Date: 2019-12-26 18:30:18 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
First the variable is renamed to res_list.
res_list = rl
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 20 methods.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> Performed in total 45000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat1, max_k = 10, top_n = seq(min(2000,
#> round(nrow(data) * 0.1)), min(10000, round(nrow(data) * 0.5)), length.out = 5),
#> mc.cores = 4, anno = phenotype, anno_col = anno_col, scale_rows = FALSE)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 90894 136
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:mclust | 3 | 1.000 | 0.991 | 0.995 | ** | 2 |
| CV:hclust | 3 | 1.000 | 0.961 | 0.986 | ** | 2 |
| CV:pam | 3 | 1.000 | 0.978 | 0.989 | ** | 2 |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.991 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.993 | 0.997 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 1.000 | 0.968 | 0.988 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 0.999 | 0.965 | 0.983 | ** | |
| ATC:pam | 3 | 0.986 | 0.956 | 0.984 | ** | 2 |
| CV:skmeans | 6 | 0.967 | 0.944 | 0.964 | ** | 3,5 |
| MAD:pam | 10 | 0.963 | 0.896 | 0.955 | ** | 3,5,6,7,8 |
| SD:skmeans | 7 | 0.960 | 0.893 | 0.939 | ** | 2,3,4,5,6 |
| SD:pam | 10 | 0.947 | 0.903 | 0.955 | * | 4,5,6,7,8 |
| MAD:skmeans | 7 | 0.934 | 0.833 | 0.919 | * | 2,3,4,6 |
| SD:kmeans | 6 | 0.840 | 0.925 | 0.892 | ||
| MAD:kmeans | 3 | 0.702 | 0.868 | 0.901 | ||
| CV:kmeans | 3 | 0.653 | 0.870 | 0.904 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.592 | 0.749 | 0.871 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.558 | 0.781 | 0.892 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.400 | 0.724 | 0.838 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 7, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 8, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 9, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 10, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 2 1.000 0.985 0.994 0.501 0.500 0.500
#> CV:skmeans 2 0.870 0.936 0.970 0.500 0.496 0.496
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.972 0.988 0.501 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.980 0.992 0.444 0.554 0.554
#> SD:mclust 2 0.996 0.969 0.974 0.490 0.503 0.503
#> CV:mclust 2 1.000 0.985 0.994 0.423 0.582 0.582
#> MAD:mclust 2 1.000 0.980 0.991 0.486 0.518 0.518
#> ATC:mclust 2 0.999 0.965 0.983 0.489 0.509 0.509
#> SD:kmeans 2 0.453 0.687 0.764 0.350 0.758 0.758
#> CV:kmeans 2 0.606 0.963 0.963 0.250 0.747 0.747
#> MAD:kmeans 2 0.425 0.795 0.814 0.408 0.554 0.554
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.993 0.997 0.470 0.532 0.532
#> SD:pam 2 0.271 0.740 0.809 0.332 0.747 0.747
#> CV:pam 2 1.000 0.991 0.996 0.234 0.769 0.769
#> MAD:pam 2 0.489 0.908 0.878 0.453 0.540 0.540
#> ATC:pam 2 1.000 0.973 0.989 0.501 0.498 0.498
#> SD:hclust 2 0.739 0.893 0.932 0.300 0.758 0.758
#> CV:hclust 2 1.000 0.981 0.991 0.247 0.747 0.747
#> MAD:hclust 2 0.258 0.462 0.757 0.400 0.497 0.497
#> ATC:hclust 2 0.418 0.656 0.797 0.401 0.498 0.498
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 3 1.000 0.971 0.981 0.219 0.890 0.780
#> CV:skmeans 3 0.935 0.929 0.968 0.208 0.875 0.753
#> MAD:skmeans 3 0.917 0.926 0.967 0.257 0.851 0.707
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.968 0.988 0.135 0.938 0.889
#> SD:mclust 3 1.000 0.991 0.995 0.253 0.882 0.766
#> CV:mclust 3 0.899 0.917 0.968 0.183 0.907 0.843
#> MAD:mclust 3 0.794 0.857 0.916 0.301 0.857 0.727
#> ATC:mclust 3 0.609 0.745 0.848 0.173 0.878 0.776
#> SD:kmeans 3 0.704 0.904 0.924 0.661 0.635 0.518
#> CV:kmeans 3 0.653 0.870 0.904 0.958 0.813 0.750
#> MAD:kmeans 3 0.702 0.868 0.901 0.479 0.797 0.645
#> ATC:kmeans 3 0.677 0.869 0.910 0.317 0.768 0.596
#> SD:pam 3 0.462 0.499 0.748 0.723 0.640 0.521
#> CV:pam 3 1.000 0.978 0.989 0.849 0.804 0.745
#> MAD:pam 3 0.937 0.930 0.970 0.427 0.782 0.608
#> ATC:pam 3 0.986 0.956 0.984 0.148 0.924 0.847
#> SD:hclust 3 0.558 0.781 0.892 0.692 0.806 0.744
#> CV:hclust 3 1.000 0.961 0.986 0.272 0.940 0.919
#> MAD:hclust 3 0.400 0.724 0.838 0.480 0.600 0.386
#> ATC:hclust 3 0.592 0.749 0.871 0.437 0.852 0.718
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 4 0.918 0.921 0.945 0.1205 0.928 0.815
#> CV:skmeans 4 0.811 0.837 0.920 0.1877 0.821 0.576
#> MAD:skmeans 4 0.904 0.924 0.953 0.0888 0.877 0.699
#> ATC:skmeans 4 0.740 0.747 0.859 0.3389 0.833 0.669
#> SD:mclust 4 0.755 0.826 0.888 0.1349 0.902 0.752
#> CV:mclust 4 0.749 0.852 0.910 0.3338 0.787 0.593
#> MAD:mclust 4 0.782 0.834 0.907 0.0909 0.901 0.754
#> ATC:mclust 4 0.616 0.765 0.853 0.1617 0.805 0.615
#> SD:kmeans 4 0.732 0.807 0.860 0.1866 0.896 0.744
#> CV:kmeans 4 0.653 0.827 0.893 0.2963 0.788 0.624
#> MAD:kmeans 4 0.687 0.649 0.769 0.1570 0.865 0.675
#> ATC:kmeans 4 0.585 0.484 0.701 0.1385 0.811 0.568
#> SD:pam 4 0.963 0.935 0.970 0.1752 0.665 0.367
#> CV:pam 4 0.643 0.854 0.854 0.4324 0.819 0.684
#> MAD:pam 4 0.719 0.795 0.860 0.1063 0.930 0.805
#> ATC:pam 4 0.737 0.786 0.875 0.1450 0.885 0.741
#> SD:hclust 4 0.604 0.800 0.840 0.1921 0.863 0.757
#> CV:hclust 4 0.820 0.917 0.952 0.5449 0.802 0.711
#> MAD:hclust 4 0.522 0.689 0.819 0.1083 0.922 0.819
#> ATC:hclust 4 0.584 0.737 0.830 0.1302 0.878 0.719
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 5 0.950 0.942 0.959 0.0764 0.933 0.796
#> CV:skmeans 5 0.924 0.866 0.930 0.0609 0.952 0.825
#> MAD:skmeans 5 0.831 0.879 0.882 0.0923 0.922 0.766
#> ATC:skmeans 5 0.726 0.855 0.878 0.1318 0.854 0.582
#> SD:mclust 5 0.741 0.748 0.775 0.0875 0.947 0.829
#> CV:mclust 5 0.834 0.859 0.921 0.0745 0.911 0.739
#> MAD:mclust 5 0.772 0.674 0.799 0.1209 0.825 0.499
#> ATC:mclust 5 0.717 0.689 0.862 0.1680 0.762 0.406
#> SD:kmeans 5 0.717 0.575 0.708 0.0913 0.903 0.725
#> CV:kmeans 5 0.657 0.820 0.798 0.1394 0.822 0.526
#> MAD:kmeans 5 0.740 0.686 0.779 0.1024 0.899 0.692
#> ATC:kmeans 5 0.739 0.746 0.867 0.0710 0.850 0.567
#> SD:pam 5 0.934 0.910 0.962 0.1655 0.827 0.518
#> CV:pam 5 0.861 0.843 0.930 0.2016 0.876 0.683
#> MAD:pam 5 0.925 0.915 0.962 0.1082 0.871 0.595
#> ATC:pam 5 0.732 0.774 0.866 0.1069 0.913 0.758
#> SD:hclust 5 0.645 0.764 0.838 0.1069 1.000 1.000
#> CV:hclust 5 0.768 0.878 0.921 0.0233 0.991 0.981
#> MAD:hclust 5 0.586 0.622 0.776 0.1133 0.890 0.712
#> ATC:hclust 5 0.613 0.704 0.779 0.0620 0.961 0.892
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 6 0.996 0.954 0.971 0.1136 0.899 0.631
#> CV:skmeans 6 0.967 0.944 0.964 0.0704 0.943 0.759
#> MAD:skmeans 6 0.976 0.924 0.965 0.0995 0.898 0.624
#> ATC:skmeans 6 0.781 0.806 0.872 0.0384 0.984 0.923
#> SD:mclust 6 0.751 0.755 0.833 0.0730 0.876 0.549
#> CV:mclust 6 0.773 0.755 0.882 0.0584 0.971 0.894
#> MAD:mclust 6 0.785 0.587 0.729 0.0367 0.880 0.519
#> ATC:mclust 6 0.789 0.721 0.860 0.0526 0.949 0.757
#> SD:kmeans 6 0.840 0.925 0.892 0.0708 0.856 0.524
#> CV:kmeans 6 0.767 0.873 0.859 0.0880 0.950 0.780
#> MAD:kmeans 6 0.853 0.870 0.895 0.0588 0.884 0.569
#> ATC:kmeans 6 0.748 0.488 0.797 0.0551 0.951 0.814
#> SD:pam 6 0.972 0.940 0.975 0.0577 0.927 0.687
#> CV:pam 6 0.831 0.791 0.844 0.0800 0.909 0.660
#> MAD:pam 6 0.935 0.913 0.959 0.0430 0.933 0.699
#> ATC:pam 6 0.843 0.730 0.873 0.0889 0.904 0.676
#> SD:hclust 6 0.651 0.711 0.811 0.0927 0.886 0.733
#> CV:hclust 6 0.766 0.864 0.919 0.0110 0.991 0.982
#> MAD:hclust 6 0.667 0.624 0.767 0.0638 0.893 0.639
#> ATC:hclust 6 0.629 0.581 0.774 0.0198 0.979 0.940
get_stats(res_list, k = 7)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 7 0.960 0.893 0.939 0.0196 0.986 0.922
#> CV:skmeans 7 0.904 0.892 0.921 0.0232 0.993 0.960
#> MAD:skmeans 7 0.934 0.833 0.919 0.0168 0.990 0.944
#> ATC:skmeans 7 0.773 0.749 0.850 0.0160 0.987 0.935
#> SD:mclust 7 0.753 0.775 0.822 0.0266 0.887 0.485
#> CV:mclust 7 0.705 0.637 0.786 0.0417 0.939 0.766
#> MAD:mclust 7 0.757 0.643 0.809 0.0335 0.864 0.435
#> ATC:mclust 7 0.767 0.641 0.761 0.0219 0.955 0.758
#> SD:kmeans 7 0.813 0.850 0.861 0.0337 1.000 1.000
#> CV:kmeans 7 0.905 0.866 0.878 0.0362 0.994 0.965
#> MAD:kmeans 7 0.854 0.753 0.850 0.0312 0.973 0.851
#> ATC:kmeans 7 0.750 0.540 0.706 0.0405 0.889 0.564
#> SD:pam 7 0.978 0.941 0.976 0.0136 0.986 0.920
#> CV:pam 7 0.821 0.802 0.874 0.0216 0.974 0.860
#> MAD:pam 7 0.925 0.897 0.953 0.0134 0.987 0.926
#> ATC:pam 7 0.836 0.686 0.853 0.0175 0.962 0.832
#> SD:hclust 7 0.710 0.678 0.851 0.0713 0.902 0.693
#> CV:hclust 7 0.681 0.773 0.887 0.0924 0.991 0.982
#> MAD:hclust 7 0.708 0.661 0.805 0.0239 0.971 0.868
#> ATC:hclust 7 0.644 0.621 0.763 0.0335 0.973 0.919
get_stats(res_list, k = 8)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 8 0.928 0.843 0.909 0.01140 0.996 0.975
#> CV:skmeans 8 0.896 0.857 0.889 0.01739 1.000 1.000
#> MAD:skmeans 8 0.894 0.803 0.886 0.01237 0.987 0.924
#> ATC:skmeans 8 0.787 0.643 0.828 0.01324 0.987 0.934
#> SD:mclust 8 0.844 0.717 0.847 0.03351 0.931 0.615
#> CV:mclust 8 0.688 0.479 0.695 0.04408 0.886 0.546
#> MAD:mclust 8 0.787 0.592 0.769 0.03165 0.933 0.655
#> ATC:mclust 8 0.777 0.615 0.763 0.01520 0.937 0.649
#> SD:kmeans 8 0.837 0.656 0.804 0.02009 0.986 0.917
#> CV:kmeans 8 0.879 0.813 0.848 0.02418 0.994 0.966
#> MAD:kmeans 8 0.834 0.639 0.770 0.02266 0.981 0.893
#> ATC:kmeans 8 0.755 0.642 0.751 0.02633 0.932 0.624
#> SD:pam 8 0.947 0.878 0.939 0.01101 0.985 0.910
#> CV:pam 8 0.831 0.806 0.892 0.00514 0.973 0.844
#> MAD:pam 8 0.965 0.907 0.962 0.01506 0.985 0.909
#> ATC:pam 8 0.807 0.699 0.853 0.02802 0.924 0.652
#> SD:hclust 8 0.759 0.592 0.830 0.02905 0.994 0.973
#> CV:hclust 8 0.694 0.856 0.908 0.07294 0.883 0.757
#> MAD:hclust 8 0.727 0.607 0.758 0.01848 0.985 0.923
#> ATC:hclust 8 0.684 0.660 0.790 0.04195 0.906 0.704
get_stats(res_list, k = 9)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 9 0.875 0.758 0.873 0.01047 0.998 0.990
#> CV:skmeans 9 0.885 0.770 0.853 0.01505 0.963 0.791
#> MAD:skmeans 9 0.855 0.721 0.853 0.01040 0.992 0.952
#> ATC:skmeans 9 0.815 0.600 0.799 0.01774 0.977 0.885
#> SD:mclust 9 0.885 0.797 0.909 0.01160 0.916 0.505
#> CV:mclust 9 0.857 0.697 0.824 0.04078 0.873 0.415
#> MAD:mclust 9 0.835 0.630 0.787 0.02727 0.932 0.601
#> ATC:mclust 9 0.793 0.603 0.760 0.01472 0.973 0.815
#> SD:kmeans 9 0.831 0.651 0.752 0.01891 0.941 0.653
#> CV:kmeans 9 0.860 0.720 0.806 0.01917 0.974 0.856
#> MAD:kmeans 9 0.827 0.571 0.745 0.01555 0.929 0.609
#> ATC:kmeans 9 0.789 0.627 0.763 0.02223 0.990 0.930
#> SD:pam 9 0.952 0.905 0.957 0.00885 0.995 0.964
#> CV:pam 9 0.809 0.784 0.887 0.00276 0.975 0.854
#> MAD:pam 9 0.949 0.835 0.935 0.00859 0.995 0.969
#> ATC:pam 9 0.791 0.733 0.873 0.01737 0.978 0.870
#> SD:hclust 9 0.793 0.597 0.815 0.01736 0.979 0.909
#> CV:hclust 9 0.835 0.841 0.928 0.06014 0.990 0.972
#> MAD:hclust 9 0.746 0.628 0.788 0.01099 0.977 0.883
#> ATC:hclust 9 0.724 0.662 0.820 0.02963 0.981 0.917
get_stats(res_list, k = 10)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:skmeans 10 0.869 0.747 0.850 0.00875 0.998 0.990
#> CV:skmeans 10 0.865 0.682 0.836 0.00805 0.992 0.943
#> MAD:skmeans 10 0.855 0.619 0.818 0.00974 0.997 0.983
#> ATC:skmeans 10 0.816 0.625 0.801 0.00813 0.979 0.890
#> SD:mclust 10 0.894 0.756 0.869 0.01579 0.988 0.902
#> CV:mclust 10 0.868 0.749 0.851 0.01523 0.956 0.695
#> MAD:mclust 10 0.896 0.757 0.848 0.01910 0.956 0.681
#> ATC:mclust 10 0.799 0.658 0.789 0.01187 0.949 0.656
#> SD:kmeans 10 0.829 0.673 0.766 0.01620 0.971 0.787
#> CV:kmeans 10 0.837 0.624 0.779 0.01568 0.981 0.891
#> MAD:kmeans 10 0.835 0.562 0.745 0.01390 0.957 0.690
#> ATC:kmeans 10 0.802 0.546 0.727 0.01443 0.975 0.822
#> SD:pam 10 0.947 0.903 0.955 0.00957 0.986 0.908
#> CV:pam 10 0.813 0.780 0.886 0.00131 0.997 0.983
#> MAD:pam 10 0.963 0.896 0.955 0.00929 0.984 0.889
#> ATC:pam 10 0.824 0.710 0.873 0.00868 0.993 0.956
#> SD:hclust 10 0.804 0.598 0.816 0.01129 0.926 0.682
#> CV:hclust 10 0.733 0.823 0.925 0.03723 0.983 0.953
#> MAD:hclust 10 0.764 0.627 0.788 0.01184 0.997 0.980
#> ATC:hclust 10 0.735 0.685 0.825 0.01000 0.988 0.947
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
collect_stats(res_list, k = 7)
collect_stats(res_list, k = 8)
collect_stats(res_list, k = 9)
collect_stats(res_list, k = 10)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
collect_classes(res_list, k = 7)
collect_classes(res_list, k = 8)
collect_classes(res_list, k = 9)
collect_classes(res_list, k = 10)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 6000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 10000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 6000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 8000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 10000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 136 8.50e-25 6.51e-09 2
#> CV:skmeans 133 4.30e-22 8.42e-09 2
#> MAD:skmeans 133 5.98e-24 6.77e-08 2
#> ATC:skmeans 135 2.17e-18 3.39e-05 2
#> SD:mclust 136 1.53e-24 5.06e-09 2
#> CV:mclust 135 1.26e-24 2.92e-13 2
#> MAD:mclust 136 2.44e-24 1.44e-08 2
#> ATC:mclust 135 1.18e-19 4.99e-06 2
#> SD:kmeans 135 2.07e-27 4.84e-30 2
#> CV:kmeans 136 5.02e-26 2.94e-30 2
#> MAD:kmeans 128 3.66e-19 3.26e-06 2
#> ATC:kmeans 136 5.33e-17 1.00e-04 2
#> SD:pam 135 4.24e-24 2.46e-28 2
#> CV:pam 136 7.14e-26 7.44e-27 2
#> MAD:pam 134 1.21e-17 1.97e-07 2
#> ATC:pam 135 2.12e-18 7.39e-07 2
#> SD:hclust 136 1.27e-27 1.53e-28 2
#> CV:hclust 135 2.07e-27 2.46e-28 2
#> MAD:hclust 82 1.99e-15 1.16e-17 2
#> ATC:hclust 108 2.30e-19 7.72e-06 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 136 2.09e-49 1.99e-09 3
#> CV:skmeans 132 1.68e-45 1.11e-09 3
#> MAD:skmeans 135 7.57e-41 1.89e-09 3
#> ATC:skmeans 133 1.31e-38 2.85e-04 3
#> SD:mclust 136 4.09e-49 1.40e-31 3
#> CV:mclust 130 6.00e-45 7.79e-21 3
#> MAD:mclust 135 1.87e-49 2.07e-31 3
#> ATC:mclust 128 9.67e-38 1.31e-04 3
#> SD:kmeans 135 2.12e-46 2.78e-30 3
#> CV:kmeans 136 1.27e-52 2.74e-27 3
#> MAD:kmeans 130 8.12e-46 2.40e-29 3
#> ATC:kmeans 132 2.07e-21 3.51e-06 3
#> SD:pam 80 1.14e-19 2.78e-20 3
#> CV:pam 136 7.63e-51 1.34e-25 3
#> MAD:pam 131 1.88e-33 2.30e-18 3
#> ATC:pam 134 4.02e-26 1.12e-05 3
#> SD:hclust 122 9.90e-47 1.30e-24 3
#> CV:hclust 135 6.83e-31 7.10e-27 3
#> MAD:hclust 120 2.92e-34 2.15e-22 3
#> ATC:hclust 118 1.72e-25 1.72e-04 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 135 1.01e-70 2.97e-13 4
#> CV:skmeans 122 5.73e-60 9.21e-15 4
#> MAD:skmeans 133 4.55e-69 9.17e-11 4
#> ATC:skmeans 130 2.36e-61 6.16e-27 4
#> SD:mclust 126 5.92e-68 5.18e-28 4
#> CV:mclust 128 1.38e-60 4.03e-26 4
#> MAD:mclust 125 5.39e-62 7.30e-28 4
#> ATC:mclust 127 3.03e-58 1.21e-23 4
#> SD:kmeans 130 1.67e-70 2.88e-28 4
#> CV:kmeans 127 7.63e-67 1.74e-42 4
#> MAD:kmeans 94 9.21e-34 3.74e-21 4
#> ATC:kmeans 76 1.14e-17 2.77e-03 4
#> SD:pam 134 6.36e-68 1.40e-28 4
#> CV:pam 136 4.46e-74 3.02e-49 4
#> MAD:pam 131 4.17e-53 4.85e-20 4
#> ATC:pam 128 1.72e-32 5.91e-13 4
#> SD:hclust 133 2.92e-61 1.84e-26 4
#> CV:hclust 133 7.36e-53 2.98e-50 4
#> MAD:hclust 126 2.31e-36 1.92e-20 4
#> ATC:hclust 122 2.86e-24 4.21e-04 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 133 2.54e-93 4.38e-28 5
#> CV:skmeans 123 4.41e-81 2.79e-27 5
#> MAD:skmeans 133 1.37e-88 6.14e-24 5
#> ATC:skmeans 130 7.66e-64 1.36e-27 5
#> SD:mclust 118 4.64e-75 1.38e-24 5
#> CV:mclust 129 1.18e-73 3.98e-27 5
#> MAD:mclust 119 2.33e-68 9.34e-32 5
#> ATC:mclust 111 7.73e-60 2.81e-26 5
#> SD:kmeans 97 1.14e-51 9.90e-21 5
#> CV:kmeans 132 6.07e-91 9.04e-48 5
#> MAD:kmeans 127 3.23e-90 1.07e-27 5
#> ATC:kmeans 121 6.20e-41 4.10e-22 5
#> SD:pam 130 1.22e-64 2.70e-32 5
#> CV:pam 124 8.93e-86 2.57e-44 5
#> MAD:pam 132 1.67e-56 3.95e-27 5
#> ATC:pam 124 2.19e-33 1.91e-14 5
#> SD:hclust 132 1.72e-64 5.35e-26 5
#> CV:hclust 128 1.33e-50 6.51e-48 5
#> MAD:hclust 119 6.95e-47 1.74e-18 5
#> ATC:hclust 126 7.43e-21 3.10e-05 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 134 2.70e-98 2.09e-32 6
#> CV:skmeans 134 3.92e-96 6.41e-30 6
#> MAD:skmeans 129 4.32e-87 9.98e-27 6
#> ATC:skmeans 127 5.18e-60 2.62e-24 6
#> SD:mclust 123 4.65e-88 8.30e-34 6
#> CV:mclust 113 1.93e-60 4.16e-23 6
#> MAD:mclust 115 9.15e-67 1.07e-29 6
#> ATC:mclust 110 2.01e-64 3.72e-28 6
#> SD:kmeans 136 4.62e-102 1.64e-34 6
#> CV:kmeans 131 1.16e-112 6.83e-46 6
#> MAD:kmeans 127 8.99e-98 1.48e-35 6
#> ATC:kmeans 89 2.69e-30 3.65e-14 6
#> SD:pam 134 4.86e-80 2.34e-34 6
#> CV:pam 119 1.12e-79 6.57e-41 6
#> MAD:pam 131 5.97e-76 5.06e-34 6
#> ATC:pam 118 2.41e-30 7.96e-14 6
#> SD:hclust 116 1.16e-64 2.56e-37 6
#> CV:hclust 126 1.05e-45 3.71e-47 6
#> MAD:hclust 106 5.52e-55 9.74e-35 6
#> ATC:hclust 113 1.82e-23 5.88e-04 6
test_to_known_factors(res_list, k = 7)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 131 2.59e-93 3.77e-31 7
#> CV:skmeans 133 6.88e-92 2.07e-28 7
#> MAD:skmeans 123 1.40e-84 7.13e-27 7
#> ATC:skmeans 115 5.98e-66 4.37e-23 7
#> SD:mclust 126 3.15e-73 4.56e-38 7
#> CV:mclust 110 1.07e-59 5.02e-23 7
#> MAD:mclust 110 2.17e-60 4.39e-30 7
#> ATC:mclust 110 6.26e-61 5.84e-27 7
#> SD:kmeans 135 4.71e-101 3.41e-34 7
#> CV:kmeans 131 1.16e-112 6.83e-46 7
#> MAD:kmeans 122 5.90e-95 3.10e-34 7
#> ATC:kmeans 88 1.31e-43 4.54e-21 7
#> SD:pam 134 3.17e-76 9.02e-35 7
#> CV:pam 125 1.32e-77 1.89e-43 7
#> MAD:pam 130 4.19e-70 7.11e-31 7
#> ATC:pam 116 5.95e-31 7.48e-13 7
#> SD:hclust 103 9.83e-81 5.41e-32 7
#> CV:hclust 127 3.85e-46 1.47e-47 7
#> MAD:hclust 110 2.50e-71 6.41e-35 7
#> ATC:hclust 121 3.57e-27 1.86e-04 7
test_to_known_factors(res_list, k = 8)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 125 1.14e-89 9.58e-30 8
#> CV:skmeans 133 1.55e-92 8.86e-29 8
#> MAD:skmeans 122 2.17e-83 7.82e-27 8
#> ATC:skmeans 93 1.09e-34 1.20e-19 8
#> SD:mclust 108 3.35e-61 5.07e-32 8
#> CV:mclust 73 1.90e-39 1.88e-22 8
#> MAD:mclust 93 8.13e-54 4.61e-27 8
#> ATC:mclust 105 9.73e-55 8.22e-24 8
#> SD:kmeans 108 1.28e-90 1.60e-39 8
#> CV:kmeans 130 2.75e-108 7.22e-45 8
#> MAD:kmeans 111 1.38e-86 1.70e-30 8
#> ATC:kmeans 106 1.83e-35 1.04e-19 8
#> SD:pam 130 8.55e-74 2.61e-32 8
#> CV:pam 126 9.98e-80 7.68e-44 8
#> MAD:pam 131 8.10e-73 4.77e-30 8
#> ATC:pam 113 1.38e-34 9.87e-17 8
#> SD:hclust 88 2.18e-56 1.10e-27 8
#> CV:hclust 129 5.44e-65 7.14e-47 8
#> MAD:hclust 96 1.05e-57 6.29e-30 8
#> ATC:hclust 117 1.21e-40 1.02e-20 8
test_to_known_factors(res_list, k = 9)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 114 6.90e-78 1.74e-27 9
#> CV:skmeans 123 1.75e-99 1.29e-38 9
#> MAD:skmeans 109 1.08e-71 3.02e-25 9
#> ATC:skmeans 92 1.24e-35 2.66e-20 9
#> SD:mclust 122 2.20e-81 2.39e-35 9
#> CV:mclust 116 1.49e-79 1.07e-36 9
#> MAD:mclust 102 5.07e-57 4.83e-28 9
#> ATC:mclust 100 8.08e-50 1.09e-23 9
#> SD:kmeans 110 1.25e-87 1.00e-37 9
#> CV:kmeans 112 2.08e-74 8.61e-38 9
#> MAD:kmeans 88 1.66e-75 1.58e-32 9
#> ATC:kmeans 103 8.13e-37 5.33e-18 9
#> SD:pam 132 6.15e-76 5.46e-31 9
#> CV:pam 122 1.79e-76 1.01e-43 9
#> MAD:pam 123 2.32e-71 5.20e-30 9
#> ATC:pam 119 1.70e-35 2.36e-16 9
#> SD:hclust 87 1.42e-55 2.53e-27 9
#> CV:hclust 125 1.85e-62 5.43e-48 9
#> MAD:hclust 98 2.26e-69 3.09e-28 9
#> ATC:hclust 109 1.64e-38 8.63e-20 9
test_to_known_factors(res_list, k = 10)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 116 1.83e-78 6.31e-27 10
#> CV:skmeans 108 4.51e-82 5.78e-33 10
#> MAD:skmeans 99 6.72e-72 2.58e-25 10
#> ATC:skmeans 102 1.47e-54 2.95e-20 10
#> SD:mclust 116 2.71e-77 7.95e-32 10
#> CV:mclust 122 1.75e-76 1.28e-37 10
#> MAD:mclust 123 1.55e-62 2.00e-31 10
#> ATC:mclust 107 4.56e-48 3.08e-23 10
#> SD:kmeans 102 1.99e-62 1.75e-31 10
#> CV:kmeans 109 1.52e-85 8.56e-38 10
#> MAD:kmeans 82 2.81e-53 1.17e-27 10
#> ATC:kmeans 81 3.21e-36 2.02e-19 10
#> SD:pam 131 1.94e-77 1.28e-29 10
#> CV:pam 121 1.01e-75 2.55e-43 10
#> MAD:pam 130 1.98e-75 1.70e-29 10
#> ATC:pam 111 2.99e-40 2.97e-21 10
#> SD:hclust 94 2.45e-68 1.34e-27 10
#> CV:hclust 127 3.57e-63 2.00e-47 10
#> MAD:hclust 96 3.90e-60 1.18e-26 10
#> ATC:hclust 109 7.65e-42 1.84e-21 10
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.739 0.893 0.932 0.3003 0.758 0.758
#> 3 3 0.558 0.781 0.892 0.6921 0.806 0.744
#> 4 4 0.604 0.800 0.840 0.1921 0.863 0.757
#> 5 5 0.645 0.764 0.838 0.1069 1.000 1.000
#> 6 6 0.651 0.711 0.811 0.0927 0.886 0.733
#> 7 7 0.710 0.678 0.851 0.0713 0.902 0.693
#> 8 8 0.759 0.592 0.830 0.0290 0.994 0.973
#> 9 9 0.793 0.597 0.815 0.0174 0.979 0.909
#> 10 10 0.804 0.598 0.816 0.0113 0.926 0.682
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.2948 0.913 0.948 0.052
#> dkfz_11-002 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-003 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-004 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-005 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-006 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-007 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-008 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-009 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-010 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-016 1 0.1843 0.921 0.972 0.028
#> dkfz_11-017 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-018 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-019 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-020 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-021 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-022 1 0.6712 0.784 0.824 0.176
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-027 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-028 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-029 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-030 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-031 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-032 1 0.3274 0.913 0.940 0.060
#> dkfz_11-033 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-034 1 0.7376 0.755 0.792 0.208
#> dkfz_11-035 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-036 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-037 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-038 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-039 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-040 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-041 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> dkfz_11-042 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-043 1 0.0376 0.927 0.996 0.004
#> dkfz_11-044 1 0.1414 0.923 0.980 0.020
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-047 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-048 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-049 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-050 1 0.1633 0.922 0.976 0.024
#> dkfz_11-051 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-052 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-053 1 0.3431 0.912 0.936 0.064
#> dkfz_11-054 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-055 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-056 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-057 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-058 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-059 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-060 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-063 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-064 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-065 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-066 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-067 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-068 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-069 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-070 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-071 1 0.0376 0.927 0.996 0.004
#> dkfz_11-072 1 0.2043 0.920 0.968 0.032
#> dkfz_11-073 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-074 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-075 1 0.1633 0.922 0.976 0.024
#> dkfz_11-091 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-092 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-093 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-096 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-097 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-098 1 0.2778 0.908 0.952 0.048
#> dkfz_11-099 1 0.1414 0.923 0.980 0.020
#> dkfz_11-100 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-101 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-102 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-103 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-104 1 0.1414 0.924 0.980 0.020
#> dkfz_11-105 1 0.1414 0.924 0.980 0.020
#> dkfz_11-106 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-107 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> dkfz_11-108 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> dkfz_11-109 1 0.6623 0.792 0.828 0.172
#> dkfz_11-110 1 0.3879 0.887 0.924 0.076
#> dkfz_11-111 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-112 1 0.1414 0.924 0.980 0.020
#> dkfz_11-113 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-114 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-115 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-116 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-117 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-118 1 0.1414 0.924 0.980 0.020
#> dkfz_11-119 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
#> dkfz_11-120 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-121 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-122 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> dkfz_11-123 1 0.5178 0.851 0.884 0.116
#> dkfz_11-124 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-125 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> dkfz_11-126 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-127 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-128 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-129 1 0.5737 0.831 0.864 0.136
#> dkfz_11-130 1 0.1414 0.924 0.980 0.020
#> dkfz_11-131 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-132 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-133 1 0.4939 0.858 0.892 0.108
#> dkfz_11-134 1 0.8327 0.666 0.736 0.264
#> dkfz_11-135 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-136 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-137 2 0.3274 1.000 0.060 0.940
#> dkfz_11-138 1 0.9170 0.550 0.668 0.332
#> dkfz_11-139 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-140 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> dkfz_11-141 1 0.8443 0.654 0.728 0.272
#> dkfz_11-142 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> dkfz_11-143 1 0.3733 0.903 0.928 0.072
#> dkfz_11-144 1 0.1633 0.923 0.976 0.024
#> dkfz_11-145 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-146 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-147 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-148 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-149 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-150 1 0.3274 0.910 0.940 0.060
#> dkfz_11-151 1 0.0672 0.927 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.3116 0.821 0.000 0.108 0.892
#> dkfz_11-002 2 0.5835 0.507 0.000 0.660 0.340
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-006 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0424 0.850 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-012 2 0.0424 0.850 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-013 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-014 2 0.0747 0.848 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-015 2 0.4121 0.740 0.000 0.832 0.168
#> dkfz_11-016 2 0.1643 0.834 0.000 0.956 0.044
#> dkfz_11-017 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-018 3 0.1643 0.851 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-019 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-020 3 0.1643 0.851 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.4897 0.724 0.172 0.812 0.016
#> dkfz_11-023 2 0.0424 0.850 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.6045 0.454 0.000 0.620 0.380
#> dkfz_11-025 2 0.0747 0.848 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-026 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0424 0.818 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-029 3 0.0424 0.818 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.1643 0.851 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.6632 0.674 0.036 0.272 0.692
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.8379 0.571 0.208 0.168 0.624
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-037 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0424 0.851 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-043 2 0.0592 0.849 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-044 2 0.2165 0.824 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-045 2 0.0747 0.848 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.1860 0.830 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.6211 0.718 0.036 0.228 0.736
#> dkfz_11-054 2 0.6126 0.416 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-055 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0747 0.850 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-062 2 0.2878 0.804 0.000 0.904 0.096
#> dkfz_11-063 2 0.2959 0.798 0.000 0.900 0.100
#> dkfz_11-064 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-065 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.1643 0.851 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-067 3 0.1643 0.851 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-068 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4002 0.746 0.000 0.840 0.160
#> dkfz_11-071 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.5058 0.728 0.000 0.244 0.756
#> dkfz_11-073 2 0.0237 0.851 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.1860 0.830 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-091 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0747 0.848 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-095 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-096 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-097 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-098 2 0.1765 0.835 0.040 0.956 0.004
#> dkfz_11-099 2 0.2165 0.824 0.000 0.936 0.064
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-103 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-104 2 0.1015 0.847 0.012 0.980 0.008
#> dkfz_11-105 2 0.0592 0.850 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0848 0.849 0.008 0.984 0.008
#> dkfz_11-108 2 0.0424 0.851 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.4473 0.737 0.164 0.828 0.008
#> dkfz_11-110 2 0.2496 0.817 0.068 0.928 0.004
#> dkfz_11-111 2 0.0237 0.851 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0592 0.850 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-114 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-118 2 0.0592 0.850 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0848 0.849 0.008 0.984 0.008
#> dkfz_11-123 2 0.3349 0.788 0.108 0.888 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0424 0.851 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-127 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-128 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-129 2 0.3896 0.772 0.128 0.864 0.008
#> dkfz_11-130 2 0.0592 0.850 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-132 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-133 2 0.3618 0.792 0.104 0.884 0.012
#> dkfz_11-134 2 0.5737 0.644 0.256 0.732 0.012
#> dkfz_11-135 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.6282 0.560 0.324 0.664 0.012
#> dkfz_11-139 2 0.6126 0.416 0.000 0.600 0.400
#> dkfz_11-140 2 0.1015 0.849 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-141 2 0.5812 0.635 0.264 0.724 0.012
#> dkfz_11-142 2 0.0424 0.851 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.7065 0.657 0.052 0.276 0.672
#> dkfz_11-144 3 0.5588 0.685 0.004 0.276 0.720
#> dkfz_11-145 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-146 3 0.0424 0.818 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-147 3 0.1643 0.851 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-148 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-149 3 0.1643 0.851 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-150 2 0.6154 0.401 0.000 0.592 0.408
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.3311 0.8663 0.172 0.000 0.828 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.4800 0.8651 0.656 0.340 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.0188 0.8166 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.2281 0.7696 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2281 0.7696 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.2401 0.7706 0.092 0.904 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2401 0.7706 0.092 0.904 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3710 0.6536 0.192 0.804 0.004 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.5004 0.0498 0.392 0.604 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.3982 0.6050 0.220 0.776 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.4072 0.8758 0.252 0.000 0.748 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3942 0.8832 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3942 0.8832 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.3975 0.6937 0.240 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2401 0.7706 0.092 0.904 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4356 0.9445 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3710 0.6536 0.192 0.804 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.4222 0.8639 0.272 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.4222 0.8639 0.272 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3942 0.8832 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1118 0.7872 0.036 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4452 0.6620 0.048 0.000 0.796 0.156
#> dkfz_11-035 2 0.0188 0.8166 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2281 0.7696 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.0336 0.8181 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.2081 0.7793 0.084 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.3668 0.6598 0.188 0.808 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.4122 0.5814 0.236 0.760 0.004 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.3710 0.6536 0.192 0.804 0.004 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2281 0.7696 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.4088 0.5829 0.232 0.764 0.004 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.2011 0.8098 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.4372 0.9773 0.728 0.268 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.3626 0.6712 0.184 0.812 0.004 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.4401 0.5048 0.272 0.724 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4584 0.4138 0.300 0.696 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2081 0.7793 0.084 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3942 0.8832 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3942 0.8832 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.4401 0.4523 0.272 0.724 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.1661 0.7992 0.052 0.944 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.6198 0.5195 0.116 0.224 0.660 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2281 0.7696 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.4088 0.5829 0.232 0.764 0.004 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.3710 0.6536 0.192 0.804 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.1118 0.8162 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-097 2 0.1118 0.8162 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.1389 0.8095 0.048 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.4122 0.5814 0.236 0.760 0.004 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-103 2 0.1211 0.8149 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1118 0.8148 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0592 0.8183 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0188 0.8166 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1118 0.8140 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0336 0.8181 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3852 0.7071 0.180 0.808 0.000 0.012
#> dkfz_11-110 2 0.1940 0.7940 0.076 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0188 0.8175 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0592 0.8183 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-114 2 0.1211 0.8149 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0707 0.8152 0.020 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.1211 0.8149 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0592 0.8183 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0817 0.8149 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.1211 0.8149 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.1118 0.8140 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2714 0.7667 0.112 0.884 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.0921 0.8165 0.028 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-127 2 0.1118 0.8162 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-129 2 0.3653 0.7397 0.128 0.844 0.000 0.028
#> dkfz_11-130 2 0.0592 0.8183 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1118 0.8162 0.036 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-133 2 0.3224 0.7596 0.120 0.864 0.000 0.016
#> dkfz_11-134 2 0.5632 0.6162 0.196 0.712 0.000 0.092
#> dkfz_11-135 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.6164 0.5496 0.264 0.644 0.000 0.092
#> dkfz_11-139 1 0.4372 0.9773 0.728 0.268 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.1211 0.8149 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.5705 0.6088 0.204 0.704 0.000 0.092
#> dkfz_11-142 2 0.0469 0.8181 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1389 0.7766 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.7947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.4222 0.8639 0.272 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3942 0.8832 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3942 0.8832 0.236 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.4164 0.9839 0.736 0.264 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0188 0.8166 0.004 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.2629 0.818 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 1 0.6626 0.355 0.488 0.276 0.004 0.000 0.232
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.4067 0.598 0.300 0.692 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 2 0.4067 0.598 0.300 0.692 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 2 0.2179 0.775 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-012 2 0.2230 0.773 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.3366 0.702 0.004 0.784 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-015 2 0.6192 0.413 0.188 0.572 0.004 0.000 0.236
#> dkfz_11-016 2 0.3974 0.676 0.016 0.752 0.004 0.000 0.228
#> dkfz_11-017 3 0.3242 0.832 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3109 0.840 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3109 0.840 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.3816 0.720 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-023 2 0.2179 0.775 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-024 1 0.0963 0.798 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3366 0.702 0.004 0.784 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.3395 0.818 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.3395 0.818 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3109 0.840 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.2280 0.709 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> dkfz_11-033 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.5213 0.533 0.000 0.000 0.556 0.048 0.396
#> dkfz_11-035 2 0.0162 0.809 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4067 0.598 0.300 0.692 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-038 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0703 0.810 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-042 2 0.3534 0.651 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.3231 0.716 0.004 0.800 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-044 2 0.4240 0.667 0.036 0.736 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-045 2 0.3366 0.702 0.004 0.784 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-046 4 0.2127 0.903 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-047 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 2 0.4067 0.598 0.300 0.692 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4212 0.663 0.024 0.736 0.004 0.000 0.236
#> dkfz_11-051 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3365 0.733 0.044 0.000 0.836 0.000 0.120
#> dkfz_11-054 1 0.6209 0.430 0.572 0.212 0.004 0.000 0.212
#> dkfz_11-055 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3210 0.713 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-062 2 0.5004 0.624 0.076 0.696 0.004 0.000 0.224
#> dkfz_11-063 2 0.5466 0.575 0.136 0.668 0.004 0.000 0.192
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3534 0.651 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3109 0.840 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3109 0.840 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.5262 0.592 0.172 0.692 0.004 0.000 0.132
#> dkfz_11-071 2 0.1270 0.797 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-072 3 0.4879 0.519 0.076 0.228 0.696 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4067 0.598 0.300 0.692 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4212 0.663 0.024 0.736 0.004 0.000 0.236
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3366 0.702 0.004 0.784 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-095 2 0.2020 0.803 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-096 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-097 2 0.2020 0.803 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-098 2 0.1478 0.810 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-099 2 0.4240 0.667 0.036 0.736 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-100 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-103 2 0.2074 0.802 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-104 2 0.1851 0.806 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-105 2 0.0880 0.811 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-106 2 0.0162 0.809 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.1851 0.805 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-108 2 0.0963 0.811 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-109 2 0.3661 0.710 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-110 2 0.1908 0.804 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-111 2 0.0609 0.810 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-112 2 0.0880 0.811 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-113 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-114 2 0.2074 0.802 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-115 2 0.0510 0.808 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2074 0.802 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-118 2 0.0880 0.811 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-119 2 0.0771 0.807 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.1965 0.804 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1851 0.805 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-123 2 0.2605 0.785 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.1341 0.810 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-126 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-127 2 0.2020 0.803 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-128 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-129 2 0.3177 0.753 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-130 2 0.0880 0.811 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-131 2 0.2020 0.803 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-132 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-133 2 0.3109 0.764 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-134 2 0.4201 0.593 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-135 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-136 4 0.2127 0.903 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.4302 0.523 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-139 1 0.6209 0.430 0.572 0.212 0.004 0.000 0.212
#> dkfz_11-140 2 0.2074 0.802 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> dkfz_11-141 2 0.4219 0.586 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-142 2 0.0794 0.811 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-143 3 0.3752 0.604 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> dkfz_11-144 3 0.2966 0.673 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3395 0.818 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3109 0.840 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3109 0.840 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0162 0.809 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.4735 0.7377 0.076 0.000 0.628 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.6954 0.3523 0.468 0.168 0.280 0.000 0.008 0.076
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.7226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 6 0.4053 0.5209 0.300 0.020 0.004 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-008 6 0.4053 0.5209 0.300 0.020 0.004 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-011 6 0.3405 0.6724 0.000 0.112 0.076 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-012 6 0.3501 0.6706 0.000 0.116 0.080 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.4496 0.6022 0.000 0.156 0.136 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-015 6 0.7723 0.1253 0.168 0.200 0.280 0.000 0.008 0.344
#> dkfz_11-016 6 0.5828 0.4454 0.000 0.208 0.272 0.000 0.004 0.516
#> dkfz_11-017 3 0.4860 0.8740 0.128 0.000 0.656 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.4732 0.8860 0.112 0.000 0.668 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.4732 0.8860 0.112 0.000 0.668 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 6 0.4181 0.0603 0.000 0.476 0.012 0.000 0.000 0.512
#> dkfz_11-023 6 0.3405 0.6724 0.000 0.112 0.076 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-024 1 0.0865 0.8158 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-025 6 0.4496 0.6022 0.000 0.156 0.136 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-028 3 0.5032 0.8507 0.148 0.000 0.636 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.5032 0.8507 0.148 0.000 0.636 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.4732 0.8860 0.112 0.000 0.668 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-032 5 0.3852 0.3997 0.000 0.004 0.384 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-034 5 0.2532 0.5747 0.000 0.060 0.052 0.004 0.884 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0363 0.7218 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.4130 0.5188 0.300 0.024 0.004 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-038 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-039 4 0.0146 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0865 0.7168 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-042 6 0.3518 0.5752 0.256 0.012 0.000 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-043 6 0.5330 0.5140 0.000 0.176 0.232 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-044 6 0.6250 0.4420 0.020 0.216 0.248 0.000 0.004 0.512
#> dkfz_11-045 6 0.4496 0.6022 0.000 0.156 0.136 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-046 4 0.3308 0.8552 0.000 0.056 0.048 0.848 0.048 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-048 6 0.4053 0.5209 0.300 0.020 0.004 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.6177 0.4255 0.008 0.212 0.272 0.000 0.008 0.500
#> dkfz_11-051 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.4633 0.2607 0.036 0.004 0.392 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.6227 0.4364 0.552 0.160 0.248 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-055 2 0.2793 0.9366 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-056 4 0.0146 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-060 4 0.0146 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.5614 0.4904 0.000 0.200 0.232 0.000 0.004 0.564
#> dkfz_11-062 6 0.6973 0.3705 0.064 0.212 0.256 0.000 0.008 0.460
#> dkfz_11-063 6 0.6963 0.4003 0.120 0.140 0.248 0.000 0.004 0.488
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3314 0.5784 0.256 0.004 0.000 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-066 3 0.4732 0.8860 0.112 0.000 0.668 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.4732 0.8860 0.112 0.000 0.668 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-070 6 0.6064 0.4934 0.152 0.096 0.124 0.000 0.004 0.624
#> dkfz_11-071 6 0.1908 0.7155 0.000 0.056 0.028 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-072 3 0.6353 0.2036 0.040 0.000 0.516 0.000 0.216 0.228
#> dkfz_11-073 6 0.4053 0.5209 0.300 0.020 0.004 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.6177 0.4255 0.008 0.212 0.272 0.000 0.008 0.500
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4496 0.6022 0.000 0.156 0.136 0.000 0.000 0.708
#> dkfz_11-095 6 0.2969 0.5503 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-096 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-097 6 0.3023 0.5414 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-098 6 0.1610 0.7036 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-099 6 0.6250 0.4420 0.020 0.216 0.248 0.000 0.004 0.512
#> dkfz_11-100 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-101 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-102 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-103 6 0.3050 0.5385 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-104 6 0.2793 0.5915 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-105 6 0.1007 0.7155 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-106 6 0.0363 0.7218 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-107 6 0.2793 0.5906 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-108 6 0.1444 0.7023 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-109 2 0.3864 0.3642 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-110 6 0.1957 0.6888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-111 6 0.0790 0.7172 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-112 6 0.1007 0.7155 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-113 2 0.2854 0.9400 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-114 6 0.3050 0.5385 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-115 6 0.0820 0.7255 0.016 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.3050 0.5385 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-118 6 0.1007 0.7155 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-119 6 0.0837 0.7254 0.020 0.004 0.004 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-120 6 0.2941 0.5653 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.2793 0.5906 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-123 6 0.2793 0.6086 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.1910 0.6806 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-126 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-127 6 0.3023 0.5414 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> dkfz_11-128 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-129 6 0.3647 0.2345 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> dkfz_11-130 6 0.1007 0.7155 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-131 6 0.2969 0.5503 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-132 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-133 6 0.3684 0.2305 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-134 2 0.3390 0.8428 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-135 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-136 4 0.3308 0.8552 0.000 0.056 0.048 0.848 0.048 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2823 0.9432 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-139 1 0.6227 0.4364 0.552 0.160 0.248 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-140 6 0.3050 0.5385 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-141 2 0.3351 0.8540 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-142 6 0.0937 0.7160 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-143 5 0.1285 0.6119 0.000 0.004 0.052 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-144 5 0.3371 0.5053 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.5032 0.8507 0.148 0.000 0.636 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.4732 0.8860 0.112 0.000 0.668 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4732 0.8860 0.112 0.000 0.668 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0363 0.7218 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.2337 0.7191 0.016 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-002 5 0.3872 0.0334 0.420 0.000 0.000 0.000 0.564 0.016 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.3868 0.4209 0.300 0.000 0.000 0.000 0.036 0.664 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.3868 0.4209 0.300 0.000 0.000 0.000 0.036 0.664 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.3503 0.3271 0.000 0.008 0.000 0.000 0.336 0.656 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.3589 0.3232 0.000 0.012 0.000 0.000 0.336 0.652 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.3482 0.1681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2882 0.6075 0.124 0.000 0.000 0.000 0.828 0.048 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2422 0.7787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1035 0.8715 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0656 0.8770 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0656 0.8770 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5046 0.3022 0.000 0.564 0.000 0.000 0.252 0.184 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3503 0.3271 0.000 0.008 0.000 0.000 0.336 0.656 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0861 0.8457 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3482 0.1681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1381 0.8589 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1381 0.8589 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0656 0.8770 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-032 7 0.3562 0.1491 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> dkfz_11-033 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.2028 0.6404 0.000 0.004 0.016 0.000 0.084 0.000 0.896
#> dkfz_11-035 6 0.0334 0.7331 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3994 0.4222 0.300 0.004 0.000 0.000 0.036 0.660 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0134 0.9808 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0797 0.7345 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3278 0.5188 0.256 0.008 0.000 0.000 0.004 0.732 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3047 0.7230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.2959 0.7727 0.004 0.008 0.000 0.000 0.784 0.204 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.3482 0.1681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3048 0.8437 0.000 0.004 0.016 0.844 0.084 0.000 0.052
#> dkfz_11-047 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3868 0.4209 0.300 0.000 0.000 0.000 0.036 0.664 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2225 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3884 -0.1625 0.016 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-054 1 0.3562 0.0947 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0134 0.8043 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0134 0.9808 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0134 0.9808 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 5 0.3564 0.6501 0.000 0.016 0.000 0.000 0.676 0.308 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.2960 0.7298 0.032 0.016 0.000 0.000 0.836 0.116 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.3694 0.7084 0.084 0.000 0.000 0.000 0.752 0.164 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3150 0.5175 0.256 0.000 0.000 0.000 0.008 0.736 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0895 0.8735 0.028 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0895 0.8735 0.028 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4920 0.3954 0.108 0.000 0.000 0.000 0.484 0.408 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.2321 0.6296 0.000 0.004 0.000 0.000 0.152 0.844 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3077 0.3823 0.012 0.000 0.760 0.000 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3868 0.4209 0.300 0.000 0.000 0.000 0.036 0.664 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2225 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3482 0.1681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.4127 0.4105 0.000 0.360 0.000 0.000 0.040 0.600 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.4147 0.3956 0.000 0.368 0.000 0.000 0.040 0.592 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.1482 0.7223 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.2959 0.7727 0.004 0.008 0.000 0.000 0.784 0.204 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0842 0.7326 0.016 0.000 0.000 0.000 0.016 0.968 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4157 0.3919 0.000 0.372 0.000 0.000 0.040 0.588 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3693 0.5297 0.000 0.304 0.000 0.000 0.024 0.672 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.0927 0.7342 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0334 0.7331 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3693 0.5287 0.000 0.304 0.000 0.000 0.024 0.672 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.1761 0.7201 0.000 0.080 0.000 0.000 0.012 0.908 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3300 0.4655 0.000 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.1926 0.7053 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0728 0.7346 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-112 6 0.0927 0.7342 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0334 0.8091 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4157 0.3919 0.000 0.372 0.000 0.000 0.040 0.588 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0794 0.7344 0.016 0.008 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4157 0.3919 0.000 0.372 0.000 0.000 0.040 0.588 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.0927 0.7342 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0755 0.7328 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3973 0.4775 0.000 0.328 0.000 0.000 0.036 0.636 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.3693 0.5287 0.000 0.304 0.000 0.000 0.024 0.672 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.2759 0.6370 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2713 0.6726 0.000 0.176 0.000 0.000 0.012 0.812 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.4147 0.3956 0.000 0.368 0.000 0.000 0.040 0.592 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3561 -0.0844 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.0927 0.7342 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.4127 0.4105 0.000 0.360 0.000 0.000 0.040 0.600 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3848 -0.0725 0.000 0.516 0.000 0.000 0.012 0.472 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1671 0.7517 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3048 0.8437 0.000 0.004 0.016 0.844 0.084 0.000 0.052
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9829 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0239 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3562 0.0947 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.4157 0.3919 0.000 0.372 0.000 0.000 0.040 0.588 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1578 0.7583 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.0863 0.7344 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.1050 0.6629 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-144 7 0.3381 0.4711 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1381 0.8589 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0656 0.8770 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0656 0.8770 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0334 0.7331 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.1947 0.7203 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-002 5 0.4149 0.2494 0.384 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.7063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.5102 0.1811 0.288 0.000 0.000 0.000 0.020 0.536 0.156 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.5102 0.1811 0.288 0.000 0.000 0.000 0.020 0.536 0.156 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5245 -0.0653 0.000 0.008 0.000 0.000 0.248 0.476 0.268 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.5318 -0.0724 0.000 0.012 0.000 0.000 0.244 0.472 0.272 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.5048 0.0910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.476 0.224 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.1680 0.2299 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3528 0.1023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.064 0.208 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0438 0.8776 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5326 0.2603 0.000 0.568 0.000 0.000 0.136 0.064 0.232 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.5245 -0.0653 0.000 0.008 0.000 0.000 0.248 0.476 0.268 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0892 0.9418 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.5048 0.0910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.476 0.224 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0837 0.8675 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0837 0.8675 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.3329 0.1499 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-033 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.1803 0.5605 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-035 6 0.0313 0.7080 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.5191 0.1915 0.288 0.004 0.000 0.000 0.020 0.536 0.152 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0125 0.9779 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0745 0.7093 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.4057 0.4461 0.244 0.008 0.000 0.000 0.016 0.688 0.044 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4593 -0.1240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.152 0.268 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.4258 -0.7051 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.064 0.444 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.5048 0.0910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.476 0.224 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2733 0.8122 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.148 0.036
#> dkfz_11-047 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.5102 0.1811 0.288 0.000 0.000 0.000 0.020 0.536 0.156 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2104 0.0612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.048 0.068 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3303 -0.1652 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-054 5 0.4225 0.1445 0.468 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0125 0.9779 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0125 0.9779 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.4689 0.0000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.388 0.096 0.508 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.3810 -0.2879 0.000 0.008 0.000 0.000 0.636 0.028 0.328 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.4408 0.1886 0.036 0.000 0.000 0.000 0.676 0.084 0.204 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.4020 0.4330 0.244 0.000 0.000 0.000 0.020 0.684 0.052 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0224 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0224 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.5466 -0.0936 0.072 0.000 0.000 0.000 0.472 0.360 0.096 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.3531 0.5430 0.000 0.004 0.000 0.000 0.128 0.760 0.108 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.2860 0.4186 0.000 0.000 0.772 0.000 0.016 0.212 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.5102 0.1811 0.288 0.000 0.000 0.000 0.020 0.536 0.156 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2104 0.0612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.048 0.068 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.5048 0.0910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.476 0.224 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.4154 0.3658 0.000 0.364 0.000 0.000 0.012 0.584 0.040 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.4171 0.3506 0.000 0.372 0.000 0.000 0.012 0.576 0.040 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.1387 0.6976 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.4258 -0.7051 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.064 0.444 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0768 0.7081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4278 0.3402 0.000 0.376 0.000 0.000 0.012 0.564 0.048 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3588 0.4890 0.000 0.308 0.000 0.000 0.004 0.664 0.024 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.0868 0.7091 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0706 0.7046 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3588 0.4881 0.000 0.308 0.000 0.000 0.004 0.664 0.024 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.1772 0.6952 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004 0.904 0.012 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3148 0.4655 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.300 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.1803 0.6813 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0681 0.7094 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 6 0.0868 0.7091 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0224 0.8205 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4278 0.3402 0.000 0.376 0.000 0.000 0.012 0.564 0.048 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.1295 0.6998 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016 0.944 0.032 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4278 0.3402 0.000 0.376 0.000 0.000 0.012 0.564 0.048 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.0868 0.7091 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0669 0.7083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3961 0.4354 0.000 0.332 0.000 0.000 0.012 0.624 0.032 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.3588 0.4881 0.000 0.308 0.000 0.000 0.004 0.664 0.024 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.2582 0.6111 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2617 0.6430 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.808 0.016 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.4171 0.3506 0.000 0.372 0.000 0.000 0.012 0.576 0.040 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3333 -0.0766 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.0868 0.7091 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.4154 0.3658 0.000 0.364 0.000 0.000 0.012 0.584 0.040 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3777 -0.0472 0.000 0.520 0.000 0.000 0.004 0.460 0.016 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1521 0.7549 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2733 0.8122 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.148 0.036
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0125 0.8224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.4225 0.1445 0.468 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.4278 0.3402 0.000 0.376 0.000 0.000 0.012 0.564 0.048 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1433 0.7625 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.0808 0.7093 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0745 0.6067 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-144 8 0.3119 0.4722 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0837 0.8675 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0313 0.7080 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.2166 0.7274 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.008 0.120 NA
#> dkfz_11-002 5 0.5331 0.3708 0.312 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.6735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-005 6 0.5661 -0.1447 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.140 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-008 6 0.5422 -0.1373 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.140 0.000 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-011 7 0.4850 0.4233 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160 0.392 0.440 0.000 NA
#> dkfz_11-012 7 0.4908 0.4221 0.000 0.008 0.000 0.000 0.156 0.388 0.444 0.000 NA
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 6 0.5585 -0.0919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.432 0.332 0.000 NA
#> dkfz_11-015 5 0.1818 0.4460 0.064 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-016 5 0.3315 0.3729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.220 0.000 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0373 0.8803 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 2 0.4293 0.3383 0.000 0.568 0.000 0.000 0.080 0.000 0.340 0.000 NA
#> dkfz_11-023 7 0.4850 0.4233 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160 0.392 0.440 0.000 NA
#> dkfz_11-024 1 0.0845 0.9404 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 6 0.5585 -0.0919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.432 0.332 0.000 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0706 0.8704 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0706 0.8704 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-032 8 0.3151 0.1366 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-034 8 0.2034 0.5304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.864 NA
#> dkfz_11-035 6 0.0296 0.6756 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 6 0.5505 -0.1297 0.068 0.004 0.000 0.000 0.000 0.408 0.136 0.000 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0212 0.9554 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.0706 0.6775 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-042 6 0.4326 0.3124 0.064 0.008 0.000 0.000 0.000 0.640 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.4823 0.1740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.096 0.320 0.000 NA
#> dkfz_11-044 7 0.3304 0.0385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.628 0.000 NA
#> dkfz_11-045 6 0.5585 -0.0919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.432 0.332 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.3835 0.5578 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.016 0.036 NA
#> dkfz_11-047 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-048 6 0.5422 -0.1373 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.140 0.000 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.2118 0.3766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.3126 -0.1540 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 NA
#> dkfz_11-054 5 0.5416 0.2254 0.396 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0212 0.9554 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0212 0.9554 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 7 0.3053 0.0849 0.000 0.004 0.000 0.000 0.264 0.004 0.720 0.000 NA
#> dkfz_11-062 5 0.3651 0.1493 0.000 0.004 0.000 0.000 0.588 0.000 0.380 0.000 NA
#> dkfz_11-063 5 0.4501 0.3689 0.020 0.000 0.000 0.000 0.692 0.060 0.144 0.000 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 6 0.4273 0.2955 0.064 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0212 0.8816 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0212 0.8816 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-070 5 0.5559 -0.2304 0.056 0.000 0.000 0.000 0.448 0.356 0.120 0.000 NA
#> dkfz_11-071 6 0.3495 0.4124 0.000 0.004 0.000 0.000 0.108 0.740 0.148 0.000 NA
#> dkfz_11-072 3 0.2752 0.4352 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.208 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-073 6 0.5422 -0.1373 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.140 0.000 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.2118 0.3766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 6 0.5585 -0.0919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.432 0.332 0.000 NA
#> dkfz_11-095 6 0.4164 0.3518 0.000 0.364 0.000 0.000 0.016 0.576 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 6 0.4180 0.3366 0.000 0.372 0.000 0.000 0.016 0.568 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-098 6 0.1313 0.6640 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-099 7 0.3304 0.0385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.628 0.000 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.0776 0.6757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 6 0.4288 0.3256 0.000 0.376 0.000 0.000 0.016 0.556 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-104 6 0.3466 0.4848 0.000 0.308 0.000 0.000 0.008 0.664 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-105 6 0.0821 0.6775 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.0741 0.6685 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-107 6 0.3466 0.4839 0.000 0.308 0.000 0.000 0.008 0.664 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-108 6 0.1712 0.6617 0.000 0.080 0.000 0.000 0.008 0.904 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-109 2 0.3004 0.4575 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.300 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-110 6 0.1706 0.6459 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-111 6 0.0645 0.6776 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-112 6 0.0821 0.6775 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.0212 0.8237 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 6 0.4288 0.3256 0.000 0.376 0.000 0.000 0.016 0.556 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-115 6 0.1661 0.6440 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.916 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 6 0.4288 0.3256 0.000 0.376 0.000 0.000 0.016 0.556 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-118 6 0.0821 0.6775 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0658 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-120 6 0.3838 0.4300 0.000 0.332 0.000 0.000 0.016 0.624 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 6 0.3466 0.4839 0.000 0.308 0.000 0.000 0.008 0.664 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-123 6 0.2443 0.5767 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.2552 0.6159 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.808 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 6 0.4180 0.3366 0.000 0.372 0.000 0.000 0.016 0.568 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 2 0.3154 -0.0764 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 6 0.0821 0.6775 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131 6 0.4164 0.3518 0.000 0.364 0.000 0.000 0.016 0.576 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-132 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 2 0.3759 -0.0277 0.000 0.520 0.000 0.000 0.004 0.452 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-134 2 0.1439 0.7621 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 4 0.3835 0.5578 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.016 0.036 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9596 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0119 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 5 0.5416 0.2254 0.396 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-140 6 0.4288 0.3256 0.000 0.376 0.000 0.000 0.016 0.556 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-141 2 0.1356 0.7690 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 6 0.0764 0.6777 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 8 0.1210 0.5842 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.008 0.944 NA
#> dkfz_11-144 8 0.3420 0.4621 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.008 0.628 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0706 0.8704 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0296 0.6756 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.2457 0.6928 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.012 0.136 0.004 0.016
#> dkfz_11-002 10 0.6387 0.0143 0.204 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.264 0.000 0.032 0.296
#> dkfz_11-003 4 0.0113 0.9400 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.6231 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 9 0.3634 0.9108 0.064 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284 0.000 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-008 9 0.2699 0.9729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284 0.000 0.000 0.712 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0113 0.9400 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-011 6 0.6221 -0.4583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.348 0.184 0.000 0.048 0.112
#> dkfz_11-012 6 0.6298 -0.4615 0.000 0.004 0.000 0.000 0.312 0.344 0.184 0.000 0.048 0.108
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.4228 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.360 0.548 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-015 10 0.4463 -0.0159 0.036 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.072 0.000 0.004 0.548
#> dkfz_11-016 10 0.3107 0.1568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.024 0.000 0.004 0.700
#> dkfz_11-017 3 0.0426 0.8763 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.3420 0.3129 0.000 0.568 0.000 0.000 0.408 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-023 6 0.6221 -0.4583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.348 0.184 0.000 0.048 0.112
#> dkfz_11-024 1 0.0820 0.8434 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-025 7 0.4228 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.360 0.548 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-028 3 0.0784 0.8645 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0784 0.8645 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-032 8 0.3739 0.1419 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.020 0.488 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-034 8 0.2547 0.4920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.824 0.024 0.016
#> dkfz_11-035 6 0.0282 0.6265 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 9 0.2822 0.9610 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.288 0.000 0.000 0.704 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0226 0.9377 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0673 0.6293 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3100 -0.2024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-043 10 0.5540 0.1979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.072 0.048 0.000 0.148 0.532
#> dkfz_11-044 5 0.0539 0.5714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 7 0.4228 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.360 0.548 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-046 4 0.5484 0.2644 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.224 0.036 0.240 0.032
#> dkfz_11-047 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-048 9 0.2699 0.9729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284 0.000 0.000 0.712 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3809 0.0934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.060 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-051 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3574 -0.1338 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.020 0.412 0.000 0.012
#> dkfz_11-054 1 0.6392 -0.2834 0.284 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.268 0.000 0.032 0.228
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8213 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0226 0.9377 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0226 0.9377 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1832 0.4942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.112 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-062 5 0.2798 0.3804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.008 0.288
#> dkfz_11-063 10 0.2871 0.3128 0.004 0.000 0.000 0.000 0.068 0.056 0.036 0.000 0.004 0.832
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3053 -0.2753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.416 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0202 0.8788 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0202 0.8788 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-070 6 0.6193 -0.4472 0.040 0.000 0.000 0.000 0.184 0.328 0.120 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-071 6 0.3914 0.1497 0.000 0.004 0.000 0.000 0.056 0.720 0.132 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-072 3 0.2700 0.4516 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-073 9 0.2699 0.9729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284 0.000 0.000 0.712 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0113 0.9400 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 5 0.3809 0.0934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.060 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.4228 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.360 0.548 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-095 6 0.3941 0.3201 0.000 0.364 0.000 0.000 0.032 0.576 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-096 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3956 0.3120 0.000 0.372 0.000 0.000 0.032 0.568 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-098 6 0.1253 0.6050 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0539 0.5714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-101 6 0.0693 0.6239 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-102 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.4112 0.3033 0.000 0.376 0.000 0.000 0.032 0.556 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-104 6 0.3264 0.4188 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 6 0.0784 0.6289 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0835 0.6110 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3264 0.4189 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 6 0.1609 0.6024 0.000 0.080 0.000 0.000 0.008 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-109 2 0.2867 0.4197 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.300 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 6 0.1628 0.5752 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0615 0.6296 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 6 0.0784 0.6289 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0202 0.8249 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.4112 0.3033 0.000 0.376 0.000 0.000 0.032 0.556 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-115 6 0.1760 0.5551 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.080 0.016
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.4112 0.3033 0.000 0.376 0.000 0.000 0.032 0.556 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-118 6 0.0784 0.6289 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0627 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-120 6 0.3640 0.3765 0.000 0.332 0.000 0.000 0.024 0.624 0.004 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.3264 0.4189 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-123 6 0.2332 0.4625 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0113 0.9400 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 6 0.2402 0.5372 0.000 0.176 0.000 0.000 0.012 0.808 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3956 0.3120 0.000 0.372 0.000 0.000 0.032 0.568 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-128 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3010 -0.0866 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.0784 0.6289 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.3941 0.3201 0.000 0.364 0.000 0.000 0.032 0.576 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-132 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3592 -0.0564 0.000 0.520 0.000 0.000 0.012 0.452 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-134 2 0.1373 0.7592 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.5484 0.2644 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.224 0.036 0.240 0.032
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0113 0.8269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.6392 -0.2834 0.284 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.268 0.000 0.032 0.228
#> dkfz_11-140 6 0.4112 0.3033 0.000 0.376 0.000 0.000 0.032 0.556 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-141 2 0.1294 0.7675 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.0729 0.6293 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0673 0.5557 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.3430 0.4914 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.012 0.644 0.004 0.016
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0784 0.8645 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0282 0.6265 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: RTK I PDGFRA
get_signatures(res, k = 9)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: RTK I PDGFRA
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:hclust 136 1.27e-27 1.53e-28 2
#> SD:hclust 122 9.90e-47 1.30e-24 3
#> SD:hclust 133 2.92e-61 1.84e-26 4
#> SD:hclust 132 1.72e-64 5.35e-26 5
#> SD:hclust 116 1.16e-64 2.56e-37 6
#> SD:hclust 103 9.83e-81 5.41e-32 7
#> SD:hclust 88 2.18e-56 1.10e-27 8
#> SD:hclust 87 1.42e-55 2.53e-27 9
#> SD:hclust 94 2.45e-68 1.34e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.453 0.687 0.764 0.3501 0.758 0.758
#> 3 3 0.704 0.904 0.924 0.6610 0.635 0.518
#> 4 4 0.732 0.807 0.860 0.1866 0.896 0.744
#> 5 5 0.717 0.575 0.708 0.0913 0.903 0.725
#> 6 6 0.840 0.925 0.892 0.0708 0.856 0.524
#> 7 7 0.813 0.850 0.861 0.0337 1.000 1.000
#> 8 8 0.837 0.656 0.804 0.0201 0.986 0.917
#> 9 9 0.831 0.651 0.752 0.0189 0.941 0.653
#> 10 10 0.829 0.673 0.766 0.0162 0.971 0.787
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-002 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-003 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-004 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-007 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-008 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-009 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-010 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-011 1 0.1633 0.6145 0.976 0.024
#> dkfz_11-012 1 0.9850 0.6346 0.572 0.428
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.8327 0.6438 0.736 0.264
#> dkfz_11-015 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-016 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-017 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-018 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-019 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-020 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-021 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-022 1 0.9866 0.6721 0.568 0.432
#> dkfz_11-023 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-024 1 0.1184 0.6142 0.984 0.016
#> dkfz_11-025 1 0.9850 0.6346 0.572 0.428
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-028 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-029 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-030 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-031 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-032 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-033 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-034 1 0.9661 -0.0896 0.608 0.392
#> dkfz_11-035 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-036 1 0.0938 0.6140 0.988 0.012
#> dkfz_11-037 1 0.9815 0.6412 0.580 0.420
#> dkfz_11-038 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-039 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-040 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-041 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-042 1 0.9909 0.6569 0.556 0.444
#> dkfz_11-043 1 0.6148 0.6362 0.848 0.152
#> dkfz_11-044 1 0.9754 0.6453 0.592 0.408
#> dkfz_11-045 1 0.9393 0.6580 0.644 0.356
#> dkfz_11-046 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-047 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-048 1 0.9635 0.6508 0.612 0.388
#> dkfz_11-049 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-050 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-051 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-052 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-053 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-054 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-055 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-056 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-057 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-058 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-059 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-060 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-061 1 0.9850 0.6346 0.572 0.428
#> dkfz_11-062 1 0.1414 0.6139 0.980 0.020
#> dkfz_11-063 1 0.1843 0.6145 0.972 0.028
#> dkfz_11-064 1 0.1184 0.6142 0.984 0.016
#> dkfz_11-065 1 0.9358 0.6714 0.648 0.352
#> dkfz_11-066 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-067 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-070 1 0.2423 0.6179 0.960 0.040
#> dkfz_11-071 1 0.9933 0.6623 0.548 0.452
#> dkfz_11-072 1 0.0938 0.6050 0.988 0.012
#> dkfz_11-073 1 0.9795 0.6382 0.584 0.416
#> dkfz_11-074 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-075 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-093 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-094 1 0.0672 0.6135 0.992 0.008
#> dkfz_11-095 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-096 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-097 1 0.9661 0.6824 0.608 0.392
#> dkfz_11-098 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-099 1 0.1184 0.6053 0.984 0.016
#> dkfz_11-100 1 0.9775 0.6791 0.588 0.412
#> dkfz_11-101 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-102 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-103 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-104 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-105 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-106 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-107 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-108 1 0.9922 0.6644 0.552 0.448
#> dkfz_11-109 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-110 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-111 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-112 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-113 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-114 1 0.9661 0.6824 0.608 0.392
#> dkfz_11-115 1 0.9866 0.6717 0.568 0.432
#> dkfz_11-116 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-117 1 0.9661 0.6824 0.608 0.392
#> dkfz_11-118 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-119 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-120 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-121 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-122 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-123 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-124 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-125 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-126 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-127 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-128 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-129 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-130 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-131 1 0.9732 0.6817 0.596 0.404
#> dkfz_11-132 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-133 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-134 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-135 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-136 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-137 2 0.3114 1.0000 0.056 0.944
#> dkfz_11-138 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-139 1 0.0672 0.6090 0.992 0.008
#> dkfz_11-140 1 0.9661 0.6824 0.608 0.392
#> dkfz_11-141 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-142 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
#> dkfz_11-143 1 0.4022 0.5835 0.920 0.080
#> dkfz_11-144 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.1843 0.5975 0.972 0.028
#> dkfz_11-147 1 0.1633 0.5999 0.976 0.024
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.1633 0.5999 0.976 0.024
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.6120 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.9944 0.6601 0.544 0.456
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-002 3 0.3500 0.882 0.004 0.116 0.880
#> dkfz_11-003 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-005 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-006 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-007 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-008 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-009 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0892 0.956 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-011 3 0.3340 0.881 0.000 0.120 0.880
#> dkfz_11-012 2 0.5016 0.636 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-013 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-014 3 0.5905 0.592 0.000 0.352 0.648
#> dkfz_11-015 3 0.3267 0.882 0.000 0.116 0.884
#> dkfz_11-016 3 0.3752 0.870 0.000 0.144 0.856
#> dkfz_11-017 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-018 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-019 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-020 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-021 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0592 0.961 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-024 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-025 2 0.5178 0.627 0.000 0.744 0.256
#> dkfz_11-026 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-027 2 0.0892 0.956 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-028 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-029 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-030 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-031 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-032 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-033 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-034 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-035 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-036 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-037 2 0.5465 0.531 0.000 0.712 0.288
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-042 2 0.0424 0.960 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-043 3 0.5859 0.592 0.000 0.344 0.656
#> dkfz_11-044 2 0.5058 0.630 0.000 0.756 0.244
#> dkfz_11-045 3 0.6008 0.542 0.000 0.372 0.628
#> dkfz_11-046 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0592 0.961 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-048 3 0.4261 0.866 0.012 0.140 0.848
#> dkfz_11-049 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.3412 0.881 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-051 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-052 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-054 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4702 0.688 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-062 3 0.3412 0.881 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-063 3 0.3267 0.882 0.000 0.116 0.884
#> dkfz_11-064 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-065 2 0.6548 0.329 0.012 0.616 0.372
#> dkfz_11-066 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-067 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-068 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-069 2 0.0892 0.956 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-070 3 0.5363 0.712 0.000 0.276 0.724
#> dkfz_11-071 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.3742 0.846 0.072 0.036 0.892
#> dkfz_11-073 3 0.6307 0.633 0.012 0.328 0.660
#> dkfz_11-074 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.3412 0.881 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-091 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-092 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-093 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.3682 0.882 0.008 0.116 0.876
#> dkfz_11-095 2 0.0592 0.961 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.3412 0.881 0.000 0.124 0.876
#> dkfz_11-100 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-101 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0592 0.961 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-115 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-116 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0592 0.961 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0592 0.961 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.2796 1.000 0.908 0.092 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.2063 0.861 0.008 0.044 0.948
#> dkfz_11-140 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-144 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-145 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-146 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-147 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-148 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-149 3 0.2955 0.833 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-150 3 0.3845 0.882 0.012 0.116 0.872
#> dkfz_11-151 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.4277 0.6541 0.720 0.000 0.280 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1305 0.9971 0.004 0.036 0.000 0.960
#> dkfz_11-004 2 0.0188 0.8865 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-006 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-007 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 1 0.5383 0.6780 0.672 0.000 0.292 0.036
#> dkfz_11-009 4 0.1305 0.9971 0.004 0.036 0.000 0.960
#> dkfz_11-010 2 0.0524 0.8851 0.008 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 1 0.5050 0.6421 0.756 0.068 0.176 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.6276 -0.0577 0.556 0.380 0.064 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-014 1 0.4565 0.6122 0.796 0.064 0.140 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.4040 0.6413 0.752 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.3852 0.6138 0.808 0.012 0.180 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1305 0.9971 0.004 0.036 0.000 0.960
#> dkfz_11-022 2 0.4431 0.7936 0.304 0.696 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.4331 0.8001 0.288 0.712 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-025 2 0.6276 0.1090 0.464 0.480 0.056 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-027 2 0.0779 0.8825 0.016 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.2814 0.8102 0.132 0.000 0.868 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.4088 0.6824 0.232 0.000 0.764 0.004
#> dkfz_11-035 2 0.0188 0.8865 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-037 2 0.6733 0.2758 0.416 0.492 0.092 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.3569 0.8777 0.196 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-040 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0188 0.8865 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4482 0.6088 0.804 0.068 0.128 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.5717 0.0640 0.632 0.324 0.044 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.4491 0.6251 0.800 0.060 0.140 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1256 0.9867 0.008 0.028 0.000 0.964
#> dkfz_11-047 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 1 0.5026 0.6854 0.740 0.008 0.224 0.028
#> dkfz_11-049 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-050 1 0.4049 0.6337 0.780 0.008 0.212 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-053 3 0.3400 0.7498 0.180 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.4431 0.6380 0.696 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.3569 0.8777 0.196 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-057 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-058 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-059 2 0.3649 0.8748 0.204 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-061 1 0.5695 0.0210 0.624 0.336 0.040 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.4011 0.6318 0.784 0.008 0.208 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.5310 0.6215 0.576 0.012 0.412 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.5649 0.6658 0.620 0.000 0.344 0.036
#> dkfz_11-065 1 0.6903 0.4946 0.620 0.264 0.092 0.024
#> dkfz_11-066 3 0.1389 0.8848 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-069 2 0.0657 0.8839 0.012 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 1 0.5066 0.6179 0.768 0.120 0.112 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0921 0.8911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.1743 0.8388 0.004 0.056 0.940 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4947 0.6837 0.752 0.012 0.212 0.024
#> dkfz_11-074 4 0.1305 0.9971 0.004 0.036 0.000 0.960
#> dkfz_11-075 1 0.4049 0.6337 0.780 0.008 0.212 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-092 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-094 1 0.4040 0.6736 0.752 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0779 0.8857 0.016 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 2 0.3569 0.8777 0.196 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3764 0.8684 0.216 0.784 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2281 0.8918 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.4123 0.6358 0.772 0.008 0.220 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 2 0.0779 0.8825 0.016 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.3569 0.8777 0.196 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.4072 0.8419 0.252 0.748 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1716 0.8931 0.064 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2281 0.8918 0.096 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.2868 0.8899 0.136 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3486 0.8804 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2814 0.8901 0.132 0.868 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.1867 0.8924 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.3486 0.8804 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4040 0.8394 0.248 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-117 2 0.4134 0.8368 0.260 0.740 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0469 0.8892 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0376 0.8858 0.004 0.992 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.3486 0.8804 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-122 2 0.3486 0.8804 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3486 0.8804 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1305 0.9971 0.004 0.036 0.000 0.960
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.3528 0.8792 0.192 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3726 0.8699 0.212 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.3528 0.8792 0.192 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2921 0.8892 0.140 0.860 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1940 0.8928 0.076 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0817 0.8870 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.3569 0.8777 0.196 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3486 0.8804 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.3074 0.8876 0.152 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.3569 0.8777 0.196 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-137 4 0.1118 0.9984 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-138 2 0.3569 0.8777 0.196 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.4916 0.6134 0.576 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.4103 0.8397 0.256 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.3486 0.8804 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3764 0.7065 0.216 0.000 0.784 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1867 0.8672 0.072 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.5666 0.6649 0.616 0.000 0.348 0.036
#> dkfz_11-151 2 0.0188 0.8865 0.004 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-002 5 0.4150 0.1668 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-003 4 0.0162 0.9901 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.1571 0.8986 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> dkfz_11-009 4 0.0162 0.9901 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.6905 0.3166 0.264 0.088 0.092 0.000 0.556
#> dkfz_11-012 5 0.6847 0.3504 0.072 0.092 0.296 0.000 0.540
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.6757 0.3689 0.192 0.052 0.172 0.000 0.584
#> dkfz_11-015 5 0.4126 0.1795 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-016 5 0.6191 0.3867 0.124 0.028 0.232 0.000 0.616
#> dkfz_11-017 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-018 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-021 4 0.0703 0.9861 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.6285 -0.6228 0.000 0.392 0.456 0.000 0.152
#> dkfz_11-023 5 0.6428 0.1990 0.000 0.224 0.272 0.000 0.504
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.7436 0.3376 0.124 0.196 0.148 0.000 0.532
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-029 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-030 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.5454 0.5096 0.060 0.000 0.488 0.000 0.452
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4738 0.4870 0.016 0.000 0.520 0.000 0.464
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.6991 0.6031 0.092 0.536 0.284 0.000 0.088
#> dkfz_11-038 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.0963 0.9803 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9904 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0162 0.7341 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.6993 0.3266 0.248 0.052 0.160 0.000 0.540
#> dkfz_11-044 5 0.6584 0.3347 0.052 0.084 0.324 0.000 0.540
#> dkfz_11-045 5 0.6884 0.3004 0.280 0.088 0.084 0.000 0.548
#> dkfz_11-046 4 0.1270 0.9721 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.1704 0.8888 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> dkfz_11-049 4 0.0162 0.9901 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.6075 0.3441 0.248 0.028 0.104 0.000 0.620
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9904 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.4872 -0.5785 0.024 0.000 0.436 0.000 0.540
#> dkfz_11-054 5 0.4138 0.1727 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-055 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0609 0.9865 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9904 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0609 0.9872 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.1043 0.9799 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.6786 0.3496 0.072 0.084 0.304 0.000 0.540
#> dkfz_11-062 5 0.6254 0.3849 0.160 0.028 0.192 0.000 0.620
#> dkfz_11-063 5 0.5639 0.1606 0.396 0.080 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2891 0.7287 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 5 0.5810 -0.5371 0.092 0.000 0.428 0.000 0.480
#> dkfz_11-067 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.6670 0.2280 0.312 0.136 0.028 0.000 0.524
#> dkfz_11-071 2 0.1282 0.7375 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.7306 0.4441 0.100 0.088 0.416 0.000 0.396
#> dkfz_11-073 1 0.1768 0.8833 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072
#> dkfz_11-074 4 0.0162 0.9901 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.6075 0.3441 0.248 0.028 0.104 0.000 0.620
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9904 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.5432 0.1444 0.392 0.064 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-095 2 0.0880 0.7383 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.4256 0.7161 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.3857 0.7319 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.6261 0.3789 0.184 0.028 0.168 0.000 0.620
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.6356 0.5708 0.000 0.468 0.364 0.000 0.168
#> dkfz_11-104 2 0.2966 0.7440 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3796 0.7322 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4249 0.7158 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0162 0.7341 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.4283 0.7122 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.4227 0.7203 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3366 0.7351 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.4283 0.7122 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.6574 0.4635 0.000 0.468 0.288 0.000 0.244
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9904 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.6070 0.5919 0.000 0.444 0.436 0.000 0.120
#> dkfz_11-118 2 0.1671 0.7373 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4403 0.7129 0.000 0.560 0.436 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9904 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4283 0.7122 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.4283 0.7122 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0162 0.9901 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.4210 0.7200 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.4227 0.7203 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3109 0.7437 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1410 0.7414 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.4283 0.7122 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.4283 0.7122 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.1341 0.9715 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9904 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.4430 0.7105 0.000 0.540 0.456 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 5 0.4287 0.0658 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-140 2 0.6356 0.5675 0.000 0.452 0.384 0.000 0.164
#> dkfz_11-141 2 0.4283 0.7122 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0609 0.7312 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4907 0.5034 0.024 0.000 0.492 0.000 0.484
#> dkfz_11-144 3 0.5725 0.4909 0.084 0.000 0.488 0.000 0.428
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-147 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 5 0.5925 -0.5200 0.104 0.000 0.424 0.000 0.472
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.7341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.1257 0.953 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-002 5 0.3337 0.888 0.112 0.000 0.024 0.000 0.832 0.032
#> dkfz_11-003 4 0.0405 0.980 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.3593 0.955 0.004 0.224 0.012 0.000 0.004 0.756
#> dkfz_11-005 1 0.0508 0.973 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-006 1 0.0291 0.976 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-008 1 0.1155 0.958 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-009 4 0.0405 0.980 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-010 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-011 5 0.3118 0.906 0.088 0.024 0.004 0.000 0.856 0.028
#> dkfz_11-012 5 0.3876 0.881 0.032 0.092 0.000 0.000 0.804 0.072
#> dkfz_11-013 1 0.0291 0.976 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.3782 0.904 0.060 0.052 0.012 0.000 0.828 0.048
#> dkfz_11-015 5 0.3292 0.890 0.108 0.000 0.024 0.000 0.836 0.032
#> dkfz_11-016 5 0.3911 0.896 0.040 0.072 0.016 0.000 0.820 0.052
#> dkfz_11-017 3 0.0547 0.957 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0692 0.957 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 1 0.0291 0.976 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0547 0.957 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1168 0.974 0.000 0.000 0.000 0.956 0.028 0.016
#> dkfz_11-022 2 0.2701 0.814 0.000 0.864 0.004 0.000 0.104 0.028
#> dkfz_11-023 5 0.3652 0.840 0.000 0.120 0.016 0.000 0.808 0.056
#> dkfz_11-024 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3926 0.889 0.056 0.056 0.004 0.000 0.812 0.072
#> dkfz_11-026 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-028 3 0.0547 0.957 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0692 0.957 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0692 0.957 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-031 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-032 3 0.2856 0.910 0.000 0.000 0.856 0.000 0.076 0.068
#> dkfz_11-033 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-034 3 0.3644 0.872 0.000 0.000 0.792 0.000 0.120 0.088
#> dkfz_11-035 6 0.3109 0.964 0.000 0.224 0.000 0.000 0.004 0.772
#> dkfz_11-036 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3478 0.840 0.044 0.844 0.012 0.000 0.028 0.072
#> dkfz_11-038 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1713 0.962 0.000 0.000 0.000 0.928 0.044 0.028
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-042 6 0.2933 0.941 0.000 0.200 0.000 0.000 0.004 0.796
#> dkfz_11-043 5 0.3969 0.904 0.084 0.040 0.000 0.000 0.800 0.076
#> dkfz_11-044 5 0.3120 0.864 0.008 0.112 0.000 0.000 0.840 0.040
#> dkfz_11-045 5 0.3476 0.898 0.092 0.020 0.000 0.000 0.828 0.060
#> dkfz_11-046 4 0.1984 0.954 0.000 0.000 0.000 0.912 0.056 0.032
#> dkfz_11-047 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-048 1 0.1536 0.941 0.940 0.000 0.004 0.000 0.016 0.040
#> dkfz_11-049 4 0.0291 0.981 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-050 5 0.3864 0.903 0.084 0.020 0.024 0.000 0.820 0.052
#> dkfz_11-051 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-052 4 0.0146 0.981 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1865 0.935 0.000 0.000 0.920 0.000 0.040 0.040
#> dkfz_11-054 5 0.3337 0.888 0.112 0.000 0.024 0.000 0.832 0.032
#> dkfz_11-055 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1320 0.969 0.000 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.1003 0.976 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> dkfz_11-059 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1845 0.961 0.000 0.000 0.000 0.920 0.052 0.028
#> dkfz_11-061 5 0.3339 0.877 0.024 0.100 0.000 0.000 0.836 0.040
#> dkfz_11-062 5 0.3980 0.901 0.048 0.056 0.024 0.000 0.820 0.052
#> dkfz_11-063 5 0.3699 0.883 0.112 0.000 0.036 0.000 0.812 0.040
#> dkfz_11-064 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2730 0.791 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-066 3 0.1313 0.953 0.016 0.000 0.952 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-067 3 0.0547 0.957 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-070 5 0.3123 0.898 0.100 0.008 0.004 0.000 0.848 0.040
#> dkfz_11-071 6 0.3791 0.932 0.004 0.224 0.016 0.000 0.008 0.748
#> dkfz_11-072 3 0.3233 0.816 0.016 0.024 0.828 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-073 1 0.1536 0.941 0.940 0.000 0.004 0.000 0.016 0.040
#> dkfz_11-074 4 0.0260 0.980 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3924 0.903 0.084 0.020 0.024 0.000 0.816 0.056
#> dkfz_11-091 1 0.0291 0.976 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3341 0.881 0.116 0.000 0.000 0.000 0.816 0.068
#> dkfz_11-095 6 0.4226 0.821 0.004 0.328 0.016 0.000 0.004 0.648
#> dkfz_11-096 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.1007 0.929 0.004 0.968 0.016 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-098 2 0.1534 0.911 0.004 0.944 0.016 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-099 5 0.3848 0.905 0.060 0.044 0.024 0.000 0.828 0.044
#> dkfz_11-100 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-101 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-102 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3733 0.762 0.004 0.780 0.016 0.000 0.180 0.020
#> dkfz_11-104 2 0.3541 0.625 0.004 0.772 0.016 0.000 0.004 0.204
#> dkfz_11-105 2 0.1440 0.912 0.004 0.948 0.012 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-106 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-107 2 0.1293 0.922 0.004 0.956 0.016 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-108 6 0.3761 0.943 0.004 0.236 0.016 0.000 0.004 0.740
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0653 0.933 0.004 0.980 0.012 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.3136 0.962 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> dkfz_11-112 2 0.2089 0.868 0.004 0.908 0.012 0.000 0.004 0.072
#> dkfz_11-113 2 0.0291 0.936 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.5365 0.538 0.004 0.264 0.016 0.000 0.620 0.096
#> dkfz_11-115 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2548 0.853 0.004 0.876 0.016 0.000 0.100 0.004
#> dkfz_11-118 6 0.4297 0.562 0.000 0.452 0.012 0.000 0.004 0.532
#> dkfz_11-119 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-120 2 0.1204 0.924 0.004 0.960 0.016 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0748 0.932 0.004 0.976 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0748 0.932 0.004 0.976 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0405 0.980 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-125 6 0.3786 0.940 0.004 0.240 0.016 0.000 0.004 0.736
#> dkfz_11-126 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1204 0.924 0.004 0.960 0.016 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-128 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0291 0.936 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2449 0.844 0.004 0.884 0.016 0.000 0.004 0.092
#> dkfz_11-131 6 0.4309 0.781 0.004 0.352 0.016 0.000 0.004 0.624
#> dkfz_11-132 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0551 0.934 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.2106 0.953 0.000 0.000 0.000 0.904 0.064 0.032
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0405 0.937 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.3975 0.862 0.132 0.000 0.044 0.000 0.788 0.036
#> dkfz_11-140 2 0.3700 0.767 0.004 0.784 0.016 0.000 0.176 0.020
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.3189 0.958 0.000 0.236 0.000 0.000 0.004 0.760
#> dkfz_11-143 3 0.2905 0.908 0.000 0.000 0.852 0.000 0.084 0.064
#> dkfz_11-144 3 0.2944 0.912 0.004 0.000 0.856 0.000 0.072 0.068
#> dkfz_11-145 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0547 0.957 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0547 0.957 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0909 0.956 0.020 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 1 0.0146 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2969 0.965 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0994 0.920 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-002 5 0.0468 0.873 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0820 0.953 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-004 6 0.3300 0.803 0.004 0.308 0.000 0.000 0.000 0.688 NA
#> dkfz_11-005 1 0.1462 0.933 0.924 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0268 0.961 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-008 1 0.2189 0.906 0.868 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0660 0.955 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-010 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-011 5 0.1261 0.880 0.000 0.012 0.004 0.000 0.948 0.000 NA
#> dkfz_11-012 5 0.3448 0.858 0.000 0.016 0.000 0.000 0.724 0.004 NA
#> dkfz_11-013 1 0.0268 0.961 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 5 0.2730 0.864 0.000 0.012 0.000 0.000 0.836 0.012 NA
#> dkfz_11-015 5 0.0373 0.875 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-016 5 0.2343 0.875 0.000 0.012 0.000 0.000 0.864 0.004 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0134 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0134 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.0268 0.961 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0134 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.1801 0.941 0.000 0.000 0.000 0.908 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-022 2 0.3839 0.767 0.000 0.660 0.000 0.000 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-023 5 0.4832 0.781 0.000 0.132 0.004 0.000 0.644 0.008 NA
#> dkfz_11-024 1 0.0134 0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 5 0.4722 0.761 0.004 0.120 0.000 0.000 0.676 0.016 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0134 0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0268 0.927 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0268 0.927 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0134 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-032 3 0.3990 0.822 0.004 0.000 0.720 0.000 0.000 0.076 NA
#> dkfz_11-033 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-034 3 0.4880 0.726 0.000 0.000 0.592 0.000 0.012 0.096 NA
#> dkfz_11-035 6 0.2888 0.858 0.004 0.228 0.000 0.000 0.000 0.768 NA
#> dkfz_11-036 1 0.0134 0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 2 0.3959 0.519 0.008 0.652 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> dkfz_11-038 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.2518 0.907 0.000 0.000 0.000 0.840 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.2390 0.884 0.004 0.160 0.000 0.000 0.000 0.836 NA
#> dkfz_11-042 6 0.3547 0.846 0.004 0.224 0.000 0.000 0.000 0.740 NA
#> dkfz_11-043 5 0.3388 0.847 0.000 0.012 0.000 0.000 0.724 0.004 NA
#> dkfz_11-044 5 0.2892 0.872 0.000 0.012 0.000 0.000 0.788 0.000 NA
#> dkfz_11-045 5 0.2766 0.862 0.000 0.012 0.000 0.000 0.832 0.012 NA
#> dkfz_11-046 4 0.3164 0.879 0.000 0.000 0.000 0.796 0.012 0.020 NA
#> dkfz_11-047 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-048 1 0.2285 0.889 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0134 0.958 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.2343 0.875 0.000 0.012 0.000 0.000 0.864 0.004 NA
#> dkfz_11-051 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.2529 0.891 0.004 0.000 0.868 0.000 0.004 0.028 NA
#> dkfz_11-054 5 0.0468 0.873 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
#> dkfz_11-055 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.1889 0.931 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.1420 0.947 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-059 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.2609 0.907 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-061 5 0.2964 0.874 0.000 0.012 0.000 0.000 0.792 0.004 NA
#> dkfz_11-062 5 0.2343 0.875 0.000 0.012 0.000 0.000 0.864 0.004 NA
#> dkfz_11-063 5 0.1388 0.871 0.004 0.000 0.020 0.000 0.948 0.012 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0134 0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 1 0.3653 0.810 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 NA
#> dkfz_11-066 3 0.1063 0.919 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0134 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0134 0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-070 5 0.1856 0.878 0.004 0.008 0.004 0.000 0.916 0.004 NA
#> dkfz_11-071 6 0.5018 0.693 0.004 0.328 0.004 0.000 0.000 0.556 NA
#> dkfz_11-072 3 0.3011 0.780 0.004 0.024 0.816 0.000 0.000 0.152 NA
#> dkfz_11-073 1 0.2458 0.883 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0373 0.956 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-075 5 0.2302 0.875 0.000 0.012 0.000 0.000 0.868 0.004 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0268 0.961 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 5 0.2577 0.861 0.012 0.000 0.000 0.000 0.852 0.012 NA
#> dkfz_11-095 6 0.4039 0.570 0.000 0.464 0.004 0.000 0.000 0.516 NA
#> dkfz_11-096 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 2 0.1348 0.770 0.000 0.944 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-098 2 0.0790 0.770 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-099 5 0.2368 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.852 0.000 NA
#> dkfz_11-100 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-101 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-102 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 2 0.4316 0.583 0.000 0.728 0.004 0.000 0.140 0.016 NA
#> dkfz_11-104 2 0.2875 0.540 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.176 NA
#> dkfz_11-105 2 0.0601 0.782 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-106 6 0.2097 0.891 0.004 0.128 0.000 0.000 0.000 0.868 NA
#> dkfz_11-107 2 0.1076 0.769 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-108 6 0.3392 0.746 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628 NA
#> dkfz_11-109 2 0.2708 0.825 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 2 0.0373 0.783 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-111 6 0.2937 0.855 0.004 0.236 0.000 0.000 0.000 0.760 NA
#> dkfz_11-112 2 0.0923 0.772 0.004 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-113 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 5 0.6134 0.238 0.000 0.396 0.004 0.000 0.412 0.072 NA
#> dkfz_11-115 6 0.2097 0.891 0.004 0.128 0.000 0.000 0.000 0.868 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.2319 0.740 0.000 0.884 0.004 0.000 0.044 0.000 NA
#> dkfz_11-118 6 0.3682 0.501 0.004 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 NA
#> dkfz_11-119 6 0.1966 0.892 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> dkfz_11-120 2 0.1076 0.769 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.0582 0.780 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 2 0.0504 0.781 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0660 0.955 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-125 6 0.3811 0.736 0.004 0.368 0.000 0.000 0.000 0.616 NA
#> dkfz_11-126 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 2 0.1280 0.767 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-128 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 2 0.2988 0.821 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-130 2 0.2383 0.646 0.004 0.860 0.000 0.000 0.000 0.124 NA
#> dkfz_11-131 6 0.4045 0.535 0.000 0.480 0.004 0.000 0.000 0.500 NA
#> dkfz_11-132 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 2 0.2759 0.826 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 2 0.2759 0.825 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.2855 0.821 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 4 0.3238 0.879 0.000 0.000 0.000 0.792 0.012 0.024 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.2808 0.825 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 5 0.1876 0.844 0.008 0.000 0.060 0.000 0.916 0.008 NA
#> dkfz_11-140 2 0.4277 0.589 0.000 0.732 0.004 0.000 0.140 0.016 NA
#> dkfz_11-141 2 0.2759 0.826 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 6 0.2937 0.855 0.004 0.236 0.000 0.000 0.000 0.760 NA
#> dkfz_11-143 3 0.3990 0.822 0.004 0.000 0.720 0.000 0.000 0.076 NA
#> dkfz_11-144 3 0.3990 0.822 0.004 0.000 0.720 0.000 0.000 0.076 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0134 0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0268 0.927 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0134 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.0134 0.961 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0134 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.0268 0.961 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151 6 0.2212 0.889 0.004 0.140 0.000 0.000 0.000 0.856 NA
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.1656 0.7155 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.012 0.056
#> dkfz_11-002 5 0.0698 0.7785 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.008 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.1978 0.9088 0.004 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012 0.040 0.036
#> dkfz_11-004 6 0.4380 0.6894 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.660 0.232 0.024
#> dkfz_11-005 1 0.2957 0.8114 0.816 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.044 0.132
#> dkfz_11-006 1 0.0438 0.8983 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.4325 0.7092 0.660 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.116 0.216
#> dkfz_11-009 4 0.1853 0.9113 0.004 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.036 0.032
#> dkfz_11-010 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.1904 0.7824 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000 0.072 0.024
#> dkfz_11-012 5 0.5011 0.7049 0.000 0.004 0.000 0.000 0.512 0.004 0.324 0.156
#> dkfz_11-013 1 0.0251 0.8992 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4606 0.6977 0.000 0.004 0.000 0.000 0.636 0.008 0.196 0.156
#> dkfz_11-015 5 0.0573 0.7781 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3301 0.7772 0.000 0.004 0.000 0.000 0.776 0.004 0.168 0.048
#> dkfz_11-017 3 0.0224 0.7696 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0251 0.7700 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0438 0.8983 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.7708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3372 0.8857 0.004 0.000 0.000 0.808 0.000 0.032 0.088 0.068
#> dkfz_11-022 2 0.2213 0.5185 0.000 0.876 0.000 0.000 0.016 0.000 0.096 0.012
#> dkfz_11-023 5 0.4614 0.5710 0.000 0.004 0.000 0.000 0.492 0.004 0.420 0.080
#> dkfz_11-024 1 0.0125 0.8998 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.5338 0.4888 0.000 0.004 0.000 0.000 0.452 0.008 0.332 0.204
#> dkfz_11-026 1 0.0125 0.8998 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0596 0.7596 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0739 0.7579 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0251 0.7700 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3265 -0.5473 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-033 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.3969 0.0000 0.000 0.000 0.448 0.004 0.000 0.008 0.016 0.524
#> dkfz_11-035 6 0.3785 0.7682 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.752 0.140 0.024
#> dkfz_11-036 1 0.0125 0.8998 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.5461 0.3987 0.004 0.188 0.004 0.000 0.016 0.004 0.524 0.260
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3575 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.784 0.004 0.028 0.064 0.120
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3162 0.7911 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.804 0.104 0.008
#> dkfz_11-042 6 0.4677 0.7093 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.660 0.196 0.072
#> dkfz_11-043 5 0.4876 0.7090 0.000 0.004 0.000 0.000 0.568 0.004 0.256 0.168
#> dkfz_11-044 5 0.4140 0.7580 0.000 0.004 0.000 0.000 0.632 0.000 0.292 0.072
#> dkfz_11-045 5 0.4777 0.6797 0.000 0.004 0.000 0.000 0.608 0.008 0.204 0.176
#> dkfz_11-046 4 0.3872 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004 0.032 0.064 0.148
#> dkfz_11-047 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4503 0.6886 0.636 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.136 0.220
#> dkfz_11-049 4 0.0749 0.9204 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> dkfz_11-050 5 0.3190 0.7782 0.000 0.004 0.000 0.000 0.784 0.004 0.168 0.040
#> dkfz_11-051 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0125 0.9216 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.2511 0.5456 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004 0.004 0.008 0.152
#> dkfz_11-054 5 0.0573 0.7781 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2846 0.8837 0.000 0.000 0.000 0.848 0.004 0.020 0.060 0.068
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2399 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.020 0.064 0.040
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3933 0.8461 0.000 0.000 0.000 0.748 0.004 0.032 0.072 0.144
#> dkfz_11-061 5 0.4169 0.7674 0.000 0.004 0.000 0.000 0.656 0.004 0.260 0.076
#> dkfz_11-062 5 0.3301 0.7772 0.000 0.004 0.000 0.000 0.776 0.004 0.168 0.048
#> dkfz_11-063 5 0.1702 0.7749 0.000 0.000 0.008 0.000 0.928 0.020 0.020 0.024
#> dkfz_11-064 1 0.0125 0.8998 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.5556 0.6071 0.560 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084 0.132 0.220
#> dkfz_11-066 3 0.1437 0.7166 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.008 0.004 0.060
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.7708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0251 0.8996 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2593 0.7729 0.000 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 0.112 0.040
#> dkfz_11-071 6 0.5745 0.3916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008 0.444 0.372 0.092
#> dkfz_11-072 3 0.3140 0.4017 0.000 0.012 0.804 0.000 0.000 0.128 0.056 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4610 0.6679 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.152 0.224
#> dkfz_11-074 4 0.1284 0.9156 0.004 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.016 0.024
#> dkfz_11-075 5 0.3099 0.7787 0.000 0.004 0.000 0.000 0.796 0.004 0.156 0.040
#> dkfz_11-091 1 0.0251 0.8992 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4589 0.6968 0.004 0.000 0.000 0.000 0.656 0.016 0.168 0.156
#> dkfz_11-095 6 0.5216 0.1894 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.420 0.384 0.008
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3699 0.2209 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.024
#> dkfz_11-098 2 0.3586 0.3246 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.008 0.372 0.008
#> dkfz_11-099 5 0.3319 0.7861 0.000 0.004 0.000 0.000 0.764 0.000 0.180 0.052
#> dkfz_11-100 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.4986 0.4201 0.000 0.412 0.000 0.000 0.072 0.000 0.476 0.040
#> dkfz_11-104 2 0.4864 -0.0584 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.152 0.392 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3476 0.3412 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.364 0.008
#> dkfz_11-106 6 0.1973 0.8171 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.020
#> dkfz_11-107 2 0.3336 0.3040 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.004 0.392 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.4585 0.4782 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.524 0.376 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.1244 0.6304 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.3496 0.3305 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.372 0.008
#> dkfz_11-111 6 0.3727 0.7518 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.736 0.172 0.008
#> dkfz_11-112 2 0.3786 0.3150 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.020 0.364 0.008
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.6181 0.5078 0.000 0.180 0.000 0.000 0.256 0.048 0.476 0.040
#> dkfz_11-115 6 0.1973 0.8171 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.020
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4522 -0.0326 0.000 0.536 0.000 0.000 0.032 0.000 0.392 0.040
#> dkfz_11-118 6 0.5318 0.2458 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.440 0.312 0.008
#> dkfz_11-119 6 0.1387 0.8217 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3441 0.2678 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3212 0.3177 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3212 0.3177 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1853 0.9113 0.004 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.036 0.032
#> dkfz_11-125 6 0.4485 0.4699 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.520 0.384 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3665 0.2165 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.020
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1057 0.6362 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.4729 0.0864 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.104 0.372 0.008
#> dkfz_11-131 6 0.5345 0.1194 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.396 0.388 0.012
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0868 0.6445 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0868 0.6443 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0125 0.6443 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.4098 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.728 0.004 0.036 0.068 0.164
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.6497 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2695 0.7233 0.004 0.000 0.068 0.000 0.864 0.012 0.044 0.008
#> dkfz_11-140 7 0.4919 0.3862 0.000 0.424 0.000 0.000 0.064 0.000 0.472 0.040
#> dkfz_11-141 2 0.0868 0.6445 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.3915 0.7332 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.712 0.188 0.008
#> dkfz_11-143 3 0.3380 -0.5653 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.004 0.416
#> dkfz_11-144 3 0.3455 -0.5445 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.008 0.000 0.408
#> dkfz_11-145 1 0.0125 0.8998 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0596 0.7596 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.7708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0251 0.8996 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0438 0.7686 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0438 0.8983 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2979 0.8034 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.832 0.060 0.024
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1882 0.7358 0.000 0.004 0.908 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044 0.028
#> dkfz_11-002 5 0.4370 0.6356 0.000 0.004 0.000 0.000 0.688 0.000 0.108 0.144 0.056
#> dkfz_11-003 4 0.2287 0.8717 0.000 0.012 0.000 0.884 0.000 0.000 0.056 0.024 0.024
#> dkfz_11-004 6 0.3875 0.5020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.036 0.020 0.312
#> dkfz_11-005 1 0.3039 0.2202 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0719 0.9392 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.3148 0.0799 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2074 0.8778 0.000 0.012 0.000 0.900 0.000 0.000 0.040 0.024 0.024
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5256 0.6079 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.108 0.148 0.180
#> dkfz_11-012 5 0.5163 0.3674 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.276 0.056 0.144
#> dkfz_11-013 1 0.0449 0.9433 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.6045 0.2459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.332 0.156 0.176
#> dkfz_11-015 5 0.4370 0.6356 0.000 0.004 0.000 0.000 0.688 0.000 0.108 0.144 0.056
#> dkfz_11-016 5 0.0373 0.6673 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-017 3 0.0356 0.7776 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0533 0.7747 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 1 0.0719 0.9392 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0119 0.7780 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.4004 0.8380 0.000 0.024 0.000 0.752 0.000 0.000 0.072 0.056 0.096
#> dkfz_11-022 2 0.3645 0.7039 0.000 0.788 0.000 0.000 0.028 0.020 0.024 0.028 0.112
#> dkfz_11-023 5 0.4195 0.4432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.060 0.028 0.288
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.5971 -0.1751 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.404 0.148 0.264
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0424 0.7749 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0703 0.7736 0.000 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-030 3 0.0533 0.7747 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3366 -0.5330 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.004 0.488 0.004
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.3707 0.0000 0.000 0.004 0.340 0.000 0.020 0.000 0.012 0.624 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.3225 0.7102 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.036 0.016 0.188
#> dkfz_11-036 1 0.0119 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.4964 0.2064 0.000 0.048 0.000 0.000 0.076 0.012 0.612 0.012 0.240
#> dkfz_11-038 2 0.1204 0.9354 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.4246 0.7853 0.000 0.012 0.000 0.708 0.000 0.000 0.040 0.136 0.104
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.8922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.2941 0.7300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.024 0.016 0.172
#> dkfz_11-042 6 0.3991 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.116 0.012 0.188
#> dkfz_11-043 5 0.3306 0.4255 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.284 0.004 0.024
#> dkfz_11-044 5 0.4334 0.5474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.096 0.040 0.204
#> dkfz_11-045 7 0.5946 -0.3027 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.388 0.140 0.172
#> dkfz_11-046 4 0.4559 0.7450 0.000 0.016 0.000 0.664 0.000 0.000 0.036 0.180 0.104
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.3134 0.1340 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0879 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.012 0.016
#> dkfz_11-050 5 0.0119 0.6669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0212 0.8920 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3253 0.4801 0.000 0.008 0.768 0.000 0.012 0.000 0.012 0.188 0.012
#> dkfz_11-054 5 0.4370 0.6356 0.000 0.004 0.000 0.000 0.688 0.000 0.108 0.144 0.056
#> dkfz_11-055 2 0.1204 0.9354 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3238 0.8403 0.000 0.012 0.000 0.808 0.000 0.000 0.032 0.048 0.100
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3055 0.8693 0.000 0.016 0.000 0.832 0.000 0.000 0.048 0.044 0.060
#> dkfz_11-059 2 0.0876 0.9365 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4577 0.7783 0.000 0.016 0.000 0.672 0.000 0.000 0.044 0.156 0.112
#> dkfz_11-061 5 0.3624 0.5934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.076 0.044 0.120
#> dkfz_11-062 5 0.0373 0.6667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-063 5 0.4869 0.6320 0.000 0.004 0.004 0.000 0.672 0.020 0.100 0.132 0.068
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.3884 0.1716 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1601 0.7422 0.000 0.004 0.924 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044 0.016
#> dkfz_11-067 3 0.0119 0.7780 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.0119 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.5704 0.5667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.164 0.156 0.192
#> dkfz_11-071 6 0.5377 0.2011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.420 0.156 0.044 0.376
#> dkfz_11-072 3 0.3120 0.4870 0.000 0.004 0.792 0.000 0.000 0.136 0.008 0.000 0.060
#> dkfz_11-073 7 0.3112 0.1624 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.1463 0.8837 0.000 0.008 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.024 0.020
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.6676 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0449 0.9433 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0119 0.8922 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.6052 -0.3697 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.348 0.156 0.180
#> dkfz_11-095 9 0.4564 0.3039 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.384 0.016 0.020 0.528
#> dkfz_11-096 2 0.0876 0.9365 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.4876 0.5921 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.044 0.028 0.040 0.528
#> dkfz_11-098 9 0.4713 0.5924 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.052 0.028 0.016 0.484
#> dkfz_11-099 5 0.2976 0.6563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.044 0.040 0.096
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0876 0.9365 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 9 0.5196 0.5637 0.000 0.208 0.000 0.000 0.048 0.036 0.040 0.040 0.628
#> dkfz_11-104 9 0.4665 0.6455 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.012 0.548
#> dkfz_11-105 9 0.4621 0.5873 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.048 0.024 0.016 0.488
#> dkfz_11-106 6 0.0533 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-107 9 0.3849 0.6338 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-108 9 0.3798 -0.0370 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.016 0.016 0.496
#> dkfz_11-109 2 0.2598 0.7966 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004 0.116
#> dkfz_11-110 9 0.4621 0.5873 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.048 0.024 0.016 0.488
#> dkfz_11-111 6 0.3282 0.6661 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.024 0.016 0.228
#> dkfz_11-112 9 0.4697 0.5972 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.056 0.024 0.016 0.488
#> dkfz_11-113 2 0.1204 0.9354 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.5289 0.4136 0.000 0.080 0.000 0.000 0.128 0.048 0.048 0.040 0.656
#> dkfz_11-115 6 0.0533 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0119 0.8922 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 9 0.5461 0.5772 0.000 0.324 0.000 0.000 0.036 0.032 0.040 0.044 0.524
#> dkfz_11-118 6 0.5180 -0.1706 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.436 0.024 0.016 0.404
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 9 0.4037 0.6398 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004 0.004 0.568
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 9 0.3812 0.6295 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-123 9 0.3812 0.6295 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.560
#> dkfz_11-124 4 0.2074 0.8778 0.000 0.012 0.000 0.900 0.000 0.000 0.040 0.024 0.024
#> dkfz_11-125 9 0.3682 0.0189 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.460 0.004 0.016 0.516
#> dkfz_11-126 2 0.0876 0.9365 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.4845 0.6126 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.044 0.028 0.040 0.544
#> dkfz_11-128 2 0.0876 0.9365 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2742 0.8367 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016 0.020 0.064
#> dkfz_11-130 9 0.5285 0.6249 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.164 0.024 0.016 0.496
#> dkfz_11-131 9 0.4667 0.3387 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.372 0.016 0.020 0.528
#> dkfz_11-132 2 0.1204 0.9354 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1944 0.8867 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-134 2 0.2127 0.8630 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-135 2 0.0876 0.9365 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.4763 0.7365 0.000 0.016 0.000 0.640 0.000 0.000 0.044 0.192 0.108
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1204 0.9354 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.5606 0.5901 0.004 0.008 0.056 0.000 0.604 0.000 0.116 0.152 0.060
#> dkfz_11-140 9 0.5281 0.5594 0.000 0.216 0.000 0.000 0.052 0.036 0.040 0.040 0.616
#> dkfz_11-141 2 0.1944 0.8877 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-142 6 0.3344 0.6487 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024 0.016 0.240
#> dkfz_11-143 3 0.3155 -0.5381 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3527 -0.5306 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.008 0.480 0.008
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0424 0.7749 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0119 0.7780 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0119 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0776 0.7725 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-150 1 0.0331 0.9465 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2451 0.7854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.036 0.016 0.092
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1724 0.8436 0.016 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.024
#> dkfz_11-002 5 0.0558 0.4164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.2879 0.8286 0.048 0.004 0.000 0.840 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012 0.072
#> dkfz_11-004 6 0.4442 0.2060 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.420 0.064 0.000 0.012
#> dkfz_11-005 9 0.1851 0.4645 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.3580 0.9609 0.588 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.380 0.004
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 9 0.0426 0.7497 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2716 0.8313 0.048 0.004 0.000 0.848 0.000 0.000 0.012 0.012 0.004 0.072
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2302 0.3548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.024 0.008 0.000 0.124
#> dkfz_11-012 10 0.5963 0.3167 0.056 0.004 0.000 0.000 0.200 0.000 0.032 0.056 0.124 0.528
#> dkfz_11-013 1 0.3246 0.9742 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.380 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.6574 0.1131 0.096 0.004 0.000 0.000 0.412 0.000 0.028 0.108 0.084 0.268
#> dkfz_11-015 5 0.0226 0.4116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-016 5 0.3491 -0.1258 0.016 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.012 0.000 0.396
#> dkfz_11-017 3 0.0404 0.8970 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0395 0.8941 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 1 0.3476 0.9646 0.592 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.380 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0404 0.8959 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4906 0.7787 0.120 0.004 0.000 0.648 0.000 0.000 0.104 0.024 0.004 0.096
#> dkfz_11-022 2 0.4013 0.5869 0.020 0.708 0.000 0.000 0.004 0.000 0.132 0.012 0.000 0.124
#> dkfz_11-023 10 0.4565 0.4441 0.008 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.156 0.012 0.004 0.592
#> dkfz_11-024 1 0.2900 0.9868 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.7217 0.0208 0.096 0.004 0.000 0.000 0.292 0.000 0.060 0.112 0.148 0.288
#> dkfz_11-026 1 0.2900 0.9868 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.1051 0.8807 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-029 3 0.1195 0.8796 0.020 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-030 3 0.0558 0.8912 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.3166 0.8985 0.008 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.004
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.3042 0.7535 0.020 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.012
#> dkfz_11-035 6 0.4171 0.4927 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.316 0.060 0.000 0.012
#> dkfz_11-036 1 0.2900 0.9868 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-037 9 0.5036 0.2276 0.036 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236 0.024 0.604 0.068
#> dkfz_11-038 2 0.0508 0.9188 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.4954 0.7354 0.088 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.152 0.092 0.000 0.040
#> dkfz_11-040 4 0.0113 0.8502 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 6 0.3514 0.5379 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.312 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 6 0.4773 0.4898 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.288 0.052 0.060 0.004
#> dkfz_11-043 10 0.5292 0.2754 0.008 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.028 0.252 0.388
#> dkfz_11-044 10 0.4485 0.4597 0.012 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.100 0.016 0.000 0.568
#> dkfz_11-045 5 0.6868 0.0715 0.096 0.004 0.000 0.000 0.364 0.000 0.032 0.108 0.128 0.268
#> dkfz_11-046 4 0.5441 0.6786 0.100 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.152 0.148 0.000 0.040
#> dkfz_11-047 6 0.0113 0.8306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 9 0.0113 0.7627 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.1483 0.8452 0.016 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 5 0.3185 -0.1144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.012 0.000 0.404
#> dkfz_11-051 6 0.0113 0.8306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0315 0.8496 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3127 0.4515 0.016 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.028
#> dkfz_11-054 5 0.0282 0.4163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0508 0.9188 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.4262 0.7716 0.084 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.140 0.036 0.000 0.040
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.4131 0.8113 0.096 0.004 0.000 0.728 0.000 0.000 0.076 0.012 0.004 0.080
