.000 0.056
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 10 0.1873 0.7807 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000 0.892
#> dkfz_11-002 2 0.2312 0.8620 0.000 0.860 0.012 0.076 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.2885 0.5609 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.680 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.2960 0.2886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0113 0.9563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0937 0.8510 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0202 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.2332 0.7090 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0202 0.8667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.5663 0.3878 0.000 0.292 0.048 0.396 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-012 8 0.1423 0.8023 0.000 0.056 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0113 0.9549 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 8 0.5502 0.0845 0.000 0.032 0.084 0.032 0.000 0.000 0.000 0.480 0.036 0.336
#> dkfz_11-016 4 0.3970 0.5154 0.000 0.000 0.032 0.560 0.000 0.380 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-017 4 0.1124 0.7043 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-018 4 0.1805 0.6919 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.080 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-019 2 0.1660 0.9000 0.000 0.912 0.016 0.020 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0836 0.7075 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.8943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.5506 -0.0680 0.024 0.000 0.028 0.232 0.024 0.560 0.000 0.004 0.012 0.116
#> dkfz_11-023 6 0.4951 0.6285 0.064 0.000 0.004 0.016 0.120 0.604 0.000 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-024 2 0.1645 0.8762 0.000 0.904 0.000 0.076 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.1552 0.7843 0.000 0.024 0.016 0.016 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016
#> dkfz_11-026 2 0.0113 0.9563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.0784 0.8451 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.1168 0.7031 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-029 4 0.1168 0.7031 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-030 4 0.2038 0.6892 0.000 0.000 0.004 0.876 0.000 0.092 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 10 0.1450 0.7715 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.0113 0.7834 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-035 5 0.2330 0.7080 0.004 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0113 0.9563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 8 0.6640 0.0993 0.056 0.000 0.044 0.016 0.000 0.292 0.000 0.364 0.036 0.192
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.8943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 9 0.1880 0.7919 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.1901 0.6974 0.000 0.000 0.004 0.000 0.144 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2560 0.4876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.252 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 10 0.3780 0.7212 0.000 0.000 0.040 0.060 0.000 0.132 0.000 0.004 0.016 0.748
#> dkfz_11-045 8 0.1168 0.8007 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.1257 0.8585 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-047 5 0.0729 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.1033 0.8057 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.2221 0.6910 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 10 0.4385 0.6855 0.000 0.000 0.040 0.084 0.000 0.016 0.000 0.112 0.036 0.712
#> dkfz_11-051 9 0.3008 -0.1064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.2991 0.7156 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000 0.784
#> dkfz_11-054 2 0.3966 0.6701 0.000 0.716 0.068 0.020 0.000 0.000 0.000 0.160 0.036 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1559 0.8260 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.8943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0729 0.8871 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3221 0.5396 0.744 0.000 0.000 0.000 0.060 0.188 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.8943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 10 0.3668 0.6961 0.000 0.000 0.040 0.040 0.000 0.000 0.000 0.124 0.036 0.760
#> dkfz_11-062 10 0.4237 0.5055 0.000 0.000 0.008 0.296 0.000 0.108 0.000 0.004 0.000 0.584
#> dkfz_11-063 4 0.4099 0.4611 0.000 0.000 0.040 0.528 0.000 0.404 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-064 2 0.0113 0.9563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 8 0.1037 0.8055 0.000 0.048 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.0885 0.7927 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.960
#> dkfz_11-067 4 0.1661 0.6766 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-068 2 0.0113 0.9563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0202 0.8667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.5471 0.3057 0.000 0.360 0.044 0.424 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-071 5 0.0539 0.8603 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.4338 0.5771 0.064 0.000 0.032 0.032 0.136 0.712 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.0937 0.8066 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 10 0.5254 0.2101 0.000 0.000 0.076 0.024 0.000 0.004 0.016 0.352 0.036 0.492
#> dkfz_11-091 2 0.0113 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0113 0.8671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1412 0.8754 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.4052 0.6889 0.080 0.000 0.000 0.000 0.148 0.696 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3490 0.6960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.136 0.764 0.000 0.004 0.052 0.004
#> dkfz_11-098 9 0.1909 0.7931 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.3538 0.6460 0.000 0.000 0.036 0.744 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-100 5 0.2197 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.4076 0.6857 0.064 0.000 0.000 0.000 0.148 0.692 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5100 0.6814 0.060 0.000 0.004 0.036 0.192 0.600 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-104 9 0.5731 -0.3516 0.152 0.000 0.000 0.000 0.168 0.340 0.000 0.000 0.340 0.000
#> dkfz_11-105 9 0.1938 0.7928 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.5397 0.4621 0.100 0.000 0.000 0.000 0.160 0.448 0.000 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-108 9 0.5482 0.0320 0.152 0.000 0.000 0.000 0.152 0.224 0.000 0.000 0.472 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0282 0.9077 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 9 0.2173 0.7718 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-111 9 0.2048 0.7933 0.164 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> dkfz_11-112 9 0.2099 0.7778 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0113 0.9119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4693 0.4566 0.000 0.000 0.004 0.284 0.128 0.556 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-115 5 0.0226 0.8668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4197 0.5751 0.000 0.000 0.004 0.180 0.120 0.668 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-118 9 0.1909 0.7931 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.8683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.5045 0.5571 0.076 0.000 0.000 0.000 0.148 0.528 0.000 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.4937 0.6049 0.080 0.000 0.000 0.000 0.156 0.564 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.5445 0.4644 0.344 0.000 0.000 0.000 0.140 0.404 0.000 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.0888 0.8815 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2991 0.7062 0.000 0.000 0.004 0.000 0.784 0.108 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.2550 0.6990 0.012 0.000 0.000 0.000 0.124 0.832 0.000 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0202 0.9109 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3009 -0.1086 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-130 9 0.3056 0.7450 0.128 0.000 0.000 0.000 0.048 0.032 0.000 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.3855 0.6942 0.068 0.000 0.000 0.000 0.148 0.716 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1523 0.8296 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0469 0.9017 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0202 0.8942 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.1373 1.0000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0113 0.9119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.5205 0.4361 0.000 0.244 0.056 0.568 0.000 0.076 0.000 0.052 0.000 0.004
#> dkfz_11-140 6 0.4892 0.5443 0.000 0.000 0.004 0.080 0.116 0.596 0.000 0.004 0.000 0.200
#> dkfz_11-141 1 0.0492 0.8977 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-142 9 0.2636 0.7770 0.164 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.0781 0.7870 0.016 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-144 10 0.1661 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1168 0.7031 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-147 4 0.2285 0.6904 0.000 0.000 0.024 0.868 0.000 0.080 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-148 2 0.0113 0.9563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.4734 0.1127 0.000 0.000 0.004 0.480 0.000 0.224 0.000 0.004 0.000 0.288
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2825 0.6704 0.032 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:mclust 135 1.69e-19 5.78e-11 2
#> CV:mclust 132 3.32e-47 4.63e-31 3
#> CV:mclust 128 9.84e-59 1.30e-28 4
#> CV:mclust 129 5.48e-63 4.21e-35 5
#> CV:mclust 91 9.66e-39 1.21e-16 6
#> CV:mclust 121 4.07e-68 8.31e-39 7
#> CV:mclust 122 5.36e-65 1.08e-37 8
#> CV:mclust 101 5.77e-56 1.51e-29 9
#> CV:mclust 118 1.14e-57 3.73e-34 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.622 0.806 0.901 0.4212 0.524 0.524
#> 3 3 0.667 0.854 0.884 0.4007 0.847 0.719
#> 4 4 0.827 0.869 0.910 0.1838 0.884 0.721
#> 5 5 0.731 0.824 0.868 0.0377 0.986 0.953
#> 6 6 0.753 0.781 0.797 0.0773 0.907 0.675
#> 7 7 0.762 0.782 0.786 0.0427 0.949 0.747
#> 8 8 0.800 0.752 0.772 0.0318 0.990 0.934
#> 9 9 0.886 0.762 0.815 0.0192 0.992 0.944
#> 10 10 0.907 0.778 0.858 0.0113 0.996 0.972
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.9775 -0.0462 0.588 0.412
#> dkfz_11-006 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.9775 -0.0462 0.588 0.412
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.9580 0.6541 0.380 0.620
#> dkfz_11-012 1 0.9866 -0.1390 0.568 0.432
#> dkfz_11-013 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-014 2 0.9933 0.5084 0.452 0.548
#> dkfz_11-015 2 0.7056 0.7518 0.192 0.808
#> dkfz_11-016 2 0.9661 0.6345 0.392 0.608
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0672 0.9397 0.992 0.008
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.9248 0.2565 0.660 0.340
#> dkfz_11-024 2 0.9087 0.7221 0.324 0.676
#> dkfz_11-025 2 0.9963 0.4776 0.464 0.536
#> dkfz_11-026 2 0.9087 0.7221 0.324 0.676
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.9522 0.6645 0.372 0.628
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-037 1 0.0672 0.9401 0.992 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.3584 0.8709 0.932 0.068
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0376 0.7677 0.004 0.996
#> dkfz_11-045 2 0.9944 0.4984 0.456 0.544
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.9795 -0.0637 0.584 0.416
#> dkfz_11-049 1 0.2948 0.8907 0.948 0.052
#> dkfz_11-050 2 0.9087 0.7180 0.324 0.676
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.9998 -0.3600 0.508 0.492
#> dkfz_11-054 2 0.8955 0.7290 0.312 0.688
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.3584 0.8709 0.932 0.068
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.3584 0.8709 0.932 0.068
#> dkfz_11-061 2 0.8909 0.7290 0.308 0.692
#> dkfz_11-062 2 0.9661 0.6345 0.392 0.608
#> dkfz_11-063 2 0.9661 0.6345 0.392 0.608
#> dkfz_11-064 2 0.9087 0.7221 0.324 0.676
#> dkfz_11-065 1 0.0376 0.9438 0.996 0.004
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.7219 0.6512 0.800 0.200
#> dkfz_11-073 1 0.8443 0.4672 0.728 0.272
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.8909 0.7290 0.308 0.692
#> dkfz_11-091 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.9933 0.5084 0.452 0.548
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0376 0.9438 0.996 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.9580 0.6541 0.380 0.620
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0376 0.9438 0.996 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0376 0.9438 0.996 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.9580 0.6541 0.380 0.620
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1414 0.7612 0.020 0.980
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0672 0.9400 0.992 0.008
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0376 0.9438 0.996 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0376 0.9438 0.996 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.9580 0.6541 0.380 0.620
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.7676 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-149 2 0.1843 0.7664 0.028 0.972
#> dkfz_11-150 2 0.9044 0.7257 0.320 0.680
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0747 0.930 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-002 3 0.5497 0.449 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-003 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.6854 0.622 0.216 0.716 0.068
#> dkfz_11-006 2 0.4974 0.809 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.6854 0.622 0.216 0.716 0.068
#> dkfz_11-009 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5435 0.813 0.024 0.784 0.192
#> dkfz_11-012 2 0.5235 0.683 0.152 0.812 0.036
#> dkfz_11-013 2 0.5016 0.809 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-014 2 0.5202 0.786 0.044 0.820 0.136
#> dkfz_11-015 2 0.6252 0.483 0.000 0.556 0.444
#> dkfz_11-016 2 0.5921 0.812 0.032 0.756 0.212
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0237 0.933 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-019 2 0.4974 0.809 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-020 3 0.0237 0.933 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-021 1 0.4654 0.829 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.2165 0.903 0.000 0.064 0.936
#> dkfz_11-023 2 0.6793 0.542 0.292 0.672 0.036
#> dkfz_11-024 2 0.5201 0.813 0.004 0.760 0.236
#> dkfz_11-025 2 0.5875 0.766 0.072 0.792 0.136
#> dkfz_11-026 2 0.5201 0.813 0.004 0.760 0.236
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0237 0.933 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.6143 0.790 0.024 0.720 0.256
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.5016 0.809 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-037 1 0.2448 0.905 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.5728 0.768 0.720 0.272 0.008
#> dkfz_11-040 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.2261 0.909 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.2066 0.912 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.2796 0.880 0.000 0.092 0.908
#> dkfz_11-045 2 0.5507 0.779 0.056 0.808 0.136
#> dkfz_11-046 3 0.3192 0.861 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6810 0.626 0.212 0.720 0.068
#> dkfz_11-049 1 0.5327 0.780 0.728 0.272 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5431 0.763 0.000 0.716 0.284
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.8528 0.592 0.240 0.604 0.156
#> dkfz_11-054 2 0.5058 0.806 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-055 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.5728 0.768 0.720 0.272 0.008
#> dkfz_11-057 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4504 0.837 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.5728 0.768 0.720 0.272 0.008
#> dkfz_11-061 2 0.5621 0.737 0.000 0.692 0.308
#> dkfz_11-062 2 0.5921 0.812 0.032 0.756 0.212
#> dkfz_11-063 2 0.5921 0.812 0.032 0.756 0.212
#> dkfz_11-064 2 0.5201 0.813 0.004 0.760 0.236
#> dkfz_11-065 1 0.2625 0.903 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0747 0.930 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.5016 0.809 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.5497 0.449 0.000 0.292 0.708
#> dkfz_11-071 1 0.0592 0.925 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.7453 0.642 0.700 0.152 0.148
#> dkfz_11-073 2 0.5968 0.401 0.364 0.636 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5621 0.737 0.000 0.692 0.308
#> dkfz_11-091 2 0.5016 0.809 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4504 0.837 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5202 0.786 0.044 0.820 0.136
#> dkfz_11-095 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.2165 0.903 0.000 0.064 0.936
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1964 0.921 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5435 0.813 0.024 0.784 0.192
#> dkfz_11-104 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1860 0.923 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1964 0.921 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1643 0.925 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5435 0.813 0.024 0.784 0.192
#> dkfz_11-115 1 0.2261 0.909 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.3045 0.896 0.020 0.064 0.916
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2165 0.916 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4504 0.837 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2625 0.903 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2356 0.909 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4750 0.832 0.784 0.216 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.4399 0.837 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1163 0.923 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-140 2 0.5435 0.813 0.024 0.784 0.192
#> dkfz_11-141 1 0.1753 0.924 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0592 0.930 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-144 3 0.0592 0.930 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-145 2 0.5016 0.809 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0237 0.933 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-148 2 0.5016 0.809 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-149 3 0.2448 0.890 0.000 0.076 0.924
#> dkfz_11-150 2 0.5016 0.809 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0921 0.883 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-002 4 0.4994 0.216 0.000 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-003 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.5816 0.682 0.224 0.688 0.088 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0469 0.828 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.5816 0.682 0.224 0.688 0.088 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4393 0.813 0.064 0.832 0.016 0.088
#> dkfz_11-012 2 0.5451 0.745 0.172 0.740 0.084 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0707 0.828 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-014 2 0.3945 0.807 0.064 0.852 0.076 0.008
#> dkfz_11-015 2 0.3837 0.611 0.000 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-016 2 0.4635 0.788 0.080 0.796 0.000 0.124
#> dkfz_11-017 4 0.0592 0.890 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-018 4 0.0707 0.891 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-019 2 0.0336 0.828 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.0707 0.891 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-021 3 0.0927 0.955 0.008 0.016 0.976 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.3356 0.812 0.000 0.176 0.000 0.824
#> dkfz_11-023 2 0.5619 0.594 0.320 0.640 0.040 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1042 0.830 0.008 0.972 0.000 0.020
#> dkfz_11-025 2 0.4396 0.794 0.064 0.824 0.104 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.1042 0.830 0.008 0.972 0.000 0.020
#> dkfz_11-027 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0592 0.890 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-029 4 0.0592 0.890 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-030 4 0.0707 0.891 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-031 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0592 0.890 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-033 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.5533 0.709 0.072 0.708 0.000 0.220
#> dkfz_11-035 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0707 0.828 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-037 1 0.3439 0.904 0.868 0.048 0.084 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3198 0.890 0.040 0.080 0.880 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3557 0.900 0.856 0.036 0.108 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.3266 0.913 0.876 0.040 0.084 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.3726 0.783 0.000 0.212 0.000 0.788
#> dkfz_11-045 2 0.4161 0.805 0.076 0.840 0.076 0.008
#> dkfz_11-046 4 0.4250 0.717 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-047 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.5756 0.685 0.224 0.692 0.084 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.2908 0.900 0.040 0.064 0.896 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3931 0.784 0.040 0.832 0.000 0.128
#> dkfz_11-051 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.7207 0.573 0.264 0.592 0.020 0.124
#> dkfz_11-054 2 0.0817 0.826 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-055 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3198 0.890 0.040 0.080 0.880 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0524 0.959 0.008 0.004 0.988 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3198 0.890 0.040 0.080 0.880 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3711 0.767 0.024 0.836 0.000 0.140
#> dkfz_11-062 2 0.4635 0.788 0.080 0.796 0.000 0.124
#> dkfz_11-063 2 0.4635 0.788 0.080 0.796 0.000 0.124
#> dkfz_11-064 2 0.1042 0.830 0.008 0.972 0.000 0.020
#> dkfz_11-065 1 0.3612 0.896 0.856 0.044 0.100 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0921 0.883 0.000 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-067 4 0.0592 0.890 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-068 2 0.0707 0.828 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-069 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.4994 0.216 0.000 0.480 0.000 0.520
#> dkfz_11-071 1 0.2149 0.939 0.912 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.5752 0.655 0.732 0.132 0.008 0.128
#> dkfz_11-073 2 0.6688 0.473 0.368 0.536 0.096 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3711 0.767 0.024 0.836 0.000 0.140
#> dkfz_11-091 2 0.0707 0.828 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-092 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0524 0.959 0.008 0.004 0.988 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3945 0.807 0.064 0.852 0.076 0.008
#> dkfz_11-095 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.3356 0.812 0.000 0.176 0.000 0.824
#> dkfz_11-100 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0657 0.941 0.984 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.4393 0.813 0.064 0.832 0.016 0.088
#> dkfz_11-104 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0336 0.942 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0657 0.941 0.984 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0469 0.942 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4393 0.813 0.064 0.832 0.016 0.088
#> dkfz_11-115 1 0.3557 0.900 0.856 0.036 0.108 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3946 0.811 0.020 0.168 0.000 0.812
#> dkfz_11-118 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0895 0.937 0.976 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0524 0.959 0.008 0.004 0.988 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3612 0.896 0.856 0.044 0.100 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3399 0.906 0.868 0.040 0.092 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1584 0.929 0.036 0.012 0.952 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3024 0.831 0.000 0.148 0.000 0.852
#> dkfz_11-140 2 0.4393 0.813 0.064 0.832 0.016 0.088
#> dkfz_11-141 1 0.0336 0.942 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0707 0.880 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-144 4 0.0817 0.882 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-145 2 0.0707 0.828 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-146 4 0.0592 0.890 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-147 4 0.0707 0.891 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-148 2 0.0707 0.828 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-149 4 0.2281 0.852 0.000 0.096 0.000 0.904
#> dkfz_11-150 2 0.0707 0.828 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-151 1 0.1940 0.944 0.924 0.000 0.076 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.1628 0.895 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056
#> dkfz_11-002 5 0.5435 0.323 0.000 0.428 0.000 0.060 0.512
#> dkfz_11-003 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.5656 0.633 0.148 0.700 0.044 0.000 0.108
#> dkfz_11-006 2 0.1469 0.782 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-007 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-008 2 0.5656 0.633 0.148 0.700 0.044 0.000 0.108
#> dkfz_11-009 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-011 2 0.4135 0.768 0.036 0.828 0.008 0.056 0.072
#> dkfz_11-012 2 0.5146 0.706 0.096 0.744 0.040 0.000 0.120
#> dkfz_11-013 2 0.1579 0.781 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> dkfz_11-014 2 0.3779 0.758 0.032 0.836 0.040 0.000 0.092
#> dkfz_11-015 2 0.4970 0.504 0.000 0.712 0.000 0.148 0.140
#> dkfz_11-016 2 0.4358 0.744 0.052 0.800 0.000 0.108 0.040
#> dkfz_11-017 4 0.0693 0.914 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> dkfz_11-018 4 0.0404 0.920 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1469 0.782 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> dkfz_11-020 4 0.0404 0.920 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.1498 0.937 0.008 0.016 0.952 0.000 0.024
#> dkfz_11-022 5 0.6272 0.632 0.000 0.160 0.000 0.348 0.492
#> dkfz_11-023 2 0.5624 0.529 0.252 0.652 0.024 0.000 0.072
#> dkfz_11-024 2 0.1597 0.788 0.008 0.948 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-025 2 0.4254 0.740 0.032 0.808 0.068 0.000 0.092
#> dkfz_11-026 2 0.1597 0.788 0.008 0.948 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-027 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-028 5 0.4327 0.453 0.000 0.008 0.000 0.360 0.632
#> dkfz_11-029 4 0.3209 0.702 0.000 0.008 0.000 0.812 0.180
#> dkfz_11-030 4 0.0404 0.920 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-032 4 0.0290 0.919 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-034 2 0.5490 0.659 0.044 0.708 0.000 0.168 0.080
#> dkfz_11-035 1 0.1251 0.910 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.1310 0.785 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-037 1 0.3793 0.833 0.840 0.048 0.040 0.000 0.072
#> dkfz_11-038 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-039 3 0.3312 0.869 0.020 0.048 0.864 0.000 0.068
#> dkfz_11-040 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-042 1 0.3667 0.841 0.848 0.040 0.048 0.000 0.064
#> dkfz_11-043 1 0.3658 0.844 0.848 0.040 0.044 0.000 0.068
#> dkfz_11-044 5 0.6406 0.632 0.000 0.188 0.000 0.328 0.484
#> dkfz_11-045 2 0.4026 0.755 0.048 0.824 0.040 0.000 0.088
#> dkfz_11-046 5 0.6374 0.625 0.000 0.208 0.000 0.280 0.512
#> dkfz_11-047 1 0.1251 0.910 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 2 0.5632 0.634 0.148 0.700 0.040 0.000 0.112
#> dkfz_11-049 3 0.3034 0.880 0.020 0.040 0.880 0.000 0.060
#> dkfz_11-050 2 0.3947 0.736 0.020 0.828 0.004 0.096 0.052
#> dkfz_11-051 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-052 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.6913 0.487 0.224 0.596 0.012 0.080 0.088
#> dkfz_11-054 2 0.2036 0.774 0.000 0.920 0.000 0.024 0.056
#> dkfz_11-055 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-056 3 0.3312 0.869 0.020 0.048 0.864 0.000 0.068
#> dkfz_11-057 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0451 0.950 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-060 3 0.3312 0.869 0.020 0.048 0.864 0.000 0.068
#> dkfz_11-061 2 0.3758 0.709 0.008 0.824 0.000 0.112 0.056
#> dkfz_11-062 2 0.4358 0.744 0.052 0.800 0.000 0.108 0.040
#> dkfz_11-063 2 0.4358 0.744 0.052 0.800 0.000 0.108 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.1597 0.788 0.008 0.948 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-065 1 0.3610 0.837 0.852 0.048 0.044 0.000 0.056
#> dkfz_11-066 4 0.1628 0.895 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056
#> dkfz_11-067 4 0.0992 0.906 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> dkfz_11-068 2 0.1310 0.785 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-069 1 0.1251 0.910 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 5 0.5435 0.323 0.000 0.428 0.000 0.060 0.512
#> dkfz_11-071 1 0.1918 0.901 0.928 0.000 0.036 0.000 0.036
#> dkfz_11-072 1 0.6417 0.628 0.656 0.124 0.004 0.084 0.132
#> dkfz_11-073 2 0.6730 0.411 0.292 0.548 0.052 0.000 0.108
#> dkfz_11-074 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3758 0.709 0.008 0.824 0.000 0.112 0.056
#> dkfz_11-091 2 0.1579 0.781 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> dkfz_11-092 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 3 0.0451 0.950 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3779 0.758 0.032 0.836 0.040 0.000 0.092
#> dkfz_11-095 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-096 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-097 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-098 1 0.1251 0.910 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-099 5 0.6272 0.632 0.000 0.160 0.000 0.348 0.492
#> dkfz_11-100 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-101 1 0.2423 0.903 0.896 0.024 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-102 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-103 2 0.4135 0.768 0.036 0.828 0.008 0.056 0.072
#> dkfz_11-104 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-105 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-106 1 0.1251 0.910 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 1 0.2550 0.903 0.892 0.020 0.004 0.000 0.084
#> dkfz_11-108 1 0.2423 0.903 0.896 0.024 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-109 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-110 1 0.1251 0.910 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-112 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-113 1 0.2243 0.907 0.916 0.012 0.016 0.000 0.056
#> dkfz_11-114 2 0.4135 0.768 0.036 0.828 0.008 0.056 0.072
#> dkfz_11-115 1 0.3667 0.841 0.848 0.040 0.048 0.000 0.064
#> dkfz_11-116 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.6728 0.620 0.020 0.152 0.000 0.344 0.484
#> dkfz_11-118 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-119 1 0.1251 0.910 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.2535 0.900 0.892 0.032 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-121 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-123 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-124 3 0.0451 0.950 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3610 0.837 0.852 0.048 0.044 0.000 0.056
#> dkfz_11-126 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-127 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-128 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-129 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-130 1 0.3319 0.851 0.868 0.040 0.040 0.000 0.052
#> dkfz_11-131 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-132 1 0.2526 0.904 0.896 0.012 0.012 0.000 0.080
#> dkfz_11-133 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-134 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-135 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-136 3 0.1799 0.913 0.020 0.012 0.940 0.000 0.028
#> dkfz_11-137 3 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-139 5 0.5504 0.602 0.000 0.132 0.000 0.224 0.644
#> dkfz_11-140 2 0.4135 0.768 0.036 0.828 0.008 0.056 0.072
#> dkfz_11-141 1 0.2586 0.903 0.892 0.012 0.012 0.000 0.084
#> dkfz_11-142 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-143 4 0.1768 0.882 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> dkfz_11-144 4 0.2338 0.864 0.000 0.004 0.000 0.884 0.112
#> dkfz_11-145 2 0.1310 0.785 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-146 5 0.4327 0.453 0.000 0.008 0.000 0.360 0.632
#> dkfz_11-147 4 0.0404 0.920 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1310 0.785 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-149 4 0.3176 0.804 0.000 0.080 0.000 0.856 0.064
#> dkfz_11-150 2 0.1310 0.785 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-151 1 0.1364 0.910 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.2333 0.860 0.040 0.004 0.000 0.896 0.000 0.060
#> dkfz_11-002 6 0.5051 0.322 0.020 0.444 0.000 0.036 0.000 0.500
#> dkfz_11-003 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.4557 0.618 0.336 0.628 0.016 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-006 2 0.0551 0.750 0.008 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.4557 0.618 0.336 0.628 0.016 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-009 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5423 0.710 0.144 0.704 0.008 0.048 0.012 0.084
#> dkfz_11-012 2 0.5148 0.688 0.204 0.692 0.024 0.000 0.052 0.028
#> dkfz_11-013 2 0.0767 0.748 0.008 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-014 2 0.4149 0.720 0.136 0.772 0.024 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-015 2 0.5049 0.498 0.032 0.696 0.000 0.128 0.000 0.144
#> dkfz_11-016 2 0.5533 0.670 0.200 0.648 0.000 0.092 0.000 0.060
#> dkfz_11-017 4 0.1151 0.894 0.000 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> dkfz_11-018 4 0.0914 0.900 0.000 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.0665 0.750 0.008 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.0914 0.900 0.000 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> dkfz_11-021 3 0.1194 0.937 0.032 0.004 0.956 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-022 6 0.5076 0.701 0.016 0.120 0.000 0.196 0.000 0.668
#> dkfz_11-023 2 0.5967 0.524 0.264 0.548 0.016 0.000 0.168 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.0665 0.755 0.008 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-025 2 0.4695 0.698 0.144 0.736 0.052 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-026 2 0.0665 0.755 0.008 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 6 0.3311 0.581 0.004 0.012 0.000 0.204 0.000 0.780
#> dkfz_11-029 4 0.3368 0.673 0.000 0.012 0.000 0.756 0.000 0.232
#> dkfz_11-030 4 0.0914 0.900 0.000 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0909 0.899 0.000 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.6006 0.613 0.220 0.596 0.000 0.112 0.000 0.072
#> dkfz_11-035 5 0.0146 0.863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0405 0.753 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 5 0.3512 0.631 0.248 0.004 0.008 0.000 0.740 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3161 0.879 0.092 0.020 0.852 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-040 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3190 0.667 0.220 0.000 0.008 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3298 0.650 0.236 0.000 0.008 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.5464 0.696 0.032 0.136 0.000 0.188 0.000 0.644
#> dkfz_11-045 2 0.4419 0.717 0.144 0.760 0.024 0.000 0.008 0.064
#> dkfz_11-046 6 0.5570 0.668 0.052 0.144 0.000 0.152 0.000 0.652
#> dkfz_11-047 5 0.0146 0.863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4635 0.620 0.332 0.628 0.016 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-049 3 0.2766 0.889 0.092 0.012 0.868 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-050 2 0.5350 0.684 0.112 0.704 0.008 0.088 0.000 0.088
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.7061 0.460 0.320 0.472 0.004 0.032 0.112 0.060
#> dkfz_11-054 2 0.1942 0.739 0.008 0.916 0.000 0.012 0.000 0.064
#> dkfz_11-055 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3161 0.879 0.092 0.020 0.852 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-057 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0146 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3161 0.879 0.092 0.020 0.852 0.004 0.000 0.032
#> dkfz_11-061 2 0.5252 0.664 0.092 0.708 0.004 0.104 0.000 0.092
#> dkfz_11-062 2 0.5533 0.670 0.200 0.648 0.000 0.092 0.000 0.060
#> dkfz_11-063 2 0.5533 0.670 0.200 0.648 0.000 0.092 0.000 0.060
#> dkfz_11-064 2 0.0665 0.755 0.008 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 5 0.3519 0.648 0.232 0.008 0.008 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2333 0.860 0.040 0.004 0.000 0.896 0.000 0.060
#> dkfz_11-067 4 0.1367 0.886 0.000 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> dkfz_11-068 2 0.0405 0.753 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 5 0.0146 0.863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.5051 0.322 0.020 0.444 0.000 0.036 0.000 0.500
#> dkfz_11-071 5 0.0632 0.843 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.6454 0.417 0.580 0.044 0.008 0.076 0.256 0.036
#> dkfz_11-073 2 0.6289 0.433 0.340 0.476 0.020 0.000 0.156 0.008
#> dkfz_11-074 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5252 0.664 0.092 0.708 0.004 0.104 0.000 0.092
#> dkfz_11-091 2 0.0767 0.748 0.008 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0146 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4149 0.720 0.136 0.772 0.024 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-095 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0146 0.863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.5076 0.701 0.016 0.120 0.000 0.196 0.000 0.668
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.4227 0.845 0.500 0.008 0.004 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5423 0.710 0.144 0.704 0.008 0.048 0.012 0.084
#> dkfz_11-104 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0146 0.863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.4098 0.930 0.548 0.004 0.004 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4227 0.845 0.500 0.008 0.004 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0146 0.863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.3866 -0.802 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5423 0.710 0.144 0.704 0.008 0.048 0.012 0.084
#> dkfz_11-115 5 0.3190 0.667 0.220 0.000 0.008 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5501 0.691 0.016 0.112 0.000 0.196 0.020 0.656
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0146 0.863 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.4394 -0.812 0.484 0.016 0.004 0.000 0.496 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0146 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3519 0.648 0.232 0.008 0.008 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3329 0.664 0.220 0.004 0.008 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3833 0.939 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1757 0.919 0.052 0.008 0.928 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 3 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.3710 0.663 0.004 0.144 0.000 0.064 0.000 0.788
#> dkfz_11-140 2 0.5423 0.710 0.144 0.704 0.008 0.048 0.012 0.084
#> dkfz_11-141 1 0.3810 0.962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.2625 0.841 0.056 0.000 0.000 0.872 0.000 0.072
#> dkfz_11-144 4 0.3202 0.816 0.040 0.000 0.000 0.816 0.000 0.144
#> dkfz_11-145 2 0.0405 0.753 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 6 0.3311 0.581 0.004 0.012 0.000 0.204 0.000 0.780
#> dkfz_11-147 4 0.0914 0.900 0.000 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> dkfz_11-148 2 0.0405 0.753 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 4 0.3425 0.817 0.084 0.032 0.000 0.836 0.000 0.048
#> dkfz_11-150 2 0.0405 0.753 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.1646 0.851 0.000 0.004 0.000 0.928 0.040 0.000 0.028
#> dkfz_11-002 2 0.4112 -0.189 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.028 0.460
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.6131 0.280 0.060 0.336 0.000 0.000 0.164 0.440 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1536 0.658 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.060 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.6131 0.280 0.060 0.336 0.000 0.000 0.164 0.440 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4601 0.618 0.020 0.176 0.000 0.032 0.008 0.724 0.040
#> dkfz_11-012 6 0.5359 0.540 0.056 0.216 0.000 0.000 0.092 0.628 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0990 0.663 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4615 0.518 0.016 0.236 0.000 0.000 0.028 0.680 0.040
#> dkfz_11-015 2 0.5560 0.270 0.000 0.656 0.000 0.108 0.024 0.112 0.100
#> dkfz_11-016 6 0.5731 0.603 0.036 0.116 0.000 0.060 0.060 0.680 0.048
#> dkfz_11-017 4 0.1697 0.888 0.000 0.004 0.000 0.912 0.000 0.004 0.080
#> dkfz_11-018 4 0.1591 0.894 0.000 0.008 0.000 0.924 0.000 0.004 0.064
#> dkfz_11-019 2 0.1851 0.651 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.064 0.020
#> dkfz_11-020 4 0.1591 0.894 0.000 0.008 0.000 0.924 0.000 0.004 0.064
#> dkfz_11-021 3 0.1330 0.928 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.5508 0.784 0.000 0.088 0.000 0.128 0.004 0.148 0.632
#> dkfz_11-023 6 0.5611 0.514 0.128 0.084 0.000 0.000 0.188 0.600 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2734 0.650 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.5038 0.512 0.016 0.216 0.024 0.000 0.028 0.676 0.040
#> dkfz_11-026 2 0.2734 0.650 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 7 0.2398 0.662 0.000 0.004 0.000 0.132 0.004 0.004 0.856
#> dkfz_11-029 4 0.3321 0.661 0.000 0.004 0.000 0.708 0.000 0.004 0.284
#> dkfz_11-030 4 0.1591 0.894 0.000 0.008 0.000 0.924 0.000 0.004 0.064
#> dkfz_11-031 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1542 0.893 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-033 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.6639 0.552 0.036 0.112 0.000 0.132 0.104 0.584 0.032
#> dkfz_11-035 5 0.3139 0.923 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2708 0.659 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3763 0.712 0.188 0.004 0.000 0.000 0.744 0.064 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3192 0.871 0.016 0.004 0.824 0.000 0.012 0.132 0.012
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3740 0.743 0.192 0.004 0.000 0.000 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3605 0.729 0.196 0.004 0.000 0.000 0.752 0.048 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.5719 0.771 0.000 0.088 0.000 0.124 0.004 0.184 0.600
#> dkfz_11-045 6 0.4885 0.521 0.024 0.236 0.000 0.000 0.036 0.664 0.040
#> dkfz_11-046 7 0.5897 0.730 0.000 0.076 0.000 0.116 0.032 0.160 0.616
#> dkfz_11-047 5 0.3139 0.923 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.6104 0.289 0.060 0.332 0.000 0.000 0.160 0.448 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.2842 0.881 0.016 0.000 0.840 0.000 0.008 0.128 0.008
#> dkfz_11-050 6 0.4243 0.593 0.008 0.116 0.000 0.068 0.000 0.760 0.048
#> dkfz_11-051 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.6960 0.486 0.076 0.088 0.000 0.068 0.236 0.512 0.020
#> dkfz_11-054 2 0.3799 0.563 0.000 0.788 0.000 0.008 0.020 0.112 0.072
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3192 0.871 0.016 0.004 0.824 0.000 0.012 0.132 0.012
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0504 0.947 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3192 0.871 0.016 0.004 0.824 0.000 0.012 0.132 0.012
#> dkfz_11-061 6 0.4325 0.570 0.000 0.120 0.000 0.080 0.004 0.748 0.048
#> dkfz_11-062 6 0.5731 0.603 0.036 0.116 0.000 0.060 0.060 0.680 0.048
#> dkfz_11-063 6 0.5731 0.603 0.036 0.116 0.000 0.060 0.060 0.680 0.048
#> dkfz_11-064 2 0.2734 0.650 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3943 0.727 0.200 0.004 0.000 0.000 0.724 0.072 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1646 0.851 0.000 0.004 0.000 0.928 0.040 0.000 0.028
#> dkfz_11-067 4 0.1842 0.880 0.000 0.004 0.000 0.900 0.000 0.004 0.092
#> dkfz_11-068 2 0.2708 0.659 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3139 0.923 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4114 -0.197 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.028 0.464
#> dkfz_11-071 5 0.3234 0.906 0.272 0.000 0.000 0.000 0.720 0.008 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.6327 0.452 0.564 0.008 0.000 0.092 0.200 0.116 0.020
#> dkfz_11-073 6 0.6703 0.346 0.136 0.184 0.004 0.000 0.232 0.444 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4325 0.570 0.000 0.120 0.000 0.080 0.004 0.748 0.048
#> dkfz_11-091 2 0.0990 0.663 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0504 0.947 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4615 0.518 0.016 0.236 0.000 0.000 0.028 0.680 0.040
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3156 0.919 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.5508 0.784 0.000 0.088 0.000 0.128 0.004 0.148 0.632
#> dkfz_11-100 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1659 0.873 0.916 0.000 0.000 0.000 0.072 0.012 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4601 0.618 0.020 0.176 0.000 0.032 0.008 0.724 0.040
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3139 0.923 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0895 0.930 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1659 0.873 0.916 0.000 0.000 0.000 0.072 0.012 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3173 0.915 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1671 0.833 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4601 0.618 0.020 0.176 0.000 0.032 0.008 0.724 0.040
#> dkfz_11-115 5 0.3740 0.743 0.192 0.004 0.000 0.000 0.744 0.060 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.5874 0.776 0.020 0.088 0.000 0.128 0.004 0.136 0.624
#> dkfz_11-118 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.3139 0.923 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2312 0.819 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0134 0.956 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0504 0.947 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3943 0.727 0.200 0.004 0.000 0.000 0.724 0.072 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3873 0.741 0.212 0.004 0.000 0.000 0.724 0.060 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0504 0.941 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1897 0.912 0.016 0.000 0.900 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.2486 0.618 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.004 0.836
#> dkfz_11-140 6 0.4601 0.618 0.020 0.176 0.000 0.032 0.008 0.724 0.040
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.2006 0.830 0.000 0.000 0.000 0.900 0.064 0.000 0.036
#> dkfz_11-144 4 0.2722 0.804 0.000 0.000 0.000 0.840 0.040 0.000 0.120
#> dkfz_11-145 2 0.2708 0.659 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.2398 0.662 0.000 0.004 0.000 0.132 0.004 0.004 0.856
#> dkfz_11-147 4 0.1591 0.894 0.000 0.008 0.000 0.924 0.000 0.004 0.064
#> dkfz_11-148 2 0.2708 0.659 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.2958 0.811 0.000 0.012 0.000 0.860 0.048 0.060 0.020
#> dkfz_11-150 2 0.2708 0.659 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3122 0.925 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.3009 0.8363 0.104 0.000 0.000 0.828 0.000 0.016 0.004 0.048
#> dkfz_11-002 2 0.5582 -0.1591 0.000 0.452 0.000 0.028 0.000 0.072 0.400 0.048
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.4135 0.1876 0.012 0.356 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.040
#> dkfz_11-006 2 0.0681 0.6799 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.4135 0.1876 0.012 0.356 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.040
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.6410 0.2071 0.008 0.108 0.000 0.020 0.004 0.404 0.092 0.364
#> dkfz_11-012 6 0.4604 0.4745 0.000 0.196 0.000 0.000 0.052 0.680 0.012 0.060
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.6873 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4822 0.4919 0.008 0.216 0.000 0.000 0.000 0.648 0.064 0.064
#> dkfz_11-015 2 0.4714 0.3109 0.008 0.608 0.000 0.032 0.000 0.048 0.300 0.004
#> dkfz_11-016 8 0.3745 0.7101 0.016 0.012 0.000 0.032 0.000 0.100 0.044 0.796
#> dkfz_11-017 4 0.0471 0.8794 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0125 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0808 0.6764 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0125 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.1365 0.9285 0.008 0.000 0.928 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.2808 0.7431 0.000 0.008 0.000 0.064 0.000 0.000 0.836 0.092
#> dkfz_11-023 6 0.5428 -0.0277 0.020 0.012 0.000 0.000 0.148 0.492 0.000 0.328
#> dkfz_11-024 2 0.2539 0.6897 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.012
#> dkfz_11-025 6 0.5269 0.4763 0.016 0.188 0.024 0.000 0.000 0.648 0.064 0.060
#> dkfz_11-026 2 0.2539 0.6897 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.012
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 7 0.5467 0.6328 0.004 0.000 0.000 0.200 0.000 0.088 0.580 0.128
#> dkfz_11-029 4 0.3573 0.6677 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.044 0.136 0.044
#> dkfz_11-030 4 0.0125 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0224 0.8844 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.4382 0.6086 0.116 0.012 0.000 0.036 0.000 0.104 0.004 0.728
#> dkfz_11-035 5 0.0125 0.9316 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2448 0.6993 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 5 0.3554 0.7066 0.012 0.000 0.000 0.000 0.728 0.224 0.000 0.036
#> dkfz_11-038 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.2852 0.8713 0.028 0.000 0.824 0.000 0.000 0.132 0.016 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3099 0.7438 0.008 0.000 0.000 0.000 0.760 0.216 0.000 0.016
#> dkfz_11-043 5 0.3387 0.7277 0.012 0.000 0.000 0.000 0.744 0.216 0.000 0.028
#> dkfz_11-044 7 0.3203 0.7222 0.000 0.008 0.000 0.056 0.000 0.020 0.820 0.096
#> dkfz_11-045 6 0.5064 0.4906 0.012 0.216 0.000 0.000 0.008 0.640 0.064 0.060
#> dkfz_11-046 7 0.2746 0.6870 0.028 0.008 0.000 0.036 0.000 0.068 0.860 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0125 0.9316 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.4072 0.1969 0.012 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.036
#> dkfz_11-049 3 0.2616 0.8817 0.028 0.000 0.840 0.000 0.000 0.124 0.008 0.000
#> dkfz_11-050 8 0.5719 -0.1377 0.008 0.012 0.000 0.008 0.000 0.372 0.204 0.396
#> dkfz_11-051 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 8 0.5616 0.4711 0.084 0.008 0.000 0.004 0.108 0.204 0.004 0.588
#> dkfz_11-054 2 0.2742 0.5866 0.000 0.828 0.000 0.004 0.000 0.040 0.128 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.2852 0.8713 0.028 0.000 0.824 0.000 0.000 0.132 0.016 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0471 0.9473 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.2852 0.8713 0.028 0.000 0.824 0.000 0.000 0.132 0.016 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.5547 -0.0395 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.384 0.236 0.364
#> dkfz_11-062 8 0.3745 0.7101 0.016 0.012 0.000 0.032 0.000 0.100 0.044 0.796
#> dkfz_11-063 8 0.3745 0.7101 0.016 0.012 0.000 0.032 0.000 0.100 0.044 0.796
#> dkfz_11-064 2 0.2539 0.6897 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.3369 0.7273 0.012 0.000 0.000 0.000 0.740 0.224 0.000 0.024
#> dkfz_11-066 4 0.3009 0.8363 0.104 0.000 0.000 0.828 0.000 0.016 0.004 0.048
#> dkfz_11-067 4 0.0681 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2448 0.6993 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.012
#> dkfz_11-069 5 0.0125 0.9316 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5584 -0.1686 0.000 0.448 0.000 0.028 0.000 0.072 0.404 0.048
#> dkfz_11-071 5 0.0544 0.9148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.5490 0.3714 0.596 0.000 0.000 0.008 0.168 0.108 0.000 0.120
#> dkfz_11-073 6 0.5365 0.2850 0.012 0.204 0.004 0.000 0.144 0.596 0.000 0.040
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.5547 -0.0395 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.384 0.236 0.364
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.6873 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0471 0.9473 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4822 0.4919 0.008 0.216 0.000 0.000 0.000 0.648 0.064 0.064
#> dkfz_11-095 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0471 0.9201 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.2808 0.7431 0.000 0.008 0.000 0.064 0.000 0.000 0.836 0.092
#> dkfz_11-100 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2999 0.8860 0.756 0.000 0.000 0.000 0.228 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.6410 0.2071 0.008 0.108 0.000 0.020 0.004 0.404 0.092 0.364
#> dkfz_11-104 1 0.2114 0.9559 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0125 0.9316 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2661 0.9283 0.800 0.000 0.000 0.000 0.188 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.2999 0.8860 0.756 0.000 0.000 0.000 0.228 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0745 0.9050 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2869 0.8231 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.6410 0.2071 0.008 0.108 0.000 0.020 0.004 0.404 0.092 0.364
#> dkfz_11-115 5 0.3099 0.7438 0.008 0.000 0.000 0.000 0.760 0.216 0.000 0.016
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.3218 0.7391 0.016 0.008 0.000 0.060 0.004 0.000 0.824 0.088
#> dkfz_11-118 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0125 0.9316 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3577 0.8253 0.700 0.000 0.000 0.000 0.264 0.024 0.000 0.012
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2114 0.9560 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0471 0.9473 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3369 0.7273 0.012 0.000 0.000 0.000 0.740 0.224 0.000 0.024
#> dkfz_11-126 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0125 0.9320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3273 0.7457 0.012 0.000 0.000 0.000 0.756 0.208 0.000 0.024
#> dkfz_11-131 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2267 0.9406 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1563 0.9131 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2114 0.9559 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.5759 0.5902 0.004 0.156 0.000 0.028 0.000 0.088 0.596 0.128
#> dkfz_11-140 6 0.6410 0.2071 0.008 0.108 0.000 0.020 0.004 0.404 0.092 0.364
#> dkfz_11-141 1 0.2082 0.9582 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.3483 0.8184 0.112 0.000 0.000 0.792 0.000 0.024 0.004 0.068
#> dkfz_11-144 4 0.4347 0.7938 0.104 0.000 0.000 0.736 0.000 0.016 0.084 0.060
#> dkfz_11-145 2 0.2448 0.6993 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.012
#> dkfz_11-146 7 0.5467 0.6328 0.004 0.000 0.000 0.200 0.000 0.088 0.580 0.128
#> dkfz_11-147 4 0.0125 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2448 0.6993 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.012
#> dkfz_11-149 4 0.3740 0.7907 0.096 0.000 0.000 0.768 0.000 0.036 0.000 0.100
#> dkfz_11-150 2 0.2448 0.6993 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.012
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.5583 -0.0602 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.036 0.096 0.052 0.372
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0764 0.9272 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.3285 0.8604 0.000 0.224 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0786 0.6107 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0764 0.9277 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.3285 0.8604 0.000 0.224 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0706 0.9274 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3105 0.5642 0.008 0.084 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028 0.052 0.004
#> dkfz_11-012 6 0.5852 0.4103 0.004 0.112 0.000 0.000 0.084 0.420 0.020 0.360 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.6215 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.5267 0.5037 0.008 0.120 0.000 0.000 0.000 0.452 0.044 0.376 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.5426 0.2812 0.004 0.600 0.000 0.012 0.000 0.124 0.172 0.076 0.012
#> dkfz_11-016 7 0.3425 0.6131 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.392 0.592 0.012 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.2226 0.8807 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-018 4 0.2118 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-019 2 0.0928 0.6043 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.012 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.2118 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-021 3 0.1708 0.9144 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008 0.016 0.068 0.000
#> dkfz_11-022 9 0.6164 0.5671 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.252 0.312 0.096 0.328
#> dkfz_11-023 6 0.4804 0.2698 0.008 0.000 0.000 0.000 0.172 0.608 0.028 0.184 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2758 0.6138 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.5318 0.5036 0.008 0.092 0.004 0.000 0.000 0.448 0.056 0.392 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.2758 0.6138 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0706 0.9274 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.0581 0.4557 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-029 4 0.3055 0.6777 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-030 4 0.2118 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-031 5 0.0706 0.9274 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2145 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-033 5 0.0706 0.9274 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.5238 0.5376 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.284 0.496 0.020 0.012
#> dkfz_11-035 5 0.0764 0.9278 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2683 0.6295 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2895 0.6829 0.004 0.000 0.000 0.000 0.752 0.008 0.004 0.232 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3283 0.8561 0.004 0.000 0.804 0.000 0.000 0.032 0.056 0.100 0.004
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2531 0.7313 0.004 0.000 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2535 0.7071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-044 9 0.6188 0.5426 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.288 0.296 0.096 0.308
#> dkfz_11-045 6 0.5455 0.4916 0.008 0.120 0.000 0.000 0.008 0.436 0.044 0.384 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.6332 -0.6045 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000 0.176 0.368 0.128 0.308
#> dkfz_11-047 5 0.0764 0.9278 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.3414 0.8564 0.000 0.220 0.000 0.000 0.036 0.016 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.3008 0.8661 0.004 0.000 0.820 0.000 0.000 0.028 0.048 0.100 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1852 0.4577 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.904 0.056 0.032 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.7103 0.3843 0.000 0.000 0.000 0.112 0.120 0.264 0.336 0.156 0.012
#> dkfz_11-054 2 0.3134 0.5106 0.004 0.828 0.000 0.004 0.000 0.044 0.084 0.024 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3283 0.8561 0.004 0.000 0.804 0.000 0.000 0.032 0.056 0.100 0.004
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0492 0.9408 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3283 0.8561 0.004 0.000 0.804 0.000 0.000 0.032 0.056 0.100 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.1757 0.4669 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.908 0.064 0.020 0.004
#> dkfz_11-062 7 0.3425 0.6131 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.392 0.592 0.012 0.000
#> dkfz_11-063 7 0.3425 0.6131 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.392 0.592 0.012 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.2758 0.6138 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2837 0.7120 0.008 0.000 0.000 0.000 0.768 0.012 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2302 0.8744 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-068 2 0.2683 0.6295 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0764 0.9278 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5628 -0.0711 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.040 0.096 0.052 0.372
#> dkfz_11-071 5 0.0887 0.9114 0.024 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.6375 0.3664 0.544 0.000 0.000 0.116 0.136 0.084 0.032 0.084 0.004
#> dkfz_11-073 8 0.3596 0.6605 0.000 0.072 0.004 0.000 0.172 0.012 0.000 0.740 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1757 0.4669 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.908 0.064 0.020 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.6215 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0706 0.9274 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0492 0.9408 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.5267 0.5037 0.008 0.120 0.000 0.000 0.000 0.452 0.044 0.376 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0446 0.9515 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1224 0.9016 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 9 0.6164 0.5671 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.252 0.312 0.096 0.328
#> dkfz_11-100 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1886 0.8726 0.884 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3105 0.5642 0.008 0.084 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028 0.052 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0581 0.9477 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0764 0.9278 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1310 0.9199 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1886 0.8726 0.884 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1439 0.8833 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2060 0.7920 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3105 0.5642 0.008 0.084 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028 0.052 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.2531 0.7313 0.004 0.000 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 9 0.6492 0.5603 0.020 0.000 0.000 0.012 0.000 0.240 0.304 0.096 0.328
#> dkfz_11-118 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0764 0.9278 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2719 0.8075 0.824 0.000 0.000 0.000 0.136 0.020 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0446 0.9515 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0706 0.9435 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0492 0.9408 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2837 0.7120 0.008 0.000 0.000 0.000 0.768 0.012 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0446 0.9515 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0821 0.9273 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2764 0.7286 0.012 0.000 0.000 0.000 0.780 0.008 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0446 0.9515 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0821 0.9348 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0446 0.9515 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2045 0.9001 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.016 0.016 0.084 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0515 0.9490 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.2202 0.4115 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.836
#> dkfz_11-140 6 0.3105 0.5642 0.008 0.084 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028 0.052 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.0373 0.9517 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0764 0.9280 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0879 0.8197 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.008 0.012
#> dkfz_11-144 4 0.1398 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-145 2 0.2683 0.6295 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.0581 0.4557 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-147 4 0.2118 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-148 2 0.2683 0.6295 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1980 0.7821 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.064 0.028 0.008 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.2683 0.6295 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0706 0.9274 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.2785 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.024 0.052 0.104
#> dkfz_11-002 2 0.4942 0.0355 0.000 0.432 0.000 0.020 0.000 0.000 0.332 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0113 0.9123 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 8 0.4068 0.6454 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0693 0.6088 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0113 0.9129 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.4068 0.6454 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.600 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5981 0.6440 0.008 0.036 0.000 0.000 0.000 0.488 0.168 0.152 0.000 0.148
#> dkfz_11-012 6 0.2577 0.4321 0.000 0.028 0.000 0.000 0.020 0.828 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0113 0.6191 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0909 0.5353 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4510 0.2715 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.012 0.264 0.020 0.112 0.000
#> dkfz_11-016 10 0.1628 0.8163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-017 4 0.0282 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0113 0.8712 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 2 0.0729 0.6040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0113 0.8712 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 3 0.2468 0.8753 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.076 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.0820 0.9158 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-023 8 0.5573 -0.4339 0.008 0.000 0.000 0.000 0.084 0.380 0.004 0.380 0.000 0.144
#> dkfz_11-024 2 0.3033 0.6219 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0773 0.5288 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.3033 0.6219 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.2330 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.004 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.2353 0.6071 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.004 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0113 0.8712 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 10 0.1869 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.020 0.040 0.904
#> dkfz_11-035 5 0.0113 0.9129 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2760 0.6355 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3242 0.5924 0.004 0.000 0.000 0.000 0.648 0.008 0.000 0.332 0.000 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3731 0.8168 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.128 0.004 0.120 0.016 0.004
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3135 0.6514 0.012 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012 0.000 0.288 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2760 0.6200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0952 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016 0.960 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-045 6 0.1244 0.5211 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.940 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.3000 0.7351 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.800 0.044 0.128 0.004
#> dkfz_11-047 5 0.0113 0.9129 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.4073 0.6450 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.596 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.3490 0.8271 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.128 0.000 0.112 0.012 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.5639 0.5703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.268 0.152 0.004 0.140
#> dkfz_11-051 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 10 0.4030 0.5296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.012 0.000 0.188 0.024 0.688
#> dkfz_11-054 2 0.2736 0.5095 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056 0.008 0.112 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3731 0.8168 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.128 0.004 0.120 0.016 0.004
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1405 0.8996 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3731 0.8168 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.128 0.004 0.120 0.016 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.5439 0.5591 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.300 0.156 0.004 0.092
#> dkfz_11-062 10 0.1628 0.8163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-063 10 0.1628 0.8163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-064 2 0.3033 0.6219 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3455 0.6286 0.016 0.000 0.000 0.000 0.668 0.020 0.000 0.292 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.2785 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.024 0.052 0.104
#> dkfz_11-067 4 0.0492 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.2760 0.6355 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0113 0.9129 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4946 0.0283 0.000 0.428 0.000 0.020 0.000 0.000 0.336 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0605 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.5811 0.3343 0.540 0.000 0.000 0.000 0.128 0.024 0.004 0.104 0.024 0.176
#> dkfz_11-073 8 0.3565 0.5933 0.000 0.000 0.004 0.000 0.068 0.256 0.000 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.5439 0.5591 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.300 0.156 0.004 0.092
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.6183 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1405 0.8996 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0909 0.5353 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0113 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0729 0.8877 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0820 0.9158 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1716 0.8656 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088 0.008 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5981 0.6440 0.008 0.036 0.000 0.000 0.000 0.488 0.168 0.152 0.000 0.148
#> dkfz_11-104 1 0.0356 0.9426 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0113 0.9129 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1121 0.9142 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.1716 0.8656 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088 0.008 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1124 0.8599 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1966 0.7653 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5981 0.6440 0.008 0.036 0.000 0.000 0.000 0.488 0.168 0.152 0.000 0.148
#> dkfz_11-115 5 0.3135 0.6514 0.012 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012 0.000 0.288 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.1242 0.9023 0.020 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.944 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-118 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.9129 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2593 0.8027 0.836 0.000 0.000 0.000 0.116 0.016 0.000 0.020 0.000 0.012
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0113 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0492 0.9380 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.1405 0.8996 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.3455 0.6286 0.016 0.000 0.000 0.000 0.668 0.020 0.000 0.292 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0113 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0202 0.9126 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3269 0.6563 0.020 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008 0.000 0.280 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.0113 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0615 0.9297 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0113 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2665 0.8644 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.092 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0282 0.9441 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.2435 0.6903 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.5981 0.6440 0.008 0.036 0.000 0.000 0.000 0.488 0.168 0.152 0.000 0.148
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9482 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0113 0.9131 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.3132 0.7989 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.032 0.060 0.120
#> dkfz_11-144 4 0.3505 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.024 0.132 0.100
#> dkfz_11-145 2 0.2760 0.6355 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.2330 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.004 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0113 0.8712 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.2760 0.6355 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3345 0.7612 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.004 0.028 0.028 0.184
#> dkfz_11-150 2 0.2760 0.6355 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:hclust 127 4.55e-20 1.48e-05 2
#> MAD:hclust 132 8.13e-31 3.27e-05 3
#> MAD:hclust 133 1.08e-53 5.70e-27 4
#> MAD:hclust 130 1.30e-59 3.93e-25 5
#> MAD:hclust 128 1.28e-58 4.54e-28 6
#> MAD:hclust 127 1.79e-71 1.73e-26 7
#> MAD:hclust 114 3.38e-59 5.57e-23 8
#> MAD:hclust 121 1.71e-67 2.48e-24 9
#> MAD:hclust 130 1.68e-68 1.13e-24 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.967 0.974 0.4868 0.505 0.505
#> 3 3 0.696 0.861 0.862 0.2860 0.828 0.673
#> 4 4 0.727 0.799 0.824 0.1372 0.909 0.764
#> 5 5 0.805 0.860 0.875 0.0975 0.892 0.648
#> 6 6 0.814 0.837 0.883 0.0475 0.926 0.668
#> 7 7 0.895 0.738 0.834 0.0298 0.979 0.879
#> 8 8 0.860 0.724 0.829 0.0198 0.969 0.814
#> 9 9 0.844 0.659 0.787 0.0171 0.974 0.828
#> 10 10 0.845 0.603 0.781 0.0126 0.978 0.843
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-002 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-003 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-006 2 0.1843 0.975 0.028 0.972
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-009 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-012 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-014 2 0.2043 0.978 0.032 0.968
#> dkfz_11-015 2 0.1843 0.975 0.028 0.972
#> dkfz_11-016 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-017 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-018 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-019 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-020 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-021 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-022 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-025 2 0.0938 0.948 0.012 0.988
#> dkfz_11-026 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-029 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-030 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-045 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1843 0.975 0.028 0.972
#> dkfz_11-049 1 0.5842 0.871 0.860 0.140
#> dkfz_11-050 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-053 1 0.6438 0.790 0.836 0.164
#> dkfz_11-054 2 0.1843 0.975 0.028 0.972
