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基本信息

ORCiD	https://orcid.org/0000-0002-7395-8709
Google Scholar	https://scholar.google.de/citations?user=zheH1qkAAAAJ
GitHub	https://github.com/jokergoo/
微信公众号	方圆之处

学术组织成员

Bioconductor Community Advisory Board 成员

工作经历

德国癌症研究中心，德国国家肿瘤中心	永久科学家	2022-2025
德国癌症研究中心，德国国家肿瘤中心	高级科学家	2018-2021
德国癌症研究中心	博士后	2013-2018

学习经历

南京大学	生物化学与分子生物学	博士	2009-2012
南京大学	生物化学与分子生物学	硕士	2005-2008
南京大学	生物化学与分子生物学	本科	2001-2005

开源书籍

• Circular Visualization in R.
• ComplexHeatmap Complete Reference.
• Gene Set Enrichment Analysis with R and Bioconductor (进行中).

邀请报告

• Several examples of making complex heatmaps, EMBL Heidelberg, 德国, 2025.
• Analyze the R package ecosystem, Queen Mary University of London Charterhouse Square Bioinformatics network, 英国, 2025.
• Biological data visualization in R and Bioconductor, GHGA Webinar, Heidelberg, 德国, 2024.
• 组学数据分析和可视化工具开发, iMeta系列讲座, 2024.
• 复杂热图, 中国肠道大会, 2023.
• Make Complex Heatmaps. Moffitt Cancer Center Bio-Data Club, 美国, 2022.

会议报告

• On the Dependency Heaviness of CRAN/Bioconductor Ecosystem, Bioconductor conference 2023.
• rGREAT: an R/Bioconductor Package for Functional Enrichment on Genomic Regions, Bioconductor conference 2023.
• simplifyEnrichment: A Bioconductor Package for Clustering and Visualizing Functional Enrichment Results, EuroBioc conference 2022.
• cola: a general framework for consensus partitioning, Bioconductor conference 2022.
• On the heaviness of package dependencies, useR! conference 2022.
• spiralize: an R package for visualizing data on spirals, BioC Asia conference 2021.
• Make interactive complex heatmaps, Bioconductor conference 2021. Awarded as Best Innovative poster ideas.
• circlize: circular visualization in R, useR! conference 2015.

教学

• 开发Bioconductor官方教学材料.
• 基因集合富集分析暑期学校, 4天独立讲授, 德国癌症研究中心, 海德堡, 德国, 2025.
• 指导两名本科生(2015, 2017)和两名硕士研究生(2018, 2023), 海德堡大学, 德国.
• 讲授硕士生课程, 海德堡大学, 德国, 2018.
• 教学助理, 海德堡大学, 德国, 2014.

基金

• Dependency Heaviness Analysis on Software Ecosystems, Klaus Tschira Stiftung, Germany, 10.2024 - 09.2026.