#> dkfz_11-059 2 0.0395 0.9177 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.5334 0.7274 0.108 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.156 0.100 0.000 0.052
#> dkfz_11-061 10 0.3644 0.4071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.024 0.012 0.004 0.600
#> dkfz_11-062 5 0.3230 -0.1276 0.004 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.008 0.000 0.412
#> dkfz_11-063 5 0.2024 0.3715 0.024 0.000 0.000 0.000 0.888 0.016 0.000 0.004 0.000 0.068
#> dkfz_11-064 1 0.2900 0.9868 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-065 9 0.0555 0.7486 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1536 0.8500 0.012 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.020
#> dkfz_11-067 3 0.0315 0.8968 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.2900 0.9868 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3202 0.2951 0.012 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.040 0.012 0.000 0.168
#> dkfz_11-071 7 0.6198 0.0270 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.412 0.080 0.048 0.092
#> dkfz_11-072 3 0.3049 0.5906 0.008 0.000 0.792 0.000 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-073 9 0.0113 0.7637 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.2188 0.8377 0.036 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.056
#> dkfz_11-075 5 0.3171 -0.1002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.012 0.000 0.396
#> dkfz_11-091 1 0.2989 0.9806 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.380 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.8311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.6491 0.1391 0.096 0.004 0.000 0.000 0.440 0.000 0.024 0.108 0.088 0.240
#> dkfz_11-095 7 0.5033 0.5607 0.036 0.044 0.000 0.000 0.000 0.244 0.580 0.004 0.000 0.092
#> dkfz_11-096 2 0.0282 0.9189 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.5038 0.6184 0.044 0.220 0.000 0.000 0.000 0.012 0.580 0.012 0.000 0.132
#> dkfz_11-098 7 0.4267 0.5988 0.016 0.324 0.000 0.000 0.000 0.024 0.596 0.028 0.000 0.012
#> dkfz_11-099 5 0.4279 -0.1980 0.012 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.064 0.016 0.000 0.344
#> dkfz_11-100 6 0.0113 0.8306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0226 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.0395 0.9192 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.5357 0.5360 0.032 0.140 0.000 0.000 0.024 0.008 0.552 0.012 0.000 0.232
#> dkfz_11-104 7 0.3589 0.6855 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.108 0.700 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 7 0.4092 0.5903 0.016 0.336 0.000 0.000 0.000 0.024 0.596 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 6 0.1070 0.8143 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008 0.028 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 7 0.3506 0.6587 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.020 0.676 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-108 7 0.3242 0.3669 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.332 0.648 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2321 0.7747 0.008 0.828 0.000 0.000 0.000 0.012 0.152 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 7 0.4025 0.5824 0.016 0.340 0.000 0.000 0.000 0.012 0.596 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 6 0.3717 0.3624 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.400 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 7 0.4167 0.6024 0.016 0.324 0.000 0.000 0.000 0.032 0.600 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 2 0.0597 0.9182 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.5729 0.4286 0.032 0.068 0.000 0.000 0.080 0.024 0.548 0.016 0.000 0.232
#> dkfz_11-115 6 0.0780 0.8192 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0113 0.8502 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 7 0.5398 0.5797 0.040 0.204 0.000 0.000 0.016 0.004 0.536 0.012 0.000 0.188
#> dkfz_11-118 7 0.4600 0.3575 0.016 0.072 0.000 0.000 0.000 0.328 0.556 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 6 0.0113 0.8306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.4154 0.6607 0.016 0.240 0.000 0.000 0.000 0.016 0.660 0.008 0.000 0.060
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 7 0.3528 0.6490 0.004 0.284 0.000 0.000 0.000 0.012 0.668 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-123 7 0.3528 0.6490 0.004 0.284 0.000 0.000 0.000 0.012 0.668 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-124 4 0.2672 0.8319 0.048 0.004 0.000 0.852 0.000 0.000 0.012 0.012 0.004 0.068
#> dkfz_11-125 7 0.3264 0.3977 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000 0.320 0.656 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0282 0.9189 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.4994 0.6238 0.044 0.216 0.000 0.000 0.000 0.012 0.588 0.012 0.000 0.128
#> dkfz_11-128 2 0.0282 0.9189 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2698 0.7609 0.016 0.824 0.000 0.000 0.000 0.012 0.132 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 7 0.4672 0.6576 0.016 0.192 0.000 0.000 0.000 0.148 0.616 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 7 0.5110 0.5724 0.036 0.048 0.000 0.000 0.000 0.232 0.584 0.008 0.000 0.092
#> dkfz_11-132 2 0.0508 0.9188 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2035 0.8412 0.008 0.872 0.000 0.000 0.000 0.012 0.104 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.2032 0.8294 0.008 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0395 0.9192 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.5656 0.6725 0.112 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.148 0.152 0.000 0.052
#> dkfz_11-137 4 0.0113 0.8502 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 2 0.0508 0.9188 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2122 0.3816 0.016 0.000 0.052 0.000 0.888 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> dkfz_11-140 7 0.5403 0.5407 0.032 0.144 0.000 0.000 0.028 0.008 0.552 0.012 0.000 0.224
#> dkfz_11-141 2 0.2032 0.8327 0.008 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.3890 0.3337 0.016 0.004 0.000 0.000 0.000 0.548 0.404 0.024 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 8 0.2875 0.8963 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.3166 0.8985 0.008 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.2900 0.9868 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1130 0.8802 0.020 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-147 3 0.0315 0.8971 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 1 0.2900 0.9868 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0740 0.8912 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-150 1 0.3110 0.9835 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.388 0.004
#> dkfz_11-151 6 0.3559 0.6555 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.196 0.056 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:kmeans 135 2.07e-27 4.84e-30 2
#> SD:kmeans 135 2.12e-46 2.78e-30 3
#> SD:kmeans 130 1.67e-70 2.88e-28 4
#> SD:kmeans 97 1.14e-51 9.90e-21 5
#> SD:kmeans 136 4.62e-102 1.64e-34 6
#> SD:kmeans 135 4.71e-101 3.41e-34 7
#> SD:kmeans 108 1.28e-90 1.60e-39 8
#> SD:kmeans 110 1.25e-87 1.00e-37 9
#> SD:kmeans 102 1.99e-62 1.75e-31 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 7.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.50090 0.500 0.500
#> 3 3 1.000 0.971 0.981 0.21878 0.890 0.780
#> 4 4 0.918 0.921 0.945 0.12049 0.928 0.815
#> 5 5 0.950 0.942 0.959 0.07635 0.933 0.796
#> 6 6 0.996 0.954 0.971 0.11364 0.899 0.631
#> 7 7 0.960 0.893 0.939 0.01964 0.986 0.922
#> 8 8 0.928 0.843 0.909 0.01140 0.996 0.975
#> 9 9 0.875 0.758 0.873 0.01047 0.998 0.990
#> 10 10 0.869 0.747 0.850 0.00875 0.998 0.990
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 7
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5 6
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 6 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.8713 0.594 0.708 0.292
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.6048 0.823 0.148 0.852
#> dkfz_11-043 1 0.0672 0.983 0.992 0.008
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3274 0.931 0.940 0.060
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.9170 0.511 0.668 0.332
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.226 0.950 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-003 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.423 0.790 0.836 0.160 0.004
#> dkfz_11-012 1 0.231 0.955 0.944 0.024 0.032
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.216 0.953 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-015 1 0.216 0.953 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-016 1 0.304 0.934 0.908 0.008 0.084
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-022 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-040 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.571 0.520 0.320 0.680 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.245 0.931 0.936 0.052 0.012
#> dkfz_11-044 1 0.249 0.952 0.932 0.008 0.060
#> dkfz_11-045 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-046 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-050 1 0.226 0.950 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-053 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 1 0.226 0.950 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-057 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-058 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-061 1 0.264 0.951 0.932 0.020 0.048
#> dkfz_11-062 1 0.414 0.901 0.872 0.032 0.096
#> dkfz_11-063 2 0.175 0.941 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.510 0.654 0.752 0.248 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.369 0.836 0.000 0.140 0.860
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-075 1 0.226 0.950 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-094 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.226 0.950 0.932 0.000 0.068
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-137 1 0.116 0.970 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.271 0.935 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 4 0.2174 0.804 0.052 0.000 0.020 0.928
#> dkfz_11-003 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.2731 0.788 0.048 0.032 0.008 0.912
#> dkfz_11-012 4 0.1762 0.806 0.048 0.004 0.004 0.944
#> dkfz_11-013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.2161 0.805 0.048 0.004 0.016 0.932
#> dkfz_11-015 4 0.2060 0.805 0.052 0.000 0.016 0.932
#> dkfz_11-016 4 0.2197 0.803 0.048 0.000 0.024 0.928
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-022 2 0.1211 0.951 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-023 2 0.3569 0.777 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.3052 0.811 0.136 0.004 0.000 0.860
#> dkfz_11-026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.7569 0.528 0.264 0.200 0.008 0.528
#> dkfz_11-038 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-040 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.5998 0.529 0.108 0.680 0.000 0.212
#> dkfz_11-043 4 0.6033 0.428 0.056 0.284 0.008 0.652
#> dkfz_11-044 4 0.2161 0.805 0.048 0.004 0.016 0.932
#> dkfz_11-045 4 0.1743 0.807 0.056 0.000 0.004 0.940
#> dkfz_11-046 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-050 4 0.2174 0.804 0.052 0.000 0.020 0.928
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.2174 0.804 0.052 0.000 0.020 0.928
#> dkfz_11-055 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-057 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-058 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-059 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-061 4 0.2161 0.805 0.048 0.004 0.016 0.932
#> dkfz_11-062 4 0.2300 0.801 0.048 0.000 0.028 0.924
#> dkfz_11-063 2 0.5174 0.685 0.020 0.736 0.020 0.224
#> dkfz_11-064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.3383 0.744 0.052 0.076 0.000 0.872
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.3356 0.722 0.000 0.176 0.824 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-075 4 0.2174 0.804 0.052 0.000 0.020 0.928
#> dkfz_11-091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-094 4 0.1743 0.807 0.056 0.000 0.004 0.940
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.2197 0.803 0.048 0.000 0.024 0.928
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.0336 0.981 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0336 0.981 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-117 2 0.0336 0.981 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0336 0.981 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-136 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-137 4 0.4086 0.811 0.216 0.000 0.008 0.776
#> dkfz_11-138 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 4 0.2300 0.801 0.048 0.000 0.028 0.924
#> dkfz_11-140 2 0.0336 0.981 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1579 0.941 0.024 0.000 0.000 0.032 0.944
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-005 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-008 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-011 5 0.1012 0.945 0.000 0.020 0.000 0.012 0.968
#> dkfz_11-012 5 0.0880 0.954 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-013 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0880 0.954 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-015 5 0.1041 0.953 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964
#> dkfz_11-016 5 0.1012 0.945 0.000 0.020 0.000 0.012 0.968
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.3636 0.657 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-023 5 0.2813 0.751 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-024 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.4525 0.465 0.000 0.016 0.000 0.360 0.624
#> dkfz_11-026 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-036 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5406 0.240 0.008 0.520 0.000 0.432 0.040
#> dkfz_11-038 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-042 2 0.5144 0.356 0.016 0.580 0.000 0.384 0.020
#> dkfz_11-043 5 0.1299 0.946 0.008 0.020 0.000 0.012 0.960
#> dkfz_11-044 5 0.0880 0.954 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-045 5 0.1661 0.938 0.024 0.000 0.000 0.036 0.940
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-048 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0880 0.954 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-051 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.1579 0.941 0.024 0.000 0.000 0.032 0.944
#> dkfz_11-055 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0880 0.954 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-062 5 0.1012 0.945 0.000 0.020 0.000 0.012 0.968
#> dkfz_11-063 5 0.0880 0.932 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-064 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-070 5 0.1012 0.950 0.000 0.012 0.000 0.020 0.968
#> dkfz_11-071 2 0.1493 0.937 0.024 0.948 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-072 3 0.3196 0.702 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0880 0.954 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-091 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1750 0.934 0.028 0.000 0.000 0.036 0.936
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-097 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0880 0.954 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-100 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-101 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-102 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-103 2 0.1410 0.931 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-104 2 0.0290 0.941 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-107 2 0.0609 0.940 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-108 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.1270 0.934 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-110 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0880 0.938 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-114 2 0.1410 0.931 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-115 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1410 0.931 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-118 2 0.0798 0.939 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-119 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-120 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1121 0.936 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-123 2 0.1270 0.934 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0579 0.940 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-126 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-127 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-128 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-129 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 2 0.0404 0.941 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-132 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-133 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-134 2 0.0609 0.940 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-135 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1341 0.933 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-139 5 0.1442 0.946 0.004 0.000 0.012 0.032 0.952
#> dkfz_11-140 2 0.1410 0.931 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-141 2 0.1043 0.937 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-142 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0703 1.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.1579 0.933 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0291 0.9857 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-002 5 0.0692 0.9704 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-005 1 0.0146 0.9980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-008 1 0.0146 0.9980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-011 5 0.0291 0.9725 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-012 5 0.0291 0.9725 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-013 1 0.0146 0.9969 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.0935 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> dkfz_11-015 5 0.0692 0.9712 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> dkfz_11-016 5 0.0291 0.9718 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0291 0.9857 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0713 0.9516 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.1663 0.8826 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0146 0.9980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 5 0.3816 0.6714 0.000 0.000 0.000 0.240 0.728 0.032
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0146 0.9871 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.5299 0.0647 0.036 0.460 0.000 0.476 0.016 0.012
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-042 6 0.3642 0.7345 0.000 0.036 0.000 0.204 0.000 0.760
#> dkfz_11-043 5 0.0291 0.9718 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-044 5 0.0146 0.9721 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0935 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-048 1 0.0146 0.9980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0405 0.9721 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> dkfz_11-051 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0777 0.9696 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0405 0.9718 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-063 5 0.0405 0.9719 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0146 0.9980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-070 5 0.0508 0.9716 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-071 6 0.1367 0.9575 0.000 0.044 0.000 0.000 0.012 0.944
#> dkfz_11-072 3 0.2595 0.8072 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004 0.160
#> dkfz_11-073 1 0.0146 0.9980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0405 0.9721 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0935 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0260 0.9722 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-099 5 0.0405 0.9720 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-100 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-101 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0260 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0458 0.9651 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-105 2 0.0260 0.9721 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-106 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.2178 0.8294 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0146 0.9748 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-112 2 0.0260 0.9721 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0260 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0260 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.3620 0.5293 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-119 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.3833 0.0941 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1204 0.9247 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0363 0.9682 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0777 0.9696 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-140 2 0.0260 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-143 3 0.0146 0.9871 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0291 0.9857 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.1204 0.9730 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0504 0.9818 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-002 5 0.3028 0.5650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0239 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-005 1 0.1166 0.9630 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-006 1 0.0334 0.9740 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 6 0.0239 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-008 1 0.1222 0.9614 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2600 0.6679 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> dkfz_11-012 5 0.3066 0.4839 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> dkfz_11-013 1 0.0504 0.9703 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-014 7 0.3280 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> dkfz_11-015 5 0.2359 0.6921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-016 5 0.0797 0.7486 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-017 3 0.0422 0.9828 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.0334 0.9848 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 1 0.0334 0.9740 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0134 0.9851 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-023 5 0.3199 0.5906 0.000 0.060 0.000 0.000 0.800 0.000 0.140
#> dkfz_11-024 1 0.0927 0.9682 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-025 7 0.3924 0.8022 0.000 0.000 0.000 0.056 0.252 0.000 0.692
#> dkfz_11-026 1 0.0334 0.9748 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0134 0.9848 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0239 0.9847 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0334 0.9832 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0422 0.9848 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-035 6 0.0239 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-036 1 0.0239 0.9750 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 4 0.7625 -0.0466 0.088 0.236 0.000 0.360 0.100 0.000 0.216
#> dkfz_11-038 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-039 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0555 0.9179 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> dkfz_11-042 6 0.2773 0.7032 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.796 0.008
#> dkfz_11-043 5 0.2081 0.6799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> dkfz_11-044 5 0.2190 0.7285 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> dkfz_11-045 7 0.3266 0.9242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-046 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 6 0.0239 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-048 1 0.1222 0.9614 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-049 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 5 0.0239 0.7502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-051 6 0.0239 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-052 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.0334 0.9848 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-054 5 0.3047 0.5558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> dkfz_11-055 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-056 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-060 4 0.0134 0.9635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 5 0.1330 0.7488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-062 5 0.0582 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-063 5 0.1715 0.7146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-064 1 0.0582 0.9730 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-065 1 0.1277 0.9593 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-066 3 0.0134 0.9851 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0239 0.9750 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3321 0.3534 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-071 6 0.3789 0.6324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.732 0.196
#> dkfz_11-072 3 0.2483 0.8481 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.092 0.044
#> dkfz_11-073 1 0.1222 0.9614 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0504 0.7505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3266 0.9242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-095 2 0.0504 0.9630 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-096 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-097 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-098 2 0.1504 0.9327 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> dkfz_11-099 5 0.2154 0.7293 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> dkfz_11-100 6 0.0239 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-101 6 0.0334 0.9220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-102 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-103 2 0.0656 0.9607 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-104 2 0.1827 0.9165 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.056 0.032
#> dkfz_11-105 2 0.1448 0.9366 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.036 0.028
#> dkfz_11-106 6 0.0239 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-107 2 0.0582 0.9613 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-108 2 0.3663 0.6031 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.268 0.032
#> dkfz_11-109 2 0.0422 0.9659 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-110 2 0.1001 0.9538 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-111 6 0.0555 0.9179 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> dkfz_11-112 2 0.1648 0.9264 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.044 0.032
#> dkfz_11-113 2 0.0239 0.9652 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 2 0.0990 0.9509 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-115 6 0.0239 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-118 6 0.3899 0.4751 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.644 0.032
#> dkfz_11-119 6 0.0239 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-120 2 0.0504 0.9627 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0422 0.9636 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-123 2 0.0504 0.9627 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.4199 0.1978 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.536 0.036
#> dkfz_11-126 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 2 0.0239 0.9659 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-129 2 0.0504 0.9630 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-130 2 0.2658 0.8350 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.120 0.036
#> dkfz_11-131 2 0.0582 0.9613 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-132 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-133 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-134 2 0.0422 0.9653 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-135 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-136 4 0.0239 0.9611 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-139 5 0.3252 0.5012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> dkfz_11-140 2 0.0422 0.9636 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-141 2 0.0334 0.9660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-142 6 0.0555 0.9179 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> dkfz_11-143 3 0.0422 0.9838 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.0334 0.9832 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145 1 0.0239 0.9750 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0334 0.9823 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.0239 0.9847 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-148 1 0.0239 0.9750 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0422 0.9828 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-150 1 0.0134 0.9754 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.9238 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.1038 0.962 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-002 5 0.4513 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.292 0.128
#> dkfz_11-003 4 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.1443 0.870 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.068
#> dkfz_11-005 1 0.1912 0.881 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-006 1 0.0669 0.920 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-007 6 0.0313 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-008 1 0.1947 0.879 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-009 4 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 6 0.0224 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 5 0.3996 0.515 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.296 0.068
#> dkfz_11-012 5 0.4258 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.444 0.064
#> dkfz_11-013 1 0.1553 0.888 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.072
#> dkfz_11-014 7 0.1561 0.817 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.912 0.008
#> dkfz_11-015 5 0.3280 0.625 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.164 0.068
#> dkfz_11-016 5 0.2256 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.052 0.076
#> dkfz_11-017 3 0.0544 0.967 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-018 3 0.0544 0.969 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-019 1 0.0768 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-020 3 0.0395 0.969 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1057 0.911 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-023 5 0.4771 0.474 0.000 0.108 0.000 0.000 0.672 0.000 0.120 0.100
#> dkfz_11-024 1 0.1244 0.912 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-025 7 0.1812 0.795 0.000 0.000 0.000 0.020 0.056 0.000 0.912 0.012
#> dkfz_11-026 1 0.0544 0.924 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-027 6 0.0224 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0596 0.966 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-029 3 0.0932 0.963 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-030 3 0.0544 0.966 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-031 6 0.0349 0.891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0471 0.969 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 6 0.0125 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0614 0.969 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-035 6 0.0932 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> dkfz_11-036 1 0.0520 0.923 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-037 8 0.7946 0.000 0.120 0.116 0.000 0.252 0.052 0.004 0.124 0.332
#> dkfz_11-038 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1162 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056
#> dkfz_11-042 6 0.3196 0.614 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.756 0.000 0.040
#> dkfz_11-043 5 0.3656 0.584 0.000 0.004 0.000 0.000 0.744 0.000 0.104 0.148
#> dkfz_11-044 5 0.3965 0.619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.160 0.144
#> dkfz_11-045 7 0.1341 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0471 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-048 1 0.2172 0.867 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0856 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-051 6 0.0544 0.891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0544 0.966 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-054 5 0.4442 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.244 0.144
#> dkfz_11-055 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2714 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.120 0.052
#> dkfz_11-062 5 0.1259 0.678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> dkfz_11-063 5 0.3500 0.594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.080 0.176
#> dkfz_11-064 1 0.0808 0.922 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-065 1 0.2294 0.864 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.152
#> dkfz_11-066 3 0.0614 0.968 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-067 3 0.0313 0.968 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 1 0.0520 0.923 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-069 6 0.0349 0.891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-070 7 0.4258 -0.195 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.492 0.064
#> dkfz_11-071 6 0.5197 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.584 0.232 0.124
#> dkfz_11-072 3 0.3057 0.819 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.052 0.016 0.116
#> dkfz_11-073 1 0.2474 0.856 0.832 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.152
#> dkfz_11-074 4 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 5 0.0941 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-091 1 0.0695 0.921 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.1293 0.822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.1195 0.911 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-096 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-097 2 0.0395 0.923 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-098 2 0.2132 0.874 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.080
#> dkfz_11-099 5 0.3927 0.618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.132 0.168
#> dkfz_11-100 6 0.0471 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-101 6 0.0745 0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-102 2 0.0395 0.923 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-103 2 0.2186 0.872 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.096
#> dkfz_11-104 2 0.2992 0.797 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.096
#> dkfz_11-105 2 0.2266 0.862 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.092
#> dkfz_11-106 6 0.0932 0.883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> dkfz_11-107 2 0.1293 0.905 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-108 2 0.4250 0.441 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.104
#> dkfz_11-109 2 0.0395 0.924 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-110 2 0.1895 0.886 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.088
#> dkfz_11-111 6 0.1417 0.865 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.076
#> dkfz_11-112 2 0.2673 0.828 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.100
#> dkfz_11-113 2 0.0313 0.923 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-114 2 0.2639 0.833 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.092
#> dkfz_11-115 6 0.0596 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0471 0.924 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-118 6 0.4352 0.327 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.104
#> dkfz_11-119 6 0.0471 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-120 2 0.1216 0.912 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0983 0.915 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-123 2 0.0926 0.916 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.4641 0.156 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.120
#> dkfz_11-126 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-127 2 0.0669 0.924 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-128 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-129 2 0.1244 0.907 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-130 2 0.3481 0.714 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.112
#> dkfz_11-131 2 0.1195 0.911 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-132 2 0.0471 0.923 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-133 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-134 2 0.0313 0.923 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-135 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-136 4 0.0438 0.980 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0471 0.922 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-139 5 0.4973 0.397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.248 0.244
#> dkfz_11-140 2 0.1260 0.911 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.056
#> dkfz_11-141 2 0.0395 0.923 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-142 6 0.1416 0.867 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.068
#> dkfz_11-143 3 0.0868 0.963 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-144 3 0.0983 0.963 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-145 1 0.0251 0.925 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0932 0.958 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-147 3 0.0614 0.967 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-148 1 0.0520 0.923 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-149 3 0.0926 0.965 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-150 1 0.0596 0.922 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-151 6 0.0520 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1504 0.939 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.028
#> dkfz_11-002 5 0.5017 -0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.276 0.008 0.260
#> dkfz_11-003 4 0.0119 0.993 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.2075 0.815 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.120 0.012
#> dkfz_11-005 1 0.2921 0.773 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.036
#> dkfz_11-006 1 0.1340 0.854 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040
#> dkfz_11-007 6 0.0212 0.867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2970 0.767 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.036
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0212 0.866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4594 0.287 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.320 0.036 0.080
#> dkfz_11-012 5 0.5018 0.146 0.000 0.000 0.000 0.004 0.448 0.000 0.416 0.080 0.052
#> dkfz_11-013 1 0.2652 0.774 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048 0.112
#> dkfz_11-014 7 0.0975 0.798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 5 0.4320 -0.103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.152 0.012 0.200
#> dkfz_11-016 5 0.2722 0.439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.032 0.060 0.064
#> dkfz_11-017 3 0.1417 0.943 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.0763 0.952 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-019 1 0.1451 0.854 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.028
#> dkfz_11-020 3 0.1058 0.949 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.2111 0.801 0.000 0.888 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.040 0.060
#> dkfz_11-023 5 0.5170 0.338 0.000 0.072 0.000 0.000 0.636 0.000 0.128 0.116 0.048
#> dkfz_11-024 1 0.1770 0.841 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012
#> dkfz_11-025 7 0.1221 0.780 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000 0.948 0.012 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.0706 0.860 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0296 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0959 0.950 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024
#> dkfz_11-029 3 0.1222 0.948 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.028
#> dkfz_11-030 3 0.0824 0.947 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-031 6 0.0212 0.866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0810 0.950 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0810 0.953 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024
#> dkfz_11-035 6 0.1192 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> dkfz_11-036 1 0.1275 0.850 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> dkfz_11-037 8 0.7861 0.000 0.096 0.076 0.000 0.164 0.076 0.012 0.088 0.420 0.068
#> dkfz_11-038 2 0.0565 0.857 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-039 4 0.0237 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1596 0.831 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3571 0.590 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.724 0.000 0.064 0.012
#> dkfz_11-043 5 0.4106 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.060 0.148 0.072
#> dkfz_11-044 5 0.4994 0.285 0.000 0.004 0.000 0.000 0.612 0.000 0.152 0.080 0.152
#> dkfz_11-045 7 0.0764 0.799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0237 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-047 6 0.0706 0.866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3084 0.749 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.036
#> dkfz_11-049 4 0.0119 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 5 0.1369 0.422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.012 0.016 0.036
#> dkfz_11-051 6 0.0645 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0119 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.1087 0.945 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> dkfz_11-054 5 0.4563 -0.587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.164 0.000 0.320
#> dkfz_11-055 2 0.0658 0.856 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-056 4 0.0237 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0119 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0446 0.858 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-060 4 0.0237 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-061 5 0.3070 0.445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.112 0.036 0.044
#> dkfz_11-062 5 0.1528 0.449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016 0.028 0.028
#> dkfz_11-063 5 0.4592 0.335 0.000 0.008 0.000 0.000 0.672 0.000 0.068 0.112 0.140
#> dkfz_11-064 1 0.1033 0.857 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3138 0.748 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.040
#> dkfz_11-066 3 0.0507 0.953 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0565 0.951 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.1275 0.850 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> dkfz_11-069 6 0.0212 0.866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.5452 -0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.416 0.080 0.128
#> dkfz_11-071 6 0.5749 0.233 0.000 0.008 0.000 0.000 0.048 0.504 0.204 0.216 0.020
#> dkfz_11-072 3 0.3617 0.770 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.048 0.016 0.160 0.020
#> dkfz_11-073 1 0.3324 0.732 0.724 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.228 0.044
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2026 0.363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.024 0.008 0.084
#> dkfz_11-091 1 0.1217 0.858 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0119 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 7 0.0999 0.795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.952 0.000 0.012
#> dkfz_11-095 2 0.2246 0.841 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.140 0.004
#> dkfz_11-096 2 0.0658 0.856 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-097 2 0.0492 0.864 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-098 2 0.3326 0.769 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-099 5 0.4676 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.120 0.060 0.188
#> dkfz_11-100 6 0.0515 0.866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0876 0.859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0446 0.858 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-103 2 0.3826 0.757 0.000 0.728 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020 0.184 0.052
#> dkfz_11-104 2 0.3360 0.756 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3306 0.759 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.1292 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> dkfz_11-107 2 0.2001 0.836 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.4674 0.363 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0658 0.866 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> dkfz_11-110 2 0.3177 0.772 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.2050 0.801 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3530 0.727 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1048 0.865 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.4307 0.713 0.000 0.696 0.000 0.000 0.020 0.000 0.048 0.180 0.056
#> dkfz_11-115 6 0.0792 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.1845 0.837 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.044 0.036
#> dkfz_11-118 6 0.4629 0.260 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0373 0.867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2060 0.834 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1810 0.845 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1786 0.851 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.4765 0.162 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0446 0.858 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-127 2 0.0792 0.866 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0446 0.858 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-129 2 0.2024 0.843 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.4166 0.600 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2176 0.838 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0658 0.861 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-133 2 0.0212 0.864 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0706 0.865 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0565 0.858 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-136 4 0.0591 0.978 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0446 0.858 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-139 9 0.4577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.128 0.004 0.476
#> dkfz_11-140 2 0.2855 0.820 0.000 0.816 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.128 0.044
#> dkfz_11-141 2 0.0414 0.862 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-142 6 0.2098 0.801 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1217 0.947 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024
#> dkfz_11-144 3 0.1191 0.947 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.016
#> dkfz_11-145 1 0.0634 0.859 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.2245 0.900 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072 0.048
#> dkfz_11-147 3 0.0581 0.950 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1275 0.850 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.1423 0.940 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.020
#> dkfz_11-150 1 0.1567 0.844 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.032
#> dkfz_11-151 6 0.0515 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1959 0.9122 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 NA
#> dkfz_11-002 9 0.5391 0.5256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.208 0.024 0.372 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0315 0.9870 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-004 6 0.3014 0.7312 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.776 0.004 0.020 0.004 NA
#> dkfz_11-005 1 0.2391 0.7618 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.008 NA
#> dkfz_11-006 1 0.2116 0.8120 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072 0.012 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0627 0.8421 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-008 1 0.2502 0.7413 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.004 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0113 0.9943 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0315 0.8402 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.5195 0.3128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.232 0.028 0.100 NA
#> dkfz_11-012 5 0.5411 0.2539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.348 0.064 0.036 NA
#> dkfz_11-013 1 0.3670 0.6678 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080 0.052 NA
#> dkfz_11-014 7 0.0773 0.7818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-015 5 0.3967 0.1226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.112 0.012 0.188 NA
#> dkfz_11-016 5 0.3003 0.4696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.012 0.032 0.068 NA
#> dkfz_11-017 3 0.1210 0.9315 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0492 0.9368 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.2277 0.8140 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.012 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0896 0.9354 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 2 0.2221 0.7273 0.000 0.860 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> dkfz_11-023 5 0.4808 0.4356 0.000 0.044 0.000 0.000 0.672 0.000 0.064 0.044 0.032 NA
#> dkfz_11-024 1 0.1445 0.8204 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 NA
#> dkfz_11-025 7 0.0896 0.7758 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.964 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0896 0.8335 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0315 0.8411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.1749 0.9187 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012 NA
#> dkfz_11-029 3 0.1557 0.9327 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.016 NA
#> dkfz_11-030 3 0.1043 0.9339 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0671 0.8374 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0729 0.9362 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0597 0.8416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-034 3 0.1138 0.9366 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 NA
#> dkfz_11-035 6 0.1726 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-036 1 0.1887 0.8099 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 NA
#> dkfz_11-037 8 0.7516 0.0000 0.108 0.080 0.000 0.124 0.052 0.000 0.056 0.372 0.004 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0652 0.8048 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0113 0.9946 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.1956 0.7926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-042 6 0.3531 0.5884 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.724 0.004 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.4648 0.4340 0.008 0.004 0.000 0.000 0.692 0.000 0.052 0.096 0.048 NA
#> dkfz_11-044 5 0.5690 0.2366 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.108 0.032 0.172 NA
#> dkfz_11-045 7 0.0492 0.7855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0113 0.9946 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-047 6 0.0949 0.8425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-048 1 0.2698 0.7140 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.264 0.000 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.0941 0.4832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.004 0.020 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0930 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0930 0.9344 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-054 5 0.4719 -0.5600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.148 0.012 0.404 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0987 0.8013 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0113 0.9946 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.0869 0.8026 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 5 0.3782 0.4622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.092 0.016 0.060 NA
#> dkfz_11-062 5 0.1881 0.4902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004 0.028 0.036 NA
#> dkfz_11-063 5 0.5248 0.3230 0.000 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.044 0.108 0.144 NA
#> dkfz_11-064 1 0.1061 0.8319 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 NA
#> dkfz_11-065 1 0.2681 0.7129 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0728 0.9369 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0806 0.9352 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> dkfz_11-068 1 0.1846 0.8076 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.008 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0582 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-070 7 0.6031 -0.2422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.368 0.052 0.120 NA
#> dkfz_11-071 6 0.6214 0.2263 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072 0.484 0.148 0.068 0.020 NA
#> dkfz_11-072 3 0.3740 0.7778 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.036 0.012 0.140 0.012 NA
#> dkfz_11-073 1 0.2857 0.6989 0.712 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.276 0.000 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0113 0.9943 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.1998 0.4252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.024 0.004 0.088 NA
#> dkfz_11-091 1 0.1176 0.8282 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0202 0.8409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.0539 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-095 2 0.3041 0.7693 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0740 0.8038 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-097 2 0.0888 0.8151 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-098 2 0.3321 0.7407 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-099 5 0.5402 0.1065 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.060 0.028 0.248 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0816 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.1469 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0429 0.8095 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-103 2 0.4301 0.6273 0.000 0.616 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028 0.020 0.028 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3739 0.6936 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-105 2 0.3230 0.7381 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.1683 0.8159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-107 2 0.2597 0.7758 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-108 2 0.4504 0.4273 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109 2 0.0986 0.8219 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 2 0.3186 0.7539 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-111 6 0.2484 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-112 2 0.3430 0.7144 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.1594 0.8198 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 2 0.4548 0.6013 0.000 0.604 0.000 0.000 0.012 0.000 0.052 0.020 0.028 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0816 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.1762 0.7927 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-118 6 0.4565 0.2203 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.1008 0.8396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-120 2 0.2506 0.7912 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.2343 0.8024 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-123 2 0.2484 0.7982 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.4994 0.0433 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.384 0.004 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0652 0.8048 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-127 2 0.1294 0.8233 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0717 0.8061 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-129 2 0.2352 0.7881 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 2 0.4061 0.6039 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131 2 0.2633 0.7911 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-132 2 0.0717 0.8150 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-133 2 0.0492 0.8181 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 2 0.1412 0.8218 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.0869 0.8021 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-136 4 0.0597 0.9750 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0429 0.8095 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-139 9 0.3956 0.6015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.096 0.000 0.640 NA
#> dkfz_11-140 2 0.3184 0.7589 0.000 0.744 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012 0.020 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0469 0.8176 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-142 6 0.2462 0.7320 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.1564 0.9247 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004 NA
#> dkfz_11-144 3 0.1762 0.9191 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004 NA
#> dkfz_11-145 1 0.1064 0.8304 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012 NA
#> dkfz_11-146 3 0.3232 0.8286 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100 0.056 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0898 0.9357 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-148 1 0.1722 0.8102 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1547 0.9209 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072 0.004 NA
#> dkfz_11-150 1 0.1805 0.8201 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0615 0.8425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:skmeans 136 8.50e-25 6.51e-09 2
#> SD:skmeans 136 2.09e-49 1.99e-09 3
#> SD:skmeans 135 1.01e-70 2.97e-13 4
#> SD:skmeans 133 2.54e-93 4.38e-28 5
#> SD:skmeans 134 2.70e-98 2.09e-32 6
#> SD:skmeans 131 2.59e-93 3.77e-31 7
#> SD:skmeans 125 1.14e-89 9.58e-30 8
#> SD:skmeans 114 6.90e-78 1.74e-27 9
#> SD:skmeans 116 1.83e-78 6.31e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.271 0.740 0.809 0.33174 0.747 0.747
#> 3 3 0.462 0.499 0.748 0.72323 0.640 0.521
#> 4 4 0.963 0.935 0.970 0.17521 0.665 0.367
#> 5 5 0.934 0.910 0.962 0.16545 0.827 0.518
#> 6 6 0.972 0.940 0.975 0.05770 0.927 0.687
#> 7 7 0.978 0.941 0.976 0.01362 0.986 0.920
#> 8 8 0.947 0.878 0.939 0.01101 0.985 0.910
#> 9 9 0.952 0.905 0.957 0.00885 0.995 0.964
#> 10 10 0.947 0.903 0.955 0.00957 0.986 0.908
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 4 5 6 7 8
There is also optional best \(k\) = 4 5 6 7 8 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-002 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-003 1 0.9710 0.541 0.600 0.400
#> dkfz_11-004 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-007 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-008 1 0.0938 0.687 0.988 0.012
#> dkfz_11-009 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-010 1 0.8207 0.754 0.744 0.256
#> dkfz_11-011 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-012 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-013 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-014 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-015 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-016 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-017 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-018 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-019 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-020 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-021 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-022 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-023 1 0.8267 0.756 0.740 0.260
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.7745 0.756 0.772 0.228
#> dkfz_11-028 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-029 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-030 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-031 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-032 1 0.9922 0.689 0.552 0.448
#> dkfz_11-033 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-034 2 0.0938 0.822 0.012 0.988
#> dkfz_11-035 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.8327 0.753 0.736 0.264
#> dkfz_11-038 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-041 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-042 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-045 1 0.7745 0.756 0.772 0.228
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-048 1 0.0938 0.687 0.988 0.012
#> dkfz_11-049 2 0.0672 0.842 0.008 0.992
#> dkfz_11-050 1 0.5737 0.700 0.864 0.136
#> dkfz_11-051 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-052 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-053 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-054 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-055 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-056 2 0.1414 0.849 0.020 0.980
#> dkfz_11-057 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-058 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-059 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-062 1 0.5408 0.695 0.876 0.124
#> dkfz_11-063 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0938 0.687 0.988 0.012
#> dkfz_11-066 1 0.6712 0.717 0.824 0.176
#> dkfz_11-067 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.2948 0.706 0.948 0.052
#> dkfz_11-070 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-071 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-072 1 0.2043 0.709 0.968 0.032
#> dkfz_11-073 1 0.7453 0.755 0.788 0.212
#> dkfz_11-074 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-075 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-091 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-092 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-093 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-094 1 0.0376 0.690 0.996 0.004
#> dkfz_11-095 1 0.9000 0.765 0.684 0.316
#> dkfz_11-096 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-097 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-098 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-099 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-100 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-101 1 0.8207 0.758 0.744 0.256
#> dkfz_11-102 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-103 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-104 1 0.8267 0.756 0.740 0.260
#> dkfz_11-105 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-106 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-107 1 0.9427 0.764 0.640 0.360
#> dkfz_11-108 1 0.8267 0.756 0.740 0.260
#> dkfz_11-109 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-110 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-111 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-112 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-113 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-114 1 0.9522 0.762 0.628 0.372
#> dkfz_11-115 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-116 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-117 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-118 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-119 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-120 1 0.9248 0.765 0.660 0.340
#> dkfz_11-121 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-122 1 0.8267 0.756 0.740 0.260
#> dkfz_11-123 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-124 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-125 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-126 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-127 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-128 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-129 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-130 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-131 1 0.9358 0.765 0.648 0.352
#> dkfz_11-132 1 0.9608 0.760 0.616 0.384
#> dkfz_11-133 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-134 1 0.8267 0.756 0.740 0.260
#> dkfz_11-135 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.5294 0.891 0.120 0.880
#> dkfz_11-138 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-139 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-140 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-141 1 0.9580 0.761 0.620 0.380
#> dkfz_11-142 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
#> dkfz_11-143 2 0.9988 -0.579 0.480 0.520
#> dkfz_11-144 1 0.9795 0.699 0.584 0.416
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.691 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-147 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-148 1 0.0938 0.687 0.988 0.012
#> dkfz_11-149 1 0.5294 0.693 0.880 0.120
#> dkfz_11-150 1 0.4562 0.696 0.904 0.096
#> dkfz_11-151 1 0.8443 0.751 0.728 0.272
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-002 2 0.6180 -0.3059 0.000 0.584 0.416
#> dkfz_11-003 2 0.9598 0.3561 0.276 0.476 0.248
#> dkfz_11-004 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.5529 -0.1088 0.000 0.704 0.296
#> dkfz_11-007 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-008 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.5733 0.5799 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-011 2 0.6192 -0.3076 0.000 0.580 0.420
#> dkfz_11-012 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-013 2 0.5760 -0.1724 0.000 0.672 0.328
#> dkfz_11-014 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-015 2 0.6192 -0.3076 0.000 0.580 0.420
#> dkfz_11-016 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-017 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-018 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-019 2 0.6192 -0.3091 0.000 0.580 0.420
#> dkfz_11-020 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-023 2 0.6079 0.5534 0.000 0.612 0.388
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0424 0.4613 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-029 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-030 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-031 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.4769 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-034 1 0.4796 0.8126 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-035 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4702 0.5360 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-038 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-042 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-045 2 0.0424 0.4615 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.6274 -0.3332 0.000 0.544 0.456
#> dkfz_11-051 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.4769 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.6299 -0.3522 0.000 0.524 0.476
#> dkfz_11-055 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-062 3 0.6168 0.3952 0.000 0.412 0.588
#> dkfz_11-063 2 0.6180 -0.3059 0.000 0.584 0.416
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4931 0.4359 0.000 0.232 0.768
#> dkfz_11-067 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.5905 0.5892 0.000 0.648 0.352
#> dkfz_11-070 2 0.6308 -0.3600 0.000 0.508 0.492
#> dkfz_11-071 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-072 2 0.5098 0.3368 0.000 0.752 0.248
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.6204 -0.3102 0.000 0.576 0.424
#> dkfz_11-091 2 0.5859 -0.2011 0.000 0.656 0.344
#> dkfz_11-092 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.6180 0.5095 0.000 0.584 0.416
#> dkfz_11-096 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-097 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-098 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-099 3 0.6225 0.3845 0.000 0.432 0.568
#> dkfz_11-100 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-101 2 0.5138 0.5474 0.000 0.748 0.252
#> dkfz_11-102 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-103 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-104 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-105 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-106 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-107 3 0.6154 -0.0217 0.000 0.408 0.592
#> dkfz_11-108 2 0.5968 0.5866 0.000 0.636 0.364
#> dkfz_11-109 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-110 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-111 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-112 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-113 2 0.5988 0.5815 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-114 3 0.5988 0.4532 0.000 0.368 0.632
#> dkfz_11-115 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-118 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-119 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-120 3 0.5363 0.4426 0.000 0.276 0.724
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 3 0.6280 -0.2169 0.000 0.460 0.540
#> dkfz_11-123 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-126 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-127 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-128 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-129 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-130 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-131 3 0.5529 0.3911 0.000 0.296 0.704
#> dkfz_11-132 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-133 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-134 2 0.6302 0.3700 0.000 0.520 0.480
#> dkfz_11-135 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.9907 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-139 3 0.5968 0.4002 0.000 0.364 0.636
#> dkfz_11-140 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-141 3 0.4842 0.5606 0.000 0.224 0.776
#> dkfz_11-142 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.4769 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.4346 0.4486 0.000 0.184 0.816
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-147 3 0.5948 0.4007 0.000 0.360 0.640
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.4589 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.5859 0.4052 0.000 0.344 0.656
#> dkfz_11-150 2 0.4062 0.2016 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-151 2 0.5948 0.5913 0.000 0.640 0.360
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4040 0.602 0.000 0.248 0.000 0.752
#> dkfz_11-004 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.4406 0.542 0.300 0.700 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.1109 0.913 0.968 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1109 0.972 0.004 0.968 0.028 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.1109 0.913 0.968 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.1211 0.909 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0921 0.941 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3801 0.722 0.000 0.000 0.780 0.220
#> dkfz_11-035 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4955 0.246 0.556 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.1211 0.908 0.960 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.3485 0.795 0.856 0.116 0.028 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0817 0.917 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.1109 0.972 0.004 0.968 0.028 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.5527 0.660 0.728 0.168 0.104 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0921 0.916 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.1389 0.940 0.048 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.4446 0.686 0.776 0.196 0.028 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4485 0.719 0.200 0.028 0.772 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0921 0.916 0.972 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.1936 0.891 0.940 0.032 0.028 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.0592 0.922 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.7083 0.309 0.528 0.144 0.328 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2530 0.866 0.112 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0707 0.974 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3863 0.813 0.144 0.828 0.028 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0817 0.973 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0817 0.973 0.000 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0188 0.976 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.1211 0.909 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0921 0.972 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0817 0.946 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0188 0.976 0.004 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.3707 0.5819 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.4161 0.3054 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 1 0.3074 0.7732 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-016 2 0.0162 0.9876 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.4235 0.2572 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.1478 0.8952 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0162 0.9309 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.3724 0.7722 0.788 0.028 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.4302 0.0801 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> dkfz_11-062 1 0.5374 0.7402 0.736 0.104 0.076 0.000 0.084
#> dkfz_11-063 1 0.2690 0.8205 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3452 0.6635 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.4171 0.2941 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 5 0.3612 0.6052 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> dkfz_11-073 5 0.0703 0.8908 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.2773 0.8122 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4150 0.3163 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.7060 0.3267 0.488 0.048 0.324 0.000 0.140
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0794 0.9635 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-104 2 0.1671 0.9081 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0703 0.8884 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3863 0.6468 0.012 0.248 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.2329 0.7951 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0290 0.9837 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2966 0.7648 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-131 2 0.0162 0.9877 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9759 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0404 0.9250 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0146 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.3330 0.613 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.0146 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-012 6 0.0260 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.0146 0.967 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3050 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.3804 0.251 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.1411 0.925 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-044 5 0.0146 0.967 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0146 0.981 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1444 0.920 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3464 0.528 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.2558 0.810 0.840 0.000 0.000 0.000 0.004 0.156
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3101 0.686 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.2793 0.742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 6 0.3244 0.635 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-073 6 0.0632 0.928 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3727 0.348 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0363 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0146 0.967 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1501 0.903 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0632 0.925 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0146 0.967 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0146 0.967 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0146 0.978 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2999 0.813 0.000 0.048 0.000 0.000 0.112 0.840
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0146 0.967 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2664 0.770 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-131 2 0.3244 0.634 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0146 0.966 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.0146 0.967 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0268 0.976 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.0239 0.948 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0134 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0239 0.941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0239 0.958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0134 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-016 5 0.0134 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0239 0.999 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-022 5 0.0134 0.962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2808 0.678 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0134 0.991 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0134 0.995 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0239 0.999 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.1432 0.913 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060 0.004
#> dkfz_11-044 5 0.0134 0.962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0239 0.999 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0134 0.979 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.3525 0.204 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> dkfz_11-050 5 0.0134 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1330 0.907 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3190 0.528 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0239 0.999 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0239 0.999 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0239 0.999 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-061 5 0.0134 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 5 0.0134 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.2356 0.779 0.840 0.000 0.000 0.000 0.004 0.156 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.2855 0.684 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2572 0.706 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.2987 0.635 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.0582 0.929 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0134 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.3432 0.351 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0334 0.954 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0134 0.962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1382 0.893 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0582 0.925 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0134 0.962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0134 0.962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0134 0.976 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2762 0.799 0.000 0.048 0.000 0.000 0.112 0.840 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0134 0.962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2453 0.746 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2987 0.634 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0239 0.999 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0134 0.961 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.0134 0.962 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0134 0.991 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0134 0.991 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3318 0.0491 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0125 0.9938 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0224 0.9366 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.1319 0.8044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3193 0.5639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3307 0.5836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2628 0.6474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.1195 0.8984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3184 0.6740 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.3184 0.6064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3695 0.1684 0.424 0.000 0.000 0.000 0.556 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.1195 0.8984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 8 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0125 0.9780 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 8 0.3193 0.3730 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-050 5 0.3303 0.5904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2512 0.8130 0.000 0.000 0.808 0.000 0.184 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-054 7 0.4668 0.1242 0.244 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 8 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 7 0.2736 0.3853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.3303 0.5904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.2204 0.7320 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.2672 0.6834 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.2406 0.5305 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.2795 0.6268 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.0544 0.9261 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3303 0.5904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4238 0.2496 0.388 0.000 0.000 0.000 0.068 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0224 0.8730 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1293 0.8927 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0544 0.9215 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0125 0.9758 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2584 0.8024 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.840 0.112 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2296 0.7418 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2795 0.5984 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3184 0.6740 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3184 0.6740 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9225 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3812 0.5537 0.224 0.000 0.00 0.000 0.672 0.000 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0119 0.9935 0.000 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0373 0.9716 0.984 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0658 0.9177 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2379 0.7798 0.000 0.000 0.00 0.000 0.040 0.004 0.852 0.104 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.1996 0.7885 0.000 0.000 0.00 0.000 0.884 0.000 0.052 0.064 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2529 0.6572 0.000 0.000 0.00 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.0000 0.9289 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2487 0.6617 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.2263 0.8278 0.000 0.000 0.00 0.000 0.040 0.856 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1670 0.9357 0.000 0.000 0.12 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.1670 0.7987 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 9 0.0000 0.9289 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0824 0.8177 0.036 0.000 0.00 0.000 0.960 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.2263 0.8278 0.000 0.000 0.00 0.000 0.040 0.856 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-046 9 0.0000 0.9289 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0492 0.9687 0.980 0.000 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-049 9 0.3004 0.4057 0.000 0.000 0.00 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-050 5 0.0764 0.8439 0.000 0.000 0.00 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2554 0.6816 0.000 0.000 0.78 0.000 0.000 0.000 0.008 0.212 0.000
#> dkfz_11-054 7 0.5700 0.0964 0.180 0.000 0.00 0.000 0.260 0.000 0.456 0.104 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 9 0.0000 0.9289 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 9 0.0000 0.9289 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.0000 0.9289 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 7 0.2917 0.4200 0.000 0.000 0.00 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0764 0.8439 0.000 0.000 0.00 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.2086 0.7505 0.840 0.000 0.00 0.000 0.000 0.156 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.2529 0.6732 0.244 0.000 0.00 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.2277 0.6461 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.2608 0.6336 0.000 0.000 0.26 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.0818 0.9112 0.020 0.000 0.00 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0764 0.8439 0.000 0.000 0.00 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.4946 0.1287 0.388 0.000 0.00 0.000 0.040 0.468 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0212 0.8893 0.000 0.008 0.00 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1224 0.8883 0.000 0.924 0.00 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0515 0.9122 0.000 0.024 0.00 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0119 0.9753 0.000 0.996 0.00 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2446 0.7987 0.000 0.048 0.00 0.000 0.000 0.840 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2173 0.7269 0.000 0.816 0.00 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2645 0.6208 0.000 0.732 0.00 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 9 0.0000 0.9289 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9993 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.1670 0.9357 0.000 0.000 0.12 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.1670 0.9357 0.000 0.000 0.12 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.9317 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 7 0.4115 0.442 0.140 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0113 0.994 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.1110 0.937 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.3070 0.317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.380 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2048 0.578 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.832 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2641 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.144 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2244 0.653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 10 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.2373 0.631 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.1966 0.617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1909 0.862 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0978 0.802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.952 0.000 0.028
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 10 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0226 0.880 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.1966 0.617 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 10 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.1222 0.934 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.016 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 10 0.2866 0.407 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> dkfz_11-050 5 0.0202 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2159 0.821 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.040 0.000
#> dkfz_11-054 7 0.5801 0.314 0.180 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.392 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 10 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 10 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 10 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 9 0.3056 0.403 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.012 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0202 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.1991 0.727 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.2413 0.633 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 9 0.2173 0.633 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.2470 0.621 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.1462 0.885 0.016 0.000 0.000 0.000 0.008 0.932 0.016 0.028 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0202 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2196 0.617 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.832 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.0202 0.929 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1168 0.888 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0492 0.912 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0113 0.975 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2334 0.779 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2073 0.725 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2524 0.619 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 10 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 9 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.2232 0.838 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.132 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.1909 0.862 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:pam 135 4.24e-24 2.46e-28 2
#> SD:pam 80 1.14e-19 2.78e-20 3
#> SD:pam 134 6.36e-68 1.40e-28 4
#> SD:pam 130 1.22e-64 2.70e-32 5
#> SD:pam 134 4.86e-80 2.34e-34 6
#> SD:pam 134 3.17e-76 9.02e-35 7
#> SD:pam 130 8.55e-74 2.61e-32 8
#> SD:pam 132 6.15e-76 5.46e-31 9
#> SD:pam 131 1.94e-77 1.28e-29 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.996 0.969 0.974 0.4902 0.503 0.503
#> 3 3 1.000 0.991 0.995 0.2529 0.882 0.766
#> 4 4 0.755 0.826 0.888 0.1349 0.902 0.752
#> 5 5 0.741 0.748 0.775 0.0875 0.947 0.829
#> 6 6 0.751 0.755 0.833 0.0730 0.876 0.549
#> 7 7 0.753 0.775 0.822 0.0266 0.887 0.485
#> 8 8 0.844 0.717 0.847 0.0335 0.931 0.615
#> 9 9 0.885 0.797 0.909 0.0116 0.916 0.505
#> 10 10 0.894 0.756 0.869 0.0158 0.988 0.902
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-002 1 0.4022 0.948 0.920 0.080
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-006 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.4161 0.947 0.916 0.084
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-012 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-013 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-014 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-015 1 0.4298 0.947 0.912 0.088
#> dkfz_11-016 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-017 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-018 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-019 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-020 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-025 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-026 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-029 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-030 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-037 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-043 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-044 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-045 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.4298 0.947 0.912 0.088
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.1414 0.954 0.980 0.020
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-062 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-063 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-064 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-065 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-066 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-067 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.7299 0.816 0.796 0.204
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.4431 0.945 0.908 0.092
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.4298 0.947 0.912 0.088
#> dkfz_11-091 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.4298 0.947 0.912 0.088
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.4298 0.896 0.088 0.912
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-140 2 0.1414 0.977 0.020 0.980
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-144 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-146 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-147 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-148 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-149 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.4298 0.946 0.912 0.088
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-006 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 3 0.0592 0.989 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-012 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-013 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-014 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-015 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-016 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1411 0.955 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-025 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-026 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-037 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-043 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-044 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-045 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.0424 0.990 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-062 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-065 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.3192 0.859 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-073 3 0.0424 0.990 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-091 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.1753 0.941 0.000 0.952 0.048
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3116 0.863 0.000 0.892 0.108
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.2066 0.926 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 3 0.0424 0.993 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.4008 0.7217 0.244 0.000 0.756 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2281 0.8591 0.000 0.000 0.096 0.904
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2973 0.9430 0.856 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.3583 0.9104 0.816 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 3 0.4916 0.7320 0.184 0.056 0.760 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.4283 0.7083 0.256 0.004 0.740 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.3975 0.7256 0.240 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.4222 0.6896 0.272 0.000 0.728 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.3219 0.7692 0.164 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.6810 0.3467 0.156 0.596 0.248 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.5157 0.5190 0.028 0.688 0.284 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.2868 0.9490 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.5016 0.4318 0.396 0.000 0.600 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0188 0.9129 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0188 0.7866 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-037 3 0.4781 0.5754 0.336 0.000 0.660 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.5594 0.1769 0.460 0.000 0.520 0.020
#> dkfz_11-043 3 0.4262 0.7272 0.236 0.008 0.756 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.3710 0.7587 0.192 0.004 0.804 0.000
#> dkfz_11-045 3 0.5112 0.3112 0.436 0.000 0.560 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0336 0.9122 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3768 0.9054 0.808 0.000 0.184 0.008
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 3 0.3486 0.7601 0.188 0.000 0.812 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.3975 0.7253 0.240 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 3 0.4122 0.7285 0.236 0.004 0.760 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.3172 0.7703 0.160 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.6324 0.5711 0.172 0.168 0.660 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3626 0.9057 0.812 0.000 0.184 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.4939 0.7232 0.220 0.040 0.740 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.6881 -0.1434 0.104 0.468 0.428 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.4756 0.7405 0.176 0.052 0.772 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.5062 0.8650 0.752 0.000 0.184 0.064
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 3 0.3688 0.7493 0.208 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.4790 0.4353 0.620 0.000 0.380 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.1940 0.8997 0.076 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.3074 0.7725 0.152 0.000 0.848 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0336 0.9122 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.6445 0.1828 0.068 0.444 0.488 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2081 0.8980 0.084 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3172 0.7671 0.000 0.840 0.160 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0336 0.9133 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5861 -0.0703 0.032 0.488 0.480 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.4679 0.4116 0.000 0.648 0.352 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.4524 0.6683 0.028 0.768 0.204 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0469 0.9114 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.1389 0.9071 0.048 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1302 0.9076 0.044 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9929 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1940 0.7838 0.076 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-140 3 0.7052 0.3291 0.128 0.372 0.500 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2589 0.8898 0.116 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0336 0.9133 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0188 0.7866 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.7861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0336 0.7868 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.2760 0.9529 0.872 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.4088 0.91335 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-002 5 0.5973 0.27692 0.164 0.000 0.256 0.000 0.580
#> dkfz_11-003 4 0.0912 0.96905 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0510 0.91696 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-008 1 0.2471 0.84941 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-011 5 0.2793 0.56903 0.088 0.036 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-012 5 0.3532 0.56173 0.076 0.000 0.092 0.000 0.832
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3812 0.56088 0.096 0.000 0.092 0.000 0.812
#> dkfz_11-015 5 0.5149 0.36888 0.104 0.000 0.216 0.000 0.680
#> dkfz_11-016 5 0.5164 0.22695 0.084 0.000 0.256 0.000 0.660
#> dkfz_11-017 3 0.4088 0.91761 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-018 3 0.4307 0.67110 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.4088 0.91761 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5263 0.72277 0.000 0.680 0.176 0.000 0.144
#> dkfz_11-023 2 0.4434 0.06495 0.000 0.536 0.004 0.000 0.460
#> dkfz_11-024 1 0.2127 0.85512 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-025 5 0.5056 0.41328 0.360 0.000 0.044 0.000 0.596
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0290 0.82943 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.4088 0.91761 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-029 3 0.4088 0.91761 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-030 3 0.4138 0.90786 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> dkfz_11-031 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-032 3 0.4192 0.90711 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> dkfz_11-033 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-034 3 0.4192 0.90711 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4495 0.49476 0.244 0.000 0.044 0.000 0.712
#> dkfz_11-038 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.5330 0.26326 0.440 0.000 0.020 0.020 0.520
#> dkfz_11-043 5 0.1544 0.56833 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-044 5 0.3119 0.55535 0.072 0.000 0.068 0.000 0.860
#> dkfz_11-045 5 0.5230 0.20675 0.452 0.000 0.044 0.000 0.504
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-048 1 0.2471 0.84941 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3812 0.55673 0.092 0.000 0.096 0.000 0.812
#> dkfz_11-051 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4227 0.88953 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> dkfz_11-054 5 0.5935 0.25561 0.152 0.000 0.268 0.000 0.580
#> dkfz_11-055 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2983 0.56614 0.076 0.000 0.056 0.000 0.868
#> dkfz_11-062 5 0.5164 0.22695 0.084 0.000 0.256 0.000 0.660
#> dkfz_11-063 5 0.4647 0.37228 0.084 0.000 0.184 0.000 0.732
#> dkfz_11-064 1 0.1410 0.89470 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-065 1 0.2648 0.82467 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-066 3 0.4192 0.90711 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> dkfz_11-067 3 0.4088 0.91761 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-070 5 0.3169 0.52860 0.060 0.084 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-071 2 0.4302 -0.00218 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-072 5 0.2112 0.57217 0.084 0.004 0.004 0.000 0.908
#> dkfz_11-073 1 0.2753 0.84615 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.4386 0.52528 0.096 0.000 0.140 0.000 0.764
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.3750 0.64539 0.756 0.000 0.012 0.000 0.232
#> dkfz_11-095 2 0.1851 0.83124 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3449 0.81753 0.000 0.812 0.164 0.000 0.024
#> dkfz_11-098 2 0.3395 0.80486 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.5210 0.26842 0.084 0.000 0.264 0.000 0.652
#> dkfz_11-100 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-101 2 0.0671 0.82895 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-102 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.4276 0.29540 0.000 0.380 0.004 0.000 0.616
#> dkfz_11-104 2 0.2127 0.82910 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3039 0.81619 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2230 0.74370 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-107 2 0.1197 0.83293 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0162 0.83104 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.4045 0.76297 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.3949 0.77225 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2424 0.82603 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4029 0.34033 0.000 0.316 0.004 0.000 0.680
#> dkfz_11-115 2 0.2605 0.70676 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3061 0.74772 0.000 0.844 0.020 0.000 0.136
#> dkfz_11-118 2 0.0162 0.83158 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0510 0.82773 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-120 2 0.0609 0.83282 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3039 0.81603 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3707 0.78956 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3278 0.81994 0.000 0.824 0.156 0.000 0.020
#> dkfz_11-128 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.4060 0.76061 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0703 0.83316 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.4060 0.76061 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.99832 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.5505 0.50531 0.064 0.000 0.484 0.000 0.452
#> dkfz_11-140 5 0.3990 0.34436 0.000 0.308 0.004 0.000 0.688
#> dkfz_11-141 2 0.4074 0.75924 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4192 0.90711 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> dkfz_11-144 3 0.4192 0.90711 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.4088 0.91761 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> dkfz_11-147 5 0.4307 -0.68118 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 5 0.4930 -0.32899 0.032 0.000 0.388 0.000 0.580
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.92191 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.83066 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.3288 0.8131 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.4458 0.5437 0.088 0.000 0.160 0.000 0.736 0.016
#> dkfz_11-003 4 0.1092 0.9568 0.000 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-004 6 0.3309 0.7403 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.5255 0.7445 0.000 0.272 0.124 0.000 0.004 0.600
#> dkfz_11-008 1 0.1765 0.8708 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.5180 0.7448 0.000 0.256 0.124 0.000 0.004 0.616
#> dkfz_11-011 5 0.3774 0.5661 0.000 0.000 0.008 0.000 0.664 0.328
#> dkfz_11-012 5 0.0260 0.7239 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0260 0.7239 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.1524 0.6992 0.008 0.000 0.060 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.4569 -0.0697 0.000 0.000 0.396 0.000 0.564 0.040
#> dkfz_11-017 3 0.3690 0.7990 0.000 0.000 0.700 0.000 0.288 0.012
#> dkfz_11-018 3 0.2730 0.8300 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0291 0.9478 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.3244 0.8164 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5253 0.5046 0.000 0.652 0.016 0.000 0.164 0.168
#> dkfz_11-023 6 0.0937 0.6315 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-024 1 0.1444 0.9042 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1245 0.7246 0.016 0.000 0.000 0.000 0.952 0.032
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.5009 0.7486 0.000 0.256 0.120 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-028 3 0.3244 0.8164 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.3244 0.8164 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2912 0.8300 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.5180 0.7448 0.000 0.256 0.124 0.000 0.004 0.616
#> dkfz_11-032 3 0.2219 0.8171 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.5352 0.7388 0.000 0.296 0.124 0.000 0.004 0.576
#> dkfz_11-034 3 0.2219 0.8171 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.3175 0.7448 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.1049 0.7250 0.008 0.000 0.000 0.000 0.960 0.032
#> dkfz_11-038 2 0.0146 0.8307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3390 0.7342 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-042 5 0.2748 0.6674 0.128 0.000 0.000 0.000 0.848 0.024
#> dkfz_11-043 5 0.3217 0.6385 0.000 0.000 0.008 0.000 0.768 0.224
#> dkfz_11-044 5 0.1663 0.6764 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.1245 0.7246 0.016 0.000 0.000 0.000 0.952 0.032
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.3528 0.7359 0.000 0.296 0.004 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-048 1 0.2662 0.8366 0.856 0.000 0.000 0.000 0.120 0.024
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2178 0.6387 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.5352 0.7388 0.000 0.296 0.124 0.000 0.004 0.576
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2219 0.8171 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.4295 0.4894 0.048 0.000 0.208 0.000 0.728 0.016
#> dkfz_11-055 2 0.0146 0.8307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.8303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0260 0.7239 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5713 0.3782 0.000 0.004 0.504 0.000 0.336 0.156
#> dkfz_11-063 3 0.6387 0.1084 0.000 0.028 0.432 0.000 0.352 0.188
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2562 0.8011 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2092 0.8137 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3050 0.8245 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.5180 0.7448 0.000 0.256 0.124 0.000 0.004 0.616
#> dkfz_11-070 5 0.3899 0.5326 0.000 0.000 0.008 0.000 0.628 0.364
#> dkfz_11-071 6 0.0865 0.6329 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-072 5 0.4408 0.4932 0.000 0.000 0.036 0.000 0.608 0.356
#> dkfz_11-073 1 0.2833 0.8461 0.860 0.000 0.000 0.012 0.104 0.024
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2260 0.6270 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.5180 0.7448 0.000 0.256 0.124 0.000 0.004 0.616
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.5341 0.4021 0.312 0.000 0.000 0.000 0.556 0.132
#> dkfz_11-095 2 0.2219 0.7991 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-096 2 0.0937 0.8155 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-097 2 0.2454 0.7996 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-098 2 0.2416 0.7844 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-099 5 0.3923 -0.2150 0.000 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> dkfz_11-100 6 0.5352 0.7388 0.000 0.296 0.124 0.000 0.004 0.576
#> dkfz_11-101 6 0.5035 0.7433 0.000 0.296 0.104 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-102 2 0.0146 0.8307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 6 0.2003 0.5594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> dkfz_11-104 2 0.3244 0.6124 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-105 2 0.3482 0.4848 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> dkfz_11-106 6 0.1480 0.6727 0.000 0.040 0.000 0.000 0.020 0.940
#> dkfz_11-107 6 0.3706 0.3969 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-108 6 0.3446 0.7231 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-109 2 0.2003 0.8103 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-110 2 0.2491 0.7862 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-111 6 0.3390 0.7342 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-112 2 0.3288 0.5962 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-113 2 0.0260 0.8311 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 6 0.2135 0.5409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> dkfz_11-115 6 0.2136 0.6665 0.000 0.048 0.000 0.000 0.048 0.904
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4494 0.4380 0.000 0.544 0.000 0.000 0.032 0.424
#> dkfz_11-118 6 0.3428 0.7269 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-119 6 0.5352 0.7388 0.000 0.296 0.124 0.000 0.004 0.576
#> dkfz_11-120 6 0.3515 0.3027 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2491 0.7895 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-123 2 0.3126 0.7346 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2219 0.7129 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.2340 0.8036 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-128 2 0.1075 0.8098 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-129 2 0.1814 0.8159 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-130 6 0.1957 0.7044 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-131 2 0.3851 -0.1519 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-132 2 0.1204 0.8242 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.8303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0547 0.8341 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-135 2 0.0713 0.8223 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0865 0.8294 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-139 3 0.3860 0.4739 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.2135 0.5437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> dkfz_11-141 2 0.0363 0.8333 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-142 6 0.3409 0.7309 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-143 3 0.2219 0.8171 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2219 0.8171 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3244 0.8164 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2669 0.8206 0.000 0.000 0.836 0.000 0.156 0.008
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4947 0.6236 0.000 0.000 0.596 0.000 0.316 0.088
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.3390 0.7342 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.1060 0.7955 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.4117 0.5133 0.012 0.000 0.628 0.000 0.336 0.024 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.3158 0.8033 0.000 0.028 0.000 0.812 0.144 0.016 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3505 0.7185 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.088 0.136
#> dkfz_11-005 1 0.0134 0.9748 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-008 5 0.2784 0.6667 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-011 5 0.4504 0.6926 0.000 0.164 0.176 0.000 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3900 0.7151 0.000 0.064 0.160 0.000 0.756 0.020 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4266 0.6676 0.000 0.064 0.212 0.000 0.704 0.020 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3867 0.3525 0.004 0.000 0.360 0.000 0.620 0.016 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.5222 0.1810 0.000 0.084 0.520 0.000 0.368 0.028 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1379 0.7913 0.000 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0660 0.7974 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0924 0.7957 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.7023 -0.0882 0.000 0.100 0.348 0.000 0.240 0.016 0.296
#> dkfz_11-023 2 0.3789 0.6552 0.000 0.732 0.000 0.000 0.196 0.072 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.2987 0.6774 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0914 0.7768 0.000 0.012 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.4280 0.7805 0.000 0.036 0.000 0.000 0.112 0.740 0.112
#> dkfz_11-028 3 0.0924 0.7957 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0837 0.7954 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0837 0.7974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-032 3 0.1433 0.7847 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-034 3 0.1433 0.7847 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.3317 0.7196 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.088 0.116
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0888 0.7781 0.000 0.012 0.004 0.000 0.968 0.016 0.000
#> dkfz_11-038 7 0.0000 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3505 0.7185 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.088 0.136
#> dkfz_11-042 5 0.2552 0.7702 0.036 0.028 0.000 0.000 0.884 0.048 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3995 0.7438 0.000 0.140 0.120 0.000 0.736 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.4719 0.5702 0.000 0.076 0.272 0.000 0.632 0.020 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.1048 0.7773 0.000 0.012 0.004 0.000 0.960 0.024 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5952 0.6604 0.000 0.568 0.000 0.000 0.148 0.148 0.136
#> dkfz_11-048 5 0.2187 0.7579 0.096 0.008 0.000 0.000 0.884 0.012 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.4330 0.4214 0.000 0.028 0.596 0.000 0.360 0.016 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1513 0.7878 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.3883 0.5801 0.008 0.000 0.672 0.000 0.296 0.024 0.000
#> dkfz_11-055 7 0.0134 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 7 0.0134 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.4433 0.6467 0.000 0.072 0.224 0.000 0.684 0.020 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5115 0.5401 0.000 0.148 0.620 0.000 0.208 0.024 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.5320 0.1977 0.000 0.112 0.508 0.000 0.360 0.020 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2478 0.7267 0.148 0.000 0.000 0.000 0.840 0.012 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1433 0.7847 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1363 0.7957 0.000 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2337 0.9156 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.860 0.124
#> dkfz_11-070 5 0.3685 0.7573 0.000 0.132 0.096 0.000 0.768 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.3954 0.6564 0.000 0.728 0.000 0.000 0.188 0.080 0.004
#> dkfz_11-072 5 0.5035 0.5738 0.000 0.188 0.244 0.000 0.568 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2646 0.7529 0.108 0.012 0.000 0.008 0.860 0.012 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.3722 0.5645 0.000 0.004 0.664 0.000 0.316 0.016 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2429 0.7711 0.040 0.060 0.000 0.000 0.884 0.016 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.5006 0.7133 0.000 0.592 0.000 0.000 0.172 0.004 0.232
#> dkfz_11-096 7 0.0504 0.9104 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-097 2 0.4906 0.7063 0.000 0.596 0.000 0.000 0.200 0.000 0.204
#> dkfz_11-098 2 0.2912 0.7204 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.004 0.232
#> dkfz_11-099 3 0.3330 0.6427 0.000 0.000 0.736 0.000 0.244 0.020 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-101 6 0.6445 0.2925 0.000 0.200 0.000 0.000 0.176 0.484 0.140
#> dkfz_11-102 7 0.0134 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-103 2 0.2572 0.6156 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2912 0.7204 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.004 0.232
#> dkfz_11-105 2 0.2912 0.7204 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.004 0.232
#> dkfz_11-106 2 0.5460 0.4986 0.000 0.544 0.000 0.000 0.236 0.204 0.016
#> dkfz_11-107 2 0.3547 0.7436 0.000 0.760 0.000 0.000 0.064 0.000 0.176
#> dkfz_11-108 2 0.3456 0.7238 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.072 0.152
#> dkfz_11-109 2 0.3556 0.5922 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004 0.388
#> dkfz_11-110 2 0.3420 0.6339 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.004 0.340
#> dkfz_11-111 2 0.3505 0.7185 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.088 0.136
#> dkfz_11-112 2 0.2912 0.7204 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.004 0.232
#> dkfz_11-113 7 0.0134 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-114 2 0.2912 0.5682 0.000 0.764 0.004 0.000 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.5610 0.3119 0.000 0.456 0.000 0.000 0.360 0.168 0.016
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3815 0.6599 0.000 0.728 0.000 0.000 0.200 0.000 0.072
#> dkfz_11-118 2 0.3495 0.7201 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.084 0.140
#> dkfz_11-119 6 0.2453 0.9289 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.848 0.136
#> dkfz_11-120 2 0.4120 0.6873 0.000 0.704 0.000 0.000 0.188 0.000 0.108
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3370 0.6036 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-123 2 0.3556 0.3061 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.2375 0.6960 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004 0.088 0.032
#> dkfz_11-126 7 0.0134 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-127 2 0.4877 0.7121 0.000 0.600 0.000 0.000 0.184 0.000 0.216
#> dkfz_11-128 7 0.0656 0.9104 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-129 7 0.3073 0.4829 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.004 0.736
#> dkfz_11-130 2 0.2628 0.7030 0.000 0.860 0.000 0.000 0.004 0.088 0.048
#> dkfz_11-131 2 0.5383 0.7200 0.000 0.592 0.000 0.000 0.172 0.032 0.204
#> dkfz_11-132 7 0.0000 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 7 0.0715 0.9143 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972
#> dkfz_11-134 7 0.2489 0.7130 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.004 0.824
#> dkfz_11-135 7 0.0134 0.9271 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-136 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 7 0.0000 0.9300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 3 0.3276 0.6641 0.000 0.000 0.760 0.000 0.212 0.028 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.2862 0.5805 0.000 0.772 0.004 0.000 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 7 0.1710 0.8418 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.004 0.904
#> dkfz_11-142 2 0.3495 0.7201 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.084 0.140
#> dkfz_11-143 3 0.1433 0.7847 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1433 0.7847 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0924 0.7957 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1242 0.7917 0.000 0.004 0.940 0.000 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2769 0.7654 0.000 0.080 0.860 0.000 0.040 0.020 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3505 0.7185 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.088 0.136
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0125 0.83353 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.3996 0.70070 0.000 0.000 0.672 0.000 0.248 0.000 0.076 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.1441 0.93721 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.048 0.016
#> dkfz_11-004 8 0.2224 0.75480 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.860
#> dkfz_11-005 1 0.0520 0.96362 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 7 0.3511 0.57829 0.240 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.712 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0224 0.99281 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-010 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.2648 0.18000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.816 0.000 0.164 0.004
#> dkfz_11-012 5 0.3087 0.00922 0.000 0.000 0.016 0.000 0.732 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3281 0.04425 0.000 0.000 0.036 0.000 0.736 0.000 0.228 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.4912 0.43026 0.000 0.000 0.460 0.000 0.396 0.000 0.140 0.004
#> dkfz_11-016 3 0.3434 0.55500 0.000 0.000 0.532 0.000 0.464 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0125 0.83354 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0125 0.83326 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0125 0.97447 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.83347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0125 0.99311 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 5 0.5427 0.07121 0.000 0.288 0.316 0.000 0.388 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 5 0.3969 0.38702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.036 0.004 0.380
#> dkfz_11-024 1 0.2459 0.71690 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2380 0.80415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3044 0.65611 0.000 0.020 0.000 0.000 0.196 0.776 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.83347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.83347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0125 0.83326 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.1589 0.81833 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.024 0.048 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.1589 0.81833 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.024 0.048 0.000
#> dkfz_11-035 8 0.3206 0.62375 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.252 0.000 0.728
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.2833 0.73979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.89772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0224 0.99226 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.99320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 8 0.1804 0.77560 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.900
#> dkfz_11-042 7 0.3142 0.79211 0.008 0.004 0.000 0.000 0.216 0.000 0.760 0.012
#> dkfz_11-043 5 0.2715 0.04344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.3644 0.03827 0.000 0.000 0.292 0.000 0.668 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.2267 0.80806 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0224 0.99226 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-047 5 0.5445 0.21355 0.000 0.020 0.000 0.000 0.420 0.360 0.000 0.200
#> dkfz_11-048 7 0.1723 0.75043 0.032 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.916 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0125 0.99307 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 3 0.3462 0.62222 0.000 0.000 0.580 0.000 0.412 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.0125 0.99307 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.1138 0.82558 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.024 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.3423 0.74209 0.000 0.000 0.728 0.000 0.232 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-055 2 0.0125 0.89869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0125 0.99259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0125 0.99307 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 4 0.0125 0.99311 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0125 0.89869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0224 0.99226 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-061 5 0.3141 0.03888 0.000 0.000 0.024 0.000 0.740 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.3209 0.71880 0.000 0.000 0.676 0.000 0.316 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-063 3 0.3814 0.63831 0.000 0.000 0.584 0.000 0.388 0.000 0.024 0.004
#> dkfz_11-064 1 0.0395 0.96683 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.2880 0.80727 0.024 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.796 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0544 0.82921 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0471 0.82954 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 5 0.4794 -0.05050 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544 0.184 0.272 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.4744 0.35291 0.000 0.004 0.000 0.000 0.548 0.136 0.000 0.312
#> dkfz_11-072 5 0.2257 0.27970 0.000 0.000 0.072 0.000 0.880 0.000 0.040 0.008
#> dkfz_11-073 7 0.1848 0.74890 0.040 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.908 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.99320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.3541 0.64070 0.000 0.000 0.596 0.000 0.392 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0125 0.99307 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 7 0.3930 0.53339 0.040 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3892 0.29548 0.000 0.032 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.89772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.4894 0.36094 0.000 0.268 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.184
#> dkfz_11-098 8 0.1144 0.76657 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-099 3 0.3212 0.65293 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 6 0.4122 0.08721 0.000 0.020 0.000 0.000 0.436 0.524 0.000 0.020
#> dkfz_11-102 2 0.0125 0.89869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 5 0.3397 0.41909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004 0.004 0.368
#> dkfz_11-104 8 0.0806 0.77567 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-105 8 0.0681 0.77664 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-106 5 0.5186 0.36530 0.000 0.004 0.000 0.000 0.540 0.264 0.016 0.176
#> dkfz_11-107 8 0.3854 -0.27188 0.000 0.028 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-108 8 0.1393 0.77003 0.000 0.020 0.000 0.000 0.028 0.012 0.000 0.940
#> dkfz_11-109 2 0.3324 0.63533 0.000 0.740 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-110 8 0.3265 0.14999 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-111 8 0.3095 0.64230 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.740
#> dkfz_11-112 8 0.0681 0.77664 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-113 2 0.0125 0.89869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 5 0.3765 0.47476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.048 0.004 0.268
#> dkfz_11-115 5 0.6244 0.34254 0.000 0.004 0.000 0.000 0.432 0.272 0.128 0.164
#> dkfz_11-116 4 0.0125 0.99259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 5 0.3706 0.38642 0.000 0.016 0.000 0.000 0.580 0.000 0.004 0.400
#> dkfz_11-118 8 0.0783 0.78030 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968
#> dkfz_11-119 6 0.0596 0.91435 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 5 0.3762 0.32321 0.000 0.016 0.000 0.000 0.540 0.000 0.004 0.440
#> dkfz_11-121 4 0.0125 0.99307 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.4554 0.18634 0.000 0.524 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-123 2 0.3063 0.59591 0.000 0.712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-124 4 0.0224 0.99281 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 8 0.4135 0.57702 0.000 0.004 0.000 0.000 0.172 0.140 0.000 0.684
#> dkfz_11-126 2 0.0125 0.89869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 5 0.4907 0.36903 0.000 0.192 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.260
#> dkfz_11-128 2 0.0125 0.89869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.2954 0.57247 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> dkfz_11-130 8 0.1783 0.76750 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.068 0.000 0.908
#> dkfz_11-131 5 0.3892 0.29548 0.000 0.032 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.89772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0224 0.89762 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-134 2 0.1521 0.82632 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.89772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0313 0.99241 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.99320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.89772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.2655 0.76359 0.000 0.000 0.776 0.000 0.220 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-140 5 0.2933 0.47814 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.004 0.004 0.248
#> dkfz_11-141 2 0.0614 0.88658 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-142 8 0.1149 0.78357 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.948
#> dkfz_11-143 3 0.1589 0.81833 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.024 0.048 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1589 0.81833 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.024 0.048 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.83347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0471 0.82954 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2473 0.78407 0.000 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.97737 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 8 0.3158 0.62224 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.728
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0212 0.8243 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.4753 0.3414 0.004 0.000 0.520 0.000 0.356 0.000 0.096 0.024 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.3013 0.3673 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 9 0.0515 0.8864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-005 1 0.1033 0.9340 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.2391 0.6102 0.164 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.820 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.7114 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.7114 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.7114 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.4290 0.3837 0.000 0.000 0.240 0.000 0.640 0.000 0.096 0.024 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0982 0.6997 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0119 0.8258 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.2277 0.6679 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 9 0.2504 0.7843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.016 0.000 0.804
#> dkfz_11-024 1 0.1313 0.9145 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2252 0.7333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0565 0.8809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.0515 1.0000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0515 1.0000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-035 9 0.0515 0.8864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.3048 0.5089 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 9 0.0581 0.8839 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-042 7 0.1940 0.7465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.7114 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.7114 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.1596 0.7572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.4053 0.5546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.656 0.016 0.000 0.248
#> dkfz_11-048 7 0.0373 0.7107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.1741 0.6561 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4110 0.5286 0.000 0.000 0.640 0.000 0.180 0.000 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.4686 0.4116 0.004 0.000 0.552 0.000 0.324 0.000 0.096 0.024 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0581 0.7022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-062 5 0.2569 0.4945 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.2754 0.6422 0.000 0.000 0.136 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-064 1 0.0212 0.9805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.1519 0.7560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2622 0.6024 0.000 0.000 0.756 0.000 0.004 0.000 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1313 0.6564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 9 0.2603 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.024 0.016 0.000 0.832
#> dkfz_11-072 5 0.0373 0.7095 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-073 7 0.0936 0.7082 0.020 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3165 0.4612 0.000 0.000 0.252 0.000 0.720 0.000 0.004 0.024 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.4441 0.4776 0.144 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.540 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 9 0.1881 0.8527 0.000 0.004 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016 0.000 0.888
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.3915 0.7121 0.000 0.192 0.000 0.000 0.096 0.000 0.016 0.000 0.696
#> dkfz_11-098 9 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 5 0.3151 -0.1065 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.1636 0.8202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.904 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3412 -0.0986 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.012 0.000 0.484
#> dkfz_11-104 9 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 9 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 6 0.3704 0.6667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.732 0.016 0.000 0.144
#> dkfz_11-107 9 0.1680 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.016 0.000 0.900
#> dkfz_11-108 9 0.0212 0.8865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-109 9 0.2864 0.6726 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.720
#> dkfz_11-110 9 0.1776 0.8207 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-111 9 0.0515 0.8864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-112 9 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3304 0.1053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.008 0.000 0.432
#> dkfz_11-115 6 0.3427 0.6760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.740 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 9 0.2819 0.7093 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.016 0.000 0.752
#> dkfz_11-118 9 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 9 0.2129 0.8501 0.000 0.016 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016 0.000 0.876
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 9 0.1971 0.8140 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-123 2 0.3148 -0.0581 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 9 0.0752 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.004 0.000 0.968
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.2858 0.8299 0.000 0.068 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016 0.000 0.824
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 9 0.3090 0.3205 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-130 9 0.0515 0.8864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-131 9 0.1764 0.8524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016 0.000 0.892
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1633 0.7921 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.3191 0.6553 0.000 0.000 0.756 0.000 0.200 0.000 0.020 0.024 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3294 0.1319 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.008 0.000 0.424
#> dkfz_11-141 2 0.0930 0.8694 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-142 9 0.0515 0.8864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-143 8 0.0515 1.0000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0515 1.0000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3134 0.2099 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 9 0.0930 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.89416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.5102 0.34957 0.000 0.000 0.276 0.000 0.452 0.000 0.036 0.000 0.236 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.2983 0.50623 0.000 0.000 0.000 0.272 0.004 0.000 0.708 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-004 10 0.2685 0.68044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.188 0.780
#> dkfz_11-005 1 0.0673 0.96017 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.1572 0.72203 0.096 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0356 0.97974 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2987 -0.00353 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0113 0.58962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.59030 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3388 0.56142 0.000 0.000 0.076 0.000 0.764 0.000 0.036 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3095 0.48010 0.000 0.000 0.268 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0426 0.89138 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.89416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0469 0.89327 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0356 0.97974 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.2216 0.71953 0.000 0.816 0.008 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 10 0.4226 -0.17134 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.332 0.532
#> dkfz_11-024 1 0.0786 0.95563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.2641 0.67898 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.752 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0469 0.94119 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0469 0.89327 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0667 0.88868 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.89416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 10 0.2739 0.67824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.188 0.776
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.3255 0.25718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.508 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0539 0.90138 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0986 0.96068 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 10 0.3004 0.66310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.184 0.756
#> dkfz_11-042 7 0.0949 0.78512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2073 0.43485 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0667 0.60137 0.000 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.1217 0.78447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0836 0.96184 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.3193 0.69511 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.764 0.000 0.000 0.036 0.168
#> dkfz_11-048 7 0.0202 0.77449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.1253 0.61200 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3409 0.65579 0.000 0.000 0.732 0.000 0.132 0.000 0.000 0.132 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.5114 0.32867 0.000 0.000 0.288 0.000 0.444 0.000 0.036 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0539 0.90138 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0555 0.97278 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0356 0.97974 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0395 0.89632 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.0986 0.96068 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0113 0.58992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.3086 0.22923 0.000 0.000 0.444 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 9 0.3653 -0.20128 0.000 0.000 0.044 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.0729 0.78509 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2077 0.77191 0.000 0.000 0.836 0.000 0.008 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0202 0.89385 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4051 0.27800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.136 0.004 0.000 0.200 0.008
#> dkfz_11-071 10 0.2996 0.65003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.020 0.000 0.000 0.084 0.800
#> dkfz_11-072 5 0.2591 0.27041 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.0202 0.77449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0356 0.97974 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1791 0.60754 0.000 0.000 0.120 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.5051 0.51542 0.148 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.560 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-095 10 0.1649 0.69011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.060 0.904
#> dkfz_11-096 2 0.0113 0.89906 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 10 0.4564 0.22916 0.000 0.352 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.064 0.524
#> dkfz_11-098 10 0.0395 0.72591 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> dkfz_11-099 5 0.3096 0.20384 0.000 0.000 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0728 0.92790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0539 0.90138 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-103 9 0.4708 0.69586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.396 0.344
#> dkfz_11-104 10 0.0395 0.72741 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> dkfz_11-105 10 0.0202 0.72813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-106 6 0.2126 0.85658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.880 0.000 0.000 0.020 0.044
#> dkfz_11-107 10 0.1523 0.70189 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.072 0.912
#> dkfz_11-108 10 0.0558 0.72841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976
#> dkfz_11-109 10 0.3584 0.35405 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.604
#> dkfz_11-110 10 0.1790 0.68881 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.884
#> dkfz_11-111 10 0.2791 0.67614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.188 0.772
#> dkfz_11-112 10 0.0282 0.72830 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-113 2 0.0539 0.90138 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.4734 0.72151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.396 0.300
#> dkfz_11-115 6 0.1718 0.89246 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.912 0.008 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-116 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 10 0.4037 0.04967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.288 0.588
#> dkfz_11-118 10 0.1523 0.71446 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.95245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 10 0.1704 0.69231 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.060 0.904
#> dkfz_11-121 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 10 0.2543 0.62816 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.812
#> dkfz_11-123 2 0.3354 0.10436 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.440
#> dkfz_11-124 4 0.0356 0.97974 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-125 10 0.2857 0.68562 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036 0.000 0.000 0.176 0.780
#> dkfz_11-126 2 0.0395 0.89632 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-127 10 0.4013 0.42345 0.000 0.252 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.064 0.648
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.89966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 10 0.2958 0.43462 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.676
#> dkfz_11-130 10 0.2528 0.69176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.164 0.804
#> dkfz_11-131 10 0.1601 0.69194 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.056 0.908
#> dkfz_11-132 2 0.0539 0.90138 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0395 0.89632 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.2444 0.71019 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.200
#> dkfz_11-135 2 0.0539 0.90138 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0986 0.96068 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0113 0.98189 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0539 0.90138 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.4242 0.47655 0.000 0.000 0.620 0.000 0.128 0.000 0.020 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-140 9 0.4727 0.73025 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.396 0.324
#> dkfz_11-141 2 0.1937 0.79471 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> dkfz_11-142 10 0.2603 0.68417 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.184 0.788
#> dkfz_11-143 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0667 0.88868 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.89416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2924 0.47130 0.000 0.000 0.700 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.99258 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 10 0.2938 0.66730 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.188 0.760
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> SD:mclust 136 1.53e-24 5.06e-09 2
#> SD:mclust 136 4.09e-49 1.40e-31 3
#> SD:mclust 126 5.92e-68 5.18e-28 4
#> SD:mclust 118 4.64e-75 1.38e-24 5
#> SD:mclust 123 4.65e-88 8.30e-34 6
#> SD:mclust 126 3.15e-73 4.56e-38 7
#> SD:mclust 108 3.35e-61 5.07e-32 8
#> SD:mclust 122 2.20e-81 2.39e-35 9
#> SD:mclust 116 2.71e-77 7.95e-32 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.991 0.2471 0.747 0.747
#> 3 3 1.000 0.961 0.986 0.2720 0.940 0.919
#> 4 4 0.820 0.917 0.952 0.5449 0.802 0.711
#> 5 5 0.768 0.878 0.921 0.0233 0.991 0.981
#> 6 6 0.766 0.864 0.919 0.0110 0.991 0.982
#> 7 7 0.681 0.773 0.887 0.0924 0.991 0.982
#> 8 8 0.694 0.856 0.908 0.0729 0.883 0.757
#> 9 9 0.835 0.841 0.928 0.0601 0.990 0.972
#> 10 10 0.733 0.823 0.925 0.0372 0.983 0.953
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.4022 0.915 0.080 0.920
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> dkfz_11-009 2 0.4022 0.915 0.080 0.920
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.4022 0.915 0.080 0.920
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.9954 0.192 0.460 0.540
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0672 0.952 0.008 0.992
#> dkfz_11-059 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.8713 0.558 0.708 0.292
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.4022 0.915 0.080 0.920
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.3879 0.917 0.076 0.924
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0592 0.980 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.2537 0.815 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.0237 0.987 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.2537 0.815 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-018 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-021 1 0.2537 0.815 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-029 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-030 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0592 0.980 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0237 0.893 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.6280 0.156 0.540 0.460 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0237 0.893 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0237 0.987 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0424 0.890 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0237 0.893 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-067 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-073 2 0.5497 0.565 0.292 0.708 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.2537 0.815 0.920 0.080 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.2448 0.820 0.924 0.076 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-147 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 2 0.1860 0.949 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0469 0.981 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2578 0.856 0.052 0.036 0.000 0.912
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.1109 0.951 0.968 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.2578 0.856 0.052 0.036 0.000 0.912
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2578 0.856 0.052 0.036 0.000 0.912
#> dkfz_11-022 2 0.3311 0.867 0.172 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0469 0.981 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0336 0.983 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.2647 0.831 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0188 0.913 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.1792 0.908 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.5901 0.145 0.432 0.036 0.000 0.532
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0188 0.913 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.1109 0.951 0.968 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0817 0.608 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0336 0.910 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-059 2 0.4790 0.607 0.380 0.620 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0188 0.913 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.5334 0.472 0.680 0.036 0.000 0.284
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.3311 0.867 0.172 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0469 0.967 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.3024 0.857 0.148 0.852 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.4008 0.819 0.244 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.1022 0.949 0.968 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1940 0.898 0.924 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3266 0.866 0.168 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.1302 0.936 0.956 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.4008 0.819 0.244 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.2647 0.831 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.4008 0.819 0.244 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0469 0.967 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0592 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2578 0.856 0.052 0.036 0.000 0.912
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.3311 0.866 0.172 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.3024 0.857 0.148 0.852 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3649 0.854 0.204 0.796 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.2149 0.881 0.912 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2647 0.831 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.4761 0.167 0.628 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.3688 0.852 0.208 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.2647 0.831 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2494 0.861 0.048 0.036 0.000 0.916