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-058 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-062 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-063 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-064 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-067 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-068 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0672 0.984 0.992 0.008
#> dkfz_11-074 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-075 2 0.1843 0.975 0.028 0.972
#> dkfz_11-091 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-094 2 0.1843 0.975 0.028 0.972
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.9954 0.224 0.460 0.540
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-117 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.9996 0.129 0.488 0.512
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-137 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-140 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-144 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-145 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-146 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-147 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-148 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-149 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-150 2 0.2236 0.980 0.036 0.964
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-002 2 0.2537 0.867 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-003 3 0.5810 0.739 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1860 0.855 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-006 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-007 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-008 2 0.1860 0.855 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-009 3 0.5591 0.766 0.304 0.000 0.696
#> dkfz_11-010 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-011 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-012 3 0.7059 0.773 0.092 0.192 0.716
#> dkfz_11-013 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-014 2 0.3340 0.791 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-015 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-016 2 0.2448 0.867 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-017 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-018 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-019 2 0.1289 0.867 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-020 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-021 3 0.5988 0.796 0.056 0.168 0.776
#> dkfz_11-022 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-023 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-024 2 0.1860 0.855 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-025 3 0.4931 0.729 0.000 0.232 0.768
#> dkfz_11-026 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-027 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-028 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-029 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-030 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-031 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-032 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-033 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-034 2 0.2796 0.865 0.000 0.908 0.092
#> dkfz_11-035 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-036 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-037 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-038 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-039 3 0.4887 0.733 0.000 0.228 0.772
#> dkfz_11-040 3 0.5397 0.779 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-041 1 0.0424 0.934 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-043 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-044 2 0.3267 0.863 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-045 3 0.6252 0.814 0.084 0.144 0.772
#> dkfz_11-046 2 0.3038 0.864 0.000 0.896 0.104
#> dkfz_11-047 1 0.0592 0.935 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-048 2 0.3752 0.765 0.000 0.856 0.144
#> dkfz_11-049 3 0.4750 0.745 0.000 0.216 0.784
#> dkfz_11-050 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-051 1 0.0424 0.934 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-052 3 0.5404 0.796 0.256 0.004 0.740
#> dkfz_11-053 1 0.8628 0.201 0.544 0.340 0.116
#> dkfz_11-054 2 0.1529 0.859 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-055 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-056 3 0.4887 0.733 0.000 0.228 0.772
#> dkfz_11-057 3 0.5397 0.779 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-058 3 0.6271 0.816 0.088 0.140 0.772
#> dkfz_11-059 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-060 3 0.4931 0.729 0.000 0.232 0.768
#> dkfz_11-061 2 0.2959 0.815 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-062 2 0.2448 0.867 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-063 2 0.2448 0.867 0.000 0.924 0.076
#> dkfz_11-064 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-065 1 0.1753 0.929 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-066 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-067 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-068 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-069 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-070 2 0.2537 0.867 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-071 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-072 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-073 3 0.6208 0.810 0.076 0.152 0.772
#> dkfz_11-074 3 0.5810 0.739 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-075 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-091 2 0.2537 0.867 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-092 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-093 3 0.6059 0.817 0.188 0.048 0.764
#> dkfz_11-094 2 0.6308 -0.132 0.000 0.508 0.492
#> dkfz_11-095 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-096 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-097 1 0.3918 0.881 0.868 0.012 0.120
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-100 1 0.0747 0.933 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-101 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-102 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-103 2 0.3482 0.782 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-104 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-107 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-108 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-109 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-115 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-116 3 0.5678 0.751 0.316 0.000 0.684
#> dkfz_11-117 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-118 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-119 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-120 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-121 3 0.5397 0.779 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-122 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-123 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-124 3 0.5201 0.795 0.236 0.004 0.760
#> dkfz_11-125 1 0.2537 0.928 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-126 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-127 1 0.2945 0.922 0.908 0.004 0.088
#> dkfz_11-128 1 0.1529 0.933 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-129 1 0.0424 0.934 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-131 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-132 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-133 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-134 1 0.1643 0.933 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-135 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-136 3 0.6243 0.821 0.100 0.124 0.776
#> dkfz_11-137 3 0.5810 0.739 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-138 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-139 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-140 2 0.1964 0.852 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-141 1 0.2537 0.930 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-142 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-143 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-144 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-145 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-146 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-147 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-148 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-149 2 0.4654 0.846 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-150 2 0.1753 0.857 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-151 1 0.0892 0.932 0.980 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-002 2 0.2546 0.7566 0.000 0.900 0.008 0.092
#> dkfz_11-003 3 0.0707 0.9076 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.5010 0.7894 0.700 0.000 0.024 0.276
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0336 0.9154 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-011 2 0.0188 0.8445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.4911 0.4537 0.008 0.704 0.280 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0188 0.8445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.0188 0.8445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-016 2 0.4720 0.4350 0.016 0.720 0.000 0.264
#> dkfz_11-017 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-018 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-019 2 0.1356 0.8195 0.000 0.960 0.008 0.032
#> dkfz_11-020 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-021 3 0.1807 0.9016 0.008 0.052 0.940 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-023 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0188 0.8445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.5461 -0.0726 0.008 0.508 0.480 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-028 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-029 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-030 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-031 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-032 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-033 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-034 4 0.4941 0.6875 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-035 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3833 0.7846 0.848 0.000 0.072 0.080
#> dkfz_11-038 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3032 0.8418 0.008 0.124 0.868 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0592 0.9178 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.6499 0.7777 0.612 0.000 0.112 0.276
#> dkfz_11-042 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-043 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-044 4 0.5161 0.7750 0.000 0.400 0.008 0.592
#> dkfz_11-045 3 0.4917 0.5408 0.008 0.336 0.656 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.5150 0.7820 0.000 0.396 0.008 0.596
#> dkfz_11-047 1 0.4910 0.7894 0.704 0.000 0.020 0.276
#> dkfz_11-048 2 0.1305 0.8182 0.000 0.960 0.036 0.004
#> dkfz_11-049 3 0.2918 0.8473 0.008 0.116 0.876 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2408 0.7655 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-051 1 0.6293 0.7808 0.628 0.000 0.096 0.276
#> dkfz_11-052 3 0.0592 0.9178 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.7010 0.2568 0.584 0.292 0.012 0.112
#> dkfz_11-054 2 0.0336 0.8422 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3032 0.8418 0.008 0.124 0.868 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0592 0.9178 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1722 0.9041 0.008 0.048 0.944 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.4923 0.5811 0.008 0.304 0.684 0.004
#> dkfz_11-061 2 0.2860 0.7645 0.008 0.888 0.004 0.100
#> dkfz_11-062 2 0.4720 0.4350 0.016 0.720 0.000 0.264
#> dkfz_11-063 2 0.4720 0.4350 0.016 0.720 0.000 0.264
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-066 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-067 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-070 2 0.2480 0.7620 0.000 0.904 0.008 0.088
#> dkfz_11-071 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-072 1 0.1677 0.7864 0.948 0.000 0.012 0.040
#> dkfz_11-073 2 0.4836 0.3819 0.008 0.672 0.320 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0707 0.9076 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.2408 0.7655 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-091 2 0.2546 0.7566 0.000 0.900 0.008 0.092
#> dkfz_11-092 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-093 3 0.0672 0.9171 0.008 0.008 0.984 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3668 0.6526 0.000 0.808 0.188 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0804 0.7773 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-098 1 0.5010 0.7894 0.700 0.000 0.024 0.276
#> dkfz_11-099 4 0.4594 0.9613 0.000 0.280 0.008 0.712
#> dkfz_11-100 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-101 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5642 0.4892 0.292 0.668 0.012 0.028
#> dkfz_11-104 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.5366 0.7884 0.684 0.000 0.040 0.276
#> dkfz_11-106 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-107 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.5282 0.7888 0.688 0.000 0.036 0.276
#> dkfz_11-111 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-112 1 0.5366 0.7884 0.684 0.000 0.040 0.276
#> dkfz_11-113 1 0.1059 0.7863 0.972 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-114 2 0.1389 0.8187 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-115 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-116 3 0.0336 0.9154 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-118 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-119 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-120 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0592 0.9178 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0592 0.9178 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.6595 0.7756 0.604 0.000 0.120 0.276
#> dkfz_11-126 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0937 0.7746 0.976 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.0336 0.7839 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.6499 0.7777 0.612 0.000 0.112 0.276
#> dkfz_11-130 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-131 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0188 0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1722 0.9041 0.008 0.048 0.944 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0707 0.9076 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4594 0.9613 0.000 0.280 0.008 0.712
#> dkfz_11-140 2 0.2408 0.7655 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-141 1 0.0469 0.7826 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
#> dkfz_11-143 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-144 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.4594 0.9613 0.000 0.280 0.008 0.712
#> dkfz_11-147 4 0.4277 0.9655 0.000 0.280 0.000 0.720
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4250 0.9651 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8456 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.6548 0.7766 0.608 0.000 0.116 0.276
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0960 0.938 0.000 0.008 0.004 0.972 0.016
#> dkfz_11-002 2 0.3700 0.773 0.000 0.832 0.008 0.084 0.076
#> dkfz_11-003 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-004 5 0.3885 0.973 0.268 0.000 0.000 0.008 0.724
#> dkfz_11-005 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0898 0.824 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-007 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-008 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-010 5 0.3635 0.991 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> dkfz_11-011 2 0.3282 0.786 0.000 0.804 0.008 0.000 0.188
#> dkfz_11-012 2 0.3016 0.802 0.000 0.848 0.020 0.000 0.132
#> dkfz_11-013 2 0.0798 0.825 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-014 2 0.2358 0.817 0.000 0.888 0.008 0.000 0.104
#> dkfz_11-015 2 0.2909 0.813 0.000 0.848 0.012 0.000 0.140
#> dkfz_11-016 2 0.8129 0.320 0.108 0.412 0.008 0.300 0.172
#> dkfz_11-017 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2086 0.819 0.000 0.924 0.008 0.020 0.048
#> dkfz_11-020 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0798 0.922 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> dkfz_11-022 4 0.2833 0.876 0.004 0.012 0.000 0.864 0.120
#> dkfz_11-023 1 0.3035 0.783 0.848 0.008 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-024 2 0.0865 0.829 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-025 2 0.5915 0.195 0.000 0.484 0.412 0.000 0.104
#> dkfz_11-026 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-028 4 0.0451 0.940 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0451 0.940 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.3635 0.991 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> dkfz_11-032 4 0.0960 0.938 0.000 0.008 0.004 0.972 0.016
#> dkfz_11-033 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-034 4 0.5402 0.672 0.000 0.124 0.012 0.692 0.172
#> dkfz_11-035 5 0.3635 0.991 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> dkfz_11-036 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3300 0.600 0.792 0.000 0.000 0.004 0.204
#> dkfz_11-038 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 3 0.2482 0.867 0.000 0.024 0.892 0.000 0.084
#> dkfz_11-040 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-041 5 0.3662 0.990 0.252 0.000 0.000 0.004 0.744
#> dkfz_11-042 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-043 5 0.3756 0.990 0.248 0.000 0.000 0.008 0.744
#> dkfz_11-044 4 0.5026 0.750 0.000 0.072 0.016 0.720 0.192
#> dkfz_11-045 3 0.5568 0.279 0.000 0.384 0.540 0.000 0.076
#> dkfz_11-046 4 0.4504 0.794 0.000 0.068 0.012 0.768 0.152
#> dkfz_11-047 5 0.3766 0.974 0.268 0.000 0.000 0.004 0.728
#> dkfz_11-048 2 0.1484 0.825 0.000 0.944 0.008 0.000 0.048
#> dkfz_11-049 3 0.0912 0.921 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-050 2 0.6140 0.595 0.000 0.596 0.008 0.204 0.192
#> dkfz_11-051 5 0.3508 0.991 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-052 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-053 1 0.7444 0.371 0.560 0.148 0.008 0.124 0.160
#> dkfz_11-054 2 0.2193 0.821 0.000 0.900 0.008 0.000 0.092
#> dkfz_11-055 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.2104 0.886 0.000 0.024 0.916 0.000 0.060
#> dkfz_11-057 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-058 3 0.0693 0.928 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.5579 0.373 0.000 0.300 0.600 0.000 0.100
#> dkfz_11-061 2 0.7151 0.559 0.040 0.552 0.012 0.204 0.192
#> dkfz_11-062 2 0.8129 0.320 0.108 0.412 0.008 0.300 0.172
#> dkfz_11-063 2 0.8099 0.309 0.108 0.412 0.008 0.308 0.164
#> dkfz_11-064 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3521 0.973 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-066 4 0.0960 0.938 0.000 0.008 0.004 0.972 0.016
#> dkfz_11-067 4 0.0451 0.940 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3635 0.991 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> dkfz_11-070 2 0.4197 0.763 0.000 0.796 0.008 0.096 0.100
#> dkfz_11-071 5 0.3635 0.991 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> dkfz_11-072 1 0.0794 0.897 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-073 2 0.1774 0.820 0.000 0.932 0.016 0.000 0.052
#> dkfz_11-074 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-075 2 0.6323 0.588 0.000 0.580 0.012 0.204 0.204
#> dkfz_11-091 2 0.3244 0.778 0.000 0.860 0.008 0.084 0.048
#> dkfz_11-092 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-093 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-094 2 0.1981 0.819 0.000 0.920 0.016 0.000 0.064
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1638 0.869 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> dkfz_11-098 5 0.3885 0.973 0.268 0.000 0.000 0.008 0.724
#> dkfz_11-099 4 0.2352 0.902 0.000 0.008 0.004 0.896 0.092
#> dkfz_11-100 5 0.3508 0.991 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 1 0.6580 0.113 0.508 0.292 0.008 0.000 0.192
#> dkfz_11-104 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.3715 0.983 0.260 0.000 0.000 0.004 0.736
#> dkfz_11-106 5 0.3635 0.991 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> dkfz_11-107 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.3715 0.983 0.260 0.000 0.000 0.004 0.736
#> dkfz_11-111 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-112 5 0.3715 0.983 0.260 0.000 0.000 0.004 0.736
#> dkfz_11-113 1 0.2439 0.756 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> dkfz_11-114 2 0.5108 0.729 0.004 0.716 0.008 0.084 0.188
#> dkfz_11-115 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-116 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-117 4 0.3067 0.872 0.012 0.012 0.000 0.856 0.120
#> dkfz_11-118 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-119 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-120 1 0.1410 0.876 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-121 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-122 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-125 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-126 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 1 0.1952 0.850 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-128 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 5 0.3662 0.990 0.252 0.000 0.000 0.004 0.744
#> dkfz_11-130 5 0.3635 0.991 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> dkfz_11-131 1 0.1410 0.876 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-132 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.921 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 3 0.1012 0.925 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> dkfz_11-137 3 0.0703 0.934 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-138 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 4 0.2060 0.916 0.000 0.016 0.008 0.924 0.052
#> dkfz_11-140 2 0.8022 0.485 0.220 0.468 0.008 0.116 0.188
#> dkfz_11-141 1 0.0162 0.923 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-143 4 0.0960 0.938 0.000 0.008 0.004 0.972 0.016
#> dkfz_11-144 4 0.1059 0.938 0.000 0.008 0.004 0.968 0.020
#> dkfz_11-145 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0451 0.940 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-147 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1538 0.930 0.000 0.008 0.008 0.948 0.036
#> dkfz_11-150 2 0.0162 0.830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3480 0.992 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.1092 0.917 0.020 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020
#> dkfz_11-002 2 0.4206 0.686 0.032 0.768 0.004 0.040 0.000 0.156
#> dkfz_11-003 3 0.0291 0.969 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0520 0.975 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.0363 0.846 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0146 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0363 0.846 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.0291 0.969 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-011 6 0.3287 0.621 0.012 0.220 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-012 6 0.4483 0.429 0.040 0.320 0.000 0.000 0.004 0.636
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4396 0.408 0.036 0.352 0.000 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-015 6 0.4606 0.402 0.052 0.344 0.000 0.000 0.000 0.604
#> dkfz_11-016 6 0.4599 0.673 0.044 0.116 0.000 0.092 0.000 0.748
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2804 0.754 0.024 0.852 0.004 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.2344 0.916 0.028 0.000 0.892 0.000 0.004 0.076
#> dkfz_11-022 4 0.3812 0.633 0.016 0.000 0.004 0.712 0.000 0.268
#> dkfz_11-023 6 0.4343 0.352 0.380 0.000 0.000 0.000 0.028 0.592
#> dkfz_11-024 2 0.2092 0.753 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-025 6 0.4920 0.598 0.052 0.072 0.164 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-026 2 0.0363 0.846 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-027 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-028 4 0.0291 0.923 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0405 0.923 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.0363 0.923 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-032 4 0.0909 0.919 0.012 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-034 6 0.4540 0.556 0.032 0.024 0.000 0.264 0.000 0.680
#> dkfz_11-035 5 0.0508 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-036 2 0.0260 0.847 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 5 0.4198 0.612 0.232 0.000 0.000 0.000 0.708 0.060
#> dkfz_11-038 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.4835 0.188 0.048 0.004 0.408 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-040 3 0.0146 0.970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0508 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-042 5 0.0692 0.969 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> dkfz_11-043 5 0.1594 0.931 0.016 0.000 0.000 0.000 0.932 0.052
#> dkfz_11-044 6 0.5322 0.239 0.032 0.040 0.004 0.364 0.000 0.560
#> dkfz_11-045 6 0.6441 0.385 0.040 0.264 0.164 0.000 0.008 0.524
#> dkfz_11-046 6 0.5490 0.183 0.068 0.020 0.004 0.368 0.000 0.540
#> dkfz_11-047 5 0.0260 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3855 0.532 0.024 0.704 0.000 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-049 3 0.2917 0.878 0.040 0.004 0.852 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-050 6 0.3564 0.673 0.016 0.136 0.000 0.040 0.000 0.808
#> dkfz_11-051 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-052 3 0.0146 0.970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.5085 0.558 0.264 0.032 0.000 0.036 0.012 0.656
#> dkfz_11-054 2 0.3867 0.651 0.036 0.744 0.004 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-055 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.4870 0.109 0.048 0.004 0.436 0.000 0.000 0.512
#> dkfz_11-057 3 0.0146 0.970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1036 0.961 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-059 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.5169 0.528 0.048 0.056 0.240 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-061 6 0.3432 0.681 0.024 0.108 0.000 0.040 0.000 0.828
#> dkfz_11-062 6 0.4533 0.676 0.048 0.104 0.000 0.092 0.000 0.756
#> dkfz_11-063 6 0.4735 0.669 0.044 0.116 0.000 0.104 0.000 0.736
#> dkfz_11-064 2 0.0363 0.846 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.1563 0.929 0.012 0.000 0.000 0.000 0.932 0.056
#> dkfz_11-066 4 0.1092 0.917 0.020 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020
#> dkfz_11-067 4 0.0405 0.923 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0260 0.847 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-070 2 0.4989 0.515 0.032 0.652 0.004 0.040 0.000 0.272
#> dkfz_11-071 5 0.0717 0.966 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> dkfz_11-072 1 0.3642 0.817 0.760 0.000 0.000 0.000 0.204 0.036
#> dkfz_11-073 2 0.4254 0.483 0.028 0.656 0.000 0.000 0.004 0.312
#> dkfz_11-074 3 0.0291 0.969 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.3433 0.671 0.012 0.132 0.000 0.040 0.000 0.816
#> dkfz_11-091 2 0.3637 0.730 0.024 0.816 0.004 0.036 0.000 0.120
#> dkfz_11-092 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-093 3 0.0767 0.965 0.008 0.000 0.976 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-094 2 0.4437 0.267 0.032 0.576 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-095 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2407 0.906 0.892 0.000 0.000 0.004 0.056 0.048
#> dkfz_11-098 5 0.0717 0.974 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> dkfz_11-099 4 0.4063 0.723 0.036 0.016 0.004 0.760 0.000 0.184
#> dkfz_11-100 5 0.0291 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-101 1 0.2048 0.975 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3770 0.646 0.148 0.076 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-104 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0622 0.975 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> dkfz_11-106 5 0.0146 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0717 0.974 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> dkfz_11-111 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-112 5 0.0622 0.975 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> dkfz_11-113 1 0.2744 0.947 0.840 0.000 0.000 0.000 0.144 0.016
#> dkfz_11-114 6 0.3436 0.656 0.012 0.172 0.000 0.020 0.000 0.796
#> dkfz_11-115 5 0.0260 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.0146 0.970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3894 0.629 0.020 0.000 0.004 0.708 0.000 0.268
#> dkfz_11-118 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-119 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.2365 0.926 0.888 0.000 0.000 0.000 0.072 0.040
#> dkfz_11-121 3 0.0146 0.970 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0862 0.964 0.008 0.000 0.972 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-125 5 0.1219 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048
#> dkfz_11-126 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2407 0.894 0.892 0.000 0.000 0.004 0.048 0.056
#> dkfz_11-128 1 0.2135 0.975 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0508 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-130 5 0.0508 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.2365 0.926 0.888 0.000 0.000 0.000 0.072 0.040
#> dkfz_11-132 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2135 0.975 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2670 0.900 0.040 0.000 0.872 0.000 0.004 0.084
#> dkfz_11-137 3 0.0291 0.969 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3259 0.818 0.032 0.020 0.004 0.844 0.000 0.100
#> dkfz_11-140 6 0.3978 0.677 0.068 0.112 0.000 0.028 0.000 0.792
#> dkfz_11-141 1 0.2092 0.978 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0603 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> dkfz_11-143 4 0.1092 0.917 0.020 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020
#> dkfz_11-144 4 0.1003 0.919 0.016 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020
#> dkfz_11-145 2 0.0260 0.847 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 4 0.0291 0.923 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0363 0.846 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-149 4 0.2199 0.872 0.020 0.000 0.000 0.892 0.000 0.088
#> dkfz_11-150 2 0.0260 0.847 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 5 0.0405 0.977 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.2009 0.8563 0.020 0.000 0.004 0.916 0.000 0.032 0.028
#> dkfz_11-002 2 0.4290 0.5485 0.008 0.644 0.004 0.040 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0468 0.9148 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.1297 0.9360 0.012 0.000 0.000 0.000 0.948 0.032 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.0134 0.8407 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.0334 0.8380 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0134 0.9462 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0134 0.8407 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 3 0.0468 0.9148 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0876 0.9435 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.008
#> dkfz_11-011 6 0.4986 0.4972 0.004 0.104 0.000 0.000 0.000 0.504 0.388
#> dkfz_11-012 7 0.3126 0.3229 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.024 0.776
#> dkfz_11-013 2 0.0239 0.8396 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3443 0.3128 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.032 0.740
#> dkfz_11-015 6 0.4863 0.2613 0.004 0.184 0.004 0.000 0.000 0.636 0.172
#> dkfz_11-016 7 0.5527 -0.4651 0.028 0.032 0.000 0.048 0.000 0.428 0.464
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8757 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0134 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2937 0.6780 0.000 0.760 0.004 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0134 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.3685 0.7731 0.000 0.008 0.768 0.000 0.000 0.072 0.152
#> dkfz_11-022 4 0.4614 0.2868 0.004 0.000 0.000 0.540 0.000 0.392 0.064
#> dkfz_11-023 7 0.4639 0.0614 0.176 0.000 0.000 0.000 0.008 0.152 0.664
#> dkfz_11-024 2 0.1578 0.7622 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-025 7 0.5212 0.1815 0.004 0.016 0.092 0.000 0.000 0.364 0.524
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0507 0.9449 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004
#> dkfz_11-028 4 0.0507 0.8735 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0402 0.8745 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.0134 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0876 0.9432 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.008
#> dkfz_11-032 4 0.1472 0.8634 0.008 0.000 0.000 0.940 0.000 0.024 0.028
#> dkfz_11-033 5 0.0689 0.9450 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004
#> dkfz_11-034 7 0.5791 -0.3214 0.024 0.000 0.004 0.152 0.000 0.380 0.440
#> dkfz_11-035 5 0.0954 0.9429 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4991 0.4329 0.088 0.000 0.000 0.000 0.560 0.016 0.336
#> dkfz_11-038 1 0.0863 0.9629 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.5833 0.2096 0.004 0.008 0.236 0.000 0.000 0.348 0.404
#> dkfz_11-040 3 0.0239 0.9162 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0707 0.9452 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.0660 0.9394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> dkfz_11-043 5 0.3359 0.7280 0.004 0.000 0.000 0.000 0.740 0.016 0.240
#> dkfz_11-044 6 0.3912 0.3914 0.000 0.008 0.000 0.112 0.000 0.752 0.128
#> dkfz_11-045 7 0.3980 0.3361 0.000 0.192 0.052 0.000 0.000 0.020 0.736
#> dkfz_11-046 6 0.4675 0.2228 0.004 0.012 0.004 0.152 0.000 0.692 0.136
#> dkfz_11-047 5 0.1174 0.9389 0.012 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.016
#> dkfz_11-048 2 0.3542 0.1975 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-049 3 0.4605 0.6786 0.004 0.008 0.680 0.000 0.000 0.132 0.176
#> dkfz_11-050 6 0.4837 0.5129 0.008 0.052 0.000 0.008 0.000 0.492 0.440
#> dkfz_11-051 5 0.0707 0.9452 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> dkfz_11-052 3 0.0239 0.9162 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.4198 0.1279 0.084 0.016 0.004 0.012 0.000 0.124 0.760
#> dkfz_11-054 2 0.4457 0.4277 0.004 0.576 0.004 0.000 0.000 0.372 0.044
#> dkfz_11-055 1 0.1101 0.9615 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.5873 0.2092 0.004 0.008 0.256 0.000 0.000 0.336 0.396
#> dkfz_11-057 3 0.0239 0.9162 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.2200 0.8774 0.000 0.008 0.896 0.000 0.000 0.044 0.052
#> dkfz_11-059 1 0.0863 0.9629 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.5681 0.1843 0.004 0.012 0.172 0.000 0.000 0.364 0.448
#> dkfz_11-061 6 0.4607 0.5198 0.020 0.028 0.000 0.004 0.000 0.548 0.400
#> dkfz_11-062 6 0.5424 0.4402 0.024 0.032 0.000 0.044 0.000 0.460 0.440
#> dkfz_11-063 7 0.5518 -0.4555 0.024 0.036 0.000 0.048 0.000 0.420 0.472
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3329 0.6508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.008 0.292
#> dkfz_11-066 4 0.2009 0.8563 0.020 0.000 0.004 0.916 0.000 0.032 0.028
#> dkfz_11-067 4 0.0268 0.8753 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0771 0.9438 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004
#> dkfz_11-070 6 0.4437 0.0465 0.004 0.384 0.004 0.032 0.000 0.572 0.004
#> dkfz_11-071 5 0.1048 0.9392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.024
#> dkfz_11-072 1 0.4883 0.6747 0.680 0.000 0.000 0.000 0.092 0.060 0.168
#> dkfz_11-073 2 0.3561 0.1218 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-074 3 0.0468 0.9148 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.4488 0.5238 0.004 0.040 0.000 0.008 0.000 0.580 0.368
#> dkfz_11-091 2 0.3361 0.6770 0.000 0.756 0.004 0.024 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0373 0.9442 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-093 3 0.1823 0.8941 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008 0.036 0.036
#> dkfz_11-094 7 0.3943 0.0341 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.020 0.560
#> dkfz_11-095 1 0.1981 0.9560 0.912 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036 0.012
#> dkfz_11-096 1 0.0863 0.9629 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1851 0.9356 0.912 0.000 0.000 0.000 0.020 0.064 0.004
#> dkfz_11-098 5 0.1546 0.9345 0.012 0.000 0.000 0.000 0.936 0.036 0.016
#> dkfz_11-099 4 0.3850 0.5251 0.008 0.000 0.004 0.616 0.000 0.368 0.004
#> dkfz_11-100 5 0.0468 0.9460 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2494 0.9423 0.884 0.000 0.000 0.000 0.040 0.044 0.032
#> dkfz_11-102 1 0.1101 0.9615 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4891 0.4363 0.052 0.016 0.000 0.000 0.004 0.500 0.428
#> dkfz_11-104 1 0.1929 0.9575 0.916 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028 0.016
#> dkfz_11-105 5 0.0981 0.9425 0.008 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.008
#> dkfz_11-106 5 0.0771 0.9438 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.2010 0.9564 0.912 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028 0.020
#> dkfz_11-108 1 0.2010 0.9564 0.912 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028 0.020
#> dkfz_11-109 1 0.0863 0.9629 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0954 0.9432 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.008
#> dkfz_11-111 5 0.0707 0.9452 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> dkfz_11-112 5 0.0981 0.9425 0.008 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.1873 0.9337 0.912 0.000 0.000 0.000 0.060 0.024 0.004
#> dkfz_11-114 6 0.4858 0.5223 0.004 0.068 0.000 0.008 0.000 0.536 0.384
#> dkfz_11-115 5 0.0373 0.9442 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-116 3 0.0334 0.9156 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4869 0.3060 0.020 0.000 0.000 0.540 0.000 0.380 0.060
#> dkfz_11-118 5 0.0601 0.9458 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0468 0.9457 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2429 0.9396 0.888 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044 0.032
#> dkfz_11-121 3 0.0239 0.9162 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1843 0.9581 0.920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.1646 0.9600 0.928 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028 0.004
#> dkfz_11-124 3 0.1952 0.8907 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.036 0.044
#> dkfz_11-125 5 0.3013 0.7617 0.004 0.000 0.000 0.000 0.776 0.008 0.212
#> dkfz_11-126 1 0.1101 0.9615 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2251 0.9148 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068 0.028
#> dkfz_11-128 1 0.1101 0.9615 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0876 0.9438 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.0707 0.9457 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.2148 0.9481 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.040 0.020
#> dkfz_11-132 1 0.1195 0.9599 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1363 0.9619 0.940 0.000 0.000 0.000 0.040 0.020 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1101 0.9615 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1101 0.9615 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.4396 0.6172 0.000 0.008 0.644 0.000 0.000 0.064 0.284
#> dkfz_11-137 3 0.0468 0.9148 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0863 0.9629 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3862 0.6426 0.008 0.016 0.004 0.700 0.000 0.268 0.004
#> dkfz_11-140 6 0.5020 0.4946 0.036 0.028 0.000 0.012 0.000 0.528 0.396
#> dkfz_11-141 1 0.1101 0.9629 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0601 0.9463 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.2009 0.8563 0.020 0.000 0.004 0.916 0.000 0.032 0.028
#> dkfz_11-144 4 0.1543 0.8637 0.008 0.000 0.000 0.936 0.000 0.024 0.032
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0689 0.8714 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-147 4 0.0134 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3684 0.7544 0.020 0.000 0.004 0.788 0.000 0.132 0.056
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0555 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.2284 0.8646 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.072 0.040
#> dkfz_11-002 2 0.4459 -0.2320 0.000 0.464 0.000 0.008 0.000 0.064 0.464 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0563 0.8541 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-004 5 0.1373 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.052 0.016
#> dkfz_11-005 2 0.0313 0.8527 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.1148 0.8270 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.0395 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0313 0.8527 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.0251 0.8626 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.1872 0.8968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.064 0.028
#> dkfz_11-011 6 0.3222 0.6084 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.816 0.056 0.040
#> dkfz_11-012 8 0.4242 0.4703 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.656
#> dkfz_11-013 2 0.1148 0.8270 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-014 8 0.4809 0.4680 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.188 0.012 0.596
#> dkfz_11-015 7 0.5134 0.4810 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.288 0.556 0.044
#> dkfz_11-016 6 0.2675 0.6572 0.004 0.024 0.000 0.020 0.000 0.872 0.020 0.060
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0125 0.8924 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3871 0.2227 0.000 0.592 0.000 0.004 0.000 0.016 0.380 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.0313 0.8916 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.4458 0.3048 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.096 0.368
#> dkfz_11-022 6 0.4745 0.2001 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.540 0.084 0.020
#> dkfz_11-023 6 0.4991 0.3669 0.108 0.004 0.000 0.000 0.000 0.576 0.028 0.284
#> dkfz_11-024 2 0.0925 0.8260 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> dkfz_11-025 8 0.5889 0.4047 0.000 0.012 0.060 0.000 0.000 0.204 0.220 0.504
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1923 0.8962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.068 0.028
#> dkfz_11-028 4 0.1370 0.8807 0.008 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.028 0.012
#> dkfz_11-029 4 0.1436 0.8818 0.008 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.032 0.012
#> dkfz_11-030 4 0.0125 0.8924 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.1749 0.8998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.064 0.028
#> dkfz_11-032 4 0.1783 0.8758 0.004 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.068 0.020
#> dkfz_11-033 5 0.1733 0.8986 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004 0.064 0.020
#> dkfz_11-034 6 0.5097 0.4668 0.008 0.004 0.000 0.160 0.000 0.652 0.096 0.080
#> dkfz_11-035 5 0.1335 0.9054 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.044 0.020
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5118 0.3737 0.032 0.000 0.000 0.000 0.524 0.032 0.044 0.368
#> dkfz_11-038 1 0.0395 0.9263 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.6294 0.3723 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.164 0.228 0.424
#> dkfz_11-040 3 0.0125 0.8645 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0768 0.9051 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.1872 0.8969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.064 0.028
#> dkfz_11-043 5 0.4597 0.5325 0.004 0.000 0.000 0.000 0.584 0.020 0.064 0.328
#> dkfz_11-044 6 0.4137 -0.1563 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.520 0.436 0.008
#> dkfz_11-045 8 0.4331 0.4853 0.000 0.180 0.004 0.000 0.000 0.160 0.000 0.656
#> dkfz_11-046 7 0.5151 0.4067 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.240 0.588 0.108
#> dkfz_11-047 5 0.1056 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> dkfz_11-048 8 0.3603 0.2261 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.512
#> dkfz_11-049 3 0.5385 0.0184 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.020 0.180 0.392
#> dkfz_11-050 6 0.2419 0.6503 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.880 0.056 0.040
#> dkfz_11-051 5 0.0596 0.9063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.4950 0.2039 0.028 0.008 0.000 0.008 0.000 0.484 0.044 0.428
#> dkfz_11-054 7 0.4762 0.1381 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.076 0.480 0.020
#> dkfz_11-055 1 0.1256 0.9159 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-056 8 0.6284 0.3573 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.152 0.228 0.424
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.2840 0.7588 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.056 0.128
#> dkfz_11-059 1 0.0395 0.9263 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.6288 0.3952 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.192 0.228 0.424
#> dkfz_11-061 6 0.2481 0.6292 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.864 0.096 0.024
#> dkfz_11-062 6 0.2773 0.6562 0.004 0.020 0.000 0.024 0.000 0.868 0.032 0.052
#> dkfz_11-063 6 0.2964 0.6551 0.004 0.024 0.000 0.028 0.000 0.856 0.032 0.056
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4242 0.4395 0.000 0.008 0.000 0.000 0.564 0.012 0.028 0.388
#> dkfz_11-066 4 0.2284 0.8646 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.072 0.040
#> dkfz_11-067 4 0.1436 0.8818 0.008 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.032 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.1275 0.9068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020
#> dkfz_11-070 7 0.5469 0.4921 0.000 0.216 0.000 0.024 0.000 0.296 0.464 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.2487 0.8812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004 0.072 0.064
#> dkfz_11-072 1 0.6038 0.6013 0.584 0.000 0.000 0.000 0.104 0.104 0.100 0.108
#> dkfz_11-073 8 0.3642 0.3448 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.580
#> dkfz_11-074 3 0.0376 0.8604 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.2564 0.6162 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.848 0.120 0.020
#> dkfz_11-091 2 0.3701 0.2520 0.000 0.604 0.000 0.004 0.000 0.012 0.376 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.1804 0.8974 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.004 0.064 0.024
#> dkfz_11-093 3 0.2435 0.7926 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.052 0.092
#> dkfz_11-094 8 0.4196 0.4311 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.584
#> dkfz_11-095 1 0.2955 0.8997 0.852 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044 0.048 0.040
#> dkfz_11-096 1 0.0395 0.9263 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2652 0.8900 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.040 0.032
#> dkfz_11-098 5 0.1609 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.064 0.020
#> dkfz_11-099 7 0.5417 0.2912 0.004 0.000 0.000 0.340 0.000 0.224 0.424 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.0313 0.9078 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3587 0.8755 0.808 0.000 0.000 0.000 0.028 0.064 0.060 0.040
#> dkfz_11-102 1 0.0618 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.2784 0.6373 0.012 0.008 0.000 0.000 0.000 0.852 0.056 0.072
#> dkfz_11-104 1 0.2317 0.9170 0.892 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016 0.044 0.032
#> dkfz_11-105 5 0.0904 0.9036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-106 5 0.1090 0.9069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> dkfz_11-107 1 0.2538 0.9135 0.880 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.044 0.032
#> dkfz_11-108 1 0.2541 0.9129 0.880 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020 0.044 0.028
#> dkfz_11-109 1 0.0395 0.9263 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1365 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> dkfz_11-111 5 0.0596 0.9063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-112 5 0.0904 0.9036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.3057 0.8116 0.824 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-114 6 0.2901 0.6295 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.848 0.072 0.048
#> dkfz_11-115 5 0.1804 0.8974 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.004 0.064 0.024
#> dkfz_11-116 3 0.0125 0.8645 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5312 0.1230 0.008 0.000 0.000 0.340 0.000 0.500 0.128 0.024
#> dkfz_11-118 5 0.0438 0.9073 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0968 0.9083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.3563 0.8534 0.800 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080 0.064 0.048
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2268 0.9165 0.896 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020 0.040 0.028
#> dkfz_11-123 1 0.1920 0.9209 0.916 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012 0.032 0.024
#> dkfz_11-124 3 0.2477 0.7899 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.052 0.096
#> dkfz_11-125 5 0.3528 0.7012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.008 0.040 0.224
#> dkfz_11-126 1 0.0618 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3139 0.8680 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.052 0.044
#> dkfz_11-128 1 0.0618 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0904 0.9036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.0925 0.9051 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-131 1 0.3110 0.8860 0.836 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064 0.052 0.040
#> dkfz_11-132 1 0.1256 0.9148 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-133 1 0.1619 0.9232 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.028 0.016
#> dkfz_11-134 1 0.0618 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0618 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.4438 -0.1850 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.084 0.472
#> dkfz_11-137 3 0.0125 0.8645 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0395 0.9263 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4865 -0.1072 0.008 0.016 0.000 0.476 0.000 0.052 0.440 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.2753 0.6390 0.004 0.020 0.000 0.008 0.000 0.864 0.056 0.048
#> dkfz_11-141 1 0.0645 0.9266 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-142 5 0.1504 0.9040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.056 0.020
#> dkfz_11-143 4 0.2390 0.8607 0.004 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.076 0.044
#> dkfz_11-144 4 0.2372 0.8745 0.004 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.080 0.028
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1370 0.8807 0.008 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.028 0.012
#> dkfz_11-147 4 0.0125 0.8924 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3846 0.7561 0.004 0.000 0.000 0.768 0.000 0.104 0.080 0.044
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1645 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.3541 0.8223 0.004 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.040 0.056 0.116
#> dkfz_11-002 9 0.3635 0.2504 0.000 0.412 0.000 0.004 0.000 0.016 0.004 0.000 0.564
#> dkfz_11-003 3 0.0237 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.2661 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.028 0.064 0.060
#> dkfz_11-005 2 0.0658 0.8398 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1056 0.8251 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0331 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.0658 0.8398 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.2759 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.012 0.056 0.104
#> dkfz_11-011 6 0.5119 0.4861 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.648 0.080 0.056 0.116
#> dkfz_11-012 8 0.6457 0.0682 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.104 0.344 0.360 0.084
#> dkfz_11-013 2 0.1056 0.8251 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.032
#> dkfz_11-014 7 0.6598 -0.2762 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.112 0.340 0.336 0.084
#> dkfz_11-015 9 0.5521 0.4825 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.140 0.228 0.008 0.528
#> dkfz_11-016 6 0.1457 0.6071 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.920 0.004 0.068 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0703 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.0658 0.8872 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3625 0.1388 0.000 0.580 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.008 0.396
#> dkfz_11-020 4 0.0776 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-021 7 0.3431 0.1281 0.004 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.008
#> dkfz_11-022 6 0.5362 0.3400 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.548 0.004 0.100 0.128
#> dkfz_11-023 6 0.4955 0.3660 0.048 0.000 0.000 0.000 0.004 0.512 0.032 0.376 0.028
#> dkfz_11-024 2 0.1140 0.8125 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2336 0.5630 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000 0.048 0.884 0.020 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8528 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2777 0.8437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.012 0.064 0.096
#> dkfz_11-028 4 0.0699 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-029 4 0.0634 0.8794 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-030 4 0.0658 0.8872 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2823 0.8486 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.012 0.068 0.096
#> dkfz_11-032 4 0.2617 0.8574 0.004 0.000 0.000 0.856 0.000 0.004 0.024 0.028 0.084
#> dkfz_11-033 5 0.2671 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.012 0.052 0.100
#> dkfz_11-034 6 0.4686 0.4601 0.004 0.000 0.000 0.076 0.000 0.700 0.048 0.064 0.108
#> dkfz_11-035 5 0.2577 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.020 0.060 0.068
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8528 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.5281 0.2026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.044 0.044 0.492 0.060
#> dkfz_11-038 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.2636 0.6296 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.024 0.828 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0910 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.008 0.028
#> dkfz_11-042 5 0.2642 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.012 0.056 0.092
#> dkfz_11-043 5 0.5413 0.0822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.020 0.048 0.364 0.108
#> dkfz_11-044 9 0.4979 0.0294 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.420 0.108 0.008 0.440
#> dkfz_11-045 8 0.6549 0.0760 0.000 0.116 0.004 0.000 0.000 0.096 0.332 0.368 0.084
#> dkfz_11-046 9 0.5080 0.4005 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.120 0.360 0.004 0.480
#> dkfz_11-047 5 0.1999 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.004 0.068 0.040
#> dkfz_11-048 2 0.5758 -0.2530 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.268 0.072
#> dkfz_11-049 7 0.2716 0.4938 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2875 0.5825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.088 0.012 0.080
#> dkfz_11-051 5 0.0776 0.8662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> dkfz_11-052 3 0.0331 0.9007 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-053 6 0.4958 0.0863 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.460 0.060 0.412 0.064
#> dkfz_11-054 9 0.4643 0.3658 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.036 0.056 0.008 0.540
#> dkfz_11-055 1 0.0585 0.7964 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-056 7 0.2660 0.6293 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.024 0.820 0.000 0.012
#> dkfz_11-057 3 0.0119 0.9041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 3 0.3028 0.5798 0.004 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.2839 0.6138 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.048 0.824 0.000 0.020
#> dkfz_11-061 6 0.3164 0.5580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.120 0.004 0.096
#> dkfz_11-062 6 0.1553 0.5980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.924 0.004 0.048 0.020
#> dkfz_11-063 6 0.1550 0.6067 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.912 0.004 0.076 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8528 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.5310 0.0709 0.000 0.004 0.000 0.000 0.412 0.000 0.096 0.416 0.072
#> dkfz_11-066 4 0.3630 0.8197 0.004 0.000 0.000 0.776 0.000 0.008 0.040 0.056 0.116
#> dkfz_11-067 4 0.0634 0.8794 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8528 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2570 0.8565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.012 0.064 0.076
#> dkfz_11-070 9 0.5067 0.4640 0.000 0.176 0.000 0.008 0.000 0.236 0.028 0.000 0.552
#> dkfz_11-071 5 0.3548 0.7961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.020 0.120 0.104
#> dkfz_11-072 8 0.5673 -0.4010 0.316 0.000 0.000 0.000 0.072 0.108 0.004 0.480 0.020
#> dkfz_11-073 8 0.5790 0.0719 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.372 0.076
#> dkfz_11-074 3 0.0119 0.9018 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3467 0.5362 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.120 0.008 0.120
#> dkfz_11-091 2 0.3305 0.2651 0.000 0.628 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004 0.360
#> dkfz_11-092 5 0.2632 0.8477 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.012 0.052 0.096
#> dkfz_11-093 3 0.2760 0.6761 0.004 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.008
#> dkfz_11-094 7 0.6158 -0.2474 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.020 0.336 0.328 0.080
#> dkfz_11-095 1 0.3643 0.6954 0.604 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3720 0.7137 0.648 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2597 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.024 0.060 0.064
#> dkfz_11-099 9 0.4556 0.3816 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.132 0.000 0.004 0.508
#> dkfz_11-100 5 0.0414 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-101 1 0.4653 0.6141 0.512 0.000 0.000 0.000 0.040 0.056 0.000 0.388 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4839 0.4987 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.084 0.328 0.036
#> dkfz_11-104 1 0.3702 0.7209 0.640 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000 0.316 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.0910 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.008 0.028
#> dkfz_11-106 5 0.2483 0.8585 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.020 0.060 0.060
#> dkfz_11-107 1 0.3828 0.7102 0.624 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000 0.324 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.3875 0.7072 0.620 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000 0.324 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1978 0.8405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.012 0.048 0.044
#> dkfz_11-111 5 0.0776 0.8662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> dkfz_11-112 5 0.0910 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.008 0.028
#> dkfz_11-113 1 0.3302 0.6410 0.792 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.008 0.024 0.052
#> dkfz_11-114 6 0.5095 0.5114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.100 0.216 0.108
#> dkfz_11-115 5 0.2592 0.8479 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.012 0.052 0.092
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5867 0.3359 0.004 0.000 0.000 0.200 0.000 0.484 0.004 0.180 0.128
#> dkfz_11-118 5 0.0585 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-119 5 0.1786 0.8691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.008 0.040 0.044
#> dkfz_11-120 1 0.4666 0.5862 0.492 0.000 0.000 0.000 0.036 0.060 0.000 0.408 0.004
#> dkfz_11-121 3 0.0119 0.9041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.3121 0.7378 0.680 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2884 0.7599 0.736 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.2824 0.6590 0.004 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.3831 0.4786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.020 0.272 0.044
#> dkfz_11-126 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3991 0.6452 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0910 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.008 0.028
#> dkfz_11-130 5 0.1334 0.8568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.036 0.024
#> dkfz_11-131 1 0.3892 0.6645 0.572 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0585 0.7964 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-133 1 0.2601 0.7696 0.772 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.4831 0.4295 0.004 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.556 0.076 0.052
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0212 0.8031 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.3614 0.1727 0.000 0.012 0.000 0.456 0.000 0.004 0.000 0.004 0.524
#> dkfz_11-140 6 0.4773 0.5248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.080 0.264 0.068
#> dkfz_11-141 1 0.0916 0.8010 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1659 0.8684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004 0.024 0.060
#> dkfz_11-143 4 0.3709 0.8169 0.004 0.000 0.000 0.772 0.000 0.012 0.040 0.056 0.116
#> dkfz_11-144 4 0.2837 0.8504 0.004 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.028 0.044 0.088
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8528 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0994 0.8667 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-147 4 0.0658 0.8872 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8528 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.5052 0.6873 0.004 0.000 0.000 0.656 0.000 0.116 0.040 0.068 0.116
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8528 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2404 0.8530 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.012 0.044 0.084
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.3736 0.8041 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.016 0.056 0.040 0.112
#> dkfz_11-002 9 0.3293 0.6077 0.000 0.252 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000 0.004 0.704 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0113 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.3782 0.7487 0.008 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.024 0.056 0.068 0.076
#> dkfz_11-005 2 0.0693 0.8993 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1999 0.8212 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.092 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.0429 0.8385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.0693 0.8993 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.3431 0.7959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.004 0.008 0.076 0.040 0.088
#> dkfz_11-011 6 0.5017 0.5591 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.652 0.056 0.020 0.132 0.056
#> dkfz_11-012 8 0.4194 0.6022 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.036 0.152 0.696 0.008 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.1919 0.8281 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.084 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.4819 0.6000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.044 0.144 0.632 0.020 0.008
#> dkfz_11-015 9 0.4830 0.5649 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.100 0.180 0.008 0.628 0.012
#> dkfz_11-016 6 0.2433 0.6005 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.864 0.004 0.044 0.012 0.068
#> dkfz_11-017 4 0.0395 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-018 4 0.0395 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 9 0.3548 0.2030 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004 0.524 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.0508 0.8812 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-021 7 0.3477 0.4618 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.608 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-022 6 0.5532 0.4999 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.532 0.016 0.008 0.096 0.180
#> dkfz_11-023 6 0.5535 0.2940 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476 0.012 0.200 0.012 0.252
#> dkfz_11-024 2 0.0894 0.8909 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2264 0.7237 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.016 0.876 0.076 0.008 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9166 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3853 0.7704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004 0.008 0.084 0.048 0.116
#> dkfz_11-028 4 0.1646 0.8592 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024 0.036
#> dkfz_11-029 4 0.1581 0.8612 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.036
#> dkfz_11-030 4 0.0508 0.8814 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.3318 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.020 0.056 0.040 0.088
#> dkfz_11-032 4 0.2146 0.8619 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 0.012 0.020 0.032 0.040
#> dkfz_11-033 5 0.3348 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.008 0.068 0.040 0.088
#> dkfz_11-034 6 0.5477 0.3913 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.600 0.024 0.080 0.052 0.144
#> dkfz_11-035 5 0.3421 0.7903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.024 0.060 0.060 0.064
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9166 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 8 0.5414 0.4186 0.012 0.000 0.000 0.000 0.268 0.032 0.000 0.508 0.028 0.152
#> dkfz_11-038 1 0.0315 0.6172 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-039 7 0.1642 0.8174 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.012 0.900 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1689 0.8244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.008 0.016 0.056
#> dkfz_11-042 5 0.3545 0.7893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004 0.008 0.080 0.040 0.096
#> dkfz_11-043 8 0.5230 0.2106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.028 0.004 0.484 0.040 0.104
#> dkfz_11-044 6 0.5055 0.1068 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.424 0.096 0.008 0.424 0.036
#> dkfz_11-045 8 0.3887 0.6020 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.036 0.152 0.712 0.004 0.000
#> dkfz_11-046 9 0.4514 0.4091 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.080 0.380 0.008 0.512 0.004
#> dkfz_11-047 5 0.2124 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.012 0.012 0.008 0.096
#> dkfz_11-048 8 0.4681 0.3942 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.008 0.112 0.492 0.008 0.008
#> dkfz_11-049 7 0.2099 0.7656 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3202 0.6062 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.092 0.016 0.088 0.012
#> dkfz_11-051 5 0.1450 0.8262 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008 0.004 0.008 0.056
#> dkfz_11-052 3 0.0597 0.8347 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008
#> dkfz_11-053 8 0.4596 0.1762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.012 0.504 0.020 0.088
#> dkfz_11-054 9 0.4365 0.6187 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.048 0.048 0.008 0.648 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.1182 0.5866 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.020 0.016
#> dkfz_11-056 7 0.1722 0.8182 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.012 0.892 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0340 0.8408 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-058 3 0.3563 0.1346 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.412 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-059 1 0.0315 0.6172 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-060 7 0.1673 0.8154 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.016 0.900 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3404 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.112 0.008 0.116 0.008
#> dkfz_11-062 6 0.2309 0.5935 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.880 0.004 0.040 0.032 0.036
#> dkfz_11-063 6 0.2561 0.5987 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.852 0.004 0.044 0.012 0.080
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9166 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.3881 0.4620 0.000 0.004 0.000 0.000 0.280 0.004 0.000 0.648 0.016 0.048
#> dkfz_11-066 4 0.3769 0.8017 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.012 0.016 0.056 0.040 0.116
#> dkfz_11-067 4 0.1581 0.8612 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.036
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9166 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2899 0.8197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.048 0.036 0.068
#> dkfz_11-070 9 0.4304 0.5183 0.000 0.084 0.000 0.008 0.000 0.176 0.012 0.008 0.688 0.024
#> dkfz_11-071 5 0.4637 0.6773 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.004 0.008 0.160 0.064 0.120
#> dkfz_11-072 10 0.5050 0.6258 0.276 0.000 0.000 0.000 0.056 0.084 0.004 0.024 0.000 0.556
#> dkfz_11-073 8 0.3886 0.6008 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092 0.672 0.012 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0113 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.3604 0.5849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.132 0.008 0.112 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.3377 -0.1144 0.000 0.532 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3390 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.004 0.008 0.072 0.040 0.088
#> dkfz_11-093 3 0.3503 0.2508 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-094 8 0.4690 0.5962 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.020 0.144 0.624 0.020 0.008
#> dkfz_11-095 1 0.3474 -0.5686 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.472
#> dkfz_11-096 1 0.0315 0.6172 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.3901 -0.4557 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000 0.008 0.408
#> dkfz_11-098 5 0.4127 0.7371 0.008 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.032 0.056 0.072 0.096
#> dkfz_11-099 9 0.4960 0.4348 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.100 0.004 0.016 0.584 0.060
#> dkfz_11-100 5 0.1130 0.8321 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.004 0.008 0.032
#> dkfz_11-101 10 0.3946 0.7161 0.428 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.000 0.004 0.000 0.516
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.6165 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4961 0.5543 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.068 0.024 0.036 0.320
#> dkfz_11-104 1 0.3507 -0.3862 0.544 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.008 0.432
#> dkfz_11-105 5 0.1848 0.8208 0.008 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008 0.004 0.016 0.060
#> dkfz_11-106 5 0.2569 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.020 0.032 0.036 0.052
#> dkfz_11-107 1 0.3605 -0.4368 0.528 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.004 0.004 0.444
#> dkfz_11-108 1 0.3605 -0.4368 0.528 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.004 0.004 0.444
#> dkfz_11-109 1 0.0404 0.6169 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-110 5 0.3552 0.7561 0.008 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.012 0.052 0.052 0.096
#> dkfz_11-111 5 0.1537 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008 0.008 0.008 0.056
#> dkfz_11-112 5 0.1936 0.8208 0.008 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.008 0.008 0.016 0.060
#> dkfz_11-113 1 0.4474 0.2482 0.688 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012 0.024 0.044 0.088
#> dkfz_11-114 6 0.4961 0.5947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.084 0.024 0.088 0.204
#> dkfz_11-115 5 0.3427 0.7947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.004 0.008 0.072 0.040 0.092
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5939 0.4405 0.004 0.000 0.000 0.168 0.000 0.444 0.016 0.008 0.100 0.260
#> dkfz_11-118 5 0.1130 0.8321 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.004 0.008 0.032
#> dkfz_11-119 5 0.2344 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.008 0.032 0.032 0.056
#> dkfz_11-120 10 0.4004 0.7521 0.408 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.000 0.008 0.000 0.532
#> dkfz_11-121 3 0.0340 0.8408 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.3034 -0.2443 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.404
#> dkfz_11-123 1 0.2953 -0.0998 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.364
#> dkfz_11-124 3 0.3525 0.2168 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.388 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-125 5 0.4291 0.5458 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.004 0.008 0.200 0.008 0.144
#> dkfz_11-126 1 0.0113 0.6167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3762 -0.6409 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004 0.472
#> dkfz_11-128 1 0.0113 0.6167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1888 0.8220 0.008 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008 0.008 0.016 0.056
#> dkfz_11-130 5 0.2479 0.8084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.008 0.040 0.012 0.088
#> dkfz_11-131 1 0.3675 -0.6175 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.472
#> dkfz_11-132 1 0.0853 0.5923 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-133 1 0.2842 0.0538 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.324
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.6165 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0113 0.6167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.4436 0.5915 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.588 0.132 0.012 0.008
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0202 0.6170 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 9 0.3977 0.4466 0.000 0.012 0.000 0.312 0.000 0.008 0.000 0.016 0.624 0.028
#> dkfz_11-140 6 0.4830 0.5886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.072 0.024 0.060 0.260
#> dkfz_11-141 1 0.0729 0.5964 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-142 5 0.2594 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.012 0.040 0.024 0.072
#> dkfz_11-143 4 0.3936 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.020 0.016 0.056 0.040 0.120
#> dkfz_11-144 4 0.2746 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.004 0.012 0.036 0.040 0.060
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9166 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1941 0.8471 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040 0.036
#> dkfz_11-147 4 0.0395 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9166 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4836 0.7123 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.088 0.016 0.056 0.040 0.136
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9166 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3270 0.8007 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.004 0.008 0.068 0.040 0.080
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:kmeans 134 6.00e-17 2.39e-04 2
#> MAD:kmeans 134 2.36e-38 1.01e-22 3
#> MAD:kmeans 128 9.93e-54 4.26e-24 4
#> MAD:kmeans 127 7.22e-57 1.66e-27 5
#> MAD:kmeans 125 1.25e-61 1.88e-26 6
#> MAD:kmeans 109 2.37e-62 2.38e-25 7
#> MAD:kmeans 106 2.38e-71 1.37e-24 8
#> MAD:kmeans 105 3.36e-68 3.31e-22 9
#> MAD:kmeans 106 3.13e-68 3.02e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.989 0.50345 0.497 0.497
#> 3 3 1.000 0.973 0.989 0.19562 0.885 0.772
#> 4 4 0.974 0.919 0.964 0.13009 0.909 0.775
#> 5 5 0.832 0.895 0.912 0.13504 0.874 0.613
#> 6 6 0.911 0.859 0.923 0.04915 0.958 0.807
#> 7 7 0.895 0.790 0.897 0.02164 0.977 0.878
