课题组负责人
基本信息
| ORCiD | https://orcid.org/0000-0002-7395-8709 |
| Google Scholar | https://scholar.google.de/citations?user=zheH1qkAAAAJ |
| GitHub | https://github.com/jokergoo/ |
学术组织成员
| Bioconductor Community Advisory Board 成员 |
| 旅德华人医师学者协会青年学术顾问 |
工作经历
| 深圳理工大学，细胞与基因技术研究院 | 教授 | 2026-至今 |
| 德国癌症研究中心，德国国家肿瘤中心 | 永久科学家 | 2022-2025 |
| 德国癌症研究中心，德国国家肿瘤中心 | 高级科学家 | 2018-2021 |
| 德国癌症研究中心 | 博士后 | 2013-2018 |
企业界兼职
| ProtaGene CGT GmbH，海德堡，德国 | 永久职位生物信息学专家 | 2021-2025 |
| GeneWerk GmbH，海德堡，德国 | 生物信息学专家 | 2017-2020 |
学习经历
| 南京大学 | 生物学 | 博士 | 2009-2012 |
| 南京大学 | 生物化学与分子生物学 | 硕士 | 2005-2008 |
| 南京大学 | 生物技术基地班 | 本科 | 2001-2005 |
开源书籍
- Circular Visualization in R.
- ComplexHeatmap Complete Reference.
- Gene Set Enrichment Analysis with R and Bioconductor (进行中).
邀请报告
- Space-filling curve and its applications in omics data analysis, University Hospital Würzburg, 德国, 2026.
- 空间填充曲线理论及在生物大数据中的应用, 第七届粤港澳大湾区生物信息学大会暨广东省生物信息学会年会，深圳, 2026.
- Several examples of making complex heatmaps, EMBL Heidelberg, 德国, 2025.
- Analyze the R package ecosystem, Queen Mary University of London Charterhouse Square Bioinformatics network, 英国, 2025.
- Biological data visualization in R and Bioconductor, GHGA Webinar, Heidelberg, 德国, 2024.
- 组学数据分析和可视化工具开发, iMeta系列讲座, 2024.
- 复杂热图, 中国肠道大会, 2023.
- Make Complex Heatmaps. Moffitt Cancer Center Bio-Data Club, 美国, 2022.
会议报告
- On the Dependency Heaviness of CRAN/Bioconductor Ecosystem, Bioconductor conference 2023.
- rGREAT: an R/Bioconductor Package for Functional Enrichment on Genomic Regions, Bioconductor conference 2023.
- simplifyEnrichment: A Bioconductor Package for Clustering and Visualizing Functional Enrichment Results, EuroBioc conference 2022.
- cola: a general framework for consensus partitioning, Bioconductor conference 2022.
- On the heaviness of package dependencies, useR! conference 2022.
- spiralize: an R package for visualizing data on spirals, BioC Asia conference 2021.
- Make interactive complex heatmaps, Bioconductor conference 2021. Awarded as Best Innovative poster ideas.
- circlize: circular visualization in R, useR! conference 2015.
教学
- 开发Bioconductor官方教学材料.
- 基因集合富集分析暑期学校, 4天独立讲授, 德国癌症研究中心, 海德堡, 德国, 2025.
- 指导两名本科生(2015, 2017)和两名硕士研究生(2018, 2023), 海德堡大学, 德国.
- 讲授硕士生课程, 海德堡大学, 德国, 2018.
- 教学助理, 海德堡大学, 德国, 2014.
基金
- Dependency Heaviness Analysis on Software Ecosystems, Klaus Tschira Stiftung, Germany, 10.2024 - 09.2026.