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.2647 0.831 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0336 0.970 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.3688 0.853 0.208 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.4888 0.574 0.412 0.588 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.1474 0.936 0.948 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0290 0.934 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.3816 0.114 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> dkfz_11-004 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.1792 0.894 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-009 5 0.3816 0.114 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> dkfz_11-010 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 5 0.3816 0.114 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> dkfz_11-022 2 0.2732 0.862 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0290 0.934 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4457 0.770 0.000 0.012 0.620 0.368 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.2127 0.826 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.4306 0.770 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> dkfz_11-040 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-041 1 0.1544 0.909 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.4588 0.105 0.380 0.000 0.000 0.016 0.604
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4307 0.771 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496
#> dkfz_11-047 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.1792 0.894 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-049 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-053 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0404 0.598 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.4256 0.853 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> dkfz_11-057 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-058 4 0.4307 0.761 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496
#> dkfz_11-059 2 0.4114 0.585 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4306 0.770 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> dkfz_11-061 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4101 0.399 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-074 4 0.4171 0.887 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.2732 0.862 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.0404 0.965 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.2471 0.852 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.0510 0.962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3366 0.813 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.0880 0.948 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.1671 0.899 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2690 0.862 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.0510 0.962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.1121 0.936 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3366 0.813 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.2127 0.826 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-117 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.3366 0.813 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.0404 0.965 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-122 1 0.0510 0.962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.0510 0.962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.3816 0.114 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> dkfz_11-125 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.2732 0.862 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.2471 0.852 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3039 0.850 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.1851 0.883 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2127 0.826 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.4114 0.177 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.3074 0.848 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.2127 0.826 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.0703 0.155 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-137 4 0.4088 0.906 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> dkfz_11-138 2 0.2127 0.826 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.0290 0.968 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.3074 0.848 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.4182 0.563 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0162 0.936 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0162 0.936 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.1341 0.933 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0146 0.9768 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.5375 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 6 0.1610 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.5375 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-018 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-019 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.5375 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.2378 0.8512 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-023 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-029 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-030 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0146 0.9768 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0713 0.0000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.1814 0.8113 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-039 4 0.2912 0.3235 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> dkfz_11-040 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1387 0.9099 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-042 4 0.3706 0.0292 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> dkfz_11-043 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 4 0.4181 0.1065 0.028 0.000 0.000 0.644 0.328 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 6 0.1610 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> dkfz_11-049 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.5472 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3717 -0.3499 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> dkfz_11-057 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2883 0.3310 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.3684 0.5555 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-060 4 0.2912 0.3235 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-067 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-068 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-073 6 0.4972 0.4057 0.000 0.000 0.000 0.256 0.116 0.628
#> dkfz_11-074 5 0.3756 0.9473 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.2378 0.8512 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 6 0.0363 0.9651 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.2135 0.8403 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-103 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 6 0.0458 0.9618 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-105 2 0.2969 0.7994 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 6 0.0790 0.9485 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-108 6 0.1501 0.9001 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-109 2 0.2340 0.8504 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-110 6 0.0458 0.9622 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-111 6 0.1007 0.9360 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-112 2 0.2969 0.7994 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-113 2 0.1814 0.8113 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.2969 0.7994 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 6 0.0363 0.9649 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-121 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0458 0.9618 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-123 6 0.0458 0.9622 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.5375 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.2378 0.8510 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.2135 0.8403 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-129 2 0.2664 0.8383 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-130 6 0.1663 0.8840 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-131 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.1814 0.8113 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-133 6 0.3695 0.1918 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-134 2 0.2697 0.8362 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-135 2 0.1814 0.8113 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-136 4 0.4322 -0.0319 0.028 0.000 0.000 0.600 0.372 0.000
#> dkfz_11-137 5 0.3684 0.9937 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1814 0.8113 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 6 0.0260 0.9677 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-141 2 0.2697 0.8363 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-142 2 0.3756 0.5296 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-143 3 0.0405 0.9767 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0405 0.9767 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-145 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-147 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 6 0.1267 0.9304 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.1222 0.9249 0 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-002 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.3252 0.5286 0 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.0797 0.8887 0 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.2489 0.7451 0 0.004 0.000 0.000 0.172 0.824 0.000
#> dkfz_11-009 5 0.3221 0.5418 0 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-018 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-019 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-021 5 0.3221 0.5418 0 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.2043 0.8545 0 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0239 0.9073 0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-029 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-030 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1222 0.9249 0 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0863 0.8857 0 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1482 0.8156 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3667 0.1349 0 0.000 0.000 0.536 0.460 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0797 0.7568 0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1482 0.8450 0 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.3392 -0.0214 0 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4515 0.3036 0 0.000 0.000 0.568 0.360 0.000 0.072
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.2489 0.7451 0 0.004 0.000 0.000 0.172 0.824 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.7690 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.7690 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0479 0.5942 0 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 4 0.3194 0.5147 0 0.000 0.000 0.712 0.284 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.7690 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3670 0.1196 0 0.000 0.000 0.532 0.464 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.3346 0.5576 0 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3667 0.1349 0 0.000 0.000 0.536 0.460 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.0134 0.9093 0 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-066 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-067 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-068 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-073 6 0.4354 0.0481 0 0.016 0.000 0.000 0.464 0.500 0.020
#> dkfz_11-074 4 0.1277 0.7404 0 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.7690 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.0239 0.9073 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.2043 0.8545 0 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0239 0.9073 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.0656 0.8951 0 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1802 0.8441 0 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0422 0.9028 0 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.0728 0.8916 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2628 0.8014 0 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.0990 0.8805 0 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.1578 0.8362 0 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2005 0.8538 0 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.0728 0.8920 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.1166 0.8670 0 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2628 0.8014 0 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1482 0.8156 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0422 0.9028 0 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.7690 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0334 0.9051 0 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2628 0.8014 0 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0582 0.8978 0 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.7690 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0728 0.8916 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.0728 0.8920 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-124 5 0.3221 0.5418 0 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0422 0.9028 0 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.2043 0.8544 0 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0239 0.9073 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1802 0.8441 0 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2326 0.8411 0 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.1715 0.8247 0 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0239 0.9073 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1482 0.8156 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.3441 0.1657 0 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2359 0.8389 0 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1482 0.8156 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.3537 0.0000 0 0.000 0.004 0.000 0.380 0.000 0.616
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.7690 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1482 0.8156 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0582 0.8991 0 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2359 0.8389 0 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3423 0.5297 0 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0134 0.9245 0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0134 0.9245 0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-147 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-148 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 6 0.3402 0.5214 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> dkfz_11-150 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.9111 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 8 0.1144 0.9197 0 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-002 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.1840 0.5802 0 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.0808 0.9245 0 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.3066 0.6820 0 0.000 0.112 0.000 0.000 0.800 0.088 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.0395 0.6334 0 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0395 0.6334 0 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1912 0.8557 0 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0313 0.9535 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1144 0.9197 0 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0926 0.9150 0 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1387 0.8173 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.2822 0.6174 0 0.000 0.004 0.228 0.004 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.1765 0.7953 0 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1387 0.8714 0 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.3380 -0.1118 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.372 0.620 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.4236 0.4496 0 0.000 0.004 0.296 0.080 0.000 0.620 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3066 0.6820 0 0.000 0.112 0.000 0.000 0.800 0.088 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0224 0.8751 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8717 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0624 0.5897 0 0.976 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3556 -0.0466 0 0.000 0.004 0.508 0.004 0.000 0.484 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0224 0.8751 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.2799 0.6208 0 0.000 0.004 0.224 0.004 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.3131 0.5563 0 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.2822 0.6174 0 0.000 0.004 0.228 0.004 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.0224 0.9568 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.5177 -0.0796 0 0.004 0.284 0.000 0.000 0.472 0.240 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.2795 0.6016 0 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0224 0.8751 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.0224 0.9565 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1912 0.8557 0 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0224 0.9565 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.0614 0.9398 0 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1686 0.8456 0 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0395 0.9505 0 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.0681 0.9351 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2459 0.8023 0 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.0926 0.9184 0 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.1477 0.8585 0 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.1876 0.8550 0 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.0681 0.9356 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.1091 0.9009 0 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2459 0.8023 0 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1387 0.8173 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0395 0.9505 0 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8717 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0313 0.9537 0 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2459 0.8023 0 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0544 0.9435 0 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0224 0.8751 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0681 0.9351 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.0681 0.9356 0 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.0395 0.6334 0 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0395 0.9505 0 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1912 0.8556 0 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0224 0.9565 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1686 0.8456 0 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2177 0.8415 0 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.1605 0.8411 0 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0224 0.9565 0 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1387 0.8173 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.3220 0.1623 0 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2208 0.8401 0 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1387 0.8173 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.0000 0.0000 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8717 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1387 0.8173 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0544 0.9448 0 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2208 0.8404 0 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3203 0.5029 0 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0000 0.9193 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 8 0.0000 0.9193 0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2938 1.0000 0 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.0125 0.9594 0 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.9608 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 8 0.1082 0.810 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2429 0.573 0.044 0.000 0.000 0.840 0 0.000 0.116 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.1131 0.896 0.068 0.000 0.000 0.000 0 0.932 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.3664 0.137 0.312 0.000 0.000 0.052 0 0.636 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0821 0.623 0.044 0.000 0.000 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0821 0.623 0.044 0.000 0.000 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1810 0.854 0.000 0.864 0.000 0.000 0 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.0645 0.937 0.032 0.000 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1082 0.810 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.1269 0.879 0.080 0.000 0.000 0.000 0 0.920 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1313 0.823 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2204 0.658 0.004 0.000 0.000 0.824 0 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 7 0.1670 0.830 0.000 0.000 0.000 0.120 0 0.000 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1313 0.868 0.000 0.084 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.3921 -0.452 0.064 0.000 0.000 0.576 0 0.360 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0119 0.957 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3809 0.557 0.008 0.000 0.000 0.676 0 0.000 0.244 0.000 0.072
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3664 0.137 0.312 0.000 0.000 0.052 0 0.636 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.0212 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 7 0.0296 0.924 0.000 0.000 0.012 0.000 0 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0645 0.590 0.000 0.968 0.032 0.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3245 0.158 0.004 0.000 0.000 0.540 0 0.000 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 7 0.0212 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2089 0.659 0.000 0.000 0.000 0.828 0 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2963 0.414 0.000 0.644 0.000 0.000 0 0.356 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2204 0.658 0.004 0.000 0.000 0.824 0 0.000 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.0706 0.933 0.036 0.000 0.000 0.000 0 0.964 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4423 0.000 0.576 0.000 0.000 0.184 0 0.240 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 7 0.2699 0.571 0.000 0.000 0.000 0.280 0 0.000 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 7 0.0212 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.0212 0.954 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1810 0.854 0.000 0.864 0.000 0.000 0 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0212 0.954 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.0581 0.938 0.000 0.028 0.000 0.000 0 0.972 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1596 0.848 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0373 0.949 0.000 0.016 0.000 0.000 0 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.0645 0.933 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2327 0.787 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.0876 0.917 0.000 0.048 0.000 0.000 0 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.1398 0.856 0.000 0.092 0.000 0.000 0 0.908 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.1776 0.854 0.000 0.868 0.000 0.000 0 0.132 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.0645 0.934 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.1033 0.901 0.000 0.060 0.000 0.000 0 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2327 0.787 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1313 0.823 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0373 0.949 0.000 0.016 0.000 0.000 0 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0296 0.952 0.000 0.012 0.000 0.000 0 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2327 0.787 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0515 0.942 0.000 0.024 0.000 0.000 0 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 7 0.0331 0.931 0.000 0.000 0.004 0.008 0 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0645 0.933 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.0645 0.934 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0821 0.623 0.044 0.000 0.000 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0373 0.949 0.000 0.016 0.000 0.000 0 0.984 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1810 0.854 0.000 0.864 0.000 0.000 0 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0212 0.954 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1596 0.848 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2060 0.836 0.000 0.832 0.000 0.000 0 0.168 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.1519 0.837 0.000 0.104 0.000 0.000 0 0.896 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0212 0.954 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1313 0.823 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.3048 0.124 0.000 0.392 0.000 0.000 0 0.608 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2089 0.833 0.000 0.828 0.000 0.000 0 0.172 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1313 0.823 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 9 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 7 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1313 0.823 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0515 0.943 0.000 0.024 0.000 0.000 0 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2089 0.833 0.000 0.828 0.000 0.000 0 0.172 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3031 0.377 0.000 0.616 0.000 0.000 0 0.384 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3282 0.483 0.416 0.000 0.008 0.000 0 0.000 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0000 0.779 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0930 1.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.0446 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 8 0.1033 0.924 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.000 0.000 0.936 0.00 0.000
#> dkfz_11-002 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1721 0.580 0.000 0.000 0.000 0.880 0 0.000 0.008 0.000 0.00 0.112
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.2197 0.680 0.204 0.000 0.000 0.000 0 0.796 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-006 6 0.1821 0.783 0.148 0.000 0.000 0.000 0 0.852 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.3990 0.572 0.504 0.000 0.000 0.084 0 0.412 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.664 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-013 6 0.1694 0.806 0.132 0.000 0.000 0.000 0 0.868 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-019 6 0.1821 0.783 0.148 0.000 0.000 0.000 0 0.852 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.664 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1727 0.861 0.000 0.864 0.000 0.000 0 0.136 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.1523 0.830 0.112 0.000 0.000 0.000 0 0.888 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-026 6 0.1821 0.784 0.148 0.000 0.000 0.000 0 0.852 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1033 0.924 0.000 0.000 0.064 0.000 0 0.000 0.000 0.936 0.00 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-036 6 0.1559 0.826 0.116 0.000 0.000 0.000 0 0.884 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.1253 0.864 0.084 0.000 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1253 0.825 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2375 0.669 0.216 0.000 0.000 0.780 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.004
#> dkfz_11-040 10 0.1559 0.826 0.000 0.000 0.000 0.116 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.884
#> dkfz_11-041 6 0.1253 0.854 0.000 0.084 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.3224 -0.277 0.020 0.000 0.000 0.620 0 0.360 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.0202 0.934 0.008 0.000 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4712 0.564 0.224 0.000 0.000 0.620 0 0.000 0.040 0.000 0.04 0.076
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3990 0.572 0.504 0.000 0.000 0.084 0 0.412 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-049 10 0.0113 0.919 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.996
#> dkfz_11-050 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-052 10 0.1236 0.874 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.072 0.000 0.00 0.924
#> dkfz_11-053 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0615 0.605 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.000 0.032 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.4514 0.378 0.216 0.000 0.000 0.492 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.292
#> dkfz_11-057 10 0.0113 0.919 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.996
#> dkfz_11-058 4 0.2353 0.670 0.212 0.000 0.000 0.784 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.2828 0.498 0.000 0.644 0.000 0.000 0 0.356 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2375 0.669 0.216 0.000 0.000 0.780 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.004
#> dkfz_11-061 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-062 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-064 6 0.1523 0.830 0.112 0.000 0.000 0.000 0 0.888 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1851 0.778 0.152 0.000 0.000 0.000 0 0.848 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-068 6 0.1694 0.806 0.132 0.000 0.000 0.000 0 0.868 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.2332 -0.503 0.772 0.000 0.000 0.228 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-074 10 0.2750 0.610 0.000 0.000 0.000 0.276 0 0.000 0.008 0.000 0.00 0.716
#> dkfz_11-075 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-091 6 0.1694 0.806 0.132 0.000 0.000 0.000 0 0.868 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-093 10 0.0113 0.919 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.996
#> dkfz_11-094 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.0202 0.933 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1727 0.861 0.000 0.864 0.000 0.000 0 0.136 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0202 0.933 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.0555 0.919 0.000 0.028 0.000 0.000 0 0.972 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1523 0.852 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0356 0.928 0.000 0.016 0.000 0.000 0 0.984 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.0615 0.915 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2221 0.810 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.0836 0.901 0.000 0.048 0.000 0.000 0 0.952 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.1334 0.842 0.000 0.092 0.000 0.000 0 0.908 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.1694 0.861 0.000 0.868 0.000 0.000 0 0.132 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.0615 0.915 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0986 0.883 0.000 0.060 0.000 0.000 0 0.940 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2221 0.810 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1253 0.825 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0356 0.928 0.000 0.016 0.000 0.000 0 0.984 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-116 10 0.0282 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.012 0.000 0.00 0.988
#> dkfz_11-117 6 0.0282 0.930 0.000 0.012 0.000 0.000 0 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2221 0.810 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0492 0.922 0.000 0.024 0.000 0.000 0 0.976 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-121 10 0.0652 0.911 0.000 0.000 0.004 0.004 0 0.000 0.020 0.000 0.00 0.972
#> dkfz_11-122 6 0.0615 0.915 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.0615 0.915 0.000 0.032 0.000 0.000 0 0.968 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.664 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0356 0.928 0.000 0.016 0.000 0.000 0 0.984 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1727 0.861 0.000 0.864 0.000 0.000 0 0.136 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0202 0.933 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1523 0.852 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1966 0.848 0.000 0.832 0.000 0.000 0 0.168 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.1450 0.826 0.000 0.104 0.000 0.000 0 0.896 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0202 0.933 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1253 0.825 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.2908 0.111 0.000 0.392 0.000 0.000 0 0.608 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1994 0.846 0.000 0.828 0.000 0.000 0 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1253 0.825 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-136 9 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> dkfz_11-137 10 0.0282 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.012 0.000 0.00 0.988
#> dkfz_11-138 2 0.1253 0.825 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-139 6 0.0113 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0492 0.923 0.000 0.024 0.000 0.000 0 0.976 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1994 0.846 0.000 0.828 0.000 0.000 0 0.172 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2892 0.446 0.000 0.616 0.000 0.000 0 0.384 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.1851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.00 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-145 6 0.1694 0.806 0.132 0.000 0.000 0.000 0 0.868 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-148 6 0.1694 0.806 0.132 0.000 0.000 0.000 0 0.868 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0113 1.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-150 6 0.1821 0.783 0.148 0.000 0.000 0.000 0 0.852 0.000 0.000 0.00 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:hclust 135 2.07e-27 2.46e-28 2
#> CV:hclust 135 6.83e-31 7.10e-27 3
#> CV:hclust 133 7.36e-53 2.98e-50 4
#> CV:hclust 128 1.33e-50 6.51e-48 5
#> CV:hclust 126 1.05e-45 3.71e-47 6
#> CV:hclust 127 3.85e-46 1.47e-47 7
#> CV:hclust 129 5.44e-65 7.14e-47 8
#> CV:hclust 125 1.85e-62 5.43e-48 9
#> CV:hclust 127 3.57e-63 2.00e-47 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.606 0.963 0.963 0.2495 0.747 0.747
#> 3 3 0.653 0.870 0.904 0.9576 0.813 0.750
#> 4 4 0.653 0.827 0.893 0.2963 0.788 0.624
#> 5 5 0.657 0.820 0.798 0.1394 0.822 0.526
#> 6 6 0.767 0.873 0.859 0.0880 0.950 0.780
#> 7 7 0.905 0.866 0.878 0.0362 0.994 0.965
#> 8 8 0.879 0.813 0.848 0.0242 0.994 0.966
#> 9 9 0.860 0.720 0.806 0.0192 0.974 0.856
#> 10 10 0.837 0.624 0.779 0.0157 0.981 0.891
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-018 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-021 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-029 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-030 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 2 0.469 0.846 0.100 0.900
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-040 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-053 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-057 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-058 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-067 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-137 2 0.574 0.992 0.136 0.864
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-144 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-147 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.574 0.855 0.864 0.136
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.977 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-002 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-003 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0592 0.873 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-005 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-006 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-007 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-008 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-009 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-011 2 0.3619 0.834 0 0.864 0.136
#> dkfz_11-012 2 0.5138 0.794 0 0.748 0.252
#> dkfz_11-013 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-014 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-015 2 0.4555 0.793 0 0.800 0.200
#> dkfz_11-016 2 0.5098 0.795 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-017 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-018 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-019 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-020 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-021 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-023 2 0.0424 0.873 0 0.992 0.008
#> dkfz_11-024 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-025 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-026 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-027 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-028 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-029 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-030 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-031 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-032 3 0.0592 0.890 0 0.012 0.988
#> dkfz_11-033 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-034 3 0.0592 0.890 0 0.012 0.988
#> dkfz_11-035 2 0.1163 0.868 0 0.972 0.028
#> dkfz_11-036 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-037 2 0.5058 0.762 0 0.756 0.244
#> dkfz_11-038 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-039 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.1860 0.863 0 0.948 0.052
#> dkfz_11-042 2 0.4452 0.802 0 0.808 0.192
#> dkfz_11-043 2 0.4702 0.795 0 0.788 0.212
#> dkfz_11-044 2 0.2959 0.858 0 0.900 0.100
#> dkfz_11-045 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-046 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0592 0.872 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-048 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-049 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4702 0.795 0 0.788 0.212
#> dkfz_11-051 2 0.0592 0.872 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-052 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.2537 0.957 0 0.080 0.920
#> dkfz_11-054 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-055 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-056 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-060 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3686 0.838 0 0.860 0.140
#> dkfz_11-062 2 0.3267 0.849 0 0.884 0.116
#> dkfz_11-063 2 0.2537 0.858 0 0.920 0.080
#> dkfz_11-064 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-065 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-066 3 0.1031 0.902 0 0.024 0.976
#> dkfz_11-067 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-068 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-069 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-070 2 0.2878 0.852 0 0.904 0.096
#> dkfz_11-071 2 0.0892 0.873 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-072 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-073 2 0.5058 0.762 0 0.756 0.244
#> dkfz_11-074 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4605 0.794 0 0.796 0.204
#> dkfz_11-091 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-092 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-093 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-095 2 0.0237 0.872 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-096 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-097 2 0.0237 0.872 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-098 2 0.2165 0.859 0 0.936 0.064
#> dkfz_11-099 2 0.3941 0.824 0 0.844 0.156
#> dkfz_11-100 2 0.0592 0.872 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-101 2 0.0592 0.872 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-102 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.872 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1643 0.865 0 0.956 0.044
#> dkfz_11-105 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-106 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-107 2 0.2066 0.861 0 0.940 0.060
#> dkfz_11-108 2 0.2066 0.861 0 0.940 0.060
#> dkfz_11-109 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-110 2 0.2165 0.859 0 0.936 0.064
#> dkfz_11-111 2 0.2066 0.861 0 0.940 0.060
#> dkfz_11-112 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-113 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-114 2 0.0592 0.872 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-115 2 0.0892 0.872 0 0.980 0.020
#> dkfz_11-116 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0237 0.872 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-118 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-119 2 0.0592 0.872 0 0.988 0.012
#> dkfz_11-120 2 0.2066 0.861 0 0.940 0.060
#> dkfz_11-121 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2066 0.861 0 0.940 0.060
#> dkfz_11-123 2 0.2066 0.861 0 0.940 0.060
#> dkfz_11-124 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0237 0.872 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-127 2 0.0237 0.872 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-128 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-129 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-130 2 0.2261 0.858 0 0.932 0.068
#> dkfz_11-131 2 0.0237 0.872 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-133 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-134 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-135 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-136 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-139 2 0.3879 0.827 0 0.848 0.152
#> dkfz_11-140 2 0.0237 0.872 0 0.996 0.004
#> dkfz_11-141 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-142 2 0.2448 0.855 0 0.924 0.076
#> dkfz_11-143 3 0.0592 0.890 0 0.012 0.988
#> dkfz_11-144 3 0.0592 0.890 0 0.012 0.988
#> dkfz_11-145 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-146 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-147 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-148 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-149 3 0.2448 0.960 0 0.076 0.924
#> dkfz_11-150 2 0.5098 0.761 0 0.752 0.248
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.872 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.1677 0.9741 0.012 0.040 0.948 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-004 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-010 1 0.3249 0.8118 0.852 0.140 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0469 0.8457 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0657 0.8456 0.984 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0336 0.8451 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0657 0.8456 0.984 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-022 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.3032 0.8185 0.868 0.124 0.008 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.3249 0.8118 0.852 0.140 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1890 0.9662 0.008 0.056 0.936 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2222 0.9603 0.008 0.056 0.928 0.008
#> dkfz_11-035 1 0.3768 0.7841 0.808 0.184 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0188 0.8430 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-040 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-041 2 0.5039 0.4329 0.404 0.592 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.1118 0.8188 0.964 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0469 0.8457 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0469 0.8457 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-047 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-050 1 0.0469 0.8457 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.3768 0.7839 0.808 0.184 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-053 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0188 0.8424 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9756 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-058 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-059 2 0.2647 0.9100 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-061 1 0.0469 0.8457 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.1722 0.8403 0.944 0.048 0.008 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.3196 0.8132 0.856 0.136 0.008 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0336 0.9850 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.1867 0.8367 0.928 0.072 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.1890 0.8389 0.936 0.056 0.008 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.2402 0.7759 0.924 0.052 0.012 0.012
#> dkfz_11-074 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-075 1 0.0469 0.8457 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.5229 0.2313 0.564 0.428 0.008 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4123 0.7409 0.772 0.220 0.008 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.4950 0.5156 0.376 0.620 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0188 0.8443 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3810 0.7800 0.804 0.188 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3768 0.7839 0.808 0.184 0.008 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.5183 0.3053 0.584 0.408 0.008 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.3142 0.8158 0.860 0.132 0.008 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.5229 0.3456 0.428 0.564 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.4720 0.6344 0.324 0.672 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2647 0.9100 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.5040 0.5409 0.364 0.628 0.008 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.5294 -0.0237 0.508 0.484 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2647 0.9100 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.2976 0.8207 0.872 0.120 0.008 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-117 1 0.4621 0.6334 0.708 0.284 0.008 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2647 0.9100 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.3681 0.7910 0.816 0.176 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.5288 0.0380 0.520 0.472 0.008 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-122 1 0.5290 0.0179 0.516 0.476 0.008 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.5290 0.0179 0.516 0.476 0.008 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-125 1 0.3933 0.7666 0.792 0.200 0.008 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3972 0.7618 0.788 0.204 0.008 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.4761 0.6186 0.332 0.664 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4158 0.7352 0.768 0.224 0.008 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2647 0.9100 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2647 0.9100 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1474 0.9738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-137 4 0.0469 0.9755 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-138 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0469 0.8457 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.5070 0.4225 0.620 0.372 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2831 0.9109 0.120 0.876 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2647 0.9100 0.120 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1890 0.9662 0.008 0.056 0.936 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.1890 0.9662 0.008 0.056 0.936 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0469 0.9879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0469 0.8414 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.3852 0.7756 0.800 0.192 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.3055 0.8990 0.000 0.144 0.840 0.000 0.016
#> dkfz_11-002 1 0.3353 0.7230 0.796 0.196 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0451 0.9364 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-005 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-008 1 0.1430 0.7358 0.944 0.052 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0451 0.9364 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.5717 0.8153 0.308 0.592 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-011 1 0.4794 0.0521 0.520 0.464 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-012 1 0.4025 0.6942 0.748 0.232 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-013 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.3388 0.7211 0.792 0.200 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.3796 0.7045 0.768 0.216 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-016 1 0.3888 0.6924 0.756 0.228 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0451 0.9364 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-022 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-023 2 0.5218 0.5083 0.424 0.536 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-024 1 0.2471 0.7394 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.3196 0.7260 0.804 0.192 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.5526 0.7941 0.308 0.608 0.004 0.000 0.080
#> dkfz_11-028 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-032 3 0.3476 0.8831 0.000 0.176 0.804 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-034 3 0.3807 0.8712 0.000 0.176 0.792 0.004 0.028
#> dkfz_11-035 2 0.5920 0.8296 0.296 0.580 0.004 0.000 0.120
#> dkfz_11-036 1 0.2471 0.7376 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.1638 0.7393 0.932 0.064 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-039 4 0.0290 0.9373 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.2674 0.9386 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-041 2 0.6175 0.6930 0.160 0.528 0.000 0.000 0.312
#> dkfz_11-042 1 0.4220 0.6871 0.748 0.224 0.004 0.008 0.016
#> dkfz_11-043 1 0.3828 0.7012 0.764 0.220 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-044 1 0.4003 0.6689 0.740 0.244 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-045 1 0.3196 0.7260 0.804 0.192 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-048 1 0.1430 0.7358 0.944 0.052 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.2561 0.9387 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.3858 0.6972 0.760 0.224 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-051 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-052 4 0.2561 0.9387 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0162 0.9569 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.3282 0.7258 0.804 0.188 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.1124 0.9941 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-056 4 0.1608 0.9405 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2561 0.9387 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0290 0.9373 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.1124 0.9929 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-060 4 0.0451 0.9364 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> dkfz_11-061 1 0.3918 0.6873 0.752 0.232 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-062 1 0.4884 0.1970 0.584 0.392 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-063 2 0.5333 0.7704 0.300 0.628 0.004 0.000 0.068
#> dkfz_11-064 1 0.3336 0.6528 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0162 0.9569 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-070 2 0.5259 0.1214 0.480 0.480 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-071 2 0.4865 0.4427 0.444 0.536 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-072 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3559 0.6334 0.836 0.064 0.000 0.096 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.2674 0.9386 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-075 1 0.3858 0.6972 0.760 0.224 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-091 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-093 4 0.2561 0.9387 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.3715 0.7076 0.736 0.260 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.6133 0.7861 0.208 0.584 0.004 0.000 0.204
#> dkfz_11-096 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-097 2 0.5889 0.8292 0.280 0.592 0.004 0.000 0.124
#> dkfz_11-098 2 0.6154 0.6512 0.144 0.508 0.000 0.000 0.348
#> dkfz_11-099 1 0.3826 0.6884 0.752 0.236 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-101 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-102 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-103 2 0.5863 0.8293 0.292 0.588 0.004 0.000 0.116
#> dkfz_11-104 2 0.6349 0.7793 0.228 0.548 0.004 0.000 0.220
#> dkfz_11-105 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-106 2 0.5592 0.7986 0.312 0.600 0.004 0.000 0.084
#> dkfz_11-107 2 0.6245 0.6901 0.168 0.516 0.000 0.000 0.316
#> dkfz_11-108 2 0.6066 0.6427 0.132 0.516 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-109 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-110 2 0.6248 0.6583 0.140 0.516 0.004 0.000 0.340
#> dkfz_11-111 2 0.6417 0.7376 0.196 0.528 0.004 0.000 0.272
#> dkfz_11-112 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-113 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-114 2 0.5798 0.8280 0.296 0.592 0.004 0.000 0.108
#> dkfz_11-115 2 0.5524 0.7831 0.320 0.600 0.004 0.000 0.076
#> dkfz_11-116 4 0.2674 0.9386 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-117 2 0.6077 0.8165 0.260 0.580 0.004 0.000 0.156
#> dkfz_11-118 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-119 2 0.5772 0.8267 0.300 0.592 0.004 0.000 0.104
#> dkfz_11-120 2 0.6449 0.7416 0.204 0.524 0.004 0.000 0.268
#> dkfz_11-121 4 0.2561 0.9387 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.6465 0.7384 0.204 0.520 0.004 0.000 0.272
#> dkfz_11-123 2 0.6465 0.7384 0.204 0.520 0.004 0.000 0.272
#> dkfz_11-124 4 0.0290 0.9373 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.5925 0.8293 0.288 0.584 0.004 0.000 0.124
#> dkfz_11-126 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-127 2 0.5927 0.8286 0.280 0.588 0.004 0.000 0.128
#> dkfz_11-128 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-129 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-130 2 0.6050 0.6319 0.128 0.512 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-131 2 0.5927 0.8268 0.272 0.592 0.004 0.000 0.132
#> dkfz_11-132 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-133 5 0.1918 0.9519 0.036 0.036 0.000 0.000 0.928
#> dkfz_11-134 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-135 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-136 4 0.0771 0.9317 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> dkfz_11-137 4 0.2674 0.9386 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> dkfz_11-138 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-139 1 0.4478 0.5351 0.628 0.360 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-140 2 0.6350 0.7770 0.224 0.548 0.004 0.000 0.224
#> dkfz_11-141 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-142 5 0.0963 0.9972 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-143 3 0.3476 0.8831 0.000 0.176 0.804 0.000 0.020
#> dkfz_11-144 3 0.3476 0.8831 0.000 0.176 0.804 0.000 0.020
#> dkfz_11-145 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0324 0.9585 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.2280 0.7417 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.5840 0.8291 0.296 0.588 0.004 0.000 0.112
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.3455 0.881 0.088 0.016 0.828 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.2588 0.855 0.012 0.004 0.000 0.000 0.860 0.124
#> dkfz_11-003 4 0.0436 0.910 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-006 1 0.5288 0.933 0.592 0.000 0.000 0.000 0.252 0.156
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.5324 0.901 0.588 0.004 0.000 0.000 0.280 0.128
#> dkfz_11-009 4 0.0551 0.909 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0260 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-011 6 0.4222 -0.250 0.008 0.004 0.000 0.000 0.472 0.516
#> dkfz_11-012 5 0.2615 0.864 0.008 0.004 0.000 0.000 0.852 0.136
#> dkfz_11-013 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-014 5 0.2766 0.853 0.020 0.004 0.000 0.000 0.852 0.124
#> dkfz_11-015 5 0.2278 0.861 0.004 0.000 0.000 0.000 0.868 0.128
#> dkfz_11-016 5 0.2655 0.864 0.008 0.004 0.000 0.000 0.848 0.140
#> dkfz_11-017 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.5346 0.940 0.584 0.000 0.000 0.000 0.252 0.164
#> dkfz_11-020 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0551 0.907 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-023 6 0.4091 -0.188 0.008 0.000 0.000 0.000 0.472 0.520
#> dkfz_11-024 1 0.5436 0.929 0.572 0.000 0.000 0.000 0.248 0.180
#> dkfz_11-025 5 0.2766 0.849 0.020 0.004 0.000 0.000 0.852 0.124
#> dkfz_11-026 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-027 6 0.0363 0.898 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-028 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.4149 0.855 0.136 0.024 0.772 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 3 0.4471 0.843 0.140 0.040 0.752 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0458 0.911 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-036 1 0.5410 0.935 0.576 0.000 0.000 0.000 0.248 0.176
#> dkfz_11-037 1 0.5616 0.745 0.492 0.004 0.000 0.000 0.372 0.132
#> dkfz_11-038 2 0.2265 0.976 0.024 0.896 0.000 0.000 0.004 0.076
#> dkfz_11-039 4 0.0146 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.3394 0.908 0.188 0.012 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.1663 0.872 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-042 5 0.5590 0.301 0.072 0.008 0.000 0.020 0.552 0.348
#> dkfz_11-043 5 0.2573 0.862 0.008 0.004 0.000 0.000 0.856 0.132
#> dkfz_11-044 5 0.2632 0.848 0.004 0.000 0.000 0.000 0.832 0.164
#> dkfz_11-045 5 0.2723 0.850 0.020 0.004 0.000 0.000 0.856 0.120
#> dkfz_11-046 4 0.0146 0.911 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.5324 0.901 0.588 0.004 0.000 0.000 0.280 0.128
#> dkfz_11-049 4 0.3394 0.908 0.188 0.012 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2615 0.864 0.008 0.004 0.000 0.000 0.852 0.136
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.3452 0.908 0.184 0.016 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.2544 0.852 0.012 0.004 0.000 0.000 0.864 0.120
#> dkfz_11-055 2 0.3035 0.954 0.040 0.860 0.000 0.000 0.024 0.076
#> dkfz_11-056 4 0.1141 0.913 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.3394 0.908 0.188 0.012 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0146 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.1714 0.970 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-060 4 0.0405 0.908 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2593 0.862 0.008 0.000 0.000 0.000 0.844 0.148
#> dkfz_11-062 5 0.3741 0.647 0.008 0.000 0.000 0.000 0.672 0.320
#> dkfz_11-063 6 0.0632 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-064 1 0.5823 0.638 0.468 0.000 0.000 0.000 0.200 0.332
#> dkfz_11-065 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 6 0.4204 -0.169 0.008 0.004 0.000 0.000 0.448 0.540
#> dkfz_11-071 5 0.4126 0.271 0.004 0.004 0.000 0.000 0.512 0.480
#> dkfz_11-072 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.5836 0.785 0.588 0.008 0.000 0.064 0.284 0.056
#> dkfz_11-074 4 0.3452 0.908 0.184 0.016 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2473 0.865 0.008 0.000 0.000 0.000 0.856 0.136
#> dkfz_11-091 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.3394 0.908 0.188 0.012 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3010 0.834 0.020 0.004 0.000 0.000 0.828 0.148
#> dkfz_11-095 6 0.0865 0.903 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-096 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-097 6 0.0547 0.910 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-098 6 0.1910 0.852 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-099 5 0.2593 0.862 0.008 0.000 0.000 0.000 0.844 0.148
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.1644 0.984 0.004 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-103 6 0.0547 0.910 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-104 6 0.1007 0.901 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-105 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-106 6 0.0260 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-107 6 0.1765 0.865 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-108 6 0.2048 0.841 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-109 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-110 6 0.1957 0.851 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-111 6 0.1556 0.879 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-112 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-113 2 0.2265 0.976 0.024 0.896 0.000 0.000 0.004 0.076
#> dkfz_11-114 6 0.0291 0.910 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-115 6 0.0363 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-116 4 0.3394 0.908 0.188 0.012 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0632 0.909 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-118 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 6 0.1610 0.876 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-121 4 0.3452 0.908 0.184 0.016 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.1610 0.876 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-123 6 0.1610 0.876 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-124 4 0.0146 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0458 0.910 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-126 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-127 6 0.0547 0.910 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-128 2 0.1644 0.984 0.004 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-129 2 0.1858 0.982 0.012 0.912 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-130 6 0.2048 0.842 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> dkfz_11-131 6 0.0547 0.910 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> dkfz_11-132 2 0.1858 0.982 0.012 0.912 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-133 2 0.2697 0.848 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-134 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-135 2 0.1858 0.982 0.012 0.912 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-136 4 0.1353 0.893 0.024 0.012 0.000 0.952 0.012 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.3452 0.908 0.184 0.016 0.000 0.788 0.012 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2265 0.976 0.024 0.896 0.000 0.000 0.004 0.076
#> dkfz_11-139 5 0.3772 0.687 0.008 0.004 0.000 0.000 0.692 0.296
#> dkfz_11-140 6 0.1387 0.889 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-141 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-142 2 0.1501 0.985 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-143 3 0.4149 0.855 0.136 0.024 0.772 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.4149 0.855 0.136 0.024 0.772 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-146 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-149 3 0.0260 0.950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.5374 0.944 0.580 0.000 0.000 0.000 0.252 0.168
#> dkfz_11-151 6 0.0363 0.910 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.4095 0.793 0.044 0.008 0.736 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-002 5 0.3496 0.831 0.012 0.008 0.000 0.000 0.808 0.064 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0507 0.868 0.008 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-004 6 0.0930 0.928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> dkfz_11-005 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-006 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0728 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-008 1 0.3146 0.943 0.832 0.004 0.000 0.000 0.100 0.052 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0134 0.867 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0861 0.926 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 NA
#> dkfz_11-011 6 0.4381 -0.289 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476 0.476 NA
#> dkfz_11-012 5 0.2239 0.848 0.004 0.004 0.000 0.000 0.892 0.072 NA
#> dkfz_11-013 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-014 5 0.4096 0.813 0.020 0.008 0.000 0.000 0.752 0.064 NA
#> dkfz_11-015 5 0.1871 0.848 0.004 0.004 0.000 0.000 0.912 0.068 NA
#> dkfz_11-016 5 0.1877 0.849 0.000 0.004 0.000 0.000 0.908 0.072 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0134 0.867 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 2 0.0966 0.956 0.008 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-023 5 0.4016 0.457 0.000 0.004 0.000 0.000 0.584 0.392 NA
#> dkfz_11-024 1 0.2966 0.940 0.828 0.000 0.000 0.000 0.096 0.076 NA
#> dkfz_11-025 5 0.4242 0.809 0.020 0.008 0.000 0.000 0.740 0.076 NA
#> dkfz_11-026 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0861 0.926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0728 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-032 3 0.4897 0.723 0.060 0.008 0.604 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0728 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-034 3 0.5206 0.709 0.052 0.012 0.584 0.000 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-035 6 0.0996 0.929 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> dkfz_11-036 1 0.3014 0.936 0.824 0.000 0.000 0.000 0.096 0.080 NA
#> dkfz_11-037 1 0.4616 0.694 0.636 0.004 0.000 0.000 0.292 0.040 NA
#> dkfz_11-038 2 0.3105 0.914 0.020 0.844 0.000 0.000 0.012 0.032 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.3617 0.855 0.008 0.004 0.000 0.684 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.1101 0.919 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> dkfz_11-042 5 0.6039 0.405 0.108 0.004 0.000 0.012 0.496 0.332 NA
#> dkfz_11-043 5 0.1957 0.847 0.004 0.004 0.000 0.000 0.908 0.068 NA
#> dkfz_11-044 5 0.2027 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.076 NA
#> dkfz_11-045 5 0.4096 0.813 0.020 0.008 0.000 0.000 0.752 0.064 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 6 0.0728 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-048 1 0.3230 0.941 0.828 0.004 0.000 0.000 0.100 0.052 NA
#> dkfz_11-049 4 0.3316 0.855 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.1877 0.849 0.000 0.004 0.000 0.000 0.908 0.072 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0656 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-052 4 0.3398 0.855 0.008 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.905 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 5 0.2693 0.842 0.012 0.000 0.000 0.000 0.864 0.064 NA
#> dkfz_11-055 2 0.3888 0.877 0.032 0.784 0.000 0.000 0.020 0.032 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0790 0.869 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.3426 0.855 0.000 0.004 0.000 0.684 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.1954 0.913 0.008 0.900 0.000 0.000 0.000 0.084 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0134 0.867 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 5 0.1791 0.849 0.000 0.004 0.000 0.000 0.912 0.072 NA
#> dkfz_11-062 5 0.2536 0.810 0.000 0.004 0.000 0.000 0.844 0.140 NA
#> dkfz_11-063 6 0.0966 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.960 NA
#> dkfz_11-064 1 0.4540 0.613 0.640 0.000 0.000 0.000 0.072 0.276 NA
#> dkfz_11-065 1 0.2704 0.952 0.848 0.000 0.000 0.000 0.096 0.056 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.905 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0728 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-070 6 0.4370 -0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.508 NA
#> dkfz_11-071 5 0.4106 0.434 0.004 0.000 0.000 0.000 0.568 0.404 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-073 1 0.3514 0.886 0.820 0.004 0.000 0.044 0.100 0.012 NA
#> dkfz_11-074 4 0.3617 0.855 0.008 0.004 0.000 0.684 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.1791 0.849 0.000 0.004 0.000 0.000 0.912 0.072 NA
#> dkfz_11-091 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0728 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-093 4 0.3316 0.855 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-094 5 0.4257 0.806 0.016 0.008 0.000 0.000 0.736 0.084 NA
#> dkfz_11-095 6 0.0637 0.927 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0994 0.956 0.004 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-097 6 0.0334 0.929 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> dkfz_11-098 6 0.1552 0.902 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.924 NA
#> dkfz_11-099 5 0.2240 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.072 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0656 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-101 6 0.0656 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-102 2 0.1564 0.952 0.016 0.936 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-103 6 0.0742 0.927 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-104 6 0.1035 0.921 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> dkfz_11-105 2 0.0728 0.957 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-106 6 0.1063 0.926 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956 NA
#> dkfz_11-107 6 0.1440 0.909 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 NA
#> dkfz_11-108 6 0.1566 0.896 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.920 NA
#> dkfz_11-109 2 0.1099 0.955 0.008 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-110 6 0.1552 0.903 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.924 NA
#> dkfz_11-111 6 0.1321 0.914 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 NA
#> dkfz_11-112 2 0.0728 0.957 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-113 2 0.3105 0.914 0.020 0.844 0.000 0.000 0.012 0.032 NA
#> dkfz_11-114 6 0.0239 0.929 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> dkfz_11-115 6 0.1063 0.926 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956 NA
#> dkfz_11-116 4 0.3468 0.855 0.012 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 6 0.0820 0.925 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-118 2 0.0728 0.957 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0728 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-120 6 0.1259 0.916 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> dkfz_11-121 4 0.3507 0.855 0.008 0.004 0.000 0.684 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 6 0.1195 0.918 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.948 NA
#> dkfz_11-123 6 0.1259 0.916 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.867 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.0468 0.928 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0861 0.956 0.004 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-127 6 0.0334 0.929 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> dkfz_11-128 2 0.1478 0.952 0.012 0.940 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-129 2 0.1749 0.949 0.008 0.928 0.000 0.000 0.004 0.032 NA
#> dkfz_11-130 6 0.1859 0.879 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> dkfz_11-131 6 0.0239 0.929 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> dkfz_11-132 2 0.1819 0.947 0.008 0.924 0.000 0.000 0.004 0.032 NA
#> dkfz_11-133 2 0.2885 0.788 0.008 0.804 0.000 0.000 0.000 0.180 NA
#> dkfz_11-134 2 0.0861 0.956 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-135 2 0.1866 0.949 0.016 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-136 4 0.1290 0.842 0.020 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-137 4 0.3468 0.855 0.012 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.3105 0.914 0.020 0.844 0.000 0.000 0.012 0.032 NA
#> dkfz_11-139 5 0.4072 0.693 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.272 NA
#> dkfz_11-140 6 0.1440 0.909 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0728 0.957 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-142 2 0.0930 0.954 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-143 3 0.4897 0.723 0.060 0.008 0.604 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-144 3 0.4897 0.723 0.060 0.008 0.604 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-145 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0468 0.911 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.2759 0.954 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0930 0.929 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.3283 -0.627 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 NA
#> dkfz_11-002 5 0.4914 0.751 0.064 0.008 0.000 0.000 0.680 0.012 0.080 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0224 0.775 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-004 6 0.0989 0.872 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.016 NA
#> dkfz_11-005 1 0.0614 0.935 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0544 0.933 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-008 1 0.2559 0.886 0.880 0.004 0.000 0.000 0.012 0.020 0.044 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-011 6 0.5525 -0.163 0.016 0.008 0.000 0.000 0.392 0.468 0.036 NA
#> dkfz_11-012 5 0.2627 0.779 0.052 0.004 0.000 0.000 0.876 0.020 0.016 NA
#> dkfz_11-013 1 0.0739 0.935 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-014 5 0.5657 0.717 0.068 0.012 0.000 0.000 0.584 0.016 0.096 NA
#> dkfz_11-015 5 0.1670 0.787 0.052 0.000 0.000 0.000 0.920 0.020 0.008 NA
#> dkfz_11-016 5 0.2005 0.785 0.052 0.004 0.000 0.000 0.908 0.020 0.012 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0125 0.935 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0125 0.935 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.0614 0.935 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0125 0.935 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 2 0.0837 0.904 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-023 5 0.3305 0.488 0.000 0.004 0.000 0.000 0.656 0.336 0.000 NA
#> dkfz_11-024 1 0.1260 0.915 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 NA
#> dkfz_11-025 5 0.5838 0.711 0.068 0.012 0.000 0.000 0.568 0.024 0.100 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0614 0.935 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0349 0.931 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0251 0.934 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0349 0.931 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-032 7 0.3272 0.967 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-034 7 0.4454 0.903 0.012 0.000 0.392 0.000 0.032 0.000 0.548 NA
#> dkfz_11-035 6 0.0706 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 NA
#> dkfz_11-036 1 0.1313 0.910 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 NA
#> dkfz_11-037 1 0.4931 0.623 0.660 0.004 0.000 0.000 0.204 0.024 0.052 NA
#> dkfz_11-038 2 0.4432 0.793 0.000 0.708 0.000 0.000 0.020 0.024 0.156 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0313 0.774 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.3600 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-041 6 0.2859 0.867 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.836 0.012 NA
#> dkfz_11-042 5 0.7512 0.333 0.152 0.008 0.000 0.020 0.328 0.312 0.072 NA
#> dkfz_11-043 5 0.2005 0.785 0.052 0.004 0.000 0.000 0.908 0.020 0.012 NA
#> dkfz_11-044 5 0.3091 0.789 0.044 0.004 0.000 0.000 0.848 0.028 0.024 NA
#> dkfz_11-045 5 0.5657 0.717 0.068 0.012 0.000 0.000 0.584 0.016 0.096 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0313 0.774 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-047 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-048 1 0.2617 0.883 0.876 0.004 0.000 0.000 0.012 0.020 0.044 NA
#> dkfz_11-049 4 0.3299 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.2005 0.785 0.052 0.004 0.000 0.000 0.908 0.020 0.012 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0475 0.878 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
#> dkfz_11-052 4 0.3408 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0251 0.927 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 5 0.4272 0.769 0.064 0.008 0.000 0.000 0.748 0.012 0.052 NA
#> dkfz_11-055 2 0.4928 0.744 0.000 0.644 0.000 0.000 0.024 0.024 0.200 NA
#> dkfz_11-056 4 0.1292 0.777 0.000 0.000 0.000 0.936 0.012 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.3299 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.2166 0.845 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.060 0.008 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 5 0.1573 0.786 0.052 0.004 0.000 0.000 0.924 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-062 5 0.1489 0.764 0.008 0.004 0.000 0.000 0.924 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-063 6 0.0966 0.871 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964 0.008 NA
#> dkfz_11-064 1 0.3190 0.610 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.004 NA
#> dkfz_11-065 1 0.0614 0.935 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0438 0.923 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0349 0.931 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0739 0.935 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-070 6 0.5458 -0.145 0.012 0.008 0.000 0.000 0.392 0.472 0.036 NA
#> dkfz_11-071 5 0.4557 0.235 0.000 0.008 0.000 0.000 0.492 0.440 0.012 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0125 0.935 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 1 0.2867 0.854 0.860 0.004 0.000 0.028 0.012 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-074 4 0.3600 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-075 5 0.1697 0.786 0.052 0.004 0.000 0.000 0.920 0.020 0.004 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0739 0.935 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-093 4 0.3299 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 5 0.5897 0.709 0.068 0.012 0.000 0.000 0.564 0.028 0.100 NA
#> dkfz_11-095 6 0.2249 0.881 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.880 0.012 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0837 0.904 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-097 6 0.2155 0.881 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.888 0.012 NA
#> dkfz_11-098 6 0.3146 0.861 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.816 0.020 NA
#> dkfz_11-099 5 0.3653 0.783 0.056 0.008 0.000 0.000 0.808 0.020 0.036 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0563 0.877 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 NA
#> dkfz_11-101 6 0.0794 0.880 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 NA
#> dkfz_11-102 2 0.1952 0.892 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.024 0.028 NA
#> dkfz_11-103 6 0.2560 0.876 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.860 0.012 NA
#> dkfz_11-104 6 0.2613 0.875 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.856 0.012 NA
#> dkfz_11-105 2 0.0614 0.905 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.1062 0.871 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 NA
#> dkfz_11-107 6 0.2905 0.865 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.832 0.012 NA
#> dkfz_11-108 6 0.3077 0.855 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.816 0.012 NA
#> dkfz_11-109 2 0.0837 0.904 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-110 6 0.3273 0.852 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.804 0.020 NA
#> dkfz_11-111 6 0.2950 0.865 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.828 0.012 NA
#> dkfz_11-112 2 0.0614 0.905 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.4432 0.793 0.000 0.708 0.000 0.000 0.020 0.024 0.156 NA
#> dkfz_11-114 6 0.2229 0.882 0.004 0.028 0.000 0.000 0.000 0.888 0.012 NA
#> dkfz_11-115 6 0.1087 0.870 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 NA
#> dkfz_11-116 4 0.3600 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-117 6 0.2613 0.875 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.856 0.012 NA
#> dkfz_11-118 2 0.0904 0.900 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0820 0.874 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-120 6 0.2859 0.867 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.836 0.012 NA
#> dkfz_11-121 4 0.3408 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-122 6 0.2812 0.869 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.840 0.012 NA
#> dkfz_11-123 6 0.3057 0.865 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.824 0.020 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.775 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.2268 0.880 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.880 0.012 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0794 0.904 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> dkfz_11-127 6 0.2106 0.882 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 NA
#> dkfz_11-128 2 0.1947 0.890 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.024 0.036 NA
#> dkfz_11-129 2 0.2463 0.882 0.000 0.880 0.000 0.000 0.008 0.024 0.056 NA
#> dkfz_11-130 6 0.3279 0.841 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.796 0.012 NA
#> dkfz_11-131 6 0.2249 0.881 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.880 0.012 NA
#> dkfz_11-132 2 0.2786 0.874 0.000 0.856 0.000 0.000 0.008 0.024 0.072 NA
#> dkfz_11-133 2 0.3486 0.691 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.152 0.012 NA
#> dkfz_11-134 2 0.0837 0.904 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.2803 0.878 0.000 0.856 0.000 0.000 0.008 0.024 0.064 NA
#> dkfz_11-136 4 0.2545 0.695 0.008 0.004 0.000 0.872 0.012 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-137 4 0.3600 0.759 0.000 0.000 0.000 0.560 0.004 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-138 2 0.4432 0.793 0.000 0.708 0.000 0.000 0.020 0.024 0.156 NA
#> dkfz_11-139 5 0.6018 0.638 0.048 0.008 0.000 0.000 0.564 0.196 0.056 NA
#> dkfz_11-140 6 0.2993 0.861 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.824 0.012 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0614 0.905 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-142 2 0.1275 0.892 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-143 7 0.3272 0.967 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-144 7 0.3272 0.967 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0739 0.935 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0125 0.935 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0125 0.935 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.0739 0.935 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0349 0.931 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.0614 0.935 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0438 0.878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.4240 -0.6521 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.060 0.428 0.012
#> dkfz_11-002 5 0.1343 0.3422 0.032 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-003 4 0.0567 0.9239 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.004 0.008 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.1934 0.7703 0.012 0.000 0.000 0.000 0.016 0.912 0.004 0.024 0.032
#> dkfz_11-005 1 0.0414 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0446 0.9015 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0683 0.7787 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2908 0.8150 0.844 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040 0.044 0.060
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0683 0.7787 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.3341 -0.0417 0.008 0.000 0.000 0.000 0.500 0.492 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 9 0.4001 -0.5675 0.036 0.000 0.000 0.000 0.464 0.012 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-013 1 0.0891 0.9017 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3526 0.3007 0.036 0.000 0.000 0.000 0.804 0.016 0.024 0.032 0.088
#> dkfz_11-015 5 0.3942 0.2439 0.032 0.000 0.000 0.000 0.548 0.008 0.000 0.004 0.408
#> dkfz_11-016 5 0.3996 0.2155 0.028 0.000 0.000 0.000 0.516 0.012 0.000 0.004 0.440
#> dkfz_11-017 3 0.0237 0.9336 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0119 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0446 0.9015 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0119 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0331 0.8696 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.5021 0.0301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.268 0.000 0.004 0.312
#> dkfz_11-024 1 0.1824 0.8566 0.896 0.000 0.000 0.000 0.036 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3595 0.2985 0.036 0.000 0.000 0.000 0.800 0.020 0.024 0.032 0.088
#> dkfz_11-026 1 0.0658 0.9026 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0683 0.7787 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0237 0.9336 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0356 0.9323 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0331 0.9312 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0683 0.7787 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.4219 0.9621 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.072 0.576 0.012
#> dkfz_11-033 6 0.0683 0.7787 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.5134 0.8924 0.004 0.000 0.304 0.000 0.004 0.000 0.108 0.532 0.048
#> dkfz_11-035 6 0.1985 0.7752 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012 0.908 0.004 0.032 0.032
#> dkfz_11-036 1 0.1824 0.8566 0.896 0.000 0.000 0.000 0.036 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.5737 0.3224 0.544 0.004 0.000 0.000 0.072 0.012 0.048 0.060 0.260
#> dkfz_11-038 2 0.4612 0.7030 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152 0.036 0.168
#> dkfz_11-039 4 0.0744 0.9281 0.004 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-040 7 0.3733 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.548 0.016 0.008
#> dkfz_11-041 6 0.3506 0.7794 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-042 9 0.8278 -0.0268 0.172 0.004 0.000 0.048 0.212 0.208 0.048 0.088 0.220
#> dkfz_11-043 5 0.3924 0.1918 0.036 0.000 0.000 0.000 0.508 0.008 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-044 5 0.3834 0.3184 0.024 0.000 0.000 0.000 0.668 0.016 0.004 0.008 0.280
#> dkfz_11-045 5 0.3566 0.3012 0.036 0.000 0.000 0.000 0.800 0.016 0.024 0.032 0.092
#> dkfz_11-046 4 0.0827 0.9260 0.004 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-047 6 0.0449 0.7837 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.2955 0.8119 0.840 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040 0.044 0.064
#> dkfz_11-049 7 0.3210 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.572 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3892 0.2138 0.028 0.000 0.000 0.000 0.516 0.012 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-051 6 0.0533 0.7890 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-052 7 0.3605 0.9675 0.000 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.552 0.000 0.020
#> dkfz_11-053 3 0.0212 0.9277 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3195 0.3476 0.036 0.000 0.000 0.000 0.776 0.008 0.004 0.004 0.172
#> dkfz_11-055 2 0.5318 0.6026 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176 0.068 0.208
#> dkfz_11-056 4 0.1976 0.8273 0.004 0.000 0.000 0.900 0.004 0.000 0.064 0.016 0.012
#> dkfz_11-057 7 0.3402 0.9742 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.564 0.008 0.004
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2199 0.7583 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3985 0.2365 0.028 0.000 0.000 0.000 0.528 0.012 0.000 0.004 0.428
#> dkfz_11-062 5 0.3933 0.2162 0.004 0.000 0.000 0.000 0.528 0.036 0.000 0.004 0.428
#> dkfz_11-063 6 0.0728 0.7832 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016 0.972 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.3127 0.5961 0.732 0.000 0.000 0.000 0.036 0.232 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0786 0.8932 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-066 3 0.0296 0.9266 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0331 0.9312 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0818 0.9022 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0683 0.7787 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.3340 -0.0198 0.008 0.000 0.000 0.000 0.484 0.508 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.5112 -0.0990 0.008 0.000 0.000 0.000 0.356 0.476 0.004 0.016 0.140
#> dkfz_11-072 3 0.0119 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3337 0.7851 0.816 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.040 0.044 0.072
#> dkfz_11-074 7 0.3733 0.9728 0.000 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.548 0.016 0.008
#> dkfz_11-075 5 0.3982 0.2366 0.028 0.000 0.000 0.000 0.532 0.012 0.000 0.004 0.424
#> dkfz_11-091 1 0.0891 0.9017 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0533 0.7821 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 7 0.3210 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.572 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3595 0.2985 0.036 0.000 0.000 0.000 0.800 0.020 0.024 0.032 0.088
#> dkfz_11-095 6 0.3019 0.7976 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.780 0.004 0.176 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0449 0.8698 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-097 6 0.2992 0.7981 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.784 0.004 0.172 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.4406 0.7568 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.652 0.004 0.208 0.028
#> dkfz_11-099 5 0.3584 0.3404 0.028 0.000 0.000 0.000 0.720 0.012 0.004 0.008 0.228
#> dkfz_11-100 6 0.0356 0.7849 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0941 0.7930 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.036 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1830 0.8500 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008 0.052
#> dkfz_11-103 6 0.3570 0.7863 0.000 0.072 0.000 0.000 0.008 0.736 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-104 6 0.3868 0.7822 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004 0.704 0.000 0.208 0.020
#> dkfz_11-105 2 0.0212 0.8699 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.2006 0.7681 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.908 0.004 0.024 0.032
#> dkfz_11-107 6 0.4306 0.7573 0.000 0.108 0.000 0.000 0.004 0.656 0.000 0.212 0.020
#> dkfz_11-108 6 0.3739 0.7654 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0424 0.8686 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.4641 0.7405 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004 0.632 0.004 0.208 0.028
#> dkfz_11-111 6 0.4301 0.7618 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.660 0.004 0.212 0.024
#> dkfz_11-112 2 0.0212 0.8699 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.4612 0.7030 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152 0.036 0.168
#> dkfz_11-114 6 0.2957 0.7982 0.000 0.028 0.000 0.000 0.012 0.784 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.2006 0.7681 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.908 0.004 0.024 0.032
#> dkfz_11-116 7 0.3584 0.9730 0.000 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.556 0.012 0.004
#> dkfz_11-117 6 0.3482 0.7848 0.000 0.072 0.000 0.000 0.008 0.736 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0658 0.8611 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0449 0.7837 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.4359 0.7598 0.000 0.100 0.000 0.000 0.004 0.656 0.000 0.212 0.028
#> dkfz_11-121 7 0.3664 0.9706 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.548 0.004 0.024
#> dkfz_11-122 6 0.4239 0.7625 0.000 0.100 0.000 0.000 0.004 0.664 0.000 0.212 0.020
#> dkfz_11-123 6 0.4492 0.7587 0.000 0.096 0.000 0.000 0.004 0.652 0.004 0.212 0.032
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9397 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3047 0.7947 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.772 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0414 0.8687 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 6 0.2881 0.7999 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008 0.796 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1801 0.8490 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.004 0.052
#> dkfz_11-129 2 0.2524 0.8364 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052 0.016 0.068
#> dkfz_11-130 6 0.4807 0.7154 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.608 0.004 0.208 0.028
#> dkfz_11-131 6 0.2935 0.7983 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.788 0.004 0.172 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2569 0.8350 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052 0.016 0.072
#> dkfz_11-133 2 0.3377 0.6100 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0424 0.8686 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.2495 0.8390 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048 0.020 0.064
#> dkfz_11-136 4 0.3527 0.7146 0.004 0.000 0.000 0.800 0.020 0.000 0.064 0.044 0.068
#> dkfz_11-137 7 0.3868 0.9693 0.000 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.540 0.012 0.020
#> dkfz_11-138 2 0.4612 0.7030 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152 0.036 0.168
#> dkfz_11-139 5 0.3921 0.1053 0.032 0.000 0.000 0.000 0.692 0.228 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.4070 0.7659 0.000 0.108 0.000 0.000 0.008 0.684 0.000 0.192 0.008
#> dkfz_11-141 2 0.0212 0.8699 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.1087 0.8423 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.4328 0.9615 0.000 0.000 0.340 0.000 0.004 0.000 0.072 0.572 0.012
#> dkfz_11-144 8 0.4219 0.9621 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.072 0.576 0.012
#> dkfz_11-145 1 0.0891 0.9017 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0237 0.9336 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0237 0.9336 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 1 0.0891 0.9017 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0237 0.9336 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0658 0.9026 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.1729 0.7785 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920 0.004 0.032 0.032
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.6290 -0.7097 0.000 0.000 0.332 0.088 0.000 0.000 0.276 0.244 0.060 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.3846 0.1797 0.012 0.000 0.000 0.012 0.524 0.000 0.432 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.3391 0.9077 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.420
#> dkfz_11-004 6 0.1043 0.7195 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948 0.004 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0395 0.8685 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0517 0.8688 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0113 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.4082 0.6840 0.692 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.008 0.052 0.192 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3053 0.9210 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.416
#> dkfz_11-010 6 0.0113 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4845 0.1042 0.000 0.000 0.000 0.012 0.292 0.532 0.144 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2219 0.6838 0.004 0.000 0.000 0.032 0.884 0.000 0.032 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0113 0.8703 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3298 0.1712 0.016 0.000 0.000 0.000 0.340 0.008 0.636 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.1243 0.7180 0.004 0.000 0.000 0.008 0.940 0.000 0.008 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.1263 0.7159 0.004 0.000 0.000 0.020 0.940 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0113 0.9319 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9322 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0517 0.8688 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9322 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3114 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.404
#> dkfz_11-022 2 0.1709 0.6768 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.108 0.004 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.2678 0.4807 0.000 0.000 0.000 0.008 0.768 0.216 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.1138 0.8326 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3298 0.1712 0.016 0.000 0.000 0.000 0.340 0.008 0.636 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0113 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0226 0.9310 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0226 0.9310 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0113 0.9312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0113 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 7 0.6450 -0.8346 0.000 0.000 0.172 0.120 0.000 0.000 0.336 0.292 0.080 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0113 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.6700 0.0000 0.000 0.000 0.156 0.172 0.000 0.000 0.248 0.316 0.108 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.1261 0.7183 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.936 0.004 0.048 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1186 0.8287 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.6639 0.2139 0.368 0.000 0.000 0.068 0.240 0.000 0.020 0.104 0.200 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.2960 -0.7311 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3682 0.9095 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.004 0.012 0.020 0.416
#> dkfz_11-040 10 0.0564 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.976
#> dkfz_11-041 6 0.3341 0.7195 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004 0.396 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.8158 0.0189 0.112 0.000 0.000 0.104 0.236 0.124 0.080 0.132 0.212 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1291 0.7159 0.004 0.000 0.000 0.020 0.940 0.000 0.000 0.008 0.028 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.2824 0.6644 0.004 0.000 0.000 0.012 0.836 0.004 0.096 0.028 0.020 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.3298 0.1712 0.016 0.000 0.000 0.000 0.340 0.008 0.636 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3682 0.9095 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.004 0.012 0.020 0.416
#> dkfz_11-047 6 0.0113 0.7270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4146 0.6733 0.680 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.008 0.052 0.204 0.000
#> dkfz_11-049 10 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 5 0.1203 0.7161 0.004 0.000 0.000 0.020 0.944 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0673 0.7332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 10 0.0484 0.9710 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> dkfz_11-053 3 0.0113 0.9312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3556 0.4982 0.024 0.000 0.000 0.012 0.696 0.000 0.248 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-055 9 0.3798 0.0000 0.000 0.480 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012 0.008 0.480 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3717 0.8588 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.004 0.012 0.020 0.460
#> dkfz_11-057 10 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.2949 0.9223 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-059 2 0.2694 0.4932 0.000 0.748 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2949 0.9223 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-061 5 0.0541 0.7182 0.004 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0541 0.7179 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.008 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0597 0.7281 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.2566 0.5916 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.1173 0.8521 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004 0.048 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0226 0.9305 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0113 0.9312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0113 0.8703 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0113 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4835 0.1372 0.000 0.000 0.000 0.012 0.280 0.540 0.148 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.4407 0.1084 0.000 0.000 0.000 0.004 0.360 0.544 0.056 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9322 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4537 0.6424 0.648 0.000 0.000 0.068 0.004 0.000 0.020 0.052 0.208 0.000
#> dkfz_11-074 10 0.0564 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.976
#> dkfz_11-075 5 0.0508 0.7191 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0113 0.8703 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0113 0.7243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 10 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 7 0.3359 0.1710 0.016 0.000 0.000 0.000 0.336 0.012 0.636 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.2923 0.7359 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1523 0.6759 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2878 0.7385 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.660 0.000 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.3695 0.6985 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.520 0.004 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3202 0.6282 0.008 0.000 0.000 0.012 0.792 0.000 0.136 0.028 0.024 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0113 0.7270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.1168 0.7361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0582 0.5730 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3034 0.7261 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.592 0.000 0.404 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3047 0.7280 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.1683 0.6795 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096 0.008 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.1099 0.7170 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948 0.004 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3363 0.7007 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3643 0.6972 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.540 0.004 0.420 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.1759 0.6607 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.3856 0.6805 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.500 0.004 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.3565 0.7003 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.524 0.004 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.1683 0.6795 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096 0.008 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.2954 -0.7297 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2901 0.7390 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.1155 0.7174 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.004 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-116 10 0.0484 0.9791 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> dkfz_11-117 6 0.3040 0.7244 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.588 0.000 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.1816 0.6653 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0113 0.7270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3096 0.7095 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 10 0.0404 0.9738 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> dkfz_11-122 6 0.3090 0.7126 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 6 0.3199 0.7084 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.536 0.000 0.456 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2949 0.9223 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-125 6 0.3013 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1191 0.6616 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.2829 0.7407 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.676 0.000 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0539 0.5667 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1405 0.4769 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.4048 0.6609 0.000 0.064 0.000 0.004 0.000 0.480 0.004 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2890 0.7379 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.656 0.000 0.340 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1850 0.3931 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.124 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3421 0.2703 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.352 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1487 0.6785 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1883 0.4169 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.4336 0.5891 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.004 0.044 0.088 0.228
#> dkfz_11-137 10 0.0564 0.9790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012 0.976
#> dkfz_11-138 2 0.2960 -0.7311 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.6525 0.1549 0.024 0.000 0.000 0.016 0.400 0.188 0.240 0.112 0.020 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.3449 0.7044 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.544 0.000 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1485 0.6804 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2158 0.6307 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152 0.008 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.6467 -0.8369 0.000 0.000 0.172 0.124 0.000 0.000 0.332 0.292 0.080 0.000
#> dkfz_11-144 7 0.6450 -0.8346 0.000 0.000 0.172 0.120 0.000 0.000 0.336 0.292 0.080 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0113 0.8703 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0202 0.9304 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0113 0.9319 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0113 0.8703 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0226 0.9310 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0226 0.8701 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0984 0.7216 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:kmeans 136 5.02e-26 2.94e-30 2
#> CV:kmeans 136 1.27e-52 2.74e-27 3
#> CV:kmeans 127 7.63e-67 1.74e-42 4
#> CV:kmeans 132 6.07e-91 9.04e-48 5
#> CV:kmeans 131 1.16e-112 6.83e-46 6
#> CV:kmeans 131 1.16e-112 6.83e-46 7
#> CV:kmeans 130 2.75e-108 7.22e-45 8
#> CV:kmeans 112 2.08e-74 8.61e-38 9
#> CV:kmeans 109 1.52e-85 8.56e-38 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.870 0.936 0.970 0.49954 0.496 0.496
#> 3 3 0.935 0.929 0.968 0.20773 0.875 0.753
#> 4 4 0.811 0.837 0.920 0.18767 0.821 0.576
#> 5 5 0.924 0.866 0.930 0.06087 0.952 0.825
#> 6 6 0.967 0.944 0.964 0.07038 0.943 0.759
#> 7 7 0.904 0.892 0.921 0.02321 0.993 0.960
#> 8 8 0.896 0.857 0.889 0.01739 1.000 1.000
#> 9 9 0.885 0.770 0.853 0.01505 0.963 0.791
#> 10 10 0.865 0.682 0.836 0.00805 0.992 0.943
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 5
There is also optional best \(k\) = 3 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.4161 0.903 0.084 0.916
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.4161 0.903 0.084 0.916
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.5519 0.866 0.128 0.872
#> dkfz_11-011 2 0.9963 0.197 0.464 0.536
#> dkfz_11-012 1 0.5519 0.847 0.872 0.128
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.5629 0.842 0.868 0.132
#> dkfz_11-016 2 0.6887 0.805 0.184 0.816
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.4161 0.903 0.084 0.916
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.4562 0.894 0.096 0.904
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.6048 0.846 0.148 0.852
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.4298 0.900 0.088 0.912
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> dkfz_11-044 2 0.9661 0.413 0.392 0.608
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.5946 0.826 0.856 0.144
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.9922 0.119 0.552 0.448
#> dkfz_11-062 2 0.4298 0.900 0.088 0.912
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.5629 0.862 0.132 0.868
#> dkfz_11-070 2 0.6623 0.819 0.172 0.828
#> dkfz_11-071 2 0.6623 0.819 0.172 0.828
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.5946 0.826 0.856 0.144
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0672 0.951 0.008 0.992
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.3584 0.916 0.932 0.068
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.6048 0.846 0.148 0.852
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.4431 0.890 0.908 0.092
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-002 1 0.0592 0.930 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-003 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.1289 0.954 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-006 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-007 2 0.1289 0.954 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-009 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.1525 0.952 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-011 1 0.6735 0.304 0.564 0.424 0.012
#> dkfz_11-012 1 0.5737 0.665 0.732 0.256 0.012
#> dkfz_11-013 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 1 0.0592 0.930 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-015 1 0.4575 0.774 0.828 0.160 0.012
#> dkfz_11-016 2 0.2229 0.936 0.044 0.944 0.012
#> dkfz_11-017 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-018 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-019 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-021 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.1711 0.950 0.032 0.960 0.008
#> dkfz_11-024 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-025 1 0.0424 0.931 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-026 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 2 0.1525 0.952 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-029 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-030 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-031 2 0.1525 0.952 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-033 2 0.1525 0.952 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-035 2 0.0747 0.965 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 2 0.5072 0.738 0.196 0.792 0.012
#> dkfz_11-044 1 0.6169 0.478 0.636 0.360 0.004
#> dkfz_11-045 1 0.0592 0.930 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-046 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-049 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 1 0.5775 0.660 0.728 0.260 0.012
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-054 1 0.0592 0.930 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 1 0.5797 0.635 0.712 0.280 0.008
#> dkfz_11-062 2 0.1832 0.947 0.036 0.956 0.008
#> dkfz_11-063 2 0.0424 0.970 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-065 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-067 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-068 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 2 0.1525 0.952 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-070 2 0.6229 0.453 0.340 0.652 0.008
#> dkfz_11-071 2 0.2063 0.939 0.044 0.948 0.008
#> dkfz_11-072 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-073 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 1 0.5578 0.685 0.748 0.240 0.012
#> dkfz_11-091 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 2 0.0747 0.965 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 1 0.0592 0.930 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.5315 0.713 0.772 0.216 0.012
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.1525 0.952 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.5882 0.436 0.348 0.652 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0237 0.933 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.5536 0.690 0.752 0.236 0.012
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-144 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-145 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-147 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-148 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0237 1.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-150 1 0.0424 0.932 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0188 0.755 0.996 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-004 1 0.4994 0.310 0.520 0.480 0 0.000
#> dkfz_11-005 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-006 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-007 2 0.5000 -0.286 0.500 0.500 0 0.000
#> dkfz_11-008 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-009 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-010 1 0.4985 0.343 0.532 0.468 0 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.0469 0.767 0.988 0.012 0 0.000
#> dkfz_11-013 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-014 1 0.0524 0.761 0.988 0.004 0 0.008
#> dkfz_11-015 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.1022 0.767 0.968 0.032 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-019 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.3311 0.717 0.828 0.172 0 0.000
#> dkfz_11-024 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-025 1 0.2868 0.617 0.864 0.000 0 0.136
#> dkfz_11-026 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-027 1 0.4877 0.450 0.592 0.408 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.4985 0.343 0.532 0.468 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.4985 0.343 0.532 0.468 0 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.4999 0.274 0.508 0.492 0 0.000
#> dkfz_11-036 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-037 4 0.3266 0.899 0.168 0.000 0 0.832
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-040 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-041 2 0.0188 0.942 0.004 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-043 1 0.1004 0.765 0.972 0.024 0 0.004
#> dkfz_11-044 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0592 0.755 0.984 0.000 0 0.016
#> dkfz_11-046 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-047 2 0.4985 -0.175 0.468 0.532 0 0.000
#> dkfz_11-048 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-049 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-050 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0188 0.942 0.004 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0188 0.755 0.996 0.000 0 0.004
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-057 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-058 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-061 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.1474 0.763 0.948 0.052 0 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.3400 0.711 0.820 0.180 0 0.000
#> dkfz_11-064 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-065 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-068 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-069 1 0.4985 0.343 0.532 0.468 0 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0707 0.769 0.980 0.020 0 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.2973 0.731 0.856 0.144 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-074 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-075 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-091 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-092 1 0.5000 0.247 0.500 0.500 0 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-094 1 0.0592 0.755 0.984 0.000 0 0.016
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0188 0.942 0.004 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.2408 0.826 0.104 0.896 0 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0188 0.942 0.004 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0469 0.934 0.012 0.988 0 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0188 0.942 0.004 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4972 0.367 0.544 0.456 0 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0188 0.942 0.004 0.996 0 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3444 0.693 0.184 0.816 0 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.4985 0.343 0.532 0.468 0 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.4522 0.384 0.320 0.680 0 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0817 0.922 0.024 0.976 0 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0592 0.930 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-137 4 0.0817 0.918 0.024 0.000 0 0.976
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0592 0.768 0.984 0.016 0 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-145 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-148 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-150 4 0.3074 0.907 0.152 0.000 0 0.848
#> dkfz_11-151 2 0.4746 0.229 0.368 0.632 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0609 0.767 0.020 0.000 0 0.000 0.980
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.5597 0.316 0.072 0.440 0 0.000 0.488
#> dkfz_11-005 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.5604 0.258 0.072 0.460 0 0.000 0.468
#> dkfz_11-008 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.5574 0.374 0.072 0.416 0 0.000 0.512
#> dkfz_11-011 5 0.0000 0.777 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.777 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0162 0.776 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-015 5 0.0162 0.776 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.777 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0162 0.777 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-024 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0566 0.770 0.012 0.000 0 0.004 0.984
#> dkfz_11-026 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.5368 0.502 0.072 0.332 0 0.000 0.596
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.5574 0.374 0.072 0.416 0 0.000 0.512
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.5583 0.356 0.072 0.424 0 0.000 0.504
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.5603 0.283 0.072 0.452 0 0.000 0.476
#> dkfz_11-036 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4933 0.654 0.688 0.000 0 0.076 0.236
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0290 0.774 0.008 0.000 0 0.000 0.992
#> dkfz_11-044 5 0.0162 0.777 0.000 0.004 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-045 5 0.0162 0.776 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.5587 -0.159 0.072 0.500 0 0.000 0.428
#> dkfz_11-048 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0162 0.776 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-051 2 0.1430 0.910 0.052 0.944 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0404 0.772 0.012 0.000 0 0.000 0.988
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0000 0.777 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.777 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 5 0.0771 0.772 0.020 0.004 0 0.000 0.976
#> dkfz_11-064 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.5574 0.374 0.072 0.416 0 0.000 0.512
#> dkfz_11-070 5 0.0162 0.777 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-071 5 0.0880 0.768 0.032 0.000 0 0.000 0.968
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0162 0.776 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-091 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.5604 0.271 0.072 0.456 0 0.000 0.472
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0404 0.772 0.012 0.000 0 0.000 0.988
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0671 0.939 0.016 0.980 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 5 0.0162 0.776 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-100 2 0.3579 0.770 0.072 0.828 0 0.000 0.100
#> dkfz_11-101 2 0.0162 0.949 0.004 0.996 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0404 0.943 0.000 0.988 0 0.000 0.012
#> dkfz_11-104 2 0.0955 0.931 0.028 0.968 0 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.5568 0.381 0.072 0.412 0 0.000 0.516
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0162 0.949 0.004 0.996 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0609 0.939 0.020 0.980 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3048 0.726 0.004 0.820 0 0.000 0.176
#> dkfz_11-115 5 0.5574 0.374 0.072 0.416 0 0.000 0.512
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.5272 0.302 0.072 0.620 0 0.000 0.308
#> dkfz_11-120 2 0.0579 0.942 0.008 0.984 0 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1914 0.882 0.016 0.924 0 0.000 0.060
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0162 0.949 0.004 0.996 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1018 0.930 0.016 0.968 0 0.000 0.016
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0609 0.767 0.020 0.000 0 0.000 0.980
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.1671 0.982 0.924 0.000 0 0.076 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.5410 0.180 0.072 0.584 0 0.000 0.344
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0622 0.9487 0.012 0.000 0.000 0.00 0.980 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-005 1 0.0692 0.9894 0.976 0.000 0.000 0.02 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-008 1 0.0692 0.9894 0.976 0.000 0.000 0.02 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.1074 0.9308 0.000 0.028 0.000 0.00 0.012 0.960
#> dkfz_11-011 5 0.0777 0.9609 0.004 0.000 0.000 0.00 0.972 0.024
#> dkfz_11-012 5 0.1007 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.00 0.956 0.044
#> dkfz_11-013 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1867 0.9272 0.020 0.000 0.000 0.00 0.916 0.064
#> dkfz_11-015 5 0.0632 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.00 0.976 0.024
#> dkfz_11-016 5 0.0790 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.00 0.968 0.032
#> dkfz_11-017 3 0.0260 0.9967 0.000 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-018 3 0.0260 0.9967 0.000 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-019 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0260 0.9967 0.000 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-021 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0790 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.00 0.968 0.032
#> dkfz_11-024 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1867 0.9272 0.020 0.000 0.000 0.00 0.916 0.064
#> dkfz_11-026 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.1088 0.9259 0.000 0.024 0.000 0.00 0.016 0.960
#> dkfz_11-028 3 0.0260 0.9967 0.000 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0260 0.9967 0.000 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-036 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3256 0.8393 0.836 0.000 0.000 0.02 0.112 0.032
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0547 0.9489 0.000 0.980 0.000 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-042 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.0790 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.00 0.968 0.032
#> dkfz_11-044 5 0.0858 0.9607 0.004 0.000 0.000 0.00 0.968 0.028
#> dkfz_11-045 5 0.1807 0.9286 0.020 0.000 0.000 0.00 0.920 0.060
#> dkfz_11-046 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-048 1 0.0692 0.9894 0.976 0.000 0.000 0.02 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0790 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.00 0.968 0.032
#> dkfz_11-051 6 0.3695 0.3626 0.000 0.376 0.000 0.00 0.000 0.624
#> dkfz_11-052 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0146 0.9972 0.000 0.000 0.996 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 5 0.0520 0.9554 0.008 0.000 0.000 0.00 0.984 0.008
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0713 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.00 0.972 0.028
#> dkfz_11-062 5 0.0790 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.00 0.968 0.032
#> dkfz_11-063 5 0.3133 0.7552 0.000 0.008 0.000 0.00 0.780 0.212
#> dkfz_11-064 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0692 0.9894 0.976 0.000 0.000 0.02 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0146 0.9972 0.000 0.000 0.996 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-070 5 0.2006 0.9048 0.004 0.000 0.000 0.00 0.892 0.104
#> dkfz_11-071 6 0.3867 -0.0832 0.000 0.000 0.000 0.00 0.488 0.512
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0692 0.9894 0.976 0.000 0.000 0.02 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0632 0.9609 0.000 0.000 0.000 0.00 0.976 0.024
#> dkfz_11-091 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-093 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.1807 0.9286 0.020 0.000 0.000 0.00 0.920 0.060
#> dkfz_11-095 2 0.0146 0.9550 0.000 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.3351 0.6415 0.000 0.712 0.000 0.00 0.000 0.288
#> dkfz_11-099 5 0.0891 0.9594 0.008 0.000 0.000 0.00 0.968 0.024
#> dkfz_11-100 6 0.1007 0.9221 0.000 0.044 0.000 0.00 0.000 0.956
#> dkfz_11-101 2 0.1501 0.9150 0.000 0.924 0.000 0.00 0.000 0.076
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.1549 0.9270 0.000 0.936 0.000 0.00 0.020 0.044
#> dkfz_11-104 2 0.3126 0.7120 0.000 0.752 0.000 0.00 0.000 0.248
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-107 2 0.0363 0.9518 0.000 0.988 0.000 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-108 2 0.0146 0.9550 0.000 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.1610 0.9089 0.000 0.916 0.000 0.00 0.000 0.084
#> dkfz_11-111 2 0.2378 0.8438 0.000 0.848 0.000 0.00 0.000 0.152
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2801 0.8625 0.000 0.860 0.000 0.00 0.068 0.072
#> dkfz_11-115 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
#> dkfz_11-116 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0146 0.9550 0.000 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.1010 0.9312 0.000 0.036 0.000 0.00 0.004 0.960
#> dkfz_11-120 2 0.1863 0.8917 0.000 0.896 0.000 0.00 0.000 0.104
#> dkfz_11-121 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1007 0.9355 0.000 0.956 0.000 0.00 0.000 0.044
#> dkfz_11-123 2 0.3314 0.6918 0.000 0.740 0.000 0.00 0.004 0.256
#> dkfz_11-124 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.1327 0.9241 0.000 0.936 0.000 0.00 0.000 0.064
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.2527 0.8202 0.000 0.832 0.000 0.00 0.000 0.168
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0865 0.9398 0.000 0.964 0.000 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-131 2 0.0146 0.9549 0.000 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0405 0.9507 0.008 0.000 0.000 0.00 0.988 0.004
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0260 0.9967 0.000 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0260 0.9967 0.000 0.000 0.992 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-148 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0547 0.9906 0.980 0.000 0.000 0.02 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.1049 0.9351 0.000 0.032 0.000 0.00 0.008 0.960
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0334 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-002 5 0.2923 0.437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0849 0.919 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.968 0.024
#> dkfz_11-005 1 0.0994 0.969 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-006 1 0.0468 0.974 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 6 0.0134 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0994 0.969 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0468 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-011 5 0.1403 0.825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> dkfz_11-012 5 0.2195 0.783 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.064 0.048
#> dkfz_11-013 1 0.0402 0.974 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-014 7 0.4119 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.036 0.584
#> dkfz_11-015 5 0.1440 0.830 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.012 0.056
#> dkfz_11-016 5 0.1209 0.833 0.004 0.000 0.000 0.000 0.952 0.016 0.028
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0134 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 1 0.0468 0.974 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0134 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.0134 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.0239 0.886 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 5 0.1648 0.827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.032 0.044
#> dkfz_11-024 1 0.0601 0.974 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-025 7 0.4131 0.986 0.000 0.000 0.000 0.004 0.384 0.028 0.584
#> dkfz_11-026 1 0.0402 0.974 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-027 6 0.0468 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> dkfz_11-028 3 0.0239 0.994 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-029 3 0.0239 0.994 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0239 0.994 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 6 0.0601 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 0.012
#> dkfz_11-032 3 0.0239 0.994 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-033 6 0.0402 0.921 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0239 0.994 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-035 6 0.0689 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.976 0.016
#> dkfz_11-036 1 0.0637 0.969 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-037 1 0.4239 0.728 0.756 0.000 0.000 0.012 0.132 0.032 0.068
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0134 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.2249 0.870 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.048 0.068
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1427 0.822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.020 0.044
#> dkfz_11-044 5 0.2239 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.008 0.132
#> dkfz_11-045 7 0.4016 0.989 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.028 0.584
#> dkfz_11-046 4 0.0134 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 6 0.0715 0.909 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024
#> dkfz_11-048 1 0.0790 0.969 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0888 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.016
#> dkfz_11-051 6 0.4451 0.434 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.644 0.104
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0239 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 5 0.1795 0.805 0.004 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.088
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0134 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0134 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0134 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 5 0.1321 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.012 0.048
#> dkfz_11-062 5 0.1391 0.830 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.012 0.044
#> dkfz_11-063 5 0.3770 0.575 0.004 0.004 0.000 0.000 0.768 0.132 0.092
#> dkfz_11-064 1 0.0507 0.974 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-065 1 0.0468 0.974 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0334 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.0134 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.0637 0.969 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-069 6 0.0507 0.923 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.984 0.008
#> dkfz_11-070 5 0.3413 0.650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.136 0.080
#> dkfz_11-071 6 0.4304 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.580 0.052
#> dkfz_11-072 3 0.0134 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 1 0.0790 0.969 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0573 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> dkfz_11-091 1 0.0402 0.974 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-092 6 0.0134 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.4016 0.989 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.028 0.584
#> dkfz_11-095 2 0.1802 0.875 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2356 0.860 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.004 0.156
#> dkfz_11-098 2 0.4721 0.593 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.300 0.112
#> dkfz_11-099 5 0.2321 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004 0.152
#> dkfz_11-100 6 0.0930 0.899 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036
#> dkfz_11-101 2 0.4044 0.794 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.136 0.144
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.4527 0.778 0.000 0.692 0.000 0.000 0.052 0.048 0.208
#> dkfz_11-104 2 0.4982 0.570 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.288 0.152
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0601 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 0.012
#> dkfz_11-107 2 0.2641 0.859 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.028 0.132
#> dkfz_11-108 2 0.1669 0.877 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> dkfz_11-109 2 0.0134 0.886 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.4144 0.780 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.148 0.144
#> dkfz_11-111 2 0.4802 0.638 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.256 0.144
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5245 0.713 0.000 0.628 0.000 0.000 0.084 0.072 0.216
#> dkfz_11-115 6 0.0601 0.922 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980 0.012
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2285 0.862 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0790 0.906 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028
#> dkfz_11-120 2 0.4364 0.771 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.144 0.160
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3505 0.827 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.068 0.164
#> dkfz_11-123 2 0.4863 0.656 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.228 0.172
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.4439 0.753 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.148 0.184
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4103 0.792 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000 0.132 0.140
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3072 0.847 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.056 0.132
#> dkfz_11-131 2 0.1994 0.873 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0582 0.885 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0468 0.987 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2855 0.618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-140 2 0.2212 0.864 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 0.140
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0468 0.885 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-143 3 0.0239 0.994 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 3 0.0334 0.993 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-145 1 0.0601 0.973 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-146 3 0.0134 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0134 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 1 0.0637 0.969 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-149 3 0.0134 0.994 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.0373 0.973 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 6 0.0507 0.923 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.984 0.008
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0695 0.985 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-002 5 0.3940 0.339 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.372 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 6 0.1014 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 NA
#> dkfz_11-005 1 0.1524 0.935 0.924 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0831 0.950 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0992 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 NA
#> dkfz_11-008 1 0.1676 0.930 0.912 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0313 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.2459 0.789 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004 0.088 NA
#> dkfz_11-012 5 0.3970 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.100 0.056 NA
#> dkfz_11-013 1 0.0980 0.948 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-014 7 0.2495 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.016 0.824 NA
#> dkfz_11-015 5 0.2213 0.798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.068 NA
#> dkfz_11-016 5 0.1818 0.794 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0438 0.989 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0536 0.987 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-019 1 0.1399 0.946 0.936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0349 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-022 2 0.1292 0.821 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-023 5 0.1251 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.020 0.012 NA
#> dkfz_11-024 1 0.0806 0.948 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 7 0.2507 0.987 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156 0.012 0.828 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0475 0.950 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0768 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0125 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0313 0.988 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0349 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0395 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0520 0.987 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0870 0.905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 NA
#> dkfz_11-034 3 0.0706 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-035 6 0.0618 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 NA
#> dkfz_11-036 1 0.1273 0.945 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-037 1 0.5103 0.663 0.668 0.000 0.000 0.008 0.108 0.032 0.036 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0395 0.821 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 2 0.2819 0.801 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 NA
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.2437 0.778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.012 0.040 NA
#> dkfz_11-044 5 0.3439 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.088 NA
#> dkfz_11-045 7 0.2448 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.012 0.824 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-047 6 0.1260 0.893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 NA
#> dkfz_11-048 1 0.1707 0.928 0.912 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-050 5 0.0962 0.802 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-051 6 0.5071 0.257 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.508 0.004 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0520 0.987 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-054 5 0.3355 0.715 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.168 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0395 0.821 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-059 2 0.0669 0.822 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0251 0.993 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-061 5 0.1180 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-062 5 0.1252 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-063 5 0.5142 0.535 0.000 0.016 0.000 0.000 0.624 0.128 0.040 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0721 0.949 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-065 1 0.1215 0.941 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0224 0.989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0349 0.989 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-068 1 0.1093 0.943 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 5 0.4827 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.136 0.100 NA
#> dkfz_11-071 6 0.4107 0.586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.716 0.036 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0224 0.989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 1 0.1852 0.924 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.0783 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0596 0.950 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0870 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.2448 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.012 0.824 NA
#> dkfz_11-095 2 0.2107 0.818 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0313 0.822 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 2 0.2925 0.788 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-098 2 0.5321 0.487 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.300 0.020 NA
#> dkfz_11-099 5 0.3619 0.719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-100 6 0.1963 0.839 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.004 NA
#> dkfz_11-101 2 0.4583 0.699 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.128 0.008 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0520 0.822 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-103 2 0.4823 0.575 0.000 0.476 0.000 0.000 0.048 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-104 2 0.5304 0.501 0.004 0.440 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 NA
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.0520 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 NA
#> dkfz_11-107 2 0.3285 0.769 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-108 2 0.1999 0.817 0.004 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109 2 0.0438 0.825 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-110 2 0.4694 0.700 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.104 0.016 NA
#> dkfz_11-111 2 0.5110 0.551 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.224 0.004 NA
#> dkfz_11-112 2 0.0125 0.824 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.0313 0.824 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 2 0.5259 0.536 0.000 0.452 0.000 0.000 0.052 0.040 0.024 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0438 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.3640 0.763 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020 NA
#> dkfz_11-118 2 0.0313 0.826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.1368 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 NA
#> dkfz_11-120 2 0.4836 0.677 0.000 0.560 0.000 0.000 0.020 0.068 0.012 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.4188 0.722 0.004 0.624 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012 NA
#> dkfz_11-123 2 0.5458 0.556 0.004 0.460 0.000 0.000 0.008 0.164 0.012 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0125 0.995 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-125 2 0.4516 0.650 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0313 0.822 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 2 0.5003 0.685 0.000 0.580 0.000 0.000 0.012 0.116 0.016 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0438 0.822 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-129 2 0.0224 0.825 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 2 0.3392 0.763 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 NA
#> dkfz_11-131 2 0.3017 0.798 0.004 0.784 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 NA
#> dkfz_11-132 2 0.0471 0.826 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 2 0.1417 0.824 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-134 2 0.0224 0.823 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.0669 0.819 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-136 4 0.1312 0.948 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0313 0.822 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 5 0.4081 0.649 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.164 NA
#> dkfz_11-140 2 0.2776 0.779 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0224 0.823 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 2 0.1195 0.824 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0536 0.986 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-144 3 0.0695 0.985 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0908 0.948 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0618 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0624 0.986 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-148 1 0.1155 0.943 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0125 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.1338 0.944 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0745 0.906 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1941 0.9446 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.016 0.036 NA
#> dkfz_11-002 5 0.4927 0.2854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.004 0.396 0.036 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 6 0.1492 0.8696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.028 NA
#> dkfz_11-005 1 0.1033 0.9320 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0699 0.9480 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0699 0.8897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-008 1 0.1033 0.9320 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0119 0.9928 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0331 0.8914 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-011 5 0.3072 0.7546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.004 0.072 0.024 NA
#> dkfz_11-012 5 0.4570 0.6823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.108 0.104 0.028 NA
#> dkfz_11-013 1 0.1093 0.9426 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-014 7 0.1268 0.9950 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.932 0.000 NA
#> dkfz_11-015 5 0.3471 0.7488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.004 0.088 0.024 NA
#> dkfz_11-016 5 0.2603 0.7544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.016 0.020 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0719 0.9706 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0585 0.9676 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-019 1 0.0645 0.9481 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0492 0.9673 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0237 0.9915 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-022 2 0.1944 0.6870 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 NA
#> dkfz_11-023 5 0.2004 0.7603 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.016 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-024 1 0.0634 0.9469 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-025 7 0.1100 0.9936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004 0.940 0.000 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0296 0.9484 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0709 0.8900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0859 0.9697 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-029 3 0.1369 0.9613 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0634 0.9667 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0449 0.8911 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-032 3 0.1277 0.9635 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0763 0.8887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-034 3 0.1032 0.9643 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-035 6 0.0859 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-036 1 0.1112 0.9400 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-037 1 0.5704 0.4903 0.572 0.000 0.000 0.008 0.128 0.044 0.012 0.036 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0119 0.7416 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0237 0.9915 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 2 0.3482 0.3675 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.244 NA
#> dkfz_11-042 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.2802 0.7448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.020 0.004 NA
#> dkfz_11-044 5 0.4319 0.6755 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.064 0.172 NA
#> dkfz_11-045 7 0.1151 0.9967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.936 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0237 0.9915 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-047 6 0.1515 0.8589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.092 NA
#> dkfz_11-048 1 0.1178 0.9293 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.1568 0.7664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-051 6 0.4849 -0.1014 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.312 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0585 0.9676 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-054 5 0.4209 0.7047 0.004 0.000 0.000 0.000 0.692 0.004 0.120 0.020 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0424 0.7395 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0237 0.9915 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0119 0.9928 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-059 2 0.1088 0.7327 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0237 0.9915 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-061 5 0.2011 0.7641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.004 0.012 0.012 NA
#> dkfz_11-062 5 0.2003 0.7586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.004 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-063 5 0.5864 0.5130 0.000 0.012 0.000 0.000 0.536 0.108 0.020 0.128 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0658 0.9482 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-065 1 0.0706 0.9433 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0786 0.9693 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0446 0.9687 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0939 0.9438 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0212 0.8920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 5 0.5831 0.5593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.124 0.132 0.064 NA
#> dkfz_11-071 6 0.4874 0.5079 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.648 0.064 0.036 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0792 0.9685 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-073 1 0.1178 0.9299 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.1070 0.7627 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0492 0.9486 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0446 0.8921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.1151 0.9967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.936 0.000 NA
#> dkfz_11-095 2 0.3508 0.2939 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.292 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0424 0.7404 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-097 2 0.3997 0.0787 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.324 NA
#> dkfz_11-098 2 0.5474 -0.6299 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.332 NA
#> dkfz_11-099 5 0.4575 0.6868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.112 0.096 NA
#> dkfz_11-100 6 0.2561 0.7363 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.200 NA
#> dkfz_11-101 8 0.4987 0.6334 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004 0.428 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0810 0.7381 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-103 8 0.4828 0.6589 0.000 0.296 0.000 0.000 0.044 0.020 0.000 0.580 NA
#> dkfz_11-104 8 0.5524 0.7066 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.204 0.004 0.444 NA
#> dkfz_11-105 2 0.0824 0.7388 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-106 6 0.0864 0.8899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.016 NA
#> dkfz_11-107 2 0.3955 -0.2147 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.372 NA
#> dkfz_11-108 2 0.3072 0.3511 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.276 NA
#> dkfz_11-109 2 0.0818 0.7366 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-110 8 0.4986 0.6730 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004 0.432 NA
#> dkfz_11-111 8 0.5121 0.6692 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.416 NA
#> dkfz_11-112 2 0.0882 0.7391 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 NA
#> dkfz_11-113 2 0.0492 0.7427 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-114 8 0.5257 0.6271 0.000 0.248 0.000 0.000 0.060 0.032 0.016 0.592 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0542 0.8907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.3611 -0.3392 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.452 NA