#> 8 8 0.877 0.751 0.866 0.01365 0.987 0.923
#> 9 9 0.855 0.729 0.842 0.01097 0.976 0.866
#> 10 10 0.836 0.671 0.824 0.00831 0.981 0.884
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.9866 0.237 0.432 0.568
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.6887 0.773 0.816 0.184
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0938 0.977 0.012 0.988
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.7219 0.749 0.200 0.800
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.2236 0.955 0.036 0.964
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.3431 0.926 0.064 0.936
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.6438 0.802 0.836 0.164
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.9170 0.502 0.668 0.332
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.3431 0.926 0.064 0.936
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.304 0.8604 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.288 0.8885 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.369 0.8315 0.860 0.000 0.140
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.533 0.6213 0.272 0.000 0.728
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.652 0.0685 0.484 0.004 0.512
#> dkfz_11-063 1 0.186 0.9380 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.480 0.6843 0.780 0.220 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.207 0.9344 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.000 0.9503 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.9893 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0817 0.96130 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.4905 0.42567 0.364 0.004 0.632 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2469 0.89012 0.000 0.892 0.108 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4193 0.66980 0.000 0.732 0.268 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1389 0.94598 0.000 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4643 0.53980 0.000 0.656 0.344 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.3158 0.87249 0.880 0.020 0.004 0.096
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.6464 0.60434 0.688 0.020 0.160 0.132
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0779 0.94562 0.016 0.980 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.0000 0.93217 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.1474 0.94298 0.000 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.93217 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0817 0.96200 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.0188 0.93010 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4193 0.61261 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-054 2 0.0817 0.96130 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.0000 0.93217 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.5862 0.22450 0.424 0.016 0.012 0.548
#> dkfz_11-063 1 0.1489 0.93948 0.952 0.004 0.000 0.044
#> dkfz_11-064 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0336 0.97212 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.4967 0.06165 0.000 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0376 0.93077 0.004 0.004 0.992 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.0188 0.93010 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0921 0.90901 0.000 0.000 0.972 0.028
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.4996 0.00964 0.516 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0592 0.97427 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0188 0.97646 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0188 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.1557 0.94147 0.000 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-140 3 0.5594 0.09266 0.460 0.020 0.520 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0707 0.97344 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.94034 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0707 0.96395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.97708 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2516 0.869 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.3885 0.597 0.008 0.000 0.268 0.000 0.724
#> dkfz_11-004 5 0.0162 0.943 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0290 0.929 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.4167 0.816 0.136 0.788 0.072 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 2 0.3841 0.759 0.032 0.780 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.2426 0.898 0.064 0.900 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.6039 0.404 0.148 0.552 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.1341 0.727 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-017 4 0.0290 0.979 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0290 0.979 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0290 0.979 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1041 0.691 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-023 5 0.2127 0.849 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-024 2 0.0898 0.923 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-025 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0290 0.941 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0290 0.979 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.0290 0.979 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0794 0.929 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-038 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 5 0.0451 0.938 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> dkfz_11-043 5 0.0290 0.941 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-044 3 0.3395 0.811 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.1082 0.925 0.008 0.964 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.1544 0.903 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.3508 0.802 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4369 0.698 0.052 0.000 0.000 0.740 0.208
#> dkfz_11-054 2 0.3011 0.862 0.140 0.844 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.3424 0.809 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.2929 0.460 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> dkfz_11-063 5 0.2280 0.841 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2818 0.780 0.008 0.128 0.004 0.000 0.860
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 3 0.6254 0.189 0.152 0.368 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0290 0.941 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-072 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0451 0.927 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 3 0.3452 0.806 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3983 0.821 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-096 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-097 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-098 5 0.0162 0.943 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-099 3 0.3607 0.804 0.244 0.004 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-103 5 0.5300 0.408 0.068 0.000 0.328 0.000 0.604
#> dkfz_11-104 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 5 0.4242 -0.224 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-108 5 0.0404 0.937 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-109 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 5 0.0290 0.940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-113 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-114 3 0.1571 0.905 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.0290 0.941 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 5 0.0963 0.911 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-123 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0693 0.931 0.008 0.000 0.012 0.000 0.980
#> dkfz_11-126 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-127 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-128 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-129 5 0.0510 0.933 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-132 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-133 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-134 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-135 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-139 2 0.3804 0.825 0.160 0.796 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.5961 0.551 0.580 0.000 0.260 0.000 0.160
#> dkfz_11-141 1 0.3534 0.940 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0290 0.979 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.4400 0.465 0.032 0.376 0.000 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-003 3 0.3966 0.158 0.000 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0260 0.947 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0865 0.905 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0146 0.927 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5162 0.331 0.028 0.600 0.052 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-012 2 0.5154 0.442 0.012 0.644 0.228 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-013 2 0.0713 0.911 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-014 2 0.4079 0.656 0.024 0.752 0.032 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-015 6 0.5621 0.611 0.032 0.252 0.112 0.000 0.000 0.604
#> dkfz_11-016 1 0.3819 0.392 0.624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.372
#> dkfz_11-017 4 0.0458 0.969 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-018 4 0.0717 0.966 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.1584 0.875 0.008 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-020 4 0.0717 0.966 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1501 0.821 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-023 5 0.4517 0.556 0.060 0.000 0.000 0.000 0.648 0.292
#> dkfz_11-024 2 0.1297 0.886 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> dkfz_11-025 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0717 0.966 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0891 0.961 0.008 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2462 0.854 0.028 0.000 0.000 0.000 0.876 0.096
#> dkfz_11-038 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0146 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1461 0.911 0.016 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044
#> dkfz_11-044 6 0.2697 0.673 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-045 2 0.1606 0.875 0.004 0.932 0.008 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-046 3 0.4110 0.243 0.016 0.000 0.608 0.000 0.000 0.376
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0260 0.920 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2094 0.723 0.020 0.000 0.080 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.5082 0.581 0.032 0.000 0.000 0.668 0.076 0.224
#> dkfz_11-054 6 0.4523 0.471 0.032 0.372 0.004 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-055 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.2311 0.722 0.016 0.000 0.104 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-062 6 0.3323 0.540 0.240 0.000 0.000 0.008 0.000 0.752
#> dkfz_11-063 5 0.4626 0.568 0.076 0.000 0.000 0.000 0.652 0.272
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2256 0.875 0.008 0.048 0.004 0.000 0.908 0.032
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.6278 0.565 0.028 0.264 0.208 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-071 5 0.0291 0.947 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-072 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0146 0.927 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.2053 0.727 0.004 0.000 0.108 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-091 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-095 1 0.3330 0.653 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0458 0.942 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.1663 0.731 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.6503 0.294 0.068 0.000 0.248 0.000 0.520 0.164
#> dkfz_11-104 1 0.1863 0.890 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0260 0.947 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3868 0.140 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.1267 0.905 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0547 0.940 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0547 0.940 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.3130 0.726 0.028 0.000 0.824 0.000 0.004 0.144
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1267 0.926 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2932 0.779 0.164 0.000 0.000 0.000 0.820 0.016
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0665 0.939 0.004 0.000 0.008 0.000 0.980 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1267 0.926 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1075 0.916 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1444 0.922 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.4253 0.582 0.032 0.296 0.004 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-140 1 0.4602 0.600 0.720 0.000 0.112 0.000 0.012 0.156
#> dkfz_11-141 1 0.1327 0.930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0146 0.971 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0717 0.966 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0146 0.971 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0373 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-002 7 0.2744 0.5314 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.012 0.808
#> dkfz_11-003 3 0.4298 0.2027 0.000 0.000 0.576 0.000 0.380 0.040 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0334 0.9277 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0134 0.8810 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2314 0.8096 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8813 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0468 0.9268 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0134 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.6451 0.0310 0.004 0.316 0.072 0.000 0.004 0.440 0.164
#> dkfz_11-012 2 0.6907 0.0846 0.004 0.396 0.216 0.000 0.008 0.276 0.100
#> dkfz_11-013 2 0.1663 0.8456 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> dkfz_11-014 2 0.6322 0.2492 0.004 0.468 0.064 0.000 0.000 0.216 0.248
#> dkfz_11-015 7 0.3170 0.5902 0.004 0.068 0.064 0.000 0.000 0.024 0.840
#> dkfz_11-016 6 0.3183 0.3144 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.016
#> dkfz_11-017 4 0.1409 0.9292 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> dkfz_11-018 4 0.2422 0.9001 0.004 0.000 0.000 0.856 0.000 0.128 0.012
#> dkfz_11-019 2 0.2356 0.7936 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.004 0.156
#> dkfz_11-020 4 0.2331 0.9018 0.004 0.000 0.000 0.860 0.000 0.128 0.008
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.1403 0.8259 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.008
#> dkfz_11-023 6 0.3899 0.3371 0.012 0.000 0.000 0.000 0.296 0.672 0.020
#> dkfz_11-024 2 0.1697 0.8393 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.080 0.004
#> dkfz_11-025 3 0.0334 0.9331 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-026 2 0.0134 0.8812 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0134 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0555 0.9384 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0239 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.2499 0.8956 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000 0.136 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0573 0.9373 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.2408 0.8962 0.004 0.000 0.000 0.852 0.000 0.136 0.008
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0268 0.8815 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-037 5 0.3416 0.5782 0.012 0.000 0.000 0.000 0.696 0.292 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0422 0.9304 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0927 0.9061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2708 0.7181 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.5460 0.3848 0.028 0.000 0.140 0.000 0.000 0.284 0.548
#> dkfz_11-045 2 0.4293 0.6860 0.004 0.736 0.052 0.000 0.000 0.164 0.044
#> dkfz_11-046 7 0.3924 0.3089 0.004 0.000 0.424 0.000 0.000 0.012 0.560
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1507 0.8579 0.000 0.936 0.036 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-049 3 0.0334 0.9326 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-050 6 0.4639 -0.0980 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.564 0.372
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.4200 0.2793 0.004 0.000 0.000 0.276 0.036 0.672 0.012
#> dkfz_11-054 7 0.2212 0.5738 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.012 0.868
#> dkfz_11-055 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0422 0.9304 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0422 0.9304 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-061 6 0.5320 -0.2874 0.028 0.000 0.088 0.000 0.000 0.456 0.428
#> dkfz_11-062 6 0.2750 0.3290 0.056 0.000 0.000 0.008 0.000 0.856 0.080
#> dkfz_11-063 6 0.3905 0.3457 0.016 0.000 0.000 0.000 0.296 0.672 0.016
#> dkfz_11-064 2 0.0334 0.8806 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2613 0.8121 0.000 0.028 0.000 0.000 0.852 0.116 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.0422 0.9397 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0667 0.9358 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.0268 0.8815 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.5766 0.4574 0.004 0.104 0.216 0.000 0.000 0.092 0.584
#> dkfz_11-071 5 0.1382 0.8811 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.0582 0.9243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0715 0.8739 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-074 3 0.0771 0.9152 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-075 7 0.5015 0.3048 0.024 0.000 0.068 0.000 0.000 0.376 0.532
#> dkfz_11-091 2 0.0582 0.8765 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-092 5 0.0134 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3061 0.8020 0.000 0.836 0.020 0.000 0.000 0.044 0.100
#> dkfz_11-095 1 0.3221 0.5121 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0582 0.9201 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.4444 0.3895 0.024 0.000 0.036 0.000 0.000 0.312 0.628
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.6436 -0.2260 0.028 0.000 0.216 0.000 0.404 0.328 0.024
#> dkfz_11-104 1 0.1330 0.8929 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0422 0.9259 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0134 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3559 0.1081 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.1625 0.8489 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0656 0.9178 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1166 0.8895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.3930 0.5515 0.008 0.000 0.712 0.000 0.004 0.240 0.036
#> dkfz_11-115 5 0.0334 0.9277 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.0930 0.9274 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3587 0.6422 0.196 0.000 0.000 0.000 0.748 0.056 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0930 0.9274 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0930 0.9274 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1745 0.8712 0.000 0.000 0.016 0.000 0.912 0.072 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0930 0.9274 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1433 0.8687 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0373 0.9304 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1242 0.9086 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0134 0.9358 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.1618 0.5821 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.008 0.916
#> dkfz_11-140 1 0.5653 0.2186 0.552 0.000 0.140 0.000 0.012 0.272 0.024
#> dkfz_11-141 1 0.0797 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0268 0.9393 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.0468 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0268 0.8815 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.1495 0.9249 0.004 0.000 0.000 0.936 0.000 0.040 0.020
#> dkfz_11-147 4 0.2499 0.8958 0.004 0.000 0.000 0.848 0.000 0.136 0.012
#> dkfz_11-148 2 0.0268 0.8815 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.0930 0.9364 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-150 2 0.0268 0.8815 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0134 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0892 0.89374 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> dkfz_11-002 7 0.2518 0.51075 0.004 0.108 0.000 0.000 0.000 0.008 0.856 0.024
#> dkfz_11-003 3 0.4978 0.24152 0.000 0.000 0.580 0.000 0.284 0.084 0.000 0.052
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0438 0.84502 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.3370 0.64374 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.008 0.252 0.020
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0438 0.84502 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-009 3 0.0837 0.89651 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.0125 0.89229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 6 0.6973 0.24957 0.000 0.220 0.064 0.000 0.000 0.396 0.116 0.204
#> dkfz_11-012 6 0.6929 0.20452 0.000 0.280 0.168 0.000 0.000 0.372 0.052 0.128
#> dkfz_11-013 2 0.2622 0.75946 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140 0.020
#> dkfz_11-014 2 0.6957 -0.07851 0.004 0.356 0.044 0.000 0.000 0.284 0.208 0.104
#> dkfz_11-015 7 0.2812 0.50930 0.000 0.016 0.076 0.000 0.000 0.028 0.856 0.024
#> dkfz_11-016 6 0.3964 0.27741 0.152 0.000 0.000 0.004 0.000 0.708 0.000 0.136
#> dkfz_11-017 4 0.3004 0.87380 0.004 0.000 0.000 0.812 0.000 0.140 0.008 0.036
#> dkfz_11-018 4 0.3340 0.85351 0.008 0.000 0.000 0.776 0.000 0.168 0.004 0.044
#> dkfz_11-019 2 0.3440 0.60235 0.000 0.700 0.004 0.000 0.000 0.004 0.276 0.016
#> dkfz_11-020 4 0.3365 0.85514 0.008 0.000 0.000 0.776 0.000 0.164 0.004 0.048
#> dkfz_11-021 3 0.0125 0.91689 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.2398 0.76822 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.148
#> dkfz_11-023 6 0.5321 0.24127 0.012 0.000 0.004 0.000 0.220 0.500 0.000 0.264
#> dkfz_11-024 2 0.3013 0.70281 0.000 0.804 0.000 0.000 0.004 0.140 0.000 0.052
#> dkfz_11-025 3 0.0929 0.90363 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.012 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0125 0.84695 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.0224 0.89156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 4 0.1517 0.89296 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.020 0.004 0.048
#> dkfz_11-029 4 0.0783 0.89203 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> dkfz_11-030 4 0.3395 0.85300 0.008 0.000 0.000 0.772 0.000 0.168 0.004 0.048
#> dkfz_11-031 5 0.0125 0.89229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 4 0.0864 0.89786 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 5 0.0125 0.89229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 4 0.3284 0.85493 0.008 0.000 0.000 0.780 0.000 0.168 0.004 0.040
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0224 0.84670 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 5 0.4363 0.16821 0.008 0.000 0.000 0.000 0.508 0.428 0.000 0.056
#> dkfz_11-038 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0536 0.91085 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0125 0.91755 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 5 0.0125 0.89206 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 5 0.2248 0.80140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.096 0.000 0.036
#> dkfz_11-043 5 0.3500 0.51415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.316 0.000 0.024
#> dkfz_11-044 8 0.4742 0.72320 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.020 0.312 0.572
#> dkfz_11-045 2 0.5526 0.28075 0.000 0.544 0.040 0.000 0.000 0.292 0.032 0.092
#> dkfz_11-046 7 0.4768 0.09262 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.012 0.464 0.092
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2372 0.80182 0.000 0.888 0.032 0.000 0.000 0.040 0.008 0.032
#> dkfz_11-049 3 0.0448 0.91319 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-050 8 0.5117 0.63535 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.248 0.196 0.540
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.91787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.3024 0.33152 0.004 0.000 0.000 0.172 0.004 0.796 0.004 0.020
#> dkfz_11-054 7 0.1977 0.52772 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000 0.008 0.900 0.016
#> dkfz_11-055 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0448 0.91319 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0125 0.91755 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.91787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0349 0.91510 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 8 0.5357 0.76437 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.132 0.236 0.564
#> dkfz_11-062 6 0.3819 0.00122 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.024 0.352
#> dkfz_11-063 6 0.3512 0.38129 0.024 0.000 0.000 0.004 0.144 0.780 0.000 0.048
#> dkfz_11-064 2 0.0125 0.84695 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.4295 0.53635 0.000 0.028 0.000 0.000 0.668 0.236 0.000 0.068
#> dkfz_11-066 4 0.0783 0.89732 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 4 0.1211 0.88659 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024 0.004 0.024
#> dkfz_11-068 2 0.0125 0.84735 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0125 0.89229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 7 0.7307 0.13441 0.012 0.112 0.188 0.000 0.000 0.104 0.408 0.176
#> dkfz_11-071 5 0.2166 0.78273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.140 0.000 0.008
#> dkfz_11-072 5 0.0563 0.88499 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1280 0.83086 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.024
#> dkfz_11-074 3 0.1056 0.88407 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-075 8 0.5159 0.76953 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.088 0.336 0.524
#> dkfz_11-091 2 0.1162 0.82583 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.0125 0.89229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 3 0.0125 0.91689 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4548 0.64852 0.000 0.708 0.012 0.000 0.000 0.132 0.092 0.056
#> dkfz_11-095 1 0.3403 0.24780 0.564 0.000 0.000 0.000 0.432 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0669 0.92318 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0596 0.88323 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 8 0.4411 0.67742 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.032 0.388 0.548
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0224 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0669 0.92318 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.7120 -0.42733 0.028 0.000 0.172 0.000 0.276 0.268 0.004 0.252
#> dkfz_11-104 1 0.2127 0.83855 0.880 0.000 0.000 0.000 0.096 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-105 5 0.0618 0.88464 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-106 5 0.0125 0.89229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 5 0.4079 0.23863 0.404 0.000 0.000 0.000 0.556 0.016 0.000 0.024
#> dkfz_11-108 5 0.1466 0.83994 0.072 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0695 0.88288 0.020 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 5 0.0224 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-112 5 0.0904 0.87451 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.5380 0.01453 0.000 0.000 0.464 0.000 0.004 0.264 0.008 0.260
#> dkfz_11-115 5 0.0251 0.89050 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 3 0.0125 0.91755 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 1 0.1546 0.90265 0.932 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000 0.028
#> dkfz_11-118 5 0.0125 0.89206 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.4382 0.58283 0.172 0.000 0.000 0.000 0.692 0.096 0.000 0.040
#> dkfz_11-121 3 0.0125 0.91755 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.1316 0.90987 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.0925 0.91881 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.91787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4205 0.59752 0.000 0.000 0.012 0.000 0.700 0.168 0.004 0.116
#> dkfz_11-126 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1014 0.91674 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1090 0.86561 0.044 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.1476 0.85700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.044 0.000 0.028
#> dkfz_11-131 1 0.2255 0.83043 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-132 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0669 0.92318 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0614 0.92244 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0820 0.90494 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.004 0.008
#> dkfz_11-137 3 0.0520 0.90953 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.1275 0.48523 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.040
#> dkfz_11-140 1 0.6878 -0.29971 0.336 0.000 0.152 0.000 0.016 0.232 0.004 0.260
#> dkfz_11-141 1 0.0544 0.92417 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0669 0.89255 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-144 4 0.0706 0.89128 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.84719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.3567 0.80579 0.008 0.000 0.000 0.780 0.000 0.064 0.016 0.132
#> dkfz_11-147 4 0.3452 0.84867 0.008 0.000 0.000 0.764 0.000 0.176 0.004 0.048
#> dkfz_11-148 2 0.0125 0.84735 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.1821 0.89321 0.004 0.000 0.000 0.908 0.000 0.060 0.000 0.028
#> dkfz_11-150 2 0.0125 0.84735 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0125 0.89229 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.1570 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008 NA 0.008 0.004
#> dkfz_11-002 9 0.3190 0.6456 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.068 0.812
#> dkfz_11-003 3 0.4534 0.2167 0.000 0.000 0.580 0.000 0.280 0.128 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.0973 0.8823 0.032 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0936 0.8329 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.4025 0.5628 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.032 NA 0.012 0.292
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0728 0.8371 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-009 3 0.0818 0.8948 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 5 0.0119 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.6432 0.2296 0.000 0.144 0.044 0.000 0.004 0.528 NA 0.116 0.124
#> dkfz_11-012 6 0.6573 0.1929 0.000 0.212 0.112 0.000 0.004 0.484 NA 0.028 0.104
#> dkfz_11-013 2 0.3615 0.6878 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.036 NA 0.004 0.192
#> dkfz_11-014 6 0.6760 -0.0643 0.000 0.256 0.032 0.000 0.000 0.308 NA 0.036 0.300
#> dkfz_11-015 9 0.3592 0.6309 0.000 0.028 0.064 0.000 0.000 0.032 NA 0.056 0.804
#> dkfz_11-016 6 0.5766 0.1253 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 NA 0.176 0.008
#> dkfz_11-017 4 0.3605 0.8081 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.076 NA 0.040 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.3928 0.7737 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.132 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3738 0.5886 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA 0.012 0.260
#> dkfz_11-020 4 0.3805 0.7846 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.128 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0237 0.9112 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3406 0.6935 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 NA 0.140 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.5420 0.1284 0.020 0.000 0.000 0.000 0.180 0.448 NA 0.332 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.3003 0.6547 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.224 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-025 3 0.1611 0.8847 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.024 NA 0.020 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0492 0.8369 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0414 0.8945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.2202 0.8137 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.028 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.1469 0.8279 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.016 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.3809 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.140 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0237 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1632 0.8325 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-033 5 0.0237 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3622 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.144 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0119 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0414 0.8369 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-037 5 0.4224 0.1001 0.016 0.000 0.000 0.000 0.476 0.468 NA 0.028 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0414 0.9090 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 3 0.1356 0.8905 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.024 0.008
#> dkfz_11-040 3 0.0119 0.9111 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0296 0.8957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.1791 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.108 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3431 0.5582 0.000 0.004 0.000 0.000 0.668 0.304 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 8 0.4384 0.6383 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.028 NA 0.672 0.200
#> dkfz_11-045 2 0.5761 0.0862 0.000 0.428 0.028 0.000 0.000 0.388 NA 0.020 0.092
#> dkfz_11-046 3 0.5036 -0.1091 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.004 NA 0.108 0.392
#> dkfz_11-047 5 0.0119 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3246 0.7657 0.000 0.824 0.036 0.000 0.000 0.076 NA 0.008 0.024
#> dkfz_11-049 3 0.1353 0.8906 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.020 0.008
#> dkfz_11-050 8 0.4129 0.5852 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.224 NA 0.664 0.096
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0119 0.9115 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.4859 0.1743 0.000 0.000 0.000 0.160 0.004 0.632 NA 0.044 0.008
#> dkfz_11-054 9 0.2233 0.6659 0.000 0.048 0.004 0.000 0.000 0.012 NA 0.024 0.892
#> dkfz_11-055 1 0.0533 0.9068 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.1353 0.8902 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 NA 0.020 0.008
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0119 0.9115 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0296 0.9099 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.1147 0.8967 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 NA 0.016 0.008
#> dkfz_11-061 8 0.3570 0.7334 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.088 NA 0.764 0.112
#> dkfz_11-062 6 0.4693 -0.1206 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.468 NA 0.412 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.5424 0.2103 0.020 0.000 0.000 0.000 0.108 0.596 NA 0.132 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0703 0.8358 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3944 0.4061 0.000 0.016 0.000 0.000 0.592 0.360 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.0959 0.8388 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.1606 0.8262 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0331 0.8369 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 5 0.0237 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 9 0.7547 0.1558 0.000 0.096 0.212 0.000 0.000 0.112 NA 0.164 0.340
#> dkfz_11-071 5 0.1913 0.8148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.124 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.0869 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1510 0.8237 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.040 NA 0.004 0.004
#> dkfz_11-074 3 0.1165 0.8743 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 8 0.3780 0.7192 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.040 NA 0.716 0.212
#> dkfz_11-091 2 0.1458 0.8170 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.004 0.052
#> dkfz_11-092 5 0.0119 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0237 0.9110 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5322 0.5062 0.000 0.588 0.016 0.000 0.000 0.180 NA 0.008 0.156
#> dkfz_11-095 1 0.3637 0.2677 0.568 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0533 0.9071 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.0296 0.9099 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1504 0.8535 0.072 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 8 0.4584 0.5732 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.044 NA 0.624 0.252
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.0331 0.8969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0296 0.9113 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.6945 0.1758 0.036 0.000 0.096 0.000 0.204 0.400 NA 0.216 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.1987 0.8329 0.888 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1032 0.8741 0.044 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0237 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.4113 0.0943 0.508 0.000 0.000 0.000 0.440 0.016 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 5 0.2477 0.7551 0.160 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0212 0.9112 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1812 0.8403 0.084 0.000 0.000 0.000 0.896 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0119 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1885 0.8158 0.112 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0373 0.9088 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5649 0.0527 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.376 NA 0.232 0.008
#> dkfz_11-115 5 0.0119 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0119 0.9111 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.1632 0.8793 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0119 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.5665 0.2960 0.224 0.000 0.000 0.000 0.524 0.164 NA 0.048 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9115 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1274 0.8868 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0634 0.9070 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0119 0.9111 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4283 0.5232 0.000 0.000 0.020 0.000 0.652 0.264 NA 0.032 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0212 0.9106 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0881 0.9041 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0212 0.9106 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2131 0.7853 0.140 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1783 0.8559 0.004 0.000 0.000 0.000 0.908 0.064 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2104 0.8484 0.892 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0212 0.9111 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0446 0.9083 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0373 0.9100 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0212 0.9106 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1034 0.8930 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0565 0.9025 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0212 0.9107 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.2534 0.6054 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 NA 0.088 0.852
#> dkfz_11-140 6 0.6533 0.1047 0.304 0.000 0.088 0.000 0.000 0.352 NA 0.204 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.0373 0.9090 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.8979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.1387 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.2002 0.8100 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.012 NA 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 2 0.0373 0.8363 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.016
#> dkfz_11-146 4 0.3601 0.6337 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 NA 0.020 0.008
#> dkfz_11-147 4 0.3958 0.7696 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.136 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0414 0.8369 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-149 4 0.2635 0.8287 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.044 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0703 0.8337 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.004 0.016
#> dkfz_11-151 5 0.0119 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.1362 0.59582 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000 0.040
#> dkfz_11-002 9 0.4500 0.57807 0.004 0.120 0.000 0.000 0.000 0.072 0.028 0.004 0.696 0.076
#> dkfz_11-003 3 0.4575 0.03678 0.000 0.000 0.508 0.000 0.260 0.000 0.000 0.228 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 5 0.1222 0.85061 0.028 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1178 0.81983 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.036 0.012 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.4154 0.49175 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036 0.312 0.032
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.86068 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0508 0.82933 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.1412 0.82715 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0630 0.85813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-011 8 0.5809 0.23874 0.000 0.080 0.044 0.000 0.000 0.124 0.040 0.604 0.076 0.032
#> dkfz_11-012 8 0.5260 0.26393 0.000 0.144 0.104 0.000 0.000 0.016 0.024 0.632 0.056 0.024
#> dkfz_11-013 2 0.3822 0.64327 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.212 0.036
#> dkfz_11-014 8 0.6825 0.12373 0.000 0.152 0.060 0.000 0.000 0.044 0.048 0.432 0.220 0.044
#> dkfz_11-015 9 0.4154 0.59709 0.000 0.008 0.060 0.000 0.000 0.120 0.008 0.056 0.732 0.016
#> dkfz_11-016 7 0.6030 0.34018 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.404 0.272 0.004 0.024
#> dkfz_11-017 4 0.4037 0.49602 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.044 0.224 0.012 0.004 0.036
#> dkfz_11-018 4 0.3329 0.46871 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.360 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-019 2 0.4132 0.53370 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.020 0.264 0.040
#> dkfz_11-020 4 0.3254 0.51645 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.312 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-021 3 0.0113 0.89150 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.4478 0.58012 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.072 0.048 0.004 0.044
#> dkfz_11-023 8 0.5389 -0.00460 0.000 0.000 0.004 0.000 0.120 0.272 0.096 0.500 0.000 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.3149 0.49394 0.000 0.656 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.328 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.2329 0.84626 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.016 0.016 0.028 0.040 0.016
#> dkfz_11-026 2 0.0282 0.83021 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0959 0.84937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 4 0.2553 0.49194 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.036 0.008 0.004 0.120
#> dkfz_11-029 4 0.1742 0.57912 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.016 0.004 0.004 0.076
#> dkfz_11-030 4 0.3716 0.45873 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.004 0.344 0.004 0.004 0.036
#> dkfz_11-031 5 0.0597 0.86026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.1824 0.59576 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.048
#> dkfz_11-033 5 0.0517 0.86046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3449 0.52593 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.004 0.280 0.012 0.004 0.020
#> dkfz_11-035 5 0.0315 0.86101 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0582 0.83029 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> dkfz_11-037 8 0.4531 0.00317 0.004 0.000 0.000 0.000 0.392 0.016 0.072 0.504 0.000 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.0429 0.92152 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 3 0.2077 0.84487 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.016 0.016 0.004 0.060 0.012
#> dkfz_11-040 3 0.0113 0.89100 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0429 0.86001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 5 0.2183 0.71604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.184 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.4197 0.32521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.004 0.068 0.340 0.004 0.012
#> dkfz_11-044 6 0.3396 0.59781 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.784 0.008 0.016 0.088 0.012
#> dkfz_11-045 8 0.4978 0.16895 0.000 0.344 0.028 0.000 0.000 0.016 0.012 0.532 0.048 0.020
#> dkfz_11-046 3 0.5424 0.06866 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.140 0.024 0.012 0.300 0.036
#> dkfz_11-047 5 0.0315 0.86094 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4313 0.59283 0.000 0.684 0.100 0.000 0.000 0.004 0.008 0.168 0.024 0.012
#> dkfz_11-049 3 0.1687 0.86275 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004 0.036 0.008
#> dkfz_11-050 6 0.3713 0.59383 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.744 0.036 0.152 0.028 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0315 0.86052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 3 0.0113 0.89150 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 7 0.5602 0.34240 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004 0.032 0.412 0.348 0.004 0.028
#> dkfz_11-054 9 0.3298 0.62501 0.000 0.032 0.008 0.000 0.000 0.084 0.008 0.040 0.812 0.016
#> dkfz_11-055 1 0.0340 0.92222 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 3 0.1687 0.86275 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004 0.036 0.008
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.89128 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0113 0.89150 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0654 0.91843 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-060 3 0.1561 0.86757 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.016 0.012 0.004 0.032 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.3203 0.65441 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.816 0.024 0.056 0.020 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.4873 -0.16196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.368 0.172 0.000 0.024
#> dkfz_11-063 7 0.5523 0.46358 0.004 0.000 0.000 0.000 0.108 0.080 0.472 0.312 0.000 0.024
#> dkfz_11-064 2 0.0282 0.83021 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3841 0.02934 0.000 0.012 0.000 0.000 0.484 0.004 0.008 0.476 0.016 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1017 0.62838 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-067 4 0.2177 0.53100 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004 0.096
#> dkfz_11-068 2 0.0582 0.83029 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> dkfz_11-069 5 0.0597 0.86026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-070 9 0.7842 0.11363 0.000 0.060 0.168 0.000 0.000 0.188 0.052 0.160 0.280 0.092
#> dkfz_11-071 5 0.2970 0.64436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.024 0.220 0.004 0.004
#> dkfz_11-072 5 0.1154 0.84851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.036 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 2 0.2267 0.78318 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.100 0.016 0.008
#> dkfz_11-074 3 0.1594 0.80267 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3167 0.62231 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.788 0.008 0.020 0.128 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1149 0.81380 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.0541 0.85916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-093 3 0.0113 0.89150 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.5556 0.32797 0.000 0.508 0.024 0.000 0.000 0.012 0.016 0.284 0.124 0.032
#> dkfz_11-095 1 0.3876 0.27845 0.564 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.012 0.032 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.0517 0.91994 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.0710 0.91834 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.1748 0.82849 0.056 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 6 0.4850 0.44067 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.656 0.080 0.032 0.144 0.076
#> dkfz_11-100 5 0.0113 0.86087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.0893 0.85700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0226 0.92273 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.6023 0.25885 0.000 0.000 0.076 0.000 0.128 0.220 0.060 0.496 0.000 0.020
#> dkfz_11-104 1 0.2627 0.81626 0.844 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.028 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 5 0.1449 0.83667 0.044 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.008 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 5 0.0597 0.86026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.4264 0.15484 0.428 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.032 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 5 0.3070 0.70155 0.168 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.020 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0541 0.92336 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2363 0.79227 0.088 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.020 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 5 0.0671 0.85701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 5 0.2538 0.74247 0.148 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.1061 0.91087 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 8 0.5612 0.19546 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 0.224 0.060 0.456 0.000 0.024
#> dkfz_11-115 5 0.0429 0.85901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0202 0.88980 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2243 0.87307 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.040 0.044 0.000 0.012
#> dkfz_11-118 5 0.0517 0.86069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0226 0.86096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.5599 0.25242 0.220 0.000 0.000 0.000 0.488 0.020 0.048 0.212 0.000 0.012
#> dkfz_11-121 3 0.0113 0.89100 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1625 0.89321 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.016 0.036 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.1291 0.91237 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.020 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.89128 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4351 0.16668 0.000 0.000 0.012 0.000 0.520 0.016 0.032 0.404 0.000 0.016
#> dkfz_11-126 1 0.0429 0.92181 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1530 0.90467 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.028 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0226 0.92249 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2680 0.72125 0.168 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 5 0.2325 0.79104 0.008 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004 0.016 0.116 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.2902 0.78429 0.820 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.032 0.052 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0340 0.92335 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0784 0.91963 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.0340 0.92251 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0340 0.92256 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1173 0.87106 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048 0.004 0.004
#> dkfz_11-137 3 0.0836 0.86927 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0453 0.92279 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 9 0.4014 0.58558 0.004 0.004 0.004 0.000 0.000 0.128 0.028 0.008 0.728 0.096
#> dkfz_11-140 8 0.6288 0.16321 0.172 0.000 0.080 0.000 0.000 0.208 0.060 0.456 0.000 0.024
#> dkfz_11-141 1 0.0517 0.92134 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0113 0.86087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.1523 0.60108 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000 0.048
#> dkfz_11-144 4 0.1671 0.56921 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.032 0.012 0.000 0.044
#> dkfz_11-145 2 0.0597 0.83006 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012
#> dkfz_11-146 10 0.3865 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.512
#> dkfz_11-147 4 0.3540 0.43872 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.368 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-148 2 0.0582 0.83029 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> dkfz_11-149 4 0.2538 0.60645 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.148 0.004 0.008 0.020
#> dkfz_11-150 2 0.0824 0.82952 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.016
#> dkfz_11-151 5 0.0226 0.86034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:skmeans 135 1.59e-21 5.29e-08 2
#> MAD:skmeans 135 9.10e-44 1.54e-08 3
#> MAD:skmeans 131 5.37e-58 3.15e-19 4
#> MAD:skmeans 131 2.05e-61 3.75e-23 5
#> MAD:skmeans 127 4.41e-75 5.71e-28 6
#> MAD:skmeans 117 6.25e-66 1.08e-25 7
#> MAD:skmeans 117 6.15e-73 1.39e-26 8
#> MAD:skmeans 116 2.50e-74 2.58e-26 9
#> MAD:skmeans 104 3.67e-68 9.34e-23 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 9.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.828 0.930 0.969 0.50311 0.496 0.496
#> 3 3 0.726 0.774 0.859 0.22942 0.866 0.735
#> 4 4 0.937 0.903 0.965 0.13780 0.855 0.647
#> 5 5 0.773 0.783 0.860 0.08001 0.895 0.669
#> 6 6 0.893 0.858 0.925 0.07520 0.911 0.646
#> 7 7 0.931 0.873 0.948 0.02069 0.973 0.856
#> 8 8 0.890 0.781 0.900 0.02132 0.984 0.906
#> 9 9 0.945 0.868 0.946 0.02263 0.969 0.801
#> 10 10 0.944 0.847 0.944 0.00255 0.998 0.987
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 9
#> attr(,"optional")
#> [1] 4 7
There is also optional best \(k\) = 4 7 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0938 0.9642 0.012 0.988
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0376 0.9711 0.004 0.996
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.6887 0.7802 0.816 0.184
#> dkfz_11-038 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.6887 0.7802 0.816 0.184
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.9552 0.4300 0.624 0.376
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0672 0.9679 0.008 0.992
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.6531 0.7893 0.168 0.832
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.5294 0.8617 0.120 0.880
#> dkfz_11-059 1 0.5178 0.8671 0.884 0.116
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.6801 0.7853 0.820 0.180
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.5737 0.8489 0.864 0.136
#> dkfz_11-073 2 0.9954 0.1020 0.460 0.540
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.8499 0.6187 0.724 0.276
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-096 1 0.4939 0.8752 0.892 0.108
#> dkfz_11-097 2 0.6438 0.8016 0.164 0.836
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.6887 0.7742 0.184 0.816
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.6801 0.7796 0.180 0.820
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0672 0.9553 0.992 0.008
#> dkfz_11-123 1 0.6623 0.7981 0.828 0.172
#> dkfz_11-124 1 0.2423 0.9332 0.960 0.040
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.6343 0.8068 0.160 0.840
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.6531 0.7963 0.168 0.832
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.4562 0.8873 0.904 0.096
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-136 1 0.9983 0.0913 0.524 0.476
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 1 0.1843 0.9446 0.972 0.028
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9744 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.6286 0.7291 0.000 0.536 0.464
#> dkfz_11-003 1 0.1753 0.8731 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-006 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-009 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-012 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-013 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-014 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-015 2 0.5178 0.6880 0.000 0.744 0.256
#> dkfz_11-016 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.4328 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-024 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-025 2 0.4931 0.6662 0.000 0.768 0.232
#> dkfz_11-026 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.6295 0.2260 0.000 0.528 0.472
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-037 2 0.9162 0.5883 0.160 0.500 0.340
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.4328 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.9906 -0.3383 0.388 0.272 0.340
#> dkfz_11-044 3 0.6215 0.1707 0.000 0.428 0.572
#> dkfz_11-045 2 0.6345 0.8130 0.004 0.596 0.400
#> dkfz_11-046 3 0.5785 0.5286 0.000 0.332 0.668
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.4328 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-054 2 0.5926 0.7793 0.000 0.644 0.356
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.4328 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.2356 0.3471 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0747 0.8891 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-060 2 0.2165 0.4920 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-061 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-062 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-063 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-064 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-065 1 0.9941 -0.3693 0.376 0.284 0.340
#> dkfz_11-066 3 0.2711 0.8190 0.000 0.088 0.912
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.9153 0.0586 0.524 0.300 0.176
#> dkfz_11-073 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-074 1 0.6095 0.6046 0.608 0.392 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5178 0.6880 0.000 0.744 0.256
#> dkfz_11-091 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.8688 0.5753 0.208 0.596 0.196
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.7890 0.3568 0.372 0.564 0.064
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.8069 0.1994 0.460 0.476 0.064
#> dkfz_11-121 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.6140 0.5933 0.596 0.404 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.8675 0.6067 0.184 0.596 0.220
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.8689 0.5864 0.200 0.596 0.204
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.6192 0.5741 0.580 0.420 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.6126 0.5971 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3816 0.7411 0.000 0.148 0.852
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-149 3 0.0237 0.9189 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-150 2 0.6140 0.8170 0.000 0.596 0.404
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9030 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.1637 0.8811 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-003 1 0.3024 0.8039 0.852 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1022 0.9063 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.2589 0.8287 0.000 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.5723 0.2912 0.000 0.388 0.032 0.580
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2281 0.8361 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.4543 0.5260 0.324 0.676 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.5861 -0.0327 0.000 0.492 0.032 0.476
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3528 0.7422 0.000 0.000 0.192 0.808
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0469 0.9201 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.4925 0.2024 0.000 0.428 0.572 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1474 0.8925 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-063 2 0.0592 0.9182 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4477 0.5434 0.312 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4996 0.0100 0.516 0.484 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1022 0.9063 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3764 0.7004 0.216 0.784 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.4933 0.2751 0.432 0.568 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1389 0.9102 0.000 0.048 0.000 0.952
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4992 0.0168 0.524 0.476 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3444 0.7409 0.184 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3610 0.7211 0.200 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9647 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.0188 0.9567 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9598 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0188 0.9561 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1410 0.7988 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.6006 0.5130 0.196 0.000 0.220 0.000 0.584
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.2074 0.8076 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.4227 0.0726 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> dkfz_11-010 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-011 2 0.3452 0.7765 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-012 2 0.0794 0.8339 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.4219 0.6571 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-016 2 0.1544 0.8284 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.2561 0.9160 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-022 4 0.3636 0.7394 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> dkfz_11-023 2 0.2732 0.8067 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4367 0.6532 0.000 0.580 0.004 0.000 0.416
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-034 2 0.6767 0.2475 0.000 0.380 0.000 0.272 0.348
#> dkfz_11-035 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1965 0.7499 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.2561 0.9160 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.8952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-043 5 0.4219 0.3075 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-044 5 0.6732 -0.3375 0.000 0.284 0.000 0.300 0.416
#> dkfz_11-045 5 0.4219 0.3075 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-046 4 0.4219 0.5911 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.2561 0.9160 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-050 2 0.3636 0.7647 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.8952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1478 0.8236 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.2561 0.9160 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.8952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.2561 0.9160 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-059 1 0.0963 0.8958 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-060 2 0.6659 0.3289 0.000 0.428 0.240 0.000 0.332
#> dkfz_11-061 2 0.3586 0.7708 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-062 2 0.3477 0.8033 0.000 0.824 0.000 0.040 0.136
#> dkfz_11-063 2 0.0510 0.8321 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4219 0.3075 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3452 0.5126 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-070 2 0.3636 0.7647 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-071 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-072 1 0.4449 -0.0199 0.512 0.484 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.4219 0.0818 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> dkfz_11-075 2 0.4219 0.6571 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-093 3 0.2230 0.9173 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.5620 0.6600 0.116 0.612 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.2773 0.8277 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.6132 0.5367 0.224 0.564 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3636 0.7647 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2773 0.6994 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3636 0.7647 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-115 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.8952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.4527 0.7093 0.000 0.036 0.000 0.692 0.272
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.6569 0.4547 0.256 0.472 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.8952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.2230 0.9173 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-125 1 0.1270 0.8842 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.5535 0.6701 0.108 0.620 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.3707 0.3913 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> dkfz_11-131 2 0.5620 0.6600 0.116 0.612 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.2561 0.9160 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-137 3 0.3774 0.5276 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.3636 0.7647 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9462 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.4227 0.6303 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-143 4 0.3274 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9163 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.2719 0.8351 0.000 0.004 0.000 0.852 0.144
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8357 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.4219 0.6375 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1643 0.899 0.000 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 5 0.1387 0.791 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.3833 0.152 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.3371 0.507 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0790 0.836 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3774 0.332 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-012 2 0.2328 0.892 0.000 0.892 0.000 0.000 0.052 0.056
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0790 0.934 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-015 6 0.0790 0.872 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-016 2 0.1957 0.872 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.1556 0.930 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-022 6 0.1556 0.870 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-023 2 0.2883 0.745 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0790 0.872 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0790 0.836 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0790 0.836 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0790 0.836 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.2277 0.839 0.000 0.000 0.032 0.076 0.000 0.892
#> dkfz_11-035 5 0.2003 0.819 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2747 0.827 0.096 0.860 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.1556 0.930 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-040 3 0.0790 0.915 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.1444 0.841 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1444 0.802 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 5 0.1444 0.802 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.0790 0.872 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-047 1 0.0937 0.913 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.1556 0.930 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-050 6 0.1556 0.882 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-051 1 0.0458 0.925 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0790 0.915 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0790 0.934 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-054 2 0.2912 0.787 0.000 0.816 0.012 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.1556 0.930 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-057 3 0.0790 0.915 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1556 0.930 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-059 1 0.1663 0.858 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-060 6 0.2178 0.785 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-061 6 0.1814 0.870 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-062 2 0.4150 0.504 0.000 0.652 0.000 0.028 0.000 0.320
#> dkfz_11-063 2 0.0937 0.928 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1444 0.802 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3695 0.416 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.1556 0.882 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-071 5 0.1387 0.841 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4866 0.129 0.508 0.444 0.000 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-073 2 0.0713 0.934 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.2631 0.684 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.882 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.1444 0.841 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.1411 0.931 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0937 0.913 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1556 0.866 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-097 6 0.1938 0.879 0.036 0.004 0.000 0.000 0.040 0.920
#> dkfz_11-098 1 0.0937 0.913 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.3126 0.653 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-100 1 0.0632 0.922 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.3041 0.797 0.128 0.000 0.000 0.000 0.040 0.832
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1556 0.882 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-104 1 0.0363 0.927 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3847 0.178 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0937 0.913 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0937 0.913 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0146 0.929 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1556 0.882 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-115 5 0.1444 0.841 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0790 0.915 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.1829 0.882 0.000 0.024 0.000 0.056 0.000 0.920
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.2340 0.811 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.1865 0.877 0.040 0.000 0.000 0.000 0.040 0.920
#> dkfz_11-121 3 0.0790 0.915 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2744 0.781 0.840 0.000 0.000 0.000 0.016 0.144
#> dkfz_11-124 3 0.1411 0.931 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-125 1 0.3695 0.291 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.1938 0.879 0.036 0.004 0.000 0.000 0.040 0.920
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3684 0.494 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.1938 0.879 0.036 0.004 0.000 0.000 0.040 0.920
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1387 0.878 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1556 0.930 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-137 3 0.3515 0.519 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.1556 0.882 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-141 1 0.0937 0.913 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.3023 0.713 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2996 0.731 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3126 0.713 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1444 0.841 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1513 0.88776 0.000 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.0863 0.95262 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-004 1 0.0134 0.93384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.3556 -0.00919 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.0134 0.99107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.86982 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3321 0.41059 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2565 0.86091 0.000 0.860 0.000 0.000 0.056 0.084 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1321 0.91083 0.000 0.940 0.012 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.3237 0.54418 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.2118 0.84252 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2987 0.67657 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.86982 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.86982 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.86982 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3156 0.58298 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1277 0.82997 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2916 0.79400 0.096 0.832 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 7 0.0000 0.99290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0239 0.87129 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0334 0.86651 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0334 0.86651 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0334 0.93041 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0134 0.93362 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 7 0.0000 0.99290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.1222 0.90511 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3109 0.78789 0.000 0.808 0.056 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 7 0.0000 0.99290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1625 0.85265 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0927 0.89612 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3938 0.45850 0.000 0.616 0.000 0.028 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1222 0.90177 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0334 0.86651 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3308 0.50116 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0334 0.87025 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4124 0.14126 0.532 0.444 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0927 0.91215 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 7 0.0134 0.99107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0239 0.87129 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0990 0.89864 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0239 0.93234 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1433 0.86618 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0239 0.93234 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.3237 0.51073 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0334 0.93041 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2171 0.79096 0.116 0.000 0.000 0.000 0.012 0.872 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0134 0.93384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3502 0.29797 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0239 0.93234 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0334 0.93041 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0239 0.93050 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0334 0.87025 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 7 0.0000 0.99290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.2359 0.75282 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 7 0.0000 0.99290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2249 0.79156 0.852 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0863 0.90495 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-125 1 0.3520 0.12365 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3190 0.57903 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1277 0.87848 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.92999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 7 0.0000 0.99290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.93492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.93228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0239 0.93234 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2682 0.66427 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2484 0.75777 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.97336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.2808 0.68733 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.93596 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0239 0.87129 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 8 0.4137 -0.01992 0.000 0.404 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-003 3 0.0745 0.95603 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0313 0.82369 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4668 0.20733 0.508 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0125 0.99120 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0614 0.89291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-011 6 0.3095 0.40675 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2478 0.84495 0.000 0.860 0.000 0.000 0.080 0.056 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1448 0.90254 0.000 0.940 0.000 0.000 0.020 0.024 0.012 0.004
#> dkfz_11-015 7 0.3029 0.53459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1982 0.81608 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2995 0.66105 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.260 0.000 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0614 0.89291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-028 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2694 0.64127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-032 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0614 0.89291 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-034 7 0.2954 0.57178 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1561 0.83984 0.080 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2897 0.76235 0.096 0.824 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.99323 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.89485 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0125 0.89385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0125 0.89385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3315 0.41584 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-048 2 0.0739 0.91207 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.1038 0.80403 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.99323 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.1479 0.89679 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.036 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 2 0.4540 0.58809 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.132 0.048 0.136
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.99323 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1521 0.74986 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0868 0.85282 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3743 0.44653 0.000 0.612 0.000 0.032 0.000 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1195 0.88027 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0125 0.89385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 8 0.5087 0.08207 0.224 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.89485 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 8 0.5197 0.00765 0.312 0.228 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-073 2 0.1107 0.89947 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 3 0.0125 0.99120 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0706 0.89454 0.016 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 7 0.0868 0.90025 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0739 0.91207 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.3303 0.43357 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-096 1 0.1341 0.76031 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3164 0.53346 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-099 8 0.4807 0.13156 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.276 0.000 0.540
#> dkfz_11-100 1 0.2049 0.74175 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-101 6 0.3662 0.28243 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.456
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3015 0.58024 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 8 0.5114 0.10942 0.244 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-107 1 0.3299 0.43957 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> dkfz_11-108 1 0.3311 0.42223 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0224 0.82423 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0471 0.89358 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.99323 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3662 0.38927 0.528 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-120 6 0.2650 0.65276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.99323 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0125 0.82644 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.3800 0.61164 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.164
#> dkfz_11-124 7 0.0745 0.90632 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3278 0.27430 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.3043 0.41144 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0125 0.88613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1195 0.77309 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.99323 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.82755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.3318 -0.17661 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.88864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3283 0.45479 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-142 5 0.2509 0.64931 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2380 0.70884 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.3326 -0.19823 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-147 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.2694 0.63429 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.92272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0695 0.89368 0.020 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 9 0.0515 0.895 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-003 3 0.0764 0.946 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0296 0.923 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4559 0.179 0.496 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0119 0.990 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0212 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2952 0.402 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2283 0.854 0.000 0.876 0.000 0.000 0.052 0.052 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0703 0.919 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-015 7 0.2867 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1843 0.817 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2903 0.661 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.256 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0212 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2853 0.521 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0212 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.2795 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1292 0.848 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2441 0.801 0.096 0.856 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0446 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0446 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 8 0.0119 0.909 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0565 0.919 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-049 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0930 0.895 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0869 0.915 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-054 2 0.4639 0.176 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.120 0.012 0.000 0.360
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1439 0.847 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0876 0.862 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3477 0.448 0.000 0.620 0.000 0.028 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0821 0.900 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0446 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-066 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 8 0.0119 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 8 0.0119 0.909 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0741 0.916 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-074 3 0.0119 0.990 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0212 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 7 0.0876 0.886 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0565 0.919 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-095 8 0.0296 0.907 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1269 0.861 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 8 0.2645 0.576 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-099 9 0.0581 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-100 1 0.1971 0.788 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-101 8 0.0119 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 8 0.2825 0.518 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 8 0.0119 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-107 8 0.0373 0.905 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.0212 0.908 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0212 0.925 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0212 0.898 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 8 0.0119 0.909 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.2765 0.559 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0119 0.927 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3674 0.610 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.0764 0.893 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3308 0.220 0.556 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2810 0.491 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0119 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1131 0.874 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0515 0.903 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 8 0.0706 0.887 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2351 0.655 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2556 0.688 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.784 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-144 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.2277 0.749 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-147 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.2608 0.615 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0237 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.1168 0.954 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 9 0.0282 0.849 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0729 0.939 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0282 0.919 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4350 0.179 0.496 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0113 0.988 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0202 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 6 0.2806 0.311 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2405 0.844 0.000 0.868 0.000 0.000 0.048 0.052 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0863 0.911 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-015 7 0.2735 0.451 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1790 0.803 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2916 0.643 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.248 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0202 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 4 0.1033 0.955 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.1033 0.955 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.2722 0.474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-032 4 0.0282 0.965 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0202 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 7 0.2931 0.471 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.684 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.1233 0.834 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2543 0.788 0.096 0.848 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0707 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0707 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 10 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.0820 0.910 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0888 0.889 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.1021 0.907 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4375 0.168 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.120 0.008 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1373 0.838 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0784 0.853 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3318 0.421 0.000 0.620 0.000 0.028 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0836 0.893 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0707 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0282 0.965 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.1168 0.954 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 10 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 10 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.0908 0.908 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0113 0.988 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0202 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 7 0.0836 0.874 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0820 0.910 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-095 10 0.0202 0.897 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-096 1 0.1211 0.853 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 10 0.2524 0.518 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-099 9 0.0426 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.1880 0.777 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-101 10 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 10 0.2696 0.451 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 10 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 10 0.0282 0.895 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-108 10 0.0113 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0202 0.921 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0202 0.886 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 10 0.0000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 6 0.2638 0.462 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0113 0.924 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.3506 0.581 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-124 7 0.0729 0.882 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3157 0.221 0.556 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2682 0.436 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0113 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1079 0.867 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0000 0.913 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0282 0.856 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 10 0.0615 0.875 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-142 5 0.2244 0.618 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.1402 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.072 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.1168 0.954 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.2173 0.615 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.2489 0.518 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0226 0.888 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:pam 133 1.55e-14 4.85e-05 2
#> MAD:pam 123 1.28e-32 1.33e-06 3
#> MAD:pam 130 5.55e-55 9.52e-28 4
#> MAD:pam 125 8.99e-51 2.23e-28 5
#> MAD:pam 129 3.87e-49 2.48e-25 6
#> MAD:pam 130 2.06e-51 8.05e-30 7
#> MAD:pam 117 9.81e-49 2.91e-28 8
#> MAD:pam 130 3.75e-54 1.49e-30 9
#> MAD:pam 124 4.99e-55 1.18e-30 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.4371 0.564 0.564
#> 3 3 0.747 0.832 0.904 0.3649 0.631 0.439
#> 4 4 0.674 0.763 0.841 0.1969 0.714 0.391
#> 5 5 0.803 0.721 0.881 0.0901 0.826 0.476
#> 6 6 0.825 0.795 0.885 0.0462 0.942 0.746
#> 7 7 0.862 0.788 0.884 0.0290 0.877 0.473
#> 8 8 0.849 0.699 0.791 0.0200 0.936 0.656
#> 9 9 0.881 0.743 0.845 0.0147 0.948 0.687
#> 10 10 0.907 0.814 0.894 0.0171 0.953 0.676
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.0938 0.986 0.988 0.012
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.6247 0.815 0.844 0.156
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-006 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.0237 0.9762 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1765 0.7435 0.004 0.956 0.040
#> dkfz_11-012 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-013 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-014 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-015 2 0.2066 0.7392 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-016 2 0.6026 0.6030 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-018 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-020 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.6062 0.5891 0.384 0.616 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1529 0.7425 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-025 3 0.5363 0.5674 0.000 0.276 0.724
#> dkfz_11-026 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-027 1 0.0237 0.9774 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-029 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.6026 0.6030 0.376 0.624 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.3192 0.7203 0.112 0.888 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-037 1 0.5760 0.3365 0.672 0.328 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0424 0.9653 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.2269 0.7397 0.016 0.944 0.040
#> dkfz_11-043 1 0.6079 0.0915 0.612 0.388 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.1989 0.7432 0.004 0.948 0.048
#> dkfz_11-045 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-046 3 0.4291 0.7473 0.000 0.180 0.820
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.1643 0.7421 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 2 0.5988 0.6125 0.368 0.632 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0424 0.9653 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.0424 0.9653 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-061 2 0.1525 0.7418 0.004 0.964 0.032
#> dkfz_11-062 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.6045 0.5963 0.380 0.620 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-065 2 0.1950 0.7425 0.008 0.952 0.040
#> dkfz_11-066 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-067 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1765 0.7435 0.004 0.956 0.040
#> dkfz_11-071 1 0.0892 0.9669 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0747 0.9682 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.2261 0.7334 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-091 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-092 1 0.0237 0.9762 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-095 1 0.0424 0.9748 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0747 0.9681 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0424 0.9748 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5988 0.6125 0.368 0.632 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0747 0.9682 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0424 0.9748 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0747 0.7356 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0892 0.9669 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.6045 0.5963 0.380 0.620 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0892 0.9645 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.2313 0.7403 0.024 0.944 0.032
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0592 0.9720 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0592 0.9718 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0424 0.9748 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9705 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.2116 0.7442 0.012 0.948 0.040
#> dkfz_11-140 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.5882 0.6264 0.348 0.652 0.000
#> dkfz_11-144 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-146 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-147 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-149 2 0.6008 0.6092 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1964 0.7409 0.000 0.944 0.056
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0707 0.8752 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-011 2 0.3271 0.8294 0.012 0.856 0.000 0.132
#> dkfz_11-012 2 0.2081 0.8782 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1022 0.9121 0.000 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.3810 0.6435 0.008 0.188 0.000 0.804
#> dkfz_11-017 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-018 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-023 1 0.6133 0.5278 0.676 0.188 0.000 0.136
#> dkfz_11-024 2 0.2676 0.8644 0.012 0.896 0.000 0.092
#> dkfz_11-025 3 0.1792 0.9160 0.000 0.068 0.932 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0592 0.8666 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-028 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-029 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-030 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-031 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-032 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-033 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-034 4 0.3937 0.6303 0.012 0.188 0.000 0.800
#> dkfz_11-035 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.5556 0.5902 0.720 0.188 0.000 0.092
#> dkfz_11-038 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-039 3 0.0592 0.9661 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-042 2 0.6084 0.5250 0.252 0.656 0.000 0.092
#> dkfz_11-043 1 0.3399 0.7800 0.868 0.040 0.000 0.092
#> dkfz_11-044 4 0.3978 0.6258 0.012 0.192 0.000 0.796
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.1474 0.9288 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.5189 0.4684 0.012 0.616 0.000 0.372
#> dkfz_11-051 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.7074 0.3662 0.568 0.192 0.000 0.240
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-056 3 0.0592 0.9661 0.000 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-060 3 0.0921 0.9551 0.000 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.4284 0.6013 0.012 0.224 0.000 0.764
#> dkfz_11-062 4 0.3668 0.6433 0.004 0.188 0.000 0.808
#> dkfz_11-063 1 0.7344 0.2942 0.512 0.188 0.000 0.300
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4827 0.7459 0.124 0.784 0.000 0.092
#> dkfz_11-066 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-067 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0707 0.8752 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-070 2 0.1677 0.9059 0.012 0.948 0.000 0.040
#> dkfz_11-071 1 0.2216 0.8124 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-072 4 0.4356 0.6043 0.292 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.4514 0.7008 0.008 0.228 0.756 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0469 0.8684 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-096 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-097 4 0.5322 0.5994 0.312 0.028 0.000 0.660
#> dkfz_11-098 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-100 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-101 4 0.4500 0.5962 0.316 0.000 0.000 0.684
#> dkfz_11-102 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-103 4 0.5030 0.6359 0.060 0.188 0.000 0.752
#> dkfz_11-104 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-105 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-106 1 0.2216 0.8124 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-107 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-108 4 0.4624 0.5575 0.340 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-109 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-110 1 0.4697 0.3509 0.644 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-111 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-112 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-113 4 0.4564 0.5883 0.328 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-114 4 0.3937 0.6303 0.012 0.188 0.000 0.800
#> dkfz_11-115 1 0.2216 0.8124 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-118 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-119 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-120 4 0.4454 0.6025 0.308 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-123 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.5395 0.6151 0.736 0.172 0.000 0.092
#> dkfz_11-126 4 0.4522 0.5904 0.320 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-127 4 0.4655 0.6020 0.312 0.004 0.000 0.684
#> dkfz_11-128 4 0.4713 0.5192 0.360 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-129 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-130 1 0.1302 0.8496 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-131 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-132 4 0.4500 0.5987 0.316 0.000 0.000 0.684
#> dkfz_11-133 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-134 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-135 1 0.4941 0.0992 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9765 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-139 2 0.4576 0.5806 0.012 0.728 0.000 0.260
#> dkfz_11-140 4 0.3810 0.6347 0.008 0.188 0.000 0.804
#> dkfz_11-141 4 0.4477 0.6015 0.312 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-142 1 0.0469 0.8776 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-143 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-144 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-147 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3486 0.6429 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0336 0.8757 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.3109 0.6891 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4306 -0.0155 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.4201 0.3135 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-011 2 0.5866 0.4940 0.000 0.596 0.000 0.156 0.248
#> dkfz_11-012 2 0.3970 0.6894 0.000 0.752 0.000 0.024 0.224
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0162 0.8957 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.0609 0.8422 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.5886 0.2021 0.032 0.252 0.000 0.080 0.636
#> dkfz_11-024 2 0.4958 0.4824 0.000 0.592 0.000 0.036 0.372
#> dkfz_11-025 3 0.3424 0.6549 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.4114 0.3622 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.4219 0.2931 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.4210 0.3041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> dkfz_11-034 4 0.6008 0.5130 0.000 0.200 0.000 0.584 0.216
#> dkfz_11-035 1 0.4304 0.0160 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3064 0.4696 0.000 0.108 0.000 0.036 0.856
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.3561 0.6155 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-042 5 0.4455 0.2247 0.000 0.260 0.000 0.036 0.704
#> dkfz_11-043 5 0.0324 0.5671 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-044 4 0.6309 0.4398 0.000 0.232 0.000 0.532 0.236
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.3521 0.6651 0.000 0.232 0.764 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.2020 0.7831 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.6549 0.3304 0.000 0.280 0.000 0.476 0.244
#> dkfz_11-051 1 0.3561 0.6155 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.6292 0.1446 0.012 0.260 0.000 0.156 0.572
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3177 0.7088 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.6442 0.3912 0.000 0.252 0.000 0.504 0.244
#> dkfz_11-062 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 4 0.3491 0.5739 0.228 0.000 0.000 0.768 0.004
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.5109 0.3334 0.000 0.504 0.000 0.036 0.460
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.4201 0.3135 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-070 2 0.3883 0.6924 0.000 0.780 0.000 0.184 0.036
#> dkfz_11-071 5 0.0162 0.5683 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-072 1 0.0162 0.8491 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5922 0.1760 0.000 0.516 0.408 0.028 0.048
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.4192 0.3209 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0609 0.8378 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0703 0.8391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.4287 0.1154 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.6439 0.4045 0.000 0.236 0.000 0.504 0.260
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.3452 0.6372 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-106 5 0.1410 0.5902 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.3857 0.5246 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-112 1 0.3305 0.6621 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 4 0.6349 0.4309 0.000 0.232 0.000 0.524 0.244
#> dkfz_11-115 5 0.0162 0.5683 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.3932 0.4917 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-119 1 0.4283 0.1298 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4527 0.2226 0.000 0.260 0.000 0.040 0.700
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.3561 0.6150 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-130 5 0.4722 0.3733 0.368 0.000 0.000 0.024 0.608
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3730 0.5373 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.4170 0.6954 0.000 0.048 0.000 0.760 0.192
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.4307 -0.0358 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-143 4 0.1792 0.7741 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.8591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.4227 0.2810 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2135 0.8693 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-003 3 0.0146 0.9624 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 1 0.4414 0.6965 0.712 0.000 0.000 0.000 0.180 0.108
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2135 0.8693 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-007 5 0.5227 0.4529 0.252 0.000 0.000 0.000 0.600 0.148
#> dkfz_11-008 2 0.0790 0.8562 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3356 0.7259 0.000 0.140 0.000 0.052 0.000 0.808
#> dkfz_11-012 2 0.3866 0.1946 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-013 2 0.2092 0.8698 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-014 2 0.2260 0.8655 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-015 2 0.3078 0.8183 0.000 0.796 0.000 0.012 0.000 0.192
#> dkfz_11-016 4 0.4316 0.4447 0.312 0.000 0.000 0.648 0.000 0.040
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2135 0.8693 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.6243 0.6382 0.044 0.012 0.000 0.136 0.232 0.576
#> dkfz_11-024 6 0.3819 0.2540 0.000 0.372 0.000 0.000 0.004 0.624
#> dkfz_11-025 3 0.2964 0.7429 0.000 0.004 0.792 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0146 0.8427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0146 0.8427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.3189 0.7260 0.000 0.004 0.000 0.236 0.000 0.760
#> dkfz_11-035 5 0.5578 0.1780 0.360 0.000 0.000 0.000 0.492 0.148
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3833 0.2553 0.000 0.000 0.000 0.008 0.648 0.344
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.4732 0.6685 0.680 0.000 0.000 0.000 0.172 0.148
#> dkfz_11-042 6 0.5149 0.2029 0.000 0.084 0.000 0.000 0.440 0.476
#> dkfz_11-043 5 0.0260 0.8349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-044 6 0.2558 0.7998 0.000 0.004 0.000 0.156 0.000 0.840
#> dkfz_11-045 2 0.2260 0.8655 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-046 3 0.3053 0.7671 0.000 0.004 0.812 0.012 0.000 0.172
#> dkfz_11-047 1 0.4425 0.7079 0.716 0.000 0.000 0.000 0.152 0.132
#> dkfz_11-048 2 0.2664 0.8287 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2740 0.8079 0.000 0.028 0.000 0.120 0.000 0.852
#> dkfz_11-051 1 0.4732 0.6685 0.680 0.000 0.000 0.000 0.172 0.148
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.3935 0.8019 0.044 0.024 0.000 0.136 0.004 0.792
#> dkfz_11-054 2 0.2416 0.8555 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.2632 0.7904 0.000 0.004 0.832 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-061 6 0.2692 0.8051 0.000 0.012 0.000 0.148 0.000 0.840
#> dkfz_11-062 4 0.2538 0.7476 0.124 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016
#> dkfz_11-063 4 0.5015 0.3189 0.352 0.000 0.000 0.564 0.000 0.084
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4473 0.1271 0.000 0.488 0.000 0.000 0.028 0.484
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3439 0.7957 0.000 0.072 0.000 0.120 0.000 0.808
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2260 0.8655 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3224 0.7911 0.000 0.036 0.032 0.084 0.000 0.848
#> dkfz_11-091 2 0.2135 0.8693 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.2135 0.8693 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1663 0.8216 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3641 0.7719 0.788 0.000 0.000 0.000 0.072 0.140
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.5597 0.2160 0.480 0.000 0.000 0.000 0.372 0.148
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3521 0.7906 0.044 0.004 0.000 0.156 0.000 0.796
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.4352 0.7198 0.724 0.000 0.000 0.000 0.128 0.148
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.1444 0.8568 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-111 1 0.4877 0.6406 0.660 0.000 0.000 0.000 0.192 0.148
#> dkfz_11-112 1 0.4352 0.7198 0.724 0.000 0.000 0.000 0.128 0.148
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3343 0.7886 0.024 0.004 0.000 0.176 0.000 0.796
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.4849 0.6462 0.664 0.000 0.000 0.000 0.188 0.148
#> dkfz_11-119 1 0.5571 0.2720 0.496 0.000 0.000 0.000 0.356 0.148
#> dkfz_11-120 1 0.0146 0.8867 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3745 0.7214 0.000 0.044 0.000 0.016 0.148 0.792
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.4352 0.7198 0.724 0.000 0.000 0.000 0.128 0.148
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.6087 0.3122 0.000 0.316 0.000 0.292 0.000 0.392
#> dkfz_11-140 4 0.4676 -0.0112 0.044 0.000 0.000 0.528 0.000 0.428
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.5516 0.2022 0.356 0.000 0.000 0.000 0.504 0.140
#> dkfz_11-143 4 0.1970 0.8168 0.028 0.000 0.000 0.912 0.000 0.060
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0000 0.9053 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.8475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0363 0.8365 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3680 -0.0705 0.000 0.512 0.000 0.004 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.2901 0.5515 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.4808 0.6254 0.328 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.112
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3558 -0.0458 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2225 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-008 2 0.0990 0.7401 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.1050 0.9724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-011 6 0.1946 0.6733 0.000 0.092 0.000 0.004 0.008 0.896 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.5234 0.3304 0.000 0.312 0.000 0.000 0.100 0.560 0.028
#> dkfz_11-013 2 0.3450 0.1900 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3853 0.0178 0.000 0.488 0.000 0.000 0.012 0.500 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2841 0.6164 0.000 0.156 0.000 0.004 0.020 0.820 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3471 0.5032 0.004 0.000 0.000 0.356 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.3678 0.0891 0.000 0.480 0.000 0.004 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3216 0.6681 0.084 0.000 0.000 0.004 0.028 0.836 0.048
#> dkfz_11-024 6 0.3231 0.6663 0.000 0.108 0.000 0.000 0.028 0.824 0.040
#> dkfz_11-025 6 0.4103 0.4125 0.000 0.000 0.372 0.004 0.028 0.596 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.1050 0.9724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 7 0.1050 0.9724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.1050 0.9724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-034 6 0.1625 0.6781 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2376 0.8385 0.020 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.120
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3232 0.6791 0.016 0.000 0.000 0.000 0.072 0.824 0.088
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0239 0.9721 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.3109 0.8532 0.092 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.092
#> dkfz_11-042 6 0.3101 0.6805 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116 0.820 0.060
#> dkfz_11-043 7 0.0422 0.9500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-044 6 0.0990 0.6872 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.4832 0.1960 0.000 0.388 0.000 0.000 0.100 0.512 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.3870 0.3909 0.000 0.000 0.388 0.008 0.008 0.596 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.3584 0.8254 0.140 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.092
#> dkfz_11-048 6 0.4792 0.2126 0.000 0.384 0.000 0.000 0.096 0.520 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0334 0.6868 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.3108 0.8542 0.088 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.096
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.2963 0.6811 0.060 0.000 0.000 0.008 0.036 0.860 0.036
#> dkfz_11-054 6 0.3598 0.2095 0.000 0.408 0.000 0.004 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0239 0.9721 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3769 0.1852 0.000 0.000 0.476 0.000 0.008 0.516 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0504 0.6875 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3509 0.3442 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3241 0.6511 0.036 0.000 0.000 0.188 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3209 0.6800 0.000 0.016 0.000 0.000 0.116 0.820 0.048
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.1050 0.9724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-070 6 0.2046 0.6768 0.000 0.084 0.000 0.012 0.008 0.896 0.000
#> dkfz_11-071 7 0.0504 0.9472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.4848 0.1609 0.000 0.400 0.000 0.000 0.100 0.500 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0975 0.6875 0.000 0.000 0.004 0.016 0.016 0.964 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.3680 0.0749 0.000 0.484 0.000 0.004 0.000 0.512 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.1050 0.9724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3561 -0.0652 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0134 0.9807 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0468 0.9664 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 5 0.3156 0.6825 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.2494 0.8346 0.020 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.132
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3033 0.6719 0.084 0.000 0.000 0.016 0.008 0.848 0.044
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.2681 0.8171 0.172 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.012
#> dkfz_11-106 7 0.0504 0.9563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.3334 0.3254 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2491 0.8491 0.036 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.104
#> dkfz_11-112 5 0.2552 0.8110 0.180 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2545 0.6869 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 0.864 0.028
#> dkfz_11-115 7 0.0504 0.9472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.2576 0.8489 0.036 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.112
#> dkfz_11-119 5 0.2453 0.8302 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.136
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2917 0.6808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.828 0.056
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2552 0.8110 0.180 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 6 0.4208 0.4620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.644 0.292
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9773 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.2711 0.6619 0.000 0.020 0.000 0.156 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.3151 0.6490 0.036 0.000 0.000 0.176 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.2456 0.8363 0.020 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.128
#> dkfz_11-143 6 0.3641 0.5052 0.012 0.000 0.000 0.352 0.000 0.636 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0134 0.7685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.7692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0334 0.9856 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0134 0.7685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 7 0.1183 0.9684 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.944
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.1078 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.024 NA 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4765 0.6712 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.216 NA 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0471 0.8779 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 NA 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.4702 -0.0890 0.512 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 NA 0.132
#> dkfz_11-005 2 0.0224 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.4684 0.6961 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.180 NA 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.3283 0.5993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.428
#> dkfz_11-008 2 0.3183 0.7435 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.028 NA 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 8 0.0125 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.996
#> dkfz_11-011 6 0.3958 0.6135 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.620 NA 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.5572 -0.2331 0.000 0.192 0.000 0.000 0.036 0.456 NA 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.4216 0.7290 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.112 NA 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5540 0.6086 0.000 0.460 0.000 0.000 0.032 0.200 NA 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.6211 -0.4210 0.000 0.108 0.000 0.000 0.364 0.336 NA 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.4238 0.0482 0.004 0.000 0.000 0.512 0.000 0.432 NA 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0544 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.4782 0.6619 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.228 NA 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0224 0.8901 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.0669 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 NA 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.4584 0.6274 0.036 0.000 0.000 0.004 0.032 0.536 NA 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.3827 0.4354 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.700 NA 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.5551 0.3149 0.000 0.000 0.416 0.000 0.340 0.220 NA 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1521 0.6368 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-027 8 0.0125 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.996
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.0544 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> dkfz_11-031 8 0.0224 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.992
#> dkfz_11-032 4 0.0661 0.8866 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.004 NA 0.000
#> dkfz_11-033 8 0.0224 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.992
#> dkfz_11-034 6 0.4593 0.6269 0.000 0.000 0.000 0.080 0.008 0.484 NA 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.3540 0.6277 0.012 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.412
#> dkfz_11-036 2 0.1521 0.6368 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.5060 0.3174 0.012 0.000 0.000 0.000 0.036 0.596 NA 0.264
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3070 0.6862 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.4661 0.6592 0.176 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.248
#> dkfz_11-042 6 0.2258 0.5219 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.888 NA 0.048
#> dkfz_11-043 8 0.2194 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.080 NA 0.880
#> dkfz_11-044 6 0.4271 0.6420 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.520 NA 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.5698 -0.3421 0.000 0.232 0.000 0.000 0.032 0.372 NA 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.5198 0.4241 0.000 0.000 0.476 0.004 0.344 0.168 NA 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.4715 0.5134 0.336 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 NA 0.140
#> dkfz_11-048 6 0.5693 -0.3300 0.000 0.232 0.000 0.000 0.032 0.388 NA 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0471 0.8855 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.3598 0.6412 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.580 NA 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.4619 0.6663 0.156 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.268
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.3539 0.6378 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.540 NA 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.5456 0.6395 0.000 0.512 0.000 0.000 0.036 0.224 NA 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.3029 0.6955 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.4579 0.5556 0.000 0.000 0.552 0.000 0.340 0.104 NA 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3966 0.6441 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.544 NA 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.4617 -0.1029 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.432 NA 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.5358 0.3021 0.256 0.000 0.000 0.260 0.008 0.472 NA 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0224 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1148 0.5129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.944 NA 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1078 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.024 NA 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0251 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1521 0.6368 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-069 8 0.0125 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.996
#> dkfz_11-070 6 0.4237 0.6132 0.000 0.060 0.000 0.012 0.000 0.620 NA 0.000
#> dkfz_11-071 8 0.2240 0.8279 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.084 NA 0.876
#> dkfz_11-072 1 0.0856 0.9246 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-073 6 0.5698 -0.3421 0.000 0.232 0.000 0.000 0.032 0.372 NA 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4192 0.4923 0.000 0.000 0.008 0.004 0.344 0.600 NA 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.4753 0.6445 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.244 NA 0.000
#> dkfz_11-092 8 0.0000 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4605 0.6808 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.120 NA 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0251 0.9411 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0438 0.9321 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3905 -0.1081 0.500 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.3540 0.6277 0.012 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.412
#> dkfz_11-101 1 0.0669 0.9308 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4149 0.6381 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.516 NA 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0313 0.9393 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.4682 0.6206 0.232 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.192
#> dkfz_11-106 8 0.1670 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.040 NA 0.920
#> dkfz_11-107 1 0.0669 0.9308 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0471 0.9360 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.2898 0.6734 0.780 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 NA 0.024
#> dkfz_11-111 5 0.3774 0.6402 0.028 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.396
#> dkfz_11-112 5 0.4413 0.5245 0.332 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 NA 0.100
#> dkfz_11-113 1 0.0471 0.9286 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-114 6 0.4142 0.6368 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.484 NA 0.000
#> dkfz_11-115 8 0.2371 0.8166 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.096 NA 0.864
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.0544 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.4036 0.6529 0.052 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.372
#> dkfz_11-119 5 0.3468 0.6211 0.008 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.416
#> dkfz_11-120 1 0.0471 0.9360 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0471 0.9360 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2732 0.5439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.856 NA 0.044
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0125 0.9418 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.4653 0.6612 0.164 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.264
#> dkfz_11-130 8 0.4496 0.2846 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.356 NA 0.568
#> dkfz_11-131 1 0.0471 0.9360 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0224 0.9410 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.8927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.4897 0.3087 0.000 0.024 0.000 0.368 0.000 0.516 NA 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.4576 0.6245 0.004 0.000 0.000 0.088 0.000 0.480 NA 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9424 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.3624 0.6205 0.016 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 NA 0.420
#> dkfz_11-143 4 0.5118 0.1440 0.048 0.000 0.000 0.508 0.012 0.380 NA 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0536 0.8854 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2879 0.7437 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0395 0.8903 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 NA 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.6926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1849 0.8447 0.000 0.000 0.000 0.908 0.004 0.044 NA 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.2879 0.7437 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012 NA 0.000
#> dkfz_11-151 8 0.0544 0.8534 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA 0.976
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.1140 0.909 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3215 0.783 0.000 0.800 0.000 0.000 0.040 0.000 0.060 0.100 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0373 0.969 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.4839 0.378 0.320 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3914 0.720 0.000 0.696 0.000 0.000 0.032 0.000 0.060 0.212 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.3148 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-008 2 0.2173 0.774 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 9 0.0212 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-011 6 0.1191 0.798 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.3031 0.754 0.000 0.088 0.000 0.000 0.064 0.032 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.3622 0.734 0.000 0.720 0.000 0.000 0.016 0.000 0.060 0.204 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3155 0.273 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-015 7 0.4751 0.507 0.000 0.076 0.000 0.000 0.044 0.052 0.672 0.156 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.3063 0.495 0.004 0.000 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.1318 0.908 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3247 0.783 0.000 0.792 0.000 0.000 0.032 0.000 0.060 0.116 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.0821 0.950 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.1140 0.909 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3429 0.651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.144 0.768 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.5025 0.167 0.000 0.372 0.000 0.000 0.084 0.480 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3015 0.826 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.040 0.816 0.044 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1058 0.773 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.000
#> dkfz_11-027 9 0.0876 0.781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.1371 0.906 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 9 0.0821 0.747 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-032 4 0.0212 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 9 0.0296 0.775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-034 6 0.1263 0.810 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.3148 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-036 2 0.1058 0.773 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5851 -0.264 0.004 0.000 0.000 0.000 0.368 0.280 0.000 0.068 0.280
#> dkfz_11-038 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.2060 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.4454 0.537 0.140 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-042 5 0.5340 -0.519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.148 0.008 0.404 0.036
#> dkfz_11-043 9 0.2549 0.683 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-044 6 0.1351 0.812 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.928 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 8 0.1706 0.787 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.2322 0.836 0.000 0.000 0.104 0.000 0.004 0.036 0.856 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.4684 -0.259 0.424 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-048 8 0.1908 0.759 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.1876 0.826 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0668 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.4345 0.545 0.116 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.1839 0.762 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.892 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.4656 0.651 0.000 0.620 0.000 0.000 0.048 0.000 0.116 0.216 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.2031 0.835 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0296 0.973 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.2001 0.836 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.1217 0.814 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.936 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3155 -0.111 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.4650 0.216 0.520 0.000 0.000 0.212 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.5034 0.396 0.000 0.024 0.000 0.000 0.336 0.144 0.000 0.492 0.004
#> dkfz_11-066 4 0.1192 0.908 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0212 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1058 0.773 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040 0.000
#> dkfz_11-069 9 0.0645 0.761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-070 6 0.2454 0.755 0.000 0.084 0.000 0.008 0.000 0.864 0.016 0.028 0.000
#> dkfz_11-071 9 0.2589 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> dkfz_11-072 1 0.0634 0.915 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-073 8 0.1706 0.787 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 7 0.2381 0.675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.168 0.820 0.008 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2992 0.771 0.000 0.824 0.000 0.000 0.016 0.052 0.012 0.096 0.000
#> dkfz_11-092 9 0.0373 0.782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-093 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3408 0.336 0.000 0.516 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.472 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.3887 0.341 0.612 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.3148 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-101 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0119 0.818 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.4497 0.529 0.152 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-106 9 0.2086 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.004 0.000 0.000 0.840
#> dkfz_11-107 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.2409 0.775 0.844 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-111 5 0.3148 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-112 5 0.4649 0.450 0.248 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-113 1 0.1223 0.885 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> dkfz_11-114 6 0.0565 0.821 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 9 0.2508 0.691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1300 0.907 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.052 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.3524 0.527 0.020 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-119 5 0.3148 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-120 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.5180 -0.443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.292 0.000 0.292 0.012
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.4232 0.546 0.096 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.376
#> dkfz_11-130 9 0.4648 0.165 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.136 0.000 0.008 0.508
#> dkfz_11-131 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0119 0.932 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0821 0.950 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4958 0.305 0.000 0.044 0.000 0.568 0.020 0.316 0.020 0.032 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0821 0.813 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0296 0.932 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.3149 0.510 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-143 4 0.3341 0.772 0.040 0.000 0.000 0.776 0.004 0.152 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0212 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1131 0.805 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.1207 0.910 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.2024 0.834 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.148 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.1633 0.801 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-151 9 0.0876 0.739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.2533 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.112 0.020 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-002 9 0.2829 0.6418 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.676 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0113 0.9722 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1322 0.8427 0.080 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2664 0.7210 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036 0.160 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8844 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0615 0.9416 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0113 0.9730 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 10 0.2653 0.7512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-011 6 0.1622 0.7816 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.024 0.016 0.000
#> dkfz_11-012 8 0.0671 0.7424 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.0728 0.9399 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 8 0.2397 0.5813 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 9 0.4185 0.2648 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276 0.096 0.612 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.2674 0.6305 0.004 0.000 0.000 0.236 0.000 0.752 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0202 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.1493 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.088 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-019 9 0.2822 0.6628 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.704 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 3 0.1739 0.8772 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.2476 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.112 0.020 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2846 0.6724 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-024 6 0.5355 0.0571 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.200 0.020 0.028
#> dkfz_11-025 7 0.1680 0.8630 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012 0.912 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0202 0.9562 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 10 0.2352 0.7693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-028 4 0.0113 0.8992 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.1721 0.8825 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.112 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-031 10 0.2722 0.7370 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-032 4 0.1352 0.8928 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.020 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-033 10 0.2696 0.7435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> dkfz_11-034 6 0.1028 0.8067 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.952 0.020 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0113 0.8897 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0202 0.9562 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 10 0.4242 0.2214 0.008 0.000 0.000 0.000 0.356 0.072 0.000 0.012 0.000 0.552
#> dkfz_11-038 1 0.0282 0.9683 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0786 0.8914 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0615 0.8863 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 8 0.3552 0.2986 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.500 0.000 0.472
#> dkfz_11-043 10 0.0615 0.6396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-044 6 0.1508 0.7907 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.920 0.036 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-045 8 0.0356 0.7439 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.1523 0.8678 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-047 5 0.1211 0.8486 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 8 0.0539 0.7429 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.2440 0.6858 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.8157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0492 0.8899 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.0816 0.8059 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-054 9 0.3164 0.6683 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.036 0.752 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0492 0.9671 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0842 0.8900 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.1050 0.9408 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0492 0.9652 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0673 0.8916 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0113 0.8151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.2391 0.6756 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.788 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.4508 0.4067 0.284 0.000 0.000 0.124 0.004 0.568 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.2674 0.6275 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.752 0.000 0.236
#> dkfz_11-066 4 0.2694 0.8727 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.112 0.020 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0707 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0202 0.9562 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 10 0.2682 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-070 6 0.3786 0.5422 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.024 0.232 0.000
#> dkfz_11-071 10 0.0555 0.6355 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-072 1 0.1195 0.9546 0.940 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-073 8 0.0356 0.7439 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 7 0.2817 0.7664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.816 0.004 0.084 0.008
#> dkfz_11-091 9 0.3064 0.4828 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-092 10 0.2393 0.7690 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-093 3 0.0315 0.9702 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.3007 0.0679 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0909 0.9644 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0492 0.9652 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0756 0.9653 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1924 0.7681 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0113 0.8897 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0909 0.9630 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0426 0.9679 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.8157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0835 0.9664 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0426 0.8909 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 10 0.1594 0.7241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-107 1 0.1150 0.9580 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0909 0.9626 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0113 0.9692 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.3231 0.2466 0.440 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0113 0.8897 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0937 0.8696 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.2209 0.8287 0.852 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 10 0.1694 0.7329 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.1869 0.8769 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.120 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0202 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0113 0.8897 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1203 0.9595 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1008 0.9598 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0356 0.9679 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.0605 0.9620 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 10 0.4719 -0.3366 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.192 0.000 0.372 0.000 0.428
#> dkfz_11-126 1 0.0356 0.9679 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0781 0.9669 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0426 0.9666 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0282 0.8910 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2546 0.5543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.008 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-131 1 0.0835 0.9636 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0667 0.9646 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0555 0.9667 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0282 0.9685 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0909 0.9626 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.1561 0.9009 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0555 0.9655 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.3806 0.2821 0.000 0.004 0.000 0.388 0.000 0.036 0.004 0.004 0.564 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0000 0.8157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0356 0.9679 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0113 0.8897 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.4440 0.7440 0.076 0.000 0.000 0.692 0.000 0.116 0.036 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.1096 0.8913 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.020 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0113 0.8992 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.1064 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9593 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.2948 0.7388 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.244 0.012 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0492 0.9477 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 10 0.2817 0.6967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:mclust 136 8.18e-20 2.73e-11 2
#> MAD:mclust 134 1.60e-44 1.80e-29 3
#> MAD:mclust 131 3.50e-44 1.94e-24 4
#> MAD:mclust 108 1.05e-45 2.31e-23 5
#> MAD:mclust 122 3.60e-58 1.40e-26 6
#> MAD:mclust 118 2.03e-56 2.66e-25 7
#> MAD:mclust 118 1.37e-52 5.88e-26 8
#> MAD:mclust 120 3.81e-52 1.48e-21 9
#> MAD:mclust 126 5.14e-57 1.76e-22 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.600 0.820 0.875 0.3012 0.582 0.582
#> 3 3 0.692 0.805 0.917 0.6717 0.852 0.757
#> 4 4 0.614 0.666 0.820 0.3113 0.744 0.507
#> 5 5 0.661 0.732 0.844 0.0490 0.932 0.795
#> 6 6 0.661 0.668 0.809 0.0280 0.988 0.959
#> 7 7 0.678 0.606 0.800 0.0330 0.981 0.935
#> 8 8 0.646 0.723 0.756 0.0367 0.906 0.674
#> 9 9 0.655 0.738 0.801 0.0214 0.989 0.946
#> 10 10 0.671 0.693 0.814 0.0200 0.991 0.952
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.2778 0.585 0.048 0.952
#> dkfz_11-002 2 0.9922 0.704 0.448 0.552
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2236 0.919 0.964 0.036
#> dkfz_11-006 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2236 0.919 0.964 0.036
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.9866 -0.482 0.568 0.432
#> dkfz_11-012 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.9970 0.710 0.468 0.532
#> dkfz_11-014 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-015 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-016 2 1.0000 0.687 0.496 0.504
#> dkfz_11-017 2 0.9977 0.710 0.472 0.528
#> dkfz_11-018 2 0.2603 0.584 0.044 0.956
#> dkfz_11-019 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-020 2 0.2423 0.583 0.040 0.960
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-023 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-024 1 0.7056 0.594 0.808 0.192
#> dkfz_11-025 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-026 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.566 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.566 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.2603 0.584 0.044 0.956
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.9850 0.695 0.428 0.572
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.2236 0.919 0.964 0.036
#> dkfz_11-049 1 0.1414 0.935 0.980 0.020
#> dkfz_11-050 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-054 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.6887 0.617 0.816 0.184
#> dkfz_11-061 1 0.2236 0.919 0.964 0.036
#> dkfz_11-062 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-063 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-064 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.9988 0.710 0.480 0.520
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.566 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.9988 0.711 0.480 0.520
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.9993 -0.647 0.516 0.484
#> dkfz_11-091 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-095 1 0.1184 0.939 0.984 0.016
#> dkfz_11-096 1 0.1184 0.939 0.984 0.016
#> dkfz_11-097 1 0.1843 0.928 0.972 0.028
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.9922 0.704 0.448 0.552
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.6973 0.606 0.812 0.188
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0376 0.947 0.996 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.7056 0.594 0.808 0.192
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.9993 0.710 0.484 0.516
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1184 0.939 0.984 0.016
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2043 0.924 0.968 0.032
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1184 0.939 0.984 0.016
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1184 0.939 0.984 0.016
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.566 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.7056 0.594 0.808 0.192
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.566 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.9988 0.711 0.480 0.520
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.566 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.2603 0.584 0.044 0.956
#> dkfz_11-148 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-149 2 0.9996 0.706 0.488 0.512
#> dkfz_11-150 1 0.9580 -0.274 0.620 0.380
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.5785 0.73975 0.000 0.332 0.668
#> dkfz_11-002 2 0.1529 0.78514 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.5785 0.57375 0.668 0.332 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.5785 0.57375 0.668 0.332 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2537 0.72494 0.080 0.920 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.5465 0.65612 0.712 0.288 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0892 0.80389 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-014 1 0.5397 0.66918 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0424 0.81395 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.0747 0.80841 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.5621 0.77347 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-019 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.5560 0.77850 0.000 0.300 0.700
#> dkfz_11-021 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.5138 0.71016 0.748 0.252 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.6291 0.04606 0.468 0.532 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.5178 0.70509 0.744 0.256 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-027 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.81877 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.1964 0.82665 0.000 0.056 0.944
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.5621 0.77347 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0747 0.91709 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.5621 0.62096 0.692 0.308 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.2448 0.88066 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.2066 0.76055 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-047 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.5785 0.57375 0.668 0.332 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.4931 0.73540 0.768 0.232 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.5397 0.66918 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.5621 0.62096 0.692 0.308 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0747 0.91709 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.6309 -0.07214 0.496 0.504 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.6299 -0.00985 0.476 0.524 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0424 0.81505 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.3941 0.82214 0.000 0.156 0.844