#> dkfz_11-118 2 0.0882 0.7351 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 NA
#> dkfz_11-119 6 0.1688 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.100 NA
#> dkfz_11-120 8 0.4811 0.7240 0.000 0.360 0.000 0.000 0.008 0.108 0.000 0.508 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 8 0.4077 0.5227 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.488 NA
#> dkfz_11-123 8 0.5565 0.7006 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004 0.164 0.012 0.492 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 8 0.4532 0.7409 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.540 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0591 0.7378 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-127 8 0.5299 0.6422 0.000 0.400 0.000 0.000 0.004 0.112 0.004 0.432 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0414 0.7403 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-129 2 0.0824 0.7388 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-130 2 0.4075 -0.4060 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.416 NA
#> dkfz_11-131 2 0.3747 0.1413 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.320 NA
#> dkfz_11-132 2 0.1252 0.7393 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040 NA
#> dkfz_11-133 2 0.1903 0.6708 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120 NA
#> dkfz_11-134 2 0.0414 0.7428 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-135 2 0.1025 0.7314 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-136 4 0.1826 0.9217 0.004 0.000 0.000 0.916 0.012 0.000 0.008 0.020 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9939 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0331 0.7426 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-139 5 0.5562 0.5449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.172 0.140 NA
#> dkfz_11-140 2 0.3661 -0.1992 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.404 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0296 0.7438 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-142 2 0.1688 0.6873 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 NA
#> dkfz_11-143 3 0.1379 0.9582 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-144 3 0.1909 0.9436 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0763 0.9456 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.1077 0.9679 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0928 0.9683 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 NA
#> dkfz_11-148 1 0.1057 0.9426 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1101 0.9684 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 NA
#> dkfz_11-150 1 0.0941 0.9455 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-151 6 0.1351 0.8809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.056 NA
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1186 0.9585 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-002 7 0.5269 -0.4310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.424 0.012 0.148 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0315 0.9871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-004 6 0.2111 0.8427 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.004 0.032 0.036 NA
#> dkfz_11-005 1 0.1367 0.9126 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0765 0.9263 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-007 6 0.1309 0.8700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.052 0.000 NA
#> dkfz_11-008 1 0.1476 0.9085 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0315 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0806 0.8736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-011 5 0.3980 0.3620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.012 0.136 0.008 0.092 NA
#> dkfz_11-012 5 0.5810 0.2102 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.128 0.108 0.028 0.116 NA
#> dkfz_11-013 1 0.1391 0.9193 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032 NA
#> dkfz_11-014 7 0.0356 0.8033 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-015 5 0.4204 0.3787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.096 0.016 0.080 NA
#> dkfz_11-016 5 0.3011 0.4824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.020 0.020 0.032 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0840 0.9668 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0517 0.9683 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.0913 0.9242 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0853 0.9658 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0113 0.9874 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-022 2 0.2430 0.6616 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.024 NA
#> dkfz_11-023 5 0.2217 0.5163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.020 0.004 0.016 0.060 NA
#> dkfz_11-024 1 0.1249 0.9255 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 NA
#> dkfz_11-025 7 0.0582 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0484 0.9262 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-027 6 0.1027 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0885 0.9659 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-029 3 0.1298 0.9598 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-030 3 0.1070 0.9630 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0878 0.8731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0786 0.9664 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0930 0.8730 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.1580 0.9547 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.016 NA
#> dkfz_11-035 6 0.1160 0.8701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.016 0.008 NA
#> dkfz_11-036 1 0.1860 0.9091 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> dkfz_11-037 1 0.6125 0.4002 0.520 0.000 0.000 0.012 0.116 0.020 0.008 0.064 0.212 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0395 0.7180 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0113 0.9874 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0315 0.9871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-041 2 0.4446 0.1182 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.252 0.012 NA
#> dkfz_11-042 4 0.0315 0.9871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-043 5 0.3749 0.4128 0.008 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.016 0.012 0.104 NA
#> dkfz_11-044 5 0.5406 -0.3111 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076 0.160 0.244 NA
#> dkfz_11-045 7 0.0356 0.8033 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.0113 0.9874 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-047 6 0.1763 0.8432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.108 0.000 NA
#> dkfz_11-048 1 0.1604 0.9052 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.088 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9884 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.1755 0.5212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.020 0.004 0.028 NA
#> dkfz_11-051 6 0.5179 -0.1920 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.360 0.008 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9884 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0919 0.9651 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-054 5 0.5503 0.0696 0.008 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.148 0.016 0.132 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0508 0.7163 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9884 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9884 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9884 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.1362 0.7111 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0113 0.9874 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-061 5 0.2421 0.4784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.032 0.000 0.124 NA
#> dkfz_11-062 5 0.1879 0.5215 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.012 0.056 NA
#> dkfz_11-063 5 0.5863 0.0958 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456 0.116 0.020 0.088 0.024 NA
#> dkfz_11-064 1 0.1417 0.9245 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040 NA
#> dkfz_11-065 1 0.1088 0.9176 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> dkfz_11-066 3 0.1194 0.9630 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0806 0.9663 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.1304 0.9190 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0597 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-070 5 0.6631 -0.0234 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.128 0.116 0.056 0.160 NA
#> dkfz_11-071 6 0.5097 0.4831 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.628 0.084 0.036 0.024 NA
#> dkfz_11-072 3 0.0492 0.9689 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-073 1 0.1883 0.8948 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0315 0.9871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-075 5 0.1396 0.5218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.008 0.024 NA
#> dkfz_11-091 1 0.1435 0.9205 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.040 NA
#> dkfz_11-092 6 0.1206 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.044 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0113 0.9884 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.0356 0.8033 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-095 2 0.4250 0.2614 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.272 0.032 NA
#> dkfz_11-096 2 0.1278 0.7090 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 NA
#> dkfz_11-097 2 0.4535 0.0228 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.316 0.044 NA
#> dkfz_11-098 2 0.5446 -0.5960 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.336 0.008 NA
#> dkfz_11-099 5 0.5202 -0.2620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.104 0.084 0.288 NA
#> dkfz_11-100 6 0.2950 0.7295 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.200 0.008 NA
#> dkfz_11-101 8 0.5660 0.5859 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.168 0.004 0.380 0.028 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0829 0.7202 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 NA
#> dkfz_11-103 8 0.5181 0.6247 0.000 0.268 0.000 0.000 0.048 0.024 0.000 0.540 0.116 NA
#> dkfz_11-104 8 0.5435 0.6495 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.480 0.024 NA
#> dkfz_11-105 2 0.0426 0.7194 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.1384 0.8673 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.020 0.020 NA
#> dkfz_11-107 2 0.4225 -0.2287 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.388 0.004 NA
#> dkfz_11-108 2 0.3213 0.4175 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020 NA
#> dkfz_11-109 2 0.1634 0.7015 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.016 NA
#> dkfz_11-110 2 0.5267 -0.5918 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.412 0.036 NA
#> dkfz_11-111 8 0.5123 0.6321 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.420 0.004 NA
#> dkfz_11-112 2 0.0356 0.7198 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.0484 0.7209 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 NA
#> dkfz_11-114 8 0.5277 0.6286 0.000 0.240 0.000 0.000 0.044 0.032 0.004 0.556 0.120 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0710 0.8721 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0315 0.9871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-117 2 0.4418 -0.2699 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.404 0.052 NA
#> dkfz_11-118 2 0.0984 0.7127 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008 NA
#> dkfz_11-119 6 0.1828 0.8449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-120 8 0.5045 0.6674 0.000 0.336 0.000 0.000 0.012 0.100 0.000 0.508 0.020 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0226 0.9879 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-122 8 0.4543 0.4907 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.480 0.032 NA
#> dkfz_11-123 8 0.5732 0.6533 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.472 0.036 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0113 0.9885 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-125 8 0.4852 0.6971 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.528 0.008 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0677 0.7203 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-127 8 0.5216 0.5118 0.000 0.408 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000 0.436 0.040 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0677 0.7201 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-129 2 0.0426 0.7194 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-130 2 0.4014 -0.4274 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.448 0.004 NA
#> dkfz_11-131 2 0.4023 0.2524 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.304 0.016 NA
#> dkfz_11-132 2 0.1629 0.7014 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004 NA
#> dkfz_11-133 2 0.2248 0.6531 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.012 NA
#> dkfz_11-134 2 0.0226 0.7203 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-135 2 0.1170 0.7137 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008 NA
#> dkfz_11-136 4 0.2440 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.868 0.016 0.000 0.000 0.024 0.048 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0315 0.9871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0517 0.7198 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-139 9 0.5663 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.152 0.100 0.392 NA
#> dkfz_11-140 2 0.3659 -0.0580 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.024 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0492 0.7211 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-142 2 0.1712 0.6807 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.080 0.012 NA
#> dkfz_11-143 3 0.1217 0.9587 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-144 3 0.1233 0.9560 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-145 1 0.1714 0.9151 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052 NA
#> dkfz_11-146 3 0.1154 0.9603 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0929 0.9641 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-148 1 0.1860 0.9113 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1037 0.9667 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.0919 0.9241 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 NA
#> dkfz_11-151 6 0.2072 0.8589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000 0.072 0.020 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:skmeans 133 4.30e-22 8.42e-09 2
#> CV:skmeans 132 1.68e-45 1.11e-09 3
#> CV:skmeans 122 5.73e-60 9.21e-15 4
#> CV:skmeans 123 4.41e-81 2.79e-27 5
#> CV:skmeans 134 3.92e-96 6.41e-30 6
#> CV:skmeans 133 6.88e-92 2.07e-28 7
#> CV:skmeans 133 1.55e-92 8.86e-29 8
#> CV:skmeans 123 1.75e-99 1.29e-38 9
#> CV:skmeans 108 4.51e-82 5.78e-33 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.991 0.996 0.23363 0.769 0.769
#> 3 3 1.000 0.978 0.989 0.84938 0.804 0.745
#> 4 4 0.643 0.854 0.854 0.43244 0.819 0.684
#> 5 5 0.861 0.843 0.930 0.20163 0.876 0.683
#> 6 6 0.831 0.791 0.844 0.07996 0.909 0.660
#> 7 7 0.821 0.802 0.874 0.02163 0.974 0.860
#> 8 8 0.831 0.806 0.892 0.00514 0.973 0.844
#> 9 9 0.809 0.784 0.887 0.00276 0.975 0.854
#> 10 10 0.813 0.780 0.886 0.00131 0.997 0.983
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.730 0.742 0.796 0.204
#> dkfz_11-004 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.605 0.829 0.148 0.852
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.574 0.841 0.864 0.136
#> dkfz_11-035 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.278 0.946 0.048 0.952
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.1411 0.961 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-002 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-003 2 0.4750 0.723 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-006 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.1289 0.972 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.3482 0.762 0.872 0.128 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1411 0.961 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.1411 0.961 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0237 0.988 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0592 0.984 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1411 0.961 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-054 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.0592 0.984 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-063 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-064 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-065 2 0.1031 0.977 0.000 0.976 0.024
#> dkfz_11-066 3 0.1163 0.964 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.1411 0.961 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-073 2 0.0237 0.987 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0892 0.979 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.1289 0.972 0.000 0.968 0.032
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1753 0.909 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1411 0.961 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-144 3 0.1411 0.961 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-145 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.1411 0.969 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.6790 0.621 0.604 0.168 0.000 0.228
#> dkfz_11-004 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.4343 0.788 0.732 0.264 0.004 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.3528 0.806 0.808 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.1151 0.687 0.968 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.4072 0.820 0.748 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.3569 0.807 0.804 0.196 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3569 0.743 0.196 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-022 2 0.0336 0.928 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.1722 0.687 0.944 0.048 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.3486 0.804 0.812 0.188 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-033 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-035 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.2198 0.684 0.920 0.072 0.008 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3266 0.795 0.832 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1867 0.927 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.3266 0.795 0.832 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.3024 0.787 0.852 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3266 0.795 0.832 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3257 0.787 0.844 0.152 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.3400 0.800 0.820 0.180 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.1867 0.927 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.2469 0.806 0.108 0.892 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.3975 0.818 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.4699 0.815 0.676 0.320 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.3933 0.742 0.792 0.200 0.008 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.2198 0.684 0.920 0.072 0.008 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2081 0.750 0.916 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0524 0.685 0.988 0.004 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.4585 0.821 0.668 0.332 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3266 0.795 0.832 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.3266 0.795 0.832 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2124 0.684 0.924 0.068 0.008 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.4313 0.823 0.736 0.260 0.004 0.000
#> dkfz_11-095 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0336 0.923 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4605 0.816 0.664 0.336 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 1 0.4382 0.819 0.704 0.296 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.3801 0.818 0.780 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.4328 0.774 0.748 0.244 0.008 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1867 0.927 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.1211 0.932 0.040 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 1 0.4830 0.793 0.608 0.392 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0188 0.924 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 1 0.4477 0.821 0.688 0.312 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1867 0.927 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0592 0.930 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 1 0.4543 0.821 0.676 0.324 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1637 0.930 0.060 0.940 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1867 0.927 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 1 0.4356 0.819 0.708 0.292 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1867 0.927 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2216 0.835 0.092 0.908 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0469 0.921 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1867 0.927 0.072 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1545 0.915 0.008 0.040 0.000 0.952
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.1792 0.928 0.068 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3300 0.723 0.848 0.144 0.008 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4713 0.818 0.640 0.360 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2149 0.841 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0336 0.992 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0336 0.685 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 1 0.4730 0.817 0.636 0.364 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.1544 0.8768 0.932 0.068 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.4958 0.4147 0.036 0.592 0 0.372 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0609 0.9756 0.020 0.000 0 0.980 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.1410 0.8342 0.060 0.940 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3177 0.6692 0.208 0.792 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4015 0.5254 0.348 0.652 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0703 0.9154 0.976 0.024 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.0609 0.8692 0.020 0.980 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.3452 0.6691 0.244 0.756 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.3999 0.5174 0.344 0.656 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2852 0.7990 0.172 0.000 0 0.828 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0880 0.9130 0.968 0.032 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4030 0.5024 0.352 0.648 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1043 0.9069 0.960 0.040 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4150 0.4299 0.388 0.612 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 4 0.0609 0.9756 0.020 0.000 0 0.980 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.4192 0.4131 0.404 0.596 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4302 -0.0809 0.520 0.480 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0609 0.8692 0.020 0.980 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.4138 0.4373 0.384 0.616 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0162 0.9798 0.004 0.000 0 0.996 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.4262 0.3290 0.440 0.560 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4074 0.4808 0.364 0.636 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0703 0.9152 0.976 0.024 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0510 0.9769 0.016 0.000 0 0.984 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.4182 0.4233 0.000 0.400 0 0.000 0.600
#> dkfz_11-060 4 0.0703 0.9738 0.024 0.000 0 0.976 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.3274 0.6986 0.220 0.780 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.2929 0.7223 0.180 0.820 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.4235 0.1910 0.424 0.576 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.1043 0.9069 0.960 0.040 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3561 0.5989 0.740 0.260 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0703 0.9151 0.976 0.024 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0609 0.8699 0.020 0.980 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4192 0.4131 0.404 0.596 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4256 0.3181 0.436 0.564 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0880 0.9107 0.968 0.032 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.1410 0.8501 0.060 0.940 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 5 0.1270 0.8779 0.000 0.052 0 0.000 0.948
#> dkfz_11-097 2 0.0880 0.8555 0.032 0.968 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.3636 0.6404 0.272 0.728 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3305 0.6461 0.224 0.776 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1544 0.8225 0.000 0.932 0 0.000 0.068
#> dkfz_11-109 5 0.0290 0.9165 0.000 0.008 0 0.000 0.992
#> dkfz_11-110 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0290 0.8714 0.008 0.992 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0162 0.8715 0.004 0.996 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0609 0.9756 0.020 0.000 0 0.980 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0510 0.8705 0.016 0.984 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 5 0.4201 0.4087 0.000 0.408 0 0.000 0.592
#> dkfz_11-134 5 0.0880 0.8972 0.000 0.032 0 0.000 0.968
#> dkfz_11-135 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 4 0.1893 0.9185 0.024 0.048 0 0.928 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9806 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.3561 0.6214 0.740 0.260 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0290 0.8714 0.008 0.992 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 5 0.0000 0.9219 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 5 0.3534 0.6445 0.000 0.256 0 0.000 0.744
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0609 0.9164 0.980 0.020 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0162 0.8715 0.004 0.996 0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.1204 0.8799 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.4183 0.3901 0.008 0.000 0 0.008 0.604 0.380
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-008 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3965 0.8255 0.008 0.000 0 0.604 0.000 0.388
#> dkfz_11-010 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-011 5 0.3864 0.3933 0.208 0.000 0 0.000 0.744 0.048
#> dkfz_11-012 5 0.3871 0.5021 0.308 0.000 0 0.000 0.676 0.016
#> dkfz_11-013 1 0.0291 0.9197 0.992 0.000 0 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2996 0.6212 0.228 0.000 0 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3592 0.4619 0.344 0.000 0 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4100 0.8239 0.008 0.000 0 0.600 0.004 0.388
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3578 0.4685 0.340 0.000 0 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3804 0.9434 0.000 0.000 0 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0260 0.9156 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 5 0.3727 0.3728 0.388 0.000 0 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3852 0.8270 0.004 0.000 0 0.612 0.000 0.384
#> dkfz_11-040 4 0.0146 0.8499 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-042 5 0.4167 0.3874 0.368 0.000 0 0.000 0.612 0.020
#> dkfz_11-043 1 0.3862 -0.0703 0.524 0.000 0 0.000 0.476 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.3727 0.3728 0.388 0.000 0 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3807 0.8297 0.004 0.000 0 0.628 0.000 0.368
#> dkfz_11-047 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-048 5 0.3804 0.3005 0.424 0.000 0 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8500 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3634 0.4402 0.356 0.000 0 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8500 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2902 0.8447 0.004 0.000 0 0.800 0.000 0.196
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8500 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3945 0.8276 0.008 0.000 0 0.612 0.000 0.380
#> dkfz_11-059 2 0.4057 0.2392 0.000 0.600 0 0.000 0.388 0.012
#> dkfz_11-060 4 0.3965 0.8255 0.008 0.000 0 0.604 0.000 0.388
#> dkfz_11-061 5 0.2762 0.6533 0.196 0.000 0 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.2778 0.5321 0.168 0.000 0 0.000 0.824 0.008
#> dkfz_11-063 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-064 1 0.0405 0.9135 0.988 0.000 0 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-065 1 0.3126 0.5874 0.752 0.000 0 0.000 0.248 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-070 5 0.0260 0.6925 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4167 0.3874 0.368 0.000 0 0.000 0.612 0.020
#> dkfz_11-074 4 0.0146 0.8499 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3828 0.2637 0.440 0.000 0 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0291 0.9197 0.992 0.000 0 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-092 5 0.3409 -0.1715 0.000 0.000 0 0.000 0.700 0.300
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8500 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0937 0.6765 0.040 0.000 0 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-096 2 0.1141 0.8623 0.000 0.948 0 0.000 0.052 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3151 0.6043 0.252 0.000 0 0.000 0.748 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-101 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.3804 0.9437 0.000 0.000 0 0.000 0.424 0.576
#> dkfz_11-104 5 0.3515 -0.2786 0.000 0.000 0 0.000 0.676 0.324
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.2883 0.2176 0.000 0.000 0 0.000 0.788 0.212
#> dkfz_11-108 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-109 2 0.0260 0.9043 0.000 0.992 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0260 0.6875 0.000 0.000 0 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8500 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.3797 0.9497 0.000 0.000 0 0.000 0.420 0.580
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-120 5 0.0363 0.6817 0.000 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8500 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.3965 0.8255 0.008 0.000 0 0.604 0.000 0.388
#> dkfz_11-125 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.6958 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.3727 0.9921 0.000 0.000 0 0.000 0.388 0.612
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.5537 -0.1444 0.000 0.476 0 0.000 0.388 0.136
#> dkfz_11-134 2 0.0790 0.8832 0.000 0.968 0 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.4799 0.7906 0.004 0.000 0 0.560 0.048 0.388
#> dkfz_11-137 4 0.0146 0.8499 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3394 0.5225 0.752 0.000 0 0.000 0.236 0.012
#> dkfz_11-140 5 0.0146 0.6914 0.000 0.000 0 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3175 0.5865 0.000 0.744 0 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0260 0.9225 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0363 0.6817 0.000 0.000 0 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0927 0.9432 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.2293 0.7575 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.2802 0.4623 0.000 0.000 0.000 0.008 0.200 0.000 0.792
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.2572 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-010 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5107 0.2245 0.208 0.000 0.000 0.000 0.556 0.236 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2351 0.7526 0.144 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.008
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0990 0.8114 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2259 0.7453 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.2572 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.2190 0.7505 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2808 0.9370 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0927 0.9432 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5411 0.2246 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.200 0.372
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2572 0.6967 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.3538 0.5981 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-040 4 0.2734 0.6515 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-041 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2805 0.7013 0.188 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.012
#> dkfz_11-043 5 0.3334 0.4848 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2572 0.6967 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.3546 0.5859 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> dkfz_11-047 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2855 0.6548 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.8129 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2326 0.7351 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.8129 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3370 -0.1670 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8129 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.2628 0.7545 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-059 2 0.4883 0.3036 0.000 0.600 0.000 0.000 0.200 0.200 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.3008 0.7402 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> dkfz_11-061 5 0.0927 0.8122 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.4586 0.4343 0.168 0.000 0.000 0.000 0.648 0.184 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0134 0.9379 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2945 0.5813 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1718 0.7478 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2805 0.7013 0.188 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.012
#> dkfz_11-074 4 0.2878 0.6182 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-075 5 0.2901 0.6444 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3561 -0.3546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.8129 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0797 0.8079 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1050 0.8573 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1382 0.8066 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.2808 0.9373 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3561 0.3986 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3459 -0.0139 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0239 0.9031 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0927 0.7876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8129 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.2784 0.9420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2543 0.5931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8129 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.0990 0.7847 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.2572 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-125 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2572 0.9756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.5347 -0.0937 0.000 0.476 0.000 0.000 0.200 0.324 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0728 0.8802 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.3652 0.6035 0.000 0.000 0.000 0.444 0.004 0.000 0.552
#> dkfz_11-137 4 0.2759 0.6470 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3756 0.5872 0.752 0.000 0.000 0.000 0.136 0.112 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2391 0.6281 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9095 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3614 0.6007 0.000 0.744 0.000 0.000 0.200 0.056 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0927 0.9432 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0927 0.9432 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9428 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2422 0.6212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.2237 0.8370 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.2146 0.7099 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0224 0.7923 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-004 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.7947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5079 -0.1686 0.208 0.000 0.000 0.000 0.356 0.436 0 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3087 0.7743 0.144 0.000 0.000 0.008 0.800 0.048 0 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2936 0.8357 0.048 0.000 0.000 0.000 0.800 0.152 0 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2944 0.7685 0.160 0.000 0.000 0.000 0.796 0.044 0 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.7947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.2936 0.7732 0.152 0.000 0.000 0.000 0.800 0.048 0 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0745 0.8601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2352 0.8244 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2406 0.7241 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2833 0.7180 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0 0.276
#> dkfz_11-040 8 0.2672 0.7146 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0 0.756
#> dkfz_11-041 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2703 0.7244 0.188 0.000 0.000 0.016 0.796 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3119 0.5159 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2406 0.7241 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2869 0.7136 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0 0.284
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2672 0.6864 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-049 8 0.0000 0.8675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-050 5 0.2829 0.7595 0.168 0.000 0.000 0.000 0.800 0.032 0 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-052 8 0.0000 0.8675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3318 0.4403 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> dkfz_11-057 8 0.0000 0.8675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0224 0.7945 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> dkfz_11-059 2 0.3237 0.2521 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1433 0.7880 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0 0.088
#> dkfz_11-061 5 0.2913 0.8371 0.044 0.000 0.000 0.000 0.800 0.156 0 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.4939 0.3691 0.168 0.000 0.000 0.000 0.448 0.384 0 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0125 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2756 0.5319 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3081 0.7552 0.008 0.000 0.000 0.000 0.708 0.284 0 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2703 0.7244 0.188 0.000 0.000 0.016 0.796 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.2795 0.6857 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0 0.732
#> dkfz_11-075 5 0.2715 0.6765 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.2985 0.3946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312 0.688 0 0.000
#> dkfz_11-093 8 0.0000 0.8675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-094 5 0.3112 0.8298 0.036 0.000 0.000 0.000 0.764 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0983 0.8641 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3248 0.8279 0.076 0.000 0.000 0.000 0.776 0.148 0 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.0745 0.8604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.2887 0.4616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.712 0 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.3237 0.0935 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0224 0.9241 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.2672 0.8048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244 0 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-116 8 0.0000 0.8675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-117 6 0.0681 0.8638 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3229 0.5647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396 0 0.000
#> dkfz_11-121 8 0.0000 0.8675 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-122 5 0.2694 0.8011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248 0 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.7947 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.2406 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-133 6 0.3328 0.0912 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0681 0.8940 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2795 0.7201 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0 0.268
#> dkfz_11-137 8 0.2694 0.7109 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0 0.752
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.2694 0.4966 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3184 0.6078 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2736 0.5226 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.2406 0.8171 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2352 0.8244 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9525 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.3193 0.5993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.2351 0.6724 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0 0.212 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.2031 0.7100 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.7983 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.7983 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4523 0.2242 0.208 0.000 0.000 0.000 0.556 0.236 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2114 0.7320 0.148 0.000 0.000 0.008 0.844 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0876 0.7999 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2001 0.7296 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.7983 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1940 0.7343 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2487 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3367 0.1831 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.012 0 0.424 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2277 0.6849 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2868 0.7059 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.012 0 0.000 0.256
#> dkfz_11-040 9 0.2465 0.7355 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0 0.000 0.768
#> dkfz_11-041 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2558 0.6851 0.188 0.000 0.000 0.016 0.796 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2952 0.4846 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2277 0.6849 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2868 0.7059 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.012 0 0.000 0.256
#> dkfz_11-047 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2529 0.6491 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 9 0.0000 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 5 0.2060 0.7203 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 9 0.0000 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3386 0.4638 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.012 0 0.000 0.440
#> dkfz_11-057 9 0.0119 0.8732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0 0.000 0.996
#> dkfz_11-058 4 0.0296 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.4325 0.3036 0.000 0.600 0.000 0.000 0.200 0.200 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1356 0.7869 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0 0.000 0.088
#> dkfz_11-061 5 0.0821 0.8015 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.4061 0.4348 0.168 0.000 0.000 0.000 0.648 0.184 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0119 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2608 0.5319 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1522 0.7473 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2558 0.6851 0.188 0.000 0.000 0.016 0.796 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 9 0.2569 0.7121 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0 0.000 0.748
#> dkfz_11-075 5 0.2569 0.6396 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3153 -0.3564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 9 0.0000 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 5 0.0706 0.8037 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0930 0.8329 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1224 0.7925 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.2487 0.9349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3153 0.3994 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3063 -0.0163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0212 0.8871 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0821 0.7872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 9 0.0000 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 6 0.2465 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2252 0.5923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 9 0.0000 0.8759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 5 0.0876 0.7842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0296 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.8130 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2277 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.4735 -0.0938 0.000 0.476 0.000 0.000 0.200 0.324 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0645 0.8599 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.5130 0.5692 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.164 0 0.100 0.152
#> dkfz_11-137 9 0.2487 0.7318 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 0 0.000 0.764
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3326 0.4967 0.752 0.000 0.000 0.000 0.136 0.112 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2118 0.6274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3201 0.5237 0.000 0.744 0.000 0.000 0.200 0.056 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.1596 0.0000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.004 0 0.896 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3497 0.1586 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.020 0 0.424 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2145 0.6205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1594 0.7945 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.1938 0.7100 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0677 0.8080 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0677 0.8080 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4316 0.2242 0.208 0.000 0.000 0.000 0.556 0.236 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.1931 0.7348 0.148 0.000 0.000 0.000 0.848 0.004 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0836 0.8000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.1909 0.7295 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0677 0.8080 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1851 0.7343 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2373 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2965 -0.1231 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2173 0.6850 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2420 0.6989 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.000 0.012 0.196
#> dkfz_11-040 10 0.2294 0.7887 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0 0.000 0.008 0.804
#> dkfz_11-041 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.2428 0.6845 0.192 0.000 0.000 0.004 0.796 0.008 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2817 0.4846 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2173 0.6850 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2420 0.6989 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.000 0.012 0.196
#> dkfz_11-047 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2413 0.6491 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 10 0.0282 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-050 5 0.1966 0.7202 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 10 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3141 0.4468 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0 0.000 0.012 0.380
#> dkfz_11-057 10 0.0484 0.8888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0 0.000 0.012 0.980
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.8115 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.4127 0.3036 0.000 0.600 0.000 0.000 0.200 0.200 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1493 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008 0 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-061 5 0.0784 0.8015 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.3875 0.4348 0.168 0.000 0.000 0.000 0.648 0.184 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0113 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2489 0.5320 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1452 0.7473 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2428 0.6845 0.192 0.000 0.000 0.004 0.796 0.008 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 10 0.2685 0.7585 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.004 0 0.004 0.012 0.776
#> dkfz_11-075 5 0.2452 0.6396 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.3009 -0.3565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 10 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 5 0.0673 0.8037 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0888 0.8328 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1168 0.7925 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.2373 0.9349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3009 0.3994 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.2923 -0.0163 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0202 0.8871 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.0784 0.7872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 10 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 6 0.2352 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.2149 0.5923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 10 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 5 0.0836 0.7842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.8115 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.2173 0.9739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.4518 -0.0938 0.000 0.476 0.000 0.000 0.200 0.324 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0615 0.8599 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.4516 -0.0283 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.196 0 0.472 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 10 0.2073 0.7916 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.816
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3174 0.4966 0.752 0.000 0.000 0.000 0.136 0.112 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2021 0.6274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3054 0.5237 0.000 0.744 0.000 0.000 0.200 0.056 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3249 -0.2660 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0 0.524 0.464 0.000
#> dkfz_11-144 9 0.2221 0.0000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.2047 0.6205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:pam 136 7.14e-26 7.44e-27 2
#> CV:pam 136 7.63e-51 1.34e-25 3
#> CV:pam 136 4.46e-74 3.02e-49 4
#> CV:pam 124 8.93e-86 2.57e-44 5
#> CV:pam 119 1.12e-79 6.57e-41 6
#> CV:pam 125 1.32e-77 1.89e-43 7
#> CV:pam 126 9.98e-80 7.68e-44 8
#> CV:pam 122 1.79e-76 1.01e-43 9
#> CV:pam 121 1.01e-75 2.55e-43 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.4235 0.582 0.582
#> 3 3 0.899 0.917 0.968 0.1829 0.907 0.843
#> 4 4 0.749 0.852 0.910 0.3338 0.787 0.593
#> 5 5 0.834 0.859 0.921 0.0745 0.911 0.739
#> 6 6 0.773 0.755 0.882 0.0584 0.971 0.894
#> 7 7 0.705 0.637 0.786 0.0417 0.939 0.766
#> 8 8 0.688 0.479 0.695 0.0441 0.886 0.546
#> 9 9 0.857 0.697 0.824 0.0408 0.873 0.415
#> 10 10 0.868 0.749 0.851 0.0152 0.956 0.695
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-006 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 2 0.7139 0.757 0.196 0.804
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0376 0.988 0.004 0.996
#> dkfz_11-013 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-016 2 0.6531 0.798 0.168 0.832
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-037 2 0.9833 0.265 0.424 0.576
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.1414 0.979 0.980 0.020
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-091 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.1031 0.9516 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-006 2 0.3619 0.8362 0.136 0.864 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.6307 0.0218 0.488 0.512 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.5810 0.4993 0.664 0.336 0.000
#> dkfz_11-013 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5016 0.6870 0.240 0.760 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.8278 0.4974 0.620 0.248 0.132
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 2 0.3412 0.8506 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.3267 0.8599 0.116 0.884 0.000
#> dkfz_11-026 2 0.0892 0.9549 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.4796 0.6455 0.780 0.220 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 2 0.0424 0.9641 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.3116 0.8709 0.108 0.892 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3038 0.7878 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 1 0.6260 0.1964 0.552 0.448 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-058 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-061 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-062 2 0.8684 0.0252 0.392 0.500 0.108
#> dkfz_11-063 2 0.8588 0.1911 0.344 0.544 0.112
#> dkfz_11-064 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.3879 0.8168 0.152 0.848 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-075 2 0.1964 0.9224 0.056 0.944 0.000
#> dkfz_11-091 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 2 0.2537 0.8984 0.080 0.920 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1525 0.9422 0.032 0.964 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0237 0.9073 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 2 0.3769 0.8570 0.104 0.880 0.016
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 2 0.2625 0.8951 0.084 0.916 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0237 0.9663 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.1867 0.8514 0.928 0.072 0 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.2760 0.8697 0.128 0.872 0 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0895 0.8420 0.976 0.020 0 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0937 0.8373 0.976 0.012 0 0.012
#> dkfz_11-007 2 0.2081 0.8974 0.084 0.916 0 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.1890 0.8237 0.936 0.008 0 0.056
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.2216 0.8952 0.092 0.908 0 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.3975 0.7413 0.240 0.760 0 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.2675 0.7736 0.892 0.008 0 0.100
#> dkfz_11-013 2 0.4981 0.2426 0.464 0.536 0 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.1837 0.8442 0.944 0.028 0 0.028
#> dkfz_11-015 1 0.4576 0.6701 0.728 0.260 0 0.012
#> dkfz_11-016 1 0.2928 0.8391 0.896 0.052 0 0.052
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1174 0.8424 0.968 0.020 0 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.0336 0.8842 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.2408 0.8874 0.104 0.896 0 0.000
#> dkfz_11-024 2 0.4761 0.4896 0.372 0.628 0 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.0895 0.8420 0.976 0.020 0 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.2053 0.8439 0.924 0.072 0 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.2589 0.8821 0.116 0.884 0 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2408 0.8894 0.104 0.896 0 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2011 0.8984 0.080 0.920 0 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.4008 0.7321 0.244 0.756 0 0.000
#> dkfz_11-036 2 0.4522 0.6064 0.320 0.680 0 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.3166 0.7660 0.868 0.016 0 0.116
#> dkfz_11-038 2 0.0336 0.8786 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.1474 0.8991 0.052 0.948 0 0.000
#> dkfz_11-042 4 0.4817 0.4157 0.388 0.000 0 0.612
#> dkfz_11-043 1 0.3528 0.7824 0.808 0.192 0 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.5193 0.2754 0.580 0.412 0 0.008
#> dkfz_11-045 1 0.1182 0.8402 0.968 0.016 0 0.016
#> dkfz_11-046 4 0.0336 0.9666 0.008 0.000 0 0.992
#> dkfz_11-047 2 0.2011 0.8984 0.080 0.920 0 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3105 0.7425 0.868 0.012 0 0.120
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.2494 0.8447 0.916 0.048 0 0.036
#> dkfz_11-051 2 0.2011 0.8984 0.080 0.920 0 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.1722 0.8514 0.944 0.048 0 0.008
#> dkfz_11-055 2 0.0592 0.8727 0.016 0.984 0 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.1211 0.8968 0.040 0.960 0 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0336 0.9658 0.008 0.000 0 0.992
#> dkfz_11-061 1 0.4387 0.7037 0.752 0.236 0 0.012
#> dkfz_11-062 1 0.3144 0.8454 0.884 0.072 0 0.044
#> dkfz_11-063 1 0.3612 0.8333 0.856 0.100 0 0.044
#> dkfz_11-064 2 0.4250 0.6777 0.276 0.724 0 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.1798 0.8371 0.944 0.016 0 0.040
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-068 2 0.4981 0.2425 0.464 0.536 0 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.2149 0.8965 0.088 0.912 0 0.000
#> dkfz_11-070 2 0.3219 0.8356 0.164 0.836 0 0.000
#> dkfz_11-071 1 0.3172 0.8086 0.840 0.160 0 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.2593 0.8839 0.104 0.004 0 0.892
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.2101 0.8521 0.928 0.060 0 0.012
#> dkfz_11-091 2 0.4817 0.4675 0.388 0.612 0 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.2081 0.8974 0.084 0.916 0 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.4382 0.6005 0.704 0.296 0 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.1637 0.9000 0.060 0.940 0 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2081 0.8974 0.084 0.916 0 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.1557 0.8997 0.056 0.944 0 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.1722 0.8517 0.944 0.048 0 0.008
#> dkfz_11-100 2 0.2011 0.8984 0.080 0.920 0 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2011 0.8984 0.080 0.920 0 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.2011 0.8984 0.080 0.920 0 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1940 0.8990 0.076 0.924 0 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.4790 0.4568 0.380 0.620 0 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1389 0.8981 0.048 0.952 0 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1302 0.8980 0.044 0.956 0 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.3726 0.7762 0.212 0.788 0 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.1792 0.8984 0.068 0.932 0 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0336 0.8786 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.2081 0.8974 0.084 0.916 0 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.4990 0.5167 0.352 0.640 0 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.1867 0.8993 0.072 0.928 0 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2011 0.8984 0.080 0.920 0 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.1867 0.8997 0.072 0.928 0 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.1716 0.8998 0.064 0.936 0 0.000
#> dkfz_11-123 1 0.2675 0.8440 0.892 0.100 0 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.2469 0.8847 0.108 0.892 0 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.2216 0.8951 0.092 0.908 0 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0336 0.8786 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1637 0.8997 0.060 0.940 0 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1867 0.8993 0.072 0.928 0 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1022 0.8741 0.032 0.968 0 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0336 0.8786 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2124 0.9248 0.040 0.028 0 0.932
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9707 0.000 0.000 0 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.0336 0.8786 0.008 0.992 0 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.3149 0.8455 0.880 0.088 0 0.032
#> dkfz_11-140 2 0.1474 0.8990 0.052 0.948 0 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.8838 0.000 1.000 0 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.4994 -0.0304 0.520 0.480 0 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.4222 0.6351 0.728 0.272 0 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.4220 0.6708 0.748 0.248 0 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.3219 0.8347 0.164 0.836 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.5405 0.4757 0.672 0.200 0.000 0.004 0.124
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1851 0.8984 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-005 1 0.0404 0.8032 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-006 1 0.0404 0.8029 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 2 0.1041 0.9448 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-008 1 0.2280 0.7624 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.1041 0.9446 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-011 2 0.2068 0.8774 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-012 5 0.3366 0.5207 0.212 0.000 0.000 0.004 0.784
#> dkfz_11-013 1 0.0992 0.8028 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-014 1 0.4541 0.5709 0.680 0.032 0.000 0.000 0.288
#> dkfz_11-015 5 0.3906 0.7162 0.084 0.112 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-016 5 0.3759 0.7312 0.024 0.180 0.000 0.004 0.792
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0703 0.8039 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0703 0.9450 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-023 2 0.1357 0.9365 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-024 1 0.4193 0.3594 0.684 0.304 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-025 1 0.0404 0.8032 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-026 1 0.0451 0.8042 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-027 2 0.0794 0.9476 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0865 0.9486 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.1124 0.9425 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.3163 0.7721 0.012 0.824 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-036 1 0.2929 0.6633 0.840 0.152 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-037 1 0.5001 0.1759 0.496 0.016 0.000 0.008 0.480
#> dkfz_11-038 2 0.1043 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-039 4 0.0290 0.9843 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0162 0.9534 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 1 0.6247 0.0287 0.428 0.000 0.000 0.144 0.428
#> dkfz_11-043 5 0.4808 0.5759 0.024 0.400 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-044 5 0.3844 0.7257 0.064 0.132 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-045 1 0.0880 0.8028 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-046 4 0.1270 0.9537 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> dkfz_11-047 2 0.0510 0.9516 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-048 1 0.3284 0.7311 0.828 0.000 0.000 0.024 0.148
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3909 0.6678 0.124 0.064 0.000 0.004 0.808
#> dkfz_11-051 2 0.0671 0.9509 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.5309 0.5212 0.656 0.104 0.000 0.000 0.240
#> dkfz_11-055 2 0.1121 0.9307 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.1952 0.8974 0.004 0.000 0.000 0.912 0.084
#> dkfz_11-061 5 0.3875 0.6751 0.124 0.072 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-062 5 0.3710 0.7337 0.024 0.192 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-063 5 0.3821 0.7288 0.020 0.216 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-064 2 0.4375 0.1923 0.420 0.576 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 1 0.2773 0.7349 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0798 0.8045 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 2 0.0955 0.9467 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-070 2 0.2179 0.8807 0.004 0.896 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-071 5 0.4325 0.7281 0.044 0.220 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4960 0.6201 0.708 0.000 0.000 0.180 0.112
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3888 0.6796 0.120 0.076 0.000 0.000 0.804
#> dkfz_11-091 1 0.1502 0.7858 0.940 0.056 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0955 0.9475 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2293 0.7560 0.900 0.084 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-095 2 0.0451 0.9527 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.0510 0.9532 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-098 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 5 0.4743 0.6664 0.156 0.112 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-100 2 0.1205 0.9392 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-101 2 0.0865 0.9500 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-102 2 0.0703 0.9450 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-103 2 0.0566 0.9532 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-104 2 0.0162 0.9535 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 2 0.4592 0.2989 0.024 0.644 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-107 2 0.0162 0.9535 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.1444 0.9234 0.012 0.948 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-111 2 0.0955 0.9440 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-112 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 2 0.0880 0.9399 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-114 2 0.0510 0.9516 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-115 5 0.4874 0.5924 0.032 0.368 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0162 0.9534 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 2 0.0955 0.9473 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-120 2 0.0162 0.9535 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0162 0.9535 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.4613 0.6125 0.020 0.360 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-124 4 0.0510 0.9797 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> dkfz_11-125 2 0.1270 0.9304 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-126 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0290 0.9528 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-129 2 0.0880 0.9399 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-130 2 0.0451 0.9533 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 2 0.0671 0.9509 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-132 2 0.1410 0.9177 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-133 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.0609 0.9470 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-136 5 0.6386 0.1671 0.244 0.000 0.004 0.212 0.540
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1121 0.9307 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-139 5 0.5663 0.5720 0.084 0.384 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-140 2 0.0162 0.9535 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.0162 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.1484 0.7923 0.944 0.048 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0693 0.8051 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0579 0.8045 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-151 2 0.2286 0.8661 0.004 0.888 0.000 0.000 0.108
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.1141 0.9655 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-002 1 0.5535 0.3350 0.592 0.104 0.000 0.000 0.280 0.024
#> dkfz_11-003 4 0.0405 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.3714 0.7125 0.000 0.760 0.000 0.000 0.196 0.044
#> dkfz_11-005 1 0.0146 0.8428 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0713 0.8402 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.2842 0.8165 0.000 0.852 0.000 0.000 0.104 0.044
#> dkfz_11-008 1 0.2053 0.7906 0.888 0.000 0.000 0.000 0.108 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0405 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.3585 0.7349 0.000 0.780 0.000 0.000 0.172 0.048
#> dkfz_11-011 2 0.4487 0.2083 0.004 0.552 0.000 0.000 0.420 0.024
#> dkfz_11-012 5 0.3568 0.2177 0.032 0.000 0.000 0.008 0.788 0.172
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4982 -0.0716 0.456 0.008 0.000 0.000 0.488 0.048
#> dkfz_11-015 5 0.0405 0.4026 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-016 6 0.5162 0.4976 0.016 0.056 0.000 0.000 0.380 0.548
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0713 0.8402 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0405 0.9793 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.1814 0.8500 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-023 2 0.2046 0.8588 0.000 0.908 0.000 0.000 0.060 0.032
#> dkfz_11-024 1 0.2848 0.6396 0.828 0.160 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-025 1 0.0363 0.8427 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3766 0.6843 0.000 0.748 0.000 0.000 0.212 0.040
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2762 0.8246 0.000 0.860 0.000 0.000 0.092 0.048
#> dkfz_11-032 3 0.1141 0.9655 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-033 2 0.2647 0.8296 0.000 0.868 0.000 0.000 0.088 0.044
#> dkfz_11-034 3 0.1267 0.9608 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-035 2 0.4578 0.1343 0.000 0.520 0.000 0.000 0.444 0.036
#> dkfz_11-036 1 0.0632 0.8338 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5375 0.1408 0.204 0.000 0.000 0.000 0.588 0.208
#> dkfz_11-038 2 0.2527 0.7924 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-039 4 0.0146 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0146 0.8791 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 1 0.6055 0.1207 0.456 0.000 0.000 0.116 0.396 0.032
#> dkfz_11-043 6 0.6170 0.5398 0.008 0.224 0.000 0.000 0.348 0.420
#> dkfz_11-044 5 0.0820 0.3989 0.000 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> dkfz_11-045 1 0.1010 0.8355 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.1863 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-047 2 0.2250 0.8485 0.000 0.896 0.000 0.000 0.064 0.040
#> dkfz_11-048 1 0.2961 0.7567 0.840 0.000 0.000 0.008 0.132 0.020
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4394 -0.2682 0.020 0.004 0.000 0.000 0.568 0.408
#> dkfz_11-051 2 0.1341 0.8747 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> dkfz_11-052 4 0.0260 0.9791 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.5197 0.2105 0.532 0.040 0.000 0.000 0.400 0.028
#> dkfz_11-055 2 0.2762 0.7632 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-056 4 0.0146 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0291 0.9805 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.1204 0.8708 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-060 4 0.2456 0.8865 0.052 0.000 0.000 0.892 0.048 0.008
#> dkfz_11-061 5 0.0767 0.4025 0.004 0.008 0.000 0.000 0.976 0.012
#> dkfz_11-062 6 0.5687 0.6317 0.012 0.124 0.000 0.000 0.344 0.520
#> dkfz_11-063 5 0.6198 -0.5315 0.012 0.220 0.000 0.000 0.448 0.320
#> dkfz_11-064 1 0.3789 0.2843 0.668 0.324 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-065 1 0.2948 0.7223 0.804 0.000 0.000 0.000 0.188 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.0146 0.9853 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3044 0.8027 0.000 0.836 0.000 0.000 0.116 0.048
#> dkfz_11-070 2 0.4371 0.4274 0.000 0.620 0.000 0.000 0.344 0.036
#> dkfz_11-071 5 0.3559 0.2100 0.012 0.152 0.000 0.000 0.800 0.036
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4504 0.6727 0.744 0.000 0.000 0.100 0.132 0.024
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0767 0.3989 0.004 0.008 0.000 0.000 0.976 0.012
#> dkfz_11-091 1 0.0260 0.8412 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.2795 0.8200 0.000 0.856 0.000 0.000 0.100 0.044
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.1194 0.8252 0.956 0.032 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-095 2 0.0603 0.8802 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-096 2 0.1327 0.8682 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-097 2 0.1700 0.8679 0.000 0.928 0.000 0.000 0.024 0.048
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.8792 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3216 0.3697 0.064 0.032 0.000 0.000 0.852 0.052
#> dkfz_11-100 2 0.2488 0.8382 0.000 0.880 0.000 0.000 0.076 0.044
#> dkfz_11-101 2 0.1168 0.8797 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> dkfz_11-102 2 0.2378 0.8082 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-103 2 0.0717 0.8800 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-104 2 0.0806 0.8796 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-105 2 0.1387 0.8666 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-106 5 0.4751 -0.0474 0.008 0.400 0.000 0.000 0.556 0.036
#> dkfz_11-107 2 0.0363 0.8795 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-108 2 0.0146 0.8791 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.1327 0.8682 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-110 2 0.1562 0.8760 0.004 0.940 0.000 0.000 0.024 0.032
#> dkfz_11-111 2 0.0993 0.8799 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> dkfz_11-112 2 0.1387 0.8666 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-113 2 0.2527 0.7924 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-114 2 0.1720 0.8666 0.000 0.928 0.000 0.000 0.032 0.040
#> dkfz_11-115 5 0.3686 0.0950 0.000 0.220 0.000 0.000 0.748 0.032
#> dkfz_11-116 4 0.0632 0.9715 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-117 2 0.0717 0.8798 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-118 2 0.1327 0.8682 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-119 2 0.2595 0.8324 0.000 0.872 0.000 0.000 0.084 0.044
#> dkfz_11-120 2 0.0632 0.8802 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-121 4 0.0146 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.0363 0.8795 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 6 0.5672 0.5923 0.012 0.188 0.000 0.000 0.220 0.580
#> dkfz_11-124 4 0.1003 0.9618 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> dkfz_11-125 2 0.1564 0.8730 0.000 0.936 0.000 0.000 0.024 0.040
#> dkfz_11-126 2 0.1327 0.8682 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-127 2 0.1124 0.8775 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-128 2 0.1387 0.8671 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-129 2 0.1663 0.8579 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-130 2 0.0777 0.8810 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-131 2 0.0603 0.8805 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-132 2 0.2883 0.7525 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-133 2 0.1204 0.8708 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-134 2 0.1327 0.8682 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-135 2 0.2340 0.8116 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-136 5 0.7353 -0.0284 0.148 0.000 0.000 0.176 0.376 0.300
#> dkfz_11-137 4 0.0458 0.9757 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-138 2 0.2527 0.7924 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-139 5 0.4974 0.0288 0.032 0.272 0.000 0.000 0.648 0.048
#> dkfz_11-140 2 0.0632 0.8802 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-141 2 0.1387 0.8666 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-142 2 0.1204 0.8708 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-143 3 0.1141 0.9655 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-144 3 0.1141 0.9655 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-145 1 0.0551 0.8415 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.2106 0.8578 0.000 0.904 0.000 0.000 0.064 0.032
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 7 0.3334 0.8288 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-002 1 0.6269 -0.0106 0.456 0.044 0.000 0.000 0.180 0.308 0.012
#> dkfz_11-003 4 0.0573 0.9697 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-004 6 0.3530 -0.1460 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.1222 0.8056 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.1566 0.8028 0.920 0.000 0.000 0.000 0.072 0.008 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3741 0.4621 0.004 0.572 0.000 0.000 0.004 0.420 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2908 0.7462 0.820 0.000 0.000 0.000 0.152 0.020 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.0573 0.9697 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-010 6 0.4114 -0.2011 0.004 0.484 0.000 0.000 0.020 0.492 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5158 0.2827 0.020 0.384 0.000 0.000 0.088 0.508 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.5351 0.4304 0.060 0.000 0.000 0.000 0.476 0.412 0.052
#> dkfz_11-013 1 0.0134 0.8095 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.6509 -0.3458 0.316 0.048 0.000 0.000 0.260 0.368 0.008
#> dkfz_11-015 6 0.4265 -0.2138 0.016 0.040 0.000 0.000 0.288 0.656 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2138 0.6278 0.024 0.072 0.000 0.000 0.896 0.008 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0134 0.9943 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1814 0.7944 0.900 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0573 0.9697 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-022 2 0.2037 0.6373 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.100 0.008
#> dkfz_11-023 2 0.3321 0.6244 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.2679 0.7073 0.868 0.068 0.000 0.000 0.020 0.044 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.1277 0.8047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.4100 -0.0741 0.004 0.452 0.000 0.000 0.020 0.524 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0134 0.9943 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.4103 0.2812 0.004 0.520 0.000 0.000 0.020 0.456 0.000
#> dkfz_11-032 7 0.2901 0.9484 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> dkfz_11-033 2 0.3641 0.5678 0.004 0.620 0.000 0.000 0.004 0.372 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.2628 0.9151 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-035 6 0.4316 0.3693 0.000 0.296 0.000 0.000 0.072 0.632 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0268 0.8093 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.6298 0.4073 0.196 0.032 0.000 0.000 0.424 0.332 0.016
#> dkfz_11-038 2 0.3611 0.6157 0.000 0.804 0.000 0.000 0.044 0.088 0.064
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3633 0.7071 0.000 0.748 0.000 0.000 0.012 0.208 0.032
#> dkfz_11-042 1 0.6256 0.2018 0.472 0.000 0.000 0.040 0.292 0.180 0.016
#> dkfz_11-043 5 0.4526 0.5090 0.016 0.196 0.000 0.000 0.684 0.104 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.4322 -0.2098 0.016 0.044 0.000 0.000 0.288 0.652 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.1906 0.7902 0.892 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2197 0.8999 0.028 0.000 0.000 0.896 0.012 0.000 0.064
#> dkfz_11-047 2 0.3280 0.6338 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3122 0.7115 0.784 0.000 0.000 0.004 0.196 0.004 0.012
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4399 0.5987 0.044 0.044 0.000 0.000 0.724 0.180 0.008
#> dkfz_11-051 2 0.3810 0.6707 0.000 0.692 0.000 0.000 0.012 0.276 0.020
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0134 0.9943 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.6176 -0.1711 0.388 0.024 0.000 0.000 0.232 0.348 0.008
#> dkfz_11-055 2 0.3611 0.6157 0.000 0.804 0.000 0.000 0.044 0.088 0.064
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0134 0.9764 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.1717 0.6919 0.000 0.924 0.000 0.000 0.032 0.040 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.2200 0.8275 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.4298 -0.2164 0.016 0.040 0.000 0.000 0.296 0.648 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.2582 0.6246 0.016 0.108 0.000 0.000 0.860 0.016 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.4387 0.5028 0.020 0.160 0.000 0.000 0.712 0.108 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.3209 0.5701 0.800 0.152 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.4878 0.5341 0.636 0.000 0.000 0.000 0.200 0.152 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0422 0.9800 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0134 0.8095 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.4113 -0.1869 0.004 0.480 0.000 0.000 0.020 0.496 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4689 0.2660 0.016 0.372 0.000 0.000 0.052 0.560 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.5411 0.2564 0.020 0.116 0.000 0.000 0.444 0.420 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4096 0.6798 0.740 0.000 0.000 0.020 0.188 0.040 0.012
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.4611 -0.2640 0.020 0.040 0.000 0.000 0.328 0.608 0.004
#> dkfz_11-091 1 0.0239 0.8094 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3502 0.4763 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.1226 0.7966 0.952 0.012 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.4111 0.6955 0.000 0.716 0.000 0.000 0.032 0.216 0.036
#> dkfz_11-096 2 0.1316 0.6767 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.5259 0.5660 0.000 0.580 0.000 0.000 0.100 0.284 0.036
#> dkfz_11-098 2 0.3082 0.7157 0.000 0.836 0.000 0.000 0.036 0.100 0.028
#> dkfz_11-099 6 0.5451 -0.3923 0.068 0.044 0.000 0.000 0.404 0.480 0.004
#> dkfz_11-100 2 0.3420 0.6238 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.4541 0.5819 0.000 0.600 0.000 0.000 0.028 0.340 0.032
#> dkfz_11-102 2 0.2979 0.6244 0.000 0.840 0.000 0.000 0.036 0.104 0.020
#> dkfz_11-103 2 0.3978 0.6962 0.000 0.724 0.000 0.000 0.036 0.216 0.024
#> dkfz_11-104 2 0.4360 0.6952 0.000 0.720 0.000 0.000 0.080 0.168 0.032
#> dkfz_11-105 2 0.1193 0.6847 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.044 0.004
#> dkfz_11-106 6 0.5507 0.2907 0.012 0.268 0.000 0.000 0.204 0.516 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3915 0.7079 0.000 0.764 0.000 0.000 0.052 0.148 0.036
#> dkfz_11-108 2 0.3642 0.7148 0.000 0.772 0.000 0.000 0.036 0.168 0.024
#> dkfz_11-109 2 0.0790 0.6912 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.4410 0.6821 0.000 0.712 0.000 0.000 0.100 0.164 0.024
#> dkfz_11-111 2 0.3599 0.7114 0.000 0.776 0.000 0.000 0.040 0.164 0.020
#> dkfz_11-112 2 0.0923 0.6932 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-113 2 0.3611 0.6157 0.000 0.804 0.000 0.000 0.044 0.088 0.064
#> dkfz_11-114 2 0.3280 0.6370 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.4543 0.0925 0.020 0.112 0.000 0.000 0.176 0.692 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0334 0.9732 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-117 2 0.4198 0.6911 0.000 0.708 0.000 0.000 0.036 0.220 0.036
#> dkfz_11-118 2 0.0637 0.6941 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-119 2 0.3565 0.5393 0.000 0.604 0.000 0.000 0.004 0.392 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3976 0.7059 0.000 0.760 0.000 0.000 0.064 0.144 0.032
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9774 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3948 0.7074 0.000 0.760 0.000 0.000 0.052 0.152 0.036
#> dkfz_11-123 5 0.3321 0.6154 0.016 0.096 0.000 0.000 0.828 0.048 0.012
#> dkfz_11-124 4 0.1028 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.960 0.028 0.004 0.008
#> dkfz_11-125 2 0.3283 0.6673 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.304 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.1355 0.6688 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.4680 0.6678 0.000 0.668 0.000 0.000 0.076 0.224 0.032
#> dkfz_11-128 2 0.3172 0.6417 0.000 0.836 0.000 0.000 0.032 0.076 0.056
#> dkfz_11-129 2 0.3436 0.6248 0.000 0.816 0.000 0.000 0.044 0.092 0.048
#> dkfz_11-130 2 0.3711 0.7112 0.000 0.776 0.000 0.000 0.040 0.152 0.032
#> dkfz_11-131 2 0.4174 0.6939 0.000 0.712 0.000 0.000 0.036 0.216 0.036
#> dkfz_11-132 2 0.3888 0.5929 0.000 0.784 0.000 0.000 0.064 0.088 0.064
#> dkfz_11-133 2 0.1518 0.6943 0.000 0.932 0.000 0.000 0.036 0.032 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1060 0.6840 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.3497 0.6235 0.000 0.812 0.000 0.000 0.040 0.088 0.060
#> dkfz_11-136 5 0.8163 0.2457 0.148 0.000 0.000 0.232 0.260 0.168 0.192
#> dkfz_11-137 4 0.0334 0.9732 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-138 2 0.3611 0.6157 0.000 0.804 0.000 0.000 0.044 0.088 0.064
#> dkfz_11-139 6 0.6069 -0.1254 0.032 0.188 0.000 0.000 0.380 0.396 0.004
#> dkfz_11-140 2 0.4107 0.7051 0.000 0.748 0.000 0.000 0.064 0.152 0.036
#> dkfz_11-141 2 0.1697 0.6557 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.080 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.1147 0.7022 0.000 0.952 0.000 0.000 0.032 0.016 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.2878 0.9498 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-144 7 0.2878 0.9498 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> dkfz_11-145 1 0.0334 0.8095 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9969 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4214 0.5395 0.000 0.592 0.000 0.000 0.036 0.368 0.004
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 8 0.3015 0.6035 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-002 1 0.6241 -0.1133 0.400 0.016 0.000 0.000 0.132 0.352 0.100 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1916 0.8780 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000 0.064 0.020
#> dkfz_11-004 6 0.4105 0.4832 0.000 0.232 0.000 0.000 0.108 0.660 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2305 0.7929 0.880 0.004 0.000 0.000 0.024 0.012 0.080 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.2948 0.7883 0.844 0.008 0.000 0.000 0.028 0.024 0.092 0.004
#> dkfz_11-007 6 0.3053 0.4809 0.000 0.272 0.000 0.000 0.004 0.720 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.3455 0.7160 0.760 0.004 0.000 0.000 0.032 0.008 0.192 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.1916 0.8780 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000 0.064 0.020
#> dkfz_11-010 6 0.3301 0.4906 0.000 0.224 0.000 0.000 0.020 0.744 0.012 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4643 0.4011 0.000 0.164 0.000 0.000 0.056 0.672 0.108 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.6171 -0.6079 0.072 0.000 0.000 0.004 0.264 0.268 0.392 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0645 0.8061 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 6 0.7653 -0.5863 0.224 0.132 0.000 0.000 0.212 0.236 0.196 0.000
#> dkfz_11-015 6 0.6194 -0.3455 0.040 0.104 0.000 0.000 0.196 0.528 0.132 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.4906 0.7501 0.016 0.056 0.000 0.000 0.652 0.072 0.204 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.2861 0.7845 0.852 0.008 0.000 0.000 0.028 0.024 0.084 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1916 0.8780 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000 0.064 0.020
#> dkfz_11-022 2 0.1144 0.4370 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.4636 0.4159 0.000 0.296 0.000 0.000 0.144 0.560 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.3042 0.6610 0.804 0.032 0.000 0.000 0.008 0.152 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.2395 0.7872 0.868 0.004 0.000 0.000 0.024 0.008 0.096 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0313 0.8066 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3068 0.4899 0.000 0.176 0.000 0.000 0.020 0.788 0.016 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.3432 0.4870 0.000 0.248 0.000 0.000 0.020 0.720 0.012 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1144 0.9104 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-033 6 0.3622 0.4753 0.000 0.272 0.000 0.000 0.036 0.688 0.004 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0614 0.8887 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-035 6 0.4809 0.2824 0.000 0.188 0.000 0.000 0.220 0.584 0.008 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0831 0.8030 0.968 0.012 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.7358 0.5269 0.124 0.080 0.000 0.004 0.356 0.184 0.248 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.3439 -0.1780 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.2064 0.8725 0.000 0.000 0.000 0.892 0.012 0.000 0.076 0.020
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.5231 -0.1596 0.000 0.384 0.000 0.000 0.268 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 1 0.6253 0.4191 0.520 0.000 0.000 0.028 0.108 0.068 0.252 0.024
#> dkfz_11-043 5 0.6326 0.6770 0.012 0.192 0.000 0.000 0.456 0.120 0.220 0.000
#> dkfz_11-044 6 0.6039 -0.3198 0.040 0.108 0.000 0.000 0.176 0.556 0.120 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.2770 0.7668 0.832 0.004 0.000 0.000 0.024 0.004 0.132 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.4454 0.6769 0.168 0.000 0.000 0.692 0.012 0.000 0.108 0.020
#> dkfz_11-047 6 0.4108 0.4362 0.000 0.304 0.000 0.000 0.076 0.620 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3758 0.6894 0.736 0.000 0.000 0.004 0.052 0.008 0.196 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0125 0.8927 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.6208 0.7080 0.048 0.096 0.000 0.000 0.508 0.100 0.248 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.4944 0.3499 0.000 0.312 0.000 0.000 0.192 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0438 0.8898 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 6 0.6302 -0.3127 0.340 0.004 0.000 0.000 0.152 0.372 0.132 0.000
#> dkfz_11-055 7 0.3431 -0.2945 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.1812 0.8794 0.000 0.000 0.000 0.912 0.012 0.000 0.056 0.020
#> dkfz_11-059 2 0.1958 0.5155 0.000 0.900 0.000 0.000 0.056 0.040 0.004 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4619 0.5669 0.272 0.000 0.000 0.628 0.012 0.000 0.068 0.020
#> dkfz_11-061 6 0.6013 -0.3666 0.044 0.068 0.000 0.000 0.228 0.536 0.124 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.4869 0.7530 0.012 0.056 0.000 0.000 0.656 0.080 0.196 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.5233 0.6653 0.012 0.024 0.000 0.000 0.580 0.164 0.220 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.3154 0.6318 0.800 0.096 0.000 0.000 0.004 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.4786 0.6436 0.676 0.020 0.000 0.000 0.044 0.064 0.192 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.1563 0.8824 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0563 0.8072 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.3324 0.4911 0.000 0.228 0.000 0.000 0.020 0.740 0.012 0.000
#> dkfz_11-070 6 0.4590 0.4617 0.000 0.176 0.000 0.000 0.064 0.676 0.084 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.6414 -0.4281 0.024 0.096 0.000 0.000 0.252 0.444 0.184 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4785 0.6074 0.644 0.000 0.000 0.016 0.052 0.016 0.252 0.020
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 6 0.6602 -0.4478 0.048 0.124 0.000 0.000 0.208 0.468 0.152 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0645 0.8061 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.2795 0.4839 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0251 0.8919 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.1178 0.7996 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.5257 0.2252 0.000 0.324 0.000 0.000 0.296 0.380 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0125 0.5011 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.5188 0.2868 0.000 0.244 0.000 0.000 0.360 0.396 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.4423 0.2835 0.000 0.580 0.000 0.000 0.312 0.108 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 6 0.7001 -0.5708 0.056 0.124 0.000 0.000 0.248 0.372 0.200 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.3681 0.4573 0.000 0.288 0.000 0.000 0.044 0.668 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.4854 0.3904 0.000 0.272 0.000 0.000 0.196 0.532 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.2833 0.1953 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5260 -0.2028 0.000 0.364 0.000 0.000 0.288 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.5238 -0.0600 0.000 0.392 0.000 0.000 0.328 0.280 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0536 0.5028 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.4934 0.1664 0.012 0.068 0.000 0.000 0.160 0.664 0.096 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4779 0.2130 0.000 0.516 0.000 0.000 0.332 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.5211 -0.0367 0.000 0.412 0.000 0.000 0.316 0.272 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0395 0.5126 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.5479 0.1961 0.012 0.452 0.000 0.000 0.388 0.116 0.032 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.4988 0.1409 0.000 0.484 0.000 0.000 0.316 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0224 0.5097 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.3437 -0.1768 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004
#> dkfz_11-114 6 0.4344 0.4234 0.000 0.308 0.000 0.000 0.100 0.592 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.5195 0.0905 0.040 0.072 0.000 0.000 0.116 0.664 0.108 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0596 0.8871 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5250 0.2191 0.000 0.328 0.000 0.000 0.288 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0349 0.5097 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.3539 0.4671 0.000 0.280 0.000 0.000 0.036 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4796 0.2072 0.000 0.508 0.000 0.000 0.340 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4915 0.1758 0.000 0.500 0.000 0.000 0.316 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.6030 0.7275 0.012 0.152 0.000 0.000 0.508 0.104 0.224 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2016 0.8757 0.000 0.000 0.000 0.896 0.012 0.000 0.072 0.020
#> dkfz_11-125 6 0.4913 0.3494 0.000 0.324 0.000 0.000 0.180 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0125 0.5009 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.5246 0.2658 0.000 0.296 0.000 0.000 0.312 0.392 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.3040 0.2607 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.3283 -0.0541 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.4821 0.2077 0.000 0.516 0.000 0.000 0.320 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.5255 0.2415 0.000 0.316 0.000 0.000 0.300 0.384 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.3642 -0.2477 0.000 0.500 0.000 0.000 0.008 0.004 0.488 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1946 0.5153 0.000 0.896 0.000 0.000 0.060 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0224 0.5097 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.3290 0.1244 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.7836 0.1276 0.164 0.000 0.000 0.304 0.112 0.120 0.264 0.036
#> dkfz_11-137 4 0.0596 0.8871 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.3444 -0.2222 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004
#> dkfz_11-139 6 0.5673 -0.2778 0.012 0.036 0.000 0.000 0.268 0.504 0.180 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.5145 0.0421 0.000 0.424 0.000 0.000 0.344 0.232 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0313 0.4929 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.1878 0.5139 0.000 0.900 0.000 0.000 0.064 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.1038 0.9106 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-144 8 0.1091 0.9115 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-145 1 0.0438 0.8070 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0669 0.8069 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0438 0.8075 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.5024 0.3636 0.000 0.296 0.000 0.000 0.220 0.484 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 8 0.2277 0.75017 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3260 0.26490 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.3063 0.75383 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-004 6 0.4556 -0.08492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.532 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-005 1 0.3225 0.37311 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.3509 0.33554 0.524 0.004 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-007 9 0.4238 0.91769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.096 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-008 1 0.3544 0.32835 0.524 0.004 0.000 0.000 0.460 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.3063 0.75383 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-010 9 0.4314 0.91898 0.004 0.000 0.000 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-011 5 0.4032 -0.37916 0.004 0.000 0.000 0.000 0.620 0.084 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-012 5 0.2459 0.65089 0.068 0.004 0.000 0.000 0.868 0.004 0.012 0.000 0.044
#> dkfz_11-013 1 0.0119 0.69662 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3289 -0.04688 0.404 0.004 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 5 0.1830 0.66715 0.036 0.016 0.000 0.000 0.912 0.032 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.1764 0.66674 0.020 0.020 0.000 0.000 0.916 0.040 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.3238 0.35661 0.548 0.004 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3070 0.75282 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-022 2 0.1835 0.82909 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.020 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.3263 0.60149 0.000 0.012 0.000 0.000 0.216 0.740 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-024 1 0.0585 0.68836 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.3238 0.35661 0.548 0.004 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0237 0.69832 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 9 0.4261 0.90753 0.004 0.000 0.000 0.000 0.388 0.084 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 9 0.4314 0.91898 0.004 0.000 0.000 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-032 8 0.0119 0.93791 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-033 9 0.4428 0.89429 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.132 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-034 8 0.0000 0.93467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.2711 0.75458 0.000 0.016 0.000 0.000 0.164 0.808 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-036 1 0.0119 0.69662 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4316 0.00239 0.364 0.008 0.000 0.000 0.568 0.012 0.008 0.000 0.040
#> dkfz_11-038 7 0.1835 0.84479 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.020 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3249 0.75223 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.008 0.000 0.396
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.78944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0591 0.86054 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.5066 -0.13560 0.356 0.008 0.000 0.000 0.484 0.004 0.016 0.000 0.132
#> dkfz_11-043 5 0.1963 0.61366 0.000 0.012 0.000 0.000 0.884 0.096 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 5 0.2606 0.61219 0.036 0.016 0.000 0.000 0.848 0.096 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3134 0.35077 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3521 0.73943 0.004 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.016 0.000 0.408
#> dkfz_11-047 6 0.4680 0.06021 0.000 0.008 0.000 0.000 0.156 0.528 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-048 5 0.3851 -0.30100 0.472 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.78944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2219 0.67306 0.068 0.012 0.000 0.000 0.884 0.024 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.2195 0.75756 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.78944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.3260 -0.29061 0.488 0.004 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 7 0.1077 0.77081 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.020 0.952 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0119 0.78899 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.78944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3055 0.75491 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-059 2 0.1925 0.83086 0.000 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3385 0.74109 0.008 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.412
#> dkfz_11-061 5 0.2233 0.67337 0.060 0.016 0.000 0.000 0.888 0.024 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-062 5 0.1687 0.64088 0.000 0.020 0.000 0.000 0.908 0.068 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 5 0.1824 0.63131 0.000 0.020 0.000 0.000 0.896 0.080 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0492 0.68862 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3958 0.28240 0.500 0.012 0.000 0.000 0.464 0.004 0.008 0.000 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0645 0.96671 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0119 0.69662 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 9 0.4314 0.91898 0.004 0.000 0.000 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000 0.524
#> dkfz_11-070 5 0.4525 -0.44492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.212 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-071 5 0.1267 0.64878 0.004 0.008 0.000 0.000 0.940 0.044 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.5154 0.13905 0.168 0.000 0.000 0.020 0.484 0.000 0.008 0.000 0.320
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.78944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.2074 0.67393 0.064 0.016 0.000 0.000 0.892 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0119 0.69662 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 9 0.4631 0.88567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.376 0.140 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.78944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.1048 0.69515 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.0212 0.85739 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0645 0.91986 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0610 0.85104 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 6 0.1655 0.83758 0.000 0.064 0.000 0.000 0.028 0.908 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1780 0.67242 0.072 0.004 0.000 0.000 0.904 0.016 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 6 0.4456 0.01673 0.000 0.004 0.000 0.000 0.112 0.508 0.000 0.000 0.376
#> dkfz_11-101 6 0.2481 0.69687 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.796 0.000 0.000 0.196
#> dkfz_11-102 2 0.3407 0.12467 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.020 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.1309 0.85886 0.000 0.016 0.000 0.000 0.044 0.936 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 6 0.1056 0.86174 0.000 0.012 0.000 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 2 0.0699 0.91924 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.2402 0.56131 0.004 0.004 0.000 0.000 0.860 0.048 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-107 6 0.0953 0.86017 0.000 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.0876 0.86123 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0706 0.91673 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.1886 0.80626 0.000 0.012 0.000 0.000 0.100 0.884 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.1016 0.85962 0.000 0.016 0.000 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0645 0.91986 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 7 0.1835 0.84479 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.020 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3310 0.65162 0.000 0.004 0.000 0.000 0.088 0.760 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-115 5 0.3302 0.59834 0.036 0.016 0.000 0.000 0.816 0.068 0.004 0.000 0.060
#> dkfz_11-116 4 0.0119 0.78780 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0414 0.85629 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 2 0.0699 0.91924 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 9 0.4933 0.62898 0.000 0.004 0.000 0.000 0.240 0.300 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-120 6 0.1016 0.85962 0.000 0.016 0.000 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.78944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0887 0.86122 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.1734 0.64063 0.000 0.020 0.000 0.000 0.904 0.072 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.3241 0.75364 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.008 0.000 0.392
#> dkfz_11-125 6 0.0786 0.85763 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.968 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-126 2 0.0699 0.91924 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0449 0.85693 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 7 0.3186 0.73389 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.028 0.704 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 7 0.3475 0.51000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.020 0.572 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.1016 0.85962 0.000 0.016 0.000 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0331 0.85664 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 7 0.3337 0.63874 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.020 0.636 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1556 0.87557 0.000 0.916 0.000 0.000 0.028 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0645 0.91986 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 7 0.1967 0.84145 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.028 0.880 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.4141 0.70401 0.000 0.000 0.000 0.528 0.012 0.000 0.052 0.000 0.408
#> dkfz_11-137 4 0.0119 0.78780 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 7 0.1835 0.84479 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.020 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.1409 0.63327 0.000 0.004 0.000 0.000 0.924 0.064 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-140 6 0.1025 0.86015 0.000 0.020 0.000 0.000 0.028 0.952 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0699 0.91924 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.1340 0.89186 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0119 0.93791 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0119 0.93791 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0565 0.69725 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0119 0.69662 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.99730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0634 0.70052 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.1783 0.84170 0.000 0.012 0.000 0.000 0.064 0.908 0.004 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 8 0.1168 0.90064 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3480 0.67264 0.628 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.1790 0.76907 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 9 0.4592 0.45096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.388 0.000 0.000 0.408 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.3334 0.68471 0.644 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.3744 0.67484 0.616 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.036 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-007 9 0.3050 0.81568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.048 0.000 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.5034 0.54060 0.468 0.000 0.000 0.000 0.328 0.004 0.036 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-009 7 0.1790 0.76907 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 9 0.3071 0.81701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.048 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-011 9 0.3520 0.52171 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.036 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2429 0.54679 0.012 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.72518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.3642 0.54536 0.524 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.028 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.2790 0.68604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.048 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0627 0.70723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.3744 0.67484 0.616 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.036 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0729 0.78047 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0484 0.84540 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-023 6 0.4287 -0.06972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.540 0.000 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0113 0.72574 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.3463 0.68018 0.632 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0615 0.73713 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 9 0.3071 0.81701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.048 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 9 0.3071 0.81701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.048 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.0000 0.97558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 9 0.3121 0.81577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.056 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0000 0.97558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.2893 0.63699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.784 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0113 0.72574 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3461 0.12980 0.252 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.016 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-038 10 0.2173 0.92191 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-039 7 0.0842 0.78016 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0282 0.88376 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 7 0.6003 -0.24817 0.264 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.268 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3380 0.61344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.096 0.000 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.3303 0.63069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.080 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3856 0.67090 0.608 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.036 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.1250 0.77871 0.000 0.008 0.000 0.056 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.4483 -0.39750 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.432 0.000 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.5060 0.48343 0.424 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.036 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0671 0.70502 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0356 0.87972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.3622 0.63046 0.592 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.024 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-055 10 0.0429 0.70175 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984
#> dkfz_11-056 4 0.0986 0.92833 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.1851 0.76523 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.1373 0.75240 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0729 0.78047 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2634 0.68755 0.004 0.000 0.000 0.000 0.796 0.028 0.000 0.000 0.172 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.1452 0.69241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.3582 0.51450 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.148 0.000 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0426 0.71939 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3798 0.67196 0.612 0.000 0.000 0.000 0.332 0.004 0.036 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.72518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 9 0.3071 0.81701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.048 0.000 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-070 9 0.4672 0.50626 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.280 0.000 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-071 5 0.2767 0.68328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.040 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 7 0.5082 0.26554 0.044 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.480 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1936 0.71383 0.016 0.000 0.000 0.000 0.888 0.020 0.000 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.72518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 9 0.3599 0.79025 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.104 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.1033 0.74176 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.0226 0.88557 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.0282 0.88161 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.0729 0.86139 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1296 0.70802 0.020 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.3827 0.26757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.596 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0842 0.86516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.2243 0.67535 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-103 6 0.0756 0.86336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.0226 0.88557 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.3804 0.40697 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.084 0.000 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-107 6 0.0202 0.88583 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.0426 0.87751 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.1168 0.82406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0202 0.88583 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 10 0.2197 0.91721 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-114 6 0.3729 0.30555 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.628 0.000 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-115 5 0.3838 0.40711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.088 0.000 0.000 0.312 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.0000 0.88473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 9 0.3963 0.72612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.176 0.000 0.000 0.632 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.0202 0.88583 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 6 0.0202 0.88583 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 5 0.2730 0.52970 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.240 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-124 7 0.2017 0.76514 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-125 6 0.0000 0.88473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.0202 0.88481 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.3188 -0.14094 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.488
#> dkfz_11-129 2 0.2923 0.21151 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-130 6 0.0202 0.88583 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.0226 0.88557 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2996 -0.00813 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-133 2 0.0937 0.80374 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 10 0.2173 0.92191 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-136 7 0.2110 0.75661 0.000 0.008 0.000 0.036 0.004 0.000 0.888 0.000 0.056 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.99246 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 10 0.2173 0.92191 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-139 5 0.2414 0.70843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.064 0.000 0.000 0.100 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.0202 0.88583 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0202 0.85191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0000 0.97558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.0000 0.97558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0282 0.72979 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.72518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.1124 0.74378 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0113 0.88395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> CV:mclust 135 1.26e-24 2.92e-13 2
#> CV:mclust 130 6.00e-45 7.79e-21 3
#> CV:mclust 128 1.38e-60 4.03e-26 4
#> CV:mclust 129 1.18e-73 3.98e-27 5
#> CV:mclust 113 1.93e-60 4.16e-23 6
#> CV:mclust 110 1.07e-59 5.02e-23 7
#> CV:mclust 73 1.90e-39 1.88e-22 8
#> CV:mclust 116 1.49e-79 1.07e-36 9
#> CV:mclust 122 1.75e-76 1.28e-37 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.258 0.462 0.757 0.4001 0.497 0.497
#> 3 3 0.400 0.724 0.838 0.4801 0.600 0.386
#> 4 4 0.522 0.689 0.819 0.1083 0.922 0.819
#> 5 5 0.586 0.622 0.776 0.1133 0.890 0.712
#> 6 6 0.667 0.624 0.767 0.0638 0.893 0.639
#> 7 7 0.708 0.661 0.805 0.0239 0.971 0.868
#> 8 8 0.727 0.607 0.758 0.0185 0.985 0.923
#> 9 9 0.746 0.628 0.788 0.0110 0.977 0.883
#> 10 10 0.764 0.627 0.788 0.0118 0.997 0.980
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.1843 0.59267 0.972 0.028
#> dkfz_11-002 1 0.6343 0.59487 0.840 0.160
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 1 1.0000 0.18050 0.504 0.496
#> dkfz_11-005 1 0.9815 0.45648 0.580 0.420
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-008 1 0.9881 0.42084 0.564 0.436
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-011 1 0.9635 0.52158 0.612 0.388
#> dkfz_11-012 1 0.9833 0.46759 0.576 0.424
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.9323 0.56251 0.652 0.348
#> dkfz_11-015 1 0.9775 0.45458 0.588 0.412
#> dkfz_11-016 1 0.9775 0.45458 0.588 0.412
#> dkfz_11-017 1 0.0672 0.59205 0.992 0.008
#> dkfz_11-018 1 0.0672 0.59205 0.992 0.008
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.9954 0.34740 0.540 0.460
#> dkfz_11-023 1 0.9661 0.51693 0.608 0.392
#> dkfz_11-024 1 0.9710 0.49458 0.600 0.400
#> dkfz_11-025 1 0.9323 0.56251 0.652 0.348
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.1184 0.58823 0.984 0.016
#> dkfz_11-031 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-032 2 0.9993 -0.01884 0.484 0.516
#> dkfz_11-033 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-034 2 0.9710 0.18807 0.400 0.600
#> dkfz_11-035 2 0.9993 -0.11583 0.484 0.516
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.9933 0.38587 0.548 0.452
#> dkfz_11-038 2 0.0376 0.65882 0.004 0.996
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.9933 0.04867 0.452 0.548
#> dkfz_11-042 2 0.9933 0.04867 0.452 0.548
#> dkfz_11-043 1 0.9896 0.41471 0.560 0.440
#> dkfz_11-044 1 0.9850 0.42848 0.572 0.428
#> dkfz_11-045 1 0.9323 0.56251 0.652 0.348
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-048 1 0.9881 0.42084 0.564 0.436
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.9775 0.45458 0.588 0.412
#> dkfz_11-051 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.9850 0.24297 0.572 0.428
#> dkfz_11-054 1 0.6247 0.59505 0.844 0.156
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 1 0.9963 0.35498 0.536 0.464
#> dkfz_11-062 1 0.9775 0.45458 0.588 0.412
#> dkfz_11-063 1 0.9000 0.57133 0.684 0.316
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.9754 0.47969 0.592 0.408
#> dkfz_11-066 1 0.2236 0.58163 0.964 0.036
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-070 1 0.7674 0.59124 0.776 0.224
#> dkfz_11-071 1 0.9795 0.47692 0.584 0.416
#> dkfz_11-072 1 0.9087 0.56998 0.676 0.324
#> dkfz_11-073 1 0.9881 0.42084 0.564 0.436
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.9775 0.45458 0.588 0.412
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.9323 0.56251 0.652 0.348
#> dkfz_11-095 2 0.9944 0.03472 0.456 0.544
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.9970 -0.00948 0.468 0.532
#> dkfz_11-098 2 0.9710 0.21914 0.400 0.600
#> dkfz_11-099 1 0.9850 0.42848 0.572 0.428
#> dkfz_11-100 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-101 1 0.9522 0.54099 0.628 0.372
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.9963 0.00142 0.464 0.536
#> dkfz_11-104 2 0.9087 0.38847 0.324 0.676
#> dkfz_11-105 2 0.9850 0.13600 0.428 0.572
#> dkfz_11-106 1 0.9944 0.35149 0.544 0.456
#> dkfz_11-107 2 0.9087 0.38847 0.324 0.676
#> dkfz_11-108 2 0.9710 0.22288 0.400 0.600
#> dkfz_11-109 2 0.8081 0.49732 0.248 0.752
#> dkfz_11-110 2 0.9710 0.21914 0.400 0.600
#> dkfz_11-111 2 0.9933 0.04867 0.452 0.548
#> dkfz_11-112 2 0.8267 0.48510 0.260 0.740
#> dkfz_11-113 2 0.0376 0.65882 0.004 0.996
#> dkfz_11-114 2 0.9963 0.00142 0.464 0.536
#> dkfz_11-115 2 0.9933 0.04867 0.452 0.548
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.9954 0.01946 0.460 0.540
#> dkfz_11-118 2 0.9850 0.13600 0.428 0.572
#> dkfz_11-119 1 0.9580 0.53271 0.620 0.380
#> dkfz_11-120 2 0.9087 0.38917 0.324 0.676
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.9087 0.38847 0.324 0.676
#> dkfz_11-123 2 0.7528 0.53176 0.216 0.784
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.9635 0.25363 0.388 0.612
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.9944 0.03472 0.456 0.544
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.7745 0.52129 0.228 0.772
#> dkfz_11-130 2 0.9933 0.04867 0.452 0.548
#> dkfz_11-131 2 0.9944 0.03472 0.456 0.544
#> dkfz_11-132 2 0.0376 0.65882 0.004 0.996
#> dkfz_11-133 2 0.7299 0.54378 0.204 0.796
#> dkfz_11-134 2 0.3879 0.62966 0.076 0.924
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.65955 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.0376 0.65882 0.004 0.996
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.9963 0.00142 0.464 0.536
#> dkfz_11-141 2 0.3879 0.62966 0.076 0.924
#> dkfz_11-142 2 0.9933 0.04867 0.452 0.548
#> dkfz_11-143 2 0.9850 0.10990 0.428 0.572
#> dkfz_11-144 1 0.9977 0.09925 0.528 0.472
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0672 0.59205 0.992 0.008
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0672 0.59205 0.992 0.008
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.59004 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.9970 -0.03632 0.468 0.532
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.2301 0.8660 0.004 0.060 0.936
#> dkfz_11-002 3 0.6192 0.4162 0.000 0.420 0.580
#> dkfz_11-003 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3530 0.8081 0.068 0.900 0.032
#> dkfz_11-005 2 0.3030 0.7930 0.004 0.904 0.092
#> dkfz_11-006 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-007 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-008 2 0.2269 0.8119 0.016 0.944 0.040
#> dkfz_11-009 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-011 2 0.3038 0.7929 0.000 0.896 0.104
#> dkfz_11-012 2 0.3637 0.8013 0.024 0.892 0.084
#> dkfz_11-013 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-014 2 0.3267 0.7753 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-015 2 0.4342 0.7770 0.024 0.856 0.120
#> dkfz_11-016 2 0.4342 0.7770 0.024 0.856 0.120
#> dkfz_11-017 3 0.1989 0.8700 0.004 0.048 0.948
#> dkfz_11-018 3 0.1989 0.8700 0.004 0.048 0.948
#> dkfz_11-019 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-020 3 0.1643 0.8695 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-021 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.5377 0.7681 0.068 0.820 0.112
#> dkfz_11-023 2 0.3193 0.7952 0.004 0.896 0.100
#> dkfz_11-024 2 0.3425 0.7814 0.004 0.884 0.112
#> dkfz_11-025 2 0.3267 0.7753 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-026 3 0.4645 0.8488 0.008 0.176 0.816
#> dkfz_11-027 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-028 3 0.1643 0.8695 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-029 3 0.1529 0.8677 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-030 3 0.2063 0.8660 0.008 0.044 0.948
#> dkfz_11-031 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-032 2 0.9904 0.0526 0.284 0.400 0.316
#> dkfz_11-033 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-034 2 0.9775 -0.0894 0.376 0.392 0.232
#> dkfz_11-035 2 0.3765 0.8050 0.084 0.888 0.028
#> dkfz_11-036 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-037 2 0.2806 0.8147 0.032 0.928 0.040
#> dkfz_11-038 1 0.5588 0.7128 0.720 0.276 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3769 0.7909 0.104 0.880 0.016
#> dkfz_11-042 2 0.3769 0.7909 0.104 0.880 0.016
#> dkfz_11-043 2 0.2297 0.8129 0.020 0.944 0.036
#> dkfz_11-044 2 0.4602 0.7795 0.040 0.852 0.108
#> dkfz_11-045 2 0.3267 0.7753 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-046 1 0.0592 0.8219 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-048 2 0.2269 0.8119 0.016 0.944 0.040
#> dkfz_11-049 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-050 2 0.4342 0.7770 0.024 0.856 0.120
#> dkfz_11-051 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-052 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.9672 -0.0893 0.212 0.384 0.404
#> dkfz_11-054 3 0.6180 0.4274 0.000 0.416 0.584
#> dkfz_11-055 1 0.5553 0.7174 0.724 0.272 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-059 1 0.5588 0.7128 0.720 0.276 0.004
#> dkfz_11-060 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.4058 0.7952 0.044 0.880 0.076
#> dkfz_11-062 2 0.4342 0.7770 0.024 0.856 0.120
#> dkfz_11-063 2 0.4002 0.7413 0.000 0.840 0.160
#> dkfz_11-064 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-065 2 0.3038 0.7898 0.000 0.896 0.104
#> dkfz_11-066 3 0.2879 0.8529 0.024 0.052 0.924
#> dkfz_11-067 3 0.1643 0.8695 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-068 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-069 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-070 2 0.6286 -0.0394 0.000 0.536 0.464
#> dkfz_11-071 2 0.3590 0.8050 0.028 0.896 0.076
#> dkfz_11-072 2 0.6111 0.4212 0.000 0.604 0.396
#> dkfz_11-073 2 0.2269 0.8119 0.016 0.944 0.040
#> dkfz_11-074 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-075 2 0.4342 0.7770 0.024 0.856 0.120
#> dkfz_11-091 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-092 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-093 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-094 2 0.3267 0.7753 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-095 2 0.3966 0.7900 0.100 0.876 0.024
#> dkfz_11-096 1 0.5553 0.7174 0.724 0.272 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.4335 0.7892 0.100 0.864 0.036
#> dkfz_11-098 2 0.4353 0.7521 0.156 0.836 0.008
#> dkfz_11-099 2 0.4602 0.7795 0.040 0.852 0.108
#> dkfz_11-100 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-101 2 0.2711 0.7922 0.000 0.912 0.088
#> dkfz_11-102 1 0.5553 0.7174 0.724 0.272 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.4015 0.7938 0.096 0.876 0.028
#> dkfz_11-104 2 0.5404 0.6102 0.256 0.740 0.004
#> dkfz_11-105 2 0.3755 0.7787 0.120 0.872 0.008
#> dkfz_11-106 2 0.2443 0.8157 0.028 0.940 0.032
#> dkfz_11-107 2 0.5404 0.6102 0.256 0.740 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.4915 0.7221 0.184 0.804 0.012
#> dkfz_11-109 2 0.6489 0.0161 0.456 0.540 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.4353 0.7521 0.156 0.836 0.008
#> dkfz_11-111 2 0.3769 0.7909 0.104 0.880 0.016
#> dkfz_11-112 2 0.6033 0.4478 0.336 0.660 0.004
#> dkfz_11-113 1 0.5588 0.7128 0.720 0.276 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.4015 0.7938 0.096 0.876 0.028
#> dkfz_11-115 2 0.3769 0.7909 0.104 0.880 0.016
#> dkfz_11-116 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4217 0.7921 0.100 0.868 0.032
#> dkfz_11-118 2 0.3755 0.7787 0.120 0.872 0.008
#> dkfz_11-119 2 0.2537 0.7935 0.000 0.920 0.080
#> dkfz_11-120 2 0.5404 0.6104 0.256 0.740 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.5404 0.6102 0.256 0.740 0.004
#> dkfz_11-123 2 0.6295 -0.0268 0.472 0.528 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.4968 0.7113 0.188 0.800 0.012
#> dkfz_11-126 1 0.5588 0.7128 0.720 0.276 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.3966 0.7900 0.100 0.876 0.024
#> dkfz_11-128 1 0.5553 0.7174 0.724 0.272 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.6209 0.3621 0.368 0.628 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.3769 0.7909 0.104 0.880 0.016
#> dkfz_11-131 2 0.3966 0.7900 0.100 0.876 0.024
#> dkfz_11-132 1 0.5588 0.7128 0.720 0.276 0.004
#> dkfz_11-133 1 0.6521 0.1308 0.500 0.496 0.004
#> dkfz_11-134 1 0.6442 0.3652 0.564 0.432 0.004
#> dkfz_11-135 1 0.5553 0.7174 0.724 0.272 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.0592 0.8219 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0592 0.8239 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-138 1 0.5588 0.7128 0.720 0.276 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.5292 0.7875 0.008 0.228 0.764
#> dkfz_11-140 2 0.4015 0.7938 0.096 0.876 0.028
#> dkfz_11-141 1 0.6442 0.3652 0.564 0.432 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.3769 0.7909 0.104 0.880 0.016
#> dkfz_11-143 2 0.9863 -0.0313 0.340 0.400 0.260
#> dkfz_11-144 2 0.9797 0.1099 0.240 0.404 0.356
#> dkfz_11-145 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-146 3 0.1711 0.8611 0.008 0.032 0.960
#> dkfz_11-147 3 0.1989 0.8700 0.004 0.048 0.948
#> dkfz_11-148 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-149 3 0.1989 0.8700 0.004 0.048 0.948
#> dkfz_11-150 3 0.4164 0.8773 0.008 0.144 0.848
#> dkfz_11-151 2 0.3886 0.7986 0.096 0.880 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 1 0.4356 0.6761 0.708 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.6100 0.3888 0.644 0.272 0.084 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.0672 0.7903 0.008 0.984 0.008 0.000
#> dkfz_11-005 2 0.3881 0.7601 0.172 0.812 0.016 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-008 2 0.2923 0.7931 0.080 0.896 0.016 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-011 2 0.5228 0.7420 0.124 0.756 0.120 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5732 0.7506 0.108 0.748 0.124 0.020
#> dkfz_11-013 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.5280 0.7246 0.120 0.752 0.128 0.000
#> dkfz_11-015 2 0.6031 0.6725 0.108 0.676 0.216 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.5977 0.6758 0.104 0.680 0.216 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.4134 0.7045 0.740 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.4134 0.7045 0.740 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.3907 0.7194 0.768 0.000 0.232 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.6618 0.6490 0.088 0.648 0.244 0.020
#> dkfz_11-023 2 0.5457 0.7431 0.116 0.748 0.132 0.004
#> dkfz_11-024 2 0.4636 0.7425 0.188 0.772 0.040 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.5280 0.7246 0.120 0.752 0.128 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.1389 0.7390 0.952 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-028 1 0.3764 0.7253 0.784 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.3688 0.7274 0.792 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.4193 0.6986 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2650 0.9015 0.036 0.008 0.916 0.040
#> dkfz_11-033 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.3188 0.8658 0.008 0.008 0.872 0.112
#> dkfz_11-035 2 0.1640 0.7907 0.012 0.956 0.012 0.020
#> dkfz_11-036 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3392 0.7943 0.080 0.880 0.016 0.024
#> dkfz_11-038 4 0.6765 0.5609 0.000 0.300 0.124 0.576
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.1411 0.7813 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-042 2 0.1411 0.7813 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-043 2 0.2670 0.7930 0.072 0.904 0.024 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.5968 0.6710 0.092 0.672 0.236 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.5280 0.7246 0.120 0.752 0.128 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1022 0.7344 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-047 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.2923 0.7931 0.080 0.896 0.016 0.008
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 2 0.5977 0.6758 0.104 0.680 0.216 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.4167 0.8332 0.128 0.008 0.828 0.036
#> dkfz_11-054 1 0.6074 0.3944 0.648 0.268 0.084 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.6746 0.5648 0.000 0.296 0.124 0.580
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 4 0.6765 0.5606 0.000 0.300 0.124 0.576
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.5678 0.6993 0.068 0.704 0.224 0.004
#> dkfz_11-062 2 0.5977 0.6758 0.104 0.680 0.216 0.000
#> dkfz_11-063 2 0.6240 0.6652 0.176 0.668 0.156 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4511 0.7524 0.176 0.784 0.040 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.4509 0.6729 0.708 0.004 0.288 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.3837 0.7221 0.776 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.7015 0.0429 0.484 0.396 0.120 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.4376 0.7894 0.104 0.832 0.040 0.024
#> dkfz_11-072 2 0.6894 0.3052 0.320 0.552 0.128 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.2923 0.7931 0.080 0.896 0.016 0.008
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 2 0.5977 0.6758 0.104 0.680 0.216 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 2 0.5280 0.7246 0.120 0.752 0.128 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.2675 0.7750 0.008 0.892 0.100 0.000
#> dkfz_11-096 4 0.6746 0.5648 0.000 0.296 0.124 0.580
#> dkfz_11-097 2 0.3048 0.7713 0.016 0.876 0.108 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2871 0.7565 0.000 0.896 0.032 0.072
#> dkfz_11-099 2 0.5968 0.6710 0.092 0.672 0.236 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3606 0.7787 0.132 0.844 0.024 0.000
#> dkfz_11-102 4 0.6746 0.5648 0.000 0.296 0.124 0.580
#> dkfz_11-103 2 0.2546 0.7806 0.008 0.900 0.092 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.4966 0.6425 0.000 0.768 0.076 0.156
#> dkfz_11-105 2 0.2131 0.7737 0.000 0.932 0.036 0.032
#> dkfz_11-106 2 0.1938 0.7949 0.052 0.936 0.012 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4966 0.6425 0.000 0.768 0.076 0.156
#> dkfz_11-108 2 0.3463 0.7322 0.000 0.864 0.040 0.096
#> dkfz_11-109 2 0.6763 0.1893 0.000 0.564 0.116 0.320
#> dkfz_11-110 2 0.2871 0.7565 0.000 0.896 0.032 0.072
#> dkfz_11-111 2 0.1411 0.7813 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-112 2 0.5489 0.5114 0.000 0.700 0.060 0.240
#> dkfz_11-113 4 0.6765 0.5609 0.000 0.300 0.124 0.576
#> dkfz_11-114 2 0.2546 0.7806 0.008 0.900 0.092 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1411 0.7813 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.2741 0.7788 0.012 0.892 0.096 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2131 0.7737 0.000 0.932 0.036 0.032
#> dkfz_11-119 2 0.3032 0.7810 0.124 0.868 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4985 0.6431 0.000 0.768 0.080 0.152
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.4966 0.6425 0.000 0.768 0.076 0.156
#> dkfz_11-123 2 0.6712 0.1430 0.000 0.552 0.104 0.344
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.3716 0.7249 0.000 0.852 0.052 0.096
#> dkfz_11-126 4 0.6765 0.5606 0.000 0.300 0.124 0.576
#> dkfz_11-127 2 0.2675 0.7750 0.008 0.892 0.100 0.000
#> dkfz_11-128 4 0.6746 0.5648 0.000 0.296 0.124 0.580
#> dkfz_11-129 2 0.5799 0.4483 0.000 0.668 0.068 0.264
#> dkfz_11-130 2 0.1411 0.7813 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-131 2 0.2675 0.7750 0.008 0.892 0.100 0.000
#> dkfz_11-132 4 0.6765 0.5609 0.000 0.300 0.124 0.576
#> dkfz_11-133 2 0.6941 0.0300 0.000 0.520 0.120 0.360
#> dkfz_11-134 2 0.6928 -0.2263 0.000 0.456 0.108 0.436
#> dkfz_11-135 4 0.6746 0.5648 0.000 0.296 0.124 0.580
#> dkfz_11-136 4 0.1022 0.7344 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.7499 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 4 0.6765 0.5609 0.000 0.300 0.124 0.576
#> dkfz_11-139 1 0.2918 0.6517 0.876 0.116 0.008 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.2546 0.7806 0.008 0.900 0.092 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.6928 -0.2263 0.000 0.456 0.108 0.436
#> dkfz_11-142 2 0.1411 0.7813 0.000 0.960 0.020 0.020
#> dkfz_11-143 3 0.2853 0.8906 0.016 0.008 0.900 0.076
#> dkfz_11-144 3 0.2055 0.8691 0.048 0.008 0.936 0.008
#> dkfz_11-145 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.2408 0.7277 0.896 0.000 0.104 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.4134 0.7045 0.740 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.4134 0.7045 0.740 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0592 0.7703 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0707 0.7871 0.000 0.980 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 1 0.4306 0.7000 0.660 0.000 0.328 0.000 0.012
#> dkfz_11-002 1 0.5501 0.3587 0.572 0.064 0.004 0.000 0.360
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.1502 0.6741 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> dkfz_11-005 2 0.5038 0.5012 0.152 0.716 0.004 0.000 0.128
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-008 2 0.3855 0.5474 0.008 0.776 0.004 0.008 0.204
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-011 5 0.5075 0.3520 0.020 0.460 0.008 0.000 0.512
#> dkfz_11-012 5 0.5417 0.3151 0.012 0.444 0.008 0.020 0.516
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4251 0.5868 0.004 0.372 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-015 5 0.3453 0.7119 0.020 0.136 0.012 0.000 0.832
#> dkfz_11-016 5 0.3357 0.7124 0.016 0.136 0.012 0.000 0.836
#> dkfz_11-017 1 0.4152 0.7298 0.692 0.000 0.296 0.000 0.012
#> dkfz_11-018 1 0.4152 0.7298 0.692 0.000 0.296 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.3992 0.7458 0.720 0.000 0.268 0.000 0.012
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.3853 0.6808 0.012 0.128 0.016 0.020 0.824
#> dkfz_11-023 5 0.4991 0.4628 0.012 0.416 0.008 0.004 0.560
#> dkfz_11-024 2 0.5850 0.3427 0.176 0.624 0.004 0.000 0.196
#> dkfz_11-025 5 0.4251 0.5868 0.004 0.372 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-026 1 0.1741 0.7523 0.936 0.024 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-027 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-028 1 0.3890 0.7522 0.736 0.000 0.252 0.000 0.012
#> dkfz_11-029 1 0.3835 0.7546 0.744 0.000 0.244 0.000 0.012
#> dkfz_11-030 1 0.4193 0.7238 0.684 0.000 0.304 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-032 3 0.1626 0.9089 0.000 0.000 0.940 0.016 0.044
#> dkfz_11-033 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-034 3 0.3248 0.8771 0.000 0.004 0.856 0.052 0.088
#> dkfz_11-035 2 0.2050 0.6824 0.000 0.920 0.008 0.008 0.064
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4340 0.5451 0.008 0.748 0.004 0.024 0.216
#> dkfz_11-038 4 0.6879 0.5436 0.000 0.304 0.036 0.512 0.148
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0865 0.6843 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-042 2 0.0865 0.6843 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-043 2 0.3491 0.5321 0.000 0.768 0.004 0.000 0.228
#> dkfz_11-044 5 0.3163 0.7029 0.012 0.128 0.012 0.000 0.848
#> dkfz_11-045 5 0.4251 0.5868 0.004 0.372 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-046 4 0.1282 0.7209 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044
#> dkfz_11-047 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-048 2 0.3855 0.5474 0.008 0.776 0.004 0.008 0.204
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3357 0.7124 0.016 0.136 0.012 0.000 0.836
#> dkfz_11-051 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3498 0.8369 0.092 0.000 0.848 0.016 0.044
#> dkfz_11-054 1 0.5489 0.3670 0.576 0.064 0.004 0.000 0.356
#> dkfz_11-055 4 0.6866 0.5497 0.000 0.300 0.036 0.516 0.148
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 4 0.6879 0.5435 0.000 0.304 0.036 0.512 0.148
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3239 0.7095 0.000 0.156 0.012 0.004 0.828
#> dkfz_11-062 5 0.3357 0.7124 0.016 0.136 0.012 0.000 0.836
#> dkfz_11-063 5 0.5753 0.6356 0.092 0.260 0.016 0.000 0.632
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.5734 0.3570 0.152 0.636 0.004 0.000 0.208
#> dkfz_11-066 1 0.4306 0.6988 0.660 0.000 0.328 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 1 0.3942 0.7494 0.728 0.000 0.260 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-070 5 0.6503 0.2684 0.372 0.192 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-071 2 0.4979 0.4079 0.012 0.644 0.004 0.020 0.320
#> dkfz_11-072 2 0.7557 -0.0521 0.300 0.468 0.116 0.000 0.116
#> dkfz_11-073 2 0.3855 0.5474 0.008 0.776 0.004 0.008 0.204
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3357 0.7124 0.016 0.136 0.012 0.000 0.836
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4251 0.5868 0.004 0.372 0.000 0.000 0.624
#> dkfz_11-095 2 0.3099 0.6377 0.000 0.848 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-096 4 0.6866 0.5497 0.000 0.300 0.036 0.516 0.148
#> dkfz_11-097 2 0.3396 0.6268 0.004 0.832 0.028 0.000 0.136
#> dkfz_11-098 2 0.2506 0.6636 0.000 0.904 0.008 0.052 0.036
#> dkfz_11-099 5 0.3163 0.7029 0.012 0.128 0.012 0.000 0.848
#> dkfz_11-100 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-101 2 0.4574 0.5572 0.060 0.748 0.008 0.000 0.184
#> dkfz_11-102 4 0.6866 0.5497 0.000 0.300 0.036 0.516 0.148
#> dkfz_11-103 2 0.3319 0.6023 0.000 0.820 0.020 0.000 0.160
#> dkfz_11-104 2 0.4635 0.5748 0.000 0.776 0.032 0.128 0.064
#> dkfz_11-105 2 0.1612 0.6790 0.000 0.948 0.012 0.016 0.024
#> dkfz_11-106 2 0.2734 0.6576 0.028 0.888 0.008 0.000 0.076
#> dkfz_11-107 2 0.4635 0.5748 0.000 0.776 0.032 0.128 0.064
#> dkfz_11-108 2 0.3065 0.6468 0.000 0.872 0.008 0.072 0.048
#> dkfz_11-109 2 0.6743 0.2149 0.000 0.544 0.036 0.276 0.144
#> dkfz_11-110 2 0.2506 0.6636 0.000 0.904 0.008 0.052 0.036
#> dkfz_11-111 2 0.0865 0.6843 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-112 2 0.5057 0.4935 0.000 0.712 0.024 0.212 0.052
#> dkfz_11-113 4 0.6879 0.5436 0.000 0.304 0.036 0.512 0.148
#> dkfz_11-114 2 0.3319 0.6023 0.000 0.820 0.020 0.000 0.160
#> dkfz_11-115 2 0.0865 0.6843 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3645 0.5862 0.004 0.804 0.024 0.000 0.168
#> dkfz_11-118 2 0.1612 0.6790 0.000 0.948 0.012 0.016 0.024
#> dkfz_11-119 2 0.4103 0.5962 0.060 0.796 0.008 0.000 0.136
#> dkfz_11-120 2 0.4651 0.5759 0.000 0.776 0.032 0.124 0.068
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4635 0.5748 0.000 0.776 0.032 0.128 0.064
#> dkfz_11-123 2 0.6512 0.1952 0.000 0.556 0.028 0.288 0.128
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.3514 0.6387 0.000 0.852 0.020 0.072 0.056
#> dkfz_11-126 4 0.6879 0.5435 0.000 0.304 0.036 0.512 0.148
#> dkfz_11-127 2 0.3099 0.6377 0.000 0.848 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-128 4 0.6866 0.5497 0.000 0.300 0.036 0.516 0.148
#> dkfz_11-129 2 0.5469 0.4497 0.000 0.672 0.024 0.236 0.068
#> dkfz_11-130 2 0.0865 0.6843 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-131 2 0.3099 0.6377 0.000 0.848 0.028 0.000 0.124
#> dkfz_11-132 4 0.6879 0.5436 0.000 0.304 0.036 0.512 0.148
#> dkfz_11-133 2 0.6802 0.0948 0.000 0.524 0.036 0.300 0.140
#> dkfz_11-134 2 0.6737 -0.1636 0.000 0.460 0.032 0.392 0.116
#> dkfz_11-135 4 0.6866 0.5497 0.000 0.300 0.036 0.516 0.148
#> dkfz_11-136 4 0.1282 0.7209 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.7402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 4 0.6879 0.5436 0.000 0.304 0.036 0.512 0.148
#> dkfz_11-139 1 0.3167 0.6622 0.820 0.004 0.004 0.000 0.172
#> dkfz_11-140 2 0.3319 0.6023 0.000 0.820 0.020 0.000 0.160
#> dkfz_11-141 2 0.6737 -0.1636 0.000 0.460 0.032 0.392 0.116
#> dkfz_11-142 2 0.0865 0.6843 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-143 3 0.2511 0.8978 0.000 0.004 0.892 0.016 0.088
#> dkfz_11-144 3 0.0880 0.8807 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.2280 0.7740 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.4152 0.7298 0.692 0.000 0.296 0.000 0.012
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.4152 0.7298 0.692 0.000 0.296 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.7872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.1644 0.6835 0.000 0.940 0.004 0.008 0.048
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 1 0.1501 0.63348 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.5774 -0.18484 0.384 0.000 0.176 0.000 0.440 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.2416 0.65664 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> dkfz_11-005 6 0.4394 0.55826 0.068 0.004 0.044 0.000 0.112 0.772
#> dkfz_11-006 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 6 0.3380 0.60628 0.008 0.004 0.004 0.008 0.176 0.800
#> dkfz_11-009 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.4310 0.19254 0.000 0.004 0.012 0.000 0.512 0.472
#> dkfz_11-012 6 0.5015 -0.15687 0.000 0.048 0.004 0.004 0.464 0.480
#> dkfz_11-013 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-014 5 0.3872 0.47370 0.000 0.000 0.004 0.000 0.604 0.392
#> dkfz_11-015 5 0.0291 0.63550 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0146 0.63578 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.1007 0.66835 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.1007 0.66835 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-020 1 0.0458 0.68526 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.1152 0.61780 0.000 0.044 0.000 0.004 0.952 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.4178 0.32475 0.000 0.008 0.004 0.000 0.560 0.428
#> dkfz_11-024 6 0.5324 0.40960 0.072 0.000 0.056 0.000 0.212 0.660
#> dkfz_11-025 5 0.3872 0.47370 0.000 0.000 0.004 0.000 0.604 0.392
#> dkfz_11-026 1 0.5497 0.69591 0.576 0.000 0.320 0.000 0.036 0.068
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.69188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0260 0.69422 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.1204 0.66053 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.5117 0.89599 0.180 0.172 0.644 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 3 0.5263 0.86731 0.092 0.252 0.636 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.3163 0.61307 0.000 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-036 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-037 6 0.4015 0.60345 0.008 0.028 0.004 0.012 0.176 0.772
#> dkfz_11-038 2 0.2473 0.70535 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3446 0.54667 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-042 6 0.3446 0.54667 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-043 6 0.3134 0.58609 0.000 0.004 0.004 0.000 0.208 0.784
#> dkfz_11-044 5 0.0508 0.63250 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.3872 0.47370 0.000 0.000 0.004 0.000 0.604 0.392
#> dkfz_11-046 4 0.1843 0.89748 0.000 0.080 0.004 0.912 0.004 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 6 0.3380 0.60628 0.008 0.004 0.004 0.008 0.176 0.800
#> dkfz_11-049 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0146 0.63578 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.5743 0.78697 0.308 0.172 0.516 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.5777 -0.19512 0.388 0.000 0.176 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.2402 0.70171 0.000 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2513 0.70475 0.000 0.852 0.000 0.140 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1409 0.63245 0.000 0.012 0.000 0.008 0.948 0.032
#> dkfz_11-062 5 0.0146 0.63578 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.4002 0.54820 0.020 0.000 0.000 0.000 0.660 0.320
#> dkfz_11-064 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-065 6 0.5175 0.41929 0.068 0.000 0.044 0.000 0.224 0.664
#> dkfz_11-066 1 0.1701 0.63756 0.920 0.008 0.072 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0260 0.68898 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.7010 0.33134 0.248 0.000 0.104 0.000 0.456 0.192
#> dkfz_11-071 6 0.4576 0.54129 0.000 0.080 0.004 0.004 0.208 0.704
#> dkfz_11-072 6 0.5475 0.08943 0.416 0.000 0.000 0.000 0.124 0.460
#> dkfz_11-073 6 0.3380 0.60628 0.008 0.004 0.004 0.008 0.176 0.800
#> dkfz_11-074 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0146 0.63578 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3872 0.47370 0.000 0.000 0.004 0.000 0.604 0.392
#> dkfz_11-095 6 0.5178 0.49957 0.000 0.304 0.000 0.000 0.116 0.580
#> dkfz_11-096 2 0.2402 0.70171 0.000 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 6 0.5347 0.47919 0.000 0.304 0.000 0.000 0.136 0.560
#> dkfz_11-098 6 0.3852 0.40589 0.000 0.384 0.000 0.004 0.000 0.612
#> dkfz_11-099 5 0.0508 0.63250 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 6 0.1644 0.64264 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076 0.920
#> dkfz_11-102 2 0.2402 0.70171 0.000 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 6 0.5446 0.51648 0.000 0.256 0.000 0.000 0.176 0.568
#> dkfz_11-104 2 0.4264 0.00211 0.000 0.500 0.000 0.016 0.000 0.484
#> dkfz_11-105 6 0.3592 0.49228 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-106 6 0.2006 0.67297 0.000 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-107 2 0.4264 0.00211 0.000 0.500 0.000 0.016 0.000 0.484
#> dkfz_11-108 6 0.3899 0.33578 0.000 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592
#> dkfz_11-109 2 0.3650 0.52696 0.000 0.708 0.000 0.012 0.000 0.280
#> dkfz_11-110 6 0.3852 0.40589 0.000 0.384 0.000 0.004 0.000 0.612
#> dkfz_11-111 6 0.3446 0.54667 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-112 2 0.4768 0.24958 0.000 0.532 0.000 0.052 0.000 0.416
#> dkfz_11-113 2 0.2473 0.70535 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 6 0.5446 0.51648 0.000 0.256 0.000 0.000 0.176 0.568
#> dkfz_11-115 6 0.3446 0.54667 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-116 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5647 0.49937 0.000 0.260 0.004 0.000 0.184 0.552
#> dkfz_11-118 6 0.3592 0.49228 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.68061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.4184 -0.00249 0.000 0.504 0.000 0.012 0.000 0.484
#> dkfz_11-121 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4264 0.00211 0.000 0.500 0.000 0.016 0.000 0.484
#> dkfz_11-123 2 0.4130 0.56067 0.000 0.696 0.000 0.044 0.000 0.260
#> dkfz_11-124 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.4249 0.29400 0.000 0.416 0.000 0.004 0.012 0.568
#> dkfz_11-126 2 0.2513 0.70475 0.000 0.852 0.000 0.140 0.000 0.008
#> dkfz_11-127 6 0.5178 0.49957 0.000 0.304 0.000 0.000 0.116 0.580
#> dkfz_11-128 2 0.2402 0.70171 0.000 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.4747 0.35593 0.000 0.568 0.000 0.056 0.000 0.376
#> dkfz_11-130 6 0.3446 0.54667 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-131 6 0.5178 0.49957 0.000 0.304 0.000 0.000 0.116 0.580
#> dkfz_11-132 2 0.2473 0.70535 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 2 0.4382 0.60493 0.000 0.696 0.000 0.076 0.000 0.228
#> dkfz_11-134 2 0.4108 0.66669 0.000 0.744 0.000 0.092 0.000 0.164
#> dkfz_11-135 2 0.2402 0.70171 0.000 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.1843 0.89748 0.000 0.080 0.004 0.912 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0146 0.98863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2473 0.70535 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 1 0.5692 0.58341 0.500 0.000 0.320 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.5446 0.51648 0.000 0.256 0.000 0.000 0.176 0.568
#> dkfz_11-141 2 0.4108 0.66669 0.000 0.744 0.000 0.092 0.000 0.164
#> dkfz_11-142 6 0.3446 0.54667 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-143 3 0.4963 0.88487 0.112 0.236 0.648 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.4920 0.87130 0.220 0.132 0.648 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-146 1 0.2300 0.71418 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.1007 0.66835 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-149 1 0.1007 0.66835 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.4606 0.73811 0.604 0.000 0.344 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-151 6 0.3126 0.60197 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.1939 0.9090 0.064 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-002 1 0.4647 0.4062 0.596 0.000 0.020 0.000 0.340 0.004 0.040
#> dkfz_11-003 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.2225 0.6483 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.3782 0.5526 0.124 0.000 0.004 0.000 0.100 0.768 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.2921 0.6015 0.008 0.000 0.000 0.008 0.156 0.820 0.008
#> dkfz_11-009 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.4781 -0.2144 0.024 0.000 0.016 0.000 0.460 0.484 0.016
#> dkfz_11-012 6 0.5328 -0.1539 0.012 0.044 0.016 0.000 0.424 0.488 0.016
#> dkfz_11-013 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.5263 0.5108 0.036 0.004 0.024 0.000 0.532 0.380 0.024
#> dkfz_11-015 5 0.2345 0.6369 0.040 0.000 0.020 0.000 0.896 0.004 0.040
#> dkfz_11-016 5 0.2137 0.6396 0.008 0.000 0.032 0.000 0.904 0.004 0.052
#> dkfz_11-017 3 0.1578 0.9409 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1578 0.9409 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1886 0.9355 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.2630 0.6352 0.000 0.040 0.040 0.000 0.880 0.004 0.036
#> dkfz_11-023 5 0.4580 0.3018 0.004 0.004 0.020 0.000 0.516 0.440 0.016
#> dkfz_11-024 6 0.4880 0.4128 0.144 0.000 0.008 0.000 0.204 0.640 0.004
#> dkfz_11-025 5 0.5263 0.5108 0.036 0.004 0.024 0.000 0.532 0.380 0.024
#> dkfz_11-026 1 0.2031 0.8435 0.904 0.000 0.008 0.000 0.024 0.064 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.2043 0.9253 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2118 0.9188 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2072 0.9313 0.092 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-031 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-032 7 0.2752 0.8690 0.000 0.028 0.144 0.000 0.000 0.000 0.828
#> dkfz_11-033 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.2249 0.8432 0.000 0.068 0.048 0.000 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-035 6 0.2784 0.6033 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3549 0.5980 0.008 0.028 0.000 0.008 0.156 0.792 0.008
#> dkfz_11-038 2 0.0268 0.7098 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3190 0.5307 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.3190 0.5307 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2613 0.5862 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.808 0.004
#> dkfz_11-044 5 0.1953 0.6477 0.000 0.008 0.040 0.000 0.916 0.004 0.032
#> dkfz_11-045 5 0.5263 0.5108 0.036 0.004 0.024 0.000 0.532 0.380 0.024
#> dkfz_11-046 4 0.2500 0.8607 0.000 0.088 0.012 0.872 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-047 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.2921 0.6015 0.008 0.000 0.000 0.008 0.156 0.820 0.008
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.1860 0.6400 0.020 0.000 0.020 0.000 0.920 0.000 0.040
#> dkfz_11-051 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.4082 0.7166 0.016 0.028 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-054 1 0.4636 0.4138 0.600 0.000 0.020 0.000 0.336 0.004 0.040
#> dkfz_11-055 2 0.0134 0.7060 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0268 0.7093 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2567 0.6408 0.000 0.008 0.052 0.004 0.884 0.008 0.044
#> dkfz_11-062 5 0.2398 0.6320 0.004 0.000 0.044 0.000 0.884 0.004 0.064
#> dkfz_11-063 5 0.5755 0.5386 0.036 0.000 0.052 0.000 0.560 0.296 0.056
#> dkfz_11-064 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.4645 0.4269 0.124 0.000 0.004 0.000 0.208 0.660 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.2483 0.9110 0.092 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-067 3 0.2097 0.9317 0.128 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.5991 0.1820 0.368 0.000 0.008 0.000 0.400 0.208 0.016
#> dkfz_11-071 6 0.4553 0.5288 0.012 0.084 0.008 0.000 0.176 0.712 0.008
#> dkfz_11-072 6 0.5335 0.1004 0.008 0.000 0.408 0.000 0.120 0.460 0.004
#> dkfz_11-073 6 0.2921 0.6015 0.008 0.000 0.000 0.008 0.156 0.820 0.008
#> dkfz_11-074 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1860 0.6400 0.020 0.000 0.020 0.000 0.920 0.000 0.040
#> dkfz_11-091 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.5263 0.5108 0.036 0.004 0.024 0.000 0.532 0.380 0.024
#> dkfz_11-095 6 0.4918 0.4875 0.000 0.304 0.000 0.000 0.108 0.580 0.008
#> dkfz_11-096 2 0.0134 0.7060 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.5132 0.4682 0.000 0.304 0.000 0.000 0.124 0.560 0.012
#> dkfz_11-098 6 0.3441 0.3867 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1953 0.6477 0.000 0.008 0.040 0.000 0.916 0.004 0.032
#> dkfz_11-100 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2217 0.6412 0.024 0.004 0.000 0.000 0.068 0.896 0.008
#> dkfz_11-102 2 0.0134 0.7060 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5182 0.5084 0.000 0.256 0.000 0.000 0.168 0.568 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.3558 0.0242 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.3321 0.4749 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.2043 0.6651 0.012 0.104 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3558 0.0242 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3482 0.3176 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3028 0.5434 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.3441 0.3867 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.3190 0.5307 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3482 0.2594 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0268 0.7098 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5182 0.5084 0.000 0.256 0.000 0.000 0.168 0.568 0.008
#> dkfz_11-115 6 0.3190 0.5307 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5369 0.4915 0.004 0.260 0.000 0.000 0.176 0.552 0.008
#> dkfz_11-118 6 0.3321 0.4749 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0582 0.6745 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3558 0.0210 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3558 0.0242 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3051 0.5690 0.000 0.740 0.000 0.004 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3802 0.2747 0.000 0.424 0.000 0.000 0.012 0.564 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0268 0.7093 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.4918 0.4875 0.000 0.304 0.000 0.000 0.108 0.580 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0134 0.7060 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3392 0.3640 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.3190 0.5307 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.4918 0.4875 0.000 0.304 0.000 0.000 0.108 0.580 0.008
#> dkfz_11-132 2 0.0268 0.7098 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2862 0.6092 0.000 0.772 0.000 0.004 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2390 0.6699 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0268 0.7052 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.2522 0.8621 0.000 0.084 0.012 0.872 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-137 4 0.0134 0.9826 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0268 0.7098 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.2305 0.7507 0.856 0.000 0.004 0.000 0.136 0.004 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.5182 0.5084 0.000 0.256 0.000 0.000 0.168 0.568 0.008
#> dkfz_11-141 2 0.2390 0.6699 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000 0.160 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.3190 0.5307 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.2365 0.8605 0.000 0.056 0.068 0.000 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-144 7 0.2734 0.8229 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> dkfz_11-145 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3047 0.7364 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1578 0.9409 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1578 0.9409 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.1001 0.8987 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2878 0.5917 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0681 0.8279 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-002 1 0.4586 0.4251 0.556 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.2082 0.6243 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.4295 0.5065 0.152 0.000 0.000 0.000 0.084 0.716 0.044 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.3699 0.5685 0.008 0.000 0.000 0.008 0.112 0.772 0.096 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 6 0.5439 -0.2446 0.008 0.000 0.000 0.000 0.308 0.380 0.304 0.000
#> dkfz_11-012 6 0.5966 -0.1968 0.000 0.044 0.000 0.000 0.288 0.388 0.276 0.004
#> dkfz_11-013 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4590 0.4427 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.248 0.164 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3290 0.2197 0.004 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3289 0.1240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0614 0.8552 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.0681 0.6423 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.5249 -0.2003 0.000 0.004 0.000 0.000 0.228 0.352 0.416 0.000
#> dkfz_11-024 6 0.5537 0.3148 0.172 0.000 0.000 0.000 0.188 0.556 0.084 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.4590 0.4427 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.248 0.164 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.2667 0.8155 0.864 0.000 0.072 0.000 0.036 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0868 0.8463 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0983 0.8404 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0471 0.8500 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-031 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1803 0.8656 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-033 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.1964 0.8361 0.012 0.024 0.040 0.000 0.012 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-035 6 0.2819 0.5792 0.000 0.232 0.000 0.000 0.008 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.4278 0.5655 0.008 0.028 0.000 0.008 0.112 0.744 0.096 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.0125 0.7224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0224 0.9624 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.2985 0.5054 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.2985 0.5054 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3534 0.5570 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.760 0.120 0.004
#> dkfz_11-044 7 0.0125 0.6598 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4590 0.4427 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.248 0.164 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4987 0.6900 0.076 0.056 0.000 0.712 0.076 0.000 0.016 0.064
#> dkfz_11-047 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3699 0.5685 0.008 0.000 0.000 0.008 0.112 0.772 0.096 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.3283 0.1741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 8 0.2954 0.7013 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-054 1 0.4574 0.4322 0.560 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.7187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0224 0.9624 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0125 0.7219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0224 0.9624 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 7 0.0926 0.6367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-062 7 0.2650 0.4018 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.4072 0.3169 0.000 0.000 0.016 0.000 0.680 0.240 0.064 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.5495 0.3335 0.152 0.000 0.000 0.000 0.196 0.564 0.088 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0868 0.8297 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-067 3 0.0870 0.8518 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.6464 -0.2052 0.348 0.000 0.000 0.000 0.276 0.152 0.224 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.4780 0.4690 0.000 0.084 0.000 0.000 0.208 0.644 0.064 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.5465 -0.1130 0.000 0.000 0.416 0.000 0.112 0.416 0.056 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3699 0.5685 0.008 0.000 0.000 0.008 0.112 0.772 0.096 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3283 0.1741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4590 0.4427 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.248 0.164 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.5397 0.4149 0.000 0.304 0.000 0.000 0.080 0.524 0.092 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.7187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.5552 0.3929 0.000 0.304 0.000 0.000 0.080 0.504 0.112 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.3220 0.3673 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0224 0.6583 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2037 0.6015 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032 0.892 0.072 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.7187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5723 0.4382 0.000 0.256 0.000 0.000 0.128 0.512 0.104 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.3329 0.0266 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.3108 0.4495 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.1911 0.6415 0.000 0.104 0.000 0.000 0.012 0.884 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3329 0.0266 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3374 0.2951 0.000 0.412 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2833 0.5386 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.3220 0.3673 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.2985 0.5054 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3258 0.2663 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0125 0.7224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5723 0.4382 0.000 0.256 0.000 0.000 0.128 0.512 0.104 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.2985 0.5054 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5904 0.4192 0.004 0.260 0.000 0.000 0.132 0.496 0.108 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.3108 0.4495 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0544 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3441 0.0281 0.000 0.520 0.000 0.000 0.004 0.476 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3329 0.0266 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2736 0.5688 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9652 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3695 0.2491 0.000 0.424 0.000 0.000 0.020 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0125 0.7219 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.5397 0.4149 0.000 0.304 0.000 0.000 0.080 0.524 0.092 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.7187 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3174 0.3635 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.2985 0.5054 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.5397 0.4149 0.000 0.304 0.000 0.000 0.080 0.524 0.092 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0125 0.7224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2558 0.6093 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2114 0.6639 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0125 0.7181 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.4957 0.6900 0.076 0.056 0.000 0.712 0.076 0.000 0.012 0.068
#> dkfz_11-137 4 0.0251 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0125 0.7224 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.4048 0.7353 0.744 0.000 0.076 0.000 0.116 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.5723 0.4382 0.000 0.256 0.000 0.000 0.128 0.512 0.104 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2114 0.6639 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.2985 0.5054 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.1393 0.8455 0.000 0.020 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-144 8 0.2433 0.8345 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-145 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2324 0.6722 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.1368 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2694 0.5678 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1178 0.84985 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.5196 0.41764 0.552 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.196 0.000 0.068
#> dkfz_11-003 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-004 6 0.1971 0.62869 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.4286 0.41462 0.152 0.000 0.000 0.000 0.016 0.708 0.060 0.000 0.064
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 6 0.3799 0.48613 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.756 0.080 0.000 0.112
#> dkfz_11-009 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-010 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-011 7 0.5348 0.49853 0.004 0.000 0.000 0.000 0.180 0.328 0.452 0.000 0.036
#> dkfz_11-012 7 0.5853 0.47448 0.000 0.044 0.000 0.000 0.164 0.344 0.412 0.000 0.036
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.2107 0.57382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144 0.848 0.000 0.004
#> dkfz_11-015 5 0.4346 0.49707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.444 0.000 0.104
#> dkfz_11-016 5 0.4048 0.54445 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.388 0.000 0.072
#> dkfz_11-017 3 0.0764 0.87031 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0764 0.87031 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0446 0.86676 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0212 0.96375 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-022 5 0.2560 0.58921 0.000 0.032 0.000 0.000 0.816 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.5518 0.44555 0.000 0.004 0.000 0.000 0.300 0.300 0.368 0.000 0.028
#> dkfz_11-024 6 0.5575 0.10231 0.176 0.000 0.000 0.000 0.024 0.528 0.216 0.000 0.056
#> dkfz_11-025 7 0.2107 0.57382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144 0.848 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.1345 0.84718 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.040
#> dkfz_11-027 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.0119 0.85978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0331 0.85614 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1033 0.86083 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-032 8 0.1269 0.84050 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 8 0.0706 0.80474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> dkfz_11-035 6 0.2693 0.58688 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.760 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.4344 0.48137 0.008 0.028 0.000 0.000 0.044 0.728 0.080 0.000 0.112
#> dkfz_11-038 2 0.0119 0.71482 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1033 0.91860 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-040 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-041 6 0.2825 0.51537 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.2825 0.51537 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3754 0.48427 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.752 0.072 0.000 0.112
#> dkfz_11-044 5 0.1971 0.61334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.2107 0.57382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144 0.848 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 9 0.3203 0.99444 0.000 0.024 0.000 0.260 0.004 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-047 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 6 0.3799 0.48613 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.756 0.080 0.000 0.112
#> dkfz_11-049 4 0.0212 0.96375 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 5 0.4255 0.55525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.392 0.000 0.096
#> dkfz_11-051 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-052 4 0.0212 0.96375 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-053 8 0.2627 0.68923 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.5177 0.42524 0.556 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.192 0.000 0.068
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.71096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.1033 0.91860 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-057 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-058 4 0.0212 0.96375 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 2 0.0119 0.71435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1033 0.91860 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-061 5 0.2367 0.58722 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.196 0.000 0.004
#> dkfz_11-062 5 0.1515 0.61321 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 7 0.5845 -0.01735 0.004 0.000 0.016 0.000 0.200 0.204 0.496 0.000 0.080
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.5518 0.11648 0.152 0.000 0.000 0.000 0.024 0.540 0.224 0.000 0.060
#> dkfz_11-066 3 0.1313 0.83981 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0212 0.86410 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-070 7 0.6177 0.14937 0.348 0.000 0.000 0.000 0.128 0.124 0.372 0.000 0.028
#> dkfz_11-071 6 0.4890 0.28868 0.000 0.084 0.000 0.000 0.040 0.616 0.232 0.000 0.028
#> dkfz_11-072 3 0.4948 -0.23933 0.000 0.000 0.416 0.000 0.012 0.400 0.172 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3799 0.48613 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.756 0.080 0.000 0.112
#> dkfz_11-074 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-075 5 0.4255 0.55525 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.392 0.000 0.096
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 4 0.0119 0.96480 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 7 0.2107 0.57382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144 0.848 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 6 0.4919 0.37915 0.000 0.304 0.000 0.000 0.012 0.492 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.71096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.5204 0.35466 0.000 0.304 0.000 0.000 0.032 0.472 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.3048 0.38045 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.2086 0.61458 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.156 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-101 6 0.2088 0.53855 0.004 0.004 0.000 0.000 0.012 0.884 0.088 0.000 0.008
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.71096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 6 0.5066 0.39892 0.000 0.256 0.000 0.000 0.016 0.480 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.3151 0.00887 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.2941 0.46135 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.1960 0.64450 0.004 0.104 0.000 0.000 0.000 0.880 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 2 0.3151 0.00887 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3276 0.30501 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.580 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2681 0.53096 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.3048 0.38045 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.2825 0.51537 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3084 0.25855 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0119 0.71482 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.5066 0.39892 0.000 0.256 0.000 0.000 0.016 0.480 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.2825 0.51537 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-117 6 0.5253 0.37754 0.004 0.260 0.000 0.000 0.020 0.464 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.2941 0.46135 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0703 0.60306 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 2 0.3256 0.01085 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.476 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-122 2 0.3151 0.00887 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2589 0.56224 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.96548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3556 0.25804 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.552 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0119 0.71435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.4919 0.37915 0.000 0.304 0.000 0.000 0.012 0.492 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.71096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3004 0.35627 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.2825 0.51537 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.4919 0.37915 0.000 0.304 0.000 0.000 0.012 0.492 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0119 0.71482 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2421 0.60529 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2001 0.65993 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0119 0.71026 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 9 0.3090 0.99444 0.000 0.024 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> dkfz_11-137 4 0.0515 0.96636 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-138 2 0.0119 0.71482 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.4829 0.63619 0.676 0.000 0.116 0.000 0.044 0.000 0.072 0.000 0.092
#> dkfz_11-140 6 0.5066 0.39892 0.000 0.256 0.000 0.000 0.016 0.480 0.248 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2001 0.65993 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.2825 0.51537 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0119 0.81460 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.2001 0.80440 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2287 0.70239 0.120 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-147 3 0.0764 0.87031 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0764 0.87031 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.89740 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2549 0.57658 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0949 0.8580 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.5140 0.2106 0.452 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.112 0.000 0.072 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.1821 0.6106 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.4118 0.4659 0.148 0.000 0.000 0.000 0.104 0.700 0.008 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.3618 0.5131 0.004 0.000 0.000 0.000 0.124 0.732 0.008 0.000 0.004 0.128
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.6433 0.3831 0.004 0.000 0.000 0.000 0.148 0.264 0.352 0.000 0.184 0.048
#> dkfz_11-012 7 0.6422 0.3852 0.000 0.044 0.000 0.000 0.052 0.280 0.396 0.000 0.172 0.056
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.0492 0.5508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.3888 0.6756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.100 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3742 0.5813 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.036 0.000 0.384 0.012
#> dkfz_11-017 3 0.0426 0.8768 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0426 0.8768 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0750 0.8736 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0615 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-022 9 0.1840 0.8189 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.6221 0.3294 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076 0.236 0.332 0.000 0.304 0.048
#> dkfz_11-024 6 0.5877 0.1870 0.172 0.000 0.000 0.000 0.168 0.504 0.116 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-025 7 0.0492 0.5508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.1338 0.8134 0.932 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-027 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0582 0.8671 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0784 0.8632 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0729 0.8678 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1412 0.8187 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0673 0.7745 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-035 6 0.2549 0.5677 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.4134 0.5080 0.004 0.028 0.000 0.000 0.124 0.704 0.008 0.000 0.004 0.128
#> dkfz_11-038 2 0.0226 0.7105 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.1412 0.9099 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.2668 0.4967 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.2668 0.4967 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3735 0.5131 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.732 0.008 0.000 0.024 0.108
#> dkfz_11-044 9 0.1236 0.8481 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0492 0.5508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 10 0.1838 0.9941 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860
#> dkfz_11-047 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3618 0.5131 0.004 0.000 0.000 0.000 0.124 0.732 0.008 0.000 0.004 0.128
#> dkfz_11-049 4 0.0615 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-050 5 0.3694 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.060 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0615 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-053 8 0.2591 0.6621 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.5107 0.2196 0.456 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.112 0.000 0.068 0.004
#> dkfz_11-055 2 0.0113 0.7063 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.1412 0.9099 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0615 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-059 2 0.0113 0.7118 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1412 0.9099 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-061 9 0.1739 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004
#> dkfz_11-062 9 0.2597 0.3721 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.004 0.000 0.736 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.4477 0.3657 0.000 0.000 0.016 0.000 0.660 0.184 0.100 0.000 0.032 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.5895 0.2054 0.148 0.000 0.000 0.000 0.176 0.512 0.116 0.000 0.016 0.032
#> dkfz_11-066 3 0.1033 0.8472 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0671 0.8712 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.6881 0.0938 0.264 0.000 0.000 0.000 0.208 0.060 0.320 0.000 0.104 0.044
#> dkfz_11-071 6 0.5413 0.2732 0.000 0.084 0.000 0.000 0.040 0.564 0.236 0.000 0.028 0.048
#> dkfz_11-072 3 0.5354 -0.1384 0.000 0.000 0.416 0.000 0.080 0.380 0.112 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3618 0.5131 0.004 0.000 0.000 0.000 0.124 0.732 0.008 0.000 0.004 0.128
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3694 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.060 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0555 0.9652 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-094 7 0.0492 0.5508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.5285 0.3314 0.000 0.296 0.000 0.000 0.044 0.476 0.168 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.7090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.5538 0.3062 0.000 0.296 0.000 0.000 0.044 0.456 0.168 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.2892 0.3629 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 9 0.1324 0.8472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2517 0.5498 0.000 0.004 0.000 0.000 0.060 0.848 0.076 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0113 0.7063 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 6 0.5674 0.3491 0.000 0.248 0.000 0.000 0.088 0.460 0.184 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.3009 0.0233 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.2784 0.4423 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.1746 0.6266 0.000 0.100 0.000 0.000 0.004 0.888 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.3009 0.0233 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3218 0.2822 0.000 0.404 0.000 0.000 0.004 0.584 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2591 0.5237 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.2892 0.3629 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.2668 0.4967 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2954 0.2578 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0315 0.7118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 6 0.5674 0.3491 0.000 0.248 0.000 0.000 0.088 0.460 0.184 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.2668 0.4967 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.5880 0.3217 0.004 0.252 0.000 0.000 0.092 0.440 0.188 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.2784 0.4423 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0836 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3110 0.0272 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3009 0.0233 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2507 0.5550 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0492 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-125 6 0.3520 0.2322 0.000 0.416 0.000 0.000 0.012 0.556 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0113 0.7118 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.5285 0.3314 0.000 0.296 0.000 0.000 0.044 0.476 0.168 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0113 0.7063 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.2884 0.3534 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.2668 0.4967 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.5285 0.3314 0.000 0.296 0.000 0.000 0.044 0.476 0.168 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0315 0.7118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.2352 0.5976 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1938 0.6524 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0202 0.7057 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-136 10 0.1727 0.9941 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9669 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0226 0.7105 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 1 0.5863 0.3948 0.500 0.000 0.092 0.000 0.228 0.000 0.072 0.000 0.104 0.004
#> dkfz_11-140 6 0.5674 0.3491 0.000 0.248 0.000 0.000 0.088 0.460 0.184 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1938 0.6524 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.2668 0.4967 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0113 0.7860 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.2157 0.7801 0.000 0.000 0.180 0.000 0.004 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3012 0.7298 0.044 0.000 0.828 0.000 0.040 0.000 0.016 0.004 0.068 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0426 0.8768 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0426 0.8768 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2393 0.5579 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:hclust 82 1.99e-15 1.16e-17 2
#> MAD:hclust 120 2.92e-34 2.15e-22 3
#> MAD:hclust 126 2.31e-36 1.92e-20 4
#> MAD:hclust 119 6.95e-47 1.74e-18 5
#> MAD:hclust 106 5.52e-55 9.74e-35 6
#> MAD:hclust 110 2.50e-71 6.41e-35 7
#> MAD:hclust 96 1.05e-57 6.29e-30 8
#> MAD:hclust 98 2.26e-69 3.09e-28 9
#> MAD:hclust 96 3.90e-60 1.18e-26 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.425 0.795 0.814 0.4084 0.554 0.554
#> 3 3 0.702 0.868 0.901 0.4792 0.797 0.645
#> 4 4 0.687 0.649 0.769 0.1570 0.865 0.675
#> 5 5 0.740 0.686 0.779 0.1024 0.899 0.692
#> 6 6 0.853 0.870 0.895 0.0588 0.884 0.569
#> 7 7 0.854 0.753 0.850 0.0312 0.973 0.851
#> 8 8 0.834 0.639 0.770 0.0227 0.981 0.893
#> 9 9 0.827 0.571 0.745 0.0155 0.929 0.609
#> 10 10 0.835 0.562 0.745 0.0139 0.957 0.690
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-002 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-003 2 0.8813 0.651 0.300 0.700
#> dkfz_11-004 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-005 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-006 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-007 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-008 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-009 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-010 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-011 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-012 2 0.1414 0.818 0.020 0.980
#> dkfz_11-013 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-014 2 0.7299 0.599 0.204 0.796
#> dkfz_11-015 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-016 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-017 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-018 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-019 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-020 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-021 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-022 2 0.7745 0.447 0.228 0.772
#> dkfz_11-023 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-024 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-025 2 0.3274 0.804 0.060 0.940
#> dkfz_11-026 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-027 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-028 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-029 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-030 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-031 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-032 1 0.9129 0.936 0.672 0.328
#> dkfz_11-033 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-034 1 0.9608 0.140 0.616 0.384
#> dkfz_11-035 2 0.0672 0.823 0.008 0.992
#> dkfz_11-036 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-037 2 0.1633 0.818 0.024 0.976
#> dkfz_11-038 2 0.3733 0.796 0.072 0.928
#> dkfz_11-039 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-040 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-041 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-042 2 0.0672 0.823 0.008 0.992
#> dkfz_11-043 2 0.8499 0.392 0.276 0.724
#> dkfz_11-044 2 0.8207 0.387 0.256 0.744
#> dkfz_11-045 2 0.6148 0.696 0.152 0.848
#> dkfz_11-046 2 0.9170 0.639 0.332 0.668
#> dkfz_11-047 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-048 2 0.6247 0.690 0.156 0.844
#> dkfz_11-049 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-050 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-051 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-052 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-053 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-054 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-055 2 0.4815 0.778 0.104 0.896
#> dkfz_11-056 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-057 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-058 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-059 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-060 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-061 2 0.2603 0.813 0.044 0.956
#> dkfz_11-062 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-063 1 0.8861 0.972 0.696 0.304
#> dkfz_11-064 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-065 2 0.6048 0.696 0.148 0.852
#> dkfz_11-066 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-067 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-068 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-069 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-070 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-071 2 0.2043 0.811 0.032 0.968
#> dkfz_11-072 1 0.8813 0.976 0.700 0.300
#> dkfz_11-073 2 0.5178 0.746 0.116 0.884
#> dkfz_11-074 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-075 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-091 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-092 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-093 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-094 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-095 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-096 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-097 2 0.8608 0.339 0.284 0.716
#> dkfz_11-098 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-099 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-100 2 0.2778 0.802 0.048 0.952
#> dkfz_11-101 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-102 2 0.3431 0.800 0.064 0.936
#> dkfz_11-103 2 0.3733 0.788 0.072 0.928
#> dkfz_11-104 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.822 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-107 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-108 2 0.0672 0.821 0.008 0.992
#> dkfz_11-109 2 0.0672 0.822 0.008 0.992
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.822 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-112 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-113 2 0.4022 0.792 0.080 0.920
#> dkfz_11-114 2 0.9795 -0.262 0.416 0.584
#> dkfz_11-115 2 0.2603 0.804 0.044 0.956
#> dkfz_11-116 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-117 2 0.9815 -0.279 0.420 0.580
#> dkfz_11-118 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-119 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-120 2 0.0672 0.822 0.008 0.992
#> dkfz_11-121 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-122 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-123 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-124 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-125 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-126 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-127 2 0.3733 0.788 0.072 0.928
#> dkfz_11-128 2 0.0672 0.822 0.008 0.992
#> dkfz_11-129 2 0.1184 0.819 0.016 0.984
#> dkfz_11-130 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-131 2 0.3584 0.789 0.068 0.932
#> dkfz_11-132 2 0.4815 0.778 0.104 0.896
#> dkfz_11-133 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.822 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.3733 0.796 0.072 0.928
#> dkfz_11-136 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-137 2 0.8955 0.651 0.312 0.688
#> dkfz_11-138 2 0.4022 0.792 0.080 0.920
#> dkfz_11-139 1 0.8713 0.978 0.708 0.292
#> dkfz_11-140 2 0.9686 -0.174 0.396 0.604
#> dkfz_11-141 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-142 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
#> dkfz_11-143 1 0.9635 0.827 0.612 0.388
#> dkfz_11-144 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-145 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-146 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-147 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-148 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-149 1 0.8763 0.979 0.704 0.296
#> dkfz_11-150 1 0.8763 0.978 0.704 0.296
#> dkfz_11-151 2 0.0376 0.822 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.1163 0.907 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-002 3 0.1411 0.907 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-003 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0237 0.909 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-005 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-006 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-007 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-008 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-009 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-011 3 0.1289 0.906 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-012 2 0.4233 0.741 0.004 0.836 0.160
#> dkfz_11-013 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-014 3 0.4209 0.794 0.016 0.128 0.856
#> dkfz_11-015 3 0.0424 0.909 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-016 3 0.0983 0.908 0.016 0.004 0.980
#> dkfz_11-017 3 0.1289 0.907 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-018 3 0.1163 0.907 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-019 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-020 3 0.1289 0.907 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-021 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.6057 0.504 0.004 0.656 0.340
#> dkfz_11-023 2 0.2564 0.896 0.036 0.936 0.028
#> dkfz_11-024 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-025 2 0.4979 0.726 0.020 0.812 0.168
#> dkfz_11-026 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-027 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.1289 0.907 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-029 3 0.1289 0.907 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-030 3 0.1163 0.907 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-031 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.1525 0.904 0.032 0.004 0.964
#> dkfz_11-033 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-034 3 0.4861 0.750 0.192 0.008 0.800
#> dkfz_11-035 2 0.0237 0.909 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-036 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-037 2 0.4110 0.744 0.004 0.844 0.152
#> dkfz_11-038 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-039 1 0.5012 0.952 0.788 0.204 0.008
#> dkfz_11-040 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0424 0.910 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0237 0.909 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.7708 0.221 0.048 0.528 0.424
#> dkfz_11-044 3 0.2400 0.870 0.004 0.064 0.932
#> dkfz_11-045 3 0.7360 0.140 0.032 0.440 0.528
#> dkfz_11-046 1 0.6037 0.812 0.788 0.100 0.112
#> dkfz_11-047 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-048 3 0.5883 0.814 0.112 0.092 0.796
#> dkfz_11-049 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.0661 0.908 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-051 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-052 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1525 0.904 0.032 0.004 0.964
#> dkfz_11-054 3 0.0592 0.909 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-055 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-056 1 0.4883 0.954 0.788 0.208 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-060 1 0.5012 0.952 0.788 0.204 0.008
#> dkfz_11-061 2 0.5982 0.462 0.004 0.668 0.328
#> dkfz_11-062 3 0.0475 0.908 0.004 0.004 0.992
#> dkfz_11-063 3 0.0829 0.910 0.012 0.004 0.984
#> dkfz_11-064 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-065 2 0.6882 0.649 0.096 0.732 0.172
#> dkfz_11-066 3 0.1163 0.907 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-067 3 0.1163 0.907 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-068 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-069 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-070 3 0.2955 0.895 0.080 0.008 0.912
#> dkfz_11-071 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-072 3 0.3083 0.897 0.060 0.024 0.916
#> dkfz_11-073 1 0.8588 0.252 0.544 0.112 0.344
#> dkfz_11-074 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.0661 0.908 0.008 0.004 0.988
#> dkfz_11-091 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-092 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-093 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.4293 0.873 0.164 0.004 0.832
#> dkfz_11-095 2 0.2173 0.898 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-096 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.4483 0.794 0.024 0.848 0.128
#> dkfz_11-098 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-099 3 0.0237 0.909 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-100 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-101 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-102 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.2443 0.897 0.032 0.940 0.028
#> dkfz_11-104 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-105 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-106 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-107 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.1399 0.906 0.028 0.968 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-111 2 0.0424 0.910 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0237 0.909 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0237 0.910 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.7084 0.485 0.036 0.628 0.336
#> dkfz_11-115 2 0.1989 0.900 0.048 0.948 0.004
#> dkfz_11-116 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.6796 0.483 0.024 0.632 0.344
#> dkfz_11-118 2 0.0237 0.909 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2173 0.899 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-120 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-121 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-123 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-124 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0892 0.909 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.2434 0.896 0.024 0.940 0.036
#> dkfz_11-128 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.0237 0.909 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2173 0.898 0.048 0.944 0.008
#> dkfz_11-132 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-136 1 0.5012 0.952 0.788 0.204 0.008
#> dkfz_11-137 1 0.4702 0.961 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.0592 0.909 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-140 2 0.6677 0.514 0.024 0.652 0.324
#> dkfz_11-141 2 0.0475 0.910 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.0237 0.909 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1525 0.904 0.032 0.004 0.964
#> dkfz_11-144 3 0.1399 0.906 0.028 0.004 0.968
#> dkfz_11-145 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-146 3 0.1289 0.907 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-147 3 0.1289 0.907 0.032 0.000 0.968
#> dkfz_11-148 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-149 3 0.1163 0.907 0.028 0.000 0.972
#> dkfz_11-150 3 0.4521 0.868 0.180 0.004 0.816
#> dkfz_11-151 2 0.0424 0.910 0.008 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-002 3 0.4916 0.166049 0.424 0.000 0.576 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.796159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2011 0.719493 0.920 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-010 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 3 0.4855 0.215142 0.400 0.000 0.600 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.5911 -0.029508 0.044 0.372 0.584 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.4780 0.433525 0.116 0.096 0.788 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.4817 0.229139 0.388 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.2647 0.459261 0.120 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-018 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-019 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-021 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-022 3 0.3219 0.434550 0.000 0.164 0.836 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.5126 0.507284 0.004 0.552 0.444 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.796159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 3 0.6658 0.000137 0.092 0.376 0.532 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-029 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-030 3 0.5657 0.165165 0.436 0.000 0.540 0.024
#> dkfz_11-031 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1004 0.479666 0.004 0.000 0.972 0.024
#> dkfz_11-033 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0376 0.480348 0.004 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.5471 0.710645 0.048 0.684 0.268 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.3975 0.788365 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0927 0.978134 0.000 0.008 0.016 0.976
#> dkfz_11-040 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0188 0.846766 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 3 0.7023 0.332572 0.192 0.232 0.576 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.3557 0.456969 0.108 0.036 0.856 0.000
#> dkfz_11-045 3 0.7062 0.332650 0.204 0.224 0.572 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0895 0.973327 0.000 0.004 0.020 0.976
#> dkfz_11-047 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4428 0.415109 0.720 0.004 0.276 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-050 3 0.3528 0.429431 0.192 0.000 0.808 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-053 3 0.1576 0.478107 0.048 0.000 0.948 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.4985 -0.025611 0.532 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.3975 0.788365 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0927 0.985746 0.000 0.016 0.008 0.976
#> dkfz_11-057 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-058 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-059 2 0.3942 0.790651 0.000 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0927 0.978134 0.000 0.008 0.016 0.976
#> dkfz_11-061 3 0.6214 0.274807 0.092 0.272 0.636 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.2647 0.459261 0.120 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.5364 0.079677 0.592 0.000 0.392 0.016
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.796159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4898 0.245717 0.416 0.584 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4807 0.346092 0.248 0.000 0.728 0.024
#> dkfz_11-067 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-068 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.4977 0.070578 0.540 0.000 0.460 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0524 0.847817 0.004 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.8355 -0.375879 0.284 0.360 0.340 0.016
#> dkfz_11-073 1 0.7031 0.380729 0.620 0.016 0.144 0.220
#> dkfz_11-074 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-075 3 0.3907 0.407812 0.232 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-094 1 0.3726 0.566497 0.788 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.3942 0.790651 0.000 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4072 0.780738 0.000 0.748 0.252 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0188 0.847625 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.4500 0.327172 0.316 0.000 0.684 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.3975 0.788365 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.5060 0.565532 0.004 0.584 0.412 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0188 0.847625 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0188 0.847625 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3764 0.800879 0.000 0.784 0.216 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.1792 0.838993 0.000 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0188 0.847625 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.3801 0.799355 0.000 0.780 0.220 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.5452 0.514944 0.016 0.556 0.428 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-117 3 0.5408 -0.380696 0.012 0.488 0.500 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0592 0.845057 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-122 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-125 2 0.0188 0.846766 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4040 0.783989 0.000 0.752 0.248 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1792 0.838993 0.000 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0188 0.847625 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0657 0.845209 0.012 0.984 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.3975 0.788365 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.3688 0.803680 0.000 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.3975 0.788365 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1356 0.965810 0.000 0.008 0.032 0.960
#> dkfz_11-137 4 0.0817 0.992659 0.000 0.024 0.000 0.976
#> dkfz_11-138 2 0.3975 0.788365 0.000 0.760 0.240 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.5339 0.164045 0.624 0.000 0.356 0.020
#> dkfz_11-140 2 0.5220 0.536922 0.008 0.568 0.424 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.3837 0.797660 0.000 0.776 0.224 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1004 0.479666 0.004 0.000 0.972 0.024
#> dkfz_11-144 3 0.4609 0.368148 0.224 0.000 0.752 0.024
#> dkfz_11-145 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-147 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.796159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.5691 0.132594 0.468 0.000 0.508 0.024
#> dkfz_11-150 1 0.0188 0.798128 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.847267 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.5329 0.5745 0.236 0.000 0.108 0.000 0.656
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0290 0.8170 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2249 0.7319 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4989 0.6349 0.168 0.000 0.124 0.000 0.708
#> dkfz_11-012 5 0.0992 0.7049 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2540 0.7093 0.024 0.000 0.088 0.000 0.888
#> dkfz_11-015 5 0.5253 0.6024 0.200 0.000 0.124 0.000 0.676
#> dkfz_11-016 5 0.2818 0.6901 0.012 0.000 0.132 0.000 0.856
#> dkfz_11-017 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.3177 0.5288 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-023 5 0.0451 0.6971 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3530 0.7059 0.044 0.060 0.040 0.000 0.856
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3835 0.8043 0.244 0.000 0.744 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3662 0.5915 0.004 0.000 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-033 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.4268 0.1646 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> dkfz_11-035 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5140 -0.3371 0.024 0.444 0.008 0.000 0.524
#> dkfz_11-038 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-039 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3359 0.7111 0.108 0.000 0.052 0.000 0.840
#> dkfz_11-044 5 0.0771 0.7029 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976
#> dkfz_11-045 5 0.4547 0.6917 0.132 0.020 0.072 0.000 0.776
#> dkfz_11-046 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.3421 0.5981 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> dkfz_11-049 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4545 0.6658 0.116 0.000 0.132 0.000 0.752
#> dkfz_11-051 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.4307 -0.0559 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> dkfz_11-054 5 0.5953 0.3997 0.336 0.000 0.124 0.000 0.540
#> dkfz_11-055 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-056 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-060 4 0.0290 0.9930 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1012 0.7061 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> dkfz_11-062 5 0.3123 0.6720 0.012 0.000 0.160 0.000 0.828
#> dkfz_11-063 1 0.6660 -0.1293 0.392 0.000 0.228 0.000 0.380
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.6572 0.0534 0.452 0.328 0.220 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.4541 0.7050 0.084 0.000 0.744 0.000 0.172
#> dkfz_11-067 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.5105 0.5538 0.264 0.000 0.076 0.000 0.660
#> dkfz_11-071 2 0.4086 0.6991 0.000 0.736 0.240 0.000 0.024
#> dkfz_11-072 3 0.5781 0.2575 0.116 0.308 0.576 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.4022 0.5901 0.772 0.000 0.008 0.024 0.196
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.4723 0.6558 0.132 0.000 0.132 0.000 0.736
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.5309 0.4015 0.364 0.000 0.060 0.000 0.576
#> dkfz_11-095 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-097 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-098 2 0.3143 0.6315 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-099 5 0.4624 0.6452 0.096 0.000 0.164 0.000 0.740
#> dkfz_11-100 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-103 5 0.2179 0.6185 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> dkfz_11-104 2 0.3304 0.6433 0.000 0.816 0.016 0.000 0.168
#> dkfz_11-105 2 0.3012 0.6543 0.000 0.852 0.024 0.000 0.124
#> dkfz_11-106 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-108 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-110 2 0.3508 0.6176 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> dkfz_11-111 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2569 0.6771 0.000 0.892 0.068 0.000 0.040
#> dkfz_11-113 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-114 5 0.1116 0.6875 0.004 0.028 0.004 0.000 0.964
#> dkfz_11-115 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3003 0.5382 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-118 2 0.3897 0.6974 0.000 0.768 0.204 0.000 0.028
#> dkfz_11-119 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-123 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.4169 0.6999 0.000 0.732 0.240 0.000 0.028
#> dkfz_11-126 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-127 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-128 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-129 2 0.3612 0.6123 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-130 2 0.4133 0.6921 0.000 0.768 0.180 0.000 0.052
#> dkfz_11-131 2 0.5066 0.6898 0.000 0.676 0.240 0.000 0.084
#> dkfz_11-132 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-133 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-134 2 0.3895 0.5917 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> dkfz_11-135 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-136 4 0.1628 0.9311 0.000 0.000 0.008 0.936 0.056
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9936 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.3966 0.5810 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-139 1 0.6551 -0.2542 0.416 0.000 0.384 0.000 0.200
#> dkfz_11-140 5 0.2648 0.5853 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-141 2 0.3932 0.5879 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-142 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3662 0.5874 0.000 0.004 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-144 3 0.4370 0.6711 0.056 0.000 0.744 0.000 0.200
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3534 0.8098 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8220 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3424 0.7006 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.1555 0.9301 0.060 0.004 0.932 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.1086 0.8560 0.012 0.012 0.012 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0146 0.9811 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0405 0.9233 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-005 1 0.0363 0.9609 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-008 1 0.1409 0.9352 0.948 0.032 0.008 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-011 5 0.0972 0.8592 0.008 0.028 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.1787 0.8532 0.004 0.068 0.008 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.1643 0.8525 0.000 0.068 0.008 0.000 0.924 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.0984 0.8568 0.008 0.012 0.012 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0717 0.8593 0.000 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0146 0.9823 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.3053 0.7093 0.000 0.812 0.004 0.000 0.172 0.012
#> dkfz_11-023 5 0.1719 0.8498 0.004 0.032 0.032 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0260 0.9707 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.2422 0.8447 0.012 0.072 0.024 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-028 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-032 3 0.2250 0.8763 0.000 0.040 0.896 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-034 5 0.5358 0.1447 0.000 0.112 0.392 0.000 0.496 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0405 0.9233 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-036 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4737 0.8082 0.012 0.752 0.044 0.000 0.072 0.120
#> dkfz_11-038 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-039 4 0.1411 0.9564 0.000 0.060 0.004 0.936 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0291 0.9241 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-042 6 0.0520 0.9226 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-043 5 0.1657 0.8547 0.016 0.056 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0891 0.8596 0.000 0.024 0.008 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2094 0.8476 0.016 0.068 0.008 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1625 0.9517 0.000 0.060 0.012 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-048 1 0.2998 0.8572 0.856 0.064 0.008 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0146 0.9823 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0870 0.8587 0.004 0.012 0.012 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-052 4 0.0146 0.9823 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.4753 0.0459 0.000 0.048 0.456 0.000 0.496 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.1536 0.8485 0.024 0.012 0.020 0.000 0.944 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-056 4 0.1082 0.9660 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0146 0.9823 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-060 4 0.1625 0.9517 0.000 0.060 0.012 0.928 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1124 0.8592 0.000 0.036 0.008 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0820 0.8589 0.000 0.016 0.012 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.3874 0.7039 0.060 0.016 0.136 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.5174 0.1703 0.412 0.048 0.008 0.000 0.008 0.524
#> dkfz_11-066 3 0.2475 0.8861 0.012 0.036 0.892 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-070 5 0.1257 0.8577 0.020 0.028 0.000 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.1577 0.8995 0.000 0.016 0.036 0.000 0.008 0.940
#> dkfz_11-072 6 0.5007 -0.0233 0.040 0.008 0.472 0.000 0.004 0.476
#> dkfz_11-073 1 0.3496 0.8413 0.836 0.064 0.008 0.016 0.076 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0964 0.8586 0.004 0.016 0.012 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.2325 0.8342 0.060 0.048 0.000 0.000 0.892 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.1498 0.8874 0.000 0.028 0.032 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-096 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-097 2 0.3736 0.9363 0.000 0.788 0.032 0.000 0.020 0.160
#> dkfz_11-098 2 0.3551 0.9323 0.000 0.772 0.036 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-099 5 0.0914 0.8589 0.000 0.016 0.016 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-101 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-102 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-103 5 0.5081 0.4935 0.004 0.292 0.032 0.000 0.632 0.040
#> dkfz_11-104 2 0.3808 0.8983 0.000 0.736 0.036 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-105 2 0.4087 0.8322 0.000 0.688 0.036 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-106 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-107 2 0.3595 0.9411 0.000 0.780 0.036 0.000 0.004 0.180
#> dkfz_11-108 6 0.1320 0.8985 0.000 0.016 0.036 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-109 2 0.3492 0.9437 0.000 0.788 0.032 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-110 2 0.3551 0.9323 0.000 0.772 0.036 0.000 0.000 0.192
#> dkfz_11-111 6 0.0405 0.9233 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-112 2 0.4508 0.6040 0.000 0.568 0.036 0.000 0.000 0.396
#> dkfz_11-113 2 0.2597 0.9484 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-114 5 0.2001 0.8417 0.004 0.028 0.032 0.000 0.924 0.012
#> dkfz_11-115 6 0.0260 0.9254 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.5490 0.0360 0.004 0.448 0.032 0.000 0.472 0.044
#> dkfz_11-118 6 0.3014 0.7463 0.000 0.132 0.036 0.000 0.000 0.832
#> dkfz_11-119 6 0.0146 0.9259 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-120 2 0.3595 0.9411 0.000 0.780 0.036 0.000 0.004 0.180
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3525 0.9425 0.000 0.784 0.032 0.000 0.004 0.180
#> dkfz_11-123 2 0.3492 0.9437 0.000 0.788 0.032 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.1408 0.8955 0.000 0.020 0.036 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-126 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-127 2 0.3492 0.9437 0.000 0.788 0.032 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-128 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-129 2 0.2805 0.9448 0.000 0.812 0.004 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-130 6 0.4066 0.4318 0.000 0.272 0.036 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-131 6 0.2364 0.8316 0.000 0.072 0.032 0.000 0.004 0.892
#> dkfz_11-132 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-133 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-134 2 0.2597 0.9484 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-135 2 0.2859 0.9346 0.000 0.828 0.000 0.000 0.016 0.156
#> dkfz_11-136 4 0.2790 0.9007 0.000 0.088 0.012 0.868 0.032 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-139 3 0.5252 0.1286 0.064 0.012 0.488 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.5191 0.4535 0.004 0.304 0.032 0.000 0.616 0.044
#> dkfz_11-141 2 0.2738 0.9495 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-142 6 0.0405 0.9233 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-143 3 0.2250 0.8763 0.000 0.040 0.896 0.000 0.064 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2333 0.8799 0.004 0.040 0.896 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1267 0.9329 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0363 0.9731 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0291 0.9241 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.1006 0.8595 0.020 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.6879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0239 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-004 6 0.1513 0.8729 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.924 0.068
#> dkfz_11-005 1 0.1992 0.8647 0.892 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096
#> dkfz_11-006 1 0.0134 0.9276 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2850 0.8035 0.812 0.008 0.004 0.000 0.004 0.000 0.172
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0134 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.1759 0.6838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> dkfz_11-012 5 0.3764 0.5514 0.000 0.004 0.004 0.000 0.556 0.000 0.436
#> dkfz_11-013 1 0.0134 0.9276 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3392 0.5864 0.000 0.000 0.004 0.000 0.664 0.000 0.332
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.6879 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2251 0.6834 0.000 0.008 0.004 0.000 0.868 0.000 0.120
#> dkfz_11-017 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0134 0.9276 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0373 0.9506 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.3780 0.5945 0.000 0.768 0.004 0.000 0.072 0.008 0.148
#> dkfz_11-023 5 0.3660 0.5287 0.000 0.008 0.000 0.000 0.600 0.000 0.392
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3667 0.4318 0.000 0.000 0.004 0.000 0.536 0.000 0.460
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0134 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0134 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.3211 0.7644 0.000 0.028 0.800 0.000 0.012 0.000 0.160
#> dkfz_11-033 6 0.0134 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-034 7 0.6068 -0.1131 0.000 0.052 0.268 0.000 0.200 0.000 0.480
#> dkfz_11-035 6 0.1227 0.8845 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.944 0.048
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.4236 0.2167 0.000 0.276 0.008 0.000 0.012 0.032 0.672
#> dkfz_11-038 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2864 0.8655 0.000 0.032 0.008 0.836 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0555 0.8938 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> dkfz_11-042 6 0.1123 0.8867 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948 0.048
#> dkfz_11-043 5 0.3878 0.5255 0.000 0.016 0.000 0.000 0.560 0.000 0.424
#> dkfz_11-044 5 0.3040 0.6708 0.000 0.004 0.008 0.000 0.772 0.000 0.216
#> dkfz_11-045 5 0.3446 0.5748 0.000 0.000 0.004 0.000 0.648 0.000 0.348
#> dkfz_11-046 4 0.3071 0.8566 0.000 0.032 0.008 0.824 0.004 0.000 0.132
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4117 0.5541 0.600 0.008 0.004 0.000 0.016 0.000 0.372
#> dkfz_11-049 4 0.0373 0.9506 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.2037 0.6868 0.000 0.008 0.004 0.000 0.888 0.000 0.100
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0268 0.9514 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.6003 0.0580 0.000 0.028 0.424 0.000 0.236 0.000 0.312
#> dkfz_11-054 5 0.0268 0.6860 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2016 0.9093 0.000 0.032 0.004 0.904 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0373 0.9506 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2903 0.8626 0.000 0.032 0.008 0.832 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-061 5 0.3278 0.6496 0.000 0.004 0.008 0.000 0.732 0.000 0.256
#> dkfz_11-062 5 0.2125 0.6850 0.000 0.008 0.004 0.000 0.880 0.000 0.108
#> dkfz_11-063 5 0.4030 0.4647 0.016 0.004 0.228 0.000 0.716 0.000 0.036
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.5730 0.1836 0.280 0.008 0.000 0.000 0.004 0.468 0.240
#> dkfz_11-066 3 0.3341 0.7674 0.004 0.028 0.796 0.000 0.012 0.000 0.160
#> dkfz_11-067 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0134 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-070 5 0.2225 0.6723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-071 6 0.3517 0.5811 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.652 0.340
#> dkfz_11-072 3 0.5104 0.1716 0.008 0.000 0.500 0.000 0.000 0.384 0.108
#> dkfz_11-073 1 0.4260 0.5379 0.588 0.008 0.004 0.004 0.016 0.000 0.380
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.1992 0.6870 0.000 0.008 0.004 0.000 0.892 0.000 0.096
#> dkfz_11-091 1 0.0134 0.9276 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0134 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3135 0.6155 0.004 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.272
#> dkfz_11-095 6 0.3151 0.7471 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.788 0.176
#> dkfz_11-096 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4015 0.7264 0.000 0.700 0.000 0.000 0.004 0.060 0.236
#> dkfz_11-098 2 0.3903 0.7897 0.000 0.748 0.008 0.000 0.000 0.088 0.156
#> dkfz_11-099 5 0.2065 0.6847 0.000 0.004 0.004 0.000 0.880 0.000 0.112
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0134 0.8962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.5983 -0.3688 0.000 0.232 0.000 0.000 0.372 0.024 0.372
#> dkfz_11-104 2 0.4495 0.7225 0.000 0.672 0.004 0.000 0.000 0.136 0.188
#> dkfz_11-105 2 0.4475 0.6975 0.000 0.676 0.004 0.000 0.000 0.180 0.140
#> dkfz_11-106 6 0.0134 0.8966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.3971 0.7750 0.000 0.728 0.004 0.000 0.000 0.084 0.184
#> dkfz_11-108 6 0.2843 0.7763 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.808 0.176
#> dkfz_11-109 2 0.3224 0.8129 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.080 0.116
#> dkfz_11-110 2 0.3859 0.7921 0.000 0.752 0.008 0.000 0.000 0.084 0.156
#> dkfz_11-111 6 0.0861 0.8901 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> dkfz_11-112 2 0.5035 0.4999 0.000 0.564 0.004 0.000 0.000 0.292 0.140
#> dkfz_11-113 2 0.1565 0.8387 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> dkfz_11-114 5 0.4106 0.3579 0.000 0.012 0.000 0.000 0.588 0.016 0.384
#> dkfz_11-115 6 0.0239 0.8965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.6086 -0.3622 0.000 0.344 0.000 0.000 0.328 0.024 0.304
#> dkfz_11-118 6 0.3539 0.7354 0.000 0.104 0.004 0.000 0.000 0.784 0.108
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.8967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4087 0.7582 0.000 0.708 0.004 0.000 0.000 0.080 0.208
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3808 0.7863 0.000 0.748 0.004 0.000 0.000 0.080 0.168
#> dkfz_11-123 2 0.3713 0.7932 0.000 0.760 0.004 0.000 0.000 0.080 0.156
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3004 0.7689 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.800 0.176
#> dkfz_11-126 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.3964 0.7353 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.068 0.232
#> dkfz_11-128 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1979 0.8345 0.000 0.900 0.004 0.000 0.000 0.080 0.016
#> dkfz_11-130 6 0.4836 0.4806 0.000 0.200 0.004 0.000 0.000 0.624 0.172
#> dkfz_11-131 6 0.3926 0.6586 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.720 0.196
#> dkfz_11-132 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1928 0.8402 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.080 0.020
#> dkfz_11-134 2 0.1669 0.8405 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 0.008
#> dkfz_11-135 2 0.1513 0.8290 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008
#> dkfz_11-136 4 0.4314 0.6852 0.000 0.032 0.008 0.680 0.020 0.000 0.260
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9526 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1433 0.8398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.4121 0.2454 0.024 0.004 0.356 0.000 0.612 0.000 0.004
#> dkfz_11-140 7 0.5992 0.0261 0.000 0.236 0.000 0.000 0.368 0.024 0.372
#> dkfz_11-141 2 0.1928 0.8402 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.080 0.020
#> dkfz_11-142 6 0.0861 0.8901 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> dkfz_11-143 3 0.3276 0.7586 0.000 0.028 0.792 0.000 0.012 0.000 0.168
#> dkfz_11-144 3 0.3341 0.7674 0.004 0.028 0.796 0.000 0.012 0.000 0.160
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0504 0.8665 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9287 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0742 0.8932 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0892 0.784821 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-002 5 0.0125 0.611412 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0992 0.858470 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-004 6 0.3065 0.773611 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.792 0.044 NA
#> dkfz_11-005 1 0.2653 0.789240 0.848 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0982 0.885774 0.964 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 1 0.3967 0.659265 0.708 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.1855 0.616644 0.000 0.004 0.000 0.000 0.904 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-012 5 0.5228 0.410834 0.004 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.268 NA
#> dkfz_11-013 1 0.0982 0.885774 0.964 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-014 5 0.4705 0.472514 0.004 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.196 NA
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.611397 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-016 5 0.2916 0.594207 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.068 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.0982 0.885774 0.964 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.1934 0.869814 0.000 0.016 0.000 0.908 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-022 2 0.5050 0.439588 0.000 0.444 0.000 0.000 0.084 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-023 5 0.5941 0.351024 0.000 0.156 0.000 0.000 0.436 0.000 0.092 NA
#> dkfz_11-024 1 0.0224 0.892827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 5 0.5882 0.361039 0.004 0.060 0.000 0.000 0.472 0.000 0.236 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0224 0.892827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.3132 0.538309 0.000 0.000 0.696 0.000 0.008 0.000 0.296 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 7 0.5094 0.000000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.148 0.000 0.624 NA
#> dkfz_11-035 6 0.2835 0.787550 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.820 0.044 NA
#> dkfz_11-036 1 0.0224 0.892827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 2 0.5779 -0.195166 0.008 0.364 0.000 0.000 0.004 0.012 0.344 NA
#> dkfz_11-038 2 0.3925 0.669463 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.3943 0.706048 0.000 0.016 0.000 0.676 0.000 0.000 0.264 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.2072 0.800984 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.872 0.016 NA
#> dkfz_11-042 6 0.2847 0.785605 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.816 0.040 NA
#> dkfz_11-043 5 0.5621 0.277841 0.008 0.012 0.000 0.000 0.416 0.000 0.304 NA
#> dkfz_11-044 5 0.4173 0.561419 0.000 0.004 0.000 0.000 0.668 0.000 0.112 NA
#> dkfz_11-045 5 0.4825 0.451599 0.004 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.212 NA
#> dkfz_11-046 4 0.4030 0.693263 0.000 0.016 0.000 0.664 0.000 0.000 0.272 NA
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-048 1 0.5091 0.403796 0.516 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.312 NA
#> dkfz_11-049 4 0.1934 0.869814 0.000 0.016 0.000 0.908 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-050 5 0.2677 0.599410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0929 0.884514 0.000 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-053 3 0.5832 -0.439493 0.000 0.000 0.392 0.000 0.204 0.000 0.352 NA
#> dkfz_11-054 5 0.0600 0.605834 0.000 0.004 0.004 0.000 0.980 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-055 2 0.4034 0.669341 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-056 4 0.3411 0.782847 0.000 0.016 0.000 0.764 0.000 0.000 0.180 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.1934 0.869814 0.000 0.016 0.000 0.908 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-059 2 0.3925 0.669463 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.3961 0.701571 0.000 0.016 0.000 0.672 0.000 0.000 0.268 NA
#> dkfz_11-061 5 0.4013 0.563551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.136 NA
#> dkfz_11-062 5 0.2697 0.599194 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-063 5 0.4677 0.199708 0.000 0.004 0.292 0.000 0.608 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0224 0.892827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 6 0.6988 -0.031334 0.260 0.040 0.000 0.000 0.000 0.332 0.236 NA
#> dkfz_11-066 3 0.3115 0.543665 0.000 0.000 0.700 0.000 0.008 0.000 0.292 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0224 0.892827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 5 0.2313 0.614302 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-071 6 0.5707 0.533065 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.540 0.156 NA
#> dkfz_11-072 3 0.5482 0.070661 0.000 0.076 0.512 0.000 0.000 0.336 0.016 NA
#> dkfz_11-073 1 0.5101 0.396476 0.512 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.316 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.2560 0.598669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0982 0.885774 0.964 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 5 0.4309 0.499336 0.004 0.000 0.004 0.000 0.672 0.000 0.144 NA
#> dkfz_11-095 6 0.4963 0.404511 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.508 0.044 NA
#> dkfz_11-096 2 0.3925 0.669463 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-097 2 0.4062 0.555611 0.000 0.716 0.000 0.000 0.004 0.032 0.052 NA
#> dkfz_11-098 2 0.2367 0.629598 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.056 0.024 NA
#> dkfz_11-099 5 0.3030 0.600116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.0395 0.814001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-102 2 0.3925 0.669463 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-103 2 0.5958 0.022605 0.000 0.468 0.000 0.000 0.212 0.008 0.060 NA
#> dkfz_11-104 2 0.1638 0.600416 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004 NA
#> dkfz_11-105 2 0.2906 0.591771 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.124 0.016 NA
#> dkfz_11-106 6 0.0125 0.820611 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> dkfz_11-107 2 0.1476 0.607862 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 NA
#> dkfz_11-108 6 0.3448 0.562409 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 NA
#> dkfz_11-109 2 0.3474 0.661291 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.036 0.036 NA
#> dkfz_11-110 2 0.2170 0.631921 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016 NA
#> dkfz_11-111 6 0.2520 0.789848 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.832 0.016 NA
#> dkfz_11-112 2 0.3267 0.539322 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.168 0.016 NA
#> dkfz_11-113 2 0.4029 0.668849 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-114 5 0.6108 0.161644 0.000 0.328 0.000 0.000 0.360 0.004 0.060 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0908 0.817005 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.5733 0.165970 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.004 0.068 NA
#> dkfz_11-118 6 0.3562 0.622768 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.640 0.016 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.821172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120 2 0.3178 0.552686 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.036 0.032 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.1663 0.638471 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-123 2 0.2194 0.649173 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.3834 0.578197 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.592 0.012 NA
#> dkfz_11-126 2 0.3925 0.669463 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-127 2 0.3950 0.552610 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.036 0.052 NA
#> dkfz_11-128 2 0.3925 0.669463 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> dkfz_11-129 2 0.3979 0.655777 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 NA
#> dkfz_11-130 2 0.3871 -0.369379 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.016 NA
#> dkfz_11-131 6 0.5259 0.287142 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.444 0.044 NA
#> dkfz_11-132 2 0.4034 0.669341 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-133 2 0.3871 0.677896 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-134 2 0.3985 0.675350 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-135 2 0.3771 0.660335 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-136 4 0.4757 0.451153 0.000 0.016 0.000 0.516 0.000 0.000 0.380 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.890060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.4034 0.669341 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-139 5 0.4158 -0.000897 0.000 0.008 0.408 0.000 0.552 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-140 2 0.5958 0.022605 0.000 0.468 0.000 0.000 0.212 0.008 0.060 NA
#> dkfz_11-141 2 0.3859 0.677997 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-142 6 0.2520 0.789848 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.832 0.016 NA
#> dkfz_11-143 3 0.3148 0.532300 0.000 0.000 0.692 0.000 0.008 0.000 0.300 NA
#> dkfz_11-144 3 0.3115 0.543665 0.000 0.000 0.700 0.000 0.008 0.000 0.292 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0224 0.892827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.800816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.0224 0.892827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.0349 0.795358 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.0475 0.891110 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151 6 0.2260 0.800465 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.868 0.024 NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1149 0.69237 0.000 0.004 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> dkfz_11-002 5 0.4028 0.51496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.260 0.060 0.024
#> dkfz_11-003 4 0.1054 0.81671 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.020 0.016 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.3757 0.64917 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.680 0.028 0.024 0.264
#> dkfz_11-005 1 0.3606 0.67848 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.076 0.096
#> dkfz_11-006 1 0.0703 0.92478 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.5048 0.21951 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.076 0.104
#> dkfz_11-009 4 0.0474 0.83185 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4722 0.49270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.308 0.064 0.064
#> dkfz_11-012 5 0.4592 -0.02410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.444 0.052 0.044
#> dkfz_11-013 1 0.0703 0.92478 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-014 7 0.3436 0.13409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.684 0.028 0.008
#> dkfz_11-015 5 0.4028 0.51496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.260 0.060 0.024
#> dkfz_11-016 5 0.0910 0.59210 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.004 0.028
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.72082 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0331 0.71876 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-019 1 0.0703 0.92478 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0533 0.71998 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-021 4 0.3625 0.78547 0.000 0.008 0.000 0.776 0.000 0.000 0.048 0.092 0.076
#> dkfz_11-022 2 0.5542 0.07341 0.000 0.496 0.000 0.000 0.108 0.000 0.044 0.040 0.312
#> dkfz_11-023 5 0.4872 0.30941 0.000 0.004 0.000 0.000 0.560 0.000 0.104 0.040 0.292
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.93202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3290 0.27995 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.776 0.020 0.060
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.93202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0533 0.71998 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0533 0.71998 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.0331 0.71876 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3130 0.05648 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.4234 0.48666 0.000 0.000 0.044 0.000 0.232 0.000 0.048 0.668 0.008
#> dkfz_11-035 6 0.3474 0.70589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.028 0.024 0.228
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.93202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.5711 0.25003 0.000 0.040 0.000 0.000 0.032 0.008 0.412 0.112 0.396
#> dkfz_11-038 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.5101 0.61502 0.000 0.004 0.000 0.532 0.000 0.000 0.064 0.304 0.096
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.83311 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.2722 0.76335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.020 0.008 0.172
#> dkfz_11-042 6 0.3232 0.72988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.028 0.016 0.208
#> dkfz_11-043 5 0.5500 -0.16425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.372 0.076 0.144
#> dkfz_11-044 5 0.4235 0.50797 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.092 0.064 0.148
#> dkfz_11-045 7 0.2902 0.22459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.744 0.012 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.5138 0.59803 0.000 0.004 0.000 0.516 0.000 0.000 0.064 0.320 0.096
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.5801 0.20098 0.364 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.384 0.116 0.132
#> dkfz_11-049 4 0.3527 0.78334 0.000 0.004 0.000 0.780 0.000 0.000 0.044 0.092 0.080
#> dkfz_11-050 5 0.0776 0.59625 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.1715 0.82203 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.020 0.024 0.040
#> dkfz_11-053 8 0.5834 0.34351 0.000 0.004 0.344 0.000 0.180 0.000 0.040 0.408 0.024
#> dkfz_11-054 5 0.4028 0.51496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.260 0.060 0.024
#> dkfz_11-055 2 0.0565 0.81511 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.4615 0.68793 0.000 0.004 0.000 0.620 0.000 0.000 0.044 0.244 0.088
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.83311 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3582 0.78696 0.000 0.008 0.000 0.780 0.000 0.000 0.048 0.092 0.072
#> dkfz_11-059 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.5101 0.61502 0.000 0.004 0.000 0.532 0.000 0.000 0.064 0.304 0.096
#> dkfz_11-061 5 0.3360 0.52367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.100 0.044 0.068
#> dkfz_11-062 5 0.0726 0.59513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> dkfz_11-063 5 0.6381 0.14780 0.000 0.004 0.348 0.000 0.348 0.000 0.176 0.080 0.044
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.93202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.6914 0.29507 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.344 0.084 0.160
#> dkfz_11-066 3 0.3372 0.12138 0.000 0.004 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0626 0.72020 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.93202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4775 0.45771 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.348 0.064 0.060
#> dkfz_11-071 6 0.5396 0.12889 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.348 0.028 0.260
#> dkfz_11-072 3 0.4814 0.09796 0.000 0.004 0.544 0.000 0.000 0.304 0.012 0.004 0.132
#> dkfz_11-073 7 0.5801 0.20098 0.364 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.384 0.116 0.132
#> dkfz_11-074 4 0.0474 0.83185 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-075 5 0.0610 0.59390 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> dkfz_11-091 1 0.0626 0.92594 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.83311 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3357 0.09803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.704 0.036 0.004
#> dkfz_11-095 9 0.4504 0.13118 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.456 0.020 0.036 0.468
#> dkfz_11-096 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.5053 0.27726 0.000 0.360 0.000 0.000 0.016 0.012 0.048 0.044 0.520
#> dkfz_11-098 9 0.4335 0.20518 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024 0.012 0.488
#> dkfz_11-099 5 0.3470 0.56667 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.076 0.024 0.136
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0296 0.84590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-102 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 9 0.5880 0.33849 0.000 0.112 0.000 0.000 0.148 0.000 0.144 0.052 0.544
#> dkfz_11-104 9 0.4089 0.32313 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000 0.544
#> dkfz_11-105 9 0.4698 0.22193 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.076 0.020 0.008 0.448
#> dkfz_11-106 6 0.0212 0.85052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-107 9 0.3654 0.27424 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000 0.556
#> dkfz_11-108 9 0.3441 -0.04225 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004 0.000 0.520
#> dkfz_11-109 2 0.4064 0.26292 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020 0.020 0.316
#> dkfz_11-110 9 0.4338 0.19459 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024 0.012 0.480
#> dkfz_11-111 6 0.2930 0.73818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.020 0.008 0.204
#> dkfz_11-112 9 0.4948 0.28002 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.112 0.020 0.008 0.448
#> dkfz_11-113 2 0.0565 0.81511 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.5446 0.12219 0.000 0.020 0.000 0.000 0.184 0.000 0.200 0.052 0.544
#> dkfz_11-115 6 0.0855 0.84162 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.83311 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 9 0.5914 0.37386 0.000 0.160 0.000 0.000 0.148 0.000 0.104 0.052 0.536
#> dkfz_11-118 6 0.4455 0.35680 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.572 0.020 0.008 0.336
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.85330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 9 0.4287 0.38457 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024 0.036 0.608
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.83311 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3529 -0.08371 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.460
#> dkfz_11-123 2 0.3708 0.03100 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.004 0.420
#> dkfz_11-124 4 0.0474 0.83185 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-125 9 0.3900 0.03726 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.440 0.016 0.000 0.520
#> dkfz_11-126 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.4885 0.30699 0.000 0.344 0.000 0.000 0.016 0.012 0.040 0.040 0.548
#> dkfz_11-128 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2760 0.62359 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016 0.000 0.156
#> dkfz_11-130 9 0.5027 0.31194 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.340 0.024 0.008 0.500
#> dkfz_11-131 9 0.4714 0.35839 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.332 0.024 0.036 0.564
#> dkfz_11-132 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2209 0.71127 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-134 2 0.1523 0.77576 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-135 2 0.0492 0.81144 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.6339 0.39654 0.000 0.004 0.000 0.392 0.028 0.000 0.172 0.296 0.108
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.83311 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0446 0.81608 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.6438 -0.29357 0.000 0.004 0.344 0.000 0.312 0.000 0.224 0.072 0.044
#> dkfz_11-140 9 0.6011 0.33469 0.000 0.112 0.000 0.000 0.148 0.004 0.148 0.052 0.536
#> dkfz_11-141 2 0.2242 0.70616 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-142 6 0.2930 0.73818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.020 0.008 0.204
#> dkfz_11-143 3 0.3143 0.00557 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3130 0.05648 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.93202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0533 0.71998 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.72082 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.93202 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0331 0.71876 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-150 1 0.0212 0.93043 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2910 0.75690 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.020 0.012 0.188
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.3390 0.8932 0.000 0.004 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.008 0.004
#> dkfz_11-002 5 0.0000 0.4121 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1635 0.7775 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.5718 0.4772 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.520 0.092 0.000 0.136 0.060
#> dkfz_11-005 1 0.2930 0.2248 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.1527 0.9133 0.932 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-007 6 0.0113 0.7714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.2828 0.3929 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0469 0.8230 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2413 0.3496 0.000 0.000 0.008 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.104 0.036
#> dkfz_11-012 10 0.6032 0.1511 0.000 0.000 0.048 0.000 0.140 0.000 0.324 0.004 0.088 0.396
#> dkfz_11-013 1 0.1527 0.9133 0.932 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-014 5 0.6244 -0.0516 0.000 0.000 0.060 0.000 0.360 0.000 0.308 0.004 0.080 0.188
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.4121 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3890 -0.1591 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.008 0.004 0.040 0.448
#> dkfz_11-017 3 0.2970 0.9691 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.2987 0.9634 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1454 0.9154 0.936 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.3058 0.9666 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3811 0.7766 0.000 0.000 0.056 0.728 0.000 0.000 0.020 0.000 0.032 0.164
#> dkfz_11-022 9 0.5166 0.1681 0.000 0.336 0.004 0.000 0.028 0.000 0.036 0.004 0.504 0.088
#> dkfz_11-023 10 0.4795 0.3159 0.000 0.000 0.004 0.000 0.140 0.000 0.020 0.000 0.400 0.436
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.6214 0.0275 0.000 0.000 0.064 0.000 0.288 0.000 0.388 0.000 0.116 0.144
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.3132 0.9655 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.008 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.3236 0.9651 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.008 0.004
#> dkfz_11-030 3 0.2987 0.9634 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.0784 0.7306 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.000 0.016
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.4802 0.3198 0.000 0.000 0.084 0.000 0.024 0.000 0.028 0.560 0.004 0.300
#> dkfz_11-035 6 0.5497 0.5273 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.556 0.088 0.000 0.112 0.060
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.3080 0.4251 0.000 0.020 0.040 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.108 0.024
#> dkfz_11-038 2 0.0508 0.7958 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.5241 0.6631 0.000 0.000 0.116 0.536 0.000 0.000 0.044 0.004 0.032 0.268
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.4603 0.5959 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.664 0.040 0.000 0.120 0.044
#> dkfz_11-042 6 0.4964 0.5866 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.632 0.088 0.000 0.100 0.044
#> dkfz_11-043 7 0.4585 0.0947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.152 0.000 0.560 0.000 0.012 0.268
#> dkfz_11-044 10 0.5668 0.3084 0.000 0.000 0.016 0.000 0.312 0.000 0.060 0.004 0.196 0.412
#> dkfz_11-045 7 0.6139 -0.0331 0.000 0.000 0.060 0.000 0.312 0.000 0.364 0.000 0.080 0.184
#> dkfz_11-046 4 0.5343 0.6462 0.000 0.000 0.120 0.516 0.000 0.000 0.048 0.004 0.032 0.280
#> dkfz_11-047 6 0.0202 0.7708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.2541 0.5555 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.3615 0.7774 0.000 0.000 0.044 0.744 0.000 0.000 0.020 0.000 0.028 0.164
#> dkfz_11-050 5 0.3562 -0.1362 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.036 0.444
#> dkfz_11-051 6 0.0202 0.7708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2012 0.8138 0.000 0.000 0.016 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.064
#> dkfz_11-053 8 0.3120 0.6437 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000 0.012 0.788 0.012 0.148
#> dkfz_11-054 5 0.0113 0.4120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0621 0.7953 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.4768 0.6976 0.000 0.000 0.104 0.584 0.000 0.000 0.024 0.000 0.032 0.256
#> dkfz_11-057 4 0.0113 0.8247 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3765 0.7769 0.000 0.000 0.052 0.732 0.000 0.000 0.020 0.000 0.032 0.164
#> dkfz_11-059 2 0.0282 0.7958 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.5253 0.6598 0.000 0.000 0.116 0.532 0.000 0.000 0.044 0.004 0.032 0.272
#> dkfz_11-061 10 0.4481 0.2283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.044 0.000 0.072 0.528
#> dkfz_11-062 5 0.3712 -0.1562 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.004 0.040 0.448
#> dkfz_11-063 5 0.4329 0.2131 0.000 0.000 0.340 0.000 0.572 0.000 0.004 0.024 0.048 0.012
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.3871 0.4984 0.132 0.000 0.012 0.000 0.000 0.148 0.700 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-066 8 0.1050 0.6174 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3143 0.9685 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3123 0.3267 0.000 0.000 0.008 0.000 0.800 0.000 0.028 0.000 0.108 0.056
#> dkfz_11-071 6 0.6714 0.1340 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.292 0.256 0.000 0.160 0.096
#> dkfz_11-072 6 0.6127 -0.3410 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.304 0.008 0.256 0.148 0.004
#> dkfz_11-073 7 0.2610 0.5626 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0469 0.8230 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.3409 -0.1104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.024 0.440
#> dkfz_11-091 1 0.1119 0.9216 0.952 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0113 0.8247 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.5621 0.0341 0.000 0.000 0.052 0.000 0.472 0.000 0.296 0.000 0.064 0.116
#> dkfz_11-095 9 0.3335 0.3797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.312 0.008 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0282 0.7958 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.3395 0.4962 0.000 0.188 0.004 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000 0.748 0.028
#> dkfz_11-098 9 0.6214 0.1807 0.000 0.344 0.168 0.000 0.000 0.016 0.060 0.000 0.356 0.056
#> dkfz_11-099 5 0.4938 -0.1418 0.000 0.000 0.004 0.000 0.536 0.000 0.032 0.004 0.168 0.256
#> dkfz_11-100 6 0.0202 0.7708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0786 0.7496 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0395 0.7959 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 9 0.3876 0.3020 0.000 0.048 0.004 0.000 0.068 0.000 0.044 0.000 0.760 0.076
#> dkfz_11-104 9 0.5432 0.3816 0.000 0.284 0.120 0.000 0.000 0.032 0.016 0.000 0.512 0.036
#> dkfz_11-105 2 0.6230 -0.2600 0.000 0.368 0.136 0.000 0.000 0.056 0.040 0.000 0.356 0.044
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 9 0.4940 0.3777 0.000 0.304 0.096 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000 0.544 0.028
#> dkfz_11-108 9 0.5026 0.2201 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000 0.332 0.012 0.000 0.500 0.036
#> dkfz_11-109 2 0.3758 0.0408 0.000 0.532 0.012 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.432 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.6103 -0.2508 0.000 0.360 0.164 0.000 0.000 0.016 0.056 0.000 0.356 0.048
#> dkfz_11-111 6 0.4769 0.5695 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.640 0.040 0.000 0.144 0.044
#> dkfz_11-112 9 0.6377 0.2090 0.000 0.348 0.136 0.000 0.000 0.076 0.040 0.000 0.356 0.044
#> dkfz_11-113 2 0.0823 0.7908 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-114 9 0.3694 0.2150 0.000 0.008 0.004 0.000 0.112 0.000 0.044 0.000 0.756 0.076
#> dkfz_11-115 6 0.1071 0.7591 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.952 0.024 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 9 0.4188 0.3221 0.000 0.068 0.004 0.000 0.072 0.000 0.048 0.000 0.732 0.076
#> dkfz_11-118 6 0.6184 0.0787 0.000 0.056 0.136 0.000 0.000 0.424 0.040 0.000 0.300 0.044
#> dkfz_11-119 6 0.0202 0.7708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-120 9 0.3681 0.4857 0.000 0.220 0.040 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000 0.708 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0113 0.8247 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 9 0.4874 0.2628 0.000 0.384 0.076 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000 0.488 0.024
#> dkfz_11-123 9 0.4697 0.1311 0.000 0.444 0.064 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000 0.448 0.016
#> dkfz_11-124 4 0.0469 0.8230 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 9 0.5286 0.1601 0.000 0.004 0.120 0.000 0.000 0.344 0.024 0.000 0.468 0.040
#> dkfz_11-126 2 0.0282 0.7958 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.3385 0.5000 0.000 0.184 0.004 0.000 0.000 0.012 0.020 0.000 0.752 0.028
#> dkfz_11-128 2 0.0282 0.7958 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.4627 0.4546 0.000 0.676 0.124 0.000 0.000 0.012 0.032 0.000 0.116 0.040
#> dkfz_11-130 9 0.6476 0.2504 0.000 0.092 0.136 0.000 0.000 0.288 0.044 0.000 0.396 0.044
#> dkfz_11-131 9 0.3180 0.4843 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000 0.228 0.008 0.000 0.732 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0621 0.7953 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.2402 0.6496 0.000 0.808 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.176 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2346 0.6948 0.000 0.844 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.120 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0395 0.7959 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 4 0.6007 0.4443 0.000 0.000 0.128 0.372 0.000 0.000 0.128 0.004 0.028 0.340
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0621 0.7953 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 5 0.3908 0.2856 0.000 0.000 0.240 0.000 0.684 0.000 0.020 0.028 0.012 0.016
#> dkfz_11-140 9 0.3917 0.2969 0.000 0.048 0.004 0.000 0.072 0.000 0.044 0.000 0.756 0.076
#> dkfz_11-141 2 0.2480 0.6351 0.000 0.796 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.4795 0.5645 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.636 0.040 0.000 0.148 0.044
#> dkfz_11-143 8 0.0740 0.7330 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968 0.000 0.020
#> dkfz_11-144 8 0.0985 0.7260 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.960 0.004 0.016
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3053 0.9655 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.004 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2975 0.9686 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3192 0.9613 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.004 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.0226 0.9361 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 6 0.5023 0.5786 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.612 0.052 0.000 0.096 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: G34
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
#> Error: dkfz_subtype: cannot map colors to some of the levels: RTK I PDGFRA
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:kmeans 128 3.66e-19 3.26e-06 2
#> MAD:kmeans 130 8.12e-46 2.40e-29 3
#> MAD:kmeans 94 9.21e-34 3.74e-21 4
#> MAD:kmeans 127 3.23e-90 1.07e-27 5
#> MAD:kmeans 127 8.99e-98 1.48e-35 6
#> MAD:kmeans 122 5.90e-95 3.10e-34 7
#> MAD:kmeans 111 1.38e-86 1.70e-30 8
#> MAD:kmeans 88 1.66e-75 1.58e-32 9
#> MAD:kmeans 82 2.81e-53 1.17e-27 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 7.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.972 0.988 0.50094 0.499 0.499
#> 3 3 0.917 0.926 0.967 0.25680 0.851 0.707
#> 4 4 0.904 0.924 0.953 0.08880 0.877 0.699
#> 5 5 0.831 0.879 0.882 0.09233 0.922 0.766
#> 6 6 0.976 0.924 0.965 0.09952 0.898 0.624
#> 7 7 0.934 0.833 0.919 0.01682 0.990 0.944
#> 8 8 0.894 0.803 0.886 0.01237 0.987 0.924
#> 9 9 0.855 0.721 0.853 0.01040 0.992 0.952
#> 10 10 0.855 0.619 0.818 0.00974 0.997 0.983
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 7
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 6
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 6 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-009 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-012 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-013 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-022 1 0.9686 0.336 0.604 0.396
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-025 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-037 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-049 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-057 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-058 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-061 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.3733 0.917 0.928 0.072
#> dkfz_11-064 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.9710 0.328 0.400 0.600
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.9323 0.461 0.348 0.652
#> dkfz_11-073 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 1 0.7815 0.696 0.768 0.232
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-094 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-137 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.522 0.684 0.740 0.000 0.260
#> dkfz_11-003 1 0.465 0.657 0.792 0.208 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.518 0.690 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-012 1 0.165 0.909 0.960 0.004 0.036
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.522 0.684 0.740 0.000 0.260
#> dkfz_11-015 1 0.522 0.684 0.740 0.000 0.260
#> dkfz_11-016 3 0.375 0.799 0.144 0.000 0.856
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.579 0.524 0.000 0.332 0.668
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.529 0.672 0.732 0.000 0.268
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.465 0.748 0.792 0.000 0.208
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.529 0.672 0.732 0.000 0.268
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 1 0.525 0.678 0.736 0.000 0.264
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.514 0.695 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-062 3 0.375 0.799 0.144 0.000 0.856
#> dkfz_11-063 3 0.475 0.719 0.000 0.216 0.784
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.518 0.650 0.000 0.744 0.256
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.525 0.678 0.736 0.000 0.264
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.579 0.477 0.332 0.000 0.668
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.556 0.550 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-140 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 4 0.1635 0.864 0.008 0.000 0.044 0.948
#> dkfz_11-003 2 0.6286 0.520 0.140 0.660 0.000 0.200
#> dkfz_11-004 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-010 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 4 0.0779 0.869 0.000 0.004 0.016 0.980
#> dkfz_11-012 4 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 4 0.0657 0.872 0.004 0.000 0.012 0.984
#> dkfz_11-015 4 0.1256 0.870 0.008 0.000 0.028 0.964
#> dkfz_11-016 4 0.2345 0.827 0.000 0.000 0.100 0.900
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-022 4 0.3505 0.800 0.000 0.048 0.088 0.864
#> dkfz_11-023 2 0.2589 0.870 0.000 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-024 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-026 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 4 0.6868 0.511 0.152 0.264 0.000 0.584
#> dkfz_11-038 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-040 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-041 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 4 0.6285 0.611 0.128 0.148 0.020 0.704
#> dkfz_11-044 4 0.0592 0.870 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-045 4 0.2011 0.878 0.080 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-046 4 0.0469 0.874 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-047 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-050 4 0.1576 0.861 0.004 0.000 0.048 0.948
#> dkfz_11-051 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 4 0.1722 0.863 0.008 0.000 0.048 0.944
#> dkfz_11-055 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-057 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-058 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-059 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-061 4 0.0469 0.871 0.000 0.000 0.012 0.988
#> dkfz_11-062 4 0.2831 0.807 0.000 0.004 0.120 0.876
#> dkfz_11-063 2 0.6978 0.420 0.000 0.584 0.208 0.208
#> dkfz_11-064 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 4 0.0336 0.873 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-071 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.4679 0.475 0.000 0.648 0.352 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-075 4 0.1722 0.863 0.008 0.000 0.048 0.944
#> dkfz_11-091 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-094 4 0.2081 0.878 0.084 0.000 0.000 0.916
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-097 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 4 0.1716 0.851 0.000 0.000 0.064 0.936
#> dkfz_11-100 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-103 2 0.3837 0.707 0.000 0.776 0.000 0.224
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-114 4 0.4761 0.434 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-115 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-117 2 0.1022 0.949 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-122 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-123 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-127 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-132 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-134 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-135 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-136 4 0.0336 0.873 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-137 4 0.2973 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-138 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 4 0.2081 0.843 0.000 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-140 2 0.2345 0.878 0.000 0.900 0.000 0.100
#> dkfz_11-141 2 0.0336 0.969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-142 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0188 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-151 2 0.0188 0.969 0.004 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-003 4 0.1518 0.588 0.048 0.004 0.000 0.944 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-010 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.0162 0.886 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-012 5 0.0324 0.884 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0162 0.886 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-015 5 0.0162 0.886 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-016 5 0.2450 0.821 0.000 0.076 0.028 0.000 0.896
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-022 5 0.4029 0.573 0.000 0.316 0.000 0.004 0.680
#> dkfz_11-023 5 0.4201 0.456 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.7327 0.445 0.056 0.308 0.000 0.468 0.168
#> dkfz_11-038 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-040 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-041 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2625 0.795 0.016 0.108 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-044 5 0.0324 0.884 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-045 5 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-046 4 0.3876 0.872 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316
#> dkfz_11-047 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-050 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-051 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-055 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-057 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-058 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-059 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-061 5 0.0162 0.886 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-062 5 0.2595 0.815 0.000 0.080 0.032 0.000 0.888
#> dkfz_11-063 5 0.4325 0.653 0.000 0.220 0.044 0.000 0.736
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2719 0.815 0.852 0.004 0.000 0.144 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.6519 0.345 0.000 0.436 0.368 0.196 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-075 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-094 5 0.0162 0.881 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-095 2 0.0880 0.853 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0609 0.853 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.0290 0.886 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-100 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0566 0.844 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-104 2 0.1043 0.853 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2516 0.846 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.2773 0.844 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0404 0.853 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2690 0.845 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0955 0.831 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-115 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-117 2 0.0451 0.847 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-118 2 0.3661 0.826 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-122 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-125 2 0.3305 0.835 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0290 0.853 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3074 0.839 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.1732 0.783 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> dkfz_11-137 4 0.4712 0.945 0.048 0.000 0.000 0.684 0.268
#> dkfz_11-138 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0404 0.884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> dkfz_11-140 2 0.0324 0.849 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-141 2 0.0162 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3876 0.817 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.0405 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.0260 0.983 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-004 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-011 5 0.0291 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-012 5 0.0622 0.965 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.0777 0.963 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> dkfz_11-015 5 0.0291 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> dkfz_11-016 5 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0891 0.928 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> dkfz_11-023 5 0.2697 0.750 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.0547 0.976 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.2234 0.838 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-042 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-043 5 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> dkfz_11-045 5 0.0993 0.959 0.000 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-048 1 0.0458 0.953 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.0405 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3838 0.146 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-070 5 0.0603 0.966 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> dkfz_11-071 6 0.0777 0.926 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004 0.972
#> dkfz_11-072 6 0.4076 0.365 0.000 0.012 0.396 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-073 1 0.0146 0.963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.0993 0.959 0.000 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024
#> dkfz_11-095 2 0.0713 0.933 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0937 0.922 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-099 5 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> dkfz_11-100 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-101 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0520 0.944 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.0260 0.951 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 2 0.3563 0.445 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-106 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.3810 0.184 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0260 0.950 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-112 2 0.3765 0.262 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0405 0.948 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-115 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0405 0.948 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-118 6 0.2854 0.750 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-119 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.3620 0.494 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.3857 0.163 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0146 0.953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3151 0.669 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.0603 0.966 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> dkfz_11-140 2 0.0405 0.948 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0790 0.937 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0134 0.9969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 5 0.2514 0.5659 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-003 4 0.0268 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.0373 0.9059 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-005 1 0.1109 0.9340 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-006 1 0.0656 0.9429 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-007 6 0.0268 0.9065 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-008 1 0.1166 0.9322 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.2759 0.5106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-012 5 0.3334 0.1026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> dkfz_11-013 1 0.0728 0.9415 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-014 7 0.3402 0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> dkfz_11-015 5 0.1715 0.6395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-016 5 0.1625 0.6604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0582 0.9442 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.1193 0.9093 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.004 0.044
#> dkfz_11-023 5 0.4801 0.2218 0.000 0.172 0.000 0.000 0.612 0.000 0.216
#> dkfz_11-024 1 0.0863 0.9401 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-025 4 0.3979 0.2340 0.000 0.000 0.000 0.528 0.020 0.000 0.452
#> dkfz_11-026 1 0.0134 0.9482 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.0134 0.9964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0239 0.9952 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 4 0.4349 0.6361 0.008 0.076 0.000 0.712 0.012 0.000 0.192
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0715 0.9003 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024
#> dkfz_11-042 6 0.0268 0.9066 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3420 0.3525 0.000 0.004 0.000 0.000 0.656 0.000 0.340
#> dkfz_11-044 5 0.2017 0.6454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.120
#> dkfz_11-045 7 0.3433 0.9537 0.000 0.000 0.000 0.004 0.344 0.000 0.652
#> dkfz_11-046 4 0.0895 0.9053 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> dkfz_11-047 6 0.0373 0.9059 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-048 1 0.1606 0.9210 0.920 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.1222 0.6723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> dkfz_11-051 6 0.0637 0.9021 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.2514 0.5698 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0990 0.6748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> dkfz_11-062 5 0.1578 0.6619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-063 5 0.2987 0.4664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> dkfz_11-064 1 0.0504 0.9457 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-065 1 0.4444 0.4912 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.084
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0134 0.9964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.0134 0.9482 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-070 5 0.3392 0.0157 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> dkfz_11-071 6 0.3732 0.5432 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.676 0.300
#> dkfz_11-072 6 0.4440 0.2951 0.000 0.004 0.400 0.000 0.000 0.548 0.048
#> dkfz_11-073 1 0.1409 0.9264 0.928 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0927 0.6749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-091 1 0.0582 0.9442 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-092 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.3308 0.9566 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> dkfz_11-095 2 0.1757 0.8924 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.056 0.028
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2447 0.8437 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.100 0.036
#> dkfz_11-099 5 0.2212 0.6319 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.004 0.140
#> dkfz_11-100 6 0.0373 0.9059 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-101 6 0.0637 0.9021 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.1242 0.9184 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056
#> dkfz_11-104 2 0.1715 0.9038 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044
#> dkfz_11-105 2 0.3951 0.5394 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.292 0.044
#> dkfz_11-106 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.0728 0.9304 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-108 2 0.4311 0.2801 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.396 0.048
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.1718 0.9013 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.040
#> dkfz_11-111 6 0.0715 0.9003 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024
#> dkfz_11-112 2 0.4289 0.3137 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.384 0.048
#> dkfz_11-113 2 0.0504 0.9341 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-114 2 0.1242 0.9183 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056
#> dkfz_11-115 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0637 0.9274 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> dkfz_11-118 6 0.2924 0.7270 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.812 0.032
#> dkfz_11-119 6 0.0373 0.9059 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> dkfz_11-120 2 0.0656 0.9316 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0582 0.9328 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-123 2 0.0422 0.9349 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.4030 0.4745 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.644 0.044
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0863 0.9275 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-130 6 0.4327 0.0406 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.500 0.044
#> dkfz_11-131 2 0.0930 0.9276 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> dkfz_11-132 2 0.0134 0.9367 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0134 0.9367 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.0134 0.9347 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.5057 -0.1111 0.000 0.000 0.000 0.472 0.400 0.000 0.128
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9316 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.2888 0.5442 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.004 0.228
#> dkfz_11-140 2 0.0996 0.9268 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9370 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.0637 0.9021 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> dkfz_11-143 3 0.0134 0.9969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0134 0.9969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.0134 0.9482 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0239 0.9933 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0134 0.9969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.0422 0.9463 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-151 6 0.0268 0.9069 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0806 0.9754 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-002 5 0.3859 0.5183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.228 NA
#> dkfz_11-003 4 0.1094 0.9202 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.012 NA
#> dkfz_11-004 6 0.1302 0.8890 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.012 NA
#> dkfz_11-005 1 0.1477 0.9021 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.1107 0.9140 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0125 0.9057 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-008 1 0.1521 0.9003 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0349 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0313 0.9051 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.3871 0.3213 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.344 NA
#> dkfz_11-012 7 0.4570 0.1522 0.000 0.000 0.000 0.004 0.388 0.000 0.516 NA
#> dkfz_11-013 1 0.1825 0.8803 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-014 7 0.2329 0.5921 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.824 NA
#> dkfz_11-015 5 0.3193 0.5665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.172 NA
#> dkfz_11-016 5 0.2949 0.5855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.100 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0224 0.9827 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0313 0.9813 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.1365 0.9098 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0471 0.9809 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9448 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 2 0.2503 0.7888 0.000 0.836 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-023 5 0.5778 0.2583 0.000 0.144 0.000 0.000 0.532 0.000 0.140 NA
#> dkfz_11-024 1 0.1038 0.9145 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 7 0.3439 0.2618 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.624 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0596 0.9210 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0438 0.9049 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0471 0.9780 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0438 0.9824 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0313 0.9813 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0438 0.9049 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0520 0.9813 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0313 0.9061 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.0349 0.9827 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-035 6 0.0669 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 NA
#> dkfz_11-036 1 0.0941 0.9193 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-037 4 0.5025 0.5278 0.020 0.060 0.000 0.644 0.004 0.000 0.056 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0313 0.8826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0251 0.9426 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0224 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.1038 0.8895 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA
#> dkfz_11-042 6 0.0349 0.9064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 NA
#> dkfz_11-043 5 0.4597 0.3982 0.008 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.184 NA
#> dkfz_11-044 5 0.4365 0.5370 0.000 0.004 0.000 0.004 0.660 0.000 0.132 NA
#> dkfz_11-045 7 0.2234 0.6053 0.000 0.000 0.000 0.008 0.148 0.000 0.844 NA
#> dkfz_11-046 4 0.1829 0.8727 0.000 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-047 6 0.0739 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 NA
#> dkfz_11-048 1 0.2817 0.8509 0.832 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0125 0.9440 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.1155 0.6347 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0681 0.9000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9448 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0520 0.9792 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-054 5 0.3691 0.5424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.180 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0313 0.8826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0251 0.9426 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0125 0.9448 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9448 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.0395 0.8817 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0251 0.9426 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-061 5 0.2656 0.6120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.132 NA
#> dkfz_11-062 5 0.2673 0.6080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.064 NA
#> dkfz_11-063 5 0.4361 0.4204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.196 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0868 0.9173 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 1 0.4592 0.5948 0.648 0.000 0.000 0.004 0.000 0.208 0.016 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0349 0.9821 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0349 0.9820 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0864 0.9199 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0438 0.9049 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
#> dkfz_11-070 7 0.4335 -0.0346 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.480 NA
#> dkfz_11-071 6 0.4688 0.4951 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016 0.624 0.240 NA
#> dkfz_11-072 6 0.5103 0.1691 0.000 0.004 0.392 0.000 0.000 0.476 0.020 NA
#> dkfz_11-073 1 0.2541 0.8707 0.848 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0438 0.9413 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-075 5 0.1155 0.6387 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0870 0.9172 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0125 0.9056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9448 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.2138 0.6051 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148 0.000 0.848 NA
#> dkfz_11-095 2 0.2830 0.8279 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0313 0.8826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 2 0.0395 0.8821 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-098 2 0.3601 0.7708 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004 NA
#> dkfz_11-099 5 0.4098 0.5424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.112 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0471 0.9034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.0808 0.8968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0313 0.8826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 2 0.2970 0.8195 0.000 0.800 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3023 0.8158 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 NA
#> dkfz_11-105 2 0.4319 0.6092 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.0669 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 NA
#> dkfz_11-107 2 0.1646 0.8675 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-108 2 0.4679 0.3887 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 NA
#> dkfz_11-109 2 0.0471 0.8840 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 2 0.2567 0.8448 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 NA
#> dkfz_11-111 6 0.1244 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 NA
#> dkfz_11-112 2 0.4542 0.5064 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.1341 0.8751 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 2 0.3149 0.8075 0.000 0.796 0.000 0.000 0.012 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0520 0.9046 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0224 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.1368 0.8581 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-118 6 0.3559 0.6676 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0395 0.9042 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> dkfz_11-120 2 0.1605 0.8703 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0125 0.9448 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.1341 0.8767 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 2 0.1195 0.8786 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0224 0.9443 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.4797 0.3165 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.556 0.008 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0395 0.8817 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 2 0.0614 0.8840 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0313 0.8826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 2 0.1887 0.8624 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-130 2 0.4776 0.2955 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 NA
#> dkfz_11-131 2 0.1945 0.8631 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-132 2 0.0313 0.8826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 2 0.0395 0.8830 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 2 0.0983 0.8813 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.0395 0.8817 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 4 0.5062 0.2858 0.000 0.000 0.000 0.588 0.244 0.000 0.124 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0313 0.9430 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0395 0.8817 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 5 0.4544 0.4752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.184 NA
#> dkfz_11-140 2 0.2031 0.8528 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0125 0.8834 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-142 6 0.1038 0.8895 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.0739 0.9770 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-144 3 0.0739 0.9783 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0536 0.9215 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-146 3 0.1373 0.9440 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0313 0.9813 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.0941 0.9193 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1051 0.9671 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-150 1 0.1118 0.9173 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0438 0.9049 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 NA
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1397 0.9516 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> dkfz_11-002 5 0.4786 -0.4618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.228 0.200 NA
#> dkfz_11-003 4 0.0952 0.9104 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-004 6 0.2150 0.8179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.012 0.024 NA
#> dkfz_11-005 1 0.2031 0.8563 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-006 1 0.1515 0.8738 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0565 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-008 1 0.2104 0.8528 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0331 0.9305 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0373 0.8524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.4630 0.2169 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.296 0.092 NA
#> dkfz_11-012 7 0.5035 -0.0342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.436 0.116 NA
#> dkfz_11-013 1 0.3070 0.7753 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 NA
#> dkfz_11-014 7 0.1959 0.5614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.868 0.012 NA
#> dkfz_11-015 5 0.4174 -0.2257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.148 0.192 NA
#> dkfz_11-016 5 0.3497 0.4230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.068 0.128 NA
#> dkfz_11-017 3 0.1417 0.9551 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 NA
#> dkfz_11-018 3 0.0585 0.9646 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-019 1 0.1660 0.8745 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0855 0.9641 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 2 0.2991 0.7644 0.000 0.816 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.112 NA
#> dkfz_11-023 5 0.5390 0.3185 0.000 0.080 0.000 0.000 0.620 0.000 0.096 0.124 NA
#> dkfz_11-024 1 0.1775 0.8670 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> dkfz_11-025 7 0.3239 0.2887 0.000 0.000 0.000 0.336 0.004 0.000 0.652 0.004 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0492 0.8814 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0446 0.8520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.1514 0.9477 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 NA
#> dkfz_11-029 3 0.1025 0.9620 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-030 3 0.0786 0.9633 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0492 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0492 0.9650 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0414 0.8543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-034 3 0.0585 0.9659 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-035 6 0.1242 0.8461 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-036 1 0.1795 0.8703 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> dkfz_11-037 4 0.6235 0.3173 0.040 0.036 0.000 0.540 0.028 0.000 0.068 0.060 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0741 0.8574 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0331 0.9316 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.1926 0.8214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-042 6 0.1140 0.8545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.5336 0.3258 0.012 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.124 0.164 NA
#> dkfz_11-044 5 0.4563 0.0254 0.000 0.004 0.000 0.000 0.620 0.000 0.084 0.252 NA
#> dkfz_11-045 7 0.1515 0.5751 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000 0.904 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.1856 0.8451 0.000 0.000 0.000 0.888 0.008 0.000 0.000 0.096 NA
#> dkfz_11-047 6 0.1131 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-048 1 0.3431 0.7986 0.776 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.008 0.024 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0212 0.9329 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 5 0.1077 0.3933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.024 NA
#> dkfz_11-051 6 0.1341 0.8452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0119 0.9340 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 3 0.0952 0.9626 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-054 5 0.4660 -0.5848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.180 0.284 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0741 0.8574 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0331 0.9316 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.0658 0.8584 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0331 0.9316 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-061 5 0.2608 0.3470 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.084 0.060 NA
#> dkfz_11-062 5 0.2065 0.4169 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.012 0.080 NA
#> dkfz_11-063 5 0.5282 0.3147 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.148 0.228 NA
#> dkfz_11-064 1 0.1170 0.8776 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-065 1 0.5399 0.4731 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.032 0.032 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0507 0.9648 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0585 0.9644 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-068 1 0.1744 0.8716 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0492 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-070 7 0.4919 -0.0503 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.448 0.112 NA
#> dkfz_11-071 6 0.5941 0.2894 0.000 0.004 0.000 0.000 0.040 0.512 0.232 0.088 NA
#> dkfz_11-072 6 0.5915 0.0793 0.000 0.008 0.376 0.000 0.000 0.404 0.032 0.052 NA
#> dkfz_11-073 1 0.2821 0.8308 0.816 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.020 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0414 0.9284 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.2326 0.2853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.048 0.072 NA
#> dkfz_11-091 1 0.1185 0.8786 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0331 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.1632 0.5721 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000 0.900 0.004 NA
#> dkfz_11-095 2 0.3061 0.7871 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0741 0.8574 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-097 2 0.0741 0.8587 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-098 2 0.3631 0.7430 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-099 5 0.4371 -0.1282 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.064 0.296 NA
#> dkfz_11-100 6 0.1151 0.8502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-101 6 0.1596 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0585 0.8591 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-103 2 0.3965 0.7549 0.000 0.740 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020 0.104 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3225 0.7694 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-105 2 0.4457 0.5297 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.1185 0.8483 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-107 2 0.1992 0.8378 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-108 2 0.4873 0.0926 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-109 2 0.0821 0.8630 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-110 2 0.3236 0.7816 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-111 6 0.1992 0.8179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-112 2 0.4787 0.3170 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.1519 0.8512 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-114 2 0.4480 0.7121 0.000 0.704 0.000 0.000 0.028 0.000 0.056 0.108 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0683 0.8510 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.1684 0.8360 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 NA
#> dkfz_11-118 6 0.3750 0.6577 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0939 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-120 2 0.1922 0.8471 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.1356 0.8554 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-123 2 0.1224 0.8577 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9348 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.4699 0.4940 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.552 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0658 0.8584 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-127 2 0.0876 0.8638 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0658 0.8584 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-129 2 0.2609 0.8036 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-130 6 0.4906 0.0876 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-131 2 0.2584 0.8220 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-132 2 0.0446 0.8628 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 2 0.0296 0.8627 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-134 2 0.1033 0.8622 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.0658 0.8584 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-136 4 0.5695 0.0889 0.000 0.000 0.000 0.508 0.228 0.000 0.180 0.056 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0331 0.9306 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0658 0.8584 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-139 8 0.4695 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.132 0.440 NA
#> dkfz_11-140 2 0.2784 0.8193 0.000 0.832 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.076 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0414 0.8618 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-142 6 0.1959 0.8189 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-143 3 0.1025 0.9605 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-144 3 0.1088 0.9594 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-145 1 0.1115 0.8791 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> dkfz_11-146 3 0.2731 0.8734 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.036 0.064 NA
#> dkfz_11-147 3 0.0928 0.9632 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-148 1 0.1744 0.8716 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1284 0.9605 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-150 1 0.1581 0.8763 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0296 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1991 0.9294 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040 0.036 NA
#> dkfz_11-002 5 0.4879 -0.2290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.204 0.012 0.260 NA
#> dkfz_11-003 4 0.1819 0.8720 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016 0.012 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-004 6 0.2608 0.7385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004 0.072 0.004 NA
#> dkfz_11-005 1 0.2332 0.7923 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.1557 0.8430 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0627 0.8089 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-008 1 0.2352 0.7888 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0756 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0356 0.8082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.5038 0.2650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.280 0.072 0.064 NA