#> dkfz_11-068 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-069 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0424 0.81658 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-071 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4974 0.72942 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1964 0.89358 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1163 0.79236 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.5397 0.66918 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4062 0.80871 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.4062 0.80890 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.5254 0.69381 0.736 0.264 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1529 0.78514 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.5098 0.71463 0.752 0.248 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.6295 0.02970 0.472 0.528 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.1031 0.91331 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3038 0.85989 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0747 0.91709 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.6291 0.04606 0.468 0.532 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0237 0.81957 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.5098 0.71463 0.752 0.248 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.4062 0.80871 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0747 0.91709 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5397 0.66918 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4062 0.80871 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0747 0.91709 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.4062 0.80871 0.836 0.164 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0592 0.91838 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0424 0.91899 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0747 0.91709 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.81877 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.6291 0.04606 0.468 0.532 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0747 0.91709 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.81877 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0424 0.81655 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.81877 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.5621 0.77347 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.82016 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3879 0.62899 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.91840 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.4406 0.738 0.000 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-002 2 0.1867 0.882 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 3 0.4370 0.630 0.044 0.156 0.800 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 3 0.4370 0.630 0.044 0.156 0.800 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2530 0.850 0.000 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.4274 0.666 0.072 0.108 0.820 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1022 0.917 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-014 3 0.4155 0.667 0.072 0.100 0.828 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.2081 0.896 0.000 0.916 0.084 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.0592 0.934 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-018 4 0.4250 0.771 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-019 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.4193 0.776 0.000 0.268 0.000 0.732
#> dkfz_11-021 3 0.4972 0.455 0.456 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.4834 0.676 0.120 0.096 0.784 0.000
#> dkfz_11-024 3 0.5244 0.310 0.012 0.388 0.600 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.4036 0.672 0.088 0.076 0.836 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.4697 0.135 0.644 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.2345 0.807 0.000 0.000 0.100 0.900
#> dkfz_11-029 4 0.2224 0.818 0.000 0.040 0.032 0.928
#> dkfz_11-030 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.4250 0.771 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4981 -0.273 0.536 0.000 0.464 0.000
#> dkfz_11-038 3 0.4985 0.437 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.4259 0.654 0.056 0.128 0.816 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4564 0.234 0.672 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0921 0.943 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-045 3 0.5099 0.523 0.380 0.008 0.612 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.2216 0.857 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-047 1 0.4989 -0.292 0.528 0.000 0.472 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.4370 0.630 0.044 0.156 0.800 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.4462 0.674 0.132 0.064 0.804 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0921 0.943 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1557 0.777 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4155 0.667 0.072 0.100 0.828 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 3 0.4996 0.403 0.484 0.000 0.516 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.4259 0.654 0.056 0.128 0.816 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.4972 0.455 0.456 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-059 3 0.4985 0.437 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.5237 0.380 0.016 0.356 0.628 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.5615 0.323 0.032 0.356 0.612 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1867 0.908 0.000 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1867 0.908 0.000 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0657 0.947 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-067 4 0.2704 0.817 0.000 0.124 0.000 0.876
#> dkfz_11-068 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4989 -0.292 0.528 0.000 0.472 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1004 0.930 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-071 1 0.4543 0.246 0.676 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4856 0.676 0.136 0.084 0.780 0.000
#> dkfz_11-073 3 0.5244 0.469 0.436 0.008 0.556 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.3024 0.818 0.000 0.852 0.148 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.4972 0.455 0.456 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.4155 0.667 0.072 0.100 0.828 0.000
#> dkfz_11-095 3 0.4868 0.659 0.212 0.040 0.748 0.000
#> dkfz_11-096 3 0.4793 0.661 0.204 0.040 0.756 0.000
#> dkfz_11-097 3 0.4426 0.674 0.096 0.092 0.812 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.1867 0.882 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 3 0.4773 0.676 0.120 0.092 0.788 0.000
#> dkfz_11-102 3 0.4994 0.413 0.480 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.5231 0.320 0.012 0.384 0.604 0.000
#> dkfz_11-104 3 0.4961 0.468 0.448 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4989 -0.292 0.528 0.000 0.472 0.000
#> dkfz_11-107 3 0.5013 0.612 0.292 0.020 0.688 0.000
#> dkfz_11-108 3 0.4985 0.438 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.4996 -0.336 0.516 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.5244 0.310 0.012 0.388 0.600 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.4933 -0.163 0.568 0.000 0.432 0.000
#> dkfz_11-120 3 0.4773 0.676 0.120 0.092 0.788 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 3 0.4994 0.413 0.480 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-123 3 0.4868 0.659 0.212 0.040 0.748 0.000
#> dkfz_11-124 3 0.4972 0.455 0.456 0.000 0.544 0.000
#> dkfz_11-125 3 0.4985 0.438 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-126 3 0.4992 0.422 0.476 0.000 0.524 0.000
#> dkfz_11-127 3 0.4155 0.667 0.072 0.100 0.828 0.000
#> dkfz_11-128 3 0.4994 0.413 0.480 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 3 0.4868 0.659 0.212 0.040 0.748 0.000
#> dkfz_11-132 3 0.4977 0.450 0.460 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-133 3 0.4868 0.659 0.212 0.040 0.748 0.000
#> dkfz_11-134 3 0.4994 0.413 0.480 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-135 3 0.4994 0.413 0.480 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.5000 -0.370 0.504 0.000 0.496 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 3 0.4989 0.430 0.472 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3219 0.796 0.000 0.000 0.164 0.836
#> dkfz_11-140 3 0.5244 0.310 0.012 0.388 0.600 0.000
#> dkfz_11-141 3 0.4985 0.437 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.1637 0.918 0.000 0.940 0.060 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.2345 0.807 0.000 0.000 0.100 0.900
#> dkfz_11-145 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.3219 0.796 0.000 0.000 0.164 0.836
#> dkfz_11-147 4 0.4250 0.771 0.000 0.276 0.000 0.724
#> dkfz_11-148 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3937 0.711 0.012 0.800 0.188 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.1661 0.74439 0.000 0.036 0.024 0.940 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4568 0.67481 0.008 0.684 0.020 0.288 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.2136 0.58549 0.904 0.088 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2005 0.89302 0.004 0.924 0.016 0.056 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.2136 0.58549 0.904 0.088 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.2338 0.82847 0.112 0.884 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.1121 0.61728 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.4065 0.76897 0.008 0.760 0.020 0.212 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0963 0.61956 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1087 0.90158 0.008 0.968 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.2171 0.86335 0.064 0.912 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.3917 0.81241 0.008 0.784 0.024 0.184 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0963 0.76684 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1862 0.89537 0.004 0.932 0.016 0.048 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.1251 0.76616 0.000 0.036 0.008 0.956 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4101 0.63867 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-022 2 0.0290 0.89848 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2074 0.65263 0.920 0.036 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-024 1 0.4252 0.32806 0.652 0.340 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0404 0.62769 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1756 0.89940 0.008 0.940 0.016 0.036 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.4201 -0.12403 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-028 4 0.4306 0.20993 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.3730 0.56336 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.0290 0.89848 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.0963 0.76684 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.0290 0.89848 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0290 0.89848 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4278 0.52663 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-038 1 0.4138 0.63022 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-039 1 0.1478 0.60440 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 5 0.4126 0.00622 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-044 2 0.0771 0.89512 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3774 0.65475 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-046 2 0.4688 0.63462 0.008 0.660 0.020 0.312 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.4273 0.53262 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-048 1 0.2136 0.58549 0.904 0.088 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.1043 0.65474 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-050 2 0.0771 0.89512 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 5 0.1851 0.82770 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-053 1 0.0963 0.61956 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2005 0.89302 0.004 0.924 0.016 0.056 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.4182 0.61371 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-056 1 0.1478 0.60440 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 1 0.4101 0.63867 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-059 1 0.4138 0.63022 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-060 1 0.4108 0.39371 0.684 0.308 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.4404 0.31257 0.684 0.292 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.1965 0.86979 0.052 0.924 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.1965 0.86979 0.052 0.924 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1756 0.89940 0.008 0.940 0.016 0.036 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 2 0.1498 0.90189 0.008 0.952 0.024 0.016 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2648 0.68726 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1299 0.90155 0.008 0.960 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4273 0.53262 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-070 2 0.3336 0.83257 0.008 0.832 0.016 0.144 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4101 0.03795 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-072 1 0.2278 0.66203 0.908 0.032 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-073 1 0.4030 0.64063 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.3284 0.78173 0.148 0.828 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1862 0.89537 0.004 0.932 0.016 0.048 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.4101 0.63867 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-094 1 0.0963 0.61956 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2488 0.69172 0.872 0.004 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-096 1 0.2230 0.68918 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-097 1 0.1661 0.63929 0.940 0.036 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.4568 0.67481 0.008 0.684 0.020 0.288 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 1 0.1992 0.65397 0.924 0.032 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-102 1 0.4171 0.61844 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-103 1 0.4235 0.33782 0.656 0.336 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4060 0.64640 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 1 0.4273 0.53262 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-107 1 0.3109 0.69588 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-108 1 0.4126 0.63354 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-109 1 0.4249 0.56458 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 1 0.4252 0.32806 0.652 0.340 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.1756 0.89940 0.008 0.940 0.016 0.036 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 1 0.4306 0.43070 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> dkfz_11-120 1 0.1992 0.65397 0.924 0.032 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-121 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.4171 0.61844 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-123 1 0.2488 0.69172 0.872 0.004 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-124 1 0.4101 0.63867 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-125 1 0.4126 0.63354 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-126 1 0.4161 0.62267 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-127 1 0.0963 0.61956 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.4171 0.61844 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 1 0.2488 0.69172 0.872 0.004 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-132 1 0.4101 0.63877 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-133 1 0.2488 0.69172 0.872 0.004 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-134 1 0.4171 0.61844 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-135 1 0.4171 0.61844 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-136 1 0.4235 0.57860 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.4150 0.62658 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-139 3 0.0703 1.00000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4252 0.32806 0.652 0.340 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.4138 0.63022 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 2 0.2390 0.86741 0.044 0.908 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.4306 0.20993 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2332 0.88544 0.004 0.904 0.016 0.076 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0703 1.00000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0963 0.76684 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0290 0.89848 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0451 0.89929 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3388 0.70445 0.200 0.792 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.94765 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0632 0.7717 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.5714 0.9118 0.000 0.368 0.464 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2060 0.5905 0.900 0.016 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2772 0.5196 0.000 0.816 0.180 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2060 0.5905 0.900 0.016 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4276 0.4973 0.104 0.728 0.168 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.1082 0.6237 0.956 0.004 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.4129 0.7591 0.000 0.424 0.564 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0935 0.6260 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1806 0.6294 0.000 0.908 0.088 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4078 0.4739 0.024 0.656 0.320 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.4573 0.1621 0.000 0.692 0.112 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.7899 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2300 0.5796 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0260 0.7892 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 1 0.3659 0.6476 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0458 0.6627 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.1788 0.6578 0.928 0.004 0.028 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4834 0.3554 0.644 0.252 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0508 0.6347 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.2178 0.5949 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3789 -0.1423 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.3868 0.2981 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> dkfz_11-029 4 0.3351 0.6266 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> dkfz_11-030 2 0.0547 0.6625 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.7899 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0363 0.6634 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0713 0.6611 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3833 0.5374 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3695 0.6390 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1563 0.6084 0.932 0.012 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3727 -0.0148 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.2980 0.5845 0.012 0.808 0.180 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3508 0.6635 0.704 0.000 0.004 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.5830 0.8799 0.000 0.336 0.464 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3828 0.5432 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.2060 0.5905 0.900 0.016 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.1124 0.6618 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2980 0.5845 0.012 0.808 0.180 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1663 0.8285 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0935 0.6260 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2772 0.5196 0.000 0.816 0.180 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3737 0.6228 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1563 0.6084 0.932 0.012 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3659 0.6476 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3695 0.6390 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4570 0.4026 0.680 0.228 0.092 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.4109 0.2961 0.648 0.024 0.328 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3835 0.4831 0.012 0.668 0.320 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.3835 0.4831 0.012 0.668 0.320 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.2178 0.5949 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.1398 0.6530 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2378 0.7303 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> dkfz_11-068 2 0.1610 0.6375 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3828 0.5432 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4150 -0.3876 0.000 0.592 0.392 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3695 0.0314 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.1972 0.6675 0.916 0.004 0.024 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3592 0.6500 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5135 0.3754 0.104 0.572 0.324 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2378 0.5693 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3659 0.6476 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0935 0.6260 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2146 0.6970 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1910 0.6949 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1232 0.6433 0.956 0.004 0.024 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.5714 0.9118 0.000 0.368 0.464 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1708 0.6592 0.932 0.004 0.024 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3727 0.6274 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.4813 0.3624 0.648 0.248 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3620 0.6550 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.3828 0.5432 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2730 0.7034 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3684 0.6424 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3804 0.5746 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4834 0.3554 0.644 0.252 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2003 0.6082 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3866 0.4433 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1708 0.6592 0.932 0.004 0.024 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3727 0.6274 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2146 0.6970 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.3659 0.6476 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3684 0.6424 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.3717 0.6316 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0935 0.6260 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3727 0.6274 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2146 0.6970 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.3659 0.6475 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2146 0.6970 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3727 0.6274 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3727 0.6274 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3789 0.5884 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.3706 0.6354 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.4834 0.3554 0.644 0.252 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.3695 0.6390 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.3804 0.3812 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.3868 0.2981 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> dkfz_11-145 2 0.3259 0.4227 0.000 0.772 0.216 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.7899 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0713 0.6611 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0458 0.6640 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.4002 0.3928 0.188 0.744 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0755 0.7785 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.5133 0.9133 0.000 0.344 0.504 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.3300 0.2500 0.688 0.004 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2391 0.5858 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.3300 0.2500 0.688 0.004 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0504 0.9112 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0504 0.9112 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3706 0.5184 0.048 0.720 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.2901 0.3451 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.3505 0.7916 0.000 0.368 0.628 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.2784 0.3687 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1482 0.6764 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.3934 0.4724 0.012 0.648 0.016 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.4539 0.2674 0.000 0.684 0.108 0.192 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0134 0.7925 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2043 0.6360 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0134 0.7920 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.2878 0.6490 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0755 0.6956 0.000 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2190 0.4534 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.5402 -0.1428 0.480 0.240 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.2811 0.3811 0.780 0.000 0.004 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1926 0.6481 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3552 0.2374 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.3561 0.3045 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-029 4 0.3066 0.6299 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> dkfz_11-030 2 0.0914 0.6953 0.000 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0134 0.7925 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0755 0.6962 0.000 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0555 0.6978 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3252 0.5781 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2945 0.6501 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.3155 0.2954 0.720 0.000 0.004 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0268 0.9059 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0504 0.9112 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3561 -0.1186 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.2672 0.6023 0.000 0.800 0.004 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3964 0.5910 0.708 0.000 0.000 0.000 0.216 0.076 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.5233 0.8885 0.000 0.308 0.508 0.184 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.3237 0.5853 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3283 0.2556 0.692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2305 0.4637 0.856 0.000 0.004 0.000 0.004 0.136 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2672 0.6023 0.000 0.800 0.004 0.000 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1802 0.8442 0.100 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.2759 0.3732 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2391 0.5858 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3047 0.6430 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.3155 0.2954 0.720 0.000 0.004 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0268 0.9059 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2878 0.6490 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2945 0.6501 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.5282 -0.0870 0.512 0.216 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.4127 -0.1280 0.448 0.012 0.012 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3626 0.4827 0.000 0.660 0.016 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.3626 0.4827 0.000 0.660 0.016 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1926 0.6481 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.1750 0.6835 0.000 0.924 0.040 0.008 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2154 0.7333 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-068 2 0.1462 0.6823 0.000 0.924 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3237 0.5853 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3502 -0.3516 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3554 -0.0628 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.2563 0.4727 0.836 0.000 0.000 0.000 0.016 0.148 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3559 0.6335 0.720 0.000 0.000 0.000 0.248 0.032 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4408 0.3619 0.028 0.560 0.016 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2118 0.6274 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0504 0.9112 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.2878 0.6490 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2784 0.3687 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1228 0.5515 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0820 0.5447 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2422 0.4239 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.5125 0.9155 0.000 0.340 0.508 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2154 0.4571 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3008 0.6464 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.5388 -0.1347 0.484 0.236 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2937 0.6503 0.760 0.000 0.000 0.000 0.236 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.3237 0.5853 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2336 0.5934 0.872 0.000 0.000 0.000 0.096 0.032 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2923 0.6505 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.3173 0.6083 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0504 0.9112 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.5402 -0.1428 0.480 0.240 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0268 0.9059 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1759 0.6593 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3381 0.5133 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.2154 0.4571 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0268 0.9059 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.3008 0.6464 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1228 0.5515 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2878 0.6490 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2923 0.6505 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2987 0.6479 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.2682 0.3859 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3008 0.6464 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1482 0.9072 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1228 0.5515 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2878 0.6507 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1228 0.5515 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3008 0.6464 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.3008 0.6464 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3139 0.6232 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2966 0.6491 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.5402 -0.1428 0.480 0.240 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2945 0.6501 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.5428 -0.4444 0.000 0.208 0.356 0.000 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.3561 0.3045 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-145 2 0.2811 0.5065 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0134 0.7925 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0555 0.6978 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0837 0.6969 0.000 0.968 0.020 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3891 0.4439 0.112 0.736 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0134 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0661 0.781 0.012 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 7 0.4543 0.832 0.000 0.276 0.000 0.140 0.000 0.000 0.584 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.1066 0.788 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2479 0.639 0.012 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.1066 0.788 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0614 0.912 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0614 0.912 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4002 0.550 0.008 0.720 0.004 0.000 0.000 0.156 0.112 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.1347 0.802 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.012 0.000
#> dkfz_11-013 7 0.5190 0.465 0.320 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.1697 0.801 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1387 0.712 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4676 0.496 0.044 0.648 0.000 0.000 0.000 0.096 0.212 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.4583 0.349 0.012 0.672 0.020 0.188 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1912 0.680 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0251 0.795 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.4764 0.826 0.580 0.000 0.000 0.000 0.220 0.196 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0695 0.722 0.000 0.972 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2655 0.685 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.3346 0.588 0.000 0.240 0.004 0.000 0.000 0.728 0.028 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.1749 0.779 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.064 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1803 0.689 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3941 0.497 0.524 0.000 0.000 0.000 0.440 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.3794 0.325 0.024 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-029 4 0.3127 0.636 0.012 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-030 2 0.1006 0.722 0.000 0.956 0.028 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0125 0.907 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0739 0.723 0.000 0.968 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0471 0.726 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4480 0.796 0.580 0.000 0.000 0.000 0.300 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.4616 0.846 0.588 0.000 0.000 0.000 0.232 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.1086 0.792 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.024 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0125 0.907 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0614 0.912 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.3529 0.351 0.508 0.000 0.000 0.000 0.484 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3241 0.629 0.008 0.800 0.004 0.000 0.000 0.064 0.124 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.5064 0.545 0.428 0.000 0.000 0.000 0.200 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.4605 0.809 0.000 0.240 0.000 0.172 0.000 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.4555 0.802 0.572 0.000 0.000 0.000 0.296 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.1138 0.790 0.024 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000
#> dkfz_11-049 6 0.3291 0.721 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.064 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.3241 0.629 0.008 0.800 0.004 0.000 0.000 0.064 0.124 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1697 0.837 0.092 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.1741 0.800 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.008 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2479 0.639 0.012 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.4631 0.845 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.1086 0.792 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.024 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0125 0.907 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4764 0.826 0.580 0.000 0.000 0.000 0.220 0.196 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.4616 0.846 0.588 0.000 0.000 0.000 0.232 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3442 0.624 0.012 0.216 0.004 0.000 0.000 0.744 0.024 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3677 0.549 0.052 0.012 0.000 0.000 0.000 0.728 0.208 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4579 0.507 0.044 0.660 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4579 0.507 0.044 0.660 0.000 0.000 0.000 0.088 0.208 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1803 0.689 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.1853 0.712 0.012 0.916 0.036 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.2251 0.737 0.012 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-068 2 0.1293 0.716 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4555 0.802 0.572 0.000 0.000 0.000 0.296 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3332 -0.335 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3531 -0.335 0.492 0.000 0.000 0.000 0.500 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.2933 0.654 0.224 0.000 0.000 0.000 0.016 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.5086 0.702 0.460 0.000 0.000 0.000 0.228 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5304 0.377 0.044 0.560 0.000 0.000 0.000 0.188 0.208 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1982 0.673 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0614 0.912 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4764 0.826 0.580 0.000 0.000 0.000 0.220 0.196 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.1697 0.801 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.3323 0.295 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3326 0.285 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2332 0.759 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.008 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.4528 0.834 0.000 0.272 0.000 0.140 0.000 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2558 0.680 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.4598 0.847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.244 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3325 0.593 0.000 0.236 0.004 0.000 0.000 0.732 0.028 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4651 0.829 0.584 0.000 0.000 0.000 0.212 0.204 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4555 0.802 0.572 0.000 0.000 0.000 0.296 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.4328 0.513 0.528 0.000 0.000 0.000 0.076 0.396 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4620 0.844 0.588 0.000 0.000 0.000 0.228 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.4529 0.821 0.584 0.000 0.000 0.000 0.280 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0614 0.912 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3346 0.588 0.000 0.240 0.004 0.000 0.000 0.728 0.028 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0125 0.907 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1646 0.698 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.4616 0.740 0.536 0.000 0.000 0.000 0.340 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.2558 0.680 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0125 0.907 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.4598 0.847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.244 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3323 0.295 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4764 0.826 0.580 0.000 0.000 0.000 0.220 0.196 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.4620 0.844 0.588 0.000 0.000 0.000 0.228 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.4605 0.847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.240 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.1866 0.797 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.008 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.4598 0.847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.244 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1646 0.895 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3326 0.283 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.4646 0.840 0.584 0.000 0.000 0.000 0.224 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3323 0.295 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.4598 0.847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.244 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.4598 0.847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.244 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4658 0.832 0.568 0.000 0.000 0.000 0.272 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.4611 0.847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.236 0.176 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.3346 0.588 0.000 0.240 0.004 0.000 0.000 0.728 0.028 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.4616 0.846 0.588 0.000 0.000 0.000 0.232 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0125 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.3794 0.325 0.024 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-145 2 0.2650 0.553 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0471 0.726 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0968 0.724 0.000 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3116 0.500 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.1469 0.779 0.004 0.000 0.016 0.924 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 7 0.2817 0.789 0.000 0.144 0.000 0.056 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.1556 0.767 0.096 0.004 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2572 0.664 0.004 0.800 0.012 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.1556 0.767 0.096 0.004 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0581 0.919 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0581 0.919 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3501 0.583 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.2230 0.781 0.148 0.000 0.004 0.000 0.000 0.840 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.1861 0.000 0.000 0.088 0.888 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.2608 0.779 0.188 0.000 0.008 0.000 0.000 0.796 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1515 0.737 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.4707 0.503 0.020 0.616 0.004 0.000 0.000 0.164 0.004 0.192 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.4631 0.398 0.004 0.640 0.016 0.104 0.000 0.004 0.220 0.012 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0930 0.794 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2055 0.701 0.004 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.1165 0.794 0.004 0.000 0.004 0.940 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2989 0.834 0.780 0.000 0.004 0.000 0.180 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0626 0.744 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3237 0.677 0.344 0.000 0.008 0.000 0.000 0.644 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.3897 0.574 0.068 0.240 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3024 0.753 0.112 0.000 0.020 0.000 0.000 0.808 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1959 0.710 0.004 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3039 0.576 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.5082 0.354 0.060 0.000 0.004 0.520 0.000 0.024 0.040 0.000 0.352
#> dkfz_11-029 4 0.3294 0.654 0.044 0.000 0.004 0.756 0.000 0.000 0.008 0.000 0.188
#> dkfz_11-030 2 0.1519 0.739 0.020 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.020 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0119 0.913 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0930 0.794 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.1126 0.743 0.020 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0999 0.747 0.004 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.2549 0.810 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2350 0.850 0.812 0.000 0.000 0.000 0.180 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.2031 0.770 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0212 0.914 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0645 0.920 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.3112 0.470 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.2905 0.657 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.4577 0.499 0.548 0.000 0.004 0.000 0.164 0.284 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.2829 0.737 0.000 0.104 0.000 0.088 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.2642 0.816 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.1596 0.769 0.100 0.004 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 6 0.4130 0.667 0.304 0.000 0.020 0.000 0.000 0.616 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2905 0.657 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1558 0.843 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.2634 0.778 0.192 0.000 0.008 0.000 0.000 0.792 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2572 0.664 0.004 0.800 0.012 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2277 0.850 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.2031 0.770 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0212 0.914 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2989 0.834 0.780 0.000 0.004 0.000 0.180 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2350 0.850 0.812 0.000 0.000 0.000 0.180 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3710 0.609 0.076 0.216 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3473 0.499 0.052 0.012 0.004 0.000 0.000 0.744 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4547 0.515 0.020 0.628 0.000 0.000 0.000 0.156 0.004 0.192 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4547 0.515 0.020 0.628 0.000 0.000 0.000 0.156 0.004 0.192 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1959 0.710 0.004 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.2116 0.731 0.016 0.900 0.016 0.000 0.000 0.004 0.044 0.020 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.1889 0.748 0.028 0.000 0.004 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> dkfz_11-068 2 0.1590 0.737 0.004 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2642 0.816 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3114 0.497 0.004 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.3130 0.426 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.3365 0.644 0.360 0.000 0.008 0.000 0.008 0.624 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4199 0.678 0.624 0.000 0.000 0.000 0.184 0.192 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4820 0.410 0.012 0.556 0.004 0.000 0.000 0.236 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2176 0.692 0.004 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0581 0.919 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.2989 0.834 0.780 0.000 0.004 0.000 0.180 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.2608 0.779 0.188 0.000 0.008 0.000 0.000 0.796 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2780 0.372 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2845 0.389 0.708 0.000 0.004 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3010 0.747 0.260 0.000 0.008 0.000 0.000 0.724 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.2786 0.789 0.000 0.140 0.000 0.056 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.3137 0.672 0.348 0.000 0.008 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.2226 0.852 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3878 0.578 0.068 0.236 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2560 0.833 0.812 0.000 0.000 0.000 0.160 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2642 0.816 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.3094 0.558 0.744 0.000 0.000 0.000 0.040 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2323 0.849 0.816 0.000 0.000 0.000 0.176 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.2443 0.831 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0645 0.920 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3897 0.574 0.068 0.240 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0212 0.914 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1706 0.722 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.2861 0.760 0.704 0.000 0.000 0.000 0.292 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3137 0.672 0.348 0.000 0.008 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0212 0.914 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.2226 0.852 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2780 0.372 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2989 0.834 0.780 0.000 0.004 0.000 0.180 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2323 0.849 0.816 0.000 0.000 0.000 0.176 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.2315 0.852 0.808 0.000 0.000 0.000 0.188 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.2734 0.774 0.208 0.000 0.008 0.000 0.000 0.776 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.2226 0.852 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1741 0.897 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2795 0.362 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.2375 0.845 0.816 0.000 0.000 0.000 0.172 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2780 0.372 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2226 0.852 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2226 0.852 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2512 0.838 0.776 0.000 0.000 0.000 0.220 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.2288 0.851 0.812 0.000 0.000 0.000 0.184 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.3897 0.574 0.068 0.240 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2350 0.850 0.812 0.000 0.000 0.000 0.180 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3233 0.000 0.044 0.004 0.068 0.000 0.000 0.000 0.076 0.808 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.5082 0.354 0.060 0.000 0.004 0.520 0.000 0.024 0.040 0.000 0.352
#> dkfz_11-145 2 0.2828 0.540 0.004 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0930 0.794 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0999 0.747 0.004 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.1204 0.745 0.012 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.028 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3053 0.542 0.004 0.720 0.000 0.000 0.000 0.264 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.0539 0.8721 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 10 0.2665 0.7872 0.000 0.092 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-003 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 7 0.1669 0.7658 0.056 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020 0.912 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2033 0.6092 0.000 0.848 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-007 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.1669 0.7658 0.056 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020 0.912 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.1487 0.9007 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.1487 0.9007 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.4196 -0.3044 0.000 0.608 0.000 0.000 0.004 0.244 0.140 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 7 0.1485 0.7787 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.1727 0.7767 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1768 0.6323 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-016 6 0.4074 0.9714 0.000 0.432 0.000 0.000 0.004 0.484 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.5296 0.2684 0.000 0.564 0.000 0.156 0.000 0.112 0.004 0.012 0.000 0.152
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1487 0.6313 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-020 4 0.0202 0.8886 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.1450 0.8421 0.928 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.032 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.2507 0.5060 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.152 0.004 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-023 7 0.2745 0.6747 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.700 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 7 0.4252 0.5388 0.040 0.180 0.000 0.000 0.004 0.100 0.672 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 7 0.2314 0.7454 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.868 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-026 2 0.1373 0.6350 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-027 1 0.2352 0.6398 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.2433 0.3295 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.2817 0.4784 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.3253 0.5006 0.004 0.760 0.000 0.000 0.000 0.176 0.004 0.012 0.000 0.044
#> dkfz_11-031 5 0.1168 0.8922 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.2981 0.5093 0.004 0.780 0.000 0.000 0.000 0.176 0.004 0.012 0.000 0.024
#> dkfz_11-035 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0605 0.6058 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 1 0.1334 0.8294 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0835 0.8559 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.1810 0.7681 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.900 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-040 5 0.1211 0.8939 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1523 0.9010 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.2591 0.5346 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.3447 -0.1215 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.280 0.048 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 1 0.3659 0.4736 0.620 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 10 0.2469 0.7294 0.000 0.048 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> dkfz_11-047 1 0.1405 0.8324 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.1717 0.7674 0.060 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020 0.908 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.3730 0.6565 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.676 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-050 2 0.3447 -0.1215 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.280 0.048 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2073 0.8322 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.1759 0.7762 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2033 0.6092 0.000 0.848 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-055 1 0.0784 0.8555 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.1810 0.7681 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.900 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-057 5 0.1211 0.8939 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1450 0.8421 0.928 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.032 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.0835 0.8559 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.4123 0.5882 0.048 0.160 0.000 0.000 0.004 0.088 0.696 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 7 0.3440 0.4928 0.020 0.016 0.000 0.000 0.004 0.288 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.3943 0.9856 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.488 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.3943 0.9856 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.488 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.1373 0.6350 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-065 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.3507 0.5062 0.004 0.736 0.000 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012 0.000 0.064
#> dkfz_11-067 4 0.1851 0.7701 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0729 0.6344 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-069 1 0.1405 0.8324 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 10 0.2866 0.4928 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-071 1 0.2653 0.4962 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 7 0.2722 0.6495 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3229 0.6609 0.720 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4385 -0.7389 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.420 0.148 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1661 0.6254 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-092 5 0.1487 0.9007 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.1450 0.8421 0.928 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.032 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 7 0.1727 0.7767 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2722 0.4404 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.2682 0.4643 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.2221 0.7440 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 10 0.2626 0.7867 0.000 0.088 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-100 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.2653 0.6719 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0673 0.8564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.4228 0.5457 0.040 0.176 0.000 0.000 0.004 0.100 0.676 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.1096 0.8424 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1405 0.8324 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2373 0.5951 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0909 0.8552 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1124 0.8424 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.1523 0.9010 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.4252 0.5388 0.040 0.180 0.000 0.000 0.004 0.100 0.672 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.1211 0.8939 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2648 0.6215 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-118 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.1869 0.7854 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.2653 0.6719 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.1211 0.8939 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0673 0.8564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2722 0.4404 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1450 0.8421 0.928 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.032 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 1 0.0909 0.8552 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0786 0.8568 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.1880 0.7713 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0673 0.8564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2332 0.8828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2735 0.4308 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0915 0.8526 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2722 0.4404 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0673 0.8564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0673 0.8564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1145 0.8468 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0816 0.8566 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.5836 0.2756 0.012 0.000 0.000 0.000 0.068 0.364 0.040 0.000 0.404 0.112
#> dkfz_11-140 7 0.4252 0.5388 0.040 0.180 0.000 0.000 0.004 0.100 0.672 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.0835 0.8559 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 9 0.2433 0.3295 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.2452 0.5045 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-146 9 0.5836 0.2756 0.012 0.000 0.000 0.000 0.068 0.364 0.040 0.000 0.404 0.112
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.8908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0605 0.6058 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 2 0.3096 0.5288 0.004 0.780 0.000 0.000 0.000 0.164 0.004 0.020 0.000 0.028
#> dkfz_11-150 2 0.3212 0.0593 0.000 0.716 0.000 0.000 0.004 0.044 0.236 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.1124 0.8897 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:hclust 133 5.07e-14 0.002971 2
#> ATC:hclust 130 4.07e-21 0.005843 3
#> ATC:hclust 100 4.69e-15 0.049707 4
#> ATC:hclust 124 5.70e-17 0.019125 5
#> ATC:hclust 114 4.39e-14 0.088774 6
#> ATC:hclust 100 1.78e-17 0.005352 7
#> ATC:hclust 119 1.88e-16 0.000785 8
#> ATC:hclust 120 1.89e-17 0.000582 9
#> ATC:hclust 114 4.46e-18 0.003947 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.4658 0.532 0.532
#> 3 3 0.674 0.637 0.731 0.3289 0.826 0.697
#> 4 4 0.991 0.965 0.985 0.1549 0.748 0.484
#> 5 5 0.764 0.768 0.858 0.0795 0.848 0.536
#> 6 6 0.761 0.615 0.747 0.0468 0.925 0.691
#> 7 7 0.767 0.677 0.780 0.0294 0.912 0.616
#> 8 8 0.761 0.611 0.734 0.0239 0.972 0.852
#> 9 9 0.769 0.578 0.714 0.0180 0.946 0.697
#> 10 10 0.783 0.574 0.699 0.0141 0.970 0.787
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2603 0.942 0.044 0.956
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.9460 0.440 0.364 0.636
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 1 0.0938 0.988 0.988 0.012
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.9552 0.410 0.376 0.624
#> dkfz_11-104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-002 2 0.6244 -0.782 0.000 0.560 0.440
#> dkfz_11-003 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-004 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-005 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.1753 0.489 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-007 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-008 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-010 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-011 2 0.0424 0.569 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1753 0.489 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-014 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0747 0.567 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.6126 -0.686 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-018 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-021 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-028 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-029 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-030 2 0.1643 0.497 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-031 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-032 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-033 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-041 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-042 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-043 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.6280 0.979 0.000 0.460 0.540
#> dkfz_11-047 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-048 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-052 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-053 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.1753 0.489 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-055 1 0.5706 0.755 0.680 0.000 0.320
#> dkfz_11-056 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-066 2 0.6008 -0.614 0.000 0.628 0.372
#> dkfz_11-067 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-072 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1753 0.489 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-092 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-093 1 0.6192 0.778 0.580 0.000 0.420
#> dkfz_11-094 2 0.6280 0.500 0.460 0.540 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0592 0.639 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.5254 0.132 0.736 0.264 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-099 2 0.6062 -0.646 0.000 0.616 0.384
#> dkfz_11-100 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-101 1 0.5968 -0.196 0.636 0.364 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-103 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-106 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.5178 0.740 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-110 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-111 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-112 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-113 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-116 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-119 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-120 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-122 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-125 1 0.2537 0.683 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-126 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-129 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-130 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-131 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1753 0.601 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-135 1 0.0237 0.653 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-138 1 0.0592 0.658 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-139 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.651 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-147 3 0.6260 0.998 0.000 0.448 0.552
#> dkfz_11-148 2 0.3192 0.540 0.112 0.888 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.569 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.6260 0.512 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.6260 0.784 0.552 0.000 0.448
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0188 0.998 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.4500 0.517 0.000 0.684 0.316 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 3 0.4500 0.527 0.000 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0188 0.998 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0188 0.998 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-021 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3528 0.733 0.808 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0188 0.998 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-038 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-045 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 3 0.3528 0.740 0.192 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-059 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0469 0.978 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3649 0.716 0.796 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-073 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.3726 0.709 0.212 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-096 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-097 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.2408 0.850 0.000 0.104 0.896 0.000
#> dkfz_11-104 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-107 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-108 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-109 3 0.3024 0.800 0.148 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-123 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1792 0.905 0.932 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-125 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-126 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-127 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-132 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-133 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-141 3 0.0188 0.972 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0188 0.998 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-148 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0188 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.2813 0.9173 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.3336 0.8068 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 3 0.3612 0.5867 0.008 0.228 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3177 0.8215 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4302 0.2064 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-008 3 0.3690 0.5921 0.012 0.224 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.1608 0.8630 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.3819 0.7980 0.228 0.016 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.3177 0.8215 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.3819 0.7980 0.228 0.016 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.1043 0.8874 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1410 0.8707 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.3366 0.8043 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.2813 0.9173 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1732 0.8785 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.2813 0.9173 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0162 0.7574 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0404 0.8881 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.4283 0.6949 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4060 0.4802 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.4289 0.7646 0.176 0.064 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0290 0.8885 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.2516 0.7217 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.3109 0.8277 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.2813 0.9173 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.0703 0.8866 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0290 0.8885 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.3961 0.7904 0.212 0.028 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0162 0.9428 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.4074 0.4837 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-044 2 0.0162 0.8883 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.3305 0.8073 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.3819 0.7980 0.228 0.016 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.4060 0.7594 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.1341 0.8721 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.4291 -0.0647 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-052 5 0.0162 0.9428 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-053 3 0.3671 0.7981 0.236 0.008 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.3177 0.8215 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0451 0.7570 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 3 0.3819 0.7980 0.228 0.016 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0162 0.9428 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.3424 0.5748 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.4450 0.7019 0.108 0.132 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0609 0.8874 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0794 0.8857 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0290 0.8885 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3395 0.6661 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-066 2 0.3366 0.8043 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.1544 0.8820 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2561 0.7200 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-070 2 0.1410 0.8838 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.4249 0.3421 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-072 3 0.4300 0.6756 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.1341 0.8721 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.3177 0.8215 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0324 0.7576 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 3 0.3750 0.7983 0.232 0.012 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4305 -0.6362 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 3 0.4304 0.6660 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 3 0.4201 0.7316 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.3109 0.6749 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-099 2 0.3305 0.8073 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 3 0.3837 0.7817 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.3336 0.6738 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-103 3 0.3961 0.6120 0.028 0.212 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.4304 0.1928 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 3 0.4304 0.6660 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0290 0.7577 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-110 1 0.4268 0.3111 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-111 5 0.0162 0.9418 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-112 1 0.4302 0.2064 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.1544 0.8654 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 5 0.0162 0.9428 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-117 2 0.0162 0.8883 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 1 0.4249 0.3421 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-120 3 0.4300 0.6756 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0162 0.9428 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 3 0.4304 0.6660 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.3010 0.7087 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 3 0.3961 0.7904 0.212 0.028 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.3395 0.6661 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-129 5 0.4182 0.1770 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-130 1 0.4114 0.4615 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> dkfz_11-131 3 0.4304 0.6660 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 3 0.4302 0.6710 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3534 0.6433 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.9313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.1341 0.8723 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.7582 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 2 0.0963 0.8888 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.1908 0.8750 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9313 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.2891 0.9124 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.2179 0.8351 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0963 0.8888 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.3452 0.6920 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9452 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0458 0.8288 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.5123 0.6581 0.000 0.632 0.000 0.280 0.032 0.056
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.4851 0.7454 0.404 0.060 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-006 2 0.4812 0.7192 0.000 0.696 0.000 0.212 0.036 0.056
#> dkfz_11-007 5 0.2632 0.6670 0.000 0.000 0.164 0.000 0.832 0.004
#> dkfz_11-008 6 0.4851 0.7454 0.404 0.060 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-009 3 0.0146 0.9262 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 3 0.0260 0.9249 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1814 0.8084 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-012 6 0.3868 0.6635 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-013 2 0.4944 0.7069 0.000 0.680 0.000 0.224 0.036 0.060
#> dkfz_11-014 1 0.3869 -0.7026 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-015 2 0.1003 0.8443 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> dkfz_11-016 2 0.2653 0.7677 0.000 0.844 0.000 0.000 0.012 0.144