#> dkfz_11-012 7 0.5633 0.0735 0.000 0.000 0.000 0.004 0.352 0.000 0.440 0.080 0.056 NA
#> dkfz_11-013 1 0.3386 0.7398 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048 0.020 NA
#> dkfz_11-014 7 0.1927 0.6142 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.880 0.012 0.012 NA
#> dkfz_11-015 5 0.4180 0.0797 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.120 0.020 0.192 NA
#> dkfz_11-016 5 0.3579 0.4179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.052 0.024 0.104 NA
#> dkfz_11-017 3 0.1737 0.9383 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.020 NA
#> dkfz_11-018 3 0.1046 0.9447 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012 NA
#> dkfz_11-019 1 0.1479 0.8399 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> dkfz_11-020 3 0.1239 0.9421 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.016 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0340 0.9219 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-022 2 0.3717 0.4868 0.000 0.736 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.128 0.108 NA
#> dkfz_11-023 5 0.5953 0.2939 0.000 0.096 0.000 0.000 0.568 0.000 0.064 0.112 0.072 NA
#> dkfz_11-024 1 0.1931 0.8293 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-025 7 0.2593 0.4287 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.772 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0898 0.8519 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0555 0.8063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-028 3 0.1233 0.9427 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012 NA
#> dkfz_11-029 3 0.1483 0.9415 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.032 NA
#> dkfz_11-030 3 0.1222 0.9428 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.004 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0605 0.8081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-032 3 0.0941 0.9425 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.008 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0340 0.8094 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-034 3 0.1366 0.9437 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024 0.012 NA
#> dkfz_11-035 6 0.1583 0.7918 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.024 0.004 NA
#> dkfz_11-036 1 0.1316 0.8455 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-037 4 0.5569 0.2071 0.032 0.028 0.000 0.468 0.004 0.000 0.040 0.064 0.004 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0469 0.7187 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-039 4 0.0671 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0315 0.9217 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-041 6 0.2234 0.7006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.192 0.000 NA
#> dkfz_11-042 6 0.2034 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.012 0.060 0.000 NA
#> dkfz_11-043 5 0.5281 0.3240 0.016 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.092 0.048 0.048 NA
#> dkfz_11-044 5 0.5986 -0.0740 0.000 0.016 0.000 0.000 0.444 0.000 0.048 0.180 0.264 NA
#> dkfz_11-045 7 0.1358 0.6314 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000 0.920 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.2738 0.8047 0.000 0.000 0.000 0.836 0.024 0.000 0.008 0.028 0.100 NA
#> dkfz_11-047 6 0.1236 0.7985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004 NA
#> dkfz_11-048 1 0.3516 0.7190 0.672 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0517 0.9200 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-050 5 0.2048 0.3946 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.028 0.020 0.040 NA
#> dkfz_11-051 6 0.1598 0.7744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.108 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0429 0.9209 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-053 3 0.1790 0.9349 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.000 0.008 0.032 0.016 NA
#> dkfz_11-054 5 0.4831 -0.4423 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.124 0.012 0.372 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0469 0.7187 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-056 4 0.0671 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0113 0.9226 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0340 0.9220 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-059 2 0.0426 0.7200 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.0671 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 NA
#> dkfz_11-061 5 0.3962 0.3618 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.084 0.052 0.104 NA
#> dkfz_11-062 5 0.2615 0.4134 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.016 0.020 0.096 NA
#> dkfz_11-063 5 0.5492 0.3023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.112 0.056 0.156 NA
#> dkfz_11-064 1 0.1572 0.8450 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> dkfz_11-065 1 0.5082 0.4605 0.476 0.000 0.000 0.008 0.000 0.144 0.016 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0638 0.9455 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012 NA
#> dkfz_11-067 3 0.0839 0.9450 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> dkfz_11-068 1 0.1386 0.8419 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0469 0.8084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-070 7 0.6029 -0.0954 0.000 0.000 0.000 0.004 0.360 0.000 0.368 0.100 0.120 NA
#> dkfz_11-071 6 0.6029 0.3257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.508 0.172 0.108 0.024 NA
#> dkfz_11-072 6 0.6409 0.0969 0.000 0.004 0.332 0.000 0.000 0.364 0.028 0.152 0.044 NA
#> dkfz_11-073 1 0.3368 0.7271 0.672 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0869 0.9100 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-075 5 0.2499 0.3275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.028 0.012 0.092 NA
#> dkfz_11-091 1 0.1176 0.8514 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0226 0.8093 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9228 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 7 0.1329 0.6278 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056 0.000 0.928 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-095 2 0.3289 0.4297 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.264 0.000 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0605 0.7171 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> dkfz_11-097 2 0.0885 0.7146 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> dkfz_11-098 2 0.4174 0.1567 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.300 0.000 NA
#> dkfz_11-099 5 0.5556 -0.1575 0.000 0.004 0.000 0.000 0.444 0.000 0.036 0.148 0.328 NA
#> dkfz_11-100 6 0.1088 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.052 0.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.1991 0.7335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.156 0.000 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0113 0.7217 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-103 2 0.4068 0.4790 0.000 0.644 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.272 0.048 NA
#> dkfz_11-104 2 0.3591 0.2439 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.340 0.004 NA
#> dkfz_11-105 2 0.4344 -0.4423 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.348 0.000 NA
#> dkfz_11-106 6 0.1496 0.7900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-107 2 0.2823 0.5495 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.004 NA
#> dkfz_11-108 2 0.4678 -0.8284 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.364 0.000 NA
#> dkfz_11-109 2 0.1250 0.7195 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004 NA
#> dkfz_11-110 2 0.3925 0.2363 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.320 0.004 NA
#> dkfz_11-111 6 0.2419 0.6633 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.224 0.000 NA
#> dkfz_11-112 2 0.4587 -0.7082 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.356 0.000 NA
#> dkfz_11-113 2 0.2020 0.6666 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 NA
#> dkfz_11-114 2 0.4797 0.3850 0.000 0.592 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040 0.272 0.060 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0605 0.8081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0226 0.9223 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-117 2 0.2279 0.6439 0.000 0.872 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.076 0.032 NA
#> dkfz_11-118 6 0.4081 -0.0696 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.324 0.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0929 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.004 NA
#> dkfz_11-120 2 0.2569 0.6149 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0226 0.9223 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.1980 0.6805 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.004 NA
#> dkfz_11-123 2 0.2112 0.6827 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0315 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-125 6 0.4794 -0.6636 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.412 0.004 0.372 0.000 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0315 0.7209 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-127 2 0.0898 0.7216 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0282 0.7215 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-129 2 0.2909 0.4508 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.312 0.000 NA
#> dkfz_11-130 8 0.4912 0.0000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.372 0.000 NA
#> dkfz_11-131 2 0.2840 0.5230 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.272 0.000 NA
#> dkfz_11-132 2 0.0469 0.7245 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> dkfz_11-133 2 0.0667 0.7231 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-134 2 0.1705 0.6914 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 NA
#> dkfz_11-135 2 0.0621 0.7199 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-136 4 0.5544 0.3593 0.000 0.000 0.000 0.580 0.184 0.000 0.100 0.040 0.056 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0469 0.9193 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0315 0.7214 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> dkfz_11-139 9 0.3940 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.036 0.020 0.604 NA
#> dkfz_11-140 2 0.3249 0.6041 0.000 0.752 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.192 0.036 NA
#> dkfz_11-141 2 0.0492 0.7247 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-142 6 0.2234 0.7019 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.192 0.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.1850 0.9315 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040 0.040 NA
#> dkfz_11-144 3 0.1782 0.9297 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032 0.044 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0885 0.8520 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> dkfz_11-146 3 0.3753 0.7577 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140 0.040 NA
#> dkfz_11-147 3 0.1040 0.9448 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.012 NA
#> dkfz_11-148 1 0.1316 0.8438 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1611 0.9331 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.028 NA
#> dkfz_11-150 1 0.1162 0.8456 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0750 0.8117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.004 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:skmeans 133 5.98e-24 6.77e-08 2
#> MAD:skmeans 135 7.57e-41 1.89e-09 3
#> MAD:skmeans 133 4.55e-69 9.17e-11 4
#> MAD:skmeans 133 1.37e-88 6.14e-24 5
#> MAD:skmeans 129 4.32e-87 9.98e-27 6
#> MAD:skmeans 123 1.40e-84 7.13e-27 7
#> MAD:skmeans 122 2.17e-83 7.82e-27 8
#> MAD:skmeans 109 1.08e-71 3.02e-25 9
#> MAD:skmeans 99 6.72e-72 2.58e-25 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 10.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.489 0.908 0.878 0.45305 0.540 0.540
#> 3 3 0.937 0.930 0.970 0.42654 0.782 0.608
#> 4 4 0.719 0.795 0.860 0.10630 0.930 0.805
#> 5 5 0.925 0.915 0.962 0.10816 0.871 0.595
#> 6 6 0.935 0.913 0.959 0.04298 0.933 0.699
#> 7 7 0.925 0.897 0.953 0.01336 0.987 0.926
#> 8 8 0.965 0.907 0.962 0.01506 0.985 0.909
#> 9 9 0.949 0.835 0.935 0.00859 0.995 0.969
#> 10 10 0.963 0.896 0.955 0.00929 0.984 0.889
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 10
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 5 6 7 8
There is also optional best \(k\) = 3 5 6 7 8 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3584 0.903 0.932 0.068
#> dkfz_11-003 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-004 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-005 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-008 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.9323 0.624 0.348 0.652
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.1184 0.900 0.016 0.984
#> dkfz_11-015 1 0.5178 0.862 0.884 0.116
#> dkfz_11-016 2 0.7056 0.694 0.192 0.808
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-023 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-024 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-026 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-027 1 0.0938 0.949 0.988 0.012
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0376 0.952 0.996 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-032 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-033 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-034 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-035 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-036 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.9608 0.546 0.384 0.616
#> dkfz_11-038 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-039 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-042 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-043 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-044 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-045 1 0.0938 0.949 0.988 0.012
#> dkfz_11-046 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-047 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-048 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-049 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-050 1 0.5408 0.861 0.876 0.124
#> dkfz_11-051 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-052 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-053 2 0.7219 0.681 0.200 0.800
#> dkfz_11-054 1 0.5178 0.862 0.884 0.116
#> dkfz_11-055 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-056 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-060 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-061 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-062 1 0.2603 0.916 0.956 0.044
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-065 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-066 1 0.6887 0.828 0.816 0.184
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.5408 0.934 0.124 0.876
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-072 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-073 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.5408 0.861 0.876 0.124
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-095 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-096 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-097 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-098 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-099 1 0.5178 0.862 0.884 0.116
#> dkfz_11-100 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-101 1 0.9044 0.451 0.680 0.320
#> dkfz_11-102 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-103 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-104 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-105 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-106 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-107 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-108 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-109 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-110 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-111 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-112 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-113 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-114 1 0.8763 0.504 0.704 0.296
#> dkfz_11-115 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.9044 0.684 0.320 0.680
#> dkfz_11-118 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-119 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-120 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-123 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-126 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-127 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-128 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-129 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-130 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-131 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-132 2 0.2423 0.910 0.040 0.960
#> dkfz_11-133 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-134 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-135 2 0.5178 0.938 0.116 0.884
#> dkfz_11-136 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.895 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.7950 0.812 0.240 0.760
#> dkfz_11-141 2 0.5294 0.939 0.120 0.880
#> dkfz_11-142 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
#> dkfz_11-143 2 0.0376 0.894 0.004 0.996
#> dkfz_11-144 1 0.9815 0.452 0.580 0.420
#> dkfz_11-145 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.5178 0.939 0.116 0.884
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-003 2 0.4062 0.790 0.164 0.836 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-006 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-009 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.5882 0.462 0.000 0.652 0.348
#> dkfz_11-011 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 2 0.0237 0.972 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-015 1 0.5098 0.696 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-016 1 0.6875 0.703 0.724 0.080 0.196
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-023 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-024 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-025 1 0.0424 0.951 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-026 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-027 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0424 0.956 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 1 0.0661 0.951 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-037 2 0.6095 0.351 0.000 0.608 0.392
#> dkfz_11-038 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-039 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-044 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-045 1 0.6416 0.425 0.616 0.008 0.376
#> dkfz_11-046 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-049 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.4887 0.726 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.5036 0.828 0.832 0.048 0.120
#> dkfz_11-054 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-055 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-056 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-060 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-062 3 0.2448 0.883 0.000 0.076 0.924
#> dkfz_11-063 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-065 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-066 3 0.4346 0.749 0.000 0.184 0.816
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-073 3 0.0661 0.958 0.004 0.008 0.988
#> dkfz_11-074 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0747 0.949 0.984 0.000 0.016
#> dkfz_11-091 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-097 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.2356 0.892 0.072 0.000 0.928
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 3 0.6235 0.257 0.000 0.436 0.564
#> dkfz_11-102 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-103 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.6154 0.320 0.000 0.408 0.592
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.4654 0.729 0.000 0.792 0.208
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-121 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-124 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-127 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-133 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 2 0.3482 0.844 0.000 0.872 0.128
#> dkfz_11-141 2 0.0424 0.973 0.000 0.992 0.008
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-144 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-145 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 3 0.0424 0.960 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0188 0.823 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.4804 0.710 0.384 0.616 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.2704 0.700 0.876 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3942 0.804 0.236 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.4313 0.753 0.064 0.108 0.004 0.824
#> dkfz_11-015 4 0.4594 0.606 0.280 0.000 0.008 0.712
#> dkfz_11-016 4 0.6995 0.602 0.184 0.096 0.056 0.664
#> dkfz_11-017 3 0.0188 0.821 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.0336 0.860 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.4677 0.774 0.316 0.680 0.004 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-025 4 0.6824 0.436 0.316 0.108 0.004 0.572
#> dkfz_11-026 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.0000 0.595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0188 0.821 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0336 0.821 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4655 0.538 0.000 0.004 0.684 0.312
#> dkfz_11-033 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 4 0.0188 0.909 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-035 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4981 0.591 0.464 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.2654 0.806 0.000 0.108 0.004 0.888
#> dkfz_11-045 1 0.4509 0.221 0.708 0.000 0.004 0.288
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 4 0.4482 0.633 0.264 0.000 0.008 0.728
#> dkfz_11-051 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.4477 0.541 0.000 0.000 0.688 0.312
#> dkfz_11-054 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 4 0.2654 0.806 0.000 0.108 0.004 0.888
#> dkfz_11-062 3 0.5212 0.524 0.192 0.068 0.740 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.2814 0.711 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3356 0.676 0.000 0.176 0.824 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.2704 0.700 0.876 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4222 0.239 0.728 0.000 0.272 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.3710 0.750 0.804 0.000 0.192 0.004
#> dkfz_11-074 4 0.0336 0.907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-075 4 0.2773 0.817 0.116 0.000 0.004 0.880
#> dkfz_11-091 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.2921 0.717 0.860 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0188 0.862 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.1637 0.799 0.000 0.000 0.940 0.060
#> dkfz_11-100 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.2944 0.458 0.868 0.128 0.004 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0188 0.862 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.2928 0.490 0.880 0.108 0.012 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.3893 0.645 0.196 0.796 0.008 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.4331 0.788 0.288 0.712 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0376 0.863 0.004 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2345 0.843 0.100 0.900 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1389 0.855 0.048 0.952 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0188 0.909 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.4086 0.751 0.216 0.776 0.008 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.4500 0.534 0.000 0.000 0.684 0.316
#> dkfz_11-144 3 0.4500 0.534 0.000 0.000 0.684 0.316
#> dkfz_11-145 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3356 0.663 0.176 0.000 0.824 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.4500 0.832 0.684 0.000 0.316 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4500 0.777 0.316 0.684 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.3177 0.756 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> dkfz_11-012 2 0.4101 0.424 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.3983 0.502 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> dkfz_11-015 4 0.4060 0.485 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.7221 0.483 0.188 0.072 0.204 0.536 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0162 0.964 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.0290 0.898 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-035 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.0510 0.933 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-044 4 0.3305 0.709 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.3983 0.525 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> dkfz_11-051 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.3305 0.709 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.2966 0.755 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2471 0.836 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.3143 0.762 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-071 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 5 0.0771 0.961 0.020 0.000 0.004 0.000 0.976
#> dkfz_11-073 5 0.3177 0.736 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-074 4 0.2230 0.814 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-075 4 0.3336 0.700 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2966 0.785 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.1043 0.941 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.4604 0.306 0.560 0.012 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-115 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3109 0.732 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.1732 0.895 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0162 0.964 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3774 0.587 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-131 2 0.1270 0.920 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0290 0.898 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0162 0.984 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.4216 0.747 0.120 0.780 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0794 0.960 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.1910 0.880 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.2146 0.849 0.004 0.000 0.000 0.000 0.880 0.116
#> dkfz_11-012 2 0.3807 0.410 0.000 0.628 0.000 0.000 0.004 0.368
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2250 0.858 0.000 0.000 0.000 0.020 0.888 0.092
#> dkfz_11-015 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.0291 0.875 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.2048 0.851 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3854 0.203 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3620 0.382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 4 0.1563 0.945 0.000 0.000 0.012 0.932 0.056 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.2358 0.873 0.876 0.000 0.000 0.000 0.108 0.016
#> dkfz_11-044 5 0.0547 0.873 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 4 0.1075 0.958 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3198 0.611 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.3851 0.258 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1327 0.943 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0363 0.873 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-062 5 0.0363 0.873 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.2219 0.831 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 5 0.2442 0.826 0.004 0.000 0.000 0.000 0.852 0.144
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 6 0.0692 0.947 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976
#> dkfz_11-073 6 0.2854 0.734 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2664 0.753 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2048 0.851 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1714 0.843 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2048 0.851 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0937 0.927 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2146 0.849 0.004 0.000 0.000 0.000 0.880 0.116
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.2048 0.851 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0146 0.984 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.1556 0.882 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2191 0.850 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3390 0.577 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-131 2 0.4619 0.310 0.000 0.600 0.000 0.000 0.348 0.052
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1563 0.930 0.000 0.056 0.000 0.932 0.012 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.3464 0.563 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2511 0.867 0.000 0.056 0.000 0.000 0.880 0.064
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0603 0.961 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.2174 0.841 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 6 0.0422 0.951 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.2005 0.805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3505 0.409 0.000 0.628 0.000 0.000 0.004 0.368 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2875 0.761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.020 0.176
#> dkfz_11-015 5 0.0134 0.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-016 5 0.0134 0.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-022 5 0.2043 0.816 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3549 0.207 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3334 0.377 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.2546 0.836 0.848 0.000 0.000 0.000 0.132 0.016 0.004
#> dkfz_11-044 5 0.2005 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 7 0.1625 0.883 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-050 5 0.0134 0.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0656 0.932 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-053 3 0.2945 0.609 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.3673 0.262 0.528 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-061 7 0.2259 0.822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> dkfz_11-062 5 0.0134 0.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.2043 0.824 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.2259 0.782 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.0637 0.946 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.2628 0.732 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0134 0.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2453 0.730 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.2043 0.816 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.1482 0.819 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2043 0.816 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0863 0.925 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2043 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.2043 0.816 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.3370 0.401 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> dkfz_11-125 6 0.1433 0.878 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.2174 0.816 0.000 0.136 0.000 0.000 0.860 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3122 0.577 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.4253 0.297 0.000 0.600 0.000 0.000 0.348 0.052 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.0134 0.970 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 5 0.3237 0.536 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.2527 0.833 0.000 0.072 0.000 0.000 0.864 0.064 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0990 0.931 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.947 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.2459 0.772 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.0471 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0125 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.3280 0.414 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.368 0.004 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.1195 0.851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> dkfz_11-015 5 0.1876 0.775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2406 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 8 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 7 0.0125 0.903 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.3321 0.121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3119 0.415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0125 0.975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.0125 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 8 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2558 0.758 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0125 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-045 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 8 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 8 0.0983 0.916 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-050 5 0.0313 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.1947 0.819 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-053 3 0.2776 0.626 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.4037 0.699 0.248 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.092 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 8 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 8 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 8 0.2875 0.627 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.004 0.736
#> dkfz_11-062 5 0.0313 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1912 0.818 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.1195 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.0596 0.944 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.2459 0.719 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0313 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2296 0.680 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0224 0.901 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0125 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0125 0.903 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0808 0.923 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0125 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0125 0.903 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.3070 0.480 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> dkfz_11-125 6 0.1341 0.873 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0614 0.881 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2921 0.554 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3980 0.355 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.052 0.348 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 8 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.2380 0.666 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0125 0.903 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0749 0.957 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-144 3 0.0125 0.975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.4345 0.595259 0.204 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.0446 0.936566 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.938276 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.4522 0.061228 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.396 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.3705 0.249966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.416 0.036
#> dkfz_11-015 5 0.1857 0.685669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2277 0.634457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.0000 0.909439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 7 0.3143 -0.000108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 8 0.4931 -0.127423 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.300 0.416 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3070 0.313961 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 9 0.3070 0.504764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 9 0.0000 0.909439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.938276 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2421 0.664974 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.3090 0.239841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-046 9 0.0000 0.909439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 9 0.0876 0.872343 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-050 5 0.0119 0.749464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2089 0.780434 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-053 3 0.3889 0.330981 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.264 0.092 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.5072 0.473152 0.248 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.012 0.284 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 9 0.0000 0.909439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.938276 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 9 0.0000 0.909439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 9 0.0000 0.909439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 9 0.3630 0.458472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.048 0.000 0.636
#> dkfz_11-062 5 0.0119 0.749464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1810 0.787010 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.1131 0.784215 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.0565 0.932021 0.020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.2327 0.671082 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.938276 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0119 0.749464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0212 0.933809 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-094 1 0.3546 0.308954 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0119 0.858258 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0764 0.905518 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.938276 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.938276 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2810 0.540423 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-125 6 0.1269 0.845771 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0581 0.830894 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2765 0.511624 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3766 0.350499 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.052 0.348 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 9 0.0000 0.909439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.938276 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.2327 0.566169 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.861444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.957677 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3295 -0.389994 0.000 0.000 0.408 0.000 0.004 0.000 0.000 0.584 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.3070 0.313961 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.893501 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.969706 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.953368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 5 0.4251 0.501 0.204 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.0426 0.959 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.2465 0.596 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.016 0.792 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.1772 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.128 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.2173 0.615 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 10 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 9 0.2999 0.154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.2413 0.692 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.2413 0.493 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 10 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2310 0.635 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 10 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 10 0.0888 0.885 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-050 5 0.0000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2073 0.759 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-053 8 0.5145 0.328 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.032 0.376 0.232 0.000
#> dkfz_11-054 5 0.4846 0.281 0.248 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.332 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 10 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 10 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 10 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 10 0.4319 0.431 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.128 0.000 0.016 0.588
#> dkfz_11-062 5 0.0000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1727 0.823 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 9 0.1079 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.0426 0.957 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.2221 0.718 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.0000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0202 0.931 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-094 7 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.0113 0.895 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0729 0.931 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2623 0.573 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> dkfz_11-125 6 0.1211 0.877 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.0555 0.866 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2638 0.513 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3594 0.358 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 10 0.0000 0.937 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.935 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.2221 0.595 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> dkfz_11-140 9 0.0000 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.2413 0.692 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:pam 134 1.21e-17 1.97e-07 2
#> MAD:pam 131 1.88e-33 2.30e-18 3
#> MAD:pam 131 4.17e-53 4.85e-20 4
#> MAD:pam 132 1.67e-56 3.95e-27 5
#> MAD:pam 131 5.97e-76 5.06e-34 6
#> MAD:pam 130 4.19e-70 7.11e-31 7
#> MAD:pam 131 8.10e-73 4.77e-30 8
#> MAD:pam 123 2.32e-71 5.20e-30 9
#> MAD:pam 130 1.98e-75 1.70e-29 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.4860 0.518 0.518
#> 3 3 0.794 0.857 0.916 0.3012 0.857 0.727
#> 4 4 0.782 0.834 0.907 0.0909 0.901 0.754
#> 5 5 0.772 0.674 0.799 0.1209 0.825 0.499
#> 6 6 0.785 0.587 0.729 0.0367 0.880 0.519
#> 7 7 0.757 0.643 0.809 0.0335 0.864 0.435
#> 8 8 0.787 0.592 0.769 0.0316 0.933 0.655
#> 9 9 0.835 0.630 0.787 0.0273 0.932 0.601
#> 10 10 0.896 0.757 0.848 0.0191 0.956 0.681
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.706 0.774 0.808 0.192
#> dkfz_11-023 1 0.900 0.563 0.684 0.316
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 1 0.680 0.790 0.820 0.180
#> dkfz_11-104 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 1 0.671 0.796 0.824 0.176
#> dkfz_11-115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.760 0.733 0.780 0.220
#> dkfz_11-118 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.714 0.769 0.804 0.196
#> dkfz_11-141 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.984 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 3 0.4887 0.719 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-003 1 0.1643 0.994 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-006 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 3 0.6045 0.601 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-009 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-012 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-014 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-015 3 0.4887 0.719 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-016 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-022 3 0.0892 0.817 0.000 0.020 0.980
#> dkfz_11-023 3 0.3192 0.722 0.000 0.112 0.888
#> dkfz_11-024 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-025 3 0.5650 0.653 0.312 0.000 0.688
#> dkfz_11-026 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-037 3 0.2625 0.799 0.084 0.000 0.916
#> dkfz_11-038 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-040 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.6386 0.411 0.004 0.584 0.412
#> dkfz_11-043 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-045 3 0.5948 0.605 0.360 0.000 0.640
#> dkfz_11-046 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.5968 0.604 0.364 0.000 0.636
#> dkfz_11-049 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-050 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-054 3 0.4887 0.719 0.228 0.000 0.772
#> dkfz_11-055 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-056 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-057 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-058 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-059 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-061 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-063 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-064 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-065 3 0.6045 0.601 0.380 0.000 0.620
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.1860 0.811 0.052 0.000 0.948
#> dkfz_11-071 2 0.6008 0.505 0.000 0.628 0.372
#> dkfz_11-072 3 0.1964 0.783 0.000 0.056 0.944
#> dkfz_11-073 3 0.5948 0.605 0.360 0.000 0.640
#> dkfz_11-074 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-075 3 0.3619 0.774 0.136 0.000 0.864
#> dkfz_11-091 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-094 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.1015 0.962 0.012 0.980 0.008
#> dkfz_11-098 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.1753 0.790 0.000 0.048 0.952
#> dkfz_11-104 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3192 0.865 0.000 0.888 0.112
#> dkfz_11-107 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.1529 0.797 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-115 2 0.4062 0.806 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-116 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-117 3 0.2625 0.754 0.000 0.084 0.916
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2845 0.910 0.012 0.920 0.068
#> dkfz_11-121 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-122 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-124 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-125 2 0.4555 0.762 0.000 0.800 0.200
#> dkfz_11-126 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1529 0.936 0.000 0.960 0.040
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-137 1 0.1529 1.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-138 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1529 0.815 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-140 3 0.2356 0.767 0.000 0.072 0.928
#> dkfz_11-141 2 0.0592 0.967 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.825 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 3 0.6079 0.598 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.5217 0.485 0.380 0.000 0.608 0.012
#> dkfz_11-003 3 0.4843 0.459 0.000 0.000 0.604 0.396
#> dkfz_11-004 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-006 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-007 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 3 0.5364 0.456 0.392 0.000 0.592 0.016
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 3 0.2973 0.755 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-014 3 0.2973 0.755 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.5110 0.530 0.352 0.000 0.636 0.012
#> dkfz_11-016 3 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 3 0.3764 0.633 0.000 0.216 0.784 0.000
#> dkfz_11-023 3 0.4543 0.511 0.000 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4284 0.755 0.764 0.000 0.224 0.012
#> dkfz_11-025 3 0.5110 0.534 0.352 0.000 0.636 0.012
#> dkfz_11-026 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-027 2 0.1302 0.930 0.044 0.956 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2281 0.776 0.096 0.000 0.904 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-037 3 0.5057 0.552 0.340 0.000 0.648 0.012
#> dkfz_11-038 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 3 0.5948 0.500 0.036 0.316 0.636 0.012
#> dkfz_11-043 3 0.3324 0.752 0.136 0.000 0.852 0.012
#> dkfz_11-044 3 0.2530 0.770 0.112 0.000 0.888 0.000
#> dkfz_11-045 3 0.5189 0.502 0.372 0.000 0.616 0.012
#> dkfz_11-046 4 0.0592 0.977 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-047 2 0.2011 0.914 0.080 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 3 0.5364 0.456 0.392 0.000 0.592 0.016
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 3 0.2973 0.755 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 3 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.5231 0.478 0.384 0.000 0.604 0.012
#> dkfz_11-055 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0592 0.977 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-061 3 0.2973 0.755 0.144 0.000 0.856 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-065 3 0.5174 0.506 0.368 0.000 0.620 0.012
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-069 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 3 0.3428 0.747 0.144 0.000 0.844 0.012
#> dkfz_11-071 3 0.5353 0.304 0.012 0.432 0.556 0.000
#> dkfz_11-072 3 0.1302 0.787 0.000 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-073 3 0.6805 0.474 0.148 0.000 0.592 0.260
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 3 0.3672 0.733 0.164 0.000 0.824 0.012
#> dkfz_11-091 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-092 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 3 0.5360 0.353 0.436 0.000 0.552 0.012
#> dkfz_11-095 2 0.0188 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.5016 0.241 0.004 0.600 0.396 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0336 0.941 0.008 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 3 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2081 0.912 0.084 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.3528 0.666 0.000 0.192 0.808 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0469 0.939 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.3836 0.758 0.016 0.816 0.168 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.2216 0.752 0.000 0.092 0.908 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.5130 0.427 0.016 0.652 0.332 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 3 0.4331 0.550 0.000 0.288 0.712 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2149 0.910 0.088 0.912 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.3529 0.780 0.012 0.836 0.152 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.5313 0.307 0.016 0.608 0.376 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1488 0.921 0.012 0.956 0.032 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0188 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.0592 0.977 0.000 0.000 0.016 0.984
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.996 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0469 0.801 0.012 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-140 3 0.3266 0.688 0.000 0.168 0.832 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0469 0.942 0.012 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.2610 0.983 0.900 0.000 0.088 0.012
#> dkfz_11-151 2 0.0592 0.939 0.016 0.984 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.3395 0.7815 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-002 1 0.4865 0.3739 0.552 0.000 0.428 0.008 0.012
#> dkfz_11-003 4 0.3501 0.8449 0.060 0.000 0.028 0.856 0.056
#> dkfz_11-004 5 0.4235 0.5929 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-005 1 0.0162 0.8348 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-008 1 0.1869 0.8197 0.936 0.000 0.028 0.008 0.028
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-011 3 0.4126 0.7109 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> dkfz_11-012 3 0.5595 0.6792 0.084 0.000 0.560 0.000 0.356
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.5474 0.6927 0.076 0.000 0.576 0.000 0.348
#> dkfz_11-015 3 0.4734 0.2246 0.344 0.000 0.632 0.008 0.016
#> dkfz_11-016 3 0.2471 0.8115 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> dkfz_11-017 3 0.0880 0.8079 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-018 3 0.2929 0.7959 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8031 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.3550 0.6022 0.000 0.236 0.760 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.4937 -0.5480 0.000 0.028 0.428 0.000 0.544
#> dkfz_11-024 1 0.3093 0.7130 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 1 0.7099 -0.0872 0.408 0.000 0.372 0.024 0.196
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.4201 0.6018 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> dkfz_11-028 3 0.0162 0.8045 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8031 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2424 0.8077 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-031 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-032 3 0.0963 0.8088 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-033 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-034 3 0.1818 0.8065 0.024 0.000 0.932 0.000 0.044
#> dkfz_11-035 5 0.4235 0.5929 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 3 0.7372 0.2347 0.320 0.000 0.380 0.028 0.272
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0963 0.9536 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 5 0.4235 0.5929 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-042 5 0.7050 -0.4824 0.248 0.000 0.368 0.012 0.372
#> dkfz_11-043 3 0.5351 0.6788 0.060 0.000 0.560 0.000 0.380
#> dkfz_11-044 3 0.3130 0.8047 0.048 0.000 0.856 0.000 0.096
#> dkfz_11-045 1 0.6551 0.3175 0.540 0.000 0.308 0.028 0.124
#> dkfz_11-046 4 0.1364 0.9442 0.036 0.000 0.012 0.952 0.000
#> dkfz_11-047 5 0.4219 0.5992 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-048 1 0.5100 0.7087 0.748 0.000 0.096 0.040 0.116
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.2046 0.7764 0.068 0.000 0.916 0.000 0.016
#> dkfz_11-051 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.1792 0.8153 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-054 1 0.4865 0.3739 0.552 0.000 0.428 0.008 0.012
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0963 0.9536 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.5138 0.7525 0.084 0.000 0.684 0.004 0.228
#> dkfz_11-062 3 0.2280 0.8106 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> dkfz_11-063 3 0.4015 0.7244 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-064 1 0.0404 0.8334 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.4800 0.3095 0.604 0.000 0.368 0.028 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0290 0.8030 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.8031 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-070 3 0.5781 0.6689 0.076 0.000 0.552 0.008 0.364
#> dkfz_11-071 5 0.6205 -0.2014 0.000 0.156 0.332 0.000 0.512
#> dkfz_11-072 3 0.4757 0.7009 0.000 0.024 0.596 0.000 0.380
#> dkfz_11-073 1 0.5863 0.6093 0.660 0.000 0.028 0.196 0.116
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.2349 0.7578 0.084 0.000 0.900 0.004 0.012
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.1484 0.8175 0.944 0.000 0.048 0.008 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.3999 0.1975 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3343 0.6904 0.000 0.812 0.016 0.000 0.172
#> dkfz_11-098 2 0.1270 0.8327 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> dkfz_11-099 3 0.0290 0.8033 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-100 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-101 5 0.4219 0.5992 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.4747 -0.6274 0.000 0.016 0.488 0.000 0.496
#> dkfz_11-104 2 0.1478 0.8213 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-105 2 0.2690 0.6955 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-106 5 0.4219 0.5962 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> dkfz_11-107 2 0.1608 0.8137 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-108 2 0.4307 -0.4236 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 5 0.4235 0.5929 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-112 2 0.4307 -0.4229 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4306 -0.6273 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> dkfz_11-115 5 0.4192 0.5940 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.6432 0.5536 0.000 0.196 0.484 0.000 0.320
#> dkfz_11-118 5 0.4249 0.5774 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> dkfz_11-119 5 0.4138 0.6075 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> dkfz_11-120 2 0.3555 0.7066 0.000 0.824 0.052 0.000 0.124
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 5 0.4898 0.5343 0.000 0.376 0.032 0.000 0.592
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1671 0.8243 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 5 0.4235 0.5929 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-131 2 0.4088 0.1015 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.2297 0.9110 0.060 0.000 0.008 0.912 0.020
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9786 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.1485 0.7941 0.032 0.000 0.948 0.000 0.020
#> dkfz_11-140 5 0.4443 -0.6031 0.000 0.004 0.472 0.000 0.524
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 5 0.4235 0.5929 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> dkfz_11-143 3 0.0963 0.8088 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-144 3 0.1043 0.8093 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8031 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2966 0.7948 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.4060 0.7196 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 5 0.4235 0.5929 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.4882 0.0866 0.512 0.000 0.000 0.428 0.060 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.3278 0.2454 0.000 0.152 0.000 0.808 0.040 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.4429 0.7925 0.548 0.000 0.000 0.028 0.424 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-008 1 0.4882 0.0866 0.512 0.000 0.000 0.428 0.060 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-011 3 0.4899 0.8644 0.000 0.000 0.488 0.452 0.060 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.4698 0.8855 0.000 0.000 0.044 0.452 0.504 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4899 0.8713 0.000 0.000 0.060 0.452 0.488 0.000
#> dkfz_11-015 4 0.5553 -0.8403 0.104 0.000 0.008 0.444 0.444 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.4366 0.7951 0.548 0.000 0.000 0.024 0.428 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.4584 -0.1791 0.000 0.512 0.036 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.4344 0.1781 0.000 0.000 0.036 0.336 0.000 0.628
#> dkfz_11-024 1 0.6080 0.2326 0.396 0.000 0.000 0.288 0.316 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3838 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3634 0.6480 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> dkfz_11-028 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-032 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-034 3 0.4322 0.9483 0.000 0.000 0.528 0.452 0.020 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3843 0.8869 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.4584 0.6211 0.000 0.452 0.000 0.512 0.036 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 5 0.5482 0.6106 0.000 0.000 0.000 0.292 0.548 0.160
#> dkfz_11-043 5 0.4852 0.8764 0.000 0.000 0.056 0.452 0.492 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.5581 -0.8479 0.000 0.000 0.140 0.452 0.408 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.3838 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4555 0.6090 0.000 0.424 0.000 0.540 0.036 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0363 0.6680 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-048 4 0.5962 -0.6334 0.300 0.000 0.000 0.448 0.252 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 4 0.5329 -0.8893 0.000 0.000 0.104 0.452 0.444 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-052 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.4882 0.0866 0.512 0.000 0.000 0.428 0.060 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4561 0.6115 0.000 0.428 0.000 0.536 0.036 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.4852 0.8764 0.000 0.000 0.056 0.452 0.492 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.3864 0.7949 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3838 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-070 5 0.4520 0.8896 0.000 0.000 0.032 0.448 0.520 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.2527 0.5954 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> dkfz_11-072 4 0.5962 -0.5984 0.000 0.000 0.268 0.452 0.000 0.280
#> dkfz_11-073 4 0.1594 -0.1508 0.016 0.000 0.000 0.932 0.052 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.5296 0.8012 0.000 0.000 0.100 0.448 0.452 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-093 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.5128 0.1225 0.504 0.000 0.000 0.412 0.084 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.4067 0.5547 0.000 0.548 0.000 0.008 0.000 0.444
#> dkfz_11-096 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.4544 0.5582 0.000 0.548 0.000 0.036 0.000 0.416
#> dkfz_11-098 2 0.3843 0.5508 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-099 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-101 6 0.4064 0.6485 0.000 0.000 0.336 0.020 0.000 0.644
#> dkfz_11-102 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 4 0.5450 -0.8434 0.000 0.000 0.428 0.452 0.000 0.120
#> dkfz_11-104 2 0.3843 0.5508 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> dkfz_11-105 6 0.3706 -0.1853 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-106 6 0.1444 0.6489 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> dkfz_11-107 2 0.3864 0.5065 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> dkfz_11-108 6 0.1765 0.5575 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-109 2 0.4067 0.5589 0.008 0.548 0.000 0.000 0.000 0.444
#> dkfz_11-110 2 0.3847 0.5453 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-111 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 6 0.2912 0.3312 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> dkfz_11-113 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.4852 0.8676 0.000 0.000 0.492 0.452 0.000 0.056
#> dkfz_11-115 6 0.2697 0.5761 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> dkfz_11-116 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 4 0.5818 -0.8319 0.000 0.108 0.432 0.440 0.000 0.020
#> dkfz_11-118 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 6 0.3843 0.6240 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-120 6 0.3923 -0.3069 0.000 0.416 0.000 0.004 0.000 0.580
#> dkfz_11-121 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.4949 0.6023 0.072 0.548 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-123 2 0.5563 0.6511 0.192 0.548 0.000 0.000 0.000 0.260
#> dkfz_11-124 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.0146 0.6663 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-126 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4488 0.5584 0.000 0.548 0.000 0.032 0.000 0.420
#> dkfz_11-128 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3971 0.5552 0.004 0.548 0.000 0.000 0.000 0.448
#> dkfz_11-130 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 6 0.3747 -0.2348 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> dkfz_11-132 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.5020 0.6894 0.372 0.548 0.000 0.000 0.000 0.080
#> dkfz_11-134 2 0.5303 0.6244 0.120 0.548 0.000 0.000 0.000 0.332
#> dkfz_11-135 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.5361 -0.6325 0.000 0.448 0.000 0.444 0.108 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.3843 0.6375 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.3843 0.6965 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.4072 0.9678 0.000 0.000 0.544 0.448 0.008 0.000
#> dkfz_11-140 3 0.4945 0.8485 0.000 0.000 0.484 0.452 0.000 0.064
#> dkfz_11-141 2 0.5404 0.6796 0.312 0.548 0.000 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-142 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3843 0.9809 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.3843 0.8065 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.6662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0134 0.73025 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.5406 -0.25449 0.216 0.000 0.464 0.000 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4738 -0.06568 0.000 0.000 0.084 0.484 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.2878 0.63711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> dkfz_11-005 1 0.2368 0.76493 0.876 0.000 0.064 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 7 0.0863 0.89942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-008 5 0.5165 0.44066 0.336 0.000 0.160 0.000 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 7 0.0797 0.89947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-011 3 0.1375 0.71315 0.000 0.000 0.936 0.000 0.056 0.004 0.004
#> dkfz_11-012 3 0.3680 -0.15355 0.000 0.000 0.512 0.004 0.484 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 3 0.3514 0.00556 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 3 0.4471 -0.28100 0.056 0.000 0.476 0.000 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 3 0.0000 0.73096 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1897 0.70040 0.000 0.000 0.900 0.000 0.084 0.000 0.016
#> dkfz_11-018 3 0.0755 0.72804 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2335 0.67928 0.000 0.000 0.864 0.000 0.116 0.000 0.020
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.2734 0.52771 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.4721 0.40133 0.000 0.000 0.180 0.000 0.148 0.660 0.012
#> dkfz_11-024 5 0.3926 0.00907 0.488 0.000 0.016 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.4301 0.72634 0.024 0.000 0.172 0.084 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 7 0.3346 0.40564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> dkfz_11-028 3 0.2335 0.67928 0.000 0.000 0.864 0.000 0.116 0.000 0.020
#> dkfz_11-029 3 0.2335 0.67928 0.000 0.000 0.864 0.000 0.116 0.000 0.020
#> dkfz_11-030 3 0.0239 0.73054 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-031 7 0.0863 0.89942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.73096 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 7 0.0656 0.89684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-034 3 0.0728 0.72055 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.2878 0.63711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.4174 0.72005 0.012 0.000 0.180 0.088 0.720 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2188 0.80684 0.000 0.000 0.068 0.888 0.044 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.2878 0.64003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> dkfz_11-042 6 0.4696 -0.11952 0.000 0.000 0.012 0.012 0.464 0.484 0.028
#> dkfz_11-043 5 0.3678 0.14230 0.000 0.000 0.480 0.000 0.516 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 3 0.2628 0.55715 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4278 0.72776 0.028 0.000 0.160 0.084 0.728 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.3556 0.65378 0.000 0.000 0.132 0.772 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.2901 0.63233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> dkfz_11-048 5 0.5181 0.71258 0.100 0.000 0.160 0.084 0.656 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 3 0.3432 0.14828 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 7 0.0656 0.89684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.0000 0.73096 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.5398 -0.24377 0.216 0.000 0.468 0.000 0.316 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.3197 0.70904 0.000 0.000 0.096 0.808 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 3 0.3552 -0.12197 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.0134 0.73085 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 3 0.1076 0.72607 0.000 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000 0.016
#> dkfz_11-064 1 0.0334 0.91813 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.4488 0.72381 0.044 0.000 0.180 0.068 0.708 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0134 0.73085 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.1945 0.69828 0.000 0.000 0.896 0.000 0.088 0.000 0.016
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 7 0.0863 0.89942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> dkfz_11-070 5 0.3546 0.20502 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.1912 0.66836 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016 0.912 0.060
#> dkfz_11-072 3 0.4996 0.24543 0.000 0.000 0.528 0.000 0.112 0.356 0.004
#> dkfz_11-073 5 0.5380 0.46887 0.012 0.000 0.160 0.304 0.524 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 3 0.3558 -0.16774 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 7 0.0927 0.89709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.5239 -0.35519 0.452 0.000 0.160 0.000 0.388 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.4311 0.60577 0.000 0.224 0.092 0.000 0.000 0.680 0.004
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 6 0.5541 0.21771 0.000 0.332 0.252 0.000 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.2939 0.66911 0.000 0.216 0.000 0.000 0.004 0.776 0.004
#> dkfz_11-099 3 0.0000 0.73096 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 7 0.0797 0.89947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> dkfz_11-101 7 0.4804 0.11437 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.392 0.512
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 3 0.5280 0.30760 0.000 0.000 0.544 0.000 0.148 0.296 0.012
#> dkfz_11-104 6 0.2811 0.67078 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.780 0.004
#> dkfz_11-105 6 0.2886 0.67790 0.000 0.208 0.000 0.000 0.004 0.784 0.004
#> dkfz_11-106 6 0.1766 0.66892 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.904 0.088
#> dkfz_11-107 6 0.3282 0.59748 0.000 0.276 0.000 0.000 0.004 0.716 0.004
#> dkfz_11-108 6 0.3052 0.70619 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.804 0.040
#> dkfz_11-109 2 0.3681 -0.01428 0.000 0.508 0.000 0.000 0.004 0.488 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.2862 0.66395 0.000 0.224 0.000 0.000 0.004 0.772 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.2878 0.63711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> dkfz_11-112 6 0.2863 0.68713 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.792 0.012
#> dkfz_11-113 2 0.0504 0.86142 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-114 3 0.4321 0.51318 0.000 0.000 0.712 0.000 0.148 0.128 0.012
#> dkfz_11-115 6 0.2090 0.66054 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.896 0.080
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.3256 0.61899 0.000 0.036 0.828 0.000 0.028 0.104 0.004
#> dkfz_11-118 6 0.2802 0.66735 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.792 0.200
#> dkfz_11-119 7 0.0656 0.89684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-120 6 0.4524 0.49684 0.000 0.296 0.092 0.000 0.000 0.612 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.3537 0.36688 0.000 0.616 0.000 0.000 0.004 0.380 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3135 0.60821 0.000 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 6 0.1566 0.67508 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.920 0.072
#> dkfz_11-126 2 0.0134 0.86816 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 6 0.5046 0.36671 0.000 0.328 0.144 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 6 0.2939 0.66911 0.000 0.216 0.000 0.000 0.004 0.776 0.004
#> dkfz_11-130 6 0.1531 0.67453 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> dkfz_11-131 6 0.3633 0.66964 0.000 0.200 0.048 0.000 0.000 0.748 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1802 0.80214 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2672 0.71367 0.000 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.3725 0.62242 0.000 0.000 0.084 0.748 0.168 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.91072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.86930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.3009 0.65872 0.008 0.000 0.808 0.000 0.164 0.000 0.020
#> dkfz_11-140 3 0.4390 0.50065 0.000 0.000 0.704 0.000 0.148 0.136 0.012
#> dkfz_11-141 2 0.2489 0.74042 0.000 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.2832 0.64206 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.73096 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.73096 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2335 0.67928 0.000 0.000 0.864 0.000 0.116 0.000 0.020
#> dkfz_11-147 3 0.1897 0.70040 0.000 0.000 0.900 0.000 0.084 0.000 0.016
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0861 0.72342 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.92753 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2878 0.63711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0520 0.64906 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.5381 -0.22114 0.256 0.000 0.408 0.000 0.328 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 5 0.3508 0.04073 0.000 0.000 0.008 0.448 0.544 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.4431 0.41172 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.280 0.108 0.004
#> dkfz_11-005 1 0.1368 0.87789 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.85872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3098 0.36489 0.288 0.000 0.008 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0125 0.85881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 3 0.3985 0.53316 0.000 0.000 0.740 0.000 0.144 0.000 0.072 0.044
#> dkfz_11-012 5 0.4529 0.45914 0.000 0.000 0.280 0.000 0.584 0.000 0.136 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4634 0.41522 0.000 0.000 0.304 0.000 0.556 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.5000 0.46771 0.016 0.000 0.264 0.000 0.580 0.000 0.132 0.008
#> dkfz_11-016 3 0.3179 0.60852 0.000 0.000 0.684 0.000 0.008 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.1887 0.60933 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.64574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0125 0.94014 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2634 0.57884 0.000 0.000 0.820 0.000 0.008 0.000 0.160 0.012
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.5453 0.44664 0.000 0.152 0.592 0.000 0.008 0.000 0.172 0.076
#> dkfz_11-023 7 0.7252 0.66771 0.000 0.232 0.128 0.000 0.052 0.028 0.408 0.152
#> dkfz_11-024 1 0.3636 0.04643 0.520 0.000 0.008 0.000 0.468 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 5 0.0544 0.59123 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.4279 0.56991 0.000 0.104 0.000 0.000 0.012 0.684 0.196 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.2634 0.57884 0.000 0.000 0.820 0.000 0.008 0.000 0.160 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.2634 0.57884 0.000 0.000 0.820 0.000 0.008 0.000 0.160 0.012
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.64574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.85872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3224 0.60589 0.000 0.000 0.672 0.000 0.008 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0125 0.85881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.3603 0.59254 0.000 0.000 0.644 0.000 0.028 0.000 0.328 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.4446 0.40915 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.284 0.108 0.004
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.1118 0.58920 0.000 0.000 0.040 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-038 8 0.2650 0.96406 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-039 4 0.1244 0.89588 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.4296 0.41214 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.284 0.104 0.000
#> dkfz_11-042 5 0.5742 0.08750 0.000 0.192 0.032 0.000 0.544 0.004 0.024 0.204
#> dkfz_11-043 5 0.4245 0.55332 0.000 0.000 0.232 0.000 0.668 0.000 0.084 0.016
#> dkfz_11-044 3 0.4986 0.37394 0.000 0.000 0.492 0.000 0.208 0.000 0.300 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0349 0.58892 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-046 4 0.3162 0.72675 0.000 0.000 0.056 0.788 0.152 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-047 6 0.5311 -0.09760 0.000 0.332 0.000 0.000 0.008 0.432 0.228 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.0349 0.58892 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.5051 0.27654 0.000 0.000 0.324 0.000 0.464 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0125 0.85881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.3179 0.60852 0.000 0.000 0.684 0.000 0.008 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.5381 -0.22114 0.256 0.000 0.408 0.000 0.328 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-055 8 0.2650 0.96406 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-056 4 0.0125 0.95273 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 8 0.2770 0.96316 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.756
#> dkfz_11-060 4 0.2114 0.79841 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.4745 0.42793 0.000 0.000 0.284 0.000 0.548 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.2648 0.63902 0.000 0.000 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.1225 0.63422 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0992 0.90676 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.0806 0.60014 0.000 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.2855 0.62706 0.000 0.000 0.740 0.000 0.004 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0438 0.64438 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.85872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.3235 0.57831 0.000 0.000 0.220 0.000 0.744 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.6426 0.09357 0.000 0.448 0.032 0.000 0.008 0.052 0.252 0.208
#> dkfz_11-072 3 0.6620 -0.38002 0.000 0.088 0.448 0.000 0.076 0.008 0.296 0.084
#> dkfz_11-073 5 0.2961 0.44134 0.004 0.000 0.008 0.236 0.752 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.4941 0.40467 0.000 0.000 0.264 0.000 0.536 0.000 0.196 0.004
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0251 0.85413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.3638 -0.00895 0.472 0.000 0.008 0.000 0.516 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 2 0.3259 0.46528 0.000 0.792 0.000 0.000 0.028 0.000 0.148 0.032
#> dkfz_11-096 8 0.2770 0.96316 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.756
#> dkfz_11-097 2 0.5234 0.33079 0.000 0.656 0.052 0.000 0.056 0.000 0.148 0.088
#> dkfz_11-098 2 0.0739 0.53192 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-099 3 0.2928 0.62853 0.000 0.000 0.740 0.000 0.008 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0125 0.85881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 6 0.4868 0.50028 0.000 0.112 0.000 0.000 0.036 0.628 0.220 0.004
#> dkfz_11-102 8 0.2650 0.96406 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-103 7 0.6837 0.69325 0.000 0.156 0.272 0.000 0.068 0.004 0.416 0.084
#> dkfz_11-104 2 0.1542 0.52843 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.032
#> dkfz_11-105 2 0.0749 0.53485 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.012
#> dkfz_11-106 2 0.7200 0.09605 0.000 0.340 0.020 0.000 0.028 0.248 0.232 0.132
#> dkfz_11-107 2 0.3621 0.47550 0.000 0.764 0.000 0.000 0.004 0.012 0.148 0.072
#> dkfz_11-108 2 0.2988 0.50337 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.128 0.068 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3005 0.28074 0.000 0.744 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.244
#> dkfz_11-110 2 0.1107 0.52672 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-111 2 0.4446 0.40915 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.284 0.108 0.004
#> dkfz_11-112 2 0.1644 0.53238 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.028 0.056 0.000
#> dkfz_11-113 8 0.2650 0.96406 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-114 3 0.6874 -0.42590 0.000 0.140 0.424 0.000 0.072 0.008 0.272 0.084
#> dkfz_11-115 2 0.7436 -0.02182 0.000 0.308 0.024 0.000 0.032 0.212 0.236 0.188
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.5048 0.23067 0.000 0.228 0.632 0.000 0.060 0.000 0.052 0.028
#> dkfz_11-118 2 0.4245 0.42958 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.244 0.104 0.004
#> dkfz_11-119 6 0.0125 0.85881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.4123 0.45279 0.000 0.736 0.000 0.000 0.028 0.012 0.148 0.076
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2952 0.20191 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276
#> dkfz_11-123 2 0.3310 -0.17558 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.380
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.6285 0.14971 0.000 0.460 0.028 0.000 0.000 0.068 0.240 0.204
#> dkfz_11-126 8 0.2864 0.96090 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.752
#> dkfz_11-127 2 0.4451 0.41060 0.000 0.708 0.008 0.000 0.048 0.000 0.148 0.088
#> dkfz_11-128 8 0.2770 0.96316 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.756
#> dkfz_11-129 2 0.1107 0.52847 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-130 2 0.6113 0.28717 0.000 0.476 0.008 0.000 0.000 0.168 0.244 0.104
#> dkfz_11-131 2 0.4198 0.46775 0.000 0.724 0.000 0.000 0.020 0.096 0.148 0.012
#> dkfz_11-132 8 0.2650 0.96406 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-133 8 0.3063 0.91163 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.712
#> dkfz_11-134 2 0.3380 -0.28161 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.416
#> dkfz_11-135 8 0.2650 0.96406 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-136 4 0.2380 0.74947 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.95523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 8 0.2650 0.96406 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-139 3 0.3814 0.52313 0.000 0.000 0.740 0.000 0.116 0.000 0.132 0.012
#> dkfz_11-140 3 0.6989 -0.47533 0.000 0.152 0.420 0.000 0.068 0.016 0.264 0.080
#> dkfz_11-141 8 0.3439 0.53408 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.524
#> dkfz_11-142 2 0.4384 0.41722 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.268 0.108 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.3224 0.60589 0.000 0.000 0.672 0.000 0.008 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3224 0.60589 0.000 0.000 0.672 0.000 0.008 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2634 0.57884 0.000 0.000 0.820 0.000 0.008 0.000 0.160 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.64574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1773 0.62142 0.000 0.000 0.908 0.000 0.056 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.94245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4446 0.40915 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.284 0.108 0.004
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0763 0.56274 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 3 0.5475 0.04965 0.392 0.000 0.412 0.000 0.128 0.000 0.060 0.008 0.000
#> dkfz_11-003 7 0.4909 0.42351 0.000 0.000 0.000 0.344 0.248 0.000 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 9 0.2957 0.71490 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.012 0.028 0.784
#> dkfz_11-005 1 0.1519 0.87224 0.920 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 7 0.4363 0.11595 0.416 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.476 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0119 0.97937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.4063 0.04508 0.000 0.000 0.428 0.000 0.520 0.000 0.040 0.004 0.008
#> dkfz_11-012 5 0.3453 0.25560 0.000 0.000 0.044 0.000 0.756 0.000 0.032 0.168 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.3712 0.12370 0.000 0.000 0.044 0.000 0.592 0.000 0.000 0.364 0.000
#> dkfz_11-015 5 0.4830 0.10511 0.012 0.000 0.044 0.000 0.516 0.000 0.056 0.372 0.000
#> dkfz_11-016 8 0.3025 0.67941 0.000 0.000 0.292 0.000 0.012 0.000 0.000 0.696 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.2569 0.57249 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.57705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0296 0.93577 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2994 0.55413 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0119 0.97993 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 8 0.3926 0.33411 0.000 0.384 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.5877 0.11699 0.000 0.000 0.184 0.000 0.476 0.000 0.108 0.012 0.220
#> dkfz_11-024 1 0.3017 0.61633 0.752 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3130 -0.19551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0859 0.88941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 0.012 0.000 0.020
#> dkfz_11-028 3 0.2994 0.55413 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.2994 0.55413 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.57705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 8 0.1178 0.71154 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 8 0.1082 0.70687 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-035 9 0.3010 0.71036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012 0.028 0.776
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3122 -0.18879 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.93225 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.1093 0.94069 0.000 0.000 0.000 0.948 0.040 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 9 0.3010 0.71036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012 0.028 0.776
#> dkfz_11-042 9 0.4683 0.05467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.008 0.076 0.024 0.528
#> dkfz_11-043 5 0.1729 0.23165 0.000 0.000 0.040 0.000 0.916 0.000 0.032 0.004 0.008
#> dkfz_11-044 8 0.3606 0.49243 0.000 0.000 0.068 0.000 0.252 0.000 0.000 0.680 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.3154 -0.23235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.1325 0.92964 0.000 0.000 0.000 0.936 0.044 0.000 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.3496 0.67232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.744 0.036 0.024 0.192
#> dkfz_11-048 5 0.3154 -0.23235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0119 0.97982 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 5 0.4004 0.00667 0.000 0.000 0.052 0.000 0.520 0.000 0.004 0.424 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 8 0.3397 0.65492 0.000 0.000 0.324 0.000 0.028 0.000 0.000 0.648 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.5475 0.04965 0.392 0.000 0.412 0.000 0.128 0.000 0.060 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.93225 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0331 0.97578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0119 0.93155 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 4 0.1149 0.93771 0.000 0.000 0.000 0.944 0.044 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3796 0.05499 0.000 0.000 0.044 0.000 0.544 0.000 0.000 0.412 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.3145 -0.45887 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.1973 0.50932 0.000 0.000 0.876 0.000 0.108 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.0212 0.94076 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3446 -0.23634 0.008 0.000 0.004 0.000 0.504 0.000 0.484 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 8 0.3134 0.51677 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0706 0.58027 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.1777 0.19207 0.000 0.000 0.036 0.000 0.900 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 9 0.3015 0.65528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.016 0.052 0.028 0.832
#> dkfz_11-072 5 0.5324 0.03056 0.000 0.000 0.400 0.000 0.436 0.000 0.092 0.012 0.060
#> dkfz_11-073 7 0.4862 0.40222 0.012 0.000 0.000 0.172 0.320 0.000 0.496 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0119 0.97937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 5 0.4571 0.05748 0.000 0.000 0.048 0.000 0.500 0.000 0.048 0.404 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.2701 0.73393 0.816 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.060 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 9 0.3198 0.74590 0.000 0.184 0.000 0.000 0.016 0.004 0.028 0.000 0.768
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.93225 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 9 0.5624 0.35158 0.000 0.296 0.016 0.000 0.244 0.000 0.028 0.000 0.416
#> dkfz_11-098 9 0.2627 0.74317 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.792
#> dkfz_11-099 8 0.3210 0.55164 0.000 0.000 0.424 0.000 0.004 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.1463 0.87063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.932 0.028 0.000 0.024
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.93225 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.5199 0.07213 0.000 0.000 0.360 0.000 0.480 0.000 0.108 0.012 0.040
#> dkfz_11-104 9 0.2484 0.74627 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.800
#> dkfz_11-105 9 0.2490 0.75259 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.812
#> dkfz_11-106 6 0.4840 0.45156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.536 0.056 0.028 0.352
#> dkfz_11-107 9 0.2995 0.74689 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016 0.780
#> dkfz_11-108 9 0.2677 0.76154 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004 0.112 0.004 0.000 0.832
#> dkfz_11-109 9 0.3582 0.59729 0.000 0.320 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.016 0.648
#> dkfz_11-110 9 0.2703 0.73510 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.780
#> dkfz_11-111 9 0.2984 0.71280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.012 0.028 0.780
#> dkfz_11-112 9 0.2437 0.75913 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.824
#> dkfz_11-113 2 0.0119 0.93154 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 5 0.5153 0.07327 0.000 0.000 0.360 0.000 0.484 0.000 0.108 0.012 0.036
#> dkfz_11-115 6 0.4686 0.61097 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.612 0.044 0.028 0.272
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 3 0.5420 -0.04809 0.000 0.004 0.428 0.000 0.392 0.000 0.064 0.004 0.108
#> dkfz_11-118 9 0.2432 0.72880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.012 0.004 0.820
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.90577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 9 0.3316 0.73153 0.000 0.200 0.000 0.000 0.024 0.000 0.028 0.000 0.748
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 9 0.3448 0.35502 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.548
#> dkfz_11-123 2 0.2707 0.67708 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.212
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 9 0.2842 0.67552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.020 0.060 0.028 0.848
#> dkfz_11-126 2 0.0212 0.92995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 9 0.5230 0.43194 0.000 0.268 0.000 0.000 0.236 0.000 0.028 0.000 0.468
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.93225 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 9 0.3115 0.65944 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.700
#> dkfz_11-130 9 0.2196 0.72171 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.036 0.028 0.884
#> dkfz_11-131 9 0.3413 0.76125 0.000 0.052 0.000 0.000 0.016 0.112 0.028 0.000 0.792
#> dkfz_11-132 2 0.0119 0.93154 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.0887 0.91003 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-134 2 0.2978 0.56023 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.264
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.93225 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.1149 0.93771 0.000 0.000 0.000 0.944 0.044 0.000 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.98116 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0119 0.93154 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.4136 0.50882 0.000 0.000 0.556 0.000 0.064 0.000 0.372 0.008 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.5171 0.04975 0.000 0.000 0.376 0.000 0.468 0.000 0.108 0.012 0.036
#> dkfz_11-141 2 0.2449 0.73555 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.172
#> dkfz_11-142 9 0.3010 0.71036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012 0.028 0.776
#> dkfz_11-143 8 0.1178 0.71154 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-144 8 0.1178 0.71154 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.2994 0.55413 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.57705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3384 0.17301 0.000 0.000 0.612 0.000 0.372 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.94595 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 9 0.3010 0.71036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012 0.028 0.776
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.2080 0.8063 0.000 0.000 0.852 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-002 3 0.4681 0.5087 0.076 0.000 0.552 0.000 0.004 0.000 0.048 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-003 7 0.3309 0.3762 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-004 9 0.2505 0.7941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.792 NA
#> dkfz_11-005 1 0.0492 0.9696 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-008 7 0.2047 0.6643 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0113 0.9060 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-011 5 0.1173 0.7553 0.000 0.000 0.016 0.000 0.948 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-012 7 0.5914 -0.0121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.320 0.200 0.000 NA
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-014 8 0.5626 0.4539 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.192 0.432 0.000 NA
#> dkfz_11-015 8 0.4534 0.6201 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.136 0.540 0.000 NA
#> dkfz_11-016 8 0.3062 0.7453 0.000 0.000 0.124 0.000 0.056 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> dkfz_11-017 3 0.0539 0.8574 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.1364 0.8458 0.000 0.000 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.0673 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-022 8 0.1791 0.6886 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 NA
#> dkfz_11-023 5 0.1502 0.7440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> dkfz_11-024 1 0.1033 0.9364 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-025 7 0.1265 0.7745 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.928 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0426 0.8827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.1452 0.8448 0.000 0.000 0.908 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-032 8 0.0202 0.7367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-034 8 0.0202 0.7367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-035 9 0.2660 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.784 NA
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 7 0.1944 0.7482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.880 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-038 2 0.0492 0.8191 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-039 4 0.2917 0.7437 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-041 9 0.2763 0.7872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.772 NA
#> dkfz_11-042 9 0.5679 0.2587 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016 0.280 0.000 0.388 NA
#> dkfz_11-043 5 0.3637 0.4755 0.000 0.000 0.004 0.000 0.680 0.000 0.248 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-044 8 0.3739 0.7240 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.000 0.044 0.720 0.000 NA
#> dkfz_11-045 7 0.0113 0.7922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-046 4 0.3300 0.7158 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-047 6 0.3018 0.4571 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.644 0.000 0.000 0.348 NA
#> dkfz_11-048 7 0.0000 0.7922 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-049 4 0.0202 0.9054 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-050 8 0.4508 0.6592 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.092 0.588 0.000 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-053 8 0.3367 0.7433 0.000 0.000 0.120 0.000 0.072 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> dkfz_11-054 3 0.4681 0.5087 0.076 0.000 0.552 0.000 0.004 0.000 0.048 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-055 2 0.0492 0.8191 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-056 4 0.2653 0.7517 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-059 2 0.0426 0.8182 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-060 4 0.3026 0.7313 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-061 8 0.5224 0.5473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.176 0.500 0.000 NA
#> dkfz_11-062 8 0.3576 0.6223 0.000 0.000 0.248 0.000 0.084 0.000 0.000 0.668 0.000 NA
#> dkfz_11-063 3 0.3301 0.3699 0.000 0.000 0.572 0.000 0.412 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-065 7 0.0282 0.7914 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-066 8 0.2977 0.7156 0.000 0.000 0.160 0.000 0.072 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.1033 0.8523 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-070 5 0.4228 0.2879 0.000 0.000 0.004 0.000 0.552 0.000 0.320 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-071 9 0.2730 0.7688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.800 NA
#> dkfz_11-072 5 0.1008 0.7630 0.000 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> dkfz_11-073 7 0.0671 0.7846 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-074 4 0.0113 0.9060 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-075 8 0.4320 0.6513 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000 0.092 0.572 0.000 NA
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-094 1 0.1168 0.9243 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-095 9 0.2467 0.7156 0.000 0.016 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.840 NA
#> dkfz_11-096 2 0.0356 0.8186 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-097 2 0.5258 0.0964 0.000 0.344 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.284 NA
#> dkfz_11-098 9 0.0974 0.8008 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> dkfz_11-099 8 0.3291 0.6816 0.000 0.000 0.224 0.000 0.056 0.000 0.000 0.716 0.000 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.1038 0.8652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.948 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-102 2 0.0492 0.8191 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-103 5 0.0707 0.7652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> dkfz_11-104 9 0.1051 0.7991 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> dkfz_11-105 9 0.0606 0.8083 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> dkfz_11-106 6 0.4256 0.3198 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.548 0.000 0.000 0.360 NA
#> dkfz_11-107 9 0.1426 0.7859 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.928 NA
#> dkfz_11-108 9 0.0799 0.8103 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000 0.968 NA
#> dkfz_11-109 2 0.3753 0.3461 0.000 0.508 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.444 NA
#> dkfz_11-110 9 0.1179 0.7962 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> dkfz_11-111 9 0.2465 0.7940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.792 NA
#> dkfz_11-112 9 0.1771 0.8170 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.888 NA
#> dkfz_11-113 2 0.0539 0.8203 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> dkfz_11-114 5 0.0226 0.7653 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-115 6 0.4074 0.6175 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.660 0.000 0.000 0.080 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-117 5 0.2750 0.7127 0.000 0.004 0.056 0.000 0.832 0.000 0.000 0.008 0.092 NA
#> dkfz_11-118 9 0.1233 0.8167 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.928 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-120 9 0.4151 0.1046 0.000 0.336 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.576 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-122 2 0.3661 0.5770 0.000 0.612 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.336 NA
#> dkfz_11-123 2 0.3332 0.6958 0.000 0.704 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.244 NA
#> dkfz_11-124 4 0.0000 0.9073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-125 9 0.3077 0.7588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.740 NA
#> dkfz_11-126 2 0.0356 0.8186 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-127 5 0.5269 -0.1794 0.000 0.316 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.308 NA
#> dkfz_11-128 2 0.0113 0.8197 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-129 9 0.1345 0.7883 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.924 NA
#> dkfz_11-130 9 0.2590 0.7929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000 0.788 NA
#> dkfz_11-131 9 0.2813 0.6653 0.000 0.016 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.796 NA
#> dkfz_11-132 2 0.0492 0.8191 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-133 2 0.2792 0.7412 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 NA
#> dkfz_11-134 2 0.3259 0.7040 0.000 0.712 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.236 NA
#> dkfz_11-135 2 0.0492 0.8191 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-136 4 0.2998 0.7378 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0113 0.9060 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-138 2 0.0492 0.8191 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-139 3 0.1096 0.8320 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-140 5 0.1170 0.7636 0.000 0.000 0.032 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> dkfz_11-141 2 0.2985 0.7272 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 NA
#> dkfz_11-142 9 0.2465 0.7940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.792 NA
#> dkfz_11-143 8 0.0202 0.7367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> dkfz_11-144 8 0.0000 0.7385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.1253 0.8469 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-149 5 0.2529 0.6094 0.000 0.000 0.196 0.000 0.788 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9869 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-151 9 0.3511 0.7404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000 0.000 0.708 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> MAD:mclust 136 2.44e-24 1.44e-08 2
#> MAD:mclust 135 1.87e-49 2.07e-31 3
#> MAD:mclust 125 5.39e-62 7.30e-28 4
#> MAD:mclust 119 2.33e-68 9.34e-32 5
#> MAD:mclust 115 9.15e-67 1.07e-29 6
#> MAD:mclust 110 2.17e-60 4.39e-30 7
#> MAD:mclust 93 8.13e-54 4.61e-27 8
#> MAD:mclust 102 5.07e-57 4.83e-28 9
#> MAD:mclust 123 1.55e-62 2.00e-31 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.418 0.656 0.797 0.4008 0.498 0.498
#> 3 3 0.592 0.749 0.871 0.4365 0.852 0.718
#> 4 4 0.584 0.737 0.830 0.1302 0.878 0.719
#> 5 5 0.613 0.704 0.779 0.0620 0.961 0.892
#> 6 6 0.629 0.581 0.774 0.0198 0.979 0.940
#> 7 7 0.644 0.621 0.763 0.0335 0.973 0.919
#> 8 8 0.684 0.660 0.790 0.0420 0.906 0.704
#> 9 9 0.724 0.662 0.820 0.0296 0.981 0.917
#> 10 10 0.735 0.685 0.825 0.0100 0.988 0.947
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.9977 0.5771 0.528 0.472
#> dkfz_11-002 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-003 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-004 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-005 1 0.5294 0.2951 0.880 0.120
#> dkfz_11-006 1 0.8861 0.6291 0.696 0.304
#> dkfz_11-007 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-008 1 0.5519 0.2737 0.872 0.128
#> dkfz_11-009 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-010 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-011 1 0.2423 0.5124 0.960 0.040
#> dkfz_11-012 1 0.7139 0.0398 0.804 0.196
#> dkfz_11-013 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-014 1 0.1414 0.5081 0.980 0.020
#> dkfz_11-015 1 0.6973 0.6111 0.812 0.188
#> dkfz_11-016 1 0.1184 0.5197 0.984 0.016
#> dkfz_11-017 1 0.9795 0.5996 0.584 0.416
#> dkfz_11-018 1 0.9850 0.5960 0.572 0.428
#> dkfz_11-019 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-020 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-021 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-022 1 0.0000 0.5035 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.7950 -0.1543 0.760 0.240
#> dkfz_11-024 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-025 1 0.8144 -0.2044 0.748 0.252
#> dkfz_11-026 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-027 1 0.8267 -0.2383 0.740 0.260
#> dkfz_11-028 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-029 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-030 1 0.9850 0.5960 0.572 0.428
#> dkfz_11-031 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-032 1 0.9963 0.5807 0.536 0.464
#> dkfz_11-033 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-034 1 0.1184 0.5197 0.984 0.016
#> dkfz_11-035 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-036 1 0.7528 0.6187 0.784 0.216
#> dkfz_11-037 2 1.0000 0.9640 0.496 0.504
#> dkfz_11-038 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-039 1 0.8443 -0.2954 0.728 0.272
#> dkfz_11-040 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-041 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-042 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-043 1 0.8081 -0.1881 0.752 0.248
#> dkfz_11-044 1 0.0000 0.5035 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.5519 0.2725 0.872 0.128
#> dkfz_11-046 1 0.0376 0.4988 0.996 0.004
#> dkfz_11-047 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-048 1 0.6801 0.1044 0.820 0.180
#> dkfz_11-049 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-050 1 0.6973 0.6111 0.812 0.188
#> dkfz_11-051 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-052 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-053 1 0.2236 0.5293 0.964 0.036
#> dkfz_11-054 1 0.8813 0.6297 0.700 0.300
#> dkfz_11-055 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-056 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-057 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-058 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-059 2 0.9993 0.9858 0.484 0.516
#> dkfz_11-060 1 0.7219 0.0202 0.800 0.200
#> dkfz_11-061 1 0.8016 -0.1718 0.756 0.244
#> dkfz_11-062 1 0.9087 0.6247 0.676 0.324
#> dkfz_11-063 1 0.9087 0.6247 0.676 0.324
#> dkfz_11-064 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-065 2 0.9988 0.9920 0.480 0.520
#> dkfz_11-066 1 0.9850 0.5960 0.572 0.428
#> dkfz_11-067 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-068 1 0.8661 0.6305 0.712 0.288
#> dkfz_11-069 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-070 1 0.1633 0.4727 0.976 0.024
#> dkfz_11-071 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-072 1 0.6887 0.0882 0.816 0.184
#> dkfz_11-073 1 0.8081 -0.1881 0.752 0.248
#> dkfz_11-074 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-075 1 0.6973 0.6111 0.812 0.188
#> dkfz_11-091 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-092 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-093 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-094 1 0.1633 0.5199 0.976 0.024
#> dkfz_11-095 1 0.9686 -0.7154 0.604 0.396
#> dkfz_11-096 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-097 1 0.4431 0.3630 0.908 0.092
#> dkfz_11-098 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-099 1 0.3114 0.5474 0.944 0.056
#> dkfz_11-100 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-101 1 0.4815 0.3371 0.896 0.104
#> dkfz_11-102 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-103 1 0.4562 0.3547 0.904 0.096
#> dkfz_11-104 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-105 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-106 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-107 2 0.9998 0.9713 0.492 0.508
#> dkfz_11-108 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-109 1 0.9850 -0.7989 0.572 0.428
#> dkfz_11-110 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-111 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-112 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-113 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-114 1 0.4562 0.3547 0.904 0.096
#> dkfz_11-115 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-116 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-117 1 0.4815 0.3370 0.896 0.104
#> dkfz_11-118 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-119 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-120 1 0.9954 -0.8745 0.540 0.460
#> dkfz_11-121 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-122 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-123 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-124 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-125 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-126 2 0.9993 0.9858 0.484 0.516
#> dkfz_11-127 1 0.4562 0.3550 0.904 0.096
#> dkfz_11-128 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-129 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-130 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-131 1 0.9686 -0.7154 0.604 0.396
#> dkfz_11-132 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-133 2 0.9993 0.9857 0.484 0.516
#> dkfz_11-134 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-135 2 0.9988 0.9921 0.480 0.520
#> dkfz_11-136 1 0.8386 -0.2724 0.732 0.268
#> dkfz_11-137 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-138 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-139 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-140 1 0.4562 0.3547 0.904 0.096
#> dkfz_11-141 2 0.9988 0.9921 0.480 0.520
#> dkfz_11-142 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
#> dkfz_11-143 1 0.1414 0.5231 0.980 0.020
#> dkfz_11-144 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-145 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-146 1 0.9983 0.5752 0.524 0.476
#> dkfz_11-147 1 0.9850 0.5960 0.572 0.428
#> dkfz_11-148 1 0.7528 0.6187 0.784 0.216
#> dkfz_11-149 1 0.9850 0.5960 0.572 0.428
#> dkfz_11-150 1 0.8713 0.6308 0.708 0.292
#> dkfz_11-151 2 0.9983 0.9979 0.476 0.524
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.4346 0.761 0.184 0.000 0.816
#> dkfz_11-002 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.3619 0.683 0.864 0.136 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.5529 0.383 0.704 0.000 0.296
#> dkfz_11-007 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.3752 0.679 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.1964 0.939 0.056 0.944 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.2313 0.690 0.944 0.032 0.024
#> dkfz_11-012 1 0.4702 0.633 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.6204 0.489 0.424 0.000 0.576
#> dkfz_11-014 1 0.0592 0.686 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.4178 0.560 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.679 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.6062 0.622 0.384 0.000 0.616
#> dkfz_11-018 3 0.5905 0.674 0.352 0.000 0.648
#> dkfz_11-019 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.743 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.0747 0.687 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.5254 0.587 0.736 0.264 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-025 1 0.5327 0.579 0.728 0.272 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-027 1 0.5529 0.554 0.704 0.296 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.743 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.743 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.5926 0.669 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-031 2 0.2261 0.934 0.068 0.932 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4605 0.755 0.204 0.000 0.796
#> dkfz_11-033 2 0.0747 0.933 0.016 0.984 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.679 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.4555 0.530 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-037 2 0.4796 0.769 0.220 0.780 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.2066 0.937 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.5905 0.466 0.648 0.352 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.5363 0.576 0.724 0.276 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.0747 0.687 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.3752 0.678 0.856 0.144 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.0892 0.689 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.1860 0.940 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4504 0.645 0.804 0.196 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.4178 0.560 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-051 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.1315 0.678 0.972 0.008 0.020
#> dkfz_11-054 1 0.5465 0.398 0.712 0.000 0.288
#> dkfz_11-055 2 0.1163 0.936 0.028 0.972 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.4702 0.751 0.212 0.788 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.4002 0.822 0.160 0.840 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2878 0.916 0.096 0.904 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.4974 0.615 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.5216 0.590 0.740 0.260 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.5678 0.329 0.684 0.000 0.316
#> dkfz_11-063 1 0.5678 0.329 0.684 0.000 0.316
#> dkfz_11-064 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-065 2 0.2625 0.924 0.084 0.916 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.5926 0.669 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-067 3 0.4235 0.761 0.176 0.000 0.824
#> dkfz_11-068 1 0.5327 0.428 0.728 0.000 0.272
#> dkfz_11-069 2 0.2261 0.934 0.068 0.932 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.1529 0.692 0.960 0.040 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.2066 0.938 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.4702 0.634 0.788 0.212 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.5363 0.576 0.724 0.276 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.4178 0.560 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-091 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-092 2 0.1860 0.939 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0848 0.681 0.984 0.008 0.008
#> dkfz_11-095 2 0.6274 0.216 0.456 0.544 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.2448 0.931 0.076 0.924 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.3192 0.694 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.1529 0.939 0.040 0.960 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.1529 0.662 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-100 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.3412 0.690 0.876 0.124 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.2066 0.937 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.3192 0.694 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2356 0.933 0.072 0.928 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2261 0.934 0.068 0.932 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3412 0.890 0.124 0.876 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1964 0.939 0.056 0.944 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.6154 0.374 0.408 0.592 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.1964 0.939 0.056 0.944 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.1643 0.939 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.3192 0.694 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.3340 0.692 0.880 0.120 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.1753 0.940 0.048 0.952 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.1860 0.940 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.5431 0.658 0.284 0.716 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2448 0.931 0.076 0.924 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.1964 0.939 0.056 0.944 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.2448 0.930 0.076 0.924 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.3267 0.693 0.884 0.116 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.2066 0.937 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.1643 0.939 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.1643 0.939 0.044 0.956 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.6274 0.216 0.456 0.544 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2066 0.937 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.2959 0.914 0.100 0.900 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2066 0.937 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.2796 0.920 0.092 0.908 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.5760 0.516 0.672 0.328 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2066 0.937 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.743 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.3192 0.694 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.2625 0.925 0.084 0.916 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.0237 0.678 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.0424 0.745 0.008 0.000 0.992
#> dkfz_11-145 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.743 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.5905 0.674 0.352 0.000 0.648
#> dkfz_11-148 1 0.4555 0.530 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-149 3 0.5988 0.654 0.368 0.000 0.632
#> dkfz_11-150 1 0.5363 0.423 0.724 0.000 0.276
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.4994 0.206 0.480 0.000 0.520 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.2149 0.788 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-003 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-004 2 0.0657 0.825 0.000 0.984 0.004 0.012
#> dkfz_11-005 4 0.2737 0.736 0.104 0.008 0.000 0.888
#> dkfz_11-006 1 0.2662 0.782 0.900 0.000 0.016 0.084
#> dkfz_11-007 2 0.3400 0.892 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-008 4 0.1938 0.747 0.052 0.012 0.000 0.936
#> dkfz_11-009 2 0.0376 0.825 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-010 2 0.3688 0.886 0.000 0.792 0.000 0.208
#> dkfz_11-011 4 0.4304 0.608 0.284 0.000 0.000 0.716
#> dkfz_11-012 4 0.2546 0.745 0.028 0.060 0.000 0.912
#> dkfz_11-013 1 0.4164 0.459 0.736 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-014 4 0.4103 0.632 0.256 0.000 0.000 0.744
#> dkfz_11-015 1 0.4193 0.611 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-016 4 0.4624 0.514 0.340 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-017 1 0.4134 0.465 0.740 0.000 0.260 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.4356 0.408 0.708 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.2149 0.788 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-020 3 0.0188 0.839 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.0469 0.835 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-022 4 0.4164 0.631 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-023 4 0.2401 0.723 0.004 0.092 0.000 0.904
#> dkfz_11-024 1 0.2216 0.787 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-025 4 0.2281 0.720 0.000 0.096 0.000 0.904
#> dkfz_11-026 1 0.2216 0.787 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-027 4 0.2647 0.702 0.000 0.120 0.000 0.880
#> dkfz_11-028 3 0.0188 0.839 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0188 0.839 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.4331 0.415 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3801 0.881 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-032 1 0.5000 -0.267 0.500 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2831 0.873 0.000 0.876 0.004 0.120
#> dkfz_11-034 4 0.4406 0.581 0.300 0.000 0.000 0.700
#> dkfz_11-035 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-036 1 0.3266 0.732 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-037 2 0.4790 0.678 0.000 0.620 0.000 0.380
#> dkfz_11-038 2 0.3610 0.887 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-039 4 0.4365 0.632 0.028 0.188 0.000 0.784
#> dkfz_11-040 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-041 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-042 2 0.3356 0.892 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-043 4 0.2345 0.717 0.000 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-044 4 0.4164 0.631 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-045 4 0.3907 0.747 0.120 0.044 0.000 0.836
#> dkfz_11-046 4 0.4164 0.631 0.264 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-047 2 0.3569 0.890 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-048 4 0.2214 0.747 0.028 0.044 0.000 0.928
#> dkfz_11-049 2 0.0336 0.833 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 1 0.4193 0.611 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-051 2 0.3400 0.892 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-052 2 0.0188 0.827 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-053 4 0.4382 0.579 0.296 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-054 1 0.2610 0.785 0.900 0.000 0.012 0.088
#> dkfz_11-055 2 0.2345 0.873 0.000 0.900 0.000 0.100
#> dkfz_11-056 2 0.4661 0.649 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-057 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-058 2 0.4277 0.752 0.000 0.720 0.000 0.280
#> dkfz_11-059 2 0.4072 0.856 0.000 0.748 0.000 0.252
#> dkfz_11-060 4 0.3354 0.737 0.044 0.084 0.000 0.872
#> dkfz_11-061 4 0.2480 0.727 0.008 0.088 0.000 0.904
#> dkfz_11-062 1 0.2101 0.770 0.928 0.000 0.012 0.060
#> dkfz_11-063 1 0.2101 0.770 0.928 0.000 0.012 0.060
#> dkfz_11-064 1 0.2216 0.787 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-065 2 0.3942 0.870 0.000 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-066 1 0.4331 0.415 0.712 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.4985 0.243 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.2281 0.785 0.904 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-069 2 0.3801 0.881 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-070 4 0.3975 0.657 0.240 0.000 0.000 0.760
#> dkfz_11-071 2 0.3726 0.884 0.000 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-072 4 0.2644 0.745 0.032 0.060 0.000 0.908
#> dkfz_11-073 4 0.2345 0.717 0.000 0.100 0.000 0.900
#> dkfz_11-074 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-075 1 0.4193 0.611 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-091 1 0.2149 0.788 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-092 2 0.3569 0.890 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-093 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 4 0.4193 0.614 0.268 0.000 0.000 0.732
#> dkfz_11-095 4 0.4761 0.107 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-096 2 0.3907 0.872 0.000 0.768 0.000 0.232
#> dkfz_11-097 4 0.3219 0.746 0.112 0.020 0.000 0.868
#> dkfz_11-098 2 0.3356 0.893 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-099 4 0.4790 0.434 0.380 0.000 0.000 0.620
#> dkfz_11-100 2 0.3356 0.892 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-101 4 0.2861 0.750 0.096 0.016 0.000 0.888
#> dkfz_11-102 2 0.3610 0.887 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-103 4 0.2737 0.746 0.104 0.008 0.000 0.888
#> dkfz_11-104 2 0.3764 0.882 0.000 0.784 0.000 0.216
#> dkfz_11-105 2 0.3356 0.892 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-106 2 0.3801 0.881 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-107 2 0.4277 0.826 0.000 0.720 0.000 0.280
#> dkfz_11-108 2 0.3528 0.891 0.000 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-109 4 0.4907 -0.108 0.000 0.420 0.000 0.580
#> dkfz_11-110 2 0.3528 0.891 0.000 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-111 2 0.3356 0.892 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-112 2 0.3311 0.892 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-113 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-114 4 0.2737 0.746 0.104 0.008 0.000 0.888
#> dkfz_11-115 2 0.3356 0.892 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-116 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-117 4 0.2611 0.748 0.096 0.008 0.000 0.896
#> dkfz_11-118 2 0.3356 0.892 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-119 2 0.3569 0.890 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-120 2 0.4955 0.536 0.000 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-121 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-122 2 0.3688 0.884 0.000 0.792 0.000 0.208
#> dkfz_11-123 2 0.3907 0.872 0.000 0.768 0.000 0.232
#> dkfz_11-124 2 0.0188 0.831 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.3528 0.891 0.000 0.808 0.000 0.192
#> dkfz_11-126 2 0.3801 0.879 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-127 4 0.3160 0.748 0.108 0.020 0.000 0.872
#> dkfz_11-128 2 0.3649 0.886 0.000 0.796 0.000 0.204
#> dkfz_11-129 2 0.3311 0.892 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-130 2 0.3311 0.892 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-131 4 0.4761 0.107 0.000 0.372 0.000 0.628
#> dkfz_11-132 2 0.3610 0.887 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-133 2 0.4103 0.853 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-134 2 0.3649 0.886 0.000 0.796 0.000 0.204
#> dkfz_11-135 2 0.4040 0.859 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-136 4 0.3074 0.673 0.000 0.152 0.000 0.848
#> dkfz_11-137 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-138 2 0.3610 0.887 0.000 0.800 0.000 0.200
#> dkfz_11-139 3 0.0188 0.839 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.2737 0.746 0.104 0.008 0.000 0.888
#> dkfz_11-141 2 0.3873 0.875 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-142 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
#> dkfz_11-143 4 0.4454 0.567 0.308 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-144 3 0.1792 0.813 0.068 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.2149 0.788 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-146 3 0.0188 0.839 0.004 0.000 0.996 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.4356 0.408 0.708 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.3266 0.732 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-149 1 0.4250 0.438 0.724 0.000 0.276 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.2149 0.788 0.912 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-151 2 0.0524 0.822 0.000 0.988 0.004 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 1 0.3909 0.2440 0.760 0.000 0.216 NA 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.5538 0.7772 0.596 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-003 2 0.3661 0.7247 0.000 0.724 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3561 0.7376 0.000 0.740 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.5251 0.6556 0.020 0.132 0.000 NA 0.720
#> dkfz_11-006 1 0.5391 0.7752 0.616 0.000 0.000 NA 0.084
#> dkfz_11-007 2 0.0290 0.8460 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-008 5 0.4183 0.6668 0.000 0.136 0.000 NA 0.780
#> dkfz_11-009 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.1082 0.8410 0.000 0.964 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-011 5 0.5914 0.5425 0.064 0.032 0.000 NA 0.604
#> dkfz_11-012 5 0.3318 0.6571 0.000 0.192 0.000 NA 0.800
#> dkfz_11-013 1 0.4855 0.5999 0.720 0.000 0.112 NA 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4404 0.5686 0.028 0.004 0.000 NA 0.716
#> dkfz_11-015 1 0.6504 0.6218 0.448 0.000 0.000 NA 0.196
#> dkfz_11-016 5 0.5555 0.3214 0.068 0.000 0.000 NA 0.480
#> dkfz_11-017 1 0.1701 0.6124 0.944 0.000 0.016 NA 0.012
#> dkfz_11-018 1 0.1059 0.5881 0.968 0.000 0.020 NA 0.008
#> dkfz_11-019 1 0.5538 0.7772 0.596 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9605 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.3452 0.7487 0.000 0.756 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.5367 0.5151 0.040 0.012 0.000 NA 0.584
#> dkfz_11-023 5 0.4430 0.6067 0.000 0.256 0.000 NA 0.708
#> dkfz_11-024 1 0.5554 0.7767 0.592 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-025 5 0.4301 0.6068 0.000 0.260 0.000 NA 0.712
#> dkfz_11-026 1 0.5554 0.7767 0.592 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-027 5 0.4756 0.5743 0.000 0.288 0.000 NA 0.668
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9605 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9605 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0960 0.5917 0.972 0.000 0.016 NA 0.008
#> dkfz_11-031 2 0.1364 0.8369 0.000 0.952 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-032 1 0.3829 0.2835 0.776 0.000 0.196 NA 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.1908 0.8210 0.000 0.908 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.5288 0.4388 0.052 0.000 0.000 NA 0.544
#> dkfz_11-035 2 0.3586 0.7344 0.000 0.736 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.6081 0.7207 0.496 0.000 0.000 NA 0.128
#> dkfz_11-037 2 0.3562 0.6747 0.000 0.788 0.000 NA 0.196
#> dkfz_11-038 2 0.1300 0.8421 0.000 0.956 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-039 5 0.6259 0.5276 0.008 0.328 0.000 NA 0.532
#> dkfz_11-040 2 0.3661 0.7247 0.000 0.724 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3586 0.7344 0.000 0.736 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0451 0.8464 0.000 0.988 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-043 5 0.4597 0.5976 0.000 0.260 0.000 NA 0.696
#> dkfz_11-044 5 0.5367 0.5151 0.040 0.012 0.000 NA 0.584
#> dkfz_11-045 5 0.4882 0.6806 0.024 0.120 0.000 NA 0.756
#> dkfz_11-046 5 0.5367 0.5173 0.040 0.012 0.000 NA 0.584
#> dkfz_11-047 2 0.0912 0.8457 0.000 0.972 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-048 5 0.3419 0.6588 0.000 0.180 0.000 NA 0.804
#> dkfz_11-049 2 0.3480 0.7461 0.000 0.752 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.6504 0.6218 0.448 0.000 0.000 NA 0.196
#> dkfz_11-051 2 0.0290 0.8460 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-052 2 0.3561 0.7374 0.000 0.740 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.5196 0.5126 0.056 0.004 0.000 NA 0.632
#> dkfz_11-054 1 0.5458 0.7766 0.608 0.000 0.000 NA 0.088
#> dkfz_11-055 2 0.2280 0.8092 0.000 0.880 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.4787 0.6408 0.000 0.712 0.000 NA 0.208
#> dkfz_11-057 2 0.3661 0.7247 0.000 0.724 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.4428 0.7225 0.000 0.760 0.000 NA 0.144
#> dkfz_11-059 2 0.2006 0.8157 0.000 0.916 0.000 NA 0.072
#> dkfz_11-060 5 0.5437 0.6459 0.008 0.200 0.000 NA 0.676
#> dkfz_11-061 5 0.4302 0.6175 0.000 0.248 0.000 NA 0.720
#> dkfz_11-062 1 0.5136 0.7652 0.660 0.000 0.000 NA 0.080
#> dkfz_11-063 1 0.5136 0.7652 0.660 0.000 0.000 NA 0.080
#> dkfz_11-064 1 0.5554 0.7767 0.592 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-065 2 0.1670 0.8284 0.000 0.936 0.000 NA 0.052
#> dkfz_11-066 1 0.0960 0.5917 0.972 0.000 0.016 NA 0.008
#> dkfz_11-067 1 0.4000 0.2148 0.748 0.000 0.228 NA 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.5600 0.7746 0.588 0.000 0.000 NA 0.096
#> dkfz_11-069 2 0.1364 0.8369 0.000 0.952 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-070 5 0.5300 0.5688 0.032 0.024 0.000 NA 0.632
#> dkfz_11-071 2 0.1168 0.8399 0.000 0.960 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-072 5 0.4333 0.6628 0.000 0.188 0.000 NA 0.752
#> dkfz_11-073 5 0.4597 0.5976 0.000 0.260 0.000 NA 0.696
#> dkfz_11-074 2 0.3661 0.7247 0.000 0.724 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.6504 0.6218 0.448 0.000 0.000 NA 0.196
#> dkfz_11-091 1 0.5538 0.7772 0.596 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-092 2 0.0771 0.8441 0.000 0.976 0.000 NA 0.020
#> dkfz_11-093 2 0.3508 0.7433 0.000 0.748 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-094 5 0.4503 0.5553 0.040 0.000 0.000 NA 0.704
#> dkfz_11-095 2 0.4872 0.0425 0.000 0.540 0.000 NA 0.436
#> dkfz_11-096 2 0.1670 0.8291 0.000 0.936 0.000 NA 0.052
#> dkfz_11-097 5 0.4299 0.6898 0.016 0.100 0.000 NA 0.796
#> dkfz_11-098 2 0.0693 0.8472 0.000 0.980 0.000 NA 0.012
#> dkfz_11-099 5 0.6077 0.3009 0.124 0.000 0.000 NA 0.480
#> dkfz_11-100 2 0.0451 0.8464 0.000 0.988 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-101 5 0.4120 0.6911 0.012 0.112 0.000 NA 0.804
#> dkfz_11-102 2 0.1300 0.8421 0.000 0.956 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-103 5 0.4244 0.6903 0.016 0.100 0.000 NA 0.800
#> dkfz_11-104 2 0.1444 0.8387 0.000 0.948 0.000 NA 0.040
#> dkfz_11-105 2 0.0451 0.8464 0.000 0.988 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-106 2 0.1364 0.8369 0.000 0.952 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-107 2 0.2416 0.7928 0.000 0.888 0.000 NA 0.100
#> dkfz_11-108 2 0.0798 0.8464 0.000 0.976 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-109 2 0.4779 0.2206 0.000 0.588 0.000 NA 0.388
#> dkfz_11-110 2 0.1018 0.8460 0.000 0.968 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-111 2 0.0451 0.8464 0.000 0.988 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-112 2 0.0579 0.8462 0.000 0.984 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-113 2 0.3586 0.7344 0.000 0.736 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.4244 0.6903 0.016 0.100 0.000 NA 0.800
#> dkfz_11-115 2 0.0451 0.8464 0.000 0.988 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-116 2 0.3661 0.7247 0.000 0.724 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.4454 0.6919 0.016 0.108 0.000 NA 0.784
#> dkfz_11-118 2 0.0451 0.8464 0.000 0.988 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-119 2 0.0912 0.8457 0.000 0.972 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-120 2 0.4106 0.5622 0.000 0.724 0.000 NA 0.256
#> dkfz_11-121 2 0.3661 0.7247 0.000 0.724 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1469 0.8397 0.000 0.948 0.000 NA 0.036
#> dkfz_11-123 2 0.1670 0.8291 0.000 0.936 0.000 NA 0.052
#> dkfz_11-124 2 0.3508 0.7433 0.000 0.748 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0798 0.8464 0.000 0.976 0.000 NA 0.016
#> dkfz_11-126 2 0.1701 0.8353 0.000 0.936 0.000 NA 0.048
#> dkfz_11-127 5 0.4350 0.6905 0.016 0.104 0.000 NA 0.792
#> dkfz_11-128 2 0.1386 0.8410 0.000 0.952 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-129 2 0.0693 0.8461 0.000 0.980 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-130 2 0.0579 0.8462 0.000 0.984 0.000 NA 0.008
#> dkfz_11-131 2 0.4872 0.0425 0.000 0.540 0.000 NA 0.436
#> dkfz_11-132 2 0.1300 0.8421 0.000 0.956 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-133 2 0.2069 0.8139 0.000 0.912 0.000 NA 0.076
#> dkfz_11-134 2 0.1386 0.8410 0.000 0.952 0.000 NA 0.032
#> dkfz_11-135 2 0.1942 0.8187 0.000 0.920 0.000 NA 0.068
#> dkfz_11-136 5 0.4908 0.5432 0.000 0.320 0.000 NA 0.636
#> dkfz_11-137 2 0.3661 0.7247 0.000 0.724 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1300 0.8421 0.000 0.956 0.000 NA 0.028
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9605 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.4244 0.6903 0.016 0.100 0.000 NA 0.800
#> dkfz_11-141 2 0.1740 0.8311 0.000 0.932 0.000 NA 0.056
#> dkfz_11-142 2 0.3586 0.7344 0.000 0.736 0.000 NA 0.000
#> dkfz_11-143 5 0.5492 0.4061 0.064 0.000 0.000 NA 0.504
#> dkfz_11-144 3 0.3940 0.7838 0.220 0.000 0.756 NA 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.5538 0.7772 0.596 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9605 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.1059 0.5881 0.968 0.000 0.020 NA 0.008
#> dkfz_11-148 1 0.6081 0.7207 0.496 0.000 0.000 NA 0.128
#> dkfz_11-149 1 0.1095 0.6018 0.968 0.000 0.012 NA 0.008
#> dkfz_11-150 1 0.5538 0.7772 0.596 0.000 0.000 NA 0.092
#> dkfz_11-151 2 0.3586 0.7344 0.000 0.736 0.000 NA 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 2 0.6377 0.9689 0.360 0.448 0.040 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0260 0.7127 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-003 6 0.3563 0.6717 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-004 6 0.3390 0.7036 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-005 5 0.5327 0.5146 0.092 0.000 0.000 0.100 0.692 0.116
#> dkfz_11-006 1 0.0653 0.7004 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0146 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-008 5 0.4509 0.5523 0.036 0.000 0.000 0.092 0.752 0.120
#> dkfz_11-009 6 0.3531 0.6792 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> dkfz_11-010 6 0.0891 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024 0.968
#> dkfz_11-011 5 0.6209 -0.3194 0.236 0.000 0.000 0.248 0.496 0.020
#> dkfz_11-012 5 0.3087 0.5857 0.012 0.000 0.000 0.004 0.808 0.176
#> dkfz_11-013 1 0.5578 -0.0266 0.652 0.140 0.024 0.172 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.5325 -0.1866 0.192 0.000 0.000 0.212 0.596 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.3624 0.5120 0.784 0.000 0.000 0.156 0.060 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.6079 0.7028 0.328 0.000 0.000 0.392 0.280 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.4902 -0.2383 0.608 0.304 0.000 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.5042 -0.3469 0.576 0.332 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0260 0.7127 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0146 0.9172 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 6 0.3221 0.7234 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> dkfz_11-022 5 0.5945 -0.6067 0.216 0.000 0.000 0.388 0.396 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3956 0.5611 0.000 0.000 0.000 0.036 0.712 0.252
#> dkfz_11-024 1 0.0520 0.7111 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3979 0.5590 0.004 0.000 0.000 0.028 0.712 0.256
#> dkfz_11-026 1 0.0520 0.7111 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.4253 0.5339 0.000 0.000 0.000 0.044 0.672 0.284
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0146 0.9172 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.5029 -0.3322 0.580 0.328 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.1151 0.8217 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-032 2 0.6182 0.9489 0.376 0.444 0.024 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.1910 0.8019 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-034 4 0.6024 0.6475 0.256 0.000 0.000 0.416 0.328 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.3428 0.6978 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-036 1 0.2230 0.6427 0.892 0.000 0.000 0.084 0.024 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3168 0.6608 0.000 0.000 0.000 0.016 0.192 0.792
#> dkfz_11-038 6 0.1332 0.8267 0.000 0.012 0.000 0.008 0.028 0.952
#> dkfz_11-039 5 0.6429 0.3642 0.028 0.000 0.000 0.208 0.444 0.320
#> dkfz_11-040 6 0.3563 0.6717 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-041 6 0.3428 0.6978 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-042 6 0.0291 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-043 5 0.4107 0.5534 0.000 0.000 0.000 0.044 0.700 0.256
#> dkfz_11-044 5 0.5945 -0.6067 0.216 0.000 0.000 0.388 0.396 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.5159 0.4744 0.092 0.000 0.000 0.096 0.708 0.104
#> dkfz_11-046 5 0.5917 -0.6110 0.208 0.000 0.000 0.396 0.396 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0767 0.8306 0.000 0.004 0.000 0.008 0.012 0.976
#> dkfz_11-048 5 0.3268 0.5859 0.008 0.000 0.000 0.020 0.808 0.164
#> dkfz_11-049 6 0.3330 0.7118 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> dkfz_11-050 1 0.3624 0.5120 0.784 0.000 0.000 0.156 0.060 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0146 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-052 6 0.3390 0.7038 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> dkfz_11-053 5 0.5942 -0.4061 0.236 0.000 0.000 0.268 0.492 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.0665 0.7071 0.980 0.004 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-055 6 0.2092 0.7930 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> dkfz_11-056 6 0.4577 0.6192 0.000 0.068 0.000 0.016 0.208 0.708
#> dkfz_11-057 6 0.3563 0.6717 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-058 6 0.4268 0.7045 0.000 0.084 0.000 0.016 0.144 0.756
#> dkfz_11-059 6 0.1946 0.8000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.072 0.912
#> dkfz_11-060 5 0.5879 0.4388 0.032 0.000 0.000 0.192 0.588 0.188
#> dkfz_11-061 5 0.3941 0.5706 0.008 0.000 0.000 0.028 0.732 0.232
#> dkfz_11-062 1 0.1578 0.6617 0.936 0.048 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.1578 0.6617 0.936 0.048 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0520 0.7111 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.1434 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048 0.940
#> dkfz_11-066 1 0.5029 -0.3322 0.580 0.328 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 2 0.6519 0.9590 0.352 0.444 0.052 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0520 0.7106 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.1151 0.8217 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-070 5 0.6067 -0.3565 0.208 0.000 0.000 0.288 0.492 0.012
#> dkfz_11-071 6 0.0972 0.8247 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028 0.964
#> dkfz_11-072 5 0.4313 0.5840 0.020 0.000 0.000 0.060 0.744 0.176
#> dkfz_11-073 5 0.4061 0.5565 0.000 0.000 0.000 0.044 0.708 0.248
#> dkfz_11-074 6 0.3563 0.6717 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-075 1 0.3624 0.5120 0.784 0.000 0.000 0.156 0.060 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0260 0.7127 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0603 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> dkfz_11-093 6 0.3351 0.7094 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-094 5 0.5464 -0.2261 0.204 0.000 0.000 0.224 0.572 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.4385 -0.0210 0.000 0.000 0.000 0.024 0.444 0.532
#> dkfz_11-096 6 0.1644 0.8133 0.000 0.004 0.000 0.012 0.052 0.932
#> dkfz_11-097 5 0.4644 0.5250 0.088 0.000 0.000 0.076 0.752 0.084
#> dkfz_11-098 6 0.0520 0.8320 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> dkfz_11-099 4 0.6073 0.6968 0.352 0.000 0.000 0.380 0.268 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0291 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-101 5 0.4370 0.5454 0.072 0.000 0.000 0.060 0.772 0.096
#> dkfz_11-102 6 0.1332 0.8267 0.000 0.012 0.000 0.008 0.028 0.952
#> dkfz_11-103 5 0.4544 0.5274 0.084 0.000 0.000 0.072 0.760 0.084
#> dkfz_11-104 6 0.1268 0.8236 0.000 0.004 0.000 0.008 0.036 0.952
#> dkfz_11-105 6 0.0291 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-106 6 0.1151 0.8217 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> dkfz_11-107 6 0.2121 0.7774 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096 0.892
#> dkfz_11-108 6 0.0653 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012 0.980
#> dkfz_11-109 6 0.4310 0.1694 0.000 0.000 0.000 0.024 0.396 0.580
#> dkfz_11-110 6 0.0881 0.8308 0.000 0.008 0.000 0.008 0.012 0.972
#> dkfz_11-111 6 0.0291 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-112 6 0.0405 0.8309 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> dkfz_11-113 6 0.3428 0.6978 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-114 5 0.4544 0.5274 0.084 0.000 0.000 0.072 0.760 0.084
#> dkfz_11-115 6 0.0291 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-116 6 0.3563 0.6717 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-117 5 0.4692 0.5352 0.076 0.000 0.000 0.084 0.748 0.092
#> dkfz_11-118 6 0.0291 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> dkfz_11-119 6 0.0767 0.8306 0.000 0.004 0.000 0.008 0.012 0.976
#> dkfz_11-120 6 0.3665 0.5471 0.000 0.000 0.000 0.020 0.252 0.728
#> dkfz_11-121 6 0.3563 0.6717 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-122 6 0.1483 0.8242 0.000 0.012 0.000 0.008 0.036 0.944
#> dkfz_11-123 6 0.1644 0.8133 0.000 0.004 0.000 0.012 0.052 0.932
#> dkfz_11-124 6 0.3351 0.7094 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-125 6 0.0653 0.8312 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012 0.980
#> dkfz_11-126 6 0.1692 0.8199 0.000 0.012 0.000 0.008 0.048 0.932
#> dkfz_11-127 5 0.4644 0.5303 0.084 0.000 0.000 0.076 0.752 0.088
#> dkfz_11-128 6 0.1409 0.8256 0.000 0.012 0.000 0.008 0.032 0.948
#> dkfz_11-129 6 0.0508 0.8308 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> dkfz_11-130 6 0.0405 0.8309 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> dkfz_11-131 6 0.4385 -0.0210 0.000 0.000 0.000 0.024 0.444 0.532
#> dkfz_11-132 6 0.1332 0.8267 0.000 0.012 0.000 0.008 0.028 0.952
#> dkfz_11-133 6 0.1802 0.7984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.072 0.916
#> dkfz_11-134 6 0.1409 0.8256 0.000 0.012 0.000 0.008 0.032 0.948
#> dkfz_11-135 6 0.1888 0.8030 0.000 0.004 0.000 0.012 0.068 0.916
#> dkfz_11-136 5 0.4393 0.5058 0.000 0.000 0.000 0.044 0.640 0.316
#> dkfz_11-137 6 0.3563 0.6717 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> dkfz_11-138 6 0.1332 0.8267 0.000 0.012 0.000 0.008 0.028 0.952
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.4544 0.5274 0.084 0.000 0.000 0.072 0.760 0.084
#> dkfz_11-141 6 0.1542 0.8159 0.000 0.004 0.000 0.008 0.052 0.936
#> dkfz_11-142 6 0.3428 0.6978 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> dkfz_11-143 4 0.6143 0.3180 0.080 0.136 0.000 0.592 0.192 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.5140 0.4221 0.000 0.392 0.520 0.088 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0260 0.7127 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9176 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.5042 -0.3469 0.576 0.332 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.2230 0.6427 0.892 0.000 0.000 0.084 0.024 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.4989 -0.2913 0.592 0.316 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0260 0.7127 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.3428 0.6978 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.2988 0.6839 0.228 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.3556 0.5192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-004 2 0.3308 0.6388 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-005 5 0.4340 0.5271 0.060 0.076 0.016 0.084 0.764 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0990 0.7835 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0134 0.7958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.3318 0.5726 0.004 0.080 0.016 0.076 0.824 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.3552 0.5281 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-010 2 0.0790 0.7908 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.5916 -0.4056 0.196 0.016 0.008 0.336 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3262 0.6371 0.000 0.160 0.000 0.052 0.788 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.5798 -0.3985 0.488 0.000 0.320 0.004 0.012 0.008 0.168
#> dkfz_11-014 5 0.4985 -0.3394 0.096 0.000 0.008 0.372 0.524 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.3064 0.6507 0.788 0.000 0.008 0.192 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 4 0.5162 0.6931 0.240 0.000 0.004 0.564 0.192 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.3677 -0.5611 0.520 0.000 0.476 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3652 0.6775 0.444 0.000 0.552 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 6 0.0239 0.9953 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.3334 0.6302 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-022 4 0.4721 0.7087 0.112 0.000 0.000 0.588 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3387 0.6164 0.000 0.228 0.016 0.008 0.748 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0239 0.8195 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3300 0.6097 0.000 0.244 0.000 0.012 0.740 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.0239 0.8195 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3448 0.5871 0.000 0.264 0.008 0.004 0.720 0.000 0.004
#> dkfz_11-028 6 0.0000 0.9969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 6 0.0239 0.9953 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3656 0.6732 0.448 0.000 0.548 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0996 0.7865 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.3211 0.6891 0.244 0.000 0.744 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-033 2 0.2118 0.7500 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> dkfz_11-034 4 0.5012 0.7230 0.144 0.000 0.004 0.628 0.212 0.000 0.012
#> dkfz_11-035 2 0.3334 0.6330 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-036 1 0.1814 0.7552 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2729 0.6219 0.000 0.792 0.000 0.000 0.204 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.1128 0.7912 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-039 5 0.5845 0.2965 0.004 0.308 0.004 0.308 0.376 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.3556 0.5192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-041 2 0.3334 0.6330 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-042 2 0.0268 0.7961 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3415 0.6088 0.000 0.228 0.016 0.004 0.748 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 4 0.4721 0.7087 0.112 0.000 0.000 0.588 0.300 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.5211 0.4299 0.072 0.092 0.000 0.196 0.640 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.4774 0.7094 0.100 0.000 0.008 0.608 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0660 0.7955 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 5 0.3068 0.6377 0.000 0.144 0.000 0.048 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.3402 0.6110 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> dkfz_11-050 1 0.3064 0.6507 0.788 0.000 0.008 0.192 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0134 0.7958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.3441 0.5977 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> dkfz_11-053 5 0.5551 -0.5070 0.156 0.004 0.008 0.408 0.424 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0504 0.8081 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.1966 0.7538 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-056 2 0.4644 0.5212 0.000 0.644 0.000 0.004 0.224 0.000 0.128
#> dkfz_11-057 2 0.3556 0.5192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-058 2 0.4267 0.6118 0.000 0.692 0.000 0.000 0.164 0.000 0.144
#> dkfz_11-059 2 0.1669 0.7635 0.000 0.912 0.000 0.000 0.080 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 5 0.5471 0.3363 0.004 0.172 0.004 0.336 0.484 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3083 0.6249 0.000 0.216 0.000 0.016 0.768 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.1578 0.7242 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.1578 0.7242 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0239 0.8195 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1242 0.7779 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.3656 0.6732 0.448 0.000 0.548 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.3255 0.6782 0.220 0.000 0.760 0.000 0.000 0.012 0.008
#> dkfz_11-068 1 0.0239 0.8191 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0996 0.7865 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 4 0.5369 0.4696 0.124 0.004 0.008 0.432 0.432 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0861 0.7897 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 5 0.4026 0.6337 0.012 0.156 0.012 0.064 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3287 0.6144 0.000 0.208 0.016 0.004 0.768 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 2 0.3556 0.5192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-075 1 0.3064 0.6507 0.788 0.000 0.008 0.192 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0555 0.7939 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 2 0.3413 0.6079 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-094 5 0.5115 -0.3695 0.124 0.000 0.004 0.372 0.500 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.3673 -0.0759 0.000 0.528 0.000 0.000 0.468 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 2 0.1403 0.7771 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 0.000 0.008
#> dkfz_11-097 5 0.4143 0.5639 0.040 0.076 0.000 0.132 0.752 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0479 0.7969 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> dkfz_11-099 4 0.5018 0.6658 0.276 0.000 0.000 0.560 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0268 0.7961 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.3954 0.5807 0.032 0.080 0.000 0.120 0.768 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1128 0.7912 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-103 5 0.4021 0.5587 0.036 0.068 0.000 0.136 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1060 0.7886 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 2 0.0268 0.7961 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 2 0.0996 0.7865 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> dkfz_11-107 2 0.1847 0.7397 0.000 0.892 0.000 0.000 0.104 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.0555 0.7962 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.3619 0.1184 0.000 0.576 0.000 0.000 0.420 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.0742 0.7958 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> dkfz_11-111 2 0.0268 0.7961 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 2 0.0373 0.7958 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-113 2 0.3334 0.6330 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-114 5 0.4021 0.5587 0.036 0.068 0.000 0.136 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0268 0.7961 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 2 0.3556 0.5192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-117 5 0.4186 0.5658 0.036 0.076 0.000 0.144 0.744 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0268 0.7961 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 2 0.0660 0.7955 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> dkfz_11-120 2 0.3222 0.5089 0.000 0.728 0.000 0.004 0.264 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 2 0.3556 0.5192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-122 2 0.1259 0.7886 0.000 0.944 0.000 0.000 0.044 0.000 0.012
#> dkfz_11-123 2 0.1403 0.7771 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 2 0.3413 0.6079 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> dkfz_11-125 2 0.0555 0.7962 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.1440 0.7842 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.000 0.012
#> dkfz_11-127 5 0.4190 0.5690 0.040 0.080 0.000 0.132 0.748 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1195 0.7900 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> dkfz_11-129 2 0.0468 0.7956 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-130 2 0.0373 0.7958 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-131 2 0.3673 -0.0759 0.000 0.528 0.000 0.000 0.468 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.1128 0.7912 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-133 2 0.1565 0.7619 0.000 0.916 0.000 0.000 0.080 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.1195 0.7900 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> dkfz_11-135 2 0.1618 0.7664 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.000 0.008
#> dkfz_11-136 5 0.3633 0.5507 0.000 0.304 0.008 0.004 0.680 0.000 0.004
#> dkfz_11-137 2 0.3556 0.5192 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> dkfz_11-138 2 0.1128 0.7912 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> dkfz_11-139 6 0.0000 0.9969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.4021 0.5587 0.036 0.068 0.000 0.136 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1299 0.7799 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.3334 0.6330 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> dkfz_11-143 4 0.4986 -0.0547 0.000 0.000 0.096 0.596 0.020 0.000 0.288
#> dkfz_11-144 3 0.4800 -0.3402 0.000 0.000 0.548 0.004 0.008 0.376 0.064
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 6 0.0000 0.9969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3652 0.6775 0.444 0.000 0.552 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1814 0.7552 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3667 0.6497 0.460 0.000 0.536 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3334 0.6330 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.1906 0.6907 0.112 0.000 0.880 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.8991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2776 0.9036 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3220 -0.1142 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3903 0.5092 0.060 0.044 0.020 0.000 0.776 NA 0.100 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.1038 0.8541 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0349 0.8072 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2959 0.5703 0.004 0.048 0.020 0.000 0.836 NA 0.092 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2852 0.9010 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0783 0.8089 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5769 -0.4823 0.160 0.012 0.036 0.000 0.400 NA 0.392 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.2926 0.6667 0.000 0.132 0.000 0.000 0.808 NA 0.060 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.5046 0.5215 0.196 0.000 0.436 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 7 0.4537 0.4295 0.024 0.000 0.020 0.016 0.460 NA 0.480 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.3105 0.7440 0.788 0.000 0.036 0.000 0.008 NA 0.168 0.000
#> dkfz_11-016 7 0.4862 0.6515 0.184 0.000 0.028 0.008 0.140 NA 0.640 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.3374 0.6329 0.412 0.000 0.584 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3161 0.7545 0.328 0.000 0.668 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 8 0.0224 0.9951 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.992
#> dkfz_11-021 4 0.3294 0.7604 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.3730 0.6899 0.056 0.000 0.000 0.004 0.240 NA 0.700 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3045 0.6508 0.000 0.188 0.012 0.000 0.784 NA 0.012 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0224 0.8984 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.3148 0.6331 0.000 0.228 0.000 0.004 0.748 NA 0.020 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0224 0.8984 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3239 0.6191 0.000 0.228 0.012 0.004 0.748 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 8 0.0000 0.9968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 8 0.0224 0.9951 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.992
#> dkfz_11-030 3 0.3174 0.7523 0.332 0.000 0.664 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0992 0.8057 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.2181 0.7040 0.128 0.000 0.860 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.2267 0.5948 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.4324 0.6752 0.072 0.000 0.016 0.016 0.148 NA 0.732 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.3251 -0.1660 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1878 0.8399 0.900 0.000 0.036 0.000 0.000 NA 0.064 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2501 0.6548 0.000 0.800 0.000 0.004 0.196 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0925 0.8069 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.5503 0.2700 0.000 0.292 0.012 0.000 0.380 NA 0.316 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.2776 0.9036 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3251 -0.1660 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0438 0.8057 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3082 0.6421 0.000 0.188 0.012 0.004 0.784 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.3730 0.6899 0.056 0.000 0.000 0.004 0.240 NA 0.700 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4389 0.3774 0.024 0.072 0.000 0.000 0.644 NA 0.260 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.4292 0.6757 0.044 0.000 0.036 0.008 0.228 NA 0.684 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0618 0.8094 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2781 0.6672 0.000 0.116 0.000 0.000 0.824 NA 0.060 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.3251 0.8162 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.3105 0.7440 0.788 0.000 0.036 0.000 0.008 NA 0.168 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0349 0.8072 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3212 0.8383 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 7 0.5352 0.5522 0.100 0.004 0.024 0.012 0.372 NA 0.488 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0471 0.8869 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.1947 0.6313 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.5182 -0.0837 0.000 0.468 0.000 0.292 0.236 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2776 0.9036 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.4855 -0.1104 0.000 0.512 0.000 0.316 0.172 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.1466 0.7850 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.5089 0.2941 0.000 0.152 0.012 0.000 0.484 NA 0.352 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2937 0.6567 0.000 0.192 0.000 0.000 0.780 NA 0.028 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.1765 0.7705 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.1765 0.7705 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0224 0.8984 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1236 0.7983 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.3174 0.7523 0.332 0.000 0.664 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2131 0.6800 0.104 0.000 0.876 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> dkfz_11-068 1 0.0224 0.8982 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0992 0.8057 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.5200 0.5529 0.088 0.000 0.032 0.008 0.388 NA 0.484 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0856 0.8085 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 5 0.3674 0.6587 0.008 0.120 0.020 0.000 0.776 NA 0.076 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2877 0.6484 0.000 0.160 0.012 0.004 0.812 NA 0.008 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.2776 0.9036 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.3105 0.7440 0.788 0.000 0.036 0.000 0.008 NA 0.168 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.8991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0706 0.8092 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.3244 0.8228 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.4744 0.4601 0.052 0.000 0.016 0.012 0.440 NA 0.480 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.3439 -0.0310 0.000 0.524 0.000 0.004 0.472 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1205 0.7981 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3688 0.5677 0.020 0.060 0.000 0.000 0.748 NA 0.172 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0618 0.8073 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 7 0.4111 0.6307 0.220 0.000 0.000 0.000 0.116 NA 0.664 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0438 0.8057 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3432 0.5783 0.012 0.056 0.000 0.000 0.768 NA 0.164 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0925 0.8069 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3390 0.5480 0.012 0.044 0.000 0.000 0.764 NA 0.180 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0870 0.8087 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0438 0.8057 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0992 0.8057 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1644 0.7633 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0349 0.8101 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3392 0.1645 0.000 0.572 0.000 0.004 0.424 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0536 0.8099 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0438 0.8057 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0520 0.8040 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.3251 -0.1660 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3390 0.5480 0.012 0.044 0.000 0.000 0.764 NA 0.180 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0438 0.8057 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.2776 0.9036 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.3550 0.5574 0.012 0.052 0.000 0.000 0.748 NA 0.188 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0438 0.8057 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0618 0.8094 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2995 0.5681 0.000 0.732 0.000 0.004 0.260 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.2776 0.9036 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1056 0.8060 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1205 0.7981 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.3244 0.8228 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0349 0.8101 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1236 0.8020 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3708 0.5741 0.020 0.064 0.000 0.000 0.748 NA 0.168 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0992 0.8067 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0596 0.8016 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0520 0.8040 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3439 -0.0310 0.000 0.524 0.000 0.004 0.472 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0925 0.8069 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1368 0.7861 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0992 0.8067 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1416 0.7881 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3539 0.5778 0.000 0.268 0.012 0.008 0.704 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.2776 0.9036 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0925 0.8069 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.9968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 5 0.3390 0.5480 0.012 0.044 0.000 0.000 0.764 NA 0.180 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1107 0.8016 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3251 -0.1660 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.5561 -0.1031 0.000 0.000 0.004 0.220 0.016 NA 0.392 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.5700 -0.1425 0.000 0.000 0.456 0.012 0.012 NA 0.004 0.256
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.0000 0.9968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.3161 0.7545 0.328 0.000 0.668 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1878 0.8399 0.900 0.000 0.036 0.000 0.000 NA 0.064 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3213 0.7394 0.344 0.000 0.652 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3251 -0.1660 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 NA 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1727 0.3823 0.104 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1131 0.8214 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.3084 0.2664 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.3654 0.4875 0.056 0.004 0.012 0.004 0.140 0.768 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-006 1 0.1135 0.8624 0.944 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-007 2 0.0658 0.8483 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.2747 0.5637 0.000 0.008 0.012 0.004 0.132 0.828 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-009 4 0.1313 0.8199 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0746 0.8484 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5291 0.3999 0.140 0.000 0.044 0.000 0.496 0.312 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-012 6 0.2982 0.6732 0.000 0.100 0.000 0.000 0.108 0.792 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 9 0.3921 0.0000 0.072 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> dkfz_11-014 5 0.4290 0.3987 0.000 0.000 0.036 0.008 0.596 0.328 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-015 1 0.2867 0.7521 0.788 0.000 0.048 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.4000 0.4785 0.152 0.000 0.044 0.004 0.740 0.028 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-017 3 0.3179 0.5395 0.404 0.000 0.592 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.2965 0.6502 0.320 0.000 0.676 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 7 0.0212 0.9931 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2642 0.7256 0.000 0.244 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-022 5 0.2500 0.5925 0.028 0.000 0.000 0.008 0.852 0.104 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 6 0.2436 0.6531 0.000 0.140 0.000 0.004 0.004 0.836 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-024 1 0.0212 0.8998 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.3059 0.6127 0.000 0.200 0.000 0.000 0.036 0.760 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.0212 0.8998 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2838 0.6006 0.000 0.200 0.000 0.008 0.000 0.776 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-028 7 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 7 0.0212 0.9931 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2978 0.6499 0.324 0.000 0.672 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0953 0.8462 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1994 0.4131 0.120 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-033 2 0.2341 0.6988 0.000 0.804 0.000 0.192 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.3588 0.4647 0.048 0.000 0.032 0.008 0.812 0.012 0.000 0.056 0.032
#> dkfz_11-035 2 0.3117 0.2078 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1795 0.8440 0.900 0.000 0.048 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.2392 0.7011 0.000 0.796 0.000 0.004 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1070 0.8457 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 5 0.5500 -0.1222 0.000 0.276 0.012 0.000 0.364 0.332 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 4 0.1131 0.8214 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3117 0.2078 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0726 0.8478 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2443 0.6385 0.000 0.144 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-044 5 0.2500 0.5925 0.028 0.000 0.000 0.008 0.852 0.104 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-045 6 0.3905 0.3178 0.000 0.060 0.000 0.000 0.372 0.568 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 5 0.3136 0.5287 0.016 0.000 0.036 0.008 0.832 0.068 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-047 2 0.0741 0.8497 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.2866 0.6798 0.000 0.088 0.000 0.000 0.108 0.804 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.2465 0.7695 0.000 0.212 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-050 1 0.2867 0.7521 0.788 0.000 0.048 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0658 0.8483 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2226 0.7852 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.5175 0.5093 0.084 0.000 0.036 0.008 0.576 0.268 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-054 1 0.0446 0.8888 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.2139 0.7240 0.000 0.844 0.000 0.148 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.5183 0.1713 0.000 0.372 0.000 0.376 0.004 0.240 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-057 4 0.1131 0.8214 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.4881 -0.2648 0.000 0.412 0.000 0.408 0.000 0.172 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-059 2 0.1317 0.8281 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 5 0.4992 -0.1583 0.000 0.128 0.012 0.000 0.424 0.424 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-061 6 0.2889 0.6468 0.000 0.160 0.000 0.000 0.052 0.788 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.1948 0.7552 0.864 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-063 1 0.1948 0.7552 0.864 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.0212 0.8998 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1246 0.8392 0.000 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2978 0.6499 0.324 0.000 0.672 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1937 0.3576 0.096 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> dkfz_11-068 1 0.0212 0.8996 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0953 0.8462 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4933 0.5131 0.060 0.000 0.036 0.012 0.608 0.260 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-071 2 0.0818 0.8480 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.3801 0.6582 0.000 0.088 0.008 0.008 0.120 0.756 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-073 6 0.2039 0.6472 0.000 0.108 0.000 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-074 4 0.1131 0.8214 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.2867 0.7521 0.788 0.000 0.048 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0810 0.8490 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.2441 0.7744 0.000 0.208 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-094 5 0.4555 0.4265 0.028 0.000 0.028 0.008 0.596 0.316 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-095 2 0.3258 0.0329 0.000 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1057 0.8370 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 6 0.3433 0.5863 0.000 0.040 0.000 0.000 0.288 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0876 0.8487 0.000 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.2749 0.4403 0.192 0.000 0.008 0.000 0.788 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-100 2 0.0726 0.8478 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.3278 0.5998 0.000 0.032 0.000 0.000 0.276 0.692 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1070 0.8457 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 6 0.3208 0.5670 0.000 0.020 0.000 0.000 0.304 0.676 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0999 0.8472 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0726 0.8478 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0953 0.8462 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1473 0.8120 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0746 0.8506 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3216 0.2251 0.000 0.568 0.000 0.004 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0668 0.8504 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0726 0.8478 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0792 0.8466 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.3117 0.2078 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3208 0.5670 0.000 0.020 0.000 0.000 0.304 0.676 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0726 0.8478 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.1131 0.8214 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.3330 0.5740 0.000 0.028 0.000 0.000 0.304 0.668 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0726 0.8478 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0741 0.8497 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2981 0.5975 0.000 0.728 0.000 0.004 0.012 0.256 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1131 0.8214 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1056 0.8447 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 2 0.1057 0.8370 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.2441 0.7744 0.000 0.208 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.0746 0.8506 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1232 0.8418 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 6 0.3418 0.5904 0.000 0.040 0.000 0.000 0.284 0.676 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0993 0.8452 0.000 0.956 0.000 0.012 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.0855 0.8451 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0792 0.8466 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3258 0.0329 0.000 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1070 0.8457 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.1200 0.8285 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0993 0.8452 0.000 0.956 0.000 0.012 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.1268 0.8302 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 6 0.3056 0.5615 0.000 0.224 0.000 0.012 0.000 0.748 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-137 4 0.1131 0.8214 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1070 0.8457 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 7 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.3208 0.5670 0.000 0.020 0.000 0.000 0.304 0.676 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1087 0.8414 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3117 0.2078 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0994 0.0000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.6954 -0.3804 0.000 0.000 0.352 0.040 0.016 0.040 0.200 0.052 0.300
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.0000 0.9954 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2965 0.6502 0.320 0.000 0.676 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1795 0.8440 0.900 0.000 0.048 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.3016 0.6377 0.336 0.000 0.660 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.3117 0.2078 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1966 0.64447 0.084 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.040
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.90110 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0615 0.77239 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.2930 0.31404 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 6 0.3576 0.49541 0.056 0.000 0.000 0.000 0.100 0.772 0.020 0.00 0.000 0.052
#> dkfz_11-006 1 0.1037 0.87223 0.944 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.048 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0484 0.86048 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 6 0.2659 0.55918 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.832 0.020 0.00 0.000 0.056
#> dkfz_11-009 4 0.0836 0.77251 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0558 0.85951 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 5 0.5589 0.35603 0.140 0.000 0.028 0.000 0.432 0.332 0.000 0.00 0.000 0.068
#> dkfz_11-012 6 0.3043 0.67127 0.000 0.096 0.000 0.000 0.096 0.792 0.000 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-013 7 0.0673 0.00000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4687 0.41948 0.000 0.000 0.004 0.004 0.492 0.292 0.000 0.00 0.000 0.208
#> dkfz_11-015 1 0.3141 0.76651 0.788 0.000 0.036 0.000 0.120 0.000 0.000 0.00 0.000 0.056
#> dkfz_11-016 5 0.4771 0.46724 0.132 0.000 0.044 0.004 0.664 0.044 0.004 0.00 0.000 0.108
#> dkfz_11-017 3 0.2857 0.73163 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.2542 0.84270 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.90110 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 9 0.0202 0.99159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008
#> dkfz_11-021 4 0.2576 0.69569 0.000 0.204 0.000 0.780 0.000 0.000 0.004 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-022 5 0.2186 0.57664 0.020 0.000 0.000 0.000 0.848 0.128 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 6 0.2784 0.65242 0.000 0.120 0.000 0.004 0.008 0.824 0.016 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-024 1 0.0202 0.90056 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.2992 0.60876 0.000 0.184 0.000 0.000 0.016 0.772 0.004 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-026 1 0.0202 0.90056 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.2905 0.60624 0.000 0.180 0.000 0.004 0.000 0.780 0.016 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-028 9 0.0000 0.99441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 9 0.0202 0.99159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008
#> dkfz_11-030 3 0.2559 0.84229 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0756 0.85729 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1671 0.65893 0.084 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-033 2 0.2183 0.71791 0.000 0.812 0.000 0.184 0.000 0.004 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.4109 0.36701 0.016 0.000 0.028 0.004 0.708 0.008 0.000 0.06 0.000 0.176
#> dkfz_11-035 2 0.2965 0.26051 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1852 0.85023 0.900 0.000 0.036 0.000 0.016 0.000 0.000 0.00 0.000 0.048
#> dkfz_11-037 2 0.2439 0.70757 0.000 0.784 0.000 0.004 0.000 0.208 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.1340 0.85552 0.000 0.936 0.000 0.016 0.004 0.036 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 5 0.5500 -0.17207 0.000 0.256 0.020 0.000 0.360 0.340 0.008 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-040 4 0.0615 0.77239 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.2965 0.26051 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0558 0.86014 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.2654 0.63831 0.000 0.120 0.000 0.004 0.000 0.828 0.020 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-044 5 0.2186 0.57664 0.020 0.000 0.000 0.000 0.848 0.128 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 6 0.4562 0.30133 0.000 0.060 0.000 0.000 0.332 0.540 0.000 0.00 0.000 0.068
#> dkfz_11-046 5 0.3854 0.45969 0.008 0.000 0.044 0.004 0.748 0.096 0.004 0.00 0.000 0.096
#> dkfz_11-047 2 0.0564 0.86156 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 6 0.3032 0.67872 0.000 0.084 0.000 0.000 0.100 0.796 0.000 0.00 0.000 0.020
#> dkfz_11-049 4 0.2376 0.73463 0.000 0.172 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-050 1 0.3141 0.76651 0.788 0.000 0.036 0.000 0.120 0.000 0.000 0.00 0.000 0.056
#> dkfz_11-051 2 0.0484 0.86048 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2097 0.74983 0.000 0.144 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-053 5 0.5230 0.50000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.488 0.268 0.000 0.00 0.000 0.160
#> dkfz_11-054 1 0.0469 0.89151 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.2238 0.73370 0.000 0.836 0.000 0.148 0.004 0.004 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-056 4 0.5140 0.18293 0.000 0.332 0.000 0.396 0.000 0.248 0.008 0.00 0.000 0.016
#> dkfz_11-057 4 0.0615 0.77239 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.4911 0.27777 0.000 0.368 0.000 0.432 0.000 0.180 0.008 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-059 2 0.1547 0.83941 0.000 0.912 0.000 0.004 0.004 0.072 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-060 6 0.4812 0.16788 0.000 0.128 0.020 0.000 0.416 0.428 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-061 6 0.2579 0.64774 0.000 0.144 0.000 0.000 0.032 0.816 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-062 1 0.2268 0.70372 0.824 0.000 0.164 0.000 0.004 0.000 0.004 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.2268 0.70372 0.824 0.000 0.164 0.000 0.004 0.000 0.004 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 1 0.0202 0.90056 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.1037 0.85082 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.2559 0.84229 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2242 0.63288 0.084 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.012 0.040
#> dkfz_11-068 1 0.0226 0.90030 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0756 0.85729 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.4982 0.46812 0.056 0.000 0.036 0.004 0.580 0.276 0.012 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-071 2 0.0627 0.85940 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.3737 0.65489 0.000 0.076 0.000 0.004 0.112 0.756 0.016 0.00 0.000 0.036
#> dkfz_11-073 6 0.2270 0.64288 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.864 0.020 0.00 0.000 0.032
#> dkfz_11-074 4 0.0615 0.77239 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.3141 0.76651 0.788 0.000 0.036 0.000 0.120 0.000 0.000 0.00 0.000 0.056
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.90110 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0638 0.86052 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.2349 0.73883 0.000 0.168 0.000 0.816 0.000 0.000 0.004 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-094 5 0.4896 0.44090 0.028 0.000 0.000 0.000 0.492 0.280 0.000 0.00 0.000 0.200
#> dkfz_11-095 2 0.3111 0.00696 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1312 0.84843 0.000 0.932 0.000 0.004 0.004 0.052 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-097 6 0.3061 0.59566 0.000 0.032 0.000 0.000 0.260 0.708 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0707 0.86113 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.3675 0.43760 0.172 0.000 0.024 0.004 0.744 0.028 0.004 0.00 0.000 0.024
#> dkfz_11-100 2 0.0558 0.86014 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2933 0.60766 0.000 0.028 0.000 0.000 0.244 0.728 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1340 0.85552 0.000 0.936 0.000 0.016 0.004 0.036 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-103 6 0.3130 0.57792 0.000 0.020 0.000 0.000 0.272 0.700 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.1064 0.85912 0.000 0.944 0.000 0.012 0.000 0.044 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0558 0.86014 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0756 0.85729 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1596 0.82427 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.096 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.0707 0.86255 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3086 0.20470 0.000 0.552 0.000 0.004 0.000 0.444 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0781 0.86183 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0558 0.86014 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0627 0.85920 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.2965 0.26051 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 6 0.3130 0.57792 0.000 0.020 0.000 0.000 0.272 0.700 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-115 2 0.0558 0.86014 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0615 0.77239 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 6 0.3337 0.58389 0.000 0.028 0.000 0.000 0.276 0.684 0.000 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-118 2 0.0558 0.86014 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0564 0.86156 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.2988 0.60157 0.000 0.716 0.000 0.004 0.012 0.264 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0615 0.77239 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1322 0.85474 0.000 0.936 0.000 0.012 0.004 0.040 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-123 2 0.1312 0.84843 0.000 0.932 0.000 0.004 0.004 0.052 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-124 4 0.2349 0.73883 0.000 0.168 0.000 0.816 0.000 0.000 0.004 0.00 0.000 0.012
#> dkfz_11-125 2 0.0707 0.86255 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1479 0.85171 0.000 0.924 0.000 0.012 0.004 0.052 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-127 6 0.3044 0.59914 0.000 0.032 0.000 0.000 0.256 0.712 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1266 0.85517 0.000 0.940 0.000 0.012 0.004 0.036 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-129 2 0.0693 0.85818 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0627 0.85920 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.3111 0.00696 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1340 0.85552 0.000 0.936 0.000 0.016 0.004 0.036 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 2 0.1460 0.84049 0.000 0.916 0.000 0.004 0.004 0.072 0.000 0.00 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.1266 0.85517 0.000 0.940 0.000 0.012 0.004 0.036 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-135 2 0.1503 0.84156 0.000 0.916 0.000 0.004 0.004 0.068 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-136 6 0.3231 0.57341 0.000 0.200 0.000 0.008 0.000 0.748 0.016 0.00 0.000 0.028
#> dkfz_11-137 4 0.0615 0.77239 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1340 0.85552 0.000 0.936 0.000 0.016 0.004 0.036 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 9 0.0000 0.99441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 6 0.3130 0.57792 0.000 0.020 0.000 0.000 0.272 0.700 0.000 0.00 0.000 0.008
#> dkfz_11-141 2 0.1138 0.85417 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2965 0.26051 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.0000 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 10 0.4473 0.00000 0.000 0.000 0.200 0.016 0.000 0.000 0.004 0.00 0.184 0.596
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.90110 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.0000 0.99441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2542 0.84270 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1852 0.85023 0.900 0.000 0.036 0.000 0.016 0.000 0.000 0.00 0.000 0.048
#> dkfz_11-149 3 0.2607 0.83182 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.90110 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.2965 0.26051 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:hclust 108 2.30e-19 7.72e-06 2
#> ATC:hclust 118 1.72e-25 1.72e-04 3
#> ATC:hclust 122 2.86e-24 4.21e-04 4
#> ATC:hclust 126 7.43e-21 3.10e-05 5
#> ATC:hclust 113 1.82e-23 5.88e-04 6
#> ATC:hclust 121 3.57e-27 1.86e-04 7
#> ATC:hclust 117 1.21e-40 1.02e-20 8
#> ATC:hclust 109 1.64e-38 8.63e-20 9
#> ATC:hclust 109 7.65e-42 1.84e-21 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.4705 0.532 0.532
#> 3 3 0.677 0.869 0.910 0.3170 0.768 0.596
#> 4 4 0.585 0.484 0.701 0.1385 0.811 0.568
#> 5 5 0.739 0.746 0.867 0.0710 0.850 0.567
#> 6 6 0.748 0.488 0.797 0.0551 0.951 0.814
#> 7 7 0.750 0.540 0.706 0.0405 0.889 0.564
#> 8 8 0.755 0.642 0.751 0.0263 0.932 0.624
#> 9 9 0.789 0.627 0.763 0.0222 0.990 0.930
#> 10 10 0.802 0.546 0.727 0.0144 0.975 0.822
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 2 0.808 0.674 0.248 0.752
#> dkfz_11-015 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.653 0.800 0.168 0.832
#> dkfz_11-073 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.995 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 3 0.2625 0.901 0.084 0.000 0.916
#> dkfz_11-003 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-006 3 0.2448 0.908 0.076 0.000 0.924
#> dkfz_11-007 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2187 0.854 0.948 0.028 0.024
#> dkfz_11-009 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-012 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.5560 0.662 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-016 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 3 0.4504 0.759 0.196 0.000 0.804
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-023 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-025 1 0.4452 0.697 0.808 0.192 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.5560 0.662 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-027 1 0.4555 0.686 0.800 0.200 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-035 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.5560 0.662 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-037 2 0.2711 0.921 0.088 0.912 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-039 1 0.3941 0.741 0.844 0.156 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.1289 0.909 0.032 0.968 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-045 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-047 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.5560 0.662 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-051 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-054 3 0.0747 0.942 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.2261 0.835 0.932 0.068 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.3192 0.791 0.888 0.112 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.2537 0.904 0.080 0.000 0.920
#> dkfz_11-063 3 0.0747 0.942 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-064 1 0.5560 0.662 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-065 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 3 0.3551 0.852 0.132 0.000 0.868
#> dkfz_11-069 2 0.2261 0.934 0.068 0.932 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.3192 0.855 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-071 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.6204 0.387 0.424 0.576 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.5497 0.673 0.708 0.000 0.292
#> dkfz_11-091 3 0.2356 0.910 0.072 0.000 0.928
#> dkfz_11-092 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-095 2 0.5733 0.614 0.324 0.676 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.5560 0.662 0.700 0.000 0.300
#> dkfz_11-100 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.2066 0.935 0.060 0.940 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3482 0.888 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2878 0.915 0.096 0.904 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-115 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.2187 0.854 0.948 0.028 0.024
#> dkfz_11-118 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.6260 0.318 0.448 0.552 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.1860 0.849 0.948 0.052 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.6286 0.264 0.464 0.536 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3482 0.888 0.128 0.872 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.3267 0.899 0.116 0.884 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-141 2 0.2165 0.936 0.064 0.936 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 3 0.3551 0.852 0.132 0.000 0.868
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.3267 0.855 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-149 3 0.0747 0.942 0.016 0.000 0.984
#> dkfz_11-150 3 0.5926 0.400 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-151 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.4955 0.0426 0.556 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-004 2 0.3726 0.4211 0.000 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-005 1 0.1118 0.7081 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-006 1 0.4955 0.0426 0.556 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.2973 0.6633 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-008 1 0.4164 0.5616 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-009 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-010 2 0.2973 0.6633 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-011 1 0.2814 0.6632 0.868 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-012 4 0.7206 0.1722 0.400 0.140 0.000 0.460
#> dkfz_11-013 3 0.1716 0.8932 0.064 0.000 0.936 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.5279 0.2933 0.588 0.012 0.000 0.400
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.1118 0.7084 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-017 3 0.4072 0.6626 0.252 0.000 0.748 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0817 0.9247 0.024 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.4072 0.4451 0.748 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.4866 0.0455 0.000 0.596 0.000 0.404
#> dkfz_11-022 1 0.4222 0.5541 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-023 4 0.7236 0.1764 0.396 0.144 0.000 0.460
#> dkfz_11-024 1 0.0469 0.7127 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-025 4 0.7175 -0.1449 0.136 0.404 0.000 0.460
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.4977 0.4000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.4961 0.2142 0.448 0.000 0.552 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.1022 0.6681 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-032 3 0.0921 0.9234 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0817 0.6451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-034 1 0.2216 0.6860 0.908 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-035 2 0.4804 0.0991 0.000 0.616 0.000 0.384
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.4941 0.4352 0.000 0.564 0.000 0.436
#> dkfz_11-038 2 0.1474 0.6713 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-039 4 0.7676 0.1900 0.276 0.264 0.000 0.460
#> dkfz_11-040 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-041 2 0.3726 0.4211 0.000 0.788 0.000 0.212
#> dkfz_11-042 2 0.2081 0.5840 0.000 0.916 0.000 0.084
#> dkfz_11-043 4 0.7110 0.1435 0.412 0.128 0.000 0.460
#> dkfz_11-044 1 0.4222 0.5541 0.728 0.000 0.000 0.272
#> dkfz_11-045 4 0.7206 0.1722 0.400 0.140 0.000 0.460
#> dkfz_11-046 1 0.4193 0.5581 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-047 2 0.3356 0.6552 0.000 0.824 0.000 0.176
#> dkfz_11-048 4 0.7206 0.1722 0.400 0.140 0.000 0.460
#> dkfz_11-049 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.1474 0.6711 0.000 0.948 0.000 0.052
#> dkfz_11-052 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-053 1 0.0707 0.7123 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-054 1 0.4981 -0.0233 0.536 0.000 0.464 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.1118 0.6344 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-056 2 0.4972 0.3043 0.000 0.544 0.000 0.456
#> dkfz_11-057 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-058 2 0.4661 0.2704 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-059 2 0.4888 0.4645 0.000 0.588 0.000 0.412
#> dkfz_11-060 4 0.7236 0.1764 0.396 0.144 0.000 0.460
#> dkfz_11-061 4 0.7319 0.1854 0.384 0.156 0.000 0.460
#> dkfz_11-062 1 0.4961 0.0292 0.552 0.000 0.448 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.5000 -0.1292 0.504 0.000 0.496 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4761 0.5087 0.000 0.628 0.000 0.372
#> dkfz_11-066 3 0.0921 0.9234 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.4761 0.2153 0.628 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4843 0.4833 0.000 0.604 0.000 0.396
#> dkfz_11-070 1 0.4193 0.5580 0.732 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-071 2 0.3400 0.6538 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-072 1 0.6137 0.0818 0.504 0.048 0.000 0.448
#> dkfz_11-073 2 0.5497 0.3716 0.016 0.524 0.000 0.460
#> dkfz_11-074 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.4941 0.0636 0.564 0.000 0.436 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0188 0.6567 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-094 1 0.0469 0.7127 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-095 2 0.4977 0.4000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-096 2 0.4817 0.4914 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-097 4 0.6800 0.0502 0.444 0.096 0.000 0.460
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.6584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0707 0.6481 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-101 4 0.7206 0.1722 0.400 0.140 0.000 0.460
#> dkfz_11-102 2 0.0188 0.6564 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 4 0.7175 0.1630 0.404 0.136 0.000 0.460
#> dkfz_11-104 2 0.3311 0.6566 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-105 2 0.0707 0.6481 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-106 2 0.4500 0.5615 0.000 0.684 0.000 0.316
#> dkfz_11-107 2 0.4961 0.4191 0.000 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-108 2 0.3569 0.6464 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-109 2 0.4955 0.4247 0.000 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-110 2 0.2011 0.6706 0.000 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-111 2 0.0707 0.6481 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.6584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.4804 0.0991 0.000 0.616 0.000 0.384
#> dkfz_11-114 1 0.4250 0.5491 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-115 2 0.0817 0.6451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-116 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-117 1 0.4406 0.5144 0.700 0.000 0.000 0.300
#> dkfz_11-118 2 0.0707 0.6481 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-119 2 0.1302 0.6702 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-120 2 0.4977 0.4000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-121 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-122 2 0.3311 0.6566 0.000 0.828 0.000 0.172
#> dkfz_11-123 2 0.4304 0.5883 0.000 0.716 0.000 0.284
#> dkfz_11-124 4 0.4981 0.2008 0.000 0.464 0.000 0.536
#> dkfz_11-125 2 0.3400 0.6538 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-126 2 0.3801 0.6329 0.000 0.780 0.000 0.220
#> dkfz_11-127 4 0.7236 0.1764 0.396 0.144 0.000 0.460
#> dkfz_11-128 2 0.0188 0.6601 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.1867 0.5976 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-130 2 0.0188 0.6601 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 2 0.4977 0.4000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> dkfz_11-132 2 0.1118 0.6690 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-133 2 0.4961 0.4191 0.000 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-134 2 0.1637 0.6713 0.000 0.940 0.000 0.060
#> dkfz_11-135 2 0.4356 0.5820 0.000 0.708 0.000 0.292
#> dkfz_11-136 2 0.4961 0.4191 0.000 0.552 0.000 0.448
#> dkfz_11-137 4 0.4977 0.2076 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-138 2 0.0188 0.6601 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4250 0.5491 0.724 0.000 0.000 0.276
#> dkfz_11-141 2 0.3649 0.6423 0.000 0.796 0.000 0.204
#> dkfz_11-142 2 0.4804 0.0991 0.000 0.616 0.000 0.384
#> dkfz_11-143 1 0.2345 0.6820 0.900 0.000 0.000 0.100
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.4761 0.2153 0.628 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0921 0.9234 0.028 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.7113 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.4999 -0.1061 0.508 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.1637 0.6711 0.940 0.000 0.060 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4804 0.0991 0.000 0.616 0.000 0.384
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0955 0.927 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> dkfz_11-002 1 0.1768 0.876 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.4030 0.261 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-005 5 0.3895 0.571 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> dkfz_11-006 1 0.1768 0.876 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004
#> dkfz_11-007 2 0.0162 0.848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-008 5 0.3143 0.719 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> dkfz_11-009 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0162 0.848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.3210 0.710 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> dkfz_11-012 5 0.1357 0.803 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-013 3 0.4047 0.520 0.320 0.000 0.676 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 5 0.0955 0.798 0.028 0.004 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-015 1 0.1544 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-016 5 0.4420 0.285 0.448 0.000 0.000 0.004 0.548
#> dkfz_11-017 1 0.3990 0.572 0.688 0.000 0.308 0.000 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.1357 0.922 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> dkfz_11-019 1 0.1386 0.892 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016
#> dkfz_11-020 3 0.1522 0.930 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> dkfz_11-021 4 0.4991 0.533 0.040 0.320 0.000 0.636 0.004
#> dkfz_11-022 5 0.3160 0.731 0.188 0.000 0.000 0.004 0.808
#> dkfz_11-023 5 0.1197 0.801 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-024 1 0.3210 0.711 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-025 5 0.2488 0.731 0.004 0.124 0.000 0.000 0.872
#> dkfz_11-026 1 0.1544 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-027 2 0.4283 0.316 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-028 3 0.1522 0.930 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> dkfz_11-029 3 0.1522 0.930 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> dkfz_11-030 1 0.3489 0.761 0.784 0.000 0.208 0.004 0.004
#> dkfz_11-031 2 0.0880 0.841 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.1518 0.921 0.048 0.000 0.944 0.004 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.1671 0.812 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.5271 0.346 0.384 0.000 0.044 0.004 0.568
#> dkfz_11-035 4 0.4291 0.340 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1544 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-037 2 0.3398 0.724 0.004 0.780 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-038 2 0.0932 0.847 0.004 0.972 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-039 5 0.2228 0.778 0.040 0.048 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-040 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.4161 0.134 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.1792 0.803 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1357 0.803 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-044 5 0.3160 0.731 0.188 0.000 0.000 0.004 0.808
#> dkfz_11-045 5 0.1282 0.804 0.004 0.044 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-046 5 0.3160 0.731 0.188 0.000 0.000 0.004 0.808
#> dkfz_11-047 2 0.0162 0.848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 5 0.1357 0.803 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-049 4 0.2149 0.738 0.036 0.048 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.1544 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-051 2 0.0609 0.846 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2149 0.738 0.036 0.048 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.4448 0.177 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> dkfz_11-054 1 0.1952 0.867 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004
#> dkfz_11-055 2 0.2582 0.795 0.024 0.892 0.000 0.080 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.5772 0.215 0.040 0.468 0.000 0.468 0.024
#> dkfz_11-057 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.5321 0.241 0.040 0.472 0.000 0.484 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.3086 0.755 0.004 0.816 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-060 5 0.1597 0.796 0.012 0.048 0.000 0.000 0.940
#> dkfz_11-061 5 0.1341 0.796 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> dkfz_11-062 1 0.2770 0.844 0.864 0.000 0.124 0.004 0.008
#> dkfz_11-063 1 0.2674 0.828 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 1 0.1544 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-065 2 0.2813 0.768 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> dkfz_11-066 3 0.1518 0.921 0.048 0.000 0.944 0.004 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0771 0.933 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> dkfz_11-068 1 0.1386 0.892 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016
#> dkfz_11-069 2 0.2471 0.788 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-070 5 0.3109 0.722 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-071 2 0.0162 0.848 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-072 5 0.0898 0.802 0.008 0.020 0.000 0.000 0.972
#> dkfz_11-073 5 0.3861 0.500 0.004 0.284 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-074 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.1544 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-091 1 0.1768 0.876 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0880 0.841 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.2149 0.738 0.036 0.048 0.000 0.916 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.3366 0.679 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-095 2 0.3635 0.688 0.004 0.748 0.000 0.000 0.248
#> dkfz_11-096 2 0.3048 0.759 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-097 5 0.1357 0.803 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-098 2 0.0963 0.840 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.1704 0.890 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> dkfz_11-100 2 0.1608 0.816 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.1357 0.803 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-102 2 0.1124 0.840 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.1282 0.804 0.004 0.044 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-104 2 0.0451 0.847 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 2 0.1608 0.816 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.2127 0.805 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-107 2 0.3491 0.711 0.004 0.768 0.000 0.000 0.228
#> dkfz_11-108 2 0.0865 0.843 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-109 2 0.3300 0.735 0.004 0.792 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-110 2 0.0613 0.848 0.004 0.984 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-111 2 0.1608 0.816 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0880 0.841 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> dkfz_11-113 4 0.4297 0.320 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.2929 0.737 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> dkfz_11-115 2 0.1671 0.812 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0880 0.796 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> dkfz_11-118 2 0.1608 0.816 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0609 0.846 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.4084 0.394 0.004 0.328 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-121 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0451 0.847 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-123 2 0.2848 0.774 0.004 0.840 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-124 4 0.3309 0.707 0.036 0.128 0.000 0.836 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0290 0.848 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-126 2 0.2286 0.805 0.004 0.888 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-127 5 0.1197 0.801 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-128 2 0.1202 0.843 0.004 0.960 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.1792 0.803 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0703 0.845 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.4440 0.234 0.004 0.528 0.000 0.000 0.468
#> dkfz_11-132 2 0.0833 0.848 0.004 0.976 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.3521 0.707 0.004 0.764 0.000 0.000 0.232
#> dkfz_11-134 2 0.0932 0.847 0.004 0.972 0.000 0.020 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.2930 0.768 0.004 0.832 0.000 0.000 0.164
#> dkfz_11-136 2 0.3534 0.679 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-137 4 0.1197 0.747 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1202 0.843 0.004 0.960 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.1522 0.930 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> dkfz_11-140 5 0.3003 0.732 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> dkfz_11-141 2 0.0955 0.841 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-142 4 0.4294 0.329 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-143 5 0.5271 0.346 0.384 0.000 0.044 0.004 0.568
#> dkfz_11-144 3 0.0609 0.933 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.1386 0.892 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016
#> dkfz_11-146 3 0.1522 0.930 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> dkfz_11-147 3 0.1357 0.922 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> dkfz_11-148 1 0.1671 0.885 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-149 1 0.3456 0.767 0.788 0.000 0.204 0.004 0.004
#> dkfz_11-150 1 0.1251 0.893 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> dkfz_11-151 4 0.4291 0.340 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.3529 0.84796 0.028 0.208 0.764 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0405 0.87328 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0363 0.81449 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-004 6 0.2562 0.40519 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> dkfz_11-005 5 0.5375 0.57748 0.208 0.204 0.000 0.000 0.588 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0508 0.87311 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0260 0.53395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-008 5 0.3683 0.74521 0.044 0.192 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.0820 0.81596 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-010 6 0.0260 0.53395 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> dkfz_11-011 5 0.3683 0.74538 0.048 0.184 0.000 0.000 0.768 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0632 0.76560 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.5457 0.19312 0.444 0.104 0.448 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2632 0.76683 0.000 0.164 0.000 0.004 0.832 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.1007 0.87215 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.5737 0.49690 0.244 0.212 0.000 0.004 0.540 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.4478 0.63724 0.708 0.200 0.088 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.3983 0.84359 0.056 0.208 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.87581 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.84553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.5834 0.38926 0.000 0.304 0.000 0.480 0.000 0.216
#> dkfz_11-022 5 0.3456 0.75042 0.040 0.172 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.0865 0.76277 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.5113 0.48090 0.628 0.168 0.000 0.000 0.204 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1471 0.73976 0.000 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.0865 0.87397 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.5117 -0.00228 0.000 0.116 0.000 0.000 0.596 0.288
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.84553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.84553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.4011 0.67946 0.732 0.212 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.3952 0.84354 0.052 0.212 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 5 0.6033 0.42015 0.200 0.324 0.000 0.008 0.468 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.3804 0.09485 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> dkfz_11-036 1 0.0865 0.87397 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.5865 -0.80479 0.000 0.380 0.000 0.000 0.196 0.424
#> dkfz_11-038 6 0.3659 0.09315 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-039 5 0.1814 0.75254 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0363 0.81449 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-041 6 0.3198 0.34359 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 5 0.1141 0.76227 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.3456 0.75042 0.040 0.172 0.000 0.000 0.788 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.0790 0.76695 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-046 5 0.3649 0.75049 0.040 0.196 0.000 0.000 0.764 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0972 0.52268 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-048 5 0.1007 0.76423 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.2692 0.78692 0.000 0.148 0.000 0.840 0.000 0.012
#> dkfz_11-050 1 0.1007 0.87215 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.2692 0.78692 0.000 0.148 0.000 0.840 0.000 0.012
#> dkfz_11-053 5 0.6031 0.40997 0.260 0.268 0.000 0.004 0.468 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0777 0.86854 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 6 0.3747 0.06231 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> dkfz_11-056 4 0.6633 0.12351 0.000 0.372 0.000 0.372 0.036 0.220
#> dkfz_11-057 4 0.0820 0.81596 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-058 4 0.6322 0.15507 0.000 0.364 0.000 0.380 0.012 0.244
#> dkfz_11-059 6 0.5432 -0.51722 0.000 0.376 0.000 0.000 0.124 0.500
#> dkfz_11-060 5 0.0865 0.76486 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.0865 0.76065 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.3023 0.74865 0.784 0.212 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.2982 0.76926 0.820 0.164 0.012 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0865 0.87397 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.4215 0.09629 0.000 0.080 0.000 0.000 0.196 0.724
#> dkfz_11-066 3 0.3983 0.84359 0.056 0.208 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1910 0.85904 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.87581 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.3163 0.32245 0.000 0.040 0.000 0.000 0.140 0.820
#> dkfz_11-070 5 0.3588 0.74802 0.044 0.180 0.000 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0891 0.52509 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008 0.968
#> dkfz_11-072 5 0.1588 0.77626 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.4276 0.44678 0.000 0.168 0.000 0.000 0.728 0.104
#> dkfz_11-074 4 0.0363 0.81449 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-075 1 0.1007 0.87215 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0405 0.87328 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.2692 0.78692 0.000 0.148 0.000 0.840 0.000 0.012
#> dkfz_11-094 1 0.5485 0.39022 0.584 0.176 0.000 0.004 0.236 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.6044 0.00000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.252 0.368
#> dkfz_11-096 6 0.5368 -0.48203 0.000 0.376 0.000 0.000 0.116 0.508
#> dkfz_11-097 5 0.0713 0.77298 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.1863 0.83894 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 5 0.0458 0.76950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> dkfz_11-102 6 0.3607 0.13178 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> dkfz_11-103 5 0.0363 0.77140 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> dkfz_11-104 6 0.3887 0.08350 0.000 0.360 0.000 0.000 0.008 0.632
#> dkfz_11-105 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 6 0.2905 0.39697 0.000 0.064 0.000 0.000 0.084 0.852
#> dkfz_11-107 6 0.5957 -0.89225 0.000 0.380 0.000 0.000 0.220 0.400
#> dkfz_11-108 6 0.3852 0.14336 0.000 0.324 0.000 0.000 0.012 0.664
#> dkfz_11-109 6 0.5882 -0.81760 0.000 0.380 0.000 0.000 0.200 0.420
#> dkfz_11-110 6 0.3861 0.10465 0.000 0.352 0.000 0.000 0.008 0.640
#> dkfz_11-111 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 6 0.1387 0.50673 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-113 6 0.5175 0.09015 0.000 0.088 0.000 0.420 0.000 0.492
#> dkfz_11-114 5 0.3351 0.75354 0.040 0.160 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.0363 0.81449 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-117 5 0.2558 0.76354 0.004 0.156 0.000 0.000 0.840 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.53827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 5 0.5490 -0.39310 0.000 0.344 0.000 0.000 0.516 0.140
#> dkfz_11-121 4 0.0820 0.81596 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> dkfz_11-122 6 0.3887 0.08350 0.000 0.360 0.000 0.000 0.008 0.632
#> dkfz_11-123 6 0.5152 -0.37860 0.000 0.376 0.000 0.000 0.092 0.532
#> dkfz_11-124 4 0.4095 0.72919 0.000 0.152 0.000 0.748 0.000 0.100
#> dkfz_11-125 6 0.2848 0.38592 0.000 0.176 0.000 0.000 0.008 0.816
#> dkfz_11-126 6 0.5063 -0.32944 0.000 0.372 0.000 0.000 0.084 0.544
#> dkfz_11-127 5 0.0547 0.76805 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> dkfz_11-128 6 0.3620 0.12523 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-129 6 0.0458 0.53462 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-130 6 0.1075 0.51858 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-131 5 0.6073 -0.75864 0.000 0.352 0.000 0.000 0.380 0.268
#> dkfz_11-132 6 0.3659 0.09315 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> dkfz_11-133 6 0.6005 -0.94539 0.000 0.380 0.000 0.000 0.236 0.384
#> dkfz_11-134 6 0.3620 0.12523 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-135 6 0.5190 -0.39565 0.000 0.376 0.000 0.000 0.096 0.528
#> dkfz_11-136 6 0.5934 -0.48296 0.000 0.228 0.000 0.000 0.328 0.444
#> dkfz_11-137 4 0.0363 0.81449 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-138 6 0.3620 0.12523 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.84553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3351 0.75354 0.040 0.160 0.000 0.000 0.800 0.000
#> dkfz_11-141 6 0.4099 -0.00180 0.000 0.372 0.000 0.000 0.016 0.612
#> dkfz_11-142 6 0.3789 0.11589 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> dkfz_11-143 5 0.6041 0.41493 0.200 0.328 0.000 0.008 0.464 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2092 0.85911 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.87581 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.84553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.3983 0.84359 0.056 0.208 0.736 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.1462 0.86123 0.936 0.056 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.4007 0.67978 0.728 0.220 0.052 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.87581 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.3804 0.09485 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.2975 0.7855 0.008 0.000 0.832 0.000 0.000 0.116 0.044
#> dkfz_11-002 1 0.0660 0.8211 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-003 4 0.0239 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.5203 0.7322 0.000 0.368 0.000 0.096 0.000 0.516 0.020
#> dkfz_11-005 5 0.4435 0.4235 0.236 0.000 0.000 0.000 0.672 0.012 0.080
#> dkfz_11-006 1 0.0837 0.8198 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020
#> dkfz_11-007 6 0.3509 0.8167 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-008 5 0.2694 0.5649 0.024 0.000 0.000 0.000 0.852 0.012 0.112
#> dkfz_11-009 4 0.0555 0.8730 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-010 6 0.3631 0.8151 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.568 0.004
#> dkfz_11-011 5 0.1632 0.5835 0.016 0.000 0.000 0.000 0.932 0.016 0.036
#> dkfz_11-012 5 0.3706 0.0967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.008 0.416
#> dkfz_11-013 3 0.5413 0.0515 0.436 0.000 0.444 0.000 0.000 0.080 0.040
#> dkfz_11-014 5 0.3353 0.4817 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 0.020 0.248
#> dkfz_11-015 1 0.0975 0.8246 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.016
#> dkfz_11-016 5 0.3867 0.5119 0.092 0.000 0.000 0.000 0.780 0.036 0.092
#> dkfz_11-017 1 0.5483 0.4629 0.580 0.000 0.252 0.000 0.000 0.116 0.052
#> dkfz_11-018 3 0.3242 0.7801 0.024 0.000 0.820 0.000 0.000 0.116 0.040
#> dkfz_11-019 1 0.0268 0.8244 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.3317 0.7720 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.160 0.056
#> dkfz_11-021 4 0.6317 0.3628 0.000 0.308 0.000 0.436 0.000 0.076 0.180
#> dkfz_11-022 5 0.1215 0.5886 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.016 0.036
#> dkfz_11-023 7 0.3673 0.1518 0.000 0.004 0.000 0.000 0.468 0.000 0.528
#> dkfz_11-024 1 0.4569 0.1604 0.488 0.000 0.000 0.000 0.460 0.012 0.040
#> dkfz_11-025 7 0.4262 0.1427 0.000 0.024 0.000 0.000 0.460 0.008 0.508
#> dkfz_11-026 1 0.0993 0.8226 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.016
#> dkfz_11-027 7 0.5943 0.4571 0.000 0.096 0.000 0.000 0.252 0.116 0.536
#> dkfz_11-028 3 0.3317 0.7720 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.160 0.056
#> dkfz_11-029 3 0.3317 0.7720 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.160 0.056
#> dkfz_11-030 1 0.5455 0.4347 0.564 0.000 0.276 0.000 0.000 0.120 0.040
#> dkfz_11-031 6 0.3509 0.8167 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3282 0.7785 0.024 0.000 0.816 0.000 0.000 0.120 0.040
#> dkfz_11-033 6 0.3790 0.8198 0.000 0.416 0.000 0.012 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-034 5 0.5642 0.4369 0.056 0.000 0.068 0.000 0.660 0.096 0.120
#> dkfz_11-035 6 0.5757 0.4341 0.000 0.184 0.000 0.364 0.000 0.432 0.020
#> dkfz_11-036 1 0.0888 0.8236 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.016
#> dkfz_11-037 2 0.3430 0.3546 0.000 0.676 0.000 0.000 0.008 0.000 0.316
#> dkfz_11-038 2 0.0373 0.6333 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-039 5 0.4178 -0.0339 0.000 0.004 0.000 0.000 0.488 0.024 0.484
#> dkfz_11-040 4 0.0239 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.5822 0.6058 0.000 0.308 0.000 0.220 0.000 0.452 0.020
#> dkfz_11-042 6 0.3796 0.8200 0.000 0.420 0.000 0.012 0.000 0.568 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.3899 0.1413 0.004 0.004 0.000 0.000 0.448 0.004 0.540
#> dkfz_11-044 5 0.1076 0.5898 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> dkfz_11-045 5 0.3770 -0.0688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008 0.480
#> dkfz_11-046 5 0.1928 0.5741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.020 0.080
#> dkfz_11-047 6 0.3554 0.7632 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3530 0.0581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> dkfz_11-049 4 0.3456 0.8107 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.072 0.152
#> dkfz_11-050 1 0.0888 0.8242 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.012
#> dkfz_11-051 6 0.3509 0.8167 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3423 0.8122 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.072 0.148
#> dkfz_11-053 5 0.5090 0.4569 0.112 0.000 0.004 0.000 0.680 0.080 0.124
#> dkfz_11-054 1 0.1374 0.8087 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024
#> dkfz_11-055 2 0.1087 0.6077 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000 0.016 0.012
#> dkfz_11-056 2 0.6522 -0.1979 0.000 0.368 0.000 0.320 0.000 0.076 0.236
#> dkfz_11-057 4 0.0334 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-058 2 0.6481 -0.2132 0.000 0.372 0.000 0.336 0.000 0.076 0.216
#> dkfz_11-059 2 0.2423 0.6198 0.000 0.840 0.000 0.000 0.008 0.000 0.152
#> dkfz_11-060 5 0.3642 0.0472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.004 0.436
#> dkfz_11-061 7 0.3562 0.0260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> dkfz_11-062 1 0.5783 0.5553 0.624 0.000 0.160 0.000 0.032 0.124 0.060
#> dkfz_11-063 1 0.4798 0.6117 0.692 0.000 0.140 0.000 0.000 0.116 0.052
#> dkfz_11-064 1 0.0993 0.8226 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.016
#> dkfz_11-065 7 0.5453 -0.0833 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.352 0.432
#> dkfz_11-066 3 0.3282 0.7785 0.024 0.000 0.816 0.000 0.000 0.120 0.040
#> dkfz_11-067 3 0.0555 0.8002 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-068 1 0.0134 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.5546 0.3149 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.420 0.320
#> dkfz_11-070 5 0.1133 0.5890 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.028
#> dkfz_11-071 6 0.3756 0.7789 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.536 0.008
#> dkfz_11-072 5 0.3549 -0.0371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> dkfz_11-073 7 0.5037 0.4257 0.000 0.080 0.000 0.000 0.292 0.032 0.596
#> dkfz_11-074 4 0.0239 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0888 0.8242 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.012
#> dkfz_11-091 1 0.0479 0.8227 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-092 6 0.3509 0.8167 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.3456 0.8107 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.072 0.152
#> dkfz_11-094 1 0.5396 0.2378 0.500 0.000 0.000 0.000 0.368 0.028 0.104
#> dkfz_11-095 2 0.3991 -0.1129 0.000 0.508 0.000 0.000 0.020 0.000 0.472
#> dkfz_11-096 2 0.2314 0.6291 0.000 0.852 0.000 0.000 0.008 0.000 0.140
#> dkfz_11-097 5 0.3402 0.1490 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> dkfz_11-098 6 0.3740 0.8124 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.552 0.008
#> dkfz_11-099 1 0.3443 0.6991 0.776 0.000 0.000 0.000 0.176 0.008 0.040
#> dkfz_11-100 6 0.3802 0.8194 0.000 0.424 0.000 0.012 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3549 -0.0926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> dkfz_11-102 2 0.0582 0.6124 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3321 0.2122 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-104 2 0.0268 0.6310 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-105 6 0.3808 0.8173 0.000 0.428 0.000 0.012 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.5510 0.4163 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.420 0.236
#> dkfz_11-107 2 0.3514 0.3667 0.000 0.688 0.000 0.000 0.016 0.000 0.296
#> dkfz_11-108 2 0.1945 0.5439 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088 0.016
#> dkfz_11-109 2 0.3234 0.4237 0.000 0.720 0.000 0.000 0.008 0.000 0.272
#> dkfz_11-110 2 0.0422 0.6217 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.3802 0.8194 0.000 0.424 0.000 0.012 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3530 -0.6350 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.6025 -0.3558 0.000 0.348 0.000 0.336 0.000 0.296 0.020
#> dkfz_11-114 5 0.0755 0.5912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-115 6 0.3790 0.8198 0.000 0.416 0.000 0.012 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0239 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0504 0.5901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-118 6 0.3802 0.8194 0.000 0.424 0.000 0.012 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.3509 0.8167 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> dkfz_11-120 7 0.5072 0.4271 0.000 0.368 0.000 0.000 0.136 0.000 0.496
#> dkfz_11-121 4 0.0334 0.8737 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-122 2 0.0268 0.6310 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-123 2 0.1759 0.6420 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-124 4 0.4957 0.7277 0.000 0.088 0.000 0.680 0.000 0.080 0.152
#> dkfz_11-125 2 0.3471 -0.3616 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.356 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.1578 0.6438 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-127 5 0.3482 0.0577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> dkfz_11-128 2 0.0422 0.6217 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-129 6 0.4268 0.7938 0.000 0.444 0.000 0.012 0.000 0.524 0.020
#> dkfz_11-130 2 0.3562 -0.7463 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> dkfz_11-131 7 0.4804 0.3635 0.000 0.392 0.000 0.000 0.096 0.000 0.512
#> dkfz_11-132 2 0.0373 0.6333 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-133 2 0.3682 0.3746 0.000 0.696 0.000 0.000 0.032 0.000 0.272
#> dkfz_11-134 2 0.0422 0.6217 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1802 0.6412 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> dkfz_11-136 7 0.5708 0.4702 0.000 0.168 0.000 0.000 0.104 0.132 0.596
#> dkfz_11-137 4 0.0239 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0422 0.6217 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.3317 0.7720 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.160 0.056
#> dkfz_11-140 5 0.0755 0.5912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> dkfz_11-141 2 0.0990 0.6414 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-142 6 0.5812 0.4670 0.000 0.200 0.000 0.352 0.000 0.428 0.020
#> dkfz_11-143 5 0.5733 0.4300 0.056 0.000 0.076 0.000 0.652 0.096 0.120
#> dkfz_11-144 3 0.0268 0.8005 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.0134 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.3317 0.7720 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.160 0.056
#> dkfz_11-147 3 0.3242 0.7801 0.024 0.000 0.820 0.000 0.000 0.116 0.040
#> dkfz_11-148 1 0.1395 0.8136 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008 0.020
#> dkfz_11-149 1 0.5724 0.4376 0.560 0.000 0.268 0.000 0.012 0.120 0.040
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.5757 0.4341 0.000 0.184 0.000 0.364 0.000 0.432 0.020
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0743 0.4668 0.016 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0837 0.7848 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0438 0.8438 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.2296 0.7976 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.884 0.020 0.040
#> dkfz_11-005 7 0.6068 0.4692 0.256 0.040 0.000 0.000 0.136 0.000 0.508 0.060
#> dkfz_11-006 1 0.1207 0.7770 0.948 0.020 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0349 0.8344 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 7 0.4970 0.5884 0.016 0.040 0.000 0.000 0.292 0.000 0.592 0.060
#> dkfz_11-009 4 0.0671 0.8480 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-010 6 0.0831 0.8317 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> dkfz_11-011 7 0.3423 0.7409 0.008 0.016 0.000 0.000 0.208 0.000 0.752 0.016
#> dkfz_11-012 5 0.3545 0.5693 0.000 0.016 0.000 0.000 0.756 0.000 0.176 0.052
#> dkfz_11-013 3 0.4339 0.3318 0.404 0.028 0.544 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-014 5 0.5101 -0.0245 0.000 0.052 0.000 0.000 0.488 0.000 0.388 0.072
#> dkfz_11-015 1 0.1514 0.7975 0.928 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-016 7 0.4081 0.7003 0.072 0.036 0.000 0.000 0.084 0.000 0.768 0.040
#> dkfz_11-017 3 0.3769 0.2144 0.448 0.016 0.532 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0614 0.4928 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0125 0.7994 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 8 0.3315 1.0000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-021 4 0.6869 0.2648 0.000 0.312 0.000 0.364 0.016 0.072 0.036 0.200
#> dkfz_11-022 7 0.2808 0.7409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.772 0.012
#> dkfz_11-023 5 0.2516 0.6455 0.000 0.040 0.000 0.000 0.864 0.000 0.080 0.016
#> dkfz_11-024 1 0.5181 0.0319 0.472 0.032 0.000 0.000 0.040 0.000 0.420 0.036
#> dkfz_11-025 5 0.3636 0.6232 0.000 0.056 0.000 0.000 0.784 0.000 0.084 0.076
#> dkfz_11-026 1 0.1383 0.7990 0.940 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016
#> dkfz_11-027 5 0.4471 0.6035 0.000 0.080 0.000 0.000 0.732 0.104 0.032 0.052
#> dkfz_11-028 8 0.3315 1.0000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-029 8 0.3315 1.0000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-030 3 0.3475 0.3017 0.420 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0831 0.8317 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> dkfz_11-032 3 0.1184 0.4899 0.028 0.008 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-033 6 0.0448 0.8370 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> dkfz_11-034 7 0.5001 0.6378 0.040 0.048 0.108 0.000 0.044 0.000 0.712 0.048
#> dkfz_11-035 6 0.4237 0.5322 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.632 0.032 0.036
#> dkfz_11-036 1 0.1148 0.8014 0.952 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-037 2 0.3996 0.6012 0.000 0.684 0.000 0.000 0.224 0.088 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.3107 0.8087 0.000 0.724 0.000 0.000 0.004 0.264 0.000 0.008
#> dkfz_11-039 5 0.4741 0.4807 0.000 0.040 0.000 0.000 0.648 0.000 0.180 0.132
#> dkfz_11-040 4 0.0313 0.8462 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3236 0.7294 0.000 0.004 0.000 0.156 0.000 0.792 0.016 0.032
#> dkfz_11-042 6 0.0349 0.8366 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4164 0.6113 0.000 0.072 0.000 0.000 0.752 0.012 0.092 0.072
#> dkfz_11-044 7 0.2956 0.7352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.756 0.016
#> dkfz_11-045 5 0.2877 0.6347 0.000 0.024 0.000 0.000 0.836 0.000 0.100 0.040
#> dkfz_11-046 7 0.3990 0.6484 0.000 0.008 0.000 0.000 0.288 0.000 0.652 0.052
#> dkfz_11-047 6 0.1090 0.8146 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008
#> dkfz_11-048 5 0.3530 0.5638 0.000 0.012 0.000 0.000 0.760 0.000 0.164 0.064
#> dkfz_11-049 4 0.3996 0.7658 0.000 0.060 0.000 0.724 0.000 0.000 0.036 0.180
#> dkfz_11-050 1 0.1514 0.7975 0.928 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-051 6 0.0438 0.8348 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.3954 0.7717 0.000 0.052 0.000 0.732 0.000 0.000 0.044 0.172
#> dkfz_11-053 7 0.4998 0.6638 0.080 0.036 0.052 0.000 0.076 0.000 0.716 0.040
#> dkfz_11-054 1 0.1628 0.7546 0.920 0.020 0.056 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.3263 0.8001 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.260 0.008 0.012
#> dkfz_11-056 2 0.7477 -0.1691 0.000 0.340 0.000 0.244 0.076 0.072 0.036 0.232
#> dkfz_11-057 4 0.0573 0.8482 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-058 2 0.7418 -0.1509 0.000 0.344 0.000 0.244 0.060 0.080 0.036 0.236
#> dkfz_11-059 2 0.3491 0.7941 0.000 0.756 0.000 0.000 0.076 0.164 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 5 0.3986 0.5233 0.000 0.020 0.000 0.000 0.712 0.000 0.196 0.072
#> dkfz_11-061 5 0.3084 0.6242 0.000 0.024 0.000 0.000 0.820 0.000 0.104 0.052
#> dkfz_11-062 1 0.4513 -0.0638 0.508 0.024 0.428 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-063 1 0.4017 0.0690 0.560 0.020 0.404 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.1235 0.8010 0.948 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-065 5 0.5115 0.1687 0.000 0.072 0.000 0.000 0.472 0.404 0.000 0.052
#> dkfz_11-066 3 0.1060 0.4890 0.028 0.008 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2795 -0.1681 0.000 0.008 0.780 0.000 0.000 0.000 0.004 0.208
#> dkfz_11-068 1 0.0125 0.7994 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.4858 0.3198 0.000 0.064 0.000 0.000 0.308 0.576 0.000 0.052
#> dkfz_11-070 7 0.3910 0.7212 0.000 0.028 0.000 0.000 0.228 0.000 0.704 0.040
#> dkfz_11-071 6 0.1545 0.8126 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.032
#> dkfz_11-072 5 0.2785 0.6222 0.000 0.020 0.000 0.000 0.824 0.000 0.140 0.016
#> dkfz_11-073 5 0.4016 0.6146 0.000 0.100 0.000 0.000 0.756 0.032 0.012 0.100
#> dkfz_11-074 4 0.0313 0.8462 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.1514 0.7975 0.928 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-091 1 0.0614 0.7881 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0349 0.8367 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-093 4 0.3954 0.7717 0.000 0.052 0.000 0.732 0.000 0.000 0.044 0.172
#> dkfz_11-094 1 0.6077 0.0426 0.440 0.064 0.000 0.000 0.068 0.000 0.364 0.064
#> dkfz_11-095 5 0.4365 0.3275 0.000 0.336 0.000 0.000 0.588 0.064 0.000 0.012
#> dkfz_11-096 2 0.3440 0.8014 0.000 0.756 0.000 0.000 0.064 0.176 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 5 0.3492 0.4775 0.000 0.020 0.000 0.000 0.676 0.000 0.300 0.004
#> dkfz_11-098 6 0.0831 0.8342 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> dkfz_11-099 1 0.3624 0.4504 0.624 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356 0.008
#> dkfz_11-100 6 0.0475 0.8363 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 5 0.2107 0.6300 0.000 0.012 0.000 0.000 0.864 0.000 0.124 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.3006 0.7922 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 5 0.3142 0.4799 0.000 0.004 0.000 0.000 0.700 0.000 0.292 0.004
#> dkfz_11-104 2 0.2795 0.8081 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.0596 0.8317 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 6 0.4705 0.4382 0.000 0.072 0.000 0.000 0.256 0.624 0.000 0.048
#> dkfz_11-107 2 0.4144 0.5231 0.000 0.644 0.000 0.000 0.272 0.080 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.3486 0.6560 0.000 0.620 0.000 0.000 0.008 0.368 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.3532 0.6647 0.000 0.748 0.000 0.000 0.176 0.072 0.000 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.2988 0.7974 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 6 0.0475 0.8363 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 6 0.2605 0.5863 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 6 0.5827 0.3995 0.000 0.176 0.000 0.260 0.000 0.504 0.028 0.032
#> dkfz_11-114 7 0.2948 0.7316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-115 6 0.0349 0.8370 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> dkfz_11-116 4 0.0313 0.8462 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.2756 0.7312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.0475 0.8363 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 6 0.0438 0.8344 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> dkfz_11-120 5 0.3724 0.5463 0.000 0.268 0.000 0.000 0.692 0.024 0.008 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.0573 0.8482 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-122 2 0.2795 0.8081 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3348 0.8072 0.000 0.756 0.000 0.000 0.048 0.192 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.5074 0.7025 0.000 0.104 0.000 0.648 0.000 0.032 0.036 0.180
#> dkfz_11-125 6 0.3053 0.4314 0.000 0.272 0.000 0.000 0.004 0.720 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.3400 0.8089 0.000 0.748 0.000 0.000 0.048 0.200 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 5 0.3307 0.5612 0.000 0.020 0.000 0.000 0.732 0.000 0.240 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.2971 0.7999 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 6 0.2151 0.8018 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000 0.900 0.016 0.032
#> dkfz_11-130 6 0.1849 0.7421 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 5 0.3886 0.5028 0.000 0.268 0.000 0.000 0.676 0.044 0.000 0.012
#> dkfz_11-132 2 0.3015 0.8088 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004 0.264 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.3491 0.6821 0.000 0.764 0.000 0.000 0.160 0.068 0.004 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.2971 0.7999 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.3419 0.8029 0.000 0.756 0.000 0.000 0.060 0.180 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 5 0.4852 0.5659 0.000 0.108 0.000 0.000 0.672 0.120 0.004 0.096
#> dkfz_11-137 4 0.0313 0.8462 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2971 0.7999 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 8 0.3315 1.0000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-140 7 0.2855 0.7334 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> dkfz_11-141 2 0.2885 0.8112 0.000 0.748 0.000 0.000 0.008 0.244 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.4076 0.5599 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.652 0.028 0.032
#> dkfz_11-143 7 0.4937 0.6281 0.040 0.048 0.120 0.000 0.032 0.000 0.712 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.3053 -0.2111 0.000 0.020 0.764 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212
#> dkfz_11-145 1 0.0125 0.7994 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.3315 1.0000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> dkfz_11-147 3 0.0614 0.4928 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.2072 0.7765 0.896 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.020
#> dkfz_11-149 3 0.3552 0.2971 0.420 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8002 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.4192 0.5296 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.632 0.028 0.036
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0591 0.5320 0.012 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.1504 0.7415 0.932 0.012 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> dkfz_11-003 4 0.0000 0.7730 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.2858 0.7538 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000 0.840 0.004 0.080 0.024
#> dkfz_11-005 5 0.6452 0.3822 0.228 0.008 0.000 0.000 0.440 0.000 0.124 0.040 0.160
#> dkfz_11-006 1 0.2014 0.7281 0.904 0.020 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> dkfz_11-007 6 0.1457 0.8063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 0.068 0.008
#> dkfz_11-008 5 0.5242 0.4900 0.012 0.008 0.000 0.000 0.572 0.000 0.216 0.036 0.156
#> dkfz_11-009 4 0.1148 0.7636 0.000 0.008 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.008 0.024
#> dkfz_11-010 6 0.1888 0.8006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.016 0.084 0.008
#> dkfz_11-011 5 0.2968 0.6642 0.004 0.004 0.000 0.000 0.824 0.000 0.064 0.012 0.092
#> dkfz_11-012 7 0.5283 0.4663 0.000 0.012 0.000 0.000 0.276 0.000 0.540 0.072 0.100
#> dkfz_11-013 3 0.4902 0.2384 0.420 0.036 0.472 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.056
#> dkfz_11-014 7 0.5933 0.0404 0.000 0.004 0.000 0.000 0.336 0.000 0.368 0.100 0.192
#> dkfz_11-015 1 0.2072 0.7701 0.884 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.080
#> dkfz_11-016 5 0.4588 0.6049 0.064 0.012 0.000 0.000 0.660 0.000 0.008 0.044 0.212
#> dkfz_11-017 3 0.4194 0.2815 0.408 0.020 0.532 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> dkfz_11-018 3 0.0645 0.5696 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0331 0.7658 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 8 0.3048 1.0000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-021 9 0.5537 0.7777 0.000 0.176 0.000 0.284 0.000 0.056 0.008 0.000 0.476
#> dkfz_11-022 5 0.1057 0.6686 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004
#> dkfz_11-023 7 0.2123 0.5993 0.000 0.020 0.000 0.000 0.080 0.000 0.884 0.008 0.008
#> dkfz_11-024 1 0.5450 0.0609 0.448 0.004 0.000 0.000 0.376 0.000 0.036 0.020 0.116
#> dkfz_11-025 7 0.5599 0.5051 0.000 0.028 0.000 0.000 0.184 0.000 0.548 0.072 0.168
#> dkfz_11-026 1 0.2136 0.7666 0.884 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008 0.072
#> dkfz_11-027 7 0.3539 0.5641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.020 0.036 0.800 0.096 0.032
#> dkfz_11-028 8 0.3048 1.0000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-029 8 0.3048 1.0000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3653 0.4082 0.360 0.016 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-031 6 0.1769 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.012 0.080 0.008
#> dkfz_11-032 3 0.0855 0.5663 0.032 0.008 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.1100 0.8108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-034 5 0.5052 0.5854 0.028 0.016 0.080 0.000 0.664 0.000 0.004 0.056 0.152
#> dkfz_11-035 6 0.4365 0.5262 0.000 0.004 0.000 0.284 0.000 0.620 0.004 0.068 0.020
#> dkfz_11-036 1 0.1902 0.7699 0.900 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.060
#> dkfz_11-037 2 0.2908 0.7115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.028 0.164 0.008 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.2357 0.8833 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-039 5 0.5735 -0.2771 0.000 0.008 0.000 0.000 0.320 0.000 0.320 0.040 0.312
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.7730 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3601 0.6891 0.000 0.004 0.000 0.132 0.000 0.764 0.004 0.076 0.020
#> dkfz_11-042 6 0.0119 0.8129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.3446 0.5565 0.000 0.016 0.000 0.000 0.052 0.000 0.800 0.064 0.068
#> dkfz_11-044 5 0.1469 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.056 0.016 0.004
#> dkfz_11-045 7 0.4250 0.5757 0.000 0.012 0.000 0.000 0.124 0.000 0.716 0.060 0.088
#> dkfz_11-046 5 0.3131 0.5869 0.000 0.004 0.000 0.000 0.808 0.000 0.076 0.020 0.092
#> dkfz_11-047 6 0.2024 0.7969 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.072 0.012
#> dkfz_11-048 7 0.4734 0.4574 0.000 0.004 0.000 0.000 0.284 0.000 0.580 0.036 0.096
#> dkfz_11-049 4 0.3221 0.2643 0.000 0.004 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-050 1 0.1987 0.7683 0.888 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.072
#> dkfz_11-051 6 0.1409 0.8075 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.064 0.008
#> dkfz_11-052 4 0.3628 0.3443 0.000 0.008 0.000 0.584 0.000 0.000 0.008 0.008 0.392
#> dkfz_11-053 5 0.5520 0.5838 0.068 0.012 0.036 0.000 0.604 0.000 0.020 0.048 0.212
#> dkfz_11-054 1 0.2840 0.6766 0.844 0.028 0.068 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.052
#> dkfz_11-055 2 0.2699 0.8714 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.016 0.028
#> dkfz_11-056 9 0.5241 0.8637 0.000 0.216 0.000 0.176 0.000 0.032 0.020 0.000 0.556
#> dkfz_11-057 4 0.0846 0.7690 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008
#> dkfz_11-058 9 0.5365 0.8809 0.000 0.188 0.000 0.188 0.000 0.048 0.020 0.000 0.556
#> dkfz_11-059 2 0.1958 0.8683 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.072 0.028 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.5449 0.2836 0.000 0.008 0.000 0.000 0.380 0.000 0.408 0.040 0.164
#> dkfz_11-061 7 0.5068 0.5255 0.000 0.016 0.000 0.000 0.204 0.000 0.604 0.060 0.116
#> dkfz_11-062 1 0.5187 -0.0481 0.484 0.036 0.380 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.072
#> dkfz_11-063 1 0.4545 0.1163 0.552 0.036 0.352 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056
#> dkfz_11-064 1 0.2045 0.7680 0.888 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.072
#> dkfz_11-065 7 0.5280 0.0955 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.344 0.480 0.124 0.040
#> dkfz_11-066 3 0.0645 0.5696 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.2484 0.0947 0.000 0.012 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0212 0.7659 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.5116 0.2864 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.504 0.332 0.120 0.036
#> dkfz_11-070 5 0.3802 0.6307 0.000 0.008 0.000 0.000 0.748 0.000 0.120 0.028 0.096
#> dkfz_11-071 6 0.2306 0.7872 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.864 0.024 0.100 0.008
#> dkfz_11-072 7 0.3332 0.5705 0.000 0.004 0.000 0.000 0.152 0.000 0.776 0.024 0.044
#> dkfz_11-073 7 0.4072 0.5458 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024 0.008 0.732 0.088 0.136
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.7730 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.1928 0.7692 0.892 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.072
#> dkfz_11-091 1 0.0953 0.7517 0.956 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-092 6 0.1217 0.8101 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.056 0.004
#> dkfz_11-093 4 0.3635 0.3370 0.000 0.008 0.000 0.580 0.000 0.000 0.008 0.008 0.396
#> dkfz_11-094 1 0.6772 -0.1149 0.336 0.004 0.000 0.000 0.284 0.000 0.092 0.076 0.208
#> dkfz_11-095 7 0.3961 0.3862 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.020 0.632 0.028 0.008
#> dkfz_11-096 2 0.1939 0.8721 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.024 0.008 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.4174 0.3353 0.000 0.032 0.000 0.000 0.440 0.000 0.504 0.020 0.004
#> dkfz_11-098 6 0.1481 0.8001 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.048 0.016
#> dkfz_11-099 1 0.4455 0.4113 0.572 0.012 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.008 0.080
#> dkfz_11-100 6 0.0331 0.8121 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.2829 0.5682 0.000 0.008 0.000 0.000 0.220 0.000 0.764 0.004 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.2630 0.8627 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-103 7 0.3634 0.2858 0.000 0.004 0.000 0.000 0.488 0.000 0.492 0.008 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.1822 0.8857 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 6 0.0879 0.8073 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.008
#> dkfz_11-106 6 0.5064 0.3416 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.528 0.308 0.120 0.036
#> dkfz_11-107 2 0.3235 0.6636 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.032 0.192 0.012 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.4028 0.5957 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.260 0.008 0.060 0.012
#> dkfz_11-109 2 0.2268 0.8064 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.032 0.084 0.008 0.004
#> dkfz_11-110 2 0.2385 0.8796 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-111 6 0.0331 0.8121 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-112 6 0.2807 0.6628 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-113 6 0.5958 0.3345 0.000 0.152 0.000 0.252 0.000 0.484 0.004 0.080 0.028
#> dkfz_11-114 5 0.1313 0.6586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0212 0.8135 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.7730 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.1473 0.6558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.0331 0.8121 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.1457 0.8063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 0.068 0.008
#> dkfz_11-120 7 0.3496 0.4834 0.000 0.264 0.000 0.000 0.012 0.004 0.700 0.012 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.0846 0.7690 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008
#> dkfz_11-122 2 0.1786 0.8862 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 2 0.1888 0.8779 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.084 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.4176 -0.0130 0.000 0.032 0.000 0.504 0.000 0.028 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-125 6 0.4106 0.4644 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.636 0.004 0.068 0.012
#> dkfz_11-126 2 0.1888 0.8779 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.084 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.4128 0.4121 0.000 0.032 0.000 0.000 0.396 0.000 0.548 0.020 0.004
#> dkfz_11-128 2 0.2459 0.8777 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-129 6 0.2414 0.7720 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.868 0.004 0.076 0.028
#> dkfz_11-130 6 0.1515 0.7909 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-131 7 0.3878 0.4644 0.000 0.256 0.000 0.000 0.008 0.016 0.684 0.028 0.008
#> dkfz_11-132 2 0.2357 0.8833 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-133 2 0.2090 0.8199 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.032 0.068 0.008 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.2385 0.8796 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-135 2 0.1888 0.8779 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.084 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.4307 0.5306 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.068 0.720 0.080 0.116
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.7730 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.2459 0.8777 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-139 8 0.3048 1.0000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.1313 0.6586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1675 0.8852 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.108 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.4230 0.5456 0.000 0.004 0.000 0.276 0.000 0.636 0.004 0.064 0.016
#> dkfz_11-143 5 0.5127 0.5805 0.028 0.016 0.088 0.000 0.656 0.000 0.004 0.056 0.152
#> dkfz_11-144 3 0.2672 0.0782 0.000 0.016 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.0212 0.7659 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.3048 1.0000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0645 0.5696 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.2729 0.7411 0.840 0.004 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.012 0.080
#> dkfz_11-149 3 0.3763 0.4036 0.360 0.016 0.604 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-150 1 0.0119 0.7670 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.4379 0.5210 0.000 0.004 0.000 0.288 0.000 0.616 0.004 0.068 0.020
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.3054 0.68077 0.012 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.260 0.008
#> dkfz_11-002 1 0.1315 0.75781 0.940 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-003 10 0.3110 0.98903 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.512
#> dkfz_11-004 6 0.3743 0.72323 0.000 0.004 0.056 0.008 0.004 0.760 0.060 0.000 0.000 0.108
#> dkfz_11-005 8 0.6416 -0.32552 0.264 0.004 0.024 0.000 0.080 0.000 0.288 0.316 0.000 0.024
#> dkfz_11-006 1 0.2362 0.71631 0.868 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.032 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-007 6 0.2686 0.77657 0.000 0.008 0.016 0.000 0.008 0.848 0.048 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-008 8 0.5542 0.03793 0.016 0.004 0.024 0.000 0.176 0.000 0.268 0.488 0.000 0.024
#> dkfz_11-009 4 0.3567 -0.83963 0.000 0.000 0.016 0.544 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-010 6 0.3422 0.76678 0.000 0.008 0.032 0.000 0.016 0.792 0.060 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-011 8 0.2724 0.34239 0.008 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000 0.168 0.800 0.000 0.004
#> dkfz_11-012 5 0.5410 0.27288 0.000 0.008 0.024 0.000 0.452 0.000 0.112 0.356 0.000 0.048
#> dkfz_11-013 1 0.6258 -0.25612 0.380 0.004 0.320 0.000 0.008 0.000 0.048 0.000 0.148 0.092
#> dkfz_11-014 7 0.5694 -0.05424 0.000 0.004 0.016 0.000 0.304 0.000 0.376 0.252 0.000 0.048
#> dkfz_11-015 1 0.2310 0.74656 0.860 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.104 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-016 8 0.4156 -0.22351 0.036 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.456 0.480 0.000 0.016
#> dkfz_11-017 3 0.4299 0.53131 0.280 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.024 0.044
#> dkfz_11-018 3 0.2852 0.69230 0.020 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0226 0.77109 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-020 9 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4184 0.42601 0.000 0.172 0.008 0.712 0.024 0.028 0.012 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-022 8 0.1061 0.45555 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048 0.944 0.000 0.004
#> dkfz_11-023 5 0.2407 0.55281 0.000 0.020 0.008 0.000 0.860 0.000 0.016 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-024 1 0.5196 -0.14645 0.472 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000 0.204 0.288 0.000 0.012
#> dkfz_11-025 5 0.6016 0.35197 0.000 0.024 0.032 0.000 0.472 0.000 0.144 0.244 0.000 0.084
#> dkfz_11-026 1 0.1881 0.74155 0.888 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.088 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 5 0.3502 0.50204 0.000 0.012 0.016 0.000 0.808 0.032 0.052 0.024 0.000 0.056
#> dkfz_11-028 9 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 9 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.3482 0.61766 0.244 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-031 6 0.3253 0.77033 0.000 0.008 0.032 0.000 0.016 0.808 0.052 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-032 3 0.3157 0.69164 0.020 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.248 0.004
#> dkfz_11-033 6 0.1841 0.79157 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.904 0.040 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-034 8 0.4940 -0.12484 0.016 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.412 0.444 0.000 0.044
#> dkfz_11-035 6 0.5113 0.51327 0.000 0.000 0.044 0.080 0.004 0.576 0.052 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-036 1 0.1545 0.75562 0.916 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.3007 0.70153 0.000 0.776 0.024 0.000 0.176 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.1763 0.88900 0.000 0.908 0.012 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-039 8 0.7151 -0.07961 0.000 0.020 0.028 0.172 0.248 0.000 0.112 0.336 0.000 0.084
#> dkfz_11-040 10 0.3111 0.99725 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-041 6 0.4297 0.65927 0.000 0.004 0.048 0.052 0.004 0.712 0.040 0.000 0.000 0.140
#> dkfz_11-042 6 0.0315 0.79336 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.4088 0.47470 0.000 0.008 0.048 0.000 0.736 0.000 0.112 0.064 0.000 0.032
#> dkfz_11-044 8 0.1209 0.45991 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.032 0.944 0.000 0.004
#> dkfz_11-045 5 0.4942 0.44053 0.000 0.008 0.020 0.000 0.612 0.000 0.160 0.156 0.000 0.044
#> dkfz_11-046 8 0.2864 0.40800 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040 0.000 0.076 0.832 0.000 0.040
#> dkfz_11-047 6 0.3049 0.77045 0.000 0.020 0.016 0.000 0.016 0.828 0.048 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-048 5 0.5280 0.19184 0.000 0.008 0.016 0.000 0.444 0.000 0.112 0.376 0.000 0.044
#> dkfz_11-049 4 0.0202 0.38017 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.2310 0.74489 0.860 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.104 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-051 6 0.1962 0.78877 0.000 0.008 0.008 0.000 0.004 0.900 0.040 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-052 4 0.1160 0.33317 0.000 0.000 0.016 0.948 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-053 7 0.4545 0.00225 0.040 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000 0.504 0.400 0.000 0.008
#> dkfz_11-054 1 0.3334 0.65300 0.788 0.000 0.084 0.000 0.008 0.000 0.044 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-055 2 0.2383 0.87623 0.000 0.872 0.024 0.008 0.000 0.060 0.004 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-056 4 0.5211 0.40086 0.000 0.208 0.012 0.604 0.036 0.008 0.056 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-057 4 0.3589 -0.88731 0.000 0.000 0.016 0.516 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-058 4 0.5096 0.41875 0.000 0.176 0.008 0.636 0.036 0.020 0.052 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-059 2 0.1406 0.87478 0.000 0.936 0.016 0.000 0.024 0.012 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 8 0.6149 -0.09478 0.000 0.012 0.032 0.020 0.316 0.000 0.112 0.428 0.000 0.080
#> dkfz_11-061 5 0.5482 0.41345 0.000 0.020 0.040 0.000 0.544 0.000 0.084 0.252 0.000 0.060
#> dkfz_11-062 3 0.5659 0.24298 0.324 0.004 0.432 0.000 0.000 0.000 0.144 0.020 0.000 0.076
#> dkfz_11-063 1 0.5182 -0.10545 0.440 0.004 0.388 0.000 0.008 0.000 0.076 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-064 1 0.1841 0.74419 0.892 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.084 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-065 5 0.5707 0.25146 0.000 0.012 0.052 0.000 0.524 0.236 0.088 0.000 0.000 0.088
#> dkfz_11-066 3 0.3067 0.69113 0.020 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.3284 0.35662 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.468 0.008
#> dkfz_11-068 1 0.0113 0.77193 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.5483 0.39882 0.000 0.016 0.032 0.000 0.292 0.512 0.064 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-070 8 0.3931 0.30542 0.004 0.004 0.020 0.000 0.060 0.000 0.180 0.716 0.000 0.016
#> dkfz_11-071 6 0.3972 0.74555 0.000 0.016 0.036 0.000 0.028 0.752 0.072 0.000 0.000 0.096
#> dkfz_11-072 5 0.3439 0.50602 0.000 0.004 0.004 0.000 0.744 0.000 0.060 0.176 0.000 0.012
#> dkfz_11-073 5 0.4134 0.46743 0.000 0.012 0.064 0.000 0.732 0.000 0.108 0.020 0.000 0.064
#> dkfz_11-074 10 0.3111 0.99725 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-075 1 0.2273 0.74660 0.864 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-091 1 0.0469 0.76776 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 6 0.1999 0.78854 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.892 0.048 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-093 4 0.0764 0.35068 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-094 7 0.5849 0.24412 0.328 0.004 0.016 0.000 0.048 0.000 0.420 0.160 0.000 0.024
#> dkfz_11-095 5 0.3830 0.43755 0.000 0.312 0.024 0.000 0.632 0.000 0.020 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-096 2 0.1414 0.87753 0.000 0.936 0.016 0.000 0.020 0.016 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.4633 0.28383 0.000 0.060 0.020 0.000 0.456 0.000 0.020 0.440 0.000 0.004
#> dkfz_11-098 6 0.2559 0.77694 0.000 0.020 0.028 0.000 0.000 0.860 0.036 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-099 1 0.5022 0.13985 0.488 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.200 0.284 0.000 0.016
#> dkfz_11-100 6 0.0429 0.79319 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3231 0.49914 0.000 0.008 0.008 0.000 0.680 0.000 0.004 0.296 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.2153 0.87704 0.000 0.880 0.020 0.000 0.000 0.068 0.004 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-103 8 0.3278 0.04409 0.000 0.004 0.008 0.000 0.336 0.000 0.004 0.644 0.000 0.004
#> dkfz_11-104 2 0.1446 0.89136 0.000 0.924 0.012 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-105 6 0.1381 0.78477 0.000 0.024 0.020 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-106 6 0.5489 0.42385 0.000 0.016 0.036 0.000 0.276 0.524 0.064 0.000 0.000 0.084
#> dkfz_11-107 2 0.3160 0.69727 0.000 0.772 0.028 0.000 0.168 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 2 0.4582 0.48312 0.000 0.616 0.008 0.000 0.028 0.264 0.040 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-109 2 0.1957 0.83346 0.000 0.888 0.024 0.000 0.072 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2024 0.88179 0.000 0.888 0.016 0.000 0.000 0.068 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-111 6 0.0429 0.79319 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 6 0.3168 0.67203 0.000 0.192 0.024 0.000 0.000 0.756 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-113 6 0.6285 0.39420 0.000 0.128 0.056 0.072 0.004 0.484 0.040 0.000 0.000 0.216
#> dkfz_11-114 8 0.0667 0.46902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0630 0.79484 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-116 10 0.3111 0.99725 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-117 8 0.1139 0.46311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.016 0.944 0.000 0.004
#> dkfz_11-118 6 0.0621 0.79214 0.000 0.004 0.012 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 6 0.2686 0.77657 0.000 0.008 0.016 0.000 0.008 0.848 0.048 0.000 0.000 0.072
#> dkfz_11-120 5 0.3957 0.46273 0.000 0.284 0.020 0.000 0.648 0.000 0.016 0.024 0.000 0.008
#> dkfz_11-121 4 0.3589 -0.88731 0.000 0.000 0.016 0.516 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.456
#> dkfz_11-122 2 0.1468 0.89129 0.000 0.924 0.012 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-123 2 0.1482 0.87989 0.000 0.932 0.016 0.000 0.020 0.020 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1391 0.41452 0.000 0.032 0.000 0.932 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-125 6 0.4698 0.56892 0.000 0.232 0.016 0.000 0.020 0.628 0.044 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-126 2 0.1308 0.88454 0.000 0.940 0.004 0.000 0.020 0.024 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.4566 0.33795 0.000 0.060 0.020 0.000 0.484 0.000 0.016 0.416 0.000 0.004
#> dkfz_11-128 2 0.1979 0.88307 0.000 0.892 0.016 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-129 6 0.3516 0.73185 0.000 0.052 0.044 0.000 0.004 0.792 0.040 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-130 6 0.2681 0.75219 0.000 0.104 0.024 0.000 0.000 0.836 0.012 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-131 5 0.3893 0.48689 0.000 0.244 0.024 0.000 0.680 0.000 0.020 0.028 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.1763 0.88900 0.000 0.908 0.012 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-133 2 0.1568 0.85458 0.000 0.920 0.024 0.000 0.040 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1979 0.88307 0.000 0.892 0.016 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-135 2 0.1262 0.88060 0.000 0.944 0.008 0.000 0.020 0.016 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.3964 0.47674 0.000 0.012 0.056 0.000 0.760 0.016 0.080 0.008 0.000 0.068
#> dkfz_11-137 10 0.3111 0.99725 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508
#> dkfz_11-138 2 0.1979 0.88307 0.000 0.892 0.016 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-139 9 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 8 0.0667 0.46902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1081 0.88845 0.000 0.948 0.004 0.000 0.016 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.4701 0.55190 0.000 0.000 0.036 0.080 0.004 0.632 0.036 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-143 8 0.5176 -0.12711 0.016 0.004 0.084 0.000 0.004 0.000 0.408 0.436 0.000 0.048
#> dkfz_11-144 3 0.3389 0.32285 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.480 0.008
#> dkfz_11-145 1 0.0113 0.77193 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.2852 0.69230 0.020 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.2612 0.69963 0.836 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036 0.000 0.008
#> dkfz_11-149 3 0.3526 0.61528 0.244 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.016 0.016
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.77180 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.5052 0.51277 0.000 0.000 0.040 0.080 0.004 0.584 0.052 0.000 0.000 0.240
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:kmeans 136 5.33e-17 1.00e-04 2
#> ATC:kmeans 132 2.07e-21 3.51e-06 3
#> ATC:kmeans 76 1.14e-17 2.77e-03 4
#> ATC:kmeans 121 6.20e-41 4.10e-22 5
#> ATC:kmeans 89 2.69e-30 3.65e-14 6
#> ATC:kmeans 88 1.31e-43 4.54e-21 7
#> ATC:kmeans 106 1.83e-35 1.04e-19 8
#> ATC:kmeans 103 8.13e-37 5.33e-18 9
#> ATC:kmeans 81 3.21e-36 2.02e-19 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.992 0.44380 0.554 0.554
#> 3 3 1.000 0.968 0.988 0.13507 0.938 0.889
#> 4 4 0.740 0.747 0.859 0.33886 0.833 0.669
#> 5 5 0.726 0.855 0.878 0.13183 0.854 0.582
#> 6 6 0.781 0.806 0.872 0.03844 0.984 0.923
#> 7 7 0.773 0.749 0.850 0.01603 0.987 0.935
#> 8 8 0.787 0.643 0.828 0.01324 0.987 0.934
#> 9 9 0.815 0.600 0.799 0.01774 0.977 0.885
#> 10 10 0.816 0.625 0.801 0.00813 0.979 0.890
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.3733 0.910 0.928 0.072
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 2 0.7674 0.704 0.224 0.776
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-024 1 0.9000 0.543 0.684 0.316
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-044 2 0.1414 0.977 0.020 0.980
#> dkfz_11-045 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.9850 0.263 0.572 0.428
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.2948 0.943 0.052 0.948
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 2 0.0376 0.993 0.004 0.996
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0237 0.940 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.6154 0.352 0.592 0.000 0.408
#> dkfz_11-018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.4974 0.569 0.764 0.236 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 2 0.4887 0.699 0.228 0.772 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.6215 0.299 0.572 0.000 0.428
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.6026 0.427 0.624 0.000 0.376
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0237 0.940 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1118 0.7473 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-004 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.1302 0.7542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-010 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-011 1 0.3037 0.8354 0.888 0.076 0.000 0.036
#> dkfz_11-012 2 0.1022 0.7188 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.2861 0.8162 0.888 0.096 0.000 0.016
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0927 0.9305 0.976 0.008 0.000 0.016
#> dkfz_11-017 3 0.5143 0.2506 0.456 0.000 0.540 0.004
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.4454 0.6160 0.000 0.308 0.000 0.692
#> dkfz_11-022 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-023 2 0.1211 0.7180 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-024 1 0.0376 0.9419 0.992 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.0921 0.7214 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.4679 0.6877 0.000 0.648 0.000 0.352
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-034 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.0817 0.7241 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-038 2 0.0188 0.7387 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.4713 0.5491 0.000 0.360 0.000 0.640
#> dkfz_11-040 4 0.1302 0.7542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-041 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-042 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-043 1 0.7760 -0.1928 0.408 0.352 0.000 0.240
#> dkfz_11-044 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-045 2 0.2892 0.6753 0.068 0.896 0.000 0.036
#> dkfz_11-046 4 0.4697 0.5447 0.000 0.356 0.000 0.644
#> dkfz_11-047 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-048 2 0.1022 0.7188 0.000 0.968 0.000 0.032
#> dkfz_11-049 4 0.4522 0.6173 0.000 0.320 0.000 0.680
#> dkfz_11-050 1 0.0469 0.9395 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-051 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-052 4 0.1302 0.7542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-053 3 0.5112 0.3027 0.436 0.000 0.560 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0188 0.7387 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.4713 0.5550 0.000 0.360 0.000 0.640
#> dkfz_11-057 4 0.1302 0.7542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-058 4 0.4500 0.6055 0.000 0.316 0.000 0.684
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4713 0.5491 0.000 0.360 0.000 0.640
#> dkfz_11-061 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-062 3 0.5493 0.2315 0.456 0.000 0.528 0.016
#> dkfz_11-063 1 0.0188 0.9443 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4679 0.6877 0.000 0.648 0.000 0.352
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-070 1 0.3895 0.7580 0.832 0.132 0.000 0.036
#> dkfz_11-071 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-072 2 0.4679 0.6877 0.000 0.648 0.000 0.352
#> dkfz_11-073 4 0.4406 0.2916 0.000 0.300 0.000 0.700
#> dkfz_11-074 4 0.1118 0.7473 0.000 0.036 0.000 0.964
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-093 4 0.1302 0.7542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0336 0.7394 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-096 2 0.0188 0.7387 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-098 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-099 1 0.0592 0.9366 0.984 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-100 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-101 2 0.4331 0.7018 0.000 0.712 0.000 0.288
#> dkfz_11-102 2 0.0336 0.7392 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-103 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-104 2 0.0336 0.7392 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-105 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-106 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-107 2 0.0188 0.7387 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.4040 0.7090 0.000 0.752 0.000 0.248
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.4477 0.6978 0.000 0.688 0.000 0.312
#> dkfz_11-111 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-112 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-113 2 0.4661 0.6873 0.000 0.652 0.000 0.348
#> dkfz_11-114 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-115 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-116 4 0.1302 0.7542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-117 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-118 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-119 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.1302 0.7542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1389 0.7531 0.000 0.048 0.000 0.952
#> dkfz_11-125 2 0.2281 0.7320 0.000 0.904 0.000 0.096
#> dkfz_11-126 2 0.0188 0.7387 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-128 2 0.0336 0.7392 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-129 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-130 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-131 2 0.0188 0.7390 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.0336 0.7392 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2921 0.7253 0.000 0.860 0.000 0.140
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 4 0.4855 -0.0857 0.000 0.400 0.000 0.600
#> dkfz_11-137 4 0.1211 0.7510 0.000 0.040 0.000 0.960
#> dkfz_11-138 2 0.0336 0.7392 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.1118 0.7163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> dkfz_11-141 2 0.0188 0.7387 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
#> dkfz_11-143 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9465 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.4697 0.6881 0.000 0.644 0.000 0.356
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.1830 0.887 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028
#> dkfz_11-003 4 0.3480 0.817 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0807 0.892 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-006 1 0.1943 0.885 0.924 0.000 0.000 0.056 0.020
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0912 0.892 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-009 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.4326 0.738 0.708 0.000 0.000 0.028 0.264
#> dkfz_11-012 5 0.2077 0.849 0.000 0.084 0.000 0.008 0.908
#> dkfz_11-013 1 0.2264 0.883 0.912 0.000 0.004 0.060 0.024
#> dkfz_11-014 1 0.5786 0.556 0.524 0.000 0.000 0.096 0.380
#> dkfz_11-015 1 0.2036 0.886 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024
#> dkfz_11-016 1 0.5516 0.677 0.608 0.000 0.000 0.096 0.296
#> dkfz_11-017 3 0.6410 0.399 0.300 0.000 0.572 0.072 0.056
#> dkfz_11-018 3 0.0290 0.905 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1408 0.889 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> dkfz_11-020 3 0.0290 0.905 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.3691 0.838 0.000 0.076 0.000 0.820 0.104
#> dkfz_11-022 5 0.1124 0.807 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960
#> dkfz_11-023 5 0.1571 0.830 0.000 0.060 0.000 0.004 0.936
#> dkfz_11-024 1 0.2740 0.858 0.876 0.000 0.000 0.028 0.096
#> dkfz_11-025 5 0.2997 0.876 0.000 0.148 0.000 0.012 0.840
#> dkfz_11-026 1 0.0451 0.892 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-027 2 0.0162 0.950 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0290 0.906 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0290 0.905 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0566 0.903 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.1310 0.889 0.000 0.000 0.956 0.024 0.020
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0451 0.892 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-037 5 0.2629 0.873 0.000 0.136 0.000 0.004 0.860
#> dkfz_11-038 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-039 4 0.3086 0.776 0.000 0.004 0.000 0.816 0.180
#> dkfz_11-040 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 2 0.5569 0.466 0.284 0.636 0.000 0.024 0.056
#> dkfz_11-044 5 0.1124 0.807 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960
#> dkfz_11-045 5 0.3525 0.709 0.080 0.028 0.000 0.040 0.852
#> dkfz_11-046 4 0.3123 0.773 0.000 0.004 0.000 0.812 0.184
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.2395 0.838 0.008 0.072 0.000 0.016 0.904
#> dkfz_11-049 4 0.3682 0.834 0.000 0.072 0.000 0.820 0.108
#> dkfz_11-050 1 0.4101 0.797 0.768 0.000 0.000 0.048 0.184
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-053 3 0.7414 0.326 0.264 0.000 0.504 0.096 0.136
#> dkfz_11-054 1 0.2104 0.883 0.916 0.000 0.000 0.060 0.024
#> dkfz_11-055 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-056 4 0.3132 0.780 0.000 0.008 0.000 0.820 0.172
#> dkfz_11-057 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.3641 0.827 0.000 0.060 0.000 0.820 0.120
#> dkfz_11-059 5 0.3491 0.895 0.000 0.228 0.000 0.004 0.768
#> dkfz_11-060 4 0.3086 0.776 0.000 0.004 0.000 0.816 0.180
#> dkfz_11-061 5 0.1168 0.801 0.000 0.032 0.000 0.008 0.960
#> dkfz_11-062 3 0.7908 0.127 0.296 0.000 0.412 0.100 0.192
#> dkfz_11-063 1 0.4828 0.808 0.748 0.000 0.012 0.104 0.136
#> dkfz_11-064 1 0.0451 0.892 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-065 2 0.0162 0.950 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0290 0.906 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0451 0.892 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.4181 0.730 0.712 0.000 0.000 0.020 0.268
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.0404 0.943 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-073 4 0.5701 0.266 0.052 0.464 0.000 0.472 0.012
#> dkfz_11-074 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.1493 0.894 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> dkfz_11-091 1 0.0703 0.890 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.3171 0.880 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> dkfz_11-094 1 0.2359 0.885 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> dkfz_11-095 5 0.3395 0.893 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-096 5 0.3461 0.895 0.000 0.224 0.000 0.004 0.772
#> dkfz_11-097 5 0.1251 0.807 0.000 0.036 0.000 0.008 0.956
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.4787 0.778 0.712 0.000 0.000 0.080 0.208
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0963 0.916 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-102 5 0.3579 0.888 0.000 0.240 0.000 0.004 0.756
#> dkfz_11-103 5 0.2304 0.856 0.000 0.100 0.000 0.008 0.892
#> dkfz_11-104 5 0.3579 0.888 0.000 0.240 0.000 0.004 0.756
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-108 2 0.1671 0.872 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-109 5 0.3395 0.893 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-110 2 0.2377 0.807 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.2930 0.735 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164
#> dkfz_11-114 5 0.1697 0.832 0.000 0.060 0.000 0.008 0.932
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.1197 0.821 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3491 0.895 0.000 0.228 0.000 0.004 0.768
#> dkfz_11-121 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-122 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-123 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-124 4 0.3086 0.881 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004
#> dkfz_11-125 2 0.3048 0.709 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> dkfz_11-126 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-127 5 0.1478 0.835 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> dkfz_11-128 5 0.3550 0.892 0.000 0.236 0.000 0.004 0.760
#> dkfz_11-129 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3395 0.893 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> dkfz_11-132 5 0.3550 0.892 0.000 0.236 0.000 0.004 0.760
#> dkfz_11-133 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-134 5 0.3983 0.740 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> dkfz_11-135 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-136 2 0.3752 0.454 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.2966 0.881 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> dkfz_11-138 5 0.3550 0.892 0.000 0.236 0.000 0.004 0.760
#> dkfz_11-139 1 0.2264 0.882 0.912 0.000 0.004 0.060 0.024
#> dkfz_11-140 5 0.2193 0.853 0.000 0.092 0.000 0.008 0.900
#> dkfz_11-141 5 0.3521 0.895 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.0324 0.905 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> dkfz_11-144 3 0.1557 0.883 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> dkfz_11-145 1 0.0451 0.892 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.0290 0.906 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0290 0.905 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0451 0.892 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-149 3 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0609 0.891 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0909 0.92247 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3648 0.65252 0.740 0.004 0.000 0.016 0.240 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.2996 0.72668 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.1074 0.75805 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.3460 0.68225 0.760 0.000 0.000 0.020 0.220 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.1074 0.75805 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.1444 0.90665 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.5557 0.17473 0.572 0.184 0.000 0.004 0.240 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.2407 0.83223 0.000 0.892 0.000 0.004 0.056 0.048
#> dkfz_11-013 1 0.4118 0.58441 0.660 0.000 0.000 0.028 0.312 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.5988 0.52783 0.240 0.188 0.004 0.016 0.552 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.3863 0.64303 0.728 0.008 0.000 0.020 0.244 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.5284 0.59855 0.256 0.136 0.004 0.000 0.604 0.000
#> dkfz_11-017 5 0.5868 0.44968 0.132 0.016 0.364 0.000 0.488 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.1753 0.91443 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.2431 0.74014 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1753 0.91037 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1644 0.88661 0.000 0.040 0.000 0.932 0.000 0.028
#> dkfz_11-022 2 0.1888 0.79606 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> dkfz_11-023 2 0.3041 0.76183 0.000 0.832 0.000 0.000 0.128 0.040
#> dkfz_11-024 1 0.2189 0.72230 0.904 0.032 0.000 0.000 0.060 0.004
#> dkfz_11-025 2 0.3023 0.84993 0.000 0.864 0.000 0.036 0.036 0.064
#> dkfz_11-026 1 0.0146 0.77100 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0551 0.92977 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.984
#> dkfz_11-028 3 0.1845 0.90905 0.000 0.004 0.916 0.008 0.072 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0935 0.92361 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1644 0.91156 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0891 0.92299 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 3 0.3163 0.73917 0.000 0.004 0.780 0.004 0.212 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0146 0.77100 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1806 0.87470 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> dkfz_11-038 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-039 4 0.2163 0.83896 0.000 0.092 0.000 0.892 0.016 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.1444 0.90665 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-041 6 0.0146 0.93638 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 6 0.5647 0.07250 0.408 0.028 0.000 0.000 0.076 0.488
#> dkfz_11-044 2 0.2056 0.78329 0.000 0.904 0.000 0.004 0.080 0.012
#> dkfz_11-045 2 0.6036 0.00884 0.216 0.536 0.000 0.008 0.232 0.008
#> dkfz_11-046 4 0.2744 0.79021 0.000 0.144 0.000 0.840 0.016 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 2 0.4216 0.69962 0.116 0.784 0.000 0.008 0.064 0.028
#> dkfz_11-049 4 0.1649 0.88942 0.000 0.036 0.000 0.932 0.000 0.032
#> dkfz_11-050 1 0.5015 0.15339 0.564 0.084 0.000 0.000 0.352 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 4 0.1444 0.90665 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-053 5 0.5587 0.55082 0.064 0.040 0.304 0.004 0.588 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.3897 0.62505 0.696 0.000 0.000 0.024 0.280 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-056 4 0.1387 0.85929 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.1444 0.90665 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-058 4 0.1616 0.87969 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> dkfz_11-059 2 0.2402 0.89482 0.000 0.856 0.000 0.004 0.000 0.140
#> dkfz_11-060 4 0.2538 0.80950 0.000 0.124 0.000 0.860 0.016 0.000
#> dkfz_11-061 2 0.2695 0.70092 0.000 0.844 0.000 0.004 0.144 0.008
#> dkfz_11-062 5 0.5737 0.66176 0.080 0.068 0.216 0.004 0.632 0.000
#> dkfz_11-063 5 0.4980 0.59085 0.260 0.036 0.048 0.000 0.656 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0146 0.77100 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.0820 0.91505 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012 0.972
#> dkfz_11-066 3 0.0717 0.92375 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0806 0.92376 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0146 0.77100 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.4638 0.44112 0.704 0.148 0.000 0.004 0.144 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 6 0.0748 0.92177 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016 0.976
#> dkfz_11-073 4 0.6588 0.34726 0.180 0.020 0.000 0.476 0.020 0.304
#> dkfz_11-074 4 0.1663 0.89459 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-075 1 0.3564 0.60429 0.724 0.012 0.000 0.000 0.264 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.1588 0.75776 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.1531 0.90568 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.068
#> dkfz_11-094 1 0.3989 0.57126 0.696 0.012 0.000 0.012 0.280 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.2416 0.89229 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-096 2 0.2362 0.89374 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000 0.136
#> dkfz_11-097 2 0.1686 0.80245 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> dkfz_11-098 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 5 0.5473 0.49667 0.336 0.108 0.004 0.004 0.548 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 6 0.0865 0.90933 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-102 2 0.2558 0.89027 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> dkfz_11-103 2 0.2074 0.84073 0.000 0.912 0.000 0.004 0.036 0.048
#> dkfz_11-104 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-105 6 0.0291 0.93464 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-108 6 0.2100 0.83155 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000 0.884
#> dkfz_11-109 2 0.2378 0.89427 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-110 6 0.3652 0.44409 0.000 0.324 0.000 0.004 0.000 0.672
#> dkfz_11-111 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 6 0.1010 0.91232 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.960
#> dkfz_11-113 6 0.3360 0.58518 0.000 0.264 0.000 0.004 0.000 0.732
#> dkfz_11-114 2 0.1938 0.82892 0.000 0.920 0.000 0.004 0.040 0.036
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 4 0.1444 0.90665 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-117 2 0.1708 0.81776 0.000 0.932 0.000 0.004 0.040 0.024
#> dkfz_11-118 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.2340 0.89521 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> dkfz_11-121 4 0.1444 0.90665 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-122 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-123 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-124 4 0.1444 0.90665 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> dkfz_11-125 6 0.2178 0.80519 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> dkfz_11-126 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-127 2 0.1349 0.85833 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> dkfz_11-128 2 0.2558 0.89027 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> dkfz_11-129 6 0.0935 0.91557 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> dkfz_11-130 6 0.0291 0.93464 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> dkfz_11-131 2 0.2378 0.89427 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> dkfz_11-132 2 0.2558 0.89027 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> dkfz_11-133 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-134 2 0.3215 0.79476 0.000 0.756 0.000 0.004 0.000 0.240
#> dkfz_11-135 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-136 6 0.4292 0.56500 0.008 0.020 0.000 0.244 0.016 0.712
#> dkfz_11-137 4 0.1501 0.90419 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-138 2 0.2558 0.89027 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> dkfz_11-139 1 0.4120 0.62100 0.692 0.008 0.000 0.024 0.276 0.000
#> dkfz_11-140 2 0.1933 0.83953 0.000 0.920 0.000 0.004 0.032 0.044
#> dkfz_11-141 2 0.2482 0.89556 0.000 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> dkfz_11-142 6 0.0146 0.93638 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> dkfz_11-143 3 0.1225 0.92437 0.000 0.000 0.952 0.012 0.036 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3317 0.80165 0.000 0.004 0.808 0.032 0.156 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.77085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.1719 0.91331 0.000 0.008 0.928 0.008 0.056 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1700 0.91228 0.000 0.004 0.916 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0405 0.76896 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1349 0.91839 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.1753 0.75666 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.93841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.1514 0.8330 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-002 1 0.4766 0.4731 0.608 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 NA
#> dkfz_11-003 4 0.2453 0.7545 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184 NA
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-005 1 0.1843 0.6260 0.920 0.012 0.000 0.004 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-006 1 0.4137 0.5589 0.708 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 NA
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-008 1 0.1929 0.6236 0.916 0.012 0.000 0.004 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-009 4 0.0990 0.9319 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-011 1 0.6342 -0.0265 0.460 0.144 0.000 0.008 0.312 0.000 NA
#> dkfz_11-012 2 0.3394 0.7642 0.000 0.828 0.000 0.008 0.064 0.028 NA
#> dkfz_11-013 1 0.5694 0.3123 0.468 0.000 0.000 0.012 0.244 0.000 NA
#> dkfz_11-014 5 0.6277 0.4931 0.184 0.136 0.000 0.008 0.540 0.000 NA
#> dkfz_11-015 1 0.4788 0.4640 0.612 0.004 0.000 0.000 0.260 0.000 NA
#> dkfz_11-016 5 0.4554 0.6220 0.188 0.128 0.000 0.004 0.676 0.000 NA
#> dkfz_11-017 3 0.5811 -0.0299 0.076 0.004 0.472 0.004 0.384 0.000 NA
#> dkfz_11-018 3 0.2203 0.8271 0.000 0.004 0.896 0.004 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-019 1 0.3277 0.6105 0.800 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 NA
#> dkfz_11-020 3 0.1954 0.8256 0.000 0.000 0.900 0.000 0.076 0.000 NA
#> dkfz_11-021 4 0.1370 0.9121 0.000 0.028 0.000 0.948 0.008 0.008 NA
#> dkfz_11-022 2 0.1638 0.7715 0.000 0.920 0.000 0.000 0.064 0.000 NA
#> dkfz_11-023 2 0.4003 0.6994 0.004 0.764 0.000 0.004 0.156 0.036 NA
#> dkfz_11-024 1 0.2954 0.5821 0.856 0.024 0.000 0.004 0.060 0.000 NA
#> dkfz_11-025 2 0.4516 0.8019 0.000 0.756 0.000 0.036 0.044 0.084 NA
#> dkfz_11-026 1 0.0479 0.6538 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-027 6 0.0134 0.9380 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> dkfz_11-028 3 0.2531 0.8031 0.000 0.000 0.848 0.000 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-029 3 0.1281 0.8332 0.000 0.000 0.944 0.000 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-030 3 0.1778 0.8254 0.000 0.004 0.916 0.004 0.068 0.000 NA
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-032 3 0.2778 0.7884 0.000 0.000 0.816 0.000 0.020 0.000 NA
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-034 3 0.4113 0.6593 0.000 0.016 0.712 0.000 0.216 0.000 NA
#> dkfz_11-035 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.6551 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-037 2 0.1797 0.8595 0.000 0.908 0.000 0.000 0.016 0.076 NA
#> dkfz_11-038 2 0.2120 0.8805 0.000 0.872 0.000 0.008 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-039 4 0.2755 0.8527 0.000 0.068 0.000 0.864 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-040 4 0.0990 0.9319 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-041 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-043 1 0.6073 0.0971 0.476 0.016 0.000 0.004 0.072 0.364 NA
#> dkfz_11-044 2 0.2807 0.7110 0.000 0.848 0.000 0.008 0.100 0.000 NA
#> dkfz_11-045 2 0.7213 -0.3379 0.184 0.360 0.000 0.012 0.300 0.008 NA
#> dkfz_11-046 4 0.3661 0.7640 0.000 0.128 0.000 0.788 0.028 0.000 NA
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-048 2 0.6135 0.4555 0.164 0.616 0.000 0.028 0.060 0.024 NA
#> dkfz_11-049 4 0.1285 0.9159 0.000 0.024 0.000 0.952 0.008 0.012 NA
#> dkfz_11-050 1 0.5074 0.0700 0.528 0.052 0.000 0.000 0.380 0.000 NA
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-052 4 0.0927 0.9317 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 NA
#> dkfz_11-053 5 0.4981 0.2539 0.032 0.012 0.372 0.000 0.552 0.000 NA
#> dkfz_11-054 1 0.5079 0.4250 0.560 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 NA
#> dkfz_11-055 2 0.2212 0.8797 0.000 0.868 0.000 0.012 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-056 4 0.1612 0.8990 0.000 0.040 0.000 0.932 0.016 0.000 NA
#> dkfz_11-057 4 0.0990 0.9319 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-058 4 0.1557 0.9104 0.000 0.028 0.000 0.940 0.012 0.008 NA
#> dkfz_11-059 2 0.2107 0.8803 0.000 0.876 0.000 0.004 0.000 0.116 NA
#> dkfz_11-060 4 0.3179 0.8124 0.000 0.104 0.000 0.828 0.024 0.000 NA
#> dkfz_11-061 2 0.3718 0.6016 0.000 0.764 0.000 0.008 0.156 0.000 NA
#> dkfz_11-062 5 0.4392 0.5949 0.024 0.056 0.188 0.000 0.720 0.000 NA
#> dkfz_11-063 5 0.4577 0.6423 0.144 0.028 0.080 0.000 0.728 0.000 NA
#> dkfz_11-064 1 0.0373 0.6545 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-065 6 0.1126 0.9116 0.008 0.000 0.000 0.004 0.012 0.960 NA
#> dkfz_11-066 3 0.0582 0.8367 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-067 3 0.1299 0.8325 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 NA
#> dkfz_11-068 1 0.0334 0.6557 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-070 1 0.5523 0.3363 0.644 0.136 0.000 0.012 0.124 0.000 NA
#> dkfz_11-071 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-072 6 0.0334 0.9303 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 NA
#> dkfz_11-073 1 0.7335 -0.0300 0.312 0.012 0.000 0.304 0.028 0.268 NA
#> dkfz_11-074 4 0.1166 0.9211 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 NA
#> dkfz_11-075 1 0.4275 0.4862 0.672 0.012 0.000 0.000 0.260 0.000 NA
#> dkfz_11-091 1 0.2188 0.6424 0.888 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 NA
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-093 4 0.1060 0.9316 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 NA
#> dkfz_11-094 1 0.5348 0.2337 0.536 0.012 0.000 0.004 0.316 0.000 NA
#> dkfz_11-095 2 0.2212 0.8720 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140 NA
#> dkfz_11-096 2 0.1976 0.8805 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 NA
#> dkfz_11-097 2 0.2027 0.7849 0.000 0.904 0.000 0.004 0.072 0.012 NA
#> dkfz_11-098 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-099 5 0.5157 0.5283 0.256 0.116 0.000 0.004 0.604 0.000 NA
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-101 6 0.0656 0.9192 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> dkfz_11-102 2 0.2136 0.8763 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000 0.132 NA
#> dkfz_11-103 2 0.2861 0.8161 0.000 0.868 0.000 0.012 0.052 0.044 NA
#> dkfz_11-104 2 0.2136 0.8763 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000 0.132 NA
#> dkfz_11-105 6 0.0239 0.9363 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-107 2 0.2136 0.8763 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000 0.132 NA
#> dkfz_11-108 6 0.2424 0.7753 0.000 0.164 0.000 0.004 0.000 0.832 NA
#> dkfz_11-109 2 0.2189 0.8804 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.124 NA
#> dkfz_11-110 6 0.3590 0.2416 0.000 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592 NA
#> dkfz_11-111 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-112 6 0.1614 0.8714 0.000 0.084 0.000 0.004 0.000 0.912 NA
#> dkfz_11-113 6 0.3654 0.4396 0.000 0.332 0.000 0.016 0.000 0.652 NA
#> dkfz_11-114 2 0.2763 0.7830 0.000 0.872 0.000 0.008 0.056 0.024 NA
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-116 4 0.0990 0.9319 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-117 2 0.2270 0.8025 0.000 0.900 0.000 0.004 0.048 0.024 NA
#> dkfz_11-118 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-120 2 0.2017 0.8808 0.000 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-121 4 0.0990 0.9319 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-122 2 0.2057 0.8800 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124 NA
#> dkfz_11-123 2 0.2107 0.8803 0.000 0.876 0.000 0.004 0.000 0.116 NA
#> dkfz_11-124 4 0.1060 0.9316 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 NA
#> dkfz_11-125 6 0.2017 0.8224 0.000 0.120 0.000 0.004 0.000 0.876 NA
#> dkfz_11-126 2 0.2057 0.8800 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124 NA
#> dkfz_11-127 2 0.1629 0.8516 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.060 NA
#> dkfz_11-128 2 0.2097 0.8784 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.128 NA
#> dkfz_11-129 6 0.1663 0.8675 0.000 0.088 0.000 0.004 0.000 0.908 NA
#> dkfz_11-130 6 0.0504 0.9286 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> dkfz_11-131 2 0.2228 0.8794 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000 0.128 NA
#> dkfz_11-132 2 0.2212 0.8797 0.000 0.868 0.000 0.012 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-133 2 0.2148 0.8809 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-134 2 0.2521 0.8319 0.000 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176 NA
#> dkfz_11-135 2 0.2017 0.8808 0.000 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120 NA
#> dkfz_11-136 6 0.5149 0.4970 0.028 0.004 0.000 0.236 0.016 0.644 NA
#> dkfz_11-137 4 0.0990 0.9319 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> dkfz_11-138 2 0.2252 0.8783 0.000 0.864 0.000 0.012 0.000 0.124 NA
#> dkfz_11-139 1 0.5363 0.4020 0.540 0.000 0.008 0.000 0.228 0.000 NA
#> dkfz_11-140 2 0.2659 0.8169 0.000 0.880 0.000 0.008 0.044 0.040 NA
#> dkfz_11-141 2 0.2136 0.8763 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000 0.132 NA
#> dkfz_11-142 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> dkfz_11-143 3 0.2512 0.8135 0.000 0.000 0.860 0.000 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-144 3 0.4059 0.4686 0.000 0.000 0.512 0.008 0.012 0.000 NA
#> dkfz_11-145 1 0.0742 0.6551 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-146 3 0.3182 0.7755 0.000 0.000 0.800 0.004 0.040 0.000 NA
#> dkfz_11-147 3 0.1924 0.8249 0.000 0.004 0.908 0.004 0.072 0.000 NA
#> dkfz_11-148 1 0.0479 0.6524 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> dkfz_11-149 3 0.1773 0.8315 0.000 0.000 0.912 0.000 0.068 0.000 NA
#> dkfz_11-150 1 0.2249 0.6416 0.884 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 NA
#> dkfz_11-151 6 0.0000 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.3038 0.57124 0.000 0.000 0.804 0.004 0.016 0.000 0.156 0.020
#> dkfz_11-002 1 0.4779 -0.01789 0.620 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.024 0.212
#> dkfz_11-003 4 0.2869 0.64460 0.000 0.004 0.000 0.768 0.000 0.220 0.008 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2544 0.45469 0.872 0.016 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008 0.064
#> dkfz_11-006 1 0.3813 -0.18669 0.652 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.296
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.2608 0.45370 0.868 0.020 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008 0.068
#> dkfz_11-009 4 0.1286 0.85760 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000 0.056 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0251 0.92356 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.6564 -0.09921 0.400 0.124 0.000 0.012 0.340 0.000 0.024 0.100
#> dkfz_11-012 2 0.4058 0.72503 0.000 0.768 0.000 0.008 0.112 0.032 0.020 0.060
#> dkfz_11-013 8 0.5144 0.00000 0.392 0.004 0.008 0.004 0.040 0.000 0.048 0.504
#> dkfz_11-014 5 0.6956 0.38152 0.144 0.124 0.008 0.004 0.460 0.000 0.060 0.200
#> dkfz_11-015 1 0.4482 -0.00822 0.616 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.188
#> dkfz_11-016 5 0.3881 0.51326 0.156 0.064 0.016 0.000 0.752 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.5640 0.00117 0.096 0.000 0.456 0.004 0.380 0.000 0.008 0.056
#> dkfz_11-018 3 0.2861 0.63900 0.000 0.000 0.844 0.000 0.076 0.000 0.048 0.032
#> dkfz_11-019 1 0.3250 0.20798 0.764 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-020 3 0.2068 0.65937 0.000 0.000 0.896 0.000 0.064 0.000 0.016 0.024
#> dkfz_11-021 4 0.1831 0.84653 0.000 0.012 0.000 0.920 0.000 0.020 0.012 0.036
#> dkfz_11-022 2 0.2951 0.74057 0.000 0.824 0.000 0.004 0.132 0.004 0.012 0.024
#> dkfz_11-023 2 0.5638 0.47362 0.028 0.604 0.000 0.012 0.236 0.036 0.020 0.064
#> dkfz_11-024 1 0.3840 0.39256 0.772 0.024 0.000 0.004 0.084 0.000 0.008 0.108
#> dkfz_11-025 2 0.4626 0.72205 0.000 0.740 0.000 0.028 0.084 0.040 0.028 0.080
#> dkfz_11-026 1 0.0918 0.48090 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-027 6 0.1130 0.90339 0.000 0.012 0.000 0.004 0.020 0.956 0.000 0.008
#> dkfz_11-028 3 0.5042 0.26585 0.000 0.004 0.644 0.016 0.036 0.000 0.192 0.108
#> dkfz_11-029 3 0.3082 0.59048 0.000 0.004 0.824 0.000 0.020 0.000 0.104 0.048
#> dkfz_11-030 3 0.2236 0.65162 0.000 0.000 0.880 0.000 0.084 0.000 0.020 0.016
#> dkfz_11-031 6 0.0125 0.92533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.3470 0.49953 0.000 0.000 0.740 0.000 0.024 0.000 0.216 0.020
#> dkfz_11-033 6 0.0125 0.92533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4141 0.45089 0.000 0.000 0.676 0.000 0.236 0.000 0.072 0.016