#> dkfz_11-017 2 0.5476 0.6376 0.000 0.588 0.000 0.308 0.044 0.060
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8349 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.1984 0.8344 0.000 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8349 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.4372 0.4242 0.432 0.000 0.000 0.000 0.544 0.024
#> dkfz_11-022 2 0.1421 0.8407 0.000 0.944 0.000 0.000 0.028 0.028
#> dkfz_11-023 1 0.1723 0.5166 0.928 0.000 0.000 0.000 0.036 0.036
#> dkfz_11-024 6 0.4561 0.2656 0.036 0.428 0.000 0.000 0.000 0.536
#> dkfz_11-025 6 0.4072 0.7183 0.448 0.008 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-026 2 0.1151 0.8424 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-027 5 0.2631 0.6955 0.068 0.000 0.044 0.000 0.880 0.008
#> dkfz_11-028 4 0.3816 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.688 0.016 0.296
#> dkfz_11-029 4 0.3816 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.688 0.016 0.296
#> dkfz_11-030 2 0.4049 0.7803 0.000 0.776 0.000 0.148 0.048 0.028
#> dkfz_11-031 3 0.0146 0.9263 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8349 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.1934 0.8382 0.000 0.916 0.000 0.000 0.044 0.040
#> dkfz_11-035 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1074 0.8428 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-037 5 0.3971 0.4307 0.448 0.000 0.000 0.000 0.548 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.3847 -0.2646 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.3847 0.7072 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-040 3 0.0458 0.9227 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-041 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.0713 0.9152 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2513 0.6801 0.000 0.000 0.140 0.000 0.852 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.0547 0.8429 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-045 5 0.4067 0.4360 0.444 0.000 0.000 0.000 0.548 0.008
#> dkfz_11-046 2 0.5176 0.6524 0.000 0.620 0.000 0.292 0.032 0.056
#> dkfz_11-047 5 0.3126 0.6302 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3868 -0.6993 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> dkfz_11-049 1 0.3376 0.2324 0.764 0.000 0.000 0.000 0.016 0.220
#> dkfz_11-050 2 0.1501 0.8240 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-051 5 0.2912 0.6019 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.2214 0.8572 0.000 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016
#> dkfz_11-053 1 0.3851 -0.6508 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-054 2 0.4889 0.7093 0.000 0.684 0.000 0.224 0.036 0.056
#> dkfz_11-055 5 0.3383 0.6185 0.268 0.000 0.004 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.3860 0.6757 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-057 3 0.0458 0.9227 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-058 5 0.4377 0.4179 0.436 0.000 0.000 0.000 0.540 0.024
#> dkfz_11-059 1 0.3838 -0.2454 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.4703 0.7435 0.380 0.052 0.000 0.000 0.000 0.568
#> dkfz_11-061 6 0.4396 0.7308 0.456 0.024 0.000 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-062 2 0.1863 0.8390 0.000 0.920 0.000 0.000 0.036 0.044
#> dkfz_11-063 2 0.2030 0.8315 0.000 0.908 0.000 0.000 0.028 0.064
#> dkfz_11-064 2 0.1151 0.8424 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-065 5 0.2604 0.6971 0.036 0.000 0.076 0.000 0.880 0.008
#> dkfz_11-066 2 0.5420 0.6466 0.000 0.604 0.000 0.292 0.048 0.056
#> dkfz_11-067 4 0.3508 0.8610 0.000 0.000 0.000 0.704 0.004 0.292
#> dkfz_11-068 2 0.1984 0.8391 0.000 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> dkfz_11-069 5 0.2519 0.6955 0.068 0.000 0.044 0.000 0.884 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.1498 0.8408 0.000 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> dkfz_11-071 5 0.2593 0.6764 0.000 0.000 0.148 0.000 0.844 0.008
#> dkfz_11-072 1 0.1863 0.5254 0.920 0.000 0.000 0.000 0.044 0.036
#> dkfz_11-073 5 0.4550 0.4352 0.420 0.000 0.000 0.000 0.544 0.036
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1501 0.8240 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-091 2 0.4690 0.7278 0.000 0.708 0.000 0.204 0.032 0.056
#> dkfz_11-092 3 0.0865 0.9104 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.3172 0.6621 0.148 0.000 0.000 0.000 0.816 0.036
#> dkfz_11-094 1 0.3869 -0.7026 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-095 1 0.1610 0.5413 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1398 0.5481 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.1649 0.5120 0.932 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036
#> dkfz_11-098 5 0.3851 -0.0499 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5123 0.6581 0.000 0.632 0.000 0.280 0.032 0.056
#> dkfz_11-100 3 0.1814 0.8608 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1524 0.4413 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.060
#> dkfz_11-102 5 0.2506 0.6987 0.052 0.000 0.068 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4735 0.7457 0.432 0.048 0.000 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-104 1 0.3847 -0.2646 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.2491 0.6679 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3265 0.6301 0.248 0.000 0.000 0.000 0.748 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.1398 0.5481 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-108 1 0.3847 -0.2646 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.3383 0.6184 0.268 0.000 0.004 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2491 0.6679 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-111 3 0.3782 0.4244 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.2454 0.6707 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-113 3 0.3563 0.5740 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.1663 0.8168 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-115 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0458 0.9227 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-117 2 0.0547 0.8430 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-118 3 0.3659 0.5275 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2340 0.6777 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1863 0.5254 0.920 0.000 0.000 0.000 0.044 0.036
#> dkfz_11-121 3 0.0458 0.9227 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-122 5 0.3857 0.3983 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1594 0.5471 0.932 0.000 0.000 0.000 0.052 0.016
#> dkfz_11-124 5 0.3483 0.6863 0.088 0.000 0.044 0.000 0.832 0.036
#> dkfz_11-125 5 0.2941 0.6479 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.3860 0.3914 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3823 -0.6191 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-128 5 0.2499 0.6988 0.048 0.000 0.072 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.3221 0.5185 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2219 0.6825 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1398 0.5465 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-132 5 0.3868 0.3390 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.1594 0.5471 0.932 0.000 0.000 0.000 0.052 0.016
#> dkfz_11-134 5 0.2542 0.6983 0.044 0.000 0.080 0.000 0.876 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.3860 0.3914 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.4508 0.4664 0.396 0.000 0.000 0.000 0.568 0.036
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.3860 0.3914 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.3816 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.688 0.016 0.296
#> dkfz_11-140 2 0.1556 0.8219 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-141 1 0.3838 -0.2454 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-142 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.2036 0.8392 0.000 0.916 0.000 0.008 0.048 0.028
#> dkfz_11-144 4 0.3816 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.688 0.016 0.296
#> dkfz_11-145 2 0.2106 0.8373 0.000 0.904 0.000 0.000 0.032 0.064
#> dkfz_11-146 4 0.3816 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.688 0.016 0.296
#> dkfz_11-147 4 0.0508 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.3728 0.4157 0.004 0.652 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-149 2 0.2036 0.8392 0.000 0.916 0.000 0.008 0.048 0.028
#> dkfz_11-150 6 0.4169 0.1663 0.012 0.456 0.000 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-151 3 0.0000 0.9271 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0373 0.7714 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-002 2 0.6497 0.4598 0.040 0.432 0.000 0.340 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-003 3 0.0656 0.9368 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 3 0.0504 0.9363 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-005 6 0.2446 0.8492 0.044 0.060 0.000 0.000 0.004 0.884 NA
#> dkfz_11-006 2 0.6519 0.5570 0.064 0.508 0.000 0.240 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-007 5 0.1715 0.7582 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-008 6 0.2446 0.8492 0.044 0.060 0.000 0.000 0.004 0.884 NA
#> dkfz_11-009 3 0.1375 0.9289 0.004 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-010 3 0.1488 0.9219 0.000 0.000 0.932 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-011 2 0.1513 0.7373 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 NA
#> dkfz_11-012 6 0.2009 0.8802 0.068 0.000 0.000 0.000 0.008 0.904 NA
#> dkfz_11-013 2 0.6636 0.5292 0.060 0.480 0.000 0.264 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-014 6 0.2009 0.8802 0.068 0.000 0.000 0.000 0.008 0.904 NA
#> dkfz_11-015 2 0.2280 0.7595 0.032 0.888 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-016 2 0.2326 0.7164 0.004 0.876 0.000 0.000 0.000 0.096 NA
#> dkfz_11-017 2 0.5744 0.4103 0.016 0.420 0.000 0.408 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.7776 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 2 0.4013 0.7272 0.052 0.760 0.000 0.000 0.032 0.004 NA
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.7776 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 1 0.5024 0.4434 0.536 0.000 0.000 0.000 0.340 0.004 NA
#> dkfz_11-022 2 0.1802 0.7511 0.024 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-023 1 0.4015 0.4709 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 NA
#> dkfz_11-024 2 0.3892 0.0126 0.004 0.500 0.000 0.000 0.000 0.488 NA
#> dkfz_11-025 6 0.1733 0.8602 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.920 NA
#> dkfz_11-026 2 0.2724 0.7536 0.032 0.876 0.000 0.000 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-027 5 0.2792 0.7155 0.096 0.000 0.012 0.000 0.852 0.000 NA
#> dkfz_11-028 4 0.3502 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 4 0.3502 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 2 0.4680 0.6783 0.048 0.720 0.000 0.152 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-031 3 0.1101 0.9292 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.7776 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-033 3 0.0239 0.9376 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 2 0.2439 0.7452 0.048 0.884 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-035 3 0.0334 0.9372 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-036 2 0.2506 0.7548 0.020 0.888 0.000 0.000 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-037 1 0.3675 0.5209 0.624 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 NA
#> dkfz_11-038 1 0.2984 0.6456 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004 NA
#> dkfz_11-039 6 0.1819 0.8611 0.016 0.000 0.000 0.000 0.008 0.916 NA
#> dkfz_11-040 3 0.1355 0.9255 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 3 0.0422 0.9360 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-042 3 0.1802 0.8685 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.2916 0.7557 0.028 0.000 0.080 0.000 0.852 0.000 NA
#> dkfz_11-044 2 0.0555 0.7579 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-045 1 0.4791 0.4749 0.548 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 NA
#> dkfz_11-046 2 0.5769 0.4250 0.012 0.428 0.000 0.396 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-047 5 0.3517 0.4699 0.280 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 NA
#> dkfz_11-048 6 0.1600 0.8826 0.052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.928 NA
#> dkfz_11-049 6 0.5590 0.3637 0.276 0.000 0.000 0.000 0.028 0.532 NA
#> dkfz_11-050 2 0.1035 0.7484 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-051 5 0.2154 0.7334 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 NA
#> dkfz_11-052 3 0.3702 0.7750 0.008 0.000 0.764 0.000 0.160 0.000 NA
#> dkfz_11-053 6 0.3683 0.7791 0.164 0.000 0.000 0.000 0.008 0.764 NA
#> dkfz_11-054 2 0.6560 0.5343 0.060 0.488 0.000 0.264 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-055 5 0.3582 0.1496 0.400 0.000 0.000 0.000 0.596 0.004 NA
#> dkfz_11-056 6 0.1819 0.8611 0.016 0.000 0.000 0.000 0.008 0.916 NA
#> dkfz_11-057 3 0.1355 0.9255 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 1 0.4983 0.4710 0.552 0.000 0.000 0.000 0.324 0.004 NA
#> dkfz_11-059 1 0.2830 0.6573 0.792 0.000 0.000 0.000 0.200 0.004 NA
#> dkfz_11-060 6 0.1750 0.8514 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.924 NA
#> dkfz_11-061 6 0.1287 0.8822 0.052 0.008 0.000 0.000 0.000 0.940 NA
#> dkfz_11-062 2 0.1778 0.7491 0.036 0.924 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-063 2 0.2285 0.7474 0.028 0.904 0.000 0.000 0.012 0.028 NA
#> dkfz_11-064 2 0.2724 0.7536 0.032 0.876 0.000 0.000 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-065 5 0.2648 0.7447 0.060 0.000 0.044 0.000 0.872 0.000 NA
#> dkfz_11-066 2 0.6028 0.4227 0.044 0.448 0.000 0.388 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-067 4 0.3346 0.8028 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 2 0.3146 0.7457 0.036 0.840 0.000 0.000 0.032 0.004 NA
#> dkfz_11-069 5 0.2585 0.7213 0.088 0.000 0.016 0.000 0.868 0.000 NA
#> dkfz_11-070 2 0.3256 0.7467 0.036 0.828 0.000 0.000 0.028 0.004 NA
#> dkfz_11-071 5 0.2831 0.7566 0.016 0.000 0.092 0.000 0.852 0.000 NA
#> dkfz_11-072 1 0.4170 0.4719 0.676 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 NA
#> dkfz_11-073 1 0.4861 0.4532 0.548 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 NA
#> dkfz_11-074 3 0.0656 0.9368 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 2 0.1035 0.7484 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-091 2 0.6381 0.5802 0.052 0.536 0.000 0.224 0.032 0.004 NA
#> dkfz_11-092 3 0.2555 0.8593 0.000 0.000 0.856 0.000 0.104 0.000 NA
#> dkfz_11-093 5 0.4878 0.4019 0.252 0.000 0.000 0.000 0.604 0.004 NA
#> dkfz_11-094 6 0.2009 0.8802 0.068 0.000 0.000 0.000 0.008 0.904 NA
#> dkfz_11-095 1 0.3581 0.5968 0.776 0.000 0.000 0.000 0.012 0.160 NA
#> dkfz_11-096 1 0.3357 0.5885 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 NA
#> dkfz_11-097 1 0.3995 0.4713 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 NA
#> dkfz_11-098 5 0.3135 0.5785 0.000 0.000 0.272 0.000 0.724 0.000 NA
#> dkfz_11-099 2 0.6353 0.4525 0.028 0.432 0.000 0.352 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-100 3 0.2945 0.6601 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 NA
#> dkfz_11-101 1 0.4361 0.2501 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 NA
#> dkfz_11-102 5 0.2208 0.7201 0.104 0.000 0.020 0.000 0.876 0.000 NA
#> dkfz_11-103 6 0.1621 0.8782 0.048 0.020 0.000 0.000 0.000 0.928 NA
#> dkfz_11-104 1 0.3051 0.6399 0.740 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004 NA
#> dkfz_11-105 5 0.1715 0.7582 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-106 5 0.3842 0.4713 0.268 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 NA
#> dkfz_11-107 1 0.3357 0.5885 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 NA
#> dkfz_11-108 1 0.2855 0.6457 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 NA
#> dkfz_11-109 5 0.3692 0.1127 0.408 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 NA
#> dkfz_11-110 5 0.1802 0.7592 0.004 0.000 0.100 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-111 5 0.3334 0.4057 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 NA
#> dkfz_11-112 5 0.1715 0.7582 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-113 5 0.3561 -0.0235 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000 NA
#> dkfz_11-114 2 0.1227 0.7457 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-115 3 0.0134 0.9376 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-116 3 0.1355 0.9255 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.0966 0.7577 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-118 5 0.3514 0.1813 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 NA
#> dkfz_11-119 5 0.1860 0.7596 0.008 0.000 0.096 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-120 1 0.3995 0.4782 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 NA
#> dkfz_11-121 3 0.1355 0.9255 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 1 0.3321 0.5624 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 NA
#> dkfz_11-123 1 0.3418 0.5826 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 NA
#> dkfz_11-124 5 0.4911 0.5064 0.200 0.000 0.012 0.000 0.644 0.004 NA
#> dkfz_11-125 5 0.4609 0.3328 0.296 0.000 0.000 0.000 0.612 0.004 NA
#> dkfz_11-126 1 0.3252 0.5880 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 NA
#> dkfz_11-127 6 0.3640 0.7481 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 NA
#> dkfz_11-128 5 0.2195 0.7352 0.084 0.000 0.032 0.000 0.884 0.000 NA
#> dkfz_11-129 5 0.2190 0.7306 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 NA
#> dkfz_11-130 5 0.1977 0.7589 0.020 0.000 0.084 0.000 0.896 0.000 NA
#> dkfz_11-131 1 0.3418 0.5784 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 NA
#> dkfz_11-132 1 0.3363 0.5917 0.672 0.000 0.000 0.000 0.324 0.004 NA
#> dkfz_11-133 1 0.3448 0.5786 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 NA
#> dkfz_11-134 5 0.2177 0.7422 0.072 0.000 0.040 0.000 0.888 0.000 NA
#> dkfz_11-135 1 0.3252 0.5880 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 NA
#> dkfz_11-136 1 0.5186 0.3217 0.480 0.000 0.000 0.000 0.384 0.004 NA
#> dkfz_11-137 3 0.0656 0.9368 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 1 0.3392 0.5836 0.664 0.000 0.000 0.000 0.332 0.004 NA
#> dkfz_11-139 4 0.3619 0.8031 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-140 2 0.1165 0.7470 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-141 1 0.2830 0.6566 0.788 0.000 0.000 0.000 0.204 0.008 NA
#> dkfz_11-142 3 0.0239 0.9376 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 2 0.3166 0.7374 0.064 0.844 0.000 0.008 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-144 4 0.3502 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-145 2 0.3649 0.7346 0.044 0.796 0.000 0.000 0.032 0.004 NA
#> dkfz_11-146 4 0.3619 0.8031 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.7776 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 2 0.4131 0.4607 0.020 0.644 0.000 0.000 0.000 0.316 NA
#> dkfz_11-149 2 0.2899 0.7408 0.064 0.860 0.000 0.008 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-150 2 0.4321 0.0654 0.020 0.500 0.000 0.000 0.004 0.468 NA
#> dkfz_11-151 3 0.0239 0.9376 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0706 0.58243 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-002 4 0.5281 -0.05188 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.324 NA NA
#> dkfz_11-003 3 0.0739 0.89992 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-004 3 0.0618 0.89984 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-005 2 0.2938 0.78110 0.024 0.848 0.000 0.000 0.000 0.076 NA NA
#> dkfz_11-006 6 0.5206 0.24626 0.000 0.000 0.000 0.212 0.004 0.424 NA NA
#> dkfz_11-007 5 0.0931 0.78237 0.000 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 NA NA
#> dkfz_11-008 2 0.2938 0.78110 0.024 0.848 0.000 0.000 0.000 0.076 NA NA
#> dkfz_11-009 3 0.2449 0.88522 0.000 0.000 0.876 0.000 0.032 0.000 NA NA
#> dkfz_11-010 3 0.2676 0.86373 0.000 0.000 0.860 0.000 0.056 0.000 NA NA
#> dkfz_11-011 6 0.1925 0.70005 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 NA NA
#> dkfz_11-012 2 0.2676 0.80696 0.048 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-013 6 0.5524 0.19045 0.000 0.000 0.000 0.232 0.012 0.396 NA NA
#> dkfz_11-014 2 0.2728 0.80581 0.048 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-015 6 0.2146 0.70782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 NA NA
#> dkfz_11-016 6 0.2855 0.69338 0.000 0.100 0.000 0.000 0.004 0.840 NA NA
#> dkfz_11-017 4 0.5994 0.04755 0.016 0.000 0.000 0.444 0.000 0.296 NA NA
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.58944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-019 6 0.3142 0.57435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 NA NA
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.58944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-021 1 0.5802 0.36743 0.480 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 NA NA
#> dkfz_11-022 6 0.2504 0.70968 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.860 NA NA
#> dkfz_11-023 1 0.4684 0.47261 0.640 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-024 6 0.3901 0.25173 0.004 0.408 0.000 0.000 0.000 0.564 NA NA
#> dkfz_11-025 2 0.3015 0.78503 0.012 0.828 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-026 6 0.1761 0.72307 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.908 NA NA
#> dkfz_11-027 5 0.2766 0.75046 0.048 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 NA NA
#> dkfz_11-028 4 0.3331 0.52795 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-029 4 0.3331 0.52795 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-030 6 0.5326 0.54204 0.028 0.000 0.000 0.140 0.000 0.628 NA NA
#> dkfz_11-031 3 0.2326 0.87508 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048 0.000 NA NA
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.58944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-033 3 0.0251 0.90103 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-034 6 0.3807 0.67517 0.028 0.012 0.000 0.000 0.000 0.764 NA NA
#> dkfz_11-035 3 0.0438 0.90040 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-036 6 0.1713 0.72374 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.912 NA NA
#> dkfz_11-037 1 0.3465 0.51930 0.688 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 NA NA
#> dkfz_11-038 1 0.2016 0.64094 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 NA NA
#> dkfz_11-039 2 0.3015 0.78503 0.012 0.828 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-040 3 0.2194 0.88063 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-041 3 0.1340 0.89557 0.000 0.000 0.940 0.000 0.040 0.000 NA NA
#> dkfz_11-042 3 0.2755 0.80093 0.000 0.000 0.804 0.000 0.176 0.000 NA NA
#> dkfz_11-043 5 0.2582 0.76691 0.012 0.000 0.020 0.000 0.872 0.000 NA NA
#> dkfz_11-044 6 0.0596 0.73103 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 NA NA
#> dkfz_11-045 1 0.5899 0.37560 0.484 0.004 0.000 0.000 0.264 0.000 NA NA
#> dkfz_11-046 4 0.5251 -0.00363 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.312 NA NA
#> dkfz_11-047 5 0.3751 0.53695 0.244 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 NA NA
#> dkfz_11-048 2 0.2086 0.81615 0.028 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-049 2 0.6367 0.42239 0.164 0.444 0.000 0.000 0.008 0.000 NA NA
#> dkfz_11-050 6 0.1148 0.72652 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.944 NA NA
#> dkfz_11-051 5 0.1329 0.77388 0.000 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 NA NA
#> dkfz_11-052 3 0.4506 0.74188 0.004 0.000 0.696 0.000 0.160 0.000 NA NA
#> dkfz_11-053 2 0.4934 0.60762 0.148 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-054 6 0.5266 0.20258 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004 0.404 NA NA
#> dkfz_11-055 1 0.3527 0.09615 0.516 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 NA NA
#> dkfz_11-056 2 0.3015 0.78503 0.012 0.828 0.000 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-057 3 0.2194 0.88063 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-058 1 0.5790 0.37632 0.484 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 NA NA
#> dkfz_11-059 1 0.2147 0.65414 0.876 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 NA NA
#> dkfz_11-060 2 0.2518 0.79467 0.008 0.876 0.000 0.000 0.000 0.028 NA NA
#> dkfz_11-061 2 0.0932 0.82136 0.040 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-062 6 0.3127 0.69851 0.020 0.008 0.000 0.000 0.004 0.828 NA NA
#> dkfz_11-063 6 0.3358 0.70327 0.016 0.040 0.000 0.000 0.004 0.824 NA NA
#> dkfz_11-064 6 0.1761 0.72307 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.908 NA NA
#> dkfz_11-065 5 0.2111 0.76617 0.032 0.000 0.004 0.000 0.900 0.000 NA NA
#> dkfz_11-066 4 0.6285 -0.01351 0.028 0.000 0.000 0.400 0.000 0.320 NA NA
#> dkfz_11-067 4 0.3153 0.53737 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-068 6 0.2869 0.66527 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 NA NA
#> dkfz_11-069 5 0.2497 0.75011 0.056 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 NA NA
#> dkfz_11-070 6 0.2605 0.66844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 NA NA
#> dkfz_11-071 5 0.2480 0.76864 0.000 0.000 0.032 0.000 0.872 0.000 NA NA
#> dkfz_11-072 1 0.4861 0.47048 0.628 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-073 1 0.6109 0.34666 0.444 0.004 0.000 0.000 0.236 0.000 NA NA
#> dkfz_11-074 3 0.0739 0.89992 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-075 6 0.1148 0.72652 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.944 NA NA
#> dkfz_11-091 6 0.5040 0.28612 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.452 NA NA
#> dkfz_11-092 3 0.3677 0.78871 0.000 0.000 0.760 0.000 0.156 0.000 NA NA
#> dkfz_11-093 5 0.6050 0.17451 0.264 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 NA NA
#> dkfz_11-094 2 0.2728 0.80581 0.048 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-095 1 0.3900 0.56759 0.740 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-096 1 0.3753 0.57518 0.756 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-097 1 0.4552 0.48829 0.660 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-098 5 0.2689 0.64922 0.000 0.000 0.180 0.000 0.804 0.000 NA NA
#> dkfz_11-099 4 0.5273 -0.02757 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.316 NA NA
#> dkfz_11-100 3 0.3674 0.45981 0.000 0.000 0.604 0.000 0.376 0.000 NA NA
#> dkfz_11-101 1 0.4926 0.39397 0.596 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-102 5 0.1769 0.73887 0.108 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 NA NA
#> dkfz_11-103 2 0.1479 0.81768 0.036 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 NA NA
#> dkfz_11-104 1 0.2146 0.63417 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 NA NA
#> dkfz_11-105 5 0.1029 0.78107 0.000 0.000 0.032 0.000 0.956 0.000 NA NA
#> dkfz_11-106 5 0.4203 0.53368 0.224 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 NA NA
#> dkfz_11-107 1 0.3743 0.57731 0.756 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-108 1 0.2104 0.64248 0.852 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 NA NA
#> dkfz_11-109 5 0.3606 -0.07867 0.488 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 NA NA
#> dkfz_11-110 5 0.0681 0.78224 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 NA NA
#> dkfz_11-111 5 0.2689 0.63174 0.000 0.000 0.192 0.000 0.796 0.000 NA NA
#> dkfz_11-112 5 0.1029 0.78107 0.000 0.000 0.032 0.000 0.956 0.000 NA NA
#> dkfz_11-113 5 0.3499 0.38227 0.000 0.000 0.316 0.000 0.664 0.000 NA NA
#> dkfz_11-114 6 0.1341 0.72107 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 NA NA
#> dkfz_11-115 3 0.0251 0.90145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-116 3 0.2194 0.88063 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-117 6 0.0837 0.73138 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.964 NA NA
#> dkfz_11-118 5 0.3190 0.49194 0.000 0.000 0.264 0.000 0.720 0.000 NA NA
#> dkfz_11-119 5 0.0806 0.78199 0.000 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 NA NA
#> dkfz_11-120 1 0.4684 0.47261 0.640 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-121 3 0.2194 0.88063 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-122 1 0.3071 0.56011 0.724 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 NA NA
#> dkfz_11-123 1 0.3978 0.56160 0.732 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-124 5 0.5946 0.26150 0.232 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 NA NA
#> dkfz_11-125 5 0.5393 0.21233 0.312 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 NA NA
#> dkfz_11-126 1 0.2928 0.57579 0.740 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 NA NA
#> dkfz_11-127 2 0.4979 0.54091 0.212 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-128 5 0.1724 0.75057 0.092 0.000 0.004 0.000 0.900 0.000 NA NA
#> dkfz_11-129 5 0.1576 0.76598 0.000 0.000 0.064 0.000 0.920 0.000 NA NA
#> dkfz_11-130 5 0.0739 0.78185 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 NA NA
#> dkfz_11-131 1 0.3978 0.56160 0.732 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-132 1 0.2907 0.57920 0.744 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 NA NA
#> dkfz_11-133 1 0.3978 0.56160 0.732 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-134 5 0.1417 0.75983 0.076 0.000 0.004 0.000 0.920 0.000 NA NA
#> dkfz_11-135 1 0.2990 0.57665 0.740 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 NA NA
#> dkfz_11-136 1 0.6193 0.25189 0.404 0.004 0.000 0.000 0.264 0.000 NA NA
#> dkfz_11-137 3 0.0739 0.89992 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-138 1 0.2968 0.56781 0.732 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 NA NA
#> dkfz_11-139 4 0.3442 0.52786 0.000 0.000 0.000 0.516 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-140 6 0.1341 0.72107 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 NA NA
#> dkfz_11-141 1 0.2066 0.65359 0.876 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 NA NA
#> dkfz_11-142 3 0.0448 0.90086 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-143 6 0.4493 0.63903 0.044 0.000 0.000 0.016 0.004 0.708 NA NA
#> dkfz_11-144 4 0.3331 0.52795 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-145 6 0.3132 0.61389 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 NA NA
#> dkfz_11-146 4 0.3442 0.52786 0.000 0.000 0.000 0.516 0.004 0.000 NA NA
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.58944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> dkfz_11-148 6 0.4178 0.47590 0.004 0.288 0.000 0.000 0.000 0.648 NA NA
#> dkfz_11-149 6 0.4296 0.64561 0.032 0.000 0.000 0.016 0.004 0.724 NA NA
#> dkfz_11-150 6 0.4578 0.25056 0.004 0.388 0.000 0.000 0.000 0.540 NA NA
#> dkfz_11-151 3 0.0251 0.90103 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.0699 0.541 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-002 2 0.4626 0.648 0.000 0.468 0.000 0.372 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0881 0.860 0.000 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-004 3 0.0565 0.860 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-005 7 0.3766 0.726 0.044 0.016 0.000 0.000 0.000 0.108 0.780 0.024 0.028
#> dkfz_11-006 2 0.4853 0.752 0.000 0.520 0.000 0.168 0.000 0.296 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0952 0.744 0.000 0.008 0.020 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-008 7 0.3766 0.726 0.044 0.016 0.000 0.000 0.000 0.108 0.780 0.024 0.028
#> dkfz_11-009 3 0.3417 0.829 0.000 0.040 0.804 0.000 0.032 0.000 0.004 0.024 0.096
#> dkfz_11-010 3 0.3450 0.805 0.000 0.036 0.804 0.000 0.044 0.000 0.004 0.024 0.088
#> dkfz_11-011 6 0.1723 0.673 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.092 0.004 0.008
#> dkfz_11-012 7 0.3722 0.763 0.148 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.040 0.040
#> dkfz_11-013 2 0.5496 0.759 0.000 0.504 0.000 0.188 0.012 0.264 0.008 0.016 0.008
#> dkfz_11-014 7 0.3993 0.755 0.160 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.044 0.040
#> dkfz_11-015 6 0.2868 0.468 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3204 0.664 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004 0.824 0.068 0.036 0.016
#> dkfz_11-017 4 0.5612 -0.364 0.000 0.276 0.000 0.492 0.000 0.168 0.004 0.020 0.040
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3518 0.241 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.5271 0.733 0.188 0.060 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.584 0.020
#> dkfz_11-022 6 0.2537 0.643 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004 0.020 0.032
#> dkfz_11-023 1 0.2766 0.462 0.832 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.028 0.016
#> dkfz_11-024 6 0.4101 0.440 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.608 0.332 0.016 0.028
#> dkfz_11-025 7 0.4199 0.746 0.072 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.064 0.064
#> dkfz_11-026 6 0.2633 0.612 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.836 0.008 0.012 0.020
#> dkfz_11-027 5 0.3509 0.647 0.020 0.036 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.092 0.060
#> dkfz_11-028 9 0.3134 0.991 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-029 9 0.3134 0.991 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-030 6 0.6038 0.265 0.000 0.144 0.000 0.136 0.004 0.552 0.004 0.080 0.080
#> dkfz_11-031 3 0.2982 0.821 0.000 0.016 0.836 0.000 0.036 0.000 0.004 0.024 0.084
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0119 0.862 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.4568 0.529 0.000 0.140 0.000 0.000 0.004 0.680 0.004 0.088 0.084
#> dkfz_11-035 3 0.0237 0.862 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 6 0.2598 0.615 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008 0.012 0.020
#> dkfz_11-037 1 0.5625 -0.106 0.392 0.012 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-038 1 0.4487 0.360 0.588 0.004 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.296 0.016
#> dkfz_11-039 7 0.4198 0.746 0.072 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.068 0.060
#> dkfz_11-040 3 0.3270 0.816 0.000 0.128 0.792 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020 0.052
#> dkfz_11-041 3 0.2047 0.843 0.000 0.008 0.884 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-042 3 0.3091 0.754 0.000 0.008 0.760 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-043 5 0.3454 0.669 0.008 0.036 0.012 0.000 0.804 0.000 0.000 0.072 0.068
#> dkfz_11-044 6 0.0916 0.673 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-045 8 0.5606 0.656 0.200 0.024 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.532 0.064
#> dkfz_11-046 2 0.4648 0.609 0.000 0.436 0.000 0.404 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.4493 0.332 0.068 0.012 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.224 0.044
#> dkfz_11-048 7 0.2376 0.789 0.088 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.016 0.016
#> dkfz_11-049 7 0.6289 0.326 0.076 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.340 0.080
#> dkfz_11-050 6 0.1210 0.688 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.1005 0.740 0.000 0.004 0.024 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-052 3 0.4833 0.739 0.000 0.128 0.656 0.000 0.136 0.000 0.000 0.024 0.056
#> dkfz_11-053 7 0.4824 0.408 0.440 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.040 0.048
#> dkfz_11-054 2 0.4896 0.766 0.000 0.520 0.000 0.188 0.000 0.276 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.5451 -0.389 0.276 0.008 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.292 0.020
#> dkfz_11-056 7 0.4198 0.746 0.072 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.068 0.060
#> dkfz_11-057 3 0.3270 0.816 0.000 0.128 0.792 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020 0.052
#> dkfz_11-058 8 0.5246 0.731 0.188 0.060 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.588 0.020
#> dkfz_11-059 1 0.4012 0.429 0.660 0.004 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.260 0.016
#> dkfz_11-060 7 0.3666 0.756 0.040 0.044 0.000 0.000 0.000 0.032 0.804 0.052 0.028
#> dkfz_11-061 7 0.1973 0.789 0.128 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 6 0.3829 0.604 0.000 0.108 0.000 0.000 0.004 0.764 0.012 0.068 0.044
#> dkfz_11-063 6 0.3681 0.626 0.000 0.092 0.000 0.000 0.004 0.780 0.012 0.068 0.044
#> dkfz_11-064 6 0.2633 0.612 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.836 0.008 0.012 0.020
#> dkfz_11-065 5 0.2924 0.676 0.012 0.016 0.004 0.000 0.836 0.000 0.000 0.088 0.044
#> dkfz_11-066 4 0.6455 -0.184 0.000 0.188 0.000 0.428 0.000 0.236 0.004 0.064 0.080
#> dkfz_11-067 4 0.3070 -0.760 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-068 6 0.3558 0.290 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008 0.012 0.012
#> dkfz_11-069 5 0.3287 0.644 0.020 0.020 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.116 0.044
#> dkfz_11-070 6 0.3016 0.269 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.660 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.3439 0.671 0.004 0.036 0.016 0.000 0.804 0.000 0.000 0.072 0.068
#> dkfz_11-072 1 0.3086 0.449 0.812 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.060 0.016
#> dkfz_11-073 8 0.5644 0.766 0.156 0.048 0.000 0.000 0.176 0.000 0.004 0.564 0.052
#> dkfz_11-074 3 0.0881 0.860 0.000 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-075 6 0.1210 0.688 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-091 2 0.4693 0.712 0.000 0.500 0.000 0.164 0.000 0.332 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.4486 0.738 0.000 0.036 0.696 0.000 0.148 0.000 0.004 0.024 0.092
#> dkfz_11-093 8 0.5152 0.751 0.056 0.092 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.568 0.020
#> dkfz_11-094 7 0.4076 0.753 0.156 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.048 0.040
#> dkfz_11-095 1 0.0683 0.568 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-096 1 0.1292 0.559 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.2261 0.494 0.872 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008 0.016
#> dkfz_11-098 5 0.2443 0.639 0.000 0.008 0.144 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-099 2 0.4640 0.631 0.000 0.452 0.000 0.388 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 3 0.3832 0.212 0.000 0.008 0.492 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-101 1 0.3001 0.413 0.804 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.028 0.016
#> dkfz_11-102 5 0.2229 0.661 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.104 0.008
#> dkfz_11-103 7 0.2830 0.786 0.112 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.828 0.004 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.4531 0.349 0.580 0.004 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.300 0.016
#> dkfz_11-105 5 0.0859 0.742 0.000 0.004 0.020 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-106 5 0.4510 0.319 0.064 0.016 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.232 0.040
#> dkfz_11-107 1 0.1341 0.557 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4489 0.347 0.580 0.004 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.308 0.016
#> dkfz_11-109 5 0.5381 -0.382 0.292 0.004 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.280 0.020
#> dkfz_11-110 5 0.0492 0.743 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2241 0.661 0.000 0.008 0.120 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-112 5 0.0859 0.742 0.000 0.004 0.020 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-113 5 0.3350 0.466 0.000 0.008 0.260 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-114 6 0.1082 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 3 0.0634 0.861 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-116 3 0.3270 0.816 0.000 0.128 0.792 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020 0.052
#> dkfz_11-117 6 0.0876 0.672 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.2815 0.597 0.000 0.008 0.176 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-119 5 0.0846 0.743 0.004 0.004 0.016 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.2730 0.469 0.836 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.028 0.016
#> dkfz_11-121 3 0.3270 0.816 0.000 0.128 0.792 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020 0.052
#> dkfz_11-122 1 0.5106 0.167 0.480 0.004 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.304 0.016
#> dkfz_11-123 1 0.0703 0.568 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.004
#> dkfz_11-124 8 0.4850 0.676 0.020 0.092 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000 0.556 0.020
#> dkfz_11-125 8 0.4337 0.610 0.060 0.004 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.552 0.016
#> dkfz_11-126 1 0.5073 0.189 0.488 0.004 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.304 0.016
#> dkfz_11-127 1 0.3986 -0.278 0.560 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.012 0.020
#> dkfz_11-128 5 0.2266 0.672 0.024 0.004 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-129 5 0.1324 0.730 0.000 0.004 0.040 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-130 5 0.0507 0.740 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0507 0.568 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.5037 0.208 0.496 0.004 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.304 0.016
#> dkfz_11-133 1 0.0626 0.568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.004
#> dkfz_11-134 5 0.1381 0.718 0.020 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.044 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.5073 0.189 0.488 0.004 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.304 0.016
#> dkfz_11-136 8 0.5115 0.786 0.120 0.044 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.608 0.032
#> dkfz_11-137 3 0.0881 0.860 0.000 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-138 1 0.5106 0.167 0.480 0.004 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.304 0.016
#> dkfz_11-139 9 0.3513 0.986 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.008 0.008 0.532
#> dkfz_11-140 6 0.1082 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.4113 0.419 0.648 0.004 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.264 0.016
#> dkfz_11-142 3 0.0237 0.862 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 6 0.5168 0.472 0.000 0.160 0.000 0.008 0.004 0.636 0.016 0.092 0.084
#> dkfz_11-144 9 0.3134 0.991 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-145 6 0.3817 -0.108 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.548 0.008 0.012 0.012
#> dkfz_11-146 9 0.3513 0.986 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.008 0.008 0.532
#> dkfz_11-147 4 0.0237 0.548 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 6 0.3972 0.555 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.704 0.208 0.012 0.028
#> dkfz_11-149 6 0.4975 0.478 0.000 0.164 0.000 0.008 0.000 0.644 0.012 0.092 0.080
#> dkfz_11-150 6 0.4470 0.430 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.580 0.336 0.024 0.028
#> dkfz_11-151 3 0.0119 0.862 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.2828 0.6860 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.4433 0.6205 0.008 0.548 0.000 0.340 0.004 0.092 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.1266 0.8485 0.000 0.036 0.940 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-004 3 0.1199 0.8507 0.000 0.012 0.948 0.024 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-005 8 0.5389 0.6513 0.000 0.028 0.000 0.024 0.000 0.104 0.040 0.536 0.000 0.268
#> dkfz_11-006 2 0.3995 0.7564 0.000 0.636 0.000 0.144 0.004 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0878 0.7945 0.004 0.000 0.012 0.008 0.964 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 8 0.5389 0.6513 0.000 0.028 0.000 0.024 0.000 0.104 0.040 0.536 0.000 0.268
#> dkfz_11-009 3 0.4381 0.7936 0.000 0.056 0.724 0.108 0.056 0.000 0.024 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-010 3 0.4228 0.7655 0.000 0.028 0.732 0.112 0.068 0.000 0.016 0.004 0.000 0.040
#> dkfz_11-011 6 0.1329 0.6582 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.056 0.000 0.012
#> dkfz_11-012 8 0.4866 0.6503 0.012 0.024 0.000 0.028 0.000 0.012 0.036 0.528 0.000 0.360
#> dkfz_11-013 2 0.4558 0.7547 0.004 0.612 0.000 0.168 0.004 0.192 0.016 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 8 0.4949 0.6241 0.012 0.024 0.000 0.032 0.000 0.012 0.036 0.500 0.000 0.384
#> dkfz_11-015 6 0.2507 0.4949 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.3430 0.6359 0.000 0.028 0.000 0.024 0.000 0.804 0.076 0.040 0.000 0.028
#> dkfz_11-017 4 0.4645 -0.0165 0.008 0.228 0.000 0.616 0.000 0.112 0.024 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-018 4 0.2857 0.6898 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3382 0.3612 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.392 0.008 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.2857 0.6898 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.3980 0.7323 0.356 0.004 0.000 0.000 0.080 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.3146 0.6124 0.000 0.060 0.000 0.060 0.000 0.808 0.064 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 10 0.3623 0.7030 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.556
#> dkfz_11-024 6 0.4808 0.4648 0.000 0.016 0.000 0.016 0.000 0.620 0.028 0.196 0.000 0.124
#> dkfz_11-025 8 0.1860 0.6856 0.008 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024 0.908 0.000 0.044
#> dkfz_11-026 6 0.3684 0.5391 0.000 0.164 0.000 0.004 0.000 0.740 0.028 0.012 0.000 0.052
#> dkfz_11-027 5 0.4364 0.6571 0.040 0.024 0.000 0.044 0.724 0.000 0.092 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-028 9 0.0000 0.9258 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 9 0.0000 0.9258 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.6050 0.2580 0.000 0.116 0.000 0.264 0.004 0.444 0.132 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-031 3 0.3798 0.7887 0.000 0.028 0.772 0.096 0.056 0.000 0.016 0.004 0.000 0.028
#> dkfz_11-032 4 0.2857 0.6898 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0453 0.8512 0.000 0.004 0.984 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 6 0.5456 0.4568 0.000 0.104 0.000 0.140 0.004 0.572 0.140 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-035 3 0.0630 0.8515 0.000 0.008 0.976 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 6 0.3575 0.5535 0.000 0.148 0.000 0.004 0.000 0.756 0.028 0.012 0.000 0.052
#> dkfz_11-037 1 0.3402 0.3471 0.772 0.008 0.000 0.012 0.148 0.000 0.024 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-038 1 0.0898 0.5429 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 8 0.1796 0.6873 0.008 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.912 0.000 0.044
#> dkfz_11-040 3 0.3623 0.8096 0.000 0.132 0.772 0.024 0.016 0.000 0.036 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-041 3 0.2764 0.8190 0.000 0.012 0.832 0.036 0.104 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-042 3 0.3869 0.6125 0.000 0.012 0.644 0.036 0.292 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-043 5 0.4025 0.6981 0.008 0.028 0.012 0.036 0.756 0.000 0.084 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-044 6 0.1121 0.6505 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.944 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.6259 -0.5918 0.380 0.024 0.000 0.032 0.116 0.000 0.324 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-046 2 0.4508 0.4776 0.008 0.468 0.000 0.424 0.004 0.088 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.5069 0.4000 0.188 0.016 0.000 0.024 0.612 0.000 0.104 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-048 8 0.2832 0.7234 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.776 0.000 0.196
#> dkfz_11-049 8 0.4303 0.2421 0.028 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.368 0.552 0.000 0.036
#> dkfz_11-050 6 0.0943 0.6629 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.960 0.004 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 5 0.0893 0.7908 0.004 0.000 0.020 0.016 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 3 0.5559 0.6930 0.000 0.144 0.584 0.036 0.132 0.000 0.084 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-053 10 0.4704 0.0244 0.056 0.020 0.000 0.020 0.000 0.012 0.024 0.228 0.000 0.640
#> dkfz_11-054 2 0.4021 0.7612 0.000 0.636 0.000 0.164 0.004 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3265 0.0956 0.640 0.008 0.000 0.004 0.340 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 8 0.1796 0.6873 0.008 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.912 0.000 0.044
#> dkfz_11-057 3 0.3623 0.8096 0.000 0.132 0.772 0.024 0.016 0.000 0.036 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-058 7 0.3954 0.7264 0.360 0.004 0.000 0.000 0.076 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1421 0.5115 0.924 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-060 8 0.1869 0.7153 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.892 0.000 0.060
#> dkfz_11-061 8 0.3616 0.7064 0.008 0.008 0.000 0.004 0.000 0.020 0.008 0.680 0.000 0.272
#> dkfz_11-062 6 0.4782 0.5393 0.000 0.072 0.000 0.092 0.004 0.668 0.124 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-063 6 0.4376 0.5885 0.000 0.060 0.000 0.060 0.004 0.720 0.112 0.016 0.000 0.028
#> dkfz_11-064 6 0.3684 0.5391 0.000 0.164 0.000 0.004 0.000 0.740 0.028 0.012 0.000 0.052
#> dkfz_11-065 5 0.3455 0.7148 0.008 0.016 0.008 0.024 0.796 0.000 0.092 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-066 4 0.5131 0.1363 0.000 0.120 0.000 0.612 0.004 0.148 0.080 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-067 9 0.2393 0.5631 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-068 6 0.4272 0.2257 0.000 0.340 0.000 0.004 0.000 0.576 0.020 0.012 0.000 0.048
#> dkfz_11-069 5 0.4019 0.6816 0.036 0.020 0.004 0.028 0.756 0.000 0.096 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-070 6 0.3546 0.2500 0.008 0.340 0.000 0.000 0.000 0.624 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4049 0.6989 0.008 0.028 0.012 0.044 0.756 0.000 0.080 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-072 10 0.3569 0.6970 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000 0.588
#> dkfz_11-073 7 0.5639 0.7293 0.260 0.016 0.000 0.024 0.108 0.000 0.508 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-074 3 0.1266 0.8485 0.000 0.036 0.940 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-075 6 0.1031 0.6634 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.956 0.008 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.4568 0.6906 0.000 0.576 0.000 0.132 0.000 0.268 0.012 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 3 0.5185 0.6229 0.000 0.028 0.592 0.100 0.220 0.000 0.020 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-093 7 0.4321 0.7808 0.240 0.008 0.000 0.000 0.168 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 8 0.4989 0.6248 0.012 0.024 0.000 0.032 0.000 0.012 0.040 0.500 0.000 0.380
#> dkfz_11-095 1 0.3315 -0.2927 0.584 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.400
#> dkfz_11-096 1 0.3182 -0.2183 0.616 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.372
#> dkfz_11-097 10 0.3355 0.5494 0.476 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.508
#> dkfz_11-098 5 0.1352 0.7753 0.000 0.000 0.052 0.016 0.928 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4357 0.5773 0.008 0.524 0.000 0.372 0.000 0.088 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.4070 0.1449 0.000 0.012 0.368 0.036 0.568 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-101 10 0.3741 0.7089 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.556
#> dkfz_11-102 5 0.2438 0.6257 0.212 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 8 0.3857 0.7108 0.008 0.004 0.000 0.004 0.000 0.064 0.004 0.676 0.000 0.240
#> dkfz_11-104 1 0.0816 0.5418 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0508 0.7945 0.004 0.000 0.012 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.5293 0.3487 0.140 0.016 0.000 0.024 0.588 0.000 0.168 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-107 1 0.3530 -0.3097 0.576 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.396
#> dkfz_11-108 1 0.2009 0.5208 0.888 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.020 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-109 1 0.3617 0.0912 0.636 0.008 0.000 0.004 0.324 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 5 0.0508 0.7942 0.004 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1464 0.7723 0.000 0.004 0.052 0.016 0.924 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0508 0.7945 0.004 0.000 0.012 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.3178 0.6334 0.000 0.012 0.164 0.032 0.776 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-114 6 0.0896 0.6617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 3 0.1158 0.8487 0.000 0.008 0.948 0.028 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 3 0.3623 0.8096 0.000 0.132 0.772 0.024 0.016 0.000 0.036 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-117 6 0.1210 0.6428 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.2431 0.7155 0.000 0.008 0.100 0.032 0.852 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 5 0.0878 0.7938 0.004 0.000 0.012 0.008 0.964 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 10 0.3590 0.6882 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000 0.548
#> dkfz_11-121 3 0.3623 0.8096 0.000 0.132 0.772 0.024 0.016 0.000 0.036 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-122 1 0.2066 0.4759 0.848 0.000 0.000 0.004 0.140 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3484 -0.3565 0.564 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.412
#> dkfz_11-124 7 0.4343 0.7662 0.220 0.008 0.000 0.000 0.188 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 7 0.5792 0.5940 0.304 0.012 0.000 0.008 0.300 0.000 0.324 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-126 1 0.2035 0.4821 0.852 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 10 0.4310 0.4244 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.232 0.000 0.604
#> dkfz_11-128 5 0.2453 0.6465 0.196 0.000 0.000 0.004 0.792 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.1403 0.7845 0.004 0.008 0.020 0.028 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 5 0.0677 0.7939 0.004 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3494 -0.3743 0.556 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.420
#> dkfz_11-132 1 0.1941 0.4911 0.864 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.3484 -0.3565 0.564 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.412
#> dkfz_11-134 5 0.1924 0.7147 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.2035 0.4821 0.852 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.4854 0.7637 0.252 0.004 0.000 0.008 0.096 0.000 0.580 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-137 3 0.1266 0.8485 0.000 0.036 0.940 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-138 1 0.2112 0.4757 0.848 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0484 0.9225 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.0842 0.6619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> dkfz_11-141 1 0.1980 0.4809 0.884 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-142 3 0.0429 0.8519 0.000 0.004 0.984 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.6191 0.3877 0.008 0.116 0.000 0.148 0.008 0.500 0.152 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-144 9 0.0113 0.9256 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-145 6 0.4392 -0.0392 0.000 0.420 0.000 0.004 0.000 0.496 0.020 0.012 0.000 0.048
#> dkfz_11-146 9 0.0484 0.9225 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> dkfz_11-147 4 0.2857 0.6898 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.4718 0.5396 0.000 0.052 0.000 0.016 0.000 0.680 0.040 0.112 0.000 0.100
#> dkfz_11-149 6 0.5762 0.4097 0.004 0.120 0.000 0.152 0.004 0.532 0.152 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-150 6 0.5644 0.3865 0.000 0.044 0.000 0.024 0.000 0.540 0.040 0.168 0.000 0.184
#> dkfz_11-151 3 0.0630 0.8511 0.000 0.008 0.976 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:kmeans 134 4.50e-15 7.18e-04 2
#> ATC:kmeans 124 1.49e-23 4.64e-03 3
#> ATC:kmeans 136 3.73e-20 1.33e-02 4
#> ATC:kmeans 124 2.67e-19 1.33e-05 5
#> ATC:kmeans 108 4.20e-19 2.00e-04 6
#> ATC:kmeans 108 1.22e-22 7.00e-08 7
#> ATC:kmeans 105 2.22e-22 4.48e-08 8
#> ATC:kmeans 98 1.95e-19 2.66e-05 9
#> ATC:kmeans 100 8.69e-22 1.62e-07 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.997 0.4428 0.559 0.559
#> 3 3 1.000 0.976 0.991 0.2832 0.780 0.636
#> 4 4 0.941 0.923 0.946 0.2533 0.761 0.493
#> 5 5 0.725 0.793 0.881 0.0282 0.981 0.932
#> 6 6 0.844 0.694 0.854 0.0343 0.976 0.909
#> 7 7 0.819 0.654 0.824 0.0196 0.951 0.814
#> 8 8 0.815 0.607 0.808 0.0203 0.983 0.927
#> 9 9 0.820 0.606 0.792 0.0128 0.979 0.906
#> 10 10 0.798 0.611 0.786 0.0118 0.977 0.892
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.760 0.720 0.780 0.220
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.343 0.931 0.064 0.936
#> dkfz_11-009 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 1 0.242 0.957 0.960 0.040
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.327 0.936 0.940 0.060
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.5650 0.559 0.000 0.312 0.688
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.2959 0.875 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0424 0.972 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0424 0.972 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0424 0.972 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.5650 0.478 0.312 0.688 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.4931 0.679 0.768 0.232 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3340 0.807 0.120 0.880 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3816 0.824 0.000 0.148 0.852
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0188 0.933 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0592 0.926 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0469 0.927 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2345 0.870 0.000 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.1792 0.950 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3688 0.734 0.000 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.1174 0.918 0.000 0.968 0.020 0.012
#> dkfz_11-017 4 0.1182 0.928 0.000 0.016 0.016 0.968
#> dkfz_11-018 4 0.0592 0.933 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0592 0.933 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-021 3 0.2011 0.954 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.3808 0.792 0.000 0.812 0.176 0.012
#> dkfz_11-023 3 0.1940 0.954 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-024 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0469 0.927 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.1389 0.926 0.000 0.000 0.048 0.952
#> dkfz_11-029 4 0.1022 0.930 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-030 4 0.5414 0.371 0.000 0.376 0.020 0.604
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0469 0.933 0.000 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.5078 0.590 0.000 0.700 0.028 0.272
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0469 0.927 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-037 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-038 3 0.2081 0.954 0.084 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-039 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0817 0.924 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-045 3 0.1792 0.950 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0469 0.924 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-049 3 0.1940 0.954 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2281 0.876 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1610 0.899 0.000 0.016 0.952 0.032
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-056 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 3 0.2011 0.954 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-059 3 0.1940 0.954 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.4103 0.639 0.000 0.256 0.744 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.3634 0.855 0.000 0.856 0.096 0.048
#> dkfz_11-063 2 0.2796 0.877 0.000 0.892 0.092 0.016
#> dkfz_11-064 2 0.0469 0.927 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0592 0.933 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-067 4 0.1022 0.930 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-068 2 0.0469 0.927 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4331 0.550 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0817 0.924 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 3 0.4477 0.646 0.312 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.4941 0.270 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-095 3 0.2011 0.954 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-096 3 0.1940 0.954 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-097 3 0.1716 0.948 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0524 0.920 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-102 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.1975 0.938 0.048 0.016 0.936 0.000
#> dkfz_11-104 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 3 0.2081 0.954 0.084 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-108 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-109 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3123 0.811 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 3 0.2081 0.954 0.084 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-123 3 0.1940 0.954 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 3 0.2530 0.928 0.112 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-126 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-127 3 0.1733 0.921 0.024 0.028 0.948 0.000
#> dkfz_11-128 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 3 0.1940 0.954 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-132 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-133 3 0.1940 0.954 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.1389 0.932 0.952 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-135 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.3074 0.796 0.848 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.5102 0.722 0.000 0.220 0.048 0.732
#> dkfz_11-140 3 0.1716 0.899 0.000 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-141 3 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.1182 0.928 0.000 0.016 0.016 0.968
#> dkfz_11-144 4 0.1389 0.926 0.000 0.000 0.048 0.952
#> dkfz_11-145 2 0.0188 0.926 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1389 0.926 0.000 0.000 0.048 0.952
#> dkfz_11-147 4 0.0592 0.933 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-148 2 0.0469 0.927 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.3160 0.849 0.000 0.108 0.020 0.872
#> dkfz_11-150 2 0.0469 0.927 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.3876 0.0320 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2426 0.7540 0.000 0.900 0.064 0.036 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0794 0.7744 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2325 0.7536 0.000 0.904 0.068 0.028 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.0510 0.7765 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.6586 0.5134 0.272 0.564 0.128 0.036 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.1704 0.8858 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> dkfz_11-013 2 0.2645 0.7501 0.000 0.888 0.068 0.044 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5632 0.4659 0.320 0.608 0.036 0.036 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.2782 0.7546 0.000 0.880 0.072 0.048 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5192 0.6796 0.060 0.740 0.060 0.140 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.1282 0.6707 0.000 0.004 0.044 0.952 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0955 0.6703 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2376 0.7569 0.000 0.904 0.052 0.044 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.1197 0.6527 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.2573 0.8946 0.880 0.000 0.016 0.000 0.104
#> dkfz_11-022 4 0.8239 0.0762 0.200 0.224 0.172 0.404 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2020 0.8953 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-024 1 0.2471 0.7603 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.2329 0.7778 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0404 0.7769 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.3999 0.6580 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.4306 0.5105 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.2376 0.6271 0.000 0.044 0.052 0.904 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.3395 0.2978 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.3226 0.5792 0.000 0.088 0.060 0.852 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0404 0.7769 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-038 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-039 1 0.2280 0.7810 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.6648 0.6000 0.128 0.620 0.164 0.088 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.2193 0.8921 0.900 0.008 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-046 2 0.6894 0.5733 0.100 0.580 0.220 0.100 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.2127 0.7895 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.2439 0.7847 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 2 0.7565 0.4240 0.280 0.480 0.116 0.124 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.5284 0.3845 0.620 0.020 0.032 0.328 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.2708 0.7486 0.000 0.884 0.072 0.044 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-056 1 0.2280 0.7810 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 1 0.2470 0.8941 0.884 0.000 0.012 0.000 0.104
#> dkfz_11-059 1 0.1792 0.8920 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-060 1 0.2280 0.7810 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.5828 0.4435 0.660 0.172 0.148 0.020 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.5725 0.3268 0.028 0.276 0.064 0.632 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.6638 0.2905 0.088 0.516 0.048 0.348 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0404 0.7769 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 4 0.1638 0.6495 0.000 0.004 0.064 0.932 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.4304 0.5261 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0404 0.7769 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.4925 0.6743 0.088 0.740 0.156 0.016 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 5 0.3949 0.4338 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-073 5 0.0290 0.9710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.6272 0.6330 0.108 0.660 0.140 0.092 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0865 0.7690 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.4546 0.3117 0.532 0.000 0.008 0.000 0.460
#> dkfz_11-094 2 0.4989 0.1983 0.456 0.520 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.2127 0.8956 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-096 1 0.1197 0.8760 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-097 1 0.1285 0.8677 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.4194 0.7056 0.004 0.788 0.080 0.128 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-102 1 0.2230 0.8931 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-103 1 0.0510 0.8367 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.2230 0.8931 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 1 0.2127 0.8956 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-108 1 0.2280 0.8899 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-109 1 0.2230 0.8931 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 1 0.2439 0.7778 0.876 0.004 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.6661 0.4394 0.328 0.504 0.148 0.020 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-121 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-123 1 0.1270 0.8783 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-124 5 0.0290 0.9711 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-125 1 0.2561 0.8691 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-126 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-127 1 0.0613 0.8469 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.2377 0.8827 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 1 0.1965 0.8949 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-132 1 0.2230 0.8931 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-133 1 0.1478 0.8842 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-134 5 0.2966 0.7451 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-135 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-136 5 0.2970 0.7542 0.168 0.000 0.004 0.000 0.828
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.2230 0.8931 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-139 3 0.6473 0.1657 0.000 0.364 0.448 0.188 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.1965 0.7960 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.2179 0.8951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 4 0.2124 0.6197 0.000 0.004 0.096 0.900 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3774 0.6612 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.7738 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3684 0.6473 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.1124 0.6669 0.000 0.004 0.036 0.960 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0404 0.7769 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.1282 0.6657 0.000 0.004 0.044 0.952 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0290 0.7761 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.4057 0.0861 0.000 0.000 0.388 0.600 0.000 0.012
#> dkfz_11-002 2 0.3635 0.6127 0.000 0.780 0.032 0.008 0.000 0.180
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0603 0.6617 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-006 2 0.3758 0.6064 0.000 0.764 0.040 0.004 0.000 0.192
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0458 0.6632 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-009 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.6065 -0.4346 0.132 0.484 0.004 0.020 0.000 0.360
#> dkfz_11-012 1 0.2128 0.8389 0.908 0.004 0.000 0.000 0.056 0.032
#> dkfz_11-013 2 0.4225 0.5884 0.000 0.728 0.040 0.016 0.000 0.216
#> dkfz_11-014 2 0.6124 0.1225 0.276 0.552 0.024 0.012 0.000 0.136
#> dkfz_11-015 2 0.4053 0.6012 0.000 0.744 0.040 0.012 0.000 0.204
#> dkfz_11-016 2 0.6173 0.3450 0.052 0.624 0.024 0.140 0.000 0.160
#> dkfz_11-017 4 0.1478 0.8036 0.000 0.004 0.032 0.944 0.000 0.020
#> dkfz_11-018 4 0.0603 0.8020 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.2979 0.6413 0.000 0.848 0.032 0.008 0.000 0.112
#> dkfz_11-020 4 0.0692 0.8020 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.2436 0.7954 0.880 0.000 0.000 0.000 0.032 0.088
#> dkfz_11-022 6 0.7316 0.4423 0.100 0.172 0.012 0.296 0.000 0.420
#> dkfz_11-023 1 0.1563 0.8453 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> dkfz_11-024 1 0.3586 0.5619 0.756 0.216 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-025 1 0.4165 0.1717 0.536 0.012 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-026 2 0.0146 0.6653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2848 0.6453 0.000 0.000 0.816 0.176 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.3955 0.3856 0.000 0.000 0.560 0.436 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.1628 0.7780 0.012 0.004 0.008 0.940 0.000 0.036
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.3104 0.6086 0.000 0.000 0.184 0.800 0.000 0.016
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3396 0.7002 0.012 0.028 0.036 0.848 0.000 0.076
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0146 0.6653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 1 0.1267 0.8480 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.4147 0.2198 0.552 0.012 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-040 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.5881 0.4260 0.056 0.404 0.008 0.044 0.000 0.488
#> dkfz_11-045 1 0.2240 0.8362 0.904 0.008 0.000 0.000 0.056 0.032
#> dkfz_11-046 6 0.4931 0.4281 0.040 0.264 0.012 0.020 0.000 0.664
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3883 0.4478 0.656 0.012 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-049 1 0.4041 0.3093 0.584 0.004 0.000 0.000 0.004 0.408
#> dkfz_11-050 2 0.7020 -0.3299 0.136 0.460 0.008 0.100 0.000 0.296
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.0146 0.9531 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-053 1 0.5880 0.1756 0.548 0.020 0.016 0.328 0.000 0.088
#> dkfz_11-054 2 0.3877 0.5979 0.000 0.748 0.040 0.004 0.000 0.208
#> dkfz_11-055 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.4136 0.2388 0.560 0.012 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-057 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2822 0.7857 0.852 0.000 0.000 0.000 0.040 0.108
#> dkfz_11-059 1 0.0865 0.8405 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4116 0.2700 0.572 0.012 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-061 6 0.6009 0.4036 0.364 0.176 0.004 0.004 0.000 0.452
#> dkfz_11-062 4 0.5665 0.4225 0.020 0.176 0.028 0.656 0.000 0.120
#> dkfz_11-063 2 0.7288 0.0572 0.096 0.412 0.024 0.344 0.000 0.124
#> dkfz_11-064 2 0.0146 0.6653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1588 0.7828 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.4076 0.4606 0.000 0.000 0.592 0.396 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.6657 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4630 -0.2106 0.024 0.540 0.004 0.004 0.000 0.428
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3843 0.1391 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.0806 0.9296 0.020 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.5775 -0.3371 0.040 0.492 0.004 0.060 0.000 0.404
#> dkfz_11-091 2 0.1769 0.6553 0.000 0.924 0.012 0.004 0.000 0.060
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.4639 -0.0180 0.448 0.000 0.000 0.000 0.512 0.040
#> dkfz_11-094 2 0.5340 0.0490 0.340 0.556 0.008 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-095 1 0.1075 0.8457 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0777 0.8329 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-097 1 0.0976 0.8159 0.968 0.000 0.000 0.008 0.008 0.016
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.5913 0.3856 0.008 0.608 0.032 0.152 0.000 0.200
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.2053 0.7495 0.888 0.004 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-104 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1267 0.8482 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4175 0.1245 0.524 0.012 0.000 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5773 0.5090 0.152 0.392 0.000 0.004 0.000 0.452
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1267 0.8480 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.1204 0.8475 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0692 0.8300 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-124 5 0.0858 0.9237 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004
#> dkfz_11-125 1 0.1812 0.8341 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 0.008
#> dkfz_11-126 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1053 0.8103 0.964 0.000 0.000 0.012 0.004 0.020
#> dkfz_11-128 1 0.1387 0.8446 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.1007 0.8445 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0790 0.8383 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.3620 0.4412 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3014 0.7080 0.184 0.000 0.000 0.000 0.804 0.012
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.7454 0.2926 0.004 0.228 0.376 0.120 0.000 0.272
#> dkfz_11-140 1 0.3802 0.4593 0.676 0.012 0.000 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-141 1 0.1327 0.8480 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.2894 0.7450 0.004 0.000 0.108 0.852 0.000 0.036
#> dkfz_11-144 3 0.3229 0.6373 0.000 0.000 0.816 0.140 0.000 0.044
#> dkfz_11-145 2 0.0458 0.6659 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.4489 0.6012 0.008 0.000 0.728 0.132 0.000 0.132