#> dkfz_11-035 6 0.0251 0.92438 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0831 0.47852 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-037 2 0.2229 0.85640 0.000 0.888 0.000 0.000 0.028 0.068 0.004 0.012
#> dkfz_11-038 2 0.1521 0.88091 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.3631 0.74974 0.000 0.068 0.000 0.800 0.036 0.000 0.020 0.076
#> dkfz_11-040 4 0.1437 0.85538 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.060 0.008 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0125 0.92634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0125 0.92634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.6331 0.06982 0.480 0.012 0.000 0.004 0.096 0.284 0.016 0.108
#> dkfz_11-044 2 0.4127 0.62152 0.000 0.720 0.000 0.008 0.184 0.000 0.032 0.056
#> dkfz_11-045 5 0.7684 0.27467 0.160 0.280 0.004 0.004 0.304 0.012 0.076 0.160
#> dkfz_11-046 4 0.4716 0.65171 0.000 0.112 0.000 0.708 0.056 0.000 0.032 0.092
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6671 0.23364 0.140 0.532 0.000 0.024 0.120 0.012 0.028 0.144
#> dkfz_11-049 4 0.1626 0.85173 0.000 0.004 0.000 0.932 0.004 0.024 0.008 0.028
#> dkfz_11-050 1 0.5009 0.15594 0.496 0.020 0.000 0.000 0.400 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-051 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0745 0.85889 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.5136 0.19795 0.036 0.000 0.360 0.000 0.528 0.000 0.024 0.052
#> dkfz_11-054 1 0.4570 -0.46015 0.528 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000 0.360
#> dkfz_11-055 2 0.1521 0.88091 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.2487 0.80886 0.000 0.036 0.000 0.880 0.020 0.000 0.012 0.052
#> dkfz_11-057 4 0.1117 0.85928 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.044 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2097 0.83786 0.000 0.012 0.000 0.908 0.008 0.016 0.012 0.044
#> dkfz_11-059 2 0.1521 0.88134 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4126 0.69463 0.000 0.116 0.000 0.752 0.036 0.000 0.020 0.076
#> dkfz_11-061 2 0.5200 0.43064 0.016 0.624 0.000 0.016 0.244 0.004 0.036 0.060
#> dkfz_11-062 5 0.3638 0.40111 0.024 0.004 0.188 0.000 0.756 0.000 0.012 0.016
#> dkfz_11-063 5 0.4869 0.45994 0.136 0.008 0.104 0.000 0.684 0.000 0.008 0.060
#> dkfz_11-064 1 0.0892 0.48023 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-065 6 0.2403 0.83515 0.008 0.012 0.000 0.004 0.024 0.888 0.004 0.060
#> dkfz_11-066 3 0.1821 0.62692 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.092 0.008
#> dkfz_11-067 3 0.2643 0.60058 0.000 0.000 0.840 0.000 0.008 0.000 0.120 0.032
#> dkfz_11-068 1 0.1029 0.46813 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-069 6 0.0125 0.92533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.5865 0.21578 0.576 0.124 0.000 0.008 0.172 0.000 0.016 0.104
#> dkfz_11-071 6 0.0125 0.92533 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.1420 0.89002 0.000 0.016 0.000 0.004 0.032 0.940 0.000 0.008
#> dkfz_11-073 4 0.7413 -0.06064 0.280 0.012 0.000 0.316 0.048 0.232 0.012 0.100
#> dkfz_11-074 4 0.1540 0.85008 0.000 0.004 0.000 0.920 0.000 0.068 0.008 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.3944 0.28179 0.708 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.016 0.068
#> dkfz_11-091 1 0.1849 0.37757 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.1086 0.85726 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.028 0.008 0.004
#> dkfz_11-094 1 0.6011 0.00661 0.456 0.004 0.004 0.000 0.284 0.000 0.064 0.188
#> dkfz_11-095 2 0.1605 0.87791 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2521 0.77474 0.000 0.844 0.000 0.000 0.132 0.012 0.004 0.008
#> dkfz_11-098 6 0.0125 0.92611 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 5 0.4928 0.42238 0.224 0.048 0.012 0.000 0.652 0.000 0.016 0.048
#> dkfz_11-100 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.0983 0.88988 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.1605 0.87928 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3009 0.78723 0.000 0.852 0.000 0.012 0.068 0.028 0.012 0.028
#> dkfz_11-104 2 0.1605 0.87928 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.0251 0.92536 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.2208 0.76074 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.1521 0.88134 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 6 0.3212 0.33977 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0125 0.92634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-112 6 0.1601 0.85515 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000
#> dkfz_11-113 6 0.3455 0.42172 0.000 0.356 0.000 0.008 0.000 0.632 0.004 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.3391 0.76082 0.000 0.824 0.000 0.012 0.084 0.024 0.016 0.040
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.1437 0.85538 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.060 0.008 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.2401 0.78251 0.000 0.876 0.000 0.000 0.080 0.008 0.012 0.024
#> dkfz_11-118 6 0.0125 0.92634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.92687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.1601 0.87976 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.1231 0.85863 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.052 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1436 0.85870 0.000 0.008 0.000 0.940 0.000 0.032 0.008 0.012
#> dkfz_11-125 6 0.2146 0.75983 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1849 0.85838 0.000 0.908 0.000 0.000 0.024 0.060 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 6 0.1464 0.86946 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.0596 0.91624 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1644 0.87987 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.1521 0.88091 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2082 0.82381 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.5991 0.33643 0.020 0.020 0.000 0.240 0.040 0.560 0.012 0.108
#> dkfz_11-137 4 0.1540 0.85008 0.000 0.004 0.000 0.920 0.000 0.068 0.008 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1521 0.88091 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.5232 -0.57129 0.484 0.000 0.020 0.004 0.100 0.000 0.008 0.384
#> dkfz_11-140 2 0.2959 0.78925 0.000 0.856 0.000 0.012 0.064 0.028 0.012 0.028
#> dkfz_11-141 2 0.1563 0.88173 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.0251 0.92438 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.3623 0.53129 0.000 0.000 0.744 0.000 0.060 0.000 0.184 0.012
#> dkfz_11-144 7 0.3179 0.00000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.008 0.000 0.684 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.1416 0.45001 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-146 3 0.4682 0.27183 0.000 0.000 0.636 0.008 0.008 0.000 0.176 0.172
#> dkfz_11-147 3 0.2560 0.64671 0.000 0.000 0.864 0.000 0.076 0.000 0.028 0.032
#> dkfz_11-148 1 0.0913 0.48230 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-149 3 0.2163 0.65479 0.000 0.000 0.892 0.000 0.060 0.000 0.024 0.024
#> dkfz_11-150 1 0.2095 0.36394 0.860 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-151 6 0.0251 0.92438 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.4134 0.5137 0.000 0.000 0.696 0.000 0.056 0.000 0.012 0.200 0.036
#> dkfz_11-002 1 0.5026 -0.3925 0.548 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.044 0.004 0.280
#> dkfz_11-003 4 0.2403 0.6805 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.184 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.0296 0.9156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2957 0.4136 0.784 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.176 0.000 0.028
#> dkfz_11-006 1 0.3732 -0.4292 0.592 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.368
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.3036 0.4137 0.780 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.180 0.000 0.024
#> dkfz_11-009 4 0.1059 0.8720 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.036 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0373 0.9134 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 7 0.6550 0.2008 0.284 0.072 0.000 0.012 0.260 0.000 0.340 0.004 0.028
#> dkfz_11-012 2 0.4631 0.5646 0.000 0.660 0.000 0.016 0.040 0.012 0.228 0.008 0.036
#> dkfz_11-013 9 0.4484 0.6034 0.312 0.000 0.004 0.004 0.040 0.000 0.020 0.016 0.604
#> dkfz_11-014 7 0.6264 0.3203 0.076 0.044 0.004 0.000 0.276 0.000 0.472 0.016 0.112
#> dkfz_11-015 1 0.5405 -0.3338 0.484 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.044 0.004 0.260
#> dkfz_11-016 5 0.4344 0.4224 0.128 0.032 0.012 0.000 0.732 0.000 0.068 0.008 0.020
#> dkfz_11-017 3 0.5648 -0.0765 0.096 0.000 0.432 0.000 0.388 0.000 0.016 0.016 0.052
#> dkfz_11-018 3 0.3071 0.6426 0.000 0.000 0.820 0.000 0.092 0.000 0.028 0.052 0.008
#> dkfz_11-019 1 0.3253 -0.0298 0.720 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.236
#> dkfz_11-020 3 0.2557 0.6542 0.000 0.000 0.852 0.000 0.100 0.000 0.020 0.008 0.020
#> dkfz_11-021 4 0.2429 0.8490 0.000 0.012 0.000 0.884 0.000 0.016 0.036 0.016 0.036
#> dkfz_11-022 2 0.4233 0.6178 0.000 0.720 0.000 0.020 0.136 0.004 0.100 0.012 0.008
#> dkfz_11-023 2 0.5433 0.2846 0.004 0.516 0.000 0.000 0.208 0.024 0.232 0.004 0.012
#> dkfz_11-024 1 0.3770 0.2682 0.676 0.012 0.000 0.000 0.020 0.000 0.272 0.000 0.020
#> dkfz_11-025 2 0.4658 0.5867 0.000 0.660 0.000 0.040 0.024 0.020 0.220 0.000 0.036
#> dkfz_11-026 1 0.0993 0.4456 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.012
#> dkfz_11-027 6 0.1127 0.8894 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.948 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.5587 0.3496 0.000 0.004 0.600 0.004 0.056 0.000 0.088 0.168 0.080
#> dkfz_11-029 3 0.3144 0.6064 0.000 0.000 0.812 0.000 0.028 0.000 0.016 0.112 0.032
#> dkfz_11-030 3 0.2413 0.6566 0.000 0.000 0.864 0.000 0.092 0.000 0.012 0.020 0.012
#> dkfz_11-031 6 0.0119 0.9174 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.4353 0.4162 0.000 0.000 0.628 0.004 0.060 0.000 0.020 0.280 0.008
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4909 0.3891 0.000 0.000 0.572 0.000 0.264 0.000 0.020 0.128 0.016
#> dkfz_11-035 6 0.0237 0.9157 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0449 0.4359 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.1708 0.8113 0.000 0.920 0.000 0.000 0.016 0.032 0.028 0.004 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.1200 0.8376 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.4589 0.6806 0.000 0.048 0.000 0.692 0.012 0.000 0.164 0.024 0.060
#> dkfz_11-040 4 0.1118 0.8708 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.040 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0356 0.9159 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-042 6 0.0119 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-043 1 0.5614 -0.1383 0.436 0.008 0.000 0.000 0.036 0.180 0.332 0.000 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.5422 0.3916 0.000 0.572 0.000 0.020 0.180 0.000 0.180 0.016 0.032
#> dkfz_11-045 7 0.5852 0.4343 0.100 0.136 0.000 0.004 0.116 0.008 0.592 0.012 0.032
#> dkfz_11-046 4 0.5849 0.5071 0.000 0.088 0.000 0.564 0.040 0.000 0.208 0.032 0.068
#> dkfz_11-047 6 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 2 0.6500 -0.3111 0.176 0.364 0.000 0.024 0.024 0.004 0.356 0.016 0.036
#> dkfz_11-049 4 0.2301 0.8533 0.000 0.012 0.000 0.896 0.004 0.016 0.032 0.016 0.024
#> dkfz_11-050 5 0.5602 -0.1035 0.344 0.012 0.000 0.000 0.420 0.000 0.188 0.004 0.032
#> dkfz_11-051 6 0.0119 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.0763 0.8737 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.4930 0.1935 0.008 0.000 0.348 0.000 0.492 0.000 0.140 0.000 0.012
#> dkfz_11-054 1 0.4661 -0.6570 0.460 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.020 0.000 0.424
#> dkfz_11-055 2 0.1200 0.8376 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.3359 0.7876 0.000 0.020 0.000 0.808 0.008 0.000 0.096 0.020 0.048
#> dkfz_11-057 4 0.0881 0.8734 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2722 0.8216 0.000 0.012 0.000 0.856 0.000 0.004 0.068 0.020 0.040
#> dkfz_11-059 2 0.1033 0.8366 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4923 0.6393 0.000 0.080 0.000 0.660 0.016 0.000 0.168 0.020 0.056
#> dkfz_11-061 2 0.5553 0.2180 0.004 0.504 0.000 0.020 0.212 0.000 0.236 0.008 0.016
#> dkfz_11-062 5 0.2843 0.4887 0.004 0.004 0.144 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-063 5 0.4675 0.4663 0.052 0.000 0.100 0.000 0.696 0.000 0.068 0.000 0.084
#> dkfz_11-064 1 0.1016 0.4438 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.016
#> dkfz_11-065 6 0.2545 0.7273 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.796 0.192 0.000 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.1971 0.6372 0.000 0.000 0.888 0.000 0.004 0.000 0.008 0.088 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.3200 0.6107 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.000 0.028 0.100 0.044
#> dkfz_11-068 1 0.0331 0.4292 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.6345 -0.2690 0.432 0.084 0.000 0.012 0.148 0.000 0.292 0.008 0.024
#> dkfz_11-071 6 0.0212 0.9166 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.1619 0.8634 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.916 0.064 0.000 0.004
#> dkfz_11-073 1 0.6771 -0.2007 0.332 0.008 0.000 0.184 0.012 0.144 0.300 0.000 0.020
#> dkfz_11-074 4 0.1317 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.064 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.5053 -0.0473 0.564 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.048 0.004 0.140
#> dkfz_11-091 1 0.2554 0.1352 0.780 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0936 0.8732 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.028 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.5836 0.3655 0.264 0.000 0.004 0.000 0.120 0.000 0.484 0.012 0.116
#> dkfz_11-095 2 0.1365 0.8349 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.1100 0.8357 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.2785 0.7343 0.000 0.820 0.000 0.000 0.136 0.016 0.024 0.004 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.0610 0.9115 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-099 5 0.4503 0.3867 0.164 0.028 0.004 0.000 0.700 0.000 0.056 0.004 0.044
#> dkfz_11-100 6 0.0119 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-101 6 0.1057 0.8869 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.3611 0.6727 0.000 0.776 0.000 0.020 0.052 0.004 0.132 0.012 0.004
#> dkfz_11-104 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.0610 0.9088 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-106 6 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1435 0.8375 0.000 0.924 0.000 0.004 0.000 0.064 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 6 0.2871 0.6167 0.000 0.268 0.000 0.004 0.000 0.724 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.1295 0.8358 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.3349 0.1694 0.000 0.540 0.000 0.004 0.000 0.452 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-111 6 0.0119 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-112 6 0.2262 0.7646 0.000 0.164 0.000 0.004 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-113 6 0.3614 0.1822 0.000 0.432 0.000 0.020 0.000 0.544 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.4127 0.6251 0.000 0.728 0.000 0.020 0.064 0.004 0.160 0.012 0.012
#> dkfz_11-115 6 0.0119 0.9174 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.1118 0.8708 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.040 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3342 0.6961 0.000 0.788 0.000 0.000 0.080 0.008 0.112 0.004 0.008
#> dkfz_11-118 6 0.0119 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.1692 0.8350 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.068 0.004 0.004 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.0881 0.8734 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1200 0.8376 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1229 0.8720 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.028 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-125 6 0.2202 0.7678 0.000 0.156 0.000 0.004 0.000 0.836 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.1200 0.8376 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1812 0.8122 0.000 0.912 0.000 0.000 0.032 0.040 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 6 0.2262 0.7662 0.000 0.164 0.000 0.004 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-130 6 0.1000 0.8915 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 2 0.1443 0.8328 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1200 0.8376 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.1636 0.8078 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.5143 0.2027 0.012 0.012 0.000 0.144 0.000 0.512 0.312 0.000 0.008
#> dkfz_11-137 4 0.1165 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.052 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.4642 0.5405 0.448 0.000 0.012 0.000 0.048 0.000 0.012 0.012 0.468
#> dkfz_11-140 2 0.3528 0.6784 0.000 0.784 0.000 0.020 0.048 0.004 0.128 0.012 0.004
#> dkfz_11-141 2 0.1248 0.8372 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.0356 0.9151 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-143 3 0.4766 0.4457 0.000 0.000 0.648 0.008 0.072 0.000 0.024 0.212 0.036
#> dkfz_11-144 8 0.2302 0.0000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0999 0.3982 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-146 3 0.5158 0.4222 0.000 0.004 0.628 0.000 0.028 0.000 0.064 0.160 0.116
#> dkfz_11-147 3 0.2482 0.6538 0.000 0.000 0.864 0.000 0.080 0.000 0.020 0.028 0.008
#> dkfz_11-148 1 0.0763 0.4484 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.2955 0.6509 0.000 0.000 0.844 0.004 0.064 0.000 0.036 0.032 0.020
#> dkfz_11-150 1 0.2403 0.1892 0.812 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.176
#> dkfz_11-151 6 0.0237 0.9157 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.4481 0.5692 0.000 0.000 0.664 0.000 0.032 0.000 0.004 0.172 0.024 0.104
#> dkfz_11-002 1 0.5028 0.1849 0.580 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.080 0.004 0.176 0.004
#> dkfz_11-003 4 0.2130 0.6678 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.160 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-004 6 0.0853 0.9128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964 0.020 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-005 1 0.3317 0.4745 0.744 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.204 0.000 0.012 0.020
#> dkfz_11-006 1 0.4067 0.1942 0.612 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000 0.016 0.000 0.312 0.008
#> dkfz_11-007 6 0.0000 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.3459 0.4655 0.732 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000 0.208 0.000 0.012 0.028
#> dkfz_11-009 4 0.0539 0.8540 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0517 0.9216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-011 7 0.6281 -0.0637 0.216 0.056 0.000 0.004 0.296 0.000 0.368 0.000 0.016 0.044
#> dkfz_11-012 2 0.4589 0.5513 0.000 0.640 0.000 0.008 0.072 0.016 0.216 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-013 9 0.4056 0.0000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.028 0.008 0.676 0.028
#> dkfz_11-014 7 0.5769 -0.0967 0.052 0.036 0.028 0.000 0.236 0.000 0.556 0.008 0.068 0.016
#> dkfz_11-015 1 0.5326 0.1228 0.524 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.060 0.004 0.196 0.012
#> dkfz_11-016 5 0.4520 0.5772 0.060 0.028 0.032 0.000 0.724 0.000 0.108 0.008 0.032 0.008
#> dkfz_11-017 3 0.5712 0.2515 0.096 0.000 0.528 0.000 0.252 0.000 0.032 0.004 0.036 0.052
#> dkfz_11-018 3 0.3045 0.6422 0.000 0.000 0.832 0.000 0.040 0.000 0.008 0.044 0.024 0.052
#> dkfz_11-019 1 0.3103 0.4543 0.768 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.020 0.004 0.188 0.004
#> dkfz_11-020 3 0.2393 0.6614 0.000 0.004 0.876 0.000 0.016 0.000 0.016 0.008 0.016 0.064
#> dkfz_11-021 4 0.2231 0.8277 0.000 0.008 0.000 0.844 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-022 2 0.4149 0.6136 0.000 0.708 0.000 0.008 0.156 0.000 0.080 0.004 0.008 0.036
#> dkfz_11-023 2 0.5496 0.0825 0.016 0.460 0.000 0.000 0.224 0.008 0.264 0.000 0.008 0.020
#> dkfz_11-024 1 0.3977 0.3142 0.632 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000 0.300 0.000 0.016 0.016
#> dkfz_11-025 2 0.4751 0.6080 0.000 0.664 0.000 0.024 0.040 0.024 0.172 0.000 0.004 0.072
#> dkfz_11-026 1 0.1391 0.5777 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.068 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-027 6 0.1061 0.8986 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.048 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-028 3 0.5536 0.1611 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.028 0.132 0.064 0.352
#> dkfz_11-029 3 0.3990 0.5879 0.000 0.000 0.696 0.000 0.004 0.000 0.012 0.104 0.012 0.172
#> dkfz_11-030 3 0.1746 0.6597 0.000 0.000 0.916 0.000 0.024 0.000 0.024 0.000 0.012 0.024
#> dkfz_11-031 6 0.0113 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-032 3 0.4338 0.5490 0.000 0.000 0.660 0.004 0.028 0.000 0.004 0.228 0.024 0.052
#> dkfz_11-033 6 0.0113 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-034 3 0.4803 0.5300 0.000 0.004 0.672 0.004 0.164 0.000 0.040 0.052 0.020 0.044
#> dkfz_11-035 6 0.0453 0.9224 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-036 1 0.0764 0.5843 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004
#> dkfz_11-037 2 0.1937 0.8093 0.000 0.896 0.000 0.000 0.028 0.032 0.044 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0954 0.8353 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.4179 0.6541 0.000 0.024 0.000 0.636 0.020 0.000 0.052 0.000 0.000 0.268
#> dkfz_11-040 4 0.0605 0.8528 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.0395 0.9227 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.0000 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 7 0.6141 0.2027 0.324 0.000 0.000 0.004 0.048 0.224 0.352 0.000 0.020 0.028
#> dkfz_11-044 2 0.5426 0.2471 0.000 0.496 0.000 0.008 0.248 0.000 0.116 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-045 7 0.4933 0.1746 0.076 0.088 0.000 0.004 0.112 0.008 0.672 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-046 4 0.5403 0.4473 0.000 0.056 0.000 0.496 0.072 0.000 0.068 0.000 0.000 0.308
#> dkfz_11-047 6 0.0226 0.9249 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-048 7 0.6928 0.1613 0.132 0.316 0.000 0.020 0.068 0.004 0.320 0.000 0.012 0.128
#> dkfz_11-049 4 0.1826 0.8328 0.000 0.008 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> dkfz_11-050 5 0.5321 0.2808 0.260 0.008 0.000 0.000 0.508 0.000 0.172 0.000 0.024 0.028
#> dkfz_11-051 6 0.0202 0.9242 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.0948 0.8571 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-053 3 0.5649 -0.1312 0.016 0.000 0.420 0.000 0.348 0.000 0.164 0.008 0.024 0.020
#> dkfz_11-054 1 0.4662 -0.0732 0.512 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000 0.016 0.004 0.368 0.008
#> dkfz_11-055 2 0.0954 0.8353 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.2547 0.7835 0.000 0.008 0.000 0.776 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-057 4 0.0395 0.8547 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.2412 0.8112 0.000 0.008 0.000 0.820 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-059 2 0.0842 0.8356 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.4712 0.5936 0.000 0.076 0.000 0.596 0.020 0.000 0.052 0.000 0.000 0.256
#> dkfz_11-061 2 0.5587 -0.0131 0.008 0.420 0.000 0.004 0.296 0.000 0.220 0.000 0.004 0.048
#> dkfz_11-062 5 0.4506 0.4958 0.012 0.000 0.192 0.000 0.676 0.000 0.056 0.012 0.032 0.020
#> dkfz_11-063 5 0.6170 0.4986 0.052 0.004 0.160 0.000 0.532 0.000 0.136 0.012 0.080 0.024
#> dkfz_11-064 1 0.1547 0.5788 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-065 6 0.2383 0.7691 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.824 0.156 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.2807 0.6424 0.000 0.000 0.824 0.000 0.004 0.000 0.004 0.084 0.008 0.076
#> dkfz_11-067 3 0.3674 0.6125 0.000 0.000 0.732 0.000 0.004 0.000 0.008 0.088 0.012 0.156
#> dkfz_11-068 1 0.0597 0.5836 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-069 6 0.0113 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-070 1 0.6214 -0.2000 0.376 0.028 0.000 0.004 0.184 0.000 0.324 0.004 0.016 0.064
#> dkfz_11-071 6 0.0671 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-072 6 0.1675 0.8636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.900 0.084 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-073 7 0.7132 0.1901 0.248 0.000 0.000 0.164 0.028 0.160 0.316 0.000 0.012 0.072
#> dkfz_11-074 4 0.1009 0.8369 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.044 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.5166 0.1130 0.488 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.044 0.000 0.104 0.028
#> dkfz_11-091 1 0.2090 0.5191 0.848 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.1176 0.8564 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-094 7 0.5204 0.0767 0.244 0.000 0.008 0.000 0.112 0.000 0.548 0.000 0.080 0.008
#> dkfz_11-095 2 0.1301 0.8332 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.048 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0954 0.8357 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.2583 0.7391 0.000 0.832 0.000 0.000 0.124 0.004 0.028 0.000 0.008 0.004
#> dkfz_11-098 6 0.0799 0.9196 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-099 5 0.3846 0.5645 0.104 0.024 0.016 0.000 0.764 0.000 0.068 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-100 6 0.0113 0.9247 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.1298 0.8835 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-102 2 0.0896 0.8355 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-103 2 0.3727 0.6876 0.000 0.760 0.000 0.008 0.084 0.012 0.100 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-104 2 0.0896 0.8355 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-105 6 0.0673 0.9090 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.0113 0.9248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0896 0.8355 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.2683 0.5850 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.716 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0949 0.8343 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2943 0.4070 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 6 0.0202 0.9242 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 6 0.2197 0.7204 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.3976 0.0767 0.000 0.488 0.000 0.056 0.000 0.448 0.004 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 2 0.4293 0.6177 0.000 0.700 0.000 0.008 0.112 0.008 0.108 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-115 6 0.0000 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0605 0.8528 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 2 0.3283 0.6749 0.000 0.760 0.000 0.000 0.124 0.000 0.104 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-118 6 0.0202 0.9242 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0113 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.1337 0.8329 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.044 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0395 0.8547 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0784 0.8357 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0842 0.8356 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.1329 0.8551 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.056
#> dkfz_11-125 6 0.2209 0.7291 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.808 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0896 0.8355 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-127 2 0.1630 0.7957 0.000 0.916 0.000 0.000 0.052 0.012 0.016 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0896 0.8355 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-129 6 0.2258 0.7304 0.000 0.196 0.000 0.004 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.0986 0.8899 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.1497 0.8291 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.048 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0954 0.8353 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.0842 0.8357 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.1191 0.8187 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.1043 0.8357 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 6 0.5396 0.2211 0.000 0.012 0.000 0.132 0.016 0.536 0.248 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-137 4 0.0786 0.8455 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.1009 0.8345 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 1 0.5573 -0.3247 0.428 0.004 0.032 0.000 0.068 0.000 0.028 0.008 0.404 0.028
#> dkfz_11-140 2 0.3687 0.6796 0.000 0.760 0.000 0.008 0.084 0.008 0.104 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-141 2 0.0896 0.8355 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 6 0.0226 0.9246 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.5377 0.5013 0.000 0.000 0.592 0.000 0.080 0.000 0.016 0.176 0.040 0.096
#> dkfz_11-144 8 0.1253 0.0000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0898 0.5747 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> dkfz_11-146 3 0.5736 0.3870 0.000 0.008 0.548 0.000 0.020 0.000 0.032 0.104 0.080 0.208
#> dkfz_11-147 3 0.2466 0.6514 0.000 0.000 0.876 0.000 0.028 0.000 0.012 0.024 0.024 0.036
#> dkfz_11-148 1 0.1340 0.5816 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-149 3 0.3034 0.6537 0.000 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000 0.032 0.020 0.024 0.072
#> dkfz_11-150 1 0.2003 0.5210 0.856 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004
#> dkfz_11-151 6 0.0340 0.9232 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:skmeans 135 2.17e-18 3.39e-05 2
#> ATC:skmeans 133 1.31e-38 2.85e-04 3
#> ATC:skmeans 130 2.36e-61 6.16e-27 4
#> ATC:skmeans 130 7.66e-64 1.36e-27 5
#> ATC:skmeans 127 5.18e-60 2.62e-24 6
#> ATC:skmeans 115 5.98e-66 4.37e-23 7
#> ATC:skmeans 93 1.09e-34 1.20e-19 8
#> ATC:skmeans 92 1.24e-35 2.66e-20 9
#> ATC:skmeans 102 1.47e-54 2.95e-20 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.989 0.50107 0.498 0.498
#> 3 3 0.986 0.956 0.984 0.14836 0.924 0.847
#> 4 4 0.737 0.786 0.875 0.14497 0.885 0.741
#> 5 5 0.732 0.774 0.866 0.10689 0.913 0.758
#> 6 6 0.843 0.730 0.873 0.08895 0.904 0.676
#> 7 7 0.836 0.686 0.853 0.01750 0.962 0.832
#> 8 8 0.807 0.699 0.853 0.02802 0.924 0.652
#> 9 9 0.791 0.733 0.873 0.01737 0.978 0.870
#> 10 10 0.824 0.710 0.873 0.00868 0.993 0.956
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.163 0.959 0.976 0.024
#> dkfz_11-013 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.482 0.878 0.896 0.104
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.955 0.422 0.624 0.376
#> dkfz_11-028 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 1 0.839 0.648 0.732 0.268
#> dkfz_11-061 1 0.881 0.589 0.700 0.300
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-066 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.881 0.553 0.300 0.700
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 1 0.697 0.772 0.812 0.188
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-002 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-004 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-010 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 1 0.103 0.930 0.976 0.024 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-014 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-018 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-019 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-021 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.304 0.828 0.896 0.104 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 1 0.603 0.406 0.624 0.376 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.588 0.447 0.348 0.000 0.652
#> dkfz_11-033 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.529 0.604 0.732 0.000 0.268
#> dkfz_11-055 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 1 0.529 0.583 0.732 0.268 0.000
#> dkfz_11-061 1 0.556 0.532 0.700 0.300 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-067 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-068 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.556 0.545 0.300 0.700 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-117 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 1 0.440 0.707 0.812 0.188 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-145 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.000 0.972 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-148 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.000 0.995 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4817 0.83002 0.000 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-004 2 0.2469 0.78189 0.000 0.892 0.000 0.108
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.2216 0.79307 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.4967 0.77948 0.000 0.452 0.000 0.548
#> dkfz_11-010 2 0.3074 0.76090 0.000 0.848 0.000 0.152
#> dkfz_11-011 1 0.1389 0.86116 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-012 1 0.5807 0.69079 0.612 0.044 0.000 0.344
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 1 0.4643 0.73058 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-023 1 0.6961 0.54008 0.496 0.116 0.000 0.388
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.4817 0.19574 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.6903 0.13401 0.224 0.592 0.000 0.184
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-032 3 0.4936 0.37485 0.340 0.000 0.652 0.008
#> dkfz_11-033 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-034 1 0.2589 0.83631 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-035 4 0.4996 0.71414 0.000 0.484 0.000 0.516
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.1302 0.80200 0.000 0.956 0.000 0.044
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.4817 0.19574 0.000 0.612 0.000 0.388
#> dkfz_11-040 4 0.4830 0.83006 0.000 0.392 0.000 0.608
#> dkfz_11-041 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-042 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-043 1 0.1302 0.85000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-044 1 0.4643 0.73058 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-045 1 0.4746 0.71146 0.632 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-046 1 0.4643 0.73058 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-047 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-048 1 0.4817 0.69490 0.612 0.000 0.000 0.388
#> dkfz_11-049 2 0.1211 0.81555 0.000 0.960 0.000 0.040
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.2149 0.79610 0.000 0.912 0.000 0.088
#> dkfz_11-052 4 0.4999 0.72483 0.000 0.492 0.000 0.508
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.4193 0.64671 0.732 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.4977 0.76626 0.000 0.460 0.000 0.540
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.6357 0.07012 0.068 0.544 0.000 0.388
#> dkfz_11-061 2 0.6168 0.09348 0.056 0.556 0.000 0.388
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.2921 0.77166 0.000 0.860 0.000 0.140
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.3123 0.75783 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-070 1 0.4164 0.77409 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-071 2 0.3024 0.76547 0.000 0.852 0.000 0.148
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.4171 0.60543 0.060 0.824 0.000 0.116
#> dkfz_11-074 4 0.4817 0.83002 0.000 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-093 2 0.2589 0.69944 0.000 0.884 0.000 0.116
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.1557 0.79011 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 1 0.4746 0.71255 0.632 0.000 0.000 0.368
#> dkfz_11-098 2 0.2216 0.79307 0.000 0.908 0.000 0.092
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-101 1 0.4643 0.73058 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 1 0.4643 0.73058 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-106 2 0.3123 0.75783 0.000 0.844 0.000 0.156
#> dkfz_11-107 2 0.0188 0.83372 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0817 0.82018 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0188 0.83504 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-114 1 0.4643 0.73058 0.656 0.000 0.000 0.344
#> dkfz_11-115 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-116 4 0.4817 0.83002 0.000 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-117 1 0.4277 0.76598 0.720 0.000 0.000 0.280
#> dkfz_11-118 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-119 2 0.2530 0.77860 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-120 2 0.3907 0.48931 0.000 0.768 0.000 0.232
#> dkfz_11-121 4 0.4830 0.83006 0.000 0.392 0.000 0.608
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0707 0.82833 0.000 0.980 0.000 0.020
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 4 0.7818 -0.00738 0.256 0.356 0.000 0.388
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.2408 0.72399 0.000 0.896 0.000 0.104
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.3074 0.76274 0.000 0.848 0.000 0.152
#> dkfz_11-137 4 0.4817 0.83002 0.000 0.388 0.000 0.612
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.4624 0.73308 0.660 0.000 0.000 0.340
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.83641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.2814 0.75177 0.000 0.868 0.000 0.132
#> dkfz_11-143 1 0.4164 0.77389 0.736 0.000 0.000 0.264
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.96532 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.87509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.4992 0.73083 0.000 0.476 0.000 0.524
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.1041 0.77786 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> dkfz_11-004 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3109 0.76875 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.5761 0.61630 0.000 0.196 0.000 0.620 0.184
#> dkfz_11-010 2 0.4620 0.68449 0.000 0.652 0.000 0.028 0.320
#> dkfz_11-011 1 0.1410 0.87454 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-012 5 0.4114 0.73355 0.272 0.016 0.000 0.000 0.712
#> dkfz_11-013 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.1671 0.80189 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-022 5 0.3913 0.73540 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-023 5 0.5008 0.65366 0.152 0.072 0.000 0.032 0.744
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.4909 0.24497 0.000 0.380 0.000 0.032 0.588
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.6799 0.30307 0.196 0.548 0.000 0.032 0.224
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.3430 0.76126 0.000 0.776 0.000 0.004 0.220
#> dkfz_11-032 3 0.5703 0.39903 0.140 0.000 0.616 0.000 0.244
#> dkfz_11-033 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-034 1 0.4101 -0.00328 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> dkfz_11-035 4 0.6554 0.15034 0.000 0.392 0.000 0.408 0.200
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3182 0.74213 0.000 0.844 0.000 0.032 0.124
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.3109 0.50458 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-040 4 0.0880 0.77927 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-042 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-043 1 0.3182 0.70656 0.844 0.000 0.000 0.032 0.124
#> dkfz_11-044 5 0.3913 0.73540 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-045 5 0.4953 0.40327 0.440 0.000 0.000 0.028 0.532
#> dkfz_11-046 5 0.3913 0.73540 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-047 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-048 5 0.4088 0.56655 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> dkfz_11-049 2 0.2230 0.77209 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.1410 0.82653 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-052 4 0.3534 0.61544 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.3612 0.54125 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0880 0.77927 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0162 0.83796 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.3109 0.50458 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> dkfz_11-061 5 0.4623 0.35879 0.000 0.304 0.000 0.032 0.664
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 2 0.4714 0.67690 0.000 0.644 0.000 0.032 0.324
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.4787 0.67378 0.000 0.640 0.000 0.036 0.324
#> dkfz_11-070 5 0.4307 0.43012 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> dkfz_11-071 2 0.4714 0.67690 0.000 0.644 0.000 0.032 0.324
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 2 0.6802 0.29631 0.200 0.548 0.000 0.032 0.220
#> dkfz_11-074 4 0.0880 0.77927 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-093 2 0.3816 0.50080 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.3229 0.73873 0.000 0.840 0.000 0.032 0.128
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3837 0.73630 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> dkfz_11-098 2 0.3109 0.76875 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> dkfz_11-099 1 0.2732 0.68245 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> dkfz_11-100 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-101 5 0.3913 0.73540 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3913 0.73540 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2848 0.78934 0.000 0.840 0.000 0.004 0.156
#> dkfz_11-106 2 0.4787 0.67378 0.000 0.640 0.000 0.036 0.324
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.2824 0.76588 0.000 0.872 0.000 0.032 0.096
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1608 0.79261 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3913 0.73540 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> dkfz_11-115 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-116 4 0.0880 0.77927 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.4210 0.61557 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> dkfz_11-118 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-119 2 0.3266 0.76672 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> dkfz_11-120 2 0.4794 0.43805 0.000 0.624 0.000 0.032 0.344
#> dkfz_11-121 4 0.0880 0.77927 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0162 0.83832 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.4665 0.67173 0.148 0.112 0.000 0.000 0.740
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.4163 0.62294 0.000 0.740 0.000 0.032 0.228
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 2 0.4297 0.72786 0.000 0.728 0.000 0.036 0.236
#> dkfz_11-137 4 0.0880 0.77927 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3949 0.72777 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.83932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.6312 0.25724 0.000 0.524 0.000 0.276 0.200
#> dkfz_11-143 5 0.4242 0.58764 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.96570 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.94982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.6296 0.47699 0.000 0.272 0.000 0.528 0.200
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0363 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-002 1 0.0260 0.9451 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-003 4 0.0713 0.8444 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> dkfz_11-004 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.4994 0.4005 0.000 0.076 0.000 0.544 0.000 0.380
#> dkfz_11-010 6 0.1387 0.4034 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-011 1 0.2378 0.7939 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 3 0.0146 0.9948 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0363 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-018 3 0.0363 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.0865 0.7277 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-022 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.4493 0.0574 0.024 0.004 0.000 0.000 0.424 0.548
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.4473 -0.0711 0.000 0.028 0.000 0.000 0.484 0.488
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3944 0.5197 0.004 0.428 0.000 0.000 0.000 0.568
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0363 0.9428 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-031 2 0.3828 0.5338 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> dkfz_11-032 5 0.4141 0.2102 0.000 0.000 0.432 0.000 0.556 0.012
#> dkfz_11-033 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-034 5 0.3076 0.6424 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.5720 -0.2640 0.000 0.164 0.000 0.400 0.000 0.436
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3838 0.5067 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.1267 0.8421 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.8590 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3817 0.5388 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-042 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-043 6 0.3843 0.0655 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-044 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.4620 0.0986 0.428 0.000 0.000 0.000 0.040 0.532
#> dkfz_11-046 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3823 0.5372 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-048 1 0.6047 -0.0487 0.392 0.000 0.000 0.000 0.352 0.256
#> dkfz_11-049 2 0.1714 0.7123 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.2969 0.6528 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> dkfz_11-052 4 0.1765 0.7585 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.3541 0.6242 0.728 0.000 0.260 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.8590 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-060 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.4300 0.5153 0.000 0.432 0.000 0.000 0.020 0.548
#> dkfz_11-062 1 0.0260 0.9450 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-063 1 0.0363 0.9428 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.0363 0.4253 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-066 3 0.0363 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0363 0.4253 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-070 5 0.3634 0.4088 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.1007 0.4179 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3950 0.5179 0.004 0.432 0.000 0.000 0.000 0.564
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.8590 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0260 0.9451 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-092 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-093 2 0.3330 0.5519 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.3843 0.5008 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-099 1 0.3499 0.4768 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-101 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3634 0.5805 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> dkfz_11-106 6 0.0363 0.4253 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> dkfz_11-107 2 0.0260 0.7595 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-108 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-109 2 0.2823 0.4443 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.3817 0.5388 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0146 0.7621 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.3823 0.5359 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.8590 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.3817 0.5388 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> dkfz_11-119 2 0.3823 0.5372 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-120 6 0.3838 0.5067 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.8590 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0146 0.7629 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-131 6 0.3838 0.5067 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-136 6 0.2260 0.4849 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.8590 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.7644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.0000 0.9124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0146 0.7628 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-142 2 0.4300 0.5172 0.000 0.548 0.000 0.020 0.000 0.432
#> dkfz_11-143 5 0.0260 0.9061 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0146 0.9947 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0363 0.9934 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0363 0.9428 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.3823 0.4156 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.2966 0.6140 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.4054 0.6897 0.000 0.028 0.000 0.564 0.000 0.000 0.408
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0728 0.8900 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.4078 0.3657 0.000 0.424 0.000 0.548 0.000 0.000 0.028
#> dkfz_11-010 6 0.3562 0.3802 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.2730 0.7718 0.848 0.000 0.000 0.000 0.072 0.080 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-013 7 0.4908 0.8986 0.000 0.000 0.108 0.000 0.396 0.000 0.496
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 7 0.4208 0.9526 0.000 0.000 0.036 0.000 0.436 0.000 0.528
#> dkfz_11-021 2 0.4208 0.7209 0.000 0.528 0.000 0.436 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-022 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-023 6 0.0849 0.1330 0.024 0.000 0.000 0.004 0.004 0.968 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 6 0.1773 -0.0262 0.000 0.000 0.000 0.020 0.068 0.912 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.3872 0.5233 0.000 0.016 0.000 0.420 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-028 7 0.3520 0.9622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-029 7 0.3520 0.9622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0134 0.5570 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 6 0.5497 -0.6794 0.240 0.000 0.000 0.000 0.324 0.436 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.3459 -0.3155 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 6 0.3520 0.5176 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 5 0.4417 0.8739 0.000 0.000 0.000 0.060 0.564 0.376 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.3520 0.7041 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-041 2 0.0134 0.5616 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 6 0.3525 0.0631 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-045 6 0.3949 0.0804 0.424 0.000 0.000 0.000 0.020 0.556 0.000
#> dkfz_11-046 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0268 0.5601 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.5607 0.0392 0.392 0.000 0.000 0.000 0.304 0.304 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.4674 0.7086 0.000 0.564 0.000 0.344 0.000 0.000 0.092
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.2655 0.6593 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.4809 0.6219 0.000 0.092 0.000 0.472 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.3482 0.2473 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.3520 0.7041 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-058 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-060 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-061 6 0.3637 0.5204 0.000 0.000 0.000 0.432 0.004 0.564 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.3308 0.4521 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.2655 0.6618 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 6 0.3520 0.4122 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.8705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 7 0.4573 0.9348 0.000 0.000 0.068 0.000 0.420 0.000 0.512
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.3520 0.4122 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-070 5 0.5471 0.3804 0.356 0.000 0.000 0.000 0.424 0.220 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.3552 0.4006 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 6 0.3802 0.5232 0.000 0.012 0.000 0.424 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.3520 0.7041 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2453 0.7298 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.4969 0.5437 0.000 0.564 0.000 0.152 0.000 0.000 0.284
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.3736 0.5060 0.000 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.3332 0.4722 0.680 0.000 0.000 0.000 0.004 0.316 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.1433 0.5976 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.3520 0.4122 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.3736 0.7526 0.000 0.556 0.000 0.436 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-109 4 0.5428 -0.5832 0.000 0.356 0.000 0.436 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0134 0.5616 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.5590 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.3520 0.7041 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-117 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.0134 0.5616 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0268 0.5601 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-120 6 0.3520 0.5176 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.3520 0.7041 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-122 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3514 0.7562 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 6 0.3520 0.5176 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 6 0.4876 0.4674 0.000 0.308 0.000 0.128 0.000 0.564 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.3520 0.7041 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> dkfz_11-138 2 0.3520 0.7576 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 7 0.3520 0.9622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-140 5 0.3520 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.3642 0.7559 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0422 0.5503 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 5 0.3736 0.9497 0.008 0.000 0.000 0.000 0.556 0.436 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2422 0.6739 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 7 0.3520 0.9622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8705 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1382 0.8131 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.9137 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 4 0.3520 0.3629 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3245 0.6618 0.736 0.000 0.232 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0544 0.9259 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.2324 0.8208 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.1291 0.9051 0.940 0.000 0.028 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.2352 0.8176 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 6 0.4207 0.4273 0.000 0.072 0.000 0.352 0.000 0.576 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.2857 0.7383 0.000 0.052 0.000 0.000 0.136 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.2016 0.7949 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-013 8 0.1728 0.9018 0.000 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000 0.000 0.892
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0681 0.9227 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 8 0.0745 0.9532 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-021 2 0.2117 0.6672 0.000 0.880 0.000 0.000 0.084 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3871 -0.0797 0.024 0.004 0.000 0.000 0.548 0.000 0.424 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.4435 0.1532 0.000 0.064 0.000 0.000 0.416 0.008 0.512 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.3705 0.6045 0.000 0.432 0.000 0.000 0.548 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 8 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 8 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.2049 0.8041 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.2324 0.8208 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.2650 0.6312 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.2324 0.6723 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0681 0.9227 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3318 0.5856 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.2558 0.6761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9513 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.3321 -0.0660 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.2324 0.8208 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.3311 0.0128 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.4322 0.1211 0.392 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.076 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.3283 0.1694 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 7 0.5202 0.1643 0.316 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.3711 0.5476 0.000 0.704 0.000 0.072 0.224 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.3329 -0.0957 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.3555 0.6747 0.000 0.128 0.000 0.748 0.124 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.3856 0.2049 0.412 0.000 0.556 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.3259 0.6043 0.000 0.740 0.000 0.000 0.224 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9513 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.2459 0.6344 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0745 0.7652 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.3915 0.6071 0.000 0.416 0.000 0.000 0.548 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.3095 0.4680 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.2484 0.6619 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3311 -0.1743 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 8 0.1195 0.9359 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-068 1 0.0681 0.9227 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.3015 0.4985 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.3142 0.4061 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.2324 0.6798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.3644 0.6037 0.000 0.436 0.000 0.000 0.548 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9513 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2705 0.7754 0.816 0.000 0.152 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.2324 0.8208 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.3992 0.5149 0.000 0.676 0.000 0.100 0.224 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3958 0.5456 0.000 0.472 0.000 0.000 0.492 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.2324 0.8208 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.3015 0.4507 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.2324 0.8208 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.3283 0.0675 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.2672 0.6057 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0745 0.7652 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0745 0.7652 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3112 0.3844 0.000 0.764 0.000 0.000 0.200 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.3321 -0.0660 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0544 0.7694 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.2324 0.8208 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9513 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.3321 -0.0660 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.3328 0.0957 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.4068 0.5606 0.000 0.464 0.000 0.000 0.496 0.036 0.004 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9513 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0745 0.7652 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.0395 0.7754 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0745 0.7652 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.3043 0.3391 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3950 0.5780 0.000 0.452 0.000 0.000 0.512 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0745 0.7652 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0681 0.7673 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.4793 0.3587 0.000 0.192 0.000 0.000 0.548 0.260 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9513 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.7808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 8 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0745 0.7652 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3606 -0.1815 0.000 0.496 0.000 0.012 0.000 0.492 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 7 0.4056 0.6171 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.120 0.676 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.2719 0.6624 0.000 0.000 0.800 0.000 0.020 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-145 1 0.0681 0.9227 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 8 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1293 0.8113 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0681 0.9227 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2459 0.6543 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3530 0.7313 0.736 0.000 0.148 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.0119 0.9211 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.1940 0.8230 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.2077 0.8659 0.868 0.000 0.016 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.1971 0.8187 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 6 0.3811 0.5049 0.000 0.052 0.000 0.324 0.000 0.620 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.2371 0.7620 0.000 0.048 0.000 0.000 0.104 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.1908 0.7662 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 9 0.1809 0.8837 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.884
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1713 0.8748 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-020 9 0.0706 0.9442 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-021 2 0.3834 0.5217 0.000 0.608 0.000 0.000 0.012 0.036 0.000 0.344 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.2262 0.6068 0.004 0.004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.164 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.4201 -0.1940 0.000 0.056 0.000 0.000 0.428 0.012 0.504 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.2176 0.7700 0.000 0.168 0.000 0.000 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.0000 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-029 9 0.0000 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.1596 0.8042 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.1940 0.8230 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.2508 0.2307 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.1940 0.7080 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.1713 0.8748 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.2351 0.7476 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.3004 0.0461 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.2465 0.6101 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.1940 0.8230 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.2089 0.6034 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2748 0.6197 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2118 0.7310 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3884 0.1018 0.052 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.3604 0.5083 0.000 0.584 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.3096 0.4064 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.4271 0.4171 0.000 0.140 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.4319 0.0936 0.412 0.000 0.496 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.3705 0.5193 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.3004 0.5525 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0764 0.8306 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.2371 0.7668 0.000 0.152 0.000 0.000 0.828 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.2929 0.4725 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.2351 0.6226 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.2089 0.6010 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 9 0.1131 0.9243 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> dkfz_11-068 1 0.1713 0.8748 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2880 0.4640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.2984 0.0440 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.1940 0.7086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.2089 0.7690 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2934 0.8118 0.804 0.000 0.080 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.1940 0.8230 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.3604 0.5083 0.000 0.584 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3681 0.5269 0.000 0.372 0.000 0.000 0.588 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.1940 0.8230 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.2853 0.3798 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.1940 0.8230 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2351 0.6407 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.2398 0.6348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0764 0.8306 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0764 0.8306 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3260 0.4902 0.000 0.712 0.000 0.000 0.248 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.2905 0.4271 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0763 0.8265 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.1940 0.8230 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2465 0.6101 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.3143 0.1683 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3138 0.7184 0.000 0.224 0.000 0.000 0.736 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0764 0.8306 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.2327 0.7134 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.0764 0.8306 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.3077 0.4524 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.2899 0.7532 0.000 0.184 0.000 0.000 0.776 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0764 0.8306 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0645 0.8335 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.2583 0.7480 0.000 0.116 0.000 0.000 0.828 0.056 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9261 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.8428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0000 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0764 0.8306 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3235 0.3669 0.000 0.632 0.000 0.012 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 8 0.3241 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.392 0.600 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.4208 0.5152 0.000 0.000 0.656 0.000 0.152 0.000 0.000 0.012 0.180
#> dkfz_11-145 1 0.1713 0.8748 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-146 9 0.0000 0.9545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.9113 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1224 0.7813 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.1713 0.8748 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2226 0.6792 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.7830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3357 0.7398 0.720 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-003 4 0.0113 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-004 6 0.1373 0.7987 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.2183 0.8246 0.812 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-007 6 0.1523 0.7891 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 6 0.3477 0.4968 0.000 0.040 0.000 0.316 0.000 0.640 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.1639 0.7650 0.000 0.032 0.000 0.000 0.064 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.1821 0.7526 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 9 0.3118 0.7914 0.000 0.000 0.076 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.804 0.040
#> dkfz_11-014 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.0000 0.7830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.7830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.2047 0.8293 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-020 9 0.0784 0.9071 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.3609 0.4654 0.000 0.588 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000 0.368 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.1781 0.6520 0.004 0.004 0.000 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.4079 -0.0988 0.000 0.056 0.000 0.000 0.444 0.016 0.484 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 5 0.1705 0.7580 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 9 0.0000 0.9273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 9 0.0000 0.9273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0000 0.7830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0673 0.7666 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.7830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.1373 0.7987 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 7 0.2393 0.4183 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.1373 0.7326 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.2047 0.8293 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-037 5 0.2288 0.6979 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 7 0.2965 0.0909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.0000 0.9092 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-041 2 0.2507 0.5552 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 6 0.1373 0.7987 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 5 0.1628 0.6439 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-045 5 0.2105 0.6486 0.104 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.2157 0.7389 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.3618 0.2080 0.048 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.3294 0.4044 0.000 0.544 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.2930 0.4143 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.4318 0.2583 0.000 0.164 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-054 3 0.4420 -0.0506 0.412 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.3809 0.3818 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.0000 0.9092 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 2 0.2943 0.4661 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.1098 0.8144 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.1628 0.7579 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-062 1 0.2890 0.4769 0.656 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-063 3 0.2244 0.4454 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.1628 0.6382 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.7830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 9 0.1450 0.8470 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.2047 0.8293 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-069 6 0.2878 0.4043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.660 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 7 0.2848 0.1688 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.1373 0.7335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 5 0.1628 0.7579 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.0000 0.9092 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2689 0.8034 0.784 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-092 6 0.1373 0.7987 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.3354 0.3985 0.000 0.540 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 5 0.3798 0.4741 0.000 0.356 0.000 0.000 0.580 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.1373 0.7987 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.2722 0.3796 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.1412 0.7968 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.2413 0.5886 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-106 6 0.2048 0.6437 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.832 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.1098 0.8144 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.1098 0.8144 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.3113 0.6105 0.000 0.752 0.000 0.000 0.184 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.2857 0.3468 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.1338 0.7964 0.000 0.924 0.000 0.016 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-114 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.1373 0.7987 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.0000 0.9092 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-117 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 2 0.2507 0.5552 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.3109 -0.1124 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.3483 0.6201 0.000 0.256 0.000 0.000 0.680 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.0000 0.9092 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0113 0.8343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.1098 0.8144 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.2221 0.7035 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.1000 0.8183 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-130 6 0.2892 0.4624 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-131 5 0.3004 0.7027 0.000 0.184 0.000 0.000 0.756 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.1098 0.8144 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0896 0.8214 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.1994 0.7335 0.000 0.072 0.000 0.000 0.876 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.0000 0.9092 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.8351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 9 0.0000 0.9273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 7 0.0000 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.1098 0.8144 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.3100 0.2645 0.000 0.596 0.000 0.008 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 10 0.4596 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036 0.204 0.140 0.000 0.612
#> dkfz_11-144 8 0.6029 0.0000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.040 0.000 0.000 0.412 0.108 0.168
#> dkfz_11-145 1 0.2047 0.8293 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-146 9 0.0000 0.9273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.7830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1168 0.6731 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.2047 0.8293 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> dkfz_11-151 6 0.2021 0.6739 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:pam 135 2.12e-18 7.39e-07 2
#> ATC:pam 134 4.02e-26 1.12e-05 3
#> ATC:pam 128 1.72e-32 5.91e-13 4
#> ATC:pam 124 2.19e-33 1.91e-14 5
#> ATC:pam 118 2.41e-30 7.96e-14 6
#> ATC:pam 116 5.95e-31 7.48e-13 7
#> ATC:pam 113 1.38e-34 9.87e-17 8
#> ATC:pam 119 1.70e-35 2.36e-16 9
#> ATC:pam 111 2.99e-40 2.97e-21 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10.
#> On a matrix with 90894 rows and 136 columns.
#> Top rows (2000, 4000, 6000, 8000, 10000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 2250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.999 0.965 0.983 0.4888 0.509 0.509
#> 3 3 0.609 0.745 0.848 0.1730 0.878 0.776
#> 4 4 0.616 0.765 0.853 0.1617 0.805 0.615
#> 5 5 0.717 0.689 0.862 0.1680 0.762 0.406
#> 6 6 0.789 0.721 0.860 0.0526 0.949 0.757
#> 7 7 0.767 0.641 0.761 0.0219 0.955 0.758
#> 8 8 0.777 0.615 0.763 0.0152 0.937 0.649
#> 9 9 0.793 0.603 0.760 0.0147 0.973 0.815
#> 10 10 0.799 0.658 0.789 0.0119 0.949 0.656
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> dkfz_11-001 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-009 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-012 2 0.6343 0.819 0.160 0.840
#> dkfz_11-013 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.0938 0.968 0.988 0.012
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-017 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-018 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-020 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 2 0.3733 0.930 0.072 0.928
#> dkfz_11-022 1 0.6048 0.826 0.852 0.148
#> dkfz_11-023 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> dkfz_11-024 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-025 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.3114 0.946 0.056 0.944
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-039 2 0.2423 0.960 0.040 0.960
#> dkfz_11-040 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-043 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> dkfz_11-044 2 0.2778 0.953 0.048 0.952
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.2778 0.953 0.048 0.952
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-048 1 0.1184 0.965 0.984 0.016
#> dkfz_11-049 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-050 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-052 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-053 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-056 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-057 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-058 2 0.2423 0.960 0.040 0.960
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 2 0.2778 0.953 0.048 0.952
#> dkfz_11-061 1 0.9552 0.397 0.624 0.376
#> dkfz_11-062 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-063 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.0938 0.968 0.988 0.012
#> dkfz_11-066 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-074 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-094 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-097 2 0.1414 0.977 0.020 0.980
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-099 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-101 2 0.0938 0.980 0.012 0.988
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 2 0.8267 0.655 0.260 0.740
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-114 1 0.8763 0.591 0.704 0.296
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-116 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-117 1 0.6247 0.816 0.844 0.156
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-135 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-140 1 0.6973 0.773 0.812 0.188
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> dkfz_11-143 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-144 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-146 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-149 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> dkfz_11-001 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-002 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-003 2 0.6297 0.726 0.184 0.756 0.060
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-006 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-009 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.2537 0.617 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-012 2 0.6686 0.586 0.372 0.612 0.016
#> dkfz_11-013 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-014 1 0.4682 0.283 0.804 0.192 0.004
#> dkfz_11-015 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-016 1 0.2537 0.617 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-017 1 0.6126 -0.271 0.600 0.000 0.400
#> dkfz_11-018 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-019 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-020 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-021 2 0.7741 0.609 0.324 0.608 0.068
#> dkfz_11-022 2 0.9722 0.119 0.312 0.444 0.244
#> dkfz_11-023 1 0.0747 0.585 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.2537 0.617 0.920 0.000 0.080
#> dkfz_11-025 2 0.6686 0.586 0.372 0.612 0.016
#> dkfz_11-026 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-029 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-030 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.5465 0.993 0.288 0.000 0.712
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-037 2 0.6686 0.586 0.372 0.612 0.016
#> dkfz_11-038 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-039 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-040 2 0.7062 0.680 0.236 0.696 0.068
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.0000 0.603 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-044 2 0.6686 0.586 0.372 0.612 0.016
#> dkfz_11-045 1 0.0000 0.603 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.0424 0.595 0.992 0.008 0.000
#> dkfz_11-049 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-050 1 0.5397 0.758 0.720 0.000 0.280
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-052 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-053 1 0.8403 -0.223 0.468 0.448 0.084
#> dkfz_11-054 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-055 2 0.1031 0.844 0.024 0.976 0.000
#> dkfz_11-056 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-057 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-058 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-060 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-061 1 0.5167 0.264 0.792 0.192 0.016
#> dkfz_11-062 3 0.5529 0.980 0.296 0.000 0.704
#> dkfz_11-063 1 0.4002 0.514 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-064 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-065 1 0.0000 0.603 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-067 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-068 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.4555 0.742 0.200 0.800 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.5178 0.748 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-074 2 0.7062 0.680 0.236 0.696 0.068
#> dkfz_11-075 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-091 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-093 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-094 1 0.5016 0.745 0.760 0.000 0.240
#> dkfz_11-095 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-096 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.5903 0.703 0.232 0.744 0.024
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.1031 0.600 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-103 2 0.7944 0.540 0.296 0.616 0.088
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-105 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-108 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-109 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-113 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-114 2 0.8044 0.515 0.312 0.600 0.088
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-116 2 0.7022 0.684 0.232 0.700 0.068
#> dkfz_11-117 2 0.8304 0.329 0.416 0.504 0.080
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-121 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-124 2 0.7718 0.614 0.320 0.612 0.068
#> dkfz_11-125 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.4002 0.769 0.160 0.840 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-130 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-132 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.0424 0.851 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.0000 0.603 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 2 0.7062 0.680 0.236 0.696 0.068
#> dkfz_11-138 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.6302 -0.525 0.520 0.000 0.480
#> dkfz_11-140 2 0.8134 0.488 0.328 0.584 0.088
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-144 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-145 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-146 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-147 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-148 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-149 3 0.5431 0.998 0.284 0.000 0.716
#> dkfz_11-150 1 0.5591 0.766 0.696 0.000 0.304
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.855 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 2 0.3942 0.614 0.000 0.764 0.000 0.236
#> dkfz_11-004 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.1389 0.857 0.048 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.7013 0.292 0.556 0.292 0.000 0.152
#> dkfz_11-012 2 0.6746 0.541 0.116 0.568 0.000 0.316
#> dkfz_11-013 1 0.1792 0.856 0.932 0.000 0.000 0.068
#> dkfz_11-014 2 0.7249 0.442 0.260 0.540 0.000 0.200
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 2 0.7421 0.273 0.356 0.468 0.000 0.176
#> dkfz_11-017 2 0.8761 0.408 0.168 0.524 0.156 0.152
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.2281 0.841 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-022 2 0.8433 0.503 0.100 0.548 0.156 0.196
#> dkfz_11-023 2 0.7073 0.449 0.256 0.564 0.000 0.180
#> dkfz_11-024 1 0.3311 0.800 0.828 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-025 2 0.6009 0.573 0.048 0.572 0.000 0.380
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0336 0.969 0.000 0.008 0.992 0.000
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.4235 0.731 0.024 0.128 0.828 0.020
#> dkfz_11-035 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 2 0.6619 0.535 0.100 0.568 0.000 0.332
#> dkfz_11-038 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-039 4 0.2281 0.841 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-040 4 0.3583 0.660 0.004 0.180 0.000 0.816
#> dkfz_11-041 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-042 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-043 1 0.3494 0.799 0.824 0.000 0.004 0.172
#> dkfz_11-044 2 0.7810 0.280 0.100 0.460 0.040 0.400
#> dkfz_11-045 1 0.3311 0.800 0.828 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-046 4 0.3948 0.767 0.096 0.000 0.064 0.840
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4564 0.552 0.672 0.000 0.000 0.328
#> dkfz_11-049 4 0.2149 0.845 0.088 0.000 0.000 0.912
#> dkfz_11-050 1 0.2814 0.821 0.868 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.1211 0.856 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-053 2 0.7771 0.511 0.188 0.584 0.044 0.184
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.4252 0.769 0.004 0.744 0.000 0.252
#> dkfz_11-056 4 0.2281 0.841 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-057 4 0.1302 0.857 0.044 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-058 4 0.2281 0.841 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-059 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-060 4 0.2281 0.841 0.096 0.000 0.000 0.904
#> dkfz_11-061 1 0.4898 0.386 0.584 0.000 0.000 0.416
#> dkfz_11-062 2 0.8525 0.207 0.120 0.424 0.380 0.076
#> dkfz_11-063 2 0.8964 0.355 0.192 0.496 0.172 0.140
#> dkfz_11-064 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.5076 0.750 0.756 0.072 0.000 0.172
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.4781 0.555 0.004 0.336 0.000 0.660
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0188 0.881 0.996 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.1635 0.856 0.044 0.008 0.000 0.948
#> dkfz_11-094 1 0.3311 0.800 0.828 0.000 0.000 0.172
#> dkfz_11-095 2 0.1557 0.786 0.000 0.944 0.000 0.056
#> dkfz_11-096 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-097 2 0.5664 0.714 0.076 0.696 0.000 0.228
#> dkfz_11-098 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-099 1 0.6098 0.688 0.708 0.032 0.060 0.200
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.2101 0.787 0.000 0.928 0.012 0.060
#> dkfz_11-102 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-103 2 0.6774 0.543 0.120 0.568 0.000 0.312
#> dkfz_11-104 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-105 2 0.1940 0.787 0.000 0.924 0.000 0.076
#> dkfz_11-106 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-108 2 0.3400 0.786 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-109 2 0.3907 0.777 0.000 0.768 0.000 0.232
#> dkfz_11-110 2 0.2973 0.789 0.000 0.856 0.000 0.144
#> dkfz_11-111 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-112 2 0.2345 0.788 0.000 0.900 0.000 0.100
#> dkfz_11-113 2 0.3649 0.780 0.000 0.796 0.000 0.204
#> dkfz_11-114 2 0.6774 0.543 0.120 0.568 0.000 0.312
#> dkfz_11-115 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-116 4 0.3791 0.649 0.004 0.200 0.000 0.796
#> dkfz_11-117 2 0.6774 0.543 0.120 0.568 0.000 0.312
#> dkfz_11-118 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-121 4 0.1211 0.856 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-122 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-123 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-124 4 0.1677 0.853 0.040 0.012 0.000 0.948
#> dkfz_11-125 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-126 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-127 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-128 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-129 2 0.3444 0.784 0.000 0.816 0.000 0.184
#> dkfz_11-130 2 0.3172 0.788 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-131 2 0.3400 0.785 0.000 0.820 0.000 0.180
#> dkfz_11-132 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-133 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-134 2 0.3172 0.788 0.000 0.840 0.000 0.160
#> dkfz_11-135 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-136 1 0.3636 0.797 0.820 0.008 0.000 0.172
#> dkfz_11-137 4 0.4401 0.622 0.004 0.272 0.000 0.724
#> dkfz_11-138 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-139 1 0.5807 0.699 0.708 0.000 0.160 0.132
#> dkfz_11-140 2 0.6774 0.543 0.120 0.568 0.000 0.312
#> dkfz_11-141 2 0.4103 0.770 0.000 0.744 0.000 0.256
#> dkfz_11-142 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.1707 0.935 0.024 0.004 0.952 0.020
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0000 0.779 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 5 0.6659 -0.0737 0.000 0.228 0.000 0.376 0.396
#> dkfz_11-004 2 0.1671 0.8732 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-005 1 0.0963 0.8014 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2773 0.6979 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> dkfz_11-010 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-011 1 0.6033 0.4464 0.580 0.000 0.000 0.220 0.200
#> dkfz_11-012 4 0.6373 0.1877 0.164 0.000 0.000 0.424 0.412
#> dkfz_11-013 1 0.2813 0.7465 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> dkfz_11-014 1 0.6732 0.0598 0.412 0.000 0.000 0.316 0.272
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 1 0.6387 0.3237 0.516 0.000 0.000 0.236 0.248
#> dkfz_11-017 3 0.8588 -0.1497 0.248 0.000 0.284 0.220 0.248
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-022 4 0.6494 0.3397 0.000 0.000 0.256 0.492 0.252
#> dkfz_11-023 1 0.6323 0.3482 0.528 0.000 0.000 0.220 0.252
#> dkfz_11-024 1 0.3274 0.7114 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.6137 -0.1320 0.132 0.000 0.000 0.392 0.476
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0703 0.8226 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> dkfz_11-031 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-034 3 0.2540 0.7457 0.000 0.000 0.888 0.024 0.088
#> dkfz_11-035 2 0.1043 0.8945 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.6102 0.0261 0.140 0.000 0.000 0.340 0.520
#> dkfz_11-038 5 0.2280 0.7513 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> dkfz_11-039 4 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.3958 0.6534 0.000 0.040 0.000 0.776 0.184
#> dkfz_11-041 2 0.2230 0.8428 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-042 2 0.3210 0.7126 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> dkfz_11-043 1 0.3759 0.7038 0.764 0.016 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.3274 0.5888 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> dkfz_11-045 1 0.3274 0.7114 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-047 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-048 1 0.4150 0.4455 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0162 0.7197 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-050 1 0.3274 0.7114 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-051 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2230 0.7204 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> dkfz_11-053 1 0.8521 0.0205 0.320 0.000 0.204 0.224 0.252
#> dkfz_11-054 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.4045 0.4250 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> dkfz_11-056 4 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2424 0.7152 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> dkfz_11-058 4 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-059 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-060 4 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.4227 0.0348 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.5946 0.3234 0.000 0.000 0.592 0.184 0.224
#> dkfz_11-063 3 0.9609 -0.0746 0.256 0.164 0.272 0.220 0.088
#> dkfz_11-064 1 0.1043 0.8008 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.3940 0.6938 0.756 0.000 0.000 0.220 0.024
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-070 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 2 0.3690 0.6819 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> dkfz_11-072 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-073 1 0.1851 0.7848 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.4269 0.6549 0.000 0.108 0.000 0.776 0.116
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.1043 0.8008 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> dkfz_11-092 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-093 4 0.0609 0.7195 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> dkfz_11-094 1 0.3274 0.7114 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-095 2 0.0609 0.8956 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-096 5 0.1341 0.8237 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> dkfz_11-097 5 0.3661 0.5039 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> dkfz_11-098 2 0.1671 0.8732 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> dkfz_11-099 4 0.5611 0.0189 0.408 0.000 0.008 0.528 0.056
#> dkfz_11-100 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-101 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-102 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-103 5 0.5975 0.0592 0.124 0.000 0.000 0.344 0.532
#> dkfz_11-104 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-105 2 0.4242 0.3234 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> dkfz_11-106 2 0.0963 0.8957 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> dkfz_11-107 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-108 2 0.4182 0.3861 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> dkfz_11-109 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-110 5 0.2648 0.7426 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> dkfz_11-111 2 0.1410 0.8842 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> dkfz_11-112 5 0.2561 0.7521 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> dkfz_11-113 5 0.1043 0.8430 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> dkfz_11-114 4 0.6339 0.3387 0.184 0.000 0.000 0.504 0.312
#> dkfz_11-115 2 0.0404 0.9009 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-116 4 0.3922 0.6571 0.000 0.040 0.000 0.780 0.180
#> dkfz_11-117 4 0.6646 0.2914 0.240 0.000 0.000 0.436 0.324
#> dkfz_11-118 2 0.1121 0.8928 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> dkfz_11-119 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-120 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-121 4 0.2732 0.7008 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> dkfz_11-122 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-123 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-124 4 0.2648 0.7062 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> dkfz_11-125 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-126 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-127 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-128 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-129 5 0.1121 0.8409 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-130 5 0.1197 0.8393 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> dkfz_11-131 2 0.4452 0.0730 0.000 0.500 0.000 0.004 0.496
#> dkfz_11-132 5 0.0703 0.8495 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> dkfz_11-133 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-134 5 0.1671 0.8172 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> dkfz_11-135 5 0.1478 0.8152 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> dkfz_11-136 1 0.3274 0.7114 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.3991 0.6587 0.000 0.048 0.000 0.780 0.172
#> dkfz_11-138 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-139 3 0.6633 -0.1571 0.388 0.000 0.392 0.220 0.000
#> dkfz_11-140 4 0.6410 0.3227 0.192 0.000 0.000 0.488 0.320
#> dkfz_11-141 5 0.0000 0.8625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-142 2 0.1197 0.8910 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-143 3 0.0609 0.8292 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 2 0.0404 0.9009 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.8626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.7485 0.1203 0.000 0.196 0.000 0.364 0.272 0.168
#> dkfz_11-004 6 0.1672 0.8884 0.000 0.048 0.000 0.004 0.016 0.932
#> dkfz_11-005 1 0.0547 0.8101 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0146 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> dkfz_11-008 1 0.0713 0.8051 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2473 0.7423 0.000 0.136 0.000 0.856 0.008 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-011 5 0.4531 -0.0646 0.464 0.000 0.000 0.032 0.504 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.3202 0.6245 0.000 0.040 0.000 0.144 0.816 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.2009 0.7658 0.908 0.000 0.000 0.024 0.068 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.4809 0.5432 0.208 0.020 0.000 0.080 0.692 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.4408 0.2697 0.356 0.000 0.000 0.036 0.608 0.000
#> dkfz_11-017 3 0.5566 0.1237 0.072 0.000 0.520 0.028 0.380 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.8626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.0146 0.8621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.0508 0.7492 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.7037 0.0835 0.000 0.132 0.436 0.296 0.136 0.000
#> dkfz_11-023 1 0.4534 0.0610 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476 0.000
#> dkfz_11-024 1 0.4362 0.3453 0.584 0.000 0.000 0.028 0.388 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.5658 0.3022 0.000 0.176 0.000 0.316 0.508 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.8626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.8626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.0146 0.8621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-031 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-032 3 0.0363 0.8587 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 3 0.2401 0.7830 0.000 0.076 0.892 0.016 0.016 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.0858 0.9010 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.5899 0.3699 0.000 0.276 0.000 0.252 0.472 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.2219 0.8131 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.0363 0.7464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-040 4 0.3250 0.6964 0.000 0.196 0.000 0.788 0.012 0.004
#> dkfz_11-041 6 0.3123 0.8530 0.000 0.056 0.000 0.000 0.112 0.832
#> dkfz_11-042 6 0.3832 0.7943 0.000 0.120 0.000 0.000 0.104 0.776
#> dkfz_11-043 1 0.4353 0.3540 0.588 0.000 0.000 0.028 0.384 0.000
#> dkfz_11-044 4 0.3938 0.2289 0.000 0.000 0.016 0.660 0.324 0.000
#> dkfz_11-045 1 0.4428 0.3339 0.580 0.000 0.000 0.032 0.388 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.0547 0.7456 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> dkfz_11-047 6 0.1501 0.8892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> dkfz_11-048 5 0.6135 0.2513 0.380 0.016 0.000 0.172 0.432 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0405 0.7485 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 1 0.4312 0.3808 0.604 0.000 0.000 0.028 0.368 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0790 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> dkfz_11-052 4 0.1765 0.7545 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.7805 0.2775 0.168 0.104 0.312 0.032 0.380 0.004
#> dkfz_11-054 1 0.0146 0.8127 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.5035 0.4009 0.000 0.296 0.000 0.600 0.104 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0363 0.7464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2146 0.7512 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0405 0.7493 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.0458 0.7462 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> dkfz_11-061 4 0.4730 0.0540 0.040 0.008 0.000 0.588 0.364 0.000
#> dkfz_11-062 3 0.4192 0.6216 0.000 0.036 0.748 0.028 0.188 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.6724 0.2050 0.132 0.008 0.532 0.028 0.268 0.032
#> dkfz_11-064 1 0.0547 0.8101 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-065 1 0.4362 0.3453 0.584 0.000 0.000 0.028 0.388 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.8626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.8626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.1387 0.7838 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.4125 0.7257 0.000 0.120 0.000 0.008 0.108 0.764
#> dkfz_11-072 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-073 1 0.1444 0.7824 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.4531 0.6714 0.000 0.148 0.000 0.744 0.072 0.036
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.0547 0.8101 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-093 4 0.0692 0.7522 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000
#> dkfz_11-094 1 0.4277 0.4109 0.616 0.000 0.000 0.028 0.356 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.1806 0.8844 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908
#> dkfz_11-096 2 0.0547 0.9436 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> dkfz_11-097 5 0.5320 0.4041 0.000 0.352 0.000 0.116 0.532 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.2830 0.8697 0.000 0.064 0.000 0.004 0.068 0.864
#> dkfz_11-099 4 0.7088 -0.3675 0.128 0.000 0.136 0.376 0.360 0.000
#> dkfz_11-100 6 0.0713 0.9005 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> dkfz_11-101 6 0.0972 0.8943 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> dkfz_11-102 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.4319 0.5698 0.000 0.136 0.000 0.136 0.728 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.5556 0.3486 0.000 0.348 0.000 0.000 0.148 0.504
#> dkfz_11-106 6 0.1007 0.8967 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.5531 0.3741 0.000 0.344 0.000 0.004 0.128 0.524
#> dkfz_11-109 2 0.1556 0.9198 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> dkfz_11-110 2 0.2971 0.8648 0.000 0.832 0.000 0.004 0.144 0.020
#> dkfz_11-111 6 0.2775 0.8682 0.000 0.040 0.000 0.000 0.104 0.856
#> dkfz_11-112 2 0.2773 0.8682 0.000 0.836 0.000 0.004 0.152 0.008
#> dkfz_11-113 2 0.1477 0.9316 0.000 0.940 0.000 0.008 0.048 0.004
#> dkfz_11-114 5 0.3240 0.6238 0.000 0.040 0.000 0.148 0.812 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.0865 0.8988 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> dkfz_11-116 4 0.3219 0.6990 0.000 0.192 0.000 0.792 0.012 0.004
#> dkfz_11-117 5 0.3134 0.6252 0.000 0.036 0.000 0.144 0.820 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.2331 0.8823 0.000 0.032 0.000 0.000 0.080 0.888
#> dkfz_11-119 6 0.0000 0.9002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-120 2 0.0260 0.9489 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.2278 0.7471 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2178 0.7473 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.1480 0.9308 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0632 0.9413 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.2051 0.9074 0.000 0.896 0.000 0.004 0.096 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.2870 0.8734 0.000 0.856 0.000 0.004 0.100 0.040
#> dkfz_11-131 6 0.4659 0.6259 0.000 0.260 0.000 0.000 0.084 0.656
#> dkfz_11-132 2 0.0291 0.9480 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.2584 0.8788 0.000 0.848 0.000 0.004 0.144 0.004
#> dkfz_11-135 2 0.0935 0.9311 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> dkfz_11-136 1 0.4083 0.4881 0.668 0.000 0.000 0.028 0.304 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.4019 0.6814 0.000 0.180 0.000 0.756 0.056 0.008
#> dkfz_11-138 2 0.0146 0.9493 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-139 3 0.5673 0.4120 0.132 0.000 0.600 0.028 0.240 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.3240 0.6238 0.000 0.040 0.000 0.148 0.812 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.1863 0.8938 0.000 0.036 0.000 0.000 0.044 0.920
#> dkfz_11-143 3 0.1167 0.8433 0.000 0.020 0.960 0.008 0.012 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0363 0.8587 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.8626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0146 0.8621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0146 0.8621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0260 0.9015 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 7), get_membership(res, k = 7))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
#> dkfz_11-001 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 4 0.8438 0.08268 0.220 0.260 0.000 0.268 0.088 0.120 0.044
#> dkfz_11-004 6 0.3330 0.75924 0.000 0.148 0.000 0.004 0.024 0.804 0.020
#> dkfz_11-005 5 0.3542 -0.76342 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0134 0.82206 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> dkfz_11-008 5 0.3561 -0.80891 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.2780 0.75923 0.080 0.076 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-010 6 0.0989 0.81562 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012
#> dkfz_11-011 5 0.2543 0.40226 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> dkfz_11-012 7 0.5015 0.82845 0.000 0.044 0.000 0.060 0.300 0.000 0.596
#> dkfz_11-013 5 0.3783 -0.59604 0.412 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.012
#> dkfz_11-014 5 0.3736 -0.13926 0.000 0.004 0.000 0.008 0.616 0.000 0.372
#> dkfz_11-015 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3172 0.29890 0.008 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.260
#> dkfz_11-017 3 0.5266 0.18224 0.004 0.000 0.464 0.000 0.388 0.000 0.144
#> dkfz_11-018 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.1355 0.82710 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064
#> dkfz_11-021 4 0.0660 0.76620 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-022 3 0.6833 -0.01141 0.000 0.216 0.372 0.304 0.100 0.000 0.008
#> dkfz_11-023 5 0.2843 0.41630 0.000 0.020 0.000 0.000 0.808 0.000 0.172
#> dkfz_11-024 5 0.0134 0.51967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> dkfz_11-025 7 0.6626 0.67761 0.000 0.136 0.000 0.160 0.292 0.000 0.412
#> dkfz_11-026 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.1122 0.81580 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000 0.956 0.012
#> dkfz_11-028 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1123 0.83398 0.004 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-031 6 0.0989 0.81562 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012
#> dkfz_11-032 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-033 6 0.0989 0.81562 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012
#> dkfz_11-034 3 0.2189 0.72227 0.000 0.124 0.868 0.004 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.1287 0.82386 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008
#> dkfz_11-036 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.7017 -0.49940 0.008 0.188 0.000 0.228 0.396 0.000 0.180
#> dkfz_11-038 2 0.0735 0.86123 0.004 0.976 0.000 0.012 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-039 4 0.1162 0.75652 0.008 0.000 0.000 0.956 0.016 0.000 0.020
#> dkfz_11-040 4 0.5168 0.67209 0.156 0.072 0.000 0.656 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-041 6 0.5587 0.65462 0.212 0.096 0.000 0.000 0.000 0.596 0.096
#> dkfz_11-042 6 0.5832 0.60092 0.108 0.224 0.000 0.004 0.028 0.596 0.040
#> dkfz_11-043 5 0.0555 0.50676 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-044 4 0.5503 0.02939 0.008 0.000 0.044 0.560 0.304 0.000 0.084
#> dkfz_11-045 5 0.0334 0.52355 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> dkfz_11-046 4 0.1395 0.75146 0.008 0.000 0.000 0.944 0.028 0.000 0.020
#> dkfz_11-047 6 0.2260 0.80702 0.112 0.000 0.000 0.004 0.000 0.872 0.012
#> dkfz_11-048 5 0.2737 0.38556 0.000 0.000 0.000 0.128 0.836 0.000 0.036
#> dkfz_11-049 4 0.1295 0.76528 0.008 0.020 0.000 0.952 0.004 0.000 0.016
#> dkfz_11-050 5 0.1321 0.48211 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012
#> dkfz_11-051 6 0.0861 0.82475 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> dkfz_11-052 4 0.1711 0.76698 0.012 0.076 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-053 5 0.6854 -0.10352 0.004 0.144 0.300 0.000 0.400 0.004 0.148
#> dkfz_11-054 1 0.3502 0.96627 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 4 0.5273 0.13838 0.032 0.432 0.000 0.468 0.064 0.000 0.004
#> dkfz_11-056 4 0.0981 0.75793 0.008 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-057 4 0.2528 0.76515 0.068 0.068 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.0906 0.76509 0.000 0.008 0.000 0.968 0.012 0.000 0.012
#> dkfz_11-059 2 0.0000 0.86962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1239 0.75435 0.008 0.000 0.000 0.952 0.024 0.000 0.016
#> dkfz_11-061 5 0.4103 -0.03886 0.004 0.000 0.000 0.372 0.596 0.000 0.028
#> dkfz_11-062 3 0.4548 0.62630 0.004 0.012 0.696 0.000 0.136 0.000 0.152
#> dkfz_11-063 3 0.5654 0.39832 0.004 0.000 0.536 0.000 0.288 0.032 0.140
#> dkfz_11-064 1 0.3561 0.84482 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.0239 0.52095 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.3496 0.97097 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.0989 0.81562 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012
#> dkfz_11-070 5 0.3530 -0.70273 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.4512 0.66880 0.016 0.220 0.000 0.004 0.040 0.700 0.020
#> dkfz_11-072 6 0.0927 0.81891 0.016 0.000 0.000 0.004 0.004 0.968 0.008
#> dkfz_11-073 5 0.3381 -0.49549 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 4 0.5796 0.61494 0.208 0.028 0.000 0.608 0.008 0.032 0.116
#> dkfz_11-075 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.3561 0.84482 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.0989 0.81562 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012
#> dkfz_11-093 4 0.1453 0.76928 0.000 0.048 0.000 0.936 0.004 0.000 0.012
#> dkfz_11-094 5 0.0555 0.50739 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> dkfz_11-095 6 0.3215 0.77356 0.168 0.004 0.000 0.004 0.000 0.796 0.028
#> dkfz_11-096 2 0.0134 0.86870 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-097 2 0.5937 -0.01394 0.000 0.480 0.000 0.040 0.108 0.016 0.356
#> dkfz_11-098 6 0.4648 0.73225 0.104 0.148 0.000 0.004 0.000 0.708 0.036
#> dkfz_11-099 5 0.6144 0.00693 0.028 0.000 0.092 0.248 0.552 0.000 0.080
#> dkfz_11-100 6 0.0637 0.82466 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> dkfz_11-101 6 0.1657 0.80996 0.004 0.004 0.044 0.004 0.012 0.932 0.000
#> dkfz_11-102 2 0.0134 0.86919 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.5704 0.67099 0.000 0.200 0.000 0.060 0.168 0.000 0.572
#> dkfz_11-104 2 0.0000 0.86962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.6912 0.20207 0.260 0.256 0.000 0.000 0.000 0.340 0.144
#> dkfz_11-106 6 0.2345 0.79656 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000 0.868 0.016
#> dkfz_11-107 2 0.0000 0.86962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.6160 0.54930 0.220 0.172 0.000 0.004 0.000 0.524 0.080
#> dkfz_11-109 2 0.3515 0.76193 0.172 0.780 0.000 0.008 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-110 2 0.5713 0.56754 0.260 0.556 0.000 0.004 0.000 0.048 0.132
#> dkfz_11-111 6 0.5149 0.70070 0.192 0.076 0.000 0.000 0.000 0.648 0.084
#> dkfz_11-112 2 0.5957 0.53934 0.260 0.532 0.000 0.004 0.000 0.064 0.140
#> dkfz_11-113 2 0.2846 0.81192 0.084 0.856 0.000 0.012 0.000 0.004 0.044
#> dkfz_11-114 7 0.4994 0.83922 0.000 0.052 0.000 0.060 0.268 0.000 0.620
#> dkfz_11-115 6 0.1261 0.82665 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000 0.948 0.012
#> dkfz_11-116 4 0.5139 0.67500 0.152 0.072 0.000 0.660 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-117 7 0.4256 0.77720 0.000 0.020 0.000 0.024 0.332 0.000 0.624
#> dkfz_11-118 6 0.3728 0.78675 0.120 0.048 0.000 0.000 0.000 0.788 0.044
#> dkfz_11-119 6 0.0555 0.81984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.0504 0.86693 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.2681 0.76212 0.076 0.072 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0134 0.86974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-123 2 0.0000 0.86962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.2589 0.75851 0.048 0.096 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.2500 0.82246 0.088 0.872 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.86962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0794 0.86585 0.016 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> dkfz_11-128 2 0.0924 0.86403 0.016 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> dkfz_11-129 2 0.4031 0.72993 0.196 0.732 0.000 0.004 0.000 0.012 0.056
#> dkfz_11-130 2 0.5000 0.65639 0.212 0.656 0.000 0.004 0.000 0.084 0.044
#> dkfz_11-131 6 0.6067 0.42170 0.180 0.288 0.000 0.012 0.000 0.488 0.032
#> dkfz_11-132 2 0.0373 0.86543 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-133 2 0.0000 0.86962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 2 0.5333 0.59496 0.260 0.580 0.000 0.004 0.000 0.020 0.136
#> dkfz_11-135 2 0.1101 0.84308 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-136 5 0.1715 0.38672 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> dkfz_11-137 4 0.5573 0.63216 0.204 0.048 0.000 0.616 0.000 0.016 0.116
#> dkfz_11-138 2 0.0268 0.86852 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-139 3 0.6083 0.16793 0.188 0.000 0.448 0.000 0.316 0.000 0.048
#> dkfz_11-140 7 0.4894 0.83781 0.000 0.048 0.000 0.052 0.280 0.000 0.620
#> dkfz_11-141 2 0.0000 0.86962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.2767 0.81414 0.052 0.060 0.000 0.000 0.000 0.864 0.024
#> dkfz_11-143 3 0.0468 0.83887 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0000 0.84626 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.0715 0.84074 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> dkfz_11-148 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.0861 0.83893 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-150 1 0.3489 0.97484 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.0790 0.82688 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004
cbind(get_classes(res, k = 8), get_membership(res, k = 8))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8
#> dkfz_11-001 3 0.0544 0.8882 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 8 0.7355 0.1939 0.000 0.320 0.000 0.072 0.180 0.080 0.028 0.320
#> dkfz_11-004 6 0.4255 0.5823 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.676 0.012 0.112
#> dkfz_11-005 1 0.2748 0.6565 0.772 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.0349 0.7714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> dkfz_11-008 1 0.0808 0.8504 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3543 0.7388 0.000 0.068 0.000 0.800 0.084 0.000 0.008 0.040
#> dkfz_11-010 6 0.1951 0.7499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.900 0.008 0.068
#> dkfz_11-011 7 0.5030 -0.4853 0.188 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.416 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.2401 0.5726 0.004 0.052 0.000 0.008 0.060 0.000 0.876 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.3731 0.5333 0.708 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.052 0.008
#> dkfz_11-014 7 0.3870 0.2679 0.068 0.000 0.000 0.004 0.240 0.000 0.688 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 7 0.4970 -0.3158 0.200 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.492 0.000
#> dkfz_11-017 5 0.6545 0.0914 0.040 0.000 0.236 0.000 0.388 0.000 0.276 0.060
#> dkfz_11-018 3 0.0313 0.8897 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0125 0.8676 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2631 0.8448 0.000 0.000 0.840 0.000 0.116 0.000 0.004 0.040
#> dkfz_11-021 4 0.1291 0.8172 0.000 0.012 0.000 0.948 0.024 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-022 2 0.7474 -0.1110 0.000 0.304 0.300 0.196 0.092 0.000 0.088 0.020
#> dkfz_11-023 5 0.5059 0.4155 0.196 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.400 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.4849 0.6602 0.240 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.220 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3758 0.5492 0.000 0.120 0.000 0.028 0.080 0.000 0.768 0.004
#> dkfz_11-026 1 0.0395 0.8651 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.1849 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.908 0.008 0.060
#> dkfz_11-028 3 0.0471 0.8907 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0471 0.8907 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2085 0.8668 0.000 0.000 0.888 0.000 0.076 0.000 0.004 0.032
#> dkfz_11-031 6 0.1951 0.7499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.900 0.008 0.068
#> dkfz_11-032 3 0.1657 0.8687 0.000 0.000 0.916 0.000 0.064 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-033 6 0.2000 0.7484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.896 0.008 0.072
#> dkfz_11-034 3 0.3747 0.7102 0.000 0.156 0.768 0.012 0.040 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-035 6 0.2257 0.7649 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008 0.072
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.6244 0.3143 0.020 0.132 0.000 0.112 0.232 0.000 0.500 0.004
#> dkfz_11-038 2 0.1524 0.7612 0.000 0.936 0.000 0.008 0.012 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-039 4 0.1755 0.8014 0.000 0.008 0.000 0.924 0.028 0.000 0.028 0.012
#> dkfz_11-040 8 0.6151 0.2412 0.000 0.080 0.000 0.352 0.196 0.000 0.004 0.368
#> dkfz_11-041 6 0.4517 0.5276 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.576 0.004 0.316
#> dkfz_11-042 6 0.5291 0.2930 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004 0.492 0.012 0.188
#> dkfz_11-043 5 0.4927 0.6600 0.240 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.212 0.004
#> dkfz_11-044 4 0.5826 -0.2117 0.012 0.000 0.020 0.440 0.188 0.000 0.332 0.008
#> dkfz_11-045 5 0.4899 0.6505 0.232 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.240 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2342 0.7506 0.000 0.000 0.004 0.880 0.076 0.000 0.020 0.020
#> dkfz_11-047 6 0.1686 0.7612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> dkfz_11-048 5 0.6053 0.4820 0.188 0.004 0.000 0.076 0.424 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.1299 0.8133 0.000 0.016 0.000 0.948 0.020 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-050 5 0.4961 0.6342 0.284 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.212 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.0669 0.7748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> dkfz_11-052 4 0.2266 0.7949 0.000 0.060 0.000 0.888 0.036 0.000 0.008 0.008
#> dkfz_11-053 5 0.7481 -0.0278 0.032 0.108 0.280 0.000 0.332 0.008 0.204 0.036
#> dkfz_11-054 1 0.0808 0.8545 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.5588 0.2606 0.000 0.572 0.000 0.232 0.112 0.000 0.024 0.060
#> dkfz_11-056 4 0.1203 0.8091 0.000 0.008 0.000 0.952 0.024 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-057 4 0.3196 0.7612 0.000 0.060 0.000 0.824 0.084 0.000 0.008 0.024
#> dkfz_11-058 4 0.0831 0.8180 0.000 0.016 0.000 0.968 0.004 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0224 0.7761 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2336 0.7688 0.000 0.008 0.000 0.880 0.076 0.000 0.028 0.008
#> dkfz_11-061 5 0.6492 0.1558 0.120 0.000 0.000 0.256 0.332 0.000 0.288 0.004
#> dkfz_11-062 3 0.5476 0.5423 0.000 0.004 0.564 0.000 0.232 0.000 0.124 0.076
#> dkfz_11-063 3 0.5973 0.2947 0.008 0.000 0.460 0.000 0.324 0.004 0.128 0.076
#> dkfz_11-064 1 0.2267 0.7492 0.840 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.5098 0.6529 0.224 0.000 0.000 0.000 0.544 0.008 0.220 0.004
#> dkfz_11-066 3 0.0395 0.8891 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.0251 0.8912 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.0614 0.8610 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.2000 0.7484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.896 0.008 0.072
#> dkfz_11-070 1 0.1741 0.7964 0.896 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.5429 0.3288 0.000 0.304 0.000 0.000 0.016 0.520 0.024 0.136
#> dkfz_11-072 6 0.1295 0.7656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.944 0.008 0.016
#> dkfz_11-073 1 0.2706 0.6484 0.788 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-074 8 0.6312 0.3244 0.000 0.052 0.000 0.320 0.192 0.024 0.004 0.408
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2394 0.7307 0.824 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.1951 0.7499 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.900 0.008 0.068
#> dkfz_11-093 4 0.1426 0.8108 0.000 0.044 0.000 0.936 0.004 0.000 0.012 0.004
#> dkfz_11-094 5 0.4877 0.6592 0.252 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.216 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.2625 0.7141 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.188
#> dkfz_11-096 2 0.0864 0.7663 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.028
#> dkfz_11-097 2 0.4907 0.3839 0.000 0.572 0.000 0.008 0.048 0.004 0.328 0.040
#> dkfz_11-098 6 0.4768 0.4975 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.592 0.008 0.184
#> dkfz_11-099 7 0.6963 -0.3228 0.176 0.000 0.028 0.160 0.296 0.000 0.336 0.004
#> dkfz_11-100 6 0.0992 0.7748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> dkfz_11-101 6 0.1836 0.7639 0.000 0.012 0.036 0.000 0.016 0.920 0.000 0.016
#> dkfz_11-102 2 0.0395 0.7781 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-103 7 0.3335 0.4495 0.000 0.208 0.000 0.008 0.020 0.000 0.756 0.008
#> dkfz_11-104 2 0.0681 0.7749 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> dkfz_11-105 8 0.5244 -0.0385 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.288 0.004 0.448
#> dkfz_11-106 6 0.3339 0.6890 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.780 0.008 0.068
#> dkfz_11-107 2 0.0596 0.7790 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> dkfz_11-108 6 0.4780 0.3906 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.344
#> dkfz_11-109 2 0.2981 0.6401 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.212
#> dkfz_11-110 2 0.4592 0.1039 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.444
#> dkfz_11-111 6 0.4336 0.5785 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.612 0.004 0.292
#> dkfz_11-112 8 0.4407 -0.2598 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.468
#> dkfz_11-113 2 0.3321 0.6771 0.000 0.804 0.000 0.004 0.036 0.012 0.012 0.132
#> dkfz_11-114 7 0.1586 0.5696 0.000 0.064 0.000 0.008 0.000 0.000 0.920 0.008
#> dkfz_11-115 6 0.2696 0.7519 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004 0.852 0.008 0.056
#> dkfz_11-116 8 0.6196 0.2528 0.000 0.072 0.000 0.352 0.196 0.004 0.004 0.372
#> dkfz_11-117 7 0.1828 0.5693 0.000 0.040 0.000 0.008 0.040 0.000 0.912 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.3238 0.7187 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004 0.192
#> dkfz_11-119 6 0.1014 0.7684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.956 0.000 0.024
#> dkfz_11-120 2 0.1107 0.7709 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> dkfz_11-121 4 0.3423 0.7453 0.000 0.068 0.000 0.808 0.084 0.000 0.008 0.032
#> dkfz_11-122 2 0.0395 0.7779 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-123 2 0.0438 0.7719 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> dkfz_11-124 4 0.3436 0.7452 0.000 0.084 0.000 0.808 0.064 0.000 0.008 0.036
#> dkfz_11-125 2 0.2368 0.7215 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008 0.120
#> dkfz_11-126 2 0.0224 0.7771 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1116 0.7775 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-128 2 0.0926 0.7731 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> dkfz_11-129 2 0.3166 0.5740 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.268
#> dkfz_11-130 2 0.3907 0.5193 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008 0.268
#> dkfz_11-131 2 0.5355 -0.0383 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.356 0.008 0.236
#> dkfz_11-132 2 0.1302 0.7622 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.032
#> dkfz_11-133 2 0.0349 0.7738 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> dkfz_11-134 2 0.3902 0.2397 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.460
#> dkfz_11-135 2 0.1716 0.7483 0.000 0.920 0.000 0.044 0.000 0.000 0.024 0.012
#> dkfz_11-136 5 0.4980 0.6087 0.304 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.180 0.004
#> dkfz_11-137 8 0.6216 0.3192 0.000 0.060 0.000 0.328 0.192 0.012 0.004 0.404
#> dkfz_11-138 2 0.0749 0.7731 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.012
#> dkfz_11-139 1 0.6889 -0.2550 0.320 0.000 0.236 0.000 0.304 0.000 0.092 0.048
#> dkfz_11-140 7 0.1313 0.5729 0.000 0.060 0.000 0.008 0.000 0.000 0.932 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0395 0.7788 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> dkfz_11-142 6 0.2639 0.7545 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.112
#> dkfz_11-143 3 0.2726 0.8493 0.000 0.032 0.868 0.012 0.064 0.000 0.008 0.016
#> dkfz_11-144 3 0.1657 0.8687 0.000 0.000 0.916 0.000 0.064 0.000 0.004 0.016
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0471 0.8907 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1699 0.8770 0.000 0.000 0.916 0.000 0.056 0.000 0.004 0.024
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1118 0.8851 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8681 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.1556 0.7739 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.044
cbind(get_classes(res, k = 9), get_membership(res, k = 9))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9
#> dkfz_11-001 3 0.1451 0.8153 0.000 0.000 0.924 0.000 0.028 0.000 0.000 0.048 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0000 0.8866 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 9 0.6731 0.2126 0.000 0.276 0.000 0.024 0.060 0.048 0.008 0.188 0.396
#> dkfz_11-004 6 0.4770 -0.1870 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.348 0.000
#> dkfz_11-005 1 0.2810 0.5824 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0000 0.8866 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 6 0.1313 0.6889 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> dkfz_11-008 1 0.0882 0.8696 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004
#> dkfz_11-009 4 0.3088 0.7692 0.000 0.060 0.000 0.796 0.000 0.000 0.008 0.004 0.132
#> dkfz_11-010 6 0.0987 0.6796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.960 0.004 0.008 0.020
#> dkfz_11-011 5 0.4213 0.3501 0.088 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.412 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 7 0.2423 0.7015 0.000 0.052 0.000 0.012 0.076 0.000 0.860 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.4364 0.4398 0.592 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.032 0.036 0.012
#> dkfz_11-014 7 0.3696 0.3928 0.024 0.028 0.000 0.000 0.276 0.000 0.672 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0119 0.8853 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 7 0.4462 -0.3401 0.124 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.464 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 5 0.6256 0.1592 0.012 0.000 0.080 0.000 0.420 0.000 0.332 0.104 0.052
#> dkfz_11-018 3 0.0507 0.8257 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.0296 0.8861 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.3373 0.7514 0.000 0.000 0.788 0.000 0.076 0.000 0.004 0.104 0.028
#> dkfz_11-021 4 0.0952 0.8317 0.000 0.012 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> dkfz_11-022 2 0.7443 -0.0239 0.000 0.388 0.200 0.184 0.092 0.000 0.056 0.052 0.028
#> dkfz_11-023 5 0.4200 0.2802 0.084 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.444 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 5 0.2969 0.5952 0.072 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.140 0.000 0.000
#> dkfz_11-025 7 0.3104 0.6715 0.000 0.140 0.000 0.004 0.056 0.000 0.792 0.000 0.008
#> dkfz_11-026 1 0.0373 0.8846 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 6 0.0894 0.6822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964 0.004 0.004 0.020
#> dkfz_11-028 3 0.0373 0.8267 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0373 0.8267 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.2268 0.8035 0.000 0.000 0.880 0.000 0.044 0.000 0.000 0.040 0.036
#> dkfz_11-031 6 0.1147 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.004 0.016 0.020
#> dkfz_11-032 3 0.3576 0.7544 0.000 0.000 0.772 0.000 0.064 0.000 0.000 0.080 0.084
#> dkfz_11-033 6 0.1147 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.004 0.016 0.020
#> dkfz_11-034 3 0.6191 0.4885 0.000 0.200 0.540 0.008 0.048 0.000 0.028 0.112 0.064
#> dkfz_11-035 6 0.3147 0.5492 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-036 1 0.0000 0.8866 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 7 0.5444 0.4349 0.012 0.080 0.000 0.072 0.228 0.000 0.584 0.004 0.020
#> dkfz_11-038 2 0.1356 0.7902 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024 0.024
#> dkfz_11-039 4 0.1357 0.8182 0.000 0.008 0.000 0.944 0.004 0.000 0.020 0.008 0.016
#> dkfz_11-040 9 0.4255 0.7965 0.000 0.100 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.052 0.700
#> dkfz_11-041 8 0.4421 0.0382 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.460 0.004
#> dkfz_11-042 8 0.5369 0.4164 0.000 0.328 0.000 0.000 0.008 0.324 0.004 0.332 0.004
#> dkfz_11-043 5 0.3179 0.5911 0.068 0.000 0.000 0.000 0.788 0.004 0.132 0.000 0.008
#> dkfz_11-044 4 0.5532 -0.2718 0.000 0.004 0.008 0.412 0.156 0.000 0.388 0.016 0.016
#> dkfz_11-045 5 0.3766 0.5503 0.088 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.244 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2029 0.7763 0.000 0.000 0.000 0.904 0.028 0.000 0.016 0.020 0.032
#> dkfz_11-047 6 0.2341 0.6519 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.192 0.000
#> dkfz_11-048 5 0.5105 0.4526 0.060 0.028 0.000 0.052 0.572 0.000 0.284 0.000 0.004
#> dkfz_11-049 4 0.1028 0.8308 0.000 0.028 0.000 0.956 0.004 0.000 0.004 0.000 0.008
#> dkfz_11-050 5 0.3880 0.5592 0.180 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.144 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 6 0.1843 0.6774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> dkfz_11-052 4 0.2352 0.8075 0.000 0.064 0.000 0.864 0.000 0.000 0.008 0.000 0.064
#> dkfz_11-053 5 0.7473 0.0560 0.004 0.044 0.240 0.000 0.340 0.008 0.176 0.132 0.056
#> dkfz_11-054 1 0.1224 0.8524 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.5101 0.4594 0.000 0.640 0.000 0.108 0.040 0.000 0.016 0.028 0.168
#> dkfz_11-056 4 0.0626 0.8282 0.000 0.008 0.000 0.976 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2765 0.7940 0.000 0.060 0.000 0.832 0.000 0.000 0.008 0.004 0.096
#> dkfz_11-058 4 0.0626 0.8310 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-059 2 0.0296 0.8055 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.1742 0.8061 0.000 0.008 0.000 0.924 0.028 0.000 0.016 0.008 0.016
#> dkfz_11-061 5 0.5968 0.1619 0.044 0.000 0.000 0.296 0.356 0.000 0.284 0.004 0.016
#> dkfz_11-062 3 0.6496 0.3791 0.000 0.008 0.460 0.000 0.204 0.000 0.140 0.128 0.060
#> dkfz_11-063 3 0.6522 0.2886 0.000 0.000 0.420 0.000 0.280 0.012 0.084 0.140 0.064
#> dkfz_11-064 1 0.2608 0.6693 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 5 0.3069 0.5882 0.060 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.144 0.000 0.008
#> dkfz_11-066 3 0.1504 0.8158 0.000 0.000 0.924 0.000 0.024 0.000 0.000 0.048 0.004
#> dkfz_11-067 3 0.0533 0.8281 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> dkfz_11-068 1 0.0515 0.8823 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 6 0.1147 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.004 0.016 0.020
#> dkfz_11-070 1 0.1721 0.8321 0.900 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.012 0.000 0.004
#> dkfz_11-071 6 0.5187 -0.4784 0.000 0.344 0.000 0.000 0.004 0.348 0.004 0.300 0.000
#> dkfz_11-072 6 0.1651 0.6738 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.920 0.000 0.016 0.028
#> dkfz_11-073 1 0.2507 0.7133 0.792 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.004 0.000 0.004
#> dkfz_11-074 9 0.4697 0.7768 0.000 0.052 0.000 0.136 0.008 0.020 0.000 0.100 0.684
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.8866 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2828 0.6365 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-092 6 0.1147 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952 0.004 0.016 0.020
#> dkfz_11-093 4 0.1893 0.8220 0.000 0.052 0.000 0.900 0.000 0.000 0.008 0.000 0.040
#> dkfz_11-094 5 0.2991 0.5957 0.080 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 6 0.3207 0.5938 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.220 0.008
#> dkfz_11-096 2 0.1029 0.7969 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.016
#> dkfz_11-097 2 0.4421 0.4846 0.000 0.652 0.000 0.008 0.032 0.004 0.248 0.052 0.004
#> dkfz_11-098 6 0.4959 -0.3295 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.380 0.004
#> dkfz_11-099 5 0.6661 0.2972 0.104 0.000 0.012 0.140 0.372 0.000 0.328 0.016 0.028
#> dkfz_11-100 6 0.2145 0.6632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> dkfz_11-101 6 0.2560 0.6753 0.000 0.004 0.020 0.000 0.020 0.868 0.000 0.068 0.020
#> dkfz_11-102 2 0.0212 0.8078 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-103 7 0.2953 0.5785 0.000 0.192 0.000 0.000 0.032 0.000 0.772 0.004 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.0706 0.8018 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-105 8 0.4398 0.5784 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.592 0.008
#> dkfz_11-106 6 0.4421 0.1344 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.308 0.000
#> dkfz_11-107 2 0.0212 0.8078 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-108 8 0.4756 0.2614 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.480 0.008
#> dkfz_11-109 2 0.2739 0.6077 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.196 0.008
#> dkfz_11-110 8 0.3497 0.3964 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.556 0.000
#> dkfz_11-111 8 0.4315 0.0403 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.468 0.000
#> dkfz_11-112 8 0.3523 0.4233 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.580 0.008
#> dkfz_11-113 2 0.2835 0.7016 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080 0.092
#> dkfz_11-114 7 0.1549 0.7001 0.000 0.068 0.000 0.008 0.008 0.000 0.916 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.4054 0.3555 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.256 0.000
#> dkfz_11-116 9 0.4371 0.8019 0.000 0.100 0.000 0.144 0.000 0.012 0.000 0.048 0.696
#> dkfz_11-117 7 0.2043 0.6982 0.000 0.040 0.000 0.008 0.064 0.000 0.888 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.3159 0.4811 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.356 0.000
#> dkfz_11-119 6 0.0763 0.6880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> dkfz_11-120 2 0.1100 0.7902 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004
#> dkfz_11-121 4 0.2765 0.7940 0.000 0.060 0.000 0.832 0.000 0.000 0.008 0.004 0.096
#> dkfz_11-122 2 0.0581 0.8039 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0331 0.8058 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> dkfz_11-124 4 0.3115 0.7580 0.000 0.064 0.000 0.784 0.000 0.000 0.008 0.000 0.144
#> dkfz_11-125 2 0.2055 0.7377 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.108 0.012
#> dkfz_11-126 2 0.0000 0.8074 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.0818 0.8058 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> dkfz_11-128 2 0.1200 0.7919 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> dkfz_11-129 2 0.3198 0.3876 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.308 0.012
#> dkfz_11-130 2 0.3081 0.3918 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-131 2 0.5088 -0.5389 0.000 0.408 0.000 0.000 0.004 0.236 0.000 0.348 0.004
#> dkfz_11-132 2 0.1298 0.7917 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.024 0.016
#> dkfz_11-133 2 0.0119 0.8070 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-134 8 0.3330 0.2672 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.532 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1774 0.7776 0.000 0.916 0.000 0.024 0.000 0.000 0.020 0.004 0.036
#> dkfz_11-136 5 0.3622 0.5754 0.144 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.116 0.000 0.008
#> dkfz_11-137 9 0.4453 0.8077 0.000 0.080 0.000 0.144 0.000 0.012 0.000 0.072 0.692
#> dkfz_11-138 2 0.0952 0.7998 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.012
#> dkfz_11-139 5 0.6818 0.1026 0.340 0.000 0.100 0.000 0.364 0.000 0.076 0.064 0.056
#> dkfz_11-140 7 0.1535 0.7007 0.000 0.060 0.000 0.008 0.012 0.000 0.920 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0373 0.8070 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.3147 0.5554 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.288 0.000
#> dkfz_11-143 3 0.5131 0.6992 0.000 0.036 0.676 0.008 0.064 0.000 0.020 0.120 0.076
#> dkfz_11-144 3 0.3576 0.7544 0.000 0.000 0.772 0.000 0.064 0.000 0.000 0.080 0.084
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.8866 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0373 0.8267 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1668 0.8150 0.000 0.000 0.920 0.000 0.028 0.000 0.000 0.024 0.028
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.8866 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1974 0.8167 0.000 0.000 0.900 0.000 0.040 0.000 0.000 0.028 0.032
#> dkfz_11-150 1 0.0000 0.8866 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.2512 0.6245 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.220 0.000
cbind(get_classes(res, k = 10), get_membership(res, k = 10))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10
#> dkfz_11-001 3 0.1334 0.685 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> dkfz_11-002 1 0.0202 0.901 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-003 9 0.5894 0.384 0.000 0.300 0.000 0.004 0.024 0.220 0.008 0.000 0.396 0.048
#> dkfz_11-004 6 0.3725 0.695 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.184
#> dkfz_11-005 1 0.2243 0.798 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-006 1 0.0113 0.901 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-007 10 0.2234 0.719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.004 0.000 0.804
#> dkfz_11-008 1 0.0558 0.896 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-009 4 0.3250 0.811 0.000 0.064 0.000 0.788 0.008 0.008 0.000 0.012 0.120 0.000
#> dkfz_11-010 10 0.0113 0.817 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-011 5 0.3208 0.407 0.020 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.316 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-012 5 0.1279 0.637 0.000 0.052 0.000 0.004 0.932 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-013 1 0.4135 0.677 0.680 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.164 0.128 0.012 0.000
#> dkfz_11-014 5 0.2732 0.548 0.016 0.004 0.000 0.000 0.776 0.000 0.200 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-015 1 0.0113 0.901 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-016 5 0.3422 0.499 0.060 0.004 0.000 0.000 0.712 0.000 0.220 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-017 5 0.4757 0.033 0.004 0.000 0.016 0.000 0.508 0.000 0.140 0.328 0.004 0.000
#> dkfz_11-018 3 0.0729 0.699 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> dkfz_11-019 1 0.1000 0.893 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-020 3 0.2892 0.361 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.016 0.276 0.000 0.000
#> dkfz_11-021 4 0.1483 0.877 0.000 0.008 0.000 0.924 0.032 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> dkfz_11-022 2 0.6661 0.146 0.000 0.520 0.060 0.140 0.076 0.104 0.024 0.064 0.012 0.000
#> dkfz_11-023 5 0.3254 0.412 0.024 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.312 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-024 7 0.2497 0.755 0.032 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.836 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-025 5 0.1722 0.621 0.000 0.100 0.000 0.004 0.888 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-026 1 0.0492 0.900 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-027 10 0.0395 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984
#> dkfz_11-028 3 0.0282 0.698 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-029 3 0.0282 0.698 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-030 3 0.1991 0.593 0.000 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> dkfz_11-031 10 0.0113 0.817 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> dkfz_11-032 3 0.3841 0.372 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.008 0.012 0.444 0.024 0.000
#> dkfz_11-033 10 0.0000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-034 2 0.6858 -0.255 0.000 0.308 0.248 0.004 0.028 0.108 0.020 0.264 0.020 0.000
#> dkfz_11-035 6 0.3581 0.426 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.008 0.004 0.364
#> dkfz_11-036 1 0.0113 0.902 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-037 5 0.3536 0.623 0.000 0.072 0.000 0.052 0.780 0.000 0.080 0.004 0.012 0.000
#> dkfz_11-038 2 0.0952 0.805 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000 0.016 0.012 0.000
#> dkfz_11-039 4 0.2162 0.829 0.000 0.004 0.000 0.856 0.016 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000
#> dkfz_11-040 9 0.3340 0.816 0.000 0.184 0.000 0.044 0.000 0.028 0.000 0.000 0.744 0.000
#> dkfz_11-041 6 0.3494 0.664 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.004 0.008 0.188
#> dkfz_11-042 6 0.3693 0.696 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.116
#> dkfz_11-043 7 0.2290 0.750 0.016 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004 0.856 0.008 0.004 0.000
#> dkfz_11-044 5 0.5159 0.375 0.000 0.000 0.004 0.288 0.532 0.004 0.024 0.032 0.116 0.000
#> dkfz_11-045 7 0.3561 0.142 0.028 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.532 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-046 4 0.2452 0.799 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004 0.004 0.000 0.028 0.132 0.000
#> dkfz_11-047 10 0.3094 0.410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.004 0.004 0.612
#> dkfz_11-048 5 0.4389 0.152 0.008 0.012 0.000 0.060 0.524 0.000 0.388 0.004 0.004 0.000
#> dkfz_11-049 4 0.0652 0.881 0.000 0.020 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-050 7 0.4720 0.457 0.272 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.540 0.032 0.000 0.000
#> dkfz_11-051 10 0.2857 0.607 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000 0.008 0.004 0.712
#> dkfz_11-052 4 0.2278 0.867 0.000 0.064 0.000 0.872 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044 0.000
#> dkfz_11-053 8 0.6342 0.660 0.000 0.036 0.184 0.000 0.292 0.016 0.088 0.380 0.004 0.000
#> dkfz_11-054 1 0.1689 0.866 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-055 2 0.3532 0.646 0.000 0.780 0.000 0.068 0.020 0.008 0.000 0.024 0.100 0.000
#> dkfz_11-056 4 0.0959 0.873 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> dkfz_11-057 4 0.2492 0.865 0.000 0.056 0.000 0.860 0.008 0.004 0.000 0.012 0.060 0.000
#> dkfz_11-058 4 0.1203 0.881 0.000 0.016 0.000 0.944 0.020 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> dkfz_11-059 2 0.0113 0.813 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-060 4 0.2282 0.830 0.000 0.008 0.000 0.848 0.016 0.000 0.000 0.004 0.124 0.000
#> dkfz_11-061 5 0.5973 0.185 0.028 0.000 0.000 0.188 0.436 0.000 0.260 0.012 0.076 0.000
#> dkfz_11-062 8 0.5306 0.619 0.000 0.000 0.348 0.000 0.176 0.000 0.068 0.408 0.000 0.000
#> dkfz_11-063 3 0.4931 -0.518 0.000 0.000 0.432 0.000 0.040 0.000 0.092 0.424 0.004 0.008
#> dkfz_11-064 1 0.2441 0.784 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.016 0.000 0.000
#> dkfz_11-065 7 0.2196 0.749 0.016 0.000 0.000 0.000 0.124 0.004 0.852 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-066 3 0.1033 0.696 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> dkfz_11-067 3 0.1191 0.695 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> dkfz_11-068 1 0.1098 0.890 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-069 10 0.0000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> dkfz_11-070 1 0.1106 0.884 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-071 6 0.3953 0.693 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004 0.000 0.000 0.132
#> dkfz_11-072 10 0.0784 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004 0.016 0.000 0.968
#> dkfz_11-073 1 0.1533 0.863 0.912 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-074 9 0.3750 0.806 0.000 0.144 0.000 0.044 0.000 0.068 0.000 0.000 0.736 0.008
#> dkfz_11-075 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-091 1 0.2797 0.766 0.772 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.200 0.020 0.004 0.000
#> dkfz_11-092 10 0.0202 0.818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> dkfz_11-093 4 0.1696 0.878 0.000 0.048 0.000 0.912 0.004 0.000 0.000 0.008 0.028 0.000
#> dkfz_11-094 7 0.2234 0.758 0.024 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.852 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-095 10 0.3291 0.244 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.548
#> dkfz_11-096 2 0.0508 0.810 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.004 0.000
#> dkfz_11-097 2 0.3660 0.609 0.000 0.700 0.000 0.000 0.204 0.084 0.004 0.008 0.000 0.000
#> dkfz_11-098 6 0.3525 0.706 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.136
#> dkfz_11-099 5 0.6297 0.354 0.056 0.000 0.004 0.076 0.516 0.000 0.164 0.068 0.116 0.000
#> dkfz_11-100 10 0.3110 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.008 0.004 0.636
#> dkfz_11-101 10 0.1934 0.790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088 0.004 0.020 0.000 0.884
#> dkfz_11-102 2 0.0539 0.818 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-103 5 0.2183 0.494 0.000 0.184 0.000 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-104 2 0.1322 0.803 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-105 6 0.3568 0.670 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004 0.004 0.016 0.068
#> dkfz_11-106 6 0.3790 0.658 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.244
#> dkfz_11-107 2 0.0728 0.818 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-108 6 0.3953 0.648 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004 0.004 0.012 0.176
#> dkfz_11-109 2 0.2823 0.662 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004 0.000 0.016 0.004
#> dkfz_11-110 6 0.3456 0.484 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-111 6 0.3382 0.663 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.008 0.004 0.176
#> dkfz_11-112 6 0.3367 0.518 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000 0.668 0.004 0.004 0.020 0.004
#> dkfz_11-113 2 0.2667 0.738 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.080 0.008
#> dkfz_11-114 5 0.1719 0.614 0.000 0.072 0.000 0.000 0.900 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-115 6 0.4058 0.541 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.004 0.000 0.332
#> dkfz_11-116 9 0.3424 0.819 0.000 0.180 0.000 0.044 0.000 0.028 0.000 0.000 0.744 0.004
#> dkfz_11-117 5 0.0930 0.635 0.000 0.040 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-118 6 0.3356 0.507 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.008 0.004 0.304
#> dkfz_11-119 10 0.0888 0.810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> dkfz_11-120 2 0.1493 0.798 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-121 4 0.2530 0.860 0.000 0.060 0.000 0.860 0.008 0.008 0.000 0.012 0.052 0.000
#> dkfz_11-122 2 0.0986 0.812 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-123 2 0.0226 0.812 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-124 4 0.3347 0.784 0.000 0.080 0.000 0.764 0.008 0.000 0.000 0.012 0.136 0.000
#> dkfz_11-125 2 0.2124 0.746 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.012 0.000
#> dkfz_11-126 2 0.0315 0.816 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-127 2 0.1061 0.817 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-128 2 0.1452 0.802 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008 0.000
#> dkfz_11-129 2 0.3326 0.577 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.004 0.032 0.004
#> dkfz_11-130 2 0.3444 0.358 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.004 0.016 0.008
#> dkfz_11-131 6 0.4137 0.582 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000 0.580 0.004 0.000 0.012 0.076
#> dkfz_11-132 2 0.0952 0.804 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.016 0.008 0.000
#> dkfz_11-133 2 0.0226 0.812 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-134 6 0.3526 0.348 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.592 0.004 0.004 0.024 0.000
#> dkfz_11-135 2 0.1581 0.793 0.000 0.928 0.000 0.024 0.016 0.004 0.000 0.008 0.020 0.000
#> dkfz_11-136 7 0.3739 0.656 0.136 0.000 0.000 0.000 0.160 0.004 0.696 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-137 9 0.3500 0.820 0.000 0.152 0.000 0.044 0.000 0.048 0.000 0.000 0.752 0.004
#> dkfz_11-138 2 0.0677 0.809 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.012 0.000
#> dkfz_11-139 1 0.5619 0.459 0.548 0.000 0.016 0.000 0.056 0.012 0.128 0.216 0.024 0.000
#> dkfz_11-140 5 0.1675 0.615 0.000 0.068 0.000 0.000 0.904 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> dkfz_11-141 2 0.0786 0.818 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.000
#> dkfz_11-142 6 0.3517 0.341 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.008 0.004 0.392
#> dkfz_11-143 3 0.6258 0.189 0.000 0.088 0.380 0.004 0.016 0.096 0.028 0.368 0.020 0.000
#> dkfz_11-144 3 0.3841 0.372 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.008 0.012 0.444 0.024 0.000
#> dkfz_11-145 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-146 3 0.0282 0.698 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> dkfz_11-147 3 0.1628 0.627 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> dkfz_11-148 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-149 3 0.1851 0.653 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> dkfz_11-150 1 0.0113 0.902 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> dkfz_11-151 6 0.3535 0.056 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.008 0.004 0.484
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
consensus_heatmap(res, k = 7)
consensus_heatmap(res, k = 8)
consensus_heatmap(res, k = 9)
consensus_heatmap(res, k = 10)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
membership_heatmap(res, k = 7)
membership_heatmap(res, k = 8)
membership_heatmap(res, k = 9)
membership_heatmap(res, k = 10)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
get_signatures(res, k = 7)
get_signatures(res, k = 8)
get_signatures(res, k = 9)
get_signatures(res, k = 10)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 7, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 8, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 9, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 10, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n dkfz_subtype(p) tcga_subtype(p) k
#> ATC:mclust 135 1.18e-19 4.99e-06 2
#> ATC:mclust 128 9.67e-38 1.31e-04 3
#> ATC:mclust 127 3.03e-58 1.21e-23 4
#> ATC:mclust 111 7.73e-60 2.81e-26 5
#> ATC:mclust 110 2.01e-64 3.72e-28 6
#> ATC:mclust 110 6.26e-61 5.84e-27 7
#> ATC:mclust 105 9.73e-55 8.22e-24 8
#> ATC:mclust 100 8.08e-50 1.09e-23 9
#> ATC:mclust 107 4.56e-48 3.08e-23 10
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0