#> dkfz_11-147 4 0.0909 0.8028 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> dkfz_11-148 2 0.0146 0.6653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 4 0.1642 0.8003 0.000 0.004 0.032 0.936 0.000 0.028
#> dkfz_11-150 2 0.0603 0.6662 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9565 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.4346 0.06522 0.000 0.000 0.340 0.612 0.000 0.020 0.028
#> dkfz_11-002 2 0.4502 0.34070 0.000 0.648 0.008 0.012 0.000 0.048 0.284
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1028 0.60105 0.008 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-006 2 0.3848 0.35069 0.000 0.652 0.000 0.016 0.000 0.008 0.324
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0981 0.60243 0.008 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-009 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.6556 0.06310 0.140 0.464 0.000 0.016 0.000 0.288 0.092
#> dkfz_11-012 1 0.3163 0.72324 0.848 0.012 0.000 0.000 0.028 0.060 0.052
#> dkfz_11-013 2 0.4793 0.18302 0.000 0.564 0.004 0.036 0.000 0.028 0.368
#> dkfz_11-014 2 0.6480 0.22465 0.204 0.476 0.000 0.012 0.000 0.072 0.236
#> dkfz_11-015 2 0.4445 0.34721 0.000 0.612 0.000 0.012 0.000 0.048 0.328
#> dkfz_11-016 2 0.6838 0.30046 0.068 0.516 0.000 0.132 0.000 0.096 0.188
#> dkfz_11-017 4 0.2004 0.67845 0.000 0.004 0.036 0.916 0.000 0.024 0.020
#> dkfz_11-018 4 0.1297 0.67901 0.000 0.000 0.012 0.948 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-019 2 0.3425 0.48425 0.000 0.768 0.000 0.020 0.000 0.016 0.196
#> dkfz_11-020 4 0.1063 0.67312 0.000 0.000 0.036 0.956 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.3984 0.39979 0.656 0.000 0.000 0.000 0.044 0.300 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.7580 -0.00343 0.104 0.128 0.000 0.324 0.000 0.332 0.112
#> dkfz_11-023 1 0.0861 0.82223 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4514 0.23744 0.644 0.284 0.000 0.000 0.000 0.028 0.044
#> dkfz_11-025 6 0.3884 0.62389 0.360 0.012 0.000 0.000 0.000 0.620 0.008
#> dkfz_11-026 2 0.0268 0.60739 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0268 0.96615 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.3097 0.54130 0.000 0.000 0.832 0.108 0.000 0.036 0.024
#> dkfz_11-029 3 0.3764 0.38646 0.004 0.000 0.556 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.1976 0.66592 0.000 0.008 0.000 0.908 0.000 0.024 0.060
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.3429 0.35137 0.000 0.000 0.268 0.716 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3298 0.61027 0.004 0.016 0.000 0.816 0.000 0.040 0.124
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0402 0.60756 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-037 1 0.1123 0.83158 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.3651 0.60531 0.388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0134 0.96985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0134 0.96945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.6714 -0.07390 0.052 0.352 0.000 0.056 0.000 0.416 0.124
#> dkfz_11-045 1 0.3172 0.73667 0.852 0.024 0.000 0.000 0.032 0.036 0.056
#> dkfz_11-046 6 0.5771 0.01336 0.028 0.136 0.004 0.032 0.000 0.608 0.192
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4127 -0.32687 0.528 0.012 0.000 0.000 0.000 0.448 0.012
#> dkfz_11-049 6 0.3467 0.57691 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.7585 0.07283 0.128 0.392 0.000 0.100 0.000 0.244 0.136
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.0504 0.95666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.6282 -0.03012 0.488 0.024 0.000 0.284 0.000 0.040 0.164
#> dkfz_11-054 2 0.4186 0.29107 0.000 0.608 0.000 0.016 0.000 0.020 0.356
#> dkfz_11-055 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.3651 0.60585 0.388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0134 0.96985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4082 0.28966 0.616 0.000 0.000 0.000 0.040 0.344 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0656 0.82071 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3651 0.60501 0.388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.6534 0.46333 0.332 0.180 0.000 0.004 0.000 0.400 0.084
#> dkfz_11-062 4 0.6217 0.34840 0.032 0.108 0.000 0.556 0.000 0.076 0.228
#> dkfz_11-063 4 0.7520 -0.11378 0.104 0.280 0.000 0.308 0.000 0.056 0.252
#> dkfz_11-064 2 0.0268 0.60739 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.1898 0.63937 0.000 0.000 0.088 0.900 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.4169 0.50617 0.004 0.000 0.604 0.364 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-068 2 0.0402 0.60756 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5411 0.27125 0.028 0.536 0.000 0.000 0.000 0.316 0.120
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.3625 0.26255 0.572 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 5 0.2184 0.87591 0.056 0.016 0.000 0.000 0.904 0.012 0.012
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6666 0.19319 0.048 0.440 0.000 0.056 0.000 0.328 0.128
#> dkfz_11-091 2 0.1671 0.55910 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.5405 -0.07313 0.328 0.000 0.000 0.000 0.460 0.212 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5715 0.21942 0.284 0.536 0.000 0.000 0.000 0.056 0.124
#> dkfz_11-095 1 0.0728 0.82410 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0334 0.80335 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0735 0.78662 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.6566 0.13178 0.004 0.496 0.008 0.124 0.000 0.136 0.232
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.1166 0.82587 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.2285 0.61713 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1109 0.82941 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4338 0.59711 0.392 0.024 0.000 0.000 0.000 0.568 0.016
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0134 0.96985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.6600 0.18418 0.172 0.336 0.000 0.012 0.000 0.404 0.076
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0927 0.83053 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0134 0.96985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0990 0.83177 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0637 0.81300 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.2006 0.87289 0.036 0.000 0.000 0.000 0.900 0.064 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2239 0.76888 0.876 0.000 0.000 0.000 0.100 0.024 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0801 0.77462 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.1166 0.82587 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0863 0.82851 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0728 0.82410 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3554 0.16359 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3876 0.62803 0.192 0.000 0.000 0.000 0.740 0.056 0.012
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.7101 0.00000 0.000 0.204 0.300 0.068 0.000 0.048 0.380
#> dkfz_11-140 1 0.3825 0.17053 0.676 0.012 0.000 0.000 0.000 0.296 0.016
#> dkfz_11-141 1 0.1050 0.83258 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.4057 0.51420 0.000 0.000 0.144 0.756 0.000 0.056 0.044
#> dkfz_11-144 3 0.4902 0.47515 0.000 0.000 0.692 0.088 0.000 0.104 0.116
#> dkfz_11-145 2 0.0927 0.58721 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-146 3 0.5249 0.27990 0.004 0.000 0.648 0.084 0.000 0.076 0.188
#> dkfz_11-147 4 0.1337 0.67959 0.000 0.000 0.020 0.948 0.000 0.012 0.020
#> dkfz_11-148 2 0.0268 0.60739 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.2224 0.66912 0.000 0.000 0.024 0.900 0.000 0.036 0.040
#> dkfz_11-150 2 0.0715 0.60369 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.97234 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 8 0.4444 0.36563 0.000 0.000 0.008 0.444 0.000 0.020 0.028 0.500
#> dkfz_11-002 2 0.4534 -0.54025 0.000 0.520 0.412 0.008 0.000 0.012 0.048 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1346 0.42639 0.000 0.940 0.032 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 3 0.3912 0.61143 0.000 0.472 0.504 0.012 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0224 0.95947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1280 0.43003 0.000 0.944 0.028 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.7021 -0.02413 0.112 0.376 0.116 0.020 0.000 0.324 0.052 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.4223 0.60307 0.756 0.020 0.064 0.000 0.008 0.112 0.040 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.4602 0.63338 0.000 0.340 0.584 0.036 0.000 0.020 0.020 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.7636 0.05794 0.176 0.336 0.272 0.052 0.000 0.096 0.068 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.4958 0.54542 0.000 0.448 0.456 0.016 0.000 0.060 0.020 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.7707 0.07909 0.044 0.368 0.196 0.188 0.000 0.116 0.088 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.3791 0.57534 0.000 0.000 0.028 0.784 0.000 0.044 0.036 0.108
#> dkfz_11-018 4 0.1884 0.62157 0.000 0.000 0.036 0.916 0.000 0.012 0.028 0.008
#> dkfz_11-019 2 0.3807 -0.26340 0.000 0.660 0.304 0.020 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.2418 0.59769 0.000 0.000 0.012 0.872 0.000 0.004 0.028 0.084
#> dkfz_11-021 1 0.4065 0.11909 0.572 0.000 0.008 0.000 0.036 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.7777 -0.02429 0.056 0.132 0.112 0.296 0.000 0.312 0.092 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0918 0.82422 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.008 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.5388 0.00397 0.512 0.348 0.056 0.000 0.000 0.068 0.016 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3695 0.58872 0.212 0.012 0.028 0.004 0.000 0.736 0.008 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0251 0.43253 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0614 0.94090 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 8 0.3583 0.05059 0.000 0.000 0.008 0.076 0.000 0.004 0.148 0.764
#> dkfz_11-029 8 0.3444 0.53918 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.004 0.008 0.636
#> dkfz_11-030 4 0.2730 0.60857 0.000 0.008 0.060 0.864 0.000 0.016 0.048 0.004
#> dkfz_11-031 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.4034 0.23129 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000 0.012 0.020 0.284
#> dkfz_11-033 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.3216 0.58529 0.000 0.012 0.080 0.824 0.000 0.020 0.064 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0596 0.42526 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0438 0.83395 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0618 0.83455 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.3170 0.61840 0.260 0.012 0.004 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0125 0.95947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.0125 0.95947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0125 0.95965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0224 0.95656 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.6953 -0.06139 0.020 0.292 0.124 0.052 0.000 0.412 0.100 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3921 0.64765 0.788 0.028 0.068 0.000 0.008 0.076 0.032 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.5024 0.10168 0.000 0.072 0.256 0.016 0.000 0.616 0.036 0.004
#> dkfz_11-047 5 0.0395 0.95172 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.4144 0.43212 0.408 0.028 0.016 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 6 0.3220 0.60559 0.280 0.000 0.016 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.8087 0.06966 0.100 0.324 0.156 0.096 0.000 0.216 0.108 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0125 0.95828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.0806 0.93538 0.000 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.6749 -0.15673 0.388 0.024 0.120 0.352 0.000 0.040 0.076 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.4020 0.66026 0.000 0.412 0.552 0.012 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0695 0.83449 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.3263 0.61735 0.260 0.012 0.008 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0125 0.95947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4039 -0.09027 0.516 0.000 0.008 0.000 0.028 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0349 0.83263 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.3246 0.61854 0.276 0.012 0.004 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.6952 0.30896 0.276 0.228 0.080 0.004 0.000 0.356 0.056 0.000
#> dkfz_11-062 4 0.5967 0.41543 0.012 0.080 0.160 0.596 0.000 0.052 0.100 0.000
#> dkfz_11-063 4 0.7624 0.12317 0.068 0.196 0.212 0.372 0.000 0.056 0.096 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0125 0.43290 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0224 0.95656 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.2928 0.53557 0.000 0.000 0.012 0.812 0.000 0.004 0.020 0.152
#> dkfz_11-067 8 0.3873 0.52417 0.000 0.000 0.008 0.284 0.000 0.000 0.044 0.664
#> dkfz_11-068 2 0.0596 0.42526 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.5213 0.09815 0.000 0.516 0.144 0.000 0.000 0.312 0.028 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.3300 0.29173 0.620 0.000 0.004 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2476 0.84102 0.072 0.012 0.020 0.000 0.876 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.7145 0.08704 0.020 0.340 0.140 0.052 0.000 0.336 0.112 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.2238 0.26782 0.000 0.868 0.112 0.004 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.5418 -0.25124 0.288 0.000 0.008 0.000 0.396 0.308 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.6383 0.10983 0.272 0.460 0.144 0.000 0.000 0.084 0.040 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0224 0.83321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0448 0.83186 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0786 0.82319 0.972 0.000 0.004 0.008 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0125 0.95828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.7347 -0.19959 0.000 0.380 0.224 0.164 0.000 0.104 0.120 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.95903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0395 0.83513 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0471 0.83375 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3042 0.58176 0.776 0.004 0.012 0.000 0.000 0.200 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0695 0.83449 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0125 0.95828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.95903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0536 0.83420 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0471 0.83375 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0471 0.83375 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0125 0.95828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.95903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0125 0.95828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.0125 0.95828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4572 0.59930 0.308 0.024 0.036 0.000 0.000 0.612 0.020 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.0125 0.95947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.6872 0.13678 0.140 0.316 0.084 0.012 0.000 0.392 0.056 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.95903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0438 0.95826 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0313 0.83467 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0251 0.95914 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0224 0.83321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0448 0.83186 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.2253 0.84522 0.028 0.000 0.008 0.000 0.876 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2371 0.71550 0.856 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0471 0.83375 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1372 0.80042 0.944 0.000 0.016 0.004 0.000 0.024 0.012 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0544 0.83046 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.95903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0125 0.95828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0448 0.83186 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0695 0.83449 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0448 0.83186 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3229 0.25656 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0395 0.83488 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3782 0.59068 0.200 0.000 0.008 0.000 0.720 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0596 0.83459 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.7474 0.03641 0.000 0.160 0.356 0.068 0.000 0.028 0.264 0.124
#> dkfz_11-140 1 0.4382 0.07480 0.588 0.012 0.028 0.000 0.000 0.352 0.020 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0695 0.83449 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-143 4 0.5347 0.06338 0.000 0.000 0.036 0.560 0.000 0.060 0.044 0.300
#> dkfz_11-144 8 0.4684 -0.04779 0.008 0.000 0.036 0.052 0.000 0.044 0.148 0.712
#> dkfz_11-145 2 0.0932 0.40295 0.000 0.956 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.4226 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.552 0.388
#> dkfz_11-147 4 0.2049 0.61669 0.000 0.000 0.032 0.908 0.000 0.008 0.024 0.028
#> dkfz_11-148 2 0.0395 0.43290 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4004 0.54266 0.000 0.004 0.024 0.776 0.000 0.064 0.040 0.092
#> dkfz_11-150 2 0.1144 0.39512 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0520 0.95790 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 8 0.4582 0.3890 0.000 0.000 0.016 0.384 0.000 0.016 0.012 0.536 0.036
#> dkfz_11-002 2 0.5131 -0.1833 0.004 0.540 0.020 0.024 0.000 0.044 0.020 0.004 0.344
#> dkfz_11-003 5 0.0703 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.0492 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.1805 0.5208 0.000 0.912 0.008 0.000 0.000 0.048 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-006 2 0.3745 -0.3599 0.000 0.508 0.004 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000 0.464
#> dkfz_11-007 5 0.0119 0.9473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.1496 0.5316 0.000 0.932 0.008 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-009 5 0.0703 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-010 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 2 0.6346 -0.4432 0.112 0.376 0.000 0.008 0.000 0.256 0.236 0.000 0.012
#> dkfz_11-012 1 0.4180 0.6105 0.740 0.004 0.016 0.000 0.012 0.092 0.112 0.000 0.024
#> dkfz_11-013 9 0.4986 0.4540 0.000 0.324 0.020 0.028 0.000 0.040 0.020 0.004 0.564
#> dkfz_11-014 2 0.7712 -0.2128 0.124 0.280 0.016 0.040 0.000 0.280 0.112 0.000 0.148
#> dkfz_11-015 2 0.5788 -0.3350 0.000 0.428 0.004 0.012 0.000 0.104 0.084 0.004 0.364
#> dkfz_11-016 6 0.6647 0.3069 0.040 0.348 0.000 0.124 0.000 0.368 0.060 0.000 0.060
#> dkfz_11-017 4 0.3518 0.5942 0.000 0.004 0.004 0.780 0.000 0.064 0.004 0.124 0.020
#> dkfz_11-018 4 0.2294 0.6527 0.000 0.000 0.016 0.888 0.000 0.056 0.008 0.016 0.016
#> dkfz_11-019 2 0.3742 0.1971 0.000 0.692 0.004 0.024 0.000 0.032 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-020 4 0.1866 0.6276 0.000 0.000 0.016 0.900 0.000 0.016 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4278 -0.0355 0.552 0.000 0.004 0.000 0.020 0.020 0.388 0.000 0.016
#> dkfz_11-022 6 0.6674 0.4536 0.028 0.124 0.000 0.216 0.000 0.376 0.240 0.000 0.016
#> dkfz_11-023 1 0.1457 0.8135 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.5766 0.0750 0.496 0.280 0.008 0.000 0.000 0.128 0.068 0.000 0.020
#> dkfz_11-025 7 0.2887 0.6029 0.132 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.816 0.000 0.024
#> dkfz_11-026 2 0.0331 0.5461 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1298 0.9268 0.024 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-028 8 0.5780 0.2089 0.000 0.000 0.148 0.104 0.000 0.044 0.032 0.596 0.076
#> dkfz_11-029 8 0.3919 0.5193 0.000 0.000 0.040 0.344 0.000 0.008 0.000 0.604 0.004
#> dkfz_11-030 4 0.2581 0.6476 0.000 0.008 0.000 0.864 0.000 0.076 0.012 0.012 0.028
#> dkfz_11-031 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 4 0.4013 0.2281 0.000 0.000 0.028 0.644 0.000 0.028 0.000 0.292 0.008
#> dkfz_11-033 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 4 0.3636 0.6024 0.000 0.008 0.000 0.760 0.000 0.160 0.008 0.028 0.036
#> dkfz_11-035 5 0.0610 0.9444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-036 2 0.0296 0.5470 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0683 0.8445 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0424 0.8493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 7 0.2403 0.6652 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.808 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 5 0.0864 0.9365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-041 5 0.0237 0.9470 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 5 0.0119 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0610 0.9462 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 6 0.6264 0.4972 0.016 0.236 0.000 0.044 0.000 0.360 0.316 0.000 0.028
#> dkfz_11-045 1 0.4055 0.6365 0.756 0.012 0.016 0.000 0.012 0.112 0.076 0.000 0.016
#> dkfz_11-046 7 0.5569 0.0163 0.000 0.064 0.020 0.012 0.000 0.120 0.608 0.016 0.160
#> dkfz_11-047 5 0.0626 0.9429 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-048 7 0.3873 0.5167 0.368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.032 0.588 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 7 0.2456 0.6636 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.800 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 6 0.6659 0.5081 0.136 0.260 0.000 0.068 0.000 0.408 0.120 0.000 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-052 5 0.2025 0.8810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.016 0.060 0.004 0.024
#> dkfz_11-053 1 0.6172 -0.2793 0.360 0.016 0.008 0.280 0.000 0.292 0.020 0.000 0.024
#> dkfz_11-054 9 0.4463 0.3700 0.000 0.392 0.004 0.020 0.000 0.024 0.024 0.000 0.536
#> dkfz_11-055 1 0.0424 0.8493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 7 0.2233 0.6610 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 5 0.0864 0.9365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-058 7 0.4094 0.2722 0.464 0.000 0.004 0.000 0.012 0.016 0.492 0.000 0.012
#> dkfz_11-059 1 0.0356 0.8489 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 7 0.2749 0.6628 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.780 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.6470 0.1627 0.228 0.140 0.004 0.000 0.000 0.340 0.272 0.000 0.016
#> dkfz_11-062 4 0.5592 0.2122 0.008 0.076 0.000 0.488 0.000 0.336 0.016 0.004 0.072
#> dkfz_11-063 6 0.6896 0.0976 0.040 0.160 0.008 0.304 0.000 0.360 0.024 0.000 0.104
#> dkfz_11-064 2 0.0492 0.5461 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0449 0.9459 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 4 0.2619 0.5426 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.016 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-067 8 0.4565 0.5313 0.000 0.000 0.068 0.276 0.000 0.020 0.004 0.616 0.016
#> dkfz_11-068 2 0.0331 0.5474 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 5 0.0414 0.9467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.6074 -0.1960 0.000 0.408 0.008 0.008 0.000 0.172 0.320 0.004 0.080
#> dkfz_11-071 5 0.0296 0.9465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4095 0.3325 0.624 0.000 0.004 0.000 0.316 0.028 0.012 0.000 0.016
#> dkfz_11-073 5 0.3045 0.7853 0.092 0.004 0.004 0.000 0.828 0.044 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 5 0.0703 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.6497 0.4927 0.016 0.280 0.004 0.040 0.000 0.388 0.220 0.000 0.052
#> dkfz_11-091 2 0.1789 0.4739 0.000 0.892 0.004 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-092 5 0.0296 0.9465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.5649 -0.2963 0.232 0.000 0.004 0.000 0.368 0.016 0.360 0.000 0.020
#> dkfz_11-094 2 0.6977 -0.1117 0.208 0.384 0.016 0.004 0.000 0.216 0.100 0.000 0.072
#> dkfz_11-095 1 0.0331 0.8476 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0449 0.8481 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-097 1 0.1059 0.8312 0.952 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 2 0.7031 -0.1681 0.000 0.388 0.020 0.140 0.000 0.216 0.048 0.008 0.180
#> dkfz_11-100 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-101 1 0.0661 0.8480 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.0414 0.8488 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 1 0.3127 0.6113 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.164 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0507 0.8485 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 5 0.0533 0.9447 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-106 5 0.0296 0.9469 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-107 1 0.0661 0.8491 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 1 0.0744 0.8458 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 1 0.0533 0.8485 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 5 0.0626 0.9432 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-111 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-112 5 0.0626 0.9432 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-113 5 0.0449 0.9466 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 7 0.4472 0.5413 0.208 0.024 0.000 0.000 0.000 0.124 0.640 0.000 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.0414 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 5 0.0786 0.9388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-117 7 0.6638 -0.4253 0.092 0.280 0.004 0.016 0.000 0.228 0.356 0.000 0.024
#> dkfz_11-118 5 0.0296 0.9469 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-119 5 0.0212 0.9474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.0610 0.8468 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 5 0.0864 0.9365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-122 1 0.0119 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0449 0.8481 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 5 0.3462 0.7470 0.032 0.000 0.000 0.000 0.780 0.016 0.144 0.004 0.024
#> dkfz_11-125 1 0.2377 0.7595 0.872 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016 0.048 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0212 0.8495 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1409 0.8069 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 1 0.0414 0.8488 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 5 0.0331 0.9466 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-130 5 0.0331 0.9466 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 1 0.0237 0.8488 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0507 0.8493 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-133 1 0.0331 0.8485 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-134 1 0.3265 0.3421 0.656 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-135 1 0.0237 0.8487 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.4875 0.4704 0.200 0.000 0.004 0.000 0.636 0.036 0.100 0.000 0.024
#> dkfz_11-137 5 0.0703 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-138 1 0.0424 0.8497 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 9 0.7062 -0.1635 0.004 0.104 0.308 0.104 0.000 0.028 0.008 0.072 0.372
#> dkfz_11-140 1 0.4566 0.0879 0.572 0.008 0.000 0.000 0.000 0.112 0.300 0.000 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.0507 0.8493 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-142 5 0.0610 0.9444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-143 4 0.6232 0.1014 0.000 0.004 0.040 0.488 0.000 0.140 0.028 0.252 0.048
#> dkfz_11-144 8 0.5005 0.0244 0.000 0.000 0.160 0.028 0.000 0.084 0.020 0.660 0.048
#> dkfz_11-145 2 0.1165 0.5148 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.052
#> dkfz_11-146 3 0.2873 0.0000 0.000 0.000 0.780 0.040 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.2322 0.6500 0.000 0.000 0.024 0.884 0.000 0.056 0.008 0.024 0.004
#> dkfz_11-148 2 0.0626 0.5476 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4758 0.5599 0.000 0.008 0.012 0.700 0.000 0.124 0.052 0.080 0.024
#> dkfz_11-150 2 0.1121 0.5381 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-151 5 0.0610 0.9444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 8 0.4611 0.4575 0.004 0.000 0.012 0.372 0.000 0.036 0.004 0.536 0.012 0.024
#> dkfz_11-002 2 0.5120 -0.2152 0.000 0.528 0.052 0.004 0.000 0.080 0.000 0.004 0.312 0.020
#> dkfz_11-003 5 0.0888 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-004 5 0.0836 0.9352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-005 2 0.1673 0.5348 0.000 0.920 0.004 0.000 0.000 0.036 0.024 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-006 9 0.3885 0.3809 0.000 0.476 0.004 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000 0.480 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9388 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1634 0.5398 0.000 0.924 0.004 0.000 0.000 0.032 0.016 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-009 5 0.0888 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-010 5 0.0784 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-011 2 0.6343 -0.3847 0.060 0.324 0.000 0.024 0.000 0.320 0.244 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-012 1 0.5019 0.4372 0.628 0.020 0.004 0.000 0.008 0.156 0.144 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-013 9 0.4978 0.4856 0.000 0.300 0.028 0.028 0.000 0.056 0.004 0.000 0.564 0.020
#> dkfz_11-014 6 0.7576 0.2134 0.112 0.232 0.004 0.024 0.000 0.308 0.132 0.004 0.152 0.032
#> dkfz_11-015 2 0.5262 -0.3725 0.000 0.448 0.000 0.004 0.000 0.112 0.028 0.008 0.380 0.020
#> dkfz_11-016 6 0.7227 0.2949 0.056 0.252 0.004 0.144 0.000 0.380 0.060 0.004 0.064 0.036
#> dkfz_11-017 4 0.4296 0.5989 0.000 0.008 0.004 0.712 0.000 0.120 0.008 0.108 0.028 0.012
#> dkfz_11-018 4 0.2001 0.6577 0.000 0.000 0.020 0.900 0.000 0.044 0.000 0.004 0.008 0.024
#> dkfz_11-019 2 0.4052 0.0484 0.000 0.648 0.004 0.020 0.000 0.056 0.000 0.000 0.264 0.008
#> dkfz_11-020 4 0.2471 0.6101 0.000 0.000 0.004 0.860 0.000 0.024 0.004 0.088 0.012 0.008
#> dkfz_11-021 7 0.4066 0.2430 0.464 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.472 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-022 6 0.6622 0.3476 0.028 0.076 0.008 0.204 0.000 0.440 0.196 0.004 0.032 0.012
#> dkfz_11-023 1 0.1512 0.8382 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052 0.008 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-024 1 0.5350 0.0332 0.476 0.316 0.000 0.000 0.000 0.108 0.084 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-025 7 0.2656 0.5535 0.104 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.844 0.012 0.016 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0315 0.5593 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 5 0.1729 0.9054 0.040 0.000 0.000 0.000 0.912 0.012 0.000 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-028 8 0.5089 -0.0972 0.000 0.000 0.152 0.096 0.000 0.004 0.020 0.636 0.024 0.068
#> dkfz_11-029 8 0.3970 0.5371 0.000 0.000 0.044 0.384 0.000 0.004 0.000 0.556 0.004 0.008
#> dkfz_11-030 4 0.3025 0.6320 0.000 0.008 0.008 0.816 0.000 0.124 0.004 0.016 0.012 0.012
#> dkfz_11-031 5 0.0836 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-032 4 0.4114 0.3124 0.004 0.000 0.024 0.660 0.000 0.020 0.000 0.248 0.000 0.044
#> dkfz_11-033 5 0.0673 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-034 4 0.4238 0.5449 0.000 0.008 0.004 0.688 0.000 0.208 0.012 0.016 0.048 0.016
#> dkfz_11-035 5 0.0784 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-036 2 0.0773 0.5600 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1109 0.8588 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.0315 0.8685 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.1816 0.5864 0.120 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 5 0.0949 0.9315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-041 5 0.0315 0.9393 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9388 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1664 0.9129 0.024 0.000 0.000 0.000 0.920 0.020 0.000 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-044 6 0.6326 0.3769 0.004 0.216 0.008 0.040 0.000 0.404 0.268 0.004 0.040 0.016
#> dkfz_11-045 1 0.5082 0.4413 0.624 0.032 0.004 0.000 0.008 0.184 0.108 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-046 7 0.6398 -0.0188 0.000 0.056 0.020 0.016 0.000 0.108 0.532 0.036 0.172 0.060
#> dkfz_11-047 5 0.1518 0.9084 0.044 0.000 0.000 0.000 0.924 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-048 7 0.3806 0.5156 0.272 0.016 0.000 0.000 0.000 0.040 0.660 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-049 7 0.2470 0.5865 0.128 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004 0.004 0.024
#> dkfz_11-050 6 0.6163 0.4089 0.056 0.256 0.008 0.040 0.000 0.476 0.136 0.000 0.020 0.008
#> dkfz_11-051 5 0.0652 0.9350 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-052 5 0.2180 0.8574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.068 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-053 6 0.6748 0.2012 0.316 0.012 0.008 0.208 0.000 0.336 0.028 0.008 0.044 0.040
#> dkfz_11-054 9 0.3967 0.4526 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 0.000 0.528 0.008
#> dkfz_11-055 1 0.0315 0.8685 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.1960 0.5888 0.124 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-057 5 0.1000 0.9301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-058 7 0.4040 0.4590 0.360 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.572 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-059 1 0.0630 0.8654 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.2442 0.5875 0.144 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016 0.828 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.6780 0.1889 0.176 0.144 0.004 0.008 0.000 0.352 0.268 0.008 0.020 0.020
#> dkfz_11-062 6 0.5807 -0.0504 0.012 0.052 0.012 0.360 0.000 0.460 0.016 0.004 0.052 0.032
#> dkfz_11-063 6 0.7277 0.2606 0.056 0.128 0.008 0.224 0.000 0.408 0.032 0.012 0.092 0.040
#> dkfz_11-064 2 0.0395 0.5591 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.1301 0.9235 0.016 0.000 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-066 4 0.3294 0.5404 0.000 0.000 0.008 0.756 0.000 0.036 0.000 0.184 0.008 0.008
#> dkfz_11-067 8 0.4632 0.5069 0.004 0.000 0.084 0.284 0.000 0.000 0.008 0.588 0.008 0.024
#> dkfz_11-068 2 0.0846 0.5582 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0555 0.9380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-070 2 0.6992 -0.0423 0.000 0.408 0.016 0.016 0.000 0.140 0.200 0.020 0.148 0.052
#> dkfz_11-071 5 0.0492 0.9394 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-072 1 0.3509 0.4552 0.688 0.000 0.000 0.000 0.260 0.020 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-073 5 0.4375 0.6844 0.112 0.036 0.000 0.000 0.724 0.036 0.012 0.000 0.012 0.068
#> dkfz_11-074 5 0.0888 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-075 6 0.6537 0.3878 0.004 0.220 0.012 0.044 0.000 0.444 0.184 0.004 0.064 0.024
#> dkfz_11-091 2 0.2361 0.4597 0.000 0.860 0.008 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.096 0.008
#> dkfz_11-092 5 0.0492 0.9382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-093 7 0.5472 0.2218 0.192 0.000 0.004 0.000 0.300 0.004 0.436 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-094 2 0.6981 -0.2377 0.168 0.356 0.004 0.000 0.000 0.248 0.120 0.004 0.064 0.036
#> dkfz_11-095 1 0.0719 0.8647 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0719 0.8652 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1562 0.8225 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056 0.008 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-098 5 0.0780 0.9345 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-099 2 0.7247 -0.1426 0.000 0.356 0.036 0.120 0.000 0.260 0.036 0.012 0.140 0.040
#> dkfz_11-100 5 0.0582 0.9363 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-101 1 0.0952 0.8596 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-102 1 0.0597 0.8657 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-103 1 0.3951 0.4216 0.656 0.004 0.000 0.000 0.000 0.104 0.228 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0517 0.8668 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 5 0.0932 0.9308 0.012 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-106 5 0.0582 0.9375 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-107 1 0.0719 0.8661 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.0932 0.8580 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-109 1 0.0429 0.8680 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1356 0.9187 0.028 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-111 5 0.0652 0.9350 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-112 5 0.1163 0.9252 0.020 0.000 0.000 0.000 0.948 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-113 5 0.0893 0.9317 0.020 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-114 7 0.4280 0.4328 0.184 0.012 0.000 0.000 0.000 0.144 0.648 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-115 5 0.0673 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-116 5 0.0949 0.9315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-117 7 0.7108 -0.3593 0.088 0.276 0.008 0.016 0.000 0.252 0.288 0.008 0.040 0.024
#> dkfz_11-118 5 0.0395 0.9376 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9388 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.1045 0.8626 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-121 5 0.1000 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-122 1 0.0202 0.8686 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0630 0.8654 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.4063 0.6329 0.060 0.000 0.000 0.000 0.696 0.004 0.164 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-125 1 0.2919 0.7218 0.824 0.000 0.000 0.000 0.096 0.008 0.044 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-126 1 0.0315 0.8685 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1591 0.8228 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052 0.012 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0677 0.8635 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-129 5 0.0627 0.9350 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-130 5 0.0740 0.9337 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-131 1 0.0606 0.8664 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0541 0.8684 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.0630 0.8654 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.2991 0.5243 0.740 0.000 0.000 0.000 0.232 0.008 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-135 1 0.0202 0.8686 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.5246 0.3646 0.212 0.000 0.000 0.000 0.576 0.024 0.116 0.000 0.012 0.060
#> dkfz_11-137 5 0.0937 0.9312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-138 1 0.0202 0.8686 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.7097 -0.2280 0.000 0.108 0.320 0.088 0.000 0.040 0.004 0.060 0.340 0.040
#> dkfz_11-140 1 0.4767 -0.1636 0.468 0.012 0.000 0.000 0.000 0.148 0.364 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0315 0.8685 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0784 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-143 4 0.6167 0.2311 0.000 0.000 0.032 0.492 0.000 0.096 0.024 0.256 0.040 0.060
#> dkfz_11-144 10 0.4678 0.0000 0.000 0.000 0.056 0.028 0.000 0.008 0.004 0.356 0.012 0.536
#> dkfz_11-145 2 0.1722 0.5173 0.000 0.904 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.068 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.2325 0.0000 0.000 0.000 0.828 0.028 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.1943 0.6540 0.000 0.000 0.024 0.904 0.000 0.032 0.000 0.020 0.000 0.020
#> dkfz_11-148 2 0.0773 0.5616 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.4990 0.5467 0.000 0.000 0.020 0.660 0.000 0.128 0.044 0.108 0.024 0.016
#> dkfz_11-150 2 0.1273 0.5505 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-151 5 0.0784 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:skmeans 136 6.10e-15 1.06e-03 2
#> ATC:skmeans 135 6.23e-32 1.01e-03 3
#> ATC:skmeans 134 5.67e-30 2.32e-03 4
#> ATC:skmeans 122 1.39e-31 6.91e-03 5
#> ATC:skmeans 106 2.69e-29 3.05e-03 6
#> ATC:skmeans 100 4.21e-32 5.64e-05 7
#> ATC:skmeans 93 6.36e-21 2.03e-04 8
#> ATC:skmeans 99 9.87e-30 2.71e-04 9
#> ATC:skmeans 95 8.38e-29 9.67e-06 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.988 0.5011 0.499 0.499
#> 3 3 0.711 0.834 0.862 0.2175 0.905 0.812
#> 4 4 0.948 0.906 0.967 0.1591 0.867 0.683
#> 5 5 0.944 0.887 0.950 0.0170 0.960 0.874
#> 6 6 0.946 0.932 0.969 0.0862 0.914 0.714
#> 7 7 0.884 0.879 0.940 0.0287 0.984 0.929
#> 8 8 0.907 0.893 0.951 0.0023 0.996 0.979
#> 9 9 0.885 0.873 0.939 0.0168 0.986 0.929
#> 10 10 0.860 0.795 0.899 0.0150 1.000 0.998
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.224 0.952 0.036 0.964
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.871 0.586 0.292 0.708
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.891 0.549 0.692 0.308
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.416 0.901 0.084 0.916
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.966 0.353 0.392 0.608
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.973 0.313 0.596 0.404
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.163 0.966 0.976 0.024
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.278 0.941 0.952 0.048
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-002 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-003 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-004 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-005 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.514 0.815 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-008 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-010 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-011 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.375 0.730 0.144 0.856 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.562 0.548 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-018 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-019 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.562 0.548 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-029 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-030 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-032 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-033 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-034 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-036 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-041 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-042 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-043 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-044 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.489 0.633 0.228 0.772 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-052 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-053 2 0.562 0.548 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.129 0.831 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-066 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-067 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-068 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-072 1 0.630 -0.203 0.516 0.484 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-075 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.562 0.548 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.562 0.548 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.559 0.811 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-099 3 0.623 0.779 0.000 0.436 0.564
#> dkfz_11-100 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-101 2 0.562 0.548 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.196 0.830 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-111 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-112 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-113 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-116 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.562 0.548 0.308 0.692 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-130 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-131 1 0.502 0.533 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.571 0.350 0.680 0.320 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.833 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
#> dkfz_11-143 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-145 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-147 3 0.562 0.988 0.000 0.308 0.692
#> dkfz_11-148 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.562 0.811 0.692 0.000 0.308
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-002 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-003 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-004 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-007 1 0.0188 0.9341 0.996 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-009 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-010 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-023 1 0.4994 0.0918 0.520 0.480 0.000 0.00
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-028 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-031 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-033 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-035 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-040 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-041 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-042 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-043 1 0.2921 0.7920 0.860 0.000 0.140 0.00
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-051 1 0.0188 0.9341 0.996 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-052 3 0.4907 0.3319 0.420 0.000 0.580 0.00
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-057 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-071 1 0.0921 0.9138 0.972 0.000 0.028 0.00
#> dkfz_11-072 1 0.4866 0.3271 0.596 0.404 0.000 0.00
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-074 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-092 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-097 2 0.1637 0.9132 0.060 0.940 0.000 0.00
#> dkfz_11-098 3 0.4916 0.3212 0.424 0.000 0.576 0.00
#> dkfz_11-099 4 0.2921 0.8120 0.000 0.140 0.000 0.86
#> dkfz_11-100 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-105 1 0.0188 0.9341 0.996 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-110 1 0.0188 0.9341 0.996 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-111 1 0.4996 -0.0671 0.516 0.000 0.484 0.00
#> dkfz_11-112 1 0.0188 0.9341 0.996 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-113 1 0.4866 0.2239 0.596 0.000 0.404 0.00
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-115 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-116 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-118 3 0.4907 0.3319 0.420 0.000 0.580 0.00
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-120 2 0.4967 0.1268 0.452 0.548 0.000 0.00
#> dkfz_11-121 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-129 1 0.0188 0.9341 0.996 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-130 1 0.0188 0.9341 0.996 0.000 0.004 0.00
#> dkfz_11-131 1 0.3942 0.6565 0.764 0.236 0.000 0.00
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-133 1 0.4730 0.4304 0.636 0.364 0.000 0.00
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-137 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-139 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9366 1.000 0.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-142 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-146 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9879 0.000 0.000 0.000 1.00
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9862 0.000 1.000 0.000 0.00
#> dkfz_11-151 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.00
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.5853 -0.0114 0.432 0.472 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1965 0.9703 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1965 0.9703 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.1908 0.8561 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.2516 0.7737 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.1544 0.8665 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 1 0.0162 0.8885 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 1 0.4305 0.0681 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-053 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3336 0.8290 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0162 0.8885 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0794 0.8754 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-072 1 0.5821 0.2259 0.504 0.400 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2983 0.8179 0.040 0.864 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.4304 0.0821 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> dkfz_11-099 4 0.1121 0.9018 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.1965 0.8678 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.1732 0.8619 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 1 0.0162 0.8885 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 1 0.4219 0.2891 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-112 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.3857 0.5238 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.4305 0.0681 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.5741 0.2374 0.360 0.544 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0162 0.8885 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 1 0.5190 0.5416 0.668 0.236 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.5751 0.3224 0.540 0.364 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0290 0.8876 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1965 0.9703 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1965 0.8546 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1965 0.9703 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1965 0.9703 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9891 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.1267 0.875 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2250 0.819 0.888 0.092 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 6 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 6 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3288 0.617 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0260 0.992 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2562 0.758 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2416 0.779 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.3607 0.549 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2219 0.817 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.0260 0.992 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0146 0.996 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3175 0.652 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0363 0.910 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 6 0.2823 0.744 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3592 0.556 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0547 0.901 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.2135 0.817 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1075 0.887 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2092 0.777 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2510 0.837 0.028 0.000 0.100 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1387 0.854 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.1075 0.881 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3592 0.556 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0146 0.913 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1714 0.857 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.1556 0.865 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.2135 0.824 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2854 0.759 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1957 0.848 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0260 0.907 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.0260 0.907 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0260 0.992 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 5 0.0458 0.904 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.1267 0.882 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3860 0.128 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.0146 0.908 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0260 0.911 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-142 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 6 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 6 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.2682 0.586 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.2682 0.563 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.801 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.0504 0.939 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0334 0.905 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.1166 0.874 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2072 0.832 0.888 0.000 0.000 0.000 0.020 0.092 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 7 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 7 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 6 0.0239 0.904 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.1671 0.876 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-035 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.0334 0.902 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.3028 0.609 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.2911 0.819 0.008 0.216 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2359 0.754 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2225 0.776 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0334 0.797 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.3321 0.548 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2514 0.836 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2043 0.815 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.0239 0.904 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.801 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.2811 0.822 0.004 0.216 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2923 0.646 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0334 0.912 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.0927 0.897 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0239 0.948 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 7 0.2600 0.745 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-068 6 0.0504 0.898 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3308 0.555 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2708 0.822 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0504 0.900 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1966 0.816 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0582 0.903 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.0504 0.898 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0990 0.889 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1926 0.796 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2312 0.835 0.028 0.000 0.100 0.000 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.2734 0.652 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1277 0.859 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0990 0.882 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3308 0.555 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0134 0.914 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1578 0.855 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.1433 0.863 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-115 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1966 0.822 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2628 0.756 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1802 0.846 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0239 0.906 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.0239 0.906 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0239 0.904 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 5 0.0422 0.903 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.1166 0.881 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3554 0.127 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.0134 0.907 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0239 0.913 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-144 7 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 6 0.0504 0.898 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.2682 0.824 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.955 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0745 0.927 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0745 0.907 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.1083 0.930 0.000 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.955 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0313 0.945 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.955 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.1091 0.866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.1939 0.816 0.888 0.000 0.000 0.000 0.020 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 8 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 8 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 6 0.0768 0.941 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000
#> dkfz_11-031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.955 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.1393 0.929 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.932 0.048 0.000
#> dkfz_11-035 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.0313 0.942 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2833 0.566 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.2272 0.906 0.008 0.024 0.000 0.000 0.000 0.872 0.096 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2208 0.737 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2082 0.761 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0624 0.944 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.3108 0.549 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.2177 0.903 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.868 0.108 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1912 0.803 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.0224 0.943 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0313 0.947 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.1952 0.916 0.004 0.024 0.000 0.000 0.000 0.896 0.076 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2736 0.607 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0313 0.904 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.0968 0.938 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0681 0.936 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-067 8 0.2433 0.685 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-068 6 0.0471 0.938 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.3095 0.555 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2284 0.899 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.860 0.112 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0471 0.894 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1840 0.798 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1148 0.934 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.944 0.048 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.0471 0.938 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0926 0.878 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1803 0.774 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2163 0.825 0.028 0.000 0.100 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.2691 0.784 0.000 0.076 0.000 0.836 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-100 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1195 0.845 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0926 0.871 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3095 0.555 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0125 0.907 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1477 0.847 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.1341 0.856 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-115 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1840 0.812 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2459 0.739 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1686 0.837 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0224 0.901 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.0224 0.901 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0224 0.943 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 5 0.0395 0.898 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.1091 0.874 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3326 0.127 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.0125 0.902 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0224 0.905 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 6 0.0471 0.938 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.955 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.2217 0.901 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0507 0.945 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0296 0.942 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1082 0.908 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0212 0.929 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 4 0.1581 0.892 0.000 0.052 0.000 0.920 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0414 0.929 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.1033 0.866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.2591 0.793 0.848 0.000 0.000 0.000 0.020 0.088 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.1810 0.707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 9 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 6 0.0585 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.1033 0.918 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.1325 0.895 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0119 0.901 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.2699 0.568 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.1596 0.770 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2089 0.736 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.1843 0.788 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0999 0.931 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.2952 0.549 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.2487 0.639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.2487 0.422 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.1770 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.100 0.012 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1876 0.795 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.1191 0.898 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0296 0.947 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.1675 0.768 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2589 0.611 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0296 0.884 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.0824 0.926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0792 0.919 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 9 0.2302 0.688 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-068 6 0.1655 0.888 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.908 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.2952 0.549 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.2247 0.881 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.856 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0446 0.893 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0212 0.883 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1810 0.785 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1325 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.060 0.012 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.1292 0.892 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0726 0.918 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1846 0.850 0.896 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2465 0.751 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2124 0.817 0.028 0.000 0.108 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.3175 0.733 0.000 0.088 0.000 0.784 0.000 0.000 0.120 0.008 0.000
#> dkfz_11-100 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1792 0.834 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.1033 0.843 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2952 0.549 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0296 0.882 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1480 0.839 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.1356 0.849 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-115 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.1810 0.804 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.2327 0.744 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0821 0.873 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.1670 0.832 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.0212 0.900 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.0212 0.900 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.1191 0.898 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 5 0.0706 0.890 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0821 0.873 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 5 0.1131 0.870 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3149 0.104 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.0119 0.901 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0373 0.881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 9 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 6 0.1292 0.892 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.1959 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.120 0.012 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.8947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-002 2 0.2923 0.6238 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.00 0
#> dkfz_11-003 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-004 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-005 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-006 2 0.2970 0.7082 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.00 0
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-008 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-009 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-010 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-011 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-013 8 0.2949 0.0000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.00 0
#> dkfz_11-014 6 0.0395 0.8188 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.00 0
#> dkfz_11-015 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-017 4 0.2216 0.7793 0.000 0.176 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.8947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-019 6 0.0555 0.8148 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.8947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-021 5 0.0986 0.8576 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-022 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-023 1 0.2874 0.7853 0.824 0.000 0.000 0.000 0.020 0.072 0.076 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-025 7 0.1402 0.7969 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.072 0.916 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-026 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-028 9 0.0000 0.7601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0
#> dkfz_11-029 9 0.0000 0.7601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0
#> dkfz_11-030 6 0.1412 0.7985 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-031 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.8947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-033 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-034 6 0.0356 0.8227 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-035 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-036 6 0.1727 0.7467 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-037 5 0.0113 0.8921 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-038 1 0.2653 0.5461 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-039 7 0.0282 0.8648 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-041 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-042 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-043 5 0.1994 0.7302 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-044 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-045 5 0.1450 0.8230 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-046 2 0.3839 0.1932 0.000 0.504 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.432 0.00 0
#> dkfz_11-047 5 0.2884 0.5001 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-048 6 0.2623 0.5140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-049 7 0.1294 0.7960 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-050 6 0.2817 0.6580 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-052 5 0.1994 0.7600 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-053 6 0.1850 0.7679 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.076 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-054 2 0.2970 0.7082 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.00 0
#> dkfz_11-055 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-056 7 0.0484 0.8730 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-057 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-058 1 0.2591 0.5728 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-059 1 0.0282 0.8626 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-060 6 0.0986 0.8122 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-065 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-066 4 0.1211 0.8477 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-067 9 0.2173 0.5630 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.80 0
#> dkfz_11-068 6 0.2244 0.7229 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-069 5 0.2884 0.5001 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-070 6 0.2949 0.6177 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-071 5 0.0426 0.8841 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-072 1 0.0539 0.8618 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.00 0
#> dkfz_11-073 1 0.1909 0.7495 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-074 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-075 6 0.2908 0.6359 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-091 6 0.1790 0.7365 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-092 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-093 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-094 6 0.0962 0.8086 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 0.004 0.00 0
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.8625 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-096 1 0.2308 0.8225 0.856 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.088 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-097 1 0.2775 0.7480 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.076 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-098 5 0.2264 0.7837 0.028 0.000 0.136 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-099 4 0.2735 0.6053 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-100 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-101 1 0.2329 0.8032 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.076 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-102 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-104 1 0.1079 0.8182 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-106 5 0.2884 0.5001 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.8625 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-108 1 0.0426 0.8580 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-109 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-111 5 0.1594 0.8148 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-113 5 0.1559 0.8178 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-114 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-115 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-116 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-117 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-118 5 0.1938 0.7690 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-119 5 0.2352 0.7157 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-120 1 0.1367 0.8426 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-122 5 0.1821 0.8033 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.8625 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-124 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-125 5 0.0282 0.8893 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-126 5 0.0113 0.8920 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-127 6 0.1850 0.7679 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.076 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-128 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-131 1 0.0113 0.8628 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-132 5 0.0937 0.8719 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-133 1 0.1367 0.8426 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.008 0.00 0
#> dkfz_11-134 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-135 5 0.1373 0.8443 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-136 5 0.3005 0.0792 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-137 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-138 5 0.0113 0.8920 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-139 9 0.3191 0.5746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.408 0.58 0
#> dkfz_11-140 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-141 1 0.0492 0.8558 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-142 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-143 10 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 1
#> dkfz_11-144 9 0.0000 0.7601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0
#> dkfz_11-145 6 0.1790 0.7365 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-146 9 0.3191 0.5746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.408 0.58 0
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.8947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-149 6 0.2923 0.6306 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0
#> dkfz_11-151 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:pam 134 3.56e-16 2.44e-05 2
#> ATC:pam 134 3.29e-23 1.94e-04 3
#> ATC:pam 127 2.31e-23 7.47e-07 4
#> ATC:pam 128 1.49e-21 2.20e-06 5
#> ATC:pam 135 8.00e-22 1.57e-05 6
#> ATC:pam 135 1.07e-21 4.26e-05 7
#> ATC:pam 134 2.24e-22 1.60e-05 8
#> ATC:pam 133 8.90e-23 1.16e-06 9
#> ATC:pam 132 9.11e-24 1.28e-07 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 179031 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.968 0.985 0.4941 0.509 0.509
#> 3 3 0.843 0.886 0.949 0.1815 0.868 0.752
#> 4 4 0.682 0.763 0.835 0.1464 0.919 0.811
#> 5 5 0.666 0.806 0.820 0.0861 0.702 0.359
#> 6 6 0.812 0.861 0.886 0.1092 0.863 0.547
#> 7 7 0.796 0.792 0.864 0.0337 0.986 0.930
#> 8 8 0.775 0.663 0.813 0.0183 0.964 0.811
#> 9 9 0.796 0.609 0.801 0.0129 0.956 0.755
#> 10 10 0.802 0.612 0.791 0.0108 0.976 0.849
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.6531 0.803 0.832 0.168
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 1 0.1184 0.963 0.984 0.016
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 1 0.8207 0.678 0.744 0.256
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.8016 0.697 0.756 0.244
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.3431 0.929 0.064 0.936
#> dkfz_11-049 1 0.6531 0.803 0.832 0.168
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.8661 0.623 0.712 0.288
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.1184 0.963 0.984 0.016
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.2236 0.961 0.036 0.964
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 1 0.1414 0.960 0.980 0.020
#> dkfz_11-066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.9248 0.520 0.660 0.340
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.9427 0.475 0.640 0.360
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-002 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-006 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-009 1 0.0592 0.9382 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0237 0.9160 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-014 2 0.1525 0.9099 0.004 0.964 0.032
#> dkfz_11-015 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-016 2 0.3765 0.8556 0.028 0.888 0.084
#> dkfz_11-017 2 0.4974 0.7025 0.000 0.764 0.236
#> dkfz_11-018 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-019 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-021 1 0.6314 0.3994 0.604 0.392 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.7726 0.6267 0.132 0.676 0.192
#> dkfz_11-023 2 0.6410 0.2422 0.420 0.576 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.0424 0.9187 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-025 1 0.5929 0.5626 0.676 0.320 0.004
#> dkfz_11-026 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-029 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-030 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.6476 0.7127 0.068 0.748 0.184
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.5956 0.5033 0.672 0.324 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.6282 0.4207 0.612 0.384 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0237 0.9431 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.5158 0.6702 0.232 0.764 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.0475 0.9155 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-045 2 0.0237 0.9188 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-046 2 0.2682 0.8799 0.004 0.920 0.076
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0237 0.9160 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.4504 0.7628 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.2063 0.8938 0.008 0.948 0.044
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0237 0.9431 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.6664 0.1740 0.464 0.528 0.008
#> dkfz_11-054 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.6209 0.4610 0.628 0.368 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.1163 0.9274 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4121 0.7970 0.832 0.168 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0475 0.9155 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-061 2 0.1878 0.8852 0.044 0.952 0.004
#> dkfz_11-062 2 0.6510 0.7242 0.088 0.756 0.156
#> dkfz_11-063 2 0.3832 0.8429 0.020 0.880 0.100
#> dkfz_11-064 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-065 2 0.3715 0.7982 0.128 0.868 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-067 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-068 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-069 1 0.1163 0.9273 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.1289 0.9246 0.968 0.032 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0237 0.9160 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0237 0.9160 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-091 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.2959 0.8671 0.900 0.100 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.2860 0.8710 0.912 0.084 0.004
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0424 0.9198 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.6516 0.0733 0.516 0.480 0.004
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.4047 0.7716 0.148 0.848 0.004
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.1964 0.9067 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0237 0.9430 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0829 0.9194 0.004 0.984 0.012
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0747 0.9194 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0424 0.9407 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0237 0.9430 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1964 0.9065 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.2261 0.8960 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5956 0.5079 0.672 0.324 0.004
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.3272 0.8624 0.892 0.104 0.004
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0237 0.9430 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 2 0.1647 0.8923 0.036 0.960 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-140 2 0.0747 0.9194 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0983 0.9787 0.004 0.016 0.980
#> dkfz_11-144 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-145 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-146 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-147 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-148 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.0237 0.9985 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-150 2 0.0592 0.9206 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-002 2 0.0817 0.8970 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.1356 0.8507 0.960 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-004 1 0.1356 0.8507 0.960 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-005 2 0.0188 0.8939 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0469 0.8957 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0188 0.8559 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1557 0.8925 0.000 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.1452 0.8508 0.956 0.000 0.036 0.008
#> dkfz_11-010 1 0.0672 0.8562 0.984 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-011 3 0.4431 0.7142 0.000 0.304 0.696 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.4761 0.6532 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1211 0.8962 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1824 0.8908 0.000 0.936 0.060 0.004
#> dkfz_11-015 2 0.1867 0.8852 0.000 0.928 0.072 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5102 0.6635 0.000 0.732 0.220 0.048
#> dkfz_11-017 3 0.5910 0.6044 0.000 0.104 0.688 0.208
#> dkfz_11-018 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-019 2 0.1792 0.8878 0.000 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-021 1 0.7613 0.1321 0.428 0.204 0.368 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.6562 0.6037 0.020 0.104 0.668 0.208
#> dkfz_11-023 3 0.7574 0.3956 0.248 0.268 0.484 0.000
#> dkfz_11-024 3 0.5004 0.6617 0.000 0.392 0.604 0.004
#> dkfz_11-025 1 0.7503 0.3007 0.488 0.212 0.300 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0188 0.8559 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-029 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-030 4 0.1256 0.9573 0.000 0.008 0.028 0.964
#> dkfz_11-031 1 0.0927 0.8557 0.976 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-032 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-033 1 0.1151 0.8533 0.968 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.5784 0.6085 0.000 0.100 0.700 0.200
#> dkfz_11-035 1 0.0804 0.8552 0.980 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 3 0.5836 0.1491 0.304 0.056 0.640 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.4277 0.7634 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.7665 0.0203 0.404 0.212 0.384 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0921 0.8521 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1118 0.8510 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-043 3 0.5599 0.6484 0.040 0.316 0.644 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.4382 0.7157 0.000 0.296 0.704 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.2011 0.8806 0.000 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-046 3 0.5282 0.7148 0.000 0.276 0.688 0.036
#> dkfz_11-047 1 0.0188 0.8559 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.4713 0.6621 0.000 0.360 0.640 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.6393 0.6427 0.652 0.188 0.160 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.4804 0.7165 0.000 0.276 0.708 0.016
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1557 0.8529 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3488 0.4755 0.108 0.020 0.864 0.008
#> dkfz_11-054 2 0.1716 0.8902 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.4331 0.7552 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.7651 0.1709 0.452 0.228 0.320 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.1302 0.8527 0.956 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.6957 0.5429 0.580 0.172 0.248 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.4277 0.7611 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-060 3 0.4431 0.7142 0.000 0.304 0.696 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.5269 0.6137 0.016 0.364 0.620 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5803 0.6118 0.000 0.104 0.700 0.196
#> dkfz_11-063 3 0.6182 0.6601 0.000 0.308 0.616 0.076
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 3 0.4643 0.6685 0.000 0.344 0.656 0.000
#> dkfz_11-066 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-067 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2111 0.8405 0.932 0.044 0.024 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.1940 0.8827 0.000 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0672 0.8562 0.984 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-072 1 0.3873 0.8029 0.844 0.096 0.060 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4992 -0.3256 0.000 0.524 0.476 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.1256 0.8521 0.964 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-075 2 0.3975 0.6501 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1557 0.8611 0.000 0.944 0.056 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0336 0.8560 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.4037 0.8211 0.832 0.056 0.112 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1211 0.8959 0.000 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4164 0.7731 0.736 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.4277 0.7634 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-097 3 0.5163 -0.4462 0.480 0.004 0.516 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4072 0.6297 0.000 0.748 0.252 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.6273 0.5252 0.636 0.264 0.100 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.4250 0.7637 0.724 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.4406 0.7153 0.000 0.300 0.700 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.3649 0.8028 0.796 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.2335 0.8323 0.920 0.060 0.020 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.2635 0.8459 0.904 0.020 0.076 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1557 0.8507 0.944 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.4356 0.7531 0.708 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0188 0.8565 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.4431 0.7142 0.000 0.304 0.696 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.1256 0.8520 0.964 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-116 1 0.0188 0.8559 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.4608 0.7153 0.000 0.304 0.692 0.004
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0188 0.8559 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.3899 0.8190 0.840 0.052 0.108 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.1022 0.8509 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.5237 0.6825 0.628 0.016 0.356 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.4277 0.7634 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2048 0.8513 0.928 0.008 0.064 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.5280 0.7612 0.752 0.124 0.124 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.4250 0.7637 0.724 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5560 0.6108 0.584 0.024 0.392 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.4193 0.7683 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.8560 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0921 0.8533 0.972 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.7315 0.3981 0.516 0.184 0.300 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.4103 0.7768 0.744 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.4277 0.7634 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3569 0.8037 0.804 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.4866 0.6291 0.596 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-136 3 0.4643 0.6702 0.000 0.344 0.656 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.1356 0.8507 0.960 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-138 1 0.3401 0.8242 0.840 0.008 0.152 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-140 3 0.4722 0.7165 0.000 0.300 0.692 0.008
#> dkfz_11-141 1 0.4040 0.7809 0.752 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0672 0.8558 0.984 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-143 4 0.3636 0.7760 0.000 0.008 0.172 0.820
#> dkfz_11-144 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-147 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-148 2 0.0188 0.8939 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.0336 0.9842 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-150 2 0.0188 0.8939 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.1356 0.8507 0.960 0.000 0.032 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 4 0.0703 0.883 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0693 0.916 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0609 0.921 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0451 0.918 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 3 0.4060 0.805 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> dkfz_11-008 2 0.0609 0.921 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.2605 0.758 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.5417 0.720 0.648 0.236 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.5423 0.715 0.644 0.244 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0451 0.918 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1579 0.908 0.032 0.944 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0912 0.916 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.6250 0.166 0.300 0.540 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.6610 0.726 0.608 0.112 0.208 0.072 0.000
#> dkfz_11-018 4 0.0703 0.883 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0451 0.918 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0162 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4139 0.775 0.784 0.132 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.6083 0.727 0.612 0.120 0.248 0.020 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.3073 0.793 0.872 0.052 0.068 0.000 0.008
#> dkfz_11-024 1 0.5391 0.720 0.652 0.232 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.5365 0.727 0.656 0.228 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0609 0.919 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 3 0.6271 0.541 0.272 0.000 0.532 0.000 0.196
#> dkfz_11-028 4 0.0162 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0162 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-030 4 0.7832 0.149 0.260 0.092 0.212 0.436 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 4 0.0162 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0865 0.958 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> dkfz_11-034 1 0.6273 0.726 0.608 0.120 0.240 0.032 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0609 0.919 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1901 0.783 0.928 0.004 0.012 0.000 0.056
#> dkfz_11-038 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-039 1 0.4772 0.761 0.728 0.164 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 3 0.3661 0.894 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-041 3 0.3636 0.895 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-042 3 0.4166 0.812 0.004 0.000 0.648 0.000 0.348
#> dkfz_11-043 1 0.6366 0.731 0.652 0.124 0.092 0.000 0.132
#> dkfz_11-044 1 0.5541 0.720 0.636 0.236 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.4123 0.746 0.104 0.788 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.5484 0.719 0.640 0.240 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 3 0.4453 0.869 0.048 0.000 0.724 0.000 0.228
#> dkfz_11-048 1 0.5442 0.716 0.644 0.240 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.3165 0.777 0.848 0.116 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.5673 0.731 0.632 0.184 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 3 0.3636 0.895 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-052 3 0.6328 0.571 0.228 0.000 0.528 0.000 0.244
#> dkfz_11-053 1 0.4738 0.791 0.768 0.036 0.136 0.000 0.060
#> dkfz_11-054 2 0.0451 0.918 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-056 1 0.5013 0.749 0.700 0.192 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 3 0.4713 0.856 0.044 0.000 0.676 0.000 0.280
#> dkfz_11-058 1 0.2880 0.776 0.868 0.108 0.020 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 1 0.1571 0.777 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> dkfz_11-060 1 0.5391 0.720 0.652 0.232 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.5475 0.720 0.644 0.232 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.6405 0.734 0.608 0.120 0.240 0.020 0.012
#> dkfz_11-063 1 0.5958 0.728 0.612 0.144 0.236 0.008 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0609 0.918 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.5623 0.731 0.652 0.220 0.120 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 4 0.3812 0.776 0.008 0.048 0.128 0.816 0.000
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.887 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0609 0.918 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0771 0.960 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> dkfz_11-070 2 0.2992 0.818 0.068 0.868 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0609 0.959 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> dkfz_11-072 1 0.5090 0.755 0.736 0.096 0.024 0.000 0.144
#> dkfz_11-073 2 0.4636 0.686 0.132 0.744 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.5639 0.702 0.616 0.260 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0955 0.915 0.028 0.968 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0290 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-093 1 0.3624 0.765 0.836 0.020 0.032 0.000 0.112
#> dkfz_11-094 2 0.1310 0.914 0.024 0.956 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-096 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-097 1 0.4446 0.794 0.788 0.028 0.124 0.000 0.060
#> dkfz_11-098 3 0.3636 0.895 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-099 1 0.6130 0.358 0.448 0.424 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 3 0.3636 0.895 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-101 1 0.5952 0.767 0.668 0.112 0.176 0.000 0.044
#> dkfz_11-102 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-103 1 0.5391 0.720 0.652 0.232 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.1571 0.777 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> dkfz_11-105 3 0.4384 0.871 0.044 0.000 0.728 0.000 0.228
#> dkfz_11-106 5 0.1728 0.909 0.004 0.036 0.020 0.000 0.940
#> dkfz_11-107 1 0.1924 0.777 0.924 0.004 0.008 0.000 0.064
#> dkfz_11-108 1 0.1990 0.776 0.920 0.004 0.008 0.000 0.068
#> dkfz_11-109 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-110 3 0.4384 0.870 0.044 0.000 0.728 0.000 0.228
#> dkfz_11-111 3 0.3636 0.895 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-112 3 0.4558 0.848 0.064 0.000 0.728 0.000 0.208
#> dkfz_11-113 3 0.5941 0.680 0.160 0.000 0.584 0.000 0.256
#> dkfz_11-114 1 0.5391 0.720 0.652 0.232 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0290 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-116 3 0.3816 0.872 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-117 1 0.5391 0.720 0.652 0.232 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 3 0.3636 0.895 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-119 5 0.1410 0.912 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> dkfz_11-120 1 0.3494 0.792 0.840 0.004 0.096 0.000 0.060
#> dkfz_11-121 3 0.3661 0.890 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-122 1 0.1341 0.777 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-123 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-124 1 0.5296 0.530 0.676 0.000 0.180 0.000 0.144
#> dkfz_11-125 1 0.2536 0.786 0.904 0.032 0.012 0.000 0.052
#> dkfz_11-126 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-127 1 0.4598 0.788 0.760 0.016 0.164 0.000 0.060
#> dkfz_11-128 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-129 3 0.3636 0.895 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-130 3 0.3661 0.894 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-131 1 0.2067 0.786 0.928 0.028 0.012 0.000 0.032
#> dkfz_11-132 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-133 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-134 1 0.4707 0.492 0.708 0.000 0.228 0.000 0.064
#> dkfz_11-135 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-136 1 0.5516 0.722 0.640 0.232 0.128 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.1764 0.776 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064
#> dkfz_11-139 4 0.0566 0.883 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.5408 0.722 0.652 0.228 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.1410 0.777 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-142 5 0.0290 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-143 1 0.6650 0.712 0.596 0.104 0.228 0.072 0.000
#> dkfz_11-144 4 0.0162 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0579 0.918 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0703 0.883 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0609 0.921 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 4 0.7384 0.392 0.184 0.084 0.212 0.520 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0912 0.916 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 4 0.0547 0.939 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0291 0.963 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0790 0.968 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.2190 0.912 0.040 0.000 0.060 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0858 0.968 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-009 3 0.3460 0.814 0.020 0.000 0.760 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.1700 0.871 0.004 0.080 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-012 6 0.2001 0.867 0.004 0.092 0.004 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-013 2 0.0146 0.964 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 2 0.2485 0.885 0.000 0.884 0.008 0.000 0.024 0.084
#> dkfz_11-015 2 0.0865 0.950 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-016 6 0.3511 0.756 0.000 0.216 0.024 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-017 6 0.2476 0.825 0.004 0.004 0.060 0.040 0.000 0.892
#> dkfz_11-018 4 0.0547 0.939 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0146 0.964 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 6 0.5852 0.392 0.352 0.080 0.004 0.000 0.036 0.528
#> dkfz_11-022 6 0.2325 0.825 0.004 0.020 0.076 0.004 0.000 0.896
#> dkfz_11-023 6 0.3722 0.750 0.192 0.024 0.004 0.000 0.008 0.772
#> dkfz_11-024 6 0.2001 0.867 0.004 0.092 0.004 0.000 0.000 0.900
#> dkfz_11-025 6 0.2237 0.870 0.020 0.080 0.004 0.000 0.000 0.896
#> dkfz_11-026 2 0.0790 0.968 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-027 5 0.4255 0.721 0.080 0.000 0.016 0.000 0.756 0.148
#> dkfz_11-028 4 0.0458 0.943 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0363 0.944 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.2882 0.804 0.004 0.000 0.076 0.060 0.000 0.860
#> dkfz_11-031 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0146 0.944 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.2972 0.927 0.036 0.000 0.836 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.2207 0.822 0.008 0.000 0.076 0.016 0.000 0.900
#> dkfz_11-035 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0790 0.968 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-037 1 0.3668 0.445 0.668 0.000 0.000 0.000 0.004 0.328
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 6 0.2994 0.854 0.064 0.080 0.004 0.000 0.000 0.852
#> dkfz_11-040 5 0.1644 0.934 0.040 0.000 0.028 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1391 0.938 0.040 0.000 0.016 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2854 0.709 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3114 0.834 0.004 0.024 0.016 0.000 0.108 0.848
#> dkfz_11-044 6 0.2196 0.870 0.004 0.108 0.004 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-045 6 0.2402 0.843 0.000 0.140 0.004 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-046 6 0.2165 0.865 0.000 0.108 0.000 0.008 0.000 0.884
#> dkfz_11-047 5 0.1349 0.934 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.2009 0.869 0.008 0.084 0.004 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-049 1 0.5241 0.557 0.656 0.072 0.004 0.000 0.032 0.236
#> dkfz_11-050 6 0.2069 0.864 0.004 0.068 0.020 0.000 0.000 0.908
#> dkfz_11-051 5 0.0937 0.942 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2558 0.853 0.104 0.000 0.028 0.000 0.868 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.3835 0.526 0.320 0.000 0.012 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-054 2 0.0146 0.964 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 1 0.1444 0.857 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-056 6 0.2398 0.869 0.028 0.080 0.004 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-057 5 0.0865 0.903 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3678 0.779 0.828 0.064 0.004 0.000 0.040 0.064
#> dkfz_11-059 1 0.0458 0.892 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-060 6 0.1843 0.870 0.004 0.080 0.004 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-061 6 0.2758 0.870 0.008 0.088 0.004 0.000 0.028 0.872
#> dkfz_11-062 6 0.2239 0.823 0.008 0.000 0.072 0.020 0.000 0.900
#> dkfz_11-063 6 0.1867 0.847 0.004 0.036 0.036 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-064 2 0.0790 0.968 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-065 6 0.2844 0.868 0.004 0.092 0.004 0.000 0.036 0.864
#> dkfz_11-066 4 0.4977 0.340 0.000 0.000 0.076 0.552 0.000 0.372
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0790 0.968 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-069 3 0.3083 0.921 0.040 0.000 0.828 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3864 0.247 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-071 3 0.3083 0.921 0.040 0.000 0.828 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.3229 0.784 0.172 0.000 0.004 0.000 0.020 0.804
#> dkfz_11-073 6 0.3275 0.843 0.000 0.144 0.004 0.000 0.036 0.816
#> dkfz_11-074 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.2257 0.868 0.000 0.116 0.008 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-091 2 0.0937 0.964 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-092 3 0.2308 0.954 0.040 0.000 0.892 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3814 0.788 0.808 0.016 0.012 0.000 0.120 0.044
#> dkfz_11-094 2 0.2149 0.897 0.000 0.888 0.004 0.000 0.004 0.104
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.1663 0.843 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-097 6 0.3073 0.729 0.204 0.000 0.008 0.000 0.000 0.788
#> dkfz_11-098 5 0.0937 0.942 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2333 0.868 0.000 0.120 0.004 0.004 0.000 0.872
#> dkfz_11-100 5 0.0937 0.942 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2858 0.818 0.096 0.000 0.028 0.008 0.004 0.864
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1858 0.871 0.012 0.076 0.000 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.1007 0.941 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.3949 0.890 0.040 0.000 0.788 0.000 0.136 0.036
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.2595 0.766 0.836 0.000 0.000 0.000 0.004 0.160
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.1007 0.941 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0937 0.942 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.1141 0.935 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.2135 0.865 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1644 0.871 0.004 0.076 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-115 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.2250 0.911 0.040 0.000 0.064 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.1644 0.871 0.004 0.076 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-118 5 0.0937 0.942 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-119 3 0.3422 0.885 0.040 0.000 0.792 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3383 0.689 0.268 0.000 0.000 0.000 0.004 0.728
#> dkfz_11-121 5 0.1124 0.911 0.008 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0146 0.896 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4554 0.450 0.616 0.004 0.024 0.000 0.348 0.008
#> dkfz_11-125 1 0.2553 0.837 0.888 0.012 0.000 0.000 0.044 0.056
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.4172 0.106 0.460 0.000 0.012 0.000 0.000 0.528
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0937 0.942 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1480 0.936 0.040 0.000 0.020 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2346 0.835 0.892 0.004 0.004 0.000 0.016 0.084
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3409 0.533 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.2844 0.868 0.004 0.092 0.004 0.000 0.036 0.864
#> dkfz_11-137 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.0603 0.941 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-140 6 0.1644 0.871 0.004 0.076 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 3 0.2190 0.958 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.2350 0.815 0.000 0.000 0.076 0.036 0.000 0.888
#> dkfz_11-144 4 0.0458 0.943 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0458 0.943 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0547 0.939 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0713 0.968 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-149 6 0.2554 0.811 0.000 0.000 0.076 0.048 0.000 0.876
#> dkfz_11-150 2 0.0777 0.959 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.2179 0.954 0.036 0.000 0.900 0.000 0.064 0.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0334 0.9257 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-003 3 0.0134 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0134 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0134 0.9275 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0239 0.9267 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 5 0.2321 0.8476 0.004 0.000 0.152 0.000 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.1757 0.8895 0.004 0.000 0.900 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 3 0.0268 0.9507 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.1321 0.7930 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.940 0.048
#> dkfz_11-012 6 0.2365 0.7848 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.876 0.068
#> dkfz_11-013 2 0.0582 0.9220 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-014 2 0.2684 0.7494 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.184 0.008
#> dkfz_11-015 2 0.2208 0.8333 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.104 0.020
#> dkfz_11-016 6 0.3505 0.7492 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.772 0.076
#> dkfz_11-017 6 0.3273 0.7145 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.712 0.280
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0504 0.9224 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 6 0.4220 0.3052 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.044
#> dkfz_11-022 6 0.3280 0.7043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> dkfz_11-023 6 0.3855 0.6086 0.256 0.004 0.000 0.000 0.004 0.704 0.032
#> dkfz_11-024 6 0.2023 0.7883 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.900 0.044
#> dkfz_11-025 6 0.3769 0.6753 0.032 0.004 0.000 0.000 0.000 0.700 0.264
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.5503 0.6539 0.092 0.000 0.060 0.000 0.668 0.132 0.048
#> dkfz_11-028 4 0.0134 0.9455 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0000 0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 6 0.4179 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.624 0.324
#> dkfz_11-031 3 0.0268 0.9507 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.1565 0.9109 0.004 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.3029 0.7334 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.744 0.252
#> dkfz_11-035 3 0.0134 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3885 0.4290 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.036
#> dkfz_11-038 1 0.1109 0.8359 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-039 6 0.4683 0.5787 0.164 0.004 0.000 0.000 0.000 0.648 0.184
#> dkfz_11-040 5 0.1934 0.8786 0.004 0.000 0.112 0.000 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1462 0.8924 0.004 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3334 0.5364 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.4449 0.7446 0.000 0.044 0.012 0.000 0.052 0.732 0.160
#> dkfz_11-044 6 0.1837 0.7961 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.912 0.052
#> dkfz_11-045 6 0.3518 0.7487 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.772 0.148
#> dkfz_11-046 6 0.4128 0.7376 0.000 0.120 0.000 0.008 0.000 0.728 0.144
#> dkfz_11-047 5 0.2136 0.8668 0.080 0.000 0.024 0.000 0.892 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 6 0.1939 0.7922 0.028 0.020 0.000 0.000 0.004 0.920 0.028
#> dkfz_11-049 1 0.5465 0.4944 0.484 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212 0.300
#> dkfz_11-050 6 0.1926 0.7894 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> dkfz_11-051 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.3148 0.8356 0.084 0.000 0.104 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.5287 0.3037 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.176
#> dkfz_11-054 2 0.0728 0.9183 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-055 1 0.3796 0.7405 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.212
#> dkfz_11-056 6 0.4211 0.6753 0.100 0.004 0.000 0.000 0.004 0.716 0.176
#> dkfz_11-057 5 0.1844 0.8769 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3517 0.7154 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176 0.052
#> dkfz_11-059 1 0.2901 0.7627 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-060 6 0.1895 0.7922 0.012 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.072
#> dkfz_11-061 6 0.1420 0.7933 0.024 0.016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> dkfz_11-062 6 0.2937 0.7413 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.236
#> dkfz_11-063 6 0.3262 0.7806 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.788 0.160
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3478 0.7600 0.008 0.040 0.000 0.000 0.004 0.784 0.164
#> dkfz_11-066 4 0.5592 0.0463 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.268 0.352
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 3 0.1991 0.9019 0.004 0.000 0.896 0.000 0.088 0.000 0.012
#> dkfz_11-070 2 0.3988 -0.0826 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.464 0.020
#> dkfz_11-071 3 0.2038 0.8987 0.004 0.000 0.892 0.000 0.092 0.000 0.012
#> dkfz_11-072 6 0.4728 0.7240 0.140 0.000 0.028 0.000 0.028 0.720 0.084
#> dkfz_11-073 6 0.3940 0.7303 0.000 0.104 0.000 0.000 0.004 0.740 0.152
#> dkfz_11-074 3 0.0134 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.1497 0.7924 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.0134 0.9272 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.0373 0.9496 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3709 0.7494 0.796 0.000 0.008 0.000 0.068 0.108 0.020
#> dkfz_11-094 2 0.2489 0.7665 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.0239 0.8396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 1 0.3234 0.7480 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.272
#> dkfz_11-097 6 0.5607 0.1825 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.304
#> dkfz_11-098 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.2294 0.7811 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.868 0.020
#> dkfz_11-100 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.4355 0.7513 0.092 0.000 0.000 0.008 0.012 0.720 0.168
#> dkfz_11-102 1 0.0239 0.8373 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-103 6 0.1368 0.7943 0.024 0.004 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028
#> dkfz_11-104 1 0.0422 0.8365 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-105 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.3534 0.8363 0.004 0.000 0.812 0.000 0.100 0.040 0.044
#> dkfz_11-107 1 0.0637 0.8366 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-108 1 0.1937 0.8220 0.916 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040 0.020
#> dkfz_11-109 1 0.0656 0.8387 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-110 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0268 0.9013 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.2225 0.7850 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1766 0.7893 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.904 0.088
#> dkfz_11-115 3 0.0268 0.9507 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.2285 0.8547 0.004 0.000 0.148 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.1950 0.7887 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.888 0.104
#> dkfz_11-118 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 3 0.2520 0.8271 0.004 0.000 0.832 0.000 0.160 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 6 0.4540 0.4239 0.376 0.000 0.000 0.000 0.004 0.560 0.060
#> dkfz_11-121 5 0.1844 0.8769 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0728 0.8385 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-123 1 0.2987 0.7533 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-124 1 0.5023 0.4952 0.640 0.000 0.068 0.000 0.248 0.032 0.012
#> dkfz_11-125 1 0.2657 0.7589 0.836 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144 0.016
#> dkfz_11-126 1 0.0334 0.8394 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 1 0.5368 -0.0715 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.188
#> dkfz_11-128 1 0.0134 0.8391 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 5 0.0134 0.9012 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1757 0.8846 0.004 0.000 0.096 0.000 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2846 0.7632 0.828 0.000 0.000 0.000 0.004 0.140 0.028
#> dkfz_11-132 1 0.0422 0.8365 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-133 1 0.2878 0.7612 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-134 1 0.3353 0.5914 0.732 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.020
#> dkfz_11-135 1 0.0656 0.8387 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-136 6 0.3575 0.7622 0.024 0.028 0.000 0.000 0.004 0.784 0.160
#> dkfz_11-137 3 0.0134 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.0334 0.8383 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-139 4 0.0134 0.9455 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.1566 0.7942 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.920 0.072
#> dkfz_11-141 1 0.0755 0.8377 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-142 3 0.0134 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 6 0.4078 0.6045 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.548 0.424
#> dkfz_11-144 4 0.0134 0.9455 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0134 0.9275 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.0134 0.9455 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.4515 0.6093 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.568 0.360
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0134 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 4 0.0000 0.98228 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0931 0.88258 0.000 0.960 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-003 3 0.0837 0.93250 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-004 3 0.0806 0.93389 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-005 2 0.0125 0.89186 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0438 0.89005 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 5 0.2277 0.84316 0.000 0.000 0.128 0.000 0.856 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.89304 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.2313 0.87250 0.000 0.000 0.852 0.000 0.132 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-010 3 0.0932 0.93451 0.000 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 6 0.1713 0.50055 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.916 0.052 0.028
#> dkfz_11-012 6 0.4048 0.09200 0.008 0.076 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.240
#> dkfz_11-013 2 0.1927 0.85364 0.000 0.896 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.080
#> dkfz_11-014 2 0.3203 0.63216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.084
#> dkfz_11-015 2 0.4446 0.64902 0.000 0.696 0.004 0.000 0.000 0.096 0.040 0.164
#> dkfz_11-016 6 0.4671 0.33874 0.000 0.104 0.004 0.000 0.000 0.692 0.112 0.088
#> dkfz_11-017 6 0.3485 0.01498 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.668 0.312 0.012
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.98228 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2189 0.83835 0.000 0.872 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.104
#> dkfz_11-020 4 0.0125 0.98065 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.5109 0.31011 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312 0.044 0.100
#> dkfz_11-022 6 0.4134 -0.20026 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.364 0.052
#> dkfz_11-023 6 0.4720 0.13305 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.004 0.128
#> dkfz_11-024 6 0.2770 0.41150 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004 0.080
#> dkfz_11-025 6 0.5538 0.08627 0.088 0.004 0.000 0.000 0.000 0.480 0.352 0.076
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.89304 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.5751 0.57318 0.092 0.000 0.080 0.000 0.636 0.088 0.012 0.092
#> dkfz_11-028 4 0.0224 0.97975 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 4 0.0224 0.97975 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 6 0.4754 -0.46552 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.512 0.380 0.012
#> dkfz_11-031 3 0.0932 0.93451 0.000 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 4 0.0000 0.98228 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 3 0.1769 0.90789 0.000 0.000 0.888 0.000 0.108 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 6 0.3143 0.23228 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.240 0.016
#> dkfz_11-035 3 0.0837 0.93250 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.89304 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3408 0.60368 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.016 0.036
#> dkfz_11-038 1 0.2751 0.71594 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.216 0.004
#> dkfz_11-039 6 0.5834 0.12840 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.228 0.068
#> dkfz_11-040 5 0.1464 0.88258 0.000 0.000 0.080 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 5 0.1144 0.88986 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3541 0.35214 0.000 0.000 0.392 0.000 0.596 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-043 8 0.5421 0.75033 0.000 0.068 0.016 0.000 0.068 0.308 0.000 0.540
#> dkfz_11-044 6 0.2021 0.48561 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000 0.904 0.052 0.012
#> dkfz_11-045 8 0.4904 0.80796 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.468
#> dkfz_11-046 6 0.5255 0.02375 0.000 0.144 0.000 0.008 0.000 0.604 0.192 0.052
#> dkfz_11-047 5 0.2579 0.83034 0.084 0.000 0.008 0.000 0.864 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-048 6 0.2856 0.45501 0.052 0.008 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.112
#> dkfz_11-049 1 0.5807 0.35677 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.384 0.092
#> dkfz_11-050 6 0.2294 0.45733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.120 0.024
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.89462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2769 0.83844 0.084 0.000 0.076 0.000 0.836 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 6 0.5243 0.12046 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.196 0.008
#> dkfz_11-054 2 0.2492 0.81796 0.000 0.840 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.136
#> dkfz_11-055 1 0.3790 0.61949 0.616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.352 0.000
#> dkfz_11-056 6 0.5955 0.08605 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.260 0.084
#> dkfz_11-057 5 0.1644 0.87645 0.000 0.000 0.096 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 1 0.3574 0.66411 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.028 0.104
#> dkfz_11-059 1 0.3187 0.65279 0.660 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.2221 0.50394 0.016 0.004 0.000 0.000 0.000 0.892 0.056 0.032
#> dkfz_11-061 6 0.3048 0.47066 0.060 0.012 0.000 0.000 0.000 0.824 0.004 0.100
#> dkfz_11-062 6 0.2976 0.27230 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.224 0.012
#> dkfz_11-063 6 0.4332 0.39453 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.704 0.164 0.056
#> dkfz_11-064 2 0.0125 0.89238 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 8 0.4456 0.84106 0.000 0.068 0.000 0.000 0.012 0.356 0.000 0.564
#> dkfz_11-066 7 0.5865 0.59554 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.296 0.404 0.048
#> dkfz_11-067 4 0.0000 0.98228 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0125 0.89238 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 3 0.2356 0.89717 0.000 0.000 0.864 0.000 0.104 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-070 2 0.5621 -0.01384 0.000 0.444 0.004 0.000 0.000 0.356 0.040 0.156
#> dkfz_11-071 3 0.2396 0.89406 0.000 0.000 0.860 0.000 0.108 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-072 6 0.6456 0.17766 0.148 0.000 0.020 0.000 0.072 0.556 0.100 0.104
#> dkfz_11-073 8 0.4855 0.81960 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.500
#> dkfz_11-074 3 0.0837 0.93250 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-075 6 0.2923 0.47014 0.000 0.036 0.004 0.000 0.000 0.840 0.028 0.092
#> dkfz_11-091 2 0.0438 0.88724 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 3 0.1144 0.92901 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4023 0.67945 0.780 0.000 0.020 0.000 0.060 0.040 0.012 0.088
#> dkfz_11-094 2 0.2902 0.68001 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.080
#> dkfz_11-095 1 0.0125 0.77724 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3328 0.61415 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.5333 0.17070 0.380 0.000 0.004 0.000 0.000 0.264 0.352 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0224 0.89563 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.3043 0.44957 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000 0.836 0.032 0.056
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.89462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.6016 0.06574 0.092 0.000 0.000 0.008 0.032 0.552 0.224 0.092
#> dkfz_11-102 1 0.0475 0.77550 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-103 6 0.1658 0.51124 0.028 0.004 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.028
#> dkfz_11-104 1 0.0980 0.77335 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.024
#> dkfz_11-105 5 0.0313 0.89167 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-106 3 0.3625 0.82488 0.000 0.000 0.776 0.000 0.136 0.020 0.008 0.060
#> dkfz_11-107 1 0.1198 0.77136 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-108 1 0.2552 0.75147 0.880 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036 0.020 0.032
#> dkfz_11-109 1 0.0395 0.77695 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0475 0.88944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-111 5 0.0000 0.89462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0563 0.88741 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-113 5 0.2268 0.75497 0.164 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.1886 0.48863 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.904 0.060 0.032
#> dkfz_11-115 3 0.0808 0.93469 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.1726 0.86350 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.1886 0.48863 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.904 0.060 0.032
#> dkfz_11-118 5 0.0125 0.89555 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 3 0.3356 0.65530 0.000 0.000 0.700 0.000 0.280 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-120 6 0.5063 0.15972 0.412 0.000 0.000 0.000 0.012 0.472 0.016 0.088
#> dkfz_11-121 5 0.1644 0.87645 0.000 0.000 0.096 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 1 0.0596 0.77692 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-123 1 0.3248 0.63816 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4749 0.47159 0.636 0.000 0.056 0.000 0.256 0.004 0.008 0.040
#> dkfz_11-125 1 0.3120 0.69953 0.824 0.000 0.000 0.000 0.012 0.072 0.008 0.084
#> dkfz_11-126 1 0.0251 0.77714 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5129 0.00997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.228 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0251 0.77645 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.89462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.1514 0.88474 0.000 0.000 0.076 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 1 0.2659 0.72532 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.020 0.048
#> dkfz_11-132 1 0.0908 0.77383 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.020
#> dkfz_11-133 1 0.3225 0.64250 0.648 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3456 0.58525 0.732 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-135 1 0.0471 0.77675 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.4545 0.81553 0.024 0.056 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.556
#> dkfz_11-137 3 0.0837 0.93250 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-138 1 0.0962 0.77363 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.028
#> dkfz_11-139 4 0.1855 0.92634 0.000 0.000 0.024 0.904 0.000 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-140 6 0.1302 0.49746 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044 0.012
#> dkfz_11-141 1 0.1299 0.77489 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.020 0.012
#> dkfz_11-142 3 0.0904 0.93376 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-143 7 0.4894 0.49501 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.404 0.492 0.068
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.98228 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.89304 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 4 0.1731 0.92859 0.000 0.000 0.024 0.908 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.98228 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.89304 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.5310 -0.69336 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.436 0.420 0.064
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.89304 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0837 0.93250 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 4 0.0699 0.896690 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-002 2 0.0542 0.874857 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> dkfz_11-003 3 0.0792 0.887191 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0581 0.888456 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0565 0.870157 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0331 0.876897 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 5 0.2702 0.849627 0.000 0.000 0.080 0.000 0.848 0.000 0.032 0.004 0.036
#> dkfz_11-008 2 0.0373 0.873577 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.3252 0.715086 0.000 0.000 0.748 0.000 0.208 0.000 0.008 0.004 0.032
#> dkfz_11-010 3 0.0699 0.888188 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.1449 0.585773 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.024 0.044
#> dkfz_11-012 8 0.4038 0.370291 0.008 0.044 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.568 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.2056 0.834473 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.032 0.020
#> dkfz_11-014 2 0.3289 0.618687 0.004 0.756 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.5617 0.570112 0.004 0.600 0.004 0.000 0.000 0.052 0.152 0.084 0.104
#> dkfz_11-016 6 0.5190 0.397038 0.004 0.092 0.000 0.000 0.000 0.640 0.100 0.036 0.128
#> dkfz_11-017 6 0.3237 0.120156 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.644 0.004 0.000 0.344
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.905093 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.3297 0.777361 0.000 0.800 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096 0.056 0.044
#> dkfz_11-020 4 0.0119 0.904689 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4326 0.325292 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.056 0.164 0.000
#> dkfz_11-022 9 0.3294 0.313617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.008 0.000 0.568
#> dkfz_11-023 1 0.5019 -0.027997 0.544 0.000 0.012 0.000 0.000 0.292 0.008 0.132 0.012
#> dkfz_11-024 6 0.3586 0.465153 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.216 0.032
#> dkfz_11-025 7 0.6787 0.000000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.304 0.112 0.072
#> dkfz_11-026 2 0.0119 0.878221 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.5702 0.590158 0.080 0.000 0.084 0.000 0.636 0.024 0.032 0.112 0.032
#> dkfz_11-028 4 0.1776 0.846252 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 4 0.0645 0.896037 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 9 0.5007 0.501844 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.388 0.000 0.016 0.424
#> dkfz_11-031 3 0.0699 0.888188 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.0699 0.896690 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-033 3 0.1200 0.878904 0.000 0.000 0.932 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.2948 0.279558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.008 0.000 0.292
#> dkfz_11-035 3 0.0792 0.887191 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0119 0.878221 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.2633 0.561281 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.012 0.056 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.2796 0.501429 0.740 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.6331 -0.767815 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.224 0.096 0.028
#> dkfz_11-040 5 0.1473 0.889373 0.000 0.000 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1224 0.895525 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3636 0.529659 0.000 0.000 0.312 0.000 0.648 0.000 0.004 0.004 0.032
#> dkfz_11-043 8 0.4061 0.702546 0.000 0.028 0.028 0.000 0.092 0.092 0.008 0.752 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.2780 0.535685 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.832 0.012 0.024 0.120
#> dkfz_11-045 8 0.3305 0.772399 0.004 0.104 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-046 6 0.4944 -0.091210 0.000 0.152 0.000 0.004 0.000 0.488 0.008 0.004 0.344
#> dkfz_11-047 5 0.2839 0.822420 0.064 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.036 0.020 0.032
#> dkfz_11-048 6 0.4973 0.175876 0.136 0.012 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004 0.240 0.024
#> dkfz_11-049 1 0.6001 -0.255584 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.316 0.128 0.060
#> dkfz_11-050 6 0.1707 0.577832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.020 0.080
#> dkfz_11-051 5 0.0212 0.901268 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.2165 0.876496 0.060 0.000 0.060 0.000 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.5449 -0.047787 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.100 0.028 0.064
#> dkfz_11-054 2 0.3325 0.767428 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.060 0.040
#> dkfz_11-055 1 0.3531 0.364945 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.328 0.000 0.016
#> dkfz_11-056 1 0.6645 -0.813904 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.236 0.136 0.040
#> dkfz_11-057 5 0.1713 0.877876 0.000 0.000 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3407 0.502052 0.796 0.000 0.020 0.000 0.000 0.040 0.036 0.108 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.2965 0.410840 0.676 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 6 0.1439 0.584129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052
#> dkfz_11-061 6 0.5306 -0.008228 0.192 0.004 0.000 0.000 0.000 0.564 0.024 0.188 0.028
#> dkfz_11-062 6 0.2853 0.326663 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.004 0.004 0.264
#> dkfz_11-063 6 0.3969 0.475367 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.100 0.156
#> dkfz_11-064 2 0.0237 0.877767 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.2958 0.781533 0.000 0.028 0.020 0.000 0.016 0.100 0.004 0.832 0.000
#> dkfz_11-066 9 0.4396 0.658577 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.176 0.000 0.000 0.580
#> dkfz_11-067 4 0.0634 0.898416 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-068 2 0.0119 0.878221 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 3 0.3625 0.778733 0.000 0.000 0.764 0.000 0.148 0.000 0.032 0.020 0.036
#> dkfz_11-070 2 0.6521 0.022731 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.300 0.148 0.064 0.112
#> dkfz_11-071 3 0.3464 0.790419 0.000 0.000 0.780 0.000 0.136 0.000 0.032 0.016 0.036
#> dkfz_11-072 6 0.7871 -0.000198 0.172 0.000 0.008 0.004 0.196 0.312 0.056 0.120 0.132
#> dkfz_11-073 8 0.2946 0.779026 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0792 0.887191 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.3675 0.520516 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.772 0.100 0.044 0.076
#> dkfz_11-091 2 0.0237 0.877767 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.0982 0.882921 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.4214 0.510079 0.764 0.000 0.028 0.000 0.084 0.028 0.036 0.052 0.008
#> dkfz_11-094 2 0.3004 0.636054 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0119 0.640197 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3458 0.341048 0.628 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.348 0.000 0.020
#> dkfz_11-097 1 0.5189 0.081956 0.528 0.000 0.004 0.000 0.000 0.104 0.304 0.004 0.056
#> dkfz_11-098 5 0.0515 0.904299 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4195 0.486402 0.000 0.048 0.004 0.000 0.000 0.748 0.084 0.048 0.068
#> dkfz_11-100 5 0.0645 0.905405 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.7629 -0.053756 0.164 0.000 0.000 0.008 0.168 0.328 0.040 0.100 0.192
#> dkfz_11-102 1 0.0683 0.638642 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.004
#> dkfz_11-103 6 0.3221 0.526694 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.068 0.052
#> dkfz_11-104 1 0.1353 0.636637 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.020 0.008
#> dkfz_11-105 5 0.0373 0.894073 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.5011 0.552788 0.000 0.000 0.592 0.000 0.280 0.016 0.036 0.040 0.036
#> dkfz_11-107 1 0.1512 0.635459 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028 0.028 0.004
#> dkfz_11-108 1 0.3373 0.491918 0.776 0.000 0.000 0.000 0.156 0.004 0.032 0.028 0.004
#> dkfz_11-109 1 0.0331 0.639664 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0626 0.895546 0.008 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0515 0.905091 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0585 0.890596 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.2163 0.786143 0.144 0.000 0.012 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0982 0.577382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-115 3 0.0581 0.888456 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.1776 0.861096 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0982 0.579439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-118 5 0.0581 0.905400 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 3 0.4460 0.221092 0.000 0.000 0.492 0.000 0.432 0.000 0.032 0.008 0.036
#> dkfz_11-120 1 0.5668 0.030620 0.524 0.000 0.000 0.000 0.052 0.280 0.028 0.100 0.016
#> dkfz_11-121 5 0.1713 0.877876 0.000 0.000 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0699 0.636453 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.3040 0.385422 0.652 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.344 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4801 0.242801 0.588 0.000 0.068 0.000 0.292 0.000 0.028 0.020 0.004
#> dkfz_11-125 1 0.3181 0.570632 0.840 0.000 0.028 0.000 0.048 0.040 0.016 0.024 0.004
#> dkfz_11-126 1 0.0212 0.640109 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5132 0.069738 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.176 0.000 0.060
#> dkfz_11-128 1 0.0331 0.640080 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0212 0.901268 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0939 0.902016 0.000 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2082 0.604443 0.900 0.000 0.016 0.000 0.000 0.040 0.024 0.020 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.1204 0.637504 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.012 0.008
#> dkfz_11-133 1 0.3016 0.391595 0.660 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3564 0.406874 0.712 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.020 0.028 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.0446 0.637488 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.2871 0.759109 0.040 0.024 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0792 0.887191 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1215 0.638366 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.024 0.004
#> dkfz_11-139 4 0.3141 0.659907 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0882 0.582789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-141 1 0.1322 0.638086 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028 0.012 0.008
#> dkfz_11-142 3 0.0763 0.888588 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 9 0.2805 0.660554 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.196 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-144 4 0.0000 0.905093 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0119 0.878073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 4 0.3132 0.662845 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.380 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.905093 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.878101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 9 0.4090 0.707983 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.208 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.878101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0792 0.887191 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 4 0.2161 0.84179 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.040 0.012 0.012 0.052
#> dkfz_11-002 2 0.1373 0.77524 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-003 3 0.0226 0.88643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 3 0.0315 0.88737 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0356 0.83296 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0555 0.83080 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.3382 0.75191 0.000 0.000 0.064 0.000 0.780 0.000 0.036 0.004 0.112 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.0315 0.83986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 3 0.3795 0.67650 0.000 0.000 0.720 0.000 0.164 0.000 0.016 0.008 0.088 0.004
#> dkfz_11-010 3 0.0315 0.88693 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0597 0.61925 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 8 0.3287 0.48347 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004 0.688 0.000 0.004
#> dkfz_11-013 2 0.2047 0.65367 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3215 0.48763 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.196 0.004 0.004
#> dkfz_11-015 9 0.4347 0.68277 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.488 0.008
#> dkfz_11-016 6 0.4859 0.28495 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.476 0.004 0.004 0.384 0.084
#> dkfz_11-017 6 0.3064 0.16213 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.004 0.424
#> dkfz_11-018 4 0.0000 0.88118 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.2842 0.25117 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.324 0.000
#> dkfz_11-020 4 0.0000 0.88118 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.4213 0.49166 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.064 0.152 0.016 0.000
#> dkfz_11-022 10 0.3541 0.46613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.008 0.000 0.072 0.696
#> dkfz_11-023 1 0.5007 0.40518 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.036 0.096 0.060 0.004
#> dkfz_11-024 6 0.4090 0.37712 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.320 0.008 0.052
#> dkfz_11-025 7 0.6479 0.29253 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.368 0.120 0.020 0.036
#> dkfz_11-026 2 0.0282 0.84209 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.5158 0.64976 0.048 0.000 0.060 0.000 0.656 0.004 0.036 0.056 0.136 0.004
#> dkfz_11-028 4 0.2174 0.79760 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.112 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-029 4 0.0717 0.87011 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-030 10 0.4399 0.29892 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.360 0.000 0.004 0.000 0.496
#> dkfz_11-031 3 0.0395 0.88663 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 4 0.2161 0.84179 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.040 0.012 0.012 0.052
#> dkfz_11-033 3 0.0888 0.86897 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.3532 0.32183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.052 0.324
#> dkfz_11-035 3 0.0226 0.88643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0282 0.84209 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.2160 0.65773 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 1 0.2559 0.54303 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.6113 -0.40233 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.296 0.092 0.004 0.024
#> dkfz_11-040 5 0.1559 0.80833 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.1079 0.82690 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4016 0.61311 0.000 0.000 0.232 0.000 0.668 0.000 0.016 0.008 0.072 0.004
#> dkfz_11-043 8 0.3173 0.68153 0.000 0.008 0.020 0.000 0.088 0.016 0.004 0.816 0.048 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4110 0.52705 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.664 0.004 0.004 0.188 0.128
#> dkfz_11-045 8 0.2358 0.79976 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004 0.856 0.004 0.000
#> dkfz_11-046 10 0.5283 0.23942 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.304 0.016 0.000 0.072 0.492
#> dkfz_11-047 5 0.3480 0.74164 0.032 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.036 0.020 0.136 0.004
#> dkfz_11-048 6 0.5858 0.18732 0.192 0.008 0.000 0.000 0.000 0.436 0.024 0.284 0.008 0.048
#> dkfz_11-049 1 0.5475 0.01672 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.380 0.124 0.016 0.016
#> dkfz_11-050 6 0.0987 0.60769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.008 0.036
#> dkfz_11-051 5 0.0315 0.82776 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 5 0.1691 0.82371 0.028 0.000 0.064 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.5117 0.32992 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.148 0.008 0.012 0.052
#> dkfz_11-054 2 0.2817 0.18813 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.3205 0.39937 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.396 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 7 0.6452 0.23925 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.332 0.136 0.020 0.024
#> dkfz_11-057 5 0.1772 0.80114 0.000 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.3712 0.57312 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.052 0.100 0.048 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.3130 0.45964 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.360 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 6 0.1071 0.61486 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.004 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.6681 0.15593 0.208 0.008 0.000 0.000 0.000 0.436 0.052 0.156 0.088 0.052
#> dkfz_11-062 6 0.3735 0.36839 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004 0.000 0.076 0.280
#> dkfz_11-063 6 0.4154 0.52445 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.084 0.036 0.132
#> dkfz_11-064 2 0.0395 0.84075 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-065 8 0.2105 0.78715 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016 0.032 0.004 0.892 0.048 0.000
#> dkfz_11-066 10 0.3510 0.55759 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.036 0.024 0.004 0.000 0.712
#> dkfz_11-067 4 0.2111 0.84414 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.040 0.012 0.012 0.048
#> dkfz_11-068 2 0.0282 0.84209 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 3 0.4633 0.65750 0.000 0.000 0.656 0.000 0.160 0.000 0.036 0.032 0.112 0.004
#> dkfz_11-070 9 0.4972 0.72327 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.440 0.024
#> dkfz_11-071 3 0.4503 0.67189 0.000 0.000 0.672 0.000 0.148 0.000 0.036 0.028 0.112 0.004
#> dkfz_11-072 5 0.7823 -0.00187 0.176 0.000 0.004 0.000 0.300 0.172 0.044 0.072 0.160 0.072
#> dkfz_11-073 8 0.1987 0.79839 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 3 0.0226 0.88643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4131 0.41679 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.560 0.004 0.004 0.364 0.056
#> dkfz_11-091 2 0.0282 0.84209 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-092 3 0.0836 0.87183 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.3697 0.57019 0.780 0.000 0.004 0.000 0.088 0.020 0.012 0.040 0.056 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3080 0.49443 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.200 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0605 0.68479 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.3203 0.37544 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 1 0.4772 0.28673 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.348 0.004 0.004 0.036
#> dkfz_11-098 5 0.0282 0.83033 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.4418 0.35650 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.384 0.096
#> dkfz_11-100 5 0.0539 0.83104 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.7700 -0.18810 0.172 0.000 0.000 0.000 0.268 0.208 0.028 0.068 0.080 0.176
#> dkfz_11-102 1 0.0315 0.68322 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3244 0.58998 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.008 0.044 0.008 0.092
#> dkfz_11-104 1 0.0957 0.67961 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.028 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0885 0.82507 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000
#> dkfz_11-106 3 0.5350 0.38214 0.000 0.000 0.508 0.000 0.288 0.000 0.036 0.040 0.124 0.004
#> dkfz_11-107 1 0.1227 0.67658 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.036 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.3646 0.40788 0.684 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.004 0.016 0.048 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0492 0.68350 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0820 0.82290 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0202 0.82953 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0885 0.82125 0.004 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000
#> dkfz_11-113 5 0.2047 0.75171 0.124 0.000 0.008 0.000 0.860 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0558 0.61514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-115 3 0.0395 0.88663 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 5 0.1790 0.78986 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0484 0.61710 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-118 5 0.0539 0.83104 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.4809 0.39690 0.000 0.000 0.272 0.000 0.564 0.000 0.036 0.008 0.116 0.004
#> dkfz_11-120 1 0.5667 0.33533 0.572 0.000 0.000 0.000 0.152 0.144 0.008 0.056 0.052 0.016
#> dkfz_11-121 5 0.1772 0.80022 0.000 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 1 0.0555 0.68268 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2892 0.43348 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.4431 0.30578 0.596 0.000 0.024 0.000 0.308 0.004 0.008 0.012 0.048 0.000
#> dkfz_11-125 1 0.3060 0.62034 0.832 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024 0.012 0.032 0.056 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.68298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.5026 0.32529 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.268 0.004 0.008 0.052
#> dkfz_11-128 1 0.0113 0.68301 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 5 0.0226 0.82791 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0842 0.82867 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.2459 0.65423 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.040 0.016 0.040 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0686 0.68227 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.2875 0.44581 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.3446 0.41888 0.692 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.004 0.016 0.028 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0555 0.68293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.1640 0.80574 0.016 0.008 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 3 0.0226 0.88643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.1301 0.67890 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.016 0.028 0.000
#> dkfz_11-139 4 0.4331 0.29237 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.452 0.008 0.080 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.1316 0.61534 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.008 0.048
#> dkfz_11-141 1 0.0597 0.68217 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 3 0.0315 0.88737 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.1761 0.60980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032 0.008 0.000 0.036 0.912
#> dkfz_11-144 4 0.0315 0.88070 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-145 2 0.0113 0.84176 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.4331 -0.57542 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.452 0.008 0.080 0.008
#> dkfz_11-147 4 0.0000 0.88118 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.84209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 10 0.3212 0.63610 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.068 0.024 0.004 0.000 0.784
#> dkfz_11-150 2 0.0113 0.84176 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 3 0.0226 0.88643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:mclust 135 1.27e-19 3.13e-05 2
#> ATC:mclust 130 8.57e-36 2.51e-04 3
#> ATC:mclust 126 6.13e-37 1.70e-04 4
#> ATC:mclust 131 3.93e-27 9.05e-04 5
#> ATC:mclust 130 3.38e-32 8.30e-08 6
#> ATC:mclust 126 3.60e-33 7.03e-08 7
#> ATC:mclust 100 2.03e-27 1.56e-05 8
#> ATC:mclust 102 9.44e-30 1.68e-04 9
#> ATC:mclust 95 1.02e-31 1.75e-03 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0